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source: palm/trunk/DOC/tec/technical_documentation.html @ 62

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1	<!DOCTYPE html PUBLIC "-//w3c//dtd html 4.0 transitional//en">
2	<html><head>
3	<meta content="text/html; charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type"> <meta content="Mozilla/4.73 [en] (X11; U; HP-UX B.10.20 9000/782) [Netscape]" name="GENERATOR"> <meta content="Siegfried Raasch" name="Author"> <meta content="parallel LES model" name="Keywords"><title>PALM technical/numerical
4	documentation</title></head>
5	<body><font size="+4">PALM
6	</font>a
7	<b>pa</b>rallelized
8	<b>L</b>ES <b>m</b>odel
9	<br><hr width="100%">
10	<br><font size="+2">technical/numerical documentation</font>
11	<br>
12	<br>
13	<br><table nosave="" cellpadding="0" cellspacing="0"> <caption>  <br> </caption><tbody>
14	</tbody><tbody> </tbody> <tbody> <tr nosave=""> <td nosave=""><b>Current
15	model version:</b></td> <td><span style="font-weight: bold;">3.1c</span></td> </tr>
16	<tr nosave=""> <td nosave=""><b>Last
17	change of this document</b>: </td> <td nosave=""><b>$Id: technical_documentation.html 62 2007-03-13 02:52:40Z raasch $</b></td> </tr>
18	</tbody>
19	</table><hr width="100%">
20	<p><font size="+2">Table of contents</font>
21	<br>
22	<br>
23	</p><ul> <a href="#Kapitel1.0">1.0</a>
24	History of changes <p><a href="#Kapitel2.0">2.0</a>
25	How to change the model source
26	code </p> <p><a href="#Kapitel3.0">3.0</a>
27	Description of selected parts
28	of
29	the model source code <br>
30	</p>
31	</ul><b>Please note: Parts of this document are still in
32	German. We
33	apologize
34	for any inconvenience.</b>
35	<br>
36	<h2><a name="Kapitel1.0"></a>1.0
37	History of changes</h2>
38	The following table documents all changes to the model since July, 7th
39	1998. Entries in the fourth column specify the type of the change:
40	change
41	of existing code (C), new code (N) or bugfix (B). More detailed
42	information
43	about the changes may be found in the header comment lines of the
44	respective
45	routines.
46	<br>
47	<br><table nosave="" style="width: 100%;" border="1"> <caption>  <br> </caption><tbody>
48	</tbody><tbody> </tbody> <tbody> <tr> <td><b>date</b></td>
49	<td><b>author</b></td> <td><b>model</b>
50	<br> <b>version</b></td> <td><b>type</b></td>
51	<td><b>description</b></td> <td><b>affected
52	routines</b></td> </tr> <tr nosave="" valign="top"> <td>06/07/98</td> <td>SR</td>
53	<td>1.0</td> <td>C</td> <td nosave="">Änderung
54	von Default-Werten
55	(initializing_actions, end_time,
56	fcl_factor, use_prior_plot1d_parameters), zusätzliche
57	Überprüfung
58	von Parametern auf Zulässigkeit (prandtl_layer, psolver, nx,
59	ny,
60	nz,
61	fcl_factor), Höhe der Schnittebenen der Horizontalschnitte
62	wird
63	auf
64	Plots exakt ausgegeben (uv- bzw. w-Gitter).</td> <td>modules,
65	check_parameters, plot_2d</td> </tr> <tr nosave="" valign="top"> <td>"</td> <td>SR</td>
66	<td>1.0</td> <td>N</td> <td>Neues Modul
67	test_variables wird in (fast) allen
68	Programmteilen benutzt
69	(USE). <b>Wichtig</b>: dieses Modul steht in der Datei <tt>module_test.f90.
70	D</tt>iese Datei muß in der mrun- und add_library -
71	Konfigurationsdatei
72	bei der Variablen <tt>module_files</tt>
73	aufgeführt werden.</td> <td nosave="">(fast)
74	alle  <br>
75	Neu: module_test</td> </tr> <tr nosave="" valign="top"> <td>16/07/98</td> <td>SR</td>
76	<td>1.0</td> <td>N</td> <td nosave="">Anpassung
77	an die T3E-Rechner in Juelich (cpp -
78	Direktiven)</td> <td>advec_s_bc, check_open,
79	check_parameters, cpu_zeitmessung,
80	init_pegrid,
81	local_getenv, local_system, local_tremain, local_tremain_ini, poisfft</td>
82	</tr> <tr nosave="" valign="top"> <td>24/07/98</td>
83	<td>MS</td> <td>1.0</td> <td>C</td>
84	<td nosave="">Anpassung des Druckloesealgorithmusses an
85	Vorgehensweise von
86	Schmidt, Schumann und Volkert (DFVLR-Mitteilung 84-15, S.
87	20-26) </td> <td>poisfft</td> </tr> <tr nosave="" valign="top"> <td>27/07/98</td>
88	<td>MS</td> <td>1.0</td> <td>C</td>
89	<td nosave="">Berechnung von l in maketri geschieht nun
90	ausserhalb der k-Schleife,
91	da unabhaengig von k, dadurch Rechenzeitersparnis </td> <td>poisfft</td>
92	</tr> <tr nosave="" valign="top"> <td>05/08/98</td>
93	<td>SR</td> <td>1.0</td> <td>C</td>
94	<td>Entfernung der Sonderbehandlung der Advektionsterme
95	(Piascek-Williams)
96	bei k=1. Terme werden nun überall gleich berechnet. Evtl.
97	leichte
98	Erhöhung der Varianzen in Oberflächennähe.</td>
99	<td nosave="">advec_u_pw, advec_v_pw, advec_w_pw</td>
100	</tr> <tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">"</td> <td>SR</td> <td>1.0</td>
101	<td>C</td> <td>Mischungsweganpassung (s.
102	adjust_mixing_length) erfolgt nur
103	noch bei
104	k=1. Unrealistische sekundäre Maxima in den Km-Profilen
105	oberhalb
106	der
107	Prandtl-Schicht werden damit vermieden. Leichte Änderungen in
108	den
109	oberflächennahen Turbulenzgrößen sind die
110	Folge.</td> <td>diffusivities</td> </tr> <tr nosave="" valign="top"> <td>"</td> <td>SR</td>
111	<td>1.0</td> <td>B</td> <td>Falsche
112	Berechnung der benötigten CPU-Zeit pro Sekunde
113	simulierter
114	Zeit bei Fortsetzungsläufen korrigiert.  <p>Berechnung
115	von cross_uxmin(1) und cross_uxmax(1) aus den
116	Werten von
117	ug und vg entfernt. Lieferte falsche Wertebereiche für Plots
118	von
119	Vertikalprofilen,
120	wenn im ersten Koordinatenkreuz nicht die Windgeschwindigkeiten
121	gezeichnet
122	wurden.</p> </td> <td nosave="">header,
123	check_parameters</td> </tr> <tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">"</td> <td>SR</td>
124	<td>1.0</td> <td>N</td> <td>Das
125	erlaubte Maximum und Minimum der Rif-Zahl ist nun mittels
126	der Initialparameter
127	rif_max und rif_min einstellbar (Werte waren bisher fest auf -2.0, +1.0
128	eingestellt).</td> <td>check_parameters, header,
129	init_1d_model, modules, parin,
130	prandtl_fluxes,
131	read_var_list, write_var_list</td> </tr> <tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">23/09/98</td>
132	<td>SR</td> <td>1.0</td> <td>B</td>
133	<td>Initialisierung von Feldern im Fall von initializing_action =
134	"<i>set_constant_profiles</i>"
135	und "<i>set_1d-model_profiles</i>" korrigiert.  <p>2D-Plotausgabe
136	von u* und theta* korrigiert. Hier wurden
137	bisher falsche
138	Felder herausgeschrieben.  </p> <p>Bei
139	SOR-Aufrufen war bisher dp nicht initialisiert.
140	Entsprechend geändert.</p> </td> <td>init_3d_model,
141	plot_2d, pres</td> </tr> <tr nosave="" valign="top"> <td>"</td> <td>SR</td>
142	<td>1.0</td> <td>C</td> <td nosave="">Ausgabeformate
143	für Statistik-Ausgaben auf
144	Datei RUN_CONTROL
145	um einige Kommastellen erweitert.  <p>Lieferung von
146	ausführlicheren Informationen bei
147	Programmabbruch
148	durch Unterschreitung des minimal erlaubten Zeitschritts.</p> </td>
149	<td>run_control, timestep</td> </tr> <tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">"</td>
150	<td>SR</td> <td>1.0</td> <td>N</td>
151	<td>Rechnungen mit geneigter Ebene zur Simulation von
152	Kaltluftabflüssen
153	sind erlaubt. Gestartet und gesteuert werden sie mit dem
154	Intialisierungsparameter <tt>alpha_surface</tt>.
155	Realisiert wird die geneigte Ebene durch entsprechende
156	Schrägstellung
157	des Schwerkraftvektors. Dadurch erhält auch die u-Komponente
158	der
159	Windgeschwindigkeit
160	einen Anteil der Auftriebskraft.  <p>Diese
161	Implementierung ist noch nicht abgeschlossen. Die
162	Simulation von
163	Kaltluftabflüssen erfordert bisher noch Eingriffe "von Hand".</p>
164	</td> <td>buoyancy, check_parameters, header, leap_frog,
165	modules,
166	parin, prandtl_fluxes,
167	read_var_list, write_var_list</td> </tr> <tr nosave="" valign="top"> <td>15/12/98</td> <td>SR</td>
168	<td>1.0</td> <td>N</td> <td>Vereinbarung
169	einer Cache-Layer zur schnelleren binären
170	I/O auf
171	T3E-Rechnern.  <p>Ermittelung wahrer I/O-Zeiten
172	für binäre
173	Ein-/Ausgabe auf
174	T3E-Rechnern mit TIMEF.</p> </td> <td nosave="">check_open,
175	<br>cpu_zeitmessung, init_3d_model, write_3d_model</td> </tr>
176	<tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">"</td>
177	<td>SR</td> <td>1.0</td> <td>B</td>
178	<td>Bekanntgabe von run_description_header an alle
179	PE's.  <p>Diese Programmänderung erfordert auf
180	T3E-Rechnern
181	zwingend den
182	Einsatz der MPI-Version mpt.1.2.0.1. In dieser neuen Version tritt auch
183	der alte Fehler in MPI_ALLREDUCE nicht mehr auf, so daß ab
184	jetzt
185	mpt.1.1.0.1 nicht mehr verwendet werden muß.</p> </td>
186	<td>parles</td> </tr> <tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">05/02/99</td>
187	<td>SR</td> <td>1.1</td> <td>C/N</td>
188	<td>Implementierung des Upstream-Spline- Verfahrens zur Advektion
189	von Impuls
190	und skalaren Größen (neue UP's, s. rechts).
191	Berechnung von
192	Variablen
193	für spezielle Advektionsverfahren in eigenständiges
194	UP
195	ausgelagert
196	(<tt>init_advec</tt> + eigenes Modul <tt>advection</tt>).
197	Reines
198	Euler-/Upstream-Verfahren
199	kann gerechnet werden.  <p>Schnelle binäre I/O
200	(s. 15/12/98) wieder abgeschaltet, da
201	Dateien
202	nicht wieder einlesbar sind. Druckstörung (p) wird zu Beginn
203	auf 0
204	gesetzt, damit sie keine Tendenzen im ersten Zeitschritt hervorruft.</p>
205	</td> <td>advec_s_bc, check_open, check_parameters,
206	flow_statistics,
207	header,
208	init_3d_model, init_grid, leap_frog, modules, parin, plot_2d, plot_ts,
209	read_var_list, timestep, write_3d_binary, write_var_list  <p><b>Neu:</b>
210	<br>
211	advec_s_ups, advec_u_ups, advec_v_ups, advec_w_ups, init_advec,
212	long_filter,
213	spline_x, spline_y, spline_z</p> </td> </tr> <tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">24/02/99</td>
214	<td>SR</td> <td>1.1a</td> <td>C/N</td>
215	<td>Kleinere Ergänzungen / Änderungen
216	für Upstream
217	- Spline,  <br>
218	Diverse Verbesserungen bei Berechnung der Diffusionskoeffizienten
219	(exaktere
220	Formulierung von Scherungen, Dissipation gemaess Original - Deardorff -
221	Ansatz, Mischungswegreduktion nur, wenn Schichtung sowohl oberhalb als
222	auch unterhalb des entsprechenden Gitterpunktes stabil ist),
223	Wertebegrenzung
224	bei Spline - Berechnung zur Verhinderung von "Überschwingern"</td>
225	<td>check_parameters, diffusion_e, diffusion_pt, diffusivities,
226	header,
227	init_advec, long_filter, modules, production_e, spline_x, spline_y,
228	spline_z</td> </tr> <tr nosave="" valign="top">
229	<td>"</td> <td nosave="">SR</td> <td>1.1a</td>
230	<td>N/B</td> <td>Erweiterung des des Bott - Chlond -
231	Schemas auf Advektion der
232	TKE,
233	Korrektur der Dichteberechnung (war falsch bei Galilei-Transformation)</td>
234	<td>advec_s_bc, leap_frog</td> </tr> <tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">01/03/99</td>
235	<td>MS</td> <td>1.1b</td> <td>N</td>
236	<td>Kleinere Ergänzungen für Upstream -
237	Spline:  <ul> <li>Gradientenkontrolle
238	für den nicht-parallelen Teil</li> <li>statistische
239	Auswertung über den prozentualen Anteil
240	des
241	Upstream-Verfahrens
242	an der Gesamtadvektion fuer nicht-parallelen Teil</li> </ul>
243	</td> <td>modules, spline_x, spline_y, spline_z</td>
244	</tr> <tr nosave="" valign="top"> <td>"</td>
245	<td>SR</td> <td>1.1b</td> <td>N</td>
246	<td>Datenkompression für 3D-Plotausgaben</td> <td nosave="">check_open, check_parameters, close_files, header,
247	modules,
248	parin, plot_3d  <p><b>Neu:</b> <br>
249	write_compressed</p> </td> </tr> <tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">03/03/99</td>
250	<td>SR</td> <td>1.1c</td> <td>B/C</td>
251	<td>Schnelle binäre I/O auf T3E-Rechnern funktioniert
252	jetzt.
253	Beim
254	binären Einlesen dürfen Records nicht mit dem Trick "<tt>READ
255	(..) idum</tt>" überlesen werden. Zeitmessungen auf T3E
256	erfolgen
257	jetzt
258	grundsätzlich mit <tt>TIMEF.</tt></td> <td>check_open,
259	cpu_zeitmessung, init_3d_model, modules,
260	write_3d_binary</td> </tr> <tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">25/03/99</td>
261	<td>SR</td> <td>1.1d</td> <td>N</td>
262	<td>Einbau einer Rayleigh-Dämpfungsschicht sowie
263	flexiblere
264	Wahl der
265	numerischen Begrenzer für das Upstream - Spline - Verfahren.</td>
266	<td>check_parameters, header, init_3d_model, leap_frog, modules,
267	parin,
268	read_var_list, spline_x, spline_y, spline_z, write_var_list</td> </tr>
269	<tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">"</td>
270	<td>SR</td> <td>1.1d</td> <td>B</td>
271	<td>Korrektur des Zeitschrittkriteriums bei z=zp im 1D-Modell</td>
272	<td>init_1d_model</td> </tr> <tr nosave="" valign="top"> <td>25/11/99</td> <td>SR</td>
273	<td>1.1e</td> <td>N</td> <td nosave="">Partikelplots
274	mit vtk-Graphiksoftware sind auf t3eh
275	möglich.
276	Ausgabe erfolgt im dvr-Format. Bisher noch nicht nutzbar, da noch
277	Einstellmöglichkeiten
278	für die Partikelquelle(n) fehlen. <b>Wichtig:</b>
279	Die Benutzung
280	der
281	vtk-Software erfordert die zusätzliche mrun-Option <tt>-g</tt>.
282	Das
283	Hauptprogramm <tt>parles</tt> wird in diesem Fall zum
284	Unterprogramm
285	und
286	von einem c++-Programm aus aufgerufen.</td> <td>header,
287	init_3d_model, init_pegrid, leap_frog, modules,
288	parin, parles,
289	read_var_list, write_var_list  <p><b>Neu:</b>
290	<br>
291	advec_particles, init_particles, plot_particles</p> </td> </tr>
292	<tr nosave="" valign="top"> <td>"</td>
293	<td>SR</td> <td>1.1e</td> <td nosave="">B/C</td>
294	<td>TIMEF-Zeitmessungen von Subroutine- auf Function-Aufruf
295	umgestellt.
296	Laufindexkorrektur in <tt>spline_y</tt>. Fehler trat bei
297	nx /= ny auf.</td> <td>cpu_zeitmessung, spline_y</td>
298	</tr> <tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">28/12/99</td> <td>SR</td> <td>1.1f</td>
299	<td>N</td> <td>Plot von Isooberflächen mit
300	vtk-Graphiksoftware sind auf
301	t3eh
302	möglich. Ausgabe erfolgt im dvr-Format. Bisher noch nicht
303	allgemein
304	nutzbar, da noch diverse manuelle Eingriffe nötig sind.</td>
305	<td>header, leap_frog, modules, parin, plot_particles,
306	read_var_list, write_var_list  <p><b>Neu:</b>
307	<br>
308	plot_isosurface</p> </td> </tr> <tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">10/01/00</td>
309	<td>SR</td> <td>1.2</td> <td>C</td>
310	<td>Randbedingungen für w (=0) werden explizit gesetzt,
311	und
312	zwar nicht
313	nur bei  <tt>k = nzb, nzt+1</tt> sondern auch
314	bei  <tt>k =
315	nzt</tt>,
316	wo bislang der vom vorigen Zeitschritt durch den Drucklöser
317	ermittelte
318	Wert stand. Auch jetzt wird der Wert bei k = nzt anschließend
319	durch
320	den Drucklöser modifiziert. Soweit bis jetzt abzusehen, hat
321	diese
322	Änderung nur minimale Auswirkungen auf den Prognoseverlauf.
323	Evtl.
324	gibt es stärkere Auswirkungen bei exzessivem Auftreten von
325	Schwerewellen
326	am oberen Rand (die dort aber eigentlich sowieso nicht
327	hingehören).  <br>
328	Variablenübergabe an <tt>boundary_conds</tt>
329	erfolgt  <br>
330	über Modul und nicht mehr per Parameterliste.  <p>Bei
331	Galilei-Transformation wird jetzt defaultmäßig
332	der geostrophische
333	Wind als Translationsgeschwindigkeit verwendet (neuer
334	Initialisierungsparameter <tt>use_ug_for_galilei_tr</tt>).
335	Dadurch wird das verstärkte Auftreten von Schwerewellen bei
336	höheren
337	geostrophischen Windgeschwindigkeiten unterdrückt.  </p>
338	<p>3D-Feldvariablen (u, v, w, pt, e, km, kh) sowie einige
339	2D-Variablen
340	(usws, vsws, rif, shf) sind nun als Pointer deklariert, denen nach
341	jedem
342	Zeitschritt neue Targets zugeordnet werden (für die
343	benötigten
344	3 Zeitebenen existieren die Targets ..._1 (z.B. u_1), ..._2, ..._3).
345	Durch
346	die jeweilige Neuzuordnung der Targets entfällt das
347	Umspeichern
348	der
349	Zeitebenen komplett (Zeitersparung: ca. 5% der
350	Gesamtrechenzeit).  <br>
351	Die Umordnung der Zeitebenen wurde ins neue UP <tt>swap_timelevel</tt>
352	ausgelagert.  <br> <b>Wichtig:</b> Die
353	Übersetzungszeiten haben durch die
354	Einführung
355	der Pointer t.w. sehr deutlich zugenommen (<tt>leap_frog</tt>
356	benötigt
357	jetzt z.B. ca. 60 Sekunden). Außerdem benötigt der
358	Compiler
359	jetzt wesentlich mehr Speicher. Der "memory"-Parameter in den
360	Konfigurationsdateien
361	(.mrun.config, .al.config) muss nun mindestens den Wert 60 (MB) (t3eh,
362	t3ej2) bzw. 45 (t3eb) und 96 (vpp) haben.  <br> <b>Achtung:</b>
363	bislang wurde diese Änderung nur für
364	das
365	reine Leapfrog-Verfahren getestet!  </p> <p>Neue
366	Laderoption "<tt>-D preset=nan</tt>" empfohlen (s.
367	Beispiel-Konfigurationsdatei).
368	Ebenso empfehlenswert für Debug-Läufe: Compileroption
369	"<tt>-ei</tt>".
370	Diese bewirkt einen Programmabbruch, falls mit nicht initialisierten
371	Variablen
372	gearbeitet wird (ist aber zeitaufwendig in der Ausführung!).</p>
373	</td> <td>boundary_conds, check_parameters, header,
374	init_3d_model,
375	leap_frog,
376	modules, parin, read_var_list, timestep, write_var_list  <p><b>Neu:</b>
377	<br>
378	swap_timelevel</p> </td> </tr> <tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">10/01/00</td>
379	<td>SR</td> <td>1.2</td> <td>B</td>
380	<td>Der Asselin-Filter wird vor Umordnung der Zeitebenen
381	aufgerufen. Dies
382	geschah bisher fälschlicherweise erst danach, sodass der
383	Zeitfilter
384	asymmetrisch arbeitete.  <br> <b>Achtung:</b>
385	diese Änderung hat Auswirkungen auf den
386	Prognoseverlauf.
387	Die Testergebnis-Datei wurde entsprechend geändert.</td>
388	<td>leap_frog</td> </tr> <tr nosave="">
389	<td nosave="" valign="top">14/02/00</td> <td nosave="" valign="top">MS</td> <td nosave="" valign="top">1.2</td> <td nosave="" valign="top">B/C</td> <td><b>1D-Modell:</b>
390	<br>
391	Der Asselin-Filter im 1D-Modell wird nun auch vor der Umordnung der
392	Zeitebenen aufgerufen (s.o.).  <p><b>3D-Modell:</b>
393	<br>
394	TKE wurde bisher bei <tt>scalar_advec=bc-scheme</tt> einer
395	zeitlichen
396	Filterung unterzogen. Dies wird nun unterbunden.  </p> <p>Die
397	Divergenz der Impulsflüsse an der Prandtl - Schicht -
398	Obergrenze
399	wird nun über eine ganze Gitterweite gebildet. Die bisherige
400	Methode
401	lieferte im Vergleich mit Ergebnissen anderer LES-Modelle  zu
402	große
403	Impulsflüsse.  </p> <p>Bei der
404	Berechnung der Diffusion der Temperatur werden die
405	Diffusionskoeffizienten
406	nun wieder durch Mittelung für die entsprechenden
407	Gitterpunkte
408	bereitgestllt. Das Maximumkriterium, das im Zuge der Implementierung
409	des
410	Upstream-Spline Advektionsverfahrens eingebaut wurde, bewirkte ein zu
411	rasches
412	Anwachsen der Grenzschicht mit der Zeit.  </p> <p><b>Achtung:</b>
413	diese Änderungen haben Auswirkungen auf
414	den Prognoseverlauf.
415	Die Testergebnis-Datei wurde entsprechend geändert.</p> </td>
416	<td nosave="" valign="top">init_1d_model,
417	asselin_filter,
418	diffusion_u, diffusion_v,  <br>
419	diffusion_pt</td> </tr> <tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">17/02/00</td>
420	<td>MS</td> <td>2.0</td> <td>N</td>
421	<td><b>Allgemeine Beschreibung der Änderungen:</b>
422	<br>
423	vollständige Implementierung des wolkenphysikalischen
424	Moduls  <p>Zur Implementierung der Wolkenphysik waren
425	umfangreiche
426	Änderungen
427	in zahlreichen Programmteilen notwendig (Beschreibung <a href="#Cloud_physics">siehe
428	unten</a> ). Im einzelnen wurden folgende Unprogramme
429	geändert:  <br> <b>modules</b>:
430	<br>1) Bereitstellung neuer 3D-, 2D- und 1D-Felder für
431	die Prognose
432	des Gesamtwassergehaltes  <br>
433	2) "cloud_parameters" als neues Modul mit wolkenphysikalischen
434	Variablen  <br> <b>parin: </b>Initialisierungsparameterliste
435	wurde erweitert
436	(s.u.)  <br> <font color="#000000"><b>read_var_list,
437	write_var_list,
438	write_3d_binary: </b>In/Output
439	der neuen Initialisierungsparamter und Felder für
440	Fortsetzungsläufe </font> <br> <font color="#000000"><b>check_parameters:</b>
441	Initialisierung
442	des
443	Feuchteprofils und Ausgabe von neuen Vertikalprofilen: </font>
444	<br> <font color="#ff0000">vpt</font><font color="#000000">: virtuelle
445	poteniellen
446	Temperatur,</font> <br> <font color="#ff0000">lpt</font><font color="#000000">:
447	potentielle
448	Flüssigwassertemperatur,</font> <br> <font color="#ff0000">q</font><font color="#000000">:
449	Gesamtwassergehalt,</font> <br> <font color="#ff0000">qv</font><font color="#000000">:
450	spezifische
451	Feuchte,</font> <br> <font color="#ff0000">ql</font><font color="#000000">:
452	Flüssigwassergehalt,</font> <br> <font color="#ff0000">w"vpt", wvpt, wvpt</font><font color="#000000">:
453	Auftriebsfluss (subskalig, aufgelöst, gesamt),</font> <br>
454	<font color="#ff0000">w"q", wq, wq</font><font color="#000000">:
455	Wasserfluss (subs., aufg., ges.),</font> <br> <font color="#ff0000">w"qv", wqv, wqv</font><font color="#000000">:
456	Feuchtefluss (subs, aufg., ges.)</font> <br> <b>init_3d_model</b>:
457	Initialisierung aller
458	Feuchte/Wasserfelder  <br> <b>init_1d_model</b>:
459	Anpassung an Rechnungen mit Feuchte  <br> <b>header</b>:
460	Headerausgaben für Feuchtebehandlung und
461	Wolkenphysik
462	eingefügt, außerdem Formatnummern erweitert um Platz
463	für
464	weitere Ausgaben zu schaffen  <br> <b>leap_frog:</b>
465	<br>
466	1) alle prognostischen Gleichungen wurden in prognostic_equations
467	ausgelagert  <br>
468	2) Aufrufe der neuen Unterprogramme (UP) compute_vpt,
469	calc_liquid_water_content  <br>
470	3) veraenderter Aufruf von diffusivities  <br> <b><tt>b</tt>oundary_conds,
471	asselin_filter, swap_timelevel,
472	flow_statistics: </b>Anpassung
473	an Feuchtebehandlung  <br> <b>plot2d, plot3d</b>:
474	Ausgabemöglichkeiten von q und ql <br> <b>buoyancy</b>:
475	Anpassung des Autriebstermes an
476	Feuchtebehandlung
477	durch neue Übergabeparameter: Temperatur + Nummer des
478	entsprechenden
479	mittleren Temperaturprofils  <br> <b>diffusion_e</b>:
480	Anpassung der Mischungswegberechnung an
481	Feuchtebehandlung
482	durch Variation der Übergabeparameter  <br> <b>production_e</b>:
483	TKE-Produktion durch Auftriebskräfte an
484	Feuchtebehandlung
485	angepasst  <br> <b>diffusivities</b>:
486	siehe diffusion_e  <br> <b>prandtl-fluxes</b>:
487	Prandtl-Schicht fuer den
488	Gesamtwassergehalt
489	eingefügt  </p> <p>Zusätzlich
490	wurden folgende Unterprogramme NEU
491	eingeführt:  <br> <b>inti_cloud_physics</b>:
492	Initialisierung wolkenphysikalischer
493	Parameter  <br> <b>prognostic_equations</b>:
494	Auslagerung der prognostischen
495	Gleichungen
496	aus leap_frog, zusätzliche porgnostische Gleichung
497	für den
498	Gesamtwassergehalt  <br> <b>diffusion_s</b>:
499	Berechnung der Diffusion skalarer
500	Größen
501	(Temperatur und Gesamtwassergehalt), ersetzt diffusion_pt  <br>
502	<b>calc_liquid_water_content</b>: Berechnung des
503	Flüssigwassergehalts  <br> <b>calc_radiation</b>:
504	Parametrisierung langwelliger
505	Strahlungsprozesse
506	über des Schema der effektiven Emissivität  <br>
507	<b>calc_precipitation</b>:Parametrisierung von
508	Niederschlagsprozessen
509	mit Hilfe eines vereinfachten Kesslerschemas  <br> <b>impact_of_latent_heat</b>:
510	Berücksichtigung der durch
511	Niederschlagsprozesse
512	zurückbleibenden latenten Waerme innerhalb eines
513	Gittervolumens  <br> <b>compute_vpt</b>:
514	Berechnung der virtuellen potentiellen
515	Temperatur  </p> <p><b>Liste der neuen
516	Initialisierungsparameter:</b> <br> <table nosave="" border="1"> <caption>  <br> </caption><tbody>
517	</tbody><tbody> </tbody> <tbody> <tr nosave=""> <td nosave=""><b>Parameter</b></td>
518	<td nosave=""><b>Typ</b></td> <td nosave="" width="4%"><b>Default</b></td>
519	<td nosave=""><b>Beschreibung</b></td> </tr>
520	<tr nosave=""> <td nosave=""><tt>moisture</tt></td>
521	<td>L</td> <td>FALSE</td> <td>Ab-/Zuschalten
522	des Gesamtwassergerhaltes als neue
523	progn. Variable</td> </tr> <tr> <td><tt>cloud_physics</tt></td>
524	<td>L</td> <td>FALSE</td> <td>Ab-/Zuschalten
525	des Kondensationsschemas</td> </tr> <tr nosave="">
526	<td><tt>radiation</tt></td> <td>L</td>
527	<td nosave="">FALSE</td> <td>Ab-/Zuschalten
528	des Strahlungsschemas</td> </tr> <tr> <td><tt>precipitation</tt></td>
529	<td>L</td> <td>FALSE</td> <td>Ab-/Zuschalten
530	der Niderschlagsparametrisierung</td> </tr> <tr> <td><tt>bc_q_b</tt></td>
531	<td>C</td> <td>'dirichlet'</td> <td>untere
532	Randbedingung für q (siehe auch bc_pt_b)</td> </tr>
533	<tr> <td><tt>bc_q_t</tt></td> <td>C</td>
534	<td>'neumann'</td> <td>obere RB für q
535	(siehe auch bc_pt_t)</td> </tr> <tr> <td><tt>q_surface</tt></td>
536	<td>R</td> <td>0.0</td> <td>Feuchtewert
537	an der Erdoberfläche</td> </tr> <tr> <td><tt>q_surface_initial_change</tt></td>
538	<td>R</td> <td>0.0</td> <td>vgl.
539	pt_surface_initial_change</td> </tr> <tr> <td><tt>q_vertical_gradient</tt></td>
540	<td>R(10)</td> <td>0.0</td> <td>vgl.
541	pt_vertical_gradient</td> </tr> <tr nosave="">
542	<td nosave=""><tt>q_vertical_gradient_level</tt></td>
543	<td>R(10)</td> <td>10000.0</td> <td>vgl.
544	pt_vertical_gradient_level</td> </tr> <tr> <td><tt>surface_pressure</tt></td>
545	<td>R</td> <td>1013.25</td> <td>Luftdruck
546	an der Erdoberfläche</td> </tr> <tr> <td><tt>surface_waterflux</tt></td>
547	<td>R</td> <td>0.0</td> <td>oberflächennaher
548	Wasser/Feuchtefluss</td> </tr> </tbody> </table>
549	Fortsetzungsläufe mit Daten, die mit Modellversionen kleiner
550	2.0
551	erzeugt
552	wurden, sind aufgrund der erweiterten Initialisierungsparameterliste
553	INKOMPATIBEL
554	zu den Einleseroutinen der Version 2.0. Ein Update auf Version 2.0
555	sollte
556	deshalb nach Abschluss eines kompletten Modelllaufs erfolgen.
557	</p> <p><b>Achtung:</b> diese
558	Änderungen haben Auswirkungen auf
559	den Prognoseverlauf.
560	Die Testergebnis-Datei wurde entsprechend geändert.</p> </td>
561	<td nosave="" valign="top">modules, parin,
562	read_var_list,
563	check_parameters,
564	init_3d_model, init_1d_model, header, leap_frog. buoyancy, diffusion_e,
565	production_e, diffusivities, prandtl_fluxes, boundary_conds,
566	asselin_filter,
567	swap_timelevels, flow_statistics, plot_2d, plot_3d, write_var_list,
568	write_3d_binary  <p><b>Neu:</b> <br>
569	init_cloud_physics, prognostic_equations, diffusion_s,
570	calc_liquid_water_content,
571	calc_radiation, calc_precipitation, impact_of_latent_heat, comute_vpt</p>
572	</td> </tr> <tr nosave=""> <td nosave="" valign="top">18/02/00</td> <td nosave="" valign="top">MS</td> <td nosave="" valign="top">2.0</td> <td nosave="" valign="top">B/N</td> <td>Im Zuge der
573	Umstellung auf Modellversion 2.0  wurden
574	noch kleine
575	Änderungen an den Unterprogrammen diffusion_e, production_e
576	und
577	diffusivities
578	vorgenommen. In allen genannten  <br>
579	Unterprogrammen wurde bisher ein strengeres Kriterium zur Bestimmung
580	der Schichtungsverhältnisse verwendet. Ein Modellvergleich
581	zeigte
582	jedoch, dass dadurch die Diffusion im Bereich der Inversion zu gross
583	wird.  <p>Eine weitere Ergänzung betrifft die
584	Advektionsverfahren:  <br>
585	Das Bott-Chlond Advektionsverfahren ist nun auch für
586	Rechnungen
587	mit Feuchte/Wolkenphysik verfügbar.  </p> <p><b>Achtung:</b>
588	diese Änderungen haben Auswirkungen auf
589	den Prognoseverlauf.
590	Die Testergebnis-Datei wurde entsprechend geändert.</p> </td>
591	<td nosave="" valign="top">diffusion_e,
592	production_e,
593	diffusivities, check_parameters</td> </tr> <tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">26/04/00</td>
594	<td>SR</td> <td>2.0a</td> <td>C</td>
595	<td>Vollständige Umstellung von vtk-Grafik-Software auf
596	dvrp-Software.
597	Grafik-Ausgaben im dvr-Format sind mittlerweile begrenzt nutzbar
598	(Isooberflächen
599	sind darstellbar, siehe neue Laufparameter  <tt>dt_dvrp,
600	threshold</tt>),
601	es wird aber in der Anwendung in naher Zukunft noch diverse
602	Änderungen
603	geben. Partikelausgabe vorerst nicht mehr möglich (Verlagerung
604	schon).</td> <td>header, init_particles, init_3d_model,
605	leap_frog, modules,
606	parin, parles,
607	read_var_list, write_var_list  <br> <b>Gestrichen:</b>
608	<br>
609	plot_isosurface, plot_particles  <p><b>Neu:</b>
610	<br>
611	init_dvrp, plot_dvrp</p> </td> </tr> <tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">26/04/00</td>
612	<td>SR</td> <td>2.0a</td> <td>C</td>
613	<td>Durch zusätzlichen zyklischen Rand im
614	Bott-Chlond-Schema
615	sehr
616	viele SENDRECV-Aufrufe eingespart.  <br>
617	Änderung des Namens einer eingelesenen Environment-Variablen
618	in <tt>check_open</tt>
619	von <tt>remote_addres</tt> nach <tt>return_addres</tt>.
620	<br>Prozessor-Topologie kann durch Benutzer vorgegeben werden.
621	Dazu neue
622	Initialisierungsparameter <tt>npex</tt> und <tt>npey</tt>.
623	Durch
624	Änderungen
625	am Header-Format wurde Testergebnis-Datei geändert.</td>
626	<td>advec_s_bc, check_open, header, init_pegrid, modules, parin,
627	read_var_list,
628	write_var_list</td> </tr> <tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">26/04/00</td>
629	<td>SR</td> <td>2.0a</td> <td>N</td>
630	<td>Rechnungen mit geneigter Oberfläche erlauben jetzt
631	die
632	Vorgabe
633	eines stabil geschichteten Temperaturprofils mit konstantem Gradienten.
634	Hinzuschalten von Feuchte funktioniert für Hangrechnungen noch
635	nicht.</td> <td>advec_s_bc, buoyancy, init_3d_model,
636	modules,
637	prognostic_equations  <p><b>Neu:</b> <br>
638	init_slope</p> </td> </tr> <tr nosave="" valign="top"> <td>13/06/00</td> <td>MS</td>
639	<td>2.0a</td> <td nosave="">B</td> <td>Es
640	werden nun auch die seitlichen Ränder für ql
641	gesetzt.
642	Ein Nichtsetzen der Randbedingungen führte zu Fehlern bei der
643	Ausgabe
644	von pt</td> <td nosave="">calc_liquid_water_content</td>
645	</tr> <tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">03/07/00</td> <td>SR</td> <td>2.0b</td>
646	<td>C</td> <td>Für eine Reihe von
647	Unterprogrammen, die innerhalb
648	von <tt>prognostic_equation</tt>
649	aufgerufen werden und an die Pointer-Variablen übergeben
650	werden,
651	sind
652	jetzt explizite Interfaces vereinbart (neues Modul <tt>pointer_interfaces</tt>).
653	Auch im Vereinbarungsteil der entsprechenden Unterprogramme sind diese
654	Übergabeparameter jetzt aus Konsistenzgründen (und
655	weil es
656	sonst
657	Laufzeitfehler gibt) als Pointer-Variablen deklariert. Mit dieser
658	Änderung
659	ist der große Speicher- und CPU-Zeit-Bedarf beim
660	Übersetzen
661	von prognostic_equations wieder auf ein erträgliches
662	Maß
663	reduziert.  <br>
664	Im Rahmen dieser Änderungen wurde auch an diffusion_e ein
665	Hilfsfeld
666	weniger übergeben.  <br>
667	Aus nicht vollständig gekärten Gründen haben
668	sich die
669	Zahlen in der Testergebnis-Datei minimal geändert (und zwar
670	die
671	Spalte
672	mit der Gesamtdivergenz nach Aufruf des Drucklösers).</td>
673	<td>advec_s_bc, buoyancy, diffusion_e, diffusion_s, diffusion_u,
674	diffusion_v,
675	diffusion_w, disturb_field, modules, production_e, prognostic_equations</td>
676	</tr> <tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">04/07/00</td> <td>SR</td> <td>2.0b</td>
677	<td>B</td> <td>Diriclet-Randbedingungen für
678	Temperatur und
679	Flüssigwassergehalt
680	werden gesetzt. Dies wäre bereits nach Einführung der
681	Pointer
682	zwingend notwendig gewesen. Rechnungen mit vorgegebener
683	Oberflächentemperatur
684	schlugen deshalb bislang fehl.</td> <td>boundary_conds</td>
685	</tr> <tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">07/09/00</td> <td>MS</td> <td>2.0b</td>
686	<td>B</td> <td>Die virtuelle potenielle Temperatur
687	wird nun auch für
688	k=nzb und
689	k=nzt+1 berechnet, um die Randwerte auch für Ausgabezwecke
690	bereichtzustellen. </td> <td>compute_vpt</td>
691	</tr> <tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">28/12/00</td> <td>SR</td> <td>2.1</td>
692	<td>C/N</td> <td>PALM erlaubt jetzt den Einsatz
693	optionaler Software-Pakete,
694	die zwar
695	zum Modell gehören, standardmäßig aber
696	nicht mit
697	übersetzt
698	werden, um so unter anderem Kompilationszeit einzusparen. Siehe neues
699	Kapitel
700	3.7 in der Modelldokumentation.  <p>Einsatz der
701	dvrp-Software wurde vollständig
702	überarbeitet.
703	Sie ist nun als Software-Paket optional im Modell einsetzbar. Siehe
704	überarbeitetes
705	Kapitel 4.5.6 in der Modelldokumentation.  </p> <p>Die
706	Prognose der Partikelverlagerung ist ebenfalls in ein
707	optionales
708	Software-Paket ausgelagert.</p> </td> <td>advec_particles,
709	header, init_3d_model, init_dvrp,
710	init_particles,
711	init_pegrid, modules, parin, parles, plot_dvrp, prognostic_equations,
712	read_var_list,
713	write_var_list  <p><b>Neu:</b> <br>
714	package_parin</p> </td> </tr> <tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">28/12/00</td>
715	<td>SR</td> <td>2.1</td> <td>B</td>
716	<td>MPI_FINALIZE ans Ende des Hauptprogramms geschoben (stand
717	vorher vor
718	cpu_auswertung, wo noch ein Barrier-Aufruf steht). comm2d war zu Beginn
719	undefiniert und wird nun erst einmal gleich MPI_COMM_WORLD gesetzt.</td>
720	<td>parles</td> </tr> <tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">02/01/01</td>
721	<td>SR</td> <td>2.1a</td> <td>C</td>
722	<td>Offene Dateien werden sobald möglich geschlossen.
723	Wiedereröffnung
724	bestimmter Dateien mit POSITION='APPEND' möglich. In diesem
725	Zusammenhang
726	wurde das Unterprogramm close_files in close_file umbenannt und hat nun
727	1 Argument.  <br>
728	Anpassung der Diffusionsparametrisierung im 1D-Modell an das 3D-Modell.</td>
729	<td>advec_particles, check_cpu_time, check_open, cpu_auswertung,
730	init_1d_model,
731	init_3d_model, init_particles, modules.f90, parin, parles, plot_2d,
732	write_3d_binary  <p><b>Neu:</b> <br>
733	close_file  </p> <p><b>Eliminiert:</b>
734	<br>
735	close_files</p> </td> </tr> <tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">02/01/01</td>
736	<td>SR</td> <td>2.1a</td> <td>B</td>
737	<td>Beseitigung kleiner Fehler.</td> <td>check_cpu_time,
738	diffusion_e, diffusivities, long_filter,
739	production_e</td> </tr> <tr nosave="" valign="top"> <td>05/01/01</td> <td>SR</td>
740	<td>2.1b</td> <td>N</td> <td nosave="">Neues
741	Software-Paket zur Berechnung von Spektren im
742	Ortsraum</td> <td>check_open, header, init_3d_model,
743	leap_frog, modules,
744	package_parin,
745	parles, read_var_list, write_3d_binary, write_var_list  <p><b>Neu:</b>
746	<br>
747	calc_spectra, plot_spectra</p> </td> </tr> <tr valign="top"> <td>25/01/01</td> <td>SR</td>
748	<td>2.1c</td> <td>C/N</td> <td>Drucklöser
749	kann jetzt die Singleton-FFT benutzen. Modul <tt>singleton</tt>
750	wurde deshalb von <tt>calc_spectra.f90</tt> nach <tt>modules.f90</tt>
751	geschoben
752	(neuer Initialisierungsparameter <tt>fft_method</tt>).
753	<br>Flüsse können jetzt bei k=1
754	unabhängig von der
755	Verwendung
756	einer Prandtl-Schicht vorgegeben werden (neuer
757	Initialisierungsparameter <tt>use_surface_fluxes</tt>).
758	<br>Modul <tt>test_variables</tt> wurde aus allen
759	Programmteilen entfernt.
760	Hauptprogramm wurde von parles nach <tt>palm</tt>
761	umbenannt.  <br>
762	Modell kann auf DEC-Workstations eingesetzt werden (-D <tt>dec</tt>).
763	<br>Zusätzliche Zeitmessungen mit dvrp-Software.
764	Schreiben von
765	Partikel-Informationen
766	ist optional (neuer Parameter <tt>write_particle_informations</tt>).</td>
767	<td>advec_particles, calc_spectra, check_parameters,
768	cpu_zeitmessung, diffusion_s,
769	header, init_3d_model, init_dvrp, init_particles, leap_frog, modules,
770	package_parin,
771	parin, poisfft, read_var_list, swap_timelevel, write_var_list
772	<p><b>Neu:</b> <br>
773	palm  </p> <p><b>Eliminiert:</b> <br>
774	parles, module_test</p> </td> </tr> <tr valign="top"> <td>25/01/01</td> <td>SR</td>
775	<td>2.1c</td> <td>B</td> <td>Fehler
776	beim öffnen von Unit 23 beseitigt. Modul <tt>interface</tt>
777	fehlte in disturb_field.  <br>
778	Wertebereich von theta* in Prandtl-Fluxes eingeschränkt, weil
779	sonst auf einigen Rechnern overflow droht, wenn u*=0.</td> <td>check_open,
780	disturb_field, prandtl_fluxes</td> </tr> <tr valign="top"> <td>30/01/01</td> <td>SR</td>
781	<td>2.1d</td> <td>N/C</td> <td>Prognose
782	eines passiven Skalars ist möglich (anstatt
783	Feuchte),
784	dazu neuer Initialisierungsparameter <tt>passive_scalar</tt>.
785	<p>Falls kein Pfad für ftpcopy existiert, werden in <tt>check_open</tt>
786	die Dateinamen für AVS-Koordinaten- und Datendatei auf
787	"unknown"
788	gesetzt.</p> </td> <td>asselin_filter,
789	boundary_conds, check_open, check_parameters,
790	flow_statistics,
791	header, init_1d_model, init_3d_model, modules, parin, plot_2d,
792	plot_dvrp,
793	prandtl_fluxes, prognostic_equations, read_var_list, swap_timelevel,
794	write_3d_binary,
795	write_var_list</td> </tr> <tr valign="top"> <td>30/01/01</td>
796	<td>SR</td> <td>2.1d</td> <td>B</td>
797	<td>String-Ausgabe für use_surface_fluxes korrigiert.
798	Version vom
799	25/01/01 brach deswegen bei Fortsetzungsläufen ab.  <br>
800	xy-Plotausgabe von q und ql korrigiert.</td> <td>plot_2d,
801	write_var_list</td> </tr> <tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">30/03/01</td>
802	<td>SR</td> <td>2.2</td> <td>N/C</td>
803	<td>Sämtliche 3D-Felder der Zeitebene t+dt wurden
804	entfernt.
805	Ebenso
806	die Arbeitsfelder work und work1. Hilfsfelder wurden soweit
807	möglich
808	eingespart und werden grundsätzlich lokal allokiert. Dadurch
809	konnten
810	eine Reihe von Übergabeparametern gestrichen werden (z.B. beim
811	Aufruf
812	von <tt>pres, advec_s_bc, poisfft, production_e, sor </tt>sowie
813	den
814	Spline-Unterprogrammen).
815	Der Long-Filter wurde in das Upstream-Spline-Verfahren integriert. Da
816	der
817	Zeitfilter jetzt direkt in der prognostischen Gleichung angewendet wird
818	(bisher geschah dies erst nach Aufruf des Drucklösers), haben
819	sich
820	die Zahlen in der Testergebnis-Datei geändert. Die mittleren
821	Profile
822	sind aber unbeeinflusst.  <p>Eine weitere kleinere
823	Änderung der Testergebnis-Daten
824	wird dadurch
825	verursacht, dass jetzt der Parameter <tt>adjust_mixing_length</tt>
826	defaultmäßig <tt>.FALSE.</tt>
827	ist und der Mischungsweg grundsätzlich zusätzlich
828	auf  <tt>0.7
829	* zu</tt>   begrenzt wird. Falls <tt>adjust_mixing_length=T</tt>,
830	wird jetzt der Mischungsweg in <tt>diffusivities</tt>
831	analog zu <tt>diffusion_e</tt>
832	an allen Gitterpunkten modifiziert. <b>Achtung: </b>Diese
833	Änderungen
834	können bei anderen Simulationen t.w. erhebliche Auswirkungen
835	auf
836	die
837	oberflächennahen Ergebnisse haben.  </p> <p><b>Kleinere
838	Änderungen:</b> In <tt>init_cloud_physics</tt>
839	wird
840	der Wert der Variablen <tt>surface_pressure</tt> in hPa
841	belassen
842	(bisher
843	Umwandlung in Pa).  <br>
844	Die Namelist-Namen der Software-Pakete sind  t.w.
845	geändert.  <br>
846	Unit 14 (binäre Ausgabe für
847	Fortsetzungsläufe) wird
848	jetzt im Hauptprogramm geschlossen, damit auf diese Datei noch
849	benutzergesteuerte
850	Ausgaben erfolgen können.  <br>
851	Laufparameter werden in keinem Fall mehr auf Unit 14 ausgegeben bzw.
852	von Unit 13 gelesen, d.h. sie gelten jetzt tatsächlich nur
853	für
854	den jeweils aktuellen Lauf.  <br>
855	Partikeladvektion funktioniert jetzt auch zusammen mit der
856	Galilei-Transformation.  </p> <p>Restliche
857	deutsche Variablen-, Unterprogramm- und Modulnamen
858	wurden
859	ins Englische übersetzt. Davon sind fast alle Programmteile
860	betroffen
861	(nicht in rechter Spalte aufgeführt).</p> </td> <td>advec_particles,
862	advec_s_bc, advec_s_ups, advec_u_ups,
863	advec_v_ups,
864	advec_w_ups, boundary_conds, calc_spectra, check_parameters,
865	diffusion_e,
866	init_3d_model, init_cloud_physics, init_pegrid, init_rankine,
867	leap_frog,
868	modules, package_parin, palm, parin, poisfft, pres, production_e,
869	prognostic_equations,
870	read_var_list, sor, swap_timelevel, transpose_*, write_3d_binary,
871	write_var_list  <p><b>Neu:</b> <br>
872	cpu_log, cpu_statistics  </p> <p><b>Eliminiert:</b>
873	<br>
874	asselin_filter, cpu_auswertung, cpu_zeitmessung, long_filter</p> </td>
875	</tr> <tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">12/07/01</td> <td>SR</td> <td>2.2a</td>
876	<td>N/C</td> <td>Defaultwert der unteren
877	Randbedingung für die TKE ist ab
878	sofort <tt>bc_e_b
879	= 'neumann'</tt>.  <br>
880	Partikelquelle ist über Paketparameter steuerbar.
881	Partikeleigenschaften
882	sind mittels benutzereigener Software steuerbar. Der dvrp-Ausgabeweg
883	ist
884	jetzt ebenfalls über Paketparameter steuerbar.  <br>
885	Allen Modulen (bis auf singleton) wurde eine SAVE-Anweisung
886	hinzugefügt,
887	damit die durch sie vereinbarten Variablen während der
888	Rechnung in
889	keinem Fall undefiniert werden können (diese Gefahr besteht
890	z.B.
891	auf
892	SGI-Origin-Maschinen).</td> <td>advec_particles, header,
893	init_dvrp, init_particles,
894	modules.f90, package_parin,
895	plot_dvrp, user_interface</td> </tr> <tr> <td>12/07/01</td>
896	<td>SR</td> <td>2.2a</td> <td>B</td>
897	<td>Verschiebung der OPEN-Anweisung für Unit 33
898	(AVS-FLD-Datei).</td> <td>check_open</td> </tr>
899	<tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">20/07/01</td>
900	<td>SR</td> <td>2.3</td> <td>N</td>
901	<td>Einbau des Mehrgitterverfahrens zur Lösung der
902	Poisson-Gleichung.</td> <td>check_parameters,
903	exchange_horiz, header, init_grid,
904	init_pegrid, modules,
905	parin, pres, run_control  <p><b>Neu:</b> <br>
906	poismg</p> </td> </tr> <tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">21/08/01</td>
907	<td>SR</td> <td>2.3a</td> <td>N/C</td>
908	<td>Ergänzung der dvrp-Software: Partikel
909	können mit
910	Schwänzen
911	versehen werden. Die Ausgabe der dvrp-Plotdaten durch einen separaten
912	PE
913	ist möglich (mrun-Option "<tt>-p dvrp_graphics+1PE</tt>").
914	Der
915	Kommunikator <tt>MPI_COMM_WORLD</tt>
916	wurde deshalb durch  <tt>comm_palm</tt>
917	ersetzt.  <p>Reduzierung des Mischungsweges im
918	Wandbereich kann wahlweise
919	abgeschaltet
920	werden. Für km und kh wird jetzt eine Neumann-Randbedingung am
921	unteren
922	Rand verwendet. Die TKE-Energieproduktionsberechnung durch Scherung des
923	Grundstroms am unteren Rand wurde verbessert.  </p> <p>Generelle
924	Verwendung der bodennahen vertikalen
925	Impulsflüsse in
926	den Diffusionstermen von u und v, immer wenn diese als Randbedingung
927	vorgegeben
928	sind (gemäß <tt>use_surface_fluxes</tt>,
929	- bisher wurde
930	dies
931	nur bei eingeschalteter Prandtl-Schicht gemacht). Schubspannungen
932	können
933	jetzt als Randbedingungen vorgegeben werden (allerdings unter
934	zuhilfenahme
935	benutzereigener Software).  </p> <p>Zusätzliche
936	Schnittstellen für benutzereigene
937	Software in
938	allen Tendenztermen, in <tt>flow_statistics,</tt> und
939	für
940	Partikel-
941	bzw. dvrp-Programmteile (Bestimmung von Partikeleigenschaften,
942	Festlegung
943	von Farbtabellen).  </p> <p><b>Achtung: </b>Diese
944	Änderungen können bei
945	Simulationen mit
946	mittlerem Wind durch die Änderungen im bereich des unteren
947	Randes
948	t.w. erhebliche Auswirkungen auf die oberflächennahen
949	Ergebnisse
950	haben.</p> </td> <td>advec_particles, diffusion_e,
951	diffusion_u, diffusion_v,
952	diffusivities,
953	flow_statistics, header, init_dvrp, init_particles, init_pegrid,
954	leap_frog,
955	modules, package_parin, palm, parin, plot_dvrp, production_e,
956	prognostic_equations,
957	read_var_list, swap_timelevel, user_interface, write_var_list</td>
958	</tr> <tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">21/08/01</td> <td>SR</td> <td>2.3a</td>
959	<td>B</td> <td>Falsche Positionierung von
960	MPI_ALLREDUCE in check_cpu_time
961	korrigiert.</td> <td>check_cpu_time</td> </tr>
962	<tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">04/09/01</td>
963	<td>SR</td> <td>2.3b</td> <td>N</td>
964	<td>Zusätzliche Profilausgaben für
965	Energieproduktionsterme möglich.
966	Stördruck wird bei der FFT-Methode nicht mehr durch
967	Aufsummieren
968	der
969	Werte zu den einzelnen Zeitschritten ermittelt.</td> <td>check_parameters,
970	flow_statistics, modules, pres</td> </tr> <tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">04/09/01</td>
971	<td>SR</td> <td>2.3b</td> <td>B</td>
972	<td>Austausch der Geisterränder für die
973	zeitgefilterten
974	Felder
975	direkt nach Durchführung der Filterung (war fehlerhaft seit
976	Entfernen
977	der Zeitebene t+dt (Version 2.2) und führte zu sehr kleinen
978	Störungen
979	an den seitlichen Rändern der Teilgebiete).  <p><b>Achtung:</b>
980	Der Inhalt der Testergebnis-Datei ändert
981	sich durch
982	diese Fehlerkorrektur.</p> </td> <td>prognostic_equations</td>
983	</tr> <tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">09/11/01</td> <td>SR</td> <td>2.3c</td>
984	<td>N</td> <td>Farbe entlang der
985	Partikelschwänze kann sich
986	ändern. Einschalten
987	der Partikeladvektion bei Fortsetzungsläufen möglich.</td>
988	<td>advec_particles, init_particles, modules, package_parin,
989	plot_dvrp</td> </tr> <tr nosave="" valign="top">
990	<td nosave="">16/04/02</td> <td>SR</td>
991	<td>2.3d</td> <td>N</td> <td>Vorgabe
992	von Randbedingungen für Partikeladvektion
993	möglich.
994	Partikeldaten können für spätere Analysen
995	auf Datei
996	geschrieben
997	werden (Unit 85). <tt>PARTICLE</tt>-Datentyp
998	enthält
999	Informationen
1000	über Partikelgeschwindigkeitskomponenten und
1001	Startposition.  <p>Skalartransport sowie entsprechende
1002	Datenausgaben können
1003	durch
1004	eigene Parameter gesteuert werden (nicht mehr über die
1005	Feuchteparameter).  </p> <p>Im Fall von
1006	pdims(1)=1 (eindimensionales virtuelles
1007	Prozessornetz in
1008	y-Richtung) werden die zyklischen Randbedingungen in x-Richtung durch
1009	direktes
1010	Umspeichern anstatt durch  <tt>sendrecv </tt>realisiert.
1011	Ebenso
1012	werden
1013	die Transponierungen xz, yz, zx  und zy eingespart (es wird
1014	aber
1015	weiter
1016	umsortiert).  </p> <p>Im Fall von
1017	3D-Plotausgaben Aufruf von ftpcopy-Script durch
1018	batch_scp-Script
1019	ersetzt (dient der Ermittelung von Dateizyklusnummern als Information
1020	für
1021	die AVS-fld-Datei).  </p> <p>Bei fehlerhafter
1022	Eröffnung einer CPU_MEASURES-Datei
1023	werden erneute
1024	Eröffnungsversuche durchgeführt.</p> </td>
1025	<td>advec_particles, check_open, check_parameters,
1026	exchange_horiz, flow_statistics,
1027	header, init_particles, modules, package_parin, parin, plot_2d,
1028	plot_3d,
1029	prognostic_equations, read_var_list, transpose_xz, transpose_yz,
1030	transpose_zx,
1031	transpose_zy, write_var_list</td> </tr> <tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">02/05/02</td>
1032	<td>SR</td> <td>2.3e</td> <td>B</td>
1033	<td>Wiedereinführung der 3D-Felder für die
1034	Zeitebene
1035	t+dt, die
1036	notwendig ist, damit in den Diffusionstermen bei Leapfrog-Zeitschritten
1037	mit der korrekten Zeitebene t-dt gearbeitet wird. Seit Version 2.2
1038	wurde
1039	fälschlicherweise die Zeitebene t+dt verwendet. Asselin-Filter
1040	ist
1041	jetzt wieder eigenständiges Unterprogramm. <br>
1042	Die Wiedereinführung dieser dritten Zeitebene ist auch
1043	Voraussetzung
1044	für die in der nächsten Version geplante skalare
1045	Optimierung.  <p>Fehler bei Berechnung von
1046	Ausgabezeitpunkten eliminiert (trat
1047	auf, wenn
1048	bei Fortsetzungsläufen von Ausgabeabständen 0.0 auf
1049	von Null
1050	verschiedene Werte gewechselt werden sollte).  </p> <p><b>Achtung:</b>
1051	Der Inhalt der Testergebnis-Datei ändert
1052	sich durch
1053	diese Fehlerkorrektur.</p> </td> <td>init_3d_model,
1054	leap_frog, modules, prognostic_equations,
1055	swap_timelevel  <p><b>Neu:</b> <br>
1056	asselin_filter</p> </td> </tr> <tr nosave="" valign="top"> <td>02/05/02</td> <td>SR</td>
1057	<td>2.3e</td> <td>N/C</td> <td>Kleinere
1058	Anpassungen an IBM-Regatta-Systeme in
1059	check_parameters, cpu_log.  <p>Modul singleton in
1060	eigenständige Datei
1061	überführt.  </p> <p>Global_min_max
1062	arbeitet mit REAL*4, um Komplikationen auf
1063	32-bit-Rechnern
1064	zu vermeiden (Datentyp MPI_2REAL müsste dort sonst auf
1065	MPI_2DOUBLE_PRECISION
1066	geändert werden). <br>
1067	Horizontale Geschwindigkeitskomponenten für Partikeladvektion
1068	werden exakt zwischen den jeweils benachbarten horizontalen
1069	Gitterflächen
1070	interpoliert.</p> </td> <td nosave="">advec_particles,
1071	check_parameters, cpu_log,
1072	global_min_max,
1073	modules  <p><b>Neu:</b> <br>
1074	singleton</p> </td> </tr> <tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">11/06/02</td>
1075	<td>SR</td> <td>2.4</td> <td>N/C</td>
1076	<td>Optimierung und Anpassungen für einzelne Knoten der
1077	IBM-Regatta-Systeme. <p><b>Skalare (Cache) Optimierung:</b>
1078	Tendenzterme werden
1079	innerhalb einer
1080	großen (i,j)-Schleife berechnet, die nun jeweils die gesamte
1081	prognostische
1082	Gleichung umfasst. Schleifenindices i und j werden an die
1083	Tendenzunterprogramme
1084	als Argumente übergeben. Die Tendenzunterprogramme sind als
1085	Module
1086	geschrieben, die mittels Technik der überladenen Funktionen
1087	auch
1088	ohne
1089	diese Indices i und j aufgerufen werden können, und dann wie
1090	in
1091	früheren
1092	Versionen funktionieren (d.h. in ihnen laufen die Schleifen
1093	über
1094	alle
1095	3 Dimensionen). Solche Teile der prognostischen Gleichungen, die
1096	globale
1097	Kommunikation beinhalten, sind vor die (i,j)-Schleife gezogen. Falls
1098	ausschließlich
1099	mit Piascek-Williams-Advektion gearbeitet wird, werden alle
1100	prognostischen
1101	Gleichungen in einer einzigen (i,j)-Schleife gerechnet. </p> <p><b>Kommunikationsoptimierung:</b>
1102	Zusätzliche
1103	Implementierung einer
1104	1D-Gebietszerlegung in x-Richtung. Mit dem neuen direkten
1105	Drucklöser
1106	(poisfft_hybrid) werden dadurch 4 von 6 notwendigen Transpositionen
1107	eingespart.
1108	Die 1D-Zerlegung wird automatisch bei Verwendung dieses neuen
1109	Lösers
1110	aktiviert. Austausch von Geisterrändern in y-Richtung wird bei
1111	dieser
1112	1D-Zerlegung durch einfache zyklische Randbedingungen ersetzt. </p>
1113	<p><b>Kleinere Anpassungen:</b> String-Vergleiche
1114	erfordern beim
1115	IBM-Compiler
1116	in der Regel den Einsatz der TRIM-Funktion, um
1117	überschüssige
1118	Blanks am Ende des Strings abzuschneiden (sonst liefert der Vergleich
1119	.F.). <br>
1120	Lokal allokierte Felder t.w. in sogenannte automatische Felder
1121	umgewandelt
1122	(günstiger, um Gefahr von eventuellen Speicherlecks zu
1123	vermeiden).
1124	Einige Feldoperationen wurden wegen schlechter Performance auf der IBM
1125	entfernt (s. pres). </p> <p><b>Achtung: </b>Die
1126	Übersetzung des Modells erfordert
1127	aufgrund
1128	der Vielzahl nunmehr eingesetzter Module die Verwendung des
1129	make-Mechanismus,
1130	um die korrekte Reihenfolge bei der Übersetzung der
1131	Programmteile
1132	zu gewährleisten. Die Beschreibung dieser
1133	Abhängigkeiten
1134	erfolgt
1135	in der Datei<tt> Makefile</tt>, die zusammen mit den
1136	Programmdateien
1137	abgelegt
1138	ist und ebenfalls unter RCS-Verwaltung steht. </p> <p>Im
1139	User-Interface ist das Unterprogramm<tt> user_actions </tt>nun
1140	ebenfalls
1141	als Modul geschrieben und bedient sich der Methode der
1142	überladenen
1143	Funktionen. Existierende benutzereigene Software muss entsprechend
1144	angepasst
1145	werden.</p> </td> <td>advec_s_pw, advec_s_up,
1146	advec_u_pw, advec_u_up, advec_v_pw,
1147	advec_v_up,
1148	advec_w_pw, advec_w_up, buoyancy, calc_precipitation, calc_radiation,
1149	calc_spectra,
1150	check_parameters, coriolis, diffusion_e, diffusion_s, diffusion_u,
1151	diffusion_v,
1152	diffusion_w, diffusivities, exchange_horiz, exchange_horiz_2d,
1153	global_min_max,
1154	header, impact_of_latent_heat, init_pegrid, leap_frog, modules,
1155	plot_2d,
1156	plot_3d, plot_spectra, poisfft, pres, production_e,
1157	prognostic_equations,
1158	user_interface, <p><b>Neu:</b> <br>
1159	fft_for_1d_decomp, Makefile, poisfft_hybrid, </p> </td>
1160	</tr> <tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">11/06/02</td> <td>SR</td> <td>2.4</td>
1161	<td>B</td> <td>Fehlende Variablenvereinbarung in <tt>advec_particles</tt>
1162	ergänzt.</td> <td>advec_particles</td> </tr>
1163	<tr> <td valign="top">12/09/02</td> <td valign="top">SR</td> <td valign="top">2.4a</td>
1164	<td valign="top">N</td> <td valign="top">Partikel
1165	können mit Trägheit versehen
1166	werden und
1167	einen Dichteunterschied zum umgebenden Fluid haben. Zur Steuerung dient
1168	der neue Paketparameter <tt>density_ratio</tt>.</td>
1169	<td valign="top">advec_particles, header, init_particles,
1170	modules, package_parin</td> </tr> <tr> <td valign="top">12/09/02</td> <td valign="top">SR</td>
1171	<td valign="top">2.4a</td> <td valign="top">B</td>
1172	<td valign="top">Fehler in Berechnung der Anfangsprofile
1173	von pt
1174	und q entfernt
1175	(obere Feldgrenze von 10 konnte in <tt>pt_vertical_gradient_level_ind</tt>
1176	überschritten werden). Fehler führte unter
1177	Umständen zu
1178	"segmentation fault" bei Verwendung sehr großer
1179	Gitterpunktzahlen
1180	in z-Richtung. <p>Fehler in Berechnung der v-Komponente am
1181	unteren Rand
1182	entfernt, die
1183	für den Scherungsproduktionsterm der TKE verwendet wird
1184	(Variable
1185	v_0). Fälschlicherweise wurde zur Berechnung u(k=1) statt
1186	v(k=1)
1187	verwendet.</p> </td> <td valign="top">check_parameters,
1188	modules, production_e</td> </tr> <tr> <td valign="top">19/12/02</td> <td valign="top">SR</td>
1189	<td valign="top">2.5</td> <td valign="top">N</td>
1190	<td valign="top">Restart times can be set by user with new
1191	runtime (d3par)
1192	parameters <tt>restart_time</tt> and <tt>dt_restart</tt>.
1193	Run
1194	description
1195	header is written on file CONTINUE_RUN. Output of cpu statistics
1196	changed
1197	(PE results are now collected on PE0 in order to calculate mean cpu
1198	statistics).
1199	Output of warnings in the job protocol in case of negative measured
1200	cpu-times.
1201	Remaining cpu-time is also evaluated on IBM-Regatta.</td> <td valign="top">cpu_log, cpu_statistics,
1202	check_parameters,header, leap_frog,
1203	local_tremain, local_tremain_ini, modules,  palm,  <p><b>new:</b>
1204	<br>
1205	check_for_restart </p> <p><b>deleted:</b> <br>
1206	check_cpu_time</p> </td> </tr> <tr> <td valign="top"> <br> </td> <td valign="top"> <br> </td> <td valign="top"> <br> </td> <td valign="top">C</td> <td valign="top">Unit
1207	14 (BINOUT) must be opened using a special
1208	process
1209	id string, because on IBM, the PE rank differs between communicators
1210	MPI_COMM_WORLD
1211	and comm_2d. This leads to a mismatch between filename-PE-number and
1212	PE-number
1213	written on file. As the consequence, these files could not be read by
1214	restart-jobs.
1215	Reading of array <tt>hom</tt> moved from <tt>init_3d_model
1216	</tt>to <tt>read_var_list</tt>
1217	(binary version number incremented to 2.2). <p><b>Further
1218	optimization for IBM-Regatta-systems:</b> <br>
1219	Additional optimization of the hybrid-solver for multinode usage
1220	(overlapping
1221	of communication and computation). </p> <p>Further cache
1222	optimization by using strides and joining loops (<tt>hybrid_solver,
1223	pres</tt> and <tt>timestep</tt>). Joining of
1224	MPI_ALLREDUCE calls in
1225	timestep. </p> <p>In case of 1d-decomposition along x
1226	only a part of the
1227	integral divisor
1228	conditions is checked, on IBM hosts a 1d-decomposition along x is the
1229	default,
1230	a switch from Poisson-FFT-solver to the hybrid-solver is made in case
1231	of
1232	1d-decomposition along x, the hybrid-solver does not force a
1233	1d-decomposition
1234	any more. </p> <p>Array notation changed to do-loop
1235	constructs due to better
1236	performance. </p> <p>Cyclic boundary conditions along <tt>y</tt>
1237	used instead of
1238	sendrecv
1239	in case of a 1d-decomposition along <tt>x</tt>. SENDRECV
1240	replaced by
1241	nonblocking
1242	routines ISEND and IRECV in <tt>exchange_horiz.f90</tt>. </p>
1243	<p>Speed optimization by removing MINVAL/MAXVAL calls and by
1244	handling <br>
1245	the "abs" case in a different way than the min/max cases (routine <tt>global_min_max</tt>).</p>
1246	</td> <td valign="top">asselin_filter, check_open,
1247	exchange_horiz,
1248	global_min_max,
1249	init_3d_model, init_pegrid, parin, poisfft_hybrid, read_var_list,
1250	timestep,
1251	write_3d_binary, write_var_list</td> </tr> <tr> <td valign="top"><br> </td> <td valign="top"><br>
1252	</td> <td valign="top"><br> </td> <td valign="top">B</td> <td valign="top">Correction
1253	of mixing length term (l(k)/ll(k)).
1254	The condition
1255	kh=3*km in the unstable case is now also exactly met in the wall
1256	adjustment
1257	region. Factor 0.7 in wall adjustment part replaced by variable <tt>wall_adjustment_factor</tt>,
1258	which is set to 1.8 in <tt>modules.f90</tt>. The factor
1259	0.7 was the
1260	possible
1261	reason for 2-delta-x-waves, which were observed since version 2.1d. <p>Calculation
1262	of deformation tensor re-designed (<tt>production_e</tt>). </p>
1263	<p>STOP statements replaced by call of new subroutine <tt>local_stop,
1264	</tt>where
1265	MPI_FINALIZE is called before STOP in case of a parallel environment. </p>
1266	<p>ISO2D parameter dp set to true for ibm hosts. </p> <p>tend=p
1267	added in <tt>pres</tt> after calling sor method.</p>
1268	</td> <td valign="top">advec_s_bc, buoyancy,
1269	check_open,
1270	check_parameters, close_file,
1271	coriolis, diffusion_e, diffusivities, fft_for_1d_decomp,
1272	flow_statistics,
1273	init_3d_model, init_dvrp, init_grid, init_particles, init_pegrid,
1274	parin,
1275	plot_2d, poisfft, pres, read_var_list, user_interface,  <p><b>new:</b>
1276	<br>
1277	local_stop, production_e</p> </td> </tr> <tr>
1278	<td valign="top">03/03/03</td> <td valign="top">SR</td>
1279	<td valign="top">2.5a</td> <td valign="top">N</td>
1280	<td valign="top">Particle velocities are also stored in
1281	array
1282	particles in
1283	case of zero density ratio. Steering of variables by dvrp browser
1284	included.</td> <td valign="top">advec_particles,
1285	init_dvrp, modules,</td> </tr> <tr> <td valign="top"><br> </td> <td valign="top"><br>
1286	</td> <td valign="top"><br> </td> <td valign="top">C</td> <td valign="top">AVS
1287	data format changed from float to xdr_float
1288	(needed
1289	on linux machines <br>
1290	due to the little/big endian problem). Updates for new version of dvrp
1291	software (e.g. using module dvrp is now mandatory).</td> <td valign="top">close_file, init_dvrp, leap_frog, plot_dvrp</td>
1292	</tr> <tr> <td valign="top"><br> </td>
1293	<td valign="top"><br> </td> <td valign="top"><br> </td> <td valign="top">B</td>
1294	<td valign="top">Error in particle inertia part removed
1295	(exp_arg
1296	must not
1297	contain the timestep). <br>
1298	Error in calculation of the vertical flux of resolved scale energy
1299	(profile 57) removed. Displacement for integers in mpi_particle_type
1300	reduced
1301	from 16 to 8 on ibm.</td> <td valign="top">advec_particles,
1302	flow_statistics, init_particles</td> </tr> <tr> <td valign="top">12/03/03</td> <td valign="top">SR</td>
1303	<td valign="top">2.6</td> <td valign="top">N</td>
1304	<td valign="top"><b>Version optimized for NEC-SX6
1305	parallel-vector
1306	machines. </b> <p>There are two main changes. A
1307	new vectorizable routine <tt>prognostic_equations_vec</tt>
1308	is added, where cache optimizations are undone. The tendency
1309	subroutines
1310	called by <tt>prognostic_equations_vec</tt> contain the
1311	full 3d-loops
1312	(compared
1313	with the cache-optimized versions where only loops over k are carried
1314	out).
1315	Additionally, a new pressure solver <tt>poisfft_hybrid_vec</tt>
1316	is
1317	added,
1318	which requires a 1d-domain-decomposition (like poisfft_hybrid). In this
1319	solver, a very fast FFT from Clive Temperton (ECMWF) is
1320	optionally
1321	available by choosing <tt>fft_method </tt>= <i>'temperton-algorithm'</i>.
1322	</p> <p>Additional changes in <tt>flow_statistics</tt>
1323	to allow
1324	better vectorization. </p> <p>Small changes in routines <tt>diffusivities</tt>
1325	and <tt>pres</tt>
1326	which
1327	caused run time errors on IBM and NEC due to compiler problems. </p>
1328	<p>Reading of environment variable <tt>tasks_per_node</tt>
1329	moved
1330	from routine <tt>poisfft_hybrid</tt>
1331	to routine <tt>parin</tt>. </p> <p><b>Changes
1332	in makefile:</b> modules and user_interface now
1333	depend on
1334	the f90 files, dependency of singleton added, LDFLAGS moved to the end
1335	of PROG rule, temperton_fft added.</p> </td> <td valign="top">advec_s_pw, advec_s_up, advec_u_pw, advec_u_up,
1336	advec_v_pw,
1337	advec_v_up, advec_w_pw, advec_w_up, buoyancy, calc_precipitation,
1338	calc_radiation,
1339	check_parameters, coriolis, cpu_log, diffusion_e, diffusion_s,
1340	diffusion_u,
1341	diffusion_v, diffusion_w, diffusivities, fft_for_1d_decomp, header,
1342	impact_of_latent_heat,
1343	init_pegrid, leap_frog, local_tremain, modules, parin, poisfft,
1344	poisfft_hybrid,
1345	pres, production_e, prognostic_equations, user_interface <p><b>new:</b>
1346	<br>
1347	temperton_fft</p> </td> </tr> <tr> <td valign="top"><br> </td> <td valign="top"><br>
1348	</td> <td valign="top"><br> </td> <td valign="top">B</td> <td valign="top">tend=p
1349	added in routine <tt>pres</tt> after
1350	calling sor
1351	method.</td> <td valign="top">pres</td> </tr>
1352	<tr> <td valign="top">14/03/03</td> <td valign="top">SR</td> <td valign="top">2.6a</td>
1353	<td valign="top">N</td> <td valign="top">Additional
1354	vector optimization for NEC-SX6. <p>Optional system-specific
1355	random number generator available
1356	(for equal
1357	distributed numbers). </p> <p>Define strings in all
1358	relevant subroutines changed from  </p> <p><tt>
1359	#if defined( define_string )</tt> </p> <p>to </p>
1360	<p><tt>     #if
1361	defined( __define_string )</tt> </p> <p><b>Caution:
1362	</b>The relevant subroutines are NOT listed in
1363	the right
1364	column!</p> </td> <td valign="top">asselin_filter,
1365	check_parameters, diffusion_e,
1366	diffusivities,
1367	disturb_field, global_min_max, header, local_tremain, modules, parin,
1368	poisfft_hybrid,
1369	pres, read_var_list, write_var_list</td> </tr> <tr>
1370	<td valign="top"><br> </td> <td valign="top"><br> </td> <td valign="top"><br>
1371	</td> <td valign="top">B</td> <td valign="top">Error in particle boundary condition removed
1372	(velocity must
1373	be inverted in case of reflection)</td> <td valign="top">advec_particles</td>
1374	</tr> <tr> <td valign="top">16/04/03</td>
1375	<td valign="top">SR</td> <td valign="top">2.6b</td>
1376	<td valign="top">N</td> <td valign="top">Time
1377	series output of Monin Obukhov length. <p>Temperton fft can now
1378	be used for all hosts and every domain
1379	decomposition.
1380	Abort in case of Temperton fft, if number of gridpoints along x and/or
1381	y contain illegal factors.  </p> <p>Index values
1382	for the extrema found in global_min_max are
1383	limited to
1384	the range 0..nx, 0..ny (on IBM machines -1 and nx+1/ny+1 occured which
1385	produced different RUN_CONTROL output compared to other machines). </p>
1386	<p>Output format of iteration count in routine run_control
1387	enlarged.</p> </td> <td valign="top">check_parameters,
1388	fft_for_1d_decomp,
1389	global_min_max, init_pegrid,
1390	modules, plot_ts, poisfft, run_control, temperton_fft</td> </tr>
1391	<tr> <td valign="top"><br> </td> <td valign="top"><br> </td> <td valign="top"><br>
1392	</td> <td valign="top">B</td> <td valign="top">Additional checks of variables <tt>hybrid_solver</tt>
1393	and <tt>host</tt>
1394	(<tt>hybrid_solver</tt> must not be used for a
1395	2d-domain-decomposition, <tt>host</tt>
1396	should be set by setting environment variable <tt>localhost</tt>).
1397	<p>Header output for mixing length limitations revised.</p>
1398	</td> <td valign="top">check_parameters, header</td>
1399	</tr> <tr> <td valign="top">09/05/03</td>
1400	<td valign="top">SR</td> <td valign="top">2.7</td>
1401	<td valign="top">N</td> <td valign="top"><b>Version
1402	running on Linux Clusters using MPICH
1403	and Intel
1404	FORTRAN compiler (ifc)</b> <p>So far, only absolutely
1405	neccessary changes have been done
1406	(possible
1407	optimizations will follow in a later version): </p> <p>New
1408	time measurements for Linux (ifc) environment added. </p> <p>Some
1409	parameters in MPI calls had to be modified (arrays had to
1410	be replaced
1411	by the first element of the regarding array) in order to fulfill f90
1412	type
1413	and rank requirements, since on the MUK-cluster a FORTRAN90-version of
1414	MPI is used. This also required to replace "mpif.h" by using a special
1415	module (named <tt>mpi</tt>).  I did not find out
1416	how character
1417	strings
1418	can be send with MPI. Therefore, these strings are transformed to
1419	integers,
1420	before they are send, and transformed back to characters on the
1421	receiving
1422	PE. </p> <p>On the MUK-cluster, only PE0 is able to read
1423	the values of
1424	environment
1425	variables. Therefore, these values are communicated via broadcast to
1426	the
1427	other PEs. </p> <p>1d-decomposition is set as the default
1428	on Linux Clusters.
1429	Character
1430	strings have to be transformed to integer </p> <p>Smaller
1431	changes: </p> <p>Batch_scp paths for IBM, NEC and Linux
1432	added</p> </td> <td valign="top">check_open,
1433	cpu_log, flow_statistics,
1434	init_pegrid, local_getenv,
1435	modules, palm, poisfft_hybrid</td> </tr> <tr> <td valign="top"><br> </td> <td valign="top"><br>
1436	</td> <td valign="top"><br> </td> <td valign="top">B</td> <td valign="top">Measurements
1437	on IBM are now using function <tt>irtc</tt>,
1438	which allows correct measurements for jobs running over the 24:00
1439	timeline.</td> <td valign="top">cpu_log,
1440	local_tremain, local_tremain_ini</td> </tr> <tr> <td valign="top">01/08/03</td> <td valign="top">SR</td>
1441	<td valign="top">2.7a</td> <td valign="top">B</td>
1442	<td valign="top">Check that the number processors is also
1443	an
1444	integral divisor
1445	of the number  of gridpoints along y in case of a
1446	1d-decomposition
1447	along x. <p>Error concerning the multinode-version of
1448	poisfft_hybrid
1449	removed. It
1450	was caused by the Linux changes of version 2.7 and led to program abort
1451	due to MPI errors in <tt>MPI_ALLTOALL</tt>. </p> <p>No
1452	abort on t3e-systems if system specific routines are used. </p> <p>Array<tt>
1453	sums </tt>is initialized in<tt> init_3d_model </tt>before
1454	the first call of<tt> pres</tt>. Call of<tt>
1455	init_cloud_physics </tt>moved
1456	before<tt> init_particles</tt>.</p> </td> <td valign="top">fft_1dd_init, init_3d_model, init_pegrid,
1457	poisfft_hybrid</td> </tr> <tr> <td valign="top"><br>
1458	</td> <td valign="top"><br> </td> <td valign="top"><br> </td> <td valign="top">N</td>
1459	<td valign="top">Interactive steering of dvrp-graphic
1460	features by
1461	dvrp-browser
1462	plugin extended (position of slicers, threshold values of isosurfaces)
1463	. New dvrp_graphics package parameter<tt> slicer_range_limits_dvrp</tt>.</td>
1464	<td valign="top">init_dvrp, modules, package_parin,
1465	plot_dvrp</td> </tr> <tr> <td valign="top">29/10/03</td>
1466	<td valign="top">SR</td> <td valign="top">2.7b</td>
1467	<td valign="top">N</td> <td valign="top">In
1468	the multigrid method, on a defined level,
1469	data are gathered
1470	on PE0 and further calculations are carried out only on this PE. New<tt>
1471	d3par </tt>parameter <tt>mg_switch_to_pe0_level</tt>.
1472	<p>Particle groups implemented. New data type<tt>
1473	particle_groups_type </tt>and data type<tt> particle_type </tt>modified.
1474	Version
1475	numbers are
1476	output on the particle files. New<tt> particles_par </tt>parameter<tt>
1477	diameter</tt>. Parameter name<tt> uniform_psize</tt>
1478	changed to<tt>
1479	dvrp_psize</tt>.
1480	Parameters<tt> density_ratio </tt>is now an array.</p>
1481	</td> <td valign="top">advec_particles, check_open,
1482	exchange_horiz,
1483	header, init_particles,
1484	init_pegrid, modules, package_parin, parin, poismg</td> </tr>
1485	<tr> <td valign="top"><br> </td> <td valign="top"><br> </td> <td valign="top"><br>
1486	</td> <td valign="top">C</td> <td valign="top">Random number generator from numerical recipes
1487	is now rewritten
1488	as a module. In restart runs the seed of this generator is set to the
1489	last
1490	values of the previous run in order to keep the sequence of the random
1491	numbers. New binary version 2.2. <p>Buffer is flushed for file
1492	RUN_CONTROL immediately after every
1493	output
1494	on IBM and Linux cluster.</p> </td> <td valign="top">advec_particles,
1495	disturb_field, init_3d_model,
1496	init_particles,
1497	random_function, random_gauss, run_control, write_3d_binary</td> </tr>
1498	<tr> <td valign="top"><br> </td> <td valign="top"><br> </td> <td valign="top"><br>
1499	</td> <td valign="top">E</td> <td valign="top">In routine buoyance, horizontal mean
1500	temperature
1501	is now
1502	taken from array hom instead of array sums (otherwise inconsistence in
1503	case of using more than one statistical region). <p>Information
1504	about the time of the last timestep change added
1505	to the
1506	restart file. </p> <p>System call of<tt> batch_scp </tt>on
1507	IBM corrected.</p> </td> <td valign="top">buoyancy,
1508	check_open, read_var_list,
1509	write_var_list</td> </tr> <tr> <td style="vertical-align: top;">28/01/04</td> <td style="vertical-align: top;">SR</td> <td style="vertical-align: top;">2.8</td> <td style="vertical-align: top;">N</td> <td style="vertical-align: top;">Runge-Kutta schemes (2nd and
1510	3rd
1511	order)
1512	for time integration implemented. The third order scheme is the new
1513	default.
1514	It allows the timestep to be 0.9*CFL, which is much larger than for the
1515	former default leapfrog scheme.  The intermediate steps, which
1516	are
1517	part of these schemes, are realized by an additional loop within routine<span style="font-family: monospace;">
1518	time_integration </span>(currently<span style="font-family: monospace;">
1519	leap_frog</span>, but this routine will be renamed soon).
1520	Steering
1521	variables<span style="font-family: monospace;">
1522	at </span>and<span style="font-family: monospace;">
1523	bt </span>have
1524	been replaced by array<span style="font-family: monospace;">
1525	sct</span>.
1526	, which is particularly used in the prognostic equations. Values of
1527	this
1528	steering array are calculated within the new routine<span style="font-family: monospace;">
1529	timestep_scheme_steering</span>. <p>When using Runge-Kutta
1530	schemes,  the timestep increment
1531	is freely
1532	allowed to adjust after each timestep (the older schemes are using some
1533	restrictions, see routine<span style="font-family: monospace;">
1534	timestep</span>).
1535	Also, routine<span style="font-family: monospace;">
1536	run_control </span>is
1537	not automatically called in case of timestep changes, when Runge-Kutta
1538	schemes are switched on. </p> <p>The old leapfrog scheme
1539	is still implemented and should
1540	produce the
1541	same results as in the previous version(s)! </p> <p>Depending
1542	on the user experience, further adjustments to the
1543	Runge-Kutta
1544	schemes may be necessary within the next minor versions.  </p>
1545	<p><span style="font-weight: bold;">Attention:</span>
1546	<br>
1547	The content of the testresult-file (run control output) has
1548	significantly
1549	changed due to the new default timestep scheme!</p> </td> <td style="vertical-align: top;">check_parameters, header,
1550	init_3d_model,
1551	init_rankine, leap_frog, modules, prognostic_equations, read_var_list,
1552	swap_timelevel, timestep, write_var_list <p><span style="font-weight: bold;">new:</span> <br>
1553	timestep_scheme_steering</p> </td> </tr> <tr>
1554	<td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;">C</td> <td style="vertical-align: top;">Output of particle infos in
1555	subroutine<span style="font-family: monospace;">
1556	allocate_prt_memory </span>on demand only. <p>Type<span style="font-family: monospace;"> log </span>(used
1557	for
1558	cpu time measurements) changed to<span style="font-family: monospace;">
1559	logpoint </span>due to name conflict with FORTRAN
1560	intrinsic<span style="font-family: monospace;">
1561	log.</span></p> </td> <td style="vertical-align: top;">advec_particles,
1562	cpu_log, </td> </tr> <tr> <td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;">E</td> <td style="vertical-align: top;">In case of opening unit 80, a
1563	barrier
1564	is set only for the first call of<span style="font-family: monospace;">
1565	check_open </span>(from routine<span style="font-family: monospace;">
1566	init_particles</span>), in order to avoid the possibility of
1567	hanging
1568	jobs,
1569	which may occur if unit 80 is opened within routine<span style="font-family: monospace;">
1570	allocate_prt_memory</span>.</td> <td style="vertical-align: top;">check_open</td> </tr>
1571	<tr> <td style="vertical-align: top;">30/01/04</td>
1572	<td style="vertical-align: top;">SR</td> <td style="vertical-align: top;">2.8a</td> <td style="vertical-align: top;">N</td> <td style="vertical-align: top;">In order to prepare the code
1573	for
1574	the simulation
1575	of flow around buildings (to be realized in one of the next major
1576	versions),
1577	the lower<span style="font-family: monospace;"> k </span>index<span style="font-family: monospace;">
1578	nzb </span>has been replaced by a two-dimensional array<span style="font-family: monospace;">
1579	nzb_2d </span>in many of the three-dimensional loops. So
1580	far, all
1581	elements of this array are set to<span style="font-family: monospace;">
1582	nzb</span>. <p>This change should not effect simulation
1583	results and cpu time
1584	in any
1585	way.</p> </td> <td style="vertical-align: top;">advec_s_pw,
1586	advec_s_up,
1587	advec_u_pw, advec_u_up,
1588	advec_v_pw, advec_v_up, advec_w_pw, advec_w_up, asselin_filter,
1589	buoyancy,
1590	calc_liquid_water_content, calc_precipitation, calc_radiation,
1591	coriolis,
1592	diffusion_e, diffusion_s, diffusion_u, diffusion_v, diffusion_w,
1593	diffusivities,
1594	impact_of_latent_heat, init_3d_model, modules, production_e,
1595	prognostic_equations, </td> </tr> <tr> <td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;">C</td> <td style="vertical-align: top;">Euler step informations are
1596	removed in
1597	the run control output in case of Runge-Kutta schemes. Also, the
1598	timestep
1599	increment limitation is removed for the Runge-Kutta schemes. <p><span style="font-weight: bold;">Attention:</span> <br>
1600	The content of the testresult-file (run control output) has changed
1601	due to this modification.</p> </td> <td style="vertical-align: top;">run_control, timestep</td>
1602	</tr> <tr> <td style="vertical-align: top;"><br>
1603	</td> <td style="vertical-align: top;"><br> </td>
1604	<td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;">E</td> <td style="vertical-align: top;">Velocity gradients at the
1605	surface calculated
1606	in routine production_e are now limited. In case of inhomogeneous
1607	surface
1608	heating small diffusivities (<span style="font-family: monospace;">km</span>)
1609	sometimes caused very small timesteps due to this problem.</td> <td style="vertical-align: top;">production_e</td> </tr>
1610	<tr> <td style="vertical-align: top;">30/04/04<br>
1611	</td> <td style="vertical-align: top;">SR<br>
1612	</td> <td style="vertical-align: top;">2.8b<br>
1613	</td> <td style="vertical-align: top;">N<br> </td>
1614	<td style="vertical-align: top;">The number of processors
1615	along
1616	the respective directions of the virtual processor grid must not be
1617	integral divisors of the number of gridpoints along x, y or z any more.
1618	In case that they are not integral divisors, the subdomains on the
1619	processors at the upper borders of the virtual grid will contain less
1620	gridpoints than the other subdomains (which are all of equal size).
1621	Although this causes a load imbalance, only runs with very small
1622	numbers of processors will feel a significant decrease of performance.
1623	In order to be able to carry out the transpositions, array<span style="font-family: monospace;"> d </span>(and also
1624	working array<span style="font-family: monospace;"> tend</span>)
1625	have the same size on
1626	all processors. This new feature is switched on by setting the
1627	inipar-parameter<span style="font-family: monospace;">
1628	grid_matching </span>= <span style="font-style: italic;">'match'</span>,
1629	which is the
1630	default now.<br> <br>
1631	Routine<span style="font-family: monospace;"> poisfft </span>is
1632	now
1633	the
1634	default for solving the Poisson-equation for the case of 2d- as well as
1635	1d-domain-decompositions and has been changed from a subroutine to a
1636	module. This routine now includes most of the optimization from the
1637	(Ketelsen) routine<span style="font-family: monospace;">
1638	poisfft_hybrid </span>and additionally allows 1d-decompositions
1639	along y.<br> <span style="font-weight: bold;">ATTENTION:</span>
1640	Routine<span style="font-family: monospace;">
1641	poisfft_hybrid </span>might still be
1642	faster when running PALM on more than one node of the IBM-Regatta,
1643	although the difference is not very big. The <span style="font-family: monospace;">poisfft</span>-code
1644	for a
1645	decomposition along y has still a poor performance and needs further
1646	optimization.<br> <br>
1647	The spectra-package is now able to use all the available FFT-methods
1648	(selected by inipar-parameter<span style="font-family: monospace;">
1649	fft_method </span>).
1650	Performance of the transpositions needed for calculating the spectra
1651	has been improved by using new direct transpositions from z to y and
1652	from y to x instead of two subsequent transpositions.<br> <br>
1653	Runge-Kutta scheme implemented in the 1d-version (<span style="font-family: monospace;">init_1d_model</span>).
1654	Diffusion
1655	quantity arrays are allocated for previous timelevels only in case of
1656	leapfrog scheme.<br> <br>
1657	This version is adapted for use on COMPAQ-DECALPHA systems (main
1658	changes: calling of SHAPE function within subroutine arguments (e.g.<span style="font-family: monospace;"> singleton</span>)
1659	causes compiler errors, particle data type modified for better
1660	alignment, DATA statements from modules removed because they caused
1661	internal compiler errors).<br> </td> <td style="vertical-align: top;">advec_s_ups, advec_u_ups,
1662	advec_v_ups, advec_w_ups, calc_spectra, check_parameters, fft_xy,
1663	header, init_1d_model, init_3d_model, init_particles, init_pegrid,
1664	modules, parin, plot_2d, poisfft, prandtl_fluxes, pres, read_var_list,
1665	singleton, spline_x, spline_y, spline_z, time_integration, transpose,
1666	write_3d_binary, write_var_list<br> </td> </tr> <tr>
1667	<td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;">C<br> </td> <td style="vertical-align: top;">FFT routines renamed. Module<span style="font-family: monospace;"> fft_for_1d_decomp </span>renamed<span style="font-family: monospace;"> fft_xy</span>.
1668	Subroutine<span style="font-family: monospace;"> leap_frog
1669	</span>renamed<span style="font-family: monospace;">
1670	time_integration</span>.<br> <br>
1671	For all transpositions, MPI_ALLTOALL is used instead of MPI_ALLTOALLV.
1672	The names of many transposition indices have been changed.<br> <br>
1673	Inipar-parameter<span style="font-family: monospace;">
1674	impulse_advec </span>renamed<span style="font-family: monospace;"> momentum_advec</span>.<br>
1675	<br>
1676	Reading of restart data is moved from<span style="font-family: monospace;"> init_3d_model </span>to
1677	new routine <span style="font-family: monospace;">read_3d_binary</span>.<br>
1678	<br>
1679	All former transpose routines collected into one file.<br> </td>
1680	<td style="vertical-align: top;">check_parameters,
1681	flow_statistics, header, init_1d_model, init_3d_model, init_advec,
1682	init_pegrid, palm, parin, poisfft, poisfft_hybrid, production_e,
1683	prognostic_equations, read_var_list, sline_x, spline_y, write_var_list<span style="font-weight: bold;"><br> <br>
1684	new:</span><br>
1685	fft_xy, read_3d_binary, time_integration, transpose<br> <br>
1686	<span style="font-weight: bold;">deleted:</span><br>
1687	fft_for_1d_decomp, leap_frog, transpose_xy, transpose_xz, transpose_yx,
1688	transpose_yz, transpose_zx, transpose_zy<br> </td> </tr>
1689	<tr> <td style="vertical-align: top;"><br> </td>
1690	<td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;">E<br> </td> <td style="vertical-align: top;">Small errors in the
1691	particle-package removed, which sometimes caused aborts of restart runs
1692	on IBM.<br> <br>
1693	Small error in calculating the time series profiles removed (array
1694	bounds of some arrays needed for profil-output had to be increased).<br>
1695	<br>
1696	Function fft (singleton method) replaced by subroutine fftn due to
1697	problems with 64-bit mode on IBM<br> </td> <td style="vertical-align: top;">advec_particles,
1698	check_parameters, <br> </td> </tr> <tr> <td style="vertical-align: top;">26/03/05<br> </td>
1699	<td style="vertical-align: top;">SR<br> </td>
1700	<td style="vertical-align: top;">2.9<br> </td>
1701	<td style="vertical-align: top;">N<br> </td> <td style="vertical-align: top;">Non-cyclic lateral boundary
1702	conditions implemented.<br>
1703	Dirichlet/Neumann conditions at the inflow/outflow can be used either
1704	along x or along y. Cyclic conditions have to be used along the
1705	remaining direction. In case of non-cyclic conditions along x (y), the
1706	upper bound nxl (nyn) of array u (v) is enlarged by one gridpoint on
1707	the rightmost (northest) processor. These array index informations are
1708	passed to routine<span style="font-family: monospace;">
1709	exchange_horiz </span>and<span style="font-family: monospace;">
1710	disturb_field </span>by two
1711	additional arguments. Boundary conditions are set with new
1712	inipar-parameters<span style="font-family: monospace;">
1713	bc_lr </span>and<span style="font-family: monospace;">
1714	bc_ns</span>. A damping layer is
1715	needed at the outflow in order to damp reflections (see new parameters<span style="font-family: monospace;"> km_damp_max </span>and<span style="font-family: monospace;"> outflow_damping_width</span>)
1716	and an
1717	additional disturbance is imposed near the inflow (see new parameters<span style="font-family: monospace;">
1718	inflow_disturbance_begin </span>and<span style="font-family: monospace;"> inflow_disturbance_end</span>).
1719	Non-cyclic conditions require the use of the multigrid-method for
1720	solving the Poisson equation. Argument<span style="font-family: monospace;"> range </span>added
1721	to routine<span style="font-family: monospace;">
1722	boundary_conds </span>(where the
1723	non-cyclic conditions are set). <br> <br>
1724	Minor changes:<br>
1725	Output of parameter<span style="font-family: monospace;">
1726	datform </span>on
1727	&GLOBAL-Namelist (iso2d). This is set to <span style="font-style: italic;">'big_endian'</span> on
1728	IBM- and
1729	NEC-machines.<br> <br>
1730	Number of particle groups are additionally calculated in<span style="font-family: monospace;"> header </span>(formerly
1731	unknown).<br> </td> <td style="vertical-align: top;">advec_u_pw,
1732	advec_u_up, advec_v_pw, advec_v_up, boundary_conds,
1733	calc_liquid_water_content, check_parameters, close_file, coriolis,
1734	diffusion_u, diffusion_v, diffusion_w, diffusivities, disturb_field,
1735	exchange_horiz, header, init_3d_model, init_pegrid, init_pt_anomaly,
1736	init_rankine, modules, parin, poismg, pres, prognostic_equations,
1737	read_var_list, sor, time_integration, timestep, write_var_list<br>
1738	</td> </tr> <tr> <td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;">C<br> </td> <td style="vertical-align: top;"><span style="font-family: monospace;">pres </span>is called
1739	by default only
1740	at the last Runge-Kutta-substep, which spares a big amount of CPU-time
1741	(see also new parameter<span style="font-family: monospace;">
1742	call_psolver_at_all_substeps</span>). No pressure term in the
1743	momentum
1744	equations in case of Runge-Kutta-schemes.<br> <span style="font-weight: bold;">Attention:</span> <br>
1745	The content of the testresult-file (run control output) has changed
1746	due to this modification.<br> <br>
1747	Program speedup by removing the exchange of ghost points in routines <span style="font-family: monospace;">calc_liquid_water_content</span>,
1748	<span style="font-family: monospace;">diffusivities</span>,
1749	.<br> <br>
1750	Default value for residual limit increased from 1E-6 to 1E-4. Routine<span style="font-family: monospace;"> prolong </span>in<span style="font-family: monospace;"> poismg </span>simplified
1751	(one call of<span style="font-family: monospace;">
1752	exchange_horiz </span>spared).<br> </td> <td style="vertical-align: top;">calc_liquid_water_content,
1753	diffusivities, modules, poismg, pres, time_integration,
1754	timestep_scheme_steering<br> </td> </tr> <tr>
1755	<td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;">E<br> </td> <td style="vertical-align: top;">Calculation of vertical
1756	particle
1757	velocity (with inertia) corrected, exp_arg had a wrong sign.<br> <br>
1758	(e)*1.5 replaced by eSQRT(e) in init_1d_model because of wrong
1759	results on NEC machines (as a side effect, the new calculation is much
1760	faster).<br> <br>
1761	Two errors concerning switch to PE0 (multigrid method) removed from<span style="font-family: monospace;"> init_pegrid</span>.<br>
1762	<br>
1763	Two errors in<span style="font-family: monospace;">
1764	plot_2d </span>removed:
1765	local_2d is allocated with upper bound<span style="font-family: monospace;"> nzt</span> (former<span style="font-family: monospace;"> nzt+1 </span>was
1766	wrong), additional barrier in case that PE0 gathers data from the other
1767	PEs, this barrier had to be set at the end of the gathering because
1768	otherwise PE0 sometimes received wrong data on tag 0.<br> <br>
1769	Use of module indices removed from routine<span style="font-family: monospace;"> split_1dd </span>in<span style="font-family: monospace;"> poisfft </span>since
1770	it caused
1771	errors in case of<span style="font-family: monospace;"> nx
1772	/= ny </span>and
1773	a 1D-decomposition along y.<br> <br>
1774	Wrong re-definition of dx2 and dy2 in<span style="font-family: monospace;"> sor </span>removed.<br>
1775	</td> <td style="vertical-align: top;">advec_particles,
1776	init_1d_model,
1777	init_pegrid, plot_2d, poisfft, sor<br> </td> </tr> <tr>
1778	<td style="vertical-align: top;">23/04/05<br> </td>
1779	<td style="vertical-align: top;">SR<br> </td>
1780	<td style="vertical-align: top;">2.9a<br> </td>
1781	<td style="vertical-align: top;">C<br> </td> <td style="vertical-align: top;">Additional check for
1782	incompatibilities between non-cyclic lateral boundary conditions and
1783	other schemes.<br> <br>
1784	fcl_factor renamed cfl_factor.<br> <br>
1785	New local array sums_ll declared in flow_statistics instead of
1786	temporarily using sums_l.<br> <br>
1787	crmax (maximum number of crosses allowed in a plot of vertical
1788	profiles) increased from 20 to 100.<br> </td> <td style="vertical-align: top;">calc_spectra, check_parameters,
1789	flow_statistics, header, modules, parin, timestep<br> </td>
1790	</tr> <tr> <td style="vertical-align: top;"><br>
1791	</td> <td style="vertical-align: top;"><br> </td>
1792	<td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;">E<br> </td> <td style="vertical-align: top;">Revised calculation of output
1793	time counters regarding a possible decrease of the output time interval
1794	in case of restart runs.<br> <br>
1795	Error removed in Dirichlet bottom boundary conditions for pt and q in
1796	case of Runge-Kutta schemes.<br> <br> <span style="font-weight: bold;">batch_scp</span> calls
1797	(needed
1798	for determining correct filenames for AVS-fld-files) is given the
1799	remote username as an additional argument.<br> <br>
1800	Default setting of outflow_damping_width corrected.<br> <br>
1801	Initial horizontal velocities at the lowest grid levels in the 1d-model
1802	are set to a very small value in order to avoid wrong results and the
1803	resulting too small timesteps.<br> <br>
1804	Implicit counters i renamed i9 in modules due to declaration conflicts
1805	with i in other subroutines (reported by Portland compiler).<br> </td>
1806	<td style="vertical-align: top;">advec_particles,
1807	boundary_conds,
1808	check_open, check_parameters, init_1d_model, modules, time_integration<br>
1809	</td> </tr> <tr> <td style="vertical-align: top;">18/05/05<br> </td>
1810	<td style="vertical-align: top;">SR<br> </td>
1811	<td style="vertical-align: top;">2.10<br> </td>
1812	<td style="vertical-align: top;">N<br> </td> <td style="vertical-align: top;">NetCDF support implemented.<br>
1813	Profiles, time series, spectra, cross-sections, 3d-volume-data and
1814	particle data can now be output in NetCDF format (file handles
1815	101-108). This output can be switched on with the new d3par-parameter <span style="font-family: monospace;">data_output_format</span>.
1816	So far, this support is available on IBM systems at HLRN and on the NEC
1817	system at DKRZ. Output in format suitable for graphic software <span style="font-weight: bold;">profil</span>, <span style="font-weight: bold;">iso2d</span> and <span style="font-weight: bold;">avs</span> is still
1818	possible.<br> <br>
1819	Output of cross sections for qv, vpt and lwp (liquid water path).<br>
1820	</td> <td style="vertical-align: top;">advec_particles,
1821	check_open,
1822	check_parameters, close_file, header, modules, parin, plot_1d, plot_2d,
1823	plot_3d, plot_spectra, plot_ts, read_var_list, write_var_list<br>
1824	<br> <span style="font-weight: bold;">new:</span><br>
1825	netcdf<br> </td> </tr> <tr> <td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;">C<br> </td> <td style="vertical-align: top;">In <span style="font-family: monospace;">calc_spectra</span>, n
1826	is assigned the
1827	number of spectra (formerly, the number of spectra was given by n-1)<br>
1828	<br>
1829	Abort if <span style="font-family: monospace;">poisfft_hybrid</span>
1830	is called in a non-parallel environment.<br> <br>
1831	Default values of spectra package parameters <span style="font-family: monospace;">pl_spectra</span> and <span style="font-family: monospace;">spectra_direction</span>
1832	changed.<br> </td> <td style="vertical-align: top;">calc_spectra,
1833	check_parameters,
1834	modules, pres, read_3d_binary, write_3d_binary<br> </td> </tr>
1835	<tr> <td style="vertical-align: top;"><br> </td>
1836	<td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;">E<br> </td> <td style="vertical-align: top;">Missing argument in ffty
1837	(non-parallel case) added.<br> <br>
1838	Error in output of particle inertia information removed.<br> </td>
1839	<td style="vertical-align: top;">poisfft, header<br>
1840	</td> </tr> <tr> <td style="vertical-align: top;">05/07/05<br> </td>
1841	<td style="vertical-align: top;">SR<br> </td>
1842	<td style="vertical-align: top;">2.11<br> </td>
1843	<td style="vertical-align: top;">N/C<br> </td>
1844	<td style="vertical-align: top;">New cloud physics code
1845	implemented, which explicitly simulates single cloud droplets,
1846	including droplet growth by condensation and collision. Using this code
1847	requires to set the new inipar-parameter <span style="font-family: monospace;">cloud_droplets</span>
1848	= .TRUE. and to use the particle package (by using the <span style="font-weight: bold;">mrun</span>-option <span style="font-family: monospace;">-p particles</span>).
1849	Coupling between droplets and the thermodynamic quantities (potential
1850	temperature and specific humidity) is regarded in the new subroutine <span style="font-family: monospace;">interaction_droplets_ptq</span>.
1851	The real number of droplets in a grid cell can steered by the new
1852	inipar-parameter <span style="font-family: monospace;">initial_weighting_factor</span>.<br>
1853	<br> <span style="font-weight: bold;">This code
1854	will be further extended and probably changed in the near future, so
1855	the current status is that of a test version!</span><br> <br>
1856	In connection with this new code implementation, several changes has
1857	been made to the existing code:<br> <br>
1858	The particle (droplet) size is now given as radius (previously
1859	diameter). E.g., the name of the respective package parameter <span style="font-family: monospace;">diameter</span> has
1860	changed to <span style="font-family: monospace;">radius</span>.<br>
1861	<br>
1862	The current weighting_factor and radius are stored as additional
1863	particle attributes in the type structure <span style="font-family: monospace;">particle_type</span>.
1864	The MPI data type <span style="font-family: monospace;">mpi_particle_type</span>,
1865	needed for exchanging particles between subdomains, has been changed
1866	correspondingly.<br> <br> <span style="font-family: monospace;">gas_constant</span> is
1867	renamed <span style="font-family: monospace;">r_d</span>,
1868	<span style="font-family: monospace;">latent_heat</span>
1869	is renamed <span style="font-family: monospace;">r_v</span>,
1870	the allowed string length of <span style="font-family: monospace;">pl2d</span>
1871	and <span style="font-family: monospace;">pl3d</span>
1872	is increased from 6 to 10.<br> <br>
1873	New 3d arrays <span style="font-family: monospace;">ql_1</span>,
1874	<span style="font-family: monospace;">ql_2</span>, <span style="font-family: monospace;">ql_v</span> and <span style="font-family: monospace;">ql_vp</span>, <span style="font-family: monospace;">ql</span> is now a
1875	pointer, new pointer <span style="font-family: monospace;">ql_c</span>.<br>
1876	<br>
1877	Data format for unit 85 (particle data output) is changed.</td> <td style="vertical-align: top;">advec_particles.f90
1878	check_open.f90, header.f90, init_3d_model.f90, init_cloud_physics.f90,
1879	init_particles.f90, modules.f90, package_parin.f90, parin.f90,
1880	plot_2d.f90, plot_3d.f90, read_var_list.f90, time_integration.f90,
1881	write_var_list.f90<br> <br> <span style="font-weight: bold;">new:</span><br>
1882	interaction_droplets_ptq.f90</td> </tr> <tr> <td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;">C<br> </td> <td style="vertical-align: top;">Default value of <span style="font-family: monospace;">call_psolver_at_all_substeps</span>
1883	is <span style="font-style: italic;">.TRUE.</span>,
1884	because small scale waves occured with <span style="font-style: italic;">.FALSE.</span></td> <td style="vertical-align: top;">modules.f90</td> </tr>
1885	<tr> <td style="vertical-align: top;"><br> </td>
1886	<td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;">E<br> </td> <td style="vertical-align: top;">2d- and 3d-NetCDF-files are not
1887	opened if there is no output for them (<span style="font-family: monospace;">pl2d</span> = <span style="font-family: monospace;">pl3d</span> = <span style="font-style: italic;">' '</span>).<br> <br>
1888	No opening of units 101 - 108 in case of missing NetCDF support.</td>
1889	<td style="vertical-align: top;">check_open.f90, netcdf.f90<br>
1890	</td> </tr> <tr> <td style="vertical-align: top;">30/06/05<br> </td>
1891	<td style="vertical-align: top;">GS<br> </td>
1892	<td style="vertical-align: top;">2.11a<br> </td>
1893	<td style="vertical-align: top;">C<br> </td> <td style="vertical-align: top;">Scalars ug and vg have been
1894	changed into
1895	arrays in order to allow the specification of a geostrophic wind that
1896	depends on height (baroclinicity). The initial profiles of the the
1897	u- and v-component of the geostrophic wind are initialized by
1898	specifying the new initialization parameters <span style="font-family: monospace;">ug_surface</span>, <span style="font-family: monospace;">ug_vertical_gradient</span>,
1899	<span style="font-family: monospace;">ug_vertical_gradient_level</span>
1900	and <span style="font-family: monospace;">vg_surface</span>,
1901	<span style="font-family: monospace;">vg_vertical_gradient</span>,
1902	<span style="font-family: monospace;">vg_vertical_gradient_level</span>,
1903	respectively. <br> <br>
1904	The former initialization parameters <span style="font-family: monospace;">ug</span> and <span style="font-family: monospace;">vg</span> have been
1905	removed. <br> </td> <td style="vertical-align: top;">boundary_conds,
1906	check_parameters, coriolis, header, init_1d_model, modules, parin,
1907	prognostic_equations, read_var_list, spline_z, write_var_list<br>
1908	</td> </tr> <tr> <td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;">E<br> </td> <td style="vertical-align: top;">Error in the calculation of u_0
1909	and
1910	v_0 in production_e.f90 removed.<br> <br> <span style="font-weight: bold;">Attention:</span> <br>
1911	The content of the testresult-file (run control output) has changed
1912	due to this modification.<br> </td> <td style="vertical-align: top;">production_e<br> </td>
1913	</tr> <tr> <td style="text-align: left; vertical-align: top;">20/10/05</td>
1914	<td style="vertical-align: top;">SR</td> <td style="vertical-align: top;">2.11b</td> <td style="vertical-align: top;">N/C</td> <td style="vertical-align: top;">Collision process for droplet
1915	growth completed.<br> <br> <span style="font-weight: bold;">The droplet code is still under
1916	development and requires further speed optimization!<br> <br>
1917	</span>Number of particles really used is additionally output on
1918	the netcdf particle data file.<span style="font-weight: bold;"></span></td>
1919	<td style="vertical-align: top;">advec_particles, modules,
1920	netcdf</td> </tr> <tr> <td style="vertical-align: top;"> </td> <td style="vertical-align: top;"> </td> <td style="vertical-align: top;"> </td> <td style="vertical-align: top;">E</td> <td style="vertical-align: top;">The
1921	last PE in a row is not allowed to have more grid points than the other
1922	PES (only less). Jobs crashed in these cases that the last PE has more
1923	grid points. Therefore, the number of gridpoints along x (and y) must
1924	now meet a special condition which is checked in case that <span style="font-family: monospace;">grid_matching</span> =
1925	<span style="font-style: italic;">'match'</span> is
1926	used.<br> <br>
1927	Error removed in calculating y axis data for yz cross sections. Error
1928	in output of netcdf yz-cross-sections removed.<br> <br>
1929	2*r replaced by r in the exponential term of the particle momentum
1930	equation.<br>
1931	Error in output of yz-slice information removed.</td> <td style="vertical-align: top;">advec_particles, header,
1932	init_pegrid, netcdf, plot_2d</td> </tr> <tr> <td style="vertical-align: top;">06/12/05</td> <td style="vertical-align: top;">SR</td> <td style="vertical-align: top;">2.11c</td> <td style="vertical-align: top;">N</td> <td style="vertical-align: top;">Output of ql profile is allowed
1933	in case of using cloud droplets.</td> <td style="vertical-align: top;">check_parameters,
1934	flow_statistics, modules</td> </tr> <tr> <td style="vertical-align: top;"> </td> <td style="vertical-align: top;"> </td> <td style="vertical-align: top;"> </td> <td style="vertical-align: top;">E</td> <td style="vertical-align: top;">The horizontally averaged pt
1935	profile is calculated within<span style="font-family: monospace;">
1936	buoyancy </span>only
1937	in case of the first respective intermediate timestep. This is done in
1938	order to spare communication time and to produce identical model
1939	results with jobs which are calling<span style="font-family: monospace;"> flow_statistics </span>at
1940	different time intervals.<br> <br>
1941	Error in netcdf variable declaration for<span style="font-family: monospace;"> statistic_regions </span>/=
1942	<span style="font-style: italic;">0</span> removed.</td>
1943	<td style="vertical-align: top;">buoyancy, netcdf</td>
1944	</tr><tr><td style="vertical-align: top;">23/02/06</td><td style="vertical-align: top;">SR</td><td style="vertical-align: top;">3.0</td><td style="vertical-align: top;">N</td><td><span style="font-weight: bold;">Version for simulating flows over
1945	topography (buildings, mountains, etc.)</span><br style="font-weight: bold;"><br>Besides
1946	the implementation of topography, this version contains several other
1947	improvements. The most important ones are listed here:<br><ul><li>The
1948	cloud droplet code has been optimized (it now runs about 100 times
1949	faster than before).</li><li>Output of time-averaged 2d/3d
1950	data (sections / volume data) is possible.</li><li>Output
1951	of 2d-section data averaged along the direction normal to this section
1952	can be done.</li><li>The user-interface has been extended
1953	in order to allow 2d-/3d-output of user-defined quantities.</li></ul>The
1954	kind of topography to be used is controlled by the new initialization
1955	parameter <span style="font-family: monospace;">topography</span>.
1956	Allowed values are <span style="font-style: italic;">'flat'</span>,
1957	<span style="font-style: italic;">'single_building'</span>,
1958	and <span style="font-style: italic;">'read_from_file'</span>.
1959	The user can define his own special topography setting within the new
1960	user-interface routine <span style="font-family: monospace;">user_init_grid</span>.
1961	For the single building case, the building (rectangular) size
1962	and position can be controlled with parameters <span style="font-family: monospace;">building_height</span>,
1963	<span style="font-family: monospace;">building_length_x</span>,
1964	<span style="font-family: monospace;">building_length_y</span>,
1965	<span style="font-family: monospace;">building_wall_left</span>,
1966	and <span style="font-family: monospace;">building_wall_south</span>.<br>
1967	<br>
1968	The topography code is already optimized (vectorized) for use on the
1969	NEC-SX6.<br><br>Output of time-averaged 2d-/3d-data can be
1970	enabled by appending the string <span style="font-style: italic;">'_av'</span>
1971	to the respective output quantities given with the new
1972	runtime-parameter <span style="font-family: monospace;">data_output</span>
1973	(see further below for the (name)changes in the parameters for data
1974	output). Example: if a time-average of the vertical cross-section of
1975	potential temperature is required, the user has to set <span style="font-family: monospace;">data_output</span> = <span style="font-style: italic;">'pt_xy_av'</span>.
1976	In case of NetCDF-output, the time-averaged data is output to
1977	additional files (seperate from the non-averaged output). The length of
1978	the averaging interval and the temporal distance of the single
1979	instantaneous sections (volumes) entering into this averaging is
1980	controlled by the new runtime-parameters <span style="font-family: monospace;">averaging_interval</span>and
1981	<span style="font-family: monospace;">dt_averaging_input</span>.
1982	<br><br>An average normal to the direction of a
1983	cross-section can be output by setting the respective cross section
1984	index to <span style="font-style: italic;">-1</span>
1985	(example: <span style="font-family: monospace;">section_xz</span>
1986	= <span style="font-style: italic;">-1</span>).<br><br>New
1987	user-interface routines allowing the output of user-defined quantities
1988	are <span style="font-family: monospace;">user_check_data_output</span>,
1989	<span style="font-family: monospace;">user_define_netcdf_grid</span>,
1990	<span style="font-family: monospace;">user_data_output_2d</span>,
1991	<span style="font-family: monospace;">user_data_output_3d</span>,
1992	and <span style="font-family: monospace;">user_3d_data_averaging</span>.
1993	These quantities can be calculated using the new <span style="font-family: monospace;">CASE</span>-Entry <span style="font-style: italic;">'after integration'</span>
1994	in the user-interface routine <span style="font-family: monospace;">user_actions</span>.<br><br>Optimization
1995	of the cloud droplet code is mainly done by re-sorting all particles
1996	after every timestep in a way that now all particles which belong to
1997	the same grid-box (k,j,i) are stored consecutively (wthout any strides)
1998	in memory.<br> <br>
1999	Code adaptation for the IBM at the department of atmospheric sciences,
2000	Yonsei university (ibmy). Affected subroutines: <span style="font-family: monospace;">fft_xy</span>, <span style="font-family: monospace;">netcdf</span>, <br><br><span style="font-weight: bold;">Further new features:</span><br><ul><li>Use
2001	of particle tails now requires setting of the new package-parameter <span style="font-family: monospace;">use_particle_tails</span>.
2002	The new parameter skip_particles_for_tail allows only every <span style="font-family: monospace;">skip_particle_for_tail</span>'th
2003	parameter having a tail.</li><li>Initialization-parameter <span style="font-family: monospace;">e_min</span> can be
2004	used to set a lower limit for the subgrid-scale TKE (i.e. to guarantee
2005	a lower limit for the flow's Reynolds-number).</li><li>A
2006	conservation of the volume flow (through the complete xz- and
2007	yz-sections  of the total domain) can be enforced by the new
2008	initialization-parameter <span style="font-family: monospace;">conserve_volume_flow</span>.</li><li>Data
2009	output can be skipped for a given time interval from simulation start
2010	(t=0) using new runtime-parameters <span style="font-family: monospace;">skip_time_dopr</span>,
2011	<span style="font-family: monospace;">skip_time_dosp</span>,
2012	<span style="font-family: monospace;">skip_time_do2d_xy</span>,
2013	<span style="font-family: monospace;">skip_time_do2d_xz</span>,
2014	<span style="font-family: monospace;">skip_time_do2d_yz</span>,
2015	and <span style="font-family: monospace;">skip_time_do3d</span>.<br>
2016	</li><li>By default, NetCDF output is now using 64-bit
2017	offset format
2018	(large file support) on most machines. The user can switch to the
2019	32-bit offset format with the new runtime-parameter <span style="font-family: monospace;">netcdf_64bit</span>.
2020	Units 111:113  and 116 are opened for NetCDF output of
2021	time-averaged 2d-3d data.<br> </li> <li>Data
2022	logging routines are added (see file data_log.f90), which can be used
2023	for debugging purposes. Output is done on unit 20 (local file
2024	name/directory name DATA_LOG).</li> <li>New routine <span style="font-family: monospace;">exchange_horiz_2d_int</span>
2025	for  ghostpoint exchange of 2d-integer arrays. Routine <span style="font-family: monospace;">exchange_horiz_2d</span>
2026	is extended for non-cyclic boundary conditions in the non-parallel case.</li>
2027	<li>Two different methods for calculating the mixing length and
2028	the dissipation can be used in the 1d-model. These are steered by the
2029	new initializing-parameters <span style="font-family: monospace;">dissipation_1d</span>
2030	and <span style="font-family: monospace;">mixing_length_1d</span>.<br>
2031	</li>
2032	</ul></td><td style="vertical-align: top;">advec_particles,
2033	advec_s_pw,
2034	advec_s_up, advec_u_pw, advec_u_up, advec_v_pw, advec_v_up, advec_w_pw,
2035	advec_w_up, boundary_conds, buoyancy, check_open, check_parameters,
2036	close_file, coriolis, diffusion_e, diffusion_s, diffusion_u,
2037	diffusion_v, diffusion_w, diffusivities, disturb_field,
2038	disturb_heatflux, exchange_horiz_2d, exchange_horiz, flow_statistics,
2039	header, init_1d_model, init_3d_model, init_grid, init_particles,
2040	init_pegrid, modules, netcdf, package_parin, parin, poisfft,
2041	prandtl_fluxes, pres, production_e, prognostic_equations,
2042	read_3d_binary, read_var_list, run_control, time_integration,
2043	user_interface, write_3d_binary, write_var_list<br> <br> <span style="font-weight: bold;">new:</span><br>
2044	average_3d_data, data_log, sum_up_3d_data<br> <br> <span style="font-weight: bold;">renamed:<br> </span>plot_dvrp
2045	-> data_output_dvrp<br>
2046	plot_spectra -> data_output_spectra<br>
2047	plot_ts -> data_output_tseries<br>
2048	plot_1d -> data_output_profiles<br> <span style="font-weight: bold;"></span>plot_2d ->
2049	data_output_2d<br>
2050	plot_3d -> data_output_3d<br>
2051	</td></tr><tr><td style="vertical-align: top;"> </td><td> </td><td> </td><td style="vertical-align: top;">C</td><td>In
2052	parallel mode, all PEs are opening the same copy of the
2053	NAMELIST-parameter file <span style="font-family: monospace;">PARIN</span>,
2054	i.e. from now on, the file attribute "<span style="font-family: monospace;">npe</span>" must be
2055	removed from the corresponding file connection statements in the <span style="font-weight: bold;">mrun</span> configuration
2056	file (.mrun.config).<br><br>A
2057	large number of parameter names and local filenames have been changed
2058	(see list below). Most of them are parameters concerning data
2059	output (do). The former denotations "plot" and "pl" have been changed
2060	to "data_output" and "do", respectively. In addition to these changes,
2061	the names of many internal PALM parameters and variables have also
2062	changed.<br><br>Restart runs now require setting of the
2063	initialization-parameter <span style="font-family: monospace;">initializing_actions</span>
2064	= <span style="font-style: italic;">'read_restart_data'</span>.<br>
2065	<br>
2066	Concerning particles, the parameters <span style="font-family: monospace;">psl</span>, <span style="font-family: monospace;">psr</span>, <span style="font-family: monospace;">pdx</span>,
2067	etc., which are controlling the position of the particle source and the
2068	number of particles within this source, are now 1d-arrays. This allows
2069	to define different particle sources for different particle groups.<br>
2070	<br>
2071	The number of particle groups has to be set by the user (no automatic
2072	calculation from the value of parameter <span style="font-family: monospace;">density_ratio</span>
2073	any more)<span style="font-style: italic;"></span>.
2074	Variable <span style="font-family: monospace;">idum</span>
2075	in type <span style="font-family: monospace;">particle_type</span>
2076	has been renamed <span style="font-family: monospace;">tail_id</span>.<br><br>Output
2077	for units 15 and 17 flushed in <span style="font-family: monospace;">init_1d_model</span>.<br><br>List
2078	of changed parameter names:<br><table style="text-align: left; width: 559px; height: 831px;" border="1" cellpadding="2" cellspacing="2"><tbody><tr><td style="font-weight: bold;" align="undefined" valign="undefined">Old name</td><td align="undefined" valign="undefined"><span style="font-weight: bold;">New name</span></td><td align="undefined" valign="undefined"><span style="font-weight: bold;">Comments</span></td></tr><tr><td align="undefined" valign="undefined">average_period_pl1d</td><td align="undefined" valign="undefined">averaging_interval_pr</td><td align="undefined" valign="undefined"><br>
2079	</td></tr><tr><td style="vertical-align: top;">average_period_pr1d</td><td style="vertical-align: top;">---</td><td style="vertical-align: top;">averaging of printed profiles
2080	is not possible any more</td></tr><tr><td align="undefined" valign="undefined">average_period_sp</td><td align="undefined" valign="undefined">averaging_interval_sp</td><td align="undefined" valign="undefined"><br>
2081	</td></tr><tr><td align="undefined" valign="undefined">dt_average</td><td align="undefined" valign="undefined">dt_averaging_input_pr</td><td align="undefined" valign="undefined"><br>
2082	</td></tr><tr><td align="undefined" valign="undefined">dt_pl1d</td><td align="undefined" valign="undefined">dt_dopr</td><td align="undefined" valign="undefined"><br>
2083	</td></tr><tr><td align="undefined" valign="undefined">dt_plsp</td><td align="undefined" valign="undefined">dt_dosp</td><td align="undefined" valign="undefined"><br>
2084	</td></tr><tr><td>dt_plts</td><td>dt_dots</td><td></td></tr><tr><td align="undefined" valign="undefined">dt_pr1d</td><td align="undefined" valign="undefined">dt_dopr_listing</td><td align="undefined" valign="undefined"><br>
2085	</td></tr><tr><td align="undefined" valign="undefined">dt_pl2d_xy</td><td align="undefined" valign="undefined">dt_do2d_xy</td><td align="undefined" valign="undefined"><br>
2086	</td></tr><tr><td align="undefined" valign="undefined">dt_pl2d_xz</td><td align="undefined" valign="undefined">dt_do2d_xz</td><td align="undefined" valign="undefined"><br>
2087	</td></tr><tr><td align="undefined" valign="undefined">dt_pl2d_yz</td><td align="undefined" valign="undefined">dt_do2d_yz</td><td align="undefined" valign="undefined"><br>
2088	</td></tr><tr><td align="undefined" valign="undefined">ebene_xy</td><td align="undefined" valign="undefined">section_xy</td><td align="undefined" valign="undefined"><br>
2089	</td></tr><tr><td align="undefined" valign="undefined">ebene_xz</td><td align="undefined" valign="undefined">section_xz</td><td align="undefined" valign="undefined"><br>
2090	</td></tr><tr><td align="undefined" valign="undefined">ebene_yz</td><td align="undefined" valign="undefined">section_yz</td><td align="undefined" valign="undefined"><br>
2091	</td></tr><tr><td align="undefined" valign="undefined">nz_plot3d</td><td align="undefined" valign="undefined">nz_do3d</td><td align="undefined" valign="undefined"><br>
2092	</td></tr><tr><td align="undefined" valign="undefined">plts</td><td align="undefined" valign="undefined">data_output_ts</td><td align="undefined" valign="undefined"><br>
2093	</td></tr><tr><td align="undefined" valign="undefined">pl1d</td><td align="undefined" valign="undefined">data_output_pr</td><td align="undefined" valign="undefined"><br>
2094	</td></tr><tr><td style="vertical-align: top;">pl2d</td><td style="vertical-align: top;">data_output</td><td style="vertical-align: top;">old parameters pl2d and pl3d
2095	are joined to new parameter data_output</td></tr><tr><td align="undefined" valign="undefined">pl3d</td><td align="undefined" valign="undefined">data_output</td><td align="undefined" valign="undefined"><br>
2096	</td></tr><tr><td align="undefined" valign="undefined">pl2d_at_begin</td><td align="undefined" valign="undefined">do2d_at_begin</td><td align="undefined" valign="undefined"><br>
2097	</td></tr><tr><td align="undefined" valign="undefined">pl3d_at_begin</td><td align="undefined" valign="undefined">do3d_at_begin</td><td align="undefined" valign="undefined"><br>
2098	</td></tr><tr><td align="undefined" valign="undefined">pl3d_compress</td><td align="undefined" valign="undefined">do3d_compress</td><td align="undefined" valign="undefined"><br>
2099	</td></tr><tr><td align="undefined" valign="undefined">pl3d_precision</td><td align="undefined" valign="undefined">do3d_comp_prec</td><td align="undefined" valign="undefined"><br>
2100	</td></tr><tr><td>pl_spectra</td><td>data_output_sp</td><td></td></tr><tr><td align="undefined" valign="undefined">read_fields_from_prior_run</td><td align="undefined" valign="undefined">read_restart_data</td><td align="undefined" valign="undefined"><br>
2101	</td></tr><tr><td align="undefined" valign="undefined">write_plot2d_on_each_pe</td><td align="undefined" valign="undefined">data_output_2d_on_each_pe</td><td align="undefined" valign="undefined"><br>
2102	</td></tr><tr><td align="undefined" valign="undefined">z_max_pl1d</td><td align="undefined" valign="undefined">z_max_do1d</td><td align="undefined" valign="undefined"><br>
2103	</td></tr><tr><td align="undefined" valign="undefined">z_max_pl2d</td><td align="undefined" valign="undefined">z_max_do2d</td><td align="undefined" valign="undefined"><br>
2104	</td></tr></tbody></table></td><td style="vertical-align: top;">advec_particles,
2105	advec_s_bc, check_parameters, check_open, close_file,
2106	data_output_dvrp,  data_output_profiles, data_output_tseries,
2107	data_output_2d, data_output_3d, flow_statistics, header, init_1d_model,
2108	init_3d_model, init_dvrp, init_particles, init_pegrid, init_slope,
2109	modules, netcdf, package_parin, palm, parin, print_1d, read_var_list,
2110	run_control, time_integration, timestep, write_compressed,
2111	write_var_list<br>
2112	</td></tr><tr><td> </td><td> </td><td> </td><td style="vertical-align: top;">E</td><td>Error in
2113	the particle release (defaults of <span style="font-family: monospace;">psl</span>, <span style="font-family: monospace;">psr</span>, <span style="font-family: monospace;">psn</span>, <span style="font-family: monospace;">pss</span>) at the PE
2114	boundary has been fixed.<br> <br>
2115	Error removed getting the variable ids for <span style="font-family: monospace;">_ext</span> for
2116	profiles and time series.<br><br>NetCDF calls in <span style="font-family: monospace;">data_output_tseries</span>
2117	only if NetCDF output is switched on.<br><br>Output of the
2118	initial geostrophic wind profile corrected.<br><br>Maximum
2119	possibel timestep for Runge-Kutta-schemes reduced, error concerning
2120	initialization of  <span style="font-family: monospace;">l_black</span>
2121	removed (both in <span style="font-family: monospace;">init_1d_model</span>).<br>
2122	</td><td style="vertical-align: top;">advec_particles,
2123	data_output_tseries, header, init_particles, init_1d_model, netcdf<br>
2124	</td></tr><tr><td align="left" valign="top">26/04/06</td><td align="left" valign="top">SR</td><td align="left" valign="top">3.0a</td><td align="left" valign="top">N</td><td align="left" valign="top">OpenMP parallelization for
2125	the cache-optimized PALM code.<br><br>OpenMP
2126	directives have been added where necessary. Still further tuning will
2127	be necessary to get optimum performance. Other parts of the code than
2128	the cache-optimized code still need to be (OpenMP-) parallelized. <br><br>So
2129	far, threads are activated by setting the <span style="font-weight: bold;">mrun</span>-options <span style="font-family: monospace;">-T</span> <span style="font-style: italic;"><number_of_threads></span>
2130	and <span style="font-family: monospace;">-O</span>,
2131	i.e. when the Option <span style="font-family: monospace;">-O</span>
2132	is given, the <span style="font-family: monospace;">-T</span>
2133	argument is interpreted as the number of threads to be used. When <span style="font-family: monospace;">-O</span> is given,
2134	the number of MPI tasks per node is automatically set to <span style="font-style: italic;">1</span>.<br><br>Beside
2135	the additional compiler directives, the main code change required by
2136	the OpenMP parallelization is that global sums are now calculated by
2137	first calculating local sums on each thread. As the next step, local
2138	sums are calculated from these thread sums for each MPI task before the
2139	global sum is computed via MPI_ALLREDUCE.  For storing the
2140	thread
2141	sums, arrays sums_l and sums_l_l now have three dimensions where the
2142	number of elements of the third dimension is equal to the number of
2143	OpenMP threads.</td><td align="left" valign="top">buoyancy,
2144	cpu_statistics, diffusivities, flow_statistics, header, init_pegrid,
2145	init_3d_model, modules, prandtl_fluxes, pres, production_e</td></tr><tr><td align="left" valign="top"> </td><td align="left" valign="top">ML</td><td align="left" valign="top"> </td><td align="left" valign="top">C</td><td align="left" valign="top">Provisional
2146	correction for Piacsek & Williams advection scheme: keep u and
2147	v
2148	zero one layer below the topography (in case of set_1d-model_profiles).</td><td align="left" valign="top">init_3d_model</td></tr><tr><td align="left" valign="top"> </td><td align="left" valign="top">SR/ML</td><td align="left" valign="top"> </td><td align="left" valign="top">E</td><td align="left" valign="top">In <span style="font-family: monospace;">flow_statistics.f90</span>
2149	nzb_s_inner(j,i) replaced by nzb in determination of z_i.<br><br>Errors
2150	removed in the computation of the diabatic mixing length (<span style="font-family: monospace;">init_1d_model.f90</span>).<br><br>Error
2151	removed in extend mode when checking whether the selected cross
2152	sections match those in the already existing NetCDF file (<span style="font-family: monospace;">netcdf.f90</span>).</td><td align="left" valign="top">flow_statistics,
2153	init_1d_model, netcdf</td></tr><tr><td align="left" valign="top">02/06/06</td><td align="left" valign="top">SR</td><td align="left" valign="top">3.0b</td><td align="left" valign="top">N</td><td align="left" valign="top">This version is adapted to the Sun Fire X4600
2154	system at TIT (to be used by setting the <span style="font-weight: bold;">mrun</span> option <span style="font-family: monospace;">-h lctit</span>).</td><td align="left" valign="top">cpu_log, init_1d_model,
2155	local_tremain, locaö_tremain_ini, run_control</td></tr><tr><td align="left" valign="top"> </td><td align="left" valign="top"> </td><td align="left" valign="top"> </td><td align="left" valign="top">C</td><td align="left" valign="top">NetCDF 2d-
2156	and 3d-datasets now contain the exact coordinates of the variables
2157	along x and y with respect to the positions where they are defined on
2158	the staggered grid.<br><br>NetCDF datasets of cross
2159	sections (e.g. <span style="font-family: monospace;">DATA_2D_XY_NETCDF</span>)
2160	are only opened if the respective cross sections are really requested
2161	by the settings of parameter <span style="font-family: monospace;">data_output</span>.</td><td align="left" valign="top">check_parameters,
2162	data_output_2d, data_output_3d, modules, netcdf, user_interface</td></tr><tr><td align="left" valign="top"> </td><td align="left" valign="top"> </td><td align="left" valign="top"> </td><td align="left" valign="top">E</td><td align="left" valign="top">p is assigned to <span style="font-family: monospace;">to_be_resorted</span>
2163	instead of w</td><td align="left" valign="top">data_output_2d</td></tr><tr><td align="left" valign="top">04/08/06</td><td align="left" valign="top">SR</td><td align="left" valign="top">3.1</td><td align="left" valign="top">N</td><td align="left" valign="top">Subgrid
2164	scale velocities can (optionally) be included for calculating the
2165	particle advection, using the method of Weil et al. (2004, JAS, 61,
2166	2877-2887). This method is switched on by the new particle package
2167	parameter <span style="font-family: monospace;">use_sgs_for_particles</span>.
2168	This also forces the Euler/upstream method to be used for time
2169	advancement of the TKE (see new parameter <span style="font-family: monospace;">use_upstream_for_tke</span>).
2170	The minimum timestep during the sub-timesteps is controlled by
2171	parameter <span style="font-family: monospace;">dt_min_part</span>.
2172	The data type <span style="font-family: monospace;">particle_type</span>
2173	has additional new attributes <span style="font-family: monospace;">e_m</span>,
2174	<span style="font-family: monospace;">dt_sum</span>,
2175	and <span style="font-family: monospace;">speed_x/y/z_sgs</span>.<br><br>Other
2176	new particle features: output of particle quantities as timeseries in
2177	NetCDF format (on local file <span style="font-family: monospace;">DATA_1D_PTS_NETCDF</span>).
2178	The output time interval is controlled by parameter <span style="font-family: monospace;">dt_dopts</span>.
2179	Particle advection can be switched off after some time using parameter <span style="font-family: monospace;">end_time_prel</span>.
2180	More than one particle per point can be started with parameter <span style="font-family: monospace;">particles_per_point</span>.<br><br>Additional
2181	parameter in function <span style="font-family: monospace;">random_gauss</span>
2182	which limits the range of the created random numbers to five times the
2183	standard deviation (=1). Seeds <span style="font-family: monospace;">iran</span>
2184	and <span style="font-family: monospace;">iran_part</span>
2185	are stored for restart runs.</td><td align="left" valign="top">advec_particles,
2186	check_open, check_parameters, close_file, diffusion_e,
2187	disturb_heatflux, header, init_3d_model, init_particles, modules,
2188	netcdf, package_parin, parin, prognostic_equations, random_gauss,
2189	read_3d_binary, read_var_list, time_integration, write_3d_binary,
2190	write_var_list<br><br><span style="font-weight: bold;">new:</span><br>data_output_ptseries</td></tr><tr><td align="left" valign="top"> </td><td align="left" valign="top"> </td><td align="left" valign="top"> </td><td align="left" valign="top">C</td><td align="left" valign="top">Call of subroutine <span style="font-family: monospace;">header</span> is moved
2191	after call of subroutine <span style="font-family: monospace;">init_3d_model</span>.
2192	Generation of <span style="font-family: monospace;">run_description_header</span>
2193	is moved from routines <span style="font-family: monospace;">palm</span>
2194	and <span style="font-family: monospace;">header</span>
2195	to <span style="font-family: monospace;">check_parameters</span>.
2196	Determination of the number of particle groups is moved from <span style="font-family: monospace;">header</span> to <span style="font-family: monospace;">init_particles</span>.<br><br><span style="font-family: monospace;">izuf</span> renamed <span style="font-family: monospace;">iran</span>.</td><td align="left" valign="top">check_parameters,
2197	disturb_field, disturb_heatflux, header, init_particles, modules, palm</td></tr><tr><td align="left" valign="top"> </td><td align="left" valign="top"> </td><td align="left" valign="top"> </td><td align="left" valign="top">E</td><td align="left" valign="top">Variables
2198	do2d_unit and do3d_unit now defined as 2d-arrays. Before, in some
2199	cases, the units of variables in the 2d- and 3d-NetCDF-files have been
2200	wrong.<br><br>In routine <span style="font-family: monospace;">poisfft</span> default
2201	setting of the thread number tn in case of not using OpenMP.<br><br>Error
2202	removed in the non-parallel part of routine <span style="font-family: monospace;">flow_statistics</span>
2203	(number of arguments of array <span style="font-family: monospace;">sums_l</span>).<br><br>Error
2204	removed which appeared if the user had decreased the value of <span style="font-family: monospace;">dt_dopr</span> within
2205	a job chain and if simulataneous time averaging of profiles was
2206	switched on.</td><td align="left" valign="top">check_parameters,
2207	data_output_profiles, flow_statistics, modules, netcdf, poisfft</td></tr><tr><td style="vertical-align: top;">22/08/06</td><td style="vertical-align: top;">SR</td><td style="vertical-align: top;">3.1a</td><td style="vertical-align: top;">N</td><td style="vertical-align: top;">In case of more than one
2208	particle group, seperate output of timeseries for each of the groups.<br><br>New
2209	initial parameter <span style="font-family: monospace;">dz_max</span>,
2210	which limits the vertical gridspacing in case of a vertically stretched
2211	grid.</td><td style="vertical-align: top;">data_output_ptseries,
2212	header, init_grid, modules, netcdf, parin, read_var_list, write_var_list</td></tr><tr><td style="vertical-align: top;"> </td><td style="vertical-align: top;"> </td><td style="vertical-align: top;"> </td><td style="vertical-align: top;">C</td><td style="vertical-align: top;">Disturbances are imposed only
2213	for the last Runge-Kutta-substep. <br><span style="font-weight: bold;">Attention:</span> <br>
2214	The content of the testresult-file (run control output) has changed
2215	due to this modification.<br><br>Output of xz and yz cross
2216	sections now up to gridpoint nzt+1.<br><br>Default settings
2217	of particle start positions changed.</td><td style="vertical-align: top;">check_open, close_file,
2218	data_output_2d, init_particles, netcdf, time_integration</td></tr><tr><td style="vertical-align: top;"> </td><td style="vertical-align: top;"> </td><td style="vertical-align: top;"> </td><td style="vertical-align: top;">E</td><td style="vertical-align: top;">Initialisation of all tendency
2219	arrays (t.._m) needed for the Runge-Kutta schemes.<br><br>Bugfix
2220	in index array initialization for line- or point-like topography
2221	structures.<br><br>Bugfix: yv coordinates are now used for
2222	yz cross sections, where neccessary.</td><td style="vertical-align: top;">init_3d_model, init_grid, netcdf</td></tr><tr><td style="vertical-align: top;">12/02/07</td><td style="vertical-align: top;">SR</td><td style="vertical-align: top;">3.1b</td><td style="vertical-align: top;"> N</td><td style="vertical-align: top;"><span style="font-weight: bold;">Attention:</span><br>This
2223	is the last revision before switching to the subversion revison control
2224	system!<br><br>Informative output to the job protocoll in
2225	case of restarts.</td><td style="vertical-align: top;">check_for_restart</td></tr><tr><td>  </td><td>  </td><td>  </td><td style="vertical-align: top;">C</td><td style="vertical-align: top;">Values of environment variables
2226	are now read from local file <span style="font-family: monospace;">ENVPAR</span>
2227	instead of getting them by a system call.<br><br>For
2228	interpolation in <span style="font-family: monospace;">advec_particles</span>,
2229	allways level k is used.</td><td style="vertical-align: top;">advec_particles,
2230	local_tremain_ini, parin</td></tr><tr><td> </td><td> </td><td> </td><td style="vertical-align: top;">E</td><td style="vertical-align: top;">Several bugfixes in <span style="font-family: monospace;">advec_particles</span>:
2231	new particles are released only if <span style="font-family: monospace;">end_time_prel</span>
2232	> <span style="font-family: monospace;">simulated_time</span>, transfer
2233	of particles when x < -0.5*dx (0.0 before), etc., index i,j used
2234	instead of cartesian (x,y) coordinate to check for transfer because
2235	this failed under very rare conditions, calculation of number of
2236	particles with same radius as the current particle (cloud droplet code).<br><br>Allocation
2237	of <span style="font-family: monospace;">tail_mask</span>
2238	and <span style="font-family: monospace;">new_tail_id</span>
2239	in case of restart-runs. "__" added in a cpp-directive. (both <span style="font-family: monospace;">init_particles</span>)</td><td style="vertical-align: top;">advec_particles, init_particles</td></tr><tr><td style="vertical-align: top;">02/03/07</td><td style="vertical-align: top;">SR</td><td style="vertical-align: top;">3.1c</td><td style="vertical-align: top;">N</td><td style="vertical-align: top;">A heatflux can be prescribed at
2240	the top with new inipar parameters <span style="font-family: monospace;">top_heatflux</span>
2241	and <span style="font-family: monospace;">use_top_fluxes</span>.
2242	New 2d-arrays <span style="font-family: monospace;">qswst</span>,
2243	<span style="font-family: monospace;">qswst_m</span>,
2244	<span style="font-family: monospace;">tswst</span>
2245	and <span style="font-family: monospace;">tswst_m</span>
2246	are used to store this flux. Use of fluxes are controlled with new
2247	index variable <span style="font-family: monospace;">nzt_diff</span>.
2248	A Neumann boundary condition for temperature can be applied under these
2249	conditions.<br><br>Additionally, a Dirichlet condition for
2250	temperature can be used at the top.<br><br><span style="font-weight: bold;">Attention:</span> <br>
2251	The content of the testresult-file (run control output) has changed
2252	due to this modification.</td><td style="vertical-align: top;">check_parameters,
2253	diffusion_s, flow_statistics, header, init_grid, init_3d_model,
2254	modules, parin, production_e, prognostic_equations, read_var_list,
2255	read_3d_binary, swap_timelevel, write_var_list, write_3d_binary</td></tr><tr><td> </td><td> </td><td> </td><td style="vertical-align: top;">C</td><td style="vertical-align: top;">Prognostic equations for all
2256	scalars are now solved up to gridpoint <span style="font-family: monospace;">nzt</span> (formerly <span style="font-family: monospace;">nzt-1</span>).
2257	Boundary conditions for scalars at top adjusted respectively (now
2258	applied only at <span style="font-family: monospace;">nzt+1</span>).<br><br>The
2259	default top boundary condition for temperature has been renamed to <span style="font-style: italic;">'initial_gradient'</span>.<br><br>Calls
2260	of <span style="font-family: monospace;">dvrp_output_local</span>,
2261	which were commented out for a long time, are now activated for all
2262	streams.</td><td style="vertical-align: top;">advec_s_pw,
2263	boundary_conds, calc_precipitation, check_parameters, diffusion_e,
2264	diffusion_s, impact_of_latent_heat, init_dvrp, init_pt_anomaly,
2265	modules, production_e, prognostic_equations, spline_z</td></tr><tr><td> </td><td> </td><td> </td><td style="vertical-align: top;">E</td><td style="vertical-align: top;">Bugfix: 3d-array <span style="font-family: monospace;">p</span> is not a
2266	pointer any more.<br><br>Bugfix in <span style="font-family: monospace;">init_particles</span>:
2267	<span style="font-family: monospace;">MPI_REAL</span>
2268	argument in <span style="font-family: monospace;">MPI_ALLREDUCE</span>
2269	replaced by<br><span style="font-family: monospace;">MPI_INTEGER</span>
2270	(caused error on NEC only).<br><br>Bugfix:  <span style="font-family: monospace;">ddzw</span> now
2271	dimensioned <span style="font-family: monospace;">1:nzt"+1".</span></td><td style="vertical-align: top;">diffusion_e, diffusion_s,
2272	diffusion_u, diffusion_v, diffusion_w, init_particles, modules</td></tr>
2273	</tbody>
2274	</table> <b><blink>Attention:</blink></b>
2275	If<tt> make </tt>is not used
2276	for
2277	compiling,
2278	<b>all routines</b> have to be re-compiled after every
2279	change
2280	to <b>modules.f90!</b>
2281	<br>
2282	<br>
2283	<h2><a name="Kapitel2.0"></a>2.0  How
2284	to change the model source
2285	code</h2>
2286	Änderungen, Erweiterungen oder Fehlerkorrekturen am Modellcode
2287	(gemeint
2288	sind alle Modellteile, die nicht zur benutzereigenen Software
2289	gehören)
2290	erfordern vom jeweiligen Benutzer Gruppenzugehörigkeit zur
2291	Gruppe
2292	<tt>"palm"</tt>.
2293	Zu dieser Gruppe gehören alle Benutzer, die aktiv an der
2294	Modellentwicklung
2295	mitwirken (im weiteren "Modellarbeitsgruppe" genannt).
2296	<p>Die einzelnen Quelltextdateien des Modells werden mit RCS
2297	(Revision
2298	Control System) verwaltet. Grundlegende Kenntnisse über dieses
2299	System
2300	werden im weiteren vorausgesetzt.
2301	</p><p>Änderungen am Modellcode erfordern die
2302	Durchführung
2303	bestimmter
2304	Aktionen in einer festgelegten Reihenfolge, die nun beschrieben werden
2305	sollen.
2306	</p><ol> <li>Konzeptplanung.</li> <li>Diskussion
2307	der geplanten Änderungen in der
2308	Modellarbeitsgruppe.</li> <li>Auschecken der
2309	benötigten Quelltextdateien,
2310	Durchführung der
2311	Änderungen und Test des Modells. Die Modul-Datei <tt>modules.f90</tt>
2312	sollte nur dann ausgecheckt werden, wenn dort aufgeführte
2313	Variablen
2314	verändert werden. Neu geschaffene Variablen sollten
2315	während
2316	der
2317	Testphase in ein ebenfalls temporär neu zu schaffendes Modul
2318	geschrieben
2319	werden, das von den jeweiligen Programmteilen benutzt werden muss
2320	(Einfügen
2321	entsprechender USE-Anweisungen). Die in den einzelnen Dateien
2322	durchgeführten
2323	Arbeiten müssen in den Kopfzeilen (unter "Aktuelle
2324	Aenderungen")
2325	der
2326	Dateien vermerkt werden. Dies tut man am besten noch <b>bevor</b>
2327	man
2328	die
2329	eigentlichen Änderungen durchführt (sonst droht das
2330	Vergessen...).</li> <li>Zum Abschluß der Tests
2331	sollte mit dem Modell eine
2332	Kontrollrechnung
2333	durchgeführt und die Ergebnisse mit denen des sogenannten
2334	Standardlaufes
2335	verglichen werden. Diese Rechnung ist mit der <a href="http://www.muk.uni-hannover.de/%7Eraasch/PALM_group/INSTALL/.mrun.config">Konfigurationsdatei</a>
2336	und der <a href="http://www.muk.uni-hannover.de/%7Eraasch/PALM_group/INSTALL/example_p3d">Parameterdatei</a>
2337	durchzuführen, die auch zum Testen der Modellinstallation
2338	verwendet
2339	werden (s. <a href="Anwendung/Kapitel_5.0.html">Kapitel
2340	5.0</a> der
2341	Anwenderdokumentation).
2342	Die Ergebnisdatei mit dem lokalen Namen <a href="http://www.muk.uni-hannover.de/%7Eraasch/PALM-1/Dokumentationen/Anwendung/Kapitel_3.4.html#RUN_CONTROL">RUN_CONTROL</a>
2343	ist dann mit der <a href="http://www.muk.uni-hannover.de/%7Eraasch/PALM_group/INSTALL/example_rc">Beispiel-Ergebnisdatei</a>
2344	zu vergleichen (Hinweis: Kopien der Konfigurationsdatei, Parameterdatei
2345	und Beispiel-Ergebnisdatei erhält man durch anklicken der
2346	entsprechenden
2347	Links mit der linken Maustaste bei gleichzeitig gedrückter
2348	<SHIFT>-Taste).
2349	Werden Abweichungen zwischen den beiden Ergebnisdateien festgestellt,
2350	so
2351	ist unbedingt eine Diskussion in der Modellarbeitsgruppe notwendig.</li>
2352	<li>Nach Durchführung der Tests müssen bei
2353	Bedarf die
2354	vorläufig
2355	im temporären Modul eingetragenen Variablen in die
2356	eigentlichen
2357	Module
2358	des Modells übertragen werden. Dazu ist die Modul-Datei <tt>modules.f90</tt>
2359	auszuchecken. Nach Eintrag der Variablen sollte das Modell noch einmal
2360	testweise übersetzt werden, um Sytaxfehler
2361	auszuschließen
2362	(evtl.
2363	auch noch einmal einen Probelauf starten). Die Verwendung des
2364	temporären
2365	Moduls ist aus allen entsprechenden Programmteilen zu entfernen.</li>
2366	<li>Vergabe einer neuen Versionsnummer (Variable <tt>version</tt>
2367	im
2368	Modul <tt>steuer</tt>),
2369	Bsp.: 2.3c. Kleinere Änderungen werden durch
2370	angehängten
2371	kleinen
2372	Buchstaben kenntlich gemacht, größere
2373	Änderungen durch
2374	die Zahl hinter dem Punkt. Eine Inkrementierung der Zahl vor dem Punkt
2375	geschieht nur bei ganz grundsätzlichen Revisionen des Modells,
2376	die
2377	weite Teile des Modellcodes betreffen.</li> <li>Nun
2378	können die ausgecheckten Dateien wieder eingecheckt
2379	werden.
2380	Vor
2381	dem Einchecken sind in den Dateien die Vermerke unter "Aktuelle
2382	Aenderungen"
2383	zu entfernen und beim check-in - Kommando als Log-Text anzugeben. Sie
2384	erscheinen
2385	dann in der jeweiligen Datei unter "Fruehere Aenderungen" zusammen mit
2386	der vom RCS-System vergebenen Versionsnummer (dafür sorgt die
2387	$Log:
2388	... $ - Zeile, die in jeder Quelltextdatei steht).</li> <li>Eine
2389	Zusammenfassung der durchgeführten Arbeiten ist im <a href="#Kapitel1.0">Kapitel
2390	1.0</a> einzutragen.</li> <li>Die
2391	Modellarbeitsgruppe ist über den Abschluß der
2392	durchgeführten
2393	Arbeiten zu informieren.</li>
2394	</ol><h2>
2395	<a name="Kapitel3.0"></a>3.0  Description
2396	of selected parts of the
2397	model source code</h2>
2398	<b>This chapter is still under construction (Feb. 04).</b>
2399	<p>Dieser Abschnitt verweist auf vorhandene Beschreibungen der
2400	genauen
2401	Funktionsweise einzelner, spezieller Modellteile. Dazu gehört
2402	z.B.
2403	die Beschreibung bestimmter numerischer Verfahren (auch ihr
2404	theoretischer
2405	Hintergrund), die Erklärung besonderer Prinzipien bei der
2406	Parallelisierung
2407	oder Erläuterungen zur Vorgehensweise bei der Lösung
2408	bestimmter
2409	Aufgaben (z.B. der Berechnung horizontal gemittelter
2410	Größen).
2411	<br>Die Beschreibungen liegen in jeweils getrennten Dokumenten,
2412	in der
2413	Regel als TeX- und/oder Postscript-Datei vor und sind über die
2414	folgenden
2415	Links zugänglich.
2416	<br>
2417	</p><ul> <li> <a name="UPS"></a>upstream-spline
2418	advection scheme ( <a href="Upstream_Spline/ups.ps">.ps</a>
2419	)</li> <li> <a name="Cloud_physics"></a>cloud
2420	physics module ( <a href="Cloud_physics/wolken.pdf">.pdf</a>
2421	)</li> <li> <a name="Bitkompression"></a>Datenkompression
2422	mit dem Verfahren
2423	der <a href="Bitkompression/kompression.html">Bitverschiebung</a></li>
2424	<li> <a name="Runge-kutta"></a>Runge-Kutta
2425	time integration scheme ( <a href="numerik.heiko/zeitschrittverfahren.pdf">.pdf</a>
2426	)</li>
2427	</ul><br>
2428
2429	<br>
2430	<br>
2431	<br>
2432	<br>
2433	<br>
2434	<br>
2435	<br>
2436	</body></html>

Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.

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