source: palm/trunk/SCRIPTS/mrun @ 1047

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last commit documented / added nc2vdf

  • Property svn:keywords set to Id Rev
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1#!/bin/ksh
2
3#--------------------------------------------------------------------------------#
4# This file is part of PALM.
5#
6# PALM is free software: you can redistribute it and/or modify it under the terms
7# of the GNU General Public License as published by the Free Software Foundation,
8# either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
9#
10# PALM is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY
11# WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR
12# A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
13#
14# You should have received a copy of the GNU General Public License along with
15# PALM. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
16#
17# Copyright 1997-2012  Leibniz University Hannover
18#--------------------------------------------------------------------------------#
19#
20# Current revisions:
21# -----------------
22#
23# Former revisions:
24# -----------------
25# $Id: mrun 1047 2012-11-09 15:32:58Z maronga $
26#
27# 1046 2012-11-09 14:38:45Z maronga
28# code put under GPL (PALM 3.9)
29#
30# mrun - script for running PALM jobs
31
32
33     # Procedure for interactive/batch PALM runs (initial runs and automatic
34     # restart runs)
35
36     # Last changes:
37     # 03/03/94 - Siggi - Entwicklungsbeginn
38     # 21/03/94 - Siggi - Entwicklungsabschluss (Version 1.0)
39     # 09/12/94 - Siggi - allexport unterbunden; statt dessen werden jetzt ein-
40     #                    zelne Variable exportiert. Dies ist noetig, weil an-
41     #                    sonsten irgendein Speicher ueberlaeuft und von mrun
42     #                    aufgerufene Programme (z.B. stageout) mit Fehlern
43     #                    abbrechen (too many arguments)
44     # 20/06/95 - Siggi - noclobber muss explizit abgeschaltet, da jetzt
45     #                    defaultmaessig im RRZN-Profile eingeschaltet
46     # 10/06/97 - Siggi - Zusaetzliche Option -C bei cpp, damit // nicht
47     #                    wegfallen
48     # 25/04/00 - Siggi - Version 1.5
49     #                    remote_addres und remote_user in return_addres bzw.
50     #                    return_username umbenannt, return_username wird dem
51     #                    mrun-Aufruf im Job ueber Option -U mitgegeben.
52     #                    Neue Variable remote_username, die beim interaktiven
53     #                    mrun-Aufruf zwingend ueber die neue Option -u oder
54     #                    in der Konfigurationsdatei angegeben werden muss.
55     # 08/02/01 - Siggi - Alle mrun-Meldungen ins englische uebersetzt,
56     #                    Version 1.7
57     # 05/05/02 - Siggi - Uebersetzungen mittels make-Mechanismus moeglich
58     # 21/11/02 - Siggi - ENV-Variable XLFRTEOPTS wird vor Ausfuehrung auf
59     #                    IBM gesetzt, um Record-Laenge der NAMELIST-Dateien,
60     #                    zu bestimmen; Praeprozessoroptionen haben nun alle
61     #                    die Form -Dtext=text, weil auf IBM sonst text durch
62     #                    die leere Zeichenkette ersetzt wird
63     # 01/08/03 - Siggi  - Test of implementing dvrp+1PE on ibm
64     # 07/01/04 - Siggi  - additional preprocessor directive for ibm included
65     #                     (-D$OMP=OMP) in order to avoid problems with
66     #                     OMP_NUM_THREADS
67     # 04/01/05 - Siggi  - archiving on hanni and berni is done in separate
68     #                     tar files, one for each node used
69     # 07/01/04 - Siggi  - old code for t3e, vpp and hpcs eliminated
70     # 09/01/05 - Siggi  - workaround for getting the IP address on gfdl3
71     # 17/01/05 - Siggi  - job for data transfer to local machine now within
72     #                     job class c1 (HLRN)
73     # 27/01/05 - Siggi  - IP address workaround for gfdl3 removed
74     # 28/01/05 - Siggi  - tar-filenames on $PERM (HLRN) now include the
75     #                     base filename and cycle number
76     # 16/02/05 - Gerald - hababai validated
77     # 14/03/05 - Siggi  - abort on NEC after first runtime error (F_ERRCNT)
78     # 29/03/05 - Marcus - berni*-en0 validated
79     # 21/04/05 - Siggi  - transfer-job-protocol for avs-data is no more stored
80     # 24/04/05 - Siggi  - netcdf support on lcmuk
81     # 25/04/05 - Siggi  - netcdf support on gfld3 (decalpha)
82     # 11/05/05 - Siggi  - files with non-numeric extensions (.xxx after cycle
83     #                     number) can now be used within interactive runs
84     # 12/05/05 - Siggi  - netcdf support on ibm
85     # 13/05/05 - Siggi  - error in tar-filenames on $PERM (HLRN) removed
86     # 18/05/05 - Siggi  - netcdf support on nec
87     # 24/05/05 - Siggi  - netcdf support on ibms
88     # 14/06/05 - Siggi  - sleep interval after submit of restart job increased
89     #                     to 30 seconds
90     # 28/06/05 - Siggi  - bora adjusted to new intel compiler (LD_LIBRARY_
91     #                     PATH is temporarily set)
92     # 07/09/05 - Siggi  - setting of MP_EAGER_LIMIT switched off because it
93     #                     caused warnings in the job protocol
94     # 20/10/05 - Siggi  - update of netcdf-version on decalpha (gfdl3)
95     # 25/10/05 - Siggi  - error in listing files for getting the cycle number
96     #                     removed
97     # 26/10/05 - Siggi  - new paths for dvrp-library, transfer of catalogs
98     #                     realized by file attribute trpe
99     # 28/10/05 - Siggi  - if existing, the file extension is output in case
100     #                     of missing input file - no job abort in case of
101     #                     missing input files with file extensions
102     #                     (preliminary solution)
103     # 31/10/05 - Siggi  - data transfer from nech now within seperate job
104     # 04/11/05 - Siggi  - netcdf 3.6.0-p1 on ibmh/ibmb
105     # 07/12/05 - Siggi  - gallego and elephanta admitted
106     # 30/12/05 - Siggi  - gfdl5 (ibmy) admitted
107     # 10/01/06 - Siggi  - cpp directive for NetCDF 64bit support
108     # 20/01/06 - Siggi  - cpp directive for ibmy
109     # 09/02/06 - Siggi  - ibmy admitted for batch mode
110     # 13/04/06 - Siggi  - ostria admitted
111     # 18/04/06 - Siggi  - usage of OpenMP implemented (additional option -O)
112     # 10/05/06 - Siggi  - environment variable XLSMPOPTS set on IBM for
113     #                     optimization of OpenMP runs (option stacksize is
114     #                     necessary for large gridpoint numbers because
115     #                     otherwise a segmentation fault occurs)
116     # 23/05/05 - Siggi  - lctit (SUN Fire X4600) admitted
117     # 21/08/06 - Siggi  - standard mrun path on scirocco is as on bora
118     # 23/08/06 - Siggi  - netcdf support for scirocco (notebook)
119     # 20/09/06 - Marcus - add DVRP library on nech
120     # 24/10/06 - Siggi  - Environment variables for PALM steering are written
121     #                     on local NAMELIST file ENVPAR
122     # 24/11/06 - Siggi  - levanto admitted, maestro switched to ifc 9.1
123     # 28/11/06 - Siggi  - call to interpret_config.x_levanto because of SuSe 10
124     # 06/02/07 - Siggi  - add DVRP library on lcmuk
125     # 07/02/07 - Siggi  - revision of source code handling, source code is
126     #                     now expected in directory given by source_path and
127     #                     not in the current working directory, source code
128     #                     files provided in add_source_path are allways
129     #                     compiled, source code to be compiled is allways
130     #                     sampled in SOURCES_FOR_RUN_$fname which is a
131     #                     subdirectory of the current working directory,
132     #                     -s TEST  changed to  -s WRITE_PERMIT  or -s WP,
133     #                     adapted for RIAM (neck)
134     #                     bugfix for cycle number of output file (extout)
135     #                     all hpmuk-related code removed
136     # 14/02/07 - Siggi  - dvrp support for neck added
137     # 28/02/07 - Siggi  - empty lines in configuration file are accepted
138     #                     mrun_path replaced by PALM_BIN,
139     #                     all machines are calling interpret_config.x
140     # 14/03/07 - Siggi  - fimm admitted, revision number added to terminal
141     #                     output
142     # 16/03/07 - Siggi  - adjustments for lctit
143     # 29/03/07 - Siggi  - global revision transfered to batch job by new
144     #                     option -G
145     # 30/03/07 - Siggi  - compilation "by hand" removed, cpp-directives/options
146     #                     + netcdf/dvrp-options are read from configuration
147     #                     file, host identifier (local_host) is read from
148     #                     config file, code related to ftp filetransfer
149     #                     removed (incl. option -f)
150     # 19/06/07 - Siggi  - time limit for cdata jobs increased
151     # 25/07/07 - Siggi  - two sets of executables can be started on lcmuk,
152     #                     if new option -Y (coupling) is given,
153     #                     output of executables to aout_output removed,
154     #                     messages are immediately written to stdout instead
155     # 03/08/07 - Marcus - add XOPT="-X $numprocs" for lcfimm
156     # 09/08/07 - Marcus - workaround on lcfimm to propagate environment
157     #                     variables out to the nodes in coupled mode -disabled-
158     # 13/08/07 - Marcus - start local restart jobs per ssh on lcfimm
159     # 28/08/07 - Marcus - completely remove workaround on lcfimm to propagate
160     #                     environment variables out to the nodes in coupled mode
161     # 15/10/07 - Siggi  - Preliminary adjustments for lctit, based on Jin's
162     #                     suggestions
163     # 19/10/07 - Marcus - further adjustments for lctit: add new optional
164     #                     argument -g group_number, admit all sla* node_usage
165     #                     queues
166     # 30/10/07 - Marcus - further adjustments for queues on lctit
167     # 14/02/08 - Bjoern - link of restart files with long file name possible
168     # 28/02/08 - Marcus - If environment variable link_local_output is set to
169     #                     true, mrun tries "ln -f" on local output and resorts
170     #                     to "cp" or "cp -r" on error
171     # 15/04/08 - Siggi  - argument -c introduced to most of the subjob calls,
172     #                     which allows the user to choose his own job catalog
173     #                     by setting job_catalog in the configuration file
174     #                     (default is ~/job_queue),
175     #                     workaround for mpiexec with -env option,
176     #                     adjustments for lcxt4 (Bergen Center for Computational
177     #                     Science)
178     # 22/05/08 - Marcus - If environment variable link_local_input is set to
179     #                     true, mrun tries "ln -f" on local input and resorts
180     #                     to "cp" or "cp -r" on error
181     # 27/05/08 - Siggi  - PATH is set to PALM_BIN everywhere (missing so far)
182     # 14/07/08 - Siggi  - adjustments for lcsgih
183     # 08/08/08 - Marcus - typo removed in lcxt4 branch
184     # 17/09/08 - Siggi  - restart mechanism adjusted for lcsgi
185     # 02/10/08 - BjornM - argument "-Y" modified, adjustments for coupled runs
186     # 21/10/08 - Siggi  - bugfix for the case that -K has more than one
187     #                     argument
188     # 08/11/08 - Siggi  - bugfix for depository path settings in configuration
189     #                     file
190     # 11/11/08 - Siggi  - rules for using user code files changed: user
191     #                     code splitted into one file per subroutine,
192     #                     user can provide his/her own makefile, only
193     #                     default source-code filenames are allowed
194     # 14/11/08 - Siggi  - cond1 and cond2 are part of the depository name
195     # 08/01/09 - Siggi  - mpi module on sgi machines to be used can be set
196     #                     with environment variable mpilib
197     # 13/01/09 - Siggi  - totalview on hice/bice can be used in debug mode
198     #                     using environment variable totalview
199     # 25/02/09 - Siggi  - cputime-option (-t) is allowed to be omitted for
200     #                     interactive runs
201     # 05/03/09 - Siggi  - adjustments for new NEC-SX9 at RIAM (necriam)
202     # 16/03/09 - Siggi  - dvrp_lib, dvrp_inc replaced by dvr_lib, dvr_inc,
203     #                     dvr streaming server is automatically started using
204     #                     new variable dvr_server and a configuration file
205     #                     .dvrserver.config,
206     #                     processing of dvr output files using new script
207     #                     process_dvr_output implemented, in order to make
208     #                     dvr application more user friendly
209     # 20/03/09 - Marcus - update of n1ge command for lctit
210     # 16/04/09 - Siggi  - new option -y for precursor (uncoupled) ocean runs
211     #                     to be followed by a coupled atmosphere-ocean run
212     # 21/04/09 - Siggi  - adjustments for new IBM at DKRZ, which is now ibmh
213     # 24/06/09 - BjornM - adjustments for coupled/precursor runs on ibmy
214     # 08/07/09 - Siggi  - default value for email_notification is none,
215     #                     option -e added to subjob
216     # 19/08/09 - Marcus - MPI debug option
217     # 21/08/09 - Marcus - totalview on hice/bice also available for mvapich2
218     # 25/08/09 - BjornM - adpated for lck
219     # 26/08/09 - Siggi  - additional environment variables for mpt on ice2
220     # 26/08/09 - Marcus - adjustment for ice2 on lcsgib
221     # 29/09/09 - Siggi  - default value for archiving is false, option "-A"
222     #                     switches on archiving, archiving on SGI-ICE enabled
223     # 16/10/09 - Carolin- adjustments for archiving on SGI-ICE of binary files;
224     #                     adjustment for special1q
225     # 18/12/09 - Carolin- modification of archiving (permq)
226     # 01/02/10 - Siggi  - adapted for lcxt5m and lckyoto (Fujitsu HX600)
227     # 03/02/10 - Siggi  - make options (mopts) to be set by configuration file
228     #                     implemented
229     # 08/02/10 - Siggi  - loading of modules now controlled via configuration
230     #                     file (modules)
231     # 02/03/10 - Siggi  - for each block in the configuration file, separate
232     #                     utility programs are used, combine_plot_fields is
233     #                     directly called and must not be given by an output
234     #                     command in the configuration file any more
235     # 15/06/10 - Rieke  - ssh from compute nodes to login nodes on hosts
236     #                     lcsgih/lcsgib is done using the names
237     #                     hicegate0/bicegate0 instead of the IP addresses
238     # 17/08/10 - BjornM - adjustments for interactive runs on lcxt4
239     # 07/09/10 - Siggi  - bugfix for wrong netcdf/3.6.3 module on lcsgi
240     # 08/12/10 - Siggi  - new handling of openmp/hybrid runs, option -O
241     #                     has now argument threads_per_task
242     #                     adjustments for Kyushu Univ. (lcrte, ibmku)
243     # 14/12/10 - Siggi  - adjustments for new Tsubame system at Tokyo
244     #                     institute of technology (lctit)
245     # 23/12/10 - Micha  - different number of processors in ocean and
246     #                     atmosphere is now allowed
247     # 02/02/10 - Siggi  - further adjustments on Tsubame and concerning openMP
248     #                     usage
249     # 09/03/10 - Siggi  - adjustments for ibmkisti, mpt bugfix for netCDF4
250     #                     usage, totalview usage extended
251     # 17/03/11 - Siggi  - adjustments for openmp usage on ibmkisti
252     # 03/04/11 - Micha  - added lckordi
253     # 06/04/11 - BjornM - bugfix for runs with mpt on lcsgi
254     # 17/08/11 - Siggi  - extensions for impi library
255     # 18/08/11 - Siggi  - bugfix for local append of output files with suffix
256     #                     (.nc)
257     # 18/08/11 - Marcus - support for Linux OS with German locale
258     #                   - properly report hosts on general Linux clusters
259     # 29/08/11 - BjornW - adapted for lcflow (ForWind cluster in Oldenburg)
260     # 29/08/11 - Carolin- initiating restart-run: adjustment of the path at
261     #                     IMUK
262     # 15/09/11 - Siggi  - new option -w tp set the maximum number of parallel
263     #                     io streams, option -T is obligatory from now on
264     # 25/01/12 - BjornM - a namelist file check prior to the model run has
265     #                     been implemented (check_namelist_files).
266     #                     New option -z can be used to skip the check
267     # 03/02/12 - BjornM - namelist file check temporary disabled
268     #                     until severel bugs are fixed
269     # 08/02/12 - BjornM - bugfixes: skipping namelist file check in case of
270     #                     restart runs. check is now possible with topography
271     #                     and the -v (silent) option is considered
272     # 14/02/12 - BjornM/- bugfix: removed slash in \$queue, changed default
273     #            Farah    queue for lcsgi to testq, since bigq is not
274     #                     available on ice1
275     # 16/02/12 - BjornM - bugfix: replaced $localhost by $host in the ENVPAR
276     #                     file, which is generated for the namelist file check
277     # 17/02/12 - Siggi  - -z included in description of options (mrun ?)
278     # 22/02/12 - Siggi  - -s info updated
279     # 22/02/12 - Siggi  - case "-s WP" removed
280     # 28/02/12 - BjornM - further adjustments for namelist file check
281     # 09/03/12 - Siggi  - -T option not obligatory for lcflow
282     # 12/03/12 - Siggi  - tasks_per_node divisor check not for lcflow
283     # 21/03/12 - Matthias - default compiler on ibmh changed
284     # 02/05/12 - Bjoern  - lcxt4 is now lcxe6, adjustments for lcxe6,
285     #                      bugfixes for the parameter file check, initial
286     #                      commands on ssh calls sourced out to .mrun.config
287     # 05/06/12 - Bjoern  - bugfixes for the parameter file check on lcxe6.
288     #                      combine_plot_fields can be switched off by the
289     #                      new mrun option -Z
290     # 08/06/12 - Bjoern  - max_pr_user enabled for the namelist file check,
291     #                      sleep commands are now disabled in silent mode (-v)
292     # 06/08/12 - Bjoern  - update: system update at imuk now requires (new)
293     #                      initial shell commands on ssh calls (automatic
294     #                      restart runs were not possible)
295     # 22/08/12 - Bjoern  - bugfix: missing export statement in the previous
296     #                      update of the ssh calls
297     # 06/09/12 - Bjoern  - typo removed: "-D_parallel" -> "-D__parallel"
298     # 02/10/12 - Siggi   - adjusted for lcsb (urban00)
299     # 31/10/12 - Siggi   - -T option not obligatory for lcxt5m,
300     #                      tasks_per_node not checked for this machine
301     # 01/11/12 - Siggi   - adjusted for lckiaps
302     # 07/11/12 - Bjoern  - parameter file check adapted for batch jobs on
303     #                      local host
304
305
306 
307    # VARIABLENVEREINBARUNGEN + DEFAULTWERTE
308
309 set +o allexport    # SICHERHEITSHALBER UNTERBINDEN, DA SONST EVTL. STAGEOUT
310                     # NICHT LAUEFT (TOO MANY ARGUMENTS - PROBLEM)
311 set +o noclobber    # EXISTIERENDE DATEIEN DUERFEN UEBERSCHRIEBEN WERDEN
312
313 AddFilenames=""
314 additional_conditions=""
315 add_source_path=""
316 afname=""
317 archive_save=true
318 archive_system=none
319 check_namelist_files=true
320 combine_plot_fields=true
321 compiler_name=""
322 cond1=""
323 cond2="" 
324 config_file=.mrun.config
325 coupled_dist=""
326 coupled_mode="mpi1"
327 cpp_opts=""
328 cpp_options=""
329 cpumax=0
330 cpurest=0
331 delete_temporary_catalog=true
332 do_batch=false
333 do_compile=true
334 do_remote=false
335 do_stagein=true
336 do_stageout=true
337 do_trace=false
338 email_notification="none"
339 exclude=""
340 executable=""
341 execution_error=false
342 fimm=false
343 fname=test
344 fromhost=""
345 global_revision=""
346 group_number=none
347 host=""
348 host_file=""
349 hp=""
350 ignore_archive_error=false
351 input_list=""
352 interpreted_config_file=""
353 job_catalog="~/job_queue"
354 job_on_file=""
355 keep_data_from_previous_run=false
356 link_local_input=false
357 link_local_output=false
358 localhost_realname=$(hostname)
359 local_compile=false
360 local_dvrserver_running=.FALSE.
361 locat=normal
362 mainprog=""
363 makefile=""
364 max_par_io_str=""
365 mc=$0
366 while [[ $(echo $mc | grep -c "/") != 0 ]]
367 do
368    mc=`echo $mc | cut -f2- -d"/"`
369 done
370 module_calls=""
371 mrun_script_name=$mc
372 netcdf_inc=""
373 netcdf_lib=""
374 netcdf_support=false
375 node_usage=default
376 numprocs=""
377 numprocs_atmos=0
378 numprocs_ocean=0
379 OOPT=""
380 openmp=false
381 output_list=""
382 package_list=""
383 punkte="..........................................................."
384 queue=none
385 read_from_config=""
386 restart_run=false
387 if [[ `hostname` = rte10 ]]
388 then
389   return_addres=133.5.185.60
390   echo "+++ WARNING: fixed return_addres = $return_addres is used !!!!!"
391 elif [[ `hostname` = climate0 ]]
392 then
393   return_addres=165.132.26.68
394   echo "+++ WARNING: fixed return_addres = $return_addres is used !!!!!"
395 elif [[ `hostname` = urban00 ]]
396 then
397   return_addres=147.46.30.151
398   echo "+++ WARNING: fixed return_addres = $return_addres is used !!!!!"
399 else
400    return_addres=$(nslookup `hostname` 2>&1 | grep "Address:" | tail -1 | awk '{print $2}')
401 fi
402 return_password=""
403 return_username=$LOGNAME
404 remotecall=false
405 remote_username=""
406 run_coupled_model=false
407 run_mode=""
408 scirocco=false
409 store_on_archive_system=false
410 striche="  ----------------------------------------------------------------------------"
411 silent=false
412 source_list=""
413 source_path=SOURCE
414 tasks_per_node=""
415 threads_per_task=1
416 tmpcreate=false
417 tmp_data_catalog=""
418 transfer_problems=false
419 usern=$LOGNAME
420 use_openmp=false
421 working_directory=`pwd`
422 TOPT=""
423 XOPT=""
424 zeit=$( date | cut -c 12-19 )
425
426 typeset -i  iec=0 iic=0 iin=0 ioc=0 iout=0 memory=0 stagein_anz=0 stageout_anz=0
427 typeset -i  cputime i ii iia iii iio icycle inode ival jobges jobsek maxcycle minuten nodes pes sekunden tp1
428
429 typeset  -R30 calltime
430 typeset  -L20 spalte1
431 typeset  -L40 spalte2
432 typeset  -L60 spalte3
433 typeset  -L35 string1=`date`
434 typeset  -L12 string2=$usern
435 typeset  -L12 string3=$localhost_realname
436 typeset  -L12 string4
437 typeset  -L12 string5
438 typeset  -L30 version="MRUN  2.0 Rev$Rev: 1047 $"
439
440
441
442    # EINZELNE VARIABLE FUER HAUPTPROGRAMM EXPORTIEREN
443 export  cpurest fname host localhost return_addres return_username remotecall tasks_per_node
444
445    # FOLGENDE VARIABLEN MUESSEN FUER DIE INTERPRETATION DER KONFIGURATIONSDATEI
446    # EXPORTIERT WERDEN
447 export  afname config_file cpp_opts cpumax do_batch do_trace fname fromhost
448 export  group_number input_list memory numprocs output_list queue run_mode
449
450
451 
452    # FEHLERBEHANDLUNG
453    # BEI EXIT:
454 trap 'rm -rf  $working_directory/tmp_mrun
455       if [[ $locat != localhost ]]
456       then
457#          if [[ ! -f ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik ]]
458#          then
459#             cat  >  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik  <<  %STATEND%
460#MRUN-calls on $localhost
461#
462#date and time                      user        localhost   remotehost  termination mrun-command
463#--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
464#%STATEND%
465#             chmod  666  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik
466#          fi
467#
468#             # EINTRAG IN DIE STATISTIK-DATEI
469#          string4=$host
470#          string5=$locat
471#          if [[ "$job_on_file" = ""  &&  $locat != control_c  &&  $locat != user_abort ]]
472#          then
473#             if [[ $do_batch = true ]]
474#             then
475#                printf "$string1$string2$string3$string4$string5$mrun_com \n"  >>  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik
476#             else
477#                printf "$string1$string2$string3$string4$string5$mc \n"  >>  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik
478#             fi
479#          fi
480          echo " " > /dev/null
481       fi
482
483       if [[ $locat != normal  &&  $locat != control_c  &&  $locat != local_compile ]]
484       then
485
486              # EVENTUELLE ERROR-KOMMANDOS ABARBEITEN
487          (( i = 0 ))
488          while (( i < iec ))
489          do
490             (( i = i + 1 ))
491             printf "\n  *** Execution of ERROR-command:\n"
492             printf "  >>> ${err_command[$i]}\n"
493             eval  ${err_command[$i]}
494          done
495          if [[ -n $interpreted_config_file ]]  then
496             rm -rf  $interpreted_config_file
497          fi
498          if [[ -n .mrun_environment ]]  then
499             rm -rf  .mrun_environment
500          fi
501          if [[ $tmpcreate = true ]]
502          then
503             printf "\n  *** Contents of \"$TEMPDIR\":\n"
504             ls -al; cd
505             [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
506          fi
507          if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
508          then
509             echo "+++ killing dvrserver_id=$dvrserver_id"
510             kill $dvrserver_id
511          fi
512          if [[ -f ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID ]]
513          then
514             rm -rf  ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID
515          fi
516          printf "\n\n+++ MRUN killed \n\n"
517       elif [[ $locat != control_c ]]
518       then
519          printf "\n\n --> all actions finished\n\n"
520          printf "     Bye, bye $usern !!\n\n"
521       fi' exit
522
523
524    # BEI TERMINAL-BREAK:
525 trap 'rm -rf  $working_directory/tmp_mrun
526       rm -rf  $working_directory/tmp_check_namelist_files
527       [[ $tmpcreate = true ]]  &&  (cd; rm -rf $TEMPDIR)
528       if [[ -f ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID ]]
529       then
530          rm -rf  ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID
531       fi
532       if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
533       then
534          echo "+++ killing dvrserver_id=$dvrserver_id"
535          kill $dvrserver_id
536       fi
537       printf "\n+++ MRUN killed by \"^C\" \n\n"
538       locat=control_c
539       exit
540      ' 2
541
542
543    # CHECK IF THE PATH FOR THE PALM BINARIES (SCRIPTS+UTILITY-PROGRAMS) HAS
544    # BEEN SET
545 if [[ "$PALM_BIN" = "" ]]
546 then
547    printf "\n  +++ environment variable PALM_BIN has not been set"
548    printf "\n      please set it to the directory where the PALM scripts are located"
549    locat=palm_bin; exit
550 fi
551 export PATH=$PALM_BIN:$PATH
552
553
554
555    # SHELLSCRIPT-OPTIONEN EINLESEN UND KOMMANDO NEU ZUSAMMENSETZEN, FALLS ES
556    # FUER FOLGEJOBS BENOETIGT WIRD
557 while  getopts  :a:AbBc:Cd:D:Fg:G:h:H:i:IkK:m:M:n:o:O:p:P:q:r:R:s:St:T:u:U:vw:xX:yY:zZ option
558 do
559   case  $option  in
560       (a)   afname=$OPTARG;;
561       (A)   store_on_archive_system=true; mc="$mc -A";;
562       (b)   do_batch=true; mc="$mc -b";;
563       (B)   delete_temporary_catalog=false; mc="$mc -B";;
564       (c)   config_file=$OPTARG; mc="$mc -c$OPTARG";;
565       (C)   restart_run=true; mc="$mc -C";;
566       (d)   fname=$OPTARG; mc="$mc -d$OPTARG";;
567       (D)   cpp_opts="$cpp_opts $OPTARG"; mc="$mc -D'$OPTARG'";;
568       (F)   job_on_file="-D"; mc="$mc -F";;
569       (g)   group_number=$OPTARG; mc="$mc -g$OPTARG";;
570       (G)   global_revision=$OPTARG; mc="$mc -G'$OPTARG'";;
571       (h)   host=$OPTARG; mc="$mc -h$OPTARG";;
572       (H)   fromhost=$OPTARG; mc="$mc -H$OPTARG";;
573       (i)   input_list=$OPTARG; mc="$mc -i'$OPTARG'";;
574       (I)   ignore_archive_error=true; mc="$mc -I";;
575       (k)   keep_data_from_previous_run=true; mc="$mc -k";;
576       (K)   additional_conditions="$OPTARG"; mc="$mc -K'$OPTARG'";;
577       (m)   memory=$OPTARG; mc="$mc -m$OPTARG";;
578       (M)   makefile=$OPTARG; mc="$mc -M$OPTARG";;
579       (n)   node_usage=$OPTARG; mc="$mc -n$OPTARG";; 
580       (o)   output_list=$OPTARG; mc="$mc -o'$OPTARG'";;
581       (O)   use_openmp=true; threads_per_task=$OPTARG; mc="$mc -O$OPTARG";;
582       (p)   package_list=$OPTARG; mc="$mc -p'$OPTARG'";;
583       (P)   return_password=$OPTARG; mc="$mc -P$OPTARG";;
584       (q)   queue=$OPTARG; mc="$mc -q$OPTARG";;
585       (r)   run_mode=$OPTARG; mc="$mc -r'$OPTARG'";;
586       (R)   remotecall=true;return_addres=$OPTARG; mc="$mc -R$OPTARG";;
587       (s)   source_list=$OPTARG; mc="$mc -s'$OPTARG'";;
588       (S)   read_from_config=false; mc="$mc -S";;
589       (t)   cpumax=$OPTARG; mc="$mc -t$OPTARG";;
590       (T)   mrun_tasks_per_node=$OPTARG; mc="$mc -T$OPTARG";;
591       (u)   remote_username=$OPTARG; mc="$mc -u$OPTARG";;
592       (U)   return_username=$OPTARG; mc="$mc -U$OPTARG";;
593       (v)   silent=true; mc="$mc -v";;
594       (w)   max_par_io_str=$OPTARG; mc="$mc -w$OPTARG";;
595       (x)   do_trace=true;set -x; mc="$mc -x";;
596       (X)   numprocs=$OPTARG; mc="$mc -X$OPTARG";;
597       (y)   ocean_file_appendix=true; mc="$mc -y";;
598       (Y)   run_coupled_model=true; coupled_dist=$OPTARG; mc="$mc -Y'$OPTARG'";;
599       (z)   check_namelist_files=false; mc="$mc -z";;
600       (Z)   combine_plot_fields=false; mc="$mc -Z";;
601       (\?)  printf "\n  +++ unknown option $OPTARG \n"
602             printf "\n  --> type \"$0 ?\" for available options \n"
603             locat=parameter;exit;;
604   esac
605 done
606
607
608    # EVTL. POSITIONSPARAMETER EINLESEN
609    # ZUR ZEIT GIBT ES NUR DEN PARAMETER ? (=KURZINFO)
610 shift OPTIND-1
611
612
613    # KURZE AUFRUFBESCHREIBUNG WIRD HIER AUSGEGEBEN
614 if [[ "$1" = "?" ]]
615 then
616   (printf "\n  *** mrun can be called as follows:\n"
617    printf "\n      $mrun_script_name  -b -c.. -d.. -D.. -f.. -F -h.. -i.. -I -K.. -m.. -o.. -p.. -r.. -R -s.. -t.. -T.. -v -x -X.. -y -Y.. -z -Z <modus> \n"
618    printf "\n      Description of available options:\n"
619    printf "\n      Option  Description                              Default-Value"
620    printf "\n        -a    base name of input files                 equiv. -d"
621    printf "\n        -A    archiving when using file-attribute fl"
622    printf "\n        -b    batch-job on local machine               ---"
623    printf "\n        -B    do not delete temporary directory at end ---"
624    printf "\n        -c    configuration file                       .mrun.config"
625    printf "\n        -d    base name of files attached to program   test"
626    printf "\n        -D    preprocessor(cpp)-directives             \"\" "
627    printf "\n        -F    create remote job file only              ---"
628    printf "\n        -h    execution host                           $localhost_realname"
629    printf "\n        -i    INPUT control list                       \"\" "
630    printf "\n        -I    archiving errors of previous batch-jobs"
631    printf "\n              will be ignored"
632    printf "\n        -k    keep data from previous run"
633    printf "\n        -K    additional conditions for controling"
634    printf "\n              usage of conditional code and"
635    printf "\n              env-variables in configuration file      \"\" "
636    printf "\n        -m    memory demand in MB (batch-jobs)         0 MB"
637    printf "\n        -M    Makefile name                            Makefile"
638    printf "\n        -n    node usage (shared/not_shared)           depending on -h"
639    printf "\n        -o    OUTPUT control list                      \"\" "
640    printf "\n        -O    use OpenMP                               ---"
641    printf "\n        -p    software package list                    \"\" "
642    printf "\n        -q    queue                                    \"$queue\" "
643    printf "\n        -r    run control list (combines -i -o)        \"\" "
644    printf "\n        -s    filenames of routines to be compiled     \"\" "
645    printf "\n              must end with .f, .f90, .F, or .c !"
646    printf "\n              use \"..\" for more than one file and wildcards"
647    printf "\n              -s LM compiles all locally modified files"
648    printf "\n        -S    config file interpreted by shellscript   ---"
649    printf "\n        -t    allowed cpu-time in seconds (batch)      0"
650    printf "\n        -T    tasks per node                           depending on -h"
651    printf "\n        -u    username on remote machine               \"\" "
652    printf "\n        -v    no prompt for confirmation               ---"
653    printf "\n        -w    maximum parallel io streams              as given by -X"
654    printf "\n        -x    tracing of mrun for debug purposes       ---"
655    printf "\n        -X    # of processors (on parallel machines)   1"
656    printf "\n        -y    add appendix \"_O\" to all local output"
657    printf "\n              files (ocean precursor runs followed by"
658    printf "\n              coupled atmosphere-ocean runs)           ---"
659    printf "\n        -Y    run coupled model, \"#1 #2\" with" 
660    printf "\n              #1 atmosphere and #2 ocean processors    \"#/2 #/2\" depending on -X"
661    printf "\n        -z    disable a priori parameter file check    ---"
662    printf "\n        -Z    skip combine_plot_fields at the end of      "
663    printf "\n              the simulation                           ---"
664    printf "\n "
665    printf "\n      Possible values of positional parameter <modus>:"
666    printf "\n        \"?\"       -  this outline \n\n") | more
667    exit
668 elif [[ "$1" != "" ]]
669 then
670    printf "\n  +++ positional parameter $1 unknown \n"
671    locat=parameter; exit
672 fi
673
674
675
676    # KURZE STARTMELDUNG
677 printf "\n*** $version "
678 printf "\n    will be executed.     Please wait ..."
679
680
681
682    # PRUEFEN, OB KONFIGURATIONS-DATEI VORHANDEN
683 if [[ ! -f $config_file ]]
684 then
685    printf "\n\n  +++ configuration file: "
686    printf "\n           $config_file"
687    printf "\n      does not exist"
688    locat=connect; exit 
689 fi
690
691
692    # HOST-IDENTIFIER (local_host) AUS KONFIGURATIONSDATEI BESTIMMEN
693 line=""
694 grep  "%host_identifier"  $config_file  >  tmp_mrun
695 while read line
696 do
697    if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
698    then
699       HOSTNAME=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
700       host_identifier=`echo $line | cut -d" " -s -f3`
701       if [[ $localhost_realname = $HOSTNAME ]]
702       then
703          localhost=$host_identifier
704          break
705       fi
706    fi
707 done < tmp_mrun
708
709 if [[ "$localhost" = "" ]]
710 then
711    printf "\n\n  +++ no host identifier found in configuration file \"$config_file\""
712    printf "\n      for local host \"$localhost_realname\"."
713    printf "\n      Please add line"
714    printf "\n      \"\%host_identifier $localhost_realname <identifier>\""
715    printf "\n      to the configuration file."
716    locat=localhost; exit
717 fi
718
719
720    # HOSTSPEZIFISCHE VARIABLEN SETZEN
721 case  $localhost_realname  in
722     (r1*|r2*|h01*|b01*)     archive_system=tivoli;;
723     (cs*)                   archive_system=ut;;
724     (fimm.bccs.uib.no)      fimm=true;;
725     (gate|n-sx)             PATH=$PALM_BIN:$PATH:/usr/bin/nqsII;;
726     (scirocco)              scirocco=true;;
727 esac
728
729
730 
731    # BASISNAME DER INPUT-DATEIEN GLEICH ALLGEMEINEM BASISNAMEN SETZEN,
732    # WENN NICHT VOM BENUTZER ANDERS BESTIMMT
733 [[ "$afname" = "" ]]  &&  afname=$fname
734
735
736    # EVTL. RUN-MODUS DEN I/O-LISTEN HINZUFUEGEN
737 if [[ "$run_mode" != "" ]]
738 then
739    input_list="$input_list $run_mode"
740    output_list="$output_list $run_mode"
741 fi
742
743
744    # RECHNERNAMEN ABSPEICHERN, VON DEM AUS JOB GESTARTET WIRD,
745    # ALLERDINGS NUR DANN, WENN NICHT PER OPTION -H BEREITS EIN WERT
746    # ZUGEWIESEN WURDE (MRUN MACHT DIES IMMER, WENN ES SELBST BATCH-JOBS
747    # STARTET)
748 if [[ "$fromhost" = "" ]]
749 then
750    fromhost=$localhost
751 fi
752
753
754    # PRUEFEN, OB AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL
755    # WERT VON do_remote WIRD FUER DATEIVERBINDUNGEN BENOETIGT.
756    # WENN AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WIRD, IST GLEICHZEITIG KLAR,
757    # DASS EIN BATCH-JOB GESTARTET WERDEN MUSS
758 if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
759 then
760    do_batch=true
761    do_remote=true
762    case  $host  in
763        (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|ibmy|nech|necriam|lckyoto|lcsgib|lcsgih|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckiaps|lckordi|lcsb)  true;;
764        (*)  printf "\n"
765             printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
766             printf "\n      is not available"
767             locat=nqs; (( iec = 0 )); exit;;
768    esac
769 else
770    host=$localhost
771 fi
772
773
774     # ZUSATZBEDINGUNGEN (OPTION -K) AUSWERTEN
775 if [[ -n $additional_conditions ]]
776 then
777#    echo $additional_conditions | cut -d" " -f1-3 | read  cond1  cond2  dummy
778    cond1=`echo $additional_conditions | cut -d" " -f1`
779    cond2=`echo $additional_conditions | cut -d" " -s -f2`
780    dummy=`echo $additional_conditions | cut -d" " -s -f3`
781    if [[ -n $dummy ]]
782    then
783       printf "\n  +++ more than 2 additional conditions given for Option \"-K\""
784       locat=options; exit
785    fi
786    block=_$cond1
787    [[ -n $cond2 ]]  &&  block=${block}_$cond2
788 fi
789
790
791      # KOPPLUNGSEIGENSCHAFTEN (-Y) AUSWERTEN UND coupled_mode BESTIMMEN
792 if [[ $run_coupled_model = true ]] 
793 then
794
795    if  [[ -n $coupled_dist ]]
796    then
797
798       numprocs_atmos=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f1`
799       numprocs_ocean=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f2`
800
801       if (( $numprocs_ocean + $numprocs_atmos != $numprocs ))
802       then
803
804          printf "\n  +++ number of processors does not fit to specification by \"-Y\"."
805          printf "\n      PEs (total)     : $numprocs"
806          printf "\n      PEs (atmosphere): $numprocs_atmos"
807          printf "\n      PEs (ocean)     : $numprocs_ocean"
808          locat=coupling; exit
809
810       fi
811
812    else
813
814       (( numprocs_ocean = $numprocs / 2 ))
815       (( numprocs_atmos = $numprocs / 2 ))
816
817    fi
818    coupled_dist=`echo "$numprocs_atmos $numprocs_ocean"`
819
820       # GET coupled_mode FROM THE CONFIG FILE
821    line=""
822    grep  "%cpp_options.*-D__mpi2.*$host" $config_file  >  tmp_mrun
823    while read line
824    do
825       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" &&  ( $(echo $line | cut -d" " -s -f4) = $cond1 || $(echo $line | cut -d" " -s -f4)  = $cond2 ) ]]
826       then
827          coupled_mode="mpi2"
828       fi
829    done < tmp_mrun
830
831 fi
832
833
834    # PRUEFEN, OB EVTL. BEI VORHERGEHENDEM LAUF (KETTENJOB) EINE
835    # ARCHIVIERUNG FEHLGESCHLAGEN IST
836 if [[ -f ~/job_queue/ARCHIVE_ERROR_$fname ]]
837 then
838    if [[ $ignore_archive_error = false ]]
839    then
840       printf "\n  +++ data archiving of previous run failed"
841       printf "\n      see directory \~/job_queue on remote machine"
842       locat=archive; exit
843    else
844       printf "\n  +++ warning: data archiving in a previous run failed"
845       printf "\n      MRUN continues, trying to get backup copy"
846    fi
847 fi
848
849
850
851    # LESEN UND INTERPRETIEREN DER KONFIGURATIONS-DATEI VOM SHELLSCRIPT AUS
852    # VORUEBERGEHEND ZWINGEND AUF LINUX-RECHNERN
853 if [[ "$read_from_config" = false ]]
854 then
855
856    [[ $silent = false ]]  &&  printf "\n    Reading the configuration file... "
857    while  read zeile
858    do
859        [[ $silent = false ]]  &&  printf "."
860
861
862          # ZUERST EVENTUELL VORKOMMENDE ENVIRONMENT-VARIABLEN DURCH IHRE WERTE
863          # ERSETZEN
864       eval  zeile=\"$zeile\"
865
866
867          # INTERPRETATION DER ZEILE
868       if [[ "$(echo $zeile)" = "" ]]
869       then
870             # LEERZEILE, KEINE AKTION
871          continue
872
873       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1)"  =  "#" ]]
874       then
875
876             # ZEILE IST KOMMENTARZEILE
877          true
878
879       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1)"  =  "%" ]]
880       then
881
882             # ZEILE DEFINIERT ENVIRONMENT-VARIABLE
883          zeile=$(echo $zeile | cut -c2-)
884#          echo $zeile | cut -d" " -f1-5 | read  var  value  for_host  for_cond1  for_cond2
885          var=`echo $zeile | cut -d" " -f1`
886          value=`echo $zeile | cut -d" " -s -f2`
887          for_host=`echo $zeile | cut -d" " -s -f3`
888          for_cond1=`echo $zeile | cut -d" " -s -f4`
889          for_cond2=`echo $zeile | cut -d" " -s -f5`
890
891          if [[ "$for_host" = ""  ||  ( "$for_host" = $host  &&  "$for_cond1" = "$cond1"  &&  "$for_cond2" = "$cond2" )  ||  $(echo "$input_list$output_list"|grep -c "$for_host") != 0 ]]
892          then
893
894                # BEI COMPILER- CPP- ODER LINKEROPTIONEN EVTL ":" DURCH " "
895                # ERSETZEN. "::" WIRD DURCH ":" ERSETZT.
896             value=`echo $value | sed 's/::/%DUM%/g' | sed 's/:/ /g' | sed 's/%DUM%/:/g'`
897
898
899                # ENVIRONMENT-VARIABLE WIRD WERT AUS KONFIGURATIONSDATEI
900                # ZUGEWIESEN, WENN SIE SELBST NOCH KEINEN WERT UEBER DIE
901                # ENTSPRECHENDE SCRIPT-OPTION ERHALTEN HAT. SOLCHE
902                # VARIABLEN HAETTEN DANN DEN WERT "" ODER IM INTEGER-FALL DEN
903                # WERT 0.  ALLGEMEINE REGEL ALSO: SCRIPT-OPTION GEHT UEBER
904                # KONFIGURATIONSDATEI
905             if [[ "$(eval echo \$$var)" = ""  ||  "$(eval echo \$$var)" = "0" ]]
906             then
907                eval  $var=\$value
908
909                   # EVTL. BILDSCHIRMAUSGABEN DER ENVIRONMENT-VARIABLEN
910                if [[ $do_trace = true ]]
911                then
912                   printf "\n*** ENVIRONMENT-VARIABLE $var = $value"
913                fi
914             fi
915
916                # WENN ENVIRONMENT-VARIABLE HOST VEREINBART, DANN SOFORT AUSWERTEN
917                # WERT VON do-remote WIRD BEI DATEIVERBINDUNGEN BENOETIGT
918                # WENN AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WIRD, IST GLEICHZEITIG KLAR,
919                # DASS EIN BATCH-JOB GESTARTET WERDEN MUSS
920             if [[ $var = host ]]
921             then
922                if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
923                then
924                   do_batch=true
925                   do_remote=true
926                   case  $host  in
927                       (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|ibmy|lckyoto|lcsgib|lcsgih|nech|necriam|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckiaps|lckordi|lcsb)  true;;
928                       (*)  printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
929                            printf "\n      is not available"
930                            locat=nqs; exit;;
931                   esac
932                else
933                   host=$localhost
934                fi
935             fi
936
937                # VOM BENUTZER DEFINIERTE ENVIRONMENT VARIABLEN MUESSEN PRINZIPIELL
938                # EXPORTIERT WERDEN, DA SIE VIELLEICHT IN WEITER UNTEN AUFZURUFEN-
939                # DEN PROGRAMMEN BENOETIGT WERDEN
940             export  $var
941          fi
942
943
944
945
946       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "EC:" ]]
947       then
948
949             # ZEILE DEFINIERT ERROR-KOMMANDO
950          (( iec = iec + 1 ))
951          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
952          err_command[$iec]="$zeile"
953
954       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "IC:" ]]
955       then
956
957             # ZEILE DEFINIERT INPUT-KOMMANDO
958          (( iic = iic + 1 ))
959          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
960          in_command[$iic]="$zeile"
961
962       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "OC:" ]]
963       then
964
965             # ZEILE DEFINIERT OUTPUT-KOMMANDO
966          (( ioc = ioc + 1 ))
967          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
968          out_command[$ioc]="$zeile"
969
970       else
971
972             # ZEILE DEFINIERT DATEIVERBINDUNG. EINLESEN DER DATEIEIGENSCHAFTEN
973             # s2a: in/out - Feld
974             # s2b: loc    - Feld (optional)
975             # s2c: tr/ar  - Feld (optional)
976#          echo $zeile | cut -d" " -f1-2 | read  s1  s2
977          s1=`echo $zeile | cut -d" " -f1`
978          s2=`echo $zeile | cut -d" " -s -f2`
979          s2a=$(echo $s2 | cut -d":" -f1)
980          if [[ $(echo $s2 | grep -c ":") = 0 ]]
981          then
982             s2b=""
983             s2c=""
984          else
985#             echo $s2 | cut -d":" -f2-3 | sed 's/:/ /g' | read  s2b  s2c
986             s2b=`echo $s2 | cut -d":" -f2 | sed 's/:/ /g'`
987             s2c=`echo $s2 | cut -d":" -s -f3 | sed 's/:/ /g'`
988          fi
989#          echo $zeile | cut -d" " -f3-6 | read  s3  s4  s5  s6
990          s3=`echo $zeile | cut -d" " -f3`
991          s4=`echo $zeile | cut -d" " -s -f4`
992          s5=`echo $zeile | cut -d" " -s -f5`
993          s6=`echo $zeile | cut -d" " -s -f6`
994
995       
996             # ABSPEICHERN DER DATEIVERBINDUNG, FALLS IN INPUT- ODER OUTPUT-LIST
997             # VERMERKT. VARIABLE S3 KANN AUCH LISTE ENTHALTEN (FELDTRENNER ":")
998             # DATEIVERBINDUNG WIRD DANN NICHT ABGESPEICHERT UND GEPRUEFT, WENN
999             # PROGRAMMLAUF AUF REMOTE-MASCHINE ERFOLGT UND DATEI NUR LOKAL VOR-
1000             # HANDEN SEIN MUSS (D.H. s2b = loc)
1001          IFSALT="$IFS"; IFS="$IFS:"
1002          if [[ "$s2a" = in  &&  ! ( $do_remote = true  &&  ( "$s2b" = loc  ||  "$s2b" = locopt ) ) ]]
1003          then
1004             found=false
1005             for  actual  in  $input_list
1006             do
1007                for  formal  in  $s3
1008                do
1009                   [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-" ]]  &&  found=true
1010                done
1011             done
1012             if [[ $found = true ]]
1013             then
1014                (( iin = iin + 1 ))
1015                localin[$iin]=$s1; transin[$iin]=$s2b; actionin[$iin]=$s2c;
1016                typein[$iin]=$s3; pathin[$iin]=$s4; endin[$iin]=$s5;
1017                extin[$iin]=$s6
1018             fi
1019          elif [[ "$s2a" = out  &&  ! ( $do_remote = true  &&  "$s2b" = loc ) ]]
1020          then
1021             found=false
1022             for  actual  in  $output_list
1023             do
1024                for  formal  in  $s3 
1025                do
1026                   [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-"  ]]  &&  found=true
1027                done
1028             done
1029             if [[ $found = true ]]
1030             then
1031                (( iout = iout + 1 ))
1032                localout[$iout]=$s1; actionout[$iout]=$s2c; typeout[$iout]=$s3;
1033                pathout[$iout]=$s4; endout[$iout]=$s5; extout[$iout]=$s6
1034             fi
1035          elif [[ "$s2a" != in  &&  "$s2a" != out ]]
1036          then
1037             printf "\n  +++ I/O-attribute in configuration file $config_file has the invalid"
1038             printf "\n      value \"$s2\". Only \"in\" and \"out\" are allowed!"
1039             locat=connect; exit
1040          fi
1041          IFS="$IFSALT"
1042       fi
1043    done < $config_file
1044
1045 else
1046
1047
1048       # INTERPRETATION DER KONFIGURATIONSDATEI MITTELS FORTRAN 90 - PROGRAMM
1049    [[ $silent = false ]]  &&  printf "..."
1050    export  cond1 cond2 config_file do_remote do_trace input_list localhost output_list
1051    export  interpreted_config_file=.icf.$RANDOM
1052
1053
1054
1055       # ENVIRONMENT-VARIABLEN FUER INTERPRET_CONFIG UEBER NAMELIST_DATEI ZUR
1056       # VERFUEGUNG STELLEN
1057    cat  >  .mrun_environment  <<  %%END%%
1058 &mrun_environment  cond1 = '$cond1', cond2 = '$cond2',
1059                    config_file = '$config_file', do_remote = '$do_remote',
1060                    do_trace = '$do_trace', host = '$host',
1061                    input_list = '$input_list', icf = '$interpreted_config_file',
1062                    localhost = '$localhost', output_list = '$output_list' /
1063
1064%%END%%
1065
1066       # WERTE VON MRUN-OPTIONEN SICHERN UND DAMIT GEGEBENENFALLS SPAETER DIE
1067       # IN DER KONFIGURAIONSDATEI ANGEGEBENEN WERTE UEBERSTEUERN
1068    mrun_memory=$memory
1069    mrun_group_number=$group_number
1070    mrun_cpumax=$cpumax
1071    mrun_numprocs=$numprocs
1072
1073    if [[ $localhost_realname = "sx-fep" ]]
1074    then
1075       /home/COAR/NC/raasch/pub/interpret_config_necriam.x
1076    else
1077
1078       if [[ "$host" != $localhost ]]
1079       then
1080
1081             # REMOTE JOB FROM LOCAL HOST: JUST TAKE THE FIRST EXECUTABLE FOUND
1082          interpret_config_executable=`ls -1 ${PALM_BIN}/interpret_config*.x 2>/dev/null`
1083          if [[ $? != 0 ]]
1084          then
1085             printf "\n\n  +++ no interpret_config found"
1086             printf "\n      run \"mbuild -u -h ...\" to generate utilities for this host"
1087             locat=interpret_config; exit
1088          fi
1089          interpret_config_executable=`echo $interpret_config_executable | cut -d" " -f1`
1090          $interpret_config_executable
1091
1092       else
1093
1094             # CHECK, IF THERE IS AN EXECUTABLE FOR THE BLOCK
1095          if [[ ! -f ${PALM_BIN}/interpret_config${block}.x ]]
1096          then
1097             printf "\n\n  +++ no interpret_config found for given block \"$cond1 $cond2\""
1098             printf "\n      run \"mbuild -u -h ...\" to generate utilities for this block"
1099             locat=interpret_config; exit
1100          else
1101             interpret_config${block}.x
1102          fi
1103
1104       fi
1105    fi
1106    rm .mrun_environment
1107
1108
1109       # AUSFUEHRUNG DER GENERIERTEN SHELL-KOMMANDOS IN DIESER SHELL
1110    chmod  u+x  $interpreted_config_file
1111    export PATH=$PATH:.
1112    . $interpreted_config_file
1113    rm  $interpreted_config_file
1114
1115
1116       # OPTIONSWERTE UEBERSTEUERN KONFIGURATIONSDATEI
1117    [[ $mrun_memory     != 0   ]]  &&  memory=$mrun_memory
1118    [[ "$mrun_group_number" != "none" ]]  &&  group_number=$mrun_group_number
1119    [[ $mrun_cpumax     != 0   ]]  &&  cpumax=$mrun_cpumax
1120    [[ "$mrun_numprocs" != ""  ]]  &&  numprocs=$mrun_numprocs
1121    [[ "$max_par_io_str" != "" ]]  &&  maximum_parallel_io_streams=$max_par_io_str
1122    [[ "$mrun_tasks_per_node" != "" ]]  &&  tasks_per_node=$mrun_tasks_per_node
1123
1124 fi
1125
1126
1127    # QUELLTEXTVERZEICHNIS AUF LOKALER MASCHINE AUS KONFIGURATIONSDATEI
1128    # BESTIMMEN (WUERDE SONST EVTL. DAS VERZEICHNIS DES JEWEILS UNTER -h
1129    # ANGEGEBENEN REMOTE-RECHNERS SEIN)
1130    # BEI BATCH-JOBS SIND DIE ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE SCHON KOMPLETT
1131 if [[ "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1132 then
1133
1134       # ZUERST PRUEFEN, OB EIN GLOBALER QUELLTEXTPFAD FUER ALLE RECHNER
1135       # VEREINBART WURDE
1136    source_path=""
1137    line=""
1138    grep "%source_path" $config_file  >  tmp_mrun
1139    while read line
1140    do
1141       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
1142       then
1143          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -f3)" = "" ]]
1144          then
1145             global_source_path=`echo $line | cut -d" " -f2`
1146          fi
1147       fi
1148    done  <  tmp_mrun
1149
1150    line=""
1151    found=false
1152    grep  " $localhost" $config_file | grep "%source_path"  >  tmp_mrun
1153    while read line
1154    do
1155       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
1156       then
1157          if [[ $found = true ]]
1158          then
1159             printf "\n\n  +++ more than one source path found in configuration file"
1160             printf "\n      for local host \"$localhost\" "
1161             locat=source_path; exit
1162          fi
1163          source_path=`echo $line | cut -d" " -f2`
1164          found=true
1165       fi
1166    done  <  tmp_mrun
1167    rm  tmp_mrun
1168
1169    if [[ "$source_path" = "" ]]
1170    then
1171       if [[ "$global_source_path" != "" ]]
1172       then
1173          source_path=$global_source_path
1174       else
1175          printf "\n\n  +++ no source path found in configuration file"
1176          printf "\n      for local host \"$localhost\" "
1177          locat=source_path; exit
1178       fi
1179    fi
1180    eval source_path=$source_path
1181
1182    if [[ ! -d $source_path ]]
1183    then
1184       printf "\n\n  +++ source path \"$source_path\" on local host"
1185       printf "\n      \"$localhost\" does not exist"
1186       locat=source_path; exit
1187    fi
1188
1189 fi
1190
1191
1192    # GLOBALE REVISIONSNUMMER ERMITTELN (FORTSETZUNGSLAEUFEN WIRD DIESE
1193    # DURCH OPTION -G MITGETEILT)
1194 if [[ "$global_revision" = ""   &&  $host != "ibmkisti" ]]
1195 then
1196    global_revision=`svnversion $source_path  2>/dev/null`
1197    global_revision="Rev: $global_revision"
1198 fi
1199
1200
1201    # NOCHMAL PRUEFEN, OB AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL
1202    # (HOST KANN IN KONFIGURATIONSDATEI ANDERS FESTGELEGT WORDEN SEIN)
1203    # WERT VON do_remote WIRD FUER DATEIVERBINDUNGEN BENOETIGT.
1204    # WENN AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WIRD, IST GLEICHZEITIG KLAR,
1205    # DASS EIN BATCH-JOB GESTARTET WERDEN MUSS
1206 if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
1207 then
1208    do_batch=true
1209    do_remote=true
1210    case  $host  in
1211        (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|ibmy|lckyoto|lcsgib|lcsgih|nech|necriam|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckiaps|lckordi|lcsb)  true;;
1212        (*)  printf "\n"
1213             printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
1214             printf "\n      is not available"
1215             locat=nqs; (( iec = 0 )); exit;;
1216    esac
1217 else
1218    host=$localhost
1219 fi
1220
1221
1222    # PRUEFUNG EINIGER PROZESSORZAHLANGABEN BEI RECHNUNGEN AUF PARALLELRECHNERN
1223 if [[ "$cond1" = parallel  ||  "$cond2" = parallel ]]
1224 then
1225
1226       # PRUEFEN, OB DIE ANZAHL DER ZU VERWENDENDEN PES ANGEGEBEN WURDE
1227    if [[ ! -n $numprocs ]]
1228    then
1229       printf "\n"
1230       printf "\n  +++ option \"-K parallel\" requires additional specification"
1231       printf "\n      of the number of processors to be used by"
1232       printf "\n      mrun-option \"-X\" or by environment-variable"
1233       printf "\n      \"numprocs\" in the configuration file"
1234       locat=numprocs; (( iec = 0 )); exit 
1235    fi
1236
1237       # PRUEFEN, OB DIE PROZESSORANZAHL PRO KNOTEN ANGEGEBEN WURDE (GGF.
1238       # DEFAULT-WERT SETZEN) UND OB SIE EIN GANZZAHLIGER TEILER DER
1239       # GESAMTPROZESSORANZAHL IST
1240    if [[ "$tasks_per_node" = ""  &&  $host != lcflow  &&  $host != lcxt5m ]]
1241    then
1242       printf "\n"
1243       printf "\n  +++ option \"-T\" (tasks per node) is missing"
1244       printf "\n      set -T option or define tasks_per_node in the config file"
1245       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit 
1246    fi
1247    if [[ $host != lcflow  &&  $host != lcxt5m ]]
1248    then
1249       (( ival = $tasks_per_node ))
1250       (( pes = numprocs ))
1251#          if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics+1PE) = 1 ]]
1252#          then
1253#             (( pes = pes - 1 ))
1254#          fi
1255       (( ii = pes / ival ))
1256       if (( pes - ii * ival > 0 ))
1257       then
1258          printf "\n"
1259          printf "\n  +++ tasks per node (option \"-T\") must be an integral"
1260          printf "\n      divisor of the total number of processors (option \"-X\")"
1261          printf "\n      values of this mrun-call: \"-T $tasks_per_node\" \"-X $numprocs\""
1262          locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit 
1263       fi
1264    fi
1265
1266
1267       # IBMY HAT NUR EINEN KNOTEN
1268    if [[ $host = ibmy ]]
1269    then
1270       if [[ "$tasks_per_node" != ""  &&  "$tasks_per_node" != "$numprocs" ]]
1271       then
1272          printf "\n"
1273          printf "\n  +++ on ibmy, tasks per node (option \"-T\") must be equal to the"
1274          printf "\n      total number of processors (option \"-X\")"
1275          printf "\n      values of this mrun-call: \"-T $tasks_per_node\" \"-X $numprocs\""
1276          locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit 
1277       fi
1278    fi
1279
1280
1281       # SETTINGS FOR SUBJOB-COMMAND
1282    TOPT="-T $tasks_per_node"
1283    OOPT="-O $threads_per_task"
1284
1285       # GESAMTZAHL DER KNOTEN BESTIMMEN
1286    if [[ "$tasks_per_node" != "" ]]
1287    then
1288       (( nodes = numprocs / ( tasks_per_node * threads_per_task ) ))
1289    fi
1290
1291       # PRUEFEN, OB NODE USAGE EINEN ERLAUBTEN WERT HAT BZW. DEN DEFAULT
1292       # SETZEN
1293    if [[ $node_usage = default ]]
1294    then
1295       if [[ $host = ibms ]]
1296       then
1297          node_usage=shared
1298       elif [[ $(echo $host | cut -c1-5) = lcsgi ]]
1299       then
1300          node_usage=singlejob
1301       else
1302          node_usage=not_shared
1303       fi
1304    fi
1305
1306    if [[ $node_usage != shared  &&  $node_usage != not_shared  &&  $node_usage != singlejob  &&  "$(echo $node_usage | cut -c1-3)" != "sla" ]]
1307    then
1308       printf "\n"
1309       printf "\n  +++ node usage (option \"-n\") is only allowed to be set"
1310       printf "\n      \"shared\" or \"not_shared\""
1311       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit 
1312    fi
1313
1314 fi
1315
1316    # PRUEFEN, OB HOSTFILE EXISTIERT
1317 if [[ -n $hostfile ]]
1318 then
1319    if [[ ! -f $hostfile ]]
1320    then
1321       printf "\n"
1322       printf "\n  +++ hostfile \"$hostfile\" does not exist"
1323       locat=hostfile; exit
1324    fi
1325 fi
1326
1327    # PRUEFEN, OB RHOSTS DATEI EXISTIERT. GEGEBENENFALLS ANLEGEN BZW. ERWEITERN
1328 if [[ $host = ibmy  &&  $do_remote = false ]]
1329 then
1330    if [[ ! -f $HOME/.rhosts ]]
1331    then
1332       echo  "gfdl5.yonsei.ac.kr"  >  $HOME/.rhosts
1333       printf "\n\n  *** file:"
1334       printf "\n           $HOME/.rhosts"
1335       printf "\n      was created\n"
1336    fi
1337    if [[ $(grep -c gfdl5.yonsei.ac.kr $HOME/.rhosts) = 0 ]]
1338    then
1339       echo  "gfdl5.yonsei.ac.kr"  >>  $HOME/.rhosts
1340       printf "\n\n  *** file:"
1341       printf "\n           $HOME/.rhosts"
1342       printf "\n      was extended by the name of the current host\n"
1343    fi
1344 fi
1345
1346
1347    # Set default value for the maximum number of parallel io streams
1348 if [[ "$maximum_parallel_io_streams" = "" ]]
1349 then
1350    maximum_parallel_io_streams=$numprocs
1351 fi
1352
1353
1354    # FALLS NICHT VORGEGEBEN, DEFAULT-QUEUE AUF DER ZIELMASCHINE FESTLEGEN
1355 if [[ $queue = none ]]
1356 then
1357    case  $host  in
1358        (ibmh)       queue=no_class;;
1359        (ibmkisti)   queue=class.32plus;;
1360        (ibmy)       queue=parallel;;
1361        (lckiaps)    queue=normal;;
1362        (lckyoto)    queue=ph;;
1363        (lcsgib)     queue=testq;;
1364        (lcsgih)     queue=testq;;
1365        (lctit)      queue=S;;
1366        (nech)       queue=none;;
1367        (necriam)    queue=SP;;
1368        (unics)      queue=unics;;
1369    esac
1370 fi
1371
1372
1373    # VOLLSTAENDIGE DATEINAMEN DER INPUT-FILES BILDEN,
1374    # INPUT-DATEIEN AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND EVTL. HOECHSTE ZYKLUSNUMMER
1375    # ERMITTELN
1376 (( i = 0 ))
1377 while (( i < iin ))
1378 do
1379    (( i = i + 1 ))
1380    (( maxcycle = 0 ))
1381
1382       # NAMENSBILDUNG (EVTL. IST FESTER DATEINAME VORGEGEBEN)
1383    if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1384    then
1385       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${endin[$i]}  # REMOTE-PFAD ERST AUF
1386                                                    # REM-MASCHINE AUSWERTEN
1387       eval filename=${pathin[$i]}/${endin[$i]}
1388    else
1389       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}  # REMOTE-PFAD ERST AUF
1390                                                             # REM-MASCHINE AUSWERTEN
1391       eval filename=${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}
1392    fi
1393    eval pathname=${pathin[$i]}
1394
1395#   SAVE INPUT FILE NAME FOR PARAMETER FILE CHECK
1396    if [[ ("${transin[$i]}" = job) && (-f $filename) ]]
1397    then
1398       filename_input=$filename
1399    fi
1400
1401       # PRUEFEN AUF VORHANDENSEIN
1402    if [[ $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "not found") = 1  || \
1403          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "nicht gefunden") = 1  || \
1404          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "No such file") = 1  || \
1405          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "does not exist") = 1 ]]
1406    then
1407          # DATEIEN MIT EXTENSION (Z.B. NC) MUESSEN NICHT ZWINGEND VORHANDEN
1408          # SEIN, DESHALB IN SOLCHEN FAELLEN KEIN ABBRUCH. DIES IST NUR EINE
1409          # VORUEBERGEHENDE LOESUNG (OKT 05). NICHT ZWINGEND BENOETIGTE
1410          # EINGABEDATEIEN SOLLTEN EINE SPEZIELLE OPTION IN DER DATEI-
1411          # VERBINDUNGSANWEISUNG BEKOMMEN (Z.B. inopt?)
1412       if [[ "${transin[$i]}" != "locopt" ]]
1413       then
1414          printf "\n\n  +++ INPUT-file: "
1415          if [[ "${extin[$i]}" = "" ]]
1416          then
1417             printf "\n           $filename"
1418          else
1419             printf "\n           $filename.${extin[$i]}"
1420          fi
1421          printf "\n      does not exist\n"
1422          locat=input; exit
1423       else
1424          transin[$i]="unavailable"
1425       fi
1426    else
1427
1428          # ZYKLUSNUMMER FESTSTELLEN
1429       ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1430       ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1431       while  read zeile
1432       do
1433          cycle=$(print $zeile | cut -f2 -d".")
1434          if [[ "$cycle" = "$zeile" ]]
1435          then
1436             (( icycle = 0 ))
1437          elif [[ "$cycle" = "${extin[$i]}" ]]
1438          then
1439             (( icycle = 0 ))
1440          else
1441             (( icycle = $cycle ))
1442          fi
1443          if (( icycle > maxcycle ))
1444          then
1445             (( maxcycle = icycle ))
1446             file_to_be_used=$zeile
1447          fi
1448       done <filelist
1449       rm filelist
1450
1451          # EVTL. ZYKLUSNUMMER AN DATEINAMEN ANFUEGEN
1452       if (( maxcycle > 0 ))
1453       then
1454          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1455          then
1456             filename=${filename}.$maxcycle.${extin[$i]}
1457          else
1458             filename=${filename}.$maxcycle
1459          fi
1460       else
1461          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1462          then
1463             filename=${filename}.${extin[$i]}
1464          fi
1465       fi
1466       
1467          # DATEINAMEN OHNE PFAD ABER MIT ZYKLUSNUMMER ABSPEICHERN,
1468          # DA SPAETER BEI RUECKSPEICHERN VOM ARCHIVSYSTEM EVTL. BENOETIGT
1469       absnamein[$i]=$filename
1470       if (( maxcycle > 0 ))
1471       then
1472          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1473          then
1474             frelin[$i]=${endin[$i]}.$maxcycle
1475          else
1476             frelin[$i]=${afname}${endin[$i]}.$maxcycle
1477          fi
1478       else
1479          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1480          then
1481             frelin[$i]=${endin[$i]}
1482          else
1483             frelin[$i]=${afname}${endin[$i]}
1484          fi
1485       fi
1486
1487    fi
1488 done
1489   
1490    # VOLLSTAENDIGE DATEINAMEN (OHNE $ ODER ~) DER OUTPUT-FILES BILDEN,
1491    # OUTPUT-DATEIEN AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND EVTL. HOECHSTE ZYKLUSNUMMER
1492    # ERMITTELN ODER, FALLS NICHT VORHANDEN, PRUEFEN, OB SIE SICH ANLEGEN LASSEN
1493    # DIESE AKTIONEN FINDEN NICHT STATT, WENN PROGRAMM AUF REMOTE-MASCHINE
1494    # RECHNET UND DATEI ANSCHLIESSEND TRANSFERIERT WERDEN SOLL!
1495 (( i = 0 ))
1496 while (( i < iout ))
1497 do
1498    (( i = i + 1 ))
1499    if [[ ! ( $fromhost != $localhost  &&  ( "${actionout[$i]}" = tr || "${actionout[$i]}" = tra || "${actionout[$i]}" = trpe ) ) ]]
1500    then
1501       if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
1502       then
1503          actionout[$i]=""
1504       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe ]]
1505       then
1506          actionout[$i]=pe
1507       elif [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
1508       then
1509          actionout[$i]=a
1510       fi
1511       (( maxcycle = 0 ))
1512       eval filename=${pathout[$i]}/${fname}${endout[$i]}
1513       eval catalogname=${pathout[$i]}
1514       if [[ $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "not found") = 1  || \
1515             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "nicht gefunden") = 1  || \
1516             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "No such file") = 1  || \
1517             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "does not exist") = 1 ]]
1518       then
1519     
1520             # OUTPUT-DATEI NICHT VORHANDEN. PRUEFEN, OB ANLEGEN MOEGLICH.
1521          if  cat /dev/null > $filename 
1522          then
1523             rm  $filename
1524          else
1525
1526                # PRUEFEN, OB KATALOG VORHANDEN UND EVTL. DIESEN ANLEGEN
1527             if [[ ! -d $catalogname ]]
1528             then
1529                if  mkdir -p  $catalogname
1530                then
1531                   printf "\n\n  *** directory:"
1532                   printf "\n           $catalogname"
1533                   printf "\n      was created\n"
1534                else
1535                   printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1536                   printf "\n           $filename"
1537                   printf "\n      cannot be created, because directory does not exist"
1538                   printf "\n      and cannot be created either"
1539                   printf "\n"
1540                   locat=output  ; exit
1541                fi 2>/dev/null
1542             else
1543                printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1544                printf "\n           $filename"
1545                printf "\n      cannot be created, although directory exists"
1546                printf "\n"
1547                locat=output  ; exit
1548             fi
1549          fi 2>/dev/null
1550       else
1551
1552             # ZYKLUSNUMMER FESTSTELLEN
1553          ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1554          ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1555          while  read zeile
1556          do
1557             cycle=$(print $zeile | cut -f2 -d".")
1558             if [[ "$cycle" = "$zeile"  ||  "$cycle" = ${extout[$i]} ]]
1559             then
1560                (( icycle = 1 ))
1561             else
1562                (( icycle = $cycle + 1 ))
1563             fi
1564             if (( icycle > maxcycle ))
1565             then
1566                (( maxcycle = icycle ))
1567             fi
1568          done <filelist
1569          rm filelist
1570       fi
1571
1572          # EVTL. ZYKLUSNUMMER AN DATEINAMEN ANFUEGEN UND PRUEFEN, OB SICH
1573          # DATEI AUCH WIRKLICH ANLEGEN LAESST. IM APPEND-FALL MUSS AN DEN
1574          # HOECHSTEN VORHANDENEN ZYKLUS-ANGEHAENGT WERDEN. ANLAGEPRUEFUNG
1575          # IST DANN NATUERLICH NICHT ZULAESSIG BZW. MOEGLICH
1576       if [[ "${actionout[$i]}" != a ]]
1577       then
1578          if (( maxcycle > 0 ))
1579          then
1580             filename=${filename}.$maxcycle
1581             if  cat /dev/null > $filename 
1582             then
1583                rm  $filename
1584             else
1585                printf "\n  +++ OUTPUT-file:"
1586                printf "\n           $filename"
1587                printf "\n      cannot be created"
1588                locat=output  ; exit
1589             fi
1590          fi
1591       else
1592          (( maxcycle = maxcycle - 1 ))
1593          if (( maxcycle > 0 ))
1594          then
1595             filename=${filename}.$maxcycle
1596          fi
1597       fi
1598       
1599          # DATEINAMEN OHNE PFAD ABER MIT ZYKLUSNUMMER ABSPEICHERN,
1600          # DA SPAETER BEI ABLAGE AUF ARCHIVSYSTEM BZW. FUER
1601          # DATEI OUTPUT_FILE_CONNECTIONS EVTL. BENOETIGT
1602       pathout[$i]=$filename
1603       if (( maxcycle > 0 ))
1604       then
1605          frelout[$i]=${fname}${endout[$i]}.$maxcycle
1606       else
1607          frelout[$i]=${fname}${endout[$i]}
1608       fi
1609
1610    fi
1611 done
1612
1613
1614     # DAS DVR-PAKET ERFORDERT EINE ENTSPRECHENDE BIBLIOTHEK
1615 if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
1616 then
1617    if [[ "$dvr_inc" = "" ]]
1618    then
1619       printf "\n\n  +++ no value for \"dvr_inc\" given in configuration file"
1620       printf "\n      This is required for the dvrp_graphics package.\n"
1621       locat=dvr; exit
1622    fi
1623    if [[ "$dvr_lib" = "" ]]
1624    then
1625       printf "\n\n  +++ no value for \"dvr_lib\" given in configuration file"
1626       printf "\n      This is required for the dvrp_graphics package.\n"
1627       locat=dvr; exit
1628    fi
1629 fi
1630
1631
1632     # PRUEFEN, OB ENTWEDER HAUPTPROGRAMM ODER NUR EIN AUSFUEHRBARES
1633     # PROGRAMM VEREINBART WURDE (IN DIESEM FALL BRAUCHT IM WEITEREN NICHT
1634     # UEBERSETZT ZU WERDEN)
1635 if [[ "$mainprog" = ""  &&  "$executable" = "" ]]
1636 then
1637    printf "\n  +++ neither main program nor executable defined"
1638    locat=source; exit
1639 elif [[ "$mainprog" != ""  &&  "$executable" != "" ]]
1640 then
1641    printf "\n  +++ main program as well as executable defined"
1642    locat=source; exit
1643 elif [[ "$mainprog" = ""  &&  "$executable" != "" ]]
1644 then
1645    do_compile=false
1646 fi
1647
1648
1649    # SOURCE-VERZEICHNIS ZUM AUFSAMMELN DER ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE
1650    # ERZEUGEN. HIERHIN WERDEN SPAETER IM FALL VON BATCH-JOBS AUCH DAS MRUN-
1651    # SCRIPTS SOWIE DIE KONFIGURATIONSDATEI KOPIERT
1652 if [[ $restart_run != true  &&  "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1653 then
1654    rm -rf  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1655    mkdir   SOURCES_FOR_RUN_$fname
1656 fi
1657
1658
1659    # ALLE ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE ZUSAMMENSAMMELN
1660    # BEI BATCH-JOBS IST DIES NICHT NOETIG, WEIL DIE PROGRAMMTEILE BEREITS DURCH
1661    # DEN MRUN-AUFRUF ERMITTELT SIND, DER DEN BATCH-JOB GENERIERT HAT, UND
1662    # IM VERZEICHNIS SOURCES_FOR_RUN_... ABGELEGT SIND
1663 if [[ $do_compile = true  &&  "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1664 then
1665
1666    [[ "$source_list" = LM ]]  &&  source_list=LOCALLY_MODIFIED
1667
1668    if [[ "$source_list" = LOCALLY_MODIFIED ]]
1669    then
1670
1671          # MODIFIZIERTE DATEIEN DER SVN-ARBEITSKOPIE BESTIMMEN
1672       source_list=""
1673       cd  $source_path
1674
1675
1676          # PRUEFEN, OB VERZEICHNIS UEBERHAUPT UNTER SVN-KONTROLLE STEHT
1677       if [[ ! -d .svn ]]
1678       then
1679          printf "\n\n  +++ source directory"
1680          printf "\n         \"$source_path\" "
1681          printf "\n         is not under control of \"subversion\"."
1682          printf "\n         Please do not use mrun-option \"-s LOCALLY_MODIFIED\"\n"
1683       fi
1684
1685
1686          # ALLE MODIFIZIERTEN QUELLCODEDATEIEN AUFLISTEN
1687       Filenames=""
1688       svn status  >  tmp_mrun
1689       while  read line
1690       do
1691          firstc=`echo $line | cut -c1`
1692          if [[ $firstc = M  ||  $firstc = "?" ]]
1693          then
1694             Name=`echo "$line" | cut -c8-`
1695             extension=`echo $Name | cut -d. -f2`
1696             if [[ "$extension" = f90 || "$extension" = F90 || "$extension" = f || "$extension" = F || "$extension" = c ]]
1697             then
1698                Filenames="$Filenames "$Name
1699             fi
1700          fi
1701       done < tmp_mrun
1702
1703
1704          # DATEIEN NACH SOURCES_FOR_RUN_... KOPIEREN
1705       for  dateiname  in  $Filenames
1706       do
1707          cp  $dateiname  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1708          source_list=$source_list"$dateiname "
1709       done
1710
1711       cd -  > /dev/null
1712
1713
1714       # MITTELS OPTION -s ANGEGEBENE DATEIEN NACH SOURCES_FOR_RUN_... KOPIEREN
1715       # BEI AUTOMATISCHEN FORTSETZUNGSLAEUFEN SIND DORT SCHON ALLE DATEIEN
1716       # VORHANDEN
1717    elif [[ "$source_list" != ""  &&  $restart_run != true ]]
1718    then
1719
1720       cd  $source_path
1721
1722       for  filename  in  $source_list
1723       do
1724
1725             # QUELLTEXT-DATEI DARF KEINE PFADE BEINHALTEN
1726          if [[ $(print $filename | grep -c "/") != 0 ]]
1727          then
1728             printf "\n  +++ source code file:  $filename"
1729             printf "\n      must not contain (\"/\") "
1730             locat=source; exit
1731          fi
1732
1733          if [[ ! -f $filename ]]
1734          then
1735             printf "\n  +++ source code file:  $filename"
1736             printf "\n      does not exist"
1737             locat=source; exit
1738          else
1739             cp  $filename  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1740          fi
1741
1742       done
1743
1744       cd -  > /dev/null
1745
1746    fi
1747
1748
1749       # PRUEFEN, OB ENTWEDER HAUPTPROGRAMM VORHANDEN UND ES EVTL. IN DER
1750       # LISTE DER ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE MIT ENTHALTEN IST (WENN
1751       # NICHT, WIRD ES DIESER LISTE HINZUGEFUEGT)
1752    if [[ $restart_run != true ]]
1753    then
1754
1755       if [[ ! -f "$source_path/$mainprog" ]]
1756       then
1757          printf "\n\n  +++ main program:  $mainprog"
1758          printf "\n      does not exist in source directory"
1759          printf "\n      \"$source_path\"\n"
1760          locat=source; exit
1761       else
1762          if [[ $(echo $source_list | grep -c $mainprog) = 0 ]]
1763          then
1764             cp  $source_path/$mainprog  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1765             source_list=${mainprog}" $source_list"
1766          fi
1767       fi
1768    fi
1769
1770
1771       # MAKEFILE AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND KOPIEREN
1772       # BEI RESTART-LAEUFEN LIEGT ES SCHON IM VERZEICHNIS SOURCES_FOR_RUN...
1773    if [[ "$restart_run" != true ]]
1774    then
1775       [[ "$makefile" = "" ]]  &&  makefile=$source_path/Makefile
1776       if [[ ! -f $makefile ]]
1777       then
1778          printf "\n  +++ file \"$makefile\" does not exist"
1779          locat=make; exit
1780       else
1781          cp  $makefile  SOURCES_FOR_RUN_$fname/Makefile
1782       fi
1783    fi
1784
1785
1786       # DATEIEN AUS ZUSAETZLICHEM QUELLVERZEICHNIS HINZUFUEGEN
1787    if [[ $restart_run != true  &&  "$add_source_path" != "" ]]
1788    then
1789
1790          # GIBT ES DAS VERZEICHNIS UEBERHAUPT?
1791       if [[ ! -d $add_source_path ]]
1792       then
1793          printf "\n\n  +++ WARNING: additional source code directory"
1794          printf "\n      \"$add_source_path\" "
1795          printf "\n      does not exist or is not a directory."
1796          printf "\n      No source code will be used from this directory!\n"
1797          add_source_path=""
1798          if [[ $silent == false ]]
1799          then
1800             sleep 3
1801          fi
1802       else
1803
1804          cd $add_source_path
1805          found=false
1806
1807          Names=$(ls -1 *.f90 2>&1)
1808          [[ $(echo $Names | grep -c '*.f90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$Names"
1809          Names=$(ls -1 *.F90 2>&1)
1810          [[ $(echo $Names | grep -c '*.F90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1811          Names=$(ls -1 *.F 2>&1)
1812          [[ $(echo $Names | grep -c '*.F') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1813          Names=$(ls -1 *.f 2>&1)
1814          [[ $(echo $Names | grep -c '*.f') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1815          Names=$(ls -1 *.c 2>&1)
1816          [[ $(echo $Names | grep -c '*.c') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1817
1818          cd -  > /dev/null
1819          cd  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1820
1821             # COPY MAKEFILE IF EXISTING
1822          if [[ -f $add_source_path/Makefile ]]
1823          then
1824             printf "\n\n  *** user Makefile from directory"
1825             printf "\n      \"$add_source_path\" is used \n"
1826             if [[ $silent == false ]]
1827             then
1828                sleep 1
1829             fi
1830             cp  $add_source_path/Makefile  .
1831          fi
1832
1833          for  dateiname  in  $AddFilenames
1834          do
1835             if [[ -f $dateiname ]]
1836             then
1837                printf "\n  +++ source code file \"$dateiname\" found in additional"
1838                printf "\n      source code directory \"$add_source_path\" "
1839                printf "\n      but was also given with option \"-s\" which means that it should be taken"
1840                printf "\n      from directory \"$source_path\"."
1841                locat=source; exit
1842             fi
1843
1844             cp  $add_source_path/$dateiname  .
1845             source_list="$source_list $dateiname"
1846
1847                # CHECK IF FILE IS CONTAINED IN MAKEFILE
1848             if [[ $(grep -c $dateiname Makefile) = 0 ]]
1849             then
1850                printf "\n\n  +++ user file \"$dateiname\" "
1851                printf "\n      is not listed in Makefile \n"
1852                locat=source; exit
1853             else
1854
1855                # Default User-Interface von der Liste entfernen, falls Datei
1856                # ein User-Interface enthaelt
1857#             if [[ $( cat $dateiname | grep -c "END SUBROUTINE user_parin" ) != 0 ]]
1858#             then
1859#                if [[ $dateiname != user_interface.f90  &&  -f user_interface.f90 ]]
1860#                then
1861#                   rm -rf  user_interface.f90
1862#                   source_list=`echo $source_list | sed -e 's/user_interface.f90//'`
1863#                   printf "\n\n  *** default \"user_interface.f90\" removed from the files to be translated"
1864#                   printf "\n      since a user-interface is found in file"
1865#                   printf "\n      \"$add_source_path/$dateiname\" \n"
1866#                   sleep 3
1867#                else
1868                if [[ $found = false ]]
1869                then
1870                   found=true
1871                   printf "\n\n  *** following user file(s) added to the"
1872                   printf " files to be translated:\n      "
1873                fi
1874                printf "$dateiname  "
1875                if [[ $silent == false ]]
1876                then
1877                   sleep 0.5
1878                fi
1879
1880             fi
1881          done
1882          [[ $found = true ]]  &&  printf "\n"
1883          cd -  > /dev/null
1884       fi
1885    fi
1886
1887
1888       # ALLE UNTERPROGRAMME, DIE ZU VEREINBARTEN SOFTWAREPAKETEN GEHOEREN,
1889       # DER LISTE DER ZU UEBERSETZENDEN DATEIEN HINZUFUEGEN
1890    if [[ $restart_run != true  &&  -n $package_list ]]
1891    then
1892
1893       cd  $source_path
1894
1895       for  package  in  $package_list
1896       do
1897
1898          [[ $package = "dvrp_graphics+1PE" ]]  &&  package=dvrp_graphics
1899
1900             # ERMITTELE ALLE DATEIEN, DIE ZUM PAKET GEHOEREN
1901             # FEHLERMELDUNGEN WERDEN ABGEFANGEN, DA * AUCH VERZEICHNISSNAMEN
1902             # LIEFERT
1903          package_source_list=`grep "defined( __$package " * 2>/dev/null | cut -f1 -d:`
1904
1905
1906             # FUEGE DIESE DATEIEN DER LISTE DER ZU UEBERSETZENDEN DATEIEN
1907             # HINZU, FALLS SIE NOCH NICHT DAZUGEHOEREN
1908          for  source_list_name  in  $package_source_list
1909          do
1910             if [[ $(echo $source_list | grep -c $source_list_name) = 0 ]]
1911             then
1912
1913                    # NUR DATEIEN MIT GUELTIGEN ENDUNGEN VERWENDEN
1914                ending=`echo $source_list_name | cut -f2 -d.`
1915                if [[ "$ending" = f90  ||  "$ending" = F90  ||  "$ending" = f  ||  "$ending" = F  ||  "$ending" = c ]]
1916                then
1917                   cp  $source_list_name  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1918                   source_list="$source_list $source_list_name"
1919                fi
1920             fi
1921          done
1922       done
1923
1924       cd -  > /dev/null
1925    fi
1926
1927
1928       # MAKEFILE AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND KOPIEREN
1929       # BEI RESTART-LAEUFEN LIEGT ES SCHON IM VERZEICHNIS SOURCES_FOR_RUN...
1930#    if [[ "$restart_run" != true ]]
1931#    then
1932#       [[ "$makefile" = "" ]]  &&  makefile=$source_path/Makefile
1933#       if [[ ! -f $makefile ]]
1934#       then
1935#          printf "\n  +++ file \"$makefile\" does not exist"
1936#          locat=make; exit
1937#       else
1938#          cp  $makefile  SOURCES_FOR_RUN_$fname/Makefile
1939#       fi
1940#    fi
1941
1942 fi  # do_compile=true
1943
1944
1945    # FALLS PROGRAMMTEILE UEBERSETZT WERDEN SOLLEN, FOLGEN JETZT EINIGE
1946    # UEBERPRUEFUNGEN UND DAS SETZEN DER PRAEPROZESSOR-DIREKTIVEN
1947 if [[ $do_compile = true ]]
1948 then
1949
1950       # PRAEPROZESSOR-DIREKTIVEN ZUM SELEKTIVEN AUSWAEHLEN VON CODETEILEN
1951       # ZUSAMMENSETZEN
1952       # DIREKTIVEN ZUM AKTIVIEREN VON RECHNERSPEZIFISCHEM CODE
1953    if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1954    then
1955       cpp_options="${cpp_options},-D__ibm=__ibm"
1956    elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = nec ]]
1957    then
1958       cpp_options="$cpp_options -D__nec"
1959    elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-2) = lc ]]
1960    then
1961       cpp_options="$cpp_options -D__lc"
1962    else
1963       cpp_options="$cpp_options -D__$localhost"
1964    fi
1965
1966       # DIREKTIVEN DIE DURCH OPTION -K BESTIMMT WERDEN (Z.B. PARALLEL)
1967    if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1968    then
1969       [[ -n $cond1 ]]  &&  cpp_options="${cpp_options},-D__$cond1=__$cond1"
1970       [[ -n $cond2 ]]  &&  cpp_options="${cpp_options},-D__$cond2=__$cond2"
1971    else
1972       [[ -n $cond1 ]]  &&  cpp_options="$cpp_options -D__$cond1"
1973       [[ -n $cond2 ]]  &&  cpp_options="$cpp_options -D__$cond2"
1974    fi
1975
1976       # DIREKTIVEN DIE SOFTWAREPAKETE AKTIVIEREN (OPTION -p)
1977    if [[ -n $package_list ]]
1978    then
1979       for  package  in  $package_list
1980       do
1981          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1982          then
1983             if [[ $package != "dvrp_graphics+1PE" ]]
1984             then
1985                cpp_options="${cpp_options},-D__$package=__$package"
1986             else
1987                cpp_options="${cpp_options},-D__dvrp_graphics=__dvrp_graphics"
1988                export use_seperate_pe_for_dvrp_output=true
1989             fi
1990          else
1991             if [[ $package != "dvrp_graphics+1PE" ]]
1992             then
1993                cpp_options="$cpp_options -D__$package"
1994             else
1995                cpp_options="$cpp_options -D__dvrp_graphics"
1996                export use_seperate_pe_for_dvrp_output=true
1997             fi
1998          fi
1999       done
2000    fi
2001
2002       # DIREKTIVEN DIE DURCH OPTION -D FESTGELEGT SIND
2003    if [[ -n $cpp_opts ]]
2004    then
2005       for  popts  in  $cpp_opts
2006       do
2007          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
2008          then
2009             cpp_options="${cpp_options},-D__$popts=__$popts"
2010          else
2011             cpp_options="$cpp_options -D__$popts"
2012          fi
2013       done
2014    fi
2015
2016 else
2017
2018
2019       # BEI LOKALEN RECHNUNGEN PRUEFEN, OB EXECUTABLE VORHANDEN
2020    if [[ $do_remote = false ]]
2021    then
2022       if [[ ! -f $executable ]]
2023       then
2024          printf "\n  +++ executable file:  $executable"
2025          printf "\n      does not exist"
2026          locat=executable; exit
2027       fi
2028    fi
2029 fi
2030
2031
2032    # JOBMODUS FESTSTELLEN
2033 if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
2034 then
2035    jobmo=BATCH
2036 else
2037    jobmo=INTERACTIVE
2038 fi
2039
2040
2041    # no interactive runs on lctit
2042 if [[ $host = lctit  &&  $jobmo = INTERACTIVE  &&  $do_batch = false ]]
2043 then
2044    printf "\n  +++ no interactive runs allowed on host \"$host\" "
2045    printf "\n      please submit batch job using mrun option \"-b\" \n"
2046    locat=normal; exit
2047 fi
2048
2049
2050    # HOSTSPEZIFISCHE DEFAULT-COMPILER SETZEN, FALLS NICHT BEREITS
2051    # DURCH BENUTZER ANDERWEITIG VEREINBART
2052 if [[ "$compiler_name" = "" ]]
2053 then
2054
2055    printf "\n  +++ no compiler specified for \"$host $cond1 $cond2\""
2056    locat=compiler_name; exit
2057
2058 fi
2059
2060
2061    # COMPILER AUF RIAMS NEC UEBERSCHREIBEN
2062 [[ $localhost = necriam ]]  &&  compiler_name=mpif90
2063
2064
2065
2066    # TEMPORAEREN KATALOGNAMEN BESTIMMEN
2067 kennung=$RANDOM
2068 if [[ "$tmp_user_catalog" = "" ]]
2069 then
2070    if [[ $localhost = ibmh ]]
2071    then
2072       tmp_user_catalog=$SCRATCH
2073    elif [[ $localhost = nech ]]
2074    then
2075       tmp_user_catalog=$WRKSHR
2076    else
2077       tmp_user_catalog=/tmp
2078    fi
2079 fi
2080 TEMPDIR=$tmp_user_catalog/${usern}.$kennung
2081
2082
2083    # KATALOGNAMEN FUER ZWISCHENSPEICHERUNG VON FORTSETZUNGSLAUFDATEIEN
2084    # BESTIMMEN
2085 if [[ "$tmp_data_catalog" = "" ]]
2086 then
2087    if [[ $localhost = nech ]]
2088    then
2089       tmp_data_catalog=$WRKSHR/mrun_restart_data
2090    else
2091       tmp_data_catalog=/tmp/mrun_restart_data
2092    fi
2093 fi
2094
2095
2096    # EVENTUELL BEI LOKALEN RECHNUNGEN $-ZEICHEN IN ENVIRONMENT-VARIABLEN
2097    # ERSETZEN
2098 if [[ $do_remote = false  &&  $do_compile = true ]]
2099 then
2100    eval  fopts=\"$fopts\"
2101    eval  lopts=\"$lopts\"
2102 fi
2103
2104
2105
2106    # COMPILE- UND LINK-OPTIONEN BESTIMMEN
2107 fopts="$fopts $netcdf_inc $dvr_inc"
2108 lopts="$lopts $netcdf_lib $dvr_lib"
2109 ROPTS="$ropts"
2110 if [[ ( $(echo $host | cut -c1-3) = nec  ||  $(echo $host | cut -c1-3) = ibm  ||  $host = lckyoto  ||  $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib  ||  $host = lctit  ||  $host = lcfimm  ||  $host = lcxe6 ||  $host = lcxt5m || $host = lck || $host = lckiaps || $host = lckordi || $host = lcsb )  &&  -n $numprocs ]]
2111 then
2112    XOPT="-X $numprocs"
2113 fi
2114
2115
2116
2117    # PRUEFEN DER CPU-ZEIT. (CPUMAX WIRD ALS ENV-VARIABLE VOM HAUTPRO-
2118    # GRAMM BENOETIGT
2119 done=false
2120 while [[ $done = false ]]
2121 do
2122    cputime=$cpumax
2123    if (( $cputime == 0 ))
2124    then
2125       if [[ $do_batch = true ]]
2126       then
2127          printf "\n  +++ cpu-time is undefined"
2128          printf "\n  >>> Please type CPU-time in seconds as INTEGER:"
2129          printf "\n  >>> "
2130          read  cputime  1>/dev/null  2>&1
2131       else
2132          cputime=10000000   # NO CPU LIMIT FOR INTERACTIVE RUNS
2133       fi
2134    else
2135       done=true
2136    fi
2137    cpumax=$cputime
2138 done
2139
2140 (( minuten = cputime / 60 ))
2141 (( sekunden = cputime - minuten * 60 ))
2142
2143
2144    # PRUEFEN DER KERNSPEICHERANFORDERUNG
2145 if [[ $do_batch = true ]]
2146 then
2147    done=false
2148    while [[ $done = false ]]
2149    do
2150       if (( memory == 0 ))
2151       then
2152          printf "\n  +++ memory demand is undefined"
2153          printf "\n  >>> Please type memory in  MByte per process  as INTEGER:"
2154          printf "\n  >>> "
2155          read  memory  1>/dev/null  2>&1
2156       else
2157          done=true
2158       fi
2159    done
2160 fi
2161
2162
2163    # PRUEFEN, OB FUER REMOTE-RECHNUNGEN EIN BENUTZERNAME ANGEGEBEN WURDE
2164 if [[ $do_remote = true  &&  -z $remote_username ]]
2165 then
2166    while [[ -z $remote_username ]]
2167    do
2168       printf "\n  +++ username on remote host \"$host\" is undefined"
2169       printf "\n  >>> Please type username:"
2170       printf "\n  >>> "
2171       read  remote_username
2172    done
2173    mc="$mc -u$remote_username"
2174 fi
2175
2176    # CHECK FOR INITIAL COMMANDS AFTER LOGIN
2177 if [[ "$login_init_cmd" != "" ]]
2178 then
2179    export init_cmds="${login_init_cmd};"
2180 fi
2181
2182
2183    # set module load command and export for subjob
2184 if [[ "$modules" != "" ]]
2185 then
2186    if [[ $host = lctit ]]
2187    then
2188       export module_calls=". $modules"
2189    else
2190       export module_calls="module load ${modules};"
2191    fi
2192 fi
2193
2194    # bugfix for wrong netcdf module and for netCDF4 usage in case of mpt
2195 if [[ $host = lcsgib  ||  $host = lcsgih ]]
2196 then
2197    if [[ $(echo $module_calls | grep -c netcdf/3.6.3-intel) != 0 ]]
2198    then
2199       export module_calls="$module_calls export LD_LIBRARY_PATH=/sw/dataformats/netcdf/3.6.3-intel/lib:\$LD_LIBRARY_PATH;"
2200    fi
2201#     if [[ $(echo $module_calls | grep -c mpt) != 0 ]]
2202#     then
2203#        export module_calls="$module_calls export LD_LIBRARY_PATH=/sw/sgi/mpt/2011-02-07/lib:\$LD_LIBRARY_PATH;"
2204#        echo "*** module_calls = $module_calls"
2205#     fi
2206 fi
2207
2208
2209    # SET DEFAULT VALUE FOR MPI MODULE TO BE USED ON SGI-ALTIX
2210 if [[ $host = lcsgib  ||  $host = lcsgih ]]
2211 then
2212    if [[ $(echo $modules | grep -c mpt ) != 0 ]]
2213    then
2214       mpilib=mpt
2215    elif [[ $(echo $modules | grep -c mvapich ) != 0 ]]
2216    then
2217       mpilib=mvapich
2218    elif [[ $(echo $modules | grep -c impi ) != 0 ]]
2219    then
2220       mpilib=impi
2221    fi
2222 fi
2223
2224
2225
2226###########################################################################
2227# HEADER-AUSGABE
2228###########################################################################
2229
2230
2231 calltime=$(date)
2232 printf "\n"
2233# [[ $silent = false ]]  &&  clear
2234 printf "#--------------------------------------------------------------# \n"
2235 printf "| $version$calltime | \n"
2236 printf "|                                                              | \n"
2237 spalte1="called on:"; spalte2=$localhost_realname
2238 printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2239 if [[ $local_compile = false ]]
2240 then
2241    if [[ $do_remote = true ]]
2242    then
2243       spalte1="execution on:"; spalte2="$host (username: $remote_username)"
2244    else
2245       spalte1="execution on:"; spalte2="$host ($localhost_realname)"
2246    fi
2247 else
2248    spalte1="compiling test only!"; spalte2=""
2249 fi
2250 printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2251 if [[ -n $numprocs ]]
2252 then
2253    spalte1="number of PEs:"; spalte2=$numprocs
2254    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2255 fi
2256 if [[ -n $tasks_per_node ]]
2257 then
2258    spalte1="tasks per node:"; spalte2="$tasks_per_node (number of nodes: $nodes)"
2259    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2260 fi
2261 if [[ $maximum_parallel_io_streams != $numprocs ]]
2262 then
2263    spalte1="max par io streams:"; spalte2="$maximum_parallel_io_streams"
2264    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2265 fi
2266 if [[ $use_openmp = true ]]
2267 then
2268    spalte1="threads per task:"; spalte2="$threads_per_task"
2269    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2270 fi
2271 printf "|                                                              | \n"
2272 if [[ $do_compile = true ]]
2273 then
2274    if [[ "$mopts" != "" ]]
2275    then
2276       spalte1="make options:"; spalte2=$mopts
2277       printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2278       zeile=$(echo "$mopts" | cut -c41-)
2279       while [[ "$zeile" != "" ]]
2280       do
2281          spalte1=""
2282          spalte2=$zeile
2283          printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2284          zeile=$(echo "$zeile" | cut -c41-)
2285       done
2286    fi
2287
2288    spalte1="cpp directives:"; spalte2=$cpp_options
2289    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2290    zeile=$(echo "$cpp_options" | cut -c41-)
2291    while [[ "$zeile" != "" ]]
2292    do
2293       spalte1=""
2294       spalte2=$zeile
2295       printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2296       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c41-)
2297    done
2298
2299    spalte1="compiler options:"; spalte2="$fopts"
2300    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2301    zeile=$(echo "$fopts" | cut -c41-)
2302    while [[ "$zeile" != "" ]]
2303    do
2304       spalte1=""
2305       spalte2=$zeile
2306       printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2307       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c41-)
2308    done
2309
2310    spalte1="linker options:"; spalte2=$lopts
2311    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2312    zeile=$(echo "$lopts" | cut -c41-)
2313    while [[ "$zeile" != "" ]]
2314    do
2315       spalte1=""
2316       spalte2=$zeile
2317       printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2318       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c41-)
2319    done
2320
2321    spalte1="modules to be load:"; spalte2=$modules
2322    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2323    zeile=$(echo "$modules" | cut -c41-)
2324    while [[ "$zeile" != "" ]]
2325    do
2326       spalte1=""
2327       spalte2=$zeile
2328       printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2329       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c41-)
2330    done
2331
2332    spalte1="main program":; spalte2=$mainprog
2333    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2334 else
2335    spalte1=executable:; spalte2=$executable
2336    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2337 fi
2338 printf "|                                                              | \n"
2339 spalte1="base name of files":; spalte2=$fname
2340 printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2341 if [[ $fname != $afname ]]
2342 then
2343    spalte1="base name of input files":; spalte2=$afname
2344    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2345 fi
2346 spalte1="INPUT control list":; spalte2=$input_list
2347 printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2348 spalte1="OUTPUT control list":; spalte2=$output_list
2349 printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2350
2351 if [[ $do_batch = true  ||  "$LOADLBATCH" = yes ]]
2352 then
2353    spalte1="memory demand / PE":; spalte2="$memory MB"
2354    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2355    spalte1=CPU-time:; spalte2="$minuten:$sekunden"
2356    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2357 fi
2358
2359 if [[ $do_compile = true ]]
2360 then
2361    printf "|                                                              | \n"
2362    printf "| Files to be compiled:                                        | \n"
2363    zeile=$source_list
2364    while [[ "$zeile" != "" ]]
2365    do
2366       spalte3=$zeile
2367       printf "| $spalte3 | \n"
2368       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c61-)
2369    done
2370 fi
2371 printf "#--------------------------------------------------------------#"
2372
2373
2374
2375    # BEDINGTE AUSGABE DER DATEIVERBINDUNGEN
2376 if [[ $do_trace = true ]]
2377 then
2378    (( i = 0 ))
2379    while (( i < iin ))
2380    do
2381       (( i = i + 1 ))
2382       if (( i == 1 ))
2383       then
2384          printf "\n\n >>> INPUT-file assignments:\n"
2385       fi
2386       printf "\n     ${localin[$i]} :  ${absnamein[$i]}"
2387    done
2388    (( i = 0 ))
2389    while (( i < iout ))
2390    do
2391       (( i = i + 1 ))
2392       if (( i == 1 ))
2393       then
2394          printf "\n\n >>> OUTPUT-file assignments:\n"
2395       fi
2396       printf "\n     ${localout[$i]} :  ${pathout[$i]}"
2397    done
2398    (( i = 0 ))
2399    while (( i < iic ))
2400    do
2401       (( i = i + 1 ))
2402       if (( i == 1 ))
2403       then
2404          printf "\n\n >>> INPUT-commands:\n"
2405       fi
2406       printf "\n     ${in_command[$i]}" 
2407    done
2408    (( i = 0 ))
2409    while (( i < ioc ))
2410    do
2411       (( i = i + 1 ))
2412       if (( i == 1 ))
2413       then
2414          printf "\n\n >>> OUTPUT-commands:\n"
2415       fi
2416       printf "\n     ${out_command[$i]}" 
2417    done
2418 fi
2419
2420
2421    # ABFRAGEN BEI AUFRUF AUF LOKALER MASCHINE
2422 if [[ $remotecall = false  &&  $silent = false  &&  $jobmo != BATCH ]]
2423 then
2424    antwort=dummy
2425    printf "\n\n"
2426    while [[ "$antwort" != y  &&  "$antwort" != Y  &&  "$antwort" != n  &&  "$antwort" != N ]]
2427    do
2428       printf " >>> everything o.k. (y/n) ?  "
2429       read  antwort
2430    done
2431    if [[ $antwort = n  ||  $antwort = N ]]
2432    then
2433       locat=user_abort; (( iec = 0 )); exit
2434    fi
2435    if [[ $do_batch = true ]]
2436    then
2437       printf " >>> batch-job will be created and submitted"
2438    else
2439       if [[ $local_compile = false ]]
2440       then
2441          printf " >>> MRUN will now continue to execute on this machine"
2442       else
2443          printf " >>> a test compilation will now be carried out on this machine"
2444       fi
2445    fi
2446 fi
2447
2448#### PERFORM PARAMETER FILE CHECK (COUPLED RUNS ARE NOT SUPPORTED YET)
2449
2450#DEFINE VARIABLES FOR FREQUENTLY USED DIRECTORIES
2451 check_depository="${working_directory}/trunk/UTIL"
2452 check_sources="${working_directory}/tmp_check_namelist_files"
2453 skip_check=false
2454
2455#CHECK IF NAMELIST_FILE_CHECK HAS BEEN COMPILED SUCCESSFULLY
2456 if [[ ! -f $check_depository/check_namelist_files.tar ]]
2457 then
2458      skip_check=true 
2459      reason="run on remote host or parameter file check has not been compiled."
2460 fi
2461 if [[ ! -f $PALM_BIN/check_namelist_files.x ]]
2462 then
2463      skip_check=true 
2464      reason="parameter file check has not been compiled."
2465 fi
2466
2467#CHECK FOR PARALLEL RUN; OTHERWISE SKIP CHECK
2468 if [[ "$cond1" != "parallel"  &&  "$cond2" != "parallel" ]]
2469 then
2470     skip_check=true 
2471     reason="serial run."
2472 fi
2473
2474#ONLY PERFORM CHECK IF -z OPTION IS NOT SET, NO RESTART RUN IS CARRIED OUT AND IF THE EXECUTION HOST IS THE LOCAL HOST
2475 if [[ $check_namelist_files == false ]]
2476 then
2477     skip_check=true
2478     reason="-z option set."
2479 fi
2480
2481 if [[ $fromhost != $localhost ]]
2482 then
2483     skip_check=true
2484     reason="submitting host is local host." 
2485 fi 
2486
2487 if [[ $run_coupled_model == true ]]
2488 then
2489    skip_check=true
2490    reason="coupled run." 
2491 fi
2492
2493 if [[ $restart_run == true ]]
2494 then
2495    skip_check=true
2496    reason="restart run."     
2497
2498 fi
2499
2500#SKIP CHECK IN CASE OF RESTART RUN: CHECK WHETHER THE LAST CHAR IS "f" IN PARIN
2501 ((last_char = `echo $filename_input | wc -c` - 1))
2502 last_char=`echo $filename_input |cut -c$last_char`
2503 if [[ "$last_char" == "f" ]]
2504 then
2505    skip_check=true
2506    reason="restart run.)"
2507 fi 
2508
2509 if [[ $skip_check == false ]]
2510 then
2511
2512    tmp_check=${working_directory}/tmp_check
2513
2514#   GET TOPOGRAPHY PARAMETER FILE SUFFIX (USUALLY "_P3DF"). THIS FILE MIGHT IS
2515#   NOT NECESSARILY REQUIRED
2516    line=""
2517    found=false
2518    grep  "TOPOGRAPHY_DATA" $config_file  >  $tmp_check
2519    while read line1
2520    do
2521       line="$line1"
2522       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2523       then
2524          topo_suffix=`echo $line | tr -s " " | cut -d" " -s -f5`
2525          found=true
2526       fi
2527    done < $tmp_check
2528
2529    if [[ $found = false ]]
2530    then
2531       printf "\n  +++ no TOPOGRAPHY list entry found in the configuration file."
2532    fi
2533
2534    rm -rf ${working_directory}/tmp_check
2535
2536#   CHECK IF THE A P3DF FILE MUST BE CHECKED
2537    for  item  in  $input_list
2538    do
2539       if [[ "$item" == "restart" ]]
2540       then
2541          check_restart=1
2542       else
2543          check_restart=0
2544       fi
2545    done
2546
2547#   ERROR IF NO PARAMETER FILE WAS FOUND, OTHERWISE PROCEED
2548    if [[ (! -f $filename_input) && ( "$filename_input" != "") ]]
2549    then
2550       printf "\n\n  +++ ERROR: parameter file ($filename_input) not found." 
2551       locat=check_namelist; exit
2552    fi
2553   
2554#   CHECK IF THE RESTART PARAMETER FILE EXISTS (IF NECESSARY)
2555    if  [[ $check_restart == 1 ]]
2556    then
2557
2558
2559
2560       filenamef="${filename_input}f"
2561       if [[ ! -f $filenamef ]]
2562       then
2563          printf "\n\n  +++ WARNING: restart parameter file ($filenamef) is missing." 
2564          check_restart=0
2565          answer=dummy
2566          printf "\n\n"
2567
2568          if [[ $silent == false ]]
2569          then
2570             while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
2571             do
2572                printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
2573                read  answer
2574             done
2575             if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
2576             then
2577                printf "\n  +++ Aborting...."
2578                locat=normal; exit
2579             fi
2580          fi
2581       else
2582          check_restart=1
2583       fi
2584    fi
2585
2586#   CREATE TEMPORARY SOURCES_FOR_CHECK PATH
2587    mkdir $check_sources
2588    cd $check_sources
2589
2590
2591#   CHECK FOR USER CODE, OTHERWISE USE THE PRECOMPILED CHECK_NAMELIST_FILES.X
2592    if [[ -d $add_source_path ]]
2593    then
2594       printf "\n\n  *** copying files from $check_depository" 
2595       cp $check_depository/check_namelist_files.tar ./
2596
2597       printf "\n\n  *** untar of makefile and source files in $check_sources"
2598       tar -xf check_namelist_files.tar  >  /dev/null  2>&1
2599
2600       printf "\n\n  *** adding user code." 
2601       cp $add_source_path/* ./
2602       touch check_namelist_files.f90
2603
2604#      GET COMPILER OPTIONS AND PERFORM MAKE
2605       printf "\n\n  *** compiling code if necessary...\n"
2606
2607#      workaround for batch jobs on local machine (lcxe6)
2608       if [[ $do_batch == true && $do_remote == false ]]
2609       then
2610          eval $init_cmds
2611       fi
2612
2613       copts_check="-cpp -D__parallel -D__check"
2614       make -f Makefile_check F90=$compiler_name_ser  COPT="$copts_check"
2615
2616#      GET MAKE OUTPUT
2617       if [[ $? != 0 ]]
2618       then
2619          printf "\n  +++ error during make."       
2620          answer=dummy
2621          printf "\n\n"
2622          if [[ $silent == false ]]
2623          then
2624             while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
2625             do
2626                printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
2627                read  answer
2628             done
2629             if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
2630             then
2631                printf "\n  +++ Aborting..."
2632                rm -rf  $check_sources
2633                locat=normal; exit
2634             else
2635                skip_check=true
2636             fi
2637          else
2638             skip_check=true
2639          fi
2640       fi
2641    else
2642       cp $PALM_BIN/check_namelist_files.x ./
2643    fi
2644
2645    cp $filename_input ./PARIN
2646    if [[ $check_restart == 1 ]] 
2647    then
2648       cp $filenamef ./PARINF   
2649    fi
2650
2651    if [[ -f ${pathname}/${fname}${topo_suffix} && $skip_check == false ]]
2652    then
2653       printf "\n  *** adding topography data"
2654       cp ${pathname}/${fname}${topo_suffix} ./TOPOGRAPHY_DATA
2655
2656#      IN CASE OF TOPOGRAPHY AND HIGH GRID POINT NUMBERS, THE STACK SIZE
2657#      MUST BE INCREASED. THIS IS DUE TO THE ARRAY nzb_local AND topo_height,
2658#      WHICH REQUIRE SUFFICIENT MEMORY
2659       ulimit -s unlimited         
2660    fi
2661
2662#   CREATE ENVPAR FILE, WHICH IS NEEDED BY CHECK_NAMELIST_FILES.X
2663    cat  >  ENVPAR  <<  %%END%%
2664 &envpar  run_identifier = '$fname', host = '$host',
2665            write_binary = '$write_binary', tasks_per_node = $tasks_per_node,
2666            maximum_parallel_io_streams = $maximum_parallel_io_streams,
2667            maximum_cpu_time_allowed = ${cpumax}.,
2668            revision = '$global_revision',
2669            local_dvrserver_running = $local_dvrserver_running /
2670
2671%%END%%
2672
2673#   SAFETY CHECK: ONLY PROCEED IF THE PARAMETER CHECK PROGRAM WAS PROPERLY COMPILED
2674    if [[ ! -f check_namelist_files.x && $skip_check == false ]] then
2675       printf "\n  +++ WARNING: check_namelist_files.x not found."
2676       answer=dummy
2677       printf "\n\n"
2678
2679       if [[ $silent == false ]]
2680       then
2681          while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
2682          do
2683             printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
2684             read  answer
2685          done
2686          if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
2687          then
2688             printf "\n  +++ Aborting..."
2689             rm -rf  $check_sources
2690             locat=normal; exit
2691          else
2692             printf "\n  *** Skipping parameter file check."
2693         
2694          fi
2695      fi
2696       
2697    elif [[ $skip_check == false ]]
2698    then
2699#      STARTING THE PARAMETER FILE CHECK
2700       printf "\n\n  *** starting parameter file check..."
2701
2702#      CHECKING THE P3D FILE
2703       printf "\n\n      (1) checking $filename_input" 
2704       echo "$numprocs 0 0" > VARIN
2705       errors=`./check_namelist_files.x < VARIN 2>&1`
2706
2707       check_error=false
2708       if [[ "$errors" == "" ]]
2709       then
2710          printf " --> o.k."
2711       else
2712          printf " --> failed."
2713          check_error=true
2714          printf "\n\n  $errors"
2715       fi
2716
2717#      CHECKING THE PD3F FILE IF NECESSARY
2718       if [[ $check_restart == 1 && $check_error == false ]]
2719       then
2720          printf "\n\n      (2) checking $filenamef" 
2721
2722#         FIRST CHECK IF INITIALIZING_ACTIONS="READ_RESTART_DATA" IS SET IN &INIPAR LIST
2723          found=false
2724          cat PARINF|while read line
2725          do
2726             line=$(echo $line|sed 's/ //g')
2727             if [[ $line == *"&inipar"* ]]
2728             then
2729                start_search=true
2730             fi 
2731
2732             if [[ $start_search == true ]]
2733             then
2734                if [[ $line == *"initializing_actions='read_restart_data'"* ]]
2735                then
2736                   found=true
2737                   break
2738                fi
2739             fi
2740
2741             if [[ $line == *"/"* ]]
2742             then
2743                start_search=false
2744             fi 
2745
2746          done
2747
2748          if [[ $found = false ]]
2749          then
2750             printf "\n\n  +++ ERROR: initializing_actions = 'read_restart_data' not found"
2751             printf "\n      in &inipar list in $fname$p3df_suffix."
2752             rm -rf  $check_sources
2753             locat=check_namelist; exit
2754          fi
2755
2756#         READ max_user_pr FROM FILES
2757          if [[ -f parin_for_check ]]
2758          then
2759             read max_pr_user < parin_for_check
2760          else
2761             max_user_pr=0
2762          fi
2763
2764          echo "$numprocs 1 $max_pr_user" > VARIN
2765          errors=`./check_namelist_files.x < VARIN 2>&1`
2766
2767          if [[ "$errors" == "" ]]
2768          then
2769             printf " --> o.k."
2770          else
2771             printf " --> failed."
2772             check_error=true
2773             printf "\n\n  $errors"
2774          fi
2775       fi
2776   
2777#      REPORT ERRORS AND CONTINUE/EXIT
2778       if [[ $check_error == true ]]
2779       then
2780          printf "\n  +++ errors found in the parameter file!\n"
2781          answer=dummy
2782          printf "\n\n"
2783
2784          while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
2785          do
2786          printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
2787          read  answer
2788          done
2789
2790          if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
2791          then
2792             printf "\n  +++ Aborting..."
2793             rm -rf  $check_sources
2794             locat=normal; exit
2795          fi
2796        else
2797          printf "\n\n  *** parameter file(s) seem(s) to be o.k.\n"
2798        fi
2799        rm -rf $check_sources
2800    fi
2801 else
2802    printf "\n\n  +++ skipping parameter file check due to following reason: $reason" 
2803 fi
2804
2805    # DELETE TEMPORARY DIRECTORY AND FINISH NAMELIST FILE CHECK   
2806 rm -rf  $check_sources
2807 cd $working_directory
2808
2809
2810    # FALLS AUF DIESER MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL, WERDEN JETZT ENTSPRE-
2811    # CHENDE AKTIONEN DURCHGEFUEHRT
2812 if [[ $do_batch = false ]]
2813 then
2814
2815
2816       # TEMPORAEREN KATALOG ERZEUGEN
2817    mkdir -p  $TEMPDIR
2818    chmod  go+rx  $TEMPDIR
2819    tmpcreate=true
2820
2821       # set striping on lustre file system
2822#    if [[ $localhost = lcsgih ]]
2823#    then
2824#       lfs setstripe -s 8192k -c 16  $TEMPDIR
2825#       lfs getstripe $TEMPDIR
2826#    fi
2827
2828
2829       # SAEMTLICHE QUELLTEXT-DATEIEN BZW. AUSFUEHRBARES PROGRAMM IN
2830       # TEMPORAERES VERZEICHNIS KOPIEREN
2831    if [[ $do_compile = true ]]
2832    then
2833
2834          # ON NEC, COMPILATION IS DONE ON HOST CROSS VIA CROSS COMPILING
2835          # CREATE A TEMPORARY DIRECTORY ON THAT MACHINE (HOME MOUNTED VIA NFS)
2836       if [[ $localhost = nech ]]
2837       then
2838          TEMPDIR_COMPILE=$HOME/work/${usern}.$kennung
2839          if  mkdir -p  $TEMPDIR_COMPILE
2840          then
2841             printf "\n  *** \"$TEMPDIR_COMPILE\" "
2842             printf "\n      is generated as temporary directory for cross compiling\n"
2843          else
2844             printf "\n  +++ creating directory \"$TEMPDIR_COMPILE\" "
2845             printf "\n      needed for cross compilation failed"
2846             locat=compile
2847             exit
2848          fi
2849       else
2850          TEMPDIR_COMPILE=$TEMPDIR
2851       fi
2852
2853
2854          # PFADNAMEN FUER DAS MAKE-DEPOSITORY ERMITTELN
2855       line=""
2856       grep "%depository_path" $config_file  >  tmp_mrun
2857       while read line
2858       do
2859          if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2860          then
2861             if [[ "$(echo $line | cut -d" " -s -f3)" = "" ]]
2862             then
2863                global_depository_path=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
2864             fi
2865          fi
2866       done < tmp_mrun
2867
2868       line=""
2869       grep  " $localhost" $config_file | grep "%depository_path"  >  tmp_mrun
2870       while read line
2871       do
2872          if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2873          then
2874             if [[ "$(echo $line | cut -d" " -s -f4)" = "$cond1"  &&  "$(echo $line | cut -d" " -s -f5)" = "$cond2" ]]
2875             then
2876                local_depository_path=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
2877             fi
2878          fi
2879       done < tmp_mrun
2880
2881       if [[ "$local_depository_path" = "" ]]
2882       then
2883          if [[ "$global_depository_path" != "" ]]
2884          then
2885             local_depository_path=$global_depository_path
2886          else
2887             printf "\n\n  +++ no depository path found in configuration file"
2888             printf "\n      for local host \"$localhost\" "
2889             printf "\n      please set \"\%depository_path\" in configuration file\n"
2890             locat=config_file; exit
2891          fi
2892       fi
2893       eval local_depository_path=$local_depository_path
2894       [[ "$cond1" != "" ]]  &&  local_depository_path=${local_depository_path}_$cond1
2895       [[ "$cond2" != "" ]]  &&  local_depository_path=${local_depository_path}_$cond2
2896
2897
2898       basename=`print $mainprog | cut -f1 -d"."`
2899       eval make_depository=${local_depository_path}/${basename}_current_version.tar
2900       if [[ ! -f $make_depository ]]
2901       then
2902          printf "\n"
2903          printf "\n  *** WARNING: make depository \"$make_depository\" not found"
2904          printf "\n               \"make\" will fail, if the Makefile or other source files are missing\n"
2905       else
2906          cp  $make_depository  $TEMPDIR_COMPILE
2907          cd  $TEMPDIR_COMPILE
2908          tar -xf  $make_depository  >  /dev/null  2>&1
2909          cd -  > /dev/null
2910       fi
2911
2912       cp  SOURCES_FOR_RUN_$fname/*  $TEMPDIR_COMPILE
2913
2914    else
2915
2916       cp  $executable   ${TEMPDIR}/a.out
2917
2918    fi
2919
2920
2921       # WECHSEL IN TEMPORAEREN KATALOG
2922    cd  $TEMPDIR
2923    printf "\n  *** changed to temporary directory: $TEMPDIR"
2924
2925
2926       # OUTPUT-DATEI-VERBINDUNGEN AUF TEMPORAERER DATEI ABLEGEN
2927       # DIESE DATEI KANN VON SPAETER AUFZURUFENDEN BENUTZERPROZEDUREN GELESEN
2928       # WERDEN, UM ZU LOKALEN DATEINAMEN GEHOERENDE PERMANENTE NAMEN ZU
2929       # ERMITTELN
2930    (( i = 0 ))
2931    while (( i < iout ))
2932    do
2933       (( i = i + 1 ))
2934       if [[ "${actionout[$i]}" = tr  ||  "${actionout[$i]}" = tra  ||  "${actionout[$i]}" = trpe ]]
2935       then
2936          printf "${localout[$i]} ${actionout[$i]}\n${pathout[$i]}\n${localhost}_${fname}${endout[$i]}\n" >> OUTPUT_FILE_CONNECTIONS
2937       else
2938          printf "${localout[$i]} ${actionout[$i]}\n${pathout[$i]}\n${frelout[$i]}\n" >> OUTPUT_FILE_CONNECTIONS
2939       fi
2940    done
2941
2942
2943       # EVTL. UEBERSETZUNGSAKTIONEN STARTEN
2944    if [[ $do_compile = true ]]
2945    then
2946
2947
2948          # COMPILING WITH MAKE (ON NEC COMPILER IS CALLED ON HOST CROSS)
2949       printf "\n\n\n  *** compilation starts \n$striche\n"
2950       printf "  *** compilation with make using following options:\n"
2951       printf "      make depository:          $make_depository"
2952       if [[ "$mopts" != "" ]]
2953       then
2954          printf "      make options:             $mopts\n"
2955       fi
2956       printf "      compilername:             $compiler_name\n"
2957       printf "      compiler options:         $fopts\n"
2958       printf "      preprocessor directives:  $cpp_options \n"
2959       printf "      linker options:           $lopts \n"
2960       if [[ "$modules" != "" ]]
2961       then
2962          printf "      modules to be load:       $modules \n"
2963       fi
2964       printf "      source code files:        $source_list \n"
2965
2966       if [[ $localhost = nech ]]
2967       then
2968#         init_cmds was ". /SX/opt/etc/initsx.sh;"
2969          ssh  136.172.44.192 -l $usern "$init_cmds $module_calls cd \$HOME/work/${usern}.$kennung; sxmake $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2970          cp  $TEMPDIR_COMPILE/a.out  .
2971          [[ $? != 0 ]]  &&  compile_error=true
2972          rm -rf  $TEMPDIR_COMPILE
2973       elif [[ $localhost = ibmh ]]
2974       then
2975          printf "      compiler is called via ssh on \"plogin1\" \n"
2976          ssh  plogin1  -l $usern  "$init_cmds export PATH=/sw/ibm/xlf/13.1.0.8/usr/bin:$PATH; $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2977          [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2978          continue   # ANDERENFALLS IST STATUS=1, FALLS A.OUT VORHANDEN
2979       elif [[ $localhost = lcsgib ]]
2980       then
2981          printf "      compiler is called via ssh on \"bicegate0\" \n"
2982          ssh  bicegate0  -l $usern  "$init_cmds $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2983          [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2984          continue   # ANDERENFALLS IST STATUS=1, FALLS A.OUT VORHANDEN
2985       elif [[ $localhost = lcsgih ]]
2986       then
2987          printf "      compiler is called via ssh on \"hicegate0\" \n"
2988          ssh  hicegate0  -l $usern  "$init_cmds $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" 2>&1 "
2989          [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2990          continue   # ANDERENFALLS IST STATUS=1, FALLS A.OUT VORHANDEN
2991       elif [[ $localhost = lcflow ]]
2992       then 
2993          printf "      compiler is called via ssh on \"flow\" \n"
2994          ssh  flow02.hpc.uni-oldenburg.de -l $usern "$init_cmds $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out F90=$compiler_name COPT=\"$cpp_options\" F90FLAGS=\"$fopts\" LDFLAGS=\"$lopts\" "
2995          [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2996          continue   # ANDERENFALLS IST STATUS=1, FALLS A.OUT VORHANDEN
2997       else
2998          [[ "$init_cmds" != "" ]]  &&  eval $init_cmds
2999          [[ "$module_calls" != "" ]]  &&  eval $module_calls
3000          make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
3001
3002       fi
3003
3004       if [[ $? != 0  ||  "$compile_error" = true  ||  "$module_compile_error" = true ]]
3005       then
3006          printf "\n  +++ error occured while compiling or linking"
3007          locat=compile
3008
3009  # WORKAROUND: REMOVE IF CONSTRUCT LATER, BUT KEEP THE EXIT!
3010#          if [[ $localhost != lcsgib  &&  $localhost != lcsgih ]]
3011#          then
3012             exit
3013#          else
3014#             locat=normal
3015#          fi
3016       else
3017          printf "$striche\n  *** compilation finished \n"
3018       fi
3019    fi
3020
3021
3022       # FALLS NUR TESTWEISE KOMPILIERT WERDEN SOLLTE, IST MRUN JETZT FERTIG
3023    if [[ $local_compile = true ]]
3024    then
3025       cd  $HOME
3026       rm -rf $TEMPDIR
3027       locat=local_compile; exit
3028    fi
3029
3030
3031       # BEREITSTELLEN DER INPUT-DATEIEN
3032       # SCHLEIFE UEBER ALLE VOM BENUTZER ANGEGEBENEN DATEIEN
3033    (( i = 0 ))
3034    while (( i < iin ))
3035    do
3036       (( i = i + 1 ))
3037       if (( i == 1 ))
3038       then
3039          printf "\n\n  *** providing INPUT-files:\n$striche"
3040       fi
3041
3042
3043          # OPTIONALE DATEIEN BEI NICHTVORHANDENSEIN UEBERGEHEN
3044       if [[ "${transin[$i]}" = unavailable ]]
3045       then
3046          if [[ "${extin[$i]}" = ""  ||  "${extin[$i]}" = " " ]]
3047          then
3048             printf "\n  +++ WARNING: input file \"${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}\" "
3049             printf "\n               is not available!"
3050          else
3051             printf "\n  +++ WARNING: input file \"${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}.${extin[$i]}\" "
3052             printf "\n               is not available!"
3053          fi
3054          continue
3055       fi
3056
3057          # PRUEFEN, OB EINZELDATEI ODER DATEI PRO PROZESSOR
3058       files_for_pes=false; datentyp=file
3059       if [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  -n $numprocs ]]
3060       then
3061          files_for_pes=true; datentyp=directory
3062          actionin[$i]=""
3063       elif [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  ! -n $numprocs ]]
3064       then
3065          actionin[$i]=""
3066       elif [[ "${actionin[$i]}" = arpe  &&  -n $numprocs ]]
3067       then
3068          files_for_pes=true; datentyp=directory
3069          actionin[$i]="ar"
3070       elif [[ "${actionin[$i]}" = arpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3071       then
3072          actionin[$i]="ar"
3073       elif [[ "${actionin[$i]}" = flpe  &&  -n $numprocs ]]
3074       then
3075          files_for_pes=true; datentyp=directory
3076          actionin[$i]="fl"
3077       elif [[ "${actionin[$i]}" = flpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3078       then
3079          actionin[$i]="fl"
3080       fi
3081
3082       if [[ $files_for_pes = true ]]
3083       then
3084          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}/....  to  ${localin[$i]}"
3085       else
3086          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}  to  ${localin[$i]}"
3087       fi
3088
3089          # INPUT-DATEI FUER EINEN FORTSETZUNGSLAUF. ES WIRD GEPRUEFT,
3090          # OB DIESE DATEI NOCH AUF DEM TEMPORAEREN DATENKATALOG VORHANDEN
3091          # IST. FALLS NICHT, WIRD VERSUCHT, SIE ANSCHLIESSEND VOM ARCHIV-
3092          # SERVER ZU HOLEN
3093       if [[ "${actionin[$i]}" = fl ]]
3094       then
3095          printf "\n      $datentyp will be fetched from temporary directory \"${tmp_data_catalog}\" !"
3096          if [[ $files_for_pes = false ]]
3097          then
3098             if [[ -f "$tmp_data_catalog/${frelin[$i]}" ]]
3099             then
3100                ln  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
3101                got_tmp[$i]=true
3102             elif [[ -f "$WORK/${frelin[$i]}"  &&  $ignore_archive_error = true ]]
3103             then
3104                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" !"
3105                printf "\n  *** trying to use backup copy in \"$WORK\" "
3106                cp  $WORK/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
3107             else
3108                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" "
3109                printf "\n      or \"$tmp_data_catalog\" does not exist!"
3110                printf "\n  *** trying to get copy from archive"
3111                actionin[$i]=ar
3112             fi
3113          else
3114             if [[ -d "$tmp_data_catalog/${frelin[$i]}" ]]
3115             then
3116                mkdir  ${localin[$i]}
3117                cd $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
3118                for file in $(ls *)
3119                do
3120                   ln $file $TEMPDIR/${localin[$i]}
3121                done
3122                cd $TEMPDIR
3123                got_tmp[$i]=true
3124             elif [[ -d "$WORK/${frelin[$i]}"  &&  $ignore_archive_error = true ]]
3125             then
3126                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" !"
3127                printf "\n  *** trying to use backup copy in \"$WORK\" "
3128                cp -r  $WORK/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
3129             else
3130                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" "
3131                printf "\n      or \"$tmp_data_catalog\" does not exist!"
3132                printf "\n  *** trying to get copy from archive"
3133                actionin[$i]=ar
3134             fi
3135          fi
3136       fi
3137
3138
3139          # DATEI LIEGT AUF ARCHIV-SERVER
3140       if [[ "${actionin[$i]}" = ar ]]
3141       then
3142
3143          if [[ $files_for_pes = false ]]
3144          then
3145             printf "\n      file will be restored from archive-system ($archive_system)!"
3146          else
3147             printf "\n      directory will be restored from archive-system ($archive_system)!"
3148          fi
3149
3150          file_restored=false
3151
3152          if [[ $archive_system = asterix ]]
3153          then
3154             do_stagein=true
3155             (( stagein_anz = 0 ))
3156             while [[ $do_stagein = true ]]
3157             do
3158                if [[ $files_for_pes = false ]]
3159                then
3160                   stagein  -O  ${frelin[$i]}  >  STAGEIN_OUTPUT
3161                else
3162                   stagein  -t  -O  ${frelin[$i]}  >  STAGEIN_OUTPUT
3163                fi
3164                cat  STAGEIN_OUTPUT
3165                if [[ $(grep -c "st.msg:i24"  STAGEIN_OUTPUT) != 0 ]]
3166                then
3167                   file_restored=true
3168                   do_stagein=false
3169                else
3170                   (( stagein_anz = stagein_anz + 1 ))
3171                   if (( stagein_anz == 10 ))
3172                   then
3173                      printf "\n  +++ stagein stoped after 10 tries"
3174                      locat=stage
3175                      exit
3176                   fi
3177                   printf "\n  +++ restoring from archive failed, trying again:"
3178                   sleep 900
3179                fi
3180             done
3181          elif [[ $archive_system = DMF ]]
3182          then
3183             if [[ $files_for_pes = false ]]
3184             then
3185                printf "\n  +++ restoring of single files impossible with $archive_system !\n"
3186                locat=DMF
3187                exit
3188             else
3189                find  $ARCHIVE/${frelin[$i]}  -type m  -print  |  dmget
3190                cp  -r $ARCHIVE/${frelin[$i]}  $PWD
3191                file_restored=true
3192             fi
3193          elif [[ $archive_system = tivoli ]]
3194          then
3195             if [[ $files_for_pes = false ]]
3196             then
3197                if [[ $localhost = lcsgih ]]
3198                then
3199                   ssh  $usern@hicedata.hlrn.de  "cp  $PERM/${frelin[$i]}  $PWD"
3200                else
3201                   ssh  $usern@bicedata.hlrn.de  "cp  $PERM/${frelin[$i]}  $PWD"
3202                fi
3203             else
3204                (( inode = 0 ))
3205                while (( inode < nodes ))
3206                do
3207                   if [[ $localhost = lcsgih ]]
3208                   then
3209                      ssh  $usern@hicedata.hlrn.de  "cd $PWD; tar  xf  $PERM/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar"
3210                   else
3211                      ssh  $usern@bicedata.hlrn.de  "cd $PWD; tar  xf  $PERM/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar"
3212                   fi
3213                   (( inode = inode + 1 ))
3214                done
3215             fi
3216             file_restored=true
3217          elif [[ $archive_system = ut ]]
3218          then
3219             if [[ $files_for_pes = false ]]
3220             then
3221                cp  $UT/${frelin[$i]}  .
3222             else
3223                (( inode = 0 ))
3224                while (( inode < nodes ))
3225                do
3226                   tar  xf  $UT/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar
3227                   (( inode = inode + 1 ))
3228                done
3229             fi
3230             file_restored=true
3231          else
3232             printf "\n  +++ archive_system=\"$archive_system\"   restore impossible!"
3233             locat=rearchive
3234             exit
3235          fi
3236
3237          if [[ $file_restored = true ]]
3238          then
3239
3240                # DATEI AUCH AUF TEMPORAERES DATENVERZEICHNIS LEGEN, DAMIT
3241                # SIE BEI WEITEREN ZUGRIFFEN NOCH VORHANDEN IST
3242             [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog; chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
3243             if [[ $files_for_pes = false ]]
3244             then
3245                ln  -f  ${frelin[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
3246             else
3247                mkdir  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
3248                ln  -f  ${frelin[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
3249             fi
3250             got_tmp[$i]=true
3251
3252                # DATEI UNTER LOKALEM NAMEN ZUR VERFUEGUNG STELLEN
3253             mv  ${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
3254
3255          fi
3256       fi
3257
3258
3259          # DATEI LIEGT IM VOM BENUTZER ANGEGEBENEN VERZEICHNIS
3260       if [[ "${actionin[$i]}" = ""  ||  "${actionin[$i]}" = "di"  ||  "${actionin[$i]}" = "npe" ]]
3261       then
3262
3263          if [[ "${actionin[$i]}" = "npe"  &&  -n $numprocs ]]
3264          then
3265
3266                # DATEI WIRD FUER DIE PROZESSOREN EINES PARALLERECHNERS BEREITGESTELLT
3267             printf "\n      file will be provided for $numprocs processors"
3268             mkdir  ${localin[$i]}
3269             ival=$numprocs
3270             (( ii = 0 ))
3271             while (( ii <= ival-1 ))
3272             do
3273                if (( ii < 10 ))
3274                then
3275                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_000$ii
3276                elif (( ii < 100 ))
3277                then
3278                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_00$ii
3279                elif (( ii < 1000 ))
3280                then
3281                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_0$ii
3282                else
3283                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_$ii
3284                fi
3285                (( ii = ii + 1 ))
3286             done
3287
3288          else
3289
3290             if [[ $files_for_pes = true ]]
3291             then
3292
3293                   # DIE DEN PROZESSOREN EINES PARALLELRECHNERS ZUGEHOERIGEN
3294                   # DATEIEN WERDEN BEREITGESTELLT, INDEM ZUERST DER GESAMTE
3295                   # KATALOGINHALT KOPIERT UND DANN DIE EINZELNEN DATEIEN
3296                   # PER MOVE UMBENANNT WERDEN
3297                printf "\n      providing $numprocs files for the respective processors"
3298                mkdir  ${localin[$i]}
3299                if [[ $link_local_input = true ]]
3300                    then
3301                    printf "      using ln -f\n"
3302                    cd ${absnamein[$i]}
3303                    for file in $(ls *)
3304                      do
3305                      ln -f $file  ${localin[$i]}
3306                    done
3307                    cd $TEMPDIR
3308                fi
3309                # If "ln -f" fails of if "$link_local_input = false" do a normal "cp -r"
3310                if [[ ! -f "${localin[$i]}/_0000" ]]
3311                    then
3312                    if [[ $link_local_input = true ]]
3313                        then
3314                        printf "      ln failed for .../_0000, using cp...\n"
3315                    fi
3316                    cp -r  ${absnamein[$i]}/*  ${localin[$i]}
3317                fi
3318
3319             else
3320                   # BEREITSTELLUNG AUF EINPROZESSORRECHNERN
3321                if [[ $link_local_input = true ]]
3322                then
3323                    printf "      using ln -f\n"
3324                    ln -f  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
3325                fi
3326                # If "ln -f" fails of if "$link_local_input = false" do a normal "cp"
3327                if [[ ! -f "${localin[$i]}" ]]
3328                then
3329                    if [[ $link_local_input = true ]]
3330                    then
3331                        printf "      ln failed, using cp...\n"
3332                    fi
3333                    cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
3334                fi
3335             fi
3336          fi
3337       fi
3338
3339    done
3340    if (( i != 0 ))
3341    then
3342       printf "\n$striche\n  *** all INPUT-files provided \n"
3343    fi
3344
3345
3346       # EVENTUELLE INPUT-KOMMANDOS ABARBEITEN
3347    (( i = 0 ))
3348    while (( i < iic ))
3349    do
3350       (( i = i + 1 ))
3351       if (( i == 1 ))
3352       then
3353          printf "\n\n  *** execution of INPUT-commands:\n$striche"
3354       fi
3355       printf "\n  >>> ${in_command[$i]}"
3356       eval  ${in_command[$i]}
3357       if (( i == iic ))
3358       then
3359          printf "\n$striche\n"
3360       fi
3361    done
3362
3363
3364       # VERBLEIBENDE CPU-ZEIT BERECHNEN
3365    cpurest=${cpumax}.
3366
3367
3368       # START DVR STREAMING SERVER
3369    if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
3370    then
3371       if [[ "$dvr_server" != "" ]]
3372       then
3373
3374          printf "\n\n  *** preparing the dvr streaming server configuration file"
3375
3376             # Check, if a dvr server is already running
3377          running_dvrserver_id=`echo $(ps -edaf | grep .dvrserver.config | grep -v grep) | cut -d" " -f2`
3378          if [[ "$running_dvrserver_id" != "" ]]
3379          then
3380
3381             printf "\n\n  +++ WARNING: A dvr server with id=$running_dvrserver_id is already running!"
3382             printf "\n      This server is used instead starting a new one!"
3383             printf "\n      If required, script \"process_dvr_output\" has to be run manually."
3384
3385          else
3386
3387                # COPY CONFIGURATION FILE FOR STREAMING SERVER FROM REPOSITORY TO HERE
3388             if [[ -f ${PALM_BIN}/.dvrserver.config ]]
3389             then
3390                cp  ${PALM_BIN}/.dvrserver.config  .
3391
3392                   # Entering the BASEDIR, UID and GID into this file
3393                user_id=`id -u`
3394                group_id=`id -g`
3395                   # & is needed as seperator, because TEMPDIR contains /
3396                sed "s&<replace by dvr data directory>&${TEMPDIR}&g" .dvrserver.config > .dvrserver.1
3397                sed "s/<replace by user id>/$user_id/g"    .dvrserver.1 > .dvrserver.2
3398                sed "s/<replace by group id>/$group_id/g"  .dvrserver.2 > .dvrserver.3
3399                mv  .dvrserver.3  .dvrserver.config
3400                rm  .dvrserver.1  .dvrserver.2
3401
3402                   # Start dvr server in background, get his id and print on terminal
3403                $dvr_server  .dvrserver.config  >>  DVR_LOGFILE  2>&1  &
3404                dvrserver_id=`echo $(ps -edaf | grep .dvrserver.config) | cut -d" " -f2`
3405                printf "\n  *** streaming server with id=$dvrserver_id is started in background"
3406                local_dvrserver_running=.TRUE.
3407             else
3408                printf "\n  +++ missing file \".dvrserver.config\" in directory:"
3409                printf "\n      \"$PALM_BIN\" "
3410                locat=dvr
3411                exit
3412             fi
3413
3414          fi
3415
3416       else
3417          printf "\n\n  --- INFORMATIVE: no dvr streaming server will be started"
3418       fi
3419    fi
3420
3421
3422       # NAMELIST-DATEI MIT WERTEN VON ENVIRONMENT-VARIABLEN ERZEUGEN (ZU
3423       # LESEN VON PALM)
3424    cat  >  ENVPAR  <<  %%END%%
3425 &envpar  run_identifier = '$fname', host = '$localhost',
3426          write_binary = '$write_binary', tasks_per_node = $tasks_per_node,
3427          maximum_parallel_io_streams = $maximum_parallel_io_streams,
3428          maximum_cpu_time_allowed = ${cpumax}.,
3429          revision = '$global_revision',
3430          local_dvrserver_running = $local_dvrserver_running /
3431
3432%%END%%
3433
3434
3435       # PROGRAMMSTART
3436    printf "\n\n  *** execution starts in directory\n      \"`pwd`\"\n$striche\n"
3437    PATH=$PATH:$TEMPDIR
3438
3439       # MPI debug option (argument checking, slows down execution due to increased latency)
3440    if [[ "$mpi_debug" = true ]]
3441    then
3442       export MPI_CHECK_ARGS=1
3443       printf "\n  +++ MPI_CHECK_ARGS=$MPI_CHECK_ARGS"
3444    fi
3445
3446    if [[ "$totalview" = true ]]
3447    then
3448       printf "\n *** totalview debugger will be used"
3449       tv_opt="-tv"
3450    else
3451       tv_opt=""
3452    fi
3453
3454    if [[ "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ]]
3455    then
3456       if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
3457       then
3458          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-5) != lcsgi ]]
3459          then
3460             printf "\n  +++ debug is allowed in interactive mode only"
3461             locat=debug
3462             exit
3463          fi
3464       fi
3465       if [[ $localhost = decalpha ]]
3466       then
3467          dxladebug  a.out
3468       elif [[ $localhost = ibmh ]]
3469       then
3470
3471             # SETUP THE IBM MPI ENVIRONMENT
3472          export MP_SHARED_MEMORY=yes
3473          export AIXTHREADS_SCOPE=S
3474          export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3475          export AUTHSTATE=files
3476          export XLFRTEOPTS="nlwidth=132:err_recovery=no"    # RECORD-LENGTH OF NAMELIST-OUTPUT
3477
3478             # FOLLOWING OPTIONS ARE MANDATORY FOR TOTALVIEW
3479          export MP_ADAPTER_USE=shared
3480          export MP_CPU_USE=multiple
3481          export MP_TIMEOUT=1200
3482
3483          unset  MP_TASK_AFFINITY
3484
3485             # SO FAR, TOTALVIEW NEEDS HOSTFILE MECHANISM FOR EXECUTION
3486          #(( ii = 1 ))
3487          #while (( ii <= $numprocs ))
3488          #do
3489          #   echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3490          #   (( ii = ii + 1 ))
3491          #done
3492          #export MP_HOSTFILE=hostfile
3493
3494          if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
3495          then
3496             totalview   poe  a.out  $ROPTS
3497          else
3498             echo totalview   poe  -a a.out  -procs $numprocs  -rmpool 0  -nodes 1   $ROPTS
3499             export TVDSVRLAUNCHCMD=ssh
3500             totalview   poe  -a a.out  -procs $numprocs  -rmpool 0  -nodes 1   $ROPTS
3501          fi
3502       elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-5) = lcsgi ]]
3503       then
3504             # CURRENTLY NO DEBUGGER ON LCSGI
3505          if [[ $run_coupled_model = true ]]
3506          then
3507             printf "\n  +++ no debug in coupled mode available on \"$localhost\" "
3508             locat=debug
3509             exit
3510          else
3511             echo "no_coupling"  >  runfile_atmos
3512          fi
3513          (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3514          export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3515          echo "OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"
3516          if [[ $threads_per_task != 1 ]]
3517          then
3518             printf "\n      threads per task: $threads_per_task"
3519          fi
3520          printf "\n\n"
3521          if [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mpt ]]
3522          then
3523#             export MPI_LAUNCH_TIMEOUT=360
3524             if [[ "$totalview" = true ]]
3525             then
3526                printf "\n     running totalview debugger"
3527                mpiexec_mpt $tv_opt -n $ii   ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3528             else
3529                mpiexec_mpt -np $ii   ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3530             fi
3531          elif [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mva ]]
3532          then
3533#             ulimit -s 300000   # A too large stack size causes problems
3534#             export MV2_NUM_PORTS=2
3535#             export MV2_CPU_MAPPING=0:1:2:3
3536             if [[ "$totalview" = true ]]
3537             then
3538                printf "\n     running totalview debugger"
3539                mpiexec $tv_opt ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3540             else
3541                mpiexec    ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3542             fi
3543          fi
3544       else 
3545          printf "\n  +++ no debug available on \"$localhost\" "
3546          printf "\n      or not implemented in mrun so far"
3547          locat=debug
3548          exit
3549       fi
3550
3551       # end debug mode
3552    else
3553
3554          # normal execution
3555       if [[ -n $numprocs ]]
3556       then
3557             # RUNNING THE PROGRAM ON PARALLEL MACHINES
3558          if [[ $(echo $host | cut -c1-3) = ibm ]]
3559          then
3560                # SETUP THE IBM MPI ENVIRONMENT
3561             if [[ $host != ibmh  &&  $host != ibmkisti ]]
3562             then
3563                export MP_SHARED_MEMORY=yes
3564                export AIXTHREAD_SCOPE=S
3565                export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3566                export XLSMPOPTS="spins=0:yields=0:stack=20000000"
3567                export AUTHSTATE=files
3568                export XLFRTEOPTS="nlwidth=132:err_recovery=no"    # RECORD-LENGTH OF NAMELIST-OUTPUT
3569                #  export MP_PRINTENV=yes
3570
3571                   # TUNING-VARIABLEN ZUR VERBESSERUNG DER KOMMUNIKATION
3572                   # ZEIGEN ABER DERZEIT (SEP 04, FEDERATION) KAUM WIRKUNG
3573                export MP_WAIT_MODE=poll
3574                [[ $node_usage = not_shared ]]  &&  export MP_SINGLE_THREAD=yes
3575             fi
3576
3577             if [[ $host = ibmkisti ]]
3578             then
3579                export LANG=en_US
3580                export MP_SHARED_MEMORY=yes
3581                if [[ $threads_per_task = 1 ]]
3582                then
3583                   export MP_SINGLE_THREAD=yes
3584                   export MEMORY_AFFINITY=MCM
3585                else
3586                   export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3587                fi
3588             fi
3589
3590             if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
3591             then
3592                printf "\n--- Control: OMP_NUM_THREADS = \"$OMP_NUM_THREADS\" \n"
3593                if [[ "$cond1" = hpmcount  ||  "$cond2" = hpmcount ]]
3594                then
3595                   /opt/optibm/HPM_2_4_1/bin/hpmcount  a.out  $ROPTS
3596                else
3597                   if [[ $run_coupled_model = false ]]
3598                   then
3599                      if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3600                      then
3601                         echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3602                      else
3603                         echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3604                      fi
3605                   else
3606                      (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3607                      (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3608                      printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3609                      printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3610                      printf "\n\n"
3611                      echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3612                   fi
3613                   poe ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos
3614                fi
3615             else
3616                if [[ $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibms ]]
3617                then
3618                   poe  a.out  -procs $numprocs  -nodes 1  -rmpool 0  $ROPTS
3619                elif [[ $localhost = ibmkisti  ||  $localhost = ibmku  ||  $localhost = ibmy ]]
3620                then
3621                   if [[ -f $hostfile ]]
3622                   then
3623                      cp  $hostfile  hostfile
3624                   else
3625                      (( ii = 1 ))
3626                      while (( ii <= $numprocs ))
3627                      do
3628                         echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3629                         (( ii = ii + 1 ))
3630                      done
3631                   fi
3632                   export MP_HOSTFILE=hostfile
3633                   if [[ $run_coupled_model = false ]]
3634                   then
3635                      if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3636                      then
3637                         echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3638                      else
3639                         echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3640                      fi
3641                   else
3642                      (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3643                      (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3644                      printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3645                      printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3646                      printf "\n\n"
3647                      echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3648                   fi
3649                   if [[ $localhost = ibmy ]]
3650                   then
3651                      ./a.out  -procs $tasks_per_node  $ROPTS  <  runfile_atmos
3652                   else
3653                      poe  ./a.out  -procs $numprocs $ROPTS  <  runfile_atmos
3654                   fi
3655
3656                else
3657                   if [[ "$host_file" = "" ]]
3658                   then
3659                      printf "\n  +++ no hostfile given in configuration file"
3660                      locat=config_file
3661                      exit
3662                   else
3663                      eval host_file=$host_file
3664                   fi
3665                   export MP_HOSTFILE=$host_file
3666                   poe  a.out  -procs $numprocs  -tasks_per_node $numprocs  $ROPTS
3667                fi
3668             fi
3669          elif [[ $host = nech  ||  $host = necriam ]]
3670          then
3671             (( ii = nodes ))
3672             if [[ $ii = 1 ]]
3673             then
3674                export F_ERRCNT=0        # acceptable number of errors before program is stopped
3675                export MPIPROGINF=YES
3676                #  export F_TRACE=YES|FMT1|FMT2  # output of ftrace informations to job protocol
3677                echo "*** execution on single node with mpirun"
3678                mpirun  -np $numprocs  ./a.out  $ROPTS
3679             else
3680                (( i = 0 ))
3681                while (( i < ii ))
3682                do
3683                   echo "-h $i  -p $tasks_per_node  -e ./mpi_exec_shell"  >>  multinode_config
3684                   (( i = i + 1 ))
3685                done
3686
3687                echo "#!/bin/sh"                         >   mpi_exec_shell
3688                echo " "                                 >>  mpi_exec_shell
3689                echo "set -u"                            >>  mpi_exec_shell
3690                echo "F_ERRCNT=0"                        >>  mpi_exec_shell
3691                echo "MPIPROGINV=YES"                    >>  mpi_exec_shell
3692                echo "OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task" >>  mpi_exec_shell
3693                echo "cpurest=$cpurest"                  >>  mpi_exec_shell
3694                echo "fname=$fname"                      >>  mpi_exec_shell
3695                echo "localhost=$localhost"              >>  mpi_exec_shell
3696                echo "return_addres=$return_addres"      >>  mpi_exec_shell
3697                echo "return_username=$return_username"  >>  mpi_exec_shell
3698                echo "tasks_per_node=$tasks_per_node"    >>  mpi_exec_shell
3699                echo "write_binary=$write_binary"        >>  mpi_exec_shell
3700                echo "use_seperate_pe_for_dvrp_output=$use_seperate_pe_for_dvrp_output"  >>  mpi_exec_shell
3701                echo "  "                                >>  mpi_exec_shell
3702                echo "export F_ERRCNT"                   >>  mpi_exec_shell
3703                echo "export MPIPROGINV"                 >>  mpi_exec_shell
3704                echo "export OMP_NUM_THREADS"            >>  mpi_exec_shell
3705                echo "export cpurest"                    >>  mpi_exec_shell
3706                echo "export fname"                      >>  mpi_exec_shell
3707                echo "export localhost"                  >>  mpi_exec_shell
3708                echo "export return_addres"              >>  mpi_exec_shell
3709                echo "export return_username"            >>  mpi_exec_shell
3710                echo "export tasks_per_node"             >>  mpi_exec_shell
3711                echo "export write_binary"               >>  mpi_exec_shell
3712                echo "export use_seperate_pe_for_dvrp_output"  >>  mpi_exec_shell
3713                echo " "                                 >>  mpi_exec_shell
3714                echo "exec  ./a.out"                     >>  mpi_exec_shell
3715
3716                chmod u+x  mpi_exec_shell
3717                export MPIPROGINF=YES
3718                mpirun  -f multinode_config  &
3719                wait
3720
3721             fi
3722          elif [[ $(echo $host | cut -c1-2) = lc  &&  $host != lckyoto &&  $host != lctit ]]
3723          then
3724
3725                # COPY HOSTFILE FROM SOURCE DIRECTORY OR CREATE IT, IF IT
3726                # DOES NOT EXIST
3727             if [[ $host != lcsgih  &&  $host != lcsgib ]]
3728             then
3729                if [[ -f $hostfile ]]
3730                then
3731                   cp  $hostfile  hostfile
3732                   (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3733                else
3734                   (( ii = 1 ))
3735                   while (( ii <= $numprocs / $threads_per_task ))
3736                   do
3737                      echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3738                      (( ii = ii + 1 ))
3739                   done
3740                fi
3741                eval zeile=\"`head -n $ii  hostfile`\"
3742                printf "\n  *** running on: $zeile"
3743             fi
3744
3745             (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3746             export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3747             # echo "*** OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"
3748             if [[ $threads_per_task != 1 ]]
3749             then
3750                   # increase stack size to unlimited, because large runs
3751                   # may abort otherwise
3752                ulimit -Ss unlimited
3753                printf "\n      threads per task: $threads_per_task  stacksize: unlimited"
3754             fi
3755             if [[ $run_coupled_model = false ]]
3756             then
3757                if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3758                then
3759                   echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3760                else
3761                   echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3762                fi
3763                printf "\n\n"
3764                if [[ $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib ]]
3765                then
3766                   if [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mpt ]]
3767                   then
3768                          # MPI_DSM_DISTRIBUTE not necessary when MPI_DSM_CPULIST is set
3769                          # export MPI_DSM_DISTRIBUTE=1
3770                          # MPI_DSM_CPULIST: pin MPI processes to cores
3771                      if [[ $use_openmp = false ]]
3772                      then
3773                         if [[ "$sgi_feature" = ice2 ]]
3774                         then
3775                            export MPI_DSM_CPULIST="0,4,1,5,2,6,3,7:allhosts"
3776                         else
3777                            export MPI_DSM_CPULIST="0,1,4,5,2,3,6,7:allhosts"
3778                         fi
3779                      else
3780                         unset MPI_DSM_CPULIST
3781                      fi
3782                          # MPI_IB_RAILS: use both IB rails on ICE2
3783                      export MPI_BUFS_PER_HOST=512
3784                      export MPI_IB_RAILS=2
3785                          # NECESSARY, IF MORE THAN 4096 PEs ARE USED
3786                      export MPI_CONNECTIONS_THRESHOLD=8192
3787                  #    echo "*** MPI_DSM_CPULIST=$MPI_DSM_CPULIST"
3788                      export MPI_TYPE_DEPTH=20
3789                  #    echo "*** MPI_TYPE_DEPTH=$MPI_TYPE_DEPTH"
3790                      export MPI_GROUP_MAX=64
3791                  #    echo "*** MPI_GROUP_MAX=$MPI_GROUP_MAX"
3792                      if [[ $use_openmp = true ]]
3793                      then
3794                         echo " mpiexec -npernode $tasks_per_node  ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos"
3795                         mpiexec -npernode $tasks_per_node $tv_opt ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos
3796                      else
3797                         mpiexec_mpt -np $ii $tv_opt  ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3798                      fi
3799
3800                          # next is test for openmp usage
3801                  #     echo "mpiexec -npernode $tasks_per_node  ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos"
3802                  #     mpiexec -npernode $tasks_per_node  ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3803                   elif [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mva ]]
3804                   then
3805                      export MV2_NUM_PORTS=2
3806                      #  The default setting of MV2_CPU_MAPPING gives best results
3807                      # export MV2_ENABLE_AFFINITY=1
3808                      #  export MV2_CPU_MAPPING=0,1,4,5,2,3,6,7
3809               #       if [[ "$sgi_feature" = ice2 ]]
3810               #       then
3811               #          export MV2_CPU_MAPPING=0,4,1,5,2,6,3,7
3812               #       else
3813               #          export MV2_CPU_MAPPING=0,1,4,5,2,3,6,7
3814               #       fi
3815                      if [[ $use_openmp = true ]]
3816                      then
3817                         unset MV2_CPU_MAPPING
3818                         export MV2_ENABLE_AFFINITY=0
3819                      fi
3820                      echo "*** MV2_CPU_MAPPING=$MV2_CPU_MAPPING"
3821                      echo "*** MV2_ENABLE_AFFINITY=$MV2_ENABLE_AFFINITY"
3822                      if [[ $use_openmp = true ]]
3823                      then
3824                         echo " mpiexec -npernode $tasks_per_node  ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos"
3825                         mpiexec -npernode $tasks_per_node $tv_opt ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos
3826                      else
3827                         mpiexec -np $ii $tv_opt ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3828                      fi
3829                   elif [[ "$mpilib" = impi ]]
3830                   then
3831                      echo "mpirun -np $tasks_per_node inspxe-cl -r result -collect mi3 -- ./a.out  <  runfile_atmos"
3832                      mpirun -np $tasks_per_node inspxe-cl -r result -collect mi3 -- ./a.out  <  runfile_atmos
3833                   fi
3834                elif [[ $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3835                then
3836                    aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3837                elif [[ $host = lcflow ]]
3838                then
3839                   mpiexec  -machinefile $TMPDIR/machines  -n $ii  -env I_MPI_FABRICS shm:ofa a.out  < runfile_atmos  $ROPTS
3840                elif [[ $host = lcsb ]]
3841                then
3842                   mpirun_rsh -hostfile $PBS_NODEFILE -np `cat $PBS_NODEFILE | wc -l` a.out  < runfile_atmos  $ROPTS
3843                elif [[ $host = lckiaps ]]
3844                then
3845                   mpirun -np $ii  -f $PBS_NODEFILE  a.out  <  runfile_atmos  $ROPTS
3846                else
3847                   mpiexec  -machinefile hostfile  -n $ii  a.out  < runfile_atmos  $ROPTS
3848                fi
3849             else
3850
3851                    # currently there is no full MPI-2 support on ICE and XT4
3852                (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3853                (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3854                printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3855                printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3856                printf "\n\n"
3857
3858                if [[ $coupled_mode = "mpi2" ]]
3859                then
3860                   echo "atmosphere_to_ocean $iia $iio"  >  runfile_atmos
3861                   echo "ocean_to_atmosphere $iia $iio"  >  runfile_ocean
3862                   if [[ $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib ]]
3863                   then
3864
3865                      if [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mpt ]]
3866                      then
3867#                         export MPI_LAUNCH_TIMEOUT=360
3868                         mpiexec_mpt -np $iia  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos &
3869                         mpiexec_mpt -np $iio  ./a.out  $ROPTS < runfile_ocean &
3870                      elif [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mva ]]
3871                      then
3872#                         ulimit -s 300000   # A too large stack size causes problems
3873#                         export MV2_NUM_PORTS=2
3874#                         export MV2_CPU_MAPPING=0:1:2:3
3875                         mpiexec -n $iia  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos &
3876                         mpiexec -n $iio  ./a.out  $ROPTS < runfile_ocean &
3877                      fi
3878
3879                   elif [[ $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3880                   then
3881
3882                      aprun  -n $iia  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_atmos  $ROPTS  &
3883                      aprun  -n $iio  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_ocean  $ROPTS  &
3884
3885                   else
3886                          # WORKAROUND BECAUSE mpiexec WITH -env option IS NOT AVAILABLE ON SOME SYSTEMS
3887                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iia  a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos &
3888                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iio  a.out  $ROPTS  <  runfile_ocean &
3889#                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iia  -env coupling_mode atmosphere_to_ocean  a.out  $ROPTS  &
3890#                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iio  -env coupling_mode ocean_to_atmosphere  a.out  $ROPTS  &
3891                   fi
3892                   wait
3893
3894                else
3895
3896                   echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3897                   if [[ $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib ]]
3898                   then
3899
3900                      if [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mpt ]]
3901                      then
3902#                         export MPI_LAUNCH_TIMEOUT=360
3903                         mpiexec_mpt -np $ii  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos
3904                      elif [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mva ]]
3905                      then
3906#                         ulimit -s 300000   # A too large stack size causes problems
3907#                         export MV2_NUM_PORTS=2
3908#                         export MV2_CPU_MAPPING=0:1:2:3
3909                         mpiexec  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos
3910                      fi
3911
3912                   elif [[ $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3913                   then
3914
3915                      aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_atmos  $ROPTS
3916
3917                   elif [[ $host = lck || $host = lckordi ]]
3918                   then
3919                         mpiexec -n $ii  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos &
3920                   fi
3921                   wait
3922                fi
3923
3924             fi
3925          elif [[ $host = decalpha ]]
3926          then
3927             dmpirun  -np $numprocs  a.out  $ROPTS
3928          elif [[ $host = lckyoto ]]
3929          then
3930             set -xv
3931             export P4_RSHCOMMAND=plesh
3932             echo "     P4_RSHCOMMAND = $P4_RSHCOMMAND"
3933             if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
3934             then
3935                if [[ "$cond2" = fujitsu ]]
3936                then
3937                   mpiexec  -n $numprocs  ./a.out  $ROPTS  # for fujitsu-compiler
3938                elif [[ "cond2" = pgi ]]
3939                then
3940                   mpirun  -np $numprocs  -machinefile ${QSUB_NODEINF}  ./a.out  $ROPTS
3941                else
3942                   mpirun_rsh -np $numprocs -hostfile ${QSUB_NODEINF} MV2_USE_SRQ=0 ./a.out ${ROPTS} || /bin/true
3943                fi
3944             else
3945                if [[ "$cond2" = "" ]]
3946                then
3947                   mpiruni_rsh -np $numprocs ./a.out  $ROPTS  # for intel
3948                else
3949                   mpirun  -np $numprocs  ./a.out  $ROPTS
3950                fi
3951             fi
3952             set +xv
3953          elif [[ $host = lctit ]]
3954          then
3955             export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3956             echo "OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"
3957             if [[ "$threads_per_task" != 1 ]]
3958             then
3959                export MV2_ENABLE_AFFINITY=0
3960             fi
3961             echo "----- PBS_NODEFILE content:"
3962             cat $PBS_NODEFILE
3963             echo "-----"
3964             (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3965             echo "mpirun  -np $ii  -hostfile $PBS_NODEFILE ./a.out  $ROPTS"
3966             mpirun  -np $ii  -hostfile $PBS_NODEFILE ./a.out  $ROPTS
3967          else
3968             mpprun  -n $numprocs  a.out  $ROPTS
3969          fi
3970          [[ $? != 0 ]]  &&  execution_error=true
3971
3972
3973             # PERFORMANCE-AUSWERTUNG MIT APPRENTICE
3974          if [[ "$cond1" = apprentice  ||  "$cond2" = apprentice ]]
3975          then
3976             apprentice
3977          fi
3978       else
3979          a.out  $ROPTS
3980       fi
3981    fi
3982    if [[ $? != 0  ||  $execution_error = true ]]
3983    then
3984
3985          # ABBRUCH BEI LAUFZEITFEHLER
3986#       [[ ! ( "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ) ]]  &&  cat  aout_output*
3987       printf "\n  +++ runtime error occured"
3988       locat=execution
3989       exit
3990    else
3991#       [[ ! ( "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ) ]]  &&  cat  aout_output*
3992       printf "\n$striche\n  *** execution finished \n"
3993
3994          # Stop the dvr streaming server and process the dvr output in order
3995          # to create dvrs- and html-files containing all streams
3996       if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
3997       then
3998          kill $dvrserver_id
3999          printf "\n  *** dvr server with id=$dvrserver_id has been stopped"
4000
4001             # If there is a directory, data have been output by the
4002             # streaming server. Otherwise, user has chosen dvrp_output=local
4003          if [[ -d DATA_DVR ]]
4004          then
4005
4006                # Add the current dvr configuration file to the dvr output
4007                # directory
4008             cp  .dvrserver.config  DATA_DVR
4009
4010                # Process the dvr output (option -s for also generating
4011                # sequence mode data)
4012             process_dvr_output  -d DATA_DVR  -f $fname  -s
4013
4014          else
4015
4016                # Process the local output
4017             process_dvr_output  -l  -d DATA_DVR  -f $fname
4018
4019          fi
4020
4021       elif [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
4022       then
4023
4024             # Process dvr output generated in local mode (dvrp_output=local)
4025          process_dvr_output  -l  -d DATA_DVR  -f $fname
4026
4027       fi
4028    fi
4029
4030
4031
4032       # Call of combine_plot_fields in order to merge single files written
4033       # by each PE into one file.
4034   if [[ ! -f ${PALM_BIN}/combine_plot_fields${block}.x ]]
4035   then
4036      printf "\n\n\n  +++ WARNING: no combine_plot_fields found for given block \"$cond1 $cond2\""
4037      printf "\n      2d- and/or 3d-data may be incomplete!"
4038      printf "\n      Run \"mbuild -u -h $localhost\" to generate utilities for this block.\n"
4039   elif [[ "$combine_plot_fields" == true ]]
4040   then
4041      printf "\n\n\n *** post-processing: now executing \"combine_plot_fields${block}.x\" ..."
4042      combine_plot_fields${block}.x
4043   else
4044#     Temporary solution to skip combine_plot_fields. This is necessary in case of huge amount of
4045#     data output. To do: extend this branch by creating a batch job for combine_plot_fields.
4046      printf "\n\n\n *** post-processing: skipping combine_plot_fields (-Z option set) ..."
4047   fi
4048
4049
4050
4051       # EVENTUELLE OUTPUT-KOMMANDOS ABARBEITEN
4052    (( i = 0 ))
4053    while (( i < ioc ))
4054    do
4055       (( i = i + 1 ))
4056       if (( i == 1 ))
4057       then
4058          printf "\n\n  *** execution of OUTPUT-commands:\n$striche"
4059       fi
4060       printf "\n  >>> ${out_command[$i]}"
4061       eval  ${out_command[$i]}
4062       if (( i == ioc ))
4063       then
4064          printf "\n$striche\n"
4065       fi
4066    done
4067
4068
4069       # EVTL. INHALT DES AKTUELLEN VERZEICHNISSES AUSGEBEN
4070    if [[ $do_trace = true ]]
4071    then
4072       printf "\n\n"
4073       ls -al
4074    fi
4075
4076
4077
4078       # OUTPUT-DATEIEN AN IHRE ZIELORTE KOPIEREN
4079    (( i = 0 ))
4080    while (( i < iout ))
4081    do
4082       (( i = i + 1 ))
4083       if (( i == 1 ))
4084       then
4085          printf "\n\n  *** saving OUTPUT-files:\n$striche"
4086       fi
4087
4088          # PRUEFEN, OB EINZELDATEI ODER DATEI PRO PROZESSOR
4089       files_for_pes=false; filetyp=file
4090       if [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  -n $numprocs ]]
4091       then
4092          files_for_pes=true; filetyp=directory
4093          actionout[$i]=""
4094       elif [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  ! -n $numprocs ]]
4095       then
4096          actionout[$i]=""
4097       elif [[ "${actionout[$i]}" = arpe  &&  -n $numprocs ]]
4098       then
4099          files_for_pes=true; filetyp=directory
4100          actionout[$i]="ar"
4101       elif [[ "${actionout[$i]}" = arpe  &&  ! -n $numprocs ]]
4102       then
4103          actionout[$i]="ar"
4104       elif [[ "${actionout[$i]}" = flpe  &&  -n $numprocs ]]
4105       then
4106          files_for_pes=true; filetyp=directory
4107          actionout[$i]="fl"
4108       elif [[ "${actionout[$i]}" = flpe  &&  ! -n $numprocs ]]
4109       then
4110          actionout[$i]="fl"
4111       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  -n $numprocs ]]
4112       then
4113          files_for_pes=true; filetyp=directory
4114          actionout[$i]="tr"
4115       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  ! -n $numprocs ]]
4116       then
4117          actionout[$i]="tr"
4118       fi
4119
4120       if [[ ! -f ${localout[$i]}  &&  $files_for_pes = false ]]
4121       then
4122          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}  does not exist\n"
4123       elif [[ ! -d ${localout[$i]}  &&  $files_for_pes = true ]]
4124       then
4125          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}/....  does not exist\n"
4126       else
4127
4128
4129             # KOPIEREN PER FTP/SCP (IMMER IM BINAERMODUS, -M: FALLS ZIELKATALOG
4130             # NICHT VORHANDEN, WIRD VERSUCHT, IHN ANZULEGEN), ABER NUR BEI
4131             # REMOTE-RECHNUNGEN
4132          if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
4133          then
4134             if [[ $localhost != $fromhost ]]
4135             then
4136                if [[ $files_for_pes = false ]]
4137                then
4138                   cps=""
4139                   cst=""
4140                else
4141                   cps=-c
4142                   cst="/"
4143                fi
4144                if [[ $localhost = nech ]]
4145                then
4146
4147                      # TRANSFER IN EIGENSTAENDIGEM JOB
4148                      # ZUERST KOPIE DER DATEI INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
4149                   [[ ! -d $tmp_data_catalog/TRANSFER ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog/TRANSFER
4150                   file_to_transfer=${fname}_${localout[$i]}_to_transfer_$kennung
4151                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4152                   then
4153                      ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
4154                   else
4155                      mkdir  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
4156                      ln  ${localout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
4157                   fi
4158
4159                   echo "set -x"                                    >    transfer_${localout[$i]}
4160                   echo "cd  $tmp_data_catalog/TRANSFER"            >>   transfer_${localout[$i]}
4161
4162                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}$cst  by SCP in seperate job to"
4163                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}$cst"
4164                   printf "\n              or higher cycle\n"
4165                   echo "batch_scp $cps -b -m -u $return_username $return_addres  $file_to_transfer \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"  >>  transfer_${localout[$i]}
4166
4167                   echo "[[ \$? = 0 ]]  &&  rm  $file_to_transfer"  >>  transfer_${localout[$i]}
4168
4169                   if [[ $localhost = nech ]]
4170                   then
4171                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 900  transfer_${localout[$i]}
4172                   else
4173                      if [[ "$LOGNAME" = b323013 ]]
4174                      then
4175                         subjob  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  transfer_${localout[$i]}
4176                      else
4177                         subjob  -d  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  transfer_${localout[$i]}
4178                      fi
4179                   fi
4180
4181                else
4182
4183                      # TRANSFER INNERHALB DIESES JOBS
4184                   transfer_failed=false
4185                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}$cst  by SCP to"
4186                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}$cst\n"
4187                   batch_scp $cps -b -m -u $return_username $return_addres  ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
4188                   [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
4189
4190                      # BEI FEHLGESCHLAGENEM TRANSFER SICHERUNGSKOPIE AUF
4191                      # LOKALER MASCHINE ANLEGEN
4192                   if [[ $transfer_failed = true ]]
4193                   then
4194                      printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on the local host under:\n"
4195                      printf "      ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung\n"
4196
4197                         # ERSTMAL PRUEFEN, OB VERZEICHNIS EXISTIERT. GEGEBENENFALLS
4198                         # ANLEGEN.
4199                      eval  local_catalog=${pathout[$i]}
4200                      if [[ ! -d $local_catalog ]]
4201                      then
4202                         printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
4203                         printf "      $local_catalog \n"
4204                         mkdir -p  $local_catalog
4205                      fi
4206                      eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung
4207                      transfer_problems=true
4208                   fi
4209                fi
4210             else
4211
4212                   # WERTZUWEISUNG, SO DASS WEITER UNTEN NUR KOPIERT WIRD
4213                actionout[$i]=""
4214             fi
4215          fi
4216
4217
4218             # APPEND PER FTP/SCP (IMMER IM BINAERMODUS, -M: FALLS ZIELKATALOG
4219             # NICHT VORHANDEN, WIRD VERSUCHT, IHN ANZULEGEN), ABER NUR BEI
4220             # REMOTE-RECHNUNGEN
4221          if [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
4222          then
4223             if [[ $localhost != $fromhost ]]
4224             then
4225                if [[ $localhost = ibmh  ||  $localhost = nech ]]
4226                then
4227
4228                      # TRANSFER IN EIGENSTAENDIGEM JOB
4229                      # ZUERST KOPIE DER DATEI INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
4230                   [[ ! -d $tmp_data_catalog/TRANSFER ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog/TRANSFER
4231                   file_to_transfer=${fname}_${localout[$i]}_to_transfer_$kennung
4232                   ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
4233
4234                   echo "set -x"                                    >    transfer_${localout[$i]}
4235                   echo "cd  $tmp_data_catalog/TRANSFER"            >>   transfer_${localout[$i]}
4236
4237                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append by SCP in seperate job to"
4238                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}"
4239                   printf "\n              or higher cycle\n"
4240                   echo "batch_scp -A -b -m -u $return_username $return_addres  $file_to_transfer \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"  >>  transfer_${localout[$i]}
4241
4242                   echo "[[ \$? = 0 ]]  &&  rm  $file_to_transfer"  >>  transfer_${localout[$i]}
4243
4244                   if [[ $localhost = nech ]]
4245                   then
4246                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 900  transfer_${localout[$i]}
4247                   else
4248                      if [[ $LOGNAME = b323013 ]]
4249                      then
4250                         subjob  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  transfer_${localout[$i]}
4251                      else
4252                         subjob  -d  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  transfer_${localout[$i]}
4253                      fi
4254                   fi
4255
4256                else
4257
4258                      # TRANSFER INNERHALB DIESES JOBS
4259                   transfer_failed=false
4260                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append by SCP to"
4261                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}\n"
4262                   batch_scp -A -b -m -u $return_username  $return_addres ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
4263                   [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
4264
4265                      # BEI FEHLGESCHLAGENEM TRANSFER SICHERUNGSKOPIE AUF
4266                      # LOKALER MASCHINE ANLEGEN
4267                   if [[ $transfer_failed = true ]]
4268                   then
4269                      printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on the local host under:\n"
4270                      printf "      ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung\n"
4271
4272                         # ERSTMAL PRUEFEN, OB VERZEICHNIS EXISTIERT. GEGEBENENFALLS
4273                         # ANLEGEN
4274                      eval  local_catalog=${pathout[$i]}
4275                      if [[ ! -d $local_catalog ]]
4276                      then
4277                         printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
4278                         printf "      $local_catalog \n"
4279                         mkdir -p  $local_catalog
4280                      fi
4281
4282                      eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung
4283                      transfer_problems=true
4284                   fi
4285                fi
4286             else
4287
4288                   # WERTZUWEISUNG, SO DASS WEITER UNTEN NUR APPEND AUF
4289                   # LOKALER MASCHINE DURCHGEFUEHRT WIRD
4290                actionout[$i]=a
4291             fi
4292          fi
4293
4294
4295             # OUTPUT-DATEI FUER EINEN FORTSETZUNGSLAUF. DATEI WIRD PER
4296             # LINK AUF DEN TEMPORAEREN DATENKATALOG GELEGT. OPTION -f WIRD
4297             # VERWENDET, FALLS DORT NOCH EINE DATEI GLEICHEN NAMENS VORHANDEN
4298             # SEIN SOLLTE. ANSCHLIESSEND WIRD SEINE ARCHIVIERUNG ANGESTOSSEN
4299          if [[ "${actionout[$i]}" = fl ]]
4300          then
4301             [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
4302             chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
4303             if [[ $files_for_pes = false ]]
4304             then
4305                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to"
4306                printf "\n              $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} (temporary data catalog)\n"
4307                ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4308             else
4309                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/....  to"
4310                printf "\n              $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} (temporary data catalog)\n"
4311                mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4312                cd ${localout[$i]}
4313                for file in $(ls *)
4314                do
4315                   ln -f $file $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4316                done
4317                cd $TEMPDIR
4318             fi
4319
4320
4321                # ARCHIVIERUNGSJOB WIRD ERZEUGT UND ABGESCHICKT
4322             if [[ $store_on_archive_system = true ]]
4323             then
4324
4325                if [[ $archive_system = asterix ]]
4326                then
4327                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                      >> archive_${frelout[$i]}
4328                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4329                   then
4330                      echo "stageout  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT${i}_$kennung" >> archive_${frelout[$i]}
4331                   else
4332                      echo "stageout -t  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT${i}_$kennung" >> archive_${frelout[$i]}
4333                   fi
4334                   echo "cat  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung"               >> archive_${frelout[$i]}
4335                   echo "if [[ \$(grep -c \"st.msg:150\"  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung) != 0 ]]" >> archive_${frelout[$i]}
4336                   echo "then"                                       >> archive_${frelout[$i]}
4337                   echo "   do_stageout=false"                       >> archive_${frelout[$i]}
4338                   echo "else"                                       >> archive_${frelout[$i]}
4339                   echo "   echo \"  +++ $filetyp ${frelout[$i]}  could not be stored on archive-system\" " >> archive_${frelout[$i]}
4340                   echo "   cat  /dev/null  >  ~/job_queue/ARCHIVE_ERROR_$fname" >> archive_${frelout[$i]}
4341                   echo "   cat  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung  >  ~/job_queue/archive_${frelout[$i]}_error" >> archive_${frelout[$i]}
4342                   echo "   echo \"  *** $filetyp ${frelout[$i]} will be copied to \$WORK as backup\" " >> archive_${frelout[$i]}
4343                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4344                   then
4345                      echo "   cp   ${frelout[$i]}  \$WORK"                    >> archive_${frelout[$i]}
4346                   else
4347                      echo "   cp -r  ${frelout[$i]}  \$WORK/${frelout[$i]}"   >> archive_${frelout[$i]}
4348                   fi
4349                   echo "   echo \"  *** $filetyp ${frelout[$i]} saved\" " >> archive_${frelout[$i]}
4350                   echo "fi"                                         >> archive_${frelout[$i]}
4351                   echo "rm  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung"              >> archive_${frelout[$i]}
4352                elif [[ $archive_system = DMF ]]
4353                then
4354                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                      >> archive_${frelout[$i]}
4355                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4356                   then
4357                      printf "\n  +++ archiving of single files impossible with $archive_system !\n"
4358                      locat=DMF
4359                      exit
4360                   else
4361                         # FUER RECHNER IN JUELICH. DORT KOENNTEN AUCH
4362                         # EINZELNE DATEIEN GESICHERT WERDEN (SPAETER KORR.)
4363                      echo "rm -rf  \$ARCHIVE/${frelout[$i]}"     >> archive_${frelout[$i]}
4364                      echo "cp -r  ${frelout[$i]}  \$ARCHIVE"     >> archive_${frelout[$i]}
4365                   fi
4366                elif [[ $archive_system = tivoli ]]
4367                then
4368                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >> archive_${frelout[$i]}
4369                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4370                   then
4371                         # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
4372                      echo "set -x"                                   >> archive_${frelout[$i]}
4373                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4374                      echo "cp  ${frelout[$i]} \$PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4375                   else
4376
4377                      echo "set -x"                                   >> archive_${frelout[$i]}
4378                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}/*"         >> archive_${frelout[$i]}
4379                      echo "[[ ! -d \$PERM/${frelout[$i]} ]] && mkdir $PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4380                      cd  $tmp_data_catalog
4381                      all_files=`ls -1 ${frelout[$i]}/*`
4382                      cd -  > /dev/null
4383                      (( inode = 0 ))
4384                      (( tp1   = tasks_per_node + 1 ))
4385                      while (( inode < nodes ))
4386                      do
4387#                         echo "*** all_files = \"$all_files\" "
4388                         files=`echo $all_files | cut -d" " -f1-$tasks_per_node`
4389                         all_files=`echo $all_files | cut -d" " -f$tp1-`
4390#                         echo "*** tasks_per_node = \"$tasks_per_node\" "
4391#                         echo "*** files = \"$files\" "
4392#                         echo "*** all_files = \"$all_files\" "
4393                        echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
4394                        ### echo "tar  cvf ${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
4395                        ### echo "cp ${frelout[$i]}.node_$inode.tar \$PERM/${frelout[$i]}/"   >> archive_${frelout[$i]}
4396                         ###echo "rm ${frelout[$i]}.node_$inode.tar"   >> archive_${frelout[$i]}
4397#                         echo "dsmc incremental  \$PERM/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar" >> archive_${frelout[$i]}
4398#                         echo "dsmmigrate \$PERM/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar"        >> archive_${frelout[$i]}
4399                         (( inode = inode + 1 ))
4400                      done
4401#                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
4402#                      echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4403                   fi
4404                elif [[ $archive_system = ut ]]
4405                then
4406                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >> archive_${frelout[$i]}
4407                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4408                   then
4409                         # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
4410                      echo "set -x"                                 >> archive_${frelout[$i]}
4411                      echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4412                      echo "cp  ${frelout[$i]} \$UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4413                   else
4414
4415                      echo "set -x"                                 >> archive_${frelout[$i]}
4416                      echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}/*"         >> archive_${frelout[$i]}
4417                      echo "[[ ! -d \$UT/${frelout[$i]} ]] && mkdir $UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4418                      cd  $tmp_data_catalog
4419                      all_files=`ls -1 ${frelout[$i]}/*`
4420                      cd -  > /dev/null
4421                      (( inode = 0 ))
4422                      (( tp1   = tasks_per_node + 1 ))
4423                      while (( inode < nodes ))
4424                      do
4425                         files=`echo $all_files | cut -d" " -f1-$tasks_per_node`
4426                         all_files=`echo $all_files | cut -d" " -f$tp1-`
4427                         echo "tar  cvf \$UT/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
4428                         (( inode = inode + 1 ))
4429                      done
4430                   fi
4431                elif [[ $archive_system = none ]]
4432                then
4433                   printf "              +++ archiving on $localhost not available!\n"
4434                fi
4435
4436                if [[ $archive_system != none ]]
4437                then
4438                   if [[ $localhost = lcsgih  ||  $localhost = lcsgib ]]
4439                   then
4440#                      subjob  -d  -v  -q cdata  -X 0  -m 1000  -t 43200  -c $job_catalog  archive_${frelout[$i]}
4441                      subjob   -v  -q permq  -X 1 -T 1  -m 1000  -t 172800  -c $job_catalog  archive_${frelout[$i]}
4442                   elif [[ $localhost = nech ]]
4443                   then
4444                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 7200  archive_${frelout[$i]}
4445                   fi
4446                   printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
4447                fi
4448             else
4449                printf "              +++ caution: option -A is switched off. No archiving on $archive_system!\n"
4450             fi
4451
4452
4453                # LEERDATEI IM BENUTZERVERZEICHNIS ANLEGEN, DAMIT BEKANNT IST,
4454                # WIE DIE HOECHSTE ZYKLUSNUMMER AUF DEM ARCHIV-SYSTEM LAUTET
4455             if [[ $files_for_pes = false ]]
4456             then
4457                cat  /dev/null  >  ${pathout[$i]}
4458             else
4459                mkdir -p  ${pathout[$i]}
4460             fi
4461
4462          fi
4463
4464
4465             # KOPIEREN AUF LOKALER MASCHINE ZUM ARCHIV-SYSTEM
4466             # AUSSERDEM MUSS LEERDATEI ANGELEGT WERDEN, DAMIT BEKANNT IST,
4467             # WIE DIE HOECHSTE ZYKLUSNUMMER AUF DEM ARCHIV-SYSTEM LAUTET
4468             # FALLS IRGENDEINE (VON MEHREREN) ARCHIVIERUNGEN SCHIEF GEHT,
4469             # WIRD FLAG GESETZT UND BLEIBT AUCH BEI WEITEREN ORDNUNGS-
4470             # GEMAESSEN ARCHIVIERUNGEN GESETZT
4471          if [[ "${actionout[$i]}" = ar ]]
4472          then
4473             if [[ $files_for_pes = false ]]
4474             then
4475                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to"
4476                printf "\n              ${pathout[$i]}"
4477                printf "\n              File will be copied to archive-system ($archive_system) !\n"
4478             else
4479                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/_....  to"
4480                printf "\n              ${pathout[$i]}"
4481                printf "\n              Directory will be copied to archive-system ($archive_system) !\n"
4482             fi
4483             mv  ${localout[$i]}  ${frelout[$i]}
4484
4485             file_saved=false
4486
4487             if [[ $archive_system = asterix ]]
4488             then
4489                do_stageout=true
4490                (( stageout_anz = 0 ))
4491                while [[ $do_stageout = true ]]
4492                do
4493                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4494                   then
4495                      stageout  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT
4496                   else
4497                      stageout  -t  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT
4498                   fi
4499                   cat  STAGE_OUTPUT
4500                   if [[ $(grep -c "st.msg:150"  STAGE_OUTPUT) != 0 ]]
4501                   then
4502                      file_saved=true
4503                      do_stageout=false
4504                   else
4505                      if [[ $files_for_pes = false ]]
4506                      then
4507                         printf "\n  +++ file ${frelout[$i]}  could not be saved on archive-system"
4508                      else
4509                         printf "\n  +++ directory ${frelout[$i]} could not be saved on archive-system"
4510                      fi
4511                      (( stageout_anz = stageout_anz + 1 ))
4512                      if (( stageout_anz == 10 ))
4513                      then
4514                         printf "\n  +++ stoped after 10 unsuccessful tries!"
4515                         archive_save=false
4516                         do_stageout=false
4517                      else
4518                         printf "\n  *** new try to store on archive after 15 min:"
4519                         sleep 900
4520                      fi
4521                   fi
4522                done
4523             elif [[ $archive_system = DMF ]]
4524             then
4525                if [[ $files_for_pes = false ]]
4526                then
4527                   printf "\n  +++ archiving of single files impossible on $archive_system!\n"
4528                   locat=DMF
4529                   exit
4530                else
4531                   rm -rf  $ARCHIVE/${frelout[$i]}
4532                   cp -r  ${frelout[$i]}  $ARCHIVE
4533                fi
4534                file_saved=true
4535             elif [[ $archive_system = tivoli ]]
4536             then
4537                   # ARCHIVIERUNG NUR PER BATCH-JOB MOEGLICH
4538                   # DATEI MUSS ZWISCHENZEITLICH INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
4539                   # GELEGT WERDEN
4540                [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
4541                chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
4542                if [[ $files_for_pes = false ]]
4543                then
4544                   ln -f  ${frelout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4545                else
4546                   mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4547                   ln -f  ${frelout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4548                fi
4549
4550                   # BATCH JOB GENERIEREN UND ABSCHICKEN; DATEI MUSS WIEDER
4551                   # AUS TEMPORAEREM DATENVERZEICHNIS ENTFERNT WERDEN
4552                echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >  archive_${frelout[$i]}
4553                if [[ $files_for_pes = false ]]
4554                then
4555                      # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
4556                   echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4557                   echo "cp  ${frelout[$i]} \$PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4558                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                  >> archive_${frelout[$i]}
4559                else
4560                   echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
4561                   echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4562                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                  >> archive_${frelout[$i]}
4563                fi
4564
4565                subjob  -v  -d  -q cdata  -X 0  -m 1000  -t 43200  -c $job_catalog  archive_${frelout[$i]}
4566                printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
4567                file_saved=true
4568
4569             elif [[ $archive_system = ut ]]
4570             then
4571                   # ARCHIVIERUNG NUR PER BATCH-JOB MOEGLICH
4572                   # DATEI MUSS ZWISCHENZEITLICH INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
4573                   # GELEGT WERDEN
4574                [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
4575                chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
4576                if [[ $files_for_pes = false ]]
4577                then
4578                   ln -f  ${frelout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4579                else
4580                   mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4581                   ln -f  ${frelout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4582                fi
4583
4584                   # BATCH JOB GENERIEREN UND ABSCHICKEN; DATEI MUSS WIEDER
4585                   # AUS TEMPORAEREM DATENVERZEICHNIS ENTFERNT WERDEN
4586                echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >  archive_${frelout[$i]}
4587                if [[ $files_for_pes = false ]]
4588                then
4589                      # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
4590                   echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4591                   echo "cp  ${frelout[$i]} \$UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4592                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                >> archive_${frelout[$i]}
4593                else
4594                   echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
4595                   echo "tar  cvf \$UT/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4596                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                >> archive_${frelout[$i]}
4597                fi
4598
4599                subjob  -v  -c /pf/b/$usern/job_queue  -d  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 7200  archive_${frelout[$i]}
4600                printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
4601                file_saved=true
4602
4603             else
4604                printf "\n  +++ archive_system=\"$archive_system\"  archiving impossible!"
4605                archive_save=false
4606             fi
4607             if [[ $file_saved = true ]]
4608             then
4609                if [[ $files_for_pes = false ]]
4610                then
4611                   cat  /dev/null  >  ${pathout[$i]}
4612                else
4613                   mkdir -p  ${pathout[$i]}
4614                fi
4615             fi
4616          fi
4617
4618             # APPEND AUF LOKALER MASCHINE
4619          if [[ "${actionout[$i]}" = "a" ]]
4620          then
4621             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
4622             then
4623                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
4624                cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
4625             else
4626                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to  ${pathout[$i]}\n"
4627                cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}
4628             fi
4629          fi
4630
4631             # KOPIEREN AUF LOKALER MASCHINE
4632             # ES MUSS KOPIERT WERDEN, DA MOVE NICHT UEBER FILESYSTEM HINAUS MOEGLICH
4633          if [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_pes = false ]]
4634          then
4635
4636                # KOPIEREN AUF EINPROZESSORMASCHINE
4637             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
4638             then
4639                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
4640                if [[ $link_local_output = true ]]
4641                then
4642                    printf "      using ln -f\n"
4643                    ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
4644                fi
4645                # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
4646                if [[ ! -f "${pathout[$i]}.${extout[$i]}" ]]
4647                then
4648                    if [[ $link_local_output = true ]]
4649                    then
4650                        printf "      ln failed, using cp...\n"
4651                    fi
4652                    cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
4653                fi
4654             else
4655                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to  ${pathout[$i]}\n"
4656                if [[ $link_local_output = true ]]
4657                then
4658                    printf "      using ln -f\n"
4659                    ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4660                fi
4661                # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
4662                if [[ ! -f "${pathout[$i]}" ]]
4663                then
4664                    if [[ $link_local_output = true ]]
4665                    then
4666                        printf "      ln failed, using cp...\n"
4667                    fi
4668                    cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4669                fi
4670             fi
4671
4672          elif [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_pes = true ]]
4673          then
4674
4675                # DIE DEN PROZESSOREN EINES PARALLELRECHNERS ZUGEHOERIGEN
4676                # DATEIEN WERDEN ERST IN EINEM KATALOG GESAMMELT UND DIESER
4677                # WIRD DANN KOPIERT
4678                # PER MOVE UMBENANNT WERDEN
4679             printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/_....  to  ${pathout[$i]}\n"
4680             if [[ $link_local_output = true ]]
4681             then
4682                 printf "      using ln -f\n"
4683                 mkdir  ${pathout[$i]}
4684                 cd ${localout[$i]}
4685                 for file in $(ls *)
4686                 do
4687                   ln -f $file  ${pathout[$i]}
4688                 done
4689                 cd $TEMPDIR
4690             fi
4691             # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp -r"
4692             if [[ ! -f "${pathout[$i]}/_0000" ]]
4693             then
4694                 if [[ $link_local_output = true ]]
4695                 then
4696                     printf "      ln failed for .../_0000, using cp...\n"
4697                 fi
4698                 cp -r  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4699             fi
4700
4701          fi
4702       fi
4703    done
4704    if (( i != 0 ))
4705    then
4706       if [[ $transfer_problems = true ]]
4707       then
4708          printf "\n$striche\n  *** OUTPUT-files saved"
4709          printf "\n  +++ WARNING: some data transfers failed! \n"
4710       else
4711          printf "\n$striche\n  *** all OUTPUT-files saved \n"
4712       fi
4713    fi
4714
4715
4716       # EVENTUELL FOLGEJOB STARTEN
4717       # DATEI CONTINUE_RUN MUSS VOM BENUTZERPROGRAMM AUS ERZEUGT WERDEN
4718    if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
4719    then
4720
4721       if [[ $archive_save = true ]]
4722       then
4723
4724             # ZUERST IN MRUN-AUFRUF OPTIONEN FUER FORTSETZUNGSLAUF, FUER
4725             # STILLES ABARBEITEN (OHNE INTERAKTIVE RUECKFAGEN) UND FUER
4726             # BATCH-BETRIEB (NUR WICHTIG, FALLS BATCH AUF LOKALER MASCHINE
4727             # DURCHGEFUEHRT WERDEN SOLL) EINFUEGEN, FALLS NICHT BEREITS VOR-
4728             # HANDEN
4729          [[ $(echo $mc | grep -c "\-C") = 0 ]]  &&  mc="$mc -C"
4730          [[ $(echo $mc | grep -c "\-v") = 0 ]]  &&  mc="$mc -v"
4731          [[ $(echo $mc | grep -c "\-b") = 0 ]]  &&  mc="$mc -b"
4732          if [[ $(echo $mc | grep -c "#") != 0 ]]
4733          then
4734             mc=`echo $mc | sed 's/#/f/g'`
4735          fi
4736
4737
4738             # JOB STARTEN
4739          printf "\n\n  *** initiating restart-run on \"$return_addres\" using command:\n"
4740          echo "      $mc"
4741          printf "\n$striche\n"
4742          if [[ $localhost != $fromhost ]]
4743          then
4744
4745             if [[ $localhost = lcsgih  ||  $localhost = lcsgib  ||  $localhost = nech  ||  $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibmkisti  ||  $localhost = ibmku  ||  $localhost = ibms ]]
4746             then
4747                echo "*** ssh will be used to initiate restart-runs!"
4748                echo "    return_addres=\"$return_addres\" "
4749                echo "    return_username=\"$return_username\" "
4750                if [[ $(echo $return_addres | grep -c "130.75.105") = 1 ]]
4751                then
4752                   ssh $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;. /muksoft/packages/intel/bin/compilervars.sh intel64;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4753                else
4754                   if [[ $localhost = ibmkisti ]]
4755                   then
4756                      ssh $usern@gaiad "ssh $return_addres -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4757                   else
4758                      ssh $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4759                   fi
4760                fi
4761             else
4762                printf "\n  +++ no restart mechanism available for host \"$localhost\" "
4763                locat=restart; exit
4764             fi
4765
4766                # WARTEN, DAMIT SICH RESTART JOB IN QUEUE EINREIHEN KANN, BEVOR
4767                # DER AKTUELLE JOB ENDET
4768             if [[ $queue = special1q ]]
4769             then
4770                sleep 120
4771             else
4772                sleep 30
4773             fi
4774
4775          else
4776
4777                # BEI RECHNUNGEN AUF LOKALER MASCHINE KANN MRUN DIREKT AUFGE-
4778                # RUFEN WERDEN, AUSSER AUF lcfimm
4779             cd $LOCAL_PWD
4780             if [[ $localhost = lcfimm ]]
4781             then
4782                ssh $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc " 
4783             else
4784                eval  $mc                # ' MUESSEN AUSGEWERTET WERDEN
4785             fi
4786             cd -  > /dev/null
4787          fi
4788          printf "\n$striche\n  *** restart-run initiated \n"
4789
4790
4791             # EVENTUELL INPUT-DATEIEN, DIE VON TEMPORAEREM DATENVERZEICHNIS
4792             # GEHOLT WORDEN SIND, LOESCHEN
4793          (( i = 0 ))
4794          while (( i < iin ))
4795          do
4796             (( i = i + 1 ))
4797             if [[ "${got_tmp[$i]}" = true   &&  $keep_data_from_previous_run = false ]]
4798             then
4799                rm -r  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
4800             fi
4801          done
4802
4803       else
4804
4805          printf "\n  +++ no restart-run possible, since errors occured"
4806          printf "\n      during the archive process"
4807       fi
4808
4809    fi
4810
4811
4812   
4813       # EVTL. EMAIL-BENACHRICHTIGUNG UEBER ABGESCHLOSSENEN LAUF
4814    if [[ "$email_notification" != "none" ]]
4815    then
4816
4817       if [[ $localhost != $fromhost ]]
4818       then
4819          if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
4820          then
4821             echo "PALM restart run necessary"        >   email_text
4822             echo "description header of actual run:" >>  email_text
4823             cat  CONTINUE_RUN                        >>  email_text
4824             echo "mrun-command to restart:"          >>  email_text
4825             echo "$mc"                               >>  email_text
4826          else
4827             echo "PALM run with base filename \"$fname\" on host \"$localhost\" finished"  >  email_text
4828          fi
4829          mail  $email_notification  <  email_text
4830          printf "\n  *** email notification sent to \"$email_notification\" "
4831       fi
4832    fi
4833
4834
4835
4836       # ALLE ARBEITEN BEENDET. TEMPORAERER KATALOG KANN GELOESCHT WERDEN
4837    cd  $HOME
4838    [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
4839
4840 else
4841
4842
4843       # FALLS AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL, WERDEN JETZT ENTSPRE-
4844       # CHENDE AKTIONEN DURCHGEFUEHRT
4845
4846       # MRUN-BEFEHL FUER REMOTE-MASCHINE ZUSAMMENSTELLEN
4847    mrun_com="$mrun_script_name -a $afname -c $config_file -d $fname -h $host -H $fromhost -m $memory -t $cpumax -q $queue -R $return_addres -U $return_username -u $remote_username"
4848    [[ "$cpp_opts" != "" ]]       &&  mrun_com=${mrun_com}" -D \"$cpp_opts\""
4849    [[ "$global_revision" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -G \"$global_revision\""
4850    [[ $group_number != none ]]   &&  mrun_com=${mrun_com}" -g $group_number"
4851    [[ $do_compile = true ]]      &&  mrun_com=${mrun_com}" -s \"$source_list\""
4852    [[ "$input_list" != "" ]]     &&  mrun_com=${mrun_com}" -i \"$input_list\""
4853    [[ $ignore_archive_error = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -I"
4854    [[ $keep_data_from_previous_run = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -k"
4855    [[ "$additional_conditions" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -K \"$additional_conditions\""
4856#    [[ "$makefile" != "$source_path/Makefile" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -M \"$makefile\""
4857    [[ "$output_list" != "" ]]    &&  mrun_com=${mrun_com}" -o \"$output_list\""
4858    [[ "$read_from_config" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -S"
4859    [[ $do_trace = true ]]        &&  mrun_com=${mrun_com}" -x"
4860    [[ "$numprocs" != "" ]]       &&  mrun_com=${mrun_com}" -X $numprocs"
4861    if [[ $use_openmp = true ]]
4862    then
4863       mrun_com=${mrun_com}" -O $threads_per_task"
4864    fi
4865    [[ "$tasks_per_node" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -T $tasks_per_node"
4866    [[ $store_on_archive_system = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -A"
4867    [[ $package_list != "" ]]     &&  mrun_com=${mrun_com}" -p \"$package_list\""
4868    [[ $return_password != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -P $return_password"
4869    [[ $delete_temporary_catalog = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -B"
4870    [[ $node_usage != default  &&  "$(echo $node_usage | cut -c1-3)" != "sla"  &&  $node_usage != novice ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -n $node_usage"
4871    [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -y"
4872    [[ $run_coupled_model = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -Y \"$coupled_dist\""
4873    [[ "$check_namelist_files" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -z"
4874    [[ "$combine_plot_fields" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -Z"
4875    [[ "$max_par_io_str" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -w $max_par_io_str"
4876    if [[ $do_remote = true ]]
4877    then
4878       printf "\n>>>> MRUN-command on execution host:\n>>>> $mrun_com \n"
4879    fi
4880
4881
4882       # ZUSAMMENSTELLUNG DES JOBSCRIPTS AUF DATEI jobfile
4883    jobfile=jobfile.$RANDOM
4884
4885
4886       # TEMPORAERES VERZEICHNIS GENERIEREN UND NACH DORT WECHSELN
4887    echo  "mkdir  $TEMPDIR"      >>  $jobfile
4888    echo  "cd  $TEMPDIR"         >>  $jobfile
4889
4890
4891       # EVENTUELL FEHLERVERFOLGUNG AKTIVIEREN
4892    if [[ $do_trace = true ]]
4893    then
4894       echo  "set -x"                                    >>  $jobfile
4895    else
4896       echo  "set +vx"                                   >>  $jobfile
4897    fi
4898
4899
4900       # initialize the environment and load modules
4901    if [[ "$init_cmds" != "" ]]
4902    then
4903       echo  "$init_cmds"        >>  $jobfile
4904    fi
4905    if [[ "$module_calls" != "" ]]
4906    then
4907       echo  "$module_calls"     >>  $jobfile
4908    fi
4909
4910
4911       # BEREITSTELLUNG VON QUELLTEXTEN, MRUN-SCRIPTS UND KONFIGURATIONS-
4912       # DATEI FUER DEN JOB
4913    if [[ $( echo $host | cut -c1-5 ) = lcsgi  ||  $host = ibmkisti ]]
4914    then
4915
4916          # KONFIGURATIONSDATEI UND MRUN_SCRIPT IN DAS SOURCE-VERZEICHNIS
4917          # KOPIEREN
4918       if [[ $restart_run != true ]]
4919       then
4920          cp  $config_file  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
4921          cp  ${PALM_BIN}/$mrun_script_name  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
4922       fi
4923
4924          # SOURCE-VERZEICHNIS VOM LOKALEN RECHNER PER SCP TRANSFERIEREN
4925          # (BEI JOBS AUF LOKALEM RECHNER REICHT CP)
4926       echo  "set -x"  >>  $jobfile
4927       if [[ $host = $localhost ]]
4928       then
4929          echo  "cp  -r  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname ."  >>  $jobfile
4930       else
4931          if [[ $host != ibmkisti ]]
4932          then
4933             echo  "scp  -r  $return_username@$return_addres:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname ."  >>  $jobfile
4934          else
4935                # on KISTI's IBM firewall is only opened on interactive node
4936             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
4937             echo  "ssh $remote_username@gaiad \"cd \$localdir; scp  -r  $return_username@$return_addres:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
4938          fi
4939       fi
4940       echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                      >>  $jobfile
4941
4942          # QUELLTEXTE, MRUN-SCRIPT UND KONFIGURATIONSDATEI IN DAS AKTUELLE
4943          # ARBEITSVERZEICHNIS VERSCHIEBEN
4944       echo  "mv  SOURCES_FOR_RUN_$fname/$config_file  . "       >>  $jobfile
4945       echo  "mv  SOURCES_FOR_RUN_$fname/$mrun_script_name  . "  >>  $jobfile
4946       echo  "execute_mrun=true"                                 >>  $jobfile
4947       echo  " "                                                 >>  $jobfile
4948
4949    else
4950
4951          # ABSPEICHERN DER QUELLTEXTE (NUR FALLS UEBERSETZT WERDEN SOLL)
4952          # SOWIE GEGEBENENFALLS DES MAKEFILES
4953       if [[ $do_compile = true ]]
4954       then
4955
4956          source_catalog=SOURCES_FOR_RUN_$fname
4957
4958              # UNTERVERZEICHNIS FUER QUELLTEXTE UND MAKEFILE ANLEGEN
4959              # MRUN WIRD DIESES VRZEICHNIS UEBER ENVIRONMENT VARIABLE
4960              # MITGETEILT (UEBERSTEUERT ANGABE IN KONFIGURATIONSDATEI)
4961          echo  "mkdir  SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
4962          echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                 >>  $jobfile
4963          echo  "cd     SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
4964
4965          for  filename  in  $source_list
4966          do
4967                # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
4968             echo  "cat > $filename << \"%END%\""              >>  $jobfile
4969             cat   $source_catalog/$filename                   >>  $jobfile
4970             echo  " "                                         >>  $jobfile
4971             echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
4972             echo  " "                                         >>  $jobfile
4973          done
4974
4975             # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
4976          echo  "cat > Makefile << \"%END%\""               >>  $jobfile
4977          cat   $source_catalog/Makefile                    >>  $jobfile
4978          echo  " "                                         >>  $jobfile
4979          echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
4980          echo  " "                                         >>  $jobfile
4981
4982          echo  "cd -  > /dev/null"                         >>  $jobfile
4983
4984       fi
4985
4986
4987          # ABSPEICHERN DER KONFIGURATIONSDATEI
4988          # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
4989       echo  "cat > $config_file << \"%END%\""      >>  $jobfile
4990       cat   $config_file                           >>  $jobfile
4991       echo  "%END%"                                >>  $jobfile
4992       echo  " "                                    >>  $jobfile
4993
4994
4995          # ABSPEICHERN DER AKTUELLEN MRUN-VERSION
4996          # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
4997       echo  "cat > $mrun_script_name <<\"%END%\""    >>  $jobfile
4998       cat   ${PALM_BIN}/$mrun_script_name            >>  $jobfile
4999       echo  "%END%"                                  >>  $jobfile
5000       echo  "chmod u+x $mrun_script_name"          >>  $jobfile
5001       echo  "execute_mrun=true"                    >>  $jobfile
5002       echo  " "                                    >>  $jobfile
5003
5004    fi
5005
5006
5007       # EVTL. BENOETIGTE INPUT-DATEIEN PER FTP HOLEN ODER DEM JOB DIREKT
5008       # MITGEBEN UND AUF DEM REMOTE-RECHNER IM BENUTZERVERZEICHNIS ABLEGEN
5009       # FALLS DIESES NICHT EXISTIERT, WIRD VERSUCHT, DAS JEWEILS LETZTE
5010       # UNTERVERZEICHNIS DES PFADNAMENS ANZULEGEN
5011    if [[ $do_remote = true ]]
5012    then
5013       (( i = 0 ))
5014       while (( i < iin ))
5015       do
5016          (( i = i + 1 ))
5017          echo  "[[ ! -d ${pathin[$i]} ]]  &&  mkdir -p  ${pathin[$i]}"  >>  $jobfile
5018          if [[ "${transin[$i]}" = job ]]
5019          then
5020             echo  "cat > ${remotepathin[$i]} <<\"%END%\""    >>  $jobfile
5021             eval cat   ${pathin[$i]}/${frelin[$i]}           >>  $jobfile
5022             echo  " "                                        >>  $jobfile
5023             echo  "%END%"                                    >>  $jobfile
5024          else
5025             echo  "batch_scp -b -o -g -s -u $return_username $return_addres ${remotepathin[$i]} \"${pathin[$i]}\" ${frelin[$i]}" >>  $jobfile
5026          fi
5027
5028             # UEBERPRUEFEN, OB DATEI ANGELEGT WERDEN KONNTE
5029          echo  "if [[ \$? = 1 ]]"                    >>  $jobfile
5030          echo  "then"                                >>  $jobfile
5031          echo  "   echo \" \" "                      >>  $jobfile
5032          echo  "   echo \"+++ file ${remotepathin[$i]} could not be created\" "   >>  $jobfile
5033          echo  "   echo \"    please check, if directory exists on $host!\" "  >>  $jobfile
5034          echo  "   echo \"+++ MRUN will not be continued\" "  >>  $jobfile
5035          echo  "   execute_mrun=false"               >>  $jobfile
5036          echo  "fi"                                  >>  $jobfile
5037       done
5038    fi
5039
5040       # ARBEITSKATALOG AUF DER LOKALEN MASCHINE FUER EVENTUELLE
5041       # FORTSETZUNGSLAUEFE PER ENV-VARIABLE UEBERGEBEN
5042    echo  "LOCAL_PWD=$working_directory"                >>  $jobfile
5043    echo  "export LOCAL_PWD"                            >>  $jobfile
5044
5045       # EBENSO LOKALEN MRUN-KATALOG UEBERGEBEN
5046    echo  "LOCAL_MRUN_PATH=$PALM_BIN"                   >>  $jobfile
5047    echo  "export LOCAL_MRUN_PATH"                      >>  $jobfile
5048
5049       # WORKAROUND FUER RIAM-NEC-JOBS WEGEN PROFILE-SCHWIERIGKEITEN
5050    if [[ $localhost_realname = "gate"  ||  $localhost = lctit ]]
5051    then
5052       echo  "export PALM_BIN=$PALM_BIN"                >>  $jobfile
5053    fi
5054
5055       # MRUN AUF ZIELRECHNER AUFRUFEN (queue is workaround for ibmkisti)
5056    echo  "set -x"                                      >>  $jobfile
5057    echo  "queue=$queue"                                >>  $jobfile
5058    echo  "[[ \$execute_mrun = true ]]  &&  ./$mrun_com"  >>  $jobfile
5059
5060    echo  'ls -al; echo `pwd`'                          >>  $jobfile
5061    echo  "cd \$HOME"                                   >>  $jobfile
5062    echo  "rm -rf  $TEMPDIR"                            >>  $jobfile
5063
5064
5065
5066
5067       # JOB PER SUBJOB STARTEN
5068    if [[ $silent = false ]]
5069    then
5070       printf "\n     "
5071    else
5072       printf "\n\n"
5073    fi
5074
5075    subjob  $job_on_file  -h $host  -u $remote_username -g $group_number -q $queue  -m $memory  -N $node_usage -t $cpumax  $XOPT  $TOPT  $OOPT  -n $fname  -v  -c $job_catalog  -e $email_notification  $jobfile
5076    rm -rf  $jobfile
5077
5078
5079 fi  # ENDE REMOTE-TEIL
5080
5081
5082
5083     # ENDE DER PROZEDUR
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.