source: palm/trunk/SCRIPTS/mrun @ 1059

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Line 
1#!/bin/ksh
2
3# mrun - script for running PALM jobs
4
5#--------------------------------------------------------------------------------#
6# This file is part of PALM.
7#
8# PALM is free software: you can redistribute it and/or modify it under the terms
9# of the GNU General Public License as published by the Free Software Foundation,
10# either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
11#
12# PALM is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY
13# WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR
14# A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
15#
16# You should have received a copy of the GNU General Public License along with
17# PALM. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
18#
19# Copyright 1997-2012  Leibniz University Hannover
20#--------------------------------------------------------------------------------#
21#
22# Current revisions:
23# -----------------
24#
25#
26# Former revisions:
27# -----------------
28# $Id: mrun 1059 2012-11-21 07:07:54Z raasch $
29#
30# 1058 2012-11-21 07:00:35Z raasch
31# Intel inspector (inspxe) is given the number of PEs instead of the number of
32# nodes
33#
34# 1046 2012-11-09 14:38:45Z maronga
35# code put under GPL (PALM 3.9)
36#
37# 21/03/94 - Siggi - first version (1.0)
38# 03/03/94 - Siggi - start with developing the script
39#--------------------------------------------------------------------------------#
40
41
42 
43    # VARIABLENVEREINBARUNGEN + DEFAULTWERTE
44
45 set +o allexport    # SICHERHEITSHALBER UNTERBINDEN, DA SONST EVTL. STAGEOUT
46                     # NICHT LAUEFT (TOO MANY ARGUMENTS - PROBLEM)
47 set +o noclobber    # EXISTIERENDE DATEIEN DUERFEN UEBERSCHRIEBEN WERDEN
48
49 AddFilenames=""
50 additional_conditions=""
51 add_source_path=""
52 afname=""
53 archive_save=true
54 archive_system=none
55 check_namelist_files=true
56 combine_plot_fields=true
57 compiler_name=""
58 cond1=""
59 cond2="" 
60 config_file=.mrun.config
61 coupled_dist=""
62 coupled_mode="mpi1"
63 cpp_opts=""
64 cpp_options=""
65 cpumax=0
66 cpurest=0
67 delete_temporary_catalog=true
68 do_batch=false
69 do_compile=true
70 do_remote=false
71 do_stagein=true
72 do_stageout=true
73 do_trace=false
74 email_notification="none"
75 exclude=""
76 executable=""
77 execution_error=false
78 fimm=false
79 fname=test
80 fromhost=""
81 global_revision=""
82 group_number=none
83 host=""
84 host_file=""
85 hp=""
86 ignore_archive_error=false
87 input_list=""
88 interpreted_config_file=""
89 job_catalog="~/job_queue"
90 job_on_file=""
91 keep_data_from_previous_run=false
92 link_local_input=false
93 link_local_output=false
94 localhost_realname=$(hostname)
95 local_compile=false
96 local_dvrserver_running=.FALSE.
97 locat=normal
98 mainprog=""
99 makefile=""
100 max_par_io_str=""
101 mc=$0
102 while [[ $(echo $mc | grep -c "/") != 0 ]]
103 do
104    mc=`echo $mc | cut -f2- -d"/"`
105 done
106 module_calls=""
107 mrun_script_name=$mc
108 netcdf_inc=""
109 netcdf_lib=""
110 netcdf_support=false
111 node_usage=default
112 numprocs=""
113 numprocs_atmos=0
114 numprocs_ocean=0
115 OOPT=""
116 openmp=false
117 output_list=""
118 package_list=""
119 punkte="..........................................................."
120 queue=none
121 read_from_config=""
122 restart_run=false
123 if [[ `hostname` = rte10 ]]
124 then
125   return_addres=133.5.185.60
126   echo "+++ WARNING: fixed return_addres = $return_addres is used !!!!!"
127 elif [[ `hostname` = climate0 ]]
128 then
129   return_addres=165.132.26.68
130   echo "+++ WARNING: fixed return_addres = $return_addres is used !!!!!"
131 elif [[ `hostname` = urban00 ]]
132 then
133   return_addres=147.46.30.151
134   echo "+++ WARNING: fixed return_addres = $return_addres is used !!!!!"
135 else
136    return_addres=$(nslookup `hostname` 2>&1 | grep "Address:" | tail -1 | awk '{print $2}')
137 fi
138 return_password=""
139 return_username=$LOGNAME
140 remotecall=false
141 remote_username=""
142 run_coupled_model=false
143 run_mode=""
144 scirocco=false
145 store_on_archive_system=false
146 striche="  ----------------------------------------------------------------------------"
147 silent=false
148 source_list=""
149 source_path=SOURCE
150 tasks_per_node=""
151 threads_per_task=1
152 tmpcreate=false
153 tmp_data_catalog=""
154 transfer_problems=false
155 usern=$LOGNAME
156 use_openmp=false
157 working_directory=`pwd`
158 TOPT=""
159 XOPT=""
160 zeit=$( date | cut -c 12-19 )
161
162 typeset -i  iec=0 iic=0 iin=0 ioc=0 iout=0 memory=0 stagein_anz=0 stageout_anz=0
163 typeset -i  cputime i ii iia iii iio icycle inode ival jobges jobsek maxcycle minuten nodes pes sekunden tp1
164
165 typeset  -R30 calltime
166 typeset  -L20 spalte1
167 typeset  -L40 spalte2
168 typeset  -L60 spalte3
169 typeset  -L35 string1=`date`
170 typeset  -L12 string2=$usern
171 typeset  -L12 string3=$localhost_realname
172 typeset  -L12 string4
173 typeset  -L12 string5
174 typeset  -L30 version="MRUN  2.0 Rev$Rev: 1059 $"
175
176
177
178    # EINZELNE VARIABLE FUER HAUPTPROGRAMM EXPORTIEREN
179 export  cpurest fname host localhost return_addres return_username remotecall tasks_per_node
180
181    # FOLGENDE VARIABLEN MUESSEN FUER DIE INTERPRETATION DER KONFIGURATIONSDATEI
182    # EXPORTIERT WERDEN
183 export  afname config_file cpp_opts cpumax do_batch do_trace fname fromhost
184 export  group_number input_list memory numprocs output_list queue run_mode
185
186
187 
188    # FEHLERBEHANDLUNG
189    # BEI EXIT:
190 trap 'rm -rf  $working_directory/tmp_mrun
191       if [[ $locat != localhost ]]
192       then
193#          if [[ ! -f ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik ]]
194#          then
195#             cat  >  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik  <<  %STATEND%
196#MRUN-calls on $localhost
197#
198#date and time                      user        localhost   remotehost  termination mrun-command
199#--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
200#%STATEND%
201#             chmod  666  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik
202#          fi
203#
204#             # EINTRAG IN DIE STATISTIK-DATEI
205#          string4=$host
206#          string5=$locat
207#          if [[ "$job_on_file" = ""  &&  $locat != control_c  &&  $locat != user_abort ]]
208#          then
209#             if [[ $do_batch = true ]]
210#             then
211#                printf "$string1$string2$string3$string4$string5$mrun_com \n"  >>  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik
212#             else
213#                printf "$string1$string2$string3$string4$string5$mc \n"  >>  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik
214#             fi
215#          fi
216          echo " " > /dev/null
217       fi
218
219       if [[ $locat != normal  &&  $locat != control_c  &&  $locat != local_compile ]]
220       then
221
222              # EVENTUELLE ERROR-KOMMANDOS ABARBEITEN
223          (( i = 0 ))
224          while (( i < iec ))
225          do
226             (( i = i + 1 ))
227             printf "\n  *** Execution of ERROR-command:\n"
228             printf "  >>> ${err_command[$i]}\n"
229             eval  ${err_command[$i]}
230          done
231          if [[ -n $interpreted_config_file ]]  then
232             rm -rf  $interpreted_config_file
233          fi
234          if [[ -n .mrun_environment ]]  then
235             rm -rf  .mrun_environment
236          fi
237          if [[ $tmpcreate = true ]]
238          then
239             printf "\n  *** Contents of \"$TEMPDIR\":\n"
240             ls -al; cd
241             [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
242          fi
243          if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
244          then
245             echo "+++ killing dvrserver_id=$dvrserver_id"
246             kill $dvrserver_id
247          fi
248          if [[ -f ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID ]]
249          then
250             rm -rf  ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID
251          fi
252          printf "\n\n+++ MRUN killed \n\n"
253       elif [[ $locat != control_c ]]
254       then
255          printf "\n\n --> all actions finished\n\n"
256          printf "     Bye, bye $usern !!\n\n"
257       fi' exit
258
259
260    # BEI TERMINAL-BREAK:
261 trap 'rm -rf  $working_directory/tmp_mrun
262       rm -rf  $working_directory/tmp_check_namelist_files
263       [[ $tmpcreate = true ]]  &&  (cd; rm -rf $TEMPDIR)
264       if [[ -f ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID ]]
265       then
266          rm -rf  ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID
267       fi
268       if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
269       then
270          echo "+++ killing dvrserver_id=$dvrserver_id"
271          kill $dvrserver_id
272       fi
273       printf "\n+++ MRUN killed by \"^C\" \n\n"
274       locat=control_c
275       exit
276      ' 2
277
278
279    # CHECK IF THE PATH FOR THE PALM BINARIES (SCRIPTS+UTILITY-PROGRAMS) HAS
280    # BEEN SET
281 if [[ "$PALM_BIN" = "" ]]
282 then
283    printf "\n  +++ environment variable PALM_BIN has not been set"
284    printf "\n      please set it to the directory where the PALM scripts are located"
285    locat=palm_bin; exit
286 fi
287 export PATH=$PALM_BIN:$PATH
288
289
290
291    # SHELLSCRIPT-OPTIONEN EINLESEN UND KOMMANDO NEU ZUSAMMENSETZEN, FALLS ES
292    # FUER FOLGEJOBS BENOETIGT WIRD
293 while  getopts  :a:AbBc:Cd:D:Fg:G:h:H:i:IkK:m:M:n:o:O:p:P:q:r:R:s:St:T:u:U:vw:xX:yY:zZ option
294 do
295   case  $option  in
296       (a)   afname=$OPTARG;;
297       (A)   store_on_archive_system=true; mc="$mc -A";;
298       (b)   do_batch=true; mc="$mc -b";;
299       (B)   delete_temporary_catalog=false; mc="$mc -B";;
300       (c)   config_file=$OPTARG; mc="$mc -c$OPTARG";;
301       (C)   restart_run=true; mc="$mc -C";;
302       (d)   fname=$OPTARG; mc="$mc -d$OPTARG";;
303       (D)   cpp_opts="$cpp_opts $OPTARG"; mc="$mc -D'$OPTARG'";;
304       (F)   job_on_file="-D"; mc="$mc -F";;
305       (g)   group_number=$OPTARG; mc="$mc -g$OPTARG";;
306       (G)   global_revision=$OPTARG; mc="$mc -G'$OPTARG'";;
307       (h)   host=$OPTARG; mc="$mc -h$OPTARG";;
308       (H)   fromhost=$OPTARG; mc="$mc -H$OPTARG";;
309       (i)   input_list=$OPTARG; mc="$mc -i'$OPTARG'";;
310       (I)   ignore_archive_error=true; mc="$mc -I";;
311       (k)   keep_data_from_previous_run=true; mc="$mc -k";;
312       (K)   additional_conditions="$OPTARG"; mc="$mc -K'$OPTARG'";;
313       (m)   memory=$OPTARG; mc="$mc -m$OPTARG";;
314       (M)   makefile=$OPTARG; mc="$mc -M$OPTARG";;
315       (n)   node_usage=$OPTARG; mc="$mc -n$OPTARG";;
316       (o)   output_list=$OPTARG; mc="$mc -o'$OPTARG'";;
317       (O)   use_openmp=true; threads_per_task=$OPTARG; mc="$mc -O$OPTARG";;
318       (p)   package_list=$OPTARG; mc="$mc -p'$OPTARG'";;
319       (P)   return_password=$OPTARG; mc="$mc -P$OPTARG";;
320       (q)   queue=$OPTARG; mc="$mc -q$OPTARG";;
321       (r)   run_mode=$OPTARG; mc="$mc -r'$OPTARG'";;
322       (R)   remotecall=true;return_addres=$OPTARG; mc="$mc -R$OPTARG";;
323       (s)   source_list=$OPTARG; mc="$mc -s'$OPTARG'";;
324       (S)   read_from_config=false; mc="$mc -S";;
325       (t)   cpumax=$OPTARG; mc="$mc -t$OPTARG";;
326       (T)   mrun_tasks_per_node=$OPTARG; mc="$mc -T$OPTARG";;
327       (u)   remote_username=$OPTARG; mc="$mc -u$OPTARG";;
328       (U)   return_username=$OPTARG; mc="$mc -U$OPTARG";;
329       (v)   silent=true; mc="$mc -v";;
330       (w)   max_par_io_str=$OPTARG; mc="$mc -w$OPTARG";;
331       (x)   do_trace=true;set -x; mc="$mc -x";;
332       (X)   numprocs=$OPTARG; mc="$mc -X$OPTARG";;
333       (y)   ocean_file_appendix=true; mc="$mc -y";;
334       (Y)   run_coupled_model=true; coupled_dist=$OPTARG; mc="$mc -Y'$OPTARG'";;
335       (z)   check_namelist_files=false; mc="$mc -z";;
336       (Z)   combine_plot_fields=false; mc="$mc -Z";;
337       (\?)  printf "\n  +++ unknown option $OPTARG \n"
338             printf "\n  --> type \"$0 ?\" for available options \n"
339             locat=parameter;exit;;
340   esac
341 done
342
343
344    # EVTL. POSITIONSPARAMETER EINLESEN
345    # ZUR ZEIT GIBT ES NUR DEN PARAMETER ? (=KURZINFO)
346 shift OPTIND-1
347
348
349    # KURZE AUFRUFBESCHREIBUNG WIRD HIER AUSGEGEBEN
350 if [[ "$1" = "?" ]]
351 then
352   (printf "\n  *** mrun can be called as follows:\n"
353    printf "\n      $mrun_script_name  -b -c.. -d.. -D.. -f.. -F -h.. -i.. -I -K.. -m.. -o.. -p.. -r.. -R -s.. -t.. -T.. -v -x -X.. -y -Y.. -z -Z <modus> \n"
354    printf "\n      Description of available options:\n"
355    printf "\n      Option  Description                              Default-Value"
356    printf "\n        -a    base name of input files                 equiv. -d"
357    printf "\n        -A    archiving when using file-attribute fl"
358    printf "\n        -b    batch-job on local machine               ---"
359    printf "\n        -B    do not delete temporary directory at end ---"
360    printf "\n        -c    configuration file                       .mrun.config"
361    printf "\n        -d    base name of files attached to program   test"
362    printf "\n        -D    preprocessor(cpp)-directives             \"\" "
363    printf "\n        -F    create remote job file only              ---"
364    printf "\n        -h    execution host                           $localhost_realname"
365    printf "\n        -i    INPUT control list                       \"\" "
366    printf "\n        -I    archiving errors of previous batch-jobs"
367    printf "\n              will be ignored"
368    printf "\n        -k    keep data from previous run"
369    printf "\n        -K    additional conditions for controling"
370    printf "\n              usage of conditional code and"
371    printf "\n              env-variables in configuration file      \"\" "
372    printf "\n        -m    memory demand in MB (batch-jobs)         0 MB"
373    printf "\n        -M    Makefile name                            Makefile"
374    printf "\n        -n    node usage (shared/not_shared)           depending on -h"
375    printf "\n        -o    OUTPUT control list                      \"\" "
376    printf "\n        -O    use OpenMP                               ---"
377    printf "\n        -p    software package list                    \"\" "
378    printf "\n        -q    queue                                    \"$queue\" "
379    printf "\n        -r    run control list (combines -i -o)        \"\" "
380    printf "\n        -s    filenames of routines to be compiled     \"\" "
381    printf "\n              must end with .f, .f90, .F, or .c !"
382    printf "\n              use \"..\" for more than one file and wildcards"
383    printf "\n              -s LM compiles all locally modified files"
384    printf "\n        -S    config file interpreted by shellscript   ---"
385    printf "\n        -t    allowed cpu-time in seconds (batch)      0"
386    printf "\n        -T    tasks per node                           depending on -h"
387    printf "\n        -u    username on remote machine               \"\" "
388    printf "\n        -v    no prompt for confirmation               ---"
389    printf "\n        -w    maximum parallel io streams              as given by -X"
390    printf "\n        -x    tracing of mrun for debug purposes       ---"
391    printf "\n        -X    # of processors (on parallel machines)   1"
392    printf "\n        -y    add appendix \"_O\" to all local output"
393    printf "\n              files (ocean precursor runs followed by"
394    printf "\n              coupled atmosphere-ocean runs)           ---"
395    printf "\n        -Y    run coupled model, \"#1 #2\" with" 
396    printf "\n              #1 atmosphere and #2 ocean processors    \"#/2 #/2\" depending on -X"
397    printf "\n        -z    disable a priori parameter file check    ---"
398    printf "\n        -Z    skip combine_plot_fields at the end of      "
399    printf "\n              the simulation                           ---"
400    printf "\n "
401    printf "\n      Possible values of positional parameter <modus>:"
402    printf "\n        \"?\"       -  this outline \n\n") | more
403    exit
404 elif [[ "$1" != "" ]]
405 then
406    printf "\n  +++ positional parameter $1 unknown \n"
407    locat=parameter; exit
408 fi
409
410
411
412    # KURZE STARTMELDUNG
413 printf "\n*** $version "
414 printf "\n    will be executed.     Please wait ..."
415
416
417
418    # PRUEFEN, OB KONFIGURATIONS-DATEI VORHANDEN
419 if [[ ! -f $config_file ]]
420 then
421    printf "\n\n  +++ configuration file: "
422    printf "\n           $config_file"
423    printf "\n      does not exist"
424    locat=connect; exit 
425 fi
426
427
428    # HOST-IDENTIFIER (local_host) AUS KONFIGURATIONSDATEI BESTIMMEN
429 line=""
430 grep  "%host_identifier"  $config_file  >  tmp_mrun
431 while read line
432 do
433    if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
434    then
435       HOSTNAME=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
436       host_identifier=`echo $line | cut -d" " -s -f3`
437       if [[ $localhost_realname = $HOSTNAME ]]
438       then
439          localhost=$host_identifier
440          break
441       fi
442    fi
443 done < tmp_mrun
444
445 if [[ "$localhost" = "" ]]
446 then
447    printf "\n\n  +++ no host identifier found in configuration file \"$config_file\""
448    printf "\n      for local host \"$localhost_realname\"."
449    printf "\n      Please add line"
450    printf "\n      \"\%host_identifier $localhost_realname <identifier>\""
451    printf "\n      to the configuration file."
452    locat=localhost; exit
453 fi
454
455
456    # HOSTSPEZIFISCHE VARIABLEN SETZEN
457 case  $localhost_realname  in
458     (r1*|r2*|h01*|b01*)     archive_system=tivoli;;
459     (cs*)                   archive_system=ut;;
460     (fimm.bccs.uib.no)      fimm=true;;
461     (gate|n-sx)             PATH=$PALM_BIN:$PATH:/usr/bin/nqsII;;
462     (scirocco)              scirocco=true;;
463 esac
464
465
466 
467    # BASISNAME DER INPUT-DATEIEN GLEICH ALLGEMEINEM BASISNAMEN SETZEN,
468    # WENN NICHT VOM BENUTZER ANDERS BESTIMMT
469 [[ "$afname" = "" ]]  &&  afname=$fname
470
471
472    # EVTL. RUN-MODUS DEN I/O-LISTEN HINZUFUEGEN
473 if [[ "$run_mode" != "" ]]
474 then
475    input_list="$input_list $run_mode"
476    output_list="$output_list $run_mode"
477 fi
478
479
480    # RECHNERNAMEN ABSPEICHERN, VON DEM AUS JOB GESTARTET WIRD,
481    # ALLERDINGS NUR DANN, WENN NICHT PER OPTION -H BEREITS EIN WERT
482    # ZUGEWIESEN WURDE (MRUN MACHT DIES IMMER, WENN ES SELBST BATCH-JOBS
483    # STARTET)
484 if [[ "$fromhost" = "" ]]
485 then
486    fromhost=$localhost
487 fi
488
489
490    # PRUEFEN, OB AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL
491    # WERT VON do_remote WIRD FUER DATEIVERBINDUNGEN BENOETIGT.
492    # WENN AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WIRD, IST GLEICHZEITIG KLAR,
493    # DASS EIN BATCH-JOB GESTARTET WERDEN MUSS
494 if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
495 then
496    do_batch=true
497    do_remote=true
498    case  $host  in
499        (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|ibmy|nech|necriam|lckyoto|lcsgib|lcsgih|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckiaps|lckordi|lcsb)  true;;
500        (*)  printf "\n"
501             printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
502             printf "\n      is not available"
503             locat=nqs; (( iec = 0 )); exit;;
504    esac
505 else
506    host=$localhost
507 fi
508
509
510     # ZUSATZBEDINGUNGEN (OPTION -K) AUSWERTEN
511 if [[ -n $additional_conditions ]]
512 then
513#    echo $additional_conditions | cut -d" " -f1-3 | read  cond1  cond2  dummy
514    cond1=`echo $additional_conditions | cut -d" " -f1`
515    cond2=`echo $additional_conditions | cut -d" " -s -f2`
516    dummy=`echo $additional_conditions | cut -d" " -s -f3`
517    if [[ -n $dummy ]]
518    then
519       printf "\n  +++ more than 2 additional conditions given for Option \"-K\""
520       locat=options; exit
521    fi
522    block=_$cond1
523    [[ -n $cond2 ]]  &&  block=${block}_$cond2
524 fi
525
526
527      # KOPPLUNGSEIGENSCHAFTEN (-Y) AUSWERTEN UND coupled_mode BESTIMMEN
528 if [[ $run_coupled_model = true ]] 
529 then
530
531    if  [[ -n $coupled_dist ]]
532    then
533
534       numprocs_atmos=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f1`
535       numprocs_ocean=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f2`
536
537       if (( $numprocs_ocean + $numprocs_atmos != $numprocs ))
538       then
539
540          printf "\n  +++ number of processors does not fit to specification by \"-Y\"."
541          printf "\n      PEs (total)     : $numprocs"
542          printf "\n      PEs (atmosphere): $numprocs_atmos"
543          printf "\n      PEs (ocean)     : $numprocs_ocean"
544          locat=coupling; exit
545
546       fi
547
548    else
549
550       (( numprocs_ocean = $numprocs / 2 ))
551       (( numprocs_atmos = $numprocs / 2 ))
552
553    fi
554    coupled_dist=`echo "$numprocs_atmos $numprocs_ocean"`
555
556       # GET coupled_mode FROM THE CONFIG FILE
557    line=""
558    grep  "%cpp_options.*-D__mpi2.*$host" $config_file  >  tmp_mrun
559    while read line
560    do
561       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" &&  ( $(echo $line | cut -d" " -s -f4) = $cond1 || $(echo $line | cut -d" " -s -f4)  = $cond2 ) ]]
562       then
563          coupled_mode="mpi2"
564       fi
565    done < tmp_mrun
566
567 fi
568
569
570    # PRUEFEN, OB EVTL. BEI VORHERGEHENDEM LAUF (KETTENJOB) EINE
571    # ARCHIVIERUNG FEHLGESCHLAGEN IST
572 if [[ -f ~/job_queue/ARCHIVE_ERROR_$fname ]]
573 then
574    if [[ $ignore_archive_error = false ]]
575    then
576       printf "\n  +++ data archiving of previous run failed"
577       printf "\n      see directory \~/job_queue on remote machine"
578       locat=archive; exit
579    else
580       printf "\n  +++ warning: data archiving in a previous run failed"
581       printf "\n      MRUN continues, trying to get backup copy"
582    fi
583 fi
584
585
586
587    # LESEN UND INTERPRETIEREN DER KONFIGURATIONS-DATEI VOM SHELLSCRIPT AUS
588    # VORUEBERGEHEND ZWINGEND AUF LINUX-RECHNERN
589 if [[ "$read_from_config" = false ]]
590 then
591
592    [[ $silent = false ]]  &&  printf "\n    Reading the configuration file... "
593    while  read zeile
594    do
595        [[ $silent = false ]]  &&  printf "."
596
597
598          # ZUERST EVENTUELL VORKOMMENDE ENVIRONMENT-VARIABLEN DURCH IHRE WERTE
599          # ERSETZEN
600       eval  zeile=\"$zeile\"
601
602
603          # INTERPRETATION DER ZEILE
604       if [[ "$(echo $zeile)" = "" ]]
605       then
606             # LEERZEILE, KEINE AKTION
607          continue
608
609       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1)"  =  "#" ]]
610       then
611
612             # ZEILE IST KOMMENTARZEILE
613          true
614
615       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1)"  =  "%" ]]
616       then
617
618             # ZEILE DEFINIERT ENVIRONMENT-VARIABLE
619          zeile=$(echo $zeile | cut -c2-)
620#          echo $zeile | cut -d" " -f1-5 | read  var  value  for_host  for_cond1  for_cond2
621          var=`echo $zeile | cut -d" " -f1`
622          value=`echo $zeile | cut -d" " -s -f2`
623          for_host=`echo $zeile | cut -d" " -s -f3`
624          for_cond1=`echo $zeile | cut -d" " -s -f4`
625          for_cond2=`echo $zeile | cut -d" " -s -f5`
626
627          if [[ "$for_host" = ""  ||  ( "$for_host" = $host  &&  "$for_cond1" = "$cond1"  &&  "$for_cond2" = "$cond2" )  ||  $(echo "$input_list$output_list"|grep -c "$for_host") != 0 ]]
628          then
629
630                # BEI COMPILER- CPP- ODER LINKEROPTIONEN EVTL ":" DURCH " "
631                # ERSETZEN. "::" WIRD DURCH ":" ERSETZT.
632             value=`echo $value | sed 's/::/%DUM%/g' | sed 's/:/ /g' | sed 's/%DUM%/:/g'`
633
634
635                # ENVIRONMENT-VARIABLE WIRD WERT AUS KONFIGURATIONSDATEI
636                # ZUGEWIESEN, WENN SIE SELBST NOCH KEINEN WERT UEBER DIE
637                # ENTSPRECHENDE SCRIPT-OPTION ERHALTEN HAT. SOLCHE
638                # VARIABLEN HAETTEN DANN DEN WERT "" ODER IM INTEGER-FALL DEN
639                # WERT 0.  ALLGEMEINE REGEL ALSO: SCRIPT-OPTION GEHT UEBER
640                # KONFIGURATIONSDATEI
641             if [[ "$(eval echo \$$var)" = ""  ||  "$(eval echo \$$var)" = "0" ]]
642             then
643                eval  $var=\$value
644
645                   # EVTL. BILDSCHIRMAUSGABEN DER ENVIRONMENT-VARIABLEN
646                if [[ $do_trace = true ]]
647                then
648                   printf "\n*** ENVIRONMENT-VARIABLE $var = $value"
649                fi
650             fi
651
652                # WENN ENVIRONMENT-VARIABLE HOST VEREINBART, DANN SOFORT AUSWERTEN
653                # WERT VON do-remote WIRD BEI DATEIVERBINDUNGEN BENOETIGT
654                # WENN AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WIRD, IST GLEICHZEITIG KLAR,
655                # DASS EIN BATCH-JOB GESTARTET WERDEN MUSS
656             if [[ $var = host ]]
657             then
658                if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
659                then
660                   do_batch=true
661                   do_remote=true
662                   case  $host  in
663                       (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|ibmy|lckyoto|lcsgib|lcsgih|nech|necriam|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckiaps|lckordi|lcsb)  true;;
664                       (*)  printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
665                            printf "\n      is not available"
666                            locat=nqs; exit;;
667                   esac
668                else
669                   host=$localhost
670                fi
671             fi
672
673                # VOM BENUTZER DEFINIERTE ENVIRONMENT VARIABLEN MUESSEN PRINZIPIELL
674                # EXPORTIERT WERDEN, DA SIE VIELLEICHT IN WEITER UNTEN AUFZURUFEN-
675                # DEN PROGRAMMEN BENOETIGT WERDEN
676             export  $var
677          fi
678
679
680
681
682       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "EC:" ]]
683       then
684
685             # ZEILE DEFINIERT ERROR-KOMMANDO
686          (( iec = iec + 1 ))
687          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
688          err_command[$iec]="$zeile"
689
690       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "IC:" ]]
691       then
692
693             # ZEILE DEFINIERT INPUT-KOMMANDO
694          (( iic = iic + 1 ))
695          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
696          in_command[$iic]="$zeile"
697
698       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "OC:" ]]
699       then
700
701             # ZEILE DEFINIERT OUTPUT-KOMMANDO
702          (( ioc = ioc + 1 ))
703          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
704          out_command[$ioc]="$zeile"
705
706       else
707
708             # ZEILE DEFINIERT DATEIVERBINDUNG. EINLESEN DER DATEIEIGENSCHAFTEN
709             # s2a: in/out - Feld
710             # s2b: loc    - Feld (optional)
711             # s2c: tr/ar  - Feld (optional)
712#          echo $zeile | cut -d" " -f1-2 | read  s1  s2
713          s1=`echo $zeile | cut -d" " -f1`
714          s2=`echo $zeile | cut -d" " -s -f2`
715          s2a=$(echo $s2 | cut -d":" -f1)
716          if [[ $(echo $s2 | grep -c ":") = 0 ]]
717          then
718             s2b=""
719             s2c=""
720          else
721#             echo $s2 | cut -d":" -f2-3 | sed 's/:/ /g' | read  s2b  s2c
722             s2b=`echo $s2 | cut -d":" -f2 | sed 's/:/ /g'`
723             s2c=`echo $s2 | cut -d":" -s -f3 | sed 's/:/ /g'`
724          fi
725#          echo $zeile | cut -d" " -f3-6 | read  s3  s4  s5  s6
726          s3=`echo $zeile | cut -d" " -f3`
727          s4=`echo $zeile | cut -d" " -s -f4`
728          s5=`echo $zeile | cut -d" " -s -f5`
729          s6=`echo $zeile | cut -d" " -s -f6`
730
731       
732             # ABSPEICHERN DER DATEIVERBINDUNG, FALLS IN INPUT- ODER OUTPUT-LIST
733             # VERMERKT. VARIABLE S3 KANN AUCH LISTE ENTHALTEN (FELDTRENNER ":")
734             # DATEIVERBINDUNG WIRD DANN NICHT ABGESPEICHERT UND GEPRUEFT, WENN
735             # PROGRAMMLAUF AUF REMOTE-MASCHINE ERFOLGT UND DATEI NUR LOKAL VOR-
736             # HANDEN SEIN MUSS (D.H. s2b = loc)
737          IFSALT="$IFS"; IFS="$IFS:"
738          if [[ "$s2a" = in  &&  ! ( $do_remote = true  &&  ( "$s2b" = loc  ||  "$s2b" = locopt ) ) ]]
739          then
740             found=false
741             for  actual  in  $input_list
742             do
743                for  formal  in  $s3
744                do
745                   [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-" ]]  &&  found=true
746                done
747             done
748             if [[ $found = true ]]
749             then
750                (( iin = iin + 1 ))
751                localin[$iin]=$s1; transin[$iin]=$s2b; actionin[$iin]=$s2c;
752                typein[$iin]=$s3; pathin[$iin]=$s4; endin[$iin]=$s5;
753                extin[$iin]=$s6
754             fi
755          elif [[ "$s2a" = out  &&  ! ( $do_remote = true  &&  "$s2b" = loc ) ]]
756          then
757             found=false
758             for  actual  in  $output_list
759             do
760                for  formal  in  $s3 
761                do
762                   [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-"  ]]  &&  found=true
763                done
764             done
765             if [[ $found = true ]]
766             then
767                (( iout = iout + 1 ))
768                localout[$iout]=$s1; actionout[$iout]=$s2c; typeout[$iout]=$s3;
769                pathout[$iout]=$s4; endout[$iout]=$s5; extout[$iout]=$s6
770             fi
771          elif [[ "$s2a" != in  &&  "$s2a" != out ]]
772          then
773             printf "\n  +++ I/O-attribute in configuration file $config_file has the invalid"
774             printf "\n      value \"$s2\". Only \"in\" and \"out\" are allowed!"
775             locat=connect; exit
776          fi
777          IFS="$IFSALT"
778       fi
779    done < $config_file
780
781 else
782
783
784       # INTERPRETATION DER KONFIGURATIONSDATEI MITTELS FORTRAN 90 - PROGRAMM
785    [[ $silent = false ]]  &&  printf "..."
786    export  cond1 cond2 config_file do_remote do_trace input_list localhost output_list
787    export  interpreted_config_file=.icf.$RANDOM
788
789
790
791       # ENVIRONMENT-VARIABLEN FUER INTERPRET_CONFIG UEBER NAMELIST_DATEI ZUR
792       # VERFUEGUNG STELLEN
793    cat  >  .mrun_environment  <<  %%END%%
794 &mrun_environment  cond1 = '$cond1', cond2 = '$cond2',
795                    config_file = '$config_file', do_remote = '$do_remote',
796                    do_trace = '$do_trace', host = '$host',
797                    input_list = '$input_list', icf = '$interpreted_config_file',
798                    localhost = '$localhost', output_list = '$output_list' /
799
800%%END%%
801
802       # WERTE VON MRUN-OPTIONEN SICHERN UND DAMIT GEGEBENENFALLS SPAETER DIE
803       # IN DER KONFIGURAIONSDATEI ANGEGEBENEN WERTE UEBERSTEUERN
804    mrun_memory=$memory
805    mrun_group_number=$group_number
806    mrun_cpumax=$cpumax
807    mrun_numprocs=$numprocs
808
809    if [[ $localhost_realname = "sx-fep" ]]
810    then
811       /home/COAR/NC/raasch/pub/interpret_config_necriam.x
812    else
813
814       if [[ "$host" != $localhost ]]
815       then
816
817             # REMOTE JOB FROM LOCAL HOST: JUST TAKE THE FIRST EXECUTABLE FOUND
818          interpret_config_executable=`ls -1 ${PALM_BIN}/interpret_config*.x 2>/dev/null`
819          if [[ $? != 0 ]]
820          then
821             printf "\n\n  +++ no interpret_config found"
822             printf "\n      run \"mbuild -u -h ...\" to generate utilities for this host"
823             locat=interpret_config; exit
824          fi
825          interpret_config_executable=`echo $interpret_config_executable | cut -d" " -f1`
826          $interpret_config_executable
827
828       else
829
830             # CHECK, IF THERE IS AN EXECUTABLE FOR THE BLOCK
831          if [[ ! -f ${PALM_BIN}/interpret_config${block}.x ]]
832          then
833             printf "\n\n  +++ no interpret_config found for given block \"$cond1 $cond2\""
834             printf "\n      run \"mbuild -u -h ...\" to generate utilities for this block"
835             locat=interpret_config; exit
836          else
837             interpret_config${block}.x
838          fi
839
840       fi
841    fi
842    rm .mrun_environment
843
844
845       # AUSFUEHRUNG DER GENERIERTEN SHELL-KOMMANDOS IN DIESER SHELL
846    chmod  u+x  $interpreted_config_file
847    export PATH=$PATH:.
848    . $interpreted_config_file
849    rm  $interpreted_config_file
850
851
852       # OPTIONSWERTE UEBERSTEUERN KONFIGURATIONSDATEI
853    [[ $mrun_memory     != 0   ]]  &&  memory=$mrun_memory
854    [[ "$mrun_group_number" != "none" ]]  &&  group_number=$mrun_group_number
855    [[ $mrun_cpumax     != 0   ]]  &&  cpumax=$mrun_cpumax
856    [[ "$mrun_numprocs" != ""  ]]  &&  numprocs=$mrun_numprocs
857    [[ "$max_par_io_str" != "" ]]  &&  maximum_parallel_io_streams=$max_par_io_str
858    [[ "$mrun_tasks_per_node" != "" ]]  &&  tasks_per_node=$mrun_tasks_per_node
859
860 fi
861
862
863    # QUELLTEXTVERZEICHNIS AUF LOKALER MASCHINE AUS KONFIGURATIONSDATEI
864    # BESTIMMEN (WUERDE SONST EVTL. DAS VERZEICHNIS DES JEWEILS UNTER -h
865    # ANGEGEBENEN REMOTE-RECHNERS SEIN)
866    # BEI BATCH-JOBS SIND DIE ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE SCHON KOMPLETT
867 if [[ "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
868 then
869
870       # ZUERST PRUEFEN, OB EIN GLOBALER QUELLTEXTPFAD FUER ALLE RECHNER
871       # VEREINBART WURDE
872    source_path=""
873    line=""
874    grep "%source_path" $config_file  >  tmp_mrun
875    while read line
876    do
877       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
878       then
879          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -f3)" = "" ]]
880          then
881             global_source_path=`echo $line | cut -d" " -f2`
882          fi
883       fi
884    done  <  tmp_mrun
885
886    line=""
887    found=false
888    grep  " $localhost" $config_file | grep "%source_path"  >  tmp_mrun
889    while read line
890    do
891       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
892       then
893          if [[ $found = true ]]
894          then
895             printf "\n\n  +++ more than one source path found in configuration file"
896             printf "\n      for local host \"$localhost\" "
897             locat=source_path; exit
898          fi
899          source_path=`echo $line | cut -d" " -f2`
900          found=true
901       fi
902    done  <  tmp_mrun
903    rm  tmp_mrun
904
905    if [[ "$source_path" = "" ]]
906    then
907       if [[ "$global_source_path" != "" ]]
908       then
909          source_path=$global_source_path
910       else
911          printf "\n\n  +++ no source path found in configuration file"
912          printf "\n      for local host \"$localhost\" "
913          locat=source_path; exit
914       fi
915    fi
916    eval source_path=$source_path
917
918    if [[ ! -d $source_path ]]
919    then
920       printf "\n\n  +++ source path \"$source_path\" on local host"
921       printf "\n      \"$localhost\" does not exist"
922       locat=source_path; exit
923    fi
924
925 fi
926
927
928    # GLOBALE REVISIONSNUMMER ERMITTELN (FORTSETZUNGSLAEUFEN WIRD DIESE
929    # DURCH OPTION -G MITGETEILT)
930 if [[ "$global_revision" = ""   &&  $host != "ibmkisti" ]]
931 then
932    global_revision=`svnversion $source_path  2>/dev/null`
933    global_revision="Rev: $global_revision"
934 fi
935
936
937    # NOCHMAL PRUEFEN, OB AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL
938    # (HOST KANN IN KONFIGURATIONSDATEI ANDERS FESTGELEGT WORDEN SEIN)
939    # WERT VON do_remote WIRD FUER DATEIVERBINDUNGEN BENOETIGT.
940    # WENN AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WIRD, IST GLEICHZEITIG KLAR,
941    # DASS EIN BATCH-JOB GESTARTET WERDEN MUSS
942 if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
943 then
944    do_batch=true
945    do_remote=true
946    case  $host  in
947        (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|ibmy|lckyoto|lcsgib|lcsgih|nech|necriam|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckiaps|lckordi|lcsb)  true;;
948        (*)  printf "\n"
949             printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
950             printf "\n      is not available"
951             locat=nqs; (( iec = 0 )); exit;;
952    esac
953 else
954    host=$localhost
955 fi
956
957
958    # PRUEFUNG EINIGER PROZESSORZAHLANGABEN BEI RECHNUNGEN AUF PARALLELRECHNERN
959 if [[ "$cond1" = parallel  ||  "$cond2" = parallel ]]
960 then
961
962       # PRUEFEN, OB DIE ANZAHL DER ZU VERWENDENDEN PES ANGEGEBEN WURDE
963    if [[ ! -n $numprocs ]]
964    then
965       printf "\n"
966       printf "\n  +++ option \"-K parallel\" requires additional specification"
967       printf "\n      of the number of processors to be used by"
968       printf "\n      mrun-option \"-X\" or by environment-variable"
969       printf "\n      \"numprocs\" in the configuration file"
970       locat=numprocs; (( iec = 0 )); exit
971    fi
972
973       # PRUEFEN, OB DIE PROZESSORANZAHL PRO KNOTEN ANGEGEBEN WURDE (GGF.
974       # DEFAULT-WERT SETZEN) UND OB SIE EIN GANZZAHLIGER TEILER DER
975       # GESAMTPROZESSORANZAHL IST
976    if [[ "$tasks_per_node" = ""  &&  $host != lcflow  &&  $host != lcxt5m ]]
977    then
978       printf "\n"
979       printf "\n  +++ option \"-T\" (tasks per node) is missing"
980       printf "\n      set -T option or define tasks_per_node in the config file"
981       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit
982    fi
983    if [[ $host != lcflow  &&  $host != lcxt5m ]]
984    then
985       (( ival = $tasks_per_node ))
986       (( pes = numprocs ))
987#          if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics+1PE) = 1 ]]
988#          then
989#             (( pes = pes - 1 ))
990#          fi
991       (( ii = pes / ival ))
992       if (( pes - ii * ival > 0 ))
993       then
994          printf "\n"
995          printf "\n  +++ tasks per node (option \"-T\") must be an integral"
996          printf "\n      divisor of the total number of processors (option \"-X\")"
997          printf "\n      values of this mrun-call: \"-T $tasks_per_node\" \"-X $numprocs\""
998          locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit
999       fi
1000    fi
1001
1002
1003       # IBMY HAT NUR EINEN KNOTEN
1004    if [[ $host = ibmy ]]
1005    then
1006       if [[ "$tasks_per_node" != ""  &&  "$tasks_per_node" != "$numprocs" ]]
1007       then
1008          printf "\n"
1009          printf "\n  +++ on ibmy, tasks per node (option \"-T\") must be equal to the"
1010          printf "\n      total number of processors (option \"-X\")"
1011          printf "\n      values of this mrun-call: \"-T $tasks_per_node\" \"-X $numprocs\""
1012          locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit
1013       fi
1014    fi
1015
1016
1017       # SETTINGS FOR SUBJOB-COMMAND
1018    TOPT="-T $tasks_per_node"
1019    OOPT="-O $threads_per_task"
1020
1021       # GESAMTZAHL DER KNOTEN BESTIMMEN
1022    if [[ "$tasks_per_node" != "" ]]
1023    then
1024       (( nodes = numprocs / ( tasks_per_node * threads_per_task ) ))
1025    fi
1026
1027       # PRUEFEN, OB NODE USAGE EINEN ERLAUBTEN WERT HAT BZW. DEN DEFAULT
1028       # SETZEN
1029    if [[ $node_usage = default ]]
1030    then
1031       if [[ $host = ibms ]]
1032       then
1033          node_usage=shared
1034       elif [[ $(echo $host | cut -c1-5) = lcsgi ]]
1035       then
1036          node_usage=singlejob
1037       else
1038          node_usage=not_shared
1039       fi
1040    fi
1041
1042    if [[ $node_usage != shared  &&  $node_usage != not_shared  &&  $node_usage != singlejob  &&  "$(echo $node_usage | cut -c1-3)" != "sla" ]]
1043    then
1044       printf "\n"
1045       printf "\n  +++ node usage (option \"-n\") is only allowed to be set"
1046       printf "\n      \"shared\" or \"not_shared\""
1047       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit
1048    fi
1049
1050 fi
1051
1052    # PRUEFEN, OB HOSTFILE EXISTIERT
1053 if [[ -n $hostfile ]]
1054 then
1055    if [[ ! -f $hostfile ]]
1056    then
1057       printf "\n"
1058       printf "\n  +++ hostfile \"$hostfile\" does not exist"
1059       locat=hostfile; exit
1060    fi
1061 fi
1062
1063    # PRUEFEN, OB RHOSTS DATEI EXISTIERT. GEGEBENENFALLS ANLEGEN BZW. ERWEITERN
1064 if [[ $host = ibmy  &&  $do_remote = false ]]
1065 then
1066    if [[ ! -f $HOME/.rhosts ]]
1067    then
1068       echo  "gfdl5.yonsei.ac.kr"  >  $HOME/.rhosts
1069       printf "\n\n  *** file:"
1070       printf "\n           $HOME/.rhosts"
1071       printf "\n      was created\n"
1072    fi
1073    if [[ $(grep -c gfdl5.yonsei.ac.kr $HOME/.rhosts) = 0 ]]
1074    then
1075       echo  "gfdl5.yonsei.ac.kr"  >>  $HOME/.rhosts
1076       printf "\n\n  *** file:"
1077       printf "\n           $HOME/.rhosts"
1078       printf "\n      was extended by the name of the current host\n"
1079    fi
1080 fi
1081
1082
1083    # Set default value for the maximum number of parallel io streams
1084 if [[ "$maximum_parallel_io_streams" = "" ]]
1085 then
1086    maximum_parallel_io_streams=$numprocs
1087 fi
1088
1089
1090    # FALLS NICHT VORGEGEBEN, DEFAULT-QUEUE AUF DER ZIELMASCHINE FESTLEGEN
1091 if [[ $queue = none ]]
1092 then
1093    case  $host  in
1094        (ibmh)       queue=no_class;;
1095        (ibmkisti)   queue=class.32plus;;
1096        (ibmy)       queue=parallel;;
1097        (lckiaps)    queue=normal;;
1098        (lckyoto)    queue=ph;;
1099        (lcsgib)     queue=testq;;
1100        (lcsgih)     queue=testq;;
1101        (lctit)      queue=S;;
1102        (nech)       queue=none;;
1103        (necriam)    queue=SP;;
1104        (unics)      queue=unics;;
1105    esac
1106 fi
1107
1108
1109    # VOLLSTAENDIGE DATEINAMEN DER INPUT-FILES BILDEN,
1110    # INPUT-DATEIEN AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND EVTL. HOECHSTE ZYKLUSNUMMER
1111    # ERMITTELN
1112 (( i = 0 ))
1113 while (( i < iin ))
1114 do
1115    (( i = i + 1 ))
1116    (( maxcycle = 0 ))
1117
1118       # NAMENSBILDUNG (EVTL. IST FESTER DATEINAME VORGEGEBEN)
1119    if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1120    then
1121       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${endin[$i]}  # REMOTE-PFAD ERST AUF
1122                                                    # REM-MASCHINE AUSWERTEN
1123       eval filename=${pathin[$i]}/${endin[$i]}
1124    else
1125       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}  # REMOTE-PFAD ERST AUF
1126                                                             # REM-MASCHINE AUSWERTEN
1127       eval filename=${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}
1128    fi
1129    eval pathname=${pathin[$i]}
1130
1131#   SAVE INPUT FILE NAME FOR PARAMETER FILE CHECK
1132    if [[ ("${transin[$i]}" = job) && (-f $filename) ]]
1133    then
1134       filename_input=$filename
1135    fi
1136
1137       # PRUEFEN AUF VORHANDENSEIN
1138    if [[ $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "not found") = 1  || \
1139          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "nicht gefunden") = 1  || \
1140          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "No such file") = 1  || \
1141          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "does not exist") = 1 ]]
1142    then
1143          # DATEIEN MIT EXTENSION (Z.B. NC) MUESSEN NICHT ZWINGEND VORHANDEN
1144          # SEIN, DESHALB IN SOLCHEN FAELLEN KEIN ABBRUCH. DIES IST NUR EINE
1145          # VORUEBERGEHENDE LOESUNG (OKT 05). NICHT ZWINGEND BENOETIGTE
1146          # EINGABEDATEIEN SOLLTEN EINE SPEZIELLE OPTION IN DER DATEI-
1147          # VERBINDUNGSANWEISUNG BEKOMMEN (Z.B. inopt?)
1148       if [[ "${transin[$i]}" != "locopt" ]]
1149       then
1150          printf "\n\n  +++ INPUT-file: "
1151          if [[ "${extin[$i]}" = "" ]]
1152          then
1153             printf "\n           $filename"
1154          else
1155             printf "\n           $filename.${extin[$i]}"
1156          fi
1157          printf "\n      does not exist\n"
1158          locat=input; exit
1159       else
1160          transin[$i]="unavailable"
1161       fi
1162    else
1163
1164          # ZYKLUSNUMMER FESTSTELLEN
1165       ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1166       ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1167       while  read zeile
1168       do
1169          cycle=$(print $zeile | cut -f2 -d".")
1170          if [[ "$cycle" = "$zeile" ]]
1171          then
1172             (( icycle = 0 ))
1173          elif [[ "$cycle" = "${extin[$i]}" ]]
1174          then
1175             (( icycle = 0 ))
1176          else
1177             (( icycle = $cycle ))
1178          fi
1179          if (( icycle > maxcycle ))
1180          then
1181             (( maxcycle = icycle ))
1182             file_to_be_used=$zeile
1183          fi
1184       done <filelist
1185       rm filelist
1186
1187          # EVTL. ZYKLUSNUMMER AN DATEINAMEN ANFUEGEN
1188       if (( maxcycle > 0 ))
1189       then
1190          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1191          then
1192             filename=${filename}.$maxcycle.${extin[$i]}
1193          else
1194             filename=${filename}.$maxcycle
1195          fi
1196       else
1197          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1198          then
1199             filename=${filename}.${extin[$i]}
1200          fi
1201       fi
1202       
1203          # DATEINAMEN OHNE PFAD ABER MIT ZYKLUSNUMMER ABSPEICHERN,
1204          # DA SPAETER BEI RUECKSPEICHERN VOM ARCHIVSYSTEM EVTL. BENOETIGT
1205       absnamein[$i]=$filename
1206       if (( maxcycle > 0 ))
1207       then
1208          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1209          then
1210             frelin[$i]=${endin[$i]}.$maxcycle
1211          else
1212             frelin[$i]=${afname}${endin[$i]}.$maxcycle
1213          fi
1214       else
1215          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1216          then
1217             frelin[$i]=${endin[$i]}
1218          else
1219             frelin[$i]=${afname}${endin[$i]}
1220          fi
1221       fi
1222
1223    fi
1224 done
1225   
1226    # VOLLSTAENDIGE DATEINAMEN (OHNE $ ODER ~) DER OUTPUT-FILES BILDEN,
1227    # OUTPUT-DATEIEN AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND EVTL. HOECHSTE ZYKLUSNUMMER
1228    # ERMITTELN ODER, FALLS NICHT VORHANDEN, PRUEFEN, OB SIE SICH ANLEGEN LASSEN
1229    # DIESE AKTIONEN FINDEN NICHT STATT, WENN PROGRAMM AUF REMOTE-MASCHINE
1230    # RECHNET UND DATEI ANSCHLIESSEND TRANSFERIERT WERDEN SOLL!
1231 (( i = 0 ))
1232 while (( i < iout ))
1233 do
1234    (( i = i + 1 ))
1235    if [[ ! ( $fromhost != $localhost  &&  ( "${actionout[$i]}" = tr || "${actionout[$i]}" = tra || "${actionout[$i]}" = trpe ) ) ]]
1236    then
1237       if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
1238       then
1239          actionout[$i]=""
1240       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe ]]
1241       then
1242          actionout[$i]=pe
1243       elif [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
1244       then
1245          actionout[$i]=a
1246       fi
1247       (( maxcycle = 0 ))
1248       eval filename=${pathout[$i]}/${fname}${endout[$i]}
1249       eval catalogname=${pathout[$i]}
1250       if [[ $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "not found") = 1  || \
1251             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "nicht gefunden") = 1  || \
1252             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "No such file") = 1  || \
1253             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "does not exist") = 1 ]]
1254       then
1255     
1256             # OUTPUT-DATEI NICHT VORHANDEN. PRUEFEN, OB ANLEGEN MOEGLICH.
1257          if  cat /dev/null > $filename 
1258          then
1259             rm  $filename
1260          else
1261
1262                # PRUEFEN, OB KATALOG VORHANDEN UND EVTL. DIESEN ANLEGEN
1263             if [[ ! -d $catalogname ]]
1264             then
1265                if  mkdir -p  $catalogname
1266                then
1267                   printf "\n\n  *** directory:"
1268                   printf "\n           $catalogname"
1269                   printf "\n      was created\n"
1270                else
1271                   printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1272                   printf "\n           $filename"
1273                   printf "\n      cannot be created, because directory does not exist"
1274                   printf "\n      and cannot be created either"
1275                   printf "\n"
1276                   locat=output  ; exit
1277                fi 2>/dev/null
1278             else
1279                printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1280                printf "\n           $filename"
1281                printf "\n      cannot be created, although directory exists"
1282                printf "\n"
1283                locat=output  ; exit
1284             fi
1285          fi 2>/dev/null
1286       else
1287
1288             # ZYKLUSNUMMER FESTSTELLEN
1289          ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1290          ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1291          while  read zeile
1292          do
1293             cycle=$(print $zeile | cut -f2 -d".")
1294             if [[ "$cycle" = "$zeile"  ||  "$cycle" = ${extout[$i]} ]]
1295             then
1296                (( icycle = 1 ))
1297             else
1298                (( icycle = $cycle + 1 ))
1299             fi
1300             if (( icycle > maxcycle ))
1301             then
1302                (( maxcycle = icycle ))
1303             fi
1304          done <filelist
1305          rm filelist
1306       fi
1307
1308          # EVTL. ZYKLUSNUMMER AN DATEINAMEN ANFUEGEN UND PRUEFEN, OB SICH
1309          # DATEI AUCH WIRKLICH ANLEGEN LAESST. IM APPEND-FALL MUSS AN DEN
1310          # HOECHSTEN VORHANDENEN ZYKLUS-ANGEHAENGT WERDEN. ANLAGEPRUEFUNG
1311          # IST DANN NATUERLICH NICHT ZULAESSIG BZW. MOEGLICH
1312       if [[ "${actionout[$i]}" != a ]]
1313       then
1314          if (( maxcycle > 0 ))
1315          then
1316             filename=${filename}.$maxcycle
1317             if  cat /dev/null > $filename 
1318             then
1319                rm  $filename
1320             else
1321                printf "\n  +++ OUTPUT-file:"
1322                printf "\n           $filename"
1323                printf "\n      cannot be created"
1324                locat=output  ; exit
1325             fi
1326          fi
1327       else
1328          (( maxcycle = maxcycle - 1 ))
1329          if (( maxcycle > 0 ))
1330          then
1331             filename=${filename}.$maxcycle
1332          fi
1333       fi
1334       
1335          # DATEINAMEN OHNE PFAD ABER MIT ZYKLUSNUMMER ABSPEICHERN,
1336          # DA SPAETER BEI ABLAGE AUF ARCHIVSYSTEM BZW. FUER
1337          # DATEI OUTPUT_FILE_CONNECTIONS EVTL. BENOETIGT
1338       pathout[$i]=$filename
1339       if (( maxcycle > 0 ))
1340       then
1341          frelout[$i]=${fname}${endout[$i]}.$maxcycle
1342       else
1343          frelout[$i]=${fname}${endout[$i]}
1344       fi
1345
1346    fi
1347 done
1348
1349
1350     # DAS DVR-PAKET ERFORDERT EINE ENTSPRECHENDE BIBLIOTHEK
1351 if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
1352 then
1353    if [[ "$dvr_inc" = "" ]]
1354    then
1355       printf "\n\n  +++ no value for \"dvr_inc\" given in configuration file"
1356       printf "\n      This is required for the dvrp_graphics package.\n"
1357       locat=dvr; exit
1358    fi
1359    if [[ "$dvr_lib" = "" ]]
1360    then
1361       printf "\n\n  +++ no value for \"dvr_lib\" given in configuration file"
1362       printf "\n      This is required for the dvrp_graphics package.\n"
1363       locat=dvr; exit
1364    fi
1365 fi
1366
1367
1368     # PRUEFEN, OB ENTWEDER HAUPTPROGRAMM ODER NUR EIN AUSFUEHRBARES
1369     # PROGRAMM VEREINBART WURDE (IN DIESEM FALL BRAUCHT IM WEITEREN NICHT
1370     # UEBERSETZT ZU WERDEN)
1371 if [[ "$mainprog" = ""  &&  "$executable" = "" ]]
1372 then
1373    printf "\n  +++ neither main program nor executable defined"
1374    locat=source; exit
1375 elif [[ "$mainprog" != ""  &&  "$executable" != "" ]]
1376 then
1377    printf "\n  +++ main program as well as executable defined"
1378    locat=source; exit
1379 elif [[ "$mainprog" = ""  &&  "$executable" != "" ]]
1380 then
1381    do_compile=false
1382 fi
1383
1384
1385    # SOURCE-VERZEICHNIS ZUM AUFSAMMELN DER ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE
1386    # ERZEUGEN. HIERHIN WERDEN SPAETER IM FALL VON BATCH-JOBS AUCH DAS MRUN-
1387    # SCRIPTS SOWIE DIE KONFIGURATIONSDATEI KOPIERT
1388 if [[ $restart_run != true  &&  "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1389 then
1390    rm -rf  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1391    mkdir   SOURCES_FOR_RUN_$fname
1392 fi
1393
1394
1395    # ALLE ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE ZUSAMMENSAMMELN
1396    # BEI BATCH-JOBS IST DIES NICHT NOETIG, WEIL DIE PROGRAMMTEILE BEREITS DURCH
1397    # DEN MRUN-AUFRUF ERMITTELT SIND, DER DEN BATCH-JOB GENERIERT HAT, UND
1398    # IM VERZEICHNIS SOURCES_FOR_RUN_... ABGELEGT SIND
1399 if [[ $do_compile = true  &&  "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1400 then
1401
1402    [[ "$source_list" = LM ]]  &&  source_list=LOCALLY_MODIFIED
1403
1404    if [[ "$source_list" = LOCALLY_MODIFIED ]]
1405    then
1406
1407          # MODIFIZIERTE DATEIEN DER SVN-ARBEITSKOPIE BESTIMMEN
1408       source_list=""
1409       cd  $source_path
1410
1411
1412          # PRUEFEN, OB VERZEICHNIS UEBERHAUPT UNTER SVN-KONTROLLE STEHT
1413       if [[ ! -d .svn ]]
1414       then
1415          printf "\n\n  +++ source directory"
1416          printf "\n         \"$source_path\" "
1417          printf "\n         is not under control of \"subversion\"."
1418          printf "\n         Please do not use mrun-option \"-s LOCALLY_MODIFIED\"\n"
1419       fi
1420
1421
1422          # ALLE MODIFIZIERTEN QUELLCODEDATEIEN AUFLISTEN
1423       Filenames=""
1424       svn status  >  tmp_mrun
1425       while  read line
1426       do
1427          firstc=`echo $line | cut -c1`
1428          if [[ $firstc = M  ||  $firstc = "?" ]]
1429          then
1430             Name=`echo "$line" | cut -c8-`
1431             extension=`echo $Name | cut -d. -f2`
1432             if [[ "$extension" = f90 || "$extension" = F90 || "$extension" = f || "$extension" = F || "$extension" = c ]]
1433             then
1434                Filenames="$Filenames "$Name
1435             fi
1436          fi
1437       done < tmp_mrun
1438
1439
1440          # DATEIEN NACH SOURCES_FOR_RUN_... KOPIEREN
1441       for  dateiname  in  $Filenames
1442       do
1443          cp  $dateiname  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1444          source_list=$source_list"$dateiname "
1445       done
1446
1447       cd -  > /dev/null
1448
1449
1450       # MITTELS OPTION -s ANGEGEBENE DATEIEN NACH SOURCES_FOR_RUN_... KOPIEREN
1451       # BEI AUTOMATISCHEN FORTSETZUNGSLAEUFEN SIND DORT SCHON ALLE DATEIEN
1452       # VORHANDEN
1453    elif [[ "$source_list" != ""  &&  $restart_run != true ]]
1454    then
1455
1456       cd  $source_path
1457
1458       for  filename  in  $source_list
1459       do
1460
1461             # QUELLTEXT-DATEI DARF KEINE PFADE BEINHALTEN
1462          if [[ $(print $filename | grep -c "/") != 0 ]]
1463          then
1464             printf "\n  +++ source code file:  $filename"
1465             printf "\n      must not contain (\"/\") "
1466             locat=source; exit
1467          fi
1468
1469          if [[ ! -f $filename ]]
1470          then
1471             printf "\n  +++ source code file:  $filename"
1472             printf "\n      does not exist"
1473             locat=source; exit
1474          else
1475             cp  $filename  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1476          fi
1477
1478       done
1479
1480       cd -  > /dev/null
1481
1482    fi
1483
1484
1485       # PRUEFEN, OB ENTWEDER HAUPTPROGRAMM VORHANDEN UND ES EVTL. IN DER
1486       # LISTE DER ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE MIT ENTHALTEN IST (WENN
1487       # NICHT, WIRD ES DIESER LISTE HINZUGEFUEGT)
1488    if [[ $restart_run != true ]]
1489    then
1490
1491       if [[ ! -f "$source_path/$mainprog" ]]
1492       then
1493          printf "\n\n  +++ main program:  $mainprog"
1494          printf "\n      does not exist in source directory"
1495          printf "\n      \"$source_path\"\n"
1496          locat=source; exit
1497       else
1498          if [[ $(echo $source_list | grep -c $mainprog) = 0 ]]
1499          then
1500             cp  $source_path/$mainprog  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1501             source_list=${mainprog}" $source_list"
1502          fi
1503       fi
1504    fi
1505
1506
1507       # MAKEFILE AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND KOPIEREN
1508       # BEI RESTART-LAEUFEN LIEGT ES SCHON IM VERZEICHNIS SOURCES_FOR_RUN...
1509    if [[ "$restart_run" != true ]]
1510    then
1511       [[ "$makefile" = "" ]]  &&  makefile=$source_path/Makefile
1512       if [[ ! -f $makefile ]]
1513       then
1514          printf "\n  +++ file \"$makefile\" does not exist"
1515          locat=make; exit
1516       else
1517          cp  $makefile  SOURCES_FOR_RUN_$fname/Makefile
1518       fi
1519    fi
1520
1521
1522       # DATEIEN AUS ZUSAETZLICHEM QUELLVERZEICHNIS HINZUFUEGEN
1523    if [[ $restart_run != true  &&  "$add_source_path" != "" ]]
1524    then
1525
1526          # GIBT ES DAS VERZEICHNIS UEBERHAUPT?
1527       if [[ ! -d $add_source_path ]]
1528       then
1529          printf "\n\n  +++ WARNING: additional source code directory"
1530          printf "\n      \"$add_source_path\" "
1531          printf "\n      does not exist or is not a directory."
1532          printf "\n      No source code will be used from this directory!\n"
1533          add_source_path=""
1534          if [[ $silent == false ]]
1535          then
1536             sleep 3
1537          fi
1538       else
1539
1540          cd $add_source_path
1541          found=false
1542
1543          Names=$(ls -1 *.f90 2>&1)
1544          [[ $(echo $Names | grep -c '*.f90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$Names"
1545          Names=$(ls -1 *.F90 2>&1)
1546          [[ $(echo $Names | grep -c '*.F90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1547          Names=$(ls -1 *.F 2>&1)
1548          [[ $(echo $Names | grep -c '*.F') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1549          Names=$(ls -1 *.f 2>&1)
1550          [[ $(echo $Names | grep -c '*.f') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1551          Names=$(ls -1 *.c 2>&1)
1552          [[ $(echo $Names | grep -c '*.c') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1553
1554          cd -  > /dev/null
1555          cd  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1556
1557             # COPY MAKEFILE IF EXISTING
1558          if [[ -f $add_source_path/Makefile ]]
1559          then
1560             printf "\n\n  *** user Makefile from directory"
1561             printf "\n      \"$add_source_path\" is used \n"
1562             if [[ $silent == false ]]
1563             then
1564                sleep 1
1565             fi
1566             cp  $add_source_path/Makefile  .
1567          fi
1568
1569          for  dateiname  in  $AddFilenames
1570          do
1571             if [[ -f $dateiname ]]
1572             then
1573                printf "\n  +++ source code file \"$dateiname\" found in additional"
1574                printf "\n      source code directory \"$add_source_path\" "
1575                printf "\n      but was also given with option \"-s\" which means that it should be taken"
1576                printf "\n      from directory \"$source_path\"."
1577                locat=source; exit
1578             fi
1579
1580             cp  $add_source_path/$dateiname  .
1581             source_list="$source_list $dateiname"
1582
1583                # CHECK IF FILE IS CONTAINED IN MAKEFILE
1584             if [[ $(grep -c $dateiname Makefile) = 0 ]]
1585             then
1586                printf "\n\n  +++ user file \"$dateiname\" "
1587                printf "\n      is not listed in Makefile \n"
1588                locat=source; exit
1589             else
1590
1591                # Default User-Interface von der Liste entfernen, falls Datei
1592                # ein User-Interface enthaelt
1593#             if [[ $( cat $dateiname | grep -c "END SUBROUTINE user_parin" ) != 0 ]]
1594#             then
1595#                if [[ $dateiname != user_interface.f90  &&  -f user_interface.f90 ]]
1596#                then
1597#                   rm -rf  user_interface.f90
1598#                   source_list=`echo $source_list | sed -e 's/user_interface.f90//'`
1599#                   printf "\n\n  *** default \"user_interface.f90\" removed from the files to be translated"
1600#                   printf "\n      since a user-interface is found in file"
1601#                   printf "\n      \"$add_source_path/$dateiname\" \n"
1602#                   sleep 3
1603#                else
1604                if [[ $found = false ]]
1605                then
1606                   found=true
1607                   printf "\n\n  *** following user file(s) added to the"
1608                   printf " files to be translated:\n      "
1609                fi
1610                printf "$dateiname  "
1611                if [[ $silent == false ]]
1612                then
1613                   sleep 0.5
1614                fi
1615
1616             fi
1617          done
1618          [[ $found = true ]]  &&  printf "\n"
1619          cd -  > /dev/null
1620       fi
1621    fi
1622
1623
1624       # ALLE UNTERPROGRAMME, DIE ZU VEREINBARTEN SOFTWAREPAKETEN GEHOEREN,
1625       # DER LISTE DER ZU UEBERSETZENDEN DATEIEN HINZUFUEGEN
1626    if [[ $restart_run != true  &&  -n $package_list ]]
1627    then
1628
1629       cd  $source_path
1630
1631       for  package  in  $package_list
1632       do
1633
1634          [[ $package = "dvrp_graphics+1PE" ]]  &&  package=dvrp_graphics
1635
1636             # ERMITTELE ALLE DATEIEN, DIE ZUM PAKET GEHOEREN
1637             # FEHLERMELDUNGEN WERDEN ABGEFANGEN, DA * AUCH VERZEICHNISSNAMEN
1638             # LIEFERT
1639          package_source_list=`grep "defined( __$package " * 2>/dev/null | cut -f1 -d:`
1640
1641
1642             # FUEGE DIESE DATEIEN DER LISTE DER ZU UEBERSETZENDEN DATEIEN
1643             # HINZU, FALLS SIE NOCH NICHT DAZUGEHOEREN
1644          for  source_list_name  in  $package_source_list
1645          do
1646             if [[ $(echo $source_list | grep -c $source_list_name) = 0 ]]
1647             then
1648
1649                    # NUR DATEIEN MIT GUELTIGEN ENDUNGEN VERWENDEN
1650                ending=`echo $source_list_name | cut -f2 -d.`
1651                if [[ "$ending" = f90  ||  "$ending" = F90  ||  "$ending" = f  ||  "$ending" = F  ||  "$ending" = c ]]
1652                then
1653                   cp  $source_list_name  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1654                   source_list="$source_list $source_list_name"
1655                fi
1656             fi
1657          done
1658       done
1659
1660       cd -  > /dev/null
1661    fi
1662
1663
1664       # MAKEFILE AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND KOPIEREN
1665       # BEI RESTART-LAEUFEN LIEGT ES SCHON IM VERZEICHNIS SOURCES_FOR_RUN...
1666#    if [[ "$restart_run" != true ]]
1667#    then
1668#       [[ "$makefile" = "" ]]  &&  makefile=$source_path/Makefile
1669#       if [[ ! -f $makefile ]]
1670#       then
1671#          printf "\n  +++ file \"$makefile\" does not exist"
1672#          locat=make; exit
1673#       else
1674#          cp  $makefile  SOURCES_FOR_RUN_$fname/Makefile
1675#       fi
1676#    fi
1677
1678 fi  # do_compile=true
1679
1680
1681    # FALLS PROGRAMMTEILE UEBERSETZT WERDEN SOLLEN, FOLGEN JETZT EINIGE
1682    # UEBERPRUEFUNGEN UND DAS SETZEN DER PRAEPROZESSOR-DIREKTIVEN
1683 if [[ $do_compile = true ]]
1684 then
1685
1686       # PRAEPROZESSOR-DIREKTIVEN ZUM SELEKTIVEN AUSWAEHLEN VON CODETEILEN
1687       # ZUSAMMENSETZEN
1688       # DIREKTIVEN ZUM AKTIVIEREN VON RECHNERSPEZIFISCHEM CODE
1689    if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1690    then
1691       cpp_options="${cpp_options},-D__ibm=__ibm"
1692    elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = nec ]]
1693    then
1694       cpp_options="$cpp_options -D__nec"
1695    elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-2) = lc ]]
1696    then
1697       cpp_options="$cpp_options -D__lc"
1698    else
1699       cpp_options="$cpp_options -D__$localhost"
1700    fi
1701
1702       # DIREKTIVEN DIE DURCH OPTION -K BESTIMMT WERDEN (Z.B. PARALLEL)
1703    if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1704    then
1705       [[ -n $cond1 ]]  &&  cpp_options="${cpp_options},-D__$cond1=__$cond1"
1706       [[ -n $cond2 ]]  &&  cpp_options="${cpp_options},-D__$cond2=__$cond2"
1707    else
1708       [[ -n $cond1 ]]  &&  cpp_options="$cpp_options -D__$cond1"
1709       [[ -n $cond2 ]]  &&  cpp_options="$cpp_options -D__$cond2"
1710    fi
1711
1712       # DIREKTIVEN DIE SOFTWAREPAKETE AKTIVIEREN (OPTION -p)
1713    if [[ -n $package_list ]]
1714    then
1715       for  package  in  $package_list
1716       do
1717          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1718          then
1719             if [[ $package != "dvrp_graphics+1PE" ]]
1720             then
1721                cpp_options="${cpp_options},-D__$package=__$package"
1722             else
1723                cpp_options="${cpp_options},-D__dvrp_graphics=__dvrp_graphics"
1724                export use_seperate_pe_for_dvrp_output=true
1725             fi
1726          else
1727             if [[ $package != "dvrp_graphics+1PE" ]]
1728             then
1729                cpp_options="$cpp_options -D__$package"
1730             else
1731                cpp_options="$cpp_options -D__dvrp_graphics"
1732                export use_seperate_pe_for_dvrp_output=true
1733             fi
1734          fi
1735       done
1736    fi
1737
1738       # DIREKTIVEN DIE DURCH OPTION -D FESTGELEGT SIND
1739    if [[ -n $cpp_opts ]]
1740    then
1741       for  popts  in  $cpp_opts
1742       do
1743          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1744          then
1745             cpp_options="${cpp_options},-D__$popts=__$popts"
1746          else
1747             cpp_options="$cpp_options -D__$popts"
1748          fi
1749       done
1750    fi
1751
1752 else
1753
1754
1755       # BEI LOKALEN RECHNUNGEN PRUEFEN, OB EXECUTABLE VORHANDEN
1756    if [[ $do_remote = false ]]
1757    then
1758       if [[ ! -f $executable ]]
1759       then
1760          printf "\n  +++ executable file:  $executable"
1761          printf "\n      does not exist"
1762          locat=executable; exit
1763       fi
1764    fi
1765 fi
1766
1767
1768    # JOBMODUS FESTSTELLEN
1769 if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
1770 then
1771    jobmo=BATCH
1772 else
1773    jobmo=INTERACTIVE
1774 fi
1775
1776
1777    # no interactive runs on lctit
1778 if [[ $host = lctit  &&  $jobmo = INTERACTIVE  &&  $do_batch = false ]]
1779 then
1780    printf "\n  +++ no interactive runs allowed on host \"$host\" "
1781    printf "\n      please submit batch job using mrun option \"-b\" \n"
1782    locat=normal; exit
1783 fi
1784
1785
1786    # HOSTSPEZIFISCHE DEFAULT-COMPILER SETZEN, FALLS NICHT BEREITS
1787    # DURCH BENUTZER ANDERWEITIG VEREINBART
1788 if [[ "$compiler_name" = "" ]]
1789 then
1790
1791    printf "\n  +++ no compiler specified for \"$host $cond1 $cond2\""
1792    locat=compiler_name; exit
1793
1794 fi
1795
1796
1797    # COMPILER AUF RIAMS NEC UEBERSCHREIBEN
1798 [[ $localhost = necriam ]]  &&  compiler_name=mpif90
1799
1800
1801
1802    # TEMPORAEREN KATALOGNAMEN BESTIMMEN
1803 kennung=$RANDOM
1804 if [[ "$tmp_user_catalog" = "" ]]
1805 then
1806    if [[ $localhost = ibmh ]]
1807    then
1808       tmp_user_catalog=$SCRATCH
1809    elif [[ $localhost = nech ]]
1810    then
1811       tmp_user_catalog=$WRKSHR
1812    else
1813       tmp_user_catalog=/tmp
1814    fi
1815 fi
1816 TEMPDIR=$tmp_user_catalog/${usern}.$kennung
1817
1818
1819    # KATALOGNAMEN FUER ZWISCHENSPEICHERUNG VON FORTSETZUNGSLAUFDATEIEN
1820    # BESTIMMEN
1821 if [[ "$tmp_data_catalog" = "" ]]
1822 then
1823    if [[ $localhost = nech ]]
1824    then
1825       tmp_data_catalog=$WRKSHR/mrun_restart_data
1826    else
1827       tmp_data_catalog=/tmp/mrun_restart_data
1828    fi
1829 fi
1830
1831
1832    # EVENTUELL BEI LOKALEN RECHNUNGEN $-ZEICHEN IN ENVIRONMENT-VARIABLEN
1833    # ERSETZEN
1834 if [[ $do_remote = false  &&  $do_compile = true ]]
1835 then
1836    eval  fopts=\"$fopts\"
1837    eval  lopts=\"$lopts\"
1838 fi
1839
1840
1841
1842    # COMPILE- UND LINK-OPTIONEN BESTIMMEN
1843 fopts="$fopts $netcdf_inc $dvr_inc"
1844 lopts="$lopts $netcdf_lib $dvr_lib"
1845 ROPTS="$ropts"
1846 if [[ ( $(echo $host | cut -c1-3) = nec  ||  $(echo $host | cut -c1-3) = ibm  ||  $host = lckyoto  ||  $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib  ||  $host = lctit  ||  $host = lcfimm  ||  $host = lcxe6 ||  $host = lcxt5m || $host = lck || $host = lckiaps || $host = lckordi || $host = lcsb )  &&  -n $numprocs ]]
1847 then
1848    XOPT="-X $numprocs"
1849 fi
1850
1851
1852
1853    # PRUEFEN DER CPU-ZEIT. (CPUMAX WIRD ALS ENV-VARIABLE VOM HAUTPRO-
1854    # GRAMM BENOETIGT
1855 done=false
1856 while [[ $done = false ]]
1857 do
1858    cputime=$cpumax
1859    if (( $cputime == 0 ))
1860    then
1861       if [[ $do_batch = true ]]
1862       then
1863          printf "\n  +++ cpu-time is undefined"
1864          printf "\n  >>> Please type CPU-time in seconds as INTEGER:"
1865          printf "\n  >>> "
1866          read  cputime  1>/dev/null  2>&1
1867       else
1868          cputime=10000000   # NO CPU LIMIT FOR INTERACTIVE RUNS
1869       fi
1870    else
1871       done=true
1872    fi
1873    cpumax=$cputime
1874 done
1875
1876 (( minuten = cputime / 60 ))
1877 (( sekunden = cputime - minuten * 60 ))
1878
1879
1880    # PRUEFEN DER KERNSPEICHERANFORDERUNG
1881 if [[ $do_batch = true ]]
1882 then
1883    done=false
1884    while [[ $done = false ]]
1885    do
1886       if (( memory == 0 ))
1887       then
1888          printf "\n  +++ memory demand is undefined"
1889          printf "\n  >>> Please type memory in  MByte per process  as INTEGER:"
1890          printf "\n  >>> "
1891          read  memory  1>/dev/null  2>&1
1892       else
1893          done=true
1894       fi
1895    done
1896 fi
1897
1898
1899    # PRUEFEN, OB FUER REMOTE-RECHNUNGEN EIN BENUTZERNAME ANGEGEBEN WURDE
1900 if [[ $do_remote = true  &&  -z $remote_username ]]
1901 then
1902    while [[ -z $remote_username ]]
1903    do
1904       printf "\n  +++ username on remote host \"$host\" is undefined"
1905       printf "\n  >>> Please type username:"
1906       printf "\n  >>> "
1907       read  remote_username
1908    done
1909    mc="$mc -u$remote_username"
1910 fi
1911
1912    # CHECK FOR INITIAL COMMANDS AFTER LOGIN
1913 if [[ "$login_init_cmd" != "" ]]
1914 then
1915    export init_cmds="${login_init_cmd};"
1916 fi
1917
1918
1919    # set module load command and export for subjob
1920 if [[ "$modules" != "" ]]
1921 then
1922    if [[ $host = lctit ]]
1923    then
1924       export module_calls=". $modules"
1925    else
1926       export module_calls="module load ${modules};"
1927    fi
1928 fi
1929
1930    # bugfix for wrong netcdf module and for netCDF4 usage in case of mpt
1931 if [[ $host = lcsgib  ||  $host = lcsgih ]]
1932 then
1933    if [[ $(echo $module_calls | grep -c netcdf/3.6.3-intel) != 0 ]]
1934    then
1935       export module_calls="$module_calls export LD_LIBRARY_PATH=/sw/dataformats/netcdf/3.6.3-intel/lib:\$LD_LIBRARY_PATH;"
1936    fi
1937#     if [[ $(echo $module_calls | grep -c mpt) != 0 ]]
1938#     then
1939#        export module_calls="$module_calls export LD_LIBRARY_PATH=/sw/sgi/mpt/2011-02-07/lib:\$LD_LIBRARY_PATH;"
1940#        echo "*** module_calls = $module_calls"
1941#     fi
1942 fi
1943
1944
1945    # SET DEFAULT VALUE FOR MPI MODULE TO BE USED ON SGI-ALTIX
1946 if [[ $host = lcsgib  ||  $host = lcsgih ]]
1947 then
1948    if [[ $(echo $modules | grep -c mpt ) != 0 ]]
1949    then
1950       mpilib=mpt
1951    elif [[ $(echo $modules | grep -c mvapich ) != 0 ]]
1952    then
1953       mpilib=mvapich
1954    elif [[ $(echo $modules | grep -c impi ) != 0 ]]
1955    then
1956       mpilib=impi
1957    fi
1958 fi
1959
1960
1961
1962###########################################################################
1963# HEADER-AUSGABE
1964###########################################################################
1965
1966
1967 calltime=$(date)
1968 printf "\n"
1969# [[ $silent = false ]]  &&  clear
1970 printf "#--------------------------------------------------------------# \n"
1971 printf "| $version$calltime | \n"
1972 printf "|                                                              | \n"
1973 spalte1="called on:"; spalte2=$localhost_realname
1974 printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
1975 if [[ $local_compile = false ]]
1976 then
1977    if [[ $do_remote = true ]]
1978    then
1979       spalte1="execution on:"; spalte2="$host (username: $remote_username)"
1980    else
1981       spalte1="execution on:"; spalte2="$host ($localhost_realname)"
1982    fi
1983 else
1984    spalte1="compiling test only!"; spalte2=""
1985 fi
1986 printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
1987 if [[ -n $numprocs ]]
1988 then
1989    spalte1="number of PEs:"; spalte2=$numprocs
1990    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
1991 fi
1992 if [[ -n $tasks_per_node ]]
1993 then
1994    spalte1="tasks per node:"; spalte2="$tasks_per_node (number of nodes: $nodes)"
1995    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
1996 fi
1997 if [[ $maximum_parallel_io_streams != $numprocs ]]
1998 then
1999    spalte1="max par io streams:"; spalte2="$maximum_parallel_io_streams"
2000    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2001 fi
2002 if [[ $use_openmp = true ]]
2003 then
2004    spalte1="threads per task:"; spalte2="$threads_per_task"
2005    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2006 fi
2007 printf "|                                                              | \n"
2008 if [[ $do_compile = true ]]
2009 then
2010    if [[ "$mopts" != "" ]]
2011    then
2012       spalte1="make options:"; spalte2=$mopts
2013       printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2014       zeile=$(echo "$mopts" | cut -c41-)
2015       while [[ "$zeile" != "" ]]
2016       do
2017          spalte1=""
2018          spalte2=$zeile
2019          printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2020          zeile=$(echo "$zeile" | cut -c41-)
2021       done
2022    fi
2023
2024    spalte1="cpp directives:"; spalte2=$cpp_options
2025    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2026    zeile=$(echo "$cpp_options" | cut -c41-)
2027    while [[ "$zeile" != "" ]]
2028    do
2029       spalte1=""
2030       spalte2=$zeile
2031       printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2032       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c41-)
2033    done
2034
2035    spalte1="compiler options:"; spalte2="$fopts"
2036    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2037    zeile=$(echo "$fopts" | cut -c41-)
2038    while [[ "$zeile" != "" ]]
2039    do
2040       spalte1=""
2041       spalte2=$zeile
2042       printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2043       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c41-)
2044    done
2045
2046    spalte1="linker options:"; spalte2=$lopts
2047    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2048    zeile=$(echo "$lopts" | cut -c41-)
2049    while [[ "$zeile" != "" ]]
2050    do
2051       spalte1=""
2052       spalte2=$zeile
2053       printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2054       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c41-)
2055    done
2056
2057    spalte1="modules to be load:"; spalte2=$modules
2058    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2059    zeile=$(echo "$modules" | cut -c41-)
2060    while [[ "$zeile" != "" ]]
2061    do
2062       spalte1=""
2063       spalte2=$zeile
2064       printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2065       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c41-)
2066    done
2067
2068    spalte1="main program":; spalte2=$mainprog
2069    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2070 else
2071    spalte1=executable:; spalte2=$executable
2072    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2073 fi
2074 printf "|                                                              | \n"
2075 spalte1="base name of files":; spalte2=$fname
2076 printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2077 if [[ $fname != $afname ]]
2078 then
2079    spalte1="base name of input files":; spalte2=$afname
2080    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2081 fi
2082 spalte1="INPUT control list":; spalte2=$input_list
2083 printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2084 spalte1="OUTPUT control list":; spalte2=$output_list
2085 printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2086
2087 if [[ $do_batch = true  ||  "$LOADLBATCH" = yes ]]
2088 then
2089    spalte1="memory demand / PE":; spalte2="$memory MB"
2090    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2091    spalte1=CPU-time:; spalte2="$minuten:$sekunden"
2092    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2093 fi
2094
2095 if [[ $do_compile = true ]]
2096 then
2097    printf "|                                                              | \n"
2098    printf "| Files to be compiled:                                        | \n"
2099    zeile=$source_list
2100    while [[ "$zeile" != "" ]]
2101    do
2102       spalte3=$zeile
2103       printf "| $spalte3 | \n"
2104       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c61-)
2105    done
2106 fi
2107 printf "#--------------------------------------------------------------#"
2108
2109
2110
2111    # BEDINGTE AUSGABE DER DATEIVERBINDUNGEN
2112 if [[ $do_trace = true ]]
2113 then
2114    (( i = 0 ))
2115    while (( i < iin ))
2116    do
2117       (( i = i + 1 ))
2118       if (( i == 1 ))
2119       then
2120          printf "\n\n >>> INPUT-file assignments:\n"
2121       fi
2122       printf "\n     ${localin[$i]} :  ${absnamein[$i]}"
2123    done
2124    (( i = 0 ))
2125    while (( i < iout ))
2126    do
2127       (( i = i + 1 ))
2128       if (( i == 1 ))
2129       then
2130          printf "\n\n >>> OUTPUT-file assignments:\n"
2131       fi
2132       printf "\n     ${localout[$i]} :  ${pathout[$i]}"
2133    done
2134    (( i = 0 ))
2135    while (( i < iic ))
2136    do
2137       (( i = i + 1 ))
2138       if (( i == 1 ))
2139       then
2140          printf "\n\n >>> INPUT-commands:\n"
2141       fi
2142       printf "\n     ${in_command[$i]}" 
2143    done
2144    (( i = 0 ))
2145    while (( i < ioc ))
2146    do
2147       (( i = i + 1 ))
2148       if (( i == 1 ))
2149       then
2150          printf "\n\n >>> OUTPUT-commands:\n"
2151       fi
2152       printf "\n     ${out_command[$i]}" 
2153    done
2154 fi
2155
2156
2157    # ABFRAGEN BEI AUFRUF AUF LOKALER MASCHINE
2158 if [[ $remotecall = false  &&  $silent = false  &&  $jobmo != BATCH ]]
2159 then
2160    antwort=dummy
2161    printf "\n\n"
2162    while [[ "$antwort" != y  &&  "$antwort" != Y  &&  "$antwort" != n  &&  "$antwort" != N ]]
2163    do
2164       printf " >>> everything o.k. (y/n) ?  "
2165       read  antwort
2166    done
2167    if [[ $antwort = n  ||  $antwort = N ]]
2168    then
2169       locat=user_abort; (( iec = 0 )); exit
2170    fi
2171    if [[ $do_batch = true ]]
2172    then
2173       printf " >>> batch-job will be created and submitted"
2174    else
2175       if [[ $local_compile = false ]]
2176       then
2177          printf " >>> MRUN will now continue to execute on this machine"
2178       else
2179          printf " >>> a test compilation will now be carried out on this machine"
2180       fi
2181    fi
2182 fi
2183
2184#### PERFORM PARAMETER FILE CHECK (COUPLED RUNS ARE NOT SUPPORTED YET)
2185
2186#DEFINE VARIABLES FOR FREQUENTLY USED DIRECTORIES
2187 check_depository="${working_directory}/trunk/UTIL"
2188 check_sources="${working_directory}/tmp_check_namelist_files"
2189 skip_check=false
2190
2191#CHECK IF NAMELIST_FILE_CHECK HAS BEEN COMPILED SUCCESSFULLY
2192 if [[ ! -f $check_depository/check_namelist_files.tar ]]
2193 then
2194      skip_check=true
2195      reason="run on remote host or parameter file check has not been compiled."
2196 fi
2197 if [[ ! -f $PALM_BIN/check_namelist_files.x ]]
2198 then
2199      skip_check=true
2200      reason="parameter file check has not been compiled."
2201 fi
2202
2203#CHECK FOR PARALLEL RUN; OTHERWISE SKIP CHECK
2204 if [[ "$cond1" != "parallel"  &&  "$cond2" != "parallel" ]]
2205 then
2206     skip_check=true
2207     reason="serial run."
2208 fi
2209
2210#ONLY PERFORM CHECK IF -z OPTION IS NOT SET, NO RESTART RUN IS CARRIED OUT AND IF THE EXECUTION HOST IS THE LOCAL HOST
2211 if [[ $check_namelist_files == false ]]
2212 then
2213     skip_check=true
2214     reason="-z option set."
2215 fi
2216
2217 if [[ $fromhost != $localhost ]]
2218 then
2219     skip_check=true
2220     reason="submitting host is local host." 
2221 fi 
2222
2223 if [[ $run_coupled_model == true ]]
2224 then
2225    skip_check=true
2226    reason="coupled run." 
2227 fi
2228
2229 if [[ $restart_run == true ]]
2230 then
2231    skip_check=true
2232    reason="restart run."     
2233
2234 fi
2235
2236#SKIP CHECK IN CASE OF RESTART RUN: CHECK WHETHER THE LAST CHAR IS "f" IN PARIN
2237 ((last_char = `echo $filename_input | wc -c` - 1))
2238 last_char=`echo $filename_input |cut -c$last_char`
2239 if [[ "$last_char" == "f" ]]
2240 then
2241    skip_check=true
2242    reason="restart run.)"
2243 fi
2244
2245 if [[ $skip_check == false ]]
2246 then
2247
2248    tmp_check=${working_directory}/tmp_check
2249
2250#   GET TOPOGRAPHY PARAMETER FILE SUFFIX (USUALLY "_P3DF"). THIS FILE MIGHT IS
2251#   NOT NECESSARILY REQUIRED
2252    line=""
2253    found=false
2254    grep  "TOPOGRAPHY_DATA" $config_file  >  $tmp_check
2255    while read line1
2256    do
2257       line="$line1"
2258       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2259       then
2260          topo_suffix=`echo $line | tr -s " " | cut -d" " -s -f5`
2261          found=true
2262       fi
2263    done < $tmp_check
2264
2265    if [[ $found = false ]]
2266    then
2267       printf "\n  +++ no TOPOGRAPHY list entry found in the configuration file."
2268    fi
2269
2270    rm -rf ${working_directory}/tmp_check
2271
2272#   CHECK IF THE A P3DF FILE MUST BE CHECKED
2273    for  item  in  $input_list
2274    do
2275       if [[ "$item" == "restart" ]]
2276       then
2277          check_restart=1
2278       else
2279          check_restart=0
2280       fi
2281    done
2282
2283#   ERROR IF NO PARAMETER FILE WAS FOUND, OTHERWISE PROCEED
2284    if [[ (! -f $filename_input) && ( "$filename_input" != "") ]]
2285    then
2286       printf "\n\n  +++ ERROR: parameter file ($filename_input) not found." 
2287       locat=check_namelist; exit
2288    fi
2289   
2290#   CHECK IF THE RESTART PARAMETER FILE EXISTS (IF NECESSARY)
2291    if  [[ $check_restart == 1 ]]
2292    then
2293
2294
2295
2296       filenamef="${filename_input}f"
2297       if [[ ! -f $filenamef ]]
2298       then
2299          printf "\n\n  +++ WARNING: restart parameter file ($filenamef) is missing." 
2300          check_restart=0
2301          answer=dummy
2302          printf "\n\n"
2303
2304          if [[ $silent == false ]]
2305          then
2306             while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
2307             do
2308                printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
2309                read  answer
2310             done
2311             if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
2312             then
2313                printf "\n  +++ Aborting...."
2314                locat=normal; exit
2315             fi
2316          fi
2317       else
2318          check_restart=1
2319       fi
2320    fi
2321
2322#   CREATE TEMPORARY SOURCES_FOR_CHECK PATH
2323    mkdir $check_sources
2324    cd $check_sources
2325
2326
2327#   CHECK FOR USER CODE, OTHERWISE USE THE PRECOMPILED CHECK_NAMELIST_FILES.X
2328    if [[ -d $add_source_path ]]
2329    then
2330       printf "\n\n  *** copying files from $check_depository" 
2331       cp $check_depository/check_namelist_files.tar ./
2332
2333       printf "\n\n  *** untar of makefile and source files in $check_sources"
2334       tar -xf check_namelist_files.tar  >  /dev/null  2>&1
2335
2336       printf "\n\n  *** adding user code." 
2337       cp $add_source_path/* ./
2338       touch check_namelist_files.f90
2339
2340#      GET COMPILER OPTIONS AND PERFORM MAKE
2341       printf "\n\n  *** compiling code if necessary...\n"
2342
2343#      workaround for batch jobs on local machine (lcxe6)
2344       if [[ $do_batch == true && $do_remote == false ]]
2345       then
2346          eval $init_cmds
2347       fi
2348
2349       copts_check="-cpp -D__parallel -D__check"
2350       make -f Makefile_check F90=$compiler_name_ser  COPT="$copts_check"
2351
2352#      GET MAKE OUTPUT
2353       if [[ $? != 0 ]]
2354       then
2355          printf "\n  +++ error during make."       
2356          answer=dummy
2357          printf "\n\n"
2358          if [[ $silent == false ]]
2359          then
2360             while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
2361             do
2362                printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
2363                read  answer
2364             done
2365             if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
2366             then
2367                printf "\n  +++ Aborting..."
2368                rm -rf  $check_sources
2369                locat=normal; exit
2370             else
2371                skip_check=true
2372             fi
2373          else
2374             skip_check=true
2375          fi
2376       fi
2377    else
2378       cp $PALM_BIN/check_namelist_files.x ./
2379    fi
2380
2381    cp $filename_input ./PARIN
2382    if [[ $check_restart == 1 ]] 
2383    then
2384       cp $filenamef ./PARINF   
2385    fi
2386
2387    if [[ -f ${pathname}/${fname}${topo_suffix} && $skip_check == false ]]
2388    then
2389       printf "\n  *** adding topography data"
2390       cp ${pathname}/${fname}${topo_suffix} ./TOPOGRAPHY_DATA
2391
2392#      IN CASE OF TOPOGRAPHY AND HIGH GRID POINT NUMBERS, THE STACK SIZE
2393#      MUST BE INCREASED. THIS IS DUE TO THE ARRAY nzb_local AND topo_height,
2394#      WHICH REQUIRE SUFFICIENT MEMORY
2395       ulimit -s unlimited         
2396    fi
2397
2398#   CREATE ENVPAR FILE, WHICH IS NEEDED BY CHECK_NAMELIST_FILES.X
2399    cat  >  ENVPAR  <<  %%END%%
2400 &envpar  run_identifier = '$fname', host = '$host',
2401            write_binary = '$write_binary', tasks_per_node = $tasks_per_node,
2402            maximum_parallel_io_streams = $maximum_parallel_io_streams,
2403            maximum_cpu_time_allowed = ${cpumax}.,
2404            revision = '$global_revision',
2405            local_dvrserver_running = $local_dvrserver_running /
2406
2407%%END%%
2408
2409#   SAFETY CHECK: ONLY PROCEED IF THE PARAMETER CHECK PROGRAM WAS PROPERLY COMPILED
2410    if [[ ! -f check_namelist_files.x && $skip_check == false ]] then
2411       printf "\n  +++ WARNING: check_namelist_files.x not found."
2412       answer=dummy
2413       printf "\n\n"
2414
2415       if [[ $silent == false ]]
2416       then
2417          while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
2418          do
2419             printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
2420             read  answer
2421          done
2422          if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
2423          then
2424             printf "\n  +++ Aborting..."
2425             rm -rf  $check_sources
2426             locat=normal; exit
2427          else
2428             printf "\n  *** Skipping parameter file check."
2429         
2430          fi
2431      fi
2432       
2433    elif [[ $skip_check == false ]]
2434    then
2435#      STARTING THE PARAMETER FILE CHECK
2436       printf "\n\n  *** starting parameter file check..."
2437
2438#      CHECKING THE P3D FILE
2439       printf "\n\n      (1) checking $filename_input" 
2440       echo "$numprocs 0 0" > VARIN
2441       errors=`./check_namelist_files.x < VARIN 2>&1`
2442
2443       check_error=false
2444       if [[ "$errors" == "" ]]
2445       then
2446          printf " --> o.k."
2447       else
2448          printf " --> failed."
2449          check_error=true
2450          printf "\n\n  $errors"
2451       fi
2452
2453#      CHECKING THE PD3F FILE IF NECESSARY
2454       if [[ $check_restart == 1 && $check_error == false ]]
2455       then
2456          printf "\n\n      (2) checking $filenamef" 
2457
2458#         FIRST CHECK IF INITIALIZING_ACTIONS="READ_RESTART_DATA" IS SET IN &INIPAR LIST
2459          found=false
2460          cat PARINF|while read line
2461          do
2462             line=$(echo $line|sed 's/ //g')
2463             if [[ $line == *"&inipar"* ]]
2464             then
2465                start_search=true
2466             fi
2467
2468             if [[ $start_search == true ]]
2469             then
2470                if [[ $line == *"initializing_actions='read_restart_data'"* ]]
2471                then
2472                   found=true
2473                   break
2474                fi
2475             fi
2476
2477             if [[ $line == *"/"* ]]
2478             then
2479                start_search=false
2480             fi
2481
2482          done
2483
2484          if [[ $found = false ]]
2485          then
2486             printf "\n\n  +++ ERROR: initializing_actions = 'read_restart_data' not found"
2487             printf "\n      in &inipar list in $fname$p3df_suffix."
2488             rm -rf  $check_sources
2489             locat=check_namelist; exit
2490          fi
2491
2492#         READ max_user_pr FROM FILES
2493          if [[ -f parin_for_check ]]
2494          then
2495             read max_pr_user < parin_for_check
2496          else
2497             max_user_pr=0
2498          fi
2499
2500          echo "$numprocs 1 $max_pr_user" > VARIN
2501          errors=`./check_namelist_files.x < VARIN 2>&1`
2502
2503          if [[ "$errors" == "" ]]
2504          then
2505             printf " --> o.k."
2506          else
2507             printf " --> failed."
2508             check_error=true
2509             printf "\n\n  $errors"
2510          fi
2511       fi
2512   
2513#      REPORT ERRORS AND CONTINUE/EXIT
2514       if [[ $check_error == true ]]
2515       then
2516          printf "\n  +++ errors found in the parameter file!\n"
2517          answer=dummy
2518          printf "\n\n"
2519
2520          while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
2521          do
2522          printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
2523          read  answer
2524          done
2525
2526          if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
2527          then
2528             printf "\n  +++ Aborting..."
2529             rm -rf  $check_sources
2530             locat=normal; exit
2531          fi
2532        else
2533          printf "\n\n  *** parameter file(s) seem(s) to be o.k.\n"
2534        fi
2535        rm -rf $check_sources
2536    fi
2537 else
2538    printf "\n\n  +++ skipping parameter file check due to following reason: $reason" 
2539 fi
2540
2541    # DELETE TEMPORARY DIRECTORY AND FINISH NAMELIST FILE CHECK   
2542 rm -rf  $check_sources
2543 cd $working_directory
2544
2545
2546    # FALLS AUF DIESER MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL, WERDEN JETZT ENTSPRE-
2547    # CHENDE AKTIONEN DURCHGEFUEHRT
2548 if [[ $do_batch = false ]]
2549 then
2550
2551
2552       # TEMPORAEREN KATALOG ERZEUGEN
2553    mkdir -p  $TEMPDIR
2554    chmod  go+rx  $TEMPDIR
2555    tmpcreate=true
2556
2557       # set striping on lustre file system
2558#    if [[ $localhost = lcsgih ]]
2559#    then
2560#       lfs setstripe -s 8192k -c 16  $TEMPDIR
2561#       lfs getstripe $TEMPDIR
2562#    fi
2563
2564
2565       # SAEMTLICHE QUELLTEXT-DATEIEN BZW. AUSFUEHRBARES PROGRAMM IN
2566       # TEMPORAERES VERZEICHNIS KOPIEREN
2567    if [[ $do_compile = true ]]
2568    then
2569
2570          # ON NEC, COMPILATION IS DONE ON HOST CROSS VIA CROSS COMPILING
2571          # CREATE A TEMPORARY DIRECTORY ON THAT MACHINE (HOME MOUNTED VIA NFS)
2572       if [[ $localhost = nech ]]
2573       then
2574          TEMPDIR_COMPILE=$HOME/work/${usern}.$kennung
2575          if  mkdir -p  $TEMPDIR_COMPILE
2576          then
2577             printf "\n  *** \"$TEMPDIR_COMPILE\" "
2578             printf "\n      is generated as temporary directory for cross compiling\n"
2579          else
2580             printf "\n  +++ creating directory \"$TEMPDIR_COMPILE\" "
2581             printf "\n      needed for cross compilation failed"
2582             locat=compile
2583             exit
2584          fi
2585       else
2586          TEMPDIR_COMPILE=$TEMPDIR
2587       fi
2588
2589
2590          # PFADNAMEN FUER DAS MAKE-DEPOSITORY ERMITTELN
2591       line=""
2592       grep "%depository_path" $config_file  >  tmp_mrun
2593       while read line
2594       do
2595          if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2596          then
2597             if [[ "$(echo $line | cut -d" " -s -f3)" = "" ]]
2598             then
2599                global_depository_path=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
2600             fi
2601          fi
2602       done < tmp_mrun
2603
2604       line=""
2605       grep  " $localhost" $config_file | grep "%depository_path"  >  tmp_mrun
2606       while read line
2607       do
2608          if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2609          then
2610             if [[ "$(echo $line | cut -d" " -s -f4)" = "$cond1"  &&  "$(echo $line | cut -d" " -s -f5)" = "$cond2" ]]
2611             then
2612                local_depository_path=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
2613             fi
2614          fi
2615       done < tmp_mrun
2616
2617       if [[ "$local_depository_path" = "" ]]
2618       then
2619          if [[ "$global_depository_path" != "" ]]
2620          then
2621             local_depository_path=$global_depository_path
2622          else
2623             printf "\n\n  +++ no depository path found in configuration file"
2624             printf "\n      for local host \"$localhost\" "
2625             printf "\n      please set \"\%depository_path\" in configuration file\n"
2626             locat=config_file; exit
2627          fi
2628       fi
2629       eval local_depository_path=$local_depository_path
2630       [[ "$cond1" != "" ]]  &&  local_depository_path=${local_depository_path}_$cond1
2631       [[ "$cond2" != "" ]]  &&  local_depository_path=${local_depository_path}_$cond2
2632
2633
2634       basename=`print $mainprog | cut -f1 -d"."`
2635       eval make_depository=${local_depository_path}/${basename}_current_version.tar
2636       if [[ ! -f $make_depository ]]
2637       then
2638          printf "\n"
2639          printf "\n  *** WARNING: make depository \"$make_depository\" not found"
2640          printf "\n               \"make\" will fail, if the Makefile or other source files are missing\n"
2641       else
2642          cp  $make_depository  $TEMPDIR_COMPILE
2643          cd  $TEMPDIR_COMPILE
2644          tar -xf  $make_depository  >  /dev/null  2>&1
2645          cd -  > /dev/null
2646       fi
2647
2648       cp  SOURCES_FOR_RUN_$fname/*  $TEMPDIR_COMPILE
2649
2650    else
2651
2652       cp  $executable   ${TEMPDIR}/a.out
2653
2654    fi
2655
2656
2657       # WECHSEL IN TEMPORAEREN KATALOG
2658    cd  $TEMPDIR
2659    printf "\n  *** changed to temporary directory: $TEMPDIR"
2660
2661
2662       # OUTPUT-DATEI-VERBINDUNGEN AUF TEMPORAERER DATEI ABLEGEN
2663       # DIESE DATEI KANN VON SPAETER AUFZURUFENDEN BENUTZERPROZEDUREN GELESEN
2664       # WERDEN, UM ZU LOKALEN DATEINAMEN GEHOERENDE PERMANENTE NAMEN ZU
2665       # ERMITTELN
2666    (( i = 0 ))
2667    while (( i < iout ))
2668    do
2669       (( i = i + 1 ))
2670       if [[ "${actionout[$i]}" = tr  ||  "${actionout[$i]}" = tra  ||  "${actionout[$i]}" = trpe ]]
2671       then
2672          printf "${localout[$i]} ${actionout[$i]}\n${pathout[$i]}\n${localhost}_${fname}${endout[$i]}\n" >> OUTPUT_FILE_CONNECTIONS
2673       else
2674          printf "${localout[$i]} ${actionout[$i]}\n${pathout[$i]}\n${frelout[$i]}\n" >> OUTPUT_FILE_CONNECTIONS
2675       fi
2676    done
2677
2678
2679       # EVTL. UEBERSETZUNGSAKTIONEN STARTEN
2680    if [[ $do_compile = true ]]
2681    then
2682
2683
2684          # COMPILING WITH MAKE (ON NEC COMPILER IS CALLED ON HOST CROSS)
2685       printf "\n\n\n  *** compilation starts \n$striche\n"
2686       printf "  *** compilation with make using following options:\n"
2687       printf "      make depository:          $make_depository"
2688       if [[ "$mopts" != "" ]]
2689       then
2690          printf "      make options:             $mopts\n"
2691       fi
2692       printf "      compilername:             $compiler_name\n"
2693       printf "      compiler options:         $fopts\n"
2694       printf "      preprocessor directives:  $cpp_options \n"
2695       printf "      linker options:           $lopts \n"
2696       if [[ "$modules" != "" ]]
2697       then
2698          printf "      modules to be load:       $modules \n"
2699       fi
2700       printf "      source code files:        $source_list \n"
2701
2702       if [[ $localhost = nech ]]
2703       then
2704#         init_cmds was ". /SX/opt/etc/initsx.sh;"
2705          ssh  136.172.44.192 -l $usern "$init_cmds $module_calls cd \$HOME/work/${usern}.$kennung; sxmake $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2706          cp  $TEMPDIR_COMPILE/a.out  .
2707          [[ $? != 0 ]]  &&  compile_error=true
2708          rm -rf  $TEMPDIR_COMPILE
2709       elif [[ $localhost = ibmh ]]
2710       then
2711          printf "      compiler is called via ssh on \"plogin1\" \n"
2712          ssh  plogin1  -l $usern  "$init_cmds export PATH=/sw/ibm/xlf/13.1.0.8/usr/bin:$PATH; $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2713          [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2714          continue   # ANDERENFALLS IST STATUS=1, FALLS A.OUT VORHANDEN
2715       elif [[ $localhost = lcsgib ]]
2716       then
2717          printf "      compiler is called via ssh on \"bicegate0\" \n"
2718          ssh  bicegate0  -l $usern  "$init_cmds $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2719          [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2720          continue   # ANDERENFALLS IST STATUS=1, FALLS A.OUT VORHANDEN
2721       elif [[ $localhost = lcsgih ]]
2722       then
2723          printf "      compiler is called via ssh on \"hicegate0\" \n"
2724          ssh  hicegate0  -l $usern  "$init_cmds $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" 2>&1 "
2725          [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2726          continue   # ANDERENFALLS IST STATUS=1, FALLS A.OUT VORHANDEN
2727       elif [[ $localhost = lcflow ]]
2728       then
2729          printf "      compiler is called via ssh on \"flow\" \n"
2730          ssh  flow02.hpc.uni-oldenburg.de -l $usern "$init_cmds $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out F90=$compiler_name COPT=\"$cpp_options\" F90FLAGS=\"$fopts\" LDFLAGS=\"$lopts\" "
2731          [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2732          continue   # ANDERENFALLS IST STATUS=1, FALLS A.OUT VORHANDEN
2733       else
2734          [[ "$init_cmds" != "" ]]  &&  eval $init_cmds
2735          [[ "$module_calls" != "" ]]  &&  eval $module_calls
2736          make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
2737
2738       fi
2739
2740       if [[ $? != 0  ||  "$compile_error" = true  ||  "$module_compile_error" = true ]]
2741       then
2742          printf "\n  +++ error occured while compiling or linking"
2743          locat=compile
2744
2745  # WORKAROUND: REMOVE IF CONSTRUCT LATER, BUT KEEP THE EXIT!
2746#          if [[ $localhost != lcsgib  &&  $localhost != lcsgih ]]
2747#          then
2748             exit
2749#          else
2750#             locat=normal
2751#          fi
2752       else
2753          printf "$striche\n  *** compilation finished \n"
2754       fi
2755    fi
2756
2757
2758       # FALLS NUR TESTWEISE KOMPILIERT WERDEN SOLLTE, IST MRUN JETZT FERTIG
2759    if [[ $local_compile = true ]]
2760    then
2761       cd  $HOME
2762       rm -rf $TEMPDIR
2763       locat=local_compile; exit
2764    fi
2765
2766
2767       # BEREITSTELLEN DER INPUT-DATEIEN
2768       # SCHLEIFE UEBER ALLE VOM BENUTZER ANGEGEBENEN DATEIEN
2769    (( i = 0 ))
2770    while (( i < iin ))
2771    do
2772       (( i = i + 1 ))
2773       if (( i == 1 ))
2774       then
2775          printf "\n\n  *** providing INPUT-files:\n$striche"
2776       fi
2777
2778
2779          # OPTIONALE DATEIEN BEI NICHTVORHANDENSEIN UEBERGEHEN
2780       if [[ "${transin[$i]}" = unavailable ]]
2781       then
2782          if [[ "${extin[$i]}" = ""  ||  "${extin[$i]}" = " " ]]
2783          then
2784             printf "\n  +++ WARNING: input file \"${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}\" "
2785             printf "\n               is not available!"
2786          else
2787             printf "\n  +++ WARNING: input file \"${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}.${extin[$i]}\" "
2788             printf "\n               is not available!"
2789          fi
2790          continue
2791       fi
2792
2793          # PRUEFEN, OB EINZELDATEI ODER DATEI PRO PROZESSOR
2794       files_for_pes=false; datentyp=file
2795       if [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  -n $numprocs ]]
2796       then
2797          files_for_pes=true; datentyp=directory
2798          actionin[$i]=""
2799       elif [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  ! -n $numprocs ]]
2800       then
2801          actionin[$i]=""
2802       elif [[ "${actionin[$i]}" = arpe  &&  -n $numprocs ]]
2803       then
2804          files_for_pes=true; datentyp=directory
2805          actionin[$i]="ar"
2806       elif [[ "${actionin[$i]}" = arpe  &&  ! -n $numprocs ]]
2807       then
2808          actionin[$i]="ar"
2809       elif [[ "${actionin[$i]}" = flpe  &&  -n $numprocs ]]
2810       then
2811          files_for_pes=true; datentyp=directory
2812          actionin[$i]="fl"
2813       elif [[ "${actionin[$i]}" = flpe  &&  ! -n $numprocs ]]
2814       then
2815          actionin[$i]="fl"
2816       fi
2817
2818       if [[ $files_for_pes = true ]]
2819       then
2820          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}/....  to  ${localin[$i]}"
2821       else
2822          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}  to  ${localin[$i]}"
2823       fi
2824
2825          # INPUT-DATEI FUER EINEN FORTSETZUNGSLAUF. ES WIRD GEPRUEFT,
2826          # OB DIESE DATEI NOCH AUF DEM TEMPORAEREN DATENKATALOG VORHANDEN
2827          # IST. FALLS NICHT, WIRD VERSUCHT, SIE ANSCHLIESSEND VOM ARCHIV-
2828          # SERVER ZU HOLEN
2829       if [[ "${actionin[$i]}" = fl ]]
2830       then
2831          printf "\n      $datentyp will be fetched from temporary directory \"${tmp_data_catalog}\" !"
2832          if [[ $files_for_pes = false ]]
2833          then
2834             if [[ -f "$tmp_data_catalog/${frelin[$i]}" ]]
2835             then
2836                ln  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2837                got_tmp[$i]=true
2838             elif [[ -f "$WORK/${frelin[$i]}"  &&  $ignore_archive_error = true ]]
2839             then
2840                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" !"
2841                printf "\n  *** trying to use backup copy in \"$WORK\" "
2842                cp  $WORK/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2843             else
2844                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" "
2845                printf "\n      or \"$tmp_data_catalog\" does not exist!"
2846                printf "\n  *** trying to get copy from archive"
2847                actionin[$i]=ar
2848             fi
2849          else
2850             if [[ -d "$tmp_data_catalog/${frelin[$i]}" ]]
2851             then
2852                mkdir  ${localin[$i]}
2853                cd $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2854                for file in $(ls *)
2855                do
2856                   ln $file $TEMPDIR/${localin[$i]}
2857                done
2858                cd $TEMPDIR
2859                got_tmp[$i]=true
2860             elif [[ -d "$WORK/${frelin[$i]}"  &&  $ignore_archive_error = true ]]
2861             then
2862                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" !"
2863                printf "\n  *** trying to use backup copy in \"$WORK\" "
2864                cp -r  $WORK/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2865             else
2866                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" "
2867                printf "\n      or \"$tmp_data_catalog\" does not exist!"
2868                printf "\n  *** trying to get copy from archive"
2869                actionin[$i]=ar
2870             fi
2871          fi
2872       fi
2873
2874
2875          # DATEI LIEGT AUF ARCHIV-SERVER
2876       if [[ "${actionin[$i]}" = ar ]]
2877       then
2878
2879          if [[ $files_for_pes = false ]]
2880          then
2881             printf "\n      file will be restored from archive-system ($archive_system)!"
2882          else
2883             printf "\n      directory will be restored from archive-system ($archive_system)!"
2884          fi
2885
2886          file_restored=false
2887
2888          if [[ $archive_system = asterix ]]
2889          then
2890             do_stagein=true
2891             (( stagein_anz = 0 ))
2892             while [[ $do_stagein = true ]]
2893             do
2894                if [[ $files_for_pes = false ]]
2895                then
2896                   stagein  -O  ${frelin[$i]}  >  STAGEIN_OUTPUT
2897                else
2898                   stagein  -t  -O  ${frelin[$i]}  >  STAGEIN_OUTPUT
2899                fi
2900                cat  STAGEIN_OUTPUT
2901                if [[ $(grep -c "st.msg:i24"  STAGEIN_OUTPUT) != 0 ]]
2902                then
2903                   file_restored=true
2904                   do_stagein=false
2905                else
2906                   (( stagein_anz = stagein_anz + 1 ))
2907                   if (( stagein_anz == 10 ))
2908                   then
2909                      printf "\n  +++ stagein stoped after 10 tries"
2910                      locat=stage
2911                      exit
2912                   fi
2913                   printf "\n  +++ restoring from archive failed, trying again:"
2914                   sleep 900
2915                fi
2916             done
2917          elif [[ $archive_system = DMF ]]
2918          then
2919             if [[ $files_for_pes = false ]]
2920             then
2921                printf "\n  +++ restoring of single files impossible with $archive_system !\n"
2922                locat=DMF
2923                exit
2924             else
2925                find  $ARCHIVE/${frelin[$i]}  -type m  -print  |  dmget
2926                cp  -r $ARCHIVE/${frelin[$i]}  $PWD
2927                file_restored=true
2928             fi
2929          elif [[ $archive_system = tivoli ]]
2930          then
2931             if [[ $files_for_pes = false ]]
2932             then
2933                if [[ $localhost = lcsgih ]]
2934                then
2935                   ssh  $usern@hicedata.hlrn.de  "cp  $PERM/${frelin[$i]}  $PWD"
2936                else
2937                   ssh  $usern@bicedata.hlrn.de  "cp  $PERM/${frelin[$i]}  $PWD"
2938                fi
2939             else
2940                (( inode = 0 ))
2941                while (( inode < nodes ))
2942                do
2943                   if [[ $localhost = lcsgih ]]
2944                   then
2945                      ssh  $usern@hicedata.hlrn.de  "cd $PWD; tar  xf  $PERM/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar"
2946                   else
2947                      ssh  $usern@bicedata.hlrn.de  "cd $PWD; tar  xf  $PERM/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar"
2948                   fi
2949                   (( inode = inode + 1 ))
2950                done
2951             fi
2952             file_restored=true
2953          elif [[ $archive_system = ut ]]
2954          then
2955             if [[ $files_for_pes = false ]]
2956             then
2957                cp  $UT/${frelin[$i]}  .
2958             else
2959                (( inode = 0 ))
2960                while (( inode < nodes ))
2961                do
2962                   tar  xf  $UT/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar
2963                   (( inode = inode + 1 ))
2964                done
2965             fi
2966             file_restored=true
2967          else
2968             printf "\n  +++ archive_system=\"$archive_system\"   restore impossible!"
2969             locat=rearchive
2970             exit
2971          fi
2972
2973          if [[ $file_restored = true ]]
2974          then
2975
2976                # DATEI AUCH AUF TEMPORAERES DATENVERZEICHNIS LEGEN, DAMIT
2977                # SIE BEI WEITEREN ZUGRIFFEN NOCH VORHANDEN IST
2978             [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog; chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
2979             if [[ $files_for_pes = false ]]
2980             then
2981                ln  -f  ${frelin[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2982             else
2983                mkdir  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2984                ln  -f  ${frelin[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2985             fi
2986             got_tmp[$i]=true
2987
2988                # DATEI UNTER LOKALEM NAMEN ZUR VERFUEGUNG STELLEN
2989             mv  ${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2990
2991          fi
2992       fi
2993
2994
2995          # DATEI LIEGT IM VOM BENUTZER ANGEGEBENEN VERZEICHNIS
2996       if [[ "${actionin[$i]}" = ""  ||  "${actionin[$i]}" = "di"  ||  "${actionin[$i]}" = "npe" ]]
2997       then
2998
2999          if [[ "${actionin[$i]}" = "npe"  &&  -n $numprocs ]]
3000          then
3001
3002                # DATEI WIRD FUER DIE PROZESSOREN EINES PARALLERECHNERS BEREITGESTELLT
3003             printf "\n      file will be provided for $numprocs processors"
3004             mkdir  ${localin[$i]}
3005             ival=$numprocs
3006             (( ii = 0 ))
3007             while (( ii <= ival-1 ))
3008             do
3009                if (( ii < 10 ))
3010                then
3011                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_000$ii
3012                elif (( ii < 100 ))
3013                then
3014                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_00$ii
3015                elif (( ii < 1000 ))
3016                then
3017                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_0$ii
3018                else
3019                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_$ii
3020                fi
3021                (( ii = ii + 1 ))
3022             done
3023
3024          else
3025
3026             if [[ $files_for_pes = true ]]
3027             then
3028
3029                   # DIE DEN PROZESSOREN EINES PARALLELRECHNERS ZUGEHOERIGEN
3030                   # DATEIEN WERDEN BEREITGESTELLT, INDEM ZUERST DER GESAMTE
3031                   # KATALOGINHALT KOPIERT UND DANN DIE EINZELNEN DATEIEN
3032                   # PER MOVE UMBENANNT WERDEN
3033                printf "\n      providing $numprocs files for the respective processors"
3034                mkdir  ${localin[$i]}
3035                if [[ $link_local_input = true ]]
3036                    then
3037                    printf "      using ln -f\n"
3038                    cd ${absnamein[$i]}
3039                    for file in $(ls *)
3040                      do
3041                      ln -f $file  ${localin[$i]}
3042                    done
3043                    cd $TEMPDIR
3044                fi
3045                # If "ln -f" fails of if "$link_local_input = false" do a normal "cp -r"
3046                if [[ ! -f "${localin[$i]}/_0000" ]]
3047                    then
3048                    if [[ $link_local_input = true ]]
3049                        then
3050                        printf "      ln failed for .../_0000, using cp...\n"
3051                    fi
3052                    cp -r  ${absnamein[$i]}/*  ${localin[$i]}
3053                fi
3054
3055             else
3056                   # BEREITSTELLUNG AUF EINPROZESSORRECHNERN
3057                if [[ $link_local_input = true ]]
3058                then
3059                    printf "      using ln -f\n"
3060                    ln -f  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
3061                fi
3062                # If "ln -f" fails of if "$link_local_input = false" do a normal "cp"
3063                if [[ ! -f "${localin[$i]}" ]]
3064                then
3065                    if [[ $link_local_input = true ]]
3066                    then
3067                        printf "      ln failed, using cp...\n"
3068                    fi
3069                    cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
3070                fi
3071             fi
3072          fi
3073       fi
3074
3075    done
3076    if (( i != 0 ))
3077    then
3078       printf "\n$striche\n  *** all INPUT-files provided \n"
3079    fi
3080
3081
3082       # EVENTUELLE INPUT-KOMMANDOS ABARBEITEN
3083    (( i = 0 ))
3084    while (( i < iic ))
3085    do
3086       (( i = i + 1 ))
3087       if (( i == 1 ))
3088       then
3089          printf "\n\n  *** execution of INPUT-commands:\n$striche"
3090       fi
3091       printf "\n  >>> ${in_command[$i]}"
3092       eval  ${in_command[$i]}
3093       if (( i == iic ))
3094       then
3095          printf "\n$striche\n"
3096       fi
3097    done
3098
3099
3100       # VERBLEIBENDE CPU-ZEIT BERECHNEN
3101    cpurest=${cpumax}.
3102
3103
3104       # START DVR STREAMING SERVER
3105    if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
3106    then
3107       if [[ "$dvr_server" != "" ]]
3108       then
3109
3110          printf "\n\n  *** preparing the dvr streaming server configuration file"
3111
3112             # Check, if a dvr server is already running
3113          running_dvrserver_id=`echo $(ps -edaf | grep .dvrserver.config | grep -v grep) | cut -d" " -f2`
3114          if [[ "$running_dvrserver_id" != "" ]]
3115          then
3116
3117             printf "\n\n  +++ WARNING: A dvr server with id=$running_dvrserver_id is already running!"
3118             printf "\n      This server is used instead starting a new one!"
3119             printf "\n      If required, script \"process_dvr_output\" has to be run manually."
3120
3121          else
3122
3123                # COPY CONFIGURATION FILE FOR STREAMING SERVER FROM REPOSITORY TO HERE
3124             if [[ -f ${PALM_BIN}/.dvrserver.config ]]
3125             then
3126                cp  ${PALM_BIN}/.dvrserver.config  .
3127
3128                   # Entering the BASEDIR, UID and GID into this file
3129                user_id=`id -u`
3130                group_id=`id -g`
3131                   # & is needed as seperator, because TEMPDIR contains /
3132                sed "s&<replace by dvr data directory>&${TEMPDIR}&g" .dvrserver.config > .dvrserver.1
3133                sed "s/<replace by user id>/$user_id/g"    .dvrserver.1 > .dvrserver.2
3134                sed "s/<replace by group id>/$group_id/g"  .dvrserver.2 > .dvrserver.3
3135                mv  .dvrserver.3  .dvrserver.config
3136                rm  .dvrserver.1  .dvrserver.2
3137
3138                   # Start dvr server in background, get his id and print on terminal
3139                $dvr_server  .dvrserver.config  >>  DVR_LOGFILE  2>&1  &
3140                dvrserver_id=`echo $(ps -edaf | grep .dvrserver.config) | cut -d" " -f2`
3141                printf "\n  *** streaming server with id=$dvrserver_id is started in background"
3142                local_dvrserver_running=.TRUE.
3143             else
3144                printf "\n  +++ missing file \".dvrserver.config\" in directory:"
3145                printf "\n      \"$PALM_BIN\" "
3146                locat=dvr
3147                exit
3148             fi
3149
3150          fi
3151
3152       else
3153          printf "\n\n  --- INFORMATIVE: no dvr streaming server will be started"
3154       fi
3155    fi
3156
3157
3158       # NAMELIST-DATEI MIT WERTEN VON ENVIRONMENT-VARIABLEN ERZEUGEN (ZU
3159       # LESEN VON PALM)
3160    cat  >  ENVPAR  <<  %%END%%
3161 &envpar  run_identifier = '$fname', host = '$localhost',
3162          write_binary = '$write_binary', tasks_per_node = $tasks_per_node,
3163          maximum_parallel_io_streams = $maximum_parallel_io_streams,
3164          maximum_cpu_time_allowed = ${cpumax}.,
3165          revision = '$global_revision',
3166          local_dvrserver_running = $local_dvrserver_running /
3167
3168%%END%%
3169
3170
3171       # PROGRAMMSTART
3172    printf "\n\n  *** execution starts in directory\n      \"`pwd`\"\n$striche\n"
3173    PATH=$PATH:$TEMPDIR
3174
3175       # MPI debug option (argument checking, slows down execution due to increased latency)
3176    if [[ "$mpi_debug" = true ]]
3177    then
3178       export MPI_CHECK_ARGS=1
3179       printf "\n  +++ MPI_CHECK_ARGS=$MPI_CHECK_ARGS"
3180    fi
3181
3182    if [[ "$totalview" = true ]]
3183    then
3184       printf "\n *** totalview debugger will be used"
3185       tv_opt="-tv"
3186    else
3187       tv_opt=""
3188    fi
3189
3190    if [[ "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ]]
3191    then
3192       if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
3193       then
3194          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-5) != lcsgi ]]
3195          then
3196             printf "\n  +++ debug is allowed in interactive mode only"
3197             locat=debug
3198             exit
3199          fi
3200       fi
3201       if [[ $localhost = decalpha ]]
3202       then
3203          dxladebug  a.out
3204       elif [[ $localhost = ibmh ]]
3205       then
3206
3207             # SETUP THE IBM MPI ENVIRONMENT
3208          export MP_SHARED_MEMORY=yes
3209          export AIXTHREADS_SCOPE=S
3210          export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3211          export AUTHSTATE=files
3212          export XLFRTEOPTS="nlwidth=132:err_recovery=no"    # RECORD-LENGTH OF NAMELIST-OUTPUT
3213
3214             # FOLLOWING OPTIONS ARE MANDATORY FOR TOTALVIEW
3215          export MP_ADAPTER_USE=shared
3216          export MP_CPU_USE=multiple
3217          export MP_TIMEOUT=1200
3218
3219          unset  MP_TASK_AFFINITY
3220
3221             # SO FAR, TOTALVIEW NEEDS HOSTFILE MECHANISM FOR EXECUTION
3222          #(( ii = 1 ))
3223          #while (( ii <= $numprocs ))
3224          #do
3225          #   echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3226          #   (( ii = ii + 1 ))
3227          #done
3228          #export MP_HOSTFILE=hostfile
3229
3230          if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
3231          then
3232             totalview   poe  a.out  $ROPTS
3233          else
3234             echo totalview   poe  -a a.out  -procs $numprocs  -rmpool 0  -nodes 1   $ROPTS
3235             export TVDSVRLAUNCHCMD=ssh
3236             totalview   poe  -a a.out  -procs $numprocs  -rmpool 0  -nodes 1   $ROPTS
3237          fi
3238       elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-5) = lcsgi ]]
3239       then
3240             # CURRENTLY NO DEBUGGER ON LCSGI
3241          if [[ $run_coupled_model = true ]]
3242          then
3243             printf "\n  +++ no debug in coupled mode available on \"$localhost\" "
3244             locat=debug
3245             exit
3246          else
3247             echo "no_coupling"  >  runfile_atmos
3248          fi
3249          (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3250          export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3251          echo "OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"
3252          if [[ $threads_per_task != 1 ]]
3253          then
3254             printf "\n      threads per task: $threads_per_task"
3255          fi
3256          printf "\n\n"
3257          if [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mpt ]]
3258          then
3259#             export MPI_LAUNCH_TIMEOUT=360
3260             if [[ "$totalview" = true ]]
3261             then
3262                printf "\n     running totalview debugger"
3263                mpiexec_mpt $tv_opt -n $ii   ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3264             else
3265                mpiexec_mpt -np $ii   ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3266             fi
3267          elif [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mva ]]
3268          then
3269#             ulimit -s 300000   # A too large stack size causes problems
3270#             export MV2_NUM_PORTS=2
3271#             export MV2_CPU_MAPPING=0:1:2:3
3272             if [[ "$totalview" = true ]]
3273             then
3274                printf "\n     running totalview debugger"
3275                mpiexec $tv_opt ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3276             else
3277                mpiexec    ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3278             fi
3279          fi
3280       else
3281          printf "\n  +++ no debug available on \"$localhost\" "
3282          printf "\n      or not implemented in mrun so far"
3283          locat=debug
3284          exit
3285       fi
3286
3287       # end debug mode
3288    else
3289
3290          # normal execution
3291       if [[ -n $numprocs ]]
3292       then
3293             # RUNNING THE PROGRAM ON PARALLEL MACHINES
3294          if [[ $(echo $host | cut -c1-3) = ibm ]]
3295          then
3296                # SETUP THE IBM MPI ENVIRONMENT
3297             if [[ $host != ibmh  &&  $host != ibmkisti ]]
3298             then
3299                export MP_SHARED_MEMORY=yes
3300                export AIXTHREAD_SCOPE=S
3301                export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3302                export XLSMPOPTS="spins=0:yields=0:stack=20000000"
3303                export AUTHSTATE=files
3304                export XLFRTEOPTS="nlwidth=132:err_recovery=no"    # RECORD-LENGTH OF NAMELIST-OUTPUT
3305                #  export MP_PRINTENV=yes
3306
3307                   # TUNING-VARIABLEN ZUR VERBESSERUNG DER KOMMUNIKATION
3308                   # ZEIGEN ABER DERZEIT (SEP 04, FEDERATION) KAUM WIRKUNG
3309                export MP_WAIT_MODE=poll
3310                [[ $node_usage = not_shared ]]  &&  export MP_SINGLE_THREAD=yes
3311             fi
3312
3313             if [[ $host = ibmkisti ]]
3314             then
3315                export LANG=en_US
3316                export MP_SHARED_MEMORY=yes
3317                if [[ $threads_per_task = 1 ]]
3318                then
3319                   export MP_SINGLE_THREAD=yes
3320                   export MEMORY_AFFINITY=MCM
3321                else
3322                   export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3323                fi
3324             fi
3325
3326             if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
3327             then
3328                printf "\n--- Control: OMP_NUM_THREADS = \"$OMP_NUM_THREADS\" \n"
3329                if [[ "$cond1" = hpmcount  ||  "$cond2" = hpmcount ]]
3330                then
3331                   /opt/optibm/HPM_2_4_1/bin/hpmcount  a.out  $ROPTS
3332                else
3333                   if [[ $run_coupled_model = false ]]
3334                   then
3335                      if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3336                      then
3337                         echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3338                      else
3339                         echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3340                      fi
3341                   else
3342                      (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3343                      (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3344                      printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3345                      printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3346                      printf "\n\n"
3347                      echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3348                   fi
3349                   poe ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos
3350                fi
3351             else
3352                if [[ $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibms ]]
3353                then
3354                   poe  a.out  -procs $numprocs  -nodes 1  -rmpool 0  $ROPTS
3355                elif [[ $localhost = ibmkisti  ||  $localhost = ibmku  ||  $localhost = ibmy ]]
3356                then
3357                   if [[ -f $hostfile ]]
3358                   then
3359                      cp  $hostfile  hostfile
3360                   else
3361                      (( ii = 1 ))
3362                      while (( ii <= $numprocs ))
3363                      do
3364                         echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3365                         (( ii = ii + 1 ))
3366                      done
3367                   fi
3368                   export MP_HOSTFILE=hostfile
3369                   if [[ $run_coupled_model = false ]]
3370                   then
3371                      if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3372                      then
3373                         echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3374                      else
3375                         echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3376                      fi
3377                   else
3378                      (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3379                      (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3380                      printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3381                      printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3382                      printf "\n\n"
3383                      echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3384                   fi
3385                   if [[ $localhost = ibmy ]]
3386                   then
3387                      ./a.out  -procs $tasks_per_node  $ROPTS  <  runfile_atmos
3388                   else
3389                      poe  ./a.out  -procs $numprocs $ROPTS  <  runfile_atmos
3390                   fi
3391
3392                else
3393                   if [[ "$host_file" = "" ]]
3394                   then
3395                      printf "\n  +++ no hostfile given in configuration file"
3396                      locat=config_file
3397                      exit
3398                   else
3399                      eval host_file=$host_file
3400                   fi
3401                   export MP_HOSTFILE=$host_file
3402                   poe  a.out  -procs $numprocs  -tasks_per_node $numprocs  $ROPTS
3403                fi
3404             fi
3405          elif [[ $host = nech  ||  $host = necriam ]]
3406          then
3407             (( ii = nodes ))
3408             if [[ $ii = 1 ]]
3409             then
3410                export F_ERRCNT=0        # acceptable number of errors before program is stopped
3411                export MPIPROGINF=YES
3412                #  export F_TRACE=YES|FMT1|FMT2  # output of ftrace informations to job protocol
3413                echo "*** execution on single node with mpirun"
3414                mpirun  -np $numprocs  ./a.out  $ROPTS
3415             else
3416                (( i = 0 ))
3417                while (( i < ii ))
3418                do
3419                   echo "-h $i  -p $tasks_per_node  -e ./mpi_exec_shell"  >>  multinode_config
3420                   (( i = i + 1 ))
3421                done
3422
3423                echo "#!/bin/sh"                         >   mpi_exec_shell
3424                echo " "                                 >>  mpi_exec_shell
3425                echo "set -u"                            >>  mpi_exec_shell
3426                echo "F_ERRCNT=0"                        >>  mpi_exec_shell
3427                echo "MPIPROGINV=YES"                    >>  mpi_exec_shell
3428                echo "OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task" >>  mpi_exec_shell
3429                echo "cpurest=$cpurest"                  >>  mpi_exec_shell
3430                echo "fname=$fname"                      >>  mpi_exec_shell
3431                echo "localhost=$localhost"              >>  mpi_exec_shell
3432                echo "return_addres=$return_addres"      >>  mpi_exec_shell
3433                echo "return_username=$return_username"  >>  mpi_exec_shell
3434                echo "tasks_per_node=$tasks_per_node"    >>  mpi_exec_shell
3435                echo "write_binary=$write_binary"        >>  mpi_exec_shell
3436                echo "use_seperate_pe_for_dvrp_output=$use_seperate_pe_for_dvrp_output"  >>  mpi_exec_shell
3437                echo "  "                                >>  mpi_exec_shell
3438                echo "export F_ERRCNT"                   >>  mpi_exec_shell
3439                echo "export MPIPROGINV"                 >>  mpi_exec_shell
3440                echo "export OMP_NUM_THREADS"            >>  mpi_exec_shell
3441                echo "export cpurest"                    >>  mpi_exec_shell
3442                echo "export fname"                      >>  mpi_exec_shell
3443                echo "export localhost"                  >>  mpi_exec_shell
3444                echo "export return_addres"              >>  mpi_exec_shell
3445                echo "export return_username"            >>  mpi_exec_shell
3446                echo "export tasks_per_node"             >>  mpi_exec_shell
3447                echo "export write_binary"               >>  mpi_exec_shell
3448                echo "export use_seperate_pe_for_dvrp_output"  >>  mpi_exec_shell
3449                echo " "                                 >>  mpi_exec_shell
3450                echo "exec  ./a.out"                     >>  mpi_exec_shell
3451
3452                chmod u+x  mpi_exec_shell
3453                export MPIPROGINF=YES
3454                mpirun  -f multinode_config  &
3455                wait
3456
3457             fi
3458          elif [[ $(echo $host | cut -c1-2) = lc  &&  $host != lckyoto &&  $host != lctit ]]
3459          then
3460
3461                # COPY HOSTFILE FROM SOURCE DIRECTORY OR CREATE IT, IF IT
3462                # DOES NOT EXIST
3463             if [[ $host != lcsgih  &&  $host != lcsgib ]]
3464             then
3465                if [[ -f $hostfile ]]
3466                then
3467                   cp  $hostfile  hostfile
3468                   (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3469                else
3470                   (( ii = 1 ))
3471                   while (( ii <= $numprocs / $threads_per_task ))
3472                   do
3473                      echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3474                      (( ii = ii + 1 ))
3475                   done
3476                fi
3477                eval zeile=\"`head -n $ii  hostfile`\"
3478                printf "\n  *** running on: $zeile"
3479             fi
3480
3481             (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3482             export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3483             # echo "*** OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"
3484             if [[ $threads_per_task != 1 ]]
3485             then
3486                   # increase stack size to unlimited, because large runs
3487                   # may abort otherwise
3488                ulimit -Ss unlimited
3489                printf "\n      threads per task: $threads_per_task  stacksize: unlimited"
3490             fi
3491             if [[ $run_coupled_model = false ]]
3492             then
3493                if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3494                then
3495                   echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3496                else
3497                   echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3498                fi
3499                printf "\n\n"
3500                if [[ $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib ]]
3501                then
3502                   if [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mpt ]]
3503                   then
3504                          # MPI_DSM_DISTRIBUTE not necessary when MPI_DSM_CPULIST is set
3505                          # export MPI_DSM_DISTRIBUTE=1
3506                          # MPI_DSM_CPULIST: pin MPI processes to cores
3507                      if [[ $use_openmp = false ]]
3508                      then
3509                         if [[ "$sgi_feature" = ice2 ]]
3510                         then
3511                            export MPI_DSM_CPULIST="0,4,1,5,2,6,3,7:allhosts"
3512                         else
3513                            export MPI_DSM_CPULIST="0,1,4,5,2,3,6,7:allhosts"
3514                         fi
3515                      else
3516                         unset MPI_DSM_CPULIST
3517                      fi
3518                          # MPI_IB_RAILS: use both IB rails on ICE2
3519                      export MPI_BUFS_PER_HOST=512
3520                      export MPI_IB_RAILS=2
3521                          # NECESSARY, IF MORE THAN 4096 PEs ARE USED
3522                      export MPI_CONNECTIONS_THRESHOLD=8192
3523                  #    echo "*** MPI_DSM_CPULIST=$MPI_DSM_CPULIST"
3524                      export MPI_TYPE_DEPTH=20
3525                  #    echo "*** MPI_TYPE_DEPTH=$MPI_TYPE_DEPTH"
3526                      export MPI_GROUP_MAX=64
3527                  #    echo "*** MPI_GROUP_MAX=$MPI_GROUP_MAX"
3528                      if [[ $use_openmp = true ]]
3529                      then
3530                         echo " mpiexec -npernode $tasks_per_node  ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos"
3531                         mpiexec -npernode $tasks_per_node $tv_opt ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos
3532                      else
3533                         mpiexec_mpt -np $ii $tv_opt  ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3534                      fi
3535
3536                          # next is test for openmp usage
3537                  #     echo "mpiexec -npernode $tasks_per_node  ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos"
3538                  #     mpiexec -npernode $tasks_per_node  ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3539                   elif [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mva ]]
3540                   then
3541                      export MV2_NUM_PORTS=2
3542                      #  The default setting of MV2_CPU_MAPPING gives best results
3543                      # export MV2_ENABLE_AFFINITY=1
3544                      #  export MV2_CPU_MAPPING=0,1,4,5,2,3,6,7
3545               #       if [[ "$sgi_feature" = ice2 ]]
3546               #       then
3547               #          export MV2_CPU_MAPPING=0,4,1,5,2,6,3,7
3548               #       else
3549               #          export MV2_CPU_MAPPING=0,1,4,5,2,3,6,7
3550               #       fi
3551                      if [[ $use_openmp = true ]]
3552                      then
3553                         unset MV2_CPU_MAPPING
3554                         export MV2_ENABLE_AFFINITY=0
3555                      fi
3556                      echo "*** MV2_CPU_MAPPING=$MV2_CPU_MAPPING"
3557                      echo "*** MV2_ENABLE_AFFINITY=$MV2_ENABLE_AFFINITY"
3558                      if [[ $use_openmp = true ]]
3559                      then
3560                         echo " mpiexec -npernode $tasks_per_node  ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos"
3561                         mpiexec -npernode $tasks_per_node $tv_opt ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos
3562                      else
3563                         mpiexec -np $ii $tv_opt ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3564                      fi
3565                   elif [[ "$mpilib" = impi ]]
3566                   then
3567                      echo "mpirun -np $ii inspxe-cl -r result -collect mi3 -- ./a.out  <  runfile_atmos"
3568                      mpirun -np $ii inspxe-cl -r result -collect mi3 -- ./a.out  <  runfile_atmos
3569                   fi
3570                elif [[ $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3571                then
3572                    aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3573                elif [[ $host = lcflow ]]
3574                then
3575                   mpiexec  -machinefile $TMPDIR/machines  -n $ii  -env I_MPI_FABRICS shm:ofa a.out  < runfile_atmos  $ROPTS
3576                elif [[ $host = lcsb ]]
3577                then
3578                   mpirun_rsh -hostfile $PBS_NODEFILE -np `cat $PBS_NODEFILE | wc -l` a.out  < runfile_atmos  $ROPTS
3579                elif [[ $host = lckiaps ]]
3580                then
3581                   mpirun -np $ii  -f $PBS_NODEFILE  a.out  <  runfile_atmos  $ROPTS
3582                else
3583                   mpiexec  -machinefile hostfile  -n $ii  a.out  < runfile_atmos  $ROPTS
3584                fi
3585             else
3586
3587                    # currently there is no full MPI-2 support on ICE and XT4
3588                (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3589                (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3590                printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3591                printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3592                printf "\n\n"
3593
3594                if [[ $coupled_mode = "mpi2" ]]
3595                then
3596                   echo "atmosphere_to_ocean $iia $iio"  >  runfile_atmos
3597                   echo "ocean_to_atmosphere $iia $iio"  >  runfile_ocean
3598                   if [[ $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib ]]
3599                   then
3600
3601                      if [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mpt ]]
3602                      then
3603#                         export MPI_LAUNCH_TIMEOUT=360
3604                         mpiexec_mpt -np $iia  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos &
3605                         mpiexec_mpt -np $iio  ./a.out  $ROPTS < runfile_ocean &
3606                      elif [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mva ]]
3607                      then
3608#                         ulimit -s 300000   # A too large stack size causes problems
3609#                         export MV2_NUM_PORTS=2
3610#                         export MV2_CPU_MAPPING=0:1:2:3
3611                         mpiexec -n $iia  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos &
3612                         mpiexec -n $iio  ./a.out  $ROPTS < runfile_ocean &
3613                      fi
3614
3615                   elif [[ $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3616                   then
3617
3618                      aprun  -n $iia  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_atmos  $ROPTS  &
3619                      aprun  -n $iio  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_ocean  $ROPTS  &
3620
3621                   else
3622                          # WORKAROUND BECAUSE mpiexec WITH -env option IS NOT AVAILABLE ON SOME SYSTEMS
3623                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iia  a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos &
3624                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iio  a.out  $ROPTS  <  runfile_ocean &
3625#                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iia  -env coupling_mode atmosphere_to_ocean  a.out  $ROPTS  &
3626#                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iio  -env coupling_mode ocean_to_atmosphere  a.out  $ROPTS  &
3627                   fi
3628                   wait
3629
3630                else
3631
3632                   echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3633                   if [[ $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib ]]
3634                   then
3635
3636                      if [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mpt ]]
3637                      then
3638#                         export MPI_LAUNCH_TIMEOUT=360
3639                         mpiexec_mpt -np $ii  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos
3640                      elif [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mva ]]
3641                      then
3642#                         ulimit -s 300000   # A too large stack size causes problems
3643#                         export MV2_NUM_PORTS=2
3644#                         export MV2_CPU_MAPPING=0:1:2:3
3645                         mpiexec  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos
3646                      fi
3647
3648                   elif [[ $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3649                   then
3650
3651                      aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_atmos  $ROPTS
3652
3653                   elif [[ $host = lck || $host = lckordi ]]
3654                   then
3655                         mpiexec -n $ii  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos &
3656                   fi
3657                   wait
3658                fi
3659
3660             fi
3661          elif [[ $host = decalpha ]]
3662          then
3663             dmpirun  -np $numprocs  a.out  $ROPTS
3664          elif [[ $host = lckyoto ]]
3665          then
3666             set -xv
3667             export P4_RSHCOMMAND=plesh
3668             echo "     P4_RSHCOMMAND = $P4_RSHCOMMAND"
3669             if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
3670             then
3671                if [[ "$cond2" = fujitsu ]]
3672                then
3673                   mpiexec  -n $numprocs  ./a.out  $ROPTS  # for fujitsu-compiler
3674                elif [[ "cond2" = pgi ]]
3675                then
3676                   mpirun  -np $numprocs  -machinefile ${QSUB_NODEINF}  ./a.out  $ROPTS
3677                else
3678                   mpirun_rsh -np $numprocs -hostfile ${QSUB_NODEINF} MV2_USE_SRQ=0 ./a.out ${ROPTS} || /bin/true
3679                fi
3680             else
3681                if [[ "$cond2" = "" ]]
3682                then
3683                   mpiruni_rsh -np $numprocs ./a.out  $ROPTS  # for intel
3684                else
3685                   mpirun  -np $numprocs  ./a.out  $ROPTS
3686                fi
3687             fi
3688             set +xv
3689          elif [[ $host = lctit ]]
3690          then
3691             export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3692             echo "OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"
3693             if [[ "$threads_per_task" != 1 ]]
3694             then
3695                export MV2_ENABLE_AFFINITY=0
3696             fi
3697             echo "----- PBS_NODEFILE content:"
3698             cat $PBS_NODEFILE
3699             echo "-----"
3700             (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3701             echo "mpirun  -np $ii  -hostfile $PBS_NODEFILE ./a.out  $ROPTS"
3702             mpirun  -np $ii  -hostfile $PBS_NODEFILE ./a.out  $ROPTS
3703          else
3704             mpprun  -n $numprocs  a.out  $ROPTS
3705          fi
3706          [[ $? != 0 ]]  &&  execution_error=true
3707
3708
3709             # PERFORMANCE-AUSWERTUNG MIT APPRENTICE
3710          if [[ "$cond1" = apprentice  ||  "$cond2" = apprentice ]]
3711          then
3712             apprentice
3713          fi
3714       else
3715          a.out  $ROPTS
3716       fi
3717    fi
3718    if [[ $? != 0  ||  $execution_error = true ]]
3719    then
3720
3721          # ABBRUCH BEI LAUFZEITFEHLER
3722#       [[ ! ( "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ) ]]  &&  cat  aout_output*
3723       printf "\n  +++ runtime error occured"
3724       locat=execution
3725       exit
3726    else
3727#       [[ ! ( "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ) ]]  &&  cat  aout_output*
3728       printf "\n$striche\n  *** execution finished \n"
3729
3730          # Stop the dvr streaming server and process the dvr output in order
3731          # to create dvrs- and html-files containing all streams
3732       if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
3733       then
3734          kill $dvrserver_id
3735          printf "\n  *** dvr server with id=$dvrserver_id has been stopped"
3736
3737             # If there is a directory, data have been output by the
3738             # streaming server. Otherwise, user has chosen dvrp_output=local
3739          if [[ -d DATA_DVR ]]
3740          then
3741
3742                # Add the current dvr configuration file to the dvr output
3743                # directory
3744             cp  .dvrserver.config  DATA_DVR
3745
3746                # Process the dvr output (option -s for also generating
3747                # sequence mode data)
3748             process_dvr_output  -d DATA_DVR  -f $fname  -s
3749
3750          else
3751
3752                # Process the local output
3753             process_dvr_output  -l  -d DATA_DVR  -f $fname
3754
3755          fi
3756
3757       elif [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
3758       then
3759
3760             # Process dvr output generated in local mode (dvrp_output=local)
3761          process_dvr_output  -l  -d DATA_DVR  -f $fname
3762
3763       fi
3764    fi
3765
3766
3767
3768       # Call of combine_plot_fields in order to merge single files written
3769       # by each PE into one file.
3770   if [[ ! -f ${PALM_BIN}/combine_plot_fields${block}.x ]]
3771   then
3772      printf "\n\n\n  +++ WARNING: no combine_plot_fields found for given block \"$cond1 $cond2\""
3773      printf "\n      2d- and/or 3d-data may be incomplete!"
3774      printf "\n      Run \"mbuild -u -h $localhost\" to generate utilities for this block.\n"
3775   elif [[ "$combine_plot_fields" == true ]]
3776   then
3777      printf "\n\n\n *** post-processing: now executing \"combine_plot_fields${block}.x\" ..."
3778      combine_plot_fields${block}.x
3779   else
3780#     Temporary solution to skip combine_plot_fields. This is necessary in case of huge amount of
3781#     data output. To do: extend this branch by creating a batch job for combine_plot_fields.
3782      printf "\n\n\n *** post-processing: skipping combine_plot_fields (-Z option set) ..."
3783   fi
3784
3785
3786
3787       # EVENTUELLE OUTPUT-KOMMANDOS ABARBEITEN
3788    (( i = 0 ))
3789    while (( i < ioc ))
3790    do
3791       (( i = i + 1 ))
3792       if (( i == 1 ))
3793       then
3794          printf "\n\n  *** execution of OUTPUT-commands:\n$striche"
3795       fi
3796       printf "\n  >>> ${out_command[$i]}"
3797       eval  ${out_command[$i]}
3798       if (( i == ioc ))
3799       then
3800          printf "\n$striche\n"
3801       fi
3802    done
3803
3804
3805       # EVTL. INHALT DES AKTUELLEN VERZEICHNISSES AUSGEBEN
3806    if [[ $do_trace = true ]]
3807    then
3808       printf "\n\n"
3809       ls -al
3810    fi
3811
3812
3813
3814       # OUTPUT-DATEIEN AN IHRE ZIELORTE KOPIEREN
3815    (( i = 0 ))
3816    while (( i < iout ))
3817    do
3818       (( i = i + 1 ))
3819       if (( i == 1 ))
3820       then
3821          printf "\n\n  *** saving OUTPUT-files:\n$striche"
3822       fi
3823
3824          # PRUEFEN, OB EINZELDATEI ODER DATEI PRO PROZESSOR
3825       files_for_pes=false; filetyp=file
3826       if [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  -n $numprocs ]]
3827       then
3828          files_for_pes=true; filetyp=directory
3829          actionout[$i]=""
3830       elif [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  ! -n $numprocs ]]
3831       then
3832          actionout[$i]=""
3833       elif [[ "${actionout[$i]}" = arpe  &&  -n $numprocs ]]
3834       then
3835          files_for_pes=true; filetyp=directory
3836          actionout[$i]="ar"
3837       elif [[ "${actionout[$i]}" = arpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3838       then
3839          actionout[$i]="ar"
3840       elif [[ "${actionout[$i]}" = flpe  &&  -n $numprocs ]]
3841       then
3842          files_for_pes=true; filetyp=directory
3843          actionout[$i]="fl"
3844       elif [[ "${actionout[$i]}" = flpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3845       then
3846          actionout[$i]="fl"
3847       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  -n $numprocs ]]
3848       then
3849          files_for_pes=true; filetyp=directory
3850          actionout[$i]="tr"
3851       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3852       then
3853          actionout[$i]="tr"
3854       fi
3855
3856       if [[ ! -f ${localout[$i]}  &&  $files_for_pes = false ]]
3857       then
3858          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}  does not exist\n"
3859       elif [[ ! -d ${localout[$i]}  &&  $files_for_pes = true ]]
3860       then
3861          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}/....  does not exist\n"
3862       else
3863
3864
3865             # KOPIEREN PER FTP/SCP (IMMER IM BINAERMODUS, -M: FALLS ZIELKATALOG
3866             # NICHT VORHANDEN, WIRD VERSUCHT, IHN ANZULEGEN), ABER NUR BEI
3867             # REMOTE-RECHNUNGEN
3868          if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
3869          then
3870             if [[ $localhost != $fromhost ]]
3871             then
3872                if [[ $files_for_pes = false ]]
3873                then
3874                   cps=""
3875                   cst=""
3876                else
3877                   cps=-c
3878                   cst="/"
3879                fi
3880                if [[ $localhost = nech ]]
3881                then
3882
3883                      # TRANSFER IN EIGENSTAENDIGEM JOB
3884                      # ZUERST KOPIE DER DATEI INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
3885                   [[ ! -d $tmp_data_catalog/TRANSFER ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog/TRANSFER
3886                   file_to_transfer=${fname}_${localout[$i]}_to_transfer_$kennung
3887                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3888                   then
3889                      ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3890                   else
3891                      mkdir  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3892                      ln  ${localout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3893                   fi
3894
3895                   echo "set -x"                                    >    transfer_${localout[$i]}
3896                   echo "cd  $tmp_data_catalog/TRANSFER"            >>   transfer_${localout[$i]}
3897
3898                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}$cst  by SCP in seperate job to"
3899                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}$cst"
3900                   printf "\n              or higher cycle\n"
3901                   echo "batch_scp $cps -b -m -u $return_username $return_addres  $file_to_transfer \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"  >>  transfer_${localout[$i]}
3902
3903                   echo "[[ \$? = 0 ]]  &&  rm  $file_to_transfer"  >>  transfer_${localout[$i]}
3904
3905                   if [[ $localhost = nech ]]
3906                   then
3907                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 900  transfer_${localout[$i]}
3908                   else
3909                      if [[ "$LOGNAME" = b323013 ]]
3910                      then
3911                         subjob  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  transfer_${localout[$i]}
3912                      else
3913                         subjob  -d  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  transfer_${localout[$i]}
3914                      fi
3915                   fi
3916
3917                else
3918
3919                      # TRANSFER INNERHALB DIESES JOBS
3920                   transfer_failed=false
3921                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}$cst  by SCP to"
3922                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}$cst\n"
3923                   batch_scp $cps -b -m -u $return_username $return_addres  ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
3924                   [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
3925
3926                      # BEI FEHLGESCHLAGENEM TRANSFER SICHERUNGSKOPIE AUF
3927                      # LOKALER MASCHINE ANLEGEN
3928                   if [[ $transfer_failed = true ]]
3929                   then
3930                      printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on the local host under:\n"
3931                      printf "      ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung\n"
3932
3933                         # ERSTMAL PRUEFEN, OB VERZEICHNIS EXISTIERT. GEGEBENENFALLS
3934                         # ANLEGEN.
3935                      eval  local_catalog=${pathout[$i]}
3936                      if [[ ! -d $local_catalog ]]
3937                      then
3938                         printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
3939                         printf "      $local_catalog \n"
3940                         mkdir -p  $local_catalog
3941                      fi
3942                      eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung
3943                      transfer_problems=true
3944                   fi
3945                fi
3946             else
3947
3948                   # WERTZUWEISUNG, SO DASS WEITER UNTEN NUR KOPIERT WIRD
3949                actionout[$i]=""
3950             fi
3951          fi
3952
3953
3954             # APPEND PER FTP/SCP (IMMER IM BINAERMODUS, -M: FALLS ZIELKATALOG
3955             # NICHT VORHANDEN, WIRD VERSUCHT, IHN ANZULEGEN), ABER NUR BEI
3956             # REMOTE-RECHNUNGEN
3957          if [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
3958          then
3959             if [[ $localhost != $fromhost ]]
3960             then
3961                if [[ $localhost = ibmh  ||  $localhost = nech ]]
3962                then
3963
3964                      # TRANSFER IN EIGENSTAENDIGEM JOB
3965                      # ZUERST KOPIE DER DATEI INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
3966                   [[ ! -d $tmp_data_catalog/TRANSFER ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog/TRANSFER
3967                   file_to_transfer=${fname}_${localout[$i]}_to_transfer_$kennung
3968                   ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3969
3970                   echo "set -x"                                    >    transfer_${localout[$i]}
3971                   echo "cd  $tmp_data_catalog/TRANSFER"            >>   transfer_${localout[$i]}
3972
3973                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append by SCP in seperate job to"
3974                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}"
3975                   printf "\n              or higher cycle\n"
3976                   echo "batch_scp -A -b -m -u $return_username $return_addres  $file_to_transfer \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"  >>  transfer_${localout[$i]}
3977
3978                   echo "[[ \$? = 0 ]]  &&  rm  $file_to_transfer"  >>  transfer_${localout[$i]}
3979
3980                   if [[ $localhost = nech ]]
3981                   then
3982                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 900  transfer_${localout[$i]}
3983                   else
3984                      if [[ $LOGNAME = b323013 ]]
3985                      then
3986                         subjob  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  transfer_${localout[$i]}
3987                      else
3988                         subjob  -d  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  transfer_${localout[$i]}
3989                      fi
3990                   fi
3991
3992                else
3993
3994                      # TRANSFER INNERHALB DIESES JOBS
3995                   transfer_failed=false
3996                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append by SCP to"
3997                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}\n"
3998                   batch_scp -A -b -m -u $return_username  $return_addres ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
3999                   [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
4000
4001                      # BEI FEHLGESCHLAGENEM TRANSFER SICHERUNGSKOPIE AUF
4002                      # LOKALER MASCHINE ANLEGEN
4003                   if [[ $transfer_failed = true ]]
4004                   then
4005                      printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on the local host under:\n"
4006                      printf "      ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung\n"
4007
4008                         # ERSTMAL PRUEFEN, OB VERZEICHNIS EXISTIERT. GEGEBENENFALLS
4009                         # ANLEGEN
4010                      eval  local_catalog=${pathout[$i]}
4011                      if [[ ! -d $local_catalog ]]
4012                      then
4013                         printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
4014                         printf "      $local_catalog \n"
4015                         mkdir -p  $local_catalog
4016                      fi
4017
4018                      eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung
4019                      transfer_problems=true
4020                   fi
4021                fi
4022             else
4023
4024                   # WERTZUWEISUNG, SO DASS WEITER UNTEN NUR APPEND AUF
4025                   # LOKALER MASCHINE DURCHGEFUEHRT WIRD
4026                actionout[$i]=a
4027             fi
4028          fi
4029
4030
4031             # OUTPUT-DATEI FUER EINEN FORTSETZUNGSLAUF. DATEI WIRD PER
4032             # LINK AUF DEN TEMPORAEREN DATENKATALOG GELEGT. OPTION -f WIRD
4033             # VERWENDET, FALLS DORT NOCH EINE DATEI GLEICHEN NAMENS VORHANDEN
4034             # SEIN SOLLTE. ANSCHLIESSEND WIRD SEINE ARCHIVIERUNG ANGESTOSSEN
4035          if [[ "${actionout[$i]}" = fl ]]
4036          then
4037             [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
4038             chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
4039             if [[ $files_for_pes = false ]]
4040             then
4041                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to"
4042                printf "\n              $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} (temporary data catalog)\n"
4043                ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4044             else
4045                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/....  to"
4046                printf "\n              $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} (temporary data catalog)\n"
4047                mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4048                cd ${localout[$i]}
4049                for file in $(ls *)
4050                do
4051                   ln -f $file $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4052                done
4053                cd $TEMPDIR
4054             fi
4055
4056
4057                # ARCHIVIERUNGSJOB WIRD ERZEUGT UND ABGESCHICKT
4058             if [[ $store_on_archive_system = true ]]
4059             then
4060
4061                if [[ $archive_system = asterix ]]
4062                then
4063                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                      >> archive_${frelout[$i]}
4064                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4065                   then
4066                      echo "stageout  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT${i}_$kennung" >> archive_${frelout[$i]}
4067                   else
4068                      echo "stageout -t  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT${i}_$kennung" >> archive_${frelout[$i]}
4069                   fi
4070                   echo "cat  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung"               >> archive_${frelout[$i]}
4071                   echo "if [[ \$(grep -c \"st.msg:150\"  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung) != 0 ]]" >> archive_${frelout[$i]}
4072                   echo "then"                                       >> archive_${frelout[$i]}
4073                   echo "   do_stageout=false"                       >> archive_${frelout[$i]}
4074                   echo "else"                                       >> archive_${frelout[$i]}
4075                   echo "   echo \"  +++ $filetyp ${frelout[$i]}  could not be stored on archive-system\" " >> archive_${frelout[$i]}
4076                   echo "   cat  /dev/null  >  ~/job_queue/ARCHIVE_ERROR_$fname" >> archive_${frelout[$i]}
4077                   echo "   cat  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung  >  ~/job_queue/archive_${frelout[$i]}_error" >> archive_${frelout[$i]}
4078                   echo "   echo \"  *** $filetyp ${frelout[$i]} will be copied to \$WORK as backup\" " >> archive_${frelout[$i]}
4079                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4080                   then
4081                      echo "   cp   ${frelout[$i]}  \$WORK"                    >> archive_${frelout[$i]}
4082                   else
4083                      echo "   cp -r  ${frelout[$i]}  \$WORK/${frelout[$i]}"   >> archive_${frelout[$i]}
4084                   fi
4085                   echo "   echo \"  *** $filetyp ${frelout[$i]} saved\" " >> archive_${frelout[$i]}
4086                   echo "fi"                                         >> archive_${frelout[$i]}
4087                   echo "rm  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung"              >> archive_${frelout[$i]}
4088                elif [[ $archive_system = DMF ]]
4089                then
4090                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                      >> archive_${frelout[$i]}
4091                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4092                   then
4093                      printf "\n  +++ archiving of single files impossible with $archive_system !\n"
4094                      locat=DMF
4095                      exit
4096                   else
4097                         # FUER RECHNER IN JUELICH. DORT KOENNTEN AUCH
4098                         # EINZELNE DATEIEN GESICHERT WERDEN (SPAETER KORR.)
4099                      echo "rm -rf  \$ARCHIVE/${frelout[$i]}"     >> archive_${frelout[$i]}
4100                      echo "cp -r  ${frelout[$i]}  \$ARCHIVE"     >> archive_${frelout[$i]}
4101                   fi
4102                elif [[ $archive_system = tivoli ]]
4103                then
4104                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >> archive_${frelout[$i]}
4105                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4106                   then
4107                         # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
4108                      echo "set -x"                                   >> archive_${frelout[$i]}
4109                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4110                      echo "cp  ${frelout[$i]} \$PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4111                   else
4112
4113                      echo "set -x"                                   >> archive_${frelout[$i]}
4114                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}/*"         >> archive_${frelout[$i]}
4115                      echo "[[ ! -d \$PERM/${frelout[$i]} ]] && mkdir $PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4116                      cd  $tmp_data_catalog
4117                      all_files=`ls -1 ${frelout[$i]}/*`
4118                      cd -  > /dev/null
4119                      (( inode = 0 ))
4120                      (( tp1   = tasks_per_node + 1 ))
4121                      while (( inode < nodes ))
4122                      do
4123#                         echo "*** all_files = \"$all_files\" "
4124                         files=`echo $all_files | cut -d" " -f1-$tasks_per_node`
4125                         all_files=`echo $all_files | cut -d" " -f$tp1-`
4126#                         echo "*** tasks_per_node = \"$tasks_per_node\" "
4127#                         echo "*** files = \"$files\" "
4128#                         echo "*** all_files = \"$all_files\" "
4129                        echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
4130                        ### echo "tar  cvf ${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
4131                        ### echo "cp ${frelout[$i]}.node_$inode.tar \$PERM/${frelout[$i]}/"   >> archive_${frelout[$i]}
4132                         ###echo "rm ${frelout[$i]}.node_$inode.tar"   >> archive_${frelout[$i]}
4133#                         echo "dsmc incremental  \$PERM/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar" >> archive_${frelout[$i]}
4134#                         echo "dsmmigrate \$PERM/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar"        >> archive_${frelout[$i]}
4135                         (( inode = inode + 1 ))
4136                      done
4137#                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
4138#                      echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4139                   fi
4140                elif [[ $archive_system = ut ]]
4141                then
4142                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >> archive_${frelout[$i]}
4143                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4144                   then
4145                         # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
4146                      echo "set -x"                                 >> archive_${frelout[$i]}
4147                      echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4148                      echo "cp  ${frelout[$i]} \$UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4149                   else
4150
4151                      echo "set -x"                                 >> archive_${frelout[$i]}
4152                      echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}/*"         >> archive_${frelout[$i]}
4153                      echo "[[ ! -d \$UT/${frelout[$i]} ]] && mkdir $UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4154                      cd  $tmp_data_catalog
4155                      all_files=`ls -1 ${frelout[$i]}/*`
4156                      cd -  > /dev/null
4157                      (( inode = 0 ))
4158                      (( tp1   = tasks_per_node + 1 ))
4159                      while (( inode < nodes ))
4160                      do
4161                         files=`echo $all_files | cut -d" " -f1-$tasks_per_node`
4162                         all_files=`echo $all_files | cut -d" " -f$tp1-`
4163                         echo "tar  cvf \$UT/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
4164                         (( inode = inode + 1 ))
4165                      done
4166                   fi
4167                elif [[ $archive_system = none ]]
4168                then
4169                   printf "              +++ archiving on $localhost not available!\n"
4170                fi
4171
4172                if [[ $archive_system != none ]]
4173                then
4174                   if [[ $localhost = lcsgih  ||  $localhost = lcsgib ]]
4175                   then
4176#                      subjob  -d  -v  -q cdata  -X 0  -m 1000  -t 43200  -c $job_catalog  archive_${frelout[$i]}
4177                      subjob   -v  -q permq  -X 1 -T 1  -m 1000  -t 172800  -c $job_catalog  archive_${frelout[$i]}
4178                   elif [[ $localhost = nech ]]
4179                   then
4180                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 7200  archive_${frelout[$i]}
4181                   fi
4182                   printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
4183                fi
4184             else
4185                printf "              +++ caution: option -A is switched off. No archiving on $archive_system!\n"
4186             fi
4187
4188
4189                # LEERDATEI IM BENUTZERVERZEICHNIS ANLEGEN, DAMIT BEKANNT IST,
4190                # WIE DIE HOECHSTE ZYKLUSNUMMER AUF DEM ARCHIV-SYSTEM LAUTET
4191             if [[ $files_for_pes = false ]]
4192             then
4193                cat  /dev/null  >  ${pathout[$i]}
4194             else
4195                mkdir -p  ${pathout[$i]}
4196             fi
4197
4198          fi
4199
4200
4201             # KOPIEREN AUF LOKALER MASCHINE ZUM ARCHIV-SYSTEM
4202             # AUSSERDEM MUSS LEERDATEI ANGELEGT WERDEN, DAMIT BEKANNT IST,
4203             # WIE DIE HOECHSTE ZYKLUSNUMMER AUF DEM ARCHIV-SYSTEM LAUTET
4204             # FALLS IRGENDEINE (VON MEHREREN) ARCHIVIERUNGEN SCHIEF GEHT,
4205             # WIRD FLAG GESETZT UND BLEIBT AUCH BEI WEITEREN ORDNUNGS-
4206             # GEMAESSEN ARCHIVIERUNGEN GESETZT
4207          if [[ "${actionout[$i]}" = ar ]]
4208          then
4209             if [[ $files_for_pes = false ]]
4210             then
4211                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to"
4212                printf "\n              ${pathout[$i]}"
4213                printf "\n              File will be copied to archive-system ($archive_system) !\n"
4214             else
4215                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/_....  to"
4216                printf "\n              ${pathout[$i]}"
4217                printf "\n              Directory will be copied to archive-system ($archive_system) !\n"
4218             fi
4219             mv  ${localout[$i]}  ${frelout[$i]}
4220
4221             file_saved=false
4222
4223             if [[ $archive_system = asterix ]]
4224             then
4225                do_stageout=true
4226                (( stageout_anz = 0 ))
4227                while [[ $do_stageout = true ]]
4228                do
4229                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4230                   then
4231                      stageout  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT
4232                   else
4233                      stageout  -t  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT
4234                   fi
4235                   cat  STAGE_OUTPUT
4236                   if [[ $(grep -c "st.msg:150"  STAGE_OUTPUT) != 0 ]]
4237                   then
4238                      file_saved=true
4239                      do_stageout=false
4240                   else
4241                      if [[ $files_for_pes = false ]]
4242                      then
4243                         printf "\n  +++ file ${frelout[$i]}  could not be saved on archive-system"
4244                      else
4245                         printf "\n  +++ directory ${frelout[$i]} could not be saved on archive-system"
4246                      fi
4247                      (( stageout_anz = stageout_anz + 1 ))
4248                      if (( stageout_anz == 10 ))
4249                      then
4250                         printf "\n  +++ stoped after 10 unsuccessful tries!"
4251                         archive_save=false
4252                         do_stageout=false
4253                      else
4254                         printf "\n  *** new try to store on archive after 15 min:"
4255                         sleep 900
4256                      fi
4257                   fi
4258                done
4259             elif [[ $archive_system = DMF ]]
4260             then
4261                if [[ $files_for_pes = false ]]
4262                then
4263                   printf "\n  +++ archiving of single files impossible on $archive_system!\n"
4264                   locat=DMF
4265                   exit
4266                else
4267                   rm -rf  $ARCHIVE/${frelout[$i]}
4268                   cp -r  ${frelout[$i]}  $ARCHIVE
4269                fi
4270                file_saved=true
4271             elif [[ $archive_system = tivoli ]]
4272             then
4273                   # ARCHIVIERUNG NUR PER BATCH-JOB MOEGLICH
4274                   # DATEI MUSS ZWISCHENZEITLICH INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
4275                   # GELEGT WERDEN
4276                [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
4277                chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
4278                if [[ $files_for_pes = false ]]
4279                then
4280                   ln -f  ${frelout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4281                else
4282                   mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4283                   ln -f  ${frelout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4284                fi
4285
4286                   # BATCH JOB GENERIEREN UND ABSCHICKEN; DATEI MUSS WIEDER
4287                   # AUS TEMPORAEREM DATENVERZEICHNIS ENTFERNT WERDEN
4288                echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >  archive_${frelout[$i]}
4289                if [[ $files_for_pes = false ]]
4290                then
4291                      # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
4292                   echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4293                   echo "cp  ${frelout[$i]} \$PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4294                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                  >> archive_${frelout[$i]}
4295                else
4296                   echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
4297                   echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4298                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                  >> archive_${frelout[$i]}
4299                fi
4300
4301                subjob  -v  -d  -q cdata  -X 0  -m 1000  -t 43200  -c $job_catalog  archive_${frelout[$i]}
4302                printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
4303                file_saved=true
4304
4305             elif [[ $archive_system = ut ]]
4306             then
4307                   # ARCHIVIERUNG NUR PER BATCH-JOB MOEGLICH
4308                   # DATEI MUSS ZWISCHENZEITLICH INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
4309                   # GELEGT WERDEN
4310                [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
4311                chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
4312                if [[ $files_for_pes = false ]]
4313                then
4314                   ln -f  ${frelout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4315                else
4316                   mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4317                   ln -f  ${frelout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4318                fi
4319
4320                   # BATCH JOB GENERIEREN UND ABSCHICKEN; DATEI MUSS WIEDER
4321                   # AUS TEMPORAEREM DATENVERZEICHNIS ENTFERNT WERDEN
4322                echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >  archive_${frelout[$i]}
4323                if [[ $files_for_pes = false ]]
4324                then
4325                      # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
4326                   echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4327                   echo "cp  ${frelout[$i]} \$UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4328                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                >> archive_${frelout[$i]}
4329                else
4330                   echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
4331                   echo "tar  cvf \$UT/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4332                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                >> archive_${frelout[$i]}
4333                fi
4334
4335                subjob  -v  -c /pf/b/$usern/job_queue  -d  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 7200  archive_${frelout[$i]}
4336                printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
4337                file_saved=true
4338
4339             else
4340                printf "\n  +++ archive_system=\"$archive_system\"  archiving impossible!"
4341                archive_save=false
4342             fi
4343             if [[ $file_saved = true ]]
4344             then
4345                if [[ $files_for_pes = false ]]
4346                then
4347                   cat  /dev/null  >  ${pathout[$i]}
4348                else
4349                   mkdir -p  ${pathout[$i]}
4350                fi
4351             fi
4352          fi
4353
4354             # APPEND AUF LOKALER MASCHINE
4355          if [[ "${actionout[$i]}" = "a" ]]
4356          then
4357             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
4358             then
4359                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
4360                cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
4361             else
4362                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to  ${pathout[$i]}\n"
4363                cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}
4364             fi
4365          fi
4366
4367             # KOPIEREN AUF LOKALER MASCHINE
4368             # ES MUSS KOPIERT WERDEN, DA MOVE NICHT UEBER FILESYSTEM HINAUS MOEGLICH
4369          if [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_pes = false ]]
4370          then
4371
4372                # KOPIEREN AUF EINPROZESSORMASCHINE
4373             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
4374             then
4375                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
4376                if [[ $link_local_output = true ]]
4377                then
4378                    printf "      using ln -f\n"
4379                    ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
4380                fi
4381                # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
4382                if [[ ! -f "${pathout[$i]}.${extout[$i]}" ]]
4383                then
4384                    if [[ $link_local_output = true ]]
4385                    then
4386                        printf "      ln failed, using cp...\n"
4387                    fi
4388                    cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
4389                fi
4390             else
4391                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to  ${pathout[$i]}\n"
4392                if [[ $link_local_output = true ]]
4393                then
4394                    printf "      using ln -f\n"
4395                    ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4396                fi
4397                # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
4398                if [[ ! -f "${pathout[$i]}" ]]
4399                then
4400                    if [[ $link_local_output = true ]]
4401                    then
4402                        printf "      ln failed, using cp...\n"
4403                    fi
4404                    cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4405                fi
4406             fi
4407
4408          elif [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_pes = true ]]
4409          then
4410
4411                # DIE DEN PROZESSOREN EINES PARALLELRECHNERS ZUGEHOERIGEN
4412                # DATEIEN WERDEN ERST IN EINEM KATALOG GESAMMELT UND DIESER
4413                # WIRD DANN KOPIERT
4414                # PER MOVE UMBENANNT WERDEN
4415             printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/_....  to  ${pathout[$i]}\n"
4416             if [[ $link_local_output = true ]]
4417             then
4418                 printf "      using ln -f\n"
4419                 mkdir  ${pathout[$i]}
4420                 cd ${localout[$i]}
4421                 for file in $(ls *)
4422                 do
4423                   ln -f $file  ${pathout[$i]}
4424                 done
4425                 cd $TEMPDIR
4426             fi
4427             # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp -r"
4428             if [[ ! -f "${pathout[$i]}/_0000" ]]
4429             then
4430                 if [[ $link_local_output = true ]]
4431                 then
4432                     printf "      ln failed for .../_0000, using cp...\n"
4433                 fi
4434                 cp -r  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4435             fi
4436
4437          fi
4438       fi
4439    done
4440    if (( i != 0 ))
4441    then
4442       if [[ $transfer_problems = true ]]
4443       then
4444          printf "\n$striche\n  *** OUTPUT-files saved"
4445          printf "\n  +++ WARNING: some data transfers failed! \n"
4446       else
4447          printf "\n$striche\n  *** all OUTPUT-files saved \n"
4448       fi
4449    fi
4450
4451
4452       # EVENTUELL FOLGEJOB STARTEN
4453       # DATEI CONTINUE_RUN MUSS VOM BENUTZERPROGRAMM AUS ERZEUGT WERDEN
4454    if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
4455    then
4456
4457       if [[ $archive_save = true ]]
4458       then
4459
4460             # ZUERST IN MRUN-AUFRUF OPTIONEN FUER FORTSETZUNGSLAUF, FUER
4461             # STILLES ABARBEITEN (OHNE INTERAKTIVE RUECKFAGEN) UND FUER
4462             # BATCH-BETRIEB (NUR WICHTIG, FALLS BATCH AUF LOKALER MASCHINE
4463             # DURCHGEFUEHRT WERDEN SOLL) EINFUEGEN, FALLS NICHT BEREITS VOR-
4464             # HANDEN
4465          [[ $(echo $mc | grep -c "\-C") = 0 ]]  &&  mc="$mc -C"
4466          [[ $(echo $mc | grep -c "\-v") = 0 ]]  &&  mc="$mc -v"
4467          [[ $(echo $mc | grep -c "\-b") = 0 ]]  &&  mc="$mc -b"
4468          if [[ $(echo $mc | grep -c "#") != 0 ]]
4469          then
4470             mc=`echo $mc | sed 's/#/f/g'`
4471          fi
4472
4473
4474             # JOB STARTEN
4475          printf "\n\n  *** initiating restart-run on \"$return_addres\" using command:\n"
4476          echo "      $mc"
4477          printf "\n$striche\n"
4478          if [[ $localhost != $fromhost ]]
4479          then
4480
4481             if [[ $localhost = lcsgih  ||  $localhost = lcsgib  ||  $localhost = nech  ||  $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibmkisti  ||  $localhost = ibmku  ||  $localhost = ibms ]]
4482             then
4483                echo "*** ssh will be used to initiate restart-runs!"
4484                echo "    return_addres=\"$return_addres\" "
4485                echo "    return_username=\"$return_username\" "
4486                if [[ $(echo $return_addres | grep -c "130.75.105") = 1 ]]
4487                then
4488                   ssh $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;. /muksoft/packages/intel/bin/compilervars.sh intel64;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4489                else
4490                   if [[ $localhost = ibmkisti ]]
4491                   then
4492                      ssh $usern@gaiad "ssh $return_addres -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4493                   else
4494                      ssh $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4495                   fi
4496                fi
4497             else
4498                printf "\n  +++ no restart mechanism available for host \"$localhost\" "
4499                locat=restart; exit
4500             fi
4501
4502                # WARTEN, DAMIT SICH RESTART JOB IN QUEUE EINREIHEN KANN, BEVOR
4503                # DER AKTUELLE JOB ENDET
4504             if [[ $queue = special1q ]]
4505             then
4506                sleep 120
4507             else
4508                sleep 30
4509             fi
4510
4511          else
4512
4513                # BEI RECHNUNGEN AUF LOKALER MASCHINE KANN MRUN DIREKT AUFGE-
4514                # RUFEN WERDEN, AUSSER AUF lcfimm
4515             cd $LOCAL_PWD
4516             if [[ $localhost = lcfimm ]]
4517             then
4518                ssh $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc " 
4519             else
4520                eval  $mc                # ' MUESSEN AUSGEWERTET WERDEN
4521             fi
4522             cd -  > /dev/null
4523          fi
4524          printf "\n$striche\n  *** restart-run initiated \n"
4525
4526
4527             # EVENTUELL INPUT-DATEIEN, DIE VON TEMPORAEREM DATENVERZEICHNIS
4528             # GEHOLT WORDEN SIND, LOESCHEN
4529          (( i = 0 ))
4530          while (( i < iin ))
4531          do
4532             (( i = i + 1 ))
4533             if [[ "${got_tmp[$i]}" = true   &&  $keep_data_from_previous_run = false ]]
4534             then
4535                rm -r  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
4536             fi
4537          done
4538
4539       else
4540
4541          printf "\n  +++ no restart-run possible, since errors occured"
4542          printf "\n      during the archive process"
4543       fi
4544
4545    fi
4546
4547
4548   
4549       # EVTL. EMAIL-BENACHRICHTIGUNG UEBER ABGESCHLOSSENEN LAUF
4550    if [[ "$email_notification" != "none" ]]
4551    then
4552
4553       if [[ $localhost != $fromhost ]]
4554       then
4555          if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
4556          then
4557             echo "PALM restart run necessary"        >   email_text
4558             echo "description header of actual run:" >>  email_text
4559             cat  CONTINUE_RUN                        >>  email_text
4560             echo "mrun-command to restart:"          >>  email_text
4561             echo "$mc"                               >>  email_text
4562          else
4563             echo "PALM run with base filename \"$fname\" on host \"$localhost\" finished"  >  email_text
4564          fi
4565          mail  $email_notification  <  email_text
4566          printf "\n  *** email notification sent to \"$email_notification\" "
4567       fi
4568    fi
4569
4570
4571
4572       # ALLE ARBEITEN BEENDET. TEMPORAERER KATALOG KANN GELOESCHT WERDEN
4573    cd  $HOME
4574    [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
4575
4576 else
4577
4578
4579       # FALLS AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL, WERDEN JETZT ENTSPRE-
4580       # CHENDE AKTIONEN DURCHGEFUEHRT
4581
4582       # MRUN-BEFEHL FUER REMOTE-MASCHINE ZUSAMMENSTELLEN
4583    mrun_com="$mrun_script_name -a $afname -c $config_file -d $fname -h $host -H $fromhost -m $memory -t $cpumax -q $queue -R $return_addres -U $return_username -u $remote_username"
4584    [[ "$cpp_opts" != "" ]]       &&  mrun_com=${mrun_com}" -D \"$cpp_opts\""
4585    [[ "$global_revision" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -G \"$global_revision\""
4586    [[ $group_number != none ]]   &&  mrun_com=${mrun_com}" -g $group_number"
4587    [[ $do_compile = true ]]      &&  mrun_com=${mrun_com}" -s \"$source_list\""
4588    [[ "$input_list" != "" ]]     &&  mrun_com=${mrun_com}" -i \"$input_list\""
4589    [[ $ignore_archive_error = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -I"
4590    [[ $keep_data_from_previous_run = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -k"
4591    [[ "$additional_conditions" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -K \"$additional_conditions\""
4592#    [[ "$makefile" != "$source_path/Makefile" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -M \"$makefile\""
4593    [[ "$output_list" != "" ]]    &&  mrun_com=${mrun_com}" -o \"$output_list\""
4594    [[ "$read_from_config" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -S"
4595    [[ $do_trace = true ]]        &&  mrun_com=${mrun_com}" -x"
4596    [[ "$numprocs" != "" ]]       &&  mrun_com=${mrun_com}" -X $numprocs"
4597    if [[ $use_openmp = true ]]
4598    then
4599       mrun_com=${mrun_com}" -O $threads_per_task"
4600    fi
4601    [[ "$tasks_per_node" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -T $tasks_per_node"
4602    [[ $store_on_archive_system = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -A"
4603    [[ $package_list != "" ]]     &&  mrun_com=${mrun_com}" -p \"$package_list\""
4604    [[ $return_password != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -P $return_password"
4605    [[ $delete_temporary_catalog = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -B"
4606    [[ $node_usage != default  &&  "$(echo $node_usage | cut -c1-3)" != "sla"  &&  $node_usage != novice ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -n $node_usage"
4607    [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -y"
4608    [[ $run_coupled_model = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -Y \"$coupled_dist\""
4609    [[ "$check_namelist_files" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -z"
4610    [[ "$combine_plot_fields" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -Z"
4611    [[ "$max_par_io_str" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -w $max_par_io_str"
4612    if [[ $do_remote = true ]]
4613    then
4614       printf "\n>>>> MRUN-command on execution host:\n>>>> $mrun_com \n"
4615    fi
4616
4617
4618       # ZUSAMMENSTELLUNG DES JOBSCRIPTS AUF DATEI jobfile
4619    jobfile=jobfile.$RANDOM
4620
4621
4622       # TEMPORAERES VERZEICHNIS GENERIEREN UND NACH DORT WECHSELN
4623    echo  "mkdir  $TEMPDIR"      >>  $jobfile
4624    echo  "cd  $TEMPDIR"         >>  $jobfile
4625
4626
4627       # EVENTUELL FEHLERVERFOLGUNG AKTIVIEREN
4628    if [[ $do_trace = true ]]
4629    then
4630       echo  "set -x"                                    >>  $jobfile
4631    else
4632       echo  "set +vx"                                   >>  $jobfile
4633    fi
4634
4635
4636       # initialize the environment and load modules
4637    if [[ "$init_cmds" != "" ]]
4638    then
4639       echo  "$init_cmds"        >>  $jobfile
4640    fi
4641    if [[ "$module_calls" != "" ]]
4642    then
4643       echo  "$module_calls"     >>  $jobfile
4644    fi
4645
4646
4647       # BEREITSTELLUNG VON QUELLTEXTEN, MRUN-SCRIPTS UND KONFIGURATIONS-
4648       # DATEI FUER DEN JOB
4649    if [[ $( echo $host | cut -c1-5 ) = lcsgi  ||  $host = ibmkisti ]]
4650    then
4651
4652          # KONFIGURATIONSDATEI UND MRUN_SCRIPT IN DAS SOURCE-VERZEICHNIS
4653          # KOPIEREN
4654       if [[ $restart_run != true ]]
4655       then
4656          cp  $config_file  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
4657          cp  ${PALM_BIN}/$mrun_script_name  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
4658       fi
4659
4660          # SOURCE-VERZEICHNIS VOM LOKALEN RECHNER PER SCP TRANSFERIEREN
4661          # (BEI JOBS AUF LOKALEM RECHNER REICHT CP)
4662       echo  "set -x"  >>  $jobfile
4663       if [[ $host = $localhost ]]
4664       then
4665          echo  "cp  -r  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname ."  >>  $jobfile
4666       else
4667          if [[ $host != ibmkisti ]]
4668          then
4669             echo  "scp  -r  $return_username@$return_addres:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname ."  >>  $jobfile
4670          else
4671                # on KISTI's IBM firewall is only opened on interactive node
4672             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
4673             echo  "ssh $remote_username@gaiad \"cd \$localdir; scp  -r  $return_username@$return_addres:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
4674          fi
4675       fi
4676       echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                      >>  $jobfile
4677
4678          # QUELLTEXTE, MRUN-SCRIPT UND KONFIGURATIONSDATEI IN DAS AKTUELLE
4679          # ARBEITSVERZEICHNIS VERSCHIEBEN
4680       echo  "mv  SOURCES_FOR_RUN_$fname/$config_file  . "       >>  $jobfile
4681       echo  "mv  SOURCES_FOR_RUN_$fname/$mrun_script_name  . "  >>  $jobfile
4682       echo  "execute_mrun=true"                                 >>  $jobfile
4683       echo  " "                                                 >>  $jobfile
4684
4685    else
4686
4687          # ABSPEICHERN DER QUELLTEXTE (NUR FALLS UEBERSETZT WERDEN SOLL)
4688          # SOWIE GEGEBENENFALLS DES MAKEFILES
4689       if [[ $do_compile = true ]]
4690       then
4691
4692          source_catalog=SOURCES_FOR_RUN_$fname
4693
4694              # UNTERVERZEICHNIS FUER QUELLTEXTE UND MAKEFILE ANLEGEN
4695              # MRUN WIRD DIESES VRZEICHNIS UEBER ENVIRONMENT VARIABLE
4696              # MITGETEILT (UEBERSTEUERT ANGABE IN KONFIGURATIONSDATEI)
4697          echo  "mkdir  SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
4698          echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                 >>  $jobfile
4699          echo  "cd     SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
4700
4701          for  filename  in  $source_list
4702          do
4703                # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
4704             echo  "cat > $filename << \"%END%\""              >>  $jobfile
4705             cat   $source_catalog/$filename                   >>  $jobfile
4706             echo  " "                                         >>  $jobfile
4707             echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
4708             echo  " "                                         >>  $jobfile
4709          done
4710
4711             # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
4712          echo  "cat > Makefile << \"%END%\""               >>  $jobfile
4713          cat   $source_catalog/Makefile                    >>  $jobfile
4714          echo  " "                                         >>  $jobfile
4715          echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
4716          echo  " "                                         >>  $jobfile
4717
4718          echo  "cd -  > /dev/null"                         >>  $jobfile
4719
4720       fi
4721
4722
4723          # ABSPEICHERN DER KONFIGURATIONSDATEI
4724          # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
4725       echo  "cat > $config_file << \"%END%\""      >>  $jobfile
4726       cat   $config_file                           >>  $jobfile
4727       echo  "%END%"                                >>  $jobfile
4728       echo  " "                                    >>  $jobfile
4729
4730
4731          # ABSPEICHERN DER AKTUELLEN MRUN-VERSION
4732          # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
4733       echo  "cat > $mrun_script_name <<\"%END%\""    >>  $jobfile
4734       cat   ${PALM_BIN}/$mrun_script_name            >>  $jobfile
4735       echo  "%END%"                                  >>  $jobfile
4736       echo  "chmod u+x $mrun_script_name"          >>  $jobfile
4737       echo  "execute_mrun=true"                    >>  $jobfile
4738       echo  " "                                    >>  $jobfile
4739
4740    fi
4741
4742
4743       # EVTL. BENOETIGTE INPUT-DATEIEN PER FTP HOLEN ODER DEM JOB DIREKT
4744       # MITGEBEN UND AUF DEM REMOTE-RECHNER IM BENUTZERVERZEICHNIS ABLEGEN
4745       # FALLS DIESES NICHT EXISTIERT, WIRD VERSUCHT, DAS JEWEILS LETZTE
4746       # UNTERVERZEICHNIS DES PFADNAMENS ANZULEGEN
4747    if [[ $do_remote = true ]]
4748    then
4749       (( i = 0 ))
4750       while (( i < iin ))
4751       do
4752          (( i = i + 1 ))
4753          echo  "[[ ! -d ${pathin[$i]} ]]  &&  mkdir -p  ${pathin[$i]}"  >>  $jobfile
4754          if [[ "${transin[$i]}" = job ]]
4755          then
4756             echo  "cat > ${remotepathin[$i]} <<\"%END%\""    >>  $jobfile
4757             eval cat   ${pathin[$i]}/${frelin[$i]}           >>  $jobfile
4758             echo  " "                                        >>  $jobfile
4759             echo  "%END%"                                    >>  $jobfile
4760          else
4761             echo  "batch_scp -b -o -g -s -u $return_username $return_addres ${remotepathin[$i]} \"${pathin[$i]}\" ${frelin[$i]}" >>  $jobfile
4762          fi
4763
4764             # UEBERPRUEFEN, OB DATEI ANGELEGT WERDEN KONNTE
4765          echo  "if [[ \$? = 1 ]]"                    >>  $jobfile
4766          echo  "then"                                >>  $jobfile
4767          echo  "   echo \" \" "                      >>  $jobfile
4768          echo  "   echo \"+++ file ${remotepathin[$i]} could not be created\" "   >>  $jobfile
4769          echo  "   echo \"    please check, if directory exists on $host!\" "  >>  $jobfile
4770          echo  "   echo \"+++ MRUN will not be continued\" "  >>  $jobfile
4771          echo  "   execute_mrun=false"               >>  $jobfile
4772          echo  "fi"                                  >>  $jobfile
4773       done
4774    fi
4775
4776       # ARBEITSKATALOG AUF DER LOKALEN MASCHINE FUER EVENTUELLE
4777       # FORTSETZUNGSLAUEFE PER ENV-VARIABLE UEBERGEBEN
4778    echo  "LOCAL_PWD=$working_directory"                >>  $jobfile
4779    echo  "export LOCAL_PWD"                            >>  $jobfile
4780
4781       # EBENSO LOKALEN MRUN-KATALOG UEBERGEBEN
4782    echo  "LOCAL_MRUN_PATH=$PALM_BIN"                   >>  $jobfile
4783    echo  "export LOCAL_MRUN_PATH"                      >>  $jobfile
4784
4785       # WORKAROUND FUER RIAM-NEC-JOBS WEGEN PROFILE-SCHWIERIGKEITEN
4786    if [[ $localhost_realname = "gate"  ||  $localhost = lctit ]]
4787    then
4788       echo  "export PALM_BIN=$PALM_BIN"                >>  $jobfile
4789    fi
4790
4791       # MRUN AUF ZIELRECHNER AUFRUFEN (queue is workaround for ibmkisti)
4792    echo  "set -x"                                      >>  $jobfile
4793    echo  "queue=$queue"                                >>  $jobfile
4794    echo  "[[ \$execute_mrun = true ]]  &&  ./$mrun_com"  >>  $jobfile
4795
4796    echo  'ls -al; echo `pwd`'                          >>  $jobfile
4797    echo  "cd \$HOME"                                   >>  $jobfile
4798    echo  "rm -rf  $TEMPDIR"                            >>  $jobfile
4799
4800
4801
4802
4803       # JOB PER SUBJOB STARTEN
4804    if [[ $silent = false ]]
4805    then
4806       printf "\n     "
4807    else
4808       printf "\n\n"
4809    fi
4810
4811    subjob  $job_on_file  -h $host  -u $remote_username -g $group_number -q $queue  -m $memory  -N $node_usage -t $cpumax  $XOPT  $TOPT  $OOPT  -n $fname  -v  -c $job_catalog  -e $email_notification  $jobfile
4812    rm -rf  $jobfile
4813
4814
4815 fi  # ENDE REMOTE-TEIL
4816
4817
4818
4819     # ENDE DER PROZEDUR
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.