source: palm/trunk/SCRIPTS/mrun @ 624

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New:
---

Optional barriers included in order to speed up collective operations
MPI_ALLTOALL and MPI_ALLREDUCE. This feature is controlled with new initial
parameter collective_wait. Default is .FALSE, but .TRUE. on SGI-type
systems. (advec_particles, advec_s_bc, buoyancy, check_for_restart,
cpu_statistics, data_output_2d, data_output_ptseries, flow_statistics,
global_min_max, inflow_turbulence, init_3d_model, init_particles, init_pegrid,
init_slope, parin, pres, poismg, set_particle_attributes, timestep,
read_var_list, user_statistics, write_compressed, write_var_list)

Adjustments for Kyushu Univ. (lcrte, ibmku). Concerning hybrid
(MPI/openMP) runs, the number of openMP threads per MPI tasks can now
be given as an argument to mrun-option -O. (mbuild, mrun, subjob)

Changed:


Initialization of the module command changed for SGI-ICE/lcsgi (mbuild, subjob)

Errors:


  • Property svn:keywords set to Id Rev
File size: 173.2 KB
Line 
1#!/bin/ksh
2# mrun - script for running PALM jobs
3# $Id: mrun 622 2010-12-10 08:08:13Z heinze $
4
5     # Procedure for interactive/batch PALM runs (initial runs and automatic
6     # restart runs)
7
8     # Last changes:
9     # 03/03/94 - Siggi - Entwicklungsbeginn
10     # 21/03/94 - Siggi - Entwicklungsabschluss (Version 1.0)
11     # 09/12/94 - Siggi - allexport unterbunden; statt dessen werden jetzt ein-
12     #                    zelne Variable exportiert. Dies ist noetig, weil an-
13     #                    sonsten irgendein Speicher ueberlaeuft und von mrun
14     #                    aufgerufene Programme (z.B. stageout) mit Fehlern
15     #                    abbrechen (too many arguments)
16     # 20/06/95 - Siggi - noclobber muss explizit abgeschaltet, da jetzt
17     #                    defaultmaessig im RRZN-Profile eingeschaltet
18     # 10/06/97 - Siggi - Zusaetzliche Option -C bei cpp, damit // nicht
19     #                    wegfallen
20     # 25/04/00 - Siggi - Version 1.5
21     #                    remote_addres und remote_user in return_addres bzw.
22     #                    return_username umbenannt, return_username wird dem
23     #                    mrun-Aufruf im Job ueber Option -U mitgegeben.
24     #                    Neue Variable remote_username, die beim interaktiven
25     #                    mrun-Aufruf zwingend ueber die neue Option -u oder
26     #                    in der Konfigurationsdatei angegeben werden muss.
27     # 08/02/01 - Siggi - Alle mrun-Meldungen ins englische uebersetzt,
28     #                    Version 1.7
29     # 05/05/02 - Siggi - Uebersetzungen mittels make-Mechanismus moeglich
30     # 21/11/02 - Siggi - ENV-Variable XLFRTEOPTS wird vor Ausfuehrung auf
31     #                    IBM gesetzt, um Record-Laenge der NAMELIST-Dateien,
32     #                    zu bestimmen; Praeprozessoroptionen haben nun alle
33     #                    die Form -Dtext=text, weil auf IBM sonst text durch
34     #                    die leere Zeichenkette ersetzt wird
35     # 01/08/03 - Siggi  - Test of implementing dvrp+1PE on ibm
36     # 07/01/04 - Siggi  - additional preprocessor directive for ibm included
37     #                     (-D$OMP=OMP) in order to avoid problems with
38     #                     OMP_NUM_THREADS
39     # 04/01/05 - Siggi  - archiving on hanni and berni is done in separate
40     #                     tar files, one for each node used
41     # 07/01/04 - Siggi  - old code for t3e, vpp and hpcs eliminated
42     # 09/01/05 - Siggi  - workaround for getting the IP address on gfdl3
43     # 17/01/05 - Siggi  - job for data transfer to local machine now within
44     #                     job class c1 (HLRN)
45     # 27/01/05 - Siggi  - IP address workaround for gfdl3 removed
46     # 28/01/05 - Siggi  - tar-filenames on $PERM (HLRN) now include the
47     #                     base filename and cycle number
48     # 16/02/05 - Gerald - hababai validated
49     # 14/03/05 - Siggi  - abort on NEC after first runtime error (F_ERRCNT)
50     # 29/03/05 - Marcus - berni*-en0 validated
51     # 21/04/05 - Siggi  - transfer-job-protocol for avs-data is no more stored
52     # 24/04/05 - Siggi  - netcdf support on lcmuk
53     # 25/04/05 - Siggi  - netcdf support on gfld3 (decalpha)
54     # 11/05/05 - Siggi  - files with non-numeric extensions (.xxx after cycle
55     #                     number) can now be used within interactive runs
56     # 12/05/05 - Siggi  - netcdf support on ibm
57     # 13/05/05 - Siggi  - error in tar-filenames on $PERM (HLRN) removed
58     # 18/05/05 - Siggi  - netcdf support on nec
59     # 24/05/05 - Siggi  - netcdf support on ibms
60     # 14/06/05 - Siggi  - sleep interval after submit of restart job increased
61     #                     to 30 seconds
62     # 28/06/05 - Siggi  - bora adjusted to new intel compiler (LD_LIBRARY_
63     #                     PATH is temporarily set)
64     # 07/09/05 - Siggi  - setting of MP_EAGER_LIMIT switched off because it
65     #                     caused warnings in the job protocol
66     # 20/10/05 - Siggi  - update of netcdf-version on decalpha (gfdl3)
67     # 25/10/05 - Siggi  - error in listing files for getting the cycle number
68     #                     removed
69     # 26/10/05 - Siggi  - new paths for dvrp-library, transfer of catalogs
70     #                     realized by file attribute trpe
71     # 28/10/05 - Siggi  - if existing, the file extension is output in case
72     #                     of missing input file - no job abort in case of
73     #                     missing input files with file extensions
74     #                     (preliminary solution)
75     # 31/10/05 - Siggi  - data transfer from nech now within seperate job
76     # 04/11/05 - Siggi  - netcdf 3.6.0-p1 on ibmh/ibmb
77     # 07/12/05 - Siggi  - gallego and elephanta admitted
78     # 30/12/05 - Siggi  - gfdl5 (ibmy) admitted
79     # 10/01/06 - Siggi  - cpp directive for NetCDF 64bit support
80     # 20/01/06 - Siggi  - cpp directive for ibmy
81     # 09/02/06 - Siggi  - ibmy admitted for batch mode
82     # 13/04/06 - Siggi  - ostria admitted
83     # 18/04/06 - Siggi  - usage of OpenMP implemented (additional option -O)
84     # 10/05/06 - Siggi  - environment variable XLSMPOPTS set on IBM for
85     #                     optimization of OpenMP runs (option stacksize is
86     #                     necessary for large gridpoint numbers because
87     #                     otherwise a segmentation fault occurs)
88     # 23/05/05 - Siggi  - lctit (SUN Fire X4600) admitted
89     # 21/08/06 - Siggi  - standard mrun path on scirocco is as on bora
90     # 23/08/06 - Siggi  - netcdf support for scirocco (notebook)
91     # 20/09/06 - Marcus - add DVRP library on nech
92     # 24/10/06 - Siggi  - Environment variables for PALM steering are written
93     #                     on local NAMELIST file ENVPAR
94     # 24/11/06 - Siggi  - levanto admitted, maestro switched to ifc 9.1
95     # 28/11/06 - Siggi  - call to interpret_config.x_levanto because of SuSe 10
96     # 06/02/07 - Siggi  - add DVRP library on lcmuk
97     # 07/02/07 - Siggi  - revision of source code handling, source code is
98     #                     now expected in directory given by source_path and
99     #                     not in the current working directory, source code
100     #                     files provided in add_source_path are allways
101     #                     compiled, source code to be compiled is allways
102     #                     sampled in SOURCES_FOR_RUN_$fname which is a
103     #                     subdirectory of the current working directory,
104     #                     -s TEST  changed to  -s WRITE_PERMIT  or -s WP,
105     #                     adapted for RIAM (neck)
106     #                     bugfix for cycle number of output file (extout)
107     #                     all hpmuk-related code removed
108     # 14/02/07 - Siggi  - dvrp support for neck added
109     # 28/02/07 - Siggi  - empty lines in configuration file are accepted
110     #                     mrun_path replaced by PALM_BIN,
111     #                     all machines are calling interpret_config.x
112     # 14/03/07 - Siggi  - fimm admitted, revision number added to terminal
113     #                     output
114     # 16/03/07 - Siggi  - adjustments for lctit
115     # 29/03/07 - Siggi  - global revision transfered to batch job by new
116     #                     option -G
117     # 30/03/07 - Siggi  - compilation "by hand" removed, cpp-directives/options
118     #                     + netcdf/dvrp-options are read from configuration
119     #                     file, host identifier (local_host) is read from
120     #                     config file, code related to ftp filetransfer
121     #                     removed (incl. option -f)
122     # 19/06/07 - Siggi  - time limit for cdata jobs increased
123     # 25/07/07 - Siggi  - two sets of executables can be started on lcmuk,
124     #                     if new option -Y (coupling) is given,
125     #                     output of executables to aout_output removed,
126     #                     messages are immediately written to stdout instead
127     # 03/08/07 - Marcus - add XOPT="-X $numprocs" for lcfimm
128     # 09/08/07 - Marcus - workaround on lcfimm to propagate environment
129     #                     variables out to the nodes in coupled mode -disabled-
130     # 13/08/07 - Marcus - start local restart jobs per ssh on lcfimm
131     # 28/08/07 - Marcus - completely remove workaround on lcfimm to propagate
132     #                     environment variables out to the nodes in coupled mode
133     # 15/10/07 - Siggi  - Preliminary adjustments for lctit, based on Jin's
134     #                     suggestions
135     # 19/10/07 - Marcus - further adjustments for lctit: add new optional
136     #                     argument -g group_number, admit all sla* node_usage
137     #                     queues
138     # 30/10/07 - Marcus - further adjustments for queues on lctit
139     # 14/02/08 - Bjoern - link of restart files with long file name possible
140     # 28/02/08 - Marcus - If environment variable link_local_output is set to
141     #                     true, mrun tries "ln -f" on local output and resorts
142     #                     to "cp" or "cp -r" on error
143     # 15/04/08 - Siggi  - argument -c introduced to most of the subjob calls,
144     #                     which allows the user to choose his own job catalog
145     #                     by setting job_catalog in the configuration file
146     #                     (default is ~/job_queue),
147     #                     workaround for mpiexec with -env option,
148     #                     adjustments for lcxt4 (Bergen Center for Computational
149     #                     Science)
150     # 22/05/08 - Marcus - If environment variable link_local_input is set to
151     #                     true, mrun tries "ln -f" on local input and resorts
152     #                     to "cp" or "cp -r" on error
153     # 27/05/08 - Siggi  - PATH is set to PALM_BIN everywhere (missing so far)
154     # 14/07/08 - Siggi  - adjustments for lcsgih
155     # 08/08/08 - Marcus - typo removed in lcxt4 branch
156     # 17/09/08 - Siggi  - restart mechanism adjusted for lcsgi
157     # 02/10/08 - BjornM - argument "-Y" modified, adjustments for coupled runs
158     # 21/10/08 - Siggi  - bugfix for the case that -K has more than one
159     #                     argument
160     # 08/11/08 - Siggi  - bugfix for depository path settings in configuration
161     #                     file
162     # 11/11/08 - Siggi  - rules for using user code files changed: user
163     #                     code splitted into one file per subroutine,
164     #                     user can provide his/her own makefile, only
165     #                     default source-code filenames are allowed
166     # 14/11/08 - Siggi  - cond1 and cond2 are part of the depository name
167     # 08/01/09 - Siggi  - mpi module on sgi machines to be used can be set
168     #                     with environment variable mpilib
169     # 13/01/09 - Siggi  - totalview on hice/bice can be used in debug mode
170     #                     using environment variable totalview
171     # 25/02/09 - Siggi  - cputime-option (-t) is allowed to be omitted for
172     #                     interactive runs
173     # 05/03/09 - Siggi  - adjustments for new NEC-SX9 at RIAM (necriam)
174     # 16/03/09 - Siggi  - dvrp_lib, dvrp_inc replaced by dvr_lib, dvr_inc,
175     #                     dvr streaming server is automatically started using
176     #                     new variable dvr_server and a configuration file
177     #                     .dvrserver.config,
178     #                     processing of dvr output files using new script
179     #                     process_dvr_output implemented, in order to make
180     #                     dvr application more user friendly
181     # 20/03/09 - Marcus - update of n1ge command for lctit
182     # 16/04/09 - Siggi  - new option -y for precursor (uncoupled) ocean runs
183     #                     to be followed by a coupled atmosphere-ocean run
184     # 21/04/09 - Siggi  - adjustments for new IBM at DKRZ, which is now ibmh
185     # 24/06/09 - BjornM - adjustments for coupled/precursor runs on ibmy
186     # 08/07/09 - Siggi  - default value for email_notification is none,
187     #                     option -e added to subjob
188     # 19/08/09 - Marcus - MPI debug option
189     # 21/08/09 - Marcus - totalview on hice/bice also available for mvapich2
190     # 25/08/09 - BjornM - adpated for lck
191     # 26/08/09 - Siggi  - additional environment variables for mpt on ice2
192     # 26/08/09 - Marcus - adjustment for ice2 on lcsgib
193     # 29/09/09 - Siggi  - default value for archiving is false, option "-A"
194     #                     switches on archiving, archiving on SGI-ICE enabled
195     # 16/10/09 - Carolin- adjustments for archiving on SGI-ICE of binary files;
196     #                     adjustment for special1q
197     # 18/12/09 - Carolin- modification of archiving (permq)
198     # 01/02/10 - Siggi  - adapted for lcxt5m and lckyoto (Fujitsu HX600)
199     # 03/02/10 - Siggi  - make options (mopts) to be set by configuration file
200     #                     implemented
201     # 08/02/10 - Siggi  - loading of modules now controlled via configuration
202     #                     file (modules)
203     # 02/03/10 - Siggi  - for each block in the configuration file, separate
204     #                     utility programs are used, combine_plot_fields is
205     #                     directly called and must not be given by an output
206     #                     command in the configuration file any more
207     # 15/06/10 - Rieke  - ssh from compute nodes to login nodes on hosts
208     #                     lcsgih/lcsgib is done using the names
209     #                     hicegate0/bicegate0 instead of the IP addresses
210     # 17/08/10 - BjornM - adjustments for interactive runs on lcxt4
211     # 07/09/10 - Siggi  - bugfix for wrong netcdf/3.6.3 module on lcsgi
212     # 08/12/10 - Siggi  - new handling of openmp/hybrid runs, option -O
213     #                     has now argument threads_per_task
214     #                     adjustments for Kyushu Univ. (lcrte, ibmku)
215
216
217 
218    # VARIABLENVEREINBARUNGEN + DEFAULTWERTE
219
220 set +o allexport    # SICHERHEITSHALBER UNTERBINDEN, DA SONST EVTL. STAGEOUT
221                     # NICHT LAUEFT (TOO MANY ARGUMENTS - PROBLEM)
222 set +o noclobber    # EXISTIERENDE DATEIEN DUERFEN UEBERSCHRIEBEN WERDEN
223
224 AddFilenames=""
225 additional_conditions=""
226 add_source_path=""
227 afname=""
228 archive_save=true
229 archive_system=none
230 compiler_name=""
231 cond1=""
232 cond2="" 
233 config_file=.mrun.config
234 coupled_dist=""
235 coupled_mode="mpi1"
236 cpp_opts=""
237 cpp_options=""
238 cpumax=0
239 cpurest=0
240 delete_temporary_catalog=true
241 do_batch=false
242 do_compile=true
243 do_remote=false
244 do_stagein=true
245 do_stageout=true
246 do_trace=false
247 email_notification="none"
248 exclude=""
249 executable=""
250 execution_error=false
251 fimm=false
252 fname=test
253 fromhost=""
254 global_revision=""
255 group_number=none
256 host=""
257 host_file=""
258 hp=""
259 ignore_archive_error=false
260 input_list=""
261 interpreted_config_file=""
262 job_catalog="~/job_queue"
263 job_on_file=""
264 keep_data_from_previous_run=false
265 link_local_input=false
266 link_local_output=false
267 localhost_realname=$(hostname)
268 local_compile=false
269 local_dvrserver_running=.FALSE.
270 locat=normal
271 mainprog=""
272 makefile=""
273 mc=$0
274 while [[ $(echo $mc | grep -c "/") != 0 ]]
275 do
276    mc=`echo $mc | cut -f2- -d"/"`
277 done
278 module_calls=""
279 mrun_script_name=$mc
280 netcdf_inc=""
281 netcdf_lib=""
282 netcdf_support=false
283 node_usage=default
284 numprocs=""
285 numprocs_atmos=0
286 numprocs_ocean=0
287 OOPT=""
288 openmp=false
289 output_list=""
290 package_list=""
291 punkte="..........................................................."
292 queue=none
293 read_from_config=""
294 restart_run=false
295 if [[ `hostname` = rte10 ]]
296 then
297   return_addres=133.5.185.60
298   echo "+++ WARNING: return_addres changed to $return_addres !!!!!"
299 else
300    return_addres=$(nslookup `hostname` 2>&1 | grep "Address:" | tail -1 | awk '{print $2}')
301 fi
302 return_password=""
303 return_username=$LOGNAME
304 remotecall=false
305 remote_username=""
306 run_coupled_model=false
307 run_mode=""
308 scirocco=false
309 store_on_archive_system=false
310 striche="  ----------------------------------------------------------------------------"
311 silent=false
312 source_list=""
313 source_path=SOURCE
314 tasks_per_node=""
315 threads_per_task=1
316 tmpcreate=false
317 tmp_data_catalog=""
318 transfer_problems=false
319 usern=$LOGNAME
320 use_openmp=false
321 working_directory=`pwd`
322 TOPT=""
323 XOPT=""
324 zeit=$( date | cut -c 12-19 )
325
326 typeset -i  iec=0 iic=0 iin=0 ioc=0 iout=0 memory=0 stagein_anz=0 stageout_anz=0
327 typeset -i  cputime i ii iia iii iio icycle inode ival jobges jobsek maxcycle minuten nodes pes sekunden tp1
328
329 typeset  -R30 calltime
330 typeset  -L20 spalte1
331 typeset  -L40 spalte2
332 typeset  -L60 spalte3
333 typeset  -L35 string1=`date`
334 typeset  -L12 string2=$usern
335 typeset  -L12 string3=$localhost_realname
336 typeset  -L12 string4
337 typeset  -L12 string5
338 typeset  -L30 version="MRUN  2.0 Rev$Rev: 622 $"
339
340
341
342    # EINZELNE VARIABLE FUER HAUPTPROGRAMM EXPORTIEREN
343 export  cpurest fname host localhost return_addres return_username remotecall tasks_per_node
344
345    # FOLGENDE VARIABLEN MUESSEN FUER DIE INTERPRETATION DER KONFIGURATIONSDATEI
346    # EXPORTIERT WERDEN
347 export  afname config_file cpp_opts cpumax do_batch do_trace fname fromhost
348 export  group_number input_list memory numprocs output_list queue run_mode
349
350
351 
352    # FEHLERBEHANDLUNG
353    # BEI EXIT:
354 trap 'rm -rf  $working_directory/tmp_mrun
355       if [[ $locat != localhost ]]
356       then
357#          if [[ ! -f ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik ]]
358#          then
359#             cat  >  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik  <<  %STATEND%
360#MRUN-calls on $localhost
361#
362#date and time                      user        localhost   remotehost  termination mrun-command
363#--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
364#%STATEND%
365#             chmod  666  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik
366#          fi
367#
368#             # EINTRAG IN DIE STATISTIK-DATEI
369#          string4=$host
370#          string5=$locat
371#          if [[ "$job_on_file" = ""  &&  $locat != control_c  &&  $locat != user_abort ]]
372#          then
373#             if [[ $do_batch = true ]]
374#             then
375#                printf "$string1$string2$string3$string4$string5$mrun_com \n"  >>  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik
376#             else
377#                printf "$string1$string2$string3$string4$string5$mc \n"  >>  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik
378#             fi
379#          fi
380          echo " " > /dev/null
381       fi
382
383       if [[ $locat != normal  &&  $locat != control_c  &&  $locat != local_compile ]]
384       then
385
386              # EVENTUELLE ERROR-KOMMANDOS ABARBEITEN
387          (( i = 0 ))
388          while (( i < iec ))
389          do
390             (( i = i + 1 ))
391             printf "\n  *** Execution of ERROR-command:\n"
392             printf "  >>> ${err_command[$i]}\n"
393             eval  ${err_command[$i]}
394          done
395          if [[ -n $interpreted_config_file ]]  then
396             rm -rf  $interpreted_config_file
397          fi
398          if [[ -n .mrun_environment ]]  then
399             rm -rf  .mrun_environment
400          fi
401          if [[ $tmpcreate = true ]]
402          then
403             printf "\n  *** Contents of \"$TEMPDIR\":\n"
404             ls -al; cd
405             [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
406          fi
407          if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
408          then
409             echo "+++ killing dvrserver_id=$dvrserver_id"
410             kill $dvrserver_id
411          fi
412          if [[ -f ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID ]]
413          then
414             rm -rf  ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID
415          fi
416          printf "\n\n+++ MRUN killed \n\n"
417       elif [[ $locat != control_c ]]
418       then
419          printf "\n\n --> all actions finished\n\n"
420          printf "     Bye, bye $usern !!\n\n"
421       fi' exit
422
423
424    # BEI TERMINAL-BREAK:
425 trap 'rm -rf  $working_directory/tmp_mrun
426       [[ $tmpcreate = true ]]  &&  (cd; rm -rf $TEMPDIR)
427       if [[ -f ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID ]]
428       then
429          rm -rf  ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID
430       fi
431       if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
432       then
433          echo "+++ killing dvrserver_id=$dvrserver_id"
434          kill $dvrserver_id
435       fi
436       printf "\n+++ MRUN killed by \"^C\" \n\n"
437       locat=control_c
438       exit
439      ' 2
440
441
442    # CHECK IF THE PATH FOR THE PALM BINARIES (SCRIPTS+UTILITY-PROGRAMS) HAS
443    # BEEN SET
444 if [[ "$PALM_BIN" = "" ]]
445 then
446    printf "\n  +++ environment variable PALM_BIN has not been set"
447    printf "\n      please set it to the directory where the PALM scripts are located"
448    locat=palm_bin; exit
449 fi
450 export PATH=$PALM_BIN:$PATH
451
452
453
454    # SHELLSCRIPT-OPTIONEN EINLESEN UND KOMMANDO NEU ZUSAMMENSETZEN, FALLS ES
455    # FUER FOLGEJOBS BENOETIGT WIRD
456 while  getopts  :a:AbBc:Cd:D:Fg:G:h:H:i:IkK:m:M:n:o:O:p:P:q:r:R:s:St:T:u:U:vxX:yY: option
457 do
458   case  $option  in
459       (a)   afname=$OPTARG;;
460       (A)   store_on_archive_system=true; mc="$mc -A";;
461       (b)   do_batch=true; mc="$mc -b";;
462       (B)   delete_temporary_catalog=false; mc="$mc -B";;
463       (c)   config_file=$OPTARG; mc="$mc -c$OPTARG";;
464       (C)   restart_run=true; mc="$mc -C";;
465       (d)   fname=$OPTARG; mc="$mc -d$OPTARG";;
466       (D)   cpp_opts="$cpp_opts $OPTARG"; mc="$mc -D'$OPTARG'";;
467       (F)   job_on_file="-D"; mc="$mc -F";;
468       (g)   group_number=$OPTARG; mc="$mc -g$OPTARG";;
469       (G)   global_revision=$OPTARG; mc="$mc -G'$OPTARG'";;
470       (h)   host=$OPTARG; mc="$mc -h$OPTARG";;
471       (H)   fromhost=$OPTARG; mc="$mc -H$OPTARG";;
472       (i)   input_list=$OPTARG; mc="$mc -i'$OPTARG'";;
473       (I)   ignore_archive_error=true; mc="$mc -I";;
474       (k)   keep_data_from_previous_run=true; mc="$mc -k";;
475       (K)   additional_conditions="$OPTARG"; mc="$mc -K'$OPTARG'";;
476       (m)   memory=$OPTARG; mc="$mc -m$OPTARG";;
477       (M)   makefile=$OPTARG; mc="$mc -M$OPTARG";;
478       (n)   node_usage=$OPTARG; mc="$mc -n$OPTARG";;
479       (o)   output_list=$OPTARG; mc="$mc -o'$OPTARG'";;
480       (O)   use_openmp=true; threads_per_task=$OPTARG; mc="$mc -O$OPTARG";;
481       (p)   package_list=$OPTARG; mc="$mc -p'$OPTARG'";;
482       (P)   return_password=$OPTARG; mc="$mc -P$OPTARG";;
483       (q)   queue=$OPTARG; mc="$mc -q$OPTARG";;
484       (r)   run_mode=$OPTARG; mc="$mc -r'$OPTARG'";;
485       (R)   remotecall=true;return_addres=$OPTARG; mc="$mc -R$OPTARG";;
486       (s)   source_list=$OPTARG; mc="$mc -s'$OPTARG'";;
487       (S)   read_from_config=false; mc="$mc -S";;
488       (t)   cpumax=$OPTARG; mc="$mc -t$OPTARG";;
489       (T)   tasks_per_node=$OPTARG; mc="$mc -T$OPTARG";;
490       (u)   remote_username=$OPTARG; mc="$mc -u$OPTARG";;
491       (U)   return_username=$OPTARG; mc="$mc -U$OPTARG";;
492       (v)   silent=true; mc="$mc -v";;
493       (x)   do_trace=true;set -x; mc="$mc -x";;
494       (X)   numprocs=$OPTARG; mc="$mc -X$OPTARG";;
495       (y)   ocean_file_appendix=true; mc="$mc -y";;
496       (Y)   run_coupled_model=true; coupled_dist=$OPTARG; mc="$mc -Y'$OPTARG'";;
497       (\?)  printf "\n  +++ unknown option $OPTARG \n"
498             printf "\n  --> type \"$0 ?\" for available options \n"
499             locat=parameter;exit;;
500   esac
501 done
502
503
504    # EVTL. POSITIONSPARAMETER EINLESEN
505    # ZUR ZEIT GIBT ES NUR DEN PARAMETER ? (=KURZINFO)
506 shift OPTIND-1
507
508
509    # KURZE AUFRUFBESCHREIBUNG WIRD HIER AUSGEGEBEN
510 if [[ "$1" = "?" ]]
511 then
512   (printf "\n  *** mrun can be called as follows:\n"
513    printf "\n      $mrun_script_name  -b -c.. -d.. -D.. -f.. -F -h.. -i.. -I -K.. -m.. -o.. -p.. -r.. -R -s.. -t.. -T.. -v -x -X.. -y -Y.. <modus>\n"
514    printf "\n      Description of available options:\n"
515    printf "\n      Option  Description                              Default-Value"
516    printf "\n        -a    base name of input files                 equiv. -d"
517    printf "\n        -A    archiving when using file-attribute fl"
518    printf "\n        -b    batch-job on local machine               ---"
519    printf "\n        -B    do not delete temporary directory at end ---"
520    printf "\n        -c    configuration file                       .mrun.config"
521    printf "\n        -d    base name of files attached to program   test"
522    printf "\n        -D    preprocessor(cpp)-directives             \"\" "
523    printf "\n        -F    create remote job file only              ---"
524    printf "\n        -h    execution host                           $localhost_realname"
525    printf "\n        -i    INPUT control list                       \"\" "
526    printf "\n        -I    archiving errors of previous batch-jobs"
527    printf "\n              will be ignored"
528    printf "\n        -k    keep data from previous run"
529    printf "\n        -K    additional conditions for controling"
530    printf "\n              usage of conditional code and"
531    printf "\n              env-variables in configuration file      \"\" "
532    printf "\n        -m    memory demand in MB (batch-jobs)         0 MB"
533    printf "\n        -M    Makefile name                            Makefile"
534    printf "\n        -n    node usage (shared/not_shared)           depending on -h"
535    printf "\n        -o    OUTPUT control list                      \"\" "
536    printf "\n        -O    use OpenMP                               ---"
537    printf "\n        -p    software package list                    \"\" "
538    printf "\n        -q    queue                                    \"$queue\" "
539    printf "\n        -r    run control list (combines -i -o)        \"\" "
540    printf "\n        -s    filenames of routines to be compiled     \"\" "
541    printf "\n              must end with .f, .f90, .F, or .c !"
542    printf "\n              use \"..\" for more than one file and wildcards"
543    printf "\n              -s TEST compiles all files with w-permit"
544    printf "\n        -S    config file interpreted by shellscript   ---"
545    printf "\n        -t    allowed cpu-time in seconds (batch)      0"
546    printf "\n        -T    tasks per node                           depending on -h"
547    printf "\n        -u    username on remote machine               \"\" "
548    printf "\n        -v    no prompt for confirmation               ---"
549    printf "\n        -x    tracing of mrun for debug purposes       ---"
550    printf "\n        -X    # of processors (on parallel machines)   1"
551    printf "\n        -y    add appendix \"_O\" to all local output"
552    printf "\n              files (ocean precursor runs followed by"
553    printf "\n              coupled atmosphere-ocean runs)           ---"
554    printf "\n        -Y    run coupled model, \"#1 #2\" with" 
555    printf "\n              #1 atmosphere and #2 ocean processors    \"#/2 #/2\" depending on -X"
556    printf "\n "
557    printf "\n      Possible values of positional parameter <modus>:"
558    printf "\n        \"?\"       -  this outline \n\n") | more
559    exit
560 elif [[ "$1" != "" ]]
561 then
562    printf "\n  +++ positional parameter $1 unknown \n"
563    locat=parameter; exit
564 fi
565
566
567
568    # KURZE STARTMELDUNG
569 printf "\n*** $version "
570 printf "\n    will be executed.     Please wait ..."
571
572
573
574    # PRUEFEN, OB KONFIGURATIONS-DATEI VORHANDEN
575 if [[ ! -f $config_file ]]
576 then
577    printf "\n\n  +++ configuration file: "
578    printf "\n           $config_file"
579    printf "\n      does not exist"
580    locat=connect; exit 
581 fi
582
583
584    # HOST-IDENTIFIER (local_host) AUS KONFIGURATIONSDATEI BESTIMMEN
585 line=""
586 grep  "%host_identifier"  $config_file  >  tmp_mrun
587 while read line
588 do
589    if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
590    then
591       HOSTNAME=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
592       host_identifier=`echo $line | cut -d" " -s -f3`
593       if [[ $localhost_realname = $HOSTNAME ]]
594       then
595          localhost=$host_identifier
596          break
597       fi
598    fi
599 done < tmp_mrun
600
601 if [[ "$localhost" = "" ]]
602 then
603    printf "\n\n  +++ no host identifier found in configuration file \"$config_file\""
604    printf "\n      for local host \"$localhost_realname\"."
605    printf "\n      Please add line"
606    printf "\n      \"\%host_identifier $localhost_realname <identifier>\""
607    printf "\n      to the configuration file."
608    locat=localhost; exit
609 fi
610
611
612    # HOSTSPEZIFISCHE VARIABLEN SETZEN
613 case  $localhost_realname  in
614     (r1*|r2*|h01*|b01*)     archive_system=tivoli;;
615     (cs*)                   archive_system=ut;;
616     (fimm.bccs.uib.no)      fimm=true;;
617     (gate|n-sx)             PATH=$PALM_BIN:$PATH:/usr/bin/nqsII;;
618     (scirocco)              scirocco=true;;
619 esac
620
621
622 
623    # BASISNAME DER INPUT-DATEIEN GLEICH ALLGEMEINEM BASISNAMEN SETZEN,
624    # WENN NICHT VOM BENUTZER ANDERS BESTIMMT
625 [[ "$afname" = "" ]]  &&  afname=$fname
626
627
628    # EVTL. RUN-MODUS DEN I/O-LISTEN HINZUFUEGEN
629 if [[ "$run_mode" != "" ]]
630 then
631    input_list="$input_list $run_mode"
632    output_list="$output_list $run_mode"
633 fi
634
635
636    # RECHNERNAMEN ABSPEICHERN, VON DEM AUS JOB GESTARTET WIRD,
637    # ALLERDINGS NUR DANN, WENN NICHT PER OPTION -H BEREITS EIN WERT
638    # ZUGEWIESEN WURDE (MRUN MACHT DIES IMMER, WENN ES SELBST BATCH-JOBS
639    # STARTET)
640 if [[ "$fromhost" = "" ]]
641 then
642    fromhost=$localhost
643 fi
644
645
646     # PRUEFEN, OB MRUN NUR TESTWEISE AUF DER LOKALEN MASCHINE KOMPILIEREN SOLL
647 if [[ "$source_list" = LOCAL_COMPILE_TEST ]]
648 then
649    source_list=TEST
650    local_compile=true
651    host=$localhost
652 fi
653   
654
655    # PRUEFEN, OB AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL
656    # WERT VON do_remote WIRD FUER DATEIVERBINDUNGEN BENOETIGT.
657    # WENN AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WIRD, IST GLEICHZEITIG KLAR,
658    # DASS EIN BATCH-JOB GESTARTET WERDEN MUSS
659 if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
660 then
661    do_batch=true
662    do_remote=true
663    case  $host  in
664        (ibm|ibmh|ibmku|ibms|ibmy|nech|necriam|lckyoto|lcsgib|lcsgih|lctit|unics|lcxt4|lcxt5m|lck)  true;;
665        (*)  printf "\n"
666             printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
667             printf "\n      is not available"
668             locat=nqs; (( iec = 0 )); exit;;
669    esac
670 else
671    host=$localhost
672 fi
673
674
675     # ZUSATZBEDINGUNGEN (OPTION -K) AUSWERTEN
676 if [[ -n $additional_conditions ]]
677 then
678#    echo $additional_conditions | cut -d" " -f1-3 | read  cond1  cond2  dummy
679    cond1=`echo $additional_conditions | cut -d" " -f1`
680    cond2=`echo $additional_conditions | cut -d" " -s -f2`
681    dummy=`echo $additional_conditions | cut -d" " -s -f3`
682    if [[ -n $dummy ]]
683    then
684       printf "\n  +++ more than 2 additional conditions given for Option \"-K\""
685       locat=options; exit
686    fi
687    block=_$cond1
688    [[ -n $cond2 ]]  &&  block=${block}_$cond2
689 fi
690
691
692      # KOPPLUNGSEIGENSCHAFTEN (-Y) AUSWERTEN UND coupled_mode BESTIMMEN
693 if [[ $run_coupled_model = true ]] 
694 then
695
696    if  [[ -n $coupled_dist ]]
697    then
698
699       numprocs_atmos=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f1`
700       numprocs_ocean=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f2`
701
702       if (( $numprocs_ocean + $numprocs_atmos != $numprocs ))
703       then
704
705          printf "\n  +++ number of processors does not fit to specification by \"-Y\"."
706          printf "\n      PEs (total)     : $numprocs"
707          printf "\n      PEs (atmosphere): $numprocs_atmos"
708          printf "\n      PEs (ocean)     : $numprocs_ocean"
709          locat=coupling; exit
710
711          # REARRANGING BECAUSE CURRENTLY ONLY 1:1 TOPOLOGIES ARE SUPPORTED
712          # THIS SHOULD BE REMOVED IN FUTURE
713       elif (( $numprocs_ocean != $numprocs_atmos ))
714       then
715
716          printf "\n  +++ currently only 1:1 topologies are supported"
717          printf "\n      PEs (total)     : $numprocs"
718          printf "\n      PEs (atmosphere): $numprocs_atmos"
719          printf "\n      PEs (ocean)     : $numprocs_ocean"
720          (( numprocs_atmos = $numprocs / 2 ))
721          (( numprocs_ocean = $numprocs / 2 ))
722          printf "\n  +++ rearranged topology to $numprocs_atmos:$numprocs_ocean"
723
724       fi
725
726    else
727
728       (( numprocs_ocean = $numprocs / 2 ))
729       (( numprocs_atmos = $numprocs / 2 ))
730
731    fi
732    coupled_dist=`echo "$numprocs_atmos $numprocs_ocean"`
733
734       # GET coupled_mode FROM THE CONFIG FILE
735    line=""
736    grep  "%cpp_options.*-D__mpi2.*$host" $config_file  >  tmp_mrun
737    while read line
738    do
739       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" &&  ( $(echo $line | cut -d" " -s -f4) = $cond1 || $(echo $line | cut -d" " -s -f4)  = $cond2 ) ]]
740       then
741          coupled_mode="mpi2"
742       fi
743    done < tmp_mrun
744
745 fi
746
747
748    # PRUEFEN, OB EVTL. BEI VORHERGEHENDEM LAUF (KETTENJOB) EINE
749    # ARCHIVIERUNG FEHLGESCHLAGEN IST
750 if [[ -f ~/job_queue/ARCHIVE_ERROR_$fname ]]
751 then
752    if [[ $ignore_archive_error = false ]]
753    then
754       printf "\n  +++ data archiving of previous run failed"
755       printf "\n      see directory \~/job_queue on remote machine"
756       locat=archive; exit
757    else
758       printf "\n  +++ warning: data archiving in a previous run failed"
759       printf "\n      MRUN continues, trying to get backup copy"
760    fi
761 fi
762
763
764
765    # LESEN UND INTERPRETIEREN DER KONFIGURATIONS-DATEI VOM SHELLSCRIPT AUS
766    # VORUEBERGEHEND ZWINGEND AUF LINUX-RECHNERN
767 if [[ "$read_from_config" = false ]]
768 then
769
770    [[ $silent = false ]]  &&  printf "\n    Reading the configuration file... "
771    while  read zeile
772    do
773        [[ $silent = false ]]  &&  printf "."
774
775
776          # ZUERST EVENTUELL VORKOMMENDE ENVIRONMENT-VARIABLEN DURCH IHRE WERTE
777          # ERSETZEN
778       eval  zeile=\"$zeile\"
779
780
781          # INTERPRETATION DER ZEILE
782       if [[ "$(echo $zeile)" = "" ]]
783       then
784             # LEERZEILE, KEINE AKTION
785          continue
786
787       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1)"  =  "#" ]]
788       then
789
790             # ZEILE IST KOMMENTARZEILE
791          true
792
793       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1)"  =  "%" ]]
794       then
795
796             # ZEILE DEFINIERT ENVIRONMENT-VARIABLE
797          zeile=$(echo $zeile | cut -c2-)
798#          echo $zeile | cut -d" " -f1-5 | read  var  value  for_host  for_cond1  for_cond2
799          var=`echo $zeile | cut -d" " -f1`
800          value=`echo $zeile | cut -d" " -s -f2`
801          for_host=`echo $zeile | cut -d" " -s -f3`
802          for_cond1=`echo $zeile | cut -d" " -s -f4`
803          for_cond2=`echo $zeile | cut -d" " -s -f5`
804
805          if [[ "$for_host" = ""  ||  ( "$for_host" = $host  &&  "$for_cond1" = "$cond1"  &&  "$for_cond2" = "$cond2" )  ||  $(echo "$input_list$output_list"|grep -c "$for_host") != 0 ]]
806          then
807
808                # BEI COMPILER- CPP- ODER LINKEROPTIONEN EVTL ":" DURCH " "
809                # ERSETZEN. "::" WIRD DURCH ":" ERSETZT.
810             value=`echo $value | sed 's/::/%DUM%/g' | sed 's/:/ /g' | sed 's/%DUM%/:/g'`
811
812
813                # ENVIRONMENT-VARIABLE WIRD WERT AUS KONFIGURATIONSDATEI
814                # ZUGEWIESEN, WENN SIE SELBST NOCH KEINEN WERT UEBER DIE
815                # ENTSPRECHENDE SCRIPT-OPTION ERHALTEN HAT. SOLCHE
816                # VARIABLEN HAETTEN DANN DEN WERT "" ODER IM INTEGER-FALL DEN
817                # WERT 0.  ALLGEMEINE REGEL ALSO: SCRIPT-OPTION GEHT UEBER
818                # KONFIGURATIONSDATEI
819             if [[ "$(eval echo \$$var)" = ""  ||  "$(eval echo \$$var)" = "0" ]]
820             then
821                eval  $var=\$value
822
823                   # EVTL. BILDSCHIRMAUSGABEN DER ENVIRONMENT-VARIABLEN
824                if [[ $do_trace = true ]]
825                then
826                   printf "\n*** ENVIRONMENT-VARIABLE $var = $value"
827                fi
828             fi
829
830                # WENN ENVIRONMENT-VARIABLE HOST VEREINBART, DANN SOFORT AUSWERTEN
831                # WERT VON do-remote WIRD BEI DATEIVERBINDUNGEN BENOETIGT
832                # WENN AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WIRD, IST GLEICHZEITIG KLAR,
833                # DASS EIN BATCH-JOB GESTARTET WERDEN MUSS
834             if [[ $var = host ]]
835             then
836                if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
837                then
838                   do_batch=true
839                   do_remote=true
840                   case  $host  in
841                       (ibm|ibmh|ibmku|ibms|ibmy|lckyoto|lcsgib|lcsgih|lctit|nech|necriam|unics|lcxt4|lcxt5m|lck)  true;;
842                       (*)  printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
843                            printf "\n      is not available"
844                            locat=nqs; exit;;
845                   esac
846                else
847                   host=$localhost
848                fi
849             fi
850
851                # VOM BENUTZER DEFINIERTE ENVIRONMENT VARIABLEN MUESSEN PRINZIPIELL
852                # EXPORTIERT WERDEN, DA SIE VIELLEICHT IN WEITER UNTEN AUFZURUFEN-
853                # DEN PROGRAMMEN BENOETIGT WERDEN
854             export  $var
855          fi
856
857
858
859
860       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "EC:" ]]
861       then
862
863             # ZEILE DEFINIERT ERROR-KOMMANDO
864          (( iec = iec + 1 ))
865          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
866          err_command[$iec]="$zeile"
867
868       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "IC:" ]]
869       then
870
871             # ZEILE DEFINIERT INPUT-KOMMANDO
872          (( iic = iic + 1 ))
873          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
874          in_command[$iic]="$zeile"
875
876       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "OC:" ]]
877       then
878
879             # ZEILE DEFINIERT OUTPUT-KOMMANDO
880          (( ioc = ioc + 1 ))
881          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
882          out_command[$ioc]="$zeile"
883
884       else
885
886             # ZEILE DEFINIERT DATEIVERBINDUNG. EINLESEN DER DATEIEIGENSCHAFTEN
887             # s2a: in/out - Feld
888             # s2b: loc    - Feld (optional)
889             # s2c: tr/ar  - Feld (optional)
890#          echo $zeile | cut -d" " -f1-2 | read  s1  s2
891          s1=`echo $zeile | cut -d" " -f1`
892          s2=`echo $zeile | cut -d" " -s -f2`
893          s2a=$(echo $s2 | cut -d":" -f1)
894          if [[ $(echo $s2 | grep -c ":") = 0 ]]
895          then
896             s2b=""
897             s2c=""
898          else
899#             echo $s2 | cut -d":" -f2-3 | sed 's/:/ /g' | read  s2b  s2c
900             s2b=`echo $s2 | cut -d":" -f2 | sed 's/:/ /g'`
901             s2c=`echo $s2 | cut -d":" -s -f3 | sed 's/:/ /g'`
902          fi
903#          echo $zeile | cut -d" " -f3-6 | read  s3  s4  s5  s6
904          s3=`echo $zeile | cut -d" " -f3`
905          s4=`echo $zeile | cut -d" " -s -f4`
906          s5=`echo $zeile | cut -d" " -s -f5`
907          s6=`echo $zeile | cut -d" " -s -f6`
908
909       
910             # ABSPEICHERN DER DATEIVERBINDUNG, FALLS IN INPUT- ODER OUTPUT-LIST
911             # VERMERKT. VARIABLE S3 KANN AUCH LISTE ENTHALTEN (FELDTRENNER ":")
912             # DATEIVERBINDUNG WIRD DANN NICHT ABGESPEICHERT UND GEPRUEFT, WENN
913             # PROGRAMMLAUF AUF REMOTE-MASCHINE ERFOLGT UND DATEI NUR LOKAL VOR-
914             # HANDEN SEIN MUSS (D.H. s2b = loc)
915          IFSALT="$IFS"; IFS="$IFS:"
916          if [[ "$s2a" = in  &&  ! ( $do_remote = true  &&  ( "$s2b" = loc  ||  "$s2b" = locopt ) ) ]]
917          then
918             found=false
919             for  actual  in  $input_list
920             do
921                for  formal  in  $s3
922                do
923                   [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-" ]]  &&  found=true
924                done
925             done
926             if [[ $found = true ]]
927             then
928                (( iin = iin + 1 ))
929                localin[$iin]=$s1; transin[$iin]=$s2b; actionin[$iin]=$s2c;
930                typein[$iin]=$s3; pathin[$iin]=$s4; endin[$iin]=$s5;
931                extin[$iin]=$s6
932             fi
933          elif [[ "$s2a" = out  &&  ! ( $do_remote = true  &&  "$s2b" = loc ) ]]
934          then
935             found=false
936             for  actual  in  $output_list
937             do
938                for  formal  in  $s3 
939                do
940                   [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-"  ]]  &&  found=true
941                done
942             done
943             if [[ $found = true ]]
944             then
945                (( iout = iout + 1 ))
946                localout[$iout]=$s1; actionout[$iout]=$s2c; typeout[$iout]=$s3;
947                pathout[$iout]=$s4; endout[$iout]=$s5; extout[$iout]=$s6
948             fi
949          elif [[ "$s2a" != in  &&  "$s2a" != out ]]
950          then
951             printf "\n  +++ I/O-attribute in configuration file $config_file has the invalid"
952             printf "\n      value \"$s2\". Only \"in\" and \"out\" are allowed!"
953             locat=connect; exit
954          fi
955          IFS="$IFSALT"
956       fi
957    done < $config_file
958
959 else
960
961
962       # INTERPRETATION DER KONFIGURATIONSDATEI MITTELS FORTRAN 90 - PROGRAMM
963    [[ $silent = false ]]  &&  printf "..."
964    export  cond1 cond2 config_file do_remote do_trace input_list localhost output_list
965    export  interpreted_config_file=.icf.$RANDOM
966
967
968
969       # ENVIRONMENT-VARIABLEN FUER INTERPRET_CONFIG UEBER NAMELIST_DATEI ZUR
970       # VERFUEGUNG STELLEN
971    cat  >  .mrun_environment  <<  %%END%%
972 &mrun_environment  cond1 = '$cond1', cond2 = '$cond2',
973                    config_file = '$config_file', do_remote = '$do_remote',
974                    do_trace = '$do_trace', host = '$host',
975                    input_list = '$input_list', icf = '$interpreted_config_file',
976                    localhost = '$localhost', output_list = '$output_list' /
977
978%%END%%
979
980       # WERTE VON MRUN-OPTIONEN SICHERN UND DAMIT GEGEBENENFALLS SPAETER DIE
981       # IN DER KONFIGURAIONSDATEI ANGEGEBENEN WERTE UEBERSTEUERN
982    mrun_memory=$memory
983    mrun_group_number=$group_number
984    mrun_cpumax=$cpumax
985    mrun_numprocs=$numprocs
986
987    if [[ $localhost_realname = "sx-fep" ]]
988    then
989       /home/COAR/NC/raasch/pub/interpret_config_necriam.x
990    else
991
992       if [[ "$host" != $localhost ]]
993       then
994
995             # REMOTE JOB FROM LOCAL HOST: JUST TAKE THE FIRST EXECUTABLE FOUND
996          interpret_config_executable=`ls -1 ${PALM_BIN}/interpret_config*.x 2>/dev/null`
997          if [[ $? != 0 ]]
998          then
999             printf "\n\n  +++ no interpret_config found"
1000             printf "\n      run \"mbuild -u -h ...\" to generate utilities for this host"
1001             locat=interpret_config; exit
1002          fi
1003          interpret_config_executable=`echo $interpret_config_executable | cut -d" " -f1`
1004          $interpret_config_executable
1005
1006       else
1007
1008             # CHECK, IF THERE IS AN EXECUTABLE FOR THE BLOCK
1009          if [[ ! -f ${PALM_BIN}/interpret_config${block}.x ]]
1010          then
1011             printf "\n\n  +++ no interpret_config found for given block \"$cond1 $cond2\""
1012             printf "\n      run \"mbuild -u -h ...\" to generate utilities for this block"
1013             locat=interpret_config; exit
1014          else
1015             interpret_config${block}.x
1016          fi
1017
1018       fi
1019    fi
1020    rm .mrun_environment
1021
1022
1023       # AUSFUEHRUNG DER GENERIERTEN SHELL-KOMMANDOS IN DIESER SHELL
1024    chmod  u+x  $interpreted_config_file
1025    export PATH=$PATH:.
1026    . $interpreted_config_file
1027    rm  $interpreted_config_file
1028
1029
1030       # OPTIONSWERTE UEBERSTEUERN KONFIGURATIONSDATEI
1031    [[ $mrun_memory     != 0  ]]  &&  memory=$mrun_memory
1032    [[ "$mrun_group_number" != "none" ]]  &&  group_number=$mrun_group_number
1033    [[ $mrun_cpumax     != 0  ]]  &&  cpumax=$mrun_cpumax
1034    [[ "$mrun_numprocs" != "" ]]  &&  numprocs=$mrun_numprocs
1035
1036 fi
1037
1038
1039    # QUELLTEXTVERZEICHNIS AUF LOKALER MASCHINE AUS KONFIGURATIONSDATEI
1040    # BESTIMMEN (WUERDE SONST EVTL. DAS VERZEICHNIS DES JEWEILS UNTER -h
1041    # ANGEGEBENEN REMOTE-RECHNERS SEIN)
1042    # BEI BATCH-JOBS SIND DIE ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE SCHON KOMPLETT
1043 if [[ "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1044 then
1045
1046       # ZUERST PRUEFEN, OB EIN GLOBALER QUELLTEXTPFAD FUER ALLE RECHNER
1047       # VEREINBART WURDE
1048    source_path=""
1049    line=""
1050    grep "%source_path" $config_file  >  tmp_mrun
1051    while read line
1052    do
1053       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
1054       then
1055          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -f3)" = "" ]]
1056          then
1057             global_source_path=`echo $line | cut -d" " -f2`
1058          fi
1059       fi
1060    done  <  tmp_mrun
1061
1062    line=""
1063    found=false
1064    grep  " $localhost" $config_file | grep "%source_path"  >  tmp_mrun
1065    while read line
1066    do
1067       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
1068       then
1069          if [[ $found = true ]]
1070          then
1071             printf "\n\n  +++ more than one source path found in configuration file"
1072             printf "\n      for local host \"$localhost\" "
1073             locat=source_path; exit
1074          fi
1075          source_path=`echo $line | cut -d" " -f2`
1076          found=true
1077       fi
1078    done  <  tmp_mrun
1079    rm  tmp_mrun
1080
1081    if [[ "$source_path" = "" ]]
1082    then
1083       if [[ "$global_source_path" != "" ]]
1084       then
1085          source_path=$global_source_path
1086       else
1087          printf "\n\n  +++ no source path found in configuration file"
1088          printf "\n      for local host \"$localhost\" "
1089          locat=source_path; exit
1090       fi
1091    fi
1092    eval source_path=$source_path
1093
1094    if [[ ! -d $source_path ]]
1095    then
1096       printf "\n\n  +++ source path \"$source_path\" on local host"
1097       printf "\n      \"$localhost\" does not exist"
1098       locat=source_path; exit
1099    fi
1100
1101 fi
1102
1103
1104    # GLOBALE REVISIONSNUMMER ERMITTELN (FORTSETZUNGSLAEUFEN WIRD DIESE
1105    # DURCH OPTION -G MITGETEILT)
1106 if [[ "$global_revision" = "" ]]
1107 then
1108    global_revision=`svnversion $source_path  2>/dev/null`
1109    global_revision="Rev: $global_revision"
1110 fi
1111
1112
1113    # NOCHMAL PRUEFEN, OB AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL
1114    # (HOST KANN IN KONFIGURATIONSDATEI ANDERS FESTGELEGT WORDEN SEIN)
1115    # WERT VON do_remote WIRD FUER DATEIVERBINDUNGEN BENOETIGT.
1116    # WENN AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WIRD, IST GLEICHZEITIG KLAR,
1117    # DASS EIN BATCH-JOB GESTARTET WERDEN MUSS
1118 if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
1119 then
1120    do_batch=true
1121    do_remote=true
1122    case  $host  in
1123        (ibm|ibmh|ibmku|ibms|ibmy|lckyoto|lcsgib|lcsgih|lctit|nech|necriam|unics|lcxt4|lcxt5m|lck)  true;;
1124        (*)  printf "\n"
1125             printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
1126             printf "\n      is not available"
1127             locat=nqs; (( iec = 0 )); exit;;
1128    esac
1129 else
1130    host=$localhost
1131 fi
1132
1133
1134    # PRUEFUNG EINIGER PROZESSORZAHLANGABEN BEI RECHNUNGEN AUF PARALLELRECHNERN
1135 if [[ "$cond1" = parallel  ||  "$cond2" = parallel ]]
1136 then
1137
1138       # PRUEFEN, OB DIE ANZAHL DER ZU VERWENDENDEN PES ANGEGEBEN WURDE
1139    if [[ ! -n $numprocs ]]
1140    then
1141       printf "\n"
1142       printf "\n  +++ option \"-K parallel\" requires additional specification"
1143       printf "\n      of the number of processors to be used by"
1144       printf "\n      mrun-option \"-X\" or by environment-variable"
1145       printf "\n      \"numprocs\" in the configuration file"
1146       locat=numprocs; (( iec = 0 )); exit
1147    fi
1148
1149       # PRUEFEN, OB DIE PROZESSORANZAHL PRO KNOTEN ANGEGEBEN WURDE (GGF.
1150       # DEFAULT-WERT SETZEN) UND OB SIE EIN GANZZAHLIGER TEILER DER
1151       # GESAMTPROZESSORANZAHL IST
1152    if [[ $host = nech  ||  $host = necriam  ||  $host = ibmh  ||  $host = ibms ]]
1153    then
1154       [[ "$tasks_per_node" = "" ]]  &&  tasks_per_node=6
1155       (( ival = $tasks_per_node ))
1156       (( pes = numprocs ))
1157#       if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics+1PE) = 1 ]]
1158#       then
1159#          (( pes = pes - 1 ))
1160#       fi
1161       (( ii = pes / ival ))
1162       if (( pes - ii * ival > 0 ))
1163       then
1164          printf "\n"
1165          printf "\n  +++ tasks per node (option \"-T\") must be an integral"
1166          printf "\n      divisor of the total number of processors (option \"-X\")"
1167          printf "\n      values of this mrun-call: \"-T $tasks_per_node\" \"-X $numprocs\""
1168          locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit
1169       fi
1170    fi
1171
1172       # IBMY HAT NUR EINEN KNOTEN
1173    if [[ $host = ibmy ]]
1174    then
1175       if [[ "$tasks_per_node" != ""  &&  "$tasks_per_node" != "$numprocs" ]]
1176       then
1177          printf "\n"
1178          printf "\n  +++ on ibmy, tasks per node (option \"-T\") must be equal to the"
1179          printf "\n      total number of processors (option \"-X\")"
1180          printf "\n      values of this mrun-call: \"-T $tasks_per_node\" \"-X $numprocs\""
1181          locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit
1182       fi
1183    fi
1184
1185       # FALLS OPENMP PARALLELISIERUNG VERWENDET WERDEN SOLL, ANZAHL VON THREADS
1186       # SETZEN UND ZAHL DER TASKS PRO KNOTEN AUF 1 SETZEN
1187#    if [[ $use_openmp = true ]]
1188#    then
1189#       threads_per_task=$tasks_per_node
1190#       tasks_per_node=1
1191#    fi
1192
1193       # SETTINGS FOR SUBJOB-COMMAND
1194    TOPT="-T $tasks_per_node"
1195    OOPT="-O $threads_per_task"
1196
1197       # GESAMTZAHL DER KNOTEN BESTIMMEN
1198    if [[ "$tasks_per_node" != "" ]]
1199    then
1200       (( nodes = numprocs / ( tasks_per_node * threads_per_task ) ))
1201    fi
1202
1203       # PRUEFEN, OB NODE USAGE EINEN ERLAUBTEN WERT HAT BZW. DEN DEFAULT
1204       # SETZEN
1205    if [[ $node_usage = default ]]
1206    then
1207       if [[ $host = ibms ]]
1208       then
1209          node_usage=shared
1210       elif [[ $host = lctit ]]
1211       then
1212          node_usage=RAM64GB
1213       elif [[ $(echo $host | cut -c1-5) = lcsgi ]]
1214       then
1215          node_usage=singlejob
1216       else
1217          node_usage=not_shared
1218       fi
1219    fi
1220
1221    if [[ $node_usage != shared  &&  $node_usage != not_shared  &&  $node_usage != singlejob  &&  "$(echo $node_usage | cut -c1-3)" != "sla"  &&  $node_usage != RAM64GB  ]]
1222    then
1223       printf "\n"
1224       printf "\n  +++ node usage (option \"-n\") is only allowed to be set"
1225       printf "\n      \"shared\" or \"not_shared\""
1226       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit
1227    fi
1228
1229 fi
1230
1231    # PRUEFEN, OB HOSTFILE EXISTIERT
1232 if [[ -n $hostfile ]]
1233 then
1234    if [[ ! -f $hostfile ]]
1235    then
1236       printf "\n"
1237       printf "\n  +++ hostfile \"$hostfile\" does not exist"
1238       locat=hostfile; exit
1239    fi
1240 fi
1241
1242    # PRUEFEN, OB RHOSTS DATEI EXISTIERT. GEGEBENENFALLS ANLEGEN BZW. ERWEITERN
1243 if [[ $host = ibmy  &&  $do_remote = false ]]
1244 then
1245    if [[ ! -f $HOME/.rhosts ]]
1246    then
1247       echo  "gfdl5.yonsei.ac.kr"  >  $HOME/.rhosts
1248       printf "\n\n  *** file:"
1249       printf "\n           $HOME/.rhosts"
1250       printf "\n      was created\n"
1251    fi
1252    if [[ $(grep -c gfdl5.yonsei.ac.kr $HOME/.rhosts) = 0 ]]
1253    then
1254       echo  "gfdl5.yonsei.ac.kr"  >>  $HOME/.rhosts
1255       printf "\n\n  *** file:"
1256       printf "\n           $HOME/.rhosts"
1257       printf "\n      was extended by the name of the current host\n"
1258    fi
1259 fi
1260
1261
1262
1263    # FALLS NICHT VORGEGEBEN, DEFAULT-QUEUE AUF DER ZIELMASCHINE FESTLEGEN
1264 if [[ $queue = none ]]
1265 then
1266    case  $host  in
1267        (ibmh)       queue=no_class;;
1268        (ibmy)       queue=parallel;;
1269        (lckyoto)    queue=ph;;
1270        (lcsgib)     queue=bigq;;
1271        (lcsgih)     queue=bigq;;
1272        (lctit)      queue=RAM64GB;;
1273        (nech)       queue=none;;
1274        (necriam)    queue=SP;;
1275        (unics)      queue=unics;;
1276    esac
1277 fi
1278
1279
1280    # VOLLSTAENDIGE DATEINAMEN DER INPUT-FILES BILDEN,
1281    # INPUT-DATEIEN AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND EVTL. HOECHSTE ZYKLUSNUMMER
1282    # ERMITTELN
1283 (( i = 0 ))
1284 while (( i < iin ))
1285 do
1286    (( i = i + 1 ))
1287    (( maxcycle = 0 ))
1288
1289       # NAMENSBILDUNG (EVTL. IST FESTER DATEINAME VORGEGEBEN)
1290    if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1291    then
1292       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${endin[$i]}  # REMOTE-PFAD ERST AUF
1293                                                    # REM-MASCHINE AUSWERTEN
1294       eval filename=${pathin[$i]}/${endin[$i]}
1295    else
1296       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}  # REMOTE-PFAD ERST AUF
1297                                                             # REM-MASCHINE AUSWERTEN
1298       eval filename=${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}
1299    fi
1300
1301       # PRUEFEN AUF VORHANDENSEIN
1302    if [[ $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "not found") = 1  || \
1303          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "No such file") = 1  || \
1304          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "does not exist") = 1 ]]
1305    then
1306          # DATEIEN MIT EXTENSION (Z.B. NC) MUESSEN NICHT ZWINGEND VORHANDEN
1307          # SEIN, DESHALB IN SOLCHEN FAELLEN KEIN ABBRUCH. DIES IST NUR EINE
1308          # VORUEBERGEHENDE LOESUNG (OKT 05). NICHT ZWINGEND BENOETIGTE
1309          # EINGABEDATEIEN SOLLTEN EINE SPEZIELLE OPTION IN DER DATEI-
1310          # VERBINDUNGSANWEISUNG BEKOMMEN (Z.B. inopt?)
1311       if [[ "${transin[$i]}" != "locopt" ]]
1312       then
1313          printf "\n\n  +++ INPUT-file: "
1314          if [[ "${extin[$i]}" = "" ]]
1315          then
1316             printf "\n           $filename"
1317          else
1318             printf "\n           $filename.${extin[$i]}"
1319          fi
1320          printf "\n      does not exist\n"
1321          locat=input; exit
1322       else
1323          transin[$i]="unavailable"
1324       fi
1325    else
1326
1327          # ZYKLUSNUMMER FESTSTELLEN
1328       ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1329       ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1330       while  read zeile
1331       do
1332          cycle=$(print $zeile | cut -f2 -d".")
1333          if [[ "$cycle" = "$zeile" ]]
1334          then
1335             (( icycle = 0 ))
1336          elif [[ "$cycle" = "${extin[$i]}" ]]
1337          then
1338             (( icycle = 0 ))
1339          else
1340             (( icycle = $cycle ))
1341          fi
1342          if (( icycle > maxcycle ))
1343          then
1344             (( maxcycle = icycle ))
1345             file_to_be_used=$zeile
1346          fi
1347       done <filelist
1348       rm filelist
1349
1350          # EVTL. ZYKLUSNUMMER AN DATEINAMEN ANFUEGEN
1351       if (( maxcycle > 0 ))
1352       then
1353          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1354          then
1355             filename=${filename}.$maxcycle.${extin[$i]}
1356          else
1357             filename=${filename}.$maxcycle
1358          fi
1359       else
1360          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1361          then
1362             filename=${filename}.${extin[$i]}
1363          fi
1364       fi
1365       
1366          # DATEINAMEN OHNE PFAD ABER MIT ZYKLUSNUMMER ABSPEICHERN,
1367          # DA SPAETER BEI RUECKSPEICHERN VOM ARCHIVSYSTEM EVTL. BENOETIGT
1368       absnamein[$i]=$filename
1369       if (( maxcycle > 0 ))
1370       then
1371          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1372          then
1373             frelin[$i]=${endin[$i]}.$maxcycle
1374          else
1375             frelin[$i]=${afname}${endin[$i]}.$maxcycle
1376          fi
1377       else
1378          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1379          then
1380             frelin[$i]=${endin[$i]}
1381          else
1382             frelin[$i]=${afname}${endin[$i]}
1383          fi
1384       fi
1385
1386    fi
1387 done
1388       
1389
1390    # VOLLSTAENDIGE DATEINAMEN (OHNE $ ODER ~) DER OUTPUT-FILES BILDEN,
1391    # OUTPUT-DATEIEN AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND EVTL. HOECHSTE ZYKLUSNUMMER
1392    # ERMITTELN ODER, FALLS NICHT VORHANDEN, PRUEFEN, OB SIE SICH ANLEGEN LASSEN
1393    # DIESE AKTIONEN FINDEN NICHT STATT, WENN PROGRAMM AUF REMOTE-MASCHINE
1394    # RECHNET UND DATEI ANSCHLIESSEND TRANSFERIERT WERDEN SOLL!
1395 (( i = 0 ))
1396 while (( i < iout ))
1397 do
1398    (( i = i + 1 ))
1399    if [[ ! ( $fromhost != $localhost  &&  ( "${actionout[$i]}" = tr || "${actionout[$i]}" = tra || "${actionout[$i]}" = trpe ) ) ]]
1400    then
1401       if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
1402       then
1403          actionout[$i]=""
1404       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe ]]
1405       then
1406          actionout[$i]=pe
1407       elif [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
1408       then
1409          actionout[$i]=a
1410       fi
1411       (( maxcycle = 0 ))
1412       eval filename=${pathout[$i]}/${fname}${endout[$i]}
1413       eval catalogname=${pathout[$i]}
1414       if [[ $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "not found") = 1  || \
1415             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "No such file") = 1  || \
1416             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "does not exist") = 1 ]]
1417       then
1418     
1419             # OUTPUT-DATEI NICHT VORHANDEN. PRUEFEN, OB ANLEGEN MOEGLICH.
1420          if  cat /dev/null > $filename 
1421          then
1422             rm  $filename
1423          else
1424
1425                # PRUEFEN, OB KATALOG VORHANDEN UND EVTL. DIESEN ANLEGEN
1426             if [[ ! -d $catalogname ]]
1427             then
1428                if  mkdir -p  $catalogname
1429                then
1430                   printf "\n\n  *** directory:"
1431                   printf "\n           $catalogname"
1432                   printf "\n      was created\n"
1433                else
1434                   printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1435                   printf "\n           $filename"
1436                   printf "\n      cannot be created, because directory does not exist"
1437                   printf "\n      and cannot be created either"
1438                   printf "\n"
1439                   locat=output  ; exit
1440                fi 2>/dev/null
1441             else
1442                printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1443                printf "\n           $filename"
1444                printf "\n      cannot be created, although directory exists"
1445                printf "\n"
1446                locat=output  ; exit
1447             fi
1448          fi 2>/dev/null
1449       else
1450
1451             # ZYKLUSNUMMER FESTSTELLEN
1452          ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1453          ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1454          while  read zeile
1455          do
1456             cycle=$(print $zeile | cut -f2 -d".")
1457             if [[ "$cycle" = "$zeile"  ||  "$cycle" = ${extout[$i]} ]]
1458             then
1459                (( icycle = 1 ))
1460             else
1461                (( icycle = $cycle + 1 ))
1462             fi
1463             if (( icycle > maxcycle ))
1464             then
1465                (( maxcycle = icycle ))
1466             fi
1467          done <filelist
1468          rm filelist
1469       fi
1470
1471          # EVTL. ZYKLUSNUMMER AN DATEINAMEN ANFUEGEN UND PRUEFEN, OB SICH
1472          # DATEI AUCH WIRKLICH ANLEGEN LAESST. IM APPEND-FALL MUSS AN DEN
1473          # HOECHSTEN VORHANDENEN ZYKLUS-ANGEHAENGT WERDEN. ANLAGEPRUEFUNG
1474          # IST DANN NATUERLICH NICHT ZULAESSIG BZW. MOEGLICH
1475       if [[ "${actionout[$i]}" != a ]]
1476       then
1477          if (( maxcycle > 0 ))
1478          then
1479             filename=${filename}.$maxcycle
1480             if  cat /dev/null > $filename 
1481             then
1482                rm  $filename
1483             else
1484                printf "\n  +++ OUTPUT-file:"
1485                printf "\n           $filename"
1486                printf "\n      cannot be created"
1487                locat=output  ; exit
1488             fi
1489          fi
1490       else
1491          (( maxcycle = maxcycle - 1 ))
1492          if (( maxcycle > 0 ))
1493          then
1494             filename=${filename}.$maxcycle
1495          fi
1496       fi
1497       
1498          # DATEINAMEN OHNE PFAD ABER MIT ZYKLUSNUMMER ABSPEICHERN,
1499          # DA SPAETER BEI ABLAGE AUF ARCHIVSYSTEM BZW. FUER
1500          # DATEI OUTPUT_FILE_CONNECTIONS EVTL. BENOETIGT
1501       pathout[$i]=$filename
1502       if (( maxcycle > 0 ))
1503       then
1504          frelout[$i]=${fname}${endout[$i]}.$maxcycle
1505       else
1506          frelout[$i]=${fname}${endout[$i]}
1507       fi
1508
1509    fi
1510 done
1511
1512
1513     # DAS DVR-PAKET ERFORDERT EINE ENTSPRECHENDE BIBLIOTHEK
1514 if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
1515 then
1516    if [[ "$dvr_inc" = "" ]]
1517    then
1518       printf "\n\n  +++ no value for \"dvr_inc\" given in configuration file"
1519       printf "\n      This is required for the dvrp_graphics package.\n"
1520       locat=dvr; exit
1521    fi
1522    if [[ "$dvr_lib" = "" ]]
1523    then
1524       printf "\n\n  +++ no value for \"dvr_lib\" given in configuration file"
1525       printf "\n      This is required for the dvrp_graphics package.\n"
1526       locat=dvr; exit
1527    fi
1528 fi
1529
1530
1531     # PRUEFEN, OB ENTWEDER HAUPTPROGRAMM ODER NUR EIN AUSFUEHRBARES
1532     # PROGRAMM VEREINBART WURDE (IN DIESEM FALL BRAUCHT IM WEITEREN NICHT
1533     # UEBERSETZT ZU WERDEN)
1534 if [[ "$mainprog" = ""  &&  "$executable" = "" ]]
1535 then
1536    printf "\n  +++ neither main program nor executable defined"
1537    locat=source; exit
1538 elif [[ "$mainprog" != ""  &&  "$executable" != "" ]]
1539 then
1540    printf "\n  +++ main program as well as executable defined"
1541    locat=source; exit
1542 elif [[ "$mainprog" = ""  &&  "$executable" != "" ]]
1543 then
1544    do_compile=false
1545 fi
1546
1547
1548    # SOURCE-VERZEICHNIS ZUM AUFSAMMELN DER ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE
1549    # ERZEUGEN. HIERHIN WERDEN SPAETER IM FALL VON BATCH-JOBS AUCH DAS MRUN-
1550    # SCRIPTS SOWIE DIE KONFIGURATIONSDATEI KOPIERT
1551 if [[ $restart_run != true  &&  "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1552 then
1553    rm -rf  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1554    mkdir   SOURCES_FOR_RUN_$fname
1555 fi
1556
1557
1558    # ALLE ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE ZUSAMMENSAMMELN
1559    # BEI BATCH-JOBS IST DIES NICHT NOETIG, WEIL DIE PROGRAMMTEILE BEREITS DURCH
1560    # DEN MRUN-AUFRUF ERMITTELT SIND, DER DEN BATCH-JOB GENERIERT HAT, UND
1561    # IM VERZEICHNIS SOURCES_FOR_RUN_... ABGELEGT SIND
1562 if [[ $do_compile = true  &&  "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1563 then
1564
1565    [[ "$source_list" = LM ]]  &&  source_list=LOCALLY_MODIFIED
1566    [[ "$source_list" = WP ]]  &&  source_list=WRITE_PERMIT
1567
1568
1569       # EVTL. ZU UEBERSETZENDE PROGRAMMTEILE DADURCH BESTIMMEN, DASS GEPRUEFT
1570       # WIRD, WELCHE DATEIEN WRITE-PERMIT BESITZEN (DATEIEN SOLLTEN DESHALB
1571       # UNTER RCS-KONTROLLE STEHEN). MIT DER VARIABLEN EXCLUDE KOENNEN
1572       # BESTIMMTE DATEIEN GRUNDSAETZLICH VON DER UEBERSETZUNG AUSGESCHLOSSEN
1573       # WERDEN. DIES IST NUR BEI MANUELLEM START VON MRUN DURCH DEN BENUTZER
1574       # MOEGLICH, DA BEI AUTOMATISCHEN RESTARTS TEST DURCH DIE TATSAECHLICH
1575       # ZU UBERSETZENDEN DATEIEN ERSETZT IST.
1576       # ALLE ERMITTELTEN DATEIEN WERDEN IM VERZEICHNIS SOURCES_FOR_RUN_...
1577       # GESAMMELT
1578    if [[ "$source_list" = WRITE_PERMIT ]]
1579    then
1580
1581       source_list=""
1582       cd  $source_path
1583
1584
1585          # ALLE MOEGLICHEN QUELLCODEDATEIEN AUFLISTEN
1586       Names=$(ls -1 *.f90 2>&1)
1587       [[ $(echo $Names | grep -c '*.f90') = 0 ]]  &&  Filenames="$Names"
1588       Names=$(ls -1 *.F90 2>&1)
1589       [[ $(echo $Names | grep -c '*.F90') = 0 ]]  &&  Filenames="$Filenames $Names"
1590       Names=$(ls -1 *.F 2>&1)
1591       [[ $(echo $Names | grep -c '*.F') = 0   ]]  &&  Filenames="$Filenames $Names"
1592       Names=$(ls -1 *.f 2>&1)
1593       [[ $(echo $Names | grep -c '*.f') = 0   ]]  &&  Filenames="$Filenames $Names"
1594       Names=$(ls -1 *.c 2>&1)
1595       [[ $(echo $Names | grep -c '*.c') = 0   ]]  &&  Filenames="$Filenames $Names"
1596
1597
1598          # DATEIEN MIT WRITE-PERMIT NACH SOURCES_FOR_RUN_... KOPIEREN
1599       for  dateiname  in  $Filenames
1600       do
1601          if [[ -w $dateiname ]]
1602          then
1603             if [[ "$exclude" = ""  ||  $(echo $exclude | grep -c $dateiname) = 0 ]]
1604             then
1605                cp  $dateiname  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1606                source_list=$source_list"$dateiname "
1607             fi
1608          fi
1609       done
1610
1611       cd -  > /dev/null
1612
1613
1614    elif [[ "$source_list" = LOCALLY_MODIFIED ]]
1615    then
1616
1617          # MODIFIZIERTE DATEIEN DER SVN-ARBEITSKOPIE BESTIMMEN
1618       source_list=""
1619       cd  $source_path
1620
1621
1622          # PRUEFEN, OB VERZEICHNIS UEBERHAUPT UNTER SVN-KONTROLLE STEHT
1623       if [[ ! -d .svn ]]
1624       then
1625          printf "\n\n  +++ source directory"
1626          printf "\n         \"$source_path\" "
1627          printf "\n         is not under control of \"subversion\"."
1628          printf "\n         Please do not use mrun-option \"-s LOCALLY_MODIFIED\"\n"
1629       fi
1630
1631
1632          # ALLE MODIFIZIERTEN QUELLCODEDATEIEN AUFLISTEN
1633       Filenames=""
1634       svn status  >  tmp_mrun
1635       while  read line
1636       do
1637          firstc=`echo $line | cut -c1`
1638          if [[ $firstc = M  ||  $firstc = "?" ]]
1639          then
1640             Name=`echo "$line" | cut -c8-`
1641             extension=`echo $Name | cut -d. -f2`
1642             if [[ "$extension" = f90 || "$extension" = F90 || "$extension" = f || "$extension" = F || "$extension" = c ]]
1643             then
1644                Filenames="$Filenames "$Name
1645             fi
1646          fi
1647       done < tmp_mrun
1648
1649
1650          # DATEIEN NACH SOURCES_FOR_RUN_... KOPIEREN
1651       for  dateiname  in  $Filenames
1652       do
1653          cp  $dateiname  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1654          source_list=$source_list"$dateiname "
1655       done
1656
1657       cd -  > /dev/null
1658
1659
1660       # MITTELS OPTION -s ANGEGEBENE DATEIEN NACH SOURCES_FOR_RUN_... KOPIEREN
1661       # BEI AUTOMATISCHEN FORTSETZUNGSLAEUFEN SIND DORT SCHON ALLE DATEIEN
1662       # VORHANDEN
1663    elif [[ "$source_list" != ""  &&  $restart_run != true ]]
1664    then
1665
1666       cd  $source_path
1667
1668       for  filename  in  $source_list
1669       do
1670
1671             # QUELLTEXT-DATEI DARF KEINE PFADE BEINHALTEN
1672          if [[ $(print $filename | grep -c "/") != 0 ]]
1673          then
1674             printf "\n  +++ source code file:  $filename"
1675             printf "\n      must not contain (\"/\") "
1676             locat=source; exit
1677          fi
1678
1679          if [[ ! -f $filename ]]
1680          then
1681             printf "\n  +++ source code file:  $filename"
1682             printf "\n      does not exist"
1683             locat=source; exit
1684          else
1685             cp  $filename  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1686          fi
1687
1688       done
1689
1690       cd -  > /dev/null
1691
1692    fi
1693
1694
1695       # PRUEFEN, OB ENTWEDER HAUPTPROGRAMM VORHANDEN UND ES EVTL. IN DER
1696       # LISTE DER ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE MIT ENTHALTEN IST (WENN
1697       # NICHT, WIRD ES DIESER LISTE HINZUGEFUEGT)
1698    if [[ $restart_run != true ]]
1699    then
1700
1701       if [[ ! -f "$source_path/$mainprog" ]]
1702       then
1703          printf "\n\n  +++ main program:  $mainprog"
1704          printf "\n      does not exist in source directory"
1705          printf "\n      \"$source_path\"\n"
1706          locat=source; exit
1707       else
1708          if [[ $(echo $source_list | grep -c $mainprog) = 0 ]]
1709          then
1710             cp  $source_path/$mainprog  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1711             source_list=${mainprog}" $source_list"
1712          fi
1713       fi
1714    fi
1715
1716
1717       # MAKEFILE AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND KOPIEREN
1718       # BEI RESTART-LAEUFEN LIEGT ES SCHON IM VERZEICHNIS SOURCES_FOR_RUN...
1719    if [[ "$restart_run" != true ]]
1720    then
1721       [[ "$makefile" = "" ]]  &&  makefile=$source_path/Makefile
1722       if [[ ! -f $makefile ]]
1723       then
1724          printf "\n  +++ file \"$makefile\" does not exist"
1725          locat=make; exit
1726       else
1727          cp  $makefile  SOURCES_FOR_RUN_$fname/Makefile
1728       fi
1729    fi
1730
1731
1732       # DATEIEN AUS ZUSAETZLICHEM QUELLVERZEICHNIS HINZUFUEGEN
1733    if [[ $restart_run != true  &&  "$add_source_path" != "" ]]
1734    then
1735
1736          # GIBT ES DAS VERZEICHNIS UEBERHAUPT?
1737       if [[ ! -d $add_source_path ]]
1738       then
1739          printf "\n\n  +++ WARNING: additional source code directory"
1740          printf "\n      \"$add_source_path\" "
1741          printf "\n      does not exist or is not a directory."
1742          printf "\n      No source code will be used from this directory!\n"
1743          add_source_path=""
1744          sleep 3
1745       else
1746
1747          cd $add_source_path
1748          found=false
1749
1750          Names=$(ls -1 *.f90 2>&1)
1751          [[ $(echo $Names | grep -c '*.f90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$Names"
1752          Names=$(ls -1 *.F90 2>&1)
1753          [[ $(echo $Names | grep -c '*.F90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1754          Names=$(ls -1 *.F 2>&1)
1755          [[ $(echo $Names | grep -c '*.F') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1756          Names=$(ls -1 *.f 2>&1)
1757          [[ $(echo $Names | grep -c '*.f') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1758          Names=$(ls -1 *.c 2>&1)
1759          [[ $(echo $Names | grep -c '*.c') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1760
1761          cd -  > /dev/null
1762          cd  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1763
1764             # COPY MAKEFILE IF EXISTING
1765          if [[ -f $add_source_path/Makefile ]]
1766          then
1767             printf "\n\n  *** user Makefile from directory"
1768             printf "\n      \"$add_source_path\" is used \n"
1769             sleep 1
1770             cp  $add_source_path/Makefile  .
1771          fi
1772
1773          for  dateiname  in  $AddFilenames
1774          do
1775             if [[ -f $dateiname ]]
1776             then
1777                printf "\n  +++ source code file \"$dateiname\" found in additional"
1778                printf "\n      source code directory \"$add_source_path\" "
1779                printf "\n      but was also given with option \"-s\" which means that it should be taken"
1780                printf "\n      from directory \"$source_path\"."
1781                locat=source; exit
1782             fi
1783
1784             cp  $add_source_path/$dateiname  .
1785             source_list="$source_list $dateiname"
1786
1787                # CHECK IF FILE IS CONTAINED IN MAKEFILE
1788             if [[ $(grep -c $dateiname Makefile) = 0 ]]
1789             then
1790                printf "\n\n  +++ user file \"$dateiname\" "
1791                printf "\n      is not listed in Makefile \n"
1792                locat=source; exit
1793             else
1794
1795                # Default User-Interface von der Liste entfernen, falls Datei
1796                # ein User-Interface enthaelt
1797#             if [[ $( cat $dateiname | grep -c "END SUBROUTINE user_parin" ) != 0 ]]
1798#             then
1799#                if [[ $dateiname != user_interface.f90  &&  -f user_interface.f90 ]]
1800#                then
1801#                   rm -rf  user_interface.f90
1802#                   source_list=`echo $source_list | sed -e 's/user_interface.f90//'`
1803#                   printf "\n\n  *** default \"user_interface.f90\" removed from the files to be translated"
1804#                   printf "\n      since a user-interface is found in file"
1805#                   printf "\n      \"$add_source_path/$dateiname\" \n"
1806#                   sleep 3
1807#                else
1808                if [[ $found = false ]]
1809                then
1810                   found=true
1811                   printf "\n\n  *** following user file(s) added to the"
1812                   printf " files to be translated:\n      "
1813                fi
1814                printf "$dateiname  "
1815                sleep 0.5
1816             fi
1817          done
1818          [[ $found = true ]]  &&  printf "\n"
1819          cd -  > /dev/null
1820       fi
1821    fi
1822
1823
1824       # ALLE UNTERPROGRAMME, DIE ZU VEREINBARTEN SOFTWAREPAKETEN GEHOEREN,
1825       # DER LISTE DER ZU UEBERSETZENDEN DATEIEN HINZUFUEGEN
1826    if [[ $restart_run != true  &&  -n $package_list ]]
1827    then
1828
1829       cd  $source_path
1830
1831       for  package  in  $package_list
1832       do
1833
1834          [[ $package = "dvrp_graphics+1PE" ]]  &&  package=dvrp_graphics
1835
1836             # ERMITTELE ALLE DATEIEN, DIE ZUM PAKET GEHOEREN
1837             # FEHLERMELDUNGEN WERDEN ABGEFANGEN, DA * AUCH VERZEICHNISSNAMEN
1838             # LIEFERT
1839          package_source_list=`grep "defined( __$package " * 2>/dev/null | cut -f1 -d:`
1840
1841
1842             # FUEGE DIESE DATEIEN DER LISTE DER ZU UEBERSETZENDEN DATEIEN
1843             # HINZU, FALLS SIE NOCH NICHT DAZUGEHOEREN
1844          for  source_list_name  in  $package_source_list
1845          do
1846             if [[ $(echo $source_list | grep -c $source_list_name) = 0 ]]
1847             then
1848
1849                    # NUR DATEIEN MIT GUELTIGEN ENDUNGEN VERWENDEN
1850                ending=`echo $source_list_name | cut -f2 -d.`
1851                if [[ "$ending" = f90  ||  "$ending" = F90  ||  "$ending" = f  ||  "$ending" = F  ||  "$ending" = c ]]
1852                then
1853                   cp  $source_list_name  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1854                   source_list="$source_list $source_list_name"
1855                fi
1856             fi
1857          done
1858       done
1859
1860       cd -  > /dev/null
1861    fi
1862
1863
1864       # MAKEFILE AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND KOPIEREN
1865       # BEI RESTART-LAEUFEN LIEGT ES SCHON IM VERZEICHNIS SOURCES_FOR_RUN...
1866#    if [[ "$restart_run" != true ]]
1867#    then
1868#       [[ "$makefile" = "" ]]  &&  makefile=$source_path/Makefile
1869#       if [[ ! -f $makefile ]]
1870#       then
1871#          printf "\n  +++ file \"$makefile\" does not exist"
1872#          locat=make; exit
1873#       else
1874#          cp  $makefile  SOURCES_FOR_RUN_$fname/Makefile
1875#       fi
1876#    fi
1877
1878 fi  # do_compile=true
1879
1880
1881    # FALLS PROGRAMMTEILE UEBERSETZT WERDEN SOLLEN, FOLGEN JETZT EINIGE
1882    # UEBERPRUEFUNGEN UND DAS SETZEN DER PRAEPROZESSOR-DIREKTIVEN
1883 if [[ $do_compile = true ]]
1884 then
1885
1886       # PRAEPROZESSOR-DIREKTIVEN ZUM SELEKTIVEN AUSWAEHLEN VON CODETEILEN
1887       # ZUSAMMENSETZEN
1888       # DIREKTIVEN ZUM AKTIVIEREN VON RECHNERSPEZIFISCHEM CODE
1889    if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1890    then
1891       cpp_options="${cpp_options},-D__ibm=__ibm"
1892    elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = nec ]]
1893    then
1894       cpp_options="$cpp_options -D__nec"
1895    elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-2) = lc ]]
1896    then
1897       cpp_options="$cpp_options -D__lc"
1898    else
1899       cpp_options="$cpp_options -D__$localhost"
1900    fi
1901
1902       # DIREKTIVEN DIE DURCH OPTION -K BESTIMMT WERDEN (Z.B. PARALLEL)
1903    if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1904    then
1905       [[ -n $cond1 ]]  &&  cpp_options="${cpp_options},-D__$cond1=__$cond1"
1906       [[ -n $cond2 ]]  &&  cpp_options="${cpp_options},-D__$cond2=__$cond2"
1907    else
1908       [[ -n $cond1 ]]  &&  cpp_options="$cpp_options -D__$cond1"
1909       [[ -n $cond2 ]]  &&  cpp_options="$cpp_options -D__$cond2"
1910    fi
1911
1912       # DIREKTIVEN DIE SOFTWAREPAKETE AKTIVIEREN (OPTION -p)
1913    if [[ -n $package_list ]]
1914    then
1915       for  package  in  $package_list
1916       do
1917          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1918          then
1919             if [[ $package != "dvrp_graphics+1PE" ]]
1920             then
1921                cpp_options="${cpp_options},-D__$package=__$package"
1922             else
1923                cpp_options="${cpp_options},-D__dvrp_graphics=__dvrp_graphics"
1924                export use_seperate_pe_for_dvrp_output=true
1925             fi
1926          else
1927             if [[ $package != "dvrp_graphics+1PE" ]]
1928             then
1929                cpp_options="$cpp_options -D__$package"
1930             else
1931                cpp_options="$cpp_options -D__dvrp_graphics"
1932                export use_seperate_pe_for_dvrp_output=true
1933             fi
1934          fi
1935       done
1936    fi
1937
1938       # DIREKTIVEN DIE DURCH OPTION -D FESTGELEGT SIND
1939    if [[ -n $cpp_opts ]]
1940    then
1941       for  popts  in  $cpp_opts
1942       do
1943          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1944          then
1945             cpp_options="${cpp_options},-D__$popts=__$popts"
1946          else
1947             cpp_options="$cpp_options -D__$popts"
1948          fi
1949       done
1950    fi
1951
1952 else
1953
1954
1955       # BEI LOKALEN RECHNUNGEN PRUEFEN, OB EXECUTABLE VORHANDEN
1956    if [[ $do_remote = false ]]
1957    then
1958       if [[ ! -f $executable ]]
1959       then
1960          printf "\n  +++ executable file:  $executable"
1961          printf "\n      does not exist"
1962          locat=executable; exit
1963       fi
1964    fi
1965 fi
1966
1967
1968    # JOBMODUS FESTSTELLEN
1969 if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH  &&  $localhost != lctit  ||  "$QUEUE" != interactive  &&  $localhost = lctit ]]
1970 then
1971    jobmo=BATCH
1972 else
1973    jobmo=INTERACTIVE
1974 fi
1975
1976
1977    # HOSTSPEZIFISCHE DEFAULT-COMPILER SETZEN, FALLS NICHT BEREITS
1978    # DURCH BENUTZER ANDERWEITIG VEREINBART
1979 if [[ "$compiler_name" = "" ]]
1980 then
1981
1982    printf "\n  +++ no compiler specified for \"$host $cond1 $cond2\""
1983    locat=compiler_name; exit
1984
1985 fi
1986
1987
1988    # COMPILER AUF RIAMS NEC UEBERSCHREIBEN
1989 [[ $localhost = necriam ]]  &&  compiler_name=mpif90
1990
1991
1992
1993    # TEMPORAEREN KATALOGNAMEN BESTIMMEN
1994 kennung=$RANDOM
1995 if [[ "$tmp_user_catalog" = "" ]]
1996 then
1997    if [[ $localhost = ibmh ]]
1998    then
1999       tmp_user_catalog=$SCRATCH
2000    elif [[ $localhost = nech ]]
2001    then
2002       tmp_user_catalog=$WRKSHR
2003    else
2004       tmp_user_catalog=/tmp
2005    fi
2006 fi
2007 TEMPDIR=$tmp_user_catalog/${usern}.$kennung
2008
2009
2010    # KATALOGNAMEN FUER ZWISCHENSPEICHERUNG VON FORTSETZUNGSLAUFDATEIEN
2011    # BESTIMMEN
2012 if [[ "$tmp_data_catalog" = "" ]]
2013 then
2014    if [[ $localhost = nech ]]
2015    then
2016       tmp_data_catalog=$WRKSHR/mrun_restart_data
2017    else
2018       tmp_data_catalog=/tmp/mrun_restart_data
2019    fi
2020 fi
2021
2022
2023    # EVENTUELL BEI LOKALEN RECHNUNGEN $-ZEICHEN IN ENVIRONMENT-VARIABLEN
2024    # ERSETZEN
2025 if [[ $do_remote = false  &&  $do_compile = true ]]
2026 then
2027    eval  fopts=\"$fopts\"
2028    eval  lopts=\"$lopts\"
2029 fi
2030
2031
2032
2033    # COMPILE- UND LINK-OPTIONEN BESTIMMEN
2034 fopts="$fopts $netcdf_inc $dvr_inc"
2035 lopts="$lopts $netcdf_lib $dvr_lib"
2036 ROPTS="$ropts"
2037 if [[ ( $(echo $host | cut -c1-3) = nec  ||  $(echo $host | cut -c1-3) = ibm  ||  $host = lckyoto  ||  $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib  ||  $host = lctit  ||  $host = lcfimm  ||  $host = lcxt4 ||  $host = lcxt5m || $host = lck )  &&  -n $numprocs ]]
2038 then
2039    XOPT="-X $numprocs"
2040 fi
2041
2042
2043
2044    # PRUEFEN DER CPU-ZEIT. (CPUMAX WIRD ALS ENV-VARIABLE VOM HAUTPRO-
2045    # GRAMM BENOETIGT
2046 done=false
2047 while [[ $done = false ]]
2048 do
2049    cputime=$cpumax
2050    if (( $cputime == 0 ))
2051    then
2052       if [[ $do_batch = true ]]
2053       then
2054          printf "\n  +++ cpu-time is undefined"
2055          printf "\n  >>> Please type CPU-time in seconds as INTEGER:"
2056          printf "\n  >>> "
2057          read  cputime  1>/dev/null  2>&1
2058       else
2059          cputime=10000000   # NO CPU LIMIT FOR INTERACTIVE RUNS
2060       fi
2061    else
2062       done=true
2063    fi
2064    cpumax=$cputime
2065 done
2066
2067 (( minuten = cputime / 60 ))
2068 (( sekunden = cputime - minuten * 60 ))
2069
2070
2071    # PRUEFEN DER KERNSPEICHERANFORDERUNG
2072 if [[ $do_batch = true ]]
2073 then
2074    done=false
2075    while [[ $done = false ]]
2076    do
2077       if (( memory == 0 ))
2078       then
2079          printf "\n  +++ memory demand is undefined"
2080          printf "\n  >>> Please type memory in  MByte per process  as INTEGER:"
2081          printf "\n  >>> "
2082          read  memory  1>/dev/null  2>&1
2083       else
2084          done=true
2085       fi
2086    done
2087 fi
2088
2089
2090    # PRUEFEN, OB FUER REMOTE-RECHNUNGEN EIN BENUTZERNAME ANGEGEBEN WURDE
2091 if [[ $do_remote = true  &&  -z $remote_username ]]
2092 then
2093    while [[ -z $remote_username ]]
2094    do
2095       printf "\n  +++ username on remote host \"$host\" is undefined"
2096       printf "\n  >>> Please type username:"
2097       printf "\n  >>> "
2098       read  remote_username
2099    done
2100    mc="$mc -u$remote_username"
2101 fi
2102
2103
2104    # set module load command and export for subjob
2105 if [[ "$modules" != "" ]]
2106 then
2107    export module_calls="module load ${modules};"
2108 fi
2109
2110    # bugfix for wrong netcdf module
2111 if [[ $host = lcsgib  ||  $host = lcsgih ]]
2112 then
2113    if [[ $(echo $module_calls | grep -c netcdf/3.6.3-intel) != 0 ]]
2114    then
2115       export module_calls="$module_calls export LD_LIBRARY_PATH=/sw/dataformats/netcdf/3.6.3-intel/lib:\$LD_LIBRARY_PATH;"
2116    fi
2117 fi
2118
2119
2120    # SET DEFAULT VALUE FOR MPI MODULE TO BE USED ON SGI-ALTIX
2121 if [[ $host = lcsgib  ||  $host = lcsgih ]]
2122 then
2123    if [[ $(echo $modules | grep -c mpt ) != 0 ]]
2124    then
2125       mpilib=mpt
2126    elif [[ $(echo $modules | grep -c mvapich ) != 0 ]]
2127    then
2128       mpilib=mvapich
2129    fi
2130 fi
2131
2132
2133
2134###########################################################################
2135# HEADER-AUSGABE
2136###########################################################################
2137
2138
2139 calltime=$(date)
2140 printf "\n"
2141# [[ $silent = false ]]  &&  clear
2142 printf "#--------------------------------------------------------------# \n"
2143 printf "| $version$calltime | \n"
2144 printf "|                                                              | \n"
2145 spalte1="called on:"; spalte2=$localhost_realname
2146 printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2147 if [[ $local_compile = false ]]
2148 then
2149    if [[ $do_remote = true ]]
2150    then
2151       spalte1="execution on:"; spalte2="$host (username: $remote_username)"
2152    else
2153       spalte1="execution on:"; spalte2="$host ($localhost_realname)"
2154    fi
2155 else
2156    spalte1="compiling test only!"; spalte2=""
2157 fi
2158 printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2159 if [[ -n $numprocs ]]
2160 then
2161    spalte1="number of PEs:"; spalte2=$numprocs
2162    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2163 fi
2164 if [[ -n $tasks_per_node ]]
2165 then
2166    spalte1="tasks per node:"; spalte2="$tasks_per_node (number of nodes: $nodes)"
2167    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2168 fi
2169 if [[ $use_openmp = true ]]
2170 then
2171    spalte1="threads per task:"; spalte2="$threads_per_task"
2172    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2173 fi
2174 printf "|                                                              | \n"
2175 if [[ $do_compile = true ]]
2176 then
2177    if [[ "$mopts" != "" ]]
2178    then
2179       spalte1="make options:"; spalte2=$mopts
2180       printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2181       zeile=$(echo "$mopts" | cut -c41-)
2182       while [[ "$zeile" != "" ]]
2183       do
2184          spalte1=""
2185          spalte2=$zeile
2186          printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2187          zeile=$(echo "$zeile" | cut -c41-)
2188       done
2189    fi
2190
2191    spalte1="cpp directives:"; spalte2=$cpp_options
2192    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2193    zeile=$(echo "$cpp_options" | cut -c41-)
2194    while [[ "$zeile" != "" ]]
2195    do
2196       spalte1=""
2197       spalte2=$zeile
2198       printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2199       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c41-)
2200    done
2201
2202    spalte1="compiler options:"; spalte2="$fopts"
2203    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2204    zeile=$(echo "$fopts" | cut -c41-)
2205    while [[ "$zeile" != "" ]]
2206    do
2207       spalte1=""
2208       spalte2=$zeile
2209       printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2210       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c41-)
2211    done
2212
2213    spalte1="linker options:"; spalte2=$lopts
2214    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2215    zeile=$(echo "$lopts" | cut -c41-)
2216    while [[ "$zeile" != "" ]]
2217    do
2218       spalte1=""
2219       spalte2=$zeile
2220       printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2221       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c41-)
2222    done
2223
2224    spalte1="modules to be load:"; spalte2=$modules
2225    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2226    zeile=$(echo "$modules" | cut -c41-)
2227    while [[ "$zeile" != "" ]]
2228    do
2229       spalte1=""
2230       spalte2=$zeile
2231       printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2232       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c41-)
2233    done
2234
2235    spalte1="main program":; spalte2=$mainprog
2236    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2237 else
2238    spalte1=executable:; spalte2=$executable
2239    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2240 fi
2241 printf "|                                                              | \n"
2242 spalte1="base name of files":; spalte2=$fname
2243 printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2244 if [[ $fname != $afname ]]
2245 then
2246    spalte1="base name of input files":; spalte2=$afname
2247    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2248 fi
2249 spalte1="INPUT control list":; spalte2=$input_list
2250 printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2251 spalte1="OUTPUT control list":; spalte2=$output_list
2252 printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2253
2254 if [[ $do_batch = true  ||  "$LOADLBATCH" = yes ]]
2255 then
2256    spalte1="memory demand / PE":; spalte2="$memory MB"
2257    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2258    spalte1=CPU-time:; spalte2="$minuten:$sekunden"
2259    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2260 fi
2261
2262 if [[ $do_compile = true ]]
2263 then
2264    printf "|                                                              | \n"
2265    printf "| Files to be compiled:                                        | \n"
2266    zeile=$source_list
2267    while [[ "$zeile" != "" ]]
2268    do
2269       spalte3=$zeile
2270       printf "| $spalte3 | \n"
2271       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c61-)
2272    done
2273 fi
2274 printf "#--------------------------------------------------------------#"
2275
2276
2277
2278    # BEDINGTE AUSGABE DER DATEIVERBINDUNGEN
2279 if [[ $do_trace = true ]]
2280 then
2281    (( i = 0 ))
2282    while (( i < iin ))
2283    do
2284       (( i = i + 1 ))
2285       if (( i == 1 ))
2286       then
2287          printf "\n\n >>> INPUT-file assignments:\n"
2288       fi
2289       printf "\n     ${localin[$i]} :  ${absnamein[$i]}"
2290    done
2291    (( i = 0 ))
2292    while (( i < iout ))
2293    do
2294       (( i = i + 1 ))
2295       if (( i == 1 ))
2296       then
2297          printf "\n\n >>> OUTPUT-file assignments:\n"
2298       fi
2299       printf "\n     ${localout[$i]} :  ${pathout[$i]}"
2300    done
2301    (( i = 0 ))
2302    while (( i < iic ))
2303    do
2304       (( i = i + 1 ))
2305       if (( i == 1 ))
2306       then
2307          printf "\n\n >>> INPUT-commands:\n"
2308       fi
2309       printf "\n     ${in_command[$i]}" 
2310    done
2311    (( i = 0 ))
2312    while (( i < ioc ))
2313    do
2314       (( i = i + 1 ))
2315       if (( i == 1 ))
2316       then
2317          printf "\n\n >>> OUTPUT-commands:\n"
2318       fi
2319       printf "\n     ${out_command[$i]}" 
2320    done
2321 fi
2322
2323
2324    # ABFRAGEN BEI AUFRUF AUF LOKALER MASCHINE
2325 if [[ $remotecall = false  &&  $silent = false  &&  $jobmo != BATCH ]]
2326 then
2327    antwort=dummy
2328    printf "\n\n"
2329    while [[ "$antwort" != y  &&  "$antwort" != Y  &&  "$antwort" != n  &&  "$antwort" != N ]]
2330    do
2331       printf " >>> everything o.k. (y/n) ?  "
2332       read  antwort
2333    done
2334    if [[ $antwort = n  ||  $antwort = N ]]
2335    then
2336       locat=user_abort; (( iec = 0 )); exit
2337    fi
2338    if [[ $do_batch = true ]]
2339    then
2340       printf " >>> batch-job will be created and submitted"
2341    else
2342       if [[ $local_compile = false ]]
2343       then
2344          printf " >>> MRUN will now continue to execute on this machine"
2345       else
2346          printf " >>> a test compilation will now be carried out on this machine"
2347       fi
2348    fi
2349 fi
2350 
2351
2352
2353
2354     # FALLS AUF DIESER MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL, WERDEN JETZT ENTSPRE-
2355     # CHENDE AKTIONEN DURCHGEFUEHRT
2356 if [[ $do_batch = false ]]
2357 then
2358
2359
2360       # TEMPORAEREN KATALOG ERZEUGEN
2361    mkdir -p  $TEMPDIR
2362    chmod  go+rx  $TEMPDIR
2363    tmpcreate=true
2364
2365       # set striping on lustre file system
2366#    if [[ $localhost = lcsgih ]]
2367#    then
2368#       lfs setstripe -s 8192k -c 16  $TEMPDIR
2369#       lfs getstripe $TEMPDIR
2370#    fi
2371
2372
2373       # SAEMTLICHE QUELLTEXT-DATEIEN BZW. AUSFUEHRBARES PROGRAMM IN
2374       # TEMPORAERES VERZEICHNIS KOPIEREN
2375    if [[ $do_compile = true ]]
2376    then
2377
2378          # ON NEC, COMPILATION IS DONE ON HOST CROSS VIA CROSS COMPILING
2379          # CREATE A TEMPORARY DIRECTORY ON THAT MACHINE (HOME MOUNTED VIA NFS)
2380       if [[ $localhost = nech ]]
2381       then
2382          TEMPDIR_COMPILE=$HOME/work/${usern}.$kennung
2383          if  mkdir -p  $TEMPDIR_COMPILE
2384          then
2385             printf "\n  *** \"$TEMPDIR_COMPILE\" "
2386             printf "\n      is generated as temporary directory for cross compiling\n"
2387          else
2388             printf "\n  +++ creating directory \"$TEMPDIR_COMPILE\" "
2389             printf "\n      needed for cross compilation failed"
2390             locat=compile
2391             exit
2392          fi
2393       else
2394          TEMPDIR_COMPILE=$TEMPDIR
2395       fi
2396
2397
2398          # PFADNAMEN FUER DAS MAKE-DEPOSITORY ERMITTELN
2399       line=""
2400       grep "%depository_path" $config_file  >  tmp_mrun
2401       while read line
2402       do
2403          if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2404          then
2405             if [[ "$(echo $line | cut -d" " -s -f3)" = "" ]]
2406             then
2407                global_depository_path=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
2408             fi
2409          fi
2410       done < tmp_mrun
2411
2412       line=""
2413       grep  " $localhost" $config_file | grep "%depository_path"  >  tmp_mrun
2414       while read line
2415       do
2416          if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2417          then
2418             if [[ "$(echo $line | cut -d" " -s -f4)" = "$cond1"  &&  "$(echo $line | cut -d" " -s -f5)" = "$cond2" ]]
2419             then
2420                local_depository_path=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
2421             fi
2422          fi
2423       done < tmp_mrun
2424
2425       if [[ "$local_depository_path" = "" ]]
2426       then
2427          if [[ "$global_depository_path" != "" ]]
2428          then
2429             local_depository_path=$global_depository_path
2430          else
2431             printf "\n\n  +++ no depository path found in configuration file"
2432             printf "\n      for local host \"$localhost\" "
2433             printf "\n      please set \"\%depository_path\" in configuration file\n"
2434             locat=config_file; exit
2435          fi
2436       fi
2437       eval local_depository_path=$local_depository_path
2438       [[ "$cond1" != "" ]]  &&  local_depository_path=${local_depository_path}_$cond1
2439       [[ "$cond2" != "" ]]  &&  local_depository_path=${local_depository_path}_$cond2
2440
2441
2442       basename=`print $mainprog | cut -f1 -d"."`
2443       eval make_depository=${local_depository_path}/${basename}_current_version.tar
2444       if [[ ! -f $make_depository ]]
2445       then
2446          printf "\n"
2447          printf "\n  *** WARNING: make depository \"$make_depository\" not found"
2448          printf "\n               \"make\" will fail, if the Makefile or other source files are missing\n"
2449       else
2450          cp  $make_depository  $TEMPDIR_COMPILE
2451          cd  $TEMPDIR_COMPILE
2452          tar -xf  $make_depository  >  /dev/null  2>&1
2453          cd -  > /dev/null
2454       fi
2455
2456       cp  SOURCES_FOR_RUN_$fname/*  $TEMPDIR_COMPILE
2457
2458    else
2459
2460       cp  $executable   ${TEMPDIR}/a.out
2461
2462    fi
2463
2464
2465       # WECHSEL IN TEMPORAEREN KATALOG
2466    cd  $TEMPDIR
2467    printf "\n  *** changed to temporary directory: $TEMPDIR"
2468
2469
2470       # OUTPUT-DATEI-VERBINDUNGEN AUF TEMPORAERER DATEI ABLEGEN
2471       # DIESE DATEI KANN VON SPAETER AUFZURUFENDEN BENUTZERPROZEDUREN GELESEN
2472       # WERDEN, UM ZU LOKALEN DATEINAMEN GEHOERENDE PERMANENTE NAMEN ZU
2473       # ERMITTELN
2474    (( i = 0 ))
2475    while (( i < iout ))
2476    do
2477       (( i = i + 1 ))
2478       if [[ "${actionout[$i]}" = tr  ||  "${actionout[$i]}" = tra  ||  "${actionout[$i]}" = trpe ]]
2479       then
2480          printf "${localout[$i]} ${actionout[$i]}\n${pathout[$i]}\n${localhost}_${fname}${endout[$i]}\n" >> OUTPUT_FILE_CONNECTIONS
2481       else
2482          printf "${localout[$i]} ${actionout[$i]}\n${pathout[$i]}\n${frelout[$i]}\n" >> OUTPUT_FILE_CONNECTIONS
2483       fi
2484    done
2485
2486
2487       # EVTL. UEBERSETZUNGSAKTIONEN STARTEN
2488    if [[ $do_compile = true ]]
2489    then
2490
2491
2492          # COMPILING WITH MAKE (ON NEC COMPILER IS CALLED ON HOST CROSS)
2493       printf "\n\n\n  *** compilation starts \n$striche\n"
2494       printf "  *** compilation with make using following options:\n"
2495       printf "      make depository:          $make_depository"
2496       if [[ "$mopts" != "" ]]
2497       then
2498          printf "      make options:             $mopts\n"
2499       fi
2500       printf "      compilername:             $compiler_name\n"
2501       printf "      compiler options:         $fopts\n"
2502       printf "      preprocessor directives:  $cpp_options \n"
2503       printf "      linker options:           $lopts \n"
2504       if [[ "$modules" != "" ]]
2505       then
2506          printf "      modules to be load:       $modules \n"
2507       fi
2508       printf "      source code files:        $source_list \n"
2509
2510       if [[ $localhost = nech ]]
2511       then
2512          ssh  136.172.44.192 -l $usern ". /SX/opt/etc/initsx.sh; $module_calls cd \$HOME/work/${usern}.$kennung; sxmake $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2513          cp  $TEMPDIR_COMPILE/a.out  .
2514          [[ $? != 0 ]]  &&  compile_error=true
2515          rm -rf  $TEMPDIR_COMPILE
2516       elif [[ $localhost = ibmh ]]
2517       then
2518          printf "      compiler is called via ssh on \"plogin1\" \n"
2519          ssh  plogin1  -l $usern  "export PATH=/sw/ibm/xlf/12.1.0.3/usr/bin:$PATH; $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2520          [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2521          continue   # ANDERENFALLS IST STATUS=1, FALLS A.OUT VORHANDEN
2522       elif [[ $localhost = lcsgib ]]
2523       then
2524          printf "      compiler is called via ssh on \"bicegate0\" \n"
2525          ssh  bicegate0  -l $usern  ". /usr/share/modules/init/bash; $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2526          [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2527          continue   # ANDERENFALLS IST STATUS=1, FALLS A.OUT VORHANDEN
2528       elif [[ $localhost = lcsgih ]]
2529       then
2530          printf "      compiler is called via ssh on \"hicegate0\" \n"
2531          ssh  hicegate0    -l $usern  ". /usr/share/modules/init/bash; $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" 2>&1 "
2532          [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2533          continue   # ANDERENFALLS IST STATUS=1, FALLS A.OUT VORHANDEN
2534       else
2535          [[ $localhost = lctit ]]  &&  export LM_LICENSE_FILE=27050@tggls
2536          [[ $localhost = lcxt4 ]]  &&  . /opt/modules/default/init/ksh
2537          [[ "$module_calls" != "" ]]  &&  eval $module_calls
2538          make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
2539       fi
2540
2541       if [[ $? != 0  ||  "$compile_error" = true  ||  "$module_compile_error" = true ]]
2542       then
2543          printf "\n  +++ error occured while compiling or linking"
2544          locat=compile
2545
2546  # WORKAROUND: REMOVE IF CONSTRUCT LATER, BUT KEEP THE EXIT!
2547#          if [[ $localhost != lcsgib  &&  $localhost != lcsgih ]]
2548#          then
2549             exit
2550#          else
2551#             locat=normal
2552#          fi
2553       else
2554          printf "$striche\n  *** compilation finished \n"
2555       fi
2556    fi
2557
2558
2559       # FALLS NUR TESTWEISE KOMPILIERT WERDEN SOLLTE, IST MRUN JETZT FERTIG
2560    if [[ $local_compile = true ]]
2561    then
2562       cd  $HOME
2563       rm -rf $TEMPDIR
2564       locat=local_compile; exit
2565    fi
2566
2567
2568       # BEREITSTELLEN DER INPUT-DATEIEN
2569       # SCHLEIFE UEBER ALLE VOM BENUTZER ANGEGEBENEN DATEIEN
2570    (( i = 0 ))
2571    while (( i < iin ))
2572    do
2573       (( i = i + 1 ))
2574       if (( i == 1 ))
2575       then
2576          printf "\n\n  *** providing INPUT-files:\n$striche"
2577       fi
2578
2579
2580          # OPTIONALE DATEIEN BEI NICHTVORHANDENSEIN UEBERGEHEN
2581       if [[ "${transin[$i]}" = unavailable ]]
2582       then
2583          if [[ "${extin[$i]}" = ""  ||  "${extin[$i]}" = " " ]]
2584          then
2585             printf "\n  +++ WARNING: input file \"${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}\" "
2586             printf "\n               is not available!"
2587          else
2588             printf "\n  +++ WARNING: input file \"${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}.${extin[$i]}\" "
2589             printf "\n               is not available!"
2590          fi
2591          continue
2592       fi
2593
2594          # PRUEFEN, OB EINZELDATEI ODER DATEI PRO PROZESSOR
2595       files_for_pes=false; datentyp=file
2596       if [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  -n $numprocs ]]
2597       then
2598          files_for_pes=true; datentyp=directory
2599          actionin[$i]=""
2600       elif [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  ! -n $numprocs ]]
2601       then
2602          actionin[$i]=""
2603       elif [[ "${actionin[$i]}" = arpe  &&  -n $numprocs ]]
2604       then
2605          files_for_pes=true; datentyp=directory
2606          actionin[$i]="ar"
2607       elif [[ "${actionin[$i]}" = arpe  &&  ! -n $numprocs ]]
2608       then
2609          actionin[$i]="ar"
2610       elif [[ "${actionin[$i]}" = flpe  &&  -n $numprocs ]]
2611       then
2612          files_for_pes=true; datentyp=directory
2613          actionin[$i]="fl"
2614       elif [[ "${actionin[$i]}" = flpe  &&  ! -n $numprocs ]]
2615       then
2616          actionin[$i]="fl"
2617       fi
2618
2619       if [[ $files_for_pes = true ]]
2620       then
2621          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}/....  to  ${localin[$i]}"
2622       else
2623          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}  to  ${localin[$i]}"
2624       fi
2625
2626          # INPUT-DATEI FUER EINEN FORTSETZUNGSLAUF. ES WIRD GEPRUEFT,
2627          # OB DIESE DATEI NOCH AUF DEM TEMPORAEREN DATENKATALOG VORHANDEN
2628          # IST. FALLS NICHT, WIRD VERSUCHT, SIE ANSCHLIESSEND VOM ARCHIV-
2629          # SERVER ZU HOLEN
2630       if [[ "${actionin[$i]}" = fl ]]
2631       then
2632          printf "\n      $datentyp will be fetched from temporary directory \"${tmp_data_catalog}\" !"
2633          if [[ $files_for_pes = false ]]
2634          then
2635             if [[ -f "$tmp_data_catalog/${frelin[$i]}" ]]
2636             then
2637                ln  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2638                got_tmp[$i]=true
2639             elif [[ -f "$WORK/${frelin[$i]}"  &&  $ignore_archive_error = true ]]
2640             then
2641                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" !"
2642                printf "\n  *** trying to use backup copy in \"$WORK\" "
2643                cp  $WORK/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2644             else
2645                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" "
2646                printf "\n      or \"$tmp_data_catalog\" does not exist!"
2647                printf "\n  *** trying to get copy from archive"
2648                actionin[$i]=ar
2649             fi
2650          else
2651             if [[ -d "$tmp_data_catalog/${frelin[$i]}" ]]
2652             then
2653                mkdir  ${localin[$i]}
2654                cd $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2655                for file in $(ls *)
2656                do
2657                   ln $file $TEMPDIR/${localin[$i]}
2658                done
2659                cd $TEMPDIR
2660                got_tmp[$i]=true
2661             elif [[ -d "$WORK/${frelin[$i]}"  &&  $ignore_archive_error = true ]]
2662             then
2663                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" !"
2664                printf "\n  *** trying to use backup copy in \"$WORK\" "
2665                cp -r  $WORK/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2666             else
2667                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" "
2668                printf "\n      or \"$tmp_data_catalog\" does not exist!"
2669                printf "\n  *** trying to get copy from archive"
2670                actionin[$i]=ar
2671             fi
2672          fi
2673       fi
2674
2675
2676          # DATEI LIEGT AUF ARCHIV-SERVER
2677       if [[ "${actionin[$i]}" = ar ]]
2678       then
2679
2680          if [[ $files_for_pes = false ]]
2681          then
2682             printf "\n      file will be restored from archive-system ($archive_system)!"
2683          else
2684             printf "\n      directory will be restored from archive-system ($archive_system)!"
2685          fi
2686
2687          file_restored=false
2688
2689          if [[ $archive_system = asterix ]]
2690          then
2691             do_stagein=true
2692             (( stagein_anz = 0 ))
2693             while [[ $do_stagein = true ]]
2694             do
2695                if [[ $files_for_pes = false ]]
2696                then
2697                   stagein  -O  ${frelin[$i]}  >  STAGEIN_OUTPUT
2698                else
2699                   stagein  -t  -O  ${frelin[$i]}  >  STAGEIN_OUTPUT
2700                fi
2701                cat  STAGEIN_OUTPUT
2702                if [[ $(grep -c "st.msg:i24"  STAGEIN_OUTPUT) != 0 ]]
2703                then
2704                   file_restored=true
2705                   do_stagein=false
2706                else
2707                   (( stagein_anz = stagein_anz + 1 ))
2708                   if (( stagein_anz == 10 ))
2709                   then
2710                      printf "\n  +++ stagein stoped after 10 tries"
2711                      locat=stage
2712                      exit
2713                   fi
2714                   printf "\n  +++ restoring from archive failed, trying again:"
2715                   sleep 900
2716                fi
2717             done
2718          elif [[ $archive_system = DMF ]]
2719          then
2720             if [[ $files_for_pes = false ]]
2721             then
2722                printf "\n  +++ restoring of single files impossible with $archive_system !\n"
2723                locat=DMF
2724                exit
2725             else
2726                find  $ARCHIVE/${frelin[$i]}  -type m  -print  |  dmget
2727                cp  -r $ARCHIVE/${frelin[$i]}  $PWD
2728                file_restored=true
2729             fi
2730          elif [[ $archive_system = tivoli ]]
2731          then
2732             if [[ $files_for_pes = false ]]
2733             then
2734                if [[ $localhost = lcsgih ]]
2735                then
2736                   ssh  $usern@hicedata.hlrn.de  "cp  $PERM/${frelin[$i]}  $PWD"
2737                else
2738                   ssh  $usern@bicedata.hlrn.de  "cp  $PERM/${frelin[$i]}  $PWD"
2739                fi
2740             else
2741                (( inode = 0 ))
2742                while (( inode < nodes ))
2743                do
2744                   if [[ $localhost = lcsgih ]]
2745                   then
2746                      ssh  $usern@hicedata.hlrn.de  "cd $PWD; tar  xf  $PERM/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar"
2747                   else
2748                      ssh  $usern@bicedata.hlrn.de  "cd $PWD; tar  xf  $PERM/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar"
2749                   fi
2750                   (( inode = inode + 1 ))
2751                done
2752             fi
2753             file_restored=true
2754          elif [[ $archive_system = ut ]]
2755          then
2756             if [[ $files_for_pes = false ]]
2757             then
2758                cp  $UT/${frelin[$i]}  .
2759             else
2760                (( inode = 0 ))
2761                while (( inode < nodes ))
2762                do
2763                   tar  xf  $UT/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar
2764                   (( inode = inode + 1 ))
2765                done
2766             fi
2767             file_restored=true
2768          else
2769             printf "\n  +++ archive_system=\"$archive_system\"   restore impossible!"
2770             locat=rearchive
2771             exit
2772          fi
2773
2774          if [[ $file_restored = true ]]
2775          then
2776
2777                # DATEI AUCH AUF TEMPORAERES DATENVERZEICHNIS LEGEN, DAMIT
2778                # SIE BEI WEITEREN ZUGRIFFEN NOCH VORHANDEN IST
2779             [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog; chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
2780             if [[ $files_for_pes = false ]]
2781             then
2782                ln  -f  ${frelin[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2783             else
2784                mkdir  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2785                ln  -f  ${frelin[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2786             fi
2787             got_tmp[$i]=true
2788
2789                # DATEI UNTER LOKALEM NAMEN ZUR VERFUEGUNG STELLEN
2790             mv  ${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2791
2792          fi
2793       fi
2794
2795
2796          # DATEI LIEGT IM VOM BENUTZER ANGEGEBENEN VERZEICHNIS
2797       if [[ "${actionin[$i]}" = ""  ||  "${actionin[$i]}" = "di"  ||  "${actionin[$i]}" = "npe" ]]
2798       then
2799
2800          if [[ "${actionin[$i]}" = "npe"  &&  -n $numprocs ]]
2801          then
2802
2803                # DATEI WIRD FUER DIE PROZESSOREN EINES PARALLERECHNERS BEREITGESTELLT
2804             printf "\n      file will be provided for $numprocs processors"
2805             mkdir  ${localin[$i]}
2806             ival=$numprocs
2807             (( ii = 0 ))
2808             while (( ii <= ival-1 ))
2809             do
2810                if (( ii < 10 ))
2811                then
2812                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_000$ii
2813                elif (( ii < 100 ))
2814                then
2815                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_00$ii
2816                elif (( ii < 1000 ))
2817                then
2818                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_0$ii
2819                else
2820                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_$ii
2821                fi
2822                (( ii = ii + 1 ))
2823             done
2824
2825          else
2826
2827             if [[ $files_for_pes = true ]]
2828             then
2829
2830                   # DIE DEN PROZESSOREN EINES PARALLELRECHNERS ZUGEHOERIGEN
2831                   # DATEIEN WERDEN BEREITGESTELLT, INDEM ZUERST DER GESAMTE
2832                   # KATALOGINHALT KOPIERT UND DANN DIE EINZELNEN DATEIEN
2833                   # PER MOVE UMBENANNT WERDEN
2834                printf "\n      providing $numprocs files for the respective processors"
2835                mkdir  ${localin[$i]}
2836                if [[ $link_local_input = true ]]
2837                    then
2838                    printf "      using ln -f\n"
2839                    cd ${absnamein[$i]}
2840                    for file in $(ls *)
2841                      do
2842                      ln -f $file  ${localin[$i]}
2843                    done
2844                    cd $TEMPDIR
2845                fi
2846                # If "ln -f" fails of if "$link_local_input = false" do a normal "cp -r"
2847                if [[ ! -f "${localin[$i]}/_0000" ]]
2848                    then
2849                    if [[ $link_local_input = true ]]
2850                        then
2851                        printf "      ln failed for .../_0000, using cp...\n"
2852                    fi
2853                    cp -r  ${absnamein[$i]}/*  ${localin[$i]}
2854                fi
2855
2856             else
2857                   # BEREITSTELLUNG AUF EINPROZESSORRECHNERN
2858                if [[ $link_local_input = true ]]
2859                then
2860                    printf "      using ln -f\n"
2861                    ln -f  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
2862                fi
2863                # If "ln -f" fails of if "$link_local_input = false" do a normal "cp"
2864                if [[ ! -f "${localin[$i]}" ]]
2865                then
2866                    if [[ $link_local_input = true ]]
2867                    then
2868                        printf "      ln failed, using cp...\n"
2869                    fi
2870                    cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
2871                fi
2872             fi
2873          fi
2874       fi
2875
2876    done
2877    if (( i != 0 ))
2878    then
2879       printf "\n$striche\n  *** all INPUT-files provided \n"
2880    fi
2881
2882
2883       # EVENTUELLE INPUT-KOMMANDOS ABARBEITEN
2884    (( i = 0 ))
2885    while (( i < iic ))
2886    do
2887       (( i = i + 1 ))
2888       if (( i == 1 ))
2889       then
2890          printf "\n\n  *** execution of INPUT-commands:\n$striche"
2891       fi
2892       printf "\n  >>> ${in_command[$i]}"
2893       eval  ${in_command[$i]}
2894       if (( i == iic ))
2895       then
2896          printf "\n$striche\n"
2897       fi
2898    done
2899
2900
2901       # VERBLEIBENDE CPU-ZEIT BERECHNEN
2902    cpurest=${cpumax}.
2903
2904
2905       # START DVR STREAMING SERVER
2906    if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
2907    then
2908       if [[ "$dvr_server" != "" ]]
2909       then
2910
2911          printf "\n\n  *** preparing the dvr streaming server configuration file"
2912
2913             # Check, if a dvr server is already running
2914          running_dvrserver_id=`echo $(ps -edaf | grep .dvrserver.config | grep -v grep) | cut -d" " -f2`
2915          if [[ "$running_dvrserver_id" != "" ]]
2916          then
2917
2918             printf "\n\n  +++ WARNING: A dvr server with id=$running_dvrserver_id is already running!"
2919             printf "\n      This server is used instead starting a new one!"
2920             printf "\n      If required, script \"process_dvr_output\" has to be run manually."
2921
2922          else
2923
2924                # COPY CONFIGURATION FILE FOR STREAMING SERVER FROM REPOSITORY TO HERE
2925             if [[ -f ${PALM_BIN}/.dvrserver.config ]]
2926             then
2927                cp  ${PALM_BIN}/.dvrserver.config  .
2928
2929                   # Entering the BASEDIR, UID and GID into this file
2930                user_id=`id -u`
2931                group_id=`id -g`
2932                   # & is needed as seperator, because TEMPDIR contains /
2933                sed "s&<replace by dvr data directory>&${TEMPDIR}&g" .dvrserver.config > .dvrserver.1
2934                sed "s/<replace by user id>/$user_id/g"    .dvrserver.1 > .dvrserver.2
2935                sed "s/<replace by group id>/$group_id/g"  .dvrserver.2 > .dvrserver.3
2936                mv  .dvrserver.3  .dvrserver.config
2937                rm  .dvrserver.1  .dvrserver.2
2938
2939                   # Start dvr server in background, get his id and print on terminal
2940                $dvr_server  .dvrserver.config  >>  DVR_LOGFILE  2>&1  &
2941                dvrserver_id=`echo $(ps -edaf | grep .dvrserver.config) | cut -d" " -f2`
2942                printf "\n  *** streaming server with id=$dvrserver_id is started in background"
2943                local_dvrserver_running=.TRUE.
2944             else
2945                printf "\n  +++ missing file \".dvrserver.config\" in directory:"
2946                printf "\n      \"$PALM_BIN\" "
2947                locat=dvr
2948                exit
2949             fi
2950
2951          fi
2952
2953       else
2954          printf "\n\n  --- INFORMATIVE: no dvr streaming server will be started"
2955       fi
2956    fi
2957
2958
2959       # NAMELIST-DATEI MIT WERTEN VON ENVIRONMENT-VARIABLEN ERZEUGEN (ZU
2960       # LESEN VON PALM)
2961    cat  >  ENVPAR  <<  %%END%%
2962 &envpar  run_identifier = '$fname', host = '$localhost',
2963          write_binary = '$write_binary', tasks_per_node = $tasks_per_node,
2964          maximum_cpu_time_allowed = ${cpumax}.,
2965          revision = '$global_revision',
2966          local_dvrserver_running = $local_dvrserver_running /
2967
2968%%END%%
2969
2970
2971       # PROGRAMMSTART
2972    printf "\n\n  *** execution starts in directory\n      \"`pwd`\"\n$striche\n"
2973    PATH=$PATH:$TEMPDIR
2974
2975       # MPI debug option (argument checking, slows down execution due to increased latency)
2976    if [[ "$mpi_debug" = true ]]
2977    then
2978       export MPI_CHECK_ARGS=1
2979       printf "\n  +++ MPI_CHECK_ARGS=$MPI_CHECK_ARGS"
2980    fi
2981
2982    if [[ "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ]]
2983    then
2984       if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
2985       then
2986          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-5) != lcsgi ]]
2987          then
2988             printf "\n  +++ debug is allowed in interactive mode only"
2989             locat=debug
2990             exit
2991          fi
2992       fi
2993       if [[ $localhost = decalpha ]]
2994       then
2995          dxladebug  a.out
2996       elif [[ $localhost = ibmh ]]
2997       then
2998
2999             # SETUP THE IBM MPI ENVIRONMENT
3000          export MP_SHARED_MEMORY=yes
3001          export AIXTHREADS_SCOPE=S
3002          export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3003          export AUTHSTATE=files
3004          export XLFRTEOPTS="nlwidth=132:err_recovery=no"    # RECORD-LENGTH OF NAMELIST-OUTPUT
3005
3006             # FOLLOWING OPTIONS ARE MANDATORY FOR TOTALVIEW
3007          export MP_ADAPTER_USE=shared
3008          export MP_CPU_USE=multiple
3009          export MP_TIMEOUT=1200
3010
3011          unset  MP_TASK_AFFINITY
3012
3013             # SO FAR, TOTALVIEW NEEDS HOSTFILE MECHANISM FOR EXECUTION
3014          #(( ii = 1 ))
3015          #while (( ii <= $numprocs ))
3016          #do
3017          #   echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3018          #   (( ii = ii + 1 ))
3019          #done
3020          #export MP_HOSTFILE=hostfile
3021
3022          if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
3023          then
3024             totalview   poe  a.out  $ROPTS
3025          else
3026             echo totalview   poe  -a a.out  -procs $numprocs  -rmpool 0  -nodes 1   $ROPTS
3027             export TVDSVRLAUNCHCMD=ssh
3028             totalview   poe  -a a.out  -procs $numprocs  -rmpool 0  -nodes 1   $ROPTS
3029          fi
3030       elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-5) = lcsgi ]]
3031       then
3032             # CURRENTLY NO DEBUGGER ON LCSGI
3033          if [[ $run_coupled_model = true ]]
3034          then
3035             printf "\n  +++ no debug in coupled mode available on \"$localhost\" "
3036             locat=debug
3037             exit
3038          else
3039             echo "no_coupling"  >  runfile_atmos
3040          fi
3041          (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3042          export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3043          echo "OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"
3044          if [[ $threads_per_task != 1 ]]
3045          then
3046             printf "\n      threads per task: $threads_per_task"
3047          fi
3048          printf "\n\n"
3049          if [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mpt ]]
3050          then
3051#             export MPI_LAUNCH_TIMEOUT=360
3052             if [[ "$totalview" = true ]]
3053             then
3054                printf "\n     running totalview debugger"
3055                mpiexec_mpt -tv -n $ii   ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3056             else
3057                mpiexec_mpt -np $ii   ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3058             fi
3059          elif [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mva ]]
3060          then
3061#             ulimit -s 300000   # A too large stack size causes problems
3062#             export MV2_NUM_PORTS=2
3063#             export MV2_CPU_MAPPING=0:1:2:3
3064             if [[ "$totalview" = true ]]
3065             then
3066                printf "\n     running totalview debugger"
3067                mpiexec -tv ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3068             else
3069                mpiexec    ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3070             fi
3071          fi
3072       else
3073          printf "\n  +++ no debug available on \"$localhost\" "
3074          printf "\n      or not implemented in mrun so far"
3075          locat=debug
3076          exit
3077       fi
3078
3079       # end debug mode
3080    else
3081
3082          # normal execution
3083       if [[ -n $numprocs ]]
3084       then
3085             # RUNNING THE PROGRAM ON PARALLEL MACHINES
3086          if [[ $(echo $host | cut -c1-3) = ibm ]]
3087          then
3088                # SETUP THE IBM MPI ENVIRONMENT
3089             if [[ $host != ibmh ]]
3090             then
3091                export MP_SHARED_MEMORY=yes
3092                export AIXTHREAD_SCOPE=S
3093                export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3094                export XLSMPOPTS="spins=0:yields=0:stack=20000000"
3095                export AUTHSTATE=files
3096                export XLFRTEOPTS="nlwidth=132:err_recovery=no"    # RECORD-LENGTH OF NAMELIST-OUTPUT
3097                #  export MP_PRINTENV=yes
3098
3099                   # TUNING-VARIABLEN ZUR VERBESSERUNG DER KOMMUNIKATION
3100                   # ZEIGEN ABER DERZEIT (SEP 04, FEDERATION) KAUM WIRKUNG
3101                export MP_WAIT_MODE=poll
3102                [[ $node_usage = not_shared ]]  &&  export MP_SINGLE_THREAD=yes
3103             fi
3104             if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
3105             then
3106                printf "\n--- Control: OMP_NUM_THREADS = \"$OMP_NUM_THREADS\" \n"
3107                if [[ "$cond1" = hpmcount  ||  "$cond2" = hpmcount ]]
3108                then
3109                   /opt/optibm/HPM_2_4_1/bin/hpmcount  a.out  $ROPTS
3110                else
3111                   if [[ $run_coupled_model = false ]]
3112                   then
3113                      if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3114                      then
3115                         echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3116                      else
3117                         echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3118                      fi
3119                   else
3120                      (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3121                      (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3122                      printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3123                      printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3124                      printf "\n\n"
3125                      echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3126                   fi
3127                   poe ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos
3128                fi
3129             else
3130                if [[ $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibms ]]
3131                then
3132                   poe  a.out  -procs $numprocs  -nodes 1  -rmpool 0  $ROPTS
3133                elif [[ $localhost = ibmku  ||  $localhost = ibmy ]]
3134                then
3135                   if [[ -f $hostfile ]]
3136                   then
3137                      cp  $hostfile  hostfile
3138                   else
3139                      (( ii = 1 ))
3140                      while (( ii <= $numprocs ))
3141                      do
3142                         echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3143                         (( ii = ii + 1 ))
3144                      done
3145                   fi
3146                   export MP_HOSTFILE=hostfile
3147                   if [[ $run_coupled_model = false ]]
3148                   then
3149                      if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3150                      then
3151                         echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3152                      else
3153                         echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3154                      fi
3155                   else
3156                      (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3157                      (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3158                      printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3159                      printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3160                      printf "\n\n"
3161                      echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3162                   fi
3163                   if [[ $localhost = ibmy ]]
3164                   then
3165                      ./a.out  -procs $tasks_per_node  $ROPTS  <  runfile_atmos
3166                   else
3167                      poe  ./a.out  -procs $numprocs $ROPTS  <  runfile_atmos
3168                   fi
3169
3170                else
3171                   if [[ "$host_file" = "" ]]
3172                   then
3173                      printf "\n  +++ no hostfile given in configuration file"
3174                      locat=config_file
3175                      exit
3176                   else
3177                      eval host_file=$host_file
3178                   fi
3179                   export MP_HOSTFILE=$host_file
3180                   poe  a.out  -procs $numprocs  -tasks_per_node $numprocs  $ROPTS
3181                fi
3182             fi
3183          elif [[ $host = nech  ||  $host = necriam ]]
3184          then
3185             (( ii = nodes ))
3186             if [[ $ii = 1 ]]
3187             then
3188                export F_ERRCNT=0        # acceptable number of errors before program is stopped
3189                export MPIPROGINF=YES
3190                #  export F_TRACE=YES|FMT1|FMT2  # output of ftrace informations to job protocol
3191                echo "*** execution on single node with mpirun"
3192                mpirun  -np $numprocs  ./a.out  $ROPTS
3193             else
3194                (( i = 0 ))
3195                while (( i < ii ))
3196                do
3197                   echo "-h $i  -p $tasks_per_node  -e ./mpi_exec_shell"  >>  multinode_config
3198                   (( i = i + 1 ))
3199                done
3200
3201                echo "#!/bin/sh"                         >   mpi_exec_shell
3202                echo " "                                 >>  mpi_exec_shell
3203                echo "set -u"                            >>  mpi_exec_shell
3204                echo "F_ERRCNT=0"                        >>  mpi_exec_shell
3205                echo "MPIPROGINV=YES"                    >>  mpi_exec_shell
3206                echo "OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task" >>  mpi_exec_shell
3207                echo "cpurest=$cpurest"                  >>  mpi_exec_shell
3208                echo "fname=$fname"                      >>  mpi_exec_shell
3209                echo "localhost=$localhost"              >>  mpi_exec_shell
3210                echo "return_addres=$return_addres"      >>  mpi_exec_shell
3211                echo "return_username=$return_username"  >>  mpi_exec_shell
3212                echo "tasks_per_node=$tasks_per_node"    >>  mpi_exec_shell
3213                echo "write_binary=$write_binary"        >>  mpi_exec_shell
3214                echo "use_seperate_pe_for_dvrp_output=$use_seperate_pe_for_dvrp_output"  >>  mpi_exec_shell
3215                echo "  "                                >>  mpi_exec_shell
3216                echo "export F_ERRCNT"                   >>  mpi_exec_shell
3217                echo "export MPIPROGINV"                 >>  mpi_exec_shell
3218                echo "export OMP_NUM_THREADS"            >>  mpi_exec_shell
3219                echo "export cpurest"                    >>  mpi_exec_shell
3220                echo "export fname"                      >>  mpi_exec_shell
3221                echo "export localhost"                  >>  mpi_exec_shell
3222                echo "export return_addres"              >>  mpi_exec_shell
3223                echo "export return_username"            >>  mpi_exec_shell
3224                echo "export tasks_per_node"             >>  mpi_exec_shell
3225                echo "export write_binary"               >>  mpi_exec_shell
3226                echo "export use_seperate_pe_for_dvrp_output"  >>  mpi_exec_shell
3227                echo " "                                 >>  mpi_exec_shell
3228                echo "exec  ./a.out"                     >>  mpi_exec_shell
3229
3230                chmod u+x  mpi_exec_shell
3231                export MPIPROGINF=YES
3232                mpirun  -f multinode_config  &
3233                wait
3234
3235             fi
3236          elif [[ $(echo $host | cut -c1-2) = lc  &&  $host != lckyoto &&  $host != lctit ]]
3237          then
3238
3239                # COPY HOSTFILE FROM SOURCE DIRECTORY OR CREATE IT, IF IT
3240                # DOES NOT EXIST
3241             if [[ $host != lcsgih  &&  $host != lcsgib ]]
3242             then
3243                if [[ -f $hostfile ]]
3244                then
3245                   cp  $hostfile  hostfile
3246                else
3247                   (( ii = 1 ))
3248                   while (( ii <= $numprocs / $threads_per_task ))
3249                   do
3250                      echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3251                      (( ii = ii + 1 ))
3252                   done
3253                fi
3254                eval zeile=\"`head -n $ii  hostfile`\"
3255                printf "\n  *** running on: $zeile"
3256             fi
3257
3258             (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3259             export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3260#             echo "OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"
3261             if [[ $threads_per_task != 1 ]]
3262             then
3263                   # increase stack size to unlimited, because large runs
3264                   # may abort otherwise
3265                ulimit -Ss unlimited
3266                printf "\n      threads per task: $threads_per_task  stacksize: unlimited"
3267             fi
3268             if [[ $run_coupled_model = false ]]
3269             then
3270                if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3271                then
3272                   echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3273                else
3274                   echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3275                fi
3276                printf "\n\n"
3277                if [[ $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib ]]
3278                then
3279                   if [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mpt ]]
3280                   then
3281                          # MPI_DSM_DISTRIBUTE not necessary when MPI_DSM_CPULIST is set
3282                          # export MPI_DSM_DISTRIBUTE=1
3283                          # MPI_DSM_CPULIST: pin MPI processes to cores
3284                      if [[ $use_openmp = false ]]
3285                      then
3286                         if [[ "$sgi_feature" = ice2 ]]
3287                         then
3288                            export MPI_DSM_CPULIST="0,4,1,5,2,6,3,7:allhosts"
3289                         else
3290                            export MPI_DSM_CPULIST="0,1,4,5,2,3,6,7:allhosts"
3291                         fi
3292                      else
3293                         unset MPI_DSM_CPULIST
3294                      fi
3295                          # MPI_IB_RAILS: use both IB rails on ICE2
3296                      export MPI_BUFS_PER_HOST=512
3297                      export MPI_IB_RAILS=2
3298                          # NECESSARY, IF MORE THAN 4096 PEs ARE USED
3299                      export MPI_CONNECTIONS_THRESHOLD=8192
3300                      echo "*** MPI_DSM_CPULIST=$MPI_DSM_CPULIST"
3301                      export MPI_TYPE_DEPTH=20
3302                      echo "*** MPI_TYPE_DEPTH=$MPI_TYPE_DEPTH"
3303                      mpiexec_mpt -np $ii   ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3304
3305                          # next is test for openmp usage
3306                  #     echo "mpiexec -npernode $tasks_per_node  ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos"
3307                  #     mpiexec -npernode $tasks_per_node  ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3308                   elif [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mva ]]
3309                   then
3310                      export MV2_NUM_PORTS=2
3311                      #  The default setting of MV2_CPU_MAPPING gives best results
3312                      # export MV2_ENABLE_AFFINITY=1
3313                      #  export MV2_CPU_MAPPING=0,1,4,5,2,3,6,7
3314               #       if [[ "$sgi_feature" = ice2 ]]
3315               #       then
3316               #          export MV2_CPU_MAPPING=0,4,1,5,2,6,3,7
3317               #       else
3318               #          export MV2_CPU_MAPPING=0,1,4,5,2,3,6,7
3319               #       fi
3320                      [[ $use_openmp = true ]]  &&  unset MV2_CPU_MAPPING
3321                      echo "*** MV2_CPU_MAPPING=$MV2_CPU_MAPPING"
3322                      if [[ $use_openmp = true ]]
3323                      then
3324                         mpiexec -npernode $tasks_per_node  ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos
3325                      else
3326                         mpiexec -np $ii  ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3327                      fi
3328                   fi
3329                elif [[ $host = lcxt4  ||  $host = lcxt5m ]]
3330                then
3331                    aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3332                else
3333                   mpiexec  -machinefile hostfile  -n $ii  a.out  < runfile_atmos  $ROPTS
3334                fi
3335             else
3336
3337                    # currently there is no full MPI-2 support on ICE and XT4
3338                (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3339                (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3340                printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3341                printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3342                printf "\n\n"
3343
3344                if [[ $coupled_mode = "mpi2" ]]
3345                then
3346                   echo "atmosphere_to_ocean $iia $iio"  >  runfile_atmos
3347                   echo "ocean_to_atmosphere $iia $iio"  >  runfile_ocean
3348                   if [[ $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib ]]
3349                   then
3350
3351                      if [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mpt ]]
3352                      then
3353#                         export MPI_LAUNCH_TIMEOUT=360
3354                         mpiexec_mpt -np $iia  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos &
3355                         mpiexec_mpt -np $iio  ./a.out  $ROPTS < runfile_ocean &
3356                      elif [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mva ]]
3357                      then
3358#                         ulimit -s 300000   # A too large stack size causes problems
3359#                         export MV2_NUM_PORTS=2
3360#                         export MV2_CPU_MAPPING=0:1:2:3
3361                         mpiexec -n $iia  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos &
3362                         mpiexec -n $iio  ./a.out  $ROPTS < runfile_ocean &
3363                      fi
3364
3365                   elif [[ $host = lcxt4  ||  $host = lcxt5m ]]
3366                   then
3367
3368                      aprun  -n $iia  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_atmos  $ROPTS  &
3369                      aprun  -n $iio  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_ocean  $ROPTS  &
3370
3371                   else
3372                          # WORKAROUND BECAUSE mpiexec WITH -env option IS NOT AVAILABLE ON SOME SYSTEMS
3373                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iia  a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos &
3374                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iio  a.out  $ROPTS  <  runfile_ocean &
3375#                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iia  -env coupling_mode atmosphere_to_ocean  a.out  $ROPTS  &
3376#                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iio  -env coupling_mode ocean_to_atmosphere  a.out  $ROPTS  &
3377                   fi
3378                   wait
3379
3380                else
3381
3382                   echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3383                   if [[ $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib ]]
3384                   then
3385
3386                      if [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mpt ]]
3387                      then
3388#                         export MPI_LAUNCH_TIMEOUT=360
3389                         mpiexec_mpt -np $ii  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos
3390                      elif [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mva ]]
3391                      then
3392#                         ulimit -s 300000   # A too large stack size causes problems
3393#                         export MV2_NUM_PORTS=2
3394#                         export MV2_CPU_MAPPING=0:1:2:3
3395                         mpiexec  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos
3396                      fi
3397
3398                   elif [[ $host = lcxt4  ||  $host = lcxt5m ]]
3399                   then
3400
3401                      aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_atmos  $ROPTS
3402
3403                   elif [[ $host = lck ]]
3404                   then
3405                         mpiexec -n $ii  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos &
3406                   fi
3407                   wait
3408                fi
3409
3410             fi
3411          elif [[ $host = decalpha ]]
3412          then
3413             dmpirun  -np $numprocs  a.out  $ROPTS
3414          elif [[ $host = lckyoto ]]
3415          then
3416             set -xv
3417             export P4_RSHCOMMAND=plesh
3418             echo "     P4_RSHCOMMAND = $P4_RSHCOMMAND"
3419             if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
3420             then
3421                if [[ "$cond2" = fujitsu ]]
3422                then
3423                   mpiexec  -n $numprocs  ./a.out  $ROPTS  # for fujitsu-compiler
3424                elif [[ "cond2" = pgi ]]
3425                then
3426                   mpirun  -np $numprocs  -machinefile ${QSUB_NODEINF}  ./a.out  $ROPTS
3427                else
3428                   mpirun_rsh -np $numprocs -hostfile ${QSUB_NODEINF} MV2_USE_SRQ=0 ./a.out ${ROPTS} || /bin/true
3429                fi
3430             else
3431                if [[ "$cond2" = "" ]]
3432                then
3433                   mpiruni_rsh -np $numprocs ./a.out  $ROPTS  # for intel
3434                else
3435                   mpirun  -np $numprocs  ./a.out  $ROPTS
3436                fi
3437             fi
3438             set +xv
3439          elif [[ $host = lctit ]]
3440          then
3441             export runfile=runfile.$kennung
3442
3443             echo "cd $PWD"                                  >   $runfile
3444             echo "export OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"  >>  $runfile
3445             echo "export cpurest=$cpurest"                  >>  $runfile
3446             echo "export fname=$fname"                      >>  $runfile
3447             echo "export localhost=$localhost"              >>  $runfile
3448             echo "export return_addres=$return_addres"      >>  $runfile
3449             echo "export return_username=$return_username"  >>  $runfile
3450             echo "export tasks_per_node=$tasks_per_node"    >>  $runfile
3451             echo "export write_binary=$write_binary"        >>  $runfile
3452             echo "export use_seperate_pe_for_dvrp_output=$use_seperate_pe_for_dvrp_output"  >>  $runfile
3453             echo "./a.out"                                  >>  $runfile
3454             chmod  u+x  $runfile
3455
3456             if [[ "$QUEUE" = interactive ]]
3457             then
3458                mpirun  -np $numprocs  a.out  $ROPTS
3459             else
3460                 (( mem_tsubame = $memory / 1024.0 ))
3461                 echo "Memory for Tsubame for each process in GB:", $mem_tsubame
3462#                n1ge  -fore  -g 1S060156  -mpi $numprocs  -mem 4  -N palm  -q $queue  a.out  $ROPTS
3463#               /n1ge/TITECH_GRID/tools/bin/n1ge -fore -g $group_number -mpi ${numprocs}:$tasks_per_node -mem $mem_tsubame -N palm -rt $minuten -q $queue  a.out  $ROPTS
3464                 n1ge -fore -g $group_number -mpi ${numprocs}:$tasks_per_node -mem $mem_tsubame -N palm -rt $minuten -q $queue  a.out  $ROPTS
3465             fi
3466
3467             rm  $runfile
3468          else
3469             mpprun  -n $numprocs  a.out  $ROPTS
3470          fi
3471          [[ $? != 0 ]]  &&  execution_error=true
3472
3473
3474             # PERFORMANCE-AUSWERTUNG MIT APPRENTICE
3475          if [[ "$cond1" = apprentice  ||  "$cond2" = apprentice ]]
3476          then
3477             apprentice
3478          fi
3479       else
3480          a.out  $ROPTS
3481       fi
3482    fi
3483    if [[ $? != 0  ||  $execution_error = true ]]
3484    then
3485
3486          # ABBRUCH BEI LAUFZEITFEHLER
3487#       [[ ! ( "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ) ]]  &&  cat  aout_output*
3488       printf "\n  +++ runtime error occured"
3489       locat=execution
3490       exit
3491    else
3492#       [[ ! ( "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ) ]]  &&  cat  aout_output*
3493       printf "\n$striche\n  *** execution finished \n"
3494
3495          # Stop the dvr streaming server and process the dvr output in order
3496          # to create dvrs- and html-files containing all streams
3497       if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
3498       then
3499          kill $dvrserver_id
3500          printf "\n  *** dvr server with id=$dvrserver_id has been stopped"
3501
3502             # If there is a directory, data have been output by the
3503             # streaming server. Otherwise, user has chosen dvrp_output=local
3504          if [[ -d DATA_DVR ]]
3505          then
3506
3507                # Add the current dvr configuration file to the dvr output
3508                # directory
3509             cp  .dvrserver.config  DATA_DVR
3510
3511                # Process the dvr output (option -s for also generating
3512                # sequence mode data)
3513             process_dvr_output  -d DATA_DVR  -f $fname  -s
3514
3515          else
3516
3517                # Process the local output
3518             process_dvr_output  -l  -d DATA_DVR  -f $fname
3519
3520          fi
3521
3522       elif [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
3523       then
3524
3525             # Process dvr output generated in local mode (dvrp_output=local)
3526          process_dvr_output  -l  -d DATA_DVR  -f $fname
3527
3528       fi
3529    fi
3530
3531
3532
3533       # Call of combine_plot_fields in order to merge single files written
3534       # by each PE into one file.
3535    if [[ ! -f ${PALM_BIN}/combine_plot_fields${block}.x ]]
3536    then
3537       printf "\n\n\n  +++ WARNING: no combine_plot_fields found for given block \"$cond1 $cond2\""
3538       printf "\n      2d- and/or 3d-data may be incomplete!"
3539       printf "\n      Run \"mbuild -u -h $localhost\" to generate utilities for this block.\n"
3540    else
3541       printf "\n\n\n *** post-processing: now executing \"combine_plot_fields${block}.x\" ..."
3542       combine_plot_fields${block}.x
3543    fi
3544
3545
3546
3547       # EVENTUELLE OUTPUT-KOMMANDOS ABARBEITEN
3548    (( i = 0 ))
3549    while (( i < ioc ))
3550    do
3551       (( i = i + 1 ))
3552       if (( i == 1 ))
3553       then
3554          printf "\n\n  *** execution of OUTPUT-commands:\n$striche"
3555       fi
3556       printf "\n  >>> ${out_command[$i]}"
3557       eval  ${out_command[$i]}
3558       if (( i == ioc ))
3559       then
3560          printf "\n$striche\n"
3561       fi
3562    done
3563
3564
3565       # EVTL. INHALT DES AKTUELLEN VERZEICHNISSES AUSGEBEN
3566    if [[ $do_trace = true ]]
3567    then
3568       printf "\n\n"
3569       ls -al
3570    fi
3571
3572
3573
3574       # OUTPUT-DATEIEN AN IHRE ZIELORTE KOPIEREN
3575    (( i = 0 ))
3576    while (( i < iout ))
3577    do
3578       (( i = i + 1 ))
3579       if (( i == 1 ))
3580       then
3581          printf "\n\n  *** saving OUTPUT-files:\n$striche"
3582       fi
3583
3584          # PRUEFEN, OB EINZELDATEI ODER DATEI PRO PROZESSOR
3585       files_for_pes=false; filetyp=file
3586       if [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  -n $numprocs ]]
3587       then
3588          files_for_pes=true; filetyp=directory
3589          actionout[$i]=""
3590       elif [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  ! -n $numprocs ]]
3591       then
3592          actionout[$i]=""
3593       elif [[ "${actionout[$i]}" = arpe  &&  -n $numprocs ]]
3594       then
3595          files_for_pes=true; filetyp=directory
3596          actionout[$i]="ar"
3597       elif [[ "${actionout[$i]}" = arpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3598       then
3599          actionout[$i]="ar"
3600       elif [[ "${actionout[$i]}" = flpe  &&  -n $numprocs ]]
3601       then
3602          files_for_pes=true; filetyp=directory
3603          actionout[$i]="fl"
3604       elif [[ "${actionout[$i]}" = flpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3605       then
3606          actionout[$i]="fl"
3607       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  -n $numprocs ]]
3608       then
3609          files_for_pes=true; filetyp=directory
3610          actionout[$i]="tr"
3611       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3612       then
3613          actionout[$i]="tr"
3614       fi
3615
3616       if [[ ! -f ${localout[$i]}  &&  $files_for_pes = false ]]
3617       then
3618          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}  does not exist\n"
3619       elif [[ ! -d ${localout[$i]}  &&  $files_for_pes = true ]]
3620       then
3621          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}/....  does not exist\n"
3622       else
3623
3624
3625             # KOPIEREN PER FTP/SCP (IMMER IM BINAERMODUS, -M: FALLS ZIELKATALOG
3626             # NICHT VORHANDEN, WIRD VERSUCHT, IHN ANZULEGEN), ABER NUR BEI
3627             # REMOTE-RECHNUNGEN
3628          if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
3629          then
3630             if [[ $localhost != $fromhost ]]
3631             then
3632                if [[ $files_for_pes = false ]]
3633                then
3634                   cps=""
3635                   cst=""
3636                else
3637                   cps=-c
3638                   cst="/"
3639                fi
3640                if [[ $localhost = nech ]]
3641                then
3642
3643                      # TRANSFER IN EIGENSTAENDIGEM JOB
3644                      # ZUERST KOPIE DER DATEI INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
3645                   [[ ! -d $tmp_data_catalog/TRANSFER ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog/TRANSFER
3646                   file_to_transfer=${fname}_${localout[$i]}_to_transfer_$kennung
3647                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3648                   then
3649                      ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3650                   else
3651                      mkdir  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3652                      ln  ${localout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3653                   fi
3654
3655                   echo "set -x"                                    >    transfer_${localout[$i]}
3656                   echo "cd  $tmp_data_catalog/TRANSFER"            >>   transfer_${localout[$i]}
3657
3658                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}$cst  by SCP in seperate job to"
3659                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}$cst"
3660                   printf "\n              or higher cycle\n"
3661                   echo "batch_scp $cps -b -m -u $return_username $return_addres  $file_to_transfer \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"  >>  transfer_${localout[$i]}
3662
3663                   echo "[[ \$? = 0 ]]  &&  rm  $file_to_transfer"  >>  transfer_${localout[$i]}
3664
3665                   if [[ $localhost = nech ]]
3666                   then
3667                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 900  transfer_${localout[$i]}
3668                   else
3669                      if [[ "$LOGNAME" = b323013 ]]
3670                      then
3671                         subjob  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  transfer_${localout[$i]}
3672                      else
3673                         subjob  -d  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  transfer_${localout[$i]}
3674                      fi
3675                   fi
3676
3677                else
3678
3679                      # TRANSFER INNERHALB DIESES JOBS
3680                   transfer_failed=false
3681                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}$cst  by SCP to"
3682                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}$cst\n"
3683                   batch_scp $cps -b -m -u $return_username $return_addres  ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
3684                   [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
3685
3686                      # BEI FEHLGESCHLAGENEM TRANSFER SICHERUNGSKOPIE AUF
3687                      # LOKALER MASCHINE ANLEGEN
3688                   if [[ $transfer_failed = true ]]
3689                   then
3690                      printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on the local host under:\n"
3691                      printf "      ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung\n"
3692
3693                         # ERSTMAL PRUEFEN, OB VERZEICHNIS EXISTIERT. GEGEBENENFALLS
3694                         # ANLEGEN.
3695                      eval  local_catalog=${pathout[$i]}
3696                      if [[ ! -d $local_catalog ]]
3697                      then
3698                         printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
3699                         printf "      $local_catalog \n"
3700                         mkdir -p  $local_catalog
3701                      fi
3702                      eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung
3703                      transfer_problems=true
3704                   fi
3705                fi
3706             else
3707
3708                   # WERTZUWEISUNG, SO DASS WEITER UNTEN NUR KOPIERT WIRD
3709                actionout[$i]=""
3710             fi
3711          fi
3712
3713
3714             # APPEND PER FTP/SCP (IMMER IM BINAERMODUS, -M: FALLS ZIELKATALOG
3715             # NICHT VORHANDEN, WIRD VERSUCHT, IHN ANZULEGEN), ABER NUR BEI
3716             # REMOTE-RECHNUNGEN
3717          if [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
3718          then
3719             if [[ $localhost != $fromhost ]]
3720             then
3721                if [[ $localhost = ibmh  ||  $localhost = nech ]]
3722                then
3723
3724                      # TRANSFER IN EIGENSTAENDIGEM JOB
3725                      # ZUERST KOPIE DER DATEI INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
3726                   [[ ! -d $tmp_data_catalog/TRANSFER ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog/TRANSFER
3727                   file_to_transfer=${fname}_${localout[$i]}_to_transfer_$kennung
3728                   ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3729
3730                   echo "set -x"                                    >    transfer_${localout[$i]}
3731                   echo "cd  $tmp_data_catalog/TRANSFER"            >>   transfer_${localout[$i]}
3732
3733                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append by SCP in seperate job to"
3734                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}"
3735                   printf "\n              or higher cycle\n"
3736                   echo "batch_scp -A -b -m -u $return_username $return_addres  $file_to_transfer \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"  >>  transfer_${localout[$i]}
3737
3738                   echo "[[ \$? = 0 ]]  &&  rm  $file_to_transfer"  >>  transfer_${localout[$i]}
3739
3740                   if [[ $localhost = nech ]]
3741                   then
3742                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 900  transfer_${localout[$i]}
3743                   else
3744                      if [[ $LOGNAME = b323013 ]]
3745                      then
3746                         subjob  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  transfer_${localout[$i]}
3747                      else
3748                         subjob  -d  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  transfer_${localout[$i]}
3749                      fi
3750                   fi
3751
3752                else
3753
3754                      # TRANSFER INNERHALB DIESES JOBS
3755                   transfer_failed=false
3756                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append by SCP to"
3757                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}\n"
3758                   batch_scp -A -b -m -u $return_username  $return_addres ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
3759                   [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
3760
3761                      # BEI FEHLGESCHLAGENEM TRANSFER SICHERUNGSKOPIE AUF
3762                      # LOKALER MASCHINE ANLEGEN
3763                   if [[ $transfer_failed = true ]]
3764                   then
3765                      printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on the local host under:\n"
3766                      printf "      ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung\n"
3767
3768                         # ERSTMAL PRUEFEN, OB VERZEICHNIS EXISTIERT. GEGEBENENFALLS
3769                         # ANLEGEN
3770                      eval  local_catalog=${pathout[$i]}
3771                      if [[ ! -d $local_catalog ]]
3772                      then
3773                         printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
3774                         printf "      $local_catalog \n"
3775                         mkdir -p  $local_catalog
3776                      fi
3777
3778                      eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung
3779                      transfer_problems=true
3780                   fi
3781                fi
3782             else
3783
3784                   # WERTZUWEISUNG, SO DASS WEITER UNTEN NUR APPEND AUF
3785                   # LOKALER MASCHINE DURCHGEFUEHRT WIRD
3786                actionout[$i]=a
3787             fi
3788          fi
3789
3790
3791             # OUTPUT-DATEI FUER EINEN FORTSETZUNGSLAUF. DATEI WIRD PER
3792             # LINK AUF DEN TEMPORAEREN DATENKATALOG GELEGT. OPTION -f WIRD
3793             # VERWENDET, FALLS DORT NOCH EINE DATEI GLEICHEN NAMENS VORHANDEN
3794             # SEIN SOLLTE. ANSCHLIESSEND WIRD SEINE ARCHIVIERUNG ANGESTOSSEN
3795          if [[ "${actionout[$i]}" = fl ]]
3796          then
3797             [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
3798             chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
3799             if [[ $files_for_pes = false ]]
3800             then
3801                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to"
3802                printf "\n              $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} (temporary data catalog)\n"
3803                ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3804             else
3805                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/....  to"
3806                printf "\n              $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} (temporary data catalog)\n"
3807                mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3808                cd ${localout[$i]}
3809                for file in $(ls *)
3810                do
3811                   ln -f $file $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3812                done
3813                cd $TEMPDIR
3814             fi
3815
3816
3817                # ARCHIVIERUNGSJOB WIRD ERZEUGT UND ABGESCHICKT
3818             if [[ $store_on_archive_system = true ]]
3819             then
3820
3821                if [[ $archive_system = asterix ]]
3822                then
3823                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                      >> archive_${frelout[$i]}
3824                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3825                   then
3826                      echo "stageout  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT${i}_$kennung" >> archive_${frelout[$i]}
3827                   else
3828                      echo "stageout -t  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT${i}_$kennung" >> archive_${frelout[$i]}
3829                   fi
3830                   echo "cat  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung"               >> archive_${frelout[$i]}
3831                   echo "if [[ \$(grep -c \"st.msg:150\"  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung) != 0 ]]" >> archive_${frelout[$i]}
3832                   echo "then"                                       >> archive_${frelout[$i]}
3833                   echo "   do_stageout=false"                       >> archive_${frelout[$i]}
3834                   echo "else"                                       >> archive_${frelout[$i]}
3835                   echo "   echo \"  +++ $filetyp ${frelout[$i]}  could not be stored on archive-system\" " >> archive_${frelout[$i]}
3836                   echo "   cat  /dev/null  >  ~/job_queue/ARCHIVE_ERROR_$fname" >> archive_${frelout[$i]}
3837                   echo "   cat  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung  >  ~/job_queue/archive_${frelout[$i]}_error" >> archive_${frelout[$i]}
3838                   echo "   echo \"  *** $filetyp ${frelout[$i]} will be copied to \$WORK as backup\" " >> archive_${frelout[$i]}
3839                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3840                   then
3841                      echo "   cp   ${frelout[$i]}  \$WORK"                    >> archive_${frelout[$i]}
3842                   else
3843                      echo "   cp -r  ${frelout[$i]}  \$WORK/${frelout[$i]}"   >> archive_${frelout[$i]}
3844                   fi
3845                   echo "   echo \"  *** $filetyp ${frelout[$i]} saved\" " >> archive_${frelout[$i]}
3846                   echo "fi"                                         >> archive_${frelout[$i]}
3847                   echo "rm  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung"              >> archive_${frelout[$i]}
3848                elif [[ $archive_system = DMF ]]
3849                then
3850                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                      >> archive_${frelout[$i]}
3851                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3852                   then
3853                      printf "\n  +++ archiving of single files impossible with $archive_system !\n"
3854                      locat=DMF
3855                      exit
3856                   else
3857                         # FUER RECHNER IN JUELICH. DORT KOENNTEN AUCH
3858                         # EINZELNE DATEIEN GESICHERT WERDEN (SPAETER KORR.)
3859                      echo "rm -rf  \$ARCHIVE/${frelout[$i]}"     >> archive_${frelout[$i]}
3860                      echo "cp -r  ${frelout[$i]}  \$ARCHIVE"     >> archive_${frelout[$i]}
3861                   fi
3862                elif [[ $archive_system = tivoli ]]
3863                then
3864                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >> archive_${frelout[$i]}
3865                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3866                   then
3867                         # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
3868                      echo "set -x"                                   >> archive_${frelout[$i]}
3869                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
3870                      echo "cp  ${frelout[$i]} \$PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3871                   else
3872
3873                      echo "set -x"                                   >> archive_${frelout[$i]}
3874                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}/*"         >> archive_${frelout[$i]}
3875                      echo "[[ ! -d \$PERM/${frelout[$i]} ]] && mkdir $PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3876                      cd  $tmp_data_catalog
3877                      all_files=`ls -1 ${frelout[$i]}/*`
3878                      cd -  > /dev/null
3879                      (( inode = 0 ))
3880                      (( tp1   = tasks_per_node + 1 ))
3881                      while (( inode < nodes ))
3882                      do
3883#                         echo "*** all_files = \"$all_files\" "
3884                         files=`echo $all_files | cut -d" " -f1-$tasks_per_node`
3885                         all_files=`echo $all_files | cut -d" " -f$tp1-`
3886#                         echo "*** tasks_per_node = \"$tasks_per_node\" "
3887#                         echo "*** files = \"$files\" "
3888#                         echo "*** all_files = \"$all_files\" "
3889                        echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
3890                        ### echo "tar  cvf ${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
3891                        ### echo "cp ${frelout[$i]}.node_$inode.tar \$PERM/${frelout[$i]}/"   >> archive_${frelout[$i]}
3892                         ###echo "rm ${frelout[$i]}.node_$inode.tar"   >> archive_${frelout[$i]}
3893#                         echo "dsmc incremental  \$PERM/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar" >> archive_${frelout[$i]}
3894#                         echo "dsmmigrate \$PERM/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar"        >> archive_${frelout[$i]}
3895                         (( inode = inode + 1 ))
3896                      done
3897#                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
3898#                      echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3899                   fi
3900                elif [[ $archive_system = ut ]]
3901                then
3902                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >> archive_${frelout[$i]}
3903                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3904                   then
3905                         # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
3906                      echo "set -x"                                 >> archive_${frelout[$i]}
3907                      echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
3908                      echo "cp  ${frelout[$i]} \$UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3909                   else
3910
3911                      echo "set -x"                                 >> archive_${frelout[$i]}
3912                      echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}/*"         >> archive_${frelout[$i]}
3913                      echo "[[ ! -d \$UT/${frelout[$i]} ]] && mkdir $UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3914                      cd  $tmp_data_catalog
3915                      all_files=`ls -1 ${frelout[$i]}/*`
3916                      cd -  > /dev/null
3917                      (( inode = 0 ))
3918                      (( tp1   = tasks_per_node + 1 ))
3919                      while (( inode < nodes ))
3920                      do
3921                         files=`echo $all_files | cut -d" " -f1-$tasks_per_node`
3922                         all_files=`echo $all_files | cut -d" " -f$tp1-`
3923                         echo "tar  cvf \$UT/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
3924                         (( inode = inode + 1 ))
3925                      done
3926                   fi
3927                elif [[ $archive_system = none ]]
3928                then
3929                   printf "              +++ archiving on $localhost not available!\n"
3930                fi
3931
3932                if [[ $archive_system != none ]]
3933                then
3934                   if [[ $localhost = lcsgih  ||  $localhost = lcsgib ]]
3935                   then
3936#                      subjob  -d  -v  -q cdata  -X 0  -m 1000  -t 43200  -c $job_catalog  archive_${frelout[$i]}
3937                      subjob   -v  -q permq  -X 1 -T 1  -m 1000  -t 172800  -c $job_catalog  archive_${frelout[$i]}
3938                   elif [[ $localhost = nech ]]
3939                   then
3940                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 7200  archive_${frelout[$i]}
3941                   fi
3942                   printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
3943                fi
3944             else
3945                printf "              +++ caution: option -A is switched off. No archiving on $archive_system!\n"
3946             fi
3947
3948
3949                # LEERDATEI IM BENUTZERVERZEICHNIS ANLEGEN, DAMIT BEKANNT IST,
3950                # WIE DIE HOECHSTE ZYKLUSNUMMER AUF DEM ARCHIV-SYSTEM LAUTET
3951             if [[ $files_for_pes = false ]]
3952             then
3953                cat  /dev/null  >  ${pathout[$i]}
3954             else
3955                mkdir -p  ${pathout[$i]}
3956             fi
3957
3958          fi
3959
3960
3961             # KOPIEREN AUF LOKALER MASCHINE ZUM ARCHIV-SYSTEM
3962             # AUSSERDEM MUSS LEERDATEI ANGELEGT WERDEN, DAMIT BEKANNT IST,
3963             # WIE DIE HOECHSTE ZYKLUSNUMMER AUF DEM ARCHIV-SYSTEM LAUTET
3964             # FALLS IRGENDEINE (VON MEHREREN) ARCHIVIERUNGEN SCHIEF GEHT,
3965             # WIRD FLAG GESETZT UND BLEIBT AUCH BEI WEITEREN ORDNUNGS-
3966             # GEMAESSEN ARCHIVIERUNGEN GESETZT
3967          if [[ "${actionout[$i]}" = ar ]]
3968          then
3969             if [[ $files_for_pes = false ]]
3970             then
3971                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to"
3972                printf "\n              ${pathout[$i]}"
3973                printf "\n              File will be copied to archive-system ($archive_system) !\n"
3974             else
3975                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/_....  to"
3976                printf "\n              ${pathout[$i]}"
3977                printf "\n              Directory will be copied to archive-system ($archive_system) !\n"
3978             fi
3979             mv  ${localout[$i]}  ${frelout[$i]}
3980
3981             file_saved=false
3982
3983             if [[ $archive_system = asterix ]]
3984             then
3985                do_stageout=true
3986                (( stageout_anz = 0 ))
3987                while [[ $do_stageout = true ]]
3988                do
3989                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3990                   then
3991                      stageout  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT
3992                   else
3993                      stageout  -t  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT
3994                   fi
3995                   cat  STAGE_OUTPUT
3996                   if [[ $(grep -c "st.msg:150"  STAGE_OUTPUT) != 0 ]]
3997                   then
3998                      file_saved=true
3999                      do_stageout=false
4000                   else
4001                      if [[ $files_for_pes = false ]]
4002                      then
4003                         printf "\n  +++ file ${frelout[$i]}  could not be saved on archive-system"
4004                      else
4005                         printf "\n  +++ directory ${frelout[$i]} could not be saved on archive-system"
4006                      fi
4007                      (( stageout_anz = stageout_anz + 1 ))
4008                      if (( stageout_anz == 10 ))
4009                      then
4010                         printf "\n  +++ stoped after 10 unsuccessful tries!"
4011                         archive_save=false
4012                         do_stageout=false
4013                      else
4014                         printf "\n  *** new try to store on archive after 15 min:"
4015                         sleep 900
4016                      fi
4017                   fi
4018                done
4019             elif [[ $archive_system = DMF ]]
4020             then
4021                if [[ $files_for_pes = false ]]
4022                then
4023                   printf "\n  +++ archiving of single files impossible on $archive_system!\n"
4024                   locat=DMF
4025                   exit
4026                else
4027                   rm -rf  $ARCHIVE/${frelout[$i]}
4028                   cp -r  ${frelout[$i]}  $ARCHIVE
4029                fi
4030                file_saved=true
4031             elif [[ $archive_system = tivoli ]]
4032             then
4033                   # ARCHIVIERUNG NUR PER BATCH-JOB MOEGLICH
4034                   # DATEI MUSS ZWISCHENZEITLICH INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
4035                   # GELEGT WERDEN
4036                [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
4037                chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
4038                if [[ $files_for_pes = false ]]
4039                then
4040                   ln -f  ${frelout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4041                else
4042                   mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4043                   ln -f  ${frelout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4044                fi
4045
4046                   # BATCH JOB GENERIEREN UND ABSCHICKEN; DATEI MUSS WIEDER
4047                   # AUS TEMPORAEREM DATENVERZEICHNIS ENTFERNT WERDEN
4048                echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >  archive_${frelout[$i]}
4049                if [[ $files_for_pes = false ]]
4050                then
4051                      # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
4052                   echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4053                   echo "cp  ${frelout[$i]} \$PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4054                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                  >> archive_${frelout[$i]}
4055                else
4056                   echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
4057                   echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4058                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                  >> archive_${frelout[$i]}
4059                fi
4060
4061                subjob  -v  -d  -q cdata  -X 0  -m 1000  -t 43200  -c $job_catalog  archive_${frelout[$i]}
4062                printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
4063                file_saved=true
4064
4065             elif [[ $archive_system = ut ]]
4066             then
4067                   # ARCHIVIERUNG NUR PER BATCH-JOB MOEGLICH
4068                   # DATEI MUSS ZWISCHENZEITLICH INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
4069                   # GELEGT WERDEN
4070                [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
4071                chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
4072                if [[ $files_for_pes = false ]]
4073                then
4074                   ln -f  ${frelout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4075                else
4076                   mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4077                   ln -f  ${frelout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4078                fi
4079
4080                   # BATCH JOB GENERIEREN UND ABSCHICKEN; DATEI MUSS WIEDER
4081                   # AUS TEMPORAEREM DATENVERZEICHNIS ENTFERNT WERDEN
4082                echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >  archive_${frelout[$i]}
4083                if [[ $files_for_pes = false ]]
4084                then
4085                      # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
4086                   echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4087                   echo "cp  ${frelout[$i]} \$UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4088                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                >> archive_${frelout[$i]}
4089                else
4090                   echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
4091                   echo "tar  cvf \$UT/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4092                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                >> archive_${frelout[$i]}
4093                fi
4094
4095                subjob  -v  -c /pf/b/$usern/job_queue  -d  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 7200  archive_${frelout[$i]}
4096                printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
4097                file_saved=true
4098
4099             else
4100                printf "\n  +++ archive_system=\"$archive_system\"  archiving impossible!"
4101                archive_save=false
4102             fi
4103             if [[ $file_saved = true ]]
4104             then
4105                if [[ $files_for_pes = false ]]
4106                then
4107                   cat  /dev/null  >  ${pathout[$i]}
4108                else
4109                   mkdir -p  ${pathout[$i]}
4110                fi
4111             fi
4112          fi
4113
4114             # APPEND AUF LOKALER MASCHINE
4115          if [[ "${actionout[$i]}" = "a" ]]
4116          then
4117             printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to  ${pathout[$i]}\n"
4118             cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}
4119          fi
4120
4121             # KOPIEREN AUF LOKALER MASCHINE
4122             # ES MUSS KOPIERT WERDEN, DA MOVE NICHT UEBER FILESYSTEM HINAUS MOEGLICH
4123          if [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_pes = false ]]
4124          then
4125
4126                # KOPIEREN AUF EINPROZESSORMASCHINE
4127             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
4128             then
4129                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
4130                if [[ $link_local_output = true ]]
4131                then
4132                    printf "      using ln -f\n"
4133                    ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
4134                fi
4135                # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
4136                if [[ ! -f "${pathout[$i]}.${extout[$i]}" ]]
4137                then
4138                    if [[ $link_local_output = true ]]
4139                    then
4140                        printf "      ln failed, using cp...\n"
4141                    fi
4142                    cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
4143                fi
4144             else
4145                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to  ${pathout[$i]}\n"
4146                if [[ $link_local_output = true ]]
4147                then
4148                    printf "      using ln -f\n"
4149                    ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4150                fi
4151                # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
4152                if [[ ! -f "${pathout[$i]}" ]]
4153                then
4154                    if [[ $link_local_output = true ]]
4155                    then
4156                        printf "      ln failed, using cp...\n"
4157                    fi
4158                    cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4159                fi
4160             fi
4161
4162          elif [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_pes = true ]]
4163          then
4164
4165                # DIE DEN PROZESSOREN EINES PARALLELRECHNERS ZUGEHOERIGEN
4166                # DATEIEN WERDEN ERST IN EINEM KATALOG GESAMMELT UND DIESER
4167                # WIRD DANN KOPIERT
4168                # PER MOVE UMBENANNT WERDEN
4169             printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/_....  to  ${pathout[$i]}\n"
4170             if [[ $link_local_output = true ]]
4171             then
4172                 printf "      using ln -f\n"
4173                 mkdir  ${pathout[$i]}
4174                 cd ${localout[$i]}
4175                 for file in $(ls *)
4176                 do
4177                   ln -f $file  ${pathout[$i]}
4178                 done
4179                 cd $TEMPDIR
4180             fi
4181             # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp -r"
4182             if [[ ! -f "${pathout[$i]}/_0000" ]]
4183             then
4184                 if [[ $link_local_output = true ]]
4185                 then
4186                     printf "      ln failed for .../_0000, using cp...\n"
4187                 fi
4188                 cp -r  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4189             fi
4190
4191          fi
4192       fi
4193    done
4194    if (( i != 0 ))
4195    then
4196       if [[ $transfer_problems = true ]]
4197       then
4198          printf "\n$striche\n  *** OUTPUT-files saved"
4199          printf "\n  +++ WARNING: some data transfers failed! \n"
4200       else
4201          printf "\n$striche\n  *** all OUTPUT-files saved \n"
4202       fi
4203    fi
4204
4205
4206       # EVENTUELL FOLGEJOB STARTEN
4207       # DATEI CONTINUE_RUN MUSS VOM BENUTZERPROGRAMM AUS ERZEUGT WERDEN
4208    if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
4209    then
4210
4211       if [[ $archive_save = true ]]
4212       then
4213
4214             # ZUERST IN MRUN-AUFRUF OPTIONEN FUER FORTSETZUNGSLAUF, FUER
4215             # STILLES ABARBEITEN (OHNE INTERAKTIVE RUECKFAGEN) UND FUER
4216             # BATCH-BETRIEB (NUR WICHTIG, FALLS BATCH AUF LOKALER MASCHINE
4217             # DURCHGEFUEHRT WERDEN SOLL) EINFUEGEN, FALLS NICHT BEREITS VOR-
4218             # HANDEN
4219          [[ $(echo $mc | grep -c "\-C") = 0 ]]  &&  mc="$mc -C"
4220          [[ $(echo $mc | grep -c "\-v") = 0 ]]  &&  mc="$mc -v"
4221          [[ $(echo $mc | grep -c "\-b") = 0 ]]  &&  mc="$mc -b"
4222          if [[ $(echo $mc | grep -c "#") != 0 ]]
4223          then
4224             mc=`echo $mc | sed 's/#/f/g'`
4225          fi
4226
4227
4228             # JOB STARTEN
4229          printf "\n\n  *** initiating restart-run on \"$return_addres\" using command:\n"
4230          echo "      $mc"
4231          printf "\n$striche\n"
4232          if [[ $localhost != $fromhost ]]
4233          then
4234
4235             if [[ $localhost = lcsgih  ||  $localhost = lcsgib  ||  $localhost = nech  ||  $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibmku  ||  $localhost = ibms  ||  $localhost = lctit ]]
4236             then
4237                echo "*** ssh will be used to initiate restart-runs!"
4238                echo "    return_addres=\"$return_addres\" "
4239                echo "    return_username=\"$return_username\" "
4240                if [[ $return_addres = 172.20.25.41 ]]
4241                then
4242                      # WORKAROUND AUF SCIROCCO AM TIT
4243                   print  "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "  |  ssh $return_addres -l $return_username
4244                elif [[ $(echo $return_addres | grep -c "130.75.105") = 1 ]]
4245                then
4246                   ssh $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export LD_LIBRARY_PATH=\$LD_LIBRARY_PATH:/muksoft/packages/intel/Compiler/11.0/083/lib/intel64/;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4247                else
4248                   ssh $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4249                fi
4250             else
4251                printf "\n  +++ no restart mechanism available for host \"$localhost\" "
4252                locat=restart; exit
4253             fi
4254
4255                # WARTEN, DAMIT SICH RESTART JOB IN QUEUE EINREIHEN KANN, BEVOR
4256                # DER AKTUELLE JOB ENDET
4257             if [[ $queue = special1q ]]
4258             then
4259                sleep 120
4260             else
4261                sleep 30
4262             fi
4263
4264          else
4265
4266                # BEI RECHNUNGEN AUF LOKALER MASCHINE KANN MRUN DIREKT AUFGE-
4267                # RUFEN WERDEN, AUSSER AUF lcfimm
4268             cd $LOCAL_PWD
4269             if [[ $localhost = lcfimm ]]
4270             then
4271                ssh $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc " 
4272             else
4273                eval  $mc                # ' MUESSEN AUSGEWERTET WERDEN
4274             fi
4275             cd -  > /dev/null
4276          fi
4277          printf "\n$striche\n  *** restart-run initiated \n"
4278
4279
4280             # EVENTUELL INPUT-DATEIEN, DIE VON TEMPORAEREM DATENVERZEICHNIS
4281             # GEHOLT WORDEN SIND, LOESCHEN
4282          (( i = 0 ))
4283          while (( i < iin ))
4284          do
4285             (( i = i + 1 ))
4286             if [[ "${got_tmp[$i]}" = true   &&  $keep_data_from_previous_run = false ]]
4287             then
4288                rm -r  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
4289             fi
4290          done
4291
4292       else
4293
4294          printf "\n  +++ no restart-run possible, since errors occured"
4295          printf "\n      during the archive process"
4296       fi
4297
4298    fi
4299
4300
4301   
4302       # EVTL. EMAIL-BENACHRICHTIGUNG UEBER ABGESCHLOSSENEN LAUF
4303    if [[ "$email_notification" != "none" ]]
4304    then
4305
4306       if [[ $localhost != $fromhost ]]
4307       then
4308          if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
4309          then
4310             echo "PALM restart run necessary"        >   email_text
4311             echo "description header of actual run:" >>  email_text
4312             cat  CONTINUE_RUN                        >>  email_text
4313             echo "mrun-command to restart:"          >>  email_text
4314             echo "$mc"                               >>  email_text
4315          else
4316             echo "PALM run with base filename \"$fname\" on host \"$localhost\" finished"  >  email_text
4317          fi
4318          mail  $email_notification  <  email_text
4319          printf "\n  *** email notification sent to \"$email_notification\" "
4320       fi
4321    fi
4322
4323
4324
4325       # ALLE ARBEITEN BEENDET. TEMPORAERER KATALOG KANN GELOESCHT WERDEN
4326    cd  $HOME
4327    [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
4328
4329 else
4330
4331
4332       # FALLS AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL, WERDEN JETZT ENTSPRE-
4333       # CHENDE AKTIONEN DURCHGEFUEHRT
4334
4335       # MRUN-BEFEHL FUER REMOTE-MASCHINE ZUSAMMENSTELLEN
4336    mrun_com="$mrun_script_name -a $afname -c $config_file -d $fname -h $host -H $fromhost -m $memory -t $cpumax -q $queue -R $return_addres -U $return_username -u $remote_username"
4337    [[ "$cpp_opts" != "" ]]       &&  mrun_com=${mrun_com}" -D \"$cpp_opts\""
4338    [[ "$global_revision" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -G \"$global_revision\""
4339    [[ $group_number != none ]]   &&  mrun_com=${mrun_com}" -g $group_number"
4340    [[ $do_compile = true ]]      &&  mrun_com=${mrun_com}" -s \"$source_list\""
4341    [[ "$input_list" != "" ]]     &&  mrun_com=${mrun_com}" -i \"$input_list\""
4342    [[ $ignore_archive_error = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -I"
4343    [[ $keep_data_from_previous_run = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -k"
4344    [[ "$additional_conditions" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -K \"$additional_conditions\""
4345#    [[ "$makefile" != "$source_path/Makefile" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -M \"$makefile\""
4346    [[ "$output_list" != "" ]]    &&  mrun_com=${mrun_com}" -o \"$output_list\""
4347    [[ "$read_from_config" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -S"
4348    [[ $do_trace = true ]]        &&  mrun_com=${mrun_com}" -x"
4349    [[ "$numprocs" != "" ]]       &&  mrun_com=${mrun_com}" -X $numprocs"
4350    if [[ $use_openmp = true ]]
4351    then
4352       mrun_com=${mrun_com}" -O $threads_per_task"
4353    fi
4354    [[ "$tasks_per_node" != "" ]] &&  mrun_com=${mrun_com}" -T $tasks_per_node"
4355    [[ $store_on_archive_system = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -A"
4356    [[ $package_list != "" ]]     &&  mrun_com=${mrun_com}" -p \"$package_list\""
4357    [[ $return_password != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -P $return_password"
4358    [[ $delete_temporary_catalog = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -B"
4359    [[ $node_usage != default  &&  "$(echo $node_usage | cut -c1-3)" != "sla"  &&  $node_usage != novice ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -n $node_usage"
4360    [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -y"
4361    [[ $run_coupled_model = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -Y \"$coupled_dist\""
4362    if [[ $do_remote = true ]]
4363    then
4364       printf "\n>>>> MRUN-command on execution host:\n>>>> $mrun_com \n"
4365    fi
4366
4367
4368       # ZUSAMMENSTELLUNG DES JOBSCRIPTS AUF DATEI jobfile
4369    jobfile=jobfile.$RANDOM
4370
4371
4372       # TEMPORAERES VERZEICHNIS GENERIEREN UND NACH DORT WECHSELN
4373    echo  "mkdir  $TEMPDIR"      >>  $jobfile
4374    echo  "cd  $TEMPDIR"         >>  $jobfile
4375
4376
4377       # EVENTUELL FEHLERVERFOLGUNG AKTIVIEREN
4378    if [[ $do_trace = true ]]
4379    then
4380       echo  "set -x"                                    >>  $jobfile
4381    else
4382       echo  "set +vx"                                   >>  $jobfile
4383    fi
4384
4385
4386       # BEREITSTELLUNG VON QUELLTEXTEN, MRUN-SCRIPTS UND KONFIGURATIONS-
4387       # DATEI FUER DEN JOB
4388    if [[ $( echo $host | cut -c1-5 ) = lcsgi ]]
4389    then
4390
4391          # KONFIGURATIONSDATEI UND MRUN_SCRIPT IN DAS SOURCE-VERZEICHNIS
4392          # KOPIEREN
4393       if [[ $restart_run != true ]]
4394       then
4395          cp  $config_file  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
4396          cp  ${PALM_BIN}/$mrun_script_name  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
4397       fi
4398
4399          # SOURCE-VERZEICHNIS VOM LOKALEN RECHNER PER SCP TRANSFERIEREN
4400       echo  "set -x"  >>  $jobfile
4401       echo  "scp  -r  $return_username@$return_addres:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname ."  >>  $jobfile
4402       echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                      >>  $jobfile
4403
4404          # QUELLTEXTE, MRUN-SCRIPT UND KONFIGURATIONSDATEI IN DAS AKTUELLE
4405          # ARBEITSVERZEICHNIS VERSCHIEBEN
4406       echo  "mv  SOURCES_FOR_RUN_$fname/$config_file  . "       >>  $jobfile
4407       echo  "mv  SOURCES_FOR_RUN_$fname/$mrun_script_name  . "  >>  $jobfile
4408       echo  "execute_mrun=true"                                 >>  $jobfile
4409       echo  " "                                                 >>  $jobfile
4410
4411    else
4412
4413          # ABSPEICHERN DER QUELLTEXTE (NUR FALLS UEBERSETZT WERDEN SOLL)
4414          # SOWIE GEGEBENENFALLS DES MAKEFILES
4415       if [[ $do_compile = true ]]
4416       then
4417
4418          source_catalog=SOURCES_FOR_RUN_$fname
4419
4420              # UNTERVERZEICHNIS FUER QUELLTEXTE UND MAKEFILE ANLEGEN
4421              # MRUN WIRD DIESES VRZEICHNIS UEBER ENVIRONMENT VARIABLE
4422              # MITGETEILT (UEBERSTEUERT ANGABE IN KONFIGURATIONSDATEI)
4423          echo  "mkdir  SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
4424          echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                 >>  $jobfile
4425          echo  "cd     SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
4426
4427          for  filename  in  $source_list
4428          do
4429                # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
4430             echo  "cat > $filename << \"%END%\""              >>  $jobfile
4431             cat   $source_catalog/$filename                   >>  $jobfile
4432             echo  " "                                         >>  $jobfile
4433             echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
4434             echo  " "                                         >>  $jobfile
4435          done
4436
4437             # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
4438          echo  "cat > Makefile << \"%END%\""               >>  $jobfile
4439          cat   $source_catalog/Makefile                    >>  $jobfile
4440          echo  " "                                         >>  $jobfile
4441          echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
4442          echo  " "                                         >>  $jobfile
4443
4444          echo  "cd -  > /dev/null"                         >>  $jobfile
4445
4446       fi
4447
4448
4449          # ABSPEICHERN DER KONFIGURATIONSDATEI
4450          # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
4451       echo  "cat > $config_file << \"%END%\""      >>  $jobfile
4452       cat   $config_file                           >>  $jobfile
4453       echo  "%END%"                                >>  $jobfile
4454       echo  " "                                    >>  $jobfile
4455
4456
4457          # ABSPEICHERN DER AKTUELLEN MRUN-VERSION
4458          # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
4459       echo  "cat > $mrun_script_name <<\"%END%\""  >>  $jobfile
4460       cat   ${PALM_BIN}/$mrun_script_name          >>  $jobfile
4461       echo  "%END%"                                >>  $jobfile
4462       if [[ $host = lctit ]]
4463       then
4464          echo "sed 's/bin\/ksh/home2\/usr5\/mkanda\/pub\/ksh/' < $mrun_script_name > mrun_new" >>  $jobfile
4465          echo "mv  mrun_new  $mrun_script_name"    >>  $jobfile
4466       fi
4467       echo  "chmod u+x $mrun_script_name"          >>  $jobfile
4468       echo  "execute_mrun=true"                    >>  $jobfile
4469       echo  " "                                    >>  $jobfile
4470
4471    fi
4472
4473
4474       # EVTL. BENOETIGTE INPUT-DATEIEN PER FTP HOLEN ODER DEM JOB DIREKT
4475       # MITGEBEN UND AUF DEM REMOTE-RECHNER IM BENUTZERVERZEICHNIS ABLEGEN
4476       # FALLS DIESES NICHT EXISTIERT, WIRD VERSUCHT, DAS JEWEILS LETZTE
4477       # UNTERVERZEICHNIS DES PFADNAMENS ANZULEGEN
4478    if [[ $do_remote = true ]]
4479    then
4480       (( i = 0 ))
4481       while (( i < iin ))
4482       do
4483          (( i = i + 1 ))
4484          echo  "[[ ! -d ${pathin[$i]} ]]  &&  mkdir -p  ${pathin[$i]}"  >>  $jobfile
4485          if [[ "${transin[$i]}" = job ]]
4486          then
4487             echo  "cat > ${remotepathin[$i]} <<\"%END%\""    >>  $jobfile
4488             eval cat   ${pathin[$i]}/${frelin[$i]}           >>  $jobfile
4489             echo  " "                                        >>  $jobfile
4490             echo  "%END%"                                    >>  $jobfile
4491          else
4492             echo  "batch_scp -b -o -g -s -u $return_username $return_addres ${remotepathin[$i]} \"${pathin[$i]}\" ${frelin[$i]}" >>  $jobfile
4493          fi
4494
4495             # UEBERPRUEFEN, OB DATEI ANGELEGT WERDEN KONNTE
4496          echo  "if [[ \$? = 1 ]]"                    >>  $jobfile
4497          echo  "then"                                >>  $jobfile
4498          echo  "   echo \" \" "                      >>  $jobfile
4499          echo  "   echo \"+++ file ${remotepathin[$i]} could not be created\" "   >>  $jobfile
4500          echo  "   echo \"    please check, if directory exists on $host!\" "  >>  $jobfile
4501          echo  "   echo \"+++ MRUN will not be continued\" "  >>  $jobfile
4502          echo  "   execute_mrun=false"               >>  $jobfile
4503          echo  "fi"                                  >>  $jobfile
4504       done
4505    fi
4506
4507       # ARBEITSKATALOG AUF DER LOKALEN MASCHINE FUER EVENTUELLE
4508       # FORTSETZUNGSLAUEFE PER ENV-VARIABLE UEBERGEBEN
4509    echo  "LOCAL_PWD=$working_directory"                >>  $jobfile
4510    echo  "export LOCAL_PWD"                            >>  $jobfile
4511
4512       # EBENSO LOKALEN MRUN-KATALOG UEBERGEBEN
4513    echo  "LOCAL_MRUN_PATH=$PALM_BIN"                   >>  $jobfile
4514    echo  "export LOCAL_MRUN_PATH"                      >>  $jobfile
4515
4516       # WORKAROUND FUER RIAM-NEC-JOBS WEGEN PROFILE-SCHWIERIGKEITEN
4517    if [[ $localhost_realname = "gate"  ||  $localhost = lctit ]]
4518    then
4519       echo  "export PALM_BIN=$PALM_BIN"                >>  $jobfile
4520    fi
4521
4522       # MRUN AUF ZIELRECHNER AUFRUFEN
4523    echo  "set -x"                                      >>  $jobfile
4524    echo  "[[ \$execute_mrun = true ]]  &&  ./$mrun_com"  >>  $jobfile
4525
4526    echo  'ls -al; echo `pwd`'                          >>  $jobfile
4527    echo  "cd \$HOME"                                   >>  $jobfile
4528    echo  "rm -rf  $TEMPDIR"                            >>  $jobfile
4529
4530
4531
4532
4533       # JOB PER SUBJOB STARTEN
4534    if [[ $silent = false ]]
4535    then
4536       printf "\n     "
4537    else
4538       printf "\n\n"
4539    fi
4540
4541    subjob  $job_on_file  -h $host  -u $remote_username -g $group_number -q $queue  -m $memory  -N $node_usage -t $cpumax  $XOPT  $TOPT  $OOPT  -n $fname  -v  -c $job_catalog  -e $email_notification  $jobfile
4542    rm -rf  $jobfile
4543
4544
4545 fi  # ENDE REMOTE-TEIL
4546
4547
4548
4549     # ENDE DER PROZEDUR
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.