source: palm/trunk/SCRIPTS/mrun @ 1038

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script adjustments for lcsb (Seoul National University)

  • Property svn:keywords set to Id Rev
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Line 
1#!/bin/ksh
2# mrun - script for running PALM jobs
3# $Id: mrun 1021 2012-10-02 13:52:49Z raasch $
4
5     # Procedure for interactive/batch PALM runs (initial runs and automatic
6     # restart runs)
7
8     # Last changes:
9     # 03/03/94 - Siggi - Entwicklungsbeginn
10     # 21/03/94 - Siggi - Entwicklungsabschluss (Version 1.0)
11     # 09/12/94 - Siggi - allexport unterbunden; statt dessen werden jetzt ein-
12     #                    zelne Variable exportiert. Dies ist noetig, weil an-
13     #                    sonsten irgendein Speicher ueberlaeuft und von mrun
14     #                    aufgerufene Programme (z.B. stageout) mit Fehlern
15     #                    abbrechen (too many arguments)
16     # 20/06/95 - Siggi - noclobber muss explizit abgeschaltet, da jetzt
17     #                    defaultmaessig im RRZN-Profile eingeschaltet
18     # 10/06/97 - Siggi - Zusaetzliche Option -C bei cpp, damit // nicht
19     #                    wegfallen
20     # 25/04/00 - Siggi - Version 1.5
21     #                    remote_addres und remote_user in return_addres bzw.
22     #                    return_username umbenannt, return_username wird dem
23     #                    mrun-Aufruf im Job ueber Option -U mitgegeben.
24     #                    Neue Variable remote_username, die beim interaktiven
25     #                    mrun-Aufruf zwingend ueber die neue Option -u oder
26     #                    in der Konfigurationsdatei angegeben werden muss.
27     # 08/02/01 - Siggi - Alle mrun-Meldungen ins englische uebersetzt,
28     #                    Version 1.7
29     # 05/05/02 - Siggi - Uebersetzungen mittels make-Mechanismus moeglich
30     # 21/11/02 - Siggi - ENV-Variable XLFRTEOPTS wird vor Ausfuehrung auf
31     #                    IBM gesetzt, um Record-Laenge der NAMELIST-Dateien,
32     #                    zu bestimmen; Praeprozessoroptionen haben nun alle
33     #                    die Form -Dtext=text, weil auf IBM sonst text durch
34     #                    die leere Zeichenkette ersetzt wird
35     # 01/08/03 - Siggi  - Test of implementing dvrp+1PE on ibm
36     # 07/01/04 - Siggi  - additional preprocessor directive for ibm included
37     #                     (-D$OMP=OMP) in order to avoid problems with
38     #                     OMP_NUM_THREADS
39     # 04/01/05 - Siggi  - archiving on hanni and berni is done in separate
40     #                     tar files, one for each node used
41     # 07/01/04 - Siggi  - old code for t3e, vpp and hpcs eliminated
42     # 09/01/05 - Siggi  - workaround for getting the IP address on gfdl3
43     # 17/01/05 - Siggi  - job for data transfer to local machine now within
44     #                     job class c1 (HLRN)
45     # 27/01/05 - Siggi  - IP address workaround for gfdl3 removed
46     # 28/01/05 - Siggi  - tar-filenames on $PERM (HLRN) now include the
47     #                     base filename and cycle number
48     # 16/02/05 - Gerald - hababai validated
49     # 14/03/05 - Siggi  - abort on NEC after first runtime error (F_ERRCNT)
50     # 29/03/05 - Marcus - berni*-en0 validated
51     # 21/04/05 - Siggi  - transfer-job-protocol for avs-data is no more stored
52     # 24/04/05 - Siggi  - netcdf support on lcmuk
53     # 25/04/05 - Siggi  - netcdf support on gfld3 (decalpha)
54     # 11/05/05 - Siggi  - files with non-numeric extensions (.xxx after cycle
55     #                     number) can now be used within interactive runs
56     # 12/05/05 - Siggi  - netcdf support on ibm
57     # 13/05/05 - Siggi  - error in tar-filenames on $PERM (HLRN) removed
58     # 18/05/05 - Siggi  - netcdf support on nec
59     # 24/05/05 - Siggi  - netcdf support on ibms
60     # 14/06/05 - Siggi  - sleep interval after submit of restart job increased
61     #                     to 30 seconds
62     # 28/06/05 - Siggi  - bora adjusted to new intel compiler (LD_LIBRARY_
63     #                     PATH is temporarily set)
64     # 07/09/05 - Siggi  - setting of MP_EAGER_LIMIT switched off because it
65     #                     caused warnings in the job protocol
66     # 20/10/05 - Siggi  - update of netcdf-version on decalpha (gfdl3)
67     # 25/10/05 - Siggi  - error in listing files for getting the cycle number
68     #                     removed
69     # 26/10/05 - Siggi  - new paths for dvrp-library, transfer of catalogs
70     #                     realized by file attribute trpe
71     # 28/10/05 - Siggi  - if existing, the file extension is output in case
72     #                     of missing input file - no job abort in case of
73     #                     missing input files with file extensions
74     #                     (preliminary solution)
75     # 31/10/05 - Siggi  - data transfer from nech now within seperate job
76     # 04/11/05 - Siggi  - netcdf 3.6.0-p1 on ibmh/ibmb
77     # 07/12/05 - Siggi  - gallego and elephanta admitted
78     # 30/12/05 - Siggi  - gfdl5 (ibmy) admitted
79     # 10/01/06 - Siggi  - cpp directive for NetCDF 64bit support
80     # 20/01/06 - Siggi  - cpp directive for ibmy
81     # 09/02/06 - Siggi  - ibmy admitted for batch mode
82     # 13/04/06 - Siggi  - ostria admitted
83     # 18/04/06 - Siggi  - usage of OpenMP implemented (additional option -O)
84     # 10/05/06 - Siggi  - environment variable XLSMPOPTS set on IBM for
85     #                     optimization of OpenMP runs (option stacksize is
86     #                     necessary for large gridpoint numbers because
87     #                     otherwise a segmentation fault occurs)
88     # 23/05/05 - Siggi  - lctit (SUN Fire X4600) admitted
89     # 21/08/06 - Siggi  - standard mrun path on scirocco is as on bora
90     # 23/08/06 - Siggi  - netcdf support for scirocco (notebook)
91     # 20/09/06 - Marcus - add DVRP library on nech
92     # 24/10/06 - Siggi  - Environment variables for PALM steering are written
93     #                     on local NAMELIST file ENVPAR
94     # 24/11/06 - Siggi  - levanto admitted, maestro switched to ifc 9.1
95     # 28/11/06 - Siggi  - call to interpret_config.x_levanto because of SuSe 10
96     # 06/02/07 - Siggi  - add DVRP library on lcmuk
97     # 07/02/07 - Siggi  - revision of source code handling, source code is
98     #                     now expected in directory given by source_path and
99     #                     not in the current working directory, source code
100     #                     files provided in add_source_path are allways
101     #                     compiled, source code to be compiled is allways
102     #                     sampled in SOURCES_FOR_RUN_$fname which is a
103     #                     subdirectory of the current working directory,
104     #                     -s TEST  changed to  -s WRITE_PERMIT  or -s WP,
105     #                     adapted for RIAM (neck)
106     #                     bugfix for cycle number of output file (extout)
107     #                     all hpmuk-related code removed
108     # 14/02/07 - Siggi  - dvrp support for neck added
109     # 28/02/07 - Siggi  - empty lines in configuration file are accepted
110     #                     mrun_path replaced by PALM_BIN,
111     #                     all machines are calling interpret_config.x
112     # 14/03/07 - Siggi  - fimm admitted, revision number added to terminal
113     #                     output
114     # 16/03/07 - Siggi  - adjustments for lctit
115     # 29/03/07 - Siggi  - global revision transfered to batch job by new
116     #                     option -G
117     # 30/03/07 - Siggi  - compilation "by hand" removed, cpp-directives/options
118     #                     + netcdf/dvrp-options are read from configuration
119     #                     file, host identifier (local_host) is read from
120     #                     config file, code related to ftp filetransfer
121     #                     removed (incl. option -f)
122     # 19/06/07 - Siggi  - time limit for cdata jobs increased
123     # 25/07/07 - Siggi  - two sets of executables can be started on lcmuk,
124     #                     if new option -Y (coupling) is given,
125     #                     output of executables to aout_output removed,
126     #                     messages are immediately written to stdout instead
127     # 03/08/07 - Marcus - add XOPT="-X $numprocs" for lcfimm
128     # 09/08/07 - Marcus - workaround on lcfimm to propagate environment
129     #                     variables out to the nodes in coupled mode -disabled-
130     # 13/08/07 - Marcus - start local restart jobs per ssh on lcfimm
131     # 28/08/07 - Marcus - completely remove workaround on lcfimm to propagate
132     #                     environment variables out to the nodes in coupled mode
133     # 15/10/07 - Siggi  - Preliminary adjustments for lctit, based on Jin's
134     #                     suggestions
135     # 19/10/07 - Marcus - further adjustments for lctit: add new optional
136     #                     argument -g group_number, admit all sla* node_usage
137     #                     queues
138     # 30/10/07 - Marcus - further adjustments for queues on lctit
139     # 14/02/08 - Bjoern - link of restart files with long file name possible
140     # 28/02/08 - Marcus - If environment variable link_local_output is set to
141     #                     true, mrun tries "ln -f" on local output and resorts
142     #                     to "cp" or "cp -r" on error
143     # 15/04/08 - Siggi  - argument -c introduced to most of the subjob calls,
144     #                     which allows the user to choose his own job catalog
145     #                     by setting job_catalog in the configuration file
146     #                     (default is ~/job_queue),
147     #                     workaround for mpiexec with -env option,
148     #                     adjustments for lcxt4 (Bergen Center for Computational
149     #                     Science)
150     # 22/05/08 - Marcus - If environment variable link_local_input is set to
151     #                     true, mrun tries "ln -f" on local input and resorts
152     #                     to "cp" or "cp -r" on error
153     # 27/05/08 - Siggi  - PATH is set to PALM_BIN everywhere (missing so far)
154     # 14/07/08 - Siggi  - adjustments for lcsgih
155     # 08/08/08 - Marcus - typo removed in lcxt4 branch
156     # 17/09/08 - Siggi  - restart mechanism adjusted for lcsgi
157     # 02/10/08 - BjornM - argument "-Y" modified, adjustments for coupled runs
158     # 21/10/08 - Siggi  - bugfix for the case that -K has more than one
159     #                     argument
160     # 08/11/08 - Siggi  - bugfix for depository path settings in configuration
161     #                     file
162     # 11/11/08 - Siggi  - rules for using user code files changed: user
163     #                     code splitted into one file per subroutine,
164     #                     user can provide his/her own makefile, only
165     #                     default source-code filenames are allowed
166     # 14/11/08 - Siggi  - cond1 and cond2 are part of the depository name
167     # 08/01/09 - Siggi  - mpi module on sgi machines to be used can be set
168     #                     with environment variable mpilib
169     # 13/01/09 - Siggi  - totalview on hice/bice can be used in debug mode
170     #                     using environment variable totalview
171     # 25/02/09 - Siggi  - cputime-option (-t) is allowed to be omitted for
172     #                     interactive runs
173     # 05/03/09 - Siggi  - adjustments for new NEC-SX9 at RIAM (necriam)
174     # 16/03/09 - Siggi  - dvrp_lib, dvrp_inc replaced by dvr_lib, dvr_inc,
175     #                     dvr streaming server is automatically started using
176     #                     new variable dvr_server and a configuration file
177     #                     .dvrserver.config,
178     #                     processing of dvr output files using new script
179     #                     process_dvr_output implemented, in order to make
180     #                     dvr application more user friendly
181     # 20/03/09 - Marcus - update of n1ge command for lctit
182     # 16/04/09 - Siggi  - new option -y for precursor (uncoupled) ocean runs
183     #                     to be followed by a coupled atmosphere-ocean run
184     # 21/04/09 - Siggi  - adjustments for new IBM at DKRZ, which is now ibmh
185     # 24/06/09 - BjornM - adjustments for coupled/precursor runs on ibmy
186     # 08/07/09 - Siggi  - default value for email_notification is none,
187     #                     option -e added to subjob
188     # 19/08/09 - Marcus - MPI debug option
189     # 21/08/09 - Marcus - totalview on hice/bice also available for mvapich2
190     # 25/08/09 - BjornM - adpated for lck
191     # 26/08/09 - Siggi  - additional environment variables for mpt on ice2
192     # 26/08/09 - Marcus - adjustment for ice2 on lcsgib
193     # 29/09/09 - Siggi  - default value for archiving is false, option "-A"
194     #                     switches on archiving, archiving on SGI-ICE enabled
195     # 16/10/09 - Carolin- adjustments for archiving on SGI-ICE of binary files;
196     #                     adjustment for special1q
197     # 18/12/09 - Carolin- modification of archiving (permq)
198     # 01/02/10 - Siggi  - adapted for lcxt5m and lckyoto (Fujitsu HX600)
199     # 03/02/10 - Siggi  - make options (mopts) to be set by configuration file
200     #                     implemented
201     # 08/02/10 - Siggi  - loading of modules now controlled via configuration
202     #                     file (modules)
203     # 02/03/10 - Siggi  - for each block in the configuration file, separate
204     #                     utility programs are used, combine_plot_fields is
205     #                     directly called and must not be given by an output
206     #                     command in the configuration file any more
207     # 15/06/10 - Rieke  - ssh from compute nodes to login nodes on hosts
208     #                     lcsgih/lcsgib is done using the names
209     #                     hicegate0/bicegate0 instead of the IP addresses
210     # 17/08/10 - BjornM - adjustments for interactive runs on lcxt4
211     # 07/09/10 - Siggi  - bugfix for wrong netcdf/3.6.3 module on lcsgi
212     # 08/12/10 - Siggi  - new handling of openmp/hybrid runs, option -O
213     #                     has now argument threads_per_task
214     #                     adjustments for Kyushu Univ. (lcrte, ibmku)
215     # 14/12/10 - Siggi  - adjustments for new Tsubame system at Tokyo
216     #                     institute of technology (lctit)
217     # 23/12/10 - Micha  - different number of processors in ocean and
218     #                     atmosphere is now allowed
219     # 02/02/10 - Siggi  - further adjustments on Tsubame and concerning openMP
220     #                     usage
221     # 09/03/10 - Siggi  - adjustments for ibmkisti, mpt bugfix for netCDF4
222     #                     usage, totalview usage extended
223     # 17/03/11 - Siggi  - adjustments for openmp usage on ibmkisti
224     # 03/04/11 - Micha  - added lckordi
225     # 06/04/11 - BjornM - bugfix for runs with mpt on lcsgi
226     # 17/08/11 - Siggi  - extensions for impi library
227     # 18/08/11 - Siggi  - bugfix for local append of output files with suffix
228     #                     (.nc)
229     # 18/08/11 - Marcus - support for Linux OS with German locale
230     #                   - properly report hosts on general Linux clusters
231     # 29/08/11 - BjornW - adapted for lcflow (ForWind cluster in Oldenburg)
232     # 29/08/11 - Carolin- initiating restart-run: adjustment of the path at
233     #                     IMUK
234     # 15/09/11 - Siggi  - new option -w tp set the maximum number of parallel
235     #                     io streams, option -T is obligatory from now on
236     # 25/01/12 - BjornM - a namelist file check prior to the model run has
237     #                     been implemented (check_namelist_files).
238     #                     New option -z can be used to skip the check
239     # 03/02/12 - BjornM - namelist file check temporary disabled
240     #                     until severel bugs are fixed
241     # 08/02/12 - BjornM - bugfixes: skipping namelist file check in case of
242     #                     restart runs. check is now possible with topography
243     #                     and the -v (silent) option is considered
244     # 14/02/12 - BjornM/- bugfix: removed slash in \$queue, changed default
245     #            Farah    queue for lcsgi to testq, since bigq is not
246     #                     available on ice1
247     # 16/02/12 - BjornM - bugfix: replaced $localhost by $host in the ENVPAR
248     #                     file, which is generated for the namelist file check
249     # 17/02/12 - Siggi  - -z included in description of options (mrun ?)
250     # 22/02/12 - Siggi  - -s info updated
251     # 22/02/12 - Siggi  - case "-s WP" removed
252     # 28/02/12 - BjornM - further adjustments for namelist file check
253     # 09/03/12 - Siggi  - -T option not obligatory for lcflow
254     # 12/03/12 - Siggi  - tasks_per_node divisor check not for lcflow
255     # 21/03/12 - Matthias - default compiler on ibmh changed
256     # 02/05/12 - Bjoern  - lcxt4 is now lcxe6, adjustments for lcxe6,
257     #                      bugfixes for the parameter file check, initial
258     #                      commands on ssh calls sourced out to .mrun.config
259     # 05/06/12 - Bjoern  - bugfixes for the parameter file check on lcxe6.
260     #                      combine_plot_fields can be switched off by the
261     #                      new mrun option -Z
262     # 08/06/12 - Bjoern  - max_pr_user enabled for the namelist file check,
263     #                      sleep commands are now disabled in silent mode (-v)
264     # 06/08/12 - Bjoern  - update: system update at imuk now requires (new)
265     #                      initial shell commands on ssh calls (automatic
266     #                      restart runs were not possible)
267     # 22/08/12 - Bjoern  - bugfix: missing export statement in the previous
268     #                      update of the ssh calls
269     # 06/09/12 - Bjoern  - typo removed: "-D_parallel" -> "-D__parallel"
270     # 02/10/12 - Siggi   - adjusted for lcsb (urban00)
271
272
273 
274    # VARIABLENVEREINBARUNGEN + DEFAULTWERTE
275
276 set +o allexport    # SICHERHEITSHALBER UNTERBINDEN, DA SONST EVTL. STAGEOUT
277                     # NICHT LAUEFT (TOO MANY ARGUMENTS - PROBLEM)
278 set +o noclobber    # EXISTIERENDE DATEIEN DUERFEN UEBERSCHRIEBEN WERDEN
279
280 AddFilenames=""
281 additional_conditions=""
282 add_source_path=""
283 afname=""
284 archive_save=true
285 archive_system=none
286 check_namelist_files=true
287 combine_plot_fields=true
288 compiler_name=""
289 cond1=""
290 cond2="" 
291 config_file=.mrun.config
292 coupled_dist=""
293 coupled_mode="mpi1"
294 cpp_opts=""
295 cpp_options=""
296 cpumax=0
297 cpurest=0
298 delete_temporary_catalog=true
299 do_batch=false
300 do_compile=true
301 do_remote=false
302 do_stagein=true
303 do_stageout=true
304 do_trace=false
305 email_notification="none"
306 exclude=""
307 executable=""
308 execution_error=false
309 fimm=false
310 fname=test
311 fromhost=""
312 global_revision=""
313 group_number=none
314 host=""
315 host_file=""
316 hp=""
317 ignore_archive_error=false
318 input_list=""
319 interpreted_config_file=""
320 job_catalog="~/job_queue"
321 job_on_file=""
322 keep_data_from_previous_run=false
323 link_local_input=false
324 link_local_output=false
325 localhost_realname=$(hostname)
326 local_compile=false
327 local_dvrserver_running=.FALSE.
328 locat=normal
329 mainprog=""
330 makefile=""
331 max_par_io_str=""
332 mc=$0
333 while [[ $(echo $mc | grep -c "/") != 0 ]]
334 do
335    mc=`echo $mc | cut -f2- -d"/"`
336 done
337 module_calls=""
338 mrun_script_name=$mc
339 netcdf_inc=""
340 netcdf_lib=""
341 netcdf_support=false
342 node_usage=default
343 numprocs=""
344 numprocs_atmos=0
345 numprocs_ocean=0
346 OOPT=""
347 openmp=false
348 output_list=""
349 package_list=""
350 punkte="..........................................................."
351 queue=none
352 read_from_config=""
353 restart_run=false
354 if [[ `hostname` = rte10 ]]
355 then
356   return_addres=133.5.185.60
357   echo "+++ WARNING: fixed return_addres = $return_addres is used !!!!!"
358 elif [[ `hostname` = climate0 ]]
359 then
360   return_addres=165.132.26.68
361   echo "+++ WARNING: fixed return_addres = $return_addres is used !!!!!"
362 elif [[ `hostname` = urban00 ]]
363 then
364   return_addres=147.46.30.151
365   echo "+++ WARNING: fixed return_addres = $return_addres is used !!!!!"
366 else
367    return_addres=$(nslookup `hostname` 2>&1 | grep "Address:" | tail -1 | awk '{print $2}')
368 fi
369 return_password=""
370 return_username=$LOGNAME
371 remotecall=false
372 remote_username=""
373 run_coupled_model=false
374 run_mode=""
375 scirocco=false
376 store_on_archive_system=false
377 striche="  ----------------------------------------------------------------------------"
378 silent=false
379 source_list=""
380 source_path=SOURCE
381 tasks_per_node=""
382 threads_per_task=1
383 tmpcreate=false
384 tmp_data_catalog=""
385 transfer_problems=false
386 usern=$LOGNAME
387 use_openmp=false
388 working_directory=`pwd`
389 TOPT=""
390 XOPT=""
391 zeit=$( date | cut -c 12-19 )
392
393 typeset -i  iec=0 iic=0 iin=0 ioc=0 iout=0 memory=0 stagein_anz=0 stageout_anz=0
394 typeset -i  cputime i ii iia iii iio icycle inode ival jobges jobsek maxcycle minuten nodes pes sekunden tp1
395
396 typeset  -R30 calltime
397 typeset  -L20 spalte1
398 typeset  -L40 spalte2
399 typeset  -L60 spalte3
400 typeset  -L35 string1=`date`
401 typeset  -L12 string2=$usern
402 typeset  -L12 string3=$localhost_realname
403 typeset  -L12 string4
404 typeset  -L12 string5
405 typeset  -L30 version="MRUN  2.0 Rev$Rev: 1021 $"
406
407
408
409    # EINZELNE VARIABLE FUER HAUPTPROGRAMM EXPORTIEREN
410 export  cpurest fname host localhost return_addres return_username remotecall tasks_per_node
411
412    # FOLGENDE VARIABLEN MUESSEN FUER DIE INTERPRETATION DER KONFIGURATIONSDATEI
413    # EXPORTIERT WERDEN
414 export  afname config_file cpp_opts cpumax do_batch do_trace fname fromhost
415 export  group_number input_list memory numprocs output_list queue run_mode
416
417
418 
419    # FEHLERBEHANDLUNG
420    # BEI EXIT:
421 trap 'rm -rf  $working_directory/tmp_mrun
422       if [[ $locat != localhost ]]
423       then
424#          if [[ ! -f ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik ]]
425#          then
426#             cat  >  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik  <<  %STATEND%
427#MRUN-calls on $localhost
428#
429#date and time                      user        localhost   remotehost  termination mrun-command
430#--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
431#%STATEND%
432#             chmod  666  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik
433#          fi
434#
435#             # EINTRAG IN DIE STATISTIK-DATEI
436#          string4=$host
437#          string5=$locat
438#          if [[ "$job_on_file" = ""  &&  $locat != control_c  &&  $locat != user_abort ]]
439#          then
440#             if [[ $do_batch = true ]]
441#             then
442#                printf "$string1$string2$string3$string4$string5$mrun_com \n"  >>  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik
443#             else
444#                printf "$string1$string2$string3$string4$string5$mc \n"  >>  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik
445#             fi
446#          fi
447          echo " " > /dev/null
448       fi
449
450       if [[ $locat != normal  &&  $locat != control_c  &&  $locat != local_compile ]]
451       then
452
453              # EVENTUELLE ERROR-KOMMANDOS ABARBEITEN
454          (( i = 0 ))
455          while (( i < iec ))
456          do
457             (( i = i + 1 ))
458             printf "\n  *** Execution of ERROR-command:\n"
459             printf "  >>> ${err_command[$i]}\n"
460             eval  ${err_command[$i]}
461          done
462          if [[ -n $interpreted_config_file ]]  then
463             rm -rf  $interpreted_config_file
464          fi
465          if [[ -n .mrun_environment ]]  then
466             rm -rf  .mrun_environment
467          fi
468          if [[ $tmpcreate = true ]]
469          then
470             printf "\n  *** Contents of \"$TEMPDIR\":\n"
471             ls -al; cd
472             [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
473          fi
474          if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
475          then
476             echo "+++ killing dvrserver_id=$dvrserver_id"
477             kill $dvrserver_id
478          fi
479          if [[ -f ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID ]]
480          then
481             rm -rf  ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID
482          fi
483          printf "\n\n+++ MRUN killed \n\n"
484       elif [[ $locat != control_c ]]
485       then
486          printf "\n\n --> all actions finished\n\n"
487          printf "     Bye, bye $usern !!\n\n"
488       fi' exit
489
490
491    # BEI TERMINAL-BREAK:
492 trap 'rm -rf  $working_directory/tmp_mrun
493       rm -rf  $working_directory/tmp_check_namelist_files
494       [[ $tmpcreate = true ]]  &&  (cd; rm -rf $TEMPDIR)
495       if [[ -f ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID ]]
496       then
497          rm -rf  ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID
498       fi
499       if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
500       then
501          echo "+++ killing dvrserver_id=$dvrserver_id"
502          kill $dvrserver_id
503       fi
504       printf "\n+++ MRUN killed by \"^C\" \n\n"
505       locat=control_c
506       exit
507      ' 2
508
509
510    # CHECK IF THE PATH FOR THE PALM BINARIES (SCRIPTS+UTILITY-PROGRAMS) HAS
511    # BEEN SET
512 if [[ "$PALM_BIN" = "" ]]
513 then
514    printf "\n  +++ environment variable PALM_BIN has not been set"
515    printf "\n      please set it to the directory where the PALM scripts are located"
516    locat=palm_bin; exit
517 fi
518 export PATH=$PALM_BIN:$PATH
519
520
521
522    # SHELLSCRIPT-OPTIONEN EINLESEN UND KOMMANDO NEU ZUSAMMENSETZEN, FALLS ES
523    # FUER FOLGEJOBS BENOETIGT WIRD
524 while  getopts  :a:AbBc:Cd:D:Fg:G:h:H:i:IkK:m:M:n:o:O:p:P:q:r:R:s:St:T:u:U:vw:xX:yY:zZ option
525 do
526   case  $option  in
527       (a)   afname=$OPTARG;;
528       (A)   store_on_archive_system=true; mc="$mc -A";;
529       (b)   do_batch=true; mc="$mc -b";;
530       (B)   delete_temporary_catalog=false; mc="$mc -B";;
531       (c)   config_file=$OPTARG; mc="$mc -c$OPTARG";;
532       (C)   restart_run=true; mc="$mc -C";;
533       (d)   fname=$OPTARG; mc="$mc -d$OPTARG";;
534       (D)   cpp_opts="$cpp_opts $OPTARG"; mc="$mc -D'$OPTARG'";;
535       (F)   job_on_file="-D"; mc="$mc -F";;
536       (g)   group_number=$OPTARG; mc="$mc -g$OPTARG";;
537       (G)   global_revision=$OPTARG; mc="$mc -G'$OPTARG'";;
538       (h)   host=$OPTARG; mc="$mc -h$OPTARG";;
539       (H)   fromhost=$OPTARG; mc="$mc -H$OPTARG";;
540       (i)   input_list=$OPTARG; mc="$mc -i'$OPTARG'";;
541       (I)   ignore_archive_error=true; mc="$mc -I";;
542       (k)   keep_data_from_previous_run=true; mc="$mc -k";;
543       (K)   additional_conditions="$OPTARG"; mc="$mc -K'$OPTARG'";;
544       (m)   memory=$OPTARG; mc="$mc -m$OPTARG";;
545       (M)   makefile=$OPTARG; mc="$mc -M$OPTARG";;
546       (n)   node_usage=$OPTARG; mc="$mc -n$OPTARG";;
547       (o)   output_list=$OPTARG; mc="$mc -o'$OPTARG'";;
548       (O)   use_openmp=true; threads_per_task=$OPTARG; mc="$mc -O$OPTARG";;
549       (p)   package_list=$OPTARG; mc="$mc -p'$OPTARG'";;
550       (P)   return_password=$OPTARG; mc="$mc -P$OPTARG";;
551       (q)   queue=$OPTARG; mc="$mc -q$OPTARG";;
552       (r)   run_mode=$OPTARG; mc="$mc -r'$OPTARG'";;
553       (R)   remotecall=true;return_addres=$OPTARG; mc="$mc -R$OPTARG";;
554       (s)   source_list=$OPTARG; mc="$mc -s'$OPTARG'";;
555       (S)   read_from_config=false; mc="$mc -S";;
556       (t)   cpumax=$OPTARG; mc="$mc -t$OPTARG";;
557       (T)   mrun_tasks_per_node=$OPTARG; mc="$mc -T$OPTARG";;
558       (u)   remote_username=$OPTARG; mc="$mc -u$OPTARG";;
559       (U)   return_username=$OPTARG; mc="$mc -U$OPTARG";;
560       (v)   silent=true; mc="$mc -v";;
561       (w)   max_par_io_str=$OPTARG; mc="$mc -w$OPTARG";;
562       (x)   do_trace=true;set -x; mc="$mc -x";;
563       (X)   numprocs=$OPTARG; mc="$mc -X$OPTARG";;
564       (y)   ocean_file_appendix=true; mc="$mc -y";;
565       (Y)   run_coupled_model=true; coupled_dist=$OPTARG; mc="$mc -Y'$OPTARG'";;
566       (z)   check_namelist_files=false; mc="$mc -z";;
567       (Z)   combine_plot_fields=false; mc="$mc -Z";;
568       (\?)  printf "\n  +++ unknown option $OPTARG \n"
569             printf "\n  --> type \"$0 ?\" for available options \n"
570             locat=parameter;exit;;
571   esac
572 done
573
574
575    # EVTL. POSITIONSPARAMETER EINLESEN
576    # ZUR ZEIT GIBT ES NUR DEN PARAMETER ? (=KURZINFO)
577 shift OPTIND-1
578
579
580    # KURZE AUFRUFBESCHREIBUNG WIRD HIER AUSGEGEBEN
581 if [[ "$1" = "?" ]]
582 then
583   (printf "\n  *** mrun can be called as follows:\n"
584    printf "\n      $mrun_script_name  -b -c.. -d.. -D.. -f.. -F -h.. -i.. -I -K.. -m.. -o.. -p.. -r.. -R -s.. -t.. -T.. -v -x -X.. -y -Y.. -z -Z <modus> \n"
585    printf "\n      Description of available options:\n"
586    printf "\n      Option  Description                              Default-Value"
587    printf "\n        -a    base name of input files                 equiv. -d"
588    printf "\n        -A    archiving when using file-attribute fl"
589    printf "\n        -b    batch-job on local machine               ---"
590    printf "\n        -B    do not delete temporary directory at end ---"
591    printf "\n        -c    configuration file                       .mrun.config"
592    printf "\n        -d    base name of files attached to program   test"
593    printf "\n        -D    preprocessor(cpp)-directives             \"\" "
594    printf "\n        -F    create remote job file only              ---"
595    printf "\n        -h    execution host                           $localhost_realname"
596    printf "\n        -i    INPUT control list                       \"\" "
597    printf "\n        -I    archiving errors of previous batch-jobs"
598    printf "\n              will be ignored"
599    printf "\n        -k    keep data from previous run"
600    printf "\n        -K    additional conditions for controling"
601    printf "\n              usage of conditional code and"
602    printf "\n              env-variables in configuration file      \"\" "
603    printf "\n        -m    memory demand in MB (batch-jobs)         0 MB"
604    printf "\n        -M    Makefile name                            Makefile"
605    printf "\n        -n    node usage (shared/not_shared)           depending on -h"
606    printf "\n        -o    OUTPUT control list                      \"\" "
607    printf "\n        -O    use OpenMP                               ---"
608    printf "\n        -p    software package list                    \"\" "
609    printf "\n        -q    queue                                    \"$queue\" "
610    printf "\n        -r    run control list (combines -i -o)        \"\" "
611    printf "\n        -s    filenames of routines to be compiled     \"\" "
612    printf "\n              must end with .f, .f90, .F, or .c !"
613    printf "\n              use \"..\" for more than one file and wildcards"
614    printf "\n              -s LM compiles all locally modified files"
615    printf "\n        -S    config file interpreted by shellscript   ---"
616    printf "\n        -t    allowed cpu-time in seconds (batch)      0"
617    printf "\n        -T    tasks per node                           depending on -h"
618    printf "\n        -u    username on remote machine               \"\" "
619    printf "\n        -v    no prompt for confirmation               ---"
620    printf "\n        -w    maximum parallel io streams              as given by -X"
621    printf "\n        -x    tracing of mrun for debug purposes       ---"
622    printf "\n        -X    # of processors (on parallel machines)   1"
623    printf "\n        -y    add appendix \"_O\" to all local output"
624    printf "\n              files (ocean precursor runs followed by"
625    printf "\n              coupled atmosphere-ocean runs)           ---"
626    printf "\n        -Y    run coupled model, \"#1 #2\" with" 
627    printf "\n              #1 atmosphere and #2 ocean processors    \"#/2 #/2\" depending on -X"
628    printf "\n        -z    disable a priori parameter file check    ---"
629    printf "\n        -Z    skip combine_plot_fields at the end of      "
630    printf "\n              the simulation                           ---"
631    printf "\n "
632    printf "\n      Possible values of positional parameter <modus>:"
633    printf "\n        \"?\"       -  this outline \n\n") | more
634    exit
635 elif [[ "$1" != "" ]]
636 then
637    printf "\n  +++ positional parameter $1 unknown \n"
638    locat=parameter; exit
639 fi
640
641
642
643    # KURZE STARTMELDUNG
644 printf "\n*** $version "
645 printf "\n    will be executed.     Please wait ..."
646
647
648
649    # PRUEFEN, OB KONFIGURATIONS-DATEI VORHANDEN
650 if [[ ! -f $config_file ]]
651 then
652    printf "\n\n  +++ configuration file: "
653    printf "\n           $config_file"
654    printf "\n      does not exist"
655    locat=connect; exit 
656 fi
657
658
659    # HOST-IDENTIFIER (local_host) AUS KONFIGURATIONSDATEI BESTIMMEN
660 line=""
661 grep  "%host_identifier"  $config_file  >  tmp_mrun
662 while read line
663 do
664    if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
665    then
666       HOSTNAME=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
667       host_identifier=`echo $line | cut -d" " -s -f3`
668       if [[ $localhost_realname = $HOSTNAME ]]
669       then
670          localhost=$host_identifier
671          break
672       fi
673    fi
674 done < tmp_mrun
675
676 if [[ "$localhost" = "" ]]
677 then
678    printf "\n\n  +++ no host identifier found in configuration file \"$config_file\""
679    printf "\n      for local host \"$localhost_realname\"."
680    printf "\n      Please add line"
681    printf "\n      \"\%host_identifier $localhost_realname <identifier>\""
682    printf "\n      to the configuration file."
683    locat=localhost; exit
684 fi
685
686
687    # HOSTSPEZIFISCHE VARIABLEN SETZEN
688 case  $localhost_realname  in
689     (r1*|r2*|h01*|b01*)     archive_system=tivoli;;
690     (cs*)                   archive_system=ut;;
691     (fimm.bccs.uib.no)      fimm=true;;
692     (gate|n-sx)             PATH=$PALM_BIN:$PATH:/usr/bin/nqsII;;
693     (scirocco)              scirocco=true;;
694 esac
695
696
697 
698    # BASISNAME DER INPUT-DATEIEN GLEICH ALLGEMEINEM BASISNAMEN SETZEN,
699    # WENN NICHT VOM BENUTZER ANDERS BESTIMMT
700 [[ "$afname" = "" ]]  &&  afname=$fname
701
702
703    # EVTL. RUN-MODUS DEN I/O-LISTEN HINZUFUEGEN
704 if [[ "$run_mode" != "" ]]
705 then
706    input_list="$input_list $run_mode"
707    output_list="$output_list $run_mode"
708 fi
709
710
711    # RECHNERNAMEN ABSPEICHERN, VON DEM AUS JOB GESTARTET WIRD,
712    # ALLERDINGS NUR DANN, WENN NICHT PER OPTION -H BEREITS EIN WERT
713    # ZUGEWIESEN WURDE (MRUN MACHT DIES IMMER, WENN ES SELBST BATCH-JOBS
714    # STARTET)
715 if [[ "$fromhost" = "" ]]
716 then
717    fromhost=$localhost
718 fi
719
720
721    # PRUEFEN, OB AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL
722    # WERT VON do_remote WIRD FUER DATEIVERBINDUNGEN BENOETIGT.
723    # WENN AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WIRD, IST GLEICHZEITIG KLAR,
724    # DASS EIN BATCH-JOB GESTARTET WERDEN MUSS
725 if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
726 then
727    do_batch=true
728    do_remote=true
729    case  $host  in
730        (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|ibmy|nech|necriam|lckyoto|lcsgib|lcsgih|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckordi|lcsb)  true;;
731        (*)  printf "\n"
732             printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
733             printf "\n      is not available"
734             locat=nqs; (( iec = 0 )); exit;;
735    esac
736 else
737    host=$localhost
738 fi
739
740
741     # ZUSATZBEDINGUNGEN (OPTION -K) AUSWERTEN
742 if [[ -n $additional_conditions ]]
743 then
744#    echo $additional_conditions | cut -d" " -f1-3 | read  cond1  cond2  dummy
745    cond1=`echo $additional_conditions | cut -d" " -f1`
746    cond2=`echo $additional_conditions | cut -d" " -s -f2`
747    dummy=`echo $additional_conditions | cut -d" " -s -f3`
748    if [[ -n $dummy ]]
749    then
750       printf "\n  +++ more than 2 additional conditions given for Option \"-K\""
751       locat=options; exit
752    fi
753    block=_$cond1
754    [[ -n $cond2 ]]  &&  block=${block}_$cond2
755 fi
756
757
758      # KOPPLUNGSEIGENSCHAFTEN (-Y) AUSWERTEN UND coupled_mode BESTIMMEN
759 if [[ $run_coupled_model = true ]] 
760 then
761
762    if  [[ -n $coupled_dist ]]
763    then
764
765       numprocs_atmos=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f1`
766       numprocs_ocean=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f2`
767
768       if (( $numprocs_ocean + $numprocs_atmos != $numprocs ))
769       then
770
771          printf "\n  +++ number of processors does not fit to specification by \"-Y\"."
772          printf "\n      PEs (total)     : $numprocs"
773          printf "\n      PEs (atmosphere): $numprocs_atmos"
774          printf "\n      PEs (ocean)     : $numprocs_ocean"
775          locat=coupling; exit
776
777       fi
778
779    else
780
781       (( numprocs_ocean = $numprocs / 2 ))
782       (( numprocs_atmos = $numprocs / 2 ))
783
784    fi
785    coupled_dist=`echo "$numprocs_atmos $numprocs_ocean"`
786
787       # GET coupled_mode FROM THE CONFIG FILE
788    line=""
789    grep  "%cpp_options.*-D__mpi2.*$host" $config_file  >  tmp_mrun
790    while read line
791    do
792       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" &&  ( $(echo $line | cut -d" " -s -f4) = $cond1 || $(echo $line | cut -d" " -s -f4)  = $cond2 ) ]]
793       then
794          coupled_mode="mpi2"
795       fi
796    done < tmp_mrun
797
798 fi
799
800
801    # PRUEFEN, OB EVTL. BEI VORHERGEHENDEM LAUF (KETTENJOB) EINE
802    # ARCHIVIERUNG FEHLGESCHLAGEN IST
803 if [[ -f ~/job_queue/ARCHIVE_ERROR_$fname ]]
804 then
805    if [[ $ignore_archive_error = false ]]
806    then
807       printf "\n  +++ data archiving of previous run failed"
808       printf "\n      see directory \~/job_queue on remote machine"
809       locat=archive; exit
810    else
811       printf "\n  +++ warning: data archiving in a previous run failed"
812       printf "\n      MRUN continues, trying to get backup copy"
813    fi
814 fi
815
816
817
818    # LESEN UND INTERPRETIEREN DER KONFIGURATIONS-DATEI VOM SHELLSCRIPT AUS
819    # VORUEBERGEHEND ZWINGEND AUF LINUX-RECHNERN
820 if [[ "$read_from_config" = false ]]
821 then
822
823    [[ $silent = false ]]  &&  printf "\n    Reading the configuration file... "
824    while  read zeile
825    do
826        [[ $silent = false ]]  &&  printf "."
827
828
829          # ZUERST EVENTUELL VORKOMMENDE ENVIRONMENT-VARIABLEN DURCH IHRE WERTE
830          # ERSETZEN
831       eval  zeile=\"$zeile\"
832
833
834          # INTERPRETATION DER ZEILE
835       if [[ "$(echo $zeile)" = "" ]]
836       then
837             # LEERZEILE, KEINE AKTION
838          continue
839
840       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1)"  =  "#" ]]
841       then
842
843             # ZEILE IST KOMMENTARZEILE
844          true
845
846       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1)"  =  "%" ]]
847       then
848
849             # ZEILE DEFINIERT ENVIRONMENT-VARIABLE
850          zeile=$(echo $zeile | cut -c2-)
851#          echo $zeile | cut -d" " -f1-5 | read  var  value  for_host  for_cond1  for_cond2
852          var=`echo $zeile | cut -d" " -f1`
853          value=`echo $zeile | cut -d" " -s -f2`
854          for_host=`echo $zeile | cut -d" " -s -f3`
855          for_cond1=`echo $zeile | cut -d" " -s -f4`
856          for_cond2=`echo $zeile | cut -d" " -s -f5`
857
858          if [[ "$for_host" = ""  ||  ( "$for_host" = $host  &&  "$for_cond1" = "$cond1"  &&  "$for_cond2" = "$cond2" )  ||  $(echo "$input_list$output_list"|grep -c "$for_host") != 0 ]]
859          then
860
861                # BEI COMPILER- CPP- ODER LINKEROPTIONEN EVTL ":" DURCH " "
862                # ERSETZEN. "::" WIRD DURCH ":" ERSETZT.
863             value=`echo $value | sed 's/::/%DUM%/g' | sed 's/:/ /g' | sed 's/%DUM%/:/g'`
864
865
866                # ENVIRONMENT-VARIABLE WIRD WERT AUS KONFIGURATIONSDATEI
867                # ZUGEWIESEN, WENN SIE SELBST NOCH KEINEN WERT UEBER DIE
868                # ENTSPRECHENDE SCRIPT-OPTION ERHALTEN HAT. SOLCHE
869                # VARIABLEN HAETTEN DANN DEN WERT "" ODER IM INTEGER-FALL DEN
870                # WERT 0.  ALLGEMEINE REGEL ALSO: SCRIPT-OPTION GEHT UEBER
871                # KONFIGURATIONSDATEI
872             if [[ "$(eval echo \$$var)" = ""  ||  "$(eval echo \$$var)" = "0" ]]
873             then
874                eval  $var=\$value
875
876                   # EVTL. BILDSCHIRMAUSGABEN DER ENVIRONMENT-VARIABLEN
877                if [[ $do_trace = true ]]
878                then
879                   printf "\n*** ENVIRONMENT-VARIABLE $var = $value"
880                fi
881             fi
882
883                # WENN ENVIRONMENT-VARIABLE HOST VEREINBART, DANN SOFORT AUSWERTEN
884                # WERT VON do-remote WIRD BEI DATEIVERBINDUNGEN BENOETIGT
885                # WENN AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WIRD, IST GLEICHZEITIG KLAR,
886                # DASS EIN BATCH-JOB GESTARTET WERDEN MUSS
887             if [[ $var = host ]]
888             then
889                if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
890                then
891                   do_batch=true
892                   do_remote=true
893                   case  $host  in
894                       (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|ibmy|lckyoto|lcsgib|lcsgih|nech|necriam|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckordi|lcsb)  true;;
895                       (*)  printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
896                            printf "\n      is not available"
897                            locat=nqs; exit;;
898                   esac
899                else
900                   host=$localhost
901                fi
902             fi
903
904                # VOM BENUTZER DEFINIERTE ENVIRONMENT VARIABLEN MUESSEN PRINZIPIELL
905                # EXPORTIERT WERDEN, DA SIE VIELLEICHT IN WEITER UNTEN AUFZURUFEN-
906                # DEN PROGRAMMEN BENOETIGT WERDEN
907             export  $var
908          fi
909
910
911
912
913       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "EC:" ]]
914       then
915
916             # ZEILE DEFINIERT ERROR-KOMMANDO
917          (( iec = iec + 1 ))
918          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
919          err_command[$iec]="$zeile"
920
921       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "IC:" ]]
922       then
923
924             # ZEILE DEFINIERT INPUT-KOMMANDO
925          (( iic = iic + 1 ))
926          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
927          in_command[$iic]="$zeile"
928
929       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "OC:" ]]
930       then
931
932             # ZEILE DEFINIERT OUTPUT-KOMMANDO
933          (( ioc = ioc + 1 ))
934          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
935          out_command[$ioc]="$zeile"
936
937       else
938
939             # ZEILE DEFINIERT DATEIVERBINDUNG. EINLESEN DER DATEIEIGENSCHAFTEN
940             # s2a: in/out - Feld
941             # s2b: loc    - Feld (optional)
942             # s2c: tr/ar  - Feld (optional)
943#          echo $zeile | cut -d" " -f1-2 | read  s1  s2
944          s1=`echo $zeile | cut -d" " -f1`
945          s2=`echo $zeile | cut -d" " -s -f2`
946          s2a=$(echo $s2 | cut -d":" -f1)
947          if [[ $(echo $s2 | grep -c ":") = 0 ]]
948          then
949             s2b=""
950             s2c=""
951          else
952#             echo $s2 | cut -d":" -f2-3 | sed 's/:/ /g' | read  s2b  s2c
953             s2b=`echo $s2 | cut -d":" -f2 | sed 's/:/ /g'`
954             s2c=`echo $s2 | cut -d":" -s -f3 | sed 's/:/ /g'`
955          fi
956#          echo $zeile | cut -d" " -f3-6 | read  s3  s4  s5  s6
957          s3=`echo $zeile | cut -d" " -f3`
958          s4=`echo $zeile | cut -d" " -s -f4`
959          s5=`echo $zeile | cut -d" " -s -f5`
960          s6=`echo $zeile | cut -d" " -s -f6`
961
962       
963             # ABSPEICHERN DER DATEIVERBINDUNG, FALLS IN INPUT- ODER OUTPUT-LIST
964             # VERMERKT. VARIABLE S3 KANN AUCH LISTE ENTHALTEN (FELDTRENNER ":")
965             # DATEIVERBINDUNG WIRD DANN NICHT ABGESPEICHERT UND GEPRUEFT, WENN
966             # PROGRAMMLAUF AUF REMOTE-MASCHINE ERFOLGT UND DATEI NUR LOKAL VOR-
967             # HANDEN SEIN MUSS (D.H. s2b = loc)
968          IFSALT="$IFS"; IFS="$IFS:"
969          if [[ "$s2a" = in  &&  ! ( $do_remote = true  &&  ( "$s2b" = loc  ||  "$s2b" = locopt ) ) ]]
970          then
971             found=false
972             for  actual  in  $input_list
973             do
974                for  formal  in  $s3
975                do
976                   [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-" ]]  &&  found=true
977                done
978             done
979             if [[ $found = true ]]
980             then
981                (( iin = iin + 1 ))
982                localin[$iin]=$s1; transin[$iin]=$s2b; actionin[$iin]=$s2c;
983                typein[$iin]=$s3; pathin[$iin]=$s4; endin[$iin]=$s5;
984                extin[$iin]=$s6
985             fi
986          elif [[ "$s2a" = out  &&  ! ( $do_remote = true  &&  "$s2b" = loc ) ]]
987          then
988             found=false
989             for  actual  in  $output_list
990             do
991                for  formal  in  $s3 
992                do
993                   [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-"  ]]  &&  found=true
994                done
995             done
996             if [[ $found = true ]]
997             then
998                (( iout = iout + 1 ))
999                localout[$iout]=$s1; actionout[$iout]=$s2c; typeout[$iout]=$s3;
1000                pathout[$iout]=$s4; endout[$iout]=$s5; extout[$iout]=$s6
1001             fi
1002          elif [[ "$s2a" != in  &&  "$s2a" != out ]]
1003          then
1004             printf "\n  +++ I/O-attribute in configuration file $config_file has the invalid"
1005             printf "\n      value \"$s2\". Only \"in\" and \"out\" are allowed!"
1006             locat=connect; exit
1007          fi
1008          IFS="$IFSALT"
1009       fi
1010    done < $config_file
1011
1012 else
1013
1014
1015       # INTERPRETATION DER KONFIGURATIONSDATEI MITTELS FORTRAN 90 - PROGRAMM
1016    [[ $silent = false ]]  &&  printf "..."
1017    export  cond1 cond2 config_file do_remote do_trace input_list localhost output_list
1018    export  interpreted_config_file=.icf.$RANDOM
1019
1020
1021
1022       # ENVIRONMENT-VARIABLEN FUER INTERPRET_CONFIG UEBER NAMELIST_DATEI ZUR
1023       # VERFUEGUNG STELLEN
1024    cat  >  .mrun_environment  <<  %%END%%
1025 &mrun_environment  cond1 = '$cond1', cond2 = '$cond2',
1026                    config_file = '$config_file', do_remote = '$do_remote',
1027                    do_trace = '$do_trace', host = '$host',
1028                    input_list = '$input_list', icf = '$interpreted_config_file',
1029                    localhost = '$localhost', output_list = '$output_list' /
1030
1031%%END%%
1032
1033       # WERTE VON MRUN-OPTIONEN SICHERN UND DAMIT GEGEBENENFALLS SPAETER DIE
1034       # IN DER KONFIGURAIONSDATEI ANGEGEBENEN WERTE UEBERSTEUERN
1035    mrun_memory=$memory
1036    mrun_group_number=$group_number
1037    mrun_cpumax=$cpumax
1038    mrun_numprocs=$numprocs
1039
1040    if [[ $localhost_realname = "sx-fep" ]]
1041    then
1042       /home/COAR/NC/raasch/pub/interpret_config_necriam.x
1043    else
1044
1045       if [[ "$host" != $localhost ]]
1046       then
1047
1048             # REMOTE JOB FROM LOCAL HOST: JUST TAKE THE FIRST EXECUTABLE FOUND
1049          interpret_config_executable=`ls -1 ${PALM_BIN}/interpret_config*.x 2>/dev/null`
1050          if [[ $? != 0 ]]
1051          then
1052             printf "\n\n  +++ no interpret_config found"
1053             printf "\n      run \"mbuild -u -h ...\" to generate utilities for this host"
1054             locat=interpret_config; exit
1055          fi
1056          interpret_config_executable=`echo $interpret_config_executable | cut -d" " -f1`
1057          $interpret_config_executable
1058
1059       else
1060
1061             # CHECK, IF THERE IS AN EXECUTABLE FOR THE BLOCK
1062          if [[ ! -f ${PALM_BIN}/interpret_config${block}.x ]]
1063          then
1064             printf "\n\n  +++ no interpret_config found for given block \"$cond1 $cond2\""
1065             printf "\n      run \"mbuild -u -h ...\" to generate utilities for this block"
1066             locat=interpret_config; exit
1067          else
1068             interpret_config${block}.x
1069          fi
1070
1071       fi
1072    fi
1073    rm .mrun_environment
1074
1075
1076       # AUSFUEHRUNG DER GENERIERTEN SHELL-KOMMANDOS IN DIESER SHELL
1077    chmod  u+x  $interpreted_config_file
1078    export PATH=$PATH:.
1079    . $interpreted_config_file
1080    rm  $interpreted_config_file
1081
1082
1083       # OPTIONSWERTE UEBERSTEUERN KONFIGURATIONSDATEI
1084    [[ $mrun_memory     != 0   ]]  &&  memory=$mrun_memory
1085    [[ "$mrun_group_number" != "none" ]]  &&  group_number=$mrun_group_number
1086    [[ $mrun_cpumax     != 0   ]]  &&  cpumax=$mrun_cpumax
1087    [[ "$mrun_numprocs" != ""  ]]  &&  numprocs=$mrun_numprocs
1088    [[ "$max_par_io_str" != "" ]]  &&  maximum_parallel_io_streams=$max_par_io_str
1089    [[ "$mrun_tasks_per_node" != "" ]]  &&  tasks_per_node=$mrun_tasks_per_node
1090
1091 fi
1092
1093
1094    # QUELLTEXTVERZEICHNIS AUF LOKALER MASCHINE AUS KONFIGURATIONSDATEI
1095    # BESTIMMEN (WUERDE SONST EVTL. DAS VERZEICHNIS DES JEWEILS UNTER -h
1096    # ANGEGEBENEN REMOTE-RECHNERS SEIN)
1097    # BEI BATCH-JOBS SIND DIE ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE SCHON KOMPLETT
1098 if [[ "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1099 then
1100
1101       # ZUERST PRUEFEN, OB EIN GLOBALER QUELLTEXTPFAD FUER ALLE RECHNER
1102       # VEREINBART WURDE
1103    source_path=""
1104    line=""
1105    grep "%source_path" $config_file  >  tmp_mrun
1106    while read line
1107    do
1108       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
1109       then
1110          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -f3)" = "" ]]
1111          then
1112             global_source_path=`echo $line | cut -d" " -f2`
1113          fi
1114       fi
1115    done  <  tmp_mrun
1116
1117    line=""
1118    found=false
1119    grep  " $localhost" $config_file | grep "%source_path"  >  tmp_mrun
1120    while read line
1121    do
1122       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
1123       then
1124          if [[ $found = true ]]
1125          then
1126             printf "\n\n  +++ more than one source path found in configuration file"
1127             printf "\n      for local host \"$localhost\" "
1128             locat=source_path; exit
1129          fi
1130          source_path=`echo $line | cut -d" " -f2`
1131          found=true
1132       fi
1133    done  <  tmp_mrun
1134    rm  tmp_mrun
1135
1136    if [[ "$source_path" = "" ]]
1137    then
1138       if [[ "$global_source_path" != "" ]]
1139       then
1140          source_path=$global_source_path
1141       else
1142          printf "\n\n  +++ no source path found in configuration file"
1143          printf "\n      for local host \"$localhost\" "
1144          locat=source_path; exit
1145       fi
1146    fi
1147    eval source_path=$source_path
1148
1149    if [[ ! -d $source_path ]]
1150    then
1151       printf "\n\n  +++ source path \"$source_path\" on local host"
1152       printf "\n      \"$localhost\" does not exist"
1153       locat=source_path; exit
1154    fi
1155
1156 fi
1157
1158
1159    # GLOBALE REVISIONSNUMMER ERMITTELN (FORTSETZUNGSLAEUFEN WIRD DIESE
1160    # DURCH OPTION -G MITGETEILT)
1161 if [[ "$global_revision" = ""   &&  $host != "ibmkisti" ]]
1162 then
1163    global_revision=`svnversion $source_path  2>/dev/null`
1164    global_revision="Rev: $global_revision"
1165 fi
1166
1167
1168    # NOCHMAL PRUEFEN, OB AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL
1169    # (HOST KANN IN KONFIGURATIONSDATEI ANDERS FESTGELEGT WORDEN SEIN)
1170    # WERT VON do_remote WIRD FUER DATEIVERBINDUNGEN BENOETIGT.
1171    # WENN AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WIRD, IST GLEICHZEITIG KLAR,
1172    # DASS EIN BATCH-JOB GESTARTET WERDEN MUSS
1173 if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
1174 then
1175    do_batch=true
1176    do_remote=true
1177    case  $host  in
1178        (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|ibmy|lckyoto|lcsgib|lcsgih|nech|necriam|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckordi|lcsb)  true;;
1179        (*)  printf "\n"
1180             printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
1181             printf "\n      is not available"
1182             locat=nqs; (( iec = 0 )); exit;;
1183    esac
1184 else
1185    host=$localhost
1186 fi
1187
1188
1189    # PRUEFUNG EINIGER PROZESSORZAHLANGABEN BEI RECHNUNGEN AUF PARALLELRECHNERN
1190 if [[ "$cond1" = parallel  ||  "$cond2" = parallel ]]
1191 then
1192
1193       # PRUEFEN, OB DIE ANZAHL DER ZU VERWENDENDEN PES ANGEGEBEN WURDE
1194    if [[ ! -n $numprocs ]]
1195    then
1196       printf "\n"
1197       printf "\n  +++ option \"-K parallel\" requires additional specification"
1198       printf "\n      of the number of processors to be used by"
1199       printf "\n      mrun-option \"-X\" or by environment-variable"
1200       printf "\n      \"numprocs\" in the configuration file"
1201       locat=numprocs; (( iec = 0 )); exit
1202    fi
1203
1204       # PRUEFEN, OB DIE PROZESSORANZAHL PRO KNOTEN ANGEGEBEN WURDE (GGF.
1205       # DEFAULT-WERT SETZEN) UND OB SIE EIN GANZZAHLIGER TEILER DER
1206       # GESAMTPROZESSORANZAHL IST
1207    if [[ "$tasks_per_node" = ""  &&  $host != lcflow ]]
1208    then
1209       printf "\n"
1210       printf "\n  +++ option \"-T\" (tasks per node) is missing"
1211       printf "\n      set -T option or define tasks_per_node in the config file"
1212       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit
1213    fi
1214    if [[ $host != lcflow ]]
1215    then
1216       (( ival = $tasks_per_node ))
1217       (( pes = numprocs ))
1218#          if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics+1PE) = 1 ]]
1219#          then
1220#             (( pes = pes - 1 ))
1221#          fi
1222       (( ii = pes / ival ))
1223       if (( pes - ii * ival > 0 ))
1224       then
1225          printf "\n"
1226          printf "\n  +++ tasks per node (option \"-T\") must be an integral"
1227          printf "\n      divisor of the total number of processors (option \"-X\")"
1228          printf "\n      values of this mrun-call: \"-T $tasks_per_node\" \"-X $numprocs\""
1229          locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit
1230       fi
1231    fi
1232
1233
1234       # IBMY HAT NUR EINEN KNOTEN
1235    if [[ $host = ibmy ]]
1236    then
1237       if [[ "$tasks_per_node" != ""  &&  "$tasks_per_node" != "$numprocs" ]]
1238       then
1239          printf "\n"
1240          printf "\n  +++ on ibmy, tasks per node (option \"-T\") must be equal to the"
1241          printf "\n      total number of processors (option \"-X\")"
1242          printf "\n      values of this mrun-call: \"-T $tasks_per_node\" \"-X $numprocs\""
1243          locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit
1244       fi
1245    fi
1246
1247
1248       # SETTINGS FOR SUBJOB-COMMAND
1249    TOPT="-T $tasks_per_node"
1250    OOPT="-O $threads_per_task"
1251
1252       # GESAMTZAHL DER KNOTEN BESTIMMEN
1253    if [[ "$tasks_per_node" != "" ]]
1254    then
1255       (( nodes = numprocs / ( tasks_per_node * threads_per_task ) ))
1256    fi
1257
1258       # PRUEFEN, OB NODE USAGE EINEN ERLAUBTEN WERT HAT BZW. DEN DEFAULT
1259       # SETZEN
1260    if [[ $node_usage = default ]]
1261    then
1262       if [[ $host = ibms ]]
1263       then
1264          node_usage=shared
1265       elif [[ $(echo $host | cut -c1-5) = lcsgi ]]
1266       then
1267          node_usage=singlejob
1268       else
1269          node_usage=not_shared
1270       fi
1271    fi
1272
1273    if [[ $node_usage != shared  &&  $node_usage != not_shared  &&  $node_usage != singlejob  &&  "$(echo $node_usage | cut -c1-3)" != "sla" ]]
1274    then
1275       printf "\n"
1276       printf "\n  +++ node usage (option \"-n\") is only allowed to be set"
1277       printf "\n      \"shared\" or \"not_shared\""
1278       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit
1279    fi
1280
1281 fi
1282
1283    # PRUEFEN, OB HOSTFILE EXISTIERT
1284 if [[ -n $hostfile ]]
1285 then
1286    if [[ ! -f $hostfile ]]
1287    then
1288       printf "\n"
1289       printf "\n  +++ hostfile \"$hostfile\" does not exist"
1290       locat=hostfile; exit
1291    fi
1292 fi
1293
1294    # PRUEFEN, OB RHOSTS DATEI EXISTIERT. GEGEBENENFALLS ANLEGEN BZW. ERWEITERN
1295 if [[ $host = ibmy  &&  $do_remote = false ]]
1296 then
1297    if [[ ! -f $HOME/.rhosts ]]
1298    then
1299       echo  "gfdl5.yonsei.ac.kr"  >  $HOME/.rhosts
1300       printf "\n\n  *** file:"
1301       printf "\n           $HOME/.rhosts"
1302       printf "\n      was created\n"
1303    fi
1304    if [[ $(grep -c gfdl5.yonsei.ac.kr $HOME/.rhosts) = 0 ]]
1305    then
1306       echo  "gfdl5.yonsei.ac.kr"  >>  $HOME/.rhosts
1307       printf "\n\n  *** file:"
1308       printf "\n           $HOME/.rhosts"
1309       printf "\n      was extended by the name of the current host\n"
1310    fi
1311 fi
1312
1313
1314    # Set default value for the maximum number of parallel io streams
1315 if [[ "$maximum_parallel_io_streams" = "" ]]
1316 then
1317    maximum_parallel_io_streams=$numprocs
1318 fi
1319
1320
1321    # FALLS NICHT VORGEGEBEN, DEFAULT-QUEUE AUF DER ZIELMASCHINE FESTLEGEN
1322 if [[ $queue = none ]]
1323 then
1324    case  $host  in
1325        (ibmh)       queue=no_class;;
1326        (ibmkisti)   queue=class.32plus;;
1327        (ibmy)       queue=parallel;;
1328        (lckyoto)    queue=ph;;
1329        (lcsgib)     queue=testq;;
1330        (lcsgih)     queue=testq;;
1331        (lctit)      queue=S;;
1332        (nech)       queue=none;;
1333        (necriam)    queue=SP;;
1334        (unics)      queue=unics;;
1335    esac
1336 fi
1337
1338
1339    # VOLLSTAENDIGE DATEINAMEN DER INPUT-FILES BILDEN,
1340    # INPUT-DATEIEN AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND EVTL. HOECHSTE ZYKLUSNUMMER
1341    # ERMITTELN
1342 (( i = 0 ))
1343 while (( i < iin ))
1344 do
1345    (( i = i + 1 ))
1346    (( maxcycle = 0 ))
1347
1348       # NAMENSBILDUNG (EVTL. IST FESTER DATEINAME VORGEGEBEN)
1349    if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1350    then
1351       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${endin[$i]}  # REMOTE-PFAD ERST AUF
1352                                                    # REM-MASCHINE AUSWERTEN
1353       eval filename=${pathin[$i]}/${endin[$i]}
1354    else
1355       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}  # REMOTE-PFAD ERST AUF
1356                                                             # REM-MASCHINE AUSWERTEN
1357       eval filename=${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}
1358    fi
1359    eval pathname=${pathin[$i]}
1360
1361#   SAVE INPUT FILE NAME FOR PARAMETER FILE CHECK
1362    if [[ ("${transin[$i]}" = job) && (-f $filename) ]]
1363    then
1364       filename_input=$filename
1365    fi
1366
1367       # PRUEFEN AUF VORHANDENSEIN
1368    if [[ $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "not found") = 1  || \
1369          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "nicht gefunden") = 1  || \
1370          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "No such file") = 1  || \
1371          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "does not exist") = 1 ]]
1372    then
1373          # DATEIEN MIT EXTENSION (Z.B. NC) MUESSEN NICHT ZWINGEND VORHANDEN
1374          # SEIN, DESHALB IN SOLCHEN FAELLEN KEIN ABBRUCH. DIES IST NUR EINE
1375          # VORUEBERGEHENDE LOESUNG (OKT 05). NICHT ZWINGEND BENOETIGTE
1376          # EINGABEDATEIEN SOLLTEN EINE SPEZIELLE OPTION IN DER DATEI-
1377          # VERBINDUNGSANWEISUNG BEKOMMEN (Z.B. inopt?)
1378       if [[ "${transin[$i]}" != "locopt" ]]
1379       then
1380          printf "\n\n  +++ INPUT-file: "
1381          if [[ "${extin[$i]}" = "" ]]
1382          then
1383             printf "\n           $filename"
1384          else
1385             printf "\n           $filename.${extin[$i]}"
1386          fi
1387          printf "\n      does not exist\n"
1388          locat=input; exit
1389       else
1390          transin[$i]="unavailable"
1391       fi
1392    else
1393
1394          # ZYKLUSNUMMER FESTSTELLEN
1395       ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1396       ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1397       while  read zeile
1398       do
1399          cycle=$(print $zeile | cut -f2 -d".")
1400          if [[ "$cycle" = "$zeile" ]]
1401          then
1402             (( icycle = 0 ))
1403          elif [[ "$cycle" = "${extin[$i]}" ]]
1404          then
1405             (( icycle = 0 ))
1406          else
1407             (( icycle = $cycle ))
1408          fi
1409          if (( icycle > maxcycle ))
1410          then
1411             (( maxcycle = icycle ))
1412             file_to_be_used=$zeile
1413          fi
1414       done <filelist
1415       rm filelist
1416
1417          # EVTL. ZYKLUSNUMMER AN DATEINAMEN ANFUEGEN
1418       if (( maxcycle > 0 ))
1419       then
1420          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1421          then
1422             filename=${filename}.$maxcycle.${extin[$i]}
1423          else
1424             filename=${filename}.$maxcycle
1425          fi
1426       else
1427          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1428          then
1429             filename=${filename}.${extin[$i]}
1430          fi
1431       fi
1432       
1433          # DATEINAMEN OHNE PFAD ABER MIT ZYKLUSNUMMER ABSPEICHERN,
1434          # DA SPAETER BEI RUECKSPEICHERN VOM ARCHIVSYSTEM EVTL. BENOETIGT
1435       absnamein[$i]=$filename
1436       if (( maxcycle > 0 ))
1437       then
1438          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1439          then
1440             frelin[$i]=${endin[$i]}.$maxcycle
1441          else
1442             frelin[$i]=${afname}${endin[$i]}.$maxcycle
1443          fi
1444       else
1445          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1446          then
1447             frelin[$i]=${endin[$i]}
1448          else
1449             frelin[$i]=${afname}${endin[$i]}
1450          fi
1451       fi
1452
1453    fi
1454 done
1455   
1456    # VOLLSTAENDIGE DATEINAMEN (OHNE $ ODER ~) DER OUTPUT-FILES BILDEN,
1457    # OUTPUT-DATEIEN AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND EVTL. HOECHSTE ZYKLUSNUMMER
1458    # ERMITTELN ODER, FALLS NICHT VORHANDEN, PRUEFEN, OB SIE SICH ANLEGEN LASSEN
1459    # DIESE AKTIONEN FINDEN NICHT STATT, WENN PROGRAMM AUF REMOTE-MASCHINE
1460    # RECHNET UND DATEI ANSCHLIESSEND TRANSFERIERT WERDEN SOLL!
1461 (( i = 0 ))
1462 while (( i < iout ))
1463 do
1464    (( i = i + 1 ))
1465    if [[ ! ( $fromhost != $localhost  &&  ( "${actionout[$i]}" = tr || "${actionout[$i]}" = tra || "${actionout[$i]}" = trpe ) ) ]]
1466    then
1467       if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
1468       then
1469          actionout[$i]=""
1470       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe ]]
1471       then
1472          actionout[$i]=pe
1473       elif [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
1474       then
1475          actionout[$i]=a
1476       fi
1477       (( maxcycle = 0 ))
1478       eval filename=${pathout[$i]}/${fname}${endout[$i]}
1479       eval catalogname=${pathout[$i]}
1480       if [[ $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "not found") = 1  || \
1481             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "nicht gefunden") = 1  || \
1482             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "No such file") = 1  || \
1483             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "does not exist") = 1 ]]
1484       then
1485     
1486             # OUTPUT-DATEI NICHT VORHANDEN. PRUEFEN, OB ANLEGEN MOEGLICH.
1487          if  cat /dev/null > $filename 
1488          then
1489             rm  $filename
1490          else
1491
1492                # PRUEFEN, OB KATALOG VORHANDEN UND EVTL. DIESEN ANLEGEN
1493             if [[ ! -d $catalogname ]]
1494             then
1495                if  mkdir -p  $catalogname
1496                then
1497                   printf "\n\n  *** directory:"
1498                   printf "\n           $catalogname"
1499                   printf "\n      was created\n"
1500                else
1501                   printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1502                   printf "\n           $filename"
1503                   printf "\n      cannot be created, because directory does not exist"
1504                   printf "\n      and cannot be created either"
1505                   printf "\n"
1506                   locat=output  ; exit
1507                fi 2>/dev/null
1508             else
1509                printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1510                printf "\n           $filename"
1511                printf "\n      cannot be created, although directory exists"
1512                printf "\n"
1513                locat=output  ; exit
1514             fi
1515          fi 2>/dev/null
1516       else
1517
1518             # ZYKLUSNUMMER FESTSTELLEN
1519          ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1520          ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1521          while  read zeile
1522          do
1523             cycle=$(print $zeile | cut -f2 -d".")
1524             if [[ "$cycle" = "$zeile"  ||  "$cycle" = ${extout[$i]} ]]
1525             then
1526                (( icycle = 1 ))
1527             else
1528                (( icycle = $cycle + 1 ))
1529             fi
1530             if (( icycle > maxcycle ))
1531             then
1532                (( maxcycle = icycle ))
1533             fi
1534          done <filelist
1535          rm filelist
1536       fi
1537
1538          # EVTL. ZYKLUSNUMMER AN DATEINAMEN ANFUEGEN UND PRUEFEN, OB SICH
1539          # DATEI AUCH WIRKLICH ANLEGEN LAESST. IM APPEND-FALL MUSS AN DEN
1540          # HOECHSTEN VORHANDENEN ZYKLUS-ANGEHAENGT WERDEN. ANLAGEPRUEFUNG
1541          # IST DANN NATUERLICH NICHT ZULAESSIG BZW. MOEGLICH
1542       if [[ "${actionout[$i]}" != a ]]
1543       then
1544          if (( maxcycle > 0 ))
1545          then
1546             filename=${filename}.$maxcycle
1547             if  cat /dev/null > $filename 
1548             then
1549                rm  $filename
1550             else
1551                printf "\n  +++ OUTPUT-file:"
1552                printf "\n           $filename"
1553                printf "\n      cannot be created"
1554                locat=output  ; exit
1555             fi
1556          fi
1557       else
1558          (( maxcycle = maxcycle - 1 ))
1559          if (( maxcycle > 0 ))
1560          then
1561             filename=${filename}.$maxcycle
1562          fi
1563       fi
1564       
1565          # DATEINAMEN OHNE PFAD ABER MIT ZYKLUSNUMMER ABSPEICHERN,
1566          # DA SPAETER BEI ABLAGE AUF ARCHIVSYSTEM BZW. FUER
1567          # DATEI OUTPUT_FILE_CONNECTIONS EVTL. BENOETIGT
1568       pathout[$i]=$filename
1569       if (( maxcycle > 0 ))
1570       then
1571          frelout[$i]=${fname}${endout[$i]}.$maxcycle
1572       else
1573          frelout[$i]=${fname}${endout[$i]}
1574       fi
1575
1576    fi
1577 done
1578
1579
1580     # DAS DVR-PAKET ERFORDERT EINE ENTSPRECHENDE BIBLIOTHEK
1581 if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
1582 then
1583    if [[ "$dvr_inc" = "" ]]
1584    then
1585       printf "\n\n  +++ no value for \"dvr_inc\" given in configuration file"
1586       printf "\n      This is required for the dvrp_graphics package.\n"
1587       locat=dvr; exit
1588    fi
1589    if [[ "$dvr_lib" = "" ]]
1590    then
1591       printf "\n\n  +++ no value for \"dvr_lib\" given in configuration file"
1592       printf "\n      This is required for the dvrp_graphics package.\n"
1593       locat=dvr; exit
1594    fi
1595 fi
1596
1597
1598     # PRUEFEN, OB ENTWEDER HAUPTPROGRAMM ODER NUR EIN AUSFUEHRBARES
1599     # PROGRAMM VEREINBART WURDE (IN DIESEM FALL BRAUCHT IM WEITEREN NICHT
1600     # UEBERSETZT ZU WERDEN)
1601 if [[ "$mainprog" = ""  &&  "$executable" = "" ]]
1602 then
1603    printf "\n  +++ neither main program nor executable defined"
1604    locat=source; exit
1605 elif [[ "$mainprog" != ""  &&  "$executable" != "" ]]
1606 then
1607    printf "\n  +++ main program as well as executable defined"
1608    locat=source; exit
1609 elif [[ "$mainprog" = ""  &&  "$executable" != "" ]]
1610 then
1611    do_compile=false
1612 fi
1613
1614
1615    # SOURCE-VERZEICHNIS ZUM AUFSAMMELN DER ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE
1616    # ERZEUGEN. HIERHIN WERDEN SPAETER IM FALL VON BATCH-JOBS AUCH DAS MRUN-
1617    # SCRIPTS SOWIE DIE KONFIGURATIONSDATEI KOPIERT
1618 if [[ $restart_run != true  &&  "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1619 then
1620    rm -rf  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1621    mkdir   SOURCES_FOR_RUN_$fname
1622 fi
1623
1624
1625    # ALLE ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE ZUSAMMENSAMMELN
1626    # BEI BATCH-JOBS IST DIES NICHT NOETIG, WEIL DIE PROGRAMMTEILE BEREITS DURCH
1627    # DEN MRUN-AUFRUF ERMITTELT SIND, DER DEN BATCH-JOB GENERIERT HAT, UND
1628    # IM VERZEICHNIS SOURCES_FOR_RUN_... ABGELEGT SIND
1629 if [[ $do_compile = true  &&  "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1630 then
1631
1632    [[ "$source_list" = LM ]]  &&  source_list=LOCALLY_MODIFIED
1633
1634    if [[ "$source_list" = LOCALLY_MODIFIED ]]
1635    then
1636
1637          # MODIFIZIERTE DATEIEN DER SVN-ARBEITSKOPIE BESTIMMEN
1638       source_list=""
1639       cd  $source_path
1640
1641
1642          # PRUEFEN, OB VERZEICHNIS UEBERHAUPT UNTER SVN-KONTROLLE STEHT
1643       if [[ ! -d .svn ]]
1644       then
1645          printf "\n\n  +++ source directory"
1646          printf "\n         \"$source_path\" "
1647          printf "\n         is not under control of \"subversion\"."
1648          printf "\n         Please do not use mrun-option \"-s LOCALLY_MODIFIED\"\n"
1649       fi
1650
1651
1652          # ALLE MODIFIZIERTEN QUELLCODEDATEIEN AUFLISTEN
1653       Filenames=""
1654       svn status  >  tmp_mrun
1655       while  read line
1656       do
1657          firstc=`echo $line | cut -c1`
1658          if [[ $firstc = M  ||  $firstc = "?" ]]
1659          then
1660             Name=`echo "$line" | cut -c8-`
1661             extension=`echo $Name | cut -d. -f2`
1662             if [[ "$extension" = f90 || "$extension" = F90 || "$extension" = f || "$extension" = F || "$extension" = c ]]
1663             then
1664                Filenames="$Filenames "$Name
1665             fi
1666          fi
1667       done < tmp_mrun
1668
1669
1670          # DATEIEN NACH SOURCES_FOR_RUN_... KOPIEREN
1671       for  dateiname  in  $Filenames
1672       do
1673          cp  $dateiname  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1674          source_list=$source_list"$dateiname "
1675       done
1676
1677       cd -  > /dev/null
1678
1679
1680       # MITTELS OPTION -s ANGEGEBENE DATEIEN NACH SOURCES_FOR_RUN_... KOPIEREN
1681       # BEI AUTOMATISCHEN FORTSETZUNGSLAEUFEN SIND DORT SCHON ALLE DATEIEN
1682       # VORHANDEN
1683    elif [[ "$source_list" != ""  &&  $restart_run != true ]]
1684    then
1685
1686       cd  $source_path
1687
1688       for  filename  in  $source_list
1689       do
1690
1691             # QUELLTEXT-DATEI DARF KEINE PFADE BEINHALTEN
1692          if [[ $(print $filename | grep -c "/") != 0 ]]
1693          then
1694             printf "\n  +++ source code file:  $filename"
1695             printf "\n      must not contain (\"/\") "
1696             locat=source; exit
1697          fi
1698
1699          if [[ ! -f $filename ]]
1700          then
1701             printf "\n  +++ source code file:  $filename"
1702             printf "\n      does not exist"
1703             locat=source; exit
1704          else
1705             cp  $filename  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1706          fi
1707
1708       done
1709
1710       cd -  > /dev/null
1711
1712    fi
1713
1714
1715       # PRUEFEN, OB ENTWEDER HAUPTPROGRAMM VORHANDEN UND ES EVTL. IN DER
1716       # LISTE DER ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE MIT ENTHALTEN IST (WENN
1717       # NICHT, WIRD ES DIESER LISTE HINZUGEFUEGT)
1718    if [[ $restart_run != true ]]
1719    then
1720
1721       if [[ ! -f "$source_path/$mainprog" ]]
1722       then
1723          printf "\n\n  +++ main program:  $mainprog"
1724          printf "\n      does not exist in source directory"
1725          printf "\n      \"$source_path\"\n"
1726          locat=source; exit
1727       else
1728          if [[ $(echo $source_list | grep -c $mainprog) = 0 ]]
1729          then
1730             cp  $source_path/$mainprog  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1731             source_list=${mainprog}" $source_list"
1732          fi
1733       fi
1734    fi
1735
1736
1737       # MAKEFILE AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND KOPIEREN
1738       # BEI RESTART-LAEUFEN LIEGT ES SCHON IM VERZEICHNIS SOURCES_FOR_RUN...
1739    if [[ "$restart_run" != true ]]
1740    then
1741       [[ "$makefile" = "" ]]  &&  makefile=$source_path/Makefile
1742       if [[ ! -f $makefile ]]
1743       then
1744          printf "\n  +++ file \"$makefile\" does not exist"
1745          locat=make; exit
1746       else
1747          cp  $makefile  SOURCES_FOR_RUN_$fname/Makefile
1748       fi
1749    fi
1750
1751
1752       # DATEIEN AUS ZUSAETZLICHEM QUELLVERZEICHNIS HINZUFUEGEN
1753    if [[ $restart_run != true  &&  "$add_source_path" != "" ]]
1754    then
1755
1756          # GIBT ES DAS VERZEICHNIS UEBERHAUPT?
1757       if [[ ! -d $add_source_path ]]
1758       then
1759          printf "\n\n  +++ WARNING: additional source code directory"
1760          printf "\n      \"$add_source_path\" "
1761          printf "\n      does not exist or is not a directory."
1762          printf "\n      No source code will be used from this directory!\n"
1763          add_source_path=""
1764          if [[ $silent == false ]]
1765          then
1766             sleep 3
1767          fi
1768       else
1769
1770          cd $add_source_path
1771          found=false
1772
1773          Names=$(ls -1 *.f90 2>&1)
1774          [[ $(echo $Names | grep -c '*.f90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$Names"
1775          Names=$(ls -1 *.F90 2>&1)
1776          [[ $(echo $Names | grep -c '*.F90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1777          Names=$(ls -1 *.F 2>&1)
1778          [[ $(echo $Names | grep -c '*.F') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1779          Names=$(ls -1 *.f 2>&1)
1780          [[ $(echo $Names | grep -c '*.f') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1781          Names=$(ls -1 *.c 2>&1)
1782          [[ $(echo $Names | grep -c '*.c') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1783
1784          cd -  > /dev/null
1785          cd  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1786
1787             # COPY MAKEFILE IF EXISTING
1788          if [[ -f $add_source_path/Makefile ]]
1789          then
1790             printf "\n\n  *** user Makefile from directory"
1791             printf "\n      \"$add_source_path\" is used \n"
1792             if [[ $silent == false ]]
1793             then
1794                sleep 1
1795             fi
1796             cp  $add_source_path/Makefile  .
1797          fi
1798
1799          for  dateiname  in  $AddFilenames
1800          do
1801             if [[ -f $dateiname ]]
1802             then
1803                printf "\n  +++ source code file \"$dateiname\" found in additional"
1804                printf "\n      source code directory \"$add_source_path\" "
1805                printf "\n      but was also given with option \"-s\" which means that it should be taken"
1806                printf "\n      from directory \"$source_path\"."
1807                locat=source; exit
1808             fi
1809
1810             cp  $add_source_path/$dateiname  .
1811             source_list="$source_list $dateiname"
1812
1813                # CHECK IF FILE IS CONTAINED IN MAKEFILE
1814             if [[ $(grep -c $dateiname Makefile) = 0 ]]
1815             then
1816                printf "\n\n  +++ user file \"$dateiname\" "
1817                printf "\n      is not listed in Makefile \n"
1818                locat=source; exit
1819             else
1820
1821                # Default User-Interface von der Liste entfernen, falls Datei
1822                # ein User-Interface enthaelt
1823#             if [[ $( cat $dateiname | grep -c "END SUBROUTINE user_parin" ) != 0 ]]
1824#             then
1825#                if [[ $dateiname != user_interface.f90  &&  -f user_interface.f90 ]]
1826#                then
1827#                   rm -rf  user_interface.f90
1828#                   source_list=`echo $source_list | sed -e 's/user_interface.f90//'`
1829#                   printf "\n\n  *** default \"user_interface.f90\" removed from the files to be translated"
1830#                   printf "\n      since a user-interface is found in file"
1831#                   printf "\n      \"$add_source_path/$dateiname\" \n"
1832#                   sleep 3
1833#                else
1834                if [[ $found = false ]]
1835                then
1836                   found=true
1837                   printf "\n\n  *** following user file(s) added to the"
1838                   printf " files to be translated:\n      "
1839                fi
1840                printf "$dateiname  "
1841                if [[ $silent == false ]]
1842                then
1843                   sleep 0.5
1844                fi
1845
1846             fi
1847          done
1848          [[ $found = true ]]  &&  printf "\n"
1849          cd -  > /dev/null
1850       fi
1851    fi
1852
1853
1854       # ALLE UNTERPROGRAMME, DIE ZU VEREINBARTEN SOFTWAREPAKETEN GEHOEREN,
1855       # DER LISTE DER ZU UEBERSETZENDEN DATEIEN HINZUFUEGEN
1856    if [[ $restart_run != true  &&  -n $package_list ]]
1857    then
1858
1859       cd  $source_path
1860
1861       for  package  in  $package_list
1862       do
1863
1864          [[ $package = "dvrp_graphics+1PE" ]]  &&  package=dvrp_graphics
1865
1866             # ERMITTELE ALLE DATEIEN, DIE ZUM PAKET GEHOEREN
1867             # FEHLERMELDUNGEN WERDEN ABGEFANGEN, DA * AUCH VERZEICHNISSNAMEN
1868             # LIEFERT
1869          package_source_list=`grep "defined( __$package " * 2>/dev/null | cut -f1 -d:`
1870
1871
1872             # FUEGE DIESE DATEIEN DER LISTE DER ZU UEBERSETZENDEN DATEIEN
1873             # HINZU, FALLS SIE NOCH NICHT DAZUGEHOEREN
1874          for  source_list_name  in  $package_source_list
1875          do
1876             if [[ $(echo $source_list | grep -c $source_list_name) = 0 ]]
1877             then
1878
1879                    # NUR DATEIEN MIT GUELTIGEN ENDUNGEN VERWENDEN
1880                ending=`echo $source_list_name | cut -f2 -d.`
1881                if [[ "$ending" = f90  ||  "$ending" = F90  ||  "$ending" = f  ||  "$ending" = F  ||  "$ending" = c ]]
1882                then
1883                   cp  $source_list_name  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1884                   source_list="$source_list $source_list_name"
1885                fi
1886             fi
1887          done
1888       done
1889
1890       cd -  > /dev/null
1891    fi
1892
1893
1894       # MAKEFILE AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND KOPIEREN
1895       # BEI RESTART-LAEUFEN LIEGT ES SCHON IM VERZEICHNIS SOURCES_FOR_RUN...
1896#    if [[ "$restart_run" != true ]]
1897#    then
1898#       [[ "$makefile" = "" ]]  &&  makefile=$source_path/Makefile
1899#       if [[ ! -f $makefile ]]
1900#       then
1901#          printf "\n  +++ file \"$makefile\" does not exist"
1902#          locat=make; exit
1903#       else
1904#          cp  $makefile  SOURCES_FOR_RUN_$fname/Makefile
1905#       fi
1906#    fi
1907
1908 fi  # do_compile=true
1909
1910
1911    # FALLS PROGRAMMTEILE UEBERSETZT WERDEN SOLLEN, FOLGEN JETZT EINIGE
1912    # UEBERPRUEFUNGEN UND DAS SETZEN DER PRAEPROZESSOR-DIREKTIVEN
1913 if [[ $do_compile = true ]]
1914 then
1915
1916       # PRAEPROZESSOR-DIREKTIVEN ZUM SELEKTIVEN AUSWAEHLEN VON CODETEILEN
1917       # ZUSAMMENSETZEN
1918       # DIREKTIVEN ZUM AKTIVIEREN VON RECHNERSPEZIFISCHEM CODE
1919    if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1920    then
1921       cpp_options="${cpp_options},-D__ibm=__ibm"
1922    elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = nec ]]
1923    then
1924       cpp_options="$cpp_options -D__nec"
1925    elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-2) = lc ]]
1926    then
1927       cpp_options="$cpp_options -D__lc"
1928    else
1929       cpp_options="$cpp_options -D__$localhost"
1930    fi
1931
1932       # DIREKTIVEN DIE DURCH OPTION -K BESTIMMT WERDEN (Z.B. PARALLEL)
1933    if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1934    then
1935       [[ -n $cond1 ]]  &&  cpp_options="${cpp_options},-D__$cond1=__$cond1"
1936       [[ -n $cond2 ]]  &&  cpp_options="${cpp_options},-D__$cond2=__$cond2"
1937    else
1938       [[ -n $cond1 ]]  &&  cpp_options="$cpp_options -D__$cond1"
1939       [[ -n $cond2 ]]  &&  cpp_options="$cpp_options -D__$cond2"
1940    fi
1941
1942       # DIREKTIVEN DIE SOFTWAREPAKETE AKTIVIEREN (OPTION -p)
1943    if [[ -n $package_list ]]
1944    then
1945       for  package  in  $package_list
1946       do
1947          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1948          then
1949             if [[ $package != "dvrp_graphics+1PE" ]]
1950             then
1951                cpp_options="${cpp_options},-D__$package=__$package"
1952             else
1953                cpp_options="${cpp_options},-D__dvrp_graphics=__dvrp_graphics"
1954                export use_seperate_pe_for_dvrp_output=true
1955             fi
1956          else
1957             if [[ $package != "dvrp_graphics+1PE" ]]
1958             then
1959                cpp_options="$cpp_options -D__$package"
1960             else
1961                cpp_options="$cpp_options -D__dvrp_graphics"
1962                export use_seperate_pe_for_dvrp_output=true
1963             fi
1964          fi
1965       done
1966    fi
1967
1968       # DIREKTIVEN DIE DURCH OPTION -D FESTGELEGT SIND
1969    if [[ -n $cpp_opts ]]
1970    then
1971       for  popts  in  $cpp_opts
1972       do
1973          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1974          then
1975             cpp_options="${cpp_options},-D__$popts=__$popts"
1976          else
1977             cpp_options="$cpp_options -D__$popts"
1978          fi
1979       done
1980    fi
1981
1982 else
1983
1984
1985       # BEI LOKALEN RECHNUNGEN PRUEFEN, OB EXECUTABLE VORHANDEN
1986    if [[ $do_remote = false ]]
1987    then
1988       if [[ ! -f $executable ]]
1989       then
1990          printf "\n  +++ executable file:  $executable"
1991          printf "\n      does not exist"
1992          locat=executable; exit
1993       fi
1994    fi
1995 fi
1996
1997
1998    # JOBMODUS FESTSTELLEN
1999 if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
2000 then
2001    jobmo=BATCH
2002 else
2003    jobmo=INTERACTIVE
2004 fi
2005
2006
2007    # no interactive runs on lctit
2008 if [[ $host = lctit  &&  $jobmo = INTERACTIVE  &&  $do_batch = false ]]
2009 then
2010    printf "\n  +++ no interactive runs allowed on host \"$host\" "
2011    printf "\n      please submit batch job using mrun option \"-b\" \n"
2012    locat=normal; exit
2013 fi
2014
2015
2016    # HOSTSPEZIFISCHE DEFAULT-COMPILER SETZEN, FALLS NICHT BEREITS
2017    # DURCH BENUTZER ANDERWEITIG VEREINBART
2018 if [[ "$compiler_name" = "" ]]
2019 then
2020
2021    printf "\n  +++ no compiler specified for \"$host $cond1 $cond2\""
2022    locat=compiler_name; exit
2023
2024 fi
2025
2026
2027    # COMPILER AUF RIAMS NEC UEBERSCHREIBEN
2028 [[ $localhost = necriam ]]  &&  compiler_name=mpif90
2029
2030
2031
2032    # TEMPORAEREN KATALOGNAMEN BESTIMMEN
2033 kennung=$RANDOM
2034 if [[ "$tmp_user_catalog" = "" ]]
2035 then
2036    if [[ $localhost = ibmh ]]
2037    then
2038       tmp_user_catalog=$SCRATCH
2039    elif [[ $localhost = nech ]]
2040    then
2041       tmp_user_catalog=$WRKSHR
2042    else
2043       tmp_user_catalog=/tmp
2044    fi
2045 fi
2046 TEMPDIR=$tmp_user_catalog/${usern}.$kennung
2047
2048
2049    # KATALOGNAMEN FUER ZWISCHENSPEICHERUNG VON FORTSETZUNGSLAUFDATEIEN
2050    # BESTIMMEN
2051 if [[ "$tmp_data_catalog" = "" ]]
2052 then
2053    if [[ $localhost = nech ]]
2054    then
2055       tmp_data_catalog=$WRKSHR/mrun_restart_data
2056    else
2057       tmp_data_catalog=/tmp/mrun_restart_data
2058    fi
2059 fi
2060
2061
2062    # EVENTUELL BEI LOKALEN RECHNUNGEN $-ZEICHEN IN ENVIRONMENT-VARIABLEN
2063    # ERSETZEN
2064 if [[ $do_remote = false  &&  $do_compile = true ]]
2065 then
2066    eval  fopts=\"$fopts\"
2067    eval  lopts=\"$lopts\"
2068 fi
2069
2070
2071
2072    # COMPILE- UND LINK-OPTIONEN BESTIMMEN
2073 fopts="$fopts $netcdf_inc $dvr_inc"
2074 lopts="$lopts $netcdf_lib $dvr_lib"
2075 ROPTS="$ropts"
2076 if [[ ( $(echo $host | cut -c1-3) = nec  ||  $(echo $host | cut -c1-3) = ibm  ||  $host = lckyoto  ||  $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib  ||  $host = lctit  ||  $host = lcfimm  ||  $host = lcxe6 ||  $host = lcxt5m || $host = lck || $host = lckordi || $host = lcsb )  &&  -n $numprocs ]]
2077 then
2078    XOPT="-X $numprocs"
2079 fi
2080
2081
2082
2083    # PRUEFEN DER CPU-ZEIT. (CPUMAX WIRD ALS ENV-VARIABLE VOM HAUTPRO-
2084    # GRAMM BENOETIGT
2085 done=false
2086 while [[ $done = false ]]
2087 do
2088    cputime=$cpumax
2089    if (( $cputime == 0 ))
2090    then
2091       if [[ $do_batch = true ]]
2092       then
2093          printf "\n  +++ cpu-time is undefined"
2094          printf "\n  >>> Please type CPU-time in seconds as INTEGER:"
2095          printf "\n  >>> "
2096          read  cputime  1>/dev/null  2>&1
2097       else
2098          cputime=10000000   # NO CPU LIMIT FOR INTERACTIVE RUNS
2099       fi
2100    else
2101       done=true
2102    fi
2103    cpumax=$cputime
2104 done
2105
2106 (( minuten = cputime / 60 ))
2107 (( sekunden = cputime - minuten * 60 ))
2108
2109
2110    # PRUEFEN DER KERNSPEICHERANFORDERUNG
2111 if [[ $do_batch = true ]]
2112 then
2113    done=false
2114    while [[ $done = false ]]
2115    do
2116       if (( memory == 0 ))
2117       then
2118          printf "\n  +++ memory demand is undefined"
2119          printf "\n  >>> Please type memory in  MByte per process  as INTEGER:"
2120          printf "\n  >>> "
2121          read  memory  1>/dev/null  2>&1
2122       else
2123          done=true
2124       fi
2125    done
2126 fi
2127
2128
2129    # PRUEFEN, OB FUER REMOTE-RECHNUNGEN EIN BENUTZERNAME ANGEGEBEN WURDE
2130 if [[ $do_remote = true  &&  -z $remote_username ]]
2131 then
2132    while [[ -z $remote_username ]]
2133    do
2134       printf "\n  +++ username on remote host \"$host\" is undefined"
2135       printf "\n  >>> Please type username:"
2136       printf "\n  >>> "
2137       read  remote_username
2138    done
2139    mc="$mc -u$remote_username"
2140 fi
2141
2142    # CHECK FOR INITIAL COMMANDS AFTER LOGIN
2143 if [[ "$login_init_cmd" != "" ]]
2144 then
2145    export init_cmds="${login_init_cmd};"
2146 fi
2147
2148
2149    # set module load command and export for subjob
2150 if [[ "$modules" != "" ]]
2151 then
2152    if [[ $host = lctit ]]
2153    then
2154       export module_calls=". $modules"
2155    else
2156       export module_calls="module load ${modules};"
2157    fi
2158 fi
2159
2160    # bugfix for wrong netcdf module and for netCDF4 usage in case of mpt
2161 if [[ $host = lcsgib  ||  $host = lcsgih ]]
2162 then
2163    if [[ $(echo $module_calls | grep -c netcdf/3.6.3-intel) != 0 ]]
2164    then
2165       export module_calls="$module_calls export LD_LIBRARY_PATH=/sw/dataformats/netcdf/3.6.3-intel/lib:\$LD_LIBRARY_PATH;"
2166    fi
2167#     if [[ $(echo $module_calls | grep -c mpt) != 0 ]]
2168#     then
2169#        export module_calls="$module_calls export LD_LIBRARY_PATH=/sw/sgi/mpt/2011-02-07/lib:\$LD_LIBRARY_PATH;"
2170#        echo "*** module_calls = $module_calls"
2171#     fi
2172 fi
2173
2174
2175    # SET DEFAULT VALUE FOR MPI MODULE TO BE USED ON SGI-ALTIX
2176 if [[ $host = lcsgib  ||  $host = lcsgih ]]
2177 then
2178    if [[ $(echo $modules | grep -c mpt ) != 0 ]]
2179    then
2180       mpilib=mpt
2181    elif [[ $(echo $modules | grep -c mvapich ) != 0 ]]
2182    then
2183       mpilib=mvapich
2184    elif [[ $(echo $modules | grep -c impi ) != 0 ]]
2185    then
2186       mpilib=impi
2187    fi
2188 fi
2189
2190
2191
2192###########################################################################
2193# HEADER-AUSGABE
2194###########################################################################
2195
2196
2197 calltime=$(date)
2198 printf "\n"
2199# [[ $silent = false ]]  &&  clear
2200 printf "#--------------------------------------------------------------# \n"
2201 printf "| $version$calltime | \n"
2202 printf "|                                                              | \n"
2203 spalte1="called on:"; spalte2=$localhost_realname
2204 printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2205 if [[ $local_compile = false ]]
2206 then
2207    if [[ $do_remote = true ]]
2208    then
2209       spalte1="execution on:"; spalte2="$host (username: $remote_username)"
2210    else
2211       spalte1="execution on:"; spalte2="$host ($localhost_realname)"
2212    fi
2213 else
2214    spalte1="compiling test only!"; spalte2=""
2215 fi
2216 printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2217 if [[ -n $numprocs ]]
2218 then
2219    spalte1="number of PEs:"; spalte2=$numprocs
2220    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2221 fi
2222 if [[ -n $tasks_per_node ]]
2223 then
2224    spalte1="tasks per node:"; spalte2="$tasks_per_node (number of nodes: $nodes)"
2225    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2226 fi
2227 if [[ $maximum_parallel_io_streams != $numprocs ]]
2228 then
2229    spalte1="max par io streams:"; spalte2="$maximum_parallel_io_streams"
2230    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2231 fi
2232 if [[ $use_openmp = true ]]
2233 then
2234    spalte1="threads per task:"; spalte2="$threads_per_task"
2235    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2236 fi
2237 printf "|                                                              | \n"
2238 if [[ $do_compile = true ]]
2239 then
2240    if [[ "$mopts" != "" ]]
2241    then
2242       spalte1="make options:"; spalte2=$mopts
2243       printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2244       zeile=$(echo "$mopts" | cut -c41-)
2245       while [[ "$zeile" != "" ]]
2246       do
2247          spalte1=""
2248          spalte2=$zeile
2249          printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2250          zeile=$(echo "$zeile" | cut -c41-)
2251       done
2252    fi
2253
2254    spalte1="cpp directives:"; spalte2=$cpp_options
2255    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2256    zeile=$(echo "$cpp_options" | cut -c41-)
2257    while [[ "$zeile" != "" ]]
2258    do
2259       spalte1=""
2260       spalte2=$zeile
2261       printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2262       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c41-)
2263    done
2264
2265    spalte1="compiler options:"; spalte2="$fopts"
2266    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2267    zeile=$(echo "$fopts" | cut -c41-)
2268    while [[ "$zeile" != "" ]]
2269    do
2270       spalte1=""
2271       spalte2=$zeile
2272       printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2273       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c41-)
2274    done
2275
2276    spalte1="linker options:"; spalte2=$lopts
2277    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2278    zeile=$(echo "$lopts" | cut -c41-)
2279    while [[ "$zeile" != "" ]]
2280    do
2281       spalte1=""
2282       spalte2=$zeile
2283       printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2284       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c41-)
2285    done
2286
2287    spalte1="modules to be load:"; spalte2=$modules
2288    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2289    zeile=$(echo "$modules" | cut -c41-)
2290    while [[ "$zeile" != "" ]]
2291    do
2292       spalte1=""
2293       spalte2=$zeile
2294       printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2295       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c41-)
2296    done
2297
2298    spalte1="main program":; spalte2=$mainprog
2299    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2300 else
2301    spalte1=executable:; spalte2=$executable
2302    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2303 fi
2304 printf "|                                                              | \n"
2305 spalte1="base name of files":; spalte2=$fname
2306 printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2307 if [[ $fname != $afname ]]
2308 then
2309    spalte1="base name of input files":; spalte2=$afname
2310    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2311 fi
2312 spalte1="INPUT control list":; spalte2=$input_list
2313 printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2314 spalte1="OUTPUT control list":; spalte2=$output_list
2315 printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2316
2317 if [[ $do_batch = true  ||  "$LOADLBATCH" = yes ]]
2318 then
2319    spalte1="memory demand / PE":; spalte2="$memory MB"
2320    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2321    spalte1=CPU-time:; spalte2="$minuten:$sekunden"
2322    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2323 fi
2324
2325 if [[ $do_compile = true ]]
2326 then
2327    printf "|                                                              | \n"
2328    printf "| Files to be compiled:                                        | \n"
2329    zeile=$source_list
2330    while [[ "$zeile" != "" ]]
2331    do
2332       spalte3=$zeile
2333       printf "| $spalte3 | \n"
2334       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c61-)
2335    done
2336 fi
2337 printf "#--------------------------------------------------------------#"
2338
2339
2340
2341    # BEDINGTE AUSGABE DER DATEIVERBINDUNGEN
2342 if [[ $do_trace = true ]]
2343 then
2344    (( i = 0 ))
2345    while (( i < iin ))
2346    do
2347       (( i = i + 1 ))
2348       if (( i == 1 ))
2349       then
2350          printf "\n\n >>> INPUT-file assignments:\n"
2351       fi
2352       printf "\n     ${localin[$i]} :  ${absnamein[$i]}"
2353    done
2354    (( i = 0 ))
2355    while (( i < iout ))
2356    do
2357       (( i = i + 1 ))
2358       if (( i == 1 ))
2359       then
2360          printf "\n\n >>> OUTPUT-file assignments:\n"
2361       fi
2362       printf "\n     ${localout[$i]} :  ${pathout[$i]}"
2363    done
2364    (( i = 0 ))
2365    while (( i < iic ))
2366    do
2367       (( i = i + 1 ))
2368       if (( i == 1 ))
2369       then
2370          printf "\n\n >>> INPUT-commands:\n"
2371       fi
2372       printf "\n     ${in_command[$i]}" 
2373    done
2374    (( i = 0 ))
2375    while (( i < ioc ))
2376    do
2377       (( i = i + 1 ))
2378       if (( i == 1 ))
2379       then
2380          printf "\n\n >>> OUTPUT-commands:\n"
2381       fi
2382       printf "\n     ${out_command[$i]}" 
2383    done
2384 fi
2385
2386
2387    # ABFRAGEN BEI AUFRUF AUF LOKALER MASCHINE
2388 if [[ $remotecall = false  &&  $silent = false  &&  $jobmo != BATCH ]]
2389 then
2390    antwort=dummy
2391    printf "\n\n"
2392    while [[ "$antwort" != y  &&  "$antwort" != Y  &&  "$antwort" != n  &&  "$antwort" != N ]]
2393    do
2394       printf " >>> everything o.k. (y/n) ?  "
2395       read  antwort
2396    done
2397    if [[ $antwort = n  ||  $antwort = N ]]
2398    then
2399       locat=user_abort; (( iec = 0 )); exit
2400    fi
2401    if [[ $do_batch = true ]]
2402    then
2403       printf " >>> batch-job will be created and submitted"
2404    else
2405       if [[ $local_compile = false ]]
2406       then
2407          printf " >>> MRUN will now continue to execute on this machine"
2408       else
2409          printf " >>> a test compilation will now be carried out on this machine"
2410       fi
2411    fi
2412 fi
2413
2414#### PERFORM PARAMETER FILE CHECK (COUPLED RUNS ARE NOT SUPPORTED YET)
2415
2416#DEFINE VARIABLES FOR FREQUENTLY USED DIRECTORIES
2417 check_depository="${working_directory}/trunk/UTIL"
2418 check_sources="${working_directory}/tmp_check_namelist_files"
2419 skip_check=false
2420
2421#CHECK IF NAMELIST_FILE_CHECK HAS BEEN COMPILED SUCCESSFULLY
2422 if [[ ! -f $check_depository/check_namelist_files.tar ]]
2423 then
2424      skip_check=true
2425      reason="run on remote host or parameter file check has not been compiled."
2426 fi
2427 if [[ ! -f $PALM_BIN/check_namelist_files.x ]]
2428 then
2429      skip_check=true
2430      reason="parameter file check has not been compiled."
2431 fi
2432
2433#CHECK FOR PARALLEL RUN; OTHERWISE SKIP CHECK
2434 if [[ "$cond1" != "parallel"  &&  "$cond2" != "parallel" ]]
2435 then
2436     skip_check=true
2437     reason="serial run."
2438 fi
2439
2440#ONLY PERFORM CHECK IF -z OPTION IS NOT SET, NO RESTART RUN IS CARRIED OUT AND IF THE EXECUTION HOST IS THE LOCAL HOST
2441 if [[ $check_namelist_files == false ]]
2442 then
2443     skip_check=true
2444     reason="-z option set."
2445 fi
2446
2447 if [[ $fromhost != $localhost ]]
2448 then
2449     skip_check=true
2450     reason="submitting host is local host." 
2451 fi 
2452
2453 if [[ $run_coupled_model == true ]]
2454 then
2455    skip_check=true
2456    reason="coupled run." 
2457 fi
2458
2459 if [[ $restart_run == true ]]
2460 then
2461    skip_check=true
2462    reason="restart run."     
2463
2464 fi
2465
2466#SKIP CHECK IN CASE OF RESTART RUN: CHECK WHETHER THE LAST CHAR IS "f" IN PARIN
2467 ((last_char = `echo $filename_input | wc -c` - 1))
2468 last_char=`echo $filename_input |cut -c$last_char`
2469 if [[ "$last_char" == "f" ]]
2470 then
2471    skip_check=true
2472    reason="restart run.)"
2473 fi
2474
2475 if [[ $skip_check == false ]]
2476 then
2477
2478    tmp_check=${working_directory}/tmp_check
2479
2480#   GET TOPOGRAPHY PARAMETER FILE SUFFIX (USUALLY "_P3DF"). THIS FILE MIGHT IS
2481#   NOT NECESSARILY REQUIRED
2482    line=""
2483    found=false
2484    grep  "TOPOGRAPHY_DATA" $config_file  >  $tmp_check
2485    while read line1
2486    do
2487       line="$line1"
2488       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2489       then
2490          topo_suffix=`echo $line | tr -s " " | cut -d" " -s -f5`
2491          found=true
2492       fi
2493    done < $tmp_check
2494
2495    if [[ $found = false ]]
2496    then
2497       printf "\n  +++ no TOPOGRAPHY list entry found in the configuration file."
2498    fi
2499
2500    rm -rf ${working_directory}/tmp_check
2501
2502#   CHECK IF THE A P3DF FILE MUST BE CHECKED
2503    for  item  in  $input_list
2504    do
2505       if [[ "$item" == "restart" ]]
2506       then
2507          check_restart=1
2508       else
2509          check_restart=0
2510       fi
2511    done
2512
2513#   ERROR IF NO PARAMETER FILE WAS FOUND, OTHERWISE PROCEED
2514    if [[ (! -f $filename_input) && ( "$filename_input" != "") ]]
2515    then
2516       printf "\n\n  +++ ERROR: parameter file ($filename_input) not found." 
2517       locat=check_namelist; exit
2518    fi
2519   
2520#   CHECK IF THE RESTART PARAMETER FILE EXISTS (IF NECESSARY)
2521    if  [[ $check_restart == 1 ]]
2522    then
2523
2524
2525
2526       filenamef="${filename_input}f"
2527       if [[ ! -f $filenamef ]]
2528       then
2529          printf "\n\n  +++ WARNING: restart parameter file ($filenamef) is missing." 
2530          check_restart=0
2531          answer=dummy
2532          printf "\n\n"
2533
2534          if [[ $silent == false ]]
2535          then
2536             while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
2537             do
2538                printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
2539                read  answer
2540             done
2541             if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
2542             then
2543                printf "\n  +++ Aborting...."
2544                locat=normal; exit
2545             fi
2546          fi
2547       else
2548          check_restart=1
2549       fi
2550    fi
2551
2552#   CREATE TEMPORARY SOURCES_FOR_CHECK PATH
2553    mkdir $check_sources
2554    cd $check_sources
2555
2556
2557#   CHECK FOR USER CODE, OTHERWISE USE THE PRECOMPILED CHECK_NAMELIST_FILES.X
2558    if [[ -d $add_source_path ]]
2559    then
2560       printf "\n\n  *** copying files from $check_depository" 
2561       cp $check_depository/check_namelist_files.tar ./
2562
2563       printf "\n\n  *** untar of makefile and source files in $check_sources"
2564       tar -xf check_namelist_files.tar  >  /dev/null  2>&1
2565
2566       printf "\n\n  *** adding user code." 
2567       cp $add_source_path/* ./
2568       touch check_namelist_files.f90
2569
2570#      GET COMPILER OPTIONS AND PERFORM MAKE
2571       printf "\n\n  *** compiling code if necessary...\n"
2572       copts_check="-cpp -D__parallel -D__check"
2573       make -f Makefile_check F90=$compiler_name_ser  COPT="$copts_check"
2574
2575#      GET MAKE OUTPUT
2576       if [[ $? != 0 ]]
2577       then
2578          printf "\n  +++ error during make."       
2579          answer=dummy
2580          printf "\n\n"
2581          if [[ $silent == false ]]
2582          then
2583             while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
2584             do
2585                printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
2586                read  answer
2587             done
2588             if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
2589             then
2590                printf "\n  +++ Aborting..."
2591                rm -rf  $check_sources
2592                locat=normal; exit
2593             else
2594                skip_check=true
2595             fi
2596          else
2597             skip_check=true
2598          fi
2599       fi
2600    else
2601       cp $PALM_BIN/check_namelist_files.x ./
2602    fi
2603
2604    cp $filename_input ./PARIN
2605    if [[ $check_restart == 1 ]] 
2606    then
2607       cp $filenamef ./PARINF   
2608    fi
2609
2610    if [[ -f ${pathname}/${fname}${topo_suffix} && $skip_check == false ]]
2611    then
2612       printf "\n  *** adding topography data"
2613       cp ${pathname}/${fname}${topo_suffix} ./TOPOGRAPHY_DATA
2614
2615#      IN CASE OF TOPOGRAPHY AND HIGH GRID POINT NUMBERS, THE STACK SIZE
2616#      MUST BE INCREASED. THIS IS DUE TO THE ARRAY nzb_local AND topo_height,
2617#      WHICH REQUIRE SUFFICIENT MEMORY
2618       ulimit -s unlimited         
2619    fi
2620
2621#   CREATE ENVPAR FILE, WHICH IS NEEDED BY CHECK_NAMELIST_FILES.X
2622    cat  >  ENVPAR  <<  %%END%%
2623 &envpar  run_identifier = '$fname', host = '$host',
2624            write_binary = '$write_binary', tasks_per_node = $tasks_per_node,
2625            maximum_parallel_io_streams = $maximum_parallel_io_streams,
2626            maximum_cpu_time_allowed = ${cpumax}.,
2627            revision = '$global_revision',
2628            local_dvrserver_running = $local_dvrserver_running /
2629
2630%%END%%
2631
2632#   SAFETY CHECK: ONLY PROCEED IF THE PARAMETER CHECK PROGRAM WAS PROPERLY COMPILED
2633    if [[ ! -f check_namelist_files.x && $skip_check == false ]] then
2634       printf "\n  +++ WARNING: check_namelist_files.x not found."
2635       answer=dummy
2636       printf "\n\n"
2637
2638       if [[ $silent == false ]]
2639       then
2640          while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
2641          do
2642             printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
2643             read  answer
2644          done
2645          if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
2646          then
2647             printf "\n  +++ Aborting..."
2648             rm -rf  $check_sources
2649             locat=normal; exit
2650          else
2651             printf "\n  *** Skipping parameter file check."
2652         
2653          fi
2654      fi
2655       
2656    elif [[ $skip_check == false ]]
2657    then
2658#      STARTING THE PARAMETER FILE CHECK
2659       printf "\n\n  *** starting parameter file check..."
2660
2661#      CHECKING THE P3D FILE
2662       printf "\n\n      (1) checking $filename_input" 
2663       echo "$numprocs 0 0" > VARIN
2664       errors=`./check_namelist_files.x < VARIN 2>&1`
2665
2666       check_error=false
2667       if [[ "$errors" == "" ]]
2668       then
2669          printf " --> o.k."
2670       else
2671          printf " --> failed."
2672          check_error=true
2673          printf "\n\n  $errors"
2674       fi
2675
2676#      CHECKING THE PD3F FILE IF NECESSARY
2677       if [[ $check_restart == 1 && $check_error == false ]]
2678       then
2679          printf "\n\n      (2) checking $filenamef" 
2680
2681#         FIRST CHECK IF INITIALIZING_ACTIONS="READ_RESTART_DATA" IS SET IN &INIPAR LIST
2682          found=false
2683          cat PARINF|while read line
2684          do
2685             line=$(echo $line|sed 's/ //g')
2686             if [[ $line == *"&inipar"* ]]
2687             then
2688                start_search=true
2689             fi
2690
2691             if [[ $start_search == true ]]
2692             then
2693                if [[ $line == *"initializing_actions='read_restart_data'"* ]]
2694                then
2695                   found=true
2696                   break
2697                fi
2698             fi
2699
2700             if [[ $line == *"/"* ]]
2701             then
2702                start_search=false
2703             fi
2704
2705          done
2706
2707          if [[ $found = false ]]
2708          then
2709             printf "\n\n  +++ ERROR: initializing_actions = 'read_restart_data' not found"
2710             printf "\n      in &inipar list in $fname$p3df_suffix."
2711             rm -rf  $check_sources
2712             locat=check_namelist; exit
2713          fi
2714
2715#         READ max_user_pr FROM FILES
2716          if [[ -f parin_for_check ]]
2717          then
2718             read max_pr_user < parin_for_check
2719          else
2720             max_user_pr=0
2721          fi
2722
2723          echo "$numprocs 1 $max_pr_user" > VARIN
2724          errors=`./check_namelist_files.x < VARIN 2>&1`
2725
2726          if [[ "$errors" == "" ]]
2727          then
2728             printf " --> o.k."
2729          else
2730             printf " --> failed."
2731             check_error=true
2732             printf "\n\n  $errors"
2733          fi
2734       fi
2735   
2736#      REPORT ERRORS AND CONTINUE/EXIT
2737       if [[ $check_error == true ]]
2738       then
2739          printf "\n  +++ errors found in the parameter file!\n"
2740          answer=dummy
2741          printf "\n\n"
2742
2743          while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
2744          do
2745          printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
2746          read  answer
2747          done
2748
2749          if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
2750          then
2751             printf "\n  +++ Aborting..."
2752             rm -rf  $check_sources
2753             locat=normal; exit
2754          fi
2755        else
2756          printf "\n\n  *** parameter file(s) seem(s) to be o.k.\n"
2757        fi
2758        rm -rf $check_sources
2759    fi
2760 else
2761    printf "\n\n  +++ skipping parameter file check due to following reason: $reason" 
2762 fi
2763
2764    # DELETE TEMPORARY DIRECTORY AND FINISH NAMELIST FILE CHECK   
2765 rm -rf  $check_sources
2766 cd $working_directory
2767
2768
2769    # FALLS AUF DIESER MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL, WERDEN JETZT ENTSPRE-
2770    # CHENDE AKTIONEN DURCHGEFUEHRT
2771 if [[ $do_batch = false ]]
2772 then
2773
2774
2775       # TEMPORAEREN KATALOG ERZEUGEN
2776    mkdir -p  $TEMPDIR
2777    chmod  go+rx  $TEMPDIR
2778    tmpcreate=true
2779
2780       # set striping on lustre file system
2781#    if [[ $localhost = lcsgih ]]
2782#    then
2783#       lfs setstripe -s 8192k -c 16  $TEMPDIR
2784#       lfs getstripe $TEMPDIR
2785#    fi
2786
2787
2788       # SAEMTLICHE QUELLTEXT-DATEIEN BZW. AUSFUEHRBARES PROGRAMM IN
2789       # TEMPORAERES VERZEICHNIS KOPIEREN
2790    if [[ $do_compile = true ]]
2791    then
2792
2793          # ON NEC, COMPILATION IS DONE ON HOST CROSS VIA CROSS COMPILING
2794          # CREATE A TEMPORARY DIRECTORY ON THAT MACHINE (HOME MOUNTED VIA NFS)
2795       if [[ $localhost = nech ]]
2796       then
2797          TEMPDIR_COMPILE=$HOME/work/${usern}.$kennung
2798          if  mkdir -p  $TEMPDIR_COMPILE
2799          then
2800             printf "\n  *** \"$TEMPDIR_COMPILE\" "
2801             printf "\n      is generated as temporary directory for cross compiling\n"
2802          else
2803             printf "\n  +++ creating directory \"$TEMPDIR_COMPILE\" "
2804             printf "\n      needed for cross compilation failed"
2805             locat=compile
2806             exit
2807          fi
2808       else
2809          TEMPDIR_COMPILE=$TEMPDIR
2810       fi
2811
2812
2813          # PFADNAMEN FUER DAS MAKE-DEPOSITORY ERMITTELN
2814       line=""
2815       grep "%depository_path" $config_file  >  tmp_mrun
2816       while read line
2817       do
2818          if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2819          then
2820             if [[ "$(echo $line | cut -d" " -s -f3)" = "" ]]
2821             then
2822                global_depository_path=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
2823             fi
2824          fi
2825       done < tmp_mrun
2826
2827       line=""
2828       grep  " $localhost" $config_file | grep "%depository_path"  >  tmp_mrun
2829       while read line
2830       do
2831          if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2832          then
2833             if [[ "$(echo $line | cut -d" " -s -f4)" = "$cond1"  &&  "$(echo $line | cut -d" " -s -f5)" = "$cond2" ]]
2834             then
2835                local_depository_path=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
2836             fi
2837          fi
2838       done < tmp_mrun
2839
2840       if [[ "$local_depository_path" = "" ]]
2841       then
2842          if [[ "$global_depository_path" != "" ]]
2843          then
2844             local_depository_path=$global_depository_path
2845          else
2846             printf "\n\n  +++ no depository path found in configuration file"
2847             printf "\n      for local host \"$localhost\" "
2848             printf "\n      please set \"\%depository_path\" in configuration file\n"
2849             locat=config_file; exit
2850          fi
2851       fi
2852       eval local_depository_path=$local_depository_path
2853       [[ "$cond1" != "" ]]  &&  local_depository_path=${local_depository_path}_$cond1
2854       [[ "$cond2" != "" ]]  &&  local_depository_path=${local_depository_path}_$cond2
2855
2856
2857       basename=`print $mainprog | cut -f1 -d"."`
2858       eval make_depository=${local_depository_path}/${basename}_current_version.tar
2859       if [[ ! -f $make_depository ]]
2860       then
2861          printf "\n"
2862          printf "\n  *** WARNING: make depository \"$make_depository\" not found"
2863          printf "\n               \"make\" will fail, if the Makefile or other source files are missing\n"
2864       else
2865          cp  $make_depository  $TEMPDIR_COMPILE
2866          cd  $TEMPDIR_COMPILE
2867          tar -xf  $make_depository  >  /dev/null  2>&1
2868          cd -  > /dev/null
2869       fi
2870
2871       cp  SOURCES_FOR_RUN_$fname/*  $TEMPDIR_COMPILE
2872
2873    else
2874
2875       cp  $executable   ${TEMPDIR}/a.out
2876
2877    fi
2878
2879
2880       # WECHSEL IN TEMPORAEREN KATALOG
2881    cd  $TEMPDIR
2882    printf "\n  *** changed to temporary directory: $TEMPDIR"
2883
2884
2885       # OUTPUT-DATEI-VERBINDUNGEN AUF TEMPORAERER DATEI ABLEGEN
2886       # DIESE DATEI KANN VON SPAETER AUFZURUFENDEN BENUTZERPROZEDUREN GELESEN
2887       # WERDEN, UM ZU LOKALEN DATEINAMEN GEHOERENDE PERMANENTE NAMEN ZU
2888       # ERMITTELN
2889    (( i = 0 ))
2890    while (( i < iout ))
2891    do
2892       (( i = i + 1 ))
2893       if [[ "${actionout[$i]}" = tr  ||  "${actionout[$i]}" = tra  ||  "${actionout[$i]}" = trpe ]]
2894       then
2895          printf "${localout[$i]} ${actionout[$i]}\n${pathout[$i]}\n${localhost}_${fname}${endout[$i]}\n" >> OUTPUT_FILE_CONNECTIONS
2896       else
2897          printf "${localout[$i]} ${actionout[$i]}\n${pathout[$i]}\n${frelout[$i]}\n" >> OUTPUT_FILE_CONNECTIONS
2898       fi
2899    done
2900
2901
2902       # EVTL. UEBERSETZUNGSAKTIONEN STARTEN
2903    if [[ $do_compile = true ]]
2904    then
2905
2906
2907          # COMPILING WITH MAKE (ON NEC COMPILER IS CALLED ON HOST CROSS)
2908       printf "\n\n\n  *** compilation starts \n$striche\n"
2909       printf "  *** compilation with make using following options:\n"
2910       printf "      make depository:          $make_depository"
2911       if [[ "$mopts" != "" ]]
2912       then
2913          printf "      make options:             $mopts\n"
2914       fi
2915       printf "      compilername:             $compiler_name\n"
2916       printf "      compiler options:         $fopts\n"
2917       printf "      preprocessor directives:  $cpp_options \n"
2918       printf "      linker options:           $lopts \n"
2919       if [[ "$modules" != "" ]]
2920       then
2921          printf "      modules to be load:       $modules \n"
2922       fi
2923       printf "      source code files:        $source_list \n"
2924
2925       if [[ $localhost = nech ]]
2926       then
2927#         init_cmds was ". /SX/opt/etc/initsx.sh;"
2928          ssh  136.172.44.192 -l $usern "$init_cmds $module_calls cd \$HOME/work/${usern}.$kennung; sxmake $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2929          cp  $TEMPDIR_COMPILE/a.out  .
2930          [[ $? != 0 ]]  &&  compile_error=true
2931          rm -rf  $TEMPDIR_COMPILE
2932       elif [[ $localhost = ibmh ]]
2933       then
2934          printf "      compiler is called via ssh on \"plogin1\" \n"
2935          ssh  plogin1  -l $usern  "$init_cmds export PATH=/sw/ibm/xlf/13.1.0.8/usr/bin:$PATH; $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2936          [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2937          continue   # ANDERENFALLS IST STATUS=1, FALLS A.OUT VORHANDEN
2938       elif [[ $localhost = lcsgib ]]
2939       then
2940          printf "      compiler is called via ssh on \"bicegate0\" \n"
2941          ssh  bicegate0  -l $usern  "$init_cmds $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2942          [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2943          continue   # ANDERENFALLS IST STATUS=1, FALLS A.OUT VORHANDEN
2944       elif [[ $localhost = lcsgih ]]
2945       then
2946          printf "      compiler is called via ssh on \"hicegate0\" \n"
2947          ssh  hicegate0  -l $usern  "$init_cmds $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" 2>&1 "
2948          [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2949          continue   # ANDERENFALLS IST STATUS=1, FALLS A.OUT VORHANDEN
2950       elif [[ $localhost = lcflow ]]
2951       then
2952          printf "      compiler is called via ssh on \"flow\" \n"
2953          ssh  flow02.hpc.uni-oldenburg.de -l $usern "$init_cmds $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out F90=$compiler_name COPT=\"$cpp_options\" F90FLAGS=\"$fopts\" LDFLAGS=\"$lopts\" "
2954          [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2955          continue   # ANDERENFALLS IST STATUS=1, FALLS A.OUT VORHANDEN
2956       else
2957          [[ "$init_cmds" != "" ]]  &&  eval $init_cmds
2958          [[ "$module_calls" != "" ]]  &&  eval $module_calls
2959          make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
2960
2961       fi
2962
2963       if [[ $? != 0  ||  "$compile_error" = true  ||  "$module_compile_error" = true ]]
2964       then
2965          printf "\n  +++ error occured while compiling or linking"
2966          locat=compile
2967
2968  # WORKAROUND: REMOVE IF CONSTRUCT LATER, BUT KEEP THE EXIT!
2969#          if [[ $localhost != lcsgib  &&  $localhost != lcsgih ]]
2970#          then
2971             exit
2972#          else
2973#             locat=normal
2974#          fi
2975       else
2976          printf "$striche\n  *** compilation finished \n"
2977       fi
2978    fi
2979
2980
2981       # FALLS NUR TESTWEISE KOMPILIERT WERDEN SOLLTE, IST MRUN JETZT FERTIG
2982    if [[ $local_compile = true ]]
2983    then
2984       cd  $HOME
2985       rm -rf $TEMPDIR
2986       locat=local_compile; exit
2987    fi
2988
2989
2990       # BEREITSTELLEN DER INPUT-DATEIEN
2991       # SCHLEIFE UEBER ALLE VOM BENUTZER ANGEGEBENEN DATEIEN
2992    (( i = 0 ))
2993    while (( i < iin ))
2994    do
2995       (( i = i + 1 ))
2996       if (( i == 1 ))
2997       then
2998          printf "\n\n  *** providing INPUT-files:\n$striche"
2999       fi
3000
3001
3002          # OPTIONALE DATEIEN BEI NICHTVORHANDENSEIN UEBERGEHEN
3003       if [[ "${transin[$i]}" = unavailable ]]
3004       then
3005          if [[ "${extin[$i]}" = ""  ||  "${extin[$i]}" = " " ]]
3006          then
3007             printf "\n  +++ WARNING: input file \"${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}\" "
3008             printf "\n               is not available!"
3009          else
3010             printf "\n  +++ WARNING: input file \"${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}.${extin[$i]}\" "
3011             printf "\n               is not available!"
3012          fi
3013          continue
3014       fi
3015
3016          # PRUEFEN, OB EINZELDATEI ODER DATEI PRO PROZESSOR
3017       files_for_pes=false; datentyp=file
3018       if [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  -n $numprocs ]]
3019       then
3020          files_for_pes=true; datentyp=directory
3021          actionin[$i]=""
3022       elif [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  ! -n $numprocs ]]
3023       then
3024          actionin[$i]=""
3025       elif [[ "${actionin[$i]}" = arpe  &&  -n $numprocs ]]
3026       then
3027          files_for_pes=true; datentyp=directory
3028          actionin[$i]="ar"
3029       elif [[ "${actionin[$i]}" = arpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3030       then
3031          actionin[$i]="ar"
3032       elif [[ "${actionin[$i]}" = flpe  &&  -n $numprocs ]]
3033       then
3034          files_for_pes=true; datentyp=directory
3035          actionin[$i]="fl"
3036       elif [[ "${actionin[$i]}" = flpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3037       then
3038          actionin[$i]="fl"
3039       fi
3040
3041       if [[ $files_for_pes = true ]]
3042       then
3043          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}/....  to  ${localin[$i]}"
3044       else
3045          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}  to  ${localin[$i]}"
3046       fi
3047
3048          # INPUT-DATEI FUER EINEN FORTSETZUNGSLAUF. ES WIRD GEPRUEFT,
3049          # OB DIESE DATEI NOCH AUF DEM TEMPORAEREN DATENKATALOG VORHANDEN
3050          # IST. FALLS NICHT, WIRD VERSUCHT, SIE ANSCHLIESSEND VOM ARCHIV-
3051          # SERVER ZU HOLEN
3052       if [[ "${actionin[$i]}" = fl ]]
3053       then
3054          printf "\n      $datentyp will be fetched from temporary directory \"${tmp_data_catalog}\" !"
3055          if [[ $files_for_pes = false ]]
3056          then
3057             if [[ -f "$tmp_data_catalog/${frelin[$i]}" ]]
3058             then
3059                ln  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
3060                got_tmp[$i]=true
3061             elif [[ -f "$WORK/${frelin[$i]}"  &&  $ignore_archive_error = true ]]
3062             then
3063                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" !"
3064                printf "\n  *** trying to use backup copy in \"$WORK\" "
3065                cp  $WORK/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
3066             else
3067                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" "
3068                printf "\n      or \"$tmp_data_catalog\" does not exist!"
3069                printf "\n  *** trying to get copy from archive"
3070                actionin[$i]=ar
3071             fi
3072          else
3073             if [[ -d "$tmp_data_catalog/${frelin[$i]}" ]]
3074             then
3075                mkdir  ${localin[$i]}
3076                cd $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
3077                for file in $(ls *)
3078                do
3079                   ln $file $TEMPDIR/${localin[$i]}
3080                done
3081                cd $TEMPDIR
3082                got_tmp[$i]=true
3083             elif [[ -d "$WORK/${frelin[$i]}"  &&  $ignore_archive_error = true ]]
3084             then
3085                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" !"
3086                printf "\n  *** trying to use backup copy in \"$WORK\" "
3087                cp -r  $WORK/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
3088             else
3089                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" "
3090                printf "\n      or \"$tmp_data_catalog\" does not exist!"
3091                printf "\n  *** trying to get copy from archive"
3092                actionin[$i]=ar
3093             fi
3094          fi
3095       fi
3096
3097
3098          # DATEI LIEGT AUF ARCHIV-SERVER
3099       if [[ "${actionin[$i]}" = ar ]]
3100       then
3101
3102          if [[ $files_for_pes = false ]]
3103          then
3104             printf "\n      file will be restored from archive-system ($archive_system)!"
3105          else
3106             printf "\n      directory will be restored from archive-system ($archive_system)!"
3107          fi
3108
3109          file_restored=false
3110
3111          if [[ $archive_system = asterix ]]
3112          then
3113             do_stagein=true
3114             (( stagein_anz = 0 ))
3115             while [[ $do_stagein = true ]]
3116             do
3117                if [[ $files_for_pes = false ]]
3118                then
3119                   stagein  -O  ${frelin[$i]}  >  STAGEIN_OUTPUT
3120                else
3121                   stagein  -t  -O  ${frelin[$i]}  >  STAGEIN_OUTPUT
3122                fi
3123                cat  STAGEIN_OUTPUT
3124                if [[ $(grep -c "st.msg:i24"  STAGEIN_OUTPUT) != 0 ]]
3125                then
3126                   file_restored=true
3127                   do_stagein=false
3128                else
3129                   (( stagein_anz = stagein_anz + 1 ))
3130                   if (( stagein_anz == 10 ))
3131                   then
3132                      printf "\n  +++ stagein stoped after 10 tries"
3133                      locat=stage
3134                      exit
3135                   fi
3136                   printf "\n  +++ restoring from archive failed, trying again:"
3137                   sleep 900
3138                fi
3139             done
3140          elif [[ $archive_system = DMF ]]
3141          then
3142             if [[ $files_for_pes = false ]]
3143             then
3144                printf "\n  +++ restoring of single files impossible with $archive_system !\n"
3145                locat=DMF
3146                exit
3147             else
3148                find  $ARCHIVE/${frelin[$i]}  -type m  -print  |  dmget
3149                cp  -r $ARCHIVE/${frelin[$i]}  $PWD
3150                file_restored=true
3151             fi
3152          elif [[ $archive_system = tivoli ]]
3153          then
3154             if [[ $files_for_pes = false ]]
3155             then
3156                if [[ $localhost = lcsgih ]]
3157                then
3158                   ssh  $usern@hicedata.hlrn.de  "cp  $PERM/${frelin[$i]}  $PWD"
3159                else
3160                   ssh  $usern@bicedata.hlrn.de  "cp  $PERM/${frelin[$i]}  $PWD"
3161                fi
3162             else
3163                (( inode = 0 ))
3164                while (( inode < nodes ))
3165                do
3166                   if [[ $localhost = lcsgih ]]
3167                   then
3168                      ssh  $usern@hicedata.hlrn.de  "cd $PWD; tar  xf  $PERM/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar"
3169                   else
3170                      ssh  $usern@bicedata.hlrn.de  "cd $PWD; tar  xf  $PERM/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar"
3171                   fi
3172                   (( inode = inode + 1 ))
3173                done
3174             fi
3175             file_restored=true
3176          elif [[ $archive_system = ut ]]
3177          then
3178             if [[ $files_for_pes = false ]]
3179             then
3180                cp  $UT/${frelin[$i]}  .
3181             else
3182                (( inode = 0 ))
3183                while (( inode < nodes ))
3184                do
3185                   tar  xf  $UT/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar
3186                   (( inode = inode + 1 ))
3187                done
3188             fi
3189             file_restored=true
3190          else
3191             printf "\n  +++ archive_system=\"$archive_system\"   restore impossible!"
3192             locat=rearchive
3193             exit
3194          fi
3195
3196          if [[ $file_restored = true ]]
3197          then
3198
3199                # DATEI AUCH AUF TEMPORAERES DATENVERZEICHNIS LEGEN, DAMIT
3200                # SIE BEI WEITEREN ZUGRIFFEN NOCH VORHANDEN IST
3201             [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog; chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
3202             if [[ $files_for_pes = false ]]
3203             then
3204                ln  -f  ${frelin[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
3205             else
3206                mkdir  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
3207                ln  -f  ${frelin[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
3208             fi
3209             got_tmp[$i]=true
3210
3211                # DATEI UNTER LOKALEM NAMEN ZUR VERFUEGUNG STELLEN
3212             mv  ${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
3213
3214          fi
3215       fi
3216
3217
3218          # DATEI LIEGT IM VOM BENUTZER ANGEGEBENEN VERZEICHNIS
3219       if [[ "${actionin[$i]}" = ""  ||  "${actionin[$i]}" = "di"  ||  "${actionin[$i]}" = "npe" ]]
3220       then
3221
3222          if [[ "${actionin[$i]}" = "npe"  &&  -n $numprocs ]]
3223          then
3224
3225                # DATEI WIRD FUER DIE PROZESSOREN EINES PARALLERECHNERS BEREITGESTELLT
3226             printf "\n      file will be provided for $numprocs processors"
3227             mkdir  ${localin[$i]}
3228             ival=$numprocs
3229             (( ii = 0 ))
3230             while (( ii <= ival-1 ))
3231             do
3232                if (( ii < 10 ))
3233                then
3234                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_000$ii
3235                elif (( ii < 100 ))
3236                then
3237                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_00$ii
3238                elif (( ii < 1000 ))
3239                then
3240                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_0$ii
3241                else
3242                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_$ii
3243                fi
3244                (( ii = ii + 1 ))
3245             done
3246
3247          else
3248
3249             if [[ $files_for_pes = true ]]
3250             then
3251
3252                   # DIE DEN PROZESSOREN EINES PARALLELRECHNERS ZUGEHOERIGEN
3253                   # DATEIEN WERDEN BEREITGESTELLT, INDEM ZUERST DER GESAMTE
3254                   # KATALOGINHALT KOPIERT UND DANN DIE EINZELNEN DATEIEN
3255                   # PER MOVE UMBENANNT WERDEN
3256                printf "\n      providing $numprocs files for the respective processors"
3257                mkdir  ${localin[$i]}
3258                if [[ $link_local_input = true ]]
3259                    then
3260                    printf "      using ln -f\n"
3261                    cd ${absnamein[$i]}
3262                    for file in $(ls *)
3263                      do
3264                      ln -f $file  ${localin[$i]}
3265                    done
3266                    cd $TEMPDIR
3267                fi
3268                # If "ln -f" fails of if "$link_local_input = false" do a normal "cp -r"
3269                if [[ ! -f "${localin[$i]}/_0000" ]]
3270                    then
3271                    if [[ $link_local_input = true ]]
3272                        then
3273                        printf "      ln failed for .../_0000, using cp...\n"
3274                    fi
3275                    cp -r  ${absnamein[$i]}/*  ${localin[$i]}
3276                fi
3277
3278             else
3279                   # BEREITSTELLUNG AUF EINPROZESSORRECHNERN
3280                if [[ $link_local_input = true ]]
3281                then
3282                    printf "      using ln -f\n"
3283                    ln -f  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
3284                fi
3285                # If "ln -f" fails of if "$link_local_input = false" do a normal "cp"
3286                if [[ ! -f "${localin[$i]}" ]]
3287                then
3288                    if [[ $link_local_input = true ]]
3289                    then
3290                        printf "      ln failed, using cp...\n"
3291                    fi
3292                    cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
3293                fi
3294             fi
3295          fi
3296       fi
3297
3298    done
3299    if (( i != 0 ))
3300    then
3301       printf "\n$striche\n  *** all INPUT-files provided \n"
3302    fi
3303
3304
3305       # EVENTUELLE INPUT-KOMMANDOS ABARBEITEN
3306    (( i = 0 ))
3307    while (( i < iic ))
3308    do
3309       (( i = i + 1 ))
3310       if (( i == 1 ))
3311       then
3312          printf "\n\n  *** execution of INPUT-commands:\n$striche"
3313       fi
3314       printf "\n  >>> ${in_command[$i]}"
3315       eval  ${in_command[$i]}
3316       if (( i == iic ))
3317       then
3318          printf "\n$striche\n"
3319       fi
3320    done
3321
3322
3323       # VERBLEIBENDE CPU-ZEIT BERECHNEN
3324    cpurest=${cpumax}.
3325
3326
3327       # START DVR STREAMING SERVER
3328    if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
3329    then
3330       if [[ "$dvr_server" != "" ]]
3331       then
3332
3333          printf "\n\n  *** preparing the dvr streaming server configuration file"
3334
3335             # Check, if a dvr server is already running
3336          running_dvrserver_id=`echo $(ps -edaf | grep .dvrserver.config | grep -v grep) | cut -d" " -f2`
3337          if [[ "$running_dvrserver_id" != "" ]]
3338          then
3339
3340             printf "\n\n  +++ WARNING: A dvr server with id=$running_dvrserver_id is already running!"
3341             printf "\n      This server is used instead starting a new one!"
3342             printf "\n      If required, script \"process_dvr_output\" has to be run manually."
3343
3344          else
3345
3346                # COPY CONFIGURATION FILE FOR STREAMING SERVER FROM REPOSITORY TO HERE
3347             if [[ -f ${PALM_BIN}/.dvrserver.config ]]
3348             then
3349                cp  ${PALM_BIN}/.dvrserver.config  .
3350
3351                   # Entering the BASEDIR, UID and GID into this file
3352                user_id=`id -u`
3353                group_id=`id -g`
3354                   # & is needed as seperator, because TEMPDIR contains /
3355                sed "s&<replace by dvr data directory>&${TEMPDIR}&g" .dvrserver.config > .dvrserver.1
3356                sed "s/<replace by user id>/$user_id/g"    .dvrserver.1 > .dvrserver.2
3357                sed "s/<replace by group id>/$group_id/g"  .dvrserver.2 > .dvrserver.3
3358                mv  .dvrserver.3  .dvrserver.config
3359                rm  .dvrserver.1  .dvrserver.2
3360
3361                   # Start dvr server in background, get his id and print on terminal
3362                $dvr_server  .dvrserver.config  >>  DVR_LOGFILE  2>&1  &
3363                dvrserver_id=`echo $(ps -edaf | grep .dvrserver.config) | cut -d" " -f2`
3364                printf "\n  *** streaming server with id=$dvrserver_id is started in background"
3365                local_dvrserver_running=.TRUE.
3366             else
3367                printf "\n  +++ missing file \".dvrserver.config\" in directory:"
3368                printf "\n      \"$PALM_BIN\" "
3369                locat=dvr
3370                exit
3371             fi
3372
3373          fi
3374
3375       else
3376          printf "\n\n  --- INFORMATIVE: no dvr streaming server will be started"
3377       fi
3378    fi
3379
3380
3381       # NAMELIST-DATEI MIT WERTEN VON ENVIRONMENT-VARIABLEN ERZEUGEN (ZU
3382       # LESEN VON PALM)
3383    cat  >  ENVPAR  <<  %%END%%
3384 &envpar  run_identifier = '$fname', host = '$localhost',
3385          write_binary = '$write_binary', tasks_per_node = $tasks_per_node,
3386          maximum_parallel_io_streams = $maximum_parallel_io_streams,
3387          maximum_cpu_time_allowed = ${cpumax}.,
3388          revision = '$global_revision',
3389          local_dvrserver_running = $local_dvrserver_running /
3390
3391%%END%%
3392
3393
3394       # PROGRAMMSTART
3395    printf "\n\n  *** execution starts in directory\n      \"`pwd`\"\n$striche\n"
3396    PATH=$PATH:$TEMPDIR
3397
3398       # MPI debug option (argument checking, slows down execution due to increased latency)
3399    if [[ "$mpi_debug" = true ]]
3400    then
3401       export MPI_CHECK_ARGS=1
3402       printf "\n  +++ MPI_CHECK_ARGS=$MPI_CHECK_ARGS"
3403    fi
3404
3405    if [[ "$totalview" = true ]]
3406    then
3407       printf "\n *** totalview debugger will be used"
3408       tv_opt="-tv"
3409    else
3410       tv_opt=""
3411    fi
3412
3413    if [[ "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ]]
3414    then
3415       if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
3416       then
3417          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-5) != lcsgi ]]
3418          then
3419             printf "\n  +++ debug is allowed in interactive mode only"
3420             locat=debug
3421             exit
3422          fi
3423       fi
3424       if [[ $localhost = decalpha ]]
3425       then
3426          dxladebug  a.out
3427       elif [[ $localhost = ibmh ]]
3428       then
3429
3430             # SETUP THE IBM MPI ENVIRONMENT
3431          export MP_SHARED_MEMORY=yes
3432          export AIXTHREADS_SCOPE=S
3433          export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3434          export AUTHSTATE=files
3435          export XLFRTEOPTS="nlwidth=132:err_recovery=no"    # RECORD-LENGTH OF NAMELIST-OUTPUT
3436
3437             # FOLLOWING OPTIONS ARE MANDATORY FOR TOTALVIEW
3438          export MP_ADAPTER_USE=shared
3439          export MP_CPU_USE=multiple
3440          export MP_TIMEOUT=1200
3441
3442          unset  MP_TASK_AFFINITY
3443
3444             # SO FAR, TOTALVIEW NEEDS HOSTFILE MECHANISM FOR EXECUTION
3445          #(( ii = 1 ))
3446          #while (( ii <= $numprocs ))
3447          #do
3448          #   echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3449          #   (( ii = ii + 1 ))
3450          #done
3451          #export MP_HOSTFILE=hostfile
3452
3453          if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
3454          then
3455             totalview   poe  a.out  $ROPTS
3456          else
3457             echo totalview   poe  -a a.out  -procs $numprocs  -rmpool 0  -nodes 1   $ROPTS
3458             export TVDSVRLAUNCHCMD=ssh
3459             totalview   poe  -a a.out  -procs $numprocs  -rmpool 0  -nodes 1   $ROPTS
3460          fi
3461       elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-5) = lcsgi ]]
3462       then
3463             # CURRENTLY NO DEBUGGER ON LCSGI
3464          if [[ $run_coupled_model = true ]]
3465          then
3466             printf "\n  +++ no debug in coupled mode available on \"$localhost\" "
3467             locat=debug
3468             exit
3469          else
3470             echo "no_coupling"  >  runfile_atmos
3471          fi
3472          (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3473          export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3474          echo "OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"
3475          if [[ $threads_per_task != 1 ]]
3476          then
3477             printf "\n      threads per task: $threads_per_task"
3478          fi
3479          printf "\n\n"
3480          if [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mpt ]]
3481          then
3482#             export MPI_LAUNCH_TIMEOUT=360
3483             if [[ "$totalview" = true ]]
3484             then
3485                printf "\n     running totalview debugger"
3486                mpiexec_mpt $tv_opt -n $ii   ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3487             else
3488                mpiexec_mpt -np $ii   ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3489             fi
3490          elif [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mva ]]
3491          then
3492#             ulimit -s 300000   # A too large stack size causes problems
3493#             export MV2_NUM_PORTS=2
3494#             export MV2_CPU_MAPPING=0:1:2:3
3495             if [[ "$totalview" = true ]]
3496             then
3497                printf "\n     running totalview debugger"
3498                mpiexec $tv_opt ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3499             else
3500                mpiexec    ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3501             fi
3502          fi
3503       else
3504          printf "\n  +++ no debug available on \"$localhost\" "
3505          printf "\n      or not implemented in mrun so far"
3506          locat=debug
3507          exit
3508       fi
3509
3510       # end debug mode
3511    else
3512
3513          # normal execution
3514       if [[ -n $numprocs ]]
3515       then
3516             # RUNNING THE PROGRAM ON PARALLEL MACHINES
3517          if [[ $(echo $host | cut -c1-3) = ibm ]]
3518          then
3519                # SETUP THE IBM MPI ENVIRONMENT
3520             if [[ $host != ibmh  &&  $host != ibmkisti ]]
3521             then
3522                export MP_SHARED_MEMORY=yes
3523                export AIXTHREAD_SCOPE=S
3524                export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3525                export XLSMPOPTS="spins=0:yields=0:stack=20000000"
3526                export AUTHSTATE=files
3527                export XLFRTEOPTS="nlwidth=132:err_recovery=no"    # RECORD-LENGTH OF NAMELIST-OUTPUT
3528                #  export MP_PRINTENV=yes
3529
3530                   # TUNING-VARIABLEN ZUR VERBESSERUNG DER KOMMUNIKATION
3531                   # ZEIGEN ABER DERZEIT (SEP 04, FEDERATION) KAUM WIRKUNG
3532                export MP_WAIT_MODE=poll
3533                [[ $node_usage = not_shared ]]  &&  export MP_SINGLE_THREAD=yes
3534             fi
3535
3536             if [[ $host = ibmkisti ]]
3537             then
3538                export LANG=en_US
3539                export MP_SHARED_MEMORY=yes
3540                if [[ $threads_per_task = 1 ]]
3541                then
3542                   export MP_SINGLE_THREAD=yes
3543                   export MEMORY_AFFINITY=MCM
3544                else
3545                   export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3546                fi
3547             fi
3548
3549             if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
3550             then
3551                printf "\n--- Control: OMP_NUM_THREADS = \"$OMP_NUM_THREADS\" \n"
3552                if [[ "$cond1" = hpmcount  ||  "$cond2" = hpmcount ]]
3553                then
3554                   /opt/optibm/HPM_2_4_1/bin/hpmcount  a.out  $ROPTS
3555                else
3556                   if [[ $run_coupled_model = false ]]
3557                   then
3558                      if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3559                      then
3560                         echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3561                      else
3562                         echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3563                      fi
3564                   else
3565                      (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3566                      (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3567                      printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3568                      printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3569                      printf "\n\n"
3570                      echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3571                   fi
3572                   poe ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos
3573                fi
3574             else
3575                if [[ $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibms ]]
3576                then
3577                   poe  a.out  -procs $numprocs  -nodes 1  -rmpool 0  $ROPTS
3578                elif [[ $localhost = ibmkisti  ||  $localhost = ibmku  ||  $localhost = ibmy ]]
3579                then
3580                   if [[ -f $hostfile ]]
3581                   then
3582                      cp  $hostfile  hostfile
3583                   else
3584                      (( ii = 1 ))
3585                      while (( ii <= $numprocs ))
3586                      do
3587                         echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3588                         (( ii = ii + 1 ))
3589                      done
3590                   fi
3591                   export MP_HOSTFILE=hostfile
3592                   if [[ $run_coupled_model = false ]]
3593                   then
3594                      if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3595                      then
3596                         echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3597                      else
3598                         echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3599                      fi
3600                   else
3601                      (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3602                      (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3603                      printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3604                      printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3605                      printf "\n\n"
3606                      echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3607                   fi
3608                   if [[ $localhost = ibmy ]]
3609                   then
3610                      ./a.out  -procs $tasks_per_node  $ROPTS  <  runfile_atmos
3611                   else
3612                      poe  ./a.out  -procs $numprocs $ROPTS  <  runfile_atmos
3613                   fi
3614
3615                else
3616                   if [[ "$host_file" = "" ]]
3617                   then
3618                      printf "\n  +++ no hostfile given in configuration file"
3619                      locat=config_file
3620                      exit
3621                   else
3622                      eval host_file=$host_file
3623                   fi
3624                   export MP_HOSTFILE=$host_file
3625                   poe  a.out  -procs $numprocs  -tasks_per_node $numprocs  $ROPTS
3626                fi
3627             fi
3628          elif [[ $host = nech  ||  $host = necriam ]]
3629          then
3630             (( ii = nodes ))
3631             if [[ $ii = 1 ]]
3632             then
3633                export F_ERRCNT=0        # acceptable number of errors before program is stopped
3634                export MPIPROGINF=YES
3635                #  export F_TRACE=YES|FMT1|FMT2  # output of ftrace informations to job protocol
3636                echo "*** execution on single node with mpirun"
3637                mpirun  -np $numprocs  ./a.out  $ROPTS
3638             else
3639                (( i = 0 ))
3640                while (( i < ii ))
3641                do
3642                   echo "-h $i  -p $tasks_per_node  -e ./mpi_exec_shell"  >>  multinode_config
3643                   (( i = i + 1 ))
3644                done
3645
3646                echo "#!/bin/sh"                         >   mpi_exec_shell
3647                echo " "                                 >>  mpi_exec_shell
3648                echo "set -u"                            >>  mpi_exec_shell
3649                echo "F_ERRCNT=0"                        >>  mpi_exec_shell
3650                echo "MPIPROGINV=YES"                    >>  mpi_exec_shell
3651                echo "OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task" >>  mpi_exec_shell
3652                echo "cpurest=$cpurest"                  >>  mpi_exec_shell
3653                echo "fname=$fname"                      >>  mpi_exec_shell
3654                echo "localhost=$localhost"              >>  mpi_exec_shell
3655                echo "return_addres=$return_addres"      >>  mpi_exec_shell
3656                echo "return_username=$return_username"  >>  mpi_exec_shell
3657                echo "tasks_per_node=$tasks_per_node"    >>  mpi_exec_shell
3658                echo "write_binary=$write_binary"        >>  mpi_exec_shell
3659                echo "use_seperate_pe_for_dvrp_output=$use_seperate_pe_for_dvrp_output"  >>  mpi_exec_shell
3660                echo "  "                                >>  mpi_exec_shell
3661                echo "export F_ERRCNT"                   >>  mpi_exec_shell
3662                echo "export MPIPROGINV"                 >>  mpi_exec_shell
3663                echo "export OMP_NUM_THREADS"            >>  mpi_exec_shell
3664                echo "export cpurest"                    >>  mpi_exec_shell
3665                echo "export fname"                      >>  mpi_exec_shell
3666                echo "export localhost"                  >>  mpi_exec_shell
3667                echo "export return_addres"              >>  mpi_exec_shell
3668                echo "export return_username"            >>  mpi_exec_shell
3669                echo "export tasks_per_node"             >>  mpi_exec_shell
3670                echo "export write_binary"               >>  mpi_exec_shell
3671                echo "export use_seperate_pe_for_dvrp_output"  >>  mpi_exec_shell
3672                echo " "                                 >>  mpi_exec_shell
3673                echo "exec  ./a.out"                     >>  mpi_exec_shell
3674
3675                chmod u+x  mpi_exec_shell
3676                export MPIPROGINF=YES
3677                mpirun  -f multinode_config  &
3678                wait
3679
3680             fi
3681          elif [[ $(echo $host | cut -c1-2) = lc  &&  $host != lckyoto &&  $host != lctit ]]
3682          then
3683
3684                # COPY HOSTFILE FROM SOURCE DIRECTORY OR CREATE IT, IF IT
3685                # DOES NOT EXIST
3686             if [[ $host != lcsgih  &&  $host != lcsgib ]]
3687             then
3688                if [[ -f $hostfile ]]
3689                then
3690                   cp  $hostfile  hostfile
3691                   (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3692                else
3693                   (( ii = 1 ))
3694                   while (( ii <= $numprocs / $threads_per_task ))
3695                   do
3696                      echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3697                      (( ii = ii + 1 ))
3698                   done
3699                fi
3700                eval zeile=\"`head -n $ii  hostfile`\"
3701                printf "\n  *** running on: $zeile"
3702             fi
3703
3704             (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3705             export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3706             # echo "*** OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"
3707             if [[ $threads_per_task != 1 ]]
3708             then
3709                   # increase stack size to unlimited, because large runs
3710                   # may abort otherwise
3711                ulimit -Ss unlimited
3712                printf "\n      threads per task: $threads_per_task  stacksize: unlimited"
3713             fi
3714             if [[ $run_coupled_model = false ]]
3715             then
3716                if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3717                then
3718                   echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3719                else
3720                   echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3721                fi
3722                printf "\n\n"
3723                if [[ $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib ]]
3724                then
3725                   if [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mpt ]]
3726                   then
3727                          # MPI_DSM_DISTRIBUTE not necessary when MPI_DSM_CPULIST is set
3728                          # export MPI_DSM_DISTRIBUTE=1
3729                          # MPI_DSM_CPULIST: pin MPI processes to cores
3730                      if [[ $use_openmp = false ]]
3731                      then
3732                         if [[ "$sgi_feature" = ice2 ]]
3733                         then
3734                            export MPI_DSM_CPULIST="0,4,1,5,2,6,3,7:allhosts"
3735                         else
3736                            export MPI_DSM_CPULIST="0,1,4,5,2,3,6,7:allhosts"
3737                         fi
3738                      else
3739                         unset MPI_DSM_CPULIST
3740                      fi
3741                          # MPI_IB_RAILS: use both IB rails on ICE2
3742                      export MPI_BUFS_PER_HOST=512
3743                      export MPI_IB_RAILS=2
3744                          # NECESSARY, IF MORE THAN 4096 PEs ARE USED
3745                      export MPI_CONNECTIONS_THRESHOLD=8192
3746                  #    echo "*** MPI_DSM_CPULIST=$MPI_DSM_CPULIST"
3747                      export MPI_TYPE_DEPTH=20
3748                  #    echo "*** MPI_TYPE_DEPTH=$MPI_TYPE_DEPTH"
3749                      export MPI_GROUP_MAX=64
3750                  #    echo "*** MPI_GROUP_MAX=$MPI_GROUP_MAX"
3751                      if [[ $use_openmp = true ]]
3752                      then
3753                         echo " mpiexec -npernode $tasks_per_node  ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos"
3754                         mpiexec -npernode $tasks_per_node $tv_opt ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos
3755                      else
3756                         mpiexec_mpt -np $ii $tv_opt  ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3757                      fi
3758
3759                          # next is test for openmp usage
3760                  #     echo "mpiexec -npernode $tasks_per_node  ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos"
3761                  #     mpiexec -npernode $tasks_per_node  ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3762                   elif [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mva ]]
3763                   then
3764                      export MV2_NUM_PORTS=2
3765                      #  The default setting of MV2_CPU_MAPPING gives best results
3766                      # export MV2_ENABLE_AFFINITY=1
3767                      #  export MV2_CPU_MAPPING=0,1,4,5,2,3,6,7
3768               #       if [[ "$sgi_feature" = ice2 ]]
3769               #       then
3770               #          export MV2_CPU_MAPPING=0,4,1,5,2,6,3,7
3771               #       else
3772               #          export MV2_CPU_MAPPING=0,1,4,5,2,3,6,7
3773               #       fi
3774                      if [[ $use_openmp = true ]]
3775                      then
3776                         unset MV2_CPU_MAPPING
3777                         export MV2_ENABLE_AFFINITY=0
3778                      fi
3779                      echo "*** MV2_CPU_MAPPING=$MV2_CPU_MAPPING"
3780                      echo "*** MV2_ENABLE_AFFINITY=$MV2_ENABLE_AFFINITY"
3781                      if [[ $use_openmp = true ]]
3782                      then
3783                         echo " mpiexec -npernode $tasks_per_node  ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos"
3784                         mpiexec -npernode $tasks_per_node $tv_opt ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos
3785                      else
3786                         mpiexec -np $ii $tv_opt ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3787                      fi
3788                   elif [[ "$mpilib" = impi ]]
3789                   then
3790                      echo "mpirun -np $tasks_per_node inspxe-cl -r result -collect mi3 -- ./a.out  <  runfile_atmos"
3791                      mpirun -np $tasks_per_node inspxe-cl -r result -collect mi3 -- ./a.out  <  runfile_atmos
3792                   fi
3793                elif [[ $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3794                then
3795                    aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3796                elif [[ $host = lcflow ]]
3797                then
3798                   mpiexec  -machinefile $TMPDIR/machines  -n $ii  -env I_MPI_FABRICS shm:ofa a.out  < runfile_atmos  $ROPTS
3799                elif [[ $host = lcsb ]]
3800                then
3801                   mpirun_rsh -hostfile $PBS_NODEFILE -np `cat $PBS_NODEFILE | wc -l` a.out  < runfile_atmos  $ROPTS
3802                else
3803                   mpiexec  -machinefile hostfile  -n $ii  a.out  < runfile_atmos  $ROPTS
3804                fi
3805             else
3806
3807                    # currently there is no full MPI-2 support on ICE and XT4
3808                (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3809                (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3810                printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3811                printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3812                printf "\n\n"
3813
3814                if [[ $coupled_mode = "mpi2" ]]
3815                then
3816                   echo "atmosphere_to_ocean $iia $iio"  >  runfile_atmos
3817                   echo "ocean_to_atmosphere $iia $iio"  >  runfile_ocean
3818                   if [[ $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib ]]
3819                   then
3820
3821                      if [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mpt ]]
3822                      then
3823#                         export MPI_LAUNCH_TIMEOUT=360
3824                         mpiexec_mpt -np $iia  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos &
3825                         mpiexec_mpt -np $iio  ./a.out  $ROPTS < runfile_ocean &
3826                      elif [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mva ]]
3827                      then
3828#                         ulimit -s 300000   # A too large stack size causes problems
3829#                         export MV2_NUM_PORTS=2
3830#                         export MV2_CPU_MAPPING=0:1:2:3
3831                         mpiexec -n $iia  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos &
3832                         mpiexec -n $iio  ./a.out  $ROPTS < runfile_ocean &
3833                      fi
3834
3835                   elif [[ $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3836                   then
3837
3838                      aprun  -n $iia  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_atmos  $ROPTS  &
3839                      aprun  -n $iio  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_ocean  $ROPTS  &
3840
3841                   else
3842                          # WORKAROUND BECAUSE mpiexec WITH -env option IS NOT AVAILABLE ON SOME SYSTEMS
3843                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iia  a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos &
3844                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iio  a.out  $ROPTS  <  runfile_ocean &
3845#                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iia  -env coupling_mode atmosphere_to_ocean  a.out  $ROPTS  &
3846#                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iio  -env coupling_mode ocean_to_atmosphere  a.out  $ROPTS  &
3847                   fi
3848                   wait
3849
3850                else
3851
3852                   echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3853                   if [[ $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib ]]
3854                   then
3855
3856                      if [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mpt ]]
3857                      then
3858#                         export MPI_LAUNCH_TIMEOUT=360
3859                         mpiexec_mpt -np $ii  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos
3860                      elif [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mva ]]
3861                      then
3862#                         ulimit -s 300000   # A too large stack size causes problems
3863#                         export MV2_NUM_PORTS=2
3864#                         export MV2_CPU_MAPPING=0:1:2:3
3865                         mpiexec  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos
3866                      fi
3867
3868                   elif [[ $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3869                   then
3870
3871                      aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_atmos  $ROPTS
3872
3873                   elif [[ $host = lck || $host = lckordi ]]
3874                   then
3875                         mpiexec -n $ii  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos &
3876                   fi
3877                   wait
3878                fi
3879
3880             fi
3881          elif [[ $host = decalpha ]]
3882          then
3883             dmpirun  -np $numprocs  a.out  $ROPTS
3884          elif [[ $host = lckyoto ]]
3885          then
3886             set -xv
3887             export P4_RSHCOMMAND=plesh
3888             echo "     P4_RSHCOMMAND = $P4_RSHCOMMAND"
3889             if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
3890             then
3891                if [[ "$cond2" = fujitsu ]]
3892                then
3893                   mpiexec  -n $numprocs  ./a.out  $ROPTS  # for fujitsu-compiler
3894                elif [[ "cond2" = pgi ]]
3895                then
3896                   mpirun  -np $numprocs  -machinefile ${QSUB_NODEINF}  ./a.out  $ROPTS
3897                else
3898                   mpirun_rsh -np $numprocs -hostfile ${QSUB_NODEINF} MV2_USE_SRQ=0 ./a.out ${ROPTS} || /bin/true
3899                fi
3900             else
3901                if [[ "$cond2" = "" ]]
3902                then
3903                   mpiruni_rsh -np $numprocs ./a.out  $ROPTS  # for intel
3904                else
3905                   mpirun  -np $numprocs  ./a.out  $ROPTS
3906                fi
3907             fi
3908             set +xv
3909          elif [[ $host = lctit ]]
3910          then
3911             export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3912             echo "OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"
3913             if [[ "$threads_per_task" != 1 ]]
3914             then
3915                export MV2_ENABLE_AFFINITY=0
3916             fi
3917             echo "----- PBS_NODEFILE content:"
3918             cat $PBS_NODEFILE
3919             echo "-----"
3920             (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3921             echo "mpirun  -np $ii  -hostfile $PBS_NODEFILE ./a.out  $ROPTS"
3922             mpirun  -np $ii  -hostfile $PBS_NODEFILE ./a.out  $ROPTS
3923          else
3924             mpprun  -n $numprocs  a.out  $ROPTS
3925          fi
3926          [[ $? != 0 ]]  &&  execution_error=true
3927
3928
3929             # PERFORMANCE-AUSWERTUNG MIT APPRENTICE
3930          if [[ "$cond1" = apprentice  ||  "$cond2" = apprentice ]]
3931          then
3932             apprentice
3933          fi
3934       else
3935          a.out  $ROPTS
3936       fi
3937    fi
3938    if [[ $? != 0  ||  $execution_error = true ]]
3939    then
3940
3941          # ABBRUCH BEI LAUFZEITFEHLER
3942#       [[ ! ( "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ) ]]  &&  cat  aout_output*
3943       printf "\n  +++ runtime error occured"
3944       locat=execution
3945       exit
3946    else
3947#       [[ ! ( "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ) ]]  &&  cat  aout_output*
3948       printf "\n$striche\n  *** execution finished \n"
3949
3950          # Stop the dvr streaming server and process the dvr output in order
3951          # to create dvrs- and html-files containing all streams
3952       if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
3953       then
3954          kill $dvrserver_id
3955          printf "\n  *** dvr server with id=$dvrserver_id has been stopped"
3956
3957             # If there is a directory, data have been output by the
3958             # streaming server. Otherwise, user has chosen dvrp_output=local
3959          if [[ -d DATA_DVR ]]
3960          then
3961
3962                # Add the current dvr configuration file to the dvr output
3963                # directory
3964             cp  .dvrserver.config  DATA_DVR
3965
3966                # Process the dvr output (option -s for also generating
3967                # sequence mode data)
3968             process_dvr_output  -d DATA_DVR  -f $fname  -s
3969
3970          else
3971
3972                # Process the local output
3973             process_dvr_output  -l  -d DATA_DVR  -f $fname
3974
3975          fi
3976
3977       elif [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
3978       then
3979
3980             # Process dvr output generated in local mode (dvrp_output=local)
3981          process_dvr_output  -l  -d DATA_DVR  -f $fname
3982
3983       fi
3984    fi
3985
3986
3987
3988       # Call of combine_plot_fields in order to merge single files written
3989       # by each PE into one file.
3990   if [[ ! -f ${PALM_BIN}/combine_plot_fields${block}.x ]]
3991   then
3992      printf "\n\n\n  +++ WARNING: no combine_plot_fields found for given block \"$cond1 $cond2\""
3993      printf "\n      2d- and/or 3d-data may be incomplete!"
3994      printf "\n      Run \"mbuild -u -h $localhost\" to generate utilities for this block.\n"
3995   elif [[ "$combine_plot_fields" == true ]]
3996   then
3997      printf "\n\n\n *** post-processing: now executing \"combine_plot_fields${block}.x\" ..."
3998      combine_plot_fields${block}.x
3999   else
4000#     Temporary solution to skip combine_plot_fields. This is necessary in case of huge amount of
4001#     data output. To do: extend this branch by creating a batch job for combine_plot_fields.
4002      printf "\n\n\n *** post-processing: skipping combine_plot_fields (-Z option set) ..."
4003   fi
4004
4005
4006
4007       # EVENTUELLE OUTPUT-KOMMANDOS ABARBEITEN
4008    (( i = 0 ))
4009    while (( i < ioc ))
4010    do
4011       (( i = i + 1 ))
4012       if (( i == 1 ))
4013       then
4014          printf "\n\n  *** execution of OUTPUT-commands:\n$striche"
4015       fi
4016       printf "\n  >>> ${out_command[$i]}"
4017       eval  ${out_command[$i]}
4018       if (( i == ioc ))
4019       then
4020          printf "\n$striche\n"
4021       fi
4022    done
4023
4024
4025       # EVTL. INHALT DES AKTUELLEN VERZEICHNISSES AUSGEBEN
4026    if [[ $do_trace = true ]]
4027    then
4028       printf "\n\n"
4029       ls -al
4030    fi
4031
4032
4033
4034       # OUTPUT-DATEIEN AN IHRE ZIELORTE KOPIEREN
4035    (( i = 0 ))
4036    while (( i < iout ))
4037    do
4038       (( i = i + 1 ))
4039       if (( i == 1 ))
4040       then
4041          printf "\n\n  *** saving OUTPUT-files:\n$striche"
4042       fi
4043
4044          # PRUEFEN, OB EINZELDATEI ODER DATEI PRO PROZESSOR
4045       files_for_pes=false; filetyp=file
4046       if [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  -n $numprocs ]]
4047       then
4048          files_for_pes=true; filetyp=directory
4049          actionout[$i]=""
4050       elif [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  ! -n $numprocs ]]
4051       then
4052          actionout[$i]=""
4053       elif [[ "${actionout[$i]}" = arpe  &&  -n $numprocs ]]
4054       then
4055          files_for_pes=true; filetyp=directory
4056          actionout[$i]="ar"
4057       elif [[ "${actionout[$i]}" = arpe  &&  ! -n $numprocs ]]
4058       then
4059          actionout[$i]="ar"
4060       elif [[ "${actionout[$i]}" = flpe  &&  -n $numprocs ]]
4061       then
4062          files_for_pes=true; filetyp=directory
4063          actionout[$i]="fl"
4064       elif [[ "${actionout[$i]}" = flpe  &&  ! -n $numprocs ]]
4065       then
4066          actionout[$i]="fl"
4067       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  -n $numprocs ]]
4068       then
4069          files_for_pes=true; filetyp=directory
4070          actionout[$i]="tr"
4071       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  ! -n $numprocs ]]
4072       then
4073          actionout[$i]="tr"
4074       fi
4075
4076       if [[ ! -f ${localout[$i]}  &&  $files_for_pes = false ]]
4077       then
4078          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}  does not exist\n"
4079       elif [[ ! -d ${localout[$i]}  &&  $files_for_pes = true ]]
4080       then
4081          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}/....  does not exist\n"
4082       else
4083
4084
4085             # KOPIEREN PER FTP/SCP (IMMER IM BINAERMODUS, -M: FALLS ZIELKATALOG
4086             # NICHT VORHANDEN, WIRD VERSUCHT, IHN ANZULEGEN), ABER NUR BEI
4087             # REMOTE-RECHNUNGEN
4088          if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
4089          then
4090             if [[ $localhost != $fromhost ]]
4091             then
4092                if [[ $files_for_pes = false ]]
4093                then
4094                   cps=""
4095                   cst=""
4096                else
4097                   cps=-c
4098                   cst="/"
4099                fi
4100                if [[ $localhost = nech ]]
4101                then
4102
4103                      # TRANSFER IN EIGENSTAENDIGEM JOB
4104                      # ZUERST KOPIE DER DATEI INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
4105                   [[ ! -d $tmp_data_catalog/TRANSFER ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog/TRANSFER
4106                   file_to_transfer=${fname}_${localout[$i]}_to_transfer_$kennung
4107                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4108                   then
4109                      ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
4110                   else
4111                      mkdir  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
4112                      ln  ${localout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
4113                   fi
4114
4115                   echo "set -x"                                    >    transfer_${localout[$i]}
4116                   echo "cd  $tmp_data_catalog/TRANSFER"            >>   transfer_${localout[$i]}
4117
4118                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}$cst  by SCP in seperate job to"
4119                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}$cst"
4120                   printf "\n              or higher cycle\n"
4121                   echo "batch_scp $cps -b -m -u $return_username $return_addres  $file_to_transfer \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"  >>  transfer_${localout[$i]}
4122
4123                   echo "[[ \$? = 0 ]]  &&  rm  $file_to_transfer"  >>  transfer_${localout[$i]}
4124
4125                   if [[ $localhost = nech ]]
4126                   then
4127                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 900  transfer_${localout[$i]}
4128                   else
4129                      if [[ "$LOGNAME" = b323013 ]]
4130                      then
4131                         subjob  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  transfer_${localout[$i]}
4132                      else
4133                         subjob  -d  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  transfer_${localout[$i]}
4134                      fi
4135                   fi
4136
4137                else
4138
4139                      # TRANSFER INNERHALB DIESES JOBS
4140                   transfer_failed=false
4141                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}$cst  by SCP to"
4142                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}$cst\n"
4143                   batch_scp $cps -b -m -u $return_username $return_addres  ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
4144                   [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
4145
4146                      # BEI FEHLGESCHLAGENEM TRANSFER SICHERUNGSKOPIE AUF
4147                      # LOKALER MASCHINE ANLEGEN
4148                   if [[ $transfer_failed = true ]]
4149                   then
4150                      printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on the local host under:\n"
4151                      printf "      ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung\n"
4152
4153                         # ERSTMAL PRUEFEN, OB VERZEICHNIS EXISTIERT. GEGEBENENFALLS
4154                         # ANLEGEN.
4155                      eval  local_catalog=${pathout[$i]}
4156                      if [[ ! -d $local_catalog ]]
4157                      then
4158                         printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
4159                         printf "      $local_catalog \n"
4160                         mkdir -p  $local_catalog
4161                      fi
4162                      eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung
4163                      transfer_problems=true
4164                   fi
4165                fi
4166             else
4167
4168                   # WERTZUWEISUNG, SO DASS WEITER UNTEN NUR KOPIERT WIRD
4169                actionout[$i]=""
4170             fi
4171          fi
4172
4173
4174             # APPEND PER FTP/SCP (IMMER IM BINAERMODUS, -M: FALLS ZIELKATALOG
4175             # NICHT VORHANDEN, WIRD VERSUCHT, IHN ANZULEGEN), ABER NUR BEI
4176             # REMOTE-RECHNUNGEN
4177          if [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
4178          then
4179             if [[ $localhost != $fromhost ]]
4180             then
4181                if [[ $localhost = ibmh  ||  $localhost = nech ]]
4182                then
4183
4184                      # TRANSFER IN EIGENSTAENDIGEM JOB
4185                      # ZUERST KOPIE DER DATEI INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
4186                   [[ ! -d $tmp_data_catalog/TRANSFER ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog/TRANSFER
4187                   file_to_transfer=${fname}_${localout[$i]}_to_transfer_$kennung
4188                   ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
4189
4190                   echo "set -x"                                    >    transfer_${localout[$i]}
4191                   echo "cd  $tmp_data_catalog/TRANSFER"            >>   transfer_${localout[$i]}
4192
4193                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append by SCP in seperate job to"
4194                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}"
4195                   printf "\n              or higher cycle\n"
4196                   echo "batch_scp -A -b -m -u $return_username $return_addres  $file_to_transfer \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"  >>  transfer_${localout[$i]}
4197
4198                   echo "[[ \$? = 0 ]]  &&  rm  $file_to_transfer"  >>  transfer_${localout[$i]}
4199
4200                   if [[ $localhost = nech ]]
4201                   then
4202                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 900  transfer_${localout[$i]}
4203                   else
4204                      if [[ $LOGNAME = b323013 ]]
4205                      then
4206                         subjob  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  transfer_${localout[$i]}
4207                      else
4208                         subjob  -d  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  transfer_${localout[$i]}
4209                      fi
4210                   fi
4211
4212                else
4213
4214                      # TRANSFER INNERHALB DIESES JOBS
4215                   transfer_failed=false
4216                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append by SCP to"
4217                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}\n"
4218                   batch_scp -A -b -m -u $return_username  $return_addres ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
4219                   [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
4220
4221                      # BEI FEHLGESCHLAGENEM TRANSFER SICHERUNGSKOPIE AUF
4222                      # LOKALER MASCHINE ANLEGEN
4223                   if [[ $transfer_failed = true ]]
4224                   then
4225                      printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on the local host under:\n"
4226                      printf "      ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung\n"
4227
4228                         # ERSTMAL PRUEFEN, OB VERZEICHNIS EXISTIERT. GEGEBENENFALLS
4229                         # ANLEGEN
4230                      eval  local_catalog=${pathout[$i]}
4231                      if [[ ! -d $local_catalog ]]
4232                      then
4233                         printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
4234                         printf "      $local_catalog \n"
4235                         mkdir -p  $local_catalog
4236                      fi
4237
4238                      eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung
4239                      transfer_problems=true
4240                   fi
4241                fi
4242             else
4243
4244                   # WERTZUWEISUNG, SO DASS WEITER UNTEN NUR APPEND AUF
4245                   # LOKALER MASCHINE DURCHGEFUEHRT WIRD
4246                actionout[$i]=a
4247             fi
4248          fi
4249
4250
4251             # OUTPUT-DATEI FUER EINEN FORTSETZUNGSLAUF. DATEI WIRD PER
4252             # LINK AUF DEN TEMPORAEREN DATENKATALOG GELEGT. OPTION -f WIRD
4253             # VERWENDET, FALLS DORT NOCH EINE DATEI GLEICHEN NAMENS VORHANDEN
4254             # SEIN SOLLTE. ANSCHLIESSEND WIRD SEINE ARCHIVIERUNG ANGESTOSSEN
4255          if [[ "${actionout[$i]}" = fl ]]
4256          then
4257             [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
4258             chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
4259             if [[ $files_for_pes = false ]]
4260             then
4261                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to"
4262                printf "\n              $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} (temporary data catalog)\n"
4263                ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4264             else
4265                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/....  to"
4266                printf "\n              $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} (temporary data catalog)\n"
4267                mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4268                cd ${localout[$i]}
4269                for file in $(ls *)
4270                do
4271                   ln -f $file $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4272                done
4273                cd $TEMPDIR
4274             fi
4275
4276
4277                # ARCHIVIERUNGSJOB WIRD ERZEUGT UND ABGESCHICKT
4278             if [[ $store_on_archive_system = true ]]
4279             then
4280
4281                if [[ $archive_system = asterix ]]
4282                then
4283                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                      >> archive_${frelout[$i]}
4284                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4285                   then
4286                      echo "stageout  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT${i}_$kennung" >> archive_${frelout[$i]}
4287                   else
4288                      echo "stageout -t  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT${i}_$kennung" >> archive_${frelout[$i]}
4289                   fi
4290                   echo "cat  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung"               >> archive_${frelout[$i]}
4291                   echo "if [[ \$(grep -c \"st.msg:150\"  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung) != 0 ]]" >> archive_${frelout[$i]}
4292                   echo "then"                                       >> archive_${frelout[$i]}
4293                   echo "   do_stageout=false"                       >> archive_${frelout[$i]}
4294                   echo "else"                                       >> archive_${frelout[$i]}
4295                   echo "   echo \"  +++ $filetyp ${frelout[$i]}  could not be stored on archive-system\" " >> archive_${frelout[$i]}
4296                   echo "   cat  /dev/null  >  ~/job_queue/ARCHIVE_ERROR_$fname" >> archive_${frelout[$i]}
4297                   echo "   cat  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung  >  ~/job_queue/archive_${frelout[$i]}_error" >> archive_${frelout[$i]}
4298                   echo "   echo \"  *** $filetyp ${frelout[$i]} will be copied to \$WORK as backup\" " >> archive_${frelout[$i]}
4299                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4300                   then
4301                      echo "   cp   ${frelout[$i]}  \$WORK"                    >> archive_${frelout[$i]}
4302                   else
4303                      echo "   cp -r  ${frelout[$i]}  \$WORK/${frelout[$i]}"   >> archive_${frelout[$i]}
4304                   fi
4305                   echo "   echo \"  *** $filetyp ${frelout[$i]} saved\" " >> archive_${frelout[$i]}
4306                   echo "fi"                                         >> archive_${frelout[$i]}
4307                   echo "rm  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung"              >> archive_${frelout[$i]}
4308                elif [[ $archive_system = DMF ]]
4309                then
4310                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                      >> archive_${frelout[$i]}
4311                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4312                   then
4313                      printf "\n  +++ archiving of single files impossible with $archive_system !\n"
4314                      locat=DMF
4315                      exit
4316                   else
4317                         # FUER RECHNER IN JUELICH. DORT KOENNTEN AUCH
4318                         # EINZELNE DATEIEN GESICHERT WERDEN (SPAETER KORR.)
4319                      echo "rm -rf  \$ARCHIVE/${frelout[$i]}"     >> archive_${frelout[$i]}
4320                      echo "cp -r  ${frelout[$i]}  \$ARCHIVE"     >> archive_${frelout[$i]}
4321                   fi
4322                elif [[ $archive_system = tivoli ]]
4323                then
4324                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >> archive_${frelout[$i]}
4325                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4326                   then
4327                         # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
4328                      echo "set -x"                                   >> archive_${frelout[$i]}
4329                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4330                      echo "cp  ${frelout[$i]} \$PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4331                   else
4332
4333                      echo "set -x"                                   >> archive_${frelout[$i]}
4334                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}/*"         >> archive_${frelout[$i]}
4335                      echo "[[ ! -d \$PERM/${frelout[$i]} ]] && mkdir $PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4336                      cd  $tmp_data_catalog
4337                      all_files=`ls -1 ${frelout[$i]}/*`
4338                      cd -  > /dev/null
4339                      (( inode = 0 ))
4340                      (( tp1   = tasks_per_node + 1 ))
4341                      while (( inode < nodes ))
4342                      do
4343#                         echo "*** all_files = \"$all_files\" "
4344                         files=`echo $all_files | cut -d" " -f1-$tasks_per_node`
4345                         all_files=`echo $all_files | cut -d" " -f$tp1-`
4346#                         echo "*** tasks_per_node = \"$tasks_per_node\" "
4347#                         echo "*** files = \"$files\" "
4348#                         echo "*** all_files = \"$all_files\" "
4349                        echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
4350                        ### echo "tar  cvf ${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
4351                        ### echo "cp ${frelout[$i]}.node_$inode.tar \$PERM/${frelout[$i]}/"   >> archive_${frelout[$i]}
4352                         ###echo "rm ${frelout[$i]}.node_$inode.tar"   >> archive_${frelout[$i]}
4353#                         echo "dsmc incremental  \$PERM/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar" >> archive_${frelout[$i]}
4354#                         echo "dsmmigrate \$PERM/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar"        >> archive_${frelout[$i]}
4355                         (( inode = inode + 1 ))
4356                      done
4357#                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
4358#                      echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4359                   fi
4360                elif [[ $archive_system = ut ]]
4361                then
4362                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >> archive_${frelout[$i]}
4363                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4364                   then
4365                         # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
4366                      echo "set -x"                                 >> archive_${frelout[$i]}
4367                      echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4368                      echo "cp  ${frelout[$i]} \$UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4369                   else
4370
4371                      echo "set -x"                                 >> archive_${frelout[$i]}
4372                      echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}/*"         >> archive_${frelout[$i]}
4373                      echo "[[ ! -d \$UT/${frelout[$i]} ]] && mkdir $UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4374                      cd  $tmp_data_catalog
4375                      all_files=`ls -1 ${frelout[$i]}/*`
4376                      cd -  > /dev/null
4377                      (( inode = 0 ))
4378                      (( tp1   = tasks_per_node + 1 ))
4379                      while (( inode < nodes ))
4380                      do
4381                         files=`echo $all_files | cut -d" " -f1-$tasks_per_node`
4382                         all_files=`echo $all_files | cut -d" " -f$tp1-`
4383                         echo "tar  cvf \$UT/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
4384                         (( inode = inode + 1 ))
4385                      done
4386                   fi
4387                elif [[ $archive_system = none ]]
4388                then
4389                   printf "              +++ archiving on $localhost not available!\n"
4390                fi
4391
4392                if [[ $archive_system != none ]]
4393                then
4394                   if [[ $localhost = lcsgih  ||  $localhost = lcsgib ]]
4395                   then
4396#                      subjob  -d  -v  -q cdata  -X 0  -m 1000  -t 43200  -c $job_catalog  archive_${frelout[$i]}
4397                      subjob   -v  -q permq  -X 1 -T 1  -m 1000  -t 172800  -c $job_catalog  archive_${frelout[$i]}
4398                   elif [[ $localhost = nech ]]
4399                   then
4400                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 7200  archive_${frelout[$i]}
4401                   fi
4402                   printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
4403                fi
4404             else
4405                printf "              +++ caution: option -A is switched off. No archiving on $archive_system!\n"
4406             fi
4407
4408
4409                # LEERDATEI IM BENUTZERVERZEICHNIS ANLEGEN, DAMIT BEKANNT IST,
4410                # WIE DIE HOECHSTE ZYKLUSNUMMER AUF DEM ARCHIV-SYSTEM LAUTET
4411             if [[ $files_for_pes = false ]]
4412             then
4413                cat  /dev/null  >  ${pathout[$i]}
4414             else
4415                mkdir -p  ${pathout[$i]}
4416             fi
4417
4418          fi
4419
4420
4421             # KOPIEREN AUF LOKALER MASCHINE ZUM ARCHIV-SYSTEM
4422             # AUSSERDEM MUSS LEERDATEI ANGELEGT WERDEN, DAMIT BEKANNT IST,
4423             # WIE DIE HOECHSTE ZYKLUSNUMMER AUF DEM ARCHIV-SYSTEM LAUTET
4424             # FALLS IRGENDEINE (VON MEHREREN) ARCHIVIERUNGEN SCHIEF GEHT,
4425             # WIRD FLAG GESETZT UND BLEIBT AUCH BEI WEITEREN ORDNUNGS-
4426             # GEMAESSEN ARCHIVIERUNGEN GESETZT
4427          if [[ "${actionout[$i]}" = ar ]]
4428          then
4429             if [[ $files_for_pes = false ]]
4430             then
4431                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to"
4432                printf "\n              ${pathout[$i]}"
4433                printf "\n              File will be copied to archive-system ($archive_system) !\n"
4434             else
4435                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/_....  to"
4436                printf "\n              ${pathout[$i]}"
4437                printf "\n              Directory will be copied to archive-system ($archive_system) !\n"
4438             fi
4439             mv  ${localout[$i]}  ${frelout[$i]}
4440
4441             file_saved=false
4442
4443             if [[ $archive_system = asterix ]]
4444             then
4445                do_stageout=true
4446                (( stageout_anz = 0 ))
4447                while [[ $do_stageout = true ]]
4448                do
4449                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4450                   then
4451                      stageout  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT
4452                   else
4453                      stageout  -t  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT
4454                   fi
4455                   cat  STAGE_OUTPUT
4456                   if [[ $(grep -c "st.msg:150"  STAGE_OUTPUT) != 0 ]]
4457                   then
4458                      file_saved=true
4459                      do_stageout=false
4460                   else
4461                      if [[ $files_for_pes = false ]]
4462                      then
4463                         printf "\n  +++ file ${frelout[$i]}  could not be saved on archive-system"
4464                      else
4465                         printf "\n  +++ directory ${frelout[$i]} could not be saved on archive-system"
4466                      fi
4467                      (( stageout_anz = stageout_anz + 1 ))
4468                      if (( stageout_anz == 10 ))
4469                      then
4470                         printf "\n  +++ stoped after 10 unsuccessful tries!"
4471                         archive_save=false
4472                         do_stageout=false
4473                      else
4474                         printf "\n  *** new try to store on archive after 15 min:"
4475                         sleep 900
4476                      fi
4477                   fi
4478                done
4479             elif [[ $archive_system = DMF ]]
4480             then
4481                if [[ $files_for_pes = false ]]
4482                then
4483                   printf "\n  +++ archiving of single files impossible on $archive_system!\n"
4484                   locat=DMF
4485                   exit
4486                else
4487                   rm -rf  $ARCHIVE/${frelout[$i]}
4488                   cp -r  ${frelout[$i]}  $ARCHIVE
4489                fi
4490                file_saved=true
4491             elif [[ $archive_system = tivoli ]]
4492             then
4493                   # ARCHIVIERUNG NUR PER BATCH-JOB MOEGLICH
4494                   # DATEI MUSS ZWISCHENZEITLICH INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
4495                   # GELEGT WERDEN
4496                [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
4497                chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
4498                if [[ $files_for_pes = false ]]
4499                then
4500                   ln -f  ${frelout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4501                else
4502                   mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4503                   ln -f  ${frelout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4504                fi
4505
4506                   # BATCH JOB GENERIEREN UND ABSCHICKEN; DATEI MUSS WIEDER
4507                   # AUS TEMPORAEREM DATENVERZEICHNIS ENTFERNT WERDEN
4508                echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >  archive_${frelout[$i]}
4509                if [[ $files_for_pes = false ]]
4510                then
4511                      # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
4512                   echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4513                   echo "cp  ${frelout[$i]} \$PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4514                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                  >> archive_${frelout[$i]}
4515                else
4516                   echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
4517                   echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4518                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                  >> archive_${frelout[$i]}
4519                fi
4520
4521                subjob  -v  -d  -q cdata  -X 0  -m 1000  -t 43200  -c $job_catalog  archive_${frelout[$i]}
4522                printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
4523                file_saved=true
4524
4525             elif [[ $archive_system = ut ]]
4526             then
4527                   # ARCHIVIERUNG NUR PER BATCH-JOB MOEGLICH
4528                   # DATEI MUSS ZWISCHENZEITLICH INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
4529                   # GELEGT WERDEN
4530                [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
4531                chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
4532                if [[ $files_for_pes = false ]]
4533                then
4534                   ln -f  ${frelout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4535                else
4536                   mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4537                   ln -f  ${frelout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4538                fi
4539
4540                   # BATCH JOB GENERIEREN UND ABSCHICKEN; DATEI MUSS WIEDER
4541                   # AUS TEMPORAEREM DATENVERZEICHNIS ENTFERNT WERDEN
4542                echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >  archive_${frelout[$i]}
4543                if [[ $files_for_pes = false ]]
4544                then
4545                      # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
4546                   echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4547                   echo "cp  ${frelout[$i]} \$UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4548                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                >> archive_${frelout[$i]}
4549                else
4550                   echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
4551                   echo "tar  cvf \$UT/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4552                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                >> archive_${frelout[$i]}
4553                fi
4554
4555                subjob  -v  -c /pf/b/$usern/job_queue  -d  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 7200  archive_${frelout[$i]}
4556                printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
4557                file_saved=true
4558
4559             else
4560                printf "\n  +++ archive_system=\"$archive_system\"  archiving impossible!"
4561                archive_save=false
4562             fi
4563             if [[ $file_saved = true ]]
4564             then
4565                if [[ $files_for_pes = false ]]
4566                then
4567                   cat  /dev/null  >  ${pathout[$i]}
4568                else
4569                   mkdir -p  ${pathout[$i]}
4570                fi
4571             fi
4572          fi
4573
4574             # APPEND AUF LOKALER MASCHINE
4575          if [[ "${actionout[$i]}" = "a" ]]
4576          then
4577             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
4578             then
4579                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
4580                cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
4581             else
4582                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to  ${pathout[$i]}\n"
4583                cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}
4584             fi
4585          fi
4586
4587             # KOPIEREN AUF LOKALER MASCHINE
4588             # ES MUSS KOPIERT WERDEN, DA MOVE NICHT UEBER FILESYSTEM HINAUS MOEGLICH
4589          if [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_pes = false ]]
4590          then
4591
4592                # KOPIEREN AUF EINPROZESSORMASCHINE
4593             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
4594             then
4595                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
4596                if [[ $link_local_output = true ]]
4597                then
4598                    printf "      using ln -f\n"
4599                    ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
4600                fi
4601                # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
4602                if [[ ! -f "${pathout[$i]}.${extout[$i]}" ]]
4603                then
4604                    if [[ $link_local_output = true ]]
4605                    then
4606                        printf "      ln failed, using cp...\n"
4607                    fi
4608                    cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
4609                fi
4610             else
4611                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to  ${pathout[$i]}\n"
4612                if [[ $link_local_output = true ]]
4613                then
4614                    printf "      using ln -f\n"
4615                    ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4616                fi
4617                # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
4618                if [[ ! -f "${pathout[$i]}" ]]
4619                then
4620                    if [[ $link_local_output = true ]]
4621                    then
4622                        printf "      ln failed, using cp...\n"
4623                    fi
4624                    cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4625                fi
4626             fi
4627
4628          elif [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_pes = true ]]
4629          then
4630
4631                # DIE DEN PROZESSOREN EINES PARALLELRECHNERS ZUGEHOERIGEN
4632                # DATEIEN WERDEN ERST IN EINEM KATALOG GESAMMELT UND DIESER
4633                # WIRD DANN KOPIERT
4634                # PER MOVE UMBENANNT WERDEN
4635             printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/_....  to  ${pathout[$i]}\n"
4636             if [[ $link_local_output = true ]]
4637             then
4638                 printf "      using ln -f\n"
4639                 mkdir  ${pathout[$i]}
4640                 cd ${localout[$i]}
4641                 for file in $(ls *)
4642                 do
4643                   ln -f $file  ${pathout[$i]}
4644                 done
4645                 cd $TEMPDIR
4646             fi
4647             # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp -r"
4648             if [[ ! -f "${pathout[$i]}/_0000" ]]
4649             then
4650                 if [[ $link_local_output = true ]]
4651                 then
4652                     printf "      ln failed for .../_0000, using cp...\n"
4653                 fi
4654                 cp -r  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4655             fi
4656
4657          fi
4658       fi
4659    done
4660    if (( i != 0 ))
4661    then
4662       if [[ $transfer_problems = true ]]
4663       then
4664          printf "\n$striche\n  *** OUTPUT-files saved"
4665          printf "\n  +++ WARNING: some data transfers failed! \n"
4666       else
4667          printf "\n$striche\n  *** all OUTPUT-files saved \n"
4668       fi
4669    fi
4670
4671
4672       # EVENTUELL FOLGEJOB STARTEN
4673       # DATEI CONTINUE_RUN MUSS VOM BENUTZERPROGRAMM AUS ERZEUGT WERDEN
4674    if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
4675    then
4676
4677       if [[ $archive_save = true ]]
4678       then
4679
4680             # ZUERST IN MRUN-AUFRUF OPTIONEN FUER FORTSETZUNGSLAUF, FUER
4681             # STILLES ABARBEITEN (OHNE INTERAKTIVE RUECKFAGEN) UND FUER
4682             # BATCH-BETRIEB (NUR WICHTIG, FALLS BATCH AUF LOKALER MASCHINE
4683             # DURCHGEFUEHRT WERDEN SOLL) EINFUEGEN, FALLS NICHT BEREITS VOR-
4684             # HANDEN
4685          [[ $(echo $mc | grep -c "\-C") = 0 ]]  &&  mc="$mc -C"
4686          [[ $(echo $mc | grep -c "\-v") = 0 ]]  &&  mc="$mc -v"
4687          [[ $(echo $mc | grep -c "\-b") = 0 ]]  &&  mc="$mc -b"
4688          if [[ $(echo $mc | grep -c "#") != 0 ]]
4689          then
4690             mc=`echo $mc | sed 's/#/f/g'`
4691          fi
4692
4693
4694             # JOB STARTEN
4695          printf "\n\n  *** initiating restart-run on \"$return_addres\" using command:\n"
4696          echo "      $mc"
4697          printf "\n$striche\n"
4698          if [[ $localhost != $fromhost ]]
4699          then
4700
4701             if [[ $localhost = lcsgih  ||  $localhost = lcsgib  ||  $localhost = nech  ||  $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibmkisti  ||  $localhost = ibmku  ||  $localhost = ibms ]]
4702             then
4703                echo "*** ssh will be used to initiate restart-runs!"
4704                echo "    return_addres=\"$return_addres\" "
4705                echo "    return_username=\"$return_username\" "
4706                if [[ $(echo $return_addres | grep -c "130.75.105") = 1 ]]
4707                then
4708                   ssh $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;. /muksoft/packages/intel/bin/compilervars.sh intel64;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4709                else
4710                   if [[ $localhost = ibmkisti ]]
4711                   then
4712                      ssh $usern@gaiad "ssh $return_addres -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4713                   else
4714                      ssh $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4715                   fi
4716                fi
4717             else
4718                printf "\n  +++ no restart mechanism available for host \"$localhost\" "
4719                locat=restart; exit
4720             fi
4721
4722                # WARTEN, DAMIT SICH RESTART JOB IN QUEUE EINREIHEN KANN, BEVOR
4723                # DER AKTUELLE JOB ENDET
4724             if [[ $queue = special1q ]]
4725             then
4726                sleep 120
4727             else
4728                sleep 30
4729             fi
4730
4731          else
4732
4733                # BEI RECHNUNGEN AUF LOKALER MASCHINE KANN MRUN DIREKT AUFGE-
4734                # RUFEN WERDEN, AUSSER AUF lcfimm
4735             cd $LOCAL_PWD
4736             if [[ $localhost = lcfimm ]]
4737             then
4738                ssh $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc " 
4739             else
4740                eval  $mc                # ' MUESSEN AUSGEWERTET WERDEN
4741             fi
4742             cd -  > /dev/null
4743          fi
4744          printf "\n$striche\n  *** restart-run initiated \n"
4745
4746
4747             # EVENTUELL INPUT-DATEIEN, DIE VON TEMPORAEREM DATENVERZEICHNIS
4748             # GEHOLT WORDEN SIND, LOESCHEN
4749          (( i = 0 ))
4750          while (( i < iin ))
4751          do
4752             (( i = i + 1 ))
4753             if [[ "${got_tmp[$i]}" = true   &&  $keep_data_from_previous_run = false ]]
4754             then
4755                rm -r  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
4756             fi
4757          done
4758
4759       else
4760
4761          printf "\n  +++ no restart-run possible, since errors occured"
4762          printf "\n      during the archive process"
4763       fi
4764
4765    fi
4766
4767
4768   
4769       # EVTL. EMAIL-BENACHRICHTIGUNG UEBER ABGESCHLOSSENEN LAUF
4770    if [[ "$email_notification" != "none" ]]
4771    then
4772
4773       if [[ $localhost != $fromhost ]]
4774       then
4775          if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
4776          then
4777             echo "PALM restart run necessary"        >   email_text
4778             echo "description header of actual run:" >>  email_text
4779             cat  CONTINUE_RUN                        >>  email_text
4780             echo "mrun-command to restart:"          >>  email_text
4781             echo "$mc"                               >>  email_text
4782          else
4783             echo "PALM run with base filename \"$fname\" on host \"$localhost\" finished"  >  email_text
4784          fi
4785          mail  $email_notification  <  email_text
4786          printf "\n  *** email notification sent to \"$email_notification\" "
4787       fi
4788    fi
4789
4790
4791
4792       # ALLE ARBEITEN BEENDET. TEMPORAERER KATALOG KANN GELOESCHT WERDEN
4793    cd  $HOME
4794    [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
4795
4796 else
4797
4798
4799       # FALLS AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL, WERDEN JETZT ENTSPRE-
4800       # CHENDE AKTIONEN DURCHGEFUEHRT
4801
4802       # MRUN-BEFEHL FUER REMOTE-MASCHINE ZUSAMMENSTELLEN
4803    mrun_com="$mrun_script_name -a $afname -c $config_file -d $fname -h $host -H $fromhost -m $memory -t $cpumax -q $queue -R $return_addres -U $return_username -u $remote_username"
4804    [[ "$cpp_opts" != "" ]]       &&  mrun_com=${mrun_com}" -D \"$cpp_opts\""
4805    [[ "$global_revision" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -G \"$global_revision\""
4806    [[ $group_number != none ]]   &&  mrun_com=${mrun_com}" -g $group_number"
4807    [[ $do_compile = true ]]      &&  mrun_com=${mrun_com}" -s \"$source_list\""
4808    [[ "$input_list" != "" ]]     &&  mrun_com=${mrun_com}" -i \"$input_list\""
4809    [[ $ignore_archive_error = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -I"
4810    [[ $keep_data_from_previous_run = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -k"
4811    [[ "$additional_conditions" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -K \"$additional_conditions\""
4812#    [[ "$makefile" != "$source_path/Makefile" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -M \"$makefile\""
4813    [[ "$output_list" != "" ]]    &&  mrun_com=${mrun_com}" -o \"$output_list\""
4814    [[ "$read_from_config" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -S"
4815    [[ $do_trace = true ]]        &&  mrun_com=${mrun_com}" -x"
4816    [[ "$numprocs" != "" ]]       &&  mrun_com=${mrun_com}" -X $numprocs"
4817    if [[ $use_openmp = true ]]
4818    then
4819       mrun_com=${mrun_com}" -O $threads_per_task"
4820    fi
4821    [[ "$tasks_per_node" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -T $tasks_per_node"
4822    [[ $store_on_archive_system = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -A"
4823    [[ $package_list != "" ]]     &&  mrun_com=${mrun_com}" -p \"$package_list\""
4824    [[ $return_password != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -P $return_password"
4825    [[ $delete_temporary_catalog = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -B"
4826    [[ $node_usage != default  &&  "$(echo $node_usage | cut -c1-3)" != "sla"  &&  $node_usage != novice ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -n $node_usage"
4827    [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -y"
4828    [[ $run_coupled_model = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -Y \"$coupled_dist\""
4829    [[ "$check_namelist_files" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -z"
4830    [[ "$combine_plot_fields" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -Z"
4831    [[ "$max_par_io_str" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -w $max_par_io_str"
4832    if [[ $do_remote = true ]]
4833    then
4834       printf "\n>>>> MRUN-command on execution host:\n>>>> $mrun_com \n"
4835    fi
4836
4837
4838       # ZUSAMMENSTELLUNG DES JOBSCRIPTS AUF DATEI jobfile
4839    jobfile=jobfile.$RANDOM
4840
4841
4842       # TEMPORAERES VERZEICHNIS GENERIEREN UND NACH DORT WECHSELN
4843    echo  "mkdir  $TEMPDIR"      >>  $jobfile
4844    echo  "cd  $TEMPDIR"         >>  $jobfile
4845
4846
4847       # EVENTUELL FEHLERVERFOLGUNG AKTIVIEREN
4848    if [[ $do_trace = true ]]
4849    then
4850       echo  "set -x"                                    >>  $jobfile
4851    else
4852       echo  "set +vx"                                   >>  $jobfile
4853    fi
4854
4855
4856       # BEREITSTELLUNG VON QUELLTEXTEN, MRUN-SCRIPTS UND KONFIGURATIONS-
4857       # DATEI FUER DEN JOB
4858    if [[ $( echo $host | cut -c1-5 ) = lcsgi  ||  $host = ibmkisti ]]
4859    then
4860
4861          # KONFIGURATIONSDATEI UND MRUN_SCRIPT IN DAS SOURCE-VERZEICHNIS
4862          # KOPIEREN
4863       if [[ $restart_run != true ]]
4864       then
4865          cp  $config_file  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
4866          cp  ${PALM_BIN}/$mrun_script_name  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
4867       fi
4868
4869          # SOURCE-VERZEICHNIS VOM LOKALEN RECHNER PER SCP TRANSFERIEREN
4870          # (BEI JOBS AUF LOKALEM RECHNER REICHT CP)
4871       echo  "set -x"  >>  $jobfile
4872       if [[ $host = $localhost ]]
4873       then
4874          echo  "cp  -r  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname ."  >>  $jobfile
4875       else
4876          if [[ $host != ibmkisti ]]
4877          then
4878             echo  "scp  -r  $return_username@$return_addres:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname ."  >>  $jobfile
4879          else
4880                # on KISTI's IBM firewall is only opened on interactive node
4881             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
4882             echo  "ssh $remote_username@gaiad \"cd \$localdir; scp  -r  $return_username@$return_addres:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
4883          fi
4884       fi
4885       echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                      >>  $jobfile
4886
4887          # QUELLTEXTE, MRUN-SCRIPT UND KONFIGURATIONSDATEI IN DAS AKTUELLE
4888          # ARBEITSVERZEICHNIS VERSCHIEBEN
4889       echo  "mv  SOURCES_FOR_RUN_$fname/$config_file  . "       >>  $jobfile
4890       echo  "mv  SOURCES_FOR_RUN_$fname/$mrun_script_name  . "  >>  $jobfile
4891       echo  "execute_mrun=true"                                 >>  $jobfile
4892       echo  " "                                                 >>  $jobfile
4893
4894    else
4895
4896          # ABSPEICHERN DER QUELLTEXTE (NUR FALLS UEBERSETZT WERDEN SOLL)
4897          # SOWIE GEGEBENENFALLS DES MAKEFILES
4898       if [[ $do_compile = true ]]
4899       then
4900
4901          source_catalog=SOURCES_FOR_RUN_$fname
4902
4903              # UNTERVERZEICHNIS FUER QUELLTEXTE UND MAKEFILE ANLEGEN
4904              # MRUN WIRD DIESES VRZEICHNIS UEBER ENVIRONMENT VARIABLE
4905              # MITGETEILT (UEBERSTEUERT ANGABE IN KONFIGURATIONSDATEI)
4906          echo  "mkdir  SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
4907          echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                 >>  $jobfile
4908          echo  "cd     SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
4909
4910          for  filename  in  $source_list
4911          do
4912                # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
4913             echo  "cat > $filename << \"%END%\""              >>  $jobfile
4914             cat   $source_catalog/$filename                   >>  $jobfile
4915             echo  " "                                         >>  $jobfile
4916             echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
4917             echo  " "                                         >>  $jobfile
4918          done
4919
4920             # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
4921          echo  "cat > Makefile << \"%END%\""               >>  $jobfile
4922          cat   $source_catalog/Makefile                    >>  $jobfile
4923          echo  " "                                         >>  $jobfile
4924          echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
4925          echo  " "                                         >>  $jobfile
4926
4927          echo  "cd -  > /dev/null"                         >>  $jobfile
4928
4929       fi
4930
4931
4932          # ABSPEICHERN DER KONFIGURATIONSDATEI
4933          # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
4934       echo  "cat > $config_file << \"%END%\""      >>  $jobfile
4935       cat   $config_file                           >>  $jobfile
4936       echo  "%END%"                                >>  $jobfile
4937       echo  " "                                    >>  $jobfile
4938
4939
4940          # ABSPEICHERN DER AKTUELLEN MRUN-VERSION
4941          # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
4942       echo  "cat > $mrun_script_name <<\"%END%\""    >>  $jobfile
4943       cat   ${PALM_BIN}/$mrun_script_name            >>  $jobfile
4944       echo  "%END%"                                  >>  $jobfile
4945       echo  "chmod u+x $mrun_script_name"          >>  $jobfile
4946       echo  "execute_mrun=true"                    >>  $jobfile
4947       echo  " "                                    >>  $jobfile
4948
4949    fi
4950
4951
4952       # EVTL. BENOETIGTE INPUT-DATEIEN PER FTP HOLEN ODER DEM JOB DIREKT
4953       # MITGEBEN UND AUF DEM REMOTE-RECHNER IM BENUTZERVERZEICHNIS ABLEGEN
4954       # FALLS DIESES NICHT EXISTIERT, WIRD VERSUCHT, DAS JEWEILS LETZTE
4955       # UNTERVERZEICHNIS DES PFADNAMENS ANZULEGEN
4956    if [[ $do_remote = true ]]
4957    then
4958       (( i = 0 ))
4959       while (( i < iin ))
4960       do
4961          (( i = i + 1 ))
4962          echo  "[[ ! -d ${pathin[$i]} ]]  &&  mkdir -p  ${pathin[$i]}"  >>  $jobfile
4963          if [[ "${transin[$i]}" = job ]]
4964          then
4965             echo  "cat > ${remotepathin[$i]} <<\"%END%\""    >>  $jobfile
4966             eval cat   ${pathin[$i]}/${frelin[$i]}           >>  $jobfile
4967             echo  " "                                        >>  $jobfile
4968             echo  "%END%"                                    >>  $jobfile
4969          else
4970             echo  "batch_scp -b -o -g -s -u $return_username $return_addres ${remotepathin[$i]} \"${pathin[$i]}\" ${frelin[$i]}" >>  $jobfile
4971          fi
4972
4973             # UEBERPRUEFEN, OB DATEI ANGELEGT WERDEN KONNTE
4974          echo  "if [[ \$? = 1 ]]"                    >>  $jobfile
4975          echo  "then"                                >>  $jobfile
4976          echo  "   echo \" \" "                      >>  $jobfile
4977          echo  "   echo \"+++ file ${remotepathin[$i]} could not be created\" "   >>  $jobfile
4978          echo  "   echo \"    please check, if directory exists on $host!\" "  >>  $jobfile
4979          echo  "   echo \"+++ MRUN will not be continued\" "  >>  $jobfile
4980          echo  "   execute_mrun=false"               >>  $jobfile
4981          echo  "fi"                                  >>  $jobfile
4982       done
4983    fi
4984
4985       # ARBEITSKATALOG AUF DER LOKALEN MASCHINE FUER EVENTUELLE
4986       # FORTSETZUNGSLAUEFE PER ENV-VARIABLE UEBERGEBEN
4987    echo  "LOCAL_PWD=$working_directory"                >>  $jobfile
4988    echo  "export LOCAL_PWD"                            >>  $jobfile
4989
4990       # EBENSO LOKALEN MRUN-KATALOG UEBERGEBEN
4991    echo  "LOCAL_MRUN_PATH=$PALM_BIN"                   >>  $jobfile
4992    echo  "export LOCAL_MRUN_PATH"                      >>  $jobfile
4993
4994       # WORKAROUND FUER RIAM-NEC-JOBS WEGEN PROFILE-SCHWIERIGKEITEN
4995    if [[ $localhost_realname = "gate"  ||  $localhost = lctit ]]
4996    then
4997       echo  "export PALM_BIN=$PALM_BIN"                >>  $jobfile
4998    fi
4999
5000       # MRUN AUF ZIELRECHNER AUFRUFEN (queue is workaround for ibmkisti)
5001    echo  "set -x"                                      >>  $jobfile
5002    echo  "queue=$queue"                                >>  $jobfile
5003    echo  "[[ \$execute_mrun = true ]]  &&  ./$mrun_com"  >>  $jobfile
5004
5005    echo  'ls -al; echo `pwd`'                          >>  $jobfile
5006    echo  "cd \$HOME"                                   >>  $jobfile
5007    echo  "rm -rf  $TEMPDIR"                            >>  $jobfile
5008
5009
5010
5011
5012       # JOB PER SUBJOB STARTEN
5013    if [[ $silent = false ]]
5014    then
5015       printf "\n     "
5016    else
5017       printf "\n\n"
5018    fi
5019
5020    subjob  $job_on_file  -h $host  -u $remote_username -g $group_number -q $queue  -m $memory  -N $node_usage -t $cpumax  $XOPT  $TOPT  $OOPT  -n $fname  -v  -c $job_catalog  -e $email_notification  $jobfile
5021    rm -rf  $jobfile
5022
5023
5024 fi  # ENDE REMOTE-TEIL
5025
5026
5027
5028     # ENDE DER PROZEDUR
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.