source: palm/trunk/SCRIPTS/subjob @ 1873

Last change on this file since 1873 was 1867, checked in by raasch, 9 years ago

last commit documented

  • Property svn:keywords set to Id Rev
File size: 57.8 KB
Line 
1#!/bin/bash
2
3# subjob - script for automatic generation and submission of batch-job files
4#          for various batch queuing systems
5
6#--------------------------------------------------------------------------------#
7# This file is part of PALM.
8#
9# PALM is free software: you can redistribute it and/or modify it under the terms
10# of the GNU General Public License as published by the Free Software Foundation,
11# either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
12#
13# PALM is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY
14# WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR
15# A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16#
17# You should have received a copy of the GNU General Public License along with
18# PALM. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19#
20# Copyright 1997-2014  Leibniz Universitaet Hannover
21#--------------------------------------------------------------------------------#
22#
23# Current revisions:
24# ------------------
25#
26#
27# Former revisions:
28# -----------------
29# $Id: subjob 1867 2016-04-15 06:53:17Z maronga $
30#
31# 1866 2016-04-15 06:50:59Z raasch
32# adjusted for lcocean
33#
34# 1841 2016-04-07 19:14:06Z raasch
35# script now running under bash
36#
37# 1701 2015-11-02 07:43:04Z maronga
38# Bugfix: added missing init_cmds for lccrayh/lccrayb
39#
40# 1621 2015-07-17 11:39:33Z heinze
41# adjustments for Mistral at DKRZ Hamburg (lcbullhh)
42#
43# 1575 2015-03-27 09:56:27Z raasch
44# mpp2-queues added to lccrayh
45#
46# 1547 2015-01-29 15:09:12Z witha
47# adjustments for ForWind computing cluster (lcflow)
48#
49# 1545 2015-01-29 06:52:23Z heinze
50# local host name for blizzard further specified
51#
52# 1480 2014-10-17 14:41:49Z raasch
53# adjustments for 2nd stage of HLRNIII
54#
55# 1468 2014-09-24 14:06:57Z maronga
56# Typo removed (addres->address)
57# Adjustments for lcxe6
58#
59# 1452 2014-08-22 09:41:06Z heinze
60# local hosts for blizzard added
61#
62# 1450 2014-08-21 07:31:51Z heinze
63# HLRN-III (lccrayb): testq queue adjusted to mpp1testq
64#
65# 1442 2014-07-28 07:09:10Z raasch
66# HLRN-III (lccrayb/lccrayh) queues adjusted
67#
68# 1378 2014-04-28 06:04:58Z raasch
69# -et option added for lctit
70#
71# 1350 2014-04-04 13:01:30Z maronga
72# location of qsub updated for lcxe6
73#
74# 1289 2014-03-04 07:12:34Z raasch
75# German comments translated to English
76# fimm-, necriam-, scirocco-, ibmy-, and sgi-specific code removed
77#
78# 1279 2014-01-28 12:10:14Z raasch
79# node calculation modified due to changes in mrun (tasks_per_node must not be
80# an integral divisor of numprocs any more)
81#
82# 1274 2014-01-09 13:14:54Z heinze
83# adjustments for lccrayh
84#
85# 1266 2013-12-11 12:07:34Z heinze
86# further adjustments for lccrayb (use msub instead of qsub)
87#
88# 1264 2013-12-09 12:46:09Z fricke
89# Bugfix: Using number of nodes instead of number of processors (lccrayb)
90#
91# 1262 2013-12-09 10:57:20Z fricke
92# further adjustments for lccrayb
93#
94# 1260 2013-12-04 12:48:04Z raasch
95# jaboticaba admitted
96#
97# 1255 2013-11-07 14:43:35Z raasch
98# further adjustments for lccrayb
99#
100# 1224 2013-09-16 07:27:23Z raasch
101# first adjustments for lccrayb
102#
103# 1202 2013-07-10 16:22:07Z witha
104# adjustments for Forwind cluster (lcflow)
105#
106# 1199 2013-07-05 14:52:22Z raasch
107# adjustments for CSC Helsinki (lccrayf)
108#
109# use of cluster/express queue enabled (ibmh)
110# vinessa added (imuk)
111#
112# 1103 2013-02-20 02:15:53Z raasch
113# bash compatibility adjustments (usage of OPTIND, output formatting with printf
114# instead typeset -L/R),
115# further adjustments for lckyuh
116#
117# 2013-02-10 01:47:43Z raasch
118# adjustments for Kyushu-Univeristy computing center (lckyuh - hayaka)
119# and for Forwind cluster (lcflow)
120#
121# 1094 2013-02-03 01:52:12Z raasch
122# new option -P for explicit setting of ssh/scp port,
123# decalpha parts (yonsei) removed
124#
125# 2013-02-02 07:06:13Z raasch
126# adjustments for Kyushu-University computing center (lckyut - tatara)
127# old changelog messages removed
128#
129# 1046 2012-11-09 14:38:45Z maronga
130# code put under GPL (PALM 3.9)
131#
132# 08/07/94 - Siggi - first version finished
133# 29/06/94 - Siggi - script development started
134#--------------------------------------------------------------------------------#
135# subjob - script for automatic generation and submission of batch-job files
136#          for various batch queuing systems
137#--------------------------------------------------------------------------------#
138
139
140    # VARIABLE-DECLARATIONS AND DEFAULT VALUES
141 delete_dayfile=false
142 email_notification=none
143 group_number=none
144 locat=normal
145 no_default_queue=none
146 no_submit=false
147 job_catalog="~/job_queue"
148 job_name=none
149 local_user=$LOGNAME
150 node_usage=shared
151 numprocs=0
152 punkte="..........................................................."
153 submcom=qsub
154 queue=default
155 remote_host=none
156 remote_user=""
157 verify=true
158
159 typeset  -i   cputime=memory=Memory=0  minuten  resttime  sekunden  stunden
160 typeset  -i   numprocs  mpi_tasks=nodes=processes_per_node=0 tasks_per_node=threads_per_task=1
161
162
163
164    # ERROR HANDLING
165    # IN CASE OF EXIT:
166 trap 'if [[ $locat != normal ]]
167       then
168          case  $locat  in
169             (option)  printf "\n  --> available optios can be displayed"
170                       printf " by typing:"
171                       printf "\n      \"subjob ?\" \n";;
172             (ftpcopy|parameter|scp|verify)  printf "\n";;
173             (*)       printf "\n  +++ unknown error"
174                       printf "\n      please inform S. Raasch!\n"
175          esac
176          [[ -f $job_to_send ]]  &&  rm  $job_to_send
177          printf "\n\n+++ SUBJOB killed \n\n"
178       fi' exit
179
180
181    # IN CASE OF TERMINAL-BREAK:
182 trap '[[ -f $job_to_send ]]  &&  rm  $job_to_send
183       printf "\n\n+++ SUBJOB killed \n\n"
184       exit
185      ' 2
186
187
188    # DETERMINE NAME OF LOCAL HOST
189 local_host=$(hostname)
190
191    # SET HOST-SPECIFIC VARIABLES VEREINBAREN (CHECK, IF LOCAL HOST
192    # IS ADMITTED AT ALL)
193    # NOTE: ONE OF THE ENTRIES FOR "lck" OR "lckordi" ALWAYS HAS TO BE
194    # COMMENT OUT, BECAUSE THE HOSTNAME (node*) IS SAME FOR BOTH MACHINES
195 case  $local_host  in
196     (ambiel-lx)             local_address=134.106.74.48;  local_host=lcfor;;
197     (atmos)                 local_address=172.20.25.35;   local_host=lcide;;
198     (austru)                local_address=130.75.105.128; local_host=lcmuk;;
199     (autan)                 local_address=130.75.105.57;  local_host=lcmuk;;
200     (bora)                  local_address=130.75.105.103; local_host=lcmuk;;
201     (b04*)                  local_address=133.5.4.33;     local_host=lckyuh;;
202     (blizzard1|p0*|p1*|p2*|p3*|p4*|p5*|p6*|p7*|p8*|p9*)   local_address=136.172.40.15;  local_host=ibmh;;
203     (blizzard2|p0*|p1*|p2*|p3*|p4*|p5*|p6*|p7*|p8*|p9*)   local_address=136.172.40.16;  local_host=ibmh;;
204     (blogin*|bxc*)          local_address=130.73.233.1;   local_host=lccrayb;;
205     (hlogin*|hxc*)          local_address=130.75.4.1;     local_host=lccrayh;;
206     (breva)                 local_address=130.75.105.98;  local_host=lcmuk;;
207     (buran)                 local_address=130.75.105.58;  local_host=lcmuk;;
208     (caurus)                local_address=130.75.105.19;  local_host=lcmuk;;
209     (climate*)              local_address=165.132.26.68;  local_host=lcyon;;
210     (clogin*)               local_address=86.50.166.21;   local_host=lccrayf;;
211     (cs*)                   local_address=136.172.44.131; local_host=nech;;
212     (elephanta)             local_address=130.75.105.6;   local_host=lcmuk;;
213     (flow01)                local_address=10.141.255.71;  local_host=lcflow;;
214     (flow02)                local_address=10.141.255.72;  local_host=lcflow;;
215     (node*)                 local_address=165.132.26.61   local_host=lck;;
216   #  (node*)                 local_address=210.219.61.8    local_host=lckordi;;
217     (gaia*)                 local_address=150.183.146.24; local_host=ibmkisti;;
218     (gallego)               local_address=130.75.105.10;  local_host=lcmuk;;
219     (gregale)               local_address=130.75.105.109; local_host=lcmuk;;
220     (hababai)               local_address=130.75.105.108; local_host=lcmuk;;
221     (hayaka*)               local_address=133.5.4.33;     local_host=lckyuh;;
222     (hexagon.bccs.uib.no)   local_address=129.177.20.113; local_host=lcxe6;;
223     (hx*)                   local_address=133.3.51.11;    local_host=lckyoto;;
224     (inferno)               local_address=130.75.105.5;   local_host=lcmuk;;
225     (irifi)                 local_address=130.75.105.104; local_host=lcmuk;;
226     (jaboticaba)            local_address=150.163.25.181; local_host=lcbr;;
227     (sno)                   local_address=130.75.105.113; local_host=lcmuk;;
228     (levanto)               local_address=130.75.105.45;  local_host=lcmuk;;
229     (login*)                local_address=118.128.66.223; local_host=lckiaps;;
230     (maestro)               local_address=130.75.105.2;   local_host=lcmuk;;
231     (meller)                local_address=134.106.74.155; local_host=lcfor;;
232     (meteo-login*)          local_address=193.166.211.144;local_host=lcxt5m;;
233     (mlogin1*|m1*)          local_address=136.172.50.13;  local_host=lcbullhh;;
234     (hexagon*)              local_address=129.177.20.113; local_host=lcxe6;;
235     (nobel*)                local_address=150.183.5.101;  local_host=ibms;;
236     (ocean)                 local_address="ocean";        local_host=lcocean;;
237     (orkan)                 local_address=130.75.105.3;   local_host=lcmuk;;
238     (ostria)                local_address=130.75.105.106; local_host=lcmuk;;
239     (paesano)               local_address=130.75.105.46;  local_host=lcmuk;;
240     (pcj*)                  local_address=172.31.120.1;   local_host=lckyut;;
241     (pingui)                local_address=134.106.74.118; local_host=lcfor;;
242     (quanero)               local_address=130.75.105.107; local_host=lcmuk;;
243     (rte*)                  local_address=133.5.185.60;   local_host=lcrte;;
244     (schultzl-Latitude-E6540)  local_address="schultzl-Latitude-E6540"; local_host=lcsch;;
245     (shiokaze-lx)           local_address=134.106.74.123; local_host=lcfor;;
246     (sisu-login*)           local_address=86.50.166.21;   local_host=lccrayf;;
247     (solano)                local_address=130.75.105.110; local_host=lcmuk;;
248     (sugoka*)               local_address=172.31.120.1;   local_host=lckyut;;
249     (tc*)                   local_address="ocean";        local_host=lcocean;;
250     (t2a*)                  local_address=10.1.6.165;     local_host=lctit;;
251     (urban*)                local_address=147.46.30.151   local_host=lcsb;;
252     (vinessa)               local_address=130.75.105.112; local_host=lcmuk;;
253     (vorias)                local_address=172.20.25.43;   local_host=lcmuk;;
254     (*.cc.kyushu-u.ac.jp)   local_address=133.5.4.129;    local_host=ibmku;;
255     (*)                     printf "\n  +++ \"$local_host\" unknown";
256                             printf "\n      please contact the PALM group at IMUK";
257                             locat=parameter; exit;;
258 esac
259
260
261
262    # BY DEFAULT, THE REMOTE HOST IS THE LOCAL HOST
263 remote_host=$local_host
264
265
266
267
268    # READ THE SHELLSCRIPT-OPTIONS
269 while  getopts  :c:dDe:g:h:m:n:N:O:P:q:t:T:u:vX:  option
270 do
271   case  $option  in
272       (c)   job_catalog=$OPTARG;;
273       (d)   delete_dayfile=true;;
274       (D)   no_submit=true;;
275       (e)   email_notification=$OPTARG;;
276       (g)   group_number=$OPTARG;;
277       (h)   remote_host=$OPTARG;;
278       (m)   memory=$OPTARG;;
279       (n)   job_name=$OPTARG;;
280       (N)   node_usage=$OPTARG;;
281       (O)   threads_per_task=$OPTARG;;
282       (P)   scp_port=$OPTARG;;
283       (q)   no_default_queue=$OPTARG;;
284       (t)   cputime=$OPTARG;;
285       (T)   tasks_per_node=$OPTARG;;
286       (u)   remote_user=$OPTARG;;
287       (v)   verify=false;;
288       (X)   numprocs=$OPTARG;;
289       (\?)  printf "\n  +++ Option $OPTARG unknown \n";
290             locat=option; exit;;
291   esac
292 done
293
294
295    # GET THE NAME OF THE JOBFILE AS NEXT ARGUMENT
296 (( to_shift = $OPTIND - 1 ))
297 shift $to_shift; file_to_send=$1
298
299
300    # OUTPUT OF SHORT DESCRIPTION OF SCRIPT-OPTIONS
301 if [ "$1" = "?" ]
302 then
303   (printf "\n  *** subjob can be called as follows:\n"
304    printf "\n      subjob -c.. -d -D -h.. -m.. -q.. -t.. -u.. -v  <jobfile>\n"
305    printf "\n      Description of available options:\n"
306    printf "\n      Option  Description                         Default-Value"
307    printf "\n        -c    job-input- and output-catalog       ~/job_queue"
308    printf "\n        -d    no job-protocol will be created     ---"
309    printf "\n        -D    only the job-file will be created   ---"
310    printf "\n        -h    execution host, available hosts:    $remote_host"
311    printf "\n              ibm, ibmh, ibmkisti, ibmku, ibms, lc...,"
312    printf "\n              lckiaps, lctit, nech"
313    printf "\n        -m    memory demand per process in MByte  ---"
314    printf "\n        -n    jobname                             <jobdatei>"
315    printf "\n        -O    threads per task (for OpenMP usage) 1"
316    printf "\n        -P    ssh/scp port                        default port"
317    printf "\n        -q    job-queue to be used                default"
318    printf "\n        -t    allowed cpu-time in seconds         ---"
319    printf "\n        -T    tasks per node (on parallel hosts)  ---"
320    printf "\n        -u    username on execution host          from .netrc"
321    printf "\n        -v    no prompt for confirmation          ---"
322    printf "\n        -X    # of processors (on parallel hosts) 1"
323    printf "\n "
324    printf "\n      The only possible positional parameter is <jobfile>:"
325    printf "\n      The complete NQS-job must be provided here."
326    printf "\n      <jobfile>=? creates this outline\n\n") | more
327    exit
328 fi
329
330
331
332    # CHECK, IF JOB-FILE HAS BEEN GIVEN AS ARGUMENT AND IF THE FILE ITSELF EXISTS
333 if [[ "$file_to_send" = "" ]]
334 then
335    printf "\n  +++ job-file missing"
336    locat=parameter; exit
337 else
338    if [[ -f $file_to_send ]]
339    then
340       true
341    else
342       printf "\n  +++ job-file: "
343       printf "\n           $file_to_send"
344       printf "\n      does not exist"
345       locat=parameter; exit
346    fi
347 fi
348
349
350
351    # IF NO JOBNAME HAS BEEN GIVEN, JOBNAME IS SET TO THE NAME OF THE JOB-FILE,
352    # PROVIDED THAT THE JOB-FILE NAME DOES NOT CONTAIN ANY PATH
353 if [[ $job_name = none ]]
354 then
355    job_name=$file_to_send
356 fi
357 if [[ $(echo $job_name | grep -c "/") != 0 ]]
358 then
359    printf "\n  +++ job-file name: "
360    printf "\n           $job_name"
361    printf "\n      must not contain \"/\"-characters"
362    locat=parameter; exit
363 fi
364
365
366
367
368    # SET HOST-SPECIFIC QUANTITIES, OR TERMINATE IN CASE OF UNKNOWN HOST,
369    # OR IF NO HOST HAS BEEN GIVEN
370 if [[ $remote_host = none ]]
371 then
372    printf "\n  +++ host missing"
373    locat=option; exit
374 else
375    case  $remote_host  in
376        (ibm)     queue=p690_standard; remote_address=134.76.99.81; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
377        (ibmh)    queue=cluster; remote_address=136.172.40.15; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
378        (ibmkisti) queue=class.32plus; remote_address=150.183.146.24; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
379        (ibmku)   queue=s4; remote_address=133.5.4.129; submcom=/usr/local/bin/llsubmit;;
380        (ibms)    queue=p_normal; remote_address=150.183.5.101; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
381        (lcbullhh)    queue=compute; remote_address=136.172.50.13; submcom=/usr/bin/sbatch;;
382        (lccrayb) queue=mpp1testq; remote_address=130.73.233.1; submcom=/opt/moab/default/bin/msub;;
383        (lccrayh) queue=mpp1testq; remote_address=130.75.4.1; submcom=/opt/moab/default/bin/msub;;
384        (lccrayf) queue=small; remote_address=86.50.166.21; submcom=/opt/slurm/default/bin/sbatch;;
385        (lcflow)  remote_address=10.140.1.72; submcom=qsub;;
386        (lckyoto) remote_address=133.3.51.11; submcom=/thin/local/bin/qsub;;
387        (lck)     remote_address=165.132.26.61; submcom=/usr/torque/bin/qsub;;
388        (lckiaps) remote_address=118.128.66.223; submcom=/cm/shared/apps/pbspro/11.0.2.110766/bin/qsub;;
389        (lckordi) remote_address=210.219.61.8; submcom=/usr/torque/bin/qsub;;
390        (lckyuh)  remote_address=133.5.4.33; submcom=/usr/bin/pjsub;;
391        (lckyut)  remote_address=133.5.4.37; submcom=/usr/bin/pjsub;;
392        (lcocean) remote_address="ocean"; submcom=qsub;;
393        (lcsb)    remote_address=147.46.30.151; submcom=/usr/torque/bin/qsub;;
394        (lctit)   queue=S; remote_address=10.1.6.165; submcom=/opt/pbs/tools/bin/t2sub;;
395        (lcxe6)   remote_address=129.177.20.113; submcom=/opt/torque/default/bin/qsub;;
396        (lcxt5m)  remote_address=193.166.211.144; submcom=/opt/pbs/10.1.0.91350/bin/qsub;;
397        (lcyon)   remote_address=165.132.26.68; submcom=/usr/torque/bin/qsub;;
398        (nech)    qsubmem=memsz_job; qsubtime=cputim_job; remote_address=136.172.44.147; submcom="/usr/local/bin/qsub";;
399        (*)       printf "\n  +++ hostname \"$remote_host\" not allowed";
400                  locat=parameter; exit;;
401    esac
402 fi
403
404
405    # CHECK, IF A VALID QUEUE HAS BEEN GIVEN
406 if [[ $no_default_queue != none ]]
407 then
408    error=false
409    ndq=$no_default_queue
410    case  $remote_host  in
411        (ibm)    case  $ndq  in
412                     (p690_express|p690_standard|p690_long)  error=false;;
413                     (*)                                     error=true;;
414                 esac;;
415        (ibmh)   case  $ndq  in
416                     (cluster|express)  error=false;;
417                     (*)                                     error=true;;
418                 esac;;
419        (ibmkisti)   case  $ndq  in
420                     (class.32plus|class.1-2|class.2-32)  error=false;;
421                     (*)                                     error=true;;
422                 esac;;
423        (ibmku)  case  $ndq  in
424                     (sdbg1|sdbg2|sdbg4|s4|s16|s32|s32-s)    error=false;;
425                     (*)                                     error=true;;
426                 esac;;
427        (ibms)   case  $ndq  in
428                     (express|normal|p_express|p_normal|p_normal_1.3|p_normal_1.7|grand)     error=false;;
429                     (*)                                     error=true;;
430                 esac;;
431        (lcbullhh) case  $ndq  in
432                     (compute|shared)  error=false;;
433                     (*)                                     error=true;;
434                 esac;;
435        (lccrayb) case  $ndq  in
436                     (dataq|mpp1q|mpp1testq|mpp2q|mpp2testq|smp1q|smp1testq|specialm1q)   error=false;;
437                     (*)                                     error=true;;
438                 esac;;
439        (lccrayh) case  $ndq  in
440                     (dataq|mpp1q|mpp1testq|mpp2q|mpp2testq|smp1q|smp1testq|specialm1q)   error=false;;
441                     (*)                                     error=true;;
442                 esac;;
443        (lccrayf) case  $ndq  in
444                     (usup|test*|small|large)                error=false;;
445                     (*)                                     error=true;;
446                 esac;;
447        (lcflow) case  $ndq  in
448                     (cfd_lom_long.q|cfd_him_long.q|cfd_lom_serl.q|cfd_lom_shrt.q|cfd_him_shrt.q|cfd_ivy_shrt.q)  error=false;;
449                     (*)                                     error=true;;
450                 esac;;
451        (lckiaps) case  $ndq  in
452                     (express|normal)                        error=false;;
453                     (*)                                     error=true;;
454                 esac;;
455        (lckyoto) case  $ndq  in
456                     (eh|ph)                                 error=false;;
457                     (*)                                     error=true;;
458                 esac;;
459        (lckyuh) case  $ndq  in
460                     (fx-dbg|fx-single|fx-small|fx-middle|fx-large)  error=false;;
461                     (*)                                     error=true;;
462                 esac;;
463        (lckyut) case  $ndq  in
464                     (cx-dbg|cx-single|cx-small|cx-middle|cx-large)  error=false;;
465                     (*)                                     error=true;;
466                 esac;;
467        (lctit)  case  $ndq  in
468                     (G|L128|L256|L512H|S|S96|V)             error=false;;
469                     (*)                                     error=true;;
470                 esac;;
471        (t3eb)   case  $ndq  in
472                     (berte|p50|p100|p392|forfree|p25himem)  error=false;;
473                     (*)    error=true;;
474                 esac;;
475        (t3eh)   case  $ndq  in
476                     (para_t3e|em|k|l|lm|comp_t3e|c|p|ht)  error=false;;
477                     (*)    error=true;;
478                 esac;;
479        (t3ej2|t3ej5)  case  $ndq  in
480                     (low|normal|high)  error=false;;
481                     (*)    error=true;;
482                 esac;;
483        (t3es)  case  $ndq  in
484                     (batch|serial-4|pe4|p48|pe16|pe32|pe64|pe128)  error=false;;
485                     (*)    error=true;;
486                 esac;;
487    esac
488    if [[ $error = true ]]
489    then
490       printf "\n  +++ queue \"$no_default_queue\" on host \"$remote_host\" not allowed"
491       locat=parameter; exit
492    else
493       queue=$no_default_queue
494    fi
495 fi
496
497
498
499    # CHECK THE CPU-TIME
500    # SPLIT TIME INTO HOURS, MINUTES, AND SECONDS
501 done=false
502 while [[ $done = false ]]
503 do
504    if (( $cputime <= 0 ))
505    then
506       printf "\n  +++ wrong cpu-time or cpu-time missing"
507       printf "\n  >>> Please type cpu-time in seconds as INTEGER:"
508       printf "\n  >>> "
509       read  cputime  1>/dev/null  2>&1
510    else
511       done=true
512    fi
513 done
514 if [[ $remote_host = nech ]]
515 then
516    if (( tasks_per_node != 0 ))
517    then
518       (( cputime = cputime * tasks_per_node ))
519    elif [[ $numprocs != 0 ]]
520    then
521       (( cputime = cputime * numprocs ))
522    fi
523 fi
524 (( stunden  = cputime / 3600 ))
525 (( resttime = cputime - stunden * 3600 ))
526 (( minuten  = resttime / 60 ))
527 (( sekunden = resttime - minuten * 60 ))
528 timestring=${stunden}:${minuten}:${sekunden}
529
530
531
532    # CHECK THE MEMORY DEMAND
533 done=false
534 while [[ $done = false ]]
535 do
536    if (( memory <= 0 ))
537    then
538       printf "\n  +++ wrong memory demand or memory demand missing"
539       printf "\n  >>> Please type memory in  MByte per process  as INTEGER:"
540       printf "\n  >>> "
541       read  memory  1>/dev/null  2>&1
542    else
543       done=true
544    fi
545 done
546
547 if [[ $remote_host = nech ]]
548 then
549    if (( tasks_per_node != 0 ))
550    then
551       (( Memory = memory * tasks_per_node / 1000 ))
552    elif [[ $numprocs != 0 ]]
553    then
554       (( Memory = memory * numprocs / 1000 ))
555    else
556       (( Memory = memory / 1000 ))
557    fi
558 elif [[ $remote_host = lctit ]]
559 then
560    (( Memory = memory * tasks_per_node / 1000 ))
561 fi
562
563
564    # MEMORY DEMAND IN CASE OF OPENMP-USAGE ON IBM-SYSTEMS
565 if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm ]]
566 then
567    (( memory = memory * threads_per_task ))
568 fi
569
570
571    # CALCULATE NUMBER OF REQUIRED NODES
572 if (( tasks_per_node != 0 ))
573 then
574    (( nodes = ( numprocs - 1 ) / ( tasks_per_node * threads_per_task ) + 1 ))
575 fi
576
577
578    # CALCULATE NUMBER OF PROCESSES PER NODE
579 (( processes_per_node = tasks_per_node * threads_per_task ))
580
581
582    # CALCULATE NUMBER OF MPI TASKS
583 (( mpi_tasks = numprocs / threads_per_task ))
584
585
586    # SET PORT NUMBER OPTION FOR CALLS OF ssh/scp, subjob AND batch_scp SCRIPTS
587 if [[ "$scp_port" != "" ]]
588 then
589    PORTOPT="-P $scp_port"
590    SSH_PORTOPT="-p $scp_port"
591 fi
592
593
594    # HEADER-OUTPUT
595 if [[ $verify = true ]]
596 then
597    printf "\n\n"
598    printf "#--------------------------------------------------------------# \n"
599    spalte1=SUBJOB;spalte2=$(date)
600    printf "| %-20s%40s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
601    printf "|                                                              | \n"
602    printf "| values of parameters/options:                                | \n"
603    spalte1=$(echo local_host$punkte | cut -c-20)
604    spalte2=$punkte$local_host
605    printf "| %-20s%40s | \n" "$spalte1" "${spalte2: -40}"
606    spalte1=$(echo remote_host$punkte | cut -c-20)
607    spalte2=$punkte$remote_host
608    printf "| %-20s%40s | \n" "$spalte1" "${spalte2: -40}"
609    spalte1=$(echo queue$punkte | cut -c-20)
610    spalte2=$punkte$queue
611    printf "| %-20s%40s | \n" "$spalte1" "${spalte2: -40}"
612    spalte1=$(echo memory$punkte | cut -c-20)
613    spalte2="$punkte$memory mb"
614    printf "| %-20s%40s | \n" "$spalte1" "${spalte2: -40}"
615    spalte1=$(echo cputime$punkte | cut -c-20)
616    spalte2="$punkte$cputime sec"
617    printf "| %-20s%40s | \n" "$spalte1" "${spalte2: -40}"
618    spalte1=$(echo job_name$punkte | cut -c-20)
619    spalte2="$punkte$job_name"
620    printf "| %-20s%40s | \n" "$spalte1" "${spalte2: -40}"
621    printf "#--------------------------------------------------------------# \n\n"
622
623
624       # QUERY CHECK
625    antwort="dummy"
626    while [[ $antwort != y  &&  $antwort != Y  &&  $antwort != n  &&  $antwort != N ]]
627    do
628       read antwort?" >>> continue (y/n) ? "
629    done
630    if [[ $antwort = n  ||  $antwort = N ]]
631    then
632       locat=verify; exit
633    fi
634    printf "\n"
635 fi
636
637    # GENERATE RANDOM IDENTIFIER, AND DETERMINE THE JOBNAME ON THE TARGET HOST
638 identifier=$RANDOM
639 job_on_remhost=${job_name}_${identifier}_$local_host
640 job_to_send=job_to_send_$identifier
641 if [[ $delete_dayfile = false ]]
642 then
643    remote_dayfile=${local_host}_${job_name}_result_$identifier
644    local_dayfile=${remote_host}_${job_name}
645 else
646    remote_dayfile=/dev/null
647 fi
648
649
650    # GENERATE THE BATCH-JOB SCRIPTS (FOR QUEUEING-SYSTEMS qsub/msub/LoadLeveler)
651 if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm  &&  $numprocs != 0 ]]
652 then
653
654       # GENERAL LOADLEVELER SETTINGS
655    execute_in_shell="#!/bin/ksh"
656    use_shell="# @ shell = /bin/ksh"
657    consumable_memory="ConsumableMemory($memory mb)"
658    class="# @ class = $queue"
659    environment="# @ environment = OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task; MP_SHARED_MEMORY=yes"
660    network_to_use="# @ network.mpi = sn_all,shared,us"
661    data_limit="# @ data_limit = 1.76gb"
662    image_size="# @ image_size = 50"
663    wall_clock_limit="# @ wall_clock_limit = ${timestring},$timestring"
664
665    if [[ $email_notification = none ]]
666    then
667       notify_user=""
668    else
669       notify_user="# @ notify_user = $email_notification"
670       if [[ $delete_dayfile = true ]]
671       then
672          notification='# @ notification = never'
673       fi
674    fi
675
676    if [[ $remote_host = ibmh ]]
677    then
678       data_limit=""
679       network_to_use=""
680       class="# @ class = $queue"
681       environment=""
682       rset="# @ rset = RSET_MCM_AFFINITY"
683       task_affinity="# @ task_affinity = core(1)"
684    elif [[ $remote_host = ibmkisti ]]
685    then
686       network_to_use="# @ network.MPI = sn_all,shared,US"
687       wall_clock_limit="# @ wall_clock_limit = $timestring"
688       if [[ $threads_per_task = 1 ]]
689       then
690          rset="# @ rset = RSET_MCM_AFFINITY"
691          mcm_affinity_options="# @ mcm_affinity_options = mcm_mem_pref mcm_sni_none mcm_distribute"
692       fi
693       environment=""
694       use_shell=""
695       data_limit=""
696       image_size=""
697    elif [[ $remote_host = ibmku ]]
698    then
699       execute_in_shell="#!/usr/bin/ksh"
700       use_shell="# @ shell = /usr/bin/ksh"
701       consumable_memory=""
702       environment=""
703       network_to_use="# @ network.mpi = sn_all,shared,us"
704       data_limit=""
705       image_size=""
706    elif [[ $remote_host = ibms ]]
707    then
708       network_to_use="# @ network.mpi = csss,shared,us"
709    fi
710
711    cat > $job_to_send << %%END%%
712$execute_in_shell
713$use_shell
714
715# @ job_type = parallel
716# @ job_name = $job_name
717# @ resources = ConsumableCpus($threads_per_task) $consumable_memory
718# @ output = $remote_dayfile
719# @ error = $remote_dayfile
720$wall_clock_limit
721$image_size
722$class
723$environment
724$network_to_use
725$data_limit
726$rset
727$mcm_affinity_options
728$task_affinity
729$notification
730$notify_user
731
732%%END%%
733
734    if (( nodes > 0 ))
735    then
736
737       if [[ $remote_host != ibmkisti ]]
738       then
739
740          cat >> $job_to_send << %%END%%
741# @ node = $nodes
742# @ tasks_per_node = $processes_per_node
743# @ node_usage = $node_usage
744# @ queue
745
746%%END%%
747
748       else
749
750          cat >> $job_to_send << %%END%%
751# @ total_tasks = $mpi_tasks
752# @ blocking = unlimited
753# @ queue
754
755%%END%%
756
757       fi
758
759    else
760
761       cat >> $job_to_send << %%END%%
762# @ blocking = unlimited
763# @ total_tasks = $numprocs
764# @ node_usage = $node_usage
765# @ queue
766
767%%END%%
768
769    fi
770
771       # WORKAROUND BECAUSE OF SILLY JOB FILTER ON ibmkisti
772    if [[ $remote_host = ibmkisti  &&  $threads_per_task != 1 ]]
773    then
774       echo  "export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task"  >>  $job_to_send
775    fi
776
777 elif [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm  &&  $numprocs = 0 ]]
778 then
779
780    cat > $job_to_send << %%END%%
781#!/bin/ksh
782
783# @ job_type = serial
784# @ node_usage = $node_usage
785# @ job_name = palm
786# @ wall_clock_limit = ${timestring},$timestring
787# @ resources = ConsumableCpus(1) ConsumableMemory(1 gb)
788# @ output = $remote_dayfile
789# @ error = $remote_dayfile
790$class
791$notification
792
793# @ queue
794
795%%END%%
796
797 elif [[ $remote_host = lcbullhh ]]
798 then
799    if [[ $numprocs != 0 ]]
800    then
801       cat > $job_to_send << %%END%%
802#!/bin/bash -l
803#SBATCH -J $job_name
804#SBATCH -t $timestring
805#SBATCH -N $nodes
806#SBATCH --ntasks-per-node=$processes_per_node
807#SBATCH -p $queue
808#SBATCH -o $remote_dayfile
809#SBATCH -e $remote_dayfile
810#SBATCH -A $project_account
811
812$init_cmds
813$module_calls
814
815%%END%%
816
817    else
818       cat > $job_to_send << %%END%%
819#!/bin/bash -l
820#SBATCH -J $job_name
821#SBATCH -t $timestring
822#SBATCH -l ncpus=1
823#SBATCH -l pmem=${memory}mb
824#SBATCH -m abe
825#SBATCH -o $remote_dayfile
826#SBATCH -e $remote_dayfile
827#SBATCH -A $project_account
828
829$init_cmds
830$module_calls
831
832%%END%%
833
834    fi
835
836 elif [[ $remote_host = lccrayb || $remote_host = lccrayh ]]
837 then
838
839    if [[ "$feature" != "" ]]
840    then
841       featuredir="#PBS -l feature=$feature"
842    fi
843
844    if [[ $numprocs != 0 ]]
845    then
846       cat > $job_to_send << %%END%%
847#!/bin/bash
848#PBS -N $job_name
849#PBS -l walltime=$timestring
850#PBS -l nodes=$nodes:ppn=$processes_per_node
851#PBS -o $remote_dayfile
852#PBS -j oe
853#PBS -q $queue
854$featuredir
855
856$init_cmds
857$module_calls
858
859%%END%%
860
861    else
862
863       continue
864
865    fi
866
867 elif [[ $remote_host = lccrayf ]]
868 then
869
870    if [[ $numprocs != 0 ]]
871    then
872       cat > $job_to_send << %%END%%
873#!/bin/bash -l
874#SBATCH -J $job_name
875#SBATCH -t $timestring
876#SBATCH -N $nodes
877#SBATCH --ntasks-per-node=$processes_per_node
878#SBATCH -p $queue
879#SBATCH -o $remote_dayfile
880#SBATCH -e $remote_dayfile
881
882$init_cmds
883$module_calls
884
885%%END%%
886
887    else
888       cat > $job_to_send << %%END%%
889#!/bin/bash -l
890#SBATCH -J $job_name
891#SBATCH -t $timestring
892#SBATCH -l ncpus=1
893#SBATCH -l pmem=${memory}mb
894#SBATCH -m abe
895#SBATCH -o $remote_dayfile
896#SBATCH -e $remote_dayfile
897
898$init_cmds
899$module_calls
900
901%%END%%
902
903    fi
904
905 elif [[ $remote_host = lcflow ]]
906 then
907    if [[ $numprocs != 0 ]]
908    then
909      pe_set="#$ -pe impi $numprocs"
910    else
911      pe_set="#$ -pe impi 1"
912    fi
913    if [[ $queue = default ]]
914    then
915      queue_set=""
916    else
917      queue_set="#$ -q $queue"
918    fi
919    [[ "$disc_space" = "" ]]  &&  disc_space=50
920
921       cat > $job_to_send << %%END%%
922#!/bin/bash
923#$ -S /bin/bash
924#$ -N $job_name
925#$ -cwd
926#$ -l h_rt=$timestring
927#$ -l h_vmem=${memory}M
928#$ -o $remote_dayfile
929#$ -j y
930$pe_set
931#$ -R y
932#$ -l h_fsize=${disc_space}G
933$queue_set
934
935%%END%%
936
937 elif [[ $remote_host = lck || $remote_host = lckordi || $remote_host = lcsb ]]
938 then
939
940    if [[ $numprocs != 0 ]]
941    then
942       cat > $job_to_send << %%END%%
943#!/bin/ksh
944#PBS -N $job_name
945#PBS -l walltime=$timestring
946#PBS -l ncpus=$numprocs
947#PBS -l pmem=${memory}mb
948#PBS -o $remote_dayfile
949#PBS -l nodes=$nodes:ppn=${processes_per_node}
950#PBS -j oe
951
952mpd &
953
954%%END%%
955
956    else
957       cat > $job_to_send << %%END%%
958#!/bin/ksh
959#PBS -N $job_name
960#PBS -l walltime=$timestring
961#PBS -l ncpus=1
962#PBS -l pmem=${memory}mb
963#PBS -o $remote_dayfile
964#PBS -j oe
965
966%%END%%
967
968    fi
969
970 elif [[ $remote_host = lckiaps ]]
971 then
972
973    if [[ $numprocs != 0 ]]
974    then
975       cat > $job_to_send << %%END%%
976#!/bin/ksh
977#PBS -N $job_name
978#PBS -l walltime=$timestring
979#PBS -l select=1:ncpus=$numprocs
980#PBS -l pmem=${memory}mb
981#PBS -q $queue
982#PBS -o $remote_dayfile
983#PBS -j oe
984#PBS -V
985
986%%END%%
987
988    else
989       cat > $job_to_send << %%END%%
990#!/bin/ksh
991#PBS -N $job_name
992#PBS -l walltime=$timestring
993#PBS -l ncpus=1
994#PBS -l pmem=${memory}mb
995#PBS -o $remote_dayfile
996#PBS -j oe
997
998%%END%%
999
1000    fi
1001
1002 elif [[ $remote_host = lcyon ]]
1003 then
1004
1005    if [[ $numprocs != 0 ]]
1006    then
1007       cat > $job_to_send << %%END%%
1008#!/bin/ksh
1009#PBS -N $job_name
1010#PBS -l walltime=$timestring
1011#PBS -l ncpus=$numprocs
1012#PBS -l pmem=${memory}mb
1013#PBS -o $remote_dayfile
1014#PBS -j oe
1015
1016%%END%%
1017
1018    else
1019       cat > $job_to_send << %%END%%
1020#!/bin/ksh
1021#PBS -N $job_name
1022#PBS -l walltime=$timestring
1023#PBS -l ncpus=1
1024#PBS -l pmem=${memory}mb
1025#PBS -o $remote_dayfile
1026#PBS -j oe
1027
1028%%END%%
1029
1030    fi
1031
1032 elif [[ $remote_host = lcxe6 ]]
1033 then
1034
1035    if [[ $numprocs != 0 ]]
1036    then
1037       cat > $job_to_send << %%END%%
1038#!/bin/ksh
1039#PBS -S /bin/ksh
1040#PBS -N $job_name
1041#PBS -A $project_account
1042#PBS -j oe
1043#PBS -l walltime=$timestring
1044#PBS -l mppwidth=${numprocs}
1045#PBS -l mppnppn=${processes_per_node}
1046#PBS -m abe
1047#PBS -o $remote_dayfile
1048$email_directive
1049
1050$init_cmds
1051$module_calls
1052
1053%%END%%
1054
1055    else
1056       cat > $job_to_send << %%END%%
1057#!/bin/ksh
1058#PBS -S /bin/ksh
1059#PBS -N $job_name
1060#PBS -A $project_account
1061#PBS -j oe
1062#PBS -l walltime=$timestring
1063#PBS -l ncpus=1
1064#PBS -l pmem=${memory}mb
1065#PBS -m abe
1066$email_directive
1067#PBS -o $remote_dayfile
1068
1069$init_cmds
1070$module_calls
1071
1072%%END%%
1073
1074    fi
1075
1076 elif [[ $remote_host = lckyoto ]]
1077 then
1078
1079       cat > $job_to_send << %%END%%
1080#!/bin/ksh
1081# @\$-o $remote_dayfile
1082# @\$-eo -oi
1083# @\$-lP 16
1084# @\$-lp 1
1085# @\$-lm 28gb  -llm unlimited -ls unlimited
1086# @\$-q $queue
1087# @\$-Pvn abs_pack
1088##for intel? @\$-Pvn abs_unpack -Pvs unpack -Pvc unpack
1089#. /thin/local/etc/setprofile/intel-11.0.sh
1090#. /thin/local/etc/setprofile/mvapich2-1.4+intel-11.0.sh
1091. ~/.myprofile
1092#. /home2/t/t51254/palm/current_version/myprofile
1093#. /thin/apps/pgi/mpi.sh
1094#
1095env
1096#
1097set -x
1098
1099%%END%%
1100
1101 elif [[ $remote_host = lcxt5m ]]
1102 then
1103
1104    if [[ $numprocs != 0 ]]
1105    then
1106       cat > $job_to_send << %%END%%
1107#!/bin/ksh
1108#PBS -S /bin/ksh
1109#PBS -N $job_name
1110#PBS -j oe
1111#PBS -l walltime=$timestring
1112#PBS -l mppwidth=${numprocs}
1113#PBS -l mppnppn=${processes_per_node}
1114#PBS -m abe
1115#PBS -o $remote_dayfile
1116
1117$init_cmds
1118$module_calls
1119
1120%%END%%
1121
1122    else
1123       cat > $job_to_send << %%END%%
1124#!/bin/ksh
1125#PBS -S /bin/ksh
1126#PBS -N $job_name
1127#PBS -j oe
1128#PBS -l walltime=$timestring
1129#PBS -l ncpus=1
1130#PBS -l pmem=${memory}mb
1131#PBS -m abe
1132#PBS -o $remote_dayfile
1133
1134$init_cmds
1135$module_calls
1136
1137%%END%%
1138
1139    fi
1140
1141 elif [[ $remote_host = lckyuh ]]
1142 then
1143    cat > $job_to_send << %%END%%
1144#!/bin/bash
1145#PJM -L "rscgrp=$queue"
1146#PJM -L "node=$nodes"
1147#PJM --mpi "proc=$numprocs"
1148#PJM -L "elapse=$timestring"
1149#PJM -o $remote_dayfile
1150#PJM -j
1151#PJM -X
1152#PJM --no-stging
1153
1154export LANG=en_US.UTF-8
1155%%END%%
1156
1157 elif [[ $remote_host = lckyut ]]
1158 then
1159    cat > $job_to_send << %%END%%
1160#!/bin/bash
1161#PJM -L "rscgrp=$queue"
1162#PJM -L "vnode=$numprocs"
1163#PJM -L "vnode-core=1"
1164#PJM -L "elapse=$timestring"
1165#PJM --mpi proc=$numprocs
1166#PJM -o $remote_dayfile
1167#PJM -j
1168#PJM -X
1169#PJM --no-stging
1170
1171export LANG=en_US.UTF-8
1172%%END%%
1173
1174 elif [[ $remote_host = lcocean ]]
1175 then
1176   cat > $job_to_send << %%END%%
1177#!/bin/bash
1178#$ -cwd
1179#$ -V
1180#$ -N $job_name
1181#$ -pe orte $numprocs
1182#$ -o $remote_dayfile
1183#$ -j y
1184#$ -R y
1185$init_cmds
1186$module_calls
1187
1188%%END%%
1189
1190 elif [[ $remote_host = nech ]]
1191 then
1192
1193    if (( nodes > 1 ))
1194    then
1195       cat > $job_to_send << %%END%%
1196#!/bin/ksh
1197#PBS -l cpunum_prc=$processes_per_node,cputim_job=$cputime
1198#PBS -l ${qsubmem}=${Memory}gb
1199#PBS -b $nodes
1200#PBS -o $remote_dayfile
1201#PBS -N palm
1202#PBS -j o
1203#PBS -T mpisx
1204
1205%%END%%
1206
1207    elif [[ $numprocs != 0 ]]
1208    then
1209       cat > $job_to_send << %%END%%
1210#!/bin/ksh
1211#PBS -l cpunum_prc=$processes_per_node,cputim_job=$cputime
1212#PBS -l ${qsubmem}=${Memory}gb
1213#PBS -o $remote_dayfile
1214#PBS -N palm
1215#PBS -j o
1216
1217%%END%%
1218
1219    else
1220       cat > $job_to_send << %%END%%
1221#!/bin/ksh
1222#PBS -l ${qsubmem}=${Memory}gb,${qsubtime}=$cputime
1223#PBS -o $remote_dayfile
1224#PBS -j o
1225
1226%%END%%
1227
1228    fi
1229
1230 elif [[ $remote_host = lctit ]]
1231 then
1232    cat > $job_to_send << %%END%%
1233#!/bin/ksh
1234$init_cmds
1235$module_calls
1236
1237%%END%%
1238
1239       # SET OPTIONS FOR SUBMIT-COMMAND
1240    if [[ $tasks_per_node != $processes_per_node ]]
1241    then
1242       submcom="$submcom -W group_list=$group_number -N $job_name -l walltime=$timestring -l select=$nodes:ncpus=$processes_per_node:mpiprocs=$tasks_per_node:mem=${Memory}gb -o $remote_dayfile -j oe -et 1 -q $queue "
1243    else
1244       submcom="$submcom -W group_list=$group_number -N $job_name -l walltime=$timestring -l select=$nodes:ncpus=$processes_per_node:mpiprocs=$tasks_per_node:mem=${Memory}gb -l place=scatter -o $remote_dayfile -j oe -et 1 -q $queue "
1245    fi
1246
1247 else
1248
1249    cat > $job_to_send << %%END%%
1250# @\$-q ${queue}
1251# @\$-l${qsubtime} $timestring
1252# @\$-l${qsubmem} ${memory}mb
1253# @\$-o $remote_dayfile
1254# @\$-eo
1255
1256%%END%%
1257
1258 fi
1259
1260
1261    # IN CASE OF JOBS EXECUTING ON REMOTE-HOSTS, THE TRANSFER OF THE DAYFILES
1262    # TO THE LOCAL HOSTS WILL BE INITIATED BY TRAP ON EXIT
1263    # NO TRANSFER POSSIBLE ON IBM IN SEOUL
1264 if [[ $delete_dayfile = false  &&  $remote_host != $local_host ]]
1265 then
1266    echo "set +vx"                              >>  $job_to_send
1267    echo "trap '"                               >>  $job_to_send
1268    echo "set +vx"                              >>  $job_to_send
1269    if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm  ||  $remote_host = lcbullhh  ||  $remote_host = lccrayb  ||  $remote_host = lccrayh  ||  $(echo $remote_host | cut -c1-3) = nec  ||  $remote_host = lcflow  ||  $remote_host = lckiaps  ||  $remote_host = lckyu* || $remote_host = lcxe6  ||  $remote_host = lcocean ]]
1270    then
1271       if [[ $remote_host = ibmh ]]
1272       then
1273          return_queue=c1
1274       elif [[ $remote_host = ibmkisti ]]
1275       then
1276          return_queue=class.1-2
1277       elif [[ $remote_host = ibmku ]]
1278       then
1279          return_queue=sdbg2
1280       elif [[ $remote_host = ibms ]]
1281       then
1282          return_queue=p_normal
1283       elif [[ $remote_host = lcbullhh ]]
1284       then
1285          return_queue=shared
1286       elif [[ $remote_host = lccrayb || $remote_host = lccrayh ]]
1287       then
1288          return_queue=dataq
1289       elif [[ $remote_host = lcxe6 ]]
1290       then
1291          return_queue=debug
1292       elif [[ $remote_host = lckiaps ]]
1293       then
1294          return_queue=express
1295       elif [[ $remote_host = lckyuh ]]
1296       then
1297          return_queue=cx-single
1298       elif [[ $remote_host = lckyut ]]
1299       then
1300          return_queue=cx-single
1301       else
1302          return_queue=unknown
1303       fi
1304
1305       if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm ]]
1306       then
1307
1308          if [[ $remote_host = ibmku ]]
1309          then
1310             echo "echo \"#!/usr/bin/ksh\" >> scpjob.$identifier"            >>  $job_to_send
1311             echo "echo \"# @ shell = /usr/bin/ksh\" >> scpjob.$identifier"  >>  $job_to_send
1312          else
1313             echo "echo \"#!/bin/ksh\" >> scpjob.$identifier"                >>  $job_to_send
1314          fi
1315          echo "echo \"# @ job_type = serial\" >> scpjob.$identifier"    >>  $job_to_send
1316          echo "echo \"# @ job_name = transfer\" >> scpjob.$identifier"  >>  $job_to_send
1317          echo "echo \"# @ resources = ConsumableCpus(1) ConsumableMemory(1 gb)\" >> scpjob.$identifier"  >>  $job_to_send
1318          echo "echo \"# @ wall_clock_limit = 00:10:00,00:10:00\" >> scpjob.$identifier "  >>  $job_to_send
1319          echo "echo \"# @ output = job_queue/last_job_transfer_protocol\" >> scpjob.$identifier"  >>  $job_to_send
1320          echo "echo \"# @ error = job_queue/last_job_transfer_protocol\" >> scpjob.$identifier"  >>  $job_to_send
1321          if [[ $host != "ibmh" ]]
1322          then
1323             echo "echo \"# @ class = $return_queue\" >> scpjob.$identifier"  >>  $job_to_send
1324          fi
1325          echo "echo \"# @ image_size = 10\" >> scpjob.$identifier"      >>  $job_to_send
1326          echo "echo \"# @ notification = never\" >> scpjob.$identifier" >>  $job_to_send
1327
1328          echo "echo \"# @ queue\" >> scpjob.$identifier"                >>  $job_to_send
1329          echo "echo \" \" >> scpjob.$identifier"                        >>  $job_to_send
1330
1331          echo "echo \"set -x\" >> scpjob.$identifier"                   >>  $job_to_send
1332          echo "echo \"batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_user  $local_address  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \\\"$job_catalog\\\"  $local_dayfile\" >> scpjob.$identifier"  >>  $job_to_send
1333          if [[ $remote_host = ibmku ]]
1334          then
1335             echo "echo \"rm  scpjob.$identifier\" >> scpjob.$identifier"   >>  $job_to_send
1336          fi
1337          echo "echo \"exit\" >> scpjob.$identifier"                     >>  $job_to_send
1338
1339       elif [[ $remote_host = nech ]]
1340       then
1341          echo "cd /pf/b/${remote_user}/job_queue" >>  $job_to_send
1342          echo "cat > scpjob.$identifier << %%END%%"  >>  $job_to_send
1343          echo "#PBS -l ${qsubmem}=1GB,${qsubtime}=100"  >>  $job_to_send
1344          echo "#PBS -o last_job_transfer_protocol"      >>  $job_to_send
1345          echo "#PBS -j o"                         >>  $job_to_send
1346          echo " "                                 >>  $job_to_send
1347          echo "set -x"                            >>  $job_to_send
1348          echo "cd /pf/b/${remote_user}/job_queue" >>  $job_to_send
1349          echo "batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_user $local_address  $remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
1350          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
1351          echo "%%END%%"                           >>  $job_to_send
1352
1353       elif [[ $remote_host = lcbullhh ]]
1354       then
1355          echo "cat > scpjob.$identifier << %%END%%"        >>  $job_to_send
1356          echo "#!/bin/bash"                             >>  $job_to_send
1357          echo "#SBATCH --job-name=job_protocol_transfer" >>  $job_to_send
1358          echo "#SBATCH -t 00:20:00"                     >>  $job_to_send
1359          echo "#SBATCH -N 1"                            >>  $job_to_send
1360          echo "#SBATCH -n 1"                            >>  $job_to_send
1361          echo "#SBATCH -o \$HOME/job_queue/last_job_transfer_protocol"      >>  $job_to_send
1362          echo "#SBATCH -o $remote_dayfile"              >>  $job_to_send
1363          echo "#SBATCH -e $remote_dayfile"              >>  $job_to_send
1364          echo "#SBATCH -A $project_account"             >>  $job_to_send
1365          echo "#SBATCH -p $return_queue"                >>  $job_to_send
1366          echo " "                                       >>  $job_to_send
1367          echo "set -x"                                  >>  $job_to_send
1368          echo "batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_user $local_address  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
1369          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
1370          echo "%%END%%"                                 >>  $job_to_send
1371
1372       elif [[ $remote_host = lckyuh ]]
1373       then
1374          echo "cat > scpjob.$identifier << %%END%%"  >>  $job_to_send
1375          echo "#!/bin/bash"                       >>  $job_to_send
1376          echo "#PJM -L \"node=1\""                >>  $job_to_send
1377          echo "#PJM -L \"rscgrp=$return_queue\""  >>  $job_to_send
1378          echo "#PJM --no-stging"                  >>  $job_to_send
1379          echo "#PJM -L \"elapse=30:00\""          >>  $job_to_send
1380          echo "#PJM -o \$HOME/job_queue/last_job_transfer_protocol"  >>  $job_to_send
1381          echo "#PJM -j"                           >>  $job_to_send
1382          echo " "                                 >>  $job_to_send
1383          echo "export LANG=en_US.UTF-8"           >>  $job_to_send
1384          echo "set -x"                            >>  $job_to_send
1385          echo "batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_user $local_address  $remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
1386          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
1387          echo "%%END%%"                           >>  $job_to_send
1388
1389       elif [[ $remote_host = lckyut ]]
1390       then
1391          echo "cat > scpjob.$identifier << %%END%%"  >>  $job_to_send
1392          echo "#!/bin/bash"                       >>  $job_to_send
1393          echo "#PJM -L \"vnode=1\""               >>  $job_to_send
1394          echo "#PJM -L \"rscgrp=$return_queue\""  >>  $job_to_send
1395          echo "#PJM --no-stging"                  >>  $job_to_send
1396          echo "#PJM -L \"elapse=30:00\""          >>  $job_to_send
1397          echo "#PJM -o \$HOME/job_queue/last_job_transfer_protocol"  >>  $job_to_send
1398          echo "#PJM -j"                           >>  $job_to_send
1399          echo " "                                 >>  $job_to_send
1400          echo "export LANG=en_US.UTF-8"           >>  $job_to_send
1401          echo "set -x"                            >>  $job_to_send
1402          echo "batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_user $local_address  $remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
1403          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
1404          echo "%%END%%"                           >>  $job_to_send
1405
1406       elif [[ $remote_host = lccrayb || $remote_host = lccrayh ]]
1407       then
1408          echo "cat > scpjob.$identifier << %%END%%"        >>  $job_to_send
1409          echo "#!/bin/bash"                             >>  $job_to_send
1410          echo "#PBS -N job_protocol_transfer"           >>  $job_to_send
1411          echo "#PBS -l walltime=00:30:00"               >>  $job_to_send
1412          echo "#PBS -l nodes=1:ppn=1"                   >>  $job_to_send
1413          echo "#PBS -o \$HOME/job_queue/last_job_transfer_protocol"      >>  $job_to_send
1414          echo "#PBS -j oe"                              >>  $job_to_send
1415          echo " "                                       >>  $job_to_send
1416          echo "set -x"                                  >>  $job_to_send
1417          echo "batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_user $local_address  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
1418          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
1419          echo "%%END%%"                                 >>  $job_to_send
1420
1421       elif [[ $remote_host = lcocean ]]
1422       then
1423          echo "cat > scpjob.${identifier}.tmp << %%END%%"                  >>  $job_to_send
1424          echo "#!/bin/bash"                                             >>  $job_to_send
1425          echo "SGEPREFIX -S /bin/bash"                                  >>  $job_to_send
1426          echo "SGEPREFIX -N transfer_$job_name"                         >>  $job_to_send
1427          echo "SGEPREFIX -cwd"                                          >>  $job_to_send
1428          echo "SGEPREFIX -j y"                                          >>  $job_to_send
1429          echo "SGEPREFIX -o ${local_host}_${job_name}_scpjob_$identifier"  >>  $job_to_send 
1430          echo " "                                                       >>  $job_to_send 
1431          echo "set -x"                                                  >>  $job_to_send 
1432          echo "export PALM_BIN=$PALM_BIN" | sed -e 's:'$HOME':$HOME:'   >>  $job_to_send
1433          echo "export PATH=\$PATH:\$PALM_BIN"                           >>  $job_to_send
1434          echo ""                                 >>  $job_to_send         
1435          echo "batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_user $local_address  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
1436          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
1437          echo "rm -f scpjob.${identifier}"                                 >>  $job_to_send         
1438          echo "%%END%%"                                                 >>  $job_to_send
1439          echo "sed -e 's/SGEPREFIX/#$/g' scpjob.${identifier}.tmp > scpjob.${identifier}" >>  $job_to_send         
1440          echo "rm -f scpjob.${identifier}.tmp"                             >>  $job_to_send         
1441
1442       elif [[ $remote_host = lcflow ]]
1443       then
1444          echo "cat > scpjob.${identifier}.tmp << %%END%%"                  >>  $job_to_send
1445          echo "#!/bin/bash"                                             >>  $job_to_send
1446          echo "SGEPREFIX -S /bin/bash"                                  >>  $job_to_send
1447          echo "SGEPREFIX -N transfer_$job_name"                         >>  $job_to_send
1448          echo "SGEPREFIX -cwd"                                          >>  $job_to_send
1449          echo "SGEPREFIX -l h_rt=01:00:00"                              >>  $job_to_send
1450          echo "SGEPREFIX -l h_vmem=500M"                                >>  $job_to_send
1451          echo "SGEPREFIX -j y"                                          >>  $job_to_send
1452          echo "SGEPREFIX -o ${local_host}_${job_name}_scpjob_$identifier"  >>  $job_to_send 
1453          echo " "                                                       >>  $job_to_send 
1454          echo "set -x"                                                  >>  $job_to_send 
1455          echo "export PALM_BIN=$PALM_BIN" | sed -e 's:'$HOME':$HOME:'   >>  $job_to_send
1456          echo "export PATH=\$PATH:\$PALM_BIN"                           >>  $job_to_send
1457          echo ""                                 >>  $job_to_send         
1458          echo "batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_user $local_address  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
1459          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
1460          echo "rm -f scpjob.${identifier}"                                 >>  $job_to_send         
1461          echo "%%END%%"                                                 >>  $job_to_send
1462          echo "sed -e 's/SGEPREFIX/#$/g' scpjob.${identifier}.tmp > scpjob.${identifier}" >>  $job_to_send         
1463          echo "rm -f scpjob.${identifier}.tmp"                             >>  $job_to_send         
1464       elif [[ $remote_host = lcxe6 ]]
1465       then
1466          echo "cat > scpjob.${identifier}  << %%END%%"  >>  $job_to_send
1467          echo "#!/bin/ksh"                              >>  $job_to_send
1468          echo "#PBS -N job_protocol_transfer"           >>  $job_to_send
1469          echo "#PBS -l walltime=00:30:00"               >>  $job_to_send
1470          echo "#PBS -A $project_account"                >>  $job_to_send
1471          echo "#PBS -l mppwidth=1"                      >>  $job_to_send
1472          echo "#PBS -l mppnppn=1"                       >>  $job_to_send
1473          echo "#PBS -o \$HOME/job_queue/last_job_transfer_protocol"  >>  $job_to_send
1474          echo "#PBS -j oe"                              >>  $job_to_send
1475          echo " "                                       >>  $job_to_send
1476          echo "set -x"                                  >>  $job_to_send
1477          echo "batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_user $local_address  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
1478          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
1479          echo "%%END%%"                                 >>  $job_to_send
1480       else
1481
1482          echo "cat > scpjob.$identifier << %%END%%"  >>  $job_to_send
1483          echo "# @\\\$-q $return_queue"           >>  $job_to_send
1484          echo "# @\\\$-l${qsubtime} 10"           >>  $job_to_send
1485          echo "# @\\\$-l${qsubmem} 10mb"          >>  $job_to_send
1486          if [[ $remote_host = t3ej2  ||  $remote_host = t3ej5  ||  $remote_host = t3es ]]
1487          then
1488             echo "# @\$-l mpp_p=0"                >>  $job_to_send
1489          fi
1490          echo '# @\$-lF 10mb'                     >>  $job_to_send
1491          echo '# @\$-o job_queue/last_job_transfer_protocol'    >>  $job_to_send
1492          echo '# @\\\$-eo'                          >>  $job_to_send
1493          echo " "                                 >>  $job_to_send
1494          if [[ $remote_host = t3ej2  ||  $remote_host = t3ej5 ]]
1495          then
1496             echo "set +vx"                        >>  $job_to_send
1497             echo ". .profile"                     >>  $job_to_send
1498          fi
1499          echo "set -x"                            >>  $job_to_send
1500          echo "batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_user $local_address  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile  >  /dev/null"  >>  $job_to_send
1501          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
1502          echo "%%END%%"                           >>  $job_to_send
1503
1504       fi
1505
1506       if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm ]]
1507       then
1508          echo "llsubmit  scpjob.$identifier"      >>  $job_to_send
1509       elif [[ $remote_host = lcbullhh ]]
1510       then
1511          echo "sbatch  scpjob.$identifier"               >>  $job_to_send
1512       elif [[ $remote_host = lccrayb || $remote_host = lccrayh ]]
1513       then
1514          echo "msub -q $return_queue  scpjob.$identifier"               >>  $job_to_send
1515       elif [[ $remote_host = t3eb  ||  $remote_host = t3eh  ||  $remote_host = t3ej2  ||  $remote_host = t3ej5 ]]
1516       then
1517          echo "qsub -J n  scpjob.$identifier"     >>  $job_to_send
1518       elif [[ $remote_host = t3es ]]
1519       then
1520          echo "qsub -J n  -s /bin/ksh  scpjob.$identifier"     >>  $job_to_send
1521       elif [[ $remote_host = lckiaps ]]
1522       then
1523          echo "mv  scpjob.$identifier  $job_catalog"           >>  $job_to_send
1524          echo "ssh $SSH_PORTOPT ${remote_username}@${remote_address}  \"$submcom ${job_catalog}/scpjob.$identifier\" "  >>  $job_to_send
1525          echo "rm  ${job_catalog}/scpjob.$identifier"          >>  $job_to_send
1526       elif [[ $remote_host = lckyu* ]]
1527       then
1528          echo "scp $PORTOPT scpjob.$identifier  ${remote_username}@${remote_address}:job_queue"           >>  $job_to_send
1529          echo "ssh $SSH_PORTOPT ${remote_username}@${remote_address}  \"cd job_queue; $submcom scpjob.$identifier; rm scpjob.$identifier\" "  >>  $job_to_send
1530       elif [[ $remote_host = lcflow  ||  $remote_host = lcocean ]]
1531       then
1532          echo "mv  scpjob.$identifier  $job_catalog"           >>  $job_to_send
1533          echo "/usr/bin/ssh ${remote_username}@${remote_address}  \"$init_cmds $module_calls cd $job_catalog; $submcom scpjob.$identifier\" "  >>  $job_to_send
1534       else
1535          echo "$submcom  scpjob.$identifier"      >>  $job_to_send
1536       fi
1537       if [[ $remote_host != ibmku  &&  $remote_host != lckiaps ]]
1538       then
1539          echo "rm  scpjob.$identifier"            >>  $job_to_send
1540       fi
1541       if [[ $remote_host = nech ]]
1542       then
1543          echo "cd -"                           >>  $job_to_send
1544       fi
1545    else
1546#       echo "ftpcopy  -d  $local_address  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
1547       # ??? funktioniert das ÃŒberhaupt noch ???
1548       echo "nohup  ftpcopy  -d  -w 15  $local_address  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile  >  /dev/null  &"  >>  $job_to_send
1549    fi
1550    echo "set -x"                               >>  $job_to_send
1551    echo "     ' exit"                          >>  $job_to_send
1552    echo "set -x"                               >>  $job_to_send
1553 fi
1554
1555
1556    # APPEND THE JOB-FILE (CREATE BY mrun) TO THE JOB-DIRECTIVES GENERATED ABOVE
1557 cat  $file_to_send  >>  $job_to_send
1558
1559 if [[ $remote_host = ibm ]]
1560 then
1561    echo " "         >>  $job_to_send
1562    echo "exit"      >>  $job_to_send
1563 fi
1564
1565    # REMOVE JOB-FILE
1566 if [[ $remote_host = lctit  ||  $remote_host = ibmku  ||  $remote_host = lcflow ]]
1567 then
1568    echo " "                               >>  $job_to_send
1569    echo "rm ~/job_queue/$job_on_remhost"  >>  $job_to_send
1570 fi
1571
1572
1573    # TRANSFER JOB TO THE TARGET HOST (JOB-DIRECTORY)
1574 if [[ $no_submit = false ]]
1575 then
1576    if [[ $remote_host != $local_host ]]
1577    then
1578       [[ $verify = true ]]  &&  printf "\n >>> transfering job to \"$remote_host\"..."
1579       if [[ $remote_host = ibms ]]    # ssh on ibms cannot handle "~/"
1580       then
1581          job_catalog_save=$job_catalog
1582          job_catalog=job_queue
1583       elif [[ $remote_host = nech ]]
1584       then
1585          job_catalog_save=$job_catalog
1586          job_catalog=/hpf/b/${remote_user}/job_queue
1587       fi
1588       if [[ $remote_host = nech ]]
1589       then
1590             # FILES CAN ONLY BE TRANSFERED VIA DKRZ'S ARCHIVE-SERVER
1591          scp  $PORTOPT  $job_to_send  ${remote_user}@136.172.44.205:${job_catalog}/$job_on_remhost
1592       else
1593          scp  $PORTOPT  $job_to_send  ${remote_user}@${remote_address}:${job_catalog}/$job_on_remhost
1594       fi
1595       if [[ $? = 1 ]]
1596       then
1597          locat=scp; exit
1598       fi
1599       if [[ $remote_host = ibms ]]
1600       then
1601          job_catalog=$job_catalog_save
1602       fi
1603       [[ $verify = true ]]  &&  printf "\n >>> finished\n"
1604    else
1605       eval  job_catalog=$job_catalog
1606       cp  $job_to_send  ${job_catalog}/$job_on_remhost
1607    fi
1608
1609
1610
1611       # START NQS- / LOADLEVELER-JOB
1612    if [[ $remote_host != $local_host ]]
1613    then
1614       [[ $verify = true ]]  &&  printf "\n >>> submitting job using \"qsub\"...\n"
1615
1616       if [[ $remote_host = ibmku ]]
1617       then
1618          ssh  $SSH_PORTOPT $remote_address  -l $remote_user  "cd $job_catalog; $submcom $job_on_remhost"
1619       elif [[ $remote_host = lcflow ]]
1620       then
1621          /usr/bin/ssh  $SSH_PORTOPT $remote_address  -l $remote_user  "$init_cmds $module_calls cd $job_catalog; $submcom $job_on_remhost"
1622       else
1623          ssh  $SSH_PORTOPT $remote_address  -l $remote_user  "cd $job_catalog; $submcom $job_on_remhost; rm $job_on_remhost"
1624       fi
1625
1626       [[ $verify = true ]]  &&  printf " >>> o.k.\n"
1627    else
1628       cd  $job_catalog
1629       if [[ $(echo $local_host | cut -c1-3) = ibm  ||  $(echo $local_host | cut -c1-6) = lccray ]]
1630       then
1631          eval  $submcom  $job_on_remhost
1632       elif [[  $local_host = lctit  ||  $localhost = lcxe6  ||  $localhost = lck  || $localhost = lckordi ||  $localhost = lcyon || $localhost = lcsb  ||  $localhost = lckyu* ]]
1633       then
1634          chmod  u+x  $job_on_remhost
1635          eval  $submcom  $job_on_remhost
1636       elif [[ $local_host = nech ]]
1637       then
1638          if [[ $queue = default ]]
1639          then
1640             eval  $submcom  $job_on_remhost
1641          else
1642             eval  $submcom  -q $queue  $job_on_remhost
1643          fi
1644       elif [[ $local_host = lcbullhh ]]
1645       then
1646          if [[ $queue = default ]]
1647          then
1648             eval  $submcom  $job_on_remhost
1649          fi
1650       else
1651          qsub  $job_on_remhost
1652       fi
1653
1654          # JOBFILE MUST NOT BE DELETED ON lctit/ibmku/lcflow. THIS WILL BE DONE
1655          # AT THE END OF THE JOB
1656       if [[ $local_host != lctit  &&  $local_host != ibmku  &&  $local_host != lcflow ]]
1657       then
1658          rm  $job_on_remhost
1659       fi
1660       cd  -  > /dev/null
1661    fi
1662 fi
1663
1664    # FINAL ACTIONS
1665 if [[ $no_submit = false ]]
1666 then
1667    rm  -f $job_to_send
1668 fi
1669 [[ $verify = true ]]  &&  printf "\n\n *** SUBJOB finished \n\n"
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.