source: palm/trunk/SCRIPTS/mrun @ 1270

Last change on this file since 1270 was 1270, checked in by fricke, 10 years ago

call of combine_plot_fields adjusted for lccrayb/lccrayh

  • Property svn:keywords set to Id Rev
File size: 188.4 KB
Line 
1#!/bin/ksh
2
3# mrun - script for running PALM jobs
4
5#--------------------------------------------------------------------------------#
6# This file is part of PALM.
7#
8# PALM is free software: you can redistribute it and/or modify it under the terms
9# of the GNU General Public License as published by the Free Software Foundation,
10# either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
11#
12# PALM is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY
13# WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR
14# A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
15#
16# You should have received a copy of the GNU General Public License along with
17# PALM. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
18#
19# Copyright 1997-2012  Leibniz University Hannover
20#--------------------------------------------------------------------------------#
21#
22# Current revisions:
23# ------------------
24# call of combine_plot_fields adjusted for lccrayb/lccrayh
25#
26# Former revisions:
27# -----------------
28# $Id: mrun 1270 2013-12-16 11:05:01Z fricke $
29#
30# 1255 2013-11-07 14:43:35Z raasch
31# further adjustments for lccrayb remote access
32#
33# 1241 2013-10-30 11:36:58Z heinze
34# Enable use of nudging input and input of large scale forcing from
35# external files
36#
37# 1229 2013-09-20 06:55:19Z raasch
38# further adjustments for lccrayb
39#
40# 1224 2013-09-16 07:27:23Z raasch
41# first adjustments for lccrayb
42#
43# 1210 2013-08-14 10:58:20Z raasch
44# fftw support added
45#
46# 1201 2013-07-10 16:17:59Z witha
47# adjustments for Forwind cluster (lcflow)
48#
49# 1199 2013-07-05 14:52:22Z raasch
50# adjustments for CSC Helsinki (lccrayf),
51# executables for batch jobs can be created in advance, in order to avoid calling
52# the compiler within the batch job (only works if batch jobs are submitted on
53# local host)
54#
55# 1190 2013-06-25 09:39:21Z heinze
56# enable use of automatic restarts for ibmh
57# use of cluster/express queue enabled (ibmh)
58#
59# 1124 2013-04-09 15:46:52Z raasch
60# variable "memory" is exported via typeset option -x, because otherwise an unknown
61# side effect may lead to data loss while getopts is reading the script-option arguments
62#
63# 1122 2013-04-09 08:37:16Z heinze
64# Bugfix: change type of variable last_char
65#
66# 1119 2013-04-05 15:11:19Z raasch
67# Bugfix for setting -T option for subjob
68#
69# 1108 2013-03-05 07:03:32Z raasch
70# bugfix for coupled runs on lckyut/lckyuh
71#
72# 1106 2013-03-04 05:31:38Z raasch
73# --stdin argument for mpiexec on lckyuh
74# -y and -Y settings output to header
75#
76# 1103 2013-02-20 02:15:53Z raasch
77# default script runs again under ksh, because of unsolved problems with read
78# from stdin: when bash script is called from a ksh, message "read error: 0:
79# Resource temporarily unavailable" appears and script does not stop,
80# further bash compatibility adjustments,
81# shebang line replaced by /bin/bash when running jobs on lckyuh; no restarts
82# on lckyuh, but mrun does not terminate and issues a warning instead
83#
84# 1101 2013-02-17 10:20:21Z raasch
85# script now running under bash instead of ksh, which required small adjustments
86# (output formatting with printf instead "typeset -L/-R", print replaced by echo,
87# read from stdin),
88# cross compilername on lckyuh compute nodes replaced by real compiler name
89#
90# 1099 2013-02-10 01:47:43Z raasch
91# adjustments for Kyushu-University computing center (lckyuh - hayaka)
92# and for Forwind cluster (lcflow)
93# small further adjustments for lckyut
94#
95# 1094 2013-02-03 01:52:12Z raasch
96# explicit ssh/scp port can be set in config file with environment variable
97# scp_port.  This port is handled to all ssh/scp/batch_scp calls.
98# decalpha parts (yonsei) removed
99#
100# 2013-02-02 07:06:13Z raasch
101# adjustments for Kyushu-University computing center (lckyut - tatara)
102#
103# 1083 2013-01-04 10:22:09Z maronga
104# bugfix in parameter file check (read %cpp_options was missing)
105#
106# 1069 2012-11-28 16:18:43Z maronga
107# bugfix: coupling mode was always set to mpi2, typos removed
108#
109# 1058 2012-11-21 07:00:35Z raasch
110# Intel inspector (inspxe) is given the number of PEs instead of the number of
111# nodes
112#
113# 1046 2012-11-09 14:38:45Z maronga
114# code put under GPL (PALM 3.9)
115#
116# 21/03/94 - Siggi - first version finished
117# 03/03/94 - Siggi - script development started
118#
119#--------------------------------------------------------------------------------#
120# mrun - script for running PALM jobs
121#--------------------------------------------------------------------------------#
122
123
124 
125    # VARIABLENVEREINBARUNGEN + DEFAULTWERTE
126
127 set +o allexport    # SICHERHEITSHALBER UNTERBINDEN, DA SONST EVTL. STAGEOUT
128                     # NICHT LAUEFT (TOO MANY ARGUMENTS - PROBLEM)
129 set +o noclobber    # EXISTIERENDE DATEIEN DUERFEN UEBERSCHRIEBEN WERDEN
130
131 AddFilenames=""
132 additional_conditions=""
133 add_source_path=""
134 afname=""
135 archive_save=true
136 archive_system=none
137 check_namelist_files=true
138 combine_plot_fields=true
139 compiler_name=""
140 cond1=""
141 cond2="" 
142 config_file=.mrun.config
143 coupled_dist=""
144 coupled_mode="mpi1"
145 cpp_opts=""
146 cpp_options=""
147 cpumax=0
148 cpurest=0
149 create_executable_for_batch=false
150 delete_temporary_catalog=true
151 do_batch=false
152 do_compile=true
153 do_remote=false
154 do_stagein=true
155 do_stageout=true
156 do_trace=false
157 email_notification="none"
158 exclude=""
159 executable=""
160 execution_error=false
161 fftw_inc=""
162 fftw_lib=""
163 fftw_support=false
164 fimm=false
165 fname=test
166 fromhost=""
167 global_revision=""
168 group_number=none
169 host=""
170 host_file=""
171 hp=""
172 ignore_archive_error=false
173 input_list=""
174 interpreted_config_file=""
175 job_catalog="~/job_queue"
176 job_on_file=""
177 keep_data_from_previous_run=false
178 link_local_input=false
179 link_local_output=false
180 localhost_realname=$(hostname)
181 local_compile=false
182 local_dvrserver_running=.FALSE.
183 locat=normal
184 mainprog=""
185 makefile=""
186 max_par_io_str=""
187 mc=$0
188 while [[ $(echo $mc | grep -c "/") != 0 ]]
189 do
190    mc=`echo $mc | cut -f2- -d"/"`
191 done
192 module_calls=""
193 mrun_script_name=$mc
194 netcdf_inc=""
195 netcdf_lib=""
196 netcdf_support=false
197 node_usage=default
198 numprocs=""
199 numprocs_atmos=0
200 numprocs_ocean=0
201 OOPT=""
202 openmp=false
203 output_list=""
204 package_list=""
205 punkte="..........................................................."
206 queue=none
207 read_from_config=""
208 restart_run=false
209 if [[ `hostname` = rte10 ]]
210 then
211    return_addres=133.5.185.60
212    echo "+++ WARNING: fixed return_addres = $return_addres is used !!!!!"
213 elif [[ `hostname` = climate0 ]]
214 then
215    return_addres=165.132.26.68
216    echo "+++ WARNING: fixed return_addres = $return_addres is used !!!!!"
217 elif [[ `hostname` = urban00 ]]
218 then
219    return_addres=147.46.30.151
220    echo "+++ WARNING: fixed return_addres = $return_addres is used !!!!!"
221 else
222    return_addres=$(nslookup `hostname` 2>&1 | grep "Address:" | tail -1 | awk '{print $2}')
223 fi
224 return_password=""
225 return_username=$LOGNAME
226 remotecall=false
227 remote_username=""
228 run_coupled_model=false
229 run_mode=""
230 scirocco=false
231 store_on_archive_system=false
232 striche="  ----------------------------------------------------------------------------"
233 silent=false
234 source_list=""
235 source_path=SOURCE
236 tasks_per_node=""
237 threads_per_task=1
238 tmpcreate=false
239 tmp_data_catalog=""
240 transfer_problems=false
241 usern=$LOGNAME
242 use_openmp=false
243 version="MRUN  2.0 Rev$Rev: 1270 $"
244 working_directory=`pwd`
245 TOPT=""
246 XOPT=""
247 zeit=$( date | cut -c 12-19 )
248
249 typeset -i  iec=0 iic=0 iin=0 ioc=0 iout=0 stagein_anz=0 stageout_anz=0
250 typeset -x -i  memory=0   # has to be exported here, otherwise an unknown side
251                           # effect may cause data loss when getopts is reading the
252                           # script-option arguments
253 typeset -i  cputime i ii iia iii iio icycle inode ival jobges jobsek last_char_int maxcycle minuten nodes pes sekunden tp1
254
255
256
257
258    # EINZELNE VARIABLE FUER HAUPTPROGRAMM EXPORTIEREN
259 export  cpurest fname host localhost return_addres return_username remotecall tasks_per_node
260
261    # FOLGENDE VARIABLEN MUESSEN FUER DIE INTERPRETATION DER KONFIGURATIONSDATEI
262    # EXPORTIERT WERDEN
263 export  afname config_file cpp_opts cpumax do_batch do_trace fname fromhost
264 export  group_number input_list numprocs output_list queue run_mode
265
266
267 
268    # FEHLERBEHANDLUNG
269    # BEI EXIT:
270 trap 'rm -rf  $working_directory/tmp_mrun
271       if [[ $locat != localhost ]]
272       then
273#          if [[ ! -f ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik ]]
274#          then
275#             cat  >  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik  <<  %STATEND%
276#MRUN-calls on $localhost
277#
278#date and time                      user        localhost   remotehost  termination mrun-command
279#--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
280#%STATEND%
281#             chmod  666  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik
282#          fi
283#
284#             # EINTRAG IN DIE STATISTIK-DATEI
285#          string1=`date`                  #-L35
286#          string2=$usern                  #-L12
287#          string3=$localhost_realname     #-L12
288#          string4=$host                   #-L12
289#          string5=$locat                  #-L12
290#          if [[ "$job_on_file" = ""  &&  $locat != control_c  &&  $locat != user_abort ]]
291#          then
292#             if [[ $do_batch = true ]]
293#             then
294#                printf "$string1$string2$string3$string4$string5$mrun_com \n"  >>  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik
295#             else
296#                printf "$string1$string2$string3$string4$string5$mc \n"  >>  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik
297#             fi
298#          fi
299          echo " " > /dev/null
300       fi
301
302       if [[ $locat != normal  &&  $locat != control_c  &&  $locat != local_compile ]]
303       then
304
305              # EVENTUELLE ERROR-KOMMANDOS ABARBEITEN
306          (( i = 0 ))
307          while (( i < iec ))
308          do
309             (( i = i + 1 ))
310             printf "\n  *** Execution of ERROR-command:\n"
311             printf "  >>> ${err_command[$i]}\n"
312             eval  ${err_command[$i]}
313          done
314          if [[ -n $interpreted_config_file ]]
315          then
316             rm -rf  $interpreted_config_file
317          fi
318          if [[ -n .mrun_environment ]]
319          then
320             rm -rf  .mrun_environment
321          fi
322          if [[ $tmpcreate = true ]]
323          then
324             printf "\n  *** Contents of \"$TEMPDIR\":\n"
325             ls -al; cd
326             [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
327          fi
328          if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
329          then
330             echo "+++ killing dvrserver_id=$dvrserver_id"
331             kill $dvrserver_id
332          fi
333          if [[ -f ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID ]]
334          then
335             rm -rf  ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID
336          fi
337          printf "\n\n+++ MRUN killed \n\n"
338       elif [[ $locat != control_c ]]
339       then
340          printf "\n\n --> all actions finished\n\n"
341          printf "     Bye, bye $usern !!\n\n"
342       fi' exit
343
344
345    # BEI TERMINAL-BREAK:
346 trap 'rm -rf  $working_directory/tmp_mrun
347       rm -rf  $working_directory/tmp_check_namelist_files
348       [[ $tmpcreate = true ]]  &&  (cd; rm -rf $TEMPDIR)
349       if [[ -f ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID ]]
350       then
351          rm -rf  ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID
352       fi
353       if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
354       then
355          echo "+++ killing dvrserver_id=$dvrserver_id"
356          kill $dvrserver_id
357       fi
358       printf "\n+++ MRUN killed by \"^C\" \n\n"
359       locat=control_c
360       exit
361      ' 2
362
363
364    # CHECK IF THE PATH FOR THE PALM BINARIES (SCRIPTS+UTILITY-PROGRAMS) HAS
365    # BEEN SET
366 if [[ "$PALM_BIN" = "" ]]
367 then
368    printf "\n  +++ environment variable PALM_BIN has not been set"
369    printf "\n      please set it to the directory where the PALM scripts are located"
370    locat=palm_bin; exit
371 fi
372 export PATH=$PALM_BIN:$PATH
373
374
375
376    # SHELLSCRIPT-OPTIONEN EINLESEN UND KOMMANDO NEU ZUSAMMENSETZEN, FALLS ES
377    # FUER FOLGEJOBS BENOETIGT WIRD
378 while  getopts  :a:AbBc:Cd:D:Fg:G:h:H:i:IkK:m:M:n:o:O:p:P:q:r:R:s:St:T:u:U:vw:xX:yY:zZ option
379 do
380   case  $option  in
381       (a)   afname=$OPTARG;;
382       (A)   store_on_archive_system=true; mc="$mc -A";;
383       (b)   do_batch=true; mc="$mc -b";;
384       (B)   delete_temporary_catalog=false; mc="$mc -B";;
385       (c)   config_file=$OPTARG; mc="$mc -c$OPTARG";;
386       (C)   restart_run=true; mc="$mc -C";;
387       (d)   fname=$OPTARG; mc="$mc -d$OPTARG";;
388       (D)   cpp_opts="$cpp_opts $OPTARG"; mc="$mc -D'$OPTARG'";;
389       (F)   job_on_file="-D"; mc="$mc -F";;
390       (g)   group_number=$OPTARG; mc="$mc -g$OPTARG";;
391       (G)   global_revision=$OPTARG; mc="$mc -G'$OPTARG'";;
392       (h)   host=$OPTARG; mc="$mc -h$OPTARG";;
393       (H)   fromhost=$OPTARG; mc="$mc -H$OPTARG";;
394       (i)   input_list=$OPTARG; mc="$mc -i'$OPTARG'";;
395       (I)   ignore_archive_error=true; mc="$mc -I";;
396       (k)   keep_data_from_previous_run=true; mc="$mc -k";;
397       (K)   additional_conditions="$OPTARG"; mc="$mc -K'$OPTARG'";;
398       (m)   memory=$OPTARG; mc="$mc -m$OPTARG";;
399       (M)   makefile=$OPTARG; mc="$mc -M$OPTARG";;
400       (n)   node_usage=$OPTARG; mc="$mc -n$OPTARG";;
401       (o)   output_list=$OPTARG; mc="$mc -o'$OPTARG'";;
402       (O)   use_openmp=true; threads_per_task=$OPTARG; mc="$mc -O$OPTARG";;
403       (p)   package_list=$OPTARG; mc="$mc -p'$OPTARG'";;
404       (P)   return_password=$OPTARG; mc="$mc -P$OPTARG";;
405       (q)   queue=$OPTARG; mc="$mc -q$OPTARG";;
406       (r)   run_mode=$OPTARG; mc="$mc -r'$OPTARG'";;
407       (R)   remotecall=true;return_addres=$OPTARG; mc="$mc -R$OPTARG";;
408       (s)   source_list=$OPTARG; mc="$mc -s'$OPTARG'";;
409       (S)   read_from_config=false; mc="$mc -S";;
410       (t)   cpumax=$OPTARG; mc="$mc -t$OPTARG";;
411       (T)   mrun_tasks_per_node=$OPTARG; mc="$mc -T$OPTARG";;
412       (u)   remote_username=$OPTARG; mc="$mc -u$OPTARG";;
413       (U)   return_username=$OPTARG; mc="$mc -U$OPTARG";;
414       (v)   silent=true; mc="$mc -v";;
415       (w)   max_par_io_str=$OPTARG; mc="$mc -w$OPTARG";;
416       (x)   do_trace=true;set -x; mc="$mc -x";;
417       (X)   numprocs=$OPTARG; mc="$mc -X$OPTARG";;
418       (y)   ocean_file_appendix=true; mc="$mc -y";;
419       (Y)   run_coupled_model=true; coupled_dist=$OPTARG; mc="$mc -Y'$OPTARG'";;
420       (z)   check_namelist_files=false; mc="$mc -z";;
421       (Z)   combine_plot_fields=false; mc="$mc -Z";;
422       (\?)  printf "\n  +++ unknown option $OPTARG \n"
423             printf "\n  --> type \"$0 ?\" for available options \n"
424             locat=parameter;exit;;
425   esac
426 done
427
428
429    # EVTL. POSITIONSPARAMETER EINLESEN
430    # ZUR ZEIT GIBT ES NUR DEN PARAMETER ? (=KURZINFO)
431 (( to_shift = $OPTIND - 1 ))
432 shift $to_shift
433
434    # KURZE AUFRUFBESCHREIBUNG WIRD HIER AUSGEGEBEN
435 if [[ "$1" = "?" ]]
436 then
437   (printf "\n  *** mrun can be called as follows:\n"
438    printf "\n      $mrun_script_name  -b -c.. -d.. -D.. -f.. -F -h.. -i.. -I -K.. -m.. -o.. -p.. -r.. -R -s.. -t.. -T.. -v -x -X.. -y -Y.. -z -Z <modus> \n"
439    printf "\n      Description of available options:\n"
440    printf "\n      Option  Description                              Default-Value"
441    printf "\n        -a    base name of input files                 equiv. -d"
442    printf "\n        -A    archiving when using file-attribute fl"
443    printf "\n        -b    batch-job on local machine               ---"
444    printf "\n        -B    do not delete temporary directory at end ---"
445    printf "\n        -c    configuration file                       .mrun.config"
446    printf "\n        -d    base name of files attached to program   test"
447    printf "\n        -D    preprocessor(cpp)-directives             \"\" "
448    printf "\n        -F    create remote job file only              ---"
449    printf "\n        -h    execution host                           $localhost_realname"
450    printf "\n        -i    INPUT control list                       \"\" "
451    printf "\n        -I    archiving errors of previous batch-jobs"
452    printf "\n              will be ignored"
453    printf "\n        -k    keep data from previous run"
454    printf "\n        -K    additional conditions for controling"
455    printf "\n              usage of conditional code and"
456    printf "\n              env-variables in configuration file      \"\" "
457    printf "\n        -m    memory demand in MB (batch-jobs)         0 MB"
458    printf "\n        -M    Makefile name                            Makefile"
459    printf "\n        -n    node usage (shared/not_shared)           depending on -h"
460    printf "\n        -o    OUTPUT control list                      \"\" "
461    printf "\n        -O    use OpenMP                               ---"
462    printf "\n        -p    software package list                    \"\" "
463    printf "\n        -q    queue                                    \"$queue\" "
464    printf "\n        -r    run control list (combines -i -o)        \"\" "
465    printf "\n        -s    filenames of routines to be compiled     \"\" "
466    printf "\n              must end with .f, .f90, .F, or .c !"
467    printf "\n              use \"..\" for more than one file and wildcards"
468    printf "\n              -s LM compiles all locally modified files"
469    printf "\n        -S    config file interpreted by shellscript   ---"
470    printf "\n        -t    allowed cpu-time in seconds (batch)      0"
471    printf "\n        -T    tasks per node                           depending on -h"
472    printf "\n        -u    username on remote machine               \"\" "
473    printf "\n        -v    no prompt for confirmation               ---"
474    printf "\n        -w    maximum parallel io streams              as given by -X"
475    printf "\n        -x    tracing of mrun for debug purposes       ---"
476    printf "\n        -X    # of processors (on parallel machines)   1"
477    printf "\n        -y    add appendix \"_O\" to all local output"
478    printf "\n              files (ocean precursor runs followed by"
479    printf "\n              coupled atmosphere-ocean runs)           ---"
480    printf "\n        -Y    run coupled model, \"#1 #2\" with" 
481    printf "\n              #1 atmosphere and #2 ocean processors    \"#/2 #/2\" depending on -X"
482    printf "\n        -z    disable a priori parameter file check    ---"
483    printf "\n        -Z    skip combine_plot_fields at the end of      "
484    printf "\n              the simulation                           ---"
485    printf "\n "
486    printf "\n      Possible values of positional parameter <modus>:"
487    printf "\n        \"?\"       -  this outline \n\n") | more
488    exit
489 elif [[ "$1" != "" ]]
490 then
491    printf "\n  +++ positional parameter $1 unknown \n"
492    locat=parameter; exit
493 fi
494
495
496
497    # KURZE STARTMELDUNG
498 printf "\n*** $version "
499 printf "\n    will be executed.     Please wait ..."
500
501
502
503    # PRUEFEN, OB KONFIGURATIONS-DATEI VORHANDEN
504 if [[ ! -f $config_file ]]
505 then
506    printf "\n\n  +++ configuration file: "
507    printf "\n           $config_file"
508    printf "\n      does not exist"
509    locat=connect; exit 
510 fi
511
512
513    # HOST-IDENTIFIER (local_host) AUS KONFIGURATIONSDATEI BESTIMMEN
514 line=""
515 grep  "%host_identifier"  $config_file  >  tmp_mrun
516 while read line
517 do
518    if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
519    then
520       HOSTNAME=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
521       host_identifier=`echo $line | cut -d" " -s -f3`
522       if [[ $localhost_realname = $HOSTNAME ]]
523       then
524          localhost=$host_identifier
525          break
526       fi
527    fi
528 done < tmp_mrun
529
530 if [[ "$localhost" = "" ]]
531 then
532    printf "\n\n  +++ no host identifier found in configuration file \"$config_file\""
533    printf "\n      for local host \"$localhost_realname\"."
534    printf "\n      Please add line"
535    printf "\n      \"\%host_identifier $localhost_realname <identifier>\""
536    printf "\n      to the configuration file."
537    locat=localhost; exit
538 fi
539
540
541    # HOSTSPEZIFISCHE VARIABLEN SETZEN
542 case  $localhost_realname  in
543     (r1*|r2*|h01*|b01*)     archive_system=tivoli;;
544     (cs*)                   archive_system=ut;;
545     (fimm.bccs.uib.no)      fimm=true;;
546     (gate|n-sx)             PATH=$PALM_BIN:$PATH:/usr/bin/nqsII;;
547     (scirocco)              scirocco=true;;
548 esac
549
550
551 
552    # BASISNAME DER INPUT-DATEIEN GLEICH ALLGEMEINEM BASISNAMEN SETZEN,
553    # WENN NICHT VOM BENUTZER ANDERS BESTIMMT
554 [[ "$afname" = "" ]]  &&  afname=$fname
555
556
557    # EVTL. RUN-MODUS DEN I/O-LISTEN HINZUFUEGEN
558 if [[ "$run_mode" != "" ]]
559 then
560    input_list="$input_list $run_mode"
561    output_list="$output_list $run_mode"
562 fi
563
564
565    # RECHNERNAMEN ABSPEICHERN, VON DEM AUS JOB GESTARTET WIRD,
566    # ALLERDINGS NUR DANN, WENN NICHT PER OPTION -H BEREITS EIN WERT
567    # ZUGEWIESEN WURDE (MRUN MACHT DIES IMMER, WENN ES SELBST BATCH-JOBS
568    # STARTET)
569 if [[ "$fromhost" = "" ]]
570 then
571    fromhost=$localhost
572 fi
573
574
575    # PRUEFEN, OB AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL
576    # WERT VON do_remote WIRD FUER DATEIVERBINDUNGEN BENOETIGT.
577    # WENN AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WIRD, IST GLEICHZEITIG KLAR,
578    # DASS EIN BATCH-JOB GESTARTET WERDEN MUSS
579 if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
580 then
581    do_batch=true
582    do_remote=true
583    case  $host  in
584        (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|ibmy|nech|necriam|lccrayb|lccrayf|lcflow|lckyoto|lcsgib|lcsgih|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckiaps|lckordi|lckyuh|lckyut|lcsb)  true;;
585        (*)  printf "\n"
586             printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
587             printf "\n      is not available"
588             locat=nqs; (( iec = 0 )); exit;;
589    esac
590 else
591    host=$localhost
592 fi
593
594
595     # ZUSATZBEDINGUNGEN (OPTION -K) AUSWERTEN
596 if [[ -n $additional_conditions ]]
597 then
598#    echo $additional_conditions | cut -d" " -f1-3 | read  cond1  cond2  dummy
599    cond1=`echo $additional_conditions | cut -d" " -f1`
600    cond2=`echo $additional_conditions | cut -d" " -s -f2`
601    dummy=`echo $additional_conditions | cut -d" " -s -f3`
602    if [[ -n $dummy ]]
603    then
604       printf "\n  +++ more than 2 additional conditions given for Option \"-K\""
605       locat=options; exit
606    fi
607    block=_$cond1
608    [[ -n $cond2 ]]  &&  block=${block}_$cond2
609 fi
610
611
612      # KOPPLUNGSEIGENSCHAFTEN (-Y) AUSWERTEN UND coupled_mode BESTIMMEN
613 if [[ $run_coupled_model = true ]] 
614 then
615
616    if  [[ -n $coupled_dist ]]
617    then
618
619       numprocs_atmos=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f1`
620       numprocs_ocean=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f2`
621
622       if (( $numprocs_ocean + $numprocs_atmos != $numprocs ))
623       then
624
625          printf "\n  +++ number of processors does not fit to specification by \"-Y\"."
626          printf "\n      PEs (total)     : $numprocs"
627          printf "\n      PEs (atmosphere): $numprocs_atmos"
628          printf "\n      PEs (ocean)     : $numprocs_ocean"
629          locat=coupling; exit
630
631       fi
632
633    else
634
635       (( numprocs_ocean = $numprocs / 2 ))
636       (( numprocs_atmos = $numprocs / 2 ))
637
638    fi
639    coupled_dist=`echo "$numprocs_atmos $numprocs_ocean"`
640
641       # GET coupled_mode FROM THE CONFIG FILE
642    line=""
643    grep  "%cpp_options.*-D__mpi2.*$host" $config_file  >  tmp_mrun
644    while read line
645    do
646       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" &&  $(echo $line | cut -d" " -s -f4) = $cond1 && $(echo $line | cut -d" " -s -f4)  = $cond2 ]]
647       then
648          coupled_mode="mpi2"
649       fi
650    done < tmp_mrun
651
652 fi
653
654
655    # PRUEFEN, OB EVTL. BEI VORHERGEHENDEM LAUF (KETTENJOB) EINE
656    # ARCHIVIERUNG FEHLGESCHLAGEN IST
657 if [[ -f ~/job_queue/ARCHIVE_ERROR_$fname ]]
658 then
659    if [[ $ignore_archive_error = false ]]
660    then
661       printf "\n  +++ data archiving of previous run failed"
662       printf "\n      see directory \~/job_queue on remote machine"
663       locat=archive; exit
664    else
665       printf "\n  +++ warning: data archiving in a previous run failed"
666       printf "\n      MRUN continues, trying to get backup copy"
667    fi
668 fi
669
670
671    # WERTE VON MRUN-OPTIONEN SICHERN UND DAMIT GEGEBENENFALLS SPAETER DIE
672    # IN DER KONFIGURAIONSDATEI ANGEGEBENEN WERTE UEBERSTEUERN
673 mrun_memory=$memory
674 mrun_group_number=$group_number
675 mrun_cpumax=$cpumax
676 mrun_numprocs=$numprocs
677
678
679    # LESEN UND INTERPRETIEREN DER KONFIGURATIONS-DATEI VOM SHELLSCRIPT AUS
680    # VORUEBERGEHEND ZWINGEND AUF LINUX-RECHNERN
681 if [[ "$read_from_config" = false ]]
682 then
683
684    [[ $silent = false ]]  &&  printf "\n    Reading the configuration file... "
685    while  read zeile
686    do
687        [[ $silent = false ]]  &&  printf "."
688
689
690          # ZUERST EVENTUELL VORKOMMENDE ENVIRONMENT-VARIABLEN DURCH IHRE WERTE
691          # ERSETZEN
692       eval  zeile=\"$zeile\"
693
694
695          # INTERPRETATION DER ZEILE
696       if [[ "$(echo $zeile)" = "" ]]
697       then
698             # LEERZEILE, KEINE AKTION
699          continue
700
701       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1)"  =  "#" ]]
702       then
703
704             # ZEILE IST KOMMENTARZEILE
705          true
706
707       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1)"  =  "%" ]]
708       then
709
710             # ZEILE DEFINIERT ENVIRONMENT-VARIABLE
711          zeile=$(echo $zeile | cut -c2-)
712#          echo $zeile | cut -d" " -f1-5 | read  var  value  for_host  for_cond1  for_cond2
713          var=`echo $zeile | cut -d" " -f1`
714          value=`echo $zeile | cut -d" " -s -f2`
715          for_host=`echo $zeile | cut -d" " -s -f3`
716          for_cond1=`echo $zeile | cut -d" " -s -f4`
717          for_cond2=`echo $zeile | cut -d" " -s -f5`
718
719          if [[ "$for_host" = ""  ||  ( "$for_host" = $host  &&  "$for_cond1" = "$cond1"  &&  "$for_cond2" = "$cond2" )  ||  $(echo "$input_list$output_list"|grep -c "$for_host") != 0 ]]
720          then
721
722                # BEI COMPILER- CPP- ODER LINKEROPTIONEN EVTL ":" DURCH " "
723                # ERSETZEN. "::" WIRD DURCH ":" ERSETZT.
724             value=`echo $value | sed 's/::/%DUM%/g' | sed 's/:/ /g' | sed 's/%DUM%/:/g'`
725
726
727                # ENVIRONMENT-VARIABLE WIRD WERT AUS KONFIGURATIONSDATEI
728                # ZUGEWIESEN, WENN SIE SELBST NOCH KEINEN WERT UEBER DIE
729                # ENTSPRECHENDE SCRIPT-OPTION ERHALTEN HAT. SOLCHE
730                # VARIABLEN HAETTEN DANN DEN WERT "" ODER IM INTEGER-FALL DEN
731                # WERT 0.  ALLGEMEINE REGEL ALSO: SCRIPT-OPTION GEHT UEBER
732                # KONFIGURATIONSDATEI
733             if [[ "$(eval echo \$$var)" = ""  ||  "$(eval echo \$$var)" = "0" ]]
734             then
735                eval  $var=\$value
736
737                   # EVTL. BILDSCHIRMAUSGABEN DER ENVIRONMENT-VARIABLEN
738                if [[ $do_trace = true ]]
739                then
740                   printf "\n*** ENVIRONMENT-VARIABLE $var = $value"
741                fi
742             fi
743
744                # WENN ENVIRONMENT-VARIABLE HOST VEREINBART, DANN SOFORT AUSWERTEN
745                # WERT VON do-remote WIRD BEI DATEIVERBINDUNGEN BENOETIGT
746                # WENN AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WIRD, IST GLEICHZEITIG KLAR,
747                # DASS EIN BATCH-JOB GESTARTET WERDEN MUSS
748             if [[ $var = host ]]
749             then
750                if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
751                then
752                   do_batch=true
753                   do_remote=true
754                   case  $host  in
755                       (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|ibmy|lccrayb|lccrayf|lcflow|lckyoto|lcsgib|lcsgih|nech|necriam|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckiaps|lckordi|lckyuh|lckyut|lcsb)  true;;
756                       (*)  printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
757                            printf "\n      is not available"
758                            locat=nqs; exit;;
759                   esac
760                else
761                   host=$localhost
762                fi
763             fi
764
765                # VOM BENUTZER DEFINIERTE ENVIRONMENT VARIABLEN MUESSEN PRINZIPIELL
766                # EXPORTIERT WERDEN, DA SIE VIELLEICHT IN WEITER UNTEN AUFZURUFEN-
767                # DEN PROGRAMMEN BENOETIGT WERDEN
768             export  $var
769          fi
770
771
772
773
774       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "EC:" ]]
775       then
776
777             # ZEILE DEFINIERT ERROR-KOMMANDO
778          (( iec = iec + 1 ))
779          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
780          err_command[$iec]="$zeile"
781
782       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "IC:" ]]
783       then
784
785             # ZEILE DEFINIERT INPUT-KOMMANDO
786          (( iic = iic + 1 ))
787          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
788          in_command[$iic]="$zeile"
789
790       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "OC:" ]]
791       then
792
793             # ZEILE DEFINIERT OUTPUT-KOMMANDO
794          (( ioc = ioc + 1 ))
795          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
796          out_command[$ioc]="$zeile"
797
798       else
799
800             # ZEILE DEFINIERT DATEIVERBINDUNG. EINLESEN DER DATEIEIGENSCHAFTEN
801             # s2a: in/out - Feld
802             # s2b: loc    - Feld (optional)
803             # s2c: tr/ar  - Feld (optional)
804#          echo $zeile | cut -d" " -f1-2 | read  s1  s2
805          s1=`echo $zeile | cut -d" " -f1`
806          s2=`echo $zeile | cut -d" " -s -f2`
807          s2a=$(echo $s2 | cut -d":" -f1)
808          if [[ $(echo $s2 | grep -c ":") = 0 ]]
809          then
810             s2b=""
811             s2c=""
812          else
813#             echo $s2 | cut -d":" -f2-3 | sed 's/:/ /g' | read  s2b  s2c
814             s2b=`echo $s2 | cut -d":" -f2 | sed 's/:/ /g'`
815             s2c=`echo $s2 | cut -d":" -s -f3 | sed 's/:/ /g'`
816          fi
817#          echo $zeile | cut -d" " -f3-6 | read  s3  s4  s5  s6
818          s3=`echo $zeile | cut -d" " -f3`
819          s4=`echo $zeile | cut -d" " -s -f4`
820          s5=`echo $zeile | cut -d" " -s -f5`
821          s6=`echo $zeile | cut -d" " -s -f6`
822
823       
824             # ABSPEICHERN DER DATEIVERBINDUNG, FALLS IN INPUT- ODER OUTPUT-LIST
825             # VERMERKT. VARIABLE S3 KANN AUCH LISTE ENTHALTEN (FELDTRENNER ":")
826             # DATEIVERBINDUNG WIRD DANN NICHT ABGESPEICHERT UND GEPRUEFT, WENN
827             # PROGRAMMLAUF AUF REMOTE-MASCHINE ERFOLGT UND DATEI NUR LOKAL VOR-
828             # HANDEN SEIN MUSS (D.H. s2b = loc)
829          IFSALT="$IFS"; IFS="$IFS:"
830          if [[ "$s2a" = in  &&  ! ( $do_remote = true  &&  ( "$s2b" = loc  ||  "$s2b" = locopt ) ) ]]
831          then
832             found=false
833             for  actual  in  $input_list
834             do
835                for  formal  in  $s3
836                do
837                   [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-" ]]  &&  found=true
838                done
839             done
840             if [[ $found = true ]]
841             then
842                (( iin = iin + 1 ))
843                localin[$iin]=$s1; transin[$iin]=$s2b; actionin[$iin]=$s2c;
844                typein[$iin]=$s3; pathin[$iin]=$s4; endin[$iin]=$s5;
845                extin[$iin]=$s6
846             fi
847          elif [[ "$s2a" = out  &&  ! ( $do_remote = true  &&  "$s2b" = loc ) ]]
848          then
849             found=false
850             for  actual  in  $output_list
851             do
852                for  formal  in  $s3 
853                do
854                   [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-"  ]]  &&  found=true
855                done
856             done
857             if [[ $found = true ]]
858             then
859                (( iout = iout + 1 ))
860                localout[$iout]=$s1; actionout[$iout]=$s2c; typeout[$iout]=$s3;
861                pathout[$iout]=$s4; endout[$iout]=$s5; extout[$iout]=$s6
862             fi
863          elif [[ "$s2a" != in  &&  "$s2a" != out ]]
864          then
865             printf "\n  +++ I/O-attribute in configuration file $config_file has the invalid"
866             printf "\n      value \"$s2\". Only \"in\" and \"out\" are allowed!"
867             locat=connect; exit
868          fi
869          IFS="$IFSALT"
870       fi
871    done < $config_file
872
873 else
874
875
876       # INTERPRETATION DER KONFIGURATIONSDATEI MITTELS FORTRAN 90 - PROGRAMM
877    [[ $silent = false ]]  &&  printf "..."
878    export  cond1 cond2 config_file do_remote do_trace input_list localhost output_list
879    export  interpreted_config_file=.icf.$RANDOM
880
881
882
883       # ENVIRONMENT-VARIABLEN FUER INTERPRET_CONFIG UEBER NAMELIST_DATEI ZUR
884       # VERFUEGUNG STELLEN
885    cat  >  .mrun_environment  <<  %%END%%
886 &mrun_environment  cond1 = '$cond1', cond2 = '$cond2',
887                    config_file = '$config_file', do_remote = '$do_remote',
888                    do_trace = '$do_trace', host = '$host',
889                    input_list = '$input_list', icf = '$interpreted_config_file',
890                    localhost = '$localhost', output_list = '$output_list' /
891
892%%END%%
893
894    if [[ $localhost_realname = "sx-fep" ]]
895    then
896       /home/COAR/NC/raasch/pub/interpret_config_necriam.x
897    else
898
899       if [[ "$host" != $localhost ]]
900       then
901
902             # REMOTE JOB FROM LOCAL HOST: JUST TAKE THE FIRST EXECUTABLE FOUND
903          interpret_config_executable=`ls -1 ${PALM_BIN}/interpret_config*.x 2>/dev/null`
904          if [[ $? != 0 ]]
905          then
906             printf "\n\n  +++ no interpret_config found"
907             printf "\n      run \"mbuild -u -h ...\" to generate utilities for this host"
908             locat=interpret_config; exit
909          fi
910          interpret_config_executable=`echo $interpret_config_executable | cut -d" " -f1`
911          $interpret_config_executable
912
913       else
914
915             # CHECK, IF THERE IS AN EXECUTABLE FOR THE BLOCK
916          if [[ ! -f ${PALM_BIN}/interpret_config${block}.x ]]
917          then
918             printf "\n\n  +++ no interpret_config found for given block \"$cond1 $cond2\""
919             printf "\n      run \"mbuild -u -h ...\" to generate utilities for this block"
920             locat=interpret_config; exit
921          else
922             interpret_config${block}.x
923          fi
924
925       fi
926    fi
927    rm .mrun_environment
928
929
930       # AUSFUEHRUNG DER GENERIERTEN SHELL-KOMMANDOS IN DIESER SHELL
931    chmod  u+x  $interpreted_config_file
932    export PATH=$PATH:.
933    . $interpreted_config_file
934    rm  $interpreted_config_file
935
936 fi
937
938
939    # OPTIONSWERTE UEBERSTEUERN KONFIGURATIONSDATEI
940 [[ $mrun_memory     != 0   ]]  &&  memory=$mrun_memory
941 [[ "$mrun_group_number" != "none" ]]  &&  group_number=$mrun_group_number
942 [[ $mrun_cpumax     != 0   ]]  &&  cpumax=$mrun_cpumax
943 [[ "$mrun_numprocs" != ""  ]]  &&  numprocs=$mrun_numprocs
944 [[ "$max_par_io_str" != "" ]]  &&  maximum_parallel_io_streams=$max_par_io_str
945 [[ "$mrun_tasks_per_node" != "" ]]  &&  tasks_per_node=$mrun_tasks_per_node
946
947
948    # QUELLTEXTVERZEICHNIS AUF LOKALER MASCHINE AUS KONFIGURATIONSDATEI
949    # BESTIMMEN (WUERDE SONST EVTL. DAS VERZEICHNIS DES JEWEILS UNTER -h
950    # ANGEGEBENEN REMOTE-RECHNERS SEIN)
951    # BEI BATCH-JOBS SIND DIE ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE SCHON KOMPLETT
952 if [[ "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
953 then
954
955       # ZUERST PRUEFEN, OB EIN GLOBALER QUELLTEXTPFAD FUER ALLE RECHNER
956       # VEREINBART WURDE
957    source_path=""
958    line=""
959    grep "%source_path" $config_file  >  tmp_mrun
960    while read line
961    do
962       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
963       then
964          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -f3)" = "" ]]
965          then
966             global_source_path=`echo $line | cut -d" " -f2`
967          fi
968       fi
969    done  <  tmp_mrun
970
971    line=""
972    found=false
973    grep  " $localhost" $config_file | grep "%source_path"  >  tmp_mrun
974    while read line
975    do
976       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
977       then
978          if [[ $found = true ]]
979          then
980             printf "\n\n  +++ more than one source path found in configuration file"
981             printf "\n      for local host \"$localhost\" "
982             locat=source_path; exit
983          fi
984          source_path=`echo $line | cut -d" " -f2`
985          found=true
986       fi
987    done  <  tmp_mrun
988    rm  tmp_mrun
989
990    if [[ "$source_path" = "" ]]
991    then
992       if [[ "$global_source_path" != "" ]]
993       then
994          source_path=$global_source_path
995       else
996          printf "\n\n  +++ no source path found in configuration file"
997          printf "\n      for local host \"$localhost\" "
998          locat=source_path; exit
999       fi
1000    fi
1001    eval source_path=$source_path
1002
1003    if [[ ! -d $source_path ]]
1004    then
1005       printf "\n\n  +++ source path \"$source_path\" on local host"
1006       printf "\n      \"$localhost\" does not exist"
1007       locat=source_path; exit
1008    fi
1009
1010 fi
1011
1012
1013    # GLOBALE REVISIONSNUMMER ERMITTELN (FORTSETZUNGSLAEUFEN WIRD DIESE
1014    # DURCH OPTION -G MITGETEILT)
1015 if [[ "$global_revision" = ""   &&  $host != "ibmkisti" ]]
1016 then
1017    global_revision=`svnversion $source_path  2>/dev/null`
1018    global_revision="Rev: $global_revision"
1019 fi
1020
1021
1022    # NOCHMAL PRUEFEN, OB AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL
1023    # (HOST KANN IN KONFIGURATIONSDATEI ANDERS FESTGELEGT WORDEN SEIN)
1024    # WERT VON do_remote WIRD FUER DATEIVERBINDUNGEN BENOETIGT.
1025    # WENN AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WIRD, IST GLEICHZEITIG KLAR,
1026    # DASS EIN BATCH-JOB GESTARTET WERDEN MUSS
1027 if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
1028 then
1029    do_batch=true
1030    do_remote=true
1031    case  $host  in
1032        (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|ibmy|lccrayb|lccrayf|lcflow|lckyoto|lcsgib|lcsgih|nech|necriam|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckiaps|lckordi|lckyuh|lckyut|lcsb)  true;;
1033        (*)  printf "\n"
1034             printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
1035             printf "\n      is not available"
1036             locat=nqs; (( iec = 0 )); exit;;
1037    esac
1038 else
1039    host=$localhost
1040 fi
1041
1042
1043    # PRUEFUNG EINIGER PROZESSORZAHLANGABEN BEI RECHNUNGEN AUF PARALLELRECHNERN
1044 if [[ "$cond1" = parallel  ||  "$cond2" = parallel ]]
1045 then
1046
1047       # PRUEFEN, OB DIE ANZAHL DER ZU VERWENDENDEN PES ANGEGEBEN WURDE
1048    if [[ ! -n $numprocs ]]
1049    then
1050       printf "\n"
1051       printf "\n  +++ option \"-K parallel\" requires additional specification"
1052       printf "\n      of the number of processors to be used by"
1053       printf "\n      mrun-option \"-X\" or by environment-variable"
1054       printf "\n      \"numprocs\" in the configuration file"
1055       locat=numprocs; (( iec = 0 )); exit
1056    fi
1057
1058       # PRUEFEN, OB DIE PROZESSORANZAHL PRO KNOTEN ANGEGEBEN WURDE (GGF.
1059       # DEFAULT-WERT SETZEN) UND OB SIE EIN GANZZAHLIGER TEILER DER
1060       # GESAMTPROZESSORANZAHL IST
1061    if [[ "$tasks_per_node" = ""  &&  $host != lcflow  &&  $host != lcxt5m ]]
1062    then
1063       printf "\n"
1064       printf "\n  +++ option \"-T\" (tasks per node) is missing"
1065       printf "\n      set -T option or define tasks_per_node in the config file"
1066       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit
1067    fi
1068    if [[ $host != lcflow  &&  $host != lcxt5m ]]
1069    then
1070       (( ival = $tasks_per_node ))
1071       (( pes = numprocs ))
1072#          if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics+1PE) = 1 ]]
1073#          then
1074#             (( pes = pes - 1 ))
1075#          fi
1076       (( ii = pes / ival ))
1077       if (( pes - ii * ival > 0 ))
1078       then
1079          printf "\n"
1080          printf "\n  +++ tasks per node (option \"-T\") must be an integral"
1081          printf "\n      divisor of the total number of processors (option \"-X\")"
1082          printf "\n      values of this mrun-call: \"-T $tasks_per_node\" \"-X $numprocs\""
1083          locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit
1084       fi
1085    fi
1086
1087
1088       # IBMY HAT NUR EINEN KNOTEN
1089    if [[ $host = ibmy ]]
1090    then
1091       if [[ "$tasks_per_node" != ""  &&  "$tasks_per_node" != "$numprocs" ]]
1092       then
1093          printf "\n"
1094          printf "\n  +++ on ibmy, tasks per node (option \"-T\") must be equal to the"
1095          printf "\n      total number of processors (option \"-X\")"
1096          printf "\n      values of this mrun-call: \"-T $tasks_per_node\" \"-X $numprocs\""
1097          locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit
1098       fi
1099    fi
1100
1101
1102       # SETTINGS FOR SUBJOB-COMMAND
1103    OOPT="-O $threads_per_task"
1104
1105       # GESAMTZAHL DER KNOTEN BESTIMMEN
1106    if [[ "$tasks_per_node" != "" ]]
1107    then
1108       TOPT="-T $tasks_per_node"
1109       (( nodes = numprocs / ( tasks_per_node * threads_per_task ) ))
1110    fi
1111
1112       # PRUEFEN, OB NODE USAGE EINEN ERLAUBTEN WERT HAT BZW. DEN DEFAULT
1113       # SETZEN
1114    if [[ $node_usage = default ]]
1115    then
1116       if [[ $host = ibms ]]
1117       then
1118          node_usage=shared
1119       elif [[ $(echo $host | cut -c1-5) = lcsgi ]]
1120       then
1121          node_usage=singlejob
1122       else
1123          node_usage=not_shared
1124       fi
1125    fi
1126
1127    if [[ $node_usage != shared  &&  $node_usage != not_shared  &&  $node_usage != singlejob  &&  "$(echo $node_usage | cut -c1-3)" != "sla" ]]
1128    then
1129       printf "\n"
1130       printf "\n  +++ node usage (option \"-n\") is only allowed to be set"
1131       printf "\n      \"shared\" or \"not_shared\""
1132       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit
1133    fi
1134
1135 fi
1136
1137    # PRUEFEN, OB HOSTFILE EXISTIERT
1138 if [[ -n $hostfile ]]
1139 then
1140    if [[ ! -f $hostfile ]]
1141    then
1142       printf "\n"
1143       printf "\n  +++ hostfile \"$hostfile\" does not exist"
1144       locat=hostfile; exit
1145    fi
1146 fi
1147
1148    # PRUEFEN, OB RHOSTS DATEI EXISTIERT. GEGEBENENFALLS ANLEGEN BZW. ERWEITERN
1149 if [[ $host = ibmy  &&  $do_remote = false ]]
1150 then
1151    if [[ ! -f $HOME/.rhosts ]]
1152    then
1153       echo  "gfdl5.yonsei.ac.kr"  >  $HOME/.rhosts
1154       printf "\n\n  *** file:"
1155       printf "\n           $HOME/.rhosts"
1156       printf "\n      was created\n"
1157    fi
1158    if [[ $(grep -c gfdl5.yonsei.ac.kr $HOME/.rhosts) = 0 ]]
1159    then
1160       echo  "gfdl5.yonsei.ac.kr"  >>  $HOME/.rhosts
1161       printf "\n\n  *** file:"
1162       printf "\n           $HOME/.rhosts"
1163       printf "\n      was extended by the name of the current host\n"
1164    fi
1165 fi
1166
1167
1168    # Set default value for the maximum number of parallel io streams
1169 if [[ "$maximum_parallel_io_streams" = "" ]]
1170 then
1171    maximum_parallel_io_streams=$numprocs
1172 fi
1173
1174
1175    # Set port number option for calls of ssh/scp, subjob and batch_scp scripts
1176 if [[ "$scp_port" != "" ]]
1177 then
1178    PORTOPT="-P $scp_port"
1179    SSH_PORTOPT="-p $scp_port"
1180 fi
1181
1182
1183    # FALLS NICHT VORGEGEBEN, DEFAULT-QUEUE AUF DER ZIELMASCHINE FESTLEGEN
1184 if [[ $queue = none ]]
1185 then
1186    case  $host  in
1187        (ibmh)       queue=cluster;;
1188        (ibmkisti)   queue=class.32plus;;
1189        (ibmy)       queue=parallel;;
1190        (lckiaps)    queue=normal;;
1191        (lckyoto)    queue=ph;;
1192        (lckyuh)     queue=fx-single;;
1193        (lckyut)     queue=cx-single;;
1194        (lcsgib)     queue=testq;;
1195        (lcsgih)     queue=testq;;
1196        (lctit)      queue=S;;
1197        (nech)       queue=none;;
1198        (necriam)    queue=SP;;
1199        (unics)      queue=unics;;
1200    esac
1201 fi
1202
1203
1204    # VOLLSTAENDIGE DATEINAMEN DER INPUT-FILES BILDEN,
1205    # INPUT-DATEIEN AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND EVTL. HOECHSTE ZYKLUSNUMMER
1206    # ERMITTELN
1207 (( i = 0 ))
1208 while (( i < iin ))
1209 do
1210    (( i = i + 1 ))
1211    (( maxcycle = 0 ))
1212
1213       # NAMENSBILDUNG (EVTL. IST FESTER DATEINAME VORGEGEBEN)
1214    if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1215    then
1216       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${endin[$i]}  # REMOTE-PFAD ERST AUF
1217                                                    # REM-MASCHINE AUSWERTEN
1218       eval filename=${pathin[$i]}/${endin[$i]}
1219    else
1220       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}  # REMOTE-PFAD ERST AUF
1221                                                             # REM-MASCHINE AUSWERTEN
1222       eval filename=${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}
1223    fi
1224    eval pathname=${pathin[$i]}
1225
1226#   SAVE INPUT FILE NAME FOR PARAMETER FILE CHECK
1227    if [[ ("${transin[$i]}" = job) && (-f $filename) ]]
1228    then
1229       filename_input=$filename
1230    fi
1231
1232       # PRUEFEN AUF VORHANDENSEIN
1233    if [[ $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "not found") = 1  || \
1234          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "nicht gefunden") = 1  || \
1235          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "No such file") = 1  || \
1236          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "does not exist") = 1 ]]
1237    then
1238          # DATEIEN MIT EXTENSION (Z.B. NC) MUESSEN NICHT ZWINGEND VORHANDEN
1239          # SEIN, DESHALB IN SOLCHEN FAELLEN KEIN ABBRUCH. DIES IST NUR EINE
1240          # VORUEBERGEHENDE LOESUNG (OKT 05). NICHT ZWINGEND BENOETIGTE
1241          # EINGABEDATEIEN SOLLTEN EINE SPEZIELLE OPTION IN DER DATEI-
1242          # VERBINDUNGSANWEISUNG BEKOMMEN (Z.B. inopt?)
1243       if [[ "${transin[$i]}" != "locopt" ]]
1244       then
1245          printf "\n\n  +++ INPUT-file: "
1246          if [[ "${extin[$i]}" = "" ]]
1247          then
1248             printf "\n           $filename"
1249          else
1250             printf "\n           $filename.${extin[$i]}"
1251          fi
1252          printf "\n      does not exist\n"
1253          locat=input; exit
1254       else
1255          transin[$i]="unavailable"
1256       fi
1257    else
1258
1259          # ZYKLUSNUMMER FESTSTELLEN
1260       ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1261       ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1262       while  read zeile
1263       do
1264          cycle=$(echo $zeile | cut -f2 -d".")
1265          if [[ "$cycle" = "$zeile" ]]
1266          then
1267             (( icycle = 0 ))
1268          elif [[ "$cycle" = "${extin[$i]}" ]]
1269          then
1270             (( icycle = 0 ))
1271          else
1272             (( icycle = $cycle ))
1273          fi
1274          if (( icycle > maxcycle ))
1275          then
1276             (( maxcycle = icycle ))
1277             file_to_be_used=$zeile
1278          fi
1279       done <filelist
1280       rm filelist
1281
1282          # EVTL. ZYKLUSNUMMER AN DATEINAMEN ANFUEGEN
1283       if (( maxcycle > 0 ))
1284       then
1285          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1286          then
1287             filename=${filename}.$maxcycle.${extin[$i]}
1288          else
1289             filename=${filename}.$maxcycle
1290          fi
1291       else
1292          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1293          then
1294             filename=${filename}.${extin[$i]}
1295          fi
1296       fi
1297       
1298          # DATEINAMEN OHNE PFAD ABER MIT ZYKLUSNUMMER ABSPEICHERN,
1299          # DA SPAETER BEI RUECKSPEICHERN VOM ARCHIVSYSTEM EVTL. BENOETIGT
1300       absnamein[$i]=$filename
1301       if (( maxcycle > 0 ))
1302       then
1303          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1304          then
1305             frelin[$i]=${endin[$i]}.$maxcycle
1306          else
1307             frelin[$i]=${afname}${endin[$i]}.$maxcycle
1308          fi
1309       else
1310          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1311          then
1312             frelin[$i]=${endin[$i]}
1313          else
1314             frelin[$i]=${afname}${endin[$i]}
1315          fi
1316       fi
1317
1318    fi
1319 done
1320   
1321    # VOLLSTAENDIGE DATEINAMEN (OHNE $ ODER ~) DER OUTPUT-FILES BILDEN,
1322    # OUTPUT-DATEIEN AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND EVTL. HOECHSTE ZYKLUSNUMMER
1323    # ERMITTELN ODER, FALLS NICHT VORHANDEN, PRUEFEN, OB SIE SICH ANLEGEN LASSEN
1324    # DIESE AKTIONEN FINDEN NICHT STATT, WENN PROGRAMM AUF REMOTE-MASCHINE
1325    # RECHNET UND DATEI ANSCHLIESSEND TRANSFERIERT WERDEN SOLL!
1326 (( i = 0 ))
1327 while (( i < iout ))
1328 do
1329    (( i = i + 1 ))
1330    if [[ ! ( $fromhost != $localhost  &&  ( "${actionout[$i]}" = tr || "${actionout[$i]}" = tra || "${actionout[$i]}" = trpe ) ) ]]
1331    then
1332       if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
1333       then
1334          actionout[$i]=""
1335       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe ]]
1336       then
1337          actionout[$i]=pe
1338       elif [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
1339       then
1340          actionout[$i]=a
1341       fi
1342       (( maxcycle = 0 ))
1343       eval filename=${pathout[$i]}/${fname}${endout[$i]}
1344       eval catalogname=${pathout[$i]}
1345       if [[ $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "not found") = 1  || \
1346             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "nicht gefunden") = 1  || \
1347             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "No such file") = 1  || \
1348             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "does not exist") = 1 ]]
1349       then
1350     
1351             # OUTPUT-DATEI NICHT VORHANDEN. PRUEFEN, OB ANLEGEN MOEGLICH.
1352          if  cat /dev/null > $filename 
1353          then
1354             rm  $filename
1355          else
1356
1357                # PRUEFEN, OB KATALOG VORHANDEN UND EVTL. DIESEN ANLEGEN
1358             if [[ ! -d $catalogname ]]
1359             then
1360                if  mkdir -p  $catalogname
1361                then
1362                   printf "\n\n  *** directory:"
1363                   printf "\n           $catalogname"
1364                   printf "\n      was created\n"
1365                else
1366                   printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1367                   printf "\n           $filename"
1368                   printf "\n      cannot be created, because directory does not exist"
1369                   printf "\n      and cannot be created either"
1370                   printf "\n"
1371                   locat=output  ; exit
1372                fi 2>/dev/null
1373             else
1374                printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1375                printf "\n           $filename"
1376                printf "\n      cannot be created, although directory exists"
1377                printf "\n"
1378                locat=output  ; exit
1379             fi
1380          fi 2>/dev/null
1381       else
1382
1383             # ZYKLUSNUMMER FESTSTELLEN
1384          ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1385          ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1386          while  read zeile
1387          do
1388             cycle=$(echo $zeile | cut -f2 -d".")
1389             if [[ "$cycle" = "$zeile"  ||  "$cycle" = ${extout[$i]} ]]
1390             then
1391                (( icycle = 1 ))
1392             else
1393                (( icycle = $cycle + 1 ))
1394             fi
1395             if (( icycle > maxcycle ))
1396             then
1397                (( maxcycle = icycle ))
1398             fi
1399          done <filelist
1400          rm filelist
1401       fi
1402
1403          # EVTL. ZYKLUSNUMMER AN DATEINAMEN ANFUEGEN UND PRUEFEN, OB SICH
1404          # DATEI AUCH WIRKLICH ANLEGEN LAESST. IM APPEND-FALL MUSS AN DEN
1405          # HOECHSTEN VORHANDENEN ZYKLUS-ANGEHAENGT WERDEN. ANLAGEPRUEFUNG
1406          # IST DANN NATUERLICH NICHT ZULAESSIG BZW. MOEGLICH
1407       if [[ "${actionout[$i]}" != a ]]
1408       then
1409          if (( maxcycle > 0 ))
1410          then
1411             filename=${filename}.$maxcycle
1412             if  cat /dev/null > $filename 
1413             then
1414                rm  $filename
1415             else
1416                printf "\n  +++ OUTPUT-file:"
1417                printf "\n           $filename"
1418                printf "\n      cannot be created"
1419                locat=output  ; exit
1420             fi
1421          fi
1422       else
1423          (( maxcycle = maxcycle - 1 ))
1424          if (( maxcycle > 0 ))
1425          then
1426             filename=${filename}.$maxcycle
1427          fi
1428       fi
1429       
1430          # DATEINAMEN OHNE PFAD ABER MIT ZYKLUSNUMMER ABSPEICHERN,
1431          # DA SPAETER BEI ABLAGE AUF ARCHIVSYSTEM BZW. FUER
1432          # DATEI OUTPUT_FILE_CONNECTIONS EVTL. BENOETIGT
1433       pathout[$i]=$filename
1434       if (( maxcycle > 0 ))
1435       then
1436          frelout[$i]=${fname}${endout[$i]}.$maxcycle
1437       else
1438          frelout[$i]=${fname}${endout[$i]}
1439       fi
1440
1441    fi
1442 done
1443
1444
1445     # DAS DVR-PAKET ERFORDERT EINE ENTSPRECHENDE BIBLIOTHEK
1446 if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
1447 then
1448    if [[ "$dvr_inc" = "" ]]
1449    then
1450       printf "\n\n  +++ no value for \"dvr_inc\" given in configuration file"
1451       printf "\n      This is required for the dvrp_graphics package.\n"
1452       locat=dvr; exit
1453    fi
1454    if [[ "$dvr_lib" = "" ]]
1455    then
1456       printf "\n\n  +++ no value for \"dvr_lib\" given in configuration file"
1457       printf "\n      This is required for the dvrp_graphics package.\n"
1458       locat=dvr; exit
1459    fi
1460 fi
1461
1462
1463     # PRUEFEN, OB ENTWEDER HAUPTPROGRAMM ODER NUR EIN AUSFUEHRBARES
1464     # PROGRAMM VEREINBART WURDE (IN DIESEM FALL BRAUCHT IM WEITEREN NICHT
1465     # UEBERSETZT ZU WERDEN)
1466 if [[ "$mainprog" = ""  &&  "$executable" = "" ]]
1467 then
1468    printf "\n  +++ neither main program nor executable defined"
1469    locat=source; exit
1470 elif [[ "$mainprog" != ""  &&  "$executable" != "" ]]
1471 then
1472    printf "\n  +++ main program as well as executable defined"
1473    locat=source; exit
1474 elif [[ "$mainprog" = ""  &&  "$executable" != "" ]]
1475 then
1476    do_compile=false
1477 fi
1478
1479
1480    # SOURCE-VERZEICHNIS ZUM AUFSAMMELN DER ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE
1481    # ERZEUGEN. HIERHIN WERDEN SPAETER IM FALL VON BATCH-JOBS AUCH DAS MRUN-
1482    # SCRIPTS SOWIE DIE KONFIGURATIONSDATEI KOPIERT
1483 if [[ $restart_run != true  &&  "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1484 then
1485    rm -rf  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1486    mkdir   SOURCES_FOR_RUN_$fname
1487 fi
1488
1489
1490    # ALLE ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE ZUSAMMENSAMMELN
1491    # BEI BATCH-JOBS IST DIES NICHT NOETIG, WEIL DIE PROGRAMMTEILE BEREITS DURCH
1492    # DEN MRUN-AUFRUF ERMITTELT SIND, DER DEN BATCH-JOB GENERIERT HAT, UND
1493    # IM VERZEICHNIS SOURCES_FOR_RUN_... ABGELEGT SIND
1494 if [[ $do_compile = true  &&  "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1495 then
1496
1497    [[ "$source_list" = LM ]]  &&  source_list=LOCALLY_MODIFIED
1498
1499    if [[ "$source_list" = LOCALLY_MODIFIED ]]
1500    then
1501
1502          # MODIFIZIERTE DATEIEN DER SVN-ARBEITSKOPIE BESTIMMEN
1503       source_list=""
1504       cd  $source_path
1505
1506
1507          # PRUEFEN, OB VERZEICHNIS UEBERHAUPT UNTER SVN-KONTROLLE STEHT
1508       if [[ ! -d .svn ]]
1509       then
1510          printf "\n\n  +++ source directory"
1511          printf "\n         \"$source_path\" "
1512          printf "\n         is not under control of \"subversion\"."
1513          printf "\n         Please do not use mrun-option \"-s LOCALLY_MODIFIED\"\n"
1514       fi
1515
1516
1517          # ALLE MODIFIZIERTEN QUELLCODEDATEIEN AUFLISTEN
1518       Filenames=""
1519       svn status  >  tmp_mrun
1520       while  read line
1521       do
1522          firstc=`echo $line | cut -c1`
1523          if [[ $firstc = M  ||  $firstc = "?" ]]
1524          then
1525             Name=`echo "$line" | cut -c8-`
1526             extension=`echo $Name | cut -d. -f2`
1527             if [[ "$extension" = f90 || "$extension" = F90 || "$extension" = f || "$extension" = F || "$extension" = c ]]
1528             then
1529                Filenames="$Filenames "$Name
1530             fi
1531          fi
1532       done < tmp_mrun
1533
1534
1535          # DATEIEN NACH SOURCES_FOR_RUN_... KOPIEREN
1536       for  dateiname  in  $Filenames
1537       do
1538          cp  $dateiname  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1539          source_list=$source_list"$dateiname "
1540       done
1541
1542       cd -  > /dev/null
1543
1544
1545       # MITTELS OPTION -s ANGEGEBENE DATEIEN NACH SOURCES_FOR_RUN_... KOPIEREN
1546       # BEI AUTOMATISCHEN FORTSETZUNGSLAEUFEN SIND DORT SCHON ALLE DATEIEN
1547       # VORHANDEN
1548    elif [[ "$source_list" != ""  &&  $restart_run != true ]]
1549    then
1550
1551       cd  $source_path
1552
1553       for  filename  in  $source_list
1554       do
1555
1556             # QUELLTEXT-DATEI DARF KEINE PFADE BEINHALTEN
1557          if [[ $(echo $filename | grep -c "/") != 0 ]]
1558          then
1559             printf "\n  +++ source code file:  $filename"
1560             printf "\n      must not contain (\"/\") "
1561             locat=source; exit
1562          fi
1563
1564          if [[ ! -f $filename ]]
1565          then
1566             printf "\n  +++ source code file:  $filename"
1567             printf "\n      does not exist"
1568             locat=source; exit
1569          else
1570             cp  $filename  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1571          fi
1572
1573       done
1574
1575       cd -  > /dev/null
1576
1577    fi
1578
1579
1580       # PRUEFEN, OB ENTWEDER HAUPTPROGRAMM VORHANDEN UND ES EVTL. IN DER
1581       # LISTE DER ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE MIT ENTHALTEN IST (WENN
1582       # NICHT, WIRD ES DIESER LISTE HINZUGEFUEGT)
1583    if [[ $restart_run != true ]]
1584    then
1585
1586       if [[ ! -f "$source_path/$mainprog" ]]
1587       then
1588          printf "\n\n  +++ main program:  $mainprog"
1589          printf "\n      does not exist in source directory"
1590          printf "\n      \"$source_path\"\n"
1591          locat=source; exit
1592       else
1593          if [[ $(echo $source_list | grep -c $mainprog) = 0 ]]
1594          then
1595             cp  $source_path/$mainprog  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1596             source_list=${mainprog}" $source_list"
1597          fi
1598       fi
1599    fi
1600
1601
1602       # MAKEFILE AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND KOPIEREN
1603       # BEI RESTART-LAEUFEN LIEGT ES SCHON IM VERZEICHNIS SOURCES_FOR_RUN...
1604    if [[ "$restart_run" != true ]]
1605    then
1606       [[ "$makefile" = "" ]]  &&  makefile=$source_path/Makefile
1607       if [[ ! -f $makefile ]]
1608       then
1609          printf "\n  +++ file \"$makefile\" does not exist"
1610          locat=make; exit
1611       else
1612          cp  $makefile  SOURCES_FOR_RUN_$fname/Makefile
1613       fi
1614    fi
1615
1616
1617       # DATEIEN AUS ZUSAETZLICHEM QUELLVERZEICHNIS HINZUFUEGEN
1618    if [[ $restart_run != true  &&  "$add_source_path" != "" ]]
1619    then
1620
1621          # GIBT ES DAS VERZEICHNIS UEBERHAUPT?
1622       if [[ ! -d $add_source_path ]]
1623       then
1624          printf "\n\n  +++ WARNING: additional source code directory"
1625          printf "\n      \"$add_source_path\" "
1626          printf "\n      does not exist or is not a directory."
1627          printf "\n      No source code will be used from this directory!\n"
1628          add_source_path=""
1629          if [[ $silent == false ]]
1630          then
1631             sleep 3
1632          fi
1633       else
1634
1635          cd $add_source_path
1636          found=false
1637
1638          Names=$(ls -1 *.f90 2>&1)
1639          [[ $(echo $Names | grep -c '*.f90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$Names"
1640          Names=$(ls -1 *.F90 2>&1)
1641          [[ $(echo $Names | grep -c '*.F90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1642          Names=$(ls -1 *.F 2>&1)
1643          [[ $(echo $Names | grep -c '*.F') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1644          Names=$(ls -1 *.f 2>&1)
1645          [[ $(echo $Names | grep -c '*.f') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1646          Names=$(ls -1 *.c 2>&1)
1647          [[ $(echo $Names | grep -c '*.c') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1648
1649          cd -  > /dev/null
1650          cd  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1651
1652             # COPY MAKEFILE IF EXISTING
1653          if [[ -f $add_source_path/Makefile ]]
1654          then
1655             printf "\n\n  *** user Makefile from directory"
1656             printf "\n      \"$add_source_path\" is used \n"
1657             if [[ $silent == false ]]
1658             then
1659                sleep 1
1660             fi
1661             cp  $add_source_path/Makefile  .
1662          fi
1663
1664          for  dateiname  in  $AddFilenames
1665          do
1666             if [[ -f $dateiname ]]
1667             then
1668                printf "\n  +++ source code file \"$dateiname\" found in additional"
1669                printf "\n      source code directory \"$add_source_path\" "
1670                printf "\n      but was also given with option \"-s\" which means that it should be taken"
1671                printf "\n      from directory \"$source_path\"."
1672                locat=source; exit
1673             fi
1674
1675             cp  $add_source_path/$dateiname  .
1676             source_list="$source_list $dateiname"
1677
1678                # CHECK IF FILE IS CONTAINED IN MAKEFILE
1679             if [[ $(grep -c $dateiname Makefile) = 0 ]]
1680             then
1681                printf "\n\n  +++ user file \"$dateiname\" "
1682                printf "\n      is not listed in Makefile \n"
1683                locat=source; exit
1684             else
1685
1686                # Default User-Interface von der Liste entfernen, falls Datei
1687                # ein User-Interface enthaelt
1688#             if [[ $( cat $dateiname | grep -c "END SUBROUTINE user_parin" ) != 0 ]]
1689#             then
1690#                if [[ $dateiname != user_interface.f90  &&  -f user_interface.f90 ]]
1691#                then
1692#                   rm -rf  user_interface.f90
1693#                   source_list=`echo $source_list | sed -e 's/user_interface.f90//'`
1694#                   printf "\n\n  *** default \"user_interface.f90\" removed from the files to be translated"
1695#                   printf "\n      since a user-interface is found in file"
1696#                   printf "\n      \"$add_source_path/$dateiname\" \n"
1697#                   sleep 3
1698#                else
1699                if [[ $found = false ]]
1700                then
1701                   found=true
1702                   printf "\n\n  *** following user file(s) added to the"
1703                   printf " files to be translated:\n      "
1704                fi
1705                printf "$dateiname  "
1706                if [[ $silent == false ]]
1707                then
1708                   sleep 0.5
1709                fi
1710
1711             fi
1712          done
1713          [[ $found = true ]]  &&  printf "\n"
1714          cd -  > /dev/null
1715       fi
1716    fi
1717
1718
1719       # ALLE UNTERPROGRAMME, DIE ZU VEREINBARTEN SOFTWAREPAKETEN GEHOEREN,
1720       # DER LISTE DER ZU UEBERSETZENDEN DATEIEN HINZUFUEGEN
1721    if [[ $restart_run != true  &&  -n $package_list ]]
1722    then
1723
1724       cd  $source_path
1725
1726       for  package  in  $package_list
1727       do
1728
1729          [[ $package = "dvrp_graphics+1PE" ]]  &&  package=dvrp_graphics
1730
1731             # ERMITTELE ALLE DATEIEN, DIE ZUM PAKET GEHOEREN
1732             # FEHLERMELDUNGEN WERDEN ABGEFANGEN, DA * AUCH VERZEICHNISSNAMEN
1733             # LIEFERT
1734          package_source_list=`grep "defined( __$package " * 2>/dev/null | cut -f1 -d:`
1735
1736
1737             # FUEGE DIESE DATEIEN DER LISTE DER ZU UEBERSETZENDEN DATEIEN
1738             # HINZU, FALLS SIE NOCH NICHT DAZUGEHOEREN
1739          for  source_list_name  in  $package_source_list
1740          do
1741             if [[ $(echo $source_list | grep -c $source_list_name) = 0 ]]
1742             then
1743
1744                    # NUR DATEIEN MIT GUELTIGEN ENDUNGEN VERWENDEN
1745                ending=`echo $source_list_name | cut -f2 -d.`
1746                if [[ "$ending" = f90  ||  "$ending" = F90  ||  "$ending" = f  ||  "$ending" = F  ||  "$ending" = c ]]
1747                then
1748                   cp  $source_list_name  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1749                   source_list="$source_list $source_list_name"
1750                fi
1751             fi
1752          done
1753       done
1754
1755       cd -  > /dev/null
1756    fi
1757
1758
1759       # MAKEFILE AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND KOPIEREN
1760       # BEI RESTART-LAEUFEN LIEGT ES SCHON IM VERZEICHNIS SOURCES_FOR_RUN...
1761#    if [[ "$restart_run" != true ]]
1762#    then
1763#       [[ "$makefile" = "" ]]  &&  makefile=$source_path/Makefile
1764#       if [[ ! -f $makefile ]]
1765#       then
1766#          printf "\n  +++ file \"$makefile\" does not exist"
1767#          locat=make; exit
1768#       else
1769#          cp  $makefile  SOURCES_FOR_RUN_$fname/Makefile
1770#       fi
1771#    fi
1772
1773 fi  # do_compile=true
1774
1775
1776    # FALLS PROGRAMMTEILE UEBERSETZT WERDEN SOLLEN, FOLGEN JETZT EINIGE
1777    # UEBERPRUEFUNGEN UND DAS SETZEN DER PRAEPROZESSOR-DIREKTIVEN
1778 if [[ $do_compile = true  ||  $create_executable_for_batch = true ]]
1779 then
1780
1781       # PRAEPROZESSOR-DIREKTIVEN ZUM SELEKTIVEN AUSWAEHLEN VON CODETEILEN
1782       # ZUSAMMENSETZEN
1783       # DIREKTIVEN ZUM AKTIVIEREN VON RECHNERSPEZIFISCHEM CODE
1784    if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1785    then
1786       cpp_options="${cpp_options},-D__ibm=__ibm"
1787    elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = nec ]]
1788    then
1789       cpp_options="$cpp_options -D__nec"
1790    elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-2) = lc ]]
1791    then
1792       cpp_options="$cpp_options -D__lc"
1793    else
1794       cpp_options="$cpp_options -D__$localhost"
1795    fi
1796
1797       # DIREKTIVEN DIE DURCH OPTION -K BESTIMMT WERDEN (Z.B. PARALLEL)
1798    if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1799    then
1800       [[ -n $cond1 ]]  &&  cpp_options="${cpp_options},-D__$cond1=__$cond1"
1801       [[ -n $cond2 ]]  &&  cpp_options="${cpp_options},-D__$cond2=__$cond2"
1802    else
1803       [[ -n $cond1 ]]  &&  cpp_options="$cpp_options -D__$cond1"
1804       [[ -n $cond2 ]]  &&  cpp_options="$cpp_options -D__$cond2"
1805    fi
1806
1807       # DIREKTIVEN DIE SOFTWAREPAKETE AKTIVIEREN (OPTION -p)
1808    if [[ -n $package_list ]]
1809    then
1810       for  package  in  $package_list
1811       do
1812          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1813          then
1814             if [[ $package != "dvrp_graphics+1PE" ]]
1815             then
1816                cpp_options="${cpp_options},-D__$package=__$package"
1817             else
1818                cpp_options="${cpp_options},-D__dvrp_graphics=__dvrp_graphics"
1819                export use_seperate_pe_for_dvrp_output=true
1820             fi
1821          else
1822             if [[ $package != "dvrp_graphics+1PE" ]]
1823             then
1824                cpp_options="$cpp_options -D__$package"
1825             else
1826                cpp_options="$cpp_options -D__dvrp_graphics"
1827                export use_seperate_pe_for_dvrp_output=true
1828             fi
1829          fi
1830       done
1831    fi
1832
1833       # DIREKTIVEN DIE DURCH OPTION -D FESTGELEGT SIND
1834    if [[ -n $cpp_opts ]]
1835    then
1836       for  popts  in  $cpp_opts
1837       do
1838          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1839          then
1840             cpp_options="${cpp_options},-D__$popts=__$popts"
1841          else
1842             cpp_options="$cpp_options -D__$popts"
1843          fi
1844       done
1845    fi
1846
1847 else
1848
1849
1850       # BEI LOKALEN RECHNUNGEN PRUEFEN, OB EXECUTABLE VORHANDEN
1851    if [[ $do_remote = false ]]
1852    then
1853       if [[ ! -f $executable ]]
1854       then
1855          printf "\n  +++ executable file:  $executable"
1856          printf "\n      does not exist"
1857          locat=executable; exit
1858       fi
1859    fi
1860 fi
1861
1862
1863    # JOBMODUS FESTSTELLEN
1864 if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
1865 then
1866    jobmo=BATCH
1867 else
1868    jobmo=INTERACTIVE
1869 fi
1870
1871
1872    # no interactive runs on lctit
1873 if [[ $host = lctit  &&  $jobmo = INTERACTIVE  &&  $do_batch = false ]]
1874 then
1875    printf "\n  +++ no interactive runs allowed on host \"$host\" "
1876    printf "\n      please submit batch job using mrun option \"-b\" \n"
1877    locat=normal; exit
1878 fi
1879
1880
1881    # HOSTSPEZIFISCHE DEFAULT-COMPILER SETZEN, FALLS NICHT BEREITS
1882    # DURCH BENUTZER ANDERWEITIG VEREINBART
1883 if [[ "$compiler_name" = "" ]]
1884 then
1885
1886    printf "\n  +++ no compiler specified for \"$host $cond1 $cond2\""
1887    locat=compiler_name; exit
1888
1889 fi
1890
1891
1892    # COMPILER AUF RIAMS NEC UEBERSCHREIBEN
1893 [[ $localhost = necriam ]]  &&  compiler_name=mpif90
1894
1895
1896
1897    # TEMPORAEREN KATALOGNAMEN BESTIMMEN
1898 kennung=$RANDOM
1899 if [[ "$tmp_user_catalog" = "" ]]
1900 then
1901    if [[ $localhost = ibmh ]]
1902    then
1903       tmp_user_catalog=$SCRATCH
1904    elif [[ $localhost = nech ]]
1905    then
1906       tmp_user_catalog=$WRKSHR
1907    else
1908       tmp_user_catalog=/tmp
1909    fi
1910 fi
1911 TEMPDIR=$tmp_user_catalog/${usern}.$kennung
1912
1913
1914    # KATALOGNAMEN FUER ZWISCHENSPEICHERUNG VON FORTSETZUNGSLAUFDATEIEN
1915    # BESTIMMEN
1916 if [[ "$tmp_data_catalog" = "" ]]
1917 then
1918    if [[ $localhost = nech ]]
1919    then
1920       tmp_data_catalog=$WRKSHR/mrun_restart_data
1921    else
1922       tmp_data_catalog=/tmp/mrun_restart_data
1923    fi
1924 fi
1925
1926
1927    # EVENTUELL BEI LOKALEN RECHNUNGEN $-ZEICHEN IN ENVIRONMENT-VARIABLEN
1928    # ERSETZEN
1929 if [[ $do_remote = false  &&  $do_compile = true  ||  $create_executable_for_batch = true ]]
1930 then
1931    eval  fopts=\"$fopts\"
1932    eval  lopts=\"$lopts\"
1933 fi
1934
1935
1936
1937    # COMPILE- UND LINK-OPTIONEN BESTIMMEN
1938 fopts="$fopts $netcdf_inc $fftw_inc $dvr_inc"
1939 lopts="$lopts $netcdf_lib $fftw_lib $dvr_lib"
1940 ROPTS="$ropts"
1941# if [[ ( $(echo $host | cut -c1-3) = nec  ||  $(echo $host | cut -c1-3) = ibm  ||  $host = lckyoto  ||  $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib  ||  $host = lctit  ||  $host = lcfimm  ||  $host = lcflow  ||  $host = lcxe6 ||  $host = lcxt5m || $host = lck || $host = lckiaps || $host = lckordi || $host = lcsb || $host )  &&  -n $numprocs ]]
1942# then
1943    XOPT="-X $numprocs"
1944# fi
1945
1946
1947
1948    # PRUEFEN DER CPU-ZEIT. (CPUMAX WIRD ALS ENV-VARIABLE VOM HAUTPRO-
1949    # GRAMM BENOETIGT
1950 done=false
1951 while [[ $done = false ]]
1952 do
1953    cputime=$cpumax
1954    if (( $cputime == 0 ))
1955    then
1956       if [[ $do_batch = true ]]
1957       then
1958          printf "\n  +++ cpu-time is undefined"
1959          printf "\n  >>> Please type CPU-time in seconds as INTEGER:"
1960          printf "\n  >>> "
1961          read  cputime  1>/dev/null  2>&1
1962       else
1963          cputime=10000000   # NO CPU LIMIT FOR INTERACTIVE RUNS
1964       fi
1965    else
1966       done=true
1967    fi
1968    cpumax=$cputime
1969 done
1970
1971 (( minuten = cputime / 60 ))
1972 (( sekunden = cputime - minuten * 60 ))
1973
1974
1975    # PRUEFEN DER KERNSPEICHERANFORDERUNG
1976 if [[ $do_batch = true ]]
1977 then
1978    done=false
1979    while [[ $done = false ]]
1980    do
1981       if (( memory == 0 ))
1982       then
1983          printf "\n  +++ memory demand is undefined"
1984          printf "\n  >>> Please type memory in  MByte per process  as INTEGER:"
1985          printf "\n  >>> "
1986          read  memory  1>/dev/null  2>&1
1987       else
1988          done=true
1989       fi
1990    done
1991 fi
1992
1993
1994    # PRUEFEN, OB FUER REMOTE-RECHNUNGEN EIN BENUTZERNAME ANGEGEBEN WURDE
1995 if [[ $do_remote = true  &&  -z $remote_username ]]
1996 then
1997    while [[ -z $remote_username ]]
1998    do
1999       printf "\n  +++ username on remote host \"$host\" is undefined"
2000       printf "\n  >>> Please type username:"
2001       printf "\n  >>> "
2002       read  remote_username
2003    done
2004    mc="$mc -u$remote_username"
2005 fi
2006
2007    # CHECK FOR INITIAL COMMANDS AFTER LOGIN
2008 if [[ "$login_init_cmd" != "" ]]
2009 then
2010    export init_cmds="${login_init_cmd};"
2011 fi
2012
2013
2014    # set module load command and export for subjob
2015 if [[ "$modules" != "" ]]
2016 then
2017    if [[ $host = lctit ]]
2018    then
2019       export module_calls=". $modules"
2020    else
2021       export module_calls="module load ${modules};"
2022    fi
2023 fi
2024
2025    # bugfix for wrong netcdf module and for netCDF4 usage in case of mpt
2026 if [[ $host = lcsgib  ||  $host = lcsgih ]]
2027 then
2028    if [[ $(echo $module_calls | grep -c netcdf/3.6.3-intel) != 0 ]]
2029    then
2030       export module_calls="$module_calls export LD_LIBRARY_PATH=/sw/dataformats/netcdf/3.6.3-intel/lib:\$LD_LIBRARY_PATH;"
2031    fi
2032#     if [[ $(echo $module_calls | grep -c mpt) != 0 ]]
2033#     then
2034#        export module_calls="$module_calls export LD_LIBRARY_PATH=/sw/sgi/mpt/2011-02-07/lib:\$LD_LIBRARY_PATH;"
2035#        echo "*** module_calls = $module_calls"
2036#     fi
2037 fi
2038
2039
2040    # SET DEFAULT VALUE FOR MPI MODULE TO BE USED ON SGI-ALTIX
2041 if [[ $host = lcsgib  ||  $host = lcsgih ]]
2042 then
2043    if [[ $(echo $modules | grep -c mpt ) != 0 ]]
2044    then
2045       mpilib=mpt
2046    elif [[ $(echo $modules | grep -c mvapich ) != 0 ]]
2047    then
2048       mpilib=mvapich
2049    elif [[ $(echo $modules | grep -c impi ) != 0 ]]
2050    then
2051       mpilib=impi
2052    fi
2053 fi
2054
2055
2056
2057###########################################################################
2058# HEADER-AUSGABE
2059###########################################################################
2060
2061
2062 calltime=$(date)
2063 printf "\n"
2064# [[ $silent = false ]]  &&  clear
2065 printf "#------------------------------------------------------------------------# \n"
2066 printf "| %-35s%35s | \n" "$version" "$calltime"
2067 printf "|                                                                        | \n"
2068 spalte1="called on:"; spalte2=$localhost_realname
2069 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2070 if [[ $local_compile = false ]]
2071 then
2072    if [[ $do_remote = true ]]
2073    then
2074       spalte1="execution on:"; spalte2="$host (username: $remote_username)"
2075    else
2076       spalte1="execution on:"; spalte2="$host ($localhost_realname)"
2077    fi
2078 else
2079    spalte1="compiling test only!"; spalte2=""
2080 fi
2081 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2082 if [[ -n $numprocs ]]
2083 then
2084    if [[ $run_coupled_model = false ]]
2085    then
2086       spalte1="number of PEs:"; spalte2=$numprocs
2087    else
2088       spalte1="number of PEs:"; spalte2="$numprocs  (atmosphere: $numprocs_atmos, ocean: $numprocs_ocean)"
2089    fi
2090    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2091 fi
2092 if [[ -n $tasks_per_node ]]
2093 then
2094    spalte1="tasks per node:"; spalte2="$tasks_per_node (number of nodes: $nodes)"
2095    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2096 fi
2097 if [[ $maximum_parallel_io_streams != $numprocs ]]
2098 then
2099    spalte1="max par io streams:"; spalte2="$maximum_parallel_io_streams"
2100    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2101 fi
2102 if [[ $use_openmp = true ]]
2103 then
2104    spalte1="threads per task:"; spalte2="$threads_per_task"
2105    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2106 fi
2107 printf "|                                                                        | \n"
2108 if [[ $do_compile = true ]]
2109 then
2110    if [[ "$mopts" != "" ]]
2111    then
2112       spalte1="make options:"; spalte2=$(echo "$mopts" | cut -c-45)
2113       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2114       zeile=$(echo "$mopts" | cut -c46-)
2115       while [[ "$zeile" != "" ]]
2116       do
2117          spalte1=""
2118          spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2119          printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2120          zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2121       done
2122    fi
2123
2124    spalte1="cpp directives:"; spalte2=$(echo "$cpp_options" | cut -c-45)
2125    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2126    zeile=$(echo "$cpp_options" | cut -c46-)
2127    while [[ "$zeile" != "" ]]
2128    do
2129       spalte1=""
2130       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2131       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2132       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2133    done
2134
2135    spalte1="compiler options:"; spalte2=$(echo "$fopts" | cut -c-45)
2136    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2137    zeile=$(echo "$fopts" | cut -c46-)
2138    while [[ "$zeile" != "" ]]
2139    do
2140       spalte1=""
2141       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2142       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2143       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2144    done
2145
2146    spalte1="linker options:"; spalte2=$(echo "$lopts" | cut -c-45)
2147    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2148    zeile=$(echo "$lopts" | cut -c46-)
2149    while [[ "$zeile" != "" ]]
2150    do
2151       spalte1=""
2152       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2153       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2154       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2155    done
2156
2157    spalte1="modules to be load:"; spalte2=$(echo "$modules" | cut -c-45)
2158    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2159    zeile=$(echo "$modules" | cut -c46-)
2160    while [[ "$zeile" != "" ]]
2161    do
2162       spalte1=""
2163       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2164       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2165       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2166    done
2167
2168    spalte1="main program:"; spalte2=$mainprog
2169    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2170 else
2171    spalte1=executable:; spalte2=$executable
2172    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2173 fi
2174 printf "|                                                                        | \n"
2175 spalte1="base name of files:"; spalte2=$fname
2176 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2177 if [[ $fname != $afname ]]
2178 then
2179    spalte1="base name of input files:"; spalte2=$afname
2180    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2181 fi
2182 spalte1="INPUT control list:"; spalte2=$(echo $input_list)
2183 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2184 spalte1="OUTPUT control list:"; spalte2=$(echo $output_list)
2185 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2186
2187 if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
2188 then
2189    printf "| %-35s%-35s | \n" "suffix \"_O\" is added to local files" " "
2190 fi
2191
2192 if [[ $do_batch = true  ||  "$LOADLBATCH" = yes ]]
2193 then
2194    spalte1="memory demand / PE":; spalte2="$memory MB"
2195    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2196    spalte1=CPU-time:; spalte2="$minuten:$sekunden"
2197    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2198 fi
2199
2200 if [[ $do_compile = true ]]
2201 then
2202    printf "|                                                                        | \n"
2203    printf "| Files to be compiled:                                                  | \n"
2204    zeile=$source_list
2205    while [[ "$zeile" != "" ]]
2206    do
2207       linestart=$(echo $zeile | cut -c-70)
2208       printf "| %-70s | \n" "$linestart"
2209       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c71-)
2210    done
2211 fi
2212 printf "#------------------------------------------------------------------------#"
2213
2214
2215
2216    # BEDINGTE AUSGABE DER DATEIVERBINDUNGEN
2217 if [[ $do_trace = true ]]
2218 then
2219    (( i = 0 ))
2220    while (( i < iin ))
2221    do
2222       (( i = i + 1 ))
2223       if (( i == 1 ))
2224       then
2225          printf "\n\n >>> INPUT-file assignments:\n"
2226       fi
2227       printf "\n     ${localin[$i]} :  ${absnamein[$i]}"
2228    done
2229    (( i = 0 ))
2230    while (( i < iout ))
2231    do
2232       (( i = i + 1 ))
2233       if (( i == 1 ))
2234       then
2235          printf "\n\n >>> OUTPUT-file assignments:\n"
2236       fi
2237       printf "\n     ${localout[$i]} :  ${pathout[$i]}"
2238    done
2239    (( i = 0 ))
2240    while (( i < iic ))
2241    do
2242       (( i = i + 1 ))
2243       if (( i == 1 ))
2244       then
2245          printf "\n\n >>> INPUT-commands:\n"
2246       fi
2247       printf "\n     ${in_command[$i]}" 
2248    done
2249    (( i = 0 ))
2250    while (( i < ioc ))
2251    do
2252       (( i = i + 1 ))
2253       if (( i == 1 ))
2254       then
2255          printf "\n\n >>> OUTPUT-commands:\n"
2256       fi
2257       printf "\n     ${out_command[$i]}" 
2258    done
2259 fi
2260
2261
2262    # ABFRAGEN BEI AUFRUF AUF LOKALER MASCHINE
2263 if [[ $remotecall = false  &&  $silent = false  &&  $jobmo != BATCH ]]
2264 then
2265    antwort=dummy
2266    printf "\n\n"
2267    printf " >>> everything o.k. (y/n) ?  "
2268    while  read antwort
2269    do
2270       if [[ "$antwort" != y  &&  "$antwort" != Y  &&  "$antwort" != n  &&  "$antwort" != N ]]
2271       then
2272          printf " >>> everything o.k. (y/n) ?  "
2273       else
2274          break
2275       fi
2276    done
2277    if [[ $antwort = n  ||  $antwort = N ]]
2278    then
2279       locat=user_abort; (( iec = 0 )); exit
2280    fi
2281    if [[ $do_batch = true ]]
2282    then
2283       printf " >>> batch-job will be created and submitted"
2284    else
2285       if [[ $local_compile = false ]]
2286       then
2287          printf " >>> MRUN will now continue to execute on this machine"
2288       else
2289          printf " >>> a test compilation will now be carried out on this machine"
2290       fi
2291    fi
2292 fi
2293
2294
2295    # PERFORM PARAMETER FILE CHECK (COUPLED RUNS ARE NOT SUPPORTED YET)
2296    # DEFINE VARIABLES FOR FREQUENTLY USED DIRECTORIES
2297 check_depository="${working_directory}/trunk/UTIL"
2298 check_sources="${working_directory}/tmp_check_namelist_files"
2299 skip_check=false
2300
2301    # CHECK IF NAMELIST_FILE_CHECK HAS BEEN COMPILED SUCCESSFULLY
2302 if [[ ! -f $check_depository/check_namelist_files.tar ]]
2303 then
2304    skip_check=true
2305    reason="run on remote host or parameter file check has not been compiled."
2306 fi
2307 if [[ ! -f $PALM_BIN/check_namelist_files.x ]]
2308 then
2309    skip_check=true
2310    reason="parameter file check has not been compiled."
2311 fi
2312
2313    # CHECK FOR PARALLEL RUN; OTHERWISE SKIP CHECK
2314 if [[ "$cond1" != "parallel"  &&  "$cond2" != "parallel" ]]
2315 then
2316    skip_check=true
2317    reason="serial run."
2318 fi
2319
2320    # ONLY PERFORM CHECK IF -z OPTION IS NOT SET, NO RESTART RUN IS CARRIED OUT
2321    # AND IF THE EXECUTION HOST IS THE LOCAL HOST
2322    # ATTENTION: THIS ROUTINE DOES NOT WORK IF THE COMPILER ON THE LOCAL HOST
2323    # DIFFERS FROM THE COMPILER ON THE REMOTE HOST
2324 if [[ $check_namelist_files == false ]]
2325 then
2326    skip_check=true
2327    reason="-z option set."
2328 fi
2329
2330 if [[ $fromhost != $localhost ]]
2331 then
2332    skip_check=true
2333    reason="submitting host is local host." 
2334 fi 
2335
2336 if [[ $run_coupled_model == true ]]
2337 then
2338    skip_check=true
2339    reason="coupled run." 
2340 fi
2341
2342 if [[ $restart_run == true ]]
2343 then
2344    skip_check=true
2345    reason="restart run."     
2346 fi
2347
2348    # SKIP CHECK IN CASE OF RESTART RUN: CHECK WHETHER THE LAST CHAR IS "f" IN PARIN
2349 (( last_char_int = `echo $filename_input | wc -c` - 1 ))
2350 last_char=`echo $filename_input | cut -c $last_char_int`
2351 if [[ "$last_char" == "f" ]]
2352 then
2353    skip_check=true
2354    reason="restart run."
2355 fi
2356
2357 if [[ $skip_check == false ]]
2358 then
2359    tmp_check=${working_directory}/tmp_check
2360
2361       # GET TOPOGRAPHY PARAMETER FILE SUFFIX (USUALLY "_TOPO"). THIS FILE IS
2362       # NOT NECESSARILY REQUIRED
2363    line=""
2364    found=false
2365    grep  "TOPOGRAPHY_DATA" $config_file  >  $tmp_check
2366    while read line1
2367    do
2368       line="$line1"
2369       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2370       then
2371          topo_suffix=`echo $line | tr -s " " | cut -d" " -s -f5`
2372          found=true
2373       fi
2374    done < $tmp_check
2375
2376    if [[ $found = false ]]
2377    then
2378       printf "\n  +++ no TOPOGRAPHY list entry found in the configuration file."
2379    fi
2380
2381       # GET NUDGING PARAMETER FILE SUFFIX (USUALLY "_NUDGE"). THIS FILE IS
2382       # NOT NECESSARILY REQUIRED
2383    line=""
2384    found=false
2385    grep  "NUDGING_DATA" $config_file  >  $tmp_check
2386    while read line1
2387    do
2388       line="$line1"
2389       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2390       then
2391          nudge_suffix=`echo $line | tr -s " " | cut -d" " -s -f5`
2392          found=true
2393       fi
2394    done < $tmp_check
2395
2396    if [[ $found = false ]]
2397    then
2398       printf "\n  +++ no NUDGING list entry found in the configuration file."
2399    fi
2400
2401       # GET LARGE SCALE FORCING PARAMETER FILE SUFFIX (USUALLY "_LSF"). THIS FILE IS
2402       # NOT NECESSARILY REQUIRED
2403    line=""
2404    found=false
2405    grep  "LSF_DATA" $config_file  >  $tmp_check
2406    while read line1
2407    do
2408       line="$line1"
2409       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2410       then
2411          lsf_suffix=`echo $line | tr -s " " | cut -d" " -s -f5`
2412          found=true
2413       fi
2414    done < $tmp_check
2415
2416    if [[ $found = false ]]
2417    then
2418       printf "\n  +++ no LSF list entry found in the configuration file."
2419    fi
2420
2421    rm -rf ${working_directory}/tmp_check
2422
2423       # CHECK IF THE P3DF FILE MUST BE CHECKED
2424    for  item  in  $input_list
2425    do
2426       if [[ "$item" == "restart" ]]
2427       then
2428          check_restart=1
2429       else
2430          check_restart=0
2431       fi
2432    done
2433
2434      # ERROR IF NO PARAMETER FILE WAS FOUND, OTHERWISE PROCEED
2435    if [[ (! -f $filename_input) && ( "$filename_input" != "" ) ]]
2436    then
2437       printf "\n\n  +++ ERROR: parameter file ($filename_input) not found." 
2438       locat=check_namelist; exit
2439    fi
2440   
2441       # CHECK IF THE RESTART PARAMETER FILE EXISTS (IF NECESSARY)
2442    if  [[ $check_restart == 1 ]]
2443    then
2444
2445       filenamef="${filename_input}f"
2446       if [[ ! -f $filenamef ]]
2447       then
2448          printf "\n\n  +++ WARNING: restart parameter file ($filenamef) is missing." 
2449          check_restart=0
2450          answer=dummy
2451          printf "\n\n"
2452
2453          if [[ $silent == false ]]
2454          then
2455             while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
2456             do
2457                printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
2458                read  answer
2459             done
2460             if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
2461             then
2462                printf "\n  +++ Aborting...."
2463                locat=normal; exit
2464             fi
2465          fi
2466       else
2467          check_restart=1
2468       fi
2469    fi
2470
2471       # CREATE TEMPORARY SOURCES_FOR_CHECK PATH
2472    mkdir $check_sources
2473    cd $check_sources
2474
2475
2476       # CHECK FOR USER CODE, OTHERWISE USE THE PRECOMPILED CHECK_NAMELIST_FILES.X
2477    if [[ -d $add_source_path ]]
2478    then
2479       printf "\n\n  *** copying files from $check_depository" 
2480       cp $check_depository/check_namelist_files.tar ./
2481
2482       printf "\n\n  *** untar of makefile and source files in $check_sources"
2483       tar -xf check_namelist_files.tar  >  /dev/null  2>&1
2484
2485       printf "\n\n  *** adding user code." 
2486       cp $add_source_path/* ./
2487       touch check_namelist_files.f90
2488
2489          # GET COMPILER OPTIONS AND PERFORM MAKE
2490       printf "\n\n  *** compiling code if necessary...\n"
2491
2492          # workaround for batch jobs on local machine (lcxe6)
2493       if [[ $do_batch == true && $do_remote == false ]]
2494       then
2495          eval $init_cmds
2496       fi
2497
2498          # GET CHECK OPTIONS
2499       line=""
2500       found=false
2501
2502       grep  "$localhost" ${base_directory}/${config_file} | grep "%cpp_options"  >  $tmp_check
2503
2504       while read line1
2505       do
2506
2507          if [[ $(echo $line1 | cut -d" " -s -f3-) = "$localhost" ]]
2508          then
2509             line="$line1"
2510          fi
2511
2512          if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2513          then
2514                # EVENTUELLE DOPPELPUNKTE AUS OPTIONSSTRING UND ALLE -D ENTFERNEN
2515             line="$line "
2516             copts_check=`echo $line | cut -d" " -s -f2 | sed 's/::/%DUM%/g' | sed 's/:/ /g' | sed 's/%DUM%/:/g' | sed 's/-D[^ ]* //g' | sed 's/ -D.*//g'`
2517             found=true
2518          fi
2519
2520       done < $tmp_check
2521       copts_check="$copts_check -D__check -D__parallel"
2522
2523       make -f Makefile_check F90=$compiler_name_ser  COPT="$copts_check"
2524
2525          # GET MAKE OUTPUT
2526       if [[ $? != 0 ]]
2527       then
2528          printf "\n  +++ error during make."       
2529          answer=dummy
2530          printf "\n\n"
2531          if [[ $silent == false ]]
2532          then
2533             while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
2534             do
2535                printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
2536                read  answer
2537             done
2538             if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
2539             then
2540                printf "\n  +++ Aborting..."
2541                rm -rf  $check_sources
2542                locat=normal; exit
2543             else
2544                skip_check=true
2545             fi
2546          else
2547             skip_check=true
2548          fi
2549       fi
2550    else
2551       cp $PALM_BIN/check_namelist_files.x ./
2552    fi
2553
2554    cp $filename_input ./PARIN
2555    if [[ $check_restart == 1 ]] 
2556    then
2557       cp $filenamef ./PARINF   
2558    fi
2559
2560    if [[ -f ${pathname}/${fname}${topo_suffix} && $skip_check == false ]]
2561    then
2562       printf "\n  *** adding topography data"
2563       cp ${pathname}/${fname}${topo_suffix} ./TOPOGRAPHY_DATA
2564
2565          # IN CASE OF TOPOGRAPHY AND HIGH GRID POINT NUMBERS, THE STACK SIZE
2566          # MUST BE INCREASED. THIS IS DUE TO THE ARRAY nzb_local AND topo_height,
2567          # WHICH REQUIRE SUFFICIENT MEMORY
2568       ulimit -s unlimited         
2569    fi
2570
2571    if [[ -f ${pathname}/${fname}${nudge_suffix} && $skip_check == false ]]
2572    then
2573       printf "\n  *** adding nudging data"
2574       cp ${pathname}/${fname}${nudge_suffix} ./NUDGING_DATA       
2575    fi
2576
2577    if [[ -f ${pathname}/${fname}${lsf_suffix} && $skip_check == false ]]
2578    then
2579       printf "\n  *** adding large scale forcing data"
2580       cp ${pathname}/${fname}${lsf_suffix} ./LSF_DATA       
2581    fi
2582
2583       # CREATE ENVPAR FILE, WHICH IS NEEDED BY CHECK_NAMELIST_FILES.X
2584    cat  >  ENVPAR  <<  %%END%%
2585 &envpar  run_identifier = '$fname', host = '$host',
2586            write_binary = '$write_binary', tasks_per_node = $tasks_per_node,
2587            maximum_parallel_io_streams = $maximum_parallel_io_streams,
2588            maximum_cpu_time_allowed = ${cpumax}.,
2589            revision = '$global_revision',
2590            local_dvrserver_running = $local_dvrserver_running /
2591
2592%%END%%
2593
2594       # SAFETY CHECK: ONLY PROCEED IF THE PARAMETER CHECK PROGRAM WAS PROPERLY COMPILED
2595    if [[ ! -f check_namelist_files.x  &&  $skip_check == false ]]
2596    then
2597       printf "\n  +++ WARNING: check_namelist_files.x not found."
2598       answer=dummy
2599       printf "\n\n"
2600
2601       if [[ $silent == false ]]
2602       then
2603          while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
2604          do
2605             printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
2606             read  answer
2607          done
2608          if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
2609          then
2610             printf "\n  +++ Aborting..."
2611             rm -rf  $check_sources
2612             locat=normal; exit
2613          else
2614             printf "\n  *** skipping parameter file check."         
2615          fi
2616      fi
2617       
2618    elif [[ $skip_check == false ]]
2619    then
2620          # STARTING THE PARAMETER FILE CHECK
2621       printf "\n\n  *** starting parameter file check..."
2622
2623          # CHECKING THE P3D FILE
2624       printf "\n\n      (1) checking $filename_input" 
2625       echo "$numprocs 0 0" > VARIN
2626       errors=`./check_namelist_files.x < VARIN 2>&1`
2627
2628       check_error=false
2629       if [[ "$errors" == "" ]]
2630       then
2631          printf " --> o.k."
2632       else
2633          printf " --> failed."
2634          check_error=true
2635          printf "\n\n  $errors"
2636       fi
2637
2638          # CHECKING THE PD3F FILE IF NECESSARY
2639       if [[ $check_restart == 1 && $check_error == false ]]
2640       then
2641          printf "\n\n      (2) checking $filenamef" 
2642
2643             # FIRST CHECK IF INITIALIZING_ACTIONS="READ_RESTART_DATA" IS SET
2644             # IN &INIPAR LIST
2645          found=false
2646          cat PARINF | while read line
2647          do
2648             line=$(echo $line|sed 's/ //g')
2649             if [[ $line == *"&inipar"* ]]
2650             then
2651                start_search=true
2652             fi
2653
2654             if [[ $start_search == true ]]
2655             then
2656                if [[ $line == *"initializing_actions='read_restart_data'"* ]]
2657                then
2658                   found=true
2659                   break
2660                fi
2661             fi
2662
2663             if [[ $line == *"/"* ]]
2664             then
2665                start_search=false
2666             fi
2667
2668          done
2669
2670          if [[ $found = false ]]
2671          then
2672             printf "\n\n  +++ ERROR: initializing_actions = 'read_restart_data' not found"
2673             printf "\n      in &inipar list in $fname$p3df_suffix."
2674             rm -rf  $check_sources
2675             locat=check_namelist; exit
2676          fi
2677
2678             # READ max_user_pr FROM FILES
2679          if [[ -f parin_for_check ]]
2680          then
2681             read max_pr_user < parin_for_check
2682          else
2683             max_user_pr=0
2684          fi
2685
2686          echo "$numprocs 1 $max_pr_user" > VARIN
2687          errors=`./check_namelist_files.x < VARIN 2>&1`
2688
2689          if [[ "$errors" == "" ]]
2690          then
2691             printf " --> o.k."
2692          else
2693             printf " --> failed."
2694             check_error=true
2695             printf "\n\n  $errors"
2696          fi
2697       fi
2698   
2699          # REPORT ERRORS AND CONTINUE/EXIT
2700       if [[ $check_error == true ]]
2701       then
2702          printf "\n  +++ errors found in the parameter file!\n"
2703          answer=dummy
2704          printf "\n\n"
2705
2706          while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
2707          do
2708             printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
2709             read  answer
2710          done
2711
2712          if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
2713          then
2714             printf "\n  +++ Aborting..."
2715             rm -rf  $check_sources
2716             locat=normal; exit
2717          fi
2718        else
2719          printf "\n\n  *** parameter file(s) seem(s) to be o.k.\n"
2720        fi
2721        rm -rf $check_sources
2722    fi
2723 else
2724    printf "\n\n  +++ skipping parameter file check due to following reason: $reason \n" 
2725 fi
2726
2727    # DELETE TEMPORARY DIRECTORY AND FINISH NAMELIST FILE CHECK   
2728 rm -rf  $check_sources
2729 cd $working_directory
2730
2731
2732    # DETERMINE PATH FOR MAKE DEPOSITORY
2733 if [[ $do_batch = false  ||  $create_executable_for_batch = true ]]
2734 then
2735
2736    line=""
2737    grep "%depository_path" $config_file  >  tmp_mrun
2738    while read line
2739    do
2740       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2741       then
2742          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -s -f3)" = "" ]]
2743          then
2744             global_depository_path=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
2745          fi
2746       fi
2747    done < tmp_mrun
2748
2749    line=""
2750    grep  " $localhost" $config_file | grep "%depository_path"  >  tmp_mrun
2751    while read line
2752    do
2753       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2754       then
2755          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -s -f4)" = "$cond1"  &&  "$(echo $line | cut -d" " -s -f5)" = "$cond2" ]]
2756          then
2757             local_depository_path=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
2758          fi
2759       fi
2760    done < tmp_mrun
2761
2762    if [[ "$local_depository_path" = "" ]]
2763    then
2764       if [[ "$global_depository_path" != "" ]]
2765       then
2766          local_depository_path=$global_depository_path
2767       else
2768          printf "\n\n  +++ no depository path found in configuration file"
2769          printf "\n      for local host \"$localhost\" "
2770          printf "\n      please set \"\%depository_path\" in configuration file\n"
2771          locat=config_file; exit
2772       fi
2773    fi
2774    eval local_depository_path=$local_depository_path
2775    [[ "$cond1" != "" ]]  &&  local_depository_path=${local_depository_path}_$cond1
2776    [[ "$cond2" != "" ]]  &&  local_depository_path=${local_depository_path}_$cond2
2777
2778
2779    basename=`echo $mainprog | cut -f1 -d"."`
2780    eval make_depository=${local_depository_path}/${basename}_current_version.tar
2781    if [[ ! -f $make_depository ]]
2782    then
2783       printf "\n"
2784       printf "\n  *** WARNING: make depository \"$make_depository\" not found"
2785       printf "\n               \"make\" will fail, if the Makefile or other source files are missing\n"
2786    fi
2787
2788 fi
2789
2790
2791    # FALLS AUF DIESER MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL, WERDEN JETZT ENTSPRE-
2792    # CHENDE AKTIONEN DURCHGEFUEHRT
2793 if [[ $do_batch = false ]]
2794 then
2795
2796
2797       # TEMPORAEREN KATALOG ERZEUGEN
2798    mkdir -p  $TEMPDIR
2799    chmod  go+rx  $TEMPDIR
2800    tmpcreate=true
2801
2802
2803       # SAEMTLICHE QUELLTEXT-DATEIEN BZW. AUSFUEHRBARES PROGRAMM IN
2804       # TEMPORAERES VERZEICHNIS KOPIEREN
2805    if [[ $do_compile = true ]]
2806    then
2807
2808          # ON NEC, COMPILATION IS DONE ON HOST CROSS VIA CROSS COMPILING
2809          # CREATE A TEMPORARY DIRECTORY ON THAT MACHINE (HOME MOUNTED VIA NFS)
2810       if [[ $localhost = nech ]]
2811       then
2812          TEMPDIR_COMPILE=$HOME/work/${usern}.$kennung
2813          if  mkdir -p  $TEMPDIR_COMPILE
2814          then
2815             printf "\n  *** \"$TEMPDIR_COMPILE\" "
2816             printf "\n      is generated as temporary directory for cross compiling\n"
2817          else
2818             printf "\n  +++ creating directory \"$TEMPDIR_COMPILE\" "
2819             printf "\n      needed for cross compilation failed"
2820             locat=compile
2821             exit
2822          fi
2823       else
2824          TEMPDIR_COMPILE=$TEMPDIR
2825       fi
2826
2827       cp  $make_depository  $TEMPDIR_COMPILE
2828       cd  $TEMPDIR_COMPILE
2829       tar -xf  $make_depository  >  /dev/null  2>&1
2830       cd -  > /dev/null
2831
2832          # DUE TO UNKNOWN REASONS, COPY WITH cp COMMAND CREATES CORRUPT
2833          # FILES ON CRAY XC30 SYSTEMS (HLRN III), rsync IS USED INSTEAD
2834       rsync -av -t  SOURCES_FOR_RUN_$fname/*  $TEMPDIR_COMPILE  >  /dev/null
2835
2836    else
2837
2838       cp  $executable   ${TEMPDIR}/a.out
2839
2840    fi
2841
2842
2843       # WECHSEL IN TEMPORAEREN KATALOG
2844    cd  $TEMPDIR
2845    printf "\n  *** changed to temporary directory: $TEMPDIR"
2846
2847
2848       # OUTPUT-DATEI-VERBINDUNGEN AUF TEMPORAERER DATEI ABLEGEN
2849       # DIESE DATEI KANN VON SPAETER AUFZURUFENDEN BENUTZERPROZEDUREN GELESEN
2850       # WERDEN, UM ZU LOKALEN DATEINAMEN GEHOERENDE PERMANENTE NAMEN ZU
2851       # ERMITTELN
2852    (( i = 0 ))
2853    while (( i < iout ))
2854    do
2855       (( i = i + 1 ))
2856       if [[ "${actionout[$i]}" = tr  ||  "${actionout[$i]}" = tra  ||  "${actionout[$i]}" = trpe ]]
2857       then
2858          printf "${localout[$i]} ${actionout[$i]}\n${pathout[$i]}\n${localhost}_${fname}${endout[$i]}\n" >> OUTPUT_FILE_CONNECTIONS
2859       else
2860          printf "${localout[$i]} ${actionout[$i]}\n${pathout[$i]}\n${frelout[$i]}\n" >> OUTPUT_FILE_CONNECTIONS
2861       fi
2862    done
2863
2864
2865       # IF REQUIRED, START WITH COMPILING ACTIONS
2866    if [[ $do_compile = true ]]
2867    then
2868
2869
2870       if [[ -f a.out ]]
2871       then
2872
2873             # EXECUTABLE WAS CREATED DURING INTERACTIVE CALL OF MRUN
2874          printf "\n\n\n  *** executable a.out found"
2875          printf "\n      no compilation required \n"
2876
2877       else
2878
2879             # COMPILING WITH MAKE (ON NEC COMPILER IS CALLED ON HOST CROSS)
2880          printf "\n\n\n  *** compilation starts \n$striche\n"
2881          printf "  *** compilation with make using following options:\n"
2882          printf "      make depository:          $make_depository"
2883          if [[ "$mopts" != "" ]]
2884          then
2885             printf "      make options:             $mopts\n"
2886          fi
2887          printf "      compilername:             $compiler_name\n"
2888          printf "      compiler options:         $fopts\n"
2889          printf "      preprocessor directives:  $cpp_options \n"
2890          printf "      linker options:           $lopts \n"
2891          if [[ "$modules" != "" ]]
2892          then
2893             printf "      modules to be load:       $modules \n"
2894          fi
2895          printf "      source code files:        $source_list \n"
2896
2897          if [[ $localhost = nech ]]
2898          then
2899             ssh  $SSH_PORTOPT  136.172.44.192 -l $usern "$init_cmds $module_calls cd \$HOME/work/${usern}.$kennung; sxmake $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2900             cp  $TEMPDIR_COMPILE/a.out  .
2901             [[ $? != 0 ]]  &&  compile_error=true
2902             rm -rf  $TEMPDIR_COMPILE
2903          elif [[ $localhost = ibmh ]]
2904          then
2905             printf "      compiler is called via ssh on \"plogin1\" \n"
2906             ssh  $SSH_PORTOPT  plogin1  -l $usern  "$init_cmds export PATH=/sw/ibm/xlf/13.1.0.8/usr/bin:$PATH; $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2907             [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2908             continue   # ANDERENFALLS IST STATUS=1, FALLS A.OUT VORHANDEN
2909          elif [[ $localhost = lcsgib ]]
2910          then
2911             printf "      compiler is called via ssh on \"bicegate0\" \n"
2912             ssh  $SSH_PORTOPT  bicegate0  -l $usern  "$init_cmds $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2913             [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2914             continue   # ANDERENFALLS IST STATUS=1, FALLS A.OUT VORHANDEN
2915          elif [[ $localhost = lcsgih ]]
2916          then
2917             printf "      compiler is called via ssh on \"hicegate0\" \n"
2918             ssh  $SSH_PORTOPT  hicegate0  -l $usern  "$init_cmds $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" 2>&1 "
2919             [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2920             continue   # ANDERENFALLS IST STATUS=1, FALLS A.OUT VORHANDEN
2921          elif [[ $localhost = lcflow ]]
2922          then
2923             printf "      compiler is called via ssh on \"flow\" \n"
2924             /usr/bin/ssh  $SSH_PORTOPT  flow02.hpc.uni-oldenburg.de -l $usern "$init_cmds $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out F90=$compiler_name COPT=\"$cpp_options\" F90FLAGS=\"$fopts\" LDFLAGS=\"$lopts\" "
2925             [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2926             continue   # ANDERENFALLS IST STATUS=1, FALLS A.OUT VORHANDEN
2927          elif [[ $localhost = lccrayb  ||  $localhost = lccrayf ]]
2928          then
2929             make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
2930          else
2931             [[ "$init_cmds" != "" ]]  &&  eval $init_cmds
2932             [[ "$module_calls" != "" ]]  &&  eval $module_calls
2933             make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
2934          fi
2935
2936          if [[ $? != 0  ||  "$compile_error" = true  ||  "$module_compile_error" = true ]]
2937          then
2938             printf "\n  +++ error occured while compiling or linking"
2939             locat=compile
2940
2941             exit
2942          else
2943             printf "$striche\n  *** compilation finished \n"
2944          fi
2945
2946       fi
2947
2948    fi
2949
2950
2951       # FALLS NUR TESTWEISE KOMPILIERT WERDEN SOLLTE, IST MRUN JETZT FERTIG
2952    if [[ $local_compile = true ]]
2953    then
2954       cd  $HOME
2955       rm -rf $TEMPDIR
2956       locat=local_compile; exit
2957    fi
2958
2959
2960       # BEREITSTELLEN DER INPUT-DATEIEN
2961       # SCHLEIFE UEBER ALLE VOM BENUTZER ANGEGEBENEN DATEIEN
2962    (( i = 0 ))
2963    while (( i < iin ))
2964    do
2965       (( i = i + 1 ))
2966       if (( i == 1 ))
2967       then
2968          printf "\n\n  *** providing INPUT-files:\n$striche"
2969       fi
2970
2971
2972          # OPTIONALE DATEIEN BEI NICHTVORHANDENSEIN UEBERGEHEN
2973       if [[ "${transin[$i]}" = unavailable ]]
2974       then
2975          if [[ "${extin[$i]}" = ""  ||  "${extin[$i]}" = " " ]]
2976          then
2977             printf "\n  +++ WARNING: input file \"${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}\" "
2978             printf "\n               is not available!"
2979          else
2980             printf "\n  +++ WARNING: input file \"${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}.${extin[$i]}\" "
2981             printf "\n               is not available!"
2982          fi
2983          continue
2984       fi
2985
2986          # PRUEFEN, OB EINZELDATEI ODER DATEI PRO PROZESSOR
2987       files_for_pes=false; datentyp=file
2988       if [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  -n $numprocs ]]
2989       then
2990          files_for_pes=true; datentyp=directory
2991          actionin[$i]=""
2992       elif [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  ! -n $numprocs ]]
2993       then
2994          actionin[$i]=""
2995       elif [[ "${actionin[$i]}" = arpe  &&  -n $numprocs ]]
2996       then
2997          files_for_pes=true; datentyp=directory
2998          actionin[$i]="ar"
2999       elif [[ "${actionin[$i]}" = arpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3000       then
3001          actionin[$i]="ar"
3002       elif [[ "${actionin[$i]}" = flpe  &&  -n $numprocs ]]
3003       then
3004          files_for_pes=true; datentyp=directory
3005          actionin[$i]="fl"
3006       elif [[ "${actionin[$i]}" = flpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3007       then
3008          actionin[$i]="fl"
3009       fi
3010
3011       if [[ $files_for_pes = true ]]
3012       then
3013          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}/....  to  ${localin[$i]}"
3014       else
3015          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}  to  ${localin[$i]}"
3016       fi
3017
3018          # INPUT-DATEI FUER EINEN FORTSETZUNGSLAUF. ES WIRD GEPRUEFT,
3019          # OB DIESE DATEI NOCH AUF DEM TEMPORAEREN DATENKATALOG VORHANDEN
3020          # IST. FALLS NICHT, WIRD VERSUCHT, SIE ANSCHLIESSEND VOM ARCHIV-
3021          # SERVER ZU HOLEN
3022       if [[ "${actionin[$i]}" = fl ]]
3023       then
3024          printf "\n      $datentyp will be fetched from temporary directory \"${tmp_data_catalog}\" !"
3025          if [[ $files_for_pes = false ]]
3026          then
3027             if [[ -f "$tmp_data_catalog/${frelin[$i]}" ]]
3028             then
3029                ln  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
3030                got_tmp[$i]=true
3031             elif [[ -f "$WORK/${frelin[$i]}"  &&  $ignore_archive_error = true ]]
3032             then
3033                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" !"
3034                printf "\n  *** trying to use backup copy in \"$WORK\" "
3035                cp  $WORK/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
3036             else
3037                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" "
3038                printf "\n      or \"$tmp_data_catalog\" does not exist!"
3039                printf "\n  *** trying to get copy from archive"
3040                actionin[$i]=ar
3041             fi
3042          else
3043             if [[ -d "$tmp_data_catalog/${frelin[$i]}" ]]
3044             then
3045                mkdir  ${localin[$i]}
3046                cd $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
3047                for file in $(ls *)
3048                do
3049                   ln $file $TEMPDIR/${localin[$i]}
3050                done
3051                cd $TEMPDIR
3052                got_tmp[$i]=true
3053             elif [[ -d "$WORK/${frelin[$i]}"  &&  $ignore_archive_error = true ]]
3054             then
3055                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" !"
3056                printf "\n  *** trying to use backup copy in \"$WORK\" "
3057                cp -r  $WORK/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
3058             else
3059                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" "
3060                printf "\n      or \"$tmp_data_catalog\" does not exist!"
3061                printf "\n  *** trying to get copy from archive"
3062                actionin[$i]=ar
3063             fi
3064          fi
3065       fi
3066
3067
3068          # DATEI LIEGT AUF ARCHIV-SERVER
3069       if [[ "${actionin[$i]}" = ar ]]
3070       then
3071
3072          if [[ $files_for_pes = false ]]
3073          then
3074             printf "\n      file will be restored from archive-system ($archive_system)!"
3075          else
3076             printf "\n      directory will be restored from archive-system ($archive_system)!"
3077          fi
3078
3079          file_restored=false
3080
3081          if [[ $archive_system = asterix ]]
3082          then
3083             do_stagein=true
3084             (( stagein_anz = 0 ))
3085             while [[ $do_stagein = true ]]
3086             do
3087                if [[ $files_for_pes = false ]]
3088                then
3089                   stagein  -O  ${frelin[$i]}  >  STAGEIN_OUTPUT
3090                else
3091                   stagein  -t  -O  ${frelin[$i]}  >  STAGEIN_OUTPUT
3092                fi
3093                cat  STAGEIN_OUTPUT
3094                if [[ $(grep -c "st.msg:i24"  STAGEIN_OUTPUT) != 0 ]]
3095                then
3096                   file_restored=true
3097                   do_stagein=false
3098                else
3099                   (( stagein_anz = stagein_anz + 1 ))
3100                   if (( stagein_anz == 10 ))
3101                   then
3102                      printf "\n  +++ stagein stoped after 10 tries"
3103                      locat=stage
3104                      exit
3105                   fi
3106                   printf "\n  +++ restoring from archive failed, trying again:"
3107                   sleep 900
3108                fi
3109             done
3110          elif [[ $archive_system = DMF ]]
3111          then
3112             if [[ $files_for_pes = false ]]
3113             then
3114                printf "\n  +++ restoring of single files impossible with $archive_system !\n"
3115                locat=DMF
3116                exit
3117             else
3118                find  $ARCHIVE/${frelin[$i]}  -type m  -print  |  dmget
3119                cp  -r $ARCHIVE/${frelin[$i]}  $PWD
3120                file_restored=true
3121             fi
3122          elif [[ $archive_system = tivoli ]]
3123          then
3124             if [[ $files_for_pes = false ]]
3125             then
3126                if [[ $localhost = lcsgih ]]
3127                then
3128                   ssh  $SSH_PORTOPT  $usern@hicedata.hlrn.de  "cp  $PERM/${frelin[$i]}  $PWD"
3129                else
3130                   ssh  $SSH_PORTOPT  $usern@bicedata.hlrn.de  "cp  $PERM/${frelin[$i]}  $PWD"
3131                fi
3132             else
3133                (( inode = 0 ))
3134                while (( inode < nodes ))
3135                do
3136                   if [[ $localhost = lcsgih ]]
3137                   then
3138                      ssh  $SSH_PORTOPT  $usern@hicedata.hlrn.de  "cd $PWD; tar  xf  $PERM/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar"
3139                   else
3140                      ssh  $SSH_PORTOPT  $usern@bicedata.hlrn.de  "cd $PWD; tar  xf  $PERM/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar"
3141                   fi
3142                   (( inode = inode + 1 ))
3143                done
3144             fi
3145             file_restored=true
3146          elif [[ $archive_system = ut ]]
3147          then
3148             if [[ $files_for_pes = false ]]
3149             then
3150                cp  $UT/${frelin[$i]}  .
3151             else
3152                (( inode = 0 ))
3153                while (( inode < nodes ))
3154                do
3155                   tar  xf  $UT/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar
3156                   (( inode = inode + 1 ))
3157                done
3158             fi
3159             file_restored=true
3160          else
3161             printf "\n  +++ archive_system=\"$archive_system\"   restore impossible!"
3162             locat=rearchive
3163             exit
3164          fi
3165
3166          if [[ $file_restored = true ]]
3167          then
3168
3169                # DATEI AUCH AUF TEMPORAERES DATENVERZEICHNIS LEGEN, DAMIT
3170                # SIE BEI WEITEREN ZUGRIFFEN NOCH VORHANDEN IST
3171             [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog; chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
3172             if [[ $files_for_pes = false ]]
3173             then
3174                ln  -f  ${frelin[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
3175             else
3176                mkdir  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
3177                ln  -f  ${frelin[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
3178             fi
3179             got_tmp[$i]=true
3180
3181                # DATEI UNTER LOKALEM NAMEN ZUR VERFUEGUNG STELLEN
3182             mv  ${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
3183
3184          fi
3185       fi
3186
3187
3188          # DATEI LIEGT IM VOM BENUTZER ANGEGEBENEN VERZEICHNIS
3189       if [[ "${actionin[$i]}" = ""  ||  "${actionin[$i]}" = "di"  ||  "${actionin[$i]}" = "npe" ]]
3190       then
3191
3192          if [[ "${actionin[$i]}" = "npe"  &&  -n $numprocs ]]
3193          then
3194
3195                # DATEI WIRD FUER DIE PROZESSOREN EINES PARALLERECHNERS BEREITGESTELLT
3196             printf "\n      file will be provided for $numprocs processors"
3197             mkdir  ${localin[$i]}
3198             ival=$numprocs
3199             (( ii = 0 ))
3200             while (( ii <= ival-1 ))
3201             do
3202                if (( ii < 10 ))
3203                then
3204                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_000$ii
3205                elif (( ii < 100 ))
3206                then
3207                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_00$ii
3208                elif (( ii < 1000 ))
3209                then
3210                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_0$ii
3211                else
3212                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_$ii
3213                fi
3214                (( ii = ii + 1 ))
3215             done
3216
3217          else
3218
3219             if [[ $files_for_pes = true ]]
3220             then
3221
3222                   # DIE DEN PROZESSOREN EINES PARALLELRECHNERS ZUGEHOERIGEN
3223                   # DATEIEN WERDEN BEREITGESTELLT, INDEM ZUERST DER GESAMTE
3224                   # KATALOGINHALT KOPIERT UND DANN DIE EINZELNEN DATEIEN
3225                   # PER MOVE UMBENANNT WERDEN
3226                printf "\n      providing $numprocs files for the respective processors"
3227                mkdir  ${localin[$i]}
3228                if [[ $link_local_input = true ]]
3229                    then
3230                    printf "      using ln -f\n"
3231                    cd ${absnamein[$i]}
3232                    for file in $(ls *)
3233                      do
3234                      ln -f $file  ${localin[$i]}
3235                    done
3236                    cd $TEMPDIR
3237                fi
3238                # If "ln -f" fails of if "$link_local_input = false" do a normal "cp -r"
3239                if [[ ! -f "${localin[$i]}/_0000" ]]
3240                    then
3241                    if [[ $link_local_input = true ]]
3242                        then
3243                        printf "      ln failed for .../_0000, using cp...\n"
3244                    fi
3245                    cp -r  ${absnamein[$i]}/*  ${localin[$i]}
3246                fi
3247
3248             else
3249                   # BEREITSTELLUNG AUF EINPROZESSORRECHNERN
3250                if [[ $link_local_input = true ]]
3251                then
3252                    printf "      using ln -f\n"
3253                    ln -f  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
3254                fi
3255                # If "ln -f" fails of if "$link_local_input = false" do a normal "cp"
3256                if [[ ! -f "${localin[$i]}" ]]
3257                then
3258                    if [[ $link_local_input = true ]]
3259                    then
3260                        printf "      ln failed, using cp...\n"
3261                    fi
3262                    cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
3263                fi
3264             fi
3265          fi
3266       fi
3267
3268    done
3269    if (( i != 0 ))
3270    then
3271       printf "\n$striche\n  *** all INPUT-files provided \n"
3272    fi
3273
3274
3275       # EVENTUELLE INPUT-KOMMANDOS ABARBEITEN
3276    (( i = 0 ))
3277    while (( i < iic ))
3278    do
3279       (( i = i + 1 ))
3280       if (( i == 1 ))
3281       then
3282          printf "\n\n  *** execution of INPUT-commands:\n$striche"
3283       fi
3284       printf "\n  >>> ${in_command[$i]}"
3285       eval  ${in_command[$i]}
3286       if (( i == iic ))
3287       then
3288          printf "\n$striche\n"
3289       fi
3290    done
3291
3292
3293       # VERBLEIBENDE CPU-ZEIT BERECHNEN
3294    cpurest=${cpumax}.
3295
3296
3297       # START DVR STREAMING SERVER
3298    if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
3299    then
3300       if [[ "$dvr_server" != "" ]]
3301       then
3302
3303          printf "\n\n  *** preparing the dvr streaming server configuration file"
3304
3305             # Check, if a dvr server is already running
3306          running_dvrserver_id=`echo $(ps -edaf | grep .dvrserver.config | grep -v grep) | cut -d" " -f2`
3307          if [[ "$running_dvrserver_id" != "" ]]
3308          then
3309
3310             printf "\n\n  +++ WARNING: A dvr server with id=$running_dvrserver_id is already running!"
3311             printf "\n      This server is used instead starting a new one!"
3312             printf "\n      If required, script \"process_dvr_output\" has to be run manually."
3313
3314          else
3315
3316                # COPY CONFIGURATION FILE FOR STREAMING SERVER FROM REPOSITORY TO HERE
3317             if [[ -f ${PALM_BIN}/.dvrserver.config ]]
3318             then
3319                cp  ${PALM_BIN}/.dvrserver.config  .
3320
3321                   # Entering the BASEDIR, UID and GID into this file
3322                user_id=`id -u`
3323                group_id=`id -g`
3324                   # & is needed as seperator, because TEMPDIR contains /
3325                sed "s&<replace by dvr data directory>&${TEMPDIR}&g" .dvrserver.config > .dvrserver.1
3326                sed "s/<replace by user id>/$user_id/g"    .dvrserver.1 > .dvrserver.2
3327                sed "s/<replace by group id>/$group_id/g"  .dvrserver.2 > .dvrserver.3
3328                mv  .dvrserver.3  .dvrserver.config
3329                rm  .dvrserver.1  .dvrserver.2
3330
3331                   # Start dvr server in background, get his id and print on terminal
3332                $dvr_server  .dvrserver.config  >>  DVR_LOGFILE  2>&1  &
3333                dvrserver_id=`echo $(ps -edaf | grep .dvrserver.config) | cut -d" " -f2`
3334                printf "\n  *** streaming server with id=$dvrserver_id is started in background"
3335                local_dvrserver_running=.TRUE.
3336             else
3337                printf "\n  +++ missing file \".dvrserver.config\" in directory:"
3338                printf "\n      \"$PALM_BIN\" "
3339                locat=dvr
3340                exit
3341             fi
3342
3343          fi
3344
3345       else
3346          printf "\n\n  --- INFORMATIVE: no dvr streaming server will be started"
3347       fi
3348    fi
3349
3350
3351       # NAMELIST-DATEI MIT WERTEN VON ENVIRONMENT-VARIABLEN ERZEUGEN (ZU
3352       # LESEN VON PALM)
3353    cat  >  ENVPAR  <<  %%END%%
3354 &envpar  run_identifier = '$fname', host = '$localhost',
3355          write_binary = '$write_binary', tasks_per_node = $tasks_per_node,
3356          maximum_parallel_io_streams = $maximum_parallel_io_streams,
3357          maximum_cpu_time_allowed = ${cpumax}.,
3358          revision = '$global_revision',
3359          local_dvrserver_running = $local_dvrserver_running /
3360
3361%%END%%
3362
3363
3364       # PROGRAMMSTART
3365    printf "\n\n  *** execution starts in directory\n      \"`pwd`\"\n$striche\n"
3366    PATH=$PATH:$TEMPDIR
3367
3368       # MPI debug option (argument checking, slows down execution due to increased latency)
3369    if [[ "$mpi_debug" = true ]]
3370    then
3371       export MPI_CHECK_ARGS=1
3372       printf "\n  +++ MPI_CHECK_ARGS=$MPI_CHECK_ARGS"
3373    fi
3374
3375    if [[ "$totalview" = true ]]
3376    then
3377       printf "\n *** totalview debugger will be used"
3378       tv_opt="-tv"
3379    else
3380       tv_opt=""
3381    fi
3382
3383    if [[ "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ]]
3384    then
3385       if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
3386       then
3387          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-5) != lcsgi ]]
3388          then
3389             printf "\n  +++ debug is allowed in interactive mode only"
3390             locat=debug
3391             exit
3392          fi
3393       fi
3394       if [[ $localhost = ibmh ]]
3395       then
3396
3397             # SETUP THE IBM MPI ENVIRONMENT
3398          export MP_SHARED_MEMORY=yes
3399          export AIXTHREADS_SCOPE=S
3400          export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3401          export AUTHSTATE=files
3402          export XLFRTEOPTS="nlwidth=132:err_recovery=no"    # RECORD-LENGTH OF NAMELIST-OUTPUT
3403
3404             # FOLLOWING OPTIONS ARE MANDATORY FOR TOTALVIEW
3405          export MP_ADAPTER_USE=shared
3406          export MP_CPU_USE=multiple
3407          export MP_TIMEOUT=1200
3408
3409          unset  MP_TASK_AFFINITY
3410
3411             # SO FAR, TOTALVIEW NEEDS HOSTFILE MECHANISM FOR EXECUTION
3412          #(( ii = 1 ))
3413          #while (( ii <= $numprocs ))
3414          #do
3415          #   echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3416          #   (( ii = ii + 1 ))
3417          #done
3418          #export MP_HOSTFILE=hostfile
3419
3420          if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
3421          then
3422             totalview   poe  a.out  $ROPTS
3423          else
3424             echo totalview   poe  -a a.out  -procs $numprocs  -rmpool 0  -nodes 1   $ROPTS
3425             export TVDSVRLAUNCHCMD=ssh
3426             totalview   poe  -a a.out  -procs $numprocs  -rmpool 0  -nodes 1   $ROPTS
3427          fi
3428       elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-5) = lcsgi ]]
3429       then
3430             # CURRENTLY NO DEBUGGER ON LCSGI
3431          if [[ $run_coupled_model = true ]]
3432          then
3433             printf "\n  +++ no debug in coupled mode available on \"$localhost\" "
3434             locat=debug
3435             exit
3436          else
3437             echo "no_coupling"  >  runfile_atmos
3438          fi
3439          (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3440          export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3441          echo "OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"
3442          if [[ $threads_per_task != 1 ]]
3443          then
3444             printf "\n      threads per task: $threads_per_task"
3445          fi
3446          printf "\n\n"
3447          if [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mpt ]]
3448          then
3449#             export MPI_LAUNCH_TIMEOUT=360
3450             if [[ "$totalview" = true ]]
3451             then
3452                printf "\n     running totalview debugger"
3453                mpiexec_mpt $tv_opt -n $ii   ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3454             else
3455                mpiexec_mpt -np $ii   ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3456             fi
3457          elif [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mva ]]
3458          then
3459#             ulimit -s 300000   # A too large stack size causes problems
3460#             export MV2_NUM_PORTS=2
3461#             export MV2_CPU_MAPPING=0:1:2:3
3462             if [[ "$totalview" = true ]]
3463             then
3464                printf "\n     running totalview debugger"
3465                mpiexec $tv_opt ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3466             else
3467                mpiexec    ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3468             fi
3469          fi
3470       else
3471          printf "\n  +++ no debug available on \"$localhost\" "
3472          printf "\n      or not implemented in mrun so far"
3473          locat=debug
3474          exit
3475       fi
3476
3477       # end debug mode
3478    else
3479
3480          # normal execution
3481       if [[ -n $numprocs ]]
3482       then
3483             # RUNNING THE PROGRAM ON PARALLEL MACHINES
3484          if [[ $(echo $host | cut -c1-3) = ibm ]]
3485          then
3486                # SETUP THE IBM MPI ENVIRONMENT
3487             if [[ $host != ibmh  &&  $host != ibmkisti ]]
3488             then
3489                export MP_SHARED_MEMORY=yes
3490                export AIXTHREAD_SCOPE=S
3491                export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3492                export XLSMPOPTS="spins=0:yields=0:stack=20000000"
3493                export AUTHSTATE=files
3494                export XLFRTEOPTS="nlwidth=132:err_recovery=no"    # RECORD-LENGTH OF NAMELIST-OUTPUT
3495                #  export MP_PRINTENV=yes
3496
3497                   # TUNING-VARIABLEN ZUR VERBESSERUNG DER KOMMUNIKATION
3498                   # ZEIGEN ABER DERZEIT (SEP 04, FEDERATION) KAUM WIRKUNG
3499                export MP_WAIT_MODE=poll
3500                [[ $node_usage = not_shared ]]  &&  export MP_SINGLE_THREAD=yes
3501             fi
3502
3503             if [[ $host = ibmkisti ]]
3504             then
3505                export LANG=en_US
3506                export MP_SHARED_MEMORY=yes
3507                if [[ $threads_per_task = 1 ]]
3508                then
3509                   export MP_SINGLE_THREAD=yes
3510                   export MEMORY_AFFINITY=MCM
3511                else
3512                   export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3513                fi
3514             fi
3515
3516             if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
3517             then
3518                printf "\n--- Control: OMP_NUM_THREADS = \"$OMP_NUM_THREADS\" \n"
3519                if [[ "$cond1" = hpmcount  ||  "$cond2" = hpmcount ]]
3520                then
3521                   /opt/optibm/HPM_2_4_1/bin/hpmcount  a.out  $ROPTS
3522                else
3523                   if [[ $run_coupled_model = false ]]
3524                   then
3525                      if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3526                      then
3527                         echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3528                      else
3529                         echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3530                      fi
3531                   else
3532                      (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3533                      (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3534                      printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3535                      printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3536                      printf "\n\n"
3537                      echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3538                   fi
3539                   poe ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos
3540                fi
3541             else
3542                if [[ $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibms ]]
3543                then
3544                   poe  a.out  -procs $numprocs  -nodes 1  -rmpool 0  $ROPTS
3545                elif [[ $localhost = ibmkisti  ||  $localhost = ibmku  ||  $localhost = ibmy ]]
3546                then
3547                   if [[ -f $hostfile ]]
3548                   then
3549                      cp  $hostfile  hostfile
3550                   else
3551                      (( ii = 1 ))
3552                      while (( ii <= $numprocs ))
3553                      do
3554                         echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3555                         (( ii = ii + 1 ))
3556                      done
3557                   fi
3558                   export MP_HOSTFILE=hostfile
3559                   if [[ $run_coupled_model = false ]]
3560                   then
3561                      if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3562                      then
3563                         echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3564                      else
3565                         echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3566                      fi
3567                   else
3568                      (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3569                      (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3570                      printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3571                      printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3572                      printf "\n\n"
3573                      echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3574                   fi
3575                   if [[ $localhost = ibmy ]]
3576                   then
3577                      ./a.out  -procs $tasks_per_node  $ROPTS  <  runfile_atmos
3578                   else
3579                      poe  ./a.out  -procs $numprocs $ROPTS  <  runfile_atmos
3580                   fi
3581
3582                else
3583                   if [[ "$host_file" = "" ]]
3584                   then
3585                      printf "\n  +++ no hostfile given in configuration file"
3586                      locat=config_file
3587                      exit
3588                   else
3589                      eval host_file=$host_file
3590                   fi
3591                   export MP_HOSTFILE=$host_file
3592                   poe  a.out  -procs $numprocs  -tasks_per_node $numprocs  $ROPTS
3593                fi
3594             fi
3595          elif [[ $host = nech  ||  $host = necriam ]]
3596          then
3597             (( ii = nodes ))
3598             if [[ $ii = 1 ]]
3599             then
3600                export F_ERRCNT=0        # acceptable number of errors before program is stopped
3601                export MPIPROGINF=YES
3602                #  export F_TRACE=YES|FMT1|FMT2  # output of ftrace informations to job protocol
3603                echo "*** execution on single node with mpirun"
3604                mpirun  -np $numprocs  ./a.out  $ROPTS
3605             else
3606                (( i = 0 ))
3607                while (( i < ii ))
3608                do
3609                   echo "-h $i  -p $tasks_per_node  -e ./mpi_exec_shell"  >>  multinode_config
3610                   (( i = i + 1 ))
3611                done
3612
3613                echo "#!/bin/sh"                         >   mpi_exec_shell
3614                echo " "                                 >>  mpi_exec_shell
3615                echo "set -u"                            >>  mpi_exec_shell
3616                echo "F_ERRCNT=0"                        >>  mpi_exec_shell
3617                echo "MPIPROGINV=YES"                    >>  mpi_exec_shell
3618                echo "OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task" >>  mpi_exec_shell
3619                echo "cpurest=$cpurest"                  >>  mpi_exec_shell
3620                echo "fname=$fname"                      >>  mpi_exec_shell
3621                echo "localhost=$localhost"              >>  mpi_exec_shell
3622                echo "return_addres=$return_addres"      >>  mpi_exec_shell
3623                echo "return_username=$return_username"  >>  mpi_exec_shell
3624                echo "tasks_per_node=$tasks_per_node"    >>  mpi_exec_shell
3625                echo "write_binary=$write_binary"        >>  mpi_exec_shell
3626                echo "use_seperate_pe_for_dvrp_output=$use_seperate_pe_for_dvrp_output"  >>  mpi_exec_shell
3627                echo "  "                                >>  mpi_exec_shell
3628                echo "export F_ERRCNT"                   >>  mpi_exec_shell
3629                echo "export MPIPROGINV"                 >>  mpi_exec_shell
3630                echo "export OMP_NUM_THREADS"            >>  mpi_exec_shell
3631                echo "export cpurest"                    >>  mpi_exec_shell
3632                echo "export fname"                      >>  mpi_exec_shell
3633                echo "export localhost"                  >>  mpi_exec_shell
3634                echo "export return_addres"              >>  mpi_exec_shell
3635                echo "export return_username"            >>  mpi_exec_shell
3636                echo "export tasks_per_node"             >>  mpi_exec_shell
3637                echo "export write_binary"               >>  mpi_exec_shell
3638                echo "export use_seperate_pe_for_dvrp_output"  >>  mpi_exec_shell
3639                echo " "                                 >>  mpi_exec_shell
3640                echo "exec  ./a.out"                     >>  mpi_exec_shell
3641
3642                chmod u+x  mpi_exec_shell
3643                export MPIPROGINF=YES
3644                mpirun  -f multinode_config  &
3645                wait
3646
3647             fi
3648          elif [[ $(echo $host | cut -c1-2) = lc  &&  $host != lckyoto &&  $host != lctit ]]
3649          then
3650
3651                # COPY HOSTFILE FROM SOURCE DIRECTORY OR CREATE IT, IF IT
3652                # DOES NOT EXIST
3653             if [[  $host != lccrayb  &&$host != lccrayf  &&  $host != lcsgih  &&  $host != lcsgib  &&  $host != lckyuh  &&  $host != lckyut ]]
3654             then
3655                if [[ -f $hostfile ]]
3656                then
3657                   cp  $hostfile  hostfile
3658                   (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3659                else
3660                   (( ii = 1 ))
3661                   while (( ii <= $numprocs / $threads_per_task ))
3662                   do
3663                      echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3664                      (( ii = ii + 1 ))
3665                   done
3666                fi
3667                eval zeile=\"`head -n $ii  hostfile`\"
3668                printf "\n  *** running on: $zeile"
3669             fi
3670
3671             (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3672             export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3673             # echo "*** OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"
3674             if [[ $threads_per_task != 1 ]]
3675             then
3676                   # increase stack size to unlimited, because large runs
3677                   # may abort otherwise
3678                ulimit -Ss unlimited
3679                printf "\n      threads per task: $threads_per_task  stacksize: unlimited"
3680             fi
3681             if [[ $run_coupled_model = false ]]
3682             then
3683                if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3684                then
3685                   echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3686                else
3687                   echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3688                fi
3689                printf "\n\n"
3690                if [[ $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib ]]
3691                then
3692                   if [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mpt ]]
3693                   then
3694                          # MPI_DSM_DISTRIBUTE not necessary when MPI_DSM_CPULIST is set
3695                          # export MPI_DSM_DISTRIBUTE=1
3696                          # MPI_DSM_CPULIST: pin MPI processes to cores
3697                      if [[ $use_openmp = false ]]
3698                      then
3699                         if [[ "$sgi_feature" = ice2 ]]
3700                         then
3701                            export MPI_DSM_CPULIST="0,4,1,5,2,6,3,7:allhosts"
3702                         else
3703                            export MPI_DSM_CPULIST="0,1,4,5,2,3,6,7:allhosts"
3704                         fi
3705                      else
3706                         unset MPI_DSM_CPULIST
3707                      fi
3708                          # MPI_IB_RAILS: use both IB rails on ICE2
3709                      export MPI_BUFS_PER_HOST=512
3710                      export MPI_IB_RAILS=2
3711                          # NECESSARY, IF MORE THAN 4096 PEs ARE USED
3712                      export MPI_CONNECTIONS_THRESHOLD=8192
3713                  #    echo "*** MPI_DSM_CPULIST=$MPI_DSM_CPULIST"
3714                      export MPI_TYPE_DEPTH=20
3715                  #    echo "*** MPI_TYPE_DEPTH=$MPI_TYPE_DEPTH"
3716                      export MPI_GROUP_MAX=64
3717                  #    echo "*** MPI_GROUP_MAX=$MPI_GROUP_MAX"
3718                      if [[ $use_openmp = true ]]
3719                      then
3720                         echo " mpiexec -npernode $tasks_per_node  ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos"
3721                         mpiexec -npernode $tasks_per_node $tv_opt ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos
3722                      else
3723                         mpiexec_mpt -np $ii $tv_opt  ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3724                      fi
3725
3726                          # next is test for openmp usage
3727                  #     echo "mpiexec -npernode $tasks_per_node  ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos"
3728                  #     mpiexec -npernode $tasks_per_node  ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3729                   elif [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mva ]]
3730                   then
3731                      export MV2_NUM_PORTS=2
3732                      #  The default setting of MV2_CPU_MAPPING gives best results
3733                      # export MV2_ENABLE_AFFINITY=1
3734                      #  export MV2_CPU_MAPPING=0,1,4,5,2,3,6,7
3735               #       if [[ "$sgi_feature" = ice2 ]]
3736               #       then
3737               #          export MV2_CPU_MAPPING=0,4,1,5,2,6,3,7
3738               #       else
3739               #          export MV2_CPU_MAPPING=0,1,4,5,2,3,6,7
3740               #       fi
3741                      if [[ $use_openmp = true ]]
3742                      then
3743                         unset MV2_CPU_MAPPING
3744                         export MV2_ENABLE_AFFINITY=0
3745                      fi
3746                      echo "*** MV2_CPU_MAPPING=$MV2_CPU_MAPPING"
3747                      echo "*** MV2_ENABLE_AFFINITY=$MV2_ENABLE_AFFINITY"
3748                      if [[ $use_openmp = true ]]
3749                      then
3750                         echo " mpiexec -npernode $tasks_per_node  ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos"
3751                         mpiexec -npernode $tasks_per_node $tv_opt ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos
3752                      else
3753                         mpiexec -np $ii $tv_opt ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3754                      fi
3755                   elif [[ "$mpilib" = impi ]]
3756                   then
3757                      echo "mpirun -np $ii inspxe-cl -r result -collect mi3 -- ./a.out  <  runfile_atmos"
3758                      mpirun -np $ii inspxe-cl -r result -collect mi3 -- ./a.out  <  runfile_atmos
3759                   fi
3760                elif [[ $host = lccrayb ]]
3761                then
3762                    echo "--- aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  $ROPTS  < runfile_atmos"
3763                    aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3764#                    aprun  -n $ii  -ss  -r2  -j1  a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3765                elif [[ $host = lccrayf ]]
3766                then
3767                    aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  -m ${memory}M  a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3768                elif [[ $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3769                then
3770                    aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3771                elif [[ $host = lcflow ]]
3772                then
3773                   mpirun -bootstrap sge -np $ii  -env I_MPI_FABRICS shm:ofa a.out  < runfile_atmos  $ROPTS
3774                elif [[ $host = lcsb ]]
3775                then
3776                   mpirun_rsh -hostfile $PBS_NODEFILE -np `cat $PBS_NODEFILE | wc -l` a.out  < runfile_atmos  $ROPTS
3777                elif [[ $host = lckiaps ]]
3778                then
3779                   mpirun -np $ii  -f $PBS_NODEFILE  a.out  <  runfile_atmos  $ROPTS
3780                elif [[ $host = lckyu* ]]
3781                then
3782                   mpiexec -n $ii --stdin runfile_atmos  ./a.out  $ROPTS
3783                else
3784                   mpiexec  -machinefile hostfile  -n $ii  a.out  <  runfile_atmos  $ROPTS
3785                fi
3786             else
3787
3788                    # currently there is no full MPI-2 support on ICE and XT4
3789                (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3790                (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3791                printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3792                printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3793                printf "\n\n"
3794
3795                if [[ $coupled_mode = "mpi2" ]]
3796                then
3797                   echo "atmosphere_to_ocean $iia $iio"  >  runfile_atmos
3798                   echo "ocean_to_atmosphere $iia $iio"  >  runfile_ocean
3799                   if [[ $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib ]]
3800                   then
3801
3802                      if [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mpt ]]
3803                      then
3804#                         export MPI_LAUNCH_TIMEOUT=360
3805                         mpiexec_mpt -np $iia  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos &
3806                         mpiexec_mpt -np $iio  ./a.out  $ROPTS < runfile_ocean &
3807                      elif [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mva ]]
3808                      then
3809#                         ulimit -s 300000   # A too large stack size causes problems
3810#                         export MV2_NUM_PORTS=2
3811#                         export MV2_CPU_MAPPING=0:1:2:3
3812                         mpiexec -n $iia  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos &
3813                         mpiexec -n $iio  ./a.out  $ROPTS < runfile_ocean &
3814                      fi
3815
3816                   elif [[ $host = lccrayf  ||  $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3817                   then
3818
3819                      aprun  -n $iia  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_atmos  $ROPTS  &
3820                      aprun  -n $iio  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_ocean  $ROPTS  &
3821
3822                   else
3823                          # WORKAROUND BECAUSE mpiexec WITH -env option IS NOT AVAILABLE ON SOME SYSTEMS
3824                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iia  a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos &
3825                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iio  a.out  $ROPTS  <  runfile_ocean &
3826#                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iia  -env coupling_mode atmosphere_to_ocean  a.out  $ROPTS  &
3827#                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iio  -env coupling_mode ocean_to_atmosphere  a.out  $ROPTS  &
3828                   fi
3829                   wait
3830
3831                else
3832
3833                   echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3834                   if [[ $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib ]]
3835                   then
3836
3837                      if [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mpt ]]
3838                      then
3839#                         export MPI_LAUNCH_TIMEOUT=360
3840                         mpiexec_mpt -np $ii  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos
3841                      elif [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mva ]]
3842                      then
3843#                         ulimit -s 300000   # A too large stack size causes problems
3844#                         export MV2_NUM_PORTS=2
3845#                         export MV2_CPU_MAPPING=0:1:2:3
3846                         mpiexec  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos
3847                      fi
3848
3849                   elif [[ $host = lccrayf  ||  $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3850                   then
3851
3852                      aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_atmos  $ROPTS
3853
3854                   elif [[ $host = lck || $host = lckordi ]]
3855                   then
3856
3857                      mpiexec -n $ii  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos &
3858
3859                   elif [[ $host = lckyu* ]]
3860                   then
3861
3862                      mpiexec -n $ii --stdin runfile_atmos  ./a.out  $ROPTS
3863
3864                   fi
3865                   wait
3866                fi
3867
3868             fi
3869          elif [[ $host = lckyoto ]]
3870          then
3871             set -xv
3872             export P4_RSHCOMMAND=plesh
3873             echo "     P4_RSHCOMMAND = $P4_RSHCOMMAND"
3874             if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
3875             then
3876                if [[ "$cond2" = fujitsu ]]
3877                then
3878                   mpiexec  -n $numprocs  ./a.out  $ROPTS  # for fujitsu-compiler
3879                elif [[ "cond2" = pgi ]]
3880                then
3881                   mpirun  -np $numprocs  -machinefile ${QSUB_NODEINF}  ./a.out  $ROPTS
3882                else
3883                   mpirun_rsh -np $numprocs -hostfile ${QSUB_NODEINF} MV2_USE_SRQ=0 ./a.out ${ROPTS} || /bin/true
3884                fi
3885             else
3886                if [[ "$cond2" = "" ]]
3887                then
3888                   mpiruni_rsh -np $numprocs ./a.out  $ROPTS  # for intel
3889                else
3890                   mpirun  -np $numprocs  ./a.out  $ROPTS
3891                fi
3892             fi
3893             set +xv
3894          elif [[ $host = lctit ]]
3895          then
3896             export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3897             echo "OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"
3898             if [[ "$threads_per_task" != 1 ]]
3899             then
3900                export MV2_ENABLE_AFFINITY=0
3901             fi
3902             echo "----- PBS_NODEFILE content:"
3903             cat $PBS_NODEFILE
3904             echo "-----"
3905             (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3906             echo "mpirun  -np $ii  -hostfile $PBS_NODEFILE ./a.out  $ROPTS"
3907             mpirun  -np $ii  -hostfile $PBS_NODEFILE ./a.out  $ROPTS
3908          else
3909             mpprun  -n $numprocs  a.out  $ROPTS
3910          fi
3911          [[ $? != 0 ]]  &&  execution_error=true
3912
3913
3914             # PERFORMANCE-AUSWERTUNG MIT APPRENTICE
3915          if [[ "$cond1" = apprentice  ||  "$cond2" = apprentice ]]
3916          then
3917             apprentice
3918          fi
3919       else
3920          a.out  $ROPTS
3921       fi
3922    fi
3923    if [[ $? != 0  ||  $execution_error = true ]]
3924    then
3925
3926          # ABBRUCH BEI LAUFZEITFEHLER
3927#       [[ ! ( "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ) ]]  &&  cat  aout_output*
3928       printf "\n  +++ runtime error occured"
3929       locat=execution
3930       exit
3931    else
3932#       [[ ! ( "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ) ]]  &&  cat  aout_output*
3933       printf "\n$striche\n  *** execution finished \n"
3934
3935          # Stop the dvr streaming server and process the dvr output in order
3936          # to create dvrs- and html-files containing all streams
3937       if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
3938       then
3939          kill $dvrserver_id
3940          printf "\n  *** dvr server with id=$dvrserver_id has been stopped"
3941
3942             # If there is a directory, data have been output by the
3943             # streaming server. Otherwise, user has chosen dvrp_output=local
3944          if [[ -d DATA_DVR ]]
3945          then
3946
3947                # Add the current dvr configuration file to the dvr output
3948                # directory
3949             cp  .dvrserver.config  DATA_DVR
3950
3951                # Process the dvr output (option -s for also generating
3952                # sequence mode data)
3953             process_dvr_output  -d DATA_DVR  -f $fname  -s
3954
3955          else
3956
3957                # Process the local output
3958             process_dvr_output  -l  -d DATA_DVR  -f $fname
3959
3960          fi
3961
3962       elif [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
3963       then
3964
3965             # Process dvr output generated in local mode (dvrp_output=local)
3966          process_dvr_output  -l  -d DATA_DVR  -f $fname
3967
3968       fi
3969    fi
3970
3971
3972
3973       # Call of combine_plot_fields in order to merge single files written
3974       # by each PE into one file.
3975   if [[ ! -f ${PALM_BIN}/combine_plot_fields${block}.x ]]
3976   then
3977      printf "\n\n\n  +++ WARNING: no combine_plot_fields found for given block \"$cond1 $cond2\""
3978      printf "\n      2d- and/or 3d-data may be incomplete!"
3979      printf "\n      Run \"mbuild -u -h $localhost\" to generate utilities for this block.\n"
3980   elif [[ "$combine_plot_fields" == true ]]
3981   then
3982      if [[ $localhost = lccrayh  ||  $localhost = lccrayb ]]
3983      then
3984         printf "\n\n\n *** post-processing: now executing \"aprun  -n 1  -N 1 combine_plot_fields${block}.x\" ..."
3985         aprun  -n 1  -N 1 combine_plot_fields${block}.x #$ROPTS < runfile_atmos
3986      else
3987         printf "\n\n\n *** post-processing: now executing \"combine_plot_fields${block}.x\" ..."
3988         combine_plot_fields${block}.x
3989      fi
3990   else
3991#     Temporary solution to skip combine_plot_fields. This is necessary in case of huge amount of
3992#     data output. To do: extend this branch by creating a batch job for combine_plot_fields.
3993      printf "\n\n\n *** post-processing: skipping combine_plot_fields (-Z option set) ..."
3994   fi
3995
3996
3997
3998       # EVENTUELLE OUTPUT-KOMMANDOS ABARBEITEN
3999    (( i = 0 ))
4000    while (( i < ioc ))
4001    do
4002       (( i = i + 1 ))
4003       if (( i == 1 ))
4004       then
4005          printf "\n\n  *** execution of OUTPUT-commands:\n$striche"
4006       fi
4007       printf "\n  >>> ${out_command[$i]}"
4008       eval  ${out_command[$i]}
4009       if (( i == ioc ))
4010       then
4011          printf "\n$striche\n"
4012       fi
4013    done
4014
4015
4016       # EVTL. INHALT DES AKTUELLEN VERZEICHNISSES AUSGEBEN
4017    if [[ $do_trace = true ]]
4018    then
4019       printf "\n\n"
4020       ls -al
4021    fi
4022
4023
4024
4025       # OUTPUT-DATEIEN AN IHRE ZIELORTE KOPIEREN
4026    (( i = 0 ))
4027    while (( i < iout ))
4028    do
4029       (( i = i + 1 ))
4030       if (( i == 1 ))
4031       then
4032          printf "\n\n  *** saving OUTPUT-files:\n$striche"
4033       fi
4034
4035          # PRUEFEN, OB EINZELDATEI ODER DATEI PRO PROZESSOR
4036       files_for_pes=false; filetyp=file
4037       if [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  -n $numprocs ]]
4038       then
4039          files_for_pes=true; filetyp=directory
4040          actionout[$i]=""
4041       elif [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  ! -n $numprocs ]]
4042       then
4043          actionout[$i]=""
4044       elif [[ "${actionout[$i]}" = arpe  &&  -n $numprocs ]]
4045       then
4046          files_for_pes=true; filetyp=directory
4047          actionout[$i]="ar"
4048       elif [[ "${actionout[$i]}" = arpe  &&  ! -n $numprocs ]]
4049       then
4050          actionout[$i]="ar"
4051       elif [[ "${actionout[$i]}" = flpe  &&  -n $numprocs ]]
4052       then
4053          files_for_pes=true; filetyp=directory
4054          actionout[$i]="fl"
4055       elif [[ "${actionout[$i]}" = flpe  &&  ! -n $numprocs ]]
4056       then
4057          actionout[$i]="fl"
4058       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  -n $numprocs ]]
4059       then
4060          files_for_pes=true; filetyp=directory
4061          actionout[$i]="tr"
4062       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  ! -n $numprocs ]]
4063       then
4064          actionout[$i]="tr"
4065       fi
4066
4067       if [[ ! -f ${localout[$i]}  &&  $files_for_pes = false ]]
4068       then
4069          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}  does not exist\n"
4070       elif [[ ! -d ${localout[$i]}  &&  $files_for_pes = true ]]
4071       then
4072          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}/....  does not exist\n"
4073       else
4074
4075
4076             # KOPIEREN PER FTP/SCP (IMMER IM BINAERMODUS, -M: FALLS ZIELKATALOG
4077             # NICHT VORHANDEN, WIRD VERSUCHT, IHN ANZULEGEN), ABER NUR BEI
4078             # REMOTE-RECHNUNGEN
4079          if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
4080          then
4081             if [[ $localhost != $fromhost ]]
4082             then
4083                if [[ $files_for_pes = false ]]
4084                then
4085                   cps=""
4086                   cst=""
4087                else
4088                   cps=-c
4089                   cst="/"
4090                fi
4091                if [[ $localhost = nech ]]
4092                then
4093
4094                      # TRANSFER IN EIGENSTAENDIGEM JOB
4095                      # ZUERST KOPIE DER DATEI INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
4096                   [[ ! -d $tmp_data_catalog/TRANSFER ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog/TRANSFER
4097                   file_to_transfer=${fname}_${localout[$i]}_to_transfer_$kennung
4098                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4099                   then
4100                      ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
4101                   else
4102                      mkdir  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
4103                      ln  ${localout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
4104                   fi
4105
4106                   echo "set -x"                                    >    transfer_${localout[$i]}
4107                   echo "cd  $tmp_data_catalog/TRANSFER"            >>   transfer_${localout[$i]}
4108
4109                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}$cst  by SCP in seperate job to"
4110                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}$cst"
4111                   printf "\n              or higher cycle\n"
4112                   echo "batch_scp $PORTOPT $cps -b -m -u $return_username $return_addres  $file_to_transfer \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"  >>  transfer_${localout[$i]}
4113
4114                   echo "[[ \$? = 0 ]]  &&  rm  $file_to_transfer"  >>  transfer_${localout[$i]}
4115
4116                   if [[ $localhost = nech ]]
4117                   then
4118                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 900  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
4119                   else
4120                      if [[ "$LOGNAME" = b323013 ]]
4121                      then
4122                         subjob  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
4123                      else
4124                         subjob  -d  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
4125                      fi
4126                   fi
4127
4128                else
4129
4130                      # TRANSFER INNERHALB DIESES JOBS
4131                   transfer_failed=false
4132                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}$cst  by SCP to"
4133                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}$cst\n"
4134                   if [[ $localhost = lccrayb ]]
4135                   then
4136                      ssh $usern@blogin1 "cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT $cps -b -m -u $return_username $return_addres  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
4137                   else
4138                      batch_scp $PORTOPT $cps -b -m -u $return_username $return_addres  ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
4139                   fi
4140                   [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
4141
4142                      # BEI FEHLGESCHLAGENEM TRANSFER SICHERUNGSKOPIE AUF
4143                      # LOKALER MASCHINE ANLEGEN
4144                   if [[ $transfer_failed = true ]]
4145                   then
4146                      printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on the local host under:\n"
4147                      printf "      ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung\n"
4148
4149                         # ERSTMAL PRUEFEN, OB VERZEICHNIS EXISTIERT. GEGEBENENFALLS
4150                         # ANLEGEN.
4151                      eval  local_catalog=${pathout[$i]}
4152                      if [[ ! -d $local_catalog ]]
4153                      then
4154                         printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
4155                         printf "      $local_catalog \n"
4156                         mkdir -p  $local_catalog
4157                      fi
4158                      eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung
4159                      transfer_problems=true
4160                   fi
4161                fi
4162             else
4163
4164                   # WERTZUWEISUNG, SO DASS WEITER UNTEN NUR KOPIERT WIRD
4165                actionout[$i]=""
4166             fi
4167          fi
4168
4169
4170             # APPEND PER FTP/SCP (IMMER IM BINAERMODUS, -M: FALLS ZIELKATALOG
4171             # NICHT VORHANDEN, WIRD VERSUCHT, IHN ANZULEGEN), ABER NUR BEI
4172             # REMOTE-RECHNUNGEN
4173          if [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
4174          then
4175             if [[ $localhost != $fromhost ]]
4176             then
4177                if [[ $localhost = ibmh  ||  $localhost = nech ]]
4178                then
4179
4180                      # TRANSFER IN EIGENSTAENDIGEM JOB
4181                      # ZUERST KOPIE DER DATEI INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
4182                   [[ ! -d $tmp_data_catalog/TRANSFER ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog/TRANSFER
4183                   file_to_transfer=${fname}_${localout[$i]}_to_transfer_$kennung
4184                   ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
4185
4186                   echo "set -x"                                    >    transfer_${localout[$i]}
4187                   echo "cd  $tmp_data_catalog/TRANSFER"            >>   transfer_${localout[$i]}
4188
4189                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append by SCP in seperate job to"
4190                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}"
4191                   printf "\n              or higher cycle\n"
4192                   echo "batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username $return_addres  $file_to_transfer \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"  >>  transfer_${localout[$i]}
4193
4194                   echo "[[ \$? = 0 ]]  &&  rm  $file_to_transfer"  >>  transfer_${localout[$i]}
4195
4196                   if [[ $localhost = nech ]]
4197                   then
4198                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 900  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
4199                   else
4200                      if [[ $LOGNAME = b323013 ]]
4201                      then
4202                         subjob  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
4203                      else
4204                         subjob  -d  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
4205                      fi
4206                   fi
4207
4208                else
4209
4210                      # TRANSFER INNERHALB DIESES JOBS
4211                   transfer_failed=false
4212                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append by SCP to"
4213                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}\n"
4214                   if [[ $localhost = lccrayb ]]
4215                   then
4216                      ssh $usern@blogin1 "cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username $return_addres  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
4217                   else
4218                      batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username  $return_addres ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
4219                   fi
4220                   [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
4221
4222                      # BEI FEHLGESCHLAGENEM TRANSFER SICHERUNGSKOPIE AUF
4223                      # LOKALER MASCHINE ANLEGEN
4224                   if [[ $transfer_failed = true ]]
4225                   then
4226                      printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on the local host under:\n"
4227                      printf "      ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung\n"
4228
4229                         # ERSTMAL PRUEFEN, OB VERZEICHNIS EXISTIERT. GEGEBENENFALLS
4230                         # ANLEGEN
4231                      eval  local_catalog=${pathout[$i]}
4232                      if [[ ! -d $local_catalog ]]
4233                      then
4234                         printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
4235                         printf "      $local_catalog \n"
4236                         mkdir -p  $local_catalog
4237                      fi
4238
4239                      eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung
4240                      transfer_problems=true
4241                   fi
4242                fi
4243             else
4244
4245                   # WERTZUWEISUNG, SO DASS WEITER UNTEN NUR APPEND AUF
4246                   # LOKALER MASCHINE DURCHGEFUEHRT WIRD
4247                actionout[$i]=a
4248             fi
4249          fi
4250
4251
4252             # OUTPUT-DATEI FUER EINEN FORTSETZUNGSLAUF. DATEI WIRD PER
4253             # LINK AUF DEN TEMPORAEREN DATENKATALOG GELEGT. OPTION -f WIRD
4254             # VERWENDET, FALLS DORT NOCH EINE DATEI GLEICHEN NAMENS VORHANDEN
4255             # SEIN SOLLTE. ANSCHLIESSEND WIRD SEINE ARCHIVIERUNG ANGESTOSSEN
4256          if [[ "${actionout[$i]}" = fl ]]
4257          then
4258             [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
4259             chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
4260             if [[ $files_for_pes = false ]]
4261             then
4262                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to"
4263                printf "\n              $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} (temporary data catalog)\n"
4264                ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4265             else
4266                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/....  to"
4267                printf "\n              $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} (temporary data catalog)\n"
4268                mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4269                cd ${localout[$i]}
4270                for file in $(ls *)
4271                do
4272                   ln -f $file $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4273                done
4274                cd $TEMPDIR
4275             fi
4276
4277
4278                # ARCHIVIERUNGSJOB WIRD ERZEUGT UND ABGESCHICKT
4279             if [[ $store_on_archive_system = true ]]
4280             then
4281
4282                if [[ $archive_system = asterix ]]
4283                then
4284                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                      >> archive_${frelout[$i]}
4285                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4286                   then
4287                      echo "stageout  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT${i}_$kennung" >> archive_${frelout[$i]}
4288                   else
4289                      echo "stageout -t  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT${i}_$kennung" >> archive_${frelout[$i]}
4290                   fi
4291                   echo "cat  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung"               >> archive_${frelout[$i]}
4292                   echo "if [[ \$(grep -c \"st.msg:150\"  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung) != 0 ]]" >> archive_${frelout[$i]}
4293                   echo "then"                                       >> archive_${frelout[$i]}
4294                   echo "   do_stageout=false"                       >> archive_${frelout[$i]}
4295                   echo "else"                                       >> archive_${frelout[$i]}
4296                   echo "   echo \"  +++ $filetyp ${frelout[$i]}  could not be stored on archive-system\" " >> archive_${frelout[$i]}
4297                   echo "   cat  /dev/null  >  ~/job_queue/ARCHIVE_ERROR_$fname" >> archive_${frelout[$i]}
4298                   echo "   cat  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung  >  ~/job_queue/archive_${frelout[$i]}_error" >> archive_${frelout[$i]}
4299                   echo "   echo \"  *** $filetyp ${frelout[$i]} will be copied to \$WORK as backup\" " >> archive_${frelout[$i]}
4300                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4301                   then
4302                      echo "   cp   ${frelout[$i]}  \$WORK"                    >> archive_${frelout[$i]}
4303                   else
4304                      echo "   cp -r  ${frelout[$i]}  \$WORK/${frelout[$i]}"   >> archive_${frelout[$i]}
4305                   fi
4306                   echo "   echo \"  *** $filetyp ${frelout[$i]} saved\" " >> archive_${frelout[$i]}
4307                   echo "fi"                                         >> archive_${frelout[$i]}
4308                   echo "rm  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung"              >> archive_${frelout[$i]}
4309                elif [[ $archive_system = DMF ]]
4310                then
4311                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                      >> archive_${frelout[$i]}
4312                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4313                   then
4314                      printf "\n  +++ archiving of single files impossible with $archive_system !\n"
4315                      locat=DMF
4316                      exit
4317                   else
4318                         # FUER RECHNER IN JUELICH. DORT KOENNTEN AUCH
4319                         # EINZELNE DATEIEN GESICHERT WERDEN (SPAETER KORR.)
4320                      echo "rm -rf  \$ARCHIVE/${frelout[$i]}"     >> archive_${frelout[$i]}
4321                      echo "cp -r  ${frelout[$i]}  \$ARCHIVE"     >> archive_${frelout[$i]}
4322                   fi
4323                elif [[ $archive_system = tivoli ]]
4324                then
4325                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >> archive_${frelout[$i]}
4326                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4327                   then
4328                         # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
4329                      echo "set -x"                                   >> archive_${frelout[$i]}
4330                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4331                      echo "cp  ${frelout[$i]} \$PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4332                   else
4333
4334                      echo "set -x"                                   >> archive_${frelout[$i]}
4335                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}/*"         >> archive_${frelout[$i]}
4336                      echo "[[ ! -d \$PERM/${frelout[$i]} ]] && mkdir $PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4337                      cd  $tmp_data_catalog
4338                      all_files=`ls -1 ${frelout[$i]}/*`
4339                      cd -  > /dev/null
4340                      (( inode = 0 ))
4341                      (( tp1   = tasks_per_node + 1 ))
4342                      while (( inode < nodes ))
4343                      do
4344#                         echo "*** all_files = \"$all_files\" "
4345                         files=`echo $all_files | cut -d" " -f1-$tasks_per_node`
4346                         all_files=`echo $all_files | cut -d" " -f$tp1-`
4347#                         echo "*** tasks_per_node = \"$tasks_per_node\" "
4348#                         echo "*** files = \"$files\" "
4349#                         echo "*** all_files = \"$all_files\" "
4350                        echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
4351                        ### echo "tar  cvf ${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
4352                        ### echo "cp ${frelout[$i]}.node_$inode.tar \$PERM/${frelout[$i]}/"   >> archive_${frelout[$i]}
4353                         ###echo "rm ${frelout[$i]}.node_$inode.tar"   >> archive_${frelout[$i]}
4354#                         echo "dsmc incremental  \$PERM/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar" >> archive_${frelout[$i]}
4355#                         echo "dsmmigrate \$PERM/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar"        >> archive_${frelout[$i]}
4356                         (( inode = inode + 1 ))
4357                      done
4358#                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
4359#                      echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4360                   fi
4361                elif [[ $archive_system = ut ]]
4362                then
4363                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >> archive_${frelout[$i]}
4364                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4365                   then
4366                         # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
4367                      echo "set -x"                                 >> archive_${frelout[$i]}
4368                      echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4369                      echo "cp  ${frelout[$i]} \$UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4370                   else
4371
4372                      echo "set -x"                                 >> archive_${frelout[$i]}
4373                      echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}/*"         >> archive_${frelout[$i]}
4374                      echo "[[ ! -d \$UT/${frelout[$i]} ]] && mkdir $UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4375                      cd  $tmp_data_catalog
4376                      all_files=`ls -1 ${frelout[$i]}/*`
4377                      cd -  > /dev/null
4378                      (( inode = 0 ))
4379                      (( tp1   = tasks_per_node + 1 ))
4380                      while (( inode < nodes ))
4381                      do
4382                         files=`echo $all_files | cut -d" " -f1-$tasks_per_node`
4383                         all_files=`echo $all_files | cut -d" " -f$tp1-`
4384                         echo "tar  cvf \$UT/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
4385                         (( inode = inode + 1 ))
4386                      done
4387                   fi
4388                elif [[ $archive_system = none ]]
4389                then
4390                   printf "              +++ archiving on $localhost not available!\n"
4391                fi
4392
4393                if [[ $archive_system != none ]]
4394                then
4395                   if [[ $localhost = lcsgih  ||  $localhost = lcsgib ]]
4396                   then
4397#                      subjob  -d  -v  -q cdata  -X 0  -m 1000  -t 43200  -c $job_catalog  $PORTOPT  archive_${frelout[$i]}
4398                      subjob   -v  -q permq  -X 1 -T 1  -m 1000  -t 172800  -c $job_catalog  $PORTOPT  archive_${frelout[$i]}
4399                   elif [[ $localhost = nech ]]
4400                   then
4401                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 7200  $PORTOPT  archive_${frelout[$i]}
4402                   fi
4403                   printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
4404                fi
4405             else
4406                printf "              +++ caution: option -A is switched off. No archiving on $archive_system!\n"
4407             fi
4408
4409
4410                # LEERDATEI IM BENUTZERVERZEICHNIS ANLEGEN, DAMIT BEKANNT IST,
4411                # WIE DIE HOECHSTE ZYKLUSNUMMER AUF DEM ARCHIV-SYSTEM LAUTET
4412             if [[ $files_for_pes = false ]]
4413             then
4414                cat  /dev/null  >  ${pathout[$i]}
4415             else
4416                mkdir -p  ${pathout[$i]}
4417             fi
4418
4419          fi
4420
4421
4422             # KOPIEREN AUF LOKALER MASCHINE ZUM ARCHIV-SYSTEM
4423             # AUSSERDEM MUSS LEERDATEI ANGELEGT WERDEN, DAMIT BEKANNT IST,
4424             # WIE DIE HOECHSTE ZYKLUSNUMMER AUF DEM ARCHIV-SYSTEM LAUTET
4425             # FALLS IRGENDEINE (VON MEHREREN) ARCHIVIERUNGEN SCHIEF GEHT,
4426             # WIRD FLAG GESETZT UND BLEIBT AUCH BEI WEITEREN ORDNUNGS-
4427             # GEMAESSEN ARCHIVIERUNGEN GESETZT
4428          if [[ "${actionout[$i]}" = ar ]]
4429          then
4430             if [[ $files_for_pes = false ]]
4431             then
4432                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to"
4433                printf "\n              ${pathout[$i]}"
4434                printf "\n              File will be copied to archive-system ($archive_system) !\n"
4435             else
4436                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/_....  to"
4437                printf "\n              ${pathout[$i]}"
4438                printf "\n              Directory will be copied to archive-system ($archive_system) !\n"
4439             fi
4440             mv  ${localout[$i]}  ${frelout[$i]}
4441
4442             file_saved=false
4443
4444             if [[ $archive_system = asterix ]]
4445             then
4446                do_stageout=true
4447                (( stageout_anz = 0 ))
4448                while [[ $do_stageout = true ]]
4449                do
4450                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4451                   then
4452                      stageout  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT
4453                   else
4454                      stageout  -t  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT
4455                   fi
4456                   cat  STAGE_OUTPUT
4457                   if [[ $(grep -c "st.msg:150"  STAGE_OUTPUT) != 0 ]]
4458                   then
4459                      file_saved=true
4460                      do_stageout=false
4461                   else
4462                      if [[ $files_for_pes = false ]]
4463                      then
4464                         printf "\n  +++ file ${frelout[$i]}  could not be saved on archive-system"
4465                      else
4466                         printf "\n  +++ directory ${frelout[$i]} could not be saved on archive-system"
4467                      fi
4468                      (( stageout_anz = stageout_anz + 1 ))
4469                      if (( stageout_anz == 10 ))
4470                      then
4471                         printf "\n  +++ stoped after 10 unsuccessful tries!"
4472                         archive_save=false
4473                         do_stageout=false
4474                      else
4475                         printf "\n  *** new try to store on archive after 15 min:"
4476                         sleep 900
4477                      fi
4478                   fi
4479                done
4480             elif [[ $archive_system = DMF ]]
4481             then
4482                if [[ $files_for_pes = false ]]
4483                then
4484                   printf "\n  +++ archiving of single files impossible on $archive_system!\n"
4485                   locat=DMF
4486                   exit
4487                else
4488                   rm -rf  $ARCHIVE/${frelout[$i]}
4489                   cp -r  ${frelout[$i]}  $ARCHIVE
4490                fi
4491                file_saved=true
4492             elif [[ $archive_system = tivoli ]]
4493             then
4494                   # ARCHIVIERUNG NUR PER BATCH-JOB MOEGLICH
4495                   # DATEI MUSS ZWISCHENZEITLICH INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
4496                   # GELEGT WERDEN
4497                [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
4498                chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
4499                if [[ $files_for_pes = false ]]
4500                then
4501                   ln -f  ${frelout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4502                else
4503                   mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4504                   ln -f  ${frelout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4505                fi
4506
4507                   # BATCH JOB GENERIEREN UND ABSCHICKEN; DATEI MUSS WIEDER
4508                   # AUS TEMPORAEREM DATENVERZEICHNIS ENTFERNT WERDEN
4509                echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >  archive_${frelout[$i]}
4510                if [[ $files_for_pes = false ]]
4511                then
4512                      # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
4513                   echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4514                   echo "cp  ${frelout[$i]} \$PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4515                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                  >> archive_${frelout[$i]}
4516                else
4517                   echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
4518                   echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4519                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                  >> archive_${frelout[$i]}
4520                fi
4521
4522                subjob  -v  -d  -q cdata  -X 0  -m 1000  -t 43200  -c $job_catalog  $PORTOPT  archive_${frelout[$i]}
4523                printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
4524                file_saved=true
4525
4526             elif [[ $archive_system = ut ]]
4527             then
4528                   # ARCHIVIERUNG NUR PER BATCH-JOB MOEGLICH
4529                   # DATEI MUSS ZWISCHENZEITLICH INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
4530                   # GELEGT WERDEN
4531                [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
4532                chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
4533                if [[ $files_for_pes = false ]]
4534                then
4535                   ln -f  ${frelout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4536                else
4537                   mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4538                   ln -f  ${frelout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4539                fi
4540
4541                   # BATCH JOB GENERIEREN UND ABSCHICKEN; DATEI MUSS WIEDER
4542                   # AUS TEMPORAEREM DATENVERZEICHNIS ENTFERNT WERDEN
4543                echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >  archive_${frelout[$i]}
4544                if [[ $files_for_pes = false ]]
4545                then
4546                      # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
4547                   echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4548                   echo "cp  ${frelout[$i]} \$UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4549                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                >> archive_${frelout[$i]}
4550                else
4551                   echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
4552                   echo "tar  cvf \$UT/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4553                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                >> archive_${frelout[$i]}
4554                fi
4555
4556                subjob  -v  -c /pf/b/$usern/job_queue  -d  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 7200  $PORTOPT  archive_${frelout[$i]}
4557                printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
4558                file_saved=true
4559
4560             else
4561                printf "\n  +++ archive_system=\"$archive_system\"  archiving impossible!"
4562                archive_save=false
4563             fi
4564             if [[ $file_saved = true ]]
4565             then
4566                if [[ $files_for_pes = false ]]
4567                then
4568                   cat  /dev/null  >  ${pathout[$i]}
4569                else
4570                   mkdir -p  ${pathout[$i]}
4571                fi
4572             fi
4573          fi
4574
4575             # APPEND AUF LOKALER MASCHINE
4576          if [[ "${actionout[$i]}" = "a" ]]
4577          then
4578             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
4579             then
4580                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
4581                cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
4582             else
4583                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to  ${pathout[$i]}\n"
4584                cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}
4585             fi
4586          fi
4587
4588             # KOPIEREN AUF LOKALER MASCHINE
4589             # ES MUSS KOPIERT WERDEN, DA MOVE NICHT UEBER FILESYSTEM HINAUS MOEGLICH
4590          if [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_pes = false ]]
4591          then
4592
4593                # KOPIEREN AUF EINPROZESSORMASCHINE
4594             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
4595             then
4596                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
4597                if [[ $link_local_output = true ]]
4598                then
4599                    printf "      using ln -f\n"
4600                    ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
4601                fi
4602                # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
4603                if [[ ! -f "${pathout[$i]}.${extout[$i]}" ]]
4604                then
4605                    if [[ $link_local_output = true ]]
4606                    then
4607                        printf "      ln failed, using cp...\n"
4608                    fi
4609                    cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
4610                fi
4611             else
4612                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to  ${pathout[$i]}\n"
4613                if [[ $link_local_output = true ]]
4614                then
4615                    printf "      using ln -f\n"
4616                    ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4617                fi
4618                # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
4619                if [[ ! -f "${pathout[$i]}" ]]
4620                then
4621                    if [[ $link_local_output = true ]]
4622                    then
4623                        printf "      ln failed, using cp...\n"
4624                    fi
4625                    cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4626                fi
4627             fi
4628
4629          elif [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_pes = true ]]
4630          then
4631
4632                # DIE DEN PROZESSOREN EINES PARALLELRECHNERS ZUGEHOERIGEN
4633                # DATEIEN WERDEN ERST IN EINEM KATALOG GESAMMELT UND DIESER
4634                # WIRD DANN KOPIERT
4635                # PER MOVE UMBENANNT WERDEN
4636             printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/_....  to  ${pathout[$i]}\n"
4637             if [[ $link_local_output = true ]]
4638             then
4639                 printf "      using ln -f\n"
4640                 mkdir  ${pathout[$i]}
4641                 cd ${localout[$i]}
4642                 for file in $(ls *)
4643                 do
4644                   ln -f $file  ${pathout[$i]}
4645                 done
4646                 cd $TEMPDIR
4647             fi
4648             # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp -r"
4649             if [[ ! -f "${pathout[$i]}/_0000" ]]
4650             then
4651                 if [[ $link_local_output = true ]]
4652                 then
4653                     printf "      ln failed for .../_0000, using cp...\n"
4654                 fi
4655                 cp -r  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4656             fi
4657
4658          fi
4659       fi
4660    done
4661    if (( i != 0 ))
4662    then
4663       if [[ $transfer_problems = true ]]
4664       then
4665          printf "\n$striche\n  *** OUTPUT-files saved"
4666          printf "\n  +++ WARNING: some data transfers failed! \n"
4667       else
4668          printf "\n$striche\n  *** all OUTPUT-files saved \n"
4669       fi
4670    fi
4671
4672
4673       # EVENTUELL FOLGEJOB STARTEN
4674       # DATEI CONTINUE_RUN MUSS VOM BENUTZERPROGRAMM AUS ERZEUGT WERDEN
4675    if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
4676    then
4677
4678       if [[ $archive_save = true ]]
4679       then
4680
4681             # ZUERST IN MRUN-AUFRUF OPTIONEN FUER FORTSETZUNGSLAUF, FUER
4682             # STILLES ABARBEITEN (OHNE INTERAKTIVE RUECKFAGEN) UND FUER
4683             # BATCH-BETRIEB (NUR WICHTIG, FALLS BATCH AUF LOKALER MASCHINE
4684             # DURCHGEFUEHRT WERDEN SOLL) EINFUEGEN, FALLS NICHT BEREITS VOR-
4685             # HANDEN
4686          [[ $(echo $mc | grep -c "\-C") = 0 ]]  &&  mc="$mc -C"
4687          [[ $(echo $mc | grep -c "\-v") = 0 ]]  &&  mc="$mc -v"
4688          [[ $(echo $mc | grep -c "\-b") = 0 ]]  &&  mc="$mc -b"
4689          if [[ $(echo $mc | grep -c "#") != 0 ]]
4690          then
4691             mc=`echo $mc | sed 's/#/f/g'`
4692          fi
4693
4694
4695             # JOB STARTEN
4696          printf "\n\n  *** initiating restart-run on \"$return_addres\" using command:\n"
4697          echo "      $mc"
4698          printf "\n$striche\n"
4699          if [[ $localhost != $fromhost ]]
4700          then
4701
4702             if [[ $localhost = lcsgih  ||  $localhost = lccrayb  ||  $localhost = nech  ||  $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibmkisti  ||  $localhost = ibmku  ||  $localhost = ibms  ||  $localhost = lcflow  ||  $localhost = lckyu* ]]
4703             then
4704                echo "*** ssh will be used to initiate restart-runs!"
4705                echo "    return_addres=\"$return_addres\" "
4706                echo "    return_username=\"$return_username\" "
4707                if [[ $(echo $return_addres | grep -c "130.75.105") = 1 ]]
4708                then
4709                   if [[ $localhost = ibmh ]]
4710                   then
4711                      ssh $SSH_PORTOPT $usern@136.172.40.15 "ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;. /muksoft/packages/intel/bin/compilervars.sh intel64;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4712                   elif [[ $localhost = lccrayb ]]
4713                   then
4714                      ssh $usern@blogin1 "ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;. /muksoft/packages/intel/bin/compilervars.sh intel64;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4715                   else
4716                      ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;. /muksoft/packages/intel/bin/compilervars.sh intel64;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4717                   fi
4718                else
4719                   if [[ $localhost = ibmkisti ]]
4720                   then
4721                      ssh $SSH_PORTOPT $usern@gaiad "ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4722                   elif [[ $localhost = lcflow ]]
4723                   then
4724                      /usr/bin/ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4725                   elif [[ $localhost = lccrayb ]]
4726                   then
4727                      ssh $usern@blogin1 "ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4728                   else
4729                      ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4730                   fi
4731                fi
4732             else
4733                printf "\n  +++ no restart mechanism available for host \"$localhost\" "
4734                locat=restart; exit
4735             fi
4736
4737                # WARTEN, DAMIT SICH RESTART JOB IN QUEUE EINREIHEN KANN, BEVOR
4738                # DER AKTUELLE JOB ENDET
4739             if [[ $queue = special1q ]]
4740             then
4741                sleep 120
4742             else
4743                sleep 30
4744             fi
4745
4746          else
4747
4748                # BEI RECHNUNGEN AUF LOKALER MASCHINE KANN MRUN DIREKT AUFGE-
4749                # RUFEN WERDEN, AUSSER AUF lcfimm
4750             cd $LOCAL_PWD
4751             if [[ $localhost = lcfimm ]]
4752             then
4753                ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc " 
4754             elif [[ $localhost = lckyuh ]]
4755             then
4756                printf "\n  +++ WARNING: no restart mechanism available for host \"$localhost\" "
4757                printf "\n               please restart job manually using command:\n"
4758                printf "\n               \"$mc\" "
4759             else
4760                eval  $mc                # ' MUESSEN AUSGEWERTET WERDEN
4761             fi
4762             cd -  > /dev/null
4763          fi
4764          if [[ $localhost = lckyuh ]]
4765          then
4766             printf "\n$striche\n  *** restart-run to be initiated manually\n"
4767          else
4768             printf "\n$striche\n  *** restart-run initiated \n"
4769          fi
4770
4771
4772             # EVENTUELL INPUT-DATEIEN, DIE VON TEMPORAEREM DATENVERZEICHNIS
4773             # GEHOLT WORDEN SIND, LOESCHEN
4774          (( i = 0 ))
4775          while (( i < iin ))
4776          do
4777             (( i = i + 1 ))
4778             if [[ "${got_tmp[$i]}" = true   &&  $keep_data_from_previous_run = false ]]
4779             then
4780                rm -r  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
4781             fi
4782          done
4783
4784       else
4785
4786          printf "\n  +++ no restart-run possible, since errors occured"
4787          printf "\n      during the archive process"
4788       fi
4789
4790    fi
4791
4792
4793   
4794       # EVTL. EMAIL-BENACHRICHTIGUNG UEBER ABGESCHLOSSENEN LAUF
4795    if [[ "$email_notification" != "none" ]]
4796    then
4797
4798       if [[ $localhost != $fromhost ]]
4799       then
4800          if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
4801          then
4802             echo "PALM restart run necessary"        >   email_text
4803             echo "description header of actual run:" >>  email_text
4804             cat  CONTINUE_RUN                        >>  email_text
4805             echo "mrun-command to restart:"          >>  email_text
4806             echo "$mc"                               >>  email_text
4807          else
4808             echo "PALM run with base filename \"$fname\" on host \"$localhost\" finished"  >  email_text
4809          fi
4810          mail  $email_notification  <  email_text
4811          printf "\n  *** email notification sent to \"$email_notification\" "
4812       fi
4813    fi
4814
4815
4816
4817       # ALLE ARBEITEN BEENDET. TEMPORAERER KATALOG KANN GELOESCHT WERDEN
4818    cd  $HOME
4819    [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
4820
4821 else
4822
4823
4824       # FALLS AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL, WERDEN JETZT ENTSPRE-
4825       # CHENDE AKTIONEN DURCHGEFUEHRT
4826
4827       # MRUN-BEFEHL FUER REMOTE-MASCHINE ZUSAMMENSTELLEN
4828    mrun_com="$mrun_script_name -a $afname -c $config_file -d $fname -h $host -H $fromhost -m $memory -t $cpumax -q $queue -R $return_addres -U $return_username -u $remote_username"
4829    [[ "$cpp_opts" != "" ]]       &&  mrun_com=${mrun_com}" -D \"$cpp_opts\""
4830    [[ "$global_revision" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -G \"$global_revision\""
4831    [[ $group_number != none ]]   &&  mrun_com=${mrun_com}" -g $group_number"
4832    [[ $do_compile = true ]]      &&  mrun_com=${mrun_com}" -s \"$source_list\""
4833    [[ "$input_list" != "" ]]     &&  mrun_com=${mrun_com}" -i \"$input_list\""
4834    [[ $ignore_archive_error = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -I"
4835    [[ $keep_data_from_previous_run = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -k"
4836    [[ "$additional_conditions" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -K \"$additional_conditions\""
4837#    [[ "$makefile" != "$source_path/Makefile" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -M \"$makefile\""
4838    [[ "$output_list" != "" ]]    &&  mrun_com=${mrun_com}" -o \"$output_list\""
4839    [[ "$read_from_config" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -S"
4840    [[ $do_trace = true ]]        &&  mrun_com=${mrun_com}" -x"
4841    [[ "$numprocs" != "" ]]       &&  mrun_com=${mrun_com}" -X $numprocs"
4842    if [[ $use_openmp = true ]]
4843    then
4844       mrun_com=${mrun_com}" -O $threads_per_task"
4845    fi
4846    [[ "$tasks_per_node" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -T $tasks_per_node"
4847    [[ $store_on_archive_system = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -A"
4848    [[ $package_list != "" ]]     &&  mrun_com=${mrun_com}" -p \"$package_list\""
4849    [[ $return_password != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -P $return_password"
4850    [[ $delete_temporary_catalog = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -B"
4851    [[ $node_usage != default  &&  "$(echo $node_usage | cut -c1-3)" != "sla"  &&  $node_usage != novice ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -n $node_usage"
4852    [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -y"
4853    [[ $run_coupled_model = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -Y \"$coupled_dist\""
4854    [[ "$check_namelist_files" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -z"
4855    [[ "$combine_plot_fields" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -Z"
4856    [[ "$max_par_io_str" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -w $max_par_io_str"
4857    if [[ $do_remote = true ]]
4858    then
4859       printf "\n>>>> MRUN-command on execution host:\n>>>> $mrun_com \n"
4860    fi
4861
4862
4863       # create executable for batch job
4864    if [[ $create_executable_for_batch = true  &&  $restart_run != true ]]
4865    then
4866
4867       printf "\n  *** creating the executable for batch job\n"
4868
4869          # method only works for batch jobs on local hosts
4870       if [[ $host != $localhost ]]
4871       then
4872          printf "\n  +++ creation of executables is only allowed for batch jobs on local hosts."
4873          printf "\n      Please set create_executable_for_batch = false in the config-file.\n"
4874          locat=create_executable; exit
4875       fi
4876
4877       mkdir  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}/TMPDIR_FOR_CREATING_EXECUTABLE
4878       cd  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}/TMPDIR_FOR_CREATING_EXECUTABLE
4879
4880       cp  $make_depository  .
4881       tar -xf  $make_depository  >  /dev/null  2>&1
4882       cp  ../*  .   >  /dev/null  2>&1
4883
4884       make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
4885
4886       if [[ $? != 0  ||  "$compile_error" = true  ||  "$module_compile_error" = true ]]
4887       then
4888          printf "\n  +++ error occured while compiling or linking"
4889          locat=compile
4890          exit
4891       fi
4892
4893       mv  a.out  ..
4894       cd -  >  /dev/null  2>&1
4895       rm -rf  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}/TMPDIR_FOR_CREATING_EXECUTABLE
4896
4897       printf "  *** executable created in \"$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}\"\n "
4898
4899    fi
4900
4901
4902       # ZUSAMMENSTELLUNG DES JOBSCRIPTS AUF DATEI jobfile
4903    jobfile=jobfile.$RANDOM
4904
4905
4906       # TEMPORAERES VERZEICHNIS GENERIEREN UND NACH DORT WECHSELN
4907    echo  "mkdir  $TEMPDIR"      >>  $jobfile
4908    echo  "cd  $TEMPDIR"         >>  $jobfile
4909
4910
4911       # EVENTUELL FEHLERVERFOLGUNG AKTIVIEREN
4912    if [[ $do_trace = true ]]
4913    then
4914       echo  "set -x"                                    >>  $jobfile
4915    else
4916       echo  "set +vx"                                   >>  $jobfile
4917    fi
4918
4919
4920       # initialize the environment and load modules
4921    if [[ "$init_cmds" != "" ]]
4922    then
4923       echo  "$init_cmds"        >>  $jobfile
4924    fi
4925    if [[ "$module_calls" != "" ]]
4926    then
4927       echo  "$module_calls"     >>  $jobfile
4928    fi
4929
4930
4931       # BEREITSTELLUNG VON QUELLTEXTEN, MRUN-SCRIPTS UND KONFIGURATIONS-
4932       # DATEI FUER DEN JOB
4933    if [[ $( echo $host | cut -c1-5 ) = lcsgi  ||  $host = ibmkisti  ||  $host = lccrayb  ||  $host = lccrayf ]]
4934    then
4935
4936          # KONFIGURATIONSDATEI UND MRUN_SCRIPT IN DAS SOURCE-VERZEICHNIS
4937          # KOPIEREN
4938       if [[ $restart_run != true ]]
4939       then
4940          cp  $config_file  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
4941          cp  ${PALM_BIN}/$mrun_script_name  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
4942       fi
4943
4944          # SOURCE-VERZEICHNIS VOM LOKALEN RECHNER PER SCP TRANSFERIEREN
4945          # (BEI JOBS AUF LOKALEM RECHNER REICHT CP)
4946       echo  "set -x"  >>  $jobfile
4947       if [[ $host = $localhost ]]
4948       then
4949
4950             # DUE TO UNKNOWN REASONS, COPY WITH cp COMMAND CREATES CORRUPT
4951             # FILES ON CRAY XC30 SYSTEMS (CSC HELSINKI), rsync IS USED INSTEAD
4952          echo  "rsync -av -t  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname  ."  >>  $jobfile
4953
4954       else
4955          if [[ $host = ibmkisti ]]
4956          then
4957                # on KISTI's IBM firewall is only opened on interactive node
4958             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
4959             echo  "ssh $SSH_PORTOPT $remote_username@gaiad \"cd \$localdir; scp $PORTOPT -r  $return_username@$return_addres:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
4960          elif [[ $host = lccrayb ]]
4961          then
4962             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
4963             echo  "ssh $SSH_PORTOPT $remote_username@blogin1 \"cd \$localdir; scp $PORTOPT -r  $return_username@$return_addres:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
4964          else
4965             echo  "scp $PORTOPT -r $return_username@$return_addres:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname ."  >>  $jobfile
4966          fi
4967       fi
4968       echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                      >>  $jobfile
4969
4970          # QUELLTEXTE, MRUN-SCRIPT UND KONFIGURATIONSDATEI IN DAS AKTUELLE
4971          # ARBEITSVERZEICHNIS VERSCHIEBEN
4972       echo  "mv  SOURCES_FOR_RUN_$fname/$config_file  . "       >>  $jobfile
4973       echo  "mv  SOURCES_FOR_RUN_$fname/$mrun_script_name  . "  >>  $jobfile
4974       echo  "chmod u+rwx  $mrun_script_name"                    >>  $jobfile
4975       echo  "execute_mrun=true"                                 >>  $jobfile
4976       echo  " "                                                 >>  $jobfile
4977
4978    else
4979
4980          # ABSPEICHERN DER QUELLTEXTE (NUR FALLS UEBERSETZT WERDEN SOLL)
4981          # SOWIE GEGEBENENFALLS DES MAKEFILES
4982       if [[ $do_compile = true ]]
4983       then
4984
4985          source_catalog=SOURCES_FOR_RUN_$fname
4986
4987              # UNTERVERZEICHNIS FUER QUELLTEXTE UND MAKEFILE ANLEGEN
4988              # MRUN WIRD DIESES VRZEICHNIS UEBER ENVIRONMENT VARIABLE
4989              # MITGETEILT (UEBERSTEUERT ANGABE IN KONFIGURATIONSDATEI)
4990          echo  "mkdir  SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
4991          echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                 >>  $jobfile
4992          echo  "cd     SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
4993
4994          for  filename  in  $source_list
4995          do
4996                # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
4997             echo  "cat > $filename << \"%END%\""              >>  $jobfile
4998             cat   $source_catalog/$filename                   >>  $jobfile
4999             echo  " "                                         >>  $jobfile
5000             echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
5001             echo  " "                                         >>  $jobfile
5002          done
5003
5004             # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
5005          echo  "cat > Makefile << \"%END%\""               >>  $jobfile
5006          cat   $source_catalog/Makefile                    >>  $jobfile
5007          echo  " "                                         >>  $jobfile
5008          echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
5009          echo  " "                                         >>  $jobfile
5010
5011          echo  "cd -  > /dev/null"                         >>  $jobfile
5012
5013       fi
5014
5015
5016          # ABSPEICHERN DER KONFIGURATIONSDATEI
5017          # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
5018          # Lines with #$ coming from the svn keyword substitution are
5019          # removed from the config file in order to avoid problems
5020          # with the SGE batch system
5021       echo  "cat > $config_file << \"%END%\""      >>  $jobfile
5022       if [[ $host = lckyuh ]]
5023       then
5024             # no cross compiler on compute node
5025          sed  's/frtpx/frt/g'  $config_file        >>  $jobfile
5026       else
5027          sed 's/#$.*//g'   $config_file            >>  $jobfile
5028       fi
5029       echo  "%END%"                                >>  $jobfile
5030       echo  " "                                    >>  $jobfile
5031
5032
5033          # ABSPEICHERN DER AKTUELLEN MRUN-VERSION
5034          # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
5035       echo  "cat > $mrun_script_name <<\"%END%\""  >>  $jobfile
5036       if [[ $host = lckyuh ]]
5037       then
5038          sed 's/\/bin\/ksh/\/bin\/bash/g' ${PALM_BIN}/$mrun_script_name  >>  $jobfile
5039       else
5040          cat  ${PALM_BIN}/$mrun_script_name        >>  $jobfile
5041       fi
5042       echo  "%END%"                                >>  $jobfile
5043       echo  "chmod u+x $mrun_script_name"          >>  $jobfile
5044       echo  "execute_mrun=true"                    >>  $jobfile
5045       echo  " "                                    >>  $jobfile
5046
5047    fi
5048
5049
5050       # EVTL. BENOETIGTE INPUT-DATEIEN PER FTP HOLEN ODER DEM JOB DIREKT
5051       # MITGEBEN UND AUF DEM REMOTE-RECHNER IM BENUTZERVERZEICHNIS ABLEGEN
5052       # FALLS DIESES NICHT EXISTIERT, WIRD VERSUCHT, DAS JEWEILS LETZTE
5053       # UNTERVERZEICHNIS DES PFADNAMENS ANZULEGEN
5054    if [[ $do_remote = true ]]
5055    then
5056       (( i = 0 ))
5057       while (( i < iin ))
5058       do
5059          (( i = i + 1 ))
5060          echo  "[[ ! -d ${pathin[$i]} ]]  &&  mkdir -p  ${pathin[$i]}"  >>  $jobfile
5061          if [[ "${transin[$i]}" = job ]]
5062          then
5063             echo  "cat > ${remotepathin[$i]} <<\"%END%\""    >>  $jobfile
5064             eval cat   ${pathin[$i]}/${frelin[$i]}           >>  $jobfile
5065             echo  " "                                        >>  $jobfile
5066             echo  "%END%"                                    >>  $jobfile
5067          else
5068             echo  "batch_scp $PORTOPT -b -o -g -s -u $return_username $return_addres ${remotepathin[$i]} \"${pathin[$i]}\" ${frelin[$i]}" >>  $jobfile
5069          fi
5070
5071             # UEBERPRUEFEN, OB DATEI ANGELEGT WERDEN KONNTE
5072          echo  "if [[ \$? = 1 ]]"                    >>  $jobfile
5073          echo  "then"                                >>  $jobfile
5074          echo  "   echo \" \" "                      >>  $jobfile
5075          echo  "   echo \"+++ file ${remotepathin[$i]} could not be created\" "   >>  $jobfile
5076          echo  "   echo \"    please check, if directory exists on $host!\" "  >>  $jobfile
5077          echo  "   echo \"+++ MRUN will not be continued\" "  >>  $jobfile
5078          echo  "   execute_mrun=false"               >>  $jobfile
5079          echo  "fi"                                  >>  $jobfile
5080       done
5081    fi
5082
5083       # ARBEITSKATALOG AUF DER LOKALEN MASCHINE FUER EVENTUELLE
5084       # FORTSETZUNGSLAUEFE PER ENV-VARIABLE UEBERGEBEN
5085    echo  "LOCAL_PWD=$working_directory"                >>  $jobfile
5086    echo  "export LOCAL_PWD"                            >>  $jobfile
5087
5088       # EBENSO LOKALEN MRUN-KATALOG UEBERGEBEN
5089    echo  "LOCAL_MRUN_PATH=$PALM_BIN"                   >>  $jobfile
5090    echo  "export LOCAL_MRUN_PATH"                      >>  $jobfile
5091
5092       # WORKAROUND FUER RIAM-NEC-JOBS WEGEN PROFILE-SCHWIERIGKEITEN
5093    if [[ $localhost_realname = "gate"  ||  $localhost = lctit ]]
5094    then
5095       echo  "export PALM_BIN=$PALM_BIN"                >>  $jobfile
5096    elif [[ $host = lcflow  ||  $localhost = lcflow ]]
5097    then
5098       echo  "export PALM_BIN=$PALM_BIN" | sed -e 's:'$HOME':$HOME:'   >>  $jobfile
5099       echo  "export PATH=\$PATH:\$PALM_BIN"              >>  $jobfile
5100    fi
5101
5102       # MRUN AUF ZIELRECHNER AUFRUFEN (queue is workaround for ibmkisti)
5103    echo  "set -x"                                        >>  $jobfile
5104    echo  "queue=$queue"                                  >>  $jobfile
5105    echo  "[[ \$execute_mrun = true ]]  &&  ./$mrun_com"  >>  $jobfile
5106    echo  'ls -al; echo `pwd`'                            >>  $jobfile
5107    echo  "cd \$HOME"                                     >>  $jobfile
5108    echo  "rm -rf  $TEMPDIR"                              >>  $jobfile
5109
5110
5111
5112
5113       # JOB PER SUBJOB STARTEN
5114    if [[ $silent = false ]]
5115    then
5116       printf "\n     "
5117    else
5118       printf "\n\n"
5119    fi
5120
5121    subjob  $job_on_file  -h $host  -u $remote_username -g $group_number -q $queue  -m $memory  -N $node_usage -t $cpumax  $XOPT  $TOPT  $OOPT  -n $fname  -v  -c $job_catalog  -e $email_notification  $PORTOPT  $jobfile
5122    rm -rf  $jobfile
5123
5124
5125 fi  # ENDE REMOTE-TEIL
5126
5127
5128
5129     # ENDE DER PROZEDUR
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.