Home


About us
PALM
PALM-4U
Installation
Release notes
Documentation
Getting Help
Gallery
Developers area

source: palm/trunk/SCRIPTS/.mrun.config.forwind_hlrnIII @ 1546

Last change on this file since 1546 was 1466, checked in by witha, 10 years ago

Added new configuration file for ForWind? jobs on HLRNIII
File size: 17.0 KB
RevLine 
[1466]1#$Id:$
2#column 1          column 2                                   column 3
3#name of variable  value of variable (~ must not be used)     scope
4#----------------------------------------------------------------------------
5%mainprog          palm.f90
6%base_directory    $HOME/palm/current_version
7%base_data         ~/palm/current_version/JOBS
8%output_data       /gfs1/work/<replace_by_your_HLRN-III_username>/palm/current_version/JOBS
9%source_path       $base_directory/trunk/SOURCE
10%add_source_path   $base_directory/USER_CODE/$fname
11%depository_path   $base_directory/MAKE_DEPOSITORY
12%use_makefile      true
13#
14#
15%host_identifier   hlogin*      lccrayh
16%host_identifier   hxc*         lccrayh
17%host_identifier   blogin*      lccrayb
18%host_identifier   bxc*         lccrayb
19#
20################################################################################
21# Replace <eplace_with_your_local_hostname> by the hostname of your desktop
22# an uncomment following line to enable job submission from you local desktop
23################################################################################
24#%host_identifier       <replace_with_your_local_hostname>           lcfor
25#
26################################################################################
27# Configuration for Ubuntu Linux 12.04 LTS with gcc (4.6.3) and OpenMPI (1.4.3)
28#
29# The next block contains all informations for compiling the PALM code
30# and for generating and running the PALM executable using MPI on a Linux machine
31# with gcc and OpenMPI. Replace <replace_with_your_local_username> with your
32# username on your
33# local machine
34#
35# NOTE: - Other hosts may require different settings.
36#       - following packages are required:
37#         openmpi-common, libopenmpi-dev, libopenmpi, libnetcdf, libnetcdf-dev,
38#         gcc
39#       - depending on where you installed netcdf, you may have to adjust the paths
40#         given in %netcdf_inc and %netcdf_lib
41#
42################################################################################
43%remote_username   <replace_with_your_local_username>                        lcfor parallel
44%tmp_user_catalog  /tmp                                                      lcfor parallel
45%tmp_data_catalog  /tmp                                                      lcfor parallel
46%compiler_name     mpif90                                                    lcfor parallel
47%compiler_name_ser gfortran                                                  lcfor parallel
48%cpp_options       -DMPI_REAL=MPI_DOUBLE_PRECISION:-DMPI_2REAL=MPI_2DOUBLE_PRECISION:-D__lc:-D__netcdf:-D__netcdf4:-D__parallel  lcfor parallel
49%netcdf_inc        -I/usr/include                                            lcfor parallel
50%netcdf_lib        -L/usr/lib:-lnetcdff:-lnetcdf                             lcfor parallel
51%mopts             -j:4                                                      lcfor parallel
52%fopts             -Ofast:-IPA:-mtune=native:-march=native:-cpp:-fdefault-real-8:-fbackslash:-fconvert=little-endian   lcfor parallel
53%lopts             -Ofast:-IPA:-mtune=native:-march=native:-cpp:-fdefault-real-8:-fbackslash                           lcfor parallel
54#
55# HLRN-III Hannover
56%tmp_user_catalog    /gfs1/tmp/<replace_by_your_HLRN-III_username>                     lccrayh parallel
57%tmp_data_catalog    /gfs1/work/<replace_by_your_HLRN-III_username>/palm_restart_data  lccrayh parallel
58%compiler_name       ftn                                                               lccrayh parallel
59%compiler_name_ser   ftn                                                               lccrayh parallel
60%cpp_options         -e:Z:-DMPI_REAL=MPI_DOUBLE_PRECISION:-DMPI_2REAL=MPI_2DOUBLE_PRECISION:-D__netcdf:-D__netcdf4:-D__netcdf4_parallel:-D__fftw   lccrayh parallel
61%mopts               -j:4                                                              lccrayh parallel
62%fopts               -em:-O3:-hnoomp:-hfp3:-hdynamic                                   lccrayh parallel
63%lopts               -em:-O3:-hnoomp:-hfp3:-hdynamic:-dynamic                          lccrayh parallel
64%remote_username     <replace_by_your_HLRN-III_username>                               lccrayh parallel
65%memory              2300                                                              lccrayh parallel
66%modules             fftw:cray-hdf5-parallel:cray-netcdf-hdf5parallel                  lccrayh parallel
67#
68# HLRN-III Hannover debug/trace mode
69%tmp_user_catalog    /gfs1/tmp/<replace_by_your_HLRN-III_username>                     lccrayh parallel trace
70%tmp_data_catalog    /gfs1/work/<replace_by_your_HLRN-III_username>/palm_restart_data  lccrayh parallel trace
71%compiler_name       ftn                                                               lccrayh parallel trace
72%compiler_name_ser   ftn                                                               lccrayh parallel trace
73%cpp_options         -e:Z:-DMPI_REAL=MPI_DOUBLE_PRECISION:-DMPI_2REAL=MPI_2DOUBLE_PRECISION:-D__netcdf:-D__netcdf4:-D__netcdf4_parallel:-D__fftw   lccrayh parallel trace
74%mopts               -j:4                                                              lccrayh parallel trace
75%fopts               -eD:-em:-g:-R:b:-K:trap=fp:-O0:-hnoomp                            lccrayh parallel trace
76%lopts               -eD:-em:-g:-R:b:-K:trap=fp:-O0:-hnoomp                            lccrayh parallel trace
77%remote_username     <replace_by_your_HLRN-III_username>                               lccrayh parallel trace
78%memory              2300                                                              lccrayh parallel trace
79%modules             fftw:cray-hdf5-parallel:cray-netcdf-hdf5parallel                  lccrayh parallel trace
80#
81# HLRN-III Berlin
82%tmp_user_catalog    /gfs1/tmp/<replace_by_your_HLRN-III_username>                     lccrayb parallel
83%tmp_data_catalog    /gfs1/work/<replace_by_your_HLRN-III_username>/palm_restart_data  lccrayb parallel
84%compiler_name       ftn                                                               lccrayb parallel
85%compiler_name_ser   ftn                                                               lccrayb parallel
86%cpp_options         -e:Z:-DMPI_REAL=MPI_DOUBLE_PRECISION:-DMPI_2REAL=MPI_2DOUBLE_PRECISION:-D__netcdf:-D__netcdf4:-D__netcdf4_parallel:-D__fftw   lccrayb parallel
87%mopts               -j:4                                                              lccrayb parallel
88%fopts               -em:-O3:-hnoomp:-hfp3:-hdynamic                                   lccrayb parallel
89%lopts               -em:-O3:-hnoomp:-hfp3:-hdynamic:-dynamic                          lccrayb parallel
90%remote_username     <replace_by_your_HLRN-III_username>                               lccrayb parallel
91%memory              2300                                                              lccrayb parallel
92%modules             fftw:cray-hdf5-parallel:cray-netcdf-hdf5parallel                  lccrayb parallel
93#
94# HLRN-III Berlin debug/trace mode
95%tmp_user_catalog    /gfs1/tmp/<replace_by_your_HLRN-III_username>                     lccrayb parallel trace
96%tmp_data_catalog    /gfs1/work/<replace_by_your_HLRN-III_username>/palm_restart_data  lccrayb parallel trace
97%compiler_name       ftn                                                               lccrayb parallel trace
98%compiler_name_ser   ftn                                                               lccrayb parallel trace
99%cpp_options         -e:Z:-DMPI_REAL=MPI_DOUBLE_PRECISION:-DMPI_2REAL=MPI_2DOUBLE_PRECISION:-D__netcdf:-D__netcdf4:-D__netcdf4_parallel:-D__fftw   lccrayb parallel trace
100%mopts               -j:4                                                              lccrayb parallel trace
101%fopts               -eD:-em:-g:-R:b:-K:trap=fp:-O0:-hnoomp                            lccrayb parallel trace
102%lopts               -eD:-em:-g:-R:b:-K:trap=fp:-O0:-hnoomp                            lccrayb parallel trace
103%remote_username     <replace_by_your_HLRN-III_username>                               lccrayb parallel trace
104%memory              2300                                                              lccrayb parallel trace
105%modules             fftw:cray-hdf5-parallel:cray-netcdf-hdf5parallel                  lccrayb parallel trace
106#
107%write_binary                true                             restart
108#
109#----------------------------------------------------------------------------
110# INPUT-commands, executed before running PALM - lines must start with "IC:"
111#----------------------------------------------------------------------------
112#IC:
113#
114#----------------------------------------------------------------------------
115# ERROR-commands - executed when program terminates abnormally
116#----------------------------------------------------------------------------
117EC:[[ \$locat = execution ]]  &&  cat  RUN_CONTROL
118EC:pwd; ls -al
119#
120#----------------------------------------------------------------------------
121# OUTPUT-commands - executed when program terminates normally
122#----------------------------------------------------------------------------
123#
124# Combine 1D- and 3D-profile output (these files are not usable for plotting)
125OC:[[ -f LIST_PROFIL_1D     ]]  &&  cat  LIST_PROFIL_1D  >>  LIST_PROFILE
126OC:[[ -f LIST_PROFIL        ]]  &&  cat  LIST_PROFIL     >>  LIST_PROFILE
127#
128# Combine all particle information files
129OC:[[ -f PARTICLE_INFOS/_0000 ]]  &&  cat  PARTICLE_INFOS/* >> PARTICLE_INFO
130#
131#----------------------------------------------------------------------------
132# List of input-files
133#----------------------------------------------------------------------------
134PARIN                    in:job        d3#      $base_data/$fname/INPUT     _p3d
135PARIN                    in:job        d3f      $base_data/$fname/INPUT     _p3df
136TOPOGRAPHY_DATA          in:locopt     d3#:d3f  $base_data/$fname/INPUT     _topo
137NUDGING_DATA             in:locopt     d3#:d3f  $base_data/$fname/INPUT    _nudge
138LSF_DATA                 in:locopt     d3#:d3f  $base_data/$fname/INPUT    _lsf
139BININ                    in:loc:flpe   d3f:rec  $base_data/$fname/RESTART   _d3d
140PARTICLE_RESTART_DATA_IN in:loc:flpe   prtf     $base_data/$fname/RESTART   _rprt
141DATA_1D_PR_NETCDF        in:locopt     prf      $output_data/$fname/OUTPUT  _pr     nc
142DATA_1D_SP_NETCDF        in:locopt     spf      $output_data/$fname/OUTPUT  _sp     nc
143DATA_1D_TS_NETCDF        in:locopt     tsf      $output_data/$fname/OUTPUT  _ts     nc
144DATA_1D_PTS_NETCDF       in:locopt     ptsf     $output_data/$fname/OUTPUT  _pts    nc
145DATA_2D_XY_NETCDF        in:locopt     xyf      $output_data/$fname/OUTPUT  _xy     nc
146DATA_2D_XY_AV_NETCDF     in:locopt     xyf      $output_data/$fname/OUTPUT  _xy_av  nc
147DATA_2D_XZ_NETCDF        in:locopt     xzf      $output_data/$fname/OUTPUT  _xz     nc
148DATA_2D_XZ_AV_NETCDF     in:locopt     xzf      $output_data/$fname/OUTPUT  _xz_av  nc
149DATA_2D_YZ_NETCDF        in:locopt     yzf      $output_data/$fname/OUTPUT  _yz     nc
150DATA_2D_YZ_AV_NETCDF     in:locopt     yzf      $output_data/$fname/OUTPUT  _yz_av  nc
151DATA_3D_NETCDF           in:locopt     3df      $output_data/$fname/OUTPUT  _3d     nc
152DATA_3D_AV_NETCDF        in:locopt     3df      $output_data/$fname/OUTPUT  _3d_av  nc
153DATA_PRT_NETCDF          in:locopt:pe  prtf     $output_data/$fname/OUTPUT  _prt    nc
154#
155#----------------------------------------------------------------------------
156# List of output-files
157#----------------------------------------------------------------------------
158BINOUT                    out:loc:flpe restart   $base_data/$fname/RESTART  _d3d
159PARTICLE_RESTART_DATA_OUT out:loc:flpe prt#:prtf $base_data/$fname/RESTART  _rprt
160#
161RUN_CONTROL       out:loc:tr   d3#     $base_data/$fname/MONITORING  _rc
162RUN_CONTROL       out:loc:tra  d3f     $base_data/$fname/MONITORING  _rc
163HEADER            out:loc:tr   d3#     $base_data/$fname/MONITORING  _header
164HEADER            out:loc:tra  d3f     $base_data/$fname/MONITORING  _header
165CPU_MEASURES      out:loc:tr   d3#     $base_data/$fname/MONITORING  _cpu
166CPU_MEASURES      out:loc:tra  d3f     $base_data/$fname/MONITORING  _cpu
167#
168DATA_1D_PR_NETCDF      out:loc    pr#       $output_data/$fname/OUTPUT  _pr      nc
169DATA_1D_PR_NETCDF      out:loc    prf       $output_data/$fname/OUTPUT  _pr      nc
170DATA_1D_SP_NETCDF      out:loc    sp#       $output_data/$fname/OUTPUT  _sp      nc
171DATA_1D_SP_NETCDF      out:loc    spf       $output_data/$fname/OUTPUT  _sp      nc
172DATA_1D_TS_NETCDF      out:loc    ts#       $output_data/$fname/OUTPUT  _ts      nc
173DATA_1D_TS_NETCDF      out:loc    tsf       $output_data/$fname/OUTPUT  _ts      nc
174DATA_1D_PTS_NETCDF     out:loc    pts#      $output_data/$fname/OUTPUT  _pts     nc
175DATA_1D_PTS_NETCDF     out:loc    ptsf      $output_data/$fname/OUTPUT  _pts     nc
176DATA_2D_XY_NETCDF      out:loc    xy#:xyf   $output_data/$fname/OUTPUT  _xy      nc
177DATA_2D_XY_AV_NETCDF   out:loc    xy#:xyf   $output_data/$fname/OUTPUT  _xy_av   nc
178DATA_2D_XZ_NETCDF      out:loc    xz#:xzf   $output_data/$fname/OUTPUT  _xz      nc
179DATA_2D_XZ_AV_NETCDF   out:loc    xz#:xzf   $output_data/$fname/OUTPUT  _xz_av   nc
180DATA_2D_YZ_NETCDF      out:loc    yz#:yzf   $output_data/$fname/OUTPUT  _yz      nc
181DATA_2D_YZ_AV_NETCDF   out:loc    yz#:yzf   $output_data/$fname/OUTPUT  _yz_av   nc
182DATA_3D_NETCDF         out:loc    3d#:3df   $output_data/$fname/OUTPUT  _3d      nc
183DATA_3D_AV_NETCDF      out:loc    3d#:3df   $output_data/$fname/OUTPUT  _3d_av   nc
184DATA_MASK_01_NETCDF    out:loc    ma#:maf   $output_data/$fname/OUTPUT  _m01     nc
185DATA_MASK_01_AV_NETCDF out:loc    ma#:maf   $output_data/$fname/OUTPUT  _m01_av  nc
186DATA_MASK_02_NETCDF    out:loc    ma#:maf   $output_data/$fname/OUTPUT  _m02     nc
187DATA_MASK_02_AV_NETCDF out:loc    ma#:maf   $output_data/$fname/OUTPUT  _m02_av  nc
188DATA_MASK_03_NETCDF    out:loc    ma#:maf   $output_data/$fname/OUTPUT  _m03     nc
189DATA_MASK_03_AV_NETCDF out:loc    ma#:maf   $output_data/$fname/OUTPUT  _m03_av  nc
190DATA_MASK_04_NETCDF    out:loc    ma#:maf   $output_data/$fname/OUTPUT  _m04     nc
191DATA_MASK_04_AV_NETCDF out:loc    ma#:maf   $output_data/$fname/OUTPUT  _m04_av  nc
192DATA_MASK_05_NETCDF    out:loc    ma#:maf   $output_data/$fname/OUTPUT  _m05     nc
193DATA_MASK_05_AV_NETCDF out:loc    ma#:maf   $output_data/$fname/OUTPUT  _m05_av  nc
194DATA_MASK_06_NETCDF    out:loc    ma#:maf   $output_data/$fname/OUTPUT  _m06     nc
195DATA_MASK_06_AV_NETCDF out:loc    ma#:maf   $output_data/$fname/OUTPUT  _m06_av  nc
196DATA_MASK_07_NETCDF    out:loc    ma#:maf   $output_data/$fname/OUTPUT  _m07     nc
197DATA_MASK_07_AV_NETCDF out:loc    ma#:maf   $output_data/$fname/OUTPUT  _m07_av  nc
198DATA_MASK_08_NETCDF    out:loc    ma#:maf   $output_data/$fname/OUTPUT  _m08     nc
199DATA_MASK_08_AV_NETCDF out:loc    ma#:maf   $output_data/$fname/OUTPUT  _m08_av  nc
200DATA_MASK_09_NETCDF    out:loc    ma#:maf   $output_data/$fname/OUTPUT  _m09     nc
201DATA_MASK_09_AV_NETCDF out:loc    ma#:maf   $output_data/$fname/OUTPUT  _m09_av  nc
202DATA_MASK_10_NETCDF    out:loc    ma#:maf   $output_data/$fname/OUTPUT  _m10     nc
203DATA_MASK_10_AV_NETCDF out:loc    ma#:maf   $output_data/$fname/OUTPUT  _m10_av  nc
204DATA_MASK_11_NETCDF    out:loc    ma#:maf   $output_data/$fname/OUTPUT  _m11     nc
205DATA_MASK_11_AV_NETCDF out:loc    ma#:maf   $output_data/$fname/OUTPUT  _m11_av  nc
206DATA_MASK_12_NETCDF    out:loc    ma#:maf   $output_data/$fname/OUTPUT  _m12     nc
207DATA_MASK_12_AV_NETCDF out:loc    ma#:maf   $output_data/$fname/OUTPUT  _m12_av  nc
208DATA_MASK_13_NETCDF    out:loc    ma#:maf   $output_data/$fname/OUTPUT  _m13     nc
209DATA_MASK_13_AV_NETCDF out:loc    ma#:maf   $output_data/$fname/OUTPUT  _m13_av  nc
210DATA_MASK_14_NETCDF    out:loc    ma#:maf   $output_data/$fname/OUTPUT  _m14     nc
211DATA_MASK_14_AV_NETCDF out:loc    ma#:maf   $output_data/$fname/OUTPUT  _m14_av  nc
212DATA_MASK_15_NETCDF    out:loc    ma#:maf   $output_data/$fname/OUTPUT  _m15     nc
213DATA_MASK_15_AV_NETCDF out:loc    ma#:maf   $output_data/$fname/OUTPUT  _m15_av  nc
214DATA_MASK_16_NETCDF    out:loc    ma#:maf   $output_data/$fname/OUTPUT  _m16     nc
215DATA_MASK_16_AV_NETCDF out:loc    ma#:maf   $output_data/$fname/OUTPUT  _m16_av  nc
216DATA_MASK_17_NETCDF    out:loc    ma#:maf   $output_data/$fname/OUTPUT  _m17     nc
217DATA_MASK_17_AV_NETCDF out:loc    ma#:maf   $output_data/$fname/OUTPUT  _m17_av  nc
218DATA_MASK_18_NETCDF    out:loc    ma#:maf   $output_data/$fname/OUTPUT  _m18     nc
219DATA_MASK_18_AV_NETCDF out:loc    ma#:maf   $output_data/$fname/OUTPUT  _m18_av  nc
220DATA_MASK_19_NETCDF    out:loc    ma#:maf   $output_data/$fname/OUTPUT  _m19     nc
221DATA_MASK_19_AV_NETCDF out:loc    ma#:maf   $output_data/$fname/OUTPUT  _m19_av  nc
222DATA_MASK_20_NETCDF    out:loc    ma#:maf   $output_data/$fname/OUTPUT  _m20     nc
223DATA_MASK_20_AV_NETCDF out:loc    ma#:maf   $output_data/$fname/OUTPUT  _m20_av  nc
224DATA_PRT_NETCDF        out:loc:pe prt#:prtf $output_data/$fname/OUTPUT  _prt     nc
225DATA_DVR               out:loc:pe dvr       $output_data/$fname/OUTPUT  _dvr
226#
227DVRP_LOG          out:loc:tr   dv#       $base_data/$fname/MONITORING  _dvrp_log
228DVRP_LOG          out:loc:tra  dvf       $base_data/$fname/MONITORING  _dvrp_log
229PARTICLE_INFO     out:loc:tr   pt#       $base_data/$fname/MONITORING  _prt_info
230PARTICLE_INFO     out:loc:tra  ptf       $base_data/$fname/MONITORING  _prt_info
231PARTICLE_DATA     out:loc:flpe prt#:prtf $base_data/$fname/OUTPUT      _prt_dat
232# A BLANK LINE MUST FOLLOW
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               
  | Impressum | ©Leibniz Universität Hannover |