source: palm/trunk/SCRIPTS/subjob @ 75

Last change on this file since 75 was 69, checked in by raasch, 15 years ago

scripts are running under pdksh

  • Property svn:keywords set to Rev
File size: 37.9 KB
Line 
1#!/bin/ksh
2# subjob - Plot-Shellskript         Version:  @(#)SUBJOB 1.0    13/02/07
3# $Id: subjob 54 2007-03-08 00:00:02Z raasch $
4
5     # Prozedur zum automatischen Generieren von Batch-Jobs, die unter NQS
6     # laufen sollen und deren Ergebnis (Dayfile) zum Job-generierenden
7     # Host zurueckgeschickt werden sollen
8
9
10     # letzte Aenderung:
11     # 29/06/94 - Siggi - Beginn mit Erstellung der Originalversion
12     # 08/07/94 - Siggi - Originalversion abgeschlossen (Version 1.0)
13     # 06/02/98 - Siggi - berte validiert
14     # 27/01/01 - Siggi - ground.yonsei.ac.kr validiert, Jobs zur T3E in Korea
15     #                    moeglich
16     # 08/02/01 - Siggi - alle subjob-Meldungen ins englische uebersetzt
17     # 25/05/02 - Siggi - Unterstuetzung des LoadLeveler
18     # 30/05/02 - Siggi - Validierung fuer ibm-Rechner in Seoul (nobel) sowie
19     #                    allgemeine Anpassungen fuer ibm-Rechner
20     # 15/10/02 - Siggi - Neue Default-Jobklasse (p_normal) fuer IBM in Seoul
21     #                    Ruecktransfer des Jobprotokolls fuer diese
22     #                    Maschine abgeschaltet
23     # 31/10/02 - Siggi - berni validiert
24     # 06/11/02 - Siggi - Neue Jobklassen auf ibmb und ibmh
25     # 08/11/02 - Siggi - quanero validiert
26     # 11/12/02 - Siggi - Notification fuer Transfer-Jobs abgeschaltet
27     # 23/01/03 - Siggi - hostname nobel changed to nobela
28     # 06/02/03 - Siggi - gregale validated
29     # 12/02/03 - Siggi - orkan and maestro validated
30     # 21/02/03 - Siggi - all nobel nodes in Seoul validated
31     # 12/03/03 - Siggi - nec at DKRZ validated
32     # 13/03/03 - Siggi - new nqs resource variable Memory
33     # 07/04/03 - Siggi - processor request option -c on nech needs tasks per
34     #                    node
35     # 11/04/03 - Siggi - network on ibms has attribute "shared"
36     # 31/07/03 - Siggi - nqs2 on nech implemented (provisional: -h nech2)
37     #                    cxxl added to ibmh
38     # 29/08/03 - Siggi - changes in job queues and communication system on
39     #                    ibms
40     # 24/10/03 - Siggi - using alternate hanni address 130.75.4.2
41     # 30/10/03 - Siggi - nech is not supported any more
42     # 10/11/03 - Siggi - nech2 renamed to nech
43     # 20/11/03 - Siggi - submit command on nech changed from qsub.test to qsub
44     # 29/03/04 - Siggi - ground not supported any more, gfdl3 validated
45     # 31/03/04 - Siggi - new option -N for node usage
46     # 12/04/04 - Siggi - scp2 instead of scp used for transfer from decalpha
47     #                    due to error in ssh installation (otherwise a prompt
48     #                    for the password appears)
49     # 23/07/04 - Siggi - changes due to the new berni configuration
50     #                    (federation switch)
51     # 01/09/04 - Gerald  new job-classes on hanni
52     # 08/09/04 - Siggi - hanni IP address changed to 130.75.4.10
53     # 23/11/04 - Siggi - new job class cdata on hanni and berni
54     # 03/12/04 - Siggi - notification on ibm switched of in case of
55     #                    delete_dayfile = true, node usage in cdev set to
56     #                    shared
57     # 16/02/05 - Gerald  hababai validated
58     # 29/03/05 - Micha - new job class channi on hanni
59     # 11/05/05 - Siggi - ConsumableMemory is now required as resource keyword
60     #                    on ibms
61     # 24/05/05 - Siggi - Default queue on ibms changed from p_normal_1.3 to
62     #                    p_normal
63     # 30/06/05 - Siggi - network changed for queue cdev from "us" to "ip"
64     # 12/07/05 - Siggi - in network.mpi on ibmh/ibmb "csss" changed to
65     #                    "sn_all", new job class cexp
66     # 08/09/05 - Siggi - IP-address of gfdl3 changed
67     # 31/10/05 - Siggi - new job class pp on hurricane, serial jobs on
68     #                    hurricane (with -X0)
69     # 01/11/05 - Siggi - missing queue for jobs submitted on nech (for nech)
70     #                    added
71     # 30/12/05 - Siggi - change of IP adresses in subnet 130.75.105
72     # 09/02/06 - Siggi - ibmy admitted
73     # 10/02/06 - Siggi - scp2 changed to /bin/scp on decalpha
74     # 13/04/06 - Siggi - ostria admitted
75     # 18/04/06 - Siggi - new option -O for OpenMP usage
76     # 24/05/06 - Siggi - lctit admitted, ftpjob renamed scpjob
77     # 25/07/06 - Siggi - gfdl5 (ibmy) admitted for submitting jobs
78     # 27/09/06 - Siggi - breg/hreg extended with berni/hanni
79     # 25/10/06 - Siggi - data_limit set to 1.76 GByte on hanni and berni
80     # 28/11/06 - Siggi - levanto admitted
81     # 13/02/07 - Siggi - hpmuk releated code removed
82     # 01/03/07 - Siggi - adjustments for RIAM machines gate and NEC-SX8 (n-sx)
83
84
85    # VARIABLENVEREINBARUNGEN + DEFAULTWERTE
86 delete_dayfile=false 
87 filetransfer_protocol=scp
88 locat=normal
89 no_default_queue=none
90 no_submit=false
91 job_catalog="~/job_queue"
92 job_name=none
93 local_user=$LOGNAME
94 node_usage=shared
95 numprocs=1
96 punkte="..........................................................."
97 submcom=qsub
98 queue=default
99 remote_host=none
100 remote_user=""
101 verify=true
102
103 typeset  -i   cputime=0  memory=0  Memory=0  minuten  resttime  sekunden  stunden
104 typeset  -i   inumprocs  nodes=0  tasks_per_node=0  threads_per_task=1
105 typeset  -L20 spalte1
106 typeset  -R40 spalte2
107 typeset  -L60 spalte3
108
109
110
111    # FEHLERBEHANDLUNG
112    # BEI EXIT:
113 trap 'if [[ $locat != normal ]]
114       then
115          case  $locat  in
116             (option)  printf "\n  --> available optios can be displayed"
117                       printf " by typing:"
118                       printf "\n      \"subjob ?\" \n";;
119             (ftpcopy|parameter|scp|verify)  printf "\n";;
120             (*)       printf "\n  +++ unknown error"
121                       printf "\n      please inform S. Raasch!\n"
122          esac
123          [[ -f $job_to_send ]]  &&  rm  $job_to_send
124          printf "\n\n+++ SUBJOB killed \n\n"
125       fi' exit
126
127
128    # BEI TERMINAL-BREAK:
129 trap '[[ -f $job_to_send ]]  &&  rm  $job_to_send
130       printf "\n\n+++ SUBJOB killed \n\n"
131       exit
132      ' 2
133
134
135
136
137    # LOKALEN HOSTNAMEN FESTSTELLEN
138 local_host=$(hostname)
139
140
141
142    # HOSTSPEZIFISCHE VARIABLEN VEREINBAREN BZW. PRUEFEN, OB LOKALER HOST
143    # UEBERHAUPT ZULAESSIG IST
144 case  $local_host  in
145     (atmos)                 local_addres=172.20.25.35;   local_host=lcide;;
146     (bora)                  local_addres=130.75.105.103; local_host=lcmuk;;
147     (breg*-en0|berni*-en0)  local_addres=130.73.230.10;  local_host=ibmb;;
148     (breva)                 local_addres=130.75.105.98;  local_host=lcmuk;;
149     (cs*)                   local_addres=136.172.44.131; local_host=nech;;
150     (elephanta)             local_addres=130.75.105.6;   local_host=lcmuk;;
151     (gate|n-sx)             local_addres=133.5.178.11;   local_host=neck;;
152     (gfdl5)                 local_addres=165.132.26.58;  local_host=ibmy;;
153     (gfdl3.yonsei.ac.kr)    local_addres=165.132.26.56;  local_host=decalpha;;
154     (gregale)               local_addres=130.75.105.109; local_host=lcmuk;;
155     (hababai)               local_addres=130.75.105.108; local_host=lcmuk;;
156     (hreg*-en0|hanni*-en0)  local_addres=130.75.4.10;    local_host=ibmh;;
157     (irifi)                 local_addres=130.75.105.104; local_host=lcmuk;;
158     (levanto)               local_addres=130.75.105.45;  local_host=lcmuk;;
159     (maestro)               local_addres=130.75.105.2;   local_host=lcmuk;;
160     (nobel*)                local_addres=150.183.5.101;  local_host=ibms;;
161     (orkan)                 local_addres=130.75.105.3;   local_host=lcmuk;;
162     (ostria)                local_addres=130.75.105.106; local_host=lcmuk;;
163     (quanero)               local_addres=130.75.105.107; local_host=lcmuk;;
164     (scirocco)              local_addres=172.20.25.41;   local_host=lcmuk;;
165     (sun1|sun2)             local_addres=130.75.6.1;     local_host=unics;;
166     (tgg*)                  local_addres=172.17.75.161;  local_host=lctit;;
167     (vorias)                local_addres=172.20.25.43;   local_host=lcmuk;;
168     (*)                     printf "\n  +++ \"$local_host\" unknown";
169                             printf "\n      please inform S. Raasch!";
170                             locat=parameter; exit;;
171 esac
172
173
174
175    # REMOTE HOST DEFAULTMAESSIG = LOCAL HOST SETZEN
176 remote_host=$local_host
177
178
179
180
181    # PROZEDUROPTIONEN EINLESEN
182 while  getopts  :c:dDf:h:m:n:N:O:q:t:T:u:vX:  option
183 do
184   case  $option  in
185       (c)   job_catalog=$OPTARG;;
186       (d)   delete_dayfile=true;;
187       (D)   no_submit=true;;
188       (f)   filetransfer_protocol=$OPTARG;;
189       (h)   remote_host=$OPTARG;;
190       (m)   memory=$OPTARG;;
191       (n)   job_name=$OPTARG;;
192       (N)   node_usage=$OPTARG;;
193       (O)   threads_per_task=$OPTARG;;
194       (q)   no_default_queue=$OPTARG;;
195       (t)   cputime=$OPTARG;;
196       (T)   tasks_per_node=$OPTARG;;
197       (u)   remote_user=$OPTARG;;
198       (v)   verify=false;;
199       (X)   numprocs=$OPTARG;;
200       (\?)  printf "\n  +++ Option $OPTARG unknown \n";
201             locat=option; exit;;
202   esac
203 done
204
205
206    # JOBDATEINAMEN ALS NAECHSTES ARGUMENT HOLEN
207 shift OPTIND-1; file_to_send=$1
208
209
210    # KURZE AUFRUFBESCHREIBUNG WIRD HIER AUSGEGEBEN
211 if [ "$1" = "?" ]
212 then
213   (printf "\n  *** subjob can be called as follows:\n"
214    printf "\n      subjob -c.. -d -D -h.. -m.. -q.. -t.. -u.. -v  <jobfile>\n"
215    printf "\n      Description of available options:\n"
216    printf "\n      Option  Description                         Default-Value"
217    printf "\n        -c    job-input- and output-catalog       ~/job_queue"
218    printf "\n        -d    no job-protocol will be created     ---"
219    printf "\n        -D    only the job-file will be created   ---"
220    printf "\n        -f    filetransfer protocol               scp"
221    printf "\n        -h    execution host, available hosts:    $remote_host"
222    printf "\n              ibm, ibmb, ibmh, ibms, ibmy, lcmuk,"
223    printf "\n              lctit, nech, neck, unics"
224    printf "\n        -m    memory demand per process in MByte  ---"
225    printf "\n        -n    jobname                             <jobdatei>"
226    printf "\n        -O    threads per task (for OpenMP usage) 1"
227    printf "\n        -q    job-queue to be used                default"
228    printf "\n        -t    allowed cpu-time in seconds         ---"
229    printf "\n        -T    tasks per node (on parallel hosts)  ---"
230    printf "\n        -u    username on execution host          from .netrc"
231    printf "\n        -v    no prompt for confirmation          ---"
232    printf "\n        -X    # of processors (on parallel hosts) 1"
233    printf "\n "
234    printf "\n      The only possible positional parameter is <jobfile>:"
235    printf "\n      The complete NQS-job must be provided here."
236    printf "\n      <jobfile>=? creates this outline\n\n") | more
237    exit
238 fi
239
240
241
242    # PRUEFEN, OB JOBDATEI ANGEGEBEN WURDE UND OB SIE AUCH EXISTIERT
243 if [[ "$file_to_send" = "" ]]
244 then
245    printf "\n  +++ job-file missing"
246    locat=parameter; exit
247 else
248    if [[ -f $file_to_send ]]
249    then
250       true
251    else
252       printf "\n  +++ job-file: "
253       printf "\n           $file_to_send"
254       printf "\n      does not exist"
255       locat=parameter; exit
256    fi
257 fi
258
259
260
261    # FALLS KEIN JOBNAME ANGEGEBEN WURDE, WIRD JOBNAME = JOBDATEINAME
262    # GESETZT. VORAUSSETZUNG: JOBDATEINAME BEINHALTET KEINE PFADE
263 if [[ $job_name = none ]]
264 then
265    job_name=$file_to_send
266 fi
267 if [[ $(echo $job_name | grep -c "/") != 0 ]]
268 then
269    printf "\n  +++ job-file name: "
270    printf "\n           $job_name"
271    printf "\n      must not contain \"/\"-characters"
272    locat=parameter; exit
273 fi
274
275
276
277
278    # HOSTSPEZIFISCHE GROESSEN VEREINBAREN BZW. ABBRUCH BEI UNZULAESSIGEM HOST
279    # ODER WENN HOST NICHT ANGEGEBEN WURDE
280 if [[ $remote_host = none ]]
281 then
282    printf "\n  +++ host missing"
283    locat=option; exit
284 else
285    case  $remote_host  in
286        (ibm)    queue=p690_standard; remote_addres=134.76.99.81; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
287        (ibmb)   queue=cpar; remote_addres=130.73.230.10; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
288        (ibmh)   queue=cpar; remote_addres=130.75.4.10; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
289        (ibms)   queue=p_normal; remote_addres=150.183.5.101; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
290        (ibmy)   queue=parallel; remote_addres=165.132.26.58; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
291        (lctit)  queue=default; remote_addres=172.17.75.161; submcom=/n1ge/TITECH_GRID/tools/bin/n1ge;;
292        (nech)   qsubmem=memsz_job; qsubtime=cputim_job; remote_addres=136.172.44.147; submcom="/usr/local/bin/qsub";;
293        (neck)   qsubmem=memsz_job; qsubtime=cputim_job; remote_addres=133.5.178.11; submcom="/usr/bin/nqsII/qsub";;
294        (vpp)    qsubmem=m; qsubtime=t; queue=vpp; remote_addres=130.75.4.130;;
295        (unics)  qsubmem=d; qsubtime=t; queue=unics; remote_addres=130.75.6.1;;
296        (*)      printf "\n  +++ hostname \"$remote_host\" not allowed";
297                 locat=parameter; exit;;
298    esac
299 fi
300
301
302    # EVTL. PRUEFEN, OB ANGEGEBENE QUEUE ZULAESSIG IST
303 if [[ $no_default_queue != none ]]
304 then
305    error=false
306    ndq=$no_default_queue
307    case  $remote_host  in
308        (ibm)    case  $ndq  in
309                     (p690_express|p690_standard|p690_long)  error=false;;
310                     (*)                                     error=true;;
311                 esac;;
312        (ibmb)   case  $ndq  in
313                     (cdata|cdev|cexp|c1|cshare|csolo|cspec) error=false;;
314                     (*)                                     error=true;;
315                 esac;;
316        (ibmh)   case  $ndq  in
317                     (cdata|cdev|cexp|channi|cxxl|c1|cshare|csolo|cspec)  error=false;;
318                     (*)                                     error=true;;
319                 esac;;
320        (ibms)   case  $ndq  in
321                     (express|normal|p_express|p_normal|p_normal_1.3|p_normal_1.7|grand)     error=false;;
322                     (*)                                     error=true;;
323                 esac;;
324        (ibmy)   case  $ndq  in
325                     (parallel)                              error=false;;
326                     (*)                                     error=true;;
327                 esac;;
328        (lctit)  case  $ndq  in
329                     (default|high|bes1|bes2|sla1|sla2)      error=false;;
330                     (*)                                     error=true;;
331                 esac;;
332        (t3eb)   case  $ndq  in
333                     (berte|p50|p100|p392|forfree|p25himem)  error=false;;
334                     (*)    error=true;;
335                 esac;;
336        (t3eh)   case  $ndq  in
337                     (para_t3e|em|k|l|lm|comp_t3e|c|p|ht)  error=false;;
338                     (*)    error=true;;
339                 esac;;
340        (t3ej2|t3ej5)  case  $ndq  in
341                     (low|normal|high)  error=false;;
342                     (*)    error=true;;
343                 esac;;
344        (t3es)  case  $ndq  in
345                     (batch|serial-4|pe4|p48|pe16|pe32|pe64|pe128)  error=false;;
346                     (*)    error=true;;
347                 esac;;
348        (unics)  case  $ndq  in
349                     (unics|ht)  error=false;;
350                     (*)         error=true;;
351                 esac;;
352    esac
353    if [[ $error = true ]]
354    then
355       printf "\n  +++ queue \"$no_default_queue\" on host \"$remote_host\" not allowed"
356       locat=parameter; exit
357    else
358       queue=$no_default_queue
359    fi
360 fi
361
362
363
364    # KNOTENNUTZUNG IN ENTWICKLERQUEUE MUSS SHARED SEIN
365 if [[ $node_usage != shared  &&  $queue = cdev ]]
366 then
367    node_usage=shared
368 fi
369
370
371
372    # PRUEFEN DER CPU-ZEIT, ZEIT NACH STUNDEN, MINUTEN UND SEKUNDEN
373    # AUFTEILEN
374 done=false
375 while [[ $done = false ]]
376 do
377    if (( $cputime <= 0 ))
378    then
379       printf "\n  +++ wrong cpu-time or cpu-time missing"
380       printf "\n  >>> Please type cpu-time in seconds as INTEGER:"
381       printf "\n  >>> "
382       read  cputime  1>/dev/null  2>&1
383    else
384       done=true
385    fi
386 done
387 if [[ $remote_host = nech ]]
388 then
389    if (( tasks_per_node != 0 ))
390    then
391       (( cputime = cputime * tasks_per_node ))
392    elif [[ $numprocs != 0 ]]
393    then
394       (( cputime = cputime * numprocs ))
395    fi
396 fi
397 (( stunden  = cputime / 3600 ))
398 (( resttime = cputime - stunden * 3600 ))
399 (( minuten  = resttime / 60 ))
400 (( sekunden = resttime - minuten * 60 ))
401 timestring=${stunden}:${minuten}:${sekunden}
402
403
404
405    # PRUEFEN DER KERNSPEICHERANFORDERUNG
406 done=false
407 while [[ $done = false ]]
408 do
409    if (( memory <= 0 ))
410    then
411       printf "\n  +++ wrong memory demand or memory demand missing"
412       printf "\n  >>> Please type memory in  MByte per process  as INTEGER:"
413       printf "\n  >>> "
414       read  memory  1>/dev/null  2>&1
415    else
416       done=true
417    fi
418 done
419
420 if [[ $remote_host = nech  ||  $remote_host = neck ]]
421 then
422    if (( tasks_per_node != 0 ))
423    then
424       (( Memory = memory * tasks_per_node / 1000 ))
425    elif [[ $numprocs != 0 ]]
426    then
427       (( Memory = memory * numprocs / 1000 ))
428    else
429       (( Memory = memory / 1000 ))
430    fi
431 fi
432
433
434    # SPEICHERBERECHNUNG BEI OPENMP-NUTZUNG
435 if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm ]]
436 then
437    (( memory = memory * threads_per_task ))
438 fi
439
440
441    # BERECHNUNG DER ANZAHL DER ZU VERWENDENDEN KNOTEN
442 if (( tasks_per_node != 0 ))
443 then
444    (( nodes = numprocs / ( tasks_per_node * threads_per_task ) ))
445 fi
446
447
448
449    # HEADER-AUSGABE
450 if [[ $verify = true ]]
451 then
452    printf "\n\n"
453    printf "#--------------------------------------------------------------# \n"
454    spalte1=SUBJOB;spalte2=$(date)
455    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
456    printf "|                                                              | \n"
457    printf "| values of parameters/options:                                | \n"
458    spalte1=local_host$punkte; spalte2=$punkte$local_host
459    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
460    spalte1=remote_host$punkte; spalte2=$punkte$remote_host
461    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
462    spalte1=queue$punkte; spalte2=$punkte$queue
463    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
464    spalte1=memory$punkte; spalte2="$punkte$memory mb"
465    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
466    spalte1=cputime$punkte; spalte2="$punkte$cputime sec"
467    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
468    spalte1=job_name$punkte; spalte2="$punkte$job_name"
469    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
470    printf "#--------------------------------------------------------------# \n\n"
471
472
473       # KONTROLLABFRAGE, OB ALLES O.K.
474    antwort="dummy"
475    while [[ $antwort != y  &&  $antwort != Y  &&  $antwort != n  &&  $antwort != N ]]
476    do
477       read antwort?" >>> continue (y/n) ? "
478    done
479    if [[ $antwort = n  ||  $antwort = N ]]
480    then
481       locat=verify; exit
482    fi
483    printf "\n"
484 fi
485
486
487
488    # ZUFALLSKENNUNG GENERIEREN UND JOBNAMEN AUF ZIELRECHNER BESTIMMEN
489 kennung=$RANDOM
490 job_on_remhost=${job_name}_${kennung}_$local_host
491 job_to_send=job_to_send_$kennung
492 if [[ $delete_dayfile = false ]]
493 then
494    remote_dayfile=${local_host}_${job_name}_result_$kennung
495    local_dayfile=${remote_host}_${job_name}
496 else
497    remote_dayfile=/dev/null
498    if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm ]]
499    then
500       notification='# @ notification = never'
501    fi
502 fi
503
504
505
506    # QSUB- ODER LL-KOMMANDOS BZW. SKRIPTE  GENERIEREN
507 if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm  &&  $numprocs != 0 ]]
508 then
509
510    if [[ $remote_host = ibmy ]]
511    then
512       consumable_memory=""
513    else
514       consumable_memory="ConsumableMemory($memory mb)"
515    fi
516    if [[ $queue = cdev ]]
517    then
518       data_limit="# @ data_limit = 1.76gb"
519       network_to_use="# @ network.mpi = sn_all,shared,ip"
520    else
521       if [[ $remote_host = ibms ]]
522       then
523          network_to_use="# @ network.mpi = csss,shared,us"
524       elif [[ $remote_host = ibmy ]]
525       then
526          network_to_use=""
527       else
528          network_to_use="# @ network.mpi = sn_all,shared,us"
529          data_limit="# @ data_limit = 1.76gb"
530       fi
531    fi
532
533    cat > $job_to_send << %%END%%
534#!/bin/ksh
535
536# @ job_type = parallel
537# @ job_name = palm
538# @ wall_clock_limit = ${timestring},$timestring
539# @ resources = ConsumableCpus($threads_per_task) $consumable_memory
540# @ output = $remote_dayfile
541# @ error = $remote_dayfile
542# @ image_size = 50
543# @ class = $queue
544# @ environment = OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task; MP_SHARED_MEMORY=yes
545$network_to_use
546$data_limit
547$notification
548
549%%END%%
550
551    if (( nodes > 0 ))
552    then
553
554       cat >> $job_to_send << %%END%%
555# @ node = $nodes
556# @ tasks_per_node = $tasks_per_node
557# @ node_usage = $node_usage
558# @ queue
559
560%%END%%
561
562    else
563
564       if [[ $remote_host != ibmy ]]
565       then
566
567          cat >> $job_to_send << %%END%%
568# @ blocking = unlimited
569# @ total_tasks = $numprocs
570# @ node_usage = $node_usage
571# @ queue
572
573%%END%%
574
575       else
576
577          cat >> $job_to_send << %%END%%
578# @ node = 1
579# @ total_tasks = $numprocs
580# @ queue
581
582%%END%%
583
584       fi
585
586    fi
587
588 elif [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm  &&  $numprocs = 0 ]]
589 then
590
591    cat > $job_to_send << %%END%%
592#!/bin/ksh
593
594# @ job_type = serial
595# @ node_usage = $node_usage
596# @ job_name = palm
597# @ wall_clock_limit = ${timestring},$timestring
598# @ resources = ConsumableCpus(1) ConsumableMemory(1 gb)
599# @ output = $remote_dayfile
600# @ error = $remote_dayfile
601# @ class = $queue
602$notification
603
604# @ queue
605
606%%END%%
607
608 elif [[ $remote_host = nech ]]
609 then
610
611    if (( nodes > 1 ))
612    then
613       cat > $job_to_send << %%END%%
614#!/bin/ksh
615#PBS -l cpunum_prc=$tasks_per_node,cputim_job=$cputime
616#PBS -l ${qsubmem}=${Memory}gb
617#PBS -b $nodes
618#PBS -o $remote_dayfile
619#PBS -N palm
620#PBS -j o
621#PBS -T mpisx
622
623%%END%%
624
625    elif [[ $numprocs != 0 ]]
626    then
627       cat > $job_to_send << %%END%%
628#!/bin/ksh
629#PBS -l cpunum_prc=$tasks_per_node,cputim_job=$cputime
630#PBS -l ${qsubmem}=${Memory}gb
631#PBS -o $remote_dayfile
632#PBS -N palm
633#PBS -j o
634
635%%END%%
636
637    else
638       cat > $job_to_send << %%END%%
639#!/bin/ksh
640#PBS -l ${qsubmem}=${Memory}gb,${qsubtime}=$cputime
641#PBS -o $remote_dayfile
642#PBS -j o
643
644%%END%%
645
646    fi
647
648 elif [[ $remote_host = neck ]]
649 then
650
651    if (( nodes > 1 ))
652    then
653       cat > $job_to_send << %%END%%
654#!/bin/ksh
655#PBS -l cpunum_prc=$tasks_per_node,cputim_job=$cputime
656#PBS -l ${qsubmem}=${Memory}gb
657#PBS -b $nodes
658#PBS -o $remote_dayfile
659#PBS -N palm
660#PBS -j o
661#PBS -T mpisx
662
663%%END%%
664
665    elif [[ $numprocs != 0 ]]
666    then
667       cat > $job_to_send << %%END%%
668#!/bin/ksh
669#PBS -q ${queue}
670#PBS -l cpunum_prc=$tasks_per_node,cputim_job=$cputime
671#PBS -l ${qsubmem}=${Memory}gb
672#PBS -o $remote_dayfile
673#PBS -N palm
674#PBS -j o
675#PBS -T mpisx
676
677%%END%%
678
679    else
680       cat > $job_to_send << %%END%%
681#!/bin/ksh
682#PBS -l ${qsubmem}=${Memory}gb,${qsubtime}=$cputime
683#PBS -o $remote_dayfile
684#PBS -j o
685
686%%END%%
687
688    fi
689
690 elif [[ $remote_host = lctit ]]
691 then
692    cat > $job_to_send << %%END%%
693#!/bin/bash
694#$ -S /bin/bash
695cd $job_catalog
696export PATH=$PALM_BIN:\$PATH
697echo \$PATH
698
699%%END%%
700
701       # OPTIONEN FUER SUBMIT-KOMMANDO ZUSAMMENSTELLEN
702    submcom="$submcom  -N $job_name  -sgeout $remote_dayfile  -q default"
703
704 else
705
706    cat > $job_to_send << %%END%%
707# @\$-q ${queue}
708# @\$-l${qsubtime} $timestring
709# @\$-l${qsubmem} ${memory}mb
710# @\$-o $remote_dayfile
711# @\$-eo
712
713%%END%%
714
715 fi
716
717
718    # BEI RECHNUNG AUF REMOTE-MASCHINEN RUECKTRANSFER DES DAYFILES PER TRAP
719    # BEI EXIT VERANLASSEN
720    # VEKTORRECHNER MUSS EIGENEN JOB STARTEN, DA DORT NOHUP NICHT FUNKTIONIERT
721    # AUF IBM IN SEOUL IST RUECKTRANSFER ZUR ZEIT GENERELL NICHT MOEGLICH
722 if [[ $delete_dayfile = false  &&  $remote_host != $local_host ]]
723 then
724    echo "set +vx"                              >>  $job_to_send
725    echo "trap '"                               >>  $job_to_send
726    echo "set +vx"                              >>  $job_to_send
727    if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm  ||  $(echo $remote_host | cut -c1-3) = nec  ||  $remote_host = lctit ]]
728    then
729       if [[ $remote_host = ibmb  ||  $remote_host = ibmh ]]
730       then
731          return_queue=c1
732       elif [[ $remote_host = ibms ]]
733       then
734          return_queue=p_normal
735       elif [[ $remote_host = ibmy ]]
736       then
737          return_queue=serial
738       elif [[ $remote_host = lctit ]]
739       then
740          return_queue=default
741       elif [[ $remote_host = neck ]]
742       then
743          return_queue=S
744       else
745          return_queue=unknown
746       fi
747
748       if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm ]]
749       then
750
751          echo "echo \"#!/bin/ksh\" >> scpjob.$kennung"               >>  $job_to_send
752          echo "echo \"# @ job_type = serial\" >> scpjob.$kennung"    >>  $job_to_send
753          echo "echo \"# @ job_name = transfer\" >> scpjob.$kennung"  >>  $job_to_send
754          echo "echo \"# @ resources = ConsumableCpus(1) ConsumableMemory(1 gb)\" >> scpjob.$kennung"  >>  $job_to_send
755          echo "echo \"# @ wall_clock_limit = 00:10:00,00:10:00\" >> scpjob.$kennung "  >>  $job_to_send
756          echo "echo \"# @ output = job_queue/last_job_transfer_protocol\" >> scpjob.$kennung"  >>  $job_to_send
757          echo "echo \"# @ error = job_queue/last_job_transfer_protocol\" >> scpjob.$kennung"  >>  $job_to_send
758          echo "echo \"# @ class = $return_queue\" >> scpjob.$kennung"  >>  $job_to_send
759          echo "echo \"# @ image_size = 10\" >> scpjob.$kennung"      >>  $job_to_send
760          echo "echo \"# @ notification = never\" >> scpjob.$kennung" >>  $job_to_send
761
762          echo "echo \"# @ queue\" >> scpjob.$kennung"                >>  $job_to_send
763          echo "echo \" \" >> scpjob.$kennung"                        >>  $job_to_send
764
765          echo "echo \"set -x\" >> scpjob.$kennung"                   >>  $job_to_send
766          echo "echo \"batch_scp  -d  -w 10  -u $local_user  $local_addres  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \\\"$job_catalog\\\"  $local_dayfile\" >> scpjob.$kennung"  >>  $job_to_send
767          echo "echo \"exit\" >> scpjob.$kennung"                     >>  $job_to_send
768
769       elif [[ $remote_host = nech ]]
770       then
771          echo "cd /pf/b/${remote_user}/job_queue" >>  $job_to_send
772          echo "cat > scpjob.$kennung << %%END%%"  >>  $job_to_send
773          echo "#PBS -l ${qsubmem}=1GB,${qsubtime}=100"  >>  $job_to_send
774          echo "#PBS -o last_job_transfer_protocol"      >>  $job_to_send
775          echo "#PBS -j o"                         >>  $job_to_send
776          echo " "                                 >>  $job_to_send
777          echo "set -x"                            >>  $job_to_send
778          echo "cd /pf/b/${remote_user}/job_queue" >>  $job_to_send
779          echo "batch_scp  -d  -w 10  -u $local_user $local_addres  $remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
780          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
781          echo "%%END%%"                           >>  $job_to_send
782
783       elif [[ $remote_host = neck ]]
784       then
785          echo "cat > scpjob.$kennung << %%END%%"  >>  $job_to_send
786          echo "#PBS -q $return_queue"             >>  $job_to_send
787          echo "#PBS -l ${qsubmem}=1GB,${qsubtime}=100"  >>  $job_to_send
788          echo "#PBS -o last_job_transfer_protocol"      >>  $job_to_send
789          echo "#PBS -j o"                         >>  $job_to_send
790          echo " "                                 >>  $job_to_send
791          echo "set -x"                            >>  $job_to_send
792          echo "batch_scp  -d  -w 10  -u $local_user $local_addres  $remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
793          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
794          echo "%%END%%"                           >>  $job_to_send
795
796       elif [[ $remote_host = lctit ]]
797       then
798          echo "cat > scpjob.$kennung << %%END%%"          >>  $job_to_send
799          echo "set -x"                                    >>  $job_to_send
800          echo "PATH=\$PATH:$job_catalog/../pub"           >>  $job_to_send
801          echo "cd $job_catalog"                           >>  $job_to_send
802          echo "batch_scp  -d  -w 10  -u $local_user $local_addres  $remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
803          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
804          echo "%%END%%"                                   >>  $job_to_send
805
806       else
807
808          echo "cat > scpjob.$kennung << %%END%%"  >>  $job_to_send
809          echo "# @\\\$-q $return_queue"           >>  $job_to_send
810          echo "# @\\\$-l${qsubtime} 10"           >>  $job_to_send
811          echo "# @\\\$-l${qsubmem} 10mb"          >>  $job_to_send
812          if [[ $remote_host = t3ej2  ||  $remote_host = t3ej5  ||  $remote_host = t3es ]]
813          then
814             echo "# @\$-l mpp_p=0"                >>  $job_to_send
815          fi
816          echo '# @\$-lF 10mb'                     >>  $job_to_send
817#          echo '# @\$-o /dev/null'                 >>  $job_to_send
818          echo '# @\$-o job_queue/last_job_transfer_protocol'    >>  $job_to_send
819          echo '# @\\\$-eo'                          >>  $job_to_send
820          echo " "                                 >>  $job_to_send
821          if [[ $remote_host = t3ej2  ||  $remote_host = t3ej5 ]]
822          then
823             echo "set +vx"                        >>  $job_to_send
824             echo ". .profile"                     >>  $job_to_send
825          fi
826          echo "set -x"                            >>  $job_to_send
827          echo "batch_scp  -d  -w 10  -u $local_user $local_addres  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile  >  /dev/null"  >>  $job_to_send
828          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
829          echo "%%END%%"                           >>  $job_to_send
830       fi
831
832       if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm ]]
833       then
834          echo "llsubmit  scpjob.$kennung"      >>  $job_to_send
835       elif [[ $remote_host = lctit ]]
836       then
837          echo "chmod  u+x  scpjob.$kennung"    >>  $job_to_send
838          echo "rm -rf ${job_catalog}/last_job_transfer_protocol"  >>  $job_to_send
839          echo "n1ge  -N jobtransfer  -q $return_queue  -sgeout ${job_catalog}/last_job_transfer_protocol  scpjob.$kennung"  >>  $job_to_send
840          echo "sleep 10"                       >>  $job_to_send
841       elif [[ $remote_host = t3eb  ||  $remote_host = t3eh  ||  $remote_host = t3ej2  ||  $remote_host = t3ej5 ]]
842       then
843          echo "qsub -J n  scpjob.$kennung"     >>  $job_to_send
844       elif [[ $remote_host = t3es ]]
845       then
846          echo "qsub -J n  -s /bin/ksh  scpjob.$kennung"     >>  $job_to_send
847       else
848          echo "qsub  scpjob.$kennung"          >>  $job_to_send
849       fi
850       echo "rm  scpjob.$kennung"               >>  $job_to_send
851       if [[ $remote_host = nech ]]
852       then
853          echo "cd -"                           >>  $job_to_send
854       fi
855    else
856#       echo "ftpcopy  -d  $local_addres  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
857       echo "nohup  ftpcopy  -d  -w 15  $local_addres  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile  >  /dev/null  &"  >>  $job_to_send
858    fi
859    echo "set -x"                               >>  $job_to_send
860    echo "     ' exit"                          >>  $job_to_send
861    echo "set -x"                               >>  $job_to_send
862 fi
863
864
865
866    # EIGENTLICHE JOB-DATEI AN QSUB-KOMMANDOS ANHAENGEN
867 cat  $file_to_send  >>  $job_to_send
868
869 if [[ $remote_host = ibm ]]
870 then
871    echo " "         >>  $job_to_send
872    echo "exit"      >>  $job_to_send
873 fi
874 if [[ $remote_host = lctit ]]
875 then
876    echo " "                               >>  $job_to_send
877    echo "rm ~/job_queue/$job_on_remhost"  >>  $job_to_send
878 fi
879
880
881
882    # USER-NAME AUF ZIELRECHNER AUS .NETRC-DATEI ERMITTELN
883 if [[ -z $remote_user ]]
884 then
885    if [[ $remote_host = t3eb  ||  $remote_host = t3eh  ||  $remote_host = t3ej2  ||  $remote_host = t3ej5  ||  $remote_host = t3es  ||  $remote_host = vpp ]]
886    then
887       grep  $remote_addres  ~/.netrc | read dum dum dum remote_user dum dum
888    fi
889 fi
890
891
892
893    # JOB AUF ZIELRECHNER TRANSFERIEREN BZW. INS JOBVERZEICHNIS KOPIEREN
894 if [[ $no_submit = false ]]
895 then
896    if [[ $remote_host != $local_host ]]
897    then
898       [[ $verify = true ]]  &&  printf "\n >>> transfering job to \"$remote_host\"..."
899       if [[ $filetransfer_protocol = scp ]]
900       then
901          if [[ $remote_host = ibms  ||  $remote_host = ibmy ]]    # ssh on ibms cannot handle "~/"
902          then
903             job_catalog_save=$job_catalog
904             job_catalog=job_queue
905          elif [[ $remote_host = nech ]]
906          then
907             job_catalog_save=$job_catalog
908             job_catalog=/hpf/b/${remote_user}/job_queue
909          fi
910          if [[ $local_host = decalpha ]]
911          then
912                # VERWENDUNG VON SCP AUF DECALPHA FRAGT FEHLERHAFTERWEISE
913                # PASSWORT AB
914             /bin/scp  $job_to_send  ${remote_user}@${remote_addres}:${job_catalog}/$job_on_remhost
915          elif [[ $remote_host = nech ]]
916          then
917                # DATEIEN KOENNEN NUR UEBER DEN ARCHIVE-SERVER DES DKRZ
918                # TRANSFERIERT WERDEN
919             scp  $job_to_send  ${remote_user}@136.172.44.205:${job_catalog}/$job_on_remhost
920          else
921             scp  $job_to_send  ${remote_user}@${remote_addres}:${job_catalog}/$job_on_remhost
922          fi
923          if [[ $? = 1 ]]
924          then
925             locat=scp; exit
926          fi
927          if [[ $remote_host = ibms ]]
928          then
929             job_catalog=$job_catalog_save
930          fi
931       else
932          ftpcopy -s -o  $remote_addres  $job_to_send  "$job_catalog"  $job_on_remhost
933          if [[ $? = 1 ]]
934          then
935             locat=ftpcopy; exit
936          fi
937       fi
938       [[ $verify = true ]]  &&  printf "\n >>> finished\n"
939    else
940       eval  job_catalog=$job_catalog
941       cp  $job_to_send  ${job_catalog}/$job_on_remhost
942    fi
943
944
945
946       # NQS- BZW. LOADLEVELER-JOB STARTEN
947    if [[ $remote_host != $local_host ]]
948    then
949       [[ $verify = true ]]  &&  printf "\n >>> submitting job using \"qsub\"...\n"
950       if [[ $filetransfer_protocol = scp ]]
951       then
952          if [[ $remote_host != lctit ]]
953          then
954             ssh  $remote_addres  -l $remote_user  "cd $job_catalog; $submcom $job_on_remhost; rm $job_on_remhost"
955          else
956                # TIT ERLAUBT NUR DIE AUSFÜHRUNG GANZ BESTIMMTER KOMMANDOS
957                # MIT SSH, DESHALB AUFRUF PER PIPE
958                # UEBERGANGSWEISE CHECK, OB N1GE ENVIRONMENT WIRKLICH VERFUEGBAR
959             print  "cd $job_catalog; chmod u+x $job_on_remhost"  |  ssh  $remote_addres  -l $remote_user  > /dev/null  2>&1 
960             echo "first try" > send_protocol
961             while [[ $(cat send_protocol | grep -c "Forwarding to N1GE") = 0 ]]
962             do
963                if [[ $(cat send_protocol | grep -c "first try") = 1 ]]
964                then
965                   printf "\n trying to submit job to TIT cluster..."
966                else
967                   printf "\n +++ failed ... trying to submit again ..."
968                fi
969                print  "cd $job_catalog; $submcom $job_on_remhost"  |  ssh  $remote_addres  -l $remote_user  >  send_protocol  2>&1 
970                cat send_protocol
971             done
972             sleep 10
973             print  "cd $job_catalog;  rm $job_on_remhost"  |  ssh  $remote_addres  -l $remote_user  > /dev/null  2>&1 
974             echo "$submcom  $job_on_remhost"
975             rm  send_protocol
976          fi
977       else
978          if [[ $remote_host = ibms ]]
979          then
980             password=`cat ~/.netrc | grep $remote_addres | awk '{print $6}'`
981             echo "echo \"$remote_user\" "       >  telnet_script
982             echo "sleep 5"                      >> telnet_script
983             echo "echo \"$password\" "          >> telnet_script
984             echo "sleep 10"                     >> telnet_script
985             echo "echo \"\" "                   >> telnet_script
986             echo "sleep 2"                      >> telnet_script
987             echo "echo \"cd $job_catalog; $submcom $job_on_remhost; rm -rf $job_on_remhost\" " >> telnet_script
988             echo "sleep 10"                     >> telnet_script
989             echo "echo \"exit\" "               >> telnet_script
990
991             chmod  u+x  telnet_script
992             telnet_script  |  telnet $remote_addres  2>&1  |  grep "llsubmit:"
993             rm  telnet_script
994          elif [[ $remote_host = t3es ]]
995          then
996             password=`cat ~/.netrc | grep $remote_addres | awk '{print $6}'`
997             echo "printf \"$remote_user\\\n\" " >  telnet_script
998             echo "sleep 10"                     >> telnet_script
999             echo "printf \"$password\\\n\" "    >> telnet_script
1000             echo "sleep 10"                     >> telnet_script
1001             echo "printf \"\\\n\" "             >> telnet_script
1002             echo "sleep 5"                      >> telnet_script
1003             echo "printf \"\\\n\" "             >> telnet_script
1004             echo "sleep 5"                      >> telnet_script
1005             echo "printf \"cd $job_catalog; $submcom $job_on_remhost; rm -f $job_on_remhost\\\n\" " >> telnet_script
1006             echo "sleep 10"                     >> telnet_script
1007             echo "printf \"exit\\\n\" "         >> telnet_script
1008
1009             chmod  u+x  telnet_script
1010             cat telnet_script
1011             telnet_script | telnet $remote_addres  |  grep $remote_user
1012             rm  telnet_script
1013          else
1014             remcom.x  $remote_addres  "cd $job_catalog; $submcom $job_on_remhost; rm $job_on_remhost"
1015          fi
1016       fi
1017       [[ $verify = true ]]  &&  printf " >>> o.k.\n"
1018    else
1019       cd  $job_catalog
1020       if [[ $(echo $local_host | cut -c1-3) = ibm ]]
1021       then
1022          eval  $submcom  $job_on_remhost
1023       elif [[ $local_host = lctit ]]
1024       then
1025          eval  $submcom  $job_on_remhost
1026          echo "$submcom  $job_on_remhost"
1027          chmod  u+x  $job_on_remhost
1028       elif [[ $local_host = nech ]]
1029       then
1030          if [[ $queue = default ]]
1031          then
1032             eval  $submcom  $job_on_remhost 
1033          else
1034             eval  $submcom  -q $queue  $job_on_remhost 
1035          fi
1036       else
1037          qsub  $job_on_remhost
1038       fi
1039          # JOBFILE DARF AUF LCTIT NICHT GELOESCHT WERDEN!! GESCHIEHT ERST AM JOBENDE
1040       [[ $local_host != lctit ]]  &&  rm  $job_on_remhost
1041       cd  -  > /dev/null
1042    fi
1043 fi
1044
1045
1046
1047    # ABSCHLUSSARBEITEN
1048
1049 if [[ $no_submit = false ]]
1050 then
1051    rm  $job_to_send
1052 fi
1053 [[ $verify = true ]]  &&  printf "\n\n *** SUBJOB finished \n\n"
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.