source: palm/trunk/SCRIPTS/mrun @ 978

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mrun updated (automatic restarts were not possible at imuk)

  • Property svn:keywords set to Id Rev
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Line 
1#!/bin/ksh
2# mrun - script for running PALM jobs
3# $Id: mrun 970 2012-08-06 14:13:29Z fricke $
4
5     # Procedure for interactive/batch PALM runs (initial runs and automatic
6     # restart runs)
7
8     # Last changes:
9     # 03/03/94 - Siggi - Entwicklungsbeginn
10     # 21/03/94 - Siggi - Entwicklungsabschluss (Version 1.0)
11     # 09/12/94 - Siggi - allexport unterbunden; statt dessen werden jetzt ein-
12     #                    zelne Variable exportiert. Dies ist noetig, weil an-
13     #                    sonsten irgendein Speicher ueberlaeuft und von mrun
14     #                    aufgerufene Programme (z.B. stageout) mit Fehlern
15     #                    abbrechen (too many arguments)
16     # 20/06/95 - Siggi - noclobber muss explizit abgeschaltet, da jetzt
17     #                    defaultmaessig im RRZN-Profile eingeschaltet
18     # 10/06/97 - Siggi - Zusaetzliche Option -C bei cpp, damit // nicht
19     #                    wegfallen
20     # 25/04/00 - Siggi - Version 1.5
21     #                    remote_addres und remote_user in return_addres bzw.
22     #                    return_username umbenannt, return_username wird dem
23     #                    mrun-Aufruf im Job ueber Option -U mitgegeben.
24     #                    Neue Variable remote_username, die beim interaktiven
25     #                    mrun-Aufruf zwingend ueber die neue Option -u oder
26     #                    in der Konfigurationsdatei angegeben werden muss.
27     # 08/02/01 - Siggi - Alle mrun-Meldungen ins englische uebersetzt,
28     #                    Version 1.7
29     # 05/05/02 - Siggi - Uebersetzungen mittels make-Mechanismus moeglich
30     # 21/11/02 - Siggi - ENV-Variable XLFRTEOPTS wird vor Ausfuehrung auf
31     #                    IBM gesetzt, um Record-Laenge der NAMELIST-Dateien,
32     #                    zu bestimmen; Praeprozessoroptionen haben nun alle
33     #                    die Form -Dtext=text, weil auf IBM sonst text durch
34     #                    die leere Zeichenkette ersetzt wird
35     # 01/08/03 - Siggi  - Test of implementing dvrp+1PE on ibm
36     # 07/01/04 - Siggi  - additional preprocessor directive for ibm included
37     #                     (-D$OMP=OMP) in order to avoid problems with
38     #                     OMP_NUM_THREADS
39     # 04/01/05 - Siggi  - archiving on hanni and berni is done in separate
40     #                     tar files, one for each node used
41     # 07/01/04 - Siggi  - old code for t3e, vpp and hpcs eliminated
42     # 09/01/05 - Siggi  - workaround for getting the IP address on gfdl3
43     # 17/01/05 - Siggi  - job for data transfer to local machine now within
44     #                     job class c1 (HLRN)
45     # 27/01/05 - Siggi  - IP address workaround for gfdl3 removed
46     # 28/01/05 - Siggi  - tar-filenames on $PERM (HLRN) now include the
47     #                     base filename and cycle number
48     # 16/02/05 - Gerald - hababai validated
49     # 14/03/05 - Siggi  - abort on NEC after first runtime error (F_ERRCNT)
50     # 29/03/05 - Marcus - berni*-en0 validated
51     # 21/04/05 - Siggi  - transfer-job-protocol for avs-data is no more stored
52     # 24/04/05 - Siggi  - netcdf support on lcmuk
53     # 25/04/05 - Siggi  - netcdf support on gfld3 (decalpha)
54     # 11/05/05 - Siggi  - files with non-numeric extensions (.xxx after cycle
55     #                     number) can now be used within interactive runs
56     # 12/05/05 - Siggi  - netcdf support on ibm
57     # 13/05/05 - Siggi  - error in tar-filenames on $PERM (HLRN) removed
58     # 18/05/05 - Siggi  - netcdf support on nec
59     # 24/05/05 - Siggi  - netcdf support on ibms
60     # 14/06/05 - Siggi  - sleep interval after submit of restart job increased
61     #                     to 30 seconds
62     # 28/06/05 - Siggi  - bora adjusted to new intel compiler (LD_LIBRARY_
63     #                     PATH is temporarily set)
64     # 07/09/05 - Siggi  - setting of MP_EAGER_LIMIT switched off because it
65     #                     caused warnings in the job protocol
66     # 20/10/05 - Siggi  - update of netcdf-version on decalpha (gfdl3)
67     # 25/10/05 - Siggi  - error in listing files for getting the cycle number
68     #                     removed
69     # 26/10/05 - Siggi  - new paths for dvrp-library, transfer of catalogs
70     #                     realized by file attribute trpe
71     # 28/10/05 - Siggi  - if existing, the file extension is output in case
72     #                     of missing input file - no job abort in case of
73     #                     missing input files with file extensions
74     #                     (preliminary solution)
75     # 31/10/05 - Siggi  - data transfer from nech now within seperate job
76     # 04/11/05 - Siggi  - netcdf 3.6.0-p1 on ibmh/ibmb
77     # 07/12/05 - Siggi  - gallego and elephanta admitted
78     # 30/12/05 - Siggi  - gfdl5 (ibmy) admitted
79     # 10/01/06 - Siggi  - cpp directive for NetCDF 64bit support
80     # 20/01/06 - Siggi  - cpp directive for ibmy
81     # 09/02/06 - Siggi  - ibmy admitted for batch mode
82     # 13/04/06 - Siggi  - ostria admitted
83     # 18/04/06 - Siggi  - usage of OpenMP implemented (additional option -O)
84     # 10/05/06 - Siggi  - environment variable XLSMPOPTS set on IBM for
85     #                     optimization of OpenMP runs (option stacksize is
86     #                     necessary for large gridpoint numbers because
87     #                     otherwise a segmentation fault occurs)
88     # 23/05/05 - Siggi  - lctit (SUN Fire X4600) admitted
89     # 21/08/06 - Siggi  - standard mrun path on scirocco is as on bora
90     # 23/08/06 - Siggi  - netcdf support for scirocco (notebook)
91     # 20/09/06 - Marcus - add DVRP library on nech
92     # 24/10/06 - Siggi  - Environment variables for PALM steering are written
93     #                     on local NAMELIST file ENVPAR
94     # 24/11/06 - Siggi  - levanto admitted, maestro switched to ifc 9.1
95     # 28/11/06 - Siggi  - call to interpret_config.x_levanto because of SuSe 10
96     # 06/02/07 - Siggi  - add DVRP library on lcmuk
97     # 07/02/07 - Siggi  - revision of source code handling, source code is
98     #                     now expected in directory given by source_path and
99     #                     not in the current working directory, source code
100     #                     files provided in add_source_path are allways
101     #                     compiled, source code to be compiled is allways
102     #                     sampled in SOURCES_FOR_RUN_$fname which is a
103     #                     subdirectory of the current working directory,
104     #                     -s TEST  changed to  -s WRITE_PERMIT  or -s WP,
105     #                     adapted for RIAM (neck)
106     #                     bugfix for cycle number of output file (extout)
107     #                     all hpmuk-related code removed
108     # 14/02/07 - Siggi  - dvrp support for neck added
109     # 28/02/07 - Siggi  - empty lines in configuration file are accepted
110     #                     mrun_path replaced by PALM_BIN,
111     #                     all machines are calling interpret_config.x
112     # 14/03/07 - Siggi  - fimm admitted, revision number added to terminal
113     #                     output
114     # 16/03/07 - Siggi  - adjustments for lctit
115     # 29/03/07 - Siggi  - global revision transfered to batch job by new
116     #                     option -G
117     # 30/03/07 - Siggi  - compilation "by hand" removed, cpp-directives/options
118     #                     + netcdf/dvrp-options are read from configuration
119     #                     file, host identifier (local_host) is read from
120     #                     config file, code related to ftp filetransfer
121     #                     removed (incl. option -f)
122     # 19/06/07 - Siggi  - time limit for cdata jobs increased
123     # 25/07/07 - Siggi  - two sets of executables can be started on lcmuk,
124     #                     if new option -Y (coupling) is given,
125     #                     output of executables to aout_output removed,
126     #                     messages are immediately written to stdout instead
127     # 03/08/07 - Marcus - add XOPT="-X $numprocs" for lcfimm
128     # 09/08/07 - Marcus - workaround on lcfimm to propagate environment
129     #                     variables out to the nodes in coupled mode -disabled-
130     # 13/08/07 - Marcus - start local restart jobs per ssh on lcfimm
131     # 28/08/07 - Marcus - completely remove workaround on lcfimm to propagate
132     #                     environment variables out to the nodes in coupled mode
133     # 15/10/07 - Siggi  - Preliminary adjustments for lctit, based on Jin's
134     #                     suggestions
135     # 19/10/07 - Marcus - further adjustments for lctit: add new optional
136     #                     argument -g group_number, admit all sla* node_usage
137     #                     queues
138     # 30/10/07 - Marcus - further adjustments for queues on lctit
139     # 14/02/08 - Bjoern - link of restart files with long file name possible
140     # 28/02/08 - Marcus - If environment variable link_local_output is set to
141     #                     true, mrun tries "ln -f" on local output and resorts
142     #                     to "cp" or "cp -r" on error
143     # 15/04/08 - Siggi  - argument -c introduced to most of the subjob calls,
144     #                     which allows the user to choose his own job catalog
145     #                     by setting job_catalog in the configuration file
146     #                     (default is ~/job_queue),
147     #                     workaround for mpiexec with -env option,
148     #                     adjustments for lcxt4 (Bergen Center for Computational
149     #                     Science)
150     # 22/05/08 - Marcus - If environment variable link_local_input is set to
151     #                     true, mrun tries "ln -f" on local input and resorts
152     #                     to "cp" or "cp -r" on error
153     # 27/05/08 - Siggi  - PATH is set to PALM_BIN everywhere (missing so far)
154     # 14/07/08 - Siggi  - adjustments for lcsgih
155     # 08/08/08 - Marcus - typo removed in lcxt4 branch
156     # 17/09/08 - Siggi  - restart mechanism adjusted for lcsgi
157     # 02/10/08 - BjornM - argument "-Y" modified, adjustments for coupled runs
158     # 21/10/08 - Siggi  - bugfix for the case that -K has more than one
159     #                     argument
160     # 08/11/08 - Siggi  - bugfix for depository path settings in configuration
161     #                     file
162     # 11/11/08 - Siggi  - rules for using user code files changed: user
163     #                     code splitted into one file per subroutine,
164     #                     user can provide his/her own makefile, only
165     #                     default source-code filenames are allowed
166     # 14/11/08 - Siggi  - cond1 and cond2 are part of the depository name
167     # 08/01/09 - Siggi  - mpi module on sgi machines to be used can be set
168     #                     with environment variable mpilib
169     # 13/01/09 - Siggi  - totalview on hice/bice can be used in debug mode
170     #                     using environment variable totalview
171     # 25/02/09 - Siggi  - cputime-option (-t) is allowed to be omitted for
172     #                     interactive runs
173     # 05/03/09 - Siggi  - adjustments for new NEC-SX9 at RIAM (necriam)
174     # 16/03/09 - Siggi  - dvrp_lib, dvrp_inc replaced by dvr_lib, dvr_inc,
175     #                     dvr streaming server is automatically started using
176     #                     new variable dvr_server and a configuration file
177     #                     .dvrserver.config,
178     #                     processing of dvr output files using new script
179     #                     process_dvr_output implemented, in order to make
180     #                     dvr application more user friendly
181     # 20/03/09 - Marcus - update of n1ge command for lctit
182     # 16/04/09 - Siggi  - new option -y for precursor (uncoupled) ocean runs
183     #                     to be followed by a coupled atmosphere-ocean run
184     # 21/04/09 - Siggi  - adjustments for new IBM at DKRZ, which is now ibmh
185     # 24/06/09 - BjornM - adjustments for coupled/precursor runs on ibmy
186     # 08/07/09 - Siggi  - default value for email_notification is none,
187     #                     option -e added to subjob
188     # 19/08/09 - Marcus - MPI debug option
189     # 21/08/09 - Marcus - totalview on hice/bice also available for mvapich2
190     # 25/08/09 - BjornM - adpated for lck
191     # 26/08/09 - Siggi  - additional environment variables for mpt on ice2
192     # 26/08/09 - Marcus - adjustment for ice2 on lcsgib
193     # 29/09/09 - Siggi  - default value for archiving is false, option "-A"
194     #                     switches on archiving, archiving on SGI-ICE enabled
195     # 16/10/09 - Carolin- adjustments for archiving on SGI-ICE of binary files;
196     #                     adjustment for special1q
197     # 18/12/09 - Carolin- modification of archiving (permq)
198     # 01/02/10 - Siggi  - adapted for lcxt5m and lckyoto (Fujitsu HX600)
199     # 03/02/10 - Siggi  - make options (mopts) to be set by configuration file
200     #                     implemented
201     # 08/02/10 - Siggi  - loading of modules now controlled via configuration
202     #                     file (modules)
203     # 02/03/10 - Siggi  - for each block in the configuration file, separate
204     #                     utility programs are used, combine_plot_fields is
205     #                     directly called and must not be given by an output
206     #                     command in the configuration file any more
207     # 15/06/10 - Rieke  - ssh from compute nodes to login nodes on hosts
208     #                     lcsgih/lcsgib is done using the names
209     #                     hicegate0/bicegate0 instead of the IP addresses
210     # 17/08/10 - BjornM - adjustments for interactive runs on lcxt4
211     # 07/09/10 - Siggi  - bugfix for wrong netcdf/3.6.3 module on lcsgi
212     # 08/12/10 - Siggi  - new handling of openmp/hybrid runs, option -O
213     #                     has now argument threads_per_task
214     #                     adjustments for Kyushu Univ. (lcrte, ibmku)
215     # 14/12/10 - Siggi  - adjustments for new Tsubame system at Tokyo
216     #                     institute of technology (lctit)
217     # 23/12/10 - Micha  - different number of processors in ocean and
218     #                     atmosphere is now allowed
219     # 02/02/10 - Siggi  - further adjustments on Tsubame and concerning openMP
220     #                     usage
221     # 09/03/10 - Siggi  - adjustments for ibmkisti, mpt bugfix for netCDF4
222     #                     usage, totalview usage extended
223     # 17/03/11 - Siggi  - adjustments for openmp usage on ibmkisti
224     # 03/04/11 - Micha  - added lckordi
225     # 06/04/11 - BjornM - bugfix for runs with mpt on lcsgi
226     # 17/08/11 - Siggi  - extensions for impi library
227     # 18/08/11 - Siggi  - bugfix for local append of output files with suffix
228     #                     (.nc)
229     # 18/08/11 - Marcus - support for Linux OS with German locale
230     #                   - properly report hosts on general Linux clusters
231     # 29/08/11 - BjornW - adapted for lcflow (ForWind cluster in Oldenburg)
232     # 29/08/11 - Carolin- initiating restart-run: adjustment of the path at
233     #                     IMUK
234     # 15/09/11 - Siggi  - new option -w tp set the maximum number of parallel
235     #                     io streams, option -T is obligatory from now on
236     # 25/01/12 - BjornM - a namelist file check prior to the model run has
237     #                     been implemented (check_namelist_files).
238     #                     New option -z can be used to skip the check
239     # 03/02/12 - BjornM - namelist file check temporary disabled
240     #                     until severel bugs are fixed
241     # 08/02/12 - BjornM - bugfixes: skipping namelist file check in case of
242     #                     restart runs. check is now possible with topography
243     #                     and the -v (silent) option is considered
244     # 14/02/12 - BjornM/- bugfix: removed slash in \$queue, changed default
245     #            Farah    queue for lcsgi to testq, since bigq is not
246     #                     available on ice1
247     # 16/02/12 - BjornM - bugfix: replaced $localhost by $host in the ENVPAR
248     #                     file, which is generated for the namelist file check
249     # 17/02/12 - Siggi  - -z included in description of options (mrun ?)
250     # 22/02/12 - Siggi  - -s info updated
251     # 22/02/12 - Siggi  - case "-s WP" removed
252     # 28/02/12 - BjornM - further adjustments for namelist file check
253     # 09/03/12 - Siggi  - -T option not obligatory for lcflow
254     # 12/03/12 - Siggi  - tasks_per_node divisor check not for lcflow
255     # 21/03/12 - Matthias - default compiler on ibmh changed
256     # 02/05/12 - Bjoern  - lcxt4 is now lcxe6, adjustments for lcxe6,
257     #                      bugfixes for the parameter file check, initial
258     #                      commands on ssh calls sourced out to .mrun.config
259     # 05/06/12 - Bjoern  - bugfixes for the parameter file check on lcxe6.
260     #                      combine_plot_fields can be switched off by the
261     #                      new mrun option -Z
262     # 08/06/12 - Bjoern  - max_pr_user enabled for the namelist file check,
263     #                      sleep commands are now disabled in silent mode (-v)
264     # 06/08/12 - Bjoern  - update: system update at imuk now requires (new)
265     #                      initial shell commands on ssh calls (automatic
266     #                      restart runs were not possible)
267 
268    # VARIABLENVEREINBARUNGEN + DEFAULTWERTE
269
270 set +o allexport    # SICHERHEITSHALBER UNTERBINDEN, DA SONST EVTL. STAGEOUT
271                     # NICHT LAUEFT (TOO MANY ARGUMENTS - PROBLEM)
272 set +o noclobber    # EXISTIERENDE DATEIEN DUERFEN UEBERSCHRIEBEN WERDEN
273
274 AddFilenames=""
275 additional_conditions=""
276 add_source_path=""
277 afname=""
278 archive_save=true
279 archive_system=none
280 check_namelist_files=true
281 combine_plot_fields=true
282 compiler_name=""
283 cond1=""
284 cond2="" 
285 config_file=.mrun.config
286 coupled_dist=""
287 coupled_mode="mpi1"
288 cpp_opts=""
289 cpp_options=""
290 cpumax=0
291 cpurest=0
292 delete_temporary_catalog=true
293 do_batch=false
294 do_compile=true
295 do_remote=false
296 do_stagein=true
297 do_stageout=true
298 do_trace=false
299 email_notification="none"
300 exclude=""
301 executable=""
302 execution_error=false
303 fimm=false
304 fname=test
305 fromhost=""
306 global_revision=""
307 group_number=none
308 host=""
309 host_file=""
310 hp=""
311 ignore_archive_error=false
312 input_list=""
313 interpreted_config_file=""
314 job_catalog="~/job_queue"
315 job_on_file=""
316 keep_data_from_previous_run=false
317 link_local_input=false
318 link_local_output=false
319 localhost_realname=$(hostname)
320 local_compile=false
321 local_dvrserver_running=.FALSE.
322 locat=normal
323 mainprog=""
324 makefile=""
325 max_par_io_str=""
326 mc=$0
327 while [[ $(echo $mc | grep -c "/") != 0 ]]
328 do
329    mc=`echo $mc | cut -f2- -d"/"`
330 done
331 module_calls=""
332 mrun_script_name=$mc
333 netcdf_inc=""
334 netcdf_lib=""
335 netcdf_support=false
336 node_usage=default
337 numprocs=""
338 numprocs_atmos=0
339 numprocs_ocean=0
340 OOPT=""
341 openmp=false
342 output_list=""
343 package_list=""
344 punkte="..........................................................."
345 queue=none
346 read_from_config=""
347 restart_run=false
348 if [[ `hostname` = rte10 ]]
349 then
350   return_addres=133.5.185.60
351   echo "+++ WARNING: fixed return_addres = $return_addres is used !!!!!"
352 elif [[ `hostname` = climate0 ]]
353 then
354   return_addres=165.132.26.68
355   echo "+++ WARNING: fixed return_addres = $return_addres is used !!!!!"
356 else
357    return_addres=$(nslookup `hostname` 2>&1 | grep "Address:" | tail -1 | awk '{print $2}')
358 fi
359 return_password=""
360 return_username=$LOGNAME
361 remotecall=false
362 remote_username=""
363 run_coupled_model=false
364 run_mode=""
365 scirocco=false
366 store_on_archive_system=false
367 striche="  ----------------------------------------------------------------------------"
368 silent=false
369 source_list=""
370 source_path=SOURCE
371 tasks_per_node=""
372 threads_per_task=1
373 tmpcreate=false
374 tmp_data_catalog=""
375 transfer_problems=false
376 usern=$LOGNAME
377 use_openmp=false
378 working_directory=`pwd`
379 TOPT=""
380 XOPT=""
381 zeit=$( date | cut -c 12-19 )
382
383 typeset -i  iec=0 iic=0 iin=0 ioc=0 iout=0 memory=0 stagein_anz=0 stageout_anz=0
384 typeset -i  cputime i ii iia iii iio icycle inode ival jobges jobsek maxcycle minuten nodes pes sekunden tp1
385
386 typeset  -R30 calltime
387 typeset  -L20 spalte1
388 typeset  -L40 spalte2
389 typeset  -L60 spalte3
390 typeset  -L35 string1=`date`
391 typeset  -L12 string2=$usern
392 typeset  -L12 string3=$localhost_realname
393 typeset  -L12 string4
394 typeset  -L12 string5
395 typeset  -L30 version="MRUN  2.0 Rev$Rev: 970 $"
396
397
398
399    # EINZELNE VARIABLE FUER HAUPTPROGRAMM EXPORTIEREN
400 export  cpurest fname host localhost return_addres return_username remotecall tasks_per_node
401
402    # FOLGENDE VARIABLEN MUESSEN FUER DIE INTERPRETATION DER KONFIGURATIONSDATEI
403    # EXPORTIERT WERDEN
404 export  afname config_file cpp_opts cpumax do_batch do_trace fname fromhost
405 export  group_number input_list memory numprocs output_list queue run_mode
406
407
408 
409    # FEHLERBEHANDLUNG
410    # BEI EXIT:
411 trap 'rm -rf  $working_directory/tmp_mrun
412       if [[ $locat != localhost ]]
413       then
414#          if [[ ! -f ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik ]]
415#          then
416#             cat  >  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik  <<  %STATEND%
417#MRUN-calls on $localhost
418#
419#date and time                      user        localhost   remotehost  termination mrun-command
420#--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
421#%STATEND%
422#             chmod  666  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik
423#          fi
424#
425#             # EINTRAG IN DIE STATISTIK-DATEI
426#          string4=$host
427#          string5=$locat
428#          if [[ "$job_on_file" = ""  &&  $locat != control_c  &&  $locat != user_abort ]]
429#          then
430#             if [[ $do_batch = true ]]
431#             then
432#                printf "$string1$string2$string3$string4$string5$mrun_com \n"  >>  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik
433#             else
434#                printf "$string1$string2$string3$string4$string5$mc \n"  >>  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik
435#             fi
436#          fi
437          echo " " > /dev/null
438       fi
439
440       if [[ $locat != normal  &&  $locat != control_c  &&  $locat != local_compile ]]
441       then
442
443              # EVENTUELLE ERROR-KOMMANDOS ABARBEITEN
444          (( i = 0 ))
445          while (( i < iec ))
446          do
447             (( i = i + 1 ))
448             printf "\n  *** Execution of ERROR-command:\n"
449             printf "  >>> ${err_command[$i]}\n"
450             eval  ${err_command[$i]}
451          done
452          if [[ -n $interpreted_config_file ]]  then
453             rm -rf  $interpreted_config_file
454          fi
455          if [[ -n .mrun_environment ]]  then
456             rm -rf  .mrun_environment
457          fi
458          if [[ $tmpcreate = true ]]
459          then
460             printf "\n  *** Contents of \"$TEMPDIR\":\n"
461             ls -al; cd
462             [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
463          fi
464          if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
465          then
466             echo "+++ killing dvrserver_id=$dvrserver_id"
467             kill $dvrserver_id
468          fi
469          if [[ -f ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID ]]
470          then
471             rm -rf  ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID
472          fi
473          printf "\n\n+++ MRUN killed \n\n"
474       elif [[ $locat != control_c ]]
475       then
476          printf "\n\n --> all actions finished\n\n"
477          printf "     Bye, bye $usern !!\n\n"
478       fi' exit
479
480
481    # BEI TERMINAL-BREAK:
482 trap 'rm -rf  $working_directory/tmp_mrun
483       rm -rf  $working_directory/tmp_check_namelist_files
484       [[ $tmpcreate = true ]]  &&  (cd; rm -rf $TEMPDIR)
485       if [[ -f ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID ]]
486       then
487          rm -rf  ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID
488       fi
489       if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
490       then
491          echo "+++ killing dvrserver_id=$dvrserver_id"
492          kill $dvrserver_id
493       fi
494       printf "\n+++ MRUN killed by \"^C\" \n\n"
495       locat=control_c
496       exit
497      ' 2
498
499
500    # CHECK IF THE PATH FOR THE PALM BINARIES (SCRIPTS+UTILITY-PROGRAMS) HAS
501    # BEEN SET
502 if [[ "$PALM_BIN" = "" ]]
503 then
504    printf "\n  +++ environment variable PALM_BIN has not been set"
505    printf "\n      please set it to the directory where the PALM scripts are located"
506    locat=palm_bin; exit
507 fi
508 export PATH=$PALM_BIN:$PATH
509
510
511
512    # SHELLSCRIPT-OPTIONEN EINLESEN UND KOMMANDO NEU ZUSAMMENSETZEN, FALLS ES
513    # FUER FOLGEJOBS BENOETIGT WIRD
514 while  getopts  :a:AbBc:Cd:D:Fg:G:h:H:i:IkK:m:M:n:o:O:p:P:q:r:R:s:St:T:u:U:vw:xX:yY:zZ option
515 do
516   case  $option  in
517       (a)   afname=$OPTARG;;
518       (A)   store_on_archive_system=true; mc="$mc -A";;
519       (b)   do_batch=true; mc="$mc -b";;
520       (B)   delete_temporary_catalog=false; mc="$mc -B";;
521       (c)   config_file=$OPTARG; mc="$mc -c$OPTARG";;
522       (C)   restart_run=true; mc="$mc -C";;
523       (d)   fname=$OPTARG; mc="$mc -d$OPTARG";;
524       (D)   cpp_opts="$cpp_opts $OPTARG"; mc="$mc -D'$OPTARG'";;
525       (F)   job_on_file="-D"; mc="$mc -F";;
526       (g)   group_number=$OPTARG; mc="$mc -g$OPTARG";;
527       (G)   global_revision=$OPTARG; mc="$mc -G'$OPTARG'";;
528       (h)   host=$OPTARG; mc="$mc -h$OPTARG";;
529       (H)   fromhost=$OPTARG; mc="$mc -H$OPTARG";;
530       (i)   input_list=$OPTARG; mc="$mc -i'$OPTARG'";;
531       (I)   ignore_archive_error=true; mc="$mc -I";;
532       (k)   keep_data_from_previous_run=true; mc="$mc -k";;
533       (K)   additional_conditions="$OPTARG"; mc="$mc -K'$OPTARG'";;
534       (m)   memory=$OPTARG; mc="$mc -m$OPTARG";;
535       (M)   makefile=$OPTARG; mc="$mc -M$OPTARG";;
536       (n)   node_usage=$OPTARG; mc="$mc -n$OPTARG";;
537       (o)   output_list=$OPTARG; mc="$mc -o'$OPTARG'";;
538       (O)   use_openmp=true; threads_per_task=$OPTARG; mc="$mc -O$OPTARG";;
539       (p)   package_list=$OPTARG; mc="$mc -p'$OPTARG'";;
540       (P)   return_password=$OPTARG; mc="$mc -P$OPTARG";;
541       (q)   queue=$OPTARG; mc="$mc -q$OPTARG";;
542       (r)   run_mode=$OPTARG; mc="$mc -r'$OPTARG'";;
543       (R)   remotecall=true;return_addres=$OPTARG; mc="$mc -R$OPTARG";;
544       (s)   source_list=$OPTARG; mc="$mc -s'$OPTARG'";;
545       (S)   read_from_config=false; mc="$mc -S";;
546       (t)   cpumax=$OPTARG; mc="$mc -t$OPTARG";;
547       (T)   mrun_tasks_per_node=$OPTARG; mc="$mc -T$OPTARG";;
548       (u)   remote_username=$OPTARG; mc="$mc -u$OPTARG";;
549       (U)   return_username=$OPTARG; mc="$mc -U$OPTARG";;
550       (v)   silent=true; mc="$mc -v";;
551       (w)   max_par_io_str=$OPTARG; mc="$mc -w$OPTARG";;
552       (x)   do_trace=true;set -x; mc="$mc -x";;
553       (X)   numprocs=$OPTARG; mc="$mc -X$OPTARG";;
554       (y)   ocean_file_appendix=true; mc="$mc -y";;
555       (Y)   run_coupled_model=true; coupled_dist=$OPTARG; mc="$mc -Y'$OPTARG'";;
556       (z)   check_namelist_files=false; mc="$mc -z";;
557       (Z)   combine_plot_fields=false; mc="$mc -Z";;
558       (\?)  printf "\n  +++ unknown option $OPTARG \n"
559             printf "\n  --> type \"$0 ?\" for available options \n"
560             locat=parameter;exit;;
561   esac
562 done
563
564
565    # EVTL. POSITIONSPARAMETER EINLESEN
566    # ZUR ZEIT GIBT ES NUR DEN PARAMETER ? (=KURZINFO)
567 shift OPTIND-1
568
569
570    # KURZE AUFRUFBESCHREIBUNG WIRD HIER AUSGEGEBEN
571 if [[ "$1" = "?" ]]
572 then
573   (printf "\n  *** mrun can be called as follows:\n"
574    printf "\n      $mrun_script_name  -b -c.. -d.. -D.. -f.. -F -h.. -i.. -I -K.. -m.. -o.. -p.. -r.. -R -s.. -t.. -T.. -v -x -X.. -y -Y.. -z -Z <modus> \n"
575    printf "\n      Description of available options:\n"
576    printf "\n      Option  Description                              Default-Value"
577    printf "\n        -a    base name of input files                 equiv. -d"
578    printf "\n        -A    archiving when using file-attribute fl"
579    printf "\n        -b    batch-job on local machine               ---"
580    printf "\n        -B    do not delete temporary directory at end ---"
581    printf "\n        -c    configuration file                       .mrun.config"
582    printf "\n        -d    base name of files attached to program   test"
583    printf "\n        -D    preprocessor(cpp)-directives             \"\" "
584    printf "\n        -F    create remote job file only              ---"
585    printf "\n        -h    execution host                           $localhost_realname"
586    printf "\n        -i    INPUT control list                       \"\" "
587    printf "\n        -I    archiving errors of previous batch-jobs"
588    printf "\n              will be ignored"
589    printf "\n        -k    keep data from previous run"
590    printf "\n        -K    additional conditions for controling"
591    printf "\n              usage of conditional code and"
592    printf "\n              env-variables in configuration file      \"\" "
593    printf "\n        -m    memory demand in MB (batch-jobs)         0 MB"
594    printf "\n        -M    Makefile name                            Makefile"
595    printf "\n        -n    node usage (shared/not_shared)           depending on -h"
596    printf "\n        -o    OUTPUT control list                      \"\" "
597    printf "\n        -O    use OpenMP                               ---"
598    printf "\n        -p    software package list                    \"\" "
599    printf "\n        -q    queue                                    \"$queue\" "
600    printf "\n        -r    run control list (combines -i -o)        \"\" "
601    printf "\n        -s    filenames of routines to be compiled     \"\" "
602    printf "\n              must end with .f, .f90, .F, or .c !"
603    printf "\n              use \"..\" for more than one file and wildcards"
604    printf "\n              -s LM compiles all locally modified files"
605    printf "\n        -S    config file interpreted by shellscript   ---"
606    printf "\n        -t    allowed cpu-time in seconds (batch)      0"
607    printf "\n        -T    tasks per node                           depending on -h"
608    printf "\n        -u    username on remote machine               \"\" "
609    printf "\n        -v    no prompt for confirmation               ---"
610    printf "\n        -w    maximum parallel io streams              as given by -X"
611    printf "\n        -x    tracing of mrun for debug purposes       ---"
612    printf "\n        -X    # of processors (on parallel machines)   1"
613    printf "\n        -y    add appendix \"_O\" to all local output"
614    printf "\n              files (ocean precursor runs followed by"
615    printf "\n              coupled atmosphere-ocean runs)           ---"
616    printf "\n        -Y    run coupled model, \"#1 #2\" with" 
617    printf "\n              #1 atmosphere and #2 ocean processors    \"#/2 #/2\" depending on -X"
618    printf "\n        -z    disable a priori parameter file check    ---"
619    printf "\n        -Z    skip combine_plot_fields at the end of      "
620    printf "\n              the simulation                           ---"
621    printf "\n "
622    printf "\n      Possible values of positional parameter <modus>:"
623    printf "\n        \"?\"       -  this outline \n\n") | more
624    exit
625 elif [[ "$1" != "" ]]
626 then
627    printf "\n  +++ positional parameter $1 unknown \n"
628    locat=parameter; exit
629 fi
630
631
632
633    # KURZE STARTMELDUNG
634 printf "\n*** $version "
635 printf "\n    will be executed.     Please wait ..."
636
637
638
639    # PRUEFEN, OB KONFIGURATIONS-DATEI VORHANDEN
640 if [[ ! -f $config_file ]]
641 then
642    printf "\n\n  +++ configuration file: "
643    printf "\n           $config_file"
644    printf "\n      does not exist"
645    locat=connect; exit 
646 fi
647
648
649    # HOST-IDENTIFIER (local_host) AUS KONFIGURATIONSDATEI BESTIMMEN
650 line=""
651 grep  "%host_identifier"  $config_file  >  tmp_mrun
652 while read line
653 do
654    if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
655    then
656       HOSTNAME=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
657       host_identifier=`echo $line | cut -d" " -s -f3`
658       if [[ $localhost_realname = $HOSTNAME ]]
659       then
660          localhost=$host_identifier
661          break
662       fi
663    fi
664 done < tmp_mrun
665
666 if [[ "$localhost" = "" ]]
667 then
668    printf "\n\n  +++ no host identifier found in configuration file \"$config_file\""
669    printf "\n      for local host \"$localhost_realname\"."
670    printf "\n      Please add line"
671    printf "\n      \"\%host_identifier $localhost_realname <identifier>\""
672    printf "\n      to the configuration file."
673    locat=localhost; exit
674 fi
675
676
677    # HOSTSPEZIFISCHE VARIABLEN SETZEN
678 case  $localhost_realname  in
679     (r1*|r2*|h01*|b01*)     archive_system=tivoli;;
680     (cs*)                   archive_system=ut;;
681     (fimm.bccs.uib.no)      fimm=true;;
682     (gate|n-sx)             PATH=$PALM_BIN:$PATH:/usr/bin/nqsII;;
683     (scirocco)              scirocco=true;;
684 esac
685
686
687 
688    # BASISNAME DER INPUT-DATEIEN GLEICH ALLGEMEINEM BASISNAMEN SETZEN,
689    # WENN NICHT VOM BENUTZER ANDERS BESTIMMT
690 [[ "$afname" = "" ]]  &&  afname=$fname
691
692
693    # EVTL. RUN-MODUS DEN I/O-LISTEN HINZUFUEGEN
694 if [[ "$run_mode" != "" ]]
695 then
696    input_list="$input_list $run_mode"
697    output_list="$output_list $run_mode"
698 fi
699
700
701    # RECHNERNAMEN ABSPEICHERN, VON DEM AUS JOB GESTARTET WIRD,
702    # ALLERDINGS NUR DANN, WENN NICHT PER OPTION -H BEREITS EIN WERT
703    # ZUGEWIESEN WURDE (MRUN MACHT DIES IMMER, WENN ES SELBST BATCH-JOBS
704    # STARTET)
705 if [[ "$fromhost" = "" ]]
706 then
707    fromhost=$localhost
708 fi
709
710
711    # PRUEFEN, OB AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL
712    # WERT VON do_remote WIRD FUER DATEIVERBINDUNGEN BENOETIGT.
713    # WENN AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WIRD, IST GLEICHZEITIG KLAR,
714    # DASS EIN BATCH-JOB GESTARTET WERDEN MUSS
715 if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
716 then
717    do_batch=true
718    do_remote=true
719    case  $host  in
720        (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|ibmy|nech|necriam|lckyoto|lcsgib|lcsgih|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckordi)  true;;
721        (*)  printf "\n"
722             printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
723             printf "\n      is not available"
724             locat=nqs; (( iec = 0 )); exit;;
725    esac
726 else
727    host=$localhost
728 fi
729
730
731     # ZUSATZBEDINGUNGEN (OPTION -K) AUSWERTEN
732 if [[ -n $additional_conditions ]]
733 then
734#    echo $additional_conditions | cut -d" " -f1-3 | read  cond1  cond2  dummy
735    cond1=`echo $additional_conditions | cut -d" " -f1`
736    cond2=`echo $additional_conditions | cut -d" " -s -f2`
737    dummy=`echo $additional_conditions | cut -d" " -s -f3`
738    if [[ -n $dummy ]]
739    then
740       printf "\n  +++ more than 2 additional conditions given for Option \"-K\""
741       locat=options; exit
742    fi
743    block=_$cond1
744    [[ -n $cond2 ]]  &&  block=${block}_$cond2
745 fi
746
747
748      # KOPPLUNGSEIGENSCHAFTEN (-Y) AUSWERTEN UND coupled_mode BESTIMMEN
749 if [[ $run_coupled_model = true ]] 
750 then
751
752    if  [[ -n $coupled_dist ]]
753    then
754
755       numprocs_atmos=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f1`
756       numprocs_ocean=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f2`
757
758       if (( $numprocs_ocean + $numprocs_atmos != $numprocs ))
759       then
760
761          printf "\n  +++ number of processors does not fit to specification by \"-Y\"."
762          printf "\n      PEs (total)     : $numprocs"
763          printf "\n      PEs (atmosphere): $numprocs_atmos"
764          printf "\n      PEs (ocean)     : $numprocs_ocean"
765          locat=coupling; exit
766
767       fi
768
769    else
770
771       (( numprocs_ocean = $numprocs / 2 ))
772       (( numprocs_atmos = $numprocs / 2 ))
773
774    fi
775    coupled_dist=`echo "$numprocs_atmos $numprocs_ocean"`
776
777       # GET coupled_mode FROM THE CONFIG FILE
778    line=""
779    grep  "%cpp_options.*-D__mpi2.*$host" $config_file  >  tmp_mrun
780    while read line
781    do
782       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" &&  ( $(echo $line | cut -d" " -s -f4) = $cond1 || $(echo $line | cut -d" " -s -f4)  = $cond2 ) ]]
783       then
784          coupled_mode="mpi2"
785       fi
786    done < tmp_mrun
787
788 fi
789
790
791    # PRUEFEN, OB EVTL. BEI VORHERGEHENDEM LAUF (KETTENJOB) EINE
792    # ARCHIVIERUNG FEHLGESCHLAGEN IST
793 if [[ -f ~/job_queue/ARCHIVE_ERROR_$fname ]]
794 then
795    if [[ $ignore_archive_error = false ]]
796    then
797       printf "\n  +++ data archiving of previous run failed"
798       printf "\n      see directory \~/job_queue on remote machine"
799       locat=archive; exit
800    else
801       printf "\n  +++ warning: data archiving in a previous run failed"
802       printf "\n      MRUN continues, trying to get backup copy"
803    fi
804 fi
805
806
807
808    # LESEN UND INTERPRETIEREN DER KONFIGURATIONS-DATEI VOM SHELLSCRIPT AUS
809    # VORUEBERGEHEND ZWINGEND AUF LINUX-RECHNERN
810 if [[ "$read_from_config" = false ]]
811 then
812
813    [[ $silent = false ]]  &&  printf "\n    Reading the configuration file... "
814    while  read zeile
815    do
816        [[ $silent = false ]]  &&  printf "."
817
818
819          # ZUERST EVENTUELL VORKOMMENDE ENVIRONMENT-VARIABLEN DURCH IHRE WERTE
820          # ERSETZEN
821       eval  zeile=\"$zeile\"
822
823
824          # INTERPRETATION DER ZEILE
825       if [[ "$(echo $zeile)" = "" ]]
826       then
827             # LEERZEILE, KEINE AKTION
828          continue
829
830       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1)"  =  "#" ]]
831       then
832
833             # ZEILE IST KOMMENTARZEILE
834          true
835
836       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1)"  =  "%" ]]
837       then
838
839             # ZEILE DEFINIERT ENVIRONMENT-VARIABLE
840          zeile=$(echo $zeile | cut -c2-)
841#          echo $zeile | cut -d" " -f1-5 | read  var  value  for_host  for_cond1  for_cond2
842          var=`echo $zeile | cut -d" " -f1`
843          value=`echo $zeile | cut -d" " -s -f2`
844          for_host=`echo $zeile | cut -d" " -s -f3`
845          for_cond1=`echo $zeile | cut -d" " -s -f4`
846          for_cond2=`echo $zeile | cut -d" " -s -f5`
847
848          if [[ "$for_host" = ""  ||  ( "$for_host" = $host  &&  "$for_cond1" = "$cond1"  &&  "$for_cond2" = "$cond2" )  ||  $(echo "$input_list$output_list"|grep -c "$for_host") != 0 ]]
849          then
850
851                # BEI COMPILER- CPP- ODER LINKEROPTIONEN EVTL ":" DURCH " "
852                # ERSETZEN. "::" WIRD DURCH ":" ERSETZT.
853             value=`echo $value | sed 's/::/%DUM%/g' | sed 's/:/ /g' | sed 's/%DUM%/:/g'`
854
855
856                # ENVIRONMENT-VARIABLE WIRD WERT AUS KONFIGURATIONSDATEI
857                # ZUGEWIESEN, WENN SIE SELBST NOCH KEINEN WERT UEBER DIE
858                # ENTSPRECHENDE SCRIPT-OPTION ERHALTEN HAT. SOLCHE
859                # VARIABLEN HAETTEN DANN DEN WERT "" ODER IM INTEGER-FALL DEN
860                # WERT 0.  ALLGEMEINE REGEL ALSO: SCRIPT-OPTION GEHT UEBER
861                # KONFIGURATIONSDATEI
862             if [[ "$(eval echo \$$var)" = ""  ||  "$(eval echo \$$var)" = "0" ]]
863             then
864                eval  $var=\$value
865
866                   # EVTL. BILDSCHIRMAUSGABEN DER ENVIRONMENT-VARIABLEN
867                if [[ $do_trace = true ]]
868                then
869                   printf "\n*** ENVIRONMENT-VARIABLE $var = $value"
870                fi
871             fi
872
873                # WENN ENVIRONMENT-VARIABLE HOST VEREINBART, DANN SOFORT AUSWERTEN
874                # WERT VON do-remote WIRD BEI DATEIVERBINDUNGEN BENOETIGT
875                # WENN AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WIRD, IST GLEICHZEITIG KLAR,
876                # DASS EIN BATCH-JOB GESTARTET WERDEN MUSS
877             if [[ $var = host ]]
878             then
879                if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
880                then
881                   do_batch=true
882                   do_remote=true
883                   case  $host  in
884                       (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|ibmy|lckyoto|lcsgib|lcsgih|nech|necriam|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckordi)  true;;
885                       (*)  printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
886                            printf "\n      is not available"
887                            locat=nqs; exit;;
888                   esac
889                else
890                   host=$localhost
891                fi
892             fi
893
894                # VOM BENUTZER DEFINIERTE ENVIRONMENT VARIABLEN MUESSEN PRINZIPIELL
895                # EXPORTIERT WERDEN, DA SIE VIELLEICHT IN WEITER UNTEN AUFZURUFEN-
896                # DEN PROGRAMMEN BENOETIGT WERDEN
897             export  $var
898          fi
899
900
901
902
903       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "EC:" ]]
904       then
905
906             # ZEILE DEFINIERT ERROR-KOMMANDO
907          (( iec = iec + 1 ))
908          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
909          err_command[$iec]="$zeile"
910
911       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "IC:" ]]
912       then
913
914             # ZEILE DEFINIERT INPUT-KOMMANDO
915          (( iic = iic + 1 ))
916          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
917          in_command[$iic]="$zeile"
918
919       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "OC:" ]]
920       then
921
922             # ZEILE DEFINIERT OUTPUT-KOMMANDO
923          (( ioc = ioc + 1 ))
924          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
925          out_command[$ioc]="$zeile"
926
927       else
928
929             # ZEILE DEFINIERT DATEIVERBINDUNG. EINLESEN DER DATEIEIGENSCHAFTEN
930             # s2a: in/out - Feld
931             # s2b: loc    - Feld (optional)
932             # s2c: tr/ar  - Feld (optional)
933#          echo $zeile | cut -d" " -f1-2 | read  s1  s2
934          s1=`echo $zeile | cut -d" " -f1`
935          s2=`echo $zeile | cut -d" " -s -f2`
936          s2a=$(echo $s2 | cut -d":" -f1)
937          if [[ $(echo $s2 | grep -c ":") = 0 ]]
938          then
939             s2b=""
940             s2c=""
941          else
942#             echo $s2 | cut -d":" -f2-3 | sed 's/:/ /g' | read  s2b  s2c
943             s2b=`echo $s2 | cut -d":" -f2 | sed 's/:/ /g'`
944             s2c=`echo $s2 | cut -d":" -s -f3 | sed 's/:/ /g'`
945          fi
946#          echo $zeile | cut -d" " -f3-6 | read  s3  s4  s5  s6
947          s3=`echo $zeile | cut -d" " -f3`
948          s4=`echo $zeile | cut -d" " -s -f4`
949          s5=`echo $zeile | cut -d" " -s -f5`
950          s6=`echo $zeile | cut -d" " -s -f6`
951
952       
953             # ABSPEICHERN DER DATEIVERBINDUNG, FALLS IN INPUT- ODER OUTPUT-LIST
954             # VERMERKT. VARIABLE S3 KANN AUCH LISTE ENTHALTEN (FELDTRENNER ":")
955             # DATEIVERBINDUNG WIRD DANN NICHT ABGESPEICHERT UND GEPRUEFT, WENN
956             # PROGRAMMLAUF AUF REMOTE-MASCHINE ERFOLGT UND DATEI NUR LOKAL VOR-
957             # HANDEN SEIN MUSS (D.H. s2b = loc)
958          IFSALT="$IFS"; IFS="$IFS:"
959          if [[ "$s2a" = in  &&  ! ( $do_remote = true  &&  ( "$s2b" = loc  ||  "$s2b" = locopt ) ) ]]
960          then
961             found=false
962             for  actual  in  $input_list
963             do
964                for  formal  in  $s3
965                do
966                   [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-" ]]  &&  found=true
967                done
968             done
969             if [[ $found = true ]]
970             then
971                (( iin = iin + 1 ))
972                localin[$iin]=$s1; transin[$iin]=$s2b; actionin[$iin]=$s2c;
973                typein[$iin]=$s3; pathin[$iin]=$s4; endin[$iin]=$s5;
974                extin[$iin]=$s6
975             fi
976          elif [[ "$s2a" = out  &&  ! ( $do_remote = true  &&  "$s2b" = loc ) ]]
977          then
978             found=false
979             for  actual  in  $output_list
980             do
981                for  formal  in  $s3 
982                do
983                   [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-"  ]]  &&  found=true
984                done
985             done
986             if [[ $found = true ]]
987             then
988                (( iout = iout + 1 ))
989                localout[$iout]=$s1; actionout[$iout]=$s2c; typeout[$iout]=$s3;
990                pathout[$iout]=$s4; endout[$iout]=$s5; extout[$iout]=$s6
991             fi
992          elif [[ "$s2a" != in  &&  "$s2a" != out ]]
993          then
994             printf "\n  +++ I/O-attribute in configuration file $config_file has the invalid"
995             printf "\n      value \"$s2\". Only \"in\" and \"out\" are allowed!"
996             locat=connect; exit
997          fi
998          IFS="$IFSALT"
999       fi
1000    done < $config_file
1001
1002 else
1003
1004
1005       # INTERPRETATION DER KONFIGURATIONSDATEI MITTELS FORTRAN 90 - PROGRAMM
1006    [[ $silent = false ]]  &&  printf "..."
1007    export  cond1 cond2 config_file do_remote do_trace input_list localhost output_list
1008    export  interpreted_config_file=.icf.$RANDOM
1009
1010
1011
1012       # ENVIRONMENT-VARIABLEN FUER INTERPRET_CONFIG UEBER NAMELIST_DATEI ZUR
1013       # VERFUEGUNG STELLEN
1014    cat  >  .mrun_environment  <<  %%END%%
1015 &mrun_environment  cond1 = '$cond1', cond2 = '$cond2',
1016                    config_file = '$config_file', do_remote = '$do_remote',
1017                    do_trace = '$do_trace', host = '$host',
1018                    input_list = '$input_list', icf = '$interpreted_config_file',
1019                    localhost = '$localhost', output_list = '$output_list' /
1020
1021%%END%%
1022
1023       # WERTE VON MRUN-OPTIONEN SICHERN UND DAMIT GEGEBENENFALLS SPAETER DIE
1024       # IN DER KONFIGURAIONSDATEI ANGEGEBENEN WERTE UEBERSTEUERN
1025    mrun_memory=$memory
1026    mrun_group_number=$group_number
1027    mrun_cpumax=$cpumax
1028    mrun_numprocs=$numprocs
1029
1030    if [[ $localhost_realname = "sx-fep" ]]
1031    then
1032       /home/COAR/NC/raasch/pub/interpret_config_necriam.x
1033    else
1034
1035       if [[ "$host" != $localhost ]]
1036       then
1037
1038             # REMOTE JOB FROM LOCAL HOST: JUST TAKE THE FIRST EXECUTABLE FOUND
1039          interpret_config_executable=`ls -1 ${PALM_BIN}/interpret_config*.x 2>/dev/null`
1040          if [[ $? != 0 ]]
1041          then
1042             printf "\n\n  +++ no interpret_config found"
1043             printf "\n      run \"mbuild -u -h ...\" to generate utilities for this host"
1044             locat=interpret_config; exit
1045          fi
1046          interpret_config_executable=`echo $interpret_config_executable | cut -d" " -f1`
1047          $interpret_config_executable
1048
1049       else
1050
1051             # CHECK, IF THERE IS AN EXECUTABLE FOR THE BLOCK
1052          if [[ ! -f ${PALM_BIN}/interpret_config${block}.x ]]
1053          then
1054             printf "\n\n  +++ no interpret_config found for given block \"$cond1 $cond2\""
1055             printf "\n      run \"mbuild -u -h ...\" to generate utilities for this block"
1056             locat=interpret_config; exit
1057          else
1058             interpret_config${block}.x
1059          fi
1060
1061       fi
1062    fi
1063    rm .mrun_environment
1064
1065
1066       # AUSFUEHRUNG DER GENERIERTEN SHELL-KOMMANDOS IN DIESER SHELL
1067    chmod  u+x  $interpreted_config_file
1068    export PATH=$PATH:.
1069    . $interpreted_config_file
1070    rm  $interpreted_config_file
1071
1072
1073       # OPTIONSWERTE UEBERSTEUERN KONFIGURATIONSDATEI
1074    [[ $mrun_memory     != 0   ]]  &&  memory=$mrun_memory
1075    [[ "$mrun_group_number" != "none" ]]  &&  group_number=$mrun_group_number
1076    [[ $mrun_cpumax     != 0   ]]  &&  cpumax=$mrun_cpumax
1077    [[ "$mrun_numprocs" != ""  ]]  &&  numprocs=$mrun_numprocs
1078    [[ "$max_par_io_str" != "" ]]  &&  maximum_parallel_io_streams=$max_par_io_str
1079    [[ "$mrun_tasks_per_node" != "" ]]  &&  tasks_per_node=$mrun_tasks_per_node
1080
1081 fi
1082
1083
1084    # QUELLTEXTVERZEICHNIS AUF LOKALER MASCHINE AUS KONFIGURATIONSDATEI
1085    # BESTIMMEN (WUERDE SONST EVTL. DAS VERZEICHNIS DES JEWEILS UNTER -h
1086    # ANGEGEBENEN REMOTE-RECHNERS SEIN)
1087    # BEI BATCH-JOBS SIND DIE ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE SCHON KOMPLETT
1088 if [[ "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1089 then
1090
1091       # ZUERST PRUEFEN, OB EIN GLOBALER QUELLTEXTPFAD FUER ALLE RECHNER
1092       # VEREINBART WURDE
1093    source_path=""
1094    line=""
1095    grep "%source_path" $config_file  >  tmp_mrun
1096    while read line
1097    do
1098       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
1099       then
1100          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -f3)" = "" ]]
1101          then
1102             global_source_path=`echo $line | cut -d" " -f2`
1103          fi
1104       fi
1105    done  <  tmp_mrun
1106
1107    line=""
1108    found=false
1109    grep  " $localhost" $config_file | grep "%source_path"  >  tmp_mrun
1110    while read line
1111    do
1112       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
1113       then
1114          if [[ $found = true ]]
1115          then
1116             printf "\n\n  +++ more than one source path found in configuration file"
1117             printf "\n      for local host \"$localhost\" "
1118             locat=source_path; exit
1119          fi
1120          source_path=`echo $line | cut -d" " -f2`
1121          found=true
1122       fi
1123    done  <  tmp_mrun
1124    rm  tmp_mrun
1125
1126    if [[ "$source_path" = "" ]]
1127    then
1128       if [[ "$global_source_path" != "" ]]
1129       then
1130          source_path=$global_source_path
1131       else
1132          printf "\n\n  +++ no source path found in configuration file"
1133          printf "\n      for local host \"$localhost\" "
1134          locat=source_path; exit
1135       fi
1136    fi
1137    eval source_path=$source_path
1138
1139    if [[ ! -d $source_path ]]
1140    then
1141       printf "\n\n  +++ source path \"$source_path\" on local host"
1142       printf "\n      \"$localhost\" does not exist"
1143       locat=source_path; exit
1144    fi
1145
1146 fi
1147
1148
1149    # GLOBALE REVISIONSNUMMER ERMITTELN (FORTSETZUNGSLAEUFEN WIRD DIESE
1150    # DURCH OPTION -G MITGETEILT)
1151 if [[ "$global_revision" = ""   &&  $host != "ibmkisti" ]]
1152 then
1153    global_revision=`svnversion $source_path  2>/dev/null`
1154    global_revision="Rev: $global_revision"
1155 fi
1156
1157
1158    # NOCHMAL PRUEFEN, OB AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL
1159    # (HOST KANN IN KONFIGURATIONSDATEI ANDERS FESTGELEGT WORDEN SEIN)
1160    # WERT VON do_remote WIRD FUER DATEIVERBINDUNGEN BENOETIGT.
1161    # WENN AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WIRD, IST GLEICHZEITIG KLAR,
1162    # DASS EIN BATCH-JOB GESTARTET WERDEN MUSS
1163 if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
1164 then
1165    do_batch=true
1166    do_remote=true
1167    case  $host  in
1168        (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|ibmy|lckyoto|lcsgib|lcsgih|nech|necriam|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckordi)  true;;
1169        (*)  printf "\n"
1170             printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
1171             printf "\n      is not available"
1172             locat=nqs; (( iec = 0 )); exit;;
1173    esac
1174 else
1175    host=$localhost
1176 fi
1177
1178
1179    # PRUEFUNG EINIGER PROZESSORZAHLANGABEN BEI RECHNUNGEN AUF PARALLELRECHNERN
1180 if [[ "$cond1" = parallel  ||  "$cond2" = parallel ]]
1181 then
1182
1183       # PRUEFEN, OB DIE ANZAHL DER ZU VERWENDENDEN PES ANGEGEBEN WURDE
1184    if [[ ! -n $numprocs ]]
1185    then
1186       printf "\n"
1187       printf "\n  +++ option \"-K parallel\" requires additional specification"
1188       printf "\n      of the number of processors to be used by"
1189       printf "\n      mrun-option \"-X\" or by environment-variable"
1190       printf "\n      \"numprocs\" in the configuration file"
1191       locat=numprocs; (( iec = 0 )); exit
1192    fi
1193
1194       # PRUEFEN, OB DIE PROZESSORANZAHL PRO KNOTEN ANGEGEBEN WURDE (GGF.
1195       # DEFAULT-WERT SETZEN) UND OB SIE EIN GANZZAHLIGER TEILER DER
1196       # GESAMTPROZESSORANZAHL IST
1197    if [[ "$tasks_per_node" = ""  &&  $host != lcflow ]]
1198    then
1199       printf "\n"
1200       printf "\n  +++ option \"-T\" (tasks per node) is missing"
1201       printf "\n      set -T option or define tasks_per_node in the config file"
1202       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit
1203    fi
1204    if [[ $host != lcflow ]]
1205    then
1206       (( ival = $tasks_per_node ))
1207       (( pes = numprocs ))
1208#          if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics+1PE) = 1 ]]
1209#          then
1210#             (( pes = pes - 1 ))
1211#          fi
1212       (( ii = pes / ival ))
1213       if (( pes - ii * ival > 0 ))
1214       then
1215          printf "\n"
1216          printf "\n  +++ tasks per node (option \"-T\") must be an integral"
1217          printf "\n      divisor of the total number of processors (option \"-X\")"
1218          printf "\n      values of this mrun-call: \"-T $tasks_per_node\" \"-X $numprocs\""
1219          locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit
1220       fi
1221    fi
1222
1223
1224       # IBMY HAT NUR EINEN KNOTEN
1225    if [[ $host = ibmy ]]
1226    then
1227       if [[ "$tasks_per_node" != ""  &&  "$tasks_per_node" != "$numprocs" ]]
1228       then
1229          printf "\n"
1230          printf "\n  +++ on ibmy, tasks per node (option \"-T\") must be equal to the"
1231          printf "\n      total number of processors (option \"-X\")"
1232          printf "\n      values of this mrun-call: \"-T $tasks_per_node\" \"-X $numprocs\""
1233          locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit
1234       fi
1235    fi
1236
1237
1238       # SETTINGS FOR SUBJOB-COMMAND
1239    TOPT="-T $tasks_per_node"
1240    OOPT="-O $threads_per_task"
1241
1242       # GESAMTZAHL DER KNOTEN BESTIMMEN
1243    if [[ "$tasks_per_node" != "" ]]
1244    then
1245       (( nodes = numprocs / ( tasks_per_node * threads_per_task ) ))
1246    fi
1247
1248       # PRUEFEN, OB NODE USAGE EINEN ERLAUBTEN WERT HAT BZW. DEN DEFAULT
1249       # SETZEN
1250    if [[ $node_usage = default ]]
1251    then
1252       if [[ $host = ibms ]]
1253       then
1254          node_usage=shared
1255       elif [[ $(echo $host | cut -c1-5) = lcsgi ]]
1256       then
1257          node_usage=singlejob
1258       else
1259          node_usage=not_shared
1260       fi
1261    fi
1262
1263    if [[ $node_usage != shared  &&  $node_usage != not_shared  &&  $node_usage != singlejob  &&  "$(echo $node_usage | cut -c1-3)" != "sla" ]]
1264    then
1265       printf "\n"
1266       printf "\n  +++ node usage (option \"-n\") is only allowed to be set"
1267       printf "\n      \"shared\" or \"not_shared\""
1268       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit
1269    fi
1270
1271 fi
1272
1273    # PRUEFEN, OB HOSTFILE EXISTIERT
1274 if [[ -n $hostfile ]]
1275 then
1276    if [[ ! -f $hostfile ]]
1277    then
1278       printf "\n"
1279       printf "\n  +++ hostfile \"$hostfile\" does not exist"
1280       locat=hostfile; exit
1281    fi
1282 fi
1283
1284    # PRUEFEN, OB RHOSTS DATEI EXISTIERT. GEGEBENENFALLS ANLEGEN BZW. ERWEITERN
1285 if [[ $host = ibmy  &&  $do_remote = false ]]
1286 then
1287    if [[ ! -f $HOME/.rhosts ]]
1288    then
1289       echo  "gfdl5.yonsei.ac.kr"  >  $HOME/.rhosts
1290       printf "\n\n  *** file:"
1291       printf "\n           $HOME/.rhosts"
1292       printf "\n      was created\n"
1293    fi
1294    if [[ $(grep -c gfdl5.yonsei.ac.kr $HOME/.rhosts) = 0 ]]
1295    then
1296       echo  "gfdl5.yonsei.ac.kr"  >>  $HOME/.rhosts
1297       printf "\n\n  *** file:"
1298       printf "\n           $HOME/.rhosts"
1299       printf "\n      was extended by the name of the current host\n"
1300    fi
1301 fi
1302
1303
1304    # Set default value for the maximum number of parallel io streams
1305 if [[ "$maximum_parallel_io_streams" = "" ]]
1306 then
1307    maximum_parallel_io_streams=$numprocs
1308 fi
1309
1310
1311    # FALLS NICHT VORGEGEBEN, DEFAULT-QUEUE AUF DER ZIELMASCHINE FESTLEGEN
1312 if [[ $queue = none ]]
1313 then
1314    case  $host  in
1315        (ibmh)       queue=no_class;;
1316        (ibmkisti)   queue=class.32plus;;
1317        (ibmy)       queue=parallel;;
1318        (lckyoto)    queue=ph;;
1319        (lcsgib)     queue=testq;;
1320        (lcsgih)     queue=testq;;
1321        (lctit)      queue=S;;
1322        (nech)       queue=none;;
1323        (necriam)    queue=SP;;
1324        (unics)      queue=unics;;
1325    esac
1326 fi
1327
1328
1329    # VOLLSTAENDIGE DATEINAMEN DER INPUT-FILES BILDEN,
1330    # INPUT-DATEIEN AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND EVTL. HOECHSTE ZYKLUSNUMMER
1331    # ERMITTELN
1332 (( i = 0 ))
1333 while (( i < iin ))
1334 do
1335    (( i = i + 1 ))
1336    (( maxcycle = 0 ))
1337
1338       # NAMENSBILDUNG (EVTL. IST FESTER DATEINAME VORGEGEBEN)
1339    if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1340    then
1341       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${endin[$i]}  # REMOTE-PFAD ERST AUF
1342                                                    # REM-MASCHINE AUSWERTEN
1343       eval filename=${pathin[$i]}/${endin[$i]}
1344    else
1345       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}  # REMOTE-PFAD ERST AUF
1346                                                             # REM-MASCHINE AUSWERTEN
1347       eval filename=${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}
1348    fi
1349    eval pathname=${pathin[$i]}
1350
1351#   SAVE INPUT FILE NAME FOR PARAMETER FILE CHECK
1352    if [[ ("${transin[$i]}" = job) && (-f $filename) ]]
1353    then
1354       filename_input=$filename
1355    fi
1356
1357       # PRUEFEN AUF VORHANDENSEIN
1358    if [[ $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "not found") = 1  || \
1359          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "nicht gefunden") = 1  || \
1360          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "No such file") = 1  || \
1361          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "does not exist") = 1 ]]
1362    then
1363          # DATEIEN MIT EXTENSION (Z.B. NC) MUESSEN NICHT ZWINGEND VORHANDEN
1364          # SEIN, DESHALB IN SOLCHEN FAELLEN KEIN ABBRUCH. DIES IST NUR EINE
1365          # VORUEBERGEHENDE LOESUNG (OKT 05). NICHT ZWINGEND BENOETIGTE
1366          # EINGABEDATEIEN SOLLTEN EINE SPEZIELLE OPTION IN DER DATEI-
1367          # VERBINDUNGSANWEISUNG BEKOMMEN (Z.B. inopt?)
1368       if [[ "${transin[$i]}" != "locopt" ]]
1369       then
1370          printf "\n\n  +++ INPUT-file: "
1371          if [[ "${extin[$i]}" = "" ]]
1372          then
1373             printf "\n           $filename"
1374          else
1375             printf "\n           $filename.${extin[$i]}"
1376          fi
1377          printf "\n      does not exist\n"
1378          locat=input; exit
1379       else
1380          transin[$i]="unavailable"
1381       fi
1382    else
1383
1384          # ZYKLUSNUMMER FESTSTELLEN
1385       ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1386       ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1387       while  read zeile
1388       do
1389          cycle=$(print $zeile | cut -f2 -d".")
1390          if [[ "$cycle" = "$zeile" ]]
1391          then
1392             (( icycle = 0 ))
1393          elif [[ "$cycle" = "${extin[$i]}" ]]
1394          then
1395             (( icycle = 0 ))
1396          else
1397             (( icycle = $cycle ))
1398          fi
1399          if (( icycle > maxcycle ))
1400          then
1401             (( maxcycle = icycle ))
1402             file_to_be_used=$zeile
1403          fi
1404       done <filelist
1405       rm filelist
1406
1407          # EVTL. ZYKLUSNUMMER AN DATEINAMEN ANFUEGEN
1408       if (( maxcycle > 0 ))
1409       then
1410          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1411          then
1412             filename=${filename}.$maxcycle.${extin[$i]}
1413          else
1414             filename=${filename}.$maxcycle
1415          fi
1416       else
1417          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1418          then
1419             filename=${filename}.${extin[$i]}
1420          fi
1421       fi
1422       
1423          # DATEINAMEN OHNE PFAD ABER MIT ZYKLUSNUMMER ABSPEICHERN,
1424          # DA SPAETER BEI RUECKSPEICHERN VOM ARCHIVSYSTEM EVTL. BENOETIGT
1425       absnamein[$i]=$filename
1426       if (( maxcycle > 0 ))
1427       then
1428          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1429          then
1430             frelin[$i]=${endin[$i]}.$maxcycle
1431          else
1432             frelin[$i]=${afname}${endin[$i]}.$maxcycle
1433          fi
1434       else
1435          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1436          then
1437             frelin[$i]=${endin[$i]}
1438          else
1439             frelin[$i]=${afname}${endin[$i]}
1440          fi
1441       fi
1442
1443    fi
1444 done
1445   
1446    # VOLLSTAENDIGE DATEINAMEN (OHNE $ ODER ~) DER OUTPUT-FILES BILDEN,
1447    # OUTPUT-DATEIEN AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND EVTL. HOECHSTE ZYKLUSNUMMER
1448    # ERMITTELN ODER, FALLS NICHT VORHANDEN, PRUEFEN, OB SIE SICH ANLEGEN LASSEN
1449    # DIESE AKTIONEN FINDEN NICHT STATT, WENN PROGRAMM AUF REMOTE-MASCHINE
1450    # RECHNET UND DATEI ANSCHLIESSEND TRANSFERIERT WERDEN SOLL!
1451 (( i = 0 ))
1452 while (( i < iout ))
1453 do
1454    (( i = i + 1 ))
1455    if [[ ! ( $fromhost != $localhost  &&  ( "${actionout[$i]}" = tr || "${actionout[$i]}" = tra || "${actionout[$i]}" = trpe ) ) ]]
1456    then
1457       if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
1458       then
1459          actionout[$i]=""
1460       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe ]]
1461       then
1462          actionout[$i]=pe
1463       elif [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
1464       then
1465          actionout[$i]=a
1466       fi
1467       (( maxcycle = 0 ))
1468       eval filename=${pathout[$i]}/${fname}${endout[$i]}
1469       eval catalogname=${pathout[$i]}
1470       if [[ $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "not found") = 1  || \
1471             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "nicht gefunden") = 1  || \
1472             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "No such file") = 1  || \
1473             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "does not exist") = 1 ]]
1474       then
1475     
1476             # OUTPUT-DATEI NICHT VORHANDEN. PRUEFEN, OB ANLEGEN MOEGLICH.
1477          if  cat /dev/null > $filename 
1478          then
1479             rm  $filename
1480          else
1481
1482                # PRUEFEN, OB KATALOG VORHANDEN UND EVTL. DIESEN ANLEGEN
1483             if [[ ! -d $catalogname ]]
1484             then
1485                if  mkdir -p  $catalogname
1486                then
1487                   printf "\n\n  *** directory:"
1488                   printf "\n           $catalogname"
1489                   printf "\n      was created\n"
1490                else
1491                   printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1492                   printf "\n           $filename"
1493                   printf "\n      cannot be created, because directory does not exist"
1494                   printf "\n      and cannot be created either"
1495                   printf "\n"
1496                   locat=output  ; exit
1497                fi 2>/dev/null
1498             else
1499                printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1500                printf "\n           $filename"
1501                printf "\n      cannot be created, although directory exists"
1502                printf "\n"
1503                locat=output  ; exit
1504             fi
1505          fi 2>/dev/null
1506       else
1507
1508             # ZYKLUSNUMMER FESTSTELLEN
1509          ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1510          ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1511          while  read zeile
1512          do
1513             cycle=$(print $zeile | cut -f2 -d".")
1514             if [[ "$cycle" = "$zeile"  ||  "$cycle" = ${extout[$i]} ]]
1515             then
1516                (( icycle = 1 ))
1517             else
1518                (( icycle = $cycle + 1 ))
1519             fi
1520             if (( icycle > maxcycle ))
1521             then
1522                (( maxcycle = icycle ))
1523             fi
1524          done <filelist
1525          rm filelist
1526       fi
1527
1528          # EVTL. ZYKLUSNUMMER AN DATEINAMEN ANFUEGEN UND PRUEFEN, OB SICH
1529          # DATEI AUCH WIRKLICH ANLEGEN LAESST. IM APPEND-FALL MUSS AN DEN
1530          # HOECHSTEN VORHANDENEN ZYKLUS-ANGEHAENGT WERDEN. ANLAGEPRUEFUNG
1531          # IST DANN NATUERLICH NICHT ZULAESSIG BZW. MOEGLICH
1532       if [[ "${actionout[$i]}" != a ]]
1533       then
1534          if (( maxcycle > 0 ))
1535          then
1536             filename=${filename}.$maxcycle
1537             if  cat /dev/null > $filename 
1538             then
1539                rm  $filename
1540             else
1541                printf "\n  +++ OUTPUT-file:"
1542                printf "\n           $filename"
1543                printf "\n      cannot be created"
1544                locat=output  ; exit
1545             fi
1546          fi
1547       else
1548          (( maxcycle = maxcycle - 1 ))
1549          if (( maxcycle > 0 ))
1550          then
1551             filename=${filename}.$maxcycle
1552          fi
1553       fi
1554       
1555          # DATEINAMEN OHNE PFAD ABER MIT ZYKLUSNUMMER ABSPEICHERN,
1556          # DA SPAETER BEI ABLAGE AUF ARCHIVSYSTEM BZW. FUER
1557          # DATEI OUTPUT_FILE_CONNECTIONS EVTL. BENOETIGT
1558       pathout[$i]=$filename
1559       if (( maxcycle > 0 ))
1560       then
1561          frelout[$i]=${fname}${endout[$i]}.$maxcycle
1562       else
1563          frelout[$i]=${fname}${endout[$i]}
1564       fi
1565
1566    fi
1567 done
1568
1569
1570     # DAS DVR-PAKET ERFORDERT EINE ENTSPRECHENDE BIBLIOTHEK
1571 if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
1572 then
1573    if [[ "$dvr_inc" = "" ]]
1574    then
1575       printf "\n\n  +++ no value for \"dvr_inc\" given in configuration file"
1576       printf "\n      This is required for the dvrp_graphics package.\n"
1577       locat=dvr; exit
1578    fi
1579    if [[ "$dvr_lib" = "" ]]
1580    then
1581       printf "\n\n  +++ no value for \"dvr_lib\" given in configuration file"
1582       printf "\n      This is required for the dvrp_graphics package.\n"
1583       locat=dvr; exit
1584    fi
1585 fi
1586
1587
1588     # PRUEFEN, OB ENTWEDER HAUPTPROGRAMM ODER NUR EIN AUSFUEHRBARES
1589     # PROGRAMM VEREINBART WURDE (IN DIESEM FALL BRAUCHT IM WEITEREN NICHT
1590     # UEBERSETZT ZU WERDEN)
1591 if [[ "$mainprog" = ""  &&  "$executable" = "" ]]
1592 then
1593    printf "\n  +++ neither main program nor executable defined"
1594    locat=source; exit
1595 elif [[ "$mainprog" != ""  &&  "$executable" != "" ]]
1596 then
1597    printf "\n  +++ main program as well as executable defined"
1598    locat=source; exit
1599 elif [[ "$mainprog" = ""  &&  "$executable" != "" ]]
1600 then
1601    do_compile=false
1602 fi
1603
1604
1605    # SOURCE-VERZEICHNIS ZUM AUFSAMMELN DER ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE
1606    # ERZEUGEN. HIERHIN WERDEN SPAETER IM FALL VON BATCH-JOBS AUCH DAS MRUN-
1607    # SCRIPTS SOWIE DIE KONFIGURATIONSDATEI KOPIERT
1608 if [[ $restart_run != true  &&  "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1609 then
1610    rm -rf  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1611    mkdir   SOURCES_FOR_RUN_$fname
1612 fi
1613
1614
1615    # ALLE ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE ZUSAMMENSAMMELN
1616    # BEI BATCH-JOBS IST DIES NICHT NOETIG, WEIL DIE PROGRAMMTEILE BEREITS DURCH
1617    # DEN MRUN-AUFRUF ERMITTELT SIND, DER DEN BATCH-JOB GENERIERT HAT, UND
1618    # IM VERZEICHNIS SOURCES_FOR_RUN_... ABGELEGT SIND
1619 if [[ $do_compile = true  &&  "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1620 then
1621
1622    [[ "$source_list" = LM ]]  &&  source_list=LOCALLY_MODIFIED
1623
1624    if [[ "$source_list" = LOCALLY_MODIFIED ]]
1625    then
1626
1627          # MODIFIZIERTE DATEIEN DER SVN-ARBEITSKOPIE BESTIMMEN
1628       source_list=""
1629       cd  $source_path
1630
1631
1632          # PRUEFEN, OB VERZEICHNIS UEBERHAUPT UNTER SVN-KONTROLLE STEHT
1633       if [[ ! -d .svn ]]
1634       then
1635          printf "\n\n  +++ source directory"
1636          printf "\n         \"$source_path\" "
1637          printf "\n         is not under control of \"subversion\"."
1638          printf "\n         Please do not use mrun-option \"-s LOCALLY_MODIFIED\"\n"
1639       fi
1640
1641
1642          # ALLE MODIFIZIERTEN QUELLCODEDATEIEN AUFLISTEN
1643       Filenames=""
1644       svn status  >  tmp_mrun
1645       while  read line
1646       do
1647          firstc=`echo $line | cut -c1`
1648          if [[ $firstc = M  ||  $firstc = "?" ]]
1649          then
1650             Name=`echo "$line" | cut -c8-`
1651             extension=`echo $Name | cut -d. -f2`
1652             if [[ "$extension" = f90 || "$extension" = F90 || "$extension" = f || "$extension" = F || "$extension" = c ]]
1653             then
1654                Filenames="$Filenames "$Name
1655             fi
1656          fi
1657       done < tmp_mrun
1658
1659
1660          # DATEIEN NACH SOURCES_FOR_RUN_... KOPIEREN
1661       for  dateiname  in  $Filenames
1662       do
1663          cp  $dateiname  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1664          source_list=$source_list"$dateiname "
1665       done
1666
1667       cd -  > /dev/null
1668
1669
1670       # MITTELS OPTION -s ANGEGEBENE DATEIEN NACH SOURCES_FOR_RUN_... KOPIEREN
1671       # BEI AUTOMATISCHEN FORTSETZUNGSLAEUFEN SIND DORT SCHON ALLE DATEIEN
1672       # VORHANDEN
1673    elif [[ "$source_list" != ""  &&  $restart_run != true ]]
1674    then
1675
1676       cd  $source_path
1677
1678       for  filename  in  $source_list
1679       do
1680
1681             # QUELLTEXT-DATEI DARF KEINE PFADE BEINHALTEN
1682          if [[ $(print $filename | grep -c "/") != 0 ]]
1683          then
1684             printf "\n  +++ source code file:  $filename"
1685             printf "\n      must not contain (\"/\") "
1686             locat=source; exit
1687          fi
1688
1689          if [[ ! -f $filename ]]
1690          then
1691             printf "\n  +++ source code file:  $filename"
1692             printf "\n      does not exist"
1693             locat=source; exit
1694          else
1695             cp  $filename  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1696          fi
1697
1698       done
1699
1700       cd -  > /dev/null
1701
1702    fi
1703
1704
1705       # PRUEFEN, OB ENTWEDER HAUPTPROGRAMM VORHANDEN UND ES EVTL. IN DER
1706       # LISTE DER ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE MIT ENTHALTEN IST (WENN
1707       # NICHT, WIRD ES DIESER LISTE HINZUGEFUEGT)
1708    if [[ $restart_run != true ]]
1709    then
1710
1711       if [[ ! -f "$source_path/$mainprog" ]]
1712       then
1713          printf "\n\n  +++ main program:  $mainprog"
1714          printf "\n      does not exist in source directory"
1715          printf "\n      \"$source_path\"\n"
1716          locat=source; exit
1717       else
1718          if [[ $(echo $source_list | grep -c $mainprog) = 0 ]]
1719          then
1720             cp  $source_path/$mainprog  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1721             source_list=${mainprog}" $source_list"
1722          fi
1723       fi
1724    fi
1725
1726
1727       # MAKEFILE AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND KOPIEREN
1728       # BEI RESTART-LAEUFEN LIEGT ES SCHON IM VERZEICHNIS SOURCES_FOR_RUN...
1729    if [[ "$restart_run" != true ]]
1730    then
1731       [[ "$makefile" = "" ]]  &&  makefile=$source_path/Makefile
1732       if [[ ! -f $makefile ]]
1733       then
1734          printf "\n  +++ file \"$makefile\" does not exist"
1735          locat=make; exit
1736       else
1737          cp  $makefile  SOURCES_FOR_RUN_$fname/Makefile
1738       fi
1739    fi
1740
1741
1742       # DATEIEN AUS ZUSAETZLICHEM QUELLVERZEICHNIS HINZUFUEGEN
1743    if [[ $restart_run != true  &&  "$add_source_path" != "" ]]
1744    then
1745
1746          # GIBT ES DAS VERZEICHNIS UEBERHAUPT?
1747       if [[ ! -d $add_source_path ]]
1748       then
1749          printf "\n\n  +++ WARNING: additional source code directory"
1750          printf "\n      \"$add_source_path\" "
1751          printf "\n      does not exist or is not a directory."
1752          printf "\n      No source code will be used from this directory!\n"
1753          add_source_path=""
1754          if [[ $silent == false ]]
1755          then
1756             sleep 3
1757          fi
1758       else
1759
1760          cd $add_source_path
1761          found=false
1762
1763          Names=$(ls -1 *.f90 2>&1)
1764          [[ $(echo $Names | grep -c '*.f90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$Names"
1765          Names=$(ls -1 *.F90 2>&1)
1766          [[ $(echo $Names | grep -c '*.F90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1767          Names=$(ls -1 *.F 2>&1)
1768          [[ $(echo $Names | grep -c '*.F') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1769          Names=$(ls -1 *.f 2>&1)
1770          [[ $(echo $Names | grep -c '*.f') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1771          Names=$(ls -1 *.c 2>&1)
1772          [[ $(echo $Names | grep -c '*.c') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1773
1774          cd -  > /dev/null
1775          cd  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1776
1777             # COPY MAKEFILE IF EXISTING
1778          if [[ -f $add_source_path/Makefile ]]
1779          then
1780             printf "\n\n  *** user Makefile from directory"
1781             printf "\n      \"$add_source_path\" is used \n"
1782             if [[ $silent == false ]]
1783             then
1784                sleep 1
1785             fi
1786             cp  $add_source_path/Makefile  .
1787          fi
1788
1789          for  dateiname  in  $AddFilenames
1790          do
1791             if [[ -f $dateiname ]]
1792             then
1793                printf "\n  +++ source code file \"$dateiname\" found in additional"
1794                printf "\n      source code directory \"$add_source_path\" "
1795                printf "\n      but was also given with option \"-s\" which means that it should be taken"
1796                printf "\n      from directory \"$source_path\"."
1797                locat=source; exit
1798             fi
1799
1800             cp  $add_source_path/$dateiname  .
1801             source_list="$source_list $dateiname"
1802
1803                # CHECK IF FILE IS CONTAINED IN MAKEFILE
1804             if [[ $(grep -c $dateiname Makefile) = 0 ]]
1805             then
1806                printf "\n\n  +++ user file \"$dateiname\" "
1807                printf "\n      is not listed in Makefile \n"
1808                locat=source; exit
1809             else
1810
1811                # Default User-Interface von der Liste entfernen, falls Datei
1812                # ein User-Interface enthaelt
1813#             if [[ $( cat $dateiname | grep -c "END SUBROUTINE user_parin" ) != 0 ]]
1814#             then
1815#                if [[ $dateiname != user_interface.f90  &&  -f user_interface.f90 ]]
1816#                then
1817#                   rm -rf  user_interface.f90
1818#                   source_list=`echo $source_list | sed -e 's/user_interface.f90//'`
1819#                   printf "\n\n  *** default \"user_interface.f90\" removed from the files to be translated"
1820#                   printf "\n      since a user-interface is found in file"
1821#                   printf "\n      \"$add_source_path/$dateiname\" \n"
1822#                   sleep 3
1823#                else
1824                if [[ $found = false ]]
1825                then
1826                   found=true
1827                   printf "\n\n  *** following user file(s) added to the"
1828                   printf " files to be translated:\n      "
1829                fi
1830                printf "$dateiname  "
1831                if [[ $silent == false ]]
1832                then
1833                   sleep 0.5
1834                fi
1835
1836             fi
1837          done
1838          [[ $found = true ]]  &&  printf "\n"
1839          cd -  > /dev/null
1840       fi
1841    fi
1842
1843
1844       # ALLE UNTERPROGRAMME, DIE ZU VEREINBARTEN SOFTWAREPAKETEN GEHOEREN,
1845       # DER LISTE DER ZU UEBERSETZENDEN DATEIEN HINZUFUEGEN
1846    if [[ $restart_run != true  &&  -n $package_list ]]
1847    then
1848
1849       cd  $source_path
1850
1851       for  package  in  $package_list
1852       do
1853
1854          [[ $package = "dvrp_graphics+1PE" ]]  &&  package=dvrp_graphics
1855
1856             # ERMITTELE ALLE DATEIEN, DIE ZUM PAKET GEHOEREN
1857             # FEHLERMELDUNGEN WERDEN ABGEFANGEN, DA * AUCH VERZEICHNISSNAMEN
1858             # LIEFERT
1859          package_source_list=`grep "defined( __$package " * 2>/dev/null | cut -f1 -d:`
1860
1861
1862             # FUEGE DIESE DATEIEN DER LISTE DER ZU UEBERSETZENDEN DATEIEN
1863             # HINZU, FALLS SIE NOCH NICHT DAZUGEHOEREN
1864          for  source_list_name  in  $package_source_list
1865          do
1866             if [[ $(echo $source_list | grep -c $source_list_name) = 0 ]]
1867             then
1868
1869                    # NUR DATEIEN MIT GUELTIGEN ENDUNGEN VERWENDEN
1870                ending=`echo $source_list_name | cut -f2 -d.`
1871                if [[ "$ending" = f90  ||  "$ending" = F90  ||  "$ending" = f  ||  "$ending" = F  ||  "$ending" = c ]]
1872                then
1873                   cp  $source_list_name  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1874                   source_list="$source_list $source_list_name"
1875                fi
1876             fi
1877          done
1878       done
1879
1880       cd -  > /dev/null
1881    fi
1882
1883
1884       # MAKEFILE AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND KOPIEREN
1885       # BEI RESTART-LAEUFEN LIEGT ES SCHON IM VERZEICHNIS SOURCES_FOR_RUN...
1886#    if [[ "$restart_run" != true ]]
1887#    then
1888#       [[ "$makefile" = "" ]]  &&  makefile=$source_path/Makefile
1889#       if [[ ! -f $makefile ]]
1890#       then
1891#          printf "\n  +++ file \"$makefile\" does not exist"
1892#          locat=make; exit
1893#       else
1894#          cp  $makefile  SOURCES_FOR_RUN_$fname/Makefile
1895#       fi
1896#    fi
1897
1898 fi  # do_compile=true
1899
1900
1901    # FALLS PROGRAMMTEILE UEBERSETZT WERDEN SOLLEN, FOLGEN JETZT EINIGE
1902    # UEBERPRUEFUNGEN UND DAS SETZEN DER PRAEPROZESSOR-DIREKTIVEN
1903 if [[ $do_compile = true ]]
1904 then
1905
1906       # PRAEPROZESSOR-DIREKTIVEN ZUM SELEKTIVEN AUSWAEHLEN VON CODETEILEN
1907       # ZUSAMMENSETZEN
1908       # DIREKTIVEN ZUM AKTIVIEREN VON RECHNERSPEZIFISCHEM CODE
1909    if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1910    then
1911       cpp_options="${cpp_options},-D__ibm=__ibm"
1912    elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = nec ]]
1913    then
1914       cpp_options="$cpp_options -D__nec"
1915    elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-2) = lc ]]
1916    then
1917       cpp_options="$cpp_options -D__lc"
1918    else
1919       cpp_options="$cpp_options -D__$localhost"
1920    fi
1921
1922       # DIREKTIVEN DIE DURCH OPTION -K BESTIMMT WERDEN (Z.B. PARALLEL)
1923    if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1924    then
1925       [[ -n $cond1 ]]  &&  cpp_options="${cpp_options},-D__$cond1=__$cond1"
1926       [[ -n $cond2 ]]  &&  cpp_options="${cpp_options},-D__$cond2=__$cond2"
1927    else
1928       [[ -n $cond1 ]]  &&  cpp_options="$cpp_options -D__$cond1"
1929       [[ -n $cond2 ]]  &&  cpp_options="$cpp_options -D__$cond2"
1930    fi
1931
1932       # DIREKTIVEN DIE SOFTWAREPAKETE AKTIVIEREN (OPTION -p)
1933    if [[ -n $package_list ]]
1934    then
1935       for  package  in  $package_list
1936       do
1937          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1938          then
1939             if [[ $package != "dvrp_graphics+1PE" ]]
1940             then
1941                cpp_options="${cpp_options},-D__$package=__$package"
1942             else
1943                cpp_options="${cpp_options},-D__dvrp_graphics=__dvrp_graphics"
1944                export use_seperate_pe_for_dvrp_output=true
1945             fi
1946          else
1947             if [[ $package != "dvrp_graphics+1PE" ]]
1948             then
1949                cpp_options="$cpp_options -D__$package"
1950             else
1951                cpp_options="$cpp_options -D__dvrp_graphics"
1952                export use_seperate_pe_for_dvrp_output=true
1953             fi
1954          fi
1955       done
1956    fi
1957
1958       # DIREKTIVEN DIE DURCH OPTION -D FESTGELEGT SIND
1959    if [[ -n $cpp_opts ]]
1960    then
1961       for  popts  in  $cpp_opts
1962       do
1963          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1964          then
1965             cpp_options="${cpp_options},-D__$popts=__$popts"
1966          else
1967             cpp_options="$cpp_options -D__$popts"
1968          fi
1969       done
1970    fi
1971
1972 else
1973
1974
1975       # BEI LOKALEN RECHNUNGEN PRUEFEN, OB EXECUTABLE VORHANDEN
1976    if [[ $do_remote = false ]]
1977    then
1978       if [[ ! -f $executable ]]
1979       then
1980          printf "\n  +++ executable file:  $executable"
1981          printf "\n      does not exist"
1982          locat=executable; exit
1983       fi
1984    fi
1985 fi
1986
1987
1988    # JOBMODUS FESTSTELLEN
1989 if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
1990 then
1991    jobmo=BATCH
1992 else
1993    jobmo=INTERACTIVE
1994 fi
1995
1996
1997    # no interactive runs on lctit
1998 if [[ $host = lctit  &&  $jobmo = INTERACTIVE  &&  $do_batch = false ]]
1999 then
2000    printf "\n  +++ no interactive runs allowed on host \"$host\" "
2001    printf "\n      please submit batch job using mrun option \"-b\" \n"
2002    locat=normal; exit
2003 fi
2004
2005
2006    # HOSTSPEZIFISCHE DEFAULT-COMPILER SETZEN, FALLS NICHT BEREITS
2007    # DURCH BENUTZER ANDERWEITIG VEREINBART
2008 if [[ "$compiler_name" = "" ]]
2009 then
2010
2011    printf "\n  +++ no compiler specified for \"$host $cond1 $cond2\""
2012    locat=compiler_name; exit
2013
2014 fi
2015
2016
2017    # COMPILER AUF RIAMS NEC UEBERSCHREIBEN
2018 [[ $localhost = necriam ]]  &&  compiler_name=mpif90
2019
2020
2021
2022    # TEMPORAEREN KATALOGNAMEN BESTIMMEN
2023 kennung=$RANDOM
2024 if [[ "$tmp_user_catalog" = "" ]]
2025 then
2026    if [[ $localhost = ibmh ]]
2027    then
2028       tmp_user_catalog=$SCRATCH
2029    elif [[ $localhost = nech ]]
2030    then
2031       tmp_user_catalog=$WRKSHR
2032    else
2033       tmp_user_catalog=/tmp
2034    fi
2035 fi
2036 TEMPDIR=$tmp_user_catalog/${usern}.$kennung
2037
2038
2039    # KATALOGNAMEN FUER ZWISCHENSPEICHERUNG VON FORTSETZUNGSLAUFDATEIEN
2040    # BESTIMMEN
2041 if [[ "$tmp_data_catalog" = "" ]]
2042 then
2043    if [[ $localhost = nech ]]
2044    then
2045       tmp_data_catalog=$WRKSHR/mrun_restart_data
2046    else
2047       tmp_data_catalog=/tmp/mrun_restart_data
2048    fi
2049 fi
2050
2051
2052    # EVENTUELL BEI LOKALEN RECHNUNGEN $-ZEICHEN IN ENVIRONMENT-VARIABLEN
2053    # ERSETZEN
2054 if [[ $do_remote = false  &&  $do_compile = true ]]
2055 then
2056    eval  fopts=\"$fopts\"
2057    eval  lopts=\"$lopts\"
2058 fi
2059
2060
2061
2062    # COMPILE- UND LINK-OPTIONEN BESTIMMEN
2063 fopts="$fopts $netcdf_inc $dvr_inc"
2064 lopts="$lopts $netcdf_lib $dvr_lib"
2065 ROPTS="$ropts"
2066 if [[ ( $(echo $host | cut -c1-3) = nec  ||  $(echo $host | cut -c1-3) = ibm  ||  $host = lckyoto  ||  $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib  ||  $host = lctit  ||  $host = lcfimm  ||  $host = lcxe6 ||  $host = lcxt5m || $host = lck || $host = lckordi)  &&  -n $numprocs ]]
2067 then
2068    XOPT="-X $numprocs"
2069 fi
2070
2071
2072
2073    # PRUEFEN DER CPU-ZEIT. (CPUMAX WIRD ALS ENV-VARIABLE VOM HAUTPRO-
2074    # GRAMM BENOETIGT
2075 done=false
2076 while [[ $done = false ]]
2077 do
2078    cputime=$cpumax
2079    if (( $cputime == 0 ))
2080    then
2081       if [[ $do_batch = true ]]
2082       then
2083          printf "\n  +++ cpu-time is undefined"
2084          printf "\n  >>> Please type CPU-time in seconds as INTEGER:"
2085          printf "\n  >>> "
2086          read  cputime  1>/dev/null  2>&1
2087       else
2088          cputime=10000000   # NO CPU LIMIT FOR INTERACTIVE RUNS
2089       fi
2090    else
2091       done=true
2092    fi
2093    cpumax=$cputime
2094 done
2095
2096 (( minuten = cputime / 60 ))
2097 (( sekunden = cputime - minuten * 60 ))
2098
2099
2100    # PRUEFEN DER KERNSPEICHERANFORDERUNG
2101 if [[ $do_batch = true ]]
2102 then
2103    done=false
2104    while [[ $done = false ]]
2105    do
2106       if (( memory == 0 ))
2107       then
2108          printf "\n  +++ memory demand is undefined"
2109          printf "\n  >>> Please type memory in  MByte per process  as INTEGER:"
2110          printf "\n  >>> "
2111          read  memory  1>/dev/null  2>&1
2112       else
2113          done=true
2114       fi
2115    done
2116 fi
2117
2118
2119    # PRUEFEN, OB FUER REMOTE-RECHNUNGEN EIN BENUTZERNAME ANGEGEBEN WURDE
2120 if [[ $do_remote = true  &&  -z $remote_username ]]
2121 then
2122    while [[ -z $remote_username ]]
2123    do
2124       printf "\n  +++ username on remote host \"$host\" is undefined"
2125       printf "\n  >>> Please type username:"
2126       printf "\n  >>> "
2127       read  remote_username
2128    done
2129    mc="$mc -u$remote_username"
2130 fi
2131
2132    # CHECK FOR INITIAL COMMANDS AFTER LOGIN
2133 if [[ "$login_init_cmd" != "" ]]
2134 then
2135    export init_cmds="${login_init_cmd};"
2136 fi
2137
2138
2139    # set module load command and export for subjob
2140 if [[ "$modules" != "" ]]
2141 then
2142    if [[ $host = lctit ]]
2143    then
2144       export module_calls=". $modules"
2145    else
2146       export module_calls="module load ${modules};"
2147    fi
2148 fi
2149
2150    # bugfix for wrong netcdf module and for netCDF4 usage in case of mpt
2151 if [[ $host = lcsgib  ||  $host = lcsgih ]]
2152 then
2153    if [[ $(echo $module_calls | grep -c netcdf/3.6.3-intel) != 0 ]]
2154    then
2155       export module_calls="$module_calls export LD_LIBRARY_PATH=/sw/dataformats/netcdf/3.6.3-intel/lib:\$LD_LIBRARY_PATH;"
2156    fi
2157#     if [[ $(echo $module_calls | grep -c mpt) != 0 ]]
2158#     then
2159#        export module_calls="$module_calls export LD_LIBRARY_PATH=/sw/sgi/mpt/2011-02-07/lib:\$LD_LIBRARY_PATH;"
2160#        echo "*** module_calls = $module_calls"
2161#     fi
2162 fi
2163
2164
2165    # SET DEFAULT VALUE FOR MPI MODULE TO BE USED ON SGI-ALTIX
2166 if [[ $host = lcsgib  ||  $host = lcsgih ]]
2167 then
2168    if [[ $(echo $modules | grep -c mpt ) != 0 ]]
2169    then
2170       mpilib=mpt
2171    elif [[ $(echo $modules | grep -c mvapich ) != 0 ]]
2172    then
2173       mpilib=mvapich
2174    elif [[ $(echo $modules | grep -c impi ) != 0 ]]
2175    then
2176       mpilib=impi
2177    fi
2178 fi
2179
2180
2181
2182###########################################################################
2183# HEADER-AUSGABE
2184###########################################################################
2185
2186
2187 calltime=$(date)
2188 printf "\n"
2189# [[ $silent = false ]]  &&  clear
2190 printf "#--------------------------------------------------------------# \n"
2191 printf "| $version$calltime | \n"
2192 printf "|                                                              | \n"
2193 spalte1="called on:"; spalte2=$localhost_realname
2194 printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2195 if [[ $local_compile = false ]]
2196 then
2197    if [[ $do_remote = true ]]
2198    then
2199       spalte1="execution on:"; spalte2="$host (username: $remote_username)"
2200    else
2201       spalte1="execution on:"; spalte2="$host ($localhost_realname)"
2202    fi
2203 else
2204    spalte1="compiling test only!"; spalte2=""
2205 fi
2206 printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2207 if [[ -n $numprocs ]]
2208 then
2209    spalte1="number of PEs:"; spalte2=$numprocs
2210    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2211 fi
2212 if [[ -n $tasks_per_node ]]
2213 then
2214    spalte1="tasks per node:"; spalte2="$tasks_per_node (number of nodes: $nodes)"
2215    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2216 fi
2217 if [[ $maximum_parallel_io_streams != $numprocs ]]
2218 then
2219    spalte1="max par io streams:"; spalte2="$maximum_parallel_io_streams"
2220    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2221 fi
2222 if [[ $use_openmp = true ]]
2223 then
2224    spalte1="threads per task:"; spalte2="$threads_per_task"
2225    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2226 fi
2227 printf "|                                                              | \n"
2228 if [[ $do_compile = true ]]
2229 then
2230    if [[ "$mopts" != "" ]]
2231    then
2232       spalte1="make options:"; spalte2=$mopts
2233       printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2234       zeile=$(echo "$mopts" | cut -c41-)
2235       while [[ "$zeile" != "" ]]
2236       do
2237          spalte1=""
2238          spalte2=$zeile
2239          printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2240          zeile=$(echo "$zeile" | cut -c41-)
2241       done
2242    fi
2243
2244    spalte1="cpp directives:"; spalte2=$cpp_options
2245    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2246    zeile=$(echo "$cpp_options" | cut -c41-)
2247    while [[ "$zeile" != "" ]]
2248    do
2249       spalte1=""
2250       spalte2=$zeile
2251       printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2252       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c41-)
2253    done
2254
2255    spalte1="compiler options:"; spalte2="$fopts"
2256    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2257    zeile=$(echo "$fopts" | cut -c41-)
2258    while [[ "$zeile" != "" ]]
2259    do
2260       spalte1=""
2261       spalte2=$zeile
2262       printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2263       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c41-)
2264    done
2265
2266    spalte1="linker options:"; spalte2=$lopts
2267    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2268    zeile=$(echo "$lopts" | cut -c41-)
2269    while [[ "$zeile" != "" ]]
2270    do
2271       spalte1=""
2272       spalte2=$zeile
2273       printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2274       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c41-)
2275    done
2276
2277    spalte1="modules to be load:"; spalte2=$modules
2278    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2279    zeile=$(echo "$modules" | cut -c41-)
2280    while [[ "$zeile" != "" ]]
2281    do
2282       spalte1=""
2283       spalte2=$zeile
2284       printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2285       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c41-)
2286    done
2287
2288    spalte1="main program":; spalte2=$mainprog
2289    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2290 else
2291    spalte1=executable:; spalte2=$executable
2292    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2293 fi
2294 printf "|                                                              | \n"
2295 spalte1="base name of files":; spalte2=$fname
2296 printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2297 if [[ $fname != $afname ]]
2298 then
2299    spalte1="base name of input files":; spalte2=$afname
2300    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2301 fi
2302 spalte1="INPUT control list":; spalte2=$input_list
2303 printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2304 spalte1="OUTPUT control list":; spalte2=$output_list
2305 printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2306
2307 if [[ $do_batch = true  ||  "$LOADLBATCH" = yes ]]
2308 then
2309    spalte1="memory demand / PE":; spalte2="$memory MB"
2310    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2311    spalte1=CPU-time:; spalte2="$minuten:$sekunden"
2312    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2313 fi
2314
2315 if [[ $do_compile = true ]]
2316 then
2317    printf "|                                                              | \n"
2318    printf "| Files to be compiled:                                        | \n"
2319    zeile=$source_list
2320    while [[ "$zeile" != "" ]]
2321    do
2322       spalte3=$zeile
2323       printf "| $spalte3 | \n"
2324       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c61-)
2325    done
2326 fi
2327 printf "#--------------------------------------------------------------#"
2328
2329
2330
2331    # BEDINGTE AUSGABE DER DATEIVERBINDUNGEN
2332 if [[ $do_trace = true ]]
2333 then
2334    (( i = 0 ))
2335    while (( i < iin ))
2336    do
2337       (( i = i + 1 ))
2338       if (( i == 1 ))
2339       then
2340          printf "\n\n >>> INPUT-file assignments:\n"
2341       fi
2342       printf "\n     ${localin[$i]} :  ${absnamein[$i]}"
2343    done
2344    (( i = 0 ))
2345    while (( i < iout ))
2346    do
2347       (( i = i + 1 ))
2348       if (( i == 1 ))
2349       then
2350          printf "\n\n >>> OUTPUT-file assignments:\n"
2351       fi
2352       printf "\n     ${localout[$i]} :  ${pathout[$i]}"
2353    done
2354    (( i = 0 ))
2355    while (( i < iic ))
2356    do
2357       (( i = i + 1 ))
2358       if (( i == 1 ))
2359       then
2360          printf "\n\n >>> INPUT-commands:\n"
2361       fi
2362       printf "\n     ${in_command[$i]}" 
2363    done
2364    (( i = 0 ))
2365    while (( i < ioc ))
2366    do
2367       (( i = i + 1 ))
2368       if (( i == 1 ))
2369       then
2370          printf "\n\n >>> OUTPUT-commands:\n"
2371       fi
2372       printf "\n     ${out_command[$i]}" 
2373    done
2374 fi
2375
2376
2377    # ABFRAGEN BEI AUFRUF AUF LOKALER MASCHINE
2378 if [[ $remotecall = false  &&  $silent = false  &&  $jobmo != BATCH ]]
2379 then
2380    antwort=dummy
2381    printf "\n\n"
2382    while [[ "$antwort" != y  &&  "$antwort" != Y  &&  "$antwort" != n  &&  "$antwort" != N ]]
2383    do
2384       printf " >>> everything o.k. (y/n) ?  "
2385       read  antwort
2386    done
2387    if [[ $antwort = n  ||  $antwort = N ]]
2388    then
2389       locat=user_abort; (( iec = 0 )); exit
2390    fi
2391    if [[ $do_batch = true ]]
2392    then
2393       printf " >>> batch-job will be created and submitted"
2394    else
2395       if [[ $local_compile = false ]]
2396       then
2397          printf " >>> MRUN will now continue to execute on this machine"
2398       else
2399          printf " >>> a test compilation will now be carried out on this machine"
2400       fi
2401    fi
2402 fi
2403
2404#### PERFORM PARAMETER FILE CHECK (COUPLED RUNS ARE NOT SUPPORTED YET)
2405
2406#DEFINE VARIABLES FOR FREQUENTLY USED DIRECTORIES
2407 check_depository="${working_directory}/trunk/UTIL"
2408 check_sources="${working_directory}/tmp_check_namelist_files"
2409 skip_check=false
2410
2411#CHECK IF NAMELIST_FILE_CHECK HAS BEEN COMPILED SUCCESSFULLY
2412 if [[ ! -f $check_depository/check_namelist_files.tar ]]
2413 then
2414      skip_check=true
2415      reason="run on remote host or parameter file check has not been compiled."
2416 fi
2417 if [[ ! -f $PALM_BIN/check_namelist_files.x ]]
2418 then
2419      skip_check=true
2420      reason="parameter file check has not been compiled."
2421 fi
2422
2423#CHECK FOR PARALLEL RUN; OTHERWISE SKIP CHECK
2424 if [[ "$cond1" != "parallel"  &&  "$cond2" != "parallel" ]]
2425 then
2426     skip_check=true
2427     reason="serial run."
2428 fi
2429
2430#ONLY PERFORM CHECK IF -z OPTION IS NOT SET, NO RESTART RUN IS CARRIED OUT AND IF THE EXECUTION HOST IS THE LOCAL HOST
2431 if [[ $check_namelist_files == false ]]
2432 then
2433     skip_check=true
2434     reason="-z option set."
2435 fi
2436
2437 if [[ $fromhost != $localhost ]]
2438 then
2439     skip_check=true
2440     reason="submitting host is local host." 
2441 fi 
2442
2443 if [[ $run_coupled_model == true ]]
2444 then
2445    skip_check=true
2446    reason="coupled run." 
2447 fi
2448
2449 if [[ $restart_run == true ]]
2450 then
2451    skip_check=true
2452    reason="restart run."     
2453
2454 fi
2455
2456#SKIP CHECK IN CASE OF RESTART RUN: CHECK WHETHER THE LAST CHAR IS "f" IN PARIN
2457 ((last_char = `echo $filename_input | wc -c` - 1))
2458 last_char=`echo $filename_input |cut -c$last_char`
2459 if [[ "$last_char" == "f" ]]
2460 then
2461    skip_check=true
2462    reason="restart run.)"
2463 fi
2464
2465 if [[ $skip_check == false ]]
2466 then
2467
2468    tmp_check=${working_directory}/tmp_check
2469
2470#   GET TOPOGRAPHY PARAMETER FILE SUFFIX (USUALLY "_P3DF"). THIS FILE MIGHT IS
2471#   NOT NECESSARILY REQUIRED
2472    line=""
2473    found=false
2474    grep  "TOPOGRAPHY_DATA" $config_file  >  $tmp_check
2475    while read line1
2476    do
2477       line="$line1"
2478       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2479       then
2480          topo_suffix=`echo $line | tr -s " " | cut -d" " -s -f5`
2481          found=true
2482       fi
2483    done < $tmp_check
2484
2485    if [[ $found = false ]]
2486    then
2487       printf "\n  +++ no TOPOGRAPHY list entry found in the configuration file."
2488    fi
2489
2490    rm -rf ${working_directory}/tmp_check
2491
2492#   CHECK IF THE A P3DF FILE MUST BE CHECKED
2493    for  item  in  $input_list
2494    do
2495       if [[ "$item" == "restart" ]]
2496       then
2497          check_restart=1
2498       else
2499          check_restart=0
2500       fi
2501    done
2502
2503#   ERROR IF NO PARAMETER FILE WAS FOUND, OTHERWISE PROCEED
2504    if [[ (! -f $filename_input) && ( "$filename_input" != "") ]]
2505    then
2506       printf "\n\n  +++ ERROR: parameter file ($filename_input) not found." 
2507       locat=check_namelist; exit
2508    fi
2509   
2510#   CHECK IF THE RESTART PARAMETER FILE EXISTS (IF NECESSARY)
2511    if  [[ $check_restart == 1 ]]
2512    then
2513
2514
2515
2516       filenamef="${filename_input}f"
2517       if [[ ! -f $filenamef ]]
2518       then
2519          printf "\n\n  +++ WARNING: restart parameter file ($filenamef) is missing." 
2520          check_restart=0
2521          answer=dummy
2522          printf "\n\n"
2523
2524          if [[ $silent == false ]]
2525          then
2526             while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
2527             do
2528                printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
2529                read  answer
2530             done
2531             if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
2532             then
2533                printf "\n  +++ Aborting...."
2534                locat=normal; exit
2535             fi
2536          fi
2537       else
2538          check_restart=1
2539       fi
2540    fi
2541
2542#   CREATE TEMPORARY SOURCES_FOR_CHECK PATH
2543    mkdir $check_sources
2544    cd $check_sources
2545
2546
2547#   CHECK FOR USER CODE, OTHERWISE USE THE PRECOMPILED CHECK_NAMELIST_FILES.X
2548    if [[ -d $add_source_path ]]
2549    then
2550       printf "\n\n  *** copying files from $check_depository" 
2551       cp $check_depository/check_namelist_files.tar ./
2552
2553       printf "\n\n  *** untar of makefile and source files in $check_sources"
2554       tar -xf check_namelist_files.tar  >  /dev/null  2>&1
2555
2556       printf "\n\n  *** adding user code." 
2557       cp $add_source_path/* ./
2558       touch check_namelist_files.f90
2559
2560#      GET COMPILER OPTIONS AND PERFORM MAKE
2561       printf "\n\n  *** compiling code if necessary...\n"
2562       copts_check="-cpp -D_parallel -D__check"
2563       make -f Makefile_check F90=$compiler_name_ser  COPT="$copts_check"
2564
2565#      GET MAKE OUTPUT
2566       if [[ $? != 0 ]]
2567       then
2568          printf "\n  +++ error during make."       
2569          answer=dummy
2570          printf "\n\n"
2571          if [[ $silent == false ]]
2572          then
2573             while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
2574             do
2575                printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
2576                read  answer
2577             done
2578             if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
2579             then
2580                printf "\n  +++ Aborting..."
2581                rm -rf  $check_sources
2582                locat=normal; exit
2583             else
2584                skip_check=true
2585             fi
2586          else
2587             skip_check=true
2588          fi
2589       fi
2590    else
2591       cp $PALM_BIN/check_namelist_files.x ./
2592    fi
2593
2594    cp $filename_input ./PARIN
2595    if [[ $check_restart == 1 ]] 
2596    then
2597       cp $filenamef ./PARINF   
2598    fi
2599
2600    if [[ -f ${pathname}/${fname}${topo_suffix} && $skip_check == false ]]
2601    then
2602       printf "\n  *** adding topography data"
2603       cp ${pathname}/${fname}${topo_suffix} ./TOPOGRAPHY_DATA
2604
2605#      IN CASE OF TOPOGRAPHY AND HIGH GRID POINT NUMBERS, THE STACK SIZE
2606#      MUST BE INCREASED. THIS IS DUE TO THE ARRAY nzb_local AND topo_height,
2607#      WHICH REQUIRE SUFFICIENT MEMORY
2608       ulimit -s unlimited         
2609    fi
2610
2611#   CREATE ENVPAR FILE, WHICH IS NEEDED BY CHECK_NAMELIST_FILES.X
2612    cat  >  ENVPAR  <<  %%END%%
2613 &envpar  run_identifier = '$fname', host = '$host',
2614            write_binary = '$write_binary', tasks_per_node = $tasks_per_node,
2615            maximum_parallel_io_streams = $maximum_parallel_io_streams,
2616            maximum_cpu_time_allowed = ${cpumax}.,
2617            revision = '$global_revision',
2618            local_dvrserver_running = $local_dvrserver_running /
2619
2620%%END%%
2621
2622#   SAFETY CHECK: ONLY PROCEED IF THE PARAMETER CHECK PROGRAM WAS PROPERLY COMPILED
2623    if [[ ! -f check_namelist_files.x && $skip_check == false ]] then
2624       printf "\n  +++ WARNING: check_namelist_files.x not found."
2625       answer=dummy
2626       printf "\n\n"
2627
2628       if [[ $silent == false ]]
2629       then
2630          while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
2631          do
2632             printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
2633             read  answer
2634          done
2635          if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
2636          then
2637             printf "\n  +++ Aborting..."
2638             rm -rf  $check_sources
2639             locat=normal; exit
2640          else
2641             printf "\n  *** Skipping parameter file check."
2642         
2643          fi
2644      fi
2645       
2646    elif [[ $skip_check == false ]]
2647    then
2648#      STARTING THE PARAMETER FILE CHECK
2649       printf "\n\n  *** starting parameter file check..."
2650
2651#      CHECKING THE P3D FILE
2652       printf "\n\n      (1) checking $filename_input" 
2653       echo "$numprocs 0 0" > VARIN
2654       errors=`./check_namelist_files.x < VARIN 2>&1`
2655
2656       check_error=false
2657       if [[ "$errors" == "" ]]
2658       then
2659          printf " --> o.k."
2660       else
2661          printf " --> failed."
2662          check_error=true
2663          printf "\n\n  $errors"
2664       fi
2665
2666#      CHECKING THE PD3F FILE IF NECESSARY
2667       if [[ $check_restart == 1 && $check_error == false ]]
2668       then
2669          printf "\n\n      (2) checking $filenamef" 
2670
2671#         FIRST CHECK IF INITIALIZING_ACTIONS="READ_RESTART_DATA" IS SET IN &INIPAR LIST
2672          found=false
2673          cat PARINF|while read line
2674          do
2675             line=$(echo $line|sed 's/ //g')
2676             if [[ $line == *"&inipar"* ]]
2677             then
2678                start_search=true
2679             fi
2680
2681             if [[ $start_search == true ]]
2682             then
2683                if [[ $line == *"initializing_actions='read_restart_data'"* ]]
2684                then
2685                   found=true
2686                   break
2687                fi
2688             fi
2689
2690             if [[ $line == *"/"* ]]
2691             then
2692                start_search=false
2693             fi
2694
2695          done
2696
2697          if [[ $found = false ]]
2698          then
2699             printf "\n\n  +++ ERROR: initializing_actions = 'read_restart_data' not found"
2700             printf "\n      in &inipar list in $fname$p3df_suffix."
2701             rm -rf  $check_sources
2702             locat=check_namelist; exit
2703          fi
2704
2705#         READ max_user_pr FROM FILES
2706          if [[ -f parin_for_check ]]
2707          then
2708             read max_pr_user < parin_for_check
2709          else
2710             max_user_pr=0
2711          fi
2712
2713          echo "$numprocs 1 $max_pr_user" > VARIN
2714          errors=`./check_namelist_files.x < VARIN 2>&1`
2715
2716          if [[ "$errors" == "" ]]
2717          then
2718             printf " --> o.k."
2719          else
2720             printf " --> failed."
2721             check_error=true
2722             printf "\n\n  $errors"
2723          fi
2724       fi
2725   
2726#      REPORT ERRORS AND CONTINUE/EXIT
2727       if [[ $check_error == true ]]
2728       then
2729          printf "\n  +++ errors found in the parameter file!\n"
2730          answer=dummy
2731          printf "\n\n"
2732
2733          while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
2734          do
2735          printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
2736          read  answer
2737          done
2738
2739          if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
2740          then
2741             printf "\n  +++ Aborting..."
2742             rm -rf  $check_sources
2743             locat=normal; exit
2744          fi
2745        else
2746          printf "\n\n  *** parameter file(s) seem(s) to be o.k.\n"
2747        fi
2748        rm -rf $check_sources
2749    fi
2750 else
2751    printf "\n\n  +++ skipping parameter file check due to following reason: $reason" 
2752 fi
2753
2754    # DELETE TEMPORARY DIRECTORY AND FINISH NAMELIST FILE CHECK   
2755 rm -rf  $check_sources
2756 cd $working_directory
2757
2758
2759    # FALLS AUF DIESER MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL, WERDEN JETZT ENTSPRE-
2760    # CHENDE AKTIONEN DURCHGEFUEHRT
2761 if [[ $do_batch = false ]]
2762 then
2763
2764
2765       # TEMPORAEREN KATALOG ERZEUGEN
2766    mkdir -p  $TEMPDIR
2767    chmod  go+rx  $TEMPDIR
2768    tmpcreate=true
2769
2770       # set striping on lustre file system
2771#    if [[ $localhost = lcsgih ]]
2772#    then
2773#       lfs setstripe -s 8192k -c 16  $TEMPDIR
2774#       lfs getstripe $TEMPDIR
2775#    fi
2776
2777
2778       # SAEMTLICHE QUELLTEXT-DATEIEN BZW. AUSFUEHRBARES PROGRAMM IN
2779       # TEMPORAERES VERZEICHNIS KOPIEREN
2780    if [[ $do_compile = true ]]
2781    then
2782
2783          # ON NEC, COMPILATION IS DONE ON HOST CROSS VIA CROSS COMPILING
2784          # CREATE A TEMPORARY DIRECTORY ON THAT MACHINE (HOME MOUNTED VIA NFS)
2785       if [[ $localhost = nech ]]
2786       then
2787          TEMPDIR_COMPILE=$HOME/work/${usern}.$kennung
2788          if  mkdir -p  $TEMPDIR_COMPILE
2789          then
2790             printf "\n  *** \"$TEMPDIR_COMPILE\" "
2791             printf "\n      is generated as temporary directory for cross compiling\n"
2792          else
2793             printf "\n  +++ creating directory \"$TEMPDIR_COMPILE\" "
2794             printf "\n      needed for cross compilation failed"
2795             locat=compile
2796             exit
2797          fi
2798       else
2799          TEMPDIR_COMPILE=$TEMPDIR
2800       fi
2801
2802
2803          # PFADNAMEN FUER DAS MAKE-DEPOSITORY ERMITTELN
2804       line=""
2805       grep "%depository_path" $config_file  >  tmp_mrun
2806       while read line
2807       do
2808          if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2809          then
2810             if [[ "$(echo $line | cut -d" " -s -f3)" = "" ]]
2811             then
2812                global_depository_path=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
2813             fi
2814          fi
2815       done < tmp_mrun
2816
2817       line=""
2818       grep  " $localhost" $config_file | grep "%depository_path"  >  tmp_mrun
2819       while read line
2820       do
2821          if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2822          then
2823             if [[ "$(echo $line | cut -d" " -s -f4)" = "$cond1"  &&  "$(echo $line | cut -d" " -s -f5)" = "$cond2" ]]
2824             then
2825                local_depository_path=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
2826             fi
2827          fi
2828       done < tmp_mrun
2829
2830       if [[ "$local_depository_path" = "" ]]
2831       then
2832          if [[ "$global_depository_path" != "" ]]
2833          then
2834             local_depository_path=$global_depository_path
2835          else
2836             printf "\n\n  +++ no depository path found in configuration file"
2837             printf "\n      for local host \"$localhost\" "
2838             printf "\n      please set \"\%depository_path\" in configuration file\n"
2839             locat=config_file; exit
2840          fi
2841       fi
2842       eval local_depository_path=$local_depository_path
2843       [[ "$cond1" != "" ]]  &&  local_depository_path=${local_depository_path}_$cond1
2844       [[ "$cond2" != "" ]]  &&  local_depository_path=${local_depository_path}_$cond2
2845
2846
2847       basename=`print $mainprog | cut -f1 -d"."`
2848       eval make_depository=${local_depository_path}/${basename}_current_version.tar
2849       if [[ ! -f $make_depository ]]
2850       then
2851          printf "\n"
2852          printf "\n  *** WARNING: make depository \"$make_depository\" not found"
2853          printf "\n               \"make\" will fail, if the Makefile or other source files are missing\n"
2854       else
2855          cp  $make_depository  $TEMPDIR_COMPILE
2856          cd  $TEMPDIR_COMPILE
2857          tar -xf  $make_depository  >  /dev/null  2>&1
2858          cd -  > /dev/null
2859       fi
2860
2861       cp  SOURCES_FOR_RUN_$fname/*  $TEMPDIR_COMPILE
2862
2863    else
2864
2865       cp  $executable   ${TEMPDIR}/a.out
2866
2867    fi
2868
2869
2870       # WECHSEL IN TEMPORAEREN KATALOG
2871    cd  $TEMPDIR
2872    printf "\n  *** changed to temporary directory: $TEMPDIR"
2873
2874
2875       # OUTPUT-DATEI-VERBINDUNGEN AUF TEMPORAERER DATEI ABLEGEN
2876       # DIESE DATEI KANN VON SPAETER AUFZURUFENDEN BENUTZERPROZEDUREN GELESEN
2877       # WERDEN, UM ZU LOKALEN DATEINAMEN GEHOERENDE PERMANENTE NAMEN ZU
2878       # ERMITTELN
2879    (( i = 0 ))
2880    while (( i < iout ))
2881    do
2882       (( i = i + 1 ))
2883       if [[ "${actionout[$i]}" = tr  ||  "${actionout[$i]}" = tra  ||  "${actionout[$i]}" = trpe ]]
2884       then
2885          printf "${localout[$i]} ${actionout[$i]}\n${pathout[$i]}\n${localhost}_${fname}${endout[$i]}\n" >> OUTPUT_FILE_CONNECTIONS
2886       else
2887          printf "${localout[$i]} ${actionout[$i]}\n${pathout[$i]}\n${frelout[$i]}\n" >> OUTPUT_FILE_CONNECTIONS
2888       fi
2889    done
2890
2891
2892       # EVTL. UEBERSETZUNGSAKTIONEN STARTEN
2893    if [[ $do_compile = true ]]
2894    then
2895
2896
2897          # COMPILING WITH MAKE (ON NEC COMPILER IS CALLED ON HOST CROSS)
2898       printf "\n\n\n  *** compilation starts \n$striche\n"
2899       printf "  *** compilation with make using following options:\n"
2900       printf "      make depository:          $make_depository"
2901       if [[ "$mopts" != "" ]]
2902       then
2903          printf "      make options:             $mopts\n"
2904       fi
2905       printf "      compilername:             $compiler_name\n"
2906       printf "      compiler options:         $fopts\n"
2907       printf "      preprocessor directives:  $cpp_options \n"
2908       printf "      linker options:           $lopts \n"
2909       if [[ "$modules" != "" ]]
2910       then
2911          printf "      modules to be load:       $modules \n"
2912       fi
2913       printf "      source code files:        $source_list \n"
2914
2915       if [[ $localhost = nech ]]
2916       then
2917#         init_cmds was ". /SX/opt/etc/initsx.sh;"
2918          ssh  136.172.44.192 -l $usern "$init_cmds $module_calls cd \$HOME/work/${usern}.$kennung; sxmake $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2919          cp  $TEMPDIR_COMPILE/a.out  .
2920          [[ $? != 0 ]]  &&  compile_error=true
2921          rm -rf  $TEMPDIR_COMPILE
2922       elif [[ $localhost = ibmh ]]
2923       then
2924          printf "      compiler is called via ssh on \"plogin1\" \n"
2925          ssh  plogin1  -l $usern  "$init_cmds export PATH=/sw/ibm/xlf/13.1.0.8/usr/bin:$PATH; $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2926          [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2927          continue   # ANDERENFALLS IST STATUS=1, FALLS A.OUT VORHANDEN
2928       elif [[ $localhost = lcsgib ]]
2929       then
2930          printf "      compiler is called via ssh on \"bicegate0\" \n"
2931          ssh  bicegate0  -l $usern  "$init_cmds $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2932          [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2933          continue   # ANDERENFALLS IST STATUS=1, FALLS A.OUT VORHANDEN
2934       elif [[ $localhost = lcsgih ]]
2935       then
2936          printf "      compiler is called via ssh on \"hicegate0\" \n"
2937          ssh  hicegate0  -l $usern  "$init_cmds $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" 2>&1 "
2938          [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2939          continue   # ANDERENFALLS IST STATUS=1, FALLS A.OUT VORHANDEN
2940       elif [[ $localhost = lcflow ]]
2941       then
2942          printf "      compiler is called via ssh on \"flow\" \n"
2943          ssh  flow02.hpc.uni-oldenburg.de -l $usern "$init_cmds $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out F90=$compiler_name COPT=\"$cpp_options\" F90FLAGS=\"$fopts\" LDFLAGS=\"$lopts\" "
2944          [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2945          continue   # ANDERENFALLS IST STATUS=1, FALLS A.OUT VORHANDEN
2946       else
2947          [[ "$init_cmds" != "" ]]  &&  eval $init_cmds
2948          [[ "$module_calls" != "" ]]  &&  eval $module_calls
2949          make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
2950
2951       fi
2952
2953       if [[ $? != 0  ||  "$compile_error" = true  ||  "$module_compile_error" = true ]]
2954       then
2955          printf "\n  +++ error occured while compiling or linking"
2956          locat=compile
2957
2958  # WORKAROUND: REMOVE IF CONSTRUCT LATER, BUT KEEP THE EXIT!
2959#          if [[ $localhost != lcsgib  &&  $localhost != lcsgih ]]
2960#          then
2961             exit
2962#          else
2963#             locat=normal
2964#          fi
2965       else
2966          printf "$striche\n  *** compilation finished \n"
2967       fi
2968    fi
2969
2970
2971       # FALLS NUR TESTWEISE KOMPILIERT WERDEN SOLLTE, IST MRUN JETZT FERTIG
2972    if [[ $local_compile = true ]]
2973    then
2974       cd  $HOME
2975       rm -rf $TEMPDIR
2976       locat=local_compile; exit
2977    fi
2978
2979
2980       # BEREITSTELLEN DER INPUT-DATEIEN
2981       # SCHLEIFE UEBER ALLE VOM BENUTZER ANGEGEBENEN DATEIEN
2982    (( i = 0 ))
2983    while (( i < iin ))
2984    do
2985       (( i = i + 1 ))
2986       if (( i == 1 ))
2987       then
2988          printf "\n\n  *** providing INPUT-files:\n$striche"
2989       fi
2990
2991
2992          # OPTIONALE DATEIEN BEI NICHTVORHANDENSEIN UEBERGEHEN
2993       if [[ "${transin[$i]}" = unavailable ]]
2994       then
2995          if [[ "${extin[$i]}" = ""  ||  "${extin[$i]}" = " " ]]
2996          then
2997             printf "\n  +++ WARNING: input file \"${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}\" "
2998             printf "\n               is not available!"
2999          else
3000             printf "\n  +++ WARNING: input file \"${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}.${extin[$i]}\" "
3001             printf "\n               is not available!"
3002          fi
3003          continue
3004       fi
3005
3006          # PRUEFEN, OB EINZELDATEI ODER DATEI PRO PROZESSOR
3007       files_for_pes=false; datentyp=file
3008       if [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  -n $numprocs ]]
3009       then
3010          files_for_pes=true; datentyp=directory
3011          actionin[$i]=""
3012       elif [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  ! -n $numprocs ]]
3013       then
3014          actionin[$i]=""
3015       elif [[ "${actionin[$i]}" = arpe  &&  -n $numprocs ]]
3016       then
3017          files_for_pes=true; datentyp=directory
3018          actionin[$i]="ar"
3019       elif [[ "${actionin[$i]}" = arpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3020       then
3021          actionin[$i]="ar"
3022       elif [[ "${actionin[$i]}" = flpe  &&  -n $numprocs ]]
3023       then
3024          files_for_pes=true; datentyp=directory
3025          actionin[$i]="fl"
3026       elif [[ "${actionin[$i]}" = flpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3027       then
3028          actionin[$i]="fl"
3029       fi
3030
3031       if [[ $files_for_pes = true ]]
3032       then
3033          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}/....  to  ${localin[$i]}"
3034       else
3035          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}  to  ${localin[$i]}"
3036       fi
3037
3038          # INPUT-DATEI FUER EINEN FORTSETZUNGSLAUF. ES WIRD GEPRUEFT,
3039          # OB DIESE DATEI NOCH AUF DEM TEMPORAEREN DATENKATALOG VORHANDEN
3040          # IST. FALLS NICHT, WIRD VERSUCHT, SIE ANSCHLIESSEND VOM ARCHIV-
3041          # SERVER ZU HOLEN
3042       if [[ "${actionin[$i]}" = fl ]]
3043       then
3044          printf "\n      $datentyp will be fetched from temporary directory \"${tmp_data_catalog}\" !"
3045          if [[ $files_for_pes = false ]]
3046          then
3047             if [[ -f "$tmp_data_catalog/${frelin[$i]}" ]]
3048             then
3049                ln  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
3050                got_tmp[$i]=true
3051             elif [[ -f "$WORK/${frelin[$i]}"  &&  $ignore_archive_error = true ]]
3052             then
3053                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" !"
3054                printf "\n  *** trying to use backup copy in \"$WORK\" "
3055                cp  $WORK/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
3056             else
3057                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" "
3058                printf "\n      or \"$tmp_data_catalog\" does not exist!"
3059                printf "\n  *** trying to get copy from archive"
3060                actionin[$i]=ar
3061             fi
3062          else
3063             if [[ -d "$tmp_data_catalog/${frelin[$i]}" ]]
3064             then
3065                mkdir  ${localin[$i]}
3066                cd $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
3067                for file in $(ls *)
3068                do
3069                   ln $file $TEMPDIR/${localin[$i]}
3070                done
3071                cd $TEMPDIR
3072                got_tmp[$i]=true
3073             elif [[ -d "$WORK/${frelin[$i]}"  &&  $ignore_archive_error = true ]]
3074             then
3075                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" !"
3076                printf "\n  *** trying to use backup copy in \"$WORK\" "
3077                cp -r  $WORK/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
3078             else
3079                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" "
3080                printf "\n      or \"$tmp_data_catalog\" does not exist!"
3081                printf "\n  *** trying to get copy from archive"
3082                actionin[$i]=ar
3083             fi
3084          fi
3085       fi
3086
3087
3088          # DATEI LIEGT AUF ARCHIV-SERVER
3089       if [[ "${actionin[$i]}" = ar ]]
3090       then
3091
3092          if [[ $files_for_pes = false ]]
3093          then
3094             printf "\n      file will be restored from archive-system ($archive_system)!"
3095          else
3096             printf "\n      directory will be restored from archive-system ($archive_system)!"
3097          fi
3098
3099          file_restored=false
3100
3101          if [[ $archive_system = asterix ]]
3102          then
3103             do_stagein=true
3104             (( stagein_anz = 0 ))
3105             while [[ $do_stagein = true ]]
3106             do
3107                if [[ $files_for_pes = false ]]
3108                then
3109                   stagein  -O  ${frelin[$i]}  >  STAGEIN_OUTPUT
3110                else
3111                   stagein  -t  -O  ${frelin[$i]}  >  STAGEIN_OUTPUT
3112                fi
3113                cat  STAGEIN_OUTPUT
3114                if [[ $(grep -c "st.msg:i24"  STAGEIN_OUTPUT) != 0 ]]
3115                then
3116                   file_restored=true
3117                   do_stagein=false
3118                else
3119                   (( stagein_anz = stagein_anz + 1 ))
3120                   if (( stagein_anz == 10 ))
3121                   then
3122                      printf "\n  +++ stagein stoped after 10 tries"
3123                      locat=stage
3124                      exit
3125                   fi
3126                   printf "\n  +++ restoring from archive failed, trying again:"
3127                   sleep 900
3128                fi
3129             done
3130          elif [[ $archive_system = DMF ]]
3131          then
3132             if [[ $files_for_pes = false ]]
3133             then
3134                printf "\n  +++ restoring of single files impossible with $archive_system !\n"
3135                locat=DMF
3136                exit
3137             else
3138                find  $ARCHIVE/${frelin[$i]}  -type m  -print  |  dmget
3139                cp  -r $ARCHIVE/${frelin[$i]}  $PWD
3140                file_restored=true
3141             fi
3142          elif [[ $archive_system = tivoli ]]
3143          then
3144             if [[ $files_for_pes = false ]]
3145             then
3146                if [[ $localhost = lcsgih ]]
3147                then
3148                   ssh  $usern@hicedata.hlrn.de  "cp  $PERM/${frelin[$i]}  $PWD"
3149                else
3150                   ssh  $usern@bicedata.hlrn.de  "cp  $PERM/${frelin[$i]}  $PWD"
3151                fi
3152             else
3153                (( inode = 0 ))
3154                while (( inode < nodes ))
3155                do
3156                   if [[ $localhost = lcsgih ]]
3157                   then
3158                      ssh  $usern@hicedata.hlrn.de  "cd $PWD; tar  xf  $PERM/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar"
3159                   else
3160                      ssh  $usern@bicedata.hlrn.de  "cd $PWD; tar  xf  $PERM/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar"
3161                   fi
3162                   (( inode = inode + 1 ))
3163                done
3164             fi
3165             file_restored=true
3166          elif [[ $archive_system = ut ]]
3167          then
3168             if [[ $files_for_pes = false ]]
3169             then
3170                cp  $UT/${frelin[$i]}  .
3171             else
3172                (( inode = 0 ))
3173                while (( inode < nodes ))
3174                do
3175                   tar  xf  $UT/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar
3176                   (( inode = inode + 1 ))
3177                done
3178             fi
3179             file_restored=true
3180          else
3181             printf "\n  +++ archive_system=\"$archive_system\"   restore impossible!"
3182             locat=rearchive
3183             exit
3184          fi
3185
3186          if [[ $file_restored = true ]]
3187          then
3188
3189                # DATEI AUCH AUF TEMPORAERES DATENVERZEICHNIS LEGEN, DAMIT
3190                # SIE BEI WEITEREN ZUGRIFFEN NOCH VORHANDEN IST
3191             [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog; chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
3192             if [[ $files_for_pes = false ]]
3193             then
3194                ln  -f  ${frelin[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
3195             else
3196                mkdir  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
3197                ln  -f  ${frelin[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
3198             fi
3199             got_tmp[$i]=true
3200
3201                # DATEI UNTER LOKALEM NAMEN ZUR VERFUEGUNG STELLEN
3202             mv  ${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
3203
3204          fi
3205       fi
3206
3207
3208          # DATEI LIEGT IM VOM BENUTZER ANGEGEBENEN VERZEICHNIS
3209       if [[ "${actionin[$i]}" = ""  ||  "${actionin[$i]}" = "di"  ||  "${actionin[$i]}" = "npe" ]]
3210       then
3211
3212          if [[ "${actionin[$i]}" = "npe"  &&  -n $numprocs ]]
3213          then
3214
3215                # DATEI WIRD FUER DIE PROZESSOREN EINES PARALLERECHNERS BEREITGESTELLT
3216             printf "\n      file will be provided for $numprocs processors"
3217             mkdir  ${localin[$i]}
3218             ival=$numprocs
3219             (( ii = 0 ))
3220             while (( ii <= ival-1 ))
3221             do
3222                if (( ii < 10 ))
3223                then
3224                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_000$ii
3225                elif (( ii < 100 ))
3226                then
3227                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_00$ii
3228                elif (( ii < 1000 ))
3229                then
3230                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_0$ii
3231                else
3232                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_$ii
3233                fi
3234                (( ii = ii + 1 ))
3235             done
3236
3237          else
3238
3239             if [[ $files_for_pes = true ]]
3240             then
3241
3242                   # DIE DEN PROZESSOREN EINES PARALLELRECHNERS ZUGEHOERIGEN
3243                   # DATEIEN WERDEN BEREITGESTELLT, INDEM ZUERST DER GESAMTE
3244                   # KATALOGINHALT KOPIERT UND DANN DIE EINZELNEN DATEIEN
3245                   # PER MOVE UMBENANNT WERDEN
3246                printf "\n      providing $numprocs files for the respective processors"
3247                mkdir  ${localin[$i]}
3248                if [[ $link_local_input = true ]]
3249                    then
3250                    printf "      using ln -f\n"
3251                    cd ${absnamein[$i]}
3252                    for file in $(ls *)
3253                      do
3254                      ln -f $file  ${localin[$i]}
3255                    done
3256                    cd $TEMPDIR
3257                fi
3258                # If "ln -f" fails of if "$link_local_input = false" do a normal "cp -r"
3259                if [[ ! -f "${localin[$i]}/_0000" ]]
3260                    then
3261                    if [[ $link_local_input = true ]]
3262                        then
3263                        printf "      ln failed for .../_0000, using cp...\n"
3264                    fi
3265                    cp -r  ${absnamein[$i]}/*  ${localin[$i]}
3266                fi
3267
3268             else
3269                   # BEREITSTELLUNG AUF EINPROZESSORRECHNERN
3270                if [[ $link_local_input = true ]]
3271                then
3272                    printf "      using ln -f\n"
3273                    ln -f  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
3274                fi
3275                # If "ln -f" fails of if "$link_local_input = false" do a normal "cp"
3276                if [[ ! -f "${localin[$i]}" ]]
3277                then
3278                    if [[ $link_local_input = true ]]
3279                    then
3280                        printf "      ln failed, using cp...\n"
3281                    fi
3282                    cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
3283                fi
3284             fi
3285          fi
3286       fi
3287
3288    done
3289    if (( i != 0 ))
3290    then
3291       printf "\n$striche\n  *** all INPUT-files provided \n"
3292    fi
3293
3294
3295       # EVENTUELLE INPUT-KOMMANDOS ABARBEITEN
3296    (( i = 0 ))
3297    while (( i < iic ))
3298    do
3299       (( i = i + 1 ))
3300       if (( i == 1 ))
3301       then
3302          printf "\n\n  *** execution of INPUT-commands:\n$striche"
3303       fi
3304       printf "\n  >>> ${in_command[$i]}"
3305       eval  ${in_command[$i]}
3306       if (( i == iic ))
3307       then
3308          printf "\n$striche\n"
3309       fi
3310    done
3311
3312
3313       # VERBLEIBENDE CPU-ZEIT BERECHNEN
3314    cpurest=${cpumax}.
3315
3316
3317       # START DVR STREAMING SERVER
3318    if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
3319    then
3320       if [[ "$dvr_server" != "" ]]
3321       then
3322
3323          printf "\n\n  *** preparing the dvr streaming server configuration file"
3324
3325             # Check, if a dvr server is already running
3326          running_dvrserver_id=`echo $(ps -edaf | grep .dvrserver.config | grep -v grep) | cut -d" " -f2`
3327          if [[ "$running_dvrserver_id" != "" ]]
3328          then
3329
3330             printf "\n\n  +++ WARNING: A dvr server with id=$running_dvrserver_id is already running!"
3331             printf "\n      This server is used instead starting a new one!"
3332             printf "\n      If required, script \"process_dvr_output\" has to be run manually."
3333
3334          else
3335
3336                # COPY CONFIGURATION FILE FOR STREAMING SERVER FROM REPOSITORY TO HERE
3337             if [[ -f ${PALM_BIN}/.dvrserver.config ]]
3338             then
3339                cp  ${PALM_BIN}/.dvrserver.config  .
3340
3341                   # Entering the BASEDIR, UID and GID into this file
3342                user_id=`id -u`
3343                group_id=`id -g`
3344                   # & is needed as seperator, because TEMPDIR contains /
3345                sed "s&<replace by dvr data directory>&${TEMPDIR}&g" .dvrserver.config > .dvrserver.1
3346                sed "s/<replace by user id>/$user_id/g"    .dvrserver.1 > .dvrserver.2
3347                sed "s/<replace by group id>/$group_id/g"  .dvrserver.2 > .dvrserver.3
3348                mv  .dvrserver.3  .dvrserver.config
3349                rm  .dvrserver.1  .dvrserver.2
3350
3351                   # Start dvr server in background, get his id and print on terminal
3352                $dvr_server  .dvrserver.config  >>  DVR_LOGFILE  2>&1  &
3353                dvrserver_id=`echo $(ps -edaf | grep .dvrserver.config) | cut -d" " -f2`
3354                printf "\n  *** streaming server with id=$dvrserver_id is started in background"
3355                local_dvrserver_running=.TRUE.
3356             else
3357                printf "\n  +++ missing file \".dvrserver.config\" in directory:"
3358                printf "\n      \"$PALM_BIN\" "
3359                locat=dvr
3360                exit
3361             fi
3362
3363          fi
3364
3365       else
3366          printf "\n\n  --- INFORMATIVE: no dvr streaming server will be started"
3367       fi
3368    fi
3369
3370
3371       # NAMELIST-DATEI MIT WERTEN VON ENVIRONMENT-VARIABLEN ERZEUGEN (ZU
3372       # LESEN VON PALM)
3373    cat  >  ENVPAR  <<  %%END%%
3374 &envpar  run_identifier = '$fname', host = '$localhost',
3375          write_binary = '$write_binary', tasks_per_node = $tasks_per_node,
3376          maximum_parallel_io_streams = $maximum_parallel_io_streams,
3377          maximum_cpu_time_allowed = ${cpumax}.,
3378          revision = '$global_revision',
3379          local_dvrserver_running = $local_dvrserver_running /
3380
3381%%END%%
3382
3383
3384       # PROGRAMMSTART
3385    printf "\n\n  *** execution starts in directory\n      \"`pwd`\"\n$striche\n"
3386    PATH=$PATH:$TEMPDIR
3387
3388       # MPI debug option (argument checking, slows down execution due to increased latency)
3389    if [[ "$mpi_debug" = true ]]
3390    then
3391       export MPI_CHECK_ARGS=1
3392       printf "\n  +++ MPI_CHECK_ARGS=$MPI_CHECK_ARGS"
3393    fi
3394
3395    if [[ "$totalview" = true ]]
3396    then
3397       printf "\n *** totalview debugger will be used"
3398       tv_opt="-tv"
3399    else
3400       tv_opt=""
3401    fi
3402
3403    if [[ "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ]]
3404    then
3405       if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
3406       then
3407          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-5) != lcsgi ]]
3408          then
3409             printf "\n  +++ debug is allowed in interactive mode only"
3410             locat=debug
3411             exit
3412          fi
3413       fi
3414       if [[ $localhost = decalpha ]]
3415       then
3416          dxladebug  a.out
3417       elif [[ $localhost = ibmh ]]
3418       then
3419
3420             # SETUP THE IBM MPI ENVIRONMENT
3421          export MP_SHARED_MEMORY=yes
3422          export AIXTHREADS_SCOPE=S
3423          export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3424          export AUTHSTATE=files
3425          export XLFRTEOPTS="nlwidth=132:err_recovery=no"    # RECORD-LENGTH OF NAMELIST-OUTPUT
3426
3427             # FOLLOWING OPTIONS ARE MANDATORY FOR TOTALVIEW
3428          export MP_ADAPTER_USE=shared
3429          export MP_CPU_USE=multiple
3430          export MP_TIMEOUT=1200
3431
3432          unset  MP_TASK_AFFINITY
3433
3434             # SO FAR, TOTALVIEW NEEDS HOSTFILE MECHANISM FOR EXECUTION
3435          #(( ii = 1 ))
3436          #while (( ii <= $numprocs ))
3437          #do
3438          #   echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3439          #   (( ii = ii + 1 ))
3440          #done
3441          #export MP_HOSTFILE=hostfile
3442
3443          if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
3444          then
3445             totalview   poe  a.out  $ROPTS
3446          else
3447             echo totalview   poe  -a a.out  -procs $numprocs  -rmpool 0  -nodes 1   $ROPTS
3448             export TVDSVRLAUNCHCMD=ssh
3449             totalview   poe  -a a.out  -procs $numprocs  -rmpool 0  -nodes 1   $ROPTS
3450          fi
3451       elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-5) = lcsgi ]]
3452       then
3453             # CURRENTLY NO DEBUGGER ON LCSGI
3454          if [[ $run_coupled_model = true ]]
3455          then
3456             printf "\n  +++ no debug in coupled mode available on \"$localhost\" "
3457             locat=debug
3458             exit
3459          else
3460             echo "no_coupling"  >  runfile_atmos
3461          fi
3462          (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3463          export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3464          echo "OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"
3465          if [[ $threads_per_task != 1 ]]
3466          then
3467             printf "\n      threads per task: $threads_per_task"
3468          fi
3469          printf "\n\n"
3470          if [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mpt ]]
3471          then
3472#             export MPI_LAUNCH_TIMEOUT=360
3473             if [[ "$totalview" = true ]]
3474             then
3475                printf "\n     running totalview debugger"
3476                mpiexec_mpt $tv_opt -n $ii   ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3477             else
3478                mpiexec_mpt -np $ii   ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3479             fi
3480          elif [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mva ]]
3481          then
3482#             ulimit -s 300000   # A too large stack size causes problems
3483#             export MV2_NUM_PORTS=2
3484#             export MV2_CPU_MAPPING=0:1:2:3
3485             if [[ "$totalview" = true ]]
3486             then
3487                printf "\n     running totalview debugger"
3488                mpiexec $tv_opt ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3489             else
3490                mpiexec    ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3491             fi
3492          fi
3493       else
3494          printf "\n  +++ no debug available on \"$localhost\" "
3495          printf "\n      or not implemented in mrun so far"
3496          locat=debug
3497          exit
3498       fi
3499
3500       # end debug mode
3501    else
3502
3503          # normal execution
3504       if [[ -n $numprocs ]]
3505       then
3506             # RUNNING THE PROGRAM ON PARALLEL MACHINES
3507          if [[ $(echo $host | cut -c1-3) = ibm ]]
3508          then
3509                # SETUP THE IBM MPI ENVIRONMENT
3510             if [[ $host != ibmh  &&  $host != ibmkisti ]]
3511             then
3512                export MP_SHARED_MEMORY=yes
3513                export AIXTHREAD_SCOPE=S
3514                export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3515                export XLSMPOPTS="spins=0:yields=0:stack=20000000"
3516                export AUTHSTATE=files
3517                export XLFRTEOPTS="nlwidth=132:err_recovery=no"    # RECORD-LENGTH OF NAMELIST-OUTPUT
3518                #  export MP_PRINTENV=yes
3519
3520                   # TUNING-VARIABLEN ZUR VERBESSERUNG DER KOMMUNIKATION
3521                   # ZEIGEN ABER DERZEIT (SEP 04, FEDERATION) KAUM WIRKUNG
3522                export MP_WAIT_MODE=poll
3523                [[ $node_usage = not_shared ]]  &&  export MP_SINGLE_THREAD=yes
3524             fi
3525
3526             if [[ $host = ibmkisti ]]
3527             then
3528                export LANG=en_US
3529                export MP_SHARED_MEMORY=yes
3530                if [[ $threads_per_task = 1 ]]
3531                then
3532                   export MP_SINGLE_THREAD=yes
3533                   export MEMORY_AFFINITY=MCM
3534                else
3535                   export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3536                fi
3537             fi
3538
3539             if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
3540             then
3541                printf "\n--- Control: OMP_NUM_THREADS = \"$OMP_NUM_THREADS\" \n"
3542                if [[ "$cond1" = hpmcount  ||  "$cond2" = hpmcount ]]
3543                then
3544                   /opt/optibm/HPM_2_4_1/bin/hpmcount  a.out  $ROPTS
3545                else
3546                   if [[ $run_coupled_model = false ]]
3547                   then
3548                      if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3549                      then
3550                         echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3551                      else
3552                         echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3553                      fi
3554                   else
3555                      (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3556                      (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3557                      printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3558                      printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3559                      printf "\n\n"
3560                      echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3561                   fi
3562                   poe ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos
3563                fi
3564             else
3565                if [[ $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibms ]]
3566                then
3567                   poe  a.out  -procs $numprocs  -nodes 1  -rmpool 0  $ROPTS
3568                elif [[ $localhost = ibmkisti  ||  $localhost = ibmku  ||  $localhost = ibmy ]]
3569                then
3570                   if [[ -f $hostfile ]]
3571                   then
3572                      cp  $hostfile  hostfile
3573                   else
3574                      (( ii = 1 ))
3575                      while (( ii <= $numprocs ))
3576                      do
3577                         echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3578                         (( ii = ii + 1 ))
3579                      done
3580                   fi
3581                   export MP_HOSTFILE=hostfile
3582                   if [[ $run_coupled_model = false ]]
3583                   then
3584                      if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3585                      then
3586                         echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3587                      else
3588                         echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3589                      fi
3590                   else
3591                      (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3592                      (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3593                      printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3594                      printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3595                      printf "\n\n"
3596                      echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3597                   fi
3598                   if [[ $localhost = ibmy ]]
3599                   then
3600                      ./a.out  -procs $tasks_per_node  $ROPTS  <  runfile_atmos
3601                   else
3602                      poe  ./a.out  -procs $numprocs $ROPTS  <  runfile_atmos
3603                   fi
3604
3605                else
3606                   if [[ "$host_file" = "" ]]
3607                   then
3608                      printf "\n  +++ no hostfile given in configuration file"
3609                      locat=config_file
3610                      exit
3611                   else
3612                      eval host_file=$host_file
3613                   fi
3614                   export MP_HOSTFILE=$host_file
3615                   poe  a.out  -procs $numprocs  -tasks_per_node $numprocs  $ROPTS
3616                fi
3617             fi
3618          elif [[ $host = nech  ||  $host = necriam ]]
3619          then
3620             (( ii = nodes ))
3621             if [[ $ii = 1 ]]
3622             then
3623                export F_ERRCNT=0        # acceptable number of errors before program is stopped
3624                export MPIPROGINF=YES
3625                #  export F_TRACE=YES|FMT1|FMT2  # output of ftrace informations to job protocol
3626                echo "*** execution on single node with mpirun"
3627                mpirun  -np $numprocs  ./a.out  $ROPTS
3628             else
3629                (( i = 0 ))
3630                while (( i < ii ))
3631                do
3632                   echo "-h $i  -p $tasks_per_node  -e ./mpi_exec_shell"  >>  multinode_config
3633                   (( i = i + 1 ))
3634                done
3635
3636                echo "#!/bin/sh"                         >   mpi_exec_shell
3637                echo " "                                 >>  mpi_exec_shell
3638                echo "set -u"                            >>  mpi_exec_shell
3639                echo "F_ERRCNT=0"                        >>  mpi_exec_shell
3640                echo "MPIPROGINV=YES"                    >>  mpi_exec_shell
3641                echo "OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task" >>  mpi_exec_shell
3642                echo "cpurest=$cpurest"                  >>  mpi_exec_shell
3643                echo "fname=$fname"                      >>  mpi_exec_shell
3644                echo "localhost=$localhost"              >>  mpi_exec_shell
3645                echo "return_addres=$return_addres"      >>  mpi_exec_shell
3646                echo "return_username=$return_username"  >>  mpi_exec_shell
3647                echo "tasks_per_node=$tasks_per_node"    >>  mpi_exec_shell
3648                echo "write_binary=$write_binary"        >>  mpi_exec_shell
3649                echo "use_seperate_pe_for_dvrp_output=$use_seperate_pe_for_dvrp_output"  >>  mpi_exec_shell
3650                echo "  "                                >>  mpi_exec_shell
3651                echo "export F_ERRCNT"                   >>  mpi_exec_shell
3652                echo "export MPIPROGINV"                 >>  mpi_exec_shell
3653                echo "export OMP_NUM_THREADS"            >>  mpi_exec_shell
3654                echo "export cpurest"                    >>  mpi_exec_shell
3655                echo "export fname"                      >>  mpi_exec_shell
3656                echo "export localhost"                  >>  mpi_exec_shell
3657                echo "export return_addres"              >>  mpi_exec_shell
3658                echo "export return_username"            >>  mpi_exec_shell
3659                echo "export tasks_per_node"             >>  mpi_exec_shell
3660                echo "export write_binary"               >>  mpi_exec_shell
3661                echo "export use_seperate_pe_for_dvrp_output"  >>  mpi_exec_shell
3662                echo " "                                 >>  mpi_exec_shell
3663                echo "exec  ./a.out"                     >>  mpi_exec_shell
3664
3665                chmod u+x  mpi_exec_shell
3666                export MPIPROGINF=YES
3667                mpirun  -f multinode_config  &
3668                wait
3669
3670             fi
3671          elif [[ $(echo $host | cut -c1-2) = lc  &&  $host != lckyoto &&  $host != lctit ]]
3672          then
3673
3674                # COPY HOSTFILE FROM SOURCE DIRECTORY OR CREATE IT, IF IT
3675                # DOES NOT EXIST
3676             if [[ $host != lcsgih  &&  $host != lcsgib ]]
3677             then
3678                if [[ -f $hostfile ]]
3679                then
3680                   cp  $hostfile  hostfile
3681                   (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3682                else
3683                   (( ii = 1 ))
3684                   while (( ii <= $numprocs / $threads_per_task ))
3685                   do
3686                      echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3687                      (( ii = ii + 1 ))
3688                   done
3689                fi
3690                eval zeile=\"`head -n $ii  hostfile`\"
3691                printf "\n  *** running on: $zeile"
3692             fi
3693
3694             (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3695             export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3696             # echo "*** OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"
3697             if [[ $threads_per_task != 1 ]]
3698             then
3699                   # increase stack size to unlimited, because large runs
3700                   # may abort otherwise
3701                ulimit -Ss unlimited
3702                printf "\n      threads per task: $threads_per_task  stacksize: unlimited"
3703             fi
3704             if [[ $run_coupled_model = false ]]
3705             then
3706                if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3707                then
3708                   echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3709                else
3710                   echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3711                fi
3712                printf "\n\n"
3713                if [[ $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib ]]
3714                then
3715                   if [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mpt ]]
3716                   then
3717                          # MPI_DSM_DISTRIBUTE not necessary when MPI_DSM_CPULIST is set
3718                          # export MPI_DSM_DISTRIBUTE=1
3719                          # MPI_DSM_CPULIST: pin MPI processes to cores
3720                      if [[ $use_openmp = false ]]
3721                      then
3722                         if [[ "$sgi_feature" = ice2 ]]
3723                         then
3724                            export MPI_DSM_CPULIST="0,4,1,5,2,6,3,7:allhosts"
3725                         else
3726                            export MPI_DSM_CPULIST="0,1,4,5,2,3,6,7:allhosts"
3727                         fi
3728                      else
3729                         unset MPI_DSM_CPULIST
3730                      fi
3731                          # MPI_IB_RAILS: use both IB rails on ICE2
3732                      export MPI_BUFS_PER_HOST=512
3733                      export MPI_IB_RAILS=2
3734                          # NECESSARY, IF MORE THAN 4096 PEs ARE USED
3735                      export MPI_CONNECTIONS_THRESHOLD=8192
3736                  #    echo "*** MPI_DSM_CPULIST=$MPI_DSM_CPULIST"
3737                      export MPI_TYPE_DEPTH=20
3738                  #    echo "*** MPI_TYPE_DEPTH=$MPI_TYPE_DEPTH"
3739                      export MPI_GROUP_MAX=64
3740                  #    echo "*** MPI_GROUP_MAX=$MPI_GROUP_MAX"
3741                      if [[ $use_openmp = true ]]
3742                      then
3743                         echo " mpiexec -npernode $tasks_per_node  ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos"
3744                         mpiexec -npernode $tasks_per_node $tv_opt ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos
3745                      else
3746                         mpiexec_mpt -np $ii $tv_opt  ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3747                      fi
3748
3749                          # next is test for openmp usage
3750                  #     echo "mpiexec -npernode $tasks_per_node  ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos"
3751                  #     mpiexec -npernode $tasks_per_node  ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3752                   elif [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mva ]]
3753                   then
3754                      export MV2_NUM_PORTS=2
3755                      #  The default setting of MV2_CPU_MAPPING gives best results
3756                      # export MV2_ENABLE_AFFINITY=1
3757                      #  export MV2_CPU_MAPPING=0,1,4,5,2,3,6,7
3758               #       if [[ "$sgi_feature" = ice2 ]]
3759               #       then
3760               #          export MV2_CPU_MAPPING=0,4,1,5,2,6,3,7
3761               #       else
3762               #          export MV2_CPU_MAPPING=0,1,4,5,2,3,6,7
3763               #       fi
3764                      if [[ $use_openmp = true ]]
3765                      then
3766                         unset MV2_CPU_MAPPING
3767                         export MV2_ENABLE_AFFINITY=0
3768                      fi
3769                      echo "*** MV2_CPU_MAPPING=$MV2_CPU_MAPPING"
3770                      echo "*** MV2_ENABLE_AFFINITY=$MV2_ENABLE_AFFINITY"
3771                      if [[ $use_openmp = true ]]
3772                      then
3773                         echo " mpiexec -npernode $tasks_per_node  ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos"
3774                         mpiexec -npernode $tasks_per_node $tv_opt ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos
3775                      else
3776                         mpiexec -np $ii $tv_opt ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3777                      fi
3778                   elif [[ "$mpilib" = impi ]]
3779                   then
3780                      echo "mpirun -np $tasks_per_node inspxe-cl -r result -collect mi3 -- ./a.out  <  runfile_atmos"
3781                      mpirun -np $tasks_per_node inspxe-cl -r result -collect mi3 -- ./a.out  <  runfile_atmos
3782                   fi
3783                elif [[ $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3784                then
3785                    aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3786                elif [[ $host = lcflow ]]
3787                then
3788                   mpiexec  -machinefile $TMPDIR/machines  -n $ii  -env I_MPI_FABRICS shm:ofa a.out  < runfile_atmos  $ROPTS
3789                else
3790                   mpiexec  -machinefile hostfile  -n $ii  a.out  < runfile_atmos  $ROPTS
3791                fi
3792             else
3793
3794                    # currently there is no full MPI-2 support on ICE and XT4
3795                (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3796                (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3797                printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3798                printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3799                printf "\n\n"
3800
3801                if [[ $coupled_mode = "mpi2" ]]
3802                then
3803                   echo "atmosphere_to_ocean $iia $iio"  >  runfile_atmos
3804                   echo "ocean_to_atmosphere $iia $iio"  >  runfile_ocean
3805                   if [[ $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib ]]
3806                   then
3807
3808                      if [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mpt ]]
3809                      then
3810#                         export MPI_LAUNCH_TIMEOUT=360
3811                         mpiexec_mpt -np $iia  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos &
3812                         mpiexec_mpt -np $iio  ./a.out  $ROPTS < runfile_ocean &
3813                      elif [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mva ]]
3814                      then
3815#                         ulimit -s 300000   # A too large stack size causes problems
3816#                         export MV2_NUM_PORTS=2
3817#                         export MV2_CPU_MAPPING=0:1:2:3
3818                         mpiexec -n $iia  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos &
3819                         mpiexec -n $iio  ./a.out  $ROPTS < runfile_ocean &
3820                      fi
3821
3822                   elif [[ $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3823                   then
3824
3825                      aprun  -n $iia  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_atmos  $ROPTS  &
3826                      aprun  -n $iio  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_ocean  $ROPTS  &
3827
3828                   else
3829                          # WORKAROUND BECAUSE mpiexec WITH -env option IS NOT AVAILABLE ON SOME SYSTEMS
3830                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iia  a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos &
3831                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iio  a.out  $ROPTS  <  runfile_ocean &
3832#                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iia  -env coupling_mode atmosphere_to_ocean  a.out  $ROPTS  &
3833#                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iio  -env coupling_mode ocean_to_atmosphere  a.out  $ROPTS  &
3834                   fi
3835                   wait
3836
3837                else
3838
3839                   echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3840                   if [[ $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib ]]
3841                   then
3842
3843                      if [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mpt ]]
3844                      then
3845#                         export MPI_LAUNCH_TIMEOUT=360
3846                         mpiexec_mpt -np $ii  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos
3847                      elif [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mva ]]
3848                      then
3849#                         ulimit -s 300000   # A too large stack size causes problems
3850#                         export MV2_NUM_PORTS=2
3851#                         export MV2_CPU_MAPPING=0:1:2:3
3852                         mpiexec  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos
3853                      fi
3854
3855                   elif [[ $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3856                   then
3857
3858                      aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_atmos  $ROPTS
3859
3860                   elif [[ $host = lck || $host = lckordi ]]
3861                   then
3862                         mpiexec -n $ii  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos &
3863                   fi
3864                   wait
3865                fi
3866
3867             fi
3868          elif [[ $host = decalpha ]]
3869          then
3870             dmpirun  -np $numprocs  a.out  $ROPTS
3871          elif [[ $host = lckyoto ]]
3872          then
3873             set -xv
3874             export P4_RSHCOMMAND=plesh
3875             echo "     P4_RSHCOMMAND = $P4_RSHCOMMAND"
3876             if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
3877             then
3878                if [[ "$cond2" = fujitsu ]]
3879                then
3880                   mpiexec  -n $numprocs  ./a.out  $ROPTS  # for fujitsu-compiler
3881                elif [[ "cond2" = pgi ]]
3882                then
3883                   mpirun  -np $numprocs  -machinefile ${QSUB_NODEINF}  ./a.out  $ROPTS
3884                else
3885                   mpirun_rsh -np $numprocs -hostfile ${QSUB_NODEINF} MV2_USE_SRQ=0 ./a.out ${ROPTS} || /bin/true
3886                fi
3887             else
3888                if [[ "$cond2" = "" ]]
3889                then
3890                   mpiruni_rsh -np $numprocs ./a.out  $ROPTS  # for intel
3891                else
3892                   mpirun  -np $numprocs  ./a.out  $ROPTS
3893                fi
3894             fi
3895             set +xv
3896          elif [[ $host = lctit ]]
3897          then
3898             export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3899             echo "OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"
3900             if [[ "$threads_per_task" != 1 ]]
3901             then
3902                export MV2_ENABLE_AFFINITY=0
3903             fi
3904             echo "----- PBS_NODEFILE content:"
3905             cat $PBS_NODEFILE
3906             echo "-----"
3907             (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3908             echo "mpirun  -np $ii  -hostfile $PBS_NODEFILE ./a.out  $ROPTS"
3909             mpirun  -np $ii  -hostfile $PBS_NODEFILE ./a.out  $ROPTS
3910          else
3911             mpprun  -n $numprocs  a.out  $ROPTS
3912          fi
3913          [[ $? != 0 ]]  &&  execution_error=true
3914
3915
3916             # PERFORMANCE-AUSWERTUNG MIT APPRENTICE
3917          if [[ "$cond1" = apprentice  ||  "$cond2" = apprentice ]]
3918          then
3919             apprentice
3920          fi
3921       else
3922          a.out  $ROPTS
3923       fi
3924    fi
3925    if [[ $? != 0  ||  $execution_error = true ]]
3926    then
3927
3928          # ABBRUCH BEI LAUFZEITFEHLER
3929#       [[ ! ( "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ) ]]  &&  cat  aout_output*
3930       printf "\n  +++ runtime error occured"
3931       locat=execution
3932       exit
3933    else
3934#       [[ ! ( "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ) ]]  &&  cat  aout_output*
3935       printf "\n$striche\n  *** execution finished \n"
3936
3937          # Stop the dvr streaming server and process the dvr output in order
3938          # to create dvrs- and html-files containing all streams
3939       if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
3940       then
3941          kill $dvrserver_id
3942          printf "\n  *** dvr server with id=$dvrserver_id has been stopped"
3943
3944             # If there is a directory, data have been output by the
3945             # streaming server. Otherwise, user has chosen dvrp_output=local
3946          if [[ -d DATA_DVR ]]
3947          then
3948
3949                # Add the current dvr configuration file to the dvr output
3950                # directory
3951             cp  .dvrserver.config  DATA_DVR
3952
3953                # Process the dvr output (option -s for also generating
3954                # sequence mode data)
3955             process_dvr_output  -d DATA_DVR  -f $fname  -s
3956
3957          else
3958
3959                # Process the local output
3960             process_dvr_output  -l  -d DATA_DVR  -f $fname
3961
3962          fi
3963
3964       elif [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
3965       then
3966
3967             # Process dvr output generated in local mode (dvrp_output=local)
3968          process_dvr_output  -l  -d DATA_DVR  -f $fname
3969
3970       fi
3971    fi
3972
3973
3974
3975       # Call of combine_plot_fields in order to merge single files written
3976       # by each PE into one file.
3977   if [[ ! -f ${PALM_BIN}/combine_plot_fields${block}.x ]]
3978   then
3979      printf "\n\n\n  +++ WARNING: no combine_plot_fields found for given block \"$cond1 $cond2\""
3980      printf "\n      2d- and/or 3d-data may be incomplete!"
3981      printf "\n      Run \"mbuild -u -h $localhost\" to generate utilities for this block.\n"
3982   elif [[ "$combine_plot_fields" == true ]]
3983   then
3984      printf "\n\n\n *** post-processing: now executing \"combine_plot_fields${block}.x\" ..."
3985      combine_plot_fields${block}.x
3986   else
3987#     Temporary solution to skip combine_plot_fields. This is necessary in case of huge amount of
3988#     data output. To do: extend this branch by creating a batch job for combine_plot_fields.
3989      printf "\n\n\n *** post-processing: skipping combine_plot_fields (-Z option set) ..."
3990   fi
3991
3992
3993
3994       # EVENTUELLE OUTPUT-KOMMANDOS ABARBEITEN
3995    (( i = 0 ))
3996    while (( i < ioc ))
3997    do
3998       (( i = i + 1 ))
3999       if (( i == 1 ))
4000       then
4001          printf "\n\n  *** execution of OUTPUT-commands:\n$striche"
4002       fi
4003       printf "\n  >>> ${out_command[$i]}"
4004       eval  ${out_command[$i]}
4005       if (( i == ioc ))
4006       then
4007          printf "\n$striche\n"
4008       fi
4009    done
4010
4011
4012       # EVTL. INHALT DES AKTUELLEN VERZEICHNISSES AUSGEBEN
4013    if [[ $do_trace = true ]]
4014    then
4015       printf "\n\n"
4016       ls -al
4017    fi
4018
4019
4020
4021       # OUTPUT-DATEIEN AN IHRE ZIELORTE KOPIEREN
4022    (( i = 0 ))
4023    while (( i < iout ))
4024    do
4025       (( i = i + 1 ))
4026       if (( i == 1 ))
4027       then
4028          printf "\n\n  *** saving OUTPUT-files:\n$striche"
4029       fi
4030
4031          # PRUEFEN, OB EINZELDATEI ODER DATEI PRO PROZESSOR
4032       files_for_pes=false; filetyp=file
4033       if [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  -n $numprocs ]]
4034       then
4035          files_for_pes=true; filetyp=directory
4036          actionout[$i]=""
4037       elif [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  ! -n $numprocs ]]
4038       then
4039          actionout[$i]=""
4040       elif [[ "${actionout[$i]}" = arpe  &&  -n $numprocs ]]
4041       then
4042          files_for_pes=true; filetyp=directory
4043          actionout[$i]="ar"
4044       elif [[ "${actionout[$i]}" = arpe  &&  ! -n $numprocs ]]
4045       then
4046          actionout[$i]="ar"
4047       elif [[ "${actionout[$i]}" = flpe  &&  -n $numprocs ]]
4048       then
4049          files_for_pes=true; filetyp=directory
4050          actionout[$i]="fl"
4051       elif [[ "${actionout[$i]}" = flpe  &&  ! -n $numprocs ]]
4052       then
4053          actionout[$i]="fl"
4054       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  -n $numprocs ]]
4055       then
4056          files_for_pes=true; filetyp=directory
4057          actionout[$i]="tr"
4058       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  ! -n $numprocs ]]
4059       then
4060          actionout[$i]="tr"
4061       fi
4062
4063       if [[ ! -f ${localout[$i]}  &&  $files_for_pes = false ]]
4064       then
4065          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}  does not exist\n"
4066       elif [[ ! -d ${localout[$i]}  &&  $files_for_pes = true ]]
4067       then
4068          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}/....  does not exist\n"
4069       else
4070
4071
4072             # KOPIEREN PER FTP/SCP (IMMER IM BINAERMODUS, -M: FALLS ZIELKATALOG
4073             # NICHT VORHANDEN, WIRD VERSUCHT, IHN ANZULEGEN), ABER NUR BEI
4074             # REMOTE-RECHNUNGEN
4075          if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
4076          then
4077             if [[ $localhost != $fromhost ]]
4078             then
4079                if [[ $files_for_pes = false ]]
4080                then
4081                   cps=""
4082                   cst=""
4083                else
4084                   cps=-c
4085                   cst="/"
4086                fi
4087                if [[ $localhost = nech ]]
4088                then
4089
4090                      # TRANSFER IN EIGENSTAENDIGEM JOB
4091                      # ZUERST KOPIE DER DATEI INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
4092                   [[ ! -d $tmp_data_catalog/TRANSFER ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog/TRANSFER
4093                   file_to_transfer=${fname}_${localout[$i]}_to_transfer_$kennung
4094                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4095                   then
4096                      ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
4097                   else
4098                      mkdir  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
4099                      ln  ${localout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
4100                   fi
4101
4102                   echo "set -x"                                    >    transfer_${localout[$i]}
4103                   echo "cd  $tmp_data_catalog/TRANSFER"            >>   transfer_${localout[$i]}
4104
4105                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}$cst  by SCP in seperate job to"
4106                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}$cst"
4107                   printf "\n              or higher cycle\n"
4108                   echo "batch_scp $cps -b -m -u $return_username $return_addres  $file_to_transfer \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"  >>  transfer_${localout[$i]}
4109
4110                   echo "[[ \$? = 0 ]]  &&  rm  $file_to_transfer"  >>  transfer_${localout[$i]}
4111
4112                   if [[ $localhost = nech ]]
4113                   then
4114                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 900  transfer_${localout[$i]}
4115                   else
4116                      if [[ "$LOGNAME" = b323013 ]]
4117                      then
4118                         subjob  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  transfer_${localout[$i]}
4119                      else
4120                         subjob  -d  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  transfer_${localout[$i]}
4121                      fi
4122                   fi
4123
4124                else
4125
4126                      # TRANSFER INNERHALB DIESES JOBS
4127                   transfer_failed=false
4128                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}$cst  by SCP to"
4129                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}$cst\n"
4130                   batch_scp $cps -b -m -u $return_username $return_addres  ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
4131                   [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
4132
4133                      # BEI FEHLGESCHLAGENEM TRANSFER SICHERUNGSKOPIE AUF
4134                      # LOKALER MASCHINE ANLEGEN
4135                   if [[ $transfer_failed = true ]]
4136                   then
4137                      printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on the local host under:\n"
4138                      printf "      ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung\n"
4139
4140                         # ERSTMAL PRUEFEN, OB VERZEICHNIS EXISTIERT. GEGEBENENFALLS
4141                         # ANLEGEN.
4142                      eval  local_catalog=${pathout[$i]}
4143                      if [[ ! -d $local_catalog ]]
4144                      then
4145                         printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
4146                         printf "      $local_catalog \n"
4147                         mkdir -p  $local_catalog
4148                      fi
4149                      eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung
4150                      transfer_problems=true
4151                   fi
4152                fi
4153             else
4154
4155                   # WERTZUWEISUNG, SO DASS WEITER UNTEN NUR KOPIERT WIRD
4156                actionout[$i]=""
4157             fi
4158          fi
4159
4160
4161             # APPEND PER FTP/SCP (IMMER IM BINAERMODUS, -M: FALLS ZIELKATALOG
4162             # NICHT VORHANDEN, WIRD VERSUCHT, IHN ANZULEGEN), ABER NUR BEI
4163             # REMOTE-RECHNUNGEN
4164          if [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
4165          then
4166             if [[ $localhost != $fromhost ]]
4167             then
4168                if [[ $localhost = ibmh  ||  $localhost = nech ]]
4169                then
4170
4171                      # TRANSFER IN EIGENSTAENDIGEM JOB
4172                      # ZUERST KOPIE DER DATEI INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
4173                   [[ ! -d $tmp_data_catalog/TRANSFER ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog/TRANSFER
4174                   file_to_transfer=${fname}_${localout[$i]}_to_transfer_$kennung
4175                   ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
4176
4177                   echo "set -x"                                    >    transfer_${localout[$i]}
4178                   echo "cd  $tmp_data_catalog/TRANSFER"            >>   transfer_${localout[$i]}
4179
4180                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append by SCP in seperate job to"
4181                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}"
4182                   printf "\n              or higher cycle\n"
4183                   echo "batch_scp -A -b -m -u $return_username $return_addres  $file_to_transfer \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"  >>  transfer_${localout[$i]}
4184
4185                   echo "[[ \$? = 0 ]]  &&  rm  $file_to_transfer"  >>  transfer_${localout[$i]}
4186
4187                   if [[ $localhost = nech ]]
4188                   then
4189                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 900  transfer_${localout[$i]}
4190                   else
4191                      if [[ $LOGNAME = b323013 ]]
4192                      then
4193                         subjob  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  transfer_${localout[$i]}
4194                      else
4195                         subjob  -d  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  transfer_${localout[$i]}
4196                      fi
4197                   fi
4198
4199                else
4200
4201                      # TRANSFER INNERHALB DIESES JOBS
4202                   transfer_failed=false
4203                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append by SCP to"
4204                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}\n"
4205                   batch_scp -A -b -m -u $return_username  $return_addres ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
4206                   [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
4207
4208                      # BEI FEHLGESCHLAGENEM TRANSFER SICHERUNGSKOPIE AUF
4209                      # LOKALER MASCHINE ANLEGEN
4210                   if [[ $transfer_failed = true ]]
4211                   then
4212                      printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on the local host under:\n"
4213                      printf "      ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung\n"
4214
4215                         # ERSTMAL PRUEFEN, OB VERZEICHNIS EXISTIERT. GEGEBENENFALLS
4216                         # ANLEGEN
4217                      eval  local_catalog=${pathout[$i]}
4218                      if [[ ! -d $local_catalog ]]
4219                      then
4220                         printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
4221                         printf "      $local_catalog \n"
4222                         mkdir -p  $local_catalog
4223                      fi
4224
4225                      eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung
4226                      transfer_problems=true
4227                   fi
4228                fi
4229             else
4230
4231                   # WERTZUWEISUNG, SO DASS WEITER UNTEN NUR APPEND AUF
4232                   # LOKALER MASCHINE DURCHGEFUEHRT WIRD
4233                actionout[$i]=a
4234             fi
4235          fi
4236
4237
4238             # OUTPUT-DATEI FUER EINEN FORTSETZUNGSLAUF. DATEI WIRD PER
4239             # LINK AUF DEN TEMPORAEREN DATENKATALOG GELEGT. OPTION -f WIRD
4240             # VERWENDET, FALLS DORT NOCH EINE DATEI GLEICHEN NAMENS VORHANDEN
4241             # SEIN SOLLTE. ANSCHLIESSEND WIRD SEINE ARCHIVIERUNG ANGESTOSSEN
4242          if [[ "${actionout[$i]}" = fl ]]
4243          then
4244             [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
4245             chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
4246             if [[ $files_for_pes = false ]]
4247             then
4248                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to"
4249                printf "\n              $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} (temporary data catalog)\n"
4250                ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4251             else
4252                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/....  to"
4253                printf "\n              $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} (temporary data catalog)\n"
4254                mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4255                cd ${localout[$i]}
4256                for file in $(ls *)
4257                do
4258                   ln -f $file $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4259                done
4260                cd $TEMPDIR
4261             fi
4262
4263
4264                # ARCHIVIERUNGSJOB WIRD ERZEUGT UND ABGESCHICKT
4265             if [[ $store_on_archive_system = true ]]
4266             then
4267
4268                if [[ $archive_system = asterix ]]
4269                then
4270                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                      >> archive_${frelout[$i]}
4271                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4272                   then
4273                      echo "stageout  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT${i}_$kennung" >> archive_${frelout[$i]}
4274                   else
4275                      echo "stageout -t  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT${i}_$kennung" >> archive_${frelout[$i]}
4276                   fi
4277                   echo "cat  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung"               >> archive_${frelout[$i]}
4278                   echo "if [[ \$(grep -c \"st.msg:150\"  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung) != 0 ]]" >> archive_${frelout[$i]}
4279                   echo "then"                                       >> archive_${frelout[$i]}
4280                   echo "   do_stageout=false"                       >> archive_${frelout[$i]}
4281                   echo "else"                                       >> archive_${frelout[$i]}
4282                   echo "   echo \"  +++ $filetyp ${frelout[$i]}  could not be stored on archive-system\" " >> archive_${frelout[$i]}
4283                   echo "   cat  /dev/null  >  ~/job_queue/ARCHIVE_ERROR_$fname" >> archive_${frelout[$i]}
4284                   echo "   cat  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung  >  ~/job_queue/archive_${frelout[$i]}_error" >> archive_${frelout[$i]}
4285                   echo "   echo \"  *** $filetyp ${frelout[$i]} will be copied to \$WORK as backup\" " >> archive_${frelout[$i]}
4286                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4287                   then
4288                      echo "   cp   ${frelout[$i]}  \$WORK"                    >> archive_${frelout[$i]}
4289                   else
4290                      echo "   cp -r  ${frelout[$i]}  \$WORK/${frelout[$i]}"   >> archive_${frelout[$i]}
4291                   fi
4292                   echo "   echo \"  *** $filetyp ${frelout[$i]} saved\" " >> archive_${frelout[$i]}
4293                   echo "fi"                                         >> archive_${frelout[$i]}
4294                   echo "rm  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung"              >> archive_${frelout[$i]}
4295                elif [[ $archive_system = DMF ]]
4296                then
4297                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                      >> archive_${frelout[$i]}
4298                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4299                   then
4300                      printf "\n  +++ archiving of single files impossible with $archive_system !\n"
4301                      locat=DMF
4302                      exit
4303                   else
4304                         # FUER RECHNER IN JUELICH. DORT KOENNTEN AUCH
4305                         # EINZELNE DATEIEN GESICHERT WERDEN (SPAETER KORR.)
4306                      echo "rm -rf  \$ARCHIVE/${frelout[$i]}"     >> archive_${frelout[$i]}
4307                      echo "cp -r  ${frelout[$i]}  \$ARCHIVE"     >> archive_${frelout[$i]}
4308                   fi
4309                elif [[ $archive_system = tivoli ]]
4310                then
4311                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >> archive_${frelout[$i]}
4312                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4313                   then
4314                         # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
4315                      echo "set -x"                                   >> archive_${frelout[$i]}
4316                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4317                      echo "cp  ${frelout[$i]} \$PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4318                   else
4319
4320                      echo "set -x"                                   >> archive_${frelout[$i]}
4321                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}/*"         >> archive_${frelout[$i]}
4322                      echo "[[ ! -d \$PERM/${frelout[$i]} ]] && mkdir $PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4323                      cd  $tmp_data_catalog
4324                      all_files=`ls -1 ${frelout[$i]}/*`
4325                      cd -  > /dev/null
4326                      (( inode = 0 ))
4327                      (( tp1   = tasks_per_node + 1 ))
4328                      while (( inode < nodes ))
4329                      do
4330#                         echo "*** all_files = \"$all_files\" "
4331                         files=`echo $all_files | cut -d" " -f1-$tasks_per_node`
4332                         all_files=`echo $all_files | cut -d" " -f$tp1-`
4333#                         echo "*** tasks_per_node = \"$tasks_per_node\" "
4334#                         echo "*** files = \"$files\" "
4335#                         echo "*** all_files = \"$all_files\" "
4336                        echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
4337                        ### echo "tar  cvf ${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
4338                        ### echo "cp ${frelout[$i]}.node_$inode.tar \$PERM/${frelout[$i]}/"   >> archive_${frelout[$i]}
4339                         ###echo "rm ${frelout[$i]}.node_$inode.tar"   >> archive_${frelout[$i]}
4340#                         echo "dsmc incremental  \$PERM/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar" >> archive_${frelout[$i]}
4341#                         echo "dsmmigrate \$PERM/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar"        >> archive_${frelout[$i]}
4342                         (( inode = inode + 1 ))
4343                      done
4344#                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
4345#                      echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4346                   fi
4347                elif [[ $archive_system = ut ]]
4348                then
4349                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >> archive_${frelout[$i]}
4350                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4351                   then
4352                         # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
4353                      echo "set -x"                                 >> archive_${frelout[$i]}
4354                      echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4355                      echo "cp  ${frelout[$i]} \$UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4356                   else
4357
4358                      echo "set -x"                                 >> archive_${frelout[$i]}
4359                      echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}/*"         >> archive_${frelout[$i]}
4360                      echo "[[ ! -d \$UT/${frelout[$i]} ]] && mkdir $UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4361                      cd  $tmp_data_catalog
4362                      all_files=`ls -1 ${frelout[$i]}/*`
4363                      cd -  > /dev/null
4364                      (( inode = 0 ))
4365                      (( tp1   = tasks_per_node + 1 ))
4366                      while (( inode < nodes ))
4367                      do
4368                         files=`echo $all_files | cut -d" " -f1-$tasks_per_node`
4369                         all_files=`echo $all_files | cut -d" " -f$tp1-`
4370                         echo "tar  cvf \$UT/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
4371                         (( inode = inode + 1 ))
4372                      done
4373                   fi
4374                elif [[ $archive_system = none ]]
4375                then
4376                   printf "              +++ archiving on $localhost not available!\n"
4377                fi
4378
4379                if [[ $archive_system != none ]]
4380                then
4381                   if [[ $localhost = lcsgih  ||  $localhost = lcsgib ]]
4382                   then
4383#                      subjob  -d  -v  -q cdata  -X 0  -m 1000  -t 43200  -c $job_catalog  archive_${frelout[$i]}
4384                      subjob   -v  -q permq  -X 1 -T 1  -m 1000  -t 172800  -c $job_catalog  archive_${frelout[$i]}
4385                   elif [[ $localhost = nech ]]
4386                   then
4387                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 7200  archive_${frelout[$i]}
4388                   fi
4389                   printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
4390                fi
4391             else
4392                printf "              +++ caution: option -A is switched off. No archiving on $archive_system!\n"
4393             fi
4394
4395
4396                # LEERDATEI IM BENUTZERVERZEICHNIS ANLEGEN, DAMIT BEKANNT IST,
4397                # WIE DIE HOECHSTE ZYKLUSNUMMER AUF DEM ARCHIV-SYSTEM LAUTET
4398             if [[ $files_for_pes = false ]]
4399             then
4400                cat  /dev/null  >  ${pathout[$i]}
4401             else
4402                mkdir -p  ${pathout[$i]}
4403             fi
4404
4405          fi
4406
4407
4408             # KOPIEREN AUF LOKALER MASCHINE ZUM ARCHIV-SYSTEM
4409             # AUSSERDEM MUSS LEERDATEI ANGELEGT WERDEN, DAMIT BEKANNT IST,
4410             # WIE DIE HOECHSTE ZYKLUSNUMMER AUF DEM ARCHIV-SYSTEM LAUTET
4411             # FALLS IRGENDEINE (VON MEHREREN) ARCHIVIERUNGEN SCHIEF GEHT,
4412             # WIRD FLAG GESETZT UND BLEIBT AUCH BEI WEITEREN ORDNUNGS-
4413             # GEMAESSEN ARCHIVIERUNGEN GESETZT
4414          if [[ "${actionout[$i]}" = ar ]]
4415          then
4416             if [[ $files_for_pes = false ]]
4417             then
4418                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to"
4419                printf "\n              ${pathout[$i]}"
4420                printf "\n              File will be copied to archive-system ($archive_system) !\n"
4421             else
4422                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/_....  to"
4423                printf "\n              ${pathout[$i]}"
4424                printf "\n              Directory will be copied to archive-system ($archive_system) !\n"
4425             fi
4426             mv  ${localout[$i]}  ${frelout[$i]}
4427
4428             file_saved=false
4429
4430             if [[ $archive_system = asterix ]]
4431             then
4432                do_stageout=true
4433                (( stageout_anz = 0 ))
4434                while [[ $do_stageout = true ]]
4435                do
4436                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4437                   then
4438                      stageout  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT
4439                   else
4440                      stageout  -t  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT
4441                   fi
4442                   cat  STAGE_OUTPUT
4443                   if [[ $(grep -c "st.msg:150"  STAGE_OUTPUT) != 0 ]]
4444                   then
4445                      file_saved=true
4446                      do_stageout=false
4447                   else
4448                      if [[ $files_for_pes = false ]]
4449                      then
4450                         printf "\n  +++ file ${frelout[$i]}  could not be saved on archive-system"
4451                      else
4452                         printf "\n  +++ directory ${frelout[$i]} could not be saved on archive-system"
4453                      fi
4454                      (( stageout_anz = stageout_anz + 1 ))
4455                      if (( stageout_anz == 10 ))
4456                      then
4457                         printf "\n  +++ stoped after 10 unsuccessful tries!"
4458                         archive_save=false
4459                         do_stageout=false
4460                      else
4461                         printf "\n  *** new try to store on archive after 15 min:"
4462                         sleep 900
4463                      fi
4464                   fi
4465                done
4466             elif [[ $archive_system = DMF ]]
4467             then
4468                if [[ $files_for_pes = false ]]
4469                then
4470                   printf "\n  +++ archiving of single files impossible on $archive_system!\n"
4471                   locat=DMF
4472                   exit
4473                else
4474                   rm -rf  $ARCHIVE/${frelout[$i]}
4475                   cp -r  ${frelout[$i]}  $ARCHIVE
4476                fi
4477                file_saved=true
4478             elif [[ $archive_system = tivoli ]]
4479             then
4480                   # ARCHIVIERUNG NUR PER BATCH-JOB MOEGLICH
4481                   # DATEI MUSS ZWISCHENZEITLICH INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
4482                   # GELEGT WERDEN
4483                [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
4484                chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
4485                if [[ $files_for_pes = false ]]
4486                then
4487                   ln -f  ${frelout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4488                else
4489                   mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4490                   ln -f  ${frelout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4491                fi
4492
4493                   # BATCH JOB GENERIEREN UND ABSCHICKEN; DATEI MUSS WIEDER
4494                   # AUS TEMPORAEREM DATENVERZEICHNIS ENTFERNT WERDEN
4495                echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >  archive_${frelout[$i]}
4496                if [[ $files_for_pes = false ]]
4497                then
4498                      # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
4499                   echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4500                   echo "cp  ${frelout[$i]} \$PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4501                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                  >> archive_${frelout[$i]}
4502                else
4503                   echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
4504                   echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4505                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                  >> archive_${frelout[$i]}
4506                fi
4507
4508                subjob  -v  -d  -q cdata  -X 0  -m 1000  -t 43200  -c $job_catalog  archive_${frelout[$i]}
4509                printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
4510                file_saved=true
4511
4512             elif [[ $archive_system = ut ]]
4513             then
4514                   # ARCHIVIERUNG NUR PER BATCH-JOB MOEGLICH
4515                   # DATEI MUSS ZWISCHENZEITLICH INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
4516                   # GELEGT WERDEN
4517                [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
4518                chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
4519                if [[ $files_for_pes = false ]]
4520                then
4521                   ln -f  ${frelout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4522                else
4523                   mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4524                   ln -f  ${frelout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4525                fi
4526
4527                   # BATCH JOB GENERIEREN UND ABSCHICKEN; DATEI MUSS WIEDER
4528                   # AUS TEMPORAEREM DATENVERZEICHNIS ENTFERNT WERDEN
4529                echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >  archive_${frelout[$i]}
4530                if [[ $files_for_pes = false ]]
4531                then
4532                      # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
4533                   echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4534                   echo "cp  ${frelout[$i]} \$UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4535                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                >> archive_${frelout[$i]}
4536                else
4537                   echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
4538                   echo "tar  cvf \$UT/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4539                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                >> archive_${frelout[$i]}
4540                fi
4541
4542                subjob  -v  -c /pf/b/$usern/job_queue  -d  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 7200  archive_${frelout[$i]}
4543                printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
4544                file_saved=true
4545
4546             else
4547                printf "\n  +++ archive_system=\"$archive_system\"  archiving impossible!"
4548                archive_save=false
4549             fi
4550             if [[ $file_saved = true ]]
4551             then
4552                if [[ $files_for_pes = false ]]
4553                then
4554                   cat  /dev/null  >  ${pathout[$i]}
4555                else
4556                   mkdir -p  ${pathout[$i]}
4557                fi
4558             fi
4559          fi
4560
4561             # APPEND AUF LOKALER MASCHINE
4562          if [[ "${actionout[$i]}" = "a" ]]
4563          then
4564             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
4565             then
4566                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
4567                cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
4568             else
4569                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to  ${pathout[$i]}\n"
4570                cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}
4571             fi
4572          fi
4573
4574             # KOPIEREN AUF LOKALER MASCHINE
4575             # ES MUSS KOPIERT WERDEN, DA MOVE NICHT UEBER FILESYSTEM HINAUS MOEGLICH
4576          if [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_pes = false ]]
4577          then
4578
4579                # KOPIEREN AUF EINPROZESSORMASCHINE
4580             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
4581             then
4582                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
4583                if [[ $link_local_output = true ]]
4584                then
4585                    printf "      using ln -f\n"
4586                    ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
4587                fi
4588                # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
4589                if [[ ! -f "${pathout[$i]}.${extout[$i]}" ]]
4590                then
4591                    if [[ $link_local_output = true ]]
4592                    then
4593                        printf "      ln failed, using cp...\n"
4594                    fi
4595                    cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
4596                fi
4597             else
4598                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to  ${pathout[$i]}\n"
4599                if [[ $link_local_output = true ]]
4600                then
4601                    printf "      using ln -f\n"
4602                    ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4603                fi
4604                # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
4605                if [[ ! -f "${pathout[$i]}" ]]
4606                then
4607                    if [[ $link_local_output = true ]]
4608                    then
4609                        printf "      ln failed, using cp...\n"
4610                    fi
4611                    cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4612                fi
4613             fi
4614
4615          elif [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_pes = true ]]
4616          then
4617
4618                # DIE DEN PROZESSOREN EINES PARALLELRECHNERS ZUGEHOERIGEN
4619                # DATEIEN WERDEN ERST IN EINEM KATALOG GESAMMELT UND DIESER
4620                # WIRD DANN KOPIERT
4621                # PER MOVE UMBENANNT WERDEN
4622             printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/_....  to  ${pathout[$i]}\n"
4623             if [[ $link_local_output = true ]]
4624             then
4625                 printf "      using ln -f\n"
4626                 mkdir  ${pathout[$i]}
4627                 cd ${localout[$i]}
4628                 for file in $(ls *)
4629                 do
4630                   ln -f $file  ${pathout[$i]}
4631                 done
4632                 cd $TEMPDIR
4633             fi
4634             # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp -r"
4635             if [[ ! -f "${pathout[$i]}/_0000" ]]
4636             then
4637                 if [[ $link_local_output = true ]]
4638                 then
4639                     printf "      ln failed for .../_0000, using cp...\n"
4640                 fi
4641                 cp -r  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4642             fi
4643
4644          fi
4645       fi
4646    done
4647    if (( i != 0 ))
4648    then
4649       if [[ $transfer_problems = true ]]
4650       then
4651          printf "\n$striche\n  *** OUTPUT-files saved"
4652          printf "\n  +++ WARNING: some data transfers failed! \n"
4653       else
4654          printf "\n$striche\n  *** all OUTPUT-files saved \n"
4655       fi
4656    fi
4657
4658
4659       # EVENTUELL FOLGEJOB STARTEN
4660       # DATEI CONTINUE_RUN MUSS VOM BENUTZERPROGRAMM AUS ERZEUGT WERDEN
4661    if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
4662    then
4663
4664       if [[ $archive_save = true ]]
4665       then
4666
4667             # ZUERST IN MRUN-AUFRUF OPTIONEN FUER FORTSETZUNGSLAUF, FUER
4668             # STILLES ABARBEITEN (OHNE INTERAKTIVE RUECKFAGEN) UND FUER
4669             # BATCH-BETRIEB (NUR WICHTIG, FALLS BATCH AUF LOKALER MASCHINE
4670             # DURCHGEFUEHRT WERDEN SOLL) EINFUEGEN, FALLS NICHT BEREITS VOR-
4671             # HANDEN
4672          [[ $(echo $mc | grep -c "\-C") = 0 ]]  &&  mc="$mc -C"
4673          [[ $(echo $mc | grep -c "\-v") = 0 ]]  &&  mc="$mc -v"
4674          [[ $(echo $mc | grep -c "\-b") = 0 ]]  &&  mc="$mc -b"
4675          if [[ $(echo $mc | grep -c "#") != 0 ]]
4676          then
4677             mc=`echo $mc | sed 's/#/f/g'`
4678          fi
4679
4680
4681             # JOB STARTEN
4682          printf "\n\n  *** initiating restart-run on \"$return_addres\" using command:\n"
4683          echo "      $mc"
4684          printf "\n$striche\n"
4685          if [[ $localhost != $fromhost ]]
4686          then
4687
4688             if [[ $localhost = lcsgih  ||  $localhost = lcsgib  ||  $localhost = nech  ||  $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibmkisti  ||  $localhost = ibmku  ||  $localhost = ibms ]]
4689             then
4690                echo "*** ssh will be used to initiate restart-runs!"
4691                echo "    return_addres=\"$return_addres\" "
4692                echo "    return_username=\"$return_username\" "
4693                if [[ $(echo $return_addres | grep -c "130.75.105") = 1 ]]
4694                then
4695                   ssh $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;. /muksoft/packages/intel/bin/compilervars.sh intel64;PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4696                else
4697                   if [[ $localhost = ibmkisti ]]
4698                   then
4699                      ssh $usern@gaiad "ssh $return_addres -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4700                   else
4701                      ssh $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4702                   fi
4703                fi
4704             else
4705                printf "\n  +++ no restart mechanism available for host \"$localhost\" "
4706                locat=restart; exit
4707             fi
4708
4709                # WARTEN, DAMIT SICH RESTART JOB IN QUEUE EINREIHEN KANN, BEVOR
4710                # DER AKTUELLE JOB ENDET
4711             if [[ $queue = special1q ]]
4712             then
4713                sleep 120
4714             else
4715                sleep 30
4716             fi
4717
4718          else
4719
4720                # BEI RECHNUNGEN AUF LOKALER MASCHINE KANN MRUN DIREKT AUFGE-
4721                # RUFEN WERDEN, AUSSER AUF lcfimm
4722             cd $LOCAL_PWD
4723             if [[ $localhost = lcfimm ]]
4724             then
4725                ssh $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc " 
4726             else
4727                eval  $mc                # ' MUESSEN AUSGEWERTET WERDEN
4728             fi
4729             cd -  > /dev/null
4730          fi
4731          printf "\n$striche\n  *** restart-run initiated \n"
4732
4733
4734             # EVENTUELL INPUT-DATEIEN, DIE VON TEMPORAEREM DATENVERZEICHNIS
4735             # GEHOLT WORDEN SIND, LOESCHEN
4736          (( i = 0 ))
4737          while (( i < iin ))
4738          do
4739             (( i = i + 1 ))
4740             if [[ "${got_tmp[$i]}" = true   &&  $keep_data_from_previous_run = false ]]
4741             then
4742                rm -r  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
4743             fi
4744          done
4745
4746       else
4747
4748          printf "\n  +++ no restart-run possible, since errors occured"
4749          printf "\n      during the archive process"
4750       fi
4751
4752    fi
4753
4754
4755   
4756       # EVTL. EMAIL-BENACHRICHTIGUNG UEBER ABGESCHLOSSENEN LAUF
4757    if [[ "$email_notification" != "none" ]]
4758    then
4759
4760       if [[ $localhost != $fromhost ]]
4761       then
4762          if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
4763          then
4764             echo "PALM restart run necessary"        >   email_text
4765             echo "description header of actual run:" >>  email_text
4766             cat  CONTINUE_RUN                        >>  email_text
4767             echo "mrun-command to restart:"          >>  email_text
4768             echo "$mc"                               >>  email_text
4769          else
4770             echo "PALM run with base filename \"$fname\" on host \"$localhost\" finished"  >  email_text
4771          fi
4772          mail  $email_notification  <  email_text
4773          printf "\n  *** email notification sent to \"$email_notification\" "
4774       fi
4775    fi
4776
4777
4778
4779       # ALLE ARBEITEN BEENDET. TEMPORAERER KATALOG KANN GELOESCHT WERDEN
4780    cd  $HOME
4781    [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
4782
4783 else
4784
4785
4786       # FALLS AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL, WERDEN JETZT ENTSPRE-
4787       # CHENDE AKTIONEN DURCHGEFUEHRT
4788
4789       # MRUN-BEFEHL FUER REMOTE-MASCHINE ZUSAMMENSTELLEN
4790    mrun_com="$mrun_script_name -a $afname -c $config_file -d $fname -h $host -H $fromhost -m $memory -t $cpumax -q $queue -R $return_addres -U $return_username -u $remote_username"
4791    [[ "$cpp_opts" != "" ]]       &&  mrun_com=${mrun_com}" -D \"$cpp_opts\""
4792    [[ "$global_revision" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -G \"$global_revision\""
4793    [[ $group_number != none ]]   &&  mrun_com=${mrun_com}" -g $group_number"
4794    [[ $do_compile = true ]]      &&  mrun_com=${mrun_com}" -s \"$source_list\""
4795    [[ "$input_list" != "" ]]     &&  mrun_com=${mrun_com}" -i \"$input_list\""
4796    [[ $ignore_archive_error = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -I"
4797    [[ $keep_data_from_previous_run = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -k"
4798    [[ "$additional_conditions" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -K \"$additional_conditions\""
4799#    [[ "$makefile" != "$source_path/Makefile" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -M \"$makefile\""
4800    [[ "$output_list" != "" ]]    &&  mrun_com=${mrun_com}" -o \"$output_list\""
4801    [[ "$read_from_config" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -S"
4802    [[ $do_trace = true ]]        &&  mrun_com=${mrun_com}" -x"
4803    [[ "$numprocs" != "" ]]       &&  mrun_com=${mrun_com}" -X $numprocs"
4804    if [[ $use_openmp = true ]]
4805    then
4806       mrun_com=${mrun_com}" -O $threads_per_task"
4807    fi
4808    [[ "$tasks_per_node" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -T $tasks_per_node"
4809    [[ $store_on_archive_system = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -A"
4810    [[ $package_list != "" ]]     &&  mrun_com=${mrun_com}" -p \"$package_list\""
4811    [[ $return_password != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -P $return_password"
4812    [[ $delete_temporary_catalog = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -B"
4813    [[ $node_usage != default  &&  "$(echo $node_usage | cut -c1-3)" != "sla"  &&  $node_usage != novice ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -n $node_usage"
4814    [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -y"
4815    [[ $run_coupled_model = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -Y \"$coupled_dist\""
4816    [[ "$check_namelist_files" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -z"
4817    [[ "$combine_plot_fields" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -Z"
4818    [[ "$max_par_io_str" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -w $max_par_io_str"
4819    if [[ $do_remote = true ]]
4820    then
4821       printf "\n>>>> MRUN-command on execution host:\n>>>> $mrun_com \n"
4822    fi
4823
4824
4825       # ZUSAMMENSTELLUNG DES JOBSCRIPTS AUF DATEI jobfile
4826    jobfile=jobfile.$RANDOM
4827
4828
4829       # TEMPORAERES VERZEICHNIS GENERIEREN UND NACH DORT WECHSELN
4830    echo  "mkdir  $TEMPDIR"      >>  $jobfile
4831    echo  "cd  $TEMPDIR"         >>  $jobfile
4832
4833
4834       # EVENTUELL FEHLERVERFOLGUNG AKTIVIEREN
4835    if [[ $do_trace = true ]]
4836    then
4837       echo  "set -x"                                    >>  $jobfile
4838    else
4839       echo  "set +vx"                                   >>  $jobfile
4840    fi
4841
4842
4843       # BEREITSTELLUNG VON QUELLTEXTEN, MRUN-SCRIPTS UND KONFIGURATIONS-
4844       # DATEI FUER DEN JOB
4845    if [[ $( echo $host | cut -c1-5 ) = lcsgi  ||  $host = ibmkisti ]]
4846    then
4847
4848          # KONFIGURATIONSDATEI UND MRUN_SCRIPT IN DAS SOURCE-VERZEICHNIS
4849          # KOPIEREN
4850       if [[ $restart_run != true ]]
4851       then
4852          cp  $config_file  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
4853          cp  ${PALM_BIN}/$mrun_script_name  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
4854       fi
4855
4856          # SOURCE-VERZEICHNIS VOM LOKALEN RECHNER PER SCP TRANSFERIEREN
4857          # (BEI JOBS AUF LOKALEM RECHNER REICHT CP)
4858       echo  "set -x"  >>  $jobfile
4859       if [[ $host = $localhost ]]
4860       then
4861          echo  "cp  -r  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname ."  >>  $jobfile
4862       else
4863          if [[ $host != ibmkisti ]]
4864          then
4865             echo  "scp  -r  $return_username@$return_addres:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname ."  >>  $jobfile
4866          else
4867                # on KISTI's IBM firewall is only opened on interactive node
4868             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
4869             echo  "ssh $remote_username@gaiad \"cd \$localdir; scp  -r  $return_username@$return_addres:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
4870          fi
4871       fi
4872       echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                      >>  $jobfile
4873
4874          # QUELLTEXTE, MRUN-SCRIPT UND KONFIGURATIONSDATEI IN DAS AKTUELLE
4875          # ARBEITSVERZEICHNIS VERSCHIEBEN
4876       echo  "mv  SOURCES_FOR_RUN_$fname/$config_file  . "       >>  $jobfile
4877       echo  "mv  SOURCES_FOR_RUN_$fname/$mrun_script_name  . "  >>  $jobfile
4878       echo  "execute_mrun=true"                                 >>  $jobfile
4879       echo  " "                                                 >>  $jobfile
4880
4881    else
4882
4883          # ABSPEICHERN DER QUELLTEXTE (NUR FALLS UEBERSETZT WERDEN SOLL)
4884          # SOWIE GEGEBENENFALLS DES MAKEFILES
4885       if [[ $do_compile = true ]]
4886       then
4887
4888          source_catalog=SOURCES_FOR_RUN_$fname
4889
4890              # UNTERVERZEICHNIS FUER QUELLTEXTE UND MAKEFILE ANLEGEN
4891              # MRUN WIRD DIESES VRZEICHNIS UEBER ENVIRONMENT VARIABLE
4892              # MITGETEILT (UEBERSTEUERT ANGABE IN KONFIGURATIONSDATEI)
4893          echo  "mkdir  SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
4894          echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                 >>  $jobfile
4895          echo  "cd     SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
4896
4897          for  filename  in  $source_list
4898          do
4899                # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
4900             echo  "cat > $filename << \"%END%\""              >>  $jobfile
4901             cat   $source_catalog/$filename                   >>  $jobfile
4902             echo  " "                                         >>  $jobfile
4903             echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
4904             echo  " "                                         >>  $jobfile
4905          done
4906
4907             # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
4908          echo  "cat > Makefile << \"%END%\""               >>  $jobfile
4909          cat   $source_catalog/Makefile                    >>  $jobfile
4910          echo  " "                                         >>  $jobfile
4911          echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
4912          echo  " "                                         >>  $jobfile
4913
4914          echo  "cd -  > /dev/null"                         >>  $jobfile
4915
4916       fi
4917
4918
4919          # ABSPEICHERN DER KONFIGURATIONSDATEI
4920          # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
4921       echo  "cat > $config_file << \"%END%\""      >>  $jobfile
4922       cat   $config_file                           >>  $jobfile
4923       echo  "%END%"                                >>  $jobfile
4924       echo  " "                                    >>  $jobfile
4925
4926
4927          # ABSPEICHERN DER AKTUELLEN MRUN-VERSION
4928          # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
4929       echo  "cat > $mrun_script_name <<\"%END%\""    >>  $jobfile
4930       cat   ${PALM_BIN}/$mrun_script_name            >>  $jobfile
4931       echo  "%END%"                                  >>  $jobfile
4932       echo  "chmod u+x $mrun_script_name"          >>  $jobfile
4933       echo  "execute_mrun=true"                    >>  $jobfile
4934       echo  " "                                    >>  $jobfile
4935
4936    fi
4937
4938
4939       # EVTL. BENOETIGTE INPUT-DATEIEN PER FTP HOLEN ODER DEM JOB DIREKT
4940       # MITGEBEN UND AUF DEM REMOTE-RECHNER IM BENUTZERVERZEICHNIS ABLEGEN
4941       # FALLS DIESES NICHT EXISTIERT, WIRD VERSUCHT, DAS JEWEILS LETZTE
4942       # UNTERVERZEICHNIS DES PFADNAMENS ANZULEGEN
4943    if [[ $do_remote = true ]]
4944    then
4945       (( i = 0 ))
4946       while (( i < iin ))
4947       do
4948          (( i = i + 1 ))
4949          echo  "[[ ! -d ${pathin[$i]} ]]  &&  mkdir -p  ${pathin[$i]}"  >>  $jobfile
4950          if [[ "${transin[$i]}" = job ]]
4951          then
4952             echo  "cat > ${remotepathin[$i]} <<\"%END%\""    >>  $jobfile
4953             eval cat   ${pathin[$i]}/${frelin[$i]}           >>  $jobfile
4954             echo  " "                                        >>  $jobfile
4955             echo  "%END%"                                    >>  $jobfile
4956          else
4957             echo  "batch_scp -b -o -g -s -u $return_username $return_addres ${remotepathin[$i]} \"${pathin[$i]}\" ${frelin[$i]}" >>  $jobfile
4958          fi
4959
4960             # UEBERPRUEFEN, OB DATEI ANGELEGT WERDEN KONNTE
4961          echo  "if [[ \$? = 1 ]]"                    >>  $jobfile
4962          echo  "then"                                >>  $jobfile
4963          echo  "   echo \" \" "                      >>  $jobfile
4964          echo  "   echo \"+++ file ${remotepathin[$i]} could not be created\" "   >>  $jobfile
4965          echo  "   echo \"    please check, if directory exists on $host!\" "  >>  $jobfile
4966          echo  "   echo \"+++ MRUN will not be continued\" "  >>  $jobfile
4967          echo  "   execute_mrun=false"               >>  $jobfile
4968          echo  "fi"                                  >>  $jobfile
4969       done
4970    fi
4971
4972       # ARBEITSKATALOG AUF DER LOKALEN MASCHINE FUER EVENTUELLE
4973       # FORTSETZUNGSLAUEFE PER ENV-VARIABLE UEBERGEBEN
4974    echo  "LOCAL_PWD=$working_directory"                >>  $jobfile
4975    echo  "export LOCAL_PWD"                            >>  $jobfile
4976
4977       # EBENSO LOKALEN MRUN-KATALOG UEBERGEBEN
4978    echo  "LOCAL_MRUN_PATH=$PALM_BIN"                   >>  $jobfile
4979    echo  "export LOCAL_MRUN_PATH"                      >>  $jobfile
4980
4981       # WORKAROUND FUER RIAM-NEC-JOBS WEGEN PROFILE-SCHWIERIGKEITEN
4982    if [[ $localhost_realname = "gate"  ||  $localhost = lctit ]]
4983    then
4984       echo  "export PALM_BIN=$PALM_BIN"                >>  $jobfile
4985    fi
4986
4987       # MRUN AUF ZIELRECHNER AUFRUFEN (queue is workaround for ibmkisti)
4988    echo  "set -x"                                      >>  $jobfile
4989    echo  "queue=$queue"                                >>  $jobfile
4990    echo  "[[ \$execute_mrun = true ]]  &&  ./$mrun_com"  >>  $jobfile
4991
4992    echo  'ls -al; echo `pwd`'                          >>  $jobfile
4993    echo  "cd \$HOME"                                   >>  $jobfile
4994    echo  "rm -rf  $TEMPDIR"                            >>  $jobfile
4995
4996
4997
4998
4999       # JOB PER SUBJOB STARTEN
5000    if [[ $silent = false ]]
5001    then
5002       printf "\n     "
5003    else
5004       printf "\n\n"
5005    fi
5006
5007    subjob  $job_on_file  -h $host  -u $remote_username -g $group_number -q $queue  -m $memory  -N $node_usage -t $cpumax  $XOPT  $TOPT  $OOPT  -n $fname  -v  -c $job_catalog  -e $email_notification  $jobfile
5008    rm -rf  $jobfile
5009
5010
5011 fi  # ENDE REMOTE-TEIL
5012
5013
5014
5015     # ENDE DER PROZEDUR
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.