source: palm/trunk/SCRIPTS/mrun @ 1290

Last change on this file since 1290 was 1290, checked in by raasch, 8 years ago

last commit documented
fimm-, scirocco-, ibmy-, nech-, and sgi-specific code removed from scripts

  • Property svn:keywords set to Id Rev
File size: 174.5 KB
Line 
1#!/bin/ksh
2
3# mrun - script for running PALM jobs
4
5#--------------------------------------------------------------------------------#
6# This file is part of PALM.
7#
8# PALM is free software: you can redistribute it and/or modify it under the terms
9# of the GNU General Public License as published by the Free Software Foundation,
10# either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
11#
12# PALM is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY
13# WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR
14# A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
15#
16# You should have received a copy of the GNU General Public License along with
17# PALM. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
18#
19# Copyright 1997-2012  Leibniz University Hannover
20#--------------------------------------------------------------------------------#
21#
22# Current revisions:
23# ------------------
24#
25#
26# Former revisions:
27# -----------------
28# $Id: mrun 1290 2014-03-04 07:17:03Z raasch $
29#
30# 1289 2014-03-04 07:12:34Z raasch
31# comments translated to English
32# necriam-, fimm-, ibmy-, and sgi-specific code removed
33# export of variables for palm and interpret_config removed
34#
35# 1281 2014-02-01 07:55:49Z raasch
36# rsync-copy restricted to Cray machines, since command is unavailable on some
37# other systems
38#
39# 1279 2014-01-28 12:10:14Z raasch
40# tasks_per_node must not be an integral divisor of numprocs any more. This was done
41# in order to remove annoying restrictions concerning the number of processors which
42# appear on machines with larger nodes (e.g. containing 24 cores). Now without this
43# restriction, one of the nodes will be filled with less than the given number of
44# tasks per node. A respective warning is given.
45#
46# 1274 2014-01-09 13:14:54Z heinze
47# adjustments for lccrayh
48#
49# 1272 2014-01-08 10:19:32Z witha
50# small adjustment for lcflow
51#
52# 1270 2013-12-16 11:05:01Z fricke
53# call of combine_plot_fields adjusted for lccrayb/lccrayh
54#
55# 1255 2013-11-07 14:43:35Z raasch
56# further adjustments for lccrayb remote access
57#
58# 1241 2013-10-30 11:36:58Z heinze
59# Enable use of nudging input and input of large scale forcing from
60# external files
61#
62# 1229 2013-09-20 06:55:19Z raasch
63# further adjustments for lccrayb
64#
65# 1224 2013-09-16 07:27:23Z raasch
66# first adjustments for lccrayb
67#
68# 1210 2013-08-14 10:58:20Z raasch
69# fftw support added
70#
71# 1201 2013-07-10 16:17:59Z witha
72# adjustments for Forwind cluster (lcflow)
73#
74# 1199 2013-07-05 14:52:22Z raasch
75# adjustments for CSC Helsinki (lccrayf),
76# executables for batch jobs can be created in advance, in order to avoid calling
77# the compiler within the batch job (only works if batch jobs are submitted on
78# local host)
79#
80# 1190 2013-06-25 09:39:21Z heinze
81# enable use of automatic restarts for ibmh
82# use of cluster/express queue enabled (ibmh)
83#
84# 1124 2013-04-09 15:46:52Z raasch
85# variable "memory" is exported via typeset option -x, because otherwise an unknown
86# side effect may lead to data loss while getopts is reading the script-option arguments
87#
88# 1122 2013-04-09 08:37:16Z heinze
89# Bugfix: change type of variable last_char
90#
91# 1119 2013-04-05 15:11:19Z raasch
92# Bugfix for setting -T option for subjob
93#
94# 1108 2013-03-05 07:03:32Z raasch
95# bugfix for coupled runs on lckyut/lckyuh
96#
97# 1106 2013-03-04 05:31:38Z raasch
98# --stdin argument for mpiexec on lckyuh
99# -y and -Y settings output to header
100#
101# 1103 2013-02-20 02:15:53Z raasch
102# default script runs again under ksh, because of unsolved problems with read
103# from stdin: when bash script is called from a ksh, message "read error: 0:
104# Resource temporarily unavailable" appears and script does not stop,
105# further bash compatibility adjustments,
106# shebang line replaced by /bin/bash when running jobs on lckyuh; no restarts
107# on lckyuh, but mrun does not terminate and issues a warning instead
108#
109# 1101 2013-02-17 10:20:21Z raasch
110# script now running under bash instead of ksh, which required small adjustments
111# (output formatting with printf instead "typeset -L/-R", print replaced by echo,
112# read from stdin),
113# cross compilername on lckyuh compute nodes replaced by real compiler name
114#
115# 1099 2013-02-10 01:47:43Z raasch
116# adjustments for Kyushu-University computing center (lckyuh - hayaka)
117# and for Forwind cluster (lcflow)
118# small further adjustments for lckyut
119#
120# 1094 2013-02-03 01:52:12Z raasch
121# explicit ssh/scp port can be set in config file with environment variable
122# scp_port.  This port is handled to all ssh/scp/batch_scp calls.
123# decalpha parts (yonsei) removed
124#
125# 2013-02-02 07:06:13Z raasch
126# adjustments for Kyushu-University computing center (lckyut - tatara)
127#
128# 1083 2013-01-04 10:22:09Z maronga
129# bugfix in parameter file check (read %cpp_options was missing)
130#
131# 1069 2012-11-28 16:18:43Z maronga
132# bugfix: coupling mode was always set to mpi2, typos removed
133#
134# 1058 2012-11-21 07:00:35Z raasch
135# Intel inspector (inspxe) is given the number of PEs instead of the number of
136# nodes
137#
138# 1046 2012-11-09 14:38:45Z maronga
139# code put under GPL (PALM 3.9)
140#
141# 21/03/94 - Siggi - first version finished
142# 03/03/94 - Siggi - script development started
143#
144#--------------------------------------------------------------------------------#
145# mrun - script for running PALM jobs
146#--------------------------------------------------------------------------------#
147
148
149 
150    # DECLARATION OF VARIABLES AND THEIR DEFUALT VALUES
151
152 set +o allexport    # SUPPRESS EXPORT OF ALL VARIABLES, SINCE IN THE PAST THIS
153                     # LES TO PROBLEMS IN ROUTINES CALLED BY MRUN
154                     # (TOO MANY ARGUMENTS - PROBLEM)
155 set +o noclobber    # EXISTING FILES ARE ALLOWED TO BE OVERWRITTEN
156
157 AddFilenames=""
158 additional_conditions=""
159 add_source_path=""
160 afname=""
161 archive_save=true
162 archive_system=none
163 check_namelist_files=true
164 combine_plot_fields=true
165 compiler_name=""
166 cond1=""
167 cond2="" 
168 config_file=.mrun.config
169 coupled_dist=""
170 coupled_mode="mpi1"
171 cpp_opts=""
172 cpp_options=""
173 cpumax=0
174 cpurest=0
175 create_executable_for_batch=false
176 delete_temporary_catalog=true
177 do_batch=false
178 do_compile=true
179 do_remote=false
180 do_stagein=true
181 do_stageout=true
182 do_trace=false
183 email_notification="none"
184 exclude=""
185 executable=""
186 execution_error=false
187 fftw_inc=""
188 fftw_lib=""
189 fftw_support=false
190  fname=test
191 fromhost=""
192 global_revision=""
193 group_number=none
194 host=""
195 host_file=""
196 hp=""
197 ignore_archive_error=false
198 input_list=""
199 interpreted_config_file=""
200 job_catalog="~/job_queue"
201 job_on_file=""
202 keep_data_from_previous_run=false
203 link_local_input=false
204 link_local_output=false
205 localhost_realname=$(hostname)
206 local_dvrserver_running=.FALSE.
207 locat=normal
208 mainprog=""
209 makefile=""
210 max_par_io_str=""
211 mc=$0
212 while [[ $(echo $mc | grep -c "/") != 0 ]]
213 do
214    mc=`echo $mc | cut -f2- -d"/"`
215 done
216 module_calls=""
217 mrun_script_name=$mc
218 netcdf_inc=""
219 netcdf_lib=""
220 netcdf_support=false
221 node_usage=default
222 numprocs=""
223 numprocs_atmos=0
224 numprocs_ocean=0
225 OOPT=""
226 openmp=false
227 output_list=""
228 package_list=""
229 queue=none
230 read_from_config=""
231 restart_run=false
232 if [[ `hostname` = rte10 ]]
233 then
234    return_addres=133.5.185.60
235    echo "+++ WARNING: fixed return_addres = $return_addres is used !!!!!"
236 elif [[ `hostname` = climate0 ]]
237 then
238    return_addres=165.132.26.68
239    echo "+++ WARNING: fixed return_addres = $return_addres is used !!!!!"
240 elif [[ `hostname` = urban00 ]]
241 then
242    return_addres=147.46.30.151
243    echo "+++ WARNING: fixed return_addres = $return_addres is used !!!!!"
244 else
245    return_addres=$(nslookup `hostname` 2>&1 | grep "Address:" | tail -1 | awk '{print $2}')
246 fi
247 return_password=""
248 return_username=$LOGNAME
249 remotecall=false
250 remote_username=""
251 run_coupled_model=false
252 run_mode=""
253 store_on_archive_system=false
254 dashes="  ----------------------------------------------------------------------------"
255 silent=false
256 source_list=""
257 source_path=SOURCE
258 tasks_per_node=""
259 threads_per_task=1
260 tmpcreate=false
261 tmp_data_catalog=""
262 transfer_problems=false
263 usern=$LOGNAME
264 use_openmp=false
265 version="MRUN  2.1 Rev$Rev: 1290 $"
266 working_directory=`pwd`
267 TOPT=""
268 XOPT=""
269 zeit=$( date | cut -c 12-19 )
270
271 typeset -i  iec=0 iic=0 iin=0 ioc=0 iout=0 stagein_anz=0 stageout_anz=0
272 typeset -x -i  memory=0   # HAS TO BE EXPORTED HERE, OTHERWISE AN UNKNOWN SIDE
273                           # SIDE EFFECT MAY CAUSE DATA LOSS WHEN GETOPTS IS READING THE
274                           # SCRIPT-OPTION ARGUMENTS
275 typeset -i  cputime i ii iia iii iio icycle inode ival jobges jobsek last_char_int maxcycle minuten nodes pes remaining_pes sekunden tp1
276
277
278
279    # ERROR HANDLING IN CASE OF EXIT
280 trap 'rm -rf  $working_directory/tmp_mrun
281       if [[ $locat != normal  &&  $locat != control_c ]]
282       then
283
284              # CARRY OUT ERROR-COMMANDS GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE (EC:)
285          (( i = 0 ))
286          while (( i < iec ))
287          do
288             (( i = i + 1 ))
289             printf "\n  *** Execution of ERROR-command:\n"
290             printf "  >>> ${err_command[$i]}\n"
291             eval  ${err_command[$i]}
292          done
293          if [[ -n $interpreted_config_file ]]
294          then
295             rm -rf  $interpreted_config_file
296          fi
297          if [[ -n .mrun_environment ]]
298          then
299             rm -rf  .mrun_environment
300          fi
301          if [[ $tmpcreate = true ]]
302          then
303             printf "\n  *** Contents of \"$TEMPDIR\":\n"
304             ls -al; cd
305             [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
306          fi
307          if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
308          then
309             echo "+++ killing dvrserver_id=$dvrserver_id"
310             kill $dvrserver_id
311          fi
312          if [[ -f ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID ]]
313          then
314             rm -rf  ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID
315          fi
316          printf "\n\n+++ MRUN killed \n\n"
317       elif [[ $locat != control_c ]]
318       then
319          printf "\n\n --> all actions finished\n\n"
320          printf "     Bye, bye $usern !!\n\n"
321       fi' exit
322
323
324    # ACTIONS IN CASE OF TERMINAL-BREAK (CONTROL-C):
325 trap 'rm -rf  $working_directory/tmp_mrun
326       rm -rf  $working_directory/tmp_check_namelist_files
327       [[ $tmpcreate = true ]]  &&  (cd; rm -rf $TEMPDIR)
328       if [[ -f ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID ]]
329       then
330          rm -rf  ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID
331       fi
332       if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
333       then
334          echo "+++ killing dvrserver_id=$dvrserver_id"
335          kill $dvrserver_id
336       fi
337       printf "\n+++ MRUN killed by \"^C\" \n\n"
338       locat=control_c
339       exit
340      ' 2
341
342
343    # CHECK IF THE PATH FOR THE PALM BINARIES (SCRIPTS+UTILITY-PROGRAMS) HAS
344    # BEEN SET
345 if [[ "$PALM_BIN" = "" ]]
346 then
347    printf "\n  +++ environment variable PALM_BIN has not been set"
348    printf "\n      please set it to the directory where the PALM scripts are located"
349    locat=palm_bin; exit
350 fi
351 export PATH=$PALM_BIN:$PATH
352
353
354
355    # READ SHELLSCRIPT-OPTIONS AND REBUILD THE MRUN-COMMAND STRING (MC),
356    # WHICH WILL BE USED TO START RESTART-JOBS
357 while  getopts  :a:AbBc:Cd:D:Fg:G:h:H:i:IkK:m:M:n:o:O:p:P:q:r:R:s:St:T:u:U:vw:xX:yY:zZ option
358 do
359   case  $option  in
360       (a)   afname=$OPTARG;;
361       (A)   store_on_archive_system=true; mc="$mc -A";;
362       (b)   do_batch=true; mc="$mc -b";;
363       (B)   delete_temporary_catalog=false; mc="$mc -B";;
364       (c)   config_file=$OPTARG; mc="$mc -c$OPTARG";;
365       (C)   restart_run=true; mc="$mc -C";;
366       (d)   fname=$OPTARG; mc="$mc -d$OPTARG";;
367       (D)   cpp_opts="$cpp_opts $OPTARG"; mc="$mc -D'$OPTARG'";;
368       (F)   job_on_file="-D"; mc="$mc -F";;
369       (g)   group_number=$OPTARG; mc="$mc -g$OPTARG";;
370       (G)   global_revision=$OPTARG; mc="$mc -G'$OPTARG'";;
371       (h)   host=$OPTARG; mc="$mc -h$OPTARG";;
372       (H)   fromhost=$OPTARG; mc="$mc -H$OPTARG";;
373       (i)   input_list=$OPTARG; mc="$mc -i'$OPTARG'";;
374       (I)   ignore_archive_error=true; mc="$mc -I";;
375       (k)   keep_data_from_previous_run=true; mc="$mc -k";;
376       (K)   additional_conditions="$OPTARG"; mc="$mc -K'$OPTARG'";;
377       (m)   memory=$OPTARG; mc="$mc -m$OPTARG";;
378       (M)   makefile=$OPTARG; mc="$mc -M$OPTARG";;
379       (n)   node_usage=$OPTARG; mc="$mc -n$OPTARG";; 
380       (o)   output_list=$OPTARG; mc="$mc -o'$OPTARG'";;
381       (O)   use_openmp=true; threads_per_task=$OPTARG; mc="$mc -O$OPTARG";;
382       (p)   package_list=$OPTARG; mc="$mc -p'$OPTARG'";;
383       (P)   return_password=$OPTARG; mc="$mc -P$OPTARG";;
384       (q)   queue=$OPTARG; mc="$mc -q$OPTARG";;
385       (r)   run_mode=$OPTARG; mc="$mc -r'$OPTARG'";;
386       (R)   remotecall=true;return_addres=$OPTARG; mc="$mc -R$OPTARG";;
387       (s)   source_list=$OPTARG; mc="$mc -s'$OPTARG'";;
388       (S)   read_from_config=false; mc="$mc -S";;
389       (t)   cpumax=$OPTARG; mc="$mc -t$OPTARG";;
390       (T)   mrun_tasks_per_node=$OPTARG; mc="$mc -T$OPTARG";;
391       (u)   remote_username=$OPTARG; mc="$mc -u$OPTARG";;
392       (U)   return_username=$OPTARG; mc="$mc -U$OPTARG";;
393       (v)   silent=true; mc="$mc -v";;
394       (w)   max_par_io_str=$OPTARG; mc="$mc -w$OPTARG";;
395       (x)   do_trace=true;set -x; mc="$mc -x";;
396       (X)   numprocs=$OPTARG; mc="$mc -X$OPTARG";;
397       (y)   ocean_file_appendix=true; mc="$mc -y";;
398       (Y)   run_coupled_model=true; coupled_dist=$OPTARG; mc="$mc -Y'$OPTARG'";;
399       (z)   check_namelist_files=false; mc="$mc -z";;
400       (Z)   combine_plot_fields=false; mc="$mc -Z";;
401       (\?)  printf "\n  +++ unknown option $OPTARG \n"
402             printf "\n  --> type \"$0 ?\" for available options \n"
403             locat=parameter;exit;;
404   esac
405 done
406
407
408    # SKIP GIVEN OPTIONS TO READ POSITIONAL PARAMETER, IF GIVEN
409    # CURRENTLY ONLY PARAMETER ? (TO OUTPUT A SHORT COMMAND INFO) IS ALLOWED
410 (( to_shift = $OPTIND - 1 ))
411 shift $to_shift
412
413    # PRINT SHORT DESCRIPTION OF MRUN OPTIONS
414 if [[ "$1" = "?" ]]
415 then
416   (printf "\n  *** mrun can be called as follows:\n"
417    printf "\n      $mrun_script_name  -b -c.. -d.. -D.. -f.. -F -h.. -i.. -I -K.. -m.. -o.. -p.. -r.. -R -s.. -t.. -T.. -v -x -X.. -y -Y.. -z -Z <modus> \n"
418    printf "\n      Description of available options:\n"
419    printf "\n      Option  Description                              Default-Value"
420    printf "\n        -a    base name of input files                 equiv. -d"
421    printf "\n        -A    archiving when using file-attribute fl"
422    printf "\n        -b    batch-job on local machine               ---"
423    printf "\n        -B    do not delete temporary directory at end ---"
424    printf "\n        -c    configuration file                       .mrun.config"
425    printf "\n        -d    base name of files attached to program   test"
426    printf "\n        -D    preprocessor(cpp)-directives             \"\" "
427    printf "\n        -F    create remote job file only              ---"
428    printf "\n        -h    execution host                           $localhost_realname"
429    printf "\n        -i    INPUT control list                       \"\" "
430    printf "\n        -I    archiving errors of previous batch-jobs"
431    printf "\n              will be ignored"
432    printf "\n        -k    keep data from previous run"
433    printf "\n        -K    additional conditions for controling"
434    printf "\n              usage of conditional code and"
435    printf "\n              env-variables in configuration file      \"\" "
436    printf "\n        -m    memory demand in MB (batch-jobs)         0 MB"
437    printf "\n        -M    Makefile name                            Makefile"
438    printf "\n        -n    node usage (shared/not_shared)           depending on -h"
439    printf "\n        -o    OUTPUT control list                      \"\" "
440    printf "\n        -O    use OpenMP                               ---"
441    printf "\n        -p    software package list                    \"\" "
442    printf "\n        -q    queue                                    \"$queue\" "
443    printf "\n        -r    run control list (combines -i -o)        \"\" "
444    printf "\n        -s    filenames of routines to be compiled     \"\" "
445    printf "\n              must end with .f, .f90, .F, or .c !"
446    printf "\n              use \"..\" for more than one file and wildcards"
447    printf "\n              -s LM compiles all locally modified files"
448    printf "\n        -S    config file interpreted by shellscript   ---"
449    printf "\n        -t    allowed cpu-time in seconds (batch)      0"
450    printf "\n        -T    tasks per node                           depending on -h"
451    printf "\n        -u    username on remote machine               \"\" "
452    printf "\n        -v    no prompt for confirmation               ---"
453    printf "\n        -w    maximum parallel io streams              as given by -X"
454    printf "\n        -x    tracing of mrun for debug purposes       ---"
455    printf "\n        -X    # of processors (on parallel machines)   1"
456    printf "\n        -y    add appendix \"_O\" to all local output"
457    printf "\n              files (ocean precursor runs followed by"
458    printf "\n              coupled atmosphere-ocean runs)           ---"
459    printf "\n        -Y    run coupled model, \"#1 #2\" with" 
460    printf "\n              #1 atmosphere and #2 ocean processors    \"#/2 #/2\" depending on -X"
461    printf "\n        -z    disable a priori parameter file check    ---"
462    printf "\n        -Z    skip combine_plot_fields at the end of      "
463    printf "\n              the simulation                           ---"
464    printf "\n "
465    printf "\n      Possible values of positional parameter <modus>:"
466    printf "\n        \"?\"       -  this outline \n\n") | more
467    exit
468 elif [[ "$1" != "" ]]
469 then
470    printf "\n  +++ positional parameter $1 unknown \n"
471    locat=parameter; exit
472 fi
473
474
475
476    # SHORT STARTING MESSAGE
477 printf "\n*** $version "
478 printf "\n    will be executed.     Please wait ..."
479
480
481
482    # CHECK, IF CONFIGURATION FILE EXISTS
483 if [[ ! -f $config_file ]]
484 then
485    printf "\n\n  +++ configuration file: "
486    printf "\n           $config_file"
487    printf "\n      does not exist"
488    locat=connect; exit 
489 fi
490
491
492    # DETERMINE THE HOST-IDENTIFIER (localhost) FROM THE CONFIGURATION FILE
493 line=""
494 grep  "%host_identifier"  $config_file  >  tmp_mrun
495 while read line
496 do
497    if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
498    then
499       HOSTNAME=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
500       host_identifier=`echo $line | cut -d" " -s -f3`
501       if [[ $localhost_realname = $HOSTNAME ]]
502       then
503          localhost=$host_identifier
504          break
505       fi
506    fi
507 done < tmp_mrun
508
509 if [[ "$localhost" = "" ]]
510 then
511    printf "\n\n  +++ no host identifier found in configuration file \"$config_file\""
512    printf "\n      for local host \"$localhost_realname\"."
513    printf "\n      Please add line"
514    printf "\n      \"\%host_identifier $localhost_realname <identifier>\""
515    printf "\n      to the configuration file."
516    locat=localhost; exit
517 fi
518
519
520    # SET HOST-SPECIFIC VARIABLES
521 case  $localhost_realname  in
522     (r1*|r2*|h01*|b01*)     archive_system=tivoli;;
523     (cs*)                   archive_system=ut;;
524 esac
525
526
527    # ??? THIS SHOULD BE DECRIBED IN THE MRUN DOCUMENTATION ???
528    # SET BASENAME OF THE INPUT-FILES TO THE GENERAL BASENAME (GIVEN BY OPTION -d),
529    # IF IT HAS NOT BEEN SET BY THE USER DIFFERENTLY (USING OPTION -a)
530 [[ "$afname" = "" ]]  &&  afname=$fname
531
532
533    # ADD RUN-FILE ACTIVATION STRINGS (GIVEN BY OPTION -r) TO THE
534    # RESPECTIVE LISTS FOR ACTIVATING THE INPUT/OUTPUT FILE CONNECTION
535    # STATEMENTS IN THE CONFIGURATION FILE
536 if [[ "$run_mode" != "" ]]
537 then
538    input_list="$input_list $run_mode"
539    output_list="$output_list $run_mode"
540 fi
541
542
543    # ??? is this (and the respective option -H) really required ???
544    # STORE HOSTNAME, FROM WHICH THE JOB IS STARTED,
545    # BUT ONLY IF IT HASN'T BEEN ALREADY SET BY OPTION -H
546    # (MRUN IS AUTOMATICALLY SETTING THIS OPTION IN THE MRUN-CALLS WITHIN
547    # THOSE BATCH-JOBS, WHICH ARE CREATED BY MRUN ITSELF)
548 if [[ "$fromhost" = "" ]]
549 then
550    fromhost=$localhost
551 fi
552
553
554    # CHECK, IF EXECUTION SHALL TO BE DONE ON THE REMOTE-MACHINE.
555    # VALUE OF do_remote IS IMPORTANT FOR THE FILE CONNECTIONS.
556    # IN CASE OF EXECUTION ON A REMOTE-MACHINE, A BATCH-JOB HAS
557    # TO BE SUBMITTED (I.E. do_bacth=true)
558 if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
559 then
560    do_batch=true
561    do_remote=true
562    case  $host  in
563        (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|nech|lccrayb|lccrayh|lccrayf|lcflow|lckyoto|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckiaps|lckordi|lckyuh|lckyut|lcsb)  true;;
564        (*)  printf "\n"
565             printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
566             printf "\n      is not available"
567             locat=nqs; (( iec = 0 )); exit;;
568    esac
569 else
570    host=$localhost
571 fi
572
573
574     # EVALUATE ADDITIONAL CONDITIONS GIVEN BY OPTION -K
575 if [[ -n $additional_conditions ]]
576 then
577    cond1=`echo $additional_conditions | cut -d" " -f1`
578    cond2=`echo $additional_conditions | cut -d" " -s -f2`
579    dummy=`echo $additional_conditions | cut -d" " -s -f3`
580    if [[ -n $dummy ]]
581    then
582       printf "\n  +++ more than 2 additional conditions given for Option \"-K\""
583       locat=options; exit
584    fi
585    block=_$cond1
586    [[ -n $cond2 ]]  &&  block=${block}_$cond2
587 fi
588
589
590      # EVALUATE MODEL COUPLING FEATURES (OPTION -Y) AND DETERMINE coupled_mode
591 if [[ $run_coupled_model = true ]] 
592 then
593
594    numprocs_atmos=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f1`
595    numprocs_ocean=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f2`
596
597    if (( $numprocs_ocean + $numprocs_atmos != $numprocs ))
598    then
599
600       printf "\n  +++ number of processors does not fit to specification by \"-Y\"."
601       printf "\n      PEs (total)     : $numprocs"
602       printf "\n      PEs (atmosphere): $numprocs_atmos"
603       printf "\n      PEs (ocean)     : $numprocs_ocean"
604       locat=coupling; exit
605
606    fi
607
608
609       # GET coupled_mode FROM THE CONFIG FILE
610    line=""
611    grep  "%cpp_options.*-D__mpi2.*$host" $config_file  >  tmp_mrun
612    while read line
613    do
614       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" &&  $(echo $line | cut -d" " -s -f4) = $cond1 && $(echo $line | cut -d" " -s -f4)  = $cond2 ]]
615       then
616          coupled_mode="mpi2"
617       fi
618    done < tmp_mrun
619
620 fi
621
622
623    # CHECK, IF FILE-ARCHIVING HAS FAILED IN PREVIOUS JOB (OF A JOB-CHAIN)
624 if [[ -f ~/job_queue/ARCHIVE_ERROR_$fname ]]
625 then
626    if [[ $ignore_archive_error = false ]]
627    then
628       printf "\n  +++ data archiving of previous run failed"
629       printf "\n      see directory \~/job_queue on remote machine"
630       locat=archive; exit
631    else
632       printf "\n  +++ warning: data archiving in a previous run failed"
633       printf "\n      MRUN continues, trying to get backup copy"
634    fi
635 fi
636
637
638    # SAVE VALUES OF MRUN-OPTIONS SICHERN IN ORDER TO OVERWRITE
639    # THOSE VALUES GIVEN IN THE CONFIGURATION-FILE
640 mrun_memory=$memory
641 mrun_group_number=$group_number
642 mrun_cpumax=$cpumax
643 mrun_numprocs=$numprocs
644
645
646    # READ AND EVALUATE THE CONFIGURATION-FILE FROM WITHIN THIS SHELLSCRIPT
647    # (OPTION -S). THE DEFAULT IS USING THE ROUTINE interpret_config
648 if [[ "$read_from_config" = false ]]
649 then
650
651    [[ $silent = false ]]  &&  printf "\n    Reading the configuration file... "
652
653       # READ THE CONFIGURATION FILE LINE BY LINE
654    while  read zeile
655    do
656        [[ $silent = false ]]  &&  printf "."
657
658
659          # FIRST REPLACE ENVIRONMENT-VARIABLES BY THEIR RESPECTIVE VALUES
660       eval  zeile=\"$zeile\"
661
662
663          # INTERPRET THE LINE
664       if [[ "$(echo $zeile)" = "" ]]
665       then
666             # EMPTY LINE, NO ACTION
667          continue
668
669       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1)"  =  "#" ]]
670       then
671
672             # LINE IS A COMMENT LINE
673          true
674
675       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1)"  =  "%" ]]
676       then
677
678             # LINE DEFINES AN ENVIRONMENT-VARIABLE
679          zeile=$(echo $zeile | cut -c2-)
680          var=`echo $zeile | cut -d" " -f1`
681          value=`echo $zeile | cut -d" " -s -f2`
682          for_host=`echo $zeile | cut -d" " -s -f3`
683          for_cond1=`echo $zeile | cut -d" " -s -f4`
684          for_cond2=`echo $zeile | cut -d" " -s -f5`
685
686          if [[ "$for_host" = ""  ||  ( "$for_host" = $host  &&  "$for_cond1" = "$cond1"  &&  "$for_cond2" = "$cond2" )  ||  $(echo "$input_list$output_list"|grep -c "$for_host") != 0 ]]
687          then
688
689                # REPLACE ":" BY " " IN COMPILER- CPP- OR LINKER-OPTIONS,
690                # "::" IS REPLACED BY ":".
691             value=`echo $value | sed 's/::/%DUM%/g' | sed 's/:/ /g' | sed 's/%DUM%/:/g'`
692
693
694                # VALUE FROM THE CONFIGURATION-FILE IS ASSIGNED TO THE
695                # ENVIRONMENT-VARIABLE, BUT ONLY IF NO VALUE HAS BEEN ALREADY
696                # ASSIGNED WITHIN THIS SCRIPT (E.G. BY SCRIPT-OPTIONS).
697                # NON-ASSIGNED VARIABLES HAVE VALUE "" OR 0 (IN CASE OF INTEGER).
698                # HENCE THE GENERAL RULE IS: SCRIPT-OPTION OVERWRITES THE
699                # CONFIGURATION-FILE.
700             if [[ "$(eval echo \$$var)" = ""  ||  "$(eval echo \$$var)" = "0" ]]
701             then
702                eval  $var=\$value
703
704                   # TERMINAL OUTPUT OF ENVIRONMENT-VARIABLES, IF TRACEBACK IS SWITCHED on
705                if [[ $do_trace = true ]]
706                then
707                   printf "\n*** ENVIRONMENT-VARIABLE $var = $value"
708                fi
709             fi
710
711                # IF AN ENVIRONMENT-VARIABLE DETERMINES THE HOST, THEN EVALUATE IT IMMEDIATELY:
712                # VALUE OF do-remote IS REQUIRED FOR THE FILE CONNECTIONS (COPY OF I/O FILES).
713                # IF EXECUTION IS SCHEDULED FOR A REMOTE-MASCHINE, A BATCH-JOB
714                # MUST HAVE TO BE STARTED
715             if [[ $var = host ]]
716             then
717                if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
718                then
719                   do_batch=true
720                   do_remote=true
721                   case  $host  in
722                       (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|lccrayb|lccrayh|lccrayf|lcflow|lckyoto|nech|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckiaps|lckordi|lckyuh|lckyut|lcsb)  true;;
723                       (*)  printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
724                            printf "\n      is not available"
725                            locat=nqs; exit;;
726                   esac
727                else
728                   host=$localhost
729                fi
730             fi
731
732                # USER-DEFINED ENVIRONMENT VARIABLES MUST BE EXPORTED,
733                # BECAUSE THEY MAY BE REQUIRED IN OTHER SCRIPTS CALLED
734                # BY MRUN (E.G. subjob)
735             export  $var
736          fi
737
738
739
740
741       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "EC:" ]]
742       then
743
744             # LINE DEFINES ERROR-COMMAND
745          (( iec = iec + 1 ))
746          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
747          err_command[$iec]="$zeile"
748
749       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "IC:" ]]
750       then
751
752             # LINE DEFINES INPUT-COMMAND
753          (( iic = iic + 1 ))
754          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
755          in_command[$iic]="$zeile"
756
757       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "OC:" ]]
758       then
759
760             # LINE DEFINES OUTPUT-COMMAND
761          (( ioc = ioc + 1 ))
762          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
763          out_command[$ioc]="$zeile"
764
765       else
766
767             # LINE DEFINES FILE CONNECTION. READ THE FILE ATTRIBUTES.
768             # s2a: in/out - field
769             # s2b: loc    - field (optional)
770             # s2c: tr/ar  - field (optional)
771          s1=`echo $zeile | cut -d" " -f1`
772          s2=`echo $zeile | cut -d" " -s -f2`
773          s2a=$(echo $s2 | cut -d":" -f1)
774          if [[ $(echo $s2 | grep -c ":") = 0 ]]
775          then
776             s2b=""
777             s2c=""
778          else
779             s2b=`echo $s2 | cut -d":" -f2 | sed 's/:/ /g'`
780             s2c=`echo $s2 | cut -d":" -s -f3 | sed 's/:/ /g'`
781          fi
782          s3=`echo $zeile | cut -d" " -f3`
783          s4=`echo $zeile | cut -d" " -s -f4`
784          s5=`echo $zeile | cut -d" " -s -f5`
785          s6=`echo $zeile | cut -d" " -s -f6`
786
787       
788             # STORE FILE CONNECTION, IF ACTIVATED BY ACTIVATION-STRING FROM
789             # INPUT- OR OUTPUT-LIST.
790             # VARIABLE S3 MAY CONTAIN A LIST OF ACTIVATION STRINGS (FIELD-SEPERATOR ":").
791             # IF EXECUTION IS SCHEDULED FOR A REMOTE-MACHINE AND THE FILE IS ONLY
792             # LOCALLY REQUIRED ON THAT MACHINE (I.E. s2b = loc), THE FILE CONNECTION
793             # IS NOT CHECKED AND STORED.
794          IFSALT="$IFS"; IFS="$IFS:"
795          if [[ "$s2a" = in  &&  ! ( $do_remote = true  &&  ( "$s2b" = loc  ||  "$s2b" = locopt ) ) ]]
796          then
797             found=false
798             for  actual  in  $input_list
799             do
800                for  formal  in  $s3
801                do
802                   [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-" ]]  &&  found=true
803                done
804             done
805             if [[ $found = true ]]
806             then
807                (( iin = iin + 1 ))
808                localin[$iin]=$s1; transin[$iin]=$s2b; actionin[$iin]=$s2c;
809                typein[$iin]=$s3; pathin[$iin]=$s4; endin[$iin]=$s5;
810                extin[$iin]=$s6
811             fi
812          elif [[ "$s2a" = out  &&  ! ( $do_remote = true  &&  "$s2b" = loc ) ]]
813          then
814             found=false
815             for  actual  in  $output_list
816             do
817                for  formal  in  $s3 
818                do
819                   [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-"  ]]  &&  found=true
820                done
821             done
822             if [[ $found = true ]]
823             then
824                (( iout = iout + 1 ))
825                localout[$iout]=$s1; actionout[$iout]=$s2c; typeout[$iout]=$s3;
826                pathout[$iout]=$s4; endout[$iout]=$s5; extout[$iout]=$s6
827             fi
828          elif [[ "$s2a" != in  &&  "$s2a" != out ]]
829          then
830             printf "\n  +++ I/O-attribute in configuration file $config_file has the invalid"
831             printf "\n      value \"$s2\". Only \"in\" and \"out\" are allowed!"
832             locat=connect; exit
833          fi
834          IFS="$IFSALT"
835       fi
836    done < $config_file
837
838 else
839
840
841       # EVALUATE THE CONFIGURATION-FILE BY FORTRAN-PROGRAM
842    [[ $silent = false ]]  &&  printf "..."
843    interpreted_config_file=.icf.$RANDOM
844
845
846
847       # PROVIDE VALUES OF ENVIRONMENT-VARIABLE FOR interpret_config VIA NAMELIST-FILE
848    cat  >  .mrun_environment  <<  %%END%%
849 &mrun_environment  cond1 = '$cond1', cond2 = '$cond2',
850                    config_file = '$config_file', do_remote = '$do_remote',
851                    do_trace = '$do_trace', host = '$host',
852                    input_list = '$input_list', icf = '$interpreted_config_file',
853                    localhost = '$localhost', output_list = '$output_list' /
854
855%%END%%
856
857    if [[ "$host" != $localhost ]]
858    then
859
860          # REMOTE JOB FROM LOCAL HOST: JUST TAKE THE FIRST EXECUTABLE FOUND
861       interpret_config_executable=`ls -1 ${PALM_BIN}/interpret_config*.x 2>/dev/null`
862       if [[ $? != 0 ]]
863       then
864          printf "\n\n  +++ no interpret_config found"
865          printf "\n      run \"mbuild -u -h ...\" to generate utilities for this host"
866          locat=interpret_config; exit
867       fi
868       interpret_config_executable=`echo $interpret_config_executable | cut -d" " -f1`
869       $interpret_config_executable
870
871    else
872
873          # CHECK, IF THERE IS AN EXECUTABLE FOR THE BLOCK
874       if [[ ! -f ${PALM_BIN}/interpret_config${block}.x ]]
875       then
876          printf "\n\n  +++ no interpret_config found for given block \"$cond1 $cond2\""
877          printf "\n      run \"mbuild -u -h ...\" to generate utilities for this block"
878          locat=interpret_config; exit
879       else
880          interpret_config${block}.x
881       fi
882
883    fi
884    rm .mrun_environment
885
886
887       # EXECUTE SHELL-COMMANDS GENERATED BY interpret_config WITHIN THIS SHELL
888    chmod  u+x  $interpreted_config_file
889    export PATH=$PATH:.
890    . $interpreted_config_file
891    rm  $interpreted_config_file
892
893 fi
894
895
896    # VALUES OF MRUN-OPTIONS OVERWRITE THOSE FROM THE CONFIGURATION-FILE
897 [[ $mrun_memory     != 0   ]]  &&  memory=$mrun_memory
898 [[ "$mrun_group_number" != "none" ]]  &&  group_number=$mrun_group_number
899 [[ $mrun_cpumax     != 0   ]]  &&  cpumax=$mrun_cpumax
900 [[ "$mrun_numprocs" != ""  ]]  &&  numprocs=$mrun_numprocs
901 [[ "$max_par_io_str" != "" ]]  &&  maximum_parallel_io_streams=$max_par_io_str
902 [[ "$mrun_tasks_per_node" != "" ]]  &&  tasks_per_node=$mrun_tasks_per_node
903
904
905    # ON THE LOCAL MACHINE, DETERMINE (FROM THE CONFIGURATION-FILE) THE PATH
906    # FOR SOURCE-FILES TO BE COMPILED.
907    # IN A BATCH-JOB, SOURCES (ROUTINES TO BE COMPILED) ARE COMPLETE ALREADY.
908    # BEFORE MRUN IS CALLED IN THE JOB, SOURCES_COMPLETE = true IS ASSIGNED (SEE FURTHER BELOW).
909 if [[ "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
910 then
911
912       # FIRST CHECK, IF A GLOBAL SOURCE PATH (TO BE USED FOR ALL HOSTS)
913       # HAS BEEN DEFINED
914    source_path=""
915    line=""
916    grep "%source_path" $config_file  >  tmp_mrun
917    while read line
918    do
919       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
920       then
921          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -f3)" = "" ]]
922          then
923             global_source_path=`echo $line | cut -d" " -f2`
924          fi
925       fi
926    done  <  tmp_mrun
927
928    line=""
929    found=false
930    grep  " $localhost" $config_file | grep "%source_path"  >  tmp_mrun
931    while read line
932    do
933       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
934       then
935          if [[ $found = true ]]
936          then
937             printf "\n\n  +++ more than one source path found in configuration file"
938             printf "\n      for local host \"$localhost\" "
939             locat=source_path; exit
940          fi
941          source_path=`echo $line | cut -d" " -f2`
942          found=true
943       fi
944    done  <  tmp_mrun
945    rm  tmp_mrun
946
947    if [[ "$source_path" = "" ]]
948    then
949       if [[ "$global_source_path" != "" ]]
950       then
951          source_path=$global_source_path
952       else
953          printf "\n\n  +++ no source path found in configuration file"
954          printf "\n      for local host \"$localhost\" "
955          locat=source_path; exit
956       fi
957    fi
958    eval source_path=$source_path
959
960    if [[ ! -d $source_path ]]
961    then
962       printf "\n\n  +++ source path \"$source_path\" on local host"
963       printf "\n      \"$localhost\" does not exist"
964       locat=source_path; exit
965    fi
966
967 fi
968
969
970    # GET THE GLOBAL REVISION-NUMBER OF THE SVN-REPOSITORY
971    # (HANDED OVER TO RESTART-RUNS USING OPTION -G)
972 if [[ "$global_revision" = ""  &&  $host != "ibmkisti" ]]
973 then
974    global_revision=`svnversion $source_path  2>/dev/null`
975    global_revision="Rev: $global_revision"
976 fi
977
978
979    # ??? das darf doch eigentlich garnicht passieren, weil optionen config-datei uebersteuern ???
980    # CHECK AGAIN, IF EXECUTION SHALL BE DONE ON A REMOTE-HOST (BATCH-JOB).
981    # (HOST MAY HAVE CHANGED DUE TO SETTINGS IN THE CONFIGURATION-FILE)
982 if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
983 then
984    do_batch=true
985    do_remote=true
986    case  $host  in
987        (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|lccrayb|lccrayh|lccrayf|lcflow|lckyoto|nech|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckiaps|lckordi|lckyuh|lckyut|lcsb)  true;;
988        (*)  printf "\n"
989             printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
990             printf "\n      is not available"
991             locat=nqs; (( iec = 0 )); exit;;
992    esac
993 else
994    host=$localhost
995 fi
996
997
998    # IN CASE OF PARALLEL EXECUTION, CHECK SOME SPECIFICATIONS CONCERNING PROCESSOR NUMBERS
999 if [[ "$cond1" = parallel  ||  "$cond2" = parallel ]]
1000 then
1001
1002       # CHECK, IF NUMBER OF CORES TO BE USED HAS BEEN GIVEN
1003    if [[ ! -n $numprocs ]]
1004    then
1005       printf "\n"
1006       printf "\n  +++ option \"-K parallel\" requires additional specification"
1007       printf "\n      of the number of processors to be used by"
1008       printf "\n      mrun-option \"-X\" or by environment-variable"
1009       printf "\n      \"numprocs\" in the configuration file"
1010       locat=numprocs; (( iec = 0 )); exit 
1011    fi
1012
1013       # CHECK, IF THE NUMBER OF CORES PER NODE HAS BEEN GIVEN UND IF IT IS AN
1014       # INTEGRAL DIVISOR OF THE TOTAL NUMBER OF CORES GIVEN BY OPTION -X
1015    if [[ "$tasks_per_node" = ""  &&  $host != lcflow  &&  $host != lcxt5m ]]
1016    then
1017       printf "\n"
1018       printf "\n  +++ option \"-T\" (tasks per node) is missing"
1019       printf "\n      set -T option or define tasks_per_node in the config file"
1020       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit 
1021    fi
1022
1023    if (( numprocs < tasks_per_node ))
1024    then
1025       printf "\n"
1026       printf "\n  +++ tasks per node (-T) cannot exceed total number of processors (-X)"
1027       printf "\n      given values: -T $tasks_per_node  -X $numprocs"
1028       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit 
1029    fi
1030
1031    if [[ $host != lcflow  &&  $host != lcxt5m ]]
1032    then
1033       (( nodes = numprocs / ( tasks_per_node * threads_per_task ) ))
1034       (( ival = $tasks_per_node ))
1035       (( pes = numprocs ))
1036       (( ii = pes / ival ))
1037       (( remaining_pes =  pes - ii * ival ))
1038       if (( remaining_pes > 0 ))
1039       then
1040          printf "\n"
1041          printf "\n  +++ WARNING: tasks per node (option \"-T\") is not an integral"
1042          printf "\n      divisor of the total number of processors (option \"-X\")"
1043          printf "\n      values of this mrun-call: \"-T $tasks_per_node\" \"-X $numprocs\""
1044          printf "\n      One of the nodes is filled with $remaining_pes instead of $tasks_per_node tasks"
1045          (( nodes = nodes + 1 ))
1046       fi
1047    fi
1048
1049
1050       # SETTINGS FOR SUBJOB-COMMAND
1051    OOPT="-O $threads_per_task"
1052
1053       # SET THE TOTAL NUMBER OF NODES, REQUIRED FOR THE SUBJOB-COMMAND (SEE FURTHER BELOW)
1054    if [[ "$tasks_per_node" != "" ]]
1055    then
1056       TOPT="-T $tasks_per_node"
1057    fi
1058
1059       # CHECK node_usage FOR ALLOWED VALUES AND SET DEFAULT VALUE, IF NECESSARY
1060    if [[ $node_usage = default ]]
1061    then
1062       if [[ $host = ibms ]]
1063       then
1064          node_usage=shared
1065       else
1066          node_usage=not_shared
1067       fi
1068    fi
1069
1070    if [[ $node_usage != shared  &&  $node_usage != not_shared  &&  $node_usage != singlejob  &&  "$(echo $node_usage | cut -c1-3)" != "sla" ]]
1071    then
1072       printf "\n"
1073       printf "\n  +++ node usage (option \"-n\") is only allowed to be set"
1074       printf "\n      \"shared\" or \"not_shared\""
1075       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit 
1076    fi
1077
1078 fi
1079
1080    # CHECK IF HOSTFILE EXISTS
1081 if [[ -n $hostfile ]]
1082 then
1083    if [[ ! -f $hostfile ]]
1084    then
1085       printf "\n"
1086       printf "\n  +++ hostfile \"$hostfile\" does not exist"
1087       locat=hostfile; exit
1088    fi
1089 fi
1090
1091
1092    # SET DEFAULT VALUE FOR THE MAXIMUM NUMBER OF PARALLEL IO STREAMS
1093 if [[ "$maximum_parallel_io_streams" = "" ]]
1094 then
1095    maximum_parallel_io_streams=$numprocs
1096 fi
1097
1098
1099    # SET PORT NUMBER OPTION FOR CALLS OF SSH/SCP, subjob AND batch_scp SCRIPTS
1100 if [[ "$scp_port" != "" ]]
1101 then
1102    PORTOPT="-P $scp_port"
1103    SSH_PORTOPT="-p $scp_port"
1104 fi
1105
1106
1107    # SET DEFAULT-QUEUE, IF NOT GIVEN
1108 if [[ $queue = none ]]
1109 then
1110    case  $host  in
1111        (ibmh)       queue=cluster;;
1112        (ibmkisti)   queue=class.32plus;;
1113        (lckiaps)    queue=normal;;
1114        (lckyoto)    queue=ph;;
1115        (lckyuh)     queue=fx-single;;
1116        (lckyut)     queue=cx-single;;
1117        (lctit)      queue=S;;
1118        (nech)       queue=none;;
1119        (unics)      queue=unics;;
1120    esac
1121 fi
1122
1123
1124    # GENERATE FULL FILENAMES OF INPUT-FILES, INCLUDING THEIR PATH
1125    # CHECK, IF INPUT-FILES EXIST, AND DETERMINE HIGHEST CYCLE NUMBER (IF CYCLES EXIST)
1126 (( i = 0 ))
1127 while (( i < iin ))
1128 do
1129    (( i = i + 1 ))
1130    (( maxcycle = 0 ))
1131
1132       # GENERATE PATH AND FULL FILE NAME (then-BRANCH: FIXED FULL NAME IS GIVEN, I.E. THE
1133       # FILE IDENTIFIER IS NOT PART OF THE FILENAME))
1134    if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1135    then
1136       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${endin[$i]}  # EVALUATE REMOTE-PATH ON THE REMOTE
1137                                                    # HOST ONLY
1138       eval filename=${pathin[$i]}/${endin[$i]}
1139    else
1140       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}  # EVALUATE REMOTE-PATH ON THE REMOTE
1141                                                             # HOST ONLY
1142       eval filename=${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}
1143    fi
1144    eval pathname=${pathin[$i]}
1145
1146       # SAVE INPUT FILE NAME FOR PARAMETER FILE CHECK
1147    if [[ ("${transin[$i]}" = job) && (-f $filename) ]]
1148    then
1149       filename_input=$filename
1150    fi
1151
1152       # CHECK IF FILE EXISTS
1153    if [[ $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "not found") = 1  || \
1154          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "nicht gefunden") = 1  || \
1155          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "No such file") = 1  || \
1156          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "does not exist") = 1 ]]
1157    then
1158
1159          # FILES WITH ATTRIBUTE locopt ARE OPTIONAL. NO ABORT, IF THEY DO NOT EXIST.
1160       if [[ "${transin[$i]}" != "locopt" ]]
1161       then
1162          printf "\n\n  +++ INPUT-file: "
1163          if [[ "${extin[$i]}" = "" ]]
1164          then
1165             printf "\n           $filename"
1166          else
1167             printf "\n           $filename.${extin[$i]}"
1168          fi
1169          printf "\n      does not exist\n"
1170          locat=input; exit
1171       else
1172          transin[$i]="unavailable"
1173       fi
1174    else
1175
1176          # DETERMINE THE FILE'S CYCLE NUMBER
1177       ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1178       ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1179       while  read zeile
1180       do
1181          cycle=$(echo $zeile | cut -f2 -d".")
1182          if [[ "$cycle" = "$zeile" ]]
1183          then
1184             (( icycle = 0 ))
1185          elif [[ "$cycle" = "${extin[$i]}" ]]
1186          then
1187             (( icycle = 0 ))
1188          else
1189             (( icycle = $cycle ))
1190          fi
1191          if (( icycle > maxcycle ))
1192          then
1193             (( maxcycle = icycle ))
1194             file_to_be_used=$zeile
1195          fi
1196       done <filelist
1197       rm filelist
1198
1199          # APPEND CYCLE NUMBER TO FILENAME
1200       if (( maxcycle > 0 ))
1201       then
1202          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1203          then
1204             filename=${filename}.$maxcycle.${extin[$i]}
1205          else
1206             filename=${filename}.$maxcycle
1207          fi
1208       else
1209          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1210          then
1211             filename=${filename}.${extin[$i]}
1212          fi
1213       fi
1214       
1215          # STORE FILENAME WITHOUT PATH BUT WITH CYCLE NUMBER,
1216          # BECAUSE IT MIGHT BE REQUIRED LATER TO RESTORE THE FILE FROM AN ARCHIVE-SYSTEM
1217       absnamein[$i]=$filename
1218       if (( maxcycle > 0 ))
1219       then
1220          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1221          then
1222             frelin[$i]=${endin[$i]}.$maxcycle
1223          else
1224             frelin[$i]=${afname}${endin[$i]}.$maxcycle
1225          fi
1226       else
1227          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1228          then
1229             frelin[$i]=${endin[$i]}
1230          else
1231             frelin[$i]=${afname}${endin[$i]}
1232          fi
1233       fi
1234
1235    fi
1236 done
1237   
1238    # GENERATE FULL FILENAMES OF OUTPUT-FILES (WITHOUT $ OR ~),
1239    # CHECK, IF OUTPUT-FILES EXIST, AND DETERMINE HIGHEST CYCLE NUMBER (IF CYCLES EXIST),
1240    # OR, IN CASE THAT FILE DOES NOT EXIST, CHECK, IF IT CAN BE CREATED 
1241    # THESE ACTIONS ARE NOT CARRIED OUT, IF FILES SHALL BE TRASFERRED FROM THE REMOTE TO
1242    # THE LOCAL HOST (BECAUSE THEIR IS NO DIRECT ACCESS TO THE LOCAL DIRECTORIES FROM THE
1243    # REMOTE HOST)
1244 (( i = 0 ))
1245 while (( i < iout ))
1246 do
1247    (( i = i + 1 ))
1248    if [[ ! ( $fromhost != $localhost  &&  ( "${actionout[$i]}" = tr || "${actionout[$i]}" = tra || "${actionout[$i]}" = trpe ) ) ]]
1249    then
1250       if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
1251       then
1252          actionout[$i]=""
1253       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe ]]
1254       then
1255          actionout[$i]=pe
1256       elif [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
1257       then
1258          actionout[$i]=a
1259       fi
1260       (( maxcycle = 0 ))
1261       eval filename=${pathout[$i]}/${fname}${endout[$i]}
1262       eval catalogname=${pathout[$i]}
1263       if [[ $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "not found") = 1  || \
1264             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "nicht gefunden") = 1  || \
1265             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "No such file") = 1  || \
1266             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "does not exist") = 1 ]]
1267       then
1268     
1269             # IF OUTPUT-FILE DOES NOT EXIST CHECK, IF IT CAN BE CREATED
1270          if  cat /dev/null > $filename 
1271          then
1272             rm  $filename
1273          else
1274
1275                # CHECK, IF THE DIRECTORY WHERE FILE SHALL BE COPIED TO EXISTS
1276                # IF IT DOES NOT EXIST, TRY TO CREATE IT
1277             if [[ ! -d $catalogname ]]
1278             then
1279                if  mkdir -p  $catalogname
1280                then
1281                   printf "\n\n  *** directory:"
1282                   printf "\n           $catalogname"
1283                   printf "\n      was created\n"
1284                else
1285                   printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1286                   printf "\n           $filename"
1287                   printf "\n      cannot be created, because directory does not exist"
1288                   printf "\n      and cannot be created either"
1289                   printf "\n"
1290                   locat=output  ; exit
1291                fi 2>/dev/null
1292             else
1293                printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1294                printf "\n           $filename"
1295                printf "\n      cannot be created, although directory exists"
1296                printf "\n"
1297                locat=output  ; exit
1298             fi
1299          fi 2>/dev/null
1300       else
1301
1302             # DETERMINE THE CYCLE NUMBER
1303          ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1304          ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1305          while  read zeile
1306          do
1307             cycle=$(echo $zeile | cut -f2 -d".")
1308             if [[ "$cycle" = "$zeile"  ||  "$cycle" = ${extout[$i]} ]]
1309             then
1310                (( icycle = 1 ))
1311             else
1312                (( icycle = $cycle + 1 ))
1313             fi
1314             if (( icycle > maxcycle ))
1315             then
1316                (( maxcycle = icycle ))
1317             fi
1318          done <filelist
1319          rm filelist
1320       fi
1321
1322          # APPEND CYCLE NUMBER TO FILENAME AND CHECK, IF FILE CAN BE CREATED
1323          # IN CASE OF FILE-APPEND, FILE MUST BE APPENDED TO THE ONE WITH HIGHEST CYCLE NUMBER
1324       if [[ "${actionout[$i]}" != a ]]
1325       then
1326          if (( maxcycle > 0 ))
1327          then
1328             filename=${filename}.$maxcycle
1329             if  cat /dev/null > $filename 
1330             then
1331                rm  $filename
1332             else
1333                printf "\n  +++ OUTPUT-file:"
1334                printf "\n           $filename"
1335                printf "\n      cannot be created"
1336                locat=output  ; exit
1337             fi
1338          fi
1339       else
1340          (( maxcycle = maxcycle - 1 ))
1341          if (( maxcycle > 0 ))
1342          then
1343             filename=${filename}.$maxcycle
1344          fi
1345       fi
1346       
1347          # STORE FILENAME WITHOUT PATH BUT WITH CYCLE NUMBER,
1348          # BECAUSE IT MIGHT BE REQUIRED LATER TO STORE THE FILE ON AN ARCHIVE-SYSTEM
1349          # OR TO PUT THIS FILENAME ON FILE OUTPUT_FILE_CONNECTIONS
1350       pathout[$i]=$filename
1351       if (( maxcycle > 0 ))
1352       then
1353          frelout[$i]=${fname}${endout[$i]}.$maxcycle
1354       else
1355          frelout[$i]=${fname}${endout[$i]}
1356       fi
1357
1358    fi
1359 done
1360
1361
1362     # THE DVR-PACKAGE REQUIRES ITS OWN LIBRARY
1363 if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
1364 then
1365    if [[ "$dvr_inc" = "" ]]
1366    then
1367       printf "\n\n  +++ no value for \"dvr_inc\" given in configuration file"
1368       printf "\n      This is required for the dvrp_graphics package.\n"
1369       locat=dvr; exit
1370    fi
1371    if [[ "$dvr_lib" = "" ]]
1372    then
1373       printf "\n\n  +++ no value for \"dvr_lib\" given in configuration file"
1374       printf "\n      This is required for the dvrp_graphics package.\n"
1375       locat=dvr; exit
1376    fi
1377 fi
1378
1379
1380     # CHECK, WETHER A MAIN PROGRAM OR AN EXECUTABLE HAVE BEEN DECLARED.
1381     # EXECUTABLES DO NOT NEED TO BE COMPILED.
1382 if [[ "$mainprog" = ""  &&  "$executable" = "" ]]
1383 then
1384    printf "\n  +++ neither main program nor executable defined"
1385    locat=source; exit
1386 elif [[ "$mainprog" != ""  &&  "$executable" != "" ]]
1387 then
1388    printf "\n  +++ main program as well as executable defined"
1389    locat=source; exit
1390 elif [[ "$mainprog" = ""  &&  "$executable" != "" ]]
1391 then
1392    do_compile=false
1393 fi
1394
1395
1396    # CREATE SOURCE-DIRECTORY TO COLLECT ROUTINES TO BE COMPILED.
1397    # LATER THE MRUN-SCRIPT AND CONFIGURATION-FILE WILL ALSO BE COPIED TO THIS DIRECTORY.
1398 if [[ $restart_run != true  &&  "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1399 then
1400    rm -rf  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1401    mkdir   SOURCES_FOR_RUN_$fname
1402 fi
1403
1404
1405    # COLLECT ALL ROUTINES TO BE COMPILED
1406    # THIS IS NOT REQUIRED WITHIN BATCH-JOBS, BECAUSE ROUTINES HAVE ALREADY BEEN COLLECTED
1407    # BY THE MRUN-CALL WHICH CREATED THE BATCH-JOB.
1408 if [[ $do_compile = true  &&  "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1409 then
1410
1411    [[ "$source_list" = LM ]]  &&  source_list=LOCALLY_MODIFIED
1412
1413    if [[ "$source_list" = LOCALLY_MODIFIED ]]
1414    then
1415
1416          # DETERMINE MODIFIED FILES OF THE SVN WORKING COPY
1417       source_list=""
1418       cd  $source_path
1419
1420
1421          # CHECK, IF DIRECTORY IS UNDER SVN CONTROL
1422       if [[ ! -d .svn ]]
1423       then
1424          printf "\n\n  +++ source directory"
1425          printf "\n         \"$source_path\" "
1426          printf "\n         is not under control of \"subversion\"."
1427          printf "\n         Please do not use mrun-option \"-s LOCALLY_MODIFIED\"\n"
1428       fi
1429
1430
1431          # LIST ALL MODIFIED SOURCE CODE FILES
1432       Filenames=""
1433       svn status  >  tmp_mrun
1434       while  read line
1435       do
1436          firstc=`echo $line | cut -c1`
1437          if [[ $firstc = M  ||  $firstc = "?" ]]
1438          then
1439             Name=`echo "$line" | cut -c8-`
1440             extension=`echo $Name | cut -d. -f2`
1441             if [[ "$extension" = f90 || "$extension" = F90 || "$extension" = f || "$extension" = F || "$extension" = c ]]
1442             then
1443                Filenames="$Filenames "$Name
1444             fi
1445          fi
1446       done < tmp_mrun
1447
1448
1449          # COPY FILES TO SOURCES_FOR_RUN_...
1450       for  dateiname  in  $Filenames
1451       do
1452          cp  $dateiname  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1453          source_list=$source_list"$dateiname "
1454       done
1455
1456       cd -  > /dev/null
1457
1458
1459       # COPY FILES GIVEN BY OPTION -s TO DIRECTORY SOURCES_FOR_RUN_...
1460       # AUTOMATIC RESTART RUNS JUST ACCESS THE DIRECTORY CREATED BY THE INITIAL RUN
1461    elif [[ "$source_list" != ""  &&  $restart_run != true ]]
1462    then
1463
1464       cd  $source_path
1465
1466       for  filename  in  $source_list
1467       do
1468
1469             # SOURCE CODE FILE IS NOT ALLOWED TO INCLUDE PATH
1470          if [[ $(echo $filename | grep -c "/") != 0 ]]
1471          then
1472             printf "\n  +++ source code file:  $filename"
1473             printf "\n      must not contain (\"/\") "
1474             locat=source; exit
1475          fi
1476
1477          if [[ ! -f $filename ]]
1478          then
1479             printf "\n  +++ source code file:  $filename"
1480             printf "\n      does not exist"
1481             locat=source; exit
1482          else
1483             cp  $filename  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1484          fi
1485
1486       done
1487
1488       cd -  > /dev/null
1489
1490    fi
1491
1492
1493       # CHECK, IF A MAIN PROGRAM EXISTS AND IF IT IS PART OF THE LIST OF FILES
1494       # TO BE COMPILED. IF NOT, ADD IT TO THE LIST.
1495    if [[ $restart_run != true ]]
1496    then
1497
1498       if [[ ! -f "$source_path/$mainprog" ]]
1499       then
1500          printf "\n\n  +++ main program:  $mainprog"
1501          printf "\n      does not exist in source directory"
1502          printf "\n      \"$source_path\"\n"
1503          locat=source; exit
1504       else
1505          if [[ $(echo $source_list | grep -c $mainprog) = 0 ]]
1506          then
1507             cp  $source_path/$mainprog  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1508             source_list=${mainprog}" $source_list"
1509          fi
1510       fi
1511    fi
1512
1513
1514       # CHECK, IF MAKEFILE EXISTS AND COPY IT TO THE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY
1515       # NOT REQUIRED FOR RESTART RUNS, SOURCES_FOR_RUN... HAS BEEN CREATED BY THE INITIAL RUN
1516    if [[ "$restart_run" != true ]]
1517    then
1518       [[ "$makefile" = "" ]]  &&  makefile=$source_path/Makefile
1519       if [[ ! -f $makefile ]]
1520       then
1521          printf "\n  +++ file \"$makefile\" does not exist"
1522          locat=make; exit
1523       else
1524          cp  $makefile  SOURCES_FOR_RUN_$fname/Makefile
1525       fi
1526    fi
1527
1528
1529       # COPY FILES FROM OPTIONAL SOURCE PATH GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
1530    if [[ $restart_run != true  &&  "$add_source_path" != "" ]]
1531    then
1532
1533          # DOES THE DIRECTORY EXIST?
1534       if [[ ! -d $add_source_path ]]
1535       then
1536          printf "\n\n  +++ WARNING: additional source code directory"
1537          printf "\n      \"$add_source_path\" "
1538          printf "\n      does not exist or is not a directory."
1539          printf "\n      No source code will be used from this directory!\n"
1540          add_source_path=""
1541          if [[ $silent == false ]]
1542          then
1543             sleep 3
1544          fi
1545       else
1546
1547          cd $add_source_path
1548          found=false
1549
1550          Names=$(ls -1 *.f90 2>&1)
1551          [[ $(echo $Names | grep -c '*.f90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$Names"
1552          Names=$(ls -1 *.F90 2>&1)
1553          [[ $(echo $Names | grep -c '*.F90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1554          Names=$(ls -1 *.F 2>&1)
1555          [[ $(echo $Names | grep -c '*.F') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1556          Names=$(ls -1 *.f 2>&1)
1557          [[ $(echo $Names | grep -c '*.f') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1558          Names=$(ls -1 *.c 2>&1)
1559          [[ $(echo $Names | grep -c '*.c') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1560
1561          cd -  > /dev/null
1562          cd  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1563
1564             # COPY MAKEFILE IF EXISTING
1565          if [[ -f $add_source_path/Makefile ]]
1566          then
1567             printf "\n\n  *** user Makefile from directory"
1568             printf "\n      \"$add_source_path\" is used \n"
1569             if [[ $silent == false ]]
1570             then
1571                sleep 1
1572             fi
1573             cp  $add_source_path/Makefile  .
1574          fi
1575
1576          for  dateiname  in  $AddFilenames
1577          do
1578             if [[ -f $dateiname ]]
1579             then
1580                printf "\n  +++ source code file \"$dateiname\" found in additional"
1581                printf "\n      source code directory \"$add_source_path\" "
1582                printf "\n      but was also given with option \"-s\" which means that it should be taken"
1583                printf "\n      from directory \"$source_path\"."
1584                locat=source; exit
1585             fi
1586
1587             cp  $add_source_path/$dateiname  .
1588             source_list="$source_list $dateiname"
1589
1590                # CHECK IF FILE IS CONTAINED IN MAKEFILE
1591             if [[ $(grep -c $dateiname Makefile) = 0 ]]
1592             then
1593                printf "\n\n  +++ user file \"$dateiname\" "
1594                printf "\n      is not listed in Makefile \n"
1595                locat=source; exit
1596             else
1597
1598                if [[ $found = false ]]
1599                then
1600                   found=true
1601                   printf "\n\n  *** following user file(s) added to the"
1602                   printf " files to be translated:\n      "
1603                fi
1604                printf "$dateiname  "
1605                if [[ $silent == false ]]
1606                then
1607                   sleep 0.5
1608                fi
1609
1610             fi
1611          done
1612          [[ $found = true ]]  &&  printf "\n"
1613          cd -  > /dev/null
1614       fi
1615    fi
1616
1617
1618       # ADD ALL ROUTINES BELONGING TO SOFTWARE PACKAGES (GIVEN BY OPTION -p)
1619       # TO THE LIST OF FILES TO BE COMPILED
1620    if [[ $restart_run != true  &&  -n $package_list ]]
1621    then
1622
1623       cd  $source_path
1624
1625       for  package  in  $package_list
1626       do
1627
1628          [[ $package = "dvrp_graphics+1PE" ]]  &&  package=dvrp_graphics
1629
1630             # DETERMINE FILES BELONGING TO THE PACKAGE
1631             # ERROR MESSAGE ARE REDIRECTED TO /dev/null, BECAUSE WILDCARD (*) ALSO GIVES
1632             # THE NAME OF THE DIRECTORY
1633          package_source_list=`grep "defined( __$package " * 2>/dev/null | cut -f1 -d:`
1634
1635
1636             # ADD THESE FILES TO THE LIST OF FILES TO BE COMPILED,
1637             # IF THEY ARE NOT ALREADY PART OF THE LIST
1638          for  source_list_name  in  $package_source_list
1639          do
1640             if [[ $(echo $source_list | grep -c $source_list_name) = 0 ]]
1641             then
1642
1643                    # ONLY TAKE FILES WITH VALID SUFFIX
1644                ending=`echo $source_list_name | cut -f2 -d.`
1645                if [[ "$ending" = f90  ||  "$ending" = F90  ||  "$ending" = f  ||  "$ending" = F  ||  "$ending" = c ]]
1646                then
1647                   cp  $source_list_name  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1648                   source_list="$source_list $source_list_name"
1649                fi
1650             fi
1651          done
1652       done
1653
1654       cd -  > /dev/null
1655    fi
1656
1657 fi  # do_compile=true
1658
1659
1660    # IF SOURCE CODE IS TO BE COMPILED, DO SOME MORE CHECKS
1661    # AND SET PRE-PROCESSOR DIRECTIVES
1662 if [[ $do_compile = true  ||  $create_executable_for_batch = true ]]
1663 then
1664
1665       # SET PREPROCESSOR-DIRECTIVES TO SELECT OPERATING SYSTEM SPECIFIC CODE
1666    if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1667    then
1668       cpp_options="${cpp_options},-D__ibm=__ibm"
1669    elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = nec ]]
1670    then
1671       cpp_options="$cpp_options -D__nec"
1672    elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-2) = lc ]]
1673    then
1674       cpp_options="$cpp_options -D__lc"
1675    else
1676       cpp_options="$cpp_options -D__$localhost"
1677    fi
1678
1679       # SET DIRECTIVES GIVEN BY OPTION -K (E.G. parallel)
1680    if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1681    then
1682       [[ -n $cond1 ]]  &&  cpp_options="${cpp_options},-D__$cond1=__$cond1"
1683       [[ -n $cond2 ]]  &&  cpp_options="${cpp_options},-D__$cond2=__$cond2"
1684    else
1685       [[ -n $cond1 ]]  &&  cpp_options="$cpp_options -D__$cond1"
1686       [[ -n $cond2 ]]  &&  cpp_options="$cpp_options -D__$cond2"
1687    fi
1688
1689       # SET DIRECTIVES FOR ACTIVATING SOFTWARE-PACKAGES (OPTION -p)
1690    if [[ -n $package_list ]]
1691    then
1692       for  package  in  $package_list
1693       do
1694          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1695          then
1696             if [[ $package != "dvrp_graphics+1PE" ]]
1697             then
1698                cpp_options="${cpp_options},-D__$package=__$package"
1699             else
1700                cpp_options="${cpp_options},-D__dvrp_graphics=__dvrp_graphics"
1701                export use_seperate_pe_for_dvrp_output=true
1702             fi
1703          else
1704             if [[ $package != "dvrp_graphics+1PE" ]]
1705             then
1706                cpp_options="$cpp_options -D__$package"
1707             else
1708                cpp_options="$cpp_options -D__dvrp_graphics"
1709                export use_seperate_pe_for_dvrp_output=true
1710             fi
1711          fi
1712       done
1713    fi
1714
1715       # SET DIRECTIVES GIVEN BY OPTION -D
1716    if [[ -n $cpp_opts ]]
1717    then
1718       for  popts  in  $cpp_opts
1719       do
1720          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1721          then
1722             cpp_options="${cpp_options},-D__$popts=__$popts"
1723          else
1724             cpp_options="$cpp_options -D__$popts"
1725          fi
1726       done
1727    fi
1728
1729 else
1730
1731
1732       # FOR LOCAL RUNS CHECK AGAIN, IF EXECUTABLE EXISTS
1733    if [[ $do_remote = false ]]
1734    then
1735       if [[ ! -f $executable ]]
1736       then
1737          printf "\n  +++ executable file:  $executable"
1738          printf "\n      does not exist"
1739          locat=executable; exit
1740       fi
1741    fi
1742 fi
1743
1744
1745    # DETERMINE THE JOB MODE
1746 if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
1747 then
1748    jobmo=BATCH
1749 else
1750    jobmo=INTERACTIVE
1751 fi
1752
1753
1754    # NO INTERACTIVE RUNS ALLOWED ON LCTIT
1755 if [[ $host = lctit  &&  $jobmo = INTERACTIVE  &&  $do_batch = false ]]
1756 then
1757    printf "\n  +++ no interactive runs allowed on host \"$host\" "
1758    printf "\n      please submit batch job using mrun option \"-b\" \n"
1759    locat=normal; exit
1760 fi
1761
1762
1763    # CHECK, IF USER DEFINED A COMPILER
1764 if [[ "$compiler_name" = "" ]]
1765 then
1766
1767    printf "\n  +++ no compiler specified for \"$host $cond1 $cond2\""
1768    locat=compiler_name; exit
1769
1770 fi
1771
1772
1773    # DETERMINE THE NAME OF MRUN'S TEMPORARY WORKING DIRECTORY
1774 kennung=$RANDOM
1775 if [[ "$tmp_user_catalog" = "" ]]
1776 then
1777    if [[ $localhost = ibmh ]]
1778    then
1779       tmp_user_catalog=$SCRATCH
1780    elif [[ $localhost = nech ]]
1781    then
1782       tmp_user_catalog=$WRKSHR
1783    else
1784       tmp_user_catalog=/tmp
1785    fi
1786 fi
1787 TEMPDIR=$tmp_user_catalog/${usern}.$kennung
1788
1789
1790    # DETERMINE THE NAME OF THE DIRECTORY WHICH IS USED TO TEMPORARILY STORE DATA FOR RESTART RUNS
1791 if [[ "$tmp_data_catalog" = "" ]]
1792 then
1793    if [[ $localhost = nech ]]
1794    then
1795       tmp_data_catalog=$WRKSHR/mrun_restart_data
1796    else
1797       tmp_data_catalog=/tmp/mrun_restart_data
1798    fi
1799 fi
1800
1801
1802    # IN CASE OF LOCAL RUNS REPLACE ENVIRONMENT VARIABLES BY THEIR VALUES
1803 if [[ $do_remote = false  &&  $do_compile = true  ||  $create_executable_for_batch = true ]]
1804 then
1805    eval  fopts=\"$fopts\"
1806    eval  lopts=\"$lopts\"
1807 fi
1808
1809
1810
1811    # DETERMINE COMPILE- AND LINK-OPTIONS
1812 fopts="$fopts $netcdf_inc $fftw_inc $dvr_inc"
1813 lopts="$lopts $netcdf_lib $fftw_lib $dvr_lib"
1814 ROPTS="$ropts"
1815# if [[ ( $(echo $host | cut -c1-3) = nec  ||  $(echo $host | cut -c1-3) = ibm  ||  $host = lckyoto  ||  $host = lctit  ||  $host = lcflow  ||  $host = lcxe6 ||  $host = lcxt5m || $host = lck || $host = lckiaps || $host = lckordi || $host = lcsb || $host )  &&  -n $numprocs ]]
1816# then
1817    XOPT="-X $numprocs"
1818# fi
1819
1820
1821
1822    # CHECK THE CPU-LIMIT. IT MUST BE GIVEN FOR BATCH-JOBS AND IS COMMUNICATED TO THE
1823    # EXECUTABLE VIA NAMELIST-PARAMETER cputime
1824 done=false
1825 while [[ $done = false ]]
1826 do
1827    cputime=$cpumax
1828    if (( $cputime == 0 ))
1829    then
1830       if [[ $do_batch = true ]]
1831       then
1832          printf "\n  +++ cpu-time is undefined"
1833          printf "\n  >>> Please type CPU-time in seconds as INTEGER:"
1834          printf "\n  >>> "
1835          read  cputime  1>/dev/null  2>&1
1836       else
1837          cputime=10000000   # NO CPU LIMIT FOR INTERACTIVE RUNS
1838       fi
1839    else
1840       done=true
1841    fi
1842    cpumax=$cputime
1843 done
1844
1845 (( minuten = cputime / 60 ))
1846 (( sekunden = cputime - minuten * 60 ))
1847
1848
1849    # CHECK THE MEMORY DEMAND
1850 if [[ $do_batch = true ]]
1851 then
1852    done=false
1853    while [[ $done = false ]]
1854    do
1855       if (( memory == 0 ))
1856       then
1857          printf "\n  +++ memory demand is undefined"
1858          printf "\n  >>> Please type memory in  MByte per process  as INTEGER:"
1859          printf "\n  >>> "
1860          read  memory  1>/dev/null  2>&1
1861       else
1862          done=true
1863       fi
1864    done
1865 fi
1866
1867
1868    # IN CASE OF REMOTE-JOBS CHECK, IF A USERNAME FOR THE REMOTE HOST IS GIVEN
1869 if [[ $do_remote = true  &&  -z $remote_username ]]
1870 then
1871    while [[ -z $remote_username ]]
1872    do
1873       printf "\n  +++ username on remote host \"$host\" is undefined"
1874       printf "\n  >>> Please type username:"
1875       printf "\n  >>> "
1876       read  remote_username
1877    done
1878    mc="$mc -u$remote_username"
1879 fi
1880
1881    # CHECK FOR INITIAL COMMANDS AFTER LOGIN
1882 if [[ "$login_init_cmd" != "" ]]
1883 then
1884    export init_cmds="${login_init_cmd};"
1885 fi
1886
1887
1888    # SET THE MODULE-LOAD COMMAD AND EXPORT IT FOR subjob
1889 if [[ "$modules" != "" ]]
1890 then
1891    if [[ $host = lctit ]]
1892    then
1893       export module_calls=". $modules"
1894    else
1895       export module_calls="module load ${modules};"
1896    fi
1897 fi
1898
1899
1900
1901    # OUTPUT OF THE MRUN-HEADER
1902 calltime=$(date)
1903 printf "\n"
1904 printf "#------------------------------------------------------------------------# \n"
1905 printf "| %-35s%35s | \n" "$version" "$calltime"
1906 printf "|                                                                        | \n"
1907 spalte1="called on:"; spalte2=$localhost_realname
1908 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1909 if [[ $do_remote = true ]]
1910 then
1911    spalte1="execution on:"; spalte2="$host (username: $remote_username)"
1912 else
1913    spalte1="execution on:"; spalte2="$host ($localhost_realname)"
1914 fi
1915 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1916 if [[ -n $numprocs ]]
1917 then
1918    if [[ $run_coupled_model = false ]]
1919    then
1920       spalte1="number of PEs:"; spalte2=$numprocs
1921    else
1922       spalte1="number of PEs:"; spalte2="$numprocs  (atmosphere: $numprocs_atmos, ocean: $numprocs_ocean)"
1923    fi
1924    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1925 fi
1926 if [[ -n $tasks_per_node ]]
1927 then
1928    spalte1="tasks per node:"; spalte2="$tasks_per_node (number of nodes: $nodes)"
1929    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1930    if (( remaining_pes > 0 ))
1931    then
1932       spalte1=" "; spalte2="one of the nodes only filled with $remaining_pes tasks"
1933       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1934    fi
1935 fi
1936 if [[ $maximum_parallel_io_streams != $numprocs ]]
1937 then
1938    spalte1="max par io streams:"; spalte2="$maximum_parallel_io_streams"
1939    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1940 fi
1941 if [[ $use_openmp = true ]]
1942 then
1943    spalte1="threads per task:"; spalte2="$threads_per_task"
1944    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1945 fi
1946 printf "|                                                                        | \n"
1947 if [[ $do_compile = true ]]
1948 then
1949    if [[ "$mopts" != "" ]]
1950    then
1951       spalte1="make options:"; spalte2=$(echo "$mopts" | cut -c-45)
1952       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1953       zeile=$(echo "$mopts" | cut -c46-)
1954       while [[ "$zeile" != "" ]]
1955       do
1956          spalte1=""
1957          spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
1958          printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1959          zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
1960       done
1961    fi
1962
1963    spalte1="cpp directives:"; spalte2=$(echo "$cpp_options" | cut -c-45)
1964    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1965    zeile=$(echo "$cpp_options" | cut -c46-)
1966    while [[ "$zeile" != "" ]]
1967    do
1968       spalte1=""
1969       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
1970       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1971       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
1972    done
1973
1974    spalte1="compiler options:"; spalte2=$(echo "$fopts" | cut -c-45)
1975    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1976    zeile=$(echo "$fopts" | cut -c46-)
1977    while [[ "$zeile" != "" ]]
1978    do
1979       spalte1=""
1980       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
1981       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1982       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
1983    done
1984
1985    spalte1="linker options:"; spalte2=$(echo "$lopts" | cut -c-45)
1986    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1987    zeile=$(echo "$lopts" | cut -c46-)
1988    while [[ "$zeile" != "" ]]
1989    do
1990       spalte1=""
1991       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
1992       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1993       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
1994    done
1995
1996    spalte1="modules to be load:"; spalte2=$(echo "$modules" | cut -c-45)
1997    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1998    zeile=$(echo "$modules" | cut -c46-)
1999    while [[ "$zeile" != "" ]]
2000    do
2001       spalte1=""
2002       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2003       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2004       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2005    done
2006
2007    spalte1="main program:"; spalte2=$mainprog
2008    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2009 else
2010    spalte1=executable:; spalte2=$executable
2011    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2012 fi
2013 printf "|                                                                        | \n"
2014 spalte1="base name of files:"; spalte2=$fname
2015 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2016 if [[ $fname != $afname ]]
2017 then
2018    spalte1="base name of input files:"; spalte2=$afname
2019    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2020 fi
2021 spalte1="INPUT control list:"; spalte2=$(echo $input_list)
2022 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2023 spalte1="OUTPUT control list:"; spalte2=$(echo $output_list)
2024 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2025
2026 if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
2027 then
2028    printf "| %-35s%-35s | \n" "suffix \"_O\" is added to local files" " "
2029 fi
2030
2031 if [[ $do_batch = true  ||  "$LOADLBATCH" = yes ]]
2032 then
2033    spalte1="memory demand / PE":; spalte2="$memory MB"
2034    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2035    spalte1=CPU-time:; spalte2="$minuten:$sekunden"
2036    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2037 fi
2038
2039 if [[ $do_compile = true ]]
2040 then
2041    printf "|                                                                        | \n"
2042    printf "| Files to be compiled:                                                  | \n"
2043    zeile=$source_list
2044    while [[ "$zeile" != "" ]]
2045    do
2046       linestart=$(echo $zeile | cut -c-70)
2047       printf "| %-70s | \n" "$linestart"
2048       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c71-)
2049    done
2050 fi
2051 printf "#------------------------------------------------------------------------#"
2052
2053
2054
2055    # OUTPUT OF FILE CONNECTIONS IN CASE OF TRACEBACK
2056 if [[ $do_trace = true ]]
2057 then
2058    (( i = 0 ))
2059    while (( i < iin ))
2060    do
2061       (( i = i + 1 ))
2062       if (( i == 1 ))
2063       then
2064          printf "\n\n >>> INPUT-file assignments:\n"
2065       fi
2066       printf "\n     ${localin[$i]} :  ${absnamein[$i]}"
2067    done
2068    (( i = 0 ))
2069    while (( i < iout ))
2070    do
2071       (( i = i + 1 ))
2072       if (( i == 1 ))
2073       then
2074          printf "\n\n >>> OUTPUT-file assignments:\n"
2075       fi
2076       printf "\n     ${localout[$i]} :  ${pathout[$i]}"
2077    done
2078    (( i = 0 ))
2079    while (( i < iic ))
2080    do
2081       (( i = i + 1 ))
2082       if (( i == 1 ))
2083       then
2084          printf "\n\n >>> INPUT-commands:\n"
2085       fi
2086       printf "\n     ${in_command[$i]}" 
2087    done
2088    (( i = 0 ))
2089    while (( i < ioc ))
2090    do
2091       (( i = i + 1 ))
2092       if (( i == 1 ))
2093       then
2094          printf "\n\n >>> OUTPUT-commands:\n"
2095       fi
2096       printf "\n     ${out_command[$i]}" 
2097    done
2098 fi
2099
2100
2101    # QUERY FOR CONTINUE (ON LOCAL MACHINES ONLY)
2102 if [[ $remotecall = false  &&  $silent = false  &&  $jobmo != BATCH ]]
2103 then
2104    antwort=dummy
2105    printf "\n\n"
2106    printf " >>> everything o.k. (y/n) ?  "
2107    while  read antwort
2108    do
2109       if [[ "$antwort" != y  &&  "$antwort" != Y  &&  "$antwort" != n  &&  "$antwort" != N ]]
2110       then
2111          printf " >>> everything o.k. (y/n) ?  "
2112       else
2113          break
2114       fi
2115    done
2116    if [[ $antwort = n  ||  $antwort = N ]]
2117    then
2118       locat=user_abort; (( iec = 0 )); exit
2119    fi
2120    if [[ $do_batch = true ]]
2121    then
2122       printf " >>> batch-job will be created and submitted"
2123    else
2124       printf " >>> MRUN will now continue to execute on this machine"
2125    fi
2126 fi
2127
2128
2129    # PERFORM PARAMETER FILE CHECK (COUPLED RUNS ARE NOT SUPPORTED YET)
2130    # DEFINE VARIABLES FOR FREQUENTLY USED DIRECTORIES
2131 check_depository="${working_directory}/trunk/UTIL"
2132 check_sources="${working_directory}/tmp_check_namelist_files"
2133 skip_check=false
2134
2135    # CHECK IF NAMELIST_FILE_CHECK HAS BEEN COMPILED SUCCESSFULLY
2136 if [[ ! -f $check_depository/check_namelist_files.tar ]]
2137 then
2138    skip_check=true 
2139    reason="run on remote host or parameter file check has not been compiled."
2140 fi
2141 if [[ ! -f $PALM_BIN/check_namelist_files.x ]]
2142 then
2143    skip_check=true 
2144    reason="parameter file check has not been compiled."
2145 fi
2146
2147    # CHECK FOR PARALLEL RUN; OTHERWISE SKIP CHECK
2148 if [[ "$cond1" != "parallel"  &&  "$cond2" != "parallel" ]]
2149 then
2150    skip_check=true 
2151    reason="serial run."
2152 fi
2153
2154    # ONLY PERFORM CHECK IF -z OPTION IS NOT SET, NO RESTART RUN IS CARRIED OUT
2155    # AND IF THE EXECUTION HOST IS THE LOCAL HOST
2156    # ATTENTION: THIS ROUTINE DOES NOT WORK IF THE COMPILER ON THE LOCAL HOST
2157    # DIFFERS FROM THE COMPILER ON THE REMOTE HOST
2158 if [[ $check_namelist_files == false ]]
2159 then
2160    skip_check=true
2161    reason="-z option set."
2162 fi
2163
2164 if [[ $fromhost != $localhost ]]
2165 then
2166    skip_check=true
2167    reason="submitting host is local host." 
2168 fi 
2169
2170 if [[ $run_coupled_model == true ]]
2171 then
2172    skip_check=true
2173    reason="coupled run." 
2174 fi
2175
2176 if [[ $restart_run == true ]]
2177 then
2178    skip_check=true
2179    reason="restart run."     
2180 fi
2181
2182    # SKIP CHECK IN CASE OF RESTART RUN: CHECK WHETHER THE LAST CHAR IS "f" IN PARIN
2183 (( last_char_int = `echo $filename_input | wc -c` - 1 ))
2184 last_char=`echo $filename_input | cut -c $last_char_int`
2185 if [[ "$last_char" == "f" ]]
2186 then
2187    skip_check=true
2188    reason="restart run."
2189 fi 
2190
2191 if [[ $skip_check == false ]]
2192 then
2193    tmp_check=${working_directory}/tmp_check
2194
2195       # GET TOPOGRAPHY PARAMETER FILE SUFFIX (USUALLY "_TOPO"). THIS FILE IS
2196       # NOT NECESSARILY REQUIRED
2197    line=""
2198    found=false
2199    grep  "TOPOGRAPHY_DATA" $config_file  >  $tmp_check
2200    while read line1
2201    do
2202       line="$line1"
2203       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2204       then
2205          topo_suffix=`echo $line | tr -s " " | cut -d" " -s -f5`
2206          found=true
2207       fi
2208    done < $tmp_check
2209
2210    if [[ $found = false ]]
2211    then
2212       printf "\n  +++ no TOPOGRAPHY list entry found in the configuration file."
2213    fi
2214
2215       # GET NUDGING PARAMETER FILE SUFFIX (USUALLY "_NUDGE"). THIS FILE IS
2216       # NOT NECESSARILY REQUIRED
2217    line=""
2218    found=false
2219    grep  "NUDGING_DATA" $config_file  >  $tmp_check
2220    while read line1
2221    do
2222       line="$line1"
2223       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2224       then
2225          nudge_suffix=`echo $line | tr -s " " | cut -d" " -s -f5`
2226          found=true
2227       fi
2228    done < $tmp_check
2229
2230    if [[ $found = false ]]
2231    then
2232       printf "\n  +++ no NUDGING list entry found in the configuration file."
2233    fi
2234
2235       # GET LARGE SCALE FORCING PARAMETER FILE SUFFIX (USUALLY "_LSF"). THIS FILE IS
2236       # NOT NECESSARILY REQUIRED
2237    line=""
2238    found=false
2239    grep  "LSF_DATA" $config_file  >  $tmp_check
2240    while read line1
2241    do
2242       line="$line1"
2243       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2244       then
2245          lsf_suffix=`echo $line | tr -s " " | cut -d" " -s -f5`
2246          found=true
2247       fi
2248    done < $tmp_check
2249
2250    if [[ $found = false ]]
2251    then
2252       printf "\n  +++ no LSF list entry found in the configuration file."
2253    fi
2254
2255    rm -rf ${working_directory}/tmp_check
2256
2257       # CHECK IF THE P3DF FILE MUST BE CHECKED
2258    for  item  in  $input_list
2259    do
2260       if [[ "$item" == "restart" ]]
2261       then
2262          check_restart=1
2263       else
2264          check_restart=0
2265       fi
2266    done
2267
2268      # ERROR IF NO PARAMETER FILE WAS FOUND, OTHERWISE PROCEED
2269    if [[ (! -f $filename_input) && ( "$filename_input" != "" ) ]]
2270    then
2271       printf "\n\n  +++ ERROR: parameter file ($filename_input) not found." 
2272       locat=check_namelist; exit
2273    fi
2274   
2275       # CHECK IF THE RESTART PARAMETER FILE EXISTS (IF NECESSARY)
2276    if  [[ $check_restart == 1 ]]
2277    then
2278
2279       filenamef="${filename_input}f"
2280       if [[ ! -f $filenamef ]]
2281       then
2282          printf "\n\n  +++ WARNING: restart parameter file ($filenamef) is missing." 
2283          check_restart=0
2284          answer=dummy
2285          printf "\n\n"
2286
2287          if [[ $silent == false ]]
2288          then
2289             while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
2290             do
2291                printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
2292                read  answer
2293             done
2294             if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
2295             then
2296                printf "\n  +++ Aborting...."
2297                locat=normal; exit
2298             fi
2299          fi
2300       else
2301          check_restart=1
2302       fi
2303    fi
2304
2305       # CREATE TEMPORARY SOURCES_FOR_CHECK PATH
2306    mkdir $check_sources
2307    cd $check_sources
2308
2309
2310       # CHECK FOR USER CODE, OTHERWISE USE THE PRECOMPILED CHECK_NAMELIST_FILES.X
2311    if [[ -d $add_source_path ]]
2312    then
2313       printf "\n\n  *** copying files from $check_depository" 
2314       cp $check_depository/check_namelist_files.tar ./
2315
2316       printf "\n\n  *** untar of makefile and source files in $check_sources"
2317       tar -xf check_namelist_files.tar  >  /dev/null  2>&1
2318
2319       printf "\n\n  *** adding user code." 
2320       cp $add_source_path/* ./
2321       touch check_namelist_files.f90
2322
2323          # GET COMPILER OPTIONS AND PERFORM MAKE
2324       printf "\n\n  *** compiling code if necessary...\n"
2325
2326          # workaround for batch jobs on local machine (lcxe6)
2327       if [[ $do_batch == true && $do_remote == false ]]
2328       then
2329          eval $init_cmds
2330       fi
2331
2332          # GET CHECK OPTIONS
2333       line=""
2334       found=false
2335
2336       grep  "$localhost" ${base_directory}/${config_file} | grep "%cpp_options"  >  $tmp_check
2337
2338       while read line1
2339       do
2340
2341          if [[ $(echo $line1 | cut -d" " -s -f3-) = "$localhost" ]]
2342          then
2343             line="$line1"
2344          fi
2345
2346          if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2347          then
2348                # REMOVE COLONS FROM OPTION-STRING, REMOVE ALL -D OPTIONS
2349             line="$line "
2350             copts_check=`echo $line | cut -d" " -s -f2 | sed 's/::/%DUM%/g' | sed 's/:/ /g' | sed 's/%DUM%/:/g' | sed 's/-D[^ ]* //g' | sed 's/ -D.*//g'`
2351             found=true
2352          fi
2353
2354       done < $tmp_check
2355       copts_check="$copts_check -D__check -D__parallel"
2356
2357       make -f Makefile_check F90=$compiler_name_ser  COPT="$copts_check"
2358
2359          # GET MAKE OUTPUT
2360       if [[ $? != 0 ]]
2361       then
2362          printf "\n  +++ error during make."       
2363          answer=dummy
2364          printf "\n\n"
2365          if [[ $silent == false ]]
2366          then
2367             while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
2368             do
2369                printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
2370                read  answer
2371             done
2372             if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
2373             then
2374                printf "\n  +++ Aborting..."
2375                rm -rf  $check_sources
2376                locat=normal; exit
2377             else
2378                skip_check=true
2379             fi
2380          else
2381             skip_check=true
2382          fi
2383       fi
2384    else
2385       cp $PALM_BIN/check_namelist_files.x ./
2386    fi
2387
2388    cp $filename_input ./PARIN
2389    if [[ $check_restart == 1 ]] 
2390    then
2391       cp $filenamef ./PARINF   
2392    fi
2393
2394    if [[ -f ${pathname}/${fname}${topo_suffix} && $skip_check == false ]]
2395    then
2396       printf "\n  *** adding topography data"
2397       cp ${pathname}/${fname}${topo_suffix} ./TOPOGRAPHY_DATA
2398
2399          # IN CASE OF TOPOGRAPHY AND HIGH GRID POINT NUMBERS, THE STACK SIZE
2400          # MUST BE INCREASED. THIS IS DUE TO THE ARRAY nzb_local AND topo_height,
2401          # WHICH REQUIRE SUFFICIENT MEMORY
2402       ulimit -s unlimited         
2403    fi
2404
2405    if [[ -f ${pathname}/${fname}${nudge_suffix} && $skip_check == false ]]
2406    then
2407       printf "\n  *** adding nudging data"
2408       cp ${pathname}/${fname}${nudge_suffix} ./NUDGING_DATA       
2409    fi
2410
2411    if [[ -f ${pathname}/${fname}${lsf_suffix} && $skip_check == false ]]
2412    then
2413       printf "\n  *** adding large scale forcing data"
2414       cp ${pathname}/${fname}${lsf_suffix} ./LSF_DATA       
2415    fi
2416
2417       # CREATE ENVPAR FILE, WHICH IS NEEDED BY CHECK_NAMELIST_FILES.X
2418    cat  >  ENVPAR  <<  %%END%%
2419 &envpar  run_identifier = '$fname', host = '$host',
2420            write_binary = '$write_binary', tasks_per_node = $tasks_per_node,
2421            maximum_parallel_io_streams = $maximum_parallel_io_streams,
2422            maximum_cpu_time_allowed = ${cpumax}.,
2423            revision = '$global_revision',
2424            local_dvrserver_running = $local_dvrserver_running /
2425
2426%%END%%
2427
2428       # SAFETY CHECK: ONLY PROCEED IF THE PARAMETER CHECK PROGRAM WAS PROPERLY COMPILED
2429    if [[ ! -f check_namelist_files.x  &&  $skip_check == false ]]
2430    then
2431       printf "\n  +++ WARNING: check_namelist_files.x not found."
2432       answer=dummy
2433       printf "\n\n"
2434
2435       if [[ $silent == false ]]
2436       then
2437          while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
2438          do
2439             printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
2440             read  answer
2441          done
2442          if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
2443          then
2444             printf "\n  +++ Aborting..."
2445             rm -rf  $check_sources
2446             locat=normal; exit
2447          else
2448             printf "\n  *** skipping parameter file check."         
2449          fi
2450      fi
2451       
2452    elif [[ $skip_check == false ]]
2453    then
2454          # STARTING THE PARAMETER FILE CHECK
2455       printf "\n\n  *** starting parameter file check..."
2456
2457          # CHECKING THE P3D FILE
2458       printf "\n\n      (1) checking $filename_input" 
2459       echo "$numprocs 0 0" > VARIN
2460       errors=`./check_namelist_files.x < VARIN 2>&1`
2461
2462       check_error=false
2463       if [[ "$errors" == "" ]]
2464       then
2465          printf " --> o.k."
2466       else
2467          printf " --> failed."
2468          check_error=true
2469          printf "\n\n  $errors"
2470       fi
2471
2472          # CHECKING THE PD3F FILE IF NECESSARY
2473       if [[ $check_restart == 1 && $check_error == false ]]
2474       then
2475          printf "\n\n      (2) checking $filenamef" 
2476
2477             # FIRST CHECK IF INITIALIZING_ACTIONS="READ_RESTART_DATA" IS SET
2478             # IN &INIPAR LIST
2479          found=false
2480          cat PARINF | while read line
2481          do
2482             line=$(echo $line|sed 's/ //g')
2483             if [[ $line == *"&inipar"* ]]
2484             then
2485                start_search=true
2486             fi 
2487
2488             if [[ $start_search == true ]]
2489             then
2490                if [[ $line == *"initializing_actions='read_restart_data'"* ]]
2491                then
2492                   found=true
2493                   break
2494                fi
2495             fi
2496
2497             if [[ $line == *"/"* ]]
2498             then
2499                start_search=false
2500             fi 
2501
2502          done
2503
2504          if [[ $found = false ]]
2505          then
2506             printf "\n\n  +++ ERROR: initializing_actions = 'read_restart_data' not found"
2507             printf "\n      in &inipar list in $fname$p3df_suffix."
2508             rm -rf  $check_sources
2509             locat=check_namelist; exit
2510          fi
2511
2512             # READ max_user_pr FROM FILES
2513          if [[ -f parin_for_check ]]
2514          then
2515             read max_pr_user < parin_for_check
2516          else
2517             max_user_pr=0
2518          fi
2519
2520          echo "$numprocs 1 $max_pr_user" > VARIN
2521          errors=`./check_namelist_files.x < VARIN 2>&1`
2522
2523          if [[ "$errors" == "" ]]
2524          then
2525             printf " --> o.k."
2526          else
2527             printf " --> failed."
2528             check_error=true
2529             printf "\n\n  $errors"
2530          fi
2531       fi
2532   
2533          # REPORT ERRORS AND CONTINUE/EXIT
2534       if [[ $check_error == true ]]
2535       then
2536          printf "\n  +++ errors found in the parameter file!\n"
2537          answer=dummy
2538          printf "\n\n"
2539
2540          while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
2541          do
2542             printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
2543             read  answer
2544          done
2545
2546          if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
2547          then
2548             printf "\n  +++ Aborting..."
2549             rm -rf  $check_sources
2550             locat=normal; exit
2551          fi
2552        else
2553          printf "\n\n  *** parameter file(s) seem(s) to be o.k.\n"
2554        fi
2555        rm -rf $check_sources
2556    fi
2557 else
2558    printf "\n\n  +++ skipping parameter file check due to following reason: $reason \n" 
2559 fi
2560
2561    # DELETE TEMPORARY DIRECTORY AND FINISH NAMELIST FILE CHECK   
2562 rm -rf  $check_sources
2563 cd $working_directory
2564
2565
2566    # DETERMINE PATH FOR MAKE DEPOSITORY
2567 if [[ $do_batch = false  ||  $create_executable_for_batch = true ]]
2568 then
2569
2570    line=""
2571    grep "%depository_path" $config_file  >  tmp_mrun
2572    while read line
2573    do
2574       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2575       then
2576          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -s -f3)" = "" ]]
2577          then
2578             global_depository_path=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
2579          fi
2580       fi
2581    done < tmp_mrun
2582
2583    line=""
2584    grep  " $localhost" $config_file | grep "%depository_path"  >  tmp_mrun
2585    while read line
2586    do
2587       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2588       then
2589          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -s -f4)" = "$cond1"  &&  "$(echo $line | cut -d" " -s -f5)" = "$cond2" ]]
2590          then
2591             local_depository_path=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
2592          fi
2593       fi
2594    done < tmp_mrun
2595
2596    if [[ "$local_depository_path" = "" ]]
2597    then
2598       if [[ "$global_depository_path" != "" ]]
2599       then
2600          local_depository_path=$global_depository_path
2601       else
2602          printf "\n\n  +++ no depository path found in configuration file"
2603          printf "\n      for local host \"$localhost\" "
2604          printf "\n      please set \"\%depository_path\" in configuration file\n"
2605          locat=config_file; exit
2606       fi
2607    fi
2608    eval local_depository_path=$local_depository_path
2609    [[ "$cond1" != "" ]]  &&  local_depository_path=${local_depository_path}_$cond1
2610    [[ "$cond2" != "" ]]  &&  local_depository_path=${local_depository_path}_$cond2
2611
2612
2613    basename=`echo $mainprog | cut -f1 -d"."`
2614    eval make_depository=${local_depository_path}/${basename}_current_version.tar
2615    if [[ ! -f $make_depository ]]
2616    then
2617       printf "\n"
2618       printf "\n  *** WARNING: make depository \"$make_depository\" not found"
2619       printf "\n               \"make\" will fail, if the Makefile or other source files are missing\n"
2620    fi
2621
2622 fi
2623
2624
2625    # NOW PERFORM THOSE ACTIONS REQUIRED TO EXECUTE THE PROGRAM (PALM) ON THIS MACHINE
2626    # (COMPILING/LINKING, EXECUTING, COPYING I/O FILES)
2627 if [[ $do_batch = false ]]
2628 then
2629
2630
2631       # CREATE THE TEMPORARY WORKING DIRECTORY
2632    mkdir -p  $TEMPDIR
2633    chmod  go+rx  $TEMPDIR
2634    tmpcreate=true
2635
2636
2637       # COPY EITHER THE COMPLETE SOURCE CODE FILES TO BE COMPILED OR THE EXECUTABLE
2638       # INTO THE TEMPORARY WORKING DIRECTORY
2639    if [[ $do_compile = true ]]
2640    then
2641
2642          # ON NEC, COMPILATION IS DONE ON HOST CROSS VIA CROSS COMPILING
2643          # CREATE A TEMPORARY DIRECTORY ON THAT MACHINE (HOME MOUNTED VIA NFS)
2644       if [[ $localhost = nech ]]
2645       then
2646          TEMPDIR_COMPILE=$HOME/work/${usern}.$kennung
2647          if  mkdir -p  $TEMPDIR_COMPILE
2648          then
2649             printf "\n  *** \"$TEMPDIR_COMPILE\" "
2650             printf "\n      is generated as temporary directory for cross compiling\n"
2651          else
2652             printf "\n  +++ creating directory \"$TEMPDIR_COMPILE\" "
2653             printf "\n      needed for cross compilation failed"
2654             locat=compile
2655             exit
2656          fi
2657       else
2658          TEMPDIR_COMPILE=$TEMPDIR
2659       fi
2660
2661       cp  $make_depository  $TEMPDIR_COMPILE
2662       cd  $TEMPDIR_COMPILE
2663       tar -xf  $make_depository  >  /dev/null  2>&1
2664       cd -  > /dev/null
2665
2666          # DUE TO UNKNOWN REASONS, COPY WITH cp COMMAND CREATES CORRUPT
2667          # FILES ON CRAY XC30 SYSTEMS (HLRN III), rsync IS USED INSTEAD
2668       if [[ $(echo $host | cut -c1-6) = lccray ]]
2669       then
2670          rsync -av -t  SOURCES_FOR_RUN_$fname/*  $TEMPDIR_COMPILE  >  /dev/null
2671       else
2672          cp  SOURCES_FOR_RUN_$fname/*  $TEMPDIR_COMPILE  >  /dev/null
2673       fi
2674
2675    else
2676
2677       cp  $executable   ${TEMPDIR}/a.out
2678
2679    fi
2680
2681
2682       # CHANGE TO THE TEMPORARY WORKING DIRECTORY
2683    cd  $TEMPDIR
2684    printf "\n  *** changed to temporary directory: $TEMPDIR"
2685
2686
2687       # THE FOLLOWING IS REQUIRED FPR AVS-OUTPUT WITH PALM  ??? REMOVE ???
2688       # WRITE INFORMATIONS ABOUT THE OUTPUT-FILE CONNECTIONS TO A TEMPORARY FILE
2689       # THIS FILE CAN LATER BE READ FROM USER-DEFINED CODE TO DETERMINE THE
2690       # RELATION BETWEEN THE LOCAL TEMPORARY AND PERMANENT FILE NAMES
2691    (( i = 0 ))
2692    while (( i < iout ))
2693    do
2694       (( i = i + 1 ))
2695       if [[ "${actionout[$i]}" = tr  ||  "${actionout[$i]}" = tra  ||  "${actionout[$i]}" = trpe ]]
2696       then
2697          printf "${localout[$i]} ${actionout[$i]}\n${pathout[$i]}\n${localhost}_${fname}${endout[$i]}\n" >> OUTPUT_FILE_CONNECTIONS
2698       else
2699          printf "${localout[$i]} ${actionout[$i]}\n${pathout[$i]}\n${frelout[$i]}\n" >> OUTPUT_FILE_CONNECTIONS
2700       fi
2701    done
2702
2703
2704       # IF REQUIRED, START WITH COMPILING
2705    if [[ $do_compile = true ]]
2706    then
2707
2708
2709       if [[ -f a.out ]]
2710       then
2711
2712             # EXECUTABLE WAS CREATED DURING INTERACTIVE CALL OF MRUN
2713          printf "\n\n\n  *** executable a.out found"
2714          printf "\n      no compilation required \n"
2715
2716       else
2717
2718             # COMPILING WITH MAKE (ON NEC COMPILER IS CALLED ON HOST CROSS)
2719          printf "\n\n\n  *** compilation starts \n$dashes\n"
2720          printf "  *** compilation with make using following options:\n"
2721          printf "      make depository:          $make_depository"
2722          if [[ "$mopts" != "" ]]
2723          then
2724             printf "      make options:             $mopts\n"
2725          fi
2726          printf "      compilername:             $compiler_name\n"
2727          printf "      compiler options:         $fopts\n"
2728          printf "      preprocessor directives:  $cpp_options \n"
2729          printf "      linker options:           $lopts \n"
2730          if [[ "$modules" != "" ]]
2731          then
2732             printf "      modules to be load:       $modules \n"
2733          fi
2734          printf "      source code files:        $source_list \n"
2735
2736          if [[ $localhost = nech ]]
2737          then
2738             ssh  $SSH_PORTOPT  136.172.44.192 -l $usern "$init_cmds $module_calls cd \$HOME/work/${usern}.$kennung; sxmake $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2739             cp  $TEMPDIR_COMPILE/a.out  .
2740             [[ $? != 0 ]]  &&  compile_error=true
2741             rm -rf  $TEMPDIR_COMPILE
2742          elif [[ $localhost = ibmh ]]
2743          then
2744             printf "      compiler is called via ssh on \"plogin1\" \n"
2745             ssh  $SSH_PORTOPT  plogin1  -l $usern  "$init_cmds export PATH=/sw/ibm/xlf/13.1.0.8/usr/bin:$PATH; $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2746             [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2747             continue   # STATUS=1, IF a.out EXISTS
2748          elif [[ $localhost = lcflow ]]
2749          then 
2750             printf "      compiler is called via ssh on \"flow\" \n"
2751             /usr/bin/ssh  $SSH_PORTOPT  flow02.hpc.uni-oldenburg.de -l $usern "$init_cmds $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out F90=$compiler_name COPT=\"$cpp_options\" F90FLAGS=\"$fopts\" LDFLAGS=\"$lopts\" "
2752             check_for_file=`/usr/bin/ssh $SSH_PORTOPT flow02.hpc.uni-oldenburg.de -l $usern "ls $TEMPDIR/a.out 2> /dev/null"`
2753             [[ "$check_for_file" = "" ]]  &&  compile_error=true
2754             continue   # STATUS=1, IF a.out EXISTS
2755          elif [[ $localhost = lccrayb  ||  $localhost = lccrayf ||  $localhost = lccrayh ]]
2756          then
2757             make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
2758          else
2759             [[ "$init_cmds" != "" ]]  &&  eval $init_cmds
2760             [[ "$module_calls" != "" ]]  &&  eval $module_calls
2761             make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
2762          fi
2763
2764          if [[ $? != 0  ||  "$compile_error" = true  ||  "$module_compile_error" = true ]]
2765          then
2766             printf "\n  +++ error occured while compiling or linking"
2767             locat=compile
2768
2769             exit
2770          else
2771             printf "$dashes\n  *** compilation finished \n"
2772          fi
2773
2774       fi
2775
2776    fi
2777
2778
2779       # PROVIDE THE INPUT FILES
2780       # LOOP OVER ALL ACTIVATED FILES (LISTED IN THE CONFIGURATION FILE)
2781    (( i = 0 ))
2782    while (( i < iin ))
2783    do
2784       (( i = i + 1 ))
2785       if (( i == 1 ))
2786       then
2787          printf "\n\n  *** providing INPUT-files:\n$dashes"
2788       fi
2789
2790
2791          # SKIP OPTIONAL FILES, IF THEY DO NOT EXIST
2792       if [[ "${transin[$i]}" = unavailable ]]
2793       then
2794          if [[ "${extin[$i]}" = ""  ||  "${extin[$i]}" = " " ]]
2795          then
2796             printf "\n  +++ WARNING: input file \"${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}\" "
2797             printf "\n               is not available!"
2798          else
2799             printf "\n  +++ WARNING: input file \"${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}.${extin[$i]}\" "
2800             printf "\n               is not available!"
2801          fi
2802          continue
2803       fi
2804
2805          # CHECK FOR SINGLE FILE (SERIAL RUN) OR DIRECTORY (ONE FILE PER CORE FOR PARELLEL EXECUTION)
2806       files_for_pes=false; datentyp=file
2807       if [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  -n $numprocs ]]
2808       then
2809          files_for_pes=true; datentyp=directory
2810          actionin[$i]=""
2811       elif [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  ! -n $numprocs ]]
2812       then
2813          actionin[$i]=""
2814       elif [[ "${actionin[$i]}" = arpe  &&  -n $numprocs ]]
2815       then
2816          files_for_pes=true; datentyp=directory
2817          actionin[$i]="ar"
2818       elif [[ "${actionin[$i]}" = arpe  &&  ! -n $numprocs ]]
2819       then
2820          actionin[$i]="ar"
2821       elif [[ "${actionin[$i]}" = flpe  &&  -n $numprocs ]]
2822       then
2823          files_for_pes=true; datentyp=directory
2824          actionin[$i]="fl"
2825       elif [[ "${actionin[$i]}" = flpe  &&  ! -n $numprocs ]]
2826       then
2827          actionin[$i]="fl"
2828       fi
2829
2830       if [[ $files_for_pes = true ]]
2831       then
2832          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}/....  to  ${localin[$i]}"
2833       else
2834          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}  to  ${localin[$i]}"
2835       fi
2836
2837          # INPUT-FILE FOR A RESTART RUN.
2838          # CHECK, IF THIS FILE STILL EXISTS ON THE TEMPORARY DATA DIRECTORY.
2839          # IF NOT, TRY TO GET IT FROM THE ARCHIVE SYSTEM
2840       if [[ "${actionin[$i]}" = fl ]]
2841       then
2842          printf "\n      $datentyp will be fetched from temporary directory \"${tmp_data_catalog}\" !"
2843          if [[ $files_for_pes = false ]]
2844          then
2845             if [[ -f "$tmp_data_catalog/${frelin[$i]}" ]]
2846             then
2847                ln  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2848                got_tmp[$i]=true
2849             elif [[ -f "$WORK/${frelin[$i]}"  &&  $ignore_archive_error = true ]]
2850             then
2851                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" !"
2852                printf "\n  *** trying to use backup copy in \"$WORK\" "
2853                cp  $WORK/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2854             else
2855                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" "
2856                printf "\n      or \"$tmp_data_catalog\" does not exist!"
2857                printf "\n  *** trying to get copy from archive"
2858                actionin[$i]=ar
2859             fi
2860          else
2861             if [[ -d "$tmp_data_catalog/${frelin[$i]}" ]]
2862             then
2863                mkdir  ${localin[$i]}
2864                cd $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2865                for file in $(ls *)
2866                do
2867                   ln $file $TEMPDIR/${localin[$i]}
2868                done
2869                cd $TEMPDIR
2870                got_tmp[$i]=true
2871             elif [[ -d "$WORK/${frelin[$i]}"  &&  $ignore_archive_error = true ]]
2872             then
2873                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" !"
2874                printf "\n  *** trying to use backup copy in \"$WORK\" "
2875                cp -r  $WORK/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2876             else
2877                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" "
2878                printf "\n      or \"$tmp_data_catalog\" does not exist!"
2879                printf "\n  *** trying to get copy from archive"
2880                actionin[$i]=ar
2881             fi
2882          fi
2883       fi
2884
2885
2886          # FILE IS STORED ON THE ARCHIVE SYSTEM
2887       if [[ "${actionin[$i]}" = ar ]]
2888       then
2889
2890          if [[ $files_for_pes = false ]]
2891          then
2892             printf "\n      file will be restored from archive-system ($archive_system)!"
2893          else
2894             printf "\n      directory will be restored from archive-system ($archive_system)!"
2895          fi
2896
2897          file_restored=false
2898
2899          if [[ $archive_system = asterix ]]
2900          then
2901             do_stagein=true
2902             (( stagein_anz = 0 ))
2903             while [[ $do_stagein = true ]]
2904             do
2905                if [[ $files_for_pes = false ]]
2906                then
2907                   stagein  -O  ${frelin[$i]}  >  STAGEIN_OUTPUT
2908                else
2909                   stagein  -t  -O  ${frelin[$i]}  >  STAGEIN_OUTPUT
2910                fi
2911                cat  STAGEIN_OUTPUT
2912                if [[ $(grep -c "st.msg:i24"  STAGEIN_OUTPUT) != 0 ]]
2913                then
2914                   file_restored=true
2915                   do_stagein=false
2916                else
2917                   (( stagein_anz = stagein_anz + 1 ))
2918                   if (( stagein_anz == 10 ))
2919                   then
2920                      printf "\n  +++ stagein stoped after 10 tries"
2921                      locat=stage
2922                      exit
2923                   fi
2924                   printf "\n  +++ restoring from archive failed, trying again:"
2925                   sleep 900
2926                fi
2927             done
2928          elif [[ $archive_system = DMF ]]
2929          then
2930             if [[ $files_for_pes = false ]]
2931             then
2932                printf "\n  +++ restoring of single files impossible with $archive_system !\n"
2933                locat=DMF
2934                exit
2935             else
2936                find  $ARCHIVE/${frelin[$i]}  -type m  -print  |  dmget
2937                cp  -r $ARCHIVE/${frelin[$i]}  $PWD
2938                file_restored=true
2939             fi
2940          elif [[ $archive_system = tivoli ]]
2941          then
2942             if [[ $files_for_pes = false ]]
2943             then
2944                ssh  $SSH_PORTOPT  $usern@bicedata.hlrn.de  "cp  $PERM/${frelin[$i]}  $PWD"
2945             else
2946                (( inode = 0 ))
2947                while (( inode < nodes ))
2948                do
2949                   ssh  $SSH_PORTOPT  $usern@bicedata.hlrn.de  "cd $PWD; tar  xf  $PERM/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar"
2950                   (( inode = inode + 1 ))
2951                done
2952             fi
2953             file_restored=true
2954          elif [[ $archive_system = ut ]]
2955          then
2956             if [[ $files_for_pes = false ]]
2957             then
2958                cp  $UT/${frelin[$i]}  .
2959             else
2960                (( inode = 0 ))
2961                while (( inode < nodes ))
2962                do
2963                   tar  xf  $UT/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar
2964                   (( inode = inode + 1 ))
2965                done
2966             fi
2967             file_restored=true
2968          else
2969             printf "\n  +++ archive_system=\"$archive_system\"   restore impossible!"
2970             locat=rearchive
2971             exit
2972          fi
2973
2974          if [[ $file_restored = true ]]
2975          then
2976
2977                # PUT FILE ON THE TEMPORARY DATA DIRECTORY TOO.
2978                # THIS WILL MAKE FILE ACCESS EASIER FOR LATER RUNS
2979             [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog; chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
2980             if [[ $files_for_pes = false ]]
2981             then
2982                ln  -f  ${frelin[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2983             else
2984                mkdir  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2985                ln  -f  ${frelin[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2986             fi
2987             got_tmp[$i]=true
2988
2989                # PROVIDE THE FILE UNDER ITS LOCAL NAME
2990             mv  ${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2991
2992          fi
2993       fi
2994
2995
2996          # FILE IS STORED IN THE RESPECTIVE DIRECTORY GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
2997       if [[ "${actionin[$i]}" = ""  ||  "${actionin[$i]}" = "di"  ||  "${actionin[$i]}" = "npe" ]]
2998       then
2999
3000          if [[ "${actionin[$i]}" = "npe"  &&  -n $numprocs ]]
3001          then
3002
3003                # FILE COPIES ARE PROVIDED FOR ALL CORES
3004                # EACH FILE GETS A UNIQUE FILENAME WITH A FOUR DIGIT NUMBER
3005             printf "\n      file will be provided for $numprocs processors"
3006             mkdir  ${localin[$i]}
3007             ival=$numprocs
3008             (( ii = 0 ))
3009             while (( ii <= ival-1 ))
3010             do
3011                if (( ii < 10 ))
3012                then
3013                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_000$ii
3014                elif (( ii < 100 ))
3015                then
3016                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_00$ii
3017                elif (( ii < 1000 ))
3018                then
3019                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_0$ii
3020                else
3021                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_$ii
3022                fi
3023                (( ii = ii + 1 ))
3024             done
3025
3026          else
3027
3028             if [[ $files_for_pes = true ]]
3029             then
3030
3031                   # PROVIDE FILES FOR EACH CORE
3032                   # FIRST CREATE THE LOCAL DIRECTORY, THEN COPY FILES
3033                   # FROM THE PERMANENT DIRECTORY BY LINKING THEM TO THE LOCAL ONE
3034                printf "\n      providing $numprocs files for the respective processors"
3035                mkdir  ${localin[$i]}
3036                if [[ $link_local_input = true ]]
3037                    then
3038                    printf "      using ln -f\n"
3039                    cd ${absnamein[$i]}
3040                    for file in $(ls *)
3041                      do
3042                      ln -f $file  ${localin[$i]}
3043                    done
3044                    cd $TEMPDIR
3045                fi
3046
3047                   # IF "ln -f" FAILED OR IF "$link_local_input = false" DO A NORMAL "cp -r"
3048                if [[ ! -f "${localin[$i]}/_0000" ]]
3049                    then
3050                    if [[ $link_local_input = true ]]
3051                        then
3052                        printf "      ln failed for .../_0000, using cp...\n"
3053                    fi
3054                    cp -r  ${absnamein[$i]}/*  ${localin[$i]}
3055                fi
3056
3057             else
3058
3059                   # PROVIDE FILE FOR RUNS ON A SINGLE CORE
3060                if [[ $link_local_input = true ]]
3061                then
3062                    printf "      using ln -f\n"
3063                    ln -f  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
3064                fi
3065                # If "ln -f" fails of if "$link_local_input = false" do a normal "cp"
3066                if [[ ! -f "${localin[$i]}" ]]
3067                then
3068                    if [[ $link_local_input = true ]]
3069                    then
3070                        printf "      ln failed, using cp...\n"
3071                    fi
3072                    cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
3073                fi
3074             fi
3075          fi
3076       fi
3077
3078    done
3079    if (( i != 0 ))
3080    then
3081       printf "\n$dashes\n  *** all INPUT-files provided \n"
3082    fi
3083
3084
3085       # EXECUTE INPUT-COMMANDS GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
3086    (( i = 0 ))
3087    while (( i < iic ))
3088    do
3089       (( i = i + 1 ))
3090       if (( i == 1 ))
3091       then
3092          printf "\n\n  *** execution of INPUT-commands:\n$dashes"
3093       fi
3094       printf "\n  >>> ${in_command[$i]}"
3095       eval  ${in_command[$i]}
3096       if (( i == iic ))
3097       then
3098          printf "\n$dashes\n"
3099       fi
3100    done
3101
3102
3103       # SET THE REMAINING CPU-TIME
3104    cpurest=${cpumax}.
3105
3106
3107       # START DVR STREAMING SERVER
3108    if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
3109    then
3110       if [[ "$dvr_server" != "" ]]
3111       then
3112
3113          printf "\n\n  *** preparing the dvr streaming server configuration file"
3114
3115             # CHECK, IF A DVR SERVER IS ALREADY RUNNING
3116          running_dvrserver_id=`echo $(ps -edaf | grep .dvrserver.config | grep -v grep) | cut -d" " -f2`
3117          if [[ "$running_dvrserver_id" != "" ]]
3118          then
3119
3120             printf "\n\n  +++ WARNING: A dvr server with id=$running_dvrserver_id is already running!"
3121             printf "\n      This server is used instead starting a new one!"
3122             printf "\n      If required, script \"process_dvr_output\" has to be run manually."
3123
3124          else
3125
3126                # COPY CONFIGURATION FILE FOR STREAMING SERVER FROM REPOSITORY TO HERE
3127             if [[ -f ${PALM_BIN}/.dvrserver.config ]]
3128             then
3129                cp  ${PALM_BIN}/.dvrserver.config  .
3130
3131                   # ENTERING THE BASEDIR, UID AND GID INTO THIS FILE
3132                user_id=`id -u`
3133                group_id=`id -g`
3134
3135                   # "&" IS REQUIRED AS A SEPERATOR, BECAUSE TEMPDIR CONTAINS "/"
3136                sed "s&<replace by dvr data directory>&${TEMPDIR}&g" .dvrserver.config > .dvrserver.1
3137                sed "s/<replace by user id>/$user_id/g"    .dvrserver.1 > .dvrserver.2
3138                sed "s/<replace by group id>/$group_id/g"  .dvrserver.2 > .dvrserver.3
3139                mv  .dvrserver.3  .dvrserver.config
3140                rm  .dvrserver.1  .dvrserver.2
3141
3142                   # START DVR SERVER IN BACKGROUND, GET HIS ID AND PRINT ON TERMINAL
3143                $dvr_server  .dvrserver.config  >>  DVR_LOGFILE  2>&1  &
3144                dvrserver_id=`echo $(ps -edaf | grep .dvrserver.config) | cut -d" " -f2`
3145                printf "\n  *** streaming server with id=$dvrserver_id is started in background"
3146                local_dvrserver_running=.TRUE.
3147             else
3148                printf "\n  +++ missing file \".dvrserver.config\" in directory:"
3149                printf "\n      \"$PALM_BIN\" "
3150                locat=dvr
3151                exit
3152             fi
3153
3154          fi
3155
3156       else
3157          printf "\n\n  --- INFORMATIVE: no dvr streaming server will be started"
3158       fi
3159    fi
3160
3161
3162       # CREATE THE NAMELIST-FILE WITH VALUES OF ENVIRONMENT-VARIABLES REQUIRED BY PALM
3163       # (FILE ENVPAR WILL BE READ BY PALM)
3164    cat  >  ENVPAR  <<  %%END%%
3165 &envpar  run_identifier = '$fname', host = '$localhost',
3166          write_binary = '$write_binary', tasks_per_node = $tasks_per_node,
3167          maximum_parallel_io_streams = $maximum_parallel_io_streams,
3168          maximum_cpu_time_allowed = ${cpumax}.,
3169          revision = '$global_revision',
3170          local_dvrserver_running = $local_dvrserver_running /
3171
3172%%END%%
3173
3174
3175       # STARTING THE EXECUTABLE
3176    printf "\n\n  *** execution starts in directory\n      \"`pwd`\"\n$dashes\n"
3177    PATH=$PATH:$TEMPDIR
3178
3179       # MPI DEBUG OPTION (ARGUMENT CHECKING, SLOWS DOWN EXECUTION DUE TO INCREASED LATENCY)
3180    if [[ "$mpi_debug" = true ]]
3181    then
3182       export MPI_CHECK_ARGS=1
3183       printf "\n  +++ MPI_CHECK_ARGS=$MPI_CHECK_ARGS"
3184    fi
3185
3186    if [[ "$totalview" = true ]]
3187    then
3188       printf "\n *** totalview debugger will be used"
3189       tv_opt="-tv"
3190    else
3191       tv_opt=""
3192    fi
3193
3194    if [[ "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ]]
3195    then
3196       if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
3197       then
3198          continue
3199       fi
3200       if [[ $localhost = ibmh ]]
3201       then
3202
3203             # SETUP THE IBM MPI ENVIRONMENT
3204          export MP_SHARED_MEMORY=yes
3205          export AIXTHREADS_SCOPE=S
3206          export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3207          export AUTHSTATE=files
3208          export XLFRTEOPTS="nlwidth=132:err_recovery=no"    # RECORD-LENGTH OF NAMELIST-OUTPUT
3209
3210             # FOLLOWING OPTIONS ARE MANDATORY FOR TOTALVIEW
3211          export MP_ADAPTER_USE=shared
3212          export MP_CPU_USE=multiple
3213          export MP_TIMEOUT=1200
3214
3215          unset  MP_TASK_AFFINITY
3216
3217             # SO FAR, TOTALVIEW NEEDS HOSTFILE MECHANISM FOR EXECUTION
3218          #(( ii = 1 ))
3219          #while (( ii <= $numprocs ))
3220          #do
3221          #   echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3222          #   (( ii = ii + 1 ))
3223          #done
3224          #export MP_HOSTFILE=hostfile
3225
3226          if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
3227          then
3228             totalview   poe  a.out  $ROPTS
3229          else
3230             echo totalview   poe  -a a.out  -procs $numprocs  -rmpool 0  -nodes 1   $ROPTS
3231             export TVDSVRLAUNCHCMD=ssh
3232             totalview   poe  -a a.out  -procs $numprocs  -rmpool 0  -nodes 1   $ROPTS
3233          fi
3234
3235       # END DEBUG MODE
3236    else
3237
3238          # NORMAL EXECUTION
3239       if [[ -n $numprocs ]]
3240       then
3241
3242             # RUNNING THE PROGRAM ON PARALLEL MACHINES
3243          if [[ $(echo $host | cut -c1-3) = ibm ]]
3244          then
3245
3246                # SETUP THE IBM MPI ENVIRONMENT
3247             if [[ $host != ibmh  &&  $host != ibmkisti ]]
3248             then
3249                export MP_SHARED_MEMORY=yes
3250                export AIXTHREAD_SCOPE=S
3251                export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3252                export XLSMPOPTS="spins=0:yields=0:stack=20000000"
3253                export AUTHSTATE=files
3254                export XLFRTEOPTS="nlwidth=132:err_recovery=no"    # RECORD-LENGTH OF NAMELIST-OUTPUT
3255                #  export MP_PRINTENV=yes
3256
3257                   # TUNING-VARIABLES TO IMPROVE COMMUNICATION SPEED
3258                   # DO NOT SHOW SIGNIFICANT EFFECTS (SEP 04, FEDERATION-SWITCH)
3259                export MP_WAIT_MODE=poll
3260                [[ $node_usage = not_shared ]]  &&  export MP_SINGLE_THREAD=yes
3261             fi
3262
3263             if [[ $host = ibmkisti ]]
3264             then
3265                export LANG=en_US
3266                export MP_SHARED_MEMORY=yes
3267                if [[ $threads_per_task = 1 ]]
3268                then
3269                   export MP_SINGLE_THREAD=yes
3270                   export MEMORY_AFFINITY=MCM
3271                else
3272                   export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3273                fi
3274             fi
3275
3276             if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
3277             then
3278                printf "\n--- Control: OMP_NUM_THREADS = \"$OMP_NUM_THREADS\" \n"
3279                if [[ "$cond1" = hpmcount  ||  "$cond2" = hpmcount ]]
3280                then
3281                   /opt/optibm/HPM_2_4_1/bin/hpmcount  a.out  $ROPTS
3282                else
3283                   if [[ $run_coupled_model = false ]]
3284                   then
3285                      if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3286                      then
3287                         echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3288                      else
3289                         echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3290                      fi
3291                   else
3292                      (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3293                      (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3294                      printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3295                      printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3296                      printf "\n\n"
3297                      echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3298                   fi
3299                   poe ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos
3300                fi
3301             else
3302                if [[ $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibms ]]
3303                then
3304                   poe  a.out  -procs $numprocs  -nodes 1  -rmpool 0  $ROPTS
3305                elif [[ $localhost = ibmkisti  ||  $localhost = ibmku ]]
3306                then
3307                   if [[ -f $hostfile ]]
3308                   then
3309                      cp  $hostfile  hostfile
3310                   else
3311                      (( ii = 1 ))
3312                      while (( ii <= $numprocs ))
3313                      do
3314                         echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3315                         (( ii = ii + 1 ))
3316                      done
3317                   fi
3318                   export MP_HOSTFILE=hostfile
3319                   if [[ $run_coupled_model = false ]]
3320                   then
3321                      if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3322                      then
3323                         echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3324                      else
3325                         echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3326                      fi
3327                   else
3328                      (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3329                      (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3330                      printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3331                      printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3332                      printf "\n\n"
3333                      echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3334                   fi
3335
3336                   poe  ./a.out  -procs $numprocs $ROPTS  <  runfile_atmos
3337
3338                else
3339                   if [[ "$host_file" = "" ]]
3340                   then
3341                      printf "\n  +++ no hostfile given in configuration file"
3342                      locat=config_file
3343                      exit
3344                   else
3345                      eval host_file=$host_file
3346                   fi
3347                   export MP_HOSTFILE=$host_file
3348                   poe  a.out  -procs $numprocs  -tasks_per_node $numprocs  $ROPTS
3349                fi
3350             fi
3351          elif [[ $host = nech ]]
3352          then
3353             (( ii = nodes ))
3354             if [[ $ii = 1 ]]
3355             then
3356                export F_ERRCNT=0        # acceptable number of errors before program is stopped
3357                export MPIPROGINF=YES
3358                #  export F_TRACE=YES|FMT1|FMT2  # output of ftrace informations to job protocol
3359                echo "*** execution on single node with mpirun"
3360                mpirun  -np $numprocs  ./a.out  $ROPTS
3361             else
3362                (( i = 0 ))
3363                while (( i < ii ))
3364                do
3365                   echo "-h $i  -p $tasks_per_node  -e ./mpi_exec_shell"  >>  multinode_config
3366                   (( i = i + 1 ))
3367                done
3368
3369                echo "#!/bin/sh"                         >   mpi_exec_shell
3370                echo " "                                 >>  mpi_exec_shell
3371                echo "set -u"                            >>  mpi_exec_shell
3372                echo "F_ERRCNT=0"                        >>  mpi_exec_shell
3373                echo "MPIPROGINV=YES"                    >>  mpi_exec_shell
3374                echo "OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task" >>  mpi_exec_shell
3375                echo "cpurest=$cpurest"                  >>  mpi_exec_shell
3376                echo "fname=$fname"                      >>  mpi_exec_shell
3377                echo "localhost=$localhost"              >>  mpi_exec_shell
3378                echo "return_addres=$return_addres"      >>  mpi_exec_shell
3379                echo "return_username=$return_username"  >>  mpi_exec_shell
3380                echo "tasks_per_node=$tasks_per_node"    >>  mpi_exec_shell
3381                echo "write_binary=$write_binary"        >>  mpi_exec_shell
3382                echo "use_seperate_pe_for_dvrp_output=$use_seperate_pe_for_dvrp_output"  >>  mpi_exec_shell
3383                echo "  "                                >>  mpi_exec_shell
3384                echo "export F_ERRCNT"                   >>  mpi_exec_shell
3385                echo "export MPIPROGINV"                 >>  mpi_exec_shell
3386                echo "export OMP_NUM_THREADS"            >>  mpi_exec_shell
3387                echo "export cpurest"                    >>  mpi_exec_shell
3388                echo "export fname"                      >>  mpi_exec_shell
3389                echo "export localhost"                  >>  mpi_exec_shell
3390                echo "export return_addres"              >>  mpi_exec_shell
3391                echo "export return_username"            >>  mpi_exec_shell
3392                echo "export tasks_per_node"             >>  mpi_exec_shell
3393                echo "export write_binary"               >>  mpi_exec_shell
3394                echo "export use_seperate_pe_for_dvrp_output"  >>  mpi_exec_shell
3395                echo " "                                 >>  mpi_exec_shell
3396                echo "exec  ./a.out"                     >>  mpi_exec_shell
3397
3398                chmod u+x  mpi_exec_shell
3399                export MPIPROGINF=YES
3400                mpirun  -f multinode_config  &
3401                wait
3402
3403             fi
3404          elif [[ $(echo $host | cut -c1-2) = lc  &&  $host != lckyoto &&  $host != lctit ]]
3405          then
3406
3407                # COPY HOSTFILE FROM SOURCE DIRECTORY OR CREATE IT, IF IT
3408                # DOES NOT EXIST
3409             if [[  $host != lccrayb  &&$host != lccrayf  && $host != lccrayh  &&  $host != lckyuh  &&  $host != lckyut ]]
3410             then
3411                if [[ -f $hostfile ]]
3412                then
3413                   cp  $hostfile  hostfile
3414                   (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3415                else
3416                   (( ii = 1 ))
3417                   while (( ii <= $numprocs / $threads_per_task ))
3418                   do
3419                      echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3420                      (( ii = ii + 1 ))
3421                   done
3422                fi
3423                eval zeile=\"`head -n $ii  hostfile`\"
3424                printf "\n  *** running on: $zeile"
3425             fi
3426
3427             (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3428             export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3429
3430             if [[ $threads_per_task != 1 ]]
3431             then
3432                   # INCREASE STACK SIZE TO UNLIMITED, BECAUSE OTHERWISE LARGE RUNS
3433                   # MAY ABORT
3434                ulimit -Ss unlimited
3435                printf "\n      threads per task: $threads_per_task  stacksize: unlimited"
3436             fi
3437             if [[ $run_coupled_model = false ]]
3438             then
3439                if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3440                then
3441                   echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3442                else
3443                   echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3444                fi
3445                printf "\n\n"
3446
3447                if [[ $host = lccrayb || $host = lccrayh ]]
3448                then
3449                    echo "--- aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  $ROPTS  < runfile_atmos"
3450                    aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3451#                    aprun  -n $ii  -ss  -r2  -j1  a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3452                elif [[ $host = lccrayf ]]
3453                then
3454                    aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  -m ${memory}M  a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3455                elif [[ $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3456                then
3457                    aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3458                elif [[ $host = lcflow ]]
3459                then
3460                   mpirun -bootstrap sge -np $ii  -env I_MPI_FABRICS shm:ofa a.out  < runfile_atmos  $ROPTS
3461                elif [[ $host = lcsb ]]
3462                then
3463                   mpirun_rsh -hostfile $PBS_NODEFILE -np `cat $PBS_NODEFILE | wc -l` a.out  < runfile_atmos  $ROPTS
3464                elif [[ $host = lckiaps ]]
3465                then
3466                   mpirun -np $ii  -f $PBS_NODEFILE  a.out  <  runfile_atmos  $ROPTS
3467                elif [[ $host = lckyu* ]]
3468                then
3469                   mpiexec -n $ii --stdin runfile_atmos  ./a.out  $ROPTS
3470                else
3471                   mpiexec  -machinefile hostfile  -n $ii  a.out  <  runfile_atmos  $ROPTS
3472                fi
3473             else
3474
3475                    # CURRENTLY THERE IS NO FULL MPI-2 SUPPORT ON ICE AND XT4
3476                (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3477                (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3478                printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3479                printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3480                printf "\n\n"
3481
3482                if [[ $coupled_mode = "mpi2" ]]
3483                then
3484                   echo "atmosphere_to_ocean $iia $iio"  >  runfile_atmos
3485                   echo "ocean_to_atmosphere $iia $iio"  >  runfile_ocean
3486
3487                   if [[ $host = lccrayf  ||  $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3488                   then
3489
3490                      aprun  -n $iia  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_atmos  $ROPTS  &
3491                      aprun  -n $iio  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_ocean  $ROPTS  &
3492
3493                   else
3494                          # WORKAROUND BECAUSE mpiexec WITH -env option IS NOT AVAILABLE ON SOME SYSTEMS
3495                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iia  a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos &
3496                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iio  a.out  $ROPTS  <  runfile_ocean &
3497#                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iia  -env coupling_mode atmosphere_to_ocean  a.out  $ROPTS  &
3498#                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iio  -env coupling_mode ocean_to_atmosphere  a.out  $ROPTS  &
3499                   fi
3500                   wait
3501
3502                else
3503
3504                   echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3505
3506                   if [[ $host = lccrayf  ||  $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3507                   then
3508
3509                      aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_atmos  $ROPTS
3510
3511                   elif [[ $host = lck || $host = lckordi ]]
3512                   then
3513
3514                      mpiexec -n $ii  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos &
3515
3516                   elif [[ $host = lckyu* ]]
3517                   then
3518
3519                      mpiexec -n $ii --stdin runfile_atmos  ./a.out  $ROPTS
3520
3521                   fi
3522                   wait
3523                fi
3524
3525             fi
3526
3527          elif [[ $host = lckyoto ]]
3528          then
3529             set -xv
3530             export P4_RSHCOMMAND=plesh
3531             echo "     P4_RSHCOMMAND = $P4_RSHCOMMAND"
3532             if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
3533             then
3534                if [[ "$cond2" = fujitsu ]]
3535                then
3536                   mpiexec  -n $numprocs  ./a.out  $ROPTS  # for fujitsu-compiler
3537                elif [[ "cond2" = pgi ]]
3538                then
3539                   mpirun  -np $numprocs  -machinefile ${QSUB_NODEINF}  ./a.out  $ROPTS
3540                else
3541                   mpirun_rsh -np $numprocs -hostfile ${QSUB_NODEINF} MV2_USE_SRQ=0 ./a.out ${ROPTS} || /bin/true
3542                fi
3543             else
3544                if [[ "$cond2" = "" ]]
3545                then
3546                   mpiruni_rsh -np $numprocs ./a.out  $ROPTS  # for intel
3547                else
3548                   mpirun  -np $numprocs  ./a.out  $ROPTS
3549                fi
3550             fi
3551             set +xv
3552
3553          elif [[ $host = lctit ]]
3554          then
3555             export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3556             echo "OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"
3557             if [[ "$threads_per_task" != 1 ]]
3558             then
3559                export MV2_ENABLE_AFFINITY=0
3560             fi
3561             echo "----- PBS_NODEFILE content:"
3562             cat $PBS_NODEFILE
3563             echo "-----"
3564             (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3565             echo "mpirun  -np $ii  -hostfile $PBS_NODEFILE ./a.out  $ROPTS"
3566             mpirun  -np $ii  -hostfile $PBS_NODEFILE ./a.out  $ROPTS
3567          else
3568             mpprun  -n $numprocs  a.out  $ROPTS
3569          fi
3570       else
3571          a.out  $ROPTS
3572       fi
3573    fi
3574
3575    if [[ $? != 0 ]]
3576    then
3577
3578          # ABORT IN CASE OF RUNTIME ERRORS
3579       printf "\n  +++ runtime error occured"
3580       locat=execution
3581       exit
3582
3583    else
3584
3585       printf "\n$dashes\n  *** execution finished \n"
3586
3587          # STOP THE DVR STREAMING SERVER AND PROCESS THE DVR OUTPUT IN ORDER
3588          # TO CREAT DVRS- AND HTML-FILES CONTAINING ALL STREAMS
3589       if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
3590       then
3591          kill $dvrserver_id
3592          printf "\n  *** dvr server with id=$dvrserver_id has been stopped"
3593
3594             # IF THERE IS A DIRECTORY, DATA HAVE BEEN OUTPUT BY THE
3595             # STREAMING SERVER. OTHERWISE, USER HAS CHOSEN dvrp_output=local
3596          if [[ -d DATA_DVR ]]
3597          then
3598
3599                # ADD THE CURRENT DVR CONFIGURATION FILE TO THE DVR OUTPUT
3600                # DIRECTORY
3601             cp  .dvrserver.config  DATA_DVR
3602
3603                # PROCESS THE DVR OUTPUT (OPTION -s FOR GENERATING
3604                # SEQUENCE MODE DATA TOO)
3605             process_dvr_output  -d DATA_DVR  -f $fname  -s
3606
3607          else
3608
3609                # PROCESS THE LOCAL OUTPUT
3610             process_dvr_output  -l  -d DATA_DVR  -f $fname
3611
3612          fi
3613
3614       elif [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
3615       then
3616
3617             # PROCESS DVR OUTPUT GENERATD IN LOCAL MODE (dvrp_output=local)
3618          process_dvr_output  -l  -d DATA_DVR  -f $fname
3619
3620       fi
3621    fi
3622
3623
3624
3625       # CALL OF combine_plot_fields IN ORDER TO MERGE SINGLE FILES WRITTEN
3626       # BY EACH CORE INTO ONE FILE
3627   if [[ ! -f ${PALM_BIN}/combine_plot_fields${block}.x ]]
3628   then
3629      printf "\n\n\n  +++ WARNING: no combine_plot_fields found for given block \"$cond1 $cond2\""
3630      printf "\n      2d- and/or 3d-data may be incomplete!"
3631      printf "\n      Run \"mbuild -u -h $localhost\" to generate utilities for this block.\n"
3632   elif [[ "$combine_plot_fields" == true ]]
3633   then
3634      if [[ $localhost = lccrayh  ||  $localhost = lccrayb ]]
3635      then
3636         printf "\n\n\n *** post-processing: now executing \"aprun  -n 1  -N 1 combine_plot_fields${block}.x\" ..."
3637         aprun  -n 1  -N 1 combine_plot_fields${block}.x #$ROPTS < runfile_atmos
3638      else
3639         printf "\n\n\n *** post-processing: now executing \"combine_plot_fields${block}.x\" ..."
3640         combine_plot_fields${block}.x
3641      fi
3642   else
3643
3644         # TEMPORARY SOLUTION TO SKIP combine_plot_fields. THIS IS REQUIRED IN CASE OF HUGE AMOUNT OF
3645         # DATA OUTPUT. TO DO: EXTEND THIS BRANCH BY CREATING A BATCH JOB for combine_plot_fields.
3646         # ??? koennen wir das streichen ???
3647      printf "\n\n\n *** post-processing: skipping combine_plot_fields (-Z option set) ..."
3648   fi
3649
3650
3651
3652       # EXECUTE OUTPUT-COMMANDS GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
3653    (( i = 0 ))
3654    while (( i < ioc ))
3655    do
3656       (( i = i + 1 ))
3657       if (( i == 1 ))
3658       then
3659          printf "\n\n  *** execution of OUTPUT-commands:\n$dashes"
3660       fi
3661       printf "\n  >>> ${out_command[$i]}"
3662       eval  ${out_command[$i]}
3663       if (( i == ioc ))
3664       then
3665          printf "\n$dashes\n"
3666       fi
3667    done
3668
3669
3670       # IN TRACE-MODE PRINT CONTENTS OF THE CURRENT (TEMPORARY) WORKING DIRECTORY
3671    if [[ $do_trace = true ]]
3672    then
3673       printf "\n\n"
3674       ls -al
3675    fi
3676
3677
3678
3679       # COPY LOCAL OUTPUT-FILES TO THEIR PERMANENT DESTINATIONS
3680    (( i = 0 ))
3681    while (( i < iout ))
3682    do
3683       (( i = i + 1 ))
3684       if (( i == 1 ))
3685       then
3686          printf "\n\n  *** saving OUTPUT-files:\n$dashes"
3687       fi
3688
3689          # CHECK FOR SINGLE FILE (SERIAL RUN) OR DIRECTORY (ONE FILE PER CORE FOR PARELLEL EXECUTION)
3690       files_for_pes=false; filetyp=file
3691       if [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  -n $numprocs ]]
3692       then
3693          files_for_pes=true; filetyp=directory
3694          actionout[$i]=""
3695       elif [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  ! -n $numprocs ]]
3696       then
3697          actionout[$i]=""
3698       elif [[ "${actionout[$i]}" = arpe  &&  -n $numprocs ]]
3699       then
3700          files_for_pes=true; filetyp=directory
3701          actionout[$i]="ar"
3702       elif [[ "${actionout[$i]}" = arpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3703       then
3704          actionout[$i]="ar"
3705       elif [[ "${actionout[$i]}" = flpe  &&  -n $numprocs ]]
3706       then
3707          files_for_pes=true; filetyp=directory
3708          actionout[$i]="fl"
3709       elif [[ "${actionout[$i]}" = flpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3710       then
3711          actionout[$i]="fl"
3712       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  -n $numprocs ]]
3713       then
3714          files_for_pes=true; filetyp=directory
3715          actionout[$i]="tr"
3716       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3717       then
3718          actionout[$i]="tr"
3719       fi
3720
3721       if [[ ! -f ${localout[$i]}  &&  $files_for_pes = false ]]
3722       then
3723          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}  does not exist\n"
3724       elif [[ ! -d ${localout[$i]}  &&  $files_for_pes = true ]]
3725       then
3726          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}/....  does not exist\n"
3727       else
3728
3729
3730             # COPY VIA SCP TO LOCAL HOST (ALWAYS IN BINARY MODE USING batch_scp option -m)
3731             # IF TARGET DIRECTORY DOES NOT EXISTS, TRY TO CREATE IT
3732          if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
3733          then
3734             if [[ $localhost != $fromhost ]]
3735             then
3736                if [[ $files_for_pes = false ]]
3737                then
3738                   cps=""
3739                   cst=""
3740                else
3741                   cps=-c
3742                   cst="/"
3743                fi
3744                if [[ $localhost = nech ]]
3745                then
3746
3747                      # TRANSFER IN SEPERATE JOB
3748                      # FIRST COPY FILE TO TEMPORY DATA DIRECTORY
3749                   [[ ! -d $tmp_data_catalog/TRANSFER ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog/TRANSFER
3750                   file_to_transfer=${fname}_${localout[$i]}_to_transfer_$kennung
3751                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3752                   then
3753                      ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3754                   else
3755                      mkdir  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3756                      ln  ${localout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3757                   fi
3758
3759                   echo "set -x"                                    >    transfer_${localout[$i]}
3760                   echo "cd  $tmp_data_catalog/TRANSFER"            >>   transfer_${localout[$i]}
3761
3762                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}$cst  by SCP in seperate job to"
3763                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}$cst"
3764                   printf "\n              or higher cycle\n"
3765                   echo "batch_scp $PORTOPT $cps -b -m -u $return_username $return_addres  $file_to_transfer \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"  >>  transfer_${localout[$i]}
3766
3767                   echo "[[ \$? = 0 ]]  &&  rm  $file_to_transfer"  >>  transfer_${localout[$i]}
3768
3769                   if [[ $localhost = nech ]]
3770                   then
3771                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 900  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3772                   else
3773                      if [[ "$LOGNAME" = b323013 ]]
3774                      then
3775                         subjob  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3776                      else
3777                         subjob  -d  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3778                      fi
3779                   fi
3780
3781                else
3782
3783                      # TRANSFER WITHIN THIS JOB
3784                   transfer_failed=false
3785                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}$cst  by SCP to"
3786                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}$cst\n"
3787                   if [[ $localhost = lccrayb ]]
3788                   then
3789                      ssh $usern@blogin1 "cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT $cps -b -m -u $return_username $return_addres  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3790                   elif [[ $localhost = lccrayh ]]
3791                   then
3792                      ssh $usern@hlogin1 "cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT $cps -b -m -u $return_username $return_addres  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3793                   else
3794                      batch_scp $PORTOPT $cps -b -m -u $return_username $return_addres  ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
3795                   fi
3796                   [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
3797
3798                      # IF TRANSFER FAILED, CREATE BACKUP COPY ON THIS MACHINE
3799                   if [[ $transfer_failed = true ]]
3800                   then
3801                      printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on this host under:\n"
3802                      printf "      ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung\n"
3803
3804                         # FIRST CHECK, IF DIRECTORY EXISTS, AND CREATE IT, IF NECESSARY
3805                      eval  local_catalog=${pathout[$i]}
3806                      if [[ ! -d $local_catalog ]]
3807                      then
3808                         printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
3809                         printf "      $local_catalog \n"
3810                         mkdir -p  $local_catalog
3811                      fi
3812                      eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung
3813                      transfer_problems=true
3814                   fi
3815                fi
3816             else
3817
3818                   # UNSET actionout. DUE TO THIS SETTING, FILE WILL LATER JUST BE COPIED ON THIS MACHINE
3819                actionout[$i]=""
3820             fi
3821          fi
3822
3823
3824             # APPEND VIA SCP TO LOCAL HOST (ALWAYS IN BINARY MODE USING batch_scp option -m)
3825             # IF TARGET DIRECTORY DOES NOT EXISTS, TRY TO CREATE IT
3826          if [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
3827          then
3828             if [[ $localhost != $fromhost ]]
3829             then
3830                if [[ $localhost = ibmh  ||  $localhost = nech ]]
3831                then
3832
3833                      # TRANSFER IN SEPERATE JOB
3834                      # FIRST COPY FILE TO TEMPORY DATA DIRECTORY
3835                   [[ ! -d $tmp_data_catalog/TRANSFER ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog/TRANSFER
3836                   file_to_transfer=${fname}_${localout[$i]}_to_transfer_$kennung
3837                   ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3838
3839                   echo "set -x"                                    >    transfer_${localout[$i]}
3840                   echo "cd  $tmp_data_catalog/TRANSFER"            >>   transfer_${localout[$i]}
3841
3842                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append by SCP in seperate job to"
3843                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}"
3844                   printf "\n              or higher cycle\n"
3845                   echo "batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username $return_addres  $file_to_transfer \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"  >>  transfer_${localout[$i]}
3846
3847                   echo "[[ \$? = 0 ]]  &&  rm  $file_to_transfer"  >>  transfer_${localout[$i]}
3848
3849                   if [[ $localhost = nech ]]
3850                   then
3851                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 900  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3852                   else
3853                      if [[ $LOGNAME = b323013 ]]
3854                      then
3855                         subjob  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3856                      else
3857                         subjob  -d  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3858                      fi
3859                   fi
3860
3861                else
3862
3863                      # TRANSFER WITHIN THIS JOB
3864                   transfer_failed=false
3865                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append by SCP to"
3866                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}\n"
3867                   if [[ $localhost = lccrayb ]]
3868                   then
3869                      ssh $usern@blogin1 "cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username $return_addres  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3870                   elif [[ $localhost = lccrayh ]]
3871                   then
3872                      ssh $usern@hlogin1 "cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username $return_addres  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3873                   else
3874                      batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username  $return_addres ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
3875                   fi
3876                   [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
3877
3878                      # IF TRANSFER FAILED, CREATE BACKUP COPY ON THIS MACHINE
3879                   if [[ $transfer_failed = true ]]
3880                   then
3881                      printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on this host under:\n"
3882                      printf "      ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung\n"
3883
3884                         # FIRST CHECK, IF DIRECTORY EXISTS, AND CREATE IT, IF NECESSARY
3885                      eval  local_catalog=${pathout[$i]}
3886                      if [[ ! -d $local_catalog ]]
3887                      then
3888                         printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
3889                         printf "      $local_catalog \n"
3890                         mkdir -p  $local_catalog
3891                      fi
3892
3893                      eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung
3894                      transfer_problems=true
3895                   fi
3896                fi
3897             else
3898
3899                   # RESET actionout. DUE TO THIS SETTING, FILE WILL LATER JUST BE APPENDED ON THIS MACHINE
3900                actionout[$i]=a
3901             fi
3902          fi
3903
3904
3905             # OUTPUT-FILE FOR A RESTART-RUN.
3906             # FILE IS MOVED TO THE TEMPORARY DATA DIRECTORY USING link COMMAND.
3907             # OPTION -f IS USED TO OVERWRITE EXISTING FILES.
3908             # AS LAST ACTION, ARCHIVING IS INITIATED.
3909          if [[ "${actionout[$i]}" = fl ]]
3910          then
3911             [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
3912             chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
3913             if [[ $files_for_pes = false ]]
3914             then
3915                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to"
3916                printf "\n              $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} (temporary data catalog)\n"
3917                ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3918             else
3919                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/....  to"
3920                printf "\n              $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} (temporary data catalog)\n"
3921                mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3922                cd ${localout[$i]}
3923                for file in $(ls *)
3924                do
3925                   ln -f $file $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3926                done
3927                cd $TEMPDIR
3928             fi
3929
3930
3931                # CREATE AND SUBMIT ARCHIVING-JOB
3932             if [[ $store_on_archive_system = true ]]
3933             then
3934
3935                if [[ $archive_system = asterix ]]
3936                then
3937                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                      >> archive_${frelout[$i]}
3938                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3939                   then
3940                      echo "stageout  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT${i}_$kennung" >> archive_${frelout[$i]}
3941                   else
3942                      echo "stageout -t  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT${i}_$kennung" >> archive_${frelout[$i]}
3943                   fi
3944                   echo "cat  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung"               >> archive_${frelout[$i]}
3945                   echo "if [[ \$(grep -c \"st.msg:150\"  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung) != 0 ]]" >> archive_${frelout[$i]}
3946                   echo "then"                                       >> archive_${frelout[$i]}
3947                   echo "   do_stageout=false"                       >> archive_${frelout[$i]}
3948                   echo "else"                                       >> archive_${frelout[$i]}
3949                   echo "   echo \"  +++ $filetyp ${frelout[$i]}  could not be stored on archive-system\" " >> archive_${frelout[$i]}
3950                   echo "   cat  /dev/null  >  ~/job_queue/ARCHIVE_ERROR_$fname" >> archive_${frelout[$i]}
3951                   echo "   cat  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung  >  ~/job_queue/archive_${frelout[$i]}_error" >> archive_${frelout[$i]}
3952                   echo "   echo \"  *** $filetyp ${frelout[$i]} will be copied to \$WORK as backup\" " >> archive_${frelout[$i]}
3953                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3954                   then
3955                      echo "   cp   ${frelout[$i]}  \$WORK"                    >> archive_${frelout[$i]}
3956                   else
3957                      echo "   cp -r  ${frelout[$i]}  \$WORK/${frelout[$i]}"   >> archive_${frelout[$i]}
3958                   fi
3959                   echo "   echo \"  *** $filetyp ${frelout[$i]} saved\" " >> archive_${frelout[$i]}
3960                   echo "fi"                                         >> archive_${frelout[$i]}
3961                   echo "rm  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung"              >> archive_${frelout[$i]}
3962                elif [[ $archive_system = DMF ]]
3963                then
3964                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                      >> archive_${frelout[$i]}
3965                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3966                   then
3967                      printf "\n  +++ archiving of single files impossible with $archive_system !\n"
3968                      locat=DMF
3969                      exit
3970                   else
3971                         # ??? nicht benötigte Archiv-Systeme entfernen ???
3972                         # FUER RECHNER IN JUELICH. DORT KOENNTEN AUCH
3973                         # EINZELNE DATEIEN GESICHERT WERDEN (SPAETER KORR.)
3974                      echo "rm -rf  \$ARCHIVE/${frelout[$i]}"     >> archive_${frelout[$i]}
3975                      echo "cp -r  ${frelout[$i]}  \$ARCHIVE"     >> archive_${frelout[$i]}
3976                   fi
3977                elif [[ $archive_system = tivoli ]]
3978                then
3979                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >> archive_${frelout[$i]}
3980                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3981                   then
3982                         # REMOVE EXISTING OLD FILES FROM THE ARCHIVE
3983                      echo "set -x"                                   >> archive_${frelout[$i]}
3984                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
3985                      echo "cp  ${frelout[$i]} \$PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3986                   else
3987
3988                      echo "set -x"                                   >> archive_${frelout[$i]}
3989                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}/*"         >> archive_${frelout[$i]}
3990                      echo "[[ ! -d \$PERM/${frelout[$i]} ]] && mkdir $PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3991                      cd  $tmp_data_catalog
3992                      all_files=`ls -1 ${frelout[$i]}/*`
3993                      cd -  > /dev/null
3994                      (( inode = 0 ))
3995                      (( tp1   = tasks_per_node + 1 ))
3996                      while (( inode < nodes ))
3997                      do
3998                         files=`echo $all_files | cut -d" " -f1-$tasks_per_node`
3999                         all_files=`echo $all_files | cut -d" " -f$tp1-`
4000                         echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
4001                         (( inode = inode + 1 ))
4002                      done
4003                   fi
4004                elif [[ $archive_system = ut ]]
4005                then
4006                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >> archive_${frelout[$i]}
4007                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4008                   then
4009                         # REMOVE EXISTING OLD FILES FROM THE ARCHIVE
4010                      echo "set -x"                                 >> archive_${frelout[$i]}
4011                      echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4012                      echo "cp  ${frelout[$i]} \$UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4013                   else
4014
4015                      echo "set -x"                                 >> archive_${frelout[$i]}
4016                      echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}/*"         >> archive_${frelout[$i]}
4017                      echo "[[ ! -d \$UT/${frelout[$i]} ]] && mkdir $UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4018                      cd  $tmp_data_catalog
4019                      all_files=`ls -1 ${frelout[$i]}/*`
4020                      cd -  > /dev/null
4021                      (( inode = 0 ))
4022                      (( tp1   = tasks_per_node + 1 ))
4023                      while (( inode < nodes ))
4024                      do
4025                         files=`echo $all_files | cut -d" " -f1-$tasks_per_node`
4026                         all_files=`echo $all_files | cut -d" " -f$tp1-`
4027                         echo "tar  cvf \$UT/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
4028                         (( inode = inode + 1 ))
4029                      done
4030                   fi
4031                elif [[ $archive_system = none ]]
4032                then
4033                   printf "              +++ archiving on $localhost not available!\n"
4034                fi
4035
4036                if [[ $archive_system != none ]]
4037                then
4038                   if [[ $localhost = nech ]]
4039                   then
4040                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 7200  $PORTOPT  archive_${frelout[$i]}
4041                   fi
4042                   printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
4043                fi
4044             else
4045                printf "              +++ caution: option -A is switched off. No archiving on $archive_system!\n"
4046             fi
4047
4048
4049                # CREATE AN EMPTY DIRECTORY IN THE USERS PERMANENT DIRECTORY,
4050                # IN ORDER TO NOTE THE RESPECTIVE CYCLE NUMBER ON THE ARCHIVE SYSTEM
4051                # RESTART-JOBS ARE USING THESE EMPTY-DIRECTORIES TO GET THE CURRENT HIGHEST
4052                # CYCLE NUMBER ON THE ARCHIVE SYSTEM (IN CASE THAT INFORMATIONS ARE DIFFICULT TO
4053                # TO ACCESS FROM THE ARCHIVE-SYSTEM DIRECTLY))
4054             if [[ $files_for_pes = false ]]
4055             then
4056                cat  /dev/null  >  ${pathout[$i]}
4057             else
4058                mkdir -p  ${pathout[$i]}
4059             fi
4060
4061          fi
4062
4063
4064             # COPY FROM THIS HOST TO THE ARCHIVE-SYSTEM
4065             # IF ANY ARCHIVING FAILS, AN ERROR-FLAG-FILE IS SET
4066             # THIS FILE REMAINS TO BE SET, EVEN IF ARCHIVING OF FURTHER FILES IS SUCCESSFULL
4067          if [[ "${actionout[$i]}" = ar ]]
4068          then
4069             if [[ $files_for_pes = false ]]
4070             then
4071                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to"
4072                printf "\n              ${pathout[$i]}"
4073                printf "\n              File will be copied to archive-system ($archive_system) !\n"
4074             else
4075                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/_....  to"
4076                printf "\n              ${pathout[$i]}"
4077                printf "\n              Directory will be copied to archive-system ($archive_system) !\n"
4078             fi
4079             mv  ${localout[$i]}  ${frelout[$i]}
4080
4081             file_saved=false
4082
4083             if [[ $archive_system = asterix ]]
4084             then
4085                do_stageout=true
4086                (( stageout_anz = 0 ))
4087                while [[ $do_stageout = true ]]
4088                do
4089                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4090                   then
4091                      stageout  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT
4092                   else
4093                      stageout  -t  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT
4094                   fi
4095                   cat  STAGE_OUTPUT
4096                   if [[ $(grep -c "st.msg:150"  STAGE_OUTPUT) != 0 ]]
4097                   then
4098                      file_saved=true
4099                      do_stageout=false
4100                   else
4101                      if [[ $files_for_pes = false ]]
4102                      then
4103                         printf "\n  +++ file ${frelout[$i]}  could not be saved on archive-system"
4104                      else
4105                         printf "\n  +++ directory ${frelout[$i]} could not be saved on archive-system"
4106                      fi
4107                      (( stageout_anz = stageout_anz + 1 ))
4108                      if (( stageout_anz == 10 ))
4109                      then
4110                         printf "\n  +++ stoped after 10 unsuccessful tries!"
4111                         archive_save=false
4112                         do_stageout=false
4113                      else
4114                         printf "\n  *** new try to store on archive after 15 min:"
4115                         sleep 900
4116                      fi
4117                   fi
4118                done
4119             elif [[ $archive_system = DMF ]]
4120             then
4121                if [[ $files_for_pes = false ]]
4122                then
4123                   printf "\n  +++ archiving of single files impossible on $archive_system!\n"
4124                   locat=DMF
4125                   exit
4126                else
4127                   rm -rf  $ARCHIVE/${frelout[$i]}
4128                   cp -r  ${frelout[$i]}  $ARCHIVE
4129                fi
4130                file_saved=true
4131             elif [[ $archive_system = tivoli ]]
4132             then
4133                   # ARCHIVING ONLY POSSIBLE VIA BATCH-JOB
4134                   # IN THE MEANTIME, FILE IS STORED IN THE TEMPORARY DATA DIRECTORY,
4135                   # BECAUSE MRUN'S CURRENT TEMPORARY WORKING DIRECTORY MAY ALREADY BE DELETED
4136                   # WHEN THE ARCHIVE-JOB IS EXECUTED
4137                [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
4138                chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
4139                if [[ $files_for_pes = false ]]
4140                then
4141                   ln -f  ${frelout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4142                else
4143                   mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4144                   ln -f  ${frelout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4145                fi
4146
4147                   # GENERATE AND SUBMIT BATCH-JOB
4148                   # FILE HAS TO BE DELETED FROM THE TEMPORARY DATA DIRECTORY
4149                   # DELETE OLD EXISTING FILES FROM THE ARCHIVE
4150                echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >  archive_${frelout[$i]}
4151                if [[ $files_for_pes = false ]]
4152                then
4153                   echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4154                   echo "cp  ${frelout[$i]} \$PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4155                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                  >> archive_${frelout[$i]}
4156                else
4157                   echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
4158                   echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4159                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                  >> archive_${frelout[$i]}
4160                fi
4161
4162                subjob  -v  -d  -q cdata  -X 0  -m 1000  -t 43200  -c $job_catalog  $PORTOPT  archive_${frelout[$i]}
4163                printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
4164                file_saved=true
4165
4166             elif [[ $archive_system = ut ]]
4167             then
4168                   # ARCHIVING ONLY POSSIBLE VIA BATCH-JOB
4169                   # IN THE MEANTIME, FILE IS STORED IN THE TEMPORARY DATA DIRECTORY,
4170                   # BECAUSE MRUN'S CURRENT TEMPORARY WORKING DIRECTORY MAY ALREADY BE DELETED
4171                   # WHEN THE ARCHIVE-JOB IS EXECUTED
4172                [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
4173                chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
4174                if [[ $files_for_pes = false ]]
4175                then
4176                   ln -f  ${frelout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4177                else
4178                   mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4179                   ln -f  ${frelout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4180                fi
4181
4182                   # GENERATE AND SUBMIT BATCH-JOB
4183                   # FILE HAS TO BE DELETED FROM THE TEMPORARY DATA DIRECTORY
4184                   # DELETE OLD EXISTING FILES FROM THE ARCHIVE
4185                echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >  archive_${frelout[$i]}
4186                if [[ $files_for_pes = false ]]
4187                then
4188                   echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4189                   echo "cp  ${frelout[$i]} \$UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4190                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                >> archive_${frelout[$i]}
4191                else
4192                   echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
4193                   echo "tar  cvf \$UT/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4194                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                >> archive_${frelout[$i]}
4195                fi
4196
4197                subjob  -v  -c /pf/b/$usern/job_queue  -d  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 7200  $PORTOPT  archive_${frelout[$i]}
4198                printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
4199                file_saved=true
4200
4201             else
4202                printf "\n  +++ archive_system=\"$archive_system\"  archiving impossible!"
4203                archive_save=false
4204             fi
4205
4206                # CREATE EMPTY FLAG-FILE OR -DIRECTORY
4207                # IN ORDER TO NOTE THE RESPECTIVE CYCLE NUMBER ON THE ARCHIVE SYSTEM
4208                # RESTART-JOBS ARE USING THESE EMPTY-DIRECTORIES TO GET THE CURRENT HIGHEST
4209                # CYCLE NUMBER ON THE ARCHIVE SYSTEM (IN CASE THAT INFORMATIONS ARE DIFFICULT TO
4210                # TO ACCESS FROM THE ARCHIVE-SYSTEM DIRECTLY))
4211             if [[ $file_saved = true ]]
4212             then
4213                if [[ $files_for_pes = false ]]
4214                then
4215                   cat  /dev/null  >  ${pathout[$i]}
4216                else
4217                   mkdir -p  ${pathout[$i]}
4218                fi
4219             fi
4220
4221          fi
4222
4223             # APPEND ON THIS MACHINE
4224          if [[ "${actionout[$i]}" = "a" ]]
4225          then
4226             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
4227             then
4228                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
4229                cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
4230             else
4231                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to  ${pathout[$i]}\n"
4232                cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}
4233             fi
4234          fi
4235
4236             # COPY ON THIS MACHINE
4237             # COPY HAS TO BE USED, BECAUSE MOVE DOES NOT WORK IF FILE-ORIGIN AND TARGET ARE
4238             # ON DIFFERENT FILE-SYSTEMS
4239          if [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_pes = false ]]
4240          then
4241
4242                # COPY IN CASE OF RUNS ON SINGLE CORES
4243             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
4244             then
4245                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
4246                if [[ $link_local_output = true ]]
4247                then
4248                    printf "      using ln -f\n"
4249                    ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
4250                fi
4251                # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
4252                if [[ ! -f "${pathout[$i]}.${extout[$i]}" ]]
4253                then
4254                    if [[ $link_local_output = true ]]
4255                    then
4256                        printf "      ln failed, using cp...\n"
4257                    fi
4258                    cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
4259                fi
4260             else
4261                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to  ${pathout[$i]}\n"
4262                if [[ $link_local_output = true ]]
4263                then
4264                    printf "      using ln -f\n"
4265                    ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4266                fi
4267                # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
4268                if [[ ! -f "${pathout[$i]}" ]]
4269                then
4270                    if [[ $link_local_output = true ]]
4271                    then
4272                        printf "      ln failed, using cp...\n"
4273                    fi
4274                    cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4275                fi
4276             fi
4277
4278          elif [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_pes = true ]]
4279          then
4280
4281                # FILES FROM THE DIFFERENT CORES ARE MOVED WITH ln-COMMAND TO THE PERMANENT DIRECTORY
4282                # AS A FIRST STEP, THE PERMANENT DIRECTORY IS CREATED
4283             printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/_....  to  ${pathout[$i]}\n"
4284             if [[ $link_local_output = true ]]
4285             then
4286                 printf "      using ln -f\n"
4287                 mkdir  ${pathout[$i]}
4288                 cd ${localout[$i]}
4289                 for file in $(ls *)
4290                 do
4291                   ln -f $file  ${pathout[$i]}
4292                 done
4293                 cd $TEMPDIR
4294             fi
4295
4296                # IF "ln -f" HAS FAILED OR IF "$link_local_output = false" DO A NORMAL COPY "cp -r"
4297             if [[ ! -f "${pathout[$i]}/_0000" ]]
4298             then
4299                 if [[ $link_local_output = true ]]
4300                 then
4301                     printf "      ln failed for .../_0000, using cp...\n"
4302                 fi
4303                 cp -r  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4304             fi
4305
4306          fi
4307       fi
4308    done
4309    if (( i != 0 ))
4310    then
4311       if [[ $transfer_problems = true ]]
4312       then
4313          printf "\n$dashes\n  *** OUTPUT-files saved"
4314          printf "\n  +++ WARNING: some data transfers failed! \n"
4315       else
4316          printf "\n$dashes\n  *** all OUTPUT-files saved \n"
4317       fi
4318    fi
4319
4320
4321       # IF REQUIRED, START A RESTART-JOB
4322       # FILE CONTINUE_RUN MUST HAVE BEEN CREATED BY THE EXECUTABLE (PALM)
4323    if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
4324    then
4325
4326       if [[ $archive_save = true ]]
4327       then
4328
4329             # ADD RESTART-OPTIONS TO THE MRUN-CALL (IF THEY ARE NOT USED ALREADY):
4330             # -C TELLS MRUN THAT IT IS A RESTART-RUN
4331             # -v SILENT MODE WITHOUT INTERACTIVE QUERIES
4332             # -n BATCH-MODE (IMPORTANT ONLY IN CASE OF BATCH JOBS ON THE LOCAL MACHINE)
4333          [[ $(echo $mc | grep -c "\-C") = 0 ]]  &&  mc="$mc -C"
4334          [[ $(echo $mc | grep -c "\-v") = 0 ]]  &&  mc="$mc -v"
4335          [[ $(echo $mc | grep -c "\-b") = 0 ]]  &&  mc="$mc -b"
4336          if [[ $(echo $mc | grep -c "#") != 0 ]]
4337          then
4338             mc=`echo $mc | sed 's/#/f/g'`
4339          fi
4340
4341
4342             # START THE RESTART-JOB
4343          printf "\n\n  *** initiating restart-run on \"$return_addres\" using command:\n"
4344          echo "      $mc"
4345          printf "\n$dashes\n"
4346          if [[ $localhost != $fromhost ]]
4347          then
4348
4349             if [[ $localhost = lccrayh  ||  $localhost = nech  ||  $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibmkisti  ||  $localhost = ibmku  ||  $localhost = ibms  ||  $localhost = lcflow  ||  $localhost = lckyu* ]]
4350             then
4351                echo "*** ssh will be used to initiate restart-runs!"
4352                echo "    return_addres=\"$return_addres\" "
4353                echo "    return_username=\"$return_username\" "
4354                if [[ $(echo $return_addres | grep -c "130.75.105") = 1 ]]
4355                then
4356                   if [[ $localhost = ibmh ]]
4357                   then
4358                      ssh $SSH_PORTOPT $usern@136.172.40.15 "ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;. /muksoft/packages/intel/bin/compilervars.sh intel64;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4359                   elif [[ $localhost = lccrayb ]]
4360                   then
4361                      ssh $usern@blogin1 "ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;. /muksoft/packages/intel/bin/compilervars.sh intel64;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4362                   elif [[ $localhost = lccrayh ]]
4363                   then
4364                      ssh $usern@hlogin1 "ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;. /muksoft/packages/intel/bin/compilervars.sh intel64;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4365
4366                   else
4367                      ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;. /muksoft/packages/intel/bin/compilervars.sh intel64;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4368                   fi
4369                else
4370                   if [[ $localhost = ibmkisti ]]
4371                   then
4372                      ssh $SSH_PORTOPT $usern@gaiad "ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4373                   elif [[ $localhost = lcflow ]]
4374                   then
4375                      /usr/bin/ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4376                   elif [[ $localhost = lccrayb ]]
4377                   then
4378                      ssh $usern@blogin1 "ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4379                   elif [[ $localhost = lccrayh ]]
4380                   then
4381                      ssh $usern@130.75.4.1 "ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4382                   else
4383                      ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4384                   fi
4385                fi
4386             else
4387                printf "\n  +++ no restart mechanism available for host \"$localhost\" "
4388                locat=restart; exit
4389             fi
4390
4391                # WAIT TO ALLOW THE RESTART-JOB TO BE QUEUED, BEFORE THE CURRENT JOB IS FINISHED
4392             if [[ $queue = special1q ]]
4393             then
4394                sleep 120
4395             else
4396                sleep 30
4397             fi
4398
4399          else
4400
4401                # JOBS RUNNING (AND STARTED) ON THE LOCAL MACHINE CAN DIRECTLY CALL MRUN (WITHOUT
4402                # USING SSH)
4403             cd $LOCAL_PWD
4404             if [[ $localhost = lckyuh ]]
4405             then
4406                printf "\n  +++ WARNING: no restart mechanism available for host \"$localhost\" "
4407                printf "\n               please restart job manually using command:\n"
4408                printf "\n               \"$mc\" "
4409             else
4410                eval  $mc                # THE ' MUST BE EVALUATED
4411             fi
4412             cd -  > /dev/null
4413          fi
4414          if [[ $localhost = lckyuh ]]
4415          then
4416             printf "\n$dashes\n  *** restart-run to be initiated manually\n"
4417          else
4418             printf "\n$dashes\n  *** restart-run initiated \n"
4419          fi
4420
4421
4422             # DELETE INPUT-(RESTART)FILES, WHICH HAVE BEEN FETCHED FROM THE TEMPORARY DATA
4423             # DIRECTORY, BACAUSE THEY ARE NOT REQUIRED BY THE RESTART-JOB.
4424             # THIS IS DONE IN ORDER TO AVOID EXCEEDING DISC QUOTAS OR DISC SPACE (RESTART-FILES
4425             # MAY BE VERY HUGE)
4426          (( i = 0 ))
4427          while (( i < iin ))
4428          do
4429             (( i = i + 1 ))
4430             if [[ "${got_tmp[$i]}" = true   &&  $keep_data_from_previous_run = false ]]
4431             then
4432                rm -r  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
4433             fi
4434          done
4435
4436       else
4437
4438          printf "\n  +++ no restart-run possible, since errors occured"
4439          printf "\n      during the archive process"
4440       fi
4441
4442    fi
4443
4444
4445   
4446       # SEND EMAIL NOTIFICATION ABOUT THE FINISHED RUN
4447    if [[ "$email_notification" != "none" ]]
4448    then
4449
4450       if [[ $localhost != $fromhost ]]
4451       then
4452          if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
4453          then
4454             echo "PALM restart run necessary"        >   email_text
4455             echo "description header of actual run:" >>  email_text
4456             cat  CONTINUE_RUN                        >>  email_text
4457             echo "mrun-command to restart:"          >>  email_text
4458             echo "$mc"                               >>  email_text
4459          else
4460             echo "PALM run with base filename \"$fname\" on host \"$localhost\" finished"  >  email_text
4461          fi
4462          mail  $email_notification  <  email_text
4463          printf "\n  *** email notification sent to \"$email_notification\" "
4464       fi
4465    fi
4466
4467
4468
4469       # ALL ACTIONS FINISHED, TEMPORARY WORKING-DIRECTORY CAN BE DELETED
4470    cd  $HOME
4471    [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
4472
4473 else
4474
4475
4476       # PREPARING ACTIONS,
4477       # IF A BATCH-JOB IS TO BE GENERATED AND STARTED ON A REMOTE-MACHINE GERECHNET
4478
4479       # BUILD THE MRUN-COMMAND TO BE CALLED IN THE BATCH-JOB ON THE REMOTE-MACHINE
4480    mrun_com="$mrun_script_name -a $afname -c $config_file -d $fname -h $host -H $fromhost -m $memory -t $cpumax -q $queue -R $return_addres -U $return_username -u $remote_username"
4481    [[ "$cpp_opts" != "" ]]       &&  mrun_com=${mrun_com}" -D \"$cpp_opts\""
4482    [[ "$global_revision" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -G \"$global_revision\""
4483    [[ $group_number != none ]]   &&  mrun_com=${mrun_com}" -g $group_number"
4484    [[ $do_compile = true ]]      &&  mrun_com=${mrun_com}" -s \"$source_list\""
4485    [[ "$input_list" != "" ]]     &&  mrun_com=${mrun_com}" -i \"$input_list\""
4486    [[ $ignore_archive_error = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -I"
4487    [[ $keep_data_from_previous_run = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -k"
4488    [[ "$additional_conditions" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -K \"$additional_conditions\""
4489    [[ "$output_list" != "" ]]    &&  mrun_com=${mrun_com}" -o \"$output_list\""
4490    [[ "$read_from_config" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -S"
4491    [[ $do_trace = true ]]        &&  mrun_com=${mrun_com}" -x"
4492    [[ "$numprocs" != "" ]]       &&  mrun_com=${mrun_com}" -X $numprocs"
4493    if [[ $use_openmp = true ]]
4494    then
4495       mrun_com=${mrun_com}" -O $threads_per_task"
4496    fi
4497    [[ "$tasks_per_node" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -T $tasks_per_node"
4498    [[ $store_on_archive_system = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -A"
4499    [[ $package_list != "" ]]     &&  mrun_com=${mrun_com}" -p \"$package_list\""
4500    [[ $return_password != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -P $return_password"
4501    [[ $delete_temporary_catalog = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -B"
4502    [[ $node_usage != default  &&  "$(echo $node_usage | cut -c1-3)" != "sla"  &&  $node_usage != novice ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -n $node_usage"
4503    [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -y"
4504    [[ $run_coupled_model = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -Y \"$coupled_dist\""
4505    [[ "$check_namelist_files" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -z"
4506    [[ "$combine_plot_fields" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -Z"
4507    [[ "$max_par_io_str" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -w $max_par_io_str"
4508    if [[ $do_remote = true ]]
4509    then
4510       printf "\n>>>> MRUN-command on execution host:\n>>>> $mrun_com \n"
4511    fi
4512
4513
4514       # CREATE EXECUTABLE FOR BATCH JOB
4515    if [[ $create_executable_for_batch = true  &&  $restart_run != true ]]
4516    then
4517
4518       printf "\n  *** creating the executable for batch job\n"
4519
4520          # METHOD ONLY WORKS FOR BATCH JOBS ON LOCAL HOSTS
4521       if [[ $host != $localhost ]]
4522       then
4523          printf "\n  +++ creation of executables is only allowed for batch jobs on local hosts."
4524          printf "\n      Please set create_executable_for_batch = false in the config-file.\n"
4525          locat=create_executable; exit
4526       fi
4527
4528       mkdir  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}/TMPDIR_FOR_CREATING_EXECUTABLE
4529       cd  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}/TMPDIR_FOR_CREATING_EXECUTABLE
4530
4531       cp  $make_depository  .
4532       tar -xf  $make_depository  >  /dev/null  2>&1
4533       cp  ../*  .   >  /dev/null  2>&1
4534
4535       make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
4536
4537       if [[ $? != 0  ||  "$compile_error" = true  ||  "$module_compile_error" = true ]]
4538       then
4539          printf "\n  +++ error occured while compiling or linking"
4540          locat=compile
4541          exit
4542       fi
4543
4544       mv  a.out  ..
4545       cd -  >  /dev/null  2>&1
4546       rm -rf  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}/TMPDIR_FOR_CREATING_EXECUTABLE
4547
4548       printf "  *** executable created in \"$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}\"\n "
4549
4550    fi
4551
4552
4553       # BUILD THE JOB-SCRIPTS ON FILE jobfile
4554    jobfile=jobfile.$RANDOM
4555
4556
4557       # CREATE TEMPORARY DIRECTORY AND SWITCH TO IT
4558    echo  "mkdir  $TEMPDIR"      >>  $jobfile
4559    echo  "cd  $TEMPDIR"         >>  $jobfile
4560
4561
4562       # ACTIVATE ERROR-TRACEBACK
4563    if [[ $do_trace = true ]]
4564    then
4565       echo  "set -x"                                    >>  $jobfile
4566    else
4567       echo  "set +vx"                                   >>  $jobfile
4568    fi
4569
4570
4571       # INITIALIZE THE ENVIRONMENT AND LOAD MODULES
4572    if [[ "$init_cmds" != "" ]]
4573    then
4574       echo  "$init_cmds"        >>  $jobfile
4575    fi
4576    if [[ "$module_calls" != "" ]]
4577    then
4578       echo  "$module_calls"     >>  $jobfile
4579    fi
4580
4581
4582       # PROVIDE SOURCE-CODE FILES, MRUN-SCRIPT AND CONFIGURATION-FILE FOR THE JOB
4583       # then-CLAUSE: FILES ARE COLLECTED IN THE SOURCES_FOR_RUN_... DIRECTORY ON THE LOCAL HOST,
4584       #              WHICH IS THEN FETCHED FROM THE BATCH-JOB BY USING cp/scp
4585       #              THE SOURCE-CODE FILES ALREADY EXIST IN THIS DIRECTORY
4586       # else-CLAUSE: FILE-CONTENTS ARE PUT INTO THE JOB-FILE AS HERE-DOCUMENTS
4587       #              THIS MAY CREATE A QUITE LARGE JOB-FILE, WHICH CAN CAUSE PROBLEMS WITH SOME
4588       #              QUEUEING-SYSTEMS
4589    if [[ $host = ibmkisti  ||  $host = lccrayb  ||  $host = lccrayf  ||  $host = lccrayh ]]
4590    then
4591
4592          # COPY CONFIGURATION-FILE AND MRUN-SCRIPT INTO THE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY
4593       if [[ $restart_run != true ]]
4594       then
4595          cp  $config_file  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
4596          cp  ${PALM_BIN}/$mrun_script_name  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
4597       fi
4598
4599          # COPY THE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY FROM THE LOCAL HOST TO THE JOB VIA scp
4600          # (then-CLAUSE: JOBS ON THE LOCAL HOST CAN JUST USE cp)
4601       echo  "set -x"  >>  $jobfile
4602       if [[ $host = $localhost ]]
4603       then
4604
4605             # DUE TO UNKNOWN REASONS, COPY WITH cp COMMAND CREATES CORRUPT
4606             # FILES ON CRAY XC30 SYSTEMS (CSC HELSINKI), rsync IS USED INSTEAD
4607          if [[ $(echo $host | cut -c1-6) = lccray ]]
4608          then
4609             echo  "rsync -av -t  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname  ."  >>  $jobfile
4610          else
4611             echo  "cp -r  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname  ."  >>  $jobfile
4612          fi
4613
4614       else
4615          if [[ $host = ibmkisti ]]
4616          then
4617                # ON KISTI'S IBM FIREWALL IS ONLY OPENED ON INTERACTIVE NODE
4618             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
4619             echo  "ssh $SSH_PORTOPT $remote_username@gaiad \"cd \$localdir; scp $PORTOPT -r  $return_username@$return_addres:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
4620          elif [[ $host = lccrayb ]]
4621          then
4622             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
4623             echo  "ssh $SSH_PORTOPT $remote_username@blogin1 \"cd \$localdir; scp $PORTOPT -r  $return_username@$return_addres:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
4624          elif [[ $host = lccrayh ]]
4625          then
4626             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
4627             echo  "ssh $SSH_PORTOPT $remote_username@hlogin1 \"cd \$localdir; scp $PORTOPT -r  $return_username@$return_addres:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
4628
4629          else
4630             echo  "scp $PORTOPT -r $return_username@$return_addres:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname ."  >>  $jobfile
4631          fi
4632       fi
4633       echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                      >>  $jobfile
4634
4635          # MOVE MRUN-SCRIPT AND CONFIGURATION-FILE FROM THE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY TO THE
4636          # WORKING DIRECTORY OF THE JOB
4637       echo  "mv  SOURCES_FOR_RUN_$fname/$config_file  . "       >>  $jobfile
4638       echo  "mv  SOURCES_FOR_RUN_$fname/$mrun_script_name  . "  >>  $jobfile
4639       echo  "chmod u+rwx  $mrun_script_name"                    >>  $jobfile
4640       echo  "execute_mrun=true"                                 >>  $jobfile
4641       echo  " "                                                 >>  $jobfile
4642
4643    else
4644
4645          # PROVIDE SOURCE-CODE FILES AND MAKEFILE AS HERE DOCUMENT
4646       if [[ $do_compile = true ]]
4647       then
4648
4649          source_catalog=SOURCES_FOR_RUN_$fname
4650
4651              # CREATE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY TO STORE THE SOURCE CODE FILES AND THE MAKEFILE
4652          echo  "mkdir  SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
4653          echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                 >>  $jobfile
4654          echo  "cd     SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
4655
4656          for  filename  in  $source_list
4657          do
4658                # BACKSLASH IS USED FOR MASKING
4659             echo  "cat > $filename << \"%END%\""              >>  $jobfile
4660             cat   $source_catalog/$filename                   >>  $jobfile
4661             echo  " "                                         >>  $jobfile
4662             echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
4663             echo  " "                                         >>  $jobfile
4664          done
4665
4666             # BACKSLASH IS USED FOR MASKING
4667          echo  "cat > Makefile << \"%END%\""               >>  $jobfile
4668          cat   $source_catalog/Makefile                    >>  $jobfile
4669          echo  " "                                         >>  $jobfile
4670          echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
4671          echo  " "                                         >>  $jobfile
4672
4673          echo  "cd -  > /dev/null"                         >>  $jobfile
4674
4675       fi
4676
4677
4678          # PROVIDE THE CONFIGURATION-FILE AS HERE-DOCUMENT
4679          # BACKSLASH IS USED FOR MASKING
4680          # LINES WITH #$ IN THE CONFIGURATION-FILE, COMING FROM THE SVN KEYWORD SUBSTITUTION,
4681          # ARE REMOVED FROM THE FILE IN ORDER TO AVOID PROBLEMS WITH THE SGE BATCH SYSTEM
4682       echo  "cat > $config_file << \"%END%\""      >>  $jobfile
4683       if [[ $host = lckyuh ]]
4684       then
4685             # NO CROSS-COMPILER ON COMPUTE NODE
4686          sed  's/frtpx/frt/g'  $config_file        >>  $jobfile
4687       else
4688          sed 's/#$.*//g'   $config_file            >>  $jobfile
4689       fi
4690       echo  "%END%"                                >>  $jobfile
4691       echo  " "                                    >>  $jobfile
4692
4693
4694          # PROVIDE THE MRUN-SCRIPTS AS HERE-DOCUMENT
4695          # BACKSLASH IS USED FOR MASKING
4696       echo  "cat > $mrun_script_name <<\"%END%\""  >>  $jobfile
4697       if [[ $host = lckyuh ]]
4698       then
4699          sed 's/\/bin\/ksh/\/bin\/bash/g' ${PALM_BIN}/$mrun_script_name  >>  $jobfile
4700       else
4701          cat  ${PALM_BIN}/$mrun_script_name        >>  $jobfile
4702       fi
4703       echo  "%END%"                                >>  $jobfile
4704       echo  "chmod u+x $mrun_script_name"          >>  $jobfile
4705       echo  "execute_mrun=true"                    >>  $jobfile
4706       echo  " "                                    >>  $jobfile
4707
4708    fi
4709
4710
4711       # GET REQUIRED INPUT-FILES BY SCP OR BY SENDING THEM WITH THE JOB AS HERE-DOCUMENT
4712       # PUT THESE FILES INTO THE USER'S RESPECTIVE PERMANENT DIRECTORIES ON THE REMOTE-HOST
4713       # IF THE DIRECTORIES DO NOT EXIST, TRY TO CREATE THEM
4714    if [[ $do_remote = true ]]
4715    then
4716       (( i = 0 ))
4717       while (( i < iin ))
4718       do
4719          (( i = i + 1 ))
4720          echo  "[[ ! -d ${pathin[$i]} ]]  &&  mkdir -p  ${pathin[$i]}"  >>  $jobfile
4721          if [[ "${transin[$i]}" = job ]]
4722          then
4723             echo  "cat > ${remotepathin[$i]} <<\"%END%\""    >>  $jobfile
4724             eval cat   ${pathin[$i]}/${frelin[$i]}           >>  $jobfile
4725             echo  " "                                        >>  $jobfile
4726             echo  "%END%"                                    >>  $jobfile
4727          else
4728             echo  "batch_scp $PORTOPT -b -o -g -s -u $return_username $return_addres ${remotepathin[$i]} \"${pathin[$i]}\" ${frelin[$i]}" >>  $jobfile
4729          fi
4730
4731             # CHECK, IF FILE COULD BE CREATED
4732          echo  "if [[ \$? = 1 ]]"                    >>  $jobfile
4733          echo  "then"                                >>  $jobfile
4734          echo  "   echo \" \" "                      >>  $jobfile
4735          echo  "   echo \"+++ file ${remotepathin[$i]} could not be created\" "   >>  $jobfile
4736          echo  "   echo \"    please check, if directory exists on $host!\" "  >>  $jobfile
4737          echo  "   echo \"+++ MRUN will not be continued\" "  >>  $jobfile
4738          echo  "   execute_mrun=false"               >>  $jobfile
4739          echo  "fi"                                  >>  $jobfile
4740       done
4741    fi
4742
4743       # PROVIDE NAME OF THE CURRENT WORKING-DIRECTORY ON THE LOCAL MACHINE (FROM WHERE THE JOB IS
4744       # STARTED) BY SETTING AN ENVIRONMENT-VARIABLE. THIS INFORMATION IS USED IN THE JOB BY MRUN
4745       # IN CASE THAT RESTART-RUNS HAVE TO BE GENERATED
4746    echo  "LOCAL_PWD=$working_directory"                >>  $jobfile
4747    echo  "export LOCAL_PWD"                            >>  $jobfile
4748
4749       # PROVIDE THE PATH OF THE LOCAL MRUN-SCRIPT FOR THE SAME REASON
4750    echo  "LOCAL_MRUN_PATH=$PALM_BIN"                   >>  $jobfile
4751    echo  "export LOCAL_MRUN_PATH"                      >>  $jobfile
4752
4753       # lcflow ALSO REQUIRES TO PROVIDE PATH FOR THE PALM-SCRIPTS
4754    if [[ $host = lcflow  ||  $localhost = lcflow ]]
4755    then
4756       echo  "export PALM_BIN=$PALM_BIN" | sed -e 's:'$HOME':$HOME:'   >>  $jobfile
4757       echo  "export PATH=\$PATH:\$PALM_BIN"              >>  $jobfile
4758    fi
4759
4760       # CALL MRUN WITHIN THE JOB (SETTING QUEUE IS A WORKAROUND FOR ibmkisti)
4761       # AS FINAL ACTION, REMOVE THE TEMPORARY DIRECTORY CREATED AT THE BEGINNING OF THE JOB
4762    echo  "set -x"                                        >>  $jobfile
4763    echo  "queue=$queue"                                  >>  $jobfile
4764    echo  "[[ \$execute_mrun = true ]]  &&  ./$mrun_com"  >>  $jobfile
4765    echo  'ls -al; echo `pwd`'                            >>  $jobfile
4766    echo  "cd \$HOME"                                     >>  $jobfile
4767    echo  "rm -rf  $TEMPDIR"                              >>  $jobfile
4768
4769
4770
4771
4772       # START THE JOB USING SUBJOB-COMMAND
4773    if [[ $silent = false ]]
4774    then
4775       printf "\n     "
4776    else
4777       printf "\n\n"
4778    fi
4779
4780    subjob  $job_on_file  -h $host  -u $remote_username -g $group_number -q $queue  -m $memory  -N $node_usage -t $cpumax  $XOPT  $TOPT  $OOPT  -n $fname  -v  -c $job_catalog  -e $email_notification  $PORTOPT  $jobfile
4781    rm -rf  $jobfile
4782
4783
4784 fi  # END OF REMOTE-PART
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.