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breva admitted for subjob

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Line 
1#!/bin/ksh
2# subjob - Plot-Shellskript         Version:  @(#)SUBJOB 1.0    13/02/07
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4     # Prozedur zum automatischen Generieren von Batch-Jobs, die unter NQS
5     # laufen sollen und deren Ergebnis (Dayfile) zum Job-generierenden
6     # Host zurueckgeschickt werden sollen
7
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9     # letzte Aenderung:
10     # 29/06/94 - Siggi - Beginn mit Erstellung der Originalversion
11     # 08/07/94 - Siggi - Originalversion abgeschlossen (Version 1.0)
12     # 06/02/98 - Siggi - berte validiert
13     # 27/01/01 - Siggi - ground.yonsei.ac.kr validiert, Jobs zur T3E in Korea
14     #                    moeglich
15     # 08/02/01 - Siggi - alle subjob-Meldungen ins englische uebersetzt
16     # 25/05/02 - Siggi - Unterstuetzung des LoadLeveler
17     # 30/05/02 - Siggi - Validierung fuer ibm-Rechner in Seoul (nobel) sowie
18     #                    allgemeine Anpassungen fuer ibm-Rechner
19     # 15/10/02 - Siggi - Neue Default-Jobklasse (p_normal) fuer IBM in Seoul
20     #                    Ruecktransfer des Jobprotokolls fuer diese
21     #                    Maschine abgeschaltet
22     # 31/10/02 - Siggi - berni validiert
23     # 06/11/02 - Siggi - Neue Jobklassen auf ibmb und ibmh
24     # 08/11/02 - Siggi - quanero validiert
25     # 11/12/02 - Siggi - Notification fuer Transfer-Jobs abgeschaltet
26     # 23/01/03 - Siggi - hostname nobel changed to nobela
27     # 06/02/03 - Siggi - gregale validated
28     # 12/02/03 - Siggi - orkan and maestro validated
29     # 21/02/03 - Siggi - all nobel nodes in Seoul validated
30     # 12/03/03 - Siggi - nec at DKRZ validated
31     # 13/03/03 - Siggi - new nqs resource variable Memory
32     # 07/04/03 - Siggi - processor request option -c on nech needs tasks per
33     #                    node
34     # 11/04/03 - Siggi - network on ibms has attribute "shared"
35     # 31/07/03 - Siggi - nqs2 on nech implemented (provisional: -h nech2)
36     #                    cxxl added to ibmh
37     # 29/08/03 - Siggi - changes in job queues and communication system on
38     #                    ibms
39     # 24/10/03 - Siggi - using alternate hanni address 130.75.4.2
40     # 30/10/03 - Siggi - nech is not supported any more
41     # 10/11/03 - Siggi - nech2 renamed to nech
42     # 20/11/03 - Siggi - submit command on nech changed from qsub.test to qsub
43     # 29/03/04 - Siggi - ground not supported any more, gfdl3 validated
44     # 31/03/04 - Siggi - new option -N for node usage
45     # 12/04/04 - Siggi - scp2 instead of scp used for transfer from decalpha
46     #                    due to error in ssh installation (otherwise a prompt
47     #                    for the password appears)
48     # 23/07/04 - Siggi - changes due to the new berni configuration
49     #                    (federation switch)
50     # 01/09/04 - Gerald  new job-classes on hanni
51     # 08/09/04 - Siggi - hanni IP address changed to 130.75.4.10
52     # 23/11/04 - Siggi - new job class cdata on hanni and berni
53     # 03/12/04 - Siggi - notification on ibm switched of in case of
54     #                    delete_dayfile = true, node usage in cdev set to
55     #                    shared
56     # 16/02/05 - Gerald  hababai validated
57     # 29/03/05 - Micha - new job class channi on hanni
58     # 11/05/05 - Siggi - ConsumableMemory is now required as resource keyword
59     #                    on ibms
60     # 24/05/05 - Siggi - Default queue on ibms changed from p_normal_1.3 to
61     #                    p_normal
62     # 30/06/05 - Siggi - network changed for queue cdev from "us" to "ip"
63     # 12/07/05 - Siggi - in network.mpi on ibmh/ibmb "csss" changed to
64     #                    "sn_all", new job class cexp
65     # 08/09/05 - Siggi - IP-address of gfdl3 changed
66     # 31/10/05 - Siggi - new job class pp on hurricane, serial jobs on
67     #                    hurricane (with -X0)
68     # 01/11/05 - Siggi - missing queue for jobs submitted on nech (for nech)
69     #                    added
70     # 30/12/05 - Siggi - change of IP adresses in subnet 130.75.105
71     # 09/02/06 - Siggi - ibmy admitted
72     # 10/02/06 - Siggi - scp2 changed to /bin/scp on decalpha
73     # 13/04/06 - Siggi - ostria admitted
74     # 18/04/06 - Siggi - new option -O for OpenMP usage
75     # 24/05/06 - Siggi - lctit admitted, ftpjob renamed scpjob
76     # 25/07/06 - Siggi - gfdl5 (ibmy) admitted for submitting jobs
77     # 27/09/06 - Siggi - breg/hreg extended with berni/hanni
78     # 25/10/06 - Siggi - data_limit set to 1.76 GByte on hanni and berni
79     # 28/11/06 - Siggi - levanto admitted
80     # 13/02/07 - Siggi - hpmuk releated code removed
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82
83    # VARIABLENVEREINBARUNGEN + DEFAULTWERTE
84 delete_dayfile=false 
85 filetransfer_protocol=scp
86 locat=normal
87 no_default_queue=none
88 no_submit=false
89 job_catalog="~/job_queue"
90 job_name=none
91 local_user=$LOGNAME
92 node_usage=shared
93 numprocs=1
94 punkte="..........................................................."
95 submcom=qsub
96 queue=default
97 remote_host=none
98 remote_user=""
99 verify=true
100
101 typeset  -i   cputime=0  memory=0  Memory=0  minuten  resttime  sekunden  stunden
102 typeset  -i   inumprocs  nodes=0  tasks_per_node=0  threads_per_task=1
103 typeset  -L20 spalte1
104 typeset  -R40 spalte2
105 typeset  -L60 spalte3
106
107
108
109    # FEHLERBEHANDLUNG
110    # BEI EXIT:
111 trap 'if [[ $locat != normal ]]
112       then
113          case  $locat  in
114             (option)  printf "\n  --> available optios can be displayed"
115                       printf " by typing:"
116                       printf "\n      \"subjob ?\" \n";;
117             (ftpcopy|parameter|scp|verify)  printf "\n";;
118             (*)       printf "\n  +++ unknown error"
119                       printf "\n      please inform S. Raasch!\n"
120          esac
121          [[ -f $job_to_send ]]  &&  rm  $job_to_send
122          printf "\n\n+++ SUBJOB killed \n\n"
123       fi' exit
124
125
126    # BEI TERMINAL-BREAK:
127 trap '[[ -f $job_to_send ]]  &&  rm  $job_to_send
128       printf "\n\n+++ SUBJOB killed \n\n"
129       exit
130      ' 2
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134
135    # LOKALEN HOSTNAMEN FESTSTELLEN
136 local_host=$(hostname)
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139
140    # HOSTSPEZIFISCHE VARIABLEN VEREINBAREN BZW. PRUEFEN, OB LOKALER HOST
141    # UEBERHAUPT ZULAESSIG IST
142 case  $local_host  in
143     (atmos)                 local_addres=172.20.25.35;   local_host=lcide;;
144     (bora)                  local_addres=130.75.105.103; local_host=lcmuk;;
145     (breg*-en0|berni*-en0)  local_addres=130.73.230.10;  local_host=ibmb;;
146     (breva)                 local_addres=130.75.105.98;  local_host=lcmuk;;
147     (cs*)                   local_addres=136.172.44.131; local_host=nech;;
148     (elephanta)             local_addres=130.75.105.6;   local_host=lcmuk;;
149     (gfdl5)                 local_addres=165.132.26.58;  local_host=ibmy;;
150     (gfdl3.yonsei.ac.kr)    local_addres=165.132.26.56;  local_host=decalpha;;
151     (gregale)               local_addres=130.75.105.109; local_host=lcmuk;;
152     (hababai)               local_addres=130.75.105.108; local_host=lcmuk;;
153     (hreg*-en0|hanni*-en0)  local_addres=130.75.4.10;    local_host=ibmh;;
154     (irifi)                 local_addres=130.75.105.104; local_host=lcmuk;;
155     (levanto)               local_addres=130.75.105.45;  local_host=lcmuk;;
156     (maestro)               local_addres=130.75.105.2;   local_host=lcmuk;;
157     (nobel*)                local_addres=150.183.5.101;  local_host=ibms;;
158     (orkan)                 local_addres=130.75.105.3;   local_host=lcmuk;;
159     (ostria)                local_addres=130.75.105.106; local_host=lcmuk;;
160     (quanero)               local_addres=130.75.105.107; local_host=lcmuk;;
161     (scirocco)              local_addres=172.20.25.41;   local_host=lcmuk;;
162     (sun1|sun2)             local_addres=130.75.6.1;     local_host=unics;;
163     (tgg*)                  local_addres=172.17.75.161;  local_host=lctit;;
164     (vorias)                local_addres=172.20.25.43;   local_host=lcmuk;;
165     (*)                     printf "\n  +++ \"$local_host\" unknown";
166                             printf "\n      please inform S. Raasch!";
167                             locat=parameter; exit;;
168 esac
169
170
171
172    # REMOTE HOST DEFAULTMAESSIG = LOCAL HOST SETZEN
173 remote_host=$local_host
174
175
176
177
178    # PROZEDUROPTIONEN EINLESEN
179 while  getopts  :c:dDf:h:m:n:N:O:q:t:T:u:vX:  option
180 do
181   case  $option  in
182       (c)   job_catalog=$OPTARG;;
183       (d)   delete_dayfile=true;;
184       (D)   no_submit=true;;
185       (f)   filetransfer_protocol=$OPTARG;;
186       (h)   remote_host=$OPTARG;;
187       (m)   memory=$OPTARG;;
188       (n)   job_name=$OPTARG;;
189       (N)   node_usage=$OPTARG;;
190       (O)   threads_per_task=$OPTARG;;
191       (q)   no_default_queue=$OPTARG;;
192       (t)   cputime=$OPTARG;;
193       (T)   tasks_per_node=$OPTARG;;
194       (u)   remote_user=$OPTARG;;
195       (v)   verify=false;;
196       (X)   numprocs=$OPTARG;;
197       (\?)  printf "\n  +++ Option $OPTARG unknown \n";
198             locat=option; exit;;
199   esac
200 done
201
202
203    # JOBDATEINAMEN ALS NAECHSTES ARGUMENT HOLEN
204 shift OPTIND-1; file_to_send=$1
205
206
207    # KURZE AUFRUFBESCHREIBUNG WIRD HIER AUSGEGEBEN
208 if [ "$1" = "?" ]
209 then
210   (printf "\n  *** subjob can be called as follows:\n"
211    printf "\n      subjob -c.. -d -D -h.. -m.. -q.. -t.. -u.. -v  <jobfile>\n"
212    printf "\n      Description of available options:\n"
213    printf "\n      Option  Description                         Default-Value"
214    printf "\n        -c    job-input- and output-catalog       ~/job_queue"
215    printf "\n        -d    no job-protocol will be created     ---"
216    printf "\n        -D    only the job-file will be created   ---"
217    printf "\n        -f    filetransfer protocol               scp"
218    printf "\n        -h    execution host, available hosts:    $remote_host"
219    printf "\n              ibm, ibmb, ibmh, ibms, ibmy, lcmuk,"
220    printf "\n              unics"
221    printf "\n        -m    memory demand per process in MByte  ---"
222    printf "\n        -n    jobname                             <jobdatei>"
223    printf "\n        -O    threads per task (for OpenMP usage) 1"
224    printf "\n        -q    job-queue to be used                default"
225    printf "\n        -t    allowed cpu-time in seconds         ---"
226    printf "\n        -T    tasks per node (on parallel hosts)  ---"
227    printf "\n        -u    username on execution host          from .netrc"
228    printf "\n        -v    no prompt for confirmation          ---"
229    printf "\n        -X    # of processors (on parallel hosts) 1"
230    printf "\n "
231    printf "\n      The only possible positional parameter is <jobfile>:"
232    printf "\n      The complete NQS-job must be provided here."
233    printf "\n      <jobfile>=? creates this outline\n\n") | more
234    exit
235 fi
236
237
238
239    # PRUEFEN, OB JOBDATEI ANGEGEBEN WURDE UND OB SIE AUCH EXISTIERT
240 if [[ "$file_to_send" = "" ]]
241 then
242    printf "\n  +++ job-file missing"
243    locat=parameter; exit
244 else
245    if [[ -f $file_to_send ]]
246    then
247       true
248    else
249       printf "\n  +++ job-file: "
250       printf "\n           $file_to_send"
251       printf "\n      does not exist"
252       locat=parameter; exit
253    fi
254 fi
255
256
257
258    # FALLS KEIN JOBNAME ANGEGEBEN WURDE, WIRD JOBNAME = JOBDATEINAME
259    # GESETZT. VORAUSSETZUNG: JOBDATEINAME BEINHALTET KEINE PFADE
260 if [[ $job_name = none ]]
261 then
262    job_name=$file_to_send
263 fi
264 if [[ $(echo $job_name | grep -c "/") != 0 ]]
265 then
266    printf "\n  +++ job-file name: "
267    printf "\n           $job_name"
268    printf "\n      must not contain \"/\"-characters"
269    locat=parameter; exit
270 fi
271
272
273
274
275    # HOSTSPEZIFISCHE GROESSEN VEREINBAREN BZW. ABBRUCH BEI UNZULAESSIGEM HOST
276    # ODER WENN HOST NICHT ANGEGEBEN WURDE
277 if [[ $remote_host = none ]]
278 then
279    printf "\n  +++ host missing"
280    locat=option; exit
281 else
282    case  $remote_host  in
283        (ibm)    queue=p690_standard; remote_addres=134.76.99.81; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
284        (ibmb)   queue=cpar; remote_addres=130.73.230.10; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
285        (ibmh)   queue=cpar; remote_addres=130.75.4.10; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
286        (ibms)   queue=p_normal; remote_addres=150.183.5.101; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
287        (ibmy)   queue=parallel; remote_addres=165.132.26.58; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
288        (lctit)  queue=test; remote_addres=172.17.75.161; submcom=/n1ge/TITECH_GRID/tools/bin/n1ge;;
289        (nech)   qsubmem=memsz_job; qsubtime=cputim_job; remote_addres=136.172.44.147; submcom="/usr/local/bin/qsub";;
290        (vpp)    qsubmem=m; qsubtime=t; queue=vpp; remote_addres=130.75.4.130;;
291        (unics)  qsubmem=d; qsubtime=t; queue=unics; remote_addres=130.75.6.1;;
292        (*)      printf "\n  +++ hostname \"$remote_host\" not allowed";
293                 locat=parameter; exit;;
294    esac
295 fi
296
297
298    # EVTL. PRUEFEN, OB ANGEGEBENE QUEUE ZULAESSIG IST
299 if [[ $no_default_queue != none ]]
300 then
301    error=false
302    ndq=$no_default_queue
303    case  $remote_host  in
304        (ibm)    case  $ndq  in
305                     (p690_express|p690_standard|p690_long)  error=false;;
306                     (*)                                     error=true;;
307                 esac;;
308        (ibmb)   case  $ndq  in
309                     (cdata|cdev|cexp|c1|cshare|csolo|cspec) error=false;;
310                     (*)                                     error=true;;
311                 esac;;
312        (ibmh)   case  $ndq  in
313                     (cdata|cdev|cexp|channi|cxxl|c1|cshare|csolo|cspec)  error=false;;
314                     (*)                                     error=true;;
315                 esac;;
316        (ibms)   case  $ndq  in
317                     (express|normal|p_express|p_normal|p_normal_1.3|p_normal_1.7|grand)     error=false;;
318                     (*)                                     error=true;;
319                 esac;;
320        (ibmy)   case  $ndq  in
321                     (parallel)                              error=false;;
322                     (*)                                     error=true;;
323                 esac;;
324        (lctit)  case  $ndq  in
325                     (cs|default|high|test)                  error=false;;
326                     (*)                                     error=true;;
327                 esac;;
328        (t3eb)   case  $ndq  in
329                     (berte|p50|p100|p392|forfree|p25himem)  error=false;;
330                     (*)    error=true;;
331                 esac;;
332        (t3eh)   case  $ndq  in
333                     (para_t3e|em|k|l|lm|comp_t3e|c|p|ht)  error=false;;
334                     (*)    error=true;;
335                 esac;;
336        (t3ej2|t3ej5)  case  $ndq  in
337                     (low|normal|high)  error=false;;
338                     (*)    error=true;;
339                 esac;;
340        (t3es)  case  $ndq  in
341                     (batch|serial-4|pe4|p48|pe16|pe32|pe64|pe128)  error=false;;
342                     (*)    error=true;;
343                 esac;;
344        (unics)  case  $ndq  in
345                     (unics|ht)  error=false;;
346                     (*)         error=true;;
347                 esac;;
348    esac
349    if [[ $error = true ]]
350    then
351       printf "\n  +++ queue \"$no_default_queue\" on host \"$remote_host\" not allowed"
352       locat=parameter; exit
353    else
354       queue=$no_default_queue
355    fi
356 fi
357
358
359
360    # KNOTENNUTZUNG IN ENTWICKLERQUEUE MUSS SHARED SEIN
361 if [[ $node_usage != shared  &&  $queue = cdev ]]
362 then
363    node_usage=shared
364 fi
365
366
367
368    # PRUEFEN DER CPU-ZEIT, ZEIT NACH STUNDEN, MINUTEN UND SEKUNDEN
369    # AUFTEILEN
370 done=false
371 while [[ $done = false ]]
372 do
373    if (( $cputime <= 0 ))
374    then
375       printf "\n  +++ wrong cpu-time or cpu-time missing"
376       printf "\n  >>> Please type cpu-time in seconds as INTEGER:"
377       printf "\n  >>> "
378       read  cputime  1>/dev/null  2>&1
379    else
380       done=true
381    fi
382 done
383 if [[ $remote_host = nech ]]
384 then
385    if (( tasks_per_node != 0 ))
386    then
387       (( cputime = cputime * tasks_per_node ))
388    elif [[ $numprocs != 0 ]]
389    then
390       (( cputime = cputime * numprocs ))
391    fi
392 fi
393 (( stunden  = cputime / 3600 ))
394 (( resttime = cputime - stunden * 3600 ))
395 (( minuten  = resttime / 60 ))
396 (( sekunden = resttime - minuten * 60 ))
397 timestring=${stunden}:${minuten}:${sekunden}
398
399
400
401    # PRUEFEN DER KERNSPEICHERANFORDERUNG
402 done=false
403 while [[ $done = false ]]
404 do
405    if (( memory <= 0 ))
406    then
407       printf "\n  +++ wrong memory demand or memory demand missing"
408       printf "\n  >>> Please type memory in  MByte per process  as INTEGER:"
409       printf "\n  >>> "
410       read  memory  1>/dev/null  2>&1
411    else
412       done=true
413    fi
414 done
415
416 if [[ $remote_host = nech ]]
417 then
418    if (( tasks_per_node != 0 ))
419    then
420       (( Memory = memory * tasks_per_node / 1000 ))
421    elif [[ $numprocs != 0 ]]
422    then
423       (( Memory = memory * numprocs / 1000 ))
424    else
425       (( Memory = memory / 1000 ))
426    fi
427 fi
428
429
430    # SPEICHERBERECHNUNG BEI OPENMP-NUTZUNG
431 if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm ]]
432 then
433    (( memory = memory * threads_per_task ))
434 fi
435
436
437    # BERECHNUNG DER ANZAHL DER ZU VERWENDENDEN KNOTEN
438 if (( tasks_per_node != 0 ))
439 then
440    (( nodes = numprocs / ( tasks_per_node * threads_per_task ) ))
441 fi
442
443
444
445    # HEADER-AUSGABE
446 if [[ $verify = true ]]
447 then
448    printf "\n\n"
449    printf "#--------------------------------------------------------------# \n"
450    spalte1=SUBJOB;spalte2=$(date)
451    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
452    printf "|                                                              | \n"
453    printf "| values of parameters/options:                                | \n"
454    spalte1=local_host$punkte; spalte2=$punkte$local_host
455    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
456    spalte1=remote_host$punkte; spalte2=$punkte$remote_host
457    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
458    spalte1=queue$punkte; spalte2=$punkte$queue
459    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
460    spalte1=memory$punkte; spalte2="$punkte$memory mb"
461    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
462    spalte1=cputime$punkte; spalte2="$punkte$cputime sec"
463    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
464    spalte1=job_name$punkte; spalte2="$punkte$job_name"
465    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
466    printf "#--------------------------------------------------------------# \n\n"
467
468
469       # KONTROLLABFRAGE, OB ALLES O.K.
470    antwort="dummy"
471    while [[ $antwort != y  &&  $antwort != Y  &&  $antwort != n  &&  $antwort != N ]]
472    do
473       read antwort?" >>> continue (y/n) ? "
474    done
475    if [[ $antwort = n  ||  $antwort = N ]]
476    then
477       locat=verify; exit
478    fi
479    printf "\n"
480 fi
481
482
483
484    # ZUFALLSKENNUNG GENERIEREN UND JOBNAMEN AUF ZIELRECHNER BESTIMMEN
485 kennung=$RANDOM
486 job_on_remhost=${job_name}_${kennung}_$local_host
487 job_to_send=job_to_send_$kennung
488 if [[ $delete_dayfile = false ]]
489 then
490    remote_dayfile=${local_host}_${job_name}_result_$kennung
491    local_dayfile=${remote_host}_${job_name}
492 else
493    remote_dayfile=/dev/null
494    if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm ]]
495    then
496       notification='# @ notification = never'
497    fi
498 fi
499
500
501
502    # QSUB- ODER LL-KOMMANDOS BZW. SKRIPTE  GENERIEREN
503 if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm  &&  $numprocs != 0 ]]
504 then
505
506    if [[ $remote_host = ibmy ]]
507    then
508       consumable_memory=""
509    else
510       consumable_memory="ConsumableMemory($memory mb)"
511    fi
512    if [[ $queue = cdev ]]
513    then
514       data_limit="# @ data_limit = 1.76gb"
515       network_to_use="# @ network.mpi = sn_all,shared,ip"
516    else
517       if [[ $remote_host = ibms ]]
518       then
519          network_to_use="# @ network.mpi = csss,shared,us"
520       elif [[ $remote_host = ibmy ]]
521       then
522          network_to_use=""
523       else
524          network_to_use="# @ network.mpi = sn_all,shared,us"
525          data_limit="# @ data_limit = 1.76gb"
526       fi
527    fi
528
529    cat > $job_to_send << %%END%%
530#!/bin/ksh
531
532# @ job_type = parallel
533# @ job_name = palm
534# @ wall_clock_limit = ${timestring},$timestring
535# @ resources = ConsumableCpus($threads_per_task) $consumable_memory
536# @ output = $remote_dayfile
537# @ error = $remote_dayfile
538# @ image_size = 50
539# @ class = $queue
540# @ environment = OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task; MP_SHARED_MEMORY=yes
541$network_to_use
542$data_limit
543$notification
544
545%%END%%
546
547    if (( nodes > 0 ))
548    then
549
550       cat >> $job_to_send << %%END%%
551# @ node = $nodes
552# @ tasks_per_node = $tasks_per_node
553# @ node_usage = $node_usage
554# @ queue
555
556%%END%%
557
558    else
559
560       if [[ $remote_host != ibmy ]]
561       then
562
563          cat >> $job_to_send << %%END%%
564# @ blocking = unlimited
565# @ total_tasks = $numprocs
566# @ node_usage = $node_usage
567# @ queue
568
569%%END%%
570
571       else
572
573          cat >> $job_to_send << %%END%%
574# @ node = 1
575# @ total_tasks = $numprocs
576# @ queue
577
578%%END%%
579
580       fi
581
582    fi
583
584 elif [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm  &&  $numprocs = 0 ]]
585 then
586
587    cat > $job_to_send << %%END%%
588#!/bin/ksh
589
590# @ job_type = serial
591# @ node_usage = $node_usage
592# @ job_name = palm
593# @ wall_clock_limit = ${timestring},$timestring
594# @ resources = ConsumableCpus(1) ConsumableMemory(1 gb)
595# @ output = $remote_dayfile
596# @ error = $remote_dayfile
597# @ class = $queue
598$notification
599
600# @ queue
601
602%%END%%
603
604 elif [[ $remote_host = nech ]]
605 then
606
607    if (( nodes > 1 ))
608    then
609       cat > $job_to_send << %%END%%
610#!/bin/ksh
611#PBS -l cpunum_prc=$tasks_per_node,cputim_job=$cputime
612#PBS -l ${qsubmem}=${Memory}gb
613#PBS -b $nodes
614#PBS -o $remote_dayfile
615#PBS -N palm
616#PBS -j o
617#PBS -T mpisx
618
619%%END%%
620
621    elif [[ $numprocs != 0 ]]
622    then
623       cat > $job_to_send << %%END%%
624#!/bin/ksh
625#PBS -l cpunum_prc=$tasks_per_node,cputim_job=$cputime
626#PBS -l ${qsubmem}=${Memory}gb
627#PBS -o $remote_dayfile
628#PBS -N palm
629#PBS -j o
630
631%%END%%
632
633    else
634       cat > $job_to_send << %%END%%
635#!/bin/ksh
636#PBS -l ${qsubmem}=${Memory}gb,${qsubtime}=$cputime
637#PBS -o $remote_dayfile
638#PBS -j o
639
640%%END%%
641
642    fi
643
644 elif [[ $remote_host = lctit ]]
645 then
646    cat > $job_to_send << %%END%%
647#!/bin/bash
648#$ -S /bin/bash
649cd $job_catalog
650PATH=$job_catalog:${job_catalog}/../pub:\$PATH
651export PATH
652
653%%END%%
654
655       # OPTIONEN FUER SUBMIT-KOMMANDO ZUSAMMENSTELLEN
656    submcom="$submcom  -N $job_name  -sgeout $remote_dayfile  -q default"
657
658 else
659
660    cat > $job_to_send << %%END%%
661# @\$-q ${queue}
662# @\$-l${qsubtime} $timestring
663# @\$-l${qsubmem} ${memory}mb
664# @\$-o $remote_dayfile
665# @\$-eo
666
667%%END%%
668
669 fi
670
671
672    # BEI RECHNUNG AUF REMOTE-MASCHINEN RUECKTRANSFER DES DAYFILES PER TRAP
673    # BEI EXIT VERANLASSEN
674    # VEKTORRECHNER MUSS EIGENEN JOB STARTEN, DA DORT NOHUP NICHT FUNKTIONIERT
675    # AUF IBM IN SEOUL IST RUECKTRANSFER ZUR ZEIT GENERELL NICHT MOEGLICH
676 if [[ $delete_dayfile = false  &&  $remote_host != $local_host ]]
677 then
678    echo "set +vx"                              >>  $job_to_send
679    echo "trap '"                               >>  $job_to_send
680    echo "set +vx"                              >>  $job_to_send
681    if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm  ||  $remote_host = nech  ||  $remote_host = lctit ]]
682    then
683       if [[ $remote_host = ibmb  ||  $remote_host = ibmh ]]
684       then
685          return_queue=c1
686       elif [[ $remote_host = ibms ]]
687       then
688          return_queue=p_normal
689       elif [[ $remote_host = ibmy ]]
690       then
691          return_queue=serial
692       elif [[ $remote_host = lctit ]]
693       then
694          return_queue=default
695       elif [[ $remote_host = t3eb ]]
696       then
697          return_queue=berte
698       elif [[ $remote_host = t3ej2  ||  $remote_host = t3ej5 ]]
699       then
700          return_queue=normal
701       elif [[ $remote_host = t3es ]]
702       then
703          return_queue=batch
704       else
705          return_queue=unknown
706       fi
707
708       if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm ]]
709       then
710
711          echo "echo \"#!/bin/ksh\" >> scpjob.$kennung"               >>  $job_to_send
712          echo "echo \"# @ job_type = serial\" >> scpjob.$kennung"    >>  $job_to_send
713          echo "echo \"# @ job_name = transfer\" >> scpjob.$kennung"  >>  $job_to_send
714          echo "echo \"# @ resources = ConsumableCpus(1) ConsumableMemory(1 gb)\" >> scpjob.$kennung"  >>  $job_to_send
715          echo "echo \"# @ wall_clock_limit = 00:10:00,00:10:00\" >> scpjob.$kennung "  >>  $job_to_send
716          echo "echo \"# @ output = job_queue/last_job_transfer_protocol\" >> scpjob.$kennung"  >>  $job_to_send
717          echo "echo \"# @ error = job_queue/last_job_transfer_protocol\" >> scpjob.$kennung"  >>  $job_to_send
718          echo "echo \"# @ class = $return_queue\" >> scpjob.$kennung"  >>  $job_to_send
719          echo "echo \"# @ image_size = 10\" >> scpjob.$kennung"      >>  $job_to_send
720          echo "echo \"# @ notification = never\" >> scpjob.$kennung" >>  $job_to_send
721
722          echo "echo \"# @ queue\" >> scpjob.$kennung"                >>  $job_to_send
723          echo "echo \" \" >> scpjob.$kennung"                        >>  $job_to_send
724
725          echo "echo \"set -x\" >> scpjob.$kennung"                   >>  $job_to_send
726          echo "echo \"batch_scp  -d  -w 10  -u $local_user  $local_addres  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \\\"$job_catalog\\\"  $local_dayfile\" >> scpjob.$kennung"  >>  $job_to_send
727          echo "echo \"exit\" >> scpjob.$kennung"                     >>  $job_to_send
728
729       elif [[ $remote_host = nech ]]
730       then
731          echo "cd /pf/b/${remote_user}/job_queue" >>  $job_to_send
732          echo "cat > scpjob.$kennung << %%END%%"  >>  $job_to_send
733          echo "#PBS -l ${qsubmem}=1GB,${qsubtime}=100"  >>  $job_to_send
734          echo "#PBS -o last_job_transfer_protocol"      >>  $job_to_send
735          echo "#PBS -j o"                         >>  $job_to_send
736          echo " "                                 >>  $job_to_send
737          echo "set -x"                            >>  $job_to_send
738          echo "cd /pf/b/${remote_user}/job_queue" >>  $job_to_send
739          echo "batch_scp  -d  -w 10  -u $local_user $local_addres  $remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
740          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
741          echo "%%END%%"                           >>  $job_to_send
742
743       elif [[ $remote_host = lctit ]]
744       then
745          echo "cat > scpjob.$kennung << %%END%%"          >>  $job_to_send
746          echo "set -x"                                    >>  $job_to_send
747          echo "PATH=\$PATH:$job_catalog/../pub"           >>  $job_to_send
748          echo "cd $job_catalog"                           >>  $job_to_send
749          echo "batch_scp  -d  -w 10  -u $local_user $local_addres  $remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
750          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
751          echo "%%END%%"                                   >>  $job_to_send
752
753       else
754
755          echo "cat > scpjob.$kennung << %%END%%"  >>  $job_to_send
756          echo "# @\\\$-q $return_queue"           >>  $job_to_send
757          echo "# @\\\$-l${qsubtime} 10"           >>  $job_to_send
758          echo "# @\\\$-l${qsubmem} 10mb"          >>  $job_to_send
759          if [[ $remote_host = t3ej2  ||  $remote_host = t3ej5  ||  $remote_host = t3es ]]
760          then
761             echo "# @\$-l mpp_p=0"                >>  $job_to_send
762          fi
763          echo '# @\$-lF 10mb'                     >>  $job_to_send
764#          echo '# @\$-o /dev/null'                 >>  $job_to_send
765          echo '# @\$-o job_queue/last_job_transfer_protocol'    >>  $job_to_send
766          echo '# @\\\$-eo'                          >>  $job_to_send
767          echo " "                                 >>  $job_to_send
768          if [[ $remote_host = t3ej2  ||  $remote_host = t3ej5 ]]
769          then
770             echo "set +vx"                        >>  $job_to_send
771             echo ". .profile"                     >>  $job_to_send
772          fi
773          echo "set -x"                            >>  $job_to_send
774          echo "batch_scp  -d  -w 10  -u $local_user $local_addres  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile  >  /dev/null"  >>  $job_to_send
775          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
776          echo "%%END%%"                           >>  $job_to_send
777       fi
778
779       if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm ]]
780       then
781          echo "llsubmit  scpjob.$kennung"      >>  $job_to_send
782       elif [[ $remote_host = lctit ]]
783       then
784          echo "chmod  u+x  scpjob.$kennung"    >>  $job_to_send
785          echo "rm -rf ${job_catalog}/last_job_transfer_protocol"  >>  $job_to_send
786          echo "n1ge  -N jobtransfer  -q $return_queue  -sgeout ${job_catalog}/last_job_transfer_protocol  scpjob.$kennung"  >>  $job_to_send
787          echo "sleep 10"                       >>  $job_to_send
788       elif [[ $remote_host = t3eb  ||  $remote_host = t3eh  ||  $remote_host = t3ej2  ||  $remote_host = t3ej5 ]]
789       then
790          echo "qsub -J n  scpjob.$kennung"     >>  $job_to_send
791       elif [[ $remote_host = t3es ]]
792       then
793          echo "qsub -J n  -s /bin/ksh  scpjob.$kennung"     >>  $job_to_send
794       else
795          echo "qsub  scpjob.$kennung"          >>  $job_to_send
796       fi
797       echo "rm  scpjob.$kennung"               >>  $job_to_send
798       if [[ $remote_host = nech ]]
799       then
800          echo "cd -"                           >>  $job_to_send
801       fi
802    else
803#       echo "ftpcopy  -d  $local_addres  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
804       echo "nohup  ftpcopy  -d  -w 15  $local_addres  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile  >  /dev/null  &"  >>  $job_to_send
805    fi
806    echo "set -x"                               >>  $job_to_send
807    echo "     ' exit"                          >>  $job_to_send
808    echo "set -x"                               >>  $job_to_send
809 fi
810
811
812
813    # EIGENTLICHE JOB-DATEI AN QSUB-KOMMANDOS ANHAENGEN
814 cat  $file_to_send  >>  $job_to_send
815 if [[ $remote_host = ibm ]]
816 then
817    echo " "         >>  $job_to_send
818    echo "exit"      >>  $job_to_send
819 fi
820
821
822
823    # USER-NAME AUF ZIELRECHNER AUS .NETRC-DATEI ERMITTELN
824 if [[ -z $remote_user ]]
825 then
826    if [[ $remote_host = t3eb  ||  $remote_host = t3eh  ||  $remote_host = t3ej2  ||  $remote_host = t3ej5  ||  $remote_host = t3es  ||  $remote_host = vpp ]]
827    then
828       grep  $remote_addres  ~/.netrc | read dum dum dum remote_user dum dum
829    fi
830 fi
831
832
833
834    # JOB AUF ZIELRECHNER TRANSFERIEREN BZW. INS JOBVERZEICHNIS KOPIEREN
835 if [[ $no_submit = false ]]
836 then
837    if [[ $remote_host != $local_host ]]
838    then
839       [[ $verify = true ]]  &&  printf "\n >>> transfering job to \"$remote_host\"..."
840       if [[ $filetransfer_protocol = scp ]]
841       then
842          if [[ $remote_host = ibms  ||  $remote_host = ibmy ]]    # ssh on ibms cannot handle "~/"
843          then
844             job_catalog_save=$job_catalog
845             job_catalog=job_queue
846          elif [[ $remote_host = nech ]]
847          then
848             job_catalog_save=$job_catalog
849             job_catalog=/hpf/b/${remote_user}/job_queue
850          fi
851          if [[ $local_host = decalpha ]]
852          then
853                # VERWENDUNG VON SCP AUF DECALPHA FRAGT FEHLERHAFTERWEISE
854                # PASSWORT AB
855             /bin/scp  $job_to_send  ${remote_user}@${remote_addres}:${job_catalog}/$job_on_remhost
856          elif [[ $remote_host = nech ]]
857          then
858                # DATEIEN KOENNEN NUR UEBER DEN ARCHIVE-SERVER DES DKRZ
859                # TRANSFERIERT WERDEN
860             scp  $job_to_send  ${remote_user}@136.172.44.205:${job_catalog}/$job_on_remhost
861          else
862             scp  $job_to_send  ${remote_user}@${remote_addres}:${job_catalog}/$job_on_remhost
863          fi
864          if [[ $? = 1 ]]
865          then
866             locat=scp; exit
867          fi
868          if [[ $remote_host = ibms ]]
869          then
870             job_catalog=$job_catalog_save
871          fi
872       else
873          ftpcopy -s -o  $remote_addres  $job_to_send  "$job_catalog"  $job_on_remhost
874          if [[ $? = 1 ]]
875          then
876             locat=ftpcopy; exit
877          fi
878       fi
879       [[ $verify = true ]]  &&  printf "\n >>> finished\n"
880    else
881       eval  job_catalog=$job_catalog
882       cp  $job_to_send  ${job_catalog}/$job_on_remhost
883    fi
884
885
886
887       # NQS- BZW. LOADLEVELER-JOB STARTEN
888    if [[ $remote_host != $local_host ]]
889    then
890       [[ $verify = true ]]  &&  printf "\n >>> submitting job using \"qsub\"...\n"
891       if [[ $filetransfer_protocol = scp ]]
892       then
893          if [[ $remote_host != lctit ]]
894          then
895             ssh  $remote_addres  -l $remote_user  "cd $job_catalog; $submcom $job_on_remhost; rm $job_on_remhost"
896          else
897                # TIT ERLAUBT NUR DIE AUSFÜHRUNG GANZ BESTIMMTER KOMMANDOS
898                # MIT SSH, DESHALB AUFRUF PER PIPE
899                # UEBERGANGSWEISE CHECK, OB N1GE ENVIRONMENT WIRKLICH VERFUEGBAR
900             print  "cd $job_catalog; chmod u+x $job_on_remhost"  |  ssh  $remote_addres  -l $remote_user  > /dev/null  2>&1 
901             echo "first try" > send_protocol
902             while [[ $(cat send_protocol | grep -c "Forwarding to N1GE") = 0 ]]
903             do
904                if [[ $(cat send_protocol | grep -c "first try") = 1 ]]
905                then
906                   printf "\n trying to submit job to TIT cluster..."
907                else
908                   printf "\n +++ failed ... trying to submit again ..."
909                fi
910                print  "cd $job_catalog; $submcom $job_on_remhost"  |  ssh  $remote_addres  -l $remote_user  >  send_protocol  2>&1 
911                cat send_protocol
912             done
913             sleep 10
914             print  "cd $job_catalog;  rm $job_on_remhost"  |  ssh  $remote_addres  -l $remote_user  > /dev/null  2>&1 
915             echo "$submcom  $job_on_remhost"
916             rm  send_protocol
917          fi
918       else
919          if [[ $remote_host = ibms ]]
920          then
921             password=`cat ~/.netrc | grep $remote_addres | awk '{print $6}'`
922             echo "echo \"$remote_user\" "       >  telnet_script
923             echo "sleep 5"                      >> telnet_script
924             echo "echo \"$password\" "          >> telnet_script
925             echo "sleep 10"                     >> telnet_script
926             echo "echo \"\" "                   >> telnet_script
927             echo "sleep 2"                      >> telnet_script
928             echo "echo \"cd $job_catalog; $submcom $job_on_remhost; rm -rf $job_on_remhost\" " >> telnet_script
929             echo "sleep 10"                     >> telnet_script
930             echo "echo \"exit\" "               >> telnet_script
931
932             chmod  u+x  telnet_script
933             telnet_script  |  telnet $remote_addres  2>&1  |  grep "llsubmit:"
934             rm  telnet_script
935          elif [[ $remote_host = t3es ]]
936          then
937             password=`cat ~/.netrc | grep $remote_addres | awk '{print $6}'`
938             echo "printf \"$remote_user\\\n\" " >  telnet_script
939             echo "sleep 10"                     >> telnet_script
940             echo "printf \"$password\\\n\" "    >> telnet_script
941             echo "sleep 10"                     >> telnet_script
942             echo "printf \"\\\n\" "             >> telnet_script
943             echo "sleep 5"                      >> telnet_script
944             echo "printf \"\\\n\" "             >> telnet_script
945             echo "sleep 5"                      >> telnet_script
946             echo "printf \"cd $job_catalog; $submcom $job_on_remhost; rm -f $job_on_remhost\\\n\" " >> telnet_script
947             echo "sleep 10"                     >> telnet_script
948             echo "printf \"exit\\\n\" "         >> telnet_script
949
950             chmod  u+x  telnet_script
951             cat telnet_script
952             telnet_script | telnet $remote_addres  |  grep $remote_user
953             rm  telnet_script
954          else
955             remcom.x  $remote_addres  "cd $job_catalog; $submcom $job_on_remhost; rm $job_on_remhost"
956          fi
957       fi
958       [[ $verify = true ]]  &&  printf " >>> o.k.\n"
959    else
960       cd  $job_catalog
961       if [[ $(echo $local_host | cut -c1-3) = ibm ]]
962       then
963          eval  $submcom  $job_on_remhost
964       elif [[ $local_host = lctit ]]
965       then
966          eval  $submcom  $job_on_remhost
967          echo "$submcom  $job_on_remhost"
968          chmod  u+x  $job_on_remhost
969          sleep 5   # WEIL N1GE IM HINTERGRUND ARBEITET UND DATEI SONST EVTL.
970                    # SCHON WIEDER GELOESCT IST
971       elif [[ $local_host = nech ]]
972       then
973          if [[ $queue = default ]]
974          then
975             eval  $submcom  $job_on_remhost 
976          else
977             eval  $submcom  -q $queue  $job_on_remhost 
978          fi
979       else
980          qsub  $job_on_remhost
981       fi
982       rm  $job_on_remhost
983       cd  -  > /dev/null
984    fi
985 fi
986
987
988
989    # ABSCHLUSSARBEITEN
990
991 if [[ $no_submit = false ]]
992 then
993    rm  $job_to_send
994 fi
995 [[ $verify = true ]]  &&  printf "\n\n *** SUBJOB finished \n\n"
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.