Ignore:
Timestamp:
May 2, 2012 1:51:44 PM (12 years ago)
Author:
maronga
Message:

bugfixes in parameter file check, adapted for lcxe6 (was lcxt4), new mrun.config parameter %login_init_cmd introduced

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • palm/trunk/SCRIPTS/.mrun.config.imuk

    • Property svn:keywords set to Id
    r537 r892  
    88%add_source_path   $base_directory/USER_CODE/$fname
    99%depository_path   $base_directory/MAKE_DEPOSITORY
    10 %use_makefile      true
     10#%use_makefile      true
    1111#
    1212# Enter your own host below by adding another line containing in the second
     
    1515# first characters of the host identifier should be "lc" (Linux cluster), "ibm"
    1616# (IBM-AIX), or "nec" (NEC-SX), respectively.
    17 %host_identifier   service100  lcsgih
    18 %host_identifier   r1*         lcsgih
    19 %host_identifier   h01*        lcsgih
    20 %host_identifier   r2*         lcsgib
    21 %host_identifier   b01*        lcsgib
    22 %host_identifier   gallego     lcmuk
    23 %host_identifier   nid00*      lcxt4
    2417#
    25 %remote_username   maronga     lcmuk parallel
    26 %tmp_user_catalog  /tmp                                          lcmuk parallel
    27 %compiler_name     mpif90                                        lcmuk parallel
    28 %compiler_name_ser ifort                                         lcmuk parallel
    29 %cpp_options       -D__mpi2:-DMPI_REAL=MPI_DOUBLE_PRECISION:-DMPI_2REAL=MPI_2DOUBLE_PRECISION:-D__netcdf:-D__netcdf_64bit   lcmuk parallel
    30 %netcdf_inc        -I:/muksoft_64/packages/netcdf/3.6.3/include            lcmuk parallel
    31 %netcdf_lib        -L/muksoft_64/packages/netcdf/3.6.3/lib:-lnetcdf        lcmuk parallel
    32 %fopts             -axW:-cpp:-r8:-nbs:-convert:little_endian:-I:/muksoft_64/packages/mpich2/2.1.0.5/include     lcmuk parallel
    33 %lopts             -axW:-cpp:-r8:-nbs:-Vaxlib:-L:/muksoft_64/packages/mpich2/2.1.0.5/lib                    lcmuk parallel
    34 #%hostfile          $base_directory/.hostfile                    lcmuk parallel
     18%host_identifier   inferno      lcmuk
    3519#
    36 #%remote_username  maronga      lcmuk
    37 %tmp_user_catalog  /tmp                                          lcmuk
    38 %compiler_name     ifort                                         lcmuk
    39 %cpp_options       -D__netcdf:-D__netcdf_64bit                   lcmuk
    40 %netcdf_inc        -I:/muksoft_64/packages/netcdf/3.6.3/include       lcmuk
    41 %netcdf_lib        -L/muksoft_64/packages/netcdf/3.6.3/lib:-lnetcdf   lcmuk
    42 %fopts             -axW:-cpp:-r8:-nbs:-convert:little:endian     lcmuk
    43 %lopts             -axW:-cpp:-r8:-nbs:-Vaxlib                    lcmuk
     20# version 02/05/2012
     21%remote_username   <replace by your IMUK username>                             lcmuk
     22#%tmp_user_catalog /home/<replace by your IMUK username>/palm/tmp/             lcmuk
     23%compiler_name     ifort                                                       lcmuk
     24%compiler_name_ser ifort                                                       lcmuk
     25%cpp_options       -cpp:-D__netcdf                                             lcmuk
     26%netcdf_inc        -I:/muksoft/packages/netcdf/3.6.3/include                   lcmuk
     27%netcdf_lib        -L/muksoft/packages/netcdf/3.6.3/lib:-lnetcdf               lcmuk
     28%mopts             -j:4                                                        lcmuk
     29%fopts             -fltconsistency:-O3:-cpp:-r8:-nbs:-convert:little_endian    lcmuk
     30%lopts             -fltconsistency:-O3:-cpp:-r8:-nbs:-Vaxlib                   lcmuk
    4431#
    45 %remote_username  maronga                                        lcmuk trace
    46 %tmp_user_catalog  /tmp                                          lcmuk trace
    47 %compiler_name     ifort                                         lcmuk trace
    48 %cpp_options       -D__netcdf:-D__netcdf_64bit                   lcmuk trace
    49 %netcdf_inc        -I:/muksoft_64/packages/netcdf/3.6.3/include       lcmuk trace
    50 %netcdf_lib        -L/muksoft_64/packages/netcdf/3.6.3/lib:-lnetcdf   lcmuk trace
    51 %fopts             -axW:-cpp:-g:-CB:-inline_debug_info:-r8:-nbs:-convert:little:endian     lcmuk trace
    52 %lopts             -axW:-cpp:-g:-CB:-inline_debug_info:-r8:-nbs:-Vaxlib                    lcmuk trace
     32# version 02/05/2012
     33%remote_username   <replace by your IMUK username>                             lcmuk parallel
     34#%tmp_user_catalog /home/<replace by your IMUK username>/palm/tmp/             lcmuk parallel
     35%compiler_name     mpif90                                                      lcmuk parallel
     36%compiler_name_ser ifort                                                       lcmuk parallel
     37%cpp_options       -cpp:-DMPI_REAL=MPI_DOUBLE_PRECISION:-DMPI_2REAL=MPI_2DOUBLE_PRECISION:-D__netcdf  lcmuk parallel
     38%netcdf_inc        -I:/muksoft/packages/netcdf/3.6.3/include                   lcmuk parallel
     39%netcdf_lib        -L/muksoft/packages/netcdf/3.6.3/lib:-lnetcdf               lcmuk parallel
     40%mopts             -j:4                                                        lcmuk parallel
     41%fopts             -axW:-O3:-cpp:-openmp:-r8:-fp-model:precise:-ftz:-fno-alias:-no-prec-div:-no-prec-sqrt:-ip:-nbs:-convert:little_endian  lcmuk parallel
     42%lopts             -axW:-O3:-cpp:-openmp:-r8:-fp-model:precise:-ftz:-fno-alias:-no-prec-div:-no-prec-sqrt:-ip:-nbs:-Vaxlib                 lcmuk parallel
     43#%hostfile          $base_directory/.hostfile                                  lcmuk parallel
    5344#
    54 %sgi_feature       ice                                        lcsgih parallel
    55 %remote_username   nikmaron                                   lcsgih parallel
    56 %compiler_name     mpif90                                     lcsgih parallel
    57 %compiler_name_ser ifort                                      lcsgih parallel
    58 %mpilib            mvapich2/1.2.0-intel                       lcsgih parallel
    59 %cpp_options       -DMPI_REAL=MPI_DOUBLE_PRECISION:-DMPI_2REAL=MPI_2DOUBLE_PRECISION:-D__netcdf:-D__netcdf_64bit   lcsgih parallel
    60 %netcdf_inc        -I:/sw/dataformats/netcdf/3.6.2/include    lcsgih parallel
    61 %netcdf_lib        -L/sw/dataformats/netcdf/3.6.2/lib:-lnetcdf:-lnetcdff      lcsgih parallel
    62 %fopts             -g:-w:-xT:-O3:-cpp:-r8:-ftz:-fno-alias:-no-prec-div:-no-prec-sqrt:-ip:-nbs:-convert:little_endian  lcsgih parallel
    63 %lopts             -g:-w:-xT:-O3:-cpp:-r8:-ftz:-fno-alias:-no-prec-div:-no-prec-sqrt:-ip:-nbs:-Vaxlib   lcsgih parallel
    64 #%tmp_data_catalog  /gfs1/work/nikmaron/palm_restart_data                             lcsgih parallel
    65 #%tmp_user_catalog  /gfs1/tmp/nikmaron                                                lcsgih parallel
    66 #
    67 %sgi_feature       ice                                        lcsgih parallel debug
    68 %remote_username   nikmaron                                   lcsgih parallel debug
    69 %totalview         true                                       lcsgih parallel debug
    70 %compiler_name     mpif90                                     lcsgih parallel debug
    71 %compiler_name_ser ifort                                      lcsgih parallel debug
    72 %mpilib            mvapich2/1.2.0-intel                       lcsgih parallel debug
    73 %cpp_options       -DMPI_REAL=MPI_DOUBLE_PRECISION:-DMPI_2REAL=MPI_2DOUBLE_PRECISION:-D__netcdf:-D__netcdf_64bit   lcsgih parallel debug
    74 %netcdf_inc        -I:/sw/dataformats/netcdf/3.6.2/include    lcsgih parallel debug
    75 %netcdf_lib        -L/sw/dataformats/netcdf/3.6.2/lib:-lnetcdf:-lnetcdff      lcsgih parallel debug
    76 %fopts             -C:-fpe0:-debug:-traceback:-g:-w:-xT:-O0:-cpp:-r8:-ftz:-fno-alias:-no-prec-div:-no-prec-sqrt:-ip:-nbs:-convert:little_endian  lcsgih parallel debug
    77 %lopts             -C:-fpe0:-debug:-traceback:-g:-w:-xT:-O0:-cpp:-r8:-ftz:-fno-alias:-no-prec-div:-no-prec-sqrt:-ip:-nbs:-Vaxlib           lcsgih parallel debug
    78 #%tmp_data_catalog  /gfs1/work/nikmaron/palm_restart_data      lcsgih parallel debug
    79 #%tmp_user_catalog  /gfs1/tmp/nikmaron                         lcsgih parallel debug
    80 #
    81 %sgi_feature       ice                                        lcsgib parallel
    82 %remote_username   nikmaron                                   lcsgib parallel
    83 %compiler_name     mpif90                                     lcsgib parallel
    84 %compiler_name_ser ifort                                      lcsgib parallel
    85 %mpilib            mvapich2/1.2.0-intel                       lcsgib parallel
    86 %cpp_options       -DMPI_REAL=MPI_DOUBLE_PRECISION:-DMPI_2REAL=MPI_2DOUBLE_PRECISION:-D__netcdf:-D__netcdf_64bit   lcsgib parallel
    87 %netcdf_inc        -I:/sw/dataformats/netcdf/3.6.2/include    lcsgib parallel
    88 %netcdf_lib        -L/sw/dataformats/netcdf/3.6.2/lib:-lnetcdf:-lnetcdff      lcsgib parallel
     45# version 02/05/2012
     46%remote_username   <replace by your IMUK username>                             lcmuk parallel trace
     47#%tmp_user_catalog /home/<replace by your IMUK username>/palm/tmp/             lcmuk parallel trace
     48%compiler_name     mpif90                                                      lcmuk parallel trace
     49%compiler_name_ser ifort                                                       lcmuk parallel trace
     50%cpp_options       -DMPI_REAL=MPI_DOUBLE_PRECISION:-DMPI_2REAL=MPI_2DOUBLE_PRECISION:-D__netcdf   lcmuk parallel trace
     51%netcdf_inc        -I:/muksoft/packages/netcdf/3.6.3/include            lcmuk parallel trace
     52%netcdf_lib        -L/muksoft/packages/netcdf/3.6.3/lib:-lnetcdf        lcmuk parallel trace
     53%fopts             -C:-check:nooutput_conversion:-openmp:-fpe0:-debug:-traceback:-g:-w:-xT:-O0:-cpp:-r8:-ftz:-fno-alias:-no-prec-div:-no-prec-sqrt:-ip:-nbs:-convert:little_endian  lcmuk parallel trace
     54%lopts             -C:-check:nooutput_conversion:-openmp:-fpe0:-debug:-traceback:-g:-w:-xT:-O0:-cpp:-r8:-ftz:-fno-alias:-no-prec-div:-no-prec-sqrt:-ip:-nbs:-Vaxlib                 lcmuk parallel trace
    8955
    90 %fopts             -g:-w:-xT:-O3:-cpp:-r8:-ftz:-fno-alias:-no-prec-div:-no-prec-sqrt:-ip:-nbs:-convert:little_endian  lcsgib parallel
    91 %lopts             -g:-w:-xT:-O3:-cpp:-r8:-ftz:-fno-alias:-no-prec-div:-no-prec-sqrt:-ip:-nbs:-Vaxlib   lcsgib parallel
    92 #%tmp_data_catalog  /gfs1/work/nikmaron/palm_restart_data                             lcsgib parallel
    93 #%tmp_user_catalog  /gfs1/tmp/nikmaron                                                lcsgib parallel
    94 #
    95 %sgi_feature       ice                                        lcsgib parallel debug
    96 %remote_username   nikmaron                                   lcsgib parallel debug
    97 %compiler_name     mpif90                                     lcsgib parallel debug
    98 %compiler_name_ser ifort                                      lcsgib parallel debug
    99 %mpilib            mvapich2/1.2.0-intel                       lcsgib parallel debug
    100 %cpp_options       -DMPI_REAL=MPI_DOUBLE_PRECISION:-DMPI_2REAL=MPI_2DOUBLE_PRECISION:-D__netcdf:-D__netcdf_64bit   lcsgib parallel debug
    101 %netcdf_inc        -I:/sw/dataformats/netcdf/3.6.2/include    lcsgib parallel debug
    102 %netcdf_lib        -L/sw/dataformats/netcdf/3.6.2/lib:-lnetcdf:-lnetcdff      lcsgib parallel debug
    103 %fopts             -C:-fpe0:-debug:-traceback:-g:-w:-xT:-O0:-cpp:-r8:-ftz:-fno-alias:-no-prec-div:-no-prec-sqrt:-ip:-nbs:-convert:little_endian  lcsgib parallel debug
    104 %lopts             -C:-fpe0:-debug:-traceback:-g:-w:-xT:-O0:-cpp:-r8:-ftz:-fno-alias:-no-prec-div:-no-prec-sqrt:-ip:-nbs:-Vaxlib           lcsgib parallel debug
    105 #%tmp_data_catalog  /gfs1/work/nikmaron/palm_restart_data      lcsgib parallel debug
    106 #%tmp_user_catalog  /gfs1/tmp/nikmaron                         lcsgib parallel debug
    107 
    108 #
    109 %remote_username     bjornm         lcxt4 parallel
    110 %tmp_user_catalog    /work/bjornm   lcxt4 parallel
    111 %tmp_data_catalog    /work/bjornm/PALM_RESTART_DATA  lcxt4 parallel
    112 #%job_catalog         /work/bjornm/job_queue lcxt4 parallel
    113 %compiler_name       ftn           lcxt4 parallel
    114 %compiler_name_ser   ftn           lcxt4 parallel
    115 %cpp_options        -DMPI_REAL=MPI_DOUBLE_PRECISION:-DMPI_2REAL=MPI_2DOUBLE_PRECISION:-D__netcdf:-D__intel_openmp_bug   lcxt4 parallel
    116 %netcdf_inc         -I/work/apps/netcdf-3.6.2-cnl-pgi/include      lcxt4 parallel
    117 %netcdf_lib         -L/work/apps/netcdf-3.6.2-cnl-pgi/lib:-lnetcdf lcxt4 parallel
    118 %fopts              -fastsse:-Mpreprocess:-r8:-Mnobackslash        lcxt4 parallel
    119 %lopts              -fastsse:-Mpreprocess:-r8:-Mnobackslash        lcxt4 parallel
    120 #%fopts              -Mbounds:-fastsse:-Mpreprocess:-r8:-Mnobackslash        lcxt4 parallel
    121 #%lopts              -Mbounds:-fastsse:-Mpreprocess:-r8:-Mnobackslash        lcxt4 parallel
    122 
    123 %email_notification  maronga@muk.uni-hannover.de                 lcxt4 parallel
    124 #
    12556%write_binary                true                             restart
    12657#
    12758#----------------------------------------------------------------------------
    128 # INPUT-commands, executed before running PALM - lines must start with "IC:" 
     59# INPUT-commands, executed before running PALM - lines must start with "IC:"
    12960#----------------------------------------------------------------------------
    13061#IC:
     
    14677# Combine all particle information files
    14778OC:[[ -f PARTICLE_INFOS/_0000 ]]  &&  cat  PARTICLE_INFOS/* >> PARTICLE_INFO
    148 #
    149 # Collect plot data (2d/3d) into one file
    150 OC:combine_plot_fields.x
    15179#
    15280#----------------------------------------------------------------------------
     
    182110CPU_MEASURES      out:loc:tra  d3f     $base_data/$fname/MONITORING  _cpu
    183111#
    184 DATA_1D_PR_NETCDF    out:loc:tr   pr#:prf   $base_data/$fname/OUTPUT  _pr     nc
    185 #DATA_1D_PR_NETCDF    out:loc      pr#:prf   $base_data/$fname/OUTPUT  _pr     nc
    186 DATA_1D_SP_NETCDF    out:loc:tr   sp#:spf   $base_data/$fname/OUTPUT  _sp     nc
    187 DATA_1D_TS_NETCDF    out:loc:tr   ts#:tsf   $base_data/$fname/OUTPUT  _ts     nc
    188 DATA_1D_PTS_NETCDF   out:loc:tr   pts#:ptsf $base_data/$fname/OUTPUT  _pts    nc
    189 DATA_2D_XY_NETCDF    out:loc:tr   xy#:xyf   $base_data/$fname/OUTPUT  _xy     nc
    190 DATA_2D_XY_AV_NETCDF out:loc:tr   xy#:xyf   $base_data/$fname/OUTPUT  _xy_av  nc
    191 DATA_2D_XZ_NETCDF    out:loc:tr   xz#:xzf   $base_data/$fname/OUTPUT  _xz     nc
    192 DATA_2D_XZ_AV_NETCDF out:loc:tr   xz#:xzf   $base_data/$fname/OUTPUT  _xz_av  nc
    193 DATA_2D_YZ_NETCDF    out:loc:tr   yz#:yzf   $base_data/$fname/OUTPUT  _yz     nc
    194 DATA_2D_YZ_AV_NETCDF out:loc:tr   yz#:yzf   $base_data/$fname/OUTPUT  _yz_av  nc
    195 DATA_3D_NETCDF       out:loc:tr   3d#:3df   $base_data/$fname/OUTPUT  _3d     nc
    196 DATA_3D_AV_NETCDF    out:loc:tr   3d#:3df   $base_data/$fname/OUTPUT  _3d_av  nc
     112DATA_1D_PR_NETCDF    out:loc:tr   pr#:prf   $base_data/$fname/OUTPUT  _pr      nc
     113DATA_1D_SP_NETCDF    out:loc:tr   sp#:spf   $base_data/$fname/OUTPUT  _sp      nc
     114DATA_1D_TS_NETCDF    out:loc:tr   ts#:tsf   $base_data/$fname/OUTPUT  _ts      nc
     115DATA_1D_PTS_NETCDF   out:loc:tr   pts#:ptsf $base_data/$fname/OUTPUT  _pts     nc
     116DATA_2D_XY_NETCDF    out:loc:tr   xy#:xyf   $base_data/$fname/OUTPUT  _xy      nc
     117DATA_2D_XY_AV_NETCDF out:loc:tr   xy#:xyf   $base_data/$fname/OUTPUT  _xy_av   nc
     118DATA_2D_XZ_NETCDF    out:loc:tr   xz#:xzf   $base_data/$fname/OUTPUT  _xz      nc
     119DATA_2D_XZ_AV_NETCDF out:loc:tr   xz#:xzf   $base_data/$fname/OUTPUT  _xz_av   nc
     120DATA_2D_YZ_NETCDF    out:loc:tr   yz#:yzf   $base_data/$fname/OUTPUT  _yz      nc
     121DATA_2D_YZ_AV_NETCDF out:loc:tr   yz#:yzf   $base_data/$fname/OUTPUT  _yz_av   nc
     122DATA_3D_NETCDF       out:loc:tr   3d#:3df   $base_data/$fname/OUTPUT  _3d      nc
     123DATA_3D_AV_NETCDF    out:loc:tr   3d#:3df   $base_data/$fname/OUTPUT  _3d_av   nc
    197124DATA_MASK_01_NETCDF    out:loc:tr ma#:maf   $base_data/$fname/OUTPUT  _m01     nc
    198125DATA_MASK_01_AV_NETCDF out:loc:tr ma#:maf   $base_data/$fname/OUTPUT  _m01_av  nc
     
    235162DATA_MASK_20_NETCDF    out:loc:tr ma#:maf   $base_data/$fname/OUTPUT  _m20     nc
    236163DATA_MASK_20_AV_NETCDF out:loc:tr ma#:maf   $base_data/$fname/OUTPUT  _m20_av  nc
    237 DATA_PRT_NETCDF      out:loc:pe   prt#:prtf $base_data/$fname/OUTPUT  _prt    nc
    238 DATA_PRT_NETCDF      out:loc:trpe prt#:prtf $base_data/$fname/OUTPUT  _prt    nc
    239 DATA_DVR             out:loc:trpe dvr       $base_data/$fname/OUTPUT  _dvr 
     164DATA_PRT_NETCDF      out:loc:pe   prt#:prtf $base_data/$fname/OUTPUT  _prt     nc
     165DATA_PRT_NETCDF      out:loc:trpe prt#:prtf $base_data/$fname/OUTPUT  _prt     nc
     166DATA_DVR             out:loc:trpe dvr       $base_data/$fname/OUTPUT  _dvr
    240167#
    241168DVRP_LOG          out:loc:tr   dv#       $base_data/$fname/MONITORING  _dvrp_log
     
    244171PARTICLE_INFO     out:loc:tra  ptf       $base_data/$fname/MONITORING  _prt_info
    245172PARTICLE_DATA     out:loc:flpe prt#:prtf $base_data/$fname/OUTPUT      _prt_dat
    246 
     173# A BLANK LINE MUST FOLLOW
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.