source: palm/trunk/SCRIPTS/mrun @ 1943

Last change on this file since 1943 was 1941, checked in by raasch, 8 years ago

last commit documented

  • Property svn:keywords set to Id Rev
File size: 169.7 KB
Line 
1#!/bin/bash
2
3# mrun - script for running PALM jobs
4
5#--------------------------------------------------------------------------------#
6# This file is part of PALM.
7#
8# PALM is free software: you can redistribute it and/or modify it under the terms
9# of the GNU General Public License as published by the Free Software Foundation,
10# either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
11#
12# PALM is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY
13# WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR
14# A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
15#
16# You should have received a copy of the GNU General Public License along with
17# PALM. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
18#
19# Copyright 1997-2015  Leibniz Universitaet Hannover
20#--------------------------------------------------------------------------------#
21#
22# Current revisions:
23# ------------------
24#
25#
26# Former revisions:
27# -----------------
28# $Id: mrun 1941 2016-06-14 05:17:11Z suehring $
29#
30# 1940 2016-06-14 05:15:20Z raasch $
31# adjustments for lckiaps
32#
33# 1866 2016-04-15 06:50:59Z raasch
34# adjusted for lcocean
35#
36# 1841 2016-04-07 19:14:06Z raasch
37# script now running under bash
38#
39# 1804 2016-04-05 16:30:18Z maronga
40# test: implementing an execute mechanism where the execute command is given in the
41# configuration file
42# ROPTS removed from execution commands
43# Warnings about missing optional files or user code changed to informative messages
44# Removed parameter file check
45#
46# 1755 2016-02-22 13:53:39Z maronga
47# Minor bugfix to last commit
48#
49# 1753 2016-02-22 13:49:49Z maronga
50# Bugfix: use random job number when PBS job nummer retrieval fails on lccray*
51#
52# 1622 2015-07-20 06:21:36Z heinze
53# bugfix for Mistral (lcbullhh)
54#
55# 1621 2015-07-17 11:39:33Z heinze
56# adjustments for Mistral at DKRZ Hamburg (lcbullhh)
57#
58# 1609 2015-07-03 15:37:58Z maronga
59# Modified the random number of the temporary working directory to match the
60# queuing system number on HLRN-III (lccray*).
61#
62# 1604 2015-06-23 15:48:03Z suehring
63# Enable coupled runs for lcmuk
64#
65# 1598 2015-05-29 06:45:40Z raasch
66# bugfix for creating hostfile and total number of MPI tasks if run in openmp-mode on one node
67#
68# 1549 2015-01-30 14:26:16Z suehring
69# Enable interactive debug sessions with allinea debugger
70#
71# 1547 2015-01-29 15:09:12Z witha
72# adjustments for ForWind computing cluster (lcflow)
73#
74# 1491 2014-11-12 08:12:57Z heinze
75# correct setting of batch_job allowed for ibm-machines
76#
77# 1468 2014-09-24 14:06:57Z maronga
78# Typo removed (addres->address)
79# Bugfix: returning files to IMUK via ssh did not work for lccrayh and lcycrayb
80# Added support for restart runs (remote) for lcxe6
81#
82# 1442 2014-07-28 07:09:10Z raasch
83# default queues for HLRN-III (lccrayb/lccrayh) defined
84#
85# 1422 2014-07-02 10:01:25Z kanani
86# automatic restarts enabled for lccrayb,
87# adjustment of path to compilervars.sh at IMUK (see automatic restarts)
88#
89# 1420 2014-06-10 06:24:14Z raasch
90# -j1 option added to aprung command for lccrayf (CSC)
91#
92# 1402 2014-05-09 14:25:13Z raasch
93# batch_job added to envpar-NAMELIST
94#
95# 1357 2014-04-11 15:02:03Z witha
96# adjustments for lccrayh (automatic restarts on lccrayh outside of IMUK are now
97# possible)
98#
99# 1320 2014-03-20 08:40:49Z raasch
100# check namelist file set false by default
101#
102# 1304 2014-03-12 10:29:42Z raasch
103# ulimit option changed from -Ss to -s
104#
105# bugfix: missing "fi" in r1289
106#
107# 1289 2014-03-04 07:12:34Z raasch
108# comments translated to English
109# necriam-, fimm-, ibmy-, and sgi-specific code removed
110# export of variables for palm and interpret_config removed
111#
112# 1281 2014-02-01 07:55:49Z raasch
113# rsync-copy restricted to Cray machines, since command is unavailable on some
114# other systems
115#
116# 1279 2014-01-28 12:10:14Z raasch
117# tasks_per_node must not be an integral divisor of numprocs any more. This was done
118# in order to remove annoying restrictions concerning the number of processors which
119# appear on machines with larger nodes (e.g. containing 24 cores). Now without this
120# restriction, one of the nodes will be filled with less than the given number of
121# tasks per node. A respective warning is given.
122#
123# 1274 2014-01-09 13:14:54Z heinze
124# adjustments for lccrayh
125#
126# 1272 2014-01-08 10:19:32Z witha
127# small adjustment for lcflow
128#
129# 1270 2013-12-16 11:05:01Z fricke
130# call of combine_plot_fields adjusted for lccrayb/lccrayh
131#
132# 1255 2013-11-07 14:43:35Z raasch
133# further adjustments for lccrayb remote access
134#
135# 1241 2013-10-30 11:36:58Z heinze
136# Enable use of nudging input and input of large scale forcing from
137# external files
138#
139# 1229 2013-09-20 06:55:19Z raasch
140# further adjustments for lccrayb
141#
142# 1224 2013-09-16 07:27:23Z raasch
143# first adjustments for lccrayb
144#
145# 1210 2013-08-14 10:58:20Z raasch
146# fftw support added
147#
148# 1201 2013-07-10 16:17:59Z witha
149# adjustments for Forwind cluster (lcflow)
150#
151# 1199 2013-07-05 14:52:22Z raasch
152# adjustments for CSC Helsinki (lccrayf),
153# executables for batch jobs can be created in advance, in order to avoid calling
154# the compiler within the batch job (only works if batch jobs are submitted on
155# local host)
156#
157# 1190 2013-06-25 09:39:21Z heinze
158# enable use of automatic restarts for ibmh
159# use of cluster/express queue enabled (ibmh)
160#
161# 1124 2013-04-09 15:46:52Z raasch
162# variable "memory" is exported via typeset option -x, because otherwise an unknown
163# side effect may lead to data loss while getopts is reading the script-option arguments
164#
165# 1122 2013-04-09 08:37:16Z heinze
166# Bugfix: change type of variable last_char
167#
168# 1119 2013-04-05 15:11:19Z raasch
169# Bugfix for setting -T option for subjob
170#
171# 1108 2013-03-05 07:03:32Z raasch
172# bugfix for coupled runs on lckyut/lckyuh
173#
174# 1106 2013-03-04 05:31:38Z raasch
175# --stdin argument for mpiexec on lckyuh
176# -y and -Y settings output to header
177#
178# 1103 2013-02-20 02:15:53Z raasch
179# default script runs again under ksh, because of unsolved problems with read
180# from stdin: when bash script is called from a ksh, message "read error: 0:
181# Resource temporarily unavailable" appears and script does not stop,
182# further bash compatibility adjustments,
183# shebang line replaced by /bin/bash when running jobs on lckyuh; no restarts
184# on lckyuh, but mrun does not terminate and issues a warning instead
185#
186# 1101 2013-02-17 10:20:21Z raasch
187# script now running under bash instead of ksh, which required small adjustments
188# (output formatting with printf instead "typeset -L/-R", print replaced by echo,
189# read from stdin),
190# cross compilername on lckyuh compute nodes replaced by real compiler name
191#
192# 1099 2013-02-10 01:47:43Z raasch
193# adjustments for Kyushu-University computing center (lckyuh - hayaka)
194# and for Forwind cluster (lcflow)
195# small further adjustments for lckyut
196#
197# 1094 2013-02-03 01:52:12Z raasch
198# explicit ssh/scp port can be set in config file with environment variable
199# scp_port.  This port is handled to all ssh/scp/batch_scp calls.
200# decalpha parts (yonsei) removed
201#
202# 2013-02-02 07:06:13Z raasch
203# adjustments for Kyushu-University computing center (lckyut - tatara)
204#
205# 1083 2013-01-04 10:22:09Z maronga
206# bugfix in parameter file check (read %cpp_options was missing)
207#
208# 1069 2012-11-28 16:18:43Z maronga
209# bugfix: coupling mode was always set to mpi2, typos removed
210#
211# 1058 2012-11-21 07:00:35Z raasch
212# Intel inspector (inspxe) is given the number of PEs instead of the number of
213# nodes
214#
215# 1046 2012-11-09 14:38:45Z maronga
216# code put under GPL (PALM 3.9)
217#
218# 21/03/94 - Siggi - first version finished
219# 03/03/94 - Siggi - script development started
220#
221#--------------------------------------------------------------------------------#
222# mrun - script for running PALM jobs
223#--------------------------------------------------------------------------------#
224
225
226 
227    # DECLARATION OF VARIABLES AND THEIR DEFUALT VALUES
228
229 set +o allexport    # SUPPRESS EXPORT OF ALL VARIABLES, SINCE IN THE PAST THIS
230                     # LES TO PROBLEMS IN ROUTINES CALLED BY MRUN
231                     # (TOO MANY ARGUMENTS - PROBLEM)
232 set +o noclobber    # EXISTING FILES ARE ALLOWED TO BE OVERWRITTEN
233
234 AddFilenames=""
235 additional_conditions=""
236 add_source_path=""
237 afname=""
238 archive_save=true
239 archive_system=none
240 check_namelist_files=false
241 combine_plot_fields=true
242 compiler_name=""
243 cond1=""
244 cond2="" 
245 config_file=.mrun.config
246 coupled_dist=""
247 coupled_mode="mpi1"
248 cpp_opts=""
249 cpp_options=""
250 cpumax=0
251 cpurest=0
252 create_executable_for_batch=false
253 delete_temporary_catalog=true
254 do_batch=false
255 do_compile=true
256 do_remote=false
257 do_stagein=true
258 do_stageout=true
259 do_trace=false
260 email_notification="none"
261 exclude=""
262 executable=""
263 execute_command="none"
264 execution_error=false
265 fftw_inc=""
266 fftw_lib=""
267 fftw_support=false
268  fname=test
269 fromhost=""
270 global_revision=""
271 group_number=none
272 host=""
273 host_file=""
274 hp=""
275 ignore_archive_error=false
276 input_list=""
277 interpreted_config_file=""
278 job_catalog="~/job_queue"
279 job_on_file=""
280 keep_data_from_previous_run=false
281 link_local_input=false
282 link_local_output=false
283 localhost_realname=$(hostname)
284 local_dvrserver_running=.FALSE.
285 locat=normal
286 mainprog=""
287 makefile=""
288 max_par_io_str=""
289 mc=$0
290 while [[ $(echo $mc | grep -c "/") != 0 ]]
291 do
292    mc=`echo $mc | cut -f2- -d"/"`
293 done
294 module_calls=""
295 mrun_script_name=$mc
296 netcdf_inc=""
297 netcdf_lib=""
298 netcdf_support=false
299 node_usage=default
300 numprocs=""
301 numprocs_atmos=0
302 numprocs_ocean=0
303 OOPT=""
304 openmp=false
305 output_list=""
306 package_list=""
307 queue=none
308 read_from_config=""
309 restart_run=false
310 if [[ `hostname` = rte10 ]]
311 then
312    return_address=133.5.185.60
313    echo "+++ WARNING: fixed return_address = $return_address is used !!!!!"
314 elif [[ `hostname` = climate0 ]]
315 then
316    return_address=165.132.26.68
317    echo "+++ WARNING: fixed return_address = $return_address is used !!!!!"
318 elif [[ `hostname` = "schultzl-Latitude-E6540" ]]
319 then
320    return_address="schultzl-Latitude-E6540"
321    echo "+++ WARNING: fixed return_address = $return_address is used !!!!!"
322 elif [[ `hostname` = urban00 ]]
323 then
324    return_address=147.46.30.151
325    echo "+++ WARNING: fixed return_address = $return_address is used !!!!!"
326 else
327    return_address=$(nslookup `hostname` 2>&1 | grep "Address:" | tail -1 | awk '{print $2}')
328 fi
329 return_password=""
330 return_username=$LOGNAME
331 remotecall=false
332 remote_username=""
333 run_coupled_model=false
334 run_mode=""
335 store_on_archive_system=false
336 dashes="  ----------------------------------------------------------------------------"
337 silent=false
338 source_list=""
339 source_path=SOURCE
340 tasks_per_node=""
341 threads_per_task=1
342 tmpcreate=false
343 tmp_data_catalog=""
344 transfer_problems=false
345 usern=$LOGNAME
346 use_openmp=false
347 version="MRUN  2.1 Rev$Rev: 1941 $"
348 working_directory=`pwd`
349 TOPT=""
350 XOPT=""
351 zeit=$( date | cut -c 12-19 )
352
353 typeset -i  iec=0 iic=0 iin=0 ioc=0 iout=0 stagein_anz=0 stageout_anz=0
354 typeset -x -i  memory=0   # HAS TO BE EXPORTED HERE, OTHERWISE AN UNKNOWN SIDE
355                           # SIDE EFFECT MAY CAUSE DATA LOSS WHEN GETOPTS IS READING THE
356                           # SCRIPT-OPTION ARGUMENTS
357 typeset -i  cputime i ii iia iii iio icycle inode ival jobges jobsek last_char_int maxcycle minuten nodes pes remaining_pes sekunden tp1
358
359    # ERROR HANDLING IN CASE OF EXIT
360 trap 'rm -rf  $working_directory/tmp_mrun
361       if [[ $locat != normal  &&  $locat != control_c ]]
362       then
363
364              # CARRY OUT ERROR-COMMANDS GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE (EC:)
365          (( i = 0 ))
366          while (( i < iec ))
367          do
368             (( i = i + 1 ))
369             printf "\n  *** Execution of ERROR-command:\n"
370             printf "  >>> ${err_command[$i]}\n"
371             eval  ${err_command[$i]}
372          done
373          if [[ -n $interpreted_config_file ]]
374          then
375             rm -rf  $interpreted_config_file
376          fi
377          if [[ -n .mrun_environment ]]
378          then
379             rm -rf  .mrun_environment
380          fi
381          if [[ $tmpcreate = true ]]
382          then
383             printf "\n  *** Contents of \"$TEMPDIR\":\n"
384             ls -al; cd
385             [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
386          fi
387          if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
388          then
389             echo "+++ killing dvrserver_id=$dvrserver_id"
390             kill $dvrserver_id
391          fi
392          if [[ -f ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID ]]
393          then
394             rm -rf  ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID
395          fi
396          printf "\n\n+++ MRUN killed \n\n"
397       elif [[ $locat != control_c ]]
398       then
399          printf "\n\n --> all actions finished\n\n"
400          printf "     Bye, bye $usern !!\n\n"
401       fi' exit
402
403
404    # ACTIONS IN CASE OF TERMINAL-BREAK (CONTROL-C):
405 trap 'rm -rf  $working_directory/tmp_mrun
406       rm -rf  $working_directory/tmp_check_namelist_files
407       [[ $tmpcreate = true ]]  &&  (cd; rm -rf $TEMPDIR)
408       if [[ -f ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID ]]
409       then
410          rm -rf  ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID
411       fi
412       if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
413       then
414          echo "+++ killing dvrserver_id=$dvrserver_id"
415          kill $dvrserver_id
416       fi
417       printf "\n+++ MRUN killed by \"^C\" \n\n"
418       locat=control_c
419       exit
420      ' 2
421
422
423    # CHECK IF THE PATH FOR THE PALM BINARIES (SCRIPTS+UTILITY-PROGRAMS) HAS
424    # BEEN SET
425 if [[ "$PALM_BIN" = "" ]]
426 then
427    printf "\n  +++ environment variable PALM_BIN has not been set"
428    printf "\n      please set it to the directory where the PALM scripts are located"
429    locat=palm_bin; exit
430 fi
431 export PATH=$PALM_BIN:$PATH
432
433
434
435    # READ SHELLSCRIPT-OPTIONS AND REBUILD THE MRUN-COMMAND STRING (MC),
436    # WHICH WILL BE USED TO START RESTART-JOBS
437 while  getopts  :a:AbBc:Cd:D:Fg:G:h:H:i:IkK:m:M:n:o:O:p:P:q:r:R:s:St:T:u:U:vw:xX:yY:zZ option
438 do
439   case  $option  in
440       (a)   afname=$OPTARG;;
441       (A)   store_on_archive_system=true; mc="$mc -A";;
442       (b)   do_batch=true; mc="$mc -b";;
443       (B)   delete_temporary_catalog=false; mc="$mc -B";;
444       (c)   config_file=$OPTARG; mc="$mc -c$OPTARG";;
445       (C)   restart_run=true; mc="$mc -C";;
446       (d)   fname=$OPTARG; mc="$mc -d$OPTARG";;
447       (D)   cpp_opts="$cpp_opts $OPTARG"; mc="$mc -D'$OPTARG'";;
448       (F)   job_on_file="-D"; mc="$mc -F";;
449       (g)   group_number=$OPTARG; mc="$mc -g$OPTARG";;
450       (G)   global_revision=$OPTARG; mc="$mc -G'$OPTARG'";;
451       (h)   host=$OPTARG; mc="$mc -h$OPTARG";;
452       (H)   fromhost=$OPTARG; mc="$mc -H$OPTARG";;
453       (i)   input_list=$OPTARG; mc="$mc -i'$OPTARG'";;
454       (I)   ignore_archive_error=true; mc="$mc -I";;
455       (k)   keep_data_from_previous_run=true; mc="$mc -k";;
456       (K)   additional_conditions="$OPTARG"; mc="$mc -K'$OPTARG'";;
457       (m)   memory=$OPTARG; mc="$mc -m$OPTARG";;
458       (M)   makefile=$OPTARG; mc="$mc -M$OPTARG";;
459       (n)   node_usage=$OPTARG; mc="$mc -n$OPTARG";;
460       (o)   output_list=$OPTARG; mc="$mc -o'$OPTARG'";;
461       (O)   use_openmp=true; threads_per_task=$OPTARG; mc="$mc -O$OPTARG";;
462       (p)   package_list=$OPTARG; mc="$mc -p'$OPTARG'";;
463       (P)   return_password=$OPTARG; mc="$mc -P$OPTARG";;
464       (q)   queue=$OPTARG; mc="$mc -q$OPTARG";;
465       (r)   run_mode=$OPTARG; mc="$mc -r'$OPTARG'";;
466       (R)   remotecall=true;return_address=$OPTARG; mc="$mc -R$OPTARG";;
467       (s)   source_list=$OPTARG; mc="$mc -s'$OPTARG'";;
468       (S)   read_from_config=false; mc="$mc -S";;
469       (t)   cpumax=$OPTARG; mc="$mc -t$OPTARG";;
470       (T)   mrun_tasks_per_node=$OPTARG; mc="$mc -T$OPTARG";;
471       (u)   remote_username=$OPTARG; mc="$mc -u$OPTARG";;
472       (U)   return_username=$OPTARG; mc="$mc -U$OPTARG";;
473       (v)   silent=true; mc="$mc -v";;
474       (w)   max_par_io_str=$OPTARG; mc="$mc -w$OPTARG";;
475       (x)   do_trace=true;set -x; mc="$mc -x";;
476       (X)   numprocs=$OPTARG; mc="$mc -X$OPTARG";;
477       (y)   ocean_file_appendix=true; mc="$mc -y";;
478       (Y)   run_coupled_model=true; coupled_dist=$OPTARG; mc="$mc -Y'$OPTARG'";;
479       (z)   check_namelist_files=false; mc="$mc -z";;
480       (Z)   combine_plot_fields=false; mc="$mc -Z";;
481       (\?)  printf "\n  +++ unknown option $OPTARG \n"
482             printf "\n  --> type \"$0 ?\" for available options \n"
483             locat=parameter;exit;;
484   esac
485 done
486
487
488    # SKIP GIVEN OPTIONS TO READ POSITIONAL PARAMETER, IF GIVEN
489    # CURRENTLY ONLY PARAMETER ? (TO OUTPUT A SHORT COMMAND INFO) IS ALLOWED
490 (( to_shift = $OPTIND - 1 ))
491 shift $to_shift
492
493    # PRINT SHORT DESCRIPTION OF MRUN OPTIONS
494 if [[ "$1" = "?" ]]
495 then
496   (printf "\n  *** mrun can be called as follows:\n"
497    printf "\n      $mrun_script_name  -b -c.. -d.. -D.. -f.. -F -h.. -i.. -I -K.. -m.. -o.. -p.. -r.. -R -s.. -t.. -T.. -v -x -X.. -y -Y.. -Z <modus> \n"
498    printf "\n      Description of available options:\n"
499    printf "\n      Option  Description                              Default-Value"
500    printf "\n        -a    base name of input files                 equiv. -d"
501    printf "\n        -A    archiving when using file-attribute fl"
502    printf "\n        -b    batch-job on local machine               ---"
503    printf "\n        -B    do not delete temporary directory at end ---"
504    printf "\n        -c    configuration file                       .mrun.config"
505    printf "\n        -d    base name of files attached to program   test"
506    printf "\n        -D    preprocessor(cpp)-directives             \"\" "
507    printf "\n        -F    create remote job file only              ---"
508    printf "\n        -h    execution host                           $localhost_realname"
509    printf "\n        -i    INPUT control list                       \"\" "
510    printf "\n        -I    archiving errors of previous batch-jobs"
511    printf "\n              will be ignored"
512    printf "\n        -k    keep data from previous run"
513    printf "\n        -K    additional conditions for controling"
514    printf "\n              usage of conditional code and"
515    printf "\n              env-variables in configuration file      \"\" "
516    printf "\n        -m    memory demand in MB (batch-jobs)         0 MB"
517    printf "\n        -M    Makefile name                            Makefile"
518    printf "\n        -n    node usage (shared/not_shared)           depending on -h"
519    printf "\n        -o    OUTPUT control list                      \"\" "
520    printf "\n        -O    threads per openMP task                  ---"
521    printf "\n        -p    software package list                    \"\" "
522    printf "\n        -q    queue                                    \"$queue\" "
523    printf "\n        -r    run control list (combines -i -o)        \"\" "
524    printf "\n        -s    filenames of routines to be compiled     \"\" "
525    printf "\n              must end with .f, .f90, .F, or .c !"
526    printf "\n              use \"..\" for more than one file and wildcards"
527    printf "\n              -s LM compiles all locally modified files"
528    printf "\n        -S    config file interpreted by shellscript   ---"
529    printf "\n        -t    allowed cpu-time in seconds (batch)      0"
530    printf "\n        -T    tasks per node                           depending on -h"
531    printf "\n        -u    username on remote machine               \"\" "
532    printf "\n        -v    no prompt for confirmation               ---"
533    printf "\n        -w    maximum parallel io streams              as given by -X"
534    printf "\n        -x    tracing of mrun for debug purposes       ---"
535    printf "\n        -X    # of processors (on parallel machines)   1"
536    printf "\n        -y    add appendix \"_O\" to all local output"
537    printf "\n              files (ocean precursor runs followed by"
538    printf "\n              coupled atmosphere-ocean runs)           ---"
539    printf "\n        -Y    run coupled model, \"#1 #2\" with" 
540    printf "\n              #1 atmosphere and #2 ocean processors    \"#/2 #/2\" depending on -X"
541    printf "\n        -Z    skip combine_plot_fields at the end of      "
542    printf "\n              the simulation                           ---"
543    printf "\n "
544    printf "\n      Possible values of positional parameter <modus>:"
545    printf "\n        \"?\"       -  this outline \n\n") | more
546    exit
547 elif [[ "$1" != "" ]]
548 then
549    printf "\n  +++ positional parameter $1 unknown \n"
550    locat=parameter; exit
551 fi
552
553
554
555    # SHORT STARTING MESSAGE
556 printf "\n*** $version "
557 printf "\n    will be executed.     Please wait ..."
558
559
560
561    # CHECK, IF CONFIGURATION FILE EXISTS
562 if [[ ! -f $config_file ]]
563 then
564    printf "\n\n  +++ configuration file: "
565    printf "\n           $config_file"
566    printf "\n      does not exist"
567    locat=connect; exit 
568 fi
569
570
571    # DETERMINE THE HOST-IDENTIFIER (localhost) FROM THE CONFIGURATION FILE
572 line=""
573 grep  "%host_identifier"  $config_file  >  tmp_mrun
574 while read line
575 do
576    if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
577    then
578       HOSTNAME=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
579       host_identifier=`echo $line | cut -d" " -s -f3`
580       if [[ $localhost_realname = $HOSTNAME ]]
581       then
582          localhost=$host_identifier
583          break
584       fi
585    fi
586 done < tmp_mrun
587
588 if [[ "$localhost" = "" ]]
589 then
590    printf "\n\n  +++ no host identifier found in configuration file \"$config_file\""
591    printf "\n      for local host \"$localhost_realname\"."
592    printf "\n      Please add line"
593    printf "\n      \"\%host_identifier $localhost_realname <identifier>\""
594    printf "\n      to the configuration file."
595    locat=localhost; exit
596 fi
597
598
599    # SET HOST-SPECIFIC VARIABLES
600 case  $localhost_realname  in
601     (r1*|r2*|h01*|b01*)     archive_system=tivoli;;
602     (cs*)                   archive_system=ut;;
603 esac
604
605
606    # ??? THIS SHOULD BE DECRIBED IN THE MRUN DOCUMENTATION ???
607    # SET BASENAME OF THE INPUT-FILES TO THE GENERAL BASENAME (GIVEN BY OPTION -d),
608    # IF IT HAS NOT BEEN SET BY THE USER DIFFERENTLY (USING OPTION -a)
609 [[ "$afname" = "" ]]  &&  afname=$fname
610
611
612    # ADD RUN-FILE ACTIVATION STRINGS (GIVEN BY OPTION -r) TO THE
613    # RESPECTIVE LISTS FOR ACTIVATING THE INPUT/OUTPUT FILE CONNECTION
614    # STATEMENTS IN THE CONFIGURATION FILE
615 if [[ "$run_mode" != "" ]]
616 then
617    input_list="$input_list $run_mode"
618    output_list="$output_list $run_mode"
619 fi
620
621
622    # ??? is this (and the respective option -H) really required ???
623    # STORE HOSTNAME, FROM WHICH THE JOB IS STARTED,
624    # BUT ONLY IF IT HASN'T BEEN ALREADY SET BY OPTION -H
625    # (MRUN IS AUTOMATICALLY SETTING THIS OPTION IN THE MRUN-CALLS WITHIN
626    # THOSE BATCH-JOBS, WHICH ARE CREATED BY MRUN ITSELF)
627 if [[ "$fromhost" = "" ]]
628 then
629    fromhost=$localhost
630 fi
631
632
633    # CHECK, IF EXECUTION SHALL TO BE DONE ON THE REMOTE-MACHINE.
634    # VALUE OF do_remote IS IMPORTANT FOR THE FILE CONNECTIONS.
635    # IN CASE OF EXECUTION ON A REMOTE-MACHINE, A BATCH-JOB HAS
636    # TO BE SUBMITTED (I.E. do_batch=true)
637 if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
638 then
639    do_batch=true
640    do_remote=true
641    case  $host  in
642        (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|nech|lcbullhh|lccrayb|lccrayh|lccrayf|lcflow|lckyoto|lcocean|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckiaps|lckordi|lckyuh|lckyut|lcsb)  true;;
643        (*)  printf "\n"
644             printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
645             printf "\n      is not available"
646             locat=nqs; (( iec = 0 )); exit;;
647    esac
648 else
649    host=$localhost
650 fi
651
652
653     # EVALUATE ADDITIONAL CONDITIONS GIVEN BY OPTION -K
654 if [[ -n $additional_conditions ]]
655 then
656    cond1=`echo $additional_conditions | cut -d" " -f1`
657    cond2=`echo $additional_conditions | cut -d" " -s -f2`
658    dummy=`echo $additional_conditions | cut -d" " -s -f3`
659    if [[ -n $dummy ]]
660    then
661       printf "\n  +++ more than 2 additional conditions given for Option \"-K\""
662       locat=options; exit
663    fi
664    block=_$cond1
665    [[ -n $cond2 ]]  &&  block=${block}_$cond2
666 fi
667
668
669      # EVALUATE MODEL COUPLING FEATURES (OPTION -Y) AND DETERMINE coupled_mode
670 if [[ $run_coupled_model = true ]] 
671 then
672
673    numprocs_atmos=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f1`
674    numprocs_ocean=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f2`
675
676    if (( $numprocs_ocean + $numprocs_atmos != $numprocs ))
677    then
678
679       printf "\n  +++ number of processors does not fit to specification by \"-Y\"."
680       printf "\n      PEs (total)     : $numprocs"
681       printf "\n      PEs (atmosphere): $numprocs_atmos"
682       printf "\n      PEs (ocean)     : $numprocs_ocean"
683       locat=coupling; exit
684
685    fi
686
687
688       # GET coupled_mode FROM THE CONFIG FILE
689    line=""
690    grep  "%cpp_options.*-D__mpi2.*$host" $config_file  >  tmp_mrun
691    while read line
692    do
693       echo line=\"$line\"
694       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" &&  $(echo $line | cut -d" " -s -f4) = $cond1 && $(echo $line | cut -d" " -s -f5)  = $cond2 ]]
695       then
696          coupled_mode="mpi2"
697       fi
698    done < tmp_mrun
699
700 fi
701
702    # CHECK, IF FILE-ARCHIVING HAS FAILED IN PREVIOUS JOB (OF A JOB-CHAIN)
703 if [[ -f ~/job_queue/ARCHIVE_ERROR_$fname ]]
704 then
705    if [[ $ignore_archive_error = false ]]
706    then
707       printf "\n  +++ data archiving of previous run failed"
708       printf "\n      see directory \~/job_queue on remote machine"
709       locat=archive; exit
710    else
711       printf "\n  +++ warning: data archiving in a previous run failed"
712       printf "\n      MRUN continues, trying to get backup copy"
713    fi
714 fi
715
716
717    # SAVE VALUES OF MRUN-OPTIONS SICHERN IN ORDER TO OVERWRITE
718    # THOSE VALUES GIVEN IN THE CONFIGURATION-FILE
719 mrun_memory=$memory
720 mrun_group_number=$group_number
721 mrun_cpumax=$cpumax
722 mrun_numprocs=$numprocs
723
724
725    # READ AND EVALUATE THE CONFIGURATION-FILE FROM WITHIN THIS SHELLSCRIPT
726    # (OPTION -S). THE DEFAULT IS USING THE ROUTINE <<<<
727 if [[ "$read_from_config" = false ]]
728 then
729    [[ $silent = false ]]  &&  printf "\n    Reading the configuration file... "
730
731       # READ THE CONFIGURATION FILE LINE BY LINE
732    while  read zeile
733    do
734        [[ $silent = false ]]  &&  printf "."
735
736
737          # FIRST REPLACE ENVIRONMENT-VARIABLES BY THEIR RESPECTIVE VALUES
738       eval  zeile=\"$zeile\"
739
740
741          # INTERPRET THE LINE
742       if [[ "$(echo $zeile)" = "" ]]
743       then
744             # EMPTY LINE, NO ACTION
745          continue
746
747       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1)"  =  "#" ]]
748       then
749
750             # LINE IS A COMMENT LINE
751          true
752
753       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1)"  =  "%" ]]
754       then
755
756             # LINE DEFINES AN ENVIRONMENT-VARIABLE
757          zeile=$(echo $zeile | cut -c2-)
758          var=`echo $zeile | cut -d" " -f1`
759          value=`echo $zeile | cut -d" " -s -f2`
760          for_host=`echo $zeile | cut -d" " -s -f3`
761          for_cond1=`echo $zeile | cut -d" " -s -f4`
762          for_cond2=`echo $zeile | cut -d" " -s -f5`
763
764          if [[ "$for_host" = ""  ||  ( "$for_host" = $host  &&  "$for_cond1" = "$cond1"  &&  "$for_cond2" = "$cond2" )  ||  $(echo "$input_list$output_list"|grep -c "$for_host") != 0 ]]
765          then
766
767                # REPLACE ":" BY " " IN COMPILER- CPP- OR LINKER-OPTIONS,
768                # "::" IS REPLACED BY ":".
769             value=`echo $value | sed 's/::/%DUM%/g' | sed 's/:/ /g' | sed 's/%DUM%/:/g'`
770
771
772                # VALUE FROM THE CONFIGURATION-FILE IS ASSIGNED TO THE
773                # ENVIRONMENT-VARIABLE, BUT ONLY IF NO VALUE HAS BEEN ALREADY
774                # ASSIGNED WITHIN THIS SCRIPT (E.G. BY SCRIPT-OPTIONS).
775                # NON-ASSIGNED VARIABLES HAVE VALUE "" OR 0 (IN CASE OF INTEGER).
776                # HENCE THE GENERAL RULE IS: SCRIPT-OPTION OVERWRITES THE
777                # CONFIGURATION-FILE.
778             if [[ "$(eval echo \$$var)" = ""  ||  "$(eval echo \$$var)" = "0" ]]
779             then
780                eval  $var=\$value
781
782                   # TERMINAL OUTPUT OF ENVIRONMENT-VARIABLES, IF TRACEBACK IS SWITCHED on
783                if [[ $do_trace = true ]]
784                then
785                   printf "\n*** ENVIRONMENT-VARIABLE $var = $value"
786                fi
787             fi
788
789                # IF AN ENVIRONMENT-VARIABLE DETERMINES THE HOST, THEN EVALUATE IT IMMEDIATELY:
790                # VALUE OF do-remote IS REQUIRED FOR THE FILE CONNECTIONS (COPY OF I/O FILES).
791                # IF EXECUTION IS SCHEDULED FOR A REMOTE-MASCHINE, A BATCH-JOB
792                # MUST HAVE TO BE STARTED
793             if [[ $var = host ]]
794             then
795                if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
796                then
797                   do_batch=true
798                   do_remote=true
799                   case  $host  in
800                       (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|lcbullhh|lccrayb|lccrayh|lccrayf|lcflow|lckyoto|lcocean|nech|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckiaps|lckordi|lckyuh|lckyut|lcsb)  true;;
801                       (*)  printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
802                            printf "\n      is not available"
803                            locat=nqs; exit;;
804                   esac
805                else
806                   host=$localhost
807                fi
808             fi
809
810                # USER-DEFINED ENVIRONMENT VARIABLES MUST BE EXPORTED,
811                # BECAUSE THEY MAY BE REQUIRED IN OTHER SCRIPTS CALLED
812                # BY MRUN (E.G. subjob)
813             export  $var
814          fi
815
816
817
818
819       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "EC:" ]]
820       then
821
822             # LINE DEFINES ERROR-COMMAND
823          (( iec = iec + 1 ))
824          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
825          err_command[$iec]="$zeile"
826
827       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "IC:" ]]
828       then
829
830             # LINE DEFINES INPUT-COMMAND
831          (( iic = iic + 1 ))
832          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
833          in_command[$iic]="$zeile"
834
835       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "OC:" ]]
836       then
837
838             # LINE DEFINES OUTPUT-COMMAND
839          (( ioc = ioc + 1 ))
840          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
841          out_command[$ioc]="$zeile"
842
843       else
844
845             # LINE DEFINES FILE CONNECTION. READ THE FILE ATTRIBUTES.
846             # s2a: in/out - field
847             # s2b: loc    - field (optional)
848             # s2c: tr/ar  - field (optional)
849          s1=`echo $zeile | cut -d" " -f1`
850          s2=`echo $zeile | cut -d" " -s -f2`
851          s2a=$(echo $s2 | cut -d":" -f1)
852          if [[ $(echo $s2 | grep -c ":") = 0 ]]
853          then
854             s2b=""
855             s2c=""
856          else
857             s2b=`echo $s2 | cut -d":" -f2 | sed 's/:/ /g'`
858             s2c=`echo $s2 | cut -d":" -s -f3 | sed 's/:/ /g'`
859          fi
860          s3=`echo $zeile | cut -d" " -f3`
861          s4=`echo $zeile | cut -d" " -s -f4`
862          s5=`echo $zeile | cut -d" " -s -f5`
863          s6=`echo $zeile | cut -d" " -s -f6`
864
865       
866             # STORE FILE CONNECTION, IF ACTIVATED BY ACTIVATION-STRING FROM
867             # INPUT- OR OUTPUT-LIST.
868             # VARIABLE S3 MAY CONTAIN A LIST OF ACTIVATION STRINGS (FIELD-SEPERATOR ":").
869             # IF EXECUTION IS SCHEDULED FOR A REMOTE-MACHINE AND THE FILE IS ONLY
870             # LOCALLY REQUIRED ON THAT MACHINE (I.E. s2b = loc), THE FILE CONNECTION
871             # IS NOT CHECKED AND STORED.
872          IFSALT="$IFS"; IFS="$IFS:"
873          if [[ "$s2a" = in  &&  ! ( $do_remote = true  &&  ( "$s2b" = loc  ||  "$s2b" = locopt ) ) ]]
874          then
875             found=false
876             for  actual  in  $input_list
877             do
878                for  formal  in  $s3
879                do
880                   [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-" ]]  &&  found=true
881                done
882             done
883             if [[ $found = true ]]
884             then
885                (( iin = iin + 1 ))
886                localin[$iin]=$s1; transin[$iin]=$s2b; actionin[$iin]=$s2c;
887                typein[$iin]=$s3; pathin[$iin]=$s4; endin[$iin]=$s5;
888                extin[$iin]=$s6
889             fi
890          elif [[ "$s2a" = out  &&  ! ( $do_remote = true  &&  "$s2b" = loc ) ]]
891          then
892             found=false
893             for  actual  in  $output_list
894             do
895                for  formal  in  $s3 
896                do
897                   [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-"  ]]  &&  found=true
898                done
899             done
900             if [[ $found = true ]]
901             then
902                (( iout = iout + 1 ))
903                localout[$iout]=$s1; actionout[$iout]=$s2c; typeout[$iout]=$s3;
904                pathout[$iout]=$s4; endout[$iout]=$s5; extout[$iout]=$s6
905             fi
906          elif [[ "$s2a" != in  &&  "$s2a" != out ]]
907          then
908             printf "\n  +++ I/O-attribute in configuration file $config_file has the invalid"
909             printf "\n      value \"$s2\". Only \"in\" and \"out\" are allowed!"
910             locat=connect; exit
911          fi
912          IFS="$IFSALT"
913       fi
914    done < $config_file
915
916 else
917
918       # EVALUATE THE CONFIGURATION-FILE BY FORTRAN-PROGRAM
919    [[ $silent = false ]]  &&  printf "..."
920    interpreted_config_file=.icf.$RANDOM
921
922
923
924       # PROVIDE VALUES OF ENVIRONMENT-VARIABLE FOR interpret_config VIA NAMELIST-FILE
925    cat  >  .mrun_environment  <<  %%END%%
926 &mrun_environment  cond1 = '$cond1', cond2 = '$cond2',
927                    config_file = '$config_file', do_remote = '$do_remote',
928                    do_trace = '$do_trace', host = '$host',
929                    input_list = '$input_list', icf = '$interpreted_config_file',
930                    localhost = '$localhost', output_list = '$output_list' /
931
932%%END%%
933
934    if [[ "$host" != $localhost ]]
935    then
936
937          # REMOTE JOB FROM LOCAL HOST: JUST TAKE THE FIRST EXECUTABLE FOUND
938       interpret_config_executable=`ls -1 ${PALM_BIN}/interpret_config*.x 2>/dev/null`
939       if [[ $? != 0 ]]
940       then
941          printf "\n\n  +++ no interpret_config found"
942          printf "\n      run \"mbuild -u -h ...\" to generate utilities for this host"
943          locat=interpret_config; exit
944       fi
945       interpret_config_executable=`echo $interpret_config_executable | cut -d" " -f1`
946       $interpret_config_executable
947
948    else
949
950          # CHECK, IF THERE IS AN EXECUTABLE FOR THE BLOCK
951       if [[ ! -f ${PALM_BIN}/interpret_config${block}.x ]]
952       then
953          printf "\n\n  +++ no interpret_config found for given block \"$cond1 $cond2\""
954          printf "\n      run \"mbuild -u -h ...\" to generate utilities for this block"
955          locat=interpret_config; exit
956       else
957          interpret_config${block}.x
958       fi
959
960    fi
961    rm .mrun_environment
962
963
964       # EXECUTE SHELL-COMMANDS GENERATED BY interpret_config WITHIN THIS SHELL
965    chmod  u+x  $interpreted_config_file
966    export PATH=$PATH:.
967    . $interpreted_config_file
968    rm  $interpreted_config_file
969
970 fi
971
972
973    # VALUES OF MRUN-OPTIONS OVERWRITE THOSE FROM THE CONFIGURATION-FILE
974 [[ $mrun_memory     != 0   ]]  &&  memory=$mrun_memory
975 [[ "$mrun_group_number" != "none" ]]  &&  group_number=$mrun_group_number
976 [[ $mrun_cpumax     != 0   ]]  &&  cpumax=$mrun_cpumax
977 [[ "$mrun_numprocs" != ""  ]]  &&  numprocs=$mrun_numprocs
978 [[ "$max_par_io_str" != "" ]]  &&  maximum_parallel_io_streams=$max_par_io_str
979 [[ "$mrun_tasks_per_node" != "" ]]  &&  tasks_per_node=$mrun_tasks_per_node
980
981
982    # ON THE LOCAL MACHINE, DETERMINE (FROM THE CONFIGURATION-FILE) THE PATH
983    # FOR SOURCE-FILES TO BE COMPILED.
984    # IN A BATCH-JOB, SOURCES (ROUTINES TO BE COMPILED) ARE COMPLETE ALREADY.
985    # BEFORE MRUN IS CALLED IN THE JOB, SOURCES_COMPLETE = true IS ASSIGNED (SEE FURTHER BELOW).
986 if [[ "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
987 then
988
989       # FIRST CHECK, IF A GLOBAL SOURCE PATH (TO BE USED FOR ALL HOSTS)
990       # HAS BEEN DEFINED
991    source_path=""
992    line=""
993    grep "%source_path" $config_file  >  tmp_mrun
994    while read line
995    do
996       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
997       then
998          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -f3)" = "" ]]
999          then
1000             global_source_path=`echo $line | cut -d" " -f2`
1001          fi
1002       fi
1003    done  <  tmp_mrun
1004
1005    line=""
1006    found=false
1007    grep  " $localhost" $config_file | grep "%source_path"  >  tmp_mrun
1008    while read line
1009    do
1010       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
1011       then
1012          if [[ $found = true ]]
1013          then
1014             printf "\n\n  +++ more than one source path found in configuration file"
1015             printf "\n      for local host \"$localhost\" "
1016             locat=source_path; exit
1017          fi
1018          source_path=`echo $line | cut -d" " -f2`
1019          found=true
1020       fi
1021    done  <  tmp_mrun
1022    rm  tmp_mrun
1023
1024    if [[ "$source_path" = "" ]]
1025    then
1026       if [[ "$global_source_path" != "" ]]
1027       then
1028          source_path=$global_source_path
1029       else
1030          printf "\n\n  +++ no source path found in configuration file"
1031          printf "\n      for local host \"$localhost\" "
1032          locat=source_path; exit
1033       fi
1034    fi
1035    eval source_path=$source_path
1036
1037    if [[ ! -d $source_path ]]
1038    then
1039       printf "\n\n  +++ source path \"$source_path\" on local host"
1040       printf "\n      \"$localhost\" does not exist"
1041       locat=source_path; exit
1042    fi
1043
1044 fi
1045
1046
1047    # GET THE GLOBAL REVISION-NUMBER OF THE SVN-REPOSITORY
1048    # (HANDED OVER TO RESTART-RUNS USING OPTION -G)
1049 if [[ "$global_revision" = ""  &&  $host != "ibmkisti" ]]
1050 then
1051    global_revision=`svnversion $source_path  2>/dev/null`
1052    global_revision="Rev: $global_revision"
1053 fi
1054
1055
1056    # ??? das darf doch eigentlich garnicht passieren, weil optionen config-datei uebersteuern ???
1057    # CHECK AGAIN, IF EXECUTION SHALL BE DONE ON A REMOTE-HOST (BATCH-JOB).
1058    # (HOST MAY HAVE CHANGED DUE TO SETTINGS IN THE CONFIGURATION-FILE)
1059 if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
1060 then
1061    do_batch=true
1062    do_remote=true
1063    case  $host  in
1064        (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|lcbullhh|lccrayb|lccrayh|lccrayf|lcflow|lckyoto|lcocean|nech|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckiaps|lckordi|lckyuh|lckyut|lcsb)  true;;
1065        (*)  printf "\n"
1066             printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
1067             printf "\n      is not available"
1068             locat=nqs; (( iec = 0 )); exit;;
1069    esac
1070 else
1071    host=$localhost
1072 fi
1073
1074
1075
1076    # IN CASE OF PARALLEL EXECUTION, CHECK SOME SPECIFICATIONS CONCERNING PROCESSOR NUMBERS
1077 if [[ "$cond1" = parallel  ||  "$cond2" = parallel ]]
1078 then
1079
1080       # CHECK, IF NUMBER OF CORES TO BE USED HAS BEEN GIVEN
1081    if [[ ! -n $numprocs ]]
1082    then
1083       printf "\n"
1084       printf "\n  +++ option \"-K parallel\" requires additional specification"
1085       printf "\n      of the number of processors to be used by"
1086       printf "\n      mrun-option \"-X\" or by environment-variable"
1087       printf "\n      \"numprocs\" in the configuration file"
1088       locat=numprocs; (( iec = 0 )); exit
1089    fi
1090
1091       # CHECK, IF THE NUMBER OF CORES PER NODE HAS BEEN GIVEN UND IF IT IS AN
1092       # INTEGRAL DIVISOR OF THE TOTAL NUMBER OF CORES GIVEN BY OPTION -X
1093    if [[ "$tasks_per_node" = ""  &&  $host != lcflow  &&  $host != lcxt5m ]]
1094    then
1095       printf "\n"
1096       printf "\n  +++ option \"-T\" (tasks per node) is missing"
1097       printf "\n      set -T option or define tasks_per_node in the config file"
1098       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit
1099    fi
1100
1101    if (( numprocs < tasks_per_node ))
1102    then
1103       printf "\n"
1104       printf "\n  +++ tasks per node (-T) cannot exceed total number of processors (-X)"
1105       printf "\n      given values: -T $tasks_per_node  -X $numprocs"
1106       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit
1107    fi
1108
1109    if [[ $host != lcflow  &&  $host != lcxt5m ]]
1110    then
1111       (( nodes = numprocs / ( tasks_per_node * threads_per_task ) ))
1112       (( ival = $tasks_per_node ))
1113       (( pes = numprocs ))
1114       (( ii = pes / ival ))
1115       (( remaining_pes =  pes - ii * ival ))
1116       if (( remaining_pes > 0 ))
1117       then
1118          printf "\n"
1119          printf "\n  +++ WARNING: tasks per node (option \"-T\") is not an integral"
1120          printf "\n      divisor of the total number of processors (option \"-X\")"
1121          printf "\n      values of this mrun-call: \"-T $tasks_per_node\" \"-X $numprocs\""
1122          printf "\n      One of the nodes is filled with $remaining_pes instead of $tasks_per_node tasks"
1123          (( nodes = nodes + 1 ))
1124       fi
1125    fi
1126
1127
1128       # SETTINGS FOR SUBJOB-COMMAND
1129    OOPT="-O $threads_per_task"
1130
1131       # SET THE TOTAL NUMBER OF NODES, REQUIRED FOR THE SUBJOB-COMMAND (SEE FURTHER BELOW)
1132    if [[ "$tasks_per_node" != "" ]]
1133    then
1134       TOPT="-T $tasks_per_node"
1135    fi
1136
1137       # CHECK node_usage FOR ALLOWED VALUES AND SET DEFAULT VALUE, IF NECESSARY
1138    if [[ $node_usage = default ]]
1139    then
1140       if [[ $host = ibms ]]
1141       then
1142          node_usage=shared
1143       else
1144          node_usage=not_shared
1145       fi
1146    fi
1147
1148    if [[ $node_usage != shared  &&  $node_usage != not_shared  &&  $node_usage != singlejob  &&  "$(echo $node_usage | cut -c1-3)" != "sla" ]]
1149    then
1150       printf "\n"
1151       printf "\n  +++ node usage (option \"-n\") is only allowed to be set"
1152       printf "\n      \"shared\" or \"not_shared\""
1153       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit
1154    fi
1155
1156 fi
1157
1158    # CHECK IF HOSTFILE EXISTS
1159 if [[ -n $hostfile ]]
1160 then
1161    if [[ ! -f $hostfile ]]
1162    then
1163       printf "\n"
1164       printf "\n  +++ hostfile \"$hostfile\" does not exist"
1165       locat=hostfile; exit
1166    fi
1167 fi
1168
1169
1170    # SET DEFAULT VALUE FOR THE MAXIMUM NUMBER OF PARALLEL IO STREAMS
1171 if [[ "$maximum_parallel_io_streams" = "" ]]
1172 then
1173    maximum_parallel_io_streams=$numprocs
1174 fi
1175
1176
1177    # SET PORT NUMBER OPTION FOR CALLS OF SSH/SCP, subjob AND batch_scp SCRIPTS
1178 if [[ "$scp_port" != "" ]]
1179 then
1180    PORTOPT="-P $scp_port"
1181    SSH_PORTOPT="-p $scp_port"
1182 fi
1183
1184
1185    # SET DEFAULT-QUEUE, IF NOT GIVEN
1186 if [[ $queue = none ]]
1187 then
1188    case  $host  in
1189        (ibmh)       queue=cluster;;
1190        (ibmkisti)   queue=class.32plus;;
1191        (lcbullhh)   queue=compute;;
1192        (lccrayb)    queue=mpp1q;;
1193        (lccrayh)    queue=mpp1q;;
1194        (lckiaps)    queue=normal;;
1195        (lckyoto)    queue=ph;;
1196        (lckyuh)     queue=fx-single;;
1197        (lckyut)     queue=cx-single;;
1198        (lctit)      queue=S;;
1199        (nech)       queue=none;;
1200        (unics)      queue=unics;;
1201    esac
1202 fi
1203
1204
1205    # GENERATE FULL FILENAMES OF INPUT-FILES, INCLUDING THEIR PATH
1206    # CHECK, IF INPUT-FILES EXIST, AND DETERMINE HIGHEST CYCLE NUMBER (IF CYCLES EXIST)
1207 (( i = 0 ))
1208 while (( i < iin ))
1209 do
1210    (( i = i + 1 ))
1211    (( maxcycle = 0 ))
1212
1213       # GENERATE PATH AND FULL FILE NAME (then-BRANCH: FIXED FULL NAME IS GIVEN, I.E. THE
1214       # FILE IDENTIFIER IS NOT PART OF THE FILENAME))
1215    if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1216    then
1217       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${endin[$i]}  # EVALUATE REMOTE-PATH ON THE REMOTE
1218                                                    # HOST ONLY
1219       eval filename=${pathin[$i]}/${endin[$i]}
1220    else
1221       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}  # EVALUATE REMOTE-PATH ON THE REMOTE
1222                                                             # HOST ONLY
1223       eval filename=${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}
1224    fi
1225    eval pathname=${pathin[$i]}
1226
1227       # CHECK IF FILE EXISTS
1228    if [[ $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "not found") = 1  || \
1229          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "nicht gefunden") = 1  || \
1230          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "No such file") = 1  || \
1231          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "does not exist") = 1 ]]
1232    then
1233
1234          # FILES WITH ATTRIBUTE locopt ARE OPTIONAL. NO ABORT, IF THEY DO NOT EXIST.
1235       if [[ "${transin[$i]}" != "locopt" ]]
1236       then
1237          printf "\n\n  +++ INPUT-file: "
1238          if [[ "${extin[$i]}" = "" ]]
1239          then
1240             printf "\n           $filename"
1241          else
1242             printf "\n           $filename.${extin[$i]}"
1243          fi
1244          printf "\n      does not exist\n"
1245          locat=input; exit
1246       else
1247          transin[$i]="unavailable"
1248       fi
1249    else
1250
1251          # DETERMINE THE FILE'S CYCLE NUMBER
1252       ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1253       ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1254       while  read zeile
1255       do
1256          cycle=$(echo $zeile | cut -f2 -d".")
1257          if [[ "$cycle" = "$zeile" ]]
1258          then
1259             (( icycle = 0 ))
1260          elif [[ "$cycle" = "${extin[$i]}" ]]
1261          then
1262             (( icycle = 0 ))
1263          else
1264             (( icycle = $cycle ))
1265          fi
1266          if (( icycle > maxcycle ))
1267          then
1268             (( maxcycle = icycle ))
1269             file_to_be_used=$zeile
1270          fi
1271       done <filelist
1272       rm filelist
1273
1274          # APPEND CYCLE NUMBER TO FILENAME
1275       if (( maxcycle > 0 ))
1276       then
1277          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1278          then
1279             filename=${filename}.$maxcycle.${extin[$i]}
1280          else
1281             filename=${filename}.$maxcycle
1282          fi
1283       else
1284          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1285          then
1286             filename=${filename}.${extin[$i]}
1287          fi
1288       fi
1289       
1290          # STORE FILENAME WITHOUT PATH BUT WITH CYCLE NUMBER,
1291          # BECAUSE IT MIGHT BE REQUIRED LATER TO RESTORE THE FILE FROM AN ARCHIVE-SYSTEM
1292       absnamein[$i]=$filename
1293       if (( maxcycle > 0 ))
1294       then
1295          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1296          then
1297             frelin[$i]=${endin[$i]}.$maxcycle
1298          else
1299             frelin[$i]=${afname}${endin[$i]}.$maxcycle
1300          fi
1301       else
1302          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1303          then
1304             frelin[$i]=${endin[$i]}
1305          else
1306             frelin[$i]=${afname}${endin[$i]}
1307          fi
1308       fi
1309
1310    fi
1311 done
1312   
1313    # GENERATE FULL FILENAMES OF OUTPUT-FILES (WITHOUT $ OR ~),
1314    # CHECK, IF OUTPUT-FILES EXIST, AND DETERMINE HIGHEST CYCLE NUMBER (IF CYCLES EXIST),
1315    # OR, IN CASE THAT FILE DOES NOT EXIST, CHECK, IF IT CAN BE CREATED 
1316    # THESE ACTIONS ARE NOT CARRIED OUT, IF FILES SHALL BE TRASFERRED FROM THE REMOTE TO
1317    # THE LOCAL HOST (BECAUSE THEIR IS NO DIRECT ACCESS TO THE LOCAL DIRECTORIES FROM THE
1318    # REMOTE HOST)
1319 (( i = 0 ))
1320 while (( i < iout ))
1321 do
1322    (( i = i + 1 ))
1323    if [[ ! ( $fromhost != $localhost  &&  ( "${actionout[$i]}" = tr || "${actionout[$i]}" = tra || "${actionout[$i]}" = trpe ) ) ]]
1324    then
1325       if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
1326       then
1327          actionout[$i]=""
1328       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe ]]
1329       then
1330          actionout[$i]=pe
1331       elif [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
1332       then
1333          actionout[$i]=a
1334       fi
1335       (( maxcycle = 0 ))
1336       eval filename=${pathout[$i]}/${fname}${endout[$i]}
1337       eval catalogname=${pathout[$i]}
1338       if [[ $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "not found") = 1  || \
1339             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "nicht gefunden") = 1  || \
1340             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "No such file") = 1  || \
1341             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "does not exist") = 1 ]]
1342       then
1343     
1344             # IF OUTPUT-FILE DOES NOT EXIST CHECK, IF IT CAN BE CREATED
1345          if  cat /dev/null > $filename 
1346          then
1347             rm  $filename
1348          else
1349
1350                # CHECK, IF THE DIRECTORY WHERE FILE SHALL BE COPIED TO EXISTS
1351                # IF IT DOES NOT EXIST, TRY TO CREATE IT
1352             if [[ ! -d $catalogname ]]
1353             then
1354                if  mkdir -p  $catalogname
1355                then
1356                   printf "\n\n  *** directory:"
1357                   printf "\n           $catalogname"
1358                   printf "\n      was created\n"
1359                else
1360                   printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1361                   printf "\n           $filename"
1362                   printf "\n      cannot be created, because directory does not exist"
1363                   printf "\n      and cannot be created either"
1364                   printf "\n"
1365                   locat=output  ; exit
1366                fi 2>/dev/null
1367             else
1368                printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1369                printf "\n           $filename"
1370                printf "\n      cannot be created, although directory exists"
1371                printf "\n"
1372                locat=output  ; exit
1373             fi
1374          fi 2>/dev/null
1375       else
1376
1377             # DETERMINE THE CYCLE NUMBER
1378          ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1379          ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1380          while  read zeile
1381          do
1382             cycle=$(echo $zeile | cut -f2 -d".")
1383             if [[ "$cycle" = "$zeile"  ||  "$cycle" = ${extout[$i]} ]]
1384             then
1385                (( icycle = 1 ))
1386             else
1387                (( icycle = $cycle + 1 ))
1388             fi
1389             if (( icycle > maxcycle ))
1390             then
1391                (( maxcycle = icycle ))
1392             fi
1393          done <filelist
1394          rm filelist
1395       fi
1396
1397          # APPEND CYCLE NUMBER TO FILENAME AND CHECK, IF FILE CAN BE CREATED
1398          # IN CASE OF FILE-APPEND, FILE MUST BE APPENDED TO THE ONE WITH HIGHEST CYCLE NUMBER
1399       if [[ "${actionout[$i]}" != a ]]
1400       then
1401          if (( maxcycle > 0 ))
1402          then
1403             filename=${filename}.$maxcycle
1404             if  cat /dev/null > $filename 
1405             then
1406                rm  $filename
1407             else
1408                printf "\n  +++ OUTPUT-file:"
1409                printf "\n           $filename"
1410                printf "\n      cannot be created"
1411                locat=output  ; exit
1412             fi
1413          fi
1414       else
1415          (( maxcycle = maxcycle - 1 ))
1416          if (( maxcycle > 0 ))
1417          then
1418             filename=${filename}.$maxcycle
1419          fi
1420       fi
1421       
1422          # STORE FILENAME WITHOUT PATH BUT WITH CYCLE NUMBER,
1423          # BECAUSE IT MIGHT BE REQUIRED LATER TO STORE THE FILE ON AN ARCHIVE-SYSTEM
1424          # OR TO PUT THIS FILENAME ON FILE OUTPUT_FILE_CONNECTIONS
1425       pathout[$i]=$filename
1426       if (( maxcycle > 0 ))
1427       then
1428          frelout[$i]=${fname}${endout[$i]}.$maxcycle
1429       else
1430          frelout[$i]=${fname}${endout[$i]}
1431       fi
1432
1433    fi
1434 done
1435
1436
1437     # THE DVR-PACKAGE REQUIRES ITS OWN LIBRARY
1438 if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
1439 then
1440    if [[ "$dvr_inc" = "" ]]
1441    then
1442       printf "\n\n  +++ no value for \"dvr_inc\" given in configuration file"
1443       printf "\n      This is required for the dvrp_graphics package.\n"
1444       locat=dvr; exit
1445    fi
1446    if [[ "$dvr_lib" = "" ]]
1447    then
1448       printf "\n\n  +++ no value for \"dvr_lib\" given in configuration file"
1449       printf "\n      This is required for the dvrp_graphics package.\n"
1450       locat=dvr; exit
1451    fi
1452 fi
1453
1454
1455     # CHECK, WETHER A MAIN PROGRAM OR AN EXECUTABLE HAVE BEEN DECLARED.
1456     # EXECUTABLES DO NOT NEED TO BE COMPILED.
1457 if [[ "$mainprog" = ""  &&  "$executable" = "" ]]
1458 then
1459    printf "\n  +++ neither main program nor executable defined"
1460    locat=source; exit
1461 elif [[ "$mainprog" != ""  &&  "$executable" != "" ]]
1462 then
1463    printf "\n  +++ main program as well as executable defined"
1464    locat=source; exit
1465 elif [[ "$mainprog" = ""  &&  "$executable" != "" ]]
1466 then
1467    do_compile=false
1468 fi
1469
1470
1471    # CREATE SOURCE-DIRECTORY TO COLLECT ROUTINES TO BE COMPILED.
1472    # LATER THE MRUN-SCRIPT AND CONFIGURATION-FILE WILL ALSO BE COPIED TO THIS DIRECTORY.
1473 if [[ $restart_run != true  &&  "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1474 then
1475    rm -rf  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1476    mkdir   SOURCES_FOR_RUN_$fname
1477 fi
1478
1479
1480    # COLLECT ALL ROUTINES TO BE COMPILED
1481    # THIS IS NOT REQUIRED WITHIN BATCH-JOBS, BECAUSE ROUTINES HAVE ALREADY BEEN COLLECTED
1482    # BY THE MRUN-CALL WHICH CREATED THE BATCH-JOB.
1483 if [[ $do_compile = true  &&  "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1484 then
1485
1486    [[ "$source_list" = LM ]]  &&  source_list=LOCALLY_MODIFIED
1487
1488    if [[ "$source_list" = LOCALLY_MODIFIED ]]
1489    then
1490
1491          # DETERMINE MODIFIED FILES OF THE SVN WORKING COPY
1492       source_list=""
1493       cd  $source_path
1494
1495
1496          # CHECK, IF DIRECTORY IS UNDER SVN CONTROL
1497       if [[ ! -d .svn ]]
1498       then
1499          printf "\n\n  +++ source directory"
1500          printf "\n         \"$source_path\" "
1501          printf "\n         is not under control of \"subversion\"."
1502          printf "\n         Please do not use mrun-option \"-s LOCALLY_MODIFIED\"\n"
1503       fi
1504
1505
1506          # LIST ALL MODIFIED SOURCE CODE FILES
1507       Filenames=""
1508       svn status  >  tmp_mrun
1509       while  read line
1510       do
1511          firstc=`echo $line | cut -c1`
1512          if [[ $firstc = M  ||  $firstc = "?" ]]
1513          then
1514             Name=`echo "$line" | cut -c8-`
1515             extension=`echo $Name | cut -d. -f2`
1516             if [[ "$extension" = f90 || "$extension" = F90 || "$extension" = f || "$extension" = F || "$extension" = c ]]
1517             then
1518                Filenames="$Filenames "$Name
1519             fi
1520          fi
1521       done < tmp_mrun
1522
1523
1524          # COPY FILES TO SOURCES_FOR_RUN_...
1525       for  dateiname  in  $Filenames
1526       do
1527          cp  $dateiname  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1528          source_list=$source_list"$dateiname "
1529       done
1530
1531       cd -  > /dev/null
1532
1533
1534       # COPY FILES GIVEN BY OPTION -s TO DIRECTORY SOURCES_FOR_RUN_...
1535       # AUTOMATIC RESTART RUNS JUST ACCESS THE DIRECTORY CREATED BY THE INITIAL RUN
1536    elif [[ "$source_list" != ""  &&  $restart_run != true ]]
1537    then
1538
1539       cd  $source_path
1540
1541       for  filename  in  $source_list
1542       do
1543
1544             # SOURCE CODE FILE IS NOT ALLOWED TO INCLUDE PATH
1545          if [[ $(echo $filename | grep -c "/") != 0 ]]
1546          then
1547             printf "\n  +++ source code file:  $filename"
1548             printf "\n      must not contain (\"/\") "
1549             locat=source; exit
1550          fi
1551
1552          if [[ ! -f $filename ]]
1553          then
1554             printf "\n  +++ source code file:  $filename"
1555             printf "\n      does not exist"
1556             locat=source; exit
1557          else
1558             cp  $filename  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1559          fi
1560
1561       done
1562
1563       cd -  > /dev/null
1564
1565    fi
1566
1567
1568       # CHECK, IF A MAIN PROGRAM EXISTS AND IF IT IS PART OF THE LIST OF FILES
1569       # TO BE COMPILED. IF NOT, ADD IT TO THE LIST.
1570    if [[ $restart_run != true ]]
1571    then
1572
1573       if [[ ! -f "$source_path/$mainprog" ]]
1574       then
1575          printf "\n\n  +++ main program:  $mainprog"
1576          printf "\n      does not exist in source directory"
1577          printf "\n      \"$source_path\"\n"
1578          locat=source; exit
1579       else
1580          if [[ $(echo $source_list | grep -c $mainprog) = 0 ]]
1581          then
1582             cp  $source_path/$mainprog  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1583             source_list=${mainprog}" $source_list"
1584          fi
1585       fi
1586    fi
1587
1588
1589       # CHECK, IF MAKEFILE EXISTS AND COPY IT TO THE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY
1590       # NOT REQUIRED FOR RESTART RUNS, SOURCES_FOR_RUN... HAS BEEN CREATED BY THE INITIAL RUN
1591    if [[ "$restart_run" != true ]]
1592    then
1593       [[ "$makefile" = "" ]]  &&  makefile=$source_path/Makefile
1594       if [[ ! -f $makefile ]]
1595       then
1596          printf "\n  +++ file \"$makefile\" does not exist"
1597          locat=make; exit
1598       else
1599          cp  $makefile  SOURCES_FOR_RUN_$fname/Makefile
1600       fi
1601    fi
1602
1603
1604       # COPY FILES FROM OPTIONAL SOURCE PATH GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
1605    if [[ $restart_run != true  &&  "$add_source_path" != "" ]]
1606    then
1607
1608          # DOES THE DIRECTORY EXIST?
1609       if [[ ! -d $add_source_path ]]
1610       then
1611          printf "\n\n  *** INFORMATIVE: additional source code directory"
1612          printf "\n      \"$add_source_path\" "
1613          printf "\n      does not exist or is not a directory."
1614          printf "\n      No source code will be used from this directory!\n"
1615          add_source_path=""
1616          if [[ $silent == false ]]
1617          then
1618             sleep 3
1619          fi
1620       else
1621
1622          cd $add_source_path
1623          found=false
1624
1625          Names=$(ls -1 *.f90 2>&1)
1626          [[ $(echo $Names | grep -c '*.f90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$Names"
1627          Names=$(ls -1 *.F90 2>&1)
1628          [[ $(echo $Names | grep -c '*.F90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1629          Names=$(ls -1 *.F 2>&1)
1630          [[ $(echo $Names | grep -c '*.F') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1631          Names=$(ls -1 *.f 2>&1)
1632          [[ $(echo $Names | grep -c '*.f') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1633          Names=$(ls -1 *.c 2>&1)
1634          [[ $(echo $Names | grep -c '*.c') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1635
1636          cd -  > /dev/null
1637          cd  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1638
1639             # COPY MAKEFILE IF EXISTING
1640          if [[ -f $add_source_path/Makefile ]]
1641          then
1642             printf "\n\n  *** user Makefile from directory"
1643             printf "\n      \"$add_source_path\" is used \n"
1644             if [[ $silent == false ]]
1645             then
1646                sleep 1
1647             fi
1648             cp  $add_source_path/Makefile  .
1649          fi
1650
1651          for  dateiname  in  $AddFilenames
1652          do
1653             if [[ -f $dateiname ]]
1654             then
1655                printf "\n  +++ source code file \"$dateiname\" found in additional"
1656                printf "\n      source code directory \"$add_source_path\" "
1657                printf "\n      but was also given with option \"-s\" which means that it should be taken"
1658                printf "\n      from directory \"$source_path\"."
1659                locat=source; exit
1660             fi
1661
1662             cp  $add_source_path/$dateiname  .
1663             source_list="$source_list $dateiname"
1664
1665                # CHECK IF FILE IS CONTAINED IN MAKEFILE
1666             if [[ $(grep -c $dateiname Makefile) = 0 ]]
1667             then
1668                printf "\n\n  +++ user file \"$dateiname\" "
1669                printf "\n      is not listed in Makefile \n"
1670                locat=source; exit
1671             else
1672
1673                if [[ $found = false ]]
1674                then
1675                   found=true
1676                   printf "\n\n  *** following user file(s) added to the"
1677                   printf " files to be translated:\n      "
1678                fi
1679                printf "$dateiname  "
1680                if [[ $silent == false ]]
1681                then
1682                   sleep 0.5
1683                fi
1684
1685             fi
1686          done
1687          [[ $found = true ]]  &&  printf "\n"
1688          cd -  > /dev/null
1689       fi
1690    fi
1691
1692
1693       # ADD ALL ROUTINES BELONGING TO SOFTWARE PACKAGES (GIVEN BY OPTION -p)
1694       # TO THE LIST OF FILES TO BE COMPILED
1695    if [[ $restart_run != true  &&  -n $package_list ]]
1696    then
1697
1698       cd  $source_path
1699
1700       for  package  in  $package_list
1701       do
1702
1703          [[ $package = "dvrp_graphics+1PE" ]]  &&  package=dvrp_graphics
1704
1705             # DETERMINE FILES BELONGING TO THE PACKAGE
1706             # ERROR MESSAGE ARE REDIRECTED TO /dev/null, BECAUSE WILDCARD (*) ALSO GIVES
1707             # THE NAME OF THE DIRECTORY
1708          package_source_list=`grep "defined( __$package " * 2>/dev/null | cut -f1 -d:`
1709
1710
1711             # ADD THESE FILES TO THE LIST OF FILES TO BE COMPILED,
1712             # IF THEY ARE NOT ALREADY PART OF THE LIST
1713          for  source_list_name  in  $package_source_list
1714          do
1715             if [[ $(echo $source_list | grep -c $source_list_name) = 0 ]]
1716             then
1717
1718                    # ONLY TAKE FILES WITH VALID SUFFIX
1719                ending=`echo $source_list_name | cut -f2 -d.`
1720                if [[ "$ending" = f90  ||  "$ending" = F90  ||  "$ending" = f  ||  "$ending" = F  ||  "$ending" = c ]]
1721                then
1722                   cp  $source_list_name  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1723                   source_list="$source_list $source_list_name"
1724                fi
1725             fi
1726          done
1727       done
1728
1729       cd -  > /dev/null
1730    fi
1731
1732 fi  # do_compile=true
1733
1734
1735    # IF SOURCE CODE IS TO BE COMPILED, DO SOME MORE CHECKS
1736    # AND SET PRE-PROCESSOR DIRECTIVES
1737 if [[ $do_compile = true  ||  $create_executable_for_batch = true ]]
1738 then
1739
1740       # SET PREPROCESSOR-DIRECTIVES TO SELECT OPERATING SYSTEM SPECIFIC CODE
1741    if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1742    then
1743       cpp_options="${cpp_options},-D__ibm=__ibm"
1744    elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = nec ]]
1745    then
1746       cpp_options="$cpp_options -D__nec"
1747    elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-2) = lc ]]
1748    then
1749       cpp_options="$cpp_options -D__lc"
1750    else
1751       cpp_options="$cpp_options -D__$localhost"
1752    fi
1753
1754       # SET DIRECTIVES GIVEN BY OPTION -K (E.G. parallel)
1755    if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1756    then
1757       [[ -n $cond1 ]]  &&  cpp_options="${cpp_options},-D__$cond1=__$cond1"
1758       [[ -n $cond2 ]]  &&  cpp_options="${cpp_options},-D__$cond2=__$cond2"
1759    else
1760       [[ -n $cond1 ]]  &&  cpp_options="$cpp_options -D__$cond1"
1761       [[ -n $cond2 ]]  &&  cpp_options="$cpp_options -D__$cond2"
1762    fi
1763
1764       # SET DIRECTIVES FOR ACTIVATING SOFTWARE-PACKAGES (OPTION -p)
1765    if [[ -n $package_list ]]
1766    then
1767       for  package  in  $package_list
1768       do
1769          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1770          then
1771             if [[ $package != "dvrp_graphics+1PE" ]]
1772             then
1773                cpp_options="${cpp_options},-D__$package=__$package"
1774             else
1775                cpp_options="${cpp_options},-D__dvrp_graphics=__dvrp_graphics"
1776                export use_seperate_pe_for_dvrp_output=true
1777             fi
1778          else
1779             if [[ $package != "dvrp_graphics+1PE" ]]
1780             then
1781                cpp_options="$cpp_options -D__$package"
1782             else
1783                cpp_options="$cpp_options -D__dvrp_graphics"
1784                export use_seperate_pe_for_dvrp_output=true
1785             fi
1786          fi
1787       done
1788    fi
1789
1790       # SET DIRECTIVES GIVEN BY OPTION -D
1791    if [[ -n $cpp_opts ]]
1792    then
1793       for  popts  in  $cpp_opts
1794       do
1795          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1796          then
1797             cpp_options="${cpp_options},-D__$popts=__$popts"
1798          else
1799             cpp_options="$cpp_options -D__$popts"
1800          fi
1801       done
1802    fi
1803
1804 else
1805
1806
1807       # FOR LOCAL RUNS CHECK AGAIN, IF EXECUTABLE EXISTS
1808    if [[ $do_remote = false ]]
1809    then
1810       if [[ ! -f $executable ]]
1811       then
1812          printf "\n  +++ executable file:  $executable"
1813          printf "\n      does not exist"
1814          locat=executable; exit
1815       fi
1816    fi
1817 fi
1818
1819
1820    # DETERMINE THE JOB MODE
1821 if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1822 then
1823    if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
1824    then
1825       batch_job=.TRUE.
1826       jobmo=BATCH
1827    else
1828       batch_job=.FALSE.
1829       jobmo=INTERACTIVE
1830    fi
1831 else
1832    if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
1833    then
1834       batch_job=.TRUE.
1835       jobmo=BATCH
1836    else
1837       batch_job=.FALSE.
1838       jobmo=INTERACTIVE
1839    fi
1840 fi
1841
1842    # NO INTERACTIVE RUNS ALLOWED ON LCTIT
1843 if [[ $host = lctit  &&  $jobmo = INTERACTIVE  &&  $do_batch = false ]]
1844 then
1845    printf "\n  +++ no interactive runs allowed on host \"$host\" "
1846    printf "\n      please submit batch job using mrun option \"-b\" \n"
1847    locat=normal; exit
1848 fi
1849
1850
1851    # CHECK, IF USER DEFINED A COMPILER
1852 if [[ "$compiler_name" = "" ]]
1853 then
1854
1855    printf "\n  +++ no compiler specified for \"$host $cond1 $cond2\""
1856    locat=compiler_name; exit
1857
1858 fi
1859
1860
1861    # DETERMINE THE NAME OF MRUN'S TEMPORARY WORKING DIRECTORY
1862
1863    # ON HLRN-III, USE THE QUEUING NAME. OTHERWISE USE USERNAME AND RANDOM NUMBER
1864 if [[ $do_batch = false && $(echo $host | cut -c1-6) = lccray ]]
1865 then
1866    kennung=$(checkjob $PBS_JOBID | grep Reservation | cut -d" " -s -f2 | cut -d"." -s -f2 | sed "s/['\"]//g")
1867    if [[ "$kennung" = "" ]]
1868    then
1869       kennung=$RANDOM
1870    fi
1871 else
1872    kennung=$RANDOM
1873 fi
1874
1875 if [[ "$tmp_user_catalog" = "" ]]
1876 then
1877    if [[ $localhost = ibmh ]]
1878    then
1879       tmp_user_catalog=$SCRATCH
1880    elif [[ $localhost = nech ]]
1881    then
1882       tmp_user_catalog=$WRKSHR
1883    else
1884       tmp_user_catalog=/tmp
1885    fi
1886 fi
1887 TEMPDIR=$tmp_user_catalog/${usern}.$kennung
1888
1889
1890    # DETERMINE THE NAME OF THE DIRECTORY WHICH IS USED TO TEMPORARILY STORE DATA FOR RESTART RUNS
1891 if [[ "$tmp_data_catalog" = "" ]]
1892 then
1893    if [[ $localhost = nech ]]
1894    then
1895       tmp_data_catalog=$WRKSHR/mrun_restart_data
1896    else
1897       tmp_data_catalog=/tmp/mrun_restart_data
1898    fi
1899 fi
1900
1901
1902    # IN CASE OF LOCAL RUNS REPLACE ENVIRONMENT VARIABLES BY THEIR VALUES
1903 if [[ $do_remote = false  &&  $do_compile = true  ||  $create_executable_for_batch = true ]]
1904 then
1905    eval  fopts=\"$fopts\"
1906    eval  lopts=\"$lopts\"
1907 fi
1908
1909
1910    # DETERMINE COMPILE- AND LINK-OPTIONS
1911 fopts="$fopts $netcdf_inc $fftw_inc $dvr_inc"
1912 lopts="$lopts $netcdf_lib $fftw_lib $dvr_lib"
1913 XOPT="-X $numprocs"
1914
1915
1916    # CHECK THE CPU-LIMIT. IT MUST BE GIVEN FOR BATCH-JOBS AND IS COMMUNICATED TO THE
1917    # EXECUTABLE VIA NAMELIST-PARAMETER cputime
1918 done=false
1919 while [[ $done = false ]]
1920 do
1921    cputime=$cpumax
1922    if (( $cputime == 0 ))
1923    then
1924       if [[ $do_batch = true ]]
1925       then
1926          printf "\n  +++ cpu-time is undefined"
1927          printf "\n  >>> Please type CPU-time in seconds as INTEGER:"
1928          printf "\n  >>> "
1929          read  cputime  1>/dev/null  2>&1
1930       else
1931          cputime=10000000   # NO CPU LIMIT FOR INTERACTIVE RUNS
1932       fi
1933    else
1934       done=true
1935    fi
1936    cpumax=$cputime
1937 done
1938
1939 (( minuten = cputime / 60 ))
1940 (( sekunden = cputime - minuten * 60 ))
1941
1942
1943    # CHECK THE MEMORY DEMAND
1944 if [[ $do_batch = true ]]
1945 then
1946    done=false
1947    while [[ $done = false ]]
1948    do
1949       if (( memory == 0 ))
1950       then
1951          printf "\n  +++ memory demand is undefined"
1952          printf "\n  >>> Please type memory in  MByte per process  as INTEGER:"
1953          printf "\n  >>> "
1954          read  memory  1>/dev/null  2>&1
1955       else
1956          done=true
1957       fi
1958    done
1959 fi
1960
1961
1962    # IN CASE OF REMOTE-JOBS CHECK, IF A USERNAME FOR THE REMOTE HOST IS GIVEN
1963 if [[ $do_remote = true  &&  -z $remote_username ]]
1964 then
1965    while [[ -z $remote_username ]]
1966    do
1967       printf "\n  +++ username on remote host \"$host\" is undefined"
1968       printf "\n  >>> Please type username:"
1969       printf "\n  >>> "
1970       read  remote_username
1971    done
1972    mc="$mc -u$remote_username"
1973 fi
1974
1975    # CHECK FOR INITIAL COMMANDS AFTER LOGIN
1976 if [[ "$login_init_cmd" != "" ]]
1977 then
1978    export init_cmds="${login_init_cmd};"
1979 fi
1980
1981
1982    # SET THE MODULE-LOAD COMMAD AND EXPORT IT FOR subjob
1983 if [[ "$modules" != "" ]]
1984 then
1985    if [[ $host = lctit ]]
1986    then
1987       export module_calls=". $modules"
1988    else
1989       export module_calls="module load ${modules};"
1990    fi
1991 fi
1992
1993    # OUTPUT OF THE MRUN-HEADER
1994 calltime=$(date)
1995 printf "\n"
1996 printf "#------------------------------------------------------------------------# \n"
1997 printf "| %-35s%35s | \n" "$version" "$calltime"
1998 printf "|                                                                        | \n"
1999 spalte1="called on:"; spalte2=$localhost_realname
2000 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2001 if [[ $do_remote = true ]]
2002 then
2003    spalte1="execution on:"; spalte2="$host (username: $remote_username)"
2004 else
2005    spalte1="execution on:"; spalte2="$host ($localhost_realname)"
2006 fi
2007 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2008 if [[ -n $numprocs ]]
2009 then
2010    if [[ $run_coupled_model = false ]]
2011    then
2012       spalte1="number of PEs:"; spalte2=$numprocs
2013    else
2014       spalte1="number of PEs:"; spalte2="$numprocs  (atmosphere: $numprocs_atmos, ocean: $numprocs_ocean)"
2015    fi
2016    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2017 fi
2018 if [[ -n $tasks_per_node ]]
2019 then
2020    spalte1="tasks per node:"; spalte2="$tasks_per_node (number of nodes: $nodes)"
2021    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2022    if (( remaining_pes > 0 ))
2023    then
2024       spalte1=" "; spalte2="one of the nodes only filled with $remaining_pes tasks"
2025       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2026    fi
2027 fi
2028 if [[ $maximum_parallel_io_streams != $numprocs ]]
2029 then
2030    spalte1="max par io streams:"; spalte2="$maximum_parallel_io_streams"
2031    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2032 fi
2033 if [[ $use_openmp = true ]]
2034 then
2035    spalte1="threads per task:"; spalte2="$threads_per_task"
2036    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2037 fi
2038 printf "|                                                                        | \n"
2039 if [[ $do_compile = true ]]
2040 then
2041    if [[ "$mopts" != "" ]]
2042    then
2043       spalte1="make options:"; spalte2=$(echo "$mopts" | cut -c-45)
2044       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2045       zeile=$(echo "$mopts" | cut -c46-)
2046       while [[ "$zeile" != "" ]]
2047       do
2048          spalte1=""
2049          spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2050          printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2051          zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2052       done
2053    fi
2054
2055    spalte1="cpp directives:"; spalte2=$(echo "$cpp_options" | cut -c-45)
2056    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2057    zeile=$(echo "$cpp_options" | cut -c46-)
2058    while [[ "$zeile" != "" ]]
2059    do
2060       spalte1=""
2061       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2062       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2063       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2064    done
2065
2066    spalte1="compiler options:"; spalte2=$(echo "$fopts" | cut -c-45)
2067    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2068    zeile=$(echo "$fopts" | cut -c46-)
2069    while [[ "$zeile" != "" ]]
2070    do
2071       spalte1=""
2072       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2073       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2074       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2075    done
2076
2077    spalte1="linker options:"; spalte2=$(echo "$lopts" | cut -c-45)
2078    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2079    zeile=$(echo "$lopts" | cut -c46-)
2080    while [[ "$zeile" != "" ]]
2081    do
2082       spalte1=""
2083       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2084       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2085       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2086    done
2087
2088    spalte1="modules to be load:"; spalte2=$(echo "$modules" | cut -c-45)
2089    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2090    zeile=$(echo "$modules" | cut -c46-)
2091    while [[ "$zeile" != "" ]]
2092    do
2093       spalte1=""
2094       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2095       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2096       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2097    done
2098
2099    spalte1="main program:"; spalte2=$mainprog
2100    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2101 else
2102    spalte1=executable:; spalte2=$executable
2103    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2104 fi
2105 printf "|                                                                        | \n"
2106 spalte1="base name of files:"; spalte2=$fname
2107 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2108 if [[ $fname != $afname ]]
2109 then
2110    spalte1="base name of input files:"; spalte2=$afname
2111    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2112 fi
2113 spalte1="INPUT control list:"; spalte2=$(echo $input_list)
2114 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2115 spalte1="OUTPUT control list:"; spalte2=$(echo $output_list)
2116 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2117
2118 if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
2119 then
2120    printf "| %-35s%-35s | \n" "suffix \"_O\" is added to local files" " "
2121 fi
2122
2123 if [[ $do_batch = true  ||  "$LOADLBATCH" = yes ]]
2124 then
2125    spalte1="memory demand / PE":; spalte2="$memory MB"
2126    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2127    spalte1=CPU-time:; spalte2="$minuten:$sekunden"
2128    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2129 fi
2130
2131 if [[ $do_compile = true ]]
2132 then
2133    printf "|                                                                        | \n"
2134    printf "| Files to be compiled:                                                  | \n"
2135    zeile=$source_list
2136    while [[ "$zeile" != "" ]]
2137    do
2138       linestart=$(echo $zeile | cut -c-70)
2139       printf "| %-70s | \n" "$linestart"
2140       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c71-)
2141    done
2142 fi
2143 printf "#------------------------------------------------------------------------#"
2144
2145
2146
2147    # OUTPUT OF FILE CONNECTIONS IN CASE OF TRACEBACK
2148 if [[ $do_trace = true ]]
2149 then
2150    (( i = 0 ))
2151    while (( i < iin ))
2152    do
2153       (( i = i + 1 ))
2154       if (( i == 1 ))
2155       then
2156          printf "\n\n >>> INPUT-file assignments:\n"
2157       fi
2158       printf "\n     ${localin[$i]} :  ${absnamein[$i]}"
2159    done
2160    (( i = 0 ))
2161    while (( i < iout ))
2162    do
2163       (( i = i + 1 ))
2164       if (( i == 1 ))
2165       then
2166          printf "\n\n >>> OUTPUT-file assignments:\n"
2167       fi
2168       printf "\n     ${localout[$i]} :  ${pathout[$i]}"
2169    done
2170    (( i = 0 ))
2171    while (( i < iic ))
2172    do
2173       (( i = i + 1 ))
2174       if (( i == 1 ))
2175       then
2176          printf "\n\n >>> INPUT-commands:\n"
2177       fi
2178       printf "\n     ${in_command[$i]}" 
2179    done
2180    (( i = 0 ))
2181    while (( i < ioc ))
2182    do
2183       (( i = i + 1 ))
2184       if (( i == 1 ))
2185       then
2186          printf "\n\n >>> OUTPUT-commands:\n"
2187       fi
2188       printf "\n     ${out_command[$i]}" 
2189    done
2190 fi
2191
2192    # QUERY FOR CONTINUE (ON LOCAL MACHINES ONLY)
2193 if [[ $remotecall = false  &&  $silent = false  &&  $jobmo != BATCH ]]
2194 then
2195    antwort=dummy
2196    printf "\n\n"
2197    printf " >>> everything o.k. (y/n) ?  "
2198    while  read antwort
2199    do
2200       if [[ "$antwort" != y  &&  "$antwort" != Y  &&  "$antwort" != n  &&  "$antwort" != N ]]
2201       then
2202          printf " >>> everything o.k. (y/n) ?  "
2203       else
2204          break
2205       fi
2206    done
2207    if [[ $antwort = n  ||  $antwort = N ]]
2208    then
2209       locat=user_abort; (( iec = 0 )); exit
2210    fi
2211    if [[ $do_batch = true ]]
2212    then
2213       printf " >>> batch-job will be created and submitted"
2214    else
2215       printf " >>> MRUN will now continue to execute on this machine"
2216    fi
2217 fi
2218
2219 
2220    # DETERMINE PATH FOR MAKE DEPOSITORY
2221 if [[ $do_batch = false  ||  $create_executable_for_batch = true ]]
2222 then
2223
2224    line=""
2225    grep "%depository_path" $config_file  >  tmp_mrun
2226    while read line
2227    do
2228       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2229       then
2230          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -s -f3)" = "" ]]
2231          then
2232             global_depository_path=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
2233          fi
2234       fi
2235    done < tmp_mrun
2236
2237    line=""
2238    grep  " $localhost" $config_file | grep "%depository_path"  >  tmp_mrun
2239    while read line
2240    do
2241       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2242       then
2243          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -s -f4)" = "$cond1"  &&  "$(echo $line | cut -d" " -s -f5)" = "$cond2" ]]
2244          then
2245             local_depository_path=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
2246          fi
2247       fi
2248    done < tmp_mrun
2249
2250    if [[ "$local_depository_path" = "" ]]
2251    then
2252       if [[ "$global_depository_path" != "" ]]
2253       then
2254          local_depository_path=$global_depository_path
2255       else
2256          printf "\n\n  +++ no depository path found in configuration file"
2257          printf "\n      for local host \"$localhost\" "
2258          printf "\n      please set \"\%depository_path\" in configuration file\n"
2259          locat=config_file; exit
2260       fi
2261    fi
2262    eval local_depository_path=$local_depository_path
2263    [[ "$cond1" != "" ]]  &&  local_depository_path=${local_depository_path}_$cond1
2264    [[ "$cond2" != "" ]]  &&  local_depository_path=${local_depository_path}_$cond2
2265
2266
2267    basename=`echo $mainprog | cut -f1 -d"."`
2268    eval make_depository=${local_depository_path}/${basename}_current_version.tar
2269    if [[ ! -f $make_depository ]]
2270    then
2271       printf "\n"
2272       printf "\n  *** WARNING: make depository \"$make_depository\" not found"
2273       printf "\n               \"make\" will fail, if the Makefile or other source files are missing\n"
2274    fi
2275
2276 fi
2277
2278
2279    # NOW PERFORM THOSE ACTIONS REQUIRED TO EXECUTE THE PROGRAM (PALM) ON THIS MACHINE
2280    # (COMPILING/LINKING, EXECUTING, COPYING I/O FILES)
2281 if [[ $do_batch = false ]]
2282 then
2283
2284
2285       # CREATE THE TEMPORARY WORKING DIRECTORY
2286    mkdir -p  $TEMPDIR
2287    chmod  go+rx  $TEMPDIR
2288    tmpcreate=true
2289
2290
2291       # COPY EITHER THE COMPLETE SOURCE CODE FILES TO BE COMPILED OR THE EXECUTABLE
2292       # INTO THE TEMPORARY WORKING DIRECTORY
2293    if [[ $do_compile = true ]]
2294    then
2295
2296          # ON NEC, COMPILATION IS DONE ON HOST CROSS VIA CROSS COMPILING
2297          # CREATE A TEMPORARY DIRECTORY ON THAT MACHINE (HOME MOUNTED VIA NFS)
2298       if [[ $localhost = nech ]]
2299       then
2300          TEMPDIR_COMPILE=$HOME/work/${usern}.$kennung
2301          if  mkdir -p  $TEMPDIR_COMPILE
2302          then
2303             printf "\n  *** \"$TEMPDIR_COMPILE\" "
2304             printf "\n      is generated as temporary directory for cross compiling\n"
2305          else
2306             printf "\n  +++ creating directory \"$TEMPDIR_COMPILE\" "
2307             printf "\n      needed for cross compilation failed"
2308             locat=compile
2309             exit
2310          fi
2311       else
2312          TEMPDIR_COMPILE=$TEMPDIR
2313       fi
2314
2315       cp  $make_depository  $TEMPDIR_COMPILE
2316       cd  $TEMPDIR_COMPILE
2317       tar -xf  $make_depository  >  /dev/null  2>&1
2318       cd -  > /dev/null
2319
2320          # DUE TO UNKNOWN REASONS, COPY WITH cp COMMAND CREATES CORRUPT
2321          # FILES ON CRAY XC30 SYSTEMS (HLRN III), rsync IS USED INSTEAD
2322       if [[ $(echo $host | cut -c1-6) = lccray ]]
2323       then
2324          rsync -av -t  SOURCES_FOR_RUN_$fname/*  $TEMPDIR_COMPILE  >  /dev/null
2325       else
2326          cp  SOURCES_FOR_RUN_$fname/*  $TEMPDIR_COMPILE  >  /dev/null
2327       fi
2328
2329    else
2330
2331       cp  $executable   ${TEMPDIR}/a.out
2332
2333    fi
2334
2335
2336       # CHANGE TO THE TEMPORARY WORKING DIRECTORY
2337    cd  $TEMPDIR
2338    printf "\n  *** changed to temporary directory: $TEMPDIR"
2339
2340
2341       # THE FOLLOWING IS REQUIRED FPR AVS-OUTPUT WITH PALM  ??? REMOVE ???
2342       # WRITE INFORMATIONS ABOUT THE OUTPUT-FILE CONNECTIONS TO A TEMPORARY FILE
2343       # THIS FILE CAN LATER BE READ FROM USER-DEFINED CODE TO DETERMINE THE
2344       # RELATION BETWEEN THE LOCAL TEMPORARY AND PERMANENT FILE NAMES
2345    (( i = 0 ))
2346    while (( i < iout ))
2347    do
2348       (( i = i + 1 ))
2349       if [[ "${actionout[$i]}" = tr  ||  "${actionout[$i]}" = tra  ||  "${actionout[$i]}" = trpe ]]
2350       then
2351          printf "${localout[$i]} ${actionout[$i]}\n${pathout[$i]}\n${localhost}_${fname}${endout[$i]}\n" >> OUTPUT_FILE_CONNECTIONS
2352       else
2353          printf "${localout[$i]} ${actionout[$i]}\n${pathout[$i]}\n${frelout[$i]}\n" >> OUTPUT_FILE_CONNECTIONS
2354       fi
2355    done
2356
2357
2358       # IF REQUIRED, START WITH COMPILING
2359    if [[ $do_compile = true ]]
2360    then
2361
2362
2363       if [[ -f a.out ]]
2364       then
2365
2366             # EXECUTABLE WAS CREATED DURING INTERACTIVE CALL OF MRUN
2367          printf "\n\n\n  *** executable a.out found"
2368          printf "\n      no compilation required \n"
2369
2370       else
2371
2372             # COMPILING WITH MAKE (ON NEC COMPILER IS CALLED ON HOST CROSS)
2373          printf "\n\n\n  *** compilation starts \n$dashes\n"
2374          printf "  *** compilation with make using following options:\n"
2375          printf "      make depository:          $make_depository"
2376          if [[ "$mopts" != "" ]]
2377          then
2378             printf "      make options:             $mopts\n"
2379          fi
2380          printf "      compilername:             $compiler_name\n"
2381          printf "      compiler options:         $fopts\n"
2382          printf "      preprocessor directives:  $cpp_options \n"
2383          printf "      linker options:           $lopts \n"
2384          if [[ "$modules" != "" ]]
2385          then
2386             printf "      modules to be load:       $modules \n"
2387          fi
2388          printf "      source code files:        $source_list \n"
2389
2390          if [[ $localhost = nech ]]
2391          then
2392             ssh  $SSH_PORTOPT  136.172.44.192 -l $usern "$init_cmds $module_calls cd \$HOME/work/${usern}.$kennung; sxmake $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2393             cp  $TEMPDIR_COMPILE/a.out  .
2394             [[ $? != 0 ]]  &&  compile_error=true
2395             rm -rf  $TEMPDIR_COMPILE
2396          elif [[ $localhost = ibmh ]]
2397          then
2398             printf "      compiler is called via ssh on \"plogin1\" \n"
2399             ssh  $SSH_PORTOPT  plogin1  -l $usern  "$init_cmds export PATH=/sw/ibm/xlf/13.1.0.8/usr/bin:$PATH; $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2400             [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2401             continue   # STATUS=1, IF a.out EXISTS
2402          elif [[ $localhost = lcocean ]]
2403          then
2404             printf "      compiler is called via ssh on \"ocean\" \n"
2405             echo $PWD
2406             ssh  $SSH_PORTOPT  ocean  -l $usern  "$init_cmds $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2407             [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2408            continue   # STATUS=1, IF a.out EXISTS
2409          elif [[ $localhost = lcflow ]]
2410          then
2411             printf "      compiler is called via ssh on \"flow\" \n"
2412             /usr/bin/ssh  $SSH_PORTOPT  flow02.hpc.uni-oldenburg.de -l $usern "$init_cmds $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out F90=$compiler_name COPT=\"$cpp_options\" F90FLAGS=\"$fopts\" LDFLAGS=\"$lopts\" "
2413             check_for_file=`/usr/bin/ssh $SSH_PORTOPT flow02.hpc.uni-oldenburg.de -l $usern "ls $TEMPDIR/a.out 2> /dev/null"`
2414             [[ "$check_for_file" = "" ]]  &&  compile_error=true
2415             continue   # STATUS=1, IF a.out EXISTS
2416          elif [[ $localhost = lcbullhh  ||  $localhost = lccrayb  ||  $localhost = lccrayf ||  $localhost = lccrayh ]]
2417          then
2418             make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
2419          else
2420             [[ "$init_cmds" != "" ]]  &&  eval $init_cmds
2421             [[ "$module_calls" != "" ]]  &&  eval $module_calls
2422             make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
2423          fi
2424
2425          if [[ $? != 0  ||  "$compile_error" = true  ||  "$module_compile_error" = true ]]
2426          then
2427             printf "\n  +++ error occured while compiling or linking"
2428             locat=compile
2429
2430             exit
2431          else
2432             printf "$dashes\n  *** compilation finished \n"
2433          fi
2434
2435       fi
2436
2437    fi
2438
2439
2440       # PROVIDE THE INPUT FILES
2441       # LOOP OVER ALL ACTIVATED FILES (LISTED IN THE CONFIGURATION FILE)
2442    (( i = 0 ))
2443    while (( i < iin ))
2444    do
2445       (( i = i + 1 ))
2446       if (( i == 1 ))
2447       then
2448          printf "\n\n  *** providing INPUT-files:\n$dashes"
2449       fi
2450
2451
2452          # SKIP OPTIONAL FILES, IF THEY DO NOT EXIST
2453       if [[ "${transin[$i]}" = unavailable ]]
2454       then
2455          if [[ "${extin[$i]}" = ""  ||  "${extin[$i]}" = " " ]]
2456          then
2457             printf "\n  *** INFORMATIVE: input file \"${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}\" "
2458             printf "\n                   is not available!"
2459          else
2460             printf "\n  *** INFORMATIVE: input file \"${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}.${extin[$i]}\" "
2461             printf "\n                   is not available!"
2462          fi
2463          continue
2464       fi
2465
2466          # CHECK FOR SINGLE FILE (SERIAL RUN) OR DIRECTORY (ONE FILE PER CORE FOR PARELLEL EXECUTION)
2467       files_for_pes=false; datentyp=file
2468       if [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  -n $numprocs ]]
2469       then
2470          files_for_pes=true; datentyp=directory
2471          actionin[$i]=""
2472       elif [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  ! -n $numprocs ]]
2473       then
2474          actionin[$i]=""
2475       elif [[ "${actionin[$i]}" = arpe  &&  -n $numprocs ]]
2476       then
2477          files_for_pes=true; datentyp=directory
2478          actionin[$i]="ar"
2479       elif [[ "${actionin[$i]}" = arpe  &&  ! -n $numprocs ]]
2480       then
2481          actionin[$i]="ar"
2482       elif [[ "${actionin[$i]}" = flpe  &&  -n $numprocs ]]
2483       then
2484          files_for_pes=true; datentyp=directory
2485          actionin[$i]="fl"
2486       elif [[ "${actionin[$i]}" = flpe  &&  ! -n $numprocs ]]
2487       then
2488          actionin[$i]="fl"
2489       fi
2490
2491       if [[ $files_for_pes = true ]]
2492       then
2493          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}/....  to  ${localin[$i]}"
2494       else
2495          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}  to  ${localin[$i]}"
2496       fi
2497
2498          # INPUT-FILE FOR A RESTART RUN.
2499          # CHECK, IF THIS FILE STILL EXISTS ON THE TEMPORARY DATA DIRECTORY.
2500          # IF NOT, TRY TO GET IT FROM THE ARCHIVE SYSTEM
2501       if [[ "${actionin[$i]}" = fl ]]
2502       then
2503          printf "\n      $datentyp will be fetched from temporary directory \"${tmp_data_catalog}\" !"
2504          if [[ $files_for_pes = false ]]
2505          then
2506             if [[ -f "$tmp_data_catalog/${frelin[$i]}" ]]
2507             then
2508                ln  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2509                got_tmp[$i]=true
2510             elif [[ -f "$WORK/${frelin[$i]}"  &&  $ignore_archive_error = true ]]
2511             then
2512                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" !"
2513                printf "\n  *** trying to use backup copy in \"$WORK\" "
2514                cp  $WORK/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2515             else
2516                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" "
2517                printf "\n      or \"$tmp_data_catalog\" does not exist!"
2518                printf "\n  *** trying to get copy from archive"
2519                actionin[$i]=ar
2520             fi
2521          else
2522             if [[ -d "$tmp_data_catalog/${frelin[$i]}" ]]
2523             then
2524                mkdir  ${localin[$i]}
2525                cd $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2526                for file in $(ls *)
2527                do
2528                   ln $file $TEMPDIR/${localin[$i]}
2529                done
2530                cd $TEMPDIR
2531                got_tmp[$i]=true
2532             elif [[ -d "$WORK/${frelin[$i]}"  &&  $ignore_archive_error = true ]]
2533             then
2534                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" !"
2535                printf "\n  *** trying to use backup copy in \"$WORK\" "
2536                cp -r  $WORK/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2537             else
2538                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" "
2539                printf "\n      or \"$tmp_data_catalog\" does not exist!"
2540                printf "\n  *** trying to get copy from archive"
2541                actionin[$i]=ar
2542             fi
2543          fi
2544       fi
2545
2546
2547          # FILE IS STORED ON THE ARCHIVE SYSTEM
2548       if [[ "${actionin[$i]}" = ar ]]
2549       then
2550
2551          if [[ $files_for_pes = false ]]
2552          then
2553             printf "\n      file will be restored from archive-system ($archive_system)!"
2554          else
2555             printf "\n      directory will be restored from archive-system ($archive_system)!"
2556          fi
2557
2558          file_restored=false
2559
2560          if [[ $archive_system = asterix ]]
2561          then
2562             do_stagein=true
2563             (( stagein_anz = 0 ))
2564             while [[ $do_stagein = true ]]
2565             do
2566                if [[ $files_for_pes = false ]]
2567                then
2568                   stagein  -O  ${frelin[$i]}  >  STAGEIN_OUTPUT
2569                else
2570                   stagein  -t  -O  ${frelin[$i]}  >  STAGEIN_OUTPUT
2571                fi
2572                cat  STAGEIN_OUTPUT
2573                if [[ $(grep -c "st.msg:i24"  STAGEIN_OUTPUT) != 0 ]]
2574                then
2575                   file_restored=true
2576                   do_stagein=false
2577                else
2578                   (( stagein_anz = stagein_anz + 1 ))
2579                   if (( stagein_anz == 10 ))
2580                   then
2581                      printf "\n  +++ stagein stoped after 10 tries"
2582                      locat=stage
2583                      exit
2584                   fi
2585                   printf "\n  +++ restoring from archive failed, trying again:"
2586                   sleep 900
2587                fi
2588             done
2589          elif [[ $archive_system = DMF ]]
2590          then
2591             if [[ $files_for_pes = false ]]
2592             then
2593                printf "\n  +++ restoring of single files impossible with $archive_system !\n"
2594                locat=DMF
2595                exit
2596             else
2597                find  $ARCHIVE/${frelin[$i]}  -type m  -print  |  dmget
2598                cp  -r $ARCHIVE/${frelin[$i]}  $PWD
2599                file_restored=true
2600             fi
2601          elif [[ $archive_system = tivoli ]]
2602          then
2603             if [[ $files_for_pes = false ]]
2604             then
2605                ssh  $SSH_PORTOPT  $usern@bicedata.hlrn.de  "cp  $PERM/${frelin[$i]}  $PWD"
2606             else
2607                (( inode = 0 ))
2608                while (( inode < nodes ))
2609                do
2610                   ssh  $SSH_PORTOPT  $usern@bicedata.hlrn.de  "cd $PWD; tar  xf  $PERM/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar"
2611                   (( inode = inode + 1 ))
2612                done
2613             fi
2614             file_restored=true
2615          elif [[ $archive_system = ut ]]
2616          then
2617             if [[ $files_for_pes = false ]]
2618             then
2619                cp  $UT/${frelin[$i]}  .
2620             else
2621                (( inode = 0 ))
2622                while (( inode < nodes ))
2623                do
2624                   tar  xf  $UT/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar
2625                   (( inode = inode + 1 ))
2626                done
2627             fi
2628             file_restored=true
2629          else
2630             printf "\n  +++ archive_system=\"$archive_system\"   restore impossible!"
2631             locat=rearchive
2632             exit
2633          fi
2634
2635          if [[ $file_restored = true ]]
2636          then
2637
2638                # PUT FILE ON THE TEMPORARY DATA DIRECTORY TOO.
2639                # THIS WILL MAKE FILE ACCESS EASIER FOR LATER RUNS
2640             [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog; chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
2641             if [[ $files_for_pes = false ]]
2642             then
2643                ln  -f  ${frelin[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2644             else
2645                mkdir  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2646                ln  -f  ${frelin[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2647             fi
2648             got_tmp[$i]=true
2649
2650                # PROVIDE THE FILE UNDER ITS LOCAL NAME
2651             mv  ${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2652
2653          fi
2654       fi
2655
2656
2657          # FILE IS STORED IN THE RESPECTIVE DIRECTORY GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
2658       if [[ "${actionin[$i]}" = ""  ||  "${actionin[$i]}" = "di"  ||  "${actionin[$i]}" = "npe" ]]
2659       then
2660
2661          if [[ "${actionin[$i]}" = "npe"  &&  -n $numprocs ]]
2662          then
2663
2664                # FILE COPIES ARE PROVIDED FOR ALL CORES
2665                # EACH FILE GETS A UNIQUE FILENAME WITH A FOUR DIGIT NUMBER
2666             printf "\n      file will be provided for $numprocs processors"
2667             mkdir  ${localin[$i]}
2668             ival=$numprocs
2669             (( ii = 0 ))
2670             while (( ii <= ival-1 ))
2671             do
2672                if (( ii < 10 ))
2673                then
2674                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_000$ii
2675                elif (( ii < 100 ))
2676                then
2677                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_00$ii
2678                elif (( ii < 1000 ))
2679                then
2680                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_0$ii
2681                else
2682                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_$ii
2683                fi
2684                (( ii = ii + 1 ))
2685             done
2686
2687          else
2688
2689             if [[ $files_for_pes = true ]]
2690             then
2691
2692                   # PROVIDE FILES FOR EACH CORE
2693                   # FIRST CREATE THE LOCAL DIRECTORY, THEN COPY FILES
2694                   # FROM THE PERMANENT DIRECTORY BY LINKING THEM TO THE LOCAL ONE
2695                printf "\n      providing $numprocs files for the respective processors"
2696                mkdir  ${localin[$i]}
2697                if [[ $link_local_input = true ]]
2698                    then
2699                    printf "      using ln -f\n"
2700                    cd ${absnamein[$i]}
2701                    for file in $(ls *)
2702                      do
2703                      ln -f $file  ${localin[$i]}
2704                    done
2705                    cd $TEMPDIR
2706                fi
2707
2708                   # IF "ln -f" FAILED OR IF "$link_local_input = false" DO A NORMAL "cp -r"
2709                if [[ ! -f "${localin[$i]}/_0000" ]]
2710                    then
2711                    if [[ $link_local_input = true ]]
2712                        then
2713                        printf "      ln failed for .../_0000, using cp...\n"
2714                    fi
2715                    cp -r  ${absnamein[$i]}/*  ${localin[$i]}
2716                fi
2717
2718             else
2719
2720                   # PROVIDE FILE FOR RUNS ON A SINGLE CORE
2721                if [[ $link_local_input = true ]]
2722                then
2723                    printf "      using ln -f\n"
2724                    ln -f  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
2725                fi
2726                # If "ln -f" fails of if "$link_local_input = false" do a normal "cp"
2727                if [[ ! -f "${localin[$i]}" ]]
2728                then
2729                    if [[ $link_local_input = true ]]
2730                    then
2731                        printf "      ln failed, using cp...\n"
2732                    fi
2733                    cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
2734                fi
2735             fi
2736          fi
2737       fi
2738
2739    done
2740    if (( i != 0 ))
2741    then
2742       printf "\n$dashes\n  *** all INPUT-files provided \n"
2743    fi
2744
2745
2746       # EXECUTE INPUT-COMMANDS GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
2747    (( i = 0 ))
2748    while (( i < iic ))
2749    do
2750       (( i = i + 1 ))
2751       if (( i == 1 ))
2752       then
2753          printf "\n\n  *** execution of INPUT-commands:\n$dashes"
2754       fi
2755       printf "\n  >>> ${in_command[$i]}"
2756       eval  ${in_command[$i]}
2757       if (( i == iic ))
2758       then
2759          printf "\n$dashes\n"
2760       fi
2761    done
2762
2763
2764       # SET THE REMAINING CPU-TIME
2765    cpurest=${cpumax}.
2766
2767
2768       # START DVR STREAMING SERVER
2769    if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
2770    then
2771       if [[ "$dvr_server" != "" ]]
2772       then
2773
2774          printf "\n\n  *** preparing the dvr streaming server configuration file"
2775
2776             # CHECK, IF A DVR SERVER IS ALREADY RUNNING
2777          running_dvrserver_id=`echo $(ps -edaf | grep .dvrserver.config | grep -v grep) | cut -d" " -f2`
2778          if [[ "$running_dvrserver_id" != "" ]]
2779          then
2780
2781             printf "\n\n  +++ WARNING: A dvr server with id=$running_dvrserver_id is already running!"
2782             printf "\n      This server is used instead starting a new one!"
2783             printf "\n      If required, script \"process_dvr_output\" has to be run manually."
2784
2785          else
2786
2787                # COPY CONFIGURATION FILE FOR STREAMING SERVER FROM REPOSITORY TO HERE
2788             if [[ -f ${PALM_BIN}/.dvrserver.config ]]
2789             then
2790                cp  ${PALM_BIN}/.dvrserver.config  .
2791
2792                   # ENTERING THE BASEDIR, UID AND GID INTO THIS FILE
2793                user_id=`id -u`
2794                group_id=`id -g`
2795
2796                   # "&" IS REQUIRED AS A SEPERATOR, BECAUSE TEMPDIR CONTAINS "/"
2797                sed "s&<replace by dvr data directory>&${TEMPDIR}&g" .dvrserver.config > .dvrserver.1
2798                sed "s/<replace by user id>/$user_id/g"    .dvrserver.1 > .dvrserver.2
2799                sed "s/<replace by group id>/$group_id/g"  .dvrserver.2 > .dvrserver.3
2800                mv  .dvrserver.3  .dvrserver.config
2801                rm  .dvrserver.1  .dvrserver.2
2802
2803                   # START DVR SERVER IN BACKGROUND, GET HIS ID AND PRINT ON TERMINAL
2804                $dvr_server  .dvrserver.config  >>  DVR_LOGFILE  2>&1  &
2805                dvrserver_id=`echo $(ps -edaf | grep .dvrserver.config) | cut -d" " -f2`
2806                printf "\n  *** streaming server with id=$dvrserver_id is started in background"
2807                local_dvrserver_running=.TRUE.
2808             else
2809                printf "\n  +++ missing file \".dvrserver.config\" in directory:"
2810                printf "\n      \"$PALM_BIN\" "
2811                locat=dvr
2812                exit
2813             fi
2814
2815          fi
2816
2817       else
2818          printf "\n\n  --- INFORMATIVE: no dvr streaming server will be started"
2819       fi
2820    fi
2821
2822
2823       # CREATE THE NAMELIST-FILE WITH VALUES OF ENVIRONMENT-VARIABLES REQUIRED BY PALM
2824       # (FILE ENVPAR WILL BE READ BY PALM)
2825    cat  >  ENVPAR  <<  %%END%%
2826 &envpar  run_identifier = '$fname', host = '$localhost',
2827          write_binary = '$write_binary', tasks_per_node = $tasks_per_node,
2828          maximum_parallel_io_streams = $maximum_parallel_io_streams,
2829          maximum_cpu_time_allowed = ${cpumax}.,
2830          revision = '$global_revision',
2831          local_dvrserver_running = $local_dvrserver_running,
2832          batch_job = $batch_job /
2833
2834%%END%%
2835
2836
2837       # STARTING THE EXECUTABLE
2838    printf "\n\n  *** execution starts in directory\n      \"`pwd`\"\n$dashes\n"
2839    PATH=$PATH:$TEMPDIR
2840
2841
2842    if [[ $execute_command != "none" ]]
2843    then
2844
2845        printf "\n  +++ branch still not realized"
2846        locat=execution
2847        exit
2848
2849    else
2850
2851          # MPI DEBUG OPTION (ARGUMENT CHECKING, SLOWS DOWN EXECUTION DUE TO INCREASED LATENCY)
2852       if [[ "$mpi_debug" = true ]]
2853       then
2854          export MPI_CHECK_ARGS=1
2855          printf "\n  +++ MPI_CHECK_ARGS=$MPI_CHECK_ARGS"
2856       fi
2857
2858       if [[ "$totalview" = true ]]
2859       then
2860          printf "\n *** totalview debugger will be used"
2861          tv_opt="-tv"
2862       else
2863          tv_opt=""
2864       fi
2865
2866       if [[ "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ]]
2867       then
2868
2869             #Interactive ALLINEA DEBUG seesion
2870          if [[ "$ENVIRONMENT" != BATCH ]]
2871          then
2872             if [[ $host = lccrayb || $host = lccrayh ]]
2873             then
2874                if [[ "$allinea" = true ]]
2875                then
2876                   echo "--- aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  < runfile_atmos"
2877
2878                   ddt  aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out
2879                   wait
2880                fi         
2881             fi
2882          fi
2883
2884          if [[ $localhost = ibmh ]]
2885          then
2886
2887                # SETUP THE IBM MPI ENVIRONMENT
2888             export MP_SHARED_MEMORY=yes
2889             export AIXTHREADS_SCOPE=S
2890             export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
2891             export AUTHSTATE=files
2892             export XLFRTEOPTS="nlwidth=132:err_recovery=no"    # RECORD-LENGTH OF NAMELIST-OUTPUT
2893
2894                # FOLLOWING OPTIONS ARE MANDATORY FOR TOTALVIEW
2895             export MP_ADAPTER_USE=shared
2896             export MP_CPU_USE=multiple
2897             export MP_TIMEOUT=1200
2898
2899             unset  MP_TASK_AFFINITY
2900
2901             if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
2902             then
2903                totalview   poe  a.out
2904             else
2905                echo totalview   poe  -a a.out  -procs $numprocs  -rmpool 0  -nodes 1
2906                export TVDSVRLAUNCHCMD=ssh
2907                totalview   poe  -a a.out  -procs $numprocs  -rmpool 0  -nodes 1
2908             fi
2909
2910          fi  # END DEBUG MODE
2911
2912       else
2913
2914             # NORMAL EXECUTION
2915          if [[ -n $numprocs ]]
2916          then
2917
2918                # RUNNING THE PROGRAM ON PARALLEL MACHINES
2919             if [[ $(echo $host | cut -c1-3) = ibm ]]
2920             then
2921
2922                   # SETUP THE IBM MPI ENVIRONMENT
2923                if [[ $host != ibmh  &&  $host != ibmkisti ]]
2924                then
2925                   export MP_SHARED_MEMORY=yes
2926                   export AIXTHREAD_SCOPE=S
2927                   export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
2928                   export XLSMPOPTS="spins=0:yields=0:stack=20000000"
2929                   export AUTHSTATE=files
2930                   export XLFRTEOPTS="nlwidth=132:err_recovery=no"    # RECORD-LENGTH OF NAMELIST-OUTPUT
2931                   #  export MP_PRINTENV=yes
2932
2933                      # TUNING-VARIABLES TO IMPROVE COMMUNICATION SPEED
2934                      # DO NOT SHOW SIGNIFICANT EFFECTS (SEP 04, FEDERATION-SWITCH)
2935                   export MP_WAIT_MODE=poll
2936                   [[ $node_usage = not_shared ]]  &&  export MP_SINGLE_THREAD=yes
2937                fi
2938
2939                if [[ $host = ibmkisti ]]
2940                then
2941                   export LANG=en_US
2942                   export MP_SHARED_MEMORY=yes
2943                   if [[ $threads_per_task = 1 ]]
2944                   then
2945                      export MP_SINGLE_THREAD=yes
2946                      export MEMORY_AFFINITY=MCM
2947                   else
2948                      export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
2949                   fi
2950                fi
2951
2952                if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
2953                then
2954                   printf "\n--- Control: OMP_NUM_THREADS = \"$OMP_NUM_THREADS\" \n"
2955                   if [[ "$cond1" = hpmcount  ||  "$cond2" = hpmcount ]]
2956                   then
2957                      /opt/optibm/HPM_2_4_1/bin/hpmcount  a.out
2958                   else
2959                      if [[ $run_coupled_model = false ]]
2960                      then
2961                         if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
2962                         then
2963                            echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
2964                         else
2965                            echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
2966                         fi
2967                      else
2968                         (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
2969                         (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
2970                         printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
2971                         printf "\n      using $coupled_mode coupling"
2972                         printf "\n\n"
2973                         echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
2974                      fi
2975                      poe ./a.out  <  runfile_atmos
2976                   fi
2977                else
2978                   if [[ $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibms ]]
2979                   then
2980                      poe  a.out  -procs $numprocs  -nodes 1  -rmpool 0
2981                   elif [[ $localhost = ibmkisti  ||  $localhost = ibmku ]]
2982                   then
2983                      if [[ -f $hostfile ]]
2984                      then
2985                         cp  $hostfile  hostfile
2986                      else
2987                         (( ii = 1 ))
2988                         while (( ii <= $numprocs ))
2989                         do
2990                            echo  $localhost_realname  >>  hostfile
2991                            (( ii = ii + 1 ))
2992                         done
2993                      fi
2994                      export MP_HOSTFILE=hostfile
2995                      if [[ $run_coupled_model = false ]]
2996                      then
2997                         if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
2998                         then
2999                            echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3000                         else
3001                            echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3002                         fi
3003                      else
3004                         (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3005                         (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3006                         printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3007                         printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3008                         printf "\n\n"
3009                         echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3010                      fi
3011
3012                      poe  ./a.out  -procs $numprocs  <  runfile_atmos
3013
3014                   else
3015                      if [[ "$host_file" = "" ]]
3016                      then
3017                         printf "\n  +++ no hostfile given in configuration file"
3018                         locat=config_file
3019                         exit
3020                      else
3021                         eval host_file=$host_file
3022                      fi
3023                      export MP_HOSTFILE=$host_file
3024                      poe  a.out  -procs $numprocs  -tasks_per_node $numprocs
3025                   fi
3026                fi
3027
3028             elif [[ $host = nech ]]  # running on NEC machines
3029             then
3030
3031                (( ii = nodes ))
3032                if [[ $ii = 1 ]]
3033                then
3034                   export F_ERRCNT=0        # acceptable number of errors before program is stopped
3035                   export MPIPROGINF=YES
3036                   #  export F_TRACE=YES|FMT1|FMT2  # output of ftrace informations to job protocol
3037                   echo "*** execution on single node with mpirun"
3038                   mpirun  -np $numprocs  ./a.out
3039                else
3040                   (( i = 0 ))
3041                   while (( i < ii ))
3042                   do
3043                      echo "-h $i  -p $tasks_per_node  -e ./mpi_exec_shell"  >>  multinode_config
3044                      (( i = i + 1 ))
3045                   done
3046
3047                   echo "#!/bin/sh"                         >   mpi_exec_shell
3048                   echo " "                                 >>  mpi_exec_shell
3049                   echo "set -u"                            >>  mpi_exec_shell
3050                   echo "F_ERRCNT=0"                        >>  mpi_exec_shell
3051                   echo "MPIPROGINV=YES"                    >>  mpi_exec_shell
3052                   echo "OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task" >>  mpi_exec_shell
3053                   echo "cpurest=$cpurest"                  >>  mpi_exec_shell
3054                   echo "fname=$fname"                      >>  mpi_exec_shell
3055                   echo "localhost=$localhost"              >>  mpi_exec_shell
3056                   echo "return_address=$return_address"    >>  mpi_exec_shell
3057                   echo "return_username=$return_username"  >>  mpi_exec_shell
3058                   echo "tasks_per_node=$tasks_per_node"    >>  mpi_exec_shell
3059                   echo "write_binary=$write_binary"        >>  mpi_exec_shell
3060                   echo "use_seperate_pe_for_dvrp_output=$use_seperate_pe_for_dvrp_output"  >>  mpi_exec_shell
3061                   echo "  "                                >>  mpi_exec_shell
3062                   echo "export F_ERRCNT"                   >>  mpi_exec_shell
3063                   echo "export MPIPROGINV"                 >>  mpi_exec_shell
3064                   echo "export OMP_NUM_THREADS"            >>  mpi_exec_shell
3065                   echo "export cpurest"                    >>  mpi_exec_shell
3066                   echo "export fname"                      >>  mpi_exec_shell
3067                   echo "export localhost"                  >>  mpi_exec_shell
3068                   echo "export return_address"             >>  mpi_exec_shell
3069                   echo "export return_username"            >>  mpi_exec_shell
3070                   echo "export tasks_per_node"             >>  mpi_exec_shell
3071                   echo "export write_binary"               >>  mpi_exec_shell
3072                   echo "export use_seperate_pe_for_dvrp_output"  >>  mpi_exec_shell
3073                   echo " "                                 >>  mpi_exec_shell
3074                   echo "exec  ./a.out"                     >>  mpi_exec_shell
3075
3076                   chmod u+x  mpi_exec_shell
3077                   export MPIPROGINF=YES
3078                   mpirun  -f multinode_config  &
3079                   wait
3080
3081                fi
3082
3083             elif [[ $(echo $host | cut -c1-2) = lc  &&  $host != lckyoto &&  $host != lctit ]]
3084             then
3085
3086                   # COPY HOSTFILE FROM SOURCE DIRECTORY OR CREATE IT, IF IT
3087                   # DOES NOT EXIST
3088                if [[  $host != lcbullhh  && $host != lccrayb  &&  $host != lccrayf  && $host != lccrayh  &&  $host != lckyuh  &&  $host != lckyut  &&  $host != lcocean ]]
3089                then
3090                   if [[ -f $hostfile ]]
3091                   then
3092                      cp  $hostfile  hostfile
3093                      (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3094                      [[ $ii = 0 ]]  &&  (( ii = 1 ))
3095                   else
3096                      (( ii = 1 ))
3097                      while (( ii <= $numprocs / $threads_per_task ))
3098                      do
3099                         echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3100                         (( ii = ii + 1 ))
3101                      done
3102                      if (( $numprocs / $threads_per_task == 0 ))
3103                      then
3104                         echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3105                      fi
3106                   fi
3107                   eval zeile=\"`head -n $ii  hostfile`\"
3108                   printf "\n  *** running on: $zeile"
3109                fi
3110
3111                (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3112                [[ $ii = 0 ]]  &&  (( ii = 1 ))
3113                export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3114
3115                if [[ $threads_per_task != 1 ]]
3116                then
3117                      # INCREASE STACK SIZE TO UNLIMITED, BECAUSE OTHERWISE LARGE RUNS
3118                      # MAY ABORT
3119                   ulimit -s unlimited
3120                   printf "\n      threads per task: $threads_per_task  stacksize: unlimited"
3121                fi
3122                if [[ $run_coupled_model = false ]]
3123                then
3124                   if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3125                   then
3126                      echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3127                   else
3128                      echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3129                   fi
3130                   printf "\n\n"
3131
3132                   if [[ $host = lccrayb || $host = lccrayh ]]
3133                   then
3134                       echo "--- aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  <  runfile_atmos"
3135                       aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  <  runfile_atmos
3136                   elif [[ $host = lcbullhh ]]
3137                   then
3138                      export OMPI_MCA_pml=cm
3139                      export OMPI_MCA_mtl=mxm
3140                      export OMPI_MCA_coll=^ghc
3141                      export OMPI_MCA_mtl_mxm_np=0
3142                      export MXM_RDMA_PORTS=mlx5_0:1
3143                      export MXM_LOG_LEVEL=ERROR
3144                      export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3145                      export KMP_AFFINITY=verbose,granularity=core,compact,1
3146                      export KMP_STACKSIZE=64m
3147
3148                      srun  --nodes=$nodes --ntasks-per-node=$tasks_per_node ./a.out  <  runfile_atmos
3149
3150                   elif [[ $host = lccrayf ]]
3151                   then
3152                       aprun  -j1  -n $ii  -N $tasks_per_node  -m ${memory}M  a.out  <  runfile_atmos
3153                   elif [[ $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3154                   then
3155                       aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  <  runfile_atmos
3156                   elif [[ $host = lcflow ]]
3157                   then
3158                      mpirun -np $ii a.out  < runfile_atmos
3159                   elif [[ $host = lcocean ]]
3160                   then
3161                      mpirun a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3162                   elif [[ $host = lcsb ]]
3163                   then
3164                      mpirun_rsh -hostfile $PBS_NODEFILE -np `cat $PBS_NODEFILE | wc -l` a.out  < runfile_atmos
3165                   elif [[ $host = lckiaps ]]
3166                   then
3167                      mpirun -np $ii  -machinefile $PBS_NODEFILE  ./a.out  <  runfile_atmos
3168                   elif [[ $host = lckyu* ]]
3169                   then
3170                      mpiexec -n $ii --stdin runfile_atmos  ./a.out
3171                   else
3172                      mpiexec  -machinefile hostfile  -n $ii  a.out  <  runfile_atmos
3173                   fi
3174
3175                else
3176
3177                       # CURRENTLY THERE IS NO FULL MPI-2 SUPPORT ON ICE AND XT4
3178                   (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3179                   (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3180                   printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3181                   printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3182                   printf "\n\n"
3183
3184                   if [[ $coupled_mode = "mpi2" ]]
3185                   then
3186                      echo "atmosphere_to_ocean $iia $iio"  >  runfile_atmos
3187                      echo "ocean_to_atmosphere $iia $iio"  >  runfile_ocean
3188
3189                      if [[ $host = lccrayf  ||  $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3190                      then
3191
3192                         aprun  -n $iia  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_atmos  &
3193                         aprun  -n $iio  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_ocean  &
3194
3195                      else
3196                             # WORKAROUND BECAUSE mpiexec WITH -env option IS NOT AVAILABLE ON SOME SYSTEMS
3197                          mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iia  a.out  <  runfile_atmos &
3198                          mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iio  a.out  <  runfile_ocean &
3199#                          mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iia  -env coupling_mode atmosphere_to_ocean  a.out  &
3200#                          mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iio  -env coupling_mode ocean_to_atmosphere  a.out  &
3201                      fi
3202                      wait
3203
3204                   else
3205
3206                      echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3207
3208                      if [[ $host = lccrayf  ||  $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3209                      then
3210
3211                         aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_atmos
3212
3213                      elif [[ $host = lck || $host = lckordi ]]
3214                      then
3215
3216                         mpiexec -n $ii  ./a.out  <  runfile_atmos  &
3217
3218                      elif [[ $host = lckyu* ]]
3219                      then
3220
3221                         mpiexec -n $ii --stdin runfile_atmos  ./a.out
3222
3223                      elif [[ $host = lcmuk ]] 
3224                      then
3225
3226                         mpiexec  -machinefile hostfile  -n $ii  a.out  <  runfile_atmos
3227
3228                      fi
3229                      wait
3230                   fi
3231
3232                fi
3233
3234             elif [[ $host = lckyoto ]]
3235             then
3236                set -xv
3237                export P4_RSHCOMMAND=plesh
3238                echo "     P4_RSHCOMMAND = $P4_RSHCOMMAND"
3239                if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
3240                then
3241                   if [[ "$cond2" = fujitsu ]]
3242                   then
3243                      mpiexec  -n $numprocs  ./a.out  # for fujitsu-compiler
3244                   elif [[ "cond2" = pgi ]]
3245                   then
3246                      mpirun  -np $numprocs  -machinefile ${QSUB_NODEINF}  ./a.out
3247                   else
3248                      mpirun_rsh -np $numprocs -hostfile ${QSUB_NODEINF} MV2_USE_SRQ=0 ./a.out  ||  /bin/true
3249                   fi
3250                else
3251                   if [[ "$cond2" = "" ]]
3252                   then
3253                      mpiruni_rsh -np $numprocs ./a.out  # for intel
3254                   else
3255                      mpirun  -np $numprocs  ./a.out
3256                   fi
3257                fi
3258                set +xv
3259
3260             elif [[ $host = lctit ]]
3261             then
3262                export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3263                echo "OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"
3264                if [[ "$threads_per_task" != 1 ]]
3265                then
3266                   export MV2_ENABLE_AFFINITY=0
3267                fi
3268                echo "----- PBS_NODEFILE content:"
3269                cat $PBS_NODEFILE
3270                echo "-----"
3271                (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3272                echo "mpirun  -np $ii  -hostfile $PBS_NODEFILE ./a.out"
3273                mpirun  -np $ii  -hostfile $PBS_NODEFILE  ./a.out
3274
3275             else
3276                mpprun  -n $numprocs  a.out
3277             fi
3278          else
3279             a.out
3280          fi
3281
3282       fi  # end normal (non-debug) execution
3283
3284    fi  # end explicit execute_command or host-specific execute actions
3285
3286    if [[ $? != 0 ]]
3287    then
3288
3289          # ABORT IN CASE OF RUNTIME ERRORS
3290       printf "\n  +++ runtime error occured"
3291       locat=execution
3292       exit
3293
3294    else
3295
3296       printf "\n$dashes\n  *** execution finished \n"
3297
3298          # STOP THE DVR STREAMING SERVER AND PROCESS THE DVR OUTPUT IN ORDER
3299          # TO CREAT DVRS- AND HTML-FILES CONTAINING ALL STREAMS
3300       if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
3301       then
3302          kill $dvrserver_id
3303          printf "\n  *** dvr server with id=$dvrserver_id has been stopped"
3304
3305             # IF THERE IS A DIRECTORY, DATA HAVE BEEN OUTPUT BY THE
3306             # STREAMING SERVER. OTHERWISE, USER HAS CHOSEN dvrp_output=local
3307          if [[ -d DATA_DVR ]]
3308          then
3309
3310                # ADD THE CURRENT DVR CONFIGURATION FILE TO THE DVR OUTPUT
3311                # DIRECTORY
3312             cp  .dvrserver.config  DATA_DVR
3313
3314                # PROCESS THE DVR OUTPUT (OPTION -s FOR GENERATING
3315                # SEQUENCE MODE DATA TOO)
3316             process_dvr_output  -d DATA_DVR  -f $fname  -s
3317
3318          else
3319
3320                # PROCESS THE LOCAL OUTPUT
3321             process_dvr_output  -l  -d DATA_DVR  -f $fname
3322
3323          fi
3324
3325       elif [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
3326       then
3327
3328             # PROCESS DVR OUTPUT GENERATD IN LOCAL MODE (dvrp_output=local)
3329          process_dvr_output  -l  -d DATA_DVR  -f $fname
3330
3331       fi
3332    fi
3333
3334
3335
3336       # CALL OF combine_plot_fields IN ORDER TO MERGE SINGLE FILES WRITTEN
3337       # BY EACH CORE INTO ONE FILE
3338   if [[ ! -f ${PALM_BIN}/combine_plot_fields${block}.x ]]
3339   then
3340      printf "\n\n\n  +++ WARNING: no combine_plot_fields found for given block \"$cond1 $cond2\""
3341      printf "\n      2d- and/or 3d-data may be incomplete!"
3342      printf "\n      Run \"mbuild -u -h $localhost\" to generate utilities for this block.\n"
3343   elif [[ "$combine_plot_fields" == true ]]
3344   then
3345      if [[ $localhost = lccrayh  ||  $localhost = lccrayb ]]
3346      then
3347         printf "\n\n\n *** post-processing: now executing \"aprun  -n 1  -N 1 combine_plot_fields${block}.x\" ..."
3348         aprun  -n 1  -N 1 combine_plot_fields${block}.x
3349      else
3350         printf "\n\n\n *** post-processing: now executing \"combine_plot_fields${block}.x\" ..."
3351         combine_plot_fields${block}.x
3352      fi
3353   else
3354
3355         # TEMPORARY SOLUTION TO SKIP combine_plot_fields. THIS IS REQUIRED IN CASE OF HUGE AMOUNT OF
3356         # DATA OUTPUT. TO DO: EXTEND THIS BRANCH BY CREATING A BATCH JOB for combine_plot_fields.
3357         # ??? koennen wir das streichen ???
3358      printf "\n\n\n *** post-processing: skipping combine_plot_fields (-Z option set) ..."
3359   fi
3360
3361
3362
3363       # EXECUTE OUTPUT-COMMANDS GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
3364    (( i = 0 ))
3365    while (( i < ioc ))
3366    do
3367       (( i = i + 1 ))
3368       if (( i == 1 ))
3369       then
3370          printf "\n\n  *** execution of OUTPUT-commands:\n$dashes"
3371       fi
3372       printf "\n  >>> ${out_command[$i]}"
3373       eval  ${out_command[$i]}
3374       if (( i == ioc ))
3375       then
3376          printf "\n$dashes\n"
3377       fi
3378    done
3379
3380
3381       # IN TRACE-MODE PRINT CONTENTS OF THE CURRENT (TEMPORARY) WORKING DIRECTORY
3382    if [[ $do_trace = true ]]
3383    then
3384       printf "\n\n"
3385       ls -al
3386    fi
3387
3388
3389
3390       # COPY LOCAL OUTPUT-FILES TO THEIR PERMANENT DESTINATIONS
3391    (( i = 0 ))
3392    while (( i < iout ))
3393    do
3394       (( i = i + 1 ))
3395       if (( i == 1 ))
3396       then
3397          printf "\n\n  *** saving OUTPUT-files:\n$dashes"
3398       fi
3399
3400          # CHECK FOR SINGLE FILE (SERIAL RUN) OR DIRECTORY (ONE FILE PER CORE FOR PARELLEL EXECUTION)
3401       files_for_pes=false; filetyp=file
3402       if [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  -n $numprocs ]]
3403       then
3404          files_for_pes=true; filetyp=directory
3405          actionout[$i]=""
3406       elif [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  ! -n $numprocs ]]
3407       then
3408          actionout[$i]=""
3409       elif [[ "${actionout[$i]}" = arpe  &&  -n $numprocs ]]
3410       then
3411          files_for_pes=true; filetyp=directory
3412          actionout[$i]="ar"
3413       elif [[ "${actionout[$i]}" = arpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3414       then
3415          actionout[$i]="ar"
3416       elif [[ "${actionout[$i]}" = flpe  &&  -n $numprocs ]]
3417       then
3418          files_for_pes=true; filetyp=directory
3419          actionout[$i]="fl"
3420       elif [[ "${actionout[$i]}" = flpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3421       then
3422          actionout[$i]="fl"
3423       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  -n $numprocs ]]
3424       then
3425          files_for_pes=true; filetyp=directory
3426          actionout[$i]="tr"
3427       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3428       then
3429          actionout[$i]="tr"
3430       fi
3431
3432       if [[ ! -f ${localout[$i]}  &&  $files_for_pes = false ]]
3433       then
3434          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}  does not exist\n"
3435       elif [[ ! -d ${localout[$i]}  &&  $files_for_pes = true ]]
3436       then
3437          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}/....  does not exist\n"
3438       else
3439
3440
3441             # COPY VIA SCP TO LOCAL HOST (ALWAYS IN BINARY MODE USING batch_scp option -m)
3442             # IF TARGET DIRECTORY DOES NOT EXISTS, TRY TO CREATE IT
3443          if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
3444          then
3445             if [[ $localhost != $fromhost ]]
3446             then
3447                if [[ $files_for_pes = false ]]
3448                then
3449                   cps=""
3450                   cst=""
3451                else
3452                   cps=-c
3453                   cst="/"
3454                fi
3455                if [[ $localhost = nech ]]
3456                then
3457
3458                      # TRANSFER IN SEPERATE JOB
3459                      # FIRST COPY FILE TO TEMPORY DATA DIRECTORY
3460                   [[ ! -d $tmp_data_catalog/TRANSFER ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog/TRANSFER
3461                   file_to_transfer=${fname}_${localout[$i]}_to_transfer_$kennung
3462                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3463                   then
3464                      ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3465                   else
3466                      mkdir  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3467                      ln  ${localout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3468                   fi
3469
3470                   echo "set -x"                                    >    transfer_${localout[$i]}
3471                   echo "cd  $tmp_data_catalog/TRANSFER"            >>   transfer_${localout[$i]}
3472
3473                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}$cst  by SCP in seperate job to"
3474                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}$cst"
3475                   printf "\n              or higher cycle\n"
3476                   echo "batch_scp $PORTOPT $cps -b -m -u $return_username $return_address  $file_to_transfer \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"  >>  transfer_${localout[$i]}
3477
3478                   echo "[[ \$? = 0 ]]  &&  rm  $file_to_transfer"  >>  transfer_${localout[$i]}
3479
3480                   if [[ $localhost = nech ]]
3481                   then
3482                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 900  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3483                   else
3484                      if [[ "$LOGNAME" = b323013 ]]
3485                      then
3486                         subjob  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3487                      else
3488                         subjob  -d  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3489                      fi
3490                   fi
3491
3492                else
3493
3494                      # TRANSFER WITHIN THIS JOB
3495                   transfer_failed=false
3496                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}$cst  by SCP to"
3497                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}$cst\n"
3498                   if [[ $localhost = lccrayb ]]
3499                   then
3500                      ssh $usern@blogin1 ". \\$HOME/.profile; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT $cps -b -m -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3501                   elif [[ $localhost = lccrayh ]]
3502                   then
3503                      ssh $usern@hlogin1 ". \\$HOME/.profile; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT $cps -b -m -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3504                   elif [[ $localhost = lcbullhh ]]
3505                   then
3506                      ssh $usern@mlogin101 ". \\$HOME/.profile; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT $cps -b -m -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3507                   elif [[ $localhost = lcxe6 ]]
3508                   then
3509                      ssh $usern@hexagon ". \\$HOME/.profile; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT $cps -b -m -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3510                   else
3511                      batch_scp $PORTOPT $cps -b -m -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
3512                   fi
3513                   [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
3514
3515                      # IF TRANSFER FAILED, CREATE BACKUP COPY ON THIS MACHINE
3516                   if [[ $transfer_failed = true ]]
3517                   then
3518                      printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on this host under:\n"
3519                      printf "      ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung\n"
3520
3521                         # FIRST CHECK, IF DIRECTORY EXISTS, AND CREATE IT, IF NECESSARY
3522                      eval  local_catalog=${pathout[$i]}
3523                      if [[ ! -d $local_catalog ]]
3524                      then
3525                         printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
3526                         printf "      $local_catalog \n"
3527                         mkdir -p  $local_catalog
3528                      fi
3529                      eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung
3530                      transfer_problems=true
3531                   fi
3532                fi
3533             else
3534
3535                   # UNSET actionout. DUE TO THIS SETTING, FILE WILL LATER JUST BE COPIED ON THIS MACHINE
3536                actionout[$i]=""
3537             fi
3538          fi
3539
3540
3541             # APPEND VIA SCP TO LOCAL HOST (ALWAYS IN BINARY MODE USING batch_scp option -m)
3542             # IF TARGET DIRECTORY DOES NOT EXISTS, TRY TO CREATE IT
3543          if [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
3544          then
3545             if [[ $localhost != $fromhost ]]
3546             then
3547                if [[ $localhost = ibmh  ||  $localhost = nech ]]
3548                then
3549
3550                      # TRANSFER IN SEPERATE JOB
3551                      # FIRST COPY FILE TO TEMPORY DATA DIRECTORY
3552                   [[ ! -d $tmp_data_catalog/TRANSFER ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog/TRANSFER
3553                   file_to_transfer=${fname}_${localout[$i]}_to_transfer_$kennung
3554                   ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3555
3556                   echo "set -x"                                    >    transfer_${localout[$i]}
3557                   echo "cd  $tmp_data_catalog/TRANSFER"            >>   transfer_${localout[$i]}
3558
3559                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append by SCP in seperate job to"
3560                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}"
3561                   printf "\n              or higher cycle\n"
3562                   echo "batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username $return_address  $file_to_transfer \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"  >>  transfer_${localout[$i]}
3563
3564                   echo "[[ \$? = 0 ]]  &&  rm  $file_to_transfer"  >>  transfer_${localout[$i]}
3565
3566                   if [[ $localhost = nech ]]
3567                   then
3568                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 900  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3569                   else
3570                      if [[ $LOGNAME = b323013 ]]
3571                      then
3572                         subjob  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3573                      else
3574                         subjob  -d  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3575                      fi
3576                   fi
3577
3578                else
3579
3580                      # TRANSFER WITHIN THIS JOB
3581                   transfer_failed=false
3582                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append by SCP to"
3583                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}\n"
3584                   if [[ $localhost = lccrayb ]]
3585                   then
3586                      ssh $usern@blogin1 ". \\$HOME/.profile; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3587                   elif [[ $localhost = lccrayh ]]
3588                   then
3589                      ssh $usern@hlogin1 ". \\$HOME/.profile; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3590                   elif [[ $localhost = lcxe6 ]]
3591                   then
3592                      ssh $usern@hexagon ". \\$HOME/.profile; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3593                   else
3594                      batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username  $return_address ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
3595                   fi
3596                   [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
3597
3598                      # IF TRANSFER FAILED, CREATE BACKUP COPY ON THIS MACHINE
3599                   if [[ $transfer_failed = true ]]
3600                   then
3601                      printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on this host under:\n"
3602                      printf "      ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung\n"
3603
3604                         # FIRST CHECK, IF DIRECTORY EXISTS, AND CREATE IT, IF NECESSARY
3605                      eval  local_catalog=${pathout[$i]}
3606                      if [[ ! -d $local_catalog ]]
3607                      then
3608                         printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
3609                         printf "      $local_catalog \n"
3610                         mkdir -p  $local_catalog
3611                      fi
3612
3613                      eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung
3614                      transfer_problems=true
3615                   fi
3616                fi
3617             else
3618
3619                   # RESET actionout. DUE TO THIS SETTING, FILE WILL LATER JUST BE APPENDED ON THIS MACHINE
3620                actionout[$i]=a
3621             fi
3622          fi
3623
3624
3625             # OUTPUT-FILE FOR A RESTART-RUN.
3626             # FILE IS MOVED TO THE TEMPORARY DATA DIRECTORY USING link COMMAND.
3627             # OPTION -f IS USED TO OVERWRITE EXISTING FILES.
3628             # AS LAST ACTION, ARCHIVING IS INITIATED.
3629          if [[ "${actionout[$i]}" = fl ]]
3630          then
3631             [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
3632             chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
3633             if [[ $files_for_pes = false ]]
3634             then
3635                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to"
3636                printf "\n              $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} (temporary data catalog)\n"
3637                ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3638             else
3639                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/....  to"
3640                printf "\n              $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} (temporary data catalog)\n"
3641                mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3642                cd ${localout[$i]}
3643                for file in $(ls *)
3644                do
3645                   ln -f $file $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3646                done
3647                cd $TEMPDIR
3648             fi
3649
3650
3651                # CREATE AND SUBMIT ARCHIVING-JOB
3652             if [[ $store_on_archive_system = true ]]
3653             then
3654
3655                if [[ $archive_system = asterix ]]
3656                then
3657                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                      >> archive_${frelout[$i]}
3658                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3659                   then
3660                      echo "stageout  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT${i}_$kennung" >> archive_${frelout[$i]}
3661                   else
3662                      echo "stageout -t  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT${i}_$kennung" >> archive_${frelout[$i]}
3663                   fi
3664                   echo "cat  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung"               >> archive_${frelout[$i]}
3665                   echo "if [[ \$(grep -c \"st.msg:150\"  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung) != 0 ]]" >> archive_${frelout[$i]}
3666                   echo "then"                                       >> archive_${frelout[$i]}
3667                   echo "   do_stageout=false"                       >> archive_${frelout[$i]}
3668                   echo "else"                                       >> archive_${frelout[$i]}
3669                   echo "   echo \"  +++ $filetyp ${frelout[$i]}  could not be stored on archive-system\" " >> archive_${frelout[$i]}
3670                   echo "   cat  /dev/null  >  ~/job_queue/ARCHIVE_ERROR_$fname" >> archive_${frelout[$i]}
3671                   echo "   cat  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung  >  ~/job_queue/archive_${frelout[$i]}_error" >> archive_${frelout[$i]}
3672                   echo "   echo \"  *** $filetyp ${frelout[$i]} will be copied to \$WORK as backup\" " >> archive_${frelout[$i]}
3673                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3674                   then
3675                      echo "   cp   ${frelout[$i]}  \$WORK"                    >> archive_${frelout[$i]}
3676                   else
3677                      echo "   cp -r  ${frelout[$i]}  \$WORK/${frelout[$i]}"   >> archive_${frelout[$i]}
3678                   fi
3679                   echo "   echo \"  *** $filetyp ${frelout[$i]} saved\" " >> archive_${frelout[$i]}
3680                   echo "fi"                                         >> archive_${frelout[$i]}
3681                   echo "rm  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung"              >> archive_${frelout[$i]}
3682                elif [[ $archive_system = DMF ]]
3683                then
3684                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                      >> archive_${frelout[$i]}
3685                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3686                   then
3687                      printf "\n  +++ archiving of single files impossible with $archive_system !\n"
3688                      locat=DMF
3689                      exit
3690                   else
3691                         # ??? nicht benötigte Archiv-Systeme entfernen ???
3692                         # FUER RECHNER IN JUELICH. DORT KOENNTEN AUCH
3693                         # EINZELNE DATEIEN GESICHERT WERDEN (SPAETER KORR.)
3694                      echo "rm -rf  \$ARCHIVE/${frelout[$i]}"     >> archive_${frelout[$i]}
3695                      echo "cp -r  ${frelout[$i]}  \$ARCHIVE"     >> archive_${frelout[$i]}
3696                   fi
3697                elif [[ $archive_system = tivoli ]]
3698                then
3699                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >> archive_${frelout[$i]}
3700                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3701                   then
3702                         # REMOVE EXISTING OLD FILES FROM THE ARCHIVE
3703                      echo "set -x"                                   >> archive_${frelout[$i]}
3704                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
3705                      echo "cp  ${frelout[$i]} \$PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3706                   else
3707
3708                      echo "set -x"                                   >> archive_${frelout[$i]}
3709                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}/*"         >> archive_${frelout[$i]}
3710                      echo "[[ ! -d \$PERM/${frelout[$i]} ]] && mkdir $PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3711                      cd  $tmp_data_catalog
3712                      all_files=`ls -1 ${frelout[$i]}/*`
3713                      cd -  > /dev/null
3714                      (( inode = 0 ))
3715                      (( tp1   = tasks_per_node + 1 ))
3716                      while (( inode < nodes ))
3717                      do
3718                         files=`echo $all_files | cut -d" " -f1-$tasks_per_node`
3719                         all_files=`echo $all_files | cut -d" " -f$tp1-`
3720                         echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
3721                         (( inode = inode + 1 ))
3722                      done
3723                   fi
3724                elif [[ $archive_system = ut ]]
3725                then
3726                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >> archive_${frelout[$i]}
3727                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3728                   then
3729                         # REMOVE EXISTING OLD FILES FROM THE ARCHIVE
3730                      echo "set -x"                                 >> archive_${frelout[$i]}
3731                      echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
3732                      echo "cp  ${frelout[$i]} \$UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3733                   else
3734
3735                      echo "set -x"                                 >> archive_${frelout[$i]}
3736                      echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}/*"         >> archive_${frelout[$i]}
3737                      echo "[[ ! -d \$UT/${frelout[$i]} ]] && mkdir $UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3738                      cd  $tmp_data_catalog
3739                      all_files=`ls -1 ${frelout[$i]}/*`
3740                      cd -  > /dev/null
3741                      (( inode = 0 ))
3742                      (( tp1   = tasks_per_node + 1 ))
3743                      while (( inode < nodes ))
3744                      do
3745                         files=`echo $all_files | cut -d" " -f1-$tasks_per_node`
3746                         all_files=`echo $all_files | cut -d" " -f$tp1-`
3747                         echo "tar  cvf \$UT/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
3748                         (( inode = inode + 1 ))
3749                      done
3750                   fi
3751                elif [[ $archive_system = none ]]
3752                then
3753                   printf "              +++ archiving on $localhost not available!\n"
3754                fi
3755
3756                if [[ $archive_system != none ]]
3757                then
3758                   if [[ $localhost = nech ]]
3759                   then
3760                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 7200  $PORTOPT  archive_${frelout[$i]}
3761                   fi
3762                   printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
3763                fi
3764             else
3765                printf "              +++ caution: option -A is switched off. No archiving on $archive_system!\n"
3766             fi
3767
3768
3769                # CREATE AN EMPTY DIRECTORY IN THE USERS PERMANENT DIRECTORY,
3770                # IN ORDER TO NOTE THE RESPECTIVE CYCLE NUMBER ON THE ARCHIVE SYSTEM
3771                # RESTART-JOBS ARE USING THESE EMPTY-DIRECTORIES TO GET THE CURRENT HIGHEST
3772                # CYCLE NUMBER ON THE ARCHIVE SYSTEM (IN CASE THAT INFORMATIONS ARE DIFFICULT TO
3773                # TO ACCESS FROM THE ARCHIVE-SYSTEM DIRECTLY))
3774             if [[ $files_for_pes = false ]]
3775             then
3776                cat  /dev/null  >  ${pathout[$i]}
3777             else
3778                mkdir -p  ${pathout[$i]}
3779             fi
3780
3781          fi
3782
3783
3784             # COPY FROM THIS HOST TO THE ARCHIVE-SYSTEM
3785             # IF ANY ARCHIVING FAILS, AN ERROR-FLAG-FILE IS SET
3786             # THIS FILE REMAINS TO BE SET, EVEN IF ARCHIVING OF FURTHER FILES IS SUCCESSFULL
3787          if [[ "${actionout[$i]}" = ar ]]
3788          then
3789             if [[ $files_for_pes = false ]]
3790             then
3791                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to"
3792                printf "\n              ${pathout[$i]}"
3793                printf "\n              File will be copied to archive-system ($archive_system) !\n"
3794             else
3795                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/_....  to"
3796                printf "\n              ${pathout[$i]}"
3797                printf "\n              Directory will be copied to archive-system ($archive_system) !\n"
3798             fi
3799             mv  ${localout[$i]}  ${frelout[$i]}
3800
3801             file_saved=false
3802
3803             if [[ $archive_system = asterix ]]
3804             then
3805                do_stageout=true
3806                (( stageout_anz = 0 ))
3807                while [[ $do_stageout = true ]]
3808                do
3809                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3810                   then
3811                      stageout  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT
3812                   else
3813                      stageout  -t  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT
3814                   fi
3815                   cat  STAGE_OUTPUT
3816                   if [[ $(grep -c "st.msg:150"  STAGE_OUTPUT) != 0 ]]
3817                   then
3818                      file_saved=true
3819                      do_stageout=false
3820                   else
3821                      if [[ $files_for_pes = false ]]
3822                      then
3823                         printf "\n  +++ file ${frelout[$i]}  could not be saved on archive-system"
3824                      else
3825                         printf "\n  +++ directory ${frelout[$i]} could not be saved on archive-system"
3826                      fi
3827                      (( stageout_anz = stageout_anz + 1 ))
3828                      if (( stageout_anz == 10 ))
3829                      then
3830                         printf "\n  +++ stoped after 10 unsuccessful tries!"
3831                         archive_save=false
3832                         do_stageout=false
3833                      else
3834                         printf "\n  *** new try to store on archive after 15 min:"
3835                         sleep 900
3836                      fi
3837                   fi
3838                done
3839             elif [[ $archive_system = DMF ]]
3840             then
3841                if [[ $files_for_pes = false ]]
3842                then
3843                   printf "\n  +++ archiving of single files impossible on $archive_system!\n"
3844                   locat=DMF
3845                   exit
3846                else
3847                   rm -rf  $ARCHIVE/${frelout[$i]}
3848                   cp -r  ${frelout[$i]}  $ARCHIVE
3849                fi
3850                file_saved=true
3851             elif [[ $archive_system = tivoli ]]
3852             then
3853                   # ARCHIVING ONLY POSSIBLE VIA BATCH-JOB
3854                   # IN THE MEANTIME, FILE IS STORED IN THE TEMPORARY DATA DIRECTORY,
3855                   # BECAUSE MRUN'S CURRENT TEMPORARY WORKING DIRECTORY MAY ALREADY BE DELETED
3856                   # WHEN THE ARCHIVE-JOB IS EXECUTED
3857                [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
3858                chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
3859                if [[ $files_for_pes = false ]]
3860                then
3861                   ln -f  ${frelout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3862                else
3863                   mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3864                   ln -f  ${frelout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3865                fi
3866
3867                   # GENERATE AND SUBMIT BATCH-JOB
3868                   # FILE HAS TO BE DELETED FROM THE TEMPORARY DATA DIRECTORY
3869                   # DELETE OLD EXISTING FILES FROM THE ARCHIVE
3870                echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >  archive_${frelout[$i]}
3871                if [[ $files_for_pes = false ]]
3872                then
3873                   echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
3874                   echo "cp  ${frelout[$i]} \$PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3875                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                  >> archive_${frelout[$i]}
3876                else
3877                   echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
3878                   echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3879                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                  >> archive_${frelout[$i]}
3880                fi
3881
3882                subjob  -v  -d  -q cdata  -X 0  -m 1000  -t 43200  -c $job_catalog  $PORTOPT  archive_${frelout[$i]}
3883                printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
3884                file_saved=true
3885
3886             elif [[ $archive_system = ut ]]
3887             then
3888                   # ARCHIVING ONLY POSSIBLE VIA BATCH-JOB
3889                   # IN THE MEANTIME, FILE IS STORED IN THE TEMPORARY DATA DIRECTORY,
3890                   # BECAUSE MRUN'S CURRENT TEMPORARY WORKING DIRECTORY MAY ALREADY BE DELETED
3891                   # WHEN THE ARCHIVE-JOB IS EXECUTED
3892                [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
3893                chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
3894                if [[ $files_for_pes = false ]]
3895                then
3896                   ln -f  ${frelout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3897                else
3898                   mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3899                   ln -f  ${frelout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3900                fi
3901
3902                   # GENERATE AND SUBMIT BATCH-JOB
3903                   # FILE HAS TO BE DELETED FROM THE TEMPORARY DATA DIRECTORY
3904                   # DELETE OLD EXISTING FILES FROM THE ARCHIVE
3905                echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >  archive_${frelout[$i]}
3906                if [[ $files_for_pes = false ]]
3907                then
3908                   echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
3909                   echo "cp  ${frelout[$i]} \$UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3910                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                >> archive_${frelout[$i]}
3911                else
3912                   echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
3913                   echo "tar  cvf \$UT/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3914                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                >> archive_${frelout[$i]}
3915                fi
3916
3917                subjob  -v  -c /pf/b/$usern/job_queue  -d  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 7200  $PORTOPT  archive_${frelout[$i]}
3918                printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
3919                file_saved=true
3920
3921             else
3922                printf "\n  +++ archive_system=\"$archive_system\"  archiving impossible!"
3923                archive_save=false
3924             fi
3925
3926                # CREATE EMPTY FLAG-FILE OR -DIRECTORY
3927                # IN ORDER TO NOTE THE RESPECTIVE CYCLE NUMBER ON THE ARCHIVE SYSTEM
3928                # RESTART-JOBS ARE USING THESE EMPTY-DIRECTORIES TO GET THE CURRENT HIGHEST
3929                # CYCLE NUMBER ON THE ARCHIVE SYSTEM (IN CASE THAT INFORMATIONS ARE DIFFICULT TO
3930                # TO ACCESS FROM THE ARCHIVE-SYSTEM DIRECTLY))
3931             if [[ $file_saved = true ]]
3932             then
3933                if [[ $files_for_pes = false ]]
3934                then
3935                   cat  /dev/null  >  ${pathout[$i]}
3936                else
3937                   mkdir -p  ${pathout[$i]}
3938                fi
3939             fi
3940
3941          fi
3942
3943             # APPEND ON THIS MACHINE
3944          if [[ "${actionout[$i]}" = "a" ]]
3945          then
3946             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
3947             then
3948                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
3949                cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
3950             else
3951                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to  ${pathout[$i]}\n"
3952                cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}
3953             fi
3954          fi
3955
3956             # COPY ON THIS MACHINE
3957             # COPY HAS TO BE USED, BECAUSE MOVE DOES NOT WORK IF FILE-ORIGIN AND TARGET ARE
3958             # ON DIFFERENT FILE-SYSTEMS
3959          if [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_pes = false ]]
3960          then
3961
3962                # COPY IN CASE OF RUNS ON SINGLE CORES
3963             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
3964             then
3965                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
3966                if [[ $link_local_output = true ]]
3967                then
3968                    printf "      using ln -f\n"
3969                    ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
3970                fi
3971                # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
3972                if [[ ! -f "${pathout[$i]}.${extout[$i]}" ]]
3973                then
3974                    if [[ $link_local_output = true ]]
3975                    then
3976                        printf "      ln failed, using cp...\n"
3977                    fi
3978                    cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
3979                fi
3980             else
3981                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to  ${pathout[$i]}\n"
3982                if [[ $link_local_output = true ]]
3983                then
3984                    printf "      using ln -f\n"
3985                    ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
3986                fi
3987                # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
3988                if [[ ! -f "${pathout[$i]}" ]]
3989                then
3990                    if [[ $link_local_output = true ]]
3991                    then
3992                        printf "      ln failed, using cp...\n"
3993                    fi
3994                    cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
3995                fi
3996             fi
3997
3998          elif [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_pes = true ]]
3999          then
4000
4001                # FILES FROM THE DIFFERENT CORES ARE MOVED WITH ln-COMMAND TO THE PERMANENT DIRECTORY
4002                # AS A FIRST STEP, THE PERMANENT DIRECTORY IS CREATED
4003             printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/_....  to  ${pathout[$i]}\n"
4004             if [[ $link_local_output = true ]]
4005             then
4006                 printf "      using ln -f\n"
4007                 mkdir  ${pathout[$i]}
4008                 cd ${localout[$i]}
4009                 for file in $(ls *)
4010                 do
4011                   ln -f $file  ${pathout[$i]}
4012                 done
4013                 cd $TEMPDIR
4014             fi
4015
4016                # IF "ln -f" HAS FAILED OR IF "$link_local_output = false" DO A NORMAL COPY "cp -r"
4017             if [[ ! -f "${pathout[$i]}/_0000" ]]
4018             then
4019                 if [[ $link_local_output = true ]]
4020                 then
4021                     printf "      ln failed for .../_0000, using cp...\n"
4022                 fi
4023                 cp -r  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4024             fi
4025
4026          fi
4027       fi
4028    done
4029    if (( i != 0 ))
4030    then
4031       if [[ $transfer_problems = true ]]
4032       then
4033          printf "\n$dashes\n  *** OUTPUT-files saved"
4034          printf "\n  +++ WARNING: some data transfers failed! \n"
4035       else
4036          printf "\n$dashes\n  *** all OUTPUT-files saved \n"
4037       fi
4038    fi
4039
4040
4041       # IF REQUIRED, START A RESTART-JOB
4042       # FILE CONTINUE_RUN MUST HAVE BEEN CREATED BY THE EXECUTABLE (PALM)
4043    if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
4044    then
4045
4046       if [[ $archive_save = true ]]
4047       then
4048
4049             # ADD RESTART-OPTIONS TO THE MRUN-CALL (IF THEY ARE NOT USED ALREADY):
4050             # -C TELLS MRUN THAT IT IS A RESTART-RUN
4051             # -v SILENT MODE WITHOUT INTERACTIVE QUERIES
4052             # -n BATCH-MODE (IMPORTANT ONLY IN CASE OF BATCH JOBS ON THE LOCAL MACHINE)
4053          [[ $(echo $mc | grep -c "\-C") = 0 ]]  &&  mc="$mc -C"
4054          [[ $(echo $mc | grep -c "\-v") = 0 ]]  &&  mc="$mc -v"
4055          [[ $(echo $mc | grep -c "\-b") = 0 ]]  &&  mc="$mc -b"
4056          if [[ $(echo $mc | grep -c "#") != 0 ]]
4057          then
4058             mc=`echo $mc | sed 's/#/f/g'`
4059          fi
4060
4061
4062             # START THE RESTART-JOB
4063          printf "\n\n  *** initiating restart-run on \"$return_address\" using command:\n"
4064          echo "      $mc"
4065          printf "\n$dashes\n"
4066          if [[ $localhost != $fromhost ]]
4067          then
4068
4069             if [[ $localhost = lcbullhh  ||  $localhost = lccrayb  ||  $localhost = lccrayh  ||  $localhost = nech  ||  $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibmkisti  ||  $localhost = ibmku  ||  $localhost = ibms  ||  $localhost = lcflow  ||  $localhost = lckyu*  ||  $localhost = lcxe6 ]]
4070             then
4071                echo "*** ssh will be used to initiate restart-runs!"
4072                echo "    return_address=\"$return_address\" "
4073                echo "    return_username=\"$return_username\" "
4074                if [[ $(echo $return_address | grep -c "130.75.105") = 1 ]]
4075                then
4076                   if [[ $localhost = ibmh ]]
4077                   then
4078                      ssh $SSH_PORTOPT $usern@136.172.40.15 "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \". \\\$HOME/.profile; module load intel-compiler hdf5 netcdf; PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4079                   elif [[ $localhost = lcbullhh ]]
4080                   then
4081                      ssh $SSH_PORTOPT $usern@mlogin101 "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \". \\\$HOME/.profile; module load intel-compiler hdf5 netcdf; PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4082                   elif [[ $localhost = lccrayb ]]
4083                   then
4084                      ssh $usern@blogin1 "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \". \\\$HOME/.profile; module load intel-compiler hdf5 netcdf; PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH; export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4085                   elif [[ $localhost = lccrayh ]]
4086                   then
4087                      ssh $usern@hlogin1 "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \". \\\$HOME/.profile; module load intel-compiler hdf5 netcdf; PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH; export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4088                   elif [[ $localhost = lcxe6 ]]
4089                   then
4090                      ssh $usern@hexagon "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \". \\\$HOME/.profile; module load intel-compiler hdf5 netcdf; PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH; export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4091                   else
4092                      ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username ". \\\$HOME/.profile; module load intel-compiler hdf5 netcdf; PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4093                   fi
4094                else
4095                   if [[ $localhost = ibmkisti ]]
4096                   then
4097                      ssh $SSH_PORTOPT $usern@gaiad "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4098                   elif [[ $localhost = lcflow ]]
4099                   then
4100                      /usr/bin/ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4101                   elif [[ $localhost = lcocean ]]
4102                   then
4103                      /usr/bin/ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4104                   elif [[ $localhost = lccrayb ]]
4105                   then
4106                      ssh $usern@blogin1 "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4107                   elif [[ $localhost = lccrayh ]]
4108                   then
4109                      ssh $usern@hlogin1 "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4110                   else
4111                      ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4112                   fi
4113                fi
4114             else
4115                printf "\n  +++ no restart mechanism available for host \"$localhost\" "
4116                locat=restart; exit
4117             fi
4118
4119                # WAIT TO ALLOW THE RESTART-JOB TO BE QUEUED, BEFORE THE CURRENT JOB IS FINISHED
4120             if [[ $queue = special1q ]]
4121             then
4122                sleep 120
4123             else
4124                sleep 30
4125             fi
4126
4127          else
4128
4129                # JOBS RUNNING (AND STARTED) ON THE LOCAL MACHINE CAN DIRECTLY CALL MRUN (WITHOUT
4130                # USING SSH)
4131             cd $LOCAL_PWD
4132             if [[ $localhost = lckyuh ]]
4133             then
4134                printf "\n  +++ WARNING: no restart mechanism available for host \"$localhost\" "
4135                printf "\n               please restart job manually using command:\n"
4136                printf "\n               \"$mc\" "
4137             else
4138                eval  $mc                # THE ' MUST BE EVALUATED
4139             fi
4140             cd -  > /dev/null
4141          fi
4142          if [[ $localhost = lckyuh ]]
4143          then
4144             printf "\n$dashes\n  *** restart-run to be initiated manually\n"
4145          else
4146             printf "\n$dashes\n  *** restart-run initiated \n"
4147          fi
4148
4149
4150             # DELETE INPUT-(RESTART)FILES, WHICH HAVE BEEN FETCHED FROM THE TEMPORARY DATA
4151             # DIRECTORY, BACAUSE THEY ARE NOT REQUIRED BY THE RESTART-JOB.
4152             # THIS IS DONE IN ORDER TO AVOID EXCEEDING DISC QUOTAS OR DISC SPACE (RESTART-FILES
4153             # MAY BE VERY HUGE)
4154          (( i = 0 ))
4155          while (( i < iin ))
4156          do
4157             (( i = i + 1 ))
4158             if [[ "${got_tmp[$i]}" = true   &&  $keep_data_from_previous_run = false ]]
4159             then
4160                rm -r  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
4161             fi
4162          done
4163
4164       else
4165
4166          printf "\n  +++ no restart-run possible, since errors occured"
4167          printf "\n      during the archive process"
4168       fi
4169
4170    fi
4171
4172
4173   
4174       # SEND EMAIL NOTIFICATION ABOUT THE FINISHED RUN
4175    if [[ "$email_notification" != "none" ]]
4176    then
4177
4178       if [[ $localhost != $fromhost ]]
4179       then
4180          if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
4181          then
4182             echo "PALM restart run necessary"        >   email_text
4183             echo "description header of actual run:" >>  email_text
4184             cat  CONTINUE_RUN                        >>  email_text
4185             echo "mrun-command to restart:"          >>  email_text
4186             echo "$mc"                               >>  email_text
4187          else
4188             echo "PALM run with base filename \"$fname\" on host \"$localhost\" finished"  >  email_text
4189          fi
4190          mail  $email_notification  <  email_text
4191          printf "\n  *** email notification sent to \"$email_notification\" "
4192       fi
4193    fi
4194
4195
4196
4197       # ALL ACTIONS FINISHED, TEMPORARY WORKING-DIRECTORY CAN BE DELETED
4198    cd  $HOME
4199    [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
4200
4201 else
4202
4203       # PREPARING ACTIONS,
4204       # IF A BATCH-JOB IS TO BE GENERATED AND STARTED ON A REMOTE-MACHINE GERECHNET
4205
4206       # BUILD THE MRUN-COMMAND TO BE CALLED IN THE BATCH-JOB ON THE REMOTE-MACHINE
4207    mrun_com="$mrun_script_name -a $afname -c $config_file -d $fname -h $host -H $fromhost -m $memory -t $cpumax -q $queue -R $return_address -U $return_username -u $remote_username"
4208    [[ "$cpp_opts" != "" ]]       &&  mrun_com=${mrun_com}" -D \"$cpp_opts\""
4209    [[ "$global_revision" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -G \"$global_revision\""
4210    [[ $group_number != none ]]   &&  mrun_com=${mrun_com}" -g $group_number"
4211    [[ $do_compile = true ]]      &&  mrun_com=${mrun_com}" -s \"$source_list\""
4212    [[ "$input_list" != "" ]]     &&  mrun_com=${mrun_com}" -i \"$input_list\""
4213    [[ $ignore_archive_error = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -I"
4214    [[ $keep_data_from_previous_run = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -k"
4215    [[ "$additional_conditions" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -K \"$additional_conditions\""
4216    [[ "$output_list" != "" ]]    &&  mrun_com=${mrun_com}" -o \"$output_list\""
4217    [[ "$read_from_config" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -S"
4218    [[ $do_trace = true ]]        &&  mrun_com=${mrun_com}" -x"
4219    [[ "$numprocs" != "" ]]       &&  mrun_com=${mrun_com}" -X $numprocs"
4220    if [[ $use_openmp = true ]]
4221    then
4222       mrun_com=${mrun_com}" -O $threads_per_task"
4223    fi
4224    [[ "$tasks_per_node" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -T $tasks_per_node"
4225    [[ $store_on_archive_system = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -A"
4226    [[ $package_list != "" ]]     &&  mrun_com=${mrun_com}" -p \"$package_list\""
4227    [[ $return_password != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -P $return_password"
4228    [[ $delete_temporary_catalog = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -B"
4229    [[ $node_usage != default  &&  "$(echo $node_usage | cut -c1-3)" != "sla"  &&  $node_usage != novice ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -n $node_usage"
4230    [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -y"
4231    [[ $run_coupled_model = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -Y \"$coupled_dist\""
4232    [[ "$check_namelist_files" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -z"
4233    [[ "$combine_plot_fields" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -Z"
4234    [[ "$max_par_io_str" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -w $max_par_io_str"
4235    if [[ $do_remote = true ]]
4236    then
4237       printf "\n>>>> MRUN-command on execution host:\n>>>> $mrun_com \n"
4238    fi
4239
4240
4241       # CREATE EXECUTABLE FOR BATCH JOB
4242    if [[ $create_executable_for_batch = true  &&  $restart_run != true ]]
4243    then
4244
4245       printf "\n  *** creating the executable for batch job\n"
4246
4247          # METHOD ONLY WORKS FOR BATCH JOBS ON LOCAL HOSTS
4248       if [[ $host != $localhost ]]
4249       then
4250          printf "\n  +++ creation of executables is only allowed for batch jobs on local hosts."
4251          printf "\n      Please set create_executable_for_batch = false in the config-file.\n"
4252          locat=create_executable; exit
4253       fi
4254
4255       mkdir  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}/TMPDIR_FOR_CREATING_EXECUTABLE
4256       cd  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}/TMPDIR_FOR_CREATING_EXECUTABLE
4257
4258       cp  $make_depository  .
4259       tar -xf  $make_depository  >  /dev/null  2>&1
4260       cp  ../*  .   >  /dev/null  2>&1
4261
4262       make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
4263
4264       if [[ $? != 0  ||  "$compile_error" = true  ||  "$module_compile_error" = true ]]
4265       then
4266          printf "\n  +++ error occured while compiling or linking"
4267          locat=compile
4268          exit
4269       fi
4270
4271       mv  a.out  ..
4272       cd -  >  /dev/null  2>&1
4273       rm -rf  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}/TMPDIR_FOR_CREATING_EXECUTABLE
4274
4275       printf "  *** executable created in \"$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}\"\n "
4276
4277    fi
4278
4279
4280       # BUILD THE JOB-SCRIPTS ON FILE jobfile
4281    jobfile=jobfile.$RANDOM
4282
4283
4284       # CREATE TEMPORARY DIRECTORY AND SWITCH TO IT
4285    echo  "mkdir  $TEMPDIR"      >>  $jobfile
4286    echo  "cd  $TEMPDIR"         >>  $jobfile
4287
4288
4289       # ACTIVATE ERROR-TRACEBACK
4290    if [[ $do_trace = true ]]
4291    then
4292       echo  "set -x"                                    >>  $jobfile
4293    else
4294       echo  "set +vx"                                   >>  $jobfile
4295    fi
4296
4297
4298       # INITIALIZE THE ENVIRONMENT AND LOAD MODULES
4299    if [[ "$init_cmds" != "" ]]
4300    then
4301       echo  "$init_cmds"        >>  $jobfile
4302    fi
4303    if [[ "$module_calls" != "" ]]
4304    then
4305       echo  "$module_calls"     >>  $jobfile
4306    fi
4307
4308
4309       # PROVIDE SOURCE-CODE FILES, MRUN-SCRIPT AND CONFIGURATION-FILE FOR THE JOB
4310       # then-CLAUSE: FILES ARE COLLECTED IN THE SOURCES_FOR_RUN_... DIRECTORY ON THE LOCAL HOST,
4311       #              WHICH IS THEN FETCHED FROM THE BATCH-JOB BY USING cp/scp
4312       #              THE SOURCE-CODE FILES ALREADY EXIST IN THIS DIRECTORY
4313       # else-CLAUSE: FILE-CONTENTS ARE PUT INTO THE JOB-FILE AS HERE-DOCUMENTS
4314       #              THIS MAY CREATE A QUITE LARGE JOB-FILE, WHICH CAN CAUSE PROBLEMS WITH SOME
4315       #              QUEUEING-SYSTEMS
4316    if [[ $host = ibmkisti  ||  $host = lcbullhh  ||  $host = lccrayb  ||  $host = lccrayf  ||  $host = lccrayh  ||  $host = lcocean ]]
4317    then
4318
4319          # COPY CONFIGURATION-FILE AND MRUN-SCRIPT INTO THE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY
4320       if [[ $restart_run != true ]]
4321       then
4322          cp  $config_file  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
4323          cp  ${PALM_BIN}/$mrun_script_name  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
4324       fi
4325
4326          # COPY THE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY FROM THE LOCAL HOST TO THE JOB VIA scp
4327          # (then-CLAUSE: JOBS ON THE LOCAL HOST CAN JUST USE cp)
4328       echo  "set -x"  >>  $jobfile
4329       if [[ $host = $localhost ]]
4330       then
4331             # DUE TO UNKNOWN REASONS, COPY WITH cp COMMAND CREATES CORRUPT
4332             # FILES ON CRAY XC30 SYSTEMS (CSC HELSINKI), rsync IS USED INSTEAD
4333          if [[ $(echo $host | cut -c1-6) = lccray ]]
4334          then
4335             echo  "rsync -av -t  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname  ."  >>  $jobfile
4336          else
4337             echo  "cp -r  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname  ."  >>  $jobfile
4338          fi
4339
4340       else
4341          if [[ $host = ibmkisti ]]
4342          then
4343                # ON KISTI'S IBM FIREWALL IS ONLY OPENED ON INTERACTIVE NODE
4344             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
4345             echo  "ssh $SSH_PORTOPT $remote_username@gaiad \"cd \$localdir; scp $PORTOPT -r  $return_username@$return_address:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
4346         elif [[ $host = lcbullhh ]]
4347          then
4348             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
4349             echo  "ssh $SSH_PORTOPT $remote_username@mlogin101 \"cd \$localdir; scp $PORTOPT -r  $return_username@$return_address:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
4350
4351          elif [[ $host = lccrayb ]]
4352          then
4353             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
4354             echo  "ssh $SSH_PORTOPT $remote_username@blogin1 \"cd \$localdir; scp $PORTOPT -r  $return_username@$return_address:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
4355          elif [[ $host = lccrayh ]]
4356          then
4357             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
4358             echo  "ssh $SSH_PORTOPT $remote_username@hlogin1 \"cd \$localdir; scp $PORTOPT -r  $return_username@$return_address:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
4359
4360          else
4361             echo  "scp $PORTOPT -r $return_username@$return_address:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname ."  >>  $jobfile
4362          fi
4363       fi
4364       echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                      >>  $jobfile
4365
4366          # MOVE MRUN-SCRIPT AND CONFIGURATION-FILE FROM THE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY TO THE
4367          # WORKING DIRECTORY OF THE JOB
4368       echo  "mv  SOURCES_FOR_RUN_$fname/$config_file  . "       >>  $jobfile
4369       echo  "mv  SOURCES_FOR_RUN_$fname/$mrun_script_name  . "  >>  $jobfile
4370       echo  "chmod u+rwx  $mrun_script_name"                    >>  $jobfile
4371       echo  "execute_mrun=true"                                 >>  $jobfile
4372       echo  " "                                                 >>  $jobfile
4373
4374    else
4375
4376          # PROVIDE SOURCE-CODE FILES AND MAKEFILE AS HERE DOCUMENT
4377       if [[ $do_compile = true ]]
4378       then
4379
4380          source_catalog=SOURCES_FOR_RUN_$fname
4381
4382              # CREATE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY TO STORE THE SOURCE CODE FILES AND THE MAKEFILE
4383          echo  "mkdir  SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
4384          echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                 >>  $jobfile
4385          echo  "cd     SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
4386
4387          for  filename  in  $source_list
4388          do
4389                # BACKSLASH IS USED FOR MASKING
4390             echo  "cat > $filename << \"%END%\""              >>  $jobfile
4391             cat   $source_catalog/$filename                   >>  $jobfile
4392             echo  " "                                         >>  $jobfile
4393             echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
4394             echo  " "                                         >>  $jobfile
4395          done
4396
4397             # BACKSLASH IS USED FOR MASKING
4398          echo  "cat > Makefile << \"%END%\""               >>  $jobfile
4399          cat   $source_catalog/Makefile                    >>  $jobfile
4400          echo  " "                                         >>  $jobfile
4401          echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
4402          echo  " "                                         >>  $jobfile
4403
4404          echo  "cd -  > /dev/null"                         >>  $jobfile
4405
4406       fi
4407
4408
4409          # PROVIDE THE CONFIGURATION-FILE AS HERE-DOCUMENT
4410          # BACKSLASH IS USED FOR MASKING
4411          # LINES WITH #$ IN THE CONFIGURATION-FILE, COMING FROM THE SVN KEYWORD SUBSTITUTION,
4412          # ARE REMOVED FROM THE FILE IN ORDER TO AVOID PROBLEMS WITH THE SGE BATCH SYSTEM
4413       echo  "cat > $config_file << \"%END%\""      >>  $jobfile
4414       if [[ $host = lckyuh ]]
4415       then
4416             # NO CROSS-COMPILER ON COMPUTE NODE
4417          sed  's/frtpx/frt/g'  $config_file        >>  $jobfile
4418       else
4419          sed 's/#$.*//g'   $config_file            >>  $jobfile
4420       fi
4421       echo  "%END%"                                >>  $jobfile
4422       echo  " "                                    >>  $jobfile
4423
4424
4425          # PROVIDE THE MRUN-SCRIPTS AS HERE-DOCUMENT
4426          # BACKSLASH IS USED FOR MASKING
4427       echo  "cat > $mrun_script_name <<\"%END%\""  >>  $jobfile
4428       if [[ $host = lckyuh ]]
4429       then
4430          sed 's/\/bin\/ksh/\/bin\/bash/g' ${PALM_BIN}/$mrun_script_name  >>  $jobfile
4431       else
4432          cat  ${PALM_BIN}/$mrun_script_name        >>  $jobfile
4433       fi
4434       echo  "%END%"                                >>  $jobfile
4435       echo  "chmod u+x $mrun_script_name"          >>  $jobfile
4436       echo  "execute_mrun=true"                    >>  $jobfile
4437       echo  " "                                    >>  $jobfile
4438
4439    fi
4440
4441
4442       # GET REQUIRED INPUT-FILES BY SCP OR BY SENDING THEM WITH THE JOB AS HERE-DOCUMENT
4443       # PUT THESE FILES INTO THE USER'S RESPECTIVE PERMANENT DIRECTORIES ON THE REMOTE-HOST
4444       # IF THE DIRECTORIES DO NOT EXIST, TRY TO CREATE THEM
4445    if [[ $do_remote = true ]]
4446    then
4447       (( i = 0 ))
4448       while (( i < iin ))
4449       do
4450          (( i = i + 1 ))
4451          echo  "[[ ! -d ${pathin[$i]} ]]  &&  mkdir -p  ${pathin[$i]}"  >>  $jobfile
4452          if [[ "${transin[$i]}" = job ]]
4453          then
4454             echo  "cat > ${remotepathin[$i]} <<\"%END%\""    >>  $jobfile
4455             eval cat   ${pathin[$i]}/${frelin[$i]}           >>  $jobfile
4456             echo  " "                                        >>  $jobfile
4457             echo  "%END%"                                    >>  $jobfile
4458          else
4459             echo  "batch_scp $PORTOPT -b -o -g -s -u $return_username $return_address ${remotepathin[$i]} \"${pathin[$i]}\" ${frelin[$i]}" >>  $jobfile
4460          fi
4461
4462             # CHECK, IF FILE COULD BE CREATED
4463          echo  "if [[ \$? = 1 ]]"                    >>  $jobfile
4464          echo  "then"                                >>  $jobfile
4465          echo  "   echo \" \" "                      >>  $jobfile
4466          echo  "   echo \"+++ file ${remotepathin[$i]} could not be created\" "   >>  $jobfile
4467          echo  "   echo \"    please check, if directory exists on $host!\" "  >>  $jobfile
4468          echo  "   echo \"+++ MRUN will not be continued\" "  >>  $jobfile
4469          echo  "   execute_mrun=false"               >>  $jobfile
4470          echo  "fi"                                  >>  $jobfile
4471       done
4472    fi
4473
4474       # PROVIDE NAME OF THE CURRENT WORKING-DIRECTORY ON THE LOCAL MACHINE (FROM WHERE THE JOB IS
4475       # STARTED) BY SETTING AN ENVIRONMENT-VARIABLE. THIS INFORMATION IS USED IN THE JOB BY MRUN
4476       # IN CASE THAT RESTART-RUNS HAVE TO BE GENERATED
4477    echo  "LOCAL_PWD=$working_directory"                >>  $jobfile
4478    echo  "export LOCAL_PWD"                            >>  $jobfile
4479
4480       # PROVIDE THE PATH OF THE LOCAL MRUN-SCRIPT FOR THE SAME REASON
4481    echo  "LOCAL_MRUN_PATH=$PALM_BIN"                   >>  $jobfile
4482    echo  "export LOCAL_MRUN_PATH"                      >>  $jobfile
4483
4484       # lcflow ALSO REQUIRES TO PROVIDE PATH FOR THE PALM-SCRIPTS
4485#    if [[ $host = lcflow  ||  $localhost = lcflow ]]
4486#    then
4487       echo  "export PALM_BIN=$PALM_BIN" | sed -e 's:'$HOME':$HOME:'   >>  $jobfile
4488       echo  "export PATH=\$PATH:\$PALM_BIN"              >>  $jobfile
4489#    fi
4490
4491       # CALL MRUN WITHIN THE JOB (SETTING QUEUE IS A WORKAROUND FOR ibmkisti)
4492       # AS FINAL ACTION, REMOVE THE TEMPORARY DIRECTORY CREATED AT THE BEGINNING OF THE JOB
4493    echo  "set -x"                                        >>  $jobfile
4494    echo  "queue=$queue"                                  >>  $jobfile
4495    echo  "[[ \$execute_mrun = true ]]  &&  ./$mrun_com"  >>  $jobfile
4496    echo  'ls -al; echo `pwd`'                            >>  $jobfile
4497    echo  "cd \$HOME"                                     >>  $jobfile
4498    echo  "rm -rf  $TEMPDIR"                              >>  $jobfile
4499
4500
4501
4502
4503       # START THE JOB USING SUBJOB-COMMAND
4504    if [[ $silent = false ]]
4505    then
4506       printf "\n     "
4507    else
4508       printf "\n\n"
4509    fi
4510
4511    subjob  $job_on_file  -h $host  -u $remote_username -g $group_number -q $queue  -m $memory  -N $node_usage -t $cpumax  $XOPT  $TOPT  $OOPT  -n $fname  -v  -c $job_catalog  -e $email_notification  $PORTOPT  $jobfile
4512    rm -rf  $jobfile
4513
4514
4515 fi  # END OF REMOTE-PART
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.