source: palm/trunk/SCRIPTS/mrun @ 1420

Last change on this file since 1420 was 1420, checked in by raasch, 10 years ago

-j1 option added to aprung command for lccrayf (CSC)

  • Property svn:keywords set to Id Rev
File size: 175.0 KB
Line 
1#!/bin/ksh
2
3# mrun - script for running PALM jobs
4
5#--------------------------------------------------------------------------------#
6# This file is part of PALM.
7#
8# PALM is free software: you can redistribute it and/or modify it under the terms
9# of the GNU General Public License as published by the Free Software Foundation,
10# either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
11#
12# PALM is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY
13# WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR
14# A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
15#
16# You should have received a copy of the GNU General Public License along with
17# PALM. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
18#
19# Copyright 1997-2014  Leibniz Universitaet Hannover
20#--------------------------------------------------------------------------------#
21#
22# Current revisions:
23# ------------------
24# -j1 option added to aprung command for lccrayf (CSC)
25#
26# Former revisions:
27# -----------------
28# $Id: mrun 1420 2014-06-10 06:24:14Z raasch $
29#
30# 1402 2014-05-09 14:25:13Z raasch
31# batch_job added to envpar-NAMELIST
32#
33# 1357 2014-04-11 15:02:03Z witha
34# adjustments for lccrayh (automatic restarts on lccrayh outside of IMUK are now
35# possible)
36#
37# 1320 2014-03-20 08:40:49Z raasch
38# check namelist file set false by default
39#
40# 1304 2014-03-12 10:29:42Z raasch
41# ulimit option changed from -Ss to -s
42#
43# bugfix: missing "fi" in r1289
44#
45# 1289 2014-03-04 07:12:34Z raasch
46# comments translated to English
47# necriam-, fimm-, ibmy-, and sgi-specific code removed
48# export of variables for palm and interpret_config removed
49#
50# 1281 2014-02-01 07:55:49Z raasch
51# rsync-copy restricted to Cray machines, since command is unavailable on some
52# other systems
53#
54# 1279 2014-01-28 12:10:14Z raasch
55# tasks_per_node must not be an integral divisor of numprocs any more. This was done
56# in order to remove annoying restrictions concerning the number of processors which
57# appear on machines with larger nodes (e.g. containing 24 cores). Now without this
58# restriction, one of the nodes will be filled with less than the given number of
59# tasks per node. A respective warning is given.
60#
61# 1274 2014-01-09 13:14:54Z heinze
62# adjustments for lccrayh
63#
64# 1272 2014-01-08 10:19:32Z witha
65# small adjustment for lcflow
66#
67# 1270 2013-12-16 11:05:01Z fricke
68# call of combine_plot_fields adjusted for lccrayb/lccrayh
69#
70# 1255 2013-11-07 14:43:35Z raasch
71# further adjustments for lccrayb remote access
72#
73# 1241 2013-10-30 11:36:58Z heinze
74# Enable use of nudging input and input of large scale forcing from
75# external files
76#
77# 1229 2013-09-20 06:55:19Z raasch
78# further adjustments for lccrayb
79#
80# 1224 2013-09-16 07:27:23Z raasch
81# first adjustments for lccrayb
82#
83# 1210 2013-08-14 10:58:20Z raasch
84# fftw support added
85#
86# 1201 2013-07-10 16:17:59Z witha
87# adjustments for Forwind cluster (lcflow)
88#
89# 1199 2013-07-05 14:52:22Z raasch
90# adjustments for CSC Helsinki (lccrayf),
91# executables for batch jobs can be created in advance, in order to avoid calling
92# the compiler within the batch job (only works if batch jobs are submitted on
93# local host)
94#
95# 1190 2013-06-25 09:39:21Z heinze
96# enable use of automatic restarts for ibmh
97# use of cluster/express queue enabled (ibmh)
98#
99# 1124 2013-04-09 15:46:52Z raasch
100# variable "memory" is exported via typeset option -x, because otherwise an unknown
101# side effect may lead to data loss while getopts is reading the script-option arguments
102#
103# 1122 2013-04-09 08:37:16Z heinze
104# Bugfix: change type of variable last_char
105#
106# 1119 2013-04-05 15:11:19Z raasch
107# Bugfix for setting -T option for subjob
108#
109# 1108 2013-03-05 07:03:32Z raasch
110# bugfix for coupled runs on lckyut/lckyuh
111#
112# 1106 2013-03-04 05:31:38Z raasch
113# --stdin argument for mpiexec on lckyuh
114# -y and -Y settings output to header
115#
116# 1103 2013-02-20 02:15:53Z raasch
117# default script runs again under ksh, because of unsolved problems with read
118# from stdin: when bash script is called from a ksh, message "read error: 0:
119# Resource temporarily unavailable" appears and script does not stop,
120# further bash compatibility adjustments,
121# shebang line replaced by /bin/bash when running jobs on lckyuh; no restarts
122# on lckyuh, but mrun does not terminate and issues a warning instead
123#
124# 1101 2013-02-17 10:20:21Z raasch
125# script now running under bash instead of ksh, which required small adjustments
126# (output formatting with printf instead "typeset -L/-R", print replaced by echo,
127# read from stdin),
128# cross compilername on lckyuh compute nodes replaced by real compiler name
129#
130# 1099 2013-02-10 01:47:43Z raasch
131# adjustments for Kyushu-University computing center (lckyuh - hayaka)
132# and for Forwind cluster (lcflow)
133# small further adjustments for lckyut
134#
135# 1094 2013-02-03 01:52:12Z raasch
136# explicit ssh/scp port can be set in config file with environment variable
137# scp_port.  This port is handled to all ssh/scp/batch_scp calls.
138# decalpha parts (yonsei) removed
139#
140# 2013-02-02 07:06:13Z raasch
141# adjustments for Kyushu-University computing center (lckyut - tatara)
142#
143# 1083 2013-01-04 10:22:09Z maronga
144# bugfix in parameter file check (read %cpp_options was missing)
145#
146# 1069 2012-11-28 16:18:43Z maronga
147# bugfix: coupling mode was always set to mpi2, typos removed
148#
149# 1058 2012-11-21 07:00:35Z raasch
150# Intel inspector (inspxe) is given the number of PEs instead of the number of
151# nodes
152#
153# 1046 2012-11-09 14:38:45Z maronga
154# code put under GPL (PALM 3.9)
155#
156# 21/03/94 - Siggi - first version finished
157# 03/03/94 - Siggi - script development started
158#
159#--------------------------------------------------------------------------------#
160# mrun - script for running PALM jobs
161#--------------------------------------------------------------------------------#
162
163
164 
165    # DECLARATION OF VARIABLES AND THEIR DEFUALT VALUES
166
167 set +o allexport    # SUPPRESS EXPORT OF ALL VARIABLES, SINCE IN THE PAST THIS
168                     # LES TO PROBLEMS IN ROUTINES CALLED BY MRUN
169                     # (TOO MANY ARGUMENTS - PROBLEM)
170 set +o noclobber    # EXISTING FILES ARE ALLOWED TO BE OVERWRITTEN
171
172 AddFilenames=""
173 additional_conditions=""
174 add_source_path=""
175 afname=""
176 archive_save=true
177 archive_system=none
178 check_namelist_files=false
179 combine_plot_fields=true
180 compiler_name=""
181 cond1=""
182 cond2="" 
183 config_file=.mrun.config
184 coupled_dist=""
185 coupled_mode="mpi1"
186 cpp_opts=""
187 cpp_options=""
188 cpumax=0
189 cpurest=0
190 create_executable_for_batch=false
191 delete_temporary_catalog=true
192 do_batch=false
193 do_compile=true
194 do_remote=false
195 do_stagein=true
196 do_stageout=true
197 do_trace=false
198 email_notification="none"
199 exclude=""
200 executable=""
201 execution_error=false
202 fftw_inc=""
203 fftw_lib=""
204 fftw_support=false
205  fname=test
206 fromhost=""
207 global_revision=""
208 group_number=none
209 host=""
210 host_file=""
211 hp=""
212 ignore_archive_error=false
213 input_list=""
214 interpreted_config_file=""
215 job_catalog="~/job_queue"
216 job_on_file=""
217 keep_data_from_previous_run=false
218 link_local_input=false
219 link_local_output=false
220 localhost_realname=$(hostname)
221 local_dvrserver_running=.FALSE.
222 locat=normal
223 mainprog=""
224 makefile=""
225 max_par_io_str=""
226 mc=$0
227 while [[ $(echo $mc | grep -c "/") != 0 ]]
228 do
229    mc=`echo $mc | cut -f2- -d"/"`
230 done
231 module_calls=""
232 mrun_script_name=$mc
233 netcdf_inc=""
234 netcdf_lib=""
235 netcdf_support=false
236 node_usage=default
237 numprocs=""
238 numprocs_atmos=0
239 numprocs_ocean=0
240 OOPT=""
241 openmp=false
242 output_list=""
243 package_list=""
244 queue=none
245 read_from_config=""
246 restart_run=false
247 if [[ `hostname` = rte10 ]]
248 then
249    return_addres=133.5.185.60
250    echo "+++ WARNING: fixed return_addres = $return_addres is used !!!!!"
251 elif [[ `hostname` = climate0 ]]
252 then
253    return_addres=165.132.26.68
254    echo "+++ WARNING: fixed return_addres = $return_addres is used !!!!!"
255 elif [[ `hostname` = urban00 ]]
256 then
257    return_addres=147.46.30.151
258    echo "+++ WARNING: fixed return_addres = $return_addres is used !!!!!"
259 else
260    return_addres=$(nslookup `hostname` 2>&1 | grep "Address:" | tail -1 | awk '{print $2}')
261 fi
262 return_password=""
263 return_username=$LOGNAME
264 remotecall=false
265 remote_username=""
266 run_coupled_model=false
267 run_mode=""
268 store_on_archive_system=false
269 dashes="  ----------------------------------------------------------------------------"
270 silent=false
271 source_list=""
272 source_path=SOURCE
273 tasks_per_node=""
274 threads_per_task=1
275 tmpcreate=false
276 tmp_data_catalog=""
277 transfer_problems=false
278 usern=$LOGNAME
279 use_openmp=false
280 version="MRUN  2.1 Rev$Rev: 1420 $"
281 working_directory=`pwd`
282 TOPT=""
283 XOPT=""
284 zeit=$( date | cut -c 12-19 )
285
286 typeset -i  iec=0 iic=0 iin=0 ioc=0 iout=0 stagein_anz=0 stageout_anz=0
287 typeset -x -i  memory=0   # HAS TO BE EXPORTED HERE, OTHERWISE AN UNKNOWN SIDE
288                           # SIDE EFFECT MAY CAUSE DATA LOSS WHEN GETOPTS IS READING THE
289                           # SCRIPT-OPTION ARGUMENTS
290 typeset -i  cputime i ii iia iii iio icycle inode ival jobges jobsek last_char_int maxcycle minuten nodes pes remaining_pes sekunden tp1
291
292
293
294    # ERROR HANDLING IN CASE OF EXIT
295 trap 'rm -rf  $working_directory/tmp_mrun
296       if [[ $locat != normal  &&  $locat != control_c ]]
297       then
298
299              # CARRY OUT ERROR-COMMANDS GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE (EC:)
300          (( i = 0 ))
301          while (( i < iec ))
302          do
303             (( i = i + 1 ))
304             printf "\n  *** Execution of ERROR-command:\n"
305             printf "  >>> ${err_command[$i]}\n"
306             eval  ${err_command[$i]}
307          done
308          if [[ -n $interpreted_config_file ]]
309          then
310             rm -rf  $interpreted_config_file
311          fi
312          if [[ -n .mrun_environment ]]
313          then
314             rm -rf  .mrun_environment
315          fi
316          if [[ $tmpcreate = true ]]
317          then
318             printf "\n  *** Contents of \"$TEMPDIR\":\n"
319             ls -al; cd
320             [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
321          fi
322          if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
323          then
324             echo "+++ killing dvrserver_id=$dvrserver_id"
325             kill $dvrserver_id
326          fi
327          if [[ -f ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID ]]
328          then
329             rm -rf  ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID
330          fi
331          printf "\n\n+++ MRUN killed \n\n"
332       elif [[ $locat != control_c ]]
333       then
334          printf "\n\n --> all actions finished\n\n"
335          printf "     Bye, bye $usern !!\n\n"
336       fi' exit
337
338
339    # ACTIONS IN CASE OF TERMINAL-BREAK (CONTROL-C):
340 trap 'rm -rf  $working_directory/tmp_mrun
341       rm -rf  $working_directory/tmp_check_namelist_files
342       [[ $tmpcreate = true ]]  &&  (cd; rm -rf $TEMPDIR)
343       if [[ -f ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID ]]
344       then
345          rm -rf  ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID
346       fi
347       if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
348       then
349          echo "+++ killing dvrserver_id=$dvrserver_id"
350          kill $dvrserver_id
351       fi
352       printf "\n+++ MRUN killed by \"^C\" \n\n"
353       locat=control_c
354       exit
355      ' 2
356
357
358    # CHECK IF THE PATH FOR THE PALM BINARIES (SCRIPTS+UTILITY-PROGRAMS) HAS
359    # BEEN SET
360 if [[ "$PALM_BIN" = "" ]]
361 then
362    printf "\n  +++ environment variable PALM_BIN has not been set"
363    printf "\n      please set it to the directory where the PALM scripts are located"
364    locat=palm_bin; exit
365 fi
366 export PATH=$PALM_BIN:$PATH
367
368
369
370    # READ SHELLSCRIPT-OPTIONS AND REBUILD THE MRUN-COMMAND STRING (MC),
371    # WHICH WILL BE USED TO START RESTART-JOBS
372 while  getopts  :a:AbBc:Cd:D:Fg:G:h:H:i:IkK:m:M:n:o:O:p:P:q:r:R:s:St:T:u:U:vw:xX:yY:zZ option
373 do
374   case  $option  in
375       (a)   afname=$OPTARG;;
376       (A)   store_on_archive_system=true; mc="$mc -A";;
377       (b)   do_batch=true; mc="$mc -b";;
378       (B)   delete_temporary_catalog=false; mc="$mc -B";;
379       (c)   config_file=$OPTARG; mc="$mc -c$OPTARG";;
380       (C)   restart_run=true; mc="$mc -C";;
381       (d)   fname=$OPTARG; mc="$mc -d$OPTARG";;
382       (D)   cpp_opts="$cpp_opts $OPTARG"; mc="$mc -D'$OPTARG'";;
383       (F)   job_on_file="-D"; mc="$mc -F";;
384       (g)   group_number=$OPTARG; mc="$mc -g$OPTARG";;
385       (G)   global_revision=$OPTARG; mc="$mc -G'$OPTARG'";;
386       (h)   host=$OPTARG; mc="$mc -h$OPTARG";;
387       (H)   fromhost=$OPTARG; mc="$mc -H$OPTARG";;
388       (i)   input_list=$OPTARG; mc="$mc -i'$OPTARG'";;
389       (I)   ignore_archive_error=true; mc="$mc -I";;
390       (k)   keep_data_from_previous_run=true; mc="$mc -k";;
391       (K)   additional_conditions="$OPTARG"; mc="$mc -K'$OPTARG'";;
392       (m)   memory=$OPTARG; mc="$mc -m$OPTARG";;
393       (M)   makefile=$OPTARG; mc="$mc -M$OPTARG";;
394       (n)   node_usage=$OPTARG; mc="$mc -n$OPTARG";;
395       (o)   output_list=$OPTARG; mc="$mc -o'$OPTARG'";;
396       (O)   use_openmp=true; threads_per_task=$OPTARG; mc="$mc -O$OPTARG";;
397       (p)   package_list=$OPTARG; mc="$mc -p'$OPTARG'";;
398       (P)   return_password=$OPTARG; mc="$mc -P$OPTARG";;
399       (q)   queue=$OPTARG; mc="$mc -q$OPTARG";;
400       (r)   run_mode=$OPTARG; mc="$mc -r'$OPTARG'";;
401       (R)   remotecall=true;return_addres=$OPTARG; mc="$mc -R$OPTARG";;
402       (s)   source_list=$OPTARG; mc="$mc -s'$OPTARG'";;
403       (S)   read_from_config=false; mc="$mc -S";;
404       (t)   cpumax=$OPTARG; mc="$mc -t$OPTARG";;
405       (T)   mrun_tasks_per_node=$OPTARG; mc="$mc -T$OPTARG";;
406       (u)   remote_username=$OPTARG; mc="$mc -u$OPTARG";;
407       (U)   return_username=$OPTARG; mc="$mc -U$OPTARG";;
408       (v)   silent=true; mc="$mc -v";;
409       (w)   max_par_io_str=$OPTARG; mc="$mc -w$OPTARG";;
410       (x)   do_trace=true;set -x; mc="$mc -x";;
411       (X)   numprocs=$OPTARG; mc="$mc -X$OPTARG";;
412       (y)   ocean_file_appendix=true; mc="$mc -y";;
413       (Y)   run_coupled_model=true; coupled_dist=$OPTARG; mc="$mc -Y'$OPTARG'";;
414       (z)   check_namelist_files=false; mc="$mc -z";;
415       (Z)   combine_plot_fields=false; mc="$mc -Z";;
416       (\?)  printf "\n  +++ unknown option $OPTARG \n"
417             printf "\n  --> type \"$0 ?\" for available options \n"
418             locat=parameter;exit;;
419   esac
420 done
421
422
423    # SKIP GIVEN OPTIONS TO READ POSITIONAL PARAMETER, IF GIVEN
424    # CURRENTLY ONLY PARAMETER ? (TO OUTPUT A SHORT COMMAND INFO) IS ALLOWED
425 (( to_shift = $OPTIND - 1 ))
426 shift $to_shift
427
428    # PRINT SHORT DESCRIPTION OF MRUN OPTIONS
429 if [[ "$1" = "?" ]]
430 then
431   (printf "\n  *** mrun can be called as follows:\n"
432    printf "\n      $mrun_script_name  -b -c.. -d.. -D.. -f.. -F -h.. -i.. -I -K.. -m.. -o.. -p.. -r.. -R -s.. -t.. -T.. -v -x -X.. -y -Y.. -z -Z <modus> \n"
433    printf "\n      Description of available options:\n"
434    printf "\n      Option  Description                              Default-Value"
435    printf "\n        -a    base name of input files                 equiv. -d"
436    printf "\n        -A    archiving when using file-attribute fl"
437    printf "\n        -b    batch-job on local machine               ---"
438    printf "\n        -B    do not delete temporary directory at end ---"
439    printf "\n        -c    configuration file                       .mrun.config"
440    printf "\n        -d    base name of files attached to program   test"
441    printf "\n        -D    preprocessor(cpp)-directives             \"\" "
442    printf "\n        -F    create remote job file only              ---"
443    printf "\n        -h    execution host                           $localhost_realname"
444    printf "\n        -i    INPUT control list                       \"\" "
445    printf "\n        -I    archiving errors of previous batch-jobs"
446    printf "\n              will be ignored"
447    printf "\n        -k    keep data from previous run"
448    printf "\n        -K    additional conditions for controling"
449    printf "\n              usage of conditional code and"
450    printf "\n              env-variables in configuration file      \"\" "
451    printf "\n        -m    memory demand in MB (batch-jobs)         0 MB"
452    printf "\n        -M    Makefile name                            Makefile"
453    printf "\n        -n    node usage (shared/not_shared)           depending on -h"
454    printf "\n        -o    OUTPUT control list                      \"\" "
455    printf "\n        -O    threads per openMP task                  ---"
456    printf "\n        -p    software package list                    \"\" "
457    printf "\n        -q    queue                                    \"$queue\" "
458    printf "\n        -r    run control list (combines -i -o)        \"\" "
459    printf "\n        -s    filenames of routines to be compiled     \"\" "
460    printf "\n              must end with .f, .f90, .F, or .c !"
461    printf "\n              use \"..\" for more than one file and wildcards"
462    printf "\n              -s LM compiles all locally modified files"
463    printf "\n        -S    config file interpreted by shellscript   ---"
464    printf "\n        -t    allowed cpu-time in seconds (batch)      0"
465    printf "\n        -T    tasks per node                           depending on -h"
466    printf "\n        -u    username on remote machine               \"\" "
467    printf "\n        -v    no prompt for confirmation               ---"
468    printf "\n        -w    maximum parallel io streams              as given by -X"
469    printf "\n        -x    tracing of mrun for debug purposes       ---"
470    printf "\n        -X    # of processors (on parallel machines)   1"
471    printf "\n        -y    add appendix \"_O\" to all local output"
472    printf "\n              files (ocean precursor runs followed by"
473    printf "\n              coupled atmosphere-ocean runs)           ---"
474    printf "\n        -Y    run coupled model, \"#1 #2\" with" 
475    printf "\n              #1 atmosphere and #2 ocean processors    \"#/2 #/2\" depending on -X"
476    printf "\n        -z    disable a priori parameter file check    ---"
477    printf "\n        -Z    skip combine_plot_fields at the end of      "
478    printf "\n              the simulation                           ---"
479    printf "\n "
480    printf "\n      Possible values of positional parameter <modus>:"
481    printf "\n        \"?\"       -  this outline \n\n") | more
482    exit
483 elif [[ "$1" != "" ]]
484 then
485    printf "\n  +++ positional parameter $1 unknown \n"
486    locat=parameter; exit
487 fi
488
489
490
491    # SHORT STARTING MESSAGE
492 printf "\n*** $version "
493 printf "\n    will be executed.     Please wait ..."
494
495
496
497    # CHECK, IF CONFIGURATION FILE EXISTS
498 if [[ ! -f $config_file ]]
499 then
500    printf "\n\n  +++ configuration file: "
501    printf "\n           $config_file"
502    printf "\n      does not exist"
503    locat=connect; exit 
504 fi
505
506
507    # DETERMINE THE HOST-IDENTIFIER (localhost) FROM THE CONFIGURATION FILE
508 line=""
509 grep  "%host_identifier"  $config_file  >  tmp_mrun
510 while read line
511 do
512    if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
513    then
514       HOSTNAME=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
515       host_identifier=`echo $line | cut -d" " -s -f3`
516       if [[ $localhost_realname = $HOSTNAME ]]
517       then
518          localhost=$host_identifier
519          break
520       fi
521    fi
522 done < tmp_mrun
523
524 if [[ "$localhost" = "" ]]
525 then
526    printf "\n\n  +++ no host identifier found in configuration file \"$config_file\""
527    printf "\n      for local host \"$localhost_realname\"."
528    printf "\n      Please add line"
529    printf "\n      \"\%host_identifier $localhost_realname <identifier>\""
530    printf "\n      to the configuration file."
531    locat=localhost; exit
532 fi
533
534
535    # SET HOST-SPECIFIC VARIABLES
536 case  $localhost_realname  in
537     (r1*|r2*|h01*|b01*)     archive_system=tivoli;;
538     (cs*)                   archive_system=ut;;
539 esac
540
541
542    # ??? THIS SHOULD BE DECRIBED IN THE MRUN DOCUMENTATION ???
543    # SET BASENAME OF THE INPUT-FILES TO THE GENERAL BASENAME (GIVEN BY OPTION -d),
544    # IF IT HAS NOT BEEN SET BY THE USER DIFFERENTLY (USING OPTION -a)
545 [[ "$afname" = "" ]]  &&  afname=$fname
546
547
548    # ADD RUN-FILE ACTIVATION STRINGS (GIVEN BY OPTION -r) TO THE
549    # RESPECTIVE LISTS FOR ACTIVATING THE INPUT/OUTPUT FILE CONNECTION
550    # STATEMENTS IN THE CONFIGURATION FILE
551 if [[ "$run_mode" != "" ]]
552 then
553    input_list="$input_list $run_mode"
554    output_list="$output_list $run_mode"
555 fi
556
557
558    # ??? is this (and the respective option -H) really required ???
559    # STORE HOSTNAME, FROM WHICH THE JOB IS STARTED,
560    # BUT ONLY IF IT HASN'T BEEN ALREADY SET BY OPTION -H
561    # (MRUN IS AUTOMATICALLY SETTING THIS OPTION IN THE MRUN-CALLS WITHIN
562    # THOSE BATCH-JOBS, WHICH ARE CREATED BY MRUN ITSELF)
563 if [[ "$fromhost" = "" ]]
564 then
565    fromhost=$localhost
566 fi
567
568
569    # CHECK, IF EXECUTION SHALL TO BE DONE ON THE REMOTE-MACHINE.
570    # VALUE OF do_remote IS IMPORTANT FOR THE FILE CONNECTIONS.
571    # IN CASE OF EXECUTION ON A REMOTE-MACHINE, A BATCH-JOB HAS
572    # TO BE SUBMITTED (I.E. do_bacth=true)
573 if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
574 then
575    do_batch=true
576    do_remote=true
577    case  $host  in
578        (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|nech|lccrayb|lccrayh|lccrayf|lcflow|lckyoto|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckiaps|lckordi|lckyuh|lckyut|lcsb)  true;;
579        (*)  printf "\n"
580             printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
581             printf "\n      is not available"
582             locat=nqs; (( iec = 0 )); exit;;
583    esac
584 else
585    host=$localhost
586 fi
587
588
589     # EVALUATE ADDITIONAL CONDITIONS GIVEN BY OPTION -K
590 if [[ -n $additional_conditions ]]
591 then
592    cond1=`echo $additional_conditions | cut -d" " -f1`
593    cond2=`echo $additional_conditions | cut -d" " -s -f2`
594    dummy=`echo $additional_conditions | cut -d" " -s -f3`
595    if [[ -n $dummy ]]
596    then
597       printf "\n  +++ more than 2 additional conditions given for Option \"-K\""
598       locat=options; exit
599    fi
600    block=_$cond1
601    [[ -n $cond2 ]]  &&  block=${block}_$cond2
602 fi
603
604
605      # EVALUATE MODEL COUPLING FEATURES (OPTION -Y) AND DETERMINE coupled_mode
606 if [[ $run_coupled_model = true ]] 
607 then
608
609    numprocs_atmos=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f1`
610    numprocs_ocean=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f2`
611
612    if (( $numprocs_ocean + $numprocs_atmos != $numprocs ))
613    then
614
615       printf "\n  +++ number of processors does not fit to specification by \"-Y\"."
616       printf "\n      PEs (total)     : $numprocs"
617       printf "\n      PEs (atmosphere): $numprocs_atmos"
618       printf "\n      PEs (ocean)     : $numprocs_ocean"
619       locat=coupling; exit
620
621    fi
622
623
624       # GET coupled_mode FROM THE CONFIG FILE
625    line=""
626    grep  "%cpp_options.*-D__mpi2.*$host" $config_file  >  tmp_mrun
627    while read line
628    do
629       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" &&  $(echo $line | cut -d" " -s -f4) = $cond1 && $(echo $line | cut -d" " -s -f4)  = $cond2 ]]
630       then
631          coupled_mode="mpi2"
632       fi
633    done < tmp_mrun
634
635 fi
636
637
638    # CHECK, IF FILE-ARCHIVING HAS FAILED IN PREVIOUS JOB (OF A JOB-CHAIN)
639 if [[ -f ~/job_queue/ARCHIVE_ERROR_$fname ]]
640 then
641    if [[ $ignore_archive_error = false ]]
642    then
643       printf "\n  +++ data archiving of previous run failed"
644       printf "\n      see directory \~/job_queue on remote machine"
645       locat=archive; exit
646    else
647       printf "\n  +++ warning: data archiving in a previous run failed"
648       printf "\n      MRUN continues, trying to get backup copy"
649    fi
650 fi
651
652
653    # SAVE VALUES OF MRUN-OPTIONS SICHERN IN ORDER TO OVERWRITE
654    # THOSE VALUES GIVEN IN THE CONFIGURATION-FILE
655 mrun_memory=$memory
656 mrun_group_number=$group_number
657 mrun_cpumax=$cpumax
658 mrun_numprocs=$numprocs
659
660
661    # READ AND EVALUATE THE CONFIGURATION-FILE FROM WITHIN THIS SHELLSCRIPT
662    # (OPTION -S). THE DEFAULT IS USING THE ROUTINE interpret_config
663 if [[ "$read_from_config" = false ]]
664 then
665
666    [[ $silent = false ]]  &&  printf "\n    Reading the configuration file... "
667
668       # READ THE CONFIGURATION FILE LINE BY LINE
669    while  read zeile
670    do
671        [[ $silent = false ]]  &&  printf "."
672
673
674          # FIRST REPLACE ENVIRONMENT-VARIABLES BY THEIR RESPECTIVE VALUES
675       eval  zeile=\"$zeile\"
676
677
678          # INTERPRET THE LINE
679       if [[ "$(echo $zeile)" = "" ]]
680       then
681             # EMPTY LINE, NO ACTION
682          continue
683
684       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1)"  =  "#" ]]
685       then
686
687             # LINE IS A COMMENT LINE
688          true
689
690       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1)"  =  "%" ]]
691       then
692
693             # LINE DEFINES AN ENVIRONMENT-VARIABLE
694          zeile=$(echo $zeile | cut -c2-)
695          var=`echo $zeile | cut -d" " -f1`
696          value=`echo $zeile | cut -d" " -s -f2`
697          for_host=`echo $zeile | cut -d" " -s -f3`
698          for_cond1=`echo $zeile | cut -d" " -s -f4`
699          for_cond2=`echo $zeile | cut -d" " -s -f5`
700
701          if [[ "$for_host" = ""  ||  ( "$for_host" = $host  &&  "$for_cond1" = "$cond1"  &&  "$for_cond2" = "$cond2" )  ||  $(echo "$input_list$output_list"|grep -c "$for_host") != 0 ]]
702          then
703
704                # REPLACE ":" BY " " IN COMPILER- CPP- OR LINKER-OPTIONS,
705                # "::" IS REPLACED BY ":".
706             value=`echo $value | sed 's/::/%DUM%/g' | sed 's/:/ /g' | sed 's/%DUM%/:/g'`
707
708
709                # VALUE FROM THE CONFIGURATION-FILE IS ASSIGNED TO THE
710                # ENVIRONMENT-VARIABLE, BUT ONLY IF NO VALUE HAS BEEN ALREADY
711                # ASSIGNED WITHIN THIS SCRIPT (E.G. BY SCRIPT-OPTIONS).
712                # NON-ASSIGNED VARIABLES HAVE VALUE "" OR 0 (IN CASE OF INTEGER).
713                # HENCE THE GENERAL RULE IS: SCRIPT-OPTION OVERWRITES THE
714                # CONFIGURATION-FILE.
715             if [[ "$(eval echo \$$var)" = ""  ||  "$(eval echo \$$var)" = "0" ]]
716             then
717                eval  $var=\$value
718
719                   # TERMINAL OUTPUT OF ENVIRONMENT-VARIABLES, IF TRACEBACK IS SWITCHED on
720                if [[ $do_trace = true ]]
721                then
722                   printf "\n*** ENVIRONMENT-VARIABLE $var = $value"
723                fi
724             fi
725
726                # IF AN ENVIRONMENT-VARIABLE DETERMINES THE HOST, THEN EVALUATE IT IMMEDIATELY:
727                # VALUE OF do-remote IS REQUIRED FOR THE FILE CONNECTIONS (COPY OF I/O FILES).
728                # IF EXECUTION IS SCHEDULED FOR A REMOTE-MASCHINE, A BATCH-JOB
729                # MUST HAVE TO BE STARTED
730             if [[ $var = host ]]
731             then
732                if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
733                then
734                   do_batch=true
735                   do_remote=true
736                   case  $host  in
737                       (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|lccrayb|lccrayh|lccrayf|lcflow|lckyoto|nech|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckiaps|lckordi|lckyuh|lckyut|lcsb)  true;;
738                       (*)  printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
739                            printf "\n      is not available"
740                            locat=nqs; exit;;
741                   esac
742                else
743                   host=$localhost
744                fi
745             fi
746
747                # USER-DEFINED ENVIRONMENT VARIABLES MUST BE EXPORTED,
748                # BECAUSE THEY MAY BE REQUIRED IN OTHER SCRIPTS CALLED
749                # BY MRUN (E.G. subjob)
750             export  $var
751          fi
752
753
754
755
756       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "EC:" ]]
757       then
758
759             # LINE DEFINES ERROR-COMMAND
760          (( iec = iec + 1 ))
761          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
762          err_command[$iec]="$zeile"
763
764       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "IC:" ]]
765       then
766
767             # LINE DEFINES INPUT-COMMAND
768          (( iic = iic + 1 ))
769          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
770          in_command[$iic]="$zeile"
771
772       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "OC:" ]]
773       then
774
775             # LINE DEFINES OUTPUT-COMMAND
776          (( ioc = ioc + 1 ))
777          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
778          out_command[$ioc]="$zeile"
779
780       else
781
782             # LINE DEFINES FILE CONNECTION. READ THE FILE ATTRIBUTES.
783             # s2a: in/out - field
784             # s2b: loc    - field (optional)
785             # s2c: tr/ar  - field (optional)
786          s1=`echo $zeile | cut -d" " -f1`
787          s2=`echo $zeile | cut -d" " -s -f2`
788          s2a=$(echo $s2 | cut -d":" -f1)
789          if [[ $(echo $s2 | grep -c ":") = 0 ]]
790          then
791             s2b=""
792             s2c=""
793          else
794             s2b=`echo $s2 | cut -d":" -f2 | sed 's/:/ /g'`
795             s2c=`echo $s2 | cut -d":" -s -f3 | sed 's/:/ /g'`
796          fi
797          s3=`echo $zeile | cut -d" " -f3`
798          s4=`echo $zeile | cut -d" " -s -f4`
799          s5=`echo $zeile | cut -d" " -s -f5`
800          s6=`echo $zeile | cut -d" " -s -f6`
801
802       
803             # STORE FILE CONNECTION, IF ACTIVATED BY ACTIVATION-STRING FROM
804             # INPUT- OR OUTPUT-LIST.
805             # VARIABLE S3 MAY CONTAIN A LIST OF ACTIVATION STRINGS (FIELD-SEPERATOR ":").
806             # IF EXECUTION IS SCHEDULED FOR A REMOTE-MACHINE AND THE FILE IS ONLY
807             # LOCALLY REQUIRED ON THAT MACHINE (I.E. s2b = loc), THE FILE CONNECTION
808             # IS NOT CHECKED AND STORED.
809          IFSALT="$IFS"; IFS="$IFS:"
810          if [[ "$s2a" = in  &&  ! ( $do_remote = true  &&  ( "$s2b" = loc  ||  "$s2b" = locopt ) ) ]]
811          then
812             found=false
813             for  actual  in  $input_list
814             do
815                for  formal  in  $s3
816                do
817                   [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-" ]]  &&  found=true
818                done
819             done
820             if [[ $found = true ]]
821             then
822                (( iin = iin + 1 ))
823                localin[$iin]=$s1; transin[$iin]=$s2b; actionin[$iin]=$s2c;
824                typein[$iin]=$s3; pathin[$iin]=$s4; endin[$iin]=$s5;
825                extin[$iin]=$s6
826             fi
827          elif [[ "$s2a" = out  &&  ! ( $do_remote = true  &&  "$s2b" = loc ) ]]
828          then
829             found=false
830             for  actual  in  $output_list
831             do
832                for  formal  in  $s3 
833                do
834                   [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-"  ]]  &&  found=true
835                done
836             done
837             if [[ $found = true ]]
838             then
839                (( iout = iout + 1 ))
840                localout[$iout]=$s1; actionout[$iout]=$s2c; typeout[$iout]=$s3;
841                pathout[$iout]=$s4; endout[$iout]=$s5; extout[$iout]=$s6
842             fi
843          elif [[ "$s2a" != in  &&  "$s2a" != out ]]
844          then
845             printf "\n  +++ I/O-attribute in configuration file $config_file has the invalid"
846             printf "\n      value \"$s2\". Only \"in\" and \"out\" are allowed!"
847             locat=connect; exit
848          fi
849          IFS="$IFSALT"
850       fi
851    done < $config_file
852
853 else
854
855
856       # EVALUATE THE CONFIGURATION-FILE BY FORTRAN-PROGRAM
857    [[ $silent = false ]]  &&  printf "..."
858    interpreted_config_file=.icf.$RANDOM
859
860
861
862       # PROVIDE VALUES OF ENVIRONMENT-VARIABLE FOR interpret_config VIA NAMELIST-FILE
863    cat  >  .mrun_environment  <<  %%END%%
864 &mrun_environment  cond1 = '$cond1', cond2 = '$cond2',
865                    config_file = '$config_file', do_remote = '$do_remote',
866                    do_trace = '$do_trace', host = '$host',
867                    input_list = '$input_list', icf = '$interpreted_config_file',
868                    localhost = '$localhost', output_list = '$output_list' /
869
870%%END%%
871
872    if [[ "$host" != $localhost ]]
873    then
874
875          # REMOTE JOB FROM LOCAL HOST: JUST TAKE THE FIRST EXECUTABLE FOUND
876       interpret_config_executable=`ls -1 ${PALM_BIN}/interpret_config*.x 2>/dev/null`
877       if [[ $? != 0 ]]
878       then
879          printf "\n\n  +++ no interpret_config found"
880          printf "\n      run \"mbuild -u -h ...\" to generate utilities for this host"
881          locat=interpret_config; exit
882       fi
883       interpret_config_executable=`echo $interpret_config_executable | cut -d" " -f1`
884       $interpret_config_executable
885
886    else
887
888          # CHECK, IF THERE IS AN EXECUTABLE FOR THE BLOCK
889       if [[ ! -f ${PALM_BIN}/interpret_config${block}.x ]]
890       then
891          printf "\n\n  +++ no interpret_config found for given block \"$cond1 $cond2\""
892          printf "\n      run \"mbuild -u -h ...\" to generate utilities for this block"
893          locat=interpret_config; exit
894       else
895          interpret_config${block}.x
896       fi
897
898    fi
899    rm .mrun_environment
900
901
902       # EXECUTE SHELL-COMMANDS GENERATED BY interpret_config WITHIN THIS SHELL
903    chmod  u+x  $interpreted_config_file
904    export PATH=$PATH:.
905    . $interpreted_config_file
906    rm  $interpreted_config_file
907
908 fi
909
910
911    # VALUES OF MRUN-OPTIONS OVERWRITE THOSE FROM THE CONFIGURATION-FILE
912 [[ $mrun_memory     != 0   ]]  &&  memory=$mrun_memory
913 [[ "$mrun_group_number" != "none" ]]  &&  group_number=$mrun_group_number
914 [[ $mrun_cpumax     != 0   ]]  &&  cpumax=$mrun_cpumax
915 [[ "$mrun_numprocs" != ""  ]]  &&  numprocs=$mrun_numprocs
916 [[ "$max_par_io_str" != "" ]]  &&  maximum_parallel_io_streams=$max_par_io_str
917 [[ "$mrun_tasks_per_node" != "" ]]  &&  tasks_per_node=$mrun_tasks_per_node
918
919
920    # ON THE LOCAL MACHINE, DETERMINE (FROM THE CONFIGURATION-FILE) THE PATH
921    # FOR SOURCE-FILES TO BE COMPILED.
922    # IN A BATCH-JOB, SOURCES (ROUTINES TO BE COMPILED) ARE COMPLETE ALREADY.
923    # BEFORE MRUN IS CALLED IN THE JOB, SOURCES_COMPLETE = true IS ASSIGNED (SEE FURTHER BELOW).
924 if [[ "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
925 then
926
927       # FIRST CHECK, IF A GLOBAL SOURCE PATH (TO BE USED FOR ALL HOSTS)
928       # HAS BEEN DEFINED
929    source_path=""
930    line=""
931    grep "%source_path" $config_file  >  tmp_mrun
932    while read line
933    do
934       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
935       then
936          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -f3)" = "" ]]
937          then
938             global_source_path=`echo $line | cut -d" " -f2`
939          fi
940       fi
941    done  <  tmp_mrun
942
943    line=""
944    found=false
945    grep  " $localhost" $config_file | grep "%source_path"  >  tmp_mrun
946    while read line
947    do
948       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
949       then
950          if [[ $found = true ]]
951          then
952             printf "\n\n  +++ more than one source path found in configuration file"
953             printf "\n      for local host \"$localhost\" "
954             locat=source_path; exit
955          fi
956          source_path=`echo $line | cut -d" " -f2`
957          found=true
958       fi
959    done  <  tmp_mrun
960    rm  tmp_mrun
961
962    if [[ "$source_path" = "" ]]
963    then
964       if [[ "$global_source_path" != "" ]]
965       then
966          source_path=$global_source_path
967       else
968          printf "\n\n  +++ no source path found in configuration file"
969          printf "\n      for local host \"$localhost\" "
970          locat=source_path; exit
971       fi
972    fi
973    eval source_path=$source_path
974
975    if [[ ! -d $source_path ]]
976    then
977       printf "\n\n  +++ source path \"$source_path\" on local host"
978       printf "\n      \"$localhost\" does not exist"
979       locat=source_path; exit
980    fi
981
982 fi
983
984
985    # GET THE GLOBAL REVISION-NUMBER OF THE SVN-REPOSITORY
986    # (HANDED OVER TO RESTART-RUNS USING OPTION -G)
987 if [[ "$global_revision" = ""  &&  $host != "ibmkisti" ]]
988 then
989    global_revision=`svnversion $source_path  2>/dev/null`
990    global_revision="Rev: $global_revision"
991 fi
992
993
994    # ??? das darf doch eigentlich garnicht passieren, weil optionen config-datei uebersteuern ???
995    # CHECK AGAIN, IF EXECUTION SHALL BE DONE ON A REMOTE-HOST (BATCH-JOB).
996    # (HOST MAY HAVE CHANGED DUE TO SETTINGS IN THE CONFIGURATION-FILE)
997 if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
998 then
999    do_batch=true
1000    do_remote=true
1001    case  $host  in
1002        (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|lccrayb|lccrayh|lccrayf|lcflow|lckyoto|nech|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckiaps|lckordi|lckyuh|lckyut|lcsb)  true;;
1003        (*)  printf "\n"
1004             printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
1005             printf "\n      is not available"
1006             locat=nqs; (( iec = 0 )); exit;;
1007    esac
1008 else
1009    host=$localhost
1010 fi
1011
1012
1013    # IN CASE OF PARALLEL EXECUTION, CHECK SOME SPECIFICATIONS CONCERNING PROCESSOR NUMBERS
1014 if [[ "$cond1" = parallel  ||  "$cond2" = parallel ]]
1015 then
1016
1017       # CHECK, IF NUMBER OF CORES TO BE USED HAS BEEN GIVEN
1018    if [[ ! -n $numprocs ]]
1019    then
1020       printf "\n"
1021       printf "\n  +++ option \"-K parallel\" requires additional specification"
1022       printf "\n      of the number of processors to be used by"
1023       printf "\n      mrun-option \"-X\" or by environment-variable"
1024       printf "\n      \"numprocs\" in the configuration file"
1025       locat=numprocs; (( iec = 0 )); exit
1026    fi
1027
1028       # CHECK, IF THE NUMBER OF CORES PER NODE HAS BEEN GIVEN UND IF IT IS AN
1029       # INTEGRAL DIVISOR OF THE TOTAL NUMBER OF CORES GIVEN BY OPTION -X
1030    if [[ "$tasks_per_node" = ""  &&  $host != lcflow  &&  $host != lcxt5m ]]
1031    then
1032       printf "\n"
1033       printf "\n  +++ option \"-T\" (tasks per node) is missing"
1034       printf "\n      set -T option or define tasks_per_node in the config file"
1035       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit
1036    fi
1037
1038    if (( numprocs < tasks_per_node ))
1039    then
1040       printf "\n"
1041       printf "\n  +++ tasks per node (-T) cannot exceed total number of processors (-X)"
1042       printf "\n      given values: -T $tasks_per_node  -X $numprocs"
1043       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit
1044    fi
1045
1046    if [[ $host != lcflow  &&  $host != lcxt5m ]]
1047    then
1048       (( nodes = numprocs / ( tasks_per_node * threads_per_task ) ))
1049       (( ival = $tasks_per_node ))
1050       (( pes = numprocs ))
1051       (( ii = pes / ival ))
1052       (( remaining_pes =  pes - ii * ival ))
1053       if (( remaining_pes > 0 ))
1054       then
1055          printf "\n"
1056          printf "\n  +++ WARNING: tasks per node (option \"-T\") is not an integral"
1057          printf "\n      divisor of the total number of processors (option \"-X\")"
1058          printf "\n      values of this mrun-call: \"-T $tasks_per_node\" \"-X $numprocs\""
1059          printf "\n      One of the nodes is filled with $remaining_pes instead of $tasks_per_node tasks"
1060          (( nodes = nodes + 1 ))
1061       fi
1062    fi
1063
1064
1065       # SETTINGS FOR SUBJOB-COMMAND
1066    OOPT="-O $threads_per_task"
1067
1068       # SET THE TOTAL NUMBER OF NODES, REQUIRED FOR THE SUBJOB-COMMAND (SEE FURTHER BELOW)
1069    if [[ "$tasks_per_node" != "" ]]
1070    then
1071       TOPT="-T $tasks_per_node"
1072    fi
1073
1074       # CHECK node_usage FOR ALLOWED VALUES AND SET DEFAULT VALUE, IF NECESSARY
1075    if [[ $node_usage = default ]]
1076    then
1077       if [[ $host = ibms ]]
1078       then
1079          node_usage=shared
1080       else
1081          node_usage=not_shared
1082       fi
1083    fi
1084
1085    if [[ $node_usage != shared  &&  $node_usage != not_shared  &&  $node_usage != singlejob  &&  "$(echo $node_usage | cut -c1-3)" != "sla" ]]
1086    then
1087       printf "\n"
1088       printf "\n  +++ node usage (option \"-n\") is only allowed to be set"
1089       printf "\n      \"shared\" or \"not_shared\""
1090       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit
1091    fi
1092
1093 fi
1094
1095    # CHECK IF HOSTFILE EXISTS
1096 if [[ -n $hostfile ]]
1097 then
1098    if [[ ! -f $hostfile ]]
1099    then
1100       printf "\n"
1101       printf "\n  +++ hostfile \"$hostfile\" does not exist"
1102       locat=hostfile; exit
1103    fi
1104 fi
1105
1106
1107    # SET DEFAULT VALUE FOR THE MAXIMUM NUMBER OF PARALLEL IO STREAMS
1108 if [[ "$maximum_parallel_io_streams" = "" ]]
1109 then
1110    maximum_parallel_io_streams=$numprocs
1111 fi
1112
1113
1114    # SET PORT NUMBER OPTION FOR CALLS OF SSH/SCP, subjob AND batch_scp SCRIPTS
1115 if [[ "$scp_port" != "" ]]
1116 then
1117    PORTOPT="-P $scp_port"
1118    SSH_PORTOPT="-p $scp_port"
1119 fi
1120
1121
1122    # SET DEFAULT-QUEUE, IF NOT GIVEN
1123 if [[ $queue = none ]]
1124 then
1125    case  $host  in
1126        (ibmh)       queue=cluster;;
1127        (ibmkisti)   queue=class.32plus;;
1128        (lckiaps)    queue=normal;;
1129        (lckyoto)    queue=ph;;
1130        (lckyuh)     queue=fx-single;;
1131        (lckyut)     queue=cx-single;;
1132        (lctit)      queue=S;;
1133        (nech)       queue=none;;
1134        (unics)      queue=unics;;
1135    esac
1136 fi
1137
1138
1139    # GENERATE FULL FILENAMES OF INPUT-FILES, INCLUDING THEIR PATH
1140    # CHECK, IF INPUT-FILES EXIST, AND DETERMINE HIGHEST CYCLE NUMBER (IF CYCLES EXIST)
1141 (( i = 0 ))
1142 while (( i < iin ))
1143 do
1144    (( i = i + 1 ))
1145    (( maxcycle = 0 ))
1146
1147       # GENERATE PATH AND FULL FILE NAME (then-BRANCH: FIXED FULL NAME IS GIVEN, I.E. THE
1148       # FILE IDENTIFIER IS NOT PART OF THE FILENAME))
1149    if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1150    then
1151       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${endin[$i]}  # EVALUATE REMOTE-PATH ON THE REMOTE
1152                                                    # HOST ONLY
1153       eval filename=${pathin[$i]}/${endin[$i]}
1154    else
1155       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}  # EVALUATE REMOTE-PATH ON THE REMOTE
1156                                                             # HOST ONLY
1157       eval filename=${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}
1158    fi
1159    eval pathname=${pathin[$i]}
1160
1161       # SAVE INPUT FILE NAME FOR PARAMETER FILE CHECK
1162    if [[ ("${transin[$i]}" = job) && (-f $filename) ]]
1163    then
1164       filename_input=$filename
1165    fi
1166
1167       # CHECK IF FILE EXISTS
1168    if [[ $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "not found") = 1  || \
1169          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "nicht gefunden") = 1  || \
1170          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "No such file") = 1  || \
1171          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "does not exist") = 1 ]]
1172    then
1173
1174          # FILES WITH ATTRIBUTE locopt ARE OPTIONAL. NO ABORT, IF THEY DO NOT EXIST.
1175       if [[ "${transin[$i]}" != "locopt" ]]
1176       then
1177          printf "\n\n  +++ INPUT-file: "
1178          if [[ "${extin[$i]}" = "" ]]
1179          then
1180             printf "\n           $filename"
1181          else
1182             printf "\n           $filename.${extin[$i]}"
1183          fi
1184          printf "\n      does not exist\n"
1185          locat=input; exit
1186       else
1187          transin[$i]="unavailable"
1188       fi
1189    else
1190
1191          # DETERMINE THE FILE'S CYCLE NUMBER
1192       ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1193       ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1194       while  read zeile
1195       do
1196          cycle=$(echo $zeile | cut -f2 -d".")
1197          if [[ "$cycle" = "$zeile" ]]
1198          then
1199             (( icycle = 0 ))
1200          elif [[ "$cycle" = "${extin[$i]}" ]]
1201          then
1202             (( icycle = 0 ))
1203          else
1204             (( icycle = $cycle ))
1205          fi
1206          if (( icycle > maxcycle ))
1207          then
1208             (( maxcycle = icycle ))
1209             file_to_be_used=$zeile
1210          fi
1211       done <filelist
1212       rm filelist
1213
1214          # APPEND CYCLE NUMBER TO FILENAME
1215       if (( maxcycle > 0 ))
1216       then
1217          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1218          then
1219             filename=${filename}.$maxcycle.${extin[$i]}
1220          else
1221             filename=${filename}.$maxcycle
1222          fi
1223       else
1224          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1225          then
1226             filename=${filename}.${extin[$i]}
1227          fi
1228       fi
1229       
1230          # STORE FILENAME WITHOUT PATH BUT WITH CYCLE NUMBER,
1231          # BECAUSE IT MIGHT BE REQUIRED LATER TO RESTORE THE FILE FROM AN ARCHIVE-SYSTEM
1232       absnamein[$i]=$filename
1233       if (( maxcycle > 0 ))
1234       then
1235          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1236          then
1237             frelin[$i]=${endin[$i]}.$maxcycle
1238          else
1239             frelin[$i]=${afname}${endin[$i]}.$maxcycle
1240          fi
1241       else
1242          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1243          then
1244             frelin[$i]=${endin[$i]}
1245          else
1246             frelin[$i]=${afname}${endin[$i]}
1247          fi
1248       fi
1249
1250    fi
1251 done
1252   
1253    # GENERATE FULL FILENAMES OF OUTPUT-FILES (WITHOUT $ OR ~),
1254    # CHECK, IF OUTPUT-FILES EXIST, AND DETERMINE HIGHEST CYCLE NUMBER (IF CYCLES EXIST),
1255    # OR, IN CASE THAT FILE DOES NOT EXIST, CHECK, IF IT CAN BE CREATED 
1256    # THESE ACTIONS ARE NOT CARRIED OUT, IF FILES SHALL BE TRASFERRED FROM THE REMOTE TO
1257    # THE LOCAL HOST (BECAUSE THEIR IS NO DIRECT ACCESS TO THE LOCAL DIRECTORIES FROM THE
1258    # REMOTE HOST)
1259 (( i = 0 ))
1260 while (( i < iout ))
1261 do
1262    (( i = i + 1 ))
1263    if [[ ! ( $fromhost != $localhost  &&  ( "${actionout[$i]}" = tr || "${actionout[$i]}" = tra || "${actionout[$i]}" = trpe ) ) ]]
1264    then
1265       if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
1266       then
1267          actionout[$i]=""
1268       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe ]]
1269       then
1270          actionout[$i]=pe
1271       elif [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
1272       then
1273          actionout[$i]=a
1274       fi
1275       (( maxcycle = 0 ))
1276       eval filename=${pathout[$i]}/${fname}${endout[$i]}
1277       eval catalogname=${pathout[$i]}
1278       if [[ $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "not found") = 1  || \
1279             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "nicht gefunden") = 1  || \
1280             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "No such file") = 1  || \
1281             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "does not exist") = 1 ]]
1282       then
1283     
1284             # IF OUTPUT-FILE DOES NOT EXIST CHECK, IF IT CAN BE CREATED
1285          if  cat /dev/null > $filename 
1286          then
1287             rm  $filename
1288          else
1289
1290                # CHECK, IF THE DIRECTORY WHERE FILE SHALL BE COPIED TO EXISTS
1291                # IF IT DOES NOT EXIST, TRY TO CREATE IT
1292             if [[ ! -d $catalogname ]]
1293             then
1294                if  mkdir -p  $catalogname
1295                then
1296                   printf "\n\n  *** directory:"
1297                   printf "\n           $catalogname"
1298                   printf "\n      was created\n"
1299                else
1300                   printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1301                   printf "\n           $filename"
1302                   printf "\n      cannot be created, because directory does not exist"
1303                   printf "\n      and cannot be created either"
1304                   printf "\n"
1305                   locat=output  ; exit
1306                fi 2>/dev/null
1307             else
1308                printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1309                printf "\n           $filename"
1310                printf "\n      cannot be created, although directory exists"
1311                printf "\n"
1312                locat=output  ; exit
1313             fi
1314          fi 2>/dev/null
1315       else
1316
1317             # DETERMINE THE CYCLE NUMBER
1318          ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1319          ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1320          while  read zeile
1321          do
1322             cycle=$(echo $zeile | cut -f2 -d".")
1323             if [[ "$cycle" = "$zeile"  ||  "$cycle" = ${extout[$i]} ]]
1324             then
1325                (( icycle = 1 ))
1326             else
1327                (( icycle = $cycle + 1 ))
1328             fi
1329             if (( icycle > maxcycle ))
1330             then
1331                (( maxcycle = icycle ))
1332             fi
1333          done <filelist
1334          rm filelist
1335       fi
1336
1337          # APPEND CYCLE NUMBER TO FILENAME AND CHECK, IF FILE CAN BE CREATED
1338          # IN CASE OF FILE-APPEND, FILE MUST BE APPENDED TO THE ONE WITH HIGHEST CYCLE NUMBER
1339       if [[ "${actionout[$i]}" != a ]]
1340       then
1341          if (( maxcycle > 0 ))
1342          then
1343             filename=${filename}.$maxcycle
1344             if  cat /dev/null > $filename 
1345             then
1346                rm  $filename
1347             else
1348                printf "\n  +++ OUTPUT-file:"
1349                printf "\n           $filename"
1350                printf "\n      cannot be created"
1351                locat=output  ; exit
1352             fi
1353          fi
1354       else
1355          (( maxcycle = maxcycle - 1 ))
1356          if (( maxcycle > 0 ))
1357          then
1358             filename=${filename}.$maxcycle
1359          fi
1360       fi
1361       
1362          # STORE FILENAME WITHOUT PATH BUT WITH CYCLE NUMBER,
1363          # BECAUSE IT MIGHT BE REQUIRED LATER TO STORE THE FILE ON AN ARCHIVE-SYSTEM
1364          # OR TO PUT THIS FILENAME ON FILE OUTPUT_FILE_CONNECTIONS
1365       pathout[$i]=$filename
1366       if (( maxcycle > 0 ))
1367       then
1368          frelout[$i]=${fname}${endout[$i]}.$maxcycle
1369       else
1370          frelout[$i]=${fname}${endout[$i]}
1371       fi
1372
1373    fi
1374 done
1375
1376
1377     # THE DVR-PACKAGE REQUIRES ITS OWN LIBRARY
1378 if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
1379 then
1380    if [[ "$dvr_inc" = "" ]]
1381    then
1382       printf "\n\n  +++ no value for \"dvr_inc\" given in configuration file"
1383       printf "\n      This is required for the dvrp_graphics package.\n"
1384       locat=dvr; exit
1385    fi
1386    if [[ "$dvr_lib" = "" ]]
1387    then
1388       printf "\n\n  +++ no value for \"dvr_lib\" given in configuration file"
1389       printf "\n      This is required for the dvrp_graphics package.\n"
1390       locat=dvr; exit
1391    fi
1392 fi
1393
1394
1395     # CHECK, WETHER A MAIN PROGRAM OR AN EXECUTABLE HAVE BEEN DECLARED.
1396     # EXECUTABLES DO NOT NEED TO BE COMPILED.
1397 if [[ "$mainprog" = ""  &&  "$executable" = "" ]]
1398 then
1399    printf "\n  +++ neither main program nor executable defined"
1400    locat=source; exit
1401 elif [[ "$mainprog" != ""  &&  "$executable" != "" ]]
1402 then
1403    printf "\n  +++ main program as well as executable defined"
1404    locat=source; exit
1405 elif [[ "$mainprog" = ""  &&  "$executable" != "" ]]
1406 then
1407    do_compile=false
1408 fi
1409
1410
1411    # CREATE SOURCE-DIRECTORY TO COLLECT ROUTINES TO BE COMPILED.
1412    # LATER THE MRUN-SCRIPT AND CONFIGURATION-FILE WILL ALSO BE COPIED TO THIS DIRECTORY.
1413 if [[ $restart_run != true  &&  "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1414 then
1415    rm -rf  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1416    mkdir   SOURCES_FOR_RUN_$fname
1417 fi
1418
1419
1420    # COLLECT ALL ROUTINES TO BE COMPILED
1421    # THIS IS NOT REQUIRED WITHIN BATCH-JOBS, BECAUSE ROUTINES HAVE ALREADY BEEN COLLECTED
1422    # BY THE MRUN-CALL WHICH CREATED THE BATCH-JOB.
1423 if [[ $do_compile = true  &&  "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1424 then
1425
1426    [[ "$source_list" = LM ]]  &&  source_list=LOCALLY_MODIFIED
1427
1428    if [[ "$source_list" = LOCALLY_MODIFIED ]]
1429    then
1430
1431          # DETERMINE MODIFIED FILES OF THE SVN WORKING COPY
1432       source_list=""
1433       cd  $source_path
1434
1435
1436          # CHECK, IF DIRECTORY IS UNDER SVN CONTROL
1437       if [[ ! -d .svn ]]
1438       then
1439          printf "\n\n  +++ source directory"
1440          printf "\n         \"$source_path\" "
1441          printf "\n         is not under control of \"subversion\"."
1442          printf "\n         Please do not use mrun-option \"-s LOCALLY_MODIFIED\"\n"
1443       fi
1444
1445
1446          # LIST ALL MODIFIED SOURCE CODE FILES
1447       Filenames=""
1448       svn status  >  tmp_mrun
1449       while  read line
1450       do
1451          firstc=`echo $line | cut -c1`
1452          if [[ $firstc = M  ||  $firstc = "?" ]]
1453          then
1454             Name=`echo "$line" | cut -c8-`
1455             extension=`echo $Name | cut -d. -f2`
1456             if [[ "$extension" = f90 || "$extension" = F90 || "$extension" = f || "$extension" = F || "$extension" = c ]]
1457             then
1458                Filenames="$Filenames "$Name
1459             fi
1460          fi
1461       done < tmp_mrun
1462
1463
1464          # COPY FILES TO SOURCES_FOR_RUN_...
1465       for  dateiname  in  $Filenames
1466       do
1467          cp  $dateiname  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1468          source_list=$source_list"$dateiname "
1469       done
1470
1471       cd -  > /dev/null
1472
1473
1474       # COPY FILES GIVEN BY OPTION -s TO DIRECTORY SOURCES_FOR_RUN_...
1475       # AUTOMATIC RESTART RUNS JUST ACCESS THE DIRECTORY CREATED BY THE INITIAL RUN
1476    elif [[ "$source_list" != ""  &&  $restart_run != true ]]
1477    then
1478
1479       cd  $source_path
1480
1481       for  filename  in  $source_list
1482       do
1483
1484             # SOURCE CODE FILE IS NOT ALLOWED TO INCLUDE PATH
1485          if [[ $(echo $filename | grep -c "/") != 0 ]]
1486          then
1487             printf "\n  +++ source code file:  $filename"
1488             printf "\n      must not contain (\"/\") "
1489             locat=source; exit
1490          fi
1491
1492          if [[ ! -f $filename ]]
1493          then
1494             printf "\n  +++ source code file:  $filename"
1495             printf "\n      does not exist"
1496             locat=source; exit
1497          else
1498             cp  $filename  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1499          fi
1500
1501       done
1502
1503       cd -  > /dev/null
1504
1505    fi
1506
1507
1508       # CHECK, IF A MAIN PROGRAM EXISTS AND IF IT IS PART OF THE LIST OF FILES
1509       # TO BE COMPILED. IF NOT, ADD IT TO THE LIST.
1510    if [[ $restart_run != true ]]
1511    then
1512
1513       if [[ ! -f "$source_path/$mainprog" ]]
1514       then
1515          printf "\n\n  +++ main program:  $mainprog"
1516          printf "\n      does not exist in source directory"
1517          printf "\n      \"$source_path\"\n"
1518          locat=source; exit
1519       else
1520          if [[ $(echo $source_list | grep -c $mainprog) = 0 ]]
1521          then
1522             cp  $source_path/$mainprog  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1523             source_list=${mainprog}" $source_list"
1524          fi
1525       fi
1526    fi
1527
1528
1529       # CHECK, IF MAKEFILE EXISTS AND COPY IT TO THE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY
1530       # NOT REQUIRED FOR RESTART RUNS, SOURCES_FOR_RUN... HAS BEEN CREATED BY THE INITIAL RUN
1531    if [[ "$restart_run" != true ]]
1532    then
1533       [[ "$makefile" = "" ]]  &&  makefile=$source_path/Makefile
1534       if [[ ! -f $makefile ]]
1535       then
1536          printf "\n  +++ file \"$makefile\" does not exist"
1537          locat=make; exit
1538       else
1539          cp  $makefile  SOURCES_FOR_RUN_$fname/Makefile
1540       fi
1541    fi
1542
1543
1544       # COPY FILES FROM OPTIONAL SOURCE PATH GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
1545    if [[ $restart_run != true  &&  "$add_source_path" != "" ]]
1546    then
1547
1548          # DOES THE DIRECTORY EXIST?
1549       if [[ ! -d $add_source_path ]]
1550       then
1551          printf "\n\n  +++ WARNING: additional source code directory"
1552          printf "\n      \"$add_source_path\" "
1553          printf "\n      does not exist or is not a directory."
1554          printf "\n      No source code will be used from this directory!\n"
1555          add_source_path=""
1556          if [[ $silent == false ]]
1557          then
1558             sleep 3
1559          fi
1560       else
1561
1562          cd $add_source_path
1563          found=false
1564
1565          Names=$(ls -1 *.f90 2>&1)
1566          [[ $(echo $Names | grep -c '*.f90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$Names"
1567          Names=$(ls -1 *.F90 2>&1)
1568          [[ $(echo $Names | grep -c '*.F90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1569          Names=$(ls -1 *.F 2>&1)
1570          [[ $(echo $Names | grep -c '*.F') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1571          Names=$(ls -1 *.f 2>&1)
1572          [[ $(echo $Names | grep -c '*.f') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1573          Names=$(ls -1 *.c 2>&1)
1574          [[ $(echo $Names | grep -c '*.c') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1575
1576          cd -  > /dev/null
1577          cd  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1578
1579             # COPY MAKEFILE IF EXISTING
1580          if [[ -f $add_source_path/Makefile ]]
1581          then
1582             printf "\n\n  *** user Makefile from directory"
1583             printf "\n      \"$add_source_path\" is used \n"
1584             if [[ $silent == false ]]
1585             then
1586                sleep 1
1587             fi
1588             cp  $add_source_path/Makefile  .
1589          fi
1590
1591          for  dateiname  in  $AddFilenames
1592          do
1593             if [[ -f $dateiname ]]
1594             then
1595                printf "\n  +++ source code file \"$dateiname\" found in additional"
1596                printf "\n      source code directory \"$add_source_path\" "
1597                printf "\n      but was also given with option \"-s\" which means that it should be taken"
1598                printf "\n      from directory \"$source_path\"."
1599                locat=source; exit
1600             fi
1601
1602             cp  $add_source_path/$dateiname  .
1603             source_list="$source_list $dateiname"
1604
1605                # CHECK IF FILE IS CONTAINED IN MAKEFILE
1606             if [[ $(grep -c $dateiname Makefile) = 0 ]]
1607             then
1608                printf "\n\n  +++ user file \"$dateiname\" "
1609                printf "\n      is not listed in Makefile \n"
1610                locat=source; exit
1611             else
1612
1613                if [[ $found = false ]]
1614                then
1615                   found=true
1616                   printf "\n\n  *** following user file(s) added to the"
1617                   printf " files to be translated:\n      "
1618                fi
1619                printf "$dateiname  "
1620                if [[ $silent == false ]]
1621                then
1622                   sleep 0.5
1623                fi
1624
1625             fi
1626          done
1627          [[ $found = true ]]  &&  printf "\n"
1628          cd -  > /dev/null
1629       fi
1630    fi
1631
1632
1633       # ADD ALL ROUTINES BELONGING TO SOFTWARE PACKAGES (GIVEN BY OPTION -p)
1634       # TO THE LIST OF FILES TO BE COMPILED
1635    if [[ $restart_run != true  &&  -n $package_list ]]
1636    then
1637
1638       cd  $source_path
1639
1640       for  package  in  $package_list
1641       do
1642
1643          [[ $package = "dvrp_graphics+1PE" ]]  &&  package=dvrp_graphics
1644
1645             # DETERMINE FILES BELONGING TO THE PACKAGE
1646             # ERROR MESSAGE ARE REDIRECTED TO /dev/null, BECAUSE WILDCARD (*) ALSO GIVES
1647             # THE NAME OF THE DIRECTORY
1648          package_source_list=`grep "defined( __$package " * 2>/dev/null | cut -f1 -d:`
1649
1650
1651             # ADD THESE FILES TO THE LIST OF FILES TO BE COMPILED,
1652             # IF THEY ARE NOT ALREADY PART OF THE LIST
1653          for  source_list_name  in  $package_source_list
1654          do
1655             if [[ $(echo $source_list | grep -c $source_list_name) = 0 ]]
1656             then
1657
1658                    # ONLY TAKE FILES WITH VALID SUFFIX
1659                ending=`echo $source_list_name | cut -f2 -d.`
1660                if [[ "$ending" = f90  ||  "$ending" = F90  ||  "$ending" = f  ||  "$ending" = F  ||  "$ending" = c ]]
1661                then
1662                   cp  $source_list_name  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1663                   source_list="$source_list $source_list_name"
1664                fi
1665             fi
1666          done
1667       done
1668
1669       cd -  > /dev/null
1670    fi
1671
1672 fi  # do_compile=true
1673
1674
1675    # IF SOURCE CODE IS TO BE COMPILED, DO SOME MORE CHECKS
1676    # AND SET PRE-PROCESSOR DIRECTIVES
1677 if [[ $do_compile = true  ||  $create_executable_for_batch = true ]]
1678 then
1679
1680       # SET PREPROCESSOR-DIRECTIVES TO SELECT OPERATING SYSTEM SPECIFIC CODE
1681    if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1682    then
1683       cpp_options="${cpp_options},-D__ibm=__ibm"
1684    elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = nec ]]
1685    then
1686       cpp_options="$cpp_options -D__nec"
1687    elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-2) = lc ]]
1688    then
1689       cpp_options="$cpp_options -D__lc"
1690    else
1691       cpp_options="$cpp_options -D__$localhost"
1692    fi
1693
1694       # SET DIRECTIVES GIVEN BY OPTION -K (E.G. parallel)
1695    if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1696    then
1697       [[ -n $cond1 ]]  &&  cpp_options="${cpp_options},-D__$cond1=__$cond1"
1698       [[ -n $cond2 ]]  &&  cpp_options="${cpp_options},-D__$cond2=__$cond2"
1699    else
1700       [[ -n $cond1 ]]  &&  cpp_options="$cpp_options -D__$cond1"
1701       [[ -n $cond2 ]]  &&  cpp_options="$cpp_options -D__$cond2"
1702    fi
1703
1704       # SET DIRECTIVES FOR ACTIVATING SOFTWARE-PACKAGES (OPTION -p)
1705    if [[ -n $package_list ]]
1706    then
1707       for  package  in  $package_list
1708       do
1709          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1710          then
1711             if [[ $package != "dvrp_graphics+1PE" ]]
1712             then
1713                cpp_options="${cpp_options},-D__$package=__$package"
1714             else
1715                cpp_options="${cpp_options},-D__dvrp_graphics=__dvrp_graphics"
1716                export use_seperate_pe_for_dvrp_output=true
1717             fi
1718          else
1719             if [[ $package != "dvrp_graphics+1PE" ]]
1720             then
1721                cpp_options="$cpp_options -D__$package"
1722             else
1723                cpp_options="$cpp_options -D__dvrp_graphics"
1724                export use_seperate_pe_for_dvrp_output=true
1725             fi
1726          fi
1727       done
1728    fi
1729
1730       # SET DIRECTIVES GIVEN BY OPTION -D
1731    if [[ -n $cpp_opts ]]
1732    then
1733       for  popts  in  $cpp_opts
1734       do
1735          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1736          then
1737             cpp_options="${cpp_options},-D__$popts=__$popts"
1738          else
1739             cpp_options="$cpp_options -D__$popts"
1740          fi
1741       done
1742    fi
1743
1744 else
1745
1746
1747       # FOR LOCAL RUNS CHECK AGAIN, IF EXECUTABLE EXISTS
1748    if [[ $do_remote = false ]]
1749    then
1750       if [[ ! -f $executable ]]
1751       then
1752          printf "\n  +++ executable file:  $executable"
1753          printf "\n      does not exist"
1754          locat=executable; exit
1755       fi
1756    fi
1757 fi
1758
1759
1760    # DETERMINE THE JOB MODE
1761 if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
1762 then
1763    batch_job=.TRUE.
1764    jobmo=BATCH
1765 else
1766    batch_job=.FALSE.
1767    jobmo=INTERACTIVE
1768 fi
1769
1770
1771    # NO INTERACTIVE RUNS ALLOWED ON LCTIT
1772 if [[ $host = lctit  &&  $jobmo = INTERACTIVE  &&  $do_batch = false ]]
1773 then
1774    printf "\n  +++ no interactive runs allowed on host \"$host\" "
1775    printf "\n      please submit batch job using mrun option \"-b\" \n"
1776    locat=normal; exit
1777 fi
1778
1779
1780    # CHECK, IF USER DEFINED A COMPILER
1781 if [[ "$compiler_name" = "" ]]
1782 then
1783
1784    printf "\n  +++ no compiler specified for \"$host $cond1 $cond2\""
1785    locat=compiler_name; exit
1786
1787 fi
1788
1789
1790    # DETERMINE THE NAME OF MRUN'S TEMPORARY WORKING DIRECTORY
1791 kennung=$RANDOM
1792 if [[ "$tmp_user_catalog" = "" ]]
1793 then
1794    if [[ $localhost = ibmh ]]
1795    then
1796       tmp_user_catalog=$SCRATCH
1797    elif [[ $localhost = nech ]]
1798    then
1799       tmp_user_catalog=$WRKSHR
1800    else
1801       tmp_user_catalog=/tmp
1802    fi
1803 fi
1804 TEMPDIR=$tmp_user_catalog/${usern}.$kennung
1805
1806
1807    # DETERMINE THE NAME OF THE DIRECTORY WHICH IS USED TO TEMPORARILY STORE DATA FOR RESTART RUNS
1808 if [[ "$tmp_data_catalog" = "" ]]
1809 then
1810    if [[ $localhost = nech ]]
1811    then
1812       tmp_data_catalog=$WRKSHR/mrun_restart_data
1813    else
1814       tmp_data_catalog=/tmp/mrun_restart_data
1815    fi
1816 fi
1817
1818
1819    # IN CASE OF LOCAL RUNS REPLACE ENVIRONMENT VARIABLES BY THEIR VALUES
1820 if [[ $do_remote = false  &&  $do_compile = true  ||  $create_executable_for_batch = true ]]
1821 then
1822    eval  fopts=\"$fopts\"
1823    eval  lopts=\"$lopts\"
1824 fi
1825
1826
1827
1828    # DETERMINE COMPILE- AND LINK-OPTIONS
1829 fopts="$fopts $netcdf_inc $fftw_inc $dvr_inc"
1830 lopts="$lopts $netcdf_lib $fftw_lib $dvr_lib"
1831 ROPTS="$ropts"
1832# if [[ ( $(echo $host | cut -c1-3) = nec  ||  $(echo $host | cut -c1-3) = ibm  ||  $host = lckyoto  ||  $host = lctit  ||  $host = lcflow  ||  $host = lcxe6 ||  $host = lcxt5m || $host = lck || $host = lckiaps || $host = lckordi || $host = lcsb || $host )  &&  -n $numprocs ]]
1833# then
1834    XOPT="-X $numprocs"
1835# fi
1836
1837
1838
1839    # CHECK THE CPU-LIMIT. IT MUST BE GIVEN FOR BATCH-JOBS AND IS COMMUNICATED TO THE
1840    # EXECUTABLE VIA NAMELIST-PARAMETER cputime
1841 done=false
1842 while [[ $done = false ]]
1843 do
1844    cputime=$cpumax
1845    if (( $cputime == 0 ))
1846    then
1847       if [[ $do_batch = true ]]
1848       then
1849          printf "\n  +++ cpu-time is undefined"
1850          printf "\n  >>> Please type CPU-time in seconds as INTEGER:"
1851          printf "\n  >>> "
1852          read  cputime  1>/dev/null  2>&1
1853       else
1854          cputime=10000000   # NO CPU LIMIT FOR INTERACTIVE RUNS
1855       fi
1856    else
1857       done=true
1858    fi
1859    cpumax=$cputime
1860 done
1861
1862 (( minuten = cputime / 60 ))
1863 (( sekunden = cputime - minuten * 60 ))
1864
1865
1866    # CHECK THE MEMORY DEMAND
1867 if [[ $do_batch = true ]]
1868 then
1869    done=false
1870    while [[ $done = false ]]
1871    do
1872       if (( memory == 0 ))
1873       then
1874          printf "\n  +++ memory demand is undefined"
1875          printf "\n  >>> Please type memory in  MByte per process  as INTEGER:"
1876          printf "\n  >>> "
1877          read  memory  1>/dev/null  2>&1
1878       else
1879          done=true
1880       fi
1881    done
1882 fi
1883
1884
1885    # IN CASE OF REMOTE-JOBS CHECK, IF A USERNAME FOR THE REMOTE HOST IS GIVEN
1886 if [[ $do_remote = true  &&  -z $remote_username ]]
1887 then
1888    while [[ -z $remote_username ]]
1889    do
1890       printf "\n  +++ username on remote host \"$host\" is undefined"
1891       printf "\n  >>> Please type username:"
1892       printf "\n  >>> "
1893       read  remote_username
1894    done
1895    mc="$mc -u$remote_username"
1896 fi
1897
1898    # CHECK FOR INITIAL COMMANDS AFTER LOGIN
1899 if [[ "$login_init_cmd" != "" ]]
1900 then
1901    export init_cmds="${login_init_cmd};"
1902 fi
1903
1904
1905    # SET THE MODULE-LOAD COMMAD AND EXPORT IT FOR subjob
1906 if [[ "$modules" != "" ]]
1907 then
1908    if [[ $host = lctit ]]
1909    then
1910       export module_calls=". $modules"
1911    else
1912       export module_calls="module load ${modules};"
1913    fi
1914 fi
1915
1916
1917
1918    # OUTPUT OF THE MRUN-HEADER
1919 calltime=$(date)
1920 printf "\n"
1921 printf "#------------------------------------------------------------------------# \n"
1922 printf "| %-35s%35s | \n" "$version" "$calltime"
1923 printf "|                                                                        | \n"
1924 spalte1="called on:"; spalte2=$localhost_realname
1925 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1926 if [[ $do_remote = true ]]
1927 then
1928    spalte1="execution on:"; spalte2="$host (username: $remote_username)"
1929 else
1930    spalte1="execution on:"; spalte2="$host ($localhost_realname)"
1931 fi
1932 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1933 if [[ -n $numprocs ]]
1934 then
1935    if [[ $run_coupled_model = false ]]
1936    then
1937       spalte1="number of PEs:"; spalte2=$numprocs
1938    else
1939       spalte1="number of PEs:"; spalte2="$numprocs  (atmosphere: $numprocs_atmos, ocean: $numprocs_ocean)"
1940    fi
1941    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1942 fi
1943 if [[ -n $tasks_per_node ]]
1944 then
1945    spalte1="tasks per node:"; spalte2="$tasks_per_node (number of nodes: $nodes)"
1946    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1947    if (( remaining_pes > 0 ))
1948    then
1949       spalte1=" "; spalte2="one of the nodes only filled with $remaining_pes tasks"
1950       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1951    fi
1952 fi
1953 if [[ $maximum_parallel_io_streams != $numprocs ]]
1954 then
1955    spalte1="max par io streams:"; spalte2="$maximum_parallel_io_streams"
1956    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1957 fi
1958 if [[ $use_openmp = true ]]
1959 then
1960    spalte1="threads per task:"; spalte2="$threads_per_task"
1961    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1962 fi
1963 printf "|                                                                        | \n"
1964 if [[ $do_compile = true ]]
1965 then
1966    if [[ "$mopts" != "" ]]
1967    then
1968       spalte1="make options:"; spalte2=$(echo "$mopts" | cut -c-45)
1969       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1970       zeile=$(echo "$mopts" | cut -c46-)
1971       while [[ "$zeile" != "" ]]
1972       do
1973          spalte1=""
1974          spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
1975          printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1976          zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
1977       done
1978    fi
1979
1980    spalte1="cpp directives:"; spalte2=$(echo "$cpp_options" | cut -c-45)
1981    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1982    zeile=$(echo "$cpp_options" | cut -c46-)
1983    while [[ "$zeile" != "" ]]
1984    do
1985       spalte1=""
1986       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
1987       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1988       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
1989    done
1990
1991    spalte1="compiler options:"; spalte2=$(echo "$fopts" | cut -c-45)
1992    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1993    zeile=$(echo "$fopts" | cut -c46-)
1994    while [[ "$zeile" != "" ]]
1995    do
1996       spalte1=""
1997       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
1998       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1999       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2000    done
2001
2002    spalte1="linker options:"; spalte2=$(echo "$lopts" | cut -c-45)
2003    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2004    zeile=$(echo "$lopts" | cut -c46-)
2005    while [[ "$zeile" != "" ]]
2006    do
2007       spalte1=""
2008       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2009       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2010       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2011    done
2012
2013    spalte1="modules to be load:"; spalte2=$(echo "$modules" | cut -c-45)
2014    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2015    zeile=$(echo "$modules" | cut -c46-)
2016    while [[ "$zeile" != "" ]]
2017    do
2018       spalte1=""
2019       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2020       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2021       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2022    done
2023
2024    spalte1="main program:"; spalte2=$mainprog
2025    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2026 else
2027    spalte1=executable:; spalte2=$executable
2028    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2029 fi
2030 printf "|                                                                        | \n"
2031 spalte1="base name of files:"; spalte2=$fname
2032 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2033 if [[ $fname != $afname ]]
2034 then
2035    spalte1="base name of input files:"; spalte2=$afname
2036    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2037 fi
2038 spalte1="INPUT control list:"; spalte2=$(echo $input_list)
2039 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2040 spalte1="OUTPUT control list:"; spalte2=$(echo $output_list)
2041 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2042
2043 if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
2044 then
2045    printf "| %-35s%-35s | \n" "suffix \"_O\" is added to local files" " "
2046 fi
2047
2048 if [[ $do_batch = true  ||  "$LOADLBATCH" = yes ]]
2049 then
2050    spalte1="memory demand / PE":; spalte2="$memory MB"
2051    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2052    spalte1=CPU-time:; spalte2="$minuten:$sekunden"
2053    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2054 fi
2055
2056 if [[ $do_compile = true ]]
2057 then
2058    printf "|                                                                        | \n"
2059    printf "| Files to be compiled:                                                  | \n"
2060    zeile=$source_list
2061    while [[ "$zeile" != "" ]]
2062    do
2063       linestart=$(echo $zeile | cut -c-70)
2064       printf "| %-70s | \n" "$linestart"
2065       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c71-)
2066    done
2067 fi
2068 printf "#------------------------------------------------------------------------#"
2069
2070
2071
2072    # OUTPUT OF FILE CONNECTIONS IN CASE OF TRACEBACK
2073 if [[ $do_trace = true ]]
2074 then
2075    (( i = 0 ))
2076    while (( i < iin ))
2077    do
2078       (( i = i + 1 ))
2079       if (( i == 1 ))
2080       then
2081          printf "\n\n >>> INPUT-file assignments:\n"
2082       fi
2083       printf "\n     ${localin[$i]} :  ${absnamein[$i]}"
2084    done
2085    (( i = 0 ))
2086    while (( i < iout ))
2087    do
2088       (( i = i + 1 ))
2089       if (( i == 1 ))
2090       then
2091          printf "\n\n >>> OUTPUT-file assignments:\n"
2092       fi
2093       printf "\n     ${localout[$i]} :  ${pathout[$i]}"
2094    done
2095    (( i = 0 ))
2096    while (( i < iic ))
2097    do
2098       (( i = i + 1 ))
2099       if (( i == 1 ))
2100       then
2101          printf "\n\n >>> INPUT-commands:\n"
2102       fi
2103       printf "\n     ${in_command[$i]}" 
2104    done
2105    (( i = 0 ))
2106    while (( i < ioc ))
2107    do
2108       (( i = i + 1 ))
2109       if (( i == 1 ))
2110       then
2111          printf "\n\n >>> OUTPUT-commands:\n"
2112       fi
2113       printf "\n     ${out_command[$i]}" 
2114    done
2115 fi
2116
2117
2118    # QUERY FOR CONTINUE (ON LOCAL MACHINES ONLY)
2119 if [[ $remotecall = false  &&  $silent = false  &&  $jobmo != BATCH ]]
2120 then
2121    antwort=dummy
2122    printf "\n\n"
2123    printf " >>> everything o.k. (y/n) ?  "
2124    while  read antwort
2125    do
2126       if [[ "$antwort" != y  &&  "$antwort" != Y  &&  "$antwort" != n  &&  "$antwort" != N ]]
2127       then
2128          printf " >>> everything o.k. (y/n) ?  "
2129       else
2130          break
2131       fi
2132    done
2133    if [[ $antwort = n  ||  $antwort = N ]]
2134    then
2135       locat=user_abort; (( iec = 0 )); exit
2136    fi
2137    if [[ $do_batch = true ]]
2138    then
2139       printf " >>> batch-job will be created and submitted"
2140    else
2141       printf " >>> MRUN will now continue to execute on this machine"
2142    fi
2143 fi
2144
2145
2146    # PERFORM PARAMETER FILE CHECK (COUPLED RUNS ARE NOT SUPPORTED YET)
2147    # DEFINE VARIABLES FOR FREQUENTLY USED DIRECTORIES
2148 check_depository="${working_directory}/trunk/UTIL"
2149 check_sources="${working_directory}/tmp_check_namelist_files"
2150 skip_check=false
2151
2152    # CHECK IF NAMELIST_FILE_CHECK HAS BEEN COMPILED SUCCESSFULLY
2153 if [[ ! -f $check_depository/check_namelist_files.tar ]]
2154 then
2155    skip_check=true
2156    reason="run on remote host or parameter file check has not been compiled."
2157 fi
2158 if [[ ! -f $PALM_BIN/check_namelist_files.x ]]
2159 then
2160    skip_check=true
2161    reason="parameter file check has not been compiled."
2162 fi
2163
2164    # CHECK FOR PARALLEL RUN; OTHERWISE SKIP CHECK
2165 if [[ "$cond1" != "parallel"  &&  "$cond2" != "parallel" ]]
2166 then
2167    skip_check=true
2168    reason="serial run."
2169 fi
2170
2171    # ONLY PERFORM CHECK IF -z OPTION IS NOT SET, NO RESTART RUN IS CARRIED OUT
2172    # AND IF THE EXECUTION HOST IS THE LOCAL HOST
2173    # ATTENTION: THIS ROUTINE DOES NOT WORK IF THE COMPILER ON THE LOCAL HOST
2174    # DIFFERS FROM THE COMPILER ON THE REMOTE HOST
2175 if [[ $check_namelist_files == false ]]
2176 then
2177    skip_check=true
2178    reason="-z option set."
2179 fi
2180
2181 if [[ $fromhost != $localhost ]]
2182 then
2183    skip_check=true
2184    reason="submitting host is local host." 
2185 fi 
2186
2187 if [[ $run_coupled_model == true ]]
2188 then
2189    skip_check=true
2190    reason="coupled run." 
2191 fi
2192
2193 if [[ $restart_run == true ]]
2194 then
2195    skip_check=true
2196    reason="restart run."     
2197 fi
2198
2199    # SKIP CHECK IN CASE OF RESTART RUN: CHECK WHETHER THE LAST CHAR IS "f" IN PARIN
2200 (( last_char_int = `echo $filename_input | wc -c` - 1 ))
2201 last_char=`echo $filename_input | cut -c $last_char_int`
2202 if [[ "$last_char" == "f" ]]
2203 then
2204    skip_check=true
2205    reason="restart run."
2206 fi
2207
2208 if [[ $skip_check == false ]]
2209 then
2210    tmp_check=${working_directory}/tmp_check
2211
2212       # GET TOPOGRAPHY PARAMETER FILE SUFFIX (USUALLY "_TOPO"). THIS FILE IS
2213       # NOT NECESSARILY REQUIRED
2214    line=""
2215    found=false
2216    grep  "TOPOGRAPHY_DATA" $config_file  >  $tmp_check
2217    while read line1
2218    do
2219       line="$line1"
2220       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2221       then
2222          topo_suffix=`echo $line | tr -s " " | cut -d" " -s -f5`
2223          found=true
2224       fi
2225    done < $tmp_check
2226
2227    if [[ $found = false ]]
2228    then
2229       printf "\n  +++ no TOPOGRAPHY list entry found in the configuration file."
2230    fi
2231
2232       # GET NUDGING PARAMETER FILE SUFFIX (USUALLY "_NUDGE"). THIS FILE IS
2233       # NOT NECESSARILY REQUIRED
2234    line=""
2235    found=false
2236    grep  "NUDGING_DATA" $config_file  >  $tmp_check
2237    while read line1
2238    do
2239       line="$line1"
2240       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2241       then
2242          nudge_suffix=`echo $line | tr -s " " | cut -d" " -s -f5`
2243          found=true
2244       fi
2245    done < $tmp_check
2246
2247    if [[ $found = false ]]
2248    then
2249       printf "\n  +++ no NUDGING list entry found in the configuration file."
2250    fi
2251
2252       # GET LARGE SCALE FORCING PARAMETER FILE SUFFIX (USUALLY "_LSF"). THIS FILE IS
2253       # NOT NECESSARILY REQUIRED
2254    line=""
2255    found=false
2256    grep  "LSF_DATA" $config_file  >  $tmp_check
2257    while read line1
2258    do
2259       line="$line1"
2260       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2261       then
2262          lsf_suffix=`echo $line | tr -s " " | cut -d" " -s -f5`
2263          found=true
2264       fi
2265    done < $tmp_check
2266
2267    if [[ $found = false ]]
2268    then
2269       printf "\n  +++ no LSF list entry found in the configuration file."
2270    fi
2271
2272    rm -rf ${working_directory}/tmp_check
2273
2274       # CHECK IF THE P3DF FILE MUST BE CHECKED
2275    for  item  in  $input_list
2276    do
2277       if [[ "$item" == "restart" ]]
2278       then
2279          check_restart=1
2280       else
2281          check_restart=0
2282       fi
2283    done
2284
2285      # ERROR IF NO PARAMETER FILE WAS FOUND, OTHERWISE PROCEED
2286    if [[ (! -f $filename_input) && ( "$filename_input" != "" ) ]]
2287    then
2288       printf "\n\n  +++ ERROR: parameter file ($filename_input) not found." 
2289       locat=check_namelist; exit
2290    fi
2291   
2292       # CHECK IF THE RESTART PARAMETER FILE EXISTS (IF NECESSARY)
2293    if  [[ $check_restart == 1 ]]
2294    then
2295
2296       filenamef="${filename_input}f"
2297       if [[ ! -f $filenamef ]]
2298       then
2299          printf "\n\n  +++ WARNING: restart parameter file ($filenamef) is missing." 
2300          check_restart=0
2301          answer=dummy
2302          printf "\n\n"
2303
2304          if [[ $silent == false ]]
2305          then
2306             while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
2307             do
2308                printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
2309                read  answer
2310             done
2311             if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
2312             then
2313                printf "\n  +++ Aborting...."
2314                locat=normal; exit
2315             fi
2316          fi
2317       else
2318          check_restart=1
2319       fi
2320    fi
2321
2322       # CREATE TEMPORARY SOURCES_FOR_CHECK PATH
2323    mkdir $check_sources
2324    cd $check_sources
2325
2326
2327       # CHECK FOR USER CODE, OTHERWISE USE THE PRECOMPILED CHECK_NAMELIST_FILES.X
2328    if [[ -d $add_source_path ]]
2329    then
2330       printf "\n\n  *** copying files from $check_depository" 
2331       cp $check_depository/check_namelist_files.tar ./
2332
2333       printf "\n\n  *** untar of makefile and source files in $check_sources"
2334       tar -xf check_namelist_files.tar  >  /dev/null  2>&1
2335
2336       printf "\n\n  *** adding user code." 
2337       cp $add_source_path/* ./
2338       touch check_namelist_files.f90
2339
2340          # GET COMPILER OPTIONS AND PERFORM MAKE
2341       printf "\n\n  *** compiling code if necessary...\n"
2342
2343          # workaround for batch jobs on local machine (lcxe6)
2344       if [[ $do_batch == true && $do_remote == false ]]
2345       then
2346          eval $init_cmds
2347       fi
2348
2349          # GET CHECK OPTIONS
2350       line=""
2351       found=false
2352
2353       grep  "$localhost" ${base_directory}/${config_file} | grep "%cpp_options"  >  $tmp_check
2354
2355       while read line1
2356       do
2357
2358          if [[ $(echo $line1 | cut -d" " -s -f3-) = "$localhost" ]]
2359          then
2360             line="$line1"
2361          fi
2362
2363          if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2364          then
2365                # REMOVE COLONS FROM OPTION-STRING, REMOVE ALL -D OPTIONS
2366             line="$line "
2367             copts_check=`echo $line | cut -d" " -s -f2 | sed 's/::/%DUM%/g' | sed 's/:/ /g' | sed 's/%DUM%/:/g' | sed 's/-D[^ ]* //g' | sed 's/ -D.*//g'`
2368             found=true
2369          fi
2370
2371       done < $tmp_check
2372       copts_check="$copts_check -D__check -D__parallel"
2373
2374       make -f Makefile_check F90=$compiler_name_ser  COPT="$copts_check"
2375
2376          # GET MAKE OUTPUT
2377       if [[ $? != 0 ]]
2378       then
2379          printf "\n  +++ error during make."       
2380          answer=dummy
2381          printf "\n\n"
2382          if [[ $silent == false ]]
2383          then
2384             while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
2385             do
2386                printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
2387                read  answer
2388             done
2389             if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
2390             then
2391                printf "\n  +++ Aborting..."
2392                rm -rf  $check_sources
2393                locat=normal; exit
2394             else
2395                skip_check=true
2396             fi
2397          else
2398             skip_check=true
2399          fi
2400       fi
2401    else
2402       cp $PALM_BIN/check_namelist_files.x ./
2403    fi
2404
2405    cp $filename_input ./PARIN
2406    if [[ $check_restart == 1 ]] 
2407    then
2408       cp $filenamef ./PARINF   
2409    fi
2410
2411    if [[ -f ${pathname}/${fname}${topo_suffix} && $skip_check == false ]]
2412    then
2413       printf "\n  *** adding topography data"
2414       cp ${pathname}/${fname}${topo_suffix} ./TOPOGRAPHY_DATA
2415
2416          # IN CASE OF TOPOGRAPHY AND HIGH GRID POINT NUMBERS, THE STACK SIZE
2417          # MUST BE INCREASED. THIS IS DUE TO THE ARRAY nzb_local AND topo_height,
2418          # WHICH REQUIRE SUFFICIENT MEMORY
2419       ulimit -s unlimited         
2420    fi
2421
2422    if [[ -f ${pathname}/${fname}${nudge_suffix} && $skip_check == false ]]
2423    then
2424       printf "\n  *** adding nudging data"
2425       cp ${pathname}/${fname}${nudge_suffix} ./NUDGING_DATA       
2426    fi
2427
2428    if [[ -f ${pathname}/${fname}${lsf_suffix} && $skip_check == false ]]
2429    then
2430       printf "\n  *** adding large scale forcing data"
2431       cp ${pathname}/${fname}${lsf_suffix} ./LSF_DATA       
2432    fi
2433
2434       # CREATE ENVPAR FILE, WHICH IS NEEDED BY CHECK_NAMELIST_FILES.X
2435    cat  >  ENVPAR  <<  %%END%%
2436 &envpar  run_identifier = '$fname', host = '$host',
2437            write_binary = '$write_binary', tasks_per_node = $tasks_per_node,
2438            maximum_parallel_io_streams = $maximum_parallel_io_streams,
2439            maximum_cpu_time_allowed = ${cpumax}.,
2440            revision = '$global_revision',
2441            local_dvrserver_running = $local_dvrserver_running /
2442
2443%%END%%
2444
2445       # SAFETY CHECK: ONLY PROCEED IF THE PARAMETER CHECK PROGRAM WAS PROPERLY COMPILED
2446    if [[ ! -f check_namelist_files.x  &&  $skip_check == false ]]
2447    then
2448       printf "\n  +++ WARNING: check_namelist_files.x not found."
2449       answer=dummy
2450       printf "\n\n"
2451
2452       if [[ $silent == false ]]
2453       then
2454          while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
2455          do
2456             printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
2457             read  answer
2458          done
2459          if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
2460          then
2461             printf "\n  +++ Aborting..."
2462             rm -rf  $check_sources
2463             locat=normal; exit
2464          else
2465             printf "\n  *** skipping parameter file check."         
2466          fi
2467      fi
2468       
2469    elif [[ $skip_check == false ]]
2470    then
2471          # STARTING THE PARAMETER FILE CHECK
2472       printf "\n\n  *** starting parameter file check..."
2473
2474          # CHECKING THE P3D FILE
2475       printf "\n\n      (1) checking $filename_input" 
2476       echo "$numprocs 0 0" > VARIN
2477       errors=`./check_namelist_files.x < VARIN 2>&1`
2478
2479       check_error=false
2480       if [[ "$errors" == "" ]]
2481       then
2482          printf " --> o.k."
2483       else
2484          printf " --> failed."
2485          check_error=true
2486          printf "\n\n  $errors"
2487       fi
2488
2489          # CHECKING THE PD3F FILE IF NECESSARY
2490       if [[ $check_restart == 1 && $check_error == false ]]
2491       then
2492          printf "\n\n      (2) checking $filenamef" 
2493
2494             # FIRST CHECK IF INITIALIZING_ACTIONS="READ_RESTART_DATA" IS SET
2495             # IN &INIPAR LIST
2496          found=false
2497          cat PARINF | while read line
2498          do
2499             line=$(echo $line|sed 's/ //g')
2500             if [[ $line == *"&inipar"* ]]
2501             then
2502                start_search=true
2503             fi
2504
2505             if [[ $start_search == true ]]
2506             then
2507                if [[ $line == *"initializing_actions='read_restart_data'"* ]]
2508                then
2509                   found=true
2510                   break
2511                fi
2512             fi
2513
2514             if [[ $line == *"/"* ]]
2515             then
2516                start_search=false
2517             fi
2518
2519          done
2520
2521          if [[ $found = false ]]
2522          then
2523             printf "\n\n  +++ ERROR: initializing_actions = 'read_restart_data' not found"
2524             printf "\n      in &inipar list in $fname$p3df_suffix."
2525             rm -rf  $check_sources
2526             locat=check_namelist; exit
2527          fi
2528
2529             # READ max_user_pr FROM FILES
2530          if [[ -f parin_for_check ]]
2531          then
2532             read max_pr_user < parin_for_check
2533          else
2534             max_user_pr=0
2535          fi
2536
2537          echo "$numprocs 1 $max_pr_user" > VARIN
2538          errors=`./check_namelist_files.x < VARIN 2>&1`
2539
2540          if [[ "$errors" == "" ]]
2541          then
2542             printf " --> o.k."
2543          else
2544             printf " --> failed."
2545             check_error=true
2546             printf "\n\n  $errors"
2547          fi
2548       fi
2549   
2550          # REPORT ERRORS AND CONTINUE/EXIT
2551       if [[ $check_error == true ]]
2552       then
2553          printf "\n  +++ errors found in the parameter file!\n"
2554          answer=dummy
2555          printf "\n\n"
2556
2557          while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
2558          do
2559             printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
2560             read  answer
2561          done
2562
2563          if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
2564          then
2565             printf "\n  +++ Aborting..."
2566             rm -rf  $check_sources
2567             locat=normal; exit
2568          fi
2569        else
2570          printf "\n\n  *** parameter file(s) seem(s) to be o.k.\n"
2571        fi
2572        rm -rf $check_sources
2573    fi
2574 else
2575    printf "\n\n  +++ skipping parameter file check due to following reason: $reason \n" 
2576 fi
2577
2578    # DELETE TEMPORARY DIRECTORY AND FINISH NAMELIST FILE CHECK   
2579 rm -rf  $check_sources
2580 cd $working_directory
2581
2582
2583    # DETERMINE PATH FOR MAKE DEPOSITORY
2584 if [[ $do_batch = false  ||  $create_executable_for_batch = true ]]
2585 then
2586
2587    line=""
2588    grep "%depository_path" $config_file  >  tmp_mrun
2589    while read line
2590    do
2591       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2592       then
2593          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -s -f3)" = "" ]]
2594          then
2595             global_depository_path=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
2596          fi
2597       fi
2598    done < tmp_mrun
2599
2600    line=""
2601    grep  " $localhost" $config_file | grep "%depository_path"  >  tmp_mrun
2602    while read line
2603    do
2604       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2605       then
2606          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -s -f4)" = "$cond1"  &&  "$(echo $line | cut -d" " -s -f5)" = "$cond2" ]]
2607          then
2608             local_depository_path=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
2609          fi
2610       fi
2611    done < tmp_mrun
2612
2613    if [[ "$local_depository_path" = "" ]]
2614    then
2615       if [[ "$global_depository_path" != "" ]]
2616       then
2617          local_depository_path=$global_depository_path
2618       else
2619          printf "\n\n  +++ no depository path found in configuration file"
2620          printf "\n      for local host \"$localhost\" "
2621          printf "\n      please set \"\%depository_path\" in configuration file\n"
2622          locat=config_file; exit
2623       fi
2624    fi
2625    eval local_depository_path=$local_depository_path
2626    [[ "$cond1" != "" ]]  &&  local_depository_path=${local_depository_path}_$cond1
2627    [[ "$cond2" != "" ]]  &&  local_depository_path=${local_depository_path}_$cond2
2628
2629
2630    basename=`echo $mainprog | cut -f1 -d"."`
2631    eval make_depository=${local_depository_path}/${basename}_current_version.tar
2632    if [[ ! -f $make_depository ]]
2633    then
2634       printf "\n"
2635       printf "\n  *** WARNING: make depository \"$make_depository\" not found"
2636       printf "\n               \"make\" will fail, if the Makefile or other source files are missing\n"
2637    fi
2638
2639 fi
2640
2641
2642    # NOW PERFORM THOSE ACTIONS REQUIRED TO EXECUTE THE PROGRAM (PALM) ON THIS MACHINE
2643    # (COMPILING/LINKING, EXECUTING, COPYING I/O FILES)
2644 if [[ $do_batch = false ]]
2645 then
2646
2647
2648       # CREATE THE TEMPORARY WORKING DIRECTORY
2649    mkdir -p  $TEMPDIR
2650    chmod  go+rx  $TEMPDIR
2651    tmpcreate=true
2652
2653
2654       # COPY EITHER THE COMPLETE SOURCE CODE FILES TO BE COMPILED OR THE EXECUTABLE
2655       # INTO THE TEMPORARY WORKING DIRECTORY
2656    if [[ $do_compile = true ]]
2657    then
2658
2659          # ON NEC, COMPILATION IS DONE ON HOST CROSS VIA CROSS COMPILING
2660          # CREATE A TEMPORARY DIRECTORY ON THAT MACHINE (HOME MOUNTED VIA NFS)
2661       if [[ $localhost = nech ]]
2662       then
2663          TEMPDIR_COMPILE=$HOME/work/${usern}.$kennung
2664          if  mkdir -p  $TEMPDIR_COMPILE
2665          then
2666             printf "\n  *** \"$TEMPDIR_COMPILE\" "
2667             printf "\n      is generated as temporary directory for cross compiling\n"
2668          else
2669             printf "\n  +++ creating directory \"$TEMPDIR_COMPILE\" "
2670             printf "\n      needed for cross compilation failed"
2671             locat=compile
2672             exit
2673          fi
2674       else
2675          TEMPDIR_COMPILE=$TEMPDIR
2676       fi
2677
2678       cp  $make_depository  $TEMPDIR_COMPILE
2679       cd  $TEMPDIR_COMPILE
2680       tar -xf  $make_depository  >  /dev/null  2>&1
2681       cd -  > /dev/null
2682
2683          # DUE TO UNKNOWN REASONS, COPY WITH cp COMMAND CREATES CORRUPT
2684          # FILES ON CRAY XC30 SYSTEMS (HLRN III), rsync IS USED INSTEAD
2685       if [[ $(echo $host | cut -c1-6) = lccray ]]
2686       then
2687          rsync -av -t  SOURCES_FOR_RUN_$fname/*  $TEMPDIR_COMPILE  >  /dev/null
2688       else
2689          cp  SOURCES_FOR_RUN_$fname/*  $TEMPDIR_COMPILE  >  /dev/null
2690       fi
2691
2692    else
2693
2694       cp  $executable   ${TEMPDIR}/a.out
2695
2696    fi
2697
2698
2699       # CHANGE TO THE TEMPORARY WORKING DIRECTORY
2700    cd  $TEMPDIR
2701    printf "\n  *** changed to temporary directory: $TEMPDIR"
2702
2703
2704       # THE FOLLOWING IS REQUIRED FPR AVS-OUTPUT WITH PALM  ??? REMOVE ???
2705       # WRITE INFORMATIONS ABOUT THE OUTPUT-FILE CONNECTIONS TO A TEMPORARY FILE
2706       # THIS FILE CAN LATER BE READ FROM USER-DEFINED CODE TO DETERMINE THE
2707       # RELATION BETWEEN THE LOCAL TEMPORARY AND PERMANENT FILE NAMES
2708    (( i = 0 ))
2709    while (( i < iout ))
2710    do
2711       (( i = i + 1 ))
2712       if [[ "${actionout[$i]}" = tr  ||  "${actionout[$i]}" = tra  ||  "${actionout[$i]}" = trpe ]]
2713       then
2714          printf "${localout[$i]} ${actionout[$i]}\n${pathout[$i]}\n${localhost}_${fname}${endout[$i]}\n" >> OUTPUT_FILE_CONNECTIONS
2715       else
2716          printf "${localout[$i]} ${actionout[$i]}\n${pathout[$i]}\n${frelout[$i]}\n" >> OUTPUT_FILE_CONNECTIONS
2717       fi
2718    done
2719
2720
2721       # IF REQUIRED, START WITH COMPILING
2722    if [[ $do_compile = true ]]
2723    then
2724
2725
2726       if [[ -f a.out ]]
2727       then
2728
2729             # EXECUTABLE WAS CREATED DURING INTERACTIVE CALL OF MRUN
2730          printf "\n\n\n  *** executable a.out found"
2731          printf "\n      no compilation required \n"
2732
2733       else
2734
2735             # COMPILING WITH MAKE (ON NEC COMPILER IS CALLED ON HOST CROSS)
2736          printf "\n\n\n  *** compilation starts \n$dashes\n"
2737          printf "  *** compilation with make using following options:\n"
2738          printf "      make depository:          $make_depository"
2739          if [[ "$mopts" != "" ]]
2740          then
2741             printf "      make options:             $mopts\n"
2742          fi
2743          printf "      compilername:             $compiler_name\n"
2744          printf "      compiler options:         $fopts\n"
2745          printf "      preprocessor directives:  $cpp_options \n"
2746          printf "      linker options:           $lopts \n"
2747          if [[ "$modules" != "" ]]
2748          then
2749             printf "      modules to be load:       $modules \n"
2750          fi
2751          printf "      source code files:        $source_list \n"
2752
2753          if [[ $localhost = nech ]]
2754          then
2755             ssh  $SSH_PORTOPT  136.172.44.192 -l $usern "$init_cmds $module_calls cd \$HOME/work/${usern}.$kennung; sxmake $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2756             cp  $TEMPDIR_COMPILE/a.out  .
2757             [[ $? != 0 ]]  &&  compile_error=true
2758             rm -rf  $TEMPDIR_COMPILE
2759          elif [[ $localhost = ibmh ]]
2760          then
2761             printf "      compiler is called via ssh on \"plogin1\" \n"
2762             ssh  $SSH_PORTOPT  plogin1  -l $usern  "$init_cmds export PATH=/sw/ibm/xlf/13.1.0.8/usr/bin:$PATH; $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2763             [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2764             continue   # STATUS=1, IF a.out EXISTS
2765          elif [[ $localhost = lcflow ]]
2766          then
2767             printf "      compiler is called via ssh on \"flow\" \n"
2768             /usr/bin/ssh  $SSH_PORTOPT  flow02.hpc.uni-oldenburg.de -l $usern "$init_cmds $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out F90=$compiler_name COPT=\"$cpp_options\" F90FLAGS=\"$fopts\" LDFLAGS=\"$lopts\" "
2769             check_for_file=`/usr/bin/ssh $SSH_PORTOPT flow02.hpc.uni-oldenburg.de -l $usern "ls $TEMPDIR/a.out 2> /dev/null"`
2770             [[ "$check_for_file" = "" ]]  &&  compile_error=true
2771             continue   # STATUS=1, IF a.out EXISTS
2772          elif [[ $localhost = lccrayb  ||  $localhost = lccrayf ||  $localhost = lccrayh ]]
2773          then
2774             make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
2775          else
2776             [[ "$init_cmds" != "" ]]  &&  eval $init_cmds
2777             [[ "$module_calls" != "" ]]  &&  eval $module_calls
2778             make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
2779          fi
2780
2781          if [[ $? != 0  ||  "$compile_error" = true  ||  "$module_compile_error" = true ]]
2782          then
2783             printf "\n  +++ error occured while compiling or linking"
2784             locat=compile
2785
2786             exit
2787          else
2788             printf "$dashes\n  *** compilation finished \n"
2789          fi
2790
2791       fi
2792
2793    fi
2794
2795
2796       # PROVIDE THE INPUT FILES
2797       # LOOP OVER ALL ACTIVATED FILES (LISTED IN THE CONFIGURATION FILE)
2798    (( i = 0 ))
2799    while (( i < iin ))
2800    do
2801       (( i = i + 1 ))
2802       if (( i == 1 ))
2803       then
2804          printf "\n\n  *** providing INPUT-files:\n$dashes"
2805       fi
2806
2807
2808          # SKIP OPTIONAL FILES, IF THEY DO NOT EXIST
2809       if [[ "${transin[$i]}" = unavailable ]]
2810       then
2811          if [[ "${extin[$i]}" = ""  ||  "${extin[$i]}" = " " ]]
2812          then
2813             printf "\n  +++ WARNING: input file \"${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}\" "
2814             printf "\n               is not available!"
2815          else
2816             printf "\n  +++ WARNING: input file \"${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}.${extin[$i]}\" "
2817             printf "\n               is not available!"
2818          fi
2819          continue
2820       fi
2821
2822          # CHECK FOR SINGLE FILE (SERIAL RUN) OR DIRECTORY (ONE FILE PER CORE FOR PARELLEL EXECUTION)
2823       files_for_pes=false; datentyp=file
2824       if [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  -n $numprocs ]]
2825       then
2826          files_for_pes=true; datentyp=directory
2827          actionin[$i]=""
2828       elif [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  ! -n $numprocs ]]
2829       then
2830          actionin[$i]=""
2831       elif [[ "${actionin[$i]}" = arpe  &&  -n $numprocs ]]
2832       then
2833          files_for_pes=true; datentyp=directory
2834          actionin[$i]="ar"
2835       elif [[ "${actionin[$i]}" = arpe  &&  ! -n $numprocs ]]
2836       then
2837          actionin[$i]="ar"
2838       elif [[ "${actionin[$i]}" = flpe  &&  -n $numprocs ]]
2839       then
2840          files_for_pes=true; datentyp=directory
2841          actionin[$i]="fl"
2842       elif [[ "${actionin[$i]}" = flpe  &&  ! -n $numprocs ]]
2843       then
2844          actionin[$i]="fl"
2845       fi
2846
2847       if [[ $files_for_pes = true ]]
2848       then
2849          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}/....  to  ${localin[$i]}"
2850       else
2851          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}  to  ${localin[$i]}"
2852       fi
2853
2854          # INPUT-FILE FOR A RESTART RUN.
2855          # CHECK, IF THIS FILE STILL EXISTS ON THE TEMPORARY DATA DIRECTORY.
2856          # IF NOT, TRY TO GET IT FROM THE ARCHIVE SYSTEM
2857       if [[ "${actionin[$i]}" = fl ]]
2858       then
2859          printf "\n      $datentyp will be fetched from temporary directory \"${tmp_data_catalog}\" !"
2860          if [[ $files_for_pes = false ]]
2861          then
2862             if [[ -f "$tmp_data_catalog/${frelin[$i]}" ]]
2863             then
2864                ln  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2865                got_tmp[$i]=true
2866             elif [[ -f "$WORK/${frelin[$i]}"  &&  $ignore_archive_error = true ]]
2867             then
2868                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" !"
2869                printf "\n  *** trying to use backup copy in \"$WORK\" "
2870                cp  $WORK/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2871             else
2872                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" "
2873                printf "\n      or \"$tmp_data_catalog\" does not exist!"
2874                printf "\n  *** trying to get copy from archive"
2875                actionin[$i]=ar
2876             fi
2877          else
2878             if [[ -d "$tmp_data_catalog/${frelin[$i]}" ]]
2879             then
2880                mkdir  ${localin[$i]}
2881                cd $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2882                for file in $(ls *)
2883                do
2884                   ln $file $TEMPDIR/${localin[$i]}
2885                done
2886                cd $TEMPDIR
2887                got_tmp[$i]=true
2888             elif [[ -d "$WORK/${frelin[$i]}"  &&  $ignore_archive_error = true ]]
2889             then
2890                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" !"
2891                printf "\n  *** trying to use backup copy in \"$WORK\" "
2892                cp -r  $WORK/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2893             else
2894                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" "
2895                printf "\n      or \"$tmp_data_catalog\" does not exist!"
2896                printf "\n  *** trying to get copy from archive"
2897                actionin[$i]=ar
2898             fi
2899          fi
2900       fi
2901
2902
2903          # FILE IS STORED ON THE ARCHIVE SYSTEM
2904       if [[ "${actionin[$i]}" = ar ]]
2905       then
2906
2907          if [[ $files_for_pes = false ]]
2908          then
2909             printf "\n      file will be restored from archive-system ($archive_system)!"
2910          else
2911             printf "\n      directory will be restored from archive-system ($archive_system)!"
2912          fi
2913
2914          file_restored=false
2915
2916          if [[ $archive_system = asterix ]]
2917          then
2918             do_stagein=true
2919             (( stagein_anz = 0 ))
2920             while [[ $do_stagein = true ]]
2921             do
2922                if [[ $files_for_pes = false ]]
2923                then
2924                   stagein  -O  ${frelin[$i]}  >  STAGEIN_OUTPUT
2925                else
2926                   stagein  -t  -O  ${frelin[$i]}  >  STAGEIN_OUTPUT
2927                fi
2928                cat  STAGEIN_OUTPUT
2929                if [[ $(grep -c "st.msg:i24"  STAGEIN_OUTPUT) != 0 ]]
2930                then
2931                   file_restored=true
2932                   do_stagein=false
2933                else
2934                   (( stagein_anz = stagein_anz + 1 ))
2935                   if (( stagein_anz == 10 ))
2936                   then
2937                      printf "\n  +++ stagein stoped after 10 tries"
2938                      locat=stage
2939                      exit
2940                   fi
2941                   printf "\n  +++ restoring from archive failed, trying again:"
2942                   sleep 900
2943                fi
2944             done
2945          elif [[ $archive_system = DMF ]]
2946          then
2947             if [[ $files_for_pes = false ]]
2948             then
2949                printf "\n  +++ restoring of single files impossible with $archive_system !\n"
2950                locat=DMF
2951                exit
2952             else
2953                find  $ARCHIVE/${frelin[$i]}  -type m  -print  |  dmget
2954                cp  -r $ARCHIVE/${frelin[$i]}  $PWD
2955                file_restored=true
2956             fi
2957          elif [[ $archive_system = tivoli ]]
2958          then
2959             if [[ $files_for_pes = false ]]
2960             then
2961                ssh  $SSH_PORTOPT  $usern@bicedata.hlrn.de  "cp  $PERM/${frelin[$i]}  $PWD"
2962             else
2963                (( inode = 0 ))
2964                while (( inode < nodes ))
2965                do
2966                   ssh  $SSH_PORTOPT  $usern@bicedata.hlrn.de  "cd $PWD; tar  xf  $PERM/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar"
2967                   (( inode = inode + 1 ))
2968                done
2969             fi
2970             file_restored=true
2971          elif [[ $archive_system = ut ]]
2972          then
2973             if [[ $files_for_pes = false ]]
2974             then
2975                cp  $UT/${frelin[$i]}  .
2976             else
2977                (( inode = 0 ))
2978                while (( inode < nodes ))
2979                do
2980                   tar  xf  $UT/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar
2981                   (( inode = inode + 1 ))
2982                done
2983             fi
2984             file_restored=true
2985          else
2986             printf "\n  +++ archive_system=\"$archive_system\"   restore impossible!"
2987             locat=rearchive
2988             exit
2989          fi
2990
2991          if [[ $file_restored = true ]]
2992          then
2993
2994                # PUT FILE ON THE TEMPORARY DATA DIRECTORY TOO.
2995                # THIS WILL MAKE FILE ACCESS EASIER FOR LATER RUNS
2996             [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog; chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
2997             if [[ $files_for_pes = false ]]
2998             then
2999                ln  -f  ${frelin[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
3000             else
3001                mkdir  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
3002                ln  -f  ${frelin[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
3003             fi
3004             got_tmp[$i]=true
3005
3006                # PROVIDE THE FILE UNDER ITS LOCAL NAME
3007             mv  ${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
3008
3009          fi
3010       fi
3011
3012
3013          # FILE IS STORED IN THE RESPECTIVE DIRECTORY GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
3014       if [[ "${actionin[$i]}" = ""  ||  "${actionin[$i]}" = "di"  ||  "${actionin[$i]}" = "npe" ]]
3015       then
3016
3017          if [[ "${actionin[$i]}" = "npe"  &&  -n $numprocs ]]
3018          then
3019
3020                # FILE COPIES ARE PROVIDED FOR ALL CORES
3021                # EACH FILE GETS A UNIQUE FILENAME WITH A FOUR DIGIT NUMBER
3022             printf "\n      file will be provided for $numprocs processors"
3023             mkdir  ${localin[$i]}
3024             ival=$numprocs
3025             (( ii = 0 ))
3026             while (( ii <= ival-1 ))
3027             do
3028                if (( ii < 10 ))
3029                then
3030                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_000$ii
3031                elif (( ii < 100 ))
3032                then
3033                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_00$ii
3034                elif (( ii < 1000 ))
3035                then
3036                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_0$ii
3037                else
3038                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_$ii
3039                fi
3040                (( ii = ii + 1 ))
3041             done
3042
3043          else
3044
3045             if [[ $files_for_pes = true ]]
3046             then
3047
3048                   # PROVIDE FILES FOR EACH CORE
3049                   # FIRST CREATE THE LOCAL DIRECTORY, THEN COPY FILES
3050                   # FROM THE PERMANENT DIRECTORY BY LINKING THEM TO THE LOCAL ONE
3051                printf "\n      providing $numprocs files for the respective processors"
3052                mkdir  ${localin[$i]}
3053                if [[ $link_local_input = true ]]
3054                    then
3055                    printf "      using ln -f\n"
3056                    cd ${absnamein[$i]}
3057                    for file in $(ls *)
3058                      do
3059                      ln -f $file  ${localin[$i]}
3060                    done
3061                    cd $TEMPDIR
3062                fi
3063
3064                   # IF "ln -f" FAILED OR IF "$link_local_input = false" DO A NORMAL "cp -r"
3065                if [[ ! -f "${localin[$i]}/_0000" ]]
3066                    then
3067                    if [[ $link_local_input = true ]]
3068                        then
3069                        printf "      ln failed for .../_0000, using cp...\n"
3070                    fi
3071                    cp -r  ${absnamein[$i]}/*  ${localin[$i]}
3072                fi
3073
3074             else
3075
3076                   # PROVIDE FILE FOR RUNS ON A SINGLE CORE
3077                if [[ $link_local_input = true ]]
3078                then
3079                    printf "      using ln -f\n"
3080                    ln -f  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
3081                fi
3082                # If "ln -f" fails of if "$link_local_input = false" do a normal "cp"
3083                if [[ ! -f "${localin[$i]}" ]]
3084                then
3085                    if [[ $link_local_input = true ]]
3086                    then
3087                        printf "      ln failed, using cp...\n"
3088                    fi
3089                    cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
3090                fi
3091             fi
3092          fi
3093       fi
3094
3095    done
3096    if (( i != 0 ))
3097    then
3098       printf "\n$dashes\n  *** all INPUT-files provided \n"
3099    fi
3100
3101
3102       # EXECUTE INPUT-COMMANDS GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
3103    (( i = 0 ))
3104    while (( i < iic ))
3105    do
3106       (( i = i + 1 ))
3107       if (( i == 1 ))
3108       then
3109          printf "\n\n  *** execution of INPUT-commands:\n$dashes"
3110       fi
3111       printf "\n  >>> ${in_command[$i]}"
3112       eval  ${in_command[$i]}
3113       if (( i == iic ))
3114       then
3115          printf "\n$dashes\n"
3116       fi
3117    done
3118
3119
3120       # SET THE REMAINING CPU-TIME
3121    cpurest=${cpumax}.
3122
3123
3124       # START DVR STREAMING SERVER
3125    if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
3126    then
3127       if [[ "$dvr_server" != "" ]]
3128       then
3129
3130          printf "\n\n  *** preparing the dvr streaming server configuration file"
3131
3132             # CHECK, IF A DVR SERVER IS ALREADY RUNNING
3133          running_dvrserver_id=`echo $(ps -edaf | grep .dvrserver.config | grep -v grep) | cut -d" " -f2`
3134          if [[ "$running_dvrserver_id" != "" ]]
3135          then
3136
3137             printf "\n\n  +++ WARNING: A dvr server with id=$running_dvrserver_id is already running!"
3138             printf "\n      This server is used instead starting a new one!"
3139             printf "\n      If required, script \"process_dvr_output\" has to be run manually."
3140
3141          else
3142
3143                # COPY CONFIGURATION FILE FOR STREAMING SERVER FROM REPOSITORY TO HERE
3144             if [[ -f ${PALM_BIN}/.dvrserver.config ]]
3145             then
3146                cp  ${PALM_BIN}/.dvrserver.config  .
3147
3148                   # ENTERING THE BASEDIR, UID AND GID INTO THIS FILE
3149                user_id=`id -u`
3150                group_id=`id -g`
3151
3152                   # "&" IS REQUIRED AS A SEPERATOR, BECAUSE TEMPDIR CONTAINS "/"
3153                sed "s&<replace by dvr data directory>&${TEMPDIR}&g" .dvrserver.config > .dvrserver.1
3154                sed "s/<replace by user id>/$user_id/g"    .dvrserver.1 > .dvrserver.2
3155                sed "s/<replace by group id>/$group_id/g"  .dvrserver.2 > .dvrserver.3
3156                mv  .dvrserver.3  .dvrserver.config
3157                rm  .dvrserver.1  .dvrserver.2
3158
3159                   # START DVR SERVER IN BACKGROUND, GET HIS ID AND PRINT ON TERMINAL
3160                $dvr_server  .dvrserver.config  >>  DVR_LOGFILE  2>&1  &
3161                dvrserver_id=`echo $(ps -edaf | grep .dvrserver.config) | cut -d" " -f2`
3162                printf "\n  *** streaming server with id=$dvrserver_id is started in background"
3163                local_dvrserver_running=.TRUE.
3164             else
3165                printf "\n  +++ missing file \".dvrserver.config\" in directory:"
3166                printf "\n      \"$PALM_BIN\" "
3167                locat=dvr
3168                exit
3169             fi
3170
3171          fi
3172
3173       else
3174          printf "\n\n  --- INFORMATIVE: no dvr streaming server will be started"
3175       fi
3176    fi
3177
3178
3179       # CREATE THE NAMELIST-FILE WITH VALUES OF ENVIRONMENT-VARIABLES REQUIRED BY PALM
3180       # (FILE ENVPAR WILL BE READ BY PALM)
3181    cat  >  ENVPAR  <<  %%END%%
3182 &envpar  run_identifier = '$fname', host = '$localhost',
3183          write_binary = '$write_binary', tasks_per_node = $tasks_per_node,
3184          maximum_parallel_io_streams = $maximum_parallel_io_streams,
3185          maximum_cpu_time_allowed = ${cpumax}.,
3186          revision = '$global_revision',
3187          local_dvrserver_running = $local_dvrserver_running,
3188          batch_job = $batch_job /
3189
3190%%END%%
3191
3192
3193       # STARTING THE EXECUTABLE
3194    printf "\n\n  *** execution starts in directory\n      \"`pwd`\"\n$dashes\n"
3195    PATH=$PATH:$TEMPDIR
3196
3197       # MPI DEBUG OPTION (ARGUMENT CHECKING, SLOWS DOWN EXECUTION DUE TO INCREASED LATENCY)
3198    if [[ "$mpi_debug" = true ]]
3199    then
3200       export MPI_CHECK_ARGS=1
3201       printf "\n  +++ MPI_CHECK_ARGS=$MPI_CHECK_ARGS"
3202    fi
3203
3204    if [[ "$totalview" = true ]]
3205    then
3206       printf "\n *** totalview debugger will be used"
3207       tv_opt="-tv"
3208    else
3209       tv_opt=""
3210    fi
3211
3212    if [[ "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ]]
3213    then
3214       if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
3215       then
3216          continue
3217       fi
3218       if [[ $localhost = ibmh ]]
3219       then
3220
3221             # SETUP THE IBM MPI ENVIRONMENT
3222          export MP_SHARED_MEMORY=yes
3223          export AIXTHREADS_SCOPE=S
3224          export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3225          export AUTHSTATE=files
3226          export XLFRTEOPTS="nlwidth=132:err_recovery=no"    # RECORD-LENGTH OF NAMELIST-OUTPUT
3227
3228             # FOLLOWING OPTIONS ARE MANDATORY FOR TOTALVIEW
3229          export MP_ADAPTER_USE=shared
3230          export MP_CPU_USE=multiple
3231          export MP_TIMEOUT=1200
3232
3233          unset  MP_TASK_AFFINITY
3234
3235             # SO FAR, TOTALVIEW NEEDS HOSTFILE MECHANISM FOR EXECUTION
3236          #(( ii = 1 ))
3237          #while (( ii <= $numprocs ))
3238          #do
3239          #   echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3240          #   (( ii = ii + 1 ))
3241          #done
3242          #export MP_HOSTFILE=hostfile
3243
3244          if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
3245          then
3246             totalview   poe  a.out  $ROPTS
3247          else
3248             echo totalview   poe  -a a.out  -procs $numprocs  -rmpool 0  -nodes 1   $ROPTS
3249             export TVDSVRLAUNCHCMD=ssh
3250             totalview   poe  -a a.out  -procs $numprocs  -rmpool 0  -nodes 1   $ROPTS
3251          fi
3252
3253       fi  # END DEBUG MODE
3254
3255    else
3256
3257          # NORMAL EXECUTION
3258       if [[ -n $numprocs ]]
3259       then
3260
3261             # RUNNING THE PROGRAM ON PARALLEL MACHINES
3262          if [[ $(echo $host | cut -c1-3) = ibm ]]
3263          then
3264
3265                # SETUP THE IBM MPI ENVIRONMENT
3266             if [[ $host != ibmh  &&  $host != ibmkisti ]]
3267             then
3268                export MP_SHARED_MEMORY=yes
3269                export AIXTHREAD_SCOPE=S
3270                export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3271                export XLSMPOPTS="spins=0:yields=0:stack=20000000"
3272                export AUTHSTATE=files
3273                export XLFRTEOPTS="nlwidth=132:err_recovery=no"    # RECORD-LENGTH OF NAMELIST-OUTPUT
3274                #  export MP_PRINTENV=yes
3275
3276                   # TUNING-VARIABLES TO IMPROVE COMMUNICATION SPEED
3277                   # DO NOT SHOW SIGNIFICANT EFFECTS (SEP 04, FEDERATION-SWITCH)
3278                export MP_WAIT_MODE=poll
3279                [[ $node_usage = not_shared ]]  &&  export MP_SINGLE_THREAD=yes
3280             fi
3281
3282             if [[ $host = ibmkisti ]]
3283             then
3284                export LANG=en_US
3285                export MP_SHARED_MEMORY=yes
3286                if [[ $threads_per_task = 1 ]]
3287                then
3288                   export MP_SINGLE_THREAD=yes
3289                   export MEMORY_AFFINITY=MCM
3290                else
3291                   export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3292                fi
3293             fi
3294
3295             if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
3296             then
3297                printf "\n--- Control: OMP_NUM_THREADS = \"$OMP_NUM_THREADS\" \n"
3298                if [[ "$cond1" = hpmcount  ||  "$cond2" = hpmcount ]]
3299                then
3300                   /opt/optibm/HPM_2_4_1/bin/hpmcount  a.out  $ROPTS
3301                else
3302                   if [[ $run_coupled_model = false ]]
3303                   then
3304                      if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3305                      then
3306                         echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3307                      else
3308                         echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3309                      fi
3310                   else
3311                      (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3312                      (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3313                      printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3314                      printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3315                      printf "\n\n"
3316                      echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3317                   fi
3318                   poe ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos
3319                fi
3320             else
3321                if [[ $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibms ]]
3322                then
3323                   poe  a.out  -procs $numprocs  -nodes 1  -rmpool 0  $ROPTS
3324                elif [[ $localhost = ibmkisti  ||  $localhost = ibmku ]]
3325                then
3326                   if [[ -f $hostfile ]]
3327                   then
3328                      cp  $hostfile  hostfile
3329                   else
3330                      (( ii = 1 ))
3331                      while (( ii <= $numprocs ))
3332                      do
3333                         echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3334                         (( ii = ii + 1 ))
3335                      done
3336                   fi
3337                   export MP_HOSTFILE=hostfile
3338                   if [[ $run_coupled_model = false ]]
3339                   then
3340                      if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3341                      then
3342                         echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3343                      else
3344                         echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3345                      fi
3346                   else
3347                      (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3348                      (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3349                      printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3350                      printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3351                      printf "\n\n"
3352                      echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3353                   fi
3354
3355                   poe  ./a.out  -procs $numprocs $ROPTS  <  runfile_atmos
3356
3357                else
3358                   if [[ "$host_file" = "" ]]
3359                   then
3360                      printf "\n  +++ no hostfile given in configuration file"
3361                      locat=config_file
3362                      exit
3363                   else
3364                      eval host_file=$host_file
3365                   fi
3366                   export MP_HOSTFILE=$host_file
3367                   poe  a.out  -procs $numprocs  -tasks_per_node $numprocs  $ROPTS
3368                fi
3369             fi
3370          elif [[ $host = nech ]]
3371          then
3372             (( ii = nodes ))
3373             if [[ $ii = 1 ]]
3374             then
3375                export F_ERRCNT=0        # acceptable number of errors before program is stopped
3376                export MPIPROGINF=YES
3377                #  export F_TRACE=YES|FMT1|FMT2  # output of ftrace informations to job protocol
3378                echo "*** execution on single node with mpirun"
3379                mpirun  -np $numprocs  ./a.out  $ROPTS
3380             else
3381                (( i = 0 ))
3382                while (( i < ii ))
3383                do
3384                   echo "-h $i  -p $tasks_per_node  -e ./mpi_exec_shell"  >>  multinode_config
3385                   (( i = i + 1 ))
3386                done
3387
3388                echo "#!/bin/sh"                         >   mpi_exec_shell
3389                echo " "                                 >>  mpi_exec_shell
3390                echo "set -u"                            >>  mpi_exec_shell
3391                echo "F_ERRCNT=0"                        >>  mpi_exec_shell
3392                echo "MPIPROGINV=YES"                    >>  mpi_exec_shell
3393                echo "OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task" >>  mpi_exec_shell
3394                echo "cpurest=$cpurest"                  >>  mpi_exec_shell
3395                echo "fname=$fname"                      >>  mpi_exec_shell
3396                echo "localhost=$localhost"              >>  mpi_exec_shell
3397                echo "return_addres=$return_addres"      >>  mpi_exec_shell
3398                echo "return_username=$return_username"  >>  mpi_exec_shell
3399                echo "tasks_per_node=$tasks_per_node"    >>  mpi_exec_shell
3400                echo "write_binary=$write_binary"        >>  mpi_exec_shell
3401                echo "use_seperate_pe_for_dvrp_output=$use_seperate_pe_for_dvrp_output"  >>  mpi_exec_shell
3402                echo "  "                                >>  mpi_exec_shell
3403                echo "export F_ERRCNT"                   >>  mpi_exec_shell
3404                echo "export MPIPROGINV"                 >>  mpi_exec_shell
3405                echo "export OMP_NUM_THREADS"            >>  mpi_exec_shell
3406                echo "export cpurest"                    >>  mpi_exec_shell
3407                echo "export fname"                      >>  mpi_exec_shell
3408                echo "export localhost"                  >>  mpi_exec_shell
3409                echo "export return_addres"              >>  mpi_exec_shell
3410                echo "export return_username"            >>  mpi_exec_shell
3411                echo "export tasks_per_node"             >>  mpi_exec_shell
3412                echo "export write_binary"               >>  mpi_exec_shell
3413                echo "export use_seperate_pe_for_dvrp_output"  >>  mpi_exec_shell
3414                echo " "                                 >>  mpi_exec_shell
3415                echo "exec  ./a.out"                     >>  mpi_exec_shell
3416
3417                chmod u+x  mpi_exec_shell
3418                export MPIPROGINF=YES
3419                mpirun  -f multinode_config  &
3420                wait
3421
3422             fi
3423          elif [[ $(echo $host | cut -c1-2) = lc  &&  $host != lckyoto &&  $host != lctit ]]
3424          then
3425
3426                # COPY HOSTFILE FROM SOURCE DIRECTORY OR CREATE IT, IF IT
3427                # DOES NOT EXIST
3428             if [[  $host != lccrayb  &&$host != lccrayf  && $host != lccrayh  &&  $host != lckyuh  &&  $host != lckyut ]]
3429             then
3430                if [[ -f $hostfile ]]
3431                then
3432                   cp  $hostfile  hostfile
3433                   (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3434                else
3435                   (( ii = 1 ))
3436                   while (( ii <= $numprocs / $threads_per_task ))
3437                   do
3438                      echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3439                      (( ii = ii + 1 ))
3440                   done
3441                fi
3442                eval zeile=\"`head -n $ii  hostfile`\"
3443                printf "\n  *** running on: $zeile"
3444             fi
3445
3446             (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3447             export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3448
3449             if [[ $threads_per_task != 1 ]]
3450             then
3451                   # INCREASE STACK SIZE TO UNLIMITED, BECAUSE OTHERWISE LARGE RUNS
3452                   # MAY ABORT
3453                ulimit -s unlimited
3454                printf "\n      threads per task: $threads_per_task  stacksize: unlimited"
3455             fi
3456             if [[ $run_coupled_model = false ]]
3457             then
3458                if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3459                then
3460                   echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3461                else
3462                   echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3463                fi
3464                printf "\n\n"
3465
3466                if [[ $host = lccrayb || $host = lccrayh ]]
3467                then
3468                    echo "--- aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  $ROPTS  < runfile_atmos"
3469                    aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3470#                    aprun  -n $ii  -ss  -r2  -j1  a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3471                elif [[ $host = lccrayf ]]
3472                then
3473                    aprun  -j1  -n $ii  -N $tasks_per_node  -m ${memory}M  a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3474                elif [[ $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3475                then
3476                    aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3477                elif [[ $host = lcflow ]]
3478                then
3479                   mpirun -bootstrap sge -np $ii  -env I_MPI_FABRICS shm:ofa a.out  < runfile_atmos  $ROPTS
3480                elif [[ $host = lcsb ]]
3481                then
3482                   mpirun_rsh -hostfile $PBS_NODEFILE -np `cat $PBS_NODEFILE | wc -l` a.out  < runfile_atmos  $ROPTS
3483                elif [[ $host = lckiaps ]]
3484                then
3485                   mpirun -np $ii  -f $PBS_NODEFILE  a.out  <  runfile_atmos  $ROPTS
3486                elif [[ $host = lckyu* ]]
3487                then
3488                   mpiexec -n $ii --stdin runfile_atmos  ./a.out  $ROPTS
3489                else
3490                   mpiexec  -machinefile hostfile  -n $ii  a.out  <  runfile_atmos  $ROPTS
3491                fi
3492             else
3493
3494                    # CURRENTLY THERE IS NO FULL MPI-2 SUPPORT ON ICE AND XT4
3495                (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3496                (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3497                printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3498                printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3499                printf "\n\n"
3500
3501                if [[ $coupled_mode = "mpi2" ]]
3502                then
3503                   echo "atmosphere_to_ocean $iia $iio"  >  runfile_atmos
3504                   echo "ocean_to_atmosphere $iia $iio"  >  runfile_ocean
3505
3506                   if [[ $host = lccrayf  ||  $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3507                   then
3508
3509                      aprun  -n $iia  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_atmos  $ROPTS  &
3510                      aprun  -n $iio  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_ocean  $ROPTS  &
3511
3512                   else
3513                          # WORKAROUND BECAUSE mpiexec WITH -env option IS NOT AVAILABLE ON SOME SYSTEMS
3514                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iia  a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos &
3515                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iio  a.out  $ROPTS  <  runfile_ocean &
3516#                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iia  -env coupling_mode atmosphere_to_ocean  a.out  $ROPTS  &
3517#                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iio  -env coupling_mode ocean_to_atmosphere  a.out  $ROPTS  &
3518                   fi
3519                   wait
3520
3521                else
3522
3523                   echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3524
3525                   if [[ $host = lccrayf  ||  $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3526                   then
3527
3528                      aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_atmos  $ROPTS
3529
3530                   elif [[ $host = lck || $host = lckordi ]]
3531                   then
3532
3533                      mpiexec -n $ii  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos &
3534
3535                   elif [[ $host = lckyu* ]]
3536                   then
3537
3538                      mpiexec -n $ii --stdin runfile_atmos  ./a.out  $ROPTS
3539
3540                   fi
3541                   wait
3542                fi
3543
3544             fi
3545
3546          elif [[ $host = lckyoto ]]
3547          then
3548             set -xv
3549             export P4_RSHCOMMAND=plesh
3550             echo "     P4_RSHCOMMAND = $P4_RSHCOMMAND"
3551             if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
3552             then
3553                if [[ "$cond2" = fujitsu ]]
3554                then
3555                   mpiexec  -n $numprocs  ./a.out  $ROPTS  # for fujitsu-compiler
3556                elif [[ "cond2" = pgi ]]
3557                then
3558                   mpirun  -np $numprocs  -machinefile ${QSUB_NODEINF}  ./a.out  $ROPTS
3559                else
3560                   mpirun_rsh -np $numprocs -hostfile ${QSUB_NODEINF} MV2_USE_SRQ=0 ./a.out ${ROPTS} || /bin/true
3561                fi
3562             else
3563                if [[ "$cond2" = "" ]]
3564                then
3565                   mpiruni_rsh -np $numprocs ./a.out  $ROPTS  # for intel
3566                else
3567                   mpirun  -np $numprocs  ./a.out  $ROPTS
3568                fi
3569             fi
3570             set +xv
3571
3572          elif [[ $host = lctit ]]
3573          then
3574             export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3575             echo "OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"
3576             if [[ "$threads_per_task" != 1 ]]
3577             then
3578                export MV2_ENABLE_AFFINITY=0
3579             fi
3580             echo "----- PBS_NODEFILE content:"
3581             cat $PBS_NODEFILE
3582             echo "-----"
3583             (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3584             echo "mpirun  -np $ii  -hostfile $PBS_NODEFILE ./a.out  $ROPTS"
3585             mpirun  -np $ii  -hostfile $PBS_NODEFILE ./a.out  $ROPTS
3586          else
3587             mpprun  -n $numprocs  a.out  $ROPTS
3588          fi
3589       else
3590          a.out  $ROPTS
3591       fi
3592    fi
3593
3594    if [[ $? != 0 ]]
3595    then
3596
3597          # ABORT IN CASE OF RUNTIME ERRORS
3598       printf "\n  +++ runtime error occured"
3599       locat=execution
3600       exit
3601
3602    else
3603
3604       printf "\n$dashes\n  *** execution finished \n"
3605
3606          # STOP THE DVR STREAMING SERVER AND PROCESS THE DVR OUTPUT IN ORDER
3607          # TO CREAT DVRS- AND HTML-FILES CONTAINING ALL STREAMS
3608       if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
3609       then
3610          kill $dvrserver_id
3611          printf "\n  *** dvr server with id=$dvrserver_id has been stopped"
3612
3613             # IF THERE IS A DIRECTORY, DATA HAVE BEEN OUTPUT BY THE
3614             # STREAMING SERVER. OTHERWISE, USER HAS CHOSEN dvrp_output=local
3615          if [[ -d DATA_DVR ]]
3616          then
3617
3618                # ADD THE CURRENT DVR CONFIGURATION FILE TO THE DVR OUTPUT
3619                # DIRECTORY
3620             cp  .dvrserver.config  DATA_DVR
3621
3622                # PROCESS THE DVR OUTPUT (OPTION -s FOR GENERATING
3623                # SEQUENCE MODE DATA TOO)
3624             process_dvr_output  -d DATA_DVR  -f $fname  -s
3625
3626          else
3627
3628                # PROCESS THE LOCAL OUTPUT
3629             process_dvr_output  -l  -d DATA_DVR  -f $fname
3630
3631          fi
3632
3633       elif [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
3634       then
3635
3636             # PROCESS DVR OUTPUT GENERATD IN LOCAL MODE (dvrp_output=local)
3637          process_dvr_output  -l  -d DATA_DVR  -f $fname
3638
3639       fi
3640    fi
3641
3642
3643
3644       # CALL OF combine_plot_fields IN ORDER TO MERGE SINGLE FILES WRITTEN
3645       # BY EACH CORE INTO ONE FILE
3646   if [[ ! -f ${PALM_BIN}/combine_plot_fields${block}.x ]]
3647   then
3648      printf "\n\n\n  +++ WARNING: no combine_plot_fields found for given block \"$cond1 $cond2\""
3649      printf "\n      2d- and/or 3d-data may be incomplete!"
3650      printf "\n      Run \"mbuild -u -h $localhost\" to generate utilities for this block.\n"
3651   elif [[ "$combine_plot_fields" == true ]]
3652   then
3653      if [[ $localhost = lccrayh  ||  $localhost = lccrayb ]]
3654      then
3655         printf "\n\n\n *** post-processing: now executing \"aprun  -n 1  -N 1 combine_plot_fields${block}.x\" ..."
3656         aprun  -n 1  -N 1 combine_plot_fields${block}.x #$ROPTS < runfile_atmos
3657      else
3658         printf "\n\n\n *** post-processing: now executing \"combine_plot_fields${block}.x\" ..."
3659         combine_plot_fields${block}.x
3660      fi
3661   else
3662
3663         # TEMPORARY SOLUTION TO SKIP combine_plot_fields. THIS IS REQUIRED IN CASE OF HUGE AMOUNT OF
3664         # DATA OUTPUT. TO DO: EXTEND THIS BRANCH BY CREATING A BATCH JOB for combine_plot_fields.
3665         # ??? koennen wir das streichen ???
3666      printf "\n\n\n *** post-processing: skipping combine_plot_fields (-Z option set) ..."
3667   fi
3668
3669
3670
3671       # EXECUTE OUTPUT-COMMANDS GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
3672    (( i = 0 ))
3673    while (( i < ioc ))
3674    do
3675       (( i = i + 1 ))
3676       if (( i == 1 ))
3677       then
3678          printf "\n\n  *** execution of OUTPUT-commands:\n$dashes"
3679       fi
3680       printf "\n  >>> ${out_command[$i]}"
3681       eval  ${out_command[$i]}
3682       if (( i == ioc ))
3683       then
3684          printf "\n$dashes\n"
3685       fi
3686    done
3687
3688
3689       # IN TRACE-MODE PRINT CONTENTS OF THE CURRENT (TEMPORARY) WORKING DIRECTORY
3690    if [[ $do_trace = true ]]
3691    then
3692       printf "\n\n"
3693       ls -al
3694    fi
3695
3696
3697
3698       # COPY LOCAL OUTPUT-FILES TO THEIR PERMANENT DESTINATIONS
3699    (( i = 0 ))
3700    while (( i < iout ))
3701    do
3702       (( i = i + 1 ))
3703       if (( i == 1 ))
3704       then
3705          printf "\n\n  *** saving OUTPUT-files:\n$dashes"
3706       fi
3707
3708          # CHECK FOR SINGLE FILE (SERIAL RUN) OR DIRECTORY (ONE FILE PER CORE FOR PARELLEL EXECUTION)
3709       files_for_pes=false; filetyp=file
3710       if [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  -n $numprocs ]]
3711       then
3712          files_for_pes=true; filetyp=directory
3713          actionout[$i]=""
3714       elif [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  ! -n $numprocs ]]
3715       then
3716          actionout[$i]=""
3717       elif [[ "${actionout[$i]}" = arpe  &&  -n $numprocs ]]
3718       then
3719          files_for_pes=true; filetyp=directory
3720          actionout[$i]="ar"
3721       elif [[ "${actionout[$i]}" = arpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3722       then
3723          actionout[$i]="ar"
3724       elif [[ "${actionout[$i]}" = flpe  &&  -n $numprocs ]]
3725       then
3726          files_for_pes=true; filetyp=directory
3727          actionout[$i]="fl"
3728       elif [[ "${actionout[$i]}" = flpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3729       then
3730          actionout[$i]="fl"
3731       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  -n $numprocs ]]
3732       then
3733          files_for_pes=true; filetyp=directory
3734          actionout[$i]="tr"
3735       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3736       then
3737          actionout[$i]="tr"
3738       fi
3739
3740       if [[ ! -f ${localout[$i]}  &&  $files_for_pes = false ]]
3741       then
3742          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}  does not exist\n"
3743       elif [[ ! -d ${localout[$i]}  &&  $files_for_pes = true ]]
3744       then
3745          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}/....  does not exist\n"
3746       else
3747
3748
3749             # COPY VIA SCP TO LOCAL HOST (ALWAYS IN BINARY MODE USING batch_scp option -m)
3750             # IF TARGET DIRECTORY DOES NOT EXISTS, TRY TO CREATE IT
3751          if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
3752          then
3753             if [[ $localhost != $fromhost ]]
3754             then
3755                if [[ $files_for_pes = false ]]
3756                then
3757                   cps=""
3758                   cst=""
3759                else
3760                   cps=-c
3761                   cst="/"
3762                fi
3763                if [[ $localhost = nech ]]
3764                then
3765
3766                      # TRANSFER IN SEPERATE JOB
3767                      # FIRST COPY FILE TO TEMPORY DATA DIRECTORY
3768                   [[ ! -d $tmp_data_catalog/TRANSFER ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog/TRANSFER
3769                   file_to_transfer=${fname}_${localout[$i]}_to_transfer_$kennung
3770                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3771                   then
3772                      ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3773                   else
3774                      mkdir  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3775                      ln  ${localout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3776                   fi
3777
3778                   echo "set -x"                                    >    transfer_${localout[$i]}
3779                   echo "cd  $tmp_data_catalog/TRANSFER"            >>   transfer_${localout[$i]}
3780
3781                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}$cst  by SCP in seperate job to"
3782                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}$cst"
3783                   printf "\n              or higher cycle\n"
3784                   echo "batch_scp $PORTOPT $cps -b -m -u $return_username $return_addres  $file_to_transfer \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"  >>  transfer_${localout[$i]}
3785
3786                   echo "[[ \$? = 0 ]]  &&  rm  $file_to_transfer"  >>  transfer_${localout[$i]}
3787
3788                   if [[ $localhost = nech ]]
3789                   then
3790                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 900  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3791                   else
3792                      if [[ "$LOGNAME" = b323013 ]]
3793                      then
3794                         subjob  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3795                      else
3796                         subjob  -d  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3797                      fi
3798                   fi
3799
3800                else
3801
3802                      # TRANSFER WITHIN THIS JOB
3803                   transfer_failed=false
3804                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}$cst  by SCP to"
3805                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}$cst\n"
3806                   if [[ $localhost = lccrayb ]]
3807                   then
3808                      ssh $usern@blogin1 "cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT $cps -b -m -u $return_username $return_addres  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3809                   elif [[ $localhost = lccrayh ]]
3810                   then
3811                      ssh $usern@hlogin1 "cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT $cps -b -m -u $return_username $return_addres  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3812                   else
3813                      batch_scp $PORTOPT $cps -b -m -u $return_username $return_addres  ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
3814                   fi
3815                   [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
3816
3817                      # IF TRANSFER FAILED, CREATE BACKUP COPY ON THIS MACHINE
3818                   if [[ $transfer_failed = true ]]
3819                   then
3820                      printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on this host under:\n"
3821                      printf "      ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung\n"
3822
3823                         # FIRST CHECK, IF DIRECTORY EXISTS, AND CREATE IT, IF NECESSARY
3824                      eval  local_catalog=${pathout[$i]}
3825                      if [[ ! -d $local_catalog ]]
3826                      then
3827                         printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
3828                         printf "      $local_catalog \n"
3829                         mkdir -p  $local_catalog
3830                      fi
3831                      eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung
3832                      transfer_problems=true
3833                   fi
3834                fi
3835             else
3836
3837                   # UNSET actionout. DUE TO THIS SETTING, FILE WILL LATER JUST BE COPIED ON THIS MACHINE
3838                actionout[$i]=""
3839             fi
3840          fi
3841
3842
3843             # APPEND VIA SCP TO LOCAL HOST (ALWAYS IN BINARY MODE USING batch_scp option -m)
3844             # IF TARGET DIRECTORY DOES NOT EXISTS, TRY TO CREATE IT
3845          if [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
3846          then
3847             if [[ $localhost != $fromhost ]]
3848             then
3849                if [[ $localhost = ibmh  ||  $localhost = nech ]]
3850                then
3851
3852                      # TRANSFER IN SEPERATE JOB
3853                      # FIRST COPY FILE TO TEMPORY DATA DIRECTORY
3854                   [[ ! -d $tmp_data_catalog/TRANSFER ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog/TRANSFER
3855                   file_to_transfer=${fname}_${localout[$i]}_to_transfer_$kennung
3856                   ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3857
3858                   echo "set -x"                                    >    transfer_${localout[$i]}
3859                   echo "cd  $tmp_data_catalog/TRANSFER"            >>   transfer_${localout[$i]}
3860
3861                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append by SCP in seperate job to"
3862                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}"
3863                   printf "\n              or higher cycle\n"
3864                   echo "batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username $return_addres  $file_to_transfer \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"  >>  transfer_${localout[$i]}
3865
3866                   echo "[[ \$? = 0 ]]  &&  rm  $file_to_transfer"  >>  transfer_${localout[$i]}
3867
3868                   if [[ $localhost = nech ]]
3869                   then
3870                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 900  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3871                   else
3872                      if [[ $LOGNAME = b323013 ]]
3873                      then
3874                         subjob  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3875                      else
3876                         subjob  -d  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3877                      fi
3878                   fi
3879
3880                else
3881
3882                      # TRANSFER WITHIN THIS JOB
3883                   transfer_failed=false
3884                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append by SCP to"
3885                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}\n"
3886                   if [[ $localhost = lccrayb ]]
3887                   then
3888                      ssh $usern@blogin1 "cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username $return_addres  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3889                   elif [[ $localhost = lccrayh ]]
3890                   then
3891                      ssh $usern@hlogin1 "cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username $return_addres  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3892                   else
3893                      batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username  $return_addres ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
3894                   fi
3895                   [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
3896
3897                      # IF TRANSFER FAILED, CREATE BACKUP COPY ON THIS MACHINE
3898                   if [[ $transfer_failed = true ]]
3899                   then
3900                      printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on this host under:\n"
3901                      printf "      ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung\n"
3902
3903                         # FIRST CHECK, IF DIRECTORY EXISTS, AND CREATE IT, IF NECESSARY
3904                      eval  local_catalog=${pathout[$i]}
3905                      if [[ ! -d $local_catalog ]]
3906                      then
3907                         printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
3908                         printf "      $local_catalog \n"
3909                         mkdir -p  $local_catalog
3910                      fi
3911
3912                      eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung
3913                      transfer_problems=true
3914                   fi
3915                fi
3916             else
3917
3918                   # RESET actionout. DUE TO THIS SETTING, FILE WILL LATER JUST BE APPENDED ON THIS MACHINE
3919                actionout[$i]=a
3920             fi
3921          fi
3922
3923
3924             # OUTPUT-FILE FOR A RESTART-RUN.
3925             # FILE IS MOVED TO THE TEMPORARY DATA DIRECTORY USING link COMMAND.
3926             # OPTION -f IS USED TO OVERWRITE EXISTING FILES.
3927             # AS LAST ACTION, ARCHIVING IS INITIATED.
3928          if [[ "${actionout[$i]}" = fl ]]
3929          then
3930             [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
3931             chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
3932             if [[ $files_for_pes = false ]]
3933             then
3934                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to"
3935                printf "\n              $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} (temporary data catalog)\n"
3936                ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3937             else
3938                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/....  to"
3939                printf "\n              $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} (temporary data catalog)\n"
3940                mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3941                cd ${localout[$i]}
3942                for file in $(ls *)
3943                do
3944                   ln -f $file $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3945                done
3946                cd $TEMPDIR
3947             fi
3948
3949
3950                # CREATE AND SUBMIT ARCHIVING-JOB
3951             if [[ $store_on_archive_system = true ]]
3952             then
3953
3954                if [[ $archive_system = asterix ]]
3955                then
3956                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                      >> archive_${frelout[$i]}
3957                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3958                   then
3959                      echo "stageout  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT${i}_$kennung" >> archive_${frelout[$i]}
3960                   else
3961                      echo "stageout -t  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT${i}_$kennung" >> archive_${frelout[$i]}
3962                   fi
3963                   echo "cat  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung"               >> archive_${frelout[$i]}
3964                   echo "if [[ \$(grep -c \"st.msg:150\"  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung) != 0 ]]" >> archive_${frelout[$i]}
3965                   echo "then"                                       >> archive_${frelout[$i]}
3966                   echo "   do_stageout=false"                       >> archive_${frelout[$i]}
3967                   echo "else"                                       >> archive_${frelout[$i]}
3968                   echo "   echo \"  +++ $filetyp ${frelout[$i]}  could not be stored on archive-system\" " >> archive_${frelout[$i]}
3969                   echo "   cat  /dev/null  >  ~/job_queue/ARCHIVE_ERROR_$fname" >> archive_${frelout[$i]}
3970                   echo "   cat  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung  >  ~/job_queue/archive_${frelout[$i]}_error" >> archive_${frelout[$i]}
3971                   echo "   echo \"  *** $filetyp ${frelout[$i]} will be copied to \$WORK as backup\" " >> archive_${frelout[$i]}
3972                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3973                   then
3974                      echo "   cp   ${frelout[$i]}  \$WORK"                    >> archive_${frelout[$i]}
3975                   else
3976                      echo "   cp -r  ${frelout[$i]}  \$WORK/${frelout[$i]}"   >> archive_${frelout[$i]}
3977                   fi
3978                   echo "   echo \"  *** $filetyp ${frelout[$i]} saved\" " >> archive_${frelout[$i]}
3979                   echo "fi"                                         >> archive_${frelout[$i]}
3980                   echo "rm  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung"              >> archive_${frelout[$i]}
3981                elif [[ $archive_system = DMF ]]
3982                then
3983                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                      >> archive_${frelout[$i]}
3984                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3985                   then
3986                      printf "\n  +++ archiving of single files impossible with $archive_system !\n"
3987                      locat=DMF
3988                      exit
3989                   else
3990                         # ??? nicht benötigte Archiv-Systeme entfernen ???
3991                         # FUER RECHNER IN JUELICH. DORT KOENNTEN AUCH
3992                         # EINZELNE DATEIEN GESICHERT WERDEN (SPAETER KORR.)
3993                      echo "rm -rf  \$ARCHIVE/${frelout[$i]}"     >> archive_${frelout[$i]}
3994                      echo "cp -r  ${frelout[$i]}  \$ARCHIVE"     >> archive_${frelout[$i]}
3995                   fi
3996                elif [[ $archive_system = tivoli ]]
3997                then
3998                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >> archive_${frelout[$i]}
3999                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4000                   then
4001                         # REMOVE EXISTING OLD FILES FROM THE ARCHIVE
4002                      echo "set -x"                                   >> archive_${frelout[$i]}
4003                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4004                      echo "cp  ${frelout[$i]} \$PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4005                   else
4006
4007                      echo "set -x"                                   >> archive_${frelout[$i]}
4008                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}/*"         >> archive_${frelout[$i]}
4009                      echo "[[ ! -d \$PERM/${frelout[$i]} ]] && mkdir $PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4010                      cd  $tmp_data_catalog
4011                      all_files=`ls -1 ${frelout[$i]}/*`
4012                      cd -  > /dev/null
4013                      (( inode = 0 ))
4014                      (( tp1   = tasks_per_node + 1 ))
4015                      while (( inode < nodes ))
4016                      do
4017                         files=`echo $all_files | cut -d" " -f1-$tasks_per_node`
4018                         all_files=`echo $all_files | cut -d" " -f$tp1-`
4019                         echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
4020                         (( inode = inode + 1 ))
4021                      done
4022                   fi
4023                elif [[ $archive_system = ut ]]
4024                then
4025                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >> archive_${frelout[$i]}
4026                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4027                   then
4028                         # REMOVE EXISTING OLD FILES FROM THE ARCHIVE
4029                      echo "set -x"                                 >> archive_${frelout[$i]}
4030                      echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4031                      echo "cp  ${frelout[$i]} \$UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4032                   else
4033
4034                      echo "set -x"                                 >> archive_${frelout[$i]}
4035                      echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}/*"         >> archive_${frelout[$i]}
4036                      echo "[[ ! -d \$UT/${frelout[$i]} ]] && mkdir $UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4037                      cd  $tmp_data_catalog
4038                      all_files=`ls -1 ${frelout[$i]}/*`
4039                      cd -  > /dev/null
4040                      (( inode = 0 ))
4041                      (( tp1   = tasks_per_node + 1 ))
4042                      while (( inode < nodes ))
4043                      do
4044                         files=`echo $all_files | cut -d" " -f1-$tasks_per_node`
4045                         all_files=`echo $all_files | cut -d" " -f$tp1-`
4046                         echo "tar  cvf \$UT/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
4047                         (( inode = inode + 1 ))
4048                      done
4049                   fi
4050                elif [[ $archive_system = none ]]
4051                then
4052                   printf "              +++ archiving on $localhost not available!\n"
4053                fi
4054
4055                if [[ $archive_system != none ]]
4056                then
4057                   if [[ $localhost = nech ]]
4058                   then
4059                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 7200  $PORTOPT  archive_${frelout[$i]}
4060                   fi
4061                   printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
4062                fi
4063             else
4064                printf "              +++ caution: option -A is switched off. No archiving on $archive_system!\n"
4065             fi
4066
4067
4068                # CREATE AN EMPTY DIRECTORY IN THE USERS PERMANENT DIRECTORY,
4069                # IN ORDER TO NOTE THE RESPECTIVE CYCLE NUMBER ON THE ARCHIVE SYSTEM
4070                # RESTART-JOBS ARE USING THESE EMPTY-DIRECTORIES TO GET THE CURRENT HIGHEST
4071                # CYCLE NUMBER ON THE ARCHIVE SYSTEM (IN CASE THAT INFORMATIONS ARE DIFFICULT TO
4072                # TO ACCESS FROM THE ARCHIVE-SYSTEM DIRECTLY))
4073             if [[ $files_for_pes = false ]]
4074             then
4075                cat  /dev/null  >  ${pathout[$i]}
4076             else
4077                mkdir -p  ${pathout[$i]}
4078             fi
4079
4080          fi
4081
4082
4083             # COPY FROM THIS HOST TO THE ARCHIVE-SYSTEM
4084             # IF ANY ARCHIVING FAILS, AN ERROR-FLAG-FILE IS SET
4085             # THIS FILE REMAINS TO BE SET, EVEN IF ARCHIVING OF FURTHER FILES IS SUCCESSFULL
4086          if [[ "${actionout[$i]}" = ar ]]
4087          then
4088             if [[ $files_for_pes = false ]]
4089             then
4090                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to"
4091                printf "\n              ${pathout[$i]}"
4092                printf "\n              File will be copied to archive-system ($archive_system) !\n"
4093             else
4094                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/_....  to"
4095                printf "\n              ${pathout[$i]}"
4096                printf "\n              Directory will be copied to archive-system ($archive_system) !\n"
4097             fi
4098             mv  ${localout[$i]}  ${frelout[$i]}
4099
4100             file_saved=false
4101
4102             if [[ $archive_system = asterix ]]
4103             then
4104                do_stageout=true
4105                (( stageout_anz = 0 ))
4106                while [[ $do_stageout = true ]]
4107                do
4108                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4109                   then
4110                      stageout  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT
4111                   else
4112                      stageout  -t  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT
4113                   fi
4114                   cat  STAGE_OUTPUT
4115                   if [[ $(grep -c "st.msg:150"  STAGE_OUTPUT) != 0 ]]
4116                   then
4117                      file_saved=true
4118                      do_stageout=false
4119                   else
4120                      if [[ $files_for_pes = false ]]
4121                      then
4122                         printf "\n  +++ file ${frelout[$i]}  could not be saved on archive-system"
4123                      else
4124                         printf "\n  +++ directory ${frelout[$i]} could not be saved on archive-system"
4125                      fi
4126                      (( stageout_anz = stageout_anz + 1 ))
4127                      if (( stageout_anz == 10 ))
4128                      then
4129                         printf "\n  +++ stoped after 10 unsuccessful tries!"
4130                         archive_save=false
4131                         do_stageout=false
4132                      else
4133                         printf "\n  *** new try to store on archive after 15 min:"
4134                         sleep 900
4135                      fi
4136                   fi
4137                done
4138             elif [[ $archive_system = DMF ]]
4139             then
4140                if [[ $files_for_pes = false ]]
4141                then
4142                   printf "\n  +++ archiving of single files impossible on $archive_system!\n"
4143                   locat=DMF
4144                   exit
4145                else
4146                   rm -rf  $ARCHIVE/${frelout[$i]}
4147                   cp -r  ${frelout[$i]}  $ARCHIVE
4148                fi
4149                file_saved=true
4150             elif [[ $archive_system = tivoli ]]
4151             then
4152                   # ARCHIVING ONLY POSSIBLE VIA BATCH-JOB
4153                   # IN THE MEANTIME, FILE IS STORED IN THE TEMPORARY DATA DIRECTORY,
4154                   # BECAUSE MRUN'S CURRENT TEMPORARY WORKING DIRECTORY MAY ALREADY BE DELETED
4155                   # WHEN THE ARCHIVE-JOB IS EXECUTED
4156                [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
4157                chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
4158                if [[ $files_for_pes = false ]]
4159                then
4160                   ln -f  ${frelout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4161                else
4162                   mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4163                   ln -f  ${frelout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4164                fi
4165
4166                   # GENERATE AND SUBMIT BATCH-JOB
4167                   # FILE HAS TO BE DELETED FROM THE TEMPORARY DATA DIRECTORY
4168                   # DELETE OLD EXISTING FILES FROM THE ARCHIVE
4169                echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >  archive_${frelout[$i]}
4170                if [[ $files_for_pes = false ]]
4171                then
4172                   echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4173                   echo "cp  ${frelout[$i]} \$PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4174                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                  >> archive_${frelout[$i]}
4175                else
4176                   echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
4177                   echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4178                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                  >> archive_${frelout[$i]}
4179                fi
4180
4181                subjob  -v  -d  -q cdata  -X 0  -m 1000  -t 43200  -c $job_catalog  $PORTOPT  archive_${frelout[$i]}
4182                printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
4183                file_saved=true
4184
4185             elif [[ $archive_system = ut ]]
4186             then
4187                   # ARCHIVING ONLY POSSIBLE VIA BATCH-JOB
4188                   # IN THE MEANTIME, FILE IS STORED IN THE TEMPORARY DATA DIRECTORY,
4189                   # BECAUSE MRUN'S CURRENT TEMPORARY WORKING DIRECTORY MAY ALREADY BE DELETED
4190                   # WHEN THE ARCHIVE-JOB IS EXECUTED
4191                [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
4192                chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
4193                if [[ $files_for_pes = false ]]
4194                then
4195                   ln -f  ${frelout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4196                else
4197                   mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4198                   ln -f  ${frelout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4199                fi
4200
4201                   # GENERATE AND SUBMIT BATCH-JOB
4202                   # FILE HAS TO BE DELETED FROM THE TEMPORARY DATA DIRECTORY
4203                   # DELETE OLD EXISTING FILES FROM THE ARCHIVE
4204                echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >  archive_${frelout[$i]}
4205                if [[ $files_for_pes = false ]]
4206                then
4207                   echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4208                   echo "cp  ${frelout[$i]} \$UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4209                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                >> archive_${frelout[$i]}
4210                else
4211                   echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
4212                   echo "tar  cvf \$UT/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4213                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                >> archive_${frelout[$i]}
4214                fi
4215
4216                subjob  -v  -c /pf/b/$usern/job_queue  -d  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 7200  $PORTOPT  archive_${frelout[$i]}
4217                printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
4218                file_saved=true
4219
4220             else
4221                printf "\n  +++ archive_system=\"$archive_system\"  archiving impossible!"
4222                archive_save=false
4223             fi
4224
4225                # CREATE EMPTY FLAG-FILE OR -DIRECTORY
4226                # IN ORDER TO NOTE THE RESPECTIVE CYCLE NUMBER ON THE ARCHIVE SYSTEM
4227                # RESTART-JOBS ARE USING THESE EMPTY-DIRECTORIES TO GET THE CURRENT HIGHEST
4228                # CYCLE NUMBER ON THE ARCHIVE SYSTEM (IN CASE THAT INFORMATIONS ARE DIFFICULT TO
4229                # TO ACCESS FROM THE ARCHIVE-SYSTEM DIRECTLY))
4230             if [[ $file_saved = true ]]
4231             then
4232                if [[ $files_for_pes = false ]]
4233                then
4234                   cat  /dev/null  >  ${pathout[$i]}
4235                else
4236                   mkdir -p  ${pathout[$i]}
4237                fi
4238             fi
4239
4240          fi
4241
4242             # APPEND ON THIS MACHINE
4243          if [[ "${actionout[$i]}" = "a" ]]
4244          then
4245             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
4246             then
4247                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
4248                cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
4249             else
4250                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to  ${pathout[$i]}\n"
4251                cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}
4252             fi
4253          fi
4254
4255             # COPY ON THIS MACHINE
4256             # COPY HAS TO BE USED, BECAUSE MOVE DOES NOT WORK IF FILE-ORIGIN AND TARGET ARE
4257             # ON DIFFERENT FILE-SYSTEMS
4258          if [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_pes = false ]]
4259          then
4260
4261                # COPY IN CASE OF RUNS ON SINGLE CORES
4262             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
4263             then
4264                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
4265                if [[ $link_local_output = true ]]
4266                then
4267                    printf "      using ln -f\n"
4268                    ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
4269                fi
4270                # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
4271                if [[ ! -f "${pathout[$i]}.${extout[$i]}" ]]
4272                then
4273                    if [[ $link_local_output = true ]]
4274                    then
4275                        printf "      ln failed, using cp...\n"
4276                    fi
4277                    cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
4278                fi
4279             else
4280                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to  ${pathout[$i]}\n"
4281                if [[ $link_local_output = true ]]
4282                then
4283                    printf "      using ln -f\n"
4284                    ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4285                fi
4286                # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
4287                if [[ ! -f "${pathout[$i]}" ]]
4288                then
4289                    if [[ $link_local_output = true ]]
4290                    then
4291                        printf "      ln failed, using cp...\n"
4292                    fi
4293                    cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4294                fi
4295             fi
4296
4297          elif [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_pes = true ]]
4298          then
4299
4300                # FILES FROM THE DIFFERENT CORES ARE MOVED WITH ln-COMMAND TO THE PERMANENT DIRECTORY
4301                # AS A FIRST STEP, THE PERMANENT DIRECTORY IS CREATED
4302             printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/_....  to  ${pathout[$i]}\n"
4303             if [[ $link_local_output = true ]]
4304             then
4305                 printf "      using ln -f\n"
4306                 mkdir  ${pathout[$i]}
4307                 cd ${localout[$i]}
4308                 for file in $(ls *)
4309                 do
4310                   ln -f $file  ${pathout[$i]}
4311                 done
4312                 cd $TEMPDIR
4313             fi
4314
4315                # IF "ln -f" HAS FAILED OR IF "$link_local_output = false" DO A NORMAL COPY "cp -r"
4316             if [[ ! -f "${pathout[$i]}/_0000" ]]
4317             then
4318                 if [[ $link_local_output = true ]]
4319                 then
4320                     printf "      ln failed for .../_0000, using cp...\n"
4321                 fi
4322                 cp -r  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4323             fi
4324
4325          fi
4326       fi
4327    done
4328    if (( i != 0 ))
4329    then
4330       if [[ $transfer_problems = true ]]
4331       then
4332          printf "\n$dashes\n  *** OUTPUT-files saved"
4333          printf "\n  +++ WARNING: some data transfers failed! \n"
4334       else
4335          printf "\n$dashes\n  *** all OUTPUT-files saved \n"
4336       fi
4337    fi
4338
4339
4340       # IF REQUIRED, START A RESTART-JOB
4341       # FILE CONTINUE_RUN MUST HAVE BEEN CREATED BY THE EXECUTABLE (PALM)
4342    if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
4343    then
4344
4345       if [[ $archive_save = true ]]
4346       then
4347
4348             # ADD RESTART-OPTIONS TO THE MRUN-CALL (IF THEY ARE NOT USED ALREADY):
4349             # -C TELLS MRUN THAT IT IS A RESTART-RUN
4350             # -v SILENT MODE WITHOUT INTERACTIVE QUERIES
4351             # -n BATCH-MODE (IMPORTANT ONLY IN CASE OF BATCH JOBS ON THE LOCAL MACHINE)
4352          [[ $(echo $mc | grep -c "\-C") = 0 ]]  &&  mc="$mc -C"
4353          [[ $(echo $mc | grep -c "\-v") = 0 ]]  &&  mc="$mc -v"
4354          [[ $(echo $mc | grep -c "\-b") = 0 ]]  &&  mc="$mc -b"
4355          if [[ $(echo $mc | grep -c "#") != 0 ]]
4356          then
4357             mc=`echo $mc | sed 's/#/f/g'`
4358          fi
4359
4360
4361             # START THE RESTART-JOB
4362          printf "\n\n  *** initiating restart-run on \"$return_addres\" using command:\n"
4363          echo "      $mc"
4364          printf "\n$dashes\n"
4365          if [[ $localhost != $fromhost ]]
4366          then
4367
4368             if [[ $localhost = lccrayh  ||  $localhost = nech  ||  $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibmkisti  ||  $localhost = ibmku  ||  $localhost = ibms  ||  $localhost = lcflow  ||  $localhost = lckyu* ]]
4369             then
4370                echo "*** ssh will be used to initiate restart-runs!"
4371                echo "    return_addres=\"$return_addres\" "
4372                echo "    return_username=\"$return_username\" "
4373                if [[ $(echo $return_addres | grep -c "130.75.105") = 1 ]]
4374                then
4375                   if [[ $localhost = ibmh ]]
4376                   then
4377                      ssh $SSH_PORTOPT $usern@136.172.40.15 "ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;. /muksoft/packages/intel/bin/compilervars.sh intel64;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4378                   elif [[ $localhost = lccrayb ]]
4379                   then
4380                      ssh $usern@blogin1 "ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;. /muksoft/packages/intel/bin/compilervars.sh intel64;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4381                   elif [[ $localhost = lccrayh ]]
4382                   then
4383                      ssh $usern@hlogin1 "ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;. /muksoft/packages/intel/bin/compilervars.sh intel64;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4384
4385                   else
4386                      ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;. /muksoft/packages/intel/bin/compilervars.sh intel64;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4387                   fi
4388                else
4389                   if [[ $localhost = ibmkisti ]]
4390                   then
4391                      ssh $SSH_PORTOPT $usern@gaiad "ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4392                   elif [[ $localhost = lcflow ]]
4393                   then
4394                      /usr/bin/ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4395                   elif [[ $localhost = lccrayb ]]
4396                   then
4397                      ssh $usern@blogin1 "ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4398                   elif [[ $localhost = lccrayh ]]
4399                   then
4400                      ssh $usern@hlogin1 "ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4401                   else
4402                      ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4403                   fi
4404                fi
4405             else
4406                printf "\n  +++ no restart mechanism available for host \"$localhost\" "
4407                locat=restart; exit
4408             fi
4409
4410                # WAIT TO ALLOW THE RESTART-JOB TO BE QUEUED, BEFORE THE CURRENT JOB IS FINISHED
4411             if [[ $queue = special1q ]]
4412             then
4413                sleep 120
4414             else
4415                sleep 30
4416             fi
4417
4418          else
4419
4420                # JOBS RUNNING (AND STARTED) ON THE LOCAL MACHINE CAN DIRECTLY CALL MRUN (WITHOUT
4421                # USING SSH)
4422             cd $LOCAL_PWD
4423             if [[ $localhost = lckyuh ]]
4424             then
4425                printf "\n  +++ WARNING: no restart mechanism available for host \"$localhost\" "
4426                printf "\n               please restart job manually using command:\n"
4427                printf "\n               \"$mc\" "
4428             else
4429                eval  $mc                # THE ' MUST BE EVALUATED
4430             fi
4431             cd -  > /dev/null
4432          fi
4433          if [[ $localhost = lckyuh ]]
4434          then
4435             printf "\n$dashes\n  *** restart-run to be initiated manually\n"
4436          else
4437             printf "\n$dashes\n  *** restart-run initiated \n"
4438          fi
4439
4440
4441             # DELETE INPUT-(RESTART)FILES, WHICH HAVE BEEN FETCHED FROM THE TEMPORARY DATA
4442             # DIRECTORY, BACAUSE THEY ARE NOT REQUIRED BY THE RESTART-JOB.
4443             # THIS IS DONE IN ORDER TO AVOID EXCEEDING DISC QUOTAS OR DISC SPACE (RESTART-FILES
4444             # MAY BE VERY HUGE)
4445          (( i = 0 ))
4446          while (( i < iin ))
4447          do
4448             (( i = i + 1 ))
4449             if [[ "${got_tmp[$i]}" = true   &&  $keep_data_from_previous_run = false ]]
4450             then
4451                rm -r  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
4452             fi
4453          done
4454
4455       else
4456
4457          printf "\n  +++ no restart-run possible, since errors occured"
4458          printf "\n      during the archive process"
4459       fi
4460
4461    fi
4462
4463
4464   
4465       # SEND EMAIL NOTIFICATION ABOUT THE FINISHED RUN
4466    if [[ "$email_notification" != "none" ]]
4467    then
4468
4469       if [[ $localhost != $fromhost ]]
4470       then
4471          if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
4472          then
4473             echo "PALM restart run necessary"        >   email_text
4474             echo "description header of actual run:" >>  email_text
4475             cat  CONTINUE_RUN                        >>  email_text
4476             echo "mrun-command to restart:"          >>  email_text
4477             echo "$mc"                               >>  email_text
4478          else
4479             echo "PALM run with base filename \"$fname\" on host \"$localhost\" finished"  >  email_text
4480          fi
4481          mail  $email_notification  <  email_text
4482          printf "\n  *** email notification sent to \"$email_notification\" "
4483       fi
4484    fi
4485
4486
4487
4488       # ALL ACTIONS FINISHED, TEMPORARY WORKING-DIRECTORY CAN BE DELETED
4489    cd  $HOME
4490    [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
4491
4492 else
4493
4494
4495       # PREPARING ACTIONS,
4496       # IF A BATCH-JOB IS TO BE GENERATED AND STARTED ON A REMOTE-MACHINE GERECHNET
4497
4498       # BUILD THE MRUN-COMMAND TO BE CALLED IN THE BATCH-JOB ON THE REMOTE-MACHINE
4499    mrun_com="$mrun_script_name -a $afname -c $config_file -d $fname -h $host -H $fromhost -m $memory -t $cpumax -q $queue -R $return_addres -U $return_username -u $remote_username"
4500    [[ "$cpp_opts" != "" ]]       &&  mrun_com=${mrun_com}" -D \"$cpp_opts\""
4501    [[ "$global_revision" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -G \"$global_revision\""
4502    [[ $group_number != none ]]   &&  mrun_com=${mrun_com}" -g $group_number"
4503    [[ $do_compile = true ]]      &&  mrun_com=${mrun_com}" -s \"$source_list\""
4504    [[ "$input_list" != "" ]]     &&  mrun_com=${mrun_com}" -i \"$input_list\""
4505    [[ $ignore_archive_error = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -I"
4506    [[ $keep_data_from_previous_run = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -k"
4507    [[ "$additional_conditions" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -K \"$additional_conditions\""
4508    [[ "$output_list" != "" ]]    &&  mrun_com=${mrun_com}" -o \"$output_list\""
4509    [[ "$read_from_config" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -S"
4510    [[ $do_trace = true ]]        &&  mrun_com=${mrun_com}" -x"
4511    [[ "$numprocs" != "" ]]       &&  mrun_com=${mrun_com}" -X $numprocs"
4512    if [[ $use_openmp = true ]]
4513    then
4514       mrun_com=${mrun_com}" -O $threads_per_task"
4515    fi
4516    [[ "$tasks_per_node" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -T $tasks_per_node"
4517    [[ $store_on_archive_system = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -A"
4518    [[ $package_list != "" ]]     &&  mrun_com=${mrun_com}" -p \"$package_list\""
4519    [[ $return_password != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -P $return_password"
4520    [[ $delete_temporary_catalog = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -B"
4521    [[ $node_usage != default  &&  "$(echo $node_usage | cut -c1-3)" != "sla"  &&  $node_usage != novice ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -n $node_usage"
4522    [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -y"
4523    [[ $run_coupled_model = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -Y \"$coupled_dist\""
4524    [[ "$check_namelist_files" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -z"
4525    [[ "$combine_plot_fields" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -Z"
4526    [[ "$max_par_io_str" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -w $max_par_io_str"
4527    if [[ $do_remote = true ]]
4528    then
4529       printf "\n>>>> MRUN-command on execution host:\n>>>> $mrun_com \n"
4530    fi
4531
4532
4533       # CREATE EXECUTABLE FOR BATCH JOB
4534    if [[ $create_executable_for_batch = true  &&  $restart_run != true ]]
4535    then
4536
4537       printf "\n  *** creating the executable for batch job\n"
4538
4539          # METHOD ONLY WORKS FOR BATCH JOBS ON LOCAL HOSTS
4540       if [[ $host != $localhost ]]
4541       then
4542          printf "\n  +++ creation of executables is only allowed for batch jobs on local hosts."
4543          printf "\n      Please set create_executable_for_batch = false in the config-file.\n"
4544          locat=create_executable; exit
4545       fi
4546
4547       mkdir  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}/TMPDIR_FOR_CREATING_EXECUTABLE
4548       cd  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}/TMPDIR_FOR_CREATING_EXECUTABLE
4549
4550       cp  $make_depository  .
4551       tar -xf  $make_depository  >  /dev/null  2>&1
4552       cp  ../*  .   >  /dev/null  2>&1
4553
4554       make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
4555
4556       if [[ $? != 0  ||  "$compile_error" = true  ||  "$module_compile_error" = true ]]
4557       then
4558          printf "\n  +++ error occured while compiling or linking"
4559          locat=compile
4560          exit
4561       fi
4562
4563       mv  a.out  ..
4564       cd -  >  /dev/null  2>&1
4565       rm -rf  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}/TMPDIR_FOR_CREATING_EXECUTABLE
4566
4567       printf "  *** executable created in \"$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}\"\n "
4568
4569    fi
4570
4571
4572       # BUILD THE JOB-SCRIPTS ON FILE jobfile
4573    jobfile=jobfile.$RANDOM
4574
4575
4576       # CREATE TEMPORARY DIRECTORY AND SWITCH TO IT
4577    echo  "mkdir  $TEMPDIR"      >>  $jobfile
4578    echo  "cd  $TEMPDIR"         >>  $jobfile
4579
4580
4581       # ACTIVATE ERROR-TRACEBACK
4582    if [[ $do_trace = true ]]
4583    then
4584       echo  "set -x"                                    >>  $jobfile
4585    else
4586       echo  "set +vx"                                   >>  $jobfile
4587    fi
4588
4589
4590       # INITIALIZE THE ENVIRONMENT AND LOAD MODULES
4591    if [[ "$init_cmds" != "" ]]
4592    then
4593       echo  "$init_cmds"        >>  $jobfile
4594    fi
4595    if [[ "$module_calls" != "" ]]
4596    then
4597       echo  "$module_calls"     >>  $jobfile
4598    fi
4599
4600
4601       # PROVIDE SOURCE-CODE FILES, MRUN-SCRIPT AND CONFIGURATION-FILE FOR THE JOB
4602       # then-CLAUSE: FILES ARE COLLECTED IN THE SOURCES_FOR_RUN_... DIRECTORY ON THE LOCAL HOST,
4603       #              WHICH IS THEN FETCHED FROM THE BATCH-JOB BY USING cp/scp
4604       #              THE SOURCE-CODE FILES ALREADY EXIST IN THIS DIRECTORY
4605       # else-CLAUSE: FILE-CONTENTS ARE PUT INTO THE JOB-FILE AS HERE-DOCUMENTS
4606       #              THIS MAY CREATE A QUITE LARGE JOB-FILE, WHICH CAN CAUSE PROBLEMS WITH SOME
4607       #              QUEUEING-SYSTEMS
4608    if [[ $host = ibmkisti  ||  $host = lccrayb  ||  $host = lccrayf  ||  $host = lccrayh ]]
4609    then
4610
4611          # COPY CONFIGURATION-FILE AND MRUN-SCRIPT INTO THE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY
4612       if [[ $restart_run != true ]]
4613       then
4614          cp  $config_file  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
4615          cp  ${PALM_BIN}/$mrun_script_name  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
4616       fi
4617
4618          # COPY THE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY FROM THE LOCAL HOST TO THE JOB VIA scp
4619          # (then-CLAUSE: JOBS ON THE LOCAL HOST CAN JUST USE cp)
4620       echo  "set -x"  >>  $jobfile
4621       if [[ $host = $localhost ]]
4622       then
4623
4624             # DUE TO UNKNOWN REASONS, COPY WITH cp COMMAND CREATES CORRUPT
4625             # FILES ON CRAY XC30 SYSTEMS (CSC HELSINKI), rsync IS USED INSTEAD
4626          if [[ $(echo $host | cut -c1-6) = lccray ]]
4627          then
4628             echo  "rsync -av -t  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname  ."  >>  $jobfile
4629          else
4630             echo  "cp -r  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname  ."  >>  $jobfile
4631          fi
4632
4633       else
4634          if [[ $host = ibmkisti ]]
4635          then
4636                # ON KISTI'S IBM FIREWALL IS ONLY OPENED ON INTERACTIVE NODE
4637             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
4638             echo  "ssh $SSH_PORTOPT $remote_username@gaiad \"cd \$localdir; scp $PORTOPT -r  $return_username@$return_addres:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
4639          elif [[ $host = lccrayb ]]
4640          then
4641             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
4642             echo  "ssh $SSH_PORTOPT $remote_username@blogin1 \"cd \$localdir; scp $PORTOPT -r  $return_username@$return_addres:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
4643          elif [[ $host = lccrayh ]]
4644          then
4645             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
4646             echo  "ssh $SSH_PORTOPT $remote_username@hlogin1 \"cd \$localdir; scp $PORTOPT -r  $return_username@$return_addres:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
4647
4648          else
4649             echo  "scp $PORTOPT -r $return_username@$return_addres:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname ."  >>  $jobfile
4650          fi
4651       fi
4652       echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                      >>  $jobfile
4653
4654          # MOVE MRUN-SCRIPT AND CONFIGURATION-FILE FROM THE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY TO THE
4655          # WORKING DIRECTORY OF THE JOB
4656       echo  "mv  SOURCES_FOR_RUN_$fname/$config_file  . "       >>  $jobfile
4657       echo  "mv  SOURCES_FOR_RUN_$fname/$mrun_script_name  . "  >>  $jobfile
4658       echo  "chmod u+rwx  $mrun_script_name"                    >>  $jobfile
4659       echo  "execute_mrun=true"                                 >>  $jobfile
4660       echo  " "                                                 >>  $jobfile
4661
4662    else
4663
4664          # PROVIDE SOURCE-CODE FILES AND MAKEFILE AS HERE DOCUMENT
4665       if [[ $do_compile = true ]]
4666       then
4667
4668          source_catalog=SOURCES_FOR_RUN_$fname
4669
4670              # CREATE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY TO STORE THE SOURCE CODE FILES AND THE MAKEFILE
4671          echo  "mkdir  SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
4672          echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                 >>  $jobfile
4673          echo  "cd     SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
4674
4675          for  filename  in  $source_list
4676          do
4677                # BACKSLASH IS USED FOR MASKING
4678             echo  "cat > $filename << \"%END%\""              >>  $jobfile
4679             cat   $source_catalog/$filename                   >>  $jobfile
4680             echo  " "                                         >>  $jobfile
4681             echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
4682             echo  " "                                         >>  $jobfile
4683          done
4684
4685             # BACKSLASH IS USED FOR MASKING
4686          echo  "cat > Makefile << \"%END%\""               >>  $jobfile
4687          cat   $source_catalog/Makefile                    >>  $jobfile
4688          echo  " "                                         >>  $jobfile
4689          echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
4690          echo  " "                                         >>  $jobfile
4691
4692          echo  "cd -  > /dev/null"                         >>  $jobfile
4693
4694       fi
4695
4696
4697          # PROVIDE THE CONFIGURATION-FILE AS HERE-DOCUMENT
4698          # BACKSLASH IS USED FOR MASKING
4699          # LINES WITH #$ IN THE CONFIGURATION-FILE, COMING FROM THE SVN KEYWORD SUBSTITUTION,
4700          # ARE REMOVED FROM THE FILE IN ORDER TO AVOID PROBLEMS WITH THE SGE BATCH SYSTEM
4701       echo  "cat > $config_file << \"%END%\""      >>  $jobfile
4702       if [[ $host = lckyuh ]]
4703       then
4704             # NO CROSS-COMPILER ON COMPUTE NODE
4705          sed  's/frtpx/frt/g'  $config_file        >>  $jobfile
4706       else
4707          sed 's/#$.*//g'   $config_file            >>  $jobfile
4708       fi
4709       echo  "%END%"                                >>  $jobfile
4710       echo  " "                                    >>  $jobfile
4711
4712
4713          # PROVIDE THE MRUN-SCRIPTS AS HERE-DOCUMENT
4714          # BACKSLASH IS USED FOR MASKING
4715       echo  "cat > $mrun_script_name <<\"%END%\""  >>  $jobfile
4716       if [[ $host = lckyuh ]]
4717       then
4718          sed 's/\/bin\/ksh/\/bin\/bash/g' ${PALM_BIN}/$mrun_script_name  >>  $jobfile
4719       else
4720          cat  ${PALM_BIN}/$mrun_script_name        >>  $jobfile
4721       fi
4722       echo  "%END%"                                >>  $jobfile
4723       echo  "chmod u+x $mrun_script_name"          >>  $jobfile
4724       echo  "execute_mrun=true"                    >>  $jobfile
4725       echo  " "                                    >>  $jobfile
4726
4727    fi
4728
4729
4730       # GET REQUIRED INPUT-FILES BY SCP OR BY SENDING THEM WITH THE JOB AS HERE-DOCUMENT
4731       # PUT THESE FILES INTO THE USER'S RESPECTIVE PERMANENT DIRECTORIES ON THE REMOTE-HOST
4732       # IF THE DIRECTORIES DO NOT EXIST, TRY TO CREATE THEM
4733    if [[ $do_remote = true ]]
4734    then
4735       (( i = 0 ))
4736       while (( i < iin ))
4737       do
4738          (( i = i + 1 ))
4739          echo  "[[ ! -d ${pathin[$i]} ]]  &&  mkdir -p  ${pathin[$i]}"  >>  $jobfile
4740          if [[ "${transin[$i]}" = job ]]
4741          then
4742             echo  "cat > ${remotepathin[$i]} <<\"%END%\""    >>  $jobfile
4743             eval cat   ${pathin[$i]}/${frelin[$i]}           >>  $jobfile
4744             echo  " "                                        >>  $jobfile
4745             echo  "%END%"                                    >>  $jobfile
4746          else
4747             echo  "batch_scp $PORTOPT -b -o -g -s -u $return_username $return_addres ${remotepathin[$i]} \"${pathin[$i]}\" ${frelin[$i]}" >>  $jobfile
4748          fi
4749
4750             # CHECK, IF FILE COULD BE CREATED
4751          echo  "if [[ \$? = 1 ]]"                    >>  $jobfile
4752          echo  "then"                                >>  $jobfile
4753          echo  "   echo \" \" "                      >>  $jobfile
4754          echo  "   echo \"+++ file ${remotepathin[$i]} could not be created\" "   >>  $jobfile
4755          echo  "   echo \"    please check, if directory exists on $host!\" "  >>  $jobfile
4756          echo  "   echo \"+++ MRUN will not be continued\" "  >>  $jobfile
4757          echo  "   execute_mrun=false"               >>  $jobfile
4758          echo  "fi"                                  >>  $jobfile
4759       done
4760    fi
4761
4762       # PROVIDE NAME OF THE CURRENT WORKING-DIRECTORY ON THE LOCAL MACHINE (FROM WHERE THE JOB IS
4763       # STARTED) BY SETTING AN ENVIRONMENT-VARIABLE. THIS INFORMATION IS USED IN THE JOB BY MRUN
4764       # IN CASE THAT RESTART-RUNS HAVE TO BE GENERATED
4765    echo  "LOCAL_PWD=$working_directory"                >>  $jobfile
4766    echo  "export LOCAL_PWD"                            >>  $jobfile
4767
4768       # PROVIDE THE PATH OF THE LOCAL MRUN-SCRIPT FOR THE SAME REASON
4769    echo  "LOCAL_MRUN_PATH=$PALM_BIN"                   >>  $jobfile
4770    echo  "export LOCAL_MRUN_PATH"                      >>  $jobfile
4771
4772       # lcflow ALSO REQUIRES TO PROVIDE PATH FOR THE PALM-SCRIPTS
4773    if [[ $host = lcflow  ||  $localhost = lcflow ]]
4774    then
4775       echo  "export PALM_BIN=$PALM_BIN" | sed -e 's:'$HOME':$HOME:'   >>  $jobfile
4776       echo  "export PATH=\$PATH:\$PALM_BIN"              >>  $jobfile
4777    fi
4778
4779       # CALL MRUN WITHIN THE JOB (SETTING QUEUE IS A WORKAROUND FOR ibmkisti)
4780       # AS FINAL ACTION, REMOVE THE TEMPORARY DIRECTORY CREATED AT THE BEGINNING OF THE JOB
4781    echo  "set -x"                                        >>  $jobfile
4782    echo  "queue=$queue"                                  >>  $jobfile
4783    echo  "[[ \$execute_mrun = true ]]  &&  ./$mrun_com"  >>  $jobfile
4784    echo  'ls -al; echo `pwd`'                            >>  $jobfile
4785    echo  "cd \$HOME"                                     >>  $jobfile
4786    echo  "rm -rf  $TEMPDIR"                              >>  $jobfile
4787
4788
4789
4790
4791       # START THE JOB USING SUBJOB-COMMAND
4792    if [[ $silent = false ]]
4793    then
4794       printf "\n     "
4795    else
4796       printf "\n\n"
4797    fi
4798
4799    subjob  $job_on_file  -h $host  -u $remote_username -g $group_number -q $queue  -m $memory  -N $node_usage -t $cpumax  $XOPT  $TOPT  $OOPT  -n $fname  -v  -c $job_catalog  -e $email_notification  $PORTOPT  $jobfile
4800    rm -rf  $jobfile
4801
4802
4803 fi  # END OF REMOTE-PART
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.