Home


About us
PALM
PALM-4U
Installation
Release notes
Documentation
Getting Help
Gallery
Developers area

source: palm/trunk/SCRIPTS/palm_wd @ 4841

Last change on this file since 4841 was 4481, checked in by maronga, 5 years ago

Bugfix for copyright updates in document_changes; copyright update applied to all files
  • Property svn:executable set to *
  • Property svn:keywords set to Id
File size: 39.9 KB
Line 
1#!/usr/bin/env python
2# -*- coding: utf-8 -*-
3#--------------------------------------------------------------------------------#
4# This file is part of the PALM model system.
5#
6# PALM is free software: you can redistribute it and/or modify it under the terms
7# of the GNU General Public License as published by the Free Software Foundation,
8# either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
9#
10# PALM is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY
11# WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR
12# A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
13#
14# You should have received a copy of the GNU General Public License along with
15# PALM. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
16#
17# Copyright 1997-2020  Leibniz Universitaet Hannover
18#--------------------------------------------------------------------------------#
19#
20# Current revisions:
21# -----------------
22#
23#
24# Former revisions:
25# -----------------
26# $Id: palm_wd 4481 2020-03-31 18:55:54Z forkel $
27# Removed PALM_BIN dependency
28#
29# 3943 2019-05-02 09:50:41Z maronga
30# Adjustments and bugfixes
31#
32#
33# 2825 2018-02-20 21:48:27Z maronga
34# Modified header
35#
36# 2718 2018-01-02 08:49:38Z maronga
37# Corrected "Former revisions" section
38#
39# 2696 2017-12-14 17:12:51Z kanani
40# Change in file header (GPL part)
41#
42# 2416 2017-09-06 14:28:14Z maronga
43# Adapted for palmrun
44#
45# 1754 2016-02-22 13:50:22Z maronga
46#
47# 1753 2016-02-22 13:49:49Z maronga
48# Bugfix: use of global variables is required after updating configuration file
49#
50# 1751 2016-02-15 07:44:16Z maronga
51# Bugfixes: runs on multiple hosts caused crash of the watchdog. Progress bar
52# occasionally showed wrong progress.
53# New: Hosts can be switched on/off and update_frequency can be modified via
54# File->Options. Security check for cancelation of jobs.
55#
56# 1618 2015-07-13 06:52:15Z maronga
57# Added steering via configuration file .wd.config, to be place in the local
58# palm directory. Watchdog save files are automatically created upon first start.
59#
60# 1613 2015-07-08 14:53:29Z maronga
61# Bugfix: tooltip for queuing name did not show up on first update.
62# New: added contect menu for showing the parameter file and the run control
63# output
64#
65# 1611 2015-07-07 12:23:22Z maronga
66# Initial revision
67#
68#
69# Description:
70# ------------
71# PALM watchdog client for monitoring batch jobs on a variety of hosts specified
72# by the user
73#
74# Instructions:
75# -------------
76# 1) Modify the header section of palm_wd
77# 2) Move .wd.olddata and .wd.newdata to your palm directory
78#    (e.g. /home/user/current_version/.wd.newdata etc.)
79# 3) Modify a copy of palm_wdd for each host to be monitored and move it to the
80#    respective hosts
81# 4) Start the client either from mrungui or from shell by "nohup palm_wd&"
82
83# To do:
84# ------
85# 1) Add "Options", "Help" and "Manual"
86# 2) Move user settings to a configuration file
87#------------------------------------------------------------------------------!
88
89import ConfigParser as configparser
90import datetime
91import os
92from PyQt4 import QtGui, QtCore, uic
93from PyQt4.QtCore import pyqtSlot,SIGNAL,SLOT
94import shutil
95import subprocess as sub
96import sys
97import time
98
99# Determine PALM directories
100#  Check if configuration files exists and quit otherwise
101input_config = ".wd.config"
102
103for i in range(0,len(sys.argv)): 
104   input_config = str(sys.argv[i])
105   palm_dir = os.getcwd()
106   palm_bin = palm_dir + '/trunk/SCRIPTS'
107       
108config = configparser.RawConfigParser(allow_no_value=True)
109
110if ( os.path.isfile(input_config) == False ):
111   print ("Error. No configuration file " + input_config + " found.")
112   raise SystemExit   
113else:
114   print(os.path.isfile(input_config))
115
116print(input_config)
117
118config.read(input_config) 
119
120config = ConfigParser.RawConfigParser()
121config.read(palm_dir + '/.wd.config')
122
123description = []
124hostname = []
125username = []
126pycall = []
127
128
129for i in range(0,len(config.sections())):
130
131    description_tmp = config.sections()[i]
132 
133    if ( description_tmp != 'Settings' ):
134     
135       if ( config.get(description_tmp, 'enabled') == 'true' ):
136          description.append(description_tmp)
137          hostname.append(config.get(description_tmp, 'hostname'))
138          username.append(config.get(description_tmp, 'username')) 
139          pycall.append(config.get(description_tmp, 'pycall'))
140    else:
141       update_frequency = int(config.get(description_tmp, 'update_frequency'))*60000
142
143# Check if .wd.olddata and .wd.newdata exist. Otherwise create the files
144if ( os.path.exists(palm_dir + '/.wd.olddata') == False ):
145   print "No .wd.olddata found. Creating..."
146   file1 = open(palm_dir + '/.wd.olddata', 'a')
147   file1.close()
148   
149
150if ( os.path.exists(palm_dir + '/.wd.newdata') == False ):
151   print "No .wd.newdata found. Creating..." 
152   file1 = open(palm_dir + '/.wd.newdata', 'a')
153   file1.close()
154
155# Dummy variables for the jobname and the progressbars
156jobname = ""
157timestamp = ""
158pbars = []
159job_data_list = []
160
161# Message box for showing RUN_CONTROL output
162class MessageBoxScroll(QtGui.QMessageBox):
163    def __init__(self):
164        QtGui.QMessageBox.__init__(self)
165        self.setSizeGripEnabled(True)
166
167    def event(self, e):
168        result = QtGui.QMessageBox.event(self, e)
169
170        self.setMinimumHeight(100)
171        self.setMaximumHeight(16777215)
172        self.setMinimumWidth(400)
173        self.setMaximumWidth(16777215)
174        self.setSizePolicy(QtGui.QSizePolicy.Expanding, QtGui.QSizePolicy.Expanding)
175
176        textEdit = self.findChild(QtGui.QTextEdit)
177        if textEdit != None :
178            textEdit.setMinimumHeight(800)
179            textEdit.setMaximumHeight(16777215)
180            textEdit.setMinimumWidth(1000)
181            textEdit.setMaximumWidth(16777215)
182            textEdit.setSizePolicy(QtGui.QSizePolicy.Expanding, QtGui.QSizePolicy.Expanding)
183            f = QtGui.QFont('not_a_font') #
184            f.setStyleHint(f.TypeWriter, f.PreferDefault)
185            textEdit.setFont(f)
186
187        return result
188
189
190# Message box for showing RUN_CONTROL output
191class OptionBox(QtGui.QDialog):
192    def __init__(self):
193     
194        super(OptionBox, self).__init__()
195     
196        uic.loadUi(palm_bin + '/palm_wd_files/wdoptions.ui', self)
197       
198        hostname = []
199        self.checkbox = []
200        j = -1
201        ypos = 0
202   
203        self.vbox = QtGui.QVBoxLayout(self)
204        self.vbox.setSpacing(0)
205        self.vbox.setMargin(0)       
206   
207        config.read(palm_dir + '/.wd.config')
208   
209        for i in range(0,len(config.sections())):
210
211           description_tmp = config.sections()[i]
212 
213           if ( description_tmp != 'Settings' ):
214              description.append(description_tmp)
215              hostname.append(config.get(description_tmp, 'hostname'))
216             
217              j = j + 1
218              self.checkbox.append(j)
219              self.checkbox[j] = QtGui.QCheckBox(description_tmp, self)   
220              ypos = ypos + 20
221              self.checkbox[j].move(10,0)
222              if ( config.get(description_tmp, 'enabled') == 'true' ):
223                 self.checkbox[j].toggle()
224                       
225              self.vbox.addWidget(self.checkbox[j])
226           else:
227              self.update_spin.setValue(int(config.get(description_tmp, 'update_frequency')))
228     
229        self.hostBox.setLayout(self.vbox)
230        self.hostBox.setGeometry(0, 0, 272, 50+ypos)
231        self.settingBox.setGeometry(281, 0, 214, 50+ypos)
232        self.ok.setGeometry(385, 50+ypos, 111, 24)
233        self.cancel.setGeometry(270, 50+ypos, 111, 24)
234       
235        self.setGeometry(0, 0, 500, 80+ypos)
236        self.show()
237       
238        return
239
240#   save updtes to file
241    def SaveAndClose(self):
242     
243       for i in range(0,len(self.checkbox)):
244         
245          if ( self.checkbox[i].checkState() == 0 ):
246             config.set(str(self.checkbox[i].text()),'enabled','false')
247          else:
248             config.set(str(self.checkbox[i].text()),'enabled','true')       
249       
250       config.set('Settings','update_frequency',self.update_spin.text()) 
251
252       with open(palm_dir + '/.wd.config', 'wb') as configfile:
253          config.write(configfile)
254
255
256       self.close()
257     
258       return
259
260
261
262# MainWindow class
263class Watchdog(QtGui.QMainWindow):
264   
265    def __init__(self):
266        super(Watchdog, self).__init__()
267       
268        self.InitUi()   
269       
270   
271    # Initialized MainWindow UI
272    def InitUi(self):
273
274        # Load predefined mainwindow
275        uic.loadUi(palm_bin + '/palm_wd_files/wd.ui', self)
276
277        # Resize columns and set number of rows to zero. Column 6 is hidden and
278        # contains the remote jobname (e.g. hannover.174610)
279        self.table.setColumnWidth(0,230)
280        self.table.setColumnWidth(1,80)
281        self.table.setColumnWidth(2,50)
282        self.table.setColumnWidth(3,80)     
283        self.table.setColumnWidth(4,180)
284        self.table.setColumnWidth(5,115)   
285        self.table.setColumnHidden(6, True)
286        self.table.setRowCount(0) 
287   
288        # Display MainWindow
289        self.show()
290        QtGui.QApplication.processEvents()
291
292        # Start refresh timer. On timeout perform update
293        self.timer = QtCore.QTimer(self)
294        self.timer.timeout.connect(self.Refresh)
295        self.timer.setSingleShot(False)
296        self.timer.start(update_frequency)
297
298        # The timetimer counts the time since last update
299        self.timetimer= QtCore.QElapsedTimer()
300        self.timetimer.start()
301
302        # The labeltimer induces the update of the remaining time in the UI
303        self.labeltimer = QtCore.QTimer(self)
304        self.labeltimer.timeout.connect(self.UpdateLabel)
305        self.labeltimer.setSingleShot(False)
306
307        # Update in the UI will be performed at each 1/10 of the update interval
308        self.labeltimer.start(update_frequency/10)   
309        self.label.setText("Next update in " + str(update_frequency/1000/60) + "min")
310
311        # Update the list now
312        self.Refresh()
313       
314
315    # Add a custom context menu
316    def OpenContextMenu(self, position):
317        menu = QtGui.QMenu()
318       
319        # "Show details" -> fetch details for the selected job
320        detailsjobAction = menu.addAction('Show job details')     
321        detailsjobAction.setStatusTip('Display detailed info for job')
322        detailsjobAction.triggered.connect(self.ShowDetails)
323
324        # "Show parameter file" -> show the contents of PARIN
325        parinAction = menu.addAction('Show parameter file')     
326        parinAction.setStatusTip('Display the parameter file of the job (e.g. PARIN / _p3d)')
327        parinAction.triggered.connect(self.ShowPARIN)
328       
329        rcAction = menu.addAction('Show run control file')     
330        rcAction.setStatusTip('Display the current run control file (e.g. RUN_CONTROL / _rc)')
331        rcAction.triggered.connect(self.ShowRC)
332       
333        # "Cancel job" -> remove job from queuing system
334        canceljobAction = menu.addAction('Cancel job')
335        canceljobAction.setStatusTip('Remove job from queueing system')
336        canceljobAction.triggered.connect(self.CancelJob)
337       
338        # "Force stop" -> force termination of job
339        stopjobAction = menu.addAction('Force stop')
340        stopjobAction.setStatusTip('Terminate job properly')
341        stopjobAction.triggered.connect(self.DoStop)
342   
343        # "Force restart" -> force rermination and restart of job
344        restartjobAction = menu.addAction('Force restart')
345        restartjobAction.setStatusTip('Terminate job properly and initiate restart')
346        restartjobAction.triggered.connect(self.DoRestart)
347 
348        # "Remove from list" -> remove a completed job from the list
349        removefromlistAction = menu.addAction('Remove from list')     
350        removefromlistAction.setStatusTip('Remove finished job')
351        removefromlistAction.triggered.connect(lambda: self.RemoveFromList(-1))     
352
353       
354        # Activate/deactive contect menu items based on the status of the runs
355        state = self.table.item(self.table.currentRow(),3).text()
356        if (state == "Canceled" or state == "Completed" or state == "Terminated"):
357            detailsjobAction.setEnabled(False)
358            canceljobAction.setEnabled(False) 
359            removefromlistAction.setEnabled(True) 
360        else:
361            detailsjobAction.setEnabled(True)
362            canceljobAction.setEnabled(True) 
363            removefromlistAction.setEnabled(False)   
364 
365        if ( state == "Running" ):
366            stopjobAction.setEnabled(True) 
367            restartjobAction.setEnabled(True)   
368            parinAction.setEnabled(True)
369            rcAction.setEnabled(True)         
370        else:
371            stopjobAction.setEnabled(False) 
372            restartjobAction.setEnabled(False)   
373            parinAction.setEnabled(False)
374            rcAction.setEnabled(False) 
375           
376        # Show the context menu
377        action = menu.exec_(self.table.mapToGlobal(position))
378
379
380    # Collecting watchdog data and display in the UI
381    def Refresh(self):
382     
383        # Use global variables
384        global pbars
385        global update_frequency
386
387        # Deactivate timer processes until update is finished
388        # QtGui.QApplication.processEvents() updates the UI whenever needed
389        self.labeltimer.stop() 
390        self.label.setText("Updating...") 
391        QtGui.QApplication.processEvents()
392        self.setEnabled(False)
393        QtGui.QApplication.processEvents()
394
395        # Get current timestamp
396        timestamp = datetime.datetime.now().strftime("%d/%m/%Y %H:%M")
397       
398        # Open an empty file for the watchdog data       
399        file = open(palm_dir + '/.wd.newdata', 'w')
400       
401 
402        # Set all required variables to their initial values. Sorting must be
403        # disabled.
404        self.table.setRowCount(0) 
405        self.table.setSortingEnabled(False)
406        i = -1
407        job_data_list = []
408        pbars = []
409       
410        # Scan all hosts in the variable hostname. For each host perform the
411        # update loop
412        for h in range(0,len(hostname)):
413         
414            # Perform ssh command
415            host    = username[h] + "@" + hostname[h]
416            ssh = sub.Popen(["ssh", "%s" % host, pycall[h] + " palm_wdd queue " + username[h]],
417                           shell=False,
418                           stdout=sub.PIPE,
419                           stderr=sub.PIPE)
420            result = ssh.stdout.readlines()
421            result = filter(None, result)
422 
423 
424            # Delete all job data
425            job_data_tmp = []
426            job_data = []
427            job_data_n = []   
428            job_progress = 0
429
430            # In case of errors display error message
431            if ( len(result) < 1 ):
432                error = ssh.stderr.readlines()
433                if ( error != [] ):
434                    notify = QtGui.QMessageBox.warning(self,'Collect data',"Error. An error occured during read of job data for user " + username[h] +" for host " + description[h] + ".\n\nError message:\n" + ''.join(error))
435
436            # No error -> save job data
437            else:       
438
439                # Successively write to job_data
440                for j in range(0,len(result)):
441   
442                    job_data_tmp.append(j)
443                    job_data_tmp[j] = result[j].split(" ")
444                    job_data_tmp[j] = filter(None, job_data_tmp[j])
445 
446                    job_data.append(j)   
447                    job_data[j] = [job_data_tmp[j][0], description[h], job_data_tmp[j][2],                 
448                                   job_data_tmp[j][3], int(float(job_data_tmp[j][4])*100), job_data_tmp[j][5], 
449                                   job_data_tmp[j][1], job_data_tmp[j][6].rstrip()]
450                    job_data_n.append(j)
451                    job_data_n[j] = job_data_tmp[j][1]
452
453            del(result)
454
455
456
457            # Now read the data from the last update from file. These data are
458            # already in the prefered format
459            file2 = open(palm_dir + '/.wd.olddata', 'r')
460            result = file2.readlines()
461            file2.close()
462
463            job_data_old = []
464            job_data_old_n = []
465            k = -1
466            for j in range(0,len(result)):
467                if ( result[j].split()[1] == description[h] ):
468                    k = k + 1
469                    job_data_old.append(k)
470                    job_data_old[k] = result[j].split(" ")
471                    job_data_old[k] = filter(None, job_data_old[k])
472                    job_data_old[k] = [line.rstrip('\n') for line in job_data_old[k]]
473                    job_data_old_n.append(k)
474                    job_data_old_n[k] = job_data_old[k][6]
475
476            # Merge the job_data and job_data_old to find completed, new and
477            # still queued jobs     
478            if ( len(job_data_n) > 0 and len(job_data_old_n) > 0 ):
479               jobs_full  = list(set(job_data_old_n) | set(job_data_n))
480               jobs_known    = list(set(job_data_old_n) & set(job_data_n))
481               jobs_complete = set(job_data_old_n) - set(job_data_n)
482               jobs_new      = set(job_data_n) - set(job_data_old_n)
483            elif ( len(job_data_n) > 0 ):
484               jobs_full  = job_data_n
485               jobs_known    = []
486               jobs_new = job_data_n
487               jobs_complete = []
488            elif ( len(job_data_old_n) > 0 ):
489               jobs_full  = job_data_old_n
490               jobs_known    = []
491               jobs_new = []
492               jobs_complete = job_data_old_n   
493            else:
494               jobs_full  = []
495               jobs_known    = []         
496               jobs_new = []
497               jobs_complete = []
498
499            # Display all known jobs
500            to_display = [list(job_data_n).index(item) for item in list(jobs_known) if list(jobs_known) and list(job_data_n)]
501            for j in range(0,len(to_display)):
502                i = i + 1
503                self.table.insertRow(i)
504                item = QtGui.QTableWidgetItem(job_data[to_display[j]][0])
505                item.setToolTip("Queuing name: " + job_data[to_display[j]][6])
506                self.table.setItem(i, 0, item)           
507                self.table.setItem(i, 1, QtGui.QTableWidgetItem(job_data[to_display[j]][1])) 
508                self.table.setItem(i, 2, QtGui.QTableWidgetItem(job_data[to_display[j]][2]))   
509                self.table.setItem(i, 3, QtGui.QTableWidgetItem(job_data[to_display[j]][3]))
510                item = QtGui.QTableWidgetItem(job_data[to_display[j]][5])
511                item.setToolTip("Estimated job start: " + job_data[to_display[j]][7])               
512                self.table.setItem(i, 5, item) 
513                self.table.setItem(i, 6, QtGui.QTableWidgetItem(job_data[to_display[j]][6])) 
514                self.table.item(i,2).setTextAlignment(QtCore.Qt.AlignRight)
515                self.table.item(i,5).setTextAlignment(QtCore.Qt.AlignRight)
516                pbars.append(i)
517                pbars[i] = QtGui.QProgressBar(self)
518                pbars[i].setValue(int(job_data[to_display[j]][4])) 
519 
520                # Apply a color depending on the status of the job
521                if ( job_data[to_display[j]][3] == "Running" ):
522                    self.table.setCellWidget(i,4,pbars[i]) 
523                    self.table.item(i,0).setBackground(QtGui.QColor(255, 251, 168))
524                    self.table.item(i,1).setBackground(QtGui.QColor(255, 251, 168))
525                    self.table.item(i,2).setBackground(QtGui.QColor(255, 251, 168))
526                    self.table.item(i,3).setBackground(QtGui.QColor(255, 251, 168))
527                    self.table.item(i,5).setBackground(QtGui.QColor(255, 251, 168))
528                    self.table.item(i,6).setBackground(QtGui.QColor(255, 251, 168))
529                else:
530                    pbars[j].setEnabled(False)
531                    self.table.setCellWidget(i,4,pbars[i])
532                    self.table.item(i,0).setBackground(QtGui.QColor(255, 112, 118))
533                    self.table.item(i,1).setBackground(QtGui.QColor(255, 112, 118))
534                    self.table.item(i,2).setBackground(QtGui.QColor(255, 112, 118))
535                    self.table.item(i,3).setBackground(QtGui.QColor(255, 112, 118))
536                    self.table.item(i,5).setBackground(QtGui.QColor(255, 112, 118))
537                    self.table.item(i,6).setBackground(QtGui.QColor(255, 112, 118))
538               
539                # Save the job data to file
540                job_data_list.append(i)
541                job_data_list[i] = job_data[to_display[j]][0]
542               
543                printstring = str(job_data[to_display[j]][0]) + " " + \
544                              str(job_data[to_display[j]][1]) + " " + \
545                              str(job_data[to_display[j]][2]) + " " + \
546                              str(job_data[to_display[j]][3]) + " " + \
547                              str(job_data[to_display[j]][4]) + " " + \
548                              str(job_data[to_display[j]][5]) + " " + \
549                              str(job_data[to_display[j]][6]) + " " + \
550                              str(job_data[to_display[j]][7]) + "\n"
551                file.write(printstring)
552
553
554            # Display all new jobs
555            to_display = [list(job_data_n).index(item) for item in list(jobs_new) if list(jobs_new) and list(job_data_n)]
556            for j in range(0,len(to_display)):
557                i = i + 1
558                self.table.insertRow(i)
559                item = QtGui.QTableWidgetItem(job_data[to_display[j]][0])
560                item.setToolTip("Queuing name: " + job_data[to_display[j]][6])
561                self.table.setItem(i, 0, item)   
562                self.table.setItem(i, 1, QtGui.QTableWidgetItem(job_data[to_display[j]][1])) 
563                self.table.setItem(i, 2, QtGui.QTableWidgetItem(job_data[to_display[j]][2]))   
564                self.table.setItem(i, 3, QtGui.QTableWidgetItem(job_data[to_display[j]][3])) 
565                item = QtGui.QTableWidgetItem(job_data[to_display[j]][5])
566                item.setToolTip("Estimated job start: " + job_data[to_display[j]][7])               
567                self.table.setItem(i, 5, item) 
568                self.table.setItem(i, 6, QtGui.QTableWidgetItem(job_data[to_display[j]][6])) 
569                self.table.item(i,2).setTextAlignment(QtCore.Qt.AlignRight)
570                self.table.item(i,5).setTextAlignment(QtCore.Qt.AlignRight)
571               
572                pbars.append(i)
573                pbars[i] = QtGui.QProgressBar(self)
574                pbars[i].setValue(int(job_data[to_display[j]][4]))   
575
576                # Apply a color depending on the status of the job
577                if ( job_data[to_display[j]][3] == "Running" ):
578                    self.table.setCellWidget(i,4,pbars[i])           
579                    self.table.item(i,0).setBackground(QtGui.QColor(255, 251, 168))
580                    self.table.item(i,1).setBackground(QtGui.QColor(255, 251, 168))
581                    self.table.item(i,2).setBackground(QtGui.QColor(255, 251, 168))
582                    self.table.item(i,3).setBackground(QtGui.QColor(255, 251, 168))
583                    self.table.item(i,5).setBackground(QtGui.QColor(255, 251, 168))
584                    self.table.item(i,6).setBackground(QtGui.QColor(255, 251, 168))
585                else:
586                    pbars[j].setEnabled(False)
587                    self.table.setCellWidget(i,4,pbars[i])
588                    self.table.item(i,0).setBackground(QtGui.QColor(255, 112, 118))
589                    self.table.item(i,1).setBackground(QtGui.QColor(255, 112, 118))
590                    self.table.item(i,2).setBackground(QtGui.QColor(255, 112, 118))
591                    self.table.item(i,3).setBackground(QtGui.QColor(255, 112, 118))
592                    self.table.item(i,5).setBackground(QtGui.QColor(255, 112, 118))
593                    self.table.item(i,6).setBackground(QtGui.QColor(255, 112, 118))
594         
595                # Save job data to file
596                job_data_list.append(i)
597                job_data_list[i] = job_data[to_display[j]][0]
598               
599                printstring = str(job_data[to_display[j]][0]) + " " + \
600                              str(job_data[to_display[j]][1]) + " " + \
601                              str(job_data[to_display[j]][2]) + " " + \
602                              str(job_data[to_display[j]][3]) + " " + \
603                              str(job_data[to_display[j]][4]) + " " + \
604                              str(job_data[to_display[j]][5]) + " " + \
605                              str(job_data[to_display[j]][6]) + " " + \
606                              str(job_data[to_display[j]][7]) + "\n"
607                file.write(printstring)
608
609
610            # Display all completed/canceled/aborted jobs. The watchdog cannot
611            # distinguish why the job has been finished
612            to_display = [list(job_data_old_n).index(item) for item in list(jobs_complete) if list(jobs_complete) and list(job_data_old_n)]
613            for j in range(0,len(to_display)):
614                i = i + 1
615                self.table.insertRow(i)
616                item = QtGui.QTableWidgetItem(job_data_old[to_display[j]][0])
617                item.setToolTip("Queuing name: " + job_data_old[to_display[j]][6])
618                self.table.setItem(i, 0, item)         
619                self.table.setItem(i, 1, QtGui.QTableWidgetItem(job_data_old[to_display[j]][1])) 
620                self.table.setItem(i, 2, QtGui.QTableWidgetItem(job_data_old[to_display[j]][2]))   
621                self.table.setItem(i, 3, QtGui.QTableWidgetItem(job_data_old[to_display[j]][3])) 
622                pbars.append(i)
623                pbars[j] = QtGui.QProgressBar(self)
624                pbars[j].setValue(int(job_data_old[to_display[j]][4])) 
625                pbars[j].setEnabled(False)
626                self.table.setCellWidget(i,4,pbars[j]) 
627                item = QtGui.QTableWidgetItem(job_data_old[to_display[j]][5])
628                item.setToolTip("Estimated job start: " + job_data_old[to_display[j]][7])               
629                self.table.setItem(i, 5, item) 
630                self.table.setItem(i, 6, QtGui.QTableWidgetItem(job_data_old[to_display[j]][6])) 
631                self.table.item(i,2).setTextAlignment(QtCore.Qt.AlignRight)
632                self.table.item(i,5).setTextAlignment(QtCore.Qt.AlignRight)
633                self.table.setItem(i, 3, QtGui.QTableWidgetItem("Completed"))
634               
635                # Apply a color depending on the status of the job
636                self.table.item(i,0).setBackground(QtGui.QColor(172, 252, 175))
637                self.table.item(i,1).setBackground(QtGui.QColor(172, 252, 175))
638                self.table.item(i,2).setBackground(QtGui.QColor(172, 252, 175))
639                self.table.item(i,3).setBackground(QtGui.QColor(172, 252, 175))
640                self.table.item(i,5).setBackground(QtGui.QColor(172, 252, 175))
641                self.table.item(i,6).setBackground(QtGui.QColor(172, 252, 175))
642
643         
644                # Save job data to file
645                job_data_list.append(i)
646                job_data_list[i] = job_data_old[to_display[j]][0]
647
648                printstring = str(job_data_old[to_display[j]][0]) + " " + \
649                              str(job_data_old[to_display[j]][1]) + " " + \
650                              str(job_data_old[to_display[j]][2]) + " " + \
651                              str(job_data_old[to_display[j]][3]) + " " + \
652                              str(job_data_old[to_display[j]][4]) + " " + \
653                              str(job_data_old[to_display[j]][5]) + " " + \
654                              str(job_data_old[to_display[j]][6]) + " " + \
655                              str(job_data_old[to_display[j]][7]) + "\n"
656                file.write(printstring)
657
658            del(jobs_complete)
659            del(jobs_new)
660            del(result)
661            del(job_data_old)
662            del(job_data_old_n)
663           
664        file.close()
665
666       
667        # Update is complete, sorting can thus be re-enabled               
668        self.table.setSortingEnabled(True) 
669
670        # Update the logfile
671        if ( os.path.isfile(palm_dir + '/.wd.newdata') ):
672            shutil.copy(palm_dir + '/.wd.newdata',palm_dir + '/.wd.olddata')
673
674        # Re-enable timer processes             
675        self.setEnabled(True)
676        self.label2.setText("Last update: " + timestamp)
677        self.label.setText("Update complete.")
678        self.timetimer.start()
679        self.timer.start(update_frequency)
680        self.labeltimer.start(update_frequency/10)
681        self.UpdateLabel()
682        QtGui.QApplication.processEvents()
683       
684    # Canceling selected job from table
685    def CancelJob(self):
686
687        # Return internal jobname
688        jobname = self.table.item(self.table.currentRow(),6).text()
689        jobrealname = self.table.item(self.table.currentRow(),0).text()     
690 
691        # Check description of job in order to login on the correct host
692        descr = self.table.item(self.table.currentRow(),1).text()
693       
694        querybox = QtGui.QMessageBox()
695        querybox.setText("Attention!\nYou are trying to cancel a job. It will not be able to terminate properly.")
696        querybox.setInformativeText("Do you really want to cancel " + jobname + " on host " + descr + "?")
697        querybox.setStandardButtons(QtGui.QMessageBox.Yes | QtGui.QMessageBox.No)
698        querybox.setDefaultButton(QtGui.QMessageBox.No)
699        returnvalue = querybox.exec_()
700       
701        if ( returnvalue == QtGui.QMessageBox.Yes ):
702       
703           for h in range(0,len(description)):
704               if ( descr == description[h] ):
705                  host = username[h] + "@" + hostname[h]
706
707           ssh = sub.Popen(["ssh", "%s" % host, pycall[h] + " palm_wdd cancel " + jobname],
708                              shell=False,
709                              stdout=sub.PIPE,
710                              stderr=sub.PIPE)
711           result = ssh.stdout.readlines()
712           result = filter(None, result)
713       
714           # In case of error display a warning message
715           if ( len(result) == 0 ):
716               error = ssh.stderr.readlines()
717               notify = QtGui.QMessageBox.warning(self,'Cancel job',"Error. Could not cancel job " + jobname + ".\n\nError message:\n" + ''.join(error))
718
719           # Otherwise inform the user and mark the job in the table
720           else:
721               self.table.setItem(self.table.currentRow(),3,QtGui.QTableWidgetItem("Canceled"))
722               notify = QtGui.QMessageBox.information(self,'Cancel job',"Job" + jobname + " canceled!\n\nServer message:\n" + ''.join(result))
723
724
725    # Show detailed information on job. For documentation see above
726    def ShowDetails(self):
727
728        jobname = self.table.item(self.table.currentRow(),6).text() 
729        descr   = self.table.item(self.table.currentRow(),1).text()
730        for h in range(0,len(description)):
731            if ( descr == description[h] ):
732                host = username[h] + "@" + hostname[h]
733
734        ssh = sub.Popen(["ssh", "%s" % host, pycall[h] + " palm_wdd check " + jobname],
735                           shell=False,
736                           stdout=sub.PIPE,
737                           stderr=sub.PIPE)
738        result = ssh.stdout.readlines()
739        result = filter(None, result)
740
741        if ( len(result) == 0 ):
742            error = ssh.stderr.readlines()
743            notify = QtGui.QMessageBox.warning(self,'Show job details',"Error. Could not fetch job details for " + jobname + ".\n\nError message:\n" + ''.join(error))
744        else:
745            notify = QtGui.QMessageBox.information(self,'Job details',"Details for job " + jobname + ":\n\n" + ''.join(result))
746
747
748    # Perform a forced stop on the job
749    def DoStop(self):
750
751        # Return internal jobname
752        jobname = self.table.item(self.table.currentRow(),6).text()
753        jobrealname = self.table.item(self.table.currentRow(),0).text()   
754        # Check description of job in order to login on the correct host
755        descr = self.table.item(self.table.currentRow(),1).text()
756        for h in range(0,len(description)):
757            if ( descr == description[h] ):
758                host = username[h] + "@" + hostname[h]
759                user = username[h]
760
761        ssh = sub.Popen(["ssh", "%s" % host, pycall[h] + " palm_wdd stop " + jobrealname],
762                           shell=False,
763                           stdout=sub.PIPE,
764                           stderr=sub.PIPE)
765        result = ssh.stdout.readlines()
766        result = filter(None, result) 
767       
768        # In case of error display a warning message
769        if ( len(result) == 0 ):
770            error = ssh.stderr.readlines()
771            notify = QtGui.QMessageBox.warning(self,'Proper termination of job',"Error. Could not stop job " + jobname + ".\n\nError message:\n" + ''.join(error))
772
773        # Otherwise inform the user and mark the job in the table
774        else:
775            self.table.setItem(self.table.currentRow(),3,QtGui.QTableWidgetItem("Terminated"))
776            notify = QtGui.QMessageBox.information(self,'Terminate job',"Termination of job " + jobname + " was initiated!\n\nServer message:\n" + ''.join(result))
777
778
779    # Perform a forced stop on the job
780    def DoRestart(self):
781
782        # Return internal jobname
783        jobname = self.table.item(self.table.currentRow(),6).text()
784        jobrealname = self.table.item(self.table.currentRow(),0).text()   
785         
786        # Check description of job in order to login on the correct host
787        descr = self.table.item(self.table.currentRow(),1).text()
788        for h in range(0,len(description)):
789            if ( descr == description[h] ):
790                host = username[h] + "@" + hostname[h]
791                user = username[h]
792
793        ssh = sub.Popen(["ssh", "%s" % host, pycall[h] + " palm_wdd restart " + jobrealname],
794                           shell=False,
795                           stdout=sub.PIPE,
796                           stderr=sub.PIPE)
797        result = ssh.stdout.readlines()
798        result = filter(None, result)
799       
800        # In case of error display a warning message
801        if ( len(result) == 0 ):
802            error = ssh.stderr.readlines()
803            notify = QtGui.QMessageBox.warning(self,'Proper termination of job',"Error. Could not stop job " + jobname + ".\n\nError message:\n" + ''.join(error))
804
805        # Otherwise inform the user and mark the job in the table
806        else:
807            self.table.setItem(self.table.currentRow(),3,QtGui.QTableWidgetItem("Terminated"))
808            notify = QtGui.QMessageBox.information(self,'Terminate job for restart',"Restart for job" + jobname + " was initiated!\n\nServer message:\n" + ''.join(result))
809           
810
811    # Read the PARIN file of the job
812    def ShowPARIN(self):
813
814        # Return internal jobname
815        jobname = self.table.item(self.table.currentRow(),6).text()
816        jobrealname = self.table.item(self.table.currentRow(),0).text()     
817 
818        # Check description of job in order to login on the correct host
819        descr = self.table.item(self.table.currentRow(),1).text()
820        for h in range(0,len(description)):
821            if ( descr == description[h] ):
822                host = username[h] + "@" + hostname[h]
823                user = username[h]
824
825        ssh = sub.Popen(["ssh", "%s" % host, pycall[h] + " palm_wdd parin " + jobrealname],
826                           shell=False,
827                           stdout=sub.PIPE,
828                           stderr=sub.PIPE)
829        result = ssh.stdout.readlines()
830        result = filter(None, result)
831       
832        # In case of error display a warning message
833        if ( len(result) == 0 ):
834            error = ssh.stderr.readlines()
835            notify = QtGui.QMessageBox.warning(self,'Showing parameter file',"Error. Could not fetch parameter file for job " + jobrealname + " (" + jobname + ").\n\nError message:\n" + ''.join(error))
836
837        # Otherwise inform the user and mark the job in the table
838        else:
839           mb = MessageBoxScroll()
840           mb.setText("Parameter file for job: " + jobrealname + "")
841           mb.setDetailedText(''.join(result))
842           mb.exec_()
843
844    # Read the PARIN file of the job
845    def ShowRC(self):
846
847        # Return internal jobname and real job name
848        jobname = self.table.item(self.table.currentRow(),6).text()
849        jobrealname = self.table.item(self.table.currentRow(),0).text()     
850 
851        # Check description of job in order to login on the correct host
852        descr = self.table.item(self.table.currentRow(),1).text()
853        for h in range(0,len(description)):
854            if ( descr == description[h] ):
855                host = username[h] + "@" + hostname[h]
856                user = username[h]
857
858        ssh = sub.Popen(["ssh", "%s" % host, pycall[h] + " palm_wdd rc " + jobrealname],
859                           shell=False,
860                           stdout=sub.PIPE,
861                           stderr=sub.PIPE)
862        result = ssh.stdout.readlines()
863        result = filter(None, result)
864       
865        # In case of error display a warning message
866        if ( len(result) == 0 ):
867            error = ssh.stderr.readlines()
868            notify = QtGui.QMessageBox.warning(self,'Showing run control',"Error. Could not fetch run control file for job " + jobrealname + "(" + jobname + ").\n\nError message:\n" + ''.join(error))
869
870        # Otherwise inform the user and mark the job in the table
871        else:
872           mb = MessageBoxScroll()
873           lastline = result[len(result)-2].split()[2]
874           mb.setText("Simulated time for job " + jobrealname + " is currently: " + lastline)
875           mb.setDetailedText(''.join(result))
876           mb.exec_()
877
878    # Remove a job from list - removes the current row from the table and from
879    # save file
880    def RemoveFromList(self, row):
881        if ( row == -1 ):
882            row = self.table.currentRow()
883
884        # Read data from save file
885        job_to_delete = self.table.item(row,6).text()
886        self.table.removeRow(row)
887        file = open(palm_dir + '/.wd.olddata', 'r')
888        result = file.readlines()
889        result = filter(None, result)
890        file.close()
891        file = open(palm_dir + '/.wd.olddata', 'w')
892       
893        job_data_old = []
894       
895        if ( len(result) == 0 ):
896            notify = QtGui.QMessageBox.warning(self,'Read from .wd.olddata',"Error message:\n\nCould not read from file. I/O error.")
897        else: 
898            # Save data in array job_data_old
899            for j in range(0,len(result)):
900                job_data_old.append(j)
901                job_data_old[j] = result[j].split(" ")
902                job_data_old[j] = filter(None, job_data_old[j])
903                job_data_old[j] = [line.rstrip('\n') for line in job_data_old[j]]
904               
905                # Check if line j is the selected job, if not -> save to file
906                if ( job_data_old[j][6] != job_to_delete ):
907                    printstring = str(job_data_old[j][0]) + " " + \
908                                  str(job_data_old[j][1]) + " " + \
909                                  str(job_data_old[j][2]) + " " + \
910                                  str(job_data_old[j][3]) + " " + \
911                                  str(job_data_old[j][4]) + " " + \
912                                  str(job_data_old[j][5]) + " " + \
913                                  str(job_data_old[j][6]) + " " + \
914                                  str(job_data_old[j][7]) + "\n"
915                    file.write(printstring)
916           
917        file.close() 
918
919    # Remove all completed jobs from list
920    def ClearList(self):
921     
922       num_of_lines = self.table.rowCount()
923       
924       # Delete all lines with completed/canceled jobs from list. The counter
925       # must decrease as the line numbers would be messed up otherwise
926       for j in range(num_of_lines-1,-1,-1): 
927           state = self.table.item(j,3).text()
928           if ( state == "Completed" or state == "Canceled" or state == "Terminated"):
929              self.RemoveFromList(j)
930         
931    # Update the label
932    def UpdateLabel(self):
933        remaining_time = (update_frequency - self.timetimer.elapsed()) / 1000 / 60
934        self.label.setText("Next update in " + str(remaining_time) + " min")
935       
936
937    # Enter Options menu
938    def Options(self):
939 
940#       disable mainwindow 
941        self.setEnabled(False)
942     
943#       show Options Dialog     
944        opt = OptionBox()
945        opt.exec_()
946
947        self.UpdateHosts()
948        self.setEnabled(True)
949
950# Update settings
951    def UpdateHosts(self):
952
953       global update_frequency
954       global description
955       global hostname
956       global username
957       
958       description = []
959       hostname = []
960       username = []
961
962       for i in range(0,len(config.sections())):
963
964          description_tmp = config.sections()[i]
965 
966          if ( description_tmp != 'Settings' ):
967     
968             if ( config.get(description_tmp, 'enabled') == 'true' ):
969                description.append(description_tmp)
970                hostname.append(config.get(description_tmp, 'hostname'))
971                username.append(config.get(description_tmp, 'username')) 
972          else:
973             update_frequency = int(config.get(description_tmp, 'update_frequency'))*60000
974
975
976# Main loop       
977def main():
978   
979    app = QtGui.QApplication(sys.argv)
980    res = Watchdog() 
981    sys.exit(app.exec_())
982
983
984if __name__ == '__main__':
985    main()   
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               
  | Impressum | ©Leibniz Universität Hannover |