source: palm/trunk/SCRIPTS/mrun @ 755

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adapted for lcflow (ForWind? cluster in Oldenburg)

  • Property svn:keywords set to Id Rev
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Line 
1#!/bin/ksh
2# mrun - script for running PALM jobs
3# $Id: mrun 755 2011-08-29 09:55:16Z witha $
4
5     # Procedure for interactive/batch PALM runs (initial runs and automatic
6     # restart runs)
7
8     # Last changes:
9     # 03/03/94 - Siggi - Entwicklungsbeginn
10     # 21/03/94 - Siggi - Entwicklungsabschluss (Version 1.0)
11     # 09/12/94 - Siggi - allexport unterbunden; statt dessen werden jetzt ein-
12     #                    zelne Variable exportiert. Dies ist noetig, weil an-
13     #                    sonsten irgendein Speicher ueberlaeuft und von mrun
14     #                    aufgerufene Programme (z.B. stageout) mit Fehlern
15     #                    abbrechen (too many arguments)
16     # 20/06/95 - Siggi - noclobber muss explizit abgeschaltet, da jetzt
17     #                    defaultmaessig im RRZN-Profile eingeschaltet
18     # 10/06/97 - Siggi - Zusaetzliche Option -C bei cpp, damit // nicht
19     #                    wegfallen
20     # 25/04/00 - Siggi - Version 1.5
21     #                    remote_addres und remote_user in return_addres bzw.
22     #                    return_username umbenannt, return_username wird dem
23     #                    mrun-Aufruf im Job ueber Option -U mitgegeben.
24     #                    Neue Variable remote_username, die beim interaktiven
25     #                    mrun-Aufruf zwingend ueber die neue Option -u oder
26     #                    in der Konfigurationsdatei angegeben werden muss.
27     # 08/02/01 - Siggi - Alle mrun-Meldungen ins englische uebersetzt,
28     #                    Version 1.7
29     # 05/05/02 - Siggi - Uebersetzungen mittels make-Mechanismus moeglich
30     # 21/11/02 - Siggi - ENV-Variable XLFRTEOPTS wird vor Ausfuehrung auf
31     #                    IBM gesetzt, um Record-Laenge der NAMELIST-Dateien,
32     #                    zu bestimmen; Praeprozessoroptionen haben nun alle
33     #                    die Form -Dtext=text, weil auf IBM sonst text durch
34     #                    die leere Zeichenkette ersetzt wird
35     # 01/08/03 - Siggi  - Test of implementing dvrp+1PE on ibm
36     # 07/01/04 - Siggi  - additional preprocessor directive for ibm included
37     #                     (-D$OMP=OMP) in order to avoid problems with
38     #                     OMP_NUM_THREADS
39     # 04/01/05 - Siggi  - archiving on hanni and berni is done in separate
40     #                     tar files, one for each node used
41     # 07/01/04 - Siggi  - old code for t3e, vpp and hpcs eliminated
42     # 09/01/05 - Siggi  - workaround for getting the IP address on gfdl3
43     # 17/01/05 - Siggi  - job for data transfer to local machine now within
44     #                     job class c1 (HLRN)
45     # 27/01/05 - Siggi  - IP address workaround for gfdl3 removed
46     # 28/01/05 - Siggi  - tar-filenames on $PERM (HLRN) now include the
47     #                     base filename and cycle number
48     # 16/02/05 - Gerald - hababai validated
49     # 14/03/05 - Siggi  - abort on NEC after first runtime error (F_ERRCNT)
50     # 29/03/05 - Marcus - berni*-en0 validated
51     # 21/04/05 - Siggi  - transfer-job-protocol for avs-data is no more stored
52     # 24/04/05 - Siggi  - netcdf support on lcmuk
53     # 25/04/05 - Siggi  - netcdf support on gfld3 (decalpha)
54     # 11/05/05 - Siggi  - files with non-numeric extensions (.xxx after cycle
55     #                     number) can now be used within interactive runs
56     # 12/05/05 - Siggi  - netcdf support on ibm
57     # 13/05/05 - Siggi  - error in tar-filenames on $PERM (HLRN) removed
58     # 18/05/05 - Siggi  - netcdf support on nec
59     # 24/05/05 - Siggi  - netcdf support on ibms
60     # 14/06/05 - Siggi  - sleep interval after submit of restart job increased
61     #                     to 30 seconds
62     # 28/06/05 - Siggi  - bora adjusted to new intel compiler (LD_LIBRARY_
63     #                     PATH is temporarily set)
64     # 07/09/05 - Siggi  - setting of MP_EAGER_LIMIT switched off because it
65     #                     caused warnings in the job protocol
66     # 20/10/05 - Siggi  - update of netcdf-version on decalpha (gfdl3)
67     # 25/10/05 - Siggi  - error in listing files for getting the cycle number
68     #                     removed
69     # 26/10/05 - Siggi  - new paths for dvrp-library, transfer of catalogs
70     #                     realized by file attribute trpe
71     # 28/10/05 - Siggi  - if existing, the file extension is output in case
72     #                     of missing input file - no job abort in case of
73     #                     missing input files with file extensions
74     #                     (preliminary solution)
75     # 31/10/05 - Siggi  - data transfer from nech now within seperate job
76     # 04/11/05 - Siggi  - netcdf 3.6.0-p1 on ibmh/ibmb
77     # 07/12/05 - Siggi  - gallego and elephanta admitted
78     # 30/12/05 - Siggi  - gfdl5 (ibmy) admitted
79     # 10/01/06 - Siggi  - cpp directive for NetCDF 64bit support
80     # 20/01/06 - Siggi  - cpp directive for ibmy
81     # 09/02/06 - Siggi  - ibmy admitted for batch mode
82     # 13/04/06 - Siggi  - ostria admitted
83     # 18/04/06 - Siggi  - usage of OpenMP implemented (additional option -O)
84     # 10/05/06 - Siggi  - environment variable XLSMPOPTS set on IBM for
85     #                     optimization of OpenMP runs (option stacksize is
86     #                     necessary for large gridpoint numbers because
87     #                     otherwise a segmentation fault occurs)
88     # 23/05/05 - Siggi  - lctit (SUN Fire X4600) admitted
89     # 21/08/06 - Siggi  - standard mrun path on scirocco is as on bora
90     # 23/08/06 - Siggi  - netcdf support for scirocco (notebook)
91     # 20/09/06 - Marcus - add DVRP library on nech
92     # 24/10/06 - Siggi  - Environment variables for PALM steering are written
93     #                     on local NAMELIST file ENVPAR
94     # 24/11/06 - Siggi  - levanto admitted, maestro switched to ifc 9.1
95     # 28/11/06 - Siggi  - call to interpret_config.x_levanto because of SuSe 10
96     # 06/02/07 - Siggi  - add DVRP library on lcmuk
97     # 07/02/07 - Siggi  - revision of source code handling, source code is
98     #                     now expected in directory given by source_path and
99     #                     not in the current working directory, source code
100     #                     files provided in add_source_path are allways
101     #                     compiled, source code to be compiled is allways
102     #                     sampled in SOURCES_FOR_RUN_$fname which is a
103     #                     subdirectory of the current working directory,
104     #                     -s TEST  changed to  -s WRITE_PERMIT  or -s WP,
105     #                     adapted for RIAM (neck)
106     #                     bugfix for cycle number of output file (extout)
107     #                     all hpmuk-related code removed
108     # 14/02/07 - Siggi  - dvrp support for neck added
109     # 28/02/07 - Siggi  - empty lines in configuration file are accepted
110     #                     mrun_path replaced by PALM_BIN,
111     #                     all machines are calling interpret_config.x
112     # 14/03/07 - Siggi  - fimm admitted, revision number added to terminal
113     #                     output
114     # 16/03/07 - Siggi  - adjustments for lctit
115     # 29/03/07 - Siggi  - global revision transfered to batch job by new
116     #                     option -G
117     # 30/03/07 - Siggi  - compilation "by hand" removed, cpp-directives/options
118     #                     + netcdf/dvrp-options are read from configuration
119     #                     file, host identifier (local_host) is read from
120     #                     config file, code related to ftp filetransfer
121     #                     removed (incl. option -f)
122     # 19/06/07 - Siggi  - time limit for cdata jobs increased
123     # 25/07/07 - Siggi  - two sets of executables can be started on lcmuk,
124     #                     if new option -Y (coupling) is given,
125     #                     output of executables to aout_output removed,
126     #                     messages are immediately written to stdout instead
127     # 03/08/07 - Marcus - add XOPT="-X $numprocs" for lcfimm
128     # 09/08/07 - Marcus - workaround on lcfimm to propagate environment
129     #                     variables out to the nodes in coupled mode -disabled-
130     # 13/08/07 - Marcus - start local restart jobs per ssh on lcfimm
131     # 28/08/07 - Marcus - completely remove workaround on lcfimm to propagate
132     #                     environment variables out to the nodes in coupled mode
133     # 15/10/07 - Siggi  - Preliminary adjustments for lctit, based on Jin's
134     #                     suggestions
135     # 19/10/07 - Marcus - further adjustments for lctit: add new optional
136     #                     argument -g group_number, admit all sla* node_usage
137     #                     queues
138     # 30/10/07 - Marcus - further adjustments for queues on lctit
139     # 14/02/08 - Bjoern - link of restart files with long file name possible
140     # 28/02/08 - Marcus - If environment variable link_local_output is set to
141     #                     true, mrun tries "ln -f" on local output and resorts
142     #                     to "cp" or "cp -r" on error
143     # 15/04/08 - Siggi  - argument -c introduced to most of the subjob calls,
144     #                     which allows the user to choose his own job catalog
145     #                     by setting job_catalog in the configuration file
146     #                     (default is ~/job_queue),
147     #                     workaround for mpiexec with -env option,
148     #                     adjustments for lcxt4 (Bergen Center for Computational
149     #                     Science)
150     # 22/05/08 - Marcus - If environment variable link_local_input is set to
151     #                     true, mrun tries "ln -f" on local input and resorts
152     #                     to "cp" or "cp -r" on error
153     # 27/05/08 - Siggi  - PATH is set to PALM_BIN everywhere (missing so far)
154     # 14/07/08 - Siggi  - adjustments for lcsgih
155     # 08/08/08 - Marcus - typo removed in lcxt4 branch
156     # 17/09/08 - Siggi  - restart mechanism adjusted for lcsgi
157     # 02/10/08 - BjornM - argument "-Y" modified, adjustments for coupled runs
158     # 21/10/08 - Siggi  - bugfix for the case that -K has more than one
159     #                     argument
160     # 08/11/08 - Siggi  - bugfix for depository path settings in configuration
161     #                     file
162     # 11/11/08 - Siggi  - rules for using user code files changed: user
163     #                     code splitted into one file per subroutine,
164     #                     user can provide his/her own makefile, only
165     #                     default source-code filenames are allowed
166     # 14/11/08 - Siggi  - cond1 and cond2 are part of the depository name
167     # 08/01/09 - Siggi  - mpi module on sgi machines to be used can be set
168     #                     with environment variable mpilib
169     # 13/01/09 - Siggi  - totalview on hice/bice can be used in debug mode
170     #                     using environment variable totalview
171     # 25/02/09 - Siggi  - cputime-option (-t) is allowed to be omitted for
172     #                     interactive runs
173     # 05/03/09 - Siggi  - adjustments for new NEC-SX9 at RIAM (necriam)
174     # 16/03/09 - Siggi  - dvrp_lib, dvrp_inc replaced by dvr_lib, dvr_inc,
175     #                     dvr streaming server is automatically started using
176     #                     new variable dvr_server and a configuration file
177     #                     .dvrserver.config,
178     #                     processing of dvr output files using new script
179     #                     process_dvr_output implemented, in order to make
180     #                     dvr application more user friendly
181     # 20/03/09 - Marcus - update of n1ge command for lctit
182     # 16/04/09 - Siggi  - new option -y for precursor (uncoupled) ocean runs
183     #                     to be followed by a coupled atmosphere-ocean run
184     # 21/04/09 - Siggi  - adjustments for new IBM at DKRZ, which is now ibmh
185     # 24/06/09 - BjornM - adjustments for coupled/precursor runs on ibmy
186     # 08/07/09 - Siggi  - default value for email_notification is none,
187     #                     option -e added to subjob
188     # 19/08/09 - Marcus - MPI debug option
189     # 21/08/09 - Marcus - totalview on hice/bice also available for mvapich2
190     # 25/08/09 - BjornM - adpated for lck
191     # 26/08/09 - Siggi  - additional environment variables for mpt on ice2
192     # 26/08/09 - Marcus - adjustment for ice2 on lcsgib
193     # 29/09/09 - Siggi  - default value for archiving is false, option "-A"
194     #                     switches on archiving, archiving on SGI-ICE enabled
195     # 16/10/09 - Carolin- adjustments for archiving on SGI-ICE of binary files;
196     #                     adjustment for special1q
197     # 18/12/09 - Carolin- modification of archiving (permq)
198     # 01/02/10 - Siggi  - adapted for lcxt5m and lckyoto (Fujitsu HX600)
199     # 03/02/10 - Siggi  - make options (mopts) to be set by configuration file
200     #                     implemented
201     # 08/02/10 - Siggi  - loading of modules now controlled via configuration
202     #                     file (modules)
203     # 02/03/10 - Siggi  - for each block in the configuration file, separate
204     #                     utility programs are used, combine_plot_fields is
205     #                     directly called and must not be given by an output
206     #                     command in the configuration file any more
207     # 15/06/10 - Rieke  - ssh from compute nodes to login nodes on hosts
208     #                     lcsgih/lcsgib is done using the names
209     #                     hicegate0/bicegate0 instead of the IP addresses
210     # 17/08/10 - BjornM - adjustments for interactive runs on lcxt4
211     # 07/09/10 - Siggi  - bugfix for wrong netcdf/3.6.3 module on lcsgi
212     # 08/12/10 - Siggi  - new handling of openmp/hybrid runs, option -O
213     #                     has now argument threads_per_task
214     #                     adjustments for Kyushu Univ. (lcrte, ibmku)
215     # 14/12/10 - Siggi  - adjustments for new Tsubame system at Tokyo
216     #                     institute of technology (lctit)
217     # 23/12/10 - Micha  - different number of processors in ocean and atmosphere
218     #                     is now allowed
219     # 02/02/10 - Siggi  - further adjustments on Tsubame and concerning openMP
220     #                     usage
221     # 09/03/10 - Siggi  - adjustments for ibmkisti, mpt bugfix for netCDF4
222     #                     usage, totalview usage extended
223     # 17/03/11 - Siggi  - adjustments for openmp usage on ibmkisti
224     # 03/04/11 - Micha  - added lckordi
225     # 06/04/11 - BjornM - bugfix for runs with mpt on lcsgi
226     # 17/08/11 - Siggi  - extensions for impi library
227     # 18/08/11 - Siggi  - bugfix for local append of output files with suffix (.nc)
228     # 18/08/11 - Marcus - support for Linux OS with German locale
229     #                   - properly report hosts on general Linux clusters
230     # 29/08/11 - BjornW - adapted for lcflow (ForWind cluster in Oldenburg)
231
232 
233    # VARIABLENVEREINBARUNGEN + DEFAULTWERTE
234
235 set +o allexport    # SICHERHEITSHALBER UNTERBINDEN, DA SONST EVTL. STAGEOUT
236                     # NICHT LAUEFT (TOO MANY ARGUMENTS - PROBLEM)
237 set +o noclobber    # EXISTIERENDE DATEIEN DUERFEN UEBERSCHRIEBEN WERDEN
238
239 AddFilenames=""
240 additional_conditions=""
241 add_source_path=""
242 afname=""
243 archive_save=true
244 archive_system=none
245 compiler_name=""
246 cond1=""
247 cond2="" 
248 config_file=.mrun.config
249 coupled_dist=""
250 coupled_mode="mpi1"
251 cpp_opts=""
252 cpp_options=""
253 cpumax=0
254 cpurest=0
255 delete_temporary_catalog=true
256 do_batch=false
257 do_compile=true
258 do_remote=false
259 do_stagein=true
260 do_stageout=true
261 do_trace=false
262 email_notification="none"
263 exclude=""
264 executable=""
265 execution_error=false
266 fimm=false
267 fname=test
268 fromhost=""
269 global_revision=""
270 group_number=none
271 host=""
272 host_file=""
273 hp=""
274 ignore_archive_error=false
275 input_list=""
276 interpreted_config_file=""
277 job_catalog="~/job_queue"
278 job_on_file=""
279 keep_data_from_previous_run=false
280 link_local_input=false
281 link_local_output=false
282 localhost_realname=$(hostname)
283 local_compile=false
284 local_dvrserver_running=.FALSE.
285 locat=normal
286 mainprog=""
287 makefile=""
288 mc=$0
289 while [[ $(echo $mc | grep -c "/") != 0 ]]
290 do
291    mc=`echo $mc | cut -f2- -d"/"`
292 done
293 module_calls=""
294 mrun_script_name=$mc
295 netcdf_inc=""
296 netcdf_lib=""
297 netcdf_support=false
298 node_usage=default
299 numprocs=""
300 numprocs_atmos=0
301 numprocs_ocean=0
302 OOPT=""
303 openmp=false
304 output_list=""
305 package_list=""
306 punkte="..........................................................."
307 queue=none
308 read_from_config=""
309 restart_run=false
310 if [[ `hostname` = rte10 ]]
311 then
312   return_addres=133.5.185.60
313   echo "+++ WARNING: fixed return_addres = $return_addres is used !!!!!"
314 elif [[ `hostname` = climate0 ]]
315 then
316   return_addres=165.132.26.68
317   echo "+++ WARNING: fixed return_addres = $return_addres is used !!!!!"
318 else
319    return_addres=$(nslookup `hostname` 2>&1 | grep "Address:" | tail -1 | awk '{print $2}')
320 fi
321 return_password=""
322 return_username=$LOGNAME
323 remotecall=false
324 remote_username=""
325 run_coupled_model=false
326 run_mode=""
327 scirocco=false
328 store_on_archive_system=false
329 striche="  ----------------------------------------------------------------------------"
330 silent=false
331 source_list=""
332 source_path=SOURCE
333 tasks_per_node=""
334 threads_per_task=1
335 tmpcreate=false
336 tmp_data_catalog=""
337 transfer_problems=false
338 usern=$LOGNAME
339 use_openmp=false
340 working_directory=`pwd`
341 TOPT=""
342 XOPT=""
343 zeit=$( date | cut -c 12-19 )
344
345 typeset -i  iec=0 iic=0 iin=0 ioc=0 iout=0 memory=0 stagein_anz=0 stageout_anz=0
346 typeset -i  cputime i ii iia iii iio icycle inode ival jobges jobsek maxcycle minuten nodes pes sekunden tp1
347
348 typeset  -R30 calltime
349 typeset  -L20 spalte1
350 typeset  -L40 spalte2
351 typeset  -L60 spalte3
352 typeset  -L35 string1=`date`
353 typeset  -L12 string2=$usern
354 typeset  -L12 string3=$localhost_realname
355 typeset  -L12 string4
356 typeset  -L12 string5
357 typeset  -L30 version="MRUN  2.0 Rev$Rev: 755 $"
358
359
360
361    # EINZELNE VARIABLE FUER HAUPTPROGRAMM EXPORTIEREN
362 export  cpurest fname host localhost return_addres return_username remotecall tasks_per_node
363
364    # FOLGENDE VARIABLEN MUESSEN FUER DIE INTERPRETATION DER KONFIGURATIONSDATEI
365    # EXPORTIERT WERDEN
366 export  afname config_file cpp_opts cpumax do_batch do_trace fname fromhost
367 export  group_number input_list memory numprocs output_list queue run_mode
368
369
370 
371    # FEHLERBEHANDLUNG
372    # BEI EXIT:
373 trap 'rm -rf  $working_directory/tmp_mrun
374       if [[ $locat != localhost ]]
375       then
376#          if [[ ! -f ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik ]]
377#          then
378#             cat  >  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik  <<  %STATEND%
379#MRUN-calls on $localhost
380#
381#date and time                      user        localhost   remotehost  termination mrun-command
382#--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
383#%STATEND%
384#             chmod  666  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik
385#          fi
386#
387#             # EINTRAG IN DIE STATISTIK-DATEI
388#          string4=$host
389#          string5=$locat
390#          if [[ "$job_on_file" = ""  &&  $locat != control_c  &&  $locat != user_abort ]]
391#          then
392#             if [[ $do_batch = true ]]
393#             then
394#                printf "$string1$string2$string3$string4$string5$mrun_com \n"  >>  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik
395#             else
396#                printf "$string1$string2$string3$string4$string5$mc \n"  >>  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik
397#             fi
398#          fi
399          echo " " > /dev/null
400       fi
401
402       if [[ $locat != normal  &&  $locat != control_c  &&  $locat != local_compile ]]
403       then
404
405              # EVENTUELLE ERROR-KOMMANDOS ABARBEITEN
406          (( i = 0 ))
407          while (( i < iec ))
408          do
409             (( i = i + 1 ))
410             printf "\n  *** Execution of ERROR-command:\n"
411             printf "  >>> ${err_command[$i]}\n"
412             eval  ${err_command[$i]}
413          done
414          if [[ -n $interpreted_config_file ]]  then
415             rm -rf  $interpreted_config_file
416          fi
417          if [[ -n .mrun_environment ]]  then
418             rm -rf  .mrun_environment
419          fi
420          if [[ $tmpcreate = true ]]
421          then
422             printf "\n  *** Contents of \"$TEMPDIR\":\n"
423             ls -al; cd
424             [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
425          fi
426          if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
427          then
428             echo "+++ killing dvrserver_id=$dvrserver_id"
429             kill $dvrserver_id
430          fi
431          if [[ -f ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID ]]
432          then
433             rm -rf  ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID
434          fi
435          printf "\n\n+++ MRUN killed \n\n"
436       elif [[ $locat != control_c ]]
437       then
438          printf "\n\n --> all actions finished\n\n"
439          printf "     Bye, bye $usern !!\n\n"
440       fi' exit
441
442
443    # BEI TERMINAL-BREAK:
444 trap 'rm -rf  $working_directory/tmp_mrun
445       [[ $tmpcreate = true ]]  &&  (cd; rm -rf $TEMPDIR)
446       if [[ -f ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID ]]
447       then
448          rm -rf  ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID
449       fi
450       if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
451       then
452          echo "+++ killing dvrserver_id=$dvrserver_id"
453          kill $dvrserver_id
454       fi
455       printf "\n+++ MRUN killed by \"^C\" \n\n"
456       locat=control_c
457       exit
458      ' 2
459
460
461    # CHECK IF THE PATH FOR THE PALM BINARIES (SCRIPTS+UTILITY-PROGRAMS) HAS
462    # BEEN SET
463 if [[ "$PALM_BIN" = "" ]]
464 then
465    printf "\n  +++ environment variable PALM_BIN has not been set"
466    printf "\n      please set it to the directory where the PALM scripts are located"
467    locat=palm_bin; exit
468 fi
469 export PATH=$PALM_BIN:$PATH
470
471
472
473    # SHELLSCRIPT-OPTIONEN EINLESEN UND KOMMANDO NEU ZUSAMMENSETZEN, FALLS ES
474    # FUER FOLGEJOBS BENOETIGT WIRD
475 while  getopts  :a:AbBc:Cd:D:Fg:G:h:H:i:IkK:m:M:n:o:O:p:P:q:r:R:s:St:T:u:U:vxX:yY: option
476 do
477   case  $option  in
478       (a)   afname=$OPTARG;;
479       (A)   store_on_archive_system=true; mc="$mc -A";;
480       (b)   do_batch=true; mc="$mc -b";;
481       (B)   delete_temporary_catalog=false; mc="$mc -B";;
482       (c)   config_file=$OPTARG; mc="$mc -c$OPTARG";;
483       (C)   restart_run=true; mc="$mc -C";;
484       (d)   fname=$OPTARG; mc="$mc -d$OPTARG";;
485       (D)   cpp_opts="$cpp_opts $OPTARG"; mc="$mc -D'$OPTARG'";;
486       (F)   job_on_file="-D"; mc="$mc -F";;
487       (g)   group_number=$OPTARG; mc="$mc -g$OPTARG";;
488       (G)   global_revision=$OPTARG; mc="$mc -G'$OPTARG'";;
489       (h)   host=$OPTARG; mc="$mc -h$OPTARG";;
490       (H)   fromhost=$OPTARG; mc="$mc -H$OPTARG";;
491       (i)   input_list=$OPTARG; mc="$mc -i'$OPTARG'";;
492       (I)   ignore_archive_error=true; mc="$mc -I";;
493       (k)   keep_data_from_previous_run=true; mc="$mc -k";;
494       (K)   additional_conditions="$OPTARG"; mc="$mc -K'$OPTARG'";;
495       (m)   memory=$OPTARG; mc="$mc -m$OPTARG";;
496       (M)   makefile=$OPTARG; mc="$mc -M$OPTARG";;
497       (n)   node_usage=$OPTARG; mc="$mc -n$OPTARG";;
498       (o)   output_list=$OPTARG; mc="$mc -o'$OPTARG'";;
499       (O)   use_openmp=true; threads_per_task=$OPTARG; mc="$mc -O$OPTARG";;
500       (p)   package_list=$OPTARG; mc="$mc -p'$OPTARG'";;
501       (P)   return_password=$OPTARG; mc="$mc -P$OPTARG";;
502       (q)   queue=$OPTARG; mc="$mc -q$OPTARG";;
503       (r)   run_mode=$OPTARG; mc="$mc -r'$OPTARG'";;
504       (R)   remotecall=true;return_addres=$OPTARG; mc="$mc -R$OPTARG";;
505       (s)   source_list=$OPTARG; mc="$mc -s'$OPTARG'";;
506       (S)   read_from_config=false; mc="$mc -S";;
507       (t)   cpumax=$OPTARG; mc="$mc -t$OPTARG";;
508       (T)   tasks_per_node=$OPTARG; mc="$mc -T$OPTARG";;
509       (u)   remote_username=$OPTARG; mc="$mc -u$OPTARG";;
510       (U)   return_username=$OPTARG; mc="$mc -U$OPTARG";;
511       (v)   silent=true; mc="$mc -v";;
512       (x)   do_trace=true;set -x; mc="$mc -x";;
513       (X)   numprocs=$OPTARG; mc="$mc -X$OPTARG";;
514       (y)   ocean_file_appendix=true; mc="$mc -y";;
515       (Y)   run_coupled_model=true; coupled_dist=$OPTARG; mc="$mc -Y'$OPTARG'";;
516       (\?)  printf "\n  +++ unknown option $OPTARG \n"
517             printf "\n  --> type \"$0 ?\" for available options \n"
518             locat=parameter;exit;;
519   esac
520 done
521
522
523    # EVTL. POSITIONSPARAMETER EINLESEN
524    # ZUR ZEIT GIBT ES NUR DEN PARAMETER ? (=KURZINFO)
525 shift OPTIND-1
526
527
528    # KURZE AUFRUFBESCHREIBUNG WIRD HIER AUSGEGEBEN
529 if [[ "$1" = "?" ]]
530 then
531   (printf "\n  *** mrun can be called as follows:\n"
532    printf "\n      $mrun_script_name  -b -c.. -d.. -D.. -f.. -F -h.. -i.. -I -K.. -m.. -o.. -p.. -r.. -R -s.. -t.. -T.. -v -x -X.. -y -Y.. <modus>\n"
533    printf "\n      Description of available options:\n"
534    printf "\n      Option  Description                              Default-Value"
535    printf "\n        -a    base name of input files                 equiv. -d"
536    printf "\n        -A    archiving when using file-attribute fl"
537    printf "\n        -b    batch-job on local machine               ---"
538    printf "\n        -B    do not delete temporary directory at end ---"
539    printf "\n        -c    configuration file                       .mrun.config"
540    printf "\n        -d    base name of files attached to program   test"
541    printf "\n        -D    preprocessor(cpp)-directives             \"\" "
542    printf "\n        -F    create remote job file only              ---"
543    printf "\n        -h    execution host                           $localhost_realname"
544    printf "\n        -i    INPUT control list                       \"\" "
545    printf "\n        -I    archiving errors of previous batch-jobs"
546    printf "\n              will be ignored"
547    printf "\n        -k    keep data from previous run"
548    printf "\n        -K    additional conditions for controling"
549    printf "\n              usage of conditional code and"
550    printf "\n              env-variables in configuration file      \"\" "
551    printf "\n        -m    memory demand in MB (batch-jobs)         0 MB"
552    printf "\n        -M    Makefile name                            Makefile"
553    printf "\n        -n    node usage (shared/not_shared)           depending on -h"
554    printf "\n        -o    OUTPUT control list                      \"\" "
555    printf "\n        -O    use OpenMP                               ---"
556    printf "\n        -p    software package list                    \"\" "
557    printf "\n        -q    queue                                    \"$queue\" "
558    printf "\n        -r    run control list (combines -i -o)        \"\" "
559    printf "\n        -s    filenames of routines to be compiled     \"\" "
560    printf "\n              must end with .f, .f90, .F, or .c !"
561    printf "\n              use \"..\" for more than one file and wildcards"
562    printf "\n              -s TEST compiles all files with w-permit"
563    printf "\n        -S    config file interpreted by shellscript   ---"
564    printf "\n        -t    allowed cpu-time in seconds (batch)      0"
565    printf "\n        -T    tasks per node                           depending on -h"
566    printf "\n        -u    username on remote machine               \"\" "
567    printf "\n        -v    no prompt for confirmation               ---"
568    printf "\n        -x    tracing of mrun for debug purposes       ---"
569    printf "\n        -X    # of processors (on parallel machines)   1"
570    printf "\n        -y    add appendix \"_O\" to all local output"
571    printf "\n              files (ocean precursor runs followed by"
572    printf "\n              coupled atmosphere-ocean runs)           ---"
573    printf "\n        -Y    run coupled model, \"#1 #2\" with" 
574    printf "\n              #1 atmosphere and #2 ocean processors    \"#/2 #/2\" depending on -X"
575    printf "\n "
576    printf "\n      Possible values of positional parameter <modus>:"
577    printf "\n        \"?\"       -  this outline \n\n") | more
578    exit
579 elif [[ "$1" != "" ]]
580 then
581    printf "\n  +++ positional parameter $1 unknown \n"
582    locat=parameter; exit
583 fi
584
585
586
587    # KURZE STARTMELDUNG
588 printf "\n*** $version "
589 printf "\n    will be executed.     Please wait ..."
590
591
592
593    # PRUEFEN, OB KONFIGURATIONS-DATEI VORHANDEN
594 if [[ ! -f $config_file ]]
595 then
596    printf "\n\n  +++ configuration file: "
597    printf "\n           $config_file"
598    printf "\n      does not exist"
599    locat=connect; exit 
600 fi
601
602
603    # HOST-IDENTIFIER (local_host) AUS KONFIGURATIONSDATEI BESTIMMEN
604 line=""
605 grep  "%host_identifier"  $config_file  >  tmp_mrun
606 while read line
607 do
608    if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
609    then
610       HOSTNAME=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
611       host_identifier=`echo $line | cut -d" " -s -f3`
612       if [[ $localhost_realname = $HOSTNAME ]]
613       then
614          localhost=$host_identifier
615          break
616       fi
617    fi
618 done < tmp_mrun
619
620 if [[ "$localhost" = "" ]]
621 then
622    printf "\n\n  +++ no host identifier found in configuration file \"$config_file\""
623    printf "\n      for local host \"$localhost_realname\"."
624    printf "\n      Please add line"
625    printf "\n      \"\%host_identifier $localhost_realname <identifier>\""
626    printf "\n      to the configuration file."
627    locat=localhost; exit
628 fi
629
630
631    # HOSTSPEZIFISCHE VARIABLEN SETZEN
632 case  $localhost_realname  in
633     (r1*|r2*|h01*|b01*)     archive_system=tivoli;;
634     (cs*)                   archive_system=ut;;
635     (fimm.bccs.uib.no)      fimm=true;;
636     (gate|n-sx)             PATH=$PALM_BIN:$PATH:/usr/bin/nqsII;;
637     (scirocco)              scirocco=true;;
638 esac
639
640
641 
642    # BASISNAME DER INPUT-DATEIEN GLEICH ALLGEMEINEM BASISNAMEN SETZEN,
643    # WENN NICHT VOM BENUTZER ANDERS BESTIMMT
644 [[ "$afname" = "" ]]  &&  afname=$fname
645
646
647    # EVTL. RUN-MODUS DEN I/O-LISTEN HINZUFUEGEN
648 if [[ "$run_mode" != "" ]]
649 then
650    input_list="$input_list $run_mode"
651    output_list="$output_list $run_mode"
652 fi
653
654
655    # RECHNERNAMEN ABSPEICHERN, VON DEM AUS JOB GESTARTET WIRD,
656    # ALLERDINGS NUR DANN, WENN NICHT PER OPTION -H BEREITS EIN WERT
657    # ZUGEWIESEN WURDE (MRUN MACHT DIES IMMER, WENN ES SELBST BATCH-JOBS
658    # STARTET)
659 if [[ "$fromhost" = "" ]]
660 then
661    fromhost=$localhost
662 fi
663
664
665     # PRUEFEN, OB MRUN NUR TESTWEISE AUF DER LOKALEN MASCHINE KOMPILIEREN SOLL
666 if [[ "$source_list" = LOCAL_COMPILE_TEST ]]
667 then
668    source_list=TEST
669    local_compile=true
670    host=$localhost
671 fi
672   
673
674    # PRUEFEN, OB AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL
675    # WERT VON do_remote WIRD FUER DATEIVERBINDUNGEN BENOETIGT.
676    # WENN AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WIRD, IST GLEICHZEITIG KLAR,
677    # DASS EIN BATCH-JOB GESTARTET WERDEN MUSS
678 if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
679 then
680    do_batch=true
681    do_remote=true
682    case  $host  in
683        (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|ibmy|nech|necriam|lckyoto|lcsgib|lcsgih|unics|lcxt4|lcxt5m|lck|lckordi)  true;;
684        (*)  printf "\n"
685             printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
686             printf "\n      is not available"
687             locat=nqs; (( iec = 0 )); exit;;
688    esac
689 else
690    host=$localhost
691 fi
692
693
694     # ZUSATZBEDINGUNGEN (OPTION -K) AUSWERTEN
695 if [[ -n $additional_conditions ]]
696 then
697#    echo $additional_conditions | cut -d" " -f1-3 | read  cond1  cond2  dummy
698    cond1=`echo $additional_conditions | cut -d" " -f1`
699    cond2=`echo $additional_conditions | cut -d" " -s -f2`
700    dummy=`echo $additional_conditions | cut -d" " -s -f3`
701    if [[ -n $dummy ]]
702    then
703       printf "\n  +++ more than 2 additional conditions given for Option \"-K\""
704       locat=options; exit
705    fi
706    block=_$cond1
707    [[ -n $cond2 ]]  &&  block=${block}_$cond2
708 fi
709
710
711      # KOPPLUNGSEIGENSCHAFTEN (-Y) AUSWERTEN UND coupled_mode BESTIMMEN
712 if [[ $run_coupled_model = true ]] 
713 then
714
715    if  [[ -n $coupled_dist ]]
716    then
717
718       numprocs_atmos=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f1`
719       numprocs_ocean=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f2`
720
721       if (( $numprocs_ocean + $numprocs_atmos != $numprocs ))
722       then
723
724          printf "\n  +++ number of processors does not fit to specification by \"-Y\"."
725          printf "\n      PEs (total)     : $numprocs"
726          printf "\n      PEs (atmosphere): $numprocs_atmos"
727          printf "\n      PEs (ocean)     : $numprocs_ocean"
728          locat=coupling; exit
729
730       fi
731
732    else
733
734       (( numprocs_ocean = $numprocs / 2 ))
735       (( numprocs_atmos = $numprocs / 2 ))
736
737    fi
738    coupled_dist=`echo "$numprocs_atmos $numprocs_ocean"`
739
740       # GET coupled_mode FROM THE CONFIG FILE
741    line=""
742    grep  "%cpp_options.*-D__mpi2.*$host" $config_file  >  tmp_mrun
743    while read line
744    do
745       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" &&  ( $(echo $line | cut -d" " -s -f4) = $cond1 || $(echo $line | cut -d" " -s -f4)  = $cond2 ) ]]
746       then
747          coupled_mode="mpi2"
748       fi
749    done < tmp_mrun
750
751 fi
752
753
754    # PRUEFEN, OB EVTL. BEI VORHERGEHENDEM LAUF (KETTENJOB) EINE
755    # ARCHIVIERUNG FEHLGESCHLAGEN IST
756 if [[ -f ~/job_queue/ARCHIVE_ERROR_$fname ]]
757 then
758    if [[ $ignore_archive_error = false ]]
759    then
760       printf "\n  +++ data archiving of previous run failed"
761       printf "\n      see directory \~/job_queue on remote machine"
762       locat=archive; exit
763    else
764       printf "\n  +++ warning: data archiving in a previous run failed"
765       printf "\n      MRUN continues, trying to get backup copy"
766    fi
767 fi
768
769
770
771    # LESEN UND INTERPRETIEREN DER KONFIGURATIONS-DATEI VOM SHELLSCRIPT AUS
772    # VORUEBERGEHEND ZWINGEND AUF LINUX-RECHNERN
773 if [[ "$read_from_config" = false ]]
774 then
775
776    [[ $silent = false ]]  &&  printf "\n    Reading the configuration file... "
777    while  read zeile
778    do
779        [[ $silent = false ]]  &&  printf "."
780
781
782          # ZUERST EVENTUELL VORKOMMENDE ENVIRONMENT-VARIABLEN DURCH IHRE WERTE
783          # ERSETZEN
784       eval  zeile=\"$zeile\"
785
786
787          # INTERPRETATION DER ZEILE
788       if [[ "$(echo $zeile)" = "" ]]
789       then
790             # LEERZEILE, KEINE AKTION
791          continue
792
793       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1)"  =  "#" ]]
794       then
795
796             # ZEILE IST KOMMENTARZEILE
797          true
798
799       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1)"  =  "%" ]]
800       then
801
802             # ZEILE DEFINIERT ENVIRONMENT-VARIABLE
803          zeile=$(echo $zeile | cut -c2-)
804#          echo $zeile | cut -d" " -f1-5 | read  var  value  for_host  for_cond1  for_cond2
805          var=`echo $zeile | cut -d" " -f1`
806          value=`echo $zeile | cut -d" " -s -f2`
807          for_host=`echo $zeile | cut -d" " -s -f3`
808          for_cond1=`echo $zeile | cut -d" " -s -f4`
809          for_cond2=`echo $zeile | cut -d" " -s -f5`
810
811          if [[ "$for_host" = ""  ||  ( "$for_host" = $host  &&  "$for_cond1" = "$cond1"  &&  "$for_cond2" = "$cond2" )  ||  $(echo "$input_list$output_list"|grep -c "$for_host") != 0 ]]
812          then
813
814                # BEI COMPILER- CPP- ODER LINKEROPTIONEN EVTL ":" DURCH " "
815                # ERSETZEN. "::" WIRD DURCH ":" ERSETZT.
816             value=`echo $value | sed 's/::/%DUM%/g' | sed 's/:/ /g' | sed 's/%DUM%/:/g'`
817
818
819                # ENVIRONMENT-VARIABLE WIRD WERT AUS KONFIGURATIONSDATEI
820                # ZUGEWIESEN, WENN SIE SELBST NOCH KEINEN WERT UEBER DIE
821                # ENTSPRECHENDE SCRIPT-OPTION ERHALTEN HAT. SOLCHE
822                # VARIABLEN HAETTEN DANN DEN WERT "" ODER IM INTEGER-FALL DEN
823                # WERT 0.  ALLGEMEINE REGEL ALSO: SCRIPT-OPTION GEHT UEBER
824                # KONFIGURATIONSDATEI
825             if [[ "$(eval echo \$$var)" = ""  ||  "$(eval echo \$$var)" = "0" ]]
826             then
827                eval  $var=\$value
828
829                   # EVTL. BILDSCHIRMAUSGABEN DER ENVIRONMENT-VARIABLEN
830                if [[ $do_trace = true ]]
831                then
832                   printf "\n*** ENVIRONMENT-VARIABLE $var = $value"
833                fi
834             fi
835
836                # WENN ENVIRONMENT-VARIABLE HOST VEREINBART, DANN SOFORT AUSWERTEN
837                # WERT VON do-remote WIRD BEI DATEIVERBINDUNGEN BENOETIGT
838                # WENN AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WIRD, IST GLEICHZEITIG KLAR,
839                # DASS EIN BATCH-JOB GESTARTET WERDEN MUSS
840             if [[ $var = host ]]
841             then
842                if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
843                then
844                   do_batch=true
845                   do_remote=true
846                   case  $host  in
847                       (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|ibmy|lckyoto|lcsgib|lcsgih|nech|necriam|unics|lcxt4|lcxt5m|lck|lckordi)  true;;
848                       (*)  printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
849                            printf "\n      is not available"
850                            locat=nqs; exit;;
851                   esac
852                else
853                   host=$localhost
854                fi
855             fi
856
857                # VOM BENUTZER DEFINIERTE ENVIRONMENT VARIABLEN MUESSEN PRINZIPIELL
858                # EXPORTIERT WERDEN, DA SIE VIELLEICHT IN WEITER UNTEN AUFZURUFEN-
859                # DEN PROGRAMMEN BENOETIGT WERDEN
860             export  $var
861          fi
862
863
864
865
866       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "EC:" ]]
867       then
868
869             # ZEILE DEFINIERT ERROR-KOMMANDO
870          (( iec = iec + 1 ))
871          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
872          err_command[$iec]="$zeile"
873
874       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "IC:" ]]
875       then
876
877             # ZEILE DEFINIERT INPUT-KOMMANDO
878          (( iic = iic + 1 ))
879          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
880          in_command[$iic]="$zeile"
881
882       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "OC:" ]]
883       then
884
885             # ZEILE DEFINIERT OUTPUT-KOMMANDO
886          (( ioc = ioc + 1 ))
887          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
888          out_command[$ioc]="$zeile"
889
890       else
891
892             # ZEILE DEFINIERT DATEIVERBINDUNG. EINLESEN DER DATEIEIGENSCHAFTEN
893             # s2a: in/out - Feld
894             # s2b: loc    - Feld (optional)
895             # s2c: tr/ar  - Feld (optional)
896#          echo $zeile | cut -d" " -f1-2 | read  s1  s2
897          s1=`echo $zeile | cut -d" " -f1`
898          s2=`echo $zeile | cut -d" " -s -f2`
899          s2a=$(echo $s2 | cut -d":" -f1)
900          if [[ $(echo $s2 | grep -c ":") = 0 ]]
901          then
902             s2b=""
903             s2c=""
904          else
905#             echo $s2 | cut -d":" -f2-3 | sed 's/:/ /g' | read  s2b  s2c
906             s2b=`echo $s2 | cut -d":" -f2 | sed 's/:/ /g'`
907             s2c=`echo $s2 | cut -d":" -s -f3 | sed 's/:/ /g'`
908          fi
909#          echo $zeile | cut -d" " -f3-6 | read  s3  s4  s5  s6
910          s3=`echo $zeile | cut -d" " -f3`
911          s4=`echo $zeile | cut -d" " -s -f4`
912          s5=`echo $zeile | cut -d" " -s -f5`
913          s6=`echo $zeile | cut -d" " -s -f6`
914
915       
916             # ABSPEICHERN DER DATEIVERBINDUNG, FALLS IN INPUT- ODER OUTPUT-LIST
917             # VERMERKT. VARIABLE S3 KANN AUCH LISTE ENTHALTEN (FELDTRENNER ":")
918             # DATEIVERBINDUNG WIRD DANN NICHT ABGESPEICHERT UND GEPRUEFT, WENN
919             # PROGRAMMLAUF AUF REMOTE-MASCHINE ERFOLGT UND DATEI NUR LOKAL VOR-
920             # HANDEN SEIN MUSS (D.H. s2b = loc)
921          IFSALT="$IFS"; IFS="$IFS:"
922          if [[ "$s2a" = in  &&  ! ( $do_remote = true  &&  ( "$s2b" = loc  ||  "$s2b" = locopt ) ) ]]
923          then
924             found=false
925             for  actual  in  $input_list
926             do
927                for  formal  in  $s3
928                do
929                   [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-" ]]  &&  found=true
930                done
931             done
932             if [[ $found = true ]]
933             then
934                (( iin = iin + 1 ))
935                localin[$iin]=$s1; transin[$iin]=$s2b; actionin[$iin]=$s2c;
936                typein[$iin]=$s3; pathin[$iin]=$s4; endin[$iin]=$s5;
937                extin[$iin]=$s6
938             fi
939          elif [[ "$s2a" = out  &&  ! ( $do_remote = true  &&  "$s2b" = loc ) ]]
940          then
941             found=false
942             for  actual  in  $output_list
943             do
944                for  formal  in  $s3 
945                do
946                   [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-"  ]]  &&  found=true
947                done
948             done
949             if [[ $found = true ]]
950             then
951                (( iout = iout + 1 ))
952                localout[$iout]=$s1; actionout[$iout]=$s2c; typeout[$iout]=$s3;
953                pathout[$iout]=$s4; endout[$iout]=$s5; extout[$iout]=$s6
954             fi
955          elif [[ "$s2a" != in  &&  "$s2a" != out ]]
956          then
957             printf "\n  +++ I/O-attribute in configuration file $config_file has the invalid"
958             printf "\n      value \"$s2\". Only \"in\" and \"out\" are allowed!"
959             locat=connect; exit
960          fi
961          IFS="$IFSALT"
962       fi
963    done < $config_file
964
965 else
966
967
968       # INTERPRETATION DER KONFIGURATIONSDATEI MITTELS FORTRAN 90 - PROGRAMM
969    [[ $silent = false ]]  &&  printf "..."
970    export  cond1 cond2 config_file do_remote do_trace input_list localhost output_list
971    export  interpreted_config_file=.icf.$RANDOM
972
973
974
975       # ENVIRONMENT-VARIABLEN FUER INTERPRET_CONFIG UEBER NAMELIST_DATEI ZUR
976       # VERFUEGUNG STELLEN
977    cat  >  .mrun_environment  <<  %%END%%
978 &mrun_environment  cond1 = '$cond1', cond2 = '$cond2',
979                    config_file = '$config_file', do_remote = '$do_remote',
980                    do_trace = '$do_trace', host = '$host',
981                    input_list = '$input_list', icf = '$interpreted_config_file',
982                    localhost = '$localhost', output_list = '$output_list' /
983
984%%END%%
985
986       # WERTE VON MRUN-OPTIONEN SICHERN UND DAMIT GEGEBENENFALLS SPAETER DIE
987       # IN DER KONFIGURAIONSDATEI ANGEGEBENEN WERTE UEBERSTEUERN
988    mrun_memory=$memory
989    mrun_group_number=$group_number
990    mrun_cpumax=$cpumax
991    mrun_numprocs=$numprocs
992
993    if [[ $localhost_realname = "sx-fep" ]]
994    then
995       /home/COAR/NC/raasch/pub/interpret_config_necriam.x
996    else
997
998       if [[ "$host" != $localhost ]]
999       then
1000
1001             # REMOTE JOB FROM LOCAL HOST: JUST TAKE THE FIRST EXECUTABLE FOUND
1002          interpret_config_executable=`ls -1 ${PALM_BIN}/interpret_config*.x 2>/dev/null`
1003          if [[ $? != 0 ]]
1004          then
1005             printf "\n\n  +++ no interpret_config found"
1006             printf "\n      run \"mbuild -u -h ...\" to generate utilities for this host"
1007             locat=interpret_config; exit
1008          fi
1009          interpret_config_executable=`echo $interpret_config_executable | cut -d" " -f1`
1010          $interpret_config_executable
1011
1012       else
1013
1014             # CHECK, IF THERE IS AN EXECUTABLE FOR THE BLOCK
1015          if [[ ! -f ${PALM_BIN}/interpret_config${block}.x ]]
1016          then
1017             printf "\n\n  +++ no interpret_config found for given block \"$cond1 $cond2\""
1018             printf "\n      run \"mbuild -u -h ...\" to generate utilities for this block"
1019             locat=interpret_config; exit
1020          else
1021             interpret_config${block}.x
1022          fi
1023
1024       fi
1025    fi
1026    rm .mrun_environment
1027
1028
1029       # AUSFUEHRUNG DER GENERIERTEN SHELL-KOMMANDOS IN DIESER SHELL
1030    chmod  u+x  $interpreted_config_file
1031    export PATH=$PATH:.
1032    . $interpreted_config_file
1033    rm  $interpreted_config_file
1034
1035
1036       # OPTIONSWERTE UEBERSTEUERN KONFIGURATIONSDATEI
1037    [[ $mrun_memory     != 0  ]]  &&  memory=$mrun_memory
1038    [[ "$mrun_group_number" != "none" ]]  &&  group_number=$mrun_group_number
1039    [[ $mrun_cpumax     != 0  ]]  &&  cpumax=$mrun_cpumax
1040    [[ "$mrun_numprocs" != "" ]]  &&  numprocs=$mrun_numprocs
1041
1042 fi
1043
1044
1045    # QUELLTEXTVERZEICHNIS AUF LOKALER MASCHINE AUS KONFIGURATIONSDATEI
1046    # BESTIMMEN (WUERDE SONST EVTL. DAS VERZEICHNIS DES JEWEILS UNTER -h
1047    # ANGEGEBENEN REMOTE-RECHNERS SEIN)
1048    # BEI BATCH-JOBS SIND DIE ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE SCHON KOMPLETT
1049 if [[ "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1050 then
1051
1052       # ZUERST PRUEFEN, OB EIN GLOBALER QUELLTEXTPFAD FUER ALLE RECHNER
1053       # VEREINBART WURDE
1054    source_path=""
1055    line=""
1056    grep "%source_path" $config_file  >  tmp_mrun
1057    while read line
1058    do
1059       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
1060       then
1061          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -f3)" = "" ]]
1062          then
1063             global_source_path=`echo $line | cut -d" " -f2`
1064          fi
1065       fi
1066    done  <  tmp_mrun
1067
1068    line=""
1069    found=false
1070    grep  " $localhost" $config_file | grep "%source_path"  >  tmp_mrun
1071    while read line
1072    do
1073       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
1074       then
1075          if [[ $found = true ]]
1076          then
1077             printf "\n\n  +++ more than one source path found in configuration file"
1078             printf "\n      for local host \"$localhost\" "
1079             locat=source_path; exit
1080          fi
1081          source_path=`echo $line | cut -d" " -f2`
1082          found=true
1083       fi
1084    done  <  tmp_mrun
1085    rm  tmp_mrun
1086
1087    if [[ "$source_path" = "" ]]
1088    then
1089       if [[ "$global_source_path" != "" ]]
1090       then
1091          source_path=$global_source_path
1092       else
1093          printf "\n\n  +++ no source path found in configuration file"
1094          printf "\n      for local host \"$localhost\" "
1095          locat=source_path; exit
1096       fi
1097    fi
1098    eval source_path=$source_path
1099
1100    if [[ ! -d $source_path ]]
1101    then
1102       printf "\n\n  +++ source path \"$source_path\" on local host"
1103       printf "\n      \"$localhost\" does not exist"
1104       locat=source_path; exit
1105    fi
1106
1107 fi
1108
1109
1110    # GLOBALE REVISIONSNUMMER ERMITTELN (FORTSETZUNGSLAEUFEN WIRD DIESE
1111    # DURCH OPTION -G MITGETEILT)
1112 if [[ "$global_revision" = ""   &&  $host != "ibmkisti" ]]
1113 then
1114    global_revision=`svnversion $source_path  2>/dev/null`
1115    global_revision="Rev: $global_revision"
1116 fi
1117
1118
1119    # NOCHMAL PRUEFEN, OB AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL
1120    # (HOST KANN IN KONFIGURATIONSDATEI ANDERS FESTGELEGT WORDEN SEIN)
1121    # WERT VON do_remote WIRD FUER DATEIVERBINDUNGEN BENOETIGT.
1122    # WENN AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WIRD, IST GLEICHZEITIG KLAR,
1123    # DASS EIN BATCH-JOB GESTARTET WERDEN MUSS
1124 if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
1125 then
1126    do_batch=true
1127    do_remote=true
1128    case  $host  in
1129        (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|ibmy|lckyoto|lcsgib|lcsgih|nech|necriam|unics|lcxt4|lcxt5m|lck|lckordi)  true;;
1130        (*)  printf "\n"
1131             printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
1132             printf "\n      is not available"
1133             locat=nqs; (( iec = 0 )); exit;;
1134    esac
1135 else
1136    host=$localhost
1137 fi
1138
1139
1140    # PRUEFUNG EINIGER PROZESSORZAHLANGABEN BEI RECHNUNGEN AUF PARALLELRECHNERN
1141 if [[ "$cond1" = parallel  ||  "$cond2" = parallel ]]
1142 then
1143
1144       # PRUEFEN, OB DIE ANZAHL DER ZU VERWENDENDEN PES ANGEGEBEN WURDE
1145    if [[ ! -n $numprocs ]]
1146    then
1147       printf "\n"
1148       printf "\n  +++ option \"-K parallel\" requires additional specification"
1149       printf "\n      of the number of processors to be used by"
1150       printf "\n      mrun-option \"-X\" or by environment-variable"
1151       printf "\n      \"numprocs\" in the configuration file"
1152       locat=numprocs; (( iec = 0 )); exit
1153    fi
1154
1155       # PRUEFEN, OB DIE PROZESSORANZAHL PRO KNOTEN ANGEGEBEN WURDE (GGF.
1156       # DEFAULT-WERT SETZEN) UND OB SIE EIN GANZZAHLIGER TEILER DER
1157       # GESAMTPROZESSORANZAHL IST
1158    if [[ $host = nech  ||  $host = necriam  ||  $host = ibmh  ||  $host = ibmkisti  ||  $host = ibms ]]
1159    then
1160       [[ "$tasks_per_node" = "" ]]  &&  tasks_per_node=6
1161       (( ival = $tasks_per_node ))
1162       (( pes = numprocs ))
1163#       if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics+1PE) = 1 ]]
1164#       then
1165#          (( pes = pes - 1 ))
1166#       fi
1167       (( ii = pes / ival ))
1168       if (( pes - ii * ival > 0 ))
1169       then
1170          printf "\n"
1171          printf "\n  +++ tasks per node (option \"-T\") must be an integral"
1172          printf "\n      divisor of the total number of processors (option \"-X\")"
1173          printf "\n      values of this mrun-call: \"-T $tasks_per_node\" \"-X $numprocs\""
1174          locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit
1175       fi
1176    fi
1177
1178       # IBMY HAT NUR EINEN KNOTEN
1179    if [[ $host = ibmy ]]
1180    then
1181       if [[ "$tasks_per_node" != ""  &&  "$tasks_per_node" != "$numprocs" ]]
1182       then
1183          printf "\n"
1184          printf "\n  +++ on ibmy, tasks per node (option \"-T\") must be equal to the"
1185          printf "\n      total number of processors (option \"-X\")"
1186          printf "\n      values of this mrun-call: \"-T $tasks_per_node\" \"-X $numprocs\""
1187          locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit
1188       fi
1189    fi
1190
1191       # FALLS OPENMP PARALLELISIERUNG VERWENDET WERDEN SOLL, ANZAHL VON THREADS
1192       # SETZEN UND ZAHL DER TASKS PRO KNOTEN AUF 1 SETZEN
1193#    if [[ $use_openmp = true ]]
1194#    then
1195#       threads_per_task=$tasks_per_node
1196#       tasks_per_node=1
1197#    fi
1198
1199       # SETTINGS FOR SUBJOB-COMMAND
1200    TOPT="-T $tasks_per_node"
1201    OOPT="-O $threads_per_task"
1202
1203       # GESAMTZAHL DER KNOTEN BESTIMMEN
1204    if [[ "$tasks_per_node" != "" ]]
1205    then
1206       (( nodes = numprocs / ( tasks_per_node * threads_per_task ) ))
1207    fi
1208
1209       # PRUEFEN, OB NODE USAGE EINEN ERLAUBTEN WERT HAT BZW. DEN DEFAULT
1210       # SETZEN
1211    if [[ $node_usage = default ]]
1212    then
1213       if [[ $host = ibms ]]
1214       then
1215          node_usage=shared
1216       elif [[ $(echo $host | cut -c1-5) = lcsgi ]]
1217       then
1218          node_usage=singlejob
1219       else
1220          node_usage=not_shared
1221       fi
1222    fi
1223
1224    if [[ $node_usage != shared  &&  $node_usage != not_shared  &&  $node_usage != singlejob  &&  "$(echo $node_usage | cut -c1-3)" != "sla" ]]
1225    then
1226       printf "\n"
1227       printf "\n  +++ node usage (option \"-n\") is only allowed to be set"
1228       printf "\n      \"shared\" or \"not_shared\""
1229       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit
1230    fi
1231
1232 fi
1233
1234    # PRUEFEN, OB HOSTFILE EXISTIERT
1235 if [[ -n $hostfile ]]
1236 then
1237    if [[ ! -f $hostfile ]]
1238    then
1239       printf "\n"
1240       printf "\n  +++ hostfile \"$hostfile\" does not exist"
1241       locat=hostfile; exit
1242    fi
1243 fi
1244
1245    # PRUEFEN, OB RHOSTS DATEI EXISTIERT. GEGEBENENFALLS ANLEGEN BZW. ERWEITERN
1246 if [[ $host = ibmy  &&  $do_remote = false ]]
1247 then
1248    if [[ ! -f $HOME/.rhosts ]]
1249    then
1250       echo  "gfdl5.yonsei.ac.kr"  >  $HOME/.rhosts
1251       printf "\n\n  *** file:"
1252       printf "\n           $HOME/.rhosts"
1253       printf "\n      was created\n"
1254    fi
1255    if [[ $(grep -c gfdl5.yonsei.ac.kr $HOME/.rhosts) = 0 ]]
1256    then
1257       echo  "gfdl5.yonsei.ac.kr"  >>  $HOME/.rhosts
1258       printf "\n\n  *** file:"
1259       printf "\n           $HOME/.rhosts"
1260       printf "\n      was extended by the name of the current host\n"
1261    fi
1262 fi
1263
1264
1265
1266    # FALLS NICHT VORGEGEBEN, DEFAULT-QUEUE AUF DER ZIELMASCHINE FESTLEGEN
1267 if [[ $queue = none ]]
1268 then
1269    case  $host  in
1270        (ibmh)       queue=no_class;;
1271        (ibmkisti)   queue=class.32plus;;
1272        (ibmy)       queue=parallel;;
1273        (lckyoto)    queue=ph;;
1274        (lcsgib)     queue=bigq;;
1275        (lcsgih)     queue=bigq;;
1276        (lctit)      queue=S;;
1277        (nech)       queue=none;;
1278        (necriam)    queue=SP;;
1279        (unics)      queue=unics;;
1280    esac
1281 fi
1282
1283
1284    # VOLLSTAENDIGE DATEINAMEN DER INPUT-FILES BILDEN,
1285    # INPUT-DATEIEN AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND EVTL. HOECHSTE ZYKLUSNUMMER
1286    # ERMITTELN
1287 (( i = 0 ))
1288 while (( i < iin ))
1289 do
1290    (( i = i + 1 ))
1291    (( maxcycle = 0 ))
1292
1293       # NAMENSBILDUNG (EVTL. IST FESTER DATEINAME VORGEGEBEN)
1294    if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1295    then
1296       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${endin[$i]}  # REMOTE-PFAD ERST AUF
1297                                                    # REM-MASCHINE AUSWERTEN
1298       eval filename=${pathin[$i]}/${endin[$i]}
1299    else
1300       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}  # REMOTE-PFAD ERST AUF
1301                                                             # REM-MASCHINE AUSWERTEN
1302       eval filename=${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}
1303    fi
1304
1305       # PRUEFEN AUF VORHANDENSEIN
1306    if [[ $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "not found") = 1  || \
1307          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "nicht gefunden") = 1  || \
1308          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "No such file") = 1  || \
1309          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "does not exist") = 1 ]]
1310    then
1311          # DATEIEN MIT EXTENSION (Z.B. NC) MUESSEN NICHT ZWINGEND VORHANDEN
1312          # SEIN, DESHALB IN SOLCHEN FAELLEN KEIN ABBRUCH. DIES IST NUR EINE
1313          # VORUEBERGEHENDE LOESUNG (OKT 05). NICHT ZWINGEND BENOETIGTE
1314          # EINGABEDATEIEN SOLLTEN EINE SPEZIELLE OPTION IN DER DATEI-
1315          # VERBINDUNGSANWEISUNG BEKOMMEN (Z.B. inopt?)
1316       if [[ "${transin[$i]}" != "locopt" ]]
1317       then
1318          printf "\n\n  +++ INPUT-file: "
1319          if [[ "${extin[$i]}" = "" ]]
1320          then
1321             printf "\n           $filename"
1322          else
1323             printf "\n           $filename.${extin[$i]}"
1324          fi
1325          printf "\n      does not exist\n"
1326          locat=input; exit
1327       else
1328          transin[$i]="unavailable"
1329       fi
1330    else
1331
1332          # ZYKLUSNUMMER FESTSTELLEN
1333       ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1334       ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1335       while  read zeile
1336       do
1337          cycle=$(print $zeile | cut -f2 -d".")
1338          if [[ "$cycle" = "$zeile" ]]
1339          then
1340             (( icycle = 0 ))
1341          elif [[ "$cycle" = "${extin[$i]}" ]]
1342          then
1343             (( icycle = 0 ))
1344          else
1345             (( icycle = $cycle ))
1346          fi
1347          if (( icycle > maxcycle ))
1348          then
1349             (( maxcycle = icycle ))
1350             file_to_be_used=$zeile
1351          fi
1352       done <filelist
1353       rm filelist
1354
1355          # EVTL. ZYKLUSNUMMER AN DATEINAMEN ANFUEGEN
1356       if (( maxcycle > 0 ))
1357       then
1358          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1359          then
1360             filename=${filename}.$maxcycle.${extin[$i]}
1361          else
1362             filename=${filename}.$maxcycle
1363          fi
1364       else
1365          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1366          then
1367             filename=${filename}.${extin[$i]}
1368          fi
1369       fi
1370       
1371          # DATEINAMEN OHNE PFAD ABER MIT ZYKLUSNUMMER ABSPEICHERN,
1372          # DA SPAETER BEI RUECKSPEICHERN VOM ARCHIVSYSTEM EVTL. BENOETIGT
1373       absnamein[$i]=$filename
1374       if (( maxcycle > 0 ))
1375       then
1376          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1377          then
1378             frelin[$i]=${endin[$i]}.$maxcycle
1379          else
1380             frelin[$i]=${afname}${endin[$i]}.$maxcycle
1381          fi
1382       else
1383          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1384          then
1385             frelin[$i]=${endin[$i]}
1386          else
1387             frelin[$i]=${afname}${endin[$i]}
1388          fi
1389       fi
1390
1391    fi
1392 done
1393       
1394
1395    # VOLLSTAENDIGE DATEINAMEN (OHNE $ ODER ~) DER OUTPUT-FILES BILDEN,
1396    # OUTPUT-DATEIEN AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND EVTL. HOECHSTE ZYKLUSNUMMER
1397    # ERMITTELN ODER, FALLS NICHT VORHANDEN, PRUEFEN, OB SIE SICH ANLEGEN LASSEN
1398    # DIESE AKTIONEN FINDEN NICHT STATT, WENN PROGRAMM AUF REMOTE-MASCHINE
1399    # RECHNET UND DATEI ANSCHLIESSEND TRANSFERIERT WERDEN SOLL!
1400 (( i = 0 ))
1401 while (( i < iout ))
1402 do
1403    (( i = i + 1 ))
1404    if [[ ! ( $fromhost != $localhost  &&  ( "${actionout[$i]}" = tr || "${actionout[$i]}" = tra || "${actionout[$i]}" = trpe ) ) ]]
1405    then
1406       if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
1407       then
1408          actionout[$i]=""
1409       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe ]]
1410       then
1411          actionout[$i]=pe
1412       elif [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
1413       then
1414          actionout[$i]=a
1415       fi
1416       (( maxcycle = 0 ))
1417       eval filename=${pathout[$i]}/${fname}${endout[$i]}
1418       eval catalogname=${pathout[$i]}
1419       if [[ $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "not found") = 1  || \
1420             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "nicht gefunden") = 1  || \
1421             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "No such file") = 1  || \
1422             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "does not exist") = 1 ]]
1423       then
1424     
1425             # OUTPUT-DATEI NICHT VORHANDEN. PRUEFEN, OB ANLEGEN MOEGLICH.
1426          if  cat /dev/null > $filename 
1427          then
1428             rm  $filename
1429          else
1430
1431                # PRUEFEN, OB KATALOG VORHANDEN UND EVTL. DIESEN ANLEGEN
1432             if [[ ! -d $catalogname ]]
1433             then
1434                if  mkdir -p  $catalogname
1435                then
1436                   printf "\n\n  *** directory:"
1437                   printf "\n           $catalogname"
1438                   printf "\n      was created\n"
1439                else
1440                   printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1441                   printf "\n           $filename"
1442                   printf "\n      cannot be created, because directory does not exist"
1443                   printf "\n      and cannot be created either"
1444                   printf "\n"
1445                   locat=output  ; exit
1446                fi 2>/dev/null
1447             else
1448                printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1449                printf "\n           $filename"
1450                printf "\n      cannot be created, although directory exists"
1451                printf "\n"
1452                locat=output  ; exit
1453             fi
1454          fi 2>/dev/null
1455       else
1456
1457             # ZYKLUSNUMMER FESTSTELLEN
1458          ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1459          ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1460          while  read zeile
1461          do
1462             cycle=$(print $zeile | cut -f2 -d".")
1463             if [[ "$cycle" = "$zeile"  ||  "$cycle" = ${extout[$i]} ]]
1464             then
1465                (( icycle = 1 ))
1466             else
1467                (( icycle = $cycle + 1 ))
1468             fi
1469             if (( icycle > maxcycle ))
1470             then
1471                (( maxcycle = icycle ))
1472             fi
1473          done <filelist
1474          rm filelist
1475       fi
1476
1477          # EVTL. ZYKLUSNUMMER AN DATEINAMEN ANFUEGEN UND PRUEFEN, OB SICH
1478          # DATEI AUCH WIRKLICH ANLEGEN LAESST. IM APPEND-FALL MUSS AN DEN
1479          # HOECHSTEN VORHANDENEN ZYKLUS-ANGEHAENGT WERDEN. ANLAGEPRUEFUNG
1480          # IST DANN NATUERLICH NICHT ZULAESSIG BZW. MOEGLICH
1481       if [[ "${actionout[$i]}" != a ]]
1482       then
1483          if (( maxcycle > 0 ))
1484          then
1485             filename=${filename}.$maxcycle
1486             if  cat /dev/null > $filename 
1487             then
1488                rm  $filename
1489             else
1490                printf "\n  +++ OUTPUT-file:"
1491                printf "\n           $filename"
1492                printf "\n      cannot be created"
1493                locat=output  ; exit
1494             fi
1495          fi
1496       else
1497          (( maxcycle = maxcycle - 1 ))
1498          if (( maxcycle > 0 ))
1499          then
1500             filename=${filename}.$maxcycle
1501          fi
1502       fi
1503       
1504          # DATEINAMEN OHNE PFAD ABER MIT ZYKLUSNUMMER ABSPEICHERN,
1505          # DA SPAETER BEI ABLAGE AUF ARCHIVSYSTEM BZW. FUER
1506          # DATEI OUTPUT_FILE_CONNECTIONS EVTL. BENOETIGT
1507       pathout[$i]=$filename
1508       if (( maxcycle > 0 ))
1509       then
1510          frelout[$i]=${fname}${endout[$i]}.$maxcycle
1511       else
1512          frelout[$i]=${fname}${endout[$i]}
1513       fi
1514
1515    fi
1516 done
1517
1518
1519     # DAS DVR-PAKET ERFORDERT EINE ENTSPRECHENDE BIBLIOTHEK
1520 if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
1521 then
1522    if [[ "$dvr_inc" = "" ]]
1523    then
1524       printf "\n\n  +++ no value for \"dvr_inc\" given in configuration file"
1525       printf "\n      This is required for the dvrp_graphics package.\n"
1526       locat=dvr; exit
1527    fi
1528    if [[ "$dvr_lib" = "" ]]
1529    then
1530       printf "\n\n  +++ no value for \"dvr_lib\" given in configuration file"
1531       printf "\n      This is required for the dvrp_graphics package.\n"
1532       locat=dvr; exit
1533    fi
1534 fi
1535
1536
1537     # PRUEFEN, OB ENTWEDER HAUPTPROGRAMM ODER NUR EIN AUSFUEHRBARES
1538     # PROGRAMM VEREINBART WURDE (IN DIESEM FALL BRAUCHT IM WEITEREN NICHT
1539     # UEBERSETZT ZU WERDEN)
1540 if [[ "$mainprog" = ""  &&  "$executable" = "" ]]
1541 then
1542    printf "\n  +++ neither main program nor executable defined"
1543    locat=source; exit
1544 elif [[ "$mainprog" != ""  &&  "$executable" != "" ]]
1545 then
1546    printf "\n  +++ main program as well as executable defined"
1547    locat=source; exit
1548 elif [[ "$mainprog" = ""  &&  "$executable" != "" ]]
1549 then
1550    do_compile=false
1551 fi
1552
1553
1554    # SOURCE-VERZEICHNIS ZUM AUFSAMMELN DER ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE
1555    # ERZEUGEN. HIERHIN WERDEN SPAETER IM FALL VON BATCH-JOBS AUCH DAS MRUN-
1556    # SCRIPTS SOWIE DIE KONFIGURATIONSDATEI KOPIERT
1557 if [[ $restart_run != true  &&  "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1558 then
1559    rm -rf  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1560    mkdir   SOURCES_FOR_RUN_$fname
1561 fi
1562
1563
1564    # ALLE ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE ZUSAMMENSAMMELN
1565    # BEI BATCH-JOBS IST DIES NICHT NOETIG, WEIL DIE PROGRAMMTEILE BEREITS DURCH
1566    # DEN MRUN-AUFRUF ERMITTELT SIND, DER DEN BATCH-JOB GENERIERT HAT, UND
1567    # IM VERZEICHNIS SOURCES_FOR_RUN_... ABGELEGT SIND
1568 if [[ $do_compile = true  &&  "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1569 then
1570
1571    [[ "$source_list" = LM ]]  &&  source_list=LOCALLY_MODIFIED
1572    [[ "$source_list" = WP ]]  &&  source_list=WRITE_PERMIT
1573
1574
1575       # EVTL. ZU UEBERSETZENDE PROGRAMMTEILE DADURCH BESTIMMEN, DASS GEPRUEFT
1576       # WIRD, WELCHE DATEIEN WRITE-PERMIT BESITZEN (DATEIEN SOLLTEN DESHALB
1577       # UNTER RCS-KONTROLLE STEHEN). MIT DER VARIABLEN EXCLUDE KOENNEN
1578       # BESTIMMTE DATEIEN GRUNDSAETZLICH VON DER UEBERSETZUNG AUSGESCHLOSSEN
1579       # WERDEN. DIES IST NUR BEI MANUELLEM START VON MRUN DURCH DEN BENUTZER
1580       # MOEGLICH, DA BEI AUTOMATISCHEN RESTARTS TEST DURCH DIE TATSAECHLICH
1581       # ZU UBERSETZENDEN DATEIEN ERSETZT IST.
1582       # ALLE ERMITTELTEN DATEIEN WERDEN IM VERZEICHNIS SOURCES_FOR_RUN_...
1583       # GESAMMELT
1584    if [[ "$source_list" = WRITE_PERMIT ]]
1585    then
1586
1587       source_list=""
1588       cd  $source_path
1589
1590
1591          # ALLE MOEGLICHEN QUELLCODEDATEIEN AUFLISTEN
1592       Names=$(ls -1 *.f90 2>&1)
1593       [[ $(echo $Names | grep -c '*.f90') = 0 ]]  &&  Filenames="$Names"
1594       Names=$(ls -1 *.F90 2>&1)
1595       [[ $(echo $Names | grep -c '*.F90') = 0 ]]  &&  Filenames="$Filenames $Names"
1596       Names=$(ls -1 *.F 2>&1)
1597       [[ $(echo $Names | grep -c '*.F') = 0   ]]  &&  Filenames="$Filenames $Names"
1598       Names=$(ls -1 *.f 2>&1)
1599       [[ $(echo $Names | grep -c '*.f') = 0   ]]  &&  Filenames="$Filenames $Names"
1600       Names=$(ls -1 *.c 2>&1)
1601       [[ $(echo $Names | grep -c '*.c') = 0   ]]  &&  Filenames="$Filenames $Names"
1602
1603
1604          # DATEIEN MIT WRITE-PERMIT NACH SOURCES_FOR_RUN_... KOPIEREN
1605       for  dateiname  in  $Filenames
1606       do
1607          if [[ -w $dateiname ]]
1608          then
1609             if [[ "$exclude" = ""  ||  $(echo $exclude | grep -c $dateiname) = 0 ]]
1610             then
1611                cp  $dateiname  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1612                source_list=$source_list"$dateiname "
1613             fi
1614          fi
1615       done
1616
1617       cd -  > /dev/null
1618
1619
1620    elif [[ "$source_list" = LOCALLY_MODIFIED ]]
1621    then
1622
1623          # MODIFIZIERTE DATEIEN DER SVN-ARBEITSKOPIE BESTIMMEN
1624       source_list=""
1625       cd  $source_path
1626
1627
1628          # PRUEFEN, OB VERZEICHNIS UEBERHAUPT UNTER SVN-KONTROLLE STEHT
1629       if [[ ! -d .svn ]]
1630       then
1631          printf "\n\n  +++ source directory"
1632          printf "\n         \"$source_path\" "
1633          printf "\n         is not under control of \"subversion\"."
1634          printf "\n         Please do not use mrun-option \"-s LOCALLY_MODIFIED\"\n"
1635       fi
1636
1637
1638          # ALLE MODIFIZIERTEN QUELLCODEDATEIEN AUFLISTEN
1639       Filenames=""
1640       svn status  >  tmp_mrun
1641       while  read line
1642       do
1643          firstc=`echo $line | cut -c1`
1644          if [[ $firstc = M  ||  $firstc = "?" ]]
1645          then
1646             Name=`echo "$line" | cut -c8-`
1647             extension=`echo $Name | cut -d. -f2`
1648             if [[ "$extension" = f90 || "$extension" = F90 || "$extension" = f || "$extension" = F || "$extension" = c ]]
1649             then
1650                Filenames="$Filenames "$Name
1651             fi
1652          fi
1653       done < tmp_mrun
1654
1655
1656          # DATEIEN NACH SOURCES_FOR_RUN_... KOPIEREN
1657       for  dateiname  in  $Filenames
1658       do
1659          cp  $dateiname  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1660          source_list=$source_list"$dateiname "
1661       done
1662
1663       cd -  > /dev/null
1664
1665
1666       # MITTELS OPTION -s ANGEGEBENE DATEIEN NACH SOURCES_FOR_RUN_... KOPIEREN
1667       # BEI AUTOMATISCHEN FORTSETZUNGSLAEUFEN SIND DORT SCHON ALLE DATEIEN
1668       # VORHANDEN
1669    elif [[ "$source_list" != ""  &&  $restart_run != true ]]
1670    then
1671
1672       cd  $source_path
1673
1674       for  filename  in  $source_list
1675       do
1676
1677             # QUELLTEXT-DATEI DARF KEINE PFADE BEINHALTEN
1678          if [[ $(print $filename | grep -c "/") != 0 ]]
1679          then
1680             printf "\n  +++ source code file:  $filename"
1681             printf "\n      must not contain (\"/\") "
1682             locat=source; exit
1683          fi
1684
1685          if [[ ! -f $filename ]]
1686          then
1687             printf "\n  +++ source code file:  $filename"
1688             printf "\n      does not exist"
1689             locat=source; exit
1690          else
1691             cp  $filename  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1692          fi
1693
1694       done
1695
1696       cd -  > /dev/null
1697
1698    fi
1699
1700
1701       # PRUEFEN, OB ENTWEDER HAUPTPROGRAMM VORHANDEN UND ES EVTL. IN DER
1702       # LISTE DER ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE MIT ENTHALTEN IST (WENN
1703       # NICHT, WIRD ES DIESER LISTE HINZUGEFUEGT)
1704    if [[ $restart_run != true ]]
1705    then
1706
1707       if [[ ! -f "$source_path/$mainprog" ]]
1708       then
1709          printf "\n\n  +++ main program:  $mainprog"
1710          printf "\n      does not exist in source directory"
1711          printf "\n      \"$source_path\"\n"
1712          locat=source; exit
1713       else
1714          if [[ $(echo $source_list | grep -c $mainprog) = 0 ]]
1715          then
1716             cp  $source_path/$mainprog  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1717             source_list=${mainprog}" $source_list"
1718          fi
1719       fi
1720    fi
1721
1722
1723       # MAKEFILE AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND KOPIEREN
1724       # BEI RESTART-LAEUFEN LIEGT ES SCHON IM VERZEICHNIS SOURCES_FOR_RUN...
1725    if [[ "$restart_run" != true ]]
1726    then
1727       [[ "$makefile" = "" ]]  &&  makefile=$source_path/Makefile
1728       if [[ ! -f $makefile ]]
1729       then
1730          printf "\n  +++ file \"$makefile\" does not exist"
1731          locat=make; exit
1732       else
1733          cp  $makefile  SOURCES_FOR_RUN_$fname/Makefile
1734       fi
1735    fi
1736
1737
1738       # DATEIEN AUS ZUSAETZLICHEM QUELLVERZEICHNIS HINZUFUEGEN
1739    if [[ $restart_run != true  &&  "$add_source_path" != "" ]]
1740    then
1741
1742          # GIBT ES DAS VERZEICHNIS UEBERHAUPT?
1743       if [[ ! -d $add_source_path ]]
1744       then
1745          printf "\n\n  +++ WARNING: additional source code directory"
1746          printf "\n      \"$add_source_path\" "
1747          printf "\n      does not exist or is not a directory."
1748          printf "\n      No source code will be used from this directory!\n"
1749          add_source_path=""
1750          sleep 3
1751       else
1752
1753          cd $add_source_path
1754          found=false
1755
1756          Names=$(ls -1 *.f90 2>&1)
1757          [[ $(echo $Names | grep -c '*.f90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$Names"
1758          Names=$(ls -1 *.F90 2>&1)
1759          [[ $(echo $Names | grep -c '*.F90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1760          Names=$(ls -1 *.F 2>&1)
1761          [[ $(echo $Names | grep -c '*.F') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1762          Names=$(ls -1 *.f 2>&1)
1763          [[ $(echo $Names | grep -c '*.f') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1764          Names=$(ls -1 *.c 2>&1)
1765          [[ $(echo $Names | grep -c '*.c') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1766
1767          cd -  > /dev/null
1768          cd  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1769
1770             # COPY MAKEFILE IF EXISTING
1771          if [[ -f $add_source_path/Makefile ]]
1772          then
1773             printf "\n\n  *** user Makefile from directory"
1774             printf "\n      \"$add_source_path\" is used \n"
1775             sleep 1
1776             cp  $add_source_path/Makefile  .
1777          fi
1778
1779          for  dateiname  in  $AddFilenames
1780          do
1781             if [[ -f $dateiname ]]
1782             then
1783                printf "\n  +++ source code file \"$dateiname\" found in additional"
1784                printf "\n      source code directory \"$add_source_path\" "
1785                printf "\n      but was also given with option \"-s\" which means that it should be taken"
1786                printf "\n      from directory \"$source_path\"."
1787                locat=source; exit
1788             fi
1789
1790             cp  $add_source_path/$dateiname  .
1791             source_list="$source_list $dateiname"
1792
1793                # CHECK IF FILE IS CONTAINED IN MAKEFILE
1794             if [[ $(grep -c $dateiname Makefile) = 0 ]]
1795             then
1796                printf "\n\n  +++ user file \"$dateiname\" "
1797                printf "\n      is not listed in Makefile \n"
1798                locat=source; exit
1799             else
1800
1801                # Default User-Interface von der Liste entfernen, falls Datei
1802                # ein User-Interface enthaelt
1803#             if [[ $( cat $dateiname | grep -c "END SUBROUTINE user_parin" ) != 0 ]]
1804#             then
1805#                if [[ $dateiname != user_interface.f90  &&  -f user_interface.f90 ]]
1806#                then
1807#                   rm -rf  user_interface.f90
1808#                   source_list=`echo $source_list | sed -e 's/user_interface.f90//'`
1809#                   printf "\n\n  *** default \"user_interface.f90\" removed from the files to be translated"
1810#                   printf "\n      since a user-interface is found in file"
1811#                   printf "\n      \"$add_source_path/$dateiname\" \n"
1812#                   sleep 3
1813#                else
1814                if [[ $found = false ]]
1815                then
1816                   found=true
1817                   printf "\n\n  *** following user file(s) added to the"
1818                   printf " files to be translated:\n      "
1819                fi
1820                printf "$dateiname  "
1821                sleep 0.5
1822             fi
1823          done
1824          [[ $found = true ]]  &&  printf "\n"
1825          cd -  > /dev/null
1826       fi
1827    fi
1828
1829
1830       # ALLE UNTERPROGRAMME, DIE ZU VEREINBARTEN SOFTWAREPAKETEN GEHOEREN,
1831       # DER LISTE DER ZU UEBERSETZENDEN DATEIEN HINZUFUEGEN
1832    if [[ $restart_run != true  &&  -n $package_list ]]
1833    then
1834
1835       cd  $source_path
1836
1837       for  package  in  $package_list
1838       do
1839
1840          [[ $package = "dvrp_graphics+1PE" ]]  &&  package=dvrp_graphics
1841
1842             # ERMITTELE ALLE DATEIEN, DIE ZUM PAKET GEHOEREN
1843             # FEHLERMELDUNGEN WERDEN ABGEFANGEN, DA * AUCH VERZEICHNISSNAMEN
1844             # LIEFERT
1845          package_source_list=`grep "defined( __$package " * 2>/dev/null | cut -f1 -d:`
1846
1847
1848             # FUEGE DIESE DATEIEN DER LISTE DER ZU UEBERSETZENDEN DATEIEN
1849             # HINZU, FALLS SIE NOCH NICHT DAZUGEHOEREN
1850          for  source_list_name  in  $package_source_list
1851          do
1852             if [[ $(echo $source_list | grep -c $source_list_name) = 0 ]]
1853             then
1854
1855                    # NUR DATEIEN MIT GUELTIGEN ENDUNGEN VERWENDEN
1856                ending=`echo $source_list_name | cut -f2 -d.`
1857                if [[ "$ending" = f90  ||  "$ending" = F90  ||  "$ending" = f  ||  "$ending" = F  ||  "$ending" = c ]]
1858                then
1859                   cp  $source_list_name  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1860                   source_list="$source_list $source_list_name"
1861                fi
1862             fi
1863          done
1864       done
1865
1866       cd -  > /dev/null
1867    fi
1868
1869
1870       # MAKEFILE AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND KOPIEREN
1871       # BEI RESTART-LAEUFEN LIEGT ES SCHON IM VERZEICHNIS SOURCES_FOR_RUN...
1872#    if [[ "$restart_run" != true ]]
1873#    then
1874#       [[ "$makefile" = "" ]]  &&  makefile=$source_path/Makefile
1875#       if [[ ! -f $makefile ]]
1876#       then
1877#          printf "\n  +++ file \"$makefile\" does not exist"
1878#          locat=make; exit
1879#       else
1880#          cp  $makefile  SOURCES_FOR_RUN_$fname/Makefile
1881#       fi
1882#    fi
1883
1884 fi  # do_compile=true
1885
1886
1887    # FALLS PROGRAMMTEILE UEBERSETZT WERDEN SOLLEN, FOLGEN JETZT EINIGE
1888    # UEBERPRUEFUNGEN UND DAS SETZEN DER PRAEPROZESSOR-DIREKTIVEN
1889 if [[ $do_compile = true ]]
1890 then
1891
1892       # PRAEPROZESSOR-DIREKTIVEN ZUM SELEKTIVEN AUSWAEHLEN VON CODETEILEN
1893       # ZUSAMMENSETZEN
1894       # DIREKTIVEN ZUM AKTIVIEREN VON RECHNERSPEZIFISCHEM CODE
1895    if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1896    then
1897       cpp_options="${cpp_options},-D__ibm=__ibm"
1898    elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = nec ]]
1899    then
1900       cpp_options="$cpp_options -D__nec"
1901    elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-2) = lc ]]
1902    then
1903       cpp_options="$cpp_options -D__lc"
1904    else
1905       cpp_options="$cpp_options -D__$localhost"
1906    fi
1907
1908       # DIREKTIVEN DIE DURCH OPTION -K BESTIMMT WERDEN (Z.B. PARALLEL)
1909    if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1910    then
1911       [[ -n $cond1 ]]  &&  cpp_options="${cpp_options},-D__$cond1=__$cond1"
1912       [[ -n $cond2 ]]  &&  cpp_options="${cpp_options},-D__$cond2=__$cond2"
1913    else
1914       [[ -n $cond1 ]]  &&  cpp_options="$cpp_options -D__$cond1"
1915       [[ -n $cond2 ]]  &&  cpp_options="$cpp_options -D__$cond2"
1916    fi
1917
1918       # DIREKTIVEN DIE SOFTWAREPAKETE AKTIVIEREN (OPTION -p)
1919    if [[ -n $package_list ]]
1920    then
1921       for  package  in  $package_list
1922       do
1923          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1924          then
1925             if [[ $package != "dvrp_graphics+1PE" ]]
1926             then
1927                cpp_options="${cpp_options},-D__$package=__$package"
1928             else
1929                cpp_options="${cpp_options},-D__dvrp_graphics=__dvrp_graphics"
1930                export use_seperate_pe_for_dvrp_output=true
1931             fi
1932          else
1933             if [[ $package != "dvrp_graphics+1PE" ]]
1934             then
1935                cpp_options="$cpp_options -D__$package"
1936             else
1937                cpp_options="$cpp_options -D__dvrp_graphics"
1938                export use_seperate_pe_for_dvrp_output=true
1939             fi
1940          fi
1941       done
1942    fi
1943
1944       # DIREKTIVEN DIE DURCH OPTION -D FESTGELEGT SIND
1945    if [[ -n $cpp_opts ]]
1946    then
1947       for  popts  in  $cpp_opts
1948       do
1949          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1950          then
1951             cpp_options="${cpp_options},-D__$popts=__$popts"
1952          else
1953             cpp_options="$cpp_options -D__$popts"
1954          fi
1955       done
1956    fi
1957
1958 else
1959
1960
1961       # BEI LOKALEN RECHNUNGEN PRUEFEN, OB EXECUTABLE VORHANDEN
1962    if [[ $do_remote = false ]]
1963    then
1964       if [[ ! -f $executable ]]
1965       then
1966          printf "\n  +++ executable file:  $executable"
1967          printf "\n      does not exist"
1968          locat=executable; exit
1969       fi
1970    fi
1971 fi
1972
1973
1974    # JOBMODUS FESTSTELLEN
1975 if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
1976 then
1977    jobmo=BATCH
1978 else
1979    jobmo=INTERACTIVE
1980 fi
1981
1982
1983    # no interactive runs on lctit
1984 if [[ $host = lctit  &&  $jobmo = INTERACTIVE  &&  $do_batch = false ]]
1985 then
1986    printf "\n  +++ no interactive runs allowed on host \"$host\" "
1987    printf "\n      please submit batch job using mrun option \"-b\" \n"
1988    locat=normal; exit
1989 fi
1990
1991
1992    # HOSTSPEZIFISCHE DEFAULT-COMPILER SETZEN, FALLS NICHT BEREITS
1993    # DURCH BENUTZER ANDERWEITIG VEREINBART
1994 if [[ "$compiler_name" = "" ]]
1995 then
1996
1997    printf "\n  +++ no compiler specified for \"$host $cond1 $cond2\""
1998    locat=compiler_name; exit
1999
2000 fi
2001
2002
2003    # COMPILER AUF RIAMS NEC UEBERSCHREIBEN
2004 [[ $localhost = necriam ]]  &&  compiler_name=mpif90
2005
2006
2007
2008    # TEMPORAEREN KATALOGNAMEN BESTIMMEN
2009 kennung=$RANDOM
2010 if [[ "$tmp_user_catalog" = "" ]]
2011 then
2012    if [[ $localhost = ibmh ]]
2013    then
2014       tmp_user_catalog=$SCRATCH
2015    elif [[ $localhost = nech ]]
2016    then
2017       tmp_user_catalog=$WRKSHR
2018    else
2019       tmp_user_catalog=/tmp
2020    fi
2021 fi
2022 TEMPDIR=$tmp_user_catalog/${usern}.$kennung
2023
2024
2025    # KATALOGNAMEN FUER ZWISCHENSPEICHERUNG VON FORTSETZUNGSLAUFDATEIEN
2026    # BESTIMMEN
2027 if [[ "$tmp_data_catalog" = "" ]]
2028 then
2029    if [[ $localhost = nech ]]
2030    then
2031       tmp_data_catalog=$WRKSHR/mrun_restart_data
2032    else
2033       tmp_data_catalog=/tmp/mrun_restart_data
2034    fi
2035 fi
2036
2037
2038    # EVENTUELL BEI LOKALEN RECHNUNGEN $-ZEICHEN IN ENVIRONMENT-VARIABLEN
2039    # ERSETZEN
2040 if [[ $do_remote = false  &&  $do_compile = true ]]
2041 then
2042    eval  fopts=\"$fopts\"
2043    eval  lopts=\"$lopts\"
2044 fi
2045
2046
2047
2048    # COMPILE- UND LINK-OPTIONEN BESTIMMEN
2049 fopts="$fopts $netcdf_inc $dvr_inc"
2050 lopts="$lopts $netcdf_lib $dvr_lib"
2051 ROPTS="$ropts"
2052 if [[ ( $(echo $host | cut -c1-3) = nec  ||  $(echo $host | cut -c1-3) = ibm  ||  $host = lckyoto  ||  $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib  ||  $host = lctit  ||  $host = lcfimm  ||  $host = lcxt4 ||  $host = lcxt5m || $host = lck || $host = lckordi)  &&  -n $numprocs ]]
2053 then
2054    XOPT="-X $numprocs"
2055 fi
2056
2057
2058
2059    # PRUEFEN DER CPU-ZEIT. (CPUMAX WIRD ALS ENV-VARIABLE VOM HAUTPRO-
2060    # GRAMM BENOETIGT
2061 done=false
2062 while [[ $done = false ]]
2063 do
2064    cputime=$cpumax
2065    if (( $cputime == 0 ))
2066    then
2067       if [[ $do_batch = true ]]
2068       then
2069          printf "\n  +++ cpu-time is undefined"
2070          printf "\n  >>> Please type CPU-time in seconds as INTEGER:"
2071          printf "\n  >>> "
2072          read  cputime  1>/dev/null  2>&1
2073       else
2074          cputime=10000000   # NO CPU LIMIT FOR INTERACTIVE RUNS
2075       fi
2076    else
2077       done=true
2078    fi
2079    cpumax=$cputime
2080 done
2081
2082 (( minuten = cputime / 60 ))
2083 (( sekunden = cputime - minuten * 60 ))
2084
2085
2086    # PRUEFEN DER KERNSPEICHERANFORDERUNG
2087 if [[ $do_batch = true ]]
2088 then
2089    done=false
2090    while [[ $done = false ]]
2091    do
2092       if (( memory == 0 ))
2093       then
2094          printf "\n  +++ memory demand is undefined"
2095          printf "\n  >>> Please type memory in  MByte per process  as INTEGER:"
2096          printf "\n  >>> "
2097          read  memory  1>/dev/null  2>&1
2098       else
2099          done=true
2100       fi
2101    done
2102 fi
2103
2104
2105    # PRUEFEN, OB FUER REMOTE-RECHNUNGEN EIN BENUTZERNAME ANGEGEBEN WURDE
2106 if [[ $do_remote = true  &&  -z $remote_username ]]
2107 then
2108    while [[ -z $remote_username ]]
2109    do
2110       printf "\n  +++ username on remote host \"$host\" is undefined"
2111       printf "\n  >>> Please type username:"
2112       printf "\n  >>> "
2113       read  remote_username
2114    done
2115    mc="$mc -u$remote_username"
2116 fi
2117
2118
2119    # set module load command and export for subjob
2120 if [[ "$modules" != "" ]]
2121 then
2122    if [[ $host = lctit ]]
2123    then
2124       export module_calls=". $modules"
2125    else
2126       export module_calls="module load ${modules};"
2127    fi
2128 fi
2129
2130    # bugfix for wrong netcdf module and for netCDF4 usage in case of mpt
2131 if [[ $host = lcsgib  ||  $host = lcsgih ]]
2132 then
2133    if [[ $(echo $module_calls | grep -c netcdf/3.6.3-intel) != 0 ]]
2134    then
2135       export module_calls="$module_calls export LD_LIBRARY_PATH=/sw/dataformats/netcdf/3.6.3-intel/lib:\$LD_LIBRARY_PATH;"
2136    fi
2137#     if [[ $(echo $module_calls | grep -c mpt) != 0 ]]
2138#     then
2139#        export module_calls="$module_calls export LD_LIBRARY_PATH=/sw/sgi/mpt/2011-02-07/lib:\$LD_LIBRARY_PATH;"
2140#        echo "*** module_calls = $module_calls"
2141#     fi
2142 fi
2143
2144
2145    # SET DEFAULT VALUE FOR MPI MODULE TO BE USED ON SGI-ALTIX
2146 if [[ $host = lcsgib  ||  $host = lcsgih ]]
2147 then
2148    if [[ $(echo $modules | grep -c mpt ) != 0 ]]
2149    then
2150       mpilib=mpt
2151    elif [[ $(echo $modules | grep -c mvapich ) != 0 ]]
2152    then
2153       mpilib=mvapich
2154    elif [[ $(echo $modules | grep -c impi ) != 0 ]]
2155    then
2156       mpilib=impi
2157    fi
2158 fi
2159
2160
2161
2162###########################################################################
2163# HEADER-AUSGABE
2164###########################################################################
2165
2166
2167 calltime=$(date)
2168 printf "\n"
2169# [[ $silent = false ]]  &&  clear
2170 printf "#--------------------------------------------------------------# \n"
2171 printf "| $version$calltime | \n"
2172 printf "|                                                              | \n"
2173 spalte1="called on:"; spalte2=$localhost_realname
2174 printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2175 if [[ $local_compile = false ]]
2176 then
2177    if [[ $do_remote = true ]]
2178    then
2179       spalte1="execution on:"; spalte2="$host (username: $remote_username)"
2180    else
2181       spalte1="execution on:"; spalte2="$host ($localhost_realname)"
2182    fi
2183 else
2184    spalte1="compiling test only!"; spalte2=""
2185 fi
2186 printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2187 if [[ -n $numprocs ]]
2188 then
2189    spalte1="number of PEs:"; spalte2=$numprocs
2190    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2191 fi
2192 if [[ -n $tasks_per_node ]]
2193 then
2194    spalte1="tasks per node:"; spalte2="$tasks_per_node (number of nodes: $nodes)"
2195    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2196 fi
2197 if [[ $use_openmp = true ]]
2198 then
2199    spalte1="threads per task:"; spalte2="$threads_per_task"
2200    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2201 fi
2202 printf "|                                                              | \n"
2203 if [[ $do_compile = true ]]
2204 then
2205    if [[ "$mopts" != "" ]]
2206    then
2207       spalte1="make options:"; spalte2=$mopts
2208       printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2209       zeile=$(echo "$mopts" | cut -c41-)
2210       while [[ "$zeile" != "" ]]
2211       do
2212          spalte1=""
2213          spalte2=$zeile
2214          printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2215          zeile=$(echo "$zeile" | cut -c41-)
2216       done
2217    fi
2218
2219    spalte1="cpp directives:"; spalte2=$cpp_options
2220    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2221    zeile=$(echo "$cpp_options" | cut -c41-)
2222    while [[ "$zeile" != "" ]]
2223    do
2224       spalte1=""
2225       spalte2=$zeile
2226       printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2227       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c41-)
2228    done
2229
2230    spalte1="compiler options:"; spalte2="$fopts"
2231    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2232    zeile=$(echo "$fopts" | cut -c41-)
2233    while [[ "$zeile" != "" ]]
2234    do
2235       spalte1=""
2236       spalte2=$zeile
2237       printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2238       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c41-)
2239    done
2240
2241    spalte1="linker options:"; spalte2=$lopts
2242    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2243    zeile=$(echo "$lopts" | cut -c41-)
2244    while [[ "$zeile" != "" ]]
2245    do
2246       spalte1=""
2247       spalte2=$zeile
2248       printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2249       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c41-)
2250    done
2251
2252    spalte1="modules to be load:"; spalte2=$modules
2253    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2254    zeile=$(echo "$modules" | cut -c41-)
2255    while [[ "$zeile" != "" ]]
2256    do
2257       spalte1=""
2258       spalte2=$zeile
2259       printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2260       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c41-)
2261    done
2262
2263    spalte1="main program":; spalte2=$mainprog
2264    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2265 else
2266    spalte1=executable:; spalte2=$executable
2267    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2268 fi
2269 printf "|                                                              | \n"
2270 spalte1="base name of files":; spalte2=$fname
2271 printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2272 if [[ $fname != $afname ]]
2273 then
2274    spalte1="base name of input files":; spalte2=$afname
2275    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2276 fi
2277 spalte1="INPUT control list":; spalte2=$input_list
2278 printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2279 spalte1="OUTPUT control list":; spalte2=$output_list
2280 printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2281
2282 if [[ $do_batch = true  ||  "$LOADLBATCH" = yes ]]
2283 then
2284    spalte1="memory demand / PE":; spalte2="$memory MB"
2285    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2286    spalte1=CPU-time:; spalte2="$minuten:$sekunden"
2287    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2288 fi
2289
2290 if [[ $do_compile = true ]]
2291 then
2292    printf "|                                                              | \n"
2293    printf "| Files to be compiled:                                        | \n"
2294    zeile=$source_list
2295    while [[ "$zeile" != "" ]]
2296    do
2297       spalte3=$zeile
2298       printf "| $spalte3 | \n"
2299       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c61-)
2300    done
2301 fi
2302 printf "#--------------------------------------------------------------#"
2303
2304
2305
2306    # BEDINGTE AUSGABE DER DATEIVERBINDUNGEN
2307 if [[ $do_trace = true ]]
2308 then
2309    (( i = 0 ))
2310    while (( i < iin ))
2311    do
2312       (( i = i + 1 ))
2313       if (( i == 1 ))
2314       then
2315          printf "\n\n >>> INPUT-file assignments:\n"
2316       fi
2317       printf "\n     ${localin[$i]} :  ${absnamein[$i]}"
2318    done
2319    (( i = 0 ))
2320    while (( i < iout ))
2321    do
2322       (( i = i + 1 ))
2323       if (( i == 1 ))
2324       then
2325          printf "\n\n >>> OUTPUT-file assignments:\n"
2326       fi
2327       printf "\n     ${localout[$i]} :  ${pathout[$i]}"
2328    done
2329    (( i = 0 ))
2330    while (( i < iic ))
2331    do
2332       (( i = i + 1 ))
2333       if (( i == 1 ))
2334       then
2335          printf "\n\n >>> INPUT-commands:\n"
2336       fi
2337       printf "\n     ${in_command[$i]}" 
2338    done
2339    (( i = 0 ))
2340    while (( i < ioc ))
2341    do
2342       (( i = i + 1 ))
2343       if (( i == 1 ))
2344       then
2345          printf "\n\n >>> OUTPUT-commands:\n"
2346       fi
2347       printf "\n     ${out_command[$i]}" 
2348    done
2349 fi
2350
2351
2352    # ABFRAGEN BEI AUFRUF AUF LOKALER MASCHINE
2353 if [[ $remotecall = false  &&  $silent = false  &&  $jobmo != BATCH ]]
2354 then
2355    antwort=dummy
2356    printf "\n\n"
2357    while [[ "$antwort" != y  &&  "$antwort" != Y  &&  "$antwort" != n  &&  "$antwort" != N ]]
2358    do
2359       printf " >>> everything o.k. (y/n) ?  "
2360       read  antwort
2361    done
2362    if [[ $antwort = n  ||  $antwort = N ]]
2363    then
2364       locat=user_abort; (( iec = 0 )); exit
2365    fi
2366    if [[ $do_batch = true ]]
2367    then
2368       printf " >>> batch-job will be created and submitted"
2369    else
2370       if [[ $local_compile = false ]]
2371       then
2372          printf " >>> MRUN will now continue to execute on this machine"
2373       else
2374          printf " >>> a test compilation will now be carried out on this machine"
2375       fi
2376    fi
2377 fi
2378 
2379
2380
2381
2382     # FALLS AUF DIESER MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL, WERDEN JETZT ENTSPRE-
2383     # CHENDE AKTIONEN DURCHGEFUEHRT
2384 if [[ $do_batch = false ]]
2385 then
2386
2387
2388       # TEMPORAEREN KATALOG ERZEUGEN
2389    mkdir -p  $TEMPDIR
2390    chmod  go+rx  $TEMPDIR
2391    tmpcreate=true
2392
2393       # set striping on lustre file system
2394#    if [[ $localhost = lcsgih ]]
2395#    then
2396#       lfs setstripe -s 8192k -c 16  $TEMPDIR
2397#       lfs getstripe $TEMPDIR
2398#    fi
2399
2400
2401       # SAEMTLICHE QUELLTEXT-DATEIEN BZW. AUSFUEHRBARES PROGRAMM IN
2402       # TEMPORAERES VERZEICHNIS KOPIEREN
2403    if [[ $do_compile = true ]]
2404    then
2405
2406          # ON NEC, COMPILATION IS DONE ON HOST CROSS VIA CROSS COMPILING
2407          # CREATE A TEMPORARY DIRECTORY ON THAT MACHINE (HOME MOUNTED VIA NFS)
2408       if [[ $localhost = nech ]]
2409       then
2410          TEMPDIR_COMPILE=$HOME/work/${usern}.$kennung
2411          if  mkdir -p  $TEMPDIR_COMPILE
2412          then
2413             printf "\n  *** \"$TEMPDIR_COMPILE\" "
2414             printf "\n      is generated as temporary directory for cross compiling\n"
2415          else
2416             printf "\n  +++ creating directory \"$TEMPDIR_COMPILE\" "
2417             printf "\n      needed for cross compilation failed"
2418             locat=compile
2419             exit
2420          fi
2421       else
2422          TEMPDIR_COMPILE=$TEMPDIR
2423       fi
2424
2425
2426          # PFADNAMEN FUER DAS MAKE-DEPOSITORY ERMITTELN
2427       line=""
2428       grep "%depository_path" $config_file  >  tmp_mrun
2429       while read line
2430       do
2431          if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2432          then
2433             if [[ "$(echo $line | cut -d" " -s -f3)" = "" ]]
2434             then
2435                global_depository_path=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
2436             fi
2437          fi
2438       done < tmp_mrun
2439
2440       line=""
2441       grep  " $localhost" $config_file | grep "%depository_path"  >  tmp_mrun
2442       while read line
2443       do
2444          if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2445          then
2446             if [[ "$(echo $line | cut -d" " -s -f4)" = "$cond1"  &&  "$(echo $line | cut -d" " -s -f5)" = "$cond2" ]]
2447             then
2448                local_depository_path=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
2449             fi
2450          fi
2451       done < tmp_mrun
2452
2453       if [[ "$local_depository_path" = "" ]]
2454       then
2455          if [[ "$global_depository_path" != "" ]]
2456          then
2457             local_depository_path=$global_depository_path
2458          else
2459             printf "\n\n  +++ no depository path found in configuration file"
2460             printf "\n      for local host \"$localhost\" "
2461             printf "\n      please set \"\%depository_path\" in configuration file\n"
2462             locat=config_file; exit
2463          fi
2464       fi
2465       eval local_depository_path=$local_depository_path
2466       [[ "$cond1" != "" ]]  &&  local_depository_path=${local_depository_path}_$cond1
2467       [[ "$cond2" != "" ]]  &&  local_depository_path=${local_depository_path}_$cond2
2468
2469
2470       basename=`print $mainprog | cut -f1 -d"."`
2471       eval make_depository=${local_depository_path}/${basename}_current_version.tar
2472       if [[ ! -f $make_depository ]]
2473       then
2474          printf "\n"
2475          printf "\n  *** WARNING: make depository \"$make_depository\" not found"
2476          printf "\n               \"make\" will fail, if the Makefile or other source files are missing\n"
2477       else
2478          cp  $make_depository  $TEMPDIR_COMPILE
2479          cd  $TEMPDIR_COMPILE
2480          tar -xf  $make_depository  >  /dev/null  2>&1
2481          cd -  > /dev/null
2482       fi
2483
2484       cp  SOURCES_FOR_RUN_$fname/*  $TEMPDIR_COMPILE
2485
2486    else
2487
2488       cp  $executable   ${TEMPDIR}/a.out
2489
2490    fi
2491
2492
2493       # WECHSEL IN TEMPORAEREN KATALOG
2494    cd  $TEMPDIR
2495    printf "\n  *** changed to temporary directory: $TEMPDIR"
2496
2497
2498       # OUTPUT-DATEI-VERBINDUNGEN AUF TEMPORAERER DATEI ABLEGEN
2499       # DIESE DATEI KANN VON SPAETER AUFZURUFENDEN BENUTZERPROZEDUREN GELESEN
2500       # WERDEN, UM ZU LOKALEN DATEINAMEN GEHOERENDE PERMANENTE NAMEN ZU
2501       # ERMITTELN
2502    (( i = 0 ))
2503    while (( i < iout ))
2504    do
2505       (( i = i + 1 ))
2506       if [[ "${actionout[$i]}" = tr  ||  "${actionout[$i]}" = tra  ||  "${actionout[$i]}" = trpe ]]
2507       then
2508          printf "${localout[$i]} ${actionout[$i]}\n${pathout[$i]}\n${localhost}_${fname}${endout[$i]}\n" >> OUTPUT_FILE_CONNECTIONS
2509       else
2510          printf "${localout[$i]} ${actionout[$i]}\n${pathout[$i]}\n${frelout[$i]}\n" >> OUTPUT_FILE_CONNECTIONS
2511       fi
2512    done
2513
2514
2515       # EVTL. UEBERSETZUNGSAKTIONEN STARTEN
2516    if [[ $do_compile = true ]]
2517    then
2518
2519
2520          # COMPILING WITH MAKE (ON NEC COMPILER IS CALLED ON HOST CROSS)
2521       printf "\n\n\n  *** compilation starts \n$striche\n"
2522       printf "  *** compilation with make using following options:\n"
2523       printf "      make depository:          $make_depository"
2524       if [[ "$mopts" != "" ]]
2525       then
2526          printf "      make options:             $mopts\n"
2527       fi
2528       printf "      compilername:             $compiler_name\n"
2529       printf "      compiler options:         $fopts\n"
2530       printf "      preprocessor directives:  $cpp_options \n"
2531       printf "      linker options:           $lopts \n"
2532       if [[ "$modules" != "" ]]
2533       then
2534          printf "      modules to be load:       $modules \n"
2535       fi
2536       printf "      source code files:        $source_list \n"
2537
2538       if [[ $localhost = nech ]]
2539       then
2540          ssh  136.172.44.192 -l $usern ". /SX/opt/etc/initsx.sh; $module_calls cd \$HOME/work/${usern}.$kennung; sxmake $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2541          cp  $TEMPDIR_COMPILE/a.out  .
2542          [[ $? != 0 ]]  &&  compile_error=true
2543          rm -rf  $TEMPDIR_COMPILE
2544       elif [[ $localhost = ibmh ]]
2545       then
2546          printf "      compiler is called via ssh on \"plogin1\" \n"
2547          ssh  plogin1  -l $usern  "export PATH=/sw/ibm/xlf/12.1.0.3/usr/bin:$PATH; $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2548          [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2549          continue   # ANDERENFALLS IST STATUS=1, FALLS A.OUT VORHANDEN
2550       elif [[ $localhost = lcsgib ]]
2551       then
2552          printf "      compiler is called via ssh on \"bicegate0\" \n"
2553          ssh  bicegate0  -l $usern  ". /usr/share/modules/init/bash; $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2554          [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2555          continue   # ANDERENFALLS IST STATUS=1, FALLS A.OUT VORHANDEN
2556       elif [[ $localhost = lcsgih ]]
2557       then
2558          printf "      compiler is called via ssh on \"hicegate0\" \n"
2559          ssh  hicegate0    -l $usern  ". /usr/share/modules/init/bash; $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" 2>&1 "
2560          [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2561          continue   # ANDERENFALLS IST STATUS=1, FALLS A.OUT VORHANDEN
2562       elif [[ $localhost = lcflow ]]
2563       then
2564          printf "      compiler is called via ssh on \"flow\" \n"
2565          ssh  flow02.hpc.uni-oldenburg.de -l $usern ". /cm/local/apps/environment-modules/3.2.6/Modules/3.2.6/init/bash; echo $MODULEPATH; echo $MODULESHOME; MODULEPATH=/cm/shared/modulefiles/; module load netcdf/intel/64/4.1.3 intel/ics/64/2011.0.013 intel/impi/64/4.0.1.007 hdf5/intel/64/1.8.7; cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out F90=$compiler_name COPT=\"$cpp_options\" F90FLAGS=\"$fopts\" LDFLAGS=\"$lopts\" "
2566          [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2567          continue   # ANDERENFALLS IST STATUS=1, FALLS A.OUT VORHANDEN
2568       else
2569          [[ $localhost = lcxt4 ]]  &&  . /opt/modules/default/init/ksh
2570          [[ "$module_calls" != "" ]]  &&  eval $module_calls
2571          make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
2572       fi
2573
2574       if [[ $? != 0  ||  "$compile_error" = true  ||  "$module_compile_error" = true ]]
2575       then
2576          printf "\n  +++ error occured while compiling or linking"
2577          locat=compile
2578
2579  # WORKAROUND: REMOVE IF CONSTRUCT LATER, BUT KEEP THE EXIT!
2580#          if [[ $localhost != lcsgib  &&  $localhost != lcsgih ]]
2581#          then
2582             exit
2583#          else
2584#             locat=normal
2585#          fi
2586       else
2587          printf "$striche\n  *** compilation finished \n"
2588       fi
2589    fi
2590
2591
2592       # FALLS NUR TESTWEISE KOMPILIERT WERDEN SOLLTE, IST MRUN JETZT FERTIG
2593    if [[ $local_compile = true ]]
2594    then
2595       cd  $HOME
2596       rm -rf $TEMPDIR
2597       locat=local_compile; exit
2598    fi
2599
2600
2601       # BEREITSTELLEN DER INPUT-DATEIEN
2602       # SCHLEIFE UEBER ALLE VOM BENUTZER ANGEGEBENEN DATEIEN
2603    (( i = 0 ))
2604    while (( i < iin ))
2605    do
2606       (( i = i + 1 ))
2607       if (( i == 1 ))
2608       then
2609          printf "\n\n  *** providing INPUT-files:\n$striche"
2610       fi
2611
2612
2613          # OPTIONALE DATEIEN BEI NICHTVORHANDENSEIN UEBERGEHEN
2614       if [[ "${transin[$i]}" = unavailable ]]
2615       then
2616          if [[ "${extin[$i]}" = ""  ||  "${extin[$i]}" = " " ]]
2617          then
2618             printf "\n  +++ WARNING: input file \"${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}\" "
2619             printf "\n               is not available!"
2620          else
2621             printf "\n  +++ WARNING: input file \"${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}.${extin[$i]}\" "
2622             printf "\n               is not available!"
2623          fi
2624          continue
2625       fi
2626
2627          # PRUEFEN, OB EINZELDATEI ODER DATEI PRO PROZESSOR
2628       files_for_pes=false; datentyp=file
2629       if [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  -n $numprocs ]]
2630       then
2631          files_for_pes=true; datentyp=directory
2632          actionin[$i]=""
2633       elif [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  ! -n $numprocs ]]
2634       then
2635          actionin[$i]=""
2636       elif [[ "${actionin[$i]}" = arpe  &&  -n $numprocs ]]
2637       then
2638          files_for_pes=true; datentyp=directory
2639          actionin[$i]="ar"
2640       elif [[ "${actionin[$i]}" = arpe  &&  ! -n $numprocs ]]
2641       then
2642          actionin[$i]="ar"
2643       elif [[ "${actionin[$i]}" = flpe  &&  -n $numprocs ]]
2644       then
2645          files_for_pes=true; datentyp=directory
2646          actionin[$i]="fl"
2647       elif [[ "${actionin[$i]}" = flpe  &&  ! -n $numprocs ]]
2648       then
2649          actionin[$i]="fl"
2650       fi
2651
2652       if [[ $files_for_pes = true ]]
2653       then
2654          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}/....  to  ${localin[$i]}"
2655       else
2656          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}  to  ${localin[$i]}"
2657       fi
2658
2659          # INPUT-DATEI FUER EINEN FORTSETZUNGSLAUF. ES WIRD GEPRUEFT,
2660          # OB DIESE DATEI NOCH AUF DEM TEMPORAEREN DATENKATALOG VORHANDEN
2661          # IST. FALLS NICHT, WIRD VERSUCHT, SIE ANSCHLIESSEND VOM ARCHIV-
2662          # SERVER ZU HOLEN
2663       if [[ "${actionin[$i]}" = fl ]]
2664       then
2665          printf "\n      $datentyp will be fetched from temporary directory \"${tmp_data_catalog}\" !"
2666          if [[ $files_for_pes = false ]]
2667          then
2668             if [[ -f "$tmp_data_catalog/${frelin[$i]}" ]]
2669             then
2670                ln  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2671                got_tmp[$i]=true
2672             elif [[ -f "$WORK/${frelin[$i]}"  &&  $ignore_archive_error = true ]]
2673             then
2674                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" !"
2675                printf "\n  *** trying to use backup copy in \"$WORK\" "
2676                cp  $WORK/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2677             else
2678                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" "
2679                printf "\n      or \"$tmp_data_catalog\" does not exist!"
2680                printf "\n  *** trying to get copy from archive"
2681                actionin[$i]=ar
2682             fi
2683          else
2684             if [[ -d "$tmp_data_catalog/${frelin[$i]}" ]]
2685             then
2686                mkdir  ${localin[$i]}
2687                cd $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2688                for file in $(ls *)
2689                do
2690                   ln $file $TEMPDIR/${localin[$i]}
2691                done
2692                cd $TEMPDIR
2693                got_tmp[$i]=true
2694             elif [[ -d "$WORK/${frelin[$i]}"  &&  $ignore_archive_error = true ]]
2695             then
2696                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" !"
2697                printf "\n  *** trying to use backup copy in \"$WORK\" "
2698                cp -r  $WORK/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2699             else
2700                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" "
2701                printf "\n      or \"$tmp_data_catalog\" does not exist!"
2702                printf "\n  *** trying to get copy from archive"
2703                actionin[$i]=ar
2704             fi
2705          fi
2706       fi
2707
2708
2709          # DATEI LIEGT AUF ARCHIV-SERVER
2710       if [[ "${actionin[$i]}" = ar ]]
2711       then
2712
2713          if [[ $files_for_pes = false ]]
2714          then
2715             printf "\n      file will be restored from archive-system ($archive_system)!"
2716          else
2717             printf "\n      directory will be restored from archive-system ($archive_system)!"
2718          fi
2719
2720          file_restored=false
2721
2722          if [[ $archive_system = asterix ]]
2723          then
2724             do_stagein=true
2725             (( stagein_anz = 0 ))
2726             while [[ $do_stagein = true ]]
2727             do
2728                if [[ $files_for_pes = false ]]
2729                then
2730                   stagein  -O  ${frelin[$i]}  >  STAGEIN_OUTPUT
2731                else
2732                   stagein  -t  -O  ${frelin[$i]}  >  STAGEIN_OUTPUT
2733                fi
2734                cat  STAGEIN_OUTPUT
2735                if [[ $(grep -c "st.msg:i24"  STAGEIN_OUTPUT) != 0 ]]
2736                then
2737                   file_restored=true
2738                   do_stagein=false
2739                else
2740                   (( stagein_anz = stagein_anz + 1 ))
2741                   if (( stagein_anz == 10 ))
2742                   then
2743                      printf "\n  +++ stagein stoped after 10 tries"
2744                      locat=stage
2745                      exit
2746                   fi
2747                   printf "\n  +++ restoring from archive failed, trying again:"
2748                   sleep 900
2749                fi
2750             done
2751          elif [[ $archive_system = DMF ]]
2752          then
2753             if [[ $files_for_pes = false ]]
2754             then
2755                printf "\n  +++ restoring of single files impossible with $archive_system !\n"
2756                locat=DMF
2757                exit
2758             else
2759                find  $ARCHIVE/${frelin[$i]}  -type m  -print  |  dmget
2760                cp  -r $ARCHIVE/${frelin[$i]}  $PWD
2761                file_restored=true
2762             fi
2763          elif [[ $archive_system = tivoli ]]
2764          then
2765             if [[ $files_for_pes = false ]]
2766             then
2767                if [[ $localhost = lcsgih ]]
2768                then
2769                   ssh  $usern@hicedata.hlrn.de  "cp  $PERM/${frelin[$i]}  $PWD"
2770                else
2771                   ssh  $usern@bicedata.hlrn.de  "cp  $PERM/${frelin[$i]}  $PWD"
2772                fi
2773             else
2774                (( inode = 0 ))
2775                while (( inode < nodes ))
2776                do
2777                   if [[ $localhost = lcsgih ]]
2778                   then
2779                      ssh  $usern@hicedata.hlrn.de  "cd $PWD; tar  xf  $PERM/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar"
2780                   else
2781                      ssh  $usern@bicedata.hlrn.de  "cd $PWD; tar  xf  $PERM/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar"
2782                   fi
2783                   (( inode = inode + 1 ))
2784                done
2785             fi
2786             file_restored=true
2787          elif [[ $archive_system = ut ]]
2788          then
2789             if [[ $files_for_pes = false ]]
2790             then
2791                cp  $UT/${frelin[$i]}  .
2792             else
2793                (( inode = 0 ))
2794                while (( inode < nodes ))
2795                do
2796                   tar  xf  $UT/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar
2797                   (( inode = inode + 1 ))
2798                done
2799             fi
2800             file_restored=true
2801          else
2802             printf "\n  +++ archive_system=\"$archive_system\"   restore impossible!"
2803             locat=rearchive
2804             exit
2805          fi
2806
2807          if [[ $file_restored = true ]]
2808          then
2809
2810                # DATEI AUCH AUF TEMPORAERES DATENVERZEICHNIS LEGEN, DAMIT
2811                # SIE BEI WEITEREN ZUGRIFFEN NOCH VORHANDEN IST
2812             [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog; chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
2813             if [[ $files_for_pes = false ]]
2814             then
2815                ln  -f  ${frelin[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2816             else
2817                mkdir  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2818                ln  -f  ${frelin[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2819             fi
2820             got_tmp[$i]=true
2821
2822                # DATEI UNTER LOKALEM NAMEN ZUR VERFUEGUNG STELLEN
2823             mv  ${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2824
2825          fi
2826       fi
2827
2828
2829          # DATEI LIEGT IM VOM BENUTZER ANGEGEBENEN VERZEICHNIS
2830       if [[ "${actionin[$i]}" = ""  ||  "${actionin[$i]}" = "di"  ||  "${actionin[$i]}" = "npe" ]]
2831       then
2832
2833          if [[ "${actionin[$i]}" = "npe"  &&  -n $numprocs ]]
2834          then
2835
2836                # DATEI WIRD FUER DIE PROZESSOREN EINES PARALLERECHNERS BEREITGESTELLT
2837             printf "\n      file will be provided for $numprocs processors"
2838             mkdir  ${localin[$i]}
2839             ival=$numprocs
2840             (( ii = 0 ))
2841             while (( ii <= ival-1 ))
2842             do
2843                if (( ii < 10 ))
2844                then
2845                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_000$ii
2846                elif (( ii < 100 ))
2847                then
2848                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_00$ii
2849                elif (( ii < 1000 ))
2850                then
2851                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_0$ii
2852                else
2853                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_$ii
2854                fi
2855                (( ii = ii + 1 ))
2856             done
2857
2858          else
2859
2860             if [[ $files_for_pes = true ]]
2861             then
2862
2863                   # DIE DEN PROZESSOREN EINES PARALLELRECHNERS ZUGEHOERIGEN
2864                   # DATEIEN WERDEN BEREITGESTELLT, INDEM ZUERST DER GESAMTE
2865                   # KATALOGINHALT KOPIERT UND DANN DIE EINZELNEN DATEIEN
2866                   # PER MOVE UMBENANNT WERDEN
2867                printf "\n      providing $numprocs files for the respective processors"
2868                mkdir  ${localin[$i]}
2869                if [[ $link_local_input = true ]]
2870                    then
2871                    printf "      using ln -f\n"
2872                    cd ${absnamein[$i]}
2873                    for file in $(ls *)
2874                      do
2875                      ln -f $file  ${localin[$i]}
2876                    done
2877                    cd $TEMPDIR
2878                fi
2879                # If "ln -f" fails of if "$link_local_input = false" do a normal "cp -r"
2880                if [[ ! -f "${localin[$i]}/_0000" ]]
2881                    then
2882                    if [[ $link_local_input = true ]]
2883                        then
2884                        printf "      ln failed for .../_0000, using cp...\n"
2885                    fi
2886                    cp -r  ${absnamein[$i]}/*  ${localin[$i]}
2887                fi
2888
2889             else
2890                   # BEREITSTELLUNG AUF EINPROZESSORRECHNERN
2891                if [[ $link_local_input = true ]]
2892                then
2893                    printf "      using ln -f\n"
2894                    ln -f  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
2895                fi
2896                # If "ln -f" fails of if "$link_local_input = false" do a normal "cp"
2897                if [[ ! -f "${localin[$i]}" ]]
2898                then
2899                    if [[ $link_local_input = true ]]
2900                    then
2901                        printf "      ln failed, using cp...\n"
2902                    fi
2903                    cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
2904                fi
2905             fi
2906          fi
2907       fi
2908
2909    done
2910    if (( i != 0 ))
2911    then
2912       printf "\n$striche\n  *** all INPUT-files provided \n"
2913    fi
2914
2915
2916       # EVENTUELLE INPUT-KOMMANDOS ABARBEITEN
2917    (( i = 0 ))
2918    while (( i < iic ))
2919    do
2920       (( i = i + 1 ))
2921       if (( i == 1 ))
2922       then
2923          printf "\n\n  *** execution of INPUT-commands:\n$striche"
2924       fi
2925       printf "\n  >>> ${in_command[$i]}"
2926       eval  ${in_command[$i]}
2927       if (( i == iic ))
2928       then
2929          printf "\n$striche\n"
2930       fi
2931    done
2932
2933
2934       # VERBLEIBENDE CPU-ZEIT BERECHNEN
2935    cpurest=${cpumax}.
2936
2937
2938       # START DVR STREAMING SERVER
2939    if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
2940    then
2941       if [[ "$dvr_server" != "" ]]
2942       then
2943
2944          printf "\n\n  *** preparing the dvr streaming server configuration file"
2945
2946             # Check, if a dvr server is already running
2947          running_dvrserver_id=`echo $(ps -edaf | grep .dvrserver.config | grep -v grep) | cut -d" " -f2`
2948          if [[ "$running_dvrserver_id" != "" ]]
2949          then
2950
2951             printf "\n\n  +++ WARNING: A dvr server with id=$running_dvrserver_id is already running!"
2952             printf "\n      This server is used instead starting a new one!"
2953             printf "\n      If required, script \"process_dvr_output\" has to be run manually."
2954
2955          else
2956
2957                # COPY CONFIGURATION FILE FOR STREAMING SERVER FROM REPOSITORY TO HERE
2958             if [[ -f ${PALM_BIN}/.dvrserver.config ]]
2959             then
2960                cp  ${PALM_BIN}/.dvrserver.config  .
2961
2962                   # Entering the BASEDIR, UID and GID into this file
2963                user_id=`id -u`
2964                group_id=`id -g`
2965                   # & is needed as seperator, because TEMPDIR contains /
2966                sed "s&<replace by dvr data directory>&${TEMPDIR}&g" .dvrserver.config > .dvrserver.1
2967                sed "s/<replace by user id>/$user_id/g"    .dvrserver.1 > .dvrserver.2
2968                sed "s/<replace by group id>/$group_id/g"  .dvrserver.2 > .dvrserver.3
2969                mv  .dvrserver.3  .dvrserver.config
2970                rm  .dvrserver.1  .dvrserver.2
2971
2972                   # Start dvr server in background, get his id and print on terminal
2973                $dvr_server  .dvrserver.config  >>  DVR_LOGFILE  2>&1  &
2974                dvrserver_id=`echo $(ps -edaf | grep .dvrserver.config) | cut -d" " -f2`
2975                printf "\n  *** streaming server with id=$dvrserver_id is started in background"
2976                local_dvrserver_running=.TRUE.
2977             else
2978                printf "\n  +++ missing file \".dvrserver.config\" in directory:"
2979                printf "\n      \"$PALM_BIN\" "
2980                locat=dvr
2981                exit
2982             fi
2983
2984          fi
2985
2986       else
2987          printf "\n\n  --- INFORMATIVE: no dvr streaming server will be started"
2988       fi
2989    fi
2990
2991
2992       # NAMELIST-DATEI MIT WERTEN VON ENVIRONMENT-VARIABLEN ERZEUGEN (ZU
2993       # LESEN VON PALM)
2994    cat  >  ENVPAR  <<  %%END%%
2995 &envpar  run_identifier = '$fname', host = '$localhost',
2996          write_binary = '$write_binary', tasks_per_node = $tasks_per_node,
2997          maximum_cpu_time_allowed = ${cpumax}.,
2998          revision = '$global_revision',
2999          local_dvrserver_running = $local_dvrserver_running /
3000
3001%%END%%
3002
3003
3004       # PROGRAMMSTART
3005    printf "\n\n  *** execution starts in directory\n      \"`pwd`\"\n$striche\n"
3006    PATH=$PATH:$TEMPDIR
3007
3008       # MPI debug option (argument checking, slows down execution due to increased latency)
3009    if [[ "$mpi_debug" = true ]]
3010    then
3011       export MPI_CHECK_ARGS=1
3012       printf "\n  +++ MPI_CHECK_ARGS=$MPI_CHECK_ARGS"
3013    fi
3014
3015    if [[ "$totalview" = true ]]
3016    then
3017       printf "\n *** totalview debugger will be used"
3018       tv_opt="-tv"
3019    else
3020       tv_opt=""
3021    fi
3022
3023    if [[ "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ]]
3024    then
3025       if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
3026       then
3027          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-5) != lcsgi ]]
3028          then
3029             printf "\n  +++ debug is allowed in interactive mode only"
3030             locat=debug
3031             exit
3032          fi
3033       fi
3034       if [[ $localhost = decalpha ]]
3035       then
3036          dxladebug  a.out
3037       elif [[ $localhost = ibmh ]]
3038       then
3039
3040             # SETUP THE IBM MPI ENVIRONMENT
3041          export MP_SHARED_MEMORY=yes
3042          export AIXTHREADS_SCOPE=S
3043          export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3044          export AUTHSTATE=files
3045          export XLFRTEOPTS="nlwidth=132:err_recovery=no"    # RECORD-LENGTH OF NAMELIST-OUTPUT
3046
3047             # FOLLOWING OPTIONS ARE MANDATORY FOR TOTALVIEW
3048          export MP_ADAPTER_USE=shared
3049          export MP_CPU_USE=multiple
3050          export MP_TIMEOUT=1200
3051
3052          unset  MP_TASK_AFFINITY
3053
3054             # SO FAR, TOTALVIEW NEEDS HOSTFILE MECHANISM FOR EXECUTION
3055          #(( ii = 1 ))
3056          #while (( ii <= $numprocs ))
3057          #do
3058          #   echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3059          #   (( ii = ii + 1 ))
3060          #done
3061          #export MP_HOSTFILE=hostfile
3062
3063          if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
3064          then
3065             totalview   poe  a.out  $ROPTS
3066          else
3067             echo totalview   poe  -a a.out  -procs $numprocs  -rmpool 0  -nodes 1   $ROPTS
3068             export TVDSVRLAUNCHCMD=ssh
3069             totalview   poe  -a a.out  -procs $numprocs  -rmpool 0  -nodes 1   $ROPTS
3070          fi
3071       elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-5) = lcsgi ]]
3072       then
3073             # CURRENTLY NO DEBUGGER ON LCSGI
3074          if [[ $run_coupled_model = true ]]
3075          then
3076             printf "\n  +++ no debug in coupled mode available on \"$localhost\" "
3077             locat=debug
3078             exit
3079          else
3080             echo "no_coupling"  >  runfile_atmos
3081          fi
3082          (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3083          export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3084          echo "OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"
3085          if [[ $threads_per_task != 1 ]]
3086          then
3087             printf "\n      threads per task: $threads_per_task"
3088          fi
3089          printf "\n\n"
3090          if [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mpt ]]
3091          then
3092#             export MPI_LAUNCH_TIMEOUT=360
3093             if [[ "$totalview" = true ]]
3094             then
3095                printf "\n     running totalview debugger"
3096                mpiexec_mpt $tv_opt -n $ii   ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3097             else
3098                mpiexec_mpt -np $ii   ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3099             fi
3100          elif [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mva ]]
3101          then
3102#             ulimit -s 300000   # A too large stack size causes problems
3103#             export MV2_NUM_PORTS=2
3104#             export MV2_CPU_MAPPING=0:1:2:3
3105             if [[ "$totalview" = true ]]
3106             then
3107                printf "\n     running totalview debugger"
3108                mpiexec $tv_opt ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3109             else
3110                mpiexec    ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3111             fi
3112          fi
3113       else
3114          printf "\n  +++ no debug available on \"$localhost\" "
3115          printf "\n      or not implemented in mrun so far"
3116          locat=debug
3117          exit
3118       fi
3119
3120       # end debug mode
3121    else
3122
3123          # normal execution
3124       if [[ -n $numprocs ]]
3125       then
3126             # RUNNING THE PROGRAM ON PARALLEL MACHINES
3127          if [[ $(echo $host | cut -c1-3) = ibm ]]
3128          then
3129                # SETUP THE IBM MPI ENVIRONMENT
3130             if [[ $host != ibmh  &&  $host != ibmkisti ]]
3131             then
3132                export MP_SHARED_MEMORY=yes
3133                export AIXTHREAD_SCOPE=S
3134                export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3135                export XLSMPOPTS="spins=0:yields=0:stack=20000000"
3136                export AUTHSTATE=files
3137                export XLFRTEOPTS="nlwidth=132:err_recovery=no"    # RECORD-LENGTH OF NAMELIST-OUTPUT
3138                #  export MP_PRINTENV=yes
3139
3140                   # TUNING-VARIABLEN ZUR VERBESSERUNG DER KOMMUNIKATION
3141                   # ZEIGEN ABER DERZEIT (SEP 04, FEDERATION) KAUM WIRKUNG
3142                export MP_WAIT_MODE=poll
3143                [[ $node_usage = not_shared ]]  &&  export MP_SINGLE_THREAD=yes
3144             fi
3145
3146             if [[ $host = ibmkisti ]]
3147             then
3148                export LANG=en_US
3149                export MP_SHARED_MEMORY=yes
3150                if [[ $threads_per_task = 1 ]]
3151                then
3152                   export MP_SINGLE_THREAD=yes
3153                   export MEMORY_AFFINITY=MCM
3154                else
3155                   export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3156                fi
3157             fi
3158
3159             if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
3160             then
3161                printf "\n--- Control: OMP_NUM_THREADS = \"$OMP_NUM_THREADS\" \n"
3162                if [[ "$cond1" = hpmcount  ||  "$cond2" = hpmcount ]]
3163                then
3164                   /opt/optibm/HPM_2_4_1/bin/hpmcount  a.out  $ROPTS
3165                else
3166                   if [[ $run_coupled_model = false ]]
3167                   then
3168                      if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3169                      then
3170                         echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3171                      else
3172                         echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3173                      fi
3174                   else
3175                      (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3176                      (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3177                      printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3178                      printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3179                      printf "\n\n"
3180                      echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3181                   fi
3182                   poe ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos
3183                fi
3184             else
3185                if [[ $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibms ]]
3186                then
3187                   poe  a.out  -procs $numprocs  -nodes 1  -rmpool 0  $ROPTS
3188                elif [[ $localhost = ibmkisti  ||  $localhost = ibmku  ||  $localhost = ibmy ]]
3189                then
3190                   if [[ -f $hostfile ]]
3191                   then
3192                      cp  $hostfile  hostfile
3193                   else
3194                      (( ii = 1 ))
3195                      while (( ii <= $numprocs ))
3196                      do
3197                         echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3198                         (( ii = ii + 1 ))
3199                      done
3200                   fi
3201                   export MP_HOSTFILE=hostfile
3202                   if [[ $run_coupled_model = false ]]
3203                   then
3204                      if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3205                      then
3206                         echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3207                      else
3208                         echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3209                      fi
3210                   else
3211                      (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3212                      (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3213                      printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3214                      printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3215                      printf "\n\n"
3216                      echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3217                   fi
3218                   if [[ $localhost = ibmy ]]
3219                   then
3220                      ./a.out  -procs $tasks_per_node  $ROPTS  <  runfile_atmos
3221                   else
3222                      poe  ./a.out  -procs $numprocs $ROPTS  <  runfile_atmos
3223                   fi
3224
3225                else
3226                   if [[ "$host_file" = "" ]]
3227                   then
3228                      printf "\n  +++ no hostfile given in configuration file"
3229                      locat=config_file
3230                      exit
3231                   else
3232                      eval host_file=$host_file
3233                   fi
3234                   export MP_HOSTFILE=$host_file
3235                   poe  a.out  -procs $numprocs  -tasks_per_node $numprocs  $ROPTS
3236                fi
3237             fi
3238          elif [[ $host = nech  ||  $host = necriam ]]
3239          then
3240             (( ii = nodes ))
3241             if [[ $ii = 1 ]]
3242             then
3243                export F_ERRCNT=0        # acceptable number of errors before program is stopped
3244                export MPIPROGINF=YES
3245                #  export F_TRACE=YES|FMT1|FMT2  # output of ftrace informations to job protocol
3246                echo "*** execution on single node with mpirun"
3247                mpirun  -np $numprocs  ./a.out  $ROPTS
3248             else
3249                (( i = 0 ))
3250                while (( i < ii ))
3251                do
3252                   echo "-h $i  -p $tasks_per_node  -e ./mpi_exec_shell"  >>  multinode_config
3253                   (( i = i + 1 ))
3254                done
3255
3256                echo "#!/bin/sh"                         >   mpi_exec_shell
3257                echo " "                                 >>  mpi_exec_shell
3258                echo "set -u"                            >>  mpi_exec_shell
3259                echo "F_ERRCNT=0"                        >>  mpi_exec_shell
3260                echo "MPIPROGINV=YES"                    >>  mpi_exec_shell
3261                echo "OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task" >>  mpi_exec_shell
3262                echo "cpurest=$cpurest"                  >>  mpi_exec_shell
3263                echo "fname=$fname"                      >>  mpi_exec_shell
3264                echo "localhost=$localhost"              >>  mpi_exec_shell
3265                echo "return_addres=$return_addres"      >>  mpi_exec_shell
3266                echo "return_username=$return_username"  >>  mpi_exec_shell
3267                echo "tasks_per_node=$tasks_per_node"    >>  mpi_exec_shell
3268                echo "write_binary=$write_binary"        >>  mpi_exec_shell
3269                echo "use_seperate_pe_for_dvrp_output=$use_seperate_pe_for_dvrp_output"  >>  mpi_exec_shell
3270                echo "  "                                >>  mpi_exec_shell
3271                echo "export F_ERRCNT"                   >>  mpi_exec_shell
3272                echo "export MPIPROGINV"                 >>  mpi_exec_shell
3273                echo "export OMP_NUM_THREADS"            >>  mpi_exec_shell
3274                echo "export cpurest"                    >>  mpi_exec_shell
3275                echo "export fname"                      >>  mpi_exec_shell
3276                echo "export localhost"                  >>  mpi_exec_shell
3277                echo "export return_addres"              >>  mpi_exec_shell
3278                echo "export return_username"            >>  mpi_exec_shell
3279                echo "export tasks_per_node"             >>  mpi_exec_shell
3280                echo "export write_binary"               >>  mpi_exec_shell
3281                echo "export use_seperate_pe_for_dvrp_output"  >>  mpi_exec_shell
3282                echo " "                                 >>  mpi_exec_shell
3283                echo "exec  ./a.out"                     >>  mpi_exec_shell
3284
3285                chmod u+x  mpi_exec_shell
3286                export MPIPROGINF=YES
3287                mpirun  -f multinode_config  &
3288                wait
3289
3290             fi
3291          elif [[ $(echo $host | cut -c1-2) = lc  &&  $host != lckyoto &&  $host != lctit ]]
3292          then
3293
3294                # COPY HOSTFILE FROM SOURCE DIRECTORY OR CREATE IT, IF IT
3295                # DOES NOT EXIST
3296             if [[ $host != lcsgih  &&  $host != lcsgib ]]
3297             then
3298                if [[ -f $hostfile ]]
3299                then
3300                   cp  $hostfile  hostfile
3301                   (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3302                else
3303                   (( ii = 1 ))
3304                   while (( ii <= $numprocs / $threads_per_task ))
3305                   do
3306                      echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3307                      (( ii = ii + 1 ))
3308                   done
3309                fi
3310                eval zeile=\"`head -n $ii  hostfile`\"
3311                printf "\n  *** running on: $zeile"
3312             fi
3313
3314             (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3315             export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3316             # echo "*** OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"
3317             if [[ $threads_per_task != 1 ]]
3318             then
3319                   # increase stack size to unlimited, because large runs
3320                   # may abort otherwise
3321                ulimit -Ss unlimited
3322                printf "\n      threads per task: $threads_per_task  stacksize: unlimited"
3323             fi
3324             if [[ $run_coupled_model = false ]]
3325             then
3326                if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3327                then
3328                   echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3329                else
3330                   echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3331                fi
3332                printf "\n\n"
3333                if [[ $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib ]]
3334                then
3335                   if [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mpt ]]
3336                   then
3337                          # MPI_DSM_DISTRIBUTE not necessary when MPI_DSM_CPULIST is set
3338                          # export MPI_DSM_DISTRIBUTE=1
3339                          # MPI_DSM_CPULIST: pin MPI processes to cores
3340                      if [[ $use_openmp = false ]]
3341                      then
3342                         if [[ "$sgi_feature" = ice2 ]]
3343                         then
3344                            export MPI_DSM_CPULIST="0,4,1,5,2,6,3,7:allhosts"
3345                         else
3346                            export MPI_DSM_CPULIST="0,1,4,5,2,3,6,7:allhosts"
3347                         fi
3348                      else
3349                         unset MPI_DSM_CPULIST
3350                      fi
3351                          # MPI_IB_RAILS: use both IB rails on ICE2
3352                      export MPI_BUFS_PER_HOST=512
3353                      export MPI_IB_RAILS=2
3354                          # NECESSARY, IF MORE THAN 4096 PEs ARE USED
3355                      export MPI_CONNECTIONS_THRESHOLD=8192
3356                  #    echo "*** MPI_DSM_CPULIST=$MPI_DSM_CPULIST"
3357                      export MPI_TYPE_DEPTH=20
3358                  #    echo "*** MPI_TYPE_DEPTH=$MPI_TYPE_DEPTH"
3359                      export MPI_GROUP_MAX=64
3360                  #    echo "*** MPI_GROUP_MAX=$MPI_GROUP_MAX"
3361                      if [[ $use_openmp = true ]]
3362                      then
3363                         echo " mpiexec -npernode $tasks_per_node  ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos"
3364                         mpiexec -npernode $tasks_per_node $tv_opt ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos
3365                      else
3366                         mpiexec_mpt -np $ii $tv_opt  ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3367                      fi
3368
3369                          # next is test for openmp usage
3370                  #     echo "mpiexec -npernode $tasks_per_node  ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos"
3371                  #     mpiexec -npernode $tasks_per_node  ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3372                   elif [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mva ]]
3373                   then
3374                      export MV2_NUM_PORTS=2
3375                      #  The default setting of MV2_CPU_MAPPING gives best results
3376                      # export MV2_ENABLE_AFFINITY=1
3377                      #  export MV2_CPU_MAPPING=0,1,4,5,2,3,6,7
3378               #       if [[ "$sgi_feature" = ice2 ]]
3379               #       then
3380               #          export MV2_CPU_MAPPING=0,4,1,5,2,6,3,7
3381               #       else
3382               #          export MV2_CPU_MAPPING=0,1,4,5,2,3,6,7
3383               #       fi
3384                      if [[ $use_openmp = true ]]
3385                      then
3386                         unset MV2_CPU_MAPPING
3387                         export MV2_ENABLE_AFFINITY=0
3388                      fi
3389                      echo "*** MV2_CPU_MAPPING=$MV2_CPU_MAPPING"
3390                      echo "*** MV2_ENABLE_AFFINITY=$MV2_ENABLE_AFFINITY"
3391                      if [[ $use_openmp = true ]]
3392                      then
3393                         echo " mpiexec -npernode $tasks_per_node  ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos"
3394                         mpiexec -npernode $tasks_per_node $tv_opt ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos
3395                      else
3396                         mpiexec -np $ii $tv_opt ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3397                      fi
3398                   elif [[ "$mpilib" = impi ]]
3399                   then
3400                      echo "mpirun -np $tasks_per_node inspxe-cl -r result -collect mi3 -- ./a.out  <  runfile_atmos"
3401                      mpirun -np $tasks_per_node inspxe-cl -r result -collect mi3 -- ./a.out  <  runfile_atmos
3402                   fi
3403                elif [[ $host = lcxt4  ||  $host = lcxt5m ]]
3404                then
3405                    aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3406                elif [[ $host = lcflow ]]
3407                then
3408                   mpiexec  -machinefile $TMPDIR/machines  -n $ii  -env I_MPI_FABRICS shm:ofa a.out  < runfile_atmos  $ROPTS
3409                else
3410                   mpiexec  -machinefile hostfile  -n $ii  a.out  < runfile_atmos  $ROPTS
3411                fi
3412             else
3413
3414                    # currently there is no full MPI-2 support on ICE and XT4
3415                (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3416                (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3417                printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3418                printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3419                printf "\n\n"
3420
3421                if [[ $coupled_mode = "mpi2" ]]
3422                then
3423                   echo "atmosphere_to_ocean $iia $iio"  >  runfile_atmos
3424                   echo "ocean_to_atmosphere $iia $iio"  >  runfile_ocean
3425                   if [[ $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib ]]
3426                   then
3427
3428                      if [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mpt ]]
3429                      then
3430#                         export MPI_LAUNCH_TIMEOUT=360
3431                         mpiexec_mpt -np $iia  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos &
3432                         mpiexec_mpt -np $iio  ./a.out  $ROPTS < runfile_ocean &
3433                      elif [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mva ]]
3434                      then
3435#                         ulimit -s 300000   # A too large stack size causes problems
3436#                         export MV2_NUM_PORTS=2
3437#                         export MV2_CPU_MAPPING=0:1:2:3
3438                         mpiexec -n $iia  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos &
3439                         mpiexec -n $iio  ./a.out  $ROPTS < runfile_ocean &
3440                      fi
3441
3442                   elif [[ $host = lcxt4  ||  $host = lcxt5m ]]
3443                   then
3444
3445                      aprun  -n $iia  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_atmos  $ROPTS  &
3446                      aprun  -n $iio  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_ocean  $ROPTS  &
3447
3448                   else
3449                          # WORKAROUND BECAUSE mpiexec WITH -env option IS NOT AVAILABLE ON SOME SYSTEMS
3450                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iia  a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos &
3451                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iio  a.out  $ROPTS  <  runfile_ocean &
3452#                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iia  -env coupling_mode atmosphere_to_ocean  a.out  $ROPTS  &
3453#                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iio  -env coupling_mode ocean_to_atmosphere  a.out  $ROPTS  &
3454                   fi
3455                   wait
3456
3457                else
3458
3459                   echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3460                   if [[ $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib ]]
3461                   then
3462
3463                      if [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mpt ]]
3464                      then
3465#                         export MPI_LAUNCH_TIMEOUT=360
3466                         mpiexec_mpt -np $ii  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos
3467                      elif [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mva ]]
3468                      then
3469#                         ulimit -s 300000   # A too large stack size causes problems
3470#                         export MV2_NUM_PORTS=2
3471#                         export MV2_CPU_MAPPING=0:1:2:3
3472                         mpiexec  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos
3473                      fi
3474
3475                   elif [[ $host = lcxt4  ||  $host = lcxt5m ]]
3476                   then
3477
3478                      aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_atmos  $ROPTS
3479
3480                   elif [[ $host = lck || $host = lckordi ]]
3481                   then
3482                         mpiexec -n $ii  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos &
3483                   fi
3484                   wait
3485                fi
3486
3487             fi
3488          elif [[ $host = decalpha ]]
3489          then
3490             dmpirun  -np $numprocs  a.out  $ROPTS
3491          elif [[ $host = lckyoto ]]
3492          then
3493             set -xv
3494             export P4_RSHCOMMAND=plesh
3495             echo "     P4_RSHCOMMAND = $P4_RSHCOMMAND"
3496             if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
3497             then
3498                if [[ "$cond2" = fujitsu ]]
3499                then
3500                   mpiexec  -n $numprocs  ./a.out  $ROPTS  # for fujitsu-compiler
3501                elif [[ "cond2" = pgi ]]
3502                then
3503                   mpirun  -np $numprocs  -machinefile ${QSUB_NODEINF}  ./a.out  $ROPTS
3504                else
3505                   mpirun_rsh -np $numprocs -hostfile ${QSUB_NODEINF} MV2_USE_SRQ=0 ./a.out ${ROPTS} || /bin/true
3506                fi
3507             else
3508                if [[ "$cond2" = "" ]]
3509                then
3510                   mpiruni_rsh -np $numprocs ./a.out  $ROPTS  # for intel
3511                else
3512                   mpirun  -np $numprocs  ./a.out  $ROPTS
3513                fi
3514             fi
3515             set +xv
3516          elif [[ $host = lctit ]]
3517          then
3518             export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3519             echo "OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"
3520             if [[ "$threads_per_task" != 1 ]]
3521             then
3522                export MV2_ENABLE_AFFINITY=0
3523             fi
3524             echo "----- PBS_NODEFILE content:"
3525             cat $PBS_NODEFILE
3526             echo "-----"
3527             (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3528             echo "mpirun  -np $ii  -hostfile $PBS_NODEFILE ./a.out  $ROPTS"
3529             mpirun  -np $ii  -hostfile $PBS_NODEFILE ./a.out  $ROPTS
3530          else
3531             mpprun  -n $numprocs  a.out  $ROPTS
3532          fi
3533          [[ $? != 0 ]]  &&  execution_error=true
3534
3535
3536             # PERFORMANCE-AUSWERTUNG MIT APPRENTICE
3537          if [[ "$cond1" = apprentice  ||  "$cond2" = apprentice ]]
3538          then
3539             apprentice
3540          fi
3541       else
3542          a.out  $ROPTS
3543       fi
3544    fi
3545    if [[ $? != 0  ||  $execution_error = true ]]
3546    then
3547
3548          # ABBRUCH BEI LAUFZEITFEHLER
3549#       [[ ! ( "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ) ]]  &&  cat  aout_output*
3550       printf "\n  +++ runtime error occured"
3551       locat=execution
3552       exit
3553    else
3554#       [[ ! ( "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ) ]]  &&  cat  aout_output*
3555       printf "\n$striche\n  *** execution finished \n"
3556
3557          # Stop the dvr streaming server and process the dvr output in order
3558          # to create dvrs- and html-files containing all streams
3559       if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
3560       then
3561          kill $dvrserver_id
3562          printf "\n  *** dvr server with id=$dvrserver_id has been stopped"
3563
3564             # If there is a directory, data have been output by the
3565             # streaming server. Otherwise, user has chosen dvrp_output=local
3566          if [[ -d DATA_DVR ]]
3567          then
3568
3569                # Add the current dvr configuration file to the dvr output
3570                # directory
3571             cp  .dvrserver.config  DATA_DVR
3572
3573                # Process the dvr output (option -s for also generating
3574                # sequence mode data)
3575             process_dvr_output  -d DATA_DVR  -f $fname  -s
3576
3577          else
3578
3579                # Process the local output
3580             process_dvr_output  -l  -d DATA_DVR  -f $fname
3581
3582          fi
3583
3584       elif [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
3585       then
3586
3587             # Process dvr output generated in local mode (dvrp_output=local)
3588          process_dvr_output  -l  -d DATA_DVR  -f $fname
3589
3590       fi
3591    fi
3592
3593
3594
3595       # Call of combine_plot_fields in order to merge single files written
3596       # by each PE into one file.
3597    if [[ ! -f ${PALM_BIN}/combine_plot_fields${block}.x ]]
3598    then
3599       printf "\n\n\n  +++ WARNING: no combine_plot_fields found for given block \"$cond1 $cond2\""
3600       printf "\n      2d- and/or 3d-data may be incomplete!"
3601       printf "\n      Run \"mbuild -u -h $localhost\" to generate utilities for this block.\n"
3602    else
3603       printf "\n\n\n *** post-processing: now executing \"combine_plot_fields${block}.x\" ..."
3604       combine_plot_fields${block}.x
3605    fi
3606
3607
3608
3609       # EVENTUELLE OUTPUT-KOMMANDOS ABARBEITEN
3610    (( i = 0 ))
3611    while (( i < ioc ))
3612    do
3613       (( i = i + 1 ))
3614       if (( i == 1 ))
3615       then
3616          printf "\n\n  *** execution of OUTPUT-commands:\n$striche"
3617       fi
3618       printf "\n  >>> ${out_command[$i]}"
3619       eval  ${out_command[$i]}
3620       if (( i == ioc ))
3621       then
3622          printf "\n$striche\n"
3623       fi
3624    done
3625
3626
3627       # EVTL. INHALT DES AKTUELLEN VERZEICHNISSES AUSGEBEN
3628    if [[ $do_trace = true ]]
3629    then
3630       printf "\n\n"
3631       ls -al
3632    fi
3633
3634
3635
3636       # OUTPUT-DATEIEN AN IHRE ZIELORTE KOPIEREN
3637    (( i = 0 ))
3638    while (( i < iout ))
3639    do
3640       (( i = i + 1 ))
3641       if (( i == 1 ))
3642       then
3643          printf "\n\n  *** saving OUTPUT-files:\n$striche"
3644       fi
3645
3646          # PRUEFEN, OB EINZELDATEI ODER DATEI PRO PROZESSOR
3647       files_for_pes=false; filetyp=file
3648       if [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  -n $numprocs ]]
3649       then
3650          files_for_pes=true; filetyp=directory
3651          actionout[$i]=""
3652       elif [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  ! -n $numprocs ]]
3653       then
3654          actionout[$i]=""
3655       elif [[ "${actionout[$i]}" = arpe  &&  -n $numprocs ]]
3656       then
3657          files_for_pes=true; filetyp=directory
3658          actionout[$i]="ar"
3659       elif [[ "${actionout[$i]}" = arpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3660       then
3661          actionout[$i]="ar"
3662       elif [[ "${actionout[$i]}" = flpe  &&  -n $numprocs ]]
3663       then
3664          files_for_pes=true; filetyp=directory
3665          actionout[$i]="fl"
3666       elif [[ "${actionout[$i]}" = flpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3667       then
3668          actionout[$i]="fl"
3669       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  -n $numprocs ]]
3670       then
3671          files_for_pes=true; filetyp=directory
3672          actionout[$i]="tr"
3673       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3674       then
3675          actionout[$i]="tr"
3676       fi
3677
3678       if [[ ! -f ${localout[$i]}  &&  $files_for_pes = false ]]
3679       then
3680          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}  does not exist\n"
3681       elif [[ ! -d ${localout[$i]}  &&  $files_for_pes = true ]]
3682       then
3683          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}/....  does not exist\n"
3684       else
3685
3686
3687             # KOPIEREN PER FTP/SCP (IMMER IM BINAERMODUS, -M: FALLS ZIELKATALOG
3688             # NICHT VORHANDEN, WIRD VERSUCHT, IHN ANZULEGEN), ABER NUR BEI
3689             # REMOTE-RECHNUNGEN
3690          if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
3691          then
3692             if [[ $localhost != $fromhost ]]
3693             then
3694                if [[ $files_for_pes = false ]]
3695                then
3696                   cps=""
3697                   cst=""
3698                else
3699                   cps=-c
3700                   cst="/"
3701                fi
3702                if [[ $localhost = nech ]]
3703                then
3704
3705                      # TRANSFER IN EIGENSTAENDIGEM JOB
3706                      # ZUERST KOPIE DER DATEI INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
3707                   [[ ! -d $tmp_data_catalog/TRANSFER ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog/TRANSFER
3708                   file_to_transfer=${fname}_${localout[$i]}_to_transfer_$kennung
3709                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3710                   then
3711                      ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3712                   else
3713                      mkdir  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3714                      ln  ${localout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3715                   fi
3716
3717                   echo "set -x"                                    >    transfer_${localout[$i]}
3718                   echo "cd  $tmp_data_catalog/TRANSFER"            >>   transfer_${localout[$i]}
3719
3720                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}$cst  by SCP in seperate job to"
3721                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}$cst"
3722                   printf "\n              or higher cycle\n"
3723                   echo "batch_scp $cps -b -m -u $return_username $return_addres  $file_to_transfer \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"  >>  transfer_${localout[$i]}
3724
3725                   echo "[[ \$? = 0 ]]  &&  rm  $file_to_transfer"  >>  transfer_${localout[$i]}
3726
3727                   if [[ $localhost = nech ]]
3728                   then
3729                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 900  transfer_${localout[$i]}
3730                   else
3731                      if [[ "$LOGNAME" = b323013 ]]
3732                      then
3733                         subjob  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  transfer_${localout[$i]}
3734                      else
3735                         subjob  -d  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  transfer_${localout[$i]}
3736                      fi
3737                   fi
3738
3739                else
3740
3741                      # TRANSFER INNERHALB DIESES JOBS
3742                   transfer_failed=false
3743                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}$cst  by SCP to"
3744                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}$cst\n"
3745                   batch_scp $cps -b -m -u $return_username $return_addres  ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
3746                   [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
3747
3748                      # BEI FEHLGESCHLAGENEM TRANSFER SICHERUNGSKOPIE AUF
3749                      # LOKALER MASCHINE ANLEGEN
3750                   if [[ $transfer_failed = true ]]
3751                   then
3752                      printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on the local host under:\n"
3753                      printf "      ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung\n"
3754
3755                         # ERSTMAL PRUEFEN, OB VERZEICHNIS EXISTIERT. GEGEBENENFALLS
3756                         # ANLEGEN.
3757                      eval  local_catalog=${pathout[$i]}
3758                      if [[ ! -d $local_catalog ]]
3759                      then
3760                         printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
3761                         printf "      $local_catalog \n"
3762                         mkdir -p  $local_catalog
3763                      fi
3764                      eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung
3765                      transfer_problems=true
3766                   fi
3767                fi
3768             else
3769
3770                   # WERTZUWEISUNG, SO DASS WEITER UNTEN NUR KOPIERT WIRD
3771                actionout[$i]=""
3772             fi
3773          fi
3774
3775
3776             # APPEND PER FTP/SCP (IMMER IM BINAERMODUS, -M: FALLS ZIELKATALOG
3777             # NICHT VORHANDEN, WIRD VERSUCHT, IHN ANZULEGEN), ABER NUR BEI
3778             # REMOTE-RECHNUNGEN
3779          if [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
3780          then
3781             if [[ $localhost != $fromhost ]]
3782             then
3783                if [[ $localhost = ibmh  ||  $localhost = nech ]]
3784                then
3785
3786                      # TRANSFER IN EIGENSTAENDIGEM JOB
3787                      # ZUERST KOPIE DER DATEI INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
3788                   [[ ! -d $tmp_data_catalog/TRANSFER ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog/TRANSFER
3789                   file_to_transfer=${fname}_${localout[$i]}_to_transfer_$kennung
3790                   ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3791
3792                   echo "set -x"                                    >    transfer_${localout[$i]}
3793                   echo "cd  $tmp_data_catalog/TRANSFER"            >>   transfer_${localout[$i]}
3794
3795                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append by SCP in seperate job to"
3796                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}"
3797                   printf "\n              or higher cycle\n"
3798                   echo "batch_scp -A -b -m -u $return_username $return_addres  $file_to_transfer \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"  >>  transfer_${localout[$i]}
3799
3800                   echo "[[ \$? = 0 ]]  &&  rm  $file_to_transfer"  >>  transfer_${localout[$i]}
3801
3802                   if [[ $localhost = nech ]]
3803                   then
3804                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 900  transfer_${localout[$i]}
3805                   else
3806                      if [[ $LOGNAME = b323013 ]]
3807                      then
3808                         subjob  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  transfer_${localout[$i]}
3809                      else
3810                         subjob  -d  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  transfer_${localout[$i]}
3811                      fi
3812                   fi
3813
3814                else
3815
3816                      # TRANSFER INNERHALB DIESES JOBS
3817                   transfer_failed=false
3818                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append by SCP to"
3819                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}\n"
3820                   batch_scp -A -b -m -u $return_username  $return_addres ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
3821                   [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
3822
3823                      # BEI FEHLGESCHLAGENEM TRANSFER SICHERUNGSKOPIE AUF
3824                      # LOKALER MASCHINE ANLEGEN
3825                   if [[ $transfer_failed = true ]]
3826                   then
3827                      printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on the local host under:\n"
3828                      printf "      ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung\n"
3829
3830                         # ERSTMAL PRUEFEN, OB VERZEICHNIS EXISTIERT. GEGEBENENFALLS
3831                         # ANLEGEN
3832                      eval  local_catalog=${pathout[$i]}
3833                      if [[ ! -d $local_catalog ]]
3834                      then
3835                         printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
3836                         printf "      $local_catalog \n"
3837                         mkdir -p  $local_catalog
3838                      fi
3839
3840                      eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung
3841                      transfer_problems=true
3842                   fi
3843                fi
3844             else
3845
3846                   # WERTZUWEISUNG, SO DASS WEITER UNTEN NUR APPEND AUF
3847                   # LOKALER MASCHINE DURCHGEFUEHRT WIRD
3848                actionout[$i]=a
3849             fi
3850          fi
3851
3852
3853             # OUTPUT-DATEI FUER EINEN FORTSETZUNGSLAUF. DATEI WIRD PER
3854             # LINK AUF DEN TEMPORAEREN DATENKATALOG GELEGT. OPTION -f WIRD
3855             # VERWENDET, FALLS DORT NOCH EINE DATEI GLEICHEN NAMENS VORHANDEN
3856             # SEIN SOLLTE. ANSCHLIESSEND WIRD SEINE ARCHIVIERUNG ANGESTOSSEN
3857          if [[ "${actionout[$i]}" = fl ]]
3858          then
3859             [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
3860             chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
3861             if [[ $files_for_pes = false ]]
3862             then
3863                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to"
3864                printf "\n              $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} (temporary data catalog)\n"
3865                ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3866             else
3867                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/....  to"
3868                printf "\n              $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} (temporary data catalog)\n"
3869                mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3870                cd ${localout[$i]}
3871                for file in $(ls *)
3872                do
3873                   ln -f $file $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3874                done
3875                cd $TEMPDIR
3876             fi
3877
3878
3879                # ARCHIVIERUNGSJOB WIRD ERZEUGT UND ABGESCHICKT
3880             if [[ $store_on_archive_system = true ]]
3881             then
3882
3883                if [[ $archive_system = asterix ]]
3884                then
3885                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                      >> archive_${frelout[$i]}
3886                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3887                   then
3888                      echo "stageout  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT${i}_$kennung" >> archive_${frelout[$i]}
3889                   else
3890                      echo "stageout -t  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT${i}_$kennung" >> archive_${frelout[$i]}
3891                   fi
3892                   echo "cat  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung"               >> archive_${frelout[$i]}
3893                   echo "if [[ \$(grep -c \"st.msg:150\"  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung) != 0 ]]" >> archive_${frelout[$i]}
3894                   echo "then"                                       >> archive_${frelout[$i]}
3895                   echo "   do_stageout=false"                       >> archive_${frelout[$i]}
3896                   echo "else"                                       >> archive_${frelout[$i]}
3897                   echo "   echo \"  +++ $filetyp ${frelout[$i]}  could not be stored on archive-system\" " >> archive_${frelout[$i]}
3898                   echo "   cat  /dev/null  >  ~/job_queue/ARCHIVE_ERROR_$fname" >> archive_${frelout[$i]}
3899                   echo "   cat  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung  >  ~/job_queue/archive_${frelout[$i]}_error" >> archive_${frelout[$i]}
3900                   echo "   echo \"  *** $filetyp ${frelout[$i]} will be copied to \$WORK as backup\" " >> archive_${frelout[$i]}
3901                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3902                   then
3903                      echo "   cp   ${frelout[$i]}  \$WORK"                    >> archive_${frelout[$i]}
3904                   else
3905                      echo "   cp -r  ${frelout[$i]}  \$WORK/${frelout[$i]}"   >> archive_${frelout[$i]}
3906                   fi
3907                   echo "   echo \"  *** $filetyp ${frelout[$i]} saved\" " >> archive_${frelout[$i]}
3908                   echo "fi"                                         >> archive_${frelout[$i]}
3909                   echo "rm  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung"              >> archive_${frelout[$i]}
3910                elif [[ $archive_system = DMF ]]
3911                then
3912                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                      >> archive_${frelout[$i]}
3913                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3914                   then
3915                      printf "\n  +++ archiving of single files impossible with $archive_system !\n"
3916                      locat=DMF
3917                      exit
3918                   else
3919                         # FUER RECHNER IN JUELICH. DORT KOENNTEN AUCH
3920                         # EINZELNE DATEIEN GESICHERT WERDEN (SPAETER KORR.)
3921                      echo "rm -rf  \$ARCHIVE/${frelout[$i]}"     >> archive_${frelout[$i]}
3922                      echo "cp -r  ${frelout[$i]}  \$ARCHIVE"     >> archive_${frelout[$i]}
3923                   fi
3924                elif [[ $archive_system = tivoli ]]
3925                then
3926                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >> archive_${frelout[$i]}
3927                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3928                   then
3929                         # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
3930                      echo "set -x"                                   >> archive_${frelout[$i]}
3931                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
3932                      echo "cp  ${frelout[$i]} \$PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3933                   else
3934
3935                      echo "set -x"                                   >> archive_${frelout[$i]}
3936                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}/*"         >> archive_${frelout[$i]}
3937                      echo "[[ ! -d \$PERM/${frelout[$i]} ]] && mkdir $PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3938                      cd  $tmp_data_catalog
3939                      all_files=`ls -1 ${frelout[$i]}/*`
3940                      cd -  > /dev/null
3941                      (( inode = 0 ))
3942                      (( tp1   = tasks_per_node + 1 ))
3943                      while (( inode < nodes ))
3944                      do
3945#                         echo "*** all_files = \"$all_files\" "
3946                         files=`echo $all_files | cut -d" " -f1-$tasks_per_node`
3947                         all_files=`echo $all_files | cut -d" " -f$tp1-`
3948#                         echo "*** tasks_per_node = \"$tasks_per_node\" "
3949#                         echo "*** files = \"$files\" "
3950#                         echo "*** all_files = \"$all_files\" "
3951                        echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
3952                        ### echo "tar  cvf ${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
3953                        ### echo "cp ${frelout[$i]}.node_$inode.tar \$PERM/${frelout[$i]}/"   >> archive_${frelout[$i]}
3954                         ###echo "rm ${frelout[$i]}.node_$inode.tar"   >> archive_${frelout[$i]}
3955#                         echo "dsmc incremental  \$PERM/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar" >> archive_${frelout[$i]}
3956#                         echo "dsmmigrate \$PERM/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar"        >> archive_${frelout[$i]}
3957                         (( inode = inode + 1 ))
3958                      done
3959#                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
3960#                      echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3961                   fi
3962                elif [[ $archive_system = ut ]]
3963                then
3964                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >> archive_${frelout[$i]}
3965                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3966                   then
3967                         # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
3968                      echo "set -x"                                 >> archive_${frelout[$i]}
3969                      echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
3970                      echo "cp  ${frelout[$i]} \$UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3971                   else
3972
3973                      echo "set -x"                                 >> archive_${frelout[$i]}
3974                      echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}/*"         >> archive_${frelout[$i]}
3975                      echo "[[ ! -d \$UT/${frelout[$i]} ]] && mkdir $UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3976                      cd  $tmp_data_catalog
3977                      all_files=`ls -1 ${frelout[$i]}/*`
3978                      cd -  > /dev/null
3979                      (( inode = 0 ))
3980                      (( tp1   = tasks_per_node + 1 ))
3981                      while (( inode < nodes ))
3982                      do
3983                         files=`echo $all_files | cut -d" " -f1-$tasks_per_node`
3984                         all_files=`echo $all_files | cut -d" " -f$tp1-`
3985                         echo "tar  cvf \$UT/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
3986                         (( inode = inode + 1 ))
3987                      done
3988                   fi
3989                elif [[ $archive_system = none ]]
3990                then
3991                   printf "              +++ archiving on $localhost not available!\n"
3992                fi
3993
3994                if [[ $archive_system != none ]]
3995                then
3996                   if [[ $localhost = lcsgih  ||  $localhost = lcsgib ]]
3997                   then
3998#                      subjob  -d  -v  -q cdata  -X 0  -m 1000  -t 43200  -c $job_catalog  archive_${frelout[$i]}
3999                      subjob   -v  -q permq  -X 1 -T 1  -m 1000  -t 172800  -c $job_catalog  archive_${frelout[$i]}
4000                   elif [[ $localhost = nech ]]
4001                   then
4002                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 7200  archive_${frelout[$i]}
4003                   fi
4004                   printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
4005                fi
4006             else
4007                printf "              +++ caution: option -A is switched off. No archiving on $archive_system!\n"
4008             fi
4009
4010
4011                # LEERDATEI IM BENUTZERVERZEICHNIS ANLEGEN, DAMIT BEKANNT IST,
4012                # WIE DIE HOECHSTE ZYKLUSNUMMER AUF DEM ARCHIV-SYSTEM LAUTET
4013             if [[ $files_for_pes = false ]]
4014             then
4015                cat  /dev/null  >  ${pathout[$i]}
4016             else
4017                mkdir -p  ${pathout[$i]}
4018             fi
4019
4020          fi
4021
4022
4023             # KOPIEREN AUF LOKALER MASCHINE ZUM ARCHIV-SYSTEM
4024             # AUSSERDEM MUSS LEERDATEI ANGELEGT WERDEN, DAMIT BEKANNT IST,
4025             # WIE DIE HOECHSTE ZYKLUSNUMMER AUF DEM ARCHIV-SYSTEM LAUTET
4026             # FALLS IRGENDEINE (VON MEHREREN) ARCHIVIERUNGEN SCHIEF GEHT,
4027             # WIRD FLAG GESETZT UND BLEIBT AUCH BEI WEITEREN ORDNUNGS-
4028             # GEMAESSEN ARCHIVIERUNGEN GESETZT
4029          if [[ "${actionout[$i]}" = ar ]]
4030          then
4031             if [[ $files_for_pes = false ]]
4032             then
4033                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to"
4034                printf "\n              ${pathout[$i]}"
4035                printf "\n              File will be copied to archive-system ($archive_system) !\n"
4036             else
4037                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/_....  to"
4038                printf "\n              ${pathout[$i]}"
4039                printf "\n              Directory will be copied to archive-system ($archive_system) !\n"
4040             fi
4041             mv  ${localout[$i]}  ${frelout[$i]}
4042
4043             file_saved=false
4044
4045             if [[ $archive_system = asterix ]]
4046             then
4047                do_stageout=true
4048                (( stageout_anz = 0 ))
4049                while [[ $do_stageout = true ]]
4050                do
4051                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4052                   then
4053                      stageout  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT
4054                   else
4055                      stageout  -t  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT
4056                   fi
4057                   cat  STAGE_OUTPUT
4058                   if [[ $(grep -c "st.msg:150"  STAGE_OUTPUT) != 0 ]]
4059                   then
4060                      file_saved=true
4061                      do_stageout=false
4062                   else
4063                      if [[ $files_for_pes = false ]]
4064                      then
4065                         printf "\n  +++ file ${frelout[$i]}  could not be saved on archive-system"
4066                      else
4067                         printf "\n  +++ directory ${frelout[$i]} could not be saved on archive-system"
4068                      fi
4069                      (( stageout_anz = stageout_anz + 1 ))
4070                      if (( stageout_anz == 10 ))
4071                      then
4072                         printf "\n  +++ stoped after 10 unsuccessful tries!"
4073                         archive_save=false
4074                         do_stageout=false
4075                      else
4076                         printf "\n  *** new try to store on archive after 15 min:"
4077                         sleep 900
4078                      fi
4079                   fi
4080                done
4081             elif [[ $archive_system = DMF ]]
4082             then
4083                if [[ $files_for_pes = false ]]
4084                then
4085                   printf "\n  +++ archiving of single files impossible on $archive_system!\n"
4086                   locat=DMF
4087                   exit
4088                else
4089                   rm -rf  $ARCHIVE/${frelout[$i]}
4090                   cp -r  ${frelout[$i]}  $ARCHIVE
4091                fi
4092                file_saved=true
4093             elif [[ $archive_system = tivoli ]]
4094             then
4095                   # ARCHIVIERUNG NUR PER BATCH-JOB MOEGLICH
4096                   # DATEI MUSS ZWISCHENZEITLICH INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
4097                   # GELEGT WERDEN
4098                [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
4099                chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
4100                if [[ $files_for_pes = false ]]
4101                then
4102                   ln -f  ${frelout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4103                else
4104                   mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4105                   ln -f  ${frelout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4106                fi
4107
4108                   # BATCH JOB GENERIEREN UND ABSCHICKEN; DATEI MUSS WIEDER
4109                   # AUS TEMPORAEREM DATENVERZEICHNIS ENTFERNT WERDEN
4110                echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >  archive_${frelout[$i]}
4111                if [[ $files_for_pes = false ]]
4112                then
4113                      # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
4114                   echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4115                   echo "cp  ${frelout[$i]} \$PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4116                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                  >> archive_${frelout[$i]}
4117                else
4118                   echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
4119                   echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4120                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                  >> archive_${frelout[$i]}
4121                fi
4122
4123                subjob  -v  -d  -q cdata  -X 0  -m 1000  -t 43200  -c $job_catalog  archive_${frelout[$i]}
4124                printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
4125                file_saved=true
4126
4127             elif [[ $archive_system = ut ]]
4128             then
4129                   # ARCHIVIERUNG NUR PER BATCH-JOB MOEGLICH
4130                   # DATEI MUSS ZWISCHENZEITLICH INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
4131                   # GELEGT WERDEN
4132                [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
4133                chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
4134                if [[ $files_for_pes = false ]]
4135                then
4136                   ln -f  ${frelout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4137                else
4138                   mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4139                   ln -f  ${frelout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4140                fi
4141
4142                   # BATCH JOB GENERIEREN UND ABSCHICKEN; DATEI MUSS WIEDER
4143                   # AUS TEMPORAEREM DATENVERZEICHNIS ENTFERNT WERDEN
4144                echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >  archive_${frelout[$i]}
4145                if [[ $files_for_pes = false ]]
4146                then
4147                      # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
4148                   echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4149                   echo "cp  ${frelout[$i]} \$UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4150                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                >> archive_${frelout[$i]}
4151                else
4152                   echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
4153                   echo "tar  cvf \$UT/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4154                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                >> archive_${frelout[$i]}
4155                fi
4156
4157                subjob  -v  -c /pf/b/$usern/job_queue  -d  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 7200  archive_${frelout[$i]}
4158                printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
4159                file_saved=true
4160
4161             else
4162                printf "\n  +++ archive_system=\"$archive_system\"  archiving impossible!"
4163                archive_save=false
4164             fi
4165             if [[ $file_saved = true ]]
4166             then
4167                if [[ $files_for_pes = false ]]
4168                then
4169                   cat  /dev/null  >  ${pathout[$i]}
4170                else
4171                   mkdir -p  ${pathout[$i]}
4172                fi
4173             fi
4174          fi
4175
4176             # APPEND AUF LOKALER MASCHINE
4177          if [[ "${actionout[$i]}" = "a" ]]
4178          then
4179             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
4180             then
4181                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
4182                cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
4183             else
4184                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to  ${pathout[$i]}\n"
4185                cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}
4186             fi
4187          fi
4188
4189             # KOPIEREN AUF LOKALER MASCHINE
4190             # ES MUSS KOPIERT WERDEN, DA MOVE NICHT UEBER FILESYSTEM HINAUS MOEGLICH
4191          if [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_pes = false ]]
4192          then
4193
4194                # KOPIEREN AUF EINPROZESSORMASCHINE
4195             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
4196             then
4197                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
4198                if [[ $link_local_output = true ]]
4199                then
4200                    printf "      using ln -f\n"
4201                    ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
4202                fi
4203                # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
4204                if [[ ! -f "${pathout[$i]}.${extout[$i]}" ]]
4205                then
4206                    if [[ $link_local_output = true ]]
4207                    then
4208                        printf "      ln failed, using cp...\n"
4209                    fi
4210                    cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
4211                fi
4212             else
4213                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to  ${pathout[$i]}\n"
4214                if [[ $link_local_output = true ]]
4215                then
4216                    printf "      using ln -f\n"
4217                    ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4218                fi
4219                # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
4220                if [[ ! -f "${pathout[$i]}" ]]
4221                then
4222                    if [[ $link_local_output = true ]]
4223                    then
4224                        printf "      ln failed, using cp...\n"
4225                    fi
4226                    cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4227                fi
4228             fi
4229
4230          elif [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_pes = true ]]
4231          then
4232
4233                # DIE DEN PROZESSOREN EINES PARALLELRECHNERS ZUGEHOERIGEN
4234                # DATEIEN WERDEN ERST IN EINEM KATALOG GESAMMELT UND DIESER
4235                # WIRD DANN KOPIERT
4236                # PER MOVE UMBENANNT WERDEN
4237             printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/_....  to  ${pathout[$i]}\n"
4238             if [[ $link_local_output = true ]]
4239             then
4240                 printf "      using ln -f\n"
4241                 mkdir  ${pathout[$i]}
4242                 cd ${localout[$i]}
4243                 for file in $(ls *)
4244                 do
4245                   ln -f $file  ${pathout[$i]}
4246                 done
4247                 cd $TEMPDIR
4248             fi
4249             # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp -r"
4250             if [[ ! -f "${pathout[$i]}/_0000" ]]
4251             then
4252                 if [[ $link_local_output = true ]]
4253                 then
4254                     printf "      ln failed for .../_0000, using cp...\n"
4255                 fi
4256                 cp -r  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4257             fi
4258
4259          fi
4260       fi
4261    done
4262    if (( i != 0 ))
4263    then
4264       if [[ $transfer_problems = true ]]
4265       then
4266          printf "\n$striche\n  *** OUTPUT-files saved"
4267          printf "\n  +++ WARNING: some data transfers failed! \n"
4268       else
4269          printf "\n$striche\n  *** all OUTPUT-files saved \n"
4270       fi
4271    fi
4272
4273
4274       # EVENTUELL FOLGEJOB STARTEN
4275       # DATEI CONTINUE_RUN MUSS VOM BENUTZERPROGRAMM AUS ERZEUGT WERDEN
4276    if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
4277    then
4278
4279       if [[ $archive_save = true ]]
4280       then
4281
4282             # ZUERST IN MRUN-AUFRUF OPTIONEN FUER FORTSETZUNGSLAUF, FUER
4283             # STILLES ABARBEITEN (OHNE INTERAKTIVE RUECKFAGEN) UND FUER
4284             # BATCH-BETRIEB (NUR WICHTIG, FALLS BATCH AUF LOKALER MASCHINE
4285             # DURCHGEFUEHRT WERDEN SOLL) EINFUEGEN, FALLS NICHT BEREITS VOR-
4286             # HANDEN
4287          [[ $(echo $mc | grep -c "\-C") = 0 ]]  &&  mc="$mc -C"
4288          [[ $(echo $mc | grep -c "\-v") = 0 ]]  &&  mc="$mc -v"
4289          [[ $(echo $mc | grep -c "\-b") = 0 ]]  &&  mc="$mc -b"
4290          if [[ $(echo $mc | grep -c "#") != 0 ]]
4291          then
4292             mc=`echo $mc | sed 's/#/f/g'`
4293          fi
4294
4295
4296             # JOB STARTEN
4297          printf "\n\n  *** initiating restart-run on \"$return_addres\" using command:\n"
4298          echo "      $mc"
4299          printf "\n$striche\n"
4300          if [[ $localhost != $fromhost ]]
4301          then
4302
4303             if [[ $localhost = lcsgih  ||  $localhost = lcsgib  ||  $localhost = nech  ||  $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibmkisti  ||  $localhost = ibmku  ||  $localhost = ibms ]]
4304             then
4305                echo "*** ssh will be used to initiate restart-runs!"
4306                echo "    return_addres=\"$return_addres\" "
4307                echo "    return_username=\"$return_username\" "
4308                if [[ $(echo $return_addres | grep -c "130.75.105") = 1 ]]
4309                then
4310                   ssh $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export LD_LIBRARY_PATH=\$LD_LIBRARY_PATH:/muksoft/packages/intel/Compiler/11.0/083/lib/intel64/;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4311                else
4312                   if [[ $localhost = ibmkisti ]]
4313                   then
4314                      ssh $usern@gaiad "ssh $return_addres -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4315                   else
4316                      ssh $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4317                   fi
4318                fi
4319             else
4320                printf "\n  +++ no restart mechanism available for host \"$localhost\" "
4321                locat=restart; exit
4322             fi
4323
4324                # WARTEN, DAMIT SICH RESTART JOB IN QUEUE EINREIHEN KANN, BEVOR
4325                # DER AKTUELLE JOB ENDET
4326             if [[ $queue = special1q ]]
4327             then
4328                sleep 120
4329             else
4330                sleep 30
4331             fi
4332
4333          else
4334
4335                # BEI RECHNUNGEN AUF LOKALER MASCHINE KANN MRUN DIREKT AUFGE-
4336                # RUFEN WERDEN, AUSSER AUF lcfimm
4337             cd $LOCAL_PWD
4338             if [[ $localhost = lcfimm ]]
4339             then
4340                ssh $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc " 
4341             else
4342                eval  $mc                # ' MUESSEN AUSGEWERTET WERDEN
4343             fi
4344             cd -  > /dev/null
4345          fi
4346          printf "\n$striche\n  *** restart-run initiated \n"
4347
4348
4349             # EVENTUELL INPUT-DATEIEN, DIE VON TEMPORAEREM DATENVERZEICHNIS
4350             # GEHOLT WORDEN SIND, LOESCHEN
4351          (( i = 0 ))
4352          while (( i < iin ))
4353          do
4354             (( i = i + 1 ))
4355             if [[ "${got_tmp[$i]}" = true   &&  $keep_data_from_previous_run = false ]]
4356             then
4357                rm -r  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
4358             fi
4359          done
4360
4361       else
4362
4363          printf "\n  +++ no restart-run possible, since errors occured"
4364          printf "\n      during the archive process"
4365       fi
4366
4367    fi
4368
4369
4370   
4371       # EVTL. EMAIL-BENACHRICHTIGUNG UEBER ABGESCHLOSSENEN LAUF
4372    if [[ "$email_notification" != "none" ]]
4373    then
4374
4375       if [[ $localhost != $fromhost ]]
4376       then
4377          if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
4378          then
4379             echo "PALM restart run necessary"        >   email_text
4380             echo "description header of actual run:" >>  email_text
4381             cat  CONTINUE_RUN                        >>  email_text
4382             echo "mrun-command to restart:"          >>  email_text
4383             echo "$mc"                               >>  email_text
4384          else
4385             echo "PALM run with base filename \"$fname\" on host \"$localhost\" finished"  >  email_text
4386          fi
4387          mail  $email_notification  <  email_text
4388          printf "\n  *** email notification sent to \"$email_notification\" "
4389       fi
4390    fi
4391
4392
4393
4394       # ALLE ARBEITEN BEENDET. TEMPORAERER KATALOG KANN GELOESCHT WERDEN
4395    cd  $HOME
4396    [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
4397
4398 else
4399
4400
4401       # FALLS AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL, WERDEN JETZT ENTSPRE-
4402       # CHENDE AKTIONEN DURCHGEFUEHRT
4403
4404       # MRUN-BEFEHL FUER REMOTE-MASCHINE ZUSAMMENSTELLEN
4405    mrun_com="$mrun_script_name -a $afname -c $config_file -d $fname -h $host -H $fromhost -m $memory -t $cpumax -q \$queue -R $return_addres -U $return_username -u $remote_username"
4406    [[ "$cpp_opts" != "" ]]       &&  mrun_com=${mrun_com}" -D \"$cpp_opts\""
4407    [[ "$global_revision" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -G \"$global_revision\""
4408    [[ $group_number != none ]]   &&  mrun_com=${mrun_com}" -g $group_number"
4409    [[ $do_compile = true ]]      &&  mrun_com=${mrun_com}" -s \"$source_list\""
4410    [[ "$input_list" != "" ]]     &&  mrun_com=${mrun_com}" -i \"$input_list\""
4411    [[ $ignore_archive_error = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -I"
4412    [[ $keep_data_from_previous_run = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -k"
4413    [[ "$additional_conditions" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -K \"$additional_conditions\""
4414#    [[ "$makefile" != "$source_path/Makefile" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -M \"$makefile\""
4415    [[ "$output_list" != "" ]]    &&  mrun_com=${mrun_com}" -o \"$output_list\""
4416    [[ "$read_from_config" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -S"
4417    [[ $do_trace = true ]]        &&  mrun_com=${mrun_com}" -x"
4418    [[ "$numprocs" != "" ]]       &&  mrun_com=${mrun_com}" -X $numprocs"
4419    if [[ $use_openmp = true ]]
4420    then
4421       mrun_com=${mrun_com}" -O $threads_per_task"
4422    fi
4423    [[ "$tasks_per_node" != "" ]] &&  mrun_com=${mrun_com}" -T $tasks_per_node"
4424    [[ $store_on_archive_system = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -A"
4425    [[ $package_list != "" ]]     &&  mrun_com=${mrun_com}" -p \"$package_list\""
4426    [[ $return_password != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -P $return_password"
4427    [[ $delete_temporary_catalog = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -B"
4428    [[ $node_usage != default  &&  "$(echo $node_usage | cut -c1-3)" != "sla"  &&  $node_usage != novice ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -n $node_usage"
4429    [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -y"
4430    [[ $run_coupled_model = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -Y \"$coupled_dist\""
4431    if [[ $do_remote = true ]]
4432    then
4433       printf "\n>>>> MRUN-command on execution host:\n>>>> $mrun_com \n"
4434    fi
4435
4436
4437       # ZUSAMMENSTELLUNG DES JOBSCRIPTS AUF DATEI jobfile
4438    jobfile=jobfile.$RANDOM
4439
4440
4441       # TEMPORAERES VERZEICHNIS GENERIEREN UND NACH DORT WECHSELN
4442    echo  "mkdir  $TEMPDIR"      >>  $jobfile
4443    echo  "cd  $TEMPDIR"         >>  $jobfile
4444
4445
4446       # EVENTUELL FEHLERVERFOLGUNG AKTIVIEREN
4447    if [[ $do_trace = true ]]
4448    then
4449       echo  "set -x"                                    >>  $jobfile
4450    else
4451       echo  "set +vx"                                   >>  $jobfile
4452    fi
4453
4454
4455       # BEREITSTELLUNG VON QUELLTEXTEN, MRUN-SCRIPTS UND KONFIGURATIONS-
4456       # DATEI FUER DEN JOB
4457    if [[ $( echo $host | cut -c1-5 ) = lcsgi  ||  $host = ibmkisti ]]
4458    then
4459
4460          # KONFIGURATIONSDATEI UND MRUN_SCRIPT IN DAS SOURCE-VERZEICHNIS
4461          # KOPIEREN
4462       if [[ $restart_run != true ]]
4463       then
4464          cp  $config_file  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
4465          cp  ${PALM_BIN}/$mrun_script_name  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
4466       fi
4467
4468          # SOURCE-VERZEICHNIS VOM LOKALEN RECHNER PER SCP TRANSFERIEREN
4469          # (BEI JOBS AUF LOKALEM RECHNER REICHT CP)
4470       echo  "set -x"  >>  $jobfile
4471       if [[ $host = $localhost ]]
4472       then
4473          echo  "cp  -r  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname ."  >>  $jobfile
4474       else
4475          if [[ $host != ibmkisti ]]
4476          then
4477             echo  "scp  -r  $return_username@$return_addres:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname ."  >>  $jobfile
4478          else
4479                # on KISTI's IBM firewall is only opened on interactive node
4480             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
4481             echo  "ssh $remote_username@gaiad \"cd \$localdir; scp  -r  $return_username@$return_addres:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
4482          fi
4483       fi
4484       echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                      >>  $jobfile
4485
4486          # QUELLTEXTE, MRUN-SCRIPT UND KONFIGURATIONSDATEI IN DAS AKTUELLE
4487          # ARBEITSVERZEICHNIS VERSCHIEBEN
4488       echo  "mv  SOURCES_FOR_RUN_$fname/$config_file  . "       >>  $jobfile
4489       echo  "mv  SOURCES_FOR_RUN_$fname/$mrun_script_name  . "  >>  $jobfile
4490       echo  "execute_mrun=true"                                 >>  $jobfile
4491       echo  " "                                                 >>  $jobfile
4492
4493    else
4494
4495          # ABSPEICHERN DER QUELLTEXTE (NUR FALLS UEBERSETZT WERDEN SOLL)
4496          # SOWIE GEGEBENENFALLS DES MAKEFILES
4497       if [[ $do_compile = true ]]
4498       then
4499
4500          source_catalog=SOURCES_FOR_RUN_$fname
4501
4502              # UNTERVERZEICHNIS FUER QUELLTEXTE UND MAKEFILE ANLEGEN
4503              # MRUN WIRD DIESES VRZEICHNIS UEBER ENVIRONMENT VARIABLE
4504              # MITGETEILT (UEBERSTEUERT ANGABE IN KONFIGURATIONSDATEI)
4505          echo  "mkdir  SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
4506          echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                 >>  $jobfile
4507          echo  "cd     SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
4508
4509          for  filename  in  $source_list
4510          do
4511                # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
4512             echo  "cat > $filename << \"%END%\""              >>  $jobfile
4513             cat   $source_catalog/$filename                   >>  $jobfile
4514             echo  " "                                         >>  $jobfile
4515             echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
4516             echo  " "                                         >>  $jobfile
4517          done
4518
4519             # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
4520          echo  "cat > Makefile << \"%END%\""               >>  $jobfile
4521          cat   $source_catalog/Makefile                    >>  $jobfile
4522          echo  " "                                         >>  $jobfile
4523          echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
4524          echo  " "                                         >>  $jobfile
4525
4526          echo  "cd -  > /dev/null"                         >>  $jobfile
4527
4528       fi
4529
4530
4531          # ABSPEICHERN DER KONFIGURATIONSDATEI
4532          # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
4533       echo  "cat > $config_file << \"%END%\""      >>  $jobfile
4534       cat   $config_file                           >>  $jobfile
4535       echo  "%END%"                                >>  $jobfile
4536       echo  " "                                    >>  $jobfile
4537
4538
4539          # ABSPEICHERN DER AKTUELLEN MRUN-VERSION
4540          # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
4541       echo  "cat > $mrun_script_name <<\"%END%\""    >>  $jobfile
4542       cat   ${PALM_BIN}/$mrun_script_name            >>  $jobfile
4543       echo  "%END%"                                  >>  $jobfile
4544       echo  "chmod u+x $mrun_script_name"          >>  $jobfile
4545       echo  "execute_mrun=true"                    >>  $jobfile
4546       echo  " "                                    >>  $jobfile
4547
4548    fi
4549
4550
4551       # EVTL. BENOETIGTE INPUT-DATEIEN PER FTP HOLEN ODER DEM JOB DIREKT
4552       # MITGEBEN UND AUF DEM REMOTE-RECHNER IM BENUTZERVERZEICHNIS ABLEGEN
4553       # FALLS DIESES NICHT EXISTIERT, WIRD VERSUCHT, DAS JEWEILS LETZTE
4554       # UNTERVERZEICHNIS DES PFADNAMENS ANZULEGEN
4555    if [[ $do_remote = true ]]
4556    then
4557       (( i = 0 ))
4558       while (( i < iin ))
4559       do
4560          (( i = i + 1 ))
4561          echo  "[[ ! -d ${pathin[$i]} ]]  &&  mkdir -p  ${pathin[$i]}"  >>  $jobfile
4562          if [[ "${transin[$i]}" = job ]]
4563          then
4564             echo  "cat > ${remotepathin[$i]} <<\"%END%\""    >>  $jobfile
4565             eval cat   ${pathin[$i]}/${frelin[$i]}           >>  $jobfile
4566             echo  " "                                        >>  $jobfile
4567             echo  "%END%"                                    >>  $jobfile
4568          else
4569             echo  "batch_scp -b -o -g -s -u $return_username $return_addres ${remotepathin[$i]} \"${pathin[$i]}\" ${frelin[$i]}" >>  $jobfile
4570          fi
4571
4572             # UEBERPRUEFEN, OB DATEI ANGELEGT WERDEN KONNTE
4573          echo  "if [[ \$? = 1 ]]"                    >>  $jobfile
4574          echo  "then"                                >>  $jobfile
4575          echo  "   echo \" \" "                      >>  $jobfile
4576          echo  "   echo \"+++ file ${remotepathin[$i]} could not be created\" "   >>  $jobfile
4577          echo  "   echo \"    please check, if directory exists on $host!\" "  >>  $jobfile
4578          echo  "   echo \"+++ MRUN will not be continued\" "  >>  $jobfile
4579          echo  "   execute_mrun=false"               >>  $jobfile
4580          echo  "fi"                                  >>  $jobfile
4581       done
4582    fi
4583
4584       # ARBEITSKATALOG AUF DER LOKALEN MASCHINE FUER EVENTUELLE
4585       # FORTSETZUNGSLAUEFE PER ENV-VARIABLE UEBERGEBEN
4586    echo  "LOCAL_PWD=$working_directory"                >>  $jobfile
4587    echo  "export LOCAL_PWD"                            >>  $jobfile
4588
4589       # EBENSO LOKALEN MRUN-KATALOG UEBERGEBEN
4590    echo  "LOCAL_MRUN_PATH=$PALM_BIN"                   >>  $jobfile
4591    echo  "export LOCAL_MRUN_PATH"                      >>  $jobfile
4592
4593       # WORKAROUND FUER RIAM-NEC-JOBS WEGEN PROFILE-SCHWIERIGKEITEN
4594    if [[ $localhost_realname = "gate"  ||  $localhost = lctit ]]
4595    then
4596       echo  "export PALM_BIN=$PALM_BIN"                >>  $jobfile
4597    fi
4598
4599       # MRUN AUF ZIELRECHNER AUFRUFEN (queue is workaround for ibmkisti)
4600    echo  "set -x"                                      >>  $jobfile
4601    echo  "queue=$queue"                                >>  $jobfile
4602    echo  "[[ \$execute_mrun = true ]]  &&  ./$mrun_com"  >>  $jobfile
4603
4604    echo  'ls -al; echo `pwd`'                          >>  $jobfile
4605    echo  "cd \$HOME"                                   >>  $jobfile
4606    echo  "rm -rf  $TEMPDIR"                            >>  $jobfile
4607
4608
4609
4610
4611       # JOB PER SUBJOB STARTEN
4612    if [[ $silent = false ]]
4613    then
4614       printf "\n     "
4615    else
4616       printf "\n\n"
4617    fi
4618
4619    subjob  $job_on_file  -h $host  -u $remote_username -g $group_number -q $queue  -m $memory  -N $node_usage -t $cpumax  $XOPT  $TOPT  $OOPT  -n $fname  -v  -c $job_catalog  -e $email_notification  $jobfile
4620    rm -rf  $jobfile
4621
4622
4623 fi  # ENDE REMOTE-TEIL
4624
4625
4626
4627     # ENDE DER PROZEDUR
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.