source: palm/trunk/SCRIPTS/mrun @ 1841

Last change on this file since 1841 was 1841, checked in by raasch, 6 years ago

some scripts now running under bash, redundant location message removed

  • Property svn:keywords set to Id Rev
File size: 168.5 KB
Line 
1#!/bin/bash
2
3# mrun - script for running PALM jobs
4
5#--------------------------------------------------------------------------------#
6# This file is part of PALM.
7#
8# PALM is free software: you can redistribute it and/or modify it under the terms
9# of the GNU General Public License as published by the Free Software Foundation,
10# either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
11#
12# PALM is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY
13# WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR
14# A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
15#
16# You should have received a copy of the GNU General Public License along with
17# PALM. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
18#
19# Copyright 1997-2015  Leibniz Universitaet Hannover
20#--------------------------------------------------------------------------------#
21#
22# Current revisions:
23# ------------------
24# script now running under bash
25#
26# Former revisions:
27# -----------------
28# $Id: mrun 1841 2016-04-07 19:14:06Z raasch $
29#
30# 1804 2016-04-05 16:30:18Z maronga
31# test: implementing an execute mechanism where the execute command is given in the
32# configuration file
33# ROPTS removed from execution commands
34# Warnings about missing optional files or user code changed to informative messages
35# Removed parameter file check
36#
37# 1755 2016-02-22 13:53:39Z maronga
38# Minor bugfix to last commit
39#
40# 1753 2016-02-22 13:49:49Z maronga
41# Bugfix: use random job number when PBS job nummer retrieval fails on lccray*
42#
43# 1622 2015-07-20 06:21:36Z heinze
44# bugfix for Mistral (lcbullhh)
45#
46# 1621 2015-07-17 11:39:33Z heinze
47# adjustments for Mistral at DKRZ Hamburg (lcbullhh)
48#
49# 1609 2015-07-03 15:37:58Z maronga
50# Modified the random number of the temporary working directory to match the
51# queuing system number on HLRN-III (lccray*).
52#
53# 1604 2015-06-23 15:48:03Z suehring
54# Enable coupled runs for lcmuk
55#
56# 1598 2015-05-29 06:45:40Z raasch
57# bugfix for creating hostfile and total number of MPI tasks if run in openmp-mode on one node
58#
59# 1549 2015-01-30 14:26:16Z suehring
60# Enable interactive debug sessions with allinea debugger
61#
62# 1547 2015-01-29 15:09:12Z witha
63# adjustments for ForWind computing cluster (lcflow)
64#
65# 1491 2014-11-12 08:12:57Z heinze
66# correct setting of batch_job allowed for ibm-machines
67#
68# 1468 2014-09-24 14:06:57Z maronga
69# Typo removed (addres->address)
70# Bugfix: returning files to IMUK via ssh did not work for lccrayh and lcycrayb
71# Added support for restart runs (remote) for lcxe6
72#
73# 1442 2014-07-28 07:09:10Z raasch
74# default queues for HLRN-III (lccrayb/lccrayh) defined
75#
76# 1422 2014-07-02 10:01:25Z kanani
77# automatic restarts enabled for lccrayb,
78# adjustment of path to compilervars.sh at IMUK (see automatic restarts)
79#
80# 1420 2014-06-10 06:24:14Z raasch
81# -j1 option added to aprung command for lccrayf (CSC)
82#
83# 1402 2014-05-09 14:25:13Z raasch
84# batch_job added to envpar-NAMELIST
85#
86# 1357 2014-04-11 15:02:03Z witha
87# adjustments for lccrayh (automatic restarts on lccrayh outside of IMUK are now
88# possible)
89#
90# 1320 2014-03-20 08:40:49Z raasch
91# check namelist file set false by default
92#
93# 1304 2014-03-12 10:29:42Z raasch
94# ulimit option changed from -Ss to -s
95#
96# bugfix: missing "fi" in r1289
97#
98# 1289 2014-03-04 07:12:34Z raasch
99# comments translated to English
100# necriam-, fimm-, ibmy-, and sgi-specific code removed
101# export of variables for palm and interpret_config removed
102#
103# 1281 2014-02-01 07:55:49Z raasch
104# rsync-copy restricted to Cray machines, since command is unavailable on some
105# other systems
106#
107# 1279 2014-01-28 12:10:14Z raasch
108# tasks_per_node must not be an integral divisor of numprocs any more. This was done
109# in order to remove annoying restrictions concerning the number of processors which
110# appear on machines with larger nodes (e.g. containing 24 cores). Now without this
111# restriction, one of the nodes will be filled with less than the given number of
112# tasks per node. A respective warning is given.
113#
114# 1274 2014-01-09 13:14:54Z heinze
115# adjustments for lccrayh
116#
117# 1272 2014-01-08 10:19:32Z witha
118# small adjustment for lcflow
119#
120# 1270 2013-12-16 11:05:01Z fricke
121# call of combine_plot_fields adjusted for lccrayb/lccrayh
122#
123# 1255 2013-11-07 14:43:35Z raasch
124# further adjustments for lccrayb remote access
125#
126# 1241 2013-10-30 11:36:58Z heinze
127# Enable use of nudging input and input of large scale forcing from
128# external files
129#
130# 1229 2013-09-20 06:55:19Z raasch
131# further adjustments for lccrayb
132#
133# 1224 2013-09-16 07:27:23Z raasch
134# first adjustments for lccrayb
135#
136# 1210 2013-08-14 10:58:20Z raasch
137# fftw support added
138#
139# 1201 2013-07-10 16:17:59Z witha
140# adjustments for Forwind cluster (lcflow)
141#
142# 1199 2013-07-05 14:52:22Z raasch
143# adjustments for CSC Helsinki (lccrayf),
144# executables for batch jobs can be created in advance, in order to avoid calling
145# the compiler within the batch job (only works if batch jobs are submitted on
146# local host)
147#
148# 1190 2013-06-25 09:39:21Z heinze
149# enable use of automatic restarts for ibmh
150# use of cluster/express queue enabled (ibmh)
151#
152# 1124 2013-04-09 15:46:52Z raasch
153# variable "memory" is exported via typeset option -x, because otherwise an unknown
154# side effect may lead to data loss while getopts is reading the script-option arguments
155#
156# 1122 2013-04-09 08:37:16Z heinze
157# Bugfix: change type of variable last_char
158#
159# 1119 2013-04-05 15:11:19Z raasch
160# Bugfix for setting -T option for subjob
161#
162# 1108 2013-03-05 07:03:32Z raasch
163# bugfix for coupled runs on lckyut/lckyuh
164#
165# 1106 2013-03-04 05:31:38Z raasch
166# --stdin argument for mpiexec on lckyuh
167# -y and -Y settings output to header
168#
169# 1103 2013-02-20 02:15:53Z raasch
170# default script runs again under ksh, because of unsolved problems with read
171# from stdin: when bash script is called from a ksh, message "read error: 0:
172# Resource temporarily unavailable" appears and script does not stop,
173# further bash compatibility adjustments,
174# shebang line replaced by /bin/bash when running jobs on lckyuh; no restarts
175# on lckyuh, but mrun does not terminate and issues a warning instead
176#
177# 1101 2013-02-17 10:20:21Z raasch
178# script now running under bash instead of ksh, which required small adjustments
179# (output formatting with printf instead "typeset -L/-R", print replaced by echo,
180# read from stdin),
181# cross compilername on lckyuh compute nodes replaced by real compiler name
182#
183# 1099 2013-02-10 01:47:43Z raasch
184# adjustments for Kyushu-University computing center (lckyuh - hayaka)
185# and for Forwind cluster (lcflow)
186# small further adjustments for lckyut
187#
188# 1094 2013-02-03 01:52:12Z raasch
189# explicit ssh/scp port can be set in config file with environment variable
190# scp_port.  This port is handled to all ssh/scp/batch_scp calls.
191# decalpha parts (yonsei) removed
192#
193# 2013-02-02 07:06:13Z raasch
194# adjustments for Kyushu-University computing center (lckyut - tatara)
195#
196# 1083 2013-01-04 10:22:09Z maronga
197# bugfix in parameter file check (read %cpp_options was missing)
198#
199# 1069 2012-11-28 16:18:43Z maronga
200# bugfix: coupling mode was always set to mpi2, typos removed
201#
202# 1058 2012-11-21 07:00:35Z raasch
203# Intel inspector (inspxe) is given the number of PEs instead of the number of
204# nodes
205#
206# 1046 2012-11-09 14:38:45Z maronga
207# code put under GPL (PALM 3.9)
208#
209# 21/03/94 - Siggi - first version finished
210# 03/03/94 - Siggi - script development started
211#
212#--------------------------------------------------------------------------------#
213# mrun - script for running PALM jobs
214#--------------------------------------------------------------------------------#
215
216
217 
218    # DECLARATION OF VARIABLES AND THEIR DEFUALT VALUES
219
220 set +o allexport    # SUPPRESS EXPORT OF ALL VARIABLES, SINCE IN THE PAST THIS
221                     # LES TO PROBLEMS IN ROUTINES CALLED BY MRUN
222                     # (TOO MANY ARGUMENTS - PROBLEM)
223 set +o noclobber    # EXISTING FILES ARE ALLOWED TO BE OVERWRITTEN
224
225 AddFilenames=""
226 additional_conditions=""
227 add_source_path=""
228 afname=""
229 archive_save=true
230 archive_system=none
231 check_namelist_files=false
232 combine_plot_fields=true
233 compiler_name=""
234 cond1=""
235 cond2="" 
236 config_file=.mrun.config
237 coupled_dist=""
238 coupled_mode="mpi1"
239 cpp_opts=""
240 cpp_options=""
241 cpumax=0
242 cpurest=0
243 create_executable_for_batch=false
244 delete_temporary_catalog=true
245 do_batch=false
246 do_compile=true
247 do_remote=false
248 do_stagein=true
249 do_stageout=true
250 do_trace=false
251 email_notification="none"
252 exclude=""
253 executable=""
254 execute_command="none"
255 execution_error=false
256 fftw_inc=""
257 fftw_lib=""
258 fftw_support=false
259  fname=test
260 fromhost=""
261 global_revision=""
262 group_number=none
263 host=""
264 host_file=""
265 hp=""
266 ignore_archive_error=false
267 input_list=""
268 interpreted_config_file=""
269 job_catalog="~/job_queue"
270 job_on_file=""
271 keep_data_from_previous_run=false
272 link_local_input=false
273 link_local_output=false
274 localhost_realname=$(hostname)
275 local_dvrserver_running=.FALSE.
276 locat=normal
277 mainprog=""
278 makefile=""
279 max_par_io_str=""
280 mc=$0
281 while [[ $(echo $mc | grep -c "/") != 0 ]]
282 do
283    mc=`echo $mc | cut -f2- -d"/"`
284 done
285 module_calls=""
286 mrun_script_name=$mc
287 netcdf_inc=""
288 netcdf_lib=""
289 netcdf_support=false
290 node_usage=default
291 numprocs=""
292 numprocs_atmos=0
293 numprocs_ocean=0
294 OOPT=""
295 openmp=false
296 output_list=""
297 package_list=""
298 queue=none
299 read_from_config=""
300 restart_run=false
301 if [[ `hostname` = rte10 ]]
302 then
303    return_address=133.5.185.60
304    echo "+++ WARNING: fixed return_address = $return_address is used !!!!!"
305 elif [[ `hostname` = climate0 ]]
306 then
307    return_address=165.132.26.68
308    echo "+++ WARNING: fixed return_address = $return_address is used !!!!!"
309 elif [[ `hostname` = urban00 ]]
310 then
311    return_address=147.46.30.151
312    echo "+++ WARNING: fixed return_address = $return_address is used !!!!!"
313 else
314    return_address=$(nslookup `hostname` 2>&1 | grep "Address:" | tail -1 | awk '{print $2}')
315 fi
316 return_password=""
317 return_username=$LOGNAME
318 remotecall=false
319 remote_username=""
320 run_coupled_model=false
321 run_mode=""
322 store_on_archive_system=false
323 dashes="  ----------------------------------------------------------------------------"
324 silent=false
325 source_list=""
326 source_path=SOURCE
327 tasks_per_node=""
328 threads_per_task=1
329 tmpcreate=false
330 tmp_data_catalog=""
331 transfer_problems=false
332 usern=$LOGNAME
333 use_openmp=false
334 version="MRUN  2.1 Rev$Rev: 1841 $"
335 working_directory=`pwd`
336 TOPT=""
337 XOPT=""
338 zeit=$( date | cut -c 12-19 )
339
340 typeset -i  iec=0 iic=0 iin=0 ioc=0 iout=0 stagein_anz=0 stageout_anz=0
341 typeset -x -i  memory=0   # HAS TO BE EXPORTED HERE, OTHERWISE AN UNKNOWN SIDE
342                           # SIDE EFFECT MAY CAUSE DATA LOSS WHEN GETOPTS IS READING THE
343                           # SCRIPT-OPTION ARGUMENTS
344 typeset -i  cputime i ii iia iii iio icycle inode ival jobges jobsek last_char_int maxcycle minuten nodes pes remaining_pes sekunden tp1
345
346    # ERROR HANDLING IN CASE OF EXIT
347 trap 'rm -rf  $working_directory/tmp_mrun
348       if [[ $locat != normal  &&  $locat != control_c ]]
349       then
350
351              # CARRY OUT ERROR-COMMANDS GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE (EC:)
352          (( i = 0 ))
353          while (( i < iec ))
354          do
355             (( i = i + 1 ))
356             printf "\n  *** Execution of ERROR-command:\n"
357             printf "  >>> ${err_command[$i]}\n"
358             eval  ${err_command[$i]}
359          done
360          if [[ -n $interpreted_config_file ]]
361          then
362             rm -rf  $interpreted_config_file
363          fi
364          if [[ -n .mrun_environment ]]
365          then
366             rm -rf  .mrun_environment
367          fi
368          if [[ $tmpcreate = true ]]
369          then
370             printf "\n  *** Contents of \"$TEMPDIR\":\n"
371             ls -al; cd
372             [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
373          fi
374          if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
375          then
376             echo "+++ killing dvrserver_id=$dvrserver_id"
377             kill $dvrserver_id
378          fi
379          if [[ -f ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID ]]
380          then
381             rm -rf  ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID
382          fi
383          printf "\n\n+++ MRUN killed \n\n"
384       elif [[ $locat != control_c ]]
385       then
386          printf "\n\n --> all actions finished\n\n"
387          printf "     Bye, bye $usern !!\n\n"
388       fi' exit
389
390
391    # ACTIONS IN CASE OF TERMINAL-BREAK (CONTROL-C):
392 trap 'rm -rf  $working_directory/tmp_mrun
393       rm -rf  $working_directory/tmp_check_namelist_files
394       [[ $tmpcreate = true ]]  &&  (cd; rm -rf $TEMPDIR)
395       if [[ -f ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID ]]
396       then
397          rm -rf  ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID
398       fi
399       if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
400       then
401          echo "+++ killing dvrserver_id=$dvrserver_id"
402          kill $dvrserver_id
403       fi
404       printf "\n+++ MRUN killed by \"^C\" \n\n"
405       locat=control_c
406       exit
407      ' 2
408
409
410    # CHECK IF THE PATH FOR THE PALM BINARIES (SCRIPTS+UTILITY-PROGRAMS) HAS
411    # BEEN SET
412 if [[ "$PALM_BIN" = "" ]]
413 then
414    printf "\n  +++ environment variable PALM_BIN has not been set"
415    printf "\n      please set it to the directory where the PALM scripts are located"
416    locat=palm_bin; exit
417 fi
418 export PATH=$PALM_BIN:$PATH
419
420
421
422    # READ SHELLSCRIPT-OPTIONS AND REBUILD THE MRUN-COMMAND STRING (MC),
423    # WHICH WILL BE USED TO START RESTART-JOBS
424 while  getopts  :a:AbBc:Cd:D:Fg:G:h:H:i:IkK:m:M:n:o:O:p:P:q:r:R:s:St:T:u:U:vw:xX:yY:zZ option
425 do
426   case  $option  in
427       (a)   afname=$OPTARG;;
428       (A)   store_on_archive_system=true; mc="$mc -A";;
429       (b)   do_batch=true; mc="$mc -b";;
430       (B)   delete_temporary_catalog=false; mc="$mc -B";;
431       (c)   config_file=$OPTARG; mc="$mc -c$OPTARG";;
432       (C)   restart_run=true; mc="$mc -C";;
433       (d)   fname=$OPTARG; mc="$mc -d$OPTARG";;
434       (D)   cpp_opts="$cpp_opts $OPTARG"; mc="$mc -D'$OPTARG'";;
435       (F)   job_on_file="-D"; mc="$mc -F";;
436       (g)   group_number=$OPTARG; mc="$mc -g$OPTARG";;
437       (G)   global_revision=$OPTARG; mc="$mc -G'$OPTARG'";;
438       (h)   host=$OPTARG; mc="$mc -h$OPTARG";;
439       (H)   fromhost=$OPTARG; mc="$mc -H$OPTARG";;
440       (i)   input_list=$OPTARG; mc="$mc -i'$OPTARG'";;
441       (I)   ignore_archive_error=true; mc="$mc -I";;
442       (k)   keep_data_from_previous_run=true; mc="$mc -k";;
443       (K)   additional_conditions="$OPTARG"; mc="$mc -K'$OPTARG'";;
444       (m)   memory=$OPTARG; mc="$mc -m$OPTARG";;
445       (M)   makefile=$OPTARG; mc="$mc -M$OPTARG";;
446       (n)   node_usage=$OPTARG; mc="$mc -n$OPTARG";; 
447       (o)   output_list=$OPTARG; mc="$mc -o'$OPTARG'";;
448       (O)   use_openmp=true; threads_per_task=$OPTARG; mc="$mc -O$OPTARG";;
449       (p)   package_list=$OPTARG; mc="$mc -p'$OPTARG'";;
450       (P)   return_password=$OPTARG; mc="$mc -P$OPTARG";;
451       (q)   queue=$OPTARG; mc="$mc -q$OPTARG";;
452       (r)   run_mode=$OPTARG; mc="$mc -r'$OPTARG'";;
453       (R)   remotecall=true;return_address=$OPTARG; mc="$mc -R$OPTARG";;
454       (s)   source_list=$OPTARG; mc="$mc -s'$OPTARG'";;
455       (S)   read_from_config=false; mc="$mc -S";;
456       (t)   cpumax=$OPTARG; mc="$mc -t$OPTARG";;
457       (T)   mrun_tasks_per_node=$OPTARG; mc="$mc -T$OPTARG";;
458       (u)   remote_username=$OPTARG; mc="$mc -u$OPTARG";;
459       (U)   return_username=$OPTARG; mc="$mc -U$OPTARG";;
460       (v)   silent=true; mc="$mc -v";;
461       (w)   max_par_io_str=$OPTARG; mc="$mc -w$OPTARG";;
462       (x)   do_trace=true;set -x; mc="$mc -x";;
463       (X)   numprocs=$OPTARG; mc="$mc -X$OPTARG";;
464       (y)   ocean_file_appendix=true; mc="$mc -y";;
465       (Y)   run_coupled_model=true; coupled_dist=$OPTARG; mc="$mc -Y'$OPTARG'";;
466       (z)   check_namelist_files=false; mc="$mc -z";;
467       (Z)   combine_plot_fields=false; mc="$mc -Z";;
468       (\?)  printf "\n  +++ unknown option $OPTARG \n"
469             printf "\n  --> type \"$0 ?\" for available options \n"
470             locat=parameter;exit;;
471   esac
472 done
473
474
475    # SKIP GIVEN OPTIONS TO READ POSITIONAL PARAMETER, IF GIVEN
476    # CURRENTLY ONLY PARAMETER ? (TO OUTPUT A SHORT COMMAND INFO) IS ALLOWED
477 (( to_shift = $OPTIND - 1 ))
478 shift $to_shift
479
480    # PRINT SHORT DESCRIPTION OF MRUN OPTIONS
481 if [[ "$1" = "?" ]]
482 then
483   (printf "\n  *** mrun can be called as follows:\n"
484    printf "\n      $mrun_script_name  -b -c.. -d.. -D.. -f.. -F -h.. -i.. -I -K.. -m.. -o.. -p.. -r.. -R -s.. -t.. -T.. -v -x -X.. -y -Y.. -Z <modus> \n"
485    printf "\n      Description of available options:\n"
486    printf "\n      Option  Description                              Default-Value"
487    printf "\n        -a    base name of input files                 equiv. -d"
488    printf "\n        -A    archiving when using file-attribute fl"
489    printf "\n        -b    batch-job on local machine               ---"
490    printf "\n        -B    do not delete temporary directory at end ---"
491    printf "\n        -c    configuration file                       .mrun.config"
492    printf "\n        -d    base name of files attached to program   test"
493    printf "\n        -D    preprocessor(cpp)-directives             \"\" "
494    printf "\n        -F    create remote job file only              ---"
495    printf "\n        -h    execution host                           $localhost_realname"
496    printf "\n        -i    INPUT control list                       \"\" "
497    printf "\n        -I    archiving errors of previous batch-jobs"
498    printf "\n              will be ignored"
499    printf "\n        -k    keep data from previous run"
500    printf "\n        -K    additional conditions for controling"
501    printf "\n              usage of conditional code and"
502    printf "\n              env-variables in configuration file      \"\" "
503    printf "\n        -m    memory demand in MB (batch-jobs)         0 MB"
504    printf "\n        -M    Makefile name                            Makefile"
505    printf "\n        -n    node usage (shared/not_shared)           depending on -h"
506    printf "\n        -o    OUTPUT control list                      \"\" "
507    printf "\n        -O    threads per openMP task                  ---"
508    printf "\n        -p    software package list                    \"\" "
509    printf "\n        -q    queue                                    \"$queue\" "
510    printf "\n        -r    run control list (combines -i -o)        \"\" "
511    printf "\n        -s    filenames of routines to be compiled     \"\" "
512    printf "\n              must end with .f, .f90, .F, or .c !"
513    printf "\n              use \"..\" for more than one file and wildcards"
514    printf "\n              -s LM compiles all locally modified files"
515    printf "\n        -S    config file interpreted by shellscript   ---"
516    printf "\n        -t    allowed cpu-time in seconds (batch)      0"
517    printf "\n        -T    tasks per node                           depending on -h"
518    printf "\n        -u    username on remote machine               \"\" "
519    printf "\n        -v    no prompt for confirmation               ---"
520    printf "\n        -w    maximum parallel io streams              as given by -X"
521    printf "\n        -x    tracing of mrun for debug purposes       ---"
522    printf "\n        -X    # of processors (on parallel machines)   1"
523    printf "\n        -y    add appendix \"_O\" to all local output"
524    printf "\n              files (ocean precursor runs followed by"
525    printf "\n              coupled atmosphere-ocean runs)           ---"
526    printf "\n        -Y    run coupled model, \"#1 #2\" with" 
527    printf "\n              #1 atmosphere and #2 ocean processors    \"#/2 #/2\" depending on -X"
528    printf "\n        -Z    skip combine_plot_fields at the end of      "
529    printf "\n              the simulation                           ---"
530    printf "\n "
531    printf "\n      Possible values of positional parameter <modus>:"
532    printf "\n        \"?\"       -  this outline \n\n") | more
533    exit
534 elif [[ "$1" != "" ]]
535 then
536    printf "\n  +++ positional parameter $1 unknown \n"
537    locat=parameter; exit
538 fi
539
540
541
542    # SHORT STARTING MESSAGE
543 printf "\n*** $version "
544 printf "\n    will be executed.     Please wait ..."
545
546
547
548    # CHECK, IF CONFIGURATION FILE EXISTS
549 if [[ ! -f $config_file ]]
550 then
551    printf "\n\n  +++ configuration file: "
552    printf "\n           $config_file"
553    printf "\n      does not exist"
554    locat=connect; exit 
555 fi
556
557
558    # DETERMINE THE HOST-IDENTIFIER (localhost) FROM THE CONFIGURATION FILE
559 line=""
560 grep  "%host_identifier"  $config_file  >  tmp_mrun
561 while read line
562 do
563    if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
564    then
565       HOSTNAME=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
566       host_identifier=`echo $line | cut -d" " -s -f3`
567       if [[ $localhost_realname = $HOSTNAME ]]
568       then
569          localhost=$host_identifier
570          break
571       fi
572    fi
573 done < tmp_mrun
574
575 if [[ "$localhost" = "" ]]
576 then
577    printf "\n\n  +++ no host identifier found in configuration file \"$config_file\""
578    printf "\n      for local host \"$localhost_realname\"."
579    printf "\n      Please add line"
580    printf "\n      \"\%host_identifier $localhost_realname <identifier>\""
581    printf "\n      to the configuration file."
582    locat=localhost; exit
583 fi
584
585
586    # SET HOST-SPECIFIC VARIABLES
587 case  $localhost_realname  in
588     (r1*|r2*|h01*|b01*)     archive_system=tivoli;;
589     (cs*)                   archive_system=ut;;
590 esac
591
592
593    # ??? THIS SHOULD BE DECRIBED IN THE MRUN DOCUMENTATION ???
594    # SET BASENAME OF THE INPUT-FILES TO THE GENERAL BASENAME (GIVEN BY OPTION -d),
595    # IF IT HAS NOT BEEN SET BY THE USER DIFFERENTLY (USING OPTION -a)
596 [[ "$afname" = "" ]]  &&  afname=$fname
597
598
599    # ADD RUN-FILE ACTIVATION STRINGS (GIVEN BY OPTION -r) TO THE
600    # RESPECTIVE LISTS FOR ACTIVATING THE INPUT/OUTPUT FILE CONNECTION
601    # STATEMENTS IN THE CONFIGURATION FILE
602 if [[ "$run_mode" != "" ]]
603 then
604    input_list="$input_list $run_mode"
605    output_list="$output_list $run_mode"
606 fi
607
608
609    # ??? is this (and the respective option -H) really required ???
610    # STORE HOSTNAME, FROM WHICH THE JOB IS STARTED,
611    # BUT ONLY IF IT HASN'T BEEN ALREADY SET BY OPTION -H
612    # (MRUN IS AUTOMATICALLY SETTING THIS OPTION IN THE MRUN-CALLS WITHIN
613    # THOSE BATCH-JOBS, WHICH ARE CREATED BY MRUN ITSELF)
614 if [[ "$fromhost" = "" ]]
615 then
616    fromhost=$localhost
617 fi
618
619
620    # CHECK, IF EXECUTION SHALL TO BE DONE ON THE REMOTE-MACHINE.
621    # VALUE OF do_remote IS IMPORTANT FOR THE FILE CONNECTIONS.
622    # IN CASE OF EXECUTION ON A REMOTE-MACHINE, A BATCH-JOB HAS
623    # TO BE SUBMITTED (I.E. do_batch=true)
624 if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
625 then
626    do_batch=true
627    do_remote=true
628    case  $host  in
629        (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|nech|lcbullhh|lccrayb|lccrayh|lccrayf|lcflow|lckyoto|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckiaps|lckordi|lckyuh|lckyut|lcsb)  true;;
630        (*)  printf "\n"
631             printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
632             printf "\n      is not available"
633             locat=nqs; (( iec = 0 )); exit;;
634    esac
635 else
636    host=$localhost
637 fi
638
639
640     # EVALUATE ADDITIONAL CONDITIONS GIVEN BY OPTION -K
641 if [[ -n $additional_conditions ]]
642 then
643    cond1=`echo $additional_conditions | cut -d" " -f1`
644    cond2=`echo $additional_conditions | cut -d" " -s -f2`
645    dummy=`echo $additional_conditions | cut -d" " -s -f3`
646    if [[ -n $dummy ]]
647    then
648       printf "\n  +++ more than 2 additional conditions given for Option \"-K\""
649       locat=options; exit
650    fi
651    block=_$cond1
652    [[ -n $cond2 ]]  &&  block=${block}_$cond2
653 fi
654
655
656      # EVALUATE MODEL COUPLING FEATURES (OPTION -Y) AND DETERMINE coupled_mode
657 if [[ $run_coupled_model = true ]] 
658 then
659
660    numprocs_atmos=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f1`
661    numprocs_ocean=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f2`
662
663    if (( $numprocs_ocean + $numprocs_atmos != $numprocs ))
664    then
665
666       printf "\n  +++ number of processors does not fit to specification by \"-Y\"."
667       printf "\n      PEs (total)     : $numprocs"
668       printf "\n      PEs (atmosphere): $numprocs_atmos"
669       printf "\n      PEs (ocean)     : $numprocs_ocean"
670       locat=coupling; exit
671
672    fi
673
674
675       # GET coupled_mode FROM THE CONFIG FILE
676    line=""
677    grep  "%cpp_options.*-D__mpi2.*$host" $config_file  >  tmp_mrun
678    while read line
679    do
680       echo line=\"$line\"
681       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" &&  $(echo $line | cut -d" " -s -f4) = $cond1 && $(echo $line | cut -d" " -s -f5)  = $cond2 ]]
682       then
683          coupled_mode="mpi2"
684       fi
685    done < tmp_mrun
686
687 fi
688
689    # CHECK, IF FILE-ARCHIVING HAS FAILED IN PREVIOUS JOB (OF A JOB-CHAIN)
690 if [[ -f ~/job_queue/ARCHIVE_ERROR_$fname ]]
691 then
692    if [[ $ignore_archive_error = false ]]
693    then
694       printf "\n  +++ data archiving of previous run failed"
695       printf "\n      see directory \~/job_queue on remote machine"
696       locat=archive; exit
697    else
698       printf "\n  +++ warning: data archiving in a previous run failed"
699       printf "\n      MRUN continues, trying to get backup copy"
700    fi
701 fi
702
703
704    # SAVE VALUES OF MRUN-OPTIONS SICHERN IN ORDER TO OVERWRITE
705    # THOSE VALUES GIVEN IN THE CONFIGURATION-FILE
706 mrun_memory=$memory
707 mrun_group_number=$group_number
708 mrun_cpumax=$cpumax
709 mrun_numprocs=$numprocs
710
711
712    # READ AND EVALUATE THE CONFIGURATION-FILE FROM WITHIN THIS SHELLSCRIPT
713    # (OPTION -S). THE DEFAULT IS USING THE ROUTINE <<<<
714 if [[ "$read_from_config" = false ]]
715 then
716    [[ $silent = false ]]  &&  printf "\n    Reading the configuration file... "
717
718       # READ THE CONFIGURATION FILE LINE BY LINE
719    while  read zeile
720    do
721        [[ $silent = false ]]  &&  printf "."
722
723
724          # FIRST REPLACE ENVIRONMENT-VARIABLES BY THEIR RESPECTIVE VALUES
725       eval  zeile=\"$zeile\"
726
727
728          # INTERPRET THE LINE
729       if [[ "$(echo $zeile)" = "" ]]
730       then
731             # EMPTY LINE, NO ACTION
732          continue
733
734       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1)"  =  "#" ]]
735       then
736
737             # LINE IS A COMMENT LINE
738          true
739
740       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1)"  =  "%" ]]
741       then
742
743             # LINE DEFINES AN ENVIRONMENT-VARIABLE
744          zeile=$(echo $zeile | cut -c2-)
745          var=`echo $zeile | cut -d" " -f1`
746          value=`echo $zeile | cut -d" " -s -f2`
747          for_host=`echo $zeile | cut -d" " -s -f3`
748          for_cond1=`echo $zeile | cut -d" " -s -f4`
749          for_cond2=`echo $zeile | cut -d" " -s -f5`
750
751          if [[ "$for_host" = ""  ||  ( "$for_host" = $host  &&  "$for_cond1" = "$cond1"  &&  "$for_cond2" = "$cond2" )  ||  $(echo "$input_list$output_list"|grep -c "$for_host") != 0 ]]
752          then
753
754                # REPLACE ":" BY " " IN COMPILER- CPP- OR LINKER-OPTIONS,
755                # "::" IS REPLACED BY ":".
756             value=`echo $value | sed 's/::/%DUM%/g' | sed 's/:/ /g' | sed 's/%DUM%/:/g'`
757
758
759                # VALUE FROM THE CONFIGURATION-FILE IS ASSIGNED TO THE
760                # ENVIRONMENT-VARIABLE, BUT ONLY IF NO VALUE HAS BEEN ALREADY
761                # ASSIGNED WITHIN THIS SCRIPT (E.G. BY SCRIPT-OPTIONS).
762                # NON-ASSIGNED VARIABLES HAVE VALUE "" OR 0 (IN CASE OF INTEGER).
763                # HENCE THE GENERAL RULE IS: SCRIPT-OPTION OVERWRITES THE
764                # CONFIGURATION-FILE.
765             if [[ "$(eval echo \$$var)" = ""  ||  "$(eval echo \$$var)" = "0" ]]
766             then
767                eval  $var=\$value
768
769                   # TERMINAL OUTPUT OF ENVIRONMENT-VARIABLES, IF TRACEBACK IS SWITCHED on
770                if [[ $do_trace = true ]]
771                then
772                   printf "\n*** ENVIRONMENT-VARIABLE $var = $value"
773                fi
774             fi
775
776                # IF AN ENVIRONMENT-VARIABLE DETERMINES THE HOST, THEN EVALUATE IT IMMEDIATELY:
777                # VALUE OF do-remote IS REQUIRED FOR THE FILE CONNECTIONS (COPY OF I/O FILES).
778                # IF EXECUTION IS SCHEDULED FOR A REMOTE-MASCHINE, A BATCH-JOB
779                # MUST HAVE TO BE STARTED
780             if [[ $var = host ]]
781             then
782                if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
783                then
784                   do_batch=true
785                   do_remote=true
786                   case  $host  in
787                       (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|lcbullhh|lccrayb|lccrayh|lccrayf|lcflow|lckyoto|nech|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckiaps|lckordi|lckyuh|lckyut|lcsb)  true;;
788                       (*)  printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
789                            printf "\n      is not available"
790                            locat=nqs; exit;;
791                   esac
792                else
793                   host=$localhost
794                fi
795             fi
796
797                # USER-DEFINED ENVIRONMENT VARIABLES MUST BE EXPORTED,
798                # BECAUSE THEY MAY BE REQUIRED IN OTHER SCRIPTS CALLED
799                # BY MRUN (E.G. subjob)
800             export  $var
801          fi
802
803
804
805
806       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "EC:" ]]
807       then
808
809             # LINE DEFINES ERROR-COMMAND
810          (( iec = iec + 1 ))
811          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
812          err_command[$iec]="$zeile"
813
814       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "IC:" ]]
815       then
816
817             # LINE DEFINES INPUT-COMMAND
818          (( iic = iic + 1 ))
819          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
820          in_command[$iic]="$zeile"
821
822       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "OC:" ]]
823       then
824
825             # LINE DEFINES OUTPUT-COMMAND
826          (( ioc = ioc + 1 ))
827          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
828          out_command[$ioc]="$zeile"
829
830       else
831
832             # LINE DEFINES FILE CONNECTION. READ THE FILE ATTRIBUTES.
833             # s2a: in/out - field
834             # s2b: loc    - field (optional)
835             # s2c: tr/ar  - field (optional)
836          s1=`echo $zeile | cut -d" " -f1`
837          s2=`echo $zeile | cut -d" " -s -f2`
838          s2a=$(echo $s2 | cut -d":" -f1)
839          if [[ $(echo $s2 | grep -c ":") = 0 ]]
840          then
841             s2b=""
842             s2c=""
843          else
844             s2b=`echo $s2 | cut -d":" -f2 | sed 's/:/ /g'`
845             s2c=`echo $s2 | cut -d":" -s -f3 | sed 's/:/ /g'`
846          fi
847          s3=`echo $zeile | cut -d" " -f3`
848          s4=`echo $zeile | cut -d" " -s -f4`
849          s5=`echo $zeile | cut -d" " -s -f5`
850          s6=`echo $zeile | cut -d" " -s -f6`
851
852       
853             # STORE FILE CONNECTION, IF ACTIVATED BY ACTIVATION-STRING FROM
854             # INPUT- OR OUTPUT-LIST.
855             # VARIABLE S3 MAY CONTAIN A LIST OF ACTIVATION STRINGS (FIELD-SEPERATOR ":").
856             # IF EXECUTION IS SCHEDULED FOR A REMOTE-MACHINE AND THE FILE IS ONLY
857             # LOCALLY REQUIRED ON THAT MACHINE (I.E. s2b = loc), THE FILE CONNECTION
858             # IS NOT CHECKED AND STORED.
859          IFSALT="$IFS"; IFS="$IFS:"
860          if [[ "$s2a" = in  &&  ! ( $do_remote = true  &&  ( "$s2b" = loc  ||  "$s2b" = locopt ) ) ]]
861          then
862             found=false
863             for  actual  in  $input_list
864             do
865                for  formal  in  $s3
866                do
867                   [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-" ]]  &&  found=true
868                done
869             done
870             if [[ $found = true ]]
871             then
872                (( iin = iin + 1 ))
873                localin[$iin]=$s1; transin[$iin]=$s2b; actionin[$iin]=$s2c;
874                typein[$iin]=$s3; pathin[$iin]=$s4; endin[$iin]=$s5;
875                extin[$iin]=$s6
876             fi
877          elif [[ "$s2a" = out  &&  ! ( $do_remote = true  &&  "$s2b" = loc ) ]]
878          then
879             found=false
880             for  actual  in  $output_list
881             do
882                for  formal  in  $s3 
883                do
884                   [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-"  ]]  &&  found=true
885                done
886             done
887             if [[ $found = true ]]
888             then
889                (( iout = iout + 1 ))
890                localout[$iout]=$s1; actionout[$iout]=$s2c; typeout[$iout]=$s3;
891                pathout[$iout]=$s4; endout[$iout]=$s5; extout[$iout]=$s6
892             fi
893          elif [[ "$s2a" != in  &&  "$s2a" != out ]]
894          then
895             printf "\n  +++ I/O-attribute in configuration file $config_file has the invalid"
896             printf "\n      value \"$s2\". Only \"in\" and \"out\" are allowed!"
897             locat=connect; exit
898          fi
899          IFS="$IFSALT"
900       fi
901    done < $config_file
902
903 else
904
905       # EVALUATE THE CONFIGURATION-FILE BY FORTRAN-PROGRAM
906    [[ $silent = false ]]  &&  printf "..."
907    interpreted_config_file=.icf.$RANDOM
908
909
910
911       # PROVIDE VALUES OF ENVIRONMENT-VARIABLE FOR interpret_config VIA NAMELIST-FILE
912    cat  >  .mrun_environment  <<  %%END%%
913 &mrun_environment  cond1 = '$cond1', cond2 = '$cond2',
914                    config_file = '$config_file', do_remote = '$do_remote',
915                    do_trace = '$do_trace', host = '$host',
916                    input_list = '$input_list', icf = '$interpreted_config_file',
917                    localhost = '$localhost', output_list = '$output_list' /
918
919%%END%%
920
921    if [[ "$host" != $localhost ]]
922    then
923
924          # REMOTE JOB FROM LOCAL HOST: JUST TAKE THE FIRST EXECUTABLE FOUND
925       interpret_config_executable=`ls -1 ${PALM_BIN}/interpret_config*.x 2>/dev/null`
926       if [[ $? != 0 ]]
927       then
928          printf "\n\n  +++ no interpret_config found"
929          printf "\n      run \"mbuild -u -h ...\" to generate utilities for this host"
930          locat=interpret_config; exit
931       fi
932       interpret_config_executable=`echo $interpret_config_executable | cut -d" " -f1`
933       $interpret_config_executable
934
935    else
936
937          # CHECK, IF THERE IS AN EXECUTABLE FOR THE BLOCK
938       if [[ ! -f ${PALM_BIN}/interpret_config${block}.x ]]
939       then
940          printf "\n\n  +++ no interpret_config found for given block \"$cond1 $cond2\""
941          printf "\n      run \"mbuild -u -h ...\" to generate utilities for this block"
942          locat=interpret_config; exit
943       else
944          interpret_config${block}.x
945       fi
946
947    fi
948    rm .mrun_environment
949
950
951       # EXECUTE SHELL-COMMANDS GENERATED BY interpret_config WITHIN THIS SHELL
952    chmod  u+x  $interpreted_config_file
953    export PATH=$PATH:.
954    . $interpreted_config_file
955    rm  $interpreted_config_file
956
957 fi
958
959
960    # VALUES OF MRUN-OPTIONS OVERWRITE THOSE FROM THE CONFIGURATION-FILE
961 [[ $mrun_memory     != 0   ]]  &&  memory=$mrun_memory
962 [[ "$mrun_group_number" != "none" ]]  &&  group_number=$mrun_group_number
963 [[ $mrun_cpumax     != 0   ]]  &&  cpumax=$mrun_cpumax
964 [[ "$mrun_numprocs" != ""  ]]  &&  numprocs=$mrun_numprocs
965 [[ "$max_par_io_str" != "" ]]  &&  maximum_parallel_io_streams=$max_par_io_str
966 [[ "$mrun_tasks_per_node" != "" ]]  &&  tasks_per_node=$mrun_tasks_per_node
967
968
969    # ON THE LOCAL MACHINE, DETERMINE (FROM THE CONFIGURATION-FILE) THE PATH
970    # FOR SOURCE-FILES TO BE COMPILED.
971    # IN A BATCH-JOB, SOURCES (ROUTINES TO BE COMPILED) ARE COMPLETE ALREADY.
972    # BEFORE MRUN IS CALLED IN THE JOB, SOURCES_COMPLETE = true IS ASSIGNED (SEE FURTHER BELOW).
973 if [[ "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
974 then
975
976       # FIRST CHECK, IF A GLOBAL SOURCE PATH (TO BE USED FOR ALL HOSTS)
977       # HAS BEEN DEFINED
978    source_path=""
979    line=""
980    grep "%source_path" $config_file  >  tmp_mrun
981    while read line
982    do
983       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
984       then
985          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -f3)" = "" ]]
986          then
987             global_source_path=`echo $line | cut -d" " -f2`
988          fi
989       fi
990    done  <  tmp_mrun
991
992    line=""
993    found=false
994    grep  " $localhost" $config_file | grep "%source_path"  >  tmp_mrun
995    while read line
996    do
997       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
998       then
999          if [[ $found = true ]]
1000          then
1001             printf "\n\n  +++ more than one source path found in configuration file"
1002             printf "\n      for local host \"$localhost\" "
1003             locat=source_path; exit
1004          fi
1005          source_path=`echo $line | cut -d" " -f2`
1006          found=true
1007       fi
1008    done  <  tmp_mrun
1009    rm  tmp_mrun
1010
1011    if [[ "$source_path" = "" ]]
1012    then
1013       if [[ "$global_source_path" != "" ]]
1014       then
1015          source_path=$global_source_path
1016       else
1017          printf "\n\n  +++ no source path found in configuration file"
1018          printf "\n      for local host \"$localhost\" "
1019          locat=source_path; exit
1020       fi
1021    fi
1022    eval source_path=$source_path
1023
1024    if [[ ! -d $source_path ]]
1025    then
1026       printf "\n\n  +++ source path \"$source_path\" on local host"
1027       printf "\n      \"$localhost\" does not exist"
1028       locat=source_path; exit
1029    fi
1030
1031 fi
1032
1033
1034    # GET THE GLOBAL REVISION-NUMBER OF THE SVN-REPOSITORY
1035    # (HANDED OVER TO RESTART-RUNS USING OPTION -G)
1036 if [[ "$global_revision" = ""  &&  $host != "ibmkisti" ]]
1037 then
1038    global_revision=`svnversion $source_path  2>/dev/null`
1039    global_revision="Rev: $global_revision"
1040 fi
1041
1042
1043    # ??? das darf doch eigentlich garnicht passieren, weil optionen config-datei uebersteuern ???
1044    # CHECK AGAIN, IF EXECUTION SHALL BE DONE ON A REMOTE-HOST (BATCH-JOB).
1045    # (HOST MAY HAVE CHANGED DUE TO SETTINGS IN THE CONFIGURATION-FILE)
1046 if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
1047 then
1048    do_batch=true
1049    do_remote=true
1050    case  $host  in
1051        (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|lcbullhh|lccrayb|lccrayh|lccrayf|lcflow|lckyoto|nech|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckiaps|lckordi|lckyuh|lckyut|lcsb)  true;;
1052        (*)  printf "\n"
1053             printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
1054             printf "\n      is not available"
1055             locat=nqs; (( iec = 0 )); exit;;
1056    esac
1057 else
1058    host=$localhost
1059 fi
1060
1061
1062
1063    # IN CASE OF PARALLEL EXECUTION, CHECK SOME SPECIFICATIONS CONCERNING PROCESSOR NUMBERS
1064 if [[ "$cond1" = parallel  ||  "$cond2" = parallel ]]
1065 then
1066
1067       # CHECK, IF NUMBER OF CORES TO BE USED HAS BEEN GIVEN
1068    if [[ ! -n $numprocs ]]
1069    then
1070       printf "\n"
1071       printf "\n  +++ option \"-K parallel\" requires additional specification"
1072       printf "\n      of the number of processors to be used by"
1073       printf "\n      mrun-option \"-X\" or by environment-variable"
1074       printf "\n      \"numprocs\" in the configuration file"
1075       locat=numprocs; (( iec = 0 )); exit 
1076    fi
1077
1078       # CHECK, IF THE NUMBER OF CORES PER NODE HAS BEEN GIVEN UND IF IT IS AN
1079       # INTEGRAL DIVISOR OF THE TOTAL NUMBER OF CORES GIVEN BY OPTION -X
1080    if [[ "$tasks_per_node" = ""  &&  $host != lcflow  &&  $host != lcxt5m ]]
1081    then
1082       printf "\n"
1083       printf "\n  +++ option \"-T\" (tasks per node) is missing"
1084       printf "\n      set -T option or define tasks_per_node in the config file"
1085       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit 
1086    fi
1087
1088    if (( numprocs < tasks_per_node ))
1089    then
1090       printf "\n"
1091       printf "\n  +++ tasks per node (-T) cannot exceed total number of processors (-X)"
1092       printf "\n      given values: -T $tasks_per_node  -X $numprocs"
1093       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit 
1094    fi
1095
1096    if [[ $host != lcflow  &&  $host != lcxt5m ]]
1097    then
1098       (( nodes = numprocs / ( tasks_per_node * threads_per_task ) ))
1099       (( ival = $tasks_per_node ))
1100       (( pes = numprocs ))
1101       (( ii = pes / ival ))
1102       (( remaining_pes =  pes - ii * ival ))
1103       if (( remaining_pes > 0 ))
1104       then
1105          printf "\n"
1106          printf "\n  +++ WARNING: tasks per node (option \"-T\") is not an integral"
1107          printf "\n      divisor of the total number of processors (option \"-X\")"
1108          printf "\n      values of this mrun-call: \"-T $tasks_per_node\" \"-X $numprocs\""
1109          printf "\n      One of the nodes is filled with $remaining_pes instead of $tasks_per_node tasks"
1110          (( nodes = nodes + 1 ))
1111       fi
1112    fi
1113
1114
1115       # SETTINGS FOR SUBJOB-COMMAND
1116    OOPT="-O $threads_per_task"
1117
1118       # SET THE TOTAL NUMBER OF NODES, REQUIRED FOR THE SUBJOB-COMMAND (SEE FURTHER BELOW)
1119    if [[ "$tasks_per_node" != "" ]]
1120    then
1121       TOPT="-T $tasks_per_node"
1122    fi
1123
1124       # CHECK node_usage FOR ALLOWED VALUES AND SET DEFAULT VALUE, IF NECESSARY
1125    if [[ $node_usage = default ]]
1126    then
1127       if [[ $host = ibms ]]
1128       then
1129          node_usage=shared
1130       else
1131          node_usage=not_shared
1132       fi
1133    fi
1134
1135    if [[ $node_usage != shared  &&  $node_usage != not_shared  &&  $node_usage != singlejob  &&  "$(echo $node_usage | cut -c1-3)" != "sla" ]]
1136    then
1137       printf "\n"
1138       printf "\n  +++ node usage (option \"-n\") is only allowed to be set"
1139       printf "\n      \"shared\" or \"not_shared\""
1140       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit 
1141    fi
1142
1143 fi
1144
1145    # CHECK IF HOSTFILE EXISTS
1146 if [[ -n $hostfile ]]
1147 then
1148    if [[ ! -f $hostfile ]]
1149    then
1150       printf "\n"
1151       printf "\n  +++ hostfile \"$hostfile\" does not exist"
1152       locat=hostfile; exit
1153    fi
1154 fi
1155
1156
1157    # SET DEFAULT VALUE FOR THE MAXIMUM NUMBER OF PARALLEL IO STREAMS
1158 if [[ "$maximum_parallel_io_streams" = "" ]]
1159 then
1160    maximum_parallel_io_streams=$numprocs
1161 fi
1162
1163
1164    # SET PORT NUMBER OPTION FOR CALLS OF SSH/SCP, subjob AND batch_scp SCRIPTS
1165 if [[ "$scp_port" != "" ]]
1166 then
1167    PORTOPT="-P $scp_port"
1168    SSH_PORTOPT="-p $scp_port"
1169 fi
1170
1171
1172    # SET DEFAULT-QUEUE, IF NOT GIVEN
1173 if [[ $queue = none ]]
1174 then
1175    case  $host  in
1176        (ibmh)       queue=cluster;;
1177        (ibmkisti)   queue=class.32plus;;
1178        (lcbullhh)   queue=compute;;
1179        (lccrayb)    queue=mpp1q;;
1180        (lccrayh)    queue=mpp1q;;
1181        (lckiaps)    queue=normal;;
1182        (lckyoto)    queue=ph;;
1183        (lckyuh)     queue=fx-single;;
1184        (lckyut)     queue=cx-single;;
1185        (lctit)      queue=S;;
1186        (nech)       queue=none;;
1187        (unics)      queue=unics;;
1188    esac
1189 fi
1190
1191
1192    # GENERATE FULL FILENAMES OF INPUT-FILES, INCLUDING THEIR PATH
1193    # CHECK, IF INPUT-FILES EXIST, AND DETERMINE HIGHEST CYCLE NUMBER (IF CYCLES EXIST)
1194 (( i = 0 ))
1195 while (( i < iin ))
1196 do
1197    (( i = i + 1 ))
1198    (( maxcycle = 0 ))
1199
1200       # GENERATE PATH AND FULL FILE NAME (then-BRANCH: FIXED FULL NAME IS GIVEN, I.E. THE
1201       # FILE IDENTIFIER IS NOT PART OF THE FILENAME))
1202    if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1203    then
1204       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${endin[$i]}  # EVALUATE REMOTE-PATH ON THE REMOTE
1205                                                    # HOST ONLY
1206       eval filename=${pathin[$i]}/${endin[$i]}
1207    else
1208       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}  # EVALUATE REMOTE-PATH ON THE REMOTE
1209                                                             # HOST ONLY
1210       eval filename=${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}
1211    fi
1212    eval pathname=${pathin[$i]}
1213
1214       # CHECK IF FILE EXISTS
1215    if [[ $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "not found") = 1  || \
1216          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "nicht gefunden") = 1  || \
1217          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "No such file") = 1  || \
1218          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "does not exist") = 1 ]]
1219    then
1220
1221          # FILES WITH ATTRIBUTE locopt ARE OPTIONAL. NO ABORT, IF THEY DO NOT EXIST.
1222       if [[ "${transin[$i]}" != "locopt" ]]
1223       then
1224          printf "\n\n  +++ INPUT-file: "
1225          if [[ "${extin[$i]}" = "" ]]
1226          then
1227             printf "\n           $filename"
1228          else
1229             printf "\n           $filename.${extin[$i]}"
1230          fi
1231          printf "\n      does not exist\n"
1232          locat=input; exit
1233       else
1234          transin[$i]="unavailable"
1235       fi
1236    else
1237
1238          # DETERMINE THE FILE'S CYCLE NUMBER
1239       ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1240       ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1241       while  read zeile
1242       do
1243          cycle=$(echo $zeile | cut -f2 -d".")
1244          if [[ "$cycle" = "$zeile" ]]
1245          then
1246             (( icycle = 0 ))
1247          elif [[ "$cycle" = "${extin[$i]}" ]]
1248          then
1249             (( icycle = 0 ))
1250          else
1251             (( icycle = $cycle ))
1252          fi
1253          if (( icycle > maxcycle ))
1254          then
1255             (( maxcycle = icycle ))
1256             file_to_be_used=$zeile
1257          fi
1258       done <filelist
1259       rm filelist
1260
1261          # APPEND CYCLE NUMBER TO FILENAME
1262       if (( maxcycle > 0 ))
1263       then
1264          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1265          then
1266             filename=${filename}.$maxcycle.${extin[$i]}
1267          else
1268             filename=${filename}.$maxcycle
1269          fi
1270       else
1271          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1272          then
1273             filename=${filename}.${extin[$i]}
1274          fi
1275       fi
1276       
1277          # STORE FILENAME WITHOUT PATH BUT WITH CYCLE NUMBER,
1278          # BECAUSE IT MIGHT BE REQUIRED LATER TO RESTORE THE FILE FROM AN ARCHIVE-SYSTEM
1279       absnamein[$i]=$filename
1280       if (( maxcycle > 0 ))
1281       then
1282          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1283          then
1284             frelin[$i]=${endin[$i]}.$maxcycle
1285          else
1286             frelin[$i]=${afname}${endin[$i]}.$maxcycle
1287          fi
1288       else
1289          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1290          then
1291             frelin[$i]=${endin[$i]}
1292          else
1293             frelin[$i]=${afname}${endin[$i]}
1294          fi
1295       fi
1296
1297    fi
1298 done
1299   
1300    # GENERATE FULL FILENAMES OF OUTPUT-FILES (WITHOUT $ OR ~),
1301    # CHECK, IF OUTPUT-FILES EXIST, AND DETERMINE HIGHEST CYCLE NUMBER (IF CYCLES EXIST),
1302    # OR, IN CASE THAT FILE DOES NOT EXIST, CHECK, IF IT CAN BE CREATED 
1303    # THESE ACTIONS ARE NOT CARRIED OUT, IF FILES SHALL BE TRASFERRED FROM THE REMOTE TO
1304    # THE LOCAL HOST (BECAUSE THEIR IS NO DIRECT ACCESS TO THE LOCAL DIRECTORIES FROM THE
1305    # REMOTE HOST)
1306 (( i = 0 ))
1307 while (( i < iout ))
1308 do
1309    (( i = i + 1 ))
1310    if [[ ! ( $fromhost != $localhost  &&  ( "${actionout[$i]}" = tr || "${actionout[$i]}" = tra || "${actionout[$i]}" = trpe ) ) ]]
1311    then
1312       if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
1313       then
1314          actionout[$i]=""
1315       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe ]]
1316       then
1317          actionout[$i]=pe
1318       elif [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
1319       then
1320          actionout[$i]=a
1321       fi
1322       (( maxcycle = 0 ))
1323       eval filename=${pathout[$i]}/${fname}${endout[$i]}
1324       eval catalogname=${pathout[$i]}
1325       if [[ $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "not found") = 1  || \
1326             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "nicht gefunden") = 1  || \
1327             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "No such file") = 1  || \
1328             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "does not exist") = 1 ]]
1329       then
1330     
1331             # IF OUTPUT-FILE DOES NOT EXIST CHECK, IF IT CAN BE CREATED
1332          if  cat /dev/null > $filename 
1333          then
1334             rm  $filename
1335          else
1336
1337                # CHECK, IF THE DIRECTORY WHERE FILE SHALL BE COPIED TO EXISTS
1338                # IF IT DOES NOT EXIST, TRY TO CREATE IT
1339             if [[ ! -d $catalogname ]]
1340             then
1341                if  mkdir -p  $catalogname
1342                then
1343                   printf "\n\n  *** directory:"
1344                   printf "\n           $catalogname"
1345                   printf "\n      was created\n"
1346                else
1347                   printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1348                   printf "\n           $filename"
1349                   printf "\n      cannot be created, because directory does not exist"
1350                   printf "\n      and cannot be created either"
1351                   printf "\n"
1352                   locat=output  ; exit
1353                fi 2>/dev/null
1354             else
1355                printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1356                printf "\n           $filename"
1357                printf "\n      cannot be created, although directory exists"
1358                printf "\n"
1359                locat=output  ; exit
1360             fi
1361          fi 2>/dev/null
1362       else
1363
1364             # DETERMINE THE CYCLE NUMBER
1365          ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1366          ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1367          while  read zeile
1368          do
1369             cycle=$(echo $zeile | cut -f2 -d".")
1370             if [[ "$cycle" = "$zeile"  ||  "$cycle" = ${extout[$i]} ]]
1371             then
1372                (( icycle = 1 ))
1373             else
1374                (( icycle = $cycle + 1 ))
1375             fi
1376             if (( icycle > maxcycle ))
1377             then
1378                (( maxcycle = icycle ))
1379             fi
1380          done <filelist
1381          rm filelist
1382       fi
1383
1384          # APPEND CYCLE NUMBER TO FILENAME AND CHECK, IF FILE CAN BE CREATED
1385          # IN CASE OF FILE-APPEND, FILE MUST BE APPENDED TO THE ONE WITH HIGHEST CYCLE NUMBER
1386       if [[ "${actionout[$i]}" != a ]]
1387       then
1388          if (( maxcycle > 0 ))
1389          then
1390             filename=${filename}.$maxcycle
1391             if  cat /dev/null > $filename 
1392             then
1393                rm  $filename
1394             else
1395                printf "\n  +++ OUTPUT-file:"
1396                printf "\n           $filename"
1397                printf "\n      cannot be created"
1398                locat=output  ; exit
1399             fi
1400          fi
1401       else
1402          (( maxcycle = maxcycle - 1 ))
1403          if (( maxcycle > 0 ))
1404          then
1405             filename=${filename}.$maxcycle
1406          fi
1407       fi
1408       
1409          # STORE FILENAME WITHOUT PATH BUT WITH CYCLE NUMBER,
1410          # BECAUSE IT MIGHT BE REQUIRED LATER TO STORE THE FILE ON AN ARCHIVE-SYSTEM
1411          # OR TO PUT THIS FILENAME ON FILE OUTPUT_FILE_CONNECTIONS
1412       pathout[$i]=$filename
1413       if (( maxcycle > 0 ))
1414       then
1415          frelout[$i]=${fname}${endout[$i]}.$maxcycle
1416       else
1417          frelout[$i]=${fname}${endout[$i]}
1418       fi
1419
1420    fi
1421 done
1422
1423
1424     # THE DVR-PACKAGE REQUIRES ITS OWN LIBRARY
1425 if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
1426 then
1427    if [[ "$dvr_inc" = "" ]]
1428    then
1429       printf "\n\n  +++ no value for \"dvr_inc\" given in configuration file"
1430       printf "\n      This is required for the dvrp_graphics package.\n"
1431       locat=dvr; exit
1432    fi
1433    if [[ "$dvr_lib" = "" ]]
1434    then
1435       printf "\n\n  +++ no value for \"dvr_lib\" given in configuration file"
1436       printf "\n      This is required for the dvrp_graphics package.\n"
1437       locat=dvr; exit
1438    fi
1439 fi
1440
1441
1442     # CHECK, WETHER A MAIN PROGRAM OR AN EXECUTABLE HAVE BEEN DECLARED.
1443     # EXECUTABLES DO NOT NEED TO BE COMPILED.
1444 if [[ "$mainprog" = ""  &&  "$executable" = "" ]]
1445 then
1446    printf "\n  +++ neither main program nor executable defined"
1447    locat=source; exit
1448 elif [[ "$mainprog" != ""  &&  "$executable" != "" ]]
1449 then
1450    printf "\n  +++ main program as well as executable defined"
1451    locat=source; exit
1452 elif [[ "$mainprog" = ""  &&  "$executable" != "" ]]
1453 then
1454    do_compile=false
1455 fi
1456
1457
1458    # CREATE SOURCE-DIRECTORY TO COLLECT ROUTINES TO BE COMPILED.
1459    # LATER THE MRUN-SCRIPT AND CONFIGURATION-FILE WILL ALSO BE COPIED TO THIS DIRECTORY.
1460 if [[ $restart_run != true  &&  "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1461 then
1462    rm -rf  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1463    mkdir   SOURCES_FOR_RUN_$fname
1464 fi
1465
1466
1467    # COLLECT ALL ROUTINES TO BE COMPILED
1468    # THIS IS NOT REQUIRED WITHIN BATCH-JOBS, BECAUSE ROUTINES HAVE ALREADY BEEN COLLECTED
1469    # BY THE MRUN-CALL WHICH CREATED THE BATCH-JOB.
1470 if [[ $do_compile = true  &&  "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1471 then
1472
1473    [[ "$source_list" = LM ]]  &&  source_list=LOCALLY_MODIFIED
1474
1475    if [[ "$source_list" = LOCALLY_MODIFIED ]]
1476    then
1477
1478          # DETERMINE MODIFIED FILES OF THE SVN WORKING COPY
1479       source_list=""
1480       cd  $source_path
1481
1482
1483          # CHECK, IF DIRECTORY IS UNDER SVN CONTROL
1484       if [[ ! -d .svn ]]
1485       then
1486          printf "\n\n  +++ source directory"
1487          printf "\n         \"$source_path\" "
1488          printf "\n         is not under control of \"subversion\"."
1489          printf "\n         Please do not use mrun-option \"-s LOCALLY_MODIFIED\"\n"
1490       fi
1491
1492
1493          # LIST ALL MODIFIED SOURCE CODE FILES
1494       Filenames=""
1495       svn status  >  tmp_mrun
1496       while  read line
1497       do
1498          firstc=`echo $line | cut -c1`
1499          if [[ $firstc = M  ||  $firstc = "?" ]]
1500          then
1501             Name=`echo "$line" | cut -c8-`
1502             extension=`echo $Name | cut -d. -f2`
1503             if [[ "$extension" = f90 || "$extension" = F90 || "$extension" = f || "$extension" = F || "$extension" = c ]]
1504             then
1505                Filenames="$Filenames "$Name
1506             fi
1507          fi
1508       done < tmp_mrun
1509
1510
1511          # COPY FILES TO SOURCES_FOR_RUN_...
1512       for  dateiname  in  $Filenames
1513       do
1514          cp  $dateiname  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1515          source_list=$source_list"$dateiname "
1516       done
1517
1518       cd -  > /dev/null
1519
1520
1521       # COPY FILES GIVEN BY OPTION -s TO DIRECTORY SOURCES_FOR_RUN_...
1522       # AUTOMATIC RESTART RUNS JUST ACCESS THE DIRECTORY CREATED BY THE INITIAL RUN
1523    elif [[ "$source_list" != ""  &&  $restart_run != true ]]
1524    then
1525
1526       cd  $source_path
1527
1528       for  filename  in  $source_list
1529       do
1530
1531             # SOURCE CODE FILE IS NOT ALLOWED TO INCLUDE PATH
1532          if [[ $(echo $filename | grep -c "/") != 0 ]]
1533          then
1534             printf "\n  +++ source code file:  $filename"
1535             printf "\n      must not contain (\"/\") "
1536             locat=source; exit
1537          fi
1538
1539          if [[ ! -f $filename ]]
1540          then
1541             printf "\n  +++ source code file:  $filename"
1542             printf "\n      does not exist"
1543             locat=source; exit
1544          else
1545             cp  $filename  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1546          fi
1547
1548       done
1549
1550       cd -  > /dev/null
1551
1552    fi
1553
1554
1555       # CHECK, IF A MAIN PROGRAM EXISTS AND IF IT IS PART OF THE LIST OF FILES
1556       # TO BE COMPILED. IF NOT, ADD IT TO THE LIST.
1557    if [[ $restart_run != true ]]
1558    then
1559
1560       if [[ ! -f "$source_path/$mainprog" ]]
1561       then
1562          printf "\n\n  +++ main program:  $mainprog"
1563          printf "\n      does not exist in source directory"
1564          printf "\n      \"$source_path\"\n"
1565          locat=source; exit
1566       else
1567          if [[ $(echo $source_list | grep -c $mainprog) = 0 ]]
1568          then
1569             cp  $source_path/$mainprog  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1570             source_list=${mainprog}" $source_list"
1571          fi
1572       fi
1573    fi
1574
1575
1576       # CHECK, IF MAKEFILE EXISTS AND COPY IT TO THE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY
1577       # NOT REQUIRED FOR RESTART RUNS, SOURCES_FOR_RUN... HAS BEEN CREATED BY THE INITIAL RUN
1578    if [[ "$restart_run" != true ]]
1579    then
1580       [[ "$makefile" = "" ]]  &&  makefile=$source_path/Makefile
1581       if [[ ! -f $makefile ]]
1582       then
1583          printf "\n  +++ file \"$makefile\" does not exist"
1584          locat=make; exit
1585       else
1586          cp  $makefile  SOURCES_FOR_RUN_$fname/Makefile
1587       fi
1588    fi
1589
1590
1591       # COPY FILES FROM OPTIONAL SOURCE PATH GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
1592    if [[ $restart_run != true  &&  "$add_source_path" != "" ]]
1593    then
1594
1595          # DOES THE DIRECTORY EXIST?
1596       if [[ ! -d $add_source_path ]]
1597       then
1598          printf "\n\n  *** INFORMATIVE: additional source code directory"
1599          printf "\n      \"$add_source_path\" "
1600          printf "\n      does not exist or is not a directory."
1601          printf "\n      No source code will be used from this directory!\n"
1602          add_source_path=""
1603          if [[ $silent == false ]]
1604          then
1605             sleep 3
1606          fi
1607       else
1608
1609          cd $add_source_path
1610          found=false
1611
1612          Names=$(ls -1 *.f90 2>&1)
1613          [[ $(echo $Names | grep -c '*.f90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$Names"
1614          Names=$(ls -1 *.F90 2>&1)
1615          [[ $(echo $Names | grep -c '*.F90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1616          Names=$(ls -1 *.F 2>&1)
1617          [[ $(echo $Names | grep -c '*.F') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1618          Names=$(ls -1 *.f 2>&1)
1619          [[ $(echo $Names | grep -c '*.f') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1620          Names=$(ls -1 *.c 2>&1)
1621          [[ $(echo $Names | grep -c '*.c') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1622
1623          cd -  > /dev/null
1624          cd  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1625
1626             # COPY MAKEFILE IF EXISTING
1627          if [[ -f $add_source_path/Makefile ]]
1628          then
1629             printf "\n\n  *** user Makefile from directory"
1630             printf "\n      \"$add_source_path\" is used \n"
1631             if [[ $silent == false ]]
1632             then
1633                sleep 1
1634             fi
1635             cp  $add_source_path/Makefile  .
1636          fi
1637
1638          for  dateiname  in  $AddFilenames
1639          do
1640             if [[ -f $dateiname ]]
1641             then
1642                printf "\n  +++ source code file \"$dateiname\" found in additional"
1643                printf "\n      source code directory \"$add_source_path\" "
1644                printf "\n      but was also given with option \"-s\" which means that it should be taken"
1645                printf "\n      from directory \"$source_path\"."
1646                locat=source; exit
1647             fi
1648
1649             cp  $add_source_path/$dateiname  .
1650             source_list="$source_list $dateiname"
1651
1652                # CHECK IF FILE IS CONTAINED IN MAKEFILE
1653             if [[ $(grep -c $dateiname Makefile) = 0 ]]
1654             then
1655                printf "\n\n  +++ user file \"$dateiname\" "
1656                printf "\n      is not listed in Makefile \n"
1657                locat=source; exit
1658             else
1659
1660                if [[ $found = false ]]
1661                then
1662                   found=true
1663                   printf "\n\n  *** following user file(s) added to the"
1664                   printf " files to be translated:\n      "
1665                fi
1666                printf "$dateiname  "
1667                if [[ $silent == false ]]
1668                then
1669                   sleep 0.5
1670                fi
1671
1672             fi
1673          done
1674          [[ $found = true ]]  &&  printf "\n"
1675          cd -  > /dev/null
1676       fi
1677    fi
1678
1679
1680       # ADD ALL ROUTINES BELONGING TO SOFTWARE PACKAGES (GIVEN BY OPTION -p)
1681       # TO THE LIST OF FILES TO BE COMPILED
1682    if [[ $restart_run != true  &&  -n $package_list ]]
1683    then
1684
1685       cd  $source_path
1686
1687       for  package  in  $package_list
1688       do
1689
1690          [[ $package = "dvrp_graphics+1PE" ]]  &&  package=dvrp_graphics
1691
1692             # DETERMINE FILES BELONGING TO THE PACKAGE
1693             # ERROR MESSAGE ARE REDIRECTED TO /dev/null, BECAUSE WILDCARD (*) ALSO GIVES
1694             # THE NAME OF THE DIRECTORY
1695          package_source_list=`grep "defined( __$package " * 2>/dev/null | cut -f1 -d:`
1696
1697
1698             # ADD THESE FILES TO THE LIST OF FILES TO BE COMPILED,
1699             # IF THEY ARE NOT ALREADY PART OF THE LIST
1700          for  source_list_name  in  $package_source_list
1701          do
1702             if [[ $(echo $source_list | grep -c $source_list_name) = 0 ]]
1703             then
1704
1705                    # ONLY TAKE FILES WITH VALID SUFFIX
1706                ending=`echo $source_list_name | cut -f2 -d.`
1707                if [[ "$ending" = f90  ||  "$ending" = F90  ||  "$ending" = f  ||  "$ending" = F  ||  "$ending" = c ]]
1708                then
1709                   cp  $source_list_name  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1710                   source_list="$source_list $source_list_name"
1711                fi
1712             fi
1713          done
1714       done
1715
1716       cd -  > /dev/null
1717    fi
1718
1719 fi  # do_compile=true
1720
1721
1722    # IF SOURCE CODE IS TO BE COMPILED, DO SOME MORE CHECKS
1723    # AND SET PRE-PROCESSOR DIRECTIVES
1724 if [[ $do_compile = true  ||  $create_executable_for_batch = true ]]
1725 then
1726
1727       # SET PREPROCESSOR-DIRECTIVES TO SELECT OPERATING SYSTEM SPECIFIC CODE
1728    if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1729    then
1730       cpp_options="${cpp_options},-D__ibm=__ibm"
1731    elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = nec ]]
1732    then
1733       cpp_options="$cpp_options -D__nec"
1734    elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-2) = lc ]]
1735    then
1736       cpp_options="$cpp_options -D__lc"
1737    else
1738       cpp_options="$cpp_options -D__$localhost"
1739    fi
1740
1741       # SET DIRECTIVES GIVEN BY OPTION -K (E.G. parallel)
1742    if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1743    then
1744       [[ -n $cond1 ]]  &&  cpp_options="${cpp_options},-D__$cond1=__$cond1"
1745       [[ -n $cond2 ]]  &&  cpp_options="${cpp_options},-D__$cond2=__$cond2"
1746    else
1747       [[ -n $cond1 ]]  &&  cpp_options="$cpp_options -D__$cond1"
1748       [[ -n $cond2 ]]  &&  cpp_options="$cpp_options -D__$cond2"
1749    fi
1750
1751       # SET DIRECTIVES FOR ACTIVATING SOFTWARE-PACKAGES (OPTION -p)
1752    if [[ -n $package_list ]]
1753    then
1754       for  package  in  $package_list
1755       do
1756          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1757          then
1758             if [[ $package != "dvrp_graphics+1PE" ]]
1759             then
1760                cpp_options="${cpp_options},-D__$package=__$package"
1761             else
1762                cpp_options="${cpp_options},-D__dvrp_graphics=__dvrp_graphics"
1763                export use_seperate_pe_for_dvrp_output=true
1764             fi
1765          else
1766             if [[ $package != "dvrp_graphics+1PE" ]]
1767             then
1768                cpp_options="$cpp_options -D__$package"
1769             else
1770                cpp_options="$cpp_options -D__dvrp_graphics"
1771                export use_seperate_pe_for_dvrp_output=true
1772             fi
1773          fi
1774       done
1775    fi
1776
1777       # SET DIRECTIVES GIVEN BY OPTION -D
1778    if [[ -n $cpp_opts ]]
1779    then
1780       for  popts  in  $cpp_opts
1781       do
1782          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1783          then
1784             cpp_options="${cpp_options},-D__$popts=__$popts"
1785          else
1786             cpp_options="$cpp_options -D__$popts"
1787          fi
1788       done
1789    fi
1790
1791 else
1792
1793
1794       # FOR LOCAL RUNS CHECK AGAIN, IF EXECUTABLE EXISTS
1795    if [[ $do_remote = false ]]
1796    then
1797       if [[ ! -f $executable ]]
1798       then
1799          printf "\n  +++ executable file:  $executable"
1800          printf "\n      does not exist"
1801          locat=executable; exit
1802       fi
1803    fi
1804 fi
1805
1806
1807    # DETERMINE THE JOB MODE
1808 if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1809 then
1810    if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
1811    then
1812       batch_job=.TRUE.
1813       jobmo=BATCH
1814    else
1815       batch_job=.FALSE.
1816       jobmo=INTERACTIVE
1817    fi 
1818 else
1819    if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
1820    then
1821       batch_job=.TRUE.
1822       jobmo=BATCH
1823    else
1824       batch_job=.FALSE.
1825       jobmo=INTERACTIVE
1826    fi
1827 fi
1828
1829    # NO INTERACTIVE RUNS ALLOWED ON LCTIT
1830 if [[ $host = lctit  &&  $jobmo = INTERACTIVE  &&  $do_batch = false ]]
1831 then
1832    printf "\n  +++ no interactive runs allowed on host \"$host\" "
1833    printf "\n      please submit batch job using mrun option \"-b\" \n"
1834    locat=normal; exit
1835 fi
1836
1837
1838    # CHECK, IF USER DEFINED A COMPILER
1839 if [[ "$compiler_name" = "" ]]
1840 then
1841
1842    printf "\n  +++ no compiler specified for \"$host $cond1 $cond2\""
1843    locat=compiler_name; exit
1844
1845 fi
1846
1847
1848    # DETERMINE THE NAME OF MRUN'S TEMPORARY WORKING DIRECTORY
1849
1850    # ON HLRN-III, USE THE QUEUING NAME. OTHERWISE USE USERNAME AND RANDOM NUMBER
1851 if [[ $do_batch = false && $(echo $host | cut -c1-6) = lccray ]]
1852 then
1853    kennung=$(checkjob $PBS_JOBID | grep Reservation | cut -d" " -s -f2 | cut -d"." -s -f2 | sed "s/['\"]//g")
1854    if [[ "$kennung" = "" ]]
1855    then
1856       kennung=$RANDOM
1857    fi
1858 else
1859    kennung=$RANDOM
1860 fi
1861
1862 if [[ "$tmp_user_catalog" = "" ]]
1863 then
1864    if [[ $localhost = ibmh ]]
1865    then
1866       tmp_user_catalog=$SCRATCH
1867    elif [[ $localhost = nech ]]
1868    then
1869       tmp_user_catalog=$WRKSHR
1870    else
1871       tmp_user_catalog=/tmp
1872    fi
1873 fi
1874 TEMPDIR=$tmp_user_catalog/${usern}.$kennung
1875
1876
1877    # DETERMINE THE NAME OF THE DIRECTORY WHICH IS USED TO TEMPORARILY STORE DATA FOR RESTART RUNS
1878 if [[ "$tmp_data_catalog" = "" ]]
1879 then
1880    if [[ $localhost = nech ]]
1881    then
1882       tmp_data_catalog=$WRKSHR/mrun_restart_data
1883    else
1884       tmp_data_catalog=/tmp/mrun_restart_data
1885    fi
1886 fi
1887
1888
1889    # IN CASE OF LOCAL RUNS REPLACE ENVIRONMENT VARIABLES BY THEIR VALUES
1890 if [[ $do_remote = false  &&  $do_compile = true  ||  $create_executable_for_batch = true ]]
1891 then
1892    eval  fopts=\"$fopts\"
1893    eval  lopts=\"$lopts\"
1894 fi
1895
1896
1897    # DETERMINE COMPILE- AND LINK-OPTIONS
1898 fopts="$fopts $netcdf_inc $fftw_inc $dvr_inc"
1899 lopts="$lopts $netcdf_lib $fftw_lib $dvr_lib"
1900 XOPT="-X $numprocs"
1901
1902
1903    # CHECK THE CPU-LIMIT. IT MUST BE GIVEN FOR BATCH-JOBS AND IS COMMUNICATED TO THE
1904    # EXECUTABLE VIA NAMELIST-PARAMETER cputime
1905 done=false
1906 while [[ $done = false ]]
1907 do
1908    cputime=$cpumax
1909    if (( $cputime == 0 ))
1910    then
1911       if [[ $do_batch = true ]]
1912       then
1913          printf "\n  +++ cpu-time is undefined"
1914          printf "\n  >>> Please type CPU-time in seconds as INTEGER:"
1915          printf "\n  >>> "
1916          read  cputime  1>/dev/null  2>&1
1917       else
1918          cputime=10000000   # NO CPU LIMIT FOR INTERACTIVE RUNS
1919       fi
1920    else
1921       done=true
1922    fi
1923    cpumax=$cputime
1924 done
1925
1926 (( minuten = cputime / 60 ))
1927 (( sekunden = cputime - minuten * 60 ))
1928
1929
1930    # CHECK THE MEMORY DEMAND
1931 if [[ $do_batch = true ]]
1932 then
1933    done=false
1934    while [[ $done = false ]]
1935    do
1936       if (( memory == 0 ))
1937       then
1938          printf "\n  +++ memory demand is undefined"
1939          printf "\n  >>> Please type memory in  MByte per process  as INTEGER:"
1940          printf "\n  >>> "
1941          read  memory  1>/dev/null  2>&1
1942       else
1943          done=true
1944       fi
1945    done
1946 fi
1947
1948
1949    # IN CASE OF REMOTE-JOBS CHECK, IF A USERNAME FOR THE REMOTE HOST IS GIVEN
1950 if [[ $do_remote = true  &&  -z $remote_username ]]
1951 then
1952    while [[ -z $remote_username ]]
1953    do
1954       printf "\n  +++ username on remote host \"$host\" is undefined"
1955       printf "\n  >>> Please type username:"
1956       printf "\n  >>> "
1957       read  remote_username
1958    done
1959    mc="$mc -u$remote_username"
1960 fi
1961
1962    # CHECK FOR INITIAL COMMANDS AFTER LOGIN
1963 if [[ "$login_init_cmd" != "" ]]
1964 then
1965    export init_cmds="${login_init_cmd};"
1966 fi
1967
1968
1969    # SET THE MODULE-LOAD COMMAD AND EXPORT IT FOR subjob
1970 if [[ "$modules" != "" ]]
1971 then
1972    if [[ $host = lctit ]]
1973    then
1974       export module_calls=". $modules"
1975    else
1976       export module_calls="module load ${modules};"
1977    fi
1978 fi
1979
1980    # OUTPUT OF THE MRUN-HEADER
1981 calltime=$(date)
1982 printf "\n"
1983 printf "#------------------------------------------------------------------------# \n"
1984 printf "| %-35s%35s | \n" "$version" "$calltime"
1985 printf "|                                                                        | \n"
1986 spalte1="called on:"; spalte2=$localhost_realname
1987 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1988 if [[ $do_remote = true ]]
1989 then
1990    spalte1="execution on:"; spalte2="$host (username: $remote_username)"
1991 else
1992    spalte1="execution on:"; spalte2="$host ($localhost_realname)"
1993 fi
1994 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1995 if [[ -n $numprocs ]]
1996 then
1997    if [[ $run_coupled_model = false ]]
1998    then
1999       spalte1="number of PEs:"; spalte2=$numprocs
2000    else
2001       spalte1="number of PEs:"; spalte2="$numprocs  (atmosphere: $numprocs_atmos, ocean: $numprocs_ocean)"
2002    fi
2003    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2004 fi
2005 if [[ -n $tasks_per_node ]]
2006 then
2007    spalte1="tasks per node:"; spalte2="$tasks_per_node (number of nodes: $nodes)"
2008    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2009    if (( remaining_pes > 0 ))
2010    then
2011       spalte1=" "; spalte2="one of the nodes only filled with $remaining_pes tasks"
2012       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2013    fi
2014 fi
2015 if [[ $maximum_parallel_io_streams != $numprocs ]]
2016 then
2017    spalte1="max par io streams:"; spalte2="$maximum_parallel_io_streams"
2018    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2019 fi
2020 if [[ $use_openmp = true ]]
2021 then
2022    spalte1="threads per task:"; spalte2="$threads_per_task"
2023    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2024 fi
2025 printf "|                                                                        | \n"
2026 if [[ $do_compile = true ]]
2027 then
2028    if [[ "$mopts" != "" ]]
2029    then
2030       spalte1="make options:"; spalte2=$(echo "$mopts" | cut -c-45)
2031       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2032       zeile=$(echo "$mopts" | cut -c46-)
2033       while [[ "$zeile" != "" ]]
2034       do
2035          spalte1=""
2036          spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2037          printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2038          zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2039       done
2040    fi
2041
2042    spalte1="cpp directives:"; spalte2=$(echo "$cpp_options" | cut -c-45)
2043    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2044    zeile=$(echo "$cpp_options" | cut -c46-)
2045    while [[ "$zeile" != "" ]]
2046    do
2047       spalte1=""
2048       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2049       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2050       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2051    done
2052
2053    spalte1="compiler options:"; spalte2=$(echo "$fopts" | cut -c-45)
2054    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2055    zeile=$(echo "$fopts" | cut -c46-)
2056    while [[ "$zeile" != "" ]]
2057    do
2058       spalte1=""
2059       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2060       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2061       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2062    done
2063
2064    spalte1="linker options:"; spalte2=$(echo "$lopts" | cut -c-45)
2065    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2066    zeile=$(echo "$lopts" | cut -c46-)
2067    while [[ "$zeile" != "" ]]
2068    do
2069       spalte1=""
2070       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2071       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2072       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2073    done
2074
2075    spalte1="modules to be load:"; spalte2=$(echo "$modules" | cut -c-45)
2076    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2077    zeile=$(echo "$modules" | cut -c46-)
2078    while [[ "$zeile" != "" ]]
2079    do
2080       spalte1=""
2081       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2082       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2083       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2084    done
2085
2086    spalte1="main program:"; spalte2=$mainprog
2087    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2088 else
2089    spalte1=executable:; spalte2=$executable
2090    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2091 fi
2092 printf "|                                                                        | \n"
2093 spalte1="base name of files:"; spalte2=$fname
2094 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2095 if [[ $fname != $afname ]]
2096 then
2097    spalte1="base name of input files:"; spalte2=$afname
2098    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2099 fi
2100 spalte1="INPUT control list:"; spalte2=$(echo $input_list)
2101 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2102 spalte1="OUTPUT control list:"; spalte2=$(echo $output_list)
2103 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2104
2105 if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
2106 then
2107    printf "| %-35s%-35s | \n" "suffix \"_O\" is added to local files" " "
2108 fi
2109
2110 if [[ $do_batch = true  ||  "$LOADLBATCH" = yes ]]
2111 then
2112    spalte1="memory demand / PE":; spalte2="$memory MB"
2113    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2114    spalte1=CPU-time:; spalte2="$minuten:$sekunden"
2115    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2116 fi
2117
2118 if [[ $do_compile = true ]]
2119 then
2120    printf "|                                                                        | \n"
2121    printf "| Files to be compiled:                                                  | \n"
2122    zeile=$source_list
2123    while [[ "$zeile" != "" ]]
2124    do
2125       linestart=$(echo $zeile | cut -c-70)
2126       printf "| %-70s | \n" "$linestart"
2127       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c71-)
2128    done
2129 fi
2130 printf "#------------------------------------------------------------------------#"
2131
2132
2133
2134    # OUTPUT OF FILE CONNECTIONS IN CASE OF TRACEBACK
2135 if [[ $do_trace = true ]]
2136 then
2137    (( i = 0 ))
2138    while (( i < iin ))
2139    do
2140       (( i = i + 1 ))
2141       if (( i == 1 ))
2142       then
2143          printf "\n\n >>> INPUT-file assignments:\n"
2144       fi
2145       printf "\n     ${localin[$i]} :  ${absnamein[$i]}"
2146    done
2147    (( i = 0 ))
2148    while (( i < iout ))
2149    do
2150       (( i = i + 1 ))
2151       if (( i == 1 ))
2152       then
2153          printf "\n\n >>> OUTPUT-file assignments:\n"
2154       fi
2155       printf "\n     ${localout[$i]} :  ${pathout[$i]}"
2156    done
2157    (( i = 0 ))
2158    while (( i < iic ))
2159    do
2160       (( i = i + 1 ))
2161       if (( i == 1 ))
2162       then
2163          printf "\n\n >>> INPUT-commands:\n"
2164       fi
2165       printf "\n     ${in_command[$i]}" 
2166    done
2167    (( i = 0 ))
2168    while (( i < ioc ))
2169    do
2170       (( i = i + 1 ))
2171       if (( i == 1 ))
2172       then
2173          printf "\n\n >>> OUTPUT-commands:\n"
2174       fi
2175       printf "\n     ${out_command[$i]}" 
2176    done
2177 fi
2178
2179    # QUERY FOR CONTINUE (ON LOCAL MACHINES ONLY)
2180 if [[ $remotecall = false  &&  $silent = false  &&  $jobmo != BATCH ]]
2181 then
2182    antwort=dummy
2183    printf "\n\n"
2184    printf " >>> everything o.k. (y/n) ?  "
2185    while  read antwort
2186    do
2187       if [[ "$antwort" != y  &&  "$antwort" != Y  &&  "$antwort" != n  &&  "$antwort" != N ]]
2188       then
2189          printf " >>> everything o.k. (y/n) ?  "
2190       else
2191          break
2192       fi
2193    done
2194    if [[ $antwort = n  ||  $antwort = N ]]
2195    then
2196       locat=user_abort; (( iec = 0 )); exit
2197    fi
2198    if [[ $do_batch = true ]]
2199    then
2200       printf " >>> batch-job will be created and submitted"
2201    else
2202       printf " >>> MRUN will now continue to execute on this machine"
2203    fi
2204 fi
2205
2206 
2207    # DETERMINE PATH FOR MAKE DEPOSITORY
2208 if [[ $do_batch = false  ||  $create_executable_for_batch = true ]]
2209 then
2210
2211    line=""
2212    grep "%depository_path" $config_file  >  tmp_mrun
2213    while read line
2214    do
2215       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2216       then
2217          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -s -f3)" = "" ]]
2218          then
2219             global_depository_path=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
2220          fi
2221       fi
2222    done < tmp_mrun
2223
2224    line=""
2225    grep  " $localhost" $config_file | grep "%depository_path"  >  tmp_mrun
2226    while read line
2227    do
2228       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2229       then
2230          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -s -f4)" = "$cond1"  &&  "$(echo $line | cut -d" " -s -f5)" = "$cond2" ]]
2231          then
2232             local_depository_path=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
2233          fi
2234       fi
2235    done < tmp_mrun
2236
2237    if [[ "$local_depository_path" = "" ]]
2238    then
2239       if [[ "$global_depository_path" != "" ]]
2240       then
2241          local_depository_path=$global_depository_path
2242       else
2243          printf "\n\n  +++ no depository path found in configuration file"
2244          printf "\n      for local host \"$localhost\" "
2245          printf "\n      please set \"\%depository_path\" in configuration file\n"
2246          locat=config_file; exit
2247       fi
2248    fi
2249    eval local_depository_path=$local_depository_path
2250    [[ "$cond1" != "" ]]  &&  local_depository_path=${local_depository_path}_$cond1
2251    [[ "$cond2" != "" ]]  &&  local_depository_path=${local_depository_path}_$cond2
2252
2253
2254    basename=`echo $mainprog | cut -f1 -d"."`
2255    eval make_depository=${local_depository_path}/${basename}_current_version.tar
2256    if [[ ! -f $make_depository ]]
2257    then
2258       printf "\n"
2259       printf "\n  *** WARNING: make depository \"$make_depository\" not found"
2260       printf "\n               \"make\" will fail, if the Makefile or other source files are missing\n"
2261    fi
2262
2263 fi
2264
2265
2266    # NOW PERFORM THOSE ACTIONS REQUIRED TO EXECUTE THE PROGRAM (PALM) ON THIS MACHINE
2267    # (COMPILING/LINKING, EXECUTING, COPYING I/O FILES)
2268 if [[ $do_batch = false ]]
2269 then
2270
2271
2272       # CREATE THE TEMPORARY WORKING DIRECTORY
2273    mkdir -p  $TEMPDIR
2274    chmod  go+rx  $TEMPDIR
2275    tmpcreate=true
2276
2277
2278       # COPY EITHER THE COMPLETE SOURCE CODE FILES TO BE COMPILED OR THE EXECUTABLE
2279       # INTO THE TEMPORARY WORKING DIRECTORY
2280    if [[ $do_compile = true ]]
2281    then
2282
2283          # ON NEC, COMPILATION IS DONE ON HOST CROSS VIA CROSS COMPILING
2284          # CREATE A TEMPORARY DIRECTORY ON THAT MACHINE (HOME MOUNTED VIA NFS)
2285       if [[ $localhost = nech ]]
2286       then
2287          TEMPDIR_COMPILE=$HOME/work/${usern}.$kennung
2288          if  mkdir -p  $TEMPDIR_COMPILE
2289          then
2290             printf "\n  *** \"$TEMPDIR_COMPILE\" "
2291             printf "\n      is generated as temporary directory for cross compiling\n"
2292          else
2293             printf "\n  +++ creating directory \"$TEMPDIR_COMPILE\" "
2294             printf "\n      needed for cross compilation failed"
2295             locat=compile
2296             exit
2297          fi
2298       else
2299          TEMPDIR_COMPILE=$TEMPDIR
2300       fi
2301
2302       cp  $make_depository  $TEMPDIR_COMPILE
2303       cd  $TEMPDIR_COMPILE
2304       tar -xf  $make_depository  >  /dev/null  2>&1
2305       cd -  > /dev/null
2306
2307          # DUE TO UNKNOWN REASONS, COPY WITH cp COMMAND CREATES CORRUPT
2308          # FILES ON CRAY XC30 SYSTEMS (HLRN III), rsync IS USED INSTEAD
2309       if [[ $(echo $host | cut -c1-6) = lccray ]]
2310       then
2311          rsync -av -t  SOURCES_FOR_RUN_$fname/*  $TEMPDIR_COMPILE  >  /dev/null
2312       else
2313          cp  SOURCES_FOR_RUN_$fname/*  $TEMPDIR_COMPILE  >  /dev/null
2314       fi
2315
2316    else
2317
2318       cp  $executable   ${TEMPDIR}/a.out
2319
2320    fi
2321
2322
2323       # CHANGE TO THE TEMPORARY WORKING DIRECTORY
2324    cd  $TEMPDIR
2325    printf "\n  *** changed to temporary directory: $TEMPDIR"
2326
2327
2328       # THE FOLLOWING IS REQUIRED FPR AVS-OUTPUT WITH PALM  ??? REMOVE ???
2329       # WRITE INFORMATIONS ABOUT THE OUTPUT-FILE CONNECTIONS TO A TEMPORARY FILE
2330       # THIS FILE CAN LATER BE READ FROM USER-DEFINED CODE TO DETERMINE THE
2331       # RELATION BETWEEN THE LOCAL TEMPORARY AND PERMANENT FILE NAMES
2332    (( i = 0 ))
2333    while (( i < iout ))
2334    do
2335       (( i = i + 1 ))
2336       if [[ "${actionout[$i]}" = tr  ||  "${actionout[$i]}" = tra  ||  "${actionout[$i]}" = trpe ]]
2337       then
2338          printf "${localout[$i]} ${actionout[$i]}\n${pathout[$i]}\n${localhost}_${fname}${endout[$i]}\n" >> OUTPUT_FILE_CONNECTIONS
2339       else
2340          printf "${localout[$i]} ${actionout[$i]}\n${pathout[$i]}\n${frelout[$i]}\n" >> OUTPUT_FILE_CONNECTIONS
2341       fi
2342    done
2343
2344
2345       # IF REQUIRED, START WITH COMPILING
2346    if [[ $do_compile = true ]]
2347    then
2348
2349
2350       if [[ -f a.out ]]
2351       then
2352
2353             # EXECUTABLE WAS CREATED DURING INTERACTIVE CALL OF MRUN
2354          printf "\n\n\n  *** executable a.out found"
2355          printf "\n      no compilation required \n"
2356
2357       else
2358
2359             # COMPILING WITH MAKE (ON NEC COMPILER IS CALLED ON HOST CROSS)
2360          printf "\n\n\n  *** compilation starts \n$dashes\n"
2361          printf "  *** compilation with make using following options:\n"
2362          printf "      make depository:          $make_depository"
2363          if [[ "$mopts" != "" ]]
2364          then
2365             printf "      make options:             $mopts\n"
2366          fi
2367          printf "      compilername:             $compiler_name\n"
2368          printf "      compiler options:         $fopts\n"
2369          printf "      preprocessor directives:  $cpp_options \n"
2370          printf "      linker options:           $lopts \n"
2371          if [[ "$modules" != "" ]]
2372          then
2373             printf "      modules to be load:       $modules \n"
2374          fi
2375          printf "      source code files:        $source_list \n"
2376
2377          if [[ $localhost = nech ]]
2378          then
2379             ssh  $SSH_PORTOPT  136.172.44.192 -l $usern "$init_cmds $module_calls cd \$HOME/work/${usern}.$kennung; sxmake $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2380             cp  $TEMPDIR_COMPILE/a.out  .
2381             [[ $? != 0 ]]  &&  compile_error=true
2382             rm -rf  $TEMPDIR_COMPILE
2383          elif [[ $localhost = ibmh ]]
2384          then
2385             printf "      compiler is called via ssh on \"plogin1\" \n"
2386             ssh  $SSH_PORTOPT  plogin1  -l $usern  "$init_cmds export PATH=/sw/ibm/xlf/13.1.0.8/usr/bin:$PATH; $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2387             [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2388             continue   # STATUS=1, IF a.out EXISTS
2389          elif [[ $localhost = lcflow ]]
2390          then 
2391             printf "      compiler is called via ssh on \"flow\" \n"
2392             /usr/bin/ssh  $SSH_PORTOPT  flow02.hpc.uni-oldenburg.de -l $usern "$init_cmds $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out F90=$compiler_name COPT=\"$cpp_options\" F90FLAGS=\"$fopts\" LDFLAGS=\"$lopts\" "
2393             check_for_file=`/usr/bin/ssh $SSH_PORTOPT flow02.hpc.uni-oldenburg.de -l $usern "ls $TEMPDIR/a.out 2> /dev/null"`
2394             [[ "$check_for_file" = "" ]]  &&  compile_error=true
2395             continue   # STATUS=1, IF a.out EXISTS
2396          elif [[ $localhost = lcbullhh  ||  $localhost = lccrayb  ||  $localhost = lccrayf ||  $localhost = lccrayh ]]
2397          then
2398             make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
2399          else
2400             [[ "$init_cmds" != "" ]]  &&  eval $init_cmds
2401             [[ "$module_calls" != "" ]]  &&  eval $module_calls
2402             make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
2403          fi
2404
2405          if [[ $? != 0  ||  "$compile_error" = true  ||  "$module_compile_error" = true ]]
2406          then
2407             printf "\n  +++ error occured while compiling or linking"
2408             locat=compile
2409
2410             exit
2411          else
2412             printf "$dashes\n  *** compilation finished \n"
2413          fi
2414
2415       fi
2416
2417    fi
2418
2419
2420       # PROVIDE THE INPUT FILES
2421       # LOOP OVER ALL ACTIVATED FILES (LISTED IN THE CONFIGURATION FILE)
2422    (( i = 0 ))
2423    while (( i < iin ))
2424    do
2425       (( i = i + 1 ))
2426       if (( i == 1 ))
2427       then
2428          printf "\n\n  *** providing INPUT-files:\n$dashes"
2429       fi
2430
2431
2432          # SKIP OPTIONAL FILES, IF THEY DO NOT EXIST
2433       if [[ "${transin[$i]}" = unavailable ]]
2434       then
2435          if [[ "${extin[$i]}" = ""  ||  "${extin[$i]}" = " " ]]
2436          then
2437             printf "\n  *** INFORMATIVE: input file \"${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}\" "
2438             printf "\n                   is not available!"
2439          else
2440             printf "\n  *** INFORMATIVE: input file \"${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}.${extin[$i]}\" "
2441             printf "\n                   is not available!"
2442          fi
2443          continue
2444       fi
2445
2446          # CHECK FOR SINGLE FILE (SERIAL RUN) OR DIRECTORY (ONE FILE PER CORE FOR PARELLEL EXECUTION)
2447       files_for_pes=false; datentyp=file
2448       if [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  -n $numprocs ]]
2449       then
2450          files_for_pes=true; datentyp=directory
2451          actionin[$i]=""
2452       elif [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  ! -n $numprocs ]]
2453       then
2454          actionin[$i]=""
2455       elif [[ "${actionin[$i]}" = arpe  &&  -n $numprocs ]]
2456       then
2457          files_for_pes=true; datentyp=directory
2458          actionin[$i]="ar"
2459       elif [[ "${actionin[$i]}" = arpe  &&  ! -n $numprocs ]]
2460       then
2461          actionin[$i]="ar"
2462       elif [[ "${actionin[$i]}" = flpe  &&  -n $numprocs ]]
2463       then
2464          files_for_pes=true; datentyp=directory
2465          actionin[$i]="fl"
2466       elif [[ "${actionin[$i]}" = flpe  &&  ! -n $numprocs ]]
2467       then
2468          actionin[$i]="fl"
2469       fi
2470
2471       if [[ $files_for_pes = true ]]
2472       then
2473          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}/....  to  ${localin[$i]}"
2474       else
2475          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}  to  ${localin[$i]}"
2476       fi
2477
2478          # INPUT-FILE FOR A RESTART RUN.
2479          # CHECK, IF THIS FILE STILL EXISTS ON THE TEMPORARY DATA DIRECTORY.
2480          # IF NOT, TRY TO GET IT FROM THE ARCHIVE SYSTEM
2481       if [[ "${actionin[$i]}" = fl ]]
2482       then
2483          printf "\n      $datentyp will be fetched from temporary directory \"${tmp_data_catalog}\" !"
2484          if [[ $files_for_pes = false ]]
2485          then
2486             if [[ -f "$tmp_data_catalog/${frelin[$i]}" ]]
2487             then
2488                ln  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2489                got_tmp[$i]=true
2490             elif [[ -f "$WORK/${frelin[$i]}"  &&  $ignore_archive_error = true ]]
2491             then
2492                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" !"
2493                printf "\n  *** trying to use backup copy in \"$WORK\" "
2494                cp  $WORK/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2495             else
2496                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" "
2497                printf "\n      or \"$tmp_data_catalog\" does not exist!"
2498                printf "\n  *** trying to get copy from archive"
2499                actionin[$i]=ar
2500             fi
2501          else
2502             if [[ -d "$tmp_data_catalog/${frelin[$i]}" ]]
2503             then
2504                mkdir  ${localin[$i]}
2505                cd $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2506                for file in $(ls *)
2507                do
2508                   ln $file $TEMPDIR/${localin[$i]}
2509                done
2510                cd $TEMPDIR
2511                got_tmp[$i]=true
2512             elif [[ -d "$WORK/${frelin[$i]}"  &&  $ignore_archive_error = true ]]
2513             then
2514                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" !"
2515                printf "\n  *** trying to use backup copy in \"$WORK\" "
2516                cp -r  $WORK/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2517             else
2518                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" "
2519                printf "\n      or \"$tmp_data_catalog\" does not exist!"
2520                printf "\n  *** trying to get copy from archive"
2521                actionin[$i]=ar
2522             fi
2523          fi
2524       fi
2525
2526
2527          # FILE IS STORED ON THE ARCHIVE SYSTEM
2528       if [[ "${actionin[$i]}" = ar ]]
2529       then
2530
2531          if [[ $files_for_pes = false ]]
2532          then
2533             printf "\n      file will be restored from archive-system ($archive_system)!"
2534          else
2535             printf "\n      directory will be restored from archive-system ($archive_system)!"
2536          fi
2537
2538          file_restored=false
2539
2540          if [[ $archive_system = asterix ]]
2541          then
2542             do_stagein=true
2543             (( stagein_anz = 0 ))
2544             while [[ $do_stagein = true ]]
2545             do
2546                if [[ $files_for_pes = false ]]
2547                then
2548                   stagein  -O  ${frelin[$i]}  >  STAGEIN_OUTPUT
2549                else
2550                   stagein  -t  -O  ${frelin[$i]}  >  STAGEIN_OUTPUT
2551                fi
2552                cat  STAGEIN_OUTPUT
2553                if [[ $(grep -c "st.msg:i24"  STAGEIN_OUTPUT) != 0 ]]
2554                then
2555                   file_restored=true
2556                   do_stagein=false
2557                else
2558                   (( stagein_anz = stagein_anz + 1 ))
2559                   if (( stagein_anz == 10 ))
2560                   then
2561                      printf "\n  +++ stagein stoped after 10 tries"
2562                      locat=stage
2563                      exit
2564                   fi
2565                   printf "\n  +++ restoring from archive failed, trying again:"
2566                   sleep 900
2567                fi
2568             done
2569          elif [[ $archive_system = DMF ]]
2570          then
2571             if [[ $files_for_pes = false ]]
2572             then
2573                printf "\n  +++ restoring of single files impossible with $archive_system !\n"
2574                locat=DMF
2575                exit
2576             else
2577                find  $ARCHIVE/${frelin[$i]}  -type m  -print  |  dmget
2578                cp  -r $ARCHIVE/${frelin[$i]}  $PWD
2579                file_restored=true
2580             fi
2581          elif [[ $archive_system = tivoli ]]
2582          then
2583             if [[ $files_for_pes = false ]]
2584             then
2585                ssh  $SSH_PORTOPT  $usern@bicedata.hlrn.de  "cp  $PERM/${frelin[$i]}  $PWD"
2586             else
2587                (( inode = 0 ))
2588                while (( inode < nodes ))
2589                do
2590                   ssh  $SSH_PORTOPT  $usern@bicedata.hlrn.de  "cd $PWD; tar  xf  $PERM/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar"
2591                   (( inode = inode + 1 ))
2592                done
2593             fi
2594             file_restored=true
2595          elif [[ $archive_system = ut ]]
2596          then
2597             if [[ $files_for_pes = false ]]
2598             then
2599                cp  $UT/${frelin[$i]}  .
2600             else
2601                (( inode = 0 ))
2602                while (( inode < nodes ))
2603                do
2604                   tar  xf  $UT/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar
2605                   (( inode = inode + 1 ))
2606                done
2607             fi
2608             file_restored=true
2609          else
2610             printf "\n  +++ archive_system=\"$archive_system\"   restore impossible!"
2611             locat=rearchive
2612             exit
2613          fi
2614
2615          if [[ $file_restored = true ]]
2616          then
2617
2618                # PUT FILE ON THE TEMPORARY DATA DIRECTORY TOO.
2619                # THIS WILL MAKE FILE ACCESS EASIER FOR LATER RUNS
2620             [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog; chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
2621             if [[ $files_for_pes = false ]]
2622             then
2623                ln  -f  ${frelin[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2624             else
2625                mkdir  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2626                ln  -f  ${frelin[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2627             fi
2628             got_tmp[$i]=true
2629
2630                # PROVIDE THE FILE UNDER ITS LOCAL NAME
2631             mv  ${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2632
2633          fi
2634       fi
2635
2636
2637          # FILE IS STORED IN THE RESPECTIVE DIRECTORY GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
2638       if [[ "${actionin[$i]}" = ""  ||  "${actionin[$i]}" = "di"  ||  "${actionin[$i]}" = "npe" ]]
2639       then
2640
2641          if [[ "${actionin[$i]}" = "npe"  &&  -n $numprocs ]]
2642          then
2643
2644                # FILE COPIES ARE PROVIDED FOR ALL CORES
2645                # EACH FILE GETS A UNIQUE FILENAME WITH A FOUR DIGIT NUMBER
2646             printf "\n      file will be provided for $numprocs processors"
2647             mkdir  ${localin[$i]}
2648             ival=$numprocs
2649             (( ii = 0 ))
2650             while (( ii <= ival-1 ))
2651             do
2652                if (( ii < 10 ))
2653                then
2654                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_000$ii
2655                elif (( ii < 100 ))
2656                then
2657                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_00$ii
2658                elif (( ii < 1000 ))
2659                then
2660                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_0$ii
2661                else
2662                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_$ii
2663                fi
2664                (( ii = ii + 1 ))
2665             done
2666
2667          else
2668
2669             if [[ $files_for_pes = true ]]
2670             then
2671
2672                   # PROVIDE FILES FOR EACH CORE
2673                   # FIRST CREATE THE LOCAL DIRECTORY, THEN COPY FILES
2674                   # FROM THE PERMANENT DIRECTORY BY LINKING THEM TO THE LOCAL ONE
2675                printf "\n      providing $numprocs files for the respective processors"
2676                mkdir  ${localin[$i]}
2677                if [[ $link_local_input = true ]]
2678                    then
2679                    printf "      using ln -f\n"
2680                    cd ${absnamein[$i]}
2681                    for file in $(ls *)
2682                      do
2683                      ln -f $file  ${localin[$i]}
2684                    done
2685                    cd $TEMPDIR
2686                fi
2687
2688                   # IF "ln -f" FAILED OR IF "$link_local_input = false" DO A NORMAL "cp -r"
2689                if [[ ! -f "${localin[$i]}/_0000" ]]
2690                    then
2691                    if [[ $link_local_input = true ]]
2692                        then
2693                        printf "      ln failed for .../_0000, using cp...\n"
2694                    fi
2695                    cp -r  ${absnamein[$i]}/*  ${localin[$i]}
2696                fi
2697
2698             else
2699
2700                   # PROVIDE FILE FOR RUNS ON A SINGLE CORE
2701                if [[ $link_local_input = true ]]
2702                then
2703                    printf "      using ln -f\n"
2704                    ln -f  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
2705                fi
2706                # If "ln -f" fails of if "$link_local_input = false" do a normal "cp"
2707                if [[ ! -f "${localin[$i]}" ]]
2708                then
2709                    if [[ $link_local_input = true ]]
2710                    then
2711                        printf "      ln failed, using cp...\n"
2712                    fi
2713                    cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
2714                fi
2715             fi
2716          fi
2717       fi
2718
2719    done
2720    if (( i != 0 ))
2721    then
2722       printf "\n$dashes\n  *** all INPUT-files provided \n"
2723    fi
2724
2725
2726       # EXECUTE INPUT-COMMANDS GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
2727    (( i = 0 ))
2728    while (( i < iic ))
2729    do
2730       (( i = i + 1 ))
2731       if (( i == 1 ))
2732       then
2733          printf "\n\n  *** execution of INPUT-commands:\n$dashes"
2734       fi
2735       printf "\n  >>> ${in_command[$i]}"
2736       eval  ${in_command[$i]}
2737       if (( i == iic ))
2738       then
2739          printf "\n$dashes\n"
2740       fi
2741    done
2742
2743
2744       # SET THE REMAINING CPU-TIME
2745    cpurest=${cpumax}.
2746
2747
2748       # START DVR STREAMING SERVER
2749    if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
2750    then
2751       if [[ "$dvr_server" != "" ]]
2752       then
2753
2754          printf "\n\n  *** preparing the dvr streaming server configuration file"
2755
2756             # CHECK, IF A DVR SERVER IS ALREADY RUNNING
2757          running_dvrserver_id=`echo $(ps -edaf | grep .dvrserver.config | grep -v grep) | cut -d" " -f2`
2758          if [[ "$running_dvrserver_id" != "" ]]
2759          then
2760
2761             printf "\n\n  +++ WARNING: A dvr server with id=$running_dvrserver_id is already running!"
2762             printf "\n      This server is used instead starting a new one!"
2763             printf "\n      If required, script \"process_dvr_output\" has to be run manually."
2764
2765          else
2766
2767                # COPY CONFIGURATION FILE FOR STREAMING SERVER FROM REPOSITORY TO HERE
2768             if [[ -f ${PALM_BIN}/.dvrserver.config ]]
2769             then
2770                cp  ${PALM_BIN}/.dvrserver.config  .
2771
2772                   # ENTERING THE BASEDIR, UID AND GID INTO THIS FILE
2773                user_id=`id -u`
2774                group_id=`id -g`
2775
2776                   # "&" IS REQUIRED AS A SEPERATOR, BECAUSE TEMPDIR CONTAINS "/"
2777                sed "s&<replace by dvr data directory>&${TEMPDIR}&g" .dvrserver.config > .dvrserver.1
2778                sed "s/<replace by user id>/$user_id/g"    .dvrserver.1 > .dvrserver.2
2779                sed "s/<replace by group id>/$group_id/g"  .dvrserver.2 > .dvrserver.3
2780                mv  .dvrserver.3  .dvrserver.config
2781                rm  .dvrserver.1  .dvrserver.2
2782
2783                   # START DVR SERVER IN BACKGROUND, GET HIS ID AND PRINT ON TERMINAL
2784                $dvr_server  .dvrserver.config  >>  DVR_LOGFILE  2>&1  &
2785                dvrserver_id=`echo $(ps -edaf | grep .dvrserver.config) | cut -d" " -f2`
2786                printf "\n  *** streaming server with id=$dvrserver_id is started in background"
2787                local_dvrserver_running=.TRUE.
2788             else
2789                printf "\n  +++ missing file \".dvrserver.config\" in directory:"
2790                printf "\n      \"$PALM_BIN\" "
2791                locat=dvr
2792                exit
2793             fi
2794
2795          fi
2796
2797       else
2798          printf "\n\n  --- INFORMATIVE: no dvr streaming server will be started"
2799       fi
2800    fi
2801
2802
2803       # CREATE THE NAMELIST-FILE WITH VALUES OF ENVIRONMENT-VARIABLES REQUIRED BY PALM
2804       # (FILE ENVPAR WILL BE READ BY PALM)
2805    cat  >  ENVPAR  <<  %%END%%
2806 &envpar  run_identifier = '$fname', host = '$localhost',
2807          write_binary = '$write_binary', tasks_per_node = $tasks_per_node,
2808          maximum_parallel_io_streams = $maximum_parallel_io_streams,
2809          maximum_cpu_time_allowed = ${cpumax}.,
2810          revision = '$global_revision',
2811          local_dvrserver_running = $local_dvrserver_running,
2812          batch_job = $batch_job /
2813
2814%%END%%
2815
2816
2817       # STARTING THE EXECUTABLE
2818    printf "\n\n  *** execution starts in directory\n      \"`pwd`\"\n$dashes\n"
2819    PATH=$PATH:$TEMPDIR
2820
2821
2822    if [[ $execute_command != "none" ]]
2823    then
2824
2825        printf "\n  +++ branch still not realized"
2826        locat=execution
2827        exit
2828
2829    else
2830
2831          # MPI DEBUG OPTION (ARGUMENT CHECKING, SLOWS DOWN EXECUTION DUE TO INCREASED LATENCY)
2832       if [[ "$mpi_debug" = true ]]
2833       then
2834          export MPI_CHECK_ARGS=1
2835          printf "\n  +++ MPI_CHECK_ARGS=$MPI_CHECK_ARGS"
2836       fi
2837
2838       if [[ "$totalview" = true ]]
2839       then
2840          printf "\n *** totalview debugger will be used"
2841          tv_opt="-tv"
2842       else
2843          tv_opt=""
2844       fi
2845
2846       if [[ "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ]]
2847       then
2848
2849             #Interactive ALLINEA DEBUG seesion
2850          if [[ "$ENVIRONMENT" != BATCH ]]
2851          then
2852             if [[ $host = lccrayb || $host = lccrayh ]]
2853             then
2854                if [[ "$allinea" = true ]]
2855                then
2856                   echo "--- aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  < runfile_atmos"
2857
2858                   ddt  aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out
2859                   wait
2860                fi         
2861             fi
2862          fi
2863
2864          if [[ $localhost = ibmh ]]
2865          then
2866
2867                # SETUP THE IBM MPI ENVIRONMENT
2868             export MP_SHARED_MEMORY=yes
2869             export AIXTHREADS_SCOPE=S
2870             export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
2871             export AUTHSTATE=files
2872             export XLFRTEOPTS="nlwidth=132:err_recovery=no"    # RECORD-LENGTH OF NAMELIST-OUTPUT
2873
2874                # FOLLOWING OPTIONS ARE MANDATORY FOR TOTALVIEW
2875             export MP_ADAPTER_USE=shared
2876             export MP_CPU_USE=multiple
2877             export MP_TIMEOUT=1200
2878
2879             unset  MP_TASK_AFFINITY
2880
2881             if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
2882             then
2883                totalview   poe  a.out
2884             else
2885                echo totalview   poe  -a a.out  -procs $numprocs  -rmpool 0  -nodes 1
2886                export TVDSVRLAUNCHCMD=ssh
2887                totalview   poe  -a a.out  -procs $numprocs  -rmpool 0  -nodes 1
2888             fi
2889
2890          fi  # END DEBUG MODE
2891
2892       else
2893
2894             # NORMAL EXECUTION
2895          if [[ -n $numprocs ]]
2896          then
2897
2898                # RUNNING THE PROGRAM ON PARALLEL MACHINES
2899             if [[ $(echo $host | cut -c1-3) = ibm ]]
2900             then
2901
2902                   # SETUP THE IBM MPI ENVIRONMENT
2903                if [[ $host != ibmh  &&  $host != ibmkisti ]]
2904                then
2905                   export MP_SHARED_MEMORY=yes
2906                   export AIXTHREAD_SCOPE=S
2907                   export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
2908                   export XLSMPOPTS="spins=0:yields=0:stack=20000000"
2909                   export AUTHSTATE=files
2910                   export XLFRTEOPTS="nlwidth=132:err_recovery=no"    # RECORD-LENGTH OF NAMELIST-OUTPUT
2911                   #  export MP_PRINTENV=yes
2912
2913                      # TUNING-VARIABLES TO IMPROVE COMMUNICATION SPEED
2914                      # DO NOT SHOW SIGNIFICANT EFFECTS (SEP 04, FEDERATION-SWITCH)
2915                   export MP_WAIT_MODE=poll
2916                   [[ $node_usage = not_shared ]]  &&  export MP_SINGLE_THREAD=yes
2917                fi
2918
2919                if [[ $host = ibmkisti ]]
2920                then
2921                   export LANG=en_US
2922                   export MP_SHARED_MEMORY=yes
2923                   if [[ $threads_per_task = 1 ]]
2924                   then
2925                      export MP_SINGLE_THREAD=yes
2926                      export MEMORY_AFFINITY=MCM
2927                   else
2928                      export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
2929                   fi
2930                fi
2931
2932                if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
2933                then
2934                   printf "\n--- Control: OMP_NUM_THREADS = \"$OMP_NUM_THREADS\" \n"
2935                   if [[ "$cond1" = hpmcount  ||  "$cond2" = hpmcount ]]
2936                   then
2937                      /opt/optibm/HPM_2_4_1/bin/hpmcount  a.out
2938                   else
2939                      if [[ $run_coupled_model = false ]]
2940                      then
2941                         if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
2942                         then
2943                            echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
2944                         else
2945                            echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
2946                         fi
2947                      else
2948                         (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
2949                         (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
2950                         printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
2951                         printf "\n      using $coupled_mode coupling"
2952                         printf "\n\n"
2953                         echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
2954                      fi
2955                      poe ./a.out  <  runfile_atmos
2956                   fi
2957                else
2958                   if [[ $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibms ]]
2959                   then
2960                      poe  a.out  -procs $numprocs  -nodes 1  -rmpool 0
2961                   elif [[ $localhost = ibmkisti  ||  $localhost = ibmku ]]
2962                   then
2963                      if [[ -f $hostfile ]]
2964                      then
2965                         cp  $hostfile  hostfile
2966                      else
2967                         (( ii = 1 ))
2968                         while (( ii <= $numprocs ))
2969                         do
2970                            echo  $localhost_realname  >>  hostfile
2971                            (( ii = ii + 1 ))
2972                         done
2973                      fi
2974                      export MP_HOSTFILE=hostfile
2975                      if [[ $run_coupled_model = false ]]
2976                      then
2977                         if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
2978                         then
2979                            echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
2980                         else
2981                            echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
2982                         fi
2983                      else
2984                         (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
2985                         (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
2986                         printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
2987                         printf "\n      using $coupled_mode coupling"
2988                         printf "\n\n"
2989                         echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
2990                      fi
2991
2992                      poe  ./a.out  -procs $numprocs  <  runfile_atmos
2993
2994                   else
2995                      if [[ "$host_file" = "" ]]
2996                      then
2997                         printf "\n  +++ no hostfile given in configuration file"
2998                         locat=config_file
2999                         exit
3000                      else
3001                         eval host_file=$host_file
3002                      fi
3003                      export MP_HOSTFILE=$host_file
3004                      poe  a.out  -procs $numprocs  -tasks_per_node $numprocs
3005                   fi
3006                fi
3007
3008             elif [[ $host = nech ]]  # running on NEC machines
3009             then
3010
3011                (( ii = nodes ))
3012                if [[ $ii = 1 ]]
3013                then
3014                   export F_ERRCNT=0        # acceptable number of errors before program is stopped
3015                   export MPIPROGINF=YES
3016                   #  export F_TRACE=YES|FMT1|FMT2  # output of ftrace informations to job protocol
3017                   echo "*** execution on single node with mpirun"
3018                   mpirun  -np $numprocs  ./a.out
3019                else
3020                   (( i = 0 ))
3021                   while (( i < ii ))
3022                   do
3023                      echo "-h $i  -p $tasks_per_node  -e ./mpi_exec_shell"  >>  multinode_config
3024                      (( i = i + 1 ))
3025                   done
3026
3027                   echo "#!/bin/sh"                         >   mpi_exec_shell
3028                   echo " "                                 >>  mpi_exec_shell
3029                   echo "set -u"                            >>  mpi_exec_shell
3030                   echo "F_ERRCNT=0"                        >>  mpi_exec_shell
3031                   echo "MPIPROGINV=YES"                    >>  mpi_exec_shell
3032                   echo "OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task" >>  mpi_exec_shell
3033                   echo "cpurest=$cpurest"                  >>  mpi_exec_shell
3034                   echo "fname=$fname"                      >>  mpi_exec_shell
3035                   echo "localhost=$localhost"              >>  mpi_exec_shell
3036                   echo "return_address=$return_address"    >>  mpi_exec_shell
3037                   echo "return_username=$return_username"  >>  mpi_exec_shell
3038                   echo "tasks_per_node=$tasks_per_node"    >>  mpi_exec_shell
3039                   echo "write_binary=$write_binary"        >>  mpi_exec_shell
3040                   echo "use_seperate_pe_for_dvrp_output=$use_seperate_pe_for_dvrp_output"  >>  mpi_exec_shell
3041                   echo "  "                                >>  mpi_exec_shell
3042                   echo "export F_ERRCNT"                   >>  mpi_exec_shell
3043                   echo "export MPIPROGINV"                 >>  mpi_exec_shell
3044                   echo "export OMP_NUM_THREADS"            >>  mpi_exec_shell
3045                   echo "export cpurest"                    >>  mpi_exec_shell
3046                   echo "export fname"                      >>  mpi_exec_shell
3047                   echo "export localhost"                  >>  mpi_exec_shell
3048                   echo "export return_address"             >>  mpi_exec_shell
3049                   echo "export return_username"            >>  mpi_exec_shell
3050                   echo "export tasks_per_node"             >>  mpi_exec_shell
3051                   echo "export write_binary"               >>  mpi_exec_shell
3052                   echo "export use_seperate_pe_for_dvrp_output"  >>  mpi_exec_shell
3053                   echo " "                                 >>  mpi_exec_shell
3054                   echo "exec  ./a.out"                     >>  mpi_exec_shell
3055
3056                   chmod u+x  mpi_exec_shell
3057                   export MPIPROGINF=YES
3058                   mpirun  -f multinode_config  &
3059                   wait
3060
3061                fi
3062
3063             elif [[ $(echo $host | cut -c1-2) = lc  &&  $host != lckyoto &&  $host != lctit ]]
3064             then
3065
3066                   # COPY HOSTFILE FROM SOURCE DIRECTORY OR CREATE IT, IF IT
3067                   # DOES NOT EXIST
3068                if [[  $host != lcbullhh  && $host != lccrayb  &&  $host != lccrayf  && $host != lccrayh  &&  $host != lckyuh  &&  $host != lckyut ]]
3069                then
3070                   if [[ -f $hostfile ]]
3071                   then
3072                      cp  $hostfile  hostfile
3073                      (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3074                      [[ $ii = 0 ]]  &&  (( ii = 1 ))
3075                   else
3076                      (( ii = 1 ))
3077                      while (( ii <= $numprocs / $threads_per_task ))
3078                      do
3079                         echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3080                         (( ii = ii + 1 ))
3081                      done
3082                      if (( $numprocs / $threads_per_task == 0 ))
3083                      then
3084                         echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3085                      fi
3086                   fi
3087                   eval zeile=\"`head -n $ii  hostfile`\"
3088                   printf "\n  *** running on: $zeile"
3089                fi
3090
3091                (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3092                [[ $ii = 0 ]]  &&  (( ii = 1 ))
3093                export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3094
3095                if [[ $threads_per_task != 1 ]]
3096                then
3097                      # INCREASE STACK SIZE TO UNLIMITED, BECAUSE OTHERWISE LARGE RUNS
3098                      # MAY ABORT
3099                   ulimit -s unlimited
3100                   printf "\n      threads per task: $threads_per_task  stacksize: unlimited"
3101                fi
3102                if [[ $run_coupled_model = false ]]
3103                then
3104                   if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3105                   then
3106                      echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3107                   else
3108                      echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3109                   fi
3110                   printf "\n\n"
3111
3112                   if [[ $host = lccrayb || $host = lccrayh ]]
3113                   then
3114                       echo "--- aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  <  runfile_atmos"
3115                       aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  <  runfile_atmos
3116                   elif [[ $host = lcbullhh ]]
3117                   then
3118                      export OMPI_MCA_pml=cm
3119                      export OMPI_MCA_mtl=mxm
3120                      export OMPI_MCA_coll=^ghc
3121                      export OMPI_MCA_mtl_mxm_np=0
3122                      export MXM_RDMA_PORTS=mlx5_0:1
3123                      export MXM_LOG_LEVEL=ERROR
3124                      export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3125                      export KMP_AFFINITY=verbose,granularity=core,compact,1
3126                      export KMP_STACKSIZE=64m
3127
3128                      srun  --nodes=$nodes --ntasks-per-node=$tasks_per_node ./a.out  <  runfile_atmos
3129
3130                   elif [[ $host = lccrayf ]]
3131                   then
3132                       aprun  -j1  -n $ii  -N $tasks_per_node  -m ${memory}M  a.out  <  runfile_atmos
3133                   elif [[ $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3134                   then
3135                       aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  <  runfile_atmos
3136                   elif [[ $host = lcflow ]]
3137                   then
3138                      mpirun -np $ii a.out  < runfile_atmos
3139                   elif [[ $host = lcsb ]]
3140                   then
3141                      mpirun_rsh -hostfile $PBS_NODEFILE -np `cat $PBS_NODEFILE | wc -l` a.out  < runfile_atmos
3142                   elif [[ $host = lckiaps ]]
3143                   then
3144                      mpirun -np $ii  -f $PBS_NODEFILE  a.out  <  runfile_atmos
3145                   elif [[ $host = lckyu* ]]
3146                   then
3147                      mpiexec -n $ii --stdin runfile_atmos  ./a.out
3148                   else
3149                      mpiexec  -machinefile hostfile  -n $ii  a.out  <  runfile_atmos
3150                   fi
3151
3152                else
3153
3154                       # CURRENTLY THERE IS NO FULL MPI-2 SUPPORT ON ICE AND XT4
3155                   (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3156                   (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3157                   printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3158                   printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3159                   printf "\n\n"
3160
3161                   if [[ $coupled_mode = "mpi2" ]]
3162                   then
3163                      echo "atmosphere_to_ocean $iia $iio"  >  runfile_atmos
3164                      echo "ocean_to_atmosphere $iia $iio"  >  runfile_ocean
3165
3166                      if [[ $host = lccrayf  ||  $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3167                      then
3168
3169                         aprun  -n $iia  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_atmos  &
3170                         aprun  -n $iio  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_ocean  &
3171
3172                      else
3173                             # WORKAROUND BECAUSE mpiexec WITH -env option IS NOT AVAILABLE ON SOME SYSTEMS
3174                          mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iia  a.out  <  runfile_atmos &
3175                          mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iio  a.out  <  runfile_ocean &
3176#                          mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iia  -env coupling_mode atmosphere_to_ocean  a.out  &
3177#                          mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iio  -env coupling_mode ocean_to_atmosphere  a.out  &
3178                      fi
3179                      wait
3180
3181                   else
3182
3183                      echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3184
3185                      if [[ $host = lccrayf  ||  $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3186                      then
3187
3188                         aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_atmos
3189
3190                      elif [[ $host = lck || $host = lckordi ]]
3191                      then
3192
3193                         mpiexec -n $ii  ./a.out  <  runfile_atmos  &
3194
3195                      elif [[ $host = lckyu* ]]
3196                      then
3197
3198                         mpiexec -n $ii --stdin runfile_atmos  ./a.out
3199
3200                      elif [[ $host = lcmuk ]] 
3201                      then
3202
3203                         mpiexec  -machinefile hostfile  -n $ii  a.out  <  runfile_atmos
3204
3205                      fi
3206                      wait
3207                   fi
3208
3209                fi
3210
3211             elif [[ $host = lckyoto ]]
3212             then
3213                set -xv
3214                export P4_RSHCOMMAND=plesh
3215                echo "     P4_RSHCOMMAND = $P4_RSHCOMMAND"
3216                if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
3217                then
3218                   if [[ "$cond2" = fujitsu ]]
3219                   then
3220                      mpiexec  -n $numprocs  ./a.out  # for fujitsu-compiler
3221                   elif [[ "cond2" = pgi ]]
3222                   then
3223                      mpirun  -np $numprocs  -machinefile ${QSUB_NODEINF}  ./a.out
3224                   else
3225                      mpirun_rsh -np $numprocs -hostfile ${QSUB_NODEINF} MV2_USE_SRQ=0 ./a.out  ||  /bin/true
3226                   fi
3227                else
3228                   if [[ "$cond2" = "" ]]
3229                   then
3230                      mpiruni_rsh -np $numprocs ./a.out  # for intel
3231                   else
3232                      mpirun  -np $numprocs  ./a.out
3233                   fi
3234                fi
3235                set +xv
3236
3237             elif [[ $host = lctit ]]
3238             then
3239                export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3240                echo "OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"
3241                if [[ "$threads_per_task" != 1 ]]
3242                then
3243                   export MV2_ENABLE_AFFINITY=0
3244                fi
3245                echo "----- PBS_NODEFILE content:"
3246                cat $PBS_NODEFILE
3247                echo "-----"
3248                (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3249                echo "mpirun  -np $ii  -hostfile $PBS_NODEFILE ./a.out"
3250                mpirun  -np $ii  -hostfile $PBS_NODEFILE  ./a.out
3251
3252             else
3253                mpprun  -n $numprocs  a.out
3254             fi
3255          else
3256             a.out
3257          fi
3258
3259       fi  # end normal (non-debug) execution
3260
3261    fi  # end explicit execute_command or host-specific execute actions
3262
3263    if [[ $? != 0 ]]
3264    then
3265
3266          # ABORT IN CASE OF RUNTIME ERRORS
3267       printf "\n  +++ runtime error occured"
3268       locat=execution
3269       exit
3270
3271    else
3272
3273       printf "\n$dashes\n  *** execution finished \n"
3274
3275          # STOP THE DVR STREAMING SERVER AND PROCESS THE DVR OUTPUT IN ORDER
3276          # TO CREAT DVRS- AND HTML-FILES CONTAINING ALL STREAMS
3277       if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
3278       then
3279          kill $dvrserver_id
3280          printf "\n  *** dvr server with id=$dvrserver_id has been stopped"
3281
3282             # IF THERE IS A DIRECTORY, DATA HAVE BEEN OUTPUT BY THE
3283             # STREAMING SERVER. OTHERWISE, USER HAS CHOSEN dvrp_output=local
3284          if [[ -d DATA_DVR ]]
3285          then
3286
3287                # ADD THE CURRENT DVR CONFIGURATION FILE TO THE DVR OUTPUT
3288                # DIRECTORY
3289             cp  .dvrserver.config  DATA_DVR
3290
3291                # PROCESS THE DVR OUTPUT (OPTION -s FOR GENERATING
3292                # SEQUENCE MODE DATA TOO)
3293             process_dvr_output  -d DATA_DVR  -f $fname  -s
3294
3295          else
3296
3297                # PROCESS THE LOCAL OUTPUT
3298             process_dvr_output  -l  -d DATA_DVR  -f $fname
3299
3300          fi
3301
3302       elif [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
3303       then
3304
3305             # PROCESS DVR OUTPUT GENERATD IN LOCAL MODE (dvrp_output=local)
3306          process_dvr_output  -l  -d DATA_DVR  -f $fname
3307
3308       fi
3309    fi
3310
3311
3312
3313       # CALL OF combine_plot_fields IN ORDER TO MERGE SINGLE FILES WRITTEN
3314       # BY EACH CORE INTO ONE FILE
3315   if [[ ! -f ${PALM_BIN}/combine_plot_fields${block}.x ]]
3316   then
3317      printf "\n\n\n  +++ WARNING: no combine_plot_fields found for given block \"$cond1 $cond2\""
3318      printf "\n      2d- and/or 3d-data may be incomplete!"
3319      printf "\n      Run \"mbuild -u -h $localhost\" to generate utilities for this block.\n"
3320   elif [[ "$combine_plot_fields" == true ]]
3321   then
3322      if [[ $localhost = lccrayh  ||  $localhost = lccrayb ]]
3323      then
3324         printf "\n\n\n *** post-processing: now executing \"aprun  -n 1  -N 1 combine_plot_fields${block}.x\" ..."
3325         aprun  -n 1  -N 1 combine_plot_fields${block}.x
3326      else
3327         printf "\n\n\n *** post-processing: now executing \"combine_plot_fields${block}.x\" ..."
3328         combine_plot_fields${block}.x
3329      fi
3330   else
3331
3332         # TEMPORARY SOLUTION TO SKIP combine_plot_fields. THIS IS REQUIRED IN CASE OF HUGE AMOUNT OF
3333         # DATA OUTPUT. TO DO: EXTEND THIS BRANCH BY CREATING A BATCH JOB for combine_plot_fields.
3334         # ??? koennen wir das streichen ???
3335      printf "\n\n\n *** post-processing: skipping combine_plot_fields (-Z option set) ..."
3336   fi
3337
3338
3339
3340       # EXECUTE OUTPUT-COMMANDS GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
3341    (( i = 0 ))
3342    while (( i < ioc ))
3343    do
3344       (( i = i + 1 ))
3345       if (( i == 1 ))
3346       then
3347          printf "\n\n  *** execution of OUTPUT-commands:\n$dashes"
3348       fi
3349       printf "\n  >>> ${out_command[$i]}"
3350       eval  ${out_command[$i]}
3351       if (( i == ioc ))
3352       then
3353          printf "\n$dashes\n"
3354       fi
3355    done
3356
3357
3358       # IN TRACE-MODE PRINT CONTENTS OF THE CURRENT (TEMPORARY) WORKING DIRECTORY
3359    if [[ $do_trace = true ]]
3360    then
3361       printf "\n\n"
3362       ls -al
3363    fi
3364
3365
3366
3367       # COPY LOCAL OUTPUT-FILES TO THEIR PERMANENT DESTINATIONS
3368    (( i = 0 ))
3369    while (( i < iout ))
3370    do
3371       (( i = i + 1 ))
3372       if (( i == 1 ))
3373       then
3374          printf "\n\n  *** saving OUTPUT-files:\n$dashes"
3375       fi
3376
3377          # CHECK FOR SINGLE FILE (SERIAL RUN) OR DIRECTORY (ONE FILE PER CORE FOR PARELLEL EXECUTION)
3378       files_for_pes=false; filetyp=file
3379       if [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  -n $numprocs ]]
3380       then
3381          files_for_pes=true; filetyp=directory
3382          actionout[$i]=""
3383       elif [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  ! -n $numprocs ]]
3384       then
3385          actionout[$i]=""
3386       elif [[ "${actionout[$i]}" = arpe  &&  -n $numprocs ]]
3387       then
3388          files_for_pes=true; filetyp=directory
3389          actionout[$i]="ar"
3390       elif [[ "${actionout[$i]}" = arpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3391       then
3392          actionout[$i]="ar"
3393       elif [[ "${actionout[$i]}" = flpe  &&  -n $numprocs ]]
3394       then
3395          files_for_pes=true; filetyp=directory
3396          actionout[$i]="fl"
3397       elif [[ "${actionout[$i]}" = flpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3398       then
3399          actionout[$i]="fl"
3400       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  -n $numprocs ]]
3401       then
3402          files_for_pes=true; filetyp=directory
3403          actionout[$i]="tr"
3404       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3405       then
3406          actionout[$i]="tr"
3407       fi
3408
3409       if [[ ! -f ${localout[$i]}  &&  $files_for_pes = false ]]
3410       then
3411          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}  does not exist\n"
3412       elif [[ ! -d ${localout[$i]}  &&  $files_for_pes = true ]]
3413       then
3414          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}/....  does not exist\n"
3415       else
3416
3417
3418             # COPY VIA SCP TO LOCAL HOST (ALWAYS IN BINARY MODE USING batch_scp option -m)
3419             # IF TARGET DIRECTORY DOES NOT EXISTS, TRY TO CREATE IT
3420          if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
3421          then
3422             if [[ $localhost != $fromhost ]]
3423             then
3424                if [[ $files_for_pes = false ]]
3425                then
3426                   cps=""
3427                   cst=""
3428                else
3429                   cps=-c
3430                   cst="/"
3431                fi
3432                if [[ $localhost = nech ]]
3433                then
3434
3435                      # TRANSFER IN SEPERATE JOB
3436                      # FIRST COPY FILE TO TEMPORY DATA DIRECTORY
3437                   [[ ! -d $tmp_data_catalog/TRANSFER ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog/TRANSFER
3438                   file_to_transfer=${fname}_${localout[$i]}_to_transfer_$kennung
3439                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3440                   then
3441                      ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3442                   else
3443                      mkdir  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3444                      ln  ${localout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3445                   fi
3446
3447                   echo "set -x"                                    >    transfer_${localout[$i]}
3448                   echo "cd  $tmp_data_catalog/TRANSFER"            >>   transfer_${localout[$i]}
3449
3450                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}$cst  by SCP in seperate job to"
3451                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}$cst"
3452                   printf "\n              or higher cycle\n"
3453                   echo "batch_scp $PORTOPT $cps -b -m -u $return_username $return_address  $file_to_transfer \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"  >>  transfer_${localout[$i]}
3454
3455                   echo "[[ \$? = 0 ]]  &&  rm  $file_to_transfer"  >>  transfer_${localout[$i]}
3456
3457                   if [[ $localhost = nech ]]
3458                   then
3459                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 900  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3460                   else
3461                      if [[ "$LOGNAME" = b323013 ]]
3462                      then
3463                         subjob  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3464                      else
3465                         subjob  -d  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3466                      fi
3467                   fi
3468
3469                else
3470
3471                      # TRANSFER WITHIN THIS JOB
3472                   transfer_failed=false
3473                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}$cst  by SCP to"
3474                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}$cst\n"
3475                   if [[ $localhost = lccrayb ]]
3476                   then
3477                      ssh $usern@blogin1 ". \\$HOME/.profile; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT $cps -b -m -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3478                   elif [[ $localhost = lccrayh ]]
3479                   then
3480                      ssh $usern@hlogin1 ". \\$HOME/.profile; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT $cps -b -m -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3481                   elif [[ $localhost = lcbullhh ]]
3482                   then
3483                      ssh $usern@mlogin101 ". \\$HOME/.profile; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT $cps -b -m -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3484                   elif [[ $localhost = lcxe6 ]]
3485                   then
3486                      ssh $usern@hexagon ". \\$HOME/.profile; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT $cps -b -m -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3487                   else
3488                      batch_scp $PORTOPT $cps -b -m -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
3489                   fi
3490                   [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
3491
3492                      # IF TRANSFER FAILED, CREATE BACKUP COPY ON THIS MACHINE
3493                   if [[ $transfer_failed = true ]]
3494                   then
3495                      printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on this host under:\n"
3496                      printf "      ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung\n"
3497
3498                         # FIRST CHECK, IF DIRECTORY EXISTS, AND CREATE IT, IF NECESSARY
3499                      eval  local_catalog=${pathout[$i]}
3500                      if [[ ! -d $local_catalog ]]
3501                      then
3502                         printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
3503                         printf "      $local_catalog \n"
3504                         mkdir -p  $local_catalog
3505                      fi
3506                      eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung
3507                      transfer_problems=true
3508                   fi
3509                fi
3510             else
3511
3512                   # UNSET actionout. DUE TO THIS SETTING, FILE WILL LATER JUST BE COPIED ON THIS MACHINE
3513                actionout[$i]=""
3514             fi
3515          fi
3516
3517
3518             # APPEND VIA SCP TO LOCAL HOST (ALWAYS IN BINARY MODE USING batch_scp option -m)
3519             # IF TARGET DIRECTORY DOES NOT EXISTS, TRY TO CREATE IT
3520          if [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
3521          then
3522             if [[ $localhost != $fromhost ]]
3523             then
3524                if [[ $localhost = ibmh  ||  $localhost = nech ]]
3525                then
3526
3527                      # TRANSFER IN SEPERATE JOB
3528                      # FIRST COPY FILE TO TEMPORY DATA DIRECTORY
3529                   [[ ! -d $tmp_data_catalog/TRANSFER ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog/TRANSFER
3530                   file_to_transfer=${fname}_${localout[$i]}_to_transfer_$kennung
3531                   ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3532
3533                   echo "set -x"                                    >    transfer_${localout[$i]}
3534                   echo "cd  $tmp_data_catalog/TRANSFER"            >>   transfer_${localout[$i]}
3535
3536                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append by SCP in seperate job to"
3537                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}"
3538                   printf "\n              or higher cycle\n"
3539                   echo "batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username $return_address  $file_to_transfer \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"  >>  transfer_${localout[$i]}
3540
3541                   echo "[[ \$? = 0 ]]  &&  rm  $file_to_transfer"  >>  transfer_${localout[$i]}
3542
3543                   if [[ $localhost = nech ]]
3544                   then
3545                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 900  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3546                   else
3547                      if [[ $LOGNAME = b323013 ]]
3548                      then
3549                         subjob  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3550                      else
3551                         subjob  -d  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3552                      fi
3553                   fi
3554
3555                else
3556
3557                      # TRANSFER WITHIN THIS JOB
3558                   transfer_failed=false
3559                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append by SCP to"
3560                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}\n"
3561                   if [[ $localhost = lccrayb ]]
3562                   then
3563                      ssh $usern@blogin1 ". \\$HOME/.profile; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3564                   elif [[ $localhost = lccrayh ]]
3565                   then
3566                      ssh $usern@hlogin1 ". \\$HOME/.profile; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3567                   elif [[ $localhost = lcxe6 ]]
3568                   then
3569                      ssh $usern@hexagon ". \\$HOME/.profile; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3570                   else
3571                      batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username  $return_address ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
3572                   fi
3573                   [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
3574
3575                      # IF TRANSFER FAILED, CREATE BACKUP COPY ON THIS MACHINE
3576                   if [[ $transfer_failed = true ]]
3577                   then
3578                      printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on this host under:\n"
3579                      printf "      ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung\n"
3580
3581                         # FIRST CHECK, IF DIRECTORY EXISTS, AND CREATE IT, IF NECESSARY
3582                      eval  local_catalog=${pathout[$i]}
3583                      if [[ ! -d $local_catalog ]]
3584                      then
3585                         printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
3586                         printf "      $local_catalog \n"
3587                         mkdir -p  $local_catalog
3588                      fi
3589
3590                      eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung
3591                      transfer_problems=true
3592                   fi
3593                fi
3594             else
3595
3596                   # RESET actionout. DUE TO THIS SETTING, FILE WILL LATER JUST BE APPENDED ON THIS MACHINE
3597                actionout[$i]=a
3598             fi
3599          fi
3600
3601
3602             # OUTPUT-FILE FOR A RESTART-RUN.
3603             # FILE IS MOVED TO THE TEMPORARY DATA DIRECTORY USING link COMMAND.
3604             # OPTION -f IS USED TO OVERWRITE EXISTING FILES.
3605             # AS LAST ACTION, ARCHIVING IS INITIATED.
3606          if [[ "${actionout[$i]}" = fl ]]
3607          then
3608             [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
3609             chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
3610             if [[ $files_for_pes = false ]]
3611             then
3612                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to"
3613                printf "\n              $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} (temporary data catalog)\n"
3614                ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3615             else
3616                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/....  to"
3617                printf "\n              $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} (temporary data catalog)\n"
3618                mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3619                cd ${localout[$i]}
3620                for file in $(ls *)
3621                do
3622                   ln -f $file $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3623                done
3624                cd $TEMPDIR
3625             fi
3626
3627
3628                # CREATE AND SUBMIT ARCHIVING-JOB
3629             if [[ $store_on_archive_system = true ]]
3630             then
3631
3632                if [[ $archive_system = asterix ]]
3633                then
3634                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                      >> archive_${frelout[$i]}
3635                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3636                   then
3637                      echo "stageout  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT${i}_$kennung" >> archive_${frelout[$i]}
3638                   else
3639                      echo "stageout -t  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT${i}_$kennung" >> archive_${frelout[$i]}
3640                   fi
3641                   echo "cat  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung"               >> archive_${frelout[$i]}
3642                   echo "if [[ \$(grep -c \"st.msg:150\"  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung) != 0 ]]" >> archive_${frelout[$i]}
3643                   echo "then"                                       >> archive_${frelout[$i]}
3644                   echo "   do_stageout=false"                       >> archive_${frelout[$i]}
3645                   echo "else"                                       >> archive_${frelout[$i]}
3646                   echo "   echo \"  +++ $filetyp ${frelout[$i]}  could not be stored on archive-system\" " >> archive_${frelout[$i]}
3647                   echo "   cat  /dev/null  >  ~/job_queue/ARCHIVE_ERROR_$fname" >> archive_${frelout[$i]}
3648                   echo "   cat  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung  >  ~/job_queue/archive_${frelout[$i]}_error" >> archive_${frelout[$i]}
3649                   echo "   echo \"  *** $filetyp ${frelout[$i]} will be copied to \$WORK as backup\" " >> archive_${frelout[$i]}
3650                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3651                   then
3652                      echo "   cp   ${frelout[$i]}  \$WORK"                    >> archive_${frelout[$i]}
3653                   else
3654                      echo "   cp -r  ${frelout[$i]}  \$WORK/${frelout[$i]}"   >> archive_${frelout[$i]}
3655                   fi
3656                   echo "   echo \"  *** $filetyp ${frelout[$i]} saved\" " >> archive_${frelout[$i]}
3657                   echo "fi"                                         >> archive_${frelout[$i]}
3658                   echo "rm  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung"              >> archive_${frelout[$i]}
3659                elif [[ $archive_system = DMF ]]
3660                then
3661                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                      >> archive_${frelout[$i]}
3662                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3663                   then
3664                      printf "\n  +++ archiving of single files impossible with $archive_system !\n"
3665                      locat=DMF
3666                      exit
3667                   else
3668                         # ??? nicht benötigte Archiv-Systeme entfernen ???
3669                         # FUER RECHNER IN JUELICH. DORT KOENNTEN AUCH
3670                         # EINZELNE DATEIEN GESICHERT WERDEN (SPAETER KORR.)
3671                      echo "rm -rf  \$ARCHIVE/${frelout[$i]}"     >> archive_${frelout[$i]}
3672                      echo "cp -r  ${frelout[$i]}  \$ARCHIVE"     >> archive_${frelout[$i]}
3673                   fi
3674                elif [[ $archive_system = tivoli ]]
3675                then
3676                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >> archive_${frelout[$i]}
3677                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3678                   then
3679                         # REMOVE EXISTING OLD FILES FROM THE ARCHIVE
3680                      echo "set -x"                                   >> archive_${frelout[$i]}
3681                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
3682                      echo "cp  ${frelout[$i]} \$PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3683                   else
3684
3685                      echo "set -x"                                   >> archive_${frelout[$i]}
3686                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}/*"         >> archive_${frelout[$i]}
3687                      echo "[[ ! -d \$PERM/${frelout[$i]} ]] && mkdir $PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3688                      cd  $tmp_data_catalog
3689                      all_files=`ls -1 ${frelout[$i]}/*`
3690                      cd -  > /dev/null
3691                      (( inode = 0 ))
3692                      (( tp1   = tasks_per_node + 1 ))
3693                      while (( inode < nodes ))
3694                      do
3695                         files=`echo $all_files | cut -d" " -f1-$tasks_per_node`
3696                         all_files=`echo $all_files | cut -d" " -f$tp1-`
3697                         echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
3698                         (( inode = inode + 1 ))
3699                      done
3700                   fi
3701                elif [[ $archive_system = ut ]]
3702                then
3703                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >> archive_${frelout[$i]}
3704                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3705                   then
3706                         # REMOVE EXISTING OLD FILES FROM THE ARCHIVE
3707                      echo "set -x"                                 >> archive_${frelout[$i]}
3708                      echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
3709                      echo "cp  ${frelout[$i]} \$UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3710                   else
3711
3712                      echo "set -x"                                 >> archive_${frelout[$i]}
3713                      echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}/*"         >> archive_${frelout[$i]}
3714                      echo "[[ ! -d \$UT/${frelout[$i]} ]] && mkdir $UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3715                      cd  $tmp_data_catalog
3716                      all_files=`ls -1 ${frelout[$i]}/*`
3717                      cd -  > /dev/null
3718                      (( inode = 0 ))
3719                      (( tp1   = tasks_per_node + 1 ))
3720                      while (( inode < nodes ))
3721                      do
3722                         files=`echo $all_files | cut -d" " -f1-$tasks_per_node`
3723                         all_files=`echo $all_files | cut -d" " -f$tp1-`
3724                         echo "tar  cvf \$UT/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
3725                         (( inode = inode + 1 ))
3726                      done
3727                   fi
3728                elif [[ $archive_system = none ]]
3729                then
3730                   printf "              +++ archiving on $localhost not available!\n"
3731                fi
3732
3733                if [[ $archive_system != none ]]
3734                then
3735                   if [[ $localhost = nech ]]
3736                   then
3737                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 7200  $PORTOPT  archive_${frelout[$i]}
3738                   fi
3739                   printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
3740                fi
3741             else
3742                printf "              +++ caution: option -A is switched off. No archiving on $archive_system!\n"
3743             fi
3744
3745
3746                # CREATE AN EMPTY DIRECTORY IN THE USERS PERMANENT DIRECTORY,
3747                # IN ORDER TO NOTE THE RESPECTIVE CYCLE NUMBER ON THE ARCHIVE SYSTEM
3748                # RESTART-JOBS ARE USING THESE EMPTY-DIRECTORIES TO GET THE CURRENT HIGHEST
3749                # CYCLE NUMBER ON THE ARCHIVE SYSTEM (IN CASE THAT INFORMATIONS ARE DIFFICULT TO
3750                # TO ACCESS FROM THE ARCHIVE-SYSTEM DIRECTLY))
3751             if [[ $files_for_pes = false ]]
3752             then
3753                cat  /dev/null  >  ${pathout[$i]}
3754             else
3755                mkdir -p  ${pathout[$i]}
3756             fi
3757
3758          fi
3759
3760
3761             # COPY FROM THIS HOST TO THE ARCHIVE-SYSTEM
3762             # IF ANY ARCHIVING FAILS, AN ERROR-FLAG-FILE IS SET
3763             # THIS FILE REMAINS TO BE SET, EVEN IF ARCHIVING OF FURTHER FILES IS SUCCESSFULL
3764          if [[ "${actionout[$i]}" = ar ]]
3765          then
3766             if [[ $files_for_pes = false ]]
3767             then
3768                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to"
3769                printf "\n              ${pathout[$i]}"
3770                printf "\n              File will be copied to archive-system ($archive_system) !\n"
3771             else
3772                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/_....  to"
3773                printf "\n              ${pathout[$i]}"
3774                printf "\n              Directory will be copied to archive-system ($archive_system) !\n"
3775             fi
3776             mv  ${localout[$i]}  ${frelout[$i]}
3777
3778             file_saved=false
3779
3780             if [[ $archive_system = asterix ]]
3781             then
3782                do_stageout=true
3783                (( stageout_anz = 0 ))
3784                while [[ $do_stageout = true ]]
3785                do
3786                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3787                   then
3788                      stageout  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT
3789                   else
3790                      stageout  -t  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT
3791                   fi
3792                   cat  STAGE_OUTPUT
3793                   if [[ $(grep -c "st.msg:150"  STAGE_OUTPUT) != 0 ]]
3794                   then
3795                      file_saved=true
3796                      do_stageout=false
3797                   else
3798                      if [[ $files_for_pes = false ]]
3799                      then
3800                         printf "\n  +++ file ${frelout[$i]}  could not be saved on archive-system"
3801                      else
3802                         printf "\n  +++ directory ${frelout[$i]} could not be saved on archive-system"
3803                      fi
3804                      (( stageout_anz = stageout_anz + 1 ))
3805                      if (( stageout_anz == 10 ))
3806                      then
3807                         printf "\n  +++ stoped after 10 unsuccessful tries!"
3808                         archive_save=false
3809                         do_stageout=false
3810                      else
3811                         printf "\n  *** new try to store on archive after 15 min:"
3812                         sleep 900
3813                      fi
3814                   fi
3815                done
3816             elif [[ $archive_system = DMF ]]
3817             then
3818                if [[ $files_for_pes = false ]]
3819                then
3820                   printf "\n  +++ archiving of single files impossible on $archive_system!\n"
3821                   locat=DMF
3822                   exit
3823                else
3824                   rm -rf  $ARCHIVE/${frelout[$i]}
3825                   cp -r  ${frelout[$i]}  $ARCHIVE
3826                fi
3827                file_saved=true
3828             elif [[ $archive_system = tivoli ]]
3829             then
3830                   # ARCHIVING ONLY POSSIBLE VIA BATCH-JOB
3831                   # IN THE MEANTIME, FILE IS STORED IN THE TEMPORARY DATA DIRECTORY,
3832                   # BECAUSE MRUN'S CURRENT TEMPORARY WORKING DIRECTORY MAY ALREADY BE DELETED
3833                   # WHEN THE ARCHIVE-JOB IS EXECUTED
3834                [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
3835                chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
3836                if [[ $files_for_pes = false ]]
3837                then
3838                   ln -f  ${frelout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3839                else
3840                   mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3841                   ln -f  ${frelout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3842                fi
3843
3844                   # GENERATE AND SUBMIT BATCH-JOB
3845                   # FILE HAS TO BE DELETED FROM THE TEMPORARY DATA DIRECTORY
3846                   # DELETE OLD EXISTING FILES FROM THE ARCHIVE
3847                echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >  archive_${frelout[$i]}
3848                if [[ $files_for_pes = false ]]
3849                then
3850                   echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
3851                   echo "cp  ${frelout[$i]} \$PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3852                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                  >> archive_${frelout[$i]}
3853                else
3854                   echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
3855                   echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3856                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                  >> archive_${frelout[$i]}
3857                fi
3858
3859                subjob  -v  -d  -q cdata  -X 0  -m 1000  -t 43200  -c $job_catalog  $PORTOPT  archive_${frelout[$i]}
3860                printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
3861                file_saved=true
3862
3863             elif [[ $archive_system = ut ]]
3864             then
3865                   # ARCHIVING ONLY POSSIBLE VIA BATCH-JOB
3866                   # IN THE MEANTIME, FILE IS STORED IN THE TEMPORARY DATA DIRECTORY,
3867                   # BECAUSE MRUN'S CURRENT TEMPORARY WORKING DIRECTORY MAY ALREADY BE DELETED
3868                   # WHEN THE ARCHIVE-JOB IS EXECUTED
3869                [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
3870                chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
3871                if [[ $files_for_pes = false ]]
3872                then
3873                   ln -f  ${frelout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3874                else
3875                   mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3876                   ln -f  ${frelout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3877                fi
3878
3879                   # GENERATE AND SUBMIT BATCH-JOB
3880                   # FILE HAS TO BE DELETED FROM THE TEMPORARY DATA DIRECTORY
3881                   # DELETE OLD EXISTING FILES FROM THE ARCHIVE
3882                echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >  archive_${frelout[$i]}
3883                if [[ $files_for_pes = false ]]
3884                then
3885                   echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
3886                   echo "cp  ${frelout[$i]} \$UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3887                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                >> archive_${frelout[$i]}
3888                else
3889                   echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
3890                   echo "tar  cvf \$UT/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3891                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                >> archive_${frelout[$i]}
3892                fi
3893
3894                subjob  -v  -c /pf/b/$usern/job_queue  -d  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 7200  $PORTOPT  archive_${frelout[$i]}
3895                printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
3896                file_saved=true
3897
3898             else
3899                printf "\n  +++ archive_system=\"$archive_system\"  archiving impossible!"
3900                archive_save=false
3901             fi
3902
3903                # CREATE EMPTY FLAG-FILE OR -DIRECTORY
3904                # IN ORDER TO NOTE THE RESPECTIVE CYCLE NUMBER ON THE ARCHIVE SYSTEM
3905                # RESTART-JOBS ARE USING THESE EMPTY-DIRECTORIES TO GET THE CURRENT HIGHEST
3906                # CYCLE NUMBER ON THE ARCHIVE SYSTEM (IN CASE THAT INFORMATIONS ARE DIFFICULT TO
3907                # TO ACCESS FROM THE ARCHIVE-SYSTEM DIRECTLY))
3908             if [[ $file_saved = true ]]
3909             then
3910                if [[ $files_for_pes = false ]]
3911                then
3912                   cat  /dev/null  >  ${pathout[$i]}
3913                else
3914                   mkdir -p  ${pathout[$i]}
3915                fi
3916             fi
3917
3918          fi
3919
3920             # APPEND ON THIS MACHINE
3921          if [[ "${actionout[$i]}" = "a" ]]
3922          then
3923             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
3924             then
3925                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
3926                cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
3927             else
3928                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to  ${pathout[$i]}\n"
3929                cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}
3930             fi
3931          fi
3932
3933             # COPY ON THIS MACHINE
3934             # COPY HAS TO BE USED, BECAUSE MOVE DOES NOT WORK IF FILE-ORIGIN AND TARGET ARE
3935             # ON DIFFERENT FILE-SYSTEMS
3936          if [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_pes = false ]]
3937          then
3938
3939                # COPY IN CASE OF RUNS ON SINGLE CORES
3940             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
3941             then
3942                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
3943                if [[ $link_local_output = true ]]
3944                then
3945                    printf "      using ln -f\n"
3946                    ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
3947                fi
3948                # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
3949                if [[ ! -f "${pathout[$i]}.${extout[$i]}" ]]
3950                then
3951                    if [[ $link_local_output = true ]]
3952                    then
3953                        printf "      ln failed, using cp...\n"
3954                    fi
3955                    cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
3956                fi
3957             else
3958                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to  ${pathout[$i]}\n"
3959                if [[ $link_local_output = true ]]
3960                then
3961                    printf "      using ln -f\n"
3962                    ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
3963                fi
3964                # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
3965                if [[ ! -f "${pathout[$i]}" ]]
3966                then
3967                    if [[ $link_local_output = true ]]
3968                    then
3969                        printf "      ln failed, using cp...\n"
3970                    fi
3971                    cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
3972                fi
3973             fi
3974
3975          elif [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_pes = true ]]
3976          then
3977
3978                # FILES FROM THE DIFFERENT CORES ARE MOVED WITH ln-COMMAND TO THE PERMANENT DIRECTORY
3979                # AS A FIRST STEP, THE PERMANENT DIRECTORY IS CREATED
3980             printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/_....  to  ${pathout[$i]}\n"
3981             if [[ $link_local_output = true ]]
3982             then
3983                 printf "      using ln -f\n"
3984                 mkdir  ${pathout[$i]}
3985                 cd ${localout[$i]}
3986                 for file in $(ls *)
3987                 do
3988                   ln -f $file  ${pathout[$i]}
3989                 done
3990                 cd $TEMPDIR
3991             fi
3992
3993                # IF "ln -f" HAS FAILED OR IF "$link_local_output = false" DO A NORMAL COPY "cp -r"
3994             if [[ ! -f "${pathout[$i]}/_0000" ]]
3995             then
3996                 if [[ $link_local_output = true ]]
3997                 then
3998                     printf "      ln failed for .../_0000, using cp...\n"
3999                 fi
4000                 cp -r  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4001             fi
4002
4003          fi
4004       fi
4005    done
4006    if (( i != 0 ))
4007    then
4008       if [[ $transfer_problems = true ]]
4009       then
4010          printf "\n$dashes\n  *** OUTPUT-files saved"
4011          printf "\n  +++ WARNING: some data transfers failed! \n"
4012       else
4013          printf "\n$dashes\n  *** all OUTPUT-files saved \n"
4014       fi
4015    fi
4016
4017
4018       # IF REQUIRED, START A RESTART-JOB
4019       # FILE CONTINUE_RUN MUST HAVE BEEN CREATED BY THE EXECUTABLE (PALM)
4020    if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
4021    then
4022
4023       if [[ $archive_save = true ]]
4024       then
4025
4026             # ADD RESTART-OPTIONS TO THE MRUN-CALL (IF THEY ARE NOT USED ALREADY):
4027             # -C TELLS MRUN THAT IT IS A RESTART-RUN
4028             # -v SILENT MODE WITHOUT INTERACTIVE QUERIES
4029             # -n BATCH-MODE (IMPORTANT ONLY IN CASE OF BATCH JOBS ON THE LOCAL MACHINE)
4030          [[ $(echo $mc | grep -c "\-C") = 0 ]]  &&  mc="$mc -C"
4031          [[ $(echo $mc | grep -c "\-v") = 0 ]]  &&  mc="$mc -v"
4032          [[ $(echo $mc | grep -c "\-b") = 0 ]]  &&  mc="$mc -b"
4033          if [[ $(echo $mc | grep -c "#") != 0 ]]
4034          then
4035             mc=`echo $mc | sed 's/#/f/g'`
4036          fi
4037
4038
4039             # START THE RESTART-JOB
4040          printf "\n\n  *** initiating restart-run on \"$return_address\" using command:\n"
4041          echo "      $mc"
4042          printf "\n$dashes\n"
4043          if [[ $localhost != $fromhost ]]
4044          then
4045
4046             if [[ $localhost = lcbullhh  ||  $localhost = lccrayb  ||  $localhost = lccrayh  ||  $localhost = nech  ||  $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibmkisti  ||  $localhost = ibmku  ||  $localhost = ibms  ||  $localhost = lcflow  ||  $localhost = lckyu*  ||  $localhost = lcxe6 ]]
4047             then
4048                echo "*** ssh will be used to initiate restart-runs!"
4049                echo "    return_address=\"$return_address\" "
4050                echo "    return_username=\"$return_username\" "
4051                if [[ $(echo $return_address | grep -c "130.75.105") = 1 ]]
4052                then
4053                   if [[ $localhost = ibmh ]]
4054                   then
4055                      ssh $SSH_PORTOPT $usern@136.172.40.15 "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \". \\\$HOME/.profile; module load intel-compiler hdf5 netcdf; PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4056                   elif [[ $localhost = lcbullhh ]]
4057                   then
4058                      ssh $SSH_PORTOPT $usern@mlogin101 "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \". \\\$HOME/.profile; module load intel-compiler hdf5 netcdf; PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4059                   elif [[ $localhost = lccrayb ]]
4060                   then
4061                      ssh $usern@blogin1 "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \". \\\$HOME/.profile; module load intel-compiler hdf5 netcdf; PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH; export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4062                   elif [[ $localhost = lccrayh ]]
4063                   then
4064                      ssh $usern@hlogin1 "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \". \\\$HOME/.profile; module load intel-compiler hdf5 netcdf; PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH; export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4065                   elif [[ $localhost = lcxe6 ]]
4066                   then
4067                      ssh $usern@hexagon "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \". \\\$HOME/.profile; module load intel-compiler hdf5 netcdf; PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH; export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4068                   else
4069                      ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username ". \\\$HOME/.profile; module load intel-compiler hdf5 netcdf; PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4070                   fi
4071                else
4072                   if [[ $localhost = ibmkisti ]]
4073                   then
4074                      ssh $SSH_PORTOPT $usern@gaiad "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4075                   elif [[ $localhost = lcflow ]]
4076                   then
4077                      /usr/bin/ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4078                   elif [[ $localhost = lccrayb ]]
4079                   then
4080                      ssh $usern@blogin1 "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4081                   elif [[ $localhost = lccrayh ]]
4082                   then
4083                      ssh $usern@hlogin1 "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4084                   else
4085                      ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4086                   fi
4087                fi
4088             else
4089                printf "\n  +++ no restart mechanism available for host \"$localhost\" "
4090                locat=restart; exit
4091             fi
4092
4093                # WAIT TO ALLOW THE RESTART-JOB TO BE QUEUED, BEFORE THE CURRENT JOB IS FINISHED
4094             if [[ $queue = special1q ]]
4095             then
4096                sleep 120
4097             else
4098                sleep 30
4099             fi
4100
4101          else
4102
4103                # JOBS RUNNING (AND STARTED) ON THE LOCAL MACHINE CAN DIRECTLY CALL MRUN (WITHOUT
4104                # USING SSH)
4105             cd $LOCAL_PWD
4106             if [[ $localhost = lckyuh ]]
4107             then
4108                printf "\n  +++ WARNING: no restart mechanism available for host \"$localhost\" "
4109                printf "\n               please restart job manually using command:\n"
4110                printf "\n               \"$mc\" "
4111             else
4112                eval  $mc                # THE ' MUST BE EVALUATED
4113             fi
4114             cd -  > /dev/null
4115          fi
4116          if [[ $localhost = lckyuh ]]
4117          then
4118             printf "\n$dashes\n  *** restart-run to be initiated manually\n"
4119          else
4120             printf "\n$dashes\n  *** restart-run initiated \n"
4121          fi
4122
4123
4124             # DELETE INPUT-(RESTART)FILES, WHICH HAVE BEEN FETCHED FROM THE TEMPORARY DATA
4125             # DIRECTORY, BACAUSE THEY ARE NOT REQUIRED BY THE RESTART-JOB.
4126             # THIS IS DONE IN ORDER TO AVOID EXCEEDING DISC QUOTAS OR DISC SPACE (RESTART-FILES
4127             # MAY BE VERY HUGE)
4128          (( i = 0 ))
4129          while (( i < iin ))
4130          do
4131             (( i = i + 1 ))
4132             if [[ "${got_tmp[$i]}" = true   &&  $keep_data_from_previous_run = false ]]
4133             then
4134                rm -r  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
4135             fi
4136          done
4137
4138       else
4139
4140          printf "\n  +++ no restart-run possible, since errors occured"
4141          printf "\n      during the archive process"
4142       fi
4143
4144    fi
4145
4146
4147   
4148       # SEND EMAIL NOTIFICATION ABOUT THE FINISHED RUN
4149    if [[ "$email_notification" != "none" ]]
4150    then
4151
4152       if [[ $localhost != $fromhost ]]
4153       then
4154          if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
4155          then
4156             echo "PALM restart run necessary"        >   email_text
4157             echo "description header of actual run:" >>  email_text
4158             cat  CONTINUE_RUN                        >>  email_text
4159             echo "mrun-command to restart:"          >>  email_text
4160             echo "$mc"                               >>  email_text
4161          else
4162             echo "PALM run with base filename \"$fname\" on host \"$localhost\" finished"  >  email_text
4163          fi
4164          mail  $email_notification  <  email_text
4165          printf "\n  *** email notification sent to \"$email_notification\" "
4166       fi
4167    fi
4168
4169
4170
4171       # ALL ACTIONS FINISHED, TEMPORARY WORKING-DIRECTORY CAN BE DELETED
4172    cd  $HOME
4173    [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
4174
4175 else
4176
4177       # PREPARING ACTIONS,
4178       # IF A BATCH-JOB IS TO BE GENERATED AND STARTED ON A REMOTE-MACHINE GERECHNET
4179
4180       # BUILD THE MRUN-COMMAND TO BE CALLED IN THE BATCH-JOB ON THE REMOTE-MACHINE
4181    mrun_com="$mrun_script_name -a $afname -c $config_file -d $fname -h $host -H $fromhost -m $memory -t $cpumax -q $queue -R $return_address -U $return_username -u $remote_username"
4182    [[ "$cpp_opts" != "" ]]       &&  mrun_com=${mrun_com}" -D \"$cpp_opts\""
4183    [[ "$global_revision" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -G \"$global_revision\""
4184    [[ $group_number != none ]]   &&  mrun_com=${mrun_com}" -g $group_number"
4185    [[ $do_compile = true ]]      &&  mrun_com=${mrun_com}" -s \"$source_list\""
4186    [[ "$input_list" != "" ]]     &&  mrun_com=${mrun_com}" -i \"$input_list\""
4187    [[ $ignore_archive_error = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -I"
4188    [[ $keep_data_from_previous_run = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -k"
4189    [[ "$additional_conditions" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -K \"$additional_conditions\""
4190    [[ "$output_list" != "" ]]    &&  mrun_com=${mrun_com}" -o \"$output_list\""
4191    [[ "$read_from_config" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -S"
4192    [[ $do_trace = true ]]        &&  mrun_com=${mrun_com}" -x"
4193    [[ "$numprocs" != "" ]]       &&  mrun_com=${mrun_com}" -X $numprocs"
4194    if [[ $use_openmp = true ]]
4195    then
4196       mrun_com=${mrun_com}" -O $threads_per_task"
4197    fi
4198    [[ "$tasks_per_node" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -T $tasks_per_node"
4199    [[ $store_on_archive_system = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -A"
4200    [[ $package_list != "" ]]     &&  mrun_com=${mrun_com}" -p \"$package_list\""
4201    [[ $return_password != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -P $return_password"
4202    [[ $delete_temporary_catalog = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -B"
4203    [[ $node_usage != default  &&  "$(echo $node_usage | cut -c1-3)" != "sla"  &&  $node_usage != novice ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -n $node_usage"
4204    [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -y"
4205    [[ $run_coupled_model = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -Y \"$coupled_dist\""
4206    [[ "$check_namelist_files" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -z"
4207    [[ "$combine_plot_fields" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -Z"
4208    [[ "$max_par_io_str" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -w $max_par_io_str"
4209    if [[ $do_remote = true ]]
4210    then
4211       printf "\n>>>> MRUN-command on execution host:\n>>>> $mrun_com \n"
4212    fi
4213
4214
4215       # CREATE EXECUTABLE FOR BATCH JOB
4216    if [[ $create_executable_for_batch = true  &&  $restart_run != true ]]
4217    then
4218
4219       printf "\n  *** creating the executable for batch job\n"
4220
4221          # METHOD ONLY WORKS FOR BATCH JOBS ON LOCAL HOSTS
4222       if [[ $host != $localhost ]]
4223       then
4224          printf "\n  +++ creation of executables is only allowed for batch jobs on local hosts."
4225          printf "\n      Please set create_executable_for_batch = false in the config-file.\n"
4226          locat=create_executable; exit
4227       fi
4228
4229       mkdir  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}/TMPDIR_FOR_CREATING_EXECUTABLE
4230       cd  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}/TMPDIR_FOR_CREATING_EXECUTABLE
4231
4232       cp  $make_depository  .
4233       tar -xf  $make_depository  >  /dev/null  2>&1
4234       cp  ../*  .   >  /dev/null  2>&1
4235
4236       make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
4237
4238       if [[ $? != 0  ||  "$compile_error" = true  ||  "$module_compile_error" = true ]]
4239       then
4240          printf "\n  +++ error occured while compiling or linking"
4241          locat=compile
4242          exit
4243       fi
4244
4245       mv  a.out  ..
4246       cd -  >  /dev/null  2>&1
4247       rm -rf  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}/TMPDIR_FOR_CREATING_EXECUTABLE
4248
4249       printf "  *** executable created in \"$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}\"\n "
4250
4251    fi
4252
4253
4254       # BUILD THE JOB-SCRIPTS ON FILE jobfile
4255    jobfile=jobfile.$RANDOM
4256
4257
4258       # CREATE TEMPORARY DIRECTORY AND SWITCH TO IT
4259    echo  "mkdir  $TEMPDIR"      >>  $jobfile
4260    echo  "cd  $TEMPDIR"         >>  $jobfile
4261
4262
4263       # ACTIVATE ERROR-TRACEBACK
4264    if [[ $do_trace = true ]]
4265    then
4266       echo  "set -x"                                    >>  $jobfile
4267    else
4268       echo  "set +vx"                                   >>  $jobfile
4269    fi
4270
4271
4272       # INITIALIZE THE ENVIRONMENT AND LOAD MODULES
4273    if [[ "$init_cmds" != "" ]]
4274    then
4275       echo  "$init_cmds"        >>  $jobfile
4276    fi
4277    if [[ "$module_calls" != "" ]]
4278    then
4279       echo  "$module_calls"     >>  $jobfile
4280    fi
4281
4282
4283       # PROVIDE SOURCE-CODE FILES, MRUN-SCRIPT AND CONFIGURATION-FILE FOR THE JOB
4284       # then-CLAUSE: FILES ARE COLLECTED IN THE SOURCES_FOR_RUN_... DIRECTORY ON THE LOCAL HOST,
4285       #              WHICH IS THEN FETCHED FROM THE BATCH-JOB BY USING cp/scp
4286       #              THE SOURCE-CODE FILES ALREADY EXIST IN THIS DIRECTORY
4287       # else-CLAUSE: FILE-CONTENTS ARE PUT INTO THE JOB-FILE AS HERE-DOCUMENTS
4288       #              THIS MAY CREATE A QUITE LARGE JOB-FILE, WHICH CAN CAUSE PROBLEMS WITH SOME
4289       #              QUEUEING-SYSTEMS
4290    if [[ $host = ibmkisti  ||  $host = lcbullhh  ||  $host = lccrayb  ||  $host = lccrayf  ||  $host = lccrayh ]]
4291    then
4292
4293          # COPY CONFIGURATION-FILE AND MRUN-SCRIPT INTO THE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY
4294       if [[ $restart_run != true ]]
4295       then
4296          cp  $config_file  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
4297          cp  ${PALM_BIN}/$mrun_script_name  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
4298       fi
4299
4300          # COPY THE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY FROM THE LOCAL HOST TO THE JOB VIA scp
4301          # (then-CLAUSE: JOBS ON THE LOCAL HOST CAN JUST USE cp)
4302       echo  "set -x"  >>  $jobfile
4303       if [[ $host = $localhost ]]
4304       then
4305             # DUE TO UNKNOWN REASONS, COPY WITH cp COMMAND CREATES CORRUPT
4306             # FILES ON CRAY XC30 SYSTEMS (CSC HELSINKI), rsync IS USED INSTEAD
4307          if [[ $(echo $host | cut -c1-6) = lccray ]]
4308          then
4309             echo  "rsync -av -t  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname  ."  >>  $jobfile
4310          else
4311             echo  "cp -r  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname  ."  >>  $jobfile
4312          fi
4313
4314       else
4315          if [[ $host = ibmkisti ]]
4316          then
4317                # ON KISTI'S IBM FIREWALL IS ONLY OPENED ON INTERACTIVE NODE
4318             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
4319             echo  "ssh $SSH_PORTOPT $remote_username@gaiad \"cd \$localdir; scp $PORTOPT -r  $return_username@$return_address:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
4320         elif [[ $host = lcbullhh ]]
4321          then
4322             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
4323             echo  "ssh $SSH_PORTOPT $remote_username@mlogin101 \"cd \$localdir; scp $PORTOPT -r  $return_username@$return_address:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
4324
4325          elif [[ $host = lccrayb ]]
4326          then
4327             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
4328             echo  "ssh $SSH_PORTOPT $remote_username@blogin1 \"cd \$localdir; scp $PORTOPT -r  $return_username@$return_address:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
4329          elif [[ $host = lccrayh ]]
4330          then
4331             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
4332             echo  "ssh $SSH_PORTOPT $remote_username@hlogin1 \"cd \$localdir; scp $PORTOPT -r  $return_username@$return_address:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
4333
4334          else
4335             echo  "scp $PORTOPT -r $return_username@$return_address:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname ."  >>  $jobfile
4336          fi
4337       fi
4338       echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                      >>  $jobfile
4339
4340          # MOVE MRUN-SCRIPT AND CONFIGURATION-FILE FROM THE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY TO THE
4341          # WORKING DIRECTORY OF THE JOB
4342       echo  "mv  SOURCES_FOR_RUN_$fname/$config_file  . "       >>  $jobfile
4343       echo  "mv  SOURCES_FOR_RUN_$fname/$mrun_script_name  . "  >>  $jobfile
4344       echo  "chmod u+rwx  $mrun_script_name"                    >>  $jobfile
4345       echo  "execute_mrun=true"                                 >>  $jobfile
4346       echo  " "                                                 >>  $jobfile
4347
4348    else
4349
4350          # PROVIDE SOURCE-CODE FILES AND MAKEFILE AS HERE DOCUMENT
4351       if [[ $do_compile = true ]]
4352       then
4353
4354          source_catalog=SOURCES_FOR_RUN_$fname
4355
4356              # CREATE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY TO STORE THE SOURCE CODE FILES AND THE MAKEFILE
4357          echo  "mkdir  SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
4358          echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                 >>  $jobfile
4359          echo  "cd     SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
4360
4361          for  filename  in  $source_list
4362          do
4363                # BACKSLASH IS USED FOR MASKING
4364             echo  "cat > $filename << \"%END%\""              >>  $jobfile
4365             cat   $source_catalog/$filename                   >>  $jobfile
4366             echo  " "                                         >>  $jobfile
4367             echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
4368             echo  " "                                         >>  $jobfile
4369          done
4370
4371             # BACKSLASH IS USED FOR MASKING
4372          echo  "cat > Makefile << \"%END%\""               >>  $jobfile
4373          cat   $source_catalog/Makefile                    >>  $jobfile
4374          echo  " "                                         >>  $jobfile
4375          echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
4376          echo  " "                                         >>  $jobfile
4377
4378          echo  "cd -  > /dev/null"                         >>  $jobfile
4379
4380       fi
4381
4382
4383          # PROVIDE THE CONFIGURATION-FILE AS HERE-DOCUMENT
4384          # BACKSLASH IS USED FOR MASKING
4385          # LINES WITH #$ IN THE CONFIGURATION-FILE, COMING FROM THE SVN KEYWORD SUBSTITUTION,
4386          # ARE REMOVED FROM THE FILE IN ORDER TO AVOID PROBLEMS WITH THE SGE BATCH SYSTEM
4387       echo  "cat > $config_file << \"%END%\""      >>  $jobfile
4388       if [[ $host = lckyuh ]]
4389       then
4390             # NO CROSS-COMPILER ON COMPUTE NODE
4391          sed  's/frtpx/frt/g'  $config_file        >>  $jobfile
4392       else
4393          sed 's/#$.*//g'   $config_file            >>  $jobfile
4394       fi
4395       echo  "%END%"                                >>  $jobfile
4396       echo  " "                                    >>  $jobfile
4397
4398
4399          # PROVIDE THE MRUN-SCRIPTS AS HERE-DOCUMENT
4400          # BACKSLASH IS USED FOR MASKING
4401       echo  "cat > $mrun_script_name <<\"%END%\""  >>  $jobfile
4402       if [[ $host = lckyuh ]]
4403       then
4404          sed 's/\/bin\/ksh/\/bin\/bash/g' ${PALM_BIN}/$mrun_script_name  >>  $jobfile
4405       else
4406          cat  ${PALM_BIN}/$mrun_script_name        >>  $jobfile
4407       fi
4408       echo  "%END%"                                >>  $jobfile
4409       echo  "chmod u+x $mrun_script_name"          >>  $jobfile
4410       echo  "execute_mrun=true"                    >>  $jobfile
4411       echo  " "                                    >>  $jobfile
4412
4413    fi
4414
4415
4416       # GET REQUIRED INPUT-FILES BY SCP OR BY SENDING THEM WITH THE JOB AS HERE-DOCUMENT
4417       # PUT THESE FILES INTO THE USER'S RESPECTIVE PERMANENT DIRECTORIES ON THE REMOTE-HOST
4418       # IF THE DIRECTORIES DO NOT EXIST, TRY TO CREATE THEM
4419    if [[ $do_remote = true ]]
4420    then
4421       (( i = 0 ))
4422       while (( i < iin ))
4423       do
4424          (( i = i + 1 ))
4425          echo  "[[ ! -d ${pathin[$i]} ]]  &&  mkdir -p  ${pathin[$i]}"  >>  $jobfile
4426          if [[ "${transin[$i]}" = job ]]
4427          then
4428             echo  "cat > ${remotepathin[$i]} <<\"%END%\""    >>  $jobfile
4429             eval cat   ${pathin[$i]}/${frelin[$i]}           >>  $jobfile
4430             echo  " "                                        >>  $jobfile
4431             echo  "%END%"                                    >>  $jobfile
4432          else
4433             echo  "batch_scp $PORTOPT -b -o -g -s -u $return_username $return_address ${remotepathin[$i]} \"${pathin[$i]}\" ${frelin[$i]}" >>  $jobfile
4434          fi
4435
4436             # CHECK, IF FILE COULD BE CREATED
4437          echo  "if [[ \$? = 1 ]]"                    >>  $jobfile
4438          echo  "then"                                >>  $jobfile
4439          echo  "   echo \" \" "                      >>  $jobfile
4440          echo  "   echo \"+++ file ${remotepathin[$i]} could not be created\" "   >>  $jobfile
4441          echo  "   echo \"    please check, if directory exists on $host!\" "  >>  $jobfile
4442          echo  "   echo \"+++ MRUN will not be continued\" "  >>  $jobfile
4443          echo  "   execute_mrun=false"               >>  $jobfile
4444          echo  "fi"                                  >>  $jobfile
4445       done
4446    fi
4447
4448       # PROVIDE NAME OF THE CURRENT WORKING-DIRECTORY ON THE LOCAL MACHINE (FROM WHERE THE JOB IS
4449       # STARTED) BY SETTING AN ENVIRONMENT-VARIABLE. THIS INFORMATION IS USED IN THE JOB BY MRUN
4450       # IN CASE THAT RESTART-RUNS HAVE TO BE GENERATED
4451    echo  "LOCAL_PWD=$working_directory"                >>  $jobfile
4452    echo  "export LOCAL_PWD"                            >>  $jobfile
4453
4454       # PROVIDE THE PATH OF THE LOCAL MRUN-SCRIPT FOR THE SAME REASON
4455    echo  "LOCAL_MRUN_PATH=$PALM_BIN"                   >>  $jobfile
4456    echo  "export LOCAL_MRUN_PATH"                      >>  $jobfile
4457
4458       # lcflow ALSO REQUIRES TO PROVIDE PATH FOR THE PALM-SCRIPTS
4459#    if [[ $host = lcflow  ||  $localhost = lcflow ]]
4460#    then
4461       echo  "export PALM_BIN=$PALM_BIN" | sed -e 's:'$HOME':$HOME:'   >>  $jobfile
4462       echo  "export PATH=\$PATH:\$PALM_BIN"              >>  $jobfile
4463#    fi
4464
4465       # CALL MRUN WITHIN THE JOB (SETTING QUEUE IS A WORKAROUND FOR ibmkisti)
4466       # AS FINAL ACTION, REMOVE THE TEMPORARY DIRECTORY CREATED AT THE BEGINNING OF THE JOB
4467    echo  "set -x"                                        >>  $jobfile
4468    echo  "queue=$queue"                                  >>  $jobfile
4469    echo  "[[ \$execute_mrun = true ]]  &&  ./$mrun_com"  >>  $jobfile
4470    echo  'ls -al; echo `pwd`'                            >>  $jobfile
4471    echo  "cd \$HOME"                                     >>  $jobfile
4472    echo  "rm -rf  $TEMPDIR"                              >>  $jobfile
4473
4474
4475
4476
4477       # START THE JOB USING SUBJOB-COMMAND
4478    if [[ $silent = false ]]
4479    then
4480       printf "\n     "
4481    else
4482       printf "\n\n"
4483    fi
4484
4485    subjob  $job_on_file  -h $host  -u $remote_username -g $group_number -q $queue  -m $memory  -N $node_usage -t $cpumax  $XOPT  $TOPT  $OOPT  -n $fname  -v  -c $job_catalog  -e $email_notification  $PORTOPT  $jobfile
4486    rm -rf  $jobfile
4487
4488
4489 fi  # END OF REMOTE-PART
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.