source: palm/trunk/SCRIPTS/mrun @ 990

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bugfix in mrun (restart runs)

  • Property svn:keywords set to Id Rev
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Line 
1#!/bin/ksh
2# mrun - script for running PALM jobs
3# $Id: mrun 986 2012-08-22 09:55:16Z maronga $
4
5     # Procedure for interactive/batch PALM runs (initial runs and automatic
6     # restart runs)
7
8     # Last changes:
9     # 03/03/94 - Siggi - Entwicklungsbeginn
10     # 21/03/94 - Siggi - Entwicklungsabschluss (Version 1.0)
11     # 09/12/94 - Siggi - allexport unterbunden; statt dessen werden jetzt ein-
12     #                    zelne Variable exportiert. Dies ist noetig, weil an-
13     #                    sonsten irgendein Speicher ueberlaeuft und von mrun
14     #                    aufgerufene Programme (z.B. stageout) mit Fehlern
15     #                    abbrechen (too many arguments)
16     # 20/06/95 - Siggi - noclobber muss explizit abgeschaltet, da jetzt
17     #                    defaultmaessig im RRZN-Profile eingeschaltet
18     # 10/06/97 - Siggi - Zusaetzliche Option -C bei cpp, damit // nicht
19     #                    wegfallen
20     # 25/04/00 - Siggi - Version 1.5
21     #                    remote_addres und remote_user in return_addres bzw.
22     #                    return_username umbenannt, return_username wird dem
23     #                    mrun-Aufruf im Job ueber Option -U mitgegeben.
24     #                    Neue Variable remote_username, die beim interaktiven
25     #                    mrun-Aufruf zwingend ueber die neue Option -u oder
26     #                    in der Konfigurationsdatei angegeben werden muss.
27     # 08/02/01 - Siggi - Alle mrun-Meldungen ins englische uebersetzt,
28     #                    Version 1.7
29     # 05/05/02 - Siggi - Uebersetzungen mittels make-Mechanismus moeglich
30     # 21/11/02 - Siggi - ENV-Variable XLFRTEOPTS wird vor Ausfuehrung auf
31     #                    IBM gesetzt, um Record-Laenge der NAMELIST-Dateien,
32     #                    zu bestimmen; Praeprozessoroptionen haben nun alle
33     #                    die Form -Dtext=text, weil auf IBM sonst text durch
34     #                    die leere Zeichenkette ersetzt wird
35     # 01/08/03 - Siggi  - Test of implementing dvrp+1PE on ibm
36     # 07/01/04 - Siggi  - additional preprocessor directive for ibm included
37     #                     (-D$OMP=OMP) in order to avoid problems with
38     #                     OMP_NUM_THREADS
39     # 04/01/05 - Siggi  - archiving on hanni and berni is done in separate
40     #                     tar files, one for each node used
41     # 07/01/04 - Siggi  - old code for t3e, vpp and hpcs eliminated
42     # 09/01/05 - Siggi  - workaround for getting the IP address on gfdl3
43     # 17/01/05 - Siggi  - job for data transfer to local machine now within
44     #                     job class c1 (HLRN)
45     # 27/01/05 - Siggi  - IP address workaround for gfdl3 removed
46     # 28/01/05 - Siggi  - tar-filenames on $PERM (HLRN) now include the
47     #                     base filename and cycle number
48     # 16/02/05 - Gerald - hababai validated
49     # 14/03/05 - Siggi  - abort on NEC after first runtime error (F_ERRCNT)
50     # 29/03/05 - Marcus - berni*-en0 validated
51     # 21/04/05 - Siggi  - transfer-job-protocol for avs-data is no more stored
52     # 24/04/05 - Siggi  - netcdf support on lcmuk
53     # 25/04/05 - Siggi  - netcdf support on gfld3 (decalpha)
54     # 11/05/05 - Siggi  - files with non-numeric extensions (.xxx after cycle
55     #                     number) can now be used within interactive runs
56     # 12/05/05 - Siggi  - netcdf support on ibm
57     # 13/05/05 - Siggi  - error in tar-filenames on $PERM (HLRN) removed
58     # 18/05/05 - Siggi  - netcdf support on nec
59     # 24/05/05 - Siggi  - netcdf support on ibms
60     # 14/06/05 - Siggi  - sleep interval after submit of restart job increased
61     #                     to 30 seconds
62     # 28/06/05 - Siggi  - bora adjusted to new intel compiler (LD_LIBRARY_
63     #                     PATH is temporarily set)
64     # 07/09/05 - Siggi  - setting of MP_EAGER_LIMIT switched off because it
65     #                     caused warnings in the job protocol
66     # 20/10/05 - Siggi  - update of netcdf-version on decalpha (gfdl3)
67     # 25/10/05 - Siggi  - error in listing files for getting the cycle number
68     #                     removed
69     # 26/10/05 - Siggi  - new paths for dvrp-library, transfer of catalogs
70     #                     realized by file attribute trpe
71     # 28/10/05 - Siggi  - if existing, the file extension is output in case
72     #                     of missing input file - no job abort in case of
73     #                     missing input files with file extensions
74     #                     (preliminary solution)
75     # 31/10/05 - Siggi  - data transfer from nech now within seperate job
76     # 04/11/05 - Siggi  - netcdf 3.6.0-p1 on ibmh/ibmb
77     # 07/12/05 - Siggi  - gallego and elephanta admitted
78     # 30/12/05 - Siggi  - gfdl5 (ibmy) admitted
79     # 10/01/06 - Siggi  - cpp directive for NetCDF 64bit support
80     # 20/01/06 - Siggi  - cpp directive for ibmy
81     # 09/02/06 - Siggi  - ibmy admitted for batch mode
82     # 13/04/06 - Siggi  - ostria admitted
83     # 18/04/06 - Siggi  - usage of OpenMP implemented (additional option -O)
84     # 10/05/06 - Siggi  - environment variable XLSMPOPTS set on IBM for
85     #                     optimization of OpenMP runs (option stacksize is
86     #                     necessary for large gridpoint numbers because
87     #                     otherwise a segmentation fault occurs)
88     # 23/05/05 - Siggi  - lctit (SUN Fire X4600) admitted
89     # 21/08/06 - Siggi  - standard mrun path on scirocco is as on bora
90     # 23/08/06 - Siggi  - netcdf support for scirocco (notebook)
91     # 20/09/06 - Marcus - add DVRP library on nech
92     # 24/10/06 - Siggi  - Environment variables for PALM steering are written
93     #                     on local NAMELIST file ENVPAR
94     # 24/11/06 - Siggi  - levanto admitted, maestro switched to ifc 9.1
95     # 28/11/06 - Siggi  - call to interpret_config.x_levanto because of SuSe 10
96     # 06/02/07 - Siggi  - add DVRP library on lcmuk
97     # 07/02/07 - Siggi  - revision of source code handling, source code is
98     #                     now expected in directory given by source_path and
99     #                     not in the current working directory, source code
100     #                     files provided in add_source_path are allways
101     #                     compiled, source code to be compiled is allways
102     #                     sampled in SOURCES_FOR_RUN_$fname which is a
103     #                     subdirectory of the current working directory,
104     #                     -s TEST  changed to  -s WRITE_PERMIT  or -s WP,
105     #                     adapted for RIAM (neck)
106     #                     bugfix for cycle number of output file (extout)
107     #                     all hpmuk-related code removed
108     # 14/02/07 - Siggi  - dvrp support for neck added
109     # 28/02/07 - Siggi  - empty lines in configuration file are accepted
110     #                     mrun_path replaced by PALM_BIN,
111     #                     all machines are calling interpret_config.x
112     # 14/03/07 - Siggi  - fimm admitted, revision number added to terminal
113     #                     output
114     # 16/03/07 - Siggi  - adjustments for lctit
115     # 29/03/07 - Siggi  - global revision transfered to batch job by new
116     #                     option -G
117     # 30/03/07 - Siggi  - compilation "by hand" removed, cpp-directives/options
118     #                     + netcdf/dvrp-options are read from configuration
119     #                     file, host identifier (local_host) is read from
120     #                     config file, code related to ftp filetransfer
121     #                     removed (incl. option -f)
122     # 19/06/07 - Siggi  - time limit for cdata jobs increased
123     # 25/07/07 - Siggi  - two sets of executables can be started on lcmuk,
124     #                     if new option -Y (coupling) is given,
125     #                     output of executables to aout_output removed,
126     #                     messages are immediately written to stdout instead
127     # 03/08/07 - Marcus - add XOPT="-X $numprocs" for lcfimm
128     # 09/08/07 - Marcus - workaround on lcfimm to propagate environment
129     #                     variables out to the nodes in coupled mode -disabled-
130     # 13/08/07 - Marcus - start local restart jobs per ssh on lcfimm
131     # 28/08/07 - Marcus - completely remove workaround on lcfimm to propagate
132     #                     environment variables out to the nodes in coupled mode
133     # 15/10/07 - Siggi  - Preliminary adjustments for lctit, based on Jin's
134     #                     suggestions
135     # 19/10/07 - Marcus - further adjustments for lctit: add new optional
136     #                     argument -g group_number, admit all sla* node_usage
137     #                     queues
138     # 30/10/07 - Marcus - further adjustments for queues on lctit
139     # 14/02/08 - Bjoern - link of restart files with long file name possible
140     # 28/02/08 - Marcus - If environment variable link_local_output is set to
141     #                     true, mrun tries "ln -f" on local output and resorts
142     #                     to "cp" or "cp -r" on error
143     # 15/04/08 - Siggi  - argument -c introduced to most of the subjob calls,
144     #                     which allows the user to choose his own job catalog
145     #                     by setting job_catalog in the configuration file
146     #                     (default is ~/job_queue),
147     #                     workaround for mpiexec with -env option,
148     #                     adjustments for lcxt4 (Bergen Center for Computational
149     #                     Science)
150     # 22/05/08 - Marcus - If environment variable link_local_input is set to
151     #                     true, mrun tries "ln -f" on local input and resorts
152     #                     to "cp" or "cp -r" on error
153     # 27/05/08 - Siggi  - PATH is set to PALM_BIN everywhere (missing so far)
154     # 14/07/08 - Siggi  - adjustments for lcsgih
155     # 08/08/08 - Marcus - typo removed in lcxt4 branch
156     # 17/09/08 - Siggi  - restart mechanism adjusted for lcsgi
157     # 02/10/08 - BjornM - argument "-Y" modified, adjustments for coupled runs
158     # 21/10/08 - Siggi  - bugfix for the case that -K has more than one
159     #                     argument
160     # 08/11/08 - Siggi  - bugfix for depository path settings in configuration
161     #                     file
162     # 11/11/08 - Siggi  - rules for using user code files changed: user
163     #                     code splitted into one file per subroutine,
164     #                     user can provide his/her own makefile, only
165     #                     default source-code filenames are allowed
166     # 14/11/08 - Siggi  - cond1 and cond2 are part of the depository name
167     # 08/01/09 - Siggi  - mpi module on sgi machines to be used can be set
168     #                     with environment variable mpilib
169     # 13/01/09 - Siggi  - totalview on hice/bice can be used in debug mode
170     #                     using environment variable totalview
171     # 25/02/09 - Siggi  - cputime-option (-t) is allowed to be omitted for
172     #                     interactive runs
173     # 05/03/09 - Siggi  - adjustments for new NEC-SX9 at RIAM (necriam)
174     # 16/03/09 - Siggi  - dvrp_lib, dvrp_inc replaced by dvr_lib, dvr_inc,
175     #                     dvr streaming server is automatically started using
176     #                     new variable dvr_server and a configuration file
177     #                     .dvrserver.config,
178     #                     processing of dvr output files using new script
179     #                     process_dvr_output implemented, in order to make
180     #                     dvr application more user friendly
181     # 20/03/09 - Marcus - update of n1ge command for lctit
182     # 16/04/09 - Siggi  - new option -y for precursor (uncoupled) ocean runs
183     #                     to be followed by a coupled atmosphere-ocean run
184     # 21/04/09 - Siggi  - adjustments for new IBM at DKRZ, which is now ibmh
185     # 24/06/09 - BjornM - adjustments for coupled/precursor runs on ibmy
186     # 08/07/09 - Siggi  - default value for email_notification is none,
187     #                     option -e added to subjob
188     # 19/08/09 - Marcus - MPI debug option
189     # 21/08/09 - Marcus - totalview on hice/bice also available for mvapich2
190     # 25/08/09 - BjornM - adpated for lck
191     # 26/08/09 - Siggi  - additional environment variables for mpt on ice2
192     # 26/08/09 - Marcus - adjustment for ice2 on lcsgib
193     # 29/09/09 - Siggi  - default value for archiving is false, option "-A"
194     #                     switches on archiving, archiving on SGI-ICE enabled
195     # 16/10/09 - Carolin- adjustments for archiving on SGI-ICE of binary files;
196     #                     adjustment for special1q
197     # 18/12/09 - Carolin- modification of archiving (permq)
198     # 01/02/10 - Siggi  - adapted for lcxt5m and lckyoto (Fujitsu HX600)
199     # 03/02/10 - Siggi  - make options (mopts) to be set by configuration file
200     #                     implemented
201     # 08/02/10 - Siggi  - loading of modules now controlled via configuration
202     #                     file (modules)
203     # 02/03/10 - Siggi  - for each block in the configuration file, separate
204     #                     utility programs are used, combine_plot_fields is
205     #                     directly called and must not be given by an output
206     #                     command in the configuration file any more
207     # 15/06/10 - Rieke  - ssh from compute nodes to login nodes on hosts
208     #                     lcsgih/lcsgib is done using the names
209     #                     hicegate0/bicegate0 instead of the IP addresses
210     # 17/08/10 - BjornM - adjustments for interactive runs on lcxt4
211     # 07/09/10 - Siggi  - bugfix for wrong netcdf/3.6.3 module on lcsgi
212     # 08/12/10 - Siggi  - new handling of openmp/hybrid runs, option -O
213     #                     has now argument threads_per_task
214     #                     adjustments for Kyushu Univ. (lcrte, ibmku)
215     # 14/12/10 - Siggi  - adjustments for new Tsubame system at Tokyo
216     #                     institute of technology (lctit)
217     # 23/12/10 - Micha  - different number of processors in ocean and
218     #                     atmosphere is now allowed
219     # 02/02/10 - Siggi  - further adjustments on Tsubame and concerning openMP
220     #                     usage
221     # 09/03/10 - Siggi  - adjustments for ibmkisti, mpt bugfix for netCDF4
222     #                     usage, totalview usage extended
223     # 17/03/11 - Siggi  - adjustments for openmp usage on ibmkisti
224     # 03/04/11 - Micha  - added lckordi
225     # 06/04/11 - BjornM - bugfix for runs with mpt on lcsgi
226     # 17/08/11 - Siggi  - extensions for impi library
227     # 18/08/11 - Siggi  - bugfix for local append of output files with suffix
228     #                     (.nc)
229     # 18/08/11 - Marcus - support for Linux OS with German locale
230     #                   - properly report hosts on general Linux clusters
231     # 29/08/11 - BjornW - adapted for lcflow (ForWind cluster in Oldenburg)
232     # 29/08/11 - Carolin- initiating restart-run: adjustment of the path at
233     #                     IMUK
234     # 15/09/11 - Siggi  - new option -w tp set the maximum number of parallel
235     #                     io streams, option -T is obligatory from now on
236     # 25/01/12 - BjornM - a namelist file check prior to the model run has
237     #                     been implemented (check_namelist_files).
238     #                     New option -z can be used to skip the check
239     # 03/02/12 - BjornM - namelist file check temporary disabled
240     #                     until severel bugs are fixed
241     # 08/02/12 - BjornM - bugfixes: skipping namelist file check in case of
242     #                     restart runs. check is now possible with topography
243     #                     and the -v (silent) option is considered
244     # 14/02/12 - BjornM/- bugfix: removed slash in \$queue, changed default
245     #            Farah    queue for lcsgi to testq, since bigq is not
246     #                     available on ice1
247     # 16/02/12 - BjornM - bugfix: replaced $localhost by $host in the ENVPAR
248     #                     file, which is generated for the namelist file check
249     # 17/02/12 - Siggi  - -z included in description of options (mrun ?)
250     # 22/02/12 - Siggi  - -s info updated
251     # 22/02/12 - Siggi  - case "-s WP" removed
252     # 28/02/12 - BjornM - further adjustments for namelist file check
253     # 09/03/12 - Siggi  - -T option not obligatory for lcflow
254     # 12/03/12 - Siggi  - tasks_per_node divisor check not for lcflow
255     # 21/03/12 - Matthias - default compiler on ibmh changed
256     # 02/05/12 - Bjoern  - lcxt4 is now lcxe6, adjustments for lcxe6,
257     #                      bugfixes for the parameter file check, initial
258     #                      commands on ssh calls sourced out to .mrun.config
259     # 05/06/12 - Bjoern  - bugfixes for the parameter file check on lcxe6.
260     #                      combine_plot_fields can be switched off by the
261     #                      new mrun option -Z
262     # 08/06/12 - Bjoern  - max_pr_user enabled for the namelist file check,
263     #                      sleep commands are now disabled in silent mode (-v)
264     # 06/08/12 - Bjoern  - update: system update at imuk now requires (new)
265     #                      initial shell commands on ssh calls (automatic
266     #                      restart runs were not possible)
267     # 22/08/12 - Bjoern  - bugfix: missing export statement in the previous
268     #                      update of the ssh calls
269 
270    # VARIABLENVEREINBARUNGEN + DEFAULTWERTE
271
272 set +o allexport    # SICHERHEITSHALBER UNTERBINDEN, DA SONST EVTL. STAGEOUT
273                     # NICHT LAUEFT (TOO MANY ARGUMENTS - PROBLEM)
274 set +o noclobber    # EXISTIERENDE DATEIEN DUERFEN UEBERSCHRIEBEN WERDEN
275
276 AddFilenames=""
277 additional_conditions=""
278 add_source_path=""
279 afname=""
280 archive_save=true
281 archive_system=none
282 check_namelist_files=true
283 combine_plot_fields=true
284 compiler_name=""
285 cond1=""
286 cond2="" 
287 config_file=.mrun.config
288 coupled_dist=""
289 coupled_mode="mpi1"
290 cpp_opts=""
291 cpp_options=""
292 cpumax=0
293 cpurest=0
294 delete_temporary_catalog=true
295 do_batch=false
296 do_compile=true
297 do_remote=false
298 do_stagein=true
299 do_stageout=true
300 do_trace=false
301 email_notification="none"
302 exclude=""
303 executable=""
304 execution_error=false
305 fimm=false
306 fname=test
307 fromhost=""
308 global_revision=""
309 group_number=none
310 host=""
311 host_file=""
312 hp=""
313 ignore_archive_error=false
314 input_list=""
315 interpreted_config_file=""
316 job_catalog="~/job_queue"
317 job_on_file=""
318 keep_data_from_previous_run=false
319 link_local_input=false
320 link_local_output=false
321 localhost_realname=$(hostname)
322 local_compile=false
323 local_dvrserver_running=.FALSE.
324 locat=normal
325 mainprog=""
326 makefile=""
327 max_par_io_str=""
328 mc=$0
329 while [[ $(echo $mc | grep -c "/") != 0 ]]
330 do
331    mc=`echo $mc | cut -f2- -d"/"`
332 done
333 module_calls=""
334 mrun_script_name=$mc
335 netcdf_inc=""
336 netcdf_lib=""
337 netcdf_support=false
338 node_usage=default
339 numprocs=""
340 numprocs_atmos=0
341 numprocs_ocean=0
342 OOPT=""
343 openmp=false
344 output_list=""
345 package_list=""
346 punkte="..........................................................."
347 queue=none
348 read_from_config=""
349 restart_run=false
350 if [[ `hostname` = rte10 ]]
351 then
352   return_addres=133.5.185.60
353   echo "+++ WARNING: fixed return_addres = $return_addres is used !!!!!"
354 elif [[ `hostname` = climate0 ]]
355 then
356   return_addres=165.132.26.68
357   echo "+++ WARNING: fixed return_addres = $return_addres is used !!!!!"
358 else
359    return_addres=$(nslookup `hostname` 2>&1 | grep "Address:" | tail -1 | awk '{print $2}')
360 fi
361 return_password=""
362 return_username=$LOGNAME
363 remotecall=false
364 remote_username=""
365 run_coupled_model=false
366 run_mode=""
367 scirocco=false
368 store_on_archive_system=false
369 striche="  ----------------------------------------------------------------------------"
370 silent=false
371 source_list=""
372 source_path=SOURCE
373 tasks_per_node=""
374 threads_per_task=1
375 tmpcreate=false
376 tmp_data_catalog=""
377 transfer_problems=false
378 usern=$LOGNAME
379 use_openmp=false
380 working_directory=`pwd`
381 TOPT=""
382 XOPT=""
383 zeit=$( date | cut -c 12-19 )
384
385 typeset -i  iec=0 iic=0 iin=0 ioc=0 iout=0 memory=0 stagein_anz=0 stageout_anz=0
386 typeset -i  cputime i ii iia iii iio icycle inode ival jobges jobsek maxcycle minuten nodes pes sekunden tp1
387
388 typeset  -R30 calltime
389 typeset  -L20 spalte1
390 typeset  -L40 spalte2
391 typeset  -L60 spalte3
392 typeset  -L35 string1=`date`
393 typeset  -L12 string2=$usern
394 typeset  -L12 string3=$localhost_realname
395 typeset  -L12 string4
396 typeset  -L12 string5
397 typeset  -L30 version="MRUN  2.0 Rev$Rev: 986 $"
398
399
400
401    # EINZELNE VARIABLE FUER HAUPTPROGRAMM EXPORTIEREN
402 export  cpurest fname host localhost return_addres return_username remotecall tasks_per_node
403
404    # FOLGENDE VARIABLEN MUESSEN FUER DIE INTERPRETATION DER KONFIGURATIONSDATEI
405    # EXPORTIERT WERDEN
406 export  afname config_file cpp_opts cpumax do_batch do_trace fname fromhost
407 export  group_number input_list memory numprocs output_list queue run_mode
408
409
410 
411    # FEHLERBEHANDLUNG
412    # BEI EXIT:
413 trap 'rm -rf  $working_directory/tmp_mrun
414       if [[ $locat != localhost ]]
415       then
416#          if [[ ! -f ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik ]]
417#          then
418#             cat  >  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik  <<  %STATEND%
419#MRUN-calls on $localhost
420#
421#date and time                      user        localhost   remotehost  termination mrun-command
422#--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
423#%STATEND%
424#             chmod  666  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik
425#          fi
426#
427#             # EINTRAG IN DIE STATISTIK-DATEI
428#          string4=$host
429#          string5=$locat
430#          if [[ "$job_on_file" = ""  &&  $locat != control_c  &&  $locat != user_abort ]]
431#          then
432#             if [[ $do_batch = true ]]
433#             then
434#                printf "$string1$string2$string3$string4$string5$mrun_com \n"  >>  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik
435#             else
436#                printf "$string1$string2$string3$string4$string5$mc \n"  >>  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik
437#             fi
438#          fi
439          echo " " > /dev/null
440       fi
441
442       if [[ $locat != normal  &&  $locat != control_c  &&  $locat != local_compile ]]
443       then
444
445              # EVENTUELLE ERROR-KOMMANDOS ABARBEITEN
446          (( i = 0 ))
447          while (( i < iec ))
448          do
449             (( i = i + 1 ))
450             printf "\n  *** Execution of ERROR-command:\n"
451             printf "  >>> ${err_command[$i]}\n"
452             eval  ${err_command[$i]}
453          done
454          if [[ -n $interpreted_config_file ]]  then
455             rm -rf  $interpreted_config_file
456          fi
457          if [[ -n .mrun_environment ]]  then
458             rm -rf  .mrun_environment
459          fi
460          if [[ $tmpcreate = true ]]
461          then
462             printf "\n  *** Contents of \"$TEMPDIR\":\n"
463             ls -al; cd
464             [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
465          fi
466          if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
467          then
468             echo "+++ killing dvrserver_id=$dvrserver_id"
469             kill $dvrserver_id
470          fi
471          if [[ -f ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID ]]
472          then
473             rm -rf  ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID
474          fi
475          printf "\n\n+++ MRUN killed \n\n"
476       elif [[ $locat != control_c ]]
477       then
478          printf "\n\n --> all actions finished\n\n"
479          printf "     Bye, bye $usern !!\n\n"
480       fi' exit
481
482
483    # BEI TERMINAL-BREAK:
484 trap 'rm -rf  $working_directory/tmp_mrun
485       rm -rf  $working_directory/tmp_check_namelist_files
486       [[ $tmpcreate = true ]]  &&  (cd; rm -rf $TEMPDIR)
487       if [[ -f ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID ]]
488       then
489          rm -rf  ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID
490       fi
491       if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
492       then
493          echo "+++ killing dvrserver_id=$dvrserver_id"
494          kill $dvrserver_id
495       fi
496       printf "\n+++ MRUN killed by \"^C\" \n\n"
497       locat=control_c
498       exit
499      ' 2
500
501
502    # CHECK IF THE PATH FOR THE PALM BINARIES (SCRIPTS+UTILITY-PROGRAMS) HAS
503    # BEEN SET
504 if [[ "$PALM_BIN" = "" ]]
505 then
506    printf "\n  +++ environment variable PALM_BIN has not been set"
507    printf "\n      please set it to the directory where the PALM scripts are located"
508    locat=palm_bin; exit
509 fi
510 export PATH=$PALM_BIN:$PATH
511
512
513
514    # SHELLSCRIPT-OPTIONEN EINLESEN UND KOMMANDO NEU ZUSAMMENSETZEN, FALLS ES
515    # FUER FOLGEJOBS BENOETIGT WIRD
516 while  getopts  :a:AbBc:Cd:D:Fg:G:h:H:i:IkK:m:M:n:o:O:p:P:q:r:R:s:St:T:u:U:vw:xX:yY:zZ option
517 do
518   case  $option  in
519       (a)   afname=$OPTARG;;
520       (A)   store_on_archive_system=true; mc="$mc -A";;
521       (b)   do_batch=true; mc="$mc -b";;
522       (B)   delete_temporary_catalog=false; mc="$mc -B";;
523       (c)   config_file=$OPTARG; mc="$mc -c$OPTARG";;
524       (C)   restart_run=true; mc="$mc -C";;
525       (d)   fname=$OPTARG; mc="$mc -d$OPTARG";;
526       (D)   cpp_opts="$cpp_opts $OPTARG"; mc="$mc -D'$OPTARG'";;
527       (F)   job_on_file="-D"; mc="$mc -F";;
528       (g)   group_number=$OPTARG; mc="$mc -g$OPTARG";;
529       (G)   global_revision=$OPTARG; mc="$mc -G'$OPTARG'";;
530       (h)   host=$OPTARG; mc="$mc -h$OPTARG";;
531       (H)   fromhost=$OPTARG; mc="$mc -H$OPTARG";;
532       (i)   input_list=$OPTARG; mc="$mc -i'$OPTARG'";;
533       (I)   ignore_archive_error=true; mc="$mc -I";;
534       (k)   keep_data_from_previous_run=true; mc="$mc -k";;
535       (K)   additional_conditions="$OPTARG"; mc="$mc -K'$OPTARG'";;
536       (m)   memory=$OPTARG; mc="$mc -m$OPTARG";;
537       (M)   makefile=$OPTARG; mc="$mc -M$OPTARG";;
538       (n)   node_usage=$OPTARG; mc="$mc -n$OPTARG";;
539       (o)   output_list=$OPTARG; mc="$mc -o'$OPTARG'";;
540       (O)   use_openmp=true; threads_per_task=$OPTARG; mc="$mc -O$OPTARG";;
541       (p)   package_list=$OPTARG; mc="$mc -p'$OPTARG'";;
542       (P)   return_password=$OPTARG; mc="$mc -P$OPTARG";;
543       (q)   queue=$OPTARG; mc="$mc -q$OPTARG";;
544       (r)   run_mode=$OPTARG; mc="$mc -r'$OPTARG'";;
545       (R)   remotecall=true;return_addres=$OPTARG; mc="$mc -R$OPTARG";;
546       (s)   source_list=$OPTARG; mc="$mc -s'$OPTARG'";;
547       (S)   read_from_config=false; mc="$mc -S";;
548       (t)   cpumax=$OPTARG; mc="$mc -t$OPTARG";;
549       (T)   mrun_tasks_per_node=$OPTARG; mc="$mc -T$OPTARG";;
550       (u)   remote_username=$OPTARG; mc="$mc -u$OPTARG";;
551       (U)   return_username=$OPTARG; mc="$mc -U$OPTARG";;
552       (v)   silent=true; mc="$mc -v";;
553       (w)   max_par_io_str=$OPTARG; mc="$mc -w$OPTARG";;
554       (x)   do_trace=true;set -x; mc="$mc -x";;
555       (X)   numprocs=$OPTARG; mc="$mc -X$OPTARG";;
556       (y)   ocean_file_appendix=true; mc="$mc -y";;
557       (Y)   run_coupled_model=true; coupled_dist=$OPTARG; mc="$mc -Y'$OPTARG'";;
558       (z)   check_namelist_files=false; mc="$mc -z";;
559       (Z)   combine_plot_fields=false; mc="$mc -Z";;
560       (\?)  printf "\n  +++ unknown option $OPTARG \n"
561             printf "\n  --> type \"$0 ?\" for available options \n"
562             locat=parameter;exit;;
563   esac
564 done
565
566
567    # EVTL. POSITIONSPARAMETER EINLESEN
568    # ZUR ZEIT GIBT ES NUR DEN PARAMETER ? (=KURZINFO)
569 shift OPTIND-1
570
571
572    # KURZE AUFRUFBESCHREIBUNG WIRD HIER AUSGEGEBEN
573 if [[ "$1" = "?" ]]
574 then
575   (printf "\n  *** mrun can be called as follows:\n"
576    printf "\n      $mrun_script_name  -b -c.. -d.. -D.. -f.. -F -h.. -i.. -I -K.. -m.. -o.. -p.. -r.. -R -s.. -t.. -T.. -v -x -X.. -y -Y.. -z -Z <modus> \n"
577    printf "\n      Description of available options:\n"
578    printf "\n      Option  Description                              Default-Value"
579    printf "\n        -a    base name of input files                 equiv. -d"
580    printf "\n        -A    archiving when using file-attribute fl"
581    printf "\n        -b    batch-job on local machine               ---"
582    printf "\n        -B    do not delete temporary directory at end ---"
583    printf "\n        -c    configuration file                       .mrun.config"
584    printf "\n        -d    base name of files attached to program   test"
585    printf "\n        -D    preprocessor(cpp)-directives             \"\" "
586    printf "\n        -F    create remote job file only              ---"
587    printf "\n        -h    execution host                           $localhost_realname"
588    printf "\n        -i    INPUT control list                       \"\" "
589    printf "\n        -I    archiving errors of previous batch-jobs"
590    printf "\n              will be ignored"
591    printf "\n        -k    keep data from previous run"
592    printf "\n        -K    additional conditions for controling"
593    printf "\n              usage of conditional code and"
594    printf "\n              env-variables in configuration file      \"\" "
595    printf "\n        -m    memory demand in MB (batch-jobs)         0 MB"
596    printf "\n        -M    Makefile name                            Makefile"
597    printf "\n        -n    node usage (shared/not_shared)           depending on -h"
598    printf "\n        -o    OUTPUT control list                      \"\" "
599    printf "\n        -O    use OpenMP                               ---"
600    printf "\n        -p    software package list                    \"\" "
601    printf "\n        -q    queue                                    \"$queue\" "
602    printf "\n        -r    run control list (combines -i -o)        \"\" "
603    printf "\n        -s    filenames of routines to be compiled     \"\" "
604    printf "\n              must end with .f, .f90, .F, or .c !"
605    printf "\n              use \"..\" for more than one file and wildcards"
606    printf "\n              -s LM compiles all locally modified files"
607    printf "\n        -S    config file interpreted by shellscript   ---"
608    printf "\n        -t    allowed cpu-time in seconds (batch)      0"
609    printf "\n        -T    tasks per node                           depending on -h"
610    printf "\n        -u    username on remote machine               \"\" "
611    printf "\n        -v    no prompt for confirmation               ---"
612    printf "\n        -w    maximum parallel io streams              as given by -X"
613    printf "\n        -x    tracing of mrun for debug purposes       ---"
614    printf "\n        -X    # of processors (on parallel machines)   1"
615    printf "\n        -y    add appendix \"_O\" to all local output"
616    printf "\n              files (ocean precursor runs followed by"
617    printf "\n              coupled atmosphere-ocean runs)           ---"
618    printf "\n        -Y    run coupled model, \"#1 #2\" with" 
619    printf "\n              #1 atmosphere and #2 ocean processors    \"#/2 #/2\" depending on -X"
620    printf "\n        -z    disable a priori parameter file check    ---"
621    printf "\n        -Z    skip combine_plot_fields at the end of      "
622    printf "\n              the simulation                           ---"
623    printf "\n "
624    printf "\n      Possible values of positional parameter <modus>:"
625    printf "\n        \"?\"       -  this outline \n\n") | more
626    exit
627 elif [[ "$1" != "" ]]
628 then
629    printf "\n  +++ positional parameter $1 unknown \n"
630    locat=parameter; exit
631 fi
632
633
634
635    # KURZE STARTMELDUNG
636 printf "\n*** $version "
637 printf "\n    will be executed.     Please wait ..."
638
639
640
641    # PRUEFEN, OB KONFIGURATIONS-DATEI VORHANDEN
642 if [[ ! -f $config_file ]]
643 then
644    printf "\n\n  +++ configuration file: "
645    printf "\n           $config_file"
646    printf "\n      does not exist"
647    locat=connect; exit 
648 fi
649
650
651    # HOST-IDENTIFIER (local_host) AUS KONFIGURATIONSDATEI BESTIMMEN
652 line=""
653 grep  "%host_identifier"  $config_file  >  tmp_mrun
654 while read line
655 do
656    if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
657    then
658       HOSTNAME=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
659       host_identifier=`echo $line | cut -d" " -s -f3`
660       if [[ $localhost_realname = $HOSTNAME ]]
661       then
662          localhost=$host_identifier
663          break
664       fi
665    fi
666 done < tmp_mrun
667
668 if [[ "$localhost" = "" ]]
669 then
670    printf "\n\n  +++ no host identifier found in configuration file \"$config_file\""
671    printf "\n      for local host \"$localhost_realname\"."
672    printf "\n      Please add line"
673    printf "\n      \"\%host_identifier $localhost_realname <identifier>\""
674    printf "\n      to the configuration file."
675    locat=localhost; exit
676 fi
677
678
679    # HOSTSPEZIFISCHE VARIABLEN SETZEN
680 case  $localhost_realname  in
681     (r1*|r2*|h01*|b01*)     archive_system=tivoli;;
682     (cs*)                   archive_system=ut;;
683     (fimm.bccs.uib.no)      fimm=true;;
684     (gate|n-sx)             PATH=$PALM_BIN:$PATH:/usr/bin/nqsII;;
685     (scirocco)              scirocco=true;;
686 esac
687
688
689 
690    # BASISNAME DER INPUT-DATEIEN GLEICH ALLGEMEINEM BASISNAMEN SETZEN,
691    # WENN NICHT VOM BENUTZER ANDERS BESTIMMT
692 [[ "$afname" = "" ]]  &&  afname=$fname
693
694
695    # EVTL. RUN-MODUS DEN I/O-LISTEN HINZUFUEGEN
696 if [[ "$run_mode" != "" ]]
697 then
698    input_list="$input_list $run_mode"
699    output_list="$output_list $run_mode"
700 fi
701
702
703    # RECHNERNAMEN ABSPEICHERN, VON DEM AUS JOB GESTARTET WIRD,
704    # ALLERDINGS NUR DANN, WENN NICHT PER OPTION -H BEREITS EIN WERT
705    # ZUGEWIESEN WURDE (MRUN MACHT DIES IMMER, WENN ES SELBST BATCH-JOBS
706    # STARTET)
707 if [[ "$fromhost" = "" ]]
708 then
709    fromhost=$localhost
710 fi
711
712
713    # PRUEFEN, OB AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL
714    # WERT VON do_remote WIRD FUER DATEIVERBINDUNGEN BENOETIGT.
715    # WENN AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WIRD, IST GLEICHZEITIG KLAR,
716    # DASS EIN BATCH-JOB GESTARTET WERDEN MUSS
717 if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
718 then
719    do_batch=true
720    do_remote=true
721    case  $host  in
722        (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|ibmy|nech|necriam|lckyoto|lcsgib|lcsgih|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckordi)  true;;
723        (*)  printf "\n"
724             printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
725             printf "\n      is not available"
726             locat=nqs; (( iec = 0 )); exit;;
727    esac
728 else
729    host=$localhost
730 fi
731
732
733     # ZUSATZBEDINGUNGEN (OPTION -K) AUSWERTEN
734 if [[ -n $additional_conditions ]]
735 then
736#    echo $additional_conditions | cut -d" " -f1-3 | read  cond1  cond2  dummy
737    cond1=`echo $additional_conditions | cut -d" " -f1`
738    cond2=`echo $additional_conditions | cut -d" " -s -f2`
739    dummy=`echo $additional_conditions | cut -d" " -s -f3`
740    if [[ -n $dummy ]]
741    then
742       printf "\n  +++ more than 2 additional conditions given for Option \"-K\""
743       locat=options; exit
744    fi
745    block=_$cond1
746    [[ -n $cond2 ]]  &&  block=${block}_$cond2
747 fi
748
749
750      # KOPPLUNGSEIGENSCHAFTEN (-Y) AUSWERTEN UND coupled_mode BESTIMMEN
751 if [[ $run_coupled_model = true ]] 
752 then
753
754    if  [[ -n $coupled_dist ]]
755    then
756
757       numprocs_atmos=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f1`
758       numprocs_ocean=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f2`
759
760       if (( $numprocs_ocean + $numprocs_atmos != $numprocs ))
761       then
762
763          printf "\n  +++ number of processors does not fit to specification by \"-Y\"."
764          printf "\n      PEs (total)     : $numprocs"
765          printf "\n      PEs (atmosphere): $numprocs_atmos"
766          printf "\n      PEs (ocean)     : $numprocs_ocean"
767          locat=coupling; exit
768
769       fi
770
771    else
772
773       (( numprocs_ocean = $numprocs / 2 ))
774       (( numprocs_atmos = $numprocs / 2 ))
775
776    fi
777    coupled_dist=`echo "$numprocs_atmos $numprocs_ocean"`
778
779       # GET coupled_mode FROM THE CONFIG FILE
780    line=""
781    grep  "%cpp_options.*-D__mpi2.*$host" $config_file  >  tmp_mrun
782    while read line
783    do
784       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" &&  ( $(echo $line | cut -d" " -s -f4) = $cond1 || $(echo $line | cut -d" " -s -f4)  = $cond2 ) ]]
785       then
786          coupled_mode="mpi2"
787       fi
788    done < tmp_mrun
789
790 fi
791
792
793    # PRUEFEN, OB EVTL. BEI VORHERGEHENDEM LAUF (KETTENJOB) EINE
794    # ARCHIVIERUNG FEHLGESCHLAGEN IST
795 if [[ -f ~/job_queue/ARCHIVE_ERROR_$fname ]]
796 then
797    if [[ $ignore_archive_error = false ]]
798    then
799       printf "\n  +++ data archiving of previous run failed"
800       printf "\n      see directory \~/job_queue on remote machine"
801       locat=archive; exit
802    else
803       printf "\n  +++ warning: data archiving in a previous run failed"
804       printf "\n      MRUN continues, trying to get backup copy"
805    fi
806 fi
807
808
809
810    # LESEN UND INTERPRETIEREN DER KONFIGURATIONS-DATEI VOM SHELLSCRIPT AUS
811    # VORUEBERGEHEND ZWINGEND AUF LINUX-RECHNERN
812 if [[ "$read_from_config" = false ]]
813 then
814
815    [[ $silent = false ]]  &&  printf "\n    Reading the configuration file... "
816    while  read zeile
817    do
818        [[ $silent = false ]]  &&  printf "."
819
820
821          # ZUERST EVENTUELL VORKOMMENDE ENVIRONMENT-VARIABLEN DURCH IHRE WERTE
822          # ERSETZEN
823       eval  zeile=\"$zeile\"
824
825
826          # INTERPRETATION DER ZEILE
827       if [[ "$(echo $zeile)" = "" ]]
828       then
829             # LEERZEILE, KEINE AKTION
830          continue
831
832       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1)"  =  "#" ]]
833       then
834
835             # ZEILE IST KOMMENTARZEILE
836          true
837
838       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1)"  =  "%" ]]
839       then
840
841             # ZEILE DEFINIERT ENVIRONMENT-VARIABLE
842          zeile=$(echo $zeile | cut -c2-)
843#          echo $zeile | cut -d" " -f1-5 | read  var  value  for_host  for_cond1  for_cond2
844          var=`echo $zeile | cut -d" " -f1`
845          value=`echo $zeile | cut -d" " -s -f2`
846          for_host=`echo $zeile | cut -d" " -s -f3`
847          for_cond1=`echo $zeile | cut -d" " -s -f4`
848          for_cond2=`echo $zeile | cut -d" " -s -f5`
849
850          if [[ "$for_host" = ""  ||  ( "$for_host" = $host  &&  "$for_cond1" = "$cond1"  &&  "$for_cond2" = "$cond2" )  ||  $(echo "$input_list$output_list"|grep -c "$for_host") != 0 ]]
851          then
852
853                # BEI COMPILER- CPP- ODER LINKEROPTIONEN EVTL ":" DURCH " "
854                # ERSETZEN. "::" WIRD DURCH ":" ERSETZT.
855             value=`echo $value | sed 's/::/%DUM%/g' | sed 's/:/ /g' | sed 's/%DUM%/:/g'`
856
857
858                # ENVIRONMENT-VARIABLE WIRD WERT AUS KONFIGURATIONSDATEI
859                # ZUGEWIESEN, WENN SIE SELBST NOCH KEINEN WERT UEBER DIE
860                # ENTSPRECHENDE SCRIPT-OPTION ERHALTEN HAT. SOLCHE
861                # VARIABLEN HAETTEN DANN DEN WERT "" ODER IM INTEGER-FALL DEN
862                # WERT 0.  ALLGEMEINE REGEL ALSO: SCRIPT-OPTION GEHT UEBER
863                # KONFIGURATIONSDATEI
864             if [[ "$(eval echo \$$var)" = ""  ||  "$(eval echo \$$var)" = "0" ]]
865             then
866                eval  $var=\$value
867
868                   # EVTL. BILDSCHIRMAUSGABEN DER ENVIRONMENT-VARIABLEN
869                if [[ $do_trace = true ]]
870                then
871                   printf "\n*** ENVIRONMENT-VARIABLE $var = $value"
872                fi
873             fi
874
875                # WENN ENVIRONMENT-VARIABLE HOST VEREINBART, DANN SOFORT AUSWERTEN
876                # WERT VON do-remote WIRD BEI DATEIVERBINDUNGEN BENOETIGT
877                # WENN AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WIRD, IST GLEICHZEITIG KLAR,
878                # DASS EIN BATCH-JOB GESTARTET WERDEN MUSS
879             if [[ $var = host ]]
880             then
881                if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
882                then
883                   do_batch=true
884                   do_remote=true
885                   case  $host  in
886                       (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|ibmy|lckyoto|lcsgib|lcsgih|nech|necriam|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckordi)  true;;
887                       (*)  printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
888                            printf "\n      is not available"
889                            locat=nqs; exit;;
890                   esac
891                else
892                   host=$localhost
893                fi
894             fi
895
896                # VOM BENUTZER DEFINIERTE ENVIRONMENT VARIABLEN MUESSEN PRINZIPIELL
897                # EXPORTIERT WERDEN, DA SIE VIELLEICHT IN WEITER UNTEN AUFZURUFEN-
898                # DEN PROGRAMMEN BENOETIGT WERDEN
899             export  $var
900          fi
901
902
903
904
905       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "EC:" ]]
906       then
907
908             # ZEILE DEFINIERT ERROR-KOMMANDO
909          (( iec = iec + 1 ))
910          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
911          err_command[$iec]="$zeile"
912
913       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "IC:" ]]
914       then
915
916             # ZEILE DEFINIERT INPUT-KOMMANDO
917          (( iic = iic + 1 ))
918          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
919          in_command[$iic]="$zeile"
920
921       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "OC:" ]]
922       then
923
924             # ZEILE DEFINIERT OUTPUT-KOMMANDO
925          (( ioc = ioc + 1 ))
926          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
927          out_command[$ioc]="$zeile"
928
929       else
930
931             # ZEILE DEFINIERT DATEIVERBINDUNG. EINLESEN DER DATEIEIGENSCHAFTEN
932             # s2a: in/out - Feld
933             # s2b: loc    - Feld (optional)
934             # s2c: tr/ar  - Feld (optional)
935#          echo $zeile | cut -d" " -f1-2 | read  s1  s2
936          s1=`echo $zeile | cut -d" " -f1`
937          s2=`echo $zeile | cut -d" " -s -f2`
938          s2a=$(echo $s2 | cut -d":" -f1)
939          if [[ $(echo $s2 | grep -c ":") = 0 ]]
940          then
941             s2b=""
942             s2c=""
943          else
944#             echo $s2 | cut -d":" -f2-3 | sed 's/:/ /g' | read  s2b  s2c
945             s2b=`echo $s2 | cut -d":" -f2 | sed 's/:/ /g'`
946             s2c=`echo $s2 | cut -d":" -s -f3 | sed 's/:/ /g'`
947          fi
948#          echo $zeile | cut -d" " -f3-6 | read  s3  s4  s5  s6
949          s3=`echo $zeile | cut -d" " -f3`
950          s4=`echo $zeile | cut -d" " -s -f4`
951          s5=`echo $zeile | cut -d" " -s -f5`
952          s6=`echo $zeile | cut -d" " -s -f6`
953
954       
955             # ABSPEICHERN DER DATEIVERBINDUNG, FALLS IN INPUT- ODER OUTPUT-LIST
956             # VERMERKT. VARIABLE S3 KANN AUCH LISTE ENTHALTEN (FELDTRENNER ":")
957             # DATEIVERBINDUNG WIRD DANN NICHT ABGESPEICHERT UND GEPRUEFT, WENN
958             # PROGRAMMLAUF AUF REMOTE-MASCHINE ERFOLGT UND DATEI NUR LOKAL VOR-
959             # HANDEN SEIN MUSS (D.H. s2b = loc)
960          IFSALT="$IFS"; IFS="$IFS:"
961          if [[ "$s2a" = in  &&  ! ( $do_remote = true  &&  ( "$s2b" = loc  ||  "$s2b" = locopt ) ) ]]
962          then
963             found=false
964             for  actual  in  $input_list
965             do
966                for  formal  in  $s3
967                do
968                   [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-" ]]  &&  found=true
969                done
970             done
971             if [[ $found = true ]]
972             then
973                (( iin = iin + 1 ))
974                localin[$iin]=$s1; transin[$iin]=$s2b; actionin[$iin]=$s2c;
975                typein[$iin]=$s3; pathin[$iin]=$s4; endin[$iin]=$s5;
976                extin[$iin]=$s6
977             fi
978          elif [[ "$s2a" = out  &&  ! ( $do_remote = true  &&  "$s2b" = loc ) ]]
979          then
980             found=false
981             for  actual  in  $output_list
982             do
983                for  formal  in  $s3 
984                do
985                   [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-"  ]]  &&  found=true
986                done
987             done
988             if [[ $found = true ]]
989             then
990                (( iout = iout + 1 ))
991                localout[$iout]=$s1; actionout[$iout]=$s2c; typeout[$iout]=$s3;
992                pathout[$iout]=$s4; endout[$iout]=$s5; extout[$iout]=$s6
993             fi
994          elif [[ "$s2a" != in  &&  "$s2a" != out ]]
995          then
996             printf "\n  +++ I/O-attribute in configuration file $config_file has the invalid"
997             printf "\n      value \"$s2\". Only \"in\" and \"out\" are allowed!"
998             locat=connect; exit
999          fi
1000          IFS="$IFSALT"
1001       fi
1002    done < $config_file
1003
1004 else
1005
1006
1007       # INTERPRETATION DER KONFIGURATIONSDATEI MITTELS FORTRAN 90 - PROGRAMM
1008    [[ $silent = false ]]  &&  printf "..."
1009    export  cond1 cond2 config_file do_remote do_trace input_list localhost output_list
1010    export  interpreted_config_file=.icf.$RANDOM
1011
1012
1013
1014       # ENVIRONMENT-VARIABLEN FUER INTERPRET_CONFIG UEBER NAMELIST_DATEI ZUR
1015       # VERFUEGUNG STELLEN
1016    cat  >  .mrun_environment  <<  %%END%%
1017 &mrun_environment  cond1 = '$cond1', cond2 = '$cond2',
1018                    config_file = '$config_file', do_remote = '$do_remote',
1019                    do_trace = '$do_trace', host = '$host',
1020                    input_list = '$input_list', icf = '$interpreted_config_file',
1021                    localhost = '$localhost', output_list = '$output_list' /
1022
1023%%END%%
1024
1025       # WERTE VON MRUN-OPTIONEN SICHERN UND DAMIT GEGEBENENFALLS SPAETER DIE
1026       # IN DER KONFIGURAIONSDATEI ANGEGEBENEN WERTE UEBERSTEUERN
1027    mrun_memory=$memory
1028    mrun_group_number=$group_number
1029    mrun_cpumax=$cpumax
1030    mrun_numprocs=$numprocs
1031
1032    if [[ $localhost_realname = "sx-fep" ]]
1033    then
1034       /home/COAR/NC/raasch/pub/interpret_config_necriam.x
1035    else
1036
1037       if [[ "$host" != $localhost ]]
1038       then
1039
1040             # REMOTE JOB FROM LOCAL HOST: JUST TAKE THE FIRST EXECUTABLE FOUND
1041          interpret_config_executable=`ls -1 ${PALM_BIN}/interpret_config*.x 2>/dev/null`
1042          if [[ $? != 0 ]]
1043          then
1044             printf "\n\n  +++ no interpret_config found"
1045             printf "\n      run \"mbuild -u -h ...\" to generate utilities for this host"
1046             locat=interpret_config; exit
1047          fi
1048          interpret_config_executable=`echo $interpret_config_executable | cut -d" " -f1`
1049          $interpret_config_executable
1050
1051       else
1052
1053             # CHECK, IF THERE IS AN EXECUTABLE FOR THE BLOCK
1054          if [[ ! -f ${PALM_BIN}/interpret_config${block}.x ]]
1055          then
1056             printf "\n\n  +++ no interpret_config found for given block \"$cond1 $cond2\""
1057             printf "\n      run \"mbuild -u -h ...\" to generate utilities for this block"
1058             locat=interpret_config; exit
1059          else
1060             interpret_config${block}.x
1061          fi
1062
1063       fi
1064    fi
1065    rm .mrun_environment
1066
1067
1068       # AUSFUEHRUNG DER GENERIERTEN SHELL-KOMMANDOS IN DIESER SHELL
1069    chmod  u+x  $interpreted_config_file
1070    export PATH=$PATH:.
1071    . $interpreted_config_file
1072    rm  $interpreted_config_file
1073
1074
1075       # OPTIONSWERTE UEBERSTEUERN KONFIGURATIONSDATEI
1076    [[ $mrun_memory     != 0   ]]  &&  memory=$mrun_memory
1077    [[ "$mrun_group_number" != "none" ]]  &&  group_number=$mrun_group_number
1078    [[ $mrun_cpumax     != 0   ]]  &&  cpumax=$mrun_cpumax
1079    [[ "$mrun_numprocs" != ""  ]]  &&  numprocs=$mrun_numprocs
1080    [[ "$max_par_io_str" != "" ]]  &&  maximum_parallel_io_streams=$max_par_io_str
1081    [[ "$mrun_tasks_per_node" != "" ]]  &&  tasks_per_node=$mrun_tasks_per_node
1082
1083 fi
1084
1085
1086    # QUELLTEXTVERZEICHNIS AUF LOKALER MASCHINE AUS KONFIGURATIONSDATEI
1087    # BESTIMMEN (WUERDE SONST EVTL. DAS VERZEICHNIS DES JEWEILS UNTER -h
1088    # ANGEGEBENEN REMOTE-RECHNERS SEIN)
1089    # BEI BATCH-JOBS SIND DIE ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE SCHON KOMPLETT
1090 if [[ "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1091 then
1092
1093       # ZUERST PRUEFEN, OB EIN GLOBALER QUELLTEXTPFAD FUER ALLE RECHNER
1094       # VEREINBART WURDE
1095    source_path=""
1096    line=""
1097    grep "%source_path" $config_file  >  tmp_mrun
1098    while read line
1099    do
1100       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
1101       then
1102          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -f3)" = "" ]]
1103          then
1104             global_source_path=`echo $line | cut -d" " -f2`
1105          fi
1106       fi
1107    done  <  tmp_mrun
1108
1109    line=""
1110    found=false
1111    grep  " $localhost" $config_file | grep "%source_path"  >  tmp_mrun
1112    while read line
1113    do
1114       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
1115       then
1116          if [[ $found = true ]]
1117          then
1118             printf "\n\n  +++ more than one source path found in configuration file"
1119             printf "\n      for local host \"$localhost\" "
1120             locat=source_path; exit
1121          fi
1122          source_path=`echo $line | cut -d" " -f2`
1123          found=true
1124       fi
1125    done  <  tmp_mrun
1126    rm  tmp_mrun
1127
1128    if [[ "$source_path" = "" ]]
1129    then
1130       if [[ "$global_source_path" != "" ]]
1131       then
1132          source_path=$global_source_path
1133       else
1134          printf "\n\n  +++ no source path found in configuration file"
1135          printf "\n      for local host \"$localhost\" "
1136          locat=source_path; exit
1137       fi
1138    fi
1139    eval source_path=$source_path
1140
1141    if [[ ! -d $source_path ]]
1142    then
1143       printf "\n\n  +++ source path \"$source_path\" on local host"
1144       printf "\n      \"$localhost\" does not exist"
1145       locat=source_path; exit
1146    fi
1147
1148 fi
1149
1150
1151    # GLOBALE REVISIONSNUMMER ERMITTELN (FORTSETZUNGSLAEUFEN WIRD DIESE
1152    # DURCH OPTION -G MITGETEILT)
1153 if [[ "$global_revision" = ""   &&  $host != "ibmkisti" ]]
1154 then
1155    global_revision=`svnversion $source_path  2>/dev/null`
1156    global_revision="Rev: $global_revision"
1157 fi
1158
1159
1160    # NOCHMAL PRUEFEN, OB AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL
1161    # (HOST KANN IN KONFIGURATIONSDATEI ANDERS FESTGELEGT WORDEN SEIN)
1162    # WERT VON do_remote WIRD FUER DATEIVERBINDUNGEN BENOETIGT.
1163    # WENN AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WIRD, IST GLEICHZEITIG KLAR,
1164    # DASS EIN BATCH-JOB GESTARTET WERDEN MUSS
1165 if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
1166 then
1167    do_batch=true
1168    do_remote=true
1169    case  $host  in
1170        (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|ibmy|lckyoto|lcsgib|lcsgih|nech|necriam|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckordi)  true;;
1171        (*)  printf "\n"
1172             printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
1173             printf "\n      is not available"
1174             locat=nqs; (( iec = 0 )); exit;;
1175    esac
1176 else
1177    host=$localhost
1178 fi
1179
1180
1181    # PRUEFUNG EINIGER PROZESSORZAHLANGABEN BEI RECHNUNGEN AUF PARALLELRECHNERN
1182 if [[ "$cond1" = parallel  ||  "$cond2" = parallel ]]
1183 then
1184
1185       # PRUEFEN, OB DIE ANZAHL DER ZU VERWENDENDEN PES ANGEGEBEN WURDE
1186    if [[ ! -n $numprocs ]]
1187    then
1188       printf "\n"
1189       printf "\n  +++ option \"-K parallel\" requires additional specification"
1190       printf "\n      of the number of processors to be used by"
1191       printf "\n      mrun-option \"-X\" or by environment-variable"
1192       printf "\n      \"numprocs\" in the configuration file"
1193       locat=numprocs; (( iec = 0 )); exit
1194    fi
1195
1196       # PRUEFEN, OB DIE PROZESSORANZAHL PRO KNOTEN ANGEGEBEN WURDE (GGF.
1197       # DEFAULT-WERT SETZEN) UND OB SIE EIN GANZZAHLIGER TEILER DER
1198       # GESAMTPROZESSORANZAHL IST
1199    if [[ "$tasks_per_node" = ""  &&  $host != lcflow ]]
1200    then
1201       printf "\n"
1202       printf "\n  +++ option \"-T\" (tasks per node) is missing"
1203       printf "\n      set -T option or define tasks_per_node in the config file"
1204       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit
1205    fi
1206    if [[ $host != lcflow ]]
1207    then
1208       (( ival = $tasks_per_node ))
1209       (( pes = numprocs ))
1210#          if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics+1PE) = 1 ]]
1211#          then
1212#             (( pes = pes - 1 ))
1213#          fi
1214       (( ii = pes / ival ))
1215       if (( pes - ii * ival > 0 ))
1216       then
1217          printf "\n"
1218          printf "\n  +++ tasks per node (option \"-T\") must be an integral"
1219          printf "\n      divisor of the total number of processors (option \"-X\")"
1220          printf "\n      values of this mrun-call: \"-T $tasks_per_node\" \"-X $numprocs\""
1221          locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit
1222       fi
1223    fi
1224
1225
1226       # IBMY HAT NUR EINEN KNOTEN
1227    if [[ $host = ibmy ]]
1228    then
1229       if [[ "$tasks_per_node" != ""  &&  "$tasks_per_node" != "$numprocs" ]]
1230       then
1231          printf "\n"
1232          printf "\n  +++ on ibmy, tasks per node (option \"-T\") must be equal to the"
1233          printf "\n      total number of processors (option \"-X\")"
1234          printf "\n      values of this mrun-call: \"-T $tasks_per_node\" \"-X $numprocs\""
1235          locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit
1236       fi
1237    fi
1238
1239
1240       # SETTINGS FOR SUBJOB-COMMAND
1241    TOPT="-T $tasks_per_node"
1242    OOPT="-O $threads_per_task"
1243
1244       # GESAMTZAHL DER KNOTEN BESTIMMEN
1245    if [[ "$tasks_per_node" != "" ]]
1246    then
1247       (( nodes = numprocs / ( tasks_per_node * threads_per_task ) ))
1248    fi
1249
1250       # PRUEFEN, OB NODE USAGE EINEN ERLAUBTEN WERT HAT BZW. DEN DEFAULT
1251       # SETZEN
1252    if [[ $node_usage = default ]]
1253    then
1254       if [[ $host = ibms ]]
1255       then
1256          node_usage=shared
1257       elif [[ $(echo $host | cut -c1-5) = lcsgi ]]
1258       then
1259          node_usage=singlejob
1260       else
1261          node_usage=not_shared
1262       fi
1263    fi
1264
1265    if [[ $node_usage != shared  &&  $node_usage != not_shared  &&  $node_usage != singlejob  &&  "$(echo $node_usage | cut -c1-3)" != "sla" ]]
1266    then
1267       printf "\n"
1268       printf "\n  +++ node usage (option \"-n\") is only allowed to be set"
1269       printf "\n      \"shared\" or \"not_shared\""
1270       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit
1271    fi
1272
1273 fi
1274
1275    # PRUEFEN, OB HOSTFILE EXISTIERT
1276 if [[ -n $hostfile ]]
1277 then
1278    if [[ ! -f $hostfile ]]
1279    then
1280       printf "\n"
1281       printf "\n  +++ hostfile \"$hostfile\" does not exist"
1282       locat=hostfile; exit
1283    fi
1284 fi
1285
1286    # PRUEFEN, OB RHOSTS DATEI EXISTIERT. GEGEBENENFALLS ANLEGEN BZW. ERWEITERN
1287 if [[ $host = ibmy  &&  $do_remote = false ]]
1288 then
1289    if [[ ! -f $HOME/.rhosts ]]
1290    then
1291       echo  "gfdl5.yonsei.ac.kr"  >  $HOME/.rhosts
1292       printf "\n\n  *** file:"
1293       printf "\n           $HOME/.rhosts"
1294       printf "\n      was created\n"
1295    fi
1296    if [[ $(grep -c gfdl5.yonsei.ac.kr $HOME/.rhosts) = 0 ]]
1297    then
1298       echo  "gfdl5.yonsei.ac.kr"  >>  $HOME/.rhosts
1299       printf "\n\n  *** file:"
1300       printf "\n           $HOME/.rhosts"
1301       printf "\n      was extended by the name of the current host\n"
1302    fi
1303 fi
1304
1305
1306    # Set default value for the maximum number of parallel io streams
1307 if [[ "$maximum_parallel_io_streams" = "" ]]
1308 then
1309    maximum_parallel_io_streams=$numprocs
1310 fi
1311
1312
1313    # FALLS NICHT VORGEGEBEN, DEFAULT-QUEUE AUF DER ZIELMASCHINE FESTLEGEN
1314 if [[ $queue = none ]]
1315 then
1316    case  $host  in
1317        (ibmh)       queue=no_class;;
1318        (ibmkisti)   queue=class.32plus;;
1319        (ibmy)       queue=parallel;;
1320        (lckyoto)    queue=ph;;
1321        (lcsgib)     queue=testq;;
1322        (lcsgih)     queue=testq;;
1323        (lctit)      queue=S;;
1324        (nech)       queue=none;;
1325        (necriam)    queue=SP;;
1326        (unics)      queue=unics;;
1327    esac
1328 fi
1329
1330
1331    # VOLLSTAENDIGE DATEINAMEN DER INPUT-FILES BILDEN,
1332    # INPUT-DATEIEN AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND EVTL. HOECHSTE ZYKLUSNUMMER
1333    # ERMITTELN
1334 (( i = 0 ))
1335 while (( i < iin ))
1336 do
1337    (( i = i + 1 ))
1338    (( maxcycle = 0 ))
1339
1340       # NAMENSBILDUNG (EVTL. IST FESTER DATEINAME VORGEGEBEN)
1341    if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1342    then
1343       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${endin[$i]}  # REMOTE-PFAD ERST AUF
1344                                                    # REM-MASCHINE AUSWERTEN
1345       eval filename=${pathin[$i]}/${endin[$i]}
1346    else
1347       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}  # REMOTE-PFAD ERST AUF
1348                                                             # REM-MASCHINE AUSWERTEN
1349       eval filename=${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}
1350    fi
1351    eval pathname=${pathin[$i]}
1352
1353#   SAVE INPUT FILE NAME FOR PARAMETER FILE CHECK
1354    if [[ ("${transin[$i]}" = job) && (-f $filename) ]]
1355    then
1356       filename_input=$filename
1357    fi
1358
1359       # PRUEFEN AUF VORHANDENSEIN
1360    if [[ $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "not found") = 1  || \
1361          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "nicht gefunden") = 1  || \
1362          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "No such file") = 1  || \
1363          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "does not exist") = 1 ]]
1364    then
1365          # DATEIEN MIT EXTENSION (Z.B. NC) MUESSEN NICHT ZWINGEND VORHANDEN
1366          # SEIN, DESHALB IN SOLCHEN FAELLEN KEIN ABBRUCH. DIES IST NUR EINE
1367          # VORUEBERGEHENDE LOESUNG (OKT 05). NICHT ZWINGEND BENOETIGTE
1368          # EINGABEDATEIEN SOLLTEN EINE SPEZIELLE OPTION IN DER DATEI-
1369          # VERBINDUNGSANWEISUNG BEKOMMEN (Z.B. inopt?)
1370       if [[ "${transin[$i]}" != "locopt" ]]
1371       then
1372          printf "\n\n  +++ INPUT-file: "
1373          if [[ "${extin[$i]}" = "" ]]
1374          then
1375             printf "\n           $filename"
1376          else
1377             printf "\n           $filename.${extin[$i]}"
1378          fi
1379          printf "\n      does not exist\n"
1380          locat=input; exit
1381       else
1382          transin[$i]="unavailable"
1383       fi
1384    else
1385
1386          # ZYKLUSNUMMER FESTSTELLEN
1387       ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1388       ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1389       while  read zeile
1390       do
1391          cycle=$(print $zeile | cut -f2 -d".")
1392          if [[ "$cycle" = "$zeile" ]]
1393          then
1394             (( icycle = 0 ))
1395          elif [[ "$cycle" = "${extin[$i]}" ]]
1396          then
1397             (( icycle = 0 ))
1398          else
1399             (( icycle = $cycle ))
1400          fi
1401          if (( icycle > maxcycle ))
1402          then
1403             (( maxcycle = icycle ))
1404             file_to_be_used=$zeile
1405          fi
1406       done <filelist
1407       rm filelist
1408
1409          # EVTL. ZYKLUSNUMMER AN DATEINAMEN ANFUEGEN
1410       if (( maxcycle > 0 ))
1411       then
1412          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1413          then
1414             filename=${filename}.$maxcycle.${extin[$i]}
1415          else
1416             filename=${filename}.$maxcycle
1417          fi
1418       else
1419          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1420          then
1421             filename=${filename}.${extin[$i]}
1422          fi
1423       fi
1424       
1425          # DATEINAMEN OHNE PFAD ABER MIT ZYKLUSNUMMER ABSPEICHERN,
1426          # DA SPAETER BEI RUECKSPEICHERN VOM ARCHIVSYSTEM EVTL. BENOETIGT
1427       absnamein[$i]=$filename
1428       if (( maxcycle > 0 ))
1429       then
1430          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1431          then
1432             frelin[$i]=${endin[$i]}.$maxcycle
1433          else
1434             frelin[$i]=${afname}${endin[$i]}.$maxcycle
1435          fi
1436       else
1437          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1438          then
1439             frelin[$i]=${endin[$i]}
1440          else
1441             frelin[$i]=${afname}${endin[$i]}
1442          fi
1443       fi
1444
1445    fi
1446 done
1447   
1448    # VOLLSTAENDIGE DATEINAMEN (OHNE $ ODER ~) DER OUTPUT-FILES BILDEN,
1449    # OUTPUT-DATEIEN AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND EVTL. HOECHSTE ZYKLUSNUMMER
1450    # ERMITTELN ODER, FALLS NICHT VORHANDEN, PRUEFEN, OB SIE SICH ANLEGEN LASSEN
1451    # DIESE AKTIONEN FINDEN NICHT STATT, WENN PROGRAMM AUF REMOTE-MASCHINE
1452    # RECHNET UND DATEI ANSCHLIESSEND TRANSFERIERT WERDEN SOLL!
1453 (( i = 0 ))
1454 while (( i < iout ))
1455 do
1456    (( i = i + 1 ))
1457    if [[ ! ( $fromhost != $localhost  &&  ( "${actionout[$i]}" = tr || "${actionout[$i]}" = tra || "${actionout[$i]}" = trpe ) ) ]]
1458    then
1459       if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
1460       then
1461          actionout[$i]=""
1462       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe ]]
1463       then
1464          actionout[$i]=pe
1465       elif [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
1466       then
1467          actionout[$i]=a
1468       fi
1469       (( maxcycle = 0 ))
1470       eval filename=${pathout[$i]}/${fname}${endout[$i]}
1471       eval catalogname=${pathout[$i]}
1472       if [[ $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "not found") = 1  || \
1473             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "nicht gefunden") = 1  || \
1474             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "No such file") = 1  || \
1475             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "does not exist") = 1 ]]
1476       then
1477     
1478             # OUTPUT-DATEI NICHT VORHANDEN. PRUEFEN, OB ANLEGEN MOEGLICH.
1479          if  cat /dev/null > $filename 
1480          then
1481             rm  $filename
1482          else
1483
1484                # PRUEFEN, OB KATALOG VORHANDEN UND EVTL. DIESEN ANLEGEN
1485             if [[ ! -d $catalogname ]]
1486             then
1487                if  mkdir -p  $catalogname
1488                then
1489                   printf "\n\n  *** directory:"
1490                   printf "\n           $catalogname"
1491                   printf "\n      was created\n"
1492                else
1493                   printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1494                   printf "\n           $filename"
1495                   printf "\n      cannot be created, because directory does not exist"
1496                   printf "\n      and cannot be created either"
1497                   printf "\n"
1498                   locat=output  ; exit
1499                fi 2>/dev/null
1500             else
1501                printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1502                printf "\n           $filename"
1503                printf "\n      cannot be created, although directory exists"
1504                printf "\n"
1505                locat=output  ; exit
1506             fi
1507          fi 2>/dev/null
1508       else
1509
1510             # ZYKLUSNUMMER FESTSTELLEN
1511          ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1512          ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1513          while  read zeile
1514          do
1515             cycle=$(print $zeile | cut -f2 -d".")
1516             if [[ "$cycle" = "$zeile"  ||  "$cycle" = ${extout[$i]} ]]
1517             then
1518                (( icycle = 1 ))
1519             else
1520                (( icycle = $cycle + 1 ))
1521             fi
1522             if (( icycle > maxcycle ))
1523             then
1524                (( maxcycle = icycle ))
1525             fi
1526          done <filelist
1527          rm filelist
1528       fi
1529
1530          # EVTL. ZYKLUSNUMMER AN DATEINAMEN ANFUEGEN UND PRUEFEN, OB SICH
1531          # DATEI AUCH WIRKLICH ANLEGEN LAESST. IM APPEND-FALL MUSS AN DEN
1532          # HOECHSTEN VORHANDENEN ZYKLUS-ANGEHAENGT WERDEN. ANLAGEPRUEFUNG
1533          # IST DANN NATUERLICH NICHT ZULAESSIG BZW. MOEGLICH
1534       if [[ "${actionout[$i]}" != a ]]
1535       then
1536          if (( maxcycle > 0 ))
1537          then
1538             filename=${filename}.$maxcycle
1539             if  cat /dev/null > $filename 
1540             then
1541                rm  $filename
1542             else
1543                printf "\n  +++ OUTPUT-file:"
1544                printf "\n           $filename"
1545                printf "\n      cannot be created"
1546                locat=output  ; exit
1547             fi
1548          fi
1549       else
1550          (( maxcycle = maxcycle - 1 ))
1551          if (( maxcycle > 0 ))
1552          then
1553             filename=${filename}.$maxcycle
1554          fi
1555       fi
1556       
1557          # DATEINAMEN OHNE PFAD ABER MIT ZYKLUSNUMMER ABSPEICHERN,
1558          # DA SPAETER BEI ABLAGE AUF ARCHIVSYSTEM BZW. FUER
1559          # DATEI OUTPUT_FILE_CONNECTIONS EVTL. BENOETIGT
1560       pathout[$i]=$filename
1561       if (( maxcycle > 0 ))
1562       then
1563          frelout[$i]=${fname}${endout[$i]}.$maxcycle
1564       else
1565          frelout[$i]=${fname}${endout[$i]}
1566       fi
1567
1568    fi
1569 done
1570
1571
1572     # DAS DVR-PAKET ERFORDERT EINE ENTSPRECHENDE BIBLIOTHEK
1573 if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
1574 then
1575    if [[ "$dvr_inc" = "" ]]
1576    then
1577       printf "\n\n  +++ no value for \"dvr_inc\" given in configuration file"
1578       printf "\n      This is required for the dvrp_graphics package.\n"
1579       locat=dvr; exit
1580    fi
1581    if [[ "$dvr_lib" = "" ]]
1582    then
1583       printf "\n\n  +++ no value for \"dvr_lib\" given in configuration file"
1584       printf "\n      This is required for the dvrp_graphics package.\n"
1585       locat=dvr; exit
1586    fi
1587 fi
1588
1589
1590     # PRUEFEN, OB ENTWEDER HAUPTPROGRAMM ODER NUR EIN AUSFUEHRBARES
1591     # PROGRAMM VEREINBART WURDE (IN DIESEM FALL BRAUCHT IM WEITEREN NICHT
1592     # UEBERSETZT ZU WERDEN)
1593 if [[ "$mainprog" = ""  &&  "$executable" = "" ]]
1594 then
1595    printf "\n  +++ neither main program nor executable defined"
1596    locat=source; exit
1597 elif [[ "$mainprog" != ""  &&  "$executable" != "" ]]
1598 then
1599    printf "\n  +++ main program as well as executable defined"
1600    locat=source; exit
1601 elif [[ "$mainprog" = ""  &&  "$executable" != "" ]]
1602 then
1603    do_compile=false
1604 fi
1605
1606
1607    # SOURCE-VERZEICHNIS ZUM AUFSAMMELN DER ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE
1608    # ERZEUGEN. HIERHIN WERDEN SPAETER IM FALL VON BATCH-JOBS AUCH DAS MRUN-
1609    # SCRIPTS SOWIE DIE KONFIGURATIONSDATEI KOPIERT
1610 if [[ $restart_run != true  &&  "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1611 then
1612    rm -rf  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1613    mkdir   SOURCES_FOR_RUN_$fname
1614 fi
1615
1616
1617    # ALLE ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE ZUSAMMENSAMMELN
1618    # BEI BATCH-JOBS IST DIES NICHT NOETIG, WEIL DIE PROGRAMMTEILE BEREITS DURCH
1619    # DEN MRUN-AUFRUF ERMITTELT SIND, DER DEN BATCH-JOB GENERIERT HAT, UND
1620    # IM VERZEICHNIS SOURCES_FOR_RUN_... ABGELEGT SIND
1621 if [[ $do_compile = true  &&  "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1622 then
1623
1624    [[ "$source_list" = LM ]]  &&  source_list=LOCALLY_MODIFIED
1625
1626    if [[ "$source_list" = LOCALLY_MODIFIED ]]
1627    then
1628
1629          # MODIFIZIERTE DATEIEN DER SVN-ARBEITSKOPIE BESTIMMEN
1630       source_list=""
1631       cd  $source_path
1632
1633
1634          # PRUEFEN, OB VERZEICHNIS UEBERHAUPT UNTER SVN-KONTROLLE STEHT
1635       if [[ ! -d .svn ]]
1636       then
1637          printf "\n\n  +++ source directory"
1638          printf "\n         \"$source_path\" "
1639          printf "\n         is not under control of \"subversion\"."
1640          printf "\n         Please do not use mrun-option \"-s LOCALLY_MODIFIED\"\n"
1641       fi
1642
1643
1644          # ALLE MODIFIZIERTEN QUELLCODEDATEIEN AUFLISTEN
1645       Filenames=""
1646       svn status  >  tmp_mrun
1647       while  read line
1648       do
1649          firstc=`echo $line | cut -c1`
1650          if [[ $firstc = M  ||  $firstc = "?" ]]
1651          then
1652             Name=`echo "$line" | cut -c8-`
1653             extension=`echo $Name | cut -d. -f2`
1654             if [[ "$extension" = f90 || "$extension" = F90 || "$extension" = f || "$extension" = F || "$extension" = c ]]
1655             then
1656                Filenames="$Filenames "$Name
1657             fi
1658          fi
1659       done < tmp_mrun
1660
1661
1662          # DATEIEN NACH SOURCES_FOR_RUN_... KOPIEREN
1663       for  dateiname  in  $Filenames
1664       do
1665          cp  $dateiname  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1666          source_list=$source_list"$dateiname "
1667       done
1668
1669       cd -  > /dev/null
1670
1671
1672       # MITTELS OPTION -s ANGEGEBENE DATEIEN NACH SOURCES_FOR_RUN_... KOPIEREN
1673       # BEI AUTOMATISCHEN FORTSETZUNGSLAEUFEN SIND DORT SCHON ALLE DATEIEN
1674       # VORHANDEN
1675    elif [[ "$source_list" != ""  &&  $restart_run != true ]]
1676    then
1677
1678       cd  $source_path
1679
1680       for  filename  in  $source_list
1681       do
1682
1683             # QUELLTEXT-DATEI DARF KEINE PFADE BEINHALTEN
1684          if [[ $(print $filename | grep -c "/") != 0 ]]
1685          then
1686             printf "\n  +++ source code file:  $filename"
1687             printf "\n      must not contain (\"/\") "
1688             locat=source; exit
1689          fi
1690
1691          if [[ ! -f $filename ]]
1692          then
1693             printf "\n  +++ source code file:  $filename"
1694             printf "\n      does not exist"
1695             locat=source; exit
1696          else
1697             cp  $filename  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1698          fi
1699
1700       done
1701
1702       cd -  > /dev/null
1703
1704    fi
1705
1706
1707       # PRUEFEN, OB ENTWEDER HAUPTPROGRAMM VORHANDEN UND ES EVTL. IN DER
1708       # LISTE DER ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE MIT ENTHALTEN IST (WENN
1709       # NICHT, WIRD ES DIESER LISTE HINZUGEFUEGT)
1710    if [[ $restart_run != true ]]
1711    then
1712
1713       if [[ ! -f "$source_path/$mainprog" ]]
1714       then
1715          printf "\n\n  +++ main program:  $mainprog"
1716          printf "\n      does not exist in source directory"
1717          printf "\n      \"$source_path\"\n"
1718          locat=source; exit
1719       else
1720          if [[ $(echo $source_list | grep -c $mainprog) = 0 ]]
1721          then
1722             cp  $source_path/$mainprog  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1723             source_list=${mainprog}" $source_list"
1724          fi
1725       fi
1726    fi
1727
1728
1729       # MAKEFILE AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND KOPIEREN
1730       # BEI RESTART-LAEUFEN LIEGT ES SCHON IM VERZEICHNIS SOURCES_FOR_RUN...
1731    if [[ "$restart_run" != true ]]
1732    then
1733       [[ "$makefile" = "" ]]  &&  makefile=$source_path/Makefile
1734       if [[ ! -f $makefile ]]
1735       then
1736          printf "\n  +++ file \"$makefile\" does not exist"
1737          locat=make; exit
1738       else
1739          cp  $makefile  SOURCES_FOR_RUN_$fname/Makefile
1740       fi
1741    fi
1742
1743
1744       # DATEIEN AUS ZUSAETZLICHEM QUELLVERZEICHNIS HINZUFUEGEN
1745    if [[ $restart_run != true  &&  "$add_source_path" != "" ]]
1746    then
1747
1748          # GIBT ES DAS VERZEICHNIS UEBERHAUPT?
1749       if [[ ! -d $add_source_path ]]
1750       then
1751          printf "\n\n  +++ WARNING: additional source code directory"
1752          printf "\n      \"$add_source_path\" "
1753          printf "\n      does not exist or is not a directory."
1754          printf "\n      No source code will be used from this directory!\n"
1755          add_source_path=""
1756          if [[ $silent == false ]]
1757          then
1758             sleep 3
1759          fi
1760       else
1761
1762          cd $add_source_path
1763          found=false
1764
1765          Names=$(ls -1 *.f90 2>&1)
1766          [[ $(echo $Names | grep -c '*.f90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$Names"
1767          Names=$(ls -1 *.F90 2>&1)
1768          [[ $(echo $Names | grep -c '*.F90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1769          Names=$(ls -1 *.F 2>&1)
1770          [[ $(echo $Names | grep -c '*.F') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1771          Names=$(ls -1 *.f 2>&1)
1772          [[ $(echo $Names | grep -c '*.f') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1773          Names=$(ls -1 *.c 2>&1)
1774          [[ $(echo $Names | grep -c '*.c') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1775
1776          cd -  > /dev/null
1777          cd  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1778
1779             # COPY MAKEFILE IF EXISTING
1780          if [[ -f $add_source_path/Makefile ]]
1781          then
1782             printf "\n\n  *** user Makefile from directory"
1783             printf "\n      \"$add_source_path\" is used \n"
1784             if [[ $silent == false ]]
1785             then
1786                sleep 1
1787             fi
1788             cp  $add_source_path/Makefile  .
1789          fi
1790
1791          for  dateiname  in  $AddFilenames
1792          do
1793             if [[ -f $dateiname ]]
1794             then
1795                printf "\n  +++ source code file \"$dateiname\" found in additional"
1796                printf "\n      source code directory \"$add_source_path\" "
1797                printf "\n      but was also given with option \"-s\" which means that it should be taken"
1798                printf "\n      from directory \"$source_path\"."
1799                locat=source; exit
1800             fi
1801
1802             cp  $add_source_path/$dateiname  .
1803             source_list="$source_list $dateiname"
1804
1805                # CHECK IF FILE IS CONTAINED IN MAKEFILE
1806             if [[ $(grep -c $dateiname Makefile) = 0 ]]
1807             then
1808                printf "\n\n  +++ user file \"$dateiname\" "
1809                printf "\n      is not listed in Makefile \n"
1810                locat=source; exit
1811             else
1812
1813                # Default User-Interface von der Liste entfernen, falls Datei
1814                # ein User-Interface enthaelt
1815#             if [[ $( cat $dateiname | grep -c "END SUBROUTINE user_parin" ) != 0 ]]
1816#             then
1817#                if [[ $dateiname != user_interface.f90  &&  -f user_interface.f90 ]]
1818#                then
1819#                   rm -rf  user_interface.f90
1820#                   source_list=`echo $source_list | sed -e 's/user_interface.f90//'`
1821#                   printf "\n\n  *** default \"user_interface.f90\" removed from the files to be translated"
1822#                   printf "\n      since a user-interface is found in file"
1823#                   printf "\n      \"$add_source_path/$dateiname\" \n"
1824#                   sleep 3
1825#                else
1826                if [[ $found = false ]]
1827                then
1828                   found=true
1829                   printf "\n\n  *** following user file(s) added to the"
1830                   printf " files to be translated:\n      "
1831                fi
1832                printf "$dateiname  "
1833                if [[ $silent == false ]]
1834                then
1835                   sleep 0.5
1836                fi
1837
1838             fi
1839          done
1840          [[ $found = true ]]  &&  printf "\n"
1841          cd -  > /dev/null
1842       fi
1843    fi
1844
1845
1846       # ALLE UNTERPROGRAMME, DIE ZU VEREINBARTEN SOFTWAREPAKETEN GEHOEREN,
1847       # DER LISTE DER ZU UEBERSETZENDEN DATEIEN HINZUFUEGEN
1848    if [[ $restart_run != true  &&  -n $package_list ]]
1849    then
1850
1851       cd  $source_path
1852
1853       for  package  in  $package_list
1854       do
1855
1856          [[ $package = "dvrp_graphics+1PE" ]]  &&  package=dvrp_graphics
1857
1858             # ERMITTELE ALLE DATEIEN, DIE ZUM PAKET GEHOEREN
1859             # FEHLERMELDUNGEN WERDEN ABGEFANGEN, DA * AUCH VERZEICHNISSNAMEN
1860             # LIEFERT
1861          package_source_list=`grep "defined( __$package " * 2>/dev/null | cut -f1 -d:`
1862
1863
1864             # FUEGE DIESE DATEIEN DER LISTE DER ZU UEBERSETZENDEN DATEIEN
1865             # HINZU, FALLS SIE NOCH NICHT DAZUGEHOEREN
1866          for  source_list_name  in  $package_source_list
1867          do
1868             if [[ $(echo $source_list | grep -c $source_list_name) = 0 ]]
1869             then
1870
1871                    # NUR DATEIEN MIT GUELTIGEN ENDUNGEN VERWENDEN
1872                ending=`echo $source_list_name | cut -f2 -d.`
1873                if [[ "$ending" = f90  ||  "$ending" = F90  ||  "$ending" = f  ||  "$ending" = F  ||  "$ending" = c ]]
1874                then
1875                   cp  $source_list_name  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1876                   source_list="$source_list $source_list_name"
1877                fi
1878             fi
1879          done
1880       done
1881
1882       cd -  > /dev/null
1883    fi
1884
1885
1886       # MAKEFILE AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND KOPIEREN
1887       # BEI RESTART-LAEUFEN LIEGT ES SCHON IM VERZEICHNIS SOURCES_FOR_RUN...
1888#    if [[ "$restart_run" != true ]]
1889#    then
1890#       [[ "$makefile" = "" ]]  &&  makefile=$source_path/Makefile
1891#       if [[ ! -f $makefile ]]
1892#       then
1893#          printf "\n  +++ file \"$makefile\" does not exist"
1894#          locat=make; exit
1895#       else
1896#          cp  $makefile  SOURCES_FOR_RUN_$fname/Makefile
1897#       fi
1898#    fi
1899
1900 fi  # do_compile=true
1901
1902
1903    # FALLS PROGRAMMTEILE UEBERSETZT WERDEN SOLLEN, FOLGEN JETZT EINIGE
1904    # UEBERPRUEFUNGEN UND DAS SETZEN DER PRAEPROZESSOR-DIREKTIVEN
1905 if [[ $do_compile = true ]]
1906 then
1907
1908       # PRAEPROZESSOR-DIREKTIVEN ZUM SELEKTIVEN AUSWAEHLEN VON CODETEILEN
1909       # ZUSAMMENSETZEN
1910       # DIREKTIVEN ZUM AKTIVIEREN VON RECHNERSPEZIFISCHEM CODE
1911    if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1912    then
1913       cpp_options="${cpp_options},-D__ibm=__ibm"
1914    elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = nec ]]
1915    then
1916       cpp_options="$cpp_options -D__nec"
1917    elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-2) = lc ]]
1918    then
1919       cpp_options="$cpp_options -D__lc"
1920    else
1921       cpp_options="$cpp_options -D__$localhost"
1922    fi
1923
1924       # DIREKTIVEN DIE DURCH OPTION -K BESTIMMT WERDEN (Z.B. PARALLEL)
1925    if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1926    then
1927       [[ -n $cond1 ]]  &&  cpp_options="${cpp_options},-D__$cond1=__$cond1"
1928       [[ -n $cond2 ]]  &&  cpp_options="${cpp_options},-D__$cond2=__$cond2"
1929    else
1930       [[ -n $cond1 ]]  &&  cpp_options="$cpp_options -D__$cond1"
1931       [[ -n $cond2 ]]  &&  cpp_options="$cpp_options -D__$cond2"
1932    fi
1933
1934       # DIREKTIVEN DIE SOFTWAREPAKETE AKTIVIEREN (OPTION -p)
1935    if [[ -n $package_list ]]
1936    then
1937       for  package  in  $package_list
1938       do
1939          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1940          then
1941             if [[ $package != "dvrp_graphics+1PE" ]]
1942             then
1943                cpp_options="${cpp_options},-D__$package=__$package"
1944             else
1945                cpp_options="${cpp_options},-D__dvrp_graphics=__dvrp_graphics"
1946                export use_seperate_pe_for_dvrp_output=true
1947             fi
1948          else
1949             if [[ $package != "dvrp_graphics+1PE" ]]
1950             then
1951                cpp_options="$cpp_options -D__$package"
1952             else
1953                cpp_options="$cpp_options -D__dvrp_graphics"
1954                export use_seperate_pe_for_dvrp_output=true
1955             fi
1956          fi
1957       done
1958    fi
1959
1960       # DIREKTIVEN DIE DURCH OPTION -D FESTGELEGT SIND
1961    if [[ -n $cpp_opts ]]
1962    then
1963       for  popts  in  $cpp_opts
1964       do
1965          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1966          then
1967             cpp_options="${cpp_options},-D__$popts=__$popts"
1968          else
1969             cpp_options="$cpp_options -D__$popts"
1970          fi
1971       done
1972    fi
1973
1974 else
1975
1976
1977       # BEI LOKALEN RECHNUNGEN PRUEFEN, OB EXECUTABLE VORHANDEN
1978    if [[ $do_remote = false ]]
1979    then
1980       if [[ ! -f $executable ]]
1981       then
1982          printf "\n  +++ executable file:  $executable"
1983          printf "\n      does not exist"
1984          locat=executable; exit
1985       fi
1986    fi
1987 fi
1988
1989
1990    # JOBMODUS FESTSTELLEN
1991 if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
1992 then
1993    jobmo=BATCH
1994 else
1995    jobmo=INTERACTIVE
1996 fi
1997
1998
1999    # no interactive runs on lctit
2000 if [[ $host = lctit  &&  $jobmo = INTERACTIVE  &&  $do_batch = false ]]
2001 then
2002    printf "\n  +++ no interactive runs allowed on host \"$host\" "
2003    printf "\n      please submit batch job using mrun option \"-b\" \n"
2004    locat=normal; exit
2005 fi
2006
2007
2008    # HOSTSPEZIFISCHE DEFAULT-COMPILER SETZEN, FALLS NICHT BEREITS
2009    # DURCH BENUTZER ANDERWEITIG VEREINBART
2010 if [[ "$compiler_name" = "" ]]
2011 then
2012
2013    printf "\n  +++ no compiler specified for \"$host $cond1 $cond2\""
2014    locat=compiler_name; exit
2015
2016 fi
2017
2018
2019    # COMPILER AUF RIAMS NEC UEBERSCHREIBEN
2020 [[ $localhost = necriam ]]  &&  compiler_name=mpif90
2021
2022
2023
2024    # TEMPORAEREN KATALOGNAMEN BESTIMMEN
2025 kennung=$RANDOM
2026 if [[ "$tmp_user_catalog" = "" ]]
2027 then
2028    if [[ $localhost = ibmh ]]
2029    then
2030       tmp_user_catalog=$SCRATCH
2031    elif [[ $localhost = nech ]]
2032    then
2033       tmp_user_catalog=$WRKSHR
2034    else
2035       tmp_user_catalog=/tmp
2036    fi
2037 fi
2038 TEMPDIR=$tmp_user_catalog/${usern}.$kennung
2039
2040
2041    # KATALOGNAMEN FUER ZWISCHENSPEICHERUNG VON FORTSETZUNGSLAUFDATEIEN
2042    # BESTIMMEN
2043 if [[ "$tmp_data_catalog" = "" ]]
2044 then
2045    if [[ $localhost = nech ]]
2046    then
2047       tmp_data_catalog=$WRKSHR/mrun_restart_data
2048    else
2049       tmp_data_catalog=/tmp/mrun_restart_data
2050    fi
2051 fi
2052
2053
2054    # EVENTUELL BEI LOKALEN RECHNUNGEN $-ZEICHEN IN ENVIRONMENT-VARIABLEN
2055    # ERSETZEN
2056 if [[ $do_remote = false  &&  $do_compile = true ]]
2057 then
2058    eval  fopts=\"$fopts\"
2059    eval  lopts=\"$lopts\"
2060 fi
2061
2062
2063
2064    # COMPILE- UND LINK-OPTIONEN BESTIMMEN
2065 fopts="$fopts $netcdf_inc $dvr_inc"
2066 lopts="$lopts $netcdf_lib $dvr_lib"
2067 ROPTS="$ropts"
2068 if [[ ( $(echo $host | cut -c1-3) = nec  ||  $(echo $host | cut -c1-3) = ibm  ||  $host = lckyoto  ||  $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib  ||  $host = lctit  ||  $host = lcfimm  ||  $host = lcxe6 ||  $host = lcxt5m || $host = lck || $host = lckordi)  &&  -n $numprocs ]]
2069 then
2070    XOPT="-X $numprocs"
2071 fi
2072
2073
2074
2075    # PRUEFEN DER CPU-ZEIT. (CPUMAX WIRD ALS ENV-VARIABLE VOM HAUTPRO-
2076    # GRAMM BENOETIGT
2077 done=false
2078 while [[ $done = false ]]
2079 do
2080    cputime=$cpumax
2081    if (( $cputime == 0 ))
2082    then
2083       if [[ $do_batch = true ]]
2084       then
2085          printf "\n  +++ cpu-time is undefined"
2086          printf "\n  >>> Please type CPU-time in seconds as INTEGER:"
2087          printf "\n  >>> "
2088          read  cputime  1>/dev/null  2>&1
2089       else
2090          cputime=10000000   # NO CPU LIMIT FOR INTERACTIVE RUNS
2091       fi
2092    else
2093       done=true
2094    fi
2095    cpumax=$cputime
2096 done
2097
2098 (( minuten = cputime / 60 ))
2099 (( sekunden = cputime - minuten * 60 ))
2100
2101
2102    # PRUEFEN DER KERNSPEICHERANFORDERUNG
2103 if [[ $do_batch = true ]]
2104 then
2105    done=false
2106    while [[ $done = false ]]
2107    do
2108       if (( memory == 0 ))
2109       then
2110          printf "\n  +++ memory demand is undefined"
2111          printf "\n  >>> Please type memory in  MByte per process  as INTEGER:"
2112          printf "\n  >>> "
2113          read  memory  1>/dev/null  2>&1
2114       else
2115          done=true
2116       fi
2117    done
2118 fi
2119
2120
2121    # PRUEFEN, OB FUER REMOTE-RECHNUNGEN EIN BENUTZERNAME ANGEGEBEN WURDE
2122 if [[ $do_remote = true  &&  -z $remote_username ]]
2123 then
2124    while [[ -z $remote_username ]]
2125    do
2126       printf "\n  +++ username on remote host \"$host\" is undefined"
2127       printf "\n  >>> Please type username:"
2128       printf "\n  >>> "
2129       read  remote_username
2130    done
2131    mc="$mc -u$remote_username"
2132 fi
2133
2134    # CHECK FOR INITIAL COMMANDS AFTER LOGIN
2135 if [[ "$login_init_cmd" != "" ]]
2136 then
2137    export init_cmds="${login_init_cmd};"
2138 fi
2139
2140
2141    # set module load command and export for subjob
2142 if [[ "$modules" != "" ]]
2143 then
2144    if [[ $host = lctit ]]
2145    then
2146       export module_calls=". $modules"
2147    else
2148       export module_calls="module load ${modules};"
2149    fi
2150 fi
2151
2152    # bugfix for wrong netcdf module and for netCDF4 usage in case of mpt
2153 if [[ $host = lcsgib  ||  $host = lcsgih ]]
2154 then
2155    if [[ $(echo $module_calls | grep -c netcdf/3.6.3-intel) != 0 ]]
2156    then
2157       export module_calls="$module_calls export LD_LIBRARY_PATH=/sw/dataformats/netcdf/3.6.3-intel/lib:\$LD_LIBRARY_PATH;"
2158    fi
2159#     if [[ $(echo $module_calls | grep -c mpt) != 0 ]]
2160#     then
2161#        export module_calls="$module_calls export LD_LIBRARY_PATH=/sw/sgi/mpt/2011-02-07/lib:\$LD_LIBRARY_PATH;"
2162#        echo "*** module_calls = $module_calls"
2163#     fi
2164 fi
2165
2166
2167    # SET DEFAULT VALUE FOR MPI MODULE TO BE USED ON SGI-ALTIX
2168 if [[ $host = lcsgib  ||  $host = lcsgih ]]
2169 then
2170    if [[ $(echo $modules | grep -c mpt ) != 0 ]]
2171    then
2172       mpilib=mpt
2173    elif [[ $(echo $modules | grep -c mvapich ) != 0 ]]
2174    then
2175       mpilib=mvapich
2176    elif [[ $(echo $modules | grep -c impi ) != 0 ]]
2177    then
2178       mpilib=impi
2179    fi
2180 fi
2181
2182
2183
2184###########################################################################
2185# HEADER-AUSGABE
2186###########################################################################
2187
2188
2189 calltime=$(date)
2190 printf "\n"
2191# [[ $silent = false ]]  &&  clear
2192 printf "#--------------------------------------------------------------# \n"
2193 printf "| $version$calltime | \n"
2194 printf "|                                                              | \n"
2195 spalte1="called on:"; spalte2=$localhost_realname
2196 printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2197 if [[ $local_compile = false ]]
2198 then
2199    if [[ $do_remote = true ]]
2200    then
2201       spalte1="execution on:"; spalte2="$host (username: $remote_username)"
2202    else
2203       spalte1="execution on:"; spalte2="$host ($localhost_realname)"
2204    fi
2205 else
2206    spalte1="compiling test only!"; spalte2=""
2207 fi
2208 printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2209 if [[ -n $numprocs ]]
2210 then
2211    spalte1="number of PEs:"; spalte2=$numprocs
2212    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2213 fi
2214 if [[ -n $tasks_per_node ]]
2215 then
2216    spalte1="tasks per node:"; spalte2="$tasks_per_node (number of nodes: $nodes)"
2217    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2218 fi
2219 if [[ $maximum_parallel_io_streams != $numprocs ]]
2220 then
2221    spalte1="max par io streams:"; spalte2="$maximum_parallel_io_streams"
2222    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2223 fi
2224 if [[ $use_openmp = true ]]
2225 then
2226    spalte1="threads per task:"; spalte2="$threads_per_task"
2227    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2228 fi
2229 printf "|                                                              | \n"
2230 if [[ $do_compile = true ]]
2231 then
2232    if [[ "$mopts" != "" ]]
2233    then
2234       spalte1="make options:"; spalte2=$mopts
2235       printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2236       zeile=$(echo "$mopts" | cut -c41-)
2237       while [[ "$zeile" != "" ]]
2238       do
2239          spalte1=""
2240          spalte2=$zeile
2241          printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2242          zeile=$(echo "$zeile" | cut -c41-)
2243       done
2244    fi
2245
2246    spalte1="cpp directives:"; spalte2=$cpp_options
2247    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2248    zeile=$(echo "$cpp_options" | cut -c41-)
2249    while [[ "$zeile" != "" ]]
2250    do
2251       spalte1=""
2252       spalte2=$zeile
2253       printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2254       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c41-)
2255    done
2256
2257    spalte1="compiler options:"; spalte2="$fopts"
2258    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2259    zeile=$(echo "$fopts" | cut -c41-)
2260    while [[ "$zeile" != "" ]]
2261    do
2262       spalte1=""
2263       spalte2=$zeile
2264       printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2265       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c41-)
2266    done
2267
2268    spalte1="linker options:"; spalte2=$lopts
2269    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2270    zeile=$(echo "$lopts" | cut -c41-)
2271    while [[ "$zeile" != "" ]]
2272    do
2273       spalte1=""
2274       spalte2=$zeile
2275       printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2276       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c41-)
2277    done
2278
2279    spalte1="modules to be load:"; spalte2=$modules
2280    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2281    zeile=$(echo "$modules" | cut -c41-)
2282    while [[ "$zeile" != "" ]]
2283    do
2284       spalte1=""
2285       spalte2=$zeile
2286       printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2287       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c41-)
2288    done
2289
2290    spalte1="main program":; spalte2=$mainprog
2291    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2292 else
2293    spalte1=executable:; spalte2=$executable
2294    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2295 fi
2296 printf "|                                                              | \n"
2297 spalte1="base name of files":; spalte2=$fname
2298 printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2299 if [[ $fname != $afname ]]
2300 then
2301    spalte1="base name of input files":; spalte2=$afname
2302    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2303 fi
2304 spalte1="INPUT control list":; spalte2=$input_list
2305 printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2306 spalte1="OUTPUT control list":; spalte2=$output_list
2307 printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2308
2309 if [[ $do_batch = true  ||  "$LOADLBATCH" = yes ]]
2310 then
2311    spalte1="memory demand / PE":; spalte2="$memory MB"
2312    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2313    spalte1=CPU-time:; spalte2="$minuten:$sekunden"
2314    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2315 fi
2316
2317 if [[ $do_compile = true ]]
2318 then
2319    printf "|                                                              | \n"
2320    printf "| Files to be compiled:                                        | \n"
2321    zeile=$source_list
2322    while [[ "$zeile" != "" ]]
2323    do
2324       spalte3=$zeile
2325       printf "| $spalte3 | \n"
2326       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c61-)
2327    done
2328 fi
2329 printf "#--------------------------------------------------------------#"
2330
2331
2332
2333    # BEDINGTE AUSGABE DER DATEIVERBINDUNGEN
2334 if [[ $do_trace = true ]]
2335 then
2336    (( i = 0 ))
2337    while (( i < iin ))
2338    do
2339       (( i = i + 1 ))
2340       if (( i == 1 ))
2341       then
2342          printf "\n\n >>> INPUT-file assignments:\n"
2343       fi
2344       printf "\n     ${localin[$i]} :  ${absnamein[$i]}"
2345    done
2346    (( i = 0 ))
2347    while (( i < iout ))
2348    do
2349       (( i = i + 1 ))
2350       if (( i == 1 ))
2351       then
2352          printf "\n\n >>> OUTPUT-file assignments:\n"
2353       fi
2354       printf "\n     ${localout[$i]} :  ${pathout[$i]}"
2355    done
2356    (( i = 0 ))
2357    while (( i < iic ))
2358    do
2359       (( i = i + 1 ))
2360       if (( i == 1 ))
2361       then
2362          printf "\n\n >>> INPUT-commands:\n"
2363       fi
2364       printf "\n     ${in_command[$i]}" 
2365    done
2366    (( i = 0 ))
2367    while (( i < ioc ))
2368    do
2369       (( i = i + 1 ))
2370       if (( i == 1 ))
2371       then
2372          printf "\n\n >>> OUTPUT-commands:\n"
2373       fi
2374       printf "\n     ${out_command[$i]}" 
2375    done
2376 fi
2377
2378
2379    # ABFRAGEN BEI AUFRUF AUF LOKALER MASCHINE
2380 if [[ $remotecall = false  &&  $silent = false  &&  $jobmo != BATCH ]]
2381 then
2382    antwort=dummy
2383    printf "\n\n"
2384    while [[ "$antwort" != y  &&  "$antwort" != Y  &&  "$antwort" != n  &&  "$antwort" != N ]]
2385    do
2386       printf " >>> everything o.k. (y/n) ?  "
2387       read  antwort
2388    done
2389    if [[ $antwort = n  ||  $antwort = N ]]
2390    then
2391       locat=user_abort; (( iec = 0 )); exit
2392    fi
2393    if [[ $do_batch = true ]]
2394    then
2395       printf " >>> batch-job will be created and submitted"
2396    else
2397       if [[ $local_compile = false ]]
2398       then
2399          printf " >>> MRUN will now continue to execute on this machine"
2400       else
2401          printf " >>> a test compilation will now be carried out on this machine"
2402       fi
2403    fi
2404 fi
2405
2406#### PERFORM PARAMETER FILE CHECK (COUPLED RUNS ARE NOT SUPPORTED YET)
2407
2408#DEFINE VARIABLES FOR FREQUENTLY USED DIRECTORIES
2409 check_depository="${working_directory}/trunk/UTIL"
2410 check_sources="${working_directory}/tmp_check_namelist_files"
2411 skip_check=false
2412
2413#CHECK IF NAMELIST_FILE_CHECK HAS BEEN COMPILED SUCCESSFULLY
2414 if [[ ! -f $check_depository/check_namelist_files.tar ]]
2415 then
2416      skip_check=true
2417      reason="run on remote host or parameter file check has not been compiled."
2418 fi
2419 if [[ ! -f $PALM_BIN/check_namelist_files.x ]]
2420 then
2421      skip_check=true
2422      reason="parameter file check has not been compiled."
2423 fi
2424
2425#CHECK FOR PARALLEL RUN; OTHERWISE SKIP CHECK
2426 if [[ "$cond1" != "parallel"  &&  "$cond2" != "parallel" ]]
2427 then
2428     skip_check=true
2429     reason="serial run."
2430 fi
2431
2432#ONLY PERFORM CHECK IF -z OPTION IS NOT SET, NO RESTART RUN IS CARRIED OUT AND IF THE EXECUTION HOST IS THE LOCAL HOST
2433 if [[ $check_namelist_files == false ]]
2434 then
2435     skip_check=true
2436     reason="-z option set."
2437 fi
2438
2439 if [[ $fromhost != $localhost ]]
2440 then
2441     skip_check=true
2442     reason="submitting host is local host." 
2443 fi 
2444
2445 if [[ $run_coupled_model == true ]]
2446 then
2447    skip_check=true
2448    reason="coupled run." 
2449 fi
2450
2451 if [[ $restart_run == true ]]
2452 then
2453    skip_check=true
2454    reason="restart run."     
2455
2456 fi
2457
2458#SKIP CHECK IN CASE OF RESTART RUN: CHECK WHETHER THE LAST CHAR IS "f" IN PARIN
2459 ((last_char = `echo $filename_input | wc -c` - 1))
2460 last_char=`echo $filename_input |cut -c$last_char`
2461 if [[ "$last_char" == "f" ]]
2462 then
2463    skip_check=true
2464    reason="restart run.)"
2465 fi
2466
2467 if [[ $skip_check == false ]]
2468 then
2469
2470    tmp_check=${working_directory}/tmp_check
2471
2472#   GET TOPOGRAPHY PARAMETER FILE SUFFIX (USUALLY "_P3DF"). THIS FILE MIGHT IS
2473#   NOT NECESSARILY REQUIRED
2474    line=""
2475    found=false
2476    grep  "TOPOGRAPHY_DATA" $config_file  >  $tmp_check
2477    while read line1
2478    do
2479       line="$line1"
2480       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2481       then
2482          topo_suffix=`echo $line | tr -s " " | cut -d" " -s -f5`
2483          found=true
2484       fi
2485    done < $tmp_check
2486
2487    if [[ $found = false ]]
2488    then
2489       printf "\n  +++ no TOPOGRAPHY list entry found in the configuration file."
2490    fi
2491
2492    rm -rf ${working_directory}/tmp_check
2493
2494#   CHECK IF THE A P3DF FILE MUST BE CHECKED
2495    for  item  in  $input_list
2496    do
2497       if [[ "$item" == "restart" ]]
2498       then
2499          check_restart=1
2500       else
2501          check_restart=0
2502       fi
2503    done
2504
2505#   ERROR IF NO PARAMETER FILE WAS FOUND, OTHERWISE PROCEED
2506    if [[ (! -f $filename_input) && ( "$filename_input" != "") ]]
2507    then
2508       printf "\n\n  +++ ERROR: parameter file ($filename_input) not found." 
2509       locat=check_namelist; exit
2510    fi
2511   
2512#   CHECK IF THE RESTART PARAMETER FILE EXISTS (IF NECESSARY)
2513    if  [[ $check_restart == 1 ]]
2514    then
2515
2516
2517
2518       filenamef="${filename_input}f"
2519       if [[ ! -f $filenamef ]]
2520       then
2521          printf "\n\n  +++ WARNING: restart parameter file ($filenamef) is missing." 
2522          check_restart=0
2523          answer=dummy
2524          printf "\n\n"
2525
2526          if [[ $silent == false ]]
2527          then
2528             while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
2529             do
2530                printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
2531                read  answer
2532             done
2533             if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
2534             then
2535                printf "\n  +++ Aborting...."
2536                locat=normal; exit
2537             fi
2538          fi
2539       else
2540          check_restart=1
2541       fi
2542    fi
2543
2544#   CREATE TEMPORARY SOURCES_FOR_CHECK PATH
2545    mkdir $check_sources
2546    cd $check_sources
2547
2548
2549#   CHECK FOR USER CODE, OTHERWISE USE THE PRECOMPILED CHECK_NAMELIST_FILES.X
2550    if [[ -d $add_source_path ]]
2551    then
2552       printf "\n\n  *** copying files from $check_depository" 
2553       cp $check_depository/check_namelist_files.tar ./
2554
2555       printf "\n\n  *** untar of makefile and source files in $check_sources"
2556       tar -xf check_namelist_files.tar  >  /dev/null  2>&1
2557
2558       printf "\n\n  *** adding user code." 
2559       cp $add_source_path/* ./
2560       touch check_namelist_files.f90
2561
2562#      GET COMPILER OPTIONS AND PERFORM MAKE
2563       printf "\n\n  *** compiling code if necessary...\n"
2564       copts_check="-cpp -D_parallel -D__check"
2565       make -f Makefile_check F90=$compiler_name_ser  COPT="$copts_check"
2566
2567#      GET MAKE OUTPUT
2568       if [[ $? != 0 ]]
2569       then
2570          printf "\n  +++ error during make."       
2571          answer=dummy
2572          printf "\n\n"
2573          if [[ $silent == false ]]
2574          then
2575             while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
2576             do
2577                printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
2578                read  answer
2579             done
2580             if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
2581             then
2582                printf "\n  +++ Aborting..."
2583                rm -rf  $check_sources
2584                locat=normal; exit
2585             else
2586                skip_check=true
2587             fi
2588          else
2589             skip_check=true
2590          fi
2591       fi
2592    else
2593       cp $PALM_BIN/check_namelist_files.x ./
2594    fi
2595
2596    cp $filename_input ./PARIN
2597    if [[ $check_restart == 1 ]] 
2598    then
2599       cp $filenamef ./PARINF   
2600    fi
2601
2602    if [[ -f ${pathname}/${fname}${topo_suffix} && $skip_check == false ]]
2603    then
2604       printf "\n  *** adding topography data"
2605       cp ${pathname}/${fname}${topo_suffix} ./TOPOGRAPHY_DATA
2606
2607#      IN CASE OF TOPOGRAPHY AND HIGH GRID POINT NUMBERS, THE STACK SIZE
2608#      MUST BE INCREASED. THIS IS DUE TO THE ARRAY nzb_local AND topo_height,
2609#      WHICH REQUIRE SUFFICIENT MEMORY
2610       ulimit -s unlimited         
2611    fi
2612
2613#   CREATE ENVPAR FILE, WHICH IS NEEDED BY CHECK_NAMELIST_FILES.X
2614    cat  >  ENVPAR  <<  %%END%%
2615 &envpar  run_identifier = '$fname', host = '$host',
2616            write_binary = '$write_binary', tasks_per_node = $tasks_per_node,
2617            maximum_parallel_io_streams = $maximum_parallel_io_streams,
2618            maximum_cpu_time_allowed = ${cpumax}.,
2619            revision = '$global_revision',
2620            local_dvrserver_running = $local_dvrserver_running /
2621
2622%%END%%
2623
2624#   SAFETY CHECK: ONLY PROCEED IF THE PARAMETER CHECK PROGRAM WAS PROPERLY COMPILED
2625    if [[ ! -f check_namelist_files.x && $skip_check == false ]] then
2626       printf "\n  +++ WARNING: check_namelist_files.x not found."
2627       answer=dummy
2628       printf "\n\n"
2629
2630       if [[ $silent == false ]]
2631       then
2632          while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
2633          do
2634             printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
2635             read  answer
2636          done
2637          if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
2638          then
2639             printf "\n  +++ Aborting..."
2640             rm -rf  $check_sources
2641             locat=normal; exit
2642          else
2643             printf "\n  *** Skipping parameter file check."
2644         
2645          fi
2646      fi
2647       
2648    elif [[ $skip_check == false ]]
2649    then
2650#      STARTING THE PARAMETER FILE CHECK
2651       printf "\n\n  *** starting parameter file check..."
2652
2653#      CHECKING THE P3D FILE
2654       printf "\n\n      (1) checking $filename_input" 
2655       echo "$numprocs 0 0" > VARIN
2656       errors=`./check_namelist_files.x < VARIN 2>&1`
2657
2658       check_error=false
2659       if [[ "$errors" == "" ]]
2660       then
2661          printf " --> o.k."
2662       else
2663          printf " --> failed."
2664          check_error=true
2665          printf "\n\n  $errors"
2666       fi
2667
2668#      CHECKING THE PD3F FILE IF NECESSARY
2669       if [[ $check_restart == 1 && $check_error == false ]]
2670       then
2671          printf "\n\n      (2) checking $filenamef" 
2672
2673#         FIRST CHECK IF INITIALIZING_ACTIONS="READ_RESTART_DATA" IS SET IN &INIPAR LIST
2674          found=false
2675          cat PARINF|while read line
2676          do
2677             line=$(echo $line|sed 's/ //g')
2678             if [[ $line == *"&inipar"* ]]
2679             then
2680                start_search=true
2681             fi
2682
2683             if [[ $start_search == true ]]
2684             then
2685                if [[ $line == *"initializing_actions='read_restart_data'"* ]]
2686                then
2687                   found=true
2688                   break
2689                fi
2690             fi
2691
2692             if [[ $line == *"/"* ]]
2693             then
2694                start_search=false
2695             fi
2696
2697          done
2698
2699          if [[ $found = false ]]
2700          then
2701             printf "\n\n  +++ ERROR: initializing_actions = 'read_restart_data' not found"
2702             printf "\n      in &inipar list in $fname$p3df_suffix."
2703             rm -rf  $check_sources
2704             locat=check_namelist; exit
2705          fi
2706
2707#         READ max_user_pr FROM FILES
2708          if [[ -f parin_for_check ]]
2709          then
2710             read max_pr_user < parin_for_check
2711          else
2712             max_user_pr=0
2713          fi
2714
2715          echo "$numprocs 1 $max_pr_user" > VARIN
2716          errors=`./check_namelist_files.x < VARIN 2>&1`
2717
2718          if [[ "$errors" == "" ]]
2719          then
2720             printf " --> o.k."
2721          else
2722             printf " --> failed."
2723             check_error=true
2724             printf "\n\n  $errors"
2725          fi
2726       fi
2727   
2728#      REPORT ERRORS AND CONTINUE/EXIT
2729       if [[ $check_error == true ]]
2730       then
2731          printf "\n  +++ errors found in the parameter file!\n"
2732          answer=dummy
2733          printf "\n\n"
2734
2735          while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
2736          do
2737          printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
2738          read  answer
2739          done
2740
2741          if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
2742          then
2743             printf "\n  +++ Aborting..."
2744             rm -rf  $check_sources
2745             locat=normal; exit
2746          fi
2747        else
2748          printf "\n\n  *** parameter file(s) seem(s) to be o.k.\n"
2749        fi
2750        rm -rf $check_sources
2751    fi
2752 else
2753    printf "\n\n  +++ skipping parameter file check due to following reason: $reason" 
2754 fi
2755
2756    # DELETE TEMPORARY DIRECTORY AND FINISH NAMELIST FILE CHECK   
2757 rm -rf  $check_sources
2758 cd $working_directory
2759
2760
2761    # FALLS AUF DIESER MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL, WERDEN JETZT ENTSPRE-
2762    # CHENDE AKTIONEN DURCHGEFUEHRT
2763 if [[ $do_batch = false ]]
2764 then
2765
2766
2767       # TEMPORAEREN KATALOG ERZEUGEN
2768    mkdir -p  $TEMPDIR
2769    chmod  go+rx  $TEMPDIR
2770    tmpcreate=true
2771
2772       # set striping on lustre file system
2773#    if [[ $localhost = lcsgih ]]
2774#    then
2775#       lfs setstripe -s 8192k -c 16  $TEMPDIR
2776#       lfs getstripe $TEMPDIR
2777#    fi
2778
2779
2780       # SAEMTLICHE QUELLTEXT-DATEIEN BZW. AUSFUEHRBARES PROGRAMM IN
2781       # TEMPORAERES VERZEICHNIS KOPIEREN
2782    if [[ $do_compile = true ]]
2783    then
2784
2785          # ON NEC, COMPILATION IS DONE ON HOST CROSS VIA CROSS COMPILING
2786          # CREATE A TEMPORARY DIRECTORY ON THAT MACHINE (HOME MOUNTED VIA NFS)
2787       if [[ $localhost = nech ]]
2788       then
2789          TEMPDIR_COMPILE=$HOME/work/${usern}.$kennung
2790          if  mkdir -p  $TEMPDIR_COMPILE
2791          then
2792             printf "\n  *** \"$TEMPDIR_COMPILE\" "
2793             printf "\n      is generated as temporary directory for cross compiling\n"
2794          else
2795             printf "\n  +++ creating directory \"$TEMPDIR_COMPILE\" "
2796             printf "\n      needed for cross compilation failed"
2797             locat=compile
2798             exit
2799          fi
2800       else
2801          TEMPDIR_COMPILE=$TEMPDIR
2802       fi
2803
2804
2805          # PFADNAMEN FUER DAS MAKE-DEPOSITORY ERMITTELN
2806       line=""
2807       grep "%depository_path" $config_file  >  tmp_mrun
2808       while read line
2809       do
2810          if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2811          then
2812             if [[ "$(echo $line | cut -d" " -s -f3)" = "" ]]
2813             then
2814                global_depository_path=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
2815             fi
2816          fi
2817       done < tmp_mrun
2818
2819       line=""
2820       grep  " $localhost" $config_file | grep "%depository_path"  >  tmp_mrun
2821       while read line
2822       do
2823          if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2824          then
2825             if [[ "$(echo $line | cut -d" " -s -f4)" = "$cond1"  &&  "$(echo $line | cut -d" " -s -f5)" = "$cond2" ]]
2826             then
2827                local_depository_path=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
2828             fi
2829          fi
2830       done < tmp_mrun
2831
2832       if [[ "$local_depository_path" = "" ]]
2833       then
2834          if [[ "$global_depository_path" != "" ]]
2835          then
2836             local_depository_path=$global_depository_path
2837          else
2838             printf "\n\n  +++ no depository path found in configuration file"
2839             printf "\n      for local host \"$localhost\" "
2840             printf "\n      please set \"\%depository_path\" in configuration file\n"
2841             locat=config_file; exit
2842          fi
2843       fi
2844       eval local_depository_path=$local_depository_path
2845       [[ "$cond1" != "" ]]  &&  local_depository_path=${local_depository_path}_$cond1
2846       [[ "$cond2" != "" ]]  &&  local_depository_path=${local_depository_path}_$cond2
2847
2848
2849       basename=`print $mainprog | cut -f1 -d"."`
2850       eval make_depository=${local_depository_path}/${basename}_current_version.tar
2851       if [[ ! -f $make_depository ]]
2852       then
2853          printf "\n"
2854          printf "\n  *** WARNING: make depository \"$make_depository\" not found"
2855          printf "\n               \"make\" will fail, if the Makefile or other source files are missing\n"
2856       else
2857          cp  $make_depository  $TEMPDIR_COMPILE
2858          cd  $TEMPDIR_COMPILE
2859          tar -xf  $make_depository  >  /dev/null  2>&1
2860          cd -  > /dev/null
2861       fi
2862
2863       cp  SOURCES_FOR_RUN_$fname/*  $TEMPDIR_COMPILE
2864
2865    else
2866
2867       cp  $executable   ${TEMPDIR}/a.out
2868
2869    fi
2870
2871
2872       # WECHSEL IN TEMPORAEREN KATALOG
2873    cd  $TEMPDIR
2874    printf "\n  *** changed to temporary directory: $TEMPDIR"
2875
2876
2877       # OUTPUT-DATEI-VERBINDUNGEN AUF TEMPORAERER DATEI ABLEGEN
2878       # DIESE DATEI KANN VON SPAETER AUFZURUFENDEN BENUTZERPROZEDUREN GELESEN
2879       # WERDEN, UM ZU LOKALEN DATEINAMEN GEHOERENDE PERMANENTE NAMEN ZU
2880       # ERMITTELN
2881    (( i = 0 ))
2882    while (( i < iout ))
2883    do
2884       (( i = i + 1 ))
2885       if [[ "${actionout[$i]}" = tr  ||  "${actionout[$i]}" = tra  ||  "${actionout[$i]}" = trpe ]]
2886       then
2887          printf "${localout[$i]} ${actionout[$i]}\n${pathout[$i]}\n${localhost}_${fname}${endout[$i]}\n" >> OUTPUT_FILE_CONNECTIONS
2888       else
2889          printf "${localout[$i]} ${actionout[$i]}\n${pathout[$i]}\n${frelout[$i]}\n" >> OUTPUT_FILE_CONNECTIONS
2890       fi
2891    done
2892
2893
2894       # EVTL. UEBERSETZUNGSAKTIONEN STARTEN
2895    if [[ $do_compile = true ]]
2896    then
2897
2898
2899          # COMPILING WITH MAKE (ON NEC COMPILER IS CALLED ON HOST CROSS)
2900       printf "\n\n\n  *** compilation starts \n$striche\n"
2901       printf "  *** compilation with make using following options:\n"
2902       printf "      make depository:          $make_depository"
2903       if [[ "$mopts" != "" ]]
2904       then
2905          printf "      make options:             $mopts\n"
2906       fi
2907       printf "      compilername:             $compiler_name\n"
2908       printf "      compiler options:         $fopts\n"
2909       printf "      preprocessor directives:  $cpp_options \n"
2910       printf "      linker options:           $lopts \n"
2911       if [[ "$modules" != "" ]]
2912       then
2913          printf "      modules to be load:       $modules \n"
2914       fi
2915       printf "      source code files:        $source_list \n"
2916
2917       if [[ $localhost = nech ]]
2918       then
2919#         init_cmds was ". /SX/opt/etc/initsx.sh;"
2920          ssh  136.172.44.192 -l $usern "$init_cmds $module_calls cd \$HOME/work/${usern}.$kennung; sxmake $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2921          cp  $TEMPDIR_COMPILE/a.out  .
2922          [[ $? != 0 ]]  &&  compile_error=true
2923          rm -rf  $TEMPDIR_COMPILE
2924       elif [[ $localhost = ibmh ]]
2925       then
2926          printf "      compiler is called via ssh on \"plogin1\" \n"
2927          ssh  plogin1  -l $usern  "$init_cmds export PATH=/sw/ibm/xlf/13.1.0.8/usr/bin:$PATH; $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2928          [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2929          continue   # ANDERENFALLS IST STATUS=1, FALLS A.OUT VORHANDEN
2930       elif [[ $localhost = lcsgib ]]
2931       then
2932          printf "      compiler is called via ssh on \"bicegate0\" \n"
2933          ssh  bicegate0  -l $usern  "$init_cmds $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2934          [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2935          continue   # ANDERENFALLS IST STATUS=1, FALLS A.OUT VORHANDEN
2936       elif [[ $localhost = lcsgih ]]
2937       then
2938          printf "      compiler is called via ssh on \"hicegate0\" \n"
2939          ssh  hicegate0  -l $usern  "$init_cmds $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" 2>&1 "
2940          [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2941          continue   # ANDERENFALLS IST STATUS=1, FALLS A.OUT VORHANDEN
2942       elif [[ $localhost = lcflow ]]
2943       then
2944          printf "      compiler is called via ssh on \"flow\" \n"
2945          ssh  flow02.hpc.uni-oldenburg.de -l $usern "$init_cmds $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out F90=$compiler_name COPT=\"$cpp_options\" F90FLAGS=\"$fopts\" LDFLAGS=\"$lopts\" "
2946          [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2947          continue   # ANDERENFALLS IST STATUS=1, FALLS A.OUT VORHANDEN
2948       else
2949          [[ "$init_cmds" != "" ]]  &&  eval $init_cmds
2950          [[ "$module_calls" != "" ]]  &&  eval $module_calls
2951          make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
2952
2953       fi
2954
2955       if [[ $? != 0  ||  "$compile_error" = true  ||  "$module_compile_error" = true ]]
2956       then
2957          printf "\n  +++ error occured while compiling or linking"
2958          locat=compile
2959
2960  # WORKAROUND: REMOVE IF CONSTRUCT LATER, BUT KEEP THE EXIT!
2961#          if [[ $localhost != lcsgib  &&  $localhost != lcsgih ]]
2962#          then
2963             exit
2964#          else
2965#             locat=normal
2966#          fi
2967       else
2968          printf "$striche\n  *** compilation finished \n"
2969       fi
2970    fi
2971
2972
2973       # FALLS NUR TESTWEISE KOMPILIERT WERDEN SOLLTE, IST MRUN JETZT FERTIG
2974    if [[ $local_compile = true ]]
2975    then
2976       cd  $HOME
2977       rm -rf $TEMPDIR
2978       locat=local_compile; exit
2979    fi
2980
2981
2982       # BEREITSTELLEN DER INPUT-DATEIEN
2983       # SCHLEIFE UEBER ALLE VOM BENUTZER ANGEGEBENEN DATEIEN
2984    (( i = 0 ))
2985    while (( i < iin ))
2986    do
2987       (( i = i + 1 ))
2988       if (( i == 1 ))
2989       then
2990          printf "\n\n  *** providing INPUT-files:\n$striche"
2991       fi
2992
2993
2994          # OPTIONALE DATEIEN BEI NICHTVORHANDENSEIN UEBERGEHEN
2995       if [[ "${transin[$i]}" = unavailable ]]
2996       then
2997          if [[ "${extin[$i]}" = ""  ||  "${extin[$i]}" = " " ]]
2998          then
2999             printf "\n  +++ WARNING: input file \"${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}\" "
3000             printf "\n               is not available!"
3001          else
3002             printf "\n  +++ WARNING: input file \"${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}.${extin[$i]}\" "
3003             printf "\n               is not available!"
3004          fi
3005          continue
3006       fi
3007
3008          # PRUEFEN, OB EINZELDATEI ODER DATEI PRO PROZESSOR
3009       files_for_pes=false; datentyp=file
3010       if [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  -n $numprocs ]]
3011       then
3012          files_for_pes=true; datentyp=directory
3013          actionin[$i]=""
3014       elif [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  ! -n $numprocs ]]
3015       then
3016          actionin[$i]=""
3017       elif [[ "${actionin[$i]}" = arpe  &&  -n $numprocs ]]
3018       then
3019          files_for_pes=true; datentyp=directory
3020          actionin[$i]="ar"
3021       elif [[ "${actionin[$i]}" = arpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3022       then
3023          actionin[$i]="ar"
3024       elif [[ "${actionin[$i]}" = flpe  &&  -n $numprocs ]]
3025       then
3026          files_for_pes=true; datentyp=directory
3027          actionin[$i]="fl"
3028       elif [[ "${actionin[$i]}" = flpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3029       then
3030          actionin[$i]="fl"
3031       fi
3032
3033       if [[ $files_for_pes = true ]]
3034       then
3035          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}/....  to  ${localin[$i]}"
3036       else
3037          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}  to  ${localin[$i]}"
3038       fi
3039
3040          # INPUT-DATEI FUER EINEN FORTSETZUNGSLAUF. ES WIRD GEPRUEFT,
3041          # OB DIESE DATEI NOCH AUF DEM TEMPORAEREN DATENKATALOG VORHANDEN
3042          # IST. FALLS NICHT, WIRD VERSUCHT, SIE ANSCHLIESSEND VOM ARCHIV-
3043          # SERVER ZU HOLEN
3044       if [[ "${actionin[$i]}" = fl ]]
3045       then
3046          printf "\n      $datentyp will be fetched from temporary directory \"${tmp_data_catalog}\" !"
3047          if [[ $files_for_pes = false ]]
3048          then
3049             if [[ -f "$tmp_data_catalog/${frelin[$i]}" ]]
3050             then
3051                ln  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
3052                got_tmp[$i]=true
3053             elif [[ -f "$WORK/${frelin[$i]}"  &&  $ignore_archive_error = true ]]
3054             then
3055                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" !"
3056                printf "\n  *** trying to use backup copy in \"$WORK\" "
3057                cp  $WORK/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
3058             else
3059                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" "
3060                printf "\n      or \"$tmp_data_catalog\" does not exist!"
3061                printf "\n  *** trying to get copy from archive"
3062                actionin[$i]=ar
3063             fi
3064          else
3065             if [[ -d "$tmp_data_catalog/${frelin[$i]}" ]]
3066             then
3067                mkdir  ${localin[$i]}
3068                cd $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
3069                for file in $(ls *)
3070                do
3071                   ln $file $TEMPDIR/${localin[$i]}
3072                done
3073                cd $TEMPDIR
3074                got_tmp[$i]=true
3075             elif [[ -d "$WORK/${frelin[$i]}"  &&  $ignore_archive_error = true ]]
3076             then
3077                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" !"
3078                printf "\n  *** trying to use backup copy in \"$WORK\" "
3079                cp -r  $WORK/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
3080             else
3081                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" "
3082                printf "\n      or \"$tmp_data_catalog\" does not exist!"
3083                printf "\n  *** trying to get copy from archive"
3084                actionin[$i]=ar
3085             fi
3086          fi
3087       fi
3088
3089
3090          # DATEI LIEGT AUF ARCHIV-SERVER
3091       if [[ "${actionin[$i]}" = ar ]]
3092       then
3093
3094          if [[ $files_for_pes = false ]]
3095          then
3096             printf "\n      file will be restored from archive-system ($archive_system)!"
3097          else
3098             printf "\n      directory will be restored from archive-system ($archive_system)!"
3099          fi
3100
3101          file_restored=false
3102
3103          if [[ $archive_system = asterix ]]
3104          then
3105             do_stagein=true
3106             (( stagein_anz = 0 ))
3107             while [[ $do_stagein = true ]]
3108             do
3109                if [[ $files_for_pes = false ]]
3110                then
3111                   stagein  -O  ${frelin[$i]}  >  STAGEIN_OUTPUT
3112                else
3113                   stagein  -t  -O  ${frelin[$i]}  >  STAGEIN_OUTPUT
3114                fi
3115                cat  STAGEIN_OUTPUT
3116                if [[ $(grep -c "st.msg:i24"  STAGEIN_OUTPUT) != 0 ]]
3117                then
3118                   file_restored=true
3119                   do_stagein=false
3120                else
3121                   (( stagein_anz = stagein_anz + 1 ))
3122                   if (( stagein_anz == 10 ))
3123                   then
3124                      printf "\n  +++ stagein stoped after 10 tries"
3125                      locat=stage
3126                      exit
3127                   fi
3128                   printf "\n  +++ restoring from archive failed, trying again:"
3129                   sleep 900
3130                fi
3131             done
3132          elif [[ $archive_system = DMF ]]
3133          then
3134             if [[ $files_for_pes = false ]]
3135             then
3136                printf "\n  +++ restoring of single files impossible with $archive_system !\n"
3137                locat=DMF
3138                exit
3139             else
3140                find  $ARCHIVE/${frelin[$i]}  -type m  -print  |  dmget
3141                cp  -r $ARCHIVE/${frelin[$i]}  $PWD
3142                file_restored=true
3143             fi
3144          elif [[ $archive_system = tivoli ]]
3145          then
3146             if [[ $files_for_pes = false ]]
3147             then
3148                if [[ $localhost = lcsgih ]]
3149                then
3150                   ssh  $usern@hicedata.hlrn.de  "cp  $PERM/${frelin[$i]}  $PWD"
3151                else
3152                   ssh  $usern@bicedata.hlrn.de  "cp  $PERM/${frelin[$i]}  $PWD"
3153                fi
3154             else
3155                (( inode = 0 ))
3156                while (( inode < nodes ))
3157                do
3158                   if [[ $localhost = lcsgih ]]
3159                   then
3160                      ssh  $usern@hicedata.hlrn.de  "cd $PWD; tar  xf  $PERM/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar"
3161                   else
3162                      ssh  $usern@bicedata.hlrn.de  "cd $PWD; tar  xf  $PERM/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar"
3163                   fi
3164                   (( inode = inode + 1 ))
3165                done
3166             fi
3167             file_restored=true
3168          elif [[ $archive_system = ut ]]
3169          then
3170             if [[ $files_for_pes = false ]]
3171             then
3172                cp  $UT/${frelin[$i]}  .
3173             else
3174                (( inode = 0 ))
3175                while (( inode < nodes ))
3176                do
3177                   tar  xf  $UT/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar
3178                   (( inode = inode + 1 ))
3179                done
3180             fi
3181             file_restored=true
3182          else
3183             printf "\n  +++ archive_system=\"$archive_system\"   restore impossible!"
3184             locat=rearchive
3185             exit
3186          fi
3187
3188          if [[ $file_restored = true ]]
3189          then
3190
3191                # DATEI AUCH AUF TEMPORAERES DATENVERZEICHNIS LEGEN, DAMIT
3192                # SIE BEI WEITEREN ZUGRIFFEN NOCH VORHANDEN IST
3193             [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog; chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
3194             if [[ $files_for_pes = false ]]
3195             then
3196                ln  -f  ${frelin[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
3197             else
3198                mkdir  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
3199                ln  -f  ${frelin[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
3200             fi
3201             got_tmp[$i]=true
3202
3203                # DATEI UNTER LOKALEM NAMEN ZUR VERFUEGUNG STELLEN
3204             mv  ${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
3205
3206          fi
3207       fi
3208
3209
3210          # DATEI LIEGT IM VOM BENUTZER ANGEGEBENEN VERZEICHNIS
3211       if [[ "${actionin[$i]}" = ""  ||  "${actionin[$i]}" = "di"  ||  "${actionin[$i]}" = "npe" ]]
3212       then
3213
3214          if [[ "${actionin[$i]}" = "npe"  &&  -n $numprocs ]]
3215          then
3216
3217                # DATEI WIRD FUER DIE PROZESSOREN EINES PARALLERECHNERS BEREITGESTELLT
3218             printf "\n      file will be provided for $numprocs processors"
3219             mkdir  ${localin[$i]}
3220             ival=$numprocs
3221             (( ii = 0 ))
3222             while (( ii <= ival-1 ))
3223             do
3224                if (( ii < 10 ))
3225                then
3226                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_000$ii
3227                elif (( ii < 100 ))
3228                then
3229                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_00$ii
3230                elif (( ii < 1000 ))
3231                then
3232                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_0$ii
3233                else
3234                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_$ii
3235                fi
3236                (( ii = ii + 1 ))
3237             done
3238
3239          else
3240
3241             if [[ $files_for_pes = true ]]
3242             then
3243
3244                   # DIE DEN PROZESSOREN EINES PARALLELRECHNERS ZUGEHOERIGEN
3245                   # DATEIEN WERDEN BEREITGESTELLT, INDEM ZUERST DER GESAMTE
3246                   # KATALOGINHALT KOPIERT UND DANN DIE EINZELNEN DATEIEN
3247                   # PER MOVE UMBENANNT WERDEN
3248                printf "\n      providing $numprocs files for the respective processors"
3249                mkdir  ${localin[$i]}
3250                if [[ $link_local_input = true ]]
3251                    then
3252                    printf "      using ln -f\n"
3253                    cd ${absnamein[$i]}
3254                    for file in $(ls *)
3255                      do
3256                      ln -f $file  ${localin[$i]}
3257                    done
3258                    cd $TEMPDIR
3259                fi
3260                # If "ln -f" fails of if "$link_local_input = false" do a normal "cp -r"
3261                if [[ ! -f "${localin[$i]}/_0000" ]]
3262                    then
3263                    if [[ $link_local_input = true ]]
3264                        then
3265                        printf "      ln failed for .../_0000, using cp...\n"
3266                    fi
3267                    cp -r  ${absnamein[$i]}/*  ${localin[$i]}
3268                fi
3269
3270             else
3271                   # BEREITSTELLUNG AUF EINPROZESSORRECHNERN
3272                if [[ $link_local_input = true ]]
3273                then
3274                    printf "      using ln -f\n"
3275                    ln -f  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
3276                fi
3277                # If "ln -f" fails of if "$link_local_input = false" do a normal "cp"
3278                if [[ ! -f "${localin[$i]}" ]]
3279                then
3280                    if [[ $link_local_input = true ]]
3281                    then
3282                        printf "      ln failed, using cp...\n"
3283                    fi
3284                    cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
3285                fi
3286             fi
3287          fi
3288       fi
3289
3290    done
3291    if (( i != 0 ))
3292    then
3293       printf "\n$striche\n  *** all INPUT-files provided \n"
3294    fi
3295
3296
3297       # EVENTUELLE INPUT-KOMMANDOS ABARBEITEN
3298    (( i = 0 ))
3299    while (( i < iic ))
3300    do
3301       (( i = i + 1 ))
3302       if (( i == 1 ))
3303       then
3304          printf "\n\n  *** execution of INPUT-commands:\n$striche"
3305       fi
3306       printf "\n  >>> ${in_command[$i]}"
3307       eval  ${in_command[$i]}
3308       if (( i == iic ))
3309       then
3310          printf "\n$striche\n"
3311       fi
3312    done
3313
3314
3315       # VERBLEIBENDE CPU-ZEIT BERECHNEN
3316    cpurest=${cpumax}.
3317
3318
3319       # START DVR STREAMING SERVER
3320    if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
3321    then
3322       if [[ "$dvr_server" != "" ]]
3323       then
3324
3325          printf "\n\n  *** preparing the dvr streaming server configuration file"
3326
3327             # Check, if a dvr server is already running
3328          running_dvrserver_id=`echo $(ps -edaf | grep .dvrserver.config | grep -v grep) | cut -d" " -f2`
3329          if [[ "$running_dvrserver_id" != "" ]]
3330          then
3331
3332             printf "\n\n  +++ WARNING: A dvr server with id=$running_dvrserver_id is already running!"
3333             printf "\n      This server is used instead starting a new one!"
3334             printf "\n      If required, script \"process_dvr_output\" has to be run manually."
3335
3336          else
3337
3338                # COPY CONFIGURATION FILE FOR STREAMING SERVER FROM REPOSITORY TO HERE
3339             if [[ -f ${PALM_BIN}/.dvrserver.config ]]
3340             then
3341                cp  ${PALM_BIN}/.dvrserver.config  .
3342
3343                   # Entering the BASEDIR, UID and GID into this file
3344                user_id=`id -u`
3345                group_id=`id -g`
3346                   # & is needed as seperator, because TEMPDIR contains /
3347                sed "s&<replace by dvr data directory>&${TEMPDIR}&g" .dvrserver.config > .dvrserver.1
3348                sed "s/<replace by user id>/$user_id/g"    .dvrserver.1 > .dvrserver.2
3349                sed "s/<replace by group id>/$group_id/g"  .dvrserver.2 > .dvrserver.3
3350                mv  .dvrserver.3  .dvrserver.config
3351                rm  .dvrserver.1  .dvrserver.2
3352
3353                   # Start dvr server in background, get his id and print on terminal
3354                $dvr_server  .dvrserver.config  >>  DVR_LOGFILE  2>&1  &
3355                dvrserver_id=`echo $(ps -edaf | grep .dvrserver.config) | cut -d" " -f2`
3356                printf "\n  *** streaming server with id=$dvrserver_id is started in background"
3357                local_dvrserver_running=.TRUE.
3358             else
3359                printf "\n  +++ missing file \".dvrserver.config\" in directory:"
3360                printf "\n      \"$PALM_BIN\" "
3361                locat=dvr
3362                exit
3363             fi
3364
3365          fi
3366
3367       else
3368          printf "\n\n  --- INFORMATIVE: no dvr streaming server will be started"
3369       fi
3370    fi
3371
3372
3373       # NAMELIST-DATEI MIT WERTEN VON ENVIRONMENT-VARIABLEN ERZEUGEN (ZU
3374       # LESEN VON PALM)
3375    cat  >  ENVPAR  <<  %%END%%
3376 &envpar  run_identifier = '$fname', host = '$localhost',
3377          write_binary = '$write_binary', tasks_per_node = $tasks_per_node,
3378          maximum_parallel_io_streams = $maximum_parallel_io_streams,
3379          maximum_cpu_time_allowed = ${cpumax}.,
3380          revision = '$global_revision',
3381          local_dvrserver_running = $local_dvrserver_running /
3382
3383%%END%%
3384
3385
3386       # PROGRAMMSTART
3387    printf "\n\n  *** execution starts in directory\n      \"`pwd`\"\n$striche\n"
3388    PATH=$PATH:$TEMPDIR
3389
3390       # MPI debug option (argument checking, slows down execution due to increased latency)
3391    if [[ "$mpi_debug" = true ]]
3392    then
3393       export MPI_CHECK_ARGS=1
3394       printf "\n  +++ MPI_CHECK_ARGS=$MPI_CHECK_ARGS"
3395    fi
3396
3397    if [[ "$totalview" = true ]]
3398    then
3399       printf "\n *** totalview debugger will be used"
3400       tv_opt="-tv"
3401    else
3402       tv_opt=""
3403    fi
3404
3405    if [[ "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ]]
3406    then
3407       if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
3408       then
3409          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-5) != lcsgi ]]
3410          then
3411             printf "\n  +++ debug is allowed in interactive mode only"
3412             locat=debug
3413             exit
3414          fi
3415       fi
3416       if [[ $localhost = decalpha ]]
3417       then
3418          dxladebug  a.out
3419       elif [[ $localhost = ibmh ]]
3420       then
3421
3422             # SETUP THE IBM MPI ENVIRONMENT
3423          export MP_SHARED_MEMORY=yes
3424          export AIXTHREADS_SCOPE=S
3425          export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3426          export AUTHSTATE=files
3427          export XLFRTEOPTS="nlwidth=132:err_recovery=no"    # RECORD-LENGTH OF NAMELIST-OUTPUT
3428
3429             # FOLLOWING OPTIONS ARE MANDATORY FOR TOTALVIEW
3430          export MP_ADAPTER_USE=shared
3431          export MP_CPU_USE=multiple
3432          export MP_TIMEOUT=1200
3433
3434          unset  MP_TASK_AFFINITY
3435
3436             # SO FAR, TOTALVIEW NEEDS HOSTFILE MECHANISM FOR EXECUTION
3437          #(( ii = 1 ))
3438          #while (( ii <= $numprocs ))
3439          #do
3440          #   echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3441          #   (( ii = ii + 1 ))
3442          #done
3443          #export MP_HOSTFILE=hostfile
3444
3445          if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
3446          then
3447             totalview   poe  a.out  $ROPTS
3448          else
3449             echo totalview   poe  -a a.out  -procs $numprocs  -rmpool 0  -nodes 1   $ROPTS
3450             export TVDSVRLAUNCHCMD=ssh
3451             totalview   poe  -a a.out  -procs $numprocs  -rmpool 0  -nodes 1   $ROPTS
3452          fi
3453       elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-5) = lcsgi ]]
3454       then
3455             # CURRENTLY NO DEBUGGER ON LCSGI
3456          if [[ $run_coupled_model = true ]]
3457          then
3458             printf "\n  +++ no debug in coupled mode available on \"$localhost\" "
3459             locat=debug
3460             exit
3461          else
3462             echo "no_coupling"  >  runfile_atmos
3463          fi
3464          (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3465          export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3466          echo "OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"
3467          if [[ $threads_per_task != 1 ]]
3468          then
3469             printf "\n      threads per task: $threads_per_task"
3470          fi
3471          printf "\n\n"
3472          if [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mpt ]]
3473          then
3474#             export MPI_LAUNCH_TIMEOUT=360
3475             if [[ "$totalview" = true ]]
3476             then
3477                printf "\n     running totalview debugger"
3478                mpiexec_mpt $tv_opt -n $ii   ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3479             else
3480                mpiexec_mpt -np $ii   ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3481             fi
3482          elif [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mva ]]
3483          then
3484#             ulimit -s 300000   # A too large stack size causes problems
3485#             export MV2_NUM_PORTS=2
3486#             export MV2_CPU_MAPPING=0:1:2:3
3487             if [[ "$totalview" = true ]]
3488             then
3489                printf "\n     running totalview debugger"
3490                mpiexec $tv_opt ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3491             else
3492                mpiexec    ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3493             fi
3494          fi
3495       else
3496          printf "\n  +++ no debug available on \"$localhost\" "
3497          printf "\n      or not implemented in mrun so far"
3498          locat=debug
3499          exit
3500       fi
3501
3502       # end debug mode
3503    else
3504
3505          # normal execution
3506       if [[ -n $numprocs ]]
3507       then
3508             # RUNNING THE PROGRAM ON PARALLEL MACHINES
3509          if [[ $(echo $host | cut -c1-3) = ibm ]]
3510          then
3511                # SETUP THE IBM MPI ENVIRONMENT
3512             if [[ $host != ibmh  &&  $host != ibmkisti ]]
3513             then
3514                export MP_SHARED_MEMORY=yes
3515                export AIXTHREAD_SCOPE=S
3516                export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3517                export XLSMPOPTS="spins=0:yields=0:stack=20000000"
3518                export AUTHSTATE=files
3519                export XLFRTEOPTS="nlwidth=132:err_recovery=no"    # RECORD-LENGTH OF NAMELIST-OUTPUT
3520                #  export MP_PRINTENV=yes
3521
3522                   # TUNING-VARIABLEN ZUR VERBESSERUNG DER KOMMUNIKATION
3523                   # ZEIGEN ABER DERZEIT (SEP 04, FEDERATION) KAUM WIRKUNG
3524                export MP_WAIT_MODE=poll
3525                [[ $node_usage = not_shared ]]  &&  export MP_SINGLE_THREAD=yes
3526             fi
3527
3528             if [[ $host = ibmkisti ]]
3529             then
3530                export LANG=en_US
3531                export MP_SHARED_MEMORY=yes
3532                if [[ $threads_per_task = 1 ]]
3533                then
3534                   export MP_SINGLE_THREAD=yes
3535                   export MEMORY_AFFINITY=MCM
3536                else
3537                   export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3538                fi
3539             fi
3540
3541             if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
3542             then
3543                printf "\n--- Control: OMP_NUM_THREADS = \"$OMP_NUM_THREADS\" \n"
3544                if [[ "$cond1" = hpmcount  ||  "$cond2" = hpmcount ]]
3545                then
3546                   /opt/optibm/HPM_2_4_1/bin/hpmcount  a.out  $ROPTS
3547                else
3548                   if [[ $run_coupled_model = false ]]
3549                   then
3550                      if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3551                      then
3552                         echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3553                      else
3554                         echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3555                      fi
3556                   else
3557                      (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3558                      (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3559                      printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3560                      printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3561                      printf "\n\n"
3562                      echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3563                   fi
3564                   poe ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos
3565                fi
3566             else
3567                if [[ $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibms ]]
3568                then
3569                   poe  a.out  -procs $numprocs  -nodes 1  -rmpool 0  $ROPTS
3570                elif [[ $localhost = ibmkisti  ||  $localhost = ibmku  ||  $localhost = ibmy ]]
3571                then
3572                   if [[ -f $hostfile ]]
3573                   then
3574                      cp  $hostfile  hostfile
3575                   else
3576                      (( ii = 1 ))
3577                      while (( ii <= $numprocs ))
3578                      do
3579                         echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3580                         (( ii = ii + 1 ))
3581                      done
3582                   fi
3583                   export MP_HOSTFILE=hostfile
3584                   if [[ $run_coupled_model = false ]]
3585                   then
3586                      if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3587                      then
3588                         echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3589                      else
3590                         echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3591                      fi
3592                   else
3593                      (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3594                      (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3595                      printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3596                      printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3597                      printf "\n\n"
3598                      echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3599                   fi
3600                   if [[ $localhost = ibmy ]]
3601                   then
3602                      ./a.out  -procs $tasks_per_node  $ROPTS  <  runfile_atmos
3603                   else
3604                      poe  ./a.out  -procs $numprocs $ROPTS  <  runfile_atmos
3605                   fi
3606
3607                else
3608                   if [[ "$host_file" = "" ]]
3609                   then
3610                      printf "\n  +++ no hostfile given in configuration file"
3611                      locat=config_file
3612                      exit
3613                   else
3614                      eval host_file=$host_file
3615                   fi
3616                   export MP_HOSTFILE=$host_file
3617                   poe  a.out  -procs $numprocs  -tasks_per_node $numprocs  $ROPTS
3618                fi
3619             fi
3620          elif [[ $host = nech  ||  $host = necriam ]]
3621          then
3622             (( ii = nodes ))
3623             if [[ $ii = 1 ]]
3624             then
3625                export F_ERRCNT=0        # acceptable number of errors before program is stopped
3626                export MPIPROGINF=YES
3627                #  export F_TRACE=YES|FMT1|FMT2  # output of ftrace informations to job protocol
3628                echo "*** execution on single node with mpirun"
3629                mpirun  -np $numprocs  ./a.out  $ROPTS
3630             else
3631                (( i = 0 ))
3632                while (( i < ii ))
3633                do
3634                   echo "-h $i  -p $tasks_per_node  -e ./mpi_exec_shell"  >>  multinode_config
3635                   (( i = i + 1 ))
3636                done
3637
3638                echo "#!/bin/sh"                         >   mpi_exec_shell
3639                echo " "                                 >>  mpi_exec_shell
3640                echo "set -u"                            >>  mpi_exec_shell
3641                echo "F_ERRCNT=0"                        >>  mpi_exec_shell
3642                echo "MPIPROGINV=YES"                    >>  mpi_exec_shell
3643                echo "OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task" >>  mpi_exec_shell
3644                echo "cpurest=$cpurest"                  >>  mpi_exec_shell
3645                echo "fname=$fname"                      >>  mpi_exec_shell
3646                echo "localhost=$localhost"              >>  mpi_exec_shell
3647                echo "return_addres=$return_addres"      >>  mpi_exec_shell
3648                echo "return_username=$return_username"  >>  mpi_exec_shell
3649                echo "tasks_per_node=$tasks_per_node"    >>  mpi_exec_shell
3650                echo "write_binary=$write_binary"        >>  mpi_exec_shell
3651                echo "use_seperate_pe_for_dvrp_output=$use_seperate_pe_for_dvrp_output"  >>  mpi_exec_shell
3652                echo "  "                                >>  mpi_exec_shell
3653                echo "export F_ERRCNT"                   >>  mpi_exec_shell
3654                echo "export MPIPROGINV"                 >>  mpi_exec_shell
3655                echo "export OMP_NUM_THREADS"            >>  mpi_exec_shell
3656                echo "export cpurest"                    >>  mpi_exec_shell
3657                echo "export fname"                      >>  mpi_exec_shell
3658                echo "export localhost"                  >>  mpi_exec_shell
3659                echo "export return_addres"              >>  mpi_exec_shell
3660                echo "export return_username"            >>  mpi_exec_shell
3661                echo "export tasks_per_node"             >>  mpi_exec_shell
3662                echo "export write_binary"               >>  mpi_exec_shell
3663                echo "export use_seperate_pe_for_dvrp_output"  >>  mpi_exec_shell
3664                echo " "                                 >>  mpi_exec_shell
3665                echo "exec  ./a.out"                     >>  mpi_exec_shell
3666
3667                chmod u+x  mpi_exec_shell
3668                export MPIPROGINF=YES
3669                mpirun  -f multinode_config  &
3670                wait
3671
3672             fi
3673          elif [[ $(echo $host | cut -c1-2) = lc  &&  $host != lckyoto &&  $host != lctit ]]
3674          then
3675
3676                # COPY HOSTFILE FROM SOURCE DIRECTORY OR CREATE IT, IF IT
3677                # DOES NOT EXIST
3678             if [[ $host != lcsgih  &&  $host != lcsgib ]]
3679             then
3680                if [[ -f $hostfile ]]
3681                then
3682                   cp  $hostfile  hostfile
3683                   (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3684                else
3685                   (( ii = 1 ))
3686                   while (( ii <= $numprocs / $threads_per_task ))
3687                   do
3688                      echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3689                      (( ii = ii + 1 ))
3690                   done
3691                fi
3692                eval zeile=\"`head -n $ii  hostfile`\"
3693                printf "\n  *** running on: $zeile"
3694             fi
3695
3696             (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3697             export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3698             # echo "*** OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"
3699             if [[ $threads_per_task != 1 ]]
3700             then
3701                   # increase stack size to unlimited, because large runs
3702                   # may abort otherwise
3703                ulimit -Ss unlimited
3704                printf "\n      threads per task: $threads_per_task  stacksize: unlimited"
3705             fi
3706             if [[ $run_coupled_model = false ]]
3707             then
3708                if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3709                then
3710                   echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3711                else
3712                   echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3713                fi
3714                printf "\n\n"
3715                if [[ $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib ]]
3716                then
3717                   if [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mpt ]]
3718                   then
3719                          # MPI_DSM_DISTRIBUTE not necessary when MPI_DSM_CPULIST is set
3720                          # export MPI_DSM_DISTRIBUTE=1
3721                          # MPI_DSM_CPULIST: pin MPI processes to cores
3722                      if [[ $use_openmp = false ]]
3723                      then
3724                         if [[ "$sgi_feature" = ice2 ]]
3725                         then
3726                            export MPI_DSM_CPULIST="0,4,1,5,2,6,3,7:allhosts"
3727                         else
3728                            export MPI_DSM_CPULIST="0,1,4,5,2,3,6,7:allhosts"
3729                         fi
3730                      else
3731                         unset MPI_DSM_CPULIST
3732                      fi
3733                          # MPI_IB_RAILS: use both IB rails on ICE2
3734                      export MPI_BUFS_PER_HOST=512
3735                      export MPI_IB_RAILS=2
3736                          # NECESSARY, IF MORE THAN 4096 PEs ARE USED
3737                      export MPI_CONNECTIONS_THRESHOLD=8192
3738                  #    echo "*** MPI_DSM_CPULIST=$MPI_DSM_CPULIST"
3739                      export MPI_TYPE_DEPTH=20
3740                  #    echo "*** MPI_TYPE_DEPTH=$MPI_TYPE_DEPTH"
3741                      export MPI_GROUP_MAX=64
3742                  #    echo "*** MPI_GROUP_MAX=$MPI_GROUP_MAX"
3743                      if [[ $use_openmp = true ]]
3744                      then
3745                         echo " mpiexec -npernode $tasks_per_node  ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos"
3746                         mpiexec -npernode $tasks_per_node $tv_opt ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos
3747                      else
3748                         mpiexec_mpt -np $ii $tv_opt  ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3749                      fi
3750
3751                          # next is test for openmp usage
3752                  #     echo "mpiexec -npernode $tasks_per_node  ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos"
3753                  #     mpiexec -npernode $tasks_per_node  ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3754                   elif [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mva ]]
3755                   then
3756                      export MV2_NUM_PORTS=2
3757                      #  The default setting of MV2_CPU_MAPPING gives best results
3758                      # export MV2_ENABLE_AFFINITY=1
3759                      #  export MV2_CPU_MAPPING=0,1,4,5,2,3,6,7
3760               #       if [[ "$sgi_feature" = ice2 ]]
3761               #       then
3762               #          export MV2_CPU_MAPPING=0,4,1,5,2,6,3,7
3763               #       else
3764               #          export MV2_CPU_MAPPING=0,1,4,5,2,3,6,7
3765               #       fi
3766                      if [[ $use_openmp = true ]]
3767                      then
3768                         unset MV2_CPU_MAPPING
3769                         export MV2_ENABLE_AFFINITY=0
3770                      fi
3771                      echo "*** MV2_CPU_MAPPING=$MV2_CPU_MAPPING"
3772                      echo "*** MV2_ENABLE_AFFINITY=$MV2_ENABLE_AFFINITY"
3773                      if [[ $use_openmp = true ]]
3774                      then
3775                         echo " mpiexec -npernode $tasks_per_node  ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos"
3776                         mpiexec -npernode $tasks_per_node $tv_opt ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos
3777                      else
3778                         mpiexec -np $ii $tv_opt ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3779                      fi
3780                   elif [[ "$mpilib" = impi ]]
3781                   then
3782                      echo "mpirun -np $tasks_per_node inspxe-cl -r result -collect mi3 -- ./a.out  <  runfile_atmos"
3783                      mpirun -np $tasks_per_node inspxe-cl -r result -collect mi3 -- ./a.out  <  runfile_atmos
3784                   fi
3785                elif [[ $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3786                then
3787                    aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3788                elif [[ $host = lcflow ]]
3789                then
3790                   mpiexec  -machinefile $TMPDIR/machines  -n $ii  -env I_MPI_FABRICS shm:ofa a.out  < runfile_atmos  $ROPTS
3791                else
3792                   mpiexec  -machinefile hostfile  -n $ii  a.out  < runfile_atmos  $ROPTS
3793                fi
3794             else
3795
3796                    # currently there is no full MPI-2 support on ICE and XT4
3797                (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3798                (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3799                printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3800                printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3801                printf "\n\n"
3802
3803                if [[ $coupled_mode = "mpi2" ]]
3804                then
3805                   echo "atmosphere_to_ocean $iia $iio"  >  runfile_atmos
3806                   echo "ocean_to_atmosphere $iia $iio"  >  runfile_ocean
3807                   if [[ $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib ]]
3808                   then
3809
3810                      if [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mpt ]]
3811                      then
3812#                         export MPI_LAUNCH_TIMEOUT=360
3813                         mpiexec_mpt -np $iia  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos &
3814                         mpiexec_mpt -np $iio  ./a.out  $ROPTS < runfile_ocean &
3815                      elif [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mva ]]
3816                      then
3817#                         ulimit -s 300000   # A too large stack size causes problems
3818#                         export MV2_NUM_PORTS=2
3819#                         export MV2_CPU_MAPPING=0:1:2:3
3820                         mpiexec -n $iia  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos &
3821                         mpiexec -n $iio  ./a.out  $ROPTS < runfile_ocean &
3822                      fi
3823
3824                   elif [[ $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3825                   then
3826
3827                      aprun  -n $iia  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_atmos  $ROPTS  &
3828                      aprun  -n $iio  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_ocean  $ROPTS  &
3829
3830                   else
3831                          # WORKAROUND BECAUSE mpiexec WITH -env option IS NOT AVAILABLE ON SOME SYSTEMS
3832                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iia  a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos &
3833                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iio  a.out  $ROPTS  <  runfile_ocean &
3834#                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iia  -env coupling_mode atmosphere_to_ocean  a.out  $ROPTS  &
3835#                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iio  -env coupling_mode ocean_to_atmosphere  a.out  $ROPTS  &
3836                   fi
3837                   wait
3838
3839                else
3840
3841                   echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3842                   if [[ $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib ]]
3843                   then
3844
3845                      if [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mpt ]]
3846                      then
3847#                         export MPI_LAUNCH_TIMEOUT=360
3848                         mpiexec_mpt -np $ii  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos
3849                      elif [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mva ]]
3850                      then
3851#                         ulimit -s 300000   # A too large stack size causes problems
3852#                         export MV2_NUM_PORTS=2
3853#                         export MV2_CPU_MAPPING=0:1:2:3
3854                         mpiexec  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos
3855                      fi
3856
3857                   elif [[ $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3858                   then
3859
3860                      aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_atmos  $ROPTS
3861
3862                   elif [[ $host = lck || $host = lckordi ]]
3863                   then
3864                         mpiexec -n $ii  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos &
3865                   fi
3866                   wait
3867                fi
3868
3869             fi
3870          elif [[ $host = decalpha ]]
3871          then
3872             dmpirun  -np $numprocs  a.out  $ROPTS
3873          elif [[ $host = lckyoto ]]
3874          then
3875             set -xv
3876             export P4_RSHCOMMAND=plesh
3877             echo "     P4_RSHCOMMAND = $P4_RSHCOMMAND"
3878             if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
3879             then
3880                if [[ "$cond2" = fujitsu ]]
3881                then
3882                   mpiexec  -n $numprocs  ./a.out  $ROPTS  # for fujitsu-compiler
3883                elif [[ "cond2" = pgi ]]
3884                then
3885                   mpirun  -np $numprocs  -machinefile ${QSUB_NODEINF}  ./a.out  $ROPTS
3886                else
3887                   mpirun_rsh -np $numprocs -hostfile ${QSUB_NODEINF} MV2_USE_SRQ=0 ./a.out ${ROPTS} || /bin/true
3888                fi
3889             else
3890                if [[ "$cond2" = "" ]]
3891                then
3892                   mpiruni_rsh -np $numprocs ./a.out  $ROPTS  # for intel
3893                else
3894                   mpirun  -np $numprocs  ./a.out  $ROPTS
3895                fi
3896             fi
3897             set +xv
3898          elif [[ $host = lctit ]]
3899          then
3900             export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3901             echo "OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"
3902             if [[ "$threads_per_task" != 1 ]]
3903             then
3904                export MV2_ENABLE_AFFINITY=0
3905             fi
3906             echo "----- PBS_NODEFILE content:"
3907             cat $PBS_NODEFILE
3908             echo "-----"
3909             (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3910             echo "mpirun  -np $ii  -hostfile $PBS_NODEFILE ./a.out  $ROPTS"
3911             mpirun  -np $ii  -hostfile $PBS_NODEFILE ./a.out  $ROPTS
3912          else
3913             mpprun  -n $numprocs  a.out  $ROPTS
3914          fi
3915          [[ $? != 0 ]]  &&  execution_error=true
3916
3917
3918             # PERFORMANCE-AUSWERTUNG MIT APPRENTICE
3919          if [[ "$cond1" = apprentice  ||  "$cond2" = apprentice ]]
3920          then
3921             apprentice
3922          fi
3923       else
3924          a.out  $ROPTS
3925       fi
3926    fi
3927    if [[ $? != 0  ||  $execution_error = true ]]
3928    then
3929
3930          # ABBRUCH BEI LAUFZEITFEHLER
3931#       [[ ! ( "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ) ]]  &&  cat  aout_output*
3932       printf "\n  +++ runtime error occured"
3933       locat=execution
3934       exit
3935    else
3936#       [[ ! ( "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ) ]]  &&  cat  aout_output*
3937       printf "\n$striche\n  *** execution finished \n"
3938
3939          # Stop the dvr streaming server and process the dvr output in order
3940          # to create dvrs- and html-files containing all streams
3941       if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
3942       then
3943          kill $dvrserver_id
3944          printf "\n  *** dvr server with id=$dvrserver_id has been stopped"
3945
3946             # If there is a directory, data have been output by the
3947             # streaming server. Otherwise, user has chosen dvrp_output=local
3948          if [[ -d DATA_DVR ]]
3949          then
3950
3951                # Add the current dvr configuration file to the dvr output
3952                # directory
3953             cp  .dvrserver.config  DATA_DVR
3954
3955                # Process the dvr output (option -s for also generating
3956                # sequence mode data)
3957             process_dvr_output  -d DATA_DVR  -f $fname  -s
3958
3959          else
3960
3961                # Process the local output
3962             process_dvr_output  -l  -d DATA_DVR  -f $fname
3963
3964          fi
3965
3966       elif [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
3967       then
3968
3969             # Process dvr output generated in local mode (dvrp_output=local)
3970          process_dvr_output  -l  -d DATA_DVR  -f $fname
3971
3972       fi
3973    fi
3974
3975
3976
3977       # Call of combine_plot_fields in order to merge single files written
3978       # by each PE into one file.
3979   if [[ ! -f ${PALM_BIN}/combine_plot_fields${block}.x ]]
3980   then
3981      printf "\n\n\n  +++ WARNING: no combine_plot_fields found for given block \"$cond1 $cond2\""
3982      printf "\n      2d- and/or 3d-data may be incomplete!"
3983      printf "\n      Run \"mbuild -u -h $localhost\" to generate utilities for this block.\n"
3984   elif [[ "$combine_plot_fields" == true ]]
3985   then
3986      printf "\n\n\n *** post-processing: now executing \"combine_plot_fields${block}.x\" ..."
3987      combine_plot_fields${block}.x
3988   else
3989#     Temporary solution to skip combine_plot_fields. This is necessary in case of huge amount of
3990#     data output. To do: extend this branch by creating a batch job for combine_plot_fields.
3991      printf "\n\n\n *** post-processing: skipping combine_plot_fields (-Z option set) ..."
3992   fi
3993
3994
3995
3996       # EVENTUELLE OUTPUT-KOMMANDOS ABARBEITEN
3997    (( i = 0 ))
3998    while (( i < ioc ))
3999    do
4000       (( i = i + 1 ))
4001       if (( i == 1 ))
4002       then
4003          printf "\n\n  *** execution of OUTPUT-commands:\n$striche"
4004       fi
4005       printf "\n  >>> ${out_command[$i]}"
4006       eval  ${out_command[$i]}
4007       if (( i == ioc ))
4008       then
4009          printf "\n$striche\n"
4010       fi
4011    done
4012
4013
4014       # EVTL. INHALT DES AKTUELLEN VERZEICHNISSES AUSGEBEN
4015    if [[ $do_trace = true ]]
4016    then
4017       printf "\n\n"
4018       ls -al
4019    fi
4020
4021
4022
4023       # OUTPUT-DATEIEN AN IHRE ZIELORTE KOPIEREN
4024    (( i = 0 ))
4025    while (( i < iout ))
4026    do
4027       (( i = i + 1 ))
4028       if (( i == 1 ))
4029       then
4030          printf "\n\n  *** saving OUTPUT-files:\n$striche"
4031       fi
4032
4033          # PRUEFEN, OB EINZELDATEI ODER DATEI PRO PROZESSOR
4034       files_for_pes=false; filetyp=file
4035       if [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  -n $numprocs ]]
4036       then
4037          files_for_pes=true; filetyp=directory
4038          actionout[$i]=""
4039       elif [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  ! -n $numprocs ]]
4040       then
4041          actionout[$i]=""
4042       elif [[ "${actionout[$i]}" = arpe  &&  -n $numprocs ]]
4043       then
4044          files_for_pes=true; filetyp=directory
4045          actionout[$i]="ar"
4046       elif [[ "${actionout[$i]}" = arpe  &&  ! -n $numprocs ]]
4047       then
4048          actionout[$i]="ar"
4049       elif [[ "${actionout[$i]}" = flpe  &&  -n $numprocs ]]
4050       then
4051          files_for_pes=true; filetyp=directory
4052          actionout[$i]="fl"
4053       elif [[ "${actionout[$i]}" = flpe  &&  ! -n $numprocs ]]
4054       then
4055          actionout[$i]="fl"
4056       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  -n $numprocs ]]
4057       then
4058          files_for_pes=true; filetyp=directory
4059          actionout[$i]="tr"
4060       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  ! -n $numprocs ]]
4061       then
4062          actionout[$i]="tr"
4063       fi
4064
4065       if [[ ! -f ${localout[$i]}  &&  $files_for_pes = false ]]
4066       then
4067          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}  does not exist\n"
4068       elif [[ ! -d ${localout[$i]}  &&  $files_for_pes = true ]]
4069       then
4070          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}/....  does not exist\n"
4071       else
4072
4073
4074             # KOPIEREN PER FTP/SCP (IMMER IM BINAERMODUS, -M: FALLS ZIELKATALOG
4075             # NICHT VORHANDEN, WIRD VERSUCHT, IHN ANZULEGEN), ABER NUR BEI
4076             # REMOTE-RECHNUNGEN
4077          if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
4078          then
4079             if [[ $localhost != $fromhost ]]
4080             then
4081                if [[ $files_for_pes = false ]]
4082                then
4083                   cps=""
4084                   cst=""
4085                else
4086                   cps=-c
4087                   cst="/"
4088                fi
4089                if [[ $localhost = nech ]]
4090                then
4091
4092                      # TRANSFER IN EIGENSTAENDIGEM JOB
4093                      # ZUERST KOPIE DER DATEI INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
4094                   [[ ! -d $tmp_data_catalog/TRANSFER ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog/TRANSFER
4095                   file_to_transfer=${fname}_${localout[$i]}_to_transfer_$kennung
4096                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4097                   then
4098                      ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
4099                   else
4100                      mkdir  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
4101                      ln  ${localout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
4102                   fi
4103
4104                   echo "set -x"                                    >    transfer_${localout[$i]}
4105                   echo "cd  $tmp_data_catalog/TRANSFER"            >>   transfer_${localout[$i]}
4106
4107                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}$cst  by SCP in seperate job to"
4108                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}$cst"
4109                   printf "\n              or higher cycle\n"
4110                   echo "batch_scp $cps -b -m -u $return_username $return_addres  $file_to_transfer \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"  >>  transfer_${localout[$i]}
4111
4112                   echo "[[ \$? = 0 ]]  &&  rm  $file_to_transfer"  >>  transfer_${localout[$i]}
4113
4114                   if [[ $localhost = nech ]]
4115                   then
4116                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 900  transfer_${localout[$i]}
4117                   else
4118                      if [[ "$LOGNAME" = b323013 ]]
4119                      then
4120                         subjob  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  transfer_${localout[$i]}
4121                      else
4122                         subjob  -d  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  transfer_${localout[$i]}
4123                      fi
4124                   fi
4125
4126                else
4127
4128                      # TRANSFER INNERHALB DIESES JOBS
4129                   transfer_failed=false
4130                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}$cst  by SCP to"
4131                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}$cst\n"
4132                   batch_scp $cps -b -m -u $return_username $return_addres  ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
4133                   [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
4134
4135                      # BEI FEHLGESCHLAGENEM TRANSFER SICHERUNGSKOPIE AUF
4136                      # LOKALER MASCHINE ANLEGEN
4137                   if [[ $transfer_failed = true ]]
4138                   then
4139                      printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on the local host under:\n"
4140                      printf "      ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung\n"
4141
4142                         # ERSTMAL PRUEFEN, OB VERZEICHNIS EXISTIERT. GEGEBENENFALLS
4143                         # ANLEGEN.
4144                      eval  local_catalog=${pathout[$i]}
4145                      if [[ ! -d $local_catalog ]]
4146                      then
4147                         printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
4148                         printf "      $local_catalog \n"
4149                         mkdir -p  $local_catalog
4150                      fi
4151                      eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung
4152                      transfer_problems=true
4153                   fi
4154                fi
4155             else
4156
4157                   # WERTZUWEISUNG, SO DASS WEITER UNTEN NUR KOPIERT WIRD
4158                actionout[$i]=""
4159             fi
4160          fi
4161
4162
4163             # APPEND PER FTP/SCP (IMMER IM BINAERMODUS, -M: FALLS ZIELKATALOG
4164             # NICHT VORHANDEN, WIRD VERSUCHT, IHN ANZULEGEN), ABER NUR BEI
4165             # REMOTE-RECHNUNGEN
4166          if [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
4167          then
4168             if [[ $localhost != $fromhost ]]
4169             then
4170                if [[ $localhost = ibmh  ||  $localhost = nech ]]
4171                then
4172
4173                      # TRANSFER IN EIGENSTAENDIGEM JOB
4174                      # ZUERST KOPIE DER DATEI INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
4175                   [[ ! -d $tmp_data_catalog/TRANSFER ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog/TRANSFER
4176                   file_to_transfer=${fname}_${localout[$i]}_to_transfer_$kennung
4177                   ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
4178
4179                   echo "set -x"                                    >    transfer_${localout[$i]}
4180                   echo "cd  $tmp_data_catalog/TRANSFER"            >>   transfer_${localout[$i]}
4181
4182                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append by SCP in seperate job to"
4183                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}"
4184                   printf "\n              or higher cycle\n"
4185                   echo "batch_scp -A -b -m -u $return_username $return_addres  $file_to_transfer \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"  >>  transfer_${localout[$i]}
4186
4187                   echo "[[ \$? = 0 ]]  &&  rm  $file_to_transfer"  >>  transfer_${localout[$i]}
4188
4189                   if [[ $localhost = nech ]]
4190                   then
4191                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 900  transfer_${localout[$i]}
4192                   else
4193                      if [[ $LOGNAME = b323013 ]]
4194                      then
4195                         subjob  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  transfer_${localout[$i]}
4196                      else
4197                         subjob  -d  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  transfer_${localout[$i]}
4198                      fi
4199                   fi
4200
4201                else
4202
4203                      # TRANSFER INNERHALB DIESES JOBS
4204                   transfer_failed=false
4205                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append by SCP to"
4206                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}\n"
4207                   batch_scp -A -b -m -u $return_username  $return_addres ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
4208                   [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
4209
4210                      # BEI FEHLGESCHLAGENEM TRANSFER SICHERUNGSKOPIE AUF
4211                      # LOKALER MASCHINE ANLEGEN
4212                   if [[ $transfer_failed = true ]]
4213                   then
4214                      printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on the local host under:\n"
4215                      printf "      ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung\n"
4216
4217                         # ERSTMAL PRUEFEN, OB VERZEICHNIS EXISTIERT. GEGEBENENFALLS
4218                         # ANLEGEN
4219                      eval  local_catalog=${pathout[$i]}
4220                      if [[ ! -d $local_catalog ]]
4221                      then
4222                         printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
4223                         printf "      $local_catalog \n"
4224                         mkdir -p  $local_catalog
4225                      fi
4226
4227                      eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung
4228                      transfer_problems=true
4229                   fi
4230                fi
4231             else
4232
4233                   # WERTZUWEISUNG, SO DASS WEITER UNTEN NUR APPEND AUF
4234                   # LOKALER MASCHINE DURCHGEFUEHRT WIRD
4235                actionout[$i]=a
4236             fi
4237          fi
4238
4239
4240             # OUTPUT-DATEI FUER EINEN FORTSETZUNGSLAUF. DATEI WIRD PER
4241             # LINK AUF DEN TEMPORAEREN DATENKATALOG GELEGT. OPTION -f WIRD
4242             # VERWENDET, FALLS DORT NOCH EINE DATEI GLEICHEN NAMENS VORHANDEN
4243             # SEIN SOLLTE. ANSCHLIESSEND WIRD SEINE ARCHIVIERUNG ANGESTOSSEN
4244          if [[ "${actionout[$i]}" = fl ]]
4245          then
4246             [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
4247             chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
4248             if [[ $files_for_pes = false ]]
4249             then
4250                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to"
4251                printf "\n              $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} (temporary data catalog)\n"
4252                ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4253             else
4254                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/....  to"
4255                printf "\n              $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} (temporary data catalog)\n"
4256                mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4257                cd ${localout[$i]}
4258                for file in $(ls *)
4259                do
4260                   ln -f $file $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4261                done
4262                cd $TEMPDIR
4263             fi
4264
4265
4266                # ARCHIVIERUNGSJOB WIRD ERZEUGT UND ABGESCHICKT
4267             if [[ $store_on_archive_system = true ]]
4268             then
4269
4270                if [[ $archive_system = asterix ]]
4271                then
4272                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                      >> archive_${frelout[$i]}
4273                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4274                   then
4275                      echo "stageout  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT${i}_$kennung" >> archive_${frelout[$i]}
4276                   else
4277                      echo "stageout -t  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT${i}_$kennung" >> archive_${frelout[$i]}
4278                   fi
4279                   echo "cat  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung"               >> archive_${frelout[$i]}
4280                   echo "if [[ \$(grep -c \"st.msg:150\"  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung) != 0 ]]" >> archive_${frelout[$i]}
4281                   echo "then"                                       >> archive_${frelout[$i]}
4282                   echo "   do_stageout=false"                       >> archive_${frelout[$i]}
4283                   echo "else"                                       >> archive_${frelout[$i]}
4284                   echo "   echo \"  +++ $filetyp ${frelout[$i]}  could not be stored on archive-system\" " >> archive_${frelout[$i]}
4285                   echo "   cat  /dev/null  >  ~/job_queue/ARCHIVE_ERROR_$fname" >> archive_${frelout[$i]}
4286                   echo "   cat  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung  >  ~/job_queue/archive_${frelout[$i]}_error" >> archive_${frelout[$i]}
4287                   echo "   echo \"  *** $filetyp ${frelout[$i]} will be copied to \$WORK as backup\" " >> archive_${frelout[$i]}
4288                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4289                   then
4290                      echo "   cp   ${frelout[$i]}  \$WORK"                    >> archive_${frelout[$i]}
4291                   else
4292                      echo "   cp -r  ${frelout[$i]}  \$WORK/${frelout[$i]}"   >> archive_${frelout[$i]}
4293                   fi
4294                   echo "   echo \"  *** $filetyp ${frelout[$i]} saved\" " >> archive_${frelout[$i]}
4295                   echo "fi"                                         >> archive_${frelout[$i]}
4296                   echo "rm  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung"              >> archive_${frelout[$i]}
4297                elif [[ $archive_system = DMF ]]
4298                then
4299                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                      >> archive_${frelout[$i]}
4300                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4301                   then
4302                      printf "\n  +++ archiving of single files impossible with $archive_system !\n"
4303                      locat=DMF
4304                      exit
4305                   else
4306                         # FUER RECHNER IN JUELICH. DORT KOENNTEN AUCH
4307                         # EINZELNE DATEIEN GESICHERT WERDEN (SPAETER KORR.)
4308                      echo "rm -rf  \$ARCHIVE/${frelout[$i]}"     >> archive_${frelout[$i]}
4309                      echo "cp -r  ${frelout[$i]}  \$ARCHIVE"     >> archive_${frelout[$i]}
4310                   fi
4311                elif [[ $archive_system = tivoli ]]
4312                then
4313                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >> archive_${frelout[$i]}
4314                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4315                   then
4316                         # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
4317                      echo "set -x"                                   >> archive_${frelout[$i]}
4318                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4319                      echo "cp  ${frelout[$i]} \$PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4320                   else
4321
4322                      echo "set -x"                                   >> archive_${frelout[$i]}
4323                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}/*"         >> archive_${frelout[$i]}
4324                      echo "[[ ! -d \$PERM/${frelout[$i]} ]] && mkdir $PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4325                      cd  $tmp_data_catalog
4326                      all_files=`ls -1 ${frelout[$i]}/*`
4327                      cd -  > /dev/null
4328                      (( inode = 0 ))
4329                      (( tp1   = tasks_per_node + 1 ))
4330                      while (( inode < nodes ))
4331                      do
4332#                         echo "*** all_files = \"$all_files\" "
4333                         files=`echo $all_files | cut -d" " -f1-$tasks_per_node`
4334                         all_files=`echo $all_files | cut -d" " -f$tp1-`
4335#                         echo "*** tasks_per_node = \"$tasks_per_node\" "
4336#                         echo "*** files = \"$files\" "
4337#                         echo "*** all_files = \"$all_files\" "
4338                        echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
4339                        ### echo "tar  cvf ${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
4340                        ### echo "cp ${frelout[$i]}.node_$inode.tar \$PERM/${frelout[$i]}/"   >> archive_${frelout[$i]}
4341                         ###echo "rm ${frelout[$i]}.node_$inode.tar"   >> archive_${frelout[$i]}
4342#                         echo "dsmc incremental  \$PERM/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar" >> archive_${frelout[$i]}
4343#                         echo "dsmmigrate \$PERM/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar"        >> archive_${frelout[$i]}
4344                         (( inode = inode + 1 ))
4345                      done
4346#                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
4347#                      echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4348                   fi
4349                elif [[ $archive_system = ut ]]
4350                then
4351                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >> archive_${frelout[$i]}
4352                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4353                   then
4354                         # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
4355                      echo "set -x"                                 >> archive_${frelout[$i]}
4356                      echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4357                      echo "cp  ${frelout[$i]} \$UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4358                   else
4359
4360                      echo "set -x"                                 >> archive_${frelout[$i]}
4361                      echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}/*"         >> archive_${frelout[$i]}
4362                      echo "[[ ! -d \$UT/${frelout[$i]} ]] && mkdir $UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4363                      cd  $tmp_data_catalog
4364                      all_files=`ls -1 ${frelout[$i]}/*`
4365                      cd -  > /dev/null
4366                      (( inode = 0 ))
4367                      (( tp1   = tasks_per_node + 1 ))
4368                      while (( inode < nodes ))
4369                      do
4370                         files=`echo $all_files | cut -d" " -f1-$tasks_per_node`
4371                         all_files=`echo $all_files | cut -d" " -f$tp1-`
4372                         echo "tar  cvf \$UT/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
4373                         (( inode = inode + 1 ))
4374                      done
4375                   fi
4376                elif [[ $archive_system = none ]]
4377                then
4378                   printf "              +++ archiving on $localhost not available!\n"
4379                fi
4380
4381                if [[ $archive_system != none ]]
4382                then
4383                   if [[ $localhost = lcsgih  ||  $localhost = lcsgib ]]
4384                   then
4385#                      subjob  -d  -v  -q cdata  -X 0  -m 1000  -t 43200  -c $job_catalog  archive_${frelout[$i]}
4386                      subjob   -v  -q permq  -X 1 -T 1  -m 1000  -t 172800  -c $job_catalog  archive_${frelout[$i]}
4387                   elif [[ $localhost = nech ]]
4388                   then
4389                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 7200  archive_${frelout[$i]}
4390                   fi
4391                   printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
4392                fi
4393             else
4394                printf "              +++ caution: option -A is switched off. No archiving on $archive_system!\n"
4395             fi
4396
4397
4398                # LEERDATEI IM BENUTZERVERZEICHNIS ANLEGEN, DAMIT BEKANNT IST,
4399                # WIE DIE HOECHSTE ZYKLUSNUMMER AUF DEM ARCHIV-SYSTEM LAUTET
4400             if [[ $files_for_pes = false ]]
4401             then
4402                cat  /dev/null  >  ${pathout[$i]}
4403             else
4404                mkdir -p  ${pathout[$i]}
4405             fi
4406
4407          fi
4408
4409
4410             # KOPIEREN AUF LOKALER MASCHINE ZUM ARCHIV-SYSTEM
4411             # AUSSERDEM MUSS LEERDATEI ANGELEGT WERDEN, DAMIT BEKANNT IST,
4412             # WIE DIE HOECHSTE ZYKLUSNUMMER AUF DEM ARCHIV-SYSTEM LAUTET
4413             # FALLS IRGENDEINE (VON MEHREREN) ARCHIVIERUNGEN SCHIEF GEHT,
4414             # WIRD FLAG GESETZT UND BLEIBT AUCH BEI WEITEREN ORDNUNGS-
4415             # GEMAESSEN ARCHIVIERUNGEN GESETZT
4416          if [[ "${actionout[$i]}" = ar ]]
4417          then
4418             if [[ $files_for_pes = false ]]
4419             then
4420                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to"
4421                printf "\n              ${pathout[$i]}"
4422                printf "\n              File will be copied to archive-system ($archive_system) !\n"
4423             else
4424                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/_....  to"
4425                printf "\n              ${pathout[$i]}"
4426                printf "\n              Directory will be copied to archive-system ($archive_system) !\n"
4427             fi
4428             mv  ${localout[$i]}  ${frelout[$i]}
4429
4430             file_saved=false
4431
4432             if [[ $archive_system = asterix ]]
4433             then
4434                do_stageout=true
4435                (( stageout_anz = 0 ))
4436                while [[ $do_stageout = true ]]
4437                do
4438                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4439                   then
4440                      stageout  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT
4441                   else
4442                      stageout  -t  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT
4443                   fi
4444                   cat  STAGE_OUTPUT
4445                   if [[ $(grep -c "st.msg:150"  STAGE_OUTPUT) != 0 ]]
4446                   then
4447                      file_saved=true
4448                      do_stageout=false
4449                   else
4450                      if [[ $files_for_pes = false ]]
4451                      then
4452                         printf "\n  +++ file ${frelout[$i]}  could not be saved on archive-system"
4453                      else
4454                         printf "\n  +++ directory ${frelout[$i]} could not be saved on archive-system"
4455                      fi
4456                      (( stageout_anz = stageout_anz + 1 ))
4457                      if (( stageout_anz == 10 ))
4458                      then
4459                         printf "\n  +++ stoped after 10 unsuccessful tries!"
4460                         archive_save=false
4461                         do_stageout=false
4462                      else
4463                         printf "\n  *** new try to store on archive after 15 min:"
4464                         sleep 900
4465                      fi
4466                   fi
4467                done
4468             elif [[ $archive_system = DMF ]]
4469             then
4470                if [[ $files_for_pes = false ]]
4471                then
4472                   printf "\n  +++ archiving of single files impossible on $archive_system!\n"
4473                   locat=DMF
4474                   exit
4475                else
4476                   rm -rf  $ARCHIVE/${frelout[$i]}
4477                   cp -r  ${frelout[$i]}  $ARCHIVE
4478                fi
4479                file_saved=true
4480             elif [[ $archive_system = tivoli ]]
4481             then
4482                   # ARCHIVIERUNG NUR PER BATCH-JOB MOEGLICH
4483                   # DATEI MUSS ZWISCHENZEITLICH INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
4484                   # GELEGT WERDEN
4485                [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
4486                chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
4487                if [[ $files_for_pes = false ]]
4488                then
4489                   ln -f  ${frelout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4490                else
4491                   mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4492                   ln -f  ${frelout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4493                fi
4494
4495                   # BATCH JOB GENERIEREN UND ABSCHICKEN; DATEI MUSS WIEDER
4496                   # AUS TEMPORAEREM DATENVERZEICHNIS ENTFERNT WERDEN
4497                echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >  archive_${frelout[$i]}
4498                if [[ $files_for_pes = false ]]
4499                then
4500                      # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
4501                   echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4502                   echo "cp  ${frelout[$i]} \$PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4503                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                  >> archive_${frelout[$i]}
4504                else
4505                   echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
4506                   echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4507                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                  >> archive_${frelout[$i]}
4508                fi
4509
4510                subjob  -v  -d  -q cdata  -X 0  -m 1000  -t 43200  -c $job_catalog  archive_${frelout[$i]}
4511                printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
4512                file_saved=true
4513
4514             elif [[ $archive_system = ut ]]
4515             then
4516                   # ARCHIVIERUNG NUR PER BATCH-JOB MOEGLICH
4517                   # DATEI MUSS ZWISCHENZEITLICH INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
4518                   # GELEGT WERDEN
4519                [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
4520                chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
4521                if [[ $files_for_pes = false ]]
4522                then
4523                   ln -f  ${frelout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4524                else
4525                   mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4526                   ln -f  ${frelout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4527                fi
4528
4529                   # BATCH JOB GENERIEREN UND ABSCHICKEN; DATEI MUSS WIEDER
4530                   # AUS TEMPORAEREM DATENVERZEICHNIS ENTFERNT WERDEN
4531                echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >  archive_${frelout[$i]}
4532                if [[ $files_for_pes = false ]]
4533                then
4534                      # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
4535                   echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4536                   echo "cp  ${frelout[$i]} \$UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4537                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                >> archive_${frelout[$i]}
4538                else
4539                   echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
4540                   echo "tar  cvf \$UT/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4541                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                >> archive_${frelout[$i]}
4542                fi
4543
4544                subjob  -v  -c /pf/b/$usern/job_queue  -d  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 7200  archive_${frelout[$i]}
4545                printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
4546                file_saved=true
4547
4548             else
4549                printf "\n  +++ archive_system=\"$archive_system\"  archiving impossible!"
4550                archive_save=false
4551             fi
4552             if [[ $file_saved = true ]]
4553             then
4554                if [[ $files_for_pes = false ]]
4555                then
4556                   cat  /dev/null  >  ${pathout[$i]}
4557                else
4558                   mkdir -p  ${pathout[$i]}
4559                fi
4560             fi
4561          fi
4562
4563             # APPEND AUF LOKALER MASCHINE
4564          if [[ "${actionout[$i]}" = "a" ]]
4565          then
4566             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
4567             then
4568                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
4569                cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
4570             else
4571                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to  ${pathout[$i]}\n"
4572                cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}
4573             fi
4574          fi
4575
4576             # KOPIEREN AUF LOKALER MASCHINE
4577             # ES MUSS KOPIERT WERDEN, DA MOVE NICHT UEBER FILESYSTEM HINAUS MOEGLICH
4578          if [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_pes = false ]]
4579          then
4580
4581                # KOPIEREN AUF EINPROZESSORMASCHINE
4582             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
4583             then
4584                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
4585                if [[ $link_local_output = true ]]
4586                then
4587                    printf "      using ln -f\n"
4588                    ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
4589                fi
4590                # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
4591                if [[ ! -f "${pathout[$i]}.${extout[$i]}" ]]
4592                then
4593                    if [[ $link_local_output = true ]]
4594                    then
4595                        printf "      ln failed, using cp...\n"
4596                    fi
4597                    cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
4598                fi
4599             else
4600                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to  ${pathout[$i]}\n"
4601                if [[ $link_local_output = true ]]
4602                then
4603                    printf "      using ln -f\n"
4604                    ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4605                fi
4606                # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
4607                if [[ ! -f "${pathout[$i]}" ]]
4608                then
4609                    if [[ $link_local_output = true ]]
4610                    then
4611                        printf "      ln failed, using cp...\n"
4612                    fi
4613                    cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4614                fi
4615             fi
4616
4617          elif [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_pes = true ]]
4618          then
4619
4620                # DIE DEN PROZESSOREN EINES PARALLELRECHNERS ZUGEHOERIGEN
4621                # DATEIEN WERDEN ERST IN EINEM KATALOG GESAMMELT UND DIESER
4622                # WIRD DANN KOPIERT
4623                # PER MOVE UMBENANNT WERDEN
4624             printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/_....  to  ${pathout[$i]}\n"
4625             if [[ $link_local_output = true ]]
4626             then
4627                 printf "      using ln -f\n"
4628                 mkdir  ${pathout[$i]}
4629                 cd ${localout[$i]}
4630                 for file in $(ls *)
4631                 do
4632                   ln -f $file  ${pathout[$i]}
4633                 done
4634                 cd $TEMPDIR
4635             fi
4636             # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp -r"
4637             if [[ ! -f "${pathout[$i]}/_0000" ]]
4638             then
4639                 if [[ $link_local_output = true ]]
4640                 then
4641                     printf "      ln failed for .../_0000, using cp...\n"
4642                 fi
4643                 cp -r  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4644             fi
4645
4646          fi
4647       fi
4648    done
4649    if (( i != 0 ))
4650    then
4651       if [[ $transfer_problems = true ]]
4652       then
4653          printf "\n$striche\n  *** OUTPUT-files saved"
4654          printf "\n  +++ WARNING: some data transfers failed! \n"
4655       else
4656          printf "\n$striche\n  *** all OUTPUT-files saved \n"
4657       fi
4658    fi
4659
4660
4661       # EVENTUELL FOLGEJOB STARTEN
4662       # DATEI CONTINUE_RUN MUSS VOM BENUTZERPROGRAMM AUS ERZEUGT WERDEN
4663    if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
4664    then
4665
4666       if [[ $archive_save = true ]]
4667       then
4668
4669             # ZUERST IN MRUN-AUFRUF OPTIONEN FUER FORTSETZUNGSLAUF, FUER
4670             # STILLES ABARBEITEN (OHNE INTERAKTIVE RUECKFAGEN) UND FUER
4671             # BATCH-BETRIEB (NUR WICHTIG, FALLS BATCH AUF LOKALER MASCHINE
4672             # DURCHGEFUEHRT WERDEN SOLL) EINFUEGEN, FALLS NICHT BEREITS VOR-
4673             # HANDEN
4674          [[ $(echo $mc | grep -c "\-C") = 0 ]]  &&  mc="$mc -C"
4675          [[ $(echo $mc | grep -c "\-v") = 0 ]]  &&  mc="$mc -v"
4676          [[ $(echo $mc | grep -c "\-b") = 0 ]]  &&  mc="$mc -b"
4677          if [[ $(echo $mc | grep -c "#") != 0 ]]
4678          then
4679             mc=`echo $mc | sed 's/#/f/g'`
4680          fi
4681
4682
4683             # JOB STARTEN
4684          printf "\n\n  *** initiating restart-run on \"$return_addres\" using command:\n"
4685          echo "      $mc"
4686          printf "\n$striche\n"
4687          if [[ $localhost != $fromhost ]]
4688          then
4689
4690             if [[ $localhost = lcsgih  ||  $localhost = lcsgib  ||  $localhost = nech  ||  $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibmkisti  ||  $localhost = ibmku  ||  $localhost = ibms ]]
4691             then
4692                echo "*** ssh will be used to initiate restart-runs!"
4693                echo "    return_addres=\"$return_addres\" "
4694                echo "    return_username=\"$return_username\" "
4695                if [[ $(echo $return_addres | grep -c "130.75.105") = 1 ]]
4696                then
4697                   ssh $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;. /muksoft/packages/intel/bin/compilervars.sh intel64;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4698                else
4699                   if [[ $localhost = ibmkisti ]]
4700                   then
4701                      ssh $usern@gaiad "ssh $return_addres -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4702                   else
4703                      ssh $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4704                   fi
4705                fi
4706             else
4707                printf "\n  +++ no restart mechanism available for host \"$localhost\" "
4708                locat=restart; exit
4709             fi
4710
4711                # WARTEN, DAMIT SICH RESTART JOB IN QUEUE EINREIHEN KANN, BEVOR
4712                # DER AKTUELLE JOB ENDET
4713             if [[ $queue = special1q ]]
4714             then
4715                sleep 120
4716             else
4717                sleep 30
4718             fi
4719
4720          else
4721
4722                # BEI RECHNUNGEN AUF LOKALER MASCHINE KANN MRUN DIREKT AUFGE-
4723                # RUFEN WERDEN, AUSSER AUF lcfimm
4724             cd $LOCAL_PWD
4725             if [[ $localhost = lcfimm ]]
4726             then
4727                ssh $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc " 
4728             else
4729                eval  $mc                # ' MUESSEN AUSGEWERTET WERDEN
4730             fi
4731             cd -  > /dev/null
4732          fi
4733          printf "\n$striche\n  *** restart-run initiated \n"
4734
4735
4736             # EVENTUELL INPUT-DATEIEN, DIE VON TEMPORAEREM DATENVERZEICHNIS
4737             # GEHOLT WORDEN SIND, LOESCHEN
4738          (( i = 0 ))
4739          while (( i < iin ))
4740          do
4741             (( i = i + 1 ))
4742             if [[ "${got_tmp[$i]}" = true   &&  $keep_data_from_previous_run = false ]]
4743             then
4744                rm -r  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
4745             fi
4746          done
4747
4748       else
4749
4750          printf "\n  +++ no restart-run possible, since errors occured"
4751          printf "\n      during the archive process"
4752       fi
4753
4754    fi
4755
4756
4757   
4758       # EVTL. EMAIL-BENACHRICHTIGUNG UEBER ABGESCHLOSSENEN LAUF
4759    if [[ "$email_notification" != "none" ]]
4760    then
4761
4762       if [[ $localhost != $fromhost ]]
4763       then
4764          if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
4765          then
4766             echo "PALM restart run necessary"        >   email_text
4767             echo "description header of actual run:" >>  email_text
4768             cat  CONTINUE_RUN                        >>  email_text
4769             echo "mrun-command to restart:"          >>  email_text
4770             echo "$mc"                               >>  email_text
4771          else
4772             echo "PALM run with base filename \"$fname\" on host \"$localhost\" finished"  >  email_text
4773          fi
4774          mail  $email_notification  <  email_text
4775          printf "\n  *** email notification sent to \"$email_notification\" "
4776       fi
4777    fi
4778
4779
4780
4781       # ALLE ARBEITEN BEENDET. TEMPORAERER KATALOG KANN GELOESCHT WERDEN
4782    cd  $HOME
4783    [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
4784
4785 else
4786
4787
4788       # FALLS AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL, WERDEN JETZT ENTSPRE-
4789       # CHENDE AKTIONEN DURCHGEFUEHRT
4790
4791       # MRUN-BEFEHL FUER REMOTE-MASCHINE ZUSAMMENSTELLEN
4792    mrun_com="$mrun_script_name -a $afname -c $config_file -d $fname -h $host -H $fromhost -m $memory -t $cpumax -q $queue -R $return_addres -U $return_username -u $remote_username"
4793    [[ "$cpp_opts" != "" ]]       &&  mrun_com=${mrun_com}" -D \"$cpp_opts\""
4794    [[ "$global_revision" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -G \"$global_revision\""
4795    [[ $group_number != none ]]   &&  mrun_com=${mrun_com}" -g $group_number"
4796    [[ $do_compile = true ]]      &&  mrun_com=${mrun_com}" -s \"$source_list\""
4797    [[ "$input_list" != "" ]]     &&  mrun_com=${mrun_com}" -i \"$input_list\""
4798    [[ $ignore_archive_error = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -I"
4799    [[ $keep_data_from_previous_run = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -k"
4800    [[ "$additional_conditions" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -K \"$additional_conditions\""
4801#    [[ "$makefile" != "$source_path/Makefile" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -M \"$makefile\""
4802    [[ "$output_list" != "" ]]    &&  mrun_com=${mrun_com}" -o \"$output_list\""
4803    [[ "$read_from_config" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -S"
4804    [[ $do_trace = true ]]        &&  mrun_com=${mrun_com}" -x"
4805    [[ "$numprocs" != "" ]]       &&  mrun_com=${mrun_com}" -X $numprocs"
4806    if [[ $use_openmp = true ]]
4807    then
4808       mrun_com=${mrun_com}" -O $threads_per_task"
4809    fi
4810    [[ "$tasks_per_node" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -T $tasks_per_node"
4811    [[ $store_on_archive_system = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -A"
4812    [[ $package_list != "" ]]     &&  mrun_com=${mrun_com}" -p \"$package_list\""
4813    [[ $return_password != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -P $return_password"
4814    [[ $delete_temporary_catalog = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -B"
4815    [[ $node_usage != default  &&  "$(echo $node_usage | cut -c1-3)" != "sla"  &&  $node_usage != novice ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -n $node_usage"
4816    [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -y"
4817    [[ $run_coupled_model = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -Y \"$coupled_dist\""
4818    [[ "$check_namelist_files" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -z"
4819    [[ "$combine_plot_fields" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -Z"
4820    [[ "$max_par_io_str" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -w $max_par_io_str"
4821    if [[ $do_remote = true ]]
4822    then
4823       printf "\n>>>> MRUN-command on execution host:\n>>>> $mrun_com \n"
4824    fi
4825
4826
4827       # ZUSAMMENSTELLUNG DES JOBSCRIPTS AUF DATEI jobfile
4828    jobfile=jobfile.$RANDOM
4829
4830
4831       # TEMPORAERES VERZEICHNIS GENERIEREN UND NACH DORT WECHSELN
4832    echo  "mkdir  $TEMPDIR"      >>  $jobfile
4833    echo  "cd  $TEMPDIR"         >>  $jobfile
4834
4835
4836       # EVENTUELL FEHLERVERFOLGUNG AKTIVIEREN
4837    if [[ $do_trace = true ]]
4838    then
4839       echo  "set -x"                                    >>  $jobfile
4840    else
4841       echo  "set +vx"                                   >>  $jobfile
4842    fi
4843
4844
4845       # BEREITSTELLUNG VON QUELLTEXTEN, MRUN-SCRIPTS UND KONFIGURATIONS-
4846       # DATEI FUER DEN JOB
4847    if [[ $( echo $host | cut -c1-5 ) = lcsgi  ||  $host = ibmkisti ]]
4848    then
4849
4850          # KONFIGURATIONSDATEI UND MRUN_SCRIPT IN DAS SOURCE-VERZEICHNIS
4851          # KOPIEREN
4852       if [[ $restart_run != true ]]
4853       then
4854          cp  $config_file  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
4855          cp  ${PALM_BIN}/$mrun_script_name  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
4856       fi
4857
4858          # SOURCE-VERZEICHNIS VOM LOKALEN RECHNER PER SCP TRANSFERIEREN
4859          # (BEI JOBS AUF LOKALEM RECHNER REICHT CP)
4860       echo  "set -x"  >>  $jobfile
4861       if [[ $host = $localhost ]]
4862       then
4863          echo  "cp  -r  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname ."  >>  $jobfile
4864       else
4865          if [[ $host != ibmkisti ]]
4866          then
4867             echo  "scp  -r  $return_username@$return_addres:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname ."  >>  $jobfile
4868          else
4869                # on KISTI's IBM firewall is only opened on interactive node
4870             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
4871             echo  "ssh $remote_username@gaiad \"cd \$localdir; scp  -r  $return_username@$return_addres:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
4872          fi
4873       fi
4874       echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                      >>  $jobfile
4875
4876          # QUELLTEXTE, MRUN-SCRIPT UND KONFIGURATIONSDATEI IN DAS AKTUELLE
4877          # ARBEITSVERZEICHNIS VERSCHIEBEN
4878       echo  "mv  SOURCES_FOR_RUN_$fname/$config_file  . "       >>  $jobfile
4879       echo  "mv  SOURCES_FOR_RUN_$fname/$mrun_script_name  . "  >>  $jobfile
4880       echo  "execute_mrun=true"                                 >>  $jobfile
4881       echo  " "                                                 >>  $jobfile
4882
4883    else
4884
4885          # ABSPEICHERN DER QUELLTEXTE (NUR FALLS UEBERSETZT WERDEN SOLL)
4886          # SOWIE GEGEBENENFALLS DES MAKEFILES
4887       if [[ $do_compile = true ]]
4888       then
4889
4890          source_catalog=SOURCES_FOR_RUN_$fname
4891
4892              # UNTERVERZEICHNIS FUER QUELLTEXTE UND MAKEFILE ANLEGEN
4893              # MRUN WIRD DIESES VRZEICHNIS UEBER ENVIRONMENT VARIABLE
4894              # MITGETEILT (UEBERSTEUERT ANGABE IN KONFIGURATIONSDATEI)
4895          echo  "mkdir  SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
4896          echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                 >>  $jobfile
4897          echo  "cd     SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
4898
4899          for  filename  in  $source_list
4900          do
4901                # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
4902             echo  "cat > $filename << \"%END%\""              >>  $jobfile
4903             cat   $source_catalog/$filename                   >>  $jobfile
4904             echo  " "                                         >>  $jobfile
4905             echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
4906             echo  " "                                         >>  $jobfile
4907          done
4908
4909             # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
4910          echo  "cat > Makefile << \"%END%\""               >>  $jobfile
4911          cat   $source_catalog/Makefile                    >>  $jobfile
4912          echo  " "                                         >>  $jobfile
4913          echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
4914          echo  " "                                         >>  $jobfile
4915
4916          echo  "cd -  > /dev/null"                         >>  $jobfile
4917
4918       fi
4919
4920
4921          # ABSPEICHERN DER KONFIGURATIONSDATEI
4922          # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
4923       echo  "cat > $config_file << \"%END%\""      >>  $jobfile
4924       cat   $config_file                           >>  $jobfile
4925       echo  "%END%"                                >>  $jobfile
4926       echo  " "                                    >>  $jobfile
4927
4928
4929          # ABSPEICHERN DER AKTUELLEN MRUN-VERSION
4930          # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
4931       echo  "cat > $mrun_script_name <<\"%END%\""    >>  $jobfile
4932       cat   ${PALM_BIN}/$mrun_script_name            >>  $jobfile
4933       echo  "%END%"                                  >>  $jobfile
4934       echo  "chmod u+x $mrun_script_name"          >>  $jobfile
4935       echo  "execute_mrun=true"                    >>  $jobfile
4936       echo  " "                                    >>  $jobfile
4937
4938    fi
4939
4940
4941       # EVTL. BENOETIGTE INPUT-DATEIEN PER FTP HOLEN ODER DEM JOB DIREKT
4942       # MITGEBEN UND AUF DEM REMOTE-RECHNER IM BENUTZERVERZEICHNIS ABLEGEN
4943       # FALLS DIESES NICHT EXISTIERT, WIRD VERSUCHT, DAS JEWEILS LETZTE
4944       # UNTERVERZEICHNIS DES PFADNAMENS ANZULEGEN
4945    if [[ $do_remote = true ]]
4946    then
4947       (( i = 0 ))
4948       while (( i < iin ))
4949       do
4950          (( i = i + 1 ))
4951          echo  "[[ ! -d ${pathin[$i]} ]]  &&  mkdir -p  ${pathin[$i]}"  >>  $jobfile
4952          if [[ "${transin[$i]}" = job ]]
4953          then
4954             echo  "cat > ${remotepathin[$i]} <<\"%END%\""    >>  $jobfile
4955             eval cat   ${pathin[$i]}/${frelin[$i]}           >>  $jobfile
4956             echo  " "                                        >>  $jobfile
4957             echo  "%END%"                                    >>  $jobfile
4958          else
4959             echo  "batch_scp -b -o -g -s -u $return_username $return_addres ${remotepathin[$i]} \"${pathin[$i]}\" ${frelin[$i]}" >>  $jobfile
4960          fi
4961
4962             # UEBERPRUEFEN, OB DATEI ANGELEGT WERDEN KONNTE
4963          echo  "if [[ \$? = 1 ]]"                    >>  $jobfile
4964          echo  "then"                                >>  $jobfile
4965          echo  "   echo \" \" "                      >>  $jobfile
4966          echo  "   echo \"+++ file ${remotepathin[$i]} could not be created\" "   >>  $jobfile
4967          echo  "   echo \"    please check, if directory exists on $host!\" "  >>  $jobfile
4968          echo  "   echo \"+++ MRUN will not be continued\" "  >>  $jobfile
4969          echo  "   execute_mrun=false"               >>  $jobfile
4970          echo  "fi"                                  >>  $jobfile
4971       done
4972    fi
4973
4974       # ARBEITSKATALOG AUF DER LOKALEN MASCHINE FUER EVENTUELLE
4975       # FORTSETZUNGSLAUEFE PER ENV-VARIABLE UEBERGEBEN
4976    echo  "LOCAL_PWD=$working_directory"                >>  $jobfile
4977    echo  "export LOCAL_PWD"                            >>  $jobfile
4978
4979       # EBENSO LOKALEN MRUN-KATALOG UEBERGEBEN
4980    echo  "LOCAL_MRUN_PATH=$PALM_BIN"                   >>  $jobfile
4981    echo  "export LOCAL_MRUN_PATH"                      >>  $jobfile
4982
4983       # WORKAROUND FUER RIAM-NEC-JOBS WEGEN PROFILE-SCHWIERIGKEITEN
4984    if [[ $localhost_realname = "gate"  ||  $localhost = lctit ]]
4985    then
4986       echo  "export PALM_BIN=$PALM_BIN"                >>  $jobfile
4987    fi
4988
4989       # MRUN AUF ZIELRECHNER AUFRUFEN (queue is workaround for ibmkisti)
4990    echo  "set -x"                                      >>  $jobfile
4991    echo  "queue=$queue"                                >>  $jobfile
4992    echo  "[[ \$execute_mrun = true ]]  &&  ./$mrun_com"  >>  $jobfile
4993
4994    echo  'ls -al; echo `pwd`'                          >>  $jobfile
4995    echo  "cd \$HOME"                                   >>  $jobfile
4996    echo  "rm -rf  $TEMPDIR"                            >>  $jobfile
4997
4998
4999
5000
5001       # JOB PER SUBJOB STARTEN
5002    if [[ $silent = false ]]
5003    then
5004       printf "\n     "
5005    else
5006       printf "\n\n"
5007    fi
5008
5009    subjob  $job_on_file  -h $host  -u $remote_username -g $group_number -q $queue  -m $memory  -N $node_usage -t $cpumax  $XOPT  $TOPT  $OOPT  -n $fname  -v  -c $job_catalog  -e $email_notification  $jobfile
5010    rm -rf  $jobfile
5011
5012
5013 fi  # ENDE REMOTE-TEIL
5014
5015
5016
5017     # ENDE DER PROZEDUR
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.