source: palm/trunk/SCRIPTS/mrun @ 1980

Last change on this file since 1980 was 1945, checked in by raasch, 5 years ago

last commit documented

  • Property svn:keywords set to Id Rev
File size: 170.0 KB
Line 
1#!/bin/bash
2
3# mrun - script for running PALM jobs
4
5#--------------------------------------------------------------------------------#
6# This file is part of PALM.
7#
8# PALM is free software: you can redistribute it and/or modify it under the terms
9# of the GNU General Public License as published by the Free Software Foundation,
10# either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
11#
12# PALM is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY
13# WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR
14# A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
15#
16# You should have received a copy of the GNU General Public License along with
17# PALM. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
18#
19# Copyright 1997-2015  Leibniz Universitaet Hannover
20#--------------------------------------------------------------------------------#
21#
22# Current revisions:
23# ------------------
24
25#
26# Former revisions:
27# -----------------
28# $Id: mrun 1945 2016-06-15 07:17:24Z suehring $
29#
30# 1944 2016-06-15 06:29:00Z raasch
31# adjustments for using HLRN ssh-keys
32#
33# 1940 2016-06-14 05:15:20Z raasch $
34# adjustments for lckiaps
35#
36# 1866 2016-04-15 06:50:59Z raasch
37# adjusted for lcocean
38#
39# 1841 2016-04-07 19:14:06Z raasch
40# script now running under bash
41#
42# 1804 2016-04-05 16:30:18Z maronga
43# test: implementing an execute mechanism where the execute command is given in the
44# configuration file
45# ROPTS removed from execution commands
46# Warnings about missing optional files or user code changed to informative messages
47# Removed parameter file check
48#
49# 1755 2016-02-22 13:53:39Z maronga
50# Minor bugfix to last commit
51#
52# 1753 2016-02-22 13:49:49Z maronga
53# Bugfix: use random job number when PBS job nummer retrieval fails on lccray*
54#
55# 1622 2015-07-20 06:21:36Z heinze
56# bugfix for Mistral (lcbullhh)
57#
58# 1621 2015-07-17 11:39:33Z heinze
59# adjustments for Mistral at DKRZ Hamburg (lcbullhh)
60#
61# 1609 2015-07-03 15:37:58Z maronga
62# Modified the random number of the temporary working directory to match the
63# queuing system number on HLRN-III (lccray*).
64#
65# 1604 2015-06-23 15:48:03Z suehring
66# Enable coupled runs for lcmuk
67#
68# 1598 2015-05-29 06:45:40Z raasch
69# bugfix for creating hostfile and total number of MPI tasks if run in openmp-mode on one node
70#
71# 1549 2015-01-30 14:26:16Z suehring
72# Enable interactive debug sessions with allinea debugger
73#
74# 1547 2015-01-29 15:09:12Z witha
75# adjustments for ForWind computing cluster (lcflow)
76#
77# 1491 2014-11-12 08:12:57Z heinze
78# correct setting of batch_job allowed for ibm-machines
79#
80# 1468 2014-09-24 14:06:57Z maronga
81# Typo removed (addres->address)
82# Bugfix: returning files to IMUK via ssh did not work for lccrayh and lcycrayb
83# Added support for restart runs (remote) for lcxe6
84#
85# 1442 2014-07-28 07:09:10Z raasch
86# default queues for HLRN-III (lccrayb/lccrayh) defined
87#
88# 1422 2014-07-02 10:01:25Z kanani
89# automatic restarts enabled for lccrayb,
90# adjustment of path to compilervars.sh at IMUK (see automatic restarts)
91#
92# 1420 2014-06-10 06:24:14Z raasch
93# -j1 option added to aprung command for lccrayf (CSC)
94#
95# 1402 2014-05-09 14:25:13Z raasch
96# batch_job added to envpar-NAMELIST
97#
98# 1357 2014-04-11 15:02:03Z witha
99# adjustments for lccrayh (automatic restarts on lccrayh outside of IMUK are now
100# possible)
101#
102# 1320 2014-03-20 08:40:49Z raasch
103# check namelist file set false by default
104#
105# 1304 2014-03-12 10:29:42Z raasch
106# ulimit option changed from -Ss to -s
107#
108# bugfix: missing "fi" in r1289
109#
110# 1289 2014-03-04 07:12:34Z raasch
111# comments translated to English
112# necriam-, fimm-, ibmy-, and sgi-specific code removed
113# export of variables for palm and interpret_config removed
114#
115# 1281 2014-02-01 07:55:49Z raasch
116# rsync-copy restricted to Cray machines, since command is unavailable on some
117# other systems
118#
119# 1279 2014-01-28 12:10:14Z raasch
120# tasks_per_node must not be an integral divisor of numprocs any more. This was done
121# in order to remove annoying restrictions concerning the number of processors which
122# appear on machines with larger nodes (e.g. containing 24 cores). Now without this
123# restriction, one of the nodes will be filled with less than the given number of
124# tasks per node. A respective warning is given.
125#
126# 1274 2014-01-09 13:14:54Z heinze
127# adjustments for lccrayh
128#
129# 1272 2014-01-08 10:19:32Z witha
130# small adjustment for lcflow
131#
132# 1270 2013-12-16 11:05:01Z fricke
133# call of combine_plot_fields adjusted for lccrayb/lccrayh
134#
135# 1255 2013-11-07 14:43:35Z raasch
136# further adjustments for lccrayb remote access
137#
138# 1241 2013-10-30 11:36:58Z heinze
139# Enable use of nudging input and input of large scale forcing from
140# external files
141#
142# 1229 2013-09-20 06:55:19Z raasch
143# further adjustments for lccrayb
144#
145# 1224 2013-09-16 07:27:23Z raasch
146# first adjustments for lccrayb
147#
148# 1210 2013-08-14 10:58:20Z raasch
149# fftw support added
150#
151# 1201 2013-07-10 16:17:59Z witha
152# adjustments for Forwind cluster (lcflow)
153#
154# 1199 2013-07-05 14:52:22Z raasch
155# adjustments for CSC Helsinki (lccrayf),
156# executables for batch jobs can be created in advance, in order to avoid calling
157# the compiler within the batch job (only works if batch jobs are submitted on
158# local host)
159#
160# 1190 2013-06-25 09:39:21Z heinze
161# enable use of automatic restarts for ibmh
162# use of cluster/express queue enabled (ibmh)
163#
164# 1124 2013-04-09 15:46:52Z raasch
165# variable "memory" is exported via typeset option -x, because otherwise an unknown
166# side effect may lead to data loss while getopts is reading the script-option arguments
167#
168# 1122 2013-04-09 08:37:16Z heinze
169# Bugfix: change type of variable last_char
170#
171# 1119 2013-04-05 15:11:19Z raasch
172# Bugfix for setting -T option for subjob
173#
174# 1108 2013-03-05 07:03:32Z raasch
175# bugfix for coupled runs on lckyut/lckyuh
176#
177# 1106 2013-03-04 05:31:38Z raasch
178# --stdin argument for mpiexec on lckyuh
179# -y and -Y settings output to header
180#
181# 1103 2013-02-20 02:15:53Z raasch
182# default script runs again under ksh, because of unsolved problems with read
183# from stdin: when bash script is called from a ksh, message "read error: 0:
184# Resource temporarily unavailable" appears and script does not stop,
185# further bash compatibility adjustments,
186# shebang line replaced by /bin/bash when running jobs on lckyuh; no restarts
187# on lckyuh, but mrun does not terminate and issues a warning instead
188#
189# 1101 2013-02-17 10:20:21Z raasch
190# script now running under bash instead of ksh, which required small adjustments
191# (output formatting with printf instead "typeset -L/-R", print replaced by echo,
192# read from stdin),
193# cross compilername on lckyuh compute nodes replaced by real compiler name
194#
195# 1099 2013-02-10 01:47:43Z raasch
196# adjustments for Kyushu-University computing center (lckyuh - hayaka)
197# and for Forwind cluster (lcflow)
198# small further adjustments for lckyut
199#
200# 1094 2013-02-03 01:52:12Z raasch
201# explicit ssh/scp port can be set in config file with environment variable
202# scp_port.  This port is handled to all ssh/scp/batch_scp calls.
203# decalpha parts (yonsei) removed
204#
205# 2013-02-02 07:06:13Z raasch
206# adjustments for Kyushu-University computing center (lckyut - tatara)
207#
208# 1083 2013-01-04 10:22:09Z maronga
209# bugfix in parameter file check (read %cpp_options was missing)
210#
211# 1069 2012-11-28 16:18:43Z maronga
212# bugfix: coupling mode was always set to mpi2, typos removed
213#
214# 1058 2012-11-21 07:00:35Z raasch
215# Intel inspector (inspxe) is given the number of PEs instead of the number of
216# nodes
217#
218# 1046 2012-11-09 14:38:45Z maronga
219# code put under GPL (PALM 3.9)
220#
221# 21/03/94 - Siggi - first version finished
222# 03/03/94 - Siggi - script development started
223#
224#--------------------------------------------------------------------------------#
225# mrun - script for running PALM jobs
226#--------------------------------------------------------------------------------#
227
228
229 
230    # DECLARATION OF VARIABLES AND THEIR DEFUALT VALUES
231
232 set +o allexport    # SUPPRESS EXPORT OF ALL VARIABLES, SINCE IN THE PAST THIS
233                     # LES TO PROBLEMS IN ROUTINES CALLED BY MRUN
234                     # (TOO MANY ARGUMENTS - PROBLEM)
235 set +o noclobber    # EXISTING FILES ARE ALLOWED TO BE OVERWRITTEN
236
237 AddFilenames=""
238 additional_conditions=""
239 add_source_path=""
240 afname=""
241 archive_save=true
242 archive_system=none
243 check_namelist_files=false
244 combine_plot_fields=true
245 compiler_name=""
246 cond1=""
247 cond2="" 
248 config_file=.mrun.config
249 coupled_dist=""
250 coupled_mode="mpi1"
251 cpp_opts=""
252 cpp_options=""
253 cpumax=0
254 cpurest=0
255 create_executable_for_batch=false
256 delete_temporary_catalog=true
257 do_batch=false
258 do_compile=true
259 do_remote=false
260 do_stagein=true
261 do_stageout=true
262 do_trace=false
263 email_notification="none"
264 exclude=""
265 executable=""
266 execute_command="none"
267 execution_error=false
268 fftw_inc=""
269 fftw_lib=""
270 fftw_support=false
271  fname=test
272 fromhost=""
273 global_revision=""
274 group_number=none
275 host=""
276 host_file=""
277 hp=""
278 ignore_archive_error=false
279 input_list=""
280 interpreted_config_file=""
281 job_catalog="~/job_queue"
282 job_on_file=""
283 keep_data_from_previous_run=false
284 link_local_input=false
285 link_local_output=false
286 localhost_realname=$(hostname)
287 local_dvrserver_running=.FALSE.
288 locat=normal
289 mainprog=""
290 makefile=""
291 max_par_io_str=""
292 mc=$0
293 while [[ $(echo $mc | grep -c "/") != 0 ]]
294 do
295    mc=`echo $mc | cut -f2- -d"/"`
296 done
297 module_calls=""
298 mrun_script_name=$mc
299 netcdf_inc=""
300 netcdf_lib=""
301 netcdf_support=false
302 node_usage=default
303 numprocs=""
304 numprocs_atmos=0
305 numprocs_ocean=0
306 OOPT=""
307 openmp=false
308 output_list=""
309 package_list=""
310 queue=none
311 read_from_config=""
312 restart_run=false
313 if [[ `hostname` = rte10 ]]
314 then
315    return_address=133.5.185.60
316    echo "+++ WARNING: fixed return_address = $return_address is used !!!!!"
317 elif [[ `hostname` = climate0 ]]
318 then
319    return_address=165.132.26.68
320    echo "+++ WARNING: fixed return_address = $return_address is used !!!!!"
321 elif [[ `hostname` = "schultzl-Latitude-E6540" ]]
322 then
323    return_address="schultzl-Latitude-E6540"
324    echo "+++ WARNING: fixed return_address = $return_address is used !!!!!"
325 elif [[ `hostname` = urban00 ]]
326 then
327    return_address=147.46.30.151
328    echo "+++ WARNING: fixed return_address = $return_address is used !!!!!"
329 else
330    return_address=$(nslookup `hostname` 2>&1 | grep "Address:" | tail -1 | awk '{print $2}')
331 fi
332 return_password=""
333 return_username=$LOGNAME
334 remotecall=false
335 remote_username=""
336 run_coupled_model=false
337 run_mode=""
338 store_on_archive_system=false
339 dashes="  ----------------------------------------------------------------------------"
340 silent=false
341 source_list=""
342 source_path=SOURCE
343 tasks_per_node=""
344 threads_per_task=1
345 tmpcreate=false
346 tmp_data_catalog=""
347 transfer_problems=false
348 usern=$LOGNAME
349 use_openmp=false
350 version="MRUN  2.1 Rev$Rev: 1945 $"
351 working_directory=`pwd`
352 TOPT=""
353 XOPT=""
354 zeit=$( date | cut -c 12-19 )
355
356 typeset -i  iec=0 iic=0 iin=0 ioc=0 iout=0 stagein_anz=0 stageout_anz=0
357 typeset -x -i  memory=0   # HAS TO BE EXPORTED HERE, OTHERWISE AN UNKNOWN SIDE
358                           # SIDE EFFECT MAY CAUSE DATA LOSS WHEN GETOPTS IS READING THE
359                           # SCRIPT-OPTION ARGUMENTS
360 typeset -i  cputime i ii iia iii iio icycle inode ival jobges jobsek last_char_int maxcycle minuten nodes pes remaining_pes sekunden tp1
361
362    # ERROR HANDLING IN CASE OF EXIT
363 trap 'rm -rf  $working_directory/tmp_mrun
364       if [[ $locat != normal  &&  $locat != control_c ]]
365       then
366
367              # CARRY OUT ERROR-COMMANDS GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE (EC:)
368          (( i = 0 ))
369          while (( i < iec ))
370          do
371             (( i = i + 1 ))
372             printf "\n  *** Execution of ERROR-command:\n"
373             printf "  >>> ${err_command[$i]}\n"
374             eval  ${err_command[$i]}
375          done
376          if [[ -n $interpreted_config_file ]]
377          then
378             rm -rf  $interpreted_config_file
379          fi
380          if [[ -n .mrun_environment ]]
381          then
382             rm -rf  .mrun_environment
383          fi
384          if [[ $tmpcreate = true ]]
385          then
386             printf "\n  *** Contents of \"$TEMPDIR\":\n"
387             ls -al; cd
388             [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
389          fi
390          if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
391          then
392             echo "+++ killing dvrserver_id=$dvrserver_id"
393             kill $dvrserver_id
394          fi
395          if [[ -f ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID ]]
396          then
397             rm -rf  ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID
398          fi
399          printf "\n\n+++ MRUN killed \n\n"
400       elif [[ $locat != control_c ]]
401       then
402          printf "\n\n --> all actions finished\n\n"
403          printf "     Bye, bye $usern !!\n\n"
404       fi' exit
405
406
407    # ACTIONS IN CASE OF TERMINAL-BREAK (CONTROL-C):
408 trap 'rm -rf  $working_directory/tmp_mrun
409       rm -rf  $working_directory/tmp_check_namelist_files
410       [[ $tmpcreate = true ]]  &&  (cd; rm -rf $TEMPDIR)
411       if [[ -f ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID ]]
412       then
413          rm -rf  ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID
414       fi
415       if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
416       then
417          echo "+++ killing dvrserver_id=$dvrserver_id"
418          kill $dvrserver_id
419       fi
420       printf "\n+++ MRUN killed by \"^C\" \n\n"
421       locat=control_c
422       exit
423      ' 2
424
425
426    # CHECK IF THE PATH FOR THE PALM BINARIES (SCRIPTS+UTILITY-PROGRAMS) HAS
427    # BEEN SET
428 if [[ "$PALM_BIN" = "" ]]
429 then
430    printf "\n  +++ environment variable PALM_BIN has not been set"
431    printf "\n      please set it to the directory where the PALM scripts are located"
432    locat=palm_bin; exit
433 fi
434 export PATH=$PALM_BIN:$PATH
435
436
437
438    # READ SHELLSCRIPT-OPTIONS AND REBUILD THE MRUN-COMMAND STRING (MC),
439    # WHICH WILL BE USED TO START RESTART-JOBS
440 while  getopts  :a:AbBc:Cd:D:Fg:G:h:H:i:IkK:m:M:n:o:O:p:P:q:r:R:s:St:T:u:U:vw:xX:yY:zZ option
441 do
442   case  $option  in
443       (a)   afname=$OPTARG;;
444       (A)   store_on_archive_system=true; mc="$mc -A";;
445       (b)   do_batch=true; mc="$mc -b";;
446       (B)   delete_temporary_catalog=false; mc="$mc -B";;
447       (c)   config_file=$OPTARG; mc="$mc -c$OPTARG";;
448       (C)   restart_run=true; mc="$mc -C";;
449       (d)   fname=$OPTARG; mc="$mc -d$OPTARG";;
450       (D)   cpp_opts="$cpp_opts $OPTARG"; mc="$mc -D'$OPTARG'";;
451       (F)   job_on_file="-D"; mc="$mc -F";;
452       (g)   group_number=$OPTARG; mc="$mc -g$OPTARG";;
453       (G)   global_revision=$OPTARG; mc="$mc -G'$OPTARG'";;
454       (h)   host=$OPTARG; mc="$mc -h$OPTARG";;
455       (H)   fromhost=$OPTARG; mc="$mc -H$OPTARG";;
456       (i)   input_list=$OPTARG; mc="$mc -i'$OPTARG'";;
457       (I)   ignore_archive_error=true; mc="$mc -I";;
458       (k)   keep_data_from_previous_run=true; mc="$mc -k";;
459       (K)   additional_conditions="$OPTARG"; mc="$mc -K'$OPTARG'";;
460       (m)   memory=$OPTARG; mc="$mc -m$OPTARG";;
461       (M)   makefile=$OPTARG; mc="$mc -M$OPTARG";;
462       (n)   node_usage=$OPTARG; mc="$mc -n$OPTARG";; 
463       (o)   output_list=$OPTARG; mc="$mc -o'$OPTARG'";;
464       (O)   use_openmp=true; threads_per_task=$OPTARG; mc="$mc -O$OPTARG";;
465       (p)   package_list=$OPTARG; mc="$mc -p'$OPTARG'";;
466       (P)   return_password=$OPTARG; mc="$mc -P$OPTARG";;
467       (q)   queue=$OPTARG; mc="$mc -q$OPTARG";;
468       (r)   run_mode=$OPTARG; mc="$mc -r'$OPTARG'";;
469       (R)   remotecall=true;return_address=$OPTARG; mc="$mc -R$OPTARG";;
470       (s)   source_list=$OPTARG; mc="$mc -s'$OPTARG'";;
471       (S)   read_from_config=false; mc="$mc -S";;
472       (t)   cpumax=$OPTARG; mc="$mc -t$OPTARG";;
473       (T)   mrun_tasks_per_node=$OPTARG; mc="$mc -T$OPTARG";;
474       (u)   remote_username=$OPTARG; mc="$mc -u$OPTARG";;
475       (U)   return_username=$OPTARG; mc="$mc -U$OPTARG";;
476       (v)   silent=true; mc="$mc -v";;
477       (w)   max_par_io_str=$OPTARG; mc="$mc -w$OPTARG";;
478       (x)   do_trace=true;set -x; mc="$mc -x";;
479       (X)   numprocs=$OPTARG; mc="$mc -X$OPTARG";;
480       (y)   ocean_file_appendix=true; mc="$mc -y";;
481       (Y)   run_coupled_model=true; coupled_dist=$OPTARG; mc="$mc -Y'$OPTARG'";;
482       (z)   check_namelist_files=false; mc="$mc -z";;
483       (Z)   combine_plot_fields=false; mc="$mc -Z";;
484       (\?)  printf "\n  +++ unknown option $OPTARG \n"
485             printf "\n  --> type \"$0 ?\" for available options \n"
486             locat=parameter;exit;;
487   esac
488 done
489
490
491    # SKIP GIVEN OPTIONS TO READ POSITIONAL PARAMETER, IF GIVEN
492    # CURRENTLY ONLY PARAMETER ? (TO OUTPUT A SHORT COMMAND INFO) IS ALLOWED
493 (( to_shift = $OPTIND - 1 ))
494 shift $to_shift
495
496    # PRINT SHORT DESCRIPTION OF MRUN OPTIONS
497 if [[ "$1" = "?" ]]
498 then
499   (printf "\n  *** mrun can be called as follows:\n"
500    printf "\n      $mrun_script_name  -b -c.. -d.. -D.. -f.. -F -h.. -i.. -I -K.. -m.. -o.. -p.. -r.. -R -s.. -t.. -T.. -v -x -X.. -y -Y.. -Z <modus> \n"
501    printf "\n      Description of available options:\n"
502    printf "\n      Option  Description                              Default-Value"
503    printf "\n        -a    base name of input files                 equiv. -d"
504    printf "\n        -A    archiving when using file-attribute fl"
505    printf "\n        -b    batch-job on local machine               ---"
506    printf "\n        -B    do not delete temporary directory at end ---"
507    printf "\n        -c    configuration file                       .mrun.config"
508    printf "\n        -d    base name of files attached to program   test"
509    printf "\n        -D    preprocessor(cpp)-directives             \"\" "
510    printf "\n        -F    create remote job file only              ---"
511    printf "\n        -h    execution host                           $localhost_realname"
512    printf "\n        -i    INPUT control list                       \"\" "
513    printf "\n        -I    archiving errors of previous batch-jobs"
514    printf "\n              will be ignored"
515    printf "\n        -k    keep data from previous run"
516    printf "\n        -K    additional conditions for controling"
517    printf "\n              usage of conditional code and"
518    printf "\n              env-variables in configuration file      \"\" "
519    printf "\n        -m    memory demand in MB (batch-jobs)         0 MB"
520    printf "\n        -M    Makefile name                            Makefile"
521    printf "\n        -n    node usage (shared/not_shared)           depending on -h"
522    printf "\n        -o    OUTPUT control list                      \"\" "
523    printf "\n        -O    threads per openMP task                  ---"
524    printf "\n        -p    software package list                    \"\" "
525    printf "\n        -q    queue                                    \"$queue\" "
526    printf "\n        -r    run control list (combines -i -o)        \"\" "
527    printf "\n        -s    filenames of routines to be compiled     \"\" "
528    printf "\n              must end with .f, .f90, .F, or .c !"
529    printf "\n              use \"..\" for more than one file and wildcards"
530    printf "\n              -s LM compiles all locally modified files"
531    printf "\n        -S    config file interpreted by shellscript   ---"
532    printf "\n        -t    allowed cpu-time in seconds (batch)      0"
533    printf "\n        -T    tasks per node                           depending on -h"
534    printf "\n        -u    username on remote machine               \"\" "
535    printf "\n        -v    no prompt for confirmation               ---"
536    printf "\n        -w    maximum parallel io streams              as given by -X"
537    printf "\n        -x    tracing of mrun for debug purposes       ---"
538    printf "\n        -X    # of processors (on parallel machines)   1"
539    printf "\n        -y    add appendix \"_O\" to all local output"
540    printf "\n              files (ocean precursor runs followed by"
541    printf "\n              coupled atmosphere-ocean runs)           ---"
542    printf "\n        -Y    run coupled model, \"#1 #2\" with" 
543    printf "\n              #1 atmosphere and #2 ocean processors    \"#/2 #/2\" depending on -X"
544    printf "\n        -Z    skip combine_plot_fields at the end of      "
545    printf "\n              the simulation                           ---"
546    printf "\n "
547    printf "\n      Possible values of positional parameter <modus>:"
548    printf "\n        \"?\"       -  this outline \n\n") | more
549    exit
550 elif [[ "$1" != "" ]]
551 then
552    printf "\n  +++ positional parameter $1 unknown \n"
553    locat=parameter; exit
554 fi
555
556
557
558    # SHORT STARTING MESSAGE
559 printf "\n*** $version "
560 printf "\n    will be executed.     Please wait ..."
561
562
563
564    # CHECK, IF CONFIGURATION FILE EXISTS
565 if [[ ! -f $config_file ]]
566 then
567    printf "\n\n  +++ configuration file: "
568    printf "\n           $config_file"
569    printf "\n      does not exist"
570    locat=connect; exit 
571 fi
572
573
574    # DETERMINE THE HOST-IDENTIFIER (localhost) FROM THE CONFIGURATION FILE
575 line=""
576 grep  "%host_identifier"  $config_file  >  tmp_mrun
577 while read line
578 do
579    if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
580    then
581       HOSTNAME=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
582       host_identifier=`echo $line | cut -d" " -s -f3`
583       if [[ $localhost_realname = $HOSTNAME ]]
584       then
585          localhost=$host_identifier
586          break
587       fi
588    fi
589 done < tmp_mrun
590
591 if [[ "$localhost" = "" ]]
592 then
593    printf "\n\n  +++ no host identifier found in configuration file \"$config_file\""
594    printf "\n      for local host \"$localhost_realname\"."
595    printf "\n      Please add line"
596    printf "\n      \"\%host_identifier $localhost_realname <identifier>\""
597    printf "\n      to the configuration file."
598    locat=localhost; exit
599 fi
600
601
602    # SET HOST-SPECIFIC VARIABLES
603 case  $localhost_realname  in
604     (r1*|r2*|h01*|b01*)     archive_system=tivoli;;
605     (cs*)                   archive_system=ut;;
606 esac
607
608
609    # ??? THIS SHOULD BE DECRIBED IN THE MRUN DOCUMENTATION ???
610    # SET BASENAME OF THE INPUT-FILES TO THE GENERAL BASENAME (GIVEN BY OPTION -d),
611    # IF IT HAS NOT BEEN SET BY THE USER DIFFERENTLY (USING OPTION -a)
612 [[ "$afname" = "" ]]  &&  afname=$fname
613
614
615    # ADD RUN-FILE ACTIVATION STRINGS (GIVEN BY OPTION -r) TO THE
616    # RESPECTIVE LISTS FOR ACTIVATING THE INPUT/OUTPUT FILE CONNECTION
617    # STATEMENTS IN THE CONFIGURATION FILE
618 if [[ "$run_mode" != "" ]]
619 then
620    input_list="$input_list $run_mode"
621    output_list="$output_list $run_mode"
622 fi
623
624
625    # ??? is this (and the respective option -H) really required ???
626    # STORE HOSTNAME, FROM WHICH THE JOB IS STARTED,
627    # BUT ONLY IF IT HASN'T BEEN ALREADY SET BY OPTION -H
628    # (MRUN IS AUTOMATICALLY SETTING THIS OPTION IN THE MRUN-CALLS WITHIN
629    # THOSE BATCH-JOBS, WHICH ARE CREATED BY MRUN ITSELF)
630 if [[ "$fromhost" = "" ]]
631 then
632    fromhost=$localhost
633 fi
634
635
636    # CHECK, IF EXECUTION SHALL TO BE DONE ON THE REMOTE-MACHINE.
637    # VALUE OF do_remote IS IMPORTANT FOR THE FILE CONNECTIONS.
638    # IN CASE OF EXECUTION ON A REMOTE-MACHINE, A BATCH-JOB HAS
639    # TO BE SUBMITTED (I.E. do_batch=true)
640 if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
641 then
642    do_batch=true
643    do_remote=true
644    case  $host  in
645        (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|nech|lcbullhh|lccrayb|lccrayh|lccrayf|lcflow|lckyoto|lcocean|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckiaps|lckordi|lckyuh|lckyut|lcsb)  true;;
646        (*)  printf "\n"
647             printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
648             printf "\n      is not available"
649             locat=nqs; (( iec = 0 )); exit;;
650    esac
651 else
652    host=$localhost
653 fi
654
655
656     # EVALUATE ADDITIONAL CONDITIONS GIVEN BY OPTION -K
657 if [[ -n $additional_conditions ]]
658 then
659    cond1=`echo $additional_conditions | cut -d" " -f1`
660    cond2=`echo $additional_conditions | cut -d" " -s -f2`
661    dummy=`echo $additional_conditions | cut -d" " -s -f3`
662    if [[ -n $dummy ]]
663    then
664       printf "\n  +++ more than 2 additional conditions given for Option \"-K\""
665       locat=options; exit
666    fi
667    block=_$cond1
668    [[ -n $cond2 ]]  &&  block=${block}_$cond2
669 fi
670
671
672      # EVALUATE MODEL COUPLING FEATURES (OPTION -Y) AND DETERMINE coupled_mode
673 if [[ $run_coupled_model = true ]] 
674 then
675
676    numprocs_atmos=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f1`
677    numprocs_ocean=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f2`
678
679    if (( $numprocs_ocean + $numprocs_atmos != $numprocs ))
680    then
681
682       printf "\n  +++ number of processors does not fit to specification by \"-Y\"."
683       printf "\n      PEs (total)     : $numprocs"
684       printf "\n      PEs (atmosphere): $numprocs_atmos"
685       printf "\n      PEs (ocean)     : $numprocs_ocean"
686       locat=coupling; exit
687
688    fi
689
690
691       # GET coupled_mode FROM THE CONFIG FILE
692    line=""
693    grep  "%cpp_options.*-D__mpi2.*$host" $config_file  >  tmp_mrun
694    while read line
695    do
696       echo line=\"$line\"
697       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" &&  $(echo $line | cut -d" " -s -f4) = $cond1 && $(echo $line | cut -d" " -s -f5)  = $cond2 ]]
698       then
699          coupled_mode="mpi2"
700       fi
701    done < tmp_mrun
702
703 fi
704
705    # CHECK, IF FILE-ARCHIVING HAS FAILED IN PREVIOUS JOB (OF A JOB-CHAIN)
706 if [[ -f ~/job_queue/ARCHIVE_ERROR_$fname ]]
707 then
708    if [[ $ignore_archive_error = false ]]
709    then
710       printf "\n  +++ data archiving of previous run failed"
711       printf "\n      see directory \~/job_queue on remote machine"
712       locat=archive; exit
713    else
714       printf "\n  +++ warning: data archiving in a previous run failed"
715       printf "\n      MRUN continues, trying to get backup copy"
716    fi
717 fi
718
719
720    # SAVE VALUES OF MRUN-OPTIONS SICHERN IN ORDER TO OVERWRITE
721    # THOSE VALUES GIVEN IN THE CONFIGURATION-FILE
722 mrun_memory=$memory
723 mrun_group_number=$group_number
724 mrun_cpumax=$cpumax
725 mrun_numprocs=$numprocs
726
727
728    # READ AND EVALUATE THE CONFIGURATION-FILE FROM WITHIN THIS SHELLSCRIPT
729    # (OPTION -S). THE DEFAULT IS USING THE ROUTINE <<<<
730 if [[ "$read_from_config" = false ]]
731 then
732    [[ $silent = false ]]  &&  printf "\n    Reading the configuration file... "
733
734       # READ THE CONFIGURATION FILE LINE BY LINE
735    while  read zeile
736    do
737        [[ $silent = false ]]  &&  printf "."
738
739
740          # FIRST REPLACE ENVIRONMENT-VARIABLES BY THEIR RESPECTIVE VALUES
741       eval  zeile=\"$zeile\"
742
743
744          # INTERPRET THE LINE
745       if [[ "$(echo $zeile)" = "" ]]
746       then
747             # EMPTY LINE, NO ACTION
748          continue
749
750       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1)"  =  "#" ]]
751       then
752
753             # LINE IS A COMMENT LINE
754          true
755
756       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1)"  =  "%" ]]
757       then
758
759             # LINE DEFINES AN ENVIRONMENT-VARIABLE
760          zeile=$(echo $zeile | cut -c2-)
761          var=`echo $zeile | cut -d" " -f1`
762          value=`echo $zeile | cut -d" " -s -f2`
763          for_host=`echo $zeile | cut -d" " -s -f3`
764          for_cond1=`echo $zeile | cut -d" " -s -f4`
765          for_cond2=`echo $zeile | cut -d" " -s -f5`
766
767          if [[ "$for_host" = ""  ||  ( "$for_host" = $host  &&  "$for_cond1" = "$cond1"  &&  "$for_cond2" = "$cond2" )  ||  $(echo "$input_list$output_list"|grep -c "$for_host") != 0 ]]
768          then
769
770                # REPLACE ":" BY " " IN COMPILER- CPP- OR LINKER-OPTIONS,
771                # "::" IS REPLACED BY ":".
772             value=`echo $value | sed 's/::/%DUM%/g' | sed 's/:/ /g' | sed 's/%DUM%/:/g'`
773
774
775                # VALUE FROM THE CONFIGURATION-FILE IS ASSIGNED TO THE
776                # ENVIRONMENT-VARIABLE, BUT ONLY IF NO VALUE HAS BEEN ALREADY
777                # ASSIGNED WITHIN THIS SCRIPT (E.G. BY SCRIPT-OPTIONS).
778                # NON-ASSIGNED VARIABLES HAVE VALUE "" OR 0 (IN CASE OF INTEGER).
779                # HENCE THE GENERAL RULE IS: SCRIPT-OPTION OVERWRITES THE
780                # CONFIGURATION-FILE.
781             if [[ "$(eval echo \$$var)" = ""  ||  "$(eval echo \$$var)" = "0" ]]
782             then
783                eval  $var=\$value
784
785                   # TERMINAL OUTPUT OF ENVIRONMENT-VARIABLES, IF TRACEBACK IS SWITCHED on
786                if [[ $do_trace = true ]]
787                then
788                   printf "\n*** ENVIRONMENT-VARIABLE $var = $value"
789                fi
790             fi
791
792                # IF AN ENVIRONMENT-VARIABLE DETERMINES THE HOST, THEN EVALUATE IT IMMEDIATELY:
793                # VALUE OF do-remote IS REQUIRED FOR THE FILE CONNECTIONS (COPY OF I/O FILES).
794                # IF EXECUTION IS SCHEDULED FOR A REMOTE-MASCHINE, A BATCH-JOB
795                # MUST HAVE TO BE STARTED
796             if [[ $var = host ]]
797             then
798                if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
799                then
800                   do_batch=true
801                   do_remote=true
802                   case  $host  in
803                       (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|lcbullhh|lccrayb|lccrayh|lccrayf|lcflow|lckyoto|lcocean|nech|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckiaps|lckordi|lckyuh|lckyut|lcsb)  true;;
804                       (*)  printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
805                            printf "\n      is not available"
806                            locat=nqs; exit;;
807                   esac
808                else
809                   host=$localhost
810                fi
811             fi
812
813                # USER-DEFINED ENVIRONMENT VARIABLES MUST BE EXPORTED,
814                # BECAUSE THEY MAY BE REQUIRED IN OTHER SCRIPTS CALLED
815                # BY MRUN (E.G. subjob)
816             export  $var
817          fi
818
819
820
821
822       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "EC:" ]]
823       then
824
825             # LINE DEFINES ERROR-COMMAND
826          (( iec = iec + 1 ))
827          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
828          err_command[$iec]="$zeile"
829
830       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "IC:" ]]
831       then
832
833             # LINE DEFINES INPUT-COMMAND
834          (( iic = iic + 1 ))
835          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
836          in_command[$iic]="$zeile"
837
838       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "OC:" ]]
839       then
840
841             # LINE DEFINES OUTPUT-COMMAND
842          (( ioc = ioc + 1 ))
843          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
844          out_command[$ioc]="$zeile"
845
846       else
847
848             # LINE DEFINES FILE CONNECTION. READ THE FILE ATTRIBUTES.
849             # s2a: in/out - field
850             # s2b: loc    - field (optional)
851             # s2c: tr/ar  - field (optional)
852          s1=`echo $zeile | cut -d" " -f1`
853          s2=`echo $zeile | cut -d" " -s -f2`
854          s2a=$(echo $s2 | cut -d":" -f1)
855          if [[ $(echo $s2 | grep -c ":") = 0 ]]
856          then
857             s2b=""
858             s2c=""
859          else
860             s2b=`echo $s2 | cut -d":" -f2 | sed 's/:/ /g'`
861             s2c=`echo $s2 | cut -d":" -s -f3 | sed 's/:/ /g'`
862          fi
863          s3=`echo $zeile | cut -d" " -f3`
864          s4=`echo $zeile | cut -d" " -s -f4`
865          s5=`echo $zeile | cut -d" " -s -f5`
866          s6=`echo $zeile | cut -d" " -s -f6`
867
868       
869             # STORE FILE CONNECTION, IF ACTIVATED BY ACTIVATION-STRING FROM
870             # INPUT- OR OUTPUT-LIST.
871             # VARIABLE S3 MAY CONTAIN A LIST OF ACTIVATION STRINGS (FIELD-SEPERATOR ":").
872             # IF EXECUTION IS SCHEDULED FOR A REMOTE-MACHINE AND THE FILE IS ONLY
873             # LOCALLY REQUIRED ON THAT MACHINE (I.E. s2b = loc), THE FILE CONNECTION
874             # IS NOT CHECKED AND STORED.
875          IFSALT="$IFS"; IFS="$IFS:"
876          if [[ "$s2a" = in  &&  ! ( $do_remote = true  &&  ( "$s2b" = loc  ||  "$s2b" = locopt ) ) ]]
877          then
878             found=false
879             for  actual  in  $input_list
880             do
881                for  formal  in  $s3
882                do
883                   [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-" ]]  &&  found=true
884                done
885             done
886             if [[ $found = true ]]
887             then
888                (( iin = iin + 1 ))
889                localin[$iin]=$s1; transin[$iin]=$s2b; actionin[$iin]=$s2c;
890                typein[$iin]=$s3; pathin[$iin]=$s4; endin[$iin]=$s5;
891                extin[$iin]=$s6
892             fi
893          elif [[ "$s2a" = out  &&  ! ( $do_remote = true  &&  "$s2b" = loc ) ]]
894          then
895             found=false
896             for  actual  in  $output_list
897             do
898                for  formal  in  $s3 
899                do
900                   [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-"  ]]  &&  found=true
901                done
902             done
903             if [[ $found = true ]]
904             then
905                (( iout = iout + 1 ))
906                localout[$iout]=$s1; actionout[$iout]=$s2c; typeout[$iout]=$s3;
907                pathout[$iout]=$s4; endout[$iout]=$s5; extout[$iout]=$s6
908             fi
909          elif [[ "$s2a" != in  &&  "$s2a" != out ]]
910          then
911             printf "\n  +++ I/O-attribute in configuration file $config_file has the invalid"
912             printf "\n      value \"$s2\". Only \"in\" and \"out\" are allowed!"
913             locat=connect; exit
914          fi
915          IFS="$IFSALT"
916       fi
917    done < $config_file
918
919 else
920
921       # EVALUATE THE CONFIGURATION-FILE BY FORTRAN-PROGRAM
922    [[ $silent = false ]]  &&  printf "..."
923    interpreted_config_file=.icf.$RANDOM
924
925
926
927       # PROVIDE VALUES OF ENVIRONMENT-VARIABLE FOR interpret_config VIA NAMELIST-FILE
928    cat  >  .mrun_environment  <<  %%END%%
929 &mrun_environment  cond1 = '$cond1', cond2 = '$cond2',
930                    config_file = '$config_file', do_remote = '$do_remote',
931                    do_trace = '$do_trace', host = '$host',
932                    input_list = '$input_list', icf = '$interpreted_config_file',
933                    localhost = '$localhost', output_list = '$output_list' /
934
935%%END%%
936
937    if [[ "$host" != $localhost ]]
938    then
939
940          # REMOTE JOB FROM LOCAL HOST: JUST TAKE THE FIRST EXECUTABLE FOUND
941       interpret_config_executable=`ls -1 ${PALM_BIN}/interpret_config*.x 2>/dev/null`
942       if [[ $? != 0 ]]
943       then
944          printf "\n\n  +++ no interpret_config found"
945          printf "\n      run \"mbuild -u -h ...\" to generate utilities for this host"
946          locat=interpret_config; exit
947       fi
948       interpret_config_executable=`echo $interpret_config_executable | cut -d" " -f1`
949       $interpret_config_executable
950
951    else
952
953          # CHECK, IF THERE IS AN EXECUTABLE FOR THE BLOCK
954       if [[ ! -f ${PALM_BIN}/interpret_config${block}.x ]]
955       then
956          printf "\n\n  +++ no interpret_config found for given block \"$cond1 $cond2\""
957          printf "\n      run \"mbuild -u -h ...\" to generate utilities for this block"
958          locat=interpret_config; exit
959       else
960          interpret_config${block}.x
961       fi
962
963    fi
964    rm .mrun_environment
965
966
967       # EXECUTE SHELL-COMMANDS GENERATED BY interpret_config WITHIN THIS SHELL
968    chmod  u+x  $interpreted_config_file
969    export PATH=$PATH:.
970    . $interpreted_config_file
971    rm  $interpreted_config_file
972
973 fi
974
975
976    # VALUES OF MRUN-OPTIONS OVERWRITE THOSE FROM THE CONFIGURATION-FILE
977 [[ $mrun_memory     != 0   ]]  &&  memory=$mrun_memory
978 [[ "$mrun_group_number" != "none" ]]  &&  group_number=$mrun_group_number
979 [[ $mrun_cpumax     != 0   ]]  &&  cpumax=$mrun_cpumax
980 [[ "$mrun_numprocs" != ""  ]]  &&  numprocs=$mrun_numprocs
981 [[ "$max_par_io_str" != "" ]]  &&  maximum_parallel_io_streams=$max_par_io_str
982 [[ "$mrun_tasks_per_node" != "" ]]  &&  tasks_per_node=$mrun_tasks_per_node
983
984
985    # ON THE LOCAL MACHINE, DETERMINE (FROM THE CONFIGURATION-FILE) THE PATH
986    # FOR SOURCE-FILES TO BE COMPILED.
987    # IN A BATCH-JOB, SOURCES (ROUTINES TO BE COMPILED) ARE COMPLETE ALREADY.
988    # BEFORE MRUN IS CALLED IN THE JOB, SOURCES_COMPLETE = true IS ASSIGNED (SEE FURTHER BELOW).
989 if [[ "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
990 then
991
992       # FIRST CHECK, IF A GLOBAL SOURCE PATH (TO BE USED FOR ALL HOSTS)
993       # HAS BEEN DEFINED
994    source_path=""
995    line=""
996    grep "%source_path" $config_file  >  tmp_mrun
997    while read line
998    do
999       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
1000       then
1001          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -f3)" = "" ]]
1002          then
1003             global_source_path=`echo $line | cut -d" " -f2`
1004          fi
1005       fi
1006    done  <  tmp_mrun
1007
1008    line=""
1009    found=false
1010    grep  " $localhost" $config_file | grep "%source_path"  >  tmp_mrun
1011    while read line
1012    do
1013       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
1014       then
1015          if [[ $found = true ]]
1016          then
1017             printf "\n\n  +++ more than one source path found in configuration file"
1018             printf "\n      for local host \"$localhost\" "
1019             locat=source_path; exit
1020          fi
1021          source_path=`echo $line | cut -d" " -f2`
1022          found=true
1023       fi
1024    done  <  tmp_mrun
1025    rm  tmp_mrun
1026
1027    if [[ "$source_path" = "" ]]
1028    then
1029       if [[ "$global_source_path" != "" ]]
1030       then
1031          source_path=$global_source_path
1032       else
1033          printf "\n\n  +++ no source path found in configuration file"
1034          printf "\n      for local host \"$localhost\" "
1035          locat=source_path; exit
1036       fi
1037    fi
1038    eval source_path=$source_path
1039
1040    if [[ ! -d $source_path ]]
1041    then
1042       printf "\n\n  +++ source path \"$source_path\" on local host"
1043       printf "\n      \"$localhost\" does not exist"
1044       locat=source_path; exit
1045    fi
1046
1047 fi
1048
1049
1050    # GET THE GLOBAL REVISION-NUMBER OF THE SVN-REPOSITORY
1051    # (HANDED OVER TO RESTART-RUNS USING OPTION -G)
1052 if [[ "$global_revision" = ""  &&  $host != "ibmkisti" ]]
1053 then
1054    global_revision=`svnversion $source_path  2>/dev/null`
1055    global_revision="Rev: $global_revision"
1056 fi
1057
1058
1059    # ??? das darf doch eigentlich garnicht passieren, weil optionen config-datei uebersteuern ???
1060    # CHECK AGAIN, IF EXECUTION SHALL BE DONE ON A REMOTE-HOST (BATCH-JOB).
1061    # (HOST MAY HAVE CHANGED DUE TO SETTINGS IN THE CONFIGURATION-FILE)
1062 if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
1063 then
1064    do_batch=true
1065    do_remote=true
1066    case  $host  in
1067        (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|lcbullhh|lccrayb|lccrayh|lccrayf|lcflow|lckyoto|lcocean|nech|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckiaps|lckordi|lckyuh|lckyut|lcsb)  true;;
1068        (*)  printf "\n"
1069             printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
1070             printf "\n      is not available"
1071             locat=nqs; (( iec = 0 )); exit;;
1072    esac
1073 else
1074    host=$localhost
1075 fi
1076
1077
1078
1079    # IN CASE OF PARALLEL EXECUTION, CHECK SOME SPECIFICATIONS CONCERNING PROCESSOR NUMBERS
1080 if [[ "$cond1" = parallel  ||  "$cond2" = parallel ]]
1081 then
1082
1083       # CHECK, IF NUMBER OF CORES TO BE USED HAS BEEN GIVEN
1084    if [[ ! -n $numprocs ]]
1085    then
1086       printf "\n"
1087       printf "\n  +++ option \"-K parallel\" requires additional specification"
1088       printf "\n      of the number of processors to be used by"
1089       printf "\n      mrun-option \"-X\" or by environment-variable"
1090       printf "\n      \"numprocs\" in the configuration file"
1091       locat=numprocs; (( iec = 0 )); exit 
1092    fi
1093
1094       # CHECK, IF THE NUMBER OF CORES PER NODE HAS BEEN GIVEN UND IF IT IS AN
1095       # INTEGRAL DIVISOR OF THE TOTAL NUMBER OF CORES GIVEN BY OPTION -X
1096    if [[ "$tasks_per_node" = ""  &&  $host != lcflow  &&  $host != lcxt5m ]]
1097    then
1098       printf "\n"
1099       printf "\n  +++ option \"-T\" (tasks per node) is missing"
1100       printf "\n      set -T option or define tasks_per_node in the config file"
1101       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit 
1102    fi
1103
1104    if (( numprocs < tasks_per_node ))
1105    then
1106       printf "\n"
1107       printf "\n  +++ tasks per node (-T) cannot exceed total number of processors (-X)"
1108       printf "\n      given values: -T $tasks_per_node  -X $numprocs"
1109       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit 
1110    fi
1111
1112    if [[ $host != lcflow  &&  $host != lcxt5m ]]
1113    then
1114       (( nodes = numprocs / ( tasks_per_node * threads_per_task ) ))
1115       (( ival = $tasks_per_node ))
1116       (( pes = numprocs ))
1117       (( ii = pes / ival ))
1118       (( remaining_pes =  pes - ii * ival ))
1119       if (( remaining_pes > 0 ))
1120       then
1121          printf "\n"
1122          printf "\n  +++ WARNING: tasks per node (option \"-T\") is not an integral"
1123          printf "\n      divisor of the total number of processors (option \"-X\")"
1124          printf "\n      values of this mrun-call: \"-T $tasks_per_node\" \"-X $numprocs\""
1125          printf "\n      One of the nodes is filled with $remaining_pes instead of $tasks_per_node tasks"
1126          (( nodes = nodes + 1 ))
1127       fi
1128    fi
1129
1130
1131       # SETTINGS FOR SUBJOB-COMMAND
1132    OOPT="-O $threads_per_task"
1133
1134       # SET THE TOTAL NUMBER OF NODES, REQUIRED FOR THE SUBJOB-COMMAND (SEE FURTHER BELOW)
1135    if [[ "$tasks_per_node" != "" ]]
1136    then
1137       TOPT="-T $tasks_per_node"
1138    fi
1139
1140       # CHECK node_usage FOR ALLOWED VALUES AND SET DEFAULT VALUE, IF NECESSARY
1141    if [[ $node_usage = default ]]
1142    then
1143       if [[ $host = ibms ]]
1144       then
1145          node_usage=shared
1146       else
1147          node_usage=not_shared
1148       fi
1149    fi
1150
1151    if [[ $node_usage != shared  &&  $node_usage != not_shared  &&  $node_usage != singlejob  &&  "$(echo $node_usage | cut -c1-3)" != "sla" ]]
1152    then
1153       printf "\n"
1154       printf "\n  +++ node usage (option \"-n\") is only allowed to be set"
1155       printf "\n      \"shared\" or \"not_shared\""
1156       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit 
1157    fi
1158
1159 fi
1160
1161    # CHECK IF HOSTFILE EXISTS
1162 if [[ -n $hostfile ]]
1163 then
1164    if [[ ! -f $hostfile ]]
1165    then
1166       printf "\n"
1167       printf "\n  +++ hostfile \"$hostfile\" does not exist"
1168       locat=hostfile; exit
1169    fi
1170 fi
1171
1172
1173    # SET DEFAULT VALUE FOR THE MAXIMUM NUMBER OF PARALLEL IO STREAMS
1174 if [[ "$maximum_parallel_io_streams" = "" ]]
1175 then
1176    maximum_parallel_io_streams=$numprocs
1177 fi
1178
1179
1180    # SET PORT NUMBER OPTION FOR CALLS OF SSH/SCP, subjob AND batch_scp SCRIPTS
1181 if [[ "$scp_port" != "" ]]
1182 then
1183    PORTOPT="-P $scp_port"
1184    SSH_PORTOPT="-p $scp_port"
1185 fi
1186
1187
1188    # DETERMINE THE SSH-OPTION IN CASE THAT AN SSH-KEY IS EXPLICITLY GIVEN IN THE
1189    # CONFIG-FILE
1190 if [[ "$ssh_key" != "" ]]
1191 then
1192    ssh_key="-i $HOME/.ssh/$ssh_key"
1193 fi
1194
1195
1196    # SET DEFAULT-QUEUE, IF NOT GIVEN
1197 if [[ $queue = none ]]
1198 then
1199    case  $host  in
1200        (ibmh)       queue=cluster;;
1201        (ibmkisti)   queue=class.32plus;;
1202        (lcbullhh)   queue=compute;;
1203        (lccrayb)    queue=mpp1q;;
1204        (lccrayh)    queue=mpp1q;;
1205        (lckiaps)    queue=normal;;
1206        (lckyoto)    queue=ph;;
1207        (lckyuh)     queue=fx-single;;
1208        (lckyut)     queue=cx-single;;
1209        (lctit)      queue=S;;
1210        (nech)       queue=none;;
1211        (unics)      queue=unics;;
1212    esac
1213 fi
1214
1215
1216    # GENERATE FULL FILENAMES OF INPUT-FILES, INCLUDING THEIR PATH
1217    # CHECK, IF INPUT-FILES EXIST, AND DETERMINE HIGHEST CYCLE NUMBER (IF CYCLES EXIST)
1218 (( i = 0 ))
1219 while (( i < iin ))
1220 do
1221    (( i = i + 1 ))
1222    (( maxcycle = 0 ))
1223
1224       # GENERATE PATH AND FULL FILE NAME (then-BRANCH: FIXED FULL NAME IS GIVEN, I.E. THE
1225       # FILE IDENTIFIER IS NOT PART OF THE FILENAME))
1226    if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1227    then
1228       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${endin[$i]}  # EVALUATE REMOTE-PATH ON THE REMOTE
1229                                                    # HOST ONLY
1230       eval filename=${pathin[$i]}/${endin[$i]}
1231    else
1232       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}  # EVALUATE REMOTE-PATH ON THE REMOTE
1233                                                             # HOST ONLY
1234       eval filename=${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}
1235    fi
1236    eval pathname=${pathin[$i]}
1237
1238       # CHECK IF FILE EXISTS
1239    if [[ $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "not found") = 1  || \
1240          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "nicht gefunden") = 1  || \
1241          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "No such file") = 1  || \
1242          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "does not exist") = 1 ]]
1243    then
1244
1245          # FILES WITH ATTRIBUTE locopt ARE OPTIONAL. NO ABORT, IF THEY DO NOT EXIST.
1246       if [[ "${transin[$i]}" != "locopt" ]]
1247       then
1248          printf "\n\n  +++ INPUT-file: "
1249          if [[ "${extin[$i]}" = "" ]]
1250          then
1251             printf "\n           $filename"
1252          else
1253             printf "\n           $filename.${extin[$i]}"
1254          fi
1255          printf "\n      does not exist\n"
1256          locat=input; exit
1257       else
1258          transin[$i]="unavailable"
1259       fi
1260    else
1261
1262          # DETERMINE THE FILE'S CYCLE NUMBER
1263       ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1264       ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1265       while  read zeile
1266       do
1267          cycle=$(echo $zeile | cut -f2 -d".")
1268          if [[ "$cycle" = "$zeile" ]]
1269          then
1270             (( icycle = 0 ))
1271          elif [[ "$cycle" = "${extin[$i]}" ]]
1272          then
1273             (( icycle = 0 ))
1274          else
1275             (( icycle = $cycle ))
1276          fi
1277          if (( icycle > maxcycle ))
1278          then
1279             (( maxcycle = icycle ))
1280             file_to_be_used=$zeile
1281          fi
1282       done <filelist
1283       rm filelist
1284
1285          # APPEND CYCLE NUMBER TO FILENAME
1286       if (( maxcycle > 0 ))
1287       then
1288          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1289          then
1290             filename=${filename}.$maxcycle.${extin[$i]}
1291          else
1292             filename=${filename}.$maxcycle
1293          fi
1294       else
1295          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1296          then
1297             filename=${filename}.${extin[$i]}
1298          fi
1299       fi
1300       
1301          # STORE FILENAME WITHOUT PATH BUT WITH CYCLE NUMBER,
1302          # BECAUSE IT MIGHT BE REQUIRED LATER TO RESTORE THE FILE FROM AN ARCHIVE-SYSTEM
1303       absnamein[$i]=$filename
1304       if (( maxcycle > 0 ))
1305       then
1306          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1307          then
1308             frelin[$i]=${endin[$i]}.$maxcycle
1309          else
1310             frelin[$i]=${afname}${endin[$i]}.$maxcycle
1311          fi
1312       else
1313          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1314          then
1315             frelin[$i]=${endin[$i]}
1316          else
1317             frelin[$i]=${afname}${endin[$i]}
1318          fi
1319       fi
1320
1321    fi
1322 done
1323   
1324    # GENERATE FULL FILENAMES OF OUTPUT-FILES (WITHOUT $ OR ~),
1325    # CHECK, IF OUTPUT-FILES EXIST, AND DETERMINE HIGHEST CYCLE NUMBER (IF CYCLES EXIST),
1326    # OR, IN CASE THAT FILE DOES NOT EXIST, CHECK, IF IT CAN BE CREATED 
1327    # THESE ACTIONS ARE NOT CARRIED OUT, IF FILES SHALL BE TRASFERRED FROM THE REMOTE TO
1328    # THE LOCAL HOST (BECAUSE THEIR IS NO DIRECT ACCESS TO THE LOCAL DIRECTORIES FROM THE
1329    # REMOTE HOST)
1330 (( i = 0 ))
1331 while (( i < iout ))
1332 do
1333    (( i = i + 1 ))
1334    if [[ ! ( $fromhost != $localhost  &&  ( "${actionout[$i]}" = tr || "${actionout[$i]}" = tra || "${actionout[$i]}" = trpe ) ) ]]
1335    then
1336       if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
1337       then
1338          actionout[$i]=""
1339       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe ]]
1340       then
1341          actionout[$i]=pe
1342       elif [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
1343       then
1344          actionout[$i]=a
1345       fi
1346       (( maxcycle = 0 ))
1347       eval filename=${pathout[$i]}/${fname}${endout[$i]}
1348       eval catalogname=${pathout[$i]}
1349       if [[ $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "not found") = 1  || \
1350             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "nicht gefunden") = 1  || \
1351             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "No such file") = 1  || \
1352             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "does not exist") = 1 ]]
1353       then
1354     
1355             # IF OUTPUT-FILE DOES NOT EXIST CHECK, IF IT CAN BE CREATED
1356          if  cat /dev/null > $filename 
1357          then
1358             rm  $filename
1359          else
1360
1361                # CHECK, IF THE DIRECTORY WHERE FILE SHALL BE COPIED TO EXISTS
1362                # IF IT DOES NOT EXIST, TRY TO CREATE IT
1363             if [[ ! -d $catalogname ]]
1364             then
1365                if  mkdir -p  $catalogname
1366                then
1367                   printf "\n\n  *** directory:"
1368                   printf "\n           $catalogname"
1369                   printf "\n      was created\n"
1370                else
1371                   printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1372                   printf "\n           $filename"
1373                   printf "\n      cannot be created, because directory does not exist"
1374                   printf "\n      and cannot be created either"
1375                   printf "\n"
1376                   locat=output  ; exit
1377                fi 2>/dev/null
1378             else
1379                printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1380                printf "\n           $filename"
1381                printf "\n      cannot be created, although directory exists"
1382                printf "\n"
1383                locat=output  ; exit
1384             fi
1385          fi 2>/dev/null
1386       else
1387
1388             # DETERMINE THE CYCLE NUMBER
1389          ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1390          ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1391          while  read zeile
1392          do
1393             cycle=$(echo $zeile | cut -f2 -d".")
1394             if [[ "$cycle" = "$zeile"  ||  "$cycle" = ${extout[$i]} ]]
1395             then
1396                (( icycle = 1 ))
1397             else
1398                (( icycle = $cycle + 1 ))
1399             fi
1400             if (( icycle > maxcycle ))
1401             then
1402                (( maxcycle = icycle ))
1403             fi
1404          done <filelist
1405          rm filelist
1406       fi
1407
1408          # APPEND CYCLE NUMBER TO FILENAME AND CHECK, IF FILE CAN BE CREATED
1409          # IN CASE OF FILE-APPEND, FILE MUST BE APPENDED TO THE ONE WITH HIGHEST CYCLE NUMBER
1410       if [[ "${actionout[$i]}" != a ]]
1411       then
1412          if (( maxcycle > 0 ))
1413          then
1414             filename=${filename}.$maxcycle
1415             if  cat /dev/null > $filename 
1416             then
1417                rm  $filename
1418             else
1419                printf "\n  +++ OUTPUT-file:"
1420                printf "\n           $filename"
1421                printf "\n      cannot be created"
1422                locat=output  ; exit
1423             fi
1424          fi
1425       else
1426          (( maxcycle = maxcycle - 1 ))
1427          if (( maxcycle > 0 ))
1428          then
1429             filename=${filename}.$maxcycle
1430          fi
1431       fi
1432       
1433          # STORE FILENAME WITHOUT PATH BUT WITH CYCLE NUMBER,
1434          # BECAUSE IT MIGHT BE REQUIRED LATER TO STORE THE FILE ON AN ARCHIVE-SYSTEM
1435          # OR TO PUT THIS FILENAME ON FILE OUTPUT_FILE_CONNECTIONS
1436       pathout[$i]=$filename
1437       if (( maxcycle > 0 ))
1438       then
1439          frelout[$i]=${fname}${endout[$i]}.$maxcycle
1440       else
1441          frelout[$i]=${fname}${endout[$i]}
1442       fi
1443
1444    fi
1445 done
1446
1447
1448     # THE DVR-PACKAGE REQUIRES ITS OWN LIBRARY
1449 if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
1450 then
1451    if [[ "$dvr_inc" = "" ]]
1452    then
1453       printf "\n\n  +++ no value for \"dvr_inc\" given in configuration file"
1454       printf "\n      This is required for the dvrp_graphics package.\n"
1455       locat=dvr; exit
1456    fi
1457    if [[ "$dvr_lib" = "" ]]
1458    then
1459       printf "\n\n  +++ no value for \"dvr_lib\" given in configuration file"
1460       printf "\n      This is required for the dvrp_graphics package.\n"
1461       locat=dvr; exit
1462    fi
1463 fi
1464
1465
1466     # CHECK, WETHER A MAIN PROGRAM OR AN EXECUTABLE HAVE BEEN DECLARED.
1467     # EXECUTABLES DO NOT NEED TO BE COMPILED.
1468 if [[ "$mainprog" = ""  &&  "$executable" = "" ]]
1469 then
1470    printf "\n  +++ neither main program nor executable defined"
1471    locat=source; exit
1472 elif [[ "$mainprog" != ""  &&  "$executable" != "" ]]
1473 then
1474    printf "\n  +++ main program as well as executable defined"
1475    locat=source; exit
1476 elif [[ "$mainprog" = ""  &&  "$executable" != "" ]]
1477 then
1478    do_compile=false
1479 fi
1480
1481
1482    # CREATE SOURCE-DIRECTORY TO COLLECT ROUTINES TO BE COMPILED.
1483    # LATER THE MRUN-SCRIPT AND CONFIGURATION-FILE WILL ALSO BE COPIED TO THIS DIRECTORY.
1484 if [[ $restart_run != true  &&  "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1485 then
1486    rm -rf  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1487    mkdir   SOURCES_FOR_RUN_$fname
1488 fi
1489
1490
1491    # COLLECT ALL ROUTINES TO BE COMPILED
1492    # THIS IS NOT REQUIRED WITHIN BATCH-JOBS, BECAUSE ROUTINES HAVE ALREADY BEEN COLLECTED
1493    # BY THE MRUN-CALL WHICH CREATED THE BATCH-JOB.
1494 if [[ $do_compile = true  &&  "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1495 then
1496
1497    [[ "$source_list" = LM ]]  &&  source_list=LOCALLY_MODIFIED
1498
1499    if [[ "$source_list" = LOCALLY_MODIFIED ]]
1500    then
1501
1502          # DETERMINE MODIFIED FILES OF THE SVN WORKING COPY
1503       source_list=""
1504       cd  $source_path
1505
1506
1507          # CHECK, IF DIRECTORY IS UNDER SVN CONTROL
1508       if [[ ! -d .svn ]]
1509       then
1510          printf "\n\n  +++ source directory"
1511          printf "\n         \"$source_path\" "
1512          printf "\n         is not under control of \"subversion\"."
1513          printf "\n         Please do not use mrun-option \"-s LOCALLY_MODIFIED\"\n"
1514       fi
1515
1516
1517          # LIST ALL MODIFIED SOURCE CODE FILES
1518       Filenames=""
1519       svn status  >  tmp_mrun
1520       while  read line
1521       do
1522          firstc=`echo $line | cut -c1`
1523          if [[ $firstc = M  ||  $firstc = "?" ]]
1524          then
1525             Name=`echo "$line" | cut -c8-`
1526             extension=`echo $Name | cut -d. -f2`
1527             if [[ "$extension" = f90 || "$extension" = F90 || "$extension" = f || "$extension" = F || "$extension" = c ]]
1528             then
1529                Filenames="$Filenames "$Name
1530             fi
1531          fi
1532       done < tmp_mrun
1533
1534
1535          # COPY FILES TO SOURCES_FOR_RUN_...
1536       for  dateiname  in  $Filenames
1537       do
1538          cp  $dateiname  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1539          source_list=$source_list"$dateiname "
1540       done
1541
1542       cd -  > /dev/null
1543
1544
1545       # COPY FILES GIVEN BY OPTION -s TO DIRECTORY SOURCES_FOR_RUN_...
1546       # AUTOMATIC RESTART RUNS JUST ACCESS THE DIRECTORY CREATED BY THE INITIAL RUN
1547    elif [[ "$source_list" != ""  &&  $restart_run != true ]]
1548    then
1549
1550       cd  $source_path
1551
1552       for  filename  in  $source_list
1553       do
1554
1555             # SOURCE CODE FILE IS NOT ALLOWED TO INCLUDE PATH
1556          if [[ $(echo $filename | grep -c "/") != 0 ]]
1557          then
1558             printf "\n  +++ source code file:  $filename"
1559             printf "\n      must not contain (\"/\") "
1560             locat=source; exit
1561          fi
1562
1563          if [[ ! -f $filename ]]
1564          then
1565             printf "\n  +++ source code file:  $filename"
1566             printf "\n      does not exist"
1567             locat=source; exit
1568          else
1569             cp  $filename  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1570          fi
1571
1572       done
1573
1574       cd -  > /dev/null
1575
1576    fi
1577
1578
1579       # CHECK, IF A MAIN PROGRAM EXISTS AND IF IT IS PART OF THE LIST OF FILES
1580       # TO BE COMPILED. IF NOT, ADD IT TO THE LIST.
1581    if [[ $restart_run != true ]]
1582    then
1583
1584       if [[ ! -f "$source_path/$mainprog" ]]
1585       then
1586          printf "\n\n  +++ main program:  $mainprog"
1587          printf "\n      does not exist in source directory"
1588          printf "\n      \"$source_path\"\n"
1589          locat=source; exit
1590       else
1591          if [[ $(echo $source_list | grep -c $mainprog) = 0 ]]
1592          then
1593             cp  $source_path/$mainprog  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1594             source_list=${mainprog}" $source_list"
1595          fi
1596       fi
1597    fi
1598
1599
1600       # CHECK, IF MAKEFILE EXISTS AND COPY IT TO THE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY
1601       # NOT REQUIRED FOR RESTART RUNS, SOURCES_FOR_RUN... HAS BEEN CREATED BY THE INITIAL RUN
1602    if [[ "$restart_run" != true ]]
1603    then
1604       [[ "$makefile" = "" ]]  &&  makefile=$source_path/Makefile
1605       if [[ ! -f $makefile ]]
1606       then
1607          printf "\n  +++ file \"$makefile\" does not exist"
1608          locat=make; exit
1609       else
1610          cp  $makefile  SOURCES_FOR_RUN_$fname/Makefile
1611       fi
1612    fi
1613
1614
1615       # COPY FILES FROM OPTIONAL SOURCE PATH GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
1616    if [[ $restart_run != true  &&  "$add_source_path" != "" ]]
1617    then
1618
1619          # DOES THE DIRECTORY EXIST?
1620       if [[ ! -d $add_source_path ]]
1621       then
1622          printf "\n\n  *** INFORMATIVE: additional source code directory"
1623          printf "\n      \"$add_source_path\" "
1624          printf "\n      does not exist or is not a directory."
1625          printf "\n      No source code will be used from this directory!\n"
1626          add_source_path=""
1627          if [[ $silent == false ]]
1628          then
1629             sleep 3
1630          fi
1631       else
1632
1633          cd $add_source_path
1634          found=false
1635
1636          Names=$(ls -1 *.f90 2>&1)
1637          [[ $(echo $Names | grep -c '*.f90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$Names"
1638          Names=$(ls -1 *.F90 2>&1)
1639          [[ $(echo $Names | grep -c '*.F90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1640          Names=$(ls -1 *.F 2>&1)
1641          [[ $(echo $Names | grep -c '*.F') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1642          Names=$(ls -1 *.f 2>&1)
1643          [[ $(echo $Names | grep -c '*.f') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1644          Names=$(ls -1 *.c 2>&1)
1645          [[ $(echo $Names | grep -c '*.c') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1646
1647          cd -  > /dev/null
1648          cd  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1649
1650             # COPY MAKEFILE IF EXISTING
1651          if [[ -f $add_source_path/Makefile ]]
1652          then
1653             printf "\n\n  *** user Makefile from directory"
1654             printf "\n      \"$add_source_path\" is used \n"
1655             if [[ $silent == false ]]
1656             then
1657                sleep 1
1658             fi
1659             cp  $add_source_path/Makefile  .
1660          fi
1661
1662          for  dateiname  in  $AddFilenames
1663          do
1664             if [[ -f $dateiname ]]
1665             then
1666                printf "\n  +++ source code file \"$dateiname\" found in additional"
1667                printf "\n      source code directory \"$add_source_path\" "
1668                printf "\n      but was also given with option \"-s\" which means that it should be taken"
1669                printf "\n      from directory \"$source_path\"."
1670                locat=source; exit
1671             fi
1672
1673             cp  $add_source_path/$dateiname  .
1674             source_list="$source_list $dateiname"
1675
1676                # CHECK IF FILE IS CONTAINED IN MAKEFILE
1677             if [[ $(grep -c $dateiname Makefile) = 0 ]]
1678             then
1679                printf "\n\n  +++ user file \"$dateiname\" "
1680                printf "\n      is not listed in Makefile \n"
1681                locat=source; exit
1682             else
1683
1684                if [[ $found = false ]]
1685                then
1686                   found=true
1687                   printf "\n\n  *** following user file(s) added to the"
1688                   printf " files to be translated:\n      "
1689                fi
1690                printf "$dateiname  "
1691                if [[ $silent == false ]]
1692                then
1693                   sleep 0.5
1694                fi
1695
1696             fi
1697          done
1698          [[ $found = true ]]  &&  printf "\n"
1699          cd -  > /dev/null
1700       fi
1701    fi
1702
1703
1704       # ADD ALL ROUTINES BELONGING TO SOFTWARE PACKAGES (GIVEN BY OPTION -p)
1705       # TO THE LIST OF FILES TO BE COMPILED
1706    if [[ $restart_run != true  &&  -n $package_list ]]
1707    then
1708
1709       cd  $source_path
1710
1711       for  package  in  $package_list
1712       do
1713
1714          [[ $package = "dvrp_graphics+1PE" ]]  &&  package=dvrp_graphics
1715
1716             # DETERMINE FILES BELONGING TO THE PACKAGE
1717             # ERROR MESSAGE ARE REDIRECTED TO /dev/null, BECAUSE WILDCARD (*) ALSO GIVES
1718             # THE NAME OF THE DIRECTORY
1719          package_source_list=`grep "defined( __$package " * 2>/dev/null | cut -f1 -d:`
1720
1721
1722             # ADD THESE FILES TO THE LIST OF FILES TO BE COMPILED,
1723             # IF THEY ARE NOT ALREADY PART OF THE LIST
1724          for  source_list_name  in  $package_source_list
1725          do
1726             if [[ $(echo $source_list | grep -c $source_list_name) = 0 ]]
1727             then
1728
1729                    # ONLY TAKE FILES WITH VALID SUFFIX
1730                ending=`echo $source_list_name | cut -f2 -d.`
1731                if [[ "$ending" = f90  ||  "$ending" = F90  ||  "$ending" = f  ||  "$ending" = F  ||  "$ending" = c ]]
1732                then
1733                   cp  $source_list_name  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1734                   source_list="$source_list $source_list_name"
1735                fi
1736             fi
1737          done
1738       done
1739
1740       cd -  > /dev/null
1741    fi
1742
1743 fi  # do_compile=true
1744
1745
1746    # IF SOURCE CODE IS TO BE COMPILED, DO SOME MORE CHECKS
1747    # AND SET PRE-PROCESSOR DIRECTIVES
1748 if [[ $do_compile = true  ||  $create_executable_for_batch = true ]]
1749 then
1750
1751       # SET PREPROCESSOR-DIRECTIVES TO SELECT OPERATING SYSTEM SPECIFIC CODE
1752    if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1753    then
1754       cpp_options="${cpp_options},-D__ibm=__ibm"
1755    elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = nec ]]
1756    then
1757       cpp_options="$cpp_options -D__nec"
1758    elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-2) = lc ]]
1759    then
1760       cpp_options="$cpp_options -D__lc"
1761    else
1762       cpp_options="$cpp_options -D__$localhost"
1763    fi
1764
1765       # SET DIRECTIVES GIVEN BY OPTION -K (E.G. parallel)
1766    if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1767    then
1768       [[ -n $cond1 ]]  &&  cpp_options="${cpp_options},-D__$cond1=__$cond1"
1769       [[ -n $cond2 ]]  &&  cpp_options="${cpp_options},-D__$cond2=__$cond2"
1770    else
1771       [[ -n $cond1 ]]  &&  cpp_options="$cpp_options -D__$cond1"
1772       [[ -n $cond2 ]]  &&  cpp_options="$cpp_options -D__$cond2"
1773    fi
1774
1775       # SET DIRECTIVES FOR ACTIVATING SOFTWARE-PACKAGES (OPTION -p)
1776    if [[ -n $package_list ]]
1777    then
1778       for  package  in  $package_list
1779       do
1780          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1781          then
1782             if [[ $package != "dvrp_graphics+1PE" ]]
1783             then
1784                cpp_options="${cpp_options},-D__$package=__$package"
1785             else
1786                cpp_options="${cpp_options},-D__dvrp_graphics=__dvrp_graphics"
1787                export use_seperate_pe_for_dvrp_output=true
1788             fi
1789          else
1790             if [[ $package != "dvrp_graphics+1PE" ]]
1791             then
1792                cpp_options="$cpp_options -D__$package"
1793             else
1794                cpp_options="$cpp_options -D__dvrp_graphics"
1795                export use_seperate_pe_for_dvrp_output=true
1796             fi
1797          fi
1798       done
1799    fi
1800
1801       # SET DIRECTIVES GIVEN BY OPTION -D
1802    if [[ -n $cpp_opts ]]
1803    then
1804       for  popts  in  $cpp_opts
1805       do
1806          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1807          then
1808             cpp_options="${cpp_options},-D__$popts=__$popts"
1809          else
1810             cpp_options="$cpp_options -D__$popts"
1811          fi
1812       done
1813    fi
1814
1815 else
1816
1817
1818       # FOR LOCAL RUNS CHECK AGAIN, IF EXECUTABLE EXISTS
1819    if [[ $do_remote = false ]]
1820    then
1821       if [[ ! -f $executable ]]
1822       then
1823          printf "\n  +++ executable file:  $executable"
1824          printf "\n      does not exist"
1825          locat=executable; exit
1826       fi
1827    fi
1828 fi
1829
1830
1831    # DETERMINE THE JOB MODE
1832 if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1833 then
1834    if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
1835    then
1836       batch_job=.TRUE.
1837       jobmo=BATCH
1838    else
1839       batch_job=.FALSE.
1840       jobmo=INTERACTIVE
1841    fi 
1842 else
1843    if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
1844    then
1845       batch_job=.TRUE.
1846       jobmo=BATCH
1847    else
1848       batch_job=.FALSE.
1849       jobmo=INTERACTIVE
1850    fi
1851 fi
1852
1853    # NO INTERACTIVE RUNS ALLOWED ON LCTIT
1854 if [[ $host = lctit  &&  $jobmo = INTERACTIVE  &&  $do_batch = false ]]
1855 then
1856    printf "\n  +++ no interactive runs allowed on host \"$host\" "
1857    printf "\n      please submit batch job using mrun option \"-b\" \n"
1858    locat=normal; exit
1859 fi
1860
1861
1862    # CHECK, IF USER DEFINED A COMPILER
1863 if [[ "$compiler_name" = "" ]]
1864 then
1865
1866    printf "\n  +++ no compiler specified for \"$host $cond1 $cond2\""
1867    locat=compiler_name; exit
1868
1869 fi
1870
1871
1872    # DETERMINE THE NAME OF MRUN'S TEMPORARY WORKING DIRECTORY
1873
1874    # ON HLRN-III, USE THE QUEUING NAME. OTHERWISE USE USERNAME AND RANDOM NUMBER
1875 if [[ $do_batch = false && $(echo $host | cut -c1-6) = lccray ]]
1876 then
1877    kennung=$(checkjob $PBS_JOBID | grep Reservation | cut -d" " -s -f2 | cut -d"." -s -f2 | sed "s/['\"]//g")
1878    if [[ "$kennung" = "" ]]
1879    then
1880       kennung=$RANDOM
1881    fi
1882 else
1883    kennung=$RANDOM
1884 fi
1885
1886 if [[ "$tmp_user_catalog" = "" ]]
1887 then
1888    if [[ $localhost = ibmh ]]
1889    then
1890       tmp_user_catalog=$SCRATCH
1891    elif [[ $localhost = nech ]]
1892    then
1893       tmp_user_catalog=$WRKSHR
1894    else
1895       tmp_user_catalog=/tmp
1896    fi
1897 fi
1898 TEMPDIR=$tmp_user_catalog/${usern}.$kennung
1899
1900
1901    # DETERMINE THE NAME OF THE DIRECTORY WHICH IS USED TO TEMPORARILY STORE DATA FOR RESTART RUNS
1902 if [[ "$tmp_data_catalog" = "" ]]
1903 then
1904    if [[ $localhost = nech ]]
1905    then
1906       tmp_data_catalog=$WRKSHR/mrun_restart_data
1907    else
1908       tmp_data_catalog=/tmp/mrun_restart_data
1909    fi
1910 fi
1911
1912
1913    # IN CASE OF LOCAL RUNS REPLACE ENVIRONMENT VARIABLES BY THEIR VALUES
1914 if [[ $do_remote = false  &&  $do_compile = true  ||  $create_executable_for_batch = true ]]
1915 then
1916    eval  fopts=\"$fopts\"
1917    eval  lopts=\"$lopts\"
1918 fi
1919
1920
1921    # DETERMINE COMPILE- AND LINK-OPTIONS
1922 fopts="$fopts $netcdf_inc $fftw_inc $dvr_inc"
1923 lopts="$lopts $netcdf_lib $fftw_lib $dvr_lib"
1924 XOPT="-X $numprocs"
1925
1926
1927    # CHECK THE CPU-LIMIT. IT MUST BE GIVEN FOR BATCH-JOBS AND IS COMMUNICATED TO THE
1928    # EXECUTABLE VIA NAMELIST-PARAMETER cputime
1929 done=false
1930 while [[ $done = false ]]
1931 do
1932    cputime=$cpumax
1933    if (( $cputime == 0 ))
1934    then
1935       if [[ $do_batch = true ]]
1936       then
1937          printf "\n  +++ cpu-time is undefined"
1938          printf "\n  >>> Please type CPU-time in seconds as INTEGER:"
1939          printf "\n  >>> "
1940          read  cputime  1>/dev/null  2>&1
1941       else
1942          cputime=10000000   # NO CPU LIMIT FOR INTERACTIVE RUNS
1943       fi
1944    else
1945       done=true
1946    fi
1947    cpumax=$cputime
1948 done
1949
1950 (( minuten = cputime / 60 ))
1951 (( sekunden = cputime - minuten * 60 ))
1952
1953
1954    # CHECK THE MEMORY DEMAND
1955 if [[ $do_batch = true ]]
1956 then
1957    done=false
1958    while [[ $done = false ]]
1959    do
1960       if (( memory == 0 ))
1961       then
1962          printf "\n  +++ memory demand is undefined"
1963          printf "\n  >>> Please type memory in  MByte per process  as INTEGER:"
1964          printf "\n  >>> "
1965          read  memory  1>/dev/null  2>&1
1966       else
1967          done=true
1968       fi
1969    done
1970 fi
1971
1972
1973    # IN CASE OF REMOTE-JOBS CHECK, IF A USERNAME FOR THE REMOTE HOST IS GIVEN
1974 if [[ $do_remote = true  &&  -z $remote_username ]]
1975 then
1976    while [[ -z $remote_username ]]
1977    do
1978       printf "\n  +++ username on remote host \"$host\" is undefined"
1979       printf "\n  >>> Please type username:"
1980       printf "\n  >>> "
1981       read  remote_username
1982    done
1983    mc="$mc -u$remote_username"
1984 fi
1985
1986    # CHECK FOR INITIAL COMMANDS AFTER LOGIN
1987 if [[ "$login_init_cmd" != "" ]]
1988 then
1989    export init_cmds="${login_init_cmd};"
1990 fi
1991
1992
1993    # SET THE MODULE-LOAD COMMAD AND EXPORT IT FOR subjob
1994 if [[ "$modules" != "" ]]
1995 then
1996    if [[ $host = lctit ]]
1997    then
1998       export module_calls=". $modules"
1999    else
2000       export module_calls="module load ${modules};"
2001    fi
2002 fi
2003
2004    # OUTPUT OF THE MRUN-HEADER
2005 calltime=$(date)
2006 printf "\n"
2007 printf "#------------------------------------------------------------------------# \n"
2008 printf "| %-35s%35s | \n" "$version" "$calltime"
2009 printf "|                                                                        | \n"
2010 spalte1="called on:"; spalte2=$localhost_realname
2011 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2012 if [[ $do_remote = true ]]
2013 then
2014    spalte1="execution on:"; spalte2="$host (username: $remote_username)"
2015 else
2016    spalte1="execution on:"; spalte2="$host ($localhost_realname)"
2017 fi
2018 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2019 if [[ -n $numprocs ]]
2020 then
2021    if [[ $run_coupled_model = false ]]
2022    then
2023       spalte1="number of PEs:"; spalte2=$numprocs
2024    else
2025       spalte1="number of PEs:"; spalte2="$numprocs  (atmosphere: $numprocs_atmos, ocean: $numprocs_ocean)"
2026    fi
2027    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2028 fi
2029 if [[ -n $tasks_per_node ]]
2030 then
2031    spalte1="tasks per node:"; spalte2="$tasks_per_node (number of nodes: $nodes)"
2032    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2033    if (( remaining_pes > 0 ))
2034    then
2035       spalte1=" "; spalte2="one of the nodes only filled with $remaining_pes tasks"
2036       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2037    fi
2038 fi
2039 if [[ $maximum_parallel_io_streams != $numprocs ]]
2040 then
2041    spalte1="max par io streams:"; spalte2="$maximum_parallel_io_streams"
2042    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2043 fi
2044 if [[ $use_openmp = true ]]
2045 then
2046    spalte1="threads per task:"; spalte2="$threads_per_task"
2047    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2048 fi
2049 printf "|                                                                        | \n"
2050 if [[ $do_compile = true ]]
2051 then
2052    if [[ "$mopts" != "" ]]
2053    then
2054       spalte1="make options:"; spalte2=$(echo "$mopts" | cut -c-45)
2055       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2056       zeile=$(echo "$mopts" | cut -c46-)
2057       while [[ "$zeile" != "" ]]
2058       do
2059          spalte1=""
2060          spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2061          printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2062          zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2063       done
2064    fi
2065
2066    spalte1="cpp directives:"; spalte2=$(echo "$cpp_options" | cut -c-45)
2067    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2068    zeile=$(echo "$cpp_options" | cut -c46-)
2069    while [[ "$zeile" != "" ]]
2070    do
2071       spalte1=""
2072       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2073       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2074       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2075    done
2076
2077    spalte1="compiler options:"; spalte2=$(echo "$fopts" | cut -c-45)
2078    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2079    zeile=$(echo "$fopts" | cut -c46-)
2080    while [[ "$zeile" != "" ]]
2081    do
2082       spalte1=""
2083       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2084       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2085       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2086    done
2087
2088    spalte1="linker options:"; spalte2=$(echo "$lopts" | cut -c-45)
2089    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2090    zeile=$(echo "$lopts" | cut -c46-)
2091    while [[ "$zeile" != "" ]]
2092    do
2093       spalte1=""
2094       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2095       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2096       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2097    done
2098
2099    spalte1="modules to be load:"; spalte2=$(echo "$modules" | cut -c-45)
2100    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2101    zeile=$(echo "$modules" | cut -c46-)
2102    while [[ "$zeile" != "" ]]
2103    do
2104       spalte1=""
2105       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2106       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2107       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2108    done
2109
2110    spalte1="main program:"; spalte2=$mainprog
2111    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2112 else
2113    spalte1=executable:; spalte2=$executable
2114    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2115 fi
2116 printf "|                                                                        | \n"
2117 spalte1="base name of files:"; spalte2=$fname
2118 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2119 if [[ $fname != $afname ]]
2120 then
2121    spalte1="base name of input files:"; spalte2=$afname
2122    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2123 fi
2124 spalte1="INPUT control list:"; spalte2=$(echo $input_list)
2125 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2126 spalte1="OUTPUT control list:"; spalte2=$(echo $output_list)
2127 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2128
2129 if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
2130 then
2131    printf "| %-35s%-35s | \n" "suffix \"_O\" is added to local files" " "
2132 fi
2133
2134 if [[ $do_batch = true  ||  "$LOADLBATCH" = yes ]]
2135 then
2136    spalte1="memory demand / PE":; spalte2="$memory MB"
2137    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2138    spalte1=CPU-time:; spalte2="$minuten:$sekunden"
2139    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2140 fi
2141
2142 if [[ $do_compile = true ]]
2143 then
2144    printf "|                                                                        | \n"
2145    printf "| Files to be compiled:                                                  | \n"
2146    zeile=$source_list
2147    while [[ "$zeile" != "" ]]
2148    do
2149       linestart=$(echo $zeile | cut -c-70)
2150       printf "| %-70s | \n" "$linestart"
2151       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c71-)
2152    done
2153 fi
2154 printf "#------------------------------------------------------------------------#"
2155
2156
2157
2158    # OUTPUT OF FILE CONNECTIONS IN CASE OF TRACEBACK
2159 if [[ $do_trace = true ]]
2160 then
2161    (( i = 0 ))
2162    while (( i < iin ))
2163    do
2164       (( i = i + 1 ))
2165       if (( i == 1 ))
2166       then
2167          printf "\n\n >>> INPUT-file assignments:\n"
2168       fi
2169       printf "\n     ${localin[$i]} :  ${absnamein[$i]}"
2170    done
2171    (( i = 0 ))
2172    while (( i < iout ))
2173    do
2174       (( i = i + 1 ))
2175       if (( i == 1 ))
2176       then
2177          printf "\n\n >>> OUTPUT-file assignments:\n"
2178       fi
2179       printf "\n     ${localout[$i]} :  ${pathout[$i]}"
2180    done
2181    (( i = 0 ))
2182    while (( i < iic ))
2183    do
2184       (( i = i + 1 ))
2185       if (( i == 1 ))
2186       then
2187          printf "\n\n >>> INPUT-commands:\n"
2188       fi
2189       printf "\n     ${in_command[$i]}" 
2190    done
2191    (( i = 0 ))
2192    while (( i < ioc ))
2193    do
2194       (( i = i + 1 ))
2195       if (( i == 1 ))
2196       then
2197          printf "\n\n >>> OUTPUT-commands:\n"
2198       fi
2199       printf "\n     ${out_command[$i]}" 
2200    done
2201 fi
2202
2203    # QUERY FOR CONTINUE (ON LOCAL MACHINES ONLY)
2204 if [[ $remotecall = false  &&  $silent = false  &&  $jobmo != BATCH ]]
2205 then
2206    antwort=dummy
2207    printf "\n\n"
2208    printf " >>> everything o.k. (y/n) ?  "
2209    while  read antwort
2210    do
2211       if [[ "$antwort" != y  &&  "$antwort" != Y  &&  "$antwort" != n  &&  "$antwort" != N ]]
2212       then
2213          printf " >>> everything o.k. (y/n) ?  "
2214       else
2215          break
2216       fi
2217    done
2218    if [[ $antwort = n  ||  $antwort = N ]]
2219    then
2220       locat=user_abort; (( iec = 0 )); exit
2221    fi
2222    if [[ $do_batch = true ]]
2223    then
2224       printf " >>> batch-job will be created and submitted"
2225    else
2226       printf " >>> MRUN will now continue to execute on this machine"
2227    fi
2228 fi
2229
2230 
2231    # DETERMINE PATH FOR MAKE DEPOSITORY
2232 if [[ $do_batch = false  ||  $create_executable_for_batch = true ]]
2233 then
2234
2235    line=""
2236    grep "%depository_path" $config_file  >  tmp_mrun
2237    while read line
2238    do
2239       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2240       then
2241          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -s -f3)" = "" ]]
2242          then
2243             global_depository_path=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
2244          fi
2245       fi
2246    done < tmp_mrun
2247
2248    line=""
2249    grep  " $localhost" $config_file | grep "%depository_path"  >  tmp_mrun
2250    while read line
2251    do
2252       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2253       then
2254          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -s -f4)" = "$cond1"  &&  "$(echo $line | cut -d" " -s -f5)" = "$cond2" ]]
2255          then
2256             local_depository_path=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
2257          fi
2258       fi
2259    done < tmp_mrun
2260
2261    if [[ "$local_depository_path" = "" ]]
2262    then
2263       if [[ "$global_depository_path" != "" ]]
2264       then
2265          local_depository_path=$global_depository_path
2266       else
2267          printf "\n\n  +++ no depository path found in configuration file"
2268          printf "\n      for local host \"$localhost\" "
2269          printf "\n      please set \"\%depository_path\" in configuration file\n"
2270          locat=config_file; exit
2271       fi
2272    fi
2273    eval local_depository_path=$local_depository_path
2274    [[ "$cond1" != "" ]]  &&  local_depository_path=${local_depository_path}_$cond1
2275    [[ "$cond2" != "" ]]  &&  local_depository_path=${local_depository_path}_$cond2
2276
2277
2278    basename=`echo $mainprog | cut -f1 -d"."`
2279    eval make_depository=${local_depository_path}/${basename}_current_version.tar
2280    if [[ ! -f $make_depository ]]
2281    then
2282       printf "\n"
2283       printf "\n  *** WARNING: make depository \"$make_depository\" not found"
2284       printf "\n               \"make\" will fail, if the Makefile or other source files are missing\n"
2285    fi
2286
2287 fi
2288
2289
2290    # NOW PERFORM THOSE ACTIONS REQUIRED TO EXECUTE THE PROGRAM (PALM) ON THIS MACHINE
2291    # (COMPILING/LINKING, EXECUTING, COPYING I/O FILES)
2292 if [[ $do_batch = false ]]
2293 then
2294
2295
2296       # CREATE THE TEMPORARY WORKING DIRECTORY
2297    mkdir -p  $TEMPDIR
2298    chmod  go+rx  $TEMPDIR
2299    tmpcreate=true
2300
2301
2302       # COPY EITHER THE COMPLETE SOURCE CODE FILES TO BE COMPILED OR THE EXECUTABLE
2303       # INTO THE TEMPORARY WORKING DIRECTORY
2304    if [[ $do_compile = true ]]
2305    then
2306
2307          # ON NEC, COMPILATION IS DONE ON HOST CROSS VIA CROSS COMPILING
2308          # CREATE A TEMPORARY DIRECTORY ON THAT MACHINE (HOME MOUNTED VIA NFS)
2309       if [[ $localhost = nech ]]
2310       then
2311          TEMPDIR_COMPILE=$HOME/work/${usern}.$kennung
2312          if  mkdir -p  $TEMPDIR_COMPILE
2313          then
2314             printf "\n  *** \"$TEMPDIR_COMPILE\" "
2315             printf "\n      is generated as temporary directory for cross compiling\n"
2316          else
2317             printf "\n  +++ creating directory \"$TEMPDIR_COMPILE\" "
2318             printf "\n      needed for cross compilation failed"
2319             locat=compile
2320             exit
2321          fi
2322       else
2323          TEMPDIR_COMPILE=$TEMPDIR
2324       fi
2325
2326       cp  $make_depository  $TEMPDIR_COMPILE
2327       cd  $TEMPDIR_COMPILE
2328       tar -xf  $make_depository  >  /dev/null  2>&1
2329       cd -  > /dev/null
2330
2331          # DUE TO UNKNOWN REASONS, COPY WITH cp COMMAND CREATES CORRUPT
2332          # FILES ON CRAY XC30 SYSTEMS (HLRN III), rsync IS USED INSTEAD
2333       if [[ $(echo $host | cut -c1-6) = lccray ]]
2334       then
2335          rsync -av -t  SOURCES_FOR_RUN_$fname/*  $TEMPDIR_COMPILE  >  /dev/null
2336       else
2337          cp  SOURCES_FOR_RUN_$fname/*  $TEMPDIR_COMPILE  >  /dev/null
2338       fi
2339
2340    else
2341
2342       cp  $executable   ${TEMPDIR}/a.out
2343
2344    fi
2345
2346
2347       # CHANGE TO THE TEMPORARY WORKING DIRECTORY
2348    cd  $TEMPDIR
2349    printf "\n  *** changed to temporary directory: $TEMPDIR"
2350
2351
2352       # THE FOLLOWING IS REQUIRED FPR AVS-OUTPUT WITH PALM  ??? REMOVE ???
2353       # WRITE INFORMATIONS ABOUT THE OUTPUT-FILE CONNECTIONS TO A TEMPORARY FILE
2354       # THIS FILE CAN LATER BE READ FROM USER-DEFINED CODE TO DETERMINE THE
2355       # RELATION BETWEEN THE LOCAL TEMPORARY AND PERMANENT FILE NAMES
2356    (( i = 0 ))
2357    while (( i < iout ))
2358    do
2359       (( i = i + 1 ))
2360       if [[ "${actionout[$i]}" = tr  ||  "${actionout[$i]}" = tra  ||  "${actionout[$i]}" = trpe ]]
2361       then
2362          printf "${localout[$i]} ${actionout[$i]}\n${pathout[$i]}\n${localhost}_${fname}${endout[$i]}\n" >> OUTPUT_FILE_CONNECTIONS
2363       else
2364          printf "${localout[$i]} ${actionout[$i]}\n${pathout[$i]}\n${frelout[$i]}\n" >> OUTPUT_FILE_CONNECTIONS
2365       fi
2366    done
2367
2368
2369       # IF REQUIRED, START WITH COMPILING
2370    if [[ $do_compile = true ]]
2371    then
2372
2373
2374       if [[ -f a.out ]]
2375       then
2376
2377             # EXECUTABLE WAS CREATED DURING INTERACTIVE CALL OF MRUN
2378          printf "\n\n\n  *** executable a.out found"
2379          printf "\n      no compilation required \n"
2380
2381       else
2382
2383             # COMPILING WITH MAKE (ON NEC COMPILER IS CALLED ON HOST CROSS)
2384          printf "\n\n\n  *** compilation starts \n$dashes\n"
2385          printf "  *** compilation with make using following options:\n"
2386          printf "      make depository:          $make_depository"
2387          if [[ "$mopts" != "" ]]
2388          then
2389             printf "      make options:             $mopts\n"
2390          fi
2391          printf "      compilername:             $compiler_name\n"
2392          printf "      compiler options:         $fopts\n"
2393          printf "      preprocessor directives:  $cpp_options \n"
2394          printf "      linker options:           $lopts \n"
2395          if [[ "$modules" != "" ]]
2396          then
2397             printf "      modules to be load:       $modules \n"
2398          fi
2399          printf "      source code files:        $source_list \n"
2400
2401          if [[ $localhost = nech ]]
2402          then
2403             ssh  $SSH_PORTOPT  136.172.44.192 -l $usern "$init_cmds $module_calls cd \$HOME/work/${usern}.$kennung; sxmake $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2404             cp  $TEMPDIR_COMPILE/a.out  .
2405             [[ $? != 0 ]]  &&  compile_error=true
2406             rm -rf  $TEMPDIR_COMPILE
2407          elif [[ $localhost = ibmh ]]
2408          then
2409             printf "      compiler is called via ssh on \"plogin1\" \n"
2410             ssh  $SSH_PORTOPT  plogin1  -l $usern  "$init_cmds export PATH=/sw/ibm/xlf/13.1.0.8/usr/bin:$PATH; $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2411             [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2412             continue   # STATUS=1, IF a.out EXISTS
2413          elif [[ $localhost = lcocean ]]
2414          then 
2415             printf "      compiler is called via ssh on \"ocean\" \n"
2416             echo $PWD
2417             ssh  $SSH_PORTOPT  ocean  -l $usern  "$init_cmds $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2418             [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2419            continue   # STATUS=1, IF a.out EXISTS
2420          elif [[ $localhost = lcflow ]]
2421          then 
2422             printf "      compiler is called via ssh on \"flow\" \n"
2423             /usr/bin/ssh  $SSH_PORTOPT  flow02.hpc.uni-oldenburg.de -l $usern "$init_cmds $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out F90=$compiler_name COPT=\"$cpp_options\" F90FLAGS=\"$fopts\" LDFLAGS=\"$lopts\" "
2424             check_for_file=`/usr/bin/ssh $SSH_PORTOPT flow02.hpc.uni-oldenburg.de -l $usern "ls $TEMPDIR/a.out 2> /dev/null"`
2425             [[ "$check_for_file" = "" ]]  &&  compile_error=true
2426             continue   # STATUS=1, IF a.out EXISTS
2427          elif [[ $localhost = lcbullhh  ||  $localhost = lccrayb  ||  $localhost = lccrayf ||  $localhost = lccrayh ]]
2428          then
2429             make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
2430          else
2431             [[ "$init_cmds" != "" ]]  &&  eval $init_cmds
2432             [[ "$module_calls" != "" ]]  &&  eval $module_calls
2433             make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
2434          fi
2435
2436          if [[ $? != 0  ||  "$compile_error" = true  ||  "$module_compile_error" = true ]]
2437          then
2438             printf "\n  +++ error occured while compiling or linking"
2439             locat=compile
2440
2441             exit
2442          else
2443             printf "$dashes\n  *** compilation finished \n"
2444          fi
2445
2446       fi
2447
2448    fi
2449
2450
2451       # PROVIDE THE INPUT FILES
2452       # LOOP OVER ALL ACTIVATED FILES (LISTED IN THE CONFIGURATION FILE)
2453    (( i = 0 ))
2454    while (( i < iin ))
2455    do
2456       (( i = i + 1 ))
2457       if (( i == 1 ))
2458       then
2459          printf "\n\n  *** providing INPUT-files:\n$dashes"
2460       fi
2461
2462
2463          # SKIP OPTIONAL FILES, IF THEY DO NOT EXIST
2464       if [[ "${transin[$i]}" = unavailable ]]
2465       then
2466          if [[ "${extin[$i]}" = ""  ||  "${extin[$i]}" = " " ]]
2467          then
2468             printf "\n  *** INFORMATIVE: input file \"${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}\" "
2469             printf "\n                   is not available!"
2470          else
2471             printf "\n  *** INFORMATIVE: input file \"${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}.${extin[$i]}\" "
2472             printf "\n                   is not available!"
2473          fi
2474          continue
2475       fi
2476
2477          # CHECK FOR SINGLE FILE (SERIAL RUN) OR DIRECTORY (ONE FILE PER CORE FOR PARELLEL EXECUTION)
2478       files_for_pes=false; datentyp=file
2479       if [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  -n $numprocs ]]
2480       then
2481          files_for_pes=true; datentyp=directory
2482          actionin[$i]=""
2483       elif [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  ! -n $numprocs ]]
2484       then
2485          actionin[$i]=""
2486       elif [[ "${actionin[$i]}" = arpe  &&  -n $numprocs ]]
2487       then
2488          files_for_pes=true; datentyp=directory
2489          actionin[$i]="ar"
2490       elif [[ "${actionin[$i]}" = arpe  &&  ! -n $numprocs ]]
2491       then
2492          actionin[$i]="ar"
2493       elif [[ "${actionin[$i]}" = flpe  &&  -n $numprocs ]]
2494       then
2495          files_for_pes=true; datentyp=directory
2496          actionin[$i]="fl"
2497       elif [[ "${actionin[$i]}" = flpe  &&  ! -n $numprocs ]]
2498       then
2499          actionin[$i]="fl"
2500       fi
2501
2502       if [[ $files_for_pes = true ]]
2503       then
2504          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}/....  to  ${localin[$i]}"
2505       else
2506          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}  to  ${localin[$i]}"
2507       fi
2508
2509          # INPUT-FILE FOR A RESTART RUN.
2510          # CHECK, IF THIS FILE STILL EXISTS ON THE TEMPORARY DATA DIRECTORY.
2511          # IF NOT, TRY TO GET IT FROM THE ARCHIVE SYSTEM
2512       if [[ "${actionin[$i]}" = fl ]]
2513       then
2514          printf "\n      $datentyp will be fetched from temporary directory \"${tmp_data_catalog}\" !"
2515          if [[ $files_for_pes = false ]]
2516          then
2517             if [[ -f "$tmp_data_catalog/${frelin[$i]}" ]]
2518             then
2519                ln  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2520                got_tmp[$i]=true
2521             elif [[ -f "$WORK/${frelin[$i]}"  &&  $ignore_archive_error = true ]]
2522             then
2523                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" !"
2524                printf "\n  *** trying to use backup copy in \"$WORK\" "
2525                cp  $WORK/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2526             else
2527                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" "
2528                printf "\n      or \"$tmp_data_catalog\" does not exist!"
2529                printf "\n  *** trying to get copy from archive"
2530                actionin[$i]=ar
2531             fi
2532          else
2533             if [[ -d "$tmp_data_catalog/${frelin[$i]}" ]]
2534             then
2535                mkdir  ${localin[$i]}
2536                cd $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2537                for file in $(ls *)
2538                do
2539                   ln $file $TEMPDIR/${localin[$i]}
2540                done
2541                cd $TEMPDIR
2542                got_tmp[$i]=true
2543             elif [[ -d "$WORK/${frelin[$i]}"  &&  $ignore_archive_error = true ]]
2544             then
2545                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" !"
2546                printf "\n  *** trying to use backup copy in \"$WORK\" "
2547                cp -r  $WORK/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2548             else
2549                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" "
2550                printf "\n      or \"$tmp_data_catalog\" does not exist!"
2551                printf "\n  *** trying to get copy from archive"
2552                actionin[$i]=ar
2553             fi
2554          fi
2555       fi
2556
2557
2558          # FILE IS STORED ON THE ARCHIVE SYSTEM
2559       if [[ "${actionin[$i]}" = ar ]]
2560       then
2561
2562          if [[ $files_for_pes = false ]]
2563          then
2564             printf "\n      file will be restored from archive-system ($archive_system)!"
2565          else
2566             printf "\n      directory will be restored from archive-system ($archive_system)!"
2567          fi
2568
2569          file_restored=false
2570
2571          if [[ $archive_system = asterix ]]
2572          then
2573             do_stagein=true
2574             (( stagein_anz = 0 ))
2575             while [[ $do_stagein = true ]]
2576             do
2577                if [[ $files_for_pes = false ]]
2578                then
2579                   stagein  -O  ${frelin[$i]}  >  STAGEIN_OUTPUT
2580                else
2581                   stagein  -t  -O  ${frelin[$i]}  >  STAGEIN_OUTPUT
2582                fi
2583                cat  STAGEIN_OUTPUT
2584                if [[ $(grep -c "st.msg:i24"  STAGEIN_OUTPUT) != 0 ]]
2585                then
2586                   file_restored=true
2587                   do_stagein=false
2588                else
2589                   (( stagein_anz = stagein_anz + 1 ))
2590                   if (( stagein_anz == 10 ))
2591                   then
2592                      printf "\n  +++ stagein stoped after 10 tries"
2593                      locat=stage
2594                      exit
2595                   fi
2596                   printf "\n  +++ restoring from archive failed, trying again:"
2597                   sleep 900
2598                fi
2599             done
2600          elif [[ $archive_system = DMF ]]
2601          then
2602             if [[ $files_for_pes = false ]]
2603             then
2604                printf "\n  +++ restoring of single files impossible with $archive_system !\n"
2605                locat=DMF
2606                exit
2607             else
2608                find  $ARCHIVE/${frelin[$i]}  -type m  -print  |  dmget
2609                cp  -r $ARCHIVE/${frelin[$i]}  $PWD
2610                file_restored=true
2611             fi
2612          elif [[ $archive_system = tivoli ]]
2613          then
2614             if [[ $files_for_pes = false ]]
2615             then
2616                ssh  $SSH_PORTOPT  $usern@bicedata.hlrn.de  "cp  $PERM/${frelin[$i]}  $PWD"
2617             else
2618                (( inode = 0 ))
2619                while (( inode < nodes ))
2620                do
2621                   ssh  $SSH_PORTOPT  $usern@bicedata.hlrn.de  "cd $PWD; tar  xf  $PERM/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar"
2622                   (( inode = inode + 1 ))
2623                done
2624             fi
2625             file_restored=true
2626          elif [[ $archive_system = ut ]]
2627          then
2628             if [[ $files_for_pes = false ]]
2629             then
2630                cp  $UT/${frelin[$i]}  .
2631             else
2632                (( inode = 0 ))
2633                while (( inode < nodes ))
2634                do
2635                   tar  xf  $UT/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar
2636                   (( inode = inode + 1 ))
2637                done
2638             fi
2639             file_restored=true
2640          else
2641             printf "\n  +++ archive_system=\"$archive_system\"   restore impossible!"
2642             locat=rearchive
2643             exit
2644          fi
2645
2646          if [[ $file_restored = true ]]
2647          then
2648
2649                # PUT FILE ON THE TEMPORARY DATA DIRECTORY TOO.
2650                # THIS WILL MAKE FILE ACCESS EASIER FOR LATER RUNS
2651             [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog; chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
2652             if [[ $files_for_pes = false ]]
2653             then
2654                ln  -f  ${frelin[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2655             else
2656                mkdir  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2657                ln  -f  ${frelin[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2658             fi
2659             got_tmp[$i]=true
2660
2661                # PROVIDE THE FILE UNDER ITS LOCAL NAME
2662             mv  ${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2663
2664          fi
2665       fi
2666
2667
2668          # FILE IS STORED IN THE RESPECTIVE DIRECTORY GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
2669       if [[ "${actionin[$i]}" = ""  ||  "${actionin[$i]}" = "di"  ||  "${actionin[$i]}" = "npe" ]]
2670       then
2671
2672          if [[ "${actionin[$i]}" = "npe"  &&  -n $numprocs ]]
2673          then
2674
2675                # FILE COPIES ARE PROVIDED FOR ALL CORES
2676                # EACH FILE GETS A UNIQUE FILENAME WITH A FOUR DIGIT NUMBER
2677             printf "\n      file will be provided for $numprocs processors"
2678             mkdir  ${localin[$i]}
2679             ival=$numprocs
2680             (( ii = 0 ))
2681             while (( ii <= ival-1 ))
2682             do
2683                if (( ii < 10 ))
2684                then
2685                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_000$ii
2686                elif (( ii < 100 ))
2687                then
2688                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_00$ii
2689                elif (( ii < 1000 ))
2690                then
2691                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_0$ii
2692                else
2693                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_$ii
2694                fi
2695                (( ii = ii + 1 ))
2696             done
2697
2698          else
2699
2700             if [[ $files_for_pes = true ]]
2701             then
2702
2703                   # PROVIDE FILES FOR EACH CORE
2704                   # FIRST CREATE THE LOCAL DIRECTORY, THEN COPY FILES
2705                   # FROM THE PERMANENT DIRECTORY BY LINKING THEM TO THE LOCAL ONE
2706                printf "\n      providing $numprocs files for the respective processors"
2707                mkdir  ${localin[$i]}
2708                if [[ $link_local_input = true ]]
2709                    then
2710                    printf "      using ln -f\n"
2711                    cd ${absnamein[$i]}
2712                    for file in $(ls *)
2713                      do
2714                      ln -f $file  ${localin[$i]}
2715                    done
2716                    cd $TEMPDIR
2717                fi
2718
2719                   # IF "ln -f" FAILED OR IF "$link_local_input = false" DO A NORMAL "cp -r"
2720                if [[ ! -f "${localin[$i]}/_0000" ]]
2721                    then
2722                    if [[ $link_local_input = true ]]
2723                        then
2724                        printf "      ln failed for .../_0000, using cp...\n"
2725                    fi
2726                    cp -r  ${absnamein[$i]}/*  ${localin[$i]}
2727                fi
2728
2729             else
2730
2731                   # PROVIDE FILE FOR RUNS ON A SINGLE CORE
2732                if [[ $link_local_input = true ]]
2733                then
2734                    printf "      using ln -f\n"
2735                    ln -f  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
2736                fi
2737                # If "ln -f" fails of if "$link_local_input = false" do a normal "cp"
2738                if [[ ! -f "${localin[$i]}" ]]
2739                then
2740                    if [[ $link_local_input = true ]]
2741                    then
2742                        printf "      ln failed, using cp...\n"
2743                    fi
2744                    cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
2745                fi
2746             fi
2747          fi
2748       fi
2749
2750    done
2751    if (( i != 0 ))
2752    then
2753       printf "\n$dashes\n  *** all INPUT-files provided \n"
2754    fi
2755
2756
2757       # EXECUTE INPUT-COMMANDS GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
2758    (( i = 0 ))
2759    while (( i < iic ))
2760    do
2761       (( i = i + 1 ))
2762       if (( i == 1 ))
2763       then
2764          printf "\n\n  *** execution of INPUT-commands:\n$dashes"
2765       fi
2766       printf "\n  >>> ${in_command[$i]}"
2767       eval  ${in_command[$i]}
2768       if (( i == iic ))
2769       then
2770          printf "\n$dashes\n"
2771       fi
2772    done
2773
2774
2775       # SET THE REMAINING CPU-TIME
2776    cpurest=${cpumax}.
2777
2778
2779       # START DVR STREAMING SERVER
2780    if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
2781    then
2782       if [[ "$dvr_server" != "" ]]
2783       then
2784
2785          printf "\n\n  *** preparing the dvr streaming server configuration file"
2786
2787             # CHECK, IF A DVR SERVER IS ALREADY RUNNING
2788          running_dvrserver_id=`echo $(ps -edaf | grep .dvrserver.config | grep -v grep) | cut -d" " -f2`
2789          if [[ "$running_dvrserver_id" != "" ]]
2790          then
2791
2792             printf "\n\n  +++ WARNING: A dvr server with id=$running_dvrserver_id is already running!"
2793             printf "\n      This server is used instead starting a new one!"
2794             printf "\n      If required, script \"process_dvr_output\" has to be run manually."
2795
2796          else
2797
2798                # COPY CONFIGURATION FILE FOR STREAMING SERVER FROM REPOSITORY TO HERE
2799             if [[ -f ${PALM_BIN}/.dvrserver.config ]]
2800             then
2801                cp  ${PALM_BIN}/.dvrserver.config  .
2802
2803                   # ENTERING THE BASEDIR, UID AND GID INTO THIS FILE
2804                user_id=`id -u`
2805                group_id=`id -g`
2806
2807                   # "&" IS REQUIRED AS A SEPERATOR, BECAUSE TEMPDIR CONTAINS "/"
2808                sed "s&<replace by dvr data directory>&${TEMPDIR}&g" .dvrserver.config > .dvrserver.1
2809                sed "s/<replace by user id>/$user_id/g"    .dvrserver.1 > .dvrserver.2
2810                sed "s/<replace by group id>/$group_id/g"  .dvrserver.2 > .dvrserver.3
2811                mv  .dvrserver.3  .dvrserver.config
2812                rm  .dvrserver.1  .dvrserver.2
2813
2814                   # START DVR SERVER IN BACKGROUND, GET HIS ID AND PRINT ON TERMINAL
2815                $dvr_server  .dvrserver.config  >>  DVR_LOGFILE  2>&1  &
2816                dvrserver_id=`echo $(ps -edaf | grep .dvrserver.config) | cut -d" " -f2`
2817                printf "\n  *** streaming server with id=$dvrserver_id is started in background"
2818                local_dvrserver_running=.TRUE.
2819             else
2820                printf "\n  +++ missing file \".dvrserver.config\" in directory:"
2821                printf "\n      \"$PALM_BIN\" "
2822                locat=dvr
2823                exit
2824             fi
2825
2826          fi
2827
2828       else
2829          printf "\n\n  --- INFORMATIVE: no dvr streaming server will be started"
2830       fi
2831    fi
2832
2833
2834       # CREATE THE NAMELIST-FILE WITH VALUES OF ENVIRONMENT-VARIABLES REQUIRED BY PALM
2835       # (FILE ENVPAR WILL BE READ BY PALM)
2836    cat  >  ENVPAR  <<  %%END%%
2837 &envpar  run_identifier = '$fname', host = '$localhost',
2838          write_binary = '$write_binary', tasks_per_node = $tasks_per_node,
2839          maximum_parallel_io_streams = $maximum_parallel_io_streams,
2840          maximum_cpu_time_allowed = ${cpumax}.,
2841          revision = '$global_revision',
2842          local_dvrserver_running = $local_dvrserver_running,
2843          batch_job = $batch_job /
2844
2845%%END%%
2846
2847
2848       # STARTING THE EXECUTABLE
2849    printf "\n\n  *** execution starts in directory\n      \"`pwd`\"\n$dashes\n"
2850    PATH=$PATH:$TEMPDIR
2851
2852
2853    if [[ $execute_command != "none" ]]
2854    then
2855
2856        printf "\n  +++ branch still not realized"
2857        locat=execution
2858        exit
2859
2860    else
2861
2862          # MPI DEBUG OPTION (ARGUMENT CHECKING, SLOWS DOWN EXECUTION DUE TO INCREASED LATENCY)
2863       if [[ "$mpi_debug" = true ]]
2864       then
2865          export MPI_CHECK_ARGS=1
2866          printf "\n  +++ MPI_CHECK_ARGS=$MPI_CHECK_ARGS"
2867       fi
2868
2869       if [[ "$totalview" = true ]]
2870       then
2871          printf "\n *** totalview debugger will be used"
2872          tv_opt="-tv"
2873       else
2874          tv_opt=""
2875       fi
2876
2877       if [[ "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ]]
2878       then
2879
2880             #Interactive ALLINEA DEBUG seesion
2881          if [[ "$ENVIRONMENT" != BATCH ]]
2882          then
2883             if [[ $host = lccrayb || $host = lccrayh ]]
2884             then
2885                if [[ "$allinea" = true ]]
2886                then
2887                   echo "--- aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  < runfile_atmos"
2888
2889                   ddt  aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out
2890                   wait
2891                fi         
2892             fi
2893          fi
2894
2895          if [[ $localhost = ibmh ]]
2896          then
2897
2898                # SETUP THE IBM MPI ENVIRONMENT
2899             export MP_SHARED_MEMORY=yes
2900             export AIXTHREADS_SCOPE=S
2901             export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
2902             export AUTHSTATE=files
2903             export XLFRTEOPTS="nlwidth=132:err_recovery=no"    # RECORD-LENGTH OF NAMELIST-OUTPUT
2904
2905                # FOLLOWING OPTIONS ARE MANDATORY FOR TOTALVIEW
2906             export MP_ADAPTER_USE=shared
2907             export MP_CPU_USE=multiple
2908             export MP_TIMEOUT=1200
2909
2910             unset  MP_TASK_AFFINITY
2911
2912             if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
2913             then
2914                totalview   poe  a.out
2915             else
2916                echo totalview   poe  -a a.out  -procs $numprocs  -rmpool 0  -nodes 1
2917                export TVDSVRLAUNCHCMD=ssh
2918                totalview   poe  -a a.out  -procs $numprocs  -rmpool 0  -nodes 1
2919             fi
2920
2921          fi  # END DEBUG MODE
2922
2923       else
2924
2925             # NORMAL EXECUTION
2926          if [[ -n $numprocs ]]
2927          then
2928
2929                # RUNNING THE PROGRAM ON PARALLEL MACHINES
2930             if [[ $(echo $host | cut -c1-3) = ibm ]]
2931             then
2932
2933                   # SETUP THE IBM MPI ENVIRONMENT
2934                if [[ $host != ibmh  &&  $host != ibmkisti ]]
2935                then
2936                   export MP_SHARED_MEMORY=yes
2937                   export AIXTHREAD_SCOPE=S
2938                   export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
2939                   export XLSMPOPTS="spins=0:yields=0:stack=20000000"
2940                   export AUTHSTATE=files
2941                   export XLFRTEOPTS="nlwidth=132:err_recovery=no"    # RECORD-LENGTH OF NAMELIST-OUTPUT
2942                   #  export MP_PRINTENV=yes
2943
2944                      # TUNING-VARIABLES TO IMPROVE COMMUNICATION SPEED
2945                      # DO NOT SHOW SIGNIFICANT EFFECTS (SEP 04, FEDERATION-SWITCH)
2946                   export MP_WAIT_MODE=poll
2947                   [[ $node_usage = not_shared ]]  &&  export MP_SINGLE_THREAD=yes
2948                fi
2949
2950                if [[ $host = ibmkisti ]]
2951                then
2952                   export LANG=en_US
2953                   export MP_SHARED_MEMORY=yes
2954                   if [[ $threads_per_task = 1 ]]
2955                   then
2956                      export MP_SINGLE_THREAD=yes
2957                      export MEMORY_AFFINITY=MCM
2958                   else
2959                      export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
2960                   fi
2961                fi
2962
2963                if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
2964                then
2965                   printf "\n--- Control: OMP_NUM_THREADS = \"$OMP_NUM_THREADS\" \n"
2966                   if [[ "$cond1" = hpmcount  ||  "$cond2" = hpmcount ]]
2967                   then
2968                      /opt/optibm/HPM_2_4_1/bin/hpmcount  a.out
2969                   else
2970                      if [[ $run_coupled_model = false ]]
2971                      then
2972                         if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
2973                         then
2974                            echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
2975                         else
2976                            echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
2977                         fi
2978                      else
2979                         (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
2980                         (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
2981                         printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
2982                         printf "\n      using $coupled_mode coupling"
2983                         printf "\n\n"
2984                         echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
2985                      fi
2986                      poe ./a.out  <  runfile_atmos
2987                   fi
2988                else
2989                   if [[ $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibms ]]
2990                   then
2991                      poe  a.out  -procs $numprocs  -nodes 1  -rmpool 0
2992                   elif [[ $localhost = ibmkisti  ||  $localhost = ibmku ]]
2993                   then
2994                      if [[ -f $hostfile ]]
2995                      then
2996                         cp  $hostfile  hostfile
2997                      else
2998                         (( ii = 1 ))
2999                         while (( ii <= $numprocs ))
3000                         do
3001                            echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3002                            (( ii = ii + 1 ))
3003                         done
3004                      fi
3005                      export MP_HOSTFILE=hostfile
3006                      if [[ $run_coupled_model = false ]]
3007                      then
3008                         if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3009                         then
3010                            echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3011                         else
3012                            echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3013                         fi
3014                      else
3015                         (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3016                         (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3017                         printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3018                         printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3019                         printf "\n\n"
3020                         echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3021                      fi
3022
3023                      poe  ./a.out  -procs $numprocs  <  runfile_atmos
3024
3025                   else
3026                      if [[ "$host_file" = "" ]]
3027                      then
3028                         printf "\n  +++ no hostfile given in configuration file"
3029                         locat=config_file
3030                         exit
3031                      else
3032                         eval host_file=$host_file
3033                      fi
3034                      export MP_HOSTFILE=$host_file
3035                      poe  a.out  -procs $numprocs  -tasks_per_node $numprocs
3036                   fi
3037                fi
3038
3039             elif [[ $host = nech ]]  # running on NEC machines
3040             then
3041
3042                (( ii = nodes ))
3043                if [[ $ii = 1 ]]
3044                then
3045                   export F_ERRCNT=0        # acceptable number of errors before program is stopped
3046                   export MPIPROGINF=YES
3047                   #  export F_TRACE=YES|FMT1|FMT2  # output of ftrace informations to job protocol
3048                   echo "*** execution on single node with mpirun"
3049                   mpirun  -np $numprocs  ./a.out
3050                else
3051                   (( i = 0 ))
3052                   while (( i < ii ))
3053                   do
3054                      echo "-h $i  -p $tasks_per_node  -e ./mpi_exec_shell"  >>  multinode_config
3055                      (( i = i + 1 ))
3056                   done
3057
3058                   echo "#!/bin/sh"                         >   mpi_exec_shell
3059                   echo " "                                 >>  mpi_exec_shell
3060                   echo "set -u"                            >>  mpi_exec_shell
3061                   echo "F_ERRCNT=0"                        >>  mpi_exec_shell
3062                   echo "MPIPROGINV=YES"                    >>  mpi_exec_shell
3063                   echo "OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task" >>  mpi_exec_shell
3064                   echo "cpurest=$cpurest"                  >>  mpi_exec_shell
3065                   echo "fname=$fname"                      >>  mpi_exec_shell
3066                   echo "localhost=$localhost"              >>  mpi_exec_shell
3067                   echo "return_address=$return_address"    >>  mpi_exec_shell
3068                   echo "return_username=$return_username"  >>  mpi_exec_shell
3069                   echo "tasks_per_node=$tasks_per_node"    >>  mpi_exec_shell
3070                   echo "write_binary=$write_binary"        >>  mpi_exec_shell
3071                   echo "use_seperate_pe_for_dvrp_output=$use_seperate_pe_for_dvrp_output"  >>  mpi_exec_shell
3072                   echo "  "                                >>  mpi_exec_shell
3073                   echo "export F_ERRCNT"                   >>  mpi_exec_shell
3074                   echo "export MPIPROGINV"                 >>  mpi_exec_shell
3075                   echo "export OMP_NUM_THREADS"            >>  mpi_exec_shell
3076                   echo "export cpurest"                    >>  mpi_exec_shell
3077                   echo "export fname"                      >>  mpi_exec_shell
3078                   echo "export localhost"                  >>  mpi_exec_shell
3079                   echo "export return_address"             >>  mpi_exec_shell
3080                   echo "export return_username"            >>  mpi_exec_shell
3081                   echo "export tasks_per_node"             >>  mpi_exec_shell
3082                   echo "export write_binary"               >>  mpi_exec_shell
3083                   echo "export use_seperate_pe_for_dvrp_output"  >>  mpi_exec_shell
3084                   echo " "                                 >>  mpi_exec_shell
3085                   echo "exec  ./a.out"                     >>  mpi_exec_shell
3086
3087                   chmod u+x  mpi_exec_shell
3088                   export MPIPROGINF=YES
3089                   mpirun  -f multinode_config  &
3090                   wait
3091
3092                fi
3093
3094             elif [[ $(echo $host | cut -c1-2) = lc  &&  $host != lckyoto &&  $host != lctit ]]
3095             then
3096
3097                   # COPY HOSTFILE FROM SOURCE DIRECTORY OR CREATE IT, IF IT
3098                   # DOES NOT EXIST
3099                if [[  $host != lcbullhh  && $host != lccrayb  &&  $host != lccrayf  && $host != lccrayh  &&  $host != lckyuh  &&  $host != lckyut  &&  $host != lcocean ]]
3100                then
3101                   if [[ -f $hostfile ]]
3102                   then
3103                      cp  $hostfile  hostfile
3104                      (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3105                      [[ $ii = 0 ]]  &&  (( ii = 1 ))
3106                   else
3107                      (( ii = 1 ))
3108                      while (( ii <= $numprocs / $threads_per_task ))
3109                      do
3110                         echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3111                         (( ii = ii + 1 ))
3112                      done
3113                      if (( $numprocs / $threads_per_task == 0 ))
3114                      then
3115                         echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3116                      fi
3117                   fi
3118                   eval zeile=\"`head -n $ii  hostfile`\"
3119                   printf "\n  *** running on: $zeile"
3120                fi
3121
3122                (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3123                [[ $ii = 0 ]]  &&  (( ii = 1 ))
3124                export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3125
3126                if [[ $threads_per_task != 1 ]]
3127                then
3128                      # INCREASE STACK SIZE TO UNLIMITED, BECAUSE OTHERWISE LARGE RUNS
3129                      # MAY ABORT
3130                   ulimit -s unlimited
3131                   printf "\n      threads per task: $threads_per_task  stacksize: unlimited"
3132                fi
3133                if [[ $run_coupled_model = false ]]
3134                then
3135                   if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3136                   then
3137                      echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3138                   else
3139                      echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3140                   fi
3141                   printf "\n\n"
3142
3143                   if [[ $host = lccrayb || $host = lccrayh ]]
3144                   then
3145                       echo "--- aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  <  runfile_atmos"
3146                       aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  <  runfile_atmos
3147                   elif [[ $host = lcbullhh ]]
3148                   then
3149                      export OMPI_MCA_pml=cm
3150                      export OMPI_MCA_mtl=mxm
3151                      export OMPI_MCA_coll=^ghc
3152                      export OMPI_MCA_mtl_mxm_np=0
3153                      export MXM_RDMA_PORTS=mlx5_0:1
3154                      export MXM_LOG_LEVEL=ERROR
3155                      export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3156                      export KMP_AFFINITY=verbose,granularity=core,compact,1
3157                      export KMP_STACKSIZE=64m
3158
3159                      srun  --nodes=$nodes --ntasks-per-node=$tasks_per_node ./a.out  <  runfile_atmos
3160
3161                   elif [[ $host = lccrayf ]]
3162                   then
3163                       aprun  -j1  -n $ii  -N $tasks_per_node  -m ${memory}M  a.out  <  runfile_atmos
3164                   elif [[ $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3165                   then
3166                       aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  <  runfile_atmos
3167                   elif [[ $host = lcflow ]]
3168                   then
3169                      mpirun -np $ii a.out  < runfile_atmos
3170                   elif [[ $host = lcocean ]]
3171                   then
3172                      mpirun a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3173                   elif [[ $host = lcsb ]]
3174                   then
3175                      mpirun_rsh -hostfile $PBS_NODEFILE -np `cat $PBS_NODEFILE | wc -l` a.out  < runfile_atmos
3176                   elif [[ $host = lckiaps ]]
3177                   then
3178                      mpirun -np $ii  -machinefile $PBS_NODEFILE  ./a.out  <  runfile_atmos
3179                   elif [[ $host = lckyu* ]]
3180                   then
3181                      mpiexec -n $ii --stdin runfile_atmos  ./a.out
3182                   else
3183                      mpiexec  -machinefile hostfile  -n $ii  a.out  <  runfile_atmos
3184                   fi
3185
3186                else
3187
3188                       # CURRENTLY THERE IS NO FULL MPI-2 SUPPORT ON ICE AND XT4
3189                   (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3190                   (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3191                   printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3192                   printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3193                   printf "\n\n"
3194
3195                   if [[ $coupled_mode = "mpi2" ]]
3196                   then
3197                      echo "atmosphere_to_ocean $iia $iio"  >  runfile_atmos
3198                      echo "ocean_to_atmosphere $iia $iio"  >  runfile_ocean
3199
3200                      if [[ $host = lccrayf  ||  $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3201                      then
3202
3203                         aprun  -n $iia  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_atmos  &
3204                         aprun  -n $iio  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_ocean  &
3205
3206                      else
3207                             # WORKAROUND BECAUSE mpiexec WITH -env option IS NOT AVAILABLE ON SOME SYSTEMS
3208                          mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iia  a.out  <  runfile_atmos &
3209                          mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iio  a.out  <  runfile_ocean &
3210#                          mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iia  -env coupling_mode atmosphere_to_ocean  a.out  &
3211#                          mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iio  -env coupling_mode ocean_to_atmosphere  a.out  &
3212                      fi
3213                      wait
3214
3215                   else
3216
3217                      echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3218
3219                      if [[ $host = lccrayf  ||  $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3220                      then
3221
3222                         aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_atmos
3223
3224                      elif [[ $host = lck || $host = lckordi ]]
3225                      then
3226
3227                         mpiexec -n $ii  ./a.out  <  runfile_atmos  &
3228
3229                      elif [[ $host = lckyu* ]]
3230                      then
3231
3232                         mpiexec -n $ii --stdin runfile_atmos  ./a.out
3233
3234                      elif [[ $host = lcmuk ]] 
3235                      then
3236
3237                         mpiexec  -machinefile hostfile  -n $ii  a.out  <  runfile_atmos
3238
3239                      fi
3240                      wait
3241                   fi
3242
3243                fi
3244
3245             elif [[ $host = lckyoto ]]
3246             then
3247                set -xv
3248                export P4_RSHCOMMAND=plesh
3249                echo "     P4_RSHCOMMAND = $P4_RSHCOMMAND"
3250                if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
3251                then
3252                   if [[ "$cond2" = fujitsu ]]
3253                   then
3254                      mpiexec  -n $numprocs  ./a.out  # for fujitsu-compiler
3255                   elif [[ "cond2" = pgi ]]
3256                   then
3257                      mpirun  -np $numprocs  -machinefile ${QSUB_NODEINF}  ./a.out
3258                   else
3259                      mpirun_rsh -np $numprocs -hostfile ${QSUB_NODEINF} MV2_USE_SRQ=0 ./a.out  ||  /bin/true
3260                   fi
3261                else
3262                   if [[ "$cond2" = "" ]]
3263                   then
3264                      mpiruni_rsh -np $numprocs ./a.out  # for intel
3265                   else
3266                      mpirun  -np $numprocs  ./a.out
3267                   fi
3268                fi
3269                set +xv
3270
3271             elif [[ $host = lctit ]]
3272             then
3273                export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3274                echo "OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"
3275                if [[ "$threads_per_task" != 1 ]]
3276                then
3277                   export MV2_ENABLE_AFFINITY=0
3278                fi
3279                echo "----- PBS_NODEFILE content:"
3280                cat $PBS_NODEFILE
3281                echo "-----"
3282                (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3283                echo "mpirun  -np $ii  -hostfile $PBS_NODEFILE ./a.out"
3284                mpirun  -np $ii  -hostfile $PBS_NODEFILE  ./a.out
3285
3286             else
3287                mpprun  -n $numprocs  a.out
3288             fi
3289          else
3290             a.out
3291          fi
3292
3293       fi  # end normal (non-debug) execution
3294
3295    fi  # end explicit execute_command or host-specific execute actions
3296
3297    if [[ $? != 0 ]]
3298    then
3299
3300          # ABORT IN CASE OF RUNTIME ERRORS
3301       printf "\n  +++ runtime error occured"
3302       locat=execution
3303       exit
3304
3305    else
3306
3307       printf "\n$dashes\n  *** execution finished \n"
3308
3309          # STOP THE DVR STREAMING SERVER AND PROCESS THE DVR OUTPUT IN ORDER
3310          # TO CREAT DVRS- AND HTML-FILES CONTAINING ALL STREAMS
3311       if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
3312       then
3313          kill $dvrserver_id
3314          printf "\n  *** dvr server with id=$dvrserver_id has been stopped"
3315
3316             # IF THERE IS A DIRECTORY, DATA HAVE BEEN OUTPUT BY THE
3317             # STREAMING SERVER. OTHERWISE, USER HAS CHOSEN dvrp_output=local
3318          if [[ -d DATA_DVR ]]
3319          then
3320
3321                # ADD THE CURRENT DVR CONFIGURATION FILE TO THE DVR OUTPUT
3322                # DIRECTORY
3323             cp  .dvrserver.config  DATA_DVR
3324
3325                # PROCESS THE DVR OUTPUT (OPTION -s FOR GENERATING
3326                # SEQUENCE MODE DATA TOO)
3327             process_dvr_output  -d DATA_DVR  -f $fname  -s
3328
3329          else
3330
3331                # PROCESS THE LOCAL OUTPUT
3332             process_dvr_output  -l  -d DATA_DVR  -f $fname
3333
3334          fi
3335
3336       elif [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
3337       then
3338
3339             # PROCESS DVR OUTPUT GENERATD IN LOCAL MODE (dvrp_output=local)
3340          process_dvr_output  -l  -d DATA_DVR  -f $fname
3341
3342       fi
3343    fi
3344
3345
3346
3347       # CALL OF combine_plot_fields IN ORDER TO MERGE SINGLE FILES WRITTEN
3348       # BY EACH CORE INTO ONE FILE
3349   if [[ ! -f ${PALM_BIN}/combine_plot_fields${block}.x ]]
3350   then
3351      printf "\n\n\n  +++ WARNING: no combine_plot_fields found for given block \"$cond1 $cond2\""
3352      printf "\n      2d- and/or 3d-data may be incomplete!"
3353      printf "\n      Run \"mbuild -u -h $localhost\" to generate utilities for this block.\n"
3354   elif [[ "$combine_plot_fields" == true ]]
3355   then
3356      if [[ $localhost = lccrayh  ||  $localhost = lccrayb ]]
3357      then
3358         printf "\n\n\n *** post-processing: now executing \"aprun  -n 1  -N 1 combine_plot_fields${block}.x\" ..."
3359         aprun  -n 1  -N 1 combine_plot_fields${block}.x
3360      else
3361         printf "\n\n\n *** post-processing: now executing \"combine_plot_fields${block}.x\" ..."
3362         combine_plot_fields${block}.x
3363      fi
3364   else
3365
3366         # TEMPORARY SOLUTION TO SKIP combine_plot_fields. THIS IS REQUIRED IN CASE OF HUGE AMOUNT OF
3367         # DATA OUTPUT. TO DO: EXTEND THIS BRANCH BY CREATING A BATCH JOB for combine_plot_fields.
3368         # ??? koennen wir das streichen ???
3369      printf "\n\n\n *** post-processing: skipping combine_plot_fields (-Z option set) ..."
3370   fi
3371
3372
3373
3374       # EXECUTE OUTPUT-COMMANDS GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
3375    (( i = 0 ))
3376    while (( i < ioc ))
3377    do
3378       (( i = i + 1 ))
3379       if (( i == 1 ))
3380       then
3381          printf "\n\n  *** execution of OUTPUT-commands:\n$dashes"
3382       fi
3383       printf "\n  >>> ${out_command[$i]}"
3384       eval  ${out_command[$i]}
3385       if (( i == ioc ))
3386       then
3387          printf "\n$dashes\n"
3388       fi
3389    done
3390
3391
3392       # IN TRACE-MODE PRINT CONTENTS OF THE CURRENT (TEMPORARY) WORKING DIRECTORY
3393    if [[ $do_trace = true ]]
3394    then
3395       printf "\n\n"
3396       ls -al
3397    fi
3398
3399
3400
3401       # COPY LOCAL OUTPUT-FILES TO THEIR PERMANENT DESTINATIONS
3402    (( i = 0 ))
3403    while (( i < iout ))
3404    do
3405       (( i = i + 1 ))
3406       if (( i == 1 ))
3407       then
3408          printf "\n\n  *** saving OUTPUT-files:\n$dashes"
3409       fi
3410
3411          # CHECK FOR SINGLE FILE (SERIAL RUN) OR DIRECTORY (ONE FILE PER CORE FOR PARELLEL EXECUTION)
3412       files_for_pes=false; filetyp=file
3413       if [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  -n $numprocs ]]
3414       then
3415          files_for_pes=true; filetyp=directory
3416          actionout[$i]=""
3417       elif [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  ! -n $numprocs ]]
3418       then
3419          actionout[$i]=""
3420       elif [[ "${actionout[$i]}" = arpe  &&  -n $numprocs ]]
3421       then
3422          files_for_pes=true; filetyp=directory
3423          actionout[$i]="ar"
3424       elif [[ "${actionout[$i]}" = arpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3425       then
3426          actionout[$i]="ar"
3427       elif [[ "${actionout[$i]}" = flpe  &&  -n $numprocs ]]
3428       then
3429          files_for_pes=true; filetyp=directory
3430          actionout[$i]="fl"
3431       elif [[ "${actionout[$i]}" = flpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3432       then
3433          actionout[$i]="fl"
3434       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  -n $numprocs ]]
3435       then
3436          files_for_pes=true; filetyp=directory
3437          actionout[$i]="tr"
3438       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3439       then
3440          actionout[$i]="tr"
3441       fi
3442
3443       if [[ ! -f ${localout[$i]}  &&  $files_for_pes = false ]]
3444       then
3445          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}  does not exist\n"
3446       elif [[ ! -d ${localout[$i]}  &&  $files_for_pes = true ]]
3447       then
3448          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}/....  does not exist\n"
3449       else
3450
3451
3452             # COPY VIA SCP TO LOCAL HOST (ALWAYS IN BINARY MODE USING batch_scp option -m)
3453             # IF TARGET DIRECTORY DOES NOT EXISTS, TRY TO CREATE IT
3454          if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
3455          then
3456             if [[ $localhost != $fromhost ]]
3457             then
3458                if [[ $files_for_pes = false ]]
3459                then
3460                   cps=""
3461                   cst=""
3462                else
3463                   cps=-c
3464                   cst="/"
3465                fi
3466                if [[ $localhost = nech ]]
3467                then
3468
3469                      # TRANSFER IN SEPERATE JOB
3470                      # FIRST COPY FILE TO TEMPORY DATA DIRECTORY
3471                   [[ ! -d $tmp_data_catalog/TRANSFER ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog/TRANSFER
3472                   file_to_transfer=${fname}_${localout[$i]}_to_transfer_$kennung
3473                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3474                   then
3475                      ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3476                   else
3477                      mkdir  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3478                      ln  ${localout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3479                   fi
3480
3481                   echo "set -x"                                    >    transfer_${localout[$i]}
3482                   echo "cd  $tmp_data_catalog/TRANSFER"            >>   transfer_${localout[$i]}
3483
3484                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}$cst  by SCP in seperate job to"
3485                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}$cst"
3486                   printf "\n              or higher cycle\n"
3487                   echo "batch_scp $PORTOPT $cps -b -m -u $return_username $return_address  $file_to_transfer \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"  >>  transfer_${localout[$i]}
3488
3489                   echo "[[ \$? = 0 ]]  &&  rm  $file_to_transfer"  >>  transfer_${localout[$i]}
3490
3491                   if [[ $localhost = nech ]]
3492                   then
3493                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 900  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3494                   else
3495                      if [[ "$LOGNAME" = b323013 ]]
3496                      then
3497                         subjob  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3498                      else
3499                         subjob  -d  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3500                      fi
3501                   fi
3502
3503                else
3504
3505                      # TRANSFER WITHIN THIS JOB
3506                   transfer_failed=false
3507                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}$cst  by SCP to"
3508                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}$cst\n"
3509                   if [[ $localhost = lccrayb ]]
3510                   then
3511                      ssh $usern@blogin1 ". \\$HOME/.profile; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT $cps -b -m -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3512                   elif [[ $localhost = lccrayh ]]
3513                   then
3514                      ssh $usern@hlogin1 ". \\$HOME/.profile; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT $cps -b -m -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3515                   elif [[ $localhost = lcbullhh ]]
3516                   then
3517                      ssh $usern@mlogin101 ". \\$HOME/.profile; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT $cps -b -m -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3518                   elif [[ $localhost = lcxe6 ]]
3519                   then
3520                      ssh $usern@hexagon ". \\$HOME/.profile; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT $cps -b -m -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3521                   else
3522                      batch_scp $PORTOPT $cps -b -m -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
3523                   fi
3524                   [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
3525
3526                      # IF TRANSFER FAILED, CREATE BACKUP COPY ON THIS MACHINE
3527                   if [[ $transfer_failed = true ]]
3528                   then
3529                      printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on this host under:\n"
3530                      printf "      ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung\n"
3531
3532                         # FIRST CHECK, IF DIRECTORY EXISTS, AND CREATE IT, IF NECESSARY
3533                      eval  local_catalog=${pathout[$i]}
3534                      if [[ ! -d $local_catalog ]]
3535                      then
3536                         printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
3537                         printf "      $local_catalog \n"
3538                         mkdir -p  $local_catalog
3539                      fi
3540                      eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung
3541                      transfer_problems=true
3542                   fi
3543                fi
3544             else
3545
3546                   # UNSET actionout. DUE TO THIS SETTING, FILE WILL LATER JUST BE COPIED ON THIS MACHINE
3547                actionout[$i]=""
3548             fi
3549          fi
3550
3551
3552             # APPEND VIA SCP TO LOCAL HOST (ALWAYS IN BINARY MODE USING batch_scp option -m)
3553             # IF TARGET DIRECTORY DOES NOT EXISTS, TRY TO CREATE IT
3554          if [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
3555          then
3556             if [[ $localhost != $fromhost ]]
3557             then
3558                if [[ $localhost = ibmh  ||  $localhost = nech ]]
3559                then
3560
3561                      # TRANSFER IN SEPERATE JOB
3562                      # FIRST COPY FILE TO TEMPORY DATA DIRECTORY
3563                   [[ ! -d $tmp_data_catalog/TRANSFER ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog/TRANSFER
3564                   file_to_transfer=${fname}_${localout[$i]}_to_transfer_$kennung
3565                   ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3566
3567                   echo "set -x"                                    >    transfer_${localout[$i]}
3568                   echo "cd  $tmp_data_catalog/TRANSFER"            >>   transfer_${localout[$i]}
3569
3570                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append by SCP in seperate job to"
3571                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}"
3572                   printf "\n              or higher cycle\n"
3573                   echo "batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username $return_address  $file_to_transfer \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"  >>  transfer_${localout[$i]}
3574
3575                   echo "[[ \$? = 0 ]]  &&  rm  $file_to_transfer"  >>  transfer_${localout[$i]}
3576
3577                   if [[ $localhost = nech ]]
3578                   then
3579                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 900  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3580                   else
3581                      if [[ $LOGNAME = b323013 ]]
3582                      then
3583                         subjob  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3584                      else
3585                         subjob  -d  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3586                      fi
3587                   fi
3588
3589                else
3590
3591                      # TRANSFER WITHIN THIS JOB
3592                   transfer_failed=false
3593                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append by SCP to"
3594                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}\n"
3595                   if [[ $localhost = lccrayb ]]
3596                   then
3597                      ssh $usern@blogin1 ". \\$HOME/.profile; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3598                   elif [[ $localhost = lccrayh ]]
3599                   then
3600                      ssh $usern@hlogin1 ". \\$HOME/.profile; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3601                   elif [[ $localhost = lcxe6 ]]
3602                   then
3603                      ssh $usern@hexagon ". \\$HOME/.profile; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3604                   else
3605                      batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username  $return_address ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
3606                   fi
3607                   [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
3608
3609                      # IF TRANSFER FAILED, CREATE BACKUP COPY ON THIS MACHINE
3610                   if [[ $transfer_failed = true ]]
3611                   then
3612                      printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on this host under:\n"
3613                      printf "      ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung\n"
3614
3615                         # FIRST CHECK, IF DIRECTORY EXISTS, AND CREATE IT, IF NECESSARY
3616                      eval  local_catalog=${pathout[$i]}
3617                      if [[ ! -d $local_catalog ]]
3618                      then
3619                         printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
3620                         printf "      $local_catalog \n"
3621                         mkdir -p  $local_catalog
3622                      fi
3623
3624                      eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung
3625                      transfer_problems=true
3626                   fi
3627                fi
3628             else
3629
3630                   # RESET actionout. DUE TO THIS SETTING, FILE WILL LATER JUST BE APPENDED ON THIS MACHINE
3631                actionout[$i]=a
3632             fi
3633          fi
3634
3635
3636             # OUTPUT-FILE FOR A RESTART-RUN.
3637             # FILE IS MOVED TO THE TEMPORARY DATA DIRECTORY USING link COMMAND.
3638             # OPTION -f IS USED TO OVERWRITE EXISTING FILES.
3639             # AS LAST ACTION, ARCHIVING IS INITIATED.
3640          if [[ "${actionout[$i]}" = fl ]]
3641          then
3642             [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
3643             chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
3644             if [[ $files_for_pes = false ]]
3645             then
3646                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to"
3647                printf "\n              $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} (temporary data catalog)\n"
3648                ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3649             else
3650                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/....  to"
3651                printf "\n              $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} (temporary data catalog)\n"
3652                mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3653                cd ${localout[$i]}
3654                for file in $(ls *)
3655                do
3656                   ln -f $file $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3657                done
3658                cd $TEMPDIR
3659             fi
3660
3661
3662                # CREATE AND SUBMIT ARCHIVING-JOB
3663             if [[ $store_on_archive_system = true ]]
3664             then
3665
3666                if [[ $archive_system = asterix ]]
3667                then
3668                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                      >> archive_${frelout[$i]}
3669                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3670                   then
3671                      echo "stageout  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT${i}_$kennung" >> archive_${frelout[$i]}
3672                   else
3673                      echo "stageout -t  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT${i}_$kennung" >> archive_${frelout[$i]}
3674                   fi
3675                   echo "cat  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung"               >> archive_${frelout[$i]}
3676                   echo "if [[ \$(grep -c \"st.msg:150\"  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung) != 0 ]]" >> archive_${frelout[$i]}
3677                   echo "then"                                       >> archive_${frelout[$i]}
3678                   echo "   do_stageout=false"                       >> archive_${frelout[$i]}
3679                   echo "else"                                       >> archive_${frelout[$i]}
3680                   echo "   echo \"  +++ $filetyp ${frelout[$i]}  could not be stored on archive-system\" " >> archive_${frelout[$i]}
3681                   echo "   cat  /dev/null  >  ~/job_queue/ARCHIVE_ERROR_$fname" >> archive_${frelout[$i]}
3682                   echo "   cat  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung  >  ~/job_queue/archive_${frelout[$i]}_error" >> archive_${frelout[$i]}
3683                   echo "   echo \"  *** $filetyp ${frelout[$i]} will be copied to \$WORK as backup\" " >> archive_${frelout[$i]}
3684                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3685                   then
3686                      echo "   cp   ${frelout[$i]}  \$WORK"                    >> archive_${frelout[$i]}
3687                   else
3688                      echo "   cp -r  ${frelout[$i]}  \$WORK/${frelout[$i]}"   >> archive_${frelout[$i]}
3689                   fi
3690                   echo "   echo \"  *** $filetyp ${frelout[$i]} saved\" " >> archive_${frelout[$i]}
3691                   echo "fi"                                         >> archive_${frelout[$i]}
3692                   echo "rm  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung"              >> archive_${frelout[$i]}
3693                elif [[ $archive_system = DMF ]]
3694                then
3695                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                      >> archive_${frelout[$i]}
3696                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3697                   then
3698                      printf "\n  +++ archiving of single files impossible with $archive_system !\n"
3699                      locat=DMF
3700                      exit
3701                   else
3702                         # ??? nicht benötigte Archiv-Systeme entfernen ???
3703                         # FUER RECHNER IN JUELICH. DORT KOENNTEN AUCH
3704                         # EINZELNE DATEIEN GESICHERT WERDEN (SPAETER KORR.)
3705                      echo "rm -rf  \$ARCHIVE/${frelout[$i]}"     >> archive_${frelout[$i]}
3706                      echo "cp -r  ${frelout[$i]}  \$ARCHIVE"     >> archive_${frelout[$i]}
3707                   fi
3708                elif [[ $archive_system = tivoli ]]
3709                then
3710                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >> archive_${frelout[$i]}
3711                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3712                   then
3713                         # REMOVE EXISTING OLD FILES FROM THE ARCHIVE
3714                      echo "set -x"                                   >> archive_${frelout[$i]}
3715                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
3716                      echo "cp  ${frelout[$i]} \$PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3717                   else
3718
3719                      echo "set -x"                                   >> archive_${frelout[$i]}
3720                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}/*"         >> archive_${frelout[$i]}
3721                      echo "[[ ! -d \$PERM/${frelout[$i]} ]] && mkdir $PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3722                      cd  $tmp_data_catalog
3723                      all_files=`ls -1 ${frelout[$i]}/*`
3724                      cd -  > /dev/null
3725                      (( inode = 0 ))
3726                      (( tp1   = tasks_per_node + 1 ))
3727                      while (( inode < nodes ))
3728                      do
3729                         files=`echo $all_files | cut -d" " -f1-$tasks_per_node`
3730                         all_files=`echo $all_files | cut -d" " -f$tp1-`
3731                         echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
3732                         (( inode = inode + 1 ))
3733                      done
3734                   fi
3735                elif [[ $archive_system = ut ]]
3736                then
3737                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >> archive_${frelout[$i]}
3738                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3739                   then
3740                         # REMOVE EXISTING OLD FILES FROM THE ARCHIVE
3741                      echo "set -x"                                 >> archive_${frelout[$i]}
3742                      echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
3743                      echo "cp  ${frelout[$i]} \$UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3744                   else
3745
3746                      echo "set -x"                                 >> archive_${frelout[$i]}
3747                      echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}/*"         >> archive_${frelout[$i]}
3748                      echo "[[ ! -d \$UT/${frelout[$i]} ]] && mkdir $UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3749                      cd  $tmp_data_catalog
3750                      all_files=`ls -1 ${frelout[$i]}/*`
3751                      cd -  > /dev/null
3752                      (( inode = 0 ))
3753                      (( tp1   = tasks_per_node + 1 ))
3754                      while (( inode < nodes ))
3755                      do
3756                         files=`echo $all_files | cut -d" " -f1-$tasks_per_node`
3757                         all_files=`echo $all_files | cut -d" " -f$tp1-`
3758                         echo "tar  cvf \$UT/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
3759                         (( inode = inode + 1 ))
3760                      done
3761                   fi
3762                elif [[ $archive_system = none ]]
3763                then
3764                   printf "              +++ archiving on $localhost not available!\n"
3765                fi
3766
3767                if [[ $archive_system != none ]]
3768                then
3769                   if [[ $localhost = nech ]]
3770                   then
3771                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 7200  $PORTOPT  archive_${frelout[$i]}
3772                   fi
3773                   printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
3774                fi
3775             else
3776                printf "              +++ caution: option -A is switched off. No archiving on $archive_system!\n"
3777             fi
3778
3779
3780                # CREATE AN EMPTY DIRECTORY IN THE USERS PERMANENT DIRECTORY,
3781                # IN ORDER TO NOTE THE RESPECTIVE CYCLE NUMBER ON THE ARCHIVE SYSTEM
3782                # RESTART-JOBS ARE USING THESE EMPTY-DIRECTORIES TO GET THE CURRENT HIGHEST
3783                # CYCLE NUMBER ON THE ARCHIVE SYSTEM (IN CASE THAT INFORMATIONS ARE DIFFICULT TO
3784                # TO ACCESS FROM THE ARCHIVE-SYSTEM DIRECTLY))
3785             if [[ $files_for_pes = false ]]
3786             then
3787                cat  /dev/null  >  ${pathout[$i]}
3788             else
3789                mkdir -p  ${pathout[$i]}
3790             fi
3791
3792          fi
3793
3794
3795             # COPY FROM THIS HOST TO THE ARCHIVE-SYSTEM
3796             # IF ANY ARCHIVING FAILS, AN ERROR-FLAG-FILE IS SET
3797             # THIS FILE REMAINS TO BE SET, EVEN IF ARCHIVING OF FURTHER FILES IS SUCCESSFULL
3798          if [[ "${actionout[$i]}" = ar ]]
3799          then
3800             if [[ $files_for_pes = false ]]
3801             then
3802                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to"
3803                printf "\n              ${pathout[$i]}"
3804                printf "\n              File will be copied to archive-system ($archive_system) !\n"
3805             else
3806                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/_....  to"
3807                printf "\n              ${pathout[$i]}"
3808                printf "\n              Directory will be copied to archive-system ($archive_system) !\n"
3809             fi
3810             mv  ${localout[$i]}  ${frelout[$i]}
3811
3812             file_saved=false
3813
3814             if [[ $archive_system = asterix ]]
3815             then
3816                do_stageout=true
3817                (( stageout_anz = 0 ))
3818                while [[ $do_stageout = true ]]
3819                do
3820                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3821                   then
3822                      stageout  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT
3823                   else
3824                      stageout  -t  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT
3825                   fi
3826                   cat  STAGE_OUTPUT
3827                   if [[ $(grep -c "st.msg:150"  STAGE_OUTPUT) != 0 ]]
3828                   then
3829                      file_saved=true
3830                      do_stageout=false
3831                   else
3832                      if [[ $files_for_pes = false ]]
3833                      then
3834                         printf "\n  +++ file ${frelout[$i]}  could not be saved on archive-system"
3835                      else
3836                         printf "\n  +++ directory ${frelout[$i]} could not be saved on archive-system"
3837                      fi
3838                      (( stageout_anz = stageout_anz + 1 ))
3839                      if (( stageout_anz == 10 ))
3840                      then
3841                         printf "\n  +++ stoped after 10 unsuccessful tries!"
3842                         archive_save=false
3843                         do_stageout=false
3844                      else
3845                         printf "\n  *** new try to store on archive after 15 min:"
3846                         sleep 900
3847                      fi
3848                   fi
3849                done
3850             elif [[ $archive_system = DMF ]]
3851             then
3852                if [[ $files_for_pes = false ]]
3853                then
3854                   printf "\n  +++ archiving of single files impossible on $archive_system!\n"
3855                   locat=DMF
3856                   exit
3857                else
3858                   rm -rf  $ARCHIVE/${frelout[$i]}
3859                   cp -r  ${frelout[$i]}  $ARCHIVE
3860                fi
3861                file_saved=true
3862             elif [[ $archive_system = tivoli ]]
3863             then
3864                   # ARCHIVING ONLY POSSIBLE VIA BATCH-JOB
3865                   # IN THE MEANTIME, FILE IS STORED IN THE TEMPORARY DATA DIRECTORY,
3866                   # BECAUSE MRUN'S CURRENT TEMPORARY WORKING DIRECTORY MAY ALREADY BE DELETED
3867                   # WHEN THE ARCHIVE-JOB IS EXECUTED
3868                [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
3869                chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
3870                if [[ $files_for_pes = false ]]
3871                then
3872                   ln -f  ${frelout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3873                else
3874                   mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3875                   ln -f  ${frelout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3876                fi
3877
3878                   # GENERATE AND SUBMIT BATCH-JOB
3879                   # FILE HAS TO BE DELETED FROM THE TEMPORARY DATA DIRECTORY
3880                   # DELETE OLD EXISTING FILES FROM THE ARCHIVE
3881                echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >  archive_${frelout[$i]}
3882                if [[ $files_for_pes = false ]]
3883                then
3884                   echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
3885                   echo "cp  ${frelout[$i]} \$PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3886                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                  >> archive_${frelout[$i]}
3887                else
3888                   echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
3889                   echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3890                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                  >> archive_${frelout[$i]}
3891                fi
3892
3893                subjob  -v  -d  -q cdata  -X 0  -m 1000  -t 43200  -c $job_catalog  $PORTOPT  archive_${frelout[$i]}
3894                printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
3895                file_saved=true
3896
3897             elif [[ $archive_system = ut ]]
3898             then
3899                   # ARCHIVING ONLY POSSIBLE VIA BATCH-JOB
3900                   # IN THE MEANTIME, FILE IS STORED IN THE TEMPORARY DATA DIRECTORY,
3901                   # BECAUSE MRUN'S CURRENT TEMPORARY WORKING DIRECTORY MAY ALREADY BE DELETED
3902                   # WHEN THE ARCHIVE-JOB IS EXECUTED
3903                [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
3904                chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
3905                if [[ $files_for_pes = false ]]
3906                then
3907                   ln -f  ${frelout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3908                else
3909                   mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3910                   ln -f  ${frelout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3911                fi
3912
3913                   # GENERATE AND SUBMIT BATCH-JOB
3914                   # FILE HAS TO BE DELETED FROM THE TEMPORARY DATA DIRECTORY
3915                   # DELETE OLD EXISTING FILES FROM THE ARCHIVE
3916                echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >  archive_${frelout[$i]}
3917                if [[ $files_for_pes = false ]]
3918                then
3919                   echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
3920                   echo "cp  ${frelout[$i]} \$UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3921                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                >> archive_${frelout[$i]}
3922                else
3923                   echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
3924                   echo "tar  cvf \$UT/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3925                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                >> archive_${frelout[$i]}
3926                fi
3927
3928                subjob  -v  -c /pf/b/$usern/job_queue  -d  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 7200  $PORTOPT  archive_${frelout[$i]}
3929                printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
3930                file_saved=true
3931
3932             else
3933                printf "\n  +++ archive_system=\"$archive_system\"  archiving impossible!"
3934                archive_save=false
3935             fi
3936
3937                # CREATE EMPTY FLAG-FILE OR -DIRECTORY
3938                # IN ORDER TO NOTE THE RESPECTIVE CYCLE NUMBER ON THE ARCHIVE SYSTEM
3939                # RESTART-JOBS ARE USING THESE EMPTY-DIRECTORIES TO GET THE CURRENT HIGHEST
3940                # CYCLE NUMBER ON THE ARCHIVE SYSTEM (IN CASE THAT INFORMATIONS ARE DIFFICULT TO
3941                # TO ACCESS FROM THE ARCHIVE-SYSTEM DIRECTLY))
3942             if [[ $file_saved = true ]]
3943             then
3944                if [[ $files_for_pes = false ]]
3945                then
3946                   cat  /dev/null  >  ${pathout[$i]}
3947                else
3948                   mkdir -p  ${pathout[$i]}
3949                fi
3950             fi
3951
3952          fi
3953
3954             # APPEND ON THIS MACHINE
3955          if [[ "${actionout[$i]}" = "a" ]]
3956          then
3957             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
3958             then
3959                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
3960                cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
3961             else
3962                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to  ${pathout[$i]}\n"
3963                cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}
3964             fi
3965          fi
3966
3967             # COPY ON THIS MACHINE
3968             # COPY HAS TO BE USED, BECAUSE MOVE DOES NOT WORK IF FILE-ORIGIN AND TARGET ARE
3969             # ON DIFFERENT FILE-SYSTEMS
3970          if [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_pes = false ]]
3971          then
3972
3973                # COPY IN CASE OF RUNS ON SINGLE CORES
3974             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
3975             then
3976                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
3977                if [[ $link_local_output = true ]]
3978                then
3979                    printf "      using ln -f\n"
3980                    ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
3981                fi
3982                # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
3983                if [[ ! -f "${pathout[$i]}.${extout[$i]}" ]]
3984                then
3985                    if [[ $link_local_output = true ]]
3986                    then
3987                        printf "      ln failed, using cp...\n"
3988                    fi
3989                    cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
3990                fi
3991             else
3992                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to  ${pathout[$i]}\n"
3993                if [[ $link_local_output = true ]]
3994                then
3995                    printf "      using ln -f\n"
3996                    ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
3997                fi
3998                # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
3999                if [[ ! -f "${pathout[$i]}" ]]
4000                then
4001                    if [[ $link_local_output = true ]]
4002                    then
4003                        printf "      ln failed, using cp...\n"
4004                    fi
4005                    cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4006                fi
4007             fi
4008
4009          elif [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_pes = true ]]
4010          then
4011
4012                # FILES FROM THE DIFFERENT CORES ARE MOVED WITH ln-COMMAND TO THE PERMANENT DIRECTORY
4013                # AS A FIRST STEP, THE PERMANENT DIRECTORY IS CREATED
4014             printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/_....  to  ${pathout[$i]}\n"
4015             if [[ $link_local_output = true ]]
4016             then
4017                 printf "      using ln -f\n"
4018                 mkdir  ${pathout[$i]}
4019                 cd ${localout[$i]}
4020                 for file in $(ls *)
4021                 do
4022                   ln -f $file  ${pathout[$i]}
4023                 done
4024                 cd $TEMPDIR
4025             fi
4026
4027                # IF "ln -f" HAS FAILED OR IF "$link_local_output = false" DO A NORMAL COPY "cp -r"
4028             if [[ ! -f "${pathout[$i]}/_0000" ]]
4029             then
4030                 if [[ $link_local_output = true ]]
4031                 then
4032                     printf "      ln failed for .../_0000, using cp...\n"
4033                 fi
4034                 cp -r  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4035             fi
4036
4037          fi
4038       fi
4039    done
4040    if (( i != 0 ))
4041    then
4042       if [[ $transfer_problems = true ]]
4043       then
4044          printf "\n$dashes\n  *** OUTPUT-files saved"
4045          printf "\n  +++ WARNING: some data transfers failed! \n"
4046       else
4047          printf "\n$dashes\n  *** all OUTPUT-files saved \n"
4048       fi
4049    fi
4050
4051
4052       # IF REQUIRED, START A RESTART-JOB
4053       # FILE CONTINUE_RUN MUST HAVE BEEN CREATED BY THE EXECUTABLE (PALM)
4054    if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
4055    then
4056
4057       if [[ $archive_save = true ]]
4058       then
4059
4060             # ADD RESTART-OPTIONS TO THE MRUN-CALL (IF THEY ARE NOT USED ALREADY):
4061             # -C TELLS MRUN THAT IT IS A RESTART-RUN
4062             # -v SILENT MODE WITHOUT INTERACTIVE QUERIES
4063             # -n BATCH-MODE (IMPORTANT ONLY IN CASE OF BATCH JOBS ON THE LOCAL MACHINE)
4064          [[ $(echo $mc | grep -c "\-C") = 0 ]]  &&  mc="$mc -C"
4065          [[ $(echo $mc | grep -c "\-v") = 0 ]]  &&  mc="$mc -v"
4066          [[ $(echo $mc | grep -c "\-b") = 0 ]]  &&  mc="$mc -b"
4067          if [[ $(echo $mc | grep -c "#") != 0 ]]
4068          then
4069             mc=`echo $mc | sed 's/#/f/g'`
4070          fi
4071
4072
4073             # START THE RESTART-JOB
4074          printf "\n\n  *** initiating restart-run on \"$return_address\" using command:\n"
4075          echo "      $mc"
4076          printf "\n$dashes\n"
4077          if [[ $localhost != $fromhost ]]
4078          then
4079
4080             if [[ $localhost = lcbullhh  ||  $localhost = lccrayb  ||  $localhost = lccrayh  ||  $localhost = nech  ||  $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibmkisti  ||  $localhost = ibmku  ||  $localhost = ibms  ||  $localhost = lcflow  ||  $localhost = lckyu*  ||  $localhost = lcxe6 ]]
4081             then
4082                echo "*** ssh will be used to initiate restart-runs!"
4083                echo "    return_address=\"$return_address\" "
4084                echo "    return_username=\"$return_username\" "
4085                if [[ $(echo $return_address | grep -c "130.75.105") = 1 ]]
4086                then
4087                   if [[ $localhost = ibmh ]]
4088                   then
4089                      ssh $SSH_PORTOPT $usern@136.172.40.15 "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \". \\\$HOME/.profile; module load intel-compiler hdf5 netcdf; PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4090                   elif [[ $localhost = lcbullhh ]]
4091                   then
4092                      ssh $SSH_PORTOPT $usern@mlogin101 "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \". \\\$HOME/.profile; module load intel-compiler hdf5 netcdf; PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4093                   elif [[ $localhost = lccrayb ]]
4094                   then
4095                      ssh $usern@blogin1 "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \". \\\$HOME/.profile; module load intel-compiler hdf5 netcdf; PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH; export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4096                   elif [[ $localhost = lccrayh ]]
4097                   then
4098                      ssh $usern@hlogin1 "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \". \\\$HOME/.profile; module load intel-compiler hdf5 netcdf; PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH; export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4099                   elif [[ $localhost = lcxe6 ]]
4100                   then
4101                      ssh $usern@hexagon "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \". \\\$HOME/.profile; module load intel-compiler hdf5 netcdf; PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH; export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4102                   else
4103                      ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username ". \\\$HOME/.profile; module load intel-compiler hdf5 netcdf; PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4104                   fi
4105                else
4106                   if [[ $localhost = ibmkisti ]]
4107                   then
4108                      ssh $SSH_PORTOPT $usern@gaiad "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4109                   elif [[ $localhost = lcflow ]]
4110                   then
4111                      /usr/bin/ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4112                   elif [[ $localhost = lcocean ]]
4113                   then
4114                      /usr/bin/ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4115                   elif [[ $localhost = lccrayb ]]
4116                   then
4117                      ssh $usern@blogin1 "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4118                   elif [[ $localhost = lccrayh ]]
4119                   then
4120                      ssh $usern@hlogin1 "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4121                   else
4122                      ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4123                   fi
4124                fi
4125             else
4126                printf "\n  +++ no restart mechanism available for host \"$localhost\" "
4127                locat=restart; exit
4128             fi
4129
4130                # WAIT TO ALLOW THE RESTART-JOB TO BE QUEUED, BEFORE THE CURRENT JOB IS FINISHED
4131             if [[ $queue = special1q ]]
4132             then
4133                sleep 120
4134             else
4135                sleep 30
4136             fi
4137
4138          else
4139
4140                # JOBS RUNNING (AND STARTED) ON THE LOCAL MACHINE CAN DIRECTLY CALL MRUN (WITHOUT
4141                # USING SSH)
4142             cd $LOCAL_PWD
4143             if [[ $localhost = lckyuh ]]
4144             then
4145                printf "\n  +++ WARNING: no restart mechanism available for host \"$localhost\" "
4146                printf "\n               please restart job manually using command:\n"
4147                printf "\n               \"$mc\" "
4148             else
4149                eval  $mc                # THE ' MUST BE EVALUATED
4150             fi
4151             cd -  > /dev/null
4152          fi
4153          if [[ $localhost = lckyuh ]]
4154          then
4155             printf "\n$dashes\n  *** restart-run to be initiated manually\n"
4156          else
4157             printf "\n$dashes\n  *** restart-run initiated \n"
4158          fi
4159
4160
4161             # DELETE INPUT-(RESTART)FILES, WHICH HAVE BEEN FETCHED FROM THE TEMPORARY DATA
4162             # DIRECTORY, BACAUSE THEY ARE NOT REQUIRED BY THE RESTART-JOB.
4163             # THIS IS DONE IN ORDER TO AVOID EXCEEDING DISC QUOTAS OR DISC SPACE (RESTART-FILES
4164             # MAY BE VERY HUGE)
4165          (( i = 0 ))
4166          while (( i < iin ))
4167          do
4168             (( i = i + 1 ))
4169             if [[ "${got_tmp[$i]}" = true   &&  $keep_data_from_previous_run = false ]]
4170             then
4171                rm -r  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
4172             fi
4173          done
4174
4175       else
4176
4177          printf "\n  +++ no restart-run possible, since errors occured"
4178          printf "\n      during the archive process"
4179       fi
4180
4181    fi
4182
4183
4184   
4185       # SEND EMAIL NOTIFICATION ABOUT THE FINISHED RUN
4186    if [[ "$email_notification" != "none" ]]
4187    then
4188
4189       if [[ $localhost != $fromhost ]]
4190       then
4191          if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
4192          then
4193             echo "PALM restart run necessary"        >   email_text
4194             echo "description header of actual run:" >>  email_text
4195             cat  CONTINUE_RUN                        >>  email_text
4196             echo "mrun-command to restart:"          >>  email_text
4197             echo "$mc"                               >>  email_text
4198          else
4199             echo "PALM run with base filename \"$fname\" on host \"$localhost\" finished"  >  email_text
4200          fi
4201          mail  $email_notification  <  email_text
4202          printf "\n  *** email notification sent to \"$email_notification\" "
4203       fi
4204    fi
4205
4206
4207
4208       # ALL ACTIONS FINISHED, TEMPORARY WORKING-DIRECTORY CAN BE DELETED
4209    cd  $HOME
4210    [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
4211
4212 else
4213
4214       # PREPARING ACTIONS,
4215       # IF A BATCH-JOB IS TO BE GENERATED AND STARTED ON A REMOTE-MACHINE GERECHNET
4216
4217       # BUILD THE MRUN-COMMAND TO BE CALLED IN THE BATCH-JOB ON THE REMOTE-MACHINE
4218    mrun_com="$mrun_script_name -a $afname -c $config_file -d $fname -h $host -H $fromhost -m $memory -t $cpumax -q $queue -R $return_address -U $return_username -u $remote_username"
4219    [[ "$cpp_opts" != "" ]]       &&  mrun_com=${mrun_com}" -D \"$cpp_opts\""
4220    [[ "$global_revision" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -G \"$global_revision\""
4221    [[ $group_number != none ]]   &&  mrun_com=${mrun_com}" -g $group_number"
4222    [[ $do_compile = true ]]      &&  mrun_com=${mrun_com}" -s \"$source_list\""
4223    [[ "$input_list" != "" ]]     &&  mrun_com=${mrun_com}" -i \"$input_list\""
4224    [[ $ignore_archive_error = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -I"
4225    [[ $keep_data_from_previous_run = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -k"
4226    [[ "$additional_conditions" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -K \"$additional_conditions\""
4227    [[ "$output_list" != "" ]]    &&  mrun_com=${mrun_com}" -o \"$output_list\""
4228    [[ "$read_from_config" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -S"
4229    [[ $do_trace = true ]]        &&  mrun_com=${mrun_com}" -x"
4230    [[ "$numprocs" != "" ]]       &&  mrun_com=${mrun_com}" -X $numprocs"
4231    if [[ $use_openmp = true ]]
4232    then
4233       mrun_com=${mrun_com}" -O $threads_per_task"
4234    fi
4235    [[ "$tasks_per_node" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -T $tasks_per_node"
4236    [[ $store_on_archive_system = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -A"
4237    [[ $package_list != "" ]]     &&  mrun_com=${mrun_com}" -p \"$package_list\""
4238    [[ $return_password != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -P $return_password"
4239    [[ $delete_temporary_catalog = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -B"
4240    [[ $node_usage != default  &&  "$(echo $node_usage | cut -c1-3)" != "sla"  &&  $node_usage != novice ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -n $node_usage"
4241    [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -y"
4242    [[ $run_coupled_model = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -Y \"$coupled_dist\""
4243    [[ "$check_namelist_files" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -z"
4244    [[ "$combine_plot_fields" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -Z"
4245    [[ "$max_par_io_str" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -w $max_par_io_str"
4246    if [[ $do_remote = true ]]
4247    then
4248       printf "\n>>>> MRUN-command on execution host:\n>>>> $mrun_com \n"
4249    fi
4250
4251
4252       # CREATE EXECUTABLE FOR BATCH JOB
4253    if [[ $create_executable_for_batch = true  &&  $restart_run != true ]]
4254    then
4255
4256       printf "\n  *** creating the executable for batch job\n"
4257
4258          # METHOD ONLY WORKS FOR BATCH JOBS ON LOCAL HOSTS
4259       if [[ $host != $localhost ]]
4260       then
4261          printf "\n  +++ creation of executables is only allowed for batch jobs on local hosts."
4262          printf "\n      Please set create_executable_for_batch = false in the config-file.\n"
4263          locat=create_executable; exit
4264       fi
4265
4266       mkdir  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}/TMPDIR_FOR_CREATING_EXECUTABLE
4267       cd  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}/TMPDIR_FOR_CREATING_EXECUTABLE
4268
4269       cp  $make_depository  .
4270       tar -xf  $make_depository  >  /dev/null  2>&1
4271       cp  ../*  .   >  /dev/null  2>&1
4272
4273       make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
4274
4275       if [[ $? != 0  ||  "$compile_error" = true  ||  "$module_compile_error" = true ]]
4276       then
4277          printf "\n  +++ error occured while compiling or linking"
4278          locat=compile
4279          exit
4280       fi
4281
4282       mv  a.out  ..
4283       cd -  >  /dev/null  2>&1
4284       rm -rf  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}/TMPDIR_FOR_CREATING_EXECUTABLE
4285
4286       printf "  *** executable created in \"$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}\"\n "
4287
4288    fi
4289
4290
4291       # BUILD THE JOB-SCRIPTS ON FILE jobfile
4292    jobfile=jobfile.$RANDOM
4293
4294
4295       # CREATE TEMPORARY DIRECTORY AND SWITCH TO IT
4296    echo  "mkdir  $TEMPDIR"      >>  $jobfile
4297    echo  "cd  $TEMPDIR"         >>  $jobfile
4298
4299
4300       # ACTIVATE ERROR-TRACEBACK
4301    if [[ $do_trace = true ]]
4302    then
4303       echo  "set -x"                                    >>  $jobfile
4304    else
4305       echo  "set +vx"                                   >>  $jobfile
4306    fi
4307
4308
4309       # INITIALIZE THE ENVIRONMENT AND LOAD MODULES
4310    if [[ "$init_cmds" != "" ]]
4311    then
4312       echo  "$init_cmds"        >>  $jobfile
4313    fi
4314    if [[ "$module_calls" != "" ]]
4315    then
4316       echo  "$module_calls"     >>  $jobfile
4317    fi
4318
4319
4320       # PROVIDE SOURCE-CODE FILES, MRUN-SCRIPT AND CONFIGURATION-FILE FOR THE JOB
4321       # then-CLAUSE: FILES ARE COLLECTED IN THE SOURCES_FOR_RUN_... DIRECTORY ON THE LOCAL HOST,
4322       #              WHICH IS THEN FETCHED FROM THE BATCH-JOB BY USING cp/scp
4323       #              THE SOURCE-CODE FILES ALREADY EXIST IN THIS DIRECTORY
4324       # else-CLAUSE: FILE-CONTENTS ARE PUT INTO THE JOB-FILE AS HERE-DOCUMENTS
4325       #              THIS MAY CREATE A QUITE LARGE JOB-FILE, WHICH CAN CAUSE PROBLEMS WITH SOME
4326       #              QUEUEING-SYSTEMS
4327    if [[ $host = ibmkisti  ||  $host = lcbullhh  ||  $host = lccrayb  ||  $host = lccrayf  ||  $host = lccrayh  ||  $host = lcocean ]]
4328    then
4329
4330          # COPY CONFIGURATION-FILE AND MRUN-SCRIPT INTO THE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY
4331       if [[ $restart_run != true ]]
4332       then
4333          cp  $config_file  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
4334          cp  ${PALM_BIN}/$mrun_script_name  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
4335       fi
4336
4337          # COPY THE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY FROM THE LOCAL HOST TO THE JOB VIA scp
4338          # (then-CLAUSE: JOBS ON THE LOCAL HOST CAN JUST USE cp)
4339       echo  "set -x"  >>  $jobfile
4340       if [[ $host = $localhost ]]
4341       then
4342             # DUE TO UNKNOWN REASONS, COPY WITH cp COMMAND CREATES CORRUPT
4343             # FILES ON CRAY XC30 SYSTEMS (CSC HELSINKI), rsync IS USED INSTEAD
4344          if [[ $(echo $host | cut -c1-6) = lccray ]]
4345          then
4346             echo  "rsync -av -t  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname  ."  >>  $jobfile
4347          else
4348             echo  "cp -r  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname  ."  >>  $jobfile
4349          fi
4350
4351       else
4352          if [[ $host = ibmkisti ]]
4353          then
4354                # ON KISTI'S IBM FIREWALL IS ONLY OPENED ON INTERACTIVE NODE
4355             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
4356             echo  "ssh $SSH_PORTOPT $remote_username@gaiad \"cd \$localdir; scp $PORTOPT -r  $return_username@$return_address:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
4357         elif [[ $host = lcbullhh ]]
4358          then
4359             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
4360             echo  "ssh $SSH_PORTOPT $remote_username@mlogin101 \"cd \$localdir; scp $PORTOPT -r  $return_username@$return_address:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
4361
4362          elif [[ $host = lccrayb ]]
4363          then
4364             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
4365             echo  "ssh $SSH_PORTOPT $remote_username@blogin1 \"cd \$localdir; scp $PORTOPT -r  $return_username@$return_address:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
4366          elif [[ $host = lccrayh ]]
4367          then
4368             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
4369             echo  "ssh $SSH_PORTOPT $remote_username@hlogin1 \"cd \$localdir; scp $PORTOPT -r  $return_username@$return_address:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
4370
4371          else
4372             echo  "scp $PORTOPT -r $return_username@$return_address:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname ."  >>  $jobfile
4373          fi
4374       fi
4375       echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                      >>  $jobfile
4376
4377          # MOVE MRUN-SCRIPT AND CONFIGURATION-FILE FROM THE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY TO THE
4378          # WORKING DIRECTORY OF THE JOB
4379       echo  "mv  SOURCES_FOR_RUN_$fname/$config_file  . "       >>  $jobfile
4380       echo  "mv  SOURCES_FOR_RUN_$fname/$mrun_script_name  . "  >>  $jobfile
4381       echo  "chmod u+rwx  $mrun_script_name"                    >>  $jobfile
4382       echo  "execute_mrun=true"                                 >>  $jobfile
4383       echo  " "                                                 >>  $jobfile
4384
4385    else
4386
4387          # PROVIDE SOURCE-CODE FILES AND MAKEFILE AS HERE DOCUMENT
4388       if [[ $do_compile = true ]]
4389       then
4390
4391          source_catalog=SOURCES_FOR_RUN_$fname
4392
4393              # CREATE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY TO STORE THE SOURCE CODE FILES AND THE MAKEFILE
4394          echo  "mkdir  SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
4395          echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                 >>  $jobfile
4396          echo  "cd     SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
4397
4398          for  filename  in  $source_list
4399          do
4400                # BACKSLASH IS USED FOR MASKING
4401             echo  "cat > $filename << \"%END%\""              >>  $jobfile
4402             cat   $source_catalog/$filename                   >>  $jobfile
4403             echo  " "                                         >>  $jobfile
4404             echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
4405             echo  " "                                         >>  $jobfile
4406          done
4407
4408             # BACKSLASH IS USED FOR MASKING
4409          echo  "cat > Makefile << \"%END%\""               >>  $jobfile
4410          cat   $source_catalog/Makefile                    >>  $jobfile
4411          echo  " "                                         >>  $jobfile
4412          echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
4413          echo  " "                                         >>  $jobfile
4414
4415          echo  "cd -  > /dev/null"                         >>  $jobfile
4416
4417       fi
4418
4419
4420          # PROVIDE THE CONFIGURATION-FILE AS HERE-DOCUMENT
4421          # BACKSLASH IS USED FOR MASKING
4422          # LINES WITH #$ IN THE CONFIGURATION-FILE, COMING FROM THE SVN KEYWORD SUBSTITUTION,
4423          # ARE REMOVED FROM THE FILE IN ORDER TO AVOID PROBLEMS WITH THE SGE BATCH SYSTEM
4424       echo  "cat > $config_file << \"%END%\""      >>  $jobfile
4425       if [[ $host = lckyuh ]]
4426       then
4427             # NO CROSS-COMPILER ON COMPUTE NODE
4428          sed  's/frtpx/frt/g'  $config_file        >>  $jobfile
4429       else
4430          sed 's/#$.*//g'   $config_file            >>  $jobfile
4431       fi
4432       echo  "%END%"                                >>  $jobfile
4433       echo  " "                                    >>  $jobfile
4434
4435
4436          # PROVIDE THE MRUN-SCRIPTS AS HERE-DOCUMENT
4437          # BACKSLASH IS USED FOR MASKING
4438       echo  "cat > $mrun_script_name <<\"%END%\""  >>  $jobfile
4439       if [[ $host = lckyuh ]]
4440       then
4441          sed 's/\/bin\/ksh/\/bin\/bash/g' ${PALM_BIN}/$mrun_script_name  >>  $jobfile
4442       else
4443          cat  ${PALM_BIN}/$mrun_script_name        >>  $jobfile
4444       fi
4445       echo  "%END%"                                >>  $jobfile
4446       echo  "chmod u+x $mrun_script_name"          >>  $jobfile
4447       echo  "execute_mrun=true"                    >>  $jobfile
4448       echo  " "                                    >>  $jobfile
4449
4450    fi
4451
4452
4453       # GET REQUIRED INPUT-FILES BY SCP OR BY SENDING THEM WITH THE JOB AS HERE-DOCUMENT
4454       # PUT THESE FILES INTO THE USER'S RESPECTIVE PERMANENT DIRECTORIES ON THE REMOTE-HOST
4455       # IF THE DIRECTORIES DO NOT EXIST, TRY TO CREATE THEM
4456    if [[ $do_remote = true ]]
4457    then
4458       (( i = 0 ))
4459       while (( i < iin ))
4460       do
4461          (( i = i + 1 ))
4462          echo  "[[ ! -d ${pathin[$i]} ]]  &&  mkdir -p  ${pathin[$i]}"  >>  $jobfile
4463          if [[ "${transin[$i]}" = job ]]
4464          then
4465             echo  "cat > ${remotepathin[$i]} <<\"%END%\""    >>  $jobfile
4466             eval cat   ${pathin[$i]}/${frelin[$i]}           >>  $jobfile
4467             echo  " "                                        >>  $jobfile
4468             echo  "%END%"                                    >>  $jobfile
4469          else
4470             echo  "batch_scp $PORTOPT -b -o -g -s -u $return_username $return_address ${remotepathin[$i]} \"${pathin[$i]}\" ${frelin[$i]}" >>  $jobfile
4471          fi
4472
4473             # CHECK, IF FILE COULD BE CREATED
4474          echo  "if [[ \$? = 1 ]]"                    >>  $jobfile
4475          echo  "then"                                >>  $jobfile
4476          echo  "   echo \" \" "                      >>  $jobfile
4477          echo  "   echo \"+++ file ${remotepathin[$i]} could not be created\" "   >>  $jobfile
4478          echo  "   echo \"    please check, if directory exists on $host!\" "  >>  $jobfile
4479          echo  "   echo \"+++ MRUN will not be continued\" "  >>  $jobfile
4480          echo  "   execute_mrun=false"               >>  $jobfile
4481          echo  "fi"                                  >>  $jobfile
4482       done
4483    fi
4484
4485       # PROVIDE NAME OF THE CURRENT WORKING-DIRECTORY ON THE LOCAL MACHINE (FROM WHERE THE JOB IS
4486       # STARTED) BY SETTING AN ENVIRONMENT-VARIABLE. THIS INFORMATION IS USED IN THE JOB BY MRUN
4487       # IN CASE THAT RESTART-RUNS HAVE TO BE GENERATED
4488    echo  "LOCAL_PWD=$working_directory"                >>  $jobfile
4489    echo  "export LOCAL_PWD"                            >>  $jobfile
4490
4491       # PROVIDE THE PATH OF THE LOCAL MRUN-SCRIPT FOR THE SAME REASON
4492    echo  "LOCAL_MRUN_PATH=$PALM_BIN"                   >>  $jobfile
4493    echo  "export LOCAL_MRUN_PATH"                      >>  $jobfile
4494
4495       # lcflow ALSO REQUIRES TO PROVIDE PATH FOR THE PALM-SCRIPTS
4496#    if [[ $host = lcflow  ||  $localhost = lcflow ]]
4497#    then
4498       echo  "export PALM_BIN=$PALM_BIN" | sed -e 's:'$HOME':$HOME:'   >>  $jobfile
4499       echo  "export PATH=\$PATH:\$PALM_BIN"              >>  $jobfile
4500#    fi
4501
4502       # CALL MRUN WITHIN THE JOB (SETTING QUEUE IS A WORKAROUND FOR ibmkisti)
4503       # AS FINAL ACTION, REMOVE THE TEMPORARY DIRECTORY CREATED AT THE BEGINNING OF THE JOB
4504    echo  "set -x"                                        >>  $jobfile
4505    echo  "queue=$queue"                                  >>  $jobfile
4506    echo  "[[ \$execute_mrun = true ]]  &&  ./$mrun_com"  >>  $jobfile
4507    echo  'ls -al; echo `pwd`'                            >>  $jobfile
4508    echo  "cd \$HOME"                                     >>  $jobfile
4509    echo  "rm -rf  $TEMPDIR"                              >>  $jobfile
4510
4511
4512
4513
4514       # START THE JOB USING SUBJOB-COMMAND
4515    if [[ $silent = false ]]
4516    then
4517       printf "\n     "
4518    else
4519       printf "\n\n"
4520    fi
4521
4522    subjob  $job_on_file  -h $host  -u $remote_username -g $group_number -q $queue  -m $memory  -N $node_usage -t $cpumax  $XOPT  $TOPT  $OOPT  -n $fname  -v  -c $job_catalog  -e $email_notification  $PORTOPT  $jobfile
4523    rm -rf  $jobfile
4524
4525
4526 fi  # END OF REMOTE-PART
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.