source: palm/trunk/SCRIPTS/subjob @ 1374

Last change on this file since 1374 was 1351, checked in by maronga, 10 years ago

last commit documented

  • Property svn:keywords set to Id Rev
File size: 50.3 KB
Line 
1#!/bin/ksh
2
3# subjob - script for automatic generation and submission of batch-job files
4#          for various batch queuing systems
5
6#--------------------------------------------------------------------------------#
7# This file is part of PALM.
8#
9# PALM is free software: you can redistribute it and/or modify it under the terms
10# of the GNU General Public License as published by the Free Software Foundation,
11# either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
12#
13# PALM is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY
14# WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR
15# A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16#
17# You should have received a copy of the GNU General Public License along with
18# PALM. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19#
20# Copyright 1997-2014  Leibniz Universitaet Hannover
21#--------------------------------------------------------------------------------#
22#
23# Current revisions:
24# ------------------
25#
26#
27# Former revisions:
28# -----------------
29# $Id: subjob 1351 2014-04-04 13:10:08Z raasch $
30#
31# 1350 2014-04-04 13:01:30Z maronga
32# location of qsub updated for lcxe6
33#
34# 1289 2014-03-04 07:12:34Z raasch
35# German comments translated to English
36# fimm-, necriam-, scirocco-, ibmy-, and sgi-specific code removed
37#
38# 1279 2014-01-28 12:10:14Z raasch
39# node calculation modified due to changes in mrun (tasks_per_node must not be
40# an integral divisor of numprocs any more)
41#
42# 1274 2014-01-09 13:14:54Z heinze
43# adjustments for lccrayh
44#
45# 1266 2013-12-11 12:07:34Z heinze
46# further adjustments for lccrayb (use msub instead of qsub)
47#
48# 1264 2013-12-09 12:46:09Z fricke
49# Bugfix: Using number of nodes instead of number of processors (lccrayb)
50#
51# 1262 2013-12-09 10:57:20Z fricke
52# further adjustments for lccrayb
53#
54# 1260 2013-12-04 12:48:04Z raasch
55# jaboticaba admitted
56#
57# 1255 2013-11-07 14:43:35Z raasch
58# further adjustments for lccrayb
59#
60# 1224 2013-09-16 07:27:23Z raasch
61# first adjustments for lccrayb
62#
63# 1202 2013-07-10 16:22:07Z witha
64# adjustments for Forwind cluster (lcflow)
65#
66# 1199 2013-07-05 14:52:22Z raasch
67# adjustments for CSC Helsinki (lccrayf)
68#
69# use of cluster/express queue enabled (ibmh)
70# vinessa added (imuk)
71#
72# 1103 2013-02-20 02:15:53Z raasch
73# bash compatibility adjustments (usage of OPTIND, output formatting with printf
74# instead typeset -L/R),
75# further adjustments for lckyuh
76#
77# 2013-02-10 01:47:43Z raasch
78# adjustments for Kyushu-Univeristy computing center (lckyuh - hayaka)
79# and for Forwind cluster (lcflow)
80#
81# 1094 2013-02-03 01:52:12Z raasch
82# new option -P for explicit setting of ssh/scp port,
83# decalpha parts (yonsei) removed
84#
85# 2013-02-02 07:06:13Z raasch
86# adjustments for Kyushu-University computing center (lckyut - tatara)
87# old changelog messages removed
88#
89# 1046 2012-11-09 14:38:45Z maronga
90# code put under GPL (PALM 3.9)
91#
92# 08/07/94 - Siggi - first version finished
93# 29/06/94 - Siggi - script development started
94#--------------------------------------------------------------------------------#
95# subjob - script for automatic generation and submission of batch-job files
96#          for various batch queuing systems
97#--------------------------------------------------------------------------------#
98
99
100    # VARIABLE-DECLARATIONS AND DEFAULT VALUES
101 delete_dayfile=false
102 email_notification=none
103 group_number=none
104 locat=normal
105 no_default_queue=none
106 no_submit=false
107 job_catalog="~/job_queue"
108 job_name=none
109 local_user=$LOGNAME
110 node_usage=shared
111 numprocs=0
112 punkte="..........................................................."
113 submcom=qsub
114 queue=default
115 remote_host=none
116 remote_user=""
117 verify=true
118
119 typeset  -i   cputime=memory=Memory=0  minuten  resttime  sekunden  stunden
120 typeset  -i   inumprocs  mpi_tasks=nodes=processes_per_node=0 tasks_per_node=threads_per_task=1
121
122
123
124    # ERROR HANDLING
125    # IN CASE OF EXIT:
126 trap 'if [[ $locat != normal ]]
127       then
128          case  $locat  in
129             (option)  printf "\n  --> available optios can be displayed"
130                       printf " by typing:"
131                       printf "\n      \"subjob ?\" \n";;
132             (ftpcopy|parameter|scp|verify)  printf "\n";;
133             (*)       printf "\n  +++ unknown error"
134                       printf "\n      please inform S. Raasch!\n"
135          esac
136          [[ -f $job_to_send ]]  &&  rm  $job_to_send
137          printf "\n\n+++ SUBJOB killed \n\n"
138       fi' exit
139
140
141    # IN CASE OF TERMINAL-BREAK:
142 trap '[[ -f $job_to_send ]]  &&  rm  $job_to_send
143       printf "\n\n+++ SUBJOB killed \n\n"
144       exit
145      ' 2
146
147
148
149
150    # DETERMINE NAME OF LOCAL HOST
151 local_host=$(hostname)
152
153
154
155    # SET HOST-SPECIFIC VARIABLES VEREINBAREN (CHECK, IF LOCAL HOST
156    # IS ADMITTED AT ALL)
157    # NOTE: ONE OF THE ENTRIES FOR "lck" OR "lckordi" ALWAYS HAS TO BE
158    # COMMENT OUT, BECAUSE THE HOSTNAME (node*) IS SAME FOR BOTH MACHINES
159 case  $local_host  in
160     (ambiel-lx)             local_addres=134.106.74.48;  local_host=lcfor;;
161     (atmos)                 local_addres=172.20.25.35;   local_host=lcide;;
162     (austru)                local_addres=130.75.105.128; local_host=lcmuk;;
163     (autan)                 local_addres=130.75.105.57;  local_host=lcmuk;;
164     (bora)                  local_addres=130.75.105.103; local_host=lcmuk;;
165     (b04*)                  local_addres=133.5.4.33;     local_host=lckyuh;;
166     (blizzard1)             local_addres=136.172.40.15;  local_host=ibmh;;
167     (blogin*|bxc*)          local_addres=130.73.233.1;   local_host=lccrayb;;
168     (hlogin*|hxc*)          local_addres=130.75.4.1;     local_host=lccrayh;;
169     (breva)                 local_addres=130.75.105.98;  local_host=lcmuk;;
170     (buran)                 local_addres=130.75.105.58;  local_host=lcmuk;;
171     (caurus)                local_addres=130.75.105.19;  local_host=lcmuk;;
172     (climate*)              local_addres=165.132.26.68;  local_host=lcyon;;
173     (clogin*)               local_addres=86.50.166.21;   local_host=lccrayf;;
174     (cs*)                   local_addres=136.172.44.131; local_host=nech;;
175     (elephanta)             local_addres=130.75.105.6;   local_host=lcmuk;;
176     (flow01)                local_addres=10.141.255.71;  local_host=lcflow;;
177     (flow02)                local_addres=10.141.255.72;  local_host=lcflow;;
178     (node*)                 local_addres=165.132.26.61   local_host=lck;;
179   #  (node*)                 local_addres=210.219.61.8    local_host=lckordi;;
180     (gaia*)                 local_addres=150.183.146.24; local_host=ibmkisti;;
181     (gallego)               local_addres=130.75.105.10;  local_host=lcmuk;;
182     (gregale)               local_addres=130.75.105.109; local_host=lcmuk;;
183     (hababai)               local_addres=130.75.105.108; local_host=lcmuk;;
184     (hayaka*)               local_addres=133.5.4.33;     local_host=lckyuh;;
185     (hexagon.bccs.uib.no)   local_addres=129.177.20.113; local_host=lcxe6;;
186     (hx*)                   local_addres=133.3.51.11;    local_host=lckyoto;;
187     (inferno)               local_addres=130.75.105.5;   local_host=lcmuk;;
188     (irifi)                 local_addres=130.75.105.104; local_host=lcmuk;;
189     (jaboticaba)            local_addres=150.163.25.181; local_host=lcbr;;
190     (sno)                   local_addres=130.75.105.113; local_host=lcmuk;;
191     (levanto)               local_addres=130.75.105.45;  local_host=lcmuk;;
192     (login*)                local_addres=118.128.66.223; local_host=lckiaps;;
193     (maestro)               local_addres=130.75.105.2;   local_host=lcmuk;;
194     (meller)                local_addres=134.106.74.155; local_host=lcfor;;
195     (meteo-login*)          local_addres=193.166.211.144;local_host=lcxt5m;;
196     (hexagon*)              local_addres=129.177.20.113; local_host=lcxe6;;
197     (nobel*)                local_addres=150.183.5.101;  local_host=ibms;;
198     (orkan)                 local_addres=130.75.105.3;   local_host=lcmuk;;
199     (ostria)                local_addres=130.75.105.106; local_host=lcmuk;;
200     (paesano)               local_addres=130.75.105.46;  local_host=lcmuk;;
201     (pcj*)                  local_addres=172.31.120.1;   local_host=lckyut;;
202     (pingui)                local_addres=134.106.74.118; local_host=lcfor;;
203     (quanero)               local_addres=130.75.105.107; local_host=lcmuk;;
204     (rte*)                  local_addres=133.5.185.60;   local_host=lcrte;;
205     (shiokaze-lx)           local_addres=134.106.74.123; local_host=lcfor;;
206     (sisu-login*)           local_addres=86.50.166.21;   local_host=lccrayf;;
207     (solano)                local_addres=130.75.105.110; local_host=lcmuk;;
208     (sugoka*)               local_addres=172.31.120.1;   local_host=lckyut;;
209     (t2a*)                  local_addres=10.1.6.165;     local_host=lctit;;
210     (urban*)                local_addres=147.46.30.151   local_host=lcsb;;
211     (vinessa)               local_addres=130.75.105.112; local_host=lcmuk;;
212     (vorias)                local_addres=172.20.25.43;   local_host=lcmuk;;
213     (*.cc.kyushu-u.ac.jp)   local_addres=133.5.4.129;    local_host=ibmku;;
214     (*)                     printf "\n  +++ \"$local_host\" unknown";
215                             printf "\n      please contact the PALM group at IMUK";
216                             locat=parameter; exit;;
217 esac
218
219
220
221    # BY DEFAULT, THE REMOTE HOST IS THE LOCAL HOST
222 remote_host=$local_host
223
224
225
226
227    # READ THE SHELLSCRIPT-OPTIONS
228 while  getopts  :c:dDe:g:h:m:n:N:O:P:q:t:T:u:vX:  option
229 do
230   case  $option  in
231       (c)   job_catalog=$OPTARG;;
232       (d)   delete_dayfile=true;;
233       (D)   no_submit=true;;
234       (e)   email_notification=$OPTARG;;
235       (g)   group_number=$OPTARG;;
236       (h)   remote_host=$OPTARG;;
237       (m)   memory=$OPTARG;;
238       (n)   job_name=$OPTARG;;
239       (N)   node_usage=$OPTARG;;
240       (O)   threads_per_task=$OPTARG;;
241       (P)   scp_port=$OPTARG;;
242       (q)   no_default_queue=$OPTARG;;
243       (t)   cputime=$OPTARG;;
244       (T)   tasks_per_node=$OPTARG;;
245       (u)   remote_user=$OPTARG;;
246       (v)   verify=false;;
247       (X)   numprocs=$OPTARG;;
248       (\?)  printf "\n  +++ Option $OPTARG unknown \n";
249             locat=option; exit;;
250   esac
251 done
252
253
254    # GET THE NAME OF THE JOBFILE AS NEXT ARGUMENT
255 (( to_shift = $OPTIND - 1 ))
256 shift $to_shift; file_to_send=$1
257
258
259    # OUTPUT OF SHORT DESCRIPTION OF SCRIPT-OPTIONS
260 if [ "$1" = "?" ]
261 then
262   (printf "\n  *** subjob can be called as follows:\n"
263    printf "\n      subjob -c.. -d -D -h.. -m.. -q.. -t.. -u.. -v  <jobfile>\n"
264    printf "\n      Description of available options:\n"
265    printf "\n      Option  Description                         Default-Value"
266    printf "\n        -c    job-input- and output-catalog       ~/job_queue"
267    printf "\n        -d    no job-protocol will be created     ---"
268    printf "\n        -D    only the job-file will be created   ---"
269    printf "\n        -h    execution host, available hosts:    $remote_host"
270    printf "\n              ibm, ibmh, ibmkisti, ibmku, ibms, lc...,"
271    printf "\n              lckiaps, lctit, nech"
272    printf "\n        -m    memory demand per process in MByte  ---"
273    printf "\n        -n    jobname                             <jobdatei>"
274    printf "\n        -O    threads per task (for OpenMP usage) 1"
275    printf "\n        -P    ssh/scp port                        default port"
276    printf "\n        -q    job-queue to be used                default"
277    printf "\n        -t    allowed cpu-time in seconds         ---"
278    printf "\n        -T    tasks per node (on parallel hosts)  ---"
279    printf "\n        -u    username on execution host          from .netrc"
280    printf "\n        -v    no prompt for confirmation          ---"
281    printf "\n        -X    # of processors (on parallel hosts) 1"
282    printf "\n "
283    printf "\n      The only possible positional parameter is <jobfile>:"
284    printf "\n      The complete NQS-job must be provided here."
285    printf "\n      <jobfile>=? creates this outline\n\n") | more
286    exit
287 fi
288
289
290
291    # CHECK, IF JOB-FILE HAS BEEN GIVEN AS ARGUMENT AND IF THE FILE ITSELF EXISTS
292 if [[ "$file_to_send" = "" ]]
293 then
294    printf "\n  +++ job-file missing"
295    locat=parameter; exit
296 else
297    if [[ -f $file_to_send ]]
298    then
299       true
300    else
301       printf "\n  +++ job-file: "
302       printf "\n           $file_to_send"
303       printf "\n      does not exist"
304       locat=parameter; exit
305    fi
306 fi
307
308
309
310    # IF NO JOBNAME HAS BEEN GIVEN, JOBNAME IS SET TO THE NAME OF THE JOB-FILE,
311    # PROVIDED THAT THE JOB-FILE NAME DOES NOT CONTAIN ANY PATH
312 if [[ $job_name = none ]]
313 then
314    job_name=$file_to_send
315 fi
316 if [[ $(echo $job_name | grep -c "/") != 0 ]]
317 then
318    printf "\n  +++ job-file name: "
319    printf "\n           $job_name"
320    printf "\n      must not contain \"/\"-characters"
321    locat=parameter; exit
322 fi
323
324
325
326
327    # SET HOST-SPECIFIC QUANTITIES, OR TERMINATE IN CASE OF UNKNOWN HOST,
328    # OR IF NO HOST HAS BEEN GIVEN
329 if [[ $remote_host = none ]]
330 then
331    printf "\n  +++ host missing"
332    locat=option; exit
333 else
334    case  $remote_host  in
335        (ibm)     queue=p690_standard; remote_addres=134.76.99.81; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
336        (ibmh)    queue=cluster; remote_addres=136.172.40.15; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
337        (ibmkisti) queue=class.32plus; remote_addres=150.183.146.24; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
338        (ibmku)   queue=s4; remote_addres=133.5.4.129; submcom=/usr/local/bin/llsubmit;;
339        (ibms)    queue=p_normal; remote_addres=150.183.5.101; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
340        (lccrayb) queue=testq; remote_addres=130.73.233.1; submcom=/opt/moab/7.2.6/bin/msub;;
341        (lccrayh) queue=mpp1testq; remote_addres=130.75.4.1; submcom=/opt/moab/7.2.6/bin/msub;;
342        (lccrayf) queue=small; remote_addres=86.50.166.21; submcom=/opt/slurm/default/bin/sbatch;;
343        (lcflow)  remote_addres=10.140.1.71; submcom=/cm/shared/apps/sge/6.2u5p2/bin/lx26-amd64/qsub;;
344        (lckyoto) remote_addres=133.3.51.11; submcom=/thin/local/bin/qsub;;
345        (lck)     remote_addres=165.132.26.61; submcom=/usr/torque/bin/qsub;;
346        (lckiaps) remote_addres=118.128.66.223; submcom=/cm/shared/apps/pbspro/11.0.2.110766/bin/qsub;;
347        (lckordi) remote_addres=210.219.61.8; submcom=/usr/torque/bin/qsub;;
348        (lckyuh)  remote_addres=133.5.4.33; submcom=/usr/bin/pjsub;;
349        (lckyut)  remote_addres=133.5.4.37; submcom=/usr/bin/pjsub;;
350        (lcsb)    remote_addres=147.46.30.151; submcom=/usr/torque/bin/qsub;;
351        (lctit)   queue=S; remote_addres=10.1.6.165; submcom=/opt/pbs/tools/bin/t2sub;;
352        (lcxe6)   remote_addres=129.177.20.113; submcom=/opt/torque/default/bin/qsub;;
353        (lcxt5m)  remote_addres=193.166.211.144; submcom=/opt/pbs/10.1.0.91350/bin/qsub;;
354        (lcyon)   remote_addres=165.132.26.68; submcom=/usr/torque/bin/qsub;;
355        (nech)    qsubmem=memsz_job; qsubtime=cputim_job; remote_addres=136.172.44.147; submcom="/usr/local/bin/qsub";;
356        (*)       printf "\n  +++ hostname \"$remote_host\" not allowed";
357                  locat=parameter; exit;;
358    esac
359 fi
360
361
362    # CHECK, IF A VALID QUEUE HAS BEEN GIVEN
363 if [[ $no_default_queue != none ]]
364 then
365    error=false
366    ndq=$no_default_queue
367    case  $remote_host  in
368        (ibm)    case  $ndq  in
369                     (p690_express|p690_standard|p690_long)  error=false;;
370                     (*)                                     error=true;;
371                 esac;;
372        (ibmh)   case  $ndq  in
373                     (cluster|express)  error=false;;
374                     (*)                                     error=true;;
375                 esac;;
376        (ibmkisti)   case  $ndq  in
377                     (class.32plus|class.1-2|class.2-32)  error=false;;
378                     (*)                                     error=true;;
379                 esac;;
380        (ibmku)  case  $ndq  in
381                     (sdbg1|sdbg2|sdbg4|s4|s16|s32|s32-s)    error=false;;
382                     (*)                                     error=true;;
383                 esac;;
384        (ibms)   case  $ndq  in
385                     (express|normal|p_express|p_normal|p_normal_1.3|p_normal_1.7|grand)     error=false;;
386                     (*)                                     error=true;;
387                 esac;;
388        (lccrayb) case  $ndq  in
389                     (mpp1q|testq|specialm1q)                error=false;;
390                     (*)                                     error=true;;
391                 esac;;
392        (lccrayh) case  $ndq  in
393                     (mpp1q|mpp1testq|specialm1q|dataq)      error=false;;
394                     (*)                                     error=true;;
395                 esac;;
396        (lccrayf) case  $ndq  in
397                     (usup|test*|small|large)                error=false;;
398                     (*)                                     error=true;;
399                 esac;;
400        (lcflow) case  $ndq  in
401                     (cfd_lom_long.q|cfd_him_long.q|cfd_lom_serl.q|cfd_lom_shrt.q|cfd_him_shrt.q)  error=false;;
402                     (*)                                     error=true;;
403                 esac;;
404        (lckiaps) case  $ndq  in
405                     (express|normal)                        error=false;;
406                     (*)                                     error=true;;
407                 esac;;
408        (lckyoto) case  $ndq  in
409                     (eh|ph)                                 error=false;;
410                     (*)                                     error=true;;
411                 esac;;
412        (lckyuh) case  $ndq  in
413                     (fx-dbg|fx-single|fx-small|fx-middle|fx-large)  error=false;;
414                     (*)                                     error=true;;
415                 esac;;
416        (lckyut) case  $ndq  in
417                     (cx-dbg|cx-single|cx-small|cx-middle|cx-large)  error=false;;
418                     (*)                                     error=true;;
419                 esac;;
420        (lctit)  case  $ndq  in
421                     (G|L128|L256|L512H|S|S96|V)             error=false;;
422                     (*)                                     error=true;;
423                 esac;;
424        (t3eb)   case  $ndq  in
425                     (berte|p50|p100|p392|forfree|p25himem)  error=false;;
426                     (*)    error=true;;
427                 esac;;
428        (t3eh)   case  $ndq  in
429                     (para_t3e|em|k|l|lm|comp_t3e|c|p|ht)  error=false;;
430                     (*)    error=true;;
431                 esac;;
432        (t3ej2|t3ej5)  case  $ndq  in
433                     (low|normal|high)  error=false;;
434                     (*)    error=true;;
435                 esac;;
436        (t3es)  case  $ndq  in
437                     (batch|serial-4|pe4|p48|pe16|pe32|pe64|pe128)  error=false;;
438                     (*)    error=true;;
439                 esac;;
440    esac
441    if [[ $error = true ]]
442    then
443       printf "\n  +++ queue \"$no_default_queue\" on host \"$remote_host\" not allowed"
444       locat=parameter; exit
445    else
446       queue=$no_default_queue
447    fi
448 fi
449
450
451
452    # CHECK THE CPU-TIME
453    # SPLIT TIME INTO HOURS, MINUTES, AND SECONDS
454 done=false
455 while [[ $done = false ]]
456 do
457    if (( $cputime <= 0 ))
458    then
459       printf "\n  +++ wrong cpu-time or cpu-time missing"
460       printf "\n  >>> Please type cpu-time in seconds as INTEGER:"
461       printf "\n  >>> "
462       read  cputime  1>/dev/null  2>&1
463    else
464       done=true
465    fi
466 done
467 if [[ $remote_host = nech ]]
468 then
469    if (( tasks_per_node != 0 ))
470    then
471       (( cputime = cputime * tasks_per_node ))
472    elif [[ $numprocs != 0 ]]
473    then
474       (( cputime = cputime * numprocs ))
475    fi
476 fi
477 (( stunden  = cputime / 3600 ))
478 (( resttime = cputime - stunden * 3600 ))
479 (( minuten  = resttime / 60 ))
480 (( sekunden = resttime - minuten * 60 ))
481 timestring=${stunden}:${minuten}:${sekunden}
482
483
484
485    # CHECK THE MEMORY DEMAND
486 done=false
487 while [[ $done = false ]]
488 do
489    if (( memory <= 0 ))
490    then
491       printf "\n  +++ wrong memory demand or memory demand missing"
492       printf "\n  >>> Please type memory in  MByte per process  as INTEGER:"
493       printf "\n  >>> "
494       read  memory  1>/dev/null  2>&1
495    else
496       done=true
497    fi
498 done
499
500 if [[ $remote_host = nech ]]
501 then
502    if (( tasks_per_node != 0 ))
503    then
504       (( Memory = memory * tasks_per_node / 1000 ))
505    elif [[ $numprocs != 0 ]]
506    then
507       (( Memory = memory * numprocs / 1000 ))
508    else
509       (( Memory = memory / 1000 ))
510    fi
511 elif [[ $remote_host = lctit ]]
512 then
513    (( Memory = memory * tasks_per_node / 1000 ))
514 fi
515
516
517    # MEMORY DEMAND IN CASE OF OPENMP-USAGE ON IBM-SYSTEMS
518 if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm ]]
519 then
520    (( memory = memory * threads_per_task ))
521 fi
522
523
524    # CALCULATE NUMBER OF REQUIRED NODES
525 if (( tasks_per_node != 0 ))
526 then
527    (( nodes = ( numprocs - 1 ) / ( tasks_per_node * threads_per_task ) + 1 ))
528 fi
529
530
531    # CALCULATE NUMBER OF PROCESSES PER NODE
532 (( processes_per_node = tasks_per_node * threads_per_task ))
533
534
535    # CALCULATE NUMBER OF MPI TASKS
536 (( mpi_tasks = numprocs / threads_per_task ))
537
538
539    # SET PORT NUMBER OPTION FOR CALLS OF ssh/scp, subjob AND batch_scp SCRIPTS
540 if [[ "$scp_port" != "" ]]
541 then
542    PORTOPT="-P $scp_port"
543    SSH_PORTOPT="-p $scp_port"
544 fi
545
546
547    # HEADER-OUTPUT
548 if [[ $verify = true ]]
549 then
550    printf "\n\n"
551    printf "#--------------------------------------------------------------# \n"
552    spalte1=SUBJOB;spalte2=$(date)
553    printf "| %-20s%40s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
554    printf "|                                                              | \n"
555    printf "| values of parameters/options:                                | \n"
556    spalte1=$(echo local_host$punkte | cut -c-20)
557    spalte2=$punkte$local_host
558    printf "| %-20s%40s | \n" "$spalte1" "${spalte2: -40}"
559    spalte1=$(echo remote_host$punkte | cut -c-20)
560    spalte2=$punkte$remote_host
561    printf "| %-20s%40s | \n" "$spalte1" "${spalte2: -40}"
562    spalte1=$(echo queue$punkte | cut -c-20)
563    spalte2=$punkte$queue
564    printf "| %-20s%40s | \n" "$spalte1" "${spalte2: -40}"
565    spalte1=$(echo memory$punkte | cut -c-20)
566    spalte2="$punkte$memory mb"
567    printf "| %-20s%40s | \n" "$spalte1" "${spalte2: -40}"
568    spalte1=$(echo cputime$punkte | cut -c-20)
569    spalte2="$punkte$cputime sec"
570    printf "| %-20s%40s | \n" "$spalte1" "${spalte2: -40}"
571    spalte1=$(echo job_name$punkte | cut -c-20)
572    spalte2="$punkte$job_name"
573    printf "| %-20s%40s | \n" "$spalte1" "${spalte2: -40}"
574    printf "#--------------------------------------------------------------# \n\n"
575
576
577       # QUERY CHECK
578    antwort="dummy"
579    while [[ $antwort != y  &&  $antwort != Y  &&  $antwort != n  &&  $antwort != N ]]
580    do
581       read antwort?" >>> continue (y/n) ? "
582    done
583    if [[ $antwort = n  ||  $antwort = N ]]
584    then
585       locat=verify; exit
586    fi
587    printf "\n"
588 fi
589
590
591
592    # GENERATE RANDOM IDENTIFIER, AND DETERMINE THE JOBNAME ON THE TARGET HOST
593 identifier=$RANDOM
594 job_on_remhost=${job_name}_${identifier}_$local_host
595 job_to_send=job_to_send_$identifier
596 if [[ $delete_dayfile = false ]]
597 then
598    remote_dayfile=${local_host}_${job_name}_result_$identifier
599    local_dayfile=${remote_host}_${job_name}
600 else
601    remote_dayfile=/dev/null
602 fi
603
604
605
606    # GENERATE THE BATCH-JOB SCRIPTS (FOR QUEUEING-SYSTEMS qsub/msub/LoadLeveler)
607 if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm  &&  $numprocs != 0 ]]
608 then
609
610       # GENERAL LOADLEVELER SETTINGS
611    execute_in_shell="#!/bin/ksh"
612    use_shell="# @ shell = /bin/ksh"
613    consumable_memory="ConsumableMemory($memory mb)"
614    class="# @ class = $queue"
615    environment="# @ environment = OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task; MP_SHARED_MEMORY=yes"
616    network_to_use="# @ network.mpi = sn_all,shared,us"
617    data_limit="# @ data_limit = 1.76gb"
618    image_size="# @ image_size = 50"
619    wall_clock_limit="# @ wall_clock_limit = ${timestring},$timestring"
620
621    if [[ $email_notification = none ]]
622    then
623       notify_user=""
624    else
625       notify_user="# @ notify_user = $email_notification"
626       if [[ $delete_dayfile = true ]]
627       then
628          notification='# @ notification = never'
629       fi
630    fi
631
632    if [[ $remote_host = ibmh ]]
633    then
634       data_limit=""
635       network_to_use=""
636       class="# @ class = $queue"
637       environment=""
638       rset="# @ rset = RSET_MCM_AFFINITY"
639       task_affinity="# @ task_affinity = core(1)"
640    elif [[ $remote_host = ibmkisti ]]
641    then
642       network_to_use="# @ network.MPI = sn_all,shared,US"
643       wall_clock_limit="# @ wall_clock_limit = $timestring"
644       if [[ $threads_per_task = 1 ]]
645       then
646          rset="# @ rset = RSET_MCM_AFFINITY"
647          mcm_affinity_options="# @ mcm_affinity_options = mcm_mem_pref mcm_sni_none mcm_distribute"
648       fi
649       environment=""
650       use_shell=""
651       data_limit=""
652       image_size=""
653    elif [[ $remote_host = ibmku ]]
654    then
655       execute_in_shell="#!/usr/bin/ksh"
656       use_shell="# @ shell = /usr/bin/ksh"
657       consumable_memory=""
658       environment=""
659       network_to_use="# @ network.mpi = sn_all,shared,us"
660       data_limit=""
661       image_size=""
662    elif [[ $remote_host = ibms ]]
663    then
664       network_to_use="# @ network.mpi = csss,shared,us"
665    fi
666
667    cat > $job_to_send << %%END%%
668$execute_in_shell
669$use_shell
670
671# @ job_type = parallel
672# @ job_name = $job_name
673# @ resources = ConsumableCpus($threads_per_task) $consumable_memory
674# @ output = $remote_dayfile
675# @ error = $remote_dayfile
676$wall_clock_limit
677$image_size
678$class
679$environment
680$network_to_use
681$data_limit
682$rset
683$mcm_affinity_options
684$task_affinity
685$notification
686$notify_user
687
688%%END%%
689
690    if (( nodes > 0 ))
691    then
692
693       if [[ $remote_host != ibmkisti ]]
694       then
695
696          cat >> $job_to_send << %%END%%
697# @ node = $nodes
698# @ tasks_per_node = $processes_per_node
699# @ node_usage = $node_usage
700# @ queue
701
702%%END%%
703
704       else
705
706          cat >> $job_to_send << %%END%%
707# @ total_tasks = $mpi_tasks
708# @ blocking = unlimited
709# @ queue
710
711%%END%%
712
713       fi
714
715    else
716
717       cat >> $job_to_send << %%END%%
718# @ blocking = unlimited
719# @ total_tasks = $numprocs
720# @ node_usage = $node_usage
721# @ queue
722
723%%END%%
724
725    fi
726
727       # WORKAROUND BECAUSE OF SILLY JOB FILTER ON ibmkisti
728    if [[ $remote_host = ibmkisti  &&  $threads_per_task != 1 ]]
729    then
730       echo  "export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task"  >>  $job_to_send
731    fi
732
733 elif [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm  &&  $numprocs = 0 ]]
734 then
735
736    cat > $job_to_send << %%END%%
737#!/bin/ksh
738
739# @ job_type = serial
740# @ node_usage = $node_usage
741# @ job_name = palm
742# @ wall_clock_limit = ${timestring},$timestring
743# @ resources = ConsumableCpus(1) ConsumableMemory(1 gb)
744# @ output = $remote_dayfile
745# @ error = $remote_dayfile
746$class
747$notification
748
749# @ queue
750
751%%END%%
752
753 elif [[ $remote_host = lccrayb || $remote_host = lccrayh ]]
754 then
755
756    if [[ $numprocs != 0 ]]
757    then
758       cat > $job_to_send << %%END%%
759#!/bin/bash
760#PBS -N $job_name
761#PBS -l walltime=$timestring
762#PBS -l nodes=$nodes:ppn=$processes_per_node
763#PBS -o $remote_dayfile
764#PBS -j oe
765#PBS -q $queue
766
767$module_calls
768
769%%END%%
770
771    else
772
773       continue
774
775    fi
776
777 elif [[ $remote_host = lccrayf ]]
778 then
779
780    if [[ $numprocs != 0 ]]
781    then
782       cat > $job_to_send << %%END%%
783#!/bin/bash -l
784#SBATCH -J $job_name
785#SBATCH -t $timestring
786#SBATCH -N $nodes
787#SBATCH --ntasks-per-node=$processes_per_node
788#SBATCH -p $queue
789#SBATCH -o $remote_dayfile
790#SBATCH -e $remote_dayfile
791
792$init_cmds
793$module_calls
794
795%%END%%
796
797    else
798       cat > $job_to_send << %%END%%
799#!/bin/bash -l
800#SBATCH -J $job_name
801#SBATCH -t $timestring
802#SBATCH -l ncpus=1
803#SBATCH -l pmem=${memory}mb
804#SBATCH -m abe
805#SBATCH -o $remote_dayfile
806#SBATCH -e $remote_dayfile
807
808$init_cmds
809$module_calls
810
811%%END%%
812
813    fi
814
815 elif [[ $remote_host = lcflow ]]
816 then
817    if [ $memory -gt 1800 ]; then
818      use_himem=""
819    else
820      use_himem="#"
821    fi
822    if [[ $numprocs != 0 ]]
823    then
824      pe_set="#$ -pe impi41 $numprocs"
825    else
826      pe_set="#$ -pe impi41 1"
827    fi
828    if [[ $queue = default ]]
829    then
830      queue_set=""
831    else
832      queue_set="#$ -q $queue"
833    fi
834    [[ "$disc_space" = "" ]]  &&  disc_space=50
835
836       cat > $job_to_send << %%END%%
837#!/bin/bash
838#$ -S /bin/bash
839#$ -N $job_name
840#$ -cwd
841#$ -l h_rt=$timestring
842#$ -l h_vmem=${memory}M
843#$ -o $remote_dayfile
844#$ -j y
845$pe_set
846#$ -R y
847${use_himem}#$ -l highmem=true
848#$ -l h_fsize=${disc_space}G
849$queue_set
850
851%%END%%
852
853 elif [[ $remote_host = lck || $remote_host = lckordi || $remote_host = lcsb ]]
854 then
855
856    if [[ $numprocs != 0 ]]
857    then
858       cat > $job_to_send << %%END%%
859#!/bin/ksh
860#PBS -N $job_name
861#PBS -l walltime=$timestring
862#PBS -l ncpus=$numprocs
863#PBS -l pmem=${memory}mb
864#PBS -o $remote_dayfile
865#PBS -l nodes=$nodes:ppn=${processes_per_node}
866#PBS -j oe
867
868mpd &
869
870%%END%%
871
872    else
873       cat > $job_to_send << %%END%%
874#!/bin/ksh
875#PBS -N $job_name
876#PBS -l walltime=$timestring
877#PBS -l ncpus=1
878#PBS -l pmem=${memory}mb
879#PBS -o $remote_dayfile
880#PBS -j oe
881
882%%END%%
883
884    fi
885
886 elif [[ $remote_host = lckiaps ]]
887 then
888
889    if [[ $numprocs != 0 ]]
890    then
891       cat > $job_to_send << %%END%%
892#!/bin/ksh
893#PBS -N $job_name
894#PBS -l walltime=$timestring
895#PBS -l select=1:ncpus=$numprocs
896#PBS -l pmem=${memory}mb
897#PBS -q $queue
898#PBS -o $remote_dayfile
899#PBS -j oe
900#PBS -V
901
902%%END%%
903
904    else
905       cat > $job_to_send << %%END%%
906#!/bin/ksh
907#PBS -N $job_name
908#PBS -l walltime=$timestring
909#PBS -l ncpus=1
910#PBS -l pmem=${memory}mb
911#PBS -o $remote_dayfile
912#PBS -j oe
913
914%%END%%
915
916    fi
917
918 elif [[ $remote_host = lcyon ]]
919 then
920
921    if [[ $numprocs != 0 ]]
922    then
923       cat > $job_to_send << %%END%%
924#!/bin/ksh
925#PBS -N $job_name
926#PBS -l walltime=$timestring
927#PBS -l ncpus=$numprocs
928#PBS -l pmem=${memory}mb
929#PBS -o $remote_dayfile
930#PBS -j oe
931
932%%END%%
933
934    else
935       cat > $job_to_send << %%END%%
936#!/bin/ksh
937#PBS -N $job_name
938#PBS -l walltime=$timestring
939#PBS -l ncpus=1
940#PBS -l pmem=${memory}mb
941#PBS -o $remote_dayfile
942#PBS -j oe
943
944%%END%%
945
946    fi
947
948 elif [[ $remote_host = lcxe6 ]]
949 then
950
951    if [[ $numprocs != 0 ]]
952    then
953       cat > $job_to_send << %%END%%
954#!/bin/ksh
955#PBS -S /bin/ksh
956#PBS -N $job_name
957#PBS -A $project_account
958#PBS -j oe
959#PBS -l walltime=$timestring
960#PBS -l mppwidth=${numprocs}
961#PBS -l mppnppn=${processes_per_node}
962#PBS -m abe
963#PBS -o $remote_dayfile
964$email_directive
965
966$init_cmds
967$module_calls
968
969%%END%%
970
971    else
972       cat > $job_to_send << %%END%%
973#!/bin/ksh
974#PBS -S /bin/ksh
975#PBS -N $job_name
976#PBS -A $project_account
977#PBS -j oe
978#PBS -l walltime=$timestring
979#PBS -l ncpus=1
980#PBS -l pmem=${memory}mb
981#PBS -m abe
982$email_directive
983#PBS -o $remote_dayfile
984
985$init_cmds
986$module_calls
987
988%%END%%
989
990    fi
991
992 elif [[ $remote_host = lckyoto ]]
993 then
994
995       cat > $job_to_send << %%END%%
996#!/bin/ksh
997# @\$-o $remote_dayfile
998# @\$-eo -oi
999# @\$-lP 16
1000# @\$-lp 1
1001# @\$-lm 28gb  -llm unlimited -ls unlimited
1002# @\$-q $queue
1003# @\$-Pvn abs_pack
1004##for intel? @\$-Pvn abs_unpack -Pvs unpack -Pvc unpack
1005#. /thin/local/etc/setprofile/intel-11.0.sh
1006#. /thin/local/etc/setprofile/mvapich2-1.4+intel-11.0.sh
1007. ~/.myprofile
1008#. /home2/t/t51254/palm/current_version/myprofile
1009#. /thin/apps/pgi/mpi.sh
1010#
1011env
1012#
1013set -x
1014
1015%%END%%
1016
1017 elif [[ $remote_host = lcxt5m ]]
1018 then
1019
1020    if [[ $numprocs != 0 ]]
1021    then
1022       cat > $job_to_send << %%END%%
1023#!/bin/ksh
1024#PBS -S /bin/ksh
1025#PBS -N $job_name
1026#PBS -j oe
1027#PBS -l walltime=$timestring
1028#PBS -l mppwidth=${numprocs}
1029#PBS -l mppnppn=${processes_per_node}
1030#PBS -m abe
1031#PBS -o $remote_dayfile
1032
1033$init_cmds
1034$module_calls
1035
1036%%END%%
1037
1038    else
1039       cat > $job_to_send << %%END%%
1040#!/bin/ksh
1041#PBS -S /bin/ksh
1042#PBS -N $job_name
1043#PBS -j oe
1044#PBS -l walltime=$timestring
1045#PBS -l ncpus=1
1046#PBS -l pmem=${memory}mb
1047#PBS -m abe
1048#PBS -o $remote_dayfile
1049
1050$init_cmds
1051$module_calls
1052
1053%%END%%
1054
1055    fi
1056
1057 elif [[ $remote_host = lckyuh ]]
1058 then
1059    cat > $job_to_send << %%END%%
1060#!/bin/bash
1061#PJM -L "rscgrp=$queue"
1062#PJM -L "node=$nodes"
1063#PJM --mpi "proc=$numprocs"
1064#PJM -L "elapse=$timestring"
1065#PJM -o $remote_dayfile
1066#PJM -j
1067#PJM -X
1068#PJM --no-stging
1069
1070export LANG=en_US.UTF-8
1071%%END%%
1072
1073 elif [[ $remote_host = lckyut ]]
1074 then
1075    cat > $job_to_send << %%END%%
1076#!/bin/bash
1077#PJM -L "rscgrp=$queue"
1078#PJM -L "vnode=$numprocs"
1079#PJM -L "vnode-core=1"
1080#PJM -L "elapse=$timestring"
1081#PJM --mpi proc=$numprocs
1082#PJM -o $remote_dayfile
1083#PJM -j
1084#PJM -X
1085#PJM --no-stging
1086
1087export LANG=en_US.UTF-8
1088%%END%%
1089
1090 elif [[ $remote_host = nech ]]
1091 then
1092
1093    if (( nodes > 1 ))
1094    then
1095       cat > $job_to_send << %%END%%
1096#!/bin/ksh
1097#PBS -l cpunum_prc=$processes_per_node,cputim_job=$cputime
1098#PBS -l ${qsubmem}=${Memory}gb
1099#PBS -b $nodes
1100#PBS -o $remote_dayfile
1101#PBS -N palm
1102#PBS -j o
1103#PBS -T mpisx
1104
1105%%END%%
1106
1107    elif [[ $numprocs != 0 ]]
1108    then
1109       cat > $job_to_send << %%END%%
1110#!/bin/ksh
1111#PBS -l cpunum_prc=$processes_per_node,cputim_job=$cputime
1112#PBS -l ${qsubmem}=${Memory}gb
1113#PBS -o $remote_dayfile
1114#PBS -N palm
1115#PBS -j o
1116
1117%%END%%
1118
1119    else
1120       cat > $job_to_send << %%END%%
1121#!/bin/ksh
1122#PBS -l ${qsubmem}=${Memory}gb,${qsubtime}=$cputime
1123#PBS -o $remote_dayfile
1124#PBS -j o
1125
1126%%END%%
1127
1128    fi
1129
1130 elif [[ $remote_host = lctit ]]
1131 then
1132    cat > $job_to_send << %%END%%
1133#!/bin/ksh
1134$init_cmds
1135$module_calls
1136
1137%%END%%
1138
1139       # SET OPTIONS FOR SUBMIT-COMMAND
1140    if [[ $tasks_per_node != $processes_per_node ]]
1141    then
1142       submcom="$submcom -W group_list=$group_number -N $job_name -l walltime=$timestring -l select=$nodes:ncpus=$processes_per_node:mpiprocs=$tasks_per_node:mem=${Memory}gb -o $remote_dayfile -j oe -q $queue "
1143    else
1144       submcom="$submcom -W group_list=$group_number -N $job_name -l walltime=$timestring -l select=$nodes:ncpus=$processes_per_node:mpiprocs=$tasks_per_node:mem=${Memory}gb -l place=scatter -o $remote_dayfile -j oe -q $queue "
1145    fi
1146
1147 else
1148
1149    cat > $job_to_send << %%END%%
1150# @\$-q ${queue}
1151# @\$-l${qsubtime} $timestring
1152# @\$-l${qsubmem} ${memory}mb
1153# @\$-o $remote_dayfile
1154# @\$-eo
1155
1156%%END%%
1157
1158 fi
1159
1160
1161    # IN CASE OF JOBS EXECUTING ON REMOTE-HOSTS, THE TRANSFER OF THE DAYFILES
1162    # TO THE LOCAL HOSTS WILL BE INITIATED BY TRAP ON EXIT
1163    # NO TRANSFER POSSIBLE ON IBM IN SEOUL
1164 if [[ $delete_dayfile = false  &&  $remote_host != $local_host ]]
1165 then
1166    echo "set +vx"                              >>  $job_to_send
1167    echo "trap '"                               >>  $job_to_send
1168    echo "set +vx"                              >>  $job_to_send
1169    if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm  ||  $remote_host = lccrayb  ||  $remote_host = lccrayh  ||  $(echo $remote_host | cut -c1-3) = nec  ||  $remote_host = lcflow  ||  $remote_host = lckiaps  ||  $remote_host = lckyu* ]]
1170    then
1171       if [[ $remote_host = ibmh ]]
1172       then
1173          return_queue=c1
1174       elif [[ $remote_host = ibmkisti ]]
1175       then
1176          return_queue=class.1-2
1177       elif [[ $remote_host = ibmku ]]
1178       then
1179          return_queue=sdbg2
1180       elif [[ $remote_host = ibms ]]
1181       then
1182          return_queue=p_normal
1183       elif [[ $remote_host = lccrayb || $remote_host = lccrayh ]]
1184       then
1185          return_queue=dataq
1186       elif [[ $remote_host = lckiaps ]]
1187       then
1188          return_queue=express
1189       elif [[ $remote_host = lckyuh ]]
1190       then
1191          return_queue=cx-single
1192       elif [[ $remote_host = lckyut ]]
1193       then
1194          return_queue=cx-single
1195       else
1196          return_queue=unknown
1197       fi
1198
1199       if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm ]]
1200       then
1201
1202          if [[ $remote_host = ibmku ]]
1203          then
1204             echo "echo \"#!/usr/bin/ksh\" >> scpjob.$identifier"            >>  $job_to_send
1205             echo "echo \"# @ shell = /usr/bin/ksh\" >> scpjob.$identifier"  >>  $job_to_send
1206          else
1207             echo "echo \"#!/bin/ksh\" >> scpjob.$identifier"                >>  $job_to_send
1208          fi
1209          echo "echo \"# @ job_type = serial\" >> scpjob.$identifier"    >>  $job_to_send
1210          echo "echo \"# @ job_name = transfer\" >> scpjob.$identifier"  >>  $job_to_send
1211          echo "echo \"# @ resources = ConsumableCpus(1) ConsumableMemory(1 gb)\" >> scpjob.$identifier"  >>  $job_to_send
1212          echo "echo \"# @ wall_clock_limit = 00:10:00,00:10:00\" >> scpjob.$identifier "  >>  $job_to_send
1213          echo "echo \"# @ output = job_queue/last_job_transfer_protocol\" >> scpjob.$identifier"  >>  $job_to_send
1214          echo "echo \"# @ error = job_queue/last_job_transfer_protocol\" >> scpjob.$identifier"  >>  $job_to_send
1215          if [[ $host != "ibmh" ]]
1216          then
1217             echo "echo \"# @ class = $return_queue\" >> scpjob.$identifier"  >>  $job_to_send
1218          fi
1219          echo "echo \"# @ image_size = 10\" >> scpjob.$identifier"      >>  $job_to_send
1220          echo "echo \"# @ notification = never\" >> scpjob.$identifier" >>  $job_to_send
1221
1222          echo "echo \"# @ queue\" >> scpjob.$identifier"                >>  $job_to_send
1223          echo "echo \" \" >> scpjob.$identifier"                        >>  $job_to_send
1224
1225          echo "echo \"set -x\" >> scpjob.$identifier"                   >>  $job_to_send
1226          echo "echo \"batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_user  $local_addres  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \\\"$job_catalog\\\"  $local_dayfile\" >> scpjob.$identifier"  >>  $job_to_send
1227          if [[ $remote_host = ibmku ]]
1228          then
1229             echo "echo \"rm  scpjob.$identifier\" >> scpjob.$identifier"   >>  $job_to_send
1230          fi
1231          echo "echo \"exit\" >> scpjob.$identifier"                     >>  $job_to_send
1232
1233       elif [[ $remote_host = nech ]]
1234       then
1235          echo "cd /pf/b/${remote_user}/job_queue" >>  $job_to_send
1236          echo "cat > scpjob.$identifier << %%END%%"  >>  $job_to_send
1237          echo "#PBS -l ${qsubmem}=1GB,${qsubtime}=100"  >>  $job_to_send
1238          echo "#PBS -o last_job_transfer_protocol"      >>  $job_to_send
1239          echo "#PBS -j o"                         >>  $job_to_send
1240          echo " "                                 >>  $job_to_send
1241          echo "set -x"                            >>  $job_to_send
1242          echo "cd /pf/b/${remote_user}/job_queue" >>  $job_to_send
1243          echo "batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_user $local_addres  $remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
1244          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
1245          echo "%%END%%"                           >>  $job_to_send
1246
1247       elif [[ $remote_host = lckyuh ]]
1248       then
1249          echo "cat > scpjob.$identifier << %%END%%"  >>  $job_to_send
1250          echo "#!/bin/bash"                       >>  $job_to_send
1251          echo "#PJM -L \"node=1\""                >>  $job_to_send
1252          echo "#PJM -L \"rscgrp=$return_queue\""  >>  $job_to_send
1253          echo "#PJM --no-stging"                  >>  $job_to_send
1254          echo "#PJM -L \"elapse=30:00\""          >>  $job_to_send
1255          echo "#PJM -o \$HOME/job_queue/last_job_transfer_protocol"  >>  $job_to_send
1256          echo "#PJM -j"                           >>  $job_to_send
1257          echo " "                                 >>  $job_to_send
1258          echo "export LANG=en_US.UTF-8"           >>  $job_to_send
1259          echo "set -x"                            >>  $job_to_send
1260          echo "batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_user $local_addres  $remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
1261          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
1262          echo "%%END%%"                           >>  $job_to_send
1263
1264       elif [[ $remote_host = lckyut ]]
1265       then
1266          echo "cat > scpjob.$identifier << %%END%%"  >>  $job_to_send
1267          echo "#!/bin/bash"                       >>  $job_to_send
1268          echo "#PJM -L \"vnode=1\""               >>  $job_to_send
1269          echo "#PJM -L \"rscgrp=$return_queue\""  >>  $job_to_send
1270          echo "#PJM --no-stging"                  >>  $job_to_send
1271          echo "#PJM -L \"elapse=30:00\""          >>  $job_to_send
1272          echo "#PJM -o \$HOME/job_queue/last_job_transfer_protocol"  >>  $job_to_send
1273          echo "#PJM -j"                           >>  $job_to_send
1274          echo " "                                 >>  $job_to_send
1275          echo "export LANG=en_US.UTF-8"           >>  $job_to_send
1276          echo "set -x"                            >>  $job_to_send
1277          echo "batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_user $local_addres  $remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
1278          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
1279          echo "%%END%%"                           >>  $job_to_send
1280
1281       elif [[ $remote_host = lccrayb || $remote_host = lccrayh ]]
1282       then
1283          echo "cat > scpjob.$identifier << %%END%%"        >>  $job_to_send
1284          echo "#!/bin/bash"                             >>  $job_to_send
1285          echo "#PBS -N job_protocol_transfer"           >>  $job_to_send
1286          echo "#PBS -l walltime=00:30:00"               >>  $job_to_send
1287          echo "#PBS -l nodes=1:ppn=1"                   >>  $job_to_send
1288          echo "#PBS -o \$HOME/job_queue/last_job_transfer_protocol"      >>  $job_to_send
1289          echo "#PBS -j oe"                              >>  $job_to_send
1290          echo " "                                       >>  $job_to_send
1291          echo "set -x"                                  >>  $job_to_send
1292          echo "batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_user $local_addres  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
1293          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
1294          echo "%%END%%"                                 >>  $job_to_send
1295
1296       elif [[ $remote_host = lcflow ]]
1297       then
1298          echo "cat > scpjob.${identifier}.tmp << %%END%%"                  >>  $job_to_send
1299          echo "#!/bin/bash"                                             >>  $job_to_send
1300          echo "SGEPREFIX -S /bin/bash"                                  >>  $job_to_send
1301          echo "SGEPREFIX -N transfer_$job_name"                         >>  $job_to_send
1302          echo "SGEPREFIX -cwd"                                          >>  $job_to_send
1303          echo "SGEPREFIX -l h_rt=01:00:00"                              >>  $job_to_send
1304          echo "SGEPREFIX -l h_vmem=500M"                                >>  $job_to_send
1305          echo "SGEPREFIX -l excl_flow=false"                            >>  $job_to_send
1306          echo "SGEPREFIX -j y"                                          >>  $job_to_send
1307          echo "SGEPREFIX -o ${local_host}_${job_name}_scpjob_$identifier"  >>  $job_to_send 
1308          echo " "                                                       >>  $job_to_send 
1309          echo "set -x"                                                  >>  $job_to_send 
1310          echo "export PALM_BIN=$PALM_BIN" | sed -e 's:'$HOME':$HOME:'   >>  $job_to_send
1311          echo "export PATH=\$PATH:\$PALM_BIN"                           >>  $job_to_send
1312          echo ""                                 >>  $job_to_send         
1313          echo "batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_user $local_addres  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
1314          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
1315          echo "rm -f scpjob.${identifier}"                                 >>  $job_to_send         
1316          echo "%%END%%"                                                 >>  $job_to_send
1317          echo "sed -e 's/SGEPREFIX/#$/g' scpjob.${identifier}.tmp > scpjob.${identifier}" >>  $job_to_send         
1318          echo "rm -f scpjob.${identifier}.tmp"                             >>  $job_to_send         
1319
1320       else
1321
1322          echo "cat > scpjob.$identifier << %%END%%"  >>  $job_to_send
1323          echo "# @\\\$-q $return_queue"           >>  $job_to_send
1324          echo "# @\\\$-l${qsubtime} 10"           >>  $job_to_send
1325          echo "# @\\\$-l${qsubmem} 10mb"          >>  $job_to_send
1326          if [[ $remote_host = t3ej2  ||  $remote_host = t3ej5  ||  $remote_host = t3es ]]
1327          then
1328             echo "# @\$-l mpp_p=0"                >>  $job_to_send
1329          fi
1330          echo '# @\$-lF 10mb'                     >>  $job_to_send
1331          echo '# @\$-o job_queue/last_job_transfer_protocol'    >>  $job_to_send
1332          echo '# @\\\$-eo'                          >>  $job_to_send
1333          echo " "                                 >>  $job_to_send
1334          if [[ $remote_host = t3ej2  ||  $remote_host = t3ej5 ]]
1335          then
1336             echo "set +vx"                        >>  $job_to_send
1337             echo ". .profile"                     >>  $job_to_send
1338          fi
1339          echo "set -x"                            >>  $job_to_send
1340          echo "batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_user $local_addres  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile  >  /dev/null"  >>  $job_to_send
1341          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
1342          echo "%%END%%"                           >>  $job_to_send
1343       fi
1344
1345       if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm ]]
1346       then
1347          echo "llsubmit  scpjob.$identifier"      >>  $job_to_send
1348       elif [[ $remote_host = lccrayb || $remote_host = lccrayh ]]
1349       then
1350          echo "msub -q $return_queue  scpjob.$identifier"               >>  $job_to_send
1351       elif [[ $remote_host = t3eb  ||  $remote_host = t3eh  ||  $remote_host = t3ej2  ||  $remote_host = t3ej5 ]]
1352       then
1353          echo "qsub -J n  scpjob.$identifier"     >>  $job_to_send
1354       elif [[ $remote_host = t3es ]]
1355       then
1356          echo "qsub -J n  -s /bin/ksh  scpjob.$identifier"     >>  $job_to_send
1357       elif [[ $remote_host = lckiaps ]]
1358       then
1359          echo "mv  scpjob.$identifier  $job_catalog"           >>  $job_to_send
1360          echo "ssh $SSH_PORTOPT ${remote_username}@${remote_addres}  \"$submcom ${job_catalog}/scpjob.$identifier\" "  >>  $job_to_send
1361          echo "rm  ${job_catalog}/scpjob.$identifier"          >>  $job_to_send
1362       elif [[ $remote_host = lckyu* ]]
1363       then
1364          echo "scp $PORTOPT scpjob.$identifier  ${remote_username}@${remote_addres}:job_queue"           >>  $job_to_send
1365          echo "ssh $SSH_PORTOPT ${remote_username}@${remote_addres}  \"cd job_queue; $submcom scpjob.$identifier; rm scpjob.$identifier\" "  >>  $job_to_send
1366       elif [[ $remote_host = lcflow ]]
1367       then
1368          echo "mv  scpjob.$identifier  $job_catalog"           >>  $job_to_send
1369          echo "/usr/bin/ssh ${remote_username}@${remote_addres}  \"$init_cmds $module_calls cd $job_catalog; $submcom scpjob.$identifier\" "  >>  $job_to_send
1370       else
1371          echo "$submcom  scpjob.$identifier"      >>  $job_to_send
1372       fi
1373       if [[ $remote_host != ibmku  &&  $remote_host != lckiaps ]]
1374       then
1375          echo "rm  scpjob.$identifier"            >>  $job_to_send
1376       fi
1377       if [[ $remote_host = nech ]]
1378       then
1379          echo "cd -"                           >>  $job_to_send
1380       fi
1381    else
1382#       echo "ftpcopy  -d  $local_addres  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
1383       # ??? funktioniert das ÃŒberhaupt noch ???
1384       echo "nohup  ftpcopy  -d  -w 15  $local_addres  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile  >  /dev/null  &"  >>  $job_to_send
1385    fi
1386    echo "set -x"                               >>  $job_to_send
1387    echo "     ' exit"                          >>  $job_to_send
1388    echo "set -x"                               >>  $job_to_send
1389 fi
1390
1391
1392
1393    # APPEND THE JOB-FILE (CREATE BY mrun) TO THE JOB-DIRECTIVES GENERATED ABOVE
1394 cat  $file_to_send  >>  $job_to_send
1395
1396 if [[ $remote_host = ibm ]]
1397 then
1398    echo " "         >>  $job_to_send
1399    echo "exit"      >>  $job_to_send
1400 fi
1401
1402    # REMOVE JOB-FILE
1403 if [[ $remote_host = lctit  ||  $remote_host = ibmku  ||  $remote_host = lcflow ]]
1404 then
1405    echo " "                               >>  $job_to_send
1406    echo "rm ~/job_queue/$job_on_remhost"  >>  $job_to_send
1407 fi
1408
1409
1410    # TRANSFER JOB TO THE TARGET HOST (JOB-DIRECTORY)
1411 if [[ $no_submit = false ]]
1412 then
1413    if [[ $remote_host != $local_host ]]
1414    then
1415       [[ $verify = true ]]  &&  printf "\n >>> transfering job to \"$remote_host\"..."
1416       if [[ $remote_host = ibms ]]    # ssh on ibms cannot handle "~/"
1417       then
1418          job_catalog_save=$job_catalog
1419          job_catalog=job_queue
1420       elif [[ $remote_host = nech ]]
1421       then
1422          job_catalog_save=$job_catalog
1423          job_catalog=/hpf/b/${remote_user}/job_queue
1424       fi
1425       if [[ $remote_host = nech ]]
1426       then
1427             # FILES CAN ONLY BE TRANSFERED VIA DKRZ'S ARCHIVE-SERVER
1428          scp  $PORTOPT  $job_to_send  ${remote_user}@136.172.44.205:${job_catalog}/$job_on_remhost
1429       else
1430          scp  $PORTOPT  $job_to_send  ${remote_user}@${remote_addres}:${job_catalog}/$job_on_remhost
1431       fi
1432       if [[ $? = 1 ]]
1433       then
1434          locat=scp; exit
1435       fi
1436       if [[ $remote_host = ibms ]]
1437       then
1438          job_catalog=$job_catalog_save
1439       fi
1440       [[ $verify = true ]]  &&  printf "\n >>> finished\n"
1441    else
1442       eval  job_catalog=$job_catalog
1443       cp  $job_to_send  ${job_catalog}/$job_on_remhost
1444    fi
1445
1446
1447
1448       # START NQS- / LOADLEVELER-JOB
1449    if [[ $remote_host != $local_host ]]
1450    then
1451       [[ $verify = true ]]  &&  printf "\n >>> submitting job using \"qsub\"...\n"
1452
1453       if [[ $remote_host = ibmku ]]
1454       then
1455          ssh  $SSH_PORTOPT $remote_addres  -l $remote_user  "cd $job_catalog; $submcom $job_on_remhost"
1456       elif [[ $remote_host = lcflow ]]
1457       then
1458          /usr/bin/ssh  $SSH_PORTOPT $remote_addres  -l $remote_user  "$init_cmds $module_calls cd $job_catalog; $submcom $job_on_remhost"
1459       else
1460          ssh  $SSH_PORTOPT $remote_addres  -l $remote_user  "cd $job_catalog; $submcom $job_on_remhost; rm $job_on_remhost"
1461       fi
1462
1463       [[ $verify = true ]]  &&  printf " >>> o.k.\n"
1464    else
1465       cd  $job_catalog
1466       if [[ $(echo $local_host | cut -c1-3) = ibm  ||  $(echo $local_host | cut -c1-6) = lccray ]]
1467       then
1468          eval  $submcom  $job_on_remhost
1469       elif [[  $local_host = lctit  ||  $localhost = lcxe6  ||  $localhost = lck  || $localhost = lckordi ||  $localhost = lcyon || $localhost = lcsb  ||  $localhost = lckyu* ]]
1470       then
1471          chmod  u+x  $job_on_remhost
1472          eval  $submcom  $job_on_remhost
1473       elif [[ $local_host = nech ]]
1474       then
1475          if [[ $queue = default ]]
1476          then
1477             eval  $submcom  $job_on_remhost
1478          else
1479             eval  $submcom  -q $queue  $job_on_remhost
1480          fi
1481       else
1482          qsub  $job_on_remhost
1483       fi
1484
1485          # JOBFILE MUST NOT BE DELETED ON lctit/ibmku/lcflow. THIS WILL BE DONE
1486          # AT THE END OF THE JOB
1487       if [[ $local_host != lctit  &&  $local_host != ibmku  &&  $local_host != lcflow ]]
1488       then
1489          rm  $job_on_remhost
1490       fi
1491       cd  -  > /dev/null
1492    fi
1493 fi
1494
1495
1496
1497    # FINAL ACTIONS
1498 if [[ $no_submit = false ]]
1499 then
1500    rm  -f $job_to_send
1501 fi
1502 [[ $verify = true ]]  &&  printf "\n\n *** SUBJOB finished \n\n"
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.