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Line 
1/******************************************************************************
2
3  KPP - The Kinetic PreProcessor
4        Builds simulation code for chemical kinetic systems
5
6  Copyright (C) 1995-1996 Valeriu Damian and Adrian Sandu
7  Copyright (C) 1997-2005 Adrian Sandu
8
9  KPP is free software; you can redistribute it and/or modify it under the
10  terms of the GNU General Public License as published by the Free Software
11  Foundation (http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html); either version 2 of the
12  License, or (at your option) any later version.
13
14  KPP is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY
15  WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS
16  FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU General Public License for more
17  details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License along
20  with this program; if not, consult http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html or
21  write to the Free Software Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330,
22  Boston, MA  02111-1307,  USA.
23
24  Adrian Sandu
25  Computer Science Department
26  Virginia Polytechnic Institute and State University
27  Blacksburg, VA 24060
28  E-mail: sandu@cs.vt.edu
29
30******************************************************************************/
31
32/******************************************************************************
33  bug fixes for upgrading from yacc to bison implemented by Rolf Sander,
34  following suggestions from Jason Lander <jason@env.leeds.ac.uk>
35******************************************************************************/
36
37%s CMD_STATE INC_STATE MOD_STATE INT_STATE
38%s PRM_STATE DSP_STATE SSP_STATE INI_STATE EQN_STATE EQNTAG_STATE
39%s RATE_STATE LMP_STATE CR_IGNORE SC_IGNORE ATM_STATE LKT_STATE INL_STATE
40%s MNI_STATE TPT_STATE USE_STATE
41%s COMMENT COMMENT2 EQN_ID
42%x INL_CODE
43
44%{
45  #include <string.h> /* strcpy, strlen */
46  #include "gdata.h"
47  #include "scan.h"
48  #include "y.tab.h"
49
50  void Include ( char * filename );
51  int EndInclude();
52
53  int crt_line_no = 1;
54  char *crt_filename;
55
56  #define MAX_INCLUDE 10
57 
58  YY_BUFFER_STATE yy_buffers[ MAX_INCLUDE ];
59  int yy_line_no[ MAX_INCLUDE ];
60  char *yy_filename[ MAX_INCLUDE ];
61  int yy_buf_level = 0;
62 
63  char crtToken[100];
64  char nextToken[100];
65  int crtTokType;
66  int nextTokType;
67  int crtLine;
68  char crtFile[100];
69  char crt_rate[100];
70
71  int oldnErr = 0;
72
73  int idx;
74  int oldstate;
75  extern int yyerrflag;
76
77  typedef struct {
78                   char *name;
79                   int next;
80                   int cmd;
81                 } KEYWORD;
82
83  KEYWORD keywords[];
84
85  int CheckKeyword( char *cmd );
86
87#define RETURN( x ) \
88        if(1) { \
89          if ( yyerrflag == 0) { \
90            strcpy( crtToken, nextToken ); \
91            crtTokType = nextTokType; \
92            crtLine = crt_line_no; \
93            strcpy( crtFile, crt_filename ); \
94          } \
95          strcpy( nextToken, yytext); \
96          nextTokType = x; \
97          return (x); \
98        }
99%}
100
101
102BT      [ \t]
103SPACE   [ \t]
104CR      [\n]
105TAG     [a-zA-Z_0-9]+
106STRING  [^ \t\n{}#;]+
107
108LIT     [a-zA-Z_]
109CIF     [0-9]
110
111IDSPC   {LIT}[a-zA-Z_0-9]*
112
113NR      {CIF}*
114NRS     [+-]?{CIF}+
115REAL    {NRS}?"."?{NR}
116UREAL   {NR}?"."?{NR}
117FLOAT   {REAL}([eE]{NRS})?
118UFLOAT  {UREAL}([eE]{NRS})?
119
120%%
121{SPACE}+                {
122                        } 
123#                       { BEGIN CMD_STATE;
124                        }
125\{                      { oldstate = (yy_start - 1) / 2;
126                          BEGIN COMMENT;
127                        }
128\/\/                    { oldstate = (yy_start - 1) / 2;
129                          BEGIN COMMENT2;
130                        }
131<COMMENT>[^\}\n]*       {
132                        }
133<COMMENT>\}             { BEGIN oldstate;
134                        }   
135<COMMENT2>[^\n]*        {
136                        }
137<COMMENT2>{CR}          { crt_line_no++;
138                          BEGIN oldstate;
139                        }   
140{CR}                    { crt_line_no++;
141                        }
142<CMD_STATE>{STRING}     { idx = CheckKeyword( yytext );
143                          if ( idx < 0 ) {
144                            BEGIN CR_IGNORE;
145                            break;
146                          }
147                          BEGIN keywords[idx].next;
148                          if ( keywords[idx].cmd ) {
149                            crt_section = keywords[idx].cmd;
150                            RETURN( keywords[idx].cmd );
151                          }
152                        }
153<INC_STATE>{STRING}     { Include( IncName(yytext) );
154                          BEGIN CR_IGNORE;
155                        }
156<MOD_STATE>{STRING}     { Include( ModelName(yytext) );
157                          BEGIN CR_IGNORE;
158                        }
159<INT_STATE>{STRING}     { Include( IntegName(yytext) );
160                          BEGIN CR_IGNORE;
161                        }
162<PRM_STATE>{STRING}     { strcpy( yylval.str, yytext );
163                          BEGIN CR_IGNORE;                         
164                          RETURN( PARAMETER );
165                        }
166<CR_IGNORE>{STRING}     { ScanError("Extra parameter on command line '%s'", yytext);
167                        }
168<ATM_STATE>{IDSPC}      { strcpy( yylval.str, yytext );
169                          RETURN( ATOMID );
170                        }
171<ATM_STATE>;            { RETURN( yytext[0] );
172                        }
173<DSP_STATE>{IDSPC}      { strcpy( yylval.str, yytext );
174                          RETURN( SPCSPC );
175                        }
176<DSP_STATE>{NR}         { strcpy( yylval.str, yytext );
177                          RETURN( SPCNR );
178                        }
179<DSP_STATE>[=]          { RETURN( SPCEQUAL );
180                        }
181<DSP_STATE>[+]          { RETURN( SPCPLUS );
182                        }
183<DSP_STATE>;            { RETURN( yytext[0] );
184                        }
185<DSP_STATE>[^;#]        { ScanError("Invalid character '%c' in species definition", yytext[0] );
186                        }
187<SSP_STATE>{IDSPC}      { strcpy( yylval.str, yytext );
188                          RETURN( SSPID );
189                        }
190<SSP_STATE>;            { RETURN( yytext[0] );
191                        }
192<INI_STATE>{IDSPC}      { strcpy( yylval.str, yytext );
193                          RETURN( INISPC );
194                        }
195<INI_STATE>[=]          { RETURN( INIEQUAL );
196                        }
197<INI_STATE>;            { RETURN( yytext[0] );
198                        }
199<INI_STATE>{FLOAT}      { strcpy( yylval.str, yytext );
200                          RETURN( INIVALUE );
201                        }
202<INI_STATE>[^=;#]       { ScanError("Invalid character '%c' in initial values", yytext[0] );
203                        }
204<EQN_STATE>{IDSPC}      { strcpy( yylval.str, yytext );
205                          RETURN( EQNSPC );
206                        }
207<EQN_STATE>[=]          { RETURN( EQNEQUAL );
208                        }
209<EQN_STATE>{UFLOAT}     { strcpy( yylval.str, yytext );
210                          RETURN( EQNCOEF );
211                        }
212<EQN_STATE>[:]          { BEGIN RATE_STATE;
213                          *crt_rate = 0;
214                          RETURN( EQNCOLON );
215                        }
216<EQN_STATE>[+-]         { strcpy( yylval.str, yytext );
217                          RETURN( EQNSIGN );
218                        }
219<EQN_STATE>[<]          { BEGIN EQNTAG_STATE;
220                          RETURN( EQNLESS );
221                        }
222<EQNTAG_STATE>{TAG}     { strcpy( yylval.str, yytext );
223                          RETURN( EQNTAG );
224                        }
225<EQNTAG_STATE>[>]       { BEGIN EQN_STATE;
226                          RETURN( EQNGREATER );
227                        }   
228<RATE_STATE>{STRING}    { strcpy( yylval.str, yytext );
229                          RETURN( RATE );
230                        }
231<RATE_STATE>;           { BEGIN EQN_STATE;
232                          RETURN( yytext[0] );
233                        }
234<LMP_STATE>{IDSPC}      { strcpy( yylval.str, yytext );
235                          RETURN( LMPSPC );
236                        }
237<LMP_STATE>[+]          { RETURN( LMPPLUS );
238                        }
239<LMP_STATE>[:]          { RETURN( LMPCOLON );
240                        }
241<LMP_STATE>;            { RETURN( yytext[0] );
242                        }
243<LMP_STATE>[^;#]        { ScanError("Invalid character '%c' in species definition", yytext[0] );
244                        }
245<LKT_STATE>{IDSPC}      { strcpy( yylval.str, yytext );
246                          RETURN( LKTID );
247                        }
248<LKT_STATE>;            { RETURN( yytext[0] );
249                        }
250<TPT_STATE>{IDSPC}      { strcpy( yylval.str, yytext );
251                          RETURN( TPTID );
252                        }
253<TPT_STATE>;            { RETURN( yytext[0] );
254                        }
255<USE_STATE>{STRING}     { strcpy( yylval.str, yytext );
256                          RETURN( USEID );
257                        }
258<USE_STATE>;            { RETURN( yytext[0] );
259                        }
260<MNI_STATE>{IDSPC}      { strcpy( yylval.str, yytext );
261                          RETURN( MNIID );
262                        }
263<MNI_STATE>;            { RETURN( yytext[0] );
264                        }
265<INL_STATE>{STRING}     { strcpy( yylval.str, yytext );
266                          BEGIN INL_CODE;
267                          RETURN( INLCTX );
268                        }
269<INL_CODE>#[^ \t\n]*    { if ( EqNoCase( yytext+1, "ENDINLINE" ) ){
270                            BEGIN INITIAL;
271                            RETURN( ENDINLINE );
272                          }
273                          else {
274                            strcpy( yylval.str, yytext );
275                            RETURN( INCODE );
276                          }
277                        }
278<INL_CODE>\n            { crt_line_no++;
279                          strcpy( yylval.str,yytext );
280                          RETURN( INCODE );
281                        }
282<INL_CODE>[^#\n]*       { strcpy( yylval.str,yytext );
283                          RETURN( INCODE );
284                        }
285<<EOF>>                 { if ( ! EndInclude() ) {
286                            RETURN( INITIAL );
287                          }
288                        } 
289%%
290
291  KEYWORD keywords[] = { { "INCLUDE",    INC_STATE, 0 },
292                         { "MODEL",      MOD_STATE, 0 },
293                         { "INTEGRATOR", INT_STATE, 0 },
294                         { "JACOBIAN",   PRM_STATE, JACOBIAN },
295                         { "HESSIAN",    PRM_STATE, HESSIAN },
296                         { "DECLARE",    PRM_STATE, DECLARE },
297                         { "STOICMAT",   PRM_STATE, STOICMAT },
298                         { "STOCHASTIC", PRM_STATE, STOCHASTIC },
299                         { "DOUBLE",     PRM_STATE, DOUBLE },
300                         { "REORDER",    PRM_STATE, REORDER },
301                         { "MEX",        PRM_STATE, MEX },
302                         { "DUMMYINDEX", PRM_STATE, DUMMYINDEX},
303                         { "EQNTAGS",    PRM_STATE, EQNTAGS},
304                         { "FUNCTION",   PRM_STATE, FUNCTION },
305                         { "ATOMS",      ATM_STATE, ATOMDECL },   
306                         { "CHECK",      ATM_STATE, CHECK },
307                         { "CHECKALL",   INITIAL,   CHECKALL },
308                         { "DEFVAR",     DSP_STATE, DEFVAR },
309                         { "DEFRAD",     DSP_STATE, DEFVAR },
310                         { "DEFFIX",     DSP_STATE, DEFFIX },
311                         { "SETVAR",     SSP_STATE, SETVAR },
312                         { "SETRAD",     SSP_STATE, SETVAR },
313                         { "SETFIX",     SSP_STATE, SETFIX },
314                         { "INITVALUES", INI_STATE, INITVALUES },
315                         { "EQUATIONS",  EQN_STATE, EQUATIONS },
316                         { "LUMP",       LMP_STATE, LUMP },
317                         { "LOOKAT",     LKT_STATE, LOOKAT },
318                         { "LOOKATALL",  INITIAL,   LOOKATALL },
319                         { "TRANSPORT",  TPT_STATE, TRANSPORT },
320                         { "TRANSPORTALL", INITIAL,   TRANSPORTALL },
321                         { "INITIALIZE", PRM_STATE, INITIALIZE },
322                         { "XGRID",      PRM_STATE, XGRID },
323                         { "YGRID",      PRM_STATE, YGRID },
324                         { "ZGRID",      PRM_STATE, ZGRID },
325                         { "MONITOR",    MNI_STATE, MONITOR },
326                         { "WRITE_ATM",  INITIAL,   WRITE_ATM },
327                         { "WRITE_SPC",  INITIAL,   WRITE_SPC },
328                         { "WRITE_MAT",  INITIAL,   WRITE_MAT },
329                         { "WRITE_OPT",  INITIAL,   WRITE_OPT },
330                         { "USE",        PRM_STATE, USE },
331                         { "LANGUAGE",   PRM_STATE, LANGUAGE },
332                         { "INLINE",     INL_STATE, INLINE },
333                         { "ENDINLINE",  INITIAL,   ENDINLINE },
334                         { "INTFILE",    PRM_STATE, INTFILE },
335                         { "DRIVER",     PRM_STATE, DRIVER },
336                         { "RUN",        PRM_STATE, RUN },
337                         { "USES",       USE_STATE, USES },
338                         { "SPARSEDATA", PRM_STATE, SPARSEDATA },
339                         { 0, 0, 0 }
340                       };
341
342void Include ( char * name )
343{
344FILE *f;
345YY_BUFFER_STATE newb;
346
347  if ( yy_buf_level == MAX_INCLUDE ) {
348    printf("\nInclude nested too deep. Include %s ignored", name);
349    return;
350  }
351
352  yy_buffers[ yy_buf_level ]  = YY_CURRENT_BUFFER;
353  yy_line_no[ yy_buf_level ]  = crt_line_no;
354  yy_filename[ yy_buf_level ] = crt_filename;
355  yy_buf_level++;
356 
357  crt_line_no = 1; 
358
359  crt_filename = malloc( 1 + strlen( name ) );
360  strcpy( crt_filename, name );
361
362 
363  f = fopen( name, "r" );
364  if( f == 0 )
365    FatalError(3,"%s: Can't read file", name );
366
367  newb = yy_create_buffer(f, YY_BUF_SIZE);
368  yy_switch_to_buffer( newb );
369}
370
371int EndInclude()
372{
373YY_BUFFER_STATE oldb;
374char * oldn;
375
376  if ( yy_buf_level > 0 ) {
377    oldb = YY_CURRENT_BUFFER;
378    oldn = crt_filename;
379    yy_buf_level--;
380    yy_switch_to_buffer( yy_buffers[yy_buf_level] );
381    crt_line_no = yy_line_no[ yy_buf_level ];
382    crt_filename = yy_filename[ yy_buf_level ];
383    yy_delete_buffer( oldb );
384    free( oldn );
385    return 1;
386  }
387  return 0;
388}
389
390int EqNoCase( char *s1, char *s2 )
391{
392  while( *s1 ) {
393    if ( toupper(*s1++) != toupper(*s2++) ) return 0;
394  }
395  return *s1 == *s2;
396}
397
398int CheckKeyword( char *cmd )
399{
400int i;
401
402  i = 0;
403  while( 1 ) {
404    if( keywords[i].name == 0 ) {
405      ScanError( "'%s': Unknown command (ignored)", cmd);
406      return -1;
407    }
408    if( EqNoCase( cmd, keywords[i].name ) ) {
409      return i;
410    }
411    i++;
412  }
413}
414
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.