source: palm/trunk/SCRIPTS/subjob @ 101

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small changes in documentation and subjob

  • Property svn:keywords set to Rev
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Line 
1#!/bin/ksh
2# subjob - Plot-Shellskript         Version:  @(#)SUBJOB 1.0
3# $Id: subjob 54 2007-03-08 00:00:02Z raasch $
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5     # Prozedur zum automatischen Generieren von Batch-Jobs, die unter NQS
6     # laufen sollen und deren Ergebnis (Dayfile) zum Job-generierenden
7     # Host zurueckgeschickt werden sollen
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10     # letzte Aenderung:
11     # 29/06/94 - Siggi - Beginn mit Erstellung der Originalversion
12     # 08/07/94 - Siggi - Originalversion abgeschlossen (Version 1.0)
13     # 06/02/98 - Siggi - berte validiert
14     # 27/01/01 - Siggi - ground.yonsei.ac.kr validiert, Jobs zur T3E in Korea
15     #                    moeglich
16     # 08/02/01 - Siggi - alle subjob-Meldungen ins englische uebersetzt
17     # 25/05/02 - Siggi - Unterstuetzung des LoadLeveler
18     # 30/05/02 - Siggi - Validierung fuer ibm-Rechner in Seoul (nobel) sowie
19     #                    allgemeine Anpassungen fuer ibm-Rechner
20     # 15/10/02 - Siggi - Neue Default-Jobklasse (p_normal) fuer IBM in Seoul
21     #                    Ruecktransfer des Jobprotokolls fuer diese
22     #                    Maschine abgeschaltet
23     # 31/10/02 - Siggi - berni validiert
24     # 06/11/02 - Siggi - Neue Jobklassen auf ibmb und ibmh
25     # 08/11/02 - Siggi - quanero validiert
26     # 11/12/02 - Siggi - Notification fuer Transfer-Jobs abgeschaltet
27     # 23/01/03 - Siggi - hostname nobel changed to nobela
28     # 06/02/03 - Siggi - gregale validated
29     # 12/02/03 - Siggi - orkan and maestro validated
30     # 21/02/03 - Siggi - all nobel nodes in Seoul validated
31     # 12/03/03 - Siggi - nec at DKRZ validated
32     # 13/03/03 - Siggi - new nqs resource variable Memory
33     # 07/04/03 - Siggi - processor request option -c on nech needs tasks per
34     #                    node
35     # 11/04/03 - Siggi - network on ibms has attribute "shared"
36     # 31/07/03 - Siggi - nqs2 on nech implemented (provisional: -h nech2)
37     #                    cxxl added to ibmh
38     # 29/08/03 - Siggi - changes in job queues and communication system on
39     #                    ibms
40     # 24/10/03 - Siggi - using alternate hanni address 130.75.4.2
41     # 30/10/03 - Siggi - nech is not supported any more
42     # 10/11/03 - Siggi - nech2 renamed to nech
43     # 20/11/03 - Siggi - submit command on nech changed from qsub.test to qsub
44     # 29/03/04 - Siggi - ground not supported any more, gfdl3 validated
45     # 31/03/04 - Siggi - new option -N for node usage
46     # 12/04/04 - Siggi - scp2 instead of scp used for transfer from decalpha
47     #                    due to error in ssh installation (otherwise a prompt
48     #                    for the password appears)
49     # 23/07/04 - Siggi - changes due to the new berni configuration
50     #                    (federation switch)
51     # 01/09/04 - Gerald  new job-classes on hanni
52     # 08/09/04 - Siggi - hanni IP address changed to 130.75.4.10
53     # 23/11/04 - Siggi - new job class cdata on hanni and berni
54     # 03/12/04 - Siggi - notification on ibm switched of in case of
55     #                    delete_dayfile = true, node usage in cdev set to
56     #                    shared
57     # 16/02/05 - Gerald  hababai validated
58     # 29/03/05 - Micha - new job class channi on hanni
59     # 11/05/05 - Siggi - ConsumableMemory is now required as resource keyword
60     #                    on ibms
61     # 24/05/05 - Siggi - Default queue on ibms changed from p_normal_1.3 to
62     #                    p_normal
63     # 30/06/05 - Siggi - network changed for queue cdev from "us" to "ip"
64     # 12/07/05 - Siggi - in network.mpi on ibmh/ibmb "csss" changed to
65     #                    "sn_all", new job class cexp
66     # 08/09/05 - Siggi - IP-address of gfdl3 changed
67     # 31/10/05 - Siggi - new job class pp on hurricane, serial jobs on
68     #                    hurricane (with -X0)
69     # 01/11/05 - Siggi - missing queue for jobs submitted on nech (for nech)
70     #                    added
71     # 30/12/05 - Siggi - change of IP adresses in subnet 130.75.105
72     # 09/02/06 - Siggi - ibmy admitted
73     # 10/02/06 - Siggi - scp2 changed to /bin/scp on decalpha
74     # 13/04/06 - Siggi - ostria admitted
75     # 18/04/06 - Siggi - new option -O for OpenMP usage
76     # 24/05/06 - Siggi - lctit admitted, ftpjob renamed scpjob
77     # 25/07/06 - Siggi - gfdl5 (ibmy) admitted for submitting jobs
78     # 27/09/06 - Siggi - breg/hreg extended with berni/hanni
79     # 25/10/06 - Siggi - data_limit set to 1.76 GByte on hanni and berni
80     # 28/11/06 - Siggi - levanto admitted
81     # 13/02/07 - Siggi - hpmuk releated code removed
82     # 01/03/07 - Siggi - adjustments for RIAM machines gate and NEC-SX8 (n-sx)
83     # 12/04/07 - Siggi - option -f (filetransfer protocol) removed, scp only
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86    # VARIABLENVEREINBARUNGEN + DEFAULTWERTE
87 delete_dayfile=false
88 locat=normal
89 no_default_queue=none
90 no_submit=false
91 job_catalog="~/job_queue"
92 job_name=none
93 local_user=$LOGNAME
94 node_usage=shared
95 numprocs=1
96 punkte="..........................................................."
97 submcom=qsub
98 queue=default
99 remote_host=none
100 remote_user=""
101 verify=true
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103 typeset  -i   cputime=memory=Memory=0  minuten  resttime  sekunden  stunden
104 typeset  -i   inumprocs  nodes=tasks_per_node=threads_per_task=1
105 typeset  -L20 spalte1
106 typeset  -R40 spalte2
107 typeset  -L60 spalte3
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111    # FEHLERBEHANDLUNG
112    # BEI EXIT:
113 trap 'if [[ $locat != normal ]]
114       then
115          case  $locat  in
116             (option)  printf "\n  --> available optios can be displayed"
117                       printf " by typing:"
118                       printf "\n      \"subjob ?\" \n";;
119             (ftpcopy|parameter|scp|verify)  printf "\n";;
120             (*)       printf "\n  +++ unknown error"
121                       printf "\n      please inform S. Raasch!\n"
122          esac
123          [[ -f $job_to_send ]]  &&  rm  $job_to_send
124          printf "\n\n+++ SUBJOB killed \n\n"
125       fi' exit
126
127
128    # BEI TERMINAL-BREAK:
129 trap '[[ -f $job_to_send ]]  &&  rm  $job_to_send
130       printf "\n\n+++ SUBJOB killed \n\n"
131       exit
132      ' 2
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136
137    # LOKALEN HOSTNAMEN FESTSTELLEN
138 local_host=$(hostname)
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142    # HOSTSPEZIFISCHE VARIABLEN VEREINBAREN BZW. PRUEFEN, OB LOKALER HOST
143    # UEBERHAUPT ZULAESSIG IST
144 case  $local_host  in
145     (atmos)                 local_addres=172.20.25.35;   local_host=lcide;;
146     (bora)                  local_addres=130.75.105.103; local_host=lcmuk;;
147     (breg*-en0|berni*-en0)  local_addres=130.73.230.10;  local_host=ibmb;;
148     (breva)                 local_addres=130.75.105.98;  local_host=lcmuk;;
149     (cs*)                   local_addres=136.172.44.131; local_host=nech;;
150     (elephanta)             local_addres=130.75.105.6;   local_host=lcmuk;;
151     (gallego)               local_addres=130.75.105.10;  local_host=lcmuk;;
152     (gate|n-sx)             local_addres=133.5.178.11;   local_host=neck;;
153     (gfdl5)                 local_addres=165.132.26.58;  local_host=ibmy;;
154     (gfdl3.yonsei.ac.kr)    local_addres=165.132.26.56;  local_host=decalpha;;
155     (gregale)               local_addres=130.75.105.109; local_host=lcmuk;;
156     (hababai)               local_addres=130.75.105.108; local_host=lcmuk;;
157     (hreg*-en0|hanni*-en0)  local_addres=130.75.4.10;    local_host=ibmh;;
158     (irifi)                 local_addres=130.75.105.104; local_host=lcmuk;;
159     (levanto)               local_addres=130.75.105.45;  local_host=lcmuk;;
160     (maestro)               local_addres=130.75.105.2;   local_host=lcmuk;;
161     (nobel*)                local_addres=150.183.5.101;  local_host=ibms;;
162     (orkan)                 local_addres=130.75.105.3;   local_host=lcmuk;;
163     (ostria)                local_addres=130.75.105.106; local_host=lcmuk;;
164     (quanero)               local_addres=130.75.105.107; local_host=lcmuk;;
165     (scirocco)              local_addres=172.20.25.41;   local_host=lcmuk;;
166     (sun1|sun2)             local_addres=130.75.6.1;     local_host=unics;;
167     (tgg*)                  local_addres=172.17.75.161;  local_host=lctit;;
168     (vorias)                local_addres=172.20.25.43;   local_host=lcmuk;;
169     (*)                     printf "\n  +++ \"$local_host\" unknown";
170                             printf "\n      please inform S. Raasch!";
171                             locat=parameter; exit;;
172 esac
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176    # REMOTE HOST DEFAULTMAESSIG = LOCAL HOST SETZEN
177 remote_host=$local_host
178
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181
182    # PROZEDUROPTIONEN EINLESEN
183 while  getopts  :c:dDh:m:n:N:O:q:t:T:u:vX:  option
184 do
185   case  $option  in
186       (c)   job_catalog=$OPTARG;;
187       (d)   delete_dayfile=true;;
188       (D)   no_submit=true;;
189       (h)   remote_host=$OPTARG;;
190       (m)   memory=$OPTARG;;
191       (n)   job_name=$OPTARG;;
192       (N)   node_usage=$OPTARG;;
193       (O)   threads_per_task=$OPTARG;;
194       (q)   no_default_queue=$OPTARG;;
195       (t)   cputime=$OPTARG;;
196       (T)   tasks_per_node=$OPTARG;;
197       (u)   remote_user=$OPTARG;;
198       (v)   verify=false;;
199       (X)   numprocs=$OPTARG;;
200       (\?)  printf "\n  +++ Option $OPTARG unknown \n";
201             locat=option; exit;;
202   esac
203 done
204
205
206    # JOBDATEINAMEN ALS NAECHSTES ARGUMENT HOLEN
207 shift OPTIND-1; file_to_send=$1
208
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210    # KURZE AUFRUFBESCHREIBUNG WIRD HIER AUSGEGEBEN
211 if [ "$1" = "?" ]
212 then
213   (printf "\n  *** subjob can be called as follows:\n"
214    printf "\n      subjob -c.. -d -D -h.. -m.. -q.. -t.. -u.. -v  <jobfile>\n"
215    printf "\n      Description of available options:\n"
216    printf "\n      Option  Description                         Default-Value"
217    printf "\n        -c    job-input- and output-catalog       ~/job_queue"
218    printf "\n        -d    no job-protocol will be created     ---"
219    printf "\n        -D    only the job-file will be created   ---"
220    printf "\n        -h    execution host, available hosts:    $remote_host"
221    printf "\n              ibm, ibmb, ibmh, ibms, ibmy, lcmuk,"
222    printf "\n              lctit, nech, neck, unics"
223    printf "\n        -m    memory demand per process in MByte  ---"
224    printf "\n        -n    jobname                             <jobdatei>"
225    printf "\n        -O    threads per task (for OpenMP usage) 1"
226    printf "\n        -q    job-queue to be used                default"
227    printf "\n        -t    allowed cpu-time in seconds         ---"
228    printf "\n        -T    tasks per node (on parallel hosts)  ---"
229    printf "\n        -u    username on execution host          from .netrc"
230    printf "\n        -v    no prompt for confirmation          ---"
231    printf "\n        -X    # of processors (on parallel hosts) 1"
232    printf "\n "
233    printf "\n      The only possible positional parameter is <jobfile>:"
234    printf "\n      The complete NQS-job must be provided here."
235    printf "\n      <jobfile>=? creates this outline\n\n") | more
236    exit
237 fi
238
239
240
241    # PRUEFEN, OB JOBDATEI ANGEGEBEN WURDE UND OB SIE AUCH EXISTIERT
242 if [[ "$file_to_send" = "" ]]
243 then
244    printf "\n  +++ job-file missing"
245    locat=parameter; exit
246 else
247    if [[ -f $file_to_send ]]
248    then
249       true
250    else
251       printf "\n  +++ job-file: "
252       printf "\n           $file_to_send"
253       printf "\n      does not exist"
254       locat=parameter; exit
255    fi
256 fi
257
258
259
260    # FALLS KEIN JOBNAME ANGEGEBEN WURDE, WIRD JOBNAME = JOBDATEINAME
261    # GESETZT. VORAUSSETZUNG: JOBDATEINAME BEINHALTET KEINE PFADE
262 if [[ $job_name = none ]]
263 then
264    job_name=$file_to_send
265 fi
266 if [[ $(echo $job_name | grep -c "/") != 0 ]]
267 then
268    printf "\n  +++ job-file name: "
269    printf "\n           $job_name"
270    printf "\n      must not contain \"/\"-characters"
271    locat=parameter; exit
272 fi
273
274
275
276
277    # HOSTSPEZIFISCHE GROESSEN VEREINBAREN BZW. ABBRUCH BEI UNZULAESSIGEM HOST
278    # ODER WENN HOST NICHT ANGEGEBEN WURDE
279 if [[ $remote_host = none ]]
280 then
281    printf "\n  +++ host missing"
282    locat=option; exit
283 else
284    case  $remote_host  in
285        (ibm)    queue=p690_standard; remote_addres=134.76.99.81; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
286        (ibmb)   queue=cpar; remote_addres=130.73.230.10; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
287        (ibmh)   queue=cpar; remote_addres=130.75.4.10; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
288        (ibms)   queue=p_normal; remote_addres=150.183.5.101; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
289        (ibmy)   queue=parallel; remote_addres=165.132.26.58; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
290        (lctit)  queue=default; remote_addres=172.17.75.161; submcom=/n1ge/TITECH_GRID/tools/bin/n1ge;;
291        (nech)   qsubmem=memsz_job; qsubtime=cputim_job; remote_addres=136.172.44.147; submcom="/usr/local/bin/qsub";;
292        (neck)   qsubmem=memsz_job; qsubtime=cputim_job; remote_addres=133.5.178.11; submcom="/usr/bin/nqsII/qsub";;
293        (vpp)    qsubmem=m; qsubtime=t; queue=vpp; remote_addres=130.75.4.130;;
294        (unics)  qsubmem=d; qsubtime=t; queue=unics; remote_addres=130.75.6.1;;
295        (*)      printf "\n  +++ hostname \"$remote_host\" not allowed";
296                 locat=parameter; exit;;
297    esac
298 fi
299
300
301    # EVTL. PRUEFEN, OB ANGEGEBENE QUEUE ZULAESSIG IST
302 if [[ $no_default_queue != none ]]
303 then
304    error=false
305    ndq=$no_default_queue
306    case  $remote_host  in
307        (ibm)    case  $ndq  in
308                     (p690_express|p690_standard|p690_long)  error=false;;
309                     (*)                                     error=true;;
310                 esac;;
311        (ibmb)   case  $ndq  in
312                     (cdata|cdev|cexp|c1|cshare|csolo|cspec) error=false;;
313                     (*)                                     error=true;;
314                 esac;;
315        (ibmh)   case  $ndq  in
316                     (cdata|cdev|cexp|channi|cxxl|c1|cshare|csolo|cspec)  error=false;;
317                     (*)                                     error=true;;
318                 esac;;
319        (ibms)   case  $ndq  in
320                     (express|normal|p_express|p_normal|p_normal_1.3|p_normal_1.7|grand)     error=false;;
321                     (*)                                     error=true;;
322                 esac;;
323        (ibmy)   case  $ndq  in
324                     (parallel)                              error=false;;
325                     (*)                                     error=true;;
326                 esac;;
327        (lctit)  case  $ndq  in
328                     (default|high|bes1|bes2|sla1|sla2)      error=false;;
329                     (*)                                     error=true;;
330                 esac;;
331        (t3eb)   case  $ndq  in
332                     (berte|p50|p100|p392|forfree|p25himem)  error=false;;
333                     (*)    error=true;;
334                 esac;;
335        (t3eh)   case  $ndq  in
336                     (para_t3e|em|k|l|lm|comp_t3e|c|p|ht)  error=false;;
337                     (*)    error=true;;
338                 esac;;
339        (t3ej2|t3ej5)  case  $ndq  in
340                     (low|normal|high)  error=false;;
341                     (*)    error=true;;
342                 esac;;
343        (t3es)  case  $ndq  in
344                     (batch|serial-4|pe4|p48|pe16|pe32|pe64|pe128)  error=false;;
345                     (*)    error=true;;
346                 esac;;
347        (unics)  case  $ndq  in
348                     (unics|ht)  error=false;;
349                     (*)         error=true;;
350                 esac;;
351    esac
352    if [[ $error = true ]]
353    then
354       printf "\n  +++ queue \"$no_default_queue\" on host \"$remote_host\" not allowed"
355       locat=parameter; exit
356    else
357       queue=$no_default_queue
358    fi
359 fi
360
361
362
363    # KNOTENNUTZUNG IN ENTWICKLERQUEUE MUSS SHARED SEIN
364 if [[ $node_usage != shared  &&  $queue = cdev ]]
365 then
366    node_usage=shared
367 fi
368
369
370
371    # PRUEFEN DER CPU-ZEIT, ZEIT NACH STUNDEN, MINUTEN UND SEKUNDEN
372    # AUFTEILEN
373 done=false
374 while [[ $done = false ]]
375 do
376    if (( $cputime <= 0 ))
377    then
378       printf "\n  +++ wrong cpu-time or cpu-time missing"
379       printf "\n  >>> Please type cpu-time in seconds as INTEGER:"
380       printf "\n  >>> "
381       read  cputime  1>/dev/null  2>&1
382    else
383       done=true
384    fi
385 done
386 if [[ $remote_host = nech ]]
387 then
388    if (( tasks_per_node != 0 ))
389    then
390       (( cputime = cputime * tasks_per_node ))
391    elif [[ $numprocs != 0 ]]
392    then
393       (( cputime = cputime * numprocs ))
394    fi
395 fi
396 (( stunden  = cputime / 3600 ))
397 (( resttime = cputime - stunden * 3600 ))
398 (( minuten  = resttime / 60 ))
399 (( sekunden = resttime - minuten * 60 ))
400 timestring=${stunden}:${minuten}:${sekunden}
401
402
403
404    # PRUEFEN DER KERNSPEICHERANFORDERUNG
405 done=false
406 while [[ $done = false ]]
407 do
408    if (( memory <= 0 ))
409    then
410       printf "\n  +++ wrong memory demand or memory demand missing"
411       printf "\n  >>> Please type memory in  MByte per process  as INTEGER:"
412       printf "\n  >>> "
413       read  memory  1>/dev/null  2>&1
414    else
415       done=true
416    fi
417 done
418
419 if [[ $remote_host = nech  ||  $remote_host = neck ]]
420 then
421    if (( tasks_per_node != 0 ))
422    then
423       (( Memory = memory * tasks_per_node / 1000 ))
424    elif [[ $numprocs != 0 ]]
425    then
426       (( Memory = memory * numprocs / 1000 ))
427    else
428       (( Memory = memory / 1000 ))
429    fi
430 fi
431
432
433    # SPEICHERBERECHNUNG BEI OPENMP-NUTZUNG
434 if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm ]]
435 then
436    (( memory = memory * threads_per_task ))
437 fi
438
439
440    # BERECHNUNG DER ANZAHL DER ZU VERWENDENDEN KNOTEN
441 if (( tasks_per_node != 0 ))
442 then
443    (( nodes = numprocs / ( tasks_per_node * threads_per_task ) ))
444 fi
445
446
447
448    # HEADER-AUSGABE
449 if [[ $verify = true ]]
450 then
451    printf "\n\n"
452    printf "#--------------------------------------------------------------# \n"
453    spalte1=SUBJOB;spalte2=$(date)
454    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
455    printf "|                                                              | \n"
456    printf "| values of parameters/options:                                | \n"
457    spalte1=local_host$punkte; spalte2=$punkte$local_host
458    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
459    spalte1=remote_host$punkte; spalte2=$punkte$remote_host
460    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
461    spalte1=queue$punkte; spalte2=$punkte$queue
462    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
463    spalte1=memory$punkte; spalte2="$punkte$memory mb"
464    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
465    spalte1=cputime$punkte; spalte2="$punkte$cputime sec"
466    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
467    spalte1=job_name$punkte; spalte2="$punkte$job_name"
468    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
469    printf "#--------------------------------------------------------------# \n\n"
470
471
472       # KONTROLLABFRAGE, OB ALLES O.K.
473    antwort="dummy"
474    while [[ $antwort != y  &&  $antwort != Y  &&  $antwort != n  &&  $antwort != N ]]
475    do
476       read antwort?" >>> continue (y/n) ? "
477    done
478    if [[ $antwort = n  ||  $antwort = N ]]
479    then
480       locat=verify; exit
481    fi
482    printf "\n"
483 fi
484
485
486
487    # ZUFALLSKENNUNG GENERIEREN UND JOBNAMEN AUF ZIELRECHNER BESTIMMEN
488 kennung=$RANDOM
489 job_on_remhost=${job_name}_${kennung}_$local_host
490 job_to_send=job_to_send_$kennung
491 if [[ $delete_dayfile = false ]]
492 then
493    remote_dayfile=${local_host}_${job_name}_result_$kennung
494    local_dayfile=${remote_host}_${job_name}
495 else
496    remote_dayfile=/dev/null
497    if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm ]]
498    then
499       notification='# @ notification = never'
500    fi
501 fi
502
503
504
505    # QSUB- ODER LL-KOMMANDOS BZW. SKRIPTE  GENERIEREN
506 if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm  &&  $numprocs != 0 ]]
507 then
508
509    if [[ $remote_host = ibmy ]]
510    then
511       consumable_memory=""
512    else
513       consumable_memory="ConsumableMemory($memory mb)"
514    fi
515    if [[ $queue = cdev ]]
516    then
517       data_limit="# @ data_limit = 1.76gb"
518       network_to_use="# @ network.mpi = sn_all,shared,ip"
519    else
520       if [[ $remote_host = ibms ]]
521       then
522          network_to_use="# @ network.mpi = csss,shared,us"
523       elif [[ $remote_host = ibmy ]]
524       then
525          network_to_use=""
526       else
527          network_to_use="# @ network.mpi = sn_all,shared,us"
528          data_limit="# @ data_limit = 1.76gb"
529       fi
530    fi
531
532    cat > $job_to_send << %%END%%
533#!/bin/ksh
534
535# @ job_type = parallel
536# @ job_name = palm
537# @ wall_clock_limit = ${timestring},$timestring
538# @ resources = ConsumableCpus($threads_per_task) $consumable_memory
539# @ output = $remote_dayfile
540# @ error = $remote_dayfile
541# @ image_size = 50
542# @ class = $queue
543# @ environment = OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task; MP_SHARED_MEMORY=yes
544$network_to_use
545$data_limit
546$notification
547
548%%END%%
549
550    if (( nodes > 0 ))
551    then
552
553       cat >> $job_to_send << %%END%%
554# @ node = $nodes
555# @ tasks_per_node = $tasks_per_node
556# @ node_usage = $node_usage
557# @ queue
558
559%%END%%
560
561    else
562
563       if [[ $remote_host != ibmy ]]
564       then
565
566          cat >> $job_to_send << %%END%%
567# @ blocking = unlimited
568# @ total_tasks = $numprocs
569# @ node_usage = $node_usage
570# @ queue
571
572%%END%%
573
574       else
575
576          cat >> $job_to_send << %%END%%
577# @ node = 1
578# @ total_tasks = $numprocs
579# @ queue
580
581%%END%%
582
583       fi
584
585    fi
586
587 elif [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm  &&  $numprocs = 0 ]]
588 then
589
590    cat > $job_to_send << %%END%%
591#!/bin/ksh
592
593# @ job_type = serial
594# @ node_usage = $node_usage
595# @ job_name = palm
596# @ wall_clock_limit = ${timestring},$timestring
597# @ resources = ConsumableCpus(1) ConsumableMemory(1 gb)
598# @ output = $remote_dayfile
599# @ error = $remote_dayfile
600# @ class = $queue
601$notification
602
603# @ queue
604
605%%END%%
606
607 elif [[ $remote_host = nech ]]
608 then
609
610    if (( nodes > 1 ))
611    then
612       cat > $job_to_send << %%END%%
613#!/bin/ksh
614#PBS -l cpunum_prc=$tasks_per_node,cputim_job=$cputime
615#PBS -l ${qsubmem}=${Memory}gb
616#PBS -b $nodes
617#PBS -o $remote_dayfile
618#PBS -N palm
619#PBS -j o
620#PBS -T mpisx
621
622%%END%%
623
624    elif [[ $numprocs != 0 ]]
625    then
626       cat > $job_to_send << %%END%%
627#!/bin/ksh
628#PBS -l cpunum_prc=$tasks_per_node,cputim_job=$cputime
629#PBS -l ${qsubmem}=${Memory}gb
630#PBS -o $remote_dayfile
631#PBS -N palm
632#PBS -j o
633
634%%END%%
635
636    else
637       cat > $job_to_send << %%END%%
638#!/bin/ksh
639#PBS -l ${qsubmem}=${Memory}gb,${qsubtime}=$cputime
640#PBS -o $remote_dayfile
641#PBS -j o
642
643%%END%%
644
645    fi
646
647 elif [[ $remote_host = neck ]]
648 then
649
650    if (( nodes > 1 ))
651    then
652       cat > $job_to_send << %%END%%
653#!/bin/ksh
654#PBS -l cpunum_prc=$tasks_per_node,cputim_job=$cputime
655#PBS -l ${qsubmem}=${Memory}gb
656#PBS -b $nodes
657#PBS -o $remote_dayfile
658#PBS -N palm
659#PBS -j o
660#PBS -T mpisx
661
662%%END%%
663
664    elif [[ $numprocs != 0 ]]
665    then
666       cat > $job_to_send << %%END%%
667#!/bin/ksh
668#PBS -q ${queue}
669#PBS -l cpunum_prc=$tasks_per_node,cputim_job=$cputime
670#PBS -l ${qsubmem}=${Memory}gb
671#PBS -o $remote_dayfile
672#PBS -N palm
673#PBS -j o
674#PBS -T mpisx
675
676%%END%%
677
678    else
679       cat > $job_to_send << %%END%%
680#!/bin/ksh
681#PBS -l ${qsubmem}=${Memory}gb,${qsubtime}=$cputime
682#PBS -o $remote_dayfile
683#PBS -j o
684
685%%END%%
686
687    fi
688
689 elif [[ $remote_host = lctit ]]
690 then
691    cat > $job_to_send << %%END%%
692#!/bin/bash
693#$ -S /bin/bash
694cd $job_catalog
695export PATH=$PALM_BIN:\$PATH
696echo \$PATH
697
698%%END%%
699
700       # OPTIONEN FUER SUBMIT-KOMMANDO ZUSAMMENSTELLEN
701    submcom="$submcom  -N $job_name  -sgeout $remote_dayfile  -q default"
702
703 else
704
705    cat > $job_to_send << %%END%%
706# @\$-q ${queue}
707# @\$-l${qsubtime} $timestring
708# @\$-l${qsubmem} ${memory}mb
709# @\$-o $remote_dayfile
710# @\$-eo
711
712%%END%%
713
714 fi
715
716
717    # BEI RECHNUNG AUF REMOTE-MASCHINEN RUECKTRANSFER DES DAYFILES PER TRAP
718    # BEI EXIT VERANLASSEN
719    # VEKTORRECHNER MUSS EIGENEN JOB STARTEN, DA DORT NOHUP NICHT FUNKTIONIERT
720    # AUF IBM IN SEOUL IST RUECKTRANSFER ZUR ZEIT GENERELL NICHT MOEGLICH
721 if [[ $delete_dayfile = false  &&  $remote_host != $local_host ]]
722 then
723    echo "set +vx"                              >>  $job_to_send
724    echo "trap '"                               >>  $job_to_send
725    echo "set +vx"                              >>  $job_to_send
726    if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm  ||  $(echo $remote_host | cut -c1-3) = nec  ||  $remote_host = lctit ]]
727    then
728       if [[ $remote_host = ibmb  ||  $remote_host = ibmh ]]
729       then
730          return_queue=c1
731       elif [[ $remote_host = ibms ]]
732       then
733          return_queue=p_normal
734       elif [[ $remote_host = ibmy ]]
735       then
736          return_queue=serial
737       elif [[ $remote_host = lctit ]]
738       then
739          return_queue=default
740       elif [[ $remote_host = neck ]]
741       then
742          return_queue=S
743       else
744          return_queue=unknown
745       fi
746
747       if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm ]]
748       then
749
750          echo "echo \"#!/bin/ksh\" >> scpjob.$kennung"               >>  $job_to_send
751          echo "echo \"# @ job_type = serial\" >> scpjob.$kennung"    >>  $job_to_send
752          echo "echo \"# @ job_name = transfer\" >> scpjob.$kennung"  >>  $job_to_send
753          echo "echo \"# @ resources = ConsumableCpus(1) ConsumableMemory(1 gb)\" >> scpjob.$kennung"  >>  $job_to_send
754          echo "echo \"# @ wall_clock_limit = 00:10:00,00:10:00\" >> scpjob.$kennung "  >>  $job_to_send
755          echo "echo \"# @ output = job_queue/last_job_transfer_protocol\" >> scpjob.$kennung"  >>  $job_to_send
756          echo "echo \"# @ error = job_queue/last_job_transfer_protocol\" >> scpjob.$kennung"  >>  $job_to_send
757          echo "echo \"# @ class = $return_queue\" >> scpjob.$kennung"  >>  $job_to_send
758          echo "echo \"# @ image_size = 10\" >> scpjob.$kennung"      >>  $job_to_send
759          echo "echo \"# @ notification = never\" >> scpjob.$kennung" >>  $job_to_send
760
761          echo "echo \"# @ queue\" >> scpjob.$kennung"                >>  $job_to_send
762          echo "echo \" \" >> scpjob.$kennung"                        >>  $job_to_send
763
764          echo "echo \"set -x\" >> scpjob.$kennung"                   >>  $job_to_send
765          echo "echo \"batch_scp  -d  -w 10  -u $local_user  $local_addres  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \\\"$job_catalog\\\"  $local_dayfile\" >> scpjob.$kennung"  >>  $job_to_send
766          echo "echo \"exit\" >> scpjob.$kennung"                     >>  $job_to_send
767
768       elif [[ $remote_host = nech ]]
769       then
770          echo "cd /pf/b/${remote_user}/job_queue" >>  $job_to_send
771          echo "cat > scpjob.$kennung << %%END%%"  >>  $job_to_send
772          echo "#PBS -l ${qsubmem}=1GB,${qsubtime}=100"  >>  $job_to_send
773          echo "#PBS -o last_job_transfer_protocol"      >>  $job_to_send
774          echo "#PBS -j o"                         >>  $job_to_send
775          echo " "                                 >>  $job_to_send
776          echo "set -x"                            >>  $job_to_send
777          echo "cd /pf/b/${remote_user}/job_queue" >>  $job_to_send
778          echo "batch_scp  -d  -w 10  -u $local_user $local_addres  $remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
779          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
780          echo "%%END%%"                           >>  $job_to_send
781
782       elif [[ $remote_host = neck ]]
783       then
784          echo "cat > scpjob.$kennung << %%END%%"  >>  $job_to_send
785          echo "#PBS -q $return_queue"             >>  $job_to_send
786          echo "#PBS -l ${qsubmem}=1GB,${qsubtime}=100"  >>  $job_to_send
787          echo "#PBS -o last_job_transfer_protocol"      >>  $job_to_send
788          echo "#PBS -j o"                         >>  $job_to_send
789          echo " "                                 >>  $job_to_send
790          echo "set -x"                            >>  $job_to_send
791          echo "batch_scp  -d  -w 10  -u $local_user $local_addres  $remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
792          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
793          echo "%%END%%"                           >>  $job_to_send
794
795       elif [[ $remote_host = lctit ]]
796       then
797          echo "cat > scpjob.$kennung << %%END%%"          >>  $job_to_send
798          echo "set -x"                                    >>  $job_to_send
799          echo "PATH=\$PATH:$job_catalog/../pub"           >>  $job_to_send
800          echo "cd $job_catalog"                           >>  $job_to_send
801          echo "batch_scp  -d  -w 10  -u $local_user $local_addres  $remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
802          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
803          echo "%%END%%"                                   >>  $job_to_send
804
805       else
806
807          echo "cat > scpjob.$kennung << %%END%%"  >>  $job_to_send
808          echo "# @\\\$-q $return_queue"           >>  $job_to_send
809          echo "# @\\\$-l${qsubtime} 10"           >>  $job_to_send
810          echo "# @\\\$-l${qsubmem} 10mb"          >>  $job_to_send
811          if [[ $remote_host = t3ej2  ||  $remote_host = t3ej5  ||  $remote_host = t3es ]]
812          then
813             echo "# @\$-l mpp_p=0"                >>  $job_to_send
814          fi
815          echo '# @\$-lF 10mb'                     >>  $job_to_send
816#          echo '# @\$-o /dev/null'                 >>  $job_to_send
817          echo '# @\$-o job_queue/last_job_transfer_protocol'    >>  $job_to_send
818          echo '# @\\\$-eo'                          >>  $job_to_send
819          echo " "                                 >>  $job_to_send
820          if [[ $remote_host = t3ej2  ||  $remote_host = t3ej5 ]]
821          then
822             echo "set +vx"                        >>  $job_to_send
823             echo ". .profile"                     >>  $job_to_send
824          fi
825          echo "set -x"                            >>  $job_to_send
826          echo "batch_scp  -d  -w 10  -u $local_user $local_addres  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile  >  /dev/null"  >>  $job_to_send
827          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
828          echo "%%END%%"                           >>  $job_to_send
829       fi
830
831       if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm ]]
832       then
833          echo "llsubmit  scpjob.$kennung"      >>  $job_to_send
834       elif [[ $remote_host = lctit ]]
835       then
836          echo "chmod  u+x  scpjob.$kennung"    >>  $job_to_send
837          echo "rm -rf ${job_catalog}/last_job_transfer_protocol"  >>  $job_to_send
838          echo "n1ge  -N jobtransfer  -q $return_queue  -sgeout ${job_catalog}/last_job_transfer_protocol  scpjob.$kennung"  >>  $job_to_send
839          echo "sleep 10"                       >>  $job_to_send
840       elif [[ $remote_host = t3eb  ||  $remote_host = t3eh  ||  $remote_host = t3ej2  ||  $remote_host = t3ej5 ]]
841       then
842          echo "qsub -J n  scpjob.$kennung"     >>  $job_to_send
843       elif [[ $remote_host = t3es ]]
844       then
845          echo "qsub -J n  -s /bin/ksh  scpjob.$kennung"     >>  $job_to_send
846       else
847          echo "qsub  scpjob.$kennung"          >>  $job_to_send
848       fi
849       echo "rm  scpjob.$kennung"               >>  $job_to_send
850       if [[ $remote_host = nech ]]
851       then
852          echo "cd -"                           >>  $job_to_send
853       fi
854    else
855#       echo "ftpcopy  -d  $local_addres  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
856       echo "nohup  ftpcopy  -d  -w 15  $local_addres  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile  >  /dev/null  &"  >>  $job_to_send
857    fi
858    echo "set -x"                               >>  $job_to_send
859    echo "     ' exit"                          >>  $job_to_send
860    echo "set -x"                               >>  $job_to_send
861 fi
862
863
864
865    # EIGENTLICHE JOB-DATEI AN QSUB-KOMMANDOS ANHAENGEN
866 cat  $file_to_send  >>  $job_to_send
867
868 if [[ $remote_host = ibm ]]
869 then
870    echo " "         >>  $job_to_send
871    echo "exit"      >>  $job_to_send
872 fi
873 if [[ $remote_host = lctit ]]
874 then
875    echo " "                               >>  $job_to_send
876    echo "rm ~/job_queue/$job_on_remhost"  >>  $job_to_send
877 fi
878
879
880
881    # USER-NAME AUF ZIELRECHNER AUS .NETRC-DATEI ERMITTELN
882 if [[ -z $remote_user ]]
883 then
884    if [[ $remote_host = t3eb  ||  $remote_host = t3eh  ||  $remote_host = t3ej2  ||  $remote_host = t3ej5  ||  $remote_host = t3es  ||  $remote_host = vpp ]]
885    then
886       grep  $remote_addres  ~/.netrc | read dum dum dum remote_user dum dum
887    fi
888 fi
889
890
891
892    # JOB AUF ZIELRECHNER TRANSFERIEREN BZW. INS JOBVERZEICHNIS KOPIEREN
893 if [[ $no_submit = false ]]
894 then
895    if [[ $remote_host != $local_host ]]
896    then
897       [[ $verify = true ]]  &&  printf "\n >>> transfering job to \"$remote_host\"..."
898       if [[ $remote_host = ibms  ||  $remote_host = ibmy ]]    # ssh on ibms cannot handle "~/"
899       then
900          job_catalog_save=$job_catalog
901          job_catalog=job_queue
902       elif [[ $remote_host = nech ]]
903       then
904          job_catalog_save=$job_catalog
905          job_catalog=/hpf/b/${remote_user}/job_queue
906       fi
907       if [[ $local_host = decalpha ]]
908       then
909             # VERWENDUNG VON SCP AUF DECALPHA FRAGT FEHLERHAFTERWEISE
910             # PASSWORT AB
911          /bin/scp  $job_to_send  ${remote_user}@${remote_addres}:${job_catalog}/$job_on_remhost
912       elif [[ $remote_host = nech ]]
913       then
914             # DATEIEN KOENNEN NUR UEBER DEN ARCHIVE-SERVER DES DKRZ
915             # TRANSFERIERT WERDEN
916          scp  $job_to_send  ${remote_user}@136.172.44.205:${job_catalog}/$job_on_remhost
917       else
918          scp  $job_to_send  ${remote_user}@${remote_addres}:${job_catalog}/$job_on_remhost
919       fi
920       if [[ $? = 1 ]]
921       then
922          locat=scp; exit
923       fi
924       if [[ $remote_host = ibms ]]
925       then
926          job_catalog=$job_catalog_save
927       fi
928       [[ $verify = true ]]  &&  printf "\n >>> finished\n"
929    else
930       eval  job_catalog=$job_catalog
931       cp  $job_to_send  ${job_catalog}/$job_on_remhost
932    fi
933
934
935
936       # NQS- BZW. LOADLEVELER-JOB STARTEN
937    if [[ $remote_host != $local_host ]]
938    then
939       [[ $verify = true ]]  &&  printf "\n >>> submitting job using \"qsub\"...\n"
940       if [[ $remote_host != lctit ]]
941       then
942          ssh  $remote_addres  -l $remote_user  "cd $job_catalog; $submcom $job_on_remhost; rm $job_on_remhost"
943       else
944             # TIT ERLAUBT NUR DIE AUSFÜHRUNG GANZ BESTIMMTER KOMMANDOS
945             # MIT SSH, DESHALB AUFRUF PER PIPE
946             # UEBERGANGSWEISE CHECK, OB N1GE ENVIRONMENT WIRKLICH VERFUEGBAR
947          print  "cd $job_catalog; chmod u+x $job_on_remhost"  |  ssh  $remote_addres  -l $remote_user  > /dev/null  2>&1
948          echo "first try" > send_protocol
949          while [[ $(cat send_protocol | grep -c "Forwarding to N1GE") = 0 ]]
950          do
951             if [[ $(cat send_protocol | grep -c "first try") = 1 ]]
952             then
953                printf "\n trying to submit job to TIT cluster..."
954             else
955                printf "\n +++ failed ... trying to submit again ..."
956             fi
957             print  "cd $job_catalog; $submcom $job_on_remhost"  |  ssh  $remote_addres  -l $remote_user  >  send_protocol  2>&1
958             cat send_protocol
959          done
960          sleep 10
961          print  "cd $job_catalog;  rm $job_on_remhost"  |  ssh  $remote_addres  -l $remote_user  > /dev/null  2>&1
962          echo "$submcom  $job_on_remhost"
963          rm  send_protocol
964       fi
965
966       [[ $verify = true ]]  &&  printf " >>> o.k.\n"
967    else
968       cd  $job_catalog
969       if [[ $(echo $local_host | cut -c1-3) = ibm ]]
970       then
971          eval  $submcom  $job_on_remhost
972       elif [[ $local_host = lctit ]]
973       then
974          eval  $submcom  $job_on_remhost
975          echo "$submcom  $job_on_remhost"
976          chmod  u+x  $job_on_remhost
977       elif [[ $local_host = nech ]]
978       then
979          if [[ $queue = default ]]
980          then
981             eval  $submcom  $job_on_remhost 
982          else
983             eval  $submcom  -q $queue  $job_on_remhost 
984          fi
985       else
986          qsub  $job_on_remhost
987       fi
988          # JOBFILE DARF AUF LCTIT NICHT GELOESCHT WERDEN!! GESCHIEHT ERST AM JOBENDE
989       [[ $local_host != lctit ]]  &&  rm  $job_on_remhost
990       cd  -  > /dev/null
991    fi
992 fi
993
994
995
996    # ABSCHLUSSARBEITEN
997
998 if [[ $no_submit = false ]]
999 then
1000    rm  $job_to_send
1001 fi
1002 [[ $verify = true ]]  &&  printf "\n\n *** SUBJOB finished \n\n"
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.