source: palm/trunk/SCRIPTS/mrun @ 925

Last change on this file since 925 was 920, checked in by maronga, 12 years ago

Bugfixes for the parameter file check. New mrun option switches off combine_plot_fields

  • Property svn:keywords set to Id Rev
File size: 188.4 KB
Line 
1#!/bin/ksh
2# mrun - script for running PALM jobs
3# $Id: mrun 920 2012-06-05 09:56:53Z maronga $
4
5     # Procedure for interactive/batch PALM runs (initial runs and automatic
6     # restart runs)
7
8     # Last changes:
9     # 03/03/94 - Siggi - Entwicklungsbeginn
10     # 21/03/94 - Siggi - Entwicklungsabschluss (Version 1.0)
11     # 09/12/94 - Siggi - allexport unterbunden; statt dessen werden jetzt ein-
12     #                    zelne Variable exportiert. Dies ist noetig, weil an-
13     #                    sonsten irgendein Speicher ueberlaeuft und von mrun
14     #                    aufgerufene Programme (z.B. stageout) mit Fehlern
15     #                    abbrechen (too many arguments)
16     # 20/06/95 - Siggi - noclobber muss explizit abgeschaltet, da jetzt
17     #                    defaultmaessig im RRZN-Profile eingeschaltet
18     # 10/06/97 - Siggi - Zusaetzliche Option -C bei cpp, damit // nicht
19     #                    wegfallen
20     # 25/04/00 - Siggi - Version 1.5
21     #                    remote_addres und remote_user in return_addres bzw.
22     #                    return_username umbenannt, return_username wird dem
23     #                    mrun-Aufruf im Job ueber Option -U mitgegeben.
24     #                    Neue Variable remote_username, die beim interaktiven
25     #                    mrun-Aufruf zwingend ueber die neue Option -u oder
26     #                    in der Konfigurationsdatei angegeben werden muss.
27     # 08/02/01 - Siggi - Alle mrun-Meldungen ins englische uebersetzt,
28     #                    Version 1.7
29     # 05/05/02 - Siggi - Uebersetzungen mittels make-Mechanismus moeglich
30     # 21/11/02 - Siggi - ENV-Variable XLFRTEOPTS wird vor Ausfuehrung auf
31     #                    IBM gesetzt, um Record-Laenge der NAMELIST-Dateien,
32     #                    zu bestimmen; Praeprozessoroptionen haben nun alle
33     #                    die Form -Dtext=text, weil auf IBM sonst text durch
34     #                    die leere Zeichenkette ersetzt wird
35     # 01/08/03 - Siggi  - Test of implementing dvrp+1PE on ibm
36     # 07/01/04 - Siggi  - additional preprocessor directive for ibm included
37     #                     (-D$OMP=OMP) in order to avoid problems with
38     #                     OMP_NUM_THREADS
39     # 04/01/05 - Siggi  - archiving on hanni and berni is done in separate
40     #                     tar files, one for each node used
41     # 07/01/04 - Siggi  - old code for t3e, vpp and hpcs eliminated
42     # 09/01/05 - Siggi  - workaround for getting the IP address on gfdl3
43     # 17/01/05 - Siggi  - job for data transfer to local machine now within
44     #                     job class c1 (HLRN)
45     # 27/01/05 - Siggi  - IP address workaround for gfdl3 removed
46     # 28/01/05 - Siggi  - tar-filenames on $PERM (HLRN) now include the
47     #                     base filename and cycle number
48     # 16/02/05 - Gerald - hababai validated
49     # 14/03/05 - Siggi  - abort on NEC after first runtime error (F_ERRCNT)
50     # 29/03/05 - Marcus - berni*-en0 validated
51     # 21/04/05 - Siggi  - transfer-job-protocol for avs-data is no more stored
52     # 24/04/05 - Siggi  - netcdf support on lcmuk
53     # 25/04/05 - Siggi  - netcdf support on gfld3 (decalpha)
54     # 11/05/05 - Siggi  - files with non-numeric extensions (.xxx after cycle
55     #                     number) can now be used within interactive runs
56     # 12/05/05 - Siggi  - netcdf support on ibm
57     # 13/05/05 - Siggi  - error in tar-filenames on $PERM (HLRN) removed
58     # 18/05/05 - Siggi  - netcdf support on nec
59     # 24/05/05 - Siggi  - netcdf support on ibms
60     # 14/06/05 - Siggi  - sleep interval after submit of restart job increased
61     #                     to 30 seconds
62     # 28/06/05 - Siggi  - bora adjusted to new intel compiler (LD_LIBRARY_
63     #                     PATH is temporarily set)
64     # 07/09/05 - Siggi  - setting of MP_EAGER_LIMIT switched off because it
65     #                     caused warnings in the job protocol
66     # 20/10/05 - Siggi  - update of netcdf-version on decalpha (gfdl3)
67     # 25/10/05 - Siggi  - error in listing files for getting the cycle number
68     #                     removed
69     # 26/10/05 - Siggi  - new paths for dvrp-library, transfer of catalogs
70     #                     realized by file attribute trpe
71     # 28/10/05 - Siggi  - if existing, the file extension is output in case
72     #                     of missing input file - no job abort in case of
73     #                     missing input files with file extensions
74     #                     (preliminary solution)
75     # 31/10/05 - Siggi  - data transfer from nech now within seperate job
76     # 04/11/05 - Siggi  - netcdf 3.6.0-p1 on ibmh/ibmb
77     # 07/12/05 - Siggi  - gallego and elephanta admitted
78     # 30/12/05 - Siggi  - gfdl5 (ibmy) admitted
79     # 10/01/06 - Siggi  - cpp directive for NetCDF 64bit support
80     # 20/01/06 - Siggi  - cpp directive for ibmy
81     # 09/02/06 - Siggi  - ibmy admitted for batch mode
82     # 13/04/06 - Siggi  - ostria admitted
83     # 18/04/06 - Siggi  - usage of OpenMP implemented (additional option -O)
84     # 10/05/06 - Siggi  - environment variable XLSMPOPTS set on IBM for
85     #                     optimization of OpenMP runs (option stacksize is
86     #                     necessary for large gridpoint numbers because
87     #                     otherwise a segmentation fault occurs)
88     # 23/05/05 - Siggi  - lctit (SUN Fire X4600) admitted
89     # 21/08/06 - Siggi  - standard mrun path on scirocco is as on bora
90     # 23/08/06 - Siggi  - netcdf support for scirocco (notebook)
91     # 20/09/06 - Marcus - add DVRP library on nech
92     # 24/10/06 - Siggi  - Environment variables for PALM steering are written
93     #                     on local NAMELIST file ENVPAR
94     # 24/11/06 - Siggi  - levanto admitted, maestro switched to ifc 9.1
95     # 28/11/06 - Siggi  - call to interpret_config.x_levanto because of SuSe 10
96     # 06/02/07 - Siggi  - add DVRP library on lcmuk
97     # 07/02/07 - Siggi  - revision of source code handling, source code is
98     #                     now expected in directory given by source_path and
99     #                     not in the current working directory, source code
100     #                     files provided in add_source_path are allways
101     #                     compiled, source code to be compiled is allways
102     #                     sampled in SOURCES_FOR_RUN_$fname which is a
103     #                     subdirectory of the current working directory,
104     #                     -s TEST  changed to  -s WRITE_PERMIT  or -s WP,
105     #                     adapted for RIAM (neck)
106     #                     bugfix for cycle number of output file (extout)
107     #                     all hpmuk-related code removed
108     # 14/02/07 - Siggi  - dvrp support for neck added
109     # 28/02/07 - Siggi  - empty lines in configuration file are accepted
110     #                     mrun_path replaced by PALM_BIN,
111     #                     all machines are calling interpret_config.x
112     # 14/03/07 - Siggi  - fimm admitted, revision number added to terminal
113     #                     output
114     # 16/03/07 - Siggi  - adjustments for lctit
115     # 29/03/07 - Siggi  - global revision transfered to batch job by new
116     #                     option -G
117     # 30/03/07 - Siggi  - compilation "by hand" removed, cpp-directives/options
118     #                     + netcdf/dvrp-options are read from configuration
119     #                     file, host identifier (local_host) is read from
120     #                     config file, code related to ftp filetransfer
121     #                     removed (incl. option -f)
122     # 19/06/07 - Siggi  - time limit for cdata jobs increased
123     # 25/07/07 - Siggi  - two sets of executables can be started on lcmuk,
124     #                     if new option -Y (coupling) is given,
125     #                     output of executables to aout_output removed,
126     #                     messages are immediately written to stdout instead
127     # 03/08/07 - Marcus - add XOPT="-X $numprocs" for lcfimm
128     # 09/08/07 - Marcus - workaround on lcfimm to propagate environment
129     #                     variables out to the nodes in coupled mode -disabled-
130     # 13/08/07 - Marcus - start local restart jobs per ssh on lcfimm
131     # 28/08/07 - Marcus - completely remove workaround on lcfimm to propagate
132     #                     environment variables out to the nodes in coupled mode
133     # 15/10/07 - Siggi  - Preliminary adjustments for lctit, based on Jin's
134     #                     suggestions
135     # 19/10/07 - Marcus - further adjustments for lctit: add new optional
136     #                     argument -g group_number, admit all sla* node_usage
137     #                     queues
138     # 30/10/07 - Marcus - further adjustments for queues on lctit
139     # 14/02/08 - Bjoern - link of restart files with long file name possible
140     # 28/02/08 - Marcus - If environment variable link_local_output is set to
141     #                     true, mrun tries "ln -f" on local output and resorts
142     #                     to "cp" or "cp -r" on error
143     # 15/04/08 - Siggi  - argument -c introduced to most of the subjob calls,
144     #                     which allows the user to choose his own job catalog
145     #                     by setting job_catalog in the configuration file
146     #                     (default is ~/job_queue),
147     #                     workaround for mpiexec with -env option,
148     #                     adjustments for lcxt4 (Bergen Center for Computational
149     #                     Science)
150     # 22/05/08 - Marcus - If environment variable link_local_input is set to
151     #                     true, mrun tries "ln -f" on local input and resorts
152     #                     to "cp" or "cp -r" on error
153     # 27/05/08 - Siggi  - PATH is set to PALM_BIN everywhere (missing so far)
154     # 14/07/08 - Siggi  - adjustments for lcsgih
155     # 08/08/08 - Marcus - typo removed in lcxt4 branch
156     # 17/09/08 - Siggi  - restart mechanism adjusted for lcsgi
157     # 02/10/08 - BjornM - argument "-Y" modified, adjustments for coupled runs
158     # 21/10/08 - Siggi  - bugfix for the case that -K has more than one
159     #                     argument
160     # 08/11/08 - Siggi  - bugfix for depository path settings in configuration
161     #                     file
162     # 11/11/08 - Siggi  - rules for using user code files changed: user
163     #                     code splitted into one file per subroutine,
164     #                     user can provide his/her own makefile, only
165     #                     default source-code filenames are allowed
166     # 14/11/08 - Siggi  - cond1 and cond2 are part of the depository name
167     # 08/01/09 - Siggi  - mpi module on sgi machines to be used can be set
168     #                     with environment variable mpilib
169     # 13/01/09 - Siggi  - totalview on hice/bice can be used in debug mode
170     #                     using environment variable totalview
171     # 25/02/09 - Siggi  - cputime-option (-t) is allowed to be omitted for
172     #                     interactive runs
173     # 05/03/09 - Siggi  - adjustments for new NEC-SX9 at RIAM (necriam)
174     # 16/03/09 - Siggi  - dvrp_lib, dvrp_inc replaced by dvr_lib, dvr_inc,
175     #                     dvr streaming server is automatically started using
176     #                     new variable dvr_server and a configuration file
177     #                     .dvrserver.config,
178     #                     processing of dvr output files using new script
179     #                     process_dvr_output implemented, in order to make
180     #                     dvr application more user friendly
181     # 20/03/09 - Marcus - update of n1ge command for lctit
182     # 16/04/09 - Siggi  - new option -y for precursor (uncoupled) ocean runs
183     #                     to be followed by a coupled atmosphere-ocean run
184     # 21/04/09 - Siggi  - adjustments for new IBM at DKRZ, which is now ibmh
185     # 24/06/09 - BjornM - adjustments for coupled/precursor runs on ibmy
186     # 08/07/09 - Siggi  - default value for email_notification is none,
187     #                     option -e added to subjob
188     # 19/08/09 - Marcus - MPI debug option
189     # 21/08/09 - Marcus - totalview on hice/bice also available for mvapich2
190     # 25/08/09 - BjornM - adpated for lck
191     # 26/08/09 - Siggi  - additional environment variables for mpt on ice2
192     # 26/08/09 - Marcus - adjustment for ice2 on lcsgib
193     # 29/09/09 - Siggi  - default value for archiving is false, option "-A"
194     #                     switches on archiving, archiving on SGI-ICE enabled
195     # 16/10/09 - Carolin- adjustments for archiving on SGI-ICE of binary files;
196     #                     adjustment for special1q
197     # 18/12/09 - Carolin- modification of archiving (permq)
198     # 01/02/10 - Siggi  - adapted for lcxt5m and lckyoto (Fujitsu HX600)
199     # 03/02/10 - Siggi  - make options (mopts) to be set by configuration file
200     #                     implemented
201     # 08/02/10 - Siggi  - loading of modules now controlled via configuration
202     #                     file (modules)
203     # 02/03/10 - Siggi  - for each block in the configuration file, separate
204     #                     utility programs are used, combine_plot_fields is
205     #                     directly called and must not be given by an output
206     #                     command in the configuration file any more
207     # 15/06/10 - Rieke  - ssh from compute nodes to login nodes on hosts
208     #                     lcsgih/lcsgib is done using the names
209     #                     hicegate0/bicegate0 instead of the IP addresses
210     # 17/08/10 - BjornM - adjustments for interactive runs on lcxt4
211     # 07/09/10 - Siggi  - bugfix for wrong netcdf/3.6.3 module on lcsgi
212     # 08/12/10 - Siggi  - new handling of openmp/hybrid runs, option -O
213     #                     has now argument threads_per_task
214     #                     adjustments for Kyushu Univ. (lcrte, ibmku)
215     # 14/12/10 - Siggi  - adjustments for new Tsubame system at Tokyo
216     #                     institute of technology (lctit)
217     # 23/12/10 - Micha  - different number of processors in ocean and
218     #                     atmosphere is now allowed
219     # 02/02/10 - Siggi  - further adjustments on Tsubame and concerning openMP
220     #                     usage
221     # 09/03/10 - Siggi  - adjustments for ibmkisti, mpt bugfix for netCDF4
222     #                     usage, totalview usage extended
223     # 17/03/11 - Siggi  - adjustments for openmp usage on ibmkisti
224     # 03/04/11 - Micha  - added lckordi
225     # 06/04/11 - BjornM - bugfix for runs with mpt on lcsgi
226     # 17/08/11 - Siggi  - extensions for impi library
227     # 18/08/11 - Siggi  - bugfix for local append of output files with suffix
228     #                     (.nc)
229     # 18/08/11 - Marcus - support for Linux OS with German locale
230     #                   - properly report hosts on general Linux clusters
231     # 29/08/11 - BjornW - adapted for lcflow (ForWind cluster in Oldenburg)
232     # 29/08/11 - Carolin- initiating restart-run: adjustment of the path at
233     #                     IMUK
234     # 15/09/11 - Siggi  - new option -w tp set the maximum number of parallel
235     #                     io streams, option -T is obligatory from now on
236     # 25/01/12 - BjornM - a namelist file check prior to the model run has
237     #                     been implemented (check_namelist_files).
238     #                     New option -z can be used to skip the check
239     # 03/02/12 - BjornM - namelist file check temporary disabled
240     #                     until severel bugs are fixed
241     # 08/02/12 - BjornM - bugfixes: skipping namelist file check in case of
242     #                     restart runs. check is now possible with topography
243     #                     and the -v (silent) option is considered
244     # 14/02/12 - BjornM/- bugfix: removed slash in \$queue, changed default
245     #            Farah    queue for lcsgi to testq, since bigq is not
246     #                     available on ice1
247     # 16/02/12 - BjornM - bugfix: replaced $localhost by $host in the ENVPAR
248     #                     file, which is generated for the namelist file check
249     # 17/02/12 - Siggi  - -z included in description of options (mrun ?)
250     # 22/02/12 - Siggi  - -s info updated
251     # 22/02/12 - Siggi  - case "-s WP" removed
252     # 28/02/12 - BjornM - further adjustments for namelist file check
253     # 09/03/12 - Siggi  - -T option not obligatory for lcflow
254     # 12/03/12 - Siggi  - tasks_per_node divisor check not for lcflow
255     # 21/03/12 - Matthias - default compiler on ibmh changed
256     # 02/05/12 - Bjoern  - lcxt4 is now lcxe6, adjustments for lcxe6,
257     #                      bugfixes for the parameter file check, initial
258     #                      commands on ssh calls sourced out to .mrun.config
259     # 05/06/12 - Bjoern  - bugfixes for the parameter file check on lcxe6.
260     #                      combine_plot_fields can be switched off by the
261     #                      new mrun option -Z
262
263 
264    # VARIABLENVEREINBARUNGEN + DEFAULTWERTE
265
266 set +o allexport    # SICHERHEITSHALBER UNTERBINDEN, DA SONST EVTL. STAGEOUT
267                     # NICHT LAUEFT (TOO MANY ARGUMENTS - PROBLEM)
268 set +o noclobber    # EXISTIERENDE DATEIEN DUERFEN UEBERSCHRIEBEN WERDEN
269
270 AddFilenames=""
271 additional_conditions=""
272 add_source_path=""
273 afname=""
274 archive_save=true
275 archive_system=none
276 check_namelist_files=true
277 combine_plot_fields=true
278 compiler_name=""
279 cond1=""
280 cond2="" 
281 config_file=.mrun.config
282 coupled_dist=""
283 coupled_mode="mpi1"
284 cpp_opts=""
285 cpp_options=""
286 cpumax=0
287 cpurest=0
288 delete_temporary_catalog=true
289 do_batch=false
290 do_compile=true
291 do_remote=false
292 do_stagein=true
293 do_stageout=true
294 do_trace=false
295 email_notification="none"
296 exclude=""
297 executable=""
298 execution_error=false
299 fimm=false
300 fname=test
301 fromhost=""
302 global_revision=""
303 group_number=none
304 host=""
305 host_file=""
306 hp=""
307 ignore_archive_error=false
308 input_list=""
309 interpreted_config_file=""
310 job_catalog="~/job_queue"
311 job_on_file=""
312 keep_data_from_previous_run=false
313 link_local_input=false
314 link_local_output=false
315 localhost_realname=$(hostname)
316 local_compile=false
317 local_dvrserver_running=.FALSE.
318 locat=normal
319 mainprog=""
320 makefile=""
321 max_par_io_str=""
322 mc=$0
323 while [[ $(echo $mc | grep -c "/") != 0 ]]
324 do
325    mc=`echo $mc | cut -f2- -d"/"`
326 done
327 module_calls=""
328 mrun_script_name=$mc
329 netcdf_inc=""
330 netcdf_lib=""
331 netcdf_support=false
332 node_usage=default
333 numprocs=""
334 numprocs_atmos=0
335 numprocs_ocean=0
336 OOPT=""
337 openmp=false
338 output_list=""
339 package_list=""
340 punkte="..........................................................."
341 queue=none
342 read_from_config=""
343 restart_run=false
344 if [[ `hostname` = rte10 ]]
345 then
346   return_addres=133.5.185.60
347   echo "+++ WARNING: fixed return_addres = $return_addres is used !!!!!"
348 elif [[ `hostname` = climate0 ]]
349 then
350   return_addres=165.132.26.68
351   echo "+++ WARNING: fixed return_addres = $return_addres is used !!!!!"
352 else
353    return_addres=$(nslookup `hostname` 2>&1 | grep "Address:" | tail -1 | awk '{print $2}')
354 fi
355 return_password=""
356 return_username=$LOGNAME
357 remotecall=false
358 remote_username=""
359 run_coupled_model=false
360 run_mode=""
361 scirocco=false
362 store_on_archive_system=false
363 striche="  ----------------------------------------------------------------------------"
364 silent=false
365 source_list=""
366 source_path=SOURCE
367 tasks_per_node=""
368 threads_per_task=1
369 tmpcreate=false
370 tmp_data_catalog=""
371 transfer_problems=false
372 usern=$LOGNAME
373 use_openmp=false
374 working_directory=`pwd`
375 TOPT=""
376 XOPT=""
377 zeit=$( date | cut -c 12-19 )
378
379 typeset -i  iec=0 iic=0 iin=0 ioc=0 iout=0 memory=0 stagein_anz=0 stageout_anz=0
380 typeset -i  cputime i ii iia iii iio icycle inode ival jobges jobsek maxcycle minuten nodes pes sekunden tp1
381
382 typeset  -R30 calltime
383 typeset  -L20 spalte1
384 typeset  -L40 spalte2
385 typeset  -L60 spalte3
386 typeset  -L35 string1=`date`
387 typeset  -L12 string2=$usern
388 typeset  -L12 string3=$localhost_realname
389 typeset  -L12 string4
390 typeset  -L12 string5
391 typeset  -L30 version="MRUN  2.0 Rev$Rev: 920 $"
392
393
394
395    # EINZELNE VARIABLE FUER HAUPTPROGRAMM EXPORTIEREN
396 export  cpurest fname host localhost return_addres return_username remotecall tasks_per_node
397
398    # FOLGENDE VARIABLEN MUESSEN FUER DIE INTERPRETATION DER KONFIGURATIONSDATEI
399    # EXPORTIERT WERDEN
400 export  afname config_file cpp_opts cpumax do_batch do_trace fname fromhost
401 export  group_number input_list memory numprocs output_list queue run_mode
402
403
404 
405    # FEHLERBEHANDLUNG
406    # BEI EXIT:
407 trap 'rm -rf  $working_directory/tmp_mrun
408       if [[ $locat != localhost ]]
409       then
410#          if [[ ! -f ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik ]]
411#          then
412#             cat  >  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik  <<  %STATEND%
413#MRUN-calls on $localhost
414#
415#date and time                      user        localhost   remotehost  termination mrun-command
416#--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
417#%STATEND%
418#             chmod  666  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik
419#          fi
420#
421#             # EINTRAG IN DIE STATISTIK-DATEI
422#          string4=$host
423#          string5=$locat
424#          if [[ "$job_on_file" = ""  &&  $locat != control_c  &&  $locat != user_abort ]]
425#          then
426#             if [[ $do_batch = true ]]
427#             then
428#                printf "$string1$string2$string3$string4$string5$mrun_com \n"  >>  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik
429#             else
430#                printf "$string1$string2$string3$string4$string5$mc \n"  >>  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik
431#             fi
432#          fi
433          echo " " > /dev/null
434       fi
435
436       if [[ $locat != normal  &&  $locat != control_c  &&  $locat != local_compile ]]
437       then
438
439              # EVENTUELLE ERROR-KOMMANDOS ABARBEITEN
440          (( i = 0 ))
441          while (( i < iec ))
442          do
443             (( i = i + 1 ))
444             printf "\n  *** Execution of ERROR-command:\n"
445             printf "  >>> ${err_command[$i]}\n"
446             eval  ${err_command[$i]}
447          done
448          if [[ -n $interpreted_config_file ]]  then
449             rm -rf  $interpreted_config_file
450          fi
451          if [[ -n .mrun_environment ]]  then
452             rm -rf  .mrun_environment
453          fi
454          if [[ $tmpcreate = true ]]
455          then
456             printf "\n  *** Contents of \"$TEMPDIR\":\n"
457             ls -al; cd
458             [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
459          fi
460          if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
461          then
462             echo "+++ killing dvrserver_id=$dvrserver_id"
463             kill $dvrserver_id
464          fi
465          if [[ -f ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID ]]
466          then
467             rm -rf  ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID
468          fi
469          printf "\n\n+++ MRUN killed \n\n"
470       elif [[ $locat != control_c ]]
471       then
472          printf "\n\n --> all actions finished\n\n"
473          printf "     Bye, bye $usern !!\n\n"
474       fi' exit
475
476
477    # BEI TERMINAL-BREAK:
478 trap 'rm -rf  $working_directory/tmp_mrun
479       rm -rf  $working_directory/tmp_check_namelist_files
480       [[ $tmpcreate = true ]]  &&  (cd; rm -rf $TEMPDIR)
481       if [[ -f ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID ]]
482       then
483          rm -rf  ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID
484       fi
485       if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
486       then
487          echo "+++ killing dvrserver_id=$dvrserver_id"
488          kill $dvrserver_id
489       fi
490       printf "\n+++ MRUN killed by \"^C\" \n\n"
491       locat=control_c
492       exit
493      ' 2
494
495
496    # CHECK IF THE PATH FOR THE PALM BINARIES (SCRIPTS+UTILITY-PROGRAMS) HAS
497    # BEEN SET
498 if [[ "$PALM_BIN" = "" ]]
499 then
500    printf "\n  +++ environment variable PALM_BIN has not been set"
501    printf "\n      please set it to the directory where the PALM scripts are located"
502    locat=palm_bin; exit
503 fi
504 export PATH=$PALM_BIN:$PATH
505
506
507
508    # SHELLSCRIPT-OPTIONEN EINLESEN UND KOMMANDO NEU ZUSAMMENSETZEN, FALLS ES
509    # FUER FOLGEJOBS BENOETIGT WIRD
510 while  getopts  :a:AbBc:Cd:D:Fg:G:h:H:i:IkK:m:M:n:o:O:p:P:q:r:R:s:St:T:u:U:vw:xX:yY:zZ option
511 do
512   case  $option  in
513       (a)   afname=$OPTARG;;
514       (A)   store_on_archive_system=true; mc="$mc -A";;
515       (b)   do_batch=true; mc="$mc -b";;
516       (B)   delete_temporary_catalog=false; mc="$mc -B";;
517       (c)   config_file=$OPTARG; mc="$mc -c$OPTARG";;
518       (C)   restart_run=true; mc="$mc -C";;
519       (d)   fname=$OPTARG; mc="$mc -d$OPTARG";;
520       (D)   cpp_opts="$cpp_opts $OPTARG"; mc="$mc -D'$OPTARG'";;
521       (F)   job_on_file="-D"; mc="$mc -F";;
522       (g)   group_number=$OPTARG; mc="$mc -g$OPTARG";;
523       (G)   global_revision=$OPTARG; mc="$mc -G'$OPTARG'";;
524       (h)   host=$OPTARG; mc="$mc -h$OPTARG";;
525       (H)   fromhost=$OPTARG; mc="$mc -H$OPTARG";;
526       (i)   input_list=$OPTARG; mc="$mc -i'$OPTARG'";;
527       (I)   ignore_archive_error=true; mc="$mc -I";;
528       (k)   keep_data_from_previous_run=true; mc="$mc -k";;
529       (K)   additional_conditions="$OPTARG"; mc="$mc -K'$OPTARG'";;
530       (m)   memory=$OPTARG; mc="$mc -m$OPTARG";;
531       (M)   makefile=$OPTARG; mc="$mc -M$OPTARG";;
532       (n)   node_usage=$OPTARG; mc="$mc -n$OPTARG";;
533       (o)   output_list=$OPTARG; mc="$mc -o'$OPTARG'";;
534       (O)   use_openmp=true; threads_per_task=$OPTARG; mc="$mc -O$OPTARG";;
535       (p)   package_list=$OPTARG; mc="$mc -p'$OPTARG'";;
536       (P)   return_password=$OPTARG; mc="$mc -P$OPTARG";;
537       (q)   queue=$OPTARG; mc="$mc -q$OPTARG";;
538       (r)   run_mode=$OPTARG; mc="$mc -r'$OPTARG'";;
539       (R)   remotecall=true;return_addres=$OPTARG; mc="$mc -R$OPTARG";;
540       (s)   source_list=$OPTARG; mc="$mc -s'$OPTARG'";;
541       (S)   read_from_config=false; mc="$mc -S";;
542       (t)   cpumax=$OPTARG; mc="$mc -t$OPTARG";;
543       (T)   mrun_tasks_per_node=$OPTARG; mc="$mc -T$OPTARG";;
544       (u)   remote_username=$OPTARG; mc="$mc -u$OPTARG";;
545       (U)   return_username=$OPTARG; mc="$mc -U$OPTARG";;
546       (v)   silent=true; mc="$mc -v";;
547       (w)   max_par_io_str=$OPTARG; mc="$mc -w$OPTARG";;
548       (x)   do_trace=true;set -x; mc="$mc -x";;
549       (X)   numprocs=$OPTARG; mc="$mc -X$OPTARG";;
550       (y)   ocean_file_appendix=true; mc="$mc -y";;
551       (Y)   run_coupled_model=true; coupled_dist=$OPTARG; mc="$mc -Y'$OPTARG'";;
552       (z)   check_namelist_files=false; mc="$mc -z";;
553       (Z)   combine_plot_fields=false; mc="$mc -Z";;
554       (\?)  printf "\n  +++ unknown option $OPTARG \n"
555             printf "\n  --> type \"$0 ?\" for available options \n"
556             locat=parameter;exit;;
557   esac
558 done
559
560
561    # EVTL. POSITIONSPARAMETER EINLESEN
562    # ZUR ZEIT GIBT ES NUR DEN PARAMETER ? (=KURZINFO)
563 shift OPTIND-1
564
565
566    # KURZE AUFRUFBESCHREIBUNG WIRD HIER AUSGEGEBEN
567 if [[ "$1" = "?" ]]
568 then
569   (printf "\n  *** mrun can be called as follows:\n"
570    printf "\n      $mrun_script_name  -b -c.. -d.. -D.. -f.. -F -h.. -i.. -I -K.. -m.. -o.. -p.. -r.. -R -s.. -t.. -T.. -v -x -X.. -y -Y.. -z -Z <modus> \n"
571    printf "\n      Description of available options:\n"
572    printf "\n      Option  Description                              Default-Value"
573    printf "\n        -a    base name of input files                 equiv. -d"
574    printf "\n        -A    archiving when using file-attribute fl"
575    printf "\n        -b    batch-job on local machine               ---"
576    printf "\n        -B    do not delete temporary directory at end ---"
577    printf "\n        -c    configuration file                       .mrun.config"
578    printf "\n        -d    base name of files attached to program   test"
579    printf "\n        -D    preprocessor(cpp)-directives             \"\" "
580    printf "\n        -F    create remote job file only              ---"
581    printf "\n        -h    execution host                           $localhost_realname"
582    printf "\n        -i    INPUT control list                       \"\" "
583    printf "\n        -I    archiving errors of previous batch-jobs"
584    printf "\n              will be ignored"
585    printf "\n        -k    keep data from previous run"
586    printf "\n        -K    additional conditions for controling"
587    printf "\n              usage of conditional code and"
588    printf "\n              env-variables in configuration file      \"\" "
589    printf "\n        -m    memory demand in MB (batch-jobs)         0 MB"
590    printf "\n        -M    Makefile name                            Makefile"
591    printf "\n        -n    node usage (shared/not_shared)           depending on -h"
592    printf "\n        -o    OUTPUT control list                      \"\" "
593    printf "\n        -O    use OpenMP                               ---"
594    printf "\n        -p    software package list                    \"\" "
595    printf "\n        -q    queue                                    \"$queue\" "
596    printf "\n        -r    run control list (combines -i -o)        \"\" "
597    printf "\n        -s    filenames of routines to be compiled     \"\" "
598    printf "\n              must end with .f, .f90, .F, or .c !"
599    printf "\n              use \"..\" for more than one file and wildcards"
600    printf "\n              -s LM compiles all locally modified files"
601    printf "\n        -S    config file interpreted by shellscript   ---"
602    printf "\n        -t    allowed cpu-time in seconds (batch)      0"
603    printf "\n        -T    tasks per node                           depending on -h"
604    printf "\n        -u    username on remote machine               \"\" "
605    printf "\n        -v    no prompt for confirmation               ---"
606    printf "\n        -w    maximum parallel io streams              as given by -X"
607    printf "\n        -x    tracing of mrun for debug purposes       ---"
608    printf "\n        -X    # of processors (on parallel machines)   1"
609    printf "\n        -y    add appendix \"_O\" to all local output"
610    printf "\n              files (ocean precursor runs followed by"
611    printf "\n              coupled atmosphere-ocean runs)           ---"
612    printf "\n        -Y    run coupled model, \"#1 #2\" with" 
613    printf "\n              #1 atmosphere and #2 ocean processors    \"#/2 #/2\" depending on -X"
614    printf "\n        -z    disable a priori parameter file check    ---"
615    printf "\n        -Z    skip combine_plot_fields at the end of      "
616    printf "\n              the simulation                           ---"
617    printf "\n "
618    printf "\n      Possible values of positional parameter <modus>:"
619    printf "\n        \"?\"       -  this outline \n\n") | more
620    exit
621 elif [[ "$1" != "" ]]
622 then
623    printf "\n  +++ positional parameter $1 unknown \n"
624    locat=parameter; exit
625 fi
626
627
628
629    # KURZE STARTMELDUNG
630 printf "\n*** $version "
631 printf "\n    will be executed.     Please wait ..."
632
633
634
635    # PRUEFEN, OB KONFIGURATIONS-DATEI VORHANDEN
636 if [[ ! -f $config_file ]]
637 then
638    printf "\n\n  +++ configuration file: "
639    printf "\n           $config_file"
640    printf "\n      does not exist"
641    locat=connect; exit 
642 fi
643
644
645    # HOST-IDENTIFIER (local_host) AUS KONFIGURATIONSDATEI BESTIMMEN
646 line=""
647 grep  "%host_identifier"  $config_file  >  tmp_mrun
648 while read line
649 do
650    if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
651    then
652       HOSTNAME=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
653       host_identifier=`echo $line | cut -d" " -s -f3`
654       if [[ $localhost_realname = $HOSTNAME ]]
655       then
656          localhost=$host_identifier
657          break
658       fi
659    fi
660 done < tmp_mrun
661
662 if [[ "$localhost" = "" ]]
663 then
664    printf "\n\n  +++ no host identifier found in configuration file \"$config_file\""
665    printf "\n      for local host \"$localhost_realname\"."
666    printf "\n      Please add line"
667    printf "\n      \"\%host_identifier $localhost_realname <identifier>\""
668    printf "\n      to the configuration file."
669    locat=localhost; exit
670 fi
671
672
673    # HOSTSPEZIFISCHE VARIABLEN SETZEN
674 case  $localhost_realname  in
675     (r1*|r2*|h01*|b01*)     archive_system=tivoli;;
676     (cs*)                   archive_system=ut;;
677     (fimm.bccs.uib.no)      fimm=true;;
678     (gate|n-sx)             PATH=$PALM_BIN:$PATH:/usr/bin/nqsII;;
679     (scirocco)              scirocco=true;;
680 esac
681
682
683 
684    # BASISNAME DER INPUT-DATEIEN GLEICH ALLGEMEINEM BASISNAMEN SETZEN,
685    # WENN NICHT VOM BENUTZER ANDERS BESTIMMT
686 [[ "$afname" = "" ]]  &&  afname=$fname
687
688
689    # EVTL. RUN-MODUS DEN I/O-LISTEN HINZUFUEGEN
690 if [[ "$run_mode" != "" ]]
691 then
692    input_list="$input_list $run_mode"
693    output_list="$output_list $run_mode"
694 fi
695
696
697    # RECHNERNAMEN ABSPEICHERN, VON DEM AUS JOB GESTARTET WIRD,
698    # ALLERDINGS NUR DANN, WENN NICHT PER OPTION -H BEREITS EIN WERT
699    # ZUGEWIESEN WURDE (MRUN MACHT DIES IMMER, WENN ES SELBST BATCH-JOBS
700    # STARTET)
701 if [[ "$fromhost" = "" ]]
702 then
703    fromhost=$localhost
704 fi
705
706
707    # PRUEFEN, OB AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL
708    # WERT VON do_remote WIRD FUER DATEIVERBINDUNGEN BENOETIGT.
709    # WENN AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WIRD, IST GLEICHZEITIG KLAR,
710    # DASS EIN BATCH-JOB GESTARTET WERDEN MUSS
711 if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
712 then
713    do_batch=true
714    do_remote=true
715    case  $host  in
716        (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|ibmy|nech|necriam|lckyoto|lcsgib|lcsgih|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckordi)  true;;
717        (*)  printf "\n"
718             printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
719             printf "\n      is not available"
720             locat=nqs; (( iec = 0 )); exit;;
721    esac
722 else
723    host=$localhost
724 fi
725
726
727     # ZUSATZBEDINGUNGEN (OPTION -K) AUSWERTEN
728 if [[ -n $additional_conditions ]]
729 then
730#    echo $additional_conditions | cut -d" " -f1-3 | read  cond1  cond2  dummy
731    cond1=`echo $additional_conditions | cut -d" " -f1`
732    cond2=`echo $additional_conditions | cut -d" " -s -f2`
733    dummy=`echo $additional_conditions | cut -d" " -s -f3`
734    if [[ -n $dummy ]]
735    then
736       printf "\n  +++ more than 2 additional conditions given for Option \"-K\""
737       locat=options; exit
738    fi
739    block=_$cond1
740    [[ -n $cond2 ]]  &&  block=${block}_$cond2
741 fi
742
743
744      # KOPPLUNGSEIGENSCHAFTEN (-Y) AUSWERTEN UND coupled_mode BESTIMMEN
745 if [[ $run_coupled_model = true ]] 
746 then
747
748    if  [[ -n $coupled_dist ]]
749    then
750
751       numprocs_atmos=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f1`
752       numprocs_ocean=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f2`
753
754       if (( $numprocs_ocean + $numprocs_atmos != $numprocs ))
755       then
756
757          printf "\n  +++ number of processors does not fit to specification by \"-Y\"."
758          printf "\n      PEs (total)     : $numprocs"
759          printf "\n      PEs (atmosphere): $numprocs_atmos"
760          printf "\n      PEs (ocean)     : $numprocs_ocean"
761          locat=coupling; exit
762
763       fi
764
765    else
766
767       (( numprocs_ocean = $numprocs / 2 ))
768       (( numprocs_atmos = $numprocs / 2 ))
769
770    fi
771    coupled_dist=`echo "$numprocs_atmos $numprocs_ocean"`
772
773       # GET coupled_mode FROM THE CONFIG FILE
774    line=""
775    grep  "%cpp_options.*-D__mpi2.*$host" $config_file  >  tmp_mrun
776    while read line
777    do
778       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" &&  ( $(echo $line | cut -d" " -s -f4) = $cond1 || $(echo $line | cut -d" " -s -f4)  = $cond2 ) ]]
779       then
780          coupled_mode="mpi2"
781       fi
782    done < tmp_mrun
783
784 fi
785
786
787    # PRUEFEN, OB EVTL. BEI VORHERGEHENDEM LAUF (KETTENJOB) EINE
788    # ARCHIVIERUNG FEHLGESCHLAGEN IST
789 if [[ -f ~/job_queue/ARCHIVE_ERROR_$fname ]]
790 then
791    if [[ $ignore_archive_error = false ]]
792    then
793       printf "\n  +++ data archiving of previous run failed"
794       printf "\n      see directory \~/job_queue on remote machine"
795       locat=archive; exit
796    else
797       printf "\n  +++ warning: data archiving in a previous run failed"
798       printf "\n      MRUN continues, trying to get backup copy"
799    fi
800 fi
801
802
803
804    # LESEN UND INTERPRETIEREN DER KONFIGURATIONS-DATEI VOM SHELLSCRIPT AUS
805    # VORUEBERGEHEND ZWINGEND AUF LINUX-RECHNERN
806 if [[ "$read_from_config" = false ]]
807 then
808
809    [[ $silent = false ]]  &&  printf "\n    Reading the configuration file... "
810    while  read zeile
811    do
812        [[ $silent = false ]]  &&  printf "."
813
814
815          # ZUERST EVENTUELL VORKOMMENDE ENVIRONMENT-VARIABLEN DURCH IHRE WERTE
816          # ERSETZEN
817       eval  zeile=\"$zeile\"
818
819
820          # INTERPRETATION DER ZEILE
821       if [[ "$(echo $zeile)" = "" ]]
822       then
823             # LEERZEILE, KEINE AKTION
824          continue
825
826       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1)"  =  "#" ]]
827       then
828
829             # ZEILE IST KOMMENTARZEILE
830          true
831
832       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1)"  =  "%" ]]
833       then
834
835             # ZEILE DEFINIERT ENVIRONMENT-VARIABLE
836          zeile=$(echo $zeile | cut -c2-)
837#          echo $zeile | cut -d" " -f1-5 | read  var  value  for_host  for_cond1  for_cond2
838          var=`echo $zeile | cut -d" " -f1`
839          value=`echo $zeile | cut -d" " -s -f2`
840          for_host=`echo $zeile | cut -d" " -s -f3`
841          for_cond1=`echo $zeile | cut -d" " -s -f4`
842          for_cond2=`echo $zeile | cut -d" " -s -f5`
843
844          if [[ "$for_host" = ""  ||  ( "$for_host" = $host  &&  "$for_cond1" = "$cond1"  &&  "$for_cond2" = "$cond2" )  ||  $(echo "$input_list$output_list"|grep -c "$for_host") != 0 ]]
845          then
846
847                # BEI COMPILER- CPP- ODER LINKEROPTIONEN EVTL ":" DURCH " "
848                # ERSETZEN. "::" WIRD DURCH ":" ERSETZT.
849             value=`echo $value | sed 's/::/%DUM%/g' | sed 's/:/ /g' | sed 's/%DUM%/:/g'`
850
851
852                # ENVIRONMENT-VARIABLE WIRD WERT AUS KONFIGURATIONSDATEI
853                # ZUGEWIESEN, WENN SIE SELBST NOCH KEINEN WERT UEBER DIE
854                # ENTSPRECHENDE SCRIPT-OPTION ERHALTEN HAT. SOLCHE
855                # VARIABLEN HAETTEN DANN DEN WERT "" ODER IM INTEGER-FALL DEN
856                # WERT 0.  ALLGEMEINE REGEL ALSO: SCRIPT-OPTION GEHT UEBER
857                # KONFIGURATIONSDATEI
858             if [[ "$(eval echo \$$var)" = ""  ||  "$(eval echo \$$var)" = "0" ]]
859             then
860                eval  $var=\$value
861
862                   # EVTL. BILDSCHIRMAUSGABEN DER ENVIRONMENT-VARIABLEN
863                if [[ $do_trace = true ]]
864                then
865                   printf "\n*** ENVIRONMENT-VARIABLE $var = $value"
866                fi
867             fi
868
869                # WENN ENVIRONMENT-VARIABLE HOST VEREINBART, DANN SOFORT AUSWERTEN
870                # WERT VON do-remote WIRD BEI DATEIVERBINDUNGEN BENOETIGT
871                # WENN AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WIRD, IST GLEICHZEITIG KLAR,
872                # DASS EIN BATCH-JOB GESTARTET WERDEN MUSS
873             if [[ $var = host ]]
874             then
875                if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
876                then
877                   do_batch=true
878                   do_remote=true
879                   case  $host  in
880                       (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|ibmy|lckyoto|lcsgib|lcsgih|nech|necriam|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckordi)  true;;
881                       (*)  printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
882                            printf "\n      is not available"
883                            locat=nqs; exit;;
884                   esac
885                else
886                   host=$localhost
887                fi
888             fi
889
890                # VOM BENUTZER DEFINIERTE ENVIRONMENT VARIABLEN MUESSEN PRINZIPIELL
891                # EXPORTIERT WERDEN, DA SIE VIELLEICHT IN WEITER UNTEN AUFZURUFEN-
892                # DEN PROGRAMMEN BENOETIGT WERDEN
893             export  $var
894          fi
895
896
897
898
899       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "EC:" ]]
900       then
901
902             # ZEILE DEFINIERT ERROR-KOMMANDO
903          (( iec = iec + 1 ))
904          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
905          err_command[$iec]="$zeile"
906
907       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "IC:" ]]
908       then
909
910             # ZEILE DEFINIERT INPUT-KOMMANDO
911          (( iic = iic + 1 ))
912          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
913          in_command[$iic]="$zeile"
914
915       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "OC:" ]]
916       then
917
918             # ZEILE DEFINIERT OUTPUT-KOMMANDO
919          (( ioc = ioc + 1 ))
920          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
921          out_command[$ioc]="$zeile"
922
923       else
924
925             # ZEILE DEFINIERT DATEIVERBINDUNG. EINLESEN DER DATEIEIGENSCHAFTEN
926             # s2a: in/out - Feld
927             # s2b: loc    - Feld (optional)
928             # s2c: tr/ar  - Feld (optional)
929#          echo $zeile | cut -d" " -f1-2 | read  s1  s2
930          s1=`echo $zeile | cut -d" " -f1`
931          s2=`echo $zeile | cut -d" " -s -f2`
932          s2a=$(echo $s2 | cut -d":" -f1)
933          if [[ $(echo $s2 | grep -c ":") = 0 ]]
934          then
935             s2b=""
936             s2c=""
937          else
938#             echo $s2 | cut -d":" -f2-3 | sed 's/:/ /g' | read  s2b  s2c
939             s2b=`echo $s2 | cut -d":" -f2 | sed 's/:/ /g'`
940             s2c=`echo $s2 | cut -d":" -s -f3 | sed 's/:/ /g'`
941          fi
942#          echo $zeile | cut -d" " -f3-6 | read  s3  s4  s5  s6
943          s3=`echo $zeile | cut -d" " -f3`
944          s4=`echo $zeile | cut -d" " -s -f4`
945          s5=`echo $zeile | cut -d" " -s -f5`
946          s6=`echo $zeile | cut -d" " -s -f6`
947
948       
949             # ABSPEICHERN DER DATEIVERBINDUNG, FALLS IN INPUT- ODER OUTPUT-LIST
950             # VERMERKT. VARIABLE S3 KANN AUCH LISTE ENTHALTEN (FELDTRENNER ":")
951             # DATEIVERBINDUNG WIRD DANN NICHT ABGESPEICHERT UND GEPRUEFT, WENN
952             # PROGRAMMLAUF AUF REMOTE-MASCHINE ERFOLGT UND DATEI NUR LOKAL VOR-
953             # HANDEN SEIN MUSS (D.H. s2b = loc)
954          IFSALT="$IFS"; IFS="$IFS:"
955          if [[ "$s2a" = in  &&  ! ( $do_remote = true  &&  ( "$s2b" = loc  ||  "$s2b" = locopt ) ) ]]
956          then
957             found=false
958             for  actual  in  $input_list
959             do
960                for  formal  in  $s3
961                do
962                   [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-" ]]  &&  found=true
963                done
964             done
965             if [[ $found = true ]]
966             then
967                (( iin = iin + 1 ))
968                localin[$iin]=$s1; transin[$iin]=$s2b; actionin[$iin]=$s2c;
969                typein[$iin]=$s3; pathin[$iin]=$s4; endin[$iin]=$s5;
970                extin[$iin]=$s6
971             fi
972          elif [[ "$s2a" = out  &&  ! ( $do_remote = true  &&  "$s2b" = loc ) ]]
973          then
974             found=false
975             for  actual  in  $output_list
976             do
977                for  formal  in  $s3 
978                do
979                   [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-"  ]]  &&  found=true
980                done
981             done
982             if [[ $found = true ]]
983             then
984                (( iout = iout + 1 ))
985                localout[$iout]=$s1; actionout[$iout]=$s2c; typeout[$iout]=$s3;
986                pathout[$iout]=$s4; endout[$iout]=$s5; extout[$iout]=$s6
987             fi
988          elif [[ "$s2a" != in  &&  "$s2a" != out ]]
989          then
990             printf "\n  +++ I/O-attribute in configuration file $config_file has the invalid"
991             printf "\n      value \"$s2\". Only \"in\" and \"out\" are allowed!"
992             locat=connect; exit
993          fi
994          IFS="$IFSALT"
995       fi
996    done < $config_file
997
998 else
999
1000
1001       # INTERPRETATION DER KONFIGURATIONSDATEI MITTELS FORTRAN 90 - PROGRAMM
1002    [[ $silent = false ]]  &&  printf "..."
1003    export  cond1 cond2 config_file do_remote do_trace input_list localhost output_list
1004    export  interpreted_config_file=.icf.$RANDOM
1005
1006
1007
1008       # ENVIRONMENT-VARIABLEN FUER INTERPRET_CONFIG UEBER NAMELIST_DATEI ZUR
1009       # VERFUEGUNG STELLEN
1010    cat  >  .mrun_environment  <<  %%END%%
1011 &mrun_environment  cond1 = '$cond1', cond2 = '$cond2',
1012                    config_file = '$config_file', do_remote = '$do_remote',
1013                    do_trace = '$do_trace', host = '$host',
1014                    input_list = '$input_list', icf = '$interpreted_config_file',
1015                    localhost = '$localhost', output_list = '$output_list' /
1016
1017%%END%%
1018
1019       # WERTE VON MRUN-OPTIONEN SICHERN UND DAMIT GEGEBENENFALLS SPAETER DIE
1020       # IN DER KONFIGURAIONSDATEI ANGEGEBENEN WERTE UEBERSTEUERN
1021    mrun_memory=$memory
1022    mrun_group_number=$group_number
1023    mrun_cpumax=$cpumax
1024    mrun_numprocs=$numprocs
1025
1026    if [[ $localhost_realname = "sx-fep" ]]
1027    then
1028       /home/COAR/NC/raasch/pub/interpret_config_necriam.x
1029    else
1030
1031       if [[ "$host" != $localhost ]]
1032       then
1033
1034             # REMOTE JOB FROM LOCAL HOST: JUST TAKE THE FIRST EXECUTABLE FOUND
1035          interpret_config_executable=`ls -1 ${PALM_BIN}/interpret_config*.x 2>/dev/null`
1036          if [[ $? != 0 ]]
1037          then
1038             printf "\n\n  +++ no interpret_config found"
1039             printf "\n      run \"mbuild -u -h ...\" to generate utilities for this host"
1040             locat=interpret_config; exit
1041          fi
1042          interpret_config_executable=`echo $interpret_config_executable | cut -d" " -f1`
1043          $interpret_config_executable
1044
1045       else
1046
1047             # CHECK, IF THERE IS AN EXECUTABLE FOR THE BLOCK
1048          if [[ ! -f ${PALM_BIN}/interpret_config${block}.x ]]
1049          then
1050             printf "\n\n  +++ no interpret_config found for given block \"$cond1 $cond2\""
1051             printf "\n      run \"mbuild -u -h ...\" to generate utilities for this block"
1052             locat=interpret_config; exit
1053          else
1054             interpret_config${block}.x
1055          fi
1056
1057       fi
1058    fi
1059    rm .mrun_environment
1060
1061
1062       # AUSFUEHRUNG DER GENERIERTEN SHELL-KOMMANDOS IN DIESER SHELL
1063    chmod  u+x  $interpreted_config_file
1064    export PATH=$PATH:.
1065    . $interpreted_config_file
1066    rm  $interpreted_config_file
1067
1068
1069       # OPTIONSWERTE UEBERSTEUERN KONFIGURATIONSDATEI
1070    [[ $mrun_memory     != 0   ]]  &&  memory=$mrun_memory
1071    [[ "$mrun_group_number" != "none" ]]  &&  group_number=$mrun_group_number
1072    [[ $mrun_cpumax     != 0   ]]  &&  cpumax=$mrun_cpumax
1073    [[ "$mrun_numprocs" != ""  ]]  &&  numprocs=$mrun_numprocs
1074    [[ "$max_par_io_str" != "" ]]  &&  maximum_parallel_io_streams=$max_par_io_str
1075    [[ "$mrun_tasks_per_node" != "" ]]  &&  tasks_per_node=$mrun_tasks_per_node
1076
1077 fi
1078
1079
1080    # QUELLTEXTVERZEICHNIS AUF LOKALER MASCHINE AUS KONFIGURATIONSDATEI
1081    # BESTIMMEN (WUERDE SONST EVTL. DAS VERZEICHNIS DES JEWEILS UNTER -h
1082    # ANGEGEBENEN REMOTE-RECHNERS SEIN)
1083    # BEI BATCH-JOBS SIND DIE ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE SCHON KOMPLETT
1084 if [[ "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1085 then
1086
1087       # ZUERST PRUEFEN, OB EIN GLOBALER QUELLTEXTPFAD FUER ALLE RECHNER
1088       # VEREINBART WURDE
1089    source_path=""
1090    line=""
1091    grep "%source_path" $config_file  >  tmp_mrun
1092    while read line
1093    do
1094       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
1095       then
1096          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -f3)" = "" ]]
1097          then
1098             global_source_path=`echo $line | cut -d" " -f2`
1099          fi
1100       fi
1101    done  <  tmp_mrun
1102
1103    line=""
1104    found=false
1105    grep  " $localhost" $config_file | grep "%source_path"  >  tmp_mrun
1106    while read line
1107    do
1108       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
1109       then
1110          if [[ $found = true ]]
1111          then
1112             printf "\n\n  +++ more than one source path found in configuration file"
1113             printf "\n      for local host \"$localhost\" "
1114             locat=source_path; exit
1115          fi
1116          source_path=`echo $line | cut -d" " -f2`
1117          found=true
1118       fi
1119    done  <  tmp_mrun
1120    rm  tmp_mrun
1121
1122    if [[ "$source_path" = "" ]]
1123    then
1124       if [[ "$global_source_path" != "" ]]
1125       then
1126          source_path=$global_source_path
1127       else
1128          printf "\n\n  +++ no source path found in configuration file"
1129          printf "\n      for local host \"$localhost\" "
1130          locat=source_path; exit
1131       fi
1132    fi
1133    eval source_path=$source_path
1134
1135    if [[ ! -d $source_path ]]
1136    then
1137       printf "\n\n  +++ source path \"$source_path\" on local host"
1138       printf "\n      \"$localhost\" does not exist"
1139       locat=source_path; exit
1140    fi
1141
1142 fi
1143
1144
1145    # GLOBALE REVISIONSNUMMER ERMITTELN (FORTSETZUNGSLAEUFEN WIRD DIESE
1146    # DURCH OPTION -G MITGETEILT)
1147 if [[ "$global_revision" = ""   &&  $host != "ibmkisti" ]]
1148 then
1149    global_revision=`svnversion $source_path  2>/dev/null`
1150    global_revision="Rev: $global_revision"
1151 fi
1152
1153
1154    # NOCHMAL PRUEFEN, OB AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL
1155    # (HOST KANN IN KONFIGURATIONSDATEI ANDERS FESTGELEGT WORDEN SEIN)
1156    # WERT VON do_remote WIRD FUER DATEIVERBINDUNGEN BENOETIGT.
1157    # WENN AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WIRD, IST GLEICHZEITIG KLAR,
1158    # DASS EIN BATCH-JOB GESTARTET WERDEN MUSS
1159 if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
1160 then
1161    do_batch=true
1162    do_remote=true
1163    case  $host  in
1164        (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|ibmy|lckyoto|lcsgib|lcsgih|nech|necriam|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckordi)  true;;
1165        (*)  printf "\n"
1166             printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
1167             printf "\n      is not available"
1168             locat=nqs; (( iec = 0 )); exit;;
1169    esac
1170 else
1171    host=$localhost
1172 fi
1173
1174
1175    # PRUEFUNG EINIGER PROZESSORZAHLANGABEN BEI RECHNUNGEN AUF PARALLELRECHNERN
1176 if [[ "$cond1" = parallel  ||  "$cond2" = parallel ]]
1177 then
1178
1179       # PRUEFEN, OB DIE ANZAHL DER ZU VERWENDENDEN PES ANGEGEBEN WURDE
1180    if [[ ! -n $numprocs ]]
1181    then
1182       printf "\n"
1183       printf "\n  +++ option \"-K parallel\" requires additional specification"
1184       printf "\n      of the number of processors to be used by"
1185       printf "\n      mrun-option \"-X\" or by environment-variable"
1186       printf "\n      \"numprocs\" in the configuration file"
1187       locat=numprocs; (( iec = 0 )); exit
1188    fi
1189
1190       # PRUEFEN, OB DIE PROZESSORANZAHL PRO KNOTEN ANGEGEBEN WURDE (GGF.
1191       # DEFAULT-WERT SETZEN) UND OB SIE EIN GANZZAHLIGER TEILER DER
1192       # GESAMTPROZESSORANZAHL IST
1193    if [[ "$tasks_per_node" = ""  &&  $host != lcflow ]]
1194    then
1195       printf "\n"
1196       printf "\n  +++ option \"-T\" (tasks per node) is missing"
1197       printf "\n      set -T option or define tasks_per_node in the config file"
1198       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit
1199    fi
1200    if [[ $host != lcflow ]]
1201    then
1202       (( ival = $tasks_per_node ))
1203       (( pes = numprocs ))
1204#          if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics+1PE) = 1 ]]
1205#          then
1206#             (( pes = pes - 1 ))
1207#          fi
1208       (( ii = pes / ival ))
1209       if (( pes - ii * ival > 0 ))
1210       then
1211          printf "\n"
1212          printf "\n  +++ tasks per node (option \"-T\") must be an integral"
1213          printf "\n      divisor of the total number of processors (option \"-X\")"
1214          printf "\n      values of this mrun-call: \"-T $tasks_per_node\" \"-X $numprocs\""
1215          locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit
1216       fi
1217    fi
1218
1219
1220       # IBMY HAT NUR EINEN KNOTEN
1221    if [[ $host = ibmy ]]
1222    then
1223       if [[ "$tasks_per_node" != ""  &&  "$tasks_per_node" != "$numprocs" ]]
1224       then
1225          printf "\n"
1226          printf "\n  +++ on ibmy, tasks per node (option \"-T\") must be equal to the"
1227          printf "\n      total number of processors (option \"-X\")"
1228          printf "\n      values of this mrun-call: \"-T $tasks_per_node\" \"-X $numprocs\""
1229          locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit
1230       fi
1231    fi
1232
1233
1234       # SETTINGS FOR SUBJOB-COMMAND
1235    TOPT="-T $tasks_per_node"
1236    OOPT="-O $threads_per_task"
1237
1238       # GESAMTZAHL DER KNOTEN BESTIMMEN
1239    if [[ "$tasks_per_node" != "" ]]
1240    then
1241       (( nodes = numprocs / ( tasks_per_node * threads_per_task ) ))
1242    fi
1243
1244       # PRUEFEN, OB NODE USAGE EINEN ERLAUBTEN WERT HAT BZW. DEN DEFAULT
1245       # SETZEN
1246    if [[ $node_usage = default ]]
1247    then
1248       if [[ $host = ibms ]]
1249       then
1250          node_usage=shared
1251       elif [[ $(echo $host | cut -c1-5) = lcsgi ]]
1252       then
1253          node_usage=singlejob
1254       else
1255          node_usage=not_shared
1256       fi
1257    fi
1258
1259    if [[ $node_usage != shared  &&  $node_usage != not_shared  &&  $node_usage != singlejob  &&  "$(echo $node_usage | cut -c1-3)" != "sla" ]]
1260    then
1261       printf "\n"
1262       printf "\n  +++ node usage (option \"-n\") is only allowed to be set"
1263       printf "\n      \"shared\" or \"not_shared\""
1264       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit
1265    fi
1266
1267 fi
1268
1269    # PRUEFEN, OB HOSTFILE EXISTIERT
1270 if [[ -n $hostfile ]]
1271 then
1272    if [[ ! -f $hostfile ]]
1273    then
1274       printf "\n"
1275       printf "\n  +++ hostfile \"$hostfile\" does not exist"
1276       locat=hostfile; exit
1277    fi
1278 fi
1279
1280    # PRUEFEN, OB RHOSTS DATEI EXISTIERT. GEGEBENENFALLS ANLEGEN BZW. ERWEITERN
1281 if [[ $host = ibmy  &&  $do_remote = false ]]
1282 then
1283    if [[ ! -f $HOME/.rhosts ]]
1284    then
1285       echo  "gfdl5.yonsei.ac.kr"  >  $HOME/.rhosts
1286       printf "\n\n  *** file:"
1287       printf "\n           $HOME/.rhosts"
1288       printf "\n      was created\n"
1289    fi
1290    if [[ $(grep -c gfdl5.yonsei.ac.kr $HOME/.rhosts) = 0 ]]
1291    then
1292       echo  "gfdl5.yonsei.ac.kr"  >>  $HOME/.rhosts
1293       printf "\n\n  *** file:"
1294       printf "\n           $HOME/.rhosts"
1295       printf "\n      was extended by the name of the current host\n"
1296    fi
1297 fi
1298
1299
1300    # Set default value for the maximum number of parallel io streams
1301 if [[ "$maximum_parallel_io_streams" = "" ]]
1302 then
1303    maximum_parallel_io_streams=$numprocs
1304 fi
1305
1306
1307    # FALLS NICHT VORGEGEBEN, DEFAULT-QUEUE AUF DER ZIELMASCHINE FESTLEGEN
1308 if [[ $queue = none ]]
1309 then
1310    case  $host  in
1311        (ibmh)       queue=no_class;;
1312        (ibmkisti)   queue=class.32plus;;
1313        (ibmy)       queue=parallel;;
1314        (lckyoto)    queue=ph;;
1315        (lcsgib)     queue=testq;;
1316        (lcsgih)     queue=testq;;
1317        (lctit)      queue=S;;
1318        (nech)       queue=none;;
1319        (necriam)    queue=SP;;
1320        (unics)      queue=unics;;
1321    esac
1322 fi
1323
1324
1325    # VOLLSTAENDIGE DATEINAMEN DER INPUT-FILES BILDEN,
1326    # INPUT-DATEIEN AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND EVTL. HOECHSTE ZYKLUSNUMMER
1327    # ERMITTELN
1328 (( i = 0 ))
1329 while (( i < iin ))
1330 do
1331    (( i = i + 1 ))
1332    (( maxcycle = 0 ))
1333
1334       # NAMENSBILDUNG (EVTL. IST FESTER DATEINAME VORGEGEBEN)
1335    if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1336    then
1337       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${endin[$i]}  # REMOTE-PFAD ERST AUF
1338                                                    # REM-MASCHINE AUSWERTEN
1339       eval filename=${pathin[$i]}/${endin[$i]}
1340    else
1341       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}  # REMOTE-PFAD ERST AUF
1342                                                             # REM-MASCHINE AUSWERTEN
1343       eval filename=${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}
1344    fi
1345    eval pathname=${pathin[$i]}
1346
1347#   SAVE INPUT FILE NAME FOR PARAMETER FILE CHECK
1348    if [[ ("${transin[$i]}" = job) && (-f $filename) ]]
1349    then
1350       filename_input=$filename
1351    fi
1352
1353       # PRUEFEN AUF VORHANDENSEIN
1354    if [[ $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "not found") = 1  || \
1355          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "nicht gefunden") = 1  || \
1356          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "No such file") = 1  || \
1357          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "does not exist") = 1 ]]
1358    then
1359          # DATEIEN MIT EXTENSION (Z.B. NC) MUESSEN NICHT ZWINGEND VORHANDEN
1360          # SEIN, DESHALB IN SOLCHEN FAELLEN KEIN ABBRUCH. DIES IST NUR EINE
1361          # VORUEBERGEHENDE LOESUNG (OKT 05). NICHT ZWINGEND BENOETIGTE
1362          # EINGABEDATEIEN SOLLTEN EINE SPEZIELLE OPTION IN DER DATEI-
1363          # VERBINDUNGSANWEISUNG BEKOMMEN (Z.B. inopt?)
1364       if [[ "${transin[$i]}" != "locopt" ]]
1365       then
1366          printf "\n\n  +++ INPUT-file: "
1367          if [[ "${extin[$i]}" = "" ]]
1368          then
1369             printf "\n           $filename"
1370          else
1371             printf "\n           $filename.${extin[$i]}"
1372          fi
1373          printf "\n      does not exist\n"
1374          locat=input; exit
1375       else
1376          transin[$i]="unavailable"
1377       fi
1378    else
1379
1380          # ZYKLUSNUMMER FESTSTELLEN
1381       ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1382       ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1383       while  read zeile
1384       do
1385          cycle=$(print $zeile | cut -f2 -d".")
1386          if [[ "$cycle" = "$zeile" ]]
1387          then
1388             (( icycle = 0 ))
1389          elif [[ "$cycle" = "${extin[$i]}" ]]
1390          then
1391             (( icycle = 0 ))
1392          else
1393             (( icycle = $cycle ))
1394          fi
1395          if (( icycle > maxcycle ))
1396          then
1397             (( maxcycle = icycle ))
1398             file_to_be_used=$zeile
1399          fi
1400       done <filelist
1401       rm filelist
1402
1403          # EVTL. ZYKLUSNUMMER AN DATEINAMEN ANFUEGEN
1404       if (( maxcycle > 0 ))
1405       then
1406          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1407          then
1408             filename=${filename}.$maxcycle.${extin[$i]}
1409          else
1410             filename=${filename}.$maxcycle
1411          fi
1412       else
1413          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1414          then
1415             filename=${filename}.${extin[$i]}
1416          fi
1417       fi
1418       
1419          # DATEINAMEN OHNE PFAD ABER MIT ZYKLUSNUMMER ABSPEICHERN,
1420          # DA SPAETER BEI RUECKSPEICHERN VOM ARCHIVSYSTEM EVTL. BENOETIGT
1421       absnamein[$i]=$filename
1422       if (( maxcycle > 0 ))
1423       then
1424          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1425          then
1426             frelin[$i]=${endin[$i]}.$maxcycle
1427          else
1428             frelin[$i]=${afname}${endin[$i]}.$maxcycle
1429          fi
1430       else
1431          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1432          then
1433             frelin[$i]=${endin[$i]}
1434          else
1435             frelin[$i]=${afname}${endin[$i]}
1436          fi
1437       fi
1438
1439    fi
1440 done
1441   
1442    # VOLLSTAENDIGE DATEINAMEN (OHNE $ ODER ~) DER OUTPUT-FILES BILDEN,
1443    # OUTPUT-DATEIEN AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND EVTL. HOECHSTE ZYKLUSNUMMER
1444    # ERMITTELN ODER, FALLS NICHT VORHANDEN, PRUEFEN, OB SIE SICH ANLEGEN LASSEN
1445    # DIESE AKTIONEN FINDEN NICHT STATT, WENN PROGRAMM AUF REMOTE-MASCHINE
1446    # RECHNET UND DATEI ANSCHLIESSEND TRANSFERIERT WERDEN SOLL!
1447 (( i = 0 ))
1448 while (( i < iout ))
1449 do
1450    (( i = i + 1 ))
1451    if [[ ! ( $fromhost != $localhost  &&  ( "${actionout[$i]}" = tr || "${actionout[$i]}" = tra || "${actionout[$i]}" = trpe ) ) ]]
1452    then
1453       if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
1454       then
1455          actionout[$i]=""
1456       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe ]]
1457       then
1458          actionout[$i]=pe
1459       elif [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
1460       then
1461          actionout[$i]=a
1462       fi
1463       (( maxcycle = 0 ))
1464       eval filename=${pathout[$i]}/${fname}${endout[$i]}
1465       eval catalogname=${pathout[$i]}
1466       if [[ $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "not found") = 1  || \
1467             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "nicht gefunden") = 1  || \
1468             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "No such file") = 1  || \
1469             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "does not exist") = 1 ]]
1470       then
1471     
1472             # OUTPUT-DATEI NICHT VORHANDEN. PRUEFEN, OB ANLEGEN MOEGLICH.
1473          if  cat /dev/null > $filename 
1474          then
1475             rm  $filename
1476          else
1477
1478                # PRUEFEN, OB KATALOG VORHANDEN UND EVTL. DIESEN ANLEGEN
1479             if [[ ! -d $catalogname ]]
1480             then
1481                if  mkdir -p  $catalogname
1482                then
1483                   printf "\n\n  *** directory:"
1484                   printf "\n           $catalogname"
1485                   printf "\n      was created\n"
1486                else
1487                   printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1488                   printf "\n           $filename"
1489                   printf "\n      cannot be created, because directory does not exist"
1490                   printf "\n      and cannot be created either"
1491                   printf "\n"
1492                   locat=output  ; exit
1493                fi 2>/dev/null
1494             else
1495                printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1496                printf "\n           $filename"
1497                printf "\n      cannot be created, although directory exists"
1498                printf "\n"
1499                locat=output  ; exit
1500             fi
1501          fi 2>/dev/null
1502       else
1503
1504             # ZYKLUSNUMMER FESTSTELLEN
1505          ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1506          ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1507          while  read zeile
1508          do
1509             cycle=$(print $zeile | cut -f2 -d".")
1510             if [[ "$cycle" = "$zeile"  ||  "$cycle" = ${extout[$i]} ]]
1511             then
1512                (( icycle = 1 ))
1513             else
1514                (( icycle = $cycle + 1 ))
1515             fi
1516             if (( icycle > maxcycle ))
1517             then
1518                (( maxcycle = icycle ))
1519             fi
1520          done <filelist
1521          rm filelist
1522       fi
1523
1524          # EVTL. ZYKLUSNUMMER AN DATEINAMEN ANFUEGEN UND PRUEFEN, OB SICH
1525          # DATEI AUCH WIRKLICH ANLEGEN LAESST. IM APPEND-FALL MUSS AN DEN
1526          # HOECHSTEN VORHANDENEN ZYKLUS-ANGEHAENGT WERDEN. ANLAGEPRUEFUNG
1527          # IST DANN NATUERLICH NICHT ZULAESSIG BZW. MOEGLICH
1528       if [[ "${actionout[$i]}" != a ]]
1529       then
1530          if (( maxcycle > 0 ))
1531          then
1532             filename=${filename}.$maxcycle
1533             if  cat /dev/null > $filename 
1534             then
1535                rm  $filename
1536             else
1537                printf "\n  +++ OUTPUT-file:"
1538                printf "\n           $filename"
1539                printf "\n      cannot be created"
1540                locat=output  ; exit
1541             fi
1542          fi
1543       else
1544          (( maxcycle = maxcycle - 1 ))
1545          if (( maxcycle > 0 ))
1546          then
1547             filename=${filename}.$maxcycle
1548          fi
1549       fi
1550       
1551          # DATEINAMEN OHNE PFAD ABER MIT ZYKLUSNUMMER ABSPEICHERN,
1552          # DA SPAETER BEI ABLAGE AUF ARCHIVSYSTEM BZW. FUER
1553          # DATEI OUTPUT_FILE_CONNECTIONS EVTL. BENOETIGT
1554       pathout[$i]=$filename
1555       if (( maxcycle > 0 ))
1556       then
1557          frelout[$i]=${fname}${endout[$i]}.$maxcycle
1558       else
1559          frelout[$i]=${fname}${endout[$i]}
1560       fi
1561
1562    fi
1563 done
1564
1565
1566     # DAS DVR-PAKET ERFORDERT EINE ENTSPRECHENDE BIBLIOTHEK
1567 if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
1568 then
1569    if [[ "$dvr_inc" = "" ]]
1570    then
1571       printf "\n\n  +++ no value for \"dvr_inc\" given in configuration file"
1572       printf "\n      This is required for the dvrp_graphics package.\n"
1573       locat=dvr; exit
1574    fi
1575    if [[ "$dvr_lib" = "" ]]
1576    then
1577       printf "\n\n  +++ no value for \"dvr_lib\" given in configuration file"
1578       printf "\n      This is required for the dvrp_graphics package.\n"
1579       locat=dvr; exit
1580    fi
1581 fi
1582
1583
1584     # PRUEFEN, OB ENTWEDER HAUPTPROGRAMM ODER NUR EIN AUSFUEHRBARES
1585     # PROGRAMM VEREINBART WURDE (IN DIESEM FALL BRAUCHT IM WEITEREN NICHT
1586     # UEBERSETZT ZU WERDEN)
1587 if [[ "$mainprog" = ""  &&  "$executable" = "" ]]
1588 then
1589    printf "\n  +++ neither main program nor executable defined"
1590    locat=source; exit
1591 elif [[ "$mainprog" != ""  &&  "$executable" != "" ]]
1592 then
1593    printf "\n  +++ main program as well as executable defined"
1594    locat=source; exit
1595 elif [[ "$mainprog" = ""  &&  "$executable" != "" ]]
1596 then
1597    do_compile=false
1598 fi
1599
1600
1601    # SOURCE-VERZEICHNIS ZUM AUFSAMMELN DER ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE
1602    # ERZEUGEN. HIERHIN WERDEN SPAETER IM FALL VON BATCH-JOBS AUCH DAS MRUN-
1603    # SCRIPTS SOWIE DIE KONFIGURATIONSDATEI KOPIERT
1604 if [[ $restart_run != true  &&  "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1605 then
1606    rm -rf  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1607    mkdir   SOURCES_FOR_RUN_$fname
1608 fi
1609
1610
1611    # ALLE ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE ZUSAMMENSAMMELN
1612    # BEI BATCH-JOBS IST DIES NICHT NOETIG, WEIL DIE PROGRAMMTEILE BEREITS DURCH
1613    # DEN MRUN-AUFRUF ERMITTELT SIND, DER DEN BATCH-JOB GENERIERT HAT, UND
1614    # IM VERZEICHNIS SOURCES_FOR_RUN_... ABGELEGT SIND
1615 if [[ $do_compile = true  &&  "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1616 then
1617
1618    [[ "$source_list" = LM ]]  &&  source_list=LOCALLY_MODIFIED
1619
1620    if [[ "$source_list" = LOCALLY_MODIFIED ]]
1621    then
1622
1623          # MODIFIZIERTE DATEIEN DER SVN-ARBEITSKOPIE BESTIMMEN
1624       source_list=""
1625       cd  $source_path
1626
1627
1628          # PRUEFEN, OB VERZEICHNIS UEBERHAUPT UNTER SVN-KONTROLLE STEHT
1629       if [[ ! -d .svn ]]
1630       then
1631          printf "\n\n  +++ source directory"
1632          printf "\n         \"$source_path\" "
1633          printf "\n         is not under control of \"subversion\"."
1634          printf "\n         Please do not use mrun-option \"-s LOCALLY_MODIFIED\"\n"
1635       fi
1636
1637
1638          # ALLE MODIFIZIERTEN QUELLCODEDATEIEN AUFLISTEN
1639       Filenames=""
1640       svn status  >  tmp_mrun
1641       while  read line
1642       do
1643          firstc=`echo $line | cut -c1`
1644          if [[ $firstc = M  ||  $firstc = "?" ]]
1645          then
1646             Name=`echo "$line" | cut -c8-`
1647             extension=`echo $Name | cut -d. -f2`
1648             if [[ "$extension" = f90 || "$extension" = F90 || "$extension" = f || "$extension" = F || "$extension" = c ]]
1649             then
1650                Filenames="$Filenames "$Name
1651             fi
1652          fi
1653       done < tmp_mrun
1654
1655
1656          # DATEIEN NACH SOURCES_FOR_RUN_... KOPIEREN
1657       for  dateiname  in  $Filenames
1658       do
1659          cp  $dateiname  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1660          source_list=$source_list"$dateiname "
1661       done
1662
1663       cd -  > /dev/null
1664
1665
1666       # MITTELS OPTION -s ANGEGEBENE DATEIEN NACH SOURCES_FOR_RUN_... KOPIEREN
1667       # BEI AUTOMATISCHEN FORTSETZUNGSLAEUFEN SIND DORT SCHON ALLE DATEIEN
1668       # VORHANDEN
1669    elif [[ "$source_list" != ""  &&  $restart_run != true ]]
1670    then
1671
1672       cd  $source_path
1673
1674       for  filename  in  $source_list
1675       do
1676
1677             # QUELLTEXT-DATEI DARF KEINE PFADE BEINHALTEN
1678          if [[ $(print $filename | grep -c "/") != 0 ]]
1679          then
1680             printf "\n  +++ source code file:  $filename"
1681             printf "\n      must not contain (\"/\") "
1682             locat=source; exit
1683          fi
1684
1685          if [[ ! -f $filename ]]
1686          then
1687             printf "\n  +++ source code file:  $filename"
1688             printf "\n      does not exist"
1689             locat=source; exit
1690          else
1691             cp  $filename  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1692          fi
1693
1694       done
1695
1696       cd -  > /dev/null
1697
1698    fi
1699
1700
1701       # PRUEFEN, OB ENTWEDER HAUPTPROGRAMM VORHANDEN UND ES EVTL. IN DER
1702       # LISTE DER ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE MIT ENTHALTEN IST (WENN
1703       # NICHT, WIRD ES DIESER LISTE HINZUGEFUEGT)
1704    if [[ $restart_run != true ]]
1705    then
1706
1707       if [[ ! -f "$source_path/$mainprog" ]]
1708       then
1709          printf "\n\n  +++ main program:  $mainprog"
1710          printf "\n      does not exist in source directory"
1711          printf "\n      \"$source_path\"\n"
1712          locat=source; exit
1713       else
1714          if [[ $(echo $source_list | grep -c $mainprog) = 0 ]]
1715          then
1716             cp  $source_path/$mainprog  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1717             source_list=${mainprog}" $source_list"
1718          fi
1719       fi
1720    fi
1721
1722
1723       # MAKEFILE AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND KOPIEREN
1724       # BEI RESTART-LAEUFEN LIEGT ES SCHON IM VERZEICHNIS SOURCES_FOR_RUN...
1725    if [[ "$restart_run" != true ]]
1726    then
1727       [[ "$makefile" = "" ]]  &&  makefile=$source_path/Makefile
1728       if [[ ! -f $makefile ]]
1729       then
1730          printf "\n  +++ file \"$makefile\" does not exist"
1731          locat=make; exit
1732       else
1733          cp  $makefile  SOURCES_FOR_RUN_$fname/Makefile
1734       fi
1735    fi
1736
1737
1738       # DATEIEN AUS ZUSAETZLICHEM QUELLVERZEICHNIS HINZUFUEGEN
1739    if [[ $restart_run != true  &&  "$add_source_path" != "" ]]
1740    then
1741
1742          # GIBT ES DAS VERZEICHNIS UEBERHAUPT?
1743       if [[ ! -d $add_source_path ]]
1744       then
1745          printf "\n\n  +++ WARNING: additional source code directory"
1746          printf "\n      \"$add_source_path\" "
1747          printf "\n      does not exist or is not a directory."
1748          printf "\n      No source code will be used from this directory!\n"
1749          add_source_path=""
1750          sleep 3
1751       else
1752
1753          cd $add_source_path
1754          found=false
1755
1756          Names=$(ls -1 *.f90 2>&1)
1757          [[ $(echo $Names | grep -c '*.f90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$Names"
1758          Names=$(ls -1 *.F90 2>&1)
1759          [[ $(echo $Names | grep -c '*.F90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1760          Names=$(ls -1 *.F 2>&1)
1761          [[ $(echo $Names | grep -c '*.F') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1762          Names=$(ls -1 *.f 2>&1)
1763          [[ $(echo $Names | grep -c '*.f') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1764          Names=$(ls -1 *.c 2>&1)
1765          [[ $(echo $Names | grep -c '*.c') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1766
1767          cd -  > /dev/null
1768          cd  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1769
1770             # COPY MAKEFILE IF EXISTING
1771          if [[ -f $add_source_path/Makefile ]]
1772          then
1773             printf "\n\n  *** user Makefile from directory"
1774             printf "\n      \"$add_source_path\" is used \n"
1775             sleep 1
1776             cp  $add_source_path/Makefile  .
1777          fi
1778
1779          for  dateiname  in  $AddFilenames
1780          do
1781             if [[ -f $dateiname ]]
1782             then
1783                printf "\n  +++ source code file \"$dateiname\" found in additional"
1784                printf "\n      source code directory \"$add_source_path\" "
1785                printf "\n      but was also given with option \"-s\" which means that it should be taken"
1786                printf "\n      from directory \"$source_path\"."
1787                locat=source; exit
1788             fi
1789
1790             cp  $add_source_path/$dateiname  .
1791             source_list="$source_list $dateiname"
1792
1793                # CHECK IF FILE IS CONTAINED IN MAKEFILE
1794             if [[ $(grep -c $dateiname Makefile) = 0 ]]
1795             then
1796                printf "\n\n  +++ user file \"$dateiname\" "
1797                printf "\n      is not listed in Makefile \n"
1798                locat=source; exit
1799             else
1800
1801                # Default User-Interface von der Liste entfernen, falls Datei
1802                # ein User-Interface enthaelt
1803#             if [[ $( cat $dateiname | grep -c "END SUBROUTINE user_parin" ) != 0 ]]
1804#             then
1805#                if [[ $dateiname != user_interface.f90  &&  -f user_interface.f90 ]]
1806#                then
1807#                   rm -rf  user_interface.f90
1808#                   source_list=`echo $source_list | sed -e 's/user_interface.f90//'`
1809#                   printf "\n\n  *** default \"user_interface.f90\" removed from the files to be translated"
1810#                   printf "\n      since a user-interface is found in file"
1811#                   printf "\n      \"$add_source_path/$dateiname\" \n"
1812#                   sleep 3
1813#                else
1814                if [[ $found = false ]]
1815                then
1816                   found=true
1817                   printf "\n\n  *** following user file(s) added to the"
1818                   printf " files to be translated:\n      "
1819                fi
1820                printf "$dateiname  "
1821                sleep 0.5
1822             fi
1823          done
1824          [[ $found = true ]]  &&  printf "\n"
1825          cd -  > /dev/null
1826       fi
1827    fi
1828
1829
1830       # ALLE UNTERPROGRAMME, DIE ZU VEREINBARTEN SOFTWAREPAKETEN GEHOEREN,
1831       # DER LISTE DER ZU UEBERSETZENDEN DATEIEN HINZUFUEGEN
1832    if [[ $restart_run != true  &&  -n $package_list ]]
1833    then
1834
1835       cd  $source_path
1836
1837       for  package  in  $package_list
1838       do
1839
1840          [[ $package = "dvrp_graphics+1PE" ]]  &&  package=dvrp_graphics
1841
1842             # ERMITTELE ALLE DATEIEN, DIE ZUM PAKET GEHOEREN
1843             # FEHLERMELDUNGEN WERDEN ABGEFANGEN, DA * AUCH VERZEICHNISSNAMEN
1844             # LIEFERT
1845          package_source_list=`grep "defined( __$package " * 2>/dev/null | cut -f1 -d:`
1846
1847
1848             # FUEGE DIESE DATEIEN DER LISTE DER ZU UEBERSETZENDEN DATEIEN
1849             # HINZU, FALLS SIE NOCH NICHT DAZUGEHOEREN
1850          for  source_list_name  in  $package_source_list
1851          do
1852             if [[ $(echo $source_list | grep -c $source_list_name) = 0 ]]
1853             then
1854
1855                    # NUR DATEIEN MIT GUELTIGEN ENDUNGEN VERWENDEN
1856                ending=`echo $source_list_name | cut -f2 -d.`
1857                if [[ "$ending" = f90  ||  "$ending" = F90  ||  "$ending" = f  ||  "$ending" = F  ||  "$ending" = c ]]
1858                then
1859                   cp  $source_list_name  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1860                   source_list="$source_list $source_list_name"
1861                fi
1862             fi
1863          done
1864       done
1865
1866       cd -  > /dev/null
1867    fi
1868
1869
1870       # MAKEFILE AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND KOPIEREN
1871       # BEI RESTART-LAEUFEN LIEGT ES SCHON IM VERZEICHNIS SOURCES_FOR_RUN...
1872#    if [[ "$restart_run" != true ]]
1873#    then
1874#       [[ "$makefile" = "" ]]  &&  makefile=$source_path/Makefile
1875#       if [[ ! -f $makefile ]]
1876#       then
1877#          printf "\n  +++ file \"$makefile\" does not exist"
1878#          locat=make; exit
1879#       else
1880#          cp  $makefile  SOURCES_FOR_RUN_$fname/Makefile
1881#       fi
1882#    fi
1883
1884 fi  # do_compile=true
1885
1886
1887    # FALLS PROGRAMMTEILE UEBERSETZT WERDEN SOLLEN, FOLGEN JETZT EINIGE
1888    # UEBERPRUEFUNGEN UND DAS SETZEN DER PRAEPROZESSOR-DIREKTIVEN
1889 if [[ $do_compile = true ]]
1890 then
1891
1892       # PRAEPROZESSOR-DIREKTIVEN ZUM SELEKTIVEN AUSWAEHLEN VON CODETEILEN
1893       # ZUSAMMENSETZEN
1894       # DIREKTIVEN ZUM AKTIVIEREN VON RECHNERSPEZIFISCHEM CODE
1895    if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1896    then
1897       cpp_options="${cpp_options},-D__ibm=__ibm"
1898    elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = nec ]]
1899    then
1900       cpp_options="$cpp_options -D__nec"
1901    elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-2) = lc ]]
1902    then
1903       cpp_options="$cpp_options -D__lc"
1904    else
1905       cpp_options="$cpp_options -D__$localhost"
1906    fi
1907
1908       # DIREKTIVEN DIE DURCH OPTION -K BESTIMMT WERDEN (Z.B. PARALLEL)
1909    if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1910    then
1911       [[ -n $cond1 ]]  &&  cpp_options="${cpp_options},-D__$cond1=__$cond1"
1912       [[ -n $cond2 ]]  &&  cpp_options="${cpp_options},-D__$cond2=__$cond2"
1913    else
1914       [[ -n $cond1 ]]  &&  cpp_options="$cpp_options -D__$cond1"
1915       [[ -n $cond2 ]]  &&  cpp_options="$cpp_options -D__$cond2"
1916    fi
1917
1918       # DIREKTIVEN DIE SOFTWAREPAKETE AKTIVIEREN (OPTION -p)
1919    if [[ -n $package_list ]]
1920    then
1921       for  package  in  $package_list
1922       do
1923          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1924          then
1925             if [[ $package != "dvrp_graphics+1PE" ]]
1926             then
1927                cpp_options="${cpp_options},-D__$package=__$package"
1928             else
1929                cpp_options="${cpp_options},-D__dvrp_graphics=__dvrp_graphics"
1930                export use_seperate_pe_for_dvrp_output=true
1931             fi
1932          else
1933             if [[ $package != "dvrp_graphics+1PE" ]]
1934             then
1935                cpp_options="$cpp_options -D__$package"
1936             else
1937                cpp_options="$cpp_options -D__dvrp_graphics"
1938                export use_seperate_pe_for_dvrp_output=true
1939             fi
1940          fi
1941       done
1942    fi
1943
1944       # DIREKTIVEN DIE DURCH OPTION -D FESTGELEGT SIND
1945    if [[ -n $cpp_opts ]]
1946    then
1947       for  popts  in  $cpp_opts
1948       do
1949          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1950          then
1951             cpp_options="${cpp_options},-D__$popts=__$popts"
1952          else
1953             cpp_options="$cpp_options -D__$popts"
1954          fi
1955       done
1956    fi
1957
1958 else
1959
1960
1961       # BEI LOKALEN RECHNUNGEN PRUEFEN, OB EXECUTABLE VORHANDEN
1962    if [[ $do_remote = false ]]
1963    then
1964       if [[ ! -f $executable ]]
1965       then
1966          printf "\n  +++ executable file:  $executable"
1967          printf "\n      does not exist"
1968          locat=executable; exit
1969       fi
1970    fi
1971 fi
1972
1973
1974    # JOBMODUS FESTSTELLEN
1975 if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
1976 then
1977    jobmo=BATCH
1978 else
1979    jobmo=INTERACTIVE
1980 fi
1981
1982
1983    # no interactive runs on lctit
1984 if [[ $host = lctit  &&  $jobmo = INTERACTIVE  &&  $do_batch = false ]]
1985 then
1986    printf "\n  +++ no interactive runs allowed on host \"$host\" "
1987    printf "\n      please submit batch job using mrun option \"-b\" \n"
1988    locat=normal; exit
1989 fi
1990
1991
1992    # HOSTSPEZIFISCHE DEFAULT-COMPILER SETZEN, FALLS NICHT BEREITS
1993    # DURCH BENUTZER ANDERWEITIG VEREINBART
1994 if [[ "$compiler_name" = "" ]]
1995 then
1996
1997    printf "\n  +++ no compiler specified for \"$host $cond1 $cond2\""
1998    locat=compiler_name; exit
1999
2000 fi
2001
2002
2003    # COMPILER AUF RIAMS NEC UEBERSCHREIBEN
2004 [[ $localhost = necriam ]]  &&  compiler_name=mpif90
2005
2006
2007
2008    # TEMPORAEREN KATALOGNAMEN BESTIMMEN
2009 kennung=$RANDOM
2010 if [[ "$tmp_user_catalog" = "" ]]
2011 then
2012    if [[ $localhost = ibmh ]]
2013    then
2014       tmp_user_catalog=$SCRATCH
2015    elif [[ $localhost = nech ]]
2016    then
2017       tmp_user_catalog=$WRKSHR
2018    else
2019       tmp_user_catalog=/tmp
2020    fi
2021 fi
2022 TEMPDIR=$tmp_user_catalog/${usern}.$kennung
2023
2024
2025    # KATALOGNAMEN FUER ZWISCHENSPEICHERUNG VON FORTSETZUNGSLAUFDATEIEN
2026    # BESTIMMEN
2027 if [[ "$tmp_data_catalog" = "" ]]
2028 then
2029    if [[ $localhost = nech ]]
2030    then
2031       tmp_data_catalog=$WRKSHR/mrun_restart_data
2032    else
2033       tmp_data_catalog=/tmp/mrun_restart_data
2034    fi
2035 fi
2036
2037
2038    # EVENTUELL BEI LOKALEN RECHNUNGEN $-ZEICHEN IN ENVIRONMENT-VARIABLEN
2039    # ERSETZEN
2040 if [[ $do_remote = false  &&  $do_compile = true ]]
2041 then
2042    eval  fopts=\"$fopts\"
2043    eval  lopts=\"$lopts\"
2044 fi
2045
2046
2047
2048    # COMPILE- UND LINK-OPTIONEN BESTIMMEN
2049 fopts="$fopts $netcdf_inc $dvr_inc"
2050 lopts="$lopts $netcdf_lib $dvr_lib"
2051 ROPTS="$ropts"
2052 if [[ ( $(echo $host | cut -c1-3) = nec  ||  $(echo $host | cut -c1-3) = ibm  ||  $host = lckyoto  ||  $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib  ||  $host = lctit  ||  $host = lcfimm  ||  $host = lcxe6 ||  $host = lcxt5m || $host = lck || $host = lckordi)  &&  -n $numprocs ]]
2053 then
2054    XOPT="-X $numprocs"
2055 fi
2056
2057
2058
2059    # PRUEFEN DER CPU-ZEIT. (CPUMAX WIRD ALS ENV-VARIABLE VOM HAUTPRO-
2060    # GRAMM BENOETIGT
2061 done=false
2062 while [[ $done = false ]]
2063 do
2064    cputime=$cpumax
2065    if (( $cputime == 0 ))
2066    then
2067       if [[ $do_batch = true ]]
2068       then
2069          printf "\n  +++ cpu-time is undefined"
2070          printf "\n  >>> Please type CPU-time in seconds as INTEGER:"
2071          printf "\n  >>> "
2072          read  cputime  1>/dev/null  2>&1
2073       else
2074          cputime=10000000   # NO CPU LIMIT FOR INTERACTIVE RUNS
2075       fi
2076    else
2077       done=true
2078    fi
2079    cpumax=$cputime
2080 done
2081
2082 (( minuten = cputime / 60 ))
2083 (( sekunden = cputime - minuten * 60 ))
2084
2085
2086    # PRUEFEN DER KERNSPEICHERANFORDERUNG
2087 if [[ $do_batch = true ]]
2088 then
2089    done=false
2090    while [[ $done = false ]]
2091    do
2092       if (( memory == 0 ))
2093       then
2094          printf "\n  +++ memory demand is undefined"
2095          printf "\n  >>> Please type memory in  MByte per process  as INTEGER:"
2096          printf "\n  >>> "
2097          read  memory  1>/dev/null  2>&1
2098       else
2099          done=true
2100       fi
2101    done
2102 fi
2103
2104
2105    # PRUEFEN, OB FUER REMOTE-RECHNUNGEN EIN BENUTZERNAME ANGEGEBEN WURDE
2106 if [[ $do_remote = true  &&  -z $remote_username ]]
2107 then
2108    while [[ -z $remote_username ]]
2109    do
2110       printf "\n  +++ username on remote host \"$host\" is undefined"
2111       printf "\n  >>> Please type username:"
2112       printf "\n  >>> "
2113       read  remote_username
2114    done
2115    mc="$mc -u$remote_username"
2116 fi
2117
2118    # CHECK FOR INITIAL COMMANDS AFTER LOGIN
2119 if [[ "$login_init_cmd" != "" ]]
2120 then
2121    export init_cmds="${login_init_cmd};"
2122 fi
2123
2124
2125    # set module load command and export for subjob
2126 if [[ "$modules" != "" ]]
2127 then
2128    if [[ $host = lctit ]]
2129    then
2130       export module_calls=". $modules"
2131    else
2132       export module_calls="module load ${modules};"
2133    fi
2134 fi
2135
2136    # bugfix for wrong netcdf module and for netCDF4 usage in case of mpt
2137 if [[ $host = lcsgib  ||  $host = lcsgih ]]
2138 then
2139    if [[ $(echo $module_calls | grep -c netcdf/3.6.3-intel) != 0 ]]
2140    then
2141       export module_calls="$module_calls export LD_LIBRARY_PATH=/sw/dataformats/netcdf/3.6.3-intel/lib:\$LD_LIBRARY_PATH;"
2142    fi
2143#     if [[ $(echo $module_calls | grep -c mpt) != 0 ]]
2144#     then
2145#        export module_calls="$module_calls export LD_LIBRARY_PATH=/sw/sgi/mpt/2011-02-07/lib:\$LD_LIBRARY_PATH;"
2146#        echo "*** module_calls = $module_calls"
2147#     fi
2148 fi
2149
2150
2151    # SET DEFAULT VALUE FOR MPI MODULE TO BE USED ON SGI-ALTIX
2152 if [[ $host = lcsgib  ||  $host = lcsgih ]]
2153 then
2154    if [[ $(echo $modules | grep -c mpt ) != 0 ]]
2155    then
2156       mpilib=mpt
2157    elif [[ $(echo $modules | grep -c mvapich ) != 0 ]]
2158    then
2159       mpilib=mvapich
2160    elif [[ $(echo $modules | grep -c impi ) != 0 ]]
2161    then
2162       mpilib=impi
2163    fi
2164 fi
2165
2166
2167
2168###########################################################################
2169# HEADER-AUSGABE
2170###########################################################################
2171
2172
2173 calltime=$(date)
2174 printf "\n"
2175# [[ $silent = false ]]  &&  clear
2176 printf "#--------------------------------------------------------------# \n"
2177 printf "| $version$calltime | \n"
2178 printf "|                                                              | \n"
2179 spalte1="called on:"; spalte2=$localhost_realname
2180 printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2181 if [[ $local_compile = false ]]
2182 then
2183    if [[ $do_remote = true ]]
2184    then
2185       spalte1="execution on:"; spalte2="$host (username: $remote_username)"
2186    else
2187       spalte1="execution on:"; spalte2="$host ($localhost_realname)"
2188    fi
2189 else
2190    spalte1="compiling test only!"; spalte2=""
2191 fi
2192 printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2193 if [[ -n $numprocs ]]
2194 then
2195    spalte1="number of PEs:"; spalte2=$numprocs
2196    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2197 fi
2198 if [[ -n $tasks_per_node ]]
2199 then
2200    spalte1="tasks per node:"; spalte2="$tasks_per_node (number of nodes: $nodes)"
2201    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2202 fi
2203 if [[ $maximum_parallel_io_streams != $numprocs ]]
2204 then
2205    spalte1="max par io streams:"; spalte2="$maximum_parallel_io_streams"
2206    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2207 fi
2208 if [[ $use_openmp = true ]]
2209 then
2210    spalte1="threads per task:"; spalte2="$threads_per_task"
2211    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2212 fi
2213 printf "|                                                              | \n"
2214 if [[ $do_compile = true ]]
2215 then
2216    if [[ "$mopts" != "" ]]
2217    then
2218       spalte1="make options:"; spalte2=$mopts
2219       printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2220       zeile=$(echo "$mopts" | cut -c41-)
2221       while [[ "$zeile" != "" ]]
2222       do
2223          spalte1=""
2224          spalte2=$zeile
2225          printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2226          zeile=$(echo "$zeile" | cut -c41-)
2227       done
2228    fi
2229
2230    spalte1="cpp directives:"; spalte2=$cpp_options
2231    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2232    zeile=$(echo "$cpp_options" | cut -c41-)
2233    while [[ "$zeile" != "" ]]
2234    do
2235       spalte1=""
2236       spalte2=$zeile
2237       printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2238       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c41-)
2239    done
2240
2241    spalte1="compiler options:"; spalte2="$fopts"
2242    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2243    zeile=$(echo "$fopts" | cut -c41-)
2244    while [[ "$zeile" != "" ]]
2245    do
2246       spalte1=""
2247       spalte2=$zeile
2248       printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2249       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c41-)
2250    done
2251
2252    spalte1="linker options:"; spalte2=$lopts
2253    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2254    zeile=$(echo "$lopts" | cut -c41-)
2255    while [[ "$zeile" != "" ]]
2256    do
2257       spalte1=""
2258       spalte2=$zeile
2259       printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2260       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c41-)
2261    done
2262
2263    spalte1="modules to be load:"; spalte2=$modules
2264    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2265    zeile=$(echo "$modules" | cut -c41-)
2266    while [[ "$zeile" != "" ]]
2267    do
2268       spalte1=""
2269       spalte2=$zeile
2270       printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2271       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c41-)
2272    done
2273
2274    spalte1="main program":; spalte2=$mainprog
2275    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2276 else
2277    spalte1=executable:; spalte2=$executable
2278    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2279 fi
2280 printf "|                                                              | \n"
2281 spalte1="base name of files":; spalte2=$fname
2282 printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2283 if [[ $fname != $afname ]]
2284 then
2285    spalte1="base name of input files":; spalte2=$afname
2286    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2287 fi
2288 spalte1="INPUT control list":; spalte2=$input_list
2289 printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2290 spalte1="OUTPUT control list":; spalte2=$output_list
2291 printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2292
2293 if [[ $do_batch = true  ||  "$LOADLBATCH" = yes ]]
2294 then
2295    spalte1="memory demand / PE":; spalte2="$memory MB"
2296    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2297    spalte1=CPU-time:; spalte2="$minuten:$sekunden"
2298    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2299 fi
2300
2301 if [[ $do_compile = true ]]
2302 then
2303    printf "|                                                              | \n"
2304    printf "| Files to be compiled:                                        | \n"
2305    zeile=$source_list
2306    while [[ "$zeile" != "" ]]
2307    do
2308       spalte3=$zeile
2309       printf "| $spalte3 | \n"
2310       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c61-)
2311    done
2312 fi
2313 printf "#--------------------------------------------------------------#"
2314
2315
2316
2317    # BEDINGTE AUSGABE DER DATEIVERBINDUNGEN
2318 if [[ $do_trace = true ]]
2319 then
2320    (( i = 0 ))
2321    while (( i < iin ))
2322    do
2323       (( i = i + 1 ))
2324       if (( i == 1 ))
2325       then
2326          printf "\n\n >>> INPUT-file assignments:\n"
2327       fi
2328       printf "\n     ${localin[$i]} :  ${absnamein[$i]}"
2329    done
2330    (( i = 0 ))
2331    while (( i < iout ))
2332    do
2333       (( i = i + 1 ))
2334       if (( i == 1 ))
2335       then
2336          printf "\n\n >>> OUTPUT-file assignments:\n"
2337       fi
2338       printf "\n     ${localout[$i]} :  ${pathout[$i]}"
2339    done
2340    (( i = 0 ))
2341    while (( i < iic ))
2342    do
2343       (( i = i + 1 ))
2344       if (( i == 1 ))
2345       then
2346          printf "\n\n >>> INPUT-commands:\n"
2347       fi
2348       printf "\n     ${in_command[$i]}" 
2349    done
2350    (( i = 0 ))
2351    while (( i < ioc ))
2352    do
2353       (( i = i + 1 ))
2354       if (( i == 1 ))
2355       then
2356          printf "\n\n >>> OUTPUT-commands:\n"
2357       fi
2358       printf "\n     ${out_command[$i]}" 
2359    done
2360 fi
2361
2362
2363    # ABFRAGEN BEI AUFRUF AUF LOKALER MASCHINE
2364 if [[ $remotecall = false  &&  $silent = false  &&  $jobmo != BATCH ]]
2365 then
2366    antwort=dummy
2367    printf "\n\n"
2368    while [[ "$antwort" != y  &&  "$antwort" != Y  &&  "$antwort" != n  &&  "$antwort" != N ]]
2369    do
2370       printf " >>> everything o.k. (y/n) ?  "
2371       read  antwort
2372    done
2373    if [[ $antwort = n  ||  $antwort = N ]]
2374    then
2375       locat=user_abort; (( iec = 0 )); exit
2376    fi
2377    if [[ $do_batch = true ]]
2378    then
2379       printf " >>> batch-job will be created and submitted"
2380    else
2381       if [[ $local_compile = false ]]
2382       then
2383          printf " >>> MRUN will now continue to execute on this machine"
2384       else
2385          printf " >>> a test compilation will now be carried out on this machine"
2386       fi
2387    fi
2388 fi
2389
2390#### PERFORM PARAMETER FILE CHECK (COUPLED RUNS ARE NOT SUPPORTED YET)
2391
2392#DEFINE VARIABLES FOR FREQUENTLY USED DIRECTORIES
2393 check_depository="${working_directory}/trunk/UTIL"
2394 check_sources="${working_directory}/tmp_check_namelist_files"
2395 skip_check=false
2396
2397#CHECK IF NAMELIST_FILE_CHECK HAS BEEN COMPILED SUCCESSFULLY
2398 if [[ ! -f $check_depository/check_namelist_files.tar ]]
2399 then
2400      skip_check=true
2401      reason="run on remote host or parameter file check has not been compiled."
2402 fi
2403 if [[ ! -f $PALM_BIN/check_namelist_files.x ]]
2404 then
2405      skip_check=true
2406      reason="parameter file check has not been compiled."
2407 fi
2408
2409#CHECK FOR PARALLEL RUN; OTHERWISE SKIP CHECK
2410 if [[ "$cond1" != "parallel"  &&  "$cond2" != "parallel" ]]
2411 then
2412     skip_check=true
2413     reason="serial run."
2414 fi
2415
2416#ONLY PERFORM CHECK IF -z OPTION IS NOT SET, NO RESTART RUN IS CARRIED OUT AND IF THE EXECUTION HOST IS THE LOCAL HOST
2417 if [[ $check_namelist_files == false ]]
2418 then
2419     skip_check=true
2420     reason="-z option set."
2421 fi
2422
2423 if [[ $fromhost != $localhost ]]
2424 then
2425     skip_check=true
2426     reason="submitting host is local host." 
2427 fi 
2428
2429 if [[ $run_coupled_model == true ]]
2430 then
2431    skip_check=true
2432    reason="coupled run." 
2433 fi
2434
2435 if [[ $restart_run == true ]]
2436 then
2437    skip_check=true
2438    reason="restart run."     
2439
2440 fi
2441
2442#SKIP CHECK IN CASE OF RESTART RUN: CHECK WHETHER THE LAST CHAR IS "f" IN PARIN
2443 ((last_char = `echo $filename_input | wc -c` - 1))
2444 last_char=`echo $filename_input |cut -c$last_char`
2445 if [[ "$last_char" == "f" ]]
2446 then
2447    skip_check=true
2448    reason="restart run.)"
2449 fi
2450
2451 if [[ $skip_check == false ]]
2452 then
2453
2454    tmp_check=${working_directory}/tmp_check
2455
2456#   GET TOPOGRAPHY PARAMETER FILE SUFFIX (USUALLY "_P3DF"). THIS FILE MIGHT IS
2457#   NOT NECESSARILY REQUIRED
2458    line=""
2459    found=false
2460    grep  "TOPOGRAPHY_DATA" $config_file  >  $tmp_check
2461    while read line1
2462    do
2463       line="$line1"
2464       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2465       then
2466          topo_suffix=`echo $line | tr -s " " | cut -d" " -s -f5`
2467          found=true
2468       fi
2469    done < $tmp_check
2470
2471    if [[ $found = false ]]
2472    then
2473       printf "\n  +++ no TOPOGRAPHY list entry found in the configuration file."
2474    fi
2475
2476    rm -rf ${working_directory}/tmp_check
2477
2478#   CHECK IF THE A P3DF FILE MUST BE CHECKED
2479    for  item  in  $input_list
2480    do
2481       if [[ "$item" == "restart" ]]
2482       then
2483          check_restart=1
2484       else
2485          check_restart=0
2486       fi
2487    done
2488
2489#   ERROR IF NO PARAMETER FILE WAS FOUND, OTHERWISE PROCEED
2490    if [[ (! -f $filename_input) && ( "$filename_input" != "") ]]
2491    then
2492       printf "\n\n  +++ ERROR: parameter file ($filename_input) not found." 
2493       locat=check_namelist; exit
2494    fi
2495   
2496#   CHECK IF THE RESTART PARAMETER FILE EXISTS (IF NECESSARY)
2497    if  [[ $check_restart == 1 ]]
2498    then
2499
2500
2501
2502       filenamef="${filename_input}f"
2503       if [[ ! -f $filenamef ]]
2504       then
2505          printf "\n\n  +++ WARNING: restart parameter file ($filenamef) is missing." 
2506          check_restart=0
2507          answer=dummy
2508          printf "\n\n"
2509
2510          if [[ $silent == false ]]
2511          then
2512             while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
2513             do
2514                printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
2515                read  answer
2516             done
2517             if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
2518             then
2519                printf "\n  +++ Aborting...."
2520                locat=normal; exit
2521             fi
2522          fi
2523       else
2524          check_restart=1
2525       fi
2526    fi
2527
2528#   CREATE TEMPORARY SOURCES_FOR_CHECK PATH
2529    mkdir $check_sources
2530    cd $check_sources
2531
2532
2533#   CHECK FOR USER CODE, OTHERWISE USE THE PRECOMPILED CHECK_NAMELIST_FILES.X
2534    if [[ -d $add_source_path ]]
2535    then
2536       printf "\n\n  *** copying files from $check_depository" 
2537       cp $check_depository/check_namelist_files.tar ./
2538
2539       printf "\n\n  *** untar of makefile and source files in $check_sources"
2540       tar -xf check_namelist_files.tar  >  /dev/null  2>&1
2541
2542       printf "\n\n  *** adding user code." 
2543       cp $add_source_path/* ./
2544       touch check_namelist_files.f90
2545
2546#      GET COMPILER OPTIONS AND PERFORM MAKE
2547       printf "\n\n  *** compiling code if necessary...\n"
2548       copts_check="-cpp -D_parallel -D__check"
2549       make -f Makefile_check F90=$compiler_name_ser  COPT="$copts_check"
2550
2551#      GET MAKE OUTPUT
2552       if [[ $? != 0 ]]
2553       then
2554          printf "\n  +++ error during make."       
2555          answer=dummy
2556          printf "\n\n"
2557          if [[ $silent == false ]]
2558          then
2559             while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
2560             do
2561                printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
2562                read  answer
2563             done
2564             if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
2565             then
2566                printf "\n  +++ Aborting..."
2567                rm -rf  $check_sources
2568                locat=normal; exit
2569             else
2570                skip_check=true
2571             fi
2572          else
2573             skip_check=true
2574          fi
2575       fi
2576    else
2577       cp $PALM_BIN/check_namelist_files.x ./
2578    fi
2579
2580    cp $filename_input ./PARIN
2581    if [[ $check_restart == 1 ]] 
2582    then
2583       cp $filenamef ./PARINF   
2584    fi
2585
2586    if [[ -f ${pathname}/${fname}${topo_suffix} && $skip_check == false ]]
2587    then
2588       printf "\n  *** adding topography data"
2589       cp ${pathname}/${fname}${topo_suffix} ./TOPOGRAPHY_DATA
2590
2591#      IN CASE OF TOPOGRAPHY AND HIGH GRID POINT NUMBERS, THE STACK SIZE
2592#      MUST BE INCREASED. THIS IS DUE TO THE ARRAY nzb_local AND topo_height,
2593#      WHICH REQUIRE SUFFICIENT MEMORY
2594       ulimit -s unlimited         
2595    fi
2596
2597#   CREATE ENVPAR FILE, WHICH IS NEEDED BY CHECK_NAMELIST_FILES.X
2598    cat  >  ENVPAR  <<  %%END%%
2599 &envpar  run_identifier = '$fname', host = '$host',
2600            write_binary = '$write_binary', tasks_per_node = $tasks_per_node,
2601            maximum_parallel_io_streams = $maximum_parallel_io_streams,
2602            maximum_cpu_time_allowed = ${cpumax}.,
2603            revision = '$global_revision',
2604            local_dvrserver_running = $local_dvrserver_running /
2605
2606%%END%%
2607
2608#   SAFETY CHECK: ONLY PROCEED IF THE PARAMETER CHECK PROGRAM WAS PROPERLY COMPILED
2609    if [[ ! -f check_namelist_files.x && $skip_check == false ]] then
2610       printf "\n  +++ WARNING: check_namelist_files.x not found."
2611       answer=dummy
2612       printf "\n\n"
2613
2614       if [[ $silent == false ]]
2615       then
2616          while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
2617          do
2618             printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
2619             read  answer
2620          done
2621          if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
2622          then
2623             printf "\n  +++ Aborting..."
2624             rm -rf  $check_sources
2625             locat=normal; exit
2626          else
2627             printf "\n  *** Skipping parameter file check."
2628         
2629          fi
2630      fi
2631       
2632    elif [[ $skip_check == false ]]
2633    then
2634#      STARTING THE PARAMETER FILE CHECK
2635       printf "\n\n  *** starting parameter file check..."
2636
2637#      CHECKING THE P3D FILE
2638       printf "\n\n      (1) checking $filename_input" 
2639       echo "$numprocs 0" > VARIN
2640       errors=`./check_namelist_files.x < VARIN 2>&1`
2641
2642       check_error=false
2643       if [[ "$errors" == "" ]]
2644       then
2645          printf " --> o.k."
2646       else
2647          printf " --> failed."
2648          check_error=true
2649          printf "\n\n  $errors"
2650       fi
2651
2652#      CHECKING THE PD3F FILE IF NECESSARY
2653       if [[ $check_restart == 1 && $check_error == false ]]
2654       then
2655          printf "\n\n      (2) checking $filenamef" 
2656
2657#         FIRST CHECK IF INITIALIZING_ACTIONS="READ_RESTART_DATA" IS SET IN &INIPAR LIST
2658          found=false
2659          cat PARINF|while read line
2660          do
2661             line=$(echo $line|sed 's/ //g')
2662             if [[ $line == *"&inipar"* ]]
2663             then
2664                start_search=true
2665             fi
2666
2667             if [[ $start_search == true ]]
2668             then
2669                if [[ $line == *"initializing_actions='read_restart_data'"* ]]
2670                then
2671                   found=true
2672                   break
2673                fi
2674             fi
2675
2676             if [[ $line == *"/"* ]]
2677             then
2678                start_search=false
2679             fi
2680
2681          done
2682
2683          if [[ $found = false ]]
2684          then
2685             printf "\n\n  +++ ERROR: initializing_actions = 'read_restart_data' not found"
2686             printf "\n      in &inipar list in $fname$p3df_suffix."
2687             rm -rf  $check_sources
2688             locat=check_namelist; exit
2689          fi
2690
2691          echo "$numprocs 1" > VARIN
2692          errors=`./check_namelist_files.x < VARIN 2>&1`
2693
2694          if [[ "$errors" == "" ]]
2695          then
2696             printf " --> o.k."
2697          else
2698             printf " --> failed."
2699             check_error=true
2700             printf "\n\n  $errors"
2701          fi
2702       fi
2703   
2704#      REPORT ERRORS AND CONTINUE/EXIT
2705       if [[ $check_error == true ]]
2706       then
2707          printf "\n  +++ errors found in the parameter file!\n"
2708          answer=dummy
2709          printf "\n\n"
2710
2711          while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
2712          do
2713          printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
2714          read  answer
2715          done
2716
2717          if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
2718          then
2719             printf "\n  +++ Aborting..."
2720             rm -rf  $check_sources
2721             locat=normal; exit
2722          fi
2723        else
2724          printf "\n\n  *** parameter file(s) seem(s) to be o.k.\n"
2725        fi
2726        rm -rf $check_sources
2727    fi
2728 else
2729    printf "\n\n  +++ skipping parameter file check due to following reason: $reason" 
2730 fi
2731
2732    # DELETE TEMPORARY DIRECTORY AND FINISH NAMELIST FILE CHECK   
2733 rm -rf  $check_sources
2734 cd $working_directory
2735
2736
2737    # FALLS AUF DIESER MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL, WERDEN JETZT ENTSPRE-
2738    # CHENDE AKTIONEN DURCHGEFUEHRT
2739 if [[ $do_batch = false ]]
2740 then
2741
2742
2743       # TEMPORAEREN KATALOG ERZEUGEN
2744    mkdir -p  $TEMPDIR
2745    chmod  go+rx  $TEMPDIR
2746    tmpcreate=true
2747
2748       # set striping on lustre file system
2749#    if [[ $localhost = lcsgih ]]
2750#    then
2751#       lfs setstripe -s 8192k -c 16  $TEMPDIR
2752#       lfs getstripe $TEMPDIR
2753#    fi
2754
2755
2756       # SAEMTLICHE QUELLTEXT-DATEIEN BZW. AUSFUEHRBARES PROGRAMM IN
2757       # TEMPORAERES VERZEICHNIS KOPIEREN
2758    if [[ $do_compile = true ]]
2759    then
2760
2761          # ON NEC, COMPILATION IS DONE ON HOST CROSS VIA CROSS COMPILING
2762          # CREATE A TEMPORARY DIRECTORY ON THAT MACHINE (HOME MOUNTED VIA NFS)
2763       if [[ $localhost = nech ]]
2764       then
2765          TEMPDIR_COMPILE=$HOME/work/${usern}.$kennung
2766          if  mkdir -p  $TEMPDIR_COMPILE
2767          then
2768             printf "\n  *** \"$TEMPDIR_COMPILE\" "
2769             printf "\n      is generated as temporary directory for cross compiling\n"
2770          else
2771             printf "\n  +++ creating directory \"$TEMPDIR_COMPILE\" "
2772             printf "\n      needed for cross compilation failed"
2773             locat=compile
2774             exit
2775          fi
2776       else
2777          TEMPDIR_COMPILE=$TEMPDIR
2778       fi
2779
2780
2781          # PFADNAMEN FUER DAS MAKE-DEPOSITORY ERMITTELN
2782       line=""
2783       grep "%depository_path" $config_file  >  tmp_mrun
2784       while read line
2785       do
2786          if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2787          then
2788             if [[ "$(echo $line | cut -d" " -s -f3)" = "" ]]
2789             then
2790                global_depository_path=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
2791             fi
2792          fi
2793       done < tmp_mrun
2794
2795       line=""
2796       grep  " $localhost" $config_file | grep "%depository_path"  >  tmp_mrun
2797       while read line
2798       do
2799          if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2800          then
2801             if [[ "$(echo $line | cut -d" " -s -f4)" = "$cond1"  &&  "$(echo $line | cut -d" " -s -f5)" = "$cond2" ]]
2802             then
2803                local_depository_path=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
2804             fi
2805          fi
2806       done < tmp_mrun
2807
2808       if [[ "$local_depository_path" = "" ]]
2809       then
2810          if [[ "$global_depository_path" != "" ]]
2811          then
2812             local_depository_path=$global_depository_path
2813          else
2814             printf "\n\n  +++ no depository path found in configuration file"
2815             printf "\n      for local host \"$localhost\" "
2816             printf "\n      please set \"\%depository_path\" in configuration file\n"
2817             locat=config_file; exit
2818          fi
2819       fi
2820       eval local_depository_path=$local_depository_path
2821       [[ "$cond1" != "" ]]  &&  local_depository_path=${local_depository_path}_$cond1
2822       [[ "$cond2" != "" ]]  &&  local_depository_path=${local_depository_path}_$cond2
2823
2824
2825       basename=`print $mainprog | cut -f1 -d"."`
2826       eval make_depository=${local_depository_path}/${basename}_current_version.tar
2827       if [[ ! -f $make_depository ]]
2828       then
2829          printf "\n"
2830          printf "\n  *** WARNING: make depository \"$make_depository\" not found"
2831          printf "\n               \"make\" will fail, if the Makefile or other source files are missing\n"
2832       else
2833          cp  $make_depository  $TEMPDIR_COMPILE
2834          cd  $TEMPDIR_COMPILE
2835          tar -xf  $make_depository  >  /dev/null  2>&1
2836          cd -  > /dev/null
2837       fi
2838
2839       cp  SOURCES_FOR_RUN_$fname/*  $TEMPDIR_COMPILE
2840
2841    else
2842
2843       cp  $executable   ${TEMPDIR}/a.out
2844
2845    fi
2846
2847
2848       # WECHSEL IN TEMPORAEREN KATALOG
2849    cd  $TEMPDIR
2850    printf "\n  *** changed to temporary directory: $TEMPDIR"
2851
2852
2853       # OUTPUT-DATEI-VERBINDUNGEN AUF TEMPORAERER DATEI ABLEGEN
2854       # DIESE DATEI KANN VON SPAETER AUFZURUFENDEN BENUTZERPROZEDUREN GELESEN
2855       # WERDEN, UM ZU LOKALEN DATEINAMEN GEHOERENDE PERMANENTE NAMEN ZU
2856       # ERMITTELN
2857    (( i = 0 ))
2858    while (( i < iout ))
2859    do
2860       (( i = i + 1 ))
2861       if [[ "${actionout[$i]}" = tr  ||  "${actionout[$i]}" = tra  ||  "${actionout[$i]}" = trpe ]]
2862       then
2863          printf "${localout[$i]} ${actionout[$i]}\n${pathout[$i]}\n${localhost}_${fname}${endout[$i]}\n" >> OUTPUT_FILE_CONNECTIONS
2864       else
2865          printf "${localout[$i]} ${actionout[$i]}\n${pathout[$i]}\n${frelout[$i]}\n" >> OUTPUT_FILE_CONNECTIONS
2866       fi
2867    done
2868
2869
2870       # EVTL. UEBERSETZUNGSAKTIONEN STARTEN
2871    if [[ $do_compile = true ]]
2872    then
2873
2874
2875          # COMPILING WITH MAKE (ON NEC COMPILER IS CALLED ON HOST CROSS)
2876       printf "\n\n\n  *** compilation starts \n$striche\n"
2877       printf "  *** compilation with make using following options:\n"
2878       printf "      make depository:          $make_depository"
2879       if [[ "$mopts" != "" ]]
2880       then
2881          printf "      make options:             $mopts\n"
2882       fi
2883       printf "      compilername:             $compiler_name\n"
2884       printf "      compiler options:         $fopts\n"
2885       printf "      preprocessor directives:  $cpp_options \n"
2886       printf "      linker options:           $lopts \n"
2887       if [[ "$modules" != "" ]]
2888       then
2889          printf "      modules to be load:       $modules \n"
2890       fi
2891       printf "      source code files:        $source_list \n"
2892
2893       if [[ $localhost = nech ]]
2894       then
2895#         init_cmds was ". /SX/opt/etc/initsx.sh;"
2896          ssh  136.172.44.192 -l $usern "$init_cmds $module_calls cd \$HOME/work/${usern}.$kennung; sxmake $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2897          cp  $TEMPDIR_COMPILE/a.out  .
2898          [[ $? != 0 ]]  &&  compile_error=true
2899          rm -rf  $TEMPDIR_COMPILE
2900       elif [[ $localhost = ibmh ]]
2901       then
2902          printf "      compiler is called via ssh on \"plogin1\" \n"
2903          ssh  plogin1  -l $usern  "$init_cmds export PATH=/sw/ibm/xlf/13.1.0.8/usr/bin:$PATH; $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2904          [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2905          continue   # ANDERENFALLS IST STATUS=1, FALLS A.OUT VORHANDEN
2906       elif [[ $localhost = lcsgib ]]
2907       then
2908          printf "      compiler is called via ssh on \"bicegate0\" \n"
2909          ssh  bicegate0  -l $usern  "$init_cmds $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2910          [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2911          continue   # ANDERENFALLS IST STATUS=1, FALLS A.OUT VORHANDEN
2912       elif [[ $localhost = lcsgih ]]
2913       then
2914          printf "      compiler is called via ssh on \"hicegate0\" \n"
2915          ssh  hicegate0  -l $usern  "$init_cmds $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" 2>&1 "
2916          [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2917          continue   # ANDERENFALLS IST STATUS=1, FALLS A.OUT VORHANDEN
2918       elif [[ $localhost = lcflow ]]
2919       then
2920          printf "      compiler is called via ssh on \"flow\" \n"
2921          ssh  flow02.hpc.uni-oldenburg.de -l $usern "$init_cmds $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out F90=$compiler_name COPT=\"$cpp_options\" F90FLAGS=\"$fopts\" LDFLAGS=\"$lopts\" "
2922          [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2923          continue   # ANDERENFALLS IST STATUS=1, FALLS A.OUT VORHANDEN
2924       else
2925          [[ "$init_cmds" != "" ]]  &&  eval $init_cmds
2926          [[ "$module_calls" != "" ]]  &&  eval $module_calls
2927          make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
2928
2929       fi
2930
2931       if [[ $? != 0  ||  "$compile_error" = true  ||  "$module_compile_error" = true ]]
2932       then
2933          printf "\n  +++ error occured while compiling or linking"
2934          locat=compile
2935
2936  # WORKAROUND: REMOVE IF CONSTRUCT LATER, BUT KEEP THE EXIT!
2937#          if [[ $localhost != lcsgib  &&  $localhost != lcsgih ]]
2938#          then
2939             exit
2940#          else
2941#             locat=normal
2942#          fi
2943       else
2944          printf "$striche\n  *** compilation finished \n"
2945       fi
2946    fi
2947
2948
2949       # FALLS NUR TESTWEISE KOMPILIERT WERDEN SOLLTE, IST MRUN JETZT FERTIG
2950    if [[ $local_compile = true ]]
2951    then
2952       cd  $HOME
2953       rm -rf $TEMPDIR
2954       locat=local_compile; exit
2955    fi
2956
2957
2958       # BEREITSTELLEN DER INPUT-DATEIEN
2959       # SCHLEIFE UEBER ALLE VOM BENUTZER ANGEGEBENEN DATEIEN
2960    (( i = 0 ))
2961    while (( i < iin ))
2962    do
2963       (( i = i + 1 ))
2964       if (( i == 1 ))
2965       then
2966          printf "\n\n  *** providing INPUT-files:\n$striche"
2967       fi
2968
2969
2970          # OPTIONALE DATEIEN BEI NICHTVORHANDENSEIN UEBERGEHEN
2971       if [[ "${transin[$i]}" = unavailable ]]
2972       then
2973          if [[ "${extin[$i]}" = ""  ||  "${extin[$i]}" = " " ]]
2974          then
2975             printf "\n  +++ WARNING: input file \"${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}\" "
2976             printf "\n               is not available!"
2977          else
2978             printf "\n  +++ WARNING: input file \"${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}.${extin[$i]}\" "
2979             printf "\n               is not available!"
2980          fi
2981          continue
2982       fi
2983
2984          # PRUEFEN, OB EINZELDATEI ODER DATEI PRO PROZESSOR
2985       files_for_pes=false; datentyp=file
2986       if [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  -n $numprocs ]]
2987       then
2988          files_for_pes=true; datentyp=directory
2989          actionin[$i]=""
2990       elif [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  ! -n $numprocs ]]
2991       then
2992          actionin[$i]=""
2993       elif [[ "${actionin[$i]}" = arpe  &&  -n $numprocs ]]
2994       then
2995          files_for_pes=true; datentyp=directory
2996          actionin[$i]="ar"
2997       elif [[ "${actionin[$i]}" = arpe  &&  ! -n $numprocs ]]
2998       then
2999          actionin[$i]="ar"
3000       elif [[ "${actionin[$i]}" = flpe  &&  -n $numprocs ]]
3001       then
3002          files_for_pes=true; datentyp=directory
3003          actionin[$i]="fl"
3004       elif [[ "${actionin[$i]}" = flpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3005       then
3006          actionin[$i]="fl"
3007       fi
3008
3009       if [[ $files_for_pes = true ]]
3010       then
3011          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}/....  to  ${localin[$i]}"
3012       else
3013          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}  to  ${localin[$i]}"
3014       fi
3015
3016          # INPUT-DATEI FUER EINEN FORTSETZUNGSLAUF. ES WIRD GEPRUEFT,
3017          # OB DIESE DATEI NOCH AUF DEM TEMPORAEREN DATENKATALOG VORHANDEN
3018          # IST. FALLS NICHT, WIRD VERSUCHT, SIE ANSCHLIESSEND VOM ARCHIV-
3019          # SERVER ZU HOLEN
3020       if [[ "${actionin[$i]}" = fl ]]
3021       then
3022          printf "\n      $datentyp will be fetched from temporary directory \"${tmp_data_catalog}\" !"
3023          if [[ $files_for_pes = false ]]
3024          then
3025             if [[ -f "$tmp_data_catalog/${frelin[$i]}" ]]
3026             then
3027                ln  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
3028                got_tmp[$i]=true
3029             elif [[ -f "$WORK/${frelin[$i]}"  &&  $ignore_archive_error = true ]]
3030             then
3031                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" !"
3032                printf "\n  *** trying to use backup copy in \"$WORK\" "
3033                cp  $WORK/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
3034             else
3035                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" "
3036                printf "\n      or \"$tmp_data_catalog\" does not exist!"
3037                printf "\n  *** trying to get copy from archive"
3038                actionin[$i]=ar
3039             fi
3040          else
3041             if [[ -d "$tmp_data_catalog/${frelin[$i]}" ]]
3042             then
3043                mkdir  ${localin[$i]}
3044                cd $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
3045                for file in $(ls *)
3046                do
3047                   ln $file $TEMPDIR/${localin[$i]}
3048                done
3049                cd $TEMPDIR
3050                got_tmp[$i]=true
3051             elif [[ -d "$WORK/${frelin[$i]}"  &&  $ignore_archive_error = true ]]
3052             then
3053                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" !"
3054                printf "\n  *** trying to use backup copy in \"$WORK\" "
3055                cp -r  $WORK/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
3056             else
3057                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" "
3058                printf "\n      or \"$tmp_data_catalog\" does not exist!"
3059                printf "\n  *** trying to get copy from archive"
3060                actionin[$i]=ar
3061             fi
3062          fi
3063       fi
3064
3065
3066          # DATEI LIEGT AUF ARCHIV-SERVER
3067       if [[ "${actionin[$i]}" = ar ]]
3068       then
3069
3070          if [[ $files_for_pes = false ]]
3071          then
3072             printf "\n      file will be restored from archive-system ($archive_system)!"
3073          else
3074             printf "\n      directory will be restored from archive-system ($archive_system)!"
3075          fi
3076
3077          file_restored=false
3078
3079          if [[ $archive_system = asterix ]]
3080          then
3081             do_stagein=true
3082             (( stagein_anz = 0 ))
3083             while [[ $do_stagein = true ]]
3084             do
3085                if [[ $files_for_pes = false ]]
3086                then
3087                   stagein  -O  ${frelin[$i]}  >  STAGEIN_OUTPUT
3088                else
3089                   stagein  -t  -O  ${frelin[$i]}  >  STAGEIN_OUTPUT
3090                fi
3091                cat  STAGEIN_OUTPUT
3092                if [[ $(grep -c "st.msg:i24"  STAGEIN_OUTPUT) != 0 ]]
3093                then
3094                   file_restored=true
3095                   do_stagein=false
3096                else
3097                   (( stagein_anz = stagein_anz + 1 ))
3098                   if (( stagein_anz == 10 ))
3099                   then
3100                      printf "\n  +++ stagein stoped after 10 tries"
3101                      locat=stage
3102                      exit
3103                   fi
3104                   printf "\n  +++ restoring from archive failed, trying again:"
3105                   sleep 900
3106                fi
3107             done
3108          elif [[ $archive_system = DMF ]]
3109          then
3110             if [[ $files_for_pes = false ]]
3111             then
3112                printf "\n  +++ restoring of single files impossible with $archive_system !\n"
3113                locat=DMF
3114                exit
3115             else
3116                find  $ARCHIVE/${frelin[$i]}  -type m  -print  |  dmget
3117                cp  -r $ARCHIVE/${frelin[$i]}  $PWD
3118                file_restored=true
3119             fi
3120          elif [[ $archive_system = tivoli ]]
3121          then
3122             if [[ $files_for_pes = false ]]
3123             then
3124                if [[ $localhost = lcsgih ]]
3125                then
3126                   ssh  $usern@hicedata.hlrn.de  "cp  $PERM/${frelin[$i]}  $PWD"
3127                else
3128                   ssh  $usern@bicedata.hlrn.de  "cp  $PERM/${frelin[$i]}  $PWD"
3129                fi
3130             else
3131                (( inode = 0 ))
3132                while (( inode < nodes ))
3133                do
3134                   if [[ $localhost = lcsgih ]]
3135                   then
3136                      ssh  $usern@hicedata.hlrn.de  "cd $PWD; tar  xf  $PERM/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar"
3137                   else
3138                      ssh  $usern@bicedata.hlrn.de  "cd $PWD; tar  xf  $PERM/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar"
3139                   fi
3140                   (( inode = inode + 1 ))
3141                done
3142             fi
3143             file_restored=true
3144          elif [[ $archive_system = ut ]]
3145          then
3146             if [[ $files_for_pes = false ]]
3147             then
3148                cp  $UT/${frelin[$i]}  .
3149             else
3150                (( inode = 0 ))
3151                while (( inode < nodes ))
3152                do
3153                   tar  xf  $UT/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar
3154                   (( inode = inode + 1 ))
3155                done
3156             fi
3157             file_restored=true
3158          else
3159             printf "\n  +++ archive_system=\"$archive_system\"   restore impossible!"
3160             locat=rearchive
3161             exit
3162          fi
3163
3164          if [[ $file_restored = true ]]
3165          then
3166
3167                # DATEI AUCH AUF TEMPORAERES DATENVERZEICHNIS LEGEN, DAMIT
3168                # SIE BEI WEITEREN ZUGRIFFEN NOCH VORHANDEN IST
3169             [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog; chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
3170             if [[ $files_for_pes = false ]]
3171             then
3172                ln  -f  ${frelin[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
3173             else
3174                mkdir  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
3175                ln  -f  ${frelin[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
3176             fi
3177             got_tmp[$i]=true
3178
3179                # DATEI UNTER LOKALEM NAMEN ZUR VERFUEGUNG STELLEN
3180             mv  ${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
3181
3182          fi
3183       fi
3184
3185
3186          # DATEI LIEGT IM VOM BENUTZER ANGEGEBENEN VERZEICHNIS
3187       if [[ "${actionin[$i]}" = ""  ||  "${actionin[$i]}" = "di"  ||  "${actionin[$i]}" = "npe" ]]
3188       then
3189
3190          if [[ "${actionin[$i]}" = "npe"  &&  -n $numprocs ]]
3191          then
3192
3193                # DATEI WIRD FUER DIE PROZESSOREN EINES PARALLERECHNERS BEREITGESTELLT
3194             printf "\n      file will be provided for $numprocs processors"
3195             mkdir  ${localin[$i]}
3196             ival=$numprocs
3197             (( ii = 0 ))
3198             while (( ii <= ival-1 ))
3199             do
3200                if (( ii < 10 ))
3201                then
3202                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_000$ii
3203                elif (( ii < 100 ))
3204                then
3205                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_00$ii
3206                elif (( ii < 1000 ))
3207                then
3208                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_0$ii
3209                else
3210                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_$ii
3211                fi
3212                (( ii = ii + 1 ))
3213             done
3214
3215          else
3216
3217             if [[ $files_for_pes = true ]]
3218             then
3219
3220                   # DIE DEN PROZESSOREN EINES PARALLELRECHNERS ZUGEHOERIGEN
3221                   # DATEIEN WERDEN BEREITGESTELLT, INDEM ZUERST DER GESAMTE
3222                   # KATALOGINHALT KOPIERT UND DANN DIE EINZELNEN DATEIEN
3223                   # PER MOVE UMBENANNT WERDEN
3224                printf "\n      providing $numprocs files for the respective processors"
3225                mkdir  ${localin[$i]}
3226                if [[ $link_local_input = true ]]
3227                    then
3228                    printf "      using ln -f\n"
3229                    cd ${absnamein[$i]}
3230                    for file in $(ls *)
3231                      do
3232                      ln -f $file  ${localin[$i]}
3233                    done
3234                    cd $TEMPDIR
3235                fi
3236                # If "ln -f" fails of if "$link_local_input = false" do a normal "cp -r"
3237                if [[ ! -f "${localin[$i]}/_0000" ]]
3238                    then
3239                    if [[ $link_local_input = true ]]
3240                        then
3241                        printf "      ln failed for .../_0000, using cp...\n"
3242                    fi
3243                    cp -r  ${absnamein[$i]}/*  ${localin[$i]}
3244                fi
3245
3246             else
3247                   # BEREITSTELLUNG AUF EINPROZESSORRECHNERN
3248                if [[ $link_local_input = true ]]
3249                then
3250                    printf "      using ln -f\n"
3251                    ln -f  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
3252                fi
3253                # If "ln -f" fails of if "$link_local_input = false" do a normal "cp"
3254                if [[ ! -f "${localin[$i]}" ]]
3255                then
3256                    if [[ $link_local_input = true ]]
3257                    then
3258                        printf "      ln failed, using cp...\n"
3259                    fi
3260                    cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
3261                fi
3262             fi
3263          fi
3264       fi
3265
3266    done
3267    if (( i != 0 ))
3268    then
3269       printf "\n$striche\n  *** all INPUT-files provided \n"
3270    fi
3271
3272
3273       # EVENTUELLE INPUT-KOMMANDOS ABARBEITEN
3274    (( i = 0 ))
3275    while (( i < iic ))
3276    do
3277       (( i = i + 1 ))
3278       if (( i == 1 ))
3279       then
3280          printf "\n\n  *** execution of INPUT-commands:\n$striche"
3281       fi
3282       printf "\n  >>> ${in_command[$i]}"
3283       eval  ${in_command[$i]}
3284       if (( i == iic ))
3285       then
3286          printf "\n$striche\n"
3287       fi
3288    done
3289
3290
3291       # VERBLEIBENDE CPU-ZEIT BERECHNEN
3292    cpurest=${cpumax}.
3293
3294
3295       # START DVR STREAMING SERVER
3296    if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
3297    then
3298       if [[ "$dvr_server" != "" ]]
3299       then
3300
3301          printf "\n\n  *** preparing the dvr streaming server configuration file"
3302
3303             # Check, if a dvr server is already running
3304          running_dvrserver_id=`echo $(ps -edaf | grep .dvrserver.config | grep -v grep) | cut -d" " -f2`
3305          if [[ "$running_dvrserver_id" != "" ]]
3306          then
3307
3308             printf "\n\n  +++ WARNING: A dvr server with id=$running_dvrserver_id is already running!"
3309             printf "\n      This server is used instead starting a new one!"
3310             printf "\n      If required, script \"process_dvr_output\" has to be run manually."
3311
3312          else
3313
3314                # COPY CONFIGURATION FILE FOR STREAMING SERVER FROM REPOSITORY TO HERE
3315             if [[ -f ${PALM_BIN}/.dvrserver.config ]]
3316             then
3317                cp  ${PALM_BIN}/.dvrserver.config  .
3318
3319                   # Entering the BASEDIR, UID and GID into this file
3320                user_id=`id -u`
3321                group_id=`id -g`
3322                   # & is needed as seperator, because TEMPDIR contains /
3323                sed "s&<replace by dvr data directory>&${TEMPDIR}&g" .dvrserver.config > .dvrserver.1
3324                sed "s/<replace by user id>/$user_id/g"    .dvrserver.1 > .dvrserver.2
3325                sed "s/<replace by group id>/$group_id/g"  .dvrserver.2 > .dvrserver.3
3326                mv  .dvrserver.3  .dvrserver.config
3327                rm  .dvrserver.1  .dvrserver.2
3328
3329                   # Start dvr server in background, get his id and print on terminal
3330                $dvr_server  .dvrserver.config  >>  DVR_LOGFILE  2>&1  &
3331                dvrserver_id=`echo $(ps -edaf | grep .dvrserver.config) | cut -d" " -f2`
3332                printf "\n  *** streaming server with id=$dvrserver_id is started in background"
3333                local_dvrserver_running=.TRUE.
3334             else
3335                printf "\n  +++ missing file \".dvrserver.config\" in directory:"
3336                printf "\n      \"$PALM_BIN\" "
3337                locat=dvr
3338                exit
3339             fi
3340
3341          fi
3342
3343       else
3344          printf "\n\n  --- INFORMATIVE: no dvr streaming server will be started"
3345       fi
3346    fi
3347
3348
3349       # NAMELIST-DATEI MIT WERTEN VON ENVIRONMENT-VARIABLEN ERZEUGEN (ZU
3350       # LESEN VON PALM)
3351    cat  >  ENVPAR  <<  %%END%%
3352 &envpar  run_identifier = '$fname', host = '$localhost',
3353          write_binary = '$write_binary', tasks_per_node = $tasks_per_node,
3354          maximum_parallel_io_streams = $maximum_parallel_io_streams,
3355          maximum_cpu_time_allowed = ${cpumax}.,
3356          revision = '$global_revision',
3357          local_dvrserver_running = $local_dvrserver_running /
3358
3359%%END%%
3360
3361
3362       # PROGRAMMSTART
3363    printf "\n\n  *** execution starts in directory\n      \"`pwd`\"\n$striche\n"
3364    PATH=$PATH:$TEMPDIR
3365
3366       # MPI debug option (argument checking, slows down execution due to increased latency)
3367    if [[ "$mpi_debug" = true ]]
3368    then
3369       export MPI_CHECK_ARGS=1
3370       printf "\n  +++ MPI_CHECK_ARGS=$MPI_CHECK_ARGS"
3371    fi
3372
3373    if [[ "$totalview" = true ]]
3374    then
3375       printf "\n *** totalview debugger will be used"
3376       tv_opt="-tv"
3377    else
3378       tv_opt=""
3379    fi
3380
3381    if [[ "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ]]
3382    then
3383       if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
3384       then
3385          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-5) != lcsgi ]]
3386          then
3387             printf "\n  +++ debug is allowed in interactive mode only"
3388             locat=debug
3389             exit
3390          fi
3391       fi
3392       if [[ $localhost = decalpha ]]
3393       then
3394          dxladebug  a.out
3395       elif [[ $localhost = ibmh ]]
3396       then
3397
3398             # SETUP THE IBM MPI ENVIRONMENT
3399          export MP_SHARED_MEMORY=yes
3400          export AIXTHREADS_SCOPE=S
3401          export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3402          export AUTHSTATE=files
3403          export XLFRTEOPTS="nlwidth=132:err_recovery=no"    # RECORD-LENGTH OF NAMELIST-OUTPUT
3404
3405             # FOLLOWING OPTIONS ARE MANDATORY FOR TOTALVIEW
3406          export MP_ADAPTER_USE=shared
3407          export MP_CPU_USE=multiple
3408          export MP_TIMEOUT=1200
3409
3410          unset  MP_TASK_AFFINITY
3411
3412             # SO FAR, TOTALVIEW NEEDS HOSTFILE MECHANISM FOR EXECUTION
3413          #(( ii = 1 ))
3414          #while (( ii <= $numprocs ))
3415          #do
3416          #   echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3417          #   (( ii = ii + 1 ))
3418          #done
3419          #export MP_HOSTFILE=hostfile
3420
3421          if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
3422          then
3423             totalview   poe  a.out  $ROPTS
3424          else
3425             echo totalview   poe  -a a.out  -procs $numprocs  -rmpool 0  -nodes 1   $ROPTS
3426             export TVDSVRLAUNCHCMD=ssh
3427             totalview   poe  -a a.out  -procs $numprocs  -rmpool 0  -nodes 1   $ROPTS
3428          fi
3429       elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-5) = lcsgi ]]
3430       then
3431             # CURRENTLY NO DEBUGGER ON LCSGI
3432          if [[ $run_coupled_model = true ]]
3433          then
3434             printf "\n  +++ no debug in coupled mode available on \"$localhost\" "
3435             locat=debug
3436             exit
3437          else
3438             echo "no_coupling"  >  runfile_atmos
3439          fi
3440          (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3441          export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3442          echo "OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"
3443          if [[ $threads_per_task != 1 ]]
3444          then
3445             printf "\n      threads per task: $threads_per_task"
3446          fi
3447          printf "\n\n"
3448          if [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mpt ]]
3449          then
3450#             export MPI_LAUNCH_TIMEOUT=360
3451             if [[ "$totalview" = true ]]
3452             then
3453                printf "\n     running totalview debugger"
3454                mpiexec_mpt $tv_opt -n $ii   ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3455             else
3456                mpiexec_mpt -np $ii   ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3457             fi
3458          elif [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mva ]]
3459          then
3460#             ulimit -s 300000   # A too large stack size causes problems
3461#             export MV2_NUM_PORTS=2
3462#             export MV2_CPU_MAPPING=0:1:2:3
3463             if [[ "$totalview" = true ]]
3464             then
3465                printf "\n     running totalview debugger"
3466                mpiexec $tv_opt ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3467             else
3468                mpiexec    ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3469             fi
3470          fi
3471       else
3472          printf "\n  +++ no debug available on \"$localhost\" "
3473          printf "\n      or not implemented in mrun so far"
3474          locat=debug
3475          exit
3476       fi
3477
3478       # end debug mode
3479    else
3480
3481          # normal execution
3482       if [[ -n $numprocs ]]
3483       then
3484             # RUNNING THE PROGRAM ON PARALLEL MACHINES
3485          if [[ $(echo $host | cut -c1-3) = ibm ]]
3486          then
3487                # SETUP THE IBM MPI ENVIRONMENT
3488             if [[ $host != ibmh  &&  $host != ibmkisti ]]
3489             then
3490                export MP_SHARED_MEMORY=yes
3491                export AIXTHREAD_SCOPE=S
3492                export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3493                export XLSMPOPTS="spins=0:yields=0:stack=20000000"
3494                export AUTHSTATE=files
3495                export XLFRTEOPTS="nlwidth=132:err_recovery=no"    # RECORD-LENGTH OF NAMELIST-OUTPUT
3496                #  export MP_PRINTENV=yes
3497
3498                   # TUNING-VARIABLEN ZUR VERBESSERUNG DER KOMMUNIKATION
3499                   # ZEIGEN ABER DERZEIT (SEP 04, FEDERATION) KAUM WIRKUNG
3500                export MP_WAIT_MODE=poll
3501                [[ $node_usage = not_shared ]]  &&  export MP_SINGLE_THREAD=yes
3502             fi
3503
3504             if [[ $host = ibmkisti ]]
3505             then
3506                export LANG=en_US
3507                export MP_SHARED_MEMORY=yes
3508                if [[ $threads_per_task = 1 ]]
3509                then
3510                   export MP_SINGLE_THREAD=yes
3511                   export MEMORY_AFFINITY=MCM
3512                else
3513                   export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3514                fi
3515             fi
3516
3517             if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
3518             then
3519                printf "\n--- Control: OMP_NUM_THREADS = \"$OMP_NUM_THREADS\" \n"
3520                if [[ "$cond1" = hpmcount  ||  "$cond2" = hpmcount ]]
3521                then
3522                   /opt/optibm/HPM_2_4_1/bin/hpmcount  a.out  $ROPTS
3523                else
3524                   if [[ $run_coupled_model = false ]]
3525                   then
3526                      if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3527                      then
3528                         echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3529                      else
3530                         echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3531                      fi
3532                   else
3533                      (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3534                      (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3535                      printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3536                      printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3537                      printf "\n\n"
3538                      echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3539                   fi
3540                   poe ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos
3541                fi
3542             else
3543                if [[ $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibms ]]
3544                then
3545                   poe  a.out  -procs $numprocs  -nodes 1  -rmpool 0  $ROPTS
3546                elif [[ $localhost = ibmkisti  ||  $localhost = ibmku  ||  $localhost = ibmy ]]
3547                then
3548                   if [[ -f $hostfile ]]
3549                   then
3550                      cp  $hostfile  hostfile
3551                   else
3552                      (( ii = 1 ))
3553                      while (( ii <= $numprocs ))
3554                      do
3555                         echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3556                         (( ii = ii + 1 ))
3557                      done
3558                   fi
3559                   export MP_HOSTFILE=hostfile
3560                   if [[ $run_coupled_model = false ]]
3561                   then
3562                      if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3563                      then
3564                         echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3565                      else
3566                         echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3567                      fi
3568                   else
3569                      (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3570                      (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3571                      printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3572                      printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3573                      printf "\n\n"
3574                      echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3575                   fi
3576                   if [[ $localhost = ibmy ]]
3577                   then
3578                      ./a.out  -procs $tasks_per_node  $ROPTS  <  runfile_atmos
3579                   else
3580                      poe  ./a.out  -procs $numprocs $ROPTS  <  runfile_atmos
3581                   fi
3582
3583                else
3584                   if [[ "$host_file" = "" ]]
3585                   then
3586                      printf "\n  +++ no hostfile given in configuration file"
3587                      locat=config_file
3588                      exit
3589                   else
3590                      eval host_file=$host_file
3591                   fi
3592                   export MP_HOSTFILE=$host_file
3593                   poe  a.out  -procs $numprocs  -tasks_per_node $numprocs  $ROPTS
3594                fi
3595             fi
3596          elif [[ $host = nech  ||  $host = necriam ]]
3597          then
3598             (( ii = nodes ))
3599             if [[ $ii = 1 ]]
3600             then
3601                export F_ERRCNT=0        # acceptable number of errors before program is stopped
3602                export MPIPROGINF=YES
3603                #  export F_TRACE=YES|FMT1|FMT2  # output of ftrace informations to job protocol
3604                echo "*** execution on single node with mpirun"
3605                mpirun  -np $numprocs  ./a.out  $ROPTS
3606             else
3607                (( i = 0 ))
3608                while (( i < ii ))
3609                do
3610                   echo "-h $i  -p $tasks_per_node  -e ./mpi_exec_shell"  >>  multinode_config
3611                   (( i = i + 1 ))
3612                done
3613
3614                echo "#!/bin/sh"                         >   mpi_exec_shell
3615                echo " "                                 >>  mpi_exec_shell
3616                echo "set -u"                            >>  mpi_exec_shell
3617                echo "F_ERRCNT=0"                        >>  mpi_exec_shell
3618                echo "MPIPROGINV=YES"                    >>  mpi_exec_shell
3619                echo "OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task" >>  mpi_exec_shell
3620                echo "cpurest=$cpurest"                  >>  mpi_exec_shell
3621                echo "fname=$fname"                      >>  mpi_exec_shell
3622                echo "localhost=$localhost"              >>  mpi_exec_shell
3623                echo "return_addres=$return_addres"      >>  mpi_exec_shell
3624                echo "return_username=$return_username"  >>  mpi_exec_shell
3625                echo "tasks_per_node=$tasks_per_node"    >>  mpi_exec_shell
3626                echo "write_binary=$write_binary"        >>  mpi_exec_shell
3627                echo "use_seperate_pe_for_dvrp_output=$use_seperate_pe_for_dvrp_output"  >>  mpi_exec_shell
3628                echo "  "                                >>  mpi_exec_shell
3629                echo "export F_ERRCNT"                   >>  mpi_exec_shell
3630                echo "export MPIPROGINV"                 >>  mpi_exec_shell
3631                echo "export OMP_NUM_THREADS"            >>  mpi_exec_shell
3632                echo "export cpurest"                    >>  mpi_exec_shell
3633                echo "export fname"                      >>  mpi_exec_shell
3634                echo "export localhost"                  >>  mpi_exec_shell
3635                echo "export return_addres"              >>  mpi_exec_shell
3636                echo "export return_username"            >>  mpi_exec_shell
3637                echo "export tasks_per_node"             >>  mpi_exec_shell
3638                echo "export write_binary"               >>  mpi_exec_shell
3639                echo "export use_seperate_pe_for_dvrp_output"  >>  mpi_exec_shell
3640                echo " "                                 >>  mpi_exec_shell
3641                echo "exec  ./a.out"                     >>  mpi_exec_shell
3642
3643                chmod u+x  mpi_exec_shell
3644                export MPIPROGINF=YES
3645                mpirun  -f multinode_config  &
3646                wait
3647
3648             fi
3649          elif [[ $(echo $host | cut -c1-2) = lc  &&  $host != lckyoto &&  $host != lctit ]]
3650          then
3651
3652                # COPY HOSTFILE FROM SOURCE DIRECTORY OR CREATE IT, IF IT
3653                # DOES NOT EXIST
3654             if [[ $host != lcsgih  &&  $host != lcsgib ]]
3655             then
3656                if [[ -f $hostfile ]]
3657                then
3658                   cp  $hostfile  hostfile
3659                   (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3660                else
3661                   (( ii = 1 ))
3662                   while (( ii <= $numprocs / $threads_per_task ))
3663                   do
3664                      echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3665                      (( ii = ii + 1 ))
3666                   done
3667                fi
3668                eval zeile=\"`head -n $ii  hostfile`\"
3669                printf "\n  *** running on: $zeile"
3670             fi
3671
3672             (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3673             export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3674             # echo "*** OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"
3675             if [[ $threads_per_task != 1 ]]
3676             then
3677                   # increase stack size to unlimited, because large runs
3678                   # may abort otherwise
3679                ulimit -Ss unlimited
3680                printf "\n      threads per task: $threads_per_task  stacksize: unlimited"
3681             fi
3682             if [[ $run_coupled_model = false ]]
3683             then
3684                if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3685                then
3686                   echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3687                else
3688                   echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3689                fi
3690                printf "\n\n"
3691                if [[ $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib ]]
3692                then
3693                   if [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mpt ]]
3694                   then
3695                          # MPI_DSM_DISTRIBUTE not necessary when MPI_DSM_CPULIST is set
3696                          # export MPI_DSM_DISTRIBUTE=1
3697                          # MPI_DSM_CPULIST: pin MPI processes to cores
3698                      if [[ $use_openmp = false ]]
3699                      then
3700                         if [[ "$sgi_feature" = ice2 ]]
3701                         then
3702                            export MPI_DSM_CPULIST="0,4,1,5,2,6,3,7:allhosts"
3703                         else
3704                            export MPI_DSM_CPULIST="0,1,4,5,2,3,6,7:allhosts"
3705                         fi
3706                      else
3707                         unset MPI_DSM_CPULIST
3708                      fi
3709                          # MPI_IB_RAILS: use both IB rails on ICE2
3710                      export MPI_BUFS_PER_HOST=512
3711                      export MPI_IB_RAILS=2
3712                          # NECESSARY, IF MORE THAN 4096 PEs ARE USED
3713                      export MPI_CONNECTIONS_THRESHOLD=8192
3714                  #    echo "*** MPI_DSM_CPULIST=$MPI_DSM_CPULIST"
3715                      export MPI_TYPE_DEPTH=20
3716                  #    echo "*** MPI_TYPE_DEPTH=$MPI_TYPE_DEPTH"
3717                      export MPI_GROUP_MAX=64
3718                  #    echo "*** MPI_GROUP_MAX=$MPI_GROUP_MAX"
3719                      if [[ $use_openmp = true ]]
3720                      then
3721                         echo " mpiexec -npernode $tasks_per_node  ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos"
3722                         mpiexec -npernode $tasks_per_node $tv_opt ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos
3723                      else
3724                         mpiexec_mpt -np $ii $tv_opt  ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3725                      fi
3726
3727                          # next is test for openmp usage
3728                  #     echo "mpiexec -npernode $tasks_per_node  ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos"
3729                  #     mpiexec -npernode $tasks_per_node  ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3730                   elif [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mva ]]
3731                   then
3732                      export MV2_NUM_PORTS=2
3733                      #  The default setting of MV2_CPU_MAPPING gives best results
3734                      # export MV2_ENABLE_AFFINITY=1
3735                      #  export MV2_CPU_MAPPING=0,1,4,5,2,3,6,7
3736               #       if [[ "$sgi_feature" = ice2 ]]
3737               #       then
3738               #          export MV2_CPU_MAPPING=0,4,1,5,2,6,3,7
3739               #       else
3740               #          export MV2_CPU_MAPPING=0,1,4,5,2,3,6,7
3741               #       fi
3742                      if [[ $use_openmp = true ]]
3743                      then
3744                         unset MV2_CPU_MAPPING
3745                         export MV2_ENABLE_AFFINITY=0
3746                      fi
3747                      echo "*** MV2_CPU_MAPPING=$MV2_CPU_MAPPING"
3748                      echo "*** MV2_ENABLE_AFFINITY=$MV2_ENABLE_AFFINITY"
3749                      if [[ $use_openmp = true ]]
3750                      then
3751                         echo " mpiexec -npernode $tasks_per_node  ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos"
3752                         mpiexec -npernode $tasks_per_node $tv_opt ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos
3753                      else
3754                         mpiexec -np $ii $tv_opt ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3755                      fi
3756                   elif [[ "$mpilib" = impi ]]
3757                   then
3758                      echo "mpirun -np $tasks_per_node inspxe-cl -r result -collect mi3 -- ./a.out  <  runfile_atmos"
3759                      mpirun -np $tasks_per_node inspxe-cl -r result -collect mi3 -- ./a.out  <  runfile_atmos
3760                   fi
3761                elif [[ $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3762                then
3763                    aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3764                elif [[ $host = lcflow ]]
3765                then
3766                   mpiexec  -machinefile $TMPDIR/machines  -n $ii  -env I_MPI_FABRICS shm:ofa a.out  < runfile_atmos  $ROPTS
3767                else
3768                   mpiexec  -machinefile hostfile  -n $ii  a.out  < runfile_atmos  $ROPTS
3769                fi
3770             else
3771
3772                    # currently there is no full MPI-2 support on ICE and XT4
3773                (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3774                (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3775                printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3776                printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3777                printf "\n\n"
3778
3779                if [[ $coupled_mode = "mpi2" ]]
3780                then
3781                   echo "atmosphere_to_ocean $iia $iio"  >  runfile_atmos
3782                   echo "ocean_to_atmosphere $iia $iio"  >  runfile_ocean
3783                   if [[ $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib ]]
3784                   then
3785
3786                      if [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mpt ]]
3787                      then
3788#                         export MPI_LAUNCH_TIMEOUT=360
3789                         mpiexec_mpt -np $iia  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos &
3790                         mpiexec_mpt -np $iio  ./a.out  $ROPTS < runfile_ocean &
3791                      elif [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mva ]]
3792                      then
3793#                         ulimit -s 300000   # A too large stack size causes problems
3794#                         export MV2_NUM_PORTS=2
3795#                         export MV2_CPU_MAPPING=0:1:2:3
3796                         mpiexec -n $iia  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos &
3797                         mpiexec -n $iio  ./a.out  $ROPTS < runfile_ocean &
3798                      fi
3799
3800                   elif [[ $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3801                   then
3802
3803                      aprun  -n $iia  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_atmos  $ROPTS  &
3804                      aprun  -n $iio  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_ocean  $ROPTS  &
3805
3806                   else
3807                          # WORKAROUND BECAUSE mpiexec WITH -env option IS NOT AVAILABLE ON SOME SYSTEMS
3808                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iia  a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos &
3809                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iio  a.out  $ROPTS  <  runfile_ocean &
3810#                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iia  -env coupling_mode atmosphere_to_ocean  a.out  $ROPTS  &
3811#                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iio  -env coupling_mode ocean_to_atmosphere  a.out  $ROPTS  &
3812                   fi
3813                   wait
3814
3815                else
3816
3817                   echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3818                   if [[ $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib ]]
3819                   then
3820
3821                      if [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mpt ]]
3822                      then
3823#                         export MPI_LAUNCH_TIMEOUT=360
3824                         mpiexec_mpt -np $ii  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos
3825                      elif [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mva ]]
3826                      then
3827#                         ulimit -s 300000   # A too large stack size causes problems
3828#                         export MV2_NUM_PORTS=2
3829#                         export MV2_CPU_MAPPING=0:1:2:3
3830                         mpiexec  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos
3831                      fi
3832
3833                   elif [[ $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3834                   then
3835
3836                      aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_atmos  $ROPTS
3837
3838                   elif [[ $host = lck || $host = lckordi ]]
3839                   then
3840                         mpiexec -n $ii  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos &
3841                   fi
3842                   wait
3843                fi
3844
3845             fi
3846          elif [[ $host = decalpha ]]
3847          then
3848             dmpirun  -np $numprocs  a.out  $ROPTS
3849          elif [[ $host = lckyoto ]]
3850          then
3851             set -xv
3852             export P4_RSHCOMMAND=plesh
3853             echo "     P4_RSHCOMMAND = $P4_RSHCOMMAND"
3854             if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
3855             then
3856                if [[ "$cond2" = fujitsu ]]
3857                then
3858                   mpiexec  -n $numprocs  ./a.out  $ROPTS  # for fujitsu-compiler
3859                elif [[ "cond2" = pgi ]]
3860                then
3861                   mpirun  -np $numprocs  -machinefile ${QSUB_NODEINF}  ./a.out  $ROPTS
3862                else
3863                   mpirun_rsh -np $numprocs -hostfile ${QSUB_NODEINF} MV2_USE_SRQ=0 ./a.out ${ROPTS} || /bin/true
3864                fi
3865             else
3866                if [[ "$cond2" = "" ]]
3867                then
3868                   mpiruni_rsh -np $numprocs ./a.out  $ROPTS  # for intel
3869                else
3870                   mpirun  -np $numprocs  ./a.out  $ROPTS
3871                fi
3872             fi
3873             set +xv
3874          elif [[ $host = lctit ]]
3875          then
3876             export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3877             echo "OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"
3878             if [[ "$threads_per_task" != 1 ]]
3879             then
3880                export MV2_ENABLE_AFFINITY=0
3881             fi
3882             echo "----- PBS_NODEFILE content:"
3883             cat $PBS_NODEFILE
3884             echo "-----"
3885             (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3886             echo "mpirun  -np $ii  -hostfile $PBS_NODEFILE ./a.out  $ROPTS"
3887             mpirun  -np $ii  -hostfile $PBS_NODEFILE ./a.out  $ROPTS
3888          else
3889             mpprun  -n $numprocs  a.out  $ROPTS
3890          fi
3891          [[ $? != 0 ]]  &&  execution_error=true
3892
3893
3894             # PERFORMANCE-AUSWERTUNG MIT APPRENTICE
3895          if [[ "$cond1" = apprentice  ||  "$cond2" = apprentice ]]
3896          then
3897             apprentice
3898          fi
3899       else
3900          a.out  $ROPTS
3901       fi
3902    fi
3903    if [[ $? != 0  ||  $execution_error = true ]]
3904    then
3905
3906          # ABBRUCH BEI LAUFZEITFEHLER
3907#       [[ ! ( "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ) ]]  &&  cat  aout_output*
3908       printf "\n  +++ runtime error occured"
3909       locat=execution
3910       exit
3911    else
3912#       [[ ! ( "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ) ]]  &&  cat  aout_output*
3913       printf "\n$striche\n  *** execution finished \n"
3914
3915          # Stop the dvr streaming server and process the dvr output in order
3916          # to create dvrs- and html-files containing all streams
3917       if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
3918       then
3919          kill $dvrserver_id
3920          printf "\n  *** dvr server with id=$dvrserver_id has been stopped"
3921
3922             # If there is a directory, data have been output by the
3923             # streaming server. Otherwise, user has chosen dvrp_output=local
3924          if [[ -d DATA_DVR ]]
3925          then
3926
3927                # Add the current dvr configuration file to the dvr output
3928                # directory
3929             cp  .dvrserver.config  DATA_DVR
3930
3931                # Process the dvr output (option -s for also generating
3932                # sequence mode data)
3933             process_dvr_output  -d DATA_DVR  -f $fname  -s
3934
3935          else
3936
3937                # Process the local output
3938             process_dvr_output  -l  -d DATA_DVR  -f $fname
3939
3940          fi
3941
3942       elif [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
3943       then
3944
3945             # Process dvr output generated in local mode (dvrp_output=local)
3946          process_dvr_output  -l  -d DATA_DVR  -f $fname
3947
3948       fi
3949    fi
3950
3951
3952
3953       # Call of combine_plot_fields in order to merge single files written
3954       # by each PE into one file.
3955   if [[ ! -f ${PALM_BIN}/combine_plot_fields${block}.x ]]
3956   then
3957      printf "\n\n\n  +++ WARNING: no combine_plot_fields found for given block \"$cond1 $cond2\""
3958      printf "\n      2d- and/or 3d-data may be incomplete!"
3959      printf "\n      Run \"mbuild -u -h $localhost\" to generate utilities for this block.\n"
3960   elif [[ "$combine_plot_fields" == true ]]
3961   then
3962      printf "\n\n\n *** post-processing: now executing \"combine_plot_fields${block}.x\" ..."
3963      combine_plot_fields${block}.x
3964   else
3965#     Temporary solution to skip combine_plot_fields. This is necessary in case of huge amount of
3966#     data output. To do: extend this branch by creating a batch job for combine_plot_fields.
3967      printf "\n\n\n *** post-processing: skipping combine_plot_fields (-Z option set) ..."
3968   fi
3969
3970
3971
3972       # EVENTUELLE OUTPUT-KOMMANDOS ABARBEITEN
3973    (( i = 0 ))
3974    while (( i < ioc ))
3975    do
3976       (( i = i + 1 ))
3977       if (( i == 1 ))
3978       then
3979          printf "\n\n  *** execution of OUTPUT-commands:\n$striche"
3980       fi
3981       printf "\n  >>> ${out_command[$i]}"
3982       eval  ${out_command[$i]}
3983       if (( i == ioc ))
3984       then
3985          printf "\n$striche\n"
3986       fi
3987    done
3988
3989
3990       # EVTL. INHALT DES AKTUELLEN VERZEICHNISSES AUSGEBEN
3991    if [[ $do_trace = true ]]
3992    then
3993       printf "\n\n"
3994       ls -al
3995    fi
3996
3997
3998
3999       # OUTPUT-DATEIEN AN IHRE ZIELORTE KOPIEREN
4000    (( i = 0 ))
4001    while (( i < iout ))
4002    do
4003       (( i = i + 1 ))
4004       if (( i == 1 ))
4005       then
4006          printf "\n\n  *** saving OUTPUT-files:\n$striche"
4007       fi
4008
4009          # PRUEFEN, OB EINZELDATEI ODER DATEI PRO PROZESSOR
4010       files_for_pes=false; filetyp=file
4011       if [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  -n $numprocs ]]
4012       then
4013          files_for_pes=true; filetyp=directory
4014          actionout[$i]=""
4015       elif [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  ! -n $numprocs ]]
4016       then
4017          actionout[$i]=""
4018       elif [[ "${actionout[$i]}" = arpe  &&  -n $numprocs ]]
4019       then
4020          files_for_pes=true; filetyp=directory
4021          actionout[$i]="ar"
4022       elif [[ "${actionout[$i]}" = arpe  &&  ! -n $numprocs ]]
4023       then
4024          actionout[$i]="ar"
4025       elif [[ "${actionout[$i]}" = flpe  &&  -n $numprocs ]]
4026       then
4027          files_for_pes=true; filetyp=directory
4028          actionout[$i]="fl"
4029       elif [[ "${actionout[$i]}" = flpe  &&  ! -n $numprocs ]]
4030       then
4031          actionout[$i]="fl"
4032       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  -n $numprocs ]]
4033       then
4034          files_for_pes=true; filetyp=directory
4035          actionout[$i]="tr"
4036       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  ! -n $numprocs ]]
4037       then
4038          actionout[$i]="tr"
4039       fi
4040
4041       if [[ ! -f ${localout[$i]}  &&  $files_for_pes = false ]]
4042       then
4043          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}  does not exist\n"
4044       elif [[ ! -d ${localout[$i]}  &&  $files_for_pes = true ]]
4045       then
4046          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}/....  does not exist\n"
4047       else
4048
4049
4050             # KOPIEREN PER FTP/SCP (IMMER IM BINAERMODUS, -M: FALLS ZIELKATALOG
4051             # NICHT VORHANDEN, WIRD VERSUCHT, IHN ANZULEGEN), ABER NUR BEI
4052             # REMOTE-RECHNUNGEN
4053          if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
4054          then
4055             if [[ $localhost != $fromhost ]]
4056             then
4057                if [[ $files_for_pes = false ]]
4058                then
4059                   cps=""
4060                   cst=""
4061                else
4062                   cps=-c
4063                   cst="/"
4064                fi
4065                if [[ $localhost = nech ]]
4066                then
4067
4068                      # TRANSFER IN EIGENSTAENDIGEM JOB
4069                      # ZUERST KOPIE DER DATEI INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
4070                   [[ ! -d $tmp_data_catalog/TRANSFER ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog/TRANSFER
4071                   file_to_transfer=${fname}_${localout[$i]}_to_transfer_$kennung
4072                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4073                   then
4074                      ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
4075                   else
4076                      mkdir  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
4077                      ln  ${localout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
4078                   fi
4079
4080                   echo "set -x"                                    >    transfer_${localout[$i]}
4081                   echo "cd  $tmp_data_catalog/TRANSFER"            >>   transfer_${localout[$i]}
4082
4083                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}$cst  by SCP in seperate job to"
4084                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}$cst"
4085                   printf "\n              or higher cycle\n"
4086                   echo "batch_scp $cps -b -m -u $return_username $return_addres  $file_to_transfer \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"  >>  transfer_${localout[$i]}
4087
4088                   echo "[[ \$? = 0 ]]  &&  rm  $file_to_transfer"  >>  transfer_${localout[$i]}
4089
4090                   if [[ $localhost = nech ]]
4091                   then
4092                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 900  transfer_${localout[$i]}
4093                   else
4094                      if [[ "$LOGNAME" = b323013 ]]
4095                      then
4096                         subjob  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  transfer_${localout[$i]}
4097                      else
4098                         subjob  -d  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  transfer_${localout[$i]}
4099                      fi
4100                   fi
4101
4102                else
4103
4104                      # TRANSFER INNERHALB DIESES JOBS
4105                   transfer_failed=false
4106                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}$cst  by SCP to"
4107                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}$cst\n"
4108                   batch_scp $cps -b -m -u $return_username $return_addres  ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
4109                   [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
4110
4111                      # BEI FEHLGESCHLAGENEM TRANSFER SICHERUNGSKOPIE AUF
4112                      # LOKALER MASCHINE ANLEGEN
4113                   if [[ $transfer_failed = true ]]
4114                   then
4115                      printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on the local host under:\n"
4116                      printf "      ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung\n"
4117
4118                         # ERSTMAL PRUEFEN, OB VERZEICHNIS EXISTIERT. GEGEBENENFALLS
4119                         # ANLEGEN.
4120                      eval  local_catalog=${pathout[$i]}
4121                      if [[ ! -d $local_catalog ]]
4122                      then
4123                         printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
4124                         printf "      $local_catalog \n"
4125                         mkdir -p  $local_catalog
4126                      fi
4127                      eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung
4128                      transfer_problems=true
4129                   fi
4130                fi
4131             else
4132
4133                   # WERTZUWEISUNG, SO DASS WEITER UNTEN NUR KOPIERT WIRD
4134                actionout[$i]=""
4135             fi
4136          fi
4137
4138
4139             # APPEND PER FTP/SCP (IMMER IM BINAERMODUS, -M: FALLS ZIELKATALOG
4140             # NICHT VORHANDEN, WIRD VERSUCHT, IHN ANZULEGEN), ABER NUR BEI
4141             # REMOTE-RECHNUNGEN
4142          if [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
4143          then
4144             if [[ $localhost != $fromhost ]]
4145             then
4146                if [[ $localhost = ibmh  ||  $localhost = nech ]]
4147                then
4148
4149                      # TRANSFER IN EIGENSTAENDIGEM JOB
4150                      # ZUERST KOPIE DER DATEI INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
4151                   [[ ! -d $tmp_data_catalog/TRANSFER ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog/TRANSFER
4152                   file_to_transfer=${fname}_${localout[$i]}_to_transfer_$kennung
4153                   ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
4154
4155                   echo "set -x"                                    >    transfer_${localout[$i]}
4156                   echo "cd  $tmp_data_catalog/TRANSFER"            >>   transfer_${localout[$i]}
4157
4158                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append by SCP in seperate job to"
4159                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}"
4160                   printf "\n              or higher cycle\n"
4161                   echo "batch_scp -A -b -m -u $return_username $return_addres  $file_to_transfer \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"  >>  transfer_${localout[$i]}
4162
4163                   echo "[[ \$? = 0 ]]  &&  rm  $file_to_transfer"  >>  transfer_${localout[$i]}
4164
4165                   if [[ $localhost = nech ]]
4166                   then
4167                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 900  transfer_${localout[$i]}
4168                   else
4169                      if [[ $LOGNAME = b323013 ]]
4170                      then
4171                         subjob  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  transfer_${localout[$i]}
4172                      else
4173                         subjob  -d  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  transfer_${localout[$i]}
4174                      fi
4175                   fi
4176
4177                else
4178
4179                      # TRANSFER INNERHALB DIESES JOBS
4180                   transfer_failed=false
4181                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append by SCP to"
4182                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}\n"
4183                   batch_scp -A -b -m -u $return_username  $return_addres ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
4184                   [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
4185
4186                      # BEI FEHLGESCHLAGENEM TRANSFER SICHERUNGSKOPIE AUF
4187                      # LOKALER MASCHINE ANLEGEN
4188                   if [[ $transfer_failed = true ]]
4189                   then
4190                      printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on the local host under:\n"
4191                      printf "      ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung\n"
4192
4193                         # ERSTMAL PRUEFEN, OB VERZEICHNIS EXISTIERT. GEGEBENENFALLS
4194                         # ANLEGEN
4195                      eval  local_catalog=${pathout[$i]}
4196                      if [[ ! -d $local_catalog ]]
4197                      then
4198                         printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
4199                         printf "      $local_catalog \n"
4200                         mkdir -p  $local_catalog
4201                      fi
4202
4203                      eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung
4204                      transfer_problems=true
4205                   fi
4206                fi
4207             else
4208
4209                   # WERTZUWEISUNG, SO DASS WEITER UNTEN NUR APPEND AUF
4210                   # LOKALER MASCHINE DURCHGEFUEHRT WIRD
4211                actionout[$i]=a
4212             fi
4213          fi
4214
4215
4216             # OUTPUT-DATEI FUER EINEN FORTSETZUNGSLAUF. DATEI WIRD PER
4217             # LINK AUF DEN TEMPORAEREN DATENKATALOG GELEGT. OPTION -f WIRD
4218             # VERWENDET, FALLS DORT NOCH EINE DATEI GLEICHEN NAMENS VORHANDEN
4219             # SEIN SOLLTE. ANSCHLIESSEND WIRD SEINE ARCHIVIERUNG ANGESTOSSEN
4220          if [[ "${actionout[$i]}" = fl ]]
4221          then
4222             [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
4223             chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
4224             if [[ $files_for_pes = false ]]
4225             then
4226                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to"
4227                printf "\n              $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} (temporary data catalog)\n"
4228                ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4229             else
4230                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/....  to"
4231                printf "\n              $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} (temporary data catalog)\n"
4232                mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4233                cd ${localout[$i]}
4234                for file in $(ls *)
4235                do
4236                   ln -f $file $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4237                done
4238                cd $TEMPDIR
4239             fi
4240
4241
4242                # ARCHIVIERUNGSJOB WIRD ERZEUGT UND ABGESCHICKT
4243             if [[ $store_on_archive_system = true ]]
4244             then
4245
4246                if [[ $archive_system = asterix ]]
4247                then
4248                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                      >> archive_${frelout[$i]}
4249                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4250                   then
4251                      echo "stageout  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT${i}_$kennung" >> archive_${frelout[$i]}
4252                   else
4253                      echo "stageout -t  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT${i}_$kennung" >> archive_${frelout[$i]}
4254                   fi
4255                   echo "cat  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung"               >> archive_${frelout[$i]}
4256                   echo "if [[ \$(grep -c \"st.msg:150\"  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung) != 0 ]]" >> archive_${frelout[$i]}
4257                   echo "then"                                       >> archive_${frelout[$i]}
4258                   echo "   do_stageout=false"                       >> archive_${frelout[$i]}
4259                   echo "else"                                       >> archive_${frelout[$i]}
4260                   echo "   echo \"  +++ $filetyp ${frelout[$i]}  could not be stored on archive-system\" " >> archive_${frelout[$i]}
4261                   echo "   cat  /dev/null  >  ~/job_queue/ARCHIVE_ERROR_$fname" >> archive_${frelout[$i]}
4262                   echo "   cat  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung  >  ~/job_queue/archive_${frelout[$i]}_error" >> archive_${frelout[$i]}
4263                   echo "   echo \"  *** $filetyp ${frelout[$i]} will be copied to \$WORK as backup\" " >> archive_${frelout[$i]}
4264                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4265                   then
4266                      echo "   cp   ${frelout[$i]}  \$WORK"                    >> archive_${frelout[$i]}
4267                   else
4268                      echo "   cp -r  ${frelout[$i]}  \$WORK/${frelout[$i]}"   >> archive_${frelout[$i]}
4269                   fi
4270                   echo "   echo \"  *** $filetyp ${frelout[$i]} saved\" " >> archive_${frelout[$i]}
4271                   echo "fi"                                         >> archive_${frelout[$i]}
4272                   echo "rm  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung"              >> archive_${frelout[$i]}
4273                elif [[ $archive_system = DMF ]]
4274                then
4275                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                      >> archive_${frelout[$i]}
4276                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4277                   then
4278                      printf "\n  +++ archiving of single files impossible with $archive_system !\n"
4279                      locat=DMF
4280                      exit
4281                   else
4282                         # FUER RECHNER IN JUELICH. DORT KOENNTEN AUCH
4283                         # EINZELNE DATEIEN GESICHERT WERDEN (SPAETER KORR.)
4284                      echo "rm -rf  \$ARCHIVE/${frelout[$i]}"     >> archive_${frelout[$i]}
4285                      echo "cp -r  ${frelout[$i]}  \$ARCHIVE"     >> archive_${frelout[$i]}
4286                   fi
4287                elif [[ $archive_system = tivoli ]]
4288                then
4289                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >> archive_${frelout[$i]}
4290                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4291                   then
4292                         # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
4293                      echo "set -x"                                   >> archive_${frelout[$i]}
4294                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4295                      echo "cp  ${frelout[$i]} \$PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4296                   else
4297
4298                      echo "set -x"                                   >> archive_${frelout[$i]}
4299                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}/*"         >> archive_${frelout[$i]}
4300                      echo "[[ ! -d \$PERM/${frelout[$i]} ]] && mkdir $PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4301                      cd  $tmp_data_catalog
4302                      all_files=`ls -1 ${frelout[$i]}/*`
4303                      cd -  > /dev/null
4304                      (( inode = 0 ))
4305                      (( tp1   = tasks_per_node + 1 ))
4306                      while (( inode < nodes ))
4307                      do
4308#                         echo "*** all_files = \"$all_files\" "
4309                         files=`echo $all_files | cut -d" " -f1-$tasks_per_node`
4310                         all_files=`echo $all_files | cut -d" " -f$tp1-`
4311#                         echo "*** tasks_per_node = \"$tasks_per_node\" "
4312#                         echo "*** files = \"$files\" "
4313#                         echo "*** all_files = \"$all_files\" "
4314                        echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
4315                        ### echo "tar  cvf ${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
4316                        ### echo "cp ${frelout[$i]}.node_$inode.tar \$PERM/${frelout[$i]}/"   >> archive_${frelout[$i]}
4317                         ###echo "rm ${frelout[$i]}.node_$inode.tar"   >> archive_${frelout[$i]}
4318#                         echo "dsmc incremental  \$PERM/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar" >> archive_${frelout[$i]}
4319#                         echo "dsmmigrate \$PERM/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar"        >> archive_${frelout[$i]}
4320                         (( inode = inode + 1 ))
4321                      done
4322#                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
4323#                      echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4324                   fi
4325                elif [[ $archive_system = ut ]]
4326                then
4327                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >> archive_${frelout[$i]}
4328                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4329                   then
4330                         # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
4331                      echo "set -x"                                 >> archive_${frelout[$i]}
4332                      echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4333                      echo "cp  ${frelout[$i]} \$UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4334                   else
4335
4336                      echo "set -x"                                 >> archive_${frelout[$i]}
4337                      echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}/*"         >> archive_${frelout[$i]}
4338                      echo "[[ ! -d \$UT/${frelout[$i]} ]] && mkdir $UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4339                      cd  $tmp_data_catalog
4340                      all_files=`ls -1 ${frelout[$i]}/*`
4341                      cd -  > /dev/null
4342                      (( inode = 0 ))
4343                      (( tp1   = tasks_per_node + 1 ))
4344                      while (( inode < nodes ))
4345                      do
4346                         files=`echo $all_files | cut -d" " -f1-$tasks_per_node`
4347                         all_files=`echo $all_files | cut -d" " -f$tp1-`
4348                         echo "tar  cvf \$UT/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
4349                         (( inode = inode + 1 ))
4350                      done
4351                   fi
4352                elif [[ $archive_system = none ]]
4353                then
4354                   printf "              +++ archiving on $localhost not available!\n"
4355                fi
4356
4357                if [[ $archive_system != none ]]
4358                then
4359                   if [[ $localhost = lcsgih  ||  $localhost = lcsgib ]]
4360                   then
4361#                      subjob  -d  -v  -q cdata  -X 0  -m 1000  -t 43200  -c $job_catalog  archive_${frelout[$i]}
4362                      subjob   -v  -q permq  -X 1 -T 1  -m 1000  -t 172800  -c $job_catalog  archive_${frelout[$i]}
4363                   elif [[ $localhost = nech ]]
4364                   then
4365                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 7200  archive_${frelout[$i]}
4366                   fi
4367                   printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
4368                fi
4369             else
4370                printf "              +++ caution: option -A is switched off. No archiving on $archive_system!\n"
4371             fi
4372
4373
4374                # LEERDATEI IM BENUTZERVERZEICHNIS ANLEGEN, DAMIT BEKANNT IST,
4375                # WIE DIE HOECHSTE ZYKLUSNUMMER AUF DEM ARCHIV-SYSTEM LAUTET
4376             if [[ $files_for_pes = false ]]
4377             then
4378                cat  /dev/null  >  ${pathout[$i]}
4379             else
4380                mkdir -p  ${pathout[$i]}
4381             fi
4382
4383          fi
4384
4385
4386             # KOPIEREN AUF LOKALER MASCHINE ZUM ARCHIV-SYSTEM
4387             # AUSSERDEM MUSS LEERDATEI ANGELEGT WERDEN, DAMIT BEKANNT IST,
4388             # WIE DIE HOECHSTE ZYKLUSNUMMER AUF DEM ARCHIV-SYSTEM LAUTET
4389             # FALLS IRGENDEINE (VON MEHREREN) ARCHIVIERUNGEN SCHIEF GEHT,
4390             # WIRD FLAG GESETZT UND BLEIBT AUCH BEI WEITEREN ORDNUNGS-
4391             # GEMAESSEN ARCHIVIERUNGEN GESETZT
4392          if [[ "${actionout[$i]}" = ar ]]
4393          then
4394             if [[ $files_for_pes = false ]]
4395             then
4396                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to"
4397                printf "\n              ${pathout[$i]}"
4398                printf "\n              File will be copied to archive-system ($archive_system) !\n"
4399             else
4400                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/_....  to"
4401                printf "\n              ${pathout[$i]}"
4402                printf "\n              Directory will be copied to archive-system ($archive_system) !\n"
4403             fi
4404             mv  ${localout[$i]}  ${frelout[$i]}
4405
4406             file_saved=false
4407
4408             if [[ $archive_system = asterix ]]
4409             then
4410                do_stageout=true
4411                (( stageout_anz = 0 ))
4412                while [[ $do_stageout = true ]]
4413                do
4414                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4415                   then
4416                      stageout  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT
4417                   else
4418                      stageout  -t  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT
4419                   fi
4420                   cat  STAGE_OUTPUT
4421                   if [[ $(grep -c "st.msg:150"  STAGE_OUTPUT) != 0 ]]
4422                   then
4423                      file_saved=true
4424                      do_stageout=false
4425                   else
4426                      if [[ $files_for_pes = false ]]
4427                      then
4428                         printf "\n  +++ file ${frelout[$i]}  could not be saved on archive-system"
4429                      else
4430                         printf "\n  +++ directory ${frelout[$i]} could not be saved on archive-system"
4431                      fi
4432                      (( stageout_anz = stageout_anz + 1 ))
4433                      if (( stageout_anz == 10 ))
4434                      then
4435                         printf "\n  +++ stoped after 10 unsuccessful tries!"
4436                         archive_save=false
4437                         do_stageout=false
4438                      else
4439                         printf "\n  *** new try to store on archive after 15 min:"
4440                         sleep 900
4441                      fi
4442                   fi
4443                done
4444             elif [[ $archive_system = DMF ]]
4445             then
4446                if [[ $files_for_pes = false ]]
4447                then
4448                   printf "\n  +++ archiving of single files impossible on $archive_system!\n"
4449                   locat=DMF
4450                   exit
4451                else
4452                   rm -rf  $ARCHIVE/${frelout[$i]}
4453                   cp -r  ${frelout[$i]}  $ARCHIVE
4454                fi
4455                file_saved=true
4456             elif [[ $archive_system = tivoli ]]
4457             then
4458                   # ARCHIVIERUNG NUR PER BATCH-JOB MOEGLICH
4459                   # DATEI MUSS ZWISCHENZEITLICH INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
4460                   # GELEGT WERDEN
4461                [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
4462                chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
4463                if [[ $files_for_pes = false ]]
4464                then
4465                   ln -f  ${frelout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4466                else
4467                   mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4468                   ln -f  ${frelout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4469                fi
4470
4471                   # BATCH JOB GENERIEREN UND ABSCHICKEN; DATEI MUSS WIEDER
4472                   # AUS TEMPORAEREM DATENVERZEICHNIS ENTFERNT WERDEN
4473                echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >  archive_${frelout[$i]}
4474                if [[ $files_for_pes = false ]]
4475                then
4476                      # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
4477                   echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4478                   echo "cp  ${frelout[$i]} \$PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4479                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                  >> archive_${frelout[$i]}
4480                else
4481                   echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
4482                   echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4483                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                  >> archive_${frelout[$i]}
4484                fi
4485
4486                subjob  -v  -d  -q cdata  -X 0  -m 1000  -t 43200  -c $job_catalog  archive_${frelout[$i]}
4487                printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
4488                file_saved=true
4489
4490             elif [[ $archive_system = ut ]]
4491             then
4492                   # ARCHIVIERUNG NUR PER BATCH-JOB MOEGLICH
4493                   # DATEI MUSS ZWISCHENZEITLICH INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
4494                   # GELEGT WERDEN
4495                [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
4496                chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
4497                if [[ $files_for_pes = false ]]
4498                then
4499                   ln -f  ${frelout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4500                else
4501                   mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4502                   ln -f  ${frelout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4503                fi
4504
4505                   # BATCH JOB GENERIEREN UND ABSCHICKEN; DATEI MUSS WIEDER
4506                   # AUS TEMPORAEREM DATENVERZEICHNIS ENTFERNT WERDEN
4507                echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >  archive_${frelout[$i]}
4508                if [[ $files_for_pes = false ]]
4509                then
4510                      # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
4511                   echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4512                   echo "cp  ${frelout[$i]} \$UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4513                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                >> archive_${frelout[$i]}
4514                else
4515                   echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
4516                   echo "tar  cvf \$UT/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4517                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                >> archive_${frelout[$i]}
4518                fi
4519
4520                subjob  -v  -c /pf/b/$usern/job_queue  -d  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 7200  archive_${frelout[$i]}
4521                printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
4522                file_saved=true
4523
4524             else
4525                printf "\n  +++ archive_system=\"$archive_system\"  archiving impossible!"
4526                archive_save=false
4527             fi
4528             if [[ $file_saved = true ]]
4529             then
4530                if [[ $files_for_pes = false ]]
4531                then
4532                   cat  /dev/null  >  ${pathout[$i]}
4533                else
4534                   mkdir -p  ${pathout[$i]}
4535                fi
4536             fi
4537          fi
4538
4539             # APPEND AUF LOKALER MASCHINE
4540          if [[ "${actionout[$i]}" = "a" ]]
4541          then
4542             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
4543             then
4544                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
4545                cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
4546             else
4547                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to  ${pathout[$i]}\n"
4548                cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}
4549             fi
4550          fi
4551
4552             # KOPIEREN AUF LOKALER MASCHINE
4553             # ES MUSS KOPIERT WERDEN, DA MOVE NICHT UEBER FILESYSTEM HINAUS MOEGLICH
4554          if [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_pes = false ]]
4555          then
4556
4557                # KOPIEREN AUF EINPROZESSORMASCHINE
4558             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
4559             then
4560                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
4561                if [[ $link_local_output = true ]]
4562                then
4563                    printf "      using ln -f\n"
4564                    ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
4565                fi
4566                # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
4567                if [[ ! -f "${pathout[$i]}.${extout[$i]}" ]]
4568                then
4569                    if [[ $link_local_output = true ]]
4570                    then
4571                        printf "      ln failed, using cp...\n"
4572                    fi
4573                    cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
4574                fi
4575             else
4576                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to  ${pathout[$i]}\n"
4577                if [[ $link_local_output = true ]]
4578                then
4579                    printf "      using ln -f\n"
4580                    ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4581                fi
4582                # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
4583                if [[ ! -f "${pathout[$i]}" ]]
4584                then
4585                    if [[ $link_local_output = true ]]
4586                    then
4587                        printf "      ln failed, using cp...\n"
4588                    fi
4589                    cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4590                fi
4591             fi
4592
4593          elif [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_pes = true ]]
4594          then
4595
4596                # DIE DEN PROZESSOREN EINES PARALLELRECHNERS ZUGEHOERIGEN
4597                # DATEIEN WERDEN ERST IN EINEM KATALOG GESAMMELT UND DIESER
4598                # WIRD DANN KOPIERT
4599                # PER MOVE UMBENANNT WERDEN
4600             printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/_....  to  ${pathout[$i]}\n"
4601             if [[ $link_local_output = true ]]
4602             then
4603                 printf "      using ln -f\n"
4604                 mkdir  ${pathout[$i]}
4605                 cd ${localout[$i]}
4606                 for file in $(ls *)
4607                 do
4608                   ln -f $file  ${pathout[$i]}
4609                 done
4610                 cd $TEMPDIR
4611             fi
4612             # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp -r"
4613             if [[ ! -f "${pathout[$i]}/_0000" ]]
4614             then
4615                 if [[ $link_local_output = true ]]
4616                 then
4617                     printf "      ln failed for .../_0000, using cp...\n"
4618                 fi
4619                 cp -r  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4620             fi
4621
4622          fi
4623       fi
4624    done
4625    if (( i != 0 ))
4626    then
4627       if [[ $transfer_problems = true ]]
4628       then
4629          printf "\n$striche\n  *** OUTPUT-files saved"
4630          printf "\n  +++ WARNING: some data transfers failed! \n"
4631       else
4632          printf "\n$striche\n  *** all OUTPUT-files saved \n"
4633       fi
4634    fi
4635
4636
4637       # EVENTUELL FOLGEJOB STARTEN
4638       # DATEI CONTINUE_RUN MUSS VOM BENUTZERPROGRAMM AUS ERZEUGT WERDEN
4639    if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
4640    then
4641
4642       if [[ $archive_save = true ]]
4643       then
4644
4645             # ZUERST IN MRUN-AUFRUF OPTIONEN FUER FORTSETZUNGSLAUF, FUER
4646             # STILLES ABARBEITEN (OHNE INTERAKTIVE RUECKFAGEN) UND FUER
4647             # BATCH-BETRIEB (NUR WICHTIG, FALLS BATCH AUF LOKALER MASCHINE
4648             # DURCHGEFUEHRT WERDEN SOLL) EINFUEGEN, FALLS NICHT BEREITS VOR-
4649             # HANDEN
4650          [[ $(echo $mc | grep -c "\-C") = 0 ]]  &&  mc="$mc -C"
4651          [[ $(echo $mc | grep -c "\-v") = 0 ]]  &&  mc="$mc -v"
4652          [[ $(echo $mc | grep -c "\-b") = 0 ]]  &&  mc="$mc -b"
4653          if [[ $(echo $mc | grep -c "#") != 0 ]]
4654          then
4655             mc=`echo $mc | sed 's/#/f/g'`
4656          fi
4657
4658
4659             # JOB STARTEN
4660          printf "\n\n  *** initiating restart-run on \"$return_addres\" using command:\n"
4661          echo "      $mc"
4662          printf "\n$striche\n"
4663          if [[ $localhost != $fromhost ]]
4664          then
4665
4666             if [[ $localhost = lcsgih  ||  $localhost = lcsgib  ||  $localhost = nech  ||  $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibmkisti  ||  $localhost = ibmku  ||  $localhost = ibms ]]
4667             then
4668                echo "*** ssh will be used to initiate restart-runs!"
4669                echo "    return_addres=\"$return_addres\" "
4670                echo "    return_username=\"$return_username\" "
4671                if [[ $(echo $return_addres | grep -c "130.75.105") = 1 ]]
4672                then
4673                   ssh $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export LD_LIBRARY_PATH=\$LD_LIBRARY_PATH:/muksoft/packages/intel/Compiler/11.1/073/lib/intel64/;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4674                else
4675                   if [[ $localhost = ibmkisti ]]
4676                   then
4677                      ssh $usern@gaiad "ssh $return_addres -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4678                   else
4679                      ssh $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4680                   fi
4681                fi
4682             else
4683                printf "\n  +++ no restart mechanism available for host \"$localhost\" "
4684                locat=restart; exit
4685             fi
4686
4687                # WARTEN, DAMIT SICH RESTART JOB IN QUEUE EINREIHEN KANN, BEVOR
4688                # DER AKTUELLE JOB ENDET
4689             if [[ $queue = special1q ]]
4690             then
4691                sleep 120
4692             else
4693                sleep 30
4694             fi
4695
4696          else
4697
4698                # BEI RECHNUNGEN AUF LOKALER MASCHINE KANN MRUN DIREKT AUFGE-
4699                # RUFEN WERDEN, AUSSER AUF lcfimm
4700             cd $LOCAL_PWD
4701             if [[ $localhost = lcfimm ]]
4702             then
4703                ssh $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc " 
4704             else
4705                eval  $mc                # ' MUESSEN AUSGEWERTET WERDEN
4706             fi
4707             cd -  > /dev/null
4708          fi
4709          printf "\n$striche\n  *** restart-run initiated \n"
4710
4711
4712             # EVENTUELL INPUT-DATEIEN, DIE VON TEMPORAEREM DATENVERZEICHNIS
4713             # GEHOLT WORDEN SIND, LOESCHEN
4714          (( i = 0 ))
4715          while (( i < iin ))
4716          do
4717             (( i = i + 1 ))
4718             if [[ "${got_tmp[$i]}" = true   &&  $keep_data_from_previous_run = false ]]
4719             then
4720                rm -r  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
4721             fi
4722          done
4723
4724       else
4725
4726          printf "\n  +++ no restart-run possible, since errors occured"
4727          printf "\n      during the archive process"
4728       fi
4729
4730    fi
4731
4732
4733   
4734       # EVTL. EMAIL-BENACHRICHTIGUNG UEBER ABGESCHLOSSENEN LAUF
4735    if [[ "$email_notification" != "none" ]]
4736    then
4737
4738       if [[ $localhost != $fromhost ]]
4739       then
4740          if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
4741          then
4742             echo "PALM restart run necessary"        >   email_text
4743             echo "description header of actual run:" >>  email_text
4744             cat  CONTINUE_RUN                        >>  email_text
4745             echo "mrun-command to restart:"          >>  email_text
4746             echo "$mc"                               >>  email_text
4747          else
4748             echo "PALM run with base filename \"$fname\" on host \"$localhost\" finished"  >  email_text
4749          fi
4750          mail  $email_notification  <  email_text
4751          printf "\n  *** email notification sent to \"$email_notification\" "
4752       fi
4753    fi
4754
4755
4756
4757       # ALLE ARBEITEN BEENDET. TEMPORAERER KATALOG KANN GELOESCHT WERDEN
4758    cd  $HOME
4759    [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
4760
4761 else
4762
4763
4764       # FALLS AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL, WERDEN JETZT ENTSPRE-
4765       # CHENDE AKTIONEN DURCHGEFUEHRT
4766
4767       # MRUN-BEFEHL FUER REMOTE-MASCHINE ZUSAMMENSTELLEN
4768    mrun_com="$mrun_script_name -a $afname -c $config_file -d $fname -h $host -H $fromhost -m $memory -t $cpumax -q $queue -R $return_addres -U $return_username -u $remote_username"
4769    [[ "$cpp_opts" != "" ]]       &&  mrun_com=${mrun_com}" -D \"$cpp_opts\""
4770    [[ "$global_revision" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -G \"$global_revision\""
4771    [[ $group_number != none ]]   &&  mrun_com=${mrun_com}" -g $group_number"
4772    [[ $do_compile = true ]]      &&  mrun_com=${mrun_com}" -s \"$source_list\""
4773    [[ "$input_list" != "" ]]     &&  mrun_com=${mrun_com}" -i \"$input_list\""
4774    [[ $ignore_archive_error = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -I"
4775    [[ $keep_data_from_previous_run = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -k"
4776    [[ "$additional_conditions" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -K \"$additional_conditions\""
4777#    [[ "$makefile" != "$source_path/Makefile" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -M \"$makefile\""
4778    [[ "$output_list" != "" ]]    &&  mrun_com=${mrun_com}" -o \"$output_list\""
4779    [[ "$read_from_config" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -S"
4780    [[ $do_trace = true ]]        &&  mrun_com=${mrun_com}" -x"
4781    [[ "$numprocs" != "" ]]       &&  mrun_com=${mrun_com}" -X $numprocs"
4782    if [[ $use_openmp = true ]]
4783    then
4784       mrun_com=${mrun_com}" -O $threads_per_task"
4785    fi
4786    [[ "$tasks_per_node" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -T $tasks_per_node"
4787    [[ $store_on_archive_system = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -A"
4788    [[ $package_list != "" ]]     &&  mrun_com=${mrun_com}" -p \"$package_list\""
4789    [[ $return_password != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -P $return_password"
4790    [[ $delete_temporary_catalog = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -B"
4791    [[ $node_usage != default  &&  "$(echo $node_usage | cut -c1-3)" != "sla"  &&  $node_usage != novice ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -n $node_usage"
4792    [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -y"
4793    [[ $run_coupled_model = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -Y \"$coupled_dist\""
4794    [[ "$check_namelist_files" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -z"
4795    [[ "$combine_plot_fields" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -Z"
4796    [[ "$max_par_io_str" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -w $max_par_io_str"
4797    if [[ $do_remote = true ]]
4798    then
4799       printf "\n>>>> MRUN-command on execution host:\n>>>> $mrun_com \n"
4800    fi
4801
4802
4803       # ZUSAMMENSTELLUNG DES JOBSCRIPTS AUF DATEI jobfile
4804    jobfile=jobfile.$RANDOM
4805
4806
4807       # TEMPORAERES VERZEICHNIS GENERIEREN UND NACH DORT WECHSELN
4808    echo  "mkdir  $TEMPDIR"      >>  $jobfile
4809    echo  "cd  $TEMPDIR"         >>  $jobfile
4810
4811
4812       # EVENTUELL FEHLERVERFOLGUNG AKTIVIEREN
4813    if [[ $do_trace = true ]]
4814    then
4815       echo  "set -x"                                    >>  $jobfile
4816    else
4817       echo  "set +vx"                                   >>  $jobfile
4818    fi
4819
4820
4821       # BEREITSTELLUNG VON QUELLTEXTEN, MRUN-SCRIPTS UND KONFIGURATIONS-
4822       # DATEI FUER DEN JOB
4823    if [[ $( echo $host | cut -c1-5 ) = lcsgi  ||  $host = ibmkisti ]]
4824    then
4825
4826          # KONFIGURATIONSDATEI UND MRUN_SCRIPT IN DAS SOURCE-VERZEICHNIS
4827          # KOPIEREN
4828       if [[ $restart_run != true ]]
4829       then
4830          cp  $config_file  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
4831          cp  ${PALM_BIN}/$mrun_script_name  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
4832       fi
4833
4834          # SOURCE-VERZEICHNIS VOM LOKALEN RECHNER PER SCP TRANSFERIEREN
4835          # (BEI JOBS AUF LOKALEM RECHNER REICHT CP)
4836       echo  "set -x"  >>  $jobfile
4837       if [[ $host = $localhost ]]
4838       then
4839          echo  "cp  -r  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname ."  >>  $jobfile
4840       else
4841          if [[ $host != ibmkisti ]]
4842          then
4843             echo  "scp  -r  $return_username@$return_addres:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname ."  >>  $jobfile
4844          else
4845                # on KISTI's IBM firewall is only opened on interactive node
4846             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
4847             echo  "ssh $remote_username@gaiad \"cd \$localdir; scp  -r  $return_username@$return_addres:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
4848          fi
4849       fi
4850       echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                      >>  $jobfile
4851
4852          # QUELLTEXTE, MRUN-SCRIPT UND KONFIGURATIONSDATEI IN DAS AKTUELLE
4853          # ARBEITSVERZEICHNIS VERSCHIEBEN
4854       echo  "mv  SOURCES_FOR_RUN_$fname/$config_file  . "       >>  $jobfile
4855       echo  "mv  SOURCES_FOR_RUN_$fname/$mrun_script_name  . "  >>  $jobfile
4856       echo  "execute_mrun=true"                                 >>  $jobfile
4857       echo  " "                                                 >>  $jobfile
4858
4859    else
4860
4861          # ABSPEICHERN DER QUELLTEXTE (NUR FALLS UEBERSETZT WERDEN SOLL)
4862          # SOWIE GEGEBENENFALLS DES MAKEFILES
4863       if [[ $do_compile = true ]]
4864       then
4865
4866          source_catalog=SOURCES_FOR_RUN_$fname
4867
4868              # UNTERVERZEICHNIS FUER QUELLTEXTE UND MAKEFILE ANLEGEN
4869              # MRUN WIRD DIESES VRZEICHNIS UEBER ENVIRONMENT VARIABLE
4870              # MITGETEILT (UEBERSTEUERT ANGABE IN KONFIGURATIONSDATEI)
4871          echo  "mkdir  SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
4872          echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                 >>  $jobfile
4873          echo  "cd     SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
4874
4875          for  filename  in  $source_list
4876          do
4877                # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
4878             echo  "cat > $filename << \"%END%\""              >>  $jobfile
4879             cat   $source_catalog/$filename                   >>  $jobfile
4880             echo  " "                                         >>  $jobfile
4881             echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
4882             echo  " "                                         >>  $jobfile
4883          done
4884
4885             # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
4886          echo  "cat > Makefile << \"%END%\""               >>  $jobfile
4887          cat   $source_catalog/Makefile                    >>  $jobfile
4888          echo  " "                                         >>  $jobfile
4889          echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
4890          echo  " "                                         >>  $jobfile
4891
4892          echo  "cd -  > /dev/null"                         >>  $jobfile
4893
4894       fi
4895
4896
4897          # ABSPEICHERN DER KONFIGURATIONSDATEI
4898          # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
4899       echo  "cat > $config_file << \"%END%\""      >>  $jobfile
4900       cat   $config_file                           >>  $jobfile
4901       echo  "%END%"                                >>  $jobfile
4902       echo  " "                                    >>  $jobfile
4903
4904
4905          # ABSPEICHERN DER AKTUELLEN MRUN-VERSION
4906          # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
4907       echo  "cat > $mrun_script_name <<\"%END%\""    >>  $jobfile
4908       cat   ${PALM_BIN}/$mrun_script_name            >>  $jobfile
4909       echo  "%END%"                                  >>  $jobfile
4910       echo  "chmod u+x $mrun_script_name"          >>  $jobfile
4911       echo  "execute_mrun=true"                    >>  $jobfile
4912       echo  " "                                    >>  $jobfile
4913
4914    fi
4915
4916
4917       # EVTL. BENOETIGTE INPUT-DATEIEN PER FTP HOLEN ODER DEM JOB DIREKT
4918       # MITGEBEN UND AUF DEM REMOTE-RECHNER IM BENUTZERVERZEICHNIS ABLEGEN
4919       # FALLS DIESES NICHT EXISTIERT, WIRD VERSUCHT, DAS JEWEILS LETZTE
4920       # UNTERVERZEICHNIS DES PFADNAMENS ANZULEGEN
4921    if [[ $do_remote = true ]]
4922    then
4923       (( i = 0 ))
4924       while (( i < iin ))
4925       do
4926          (( i = i + 1 ))
4927          echo  "[[ ! -d ${pathin[$i]} ]]  &&  mkdir -p  ${pathin[$i]}"  >>  $jobfile
4928          if [[ "${transin[$i]}" = job ]]
4929          then
4930             echo  "cat > ${remotepathin[$i]} <<\"%END%\""    >>  $jobfile
4931             eval cat   ${pathin[$i]}/${frelin[$i]}           >>  $jobfile
4932             echo  " "                                        >>  $jobfile
4933             echo  "%END%"                                    >>  $jobfile
4934          else
4935             echo  "batch_scp -b -o -g -s -u $return_username $return_addres ${remotepathin[$i]} \"${pathin[$i]}\" ${frelin[$i]}" >>  $jobfile
4936          fi
4937
4938             # UEBERPRUEFEN, OB DATEI ANGELEGT WERDEN KONNTE
4939          echo  "if [[ \$? = 1 ]]"                    >>  $jobfile
4940          echo  "then"                                >>  $jobfile
4941          echo  "   echo \" \" "                      >>  $jobfile
4942          echo  "   echo \"+++ file ${remotepathin[$i]} could not be created\" "   >>  $jobfile
4943          echo  "   echo \"    please check, if directory exists on $host!\" "  >>  $jobfile
4944          echo  "   echo \"+++ MRUN will not be continued\" "  >>  $jobfile
4945          echo  "   execute_mrun=false"               >>  $jobfile
4946          echo  "fi"                                  >>  $jobfile
4947       done
4948    fi
4949
4950       # ARBEITSKATALOG AUF DER LOKALEN MASCHINE FUER EVENTUELLE
4951       # FORTSETZUNGSLAUEFE PER ENV-VARIABLE UEBERGEBEN
4952    echo  "LOCAL_PWD=$working_directory"                >>  $jobfile
4953    echo  "export LOCAL_PWD"                            >>  $jobfile
4954
4955       # EBENSO LOKALEN MRUN-KATALOG UEBERGEBEN
4956    echo  "LOCAL_MRUN_PATH=$PALM_BIN"                   >>  $jobfile
4957    echo  "export LOCAL_MRUN_PATH"                      >>  $jobfile
4958
4959       # WORKAROUND FUER RIAM-NEC-JOBS WEGEN PROFILE-SCHWIERIGKEITEN
4960    if [[ $localhost_realname = "gate"  ||  $localhost = lctit ]]
4961    then
4962       echo  "export PALM_BIN=$PALM_BIN"                >>  $jobfile
4963    fi
4964
4965       # MRUN AUF ZIELRECHNER AUFRUFEN (queue is workaround for ibmkisti)
4966    echo  "set -x"                                      >>  $jobfile
4967    echo  "queue=$queue"                                >>  $jobfile
4968    echo  "[[ \$execute_mrun = true ]]  &&  ./$mrun_com"  >>  $jobfile
4969
4970    echo  'ls -al; echo `pwd`'                          >>  $jobfile
4971    echo  "cd \$HOME"                                   >>  $jobfile
4972    echo  "rm -rf  $TEMPDIR"                            >>  $jobfile
4973
4974
4975
4976
4977       # JOB PER SUBJOB STARTEN
4978    if [[ $silent = false ]]
4979    then
4980       printf "\n     "
4981    else
4982       printf "\n\n"
4983    fi
4984
4985    subjob  $job_on_file  -h $host  -u $remote_username -g $group_number -q $queue  -m $memory  -N $node_usage -t $cpumax  $XOPT  $TOPT  $OOPT  -n $fname  -v  -c $job_catalog  -e $email_notification  $jobfile
4986    rm -rf  $jobfile
4987
4988
4989 fi  # ENDE REMOTE-TEIL
4990
4991
4992
4993     # ENDE DER PROZEDUR
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.