Berechnung von cross_uxmin(1) und cross_uxmax(1) aus den Werten von ug und vg entfernt. Lieferte falsche Wertebereiche für Plots von Vertikalprofilen, wenn im ersten Koordinatenkreuz nicht die Windgeschwindigkeiten gezeichnet wurden.

2D-Plotausgabe von u* und theta* korrigiert. Hier wurden bisher falsche Felder herausgeschrieben. 

Bei SOR-Aufrufen war bisher dp nicht initialisiert. Entsprechend geändert.

Lieferung von ausführlicheren Informationen bei Programmabbruch durch Unterschreitung des minimal erlaubten Zeitschritts.

Diese Implementierung ist noch nicht abgeschlossen. Die Simulation von Kaltluftabflüssen erfordert bisher noch Eingriffe "von Hand".

Ermittelung wahrer I/O-Zeiten für binäre Ein-/Ausgabe auf T3E-Rechnern mit TIMEF.

Diese Programmänderung erfordert auf T3E-Rechnern zwingend den Einsatz der MPI-Version mpt.1.2.0.1. In dieser neuen Version tritt auch der alte Fehler in MPI_ALLREDUCE nicht mehr auf, so daß ab jetzt mpt.1.1.0.1 nicht mehr verwendet werden muß.

Schnelle binäre I/O (s. 15/12/98) wieder abgeschaltet, da Dateien nicht wieder einlesbar sind. Druckstörung (p) wird zu Beginn auf 0 gesetzt, damit sie keine Tendenzen im ersten Zeitschritt hervorruft.

Neu:
advec_s_ups, advec_u_ups, advec_v_ups, advec_w_ups, init_advec, long_filter, spline_x, spline_y, spline_z

• Gradientenkontrolle für den nicht-parallelen Teil
• statistische Auswertung über den prozentualen Anteil des Upstream-Verfahrens an der Gesamtadvektion fuer nicht-parallelen Teil

Neu:
write_compressed

Neu:
advec_particles, init_particles, plot_particles

Neu:
plot_isosurface

Bei Galilei-Transformation wird jetzt defaultmäßig der geostrophische Wind als Translationsgeschwindigkeit verwendet (neuer Initialisierungsparameter use_ug_for_galilei_tr). Dadurch wird das verstärkte Auftreten von Schwerewellen bei höheren geostrophischen Windgeschwindigkeiten unterdrückt. 

3D-Feldvariablen (u, v, w, pt, e, km, kh) sowie einige 2D-Variablen (usws, vsws, rif, shf) sind nun als Pointer deklariert, denen nach jedem Zeitschritt neue Targets zugeordnet werden (für die benötigten  3 Zeitebenen existieren die Targets ..._1 (z.B. u_1), ..._2, ..._3). Durch die jeweilige Neuzuordnung der Targets entfällt das Umspeichern der Zeitebenen komplett (Zeitersparung: ca. 5% der Gesamtrechenzeit). 
Die Umordnung der Zeitebenen wurde ins neue UP swap_timelevel ausgelagert. 
Wichtig: Die Übersetzungszeiten haben durch die Einführung der Pointer t.w. sehr deutlich zugenommen (leap_frog benötigt jetzt z.B. ca. 60 Sekunden). Außerdem benötigt der Compiler jetzt wesentlich mehr Speicher. Der "memory"-Parameter in den Konfigurationsdateien (.mrun.config, .al.config) muss nun mindestens den Wert 60 (MB) (t3eh, t3ej2) bzw. 45 (t3eb) und 96 (vpp) haben. 
Achtung: bislang wurde diese Änderung nur für das reine Leapfrog-Verfahren getestet! 

Neue Laderoption "-D preset=nan" empfohlen (s. Beispiel-Konfigurationsdatei). Ebenso empfehlenswert für Debug-Läufe: Compileroption "-ei". Diese bewirkt einen Programmabbruch, falls mit nicht initialisierten Variablen gearbeitet wird (ist aber zeitaufwendig in der Ausführung!).

Neu:
swap_timelevel

3D-Modell:
TKE wurde bisher bei scalar_advec=bc-scheme einer zeitlichen Filterung unterzogen. Dies wird nun unterbunden. 

Die Divergenz der Impulsflüsse an der Prandtl - Schicht - Obergrenze wird nun über eine ganze Gitterweite gebildet. Die bisherige Methode lieferte im Vergleich mit Ergebnissen anderer LES-Modelle  zu große Impulsflüsse. 

Bei der Berechnung der Diffusion der Temperatur werden die Diffusionskoeffizienten nun wieder durch Mittelung für die entsprechenden  Gitterpunkte bereitgestllt. Das Maximumkriterium, das im Zuge der Implementierung des Upstream-Spline Advektionsverfahrens eingebaut wurde, bewirkte ein zu rasches Anwachsen der Grenzschicht mit der Zeit. 

Achtung: diese Änderungen haben Auswirkungen auf den Prognoseverlauf. Die Testergebnis-Datei wurde entsprechend geändert.

Zur Implementierung der Wolkenphysik waren umfangreiche Änderungen in zahlreichen Programmteilen notwendig (Beschreibung siehe unten ). Im einzelnen wurden folgende Unprogramme geändert: 
modules: 
1) Bereitstellung neuer 3D-, 2D- und 1D-Felder für die Prognose des Gesamtwassergehaltes 
2) "cloud_parameters" als neues Modul mit wolkenphysikalischen Variablen 
parin: Initialisierungsparameterliste wurde erweitert (s.u.) 
read_var_list, write_var_list, write_3d_binary: In/Output der neuen Initialisierungsparamter und Felder für Fortsetzungsläufe 
check_parameters: Initialisierung des Feuchteprofils und Ausgabe von neuen Vertikalprofilen: 
vpt: virtuelle poteniellen Temperatur,
lpt: potentielle Flüssigwassertemperatur,
q: Gesamtwassergehalt,
qv: spezifische Feuchte,
ql: Flüssigwassergehalt,
w"vpt", w*vpt*, wvpt: Auftriebsfluss (subskalig, aufgelöst, gesamt),
w"q", w*q*, wq: Wasserfluss (subs., aufg., ges.),
w"qv", w*qv*, wqv: Feuchtefluss (subs, aufg., ges.)
init_3d_model: Initialisierung aller Feuchte/Wasserfelder 
init_1d_model: Anpassung an Rechnungen mit Feuchte 
header: Headerausgaben für Feuchtebehandlung und Wolkenphysik eingefügt, außerdem Formatnummern erweitert um Platz für weitere Ausgaben zu schaffen 
leap_frog:
1) alle prognostischen Gleichungen wurden in prognostic_equations ausgelagert 
2) Aufrufe der neuen Unterprogramme (UP) compute_vpt, calc_liquid_water_content 
3) veraenderter Aufruf von diffusivities 
boundary_conds, asselin_filter, swap_timelevel, flow_statistics: Anpassung an Feuchtebehandlung 
plot2d, plot3d: Ausgabemöglichkeiten von q und ql
buoyancy: Anpassung des Autriebstermes an Feuchtebehandlung durch neue Übergabeparameter: Temperatur + Nummer des entsprechenden mittleren Temperaturprofils 
diffusion_e: Anpassung der Mischungswegberechnung an Feuchtebehandlung durch Variation der Übergabeparameter 
production_e: TKE-Produktion durch Auftriebskräfte an Feuchtebehandlung angepasst 
diffusivities: siehe diffusion_e 
prandtl-fluxes: Prandtl-Schicht fuer den Gesamtwassergehalt eingefügt 

Zusätzlich wurden folgende Unterprogramme NEU eingeführt: 
inti_cloud_physics: Initialisierung wolkenphysikalischer Parameter 
prognostic_equations: Auslagerung der prognostischen Gleichungen aus leap_frog, zusätzliche porgnostische Gleichung für den Gesamtwassergehalt 
diffusion_s: Berechnung der Diffusion skalarer Größen (Temperatur und Gesamtwassergehalt), ersetzt diffusion_pt 
calc_liquid_water_content: Berechnung des Flüssigwassergehalts 
calc_radiation: Parametrisierung langwelliger Strahlungsprozesse über des Schema der effektiven Emissivität 
calc_precipitation:Parametrisierung von Niederschlagsprozessen mit Hilfe eines vereinfachten Kesslerschemas 
impact_of_latent_heat: Berücksichtigung der durch Niederschlagsprozesse zurückbleibenden latenten Waerme innerhalb eines Gittervolumens 
compute_vpt: Berechnung der virtuellen potentiellen Temperatur 

Liste der neuen Initialisierungsparameter:

Parameter	Typ	Default	Beschreibung
moisture	L	FALSE	Ab-/Zuschalten des Gesamtwassergerhaltes als neue progn. Variable
cloud_physics	L	FALSE	Ab-/Zuschalten des Kondensationsschemas
radiation	L	FALSE	Ab-/Zuschalten des Strahlungsschemas
precipitation	L	FALSE	Ab-/Zuschalten der Niderschlagsparametrisierung
bc_q_b	C	'dirichlet'	untere Randbedingung für q (siehe auch bc_pt_b)
bc_q_t	C	'neumann'	obere RB für q (siehe auch bc_pt_t)
q_surface	R	0.0	Feuchtewert an der Erdoberfläche
q_surface_initial_change	R	0.0	vgl. pt_surface_initial_change
q_vertical_gradient	R(10)	0.0	vgl. pt_vertical_gradient
q_vertical_gradient_level	R(10)	10000.0	vgl. pt_vertical_gradient_level
surface_pressure	R	1013.25	Luftdruck an der Erdoberfläche
surface_waterflux	R	0.0	oberflächennaher Wasser/Feuchtefluss

Fortsetzungsläufe mit Daten, die mit Modellversionen kleiner 2.0 erzeugt wurden, sind aufgrund der erweiterten Initialisierungsparameterliste INKOMPATIBEL zu den Einleseroutinen der Version 2.0. Ein Update auf Version 2.0 sollte deshalb nach Abschluss eines kompletten Modelllaufs erfolgen. 

Achtung: diese Änderungen haben Auswirkungen auf den Prognoseverlauf. Die Testergebnis-Datei wurde entsprechend geändert.

Neu:
init_cloud_physics, prognostic_equations, diffusion_s, calc_liquid_water_content, calc_radiation, calc_precipitation, impact_of_latent_heat, comute_vpt

Eine weitere Ergänzung betrifft die Advektionsverfahren: 
Das Bott-Chlond Advektionsverfahren ist nun auch für Rechnungen mit Feuchte/Wolkenphysik verfügbar. 

Achtung: diese Änderungen haben Auswirkungen auf den Prognoseverlauf. Die Testergebnis-Datei wurde entsprechend geändert.

Neu:
init_dvrp, plot_dvrp

Neu:
init_slope

Einsatz der dvrp-Software wurde vollständig überarbeitet. Sie ist nun als Software-Paket optional im Modell einsetzbar. Siehe überarbeitetes Kapitel 4.5.6 in der Modelldokumentation. 

Die Prognose der Partikelverlagerung ist ebenfalls in ein optionales Software-Paket ausgelagert.

Neu:
package_parin

Neu:
close_file 

Eliminiert:
close_files

Neu:
calc_spectra, plot_spectra

Neu:
palm 

Eliminiert:
parles, module_test

Falls kein Pfad für ftpcopy existiert, werden in check_open die Dateinamen für AVS-Koordinaten- und Datendatei auf "unknown" gesetzt.

Eine weitere kleinere Änderung der Testergebnis-Daten wird dadurch verursacht, dass jetzt der Parameter adjust_mixing_length defaultmäßig .FALSE. ist und der Mischungsweg grundsätzlich zusätzlich auf  0.7 * zu   begrenzt wird. Falls adjust_mixing_length=T, wird jetzt der Mischungsweg in diffusivities analog zu diffusion_e an allen Gitterpunkten modifiziert. Achtung: Diese Änderungen können bei anderen Simulationen t.w. erhebliche Auswirkungen auf die oberflächennahen Ergebnisse haben. 

Kleinere Änderungen: In init_cloud_physics wird der Wert der Variablen surface_pressure in hPa belassen (bisher Umwandlung in Pa). 
Die Namelist-Namen der Software-Pakete sind  t.w. geändert. 
Unit 14 (binäre Ausgabe für Fortsetzungsläufe) wird jetzt im Hauptprogramm geschlossen, damit auf diese Datei noch benutzergesteuerte Ausgaben erfolgen können. 
Laufparameter werden in keinem Fall mehr auf Unit 14 ausgegeben bzw. von Unit 13 gelesen, d.h. sie gelten jetzt tatsächlich nur für den jeweils aktuellen Lauf. 
Partikeladvektion funktioniert jetzt auch zusammen mit der Galilei-Transformation. 

Restliche deutsche Variablen-, Unterprogramm- und Modulnamen wurden ins Englische übersetzt. Davon sind fast alle Programmteile betroffen (nicht in rechter Spalte aufgeführt).

Neu:
cpu_log, cpu_statistics 

Eliminiert:
asselin_filter, cpu_auswertung, cpu_zeitmessung, long_filter

Neu:
poismg

Reduzierung des Mischungsweges im Wandbereich kann wahlweise abgeschaltet werden. Für km und kh wird jetzt eine Neumann-Randbedingung am unteren Rand verwendet. Die TKE-Energieproduktionsberechnung durch Scherung des Grundstroms am unteren Rand wurde verbessert. 

Generelle Verwendung der bodennahen vertikalen Impulsflüsse in den Diffusionstermen von u und v, immer wenn diese als Randbedingung vorgegeben sind (gemäß use_surface_fluxes, - bisher wurde dies nur bei eingeschalteter Prandtl-Schicht gemacht). Schubspannungen können jetzt als Randbedingungen vorgegeben werden (allerdings unter zuhilfenahme benutzereigener Software). 

Zusätzliche Schnittstellen für benutzereigene Software in allen Tendenztermen, in flow_statistics, und für Partikel- bzw. dvrp-Programmteile (Bestimmung von Partikeleigenschaften, Festlegung von Farbtabellen). 

Achtung: Diese Änderungen können bei Simulationen mit mittlerem Wind durch die Änderungen im bereich des unteren Randes t.w. erhebliche Auswirkungen auf die oberflächennahen Ergebnisse haben.

Achtung: Der Inhalt der Testergebnis-Datei ändert sich durch diese Fehlerkorrektur.

Skalartransport sowie entsprechende Datenausgaben können durch eigene Parameter gesteuert werden (nicht mehr über die Feuchteparameter). 

Im Fall von pdims(1)=1 (eindimensionales virtuelles Prozessornetz in y-Richtung) werden die zyklischen Randbedingungen in x-Richtung durch direktes Umspeichern anstatt durch  sendrecv realisiert. Ebenso werden die Transponierungen xz, yz, zx  und zy eingespart (es wird aber weiter umsortiert). 

Im Fall von 3D-Plotausgaben Aufruf von ftpcopy-Script durch batch_scp-Script ersetzt (dient der Ermittelung von Dateizyklusnummern als Information für die AVS-fld-Datei). 

Bei fehlerhafter Eröffnung einer CPU_MEASURES-Datei werden erneute Eröffnungsversuche durchgeführt.

Fehler bei Berechnung von Ausgabezeitpunkten eliminiert (trat auf, wenn bei Fortsetzungsläufen von Ausgabeabständen 0.0 auf von Null verschiedene Werte gewechselt werden sollte). 

Achtung: Der Inhalt der Testergebnis-Datei ändert sich durch diese Fehlerkorrektur.

Neu:
asselin_filter

Modul singleton in eigenständige Datei überführt. 

Global_min_max arbeitet mit REAL*4, um Komplikationen auf 32-bit-Rechnern zu vermeiden (Datentyp MPI_2REAL müsste dort sonst auf MPI_2DOUBLE_PRECISION geändert werden).
Horizontale Geschwindigkeitskomponenten für Partikeladvektion werden exakt zwischen den jeweils benachbarten horizontalen Gitterflächen interpoliert.

Neu:
singleton

Skalare (Cache) Optimierung: Tendenzterme werden innerhalb einer großen (i,j)-Schleife berechnet, die nun jeweils die gesamte prognostische Gleichung umfasst. Schleifenindices i und j werden an die Tendenzunterprogramme als Argumente übergeben. Die Tendenzunterprogramme sind als Module geschrieben, die mittels Technik der überladenen Funktionen auch ohne diese Indices i und j aufgerufen werden können, und dann wie in früheren Versionen funktionieren (d.h. in ihnen laufen die Schleifen über alle 3 Dimensionen). Solche Teile der prognostischen Gleichungen, die globale Kommunikation beinhalten, sind vor die (i,j)-Schleife gezogen. Falls ausschließlich mit Piascek-Williams-Advektion gearbeitet wird, werden alle prognostischen Gleichungen in einer einzigen (i,j)-Schleife gerechnet.

Kommunikationsoptimierung: Zusätzliche Implementierung einer 1D-Gebietszerlegung in x-Richtung. Mit dem neuen direkten Drucklöser (poisfft_hybrid) werden dadurch 4 von 6 notwendigen Transpositionen eingespart. Die 1D-Zerlegung wird automatisch bei Verwendung dieses neuen Lösers aktiviert. Austausch von Geisterrändern in y-Richtung wird bei dieser 1D-Zerlegung durch einfache zyklische Randbedingungen ersetzt.

Kleinere Anpassungen: String-Vergleiche erfordern beim IBM-Compiler in der Regel den Einsatz der TRIM-Funktion, um überschüssige Blanks am Ende des Strings abzuschneiden (sonst liefert der Vergleich .F.).
Lokal allokierte Felder t.w. in sogenannte automatische Felder umgewandelt (günstiger, um Gefahr von eventuellen Speicherlecks zu vermeiden). Einige Feldoperationen wurden wegen schlechter Performance auf der IBM entfernt (s. pres).

Achtung: Die Übersetzung des Modells erfordert aufgrund der Vielzahl nunmehr eingesetzter Module die Verwendung des make-Mechanismus, um die korrekte Reihenfolge bei der Übersetzung der Programmteile zu gewährleisten. Die Beschreibung dieser Abhängigkeiten erfolgt in der Datei Makefile, die zusammen mit den Programmdateien abgelegt ist und ebenfalls unter RCS-Verwaltung steht.

Im User-Interface ist das Unterprogramm user_actions nun ebenfalls als Modul geschrieben und bedient sich der Methode der überladenen Funktionen. Existierende benutzereigene Software muss entsprechend angepasst werden.

Neu:
fft_for_1d_decomp, Makefile, poisfft_hybrid, 

Fehler in Berechnung der v-Komponente am unteren Rand entfernt, die für den Scherungsproduktionsterm der TKE verwendet wird (Variable v_0). Fälschlicherweise wurde zur Berechnung u(k=1) statt v(k=1) verwendet.

new:
check_for_restart

deleted:
check_cpu_time

Further optimization for IBM-Regatta-systems:
Additional optimization of the hybrid-solver for multinode usage (overlapping of communication and computation).

Further cache optimization by using strides and joining loops (hybrid_solver, pres and timestep). Joining of MPI_ALLREDUCE calls in timestep.

In case of 1d-decomposition along x only a part of the integral divisor conditions is checked, on IBM hosts a 1d-decomposition along x is the default, a switch from Poisson-FFT-solver to the hybrid-solver is made in case of 1d-decomposition along x, the hybrid-solver does not force a 1d-decomposition any more.

Array notation changed to do-loop constructs due to better performance.

Cyclic boundary conditions along y used instead of sendrecv in case of a 1d-decomposition along x. SENDRECV replaced by nonblocking routines ISEND and IRECV in exchange_horiz.f90.

Speed optimization by removing MINVAL/MAXVAL calls and by handling
the "abs" case in a different way than the min/max cases (routine global_min_max).

Calculation of deformation tensor re-designed (production_e).

STOP statements replaced by call of new subroutine local_stop, where MPI_FINALIZE is called before STOP in case of a parallel environment.

ISO2D parameter dp set to true for ibm hosts.

tend=p added in pres after calling sor method.

new:
local_stop, production_e

There are two main changes. A new vectorizable routine prognostic_equations_vec is added, where cache optimizations are undone. The tendency subroutines called by prognostic_equations_vec contain the full 3d-loops (compared with the cache-optimized versions where only loops over k are carried out). Additionally, a new pressure solver poisfft_hybrid_vec is added, which requires a 1d-domain-decomposition (like poisfft_hybrid). In this solver, a very fast FFT from Clive Temperton (ECMWF) is  optionally available by choosing fft_method = 'temperton-algorithm'. 

Additional changes in flow_statistics to allow better vectorization.

Small changes in routines diffusivities and pres which caused run time errors on IBM and NEC due to compiler problems.

Reading of environment variable tasks_per_node moved from routine poisfft_hybrid to routine parin.

Changes in makefile: modules and user_interface now depend on the f90 files, dependency of singleton added, LDFLAGS moved to the end of PROG rule, temperton_fft added.

new:
temperton_fft

Optional system-specific random number generator available (for equal distributed numbers).

Define strings in all relevant subroutines changed from 

     #if defined( define_string )

to

     #if defined( __define_string )

Caution: The relevant subroutines are NOT listed in the right column!

Temperton fft can now be used for all hosts and every domain decomposition. Abort in case of Temperton fft, if number of gridpoints along x and/or y contain illegal factors. 

Index values for the extrema found in global_min_max are limited to the range 0..nx, 0..ny (on IBM machines -1 and nx+1/ny+1 occured which produced different RUN_CONTROL output compared to other machines).

Output format of iteration count in routine run_control enlarged.

Header output for mixing length limitations revised.

So far, only absolutely neccessary changes have been done (possible optimizations will follow in a later version):

New time measurements for Linux (ifc) environment added.

Some parameters in MPI calls had to be modified (arrays had to be replaced by the first element of the regarding array) in order to fulfill f90 type and rank requirements, since on the MUK-cluster a FORTRAN90-version of MPI is used. This also required to replace "mpif.h" by using a special module (named mpi).  I did not find out how character strings can be send with MPI. Therefore, these strings are transformed to integers, before they are send, and transformed back to characters on the receiving PE.

On the MUK-cluster, only PE0 is able to read the values of environment variables. Therefore, these values are communicated via broadcast to the other PEs.

1d-decomposition is set as the default on Linux Clusters. Character strings have to be transformed to integer

Smaller changes:

Batch_scp paths for IBM, NEC and Linux added

Error concerning the multinode-version of poisfft_hybrid removed. It was caused by the Linux changes of version 2.7 and led to program abort due to MPI errors in MPI_ALLTOALL.

No abort on t3e-systems if system specific routines are used.

Array sums is initialized in init_3d_model before the first call of pres. Call of init_cloud_physics moved before init_particles.

Particle groups implemented. New data type particle_groups_type and data type particle_type modified. Version numbers are output on the particle files. New particles_par parameter diameter. Parameter name uniform_psize changed to dvrp_psize. Parameters density_ratio is now an array.

Buffer is flushed for file RUN_CONTROL immediately after every output on IBM and Linux cluster.

Information about the time of the last timestep change added to the restart file.

System call of batch_scp on IBM corrected.

When using Runge-Kutta schemes,  the timestep increment is freely allowed to adjust after each timestep (the older schemes are using some restrictions, see routine timestep). Also, routine run_control is not automatically called in case of timestep changes, when Runge-Kutta schemes are switched on.

The old leapfrog scheme is still implemented and should produce the same results as in the previous version(s)!

Depending on the user experience, further adjustments to the Runge-Kutta schemes may be necessary within the next minor versions. 

Attention:
The content of the testresult-file (run control output) has significantly changed due to the new default timestep scheme!

new:
timestep_scheme_steering

Type log (used for cpu time measurements) changed to logpoint due to name conflict with FORTRAN intrinsic log.

This change should not effect simulation results and cpu time in any way.

Attention:
The content of the testresult-file (run control output) has changed due to this modification.

• The cloud droplet code has been optimized (it now runs about 100 times faster than before).
• Output of time-averaged 2d/3d data (sections / volume data) is possible.
• Output of 2d-section data averaged along the direction normal to this section can be done.
• The user-interface has been extended in order to allow 2d-/3d-output of user-defined quantities.

• Use of particle tails now requires setting of the new package-parameter use_particle_tails. The new parameter skip_particles_for_tail allows only every skip_particle_for_tail'th parameter having a tail.
• Initialization-parameter e_min can be used to set a lower limit for the subgrid-scale TKE (i.e. to guarantee a lower limit for the flow's Reynolds-number).
• A conservation of the volume flow (through the complete xz- and yz-sections  of the total domain) can be enforced by the new initialization-parameter conserve_volume_flow.
• Data output can be skipped for a given time interval from simulation start (t=0) using new runtime-parameters skip_time_dopr, skip_time_dosp, skip_time_do2d_xy, skip_time_do2d_xz, skip_time_do2d_yz, and skip_time_do3d.
  
• By default, NetCDF output is now using 64-bit offset format (large file support) on most machines. The user can switch to the 32-bit offset format with the new runtime-parameter netcdf_64bit. Units 111:113  and 116 are opened for NetCDF output of time-averaged 2d-3d data.
  
• Data logging routines are added (see file data_log.f90), which can be used for debugging purposes. Output is done on unit 20 (local file name/directory name DATA_LOG).
• New routine exchange_horiz_2d_int for  ghostpoint exchange of 2d-integer arrays. Routine exchange_horiz_2d is extended for non-cyclic boundary conditions in the non-parallel case.
• Two different methods for calculating the mixing length and the dissipation can be used in the 1d-model. These are steered by the new initializing-parameters dissipation_1d and mixing_length_1d.
  

• An additional prognostic equation for salinity is solved.
• Potential temperature in buoyancy and stability-related terms is replaced by potential density.
• Potential density is calculated from the equation of state for seawater after each timestep, using the algorithm proposed by Jackett et al. (2006, J. Atmos. Oceanic Technol., 23, 1709-1728).
  So far, only the initial hydrostatic pressure is entered into this equation.
• z=0 (sea surface) is assumed at the model top (vertical grid index k=nzt on the w-grid), with negative values of z indicating the depth.
• Initial profiles are constructed (e.g. from pt_vertical_gradient / pt_vertical_gradient_level) starting from the sea surface, using surface values given by pt_surface, sa_surface, ug_surface, and vg_surface.
• Zero salinity flux is used as default boundary condition at the bottom of the sea.
• If switched on, random perturbations are by default imposed to the upper model domain from zu(nzt*2/3) to zu(nzt-3).