source: palm/trunk/SCRIPTS/mrun @ 1104

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  • Property svn:keywords set to Id Rev
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Line 
1#!/bin/ksh
2
3# mrun - script for running PALM jobs
4
5#--------------------------------------------------------------------------------#
6# This file is part of PALM.
7#
8# PALM is free software: you can redistribute it and/or modify it under the terms
9# of the GNU General Public License as published by the Free Software Foundation,
10# either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
11#
12# PALM is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY
13# WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR
14# A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
15#
16# You should have received a copy of the GNU General Public License along with
17# PALM. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
18#
19# Copyright 1997-2012  Leibniz University Hannover
20#--------------------------------------------------------------------------------#
21#
22# Current revisions:
23# ------------------
24#
25#
26# Former revisions:
27# -----------------
28# $Id: mrun 1104 2013-02-20 02:37:12Z raasch $
29#
30# 1103 2013-02-20 02:15:53Z raasch
31# default script runs again under ksh, because of unsolved problems with read
32# from stdin: when bash script is called from a ksh, message "read error: 0:
33# Resource temporarily unavailable" appears and script does not stop,
34# further bash compatibility adjustments,
35# shebang line replaced by /bin/bash when running jobs on lckyuh; no restarts
36# on lckyuh, but mrun does not terminate and issues a warning instead
37#
38# 1101 2013-02-17 10:20:21Z raasch
39# script now running under bash instead of ksh, which required small adjustments
40# (output formatting with printf instead "typeset -L/-R", print replaced by echo,
41# read from stdin),
42# cross compilername on lckyuh compute nodes replaced by real compiler name
43#
44# 1099 2013-02-10 01:47:43Z raasch
45# adjustments for Kyushu-University computing center (lckyuh - hayaka)
46# and for Forwind cluster (lcflow)
47# small further adjustments for lckyut
48#
49# 1094 2013-02-03 01:52:12Z raasch
50# explicit ssh/scp port can be set in config file with environment variable
51# scp_port.  This port is handled to all ssh/scp/batch_scp calls.
52# decalpha parts (yonsei) removed
53#
54# 2013-02-02 07:06:13Z raasch
55# adjustments for Kyushu-University computing center (lckyut - tatara)
56#
57# 1083 2013-01-04 10:22:09Z maronga
58# bugfix in parameter file check (read %cpp_options was missing)
59#
60# 1069 2012-11-28 16:18:43Z maronga
61# bugfix: coupling mode was always set to mpi2, typos removed
62#
63# 1058 2012-11-21 07:00:35Z raasch
64# Intel inspector (inspxe) is given the number of PEs instead of the number of
65# nodes
66#
67# 1046 2012-11-09 14:38:45Z maronga
68# code put under GPL (PALM 3.9)
69#
70# 21/03/94 - Siggi - first version finished
71# 03/03/94 - Siggi - script development started
72#
73#--------------------------------------------------------------------------------#
74# mrun - script for running PALM jobs
75#--------------------------------------------------------------------------------#
76
77
78 
79    # VARIABLENVEREINBARUNGEN + DEFAULTWERTE
80
81 set +o allexport    # SICHERHEITSHALBER UNTERBINDEN, DA SONST EVTL. STAGEOUT
82                     # NICHT LAUEFT (TOO MANY ARGUMENTS - PROBLEM)
83 set +o noclobber    # EXISTIERENDE DATEIEN DUERFEN UEBERSCHRIEBEN WERDEN
84
85 AddFilenames=""
86 additional_conditions=""
87 add_source_path=""
88 afname=""
89 archive_save=true
90 archive_system=none
91 check_namelist_files=true
92 combine_plot_fields=true
93 compiler_name=""
94 cond1=""
95 cond2="" 
96 config_file=.mrun.config
97 coupled_dist=""
98 coupled_mode="mpi1"
99 cpp_opts=""
100 cpp_options=""
101 cpumax=0
102 cpurest=0
103 delete_temporary_catalog=true
104 do_batch=false
105 do_compile=true
106 do_remote=false
107 do_stagein=true
108 do_stageout=true
109 do_trace=false
110 email_notification="none"
111 exclude=""
112 executable=""
113 execution_error=false
114 fimm=false
115 fname=test
116 fromhost=""
117 global_revision=""
118 group_number=none
119 host=""
120 host_file=""
121 hp=""
122 ignore_archive_error=false
123 input_list=""
124 interpreted_config_file=""
125 job_catalog="~/job_queue"
126 job_on_file=""
127 keep_data_from_previous_run=false
128 link_local_input=false
129 link_local_output=false
130 localhost_realname=$(hostname)
131 local_compile=false
132 local_dvrserver_running=.FALSE.
133 locat=normal
134 mainprog=""
135 makefile=""
136 max_par_io_str=""
137 mc=$0
138 while [[ $(echo $mc | grep -c "/") != 0 ]]
139 do
140    mc=`echo $mc | cut -f2- -d"/"`
141 done
142 module_calls=""
143 mrun_script_name=$mc
144 netcdf_inc=""
145 netcdf_lib=""
146 netcdf_support=false
147 node_usage=default
148 numprocs=""
149 numprocs_atmos=0
150 numprocs_ocean=0
151 OOPT=""
152 openmp=false
153 output_list=""
154 package_list=""
155 punkte="..........................................................."
156 queue=none
157 read_from_config=""
158 restart_run=false
159 if [[ `hostname` = rte10 ]]
160 then
161    return_addres=133.5.185.60
162    echo "+++ WARNING: fixed return_addres = $return_addres is used !!!!!"
163 elif [[ `hostname` = climate0 ]]
164 then
165    return_addres=165.132.26.68
166    echo "+++ WARNING: fixed return_addres = $return_addres is used !!!!!"
167 elif [[ `hostname` = urban00 ]]
168 then
169    return_addres=147.46.30.151
170    echo "+++ WARNING: fixed return_addres = $return_addres is used !!!!!"
171 else
172    return_addres=$(nslookup `hostname` 2>&1 | grep "Address:" | tail -1 | awk '{print $2}')
173 fi
174 return_password=""
175 return_username=$LOGNAME
176 remotecall=false
177 remote_username=""
178 run_coupled_model=false
179 run_mode=""
180 scirocco=false
181 store_on_archive_system=false
182 striche="  ----------------------------------------------------------------------------"
183 silent=false
184 source_list=""
185 source_path=SOURCE
186 tasks_per_node=""
187 threads_per_task=1
188 tmpcreate=false
189 tmp_data_catalog=""
190 transfer_problems=false
191 usern=$LOGNAME
192 use_openmp=false
193 version="MRUN  2.0 Rev$Rev: 1104 $"
194 working_directory=`pwd`
195 TOPT=""
196 XOPT=""
197 zeit=$( date | cut -c 12-19 )
198
199 typeset -i  iec=0 iic=0 iin=0 ioc=0 iout=0 memory=0 stagein_anz=0 stageout_anz=0
200 typeset -i  cputime i ii iia iii iio icycle inode ival jobges jobsek last_char maxcycle minuten nodes pes sekunden tp1
201
202
203
204
205    # EINZELNE VARIABLE FUER HAUPTPROGRAMM EXPORTIEREN
206 export  cpurest fname host localhost return_addres return_username remotecall tasks_per_node
207
208    # FOLGENDE VARIABLEN MUESSEN FUER DIE INTERPRETATION DER KONFIGURATIONSDATEI
209    # EXPORTIERT WERDEN
210 export  afname config_file cpp_opts cpumax do_batch do_trace fname fromhost
211 export  group_number input_list memory numprocs output_list queue run_mode
212
213
214 
215    # FEHLERBEHANDLUNG
216    # BEI EXIT:
217 trap 'rm -rf  $working_directory/tmp_mrun
218       if [[ $locat != localhost ]]
219       then
220#          if [[ ! -f ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik ]]
221#          then
222#             cat  >  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik  <<  %STATEND%
223#MRUN-calls on $localhost
224#
225#date and time                      user        localhost   remotehost  termination mrun-command
226#--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
227#%STATEND%
228#             chmod  666  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik
229#          fi
230#
231#             # EINTRAG IN DIE STATISTIK-DATEI
232#          string1=`date`                  #-L35
233#          string2=$usern                  #-L12
234#          string3=$localhost_realname     #-L12
235#          string4=$host                   #-L12
236#          string5=$locat                  #-L12
237#          if [[ "$job_on_file" = ""  &&  $locat != control_c  &&  $locat != user_abort ]]
238#          then
239#             if [[ $do_batch = true ]]
240#             then
241#                printf "$string1$string2$string3$string4$string5$mrun_com \n"  >>  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik
242#             else
243#                printf "$string1$string2$string3$string4$string5$mc \n"  >>  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik
244#             fi
245#          fi
246          echo " " > /dev/null
247       fi
248
249       if [[ $locat != normal  &&  $locat != control_c  &&  $locat != local_compile ]]
250       then
251
252              # EVENTUELLE ERROR-KOMMANDOS ABARBEITEN
253          (( i = 0 ))
254          while (( i < iec ))
255          do
256             (( i = i + 1 ))
257             printf "\n  *** Execution of ERROR-command:\n"
258             printf "  >>> ${err_command[$i]}\n"
259             eval  ${err_command[$i]}
260          done
261          if [[ -n $interpreted_config_file ]]
262          then
263             rm -rf  $interpreted_config_file
264          fi
265          if [[ -n .mrun_environment ]]
266          then
267             rm -rf  .mrun_environment
268          fi
269          if [[ $tmpcreate = true ]]
270          then
271             printf "\n  *** Contents of \"$TEMPDIR\":\n"
272             ls -al; cd
273             [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
274          fi
275          if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
276          then
277             echo "+++ killing dvrserver_id=$dvrserver_id"
278             kill $dvrserver_id
279          fi
280          if [[ -f ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID ]]
281          then
282             rm -rf  ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID
283          fi
284          printf "\n\n+++ MRUN killed \n\n"
285       elif [[ $locat != control_c ]]
286       then
287          printf "\n\n --> all actions finished\n\n"
288          printf "     Bye, bye $usern !!\n\n"
289       fi' exit
290
291
292    # BEI TERMINAL-BREAK:
293 trap 'rm -rf  $working_directory/tmp_mrun
294       rm -rf  $working_directory/tmp_check_namelist_files
295       [[ $tmpcreate = true ]]  &&  (cd; rm -rf $TEMPDIR)
296       if [[ -f ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID ]]
297       then
298          rm -rf  ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID
299       fi
300       if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
301       then
302          echo "+++ killing dvrserver_id=$dvrserver_id"
303          kill $dvrserver_id
304       fi
305       printf "\n+++ MRUN killed by \"^C\" \n\n"
306       locat=control_c
307       exit
308      ' 2
309
310
311    # CHECK IF THE PATH FOR THE PALM BINARIES (SCRIPTS+UTILITY-PROGRAMS) HAS
312    # BEEN SET
313 if [[ "$PALM_BIN" = "" ]]
314 then
315    printf "\n  +++ environment variable PALM_BIN has not been set"
316    printf "\n      please set it to the directory where the PALM scripts are located"
317    locat=palm_bin; exit
318 fi
319 export PATH=$PALM_BIN:$PATH
320
321
322
323    # SHELLSCRIPT-OPTIONEN EINLESEN UND KOMMANDO NEU ZUSAMMENSETZEN, FALLS ES
324    # FUER FOLGEJOBS BENOETIGT WIRD
325 while  getopts  :a:AbBc:Cd:D:Fg:G:h:H:i:IkK:m:M:n:o:O:p:P:q:r:R:s:St:T:u:U:vw:xX:yY:zZ option
326 do
327   case  $option  in
328       (a)   afname=$OPTARG;;
329       (A)   store_on_archive_system=true; mc="$mc -A";;
330       (b)   do_batch=true; mc="$mc -b";;
331       (B)   delete_temporary_catalog=false; mc="$mc -B";;
332       (c)   config_file=$OPTARG; mc="$mc -c$OPTARG";;
333       (C)   restart_run=true; mc="$mc -C";;
334       (d)   fname=$OPTARG; mc="$mc -d$OPTARG";;
335       (D)   cpp_opts="$cpp_opts $OPTARG"; mc="$mc -D'$OPTARG'";;
336       (F)   job_on_file="-D"; mc="$mc -F";;
337       (g)   group_number=$OPTARG; mc="$mc -g$OPTARG";;
338       (G)   global_revision=$OPTARG; mc="$mc -G'$OPTARG'";;
339       (h)   host=$OPTARG; mc="$mc -h$OPTARG";;
340       (H)   fromhost=$OPTARG; mc="$mc -H$OPTARG";;
341       (i)   input_list=$OPTARG; mc="$mc -i'$OPTARG'";;
342       (I)   ignore_archive_error=true; mc="$mc -I";;
343       (k)   keep_data_from_previous_run=true; mc="$mc -k";;
344       (K)   additional_conditions="$OPTARG"; mc="$mc -K'$OPTARG'";;
345       (m)   memory=$OPTARG; mc="$mc -m$OPTARG";;
346       (M)   makefile=$OPTARG; mc="$mc -M$OPTARG";;
347       (n)   node_usage=$OPTARG; mc="$mc -n$OPTARG";; 
348       (o)   output_list=$OPTARG; mc="$mc -o'$OPTARG'";;
349       (O)   use_openmp=true; threads_per_task=$OPTARG; mc="$mc -O$OPTARG";;
350       (p)   package_list=$OPTARG; mc="$mc -p'$OPTARG'";;
351       (P)   return_password=$OPTARG; mc="$mc -P$OPTARG";;
352       (q)   queue=$OPTARG; mc="$mc -q$OPTARG";;
353       (r)   run_mode=$OPTARG; mc="$mc -r'$OPTARG'";;
354       (R)   remotecall=true;return_addres=$OPTARG; mc="$mc -R$OPTARG";;
355       (s)   source_list=$OPTARG; mc="$mc -s'$OPTARG'";;
356       (S)   read_from_config=false; mc="$mc -S";;
357       (t)   cpumax=$OPTARG; mc="$mc -t$OPTARG";;
358       (T)   mrun_tasks_per_node=$OPTARG; mc="$mc -T$OPTARG";;
359       (u)   remote_username=$OPTARG; mc="$mc -u$OPTARG";;
360       (U)   return_username=$OPTARG; mc="$mc -U$OPTARG";;
361       (v)   silent=true; mc="$mc -v";;
362       (w)   max_par_io_str=$OPTARG; mc="$mc -w$OPTARG";;
363       (x)   do_trace=true;set -x; mc="$mc -x";;
364       (X)   numprocs=$OPTARG; mc="$mc -X$OPTARG";;
365       (y)   ocean_file_appendix=true; mc="$mc -y";;
366       (Y)   run_coupled_model=true; coupled_dist=$OPTARG; mc="$mc -Y'$OPTARG'";;
367       (z)   check_namelist_files=false; mc="$mc -z";;
368       (Z)   combine_plot_fields=false; mc="$mc -Z";;
369       (\?)  printf "\n  +++ unknown option $OPTARG \n"
370             printf "\n  --> type \"$0 ?\" for available options \n"
371             locat=parameter;exit;;
372   esac
373 done
374
375
376    # EVTL. POSITIONSPARAMETER EINLESEN
377    # ZUR ZEIT GIBT ES NUR DEN PARAMETER ? (=KURZINFO)
378 (( to_shift = $OPTIND - 1 ))
379 shift $to_shift
380
381    # KURZE AUFRUFBESCHREIBUNG WIRD HIER AUSGEGEBEN
382 if [[ "$1" = "?" ]]
383 then
384   (printf "\n  *** mrun can be called as follows:\n"
385    printf "\n      $mrun_script_name  -b -c.. -d.. -D.. -f.. -F -h.. -i.. -I -K.. -m.. -o.. -p.. -r.. -R -s.. -t.. -T.. -v -x -X.. -y -Y.. -z -Z <modus> \n"
386    printf "\n      Description of available options:\n"
387    printf "\n      Option  Description                              Default-Value"
388    printf "\n        -a    base name of input files                 equiv. -d"
389    printf "\n        -A    archiving when using file-attribute fl"
390    printf "\n        -b    batch-job on local machine               ---"
391    printf "\n        -B    do not delete temporary directory at end ---"
392    printf "\n        -c    configuration file                       .mrun.config"
393    printf "\n        -d    base name of files attached to program   test"
394    printf "\n        -D    preprocessor(cpp)-directives             \"\" "
395    printf "\n        -F    create remote job file only              ---"
396    printf "\n        -h    execution host                           $localhost_realname"
397    printf "\n        -i    INPUT control list                       \"\" "
398    printf "\n        -I    archiving errors of previous batch-jobs"
399    printf "\n              will be ignored"
400    printf "\n        -k    keep data from previous run"
401    printf "\n        -K    additional conditions for controling"
402    printf "\n              usage of conditional code and"
403    printf "\n              env-variables in configuration file      \"\" "
404    printf "\n        -m    memory demand in MB (batch-jobs)         0 MB"
405    printf "\n        -M    Makefile name                            Makefile"
406    printf "\n        -n    node usage (shared/not_shared)           depending on -h"
407    printf "\n        -o    OUTPUT control list                      \"\" "
408    printf "\n        -O    use OpenMP                               ---"
409    printf "\n        -p    software package list                    \"\" "
410    printf "\n        -q    queue                                    \"$queue\" "
411    printf "\n        -r    run control list (combines -i -o)        \"\" "
412    printf "\n        -s    filenames of routines to be compiled     \"\" "
413    printf "\n              must end with .f, .f90, .F, or .c !"
414    printf "\n              use \"..\" for more than one file and wildcards"
415    printf "\n              -s LM compiles all locally modified files"
416    printf "\n        -S    config file interpreted by shellscript   ---"
417    printf "\n        -t    allowed cpu-time in seconds (batch)      0"
418    printf "\n        -T    tasks per node                           depending on -h"
419    printf "\n        -u    username on remote machine               \"\" "
420    printf "\n        -v    no prompt for confirmation               ---"
421    printf "\n        -w    maximum parallel io streams              as given by -X"
422    printf "\n        -x    tracing of mrun for debug purposes       ---"
423    printf "\n        -X    # of processors (on parallel machines)   1"
424    printf "\n        -y    add appendix \"_O\" to all local output"
425    printf "\n              files (ocean precursor runs followed by"
426    printf "\n              coupled atmosphere-ocean runs)           ---"
427    printf "\n        -Y    run coupled model, \"#1 #2\" with" 
428    printf "\n              #1 atmosphere and #2 ocean processors    \"#/2 #/2\" depending on -X"
429    printf "\n        -z    disable a priori parameter file check    ---"
430    printf "\n        -Z    skip combine_plot_fields at the end of      "
431    printf "\n              the simulation                           ---"
432    printf "\n "
433    printf "\n      Possible values of positional parameter <modus>:"
434    printf "\n        \"?\"       -  this outline \n\n") | more
435    exit
436 elif [[ "$1" != "" ]]
437 then
438    printf "\n  +++ positional parameter $1 unknown \n"
439    locat=parameter; exit
440 fi
441
442
443
444    # KURZE STARTMELDUNG
445 printf "\n*** $version "
446 printf "\n    will be executed.     Please wait ..."
447
448
449
450    # PRUEFEN, OB KONFIGURATIONS-DATEI VORHANDEN
451 if [[ ! -f $config_file ]]
452 then
453    printf "\n\n  +++ configuration file: "
454    printf "\n           $config_file"
455    printf "\n      does not exist"
456    locat=connect; exit 
457 fi
458
459
460    # HOST-IDENTIFIER (local_host) AUS KONFIGURATIONSDATEI BESTIMMEN
461 line=""
462 grep  "%host_identifier"  $config_file  >  tmp_mrun
463 while read line
464 do
465    if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
466    then
467       HOSTNAME=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
468       host_identifier=`echo $line | cut -d" " -s -f3`
469       if [[ $localhost_realname = $HOSTNAME ]]
470       then
471          localhost=$host_identifier
472          break
473       fi
474    fi
475 done < tmp_mrun
476
477 if [[ "$localhost" = "" ]]
478 then
479    printf "\n\n  +++ no host identifier found in configuration file \"$config_file\""
480    printf "\n      for local host \"$localhost_realname\"."
481    printf "\n      Please add line"
482    printf "\n      \"\%host_identifier $localhost_realname <identifier>\""
483    printf "\n      to the configuration file."
484    locat=localhost; exit
485 fi
486
487
488    # HOSTSPEZIFISCHE VARIABLEN SETZEN
489 case  $localhost_realname  in
490     (r1*|r2*|h01*|b01*)     archive_system=tivoli;;
491     (cs*)                   archive_system=ut;;
492     (fimm.bccs.uib.no)      fimm=true;;
493     (gate|n-sx)             PATH=$PALM_BIN:$PATH:/usr/bin/nqsII;;
494     (scirocco)              scirocco=true;;
495 esac
496
497
498 
499    # BASISNAME DER INPUT-DATEIEN GLEICH ALLGEMEINEM BASISNAMEN SETZEN,
500    # WENN NICHT VOM BENUTZER ANDERS BESTIMMT
501 [[ "$afname" = "" ]]  &&  afname=$fname
502
503
504    # EVTL. RUN-MODUS DEN I/O-LISTEN HINZUFUEGEN
505 if [[ "$run_mode" != "" ]]
506 then
507    input_list="$input_list $run_mode"
508    output_list="$output_list $run_mode"
509 fi
510
511
512    # RECHNERNAMEN ABSPEICHERN, VON DEM AUS JOB GESTARTET WIRD,
513    # ALLERDINGS NUR DANN, WENN NICHT PER OPTION -H BEREITS EIN WERT
514    # ZUGEWIESEN WURDE (MRUN MACHT DIES IMMER, WENN ES SELBST BATCH-JOBS
515    # STARTET)
516 if [[ "$fromhost" = "" ]]
517 then
518    fromhost=$localhost
519 fi
520
521
522    # PRUEFEN, OB AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL
523    # WERT VON do_remote WIRD FUER DATEIVERBINDUNGEN BENOETIGT.
524    # WENN AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WIRD, IST GLEICHZEITIG KLAR,
525    # DASS EIN BATCH-JOB GESTARTET WERDEN MUSS
526 if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
527 then
528    do_batch=true
529    do_remote=true
530    case  $host  in
531        (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|ibmy|nech|necriam|lcflow|lckyoto|lcsgib|lcsgih|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckiaps|lckordi|lckyuh|lckyut|lcsb)  true;;
532        (*)  printf "\n"
533             printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
534             printf "\n      is not available"
535             locat=nqs; (( iec = 0 )); exit;;
536    esac
537 else
538    host=$localhost
539 fi
540
541
542     # ZUSATZBEDINGUNGEN (OPTION -K) AUSWERTEN
543 if [[ -n $additional_conditions ]]
544 then
545#    echo $additional_conditions | cut -d" " -f1-3 | read  cond1  cond2  dummy
546    cond1=`echo $additional_conditions | cut -d" " -f1`
547    cond2=`echo $additional_conditions | cut -d" " -s -f2`
548    dummy=`echo $additional_conditions | cut -d" " -s -f3`
549    if [[ -n $dummy ]]
550    then
551       printf "\n  +++ more than 2 additional conditions given for Option \"-K\""
552       locat=options; exit
553    fi
554    block=_$cond1
555    [[ -n $cond2 ]]  &&  block=${block}_$cond2
556 fi
557
558
559      # KOPPLUNGSEIGENSCHAFTEN (-Y) AUSWERTEN UND coupled_mode BESTIMMEN
560 if [[ $run_coupled_model = true ]] 
561 then
562
563    if  [[ -n $coupled_dist ]]
564    then
565
566       numprocs_atmos=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f1`
567       numprocs_ocean=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f2`
568
569       if (( $numprocs_ocean + $numprocs_atmos != $numprocs ))
570       then
571
572          printf "\n  +++ number of processors does not fit to specification by \"-Y\"."
573          printf "\n      PEs (total)     : $numprocs"
574          printf "\n      PEs (atmosphere): $numprocs_atmos"
575          printf "\n      PEs (ocean)     : $numprocs_ocean"
576          locat=coupling; exit
577
578       fi
579
580    else
581
582       (( numprocs_ocean = $numprocs / 2 ))
583       (( numprocs_atmos = $numprocs / 2 ))
584
585    fi
586    coupled_dist=`echo "$numprocs_atmos $numprocs_ocean"`
587
588       # GET coupled_mode FROM THE CONFIG FILE
589    line=""
590    grep  "%cpp_options.*-D__mpi2.*$host" $config_file  >  tmp_mrun
591    while read line
592    do
593       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" &&  $(echo $line | cut -d" " -s -f4) = $cond1 && $(echo $line | cut -d" " -s -f4)  = $cond2 ]]
594       then
595          coupled_mode="mpi2"
596       fi
597    done < tmp_mrun
598
599 fi
600
601
602    # PRUEFEN, OB EVTL. BEI VORHERGEHENDEM LAUF (KETTENJOB) EINE
603    # ARCHIVIERUNG FEHLGESCHLAGEN IST
604 if [[ -f ~/job_queue/ARCHIVE_ERROR_$fname ]]
605 then
606    if [[ $ignore_archive_error = false ]]
607    then
608       printf "\n  +++ data archiving of previous run failed"
609       printf "\n      see directory \~/job_queue on remote machine"
610       locat=archive; exit
611    else
612       printf "\n  +++ warning: data archiving in a previous run failed"
613       printf "\n      MRUN continues, trying to get backup copy"
614    fi
615 fi
616
617
618    # WERTE VON MRUN-OPTIONEN SICHERN UND DAMIT GEGEBENENFALLS SPAETER DIE
619    # IN DER KONFIGURAIONSDATEI ANGEGEBENEN WERTE UEBERSTEUERN
620 mrun_memory=$memory
621 mrun_group_number=$group_number
622 mrun_cpumax=$cpumax
623 mrun_numprocs=$numprocs
624
625
626    # LESEN UND INTERPRETIEREN DER KONFIGURATIONS-DATEI VOM SHELLSCRIPT AUS
627    # VORUEBERGEHEND ZWINGEND AUF LINUX-RECHNERN
628 if [[ "$read_from_config" = false ]]
629 then
630
631    [[ $silent = false ]]  &&  printf "\n    Reading the configuration file... "
632    while  read zeile
633    do
634        [[ $silent = false ]]  &&  printf "."
635
636
637          # ZUERST EVENTUELL VORKOMMENDE ENVIRONMENT-VARIABLEN DURCH IHRE WERTE
638          # ERSETZEN
639       eval  zeile=\"$zeile\"
640
641
642          # INTERPRETATION DER ZEILE
643       if [[ "$(echo $zeile)" = "" ]]
644       then
645             # LEERZEILE, KEINE AKTION
646          continue
647
648       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1)"  =  "#" ]]
649       then
650
651             # ZEILE IST KOMMENTARZEILE
652          true
653
654       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1)"  =  "%" ]]
655       then
656
657             # ZEILE DEFINIERT ENVIRONMENT-VARIABLE
658          zeile=$(echo $zeile | cut -c2-)
659#          echo $zeile | cut -d" " -f1-5 | read  var  value  for_host  for_cond1  for_cond2
660          var=`echo $zeile | cut -d" " -f1`
661          value=`echo $zeile | cut -d" " -s -f2`
662          for_host=`echo $zeile | cut -d" " -s -f3`
663          for_cond1=`echo $zeile | cut -d" " -s -f4`
664          for_cond2=`echo $zeile | cut -d" " -s -f5`
665
666          if [[ "$for_host" = ""  ||  ( "$for_host" = $host  &&  "$for_cond1" = "$cond1"  &&  "$for_cond2" = "$cond2" )  ||  $(echo "$input_list$output_list"|grep -c "$for_host") != 0 ]]
667          then
668
669                # BEI COMPILER- CPP- ODER LINKEROPTIONEN EVTL ":" DURCH " "
670                # ERSETZEN. "::" WIRD DURCH ":" ERSETZT.
671             value=`echo $value | sed 's/::/%DUM%/g' | sed 's/:/ /g' | sed 's/%DUM%/:/g'`
672
673
674                # ENVIRONMENT-VARIABLE WIRD WERT AUS KONFIGURATIONSDATEI
675                # ZUGEWIESEN, WENN SIE SELBST NOCH KEINEN WERT UEBER DIE
676                # ENTSPRECHENDE SCRIPT-OPTION ERHALTEN HAT. SOLCHE
677                # VARIABLEN HAETTEN DANN DEN WERT "" ODER IM INTEGER-FALL DEN
678                # WERT 0.  ALLGEMEINE REGEL ALSO: SCRIPT-OPTION GEHT UEBER
679                # KONFIGURATIONSDATEI
680             if [[ "$(eval echo \$$var)" = ""  ||  "$(eval echo \$$var)" = "0" ]]
681             then
682                eval  $var=\$value
683
684                   # EVTL. BILDSCHIRMAUSGABEN DER ENVIRONMENT-VARIABLEN
685                if [[ $do_trace = true ]]
686                then
687                   printf "\n*** ENVIRONMENT-VARIABLE $var = $value"
688                fi
689             fi
690
691                # WENN ENVIRONMENT-VARIABLE HOST VEREINBART, DANN SOFORT AUSWERTEN
692                # WERT VON do-remote WIRD BEI DATEIVERBINDUNGEN BENOETIGT
693                # WENN AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WIRD, IST GLEICHZEITIG KLAR,
694                # DASS EIN BATCH-JOB GESTARTET WERDEN MUSS
695             if [[ $var = host ]]
696             then
697                if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
698                then
699                   do_batch=true
700                   do_remote=true
701                   case  $host  in
702                       (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|ibmy|lcflow|lckyoto|lcsgib|lcsgih|nech|necriam|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckiaps|lckordi|lckyuh|lckyut|lcsb)  true;;
703                       (*)  printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
704                            printf "\n      is not available"
705                            locat=nqs; exit;;
706                   esac
707                else
708                   host=$localhost
709                fi
710             fi
711
712                # VOM BENUTZER DEFINIERTE ENVIRONMENT VARIABLEN MUESSEN PRINZIPIELL
713                # EXPORTIERT WERDEN, DA SIE VIELLEICHT IN WEITER UNTEN AUFZURUFEN-
714                # DEN PROGRAMMEN BENOETIGT WERDEN
715             export  $var
716          fi
717
718
719
720
721       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "EC:" ]]
722       then
723
724             # ZEILE DEFINIERT ERROR-KOMMANDO
725          (( iec = iec + 1 ))
726          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
727          err_command[$iec]="$zeile"
728
729       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "IC:" ]]
730       then
731
732             # ZEILE DEFINIERT INPUT-KOMMANDO
733          (( iic = iic + 1 ))
734          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
735          in_command[$iic]="$zeile"
736
737       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "OC:" ]]
738       then
739
740             # ZEILE DEFINIERT OUTPUT-KOMMANDO
741          (( ioc = ioc + 1 ))
742          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
743          out_command[$ioc]="$zeile"
744
745       else
746
747             # ZEILE DEFINIERT DATEIVERBINDUNG. EINLESEN DER DATEIEIGENSCHAFTEN
748             # s2a: in/out - Feld
749             # s2b: loc    - Feld (optional)
750             # s2c: tr/ar  - Feld (optional)
751#          echo $zeile | cut -d" " -f1-2 | read  s1  s2
752          s1=`echo $zeile | cut -d" " -f1`
753          s2=`echo $zeile | cut -d" " -s -f2`
754          s2a=$(echo $s2 | cut -d":" -f1)
755          if [[ $(echo $s2 | grep -c ":") = 0 ]]
756          then
757             s2b=""
758             s2c=""
759          else
760#             echo $s2 | cut -d":" -f2-3 | sed 's/:/ /g' | read  s2b  s2c
761             s2b=`echo $s2 | cut -d":" -f2 | sed 's/:/ /g'`
762             s2c=`echo $s2 | cut -d":" -s -f3 | sed 's/:/ /g'`
763          fi
764#          echo $zeile | cut -d" " -f3-6 | read  s3  s4  s5  s6
765          s3=`echo $zeile | cut -d" " -f3`
766          s4=`echo $zeile | cut -d" " -s -f4`
767          s5=`echo $zeile | cut -d" " -s -f5`
768          s6=`echo $zeile | cut -d" " -s -f6`
769
770       
771             # ABSPEICHERN DER DATEIVERBINDUNG, FALLS IN INPUT- ODER OUTPUT-LIST
772             # VERMERKT. VARIABLE S3 KANN AUCH LISTE ENTHALTEN (FELDTRENNER ":")
773             # DATEIVERBINDUNG WIRD DANN NICHT ABGESPEICHERT UND GEPRUEFT, WENN
774             # PROGRAMMLAUF AUF REMOTE-MASCHINE ERFOLGT UND DATEI NUR LOKAL VOR-
775             # HANDEN SEIN MUSS (D.H. s2b = loc)
776          IFSALT="$IFS"; IFS="$IFS:"
777          if [[ "$s2a" = in  &&  ! ( $do_remote = true  &&  ( "$s2b" = loc  ||  "$s2b" = locopt ) ) ]]
778          then
779             found=false
780             for  actual  in  $input_list
781             do
782                for  formal  in  $s3
783                do
784                   [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-" ]]  &&  found=true
785                done
786             done
787             if [[ $found = true ]]
788             then
789                (( iin = iin + 1 ))
790                localin[$iin]=$s1; transin[$iin]=$s2b; actionin[$iin]=$s2c;
791                typein[$iin]=$s3; pathin[$iin]=$s4; endin[$iin]=$s5;
792                extin[$iin]=$s6
793             fi
794          elif [[ "$s2a" = out  &&  ! ( $do_remote = true  &&  "$s2b" = loc ) ]]
795          then
796             found=false
797             for  actual  in  $output_list
798             do
799                for  formal  in  $s3 
800                do
801                   [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-"  ]]  &&  found=true
802                done
803             done
804             if [[ $found = true ]]
805             then
806                (( iout = iout + 1 ))
807                localout[$iout]=$s1; actionout[$iout]=$s2c; typeout[$iout]=$s3;
808                pathout[$iout]=$s4; endout[$iout]=$s5; extout[$iout]=$s6
809             fi
810          elif [[ "$s2a" != in  &&  "$s2a" != out ]]
811          then
812             printf "\n  +++ I/O-attribute in configuration file $config_file has the invalid"
813             printf "\n      value \"$s2\". Only \"in\" and \"out\" are allowed!"
814             locat=connect; exit
815          fi
816          IFS="$IFSALT"
817       fi
818    done < $config_file
819
820 else
821
822
823       # INTERPRETATION DER KONFIGURATIONSDATEI MITTELS FORTRAN 90 - PROGRAMM
824    [[ $silent = false ]]  &&  printf "..."
825    export  cond1 cond2 config_file do_remote do_trace input_list localhost output_list
826    export  interpreted_config_file=.icf.$RANDOM
827
828
829
830       # ENVIRONMENT-VARIABLEN FUER INTERPRET_CONFIG UEBER NAMELIST_DATEI ZUR
831       # VERFUEGUNG STELLEN
832    cat  >  .mrun_environment  <<  %%END%%
833 &mrun_environment  cond1 = '$cond1', cond2 = '$cond2',
834                    config_file = '$config_file', do_remote = '$do_remote',
835                    do_trace = '$do_trace', host = '$host',
836                    input_list = '$input_list', icf = '$interpreted_config_file',
837                    localhost = '$localhost', output_list = '$output_list' /
838
839%%END%%
840
841    if [[ $localhost_realname = "sx-fep" ]]
842    then
843       /home/COAR/NC/raasch/pub/interpret_config_necriam.x
844    else
845
846       if [[ "$host" != $localhost ]]
847       then
848
849             # REMOTE JOB FROM LOCAL HOST: JUST TAKE THE FIRST EXECUTABLE FOUND
850          interpret_config_executable=`ls -1 ${PALM_BIN}/interpret_config*.x 2>/dev/null`
851          if [[ $? != 0 ]]
852          then
853             printf "\n\n  +++ no interpret_config found"
854             printf "\n      run \"mbuild -u -h ...\" to generate utilities for this host"
855             locat=interpret_config; exit
856          fi
857          interpret_config_executable=`echo $interpret_config_executable | cut -d" " -f1`
858          $interpret_config_executable
859
860       else
861
862             # CHECK, IF THERE IS AN EXECUTABLE FOR THE BLOCK
863          if [[ ! -f ${PALM_BIN}/interpret_config${block}.x ]]
864          then
865             printf "\n\n  +++ no interpret_config found for given block \"$cond1 $cond2\""
866             printf "\n      run \"mbuild -u -h ...\" to generate utilities for this block"
867             locat=interpret_config; exit
868          else
869             interpret_config${block}.x
870          fi
871
872       fi
873    fi
874    rm .mrun_environment
875
876
877       # AUSFUEHRUNG DER GENERIERTEN SHELL-KOMMANDOS IN DIESER SHELL
878    chmod  u+x  $interpreted_config_file
879    export PATH=$PATH:.
880    . $interpreted_config_file
881    rm  $interpreted_config_file
882
883 fi
884
885
886    # OPTIONSWERTE UEBERSTEUERN KONFIGURATIONSDATEI
887 [[ $mrun_memory     != 0   ]]  &&  memory=$mrun_memory
888 [[ "$mrun_group_number" != "none" ]]  &&  group_number=$mrun_group_number
889 [[ $mrun_cpumax     != 0   ]]  &&  cpumax=$mrun_cpumax
890 [[ "$mrun_numprocs" != ""  ]]  &&  numprocs=$mrun_numprocs
891 [[ "$max_par_io_str" != "" ]]  &&  maximum_parallel_io_streams=$max_par_io_str
892 [[ "$mrun_tasks_per_node" != "" ]]  &&  tasks_per_node=$mrun_tasks_per_node
893
894
895    # QUELLTEXTVERZEICHNIS AUF LOKALER MASCHINE AUS KONFIGURATIONSDATEI
896    # BESTIMMEN (WUERDE SONST EVTL. DAS VERZEICHNIS DES JEWEILS UNTER -h
897    # ANGEGEBENEN REMOTE-RECHNERS SEIN)
898    # BEI BATCH-JOBS SIND DIE ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE SCHON KOMPLETT
899 if [[ "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
900 then
901
902       # ZUERST PRUEFEN, OB EIN GLOBALER QUELLTEXTPFAD FUER ALLE RECHNER
903       # VEREINBART WURDE
904    source_path=""
905    line=""
906    grep "%source_path" $config_file  >  tmp_mrun
907    while read line
908    do
909       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
910       then
911          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -f3)" = "" ]]
912          then
913             global_source_path=`echo $line | cut -d" " -f2`
914          fi
915       fi
916    done  <  tmp_mrun
917
918    line=""
919    found=false
920    grep  " $localhost" $config_file | grep "%source_path"  >  tmp_mrun
921    while read line
922    do
923       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
924       then
925          if [[ $found = true ]]
926          then
927             printf "\n\n  +++ more than one source path found in configuration file"
928             printf "\n      for local host \"$localhost\" "
929             locat=source_path; exit
930          fi
931          source_path=`echo $line | cut -d" " -f2`
932          found=true
933       fi
934    done  <  tmp_mrun
935    rm  tmp_mrun
936
937    if [[ "$source_path" = "" ]]
938    then
939       if [[ "$global_source_path" != "" ]]
940       then
941          source_path=$global_source_path
942       else
943          printf "\n\n  +++ no source path found in configuration file"
944          printf "\n      for local host \"$localhost\" "
945          locat=source_path; exit
946       fi
947    fi
948    eval source_path=$source_path
949
950    if [[ ! -d $source_path ]]
951    then
952       printf "\n\n  +++ source path \"$source_path\" on local host"
953       printf "\n      \"$localhost\" does not exist"
954       locat=source_path; exit
955    fi
956
957 fi
958
959
960    # GLOBALE REVISIONSNUMMER ERMITTELN (FORTSETZUNGSLAEUFEN WIRD DIESE
961    # DURCH OPTION -G MITGETEILT)
962 if [[ "$global_revision" = ""   &&  $host != "ibmkisti" ]]
963 then
964    global_revision=`svnversion $source_path  2>/dev/null`
965    global_revision="Rev: $global_revision"
966 fi
967
968
969    # NOCHMAL PRUEFEN, OB AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL
970    # (HOST KANN IN KONFIGURATIONSDATEI ANDERS FESTGELEGT WORDEN SEIN)
971    # WERT VON do_remote WIRD FUER DATEIVERBINDUNGEN BENOETIGT.
972    # WENN AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WIRD, IST GLEICHZEITIG KLAR,
973    # DASS EIN BATCH-JOB GESTARTET WERDEN MUSS
974 if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
975 then
976    do_batch=true
977    do_remote=true
978    case  $host  in
979        (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|ibmy|lcflow|lckyoto|lcsgib|lcsgih|nech|necriam|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckiaps|lckordi|lckyuh|lckyut|lcsb)  true;;
980        (*)  printf "\n"
981             printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
982             printf "\n      is not available"
983             locat=nqs; (( iec = 0 )); exit;;
984    esac
985 else
986    host=$localhost
987 fi
988
989
990    # PRUEFUNG EINIGER PROZESSORZAHLANGABEN BEI RECHNUNGEN AUF PARALLELRECHNERN
991 if [[ "$cond1" = parallel  ||  "$cond2" = parallel ]]
992 then
993
994       # PRUEFEN, OB DIE ANZAHL DER ZU VERWENDENDEN PES ANGEGEBEN WURDE
995    if [[ ! -n $numprocs ]]
996    then
997       printf "\n"
998       printf "\n  +++ option \"-K parallel\" requires additional specification"
999       printf "\n      of the number of processors to be used by"
1000       printf "\n      mrun-option \"-X\" or by environment-variable"
1001       printf "\n      \"numprocs\" in the configuration file"
1002       locat=numprocs; (( iec = 0 )); exit 
1003    fi
1004
1005       # PRUEFEN, OB DIE PROZESSORANZAHL PRO KNOTEN ANGEGEBEN WURDE (GGF.
1006       # DEFAULT-WERT SETZEN) UND OB SIE EIN GANZZAHLIGER TEILER DER
1007       # GESAMTPROZESSORANZAHL IST
1008    if [[ "$tasks_per_node" = ""  &&  $host != lcflow  &&  $host != lcxt5m ]]
1009    then
1010       printf "\n"
1011       printf "\n  +++ option \"-T\" (tasks per node) is missing"
1012       printf "\n      set -T option or define tasks_per_node in the config file"
1013       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit 
1014    fi
1015    if [[ $host != lcflow  &&  $host != lcxt5m ]]
1016    then
1017       (( ival = $tasks_per_node ))
1018       (( pes = numprocs ))
1019#          if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics+1PE) = 1 ]]
1020#          then
1021#             (( pes = pes - 1 ))
1022#          fi
1023       (( ii = pes / ival ))
1024       if (( pes - ii * ival > 0 ))
1025       then
1026          printf "\n"
1027          printf "\n  +++ tasks per node (option \"-T\") must be an integral"
1028          printf "\n      divisor of the total number of processors (option \"-X\")"
1029          printf "\n      values of this mrun-call: \"-T $tasks_per_node\" \"-X $numprocs\""
1030          locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit 
1031       fi
1032    fi
1033
1034
1035       # IBMY HAT NUR EINEN KNOTEN
1036    if [[ $host = ibmy ]]
1037    then
1038       if [[ "$tasks_per_node" != ""  &&  "$tasks_per_node" != "$numprocs" ]]
1039       then
1040          printf "\n"
1041          printf "\n  +++ on ibmy, tasks per node (option \"-T\") must be equal to the"
1042          printf "\n      total number of processors (option \"-X\")"
1043          printf "\n      values of this mrun-call: \"-T $tasks_per_node\" \"-X $numprocs\""
1044          locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit 
1045       fi
1046    fi
1047
1048
1049       # SETTINGS FOR SUBJOB-COMMAND
1050    TOPT="-T $tasks_per_node"
1051    OOPT="-O $threads_per_task"
1052
1053       # GESAMTZAHL DER KNOTEN BESTIMMEN
1054    if [[ "$tasks_per_node" != "" ]]
1055    then
1056       (( nodes = numprocs / ( tasks_per_node * threads_per_task ) ))
1057    fi
1058
1059       # PRUEFEN, OB NODE USAGE EINEN ERLAUBTEN WERT HAT BZW. DEN DEFAULT
1060       # SETZEN
1061    if [[ $node_usage = default ]]
1062    then
1063       if [[ $host = ibms ]]
1064       then
1065          node_usage=shared
1066       elif [[ $(echo $host | cut -c1-5) = lcsgi ]]
1067       then
1068          node_usage=singlejob
1069       else
1070          node_usage=not_shared
1071       fi
1072    fi
1073
1074    if [[ $node_usage != shared  &&  $node_usage != not_shared  &&  $node_usage != singlejob  &&  "$(echo $node_usage | cut -c1-3)" != "sla" ]]
1075    then
1076       printf "\n"
1077       printf "\n  +++ node usage (option \"-n\") is only allowed to be set"
1078       printf "\n      \"shared\" or \"not_shared\""
1079       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit 
1080    fi
1081
1082 fi
1083
1084    # PRUEFEN, OB HOSTFILE EXISTIERT
1085 if [[ -n $hostfile ]]
1086 then
1087    if [[ ! -f $hostfile ]]
1088    then
1089       printf "\n"
1090       printf "\n  +++ hostfile \"$hostfile\" does not exist"
1091       locat=hostfile; exit
1092    fi
1093 fi
1094
1095    # PRUEFEN, OB RHOSTS DATEI EXISTIERT. GEGEBENENFALLS ANLEGEN BZW. ERWEITERN
1096 if [[ $host = ibmy  &&  $do_remote = false ]]
1097 then
1098    if [[ ! -f $HOME/.rhosts ]]
1099    then
1100       echo  "gfdl5.yonsei.ac.kr"  >  $HOME/.rhosts
1101       printf "\n\n  *** file:"
1102       printf "\n           $HOME/.rhosts"
1103       printf "\n      was created\n"
1104    fi
1105    if [[ $(grep -c gfdl5.yonsei.ac.kr $HOME/.rhosts) = 0 ]]
1106    then
1107       echo  "gfdl5.yonsei.ac.kr"  >>  $HOME/.rhosts
1108       printf "\n\n  *** file:"
1109       printf "\n           $HOME/.rhosts"
1110       printf "\n      was extended by the name of the current host\n"
1111    fi
1112 fi
1113
1114
1115    # Set default value for the maximum number of parallel io streams
1116 if [[ "$maximum_parallel_io_streams" = "" ]]
1117 then
1118    maximum_parallel_io_streams=$numprocs
1119 fi
1120
1121
1122    # Set port number option for calls of ssh/scp, subjob and batch_scp scripts
1123 if [[ "$scp_port" != "" ]]
1124 then
1125    PORTOPT="-P $scp_port"
1126    SSH_PORTOPT="-p $scp_port"
1127 fi
1128
1129
1130    # FALLS NICHT VORGEGEBEN, DEFAULT-QUEUE AUF DER ZIELMASCHINE FESTLEGEN
1131 if [[ $queue = none ]]
1132 then
1133    case  $host  in
1134        (ibmh)       queue=no_class;;
1135        (ibmkisti)   queue=class.32plus;;
1136        (ibmy)       queue=parallel;;
1137        (lckiaps)    queue=normal;;
1138        (lckyoto)    queue=ph;;
1139        (lckyuh)     queue=fx-single;;
1140        (lckyut)     queue=cx-single;;
1141        (lcsgib)     queue=testq;;
1142        (lcsgih)     queue=testq;;
1143        (lctit)      queue=S;;
1144        (nech)       queue=none;;
1145        (necriam)    queue=SP;;
1146        (unics)      queue=unics;;
1147    esac
1148 fi
1149
1150
1151    # VOLLSTAENDIGE DATEINAMEN DER INPUT-FILES BILDEN,
1152    # INPUT-DATEIEN AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND EVTL. HOECHSTE ZYKLUSNUMMER
1153    # ERMITTELN
1154 (( i = 0 ))
1155 while (( i < iin ))
1156 do
1157    (( i = i + 1 ))
1158    (( maxcycle = 0 ))
1159
1160       # NAMENSBILDUNG (EVTL. IST FESTER DATEINAME VORGEGEBEN)
1161    if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1162    then
1163       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${endin[$i]}  # REMOTE-PFAD ERST AUF
1164                                                    # REM-MASCHINE AUSWERTEN
1165       eval filename=${pathin[$i]}/${endin[$i]}
1166    else
1167       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}  # REMOTE-PFAD ERST AUF
1168                                                             # REM-MASCHINE AUSWERTEN
1169       eval filename=${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}
1170    fi
1171    eval pathname=${pathin[$i]}
1172
1173#   SAVE INPUT FILE NAME FOR PARAMETER FILE CHECK
1174    if [[ ("${transin[$i]}" = job) && (-f $filename) ]]
1175    then
1176       filename_input=$filename
1177    fi
1178
1179       # PRUEFEN AUF VORHANDENSEIN
1180    if [[ $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "not found") = 1  || \
1181          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "nicht gefunden") = 1  || \
1182          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "No such file") = 1  || \
1183          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "does not exist") = 1 ]]
1184    then
1185          # DATEIEN MIT EXTENSION (Z.B. NC) MUESSEN NICHT ZWINGEND VORHANDEN
1186          # SEIN, DESHALB IN SOLCHEN FAELLEN KEIN ABBRUCH. DIES IST NUR EINE
1187          # VORUEBERGEHENDE LOESUNG (OKT 05). NICHT ZWINGEND BENOETIGTE
1188          # EINGABEDATEIEN SOLLTEN EINE SPEZIELLE OPTION IN DER DATEI-
1189          # VERBINDUNGSANWEISUNG BEKOMMEN (Z.B. inopt?)
1190       if [[ "${transin[$i]}" != "locopt" ]]
1191       then
1192          printf "\n\n  +++ INPUT-file: "
1193          if [[ "${extin[$i]}" = "" ]]
1194          then
1195             printf "\n           $filename"
1196          else
1197             printf "\n           $filename.${extin[$i]}"
1198          fi
1199          printf "\n      does not exist\n"
1200          locat=input; exit
1201       else
1202          transin[$i]="unavailable"
1203       fi
1204    else
1205
1206          # ZYKLUSNUMMER FESTSTELLEN
1207       ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1208       ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1209       while  read zeile
1210       do
1211          cycle=$(echo $zeile | cut -f2 -d".")
1212          if [[ "$cycle" = "$zeile" ]]
1213          then
1214             (( icycle = 0 ))
1215          elif [[ "$cycle" = "${extin[$i]}" ]]
1216          then
1217             (( icycle = 0 ))
1218          else
1219             (( icycle = $cycle ))
1220          fi
1221          if (( icycle > maxcycle ))
1222          then
1223             (( maxcycle = icycle ))
1224             file_to_be_used=$zeile
1225          fi
1226       done <filelist
1227       rm filelist
1228
1229          # EVTL. ZYKLUSNUMMER AN DATEINAMEN ANFUEGEN
1230       if (( maxcycle > 0 ))
1231       then
1232          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1233          then
1234             filename=${filename}.$maxcycle.${extin[$i]}
1235          else
1236             filename=${filename}.$maxcycle
1237          fi
1238       else
1239          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1240          then
1241             filename=${filename}.${extin[$i]}
1242          fi
1243       fi
1244       
1245          # DATEINAMEN OHNE PFAD ABER MIT ZYKLUSNUMMER ABSPEICHERN,
1246          # DA SPAETER BEI RUECKSPEICHERN VOM ARCHIVSYSTEM EVTL. BENOETIGT
1247       absnamein[$i]=$filename
1248       if (( maxcycle > 0 ))
1249       then
1250          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1251          then
1252             frelin[$i]=${endin[$i]}.$maxcycle
1253          else
1254             frelin[$i]=${afname}${endin[$i]}.$maxcycle
1255          fi
1256       else
1257          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1258          then
1259             frelin[$i]=${endin[$i]}
1260          else
1261             frelin[$i]=${afname}${endin[$i]}
1262          fi
1263       fi
1264
1265    fi
1266 done
1267   
1268    # VOLLSTAENDIGE DATEINAMEN (OHNE $ ODER ~) DER OUTPUT-FILES BILDEN,
1269    # OUTPUT-DATEIEN AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND EVTL. HOECHSTE ZYKLUSNUMMER
1270    # ERMITTELN ODER, FALLS NICHT VORHANDEN, PRUEFEN, OB SIE SICH ANLEGEN LASSEN
1271    # DIESE AKTIONEN FINDEN NICHT STATT, WENN PROGRAMM AUF REMOTE-MASCHINE
1272    # RECHNET UND DATEI ANSCHLIESSEND TRANSFERIERT WERDEN SOLL!
1273 (( i = 0 ))
1274 while (( i < iout ))
1275 do
1276    (( i = i + 1 ))
1277    if [[ ! ( $fromhost != $localhost  &&  ( "${actionout[$i]}" = tr || "${actionout[$i]}" = tra || "${actionout[$i]}" = trpe ) ) ]]
1278    then
1279       if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
1280       then
1281          actionout[$i]=""
1282       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe ]]
1283       then
1284          actionout[$i]=pe
1285       elif [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
1286       then
1287          actionout[$i]=a
1288       fi
1289       (( maxcycle = 0 ))
1290       eval filename=${pathout[$i]}/${fname}${endout[$i]}
1291       eval catalogname=${pathout[$i]}
1292       if [[ $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "not found") = 1  || \
1293             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "nicht gefunden") = 1  || \
1294             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "No such file") = 1  || \
1295             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "does not exist") = 1 ]]
1296       then
1297     
1298             # OUTPUT-DATEI NICHT VORHANDEN. PRUEFEN, OB ANLEGEN MOEGLICH.
1299          if  cat /dev/null > $filename 
1300          then
1301             rm  $filename
1302          else
1303
1304                # PRUEFEN, OB KATALOG VORHANDEN UND EVTL. DIESEN ANLEGEN
1305             if [[ ! -d $catalogname ]]
1306             then
1307                if  mkdir -p  $catalogname
1308                then
1309                   printf "\n\n  *** directory:"
1310                   printf "\n           $catalogname"
1311                   printf "\n      was created\n"
1312                else
1313                   printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1314                   printf "\n           $filename"
1315                   printf "\n      cannot be created, because directory does not exist"
1316                   printf "\n      and cannot be created either"
1317                   printf "\n"
1318                   locat=output  ; exit
1319                fi 2>/dev/null
1320             else
1321                printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1322                printf "\n           $filename"
1323                printf "\n      cannot be created, although directory exists"
1324                printf "\n"
1325                locat=output  ; exit
1326             fi
1327          fi 2>/dev/null
1328       else
1329
1330             # ZYKLUSNUMMER FESTSTELLEN
1331          ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1332          ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1333          while  read zeile
1334          do
1335             cycle=$(echo $zeile | cut -f2 -d".")
1336             if [[ "$cycle" = "$zeile"  ||  "$cycle" = ${extout[$i]} ]]
1337             then
1338                (( icycle = 1 ))
1339             else
1340                (( icycle = $cycle + 1 ))
1341             fi
1342             if (( icycle > maxcycle ))
1343             then
1344                (( maxcycle = icycle ))
1345             fi
1346          done <filelist
1347          rm filelist
1348       fi
1349
1350          # EVTL. ZYKLUSNUMMER AN DATEINAMEN ANFUEGEN UND PRUEFEN, OB SICH
1351          # DATEI AUCH WIRKLICH ANLEGEN LAESST. IM APPEND-FALL MUSS AN DEN
1352          # HOECHSTEN VORHANDENEN ZYKLUS-ANGEHAENGT WERDEN. ANLAGEPRUEFUNG
1353          # IST DANN NATUERLICH NICHT ZULAESSIG BZW. MOEGLICH
1354       if [[ "${actionout[$i]}" != a ]]
1355       then
1356          if (( maxcycle > 0 ))
1357          then
1358             filename=${filename}.$maxcycle
1359             if  cat /dev/null > $filename 
1360             then
1361                rm  $filename
1362             else
1363                printf "\n  +++ OUTPUT-file:"
1364                printf "\n           $filename"
1365                printf "\n      cannot be created"
1366                locat=output  ; exit
1367             fi
1368          fi
1369       else
1370          (( maxcycle = maxcycle - 1 ))
1371          if (( maxcycle > 0 ))
1372          then
1373             filename=${filename}.$maxcycle
1374          fi
1375       fi
1376       
1377          # DATEINAMEN OHNE PFAD ABER MIT ZYKLUSNUMMER ABSPEICHERN,
1378          # DA SPAETER BEI ABLAGE AUF ARCHIVSYSTEM BZW. FUER
1379          # DATEI OUTPUT_FILE_CONNECTIONS EVTL. BENOETIGT
1380       pathout[$i]=$filename
1381       if (( maxcycle > 0 ))
1382       then
1383          frelout[$i]=${fname}${endout[$i]}.$maxcycle
1384       else
1385          frelout[$i]=${fname}${endout[$i]}
1386       fi
1387
1388    fi
1389 done
1390
1391
1392     # DAS DVR-PAKET ERFORDERT EINE ENTSPRECHENDE BIBLIOTHEK
1393 if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
1394 then
1395    if [[ "$dvr_inc" = "" ]]
1396    then
1397       printf "\n\n  +++ no value for \"dvr_inc\" given in configuration file"
1398       printf "\n      This is required for the dvrp_graphics package.\n"
1399       locat=dvr; exit
1400    fi
1401    if [[ "$dvr_lib" = "" ]]
1402    then
1403       printf "\n\n  +++ no value for \"dvr_lib\" given in configuration file"
1404       printf "\n      This is required for the dvrp_graphics package.\n"
1405       locat=dvr; exit
1406    fi
1407 fi
1408
1409
1410     # PRUEFEN, OB ENTWEDER HAUPTPROGRAMM ODER NUR EIN AUSFUEHRBARES
1411     # PROGRAMM VEREINBART WURDE (IN DIESEM FALL BRAUCHT IM WEITEREN NICHT
1412     # UEBERSETZT ZU WERDEN)
1413 if [[ "$mainprog" = ""  &&  "$executable" = "" ]]
1414 then
1415    printf "\n  +++ neither main program nor executable defined"
1416    locat=source; exit
1417 elif [[ "$mainprog" != ""  &&  "$executable" != "" ]]
1418 then
1419    printf "\n  +++ main program as well as executable defined"
1420    locat=source; exit
1421 elif [[ "$mainprog" = ""  &&  "$executable" != "" ]]
1422 then
1423    do_compile=false
1424 fi
1425
1426
1427    # SOURCE-VERZEICHNIS ZUM AUFSAMMELN DER ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE
1428    # ERZEUGEN. HIERHIN WERDEN SPAETER IM FALL VON BATCH-JOBS AUCH DAS MRUN-
1429    # SCRIPTS SOWIE DIE KONFIGURATIONSDATEI KOPIERT
1430 if [[ $restart_run != true  &&  "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1431 then
1432    rm -rf  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1433    mkdir   SOURCES_FOR_RUN_$fname
1434 fi
1435
1436
1437    # ALLE ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE ZUSAMMENSAMMELN
1438    # BEI BATCH-JOBS IST DIES NICHT NOETIG, WEIL DIE PROGRAMMTEILE BEREITS DURCH
1439    # DEN MRUN-AUFRUF ERMITTELT SIND, DER DEN BATCH-JOB GENERIERT HAT, UND
1440    # IM VERZEICHNIS SOURCES_FOR_RUN_... ABGELEGT SIND
1441 if [[ $do_compile = true  &&  "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1442 then
1443
1444    [[ "$source_list" = LM ]]  &&  source_list=LOCALLY_MODIFIED
1445
1446    if [[ "$source_list" = LOCALLY_MODIFIED ]]
1447    then
1448
1449          # MODIFIZIERTE DATEIEN DER SVN-ARBEITSKOPIE BESTIMMEN
1450       source_list=""
1451       cd  $source_path
1452
1453
1454          # PRUEFEN, OB VERZEICHNIS UEBERHAUPT UNTER SVN-KONTROLLE STEHT
1455       if [[ ! -d .svn ]]
1456       then
1457          printf "\n\n  +++ source directory"
1458          printf "\n         \"$source_path\" "
1459          printf "\n         is not under control of \"subversion\"."
1460          printf "\n         Please do not use mrun-option \"-s LOCALLY_MODIFIED\"\n"
1461       fi
1462
1463
1464          # ALLE MODIFIZIERTEN QUELLCODEDATEIEN AUFLISTEN
1465       Filenames=""
1466       svn status  >  tmp_mrun
1467       while  read line
1468       do
1469          firstc=`echo $line | cut -c1`
1470          if [[ $firstc = M  ||  $firstc = "?" ]]
1471          then
1472             Name=`echo "$line" | cut -c8-`
1473             extension=`echo $Name | cut -d. -f2`
1474             if [[ "$extension" = f90 || "$extension" = F90 || "$extension" = f || "$extension" = F || "$extension" = c ]]
1475             then
1476                Filenames="$Filenames "$Name
1477             fi
1478          fi
1479       done < tmp_mrun
1480
1481
1482          # DATEIEN NACH SOURCES_FOR_RUN_... KOPIEREN
1483       for  dateiname  in  $Filenames
1484       do
1485          cp  $dateiname  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1486          source_list=$source_list"$dateiname "
1487       done
1488
1489       cd -  > /dev/null
1490
1491
1492       # MITTELS OPTION -s ANGEGEBENE DATEIEN NACH SOURCES_FOR_RUN_... KOPIEREN
1493       # BEI AUTOMATISCHEN FORTSETZUNGSLAEUFEN SIND DORT SCHON ALLE DATEIEN
1494       # VORHANDEN
1495    elif [[ "$source_list" != ""  &&  $restart_run != true ]]
1496    then
1497
1498       cd  $source_path
1499
1500       for  filename  in  $source_list
1501       do
1502
1503             # QUELLTEXT-DATEI DARF KEINE PFADE BEINHALTEN
1504          if [[ $(echo $filename | grep -c "/") != 0 ]]
1505          then
1506             printf "\n  +++ source code file:  $filename"
1507             printf "\n      must not contain (\"/\") "
1508             locat=source; exit
1509          fi
1510
1511          if [[ ! -f $filename ]]
1512          then
1513             printf "\n  +++ source code file:  $filename"
1514             printf "\n      does not exist"
1515             locat=source; exit
1516          else
1517             cp  $filename  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1518          fi
1519
1520       done
1521
1522       cd -  > /dev/null
1523
1524    fi
1525
1526
1527       # PRUEFEN, OB ENTWEDER HAUPTPROGRAMM VORHANDEN UND ES EVTL. IN DER
1528       # LISTE DER ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE MIT ENTHALTEN IST (WENN
1529       # NICHT, WIRD ES DIESER LISTE HINZUGEFUEGT)
1530    if [[ $restart_run != true ]]
1531    then
1532
1533       if [[ ! -f "$source_path/$mainprog" ]]
1534       then
1535          printf "\n\n  +++ main program:  $mainprog"
1536          printf "\n      does not exist in source directory"
1537          printf "\n      \"$source_path\"\n"
1538          locat=source; exit
1539       else
1540          if [[ $(echo $source_list | grep -c $mainprog) = 0 ]]
1541          then
1542             cp  $source_path/$mainprog  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1543             source_list=${mainprog}" $source_list"
1544          fi
1545       fi
1546    fi
1547
1548
1549       # MAKEFILE AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND KOPIEREN
1550       # BEI RESTART-LAEUFEN LIEGT ES SCHON IM VERZEICHNIS SOURCES_FOR_RUN...
1551    if [[ "$restart_run" != true ]]
1552    then
1553       [[ "$makefile" = "" ]]  &&  makefile=$source_path/Makefile
1554       if [[ ! -f $makefile ]]
1555       then
1556          printf "\n  +++ file \"$makefile\" does not exist"
1557          locat=make; exit
1558       else
1559          cp  $makefile  SOURCES_FOR_RUN_$fname/Makefile
1560       fi
1561    fi
1562
1563
1564       # DATEIEN AUS ZUSAETZLICHEM QUELLVERZEICHNIS HINZUFUEGEN
1565    if [[ $restart_run != true  &&  "$add_source_path" != "" ]]
1566    then
1567
1568          # GIBT ES DAS VERZEICHNIS UEBERHAUPT?
1569       if [[ ! -d $add_source_path ]]
1570       then
1571          printf "\n\n  +++ WARNING: additional source code directory"
1572          printf "\n      \"$add_source_path\" "
1573          printf "\n      does not exist or is not a directory."
1574          printf "\n      No source code will be used from this directory!\n"
1575          add_source_path=""
1576          if [[ $silent == false ]]
1577          then
1578             sleep 3
1579          fi
1580       else
1581
1582          cd $add_source_path
1583          found=false
1584
1585          Names=$(ls -1 *.f90 2>&1)
1586          [[ $(echo $Names | grep -c '*.f90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$Names"
1587          Names=$(ls -1 *.F90 2>&1)
1588          [[ $(echo $Names | grep -c '*.F90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1589          Names=$(ls -1 *.F 2>&1)
1590          [[ $(echo $Names | grep -c '*.F') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1591          Names=$(ls -1 *.f 2>&1)
1592          [[ $(echo $Names | grep -c '*.f') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1593          Names=$(ls -1 *.c 2>&1)
1594          [[ $(echo $Names | grep -c '*.c') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1595
1596          cd -  > /dev/null
1597          cd  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1598
1599             # COPY MAKEFILE IF EXISTING
1600          if [[ -f $add_source_path/Makefile ]]
1601          then
1602             printf "\n\n  *** user Makefile from directory"
1603             printf "\n      \"$add_source_path\" is used \n"
1604             if [[ $silent == false ]]
1605             then
1606                sleep 1
1607             fi
1608             cp  $add_source_path/Makefile  .
1609          fi
1610
1611          for  dateiname  in  $AddFilenames
1612          do
1613             if [[ -f $dateiname ]]
1614             then
1615                printf "\n  +++ source code file \"$dateiname\" found in additional"
1616                printf "\n      source code directory \"$add_source_path\" "
1617                printf "\n      but was also given with option \"-s\" which means that it should be taken"
1618                printf "\n      from directory \"$source_path\"."
1619                locat=source; exit
1620             fi
1621
1622             cp  $add_source_path/$dateiname  .
1623             source_list="$source_list $dateiname"
1624
1625                # CHECK IF FILE IS CONTAINED IN MAKEFILE
1626             if [[ $(grep -c $dateiname Makefile) = 0 ]]
1627             then
1628                printf "\n\n  +++ user file \"$dateiname\" "
1629                printf "\n      is not listed in Makefile \n"
1630                locat=source; exit
1631             else
1632
1633                # Default User-Interface von der Liste entfernen, falls Datei
1634                # ein User-Interface enthaelt
1635#             if [[ $( cat $dateiname | grep -c "END SUBROUTINE user_parin" ) != 0 ]]
1636#             then
1637#                if [[ $dateiname != user_interface.f90  &&  -f user_interface.f90 ]]
1638#                then
1639#                   rm -rf  user_interface.f90
1640#                   source_list=`echo $source_list | sed -e 's/user_interface.f90//'`
1641#                   printf "\n\n  *** default \"user_interface.f90\" removed from the files to be translated"
1642#                   printf "\n      since a user-interface is found in file"
1643#                   printf "\n      \"$add_source_path/$dateiname\" \n"
1644#                   sleep 3
1645#                else
1646                if [[ $found = false ]]
1647                then
1648                   found=true
1649                   printf "\n\n  *** following user file(s) added to the"
1650                   printf " files to be translated:\n      "
1651                fi
1652                printf "$dateiname  "
1653                if [[ $silent == false ]]
1654                then
1655                   sleep 0.5
1656                fi
1657
1658             fi
1659          done
1660          [[ $found = true ]]  &&  printf "\n"
1661          cd -  > /dev/null
1662       fi
1663    fi
1664
1665
1666       # ALLE UNTERPROGRAMME, DIE ZU VEREINBARTEN SOFTWAREPAKETEN GEHOEREN,
1667       # DER LISTE DER ZU UEBERSETZENDEN DATEIEN HINZUFUEGEN
1668    if [[ $restart_run != true  &&  -n $package_list ]]
1669    then
1670
1671       cd  $source_path
1672
1673       for  package  in  $package_list
1674       do
1675
1676          [[ $package = "dvrp_graphics+1PE" ]]  &&  package=dvrp_graphics
1677
1678             # ERMITTELE ALLE DATEIEN, DIE ZUM PAKET GEHOEREN
1679             # FEHLERMELDUNGEN WERDEN ABGEFANGEN, DA * AUCH VERZEICHNISSNAMEN
1680             # LIEFERT
1681          package_source_list=`grep "defined( __$package " * 2>/dev/null | cut -f1 -d:`
1682
1683
1684             # FUEGE DIESE DATEIEN DER LISTE DER ZU UEBERSETZENDEN DATEIEN
1685             # HINZU, FALLS SIE NOCH NICHT DAZUGEHOEREN
1686          for  source_list_name  in  $package_source_list
1687          do
1688             if [[ $(echo $source_list | grep -c $source_list_name) = 0 ]]
1689             then
1690
1691                    # NUR DATEIEN MIT GUELTIGEN ENDUNGEN VERWENDEN
1692                ending=`echo $source_list_name | cut -f2 -d.`
1693                if [[ "$ending" = f90  ||  "$ending" = F90  ||  "$ending" = f  ||  "$ending" = F  ||  "$ending" = c ]]
1694                then
1695                   cp  $source_list_name  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1696                   source_list="$source_list $source_list_name"
1697                fi
1698             fi
1699          done
1700       done
1701
1702       cd -  > /dev/null
1703    fi
1704
1705
1706       # MAKEFILE AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND KOPIEREN
1707       # BEI RESTART-LAEUFEN LIEGT ES SCHON IM VERZEICHNIS SOURCES_FOR_RUN...
1708#    if [[ "$restart_run" != true ]]
1709#    then
1710#       [[ "$makefile" = "" ]]  &&  makefile=$source_path/Makefile
1711#       if [[ ! -f $makefile ]]
1712#       then
1713#          printf "\n  +++ file \"$makefile\" does not exist"
1714#          locat=make; exit
1715#       else
1716#          cp  $makefile  SOURCES_FOR_RUN_$fname/Makefile
1717#       fi
1718#    fi
1719
1720 fi  # do_compile=true
1721
1722
1723    # FALLS PROGRAMMTEILE UEBERSETZT WERDEN SOLLEN, FOLGEN JETZT EINIGE
1724    # UEBERPRUEFUNGEN UND DAS SETZEN DER PRAEPROZESSOR-DIREKTIVEN
1725 if [[ $do_compile = true ]]
1726 then
1727
1728       # PRAEPROZESSOR-DIREKTIVEN ZUM SELEKTIVEN AUSWAEHLEN VON CODETEILEN
1729       # ZUSAMMENSETZEN
1730       # DIREKTIVEN ZUM AKTIVIEREN VON RECHNERSPEZIFISCHEM CODE
1731    if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1732    then
1733       cpp_options="${cpp_options},-D__ibm=__ibm"
1734    elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = nec ]]
1735    then
1736       cpp_options="$cpp_options -D__nec"
1737    elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-2) = lc ]]
1738    then
1739       cpp_options="$cpp_options -D__lc"
1740    else
1741       cpp_options="$cpp_options -D__$localhost"
1742    fi
1743
1744       # DIREKTIVEN DIE DURCH OPTION -K BESTIMMT WERDEN (Z.B. PARALLEL)
1745    if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1746    then
1747       [[ -n $cond1 ]]  &&  cpp_options="${cpp_options},-D__$cond1=__$cond1"
1748       [[ -n $cond2 ]]  &&  cpp_options="${cpp_options},-D__$cond2=__$cond2"
1749    else
1750       [[ -n $cond1 ]]  &&  cpp_options="$cpp_options -D__$cond1"
1751       [[ -n $cond2 ]]  &&  cpp_options="$cpp_options -D__$cond2"
1752    fi
1753
1754       # DIREKTIVEN DIE SOFTWAREPAKETE AKTIVIEREN (OPTION -p)
1755    if [[ -n $package_list ]]
1756    then
1757       for  package  in  $package_list
1758       do
1759          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1760          then
1761             if [[ $package != "dvrp_graphics+1PE" ]]
1762             then
1763                cpp_options="${cpp_options},-D__$package=__$package"
1764             else
1765                cpp_options="${cpp_options},-D__dvrp_graphics=__dvrp_graphics"
1766                export use_seperate_pe_for_dvrp_output=true
1767             fi
1768          else
1769             if [[ $package != "dvrp_graphics+1PE" ]]
1770             then
1771                cpp_options="$cpp_options -D__$package"
1772             else
1773                cpp_options="$cpp_options -D__dvrp_graphics"
1774                export use_seperate_pe_for_dvrp_output=true
1775             fi
1776          fi
1777       done
1778    fi
1779
1780       # DIREKTIVEN DIE DURCH OPTION -D FESTGELEGT SIND
1781    if [[ -n $cpp_opts ]]
1782    then
1783       for  popts  in  $cpp_opts
1784       do
1785          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1786          then
1787             cpp_options="${cpp_options},-D__$popts=__$popts"
1788          else
1789             cpp_options="$cpp_options -D__$popts"
1790          fi
1791       done
1792    fi
1793
1794 else
1795
1796
1797       # BEI LOKALEN RECHNUNGEN PRUEFEN, OB EXECUTABLE VORHANDEN
1798    if [[ $do_remote = false ]]
1799    then
1800       if [[ ! -f $executable ]]
1801       then
1802          printf "\n  +++ executable file:  $executable"
1803          printf "\n      does not exist"
1804          locat=executable; exit
1805       fi
1806    fi
1807 fi
1808
1809
1810    # JOBMODUS FESTSTELLEN
1811 if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
1812 then
1813    jobmo=BATCH
1814 else
1815    jobmo=INTERACTIVE
1816 fi
1817
1818
1819    # no interactive runs on lctit
1820 if [[ $host = lctit  &&  $jobmo = INTERACTIVE  &&  $do_batch = false ]]
1821 then
1822    printf "\n  +++ no interactive runs allowed on host \"$host\" "
1823    printf "\n      please submit batch job using mrun option \"-b\" \n"
1824    locat=normal; exit
1825 fi
1826
1827
1828    # HOSTSPEZIFISCHE DEFAULT-COMPILER SETZEN, FALLS NICHT BEREITS
1829    # DURCH BENUTZER ANDERWEITIG VEREINBART
1830 if [[ "$compiler_name" = "" ]]
1831 then
1832
1833    printf "\n  +++ no compiler specified for \"$host $cond1 $cond2\""
1834    locat=compiler_name; exit
1835
1836 fi
1837
1838
1839    # COMPILER AUF RIAMS NEC UEBERSCHREIBEN
1840 [[ $localhost = necriam ]]  &&  compiler_name=mpif90
1841
1842
1843
1844    # TEMPORAEREN KATALOGNAMEN BESTIMMEN
1845 kennung=$RANDOM
1846 if [[ "$tmp_user_catalog" = "" ]]
1847 then
1848    if [[ $localhost = ibmh ]]
1849    then
1850       tmp_user_catalog=$SCRATCH
1851    elif [[ $localhost = nech ]]
1852    then
1853       tmp_user_catalog=$WRKSHR
1854    else
1855       tmp_user_catalog=/tmp
1856    fi
1857 fi
1858 TEMPDIR=$tmp_user_catalog/${usern}.$kennung
1859
1860
1861    # KATALOGNAMEN FUER ZWISCHENSPEICHERUNG VON FORTSETZUNGSLAUFDATEIEN
1862    # BESTIMMEN
1863 if [[ "$tmp_data_catalog" = "" ]]
1864 then
1865    if [[ $localhost = nech ]]
1866    then
1867       tmp_data_catalog=$WRKSHR/mrun_restart_data
1868    else
1869       tmp_data_catalog=/tmp/mrun_restart_data
1870    fi
1871 fi
1872
1873
1874    # EVENTUELL BEI LOKALEN RECHNUNGEN $-ZEICHEN IN ENVIRONMENT-VARIABLEN
1875    # ERSETZEN
1876 if [[ $do_remote = false  &&  $do_compile = true ]]
1877 then
1878    eval  fopts=\"$fopts\"
1879    eval  lopts=\"$lopts\"
1880 fi
1881
1882
1883
1884    # COMPILE- UND LINK-OPTIONEN BESTIMMEN
1885 fopts="$fopts $netcdf_inc $dvr_inc"
1886 lopts="$lopts $netcdf_lib $dvr_lib"
1887 ROPTS="$ropts"
1888# if [[ ( $(echo $host | cut -c1-3) = nec  ||  $(echo $host | cut -c1-3) = ibm  ||  $host = lckyoto  ||  $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib  ||  $host = lctit  ||  $host = lcfimm  ||  $host = lcflow  ||  $host = lcxe6 ||  $host = lcxt5m || $host = lck || $host = lckiaps || $host = lckordi || $host = lcsb || $host )  &&  -n $numprocs ]]
1889# then
1890    XOPT="-X $numprocs"
1891# fi
1892
1893
1894
1895    # PRUEFEN DER CPU-ZEIT. (CPUMAX WIRD ALS ENV-VARIABLE VOM HAUTPRO-
1896    # GRAMM BENOETIGT
1897 done=false
1898 while [[ $done = false ]]
1899 do
1900    cputime=$cpumax
1901    if (( $cputime == 0 ))
1902    then
1903       if [[ $do_batch = true ]]
1904       then
1905          printf "\n  +++ cpu-time is undefined"
1906          printf "\n  >>> Please type CPU-time in seconds as INTEGER:"
1907          printf "\n  >>> "
1908          read  cputime  1>/dev/null  2>&1
1909       else
1910          cputime=10000000   # NO CPU LIMIT FOR INTERACTIVE RUNS
1911       fi
1912    else
1913       done=true
1914    fi
1915    cpumax=$cputime
1916 done
1917
1918 (( minuten = cputime / 60 ))
1919 (( sekunden = cputime - minuten * 60 ))
1920
1921
1922    # PRUEFEN DER KERNSPEICHERANFORDERUNG
1923 if [[ $do_batch = true ]]
1924 then
1925    done=false
1926    while [[ $done = false ]]
1927    do
1928       if (( memory == 0 ))
1929       then
1930          printf "\n  +++ memory demand is undefined"
1931          printf "\n  >>> Please type memory in  MByte per process  as INTEGER:"
1932          printf "\n  >>> "
1933          read  memory  1>/dev/null  2>&1
1934       else
1935          done=true
1936       fi
1937    done
1938 fi
1939
1940
1941    # PRUEFEN, OB FUER REMOTE-RECHNUNGEN EIN BENUTZERNAME ANGEGEBEN WURDE
1942 if [[ $do_remote = true  &&  -z $remote_username ]]
1943 then
1944    while [[ -z $remote_username ]]
1945    do
1946       printf "\n  +++ username on remote host \"$host\" is undefined"
1947       printf "\n  >>> Please type username:"
1948       printf "\n  >>> "
1949       read  remote_username
1950    done
1951    mc="$mc -u$remote_username"
1952 fi
1953
1954    # CHECK FOR INITIAL COMMANDS AFTER LOGIN
1955 if [[ "$login_init_cmd" != "" ]]
1956 then
1957    export init_cmds="${login_init_cmd};"
1958 fi
1959
1960
1961    # set module load command and export for subjob
1962 if [[ "$modules" != "" ]]
1963 then
1964    if [[ $host = lctit ]]
1965    then
1966       export module_calls=". $modules"
1967    else
1968       export module_calls="module load ${modules};"
1969    fi
1970 fi
1971
1972    # bugfix for wrong netcdf module and for netCDF4 usage in case of mpt
1973 if [[ $host = lcsgib  ||  $host = lcsgih ]]
1974 then
1975    if [[ $(echo $module_calls | grep -c netcdf/3.6.3-intel) != 0 ]]
1976    then
1977       export module_calls="$module_calls export LD_LIBRARY_PATH=/sw/dataformats/netcdf/3.6.3-intel/lib:\$LD_LIBRARY_PATH;"
1978    fi
1979#     if [[ $(echo $module_calls | grep -c mpt) != 0 ]]
1980#     then
1981#        export module_calls="$module_calls export LD_LIBRARY_PATH=/sw/sgi/mpt/2011-02-07/lib:\$LD_LIBRARY_PATH;"
1982#        echo "*** module_calls = $module_calls"
1983#     fi
1984 fi
1985
1986
1987    # SET DEFAULT VALUE FOR MPI MODULE TO BE USED ON SGI-ALTIX
1988 if [[ $host = lcsgib  ||  $host = lcsgih ]]
1989 then
1990    if [[ $(echo $modules | grep -c mpt ) != 0 ]]
1991    then
1992       mpilib=mpt
1993    elif [[ $(echo $modules | grep -c mvapich ) != 0 ]]
1994    then
1995       mpilib=mvapich
1996    elif [[ $(echo $modules | grep -c impi ) != 0 ]]
1997    then
1998       mpilib=impi
1999    fi
2000 fi
2001
2002
2003
2004###########################################################################
2005# HEADER-AUSGABE
2006###########################################################################
2007
2008
2009 calltime=$(date)
2010 printf "\n"
2011# [[ $silent = false ]]  &&  clear
2012 printf "#------------------------------------------------------------------------# \n"
2013 printf "| %-35s%35s | \n" "$version" "$calltime"
2014 printf "|                                                                        | \n"
2015 spalte1="called on:"; spalte2=$localhost_realname
2016 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2017 if [[ $local_compile = false ]]
2018 then
2019    if [[ $do_remote = true ]]
2020    then
2021       spalte1="execution on:"; spalte2="$host (username: $remote_username)"
2022    else
2023       spalte1="execution on:"; spalte2="$host ($localhost_realname)"
2024    fi
2025 else
2026    spalte1="compiling test only!"; spalte2=""
2027 fi
2028 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2029 if [[ -n $numprocs ]]
2030 then
2031    spalte1="number of PEs:"; spalte2=$numprocs
2032    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2033 fi
2034 if [[ -n $tasks_per_node ]]
2035 then
2036    spalte1="tasks per node:"; spalte2="$tasks_per_node (number of nodes: $nodes)"
2037    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2038 fi
2039 if [[ $maximum_parallel_io_streams != $numprocs ]]
2040 then
2041    spalte1="max par io streams:"; spalte2="$maximum_parallel_io_streams"
2042    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2043 fi
2044 if [[ $use_openmp = true ]]
2045 then
2046    spalte1="threads per task:"; spalte2="$threads_per_task"
2047    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2048 fi
2049 printf "|                                                                        | \n"
2050 if [[ $do_compile = true ]]
2051 then
2052    if [[ "$mopts" != "" ]]
2053    then
2054       spalte1="make options:"; spalte2=$(echo "$mopts" | cut -c-45)
2055       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2056       zeile=$(echo "$mopts" | cut -c46-)
2057       while [[ "$zeile" != "" ]]
2058       do
2059          spalte1=""
2060          spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2061          printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2062          zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2063       done
2064    fi
2065
2066    spalte1="cpp directives:"; spalte2=$(echo "$cpp_options" | cut -c-45)
2067    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2068    zeile=$(echo "$cpp_options" | cut -c46-)
2069    while [[ "$zeile" != "" ]]
2070    do
2071       spalte1=""
2072       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2073       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2074       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2075    done
2076
2077    spalte1="compiler options:"; spalte2=$(echo "$fopts" | cut -c-45)
2078    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2079    zeile=$(echo "$fopts" | cut -c46-)
2080    while [[ "$zeile" != "" ]]
2081    do
2082       spalte1=""
2083       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2084       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2085       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2086    done
2087
2088    spalte1="linker options:"; spalte2=$(echo "$lopts" | cut -c-45)
2089    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2090    zeile=$(echo "$lopts" | cut -c46-)
2091    while [[ "$zeile" != "" ]]
2092    do
2093       spalte1=""
2094       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2095       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2096       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2097    done
2098
2099    spalte1="modules to be load:"; spalte2=$(echo "$modules" | cut -c-45)
2100    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2101    zeile=$(echo "$modules" | cut -c46-)
2102    while [[ "$zeile" != "" ]]
2103    do
2104       spalte1=""
2105       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2106       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2107       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2108    done
2109
2110    spalte1="main program:"; spalte2=$mainprog
2111    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2112 else
2113    spalte1=executable:; spalte2=$executable
2114    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2115 fi
2116 printf "|                                                                        | \n"
2117 spalte1="base name of files:"; spalte2=$fname
2118 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2119 if [[ $fname != $afname ]]
2120 then
2121    spalte1="base name of input files:"; spalte2=$afname
2122    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2123 fi
2124 spalte1="INPUT control list:"; spalte2=$(echo $input_list)
2125 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2126 spalte1="OUTPUT control list:"; spalte2=$(echo $output_list)
2127 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2128
2129 if [[ $do_batch = true  ||  "$LOADLBATCH" = yes ]]
2130 then
2131    spalte1="memory demand / PE":; spalte2="$memory MB"
2132    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2133    spalte1=CPU-time:; spalte2="$minuten:$sekunden"
2134    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2135 fi
2136
2137 if [[ $do_compile = true ]]
2138 then
2139    printf "|                                                                        | \n"
2140    printf "| Files to be compiled:                                                  | \n"
2141    zeile=$source_list
2142    while [[ "$zeile" != "" ]]
2143    do
2144       linestart=$(echo $zeile | cut -c-70)
2145       printf "| %-70s | \n" "$linestart"
2146       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c71-)
2147    done
2148 fi
2149 printf "#------------------------------------------------------------------------#"
2150
2151
2152
2153    # BEDINGTE AUSGABE DER DATEIVERBINDUNGEN
2154 if [[ $do_trace = true ]]
2155 then
2156    (( i = 0 ))
2157    while (( i < iin ))
2158    do
2159       (( i = i + 1 ))
2160       if (( i == 1 ))
2161       then
2162          printf "\n\n >>> INPUT-file assignments:\n"
2163       fi
2164       printf "\n     ${localin[$i]} :  ${absnamein[$i]}"
2165    done
2166    (( i = 0 ))
2167    while (( i < iout ))
2168    do
2169       (( i = i + 1 ))
2170       if (( i == 1 ))
2171       then
2172          printf "\n\n >>> OUTPUT-file assignments:\n"
2173       fi
2174       printf "\n     ${localout[$i]} :  ${pathout[$i]}"
2175    done
2176    (( i = 0 ))
2177    while (( i < iic ))
2178    do
2179       (( i = i + 1 ))
2180       if (( i == 1 ))
2181       then
2182          printf "\n\n >>> INPUT-commands:\n"
2183       fi
2184       printf "\n     ${in_command[$i]}" 
2185    done
2186    (( i = 0 ))
2187    while (( i < ioc ))
2188    do
2189       (( i = i + 1 ))
2190       if (( i == 1 ))
2191       then
2192          printf "\n\n >>> OUTPUT-commands:\n"
2193       fi
2194       printf "\n     ${out_command[$i]}" 
2195    done
2196 fi
2197
2198
2199    # ABFRAGEN BEI AUFRUF AUF LOKALER MASCHINE
2200 if [[ $remotecall = false  &&  $silent = false  &&  $jobmo != BATCH ]]
2201 then
2202    antwort=dummy
2203    printf "\n\n"
2204    printf " >>> everything o.k. (y/n) ?  "
2205    while  read antwort
2206    do
2207       if [[ "$antwort" != y  &&  "$antwort" != Y  &&  "$antwort" != n  &&  "$antwort" != N ]]
2208       then
2209          printf " >>> everything o.k. (y/n) ?  "
2210       else
2211          break
2212       fi
2213    done
2214    if [[ $antwort = n  ||  $antwort = N ]]
2215    then
2216       locat=user_abort; (( iec = 0 )); exit
2217    fi
2218    if [[ $do_batch = true ]]
2219    then
2220       printf " >>> batch-job will be created and submitted"
2221    else
2222       if [[ $local_compile = false ]]
2223       then
2224          printf " >>> MRUN will now continue to execute on this machine"
2225       else
2226          printf " >>> a test compilation will now be carried out on this machine"
2227       fi
2228    fi
2229 fi
2230
2231
2232    # PERFORM PARAMETER FILE CHECK (COUPLED RUNS ARE NOT SUPPORTED YET)
2233    # DEFINE VARIABLES FOR FREQUENTLY USED DIRECTORIES
2234 check_depository="${working_directory}/trunk/UTIL"
2235 check_sources="${working_directory}/tmp_check_namelist_files"
2236 skip_check=false
2237
2238    # CHECK IF NAMELIST_FILE_CHECK HAS BEEN COMPILED SUCCESSFULLY
2239 if [[ ! -f $check_depository/check_namelist_files.tar ]]
2240 then
2241    skip_check=true 
2242    reason="run on remote host or parameter file check has not been compiled."
2243 fi
2244 if [[ ! -f $PALM_BIN/check_namelist_files.x ]]
2245 then
2246    skip_check=true 
2247    reason="parameter file check has not been compiled."
2248 fi
2249
2250    # CHECK FOR PARALLEL RUN; OTHERWISE SKIP CHECK
2251 if [[ "$cond1" != "parallel"  &&  "$cond2" != "parallel" ]]
2252 then
2253    skip_check=true 
2254    reason="serial run."
2255 fi
2256
2257    # ONLY PERFORM CHECK IF -z OPTION IS NOT SET, NO RESTART RUN IS CARRIED OUT
2258    # AND IF THE EXECUTION HOST IS THE LOCAL HOST
2259    # ATTENTION: THIS ROUTINE DOES NOT WORK IF THE COMPILER ON THE LOCAL HOST
2260    # DIFFERS FROM THE COMPILER ON THE REMOTE HOST
2261 if [[ $check_namelist_files == false ]]
2262 then
2263    skip_check=true
2264    reason="-z option set."
2265 fi
2266
2267 if [[ $fromhost != $localhost ]]
2268 then
2269    skip_check=true
2270    reason="submitting host is local host." 
2271 fi 
2272
2273 if [[ $run_coupled_model == true ]]
2274 then
2275    skip_check=true
2276    reason="coupled run." 
2277 fi
2278
2279 if [[ $restart_run == true ]]
2280 then
2281    skip_check=true
2282    reason="restart run."     
2283 fi
2284
2285    # SKIP CHECK IN CASE OF RESTART RUN: CHECK WHETHER THE LAST CHAR IS "f" IN PARIN
2286 (( last_char = `echo $filename_input | wc -c` - 1 ))
2287 last_char=`echo $filename_input | cut -c $last_char`
2288 if [[ "$last_char" == "f" ]]
2289 then
2290    skip_check=true
2291    reason="restart run."
2292 fi 
2293
2294 if [[ $skip_check == false ]]
2295 then
2296    tmp_check=${working_directory}/tmp_check
2297
2298       # GET TOPOGRAPHY PARAMETER FILE SUFFIX (USUALLY "_P3DF"). THIS FILE MIGHT IS
2299       # NOT NECESSARILY REQUIRED
2300    line=""
2301    found=false
2302    grep  "TOPOGRAPHY_DATA" $config_file  >  $tmp_check
2303    while read line1
2304    do
2305       line="$line1"
2306       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2307       then
2308          topo_suffix=`echo $line | tr -s " " | cut -d" " -s -f5`
2309          found=true
2310       fi
2311    done < $tmp_check
2312
2313    if [[ $found = false ]]
2314    then
2315       printf "\n  +++ no TOPOGRAPHY list entry found in the configuration file."
2316    fi
2317
2318    rm -rf ${working_directory}/tmp_check
2319
2320       # CHECK IF THE A P3DF FILE MUST BE CHECKED
2321    for  item  in  $input_list
2322    do
2323       if [[ "$item" == "restart" ]]
2324       then
2325          check_restart=1
2326       else
2327          check_restart=0
2328       fi
2329    done
2330
2331      # ERROR IF NO PARAMETER FILE WAS FOUND, OTHERWISE PROCEED
2332    if [[ (! -f $filename_input) && ( "$filename_input" != "" ) ]]
2333    then
2334       printf "\n\n  +++ ERROR: parameter file ($filename_input) not found." 
2335       locat=check_namelist; exit
2336    fi
2337   
2338       # CHECK IF THE RESTART PARAMETER FILE EXISTS (IF NECESSARY)
2339    if  [[ $check_restart == 1 ]]
2340    then
2341
2342       filenamef="${filename_input}f"
2343       if [[ ! -f $filenamef ]]
2344       then
2345          printf "\n\n  +++ WARNING: restart parameter file ($filenamef) is missing." 
2346          check_restart=0
2347          answer=dummy
2348          printf "\n\n"
2349
2350          if [[ $silent == false ]]
2351          then
2352             while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
2353             do
2354                printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
2355                read  answer
2356             done
2357             if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
2358             then
2359                printf "\n  +++ Aborting...."
2360                locat=normal; exit
2361             fi
2362          fi
2363       else
2364          check_restart=1
2365       fi
2366    fi
2367
2368       # CREATE TEMPORARY SOURCES_FOR_CHECK PATH
2369    mkdir $check_sources
2370    cd $check_sources
2371
2372
2373       # CHECK FOR USER CODE, OTHERWISE USE THE PRECOMPILED CHECK_NAMELIST_FILES.X
2374    if [[ -d $add_source_path ]]
2375    then
2376       printf "\n\n  *** copying files from $check_depository" 
2377       cp $check_depository/check_namelist_files.tar ./
2378
2379       printf "\n\n  *** untar of makefile and source files in $check_sources"
2380       tar -xf check_namelist_files.tar  >  /dev/null  2>&1
2381
2382       printf "\n\n  *** adding user code." 
2383       cp $add_source_path/* ./
2384       touch check_namelist_files.f90
2385
2386          # GET COMPILER OPTIONS AND PERFORM MAKE
2387       printf "\n\n  *** compiling code if necessary...\n"
2388
2389          # workaround for batch jobs on local machine (lcxe6)
2390       if [[ $do_batch == true && $do_remote == false ]]
2391       then
2392          eval $init_cmds
2393       fi
2394
2395          # GET CHECK OPTIONS
2396       line=""
2397       found=false
2398
2399       grep  "$localhost" ${base_directory}/${config_file} | grep "%cpp_options"  >  $tmp_check
2400
2401       while read line1
2402       do
2403
2404          if [[ $(echo $line1 | cut -d" " -s -f3-) = "$localhost" ]]
2405          then
2406             line="$line1"
2407          fi
2408
2409          if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2410          then
2411                # EVENTUELLE DOPPELPUNKTE AUS OPTIONSSTRING UND ALLE -D ENTFERNEN
2412             line="$line "
2413             copts_check=`echo $line | cut -d" " -s -f2 | sed 's/::/%DUM%/g' | sed 's/:/ /g' | sed 's/%DUM%/:/g' | sed 's/-D[^ ]* //g' | sed 's/ -D.*//g'`
2414             found=true
2415          fi
2416
2417       done < $tmp_check
2418       copts_check="$copts_check -D__check -D__parallel"
2419
2420       make -f Makefile_check F90=$compiler_name_ser  COPT="$copts_check"
2421
2422          # GET MAKE OUTPUT
2423       if [[ $? != 0 ]]
2424       then
2425          printf "\n  +++ error during make."       
2426          answer=dummy
2427          printf "\n\n"
2428          if [[ $silent == false ]]
2429          then
2430             while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
2431             do
2432                printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
2433                read  answer
2434             done
2435             if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
2436             then
2437                printf "\n  +++ Aborting..."
2438                rm -rf  $check_sources
2439                locat=normal; exit
2440             else
2441                skip_check=true
2442             fi
2443          else
2444             skip_check=true
2445          fi
2446       fi
2447    else
2448       cp $PALM_BIN/check_namelist_files.x ./
2449    fi
2450
2451    cp $filename_input ./PARIN
2452    if [[ $check_restart == 1 ]] 
2453    then
2454       cp $filenamef ./PARINF   
2455    fi
2456
2457    if [[ -f ${pathname}/${fname}${topo_suffix} && $skip_check == false ]]
2458    then
2459       printf "\n  *** adding topography data"
2460       cp ${pathname}/${fname}${topo_suffix} ./TOPOGRAPHY_DATA
2461
2462          # IN CASE OF TOPOGRAPHY AND HIGH GRID POINT NUMBERS, THE STACK SIZE
2463          # MUST BE INCREASED. THIS IS DUE TO THE ARRAY nzb_local AND topo_height,
2464          # WHICH REQUIRE SUFFICIENT MEMORY
2465       ulimit -s unlimited         
2466    fi
2467
2468       # CREATE ENVPAR FILE, WHICH IS NEEDED BY CHECK_NAMELIST_FILES.X
2469    cat  >  ENVPAR  <<  %%END%%
2470 &envpar  run_identifier = '$fname', host = '$host',
2471            write_binary = '$write_binary', tasks_per_node = $tasks_per_node,
2472            maximum_parallel_io_streams = $maximum_parallel_io_streams,
2473            maximum_cpu_time_allowed = ${cpumax}.,
2474            revision = '$global_revision',
2475            local_dvrserver_running = $local_dvrserver_running /
2476
2477%%END%%
2478
2479       # SAFETY CHECK: ONLY PROCEED IF THE PARAMETER CHECK PROGRAM WAS PROPERLY COMPILED
2480    if [[ ! -f check_namelist_files.x  &&  $skip_check == false ]]
2481    then
2482       printf "\n  +++ WARNING: check_namelist_files.x not found."
2483       answer=dummy
2484       printf "\n\n"
2485
2486       if [[ $silent == false ]]
2487       then
2488          while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
2489          do
2490             printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
2491             read  answer
2492          done
2493          if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
2494          then
2495             printf "\n  +++ Aborting..."
2496             rm -rf  $check_sources
2497             locat=normal; exit
2498          else
2499             printf "\n  *** skipping parameter file check."         
2500          fi
2501      fi
2502       
2503    elif [[ $skip_check == false ]]
2504    then
2505          # STARTING THE PARAMETER FILE CHECK
2506       printf "\n\n  *** starting parameter file check..."
2507
2508          # CHECKING THE P3D FILE
2509       printf "\n\n      (1) checking $filename_input" 
2510       echo "$numprocs 0 0" > VARIN
2511       errors=`./check_namelist_files.x < VARIN 2>&1`
2512
2513       check_error=false
2514       if [[ "$errors" == "" ]]
2515       then
2516          printf " --> o.k."
2517       else
2518          printf " --> failed."
2519          check_error=true
2520          printf "\n\n  $errors"
2521       fi
2522
2523          # CHECKING THE PD3F FILE IF NECESSARY
2524       if [[ $check_restart == 1 && $check_error == false ]]
2525       then
2526          printf "\n\n      (2) checking $filenamef" 
2527
2528             # FIRST CHECK IF INITIALIZING_ACTIONS="READ_RESTART_DATA" IS SET
2529             # IN &INIPAR LIST
2530          found=false
2531          cat PARINF | while read line
2532          do
2533             line=$(echo $line|sed 's/ //g')
2534             if [[ $line == *"&inipar"* ]]
2535             then
2536                start_search=true
2537             fi 
2538
2539             if [[ $start_search == true ]]
2540             then
2541                if [[ $line == *"initializing_actions='read_restart_data'"* ]]
2542                then
2543                   found=true
2544                   break
2545                fi
2546             fi
2547
2548             if [[ $line == *"/"* ]]
2549             then
2550                start_search=false
2551             fi 
2552
2553          done
2554
2555          if [[ $found = false ]]
2556          then
2557             printf "\n\n  +++ ERROR: initializing_actions = 'read_restart_data' not found"
2558             printf "\n      in &inipar list in $fname$p3df_suffix."
2559             rm -rf  $check_sources
2560             locat=check_namelist; exit
2561          fi
2562
2563             # READ max_user_pr FROM FILES
2564          if [[ -f parin_for_check ]]
2565          then
2566             read max_pr_user < parin_for_check
2567          else
2568             max_user_pr=0
2569          fi
2570
2571          echo "$numprocs 1 $max_pr_user" > VARIN
2572          errors=`./check_namelist_files.x < VARIN 2>&1`
2573
2574          if [[ "$errors" == "" ]]
2575          then
2576             printf " --> o.k."
2577          else
2578             printf " --> failed."
2579             check_error=true
2580             printf "\n\n  $errors"
2581          fi
2582       fi
2583   
2584          # REPORT ERRORS AND CONTINUE/EXIT
2585       if [[ $check_error == true ]]
2586       then
2587          printf "\n  +++ errors found in the parameter file!\n"
2588          answer=dummy
2589          printf "\n\n"
2590
2591          while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
2592          do
2593             printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
2594             read  answer
2595          done
2596
2597          if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
2598          then
2599             printf "\n  +++ Aborting..."
2600             rm -rf  $check_sources
2601             locat=normal; exit
2602          fi
2603        else
2604          printf "\n\n  *** parameter file(s) seem(s) to be o.k.\n"
2605        fi
2606        rm -rf $check_sources
2607    fi
2608 else
2609    printf "\n\n  +++ skipping parameter file check due to following reason: $reason \n" 
2610 fi
2611
2612    # DELETE TEMPORARY DIRECTORY AND FINISH NAMELIST FILE CHECK   
2613 rm -rf  $check_sources
2614 cd $working_directory
2615
2616
2617    # FALLS AUF DIESER MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL, WERDEN JETZT ENTSPRE-
2618    # CHENDE AKTIONEN DURCHGEFUEHRT
2619 if [[ $do_batch = false ]]
2620 then
2621
2622
2623       # TEMPORAEREN KATALOG ERZEUGEN
2624    mkdir -p  $TEMPDIR
2625    chmod  go+rx  $TEMPDIR
2626    tmpcreate=true
2627
2628       # set striping on lustre file system
2629#    if [[ $localhost = lcsgih ]]
2630#    then
2631#       lfs setstripe -s 8192k -c 16  $TEMPDIR
2632#       lfs getstripe $TEMPDIR
2633#    fi
2634
2635
2636       # SAEMTLICHE QUELLTEXT-DATEIEN BZW. AUSFUEHRBARES PROGRAMM IN
2637       # TEMPORAERES VERZEICHNIS KOPIEREN
2638    if [[ $do_compile = true ]]
2639    then
2640
2641          # ON NEC, COMPILATION IS DONE ON HOST CROSS VIA CROSS COMPILING
2642          # CREATE A TEMPORARY DIRECTORY ON THAT MACHINE (HOME MOUNTED VIA NFS)
2643       if [[ $localhost = nech ]]
2644       then
2645          TEMPDIR_COMPILE=$HOME/work/${usern}.$kennung
2646          if  mkdir -p  $TEMPDIR_COMPILE
2647          then
2648             printf "\n  *** \"$TEMPDIR_COMPILE\" "
2649             printf "\n      is generated as temporary directory for cross compiling\n"
2650          else
2651             printf "\n  +++ creating directory \"$TEMPDIR_COMPILE\" "
2652             printf "\n      needed for cross compilation failed"
2653             locat=compile
2654             exit
2655          fi
2656       else
2657          TEMPDIR_COMPILE=$TEMPDIR
2658       fi
2659
2660
2661          # PFADNAMEN FUER DAS MAKE-DEPOSITORY ERMITTELN
2662       line=""
2663       grep "%depository_path" $config_file  >  tmp_mrun
2664       while read line
2665       do
2666          if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2667          then
2668             if [[ "$(echo $line | cut -d" " -s -f3)" = "" ]]
2669             then
2670                global_depository_path=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
2671             fi
2672          fi
2673       done < tmp_mrun
2674
2675       line=""
2676       grep  " $localhost" $config_file | grep "%depository_path"  >  tmp_mrun
2677       while read line
2678       do
2679          if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2680          then
2681             if [[ "$(echo $line | cut -d" " -s -f4)" = "$cond1"  &&  "$(echo $line | cut -d" " -s -f5)" = "$cond2" ]]
2682             then
2683                local_depository_path=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
2684             fi
2685          fi
2686       done < tmp_mrun
2687
2688       if [[ "$local_depository_path" = "" ]]
2689       then
2690          if [[ "$global_depository_path" != "" ]]
2691          then
2692             local_depository_path=$global_depository_path
2693          else
2694             printf "\n\n  +++ no depository path found in configuration file"
2695             printf "\n      for local host \"$localhost\" "
2696             printf "\n      please set \"\%depository_path\" in configuration file\n"
2697             locat=config_file; exit
2698          fi
2699       fi
2700       eval local_depository_path=$local_depository_path
2701       [[ "$cond1" != "" ]]  &&  local_depository_path=${local_depository_path}_$cond1
2702       [[ "$cond2" != "" ]]  &&  local_depository_path=${local_depository_path}_$cond2
2703
2704
2705       basename=`echo $mainprog | cut -f1 -d"."`
2706       eval make_depository=${local_depository_path}/${basename}_current_version.tar
2707       if [[ ! -f $make_depository ]]
2708       then
2709          printf "\n"
2710          printf "\n  *** WARNING: make depository \"$make_depository\" not found"
2711          printf "\n               \"make\" will fail, if the Makefile or other source files are missing\n"
2712       else
2713          cp  $make_depository  $TEMPDIR_COMPILE
2714          cd  $TEMPDIR_COMPILE
2715          tar -xf  $make_depository  >  /dev/null  2>&1
2716          cd -  > /dev/null
2717       fi
2718
2719       cp  SOURCES_FOR_RUN_$fname/*  $TEMPDIR_COMPILE
2720
2721    else
2722
2723       cp  $executable   ${TEMPDIR}/a.out
2724
2725    fi
2726
2727
2728       # WECHSEL IN TEMPORAEREN KATALOG
2729    cd  $TEMPDIR
2730    printf "\n  *** changed to temporary directory: $TEMPDIR"
2731
2732
2733       # OUTPUT-DATEI-VERBINDUNGEN AUF TEMPORAERER DATEI ABLEGEN
2734       # DIESE DATEI KANN VON SPAETER AUFZURUFENDEN BENUTZERPROZEDUREN GELESEN
2735       # WERDEN, UM ZU LOKALEN DATEINAMEN GEHOERENDE PERMANENTE NAMEN ZU
2736       # ERMITTELN
2737    (( i = 0 ))
2738    while (( i < iout ))
2739    do
2740       (( i = i + 1 ))
2741       if [[ "${actionout[$i]}" = tr  ||  "${actionout[$i]}" = tra  ||  "${actionout[$i]}" = trpe ]]
2742       then
2743          printf "${localout[$i]} ${actionout[$i]}\n${pathout[$i]}\n${localhost}_${fname}${endout[$i]}\n" >> OUTPUT_FILE_CONNECTIONS
2744       else
2745          printf "${localout[$i]} ${actionout[$i]}\n${pathout[$i]}\n${frelout[$i]}\n" >> OUTPUT_FILE_CONNECTIONS
2746       fi
2747    done
2748
2749
2750       # EVTL. UEBERSETZUNGSAKTIONEN STARTEN
2751    if [[ $do_compile = true ]]
2752    then
2753
2754
2755          # COMPILING WITH MAKE (ON NEC COMPILER IS CALLED ON HOST CROSS)
2756       printf "\n\n\n  *** compilation starts \n$striche\n"
2757       printf "  *** compilation with make using following options:\n"
2758       printf "      make depository:          $make_depository"
2759       if [[ "$mopts" != "" ]]
2760       then
2761          printf "      make options:             $mopts\n"
2762       fi
2763       printf "      compilername:             $compiler_name\n"
2764       printf "      compiler options:         $fopts\n"
2765       printf "      preprocessor directives:  $cpp_options \n"
2766       printf "      linker options:           $lopts \n"
2767       if [[ "$modules" != "" ]]
2768       then
2769          printf "      modules to be load:       $modules \n"
2770       fi
2771       printf "      source code files:        $source_list \n"
2772
2773       if [[ $localhost = nech ]]
2774       then
2775#         init_cmds was ". /SX/opt/etc/initsx.sh;"
2776          ssh  $SSH_PORTOPT  136.172.44.192 -l $usern "$init_cmds $module_calls cd \$HOME/work/${usern}.$kennung; sxmake $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2777          cp  $TEMPDIR_COMPILE/a.out  .
2778          [[ $? != 0 ]]  &&  compile_error=true
2779          rm -rf  $TEMPDIR_COMPILE
2780       elif [[ $localhost = ibmh ]]
2781       then
2782          printf "      compiler is called via ssh on \"plogin1\" \n"
2783          ssh  $SSH_PORTOPT  plogin1  -l $usern  "$init_cmds export PATH=/sw/ibm/xlf/13.1.0.8/usr/bin:$PATH; $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2784          [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2785          continue   # ANDERENFALLS IST STATUS=1, FALLS A.OUT VORHANDEN
2786       elif [[ $localhost = lcsgib ]]
2787       then
2788          printf "      compiler is called via ssh on \"bicegate0\" \n"
2789          ssh  $SSH_PORTOPT  bicegate0  -l $usern  "$init_cmds $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2790          [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2791          continue   # ANDERENFALLS IST STATUS=1, FALLS A.OUT VORHANDEN
2792       elif [[ $localhost = lcsgih ]]
2793       then
2794          printf "      compiler is called via ssh on \"hicegate0\" \n"
2795          ssh  $SSH_PORTOPT  hicegate0  -l $usern  "$init_cmds $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" 2>&1 "
2796          [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2797          continue   # ANDERENFALLS IST STATUS=1, FALLS A.OUT VORHANDEN
2798       elif [[ $localhost = lcflow ]]
2799       then 
2800          printf "      compiler is called via ssh on \"flow\" \n"
2801          ssh  $SSH_PORTOPT  flow02.hpc.uni-oldenburg.de -l $usern "$init_cmds $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out F90=$compiler_name COPT=\"$cpp_options\" F90FLAGS=\"$fopts\" LDFLAGS=\"$lopts\" "
2802          [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2803          continue   # ANDERENFALLS IST STATUS=1, FALLS A.OUT VORHANDEN
2804       else
2805          [[ "$init_cmds" != "" ]]  &&  eval $init_cmds
2806          [[ "$module_calls" != "" ]]  &&  eval $module_calls
2807          make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
2808
2809       fi
2810
2811       if [[ $? != 0  ||  "$compile_error" = true  ||  "$module_compile_error" = true ]]
2812       then
2813          printf "\n  +++ error occured while compiling or linking"
2814          locat=compile
2815
2816  # WORKAROUND: REMOVE IF CONSTRUCT LATER, BUT KEEP THE EXIT!
2817#          if [[ $localhost != lcsgib  &&  $localhost != lcsgih ]]
2818#          then
2819             exit
2820#          else
2821#             locat=normal
2822#          fi
2823       else
2824          printf "$striche\n  *** compilation finished \n"
2825       fi
2826    fi
2827
2828
2829       # FALLS NUR TESTWEISE KOMPILIERT WERDEN SOLLTE, IST MRUN JETZT FERTIG
2830    if [[ $local_compile = true ]]
2831    then
2832       cd  $HOME
2833       rm -rf $TEMPDIR
2834       locat=local_compile; exit
2835    fi
2836
2837
2838       # BEREITSTELLEN DER INPUT-DATEIEN
2839       # SCHLEIFE UEBER ALLE VOM BENUTZER ANGEGEBENEN DATEIEN
2840    (( i = 0 ))
2841    while (( i < iin ))
2842    do
2843       (( i = i + 1 ))
2844       if (( i == 1 ))
2845       then
2846          printf "\n\n  *** providing INPUT-files:\n$striche"
2847       fi
2848
2849
2850          # OPTIONALE DATEIEN BEI NICHTVORHANDENSEIN UEBERGEHEN
2851       if [[ "${transin[$i]}" = unavailable ]]
2852       then
2853          if [[ "${extin[$i]}" = ""  ||  "${extin[$i]}" = " " ]]
2854          then
2855             printf "\n  +++ WARNING: input file \"${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}\" "
2856             printf "\n               is not available!"
2857          else
2858             printf "\n  +++ WARNING: input file \"${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}.${extin[$i]}\" "
2859             printf "\n               is not available!"
2860          fi
2861          continue
2862       fi
2863
2864          # PRUEFEN, OB EINZELDATEI ODER DATEI PRO PROZESSOR
2865       files_for_pes=false; datentyp=file
2866       if [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  -n $numprocs ]]
2867       then
2868          files_for_pes=true; datentyp=directory
2869          actionin[$i]=""
2870       elif [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  ! -n $numprocs ]]
2871       then
2872          actionin[$i]=""
2873       elif [[ "${actionin[$i]}" = arpe  &&  -n $numprocs ]]
2874       then
2875          files_for_pes=true; datentyp=directory
2876          actionin[$i]="ar"
2877       elif [[ "${actionin[$i]}" = arpe  &&  ! -n $numprocs ]]
2878       then
2879          actionin[$i]="ar"
2880       elif [[ "${actionin[$i]}" = flpe  &&  -n $numprocs ]]
2881       then
2882          files_for_pes=true; datentyp=directory
2883          actionin[$i]="fl"
2884       elif [[ "${actionin[$i]}" = flpe  &&  ! -n $numprocs ]]
2885       then
2886          actionin[$i]="fl"
2887       fi
2888
2889       if [[ $files_for_pes = true ]]
2890       then
2891          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}/....  to  ${localin[$i]}"
2892       else
2893          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}  to  ${localin[$i]}"
2894       fi
2895
2896          # INPUT-DATEI FUER EINEN FORTSETZUNGSLAUF. ES WIRD GEPRUEFT,
2897          # OB DIESE DATEI NOCH AUF DEM TEMPORAEREN DATENKATALOG VORHANDEN
2898          # IST. FALLS NICHT, WIRD VERSUCHT, SIE ANSCHLIESSEND VOM ARCHIV-
2899          # SERVER ZU HOLEN
2900       if [[ "${actionin[$i]}" = fl ]]
2901       then
2902          printf "\n      $datentyp will be fetched from temporary directory \"${tmp_data_catalog}\" !"
2903          if [[ $files_for_pes = false ]]
2904          then
2905             if [[ -f "$tmp_data_catalog/${frelin[$i]}" ]]
2906             then
2907                ln  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2908                got_tmp[$i]=true
2909             elif [[ -f "$WORK/${frelin[$i]}"  &&  $ignore_archive_error = true ]]
2910             then
2911                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" !"
2912                printf "\n  *** trying to use backup copy in \"$WORK\" "
2913                cp  $WORK/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2914             else
2915                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" "
2916                printf "\n      or \"$tmp_data_catalog\" does not exist!"
2917                printf "\n  *** trying to get copy from archive"
2918                actionin[$i]=ar
2919             fi
2920          else
2921             if [[ -d "$tmp_data_catalog/${frelin[$i]}" ]]
2922             then
2923                mkdir  ${localin[$i]}
2924                cd $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2925                for file in $(ls *)
2926                do
2927                   ln $file $TEMPDIR/${localin[$i]}
2928                done
2929                cd $TEMPDIR
2930                got_tmp[$i]=true
2931             elif [[ -d "$WORK/${frelin[$i]}"  &&  $ignore_archive_error = true ]]
2932             then
2933                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" !"
2934                printf "\n  *** trying to use backup copy in \"$WORK\" "
2935                cp -r  $WORK/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2936             else
2937                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" "
2938                printf "\n      or \"$tmp_data_catalog\" does not exist!"
2939                printf "\n  *** trying to get copy from archive"
2940                actionin[$i]=ar
2941             fi
2942          fi
2943       fi
2944
2945
2946          # DATEI LIEGT AUF ARCHIV-SERVER
2947       if [[ "${actionin[$i]}" = ar ]]
2948       then
2949
2950          if [[ $files_for_pes = false ]]
2951          then
2952             printf "\n      file will be restored from archive-system ($archive_system)!"
2953          else
2954             printf "\n      directory will be restored from archive-system ($archive_system)!"
2955          fi
2956
2957          file_restored=false
2958
2959          if [[ $archive_system = asterix ]]
2960          then
2961             do_stagein=true
2962             (( stagein_anz = 0 ))
2963             while [[ $do_stagein = true ]]
2964             do
2965                if [[ $files_for_pes = false ]]
2966                then
2967                   stagein  -O  ${frelin[$i]}  >  STAGEIN_OUTPUT
2968                else
2969                   stagein  -t  -O  ${frelin[$i]}  >  STAGEIN_OUTPUT
2970                fi
2971                cat  STAGEIN_OUTPUT
2972                if [[ $(grep -c "st.msg:i24"  STAGEIN_OUTPUT) != 0 ]]
2973                then
2974                   file_restored=true
2975                   do_stagein=false
2976                else
2977                   (( stagein_anz = stagein_anz + 1 ))
2978                   if (( stagein_anz == 10 ))
2979                   then
2980                      printf "\n  +++ stagein stoped after 10 tries"
2981                      locat=stage
2982                      exit
2983                   fi
2984                   printf "\n  +++ restoring from archive failed, trying again:"
2985                   sleep 900
2986                fi
2987             done
2988          elif [[ $archive_system = DMF ]]
2989          then
2990             if [[ $files_for_pes = false ]]
2991             then
2992                printf "\n  +++ restoring of single files impossible with $archive_system !\n"
2993                locat=DMF
2994                exit
2995             else
2996                find  $ARCHIVE/${frelin[$i]}  -type m  -print  |  dmget
2997                cp  -r $ARCHIVE/${frelin[$i]}  $PWD
2998                file_restored=true
2999             fi
3000          elif [[ $archive_system = tivoli ]]
3001          then
3002             if [[ $files_for_pes = false ]]
3003             then
3004                if [[ $localhost = lcsgih ]]
3005                then
3006                   ssh  $SSH_PORTOPT  $usern@hicedata.hlrn.de  "cp  $PERM/${frelin[$i]}  $PWD"
3007                else
3008                   ssh  $SSH_PORTOPT  $usern@bicedata.hlrn.de  "cp  $PERM/${frelin[$i]}  $PWD"
3009                fi
3010             else
3011                (( inode = 0 ))
3012                while (( inode < nodes ))
3013                do
3014                   if [[ $localhost = lcsgih ]]
3015                   then
3016                      ssh  $SSH_PORTOPT  $usern@hicedata.hlrn.de  "cd $PWD; tar  xf  $PERM/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar"
3017                   else
3018                      ssh  $SSH_PORTOPT  $usern@bicedata.hlrn.de  "cd $PWD; tar  xf  $PERM/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar"
3019                   fi
3020                   (( inode = inode + 1 ))
3021                done
3022             fi
3023             file_restored=true
3024          elif [[ $archive_system = ut ]]
3025          then
3026             if [[ $files_for_pes = false ]]
3027             then
3028                cp  $UT/${frelin[$i]}  .
3029             else
3030                (( inode = 0 ))
3031                while (( inode < nodes ))
3032                do
3033                   tar  xf  $UT/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar
3034                   (( inode = inode + 1 ))
3035                done
3036             fi
3037             file_restored=true
3038          else
3039             printf "\n  +++ archive_system=\"$archive_system\"   restore impossible!"
3040             locat=rearchive
3041             exit
3042          fi
3043
3044          if [[ $file_restored = true ]]
3045          then
3046
3047                # DATEI AUCH AUF TEMPORAERES DATENVERZEICHNIS LEGEN, DAMIT
3048                # SIE BEI WEITEREN ZUGRIFFEN NOCH VORHANDEN IST
3049             [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog; chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
3050             if [[ $files_for_pes = false ]]
3051             then
3052                ln  -f  ${frelin[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
3053             else
3054                mkdir  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
3055                ln  -f  ${frelin[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
3056             fi
3057             got_tmp[$i]=true
3058
3059                # DATEI UNTER LOKALEM NAMEN ZUR VERFUEGUNG STELLEN
3060             mv  ${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
3061
3062          fi
3063       fi
3064
3065
3066          # DATEI LIEGT IM VOM BENUTZER ANGEGEBENEN VERZEICHNIS
3067       if [[ "${actionin[$i]}" = ""  ||  "${actionin[$i]}" = "di"  ||  "${actionin[$i]}" = "npe" ]]
3068       then
3069
3070          if [[ "${actionin[$i]}" = "npe"  &&  -n $numprocs ]]
3071          then
3072
3073                # DATEI WIRD FUER DIE PROZESSOREN EINES PARALLERECHNERS BEREITGESTELLT
3074             printf "\n      file will be provided for $numprocs processors"
3075             mkdir  ${localin[$i]}
3076             ival=$numprocs
3077             (( ii = 0 ))
3078             while (( ii <= ival-1 ))
3079             do
3080                if (( ii < 10 ))
3081                then
3082                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_000$ii
3083                elif (( ii < 100 ))
3084                then
3085                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_00$ii
3086                elif (( ii < 1000 ))
3087                then
3088                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_0$ii
3089                else
3090                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_$ii
3091                fi
3092                (( ii = ii + 1 ))
3093             done
3094
3095          else
3096
3097             if [[ $files_for_pes = true ]]
3098             then
3099
3100                   # DIE DEN PROZESSOREN EINES PARALLELRECHNERS ZUGEHOERIGEN
3101                   # DATEIEN WERDEN BEREITGESTELLT, INDEM ZUERST DER GESAMTE
3102                   # KATALOGINHALT KOPIERT UND DANN DIE EINZELNEN DATEIEN
3103                   # PER MOVE UMBENANNT WERDEN
3104                printf "\n      providing $numprocs files for the respective processors"
3105                mkdir  ${localin[$i]}
3106                if [[ $link_local_input = true ]]
3107                    then
3108                    printf "      using ln -f\n"
3109                    cd ${absnamein[$i]}
3110                    for file in $(ls *)
3111                      do
3112                      ln -f $file  ${localin[$i]}
3113                    done
3114                    cd $TEMPDIR
3115                fi
3116                # If "ln -f" fails of if "$link_local_input = false" do a normal "cp -r"
3117                if [[ ! -f "${localin[$i]}/_0000" ]]
3118                    then
3119                    if [[ $link_local_input = true ]]
3120                        then
3121                        printf "      ln failed for .../_0000, using cp...\n"
3122                    fi
3123                    cp -r  ${absnamein[$i]}/*  ${localin[$i]}
3124                fi
3125
3126             else
3127                   # BEREITSTELLUNG AUF EINPROZESSORRECHNERN
3128                if [[ $link_local_input = true ]]
3129                then
3130                    printf "      using ln -f\n"
3131                    ln -f  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
3132                fi
3133                # If "ln -f" fails of if "$link_local_input = false" do a normal "cp"
3134                if [[ ! -f "${localin[$i]}" ]]
3135                then
3136                    if [[ $link_local_input = true ]]
3137                    then
3138                        printf "      ln failed, using cp...\n"
3139                    fi
3140                    cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
3141                fi
3142             fi
3143          fi
3144       fi
3145
3146    done
3147    if (( i != 0 ))
3148    then
3149       printf "\n$striche\n  *** all INPUT-files provided \n"
3150    fi
3151
3152
3153       # EVENTUELLE INPUT-KOMMANDOS ABARBEITEN
3154    (( i = 0 ))
3155    while (( i < iic ))
3156    do
3157       (( i = i + 1 ))
3158       if (( i == 1 ))
3159       then
3160          printf "\n\n  *** execution of INPUT-commands:\n$striche"
3161       fi
3162       printf "\n  >>> ${in_command[$i]}"
3163       eval  ${in_command[$i]}
3164       if (( i == iic ))
3165       then
3166          printf "\n$striche\n"
3167       fi
3168    done
3169
3170
3171       # VERBLEIBENDE CPU-ZEIT BERECHNEN
3172    cpurest=${cpumax}.
3173
3174
3175       # START DVR STREAMING SERVER
3176    if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
3177    then
3178       if [[ "$dvr_server" != "" ]]
3179       then
3180
3181          printf "\n\n  *** preparing the dvr streaming server configuration file"
3182
3183             # Check, if a dvr server is already running
3184          running_dvrserver_id=`echo $(ps -edaf | grep .dvrserver.config | grep -v grep) | cut -d" " -f2`
3185          if [[ "$running_dvrserver_id" != "" ]]
3186          then
3187
3188             printf "\n\n  +++ WARNING: A dvr server with id=$running_dvrserver_id is already running!"
3189             printf "\n      This server is used instead starting a new one!"
3190             printf "\n      If required, script \"process_dvr_output\" has to be run manually."
3191
3192          else
3193
3194                # COPY CONFIGURATION FILE FOR STREAMING SERVER FROM REPOSITORY TO HERE
3195             if [[ -f ${PALM_BIN}/.dvrserver.config ]]
3196             then
3197                cp  ${PALM_BIN}/.dvrserver.config  .
3198
3199                   # Entering the BASEDIR, UID and GID into this file
3200                user_id=`id -u`
3201                group_id=`id -g`
3202                   # & is needed as seperator, because TEMPDIR contains /
3203                sed "s&<replace by dvr data directory>&${TEMPDIR}&g" .dvrserver.config > .dvrserver.1
3204                sed "s/<replace by user id>/$user_id/g"    .dvrserver.1 > .dvrserver.2
3205                sed "s/<replace by group id>/$group_id/g"  .dvrserver.2 > .dvrserver.3
3206                mv  .dvrserver.3  .dvrserver.config
3207                rm  .dvrserver.1  .dvrserver.2
3208
3209                   # Start dvr server in background, get his id and print on terminal
3210                $dvr_server  .dvrserver.config  >>  DVR_LOGFILE  2>&1  &
3211                dvrserver_id=`echo $(ps -edaf | grep .dvrserver.config) | cut -d" " -f2`
3212                printf "\n  *** streaming server with id=$dvrserver_id is started in background"
3213                local_dvrserver_running=.TRUE.
3214             else
3215                printf "\n  +++ missing file \".dvrserver.config\" in directory:"
3216                printf "\n      \"$PALM_BIN\" "
3217                locat=dvr
3218                exit
3219             fi
3220
3221          fi
3222
3223       else
3224          printf "\n\n  --- INFORMATIVE: no dvr streaming server will be started"
3225       fi
3226    fi
3227
3228
3229       # NAMELIST-DATEI MIT WERTEN VON ENVIRONMENT-VARIABLEN ERZEUGEN (ZU
3230       # LESEN VON PALM)
3231    cat  >  ENVPAR  <<  %%END%%
3232 &envpar  run_identifier = '$fname', host = '$localhost',
3233          write_binary = '$write_binary', tasks_per_node = $tasks_per_node,
3234          maximum_parallel_io_streams = $maximum_parallel_io_streams,
3235          maximum_cpu_time_allowed = ${cpumax}.,
3236          revision = '$global_revision',
3237          local_dvrserver_running = $local_dvrserver_running /
3238
3239%%END%%
3240
3241
3242       # PROGRAMMSTART
3243    printf "\n\n  *** execution starts in directory\n      \"`pwd`\"\n$striche\n"
3244    PATH=$PATH:$TEMPDIR
3245
3246       # MPI debug option (argument checking, slows down execution due to increased latency)
3247    if [[ "$mpi_debug" = true ]]
3248    then
3249       export MPI_CHECK_ARGS=1
3250       printf "\n  +++ MPI_CHECK_ARGS=$MPI_CHECK_ARGS"
3251    fi
3252
3253    if [[ "$totalview" = true ]]
3254    then
3255       printf "\n *** totalview debugger will be used"
3256       tv_opt="-tv"
3257    else
3258       tv_opt=""
3259    fi
3260
3261    if [[ "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ]]
3262    then
3263       if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
3264       then
3265          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-5) != lcsgi ]]
3266          then
3267             printf "\n  +++ debug is allowed in interactive mode only"
3268             locat=debug
3269             exit
3270          fi
3271       fi
3272       if [[ $localhost = ibmh ]]
3273       then
3274
3275             # SETUP THE IBM MPI ENVIRONMENT
3276          export MP_SHARED_MEMORY=yes
3277          export AIXTHREADS_SCOPE=S
3278          export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3279          export AUTHSTATE=files
3280          export XLFRTEOPTS="nlwidth=132:err_recovery=no"    # RECORD-LENGTH OF NAMELIST-OUTPUT
3281
3282             # FOLLOWING OPTIONS ARE MANDATORY FOR TOTALVIEW
3283          export MP_ADAPTER_USE=shared
3284          export MP_CPU_USE=multiple
3285          export MP_TIMEOUT=1200
3286
3287          unset  MP_TASK_AFFINITY
3288
3289             # SO FAR, TOTALVIEW NEEDS HOSTFILE MECHANISM FOR EXECUTION
3290          #(( ii = 1 ))
3291          #while (( ii <= $numprocs ))
3292          #do
3293          #   echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3294          #   (( ii = ii + 1 ))
3295          #done
3296          #export MP_HOSTFILE=hostfile
3297
3298          if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
3299          then
3300             totalview   poe  a.out  $ROPTS
3301          else
3302             echo totalview   poe  -a a.out  -procs $numprocs  -rmpool 0  -nodes 1   $ROPTS
3303             export TVDSVRLAUNCHCMD=ssh
3304             totalview   poe  -a a.out  -procs $numprocs  -rmpool 0  -nodes 1   $ROPTS
3305          fi
3306       elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-5) = lcsgi ]]
3307       then
3308             # CURRENTLY NO DEBUGGER ON LCSGI
3309          if [[ $run_coupled_model = true ]]
3310          then
3311             printf "\n  +++ no debug in coupled mode available on \"$localhost\" "
3312             locat=debug
3313             exit
3314          else
3315             echo "no_coupling"  >  runfile_atmos
3316          fi
3317          (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3318          export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3319          echo "OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"
3320          if [[ $threads_per_task != 1 ]]
3321          then
3322             printf "\n      threads per task: $threads_per_task"
3323          fi
3324          printf "\n\n"
3325          if [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mpt ]]
3326          then
3327#             export MPI_LAUNCH_TIMEOUT=360
3328             if [[ "$totalview" = true ]]
3329             then
3330                printf "\n     running totalview debugger"
3331                mpiexec_mpt $tv_opt -n $ii   ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3332             else
3333                mpiexec_mpt -np $ii   ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3334             fi
3335          elif [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mva ]]
3336          then
3337#             ulimit -s 300000   # A too large stack size causes problems
3338#             export MV2_NUM_PORTS=2
3339#             export MV2_CPU_MAPPING=0:1:2:3
3340             if [[ "$totalview" = true ]]
3341             then
3342                printf "\n     running totalview debugger"
3343                mpiexec $tv_opt ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3344             else
3345                mpiexec    ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3346             fi
3347          fi
3348       else 
3349          printf "\n  +++ no debug available on \"$localhost\" "
3350          printf "\n      or not implemented in mrun so far"
3351          locat=debug
3352          exit
3353       fi
3354
3355       # end debug mode
3356    else
3357
3358          # normal execution
3359       if [[ -n $numprocs ]]
3360       then
3361             # RUNNING THE PROGRAM ON PARALLEL MACHINES
3362          if [[ $(echo $host | cut -c1-3) = ibm ]]
3363          then
3364                # SETUP THE IBM MPI ENVIRONMENT
3365             if [[ $host != ibmh  &&  $host != ibmkisti ]]
3366             then
3367                export MP_SHARED_MEMORY=yes
3368                export AIXTHREAD_SCOPE=S
3369                export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3370                export XLSMPOPTS="spins=0:yields=0:stack=20000000"
3371                export AUTHSTATE=files
3372                export XLFRTEOPTS="nlwidth=132:err_recovery=no"    # RECORD-LENGTH OF NAMELIST-OUTPUT
3373                #  export MP_PRINTENV=yes
3374
3375                   # TUNING-VARIABLEN ZUR VERBESSERUNG DER KOMMUNIKATION
3376                   # ZEIGEN ABER DERZEIT (SEP 04, FEDERATION) KAUM WIRKUNG
3377                export MP_WAIT_MODE=poll
3378                [[ $node_usage = not_shared ]]  &&  export MP_SINGLE_THREAD=yes
3379             fi
3380
3381             if [[ $host = ibmkisti ]]
3382             then
3383                export LANG=en_US
3384                export MP_SHARED_MEMORY=yes
3385                if [[ $threads_per_task = 1 ]]
3386                then
3387                   export MP_SINGLE_THREAD=yes
3388                   export MEMORY_AFFINITY=MCM
3389                else
3390                   export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3391                fi
3392             fi
3393
3394             if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
3395             then
3396                printf "\n--- Control: OMP_NUM_THREADS = \"$OMP_NUM_THREADS\" \n"
3397                if [[ "$cond1" = hpmcount  ||  "$cond2" = hpmcount ]]
3398                then
3399                   /opt/optibm/HPM_2_4_1/bin/hpmcount  a.out  $ROPTS
3400                else
3401                   if [[ $run_coupled_model = false ]]
3402                   then
3403                      if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3404                      then
3405                         echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3406                      else
3407                         echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3408                      fi
3409                   else
3410                      (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3411                      (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3412                      printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3413                      printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3414                      printf "\n\n"
3415                      echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3416                   fi
3417                   poe ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos
3418                fi
3419             else
3420                if [[ $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibms ]]
3421                then
3422                   poe  a.out  -procs $numprocs  -nodes 1  -rmpool 0  $ROPTS
3423                elif [[ $localhost = ibmkisti  ||  $localhost = ibmku  ||  $localhost = ibmy ]]
3424                then
3425                   if [[ -f $hostfile ]]
3426                   then
3427                      cp  $hostfile  hostfile
3428                   else
3429                      (( ii = 1 ))
3430                      while (( ii <= $numprocs ))
3431                      do
3432                         echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3433                         (( ii = ii + 1 ))
3434                      done
3435                   fi
3436                   export MP_HOSTFILE=hostfile
3437                   if [[ $run_coupled_model = false ]]
3438                   then
3439                      if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3440                      then
3441                         echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3442                      else
3443                         echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3444                      fi
3445                   else
3446                      (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3447                      (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3448                      printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3449                      printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3450                      printf "\n\n"
3451                      echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3452                   fi
3453                   if [[ $localhost = ibmy ]]
3454                   then
3455                      ./a.out  -procs $tasks_per_node  $ROPTS  <  runfile_atmos
3456                   else
3457                      poe  ./a.out  -procs $numprocs $ROPTS  <  runfile_atmos
3458                   fi
3459
3460                else
3461                   if [[ "$host_file" = "" ]]
3462                   then
3463                      printf "\n  +++ no hostfile given in configuration file"
3464                      locat=config_file
3465                      exit
3466                   else
3467                      eval host_file=$host_file
3468                   fi
3469                   export MP_HOSTFILE=$host_file
3470                   poe  a.out  -procs $numprocs  -tasks_per_node $numprocs  $ROPTS
3471                fi
3472             fi
3473          elif [[ $host = nech  ||  $host = necriam ]]
3474          then
3475             (( ii = nodes ))
3476             if [[ $ii = 1 ]]
3477             then
3478                export F_ERRCNT=0        # acceptable number of errors before program is stopped
3479                export MPIPROGINF=YES
3480                #  export F_TRACE=YES|FMT1|FMT2  # output of ftrace informations to job protocol
3481                echo "*** execution on single node with mpirun"
3482                mpirun  -np $numprocs  ./a.out  $ROPTS
3483             else
3484                (( i = 0 ))
3485                while (( i < ii ))
3486                do
3487                   echo "-h $i  -p $tasks_per_node  -e ./mpi_exec_shell"  >>  multinode_config
3488                   (( i = i + 1 ))
3489                done
3490
3491                echo "#!/bin/sh"                         >   mpi_exec_shell
3492                echo " "                                 >>  mpi_exec_shell
3493                echo "set -u"                            >>  mpi_exec_shell
3494                echo "F_ERRCNT=0"                        >>  mpi_exec_shell
3495                echo "MPIPROGINV=YES"                    >>  mpi_exec_shell
3496                echo "OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task" >>  mpi_exec_shell
3497                echo "cpurest=$cpurest"                  >>  mpi_exec_shell
3498                echo "fname=$fname"                      >>  mpi_exec_shell
3499                echo "localhost=$localhost"              >>  mpi_exec_shell
3500                echo "return_addres=$return_addres"      >>  mpi_exec_shell
3501                echo "return_username=$return_username"  >>  mpi_exec_shell
3502                echo "tasks_per_node=$tasks_per_node"    >>  mpi_exec_shell
3503                echo "write_binary=$write_binary"        >>  mpi_exec_shell
3504                echo "use_seperate_pe_for_dvrp_output=$use_seperate_pe_for_dvrp_output"  >>  mpi_exec_shell
3505                echo "  "                                >>  mpi_exec_shell
3506                echo "export F_ERRCNT"                   >>  mpi_exec_shell
3507                echo "export MPIPROGINV"                 >>  mpi_exec_shell
3508                echo "export OMP_NUM_THREADS"            >>  mpi_exec_shell
3509                echo "export cpurest"                    >>  mpi_exec_shell
3510                echo "export fname"                      >>  mpi_exec_shell
3511                echo "export localhost"                  >>  mpi_exec_shell
3512                echo "export return_addres"              >>  mpi_exec_shell
3513                echo "export return_username"            >>  mpi_exec_shell
3514                echo "export tasks_per_node"             >>  mpi_exec_shell
3515                echo "export write_binary"               >>  mpi_exec_shell
3516                echo "export use_seperate_pe_for_dvrp_output"  >>  mpi_exec_shell
3517                echo " "                                 >>  mpi_exec_shell
3518                echo "exec  ./a.out"                     >>  mpi_exec_shell
3519
3520                chmod u+x  mpi_exec_shell
3521                export MPIPROGINF=YES
3522                mpirun  -f multinode_config  &
3523                wait
3524
3525             fi
3526          elif [[ $(echo $host | cut -c1-2) = lc  &&  $host != lckyoto &&  $host != lctit ]]
3527          then
3528
3529                # COPY HOSTFILE FROM SOURCE DIRECTORY OR CREATE IT, IF IT
3530                # DOES NOT EXIST
3531             if [[ $host != lcsgih  &&  $host != lcsgib  &&  $host != lckyu* ]]
3532             then
3533                if [[ -f $hostfile ]]
3534                then
3535                   cp  $hostfile  hostfile
3536                   (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3537                else
3538                   (( ii = 1 ))
3539                   while (( ii <= $numprocs / $threads_per_task ))
3540                   do
3541                      echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3542                      (( ii = ii + 1 ))
3543                   done
3544                fi
3545                eval zeile=\"`head -n $ii  hostfile`\"
3546                printf "\n  *** running on: $zeile"
3547             fi
3548
3549             (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3550             export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3551             # echo "*** OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"
3552             if [[ $threads_per_task != 1 ]]
3553             then
3554                   # increase stack size to unlimited, because large runs
3555                   # may abort otherwise
3556                ulimit -Ss unlimited
3557                printf "\n      threads per task: $threads_per_task  stacksize: unlimited"
3558             fi
3559             if [[ $run_coupled_model = false ]]
3560             then
3561                if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3562                then
3563                   echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3564                else
3565                   echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3566                fi
3567                printf "\n\n"
3568                if [[ $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib ]]
3569                then
3570                   if [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mpt ]]
3571                   then
3572                          # MPI_DSM_DISTRIBUTE not necessary when MPI_DSM_CPULIST is set
3573                          # export MPI_DSM_DISTRIBUTE=1
3574                          # MPI_DSM_CPULIST: pin MPI processes to cores
3575                      if [[ $use_openmp = false ]]
3576                      then
3577                         if [[ "$sgi_feature" = ice2 ]]
3578                         then
3579                            export MPI_DSM_CPULIST="0,4,1,5,2,6,3,7:allhosts"
3580                         else
3581                            export MPI_DSM_CPULIST="0,1,4,5,2,3,6,7:allhosts"
3582                         fi
3583                      else
3584                         unset MPI_DSM_CPULIST
3585                      fi
3586                          # MPI_IB_RAILS: use both IB rails on ICE2
3587                      export MPI_BUFS_PER_HOST=512
3588                      export MPI_IB_RAILS=2
3589                          # NECESSARY, IF MORE THAN 4096 PEs ARE USED
3590                      export MPI_CONNECTIONS_THRESHOLD=8192
3591                  #    echo "*** MPI_DSM_CPULIST=$MPI_DSM_CPULIST"
3592                      export MPI_TYPE_DEPTH=20
3593                  #    echo "*** MPI_TYPE_DEPTH=$MPI_TYPE_DEPTH"
3594                      export MPI_GROUP_MAX=64
3595                  #    echo "*** MPI_GROUP_MAX=$MPI_GROUP_MAX"
3596                      if [[ $use_openmp = true ]]
3597                      then
3598                         echo " mpiexec -npernode $tasks_per_node  ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos"
3599                         mpiexec -npernode $tasks_per_node $tv_opt ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos
3600                      else
3601                         mpiexec_mpt -np $ii $tv_opt  ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3602                      fi
3603
3604                          # next is test for openmp usage
3605                  #     echo "mpiexec -npernode $tasks_per_node  ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos"
3606                  #     mpiexec -npernode $tasks_per_node  ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3607                   elif [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mva ]]
3608                   then
3609                      export MV2_NUM_PORTS=2
3610                      #  The default setting of MV2_CPU_MAPPING gives best results
3611                      # export MV2_ENABLE_AFFINITY=1
3612                      #  export MV2_CPU_MAPPING=0,1,4,5,2,3,6,7
3613               #       if [[ "$sgi_feature" = ice2 ]]
3614               #       then
3615               #          export MV2_CPU_MAPPING=0,4,1,5,2,6,3,7
3616               #       else
3617               #          export MV2_CPU_MAPPING=0,1,4,5,2,3,6,7
3618               #       fi
3619                      if [[ $use_openmp = true ]]
3620                      then
3621                         unset MV2_CPU_MAPPING
3622                         export MV2_ENABLE_AFFINITY=0
3623                      fi
3624                      echo "*** MV2_CPU_MAPPING=$MV2_CPU_MAPPING"
3625                      echo "*** MV2_ENABLE_AFFINITY=$MV2_ENABLE_AFFINITY"
3626                      if [[ $use_openmp = true ]]
3627                      then
3628                         echo " mpiexec -npernode $tasks_per_node  ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos"
3629                         mpiexec -npernode $tasks_per_node $tv_opt ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos
3630                      else
3631                         mpiexec -np $ii $tv_opt ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3632                      fi
3633                   elif [[ "$mpilib" = impi ]]
3634                   then
3635                      echo "mpirun -np $ii inspxe-cl -r result -collect mi3 -- ./a.out  <  runfile_atmos"
3636                      mpirun -np $ii inspxe-cl -r result -collect mi3 -- ./a.out  <  runfile_atmos
3637                   fi
3638                elif [[ $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3639                then
3640                    aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3641                elif [[ $host = lcflow ]]
3642                then
3643                   mpiexec  -machinefile $TMPDIR/machines  -n $ii  -env I_MPI_FABRICS shm:ofa a.out  < runfile_atmos  $ROPTS
3644                elif [[ $host = lcsb ]]
3645                then
3646                   mpirun_rsh -hostfile $PBS_NODEFILE -np `cat $PBS_NODEFILE | wc -l` a.out  < runfile_atmos  $ROPTS
3647                elif [[ $host = lckiaps ]]
3648                then
3649                   mpirun -np $ii  -f $PBS_NODEFILE  a.out  <  runfile_atmos  $ROPTS
3650                elif [[ $host = lckyu* ]]
3651                then
3652                   mpiexec -n $ii  ./a.out  < runfile_atmos  $ROPTS
3653                else
3654                   mpiexec  -machinefile hostfile  -n $ii  a.out  < runfile_atmos  $ROPTS
3655                fi
3656             else
3657
3658                    # currently there is no full MPI-2 support on ICE and XT4
3659                (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3660                (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3661                printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3662                printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3663                printf "\n\n"
3664
3665                if [[ $coupled_mode = "mpi2" ]]
3666                then
3667                   echo "atmosphere_to_ocean $iia $iio"  >  runfile_atmos
3668                   echo "ocean_to_atmosphere $iia $iio"  >  runfile_ocean
3669                   if [[ $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib ]]
3670                   then
3671
3672                      if [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mpt ]]
3673                      then
3674#                         export MPI_LAUNCH_TIMEOUT=360
3675                         mpiexec_mpt -np $iia  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos &
3676                         mpiexec_mpt -np $iio  ./a.out  $ROPTS < runfile_ocean &
3677                      elif [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mva ]]
3678                      then
3679#                         ulimit -s 300000   # A too large stack size causes problems
3680#                         export MV2_NUM_PORTS=2
3681#                         export MV2_CPU_MAPPING=0:1:2:3
3682                         mpiexec -n $iia  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos &
3683                         mpiexec -n $iio  ./a.out  $ROPTS < runfile_ocean &
3684                      fi
3685
3686                   elif [[ $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3687                   then
3688
3689                      aprun  -n $iia  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_atmos  $ROPTS  &
3690                      aprun  -n $iio  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_ocean  $ROPTS  &
3691
3692                   else
3693                          # WORKAROUND BECAUSE mpiexec WITH -env option IS NOT AVAILABLE ON SOME SYSTEMS
3694                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iia  a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos &
3695                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iio  a.out  $ROPTS  <  runfile_ocean &
3696#                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iia  -env coupling_mode atmosphere_to_ocean  a.out  $ROPTS  &
3697#                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iio  -env coupling_mode ocean_to_atmosphere  a.out  $ROPTS  &
3698                   fi
3699                   wait
3700
3701                else
3702
3703                   echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3704                   if [[ $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib ]]
3705                   then
3706
3707                      if [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mpt ]]
3708                      then
3709#                         export MPI_LAUNCH_TIMEOUT=360
3710                         mpiexec_mpt -np $ii  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos
3711                      elif [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mva ]]
3712                      then
3713#                         ulimit -s 300000   # A too large stack size causes problems
3714#                         export MV2_NUM_PORTS=2
3715#                         export MV2_CPU_MAPPING=0:1:2:3
3716                         mpiexec  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos
3717                      fi
3718
3719                   elif [[ $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3720                   then
3721
3722                      aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_atmos  $ROPTS
3723
3724                   elif [[ $host = lck || $host = lckordi ]]
3725                   then
3726                         mpiexec -n $ii  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos &
3727                   fi
3728                   wait
3729                fi
3730
3731             fi
3732          elif [[ $host = lckyoto ]]
3733          then
3734             set -xv
3735             export P4_RSHCOMMAND=plesh
3736             echo "     P4_RSHCOMMAND = $P4_RSHCOMMAND"
3737             if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
3738             then
3739                if [[ "$cond2" = fujitsu ]]
3740                then
3741                   mpiexec  -n $numprocs  ./a.out  $ROPTS  # for fujitsu-compiler
3742                elif [[ "cond2" = pgi ]]
3743                then
3744                   mpirun  -np $numprocs  -machinefile ${QSUB_NODEINF}  ./a.out  $ROPTS
3745                else
3746                   mpirun_rsh -np $numprocs -hostfile ${QSUB_NODEINF} MV2_USE_SRQ=0 ./a.out ${ROPTS} || /bin/true
3747                fi
3748             else
3749                if [[ "$cond2" = "" ]]
3750                then
3751                   mpiruni_rsh -np $numprocs ./a.out  $ROPTS  # for intel
3752                else
3753                   mpirun  -np $numprocs  ./a.out  $ROPTS
3754                fi
3755             fi
3756             set +xv
3757          elif [[ $host = lctit ]]
3758          then
3759             export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3760             echo "OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"
3761             if [[ "$threads_per_task" != 1 ]]
3762             then
3763                export MV2_ENABLE_AFFINITY=0
3764             fi
3765             echo "----- PBS_NODEFILE content:"
3766             cat $PBS_NODEFILE
3767             echo "-----"
3768             (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3769             echo "mpirun  -np $ii  -hostfile $PBS_NODEFILE ./a.out  $ROPTS"
3770             mpirun  -np $ii  -hostfile $PBS_NODEFILE ./a.out  $ROPTS
3771          else
3772             mpprun  -n $numprocs  a.out  $ROPTS
3773          fi
3774          [[ $? != 0 ]]  &&  execution_error=true
3775
3776
3777             # PERFORMANCE-AUSWERTUNG MIT APPRENTICE
3778          if [[ "$cond1" = apprentice  ||  "$cond2" = apprentice ]]
3779          then
3780             apprentice
3781          fi
3782       else
3783          a.out  $ROPTS
3784       fi
3785    fi
3786    if [[ $? != 0  ||  $execution_error = true ]]
3787    then
3788
3789          # ABBRUCH BEI LAUFZEITFEHLER
3790#       [[ ! ( "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ) ]]  &&  cat  aout_output*
3791       printf "\n  +++ runtime error occured"
3792       locat=execution
3793       exit
3794    else
3795#       [[ ! ( "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ) ]]  &&  cat  aout_output*
3796       printf "\n$striche\n  *** execution finished \n"
3797
3798          # Stop the dvr streaming server and process the dvr output in order
3799          # to create dvrs- and html-files containing all streams
3800       if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
3801       then
3802          kill $dvrserver_id
3803          printf "\n  *** dvr server with id=$dvrserver_id has been stopped"
3804
3805             # If there is a directory, data have been output by the
3806             # streaming server. Otherwise, user has chosen dvrp_output=local
3807          if [[ -d DATA_DVR ]]
3808          then
3809
3810                # Add the current dvr configuration file to the dvr output
3811                # directory
3812             cp  .dvrserver.config  DATA_DVR
3813
3814                # Process the dvr output (option -s for also generating
3815                # sequence mode data)
3816             process_dvr_output  -d DATA_DVR  -f $fname  -s
3817
3818          else
3819
3820                # Process the local output
3821             process_dvr_output  -l  -d DATA_DVR  -f $fname
3822
3823          fi
3824
3825       elif [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
3826       then
3827
3828             # Process dvr output generated in local mode (dvrp_output=local)
3829          process_dvr_output  -l  -d DATA_DVR  -f $fname
3830
3831       fi
3832    fi
3833
3834
3835
3836       # Call of combine_plot_fields in order to merge single files written
3837       # by each PE into one file.
3838   if [[ ! -f ${PALM_BIN}/combine_plot_fields${block}.x ]]
3839   then
3840      printf "\n\n\n  +++ WARNING: no combine_plot_fields found for given block \"$cond1 $cond2\""
3841      printf "\n      2d- and/or 3d-data may be incomplete!"
3842      printf "\n      Run \"mbuild -u -h $localhost\" to generate utilities for this block.\n"
3843   elif [[ "$combine_plot_fields" == true ]]
3844   then
3845      printf "\n\n\n *** post-processing: now executing \"combine_plot_fields${block}.x\" ..."
3846      combine_plot_fields${block}.x
3847   else
3848#     Temporary solution to skip combine_plot_fields. This is necessary in case of huge amount of
3849#     data output. To do: extend this branch by creating a batch job for combine_plot_fields.
3850      printf "\n\n\n *** post-processing: skipping combine_plot_fields (-Z option set) ..."
3851   fi
3852
3853
3854
3855       # EVENTUELLE OUTPUT-KOMMANDOS ABARBEITEN
3856    (( i = 0 ))
3857    while (( i < ioc ))
3858    do
3859       (( i = i + 1 ))
3860       if (( i == 1 ))
3861       then
3862          printf "\n\n  *** execution of OUTPUT-commands:\n$striche"
3863       fi
3864       printf "\n  >>> ${out_command[$i]}"
3865       eval  ${out_command[$i]}
3866       if (( i == ioc ))
3867       then
3868          printf "\n$striche\n"
3869       fi
3870    done
3871
3872
3873       # EVTL. INHALT DES AKTUELLEN VERZEICHNISSES AUSGEBEN
3874    if [[ $do_trace = true ]]
3875    then
3876       printf "\n\n"
3877       ls -al
3878    fi
3879
3880
3881
3882       # OUTPUT-DATEIEN AN IHRE ZIELORTE KOPIEREN
3883    (( i = 0 ))
3884    while (( i < iout ))
3885    do
3886       (( i = i + 1 ))
3887       if (( i == 1 ))
3888       then
3889          printf "\n\n  *** saving OUTPUT-files:\n$striche"
3890       fi
3891
3892          # PRUEFEN, OB EINZELDATEI ODER DATEI PRO PROZESSOR
3893       files_for_pes=false; filetyp=file
3894       if [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  -n $numprocs ]]
3895       then
3896          files_for_pes=true; filetyp=directory
3897          actionout[$i]=""
3898       elif [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  ! -n $numprocs ]]
3899       then
3900          actionout[$i]=""
3901       elif [[ "${actionout[$i]}" = arpe  &&  -n $numprocs ]]
3902       then
3903          files_for_pes=true; filetyp=directory
3904          actionout[$i]="ar"
3905       elif [[ "${actionout[$i]}" = arpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3906       then
3907          actionout[$i]="ar"
3908       elif [[ "${actionout[$i]}" = flpe  &&  -n $numprocs ]]
3909       then
3910          files_for_pes=true; filetyp=directory
3911          actionout[$i]="fl"
3912       elif [[ "${actionout[$i]}" = flpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3913       then
3914          actionout[$i]="fl"
3915       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  -n $numprocs ]]
3916       then
3917          files_for_pes=true; filetyp=directory
3918          actionout[$i]="tr"
3919       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3920       then
3921          actionout[$i]="tr"
3922       fi
3923
3924       if [[ ! -f ${localout[$i]}  &&  $files_for_pes = false ]]
3925       then
3926          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}  does not exist\n"
3927       elif [[ ! -d ${localout[$i]}  &&  $files_for_pes = true ]]
3928       then
3929          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}/....  does not exist\n"
3930       else
3931
3932
3933             # KOPIEREN PER FTP/SCP (IMMER IM BINAERMODUS, -M: FALLS ZIELKATALOG
3934             # NICHT VORHANDEN, WIRD VERSUCHT, IHN ANZULEGEN), ABER NUR BEI
3935             # REMOTE-RECHNUNGEN
3936          if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
3937          then
3938             if [[ $localhost != $fromhost ]]
3939             then
3940                if [[ $files_for_pes = false ]]
3941                then
3942                   cps=""
3943                   cst=""
3944                else
3945                   cps=-c
3946                   cst="/"
3947                fi
3948                if [[ $localhost = nech ]]
3949                then
3950
3951                      # TRANSFER IN EIGENSTAENDIGEM JOB
3952                      # ZUERST KOPIE DER DATEI INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
3953                   [[ ! -d $tmp_data_catalog/TRANSFER ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog/TRANSFER
3954                   file_to_transfer=${fname}_${localout[$i]}_to_transfer_$kennung
3955                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3956                   then
3957                      ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3958                   else
3959                      mkdir  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3960                      ln  ${localout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3961                   fi
3962
3963                   echo "set -x"                                    >    transfer_${localout[$i]}
3964                   echo "cd  $tmp_data_catalog/TRANSFER"            >>   transfer_${localout[$i]}
3965
3966                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}$cst  by SCP in seperate job to"
3967                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}$cst"
3968                   printf "\n              or higher cycle\n"
3969                   echo "batch_scp $PORTOPT $cps -b -m -u $return_username $return_addres  $file_to_transfer \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"  >>  transfer_${localout[$i]}
3970
3971                   echo "[[ \$? = 0 ]]  &&  rm  $file_to_transfer"  >>  transfer_${localout[$i]}
3972
3973                   if [[ $localhost = nech ]]
3974                   then
3975                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 900  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3976                   else
3977                      if [[ "$LOGNAME" = b323013 ]]
3978                      then
3979                         subjob  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3980                      else
3981                         subjob  -d  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3982                      fi
3983                   fi
3984
3985                else
3986
3987                      # TRANSFER INNERHALB DIESES JOBS
3988                   transfer_failed=false
3989                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}$cst  by SCP to"
3990                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}$cst\n"
3991                   batch_scp $PORTOPT $cps -b -m -u $return_username $return_addres  ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
3992                   [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
3993
3994                      # BEI FEHLGESCHLAGENEM TRANSFER SICHERUNGSKOPIE AUF
3995                      # LOKALER MASCHINE ANLEGEN
3996                   if [[ $transfer_failed = true ]]
3997                   then
3998                      printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on the local host under:\n"
3999                      printf "      ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung\n"
4000
4001                         # ERSTMAL PRUEFEN, OB VERZEICHNIS EXISTIERT. GEGEBENENFALLS
4002                         # ANLEGEN.
4003                      eval  local_catalog=${pathout[$i]}
4004                      if [[ ! -d $local_catalog ]]
4005                      then
4006                         printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
4007                         printf "      $local_catalog \n"
4008                         mkdir -p  $local_catalog
4009                      fi
4010                      eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung
4011                      transfer_problems=true
4012                   fi
4013                fi
4014             else
4015
4016                   # WERTZUWEISUNG, SO DASS WEITER UNTEN NUR KOPIERT WIRD
4017                actionout[$i]=""
4018             fi
4019          fi
4020
4021
4022             # APPEND PER FTP/SCP (IMMER IM BINAERMODUS, -M: FALLS ZIELKATALOG
4023             # NICHT VORHANDEN, WIRD VERSUCHT, IHN ANZULEGEN), ABER NUR BEI
4024             # REMOTE-RECHNUNGEN
4025          if [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
4026          then
4027             if [[ $localhost != $fromhost ]]
4028             then
4029                if [[ $localhost = ibmh  ||  $localhost = nech ]]
4030                then
4031
4032                      # TRANSFER IN EIGENSTAENDIGEM JOB
4033                      # ZUERST KOPIE DER DATEI INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
4034                   [[ ! -d $tmp_data_catalog/TRANSFER ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog/TRANSFER
4035                   file_to_transfer=${fname}_${localout[$i]}_to_transfer_$kennung
4036                   ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
4037
4038                   echo "set -x"                                    >    transfer_${localout[$i]}
4039                   echo "cd  $tmp_data_catalog/TRANSFER"            >>   transfer_${localout[$i]}
4040
4041                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append by SCP in seperate job to"
4042                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}"
4043                   printf "\n              or higher cycle\n"
4044                   echo "batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username $return_addres  $file_to_transfer \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"  >>  transfer_${localout[$i]}
4045
4046                   echo "[[ \$? = 0 ]]  &&  rm  $file_to_transfer"  >>  transfer_${localout[$i]}
4047
4048                   if [[ $localhost = nech ]]
4049                   then
4050                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 900  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
4051                   else
4052                      if [[ $LOGNAME = b323013 ]]
4053                      then
4054                         subjob  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
4055                      else
4056                         subjob  -d  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
4057                      fi
4058                   fi
4059
4060                else
4061
4062                      # TRANSFER INNERHALB DIESES JOBS
4063                   transfer_failed=false
4064                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append by SCP to"
4065                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}\n"
4066                   batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username  $return_addres ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
4067                   [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
4068
4069                      # BEI FEHLGESCHLAGENEM TRANSFER SICHERUNGSKOPIE AUF
4070                      # LOKALER MASCHINE ANLEGEN
4071                   if [[ $transfer_failed = true ]]
4072                   then
4073                      printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on the local host under:\n"
4074                      printf "      ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung\n"
4075
4076                         # ERSTMAL PRUEFEN, OB VERZEICHNIS EXISTIERT. GEGEBENENFALLS
4077                         # ANLEGEN
4078                      eval  local_catalog=${pathout[$i]}
4079                      if [[ ! -d $local_catalog ]]
4080                      then
4081                         printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
4082                         printf "      $local_catalog \n"
4083                         mkdir -p  $local_catalog
4084                      fi
4085
4086                      eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung
4087                      transfer_problems=true
4088                   fi
4089                fi
4090             else
4091
4092                   # WERTZUWEISUNG, SO DASS WEITER UNTEN NUR APPEND AUF
4093                   # LOKALER MASCHINE DURCHGEFUEHRT WIRD
4094                actionout[$i]=a
4095             fi
4096          fi
4097
4098
4099             # OUTPUT-DATEI FUER EINEN FORTSETZUNGSLAUF. DATEI WIRD PER
4100             # LINK AUF DEN TEMPORAEREN DATENKATALOG GELEGT. OPTION -f WIRD
4101             # VERWENDET, FALLS DORT NOCH EINE DATEI GLEICHEN NAMENS VORHANDEN
4102             # SEIN SOLLTE. ANSCHLIESSEND WIRD SEINE ARCHIVIERUNG ANGESTOSSEN
4103          if [[ "${actionout[$i]}" = fl ]]
4104          then
4105             [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
4106             chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
4107             if [[ $files_for_pes = false ]]
4108             then
4109                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to"
4110                printf "\n              $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} (temporary data catalog)\n"
4111                ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4112             else
4113                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/....  to"
4114                printf "\n              $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} (temporary data catalog)\n"
4115                mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4116                cd ${localout[$i]}
4117                for file in $(ls *)
4118                do
4119                   ln -f $file $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4120                done
4121                cd $TEMPDIR
4122             fi
4123
4124
4125                # ARCHIVIERUNGSJOB WIRD ERZEUGT UND ABGESCHICKT
4126             if [[ $store_on_archive_system = true ]]
4127             then
4128
4129                if [[ $archive_system = asterix ]]
4130                then
4131                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                      >> archive_${frelout[$i]}
4132                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4133                   then
4134                      echo "stageout  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT${i}_$kennung" >> archive_${frelout[$i]}
4135                   else
4136                      echo "stageout -t  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT${i}_$kennung" >> archive_${frelout[$i]}
4137                   fi
4138                   echo "cat  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung"               >> archive_${frelout[$i]}
4139                   echo "if [[ \$(grep -c \"st.msg:150\"  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung) != 0 ]]" >> archive_${frelout[$i]}
4140                   echo "then"                                       >> archive_${frelout[$i]}
4141                   echo "   do_stageout=false"                       >> archive_${frelout[$i]}
4142                   echo "else"                                       >> archive_${frelout[$i]}
4143                   echo "   echo \"  +++ $filetyp ${frelout[$i]}  could not be stored on archive-system\" " >> archive_${frelout[$i]}
4144                   echo "   cat  /dev/null  >  ~/job_queue/ARCHIVE_ERROR_$fname" >> archive_${frelout[$i]}
4145                   echo "   cat  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung  >  ~/job_queue/archive_${frelout[$i]}_error" >> archive_${frelout[$i]}
4146                   echo "   echo \"  *** $filetyp ${frelout[$i]} will be copied to \$WORK as backup\" " >> archive_${frelout[$i]}
4147                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4148                   then
4149                      echo "   cp   ${frelout[$i]}  \$WORK"                    >> archive_${frelout[$i]}
4150                   else
4151                      echo "   cp -r  ${frelout[$i]}  \$WORK/${frelout[$i]}"   >> archive_${frelout[$i]}
4152                   fi
4153                   echo "   echo \"  *** $filetyp ${frelout[$i]} saved\" " >> archive_${frelout[$i]}
4154                   echo "fi"                                         >> archive_${frelout[$i]}
4155                   echo "rm  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung"              >> archive_${frelout[$i]}
4156                elif [[ $archive_system = DMF ]]
4157                then
4158                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                      >> archive_${frelout[$i]}
4159                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4160                   then
4161                      printf "\n  +++ archiving of single files impossible with $archive_system !\n"
4162                      locat=DMF
4163                      exit
4164                   else
4165                         # FUER RECHNER IN JUELICH. DORT KOENNTEN AUCH
4166                         # EINZELNE DATEIEN GESICHERT WERDEN (SPAETER KORR.)
4167                      echo "rm -rf  \$ARCHIVE/${frelout[$i]}"     >> archive_${frelout[$i]}
4168                      echo "cp -r  ${frelout[$i]}  \$ARCHIVE"     >> archive_${frelout[$i]}
4169                   fi
4170                elif [[ $archive_system = tivoli ]]
4171                then
4172                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >> archive_${frelout[$i]}
4173                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4174                   then
4175                         # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
4176                      echo "set -x"                                   >> archive_${frelout[$i]}
4177                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4178                      echo "cp  ${frelout[$i]} \$PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4179                   else
4180
4181                      echo "set -x"                                   >> archive_${frelout[$i]}
4182                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}/*"         >> archive_${frelout[$i]}
4183                      echo "[[ ! -d \$PERM/${frelout[$i]} ]] && mkdir $PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4184                      cd  $tmp_data_catalog
4185                      all_files=`ls -1 ${frelout[$i]}/*`
4186                      cd -  > /dev/null
4187                      (( inode = 0 ))
4188                      (( tp1   = tasks_per_node + 1 ))
4189                      while (( inode < nodes ))
4190                      do
4191#                         echo "*** all_files = \"$all_files\" "
4192                         files=`echo $all_files | cut -d" " -f1-$tasks_per_node`
4193                         all_files=`echo $all_files | cut -d" " -f$tp1-`
4194#                         echo "*** tasks_per_node = \"$tasks_per_node\" "
4195#                         echo "*** files = \"$files\" "
4196#                         echo "*** all_files = \"$all_files\" "
4197                        echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
4198                        ### echo "tar  cvf ${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
4199                        ### echo "cp ${frelout[$i]}.node_$inode.tar \$PERM/${frelout[$i]}/"   >> archive_${frelout[$i]}
4200                         ###echo "rm ${frelout[$i]}.node_$inode.tar"   >> archive_${frelout[$i]}
4201#                         echo "dsmc incremental  \$PERM/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar" >> archive_${frelout[$i]}
4202#                         echo "dsmmigrate \$PERM/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar"        >> archive_${frelout[$i]}
4203                         (( inode = inode + 1 ))
4204                      done
4205#                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
4206#                      echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4207                   fi
4208                elif [[ $archive_system = ut ]]
4209                then
4210                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >> archive_${frelout[$i]}
4211                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4212                   then
4213                         # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
4214                      echo "set -x"                                 >> archive_${frelout[$i]}
4215                      echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4216                      echo "cp  ${frelout[$i]} \$UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4217                   else
4218
4219                      echo "set -x"                                 >> archive_${frelout[$i]}
4220                      echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}/*"         >> archive_${frelout[$i]}
4221                      echo "[[ ! -d \$UT/${frelout[$i]} ]] && mkdir $UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4222                      cd  $tmp_data_catalog
4223                      all_files=`ls -1 ${frelout[$i]}/*`
4224                      cd -  > /dev/null
4225                      (( inode = 0 ))
4226                      (( tp1   = tasks_per_node + 1 ))
4227                      while (( inode < nodes ))
4228                      do
4229                         files=`echo $all_files | cut -d" " -f1-$tasks_per_node`
4230                         all_files=`echo $all_files | cut -d" " -f$tp1-`
4231                         echo "tar  cvf \$UT/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
4232                         (( inode = inode + 1 ))
4233                      done
4234                   fi
4235                elif [[ $archive_system = none ]]
4236                then
4237                   printf "              +++ archiving on $localhost not available!\n"
4238                fi
4239
4240                if [[ $archive_system != none ]]
4241                then
4242                   if [[ $localhost = lcsgih  ||  $localhost = lcsgib ]]
4243                   then
4244#                      subjob  -d  -v  -q cdata  -X 0  -m 1000  -t 43200  -c $job_catalog  $PORTOPT  archive_${frelout[$i]}
4245                      subjob   -v  -q permq  -X 1 -T 1  -m 1000  -t 172800  -c $job_catalog  $PORTOPT  archive_${frelout[$i]}
4246                   elif [[ $localhost = nech ]]
4247                   then
4248                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 7200  $PORTOPT  archive_${frelout[$i]}
4249                   fi
4250                   printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
4251                fi
4252             else
4253                printf "              +++ caution: option -A is switched off. No archiving on $archive_system!\n"
4254             fi
4255
4256
4257                # LEERDATEI IM BENUTZERVERZEICHNIS ANLEGEN, DAMIT BEKANNT IST,
4258                # WIE DIE HOECHSTE ZYKLUSNUMMER AUF DEM ARCHIV-SYSTEM LAUTET
4259             if [[ $files_for_pes = false ]]
4260             then
4261                cat  /dev/null  >  ${pathout[$i]}
4262             else
4263                mkdir -p  ${pathout[$i]}
4264             fi
4265
4266          fi
4267
4268
4269             # KOPIEREN AUF LOKALER MASCHINE ZUM ARCHIV-SYSTEM
4270             # AUSSERDEM MUSS LEERDATEI ANGELEGT WERDEN, DAMIT BEKANNT IST,
4271             # WIE DIE HOECHSTE ZYKLUSNUMMER AUF DEM ARCHIV-SYSTEM LAUTET
4272             # FALLS IRGENDEINE (VON MEHREREN) ARCHIVIERUNGEN SCHIEF GEHT,
4273             # WIRD FLAG GESETZT UND BLEIBT AUCH BEI WEITEREN ORDNUNGS-
4274             # GEMAESSEN ARCHIVIERUNGEN GESETZT
4275          if [[ "${actionout[$i]}" = ar ]]
4276          then
4277             if [[ $files_for_pes = false ]]
4278             then
4279                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to"
4280                printf "\n              ${pathout[$i]}"
4281                printf "\n              File will be copied to archive-system ($archive_system) !\n"
4282             else
4283                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/_....  to"
4284                printf "\n              ${pathout[$i]}"
4285                printf "\n              Directory will be copied to archive-system ($archive_system) !\n"
4286             fi
4287             mv  ${localout[$i]}  ${frelout[$i]}
4288
4289             file_saved=false
4290
4291             if [[ $archive_system = asterix ]]
4292             then
4293                do_stageout=true
4294                (( stageout_anz = 0 ))
4295                while [[ $do_stageout = true ]]
4296                do
4297                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4298                   then
4299                      stageout  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT
4300                   else
4301                      stageout  -t  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT
4302                   fi
4303                   cat  STAGE_OUTPUT
4304                   if [[ $(grep -c "st.msg:150"  STAGE_OUTPUT) != 0 ]]
4305                   then
4306                      file_saved=true
4307                      do_stageout=false
4308                   else
4309                      if [[ $files_for_pes = false ]]
4310                      then
4311                         printf "\n  +++ file ${frelout[$i]}  could not be saved on archive-system"
4312                      else
4313                         printf "\n  +++ directory ${frelout[$i]} could not be saved on archive-system"
4314                      fi
4315                      (( stageout_anz = stageout_anz + 1 ))
4316                      if (( stageout_anz == 10 ))
4317                      then
4318                         printf "\n  +++ stoped after 10 unsuccessful tries!"
4319                         archive_save=false
4320                         do_stageout=false
4321                      else
4322                         printf "\n  *** new try to store on archive after 15 min:"
4323                         sleep 900
4324                      fi
4325                   fi
4326                done
4327             elif [[ $archive_system = DMF ]]
4328             then
4329                if [[ $files_for_pes = false ]]
4330                then
4331                   printf "\n  +++ archiving of single files impossible on $archive_system!\n"
4332                   locat=DMF
4333                   exit
4334                else
4335                   rm -rf  $ARCHIVE/${frelout[$i]}
4336                   cp -r  ${frelout[$i]}  $ARCHIVE
4337                fi
4338                file_saved=true
4339             elif [[ $archive_system = tivoli ]]
4340             then
4341                   # ARCHIVIERUNG NUR PER BATCH-JOB MOEGLICH
4342                   # DATEI MUSS ZWISCHENZEITLICH INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
4343                   # GELEGT WERDEN
4344                [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
4345                chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
4346                if [[ $files_for_pes = false ]]
4347                then
4348                   ln -f  ${frelout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4349                else
4350                   mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4351                   ln -f  ${frelout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4352                fi
4353
4354                   # BATCH JOB GENERIEREN UND ABSCHICKEN; DATEI MUSS WIEDER
4355                   # AUS TEMPORAEREM DATENVERZEICHNIS ENTFERNT WERDEN
4356                echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >  archive_${frelout[$i]}
4357                if [[ $files_for_pes = false ]]
4358                then
4359                      # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
4360                   echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4361                   echo "cp  ${frelout[$i]} \$PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4362                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                  >> archive_${frelout[$i]}
4363                else
4364                   echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
4365                   echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4366                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                  >> archive_${frelout[$i]}
4367                fi
4368
4369                subjob  -v  -d  -q cdata  -X 0  -m 1000  -t 43200  -c $job_catalog  $PORTOPT  archive_${frelout[$i]}
4370                printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
4371                file_saved=true
4372
4373             elif [[ $archive_system = ut ]]
4374             then
4375                   # ARCHIVIERUNG NUR PER BATCH-JOB MOEGLICH
4376                   # DATEI MUSS ZWISCHENZEITLICH INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
4377                   # GELEGT WERDEN
4378                [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
4379                chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
4380                if [[ $files_for_pes = false ]]
4381                then
4382                   ln -f  ${frelout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4383                else
4384                   mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4385                   ln -f  ${frelout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4386                fi
4387
4388                   # BATCH JOB GENERIEREN UND ABSCHICKEN; DATEI MUSS WIEDER
4389                   # AUS TEMPORAEREM DATENVERZEICHNIS ENTFERNT WERDEN
4390                echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >  archive_${frelout[$i]}
4391                if [[ $files_for_pes = false ]]
4392                then
4393                      # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
4394                   echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4395                   echo "cp  ${frelout[$i]} \$UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4396                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                >> archive_${frelout[$i]}
4397                else
4398                   echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
4399                   echo "tar  cvf \$UT/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4400                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                >> archive_${frelout[$i]}
4401                fi
4402
4403                subjob  -v  -c /pf/b/$usern/job_queue  -d  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 7200  $PORTOPT  archive_${frelout[$i]}
4404                printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
4405                file_saved=true
4406
4407             else
4408                printf "\n  +++ archive_system=\"$archive_system\"  archiving impossible!"
4409                archive_save=false
4410             fi
4411             if [[ $file_saved = true ]]
4412             then
4413                if [[ $files_for_pes = false ]]
4414                then
4415                   cat  /dev/null  >  ${pathout[$i]}
4416                else
4417                   mkdir -p  ${pathout[$i]}
4418                fi
4419             fi
4420          fi
4421
4422             # APPEND AUF LOKALER MASCHINE
4423          if [[ "${actionout[$i]}" = "a" ]]
4424          then
4425             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
4426             then
4427                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
4428                cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
4429             else
4430                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to  ${pathout[$i]}\n"
4431                cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}
4432             fi
4433          fi
4434
4435             # KOPIEREN AUF LOKALER MASCHINE
4436             # ES MUSS KOPIERT WERDEN, DA MOVE NICHT UEBER FILESYSTEM HINAUS MOEGLICH
4437          if [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_pes = false ]]
4438          then
4439
4440                # KOPIEREN AUF EINPROZESSORMASCHINE
4441             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
4442             then
4443                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
4444                if [[ $link_local_output = true ]]
4445                then
4446                    printf "      using ln -f\n"
4447                    ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
4448                fi
4449                # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
4450                if [[ ! -f "${pathout[$i]}.${extout[$i]}" ]]
4451                then
4452                    if [[ $link_local_output = true ]]
4453                    then
4454                        printf "      ln failed, using cp...\n"
4455                    fi
4456                    cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
4457                fi
4458             else
4459                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to  ${pathout[$i]}\n"
4460                if [[ $link_local_output = true ]]
4461                then
4462                    printf "      using ln -f\n"
4463                    ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4464                fi
4465                # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
4466                if [[ ! -f "${pathout[$i]}" ]]
4467                then
4468                    if [[ $link_local_output = true ]]
4469                    then
4470                        printf "      ln failed, using cp...\n"
4471                    fi
4472                    cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4473                fi
4474             fi
4475
4476          elif [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_pes = true ]]
4477          then
4478
4479                # DIE DEN PROZESSOREN EINES PARALLELRECHNERS ZUGEHOERIGEN
4480                # DATEIEN WERDEN ERST IN EINEM KATALOG GESAMMELT UND DIESER
4481                # WIRD DANN KOPIERT
4482                # PER MOVE UMBENANNT WERDEN
4483             printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/_....  to  ${pathout[$i]}\n"
4484             if [[ $link_local_output = true ]]
4485             then
4486                 printf "      using ln -f\n"
4487                 mkdir  ${pathout[$i]}
4488                 cd ${localout[$i]}
4489                 for file in $(ls *)
4490                 do
4491                   ln -f $file  ${pathout[$i]}
4492                 done
4493                 cd $TEMPDIR
4494             fi
4495             # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp -r"
4496             if [[ ! -f "${pathout[$i]}/_0000" ]]
4497             then
4498                 if [[ $link_local_output = true ]]
4499                 then
4500                     printf "      ln failed for .../_0000, using cp...\n"
4501                 fi
4502                 cp -r  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4503             fi
4504
4505          fi
4506       fi
4507    done
4508    if (( i != 0 ))
4509    then
4510       if [[ $transfer_problems = true ]]
4511       then
4512          printf "\n$striche\n  *** OUTPUT-files saved"
4513          printf "\n  +++ WARNING: some data transfers failed! \n"
4514       else
4515          printf "\n$striche\n  *** all OUTPUT-files saved \n"
4516       fi
4517    fi
4518
4519
4520       # EVENTUELL FOLGEJOB STARTEN
4521       # DATEI CONTINUE_RUN MUSS VOM BENUTZERPROGRAMM AUS ERZEUGT WERDEN
4522    if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
4523    then
4524
4525       if [[ $archive_save = true ]]
4526       then
4527
4528             # ZUERST IN MRUN-AUFRUF OPTIONEN FUER FORTSETZUNGSLAUF, FUER
4529             # STILLES ABARBEITEN (OHNE INTERAKTIVE RUECKFAGEN) UND FUER
4530             # BATCH-BETRIEB (NUR WICHTIG, FALLS BATCH AUF LOKALER MASCHINE
4531             # DURCHGEFUEHRT WERDEN SOLL) EINFUEGEN, FALLS NICHT BEREITS VOR-
4532             # HANDEN
4533          [[ $(echo $mc | grep -c "\-C") = 0 ]]  &&  mc="$mc -C"
4534          [[ $(echo $mc | grep -c "\-v") = 0 ]]  &&  mc="$mc -v"
4535          [[ $(echo $mc | grep -c "\-b") = 0 ]]  &&  mc="$mc -b"
4536          if [[ $(echo $mc | grep -c "#") != 0 ]]
4537          then
4538             mc=`echo $mc | sed 's/#/f/g'`
4539          fi
4540
4541
4542             # JOB STARTEN
4543          printf "\n\n  *** initiating restart-run on \"$return_addres\" using command:\n"
4544          echo "      $mc"
4545          printf "\n$striche\n"
4546          if [[ $localhost != $fromhost ]]
4547          then
4548
4549             if [[ $localhost = lcsgih  ||  $localhost = lcsgib  ||  $localhost = nech  ||  $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibmkisti  ||  $localhost = ibmku  ||  $localhost = ibms  ||  $localhost = lcflow  ||  $localhost = lckyu* ]]
4550             then
4551                echo "*** ssh will be used to initiate restart-runs!"
4552                echo "    return_addres=\"$return_addres\" "
4553                echo "    return_username=\"$return_username\" "
4554                if [[ $(echo $return_addres | grep -c "130.75.105") = 1 ]]
4555                then
4556                   ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;. /muksoft/packages/intel/bin/compilervars.sh intel64;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4557                else
4558                   if [[ $localhost = ibmkisti ]]
4559                   then
4560                      ssh $SSH_PORTOPT $usern@gaiad "ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4561                   else
4562                      ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4563                   fi
4564                fi
4565             else
4566                printf "\n  +++ no restart mechanism available for host \"$localhost\" "
4567                locat=restart; exit
4568             fi
4569
4570                # WARTEN, DAMIT SICH RESTART JOB IN QUEUE EINREIHEN KANN, BEVOR
4571                # DER AKTUELLE JOB ENDET
4572             if [[ $queue = special1q ]]
4573             then
4574                sleep 120
4575             else
4576                sleep 30
4577             fi
4578
4579          else
4580
4581                # BEI RECHNUNGEN AUF LOKALER MASCHINE KANN MRUN DIREKT AUFGE-
4582                # RUFEN WERDEN, AUSSER AUF lcfimm
4583             cd $LOCAL_PWD
4584             if [[ $localhost = lcfimm ]]
4585             then
4586                ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc " 
4587             elif [[ $localhost = lckyuh ]]
4588             then
4589                printf "\n  +++ WARNING: no restart mechanism available for host \"$localhost\" "
4590                printf "\n               please restart job manually using command:\n"
4591                printf "\n               \"$mc\" "
4592             else
4593                eval  $mc                # ' MUESSEN AUSGEWERTET WERDEN
4594             fi
4595             cd -  > /dev/null
4596          fi
4597          if [[ $localhost = lckyuh ]]
4598          then
4599             printf "\n$striche\n  *** restart-run to be initiated manually\n"
4600          else
4601             printf "\n$striche\n  *** restart-run initiated \n"
4602          fi
4603
4604
4605             # EVENTUELL INPUT-DATEIEN, DIE VON TEMPORAEREM DATENVERZEICHNIS
4606             # GEHOLT WORDEN SIND, LOESCHEN
4607          (( i = 0 ))
4608          while (( i < iin ))
4609          do
4610             (( i = i + 1 ))
4611             if [[ "${got_tmp[$i]}" = true   &&  $keep_data_from_previous_run = false ]]
4612             then
4613                rm -r  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
4614             fi
4615          done
4616
4617       else
4618
4619          printf "\n  +++ no restart-run possible, since errors occured"
4620          printf "\n      during the archive process"
4621       fi
4622
4623    fi
4624
4625
4626   
4627       # EVTL. EMAIL-BENACHRICHTIGUNG UEBER ABGESCHLOSSENEN LAUF
4628    if [[ "$email_notification" != "none" ]]
4629    then
4630
4631       if [[ $localhost != $fromhost ]]
4632       then
4633          if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
4634          then
4635             echo "PALM restart run necessary"        >   email_text
4636             echo "description header of actual run:" >>  email_text
4637             cat  CONTINUE_RUN                        >>  email_text
4638             echo "mrun-command to restart:"          >>  email_text
4639             echo "$mc"                               >>  email_text
4640          else
4641             echo "PALM run with base filename \"$fname\" on host \"$localhost\" finished"  >  email_text
4642          fi
4643          mail  $email_notification  <  email_text
4644          printf "\n  *** email notification sent to \"$email_notification\" "
4645       fi
4646    fi
4647
4648
4649
4650       # ALLE ARBEITEN BEENDET. TEMPORAERER KATALOG KANN GELOESCHT WERDEN
4651    cd  $HOME
4652    [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
4653
4654 else
4655
4656
4657       # FALLS AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL, WERDEN JETZT ENTSPRE-
4658       # CHENDE AKTIONEN DURCHGEFUEHRT
4659
4660       # MRUN-BEFEHL FUER REMOTE-MASCHINE ZUSAMMENSTELLEN
4661    mrun_com="$mrun_script_name -a $afname -c $config_file -d $fname -h $host -H $fromhost -m $memory -t $cpumax -q $queue -R $return_addres -U $return_username -u $remote_username"
4662    [[ "$cpp_opts" != "" ]]       &&  mrun_com=${mrun_com}" -D \"$cpp_opts\""
4663    [[ "$global_revision" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -G \"$global_revision\""
4664    [[ $group_number != none ]]   &&  mrun_com=${mrun_com}" -g $group_number"
4665    [[ $do_compile = true ]]      &&  mrun_com=${mrun_com}" -s \"$source_list\""
4666    [[ "$input_list" != "" ]]     &&  mrun_com=${mrun_com}" -i \"$input_list\""
4667    [[ $ignore_archive_error = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -I"
4668    [[ $keep_data_from_previous_run = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -k"
4669    [[ "$additional_conditions" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -K \"$additional_conditions\""
4670#    [[ "$makefile" != "$source_path/Makefile" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -M \"$makefile\""
4671    [[ "$output_list" != "" ]]    &&  mrun_com=${mrun_com}" -o \"$output_list\""
4672    [[ "$read_from_config" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -S"
4673    [[ $do_trace = true ]]        &&  mrun_com=${mrun_com}" -x"
4674    [[ "$numprocs" != "" ]]       &&  mrun_com=${mrun_com}" -X $numprocs"
4675    if [[ $use_openmp = true ]]
4676    then
4677       mrun_com=${mrun_com}" -O $threads_per_task"
4678    fi
4679    [[ "$tasks_per_node" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -T $tasks_per_node"
4680    [[ $store_on_archive_system = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -A"
4681    [[ $package_list != "" ]]     &&  mrun_com=${mrun_com}" -p \"$package_list\""
4682    [[ $return_password != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -P $return_password"
4683    [[ $delete_temporary_catalog = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -B"
4684    [[ $node_usage != default  &&  "$(echo $node_usage | cut -c1-3)" != "sla"  &&  $node_usage != novice ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -n $node_usage"
4685    [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -y"
4686    [[ $run_coupled_model = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -Y \"$coupled_dist\""
4687    [[ "$check_namelist_files" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -z"
4688    [[ "$combine_plot_fields" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -Z"
4689    [[ "$max_par_io_str" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -w $max_par_io_str"
4690    if [[ $do_remote = true ]]
4691    then
4692       printf "\n>>>> MRUN-command on execution host:\n>>>> $mrun_com \n"
4693    fi
4694
4695
4696       # ZUSAMMENSTELLUNG DES JOBSCRIPTS AUF DATEI jobfile
4697    jobfile=jobfile.$RANDOM
4698
4699
4700       # TEMPORAERES VERZEICHNIS GENERIEREN UND NACH DORT WECHSELN
4701    echo  "mkdir  $TEMPDIR"      >>  $jobfile
4702    echo  "cd  $TEMPDIR"         >>  $jobfile
4703
4704
4705       # EVENTUELL FEHLERVERFOLGUNG AKTIVIEREN
4706    if [[ $do_trace = true ]]
4707    then
4708       echo  "set -x"                                    >>  $jobfile
4709    else
4710       echo  "set +vx"                                   >>  $jobfile
4711    fi
4712
4713
4714       # initialize the environment and load modules
4715    if [[ "$init_cmds" != "" ]]
4716    then
4717       echo  "$init_cmds"        >>  $jobfile
4718    fi
4719    if [[ "$module_calls" != "" ]]
4720    then
4721       echo  "$module_calls"     >>  $jobfile
4722    fi
4723
4724
4725       # BEREITSTELLUNG VON QUELLTEXTEN, MRUN-SCRIPTS UND KONFIGURATIONS-
4726       # DATEI FUER DEN JOB
4727    if [[ $( echo $host | cut -c1-5 ) = lcsgi  ||  $host = ibmkisti ]]
4728    then
4729
4730          # KONFIGURATIONSDATEI UND MRUN_SCRIPT IN DAS SOURCE-VERZEICHNIS
4731          # KOPIEREN
4732       if [[ $restart_run != true ]]
4733       then
4734          cp  $config_file  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
4735          cp  ${PALM_BIN}/$mrun_script_name  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
4736       fi
4737
4738          # SOURCE-VERZEICHNIS VOM LOKALEN RECHNER PER SCP TRANSFERIEREN
4739          # (BEI JOBS AUF LOKALEM RECHNER REICHT CP)
4740       echo  "set -x"  >>  $jobfile
4741       if [[ $host = $localhost ]]
4742       then
4743          echo  "cp  -r  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname ."  >>  $jobfile
4744       else
4745          if [[ $host != ibmkisti ]]
4746          then
4747             echo  "scp $PORTOPT -r $return_username@$return_addres:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname ."  >>  $jobfile
4748          else
4749                # on KISTI's IBM firewall is only opened on interactive node
4750             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
4751             echo  "ssh $SSH_PORTOPT $remote_username@gaiad \"cd \$localdir; scp $PORTOPT -r  $return_username@$return_addres:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
4752          fi
4753       fi
4754       echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                      >>  $jobfile
4755
4756          # QUELLTEXTE, MRUN-SCRIPT UND KONFIGURATIONSDATEI IN DAS AKTUELLE
4757          # ARBEITSVERZEICHNIS VERSCHIEBEN
4758       echo  "mv  SOURCES_FOR_RUN_$fname/$config_file  . "       >>  $jobfile
4759       echo  "mv  SOURCES_FOR_RUN_$fname/$mrun_script_name  . "  >>  $jobfile
4760       echo  "execute_mrun=true"                                 >>  $jobfile
4761       echo  " "                                                 >>  $jobfile
4762
4763    else
4764
4765          # ABSPEICHERN DER QUELLTEXTE (NUR FALLS UEBERSETZT WERDEN SOLL)
4766          # SOWIE GEGEBENENFALLS DES MAKEFILES
4767       if [[ $do_compile = true ]]
4768       then
4769
4770          source_catalog=SOURCES_FOR_RUN_$fname
4771
4772              # UNTERVERZEICHNIS FUER QUELLTEXTE UND MAKEFILE ANLEGEN
4773              # MRUN WIRD DIESES VRZEICHNIS UEBER ENVIRONMENT VARIABLE
4774              # MITGETEILT (UEBERSTEUERT ANGABE IN KONFIGURATIONSDATEI)
4775          echo  "mkdir  SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
4776          echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                 >>  $jobfile
4777          echo  "cd     SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
4778
4779          for  filename  in  $source_list
4780          do
4781                # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
4782             echo  "cat > $filename << \"%END%\""              >>  $jobfile
4783             cat   $source_catalog/$filename                   >>  $jobfile
4784             echo  " "                                         >>  $jobfile
4785             echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
4786             echo  " "                                         >>  $jobfile
4787          done
4788
4789             # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
4790          echo  "cat > Makefile << \"%END%\""               >>  $jobfile
4791          cat   $source_catalog/Makefile                    >>  $jobfile
4792          echo  " "                                         >>  $jobfile
4793          echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
4794          echo  " "                                         >>  $jobfile
4795
4796          echo  "cd -  > /dev/null"                         >>  $jobfile
4797
4798       fi
4799
4800
4801          # ABSPEICHERN DER KONFIGURATIONSDATEI
4802          # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
4803          # Lines with #$ coming from the svn keyword substitution are
4804          # removed from the config file in order to avoid problems
4805          # with the SGE batch system
4806       echo  "cat > $config_file << \"%END%\""      >>  $jobfile
4807       if [[ $host = lckyuh ]]
4808       then
4809             # no cross compiler on compute node
4810          sed  's/frtpx/frt/g'  $config_file        >>  $jobfile
4811       else
4812          sed 's/#$.*//g'   $config_file            >>  $jobfile
4813       fi
4814       echo  "%END%"                                >>  $jobfile
4815       echo  " "                                    >>  $jobfile
4816
4817
4818          # ABSPEICHERN DER AKTUELLEN MRUN-VERSION
4819          # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
4820       echo  "cat > $mrun_script_name <<\"%END%\""  >>  $jobfile
4821       if [[ $host = lckyuh ]]
4822       then
4823          sed 's/\/bin\/ksh/\/bin\/bash/g' ${PALM_BIN}/$mrun_script_name  >>  $jobfile
4824       else
4825          cat  ${PALM_BIN}/$mrun_script_name        >>  $jobfile
4826       fi
4827       echo  "%END%"                                >>  $jobfile
4828       echo  "chmod u+x $mrun_script_name"          >>  $jobfile
4829       echo  "execute_mrun=true"                    >>  $jobfile
4830       echo  " "                                    >>  $jobfile
4831
4832    fi
4833
4834
4835       # EVTL. BENOETIGTE INPUT-DATEIEN PER FTP HOLEN ODER DEM JOB DIREKT
4836       # MITGEBEN UND AUF DEM REMOTE-RECHNER IM BENUTZERVERZEICHNIS ABLEGEN
4837       # FALLS DIESES NICHT EXISTIERT, WIRD VERSUCHT, DAS JEWEILS LETZTE
4838       # UNTERVERZEICHNIS DES PFADNAMENS ANZULEGEN
4839    if [[ $do_remote = true ]]
4840    then
4841       (( i = 0 ))
4842       while (( i < iin ))
4843       do
4844          (( i = i + 1 ))
4845          echo  "[[ ! -d ${pathin[$i]} ]]  &&  mkdir -p  ${pathin[$i]}"  >>  $jobfile
4846          if [[ "${transin[$i]}" = job ]]
4847          then
4848             echo  "cat > ${remotepathin[$i]} <<\"%END%\""    >>  $jobfile
4849             eval cat   ${pathin[$i]}/${frelin[$i]}           >>  $jobfile
4850             echo  " "                                        >>  $jobfile
4851             echo  "%END%"                                    >>  $jobfile
4852          else
4853             echo  "batch_scp $PORTOPT -b -o -g -s -u $return_username $return_addres ${remotepathin[$i]} \"${pathin[$i]}\" ${frelin[$i]}" >>  $jobfile
4854          fi
4855
4856             # UEBERPRUEFEN, OB DATEI ANGELEGT WERDEN KONNTE
4857          echo  "if [[ \$? = 1 ]]"                    >>  $jobfile
4858          echo  "then"                                >>  $jobfile
4859          echo  "   echo \" \" "                      >>  $jobfile
4860          echo  "   echo \"+++ file ${remotepathin[$i]} could not be created\" "   >>  $jobfile
4861          echo  "   echo \"    please check, if directory exists on $host!\" "  >>  $jobfile
4862          echo  "   echo \"+++ MRUN will not be continued\" "  >>  $jobfile
4863          echo  "   execute_mrun=false"               >>  $jobfile
4864          echo  "fi"                                  >>  $jobfile
4865       done
4866    fi
4867
4868       # ARBEITSKATALOG AUF DER LOKALEN MASCHINE FUER EVENTUELLE
4869       # FORTSETZUNGSLAUEFE PER ENV-VARIABLE UEBERGEBEN
4870    echo  "LOCAL_PWD=$working_directory"                >>  $jobfile
4871    echo  "export LOCAL_PWD"                            >>  $jobfile
4872
4873       # EBENSO LOKALEN MRUN-KATALOG UEBERGEBEN
4874    echo  "LOCAL_MRUN_PATH=$PALM_BIN"                   >>  $jobfile
4875    echo  "export LOCAL_MRUN_PATH"                      >>  $jobfile
4876
4877       # WORKAROUND FUER RIAM-NEC-JOBS WEGEN PROFILE-SCHWIERIGKEITEN
4878    if [[ $localhost_realname = "gate"  ||  $localhost = lctit ]]
4879    then
4880       echo  "export PALM_BIN=$PALM_BIN"                >>  $jobfile
4881    elif [[ $host = lcflow  ||  $localhost = lcflow ]]
4882    then
4883       echo  "export PALM_BIN=$PALM_BIN" | sed -e 's:'$HOME':$HOME:'   >>  $jobfile
4884       echo  "export PATH=\$PATH:\$PALM_BIN"              >>  $jobfile
4885    fi
4886
4887       # MRUN AUF ZIELRECHNER AUFRUFEN (queue is workaround for ibmkisti)
4888    echo  "set -x"                                        >>  $jobfile
4889    echo  "queue=$queue"                                  >>  $jobfile
4890    echo  "[[ \$execute_mrun = true ]]  &&  ./$mrun_com"  >>  $jobfile
4891    echo  'ls -al; echo `pwd`'                            >>  $jobfile
4892    echo  "cd \$HOME"                                     >>  $jobfile
4893    echo  "rm -rf  $TEMPDIR"                              >>  $jobfile
4894
4895
4896
4897
4898       # JOB PER SUBJOB STARTEN
4899    if [[ $silent = false ]]
4900    then
4901       printf "\n     "
4902    else
4903       printf "\n\n"
4904    fi
4905
4906    subjob  $job_on_file  -h $host  -u $remote_username -g $group_number -q $queue  -m $memory  -N $node_usage -t $cpumax  $XOPT  $TOPT  $OOPT  -n $fname  -v  -c $job_catalog  -e $email_notification  $PORTOPT  $jobfile
4907    rm -rf  $jobfile
4908
4909
4910 fi  # ENDE REMOTE-TEIL
4911
4912
4913
4914     # ENDE DER PROZEDUR
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.