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source: palm/trunk/DOC/tec/technical_documentation.html @ 75

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Rev	Line
[5]	1	<!DOCTYPE html PUBLIC "-//w3c//dtd html 4.0 transitional//en">
	2	<html><head>
[62]	3	<meta content="text/html; charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type"> <meta content="Mozilla/4.73 [en] (X11; U; HP-UX B.10.20 9000/782) [Netscape]" name="GENERATOR"> <meta content="Siegfried Raasch" name="Author"> <meta content="parallel LES model" name="Keywords"><title>PALM technical/numerical
	4	documentation</title></head>
	5	<body><font size="+4">PALM
[5]	6	</font>a
	7	<b>pa</b>rallelized
	8	<b>L</b>ES <b>m</b>odel
[62]	9	<br><hr width="100%">
	10	<br><font size="+2">technical/numerical documentation</font>
	11	<br>
	12	<br>
	13	<br><table nosave="" cellpadding="0" cellspacing="0"> <caption>  <br> </caption><tbody>
	14	</tbody><tbody> </tbody> <tbody> <tr nosave=""> <td nosave=""><b>Current
	15	model version:</b></td> <td><span style="font-weight: bold;">3.1c</span></td> </tr>
	16	<tr nosave=""> <td nosave=""><b>Last
	17	change of this document</b>: </td> <td nosave=""><b>$Id: technical_documentation.html 62 2007-03-13 02:52:40Z raasch $</b></td> </tr>
	18	</tbody>
	19	</table><hr width="100%">
[5]	20	<p><font size="+2">Table of contents</font>
[62]	21	<br>
	22	<br>
	23	</p><ul> <a href="#Kapitel1.0">1.0</a>
	24	History of changes <p><a href="#Kapitel2.0">2.0</a>
	25	How to change the model source
	26	code </p> <p><a href="#Kapitel3.0">3.0</a>
	27	Description of selected parts
[5]	28	of
	29	the model source code <br>
	30	</p>
[62]	31	</ul><b>Please note: Parts of this document are still in
	32	German. We
[5]	33	apologize
	34	for any inconvenience.</b>
[62]	35	<br>
	36	<h2><a name="Kapitel1.0"></a>1.0
	37	History of changes</h2>
[5]	38	The following table documents all changes to the model since July, 7th
	39	1998. Entries in the fourth column specify the type of the change:
	40	change
	41	of existing code (C), new code (N) or bugfix (B). More detailed
	42	information
	43	about the changes may be found in the header comment lines of the
	44	respective
	45	routines.
[62]	46	<br>
	47	<br><table nosave="" style="width: 100%;" border="1"> <caption>  <br> </caption><tbody>
	48	</tbody><tbody> </tbody> <tbody> <tr> <td><b>date</b></td>
	49	<td><b>author</b></td> <td><b>model</b>
	50	<br> <b>version</b></td> <td><b>type</b></td>
	51	<td><b>description</b></td> <td><b>affected
	52	routines</b></td> </tr> <tr nosave="" valign="top"> <td>06/07/98</td> <td>SR</td>
	53	<td>1.0</td> <td>C</td> <td nosave="">Änderung
	54	von Default-Werten
[5]	55	(initializing_actions, end_time,
	56	fcl_factor, use_prior_plot1d_parameters), zusätzliche
	57	Überprüfung
[62]	58	von Parametern auf Zulässigkeit (prandtl_layer, psolver, nx,
	59	ny,
[5]	60	nz,
[62]	61	fcl_factor), Höhe der Schnittebenen der Horizontalschnitte
	62	wird
[5]	63	auf
[62]	64	Plots exakt ausgegeben (uv- bzw. w-Gitter).</td> <td>modules,
	65	check_parameters, plot_2d</td> </tr> <tr nosave="" valign="top"> <td>"</td> <td>SR</td>
	66	<td>1.0</td> <td>N</td> <td>Neues Modul
	67	test_variables wird in (fast) allen
[5]	68	Programmteilen benutzt
	69	(USE). <b>Wichtig</b>: dieses Modul steht in der Datei <tt>module_test.f90.
	70	D</tt>iese Datei muß in der mrun- und add_library -
	71	Konfigurationsdatei
[62]	72	bei der Variablen <tt>module_files</tt>
	73	aufgeführt werden.</td> <td nosave="">(fast)
	74	alle  <br>
	75	Neu: module_test</td> </tr> <tr nosave="" valign="top"> <td>16/07/98</td> <td>SR</td>
	76	<td>1.0</td> <td>N</td> <td nosave="">Anpassung
	77	an die T3E-Rechner in Juelich (cpp -
	78	Direktiven)</td> <td>advec_s_bc, check_open,
	79	check_parameters, cpu_zeitmessung,
[5]	80	init_pegrid,
	81	local_getenv, local_system, local_tremain, local_tremain_ini, poisfft</td>
[62]	82	</tr> <tr nosave="" valign="top"> <td>24/07/98</td>
	83	<td>MS</td> <td>1.0</td> <td>C</td>
	84	<td nosave="">Anpassung des Druckloesealgorithmusses an
[5]	85	Vorgehensweise von
[62]	86	Schmidt, Schumann und Volkert (DFVLR-Mitteilung 84-15, S.
	87	20-26) </td> <td>poisfft</td> </tr> <tr nosave="" valign="top"> <td>27/07/98</td>
	88	<td>MS</td> <td>1.0</td> <td>C</td>
	89	<td nosave="">Berechnung von l in maketri geschieht nun
[5]	90	ausserhalb der k-Schleife,
[62]	91	da unabhaengig von k, dadurch Rechenzeitersparnis </td> <td>poisfft</td>
	92	</tr> <tr nosave="" valign="top"> <td>05/08/98</td>
	93	<td>SR</td> <td>1.0</td> <td>C</td>
	94	<td>Entfernung der Sonderbehandlung der Advektionsterme
[5]	95	(Piascek-Williams)
[62]	96	bei k=1. Terme werden nun überall gleich berechnet. Evtl.
	97	leichte
[5]	98	Erhöhung der Varianzen in Oberflächennähe.</td>
[62]	99	<td nosave="">advec_u_pw, advec_v_pw, advec_w_pw</td>
	100	</tr> <tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">"</td> <td>SR</td> <td>1.0</td>
	101	<td>C</td> <td>Mischungsweganpassung (s.
	102	adjust_mixing_length) erfolgt nur
[5]	103	noch bei
[62]	104	k=1. Unrealistische sekundäre Maxima in den Km-Profilen
	105	oberhalb
[5]	106	der
[62]	107	Prandtl-Schicht werden damit vermieden. Leichte Änderungen in
	108	den
	109	oberflächennahen Turbulenzgrößen sind die
	110	Folge.</td> <td>diffusivities</td> </tr> <tr nosave="" valign="top"> <td>"</td> <td>SR</td>
	111	<td>1.0</td> <td>B</td> <td>Falsche
	112	Berechnung der benötigten CPU-Zeit pro Sekunde
[5]	113	simulierter
[62]	114	Zeit bei Fortsetzungsläufen korrigiert.  <p>Berechnung
	115	von cross_uxmin(1) und cross_uxmax(1) aus den
[5]	116	Werten von
[62]	117	ug und vg entfernt. Lieferte falsche Wertebereiche für Plots
	118	von
[5]	119	Vertikalprofilen,
	120	wenn im ersten Koordinatenkreuz nicht die Windgeschwindigkeiten
	121	gezeichnet
[62]	122	wurden.</p> </td> <td nosave="">header,
	123	check_parameters</td> </tr> <tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">"</td> <td>SR</td>
	124	<td>1.0</td> <td>N</td> <td>Das
	125	erlaubte Maximum und Minimum der Rif-Zahl ist nun mittels
[5]	126	der Initialparameter
	127	rif_max und rif_min einstellbar (Werte waren bisher fest auf -2.0, +1.0
[62]	128	eingestellt).</td> <td>check_parameters, header,
	129	init_1d_model, modules, parin,
[5]	130	prandtl_fluxes,
[62]	131	read_var_list, write_var_list</td> </tr> <tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">23/09/98</td>
	132	<td>SR</td> <td>1.0</td> <td>B</td>
	133	<td>Initialisierung von Feldern im Fall von initializing_action =
[5]	134	"<i>set_constant_profiles</i>"
[62]	135	und "<i>set_1d-model_profiles</i>" korrigiert.  <p>2D-Plotausgabe
	136	von u* und theta* korrigiert. Hier wurden
[5]	137	bisher falsche
[62]	138	Felder herausgeschrieben.  </p> <p>Bei
	139	SOR-Aufrufen war bisher dp nicht initialisiert.
	140	Entsprechend geändert.</p> </td> <td>init_3d_model,
	141	plot_2d, pres</td> </tr> <tr nosave="" valign="top"> <td>"</td> <td>SR</td>
	142	<td>1.0</td> <td>C</td> <td nosave="">Ausgabeformate
	143	für Statistik-Ausgaben auf
[5]	144	Datei RUN_CONTROL
[62]	145	um einige Kommastellen erweitert.  <p>Lieferung von
	146	ausführlicheren Informationen bei
[5]	147	Programmabbruch
[62]	148	durch Unterschreitung des minimal erlaubten Zeitschritts.</p> </td>
	149	<td>run_control, timestep</td> </tr> <tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">"</td>
	150	<td>SR</td> <td>1.0</td> <td>N</td>
	151	<td>Rechnungen mit geneigter Ebene zur Simulation von
[5]	152	Kaltluftabflüssen
	153	sind erlaubt. Gestartet und gesteuert werden sie mit dem
	154	Intialisierungsparameter <tt>alpha_surface</tt>.
	155	Realisiert wird die geneigte Ebene durch entsprechende
	156	Schrägstellung
[62]	157	des Schwerkraftvektors. Dadurch erhält auch die u-Komponente
	158	der
[5]	159	Windgeschwindigkeit
[62]	160	einen Anteil der Auftriebskraft.  <p>Diese
	161	Implementierung ist noch nicht abgeschlossen. Die
[5]	162	Simulation von
	163	Kaltluftabflüssen erfordert bisher noch Eingriffe "von Hand".</p>
[62]	164	</td> <td>buoyancy, check_parameters, header, leap_frog,
	165	modules,
[5]	166	parin, prandtl_fluxes,
[62]	167	read_var_list, write_var_list</td> </tr> <tr nosave="" valign="top"> <td>15/12/98</td> <td>SR</td>
	168	<td>1.0</td> <td>N</td> <td>Vereinbarung
	169	einer Cache-Layer zur schnelleren binären
[5]	170	I/O auf
[62]	171	T3E-Rechnern.  <p>Ermittelung wahrer I/O-Zeiten
	172	für binäre
[5]	173	Ein-/Ausgabe auf
[62]	174	T3E-Rechnern mit TIMEF.</p> </td> <td nosave="">check_open,
	175	<br>cpu_zeitmessung, init_3d_model, write_3d_model</td> </tr>
	176	<tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">"</td>
	177	<td>SR</td> <td>1.0</td> <td>B</td>
	178	<td>Bekanntgabe von run_description_header an alle
	179	PE's.  <p>Diese Programmänderung erfordert auf
	180	T3E-Rechnern
[5]	181	zwingend den
	182	Einsatz der MPI-Version mpt.1.2.0.1. In dieser neuen Version tritt auch
[62]	183	der alte Fehler in MPI_ALLREDUCE nicht mehr auf, so daß ab
	184	jetzt
	185	mpt.1.1.0.1 nicht mehr verwendet werden muß.</p> </td>
	186	<td>parles</td> </tr> <tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">05/02/99</td>
	187	<td>SR</td> <td>1.1</td> <td>C/N</td>
	188	<td>Implementierung des Upstream-Spline- Verfahrens zur Advektion
[5]	189	von Impuls
[62]	190	und skalaren Größen (neue UP's, s. rechts).
	191	Berechnung von
[5]	192	Variablen
[62]	193	für spezielle Advektionsverfahren in eigenständiges
	194	UP
[5]	195	ausgelagert
[62]	196	(<tt>init_advec</tt> + eigenes Modul <tt>advection</tt>).
	197	Reines
[5]	198	Euler-/Upstream-Verfahren
[62]	199	kann gerechnet werden.  <p>Schnelle binäre I/O
	200	(s. 15/12/98) wieder abgeschaltet, da
[5]	201	Dateien
[62]	202	nicht wieder einlesbar sind. Druckstörung (p) wird zu Beginn
	203	auf 0
[5]	204	gesetzt, damit sie keine Tendenzen im ersten Zeitschritt hervorruft.</p>
[62]	205	</td> <td>advec_s_bc, check_open, check_parameters,
	206	flow_statistics,
[5]	207	header,
	208	init_3d_model, init_grid, leap_frog, modules, parin, plot_2d, plot_ts,
[62]	209	read_var_list, timestep, write_3d_binary, write_var_list  <p><b>Neu:</b>
	210	<br>
[5]	211	advec_s_ups, advec_u_ups, advec_v_ups, advec_w_ups, init_advec,
	212	long_filter,
[62]	213	spline_x, spline_y, spline_z</p> </td> </tr> <tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">24/02/99</td>
	214	<td>SR</td> <td>1.1a</td> <td>C/N</td>
	215	<td>Kleinere Ergänzungen / Änderungen
	216	für Upstream
[5]	217	- Spline,  <br>
	218	Diverse Verbesserungen bei Berechnung der Diffusionskoeffizienten
	219	(exaktere
	220	Formulierung von Scherungen, Dissipation gemaess Original - Deardorff -
	221	Ansatz, Mischungswegreduktion nur, wenn Schichtung sowohl oberhalb als
	222	auch unterhalb des entsprechenden Gitterpunktes stabil ist),
	223	Wertebegrenzung
	224	bei Spline - Berechnung zur Verhinderung von "Überschwingern"</td>
[62]	225	<td>check_parameters, diffusion_e, diffusion_pt, diffusivities,
[5]	226	header,
	227	init_advec, long_filter, modules, production_e, spline_x, spline_y,
[62]	228	spline_z</td> </tr> <tr nosave="" valign="top">
	229	<td>"</td> <td nosave="">SR</td> <td>1.1a</td>
	230	<td>N/B</td> <td>Erweiterung des des Bott - Chlond -
	231	Schemas auf Advektion der
[5]	232	TKE,
	233	Korrektur der Dichteberechnung (war falsch bei Galilei-Transformation)</td>
[62]	234	<td>advec_s_bc, leap_frog</td> </tr> <tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">01/03/99</td>
	235	<td>MS</td> <td>1.1b</td> <td>N</td>
	236	<td>Kleinere Ergänzungen für Upstream -
	237	Spline:  <ul> <li>Gradientenkontrolle
	238	für den nicht-parallelen Teil</li> <li>statistische
	239	Auswertung über den prozentualen Anteil
[5]	240	des
	241	Upstream-Verfahrens
[62]	242	an der Gesamtadvektion fuer nicht-parallelen Teil</li> </ul>
	243	</td> <td>modules, spline_x, spline_y, spline_z</td>
	244	</tr> <tr nosave="" valign="top"> <td>"</td>
	245	<td>SR</td> <td>1.1b</td> <td>N</td>
	246	<td>Datenkompression für 3D-Plotausgaben</td> <td nosave="">check_open, check_parameters, close_files, header,
[5]	247	modules,
[62]	248	parin, plot_3d  <p><b>Neu:</b> <br>
	249	write_compressed</p> </td> </tr> <tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">03/03/99</td>
	250	<td>SR</td> <td>1.1c</td> <td>B/C</td>
	251	<td>Schnelle binäre I/O auf T3E-Rechnern funktioniert
	252	jetzt.
[5]	253	Beim
	254	binären Einlesen dürfen Records nicht mit dem Trick "<tt>READ
[62]	255	(..) idum</tt>" überlesen werden. Zeitmessungen auf T3E
	256	erfolgen
[5]	257	jetzt
[62]	258	grundsätzlich mit <tt>TIMEF.</tt></td> <td>check_open,
	259	cpu_zeitmessung, init_3d_model, modules,
	260	write_3d_binary</td> </tr> <tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">25/03/99</td>
	261	<td>SR</td> <td>1.1d</td> <td>N</td>
	262	<td>Einbau einer Rayleigh-Dämpfungsschicht sowie
	263	flexiblere
[5]	264	Wahl der
	265	numerischen Begrenzer für das Upstream - Spline - Verfahren.</td>
[62]	266	<td>check_parameters, header, init_3d_model, leap_frog, modules,
[5]	267	parin,
[62]	268	read_var_list, spline_x, spline_y, spline_z, write_var_list</td> </tr>
	269	<tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">"</td>
	270	<td>SR</td> <td>1.1d</td> <td>B</td>
	271	<td>Korrektur des Zeitschrittkriteriums bei z=zp im 1D-Modell</td>
	272	<td>init_1d_model</td> </tr> <tr nosave="" valign="top"> <td>25/11/99</td> <td>SR</td>
	273	<td>1.1e</td> <td>N</td> <td nosave="">Partikelplots
	274	mit vtk-Graphiksoftware sind auf t3eh
[5]	275	möglich.
	276	Ausgabe erfolgt im dvr-Format. Bisher noch nicht nutzbar, da noch
	277	Einstellmöglichkeiten
[62]	278	für die Partikelquelle(n) fehlen. <b>Wichtig:</b>
	279	Die Benutzung
[5]	280	der
	281	vtk-Software erfordert die zusätzliche mrun-Option <tt>-g</tt>.
	282	Das
[62]	283	Hauptprogramm <tt>parles</tt> wird in diesem Fall zum
	284	Unterprogramm
[5]	285	und
[62]	286	von einem c++-Programm aus aufgerufen.</td> <td>header,
	287	init_3d_model, init_pegrid, leap_frog, modules,
[5]	288	parin, parles,
[62]	289	read_var_list, write_var_list  <p><b>Neu:</b>
	290	<br>
	291	advec_particles, init_particles, plot_particles</p> </td> </tr>
	292	<tr nosave="" valign="top"> <td>"</td>
	293	<td>SR</td> <td>1.1e</td> <td nosave="">B/C</td>
	294	<td>TIMEF-Zeitmessungen von Subroutine- auf Function-Aufruf
[5]	295	umgestellt.
[62]	296	Laufindexkorrektur in <tt>spline_y</tt>. Fehler trat bei
	297	nx /= ny auf.</td> <td>cpu_zeitmessung, spline_y</td>
	298	</tr> <tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">28/12/99</td> <td>SR</td> <td>1.1f</td>
	299	<td>N</td> <td>Plot von Isooberflächen mit
	300	vtk-Graphiksoftware sind auf
[5]	301	t3eh
	302	möglich. Ausgabe erfolgt im dvr-Format. Bisher noch nicht
	303	allgemein
	304	nutzbar, da noch diverse manuelle Eingriffe nötig sind.</td>
[62]	305	<td>header, leap_frog, modules, parin, plot_particles,
	306	read_var_list, write_var_list  <p><b>Neu:</b>
	307	<br>
	308	plot_isosurface</p> </td> </tr> <tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">10/01/00</td>
	309	<td>SR</td> <td>1.2</td> <td>C</td>
	310	<td>Randbedingungen für w (=0) werden explizit gesetzt,
	311	und
[5]	312	zwar nicht
[62]	313	nur bei  <tt>k = nzb, nzt+1</tt> sondern auch
	314	bei  <tt>k =
[5]	315	nzt</tt>,
	316	wo bislang der vom vorigen Zeitschritt durch den Drucklöser
	317	ermittelte
	318	Wert stand. Auch jetzt wird der Wert bei k = nzt anschließend
	319	durch
[62]	320	den Drucklöser modifiziert. Soweit bis jetzt abzusehen, hat
	321	diese
	322	Änderung nur minimale Auswirkungen auf den Prognoseverlauf.
	323	Evtl.
[5]	324	gibt es stärkere Auswirkungen bei exzessivem Auftreten von
	325	Schwerewellen
	326	am oberen Rand (die dort aber eigentlich sowieso nicht
	327	hingehören).  <br>
[62]	328	Variablenübergabe an <tt>boundary_conds</tt>
	329	erfolgt  <br>
	330	über Modul und nicht mehr per Parameterliste.  <p>Bei
	331	Galilei-Transformation wird jetzt defaultmäßig
[5]	332	der geostrophische
	333	Wind als Translationsgeschwindigkeit verwendet (neuer
	334	Initialisierungsparameter <tt>use_ug_for_galilei_tr</tt>).
	335	Dadurch wird das verstärkte Auftreten von Schwerewellen bei
	336	höheren
	337	geostrophischen Windgeschwindigkeiten unterdrückt.  </p>
[62]	338	<p>3D-Feldvariablen (u, v, w, pt, e, km, kh) sowie einige
[5]	339	2D-Variablen
	340	(usws, vsws, rif, shf) sind nun als Pointer deklariert, denen nach
	341	jedem
	342	Zeitschritt neue Targets zugeordnet werden (für die
	343	benötigten
	344	3 Zeitebenen existieren die Targets ..._1 (z.B. u_1), ..._2, ..._3).
	345	Durch
[62]	346	die jeweilige Neuzuordnung der Targets entfällt das
	347	Umspeichern
[5]	348	der
[62]	349	Zeitebenen komplett (Zeitersparung: ca. 5% der
	350	Gesamtrechenzeit).  <br>
[5]	351	Die Umordnung der Zeitebenen wurde ins neue UP <tt>swap_timelevel</tt>
[62]	352	ausgelagert.  <br> <b>Wichtig:</b> Die
	353	Übersetzungszeiten haben durch die
[5]	354	Einführung
	355	der Pointer t.w. sehr deutlich zugenommen (<tt>leap_frog</tt>
	356	benötigt
[62]	357	jetzt z.B. ca. 60 Sekunden). Außerdem benötigt der
	358	Compiler
[5]	359	jetzt wesentlich mehr Speicher. Der "memory"-Parameter in den
	360	Konfigurationsdateien
	361	(.mrun.config, .al.config) muss nun mindestens den Wert 60 (MB) (t3eh,
[62]	362	t3ej2) bzw. 45 (t3eb) und 96 (vpp) haben.  <br> <b>Achtung:</b>
	363	bislang wurde diese Änderung nur für
[5]	364	das
[62]	365	reine Leapfrog-Verfahren getestet!  </p> <p>Neue
	366	Laderoption "<tt>-D preset=nan</tt>" empfohlen (s.
[5]	367	Beispiel-Konfigurationsdatei).
[62]	368	Ebenso empfehlenswert für Debug-Läufe: Compileroption
	369	"<tt>-ei</tt>".
[5]	370	Diese bewirkt einen Programmabbruch, falls mit nicht initialisierten
	371	Variablen
	372	gearbeitet wird (ist aber zeitaufwendig in der Ausführung!).</p>
[62]	373	</td> <td>boundary_conds, check_parameters, header,
	374	init_3d_model,
[5]	375	leap_frog,
[62]	376	modules, parin, read_var_list, timestep, write_var_list  <p><b>Neu:</b>
	377	<br>
	378	swap_timelevel</p> </td> </tr> <tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">10/01/00</td>
	379	<td>SR</td> <td>1.2</td> <td>B</td>
	380	<td>Der Asselin-Filter wird vor Umordnung der Zeitebenen
[5]	381	aufgerufen. Dies
	382	geschah bisher fälschlicherweise erst danach, sodass der
	383	Zeitfilter
[62]	384	asymmetrisch arbeitete.  <br> <b>Achtung:</b>
	385	diese Änderung hat Auswirkungen auf den
[5]	386	Prognoseverlauf.
	387	Die Testergebnis-Datei wurde entsprechend geändert.</td>
[62]	388	<td>leap_frog</td> </tr> <tr nosave="">
	389	<td nosave="" valign="top">14/02/00</td> <td nosave="" valign="top">MS</td> <td nosave="" valign="top">1.2</td> <td nosave="" valign="top">B/C</td> <td><b>1D-Modell:</b>
	390	<br>
[5]	391	Der Asselin-Filter im 1D-Modell wird nun auch vor der Umordnung der
[62]	392	Zeitebenen aufgerufen (s.o.).  <p><b>3D-Modell:</b>
	393	<br>
	394	TKE wurde bisher bei <tt>scalar_advec=bc-scheme</tt> einer
	395	zeitlichen
	396	Filterung unterzogen. Dies wird nun unterbunden.  </p> <p>Die
	397	Divergenz der Impulsflüsse an der Prandtl - Schicht -
[5]	398	Obergrenze
	399	wird nun über eine ganze Gitterweite gebildet. Die bisherige
	400	Methode
	401	lieferte im Vergleich mit Ergebnissen anderer LES-Modelle  zu
	402	große
[62]	403	Impulsflüsse.  </p> <p>Bei der
	404	Berechnung der Diffusion der Temperatur werden die
[5]	405	Diffusionskoeffizienten
	406	nun wieder durch Mittelung für die entsprechenden
	407	Gitterpunkte
	408	bereitgestllt. Das Maximumkriterium, das im Zuge der Implementierung
	409	des
	410	Upstream-Spline Advektionsverfahrens eingebaut wurde, bewirkte ein zu
	411	rasches
[62]	412	Anwachsen der Grenzschicht mit der Zeit.  </p> <p><b>Achtung:</b>
	413	diese Änderungen haben Auswirkungen auf
[5]	414	den Prognoseverlauf.
[62]	415	Die Testergebnis-Datei wurde entsprechend geändert.</p> </td>
	416	<td nosave="" valign="top">init_1d_model,
	417	asselin_filter,
[5]	418	diffusion_u, diffusion_v,  <br>
[62]	419	diffusion_pt</td> </tr> <tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">17/02/00</td>
	420	<td>MS</td> <td>2.0</td> <td>N</td>
	421	<td><b>Allgemeine Beschreibung der Änderungen:</b>
	422	<br>
	423	vollständige Implementierung des wolkenphysikalischen
	424	Moduls  <p>Zur Implementierung der Wolkenphysik waren
	425	umfangreiche
[5]	426	Änderungen
	427	in zahlreichen Programmteilen notwendig (Beschreibung <a href="#Cloud_physics">siehe
	428	unten</a> ). Im einzelnen wurden folgende Unprogramme
[62]	429	geändert:  <br> <b>modules</b>:
	430	<br>1) Bereitstellung neuer 3D-, 2D- und 1D-Felder für
	431	die Prognose
[5]	432	des Gesamtwassergehaltes  <br>
	433	2) "cloud_parameters" als neues Modul mit wolkenphysikalischen
[62]	434	Variablen  <br> <b>parin: </b>Initialisierungsparameterliste
	435	wurde erweitert
	436	(s.u.)  <br> <font color="#000000"><b>read_var_list,
	437	write_var_list,
[5]	438	write_3d_binary: </b>In/Output
	439	der neuen Initialisierungsparamter und Felder für
[62]	440	Fortsetzungsläufe </font> <br> <font color="#000000"><b>check_parameters:</b>
	441	Initialisierung
[5]	442	des
[62]	443	Feuchteprofils und Ausgabe von neuen Vertikalprofilen: </font>
	444	<br> <font color="#ff0000">vpt</font><font color="#000000">: virtuelle
[5]	445	poteniellen
[62]	446	Temperatur,</font> <br> <font color="#ff0000">lpt</font><font color="#000000">:
[5]	447	potentielle
[62]	448	Flüssigwassertemperatur,</font> <br> <font color="#ff0000">q</font><font color="#000000">:
	449	Gesamtwassergehalt,</font> <br> <font color="#ff0000">qv</font><font color="#000000">:
[5]	450	spezifische
[62]	451	Feuchte,</font> <br> <font color="#ff0000">ql</font><font color="#000000">:
	452	Flüssigwassergehalt,</font> <br> <font color="#ff0000">w"vpt", wvpt, wvpt</font><font color="#000000">:
[5]	453	Auftriebsfluss (subskalig, aufgelöst, gesamt),</font> <br>
[62]	454	<font color="#ff0000">w"q", wq, wq</font><font color="#000000">:
	455	Wasserfluss (subs., aufg., ges.),</font> <br> <font color="#ff0000">w"qv", wqv, wqv</font><font color="#000000">:
	456	Feuchtefluss (subs, aufg., ges.)</font> <br> <b>init_3d_model</b>:
	457	Initialisierung aller
	458	Feuchte/Wasserfelder  <br> <b>init_1d_model</b>:
	459	Anpassung an Rechnungen mit Feuchte  <br> <b>header</b>:
	460	Headerausgaben für Feuchtebehandlung und
[5]	461	Wolkenphysik
	462	eingefügt, außerdem Formatnummern erweitert um Platz
	463	für
[62]	464	weitere Ausgaben zu schaffen  <br> <b>leap_frog:</b>
	465	<br>
[5]	466	1) alle prognostischen Gleichungen wurden in prognostic_equations
	467	ausgelagert  <br>
	468	2) Aufrufe der neuen Unterprogramme (UP) compute_vpt,
	469	calc_liquid_water_content  <br>
[62]	470	3) veraenderter Aufruf von diffusivities  <br> <b><tt>b</tt>oundary_conds,
	471	asselin_filter, swap_timelevel,
[5]	472	flow_statistics: </b>Anpassung
[62]	473	an Feuchtebehandlung  <br> <b>plot2d, plot3d</b>:
	474	Ausgabemöglichkeiten von q und ql <br> <b>buoyancy</b>:
	475	Anpassung des Autriebstermes an
[5]	476	Feuchtebehandlung
	477	durch neue Übergabeparameter: Temperatur + Nummer des
	478	entsprechenden
[62]	479	mittleren Temperaturprofils  <br> <b>diffusion_e</b>:
	480	Anpassung der Mischungswegberechnung an
[5]	481	Feuchtebehandlung
[62]	482	durch Variation der Übergabeparameter  <br> <b>production_e</b>:
	483	TKE-Produktion durch Auftriebskräfte an
[5]	484	Feuchtebehandlung
[62]	485	angepasst  <br> <b>diffusivities</b>:
	486	siehe diffusion_e  <br> <b>prandtl-fluxes</b>:
	487	Prandtl-Schicht fuer den
[5]	488	Gesamtwassergehalt
[62]	489	eingefügt  </p> <p>Zusätzlich
	490	wurden folgende Unterprogramme NEU
	491	eingeführt:  <br> <b>inti_cloud_physics</b>:
	492	Initialisierung wolkenphysikalischer
	493	Parameter  <br> <b>prognostic_equations</b>:
	494	Auslagerung der prognostischen
[5]	495	Gleichungen
[62]	496	aus leap_frog, zusätzliche porgnostische Gleichung
	497	für den
	498	Gesamtwassergehalt  <br> <b>diffusion_s</b>:
	499	Berechnung der Diffusion skalarer
[5]	500	Größen
	501	(Temperatur und Gesamtwassergehalt), ersetzt diffusion_pt  <br>
[62]	502	<b>calc_liquid_water_content</b>: Berechnung des
	503	Flüssigwassergehalts  <br> <b>calc_radiation</b>:
	504	Parametrisierung langwelliger
[5]	505	Strahlungsprozesse
	506	über des Schema der effektiven Emissivität  <br>
[62]	507	<b>calc_precipitation</b>:Parametrisierung von
[5]	508	Niederschlagsprozessen
[62]	509	mit Hilfe eines vereinfachten Kesslerschemas  <br> <b>impact_of_latent_heat</b>:
	510	Berücksichtigung der durch
[5]	511	Niederschlagsprozesse
	512	zurückbleibenden latenten Waerme innerhalb eines
[62]	513	Gittervolumens  <br> <b>compute_vpt</b>:
	514	Berechnung der virtuellen potentiellen
	515	Temperatur  </p> <p><b>Liste der neuen
	516	Initialisierungsparameter:</b> <br> <table nosave="" border="1"> <caption>  <br> </caption><tbody>
	517	</tbody><tbody> </tbody> <tbody> <tr nosave=""> <td nosave=""><b>Parameter</b></td>
	518	<td nosave=""><b>Typ</b></td> <td nosave="" width="4%"><b>Default</b></td>
	519	<td nosave=""><b>Beschreibung</b></td> </tr>
	520	<tr nosave=""> <td nosave=""><tt>moisture</tt></td>
	521	<td>L</td> <td>FALSE</td> <td>Ab-/Zuschalten
	522	des Gesamtwassergerhaltes als neue
	523	progn. Variable</td> </tr> <tr> <td><tt>cloud_physics</tt></td>
	524	<td>L</td> <td>FALSE</td> <td>Ab-/Zuschalten
	525	des Kondensationsschemas</td> </tr> <tr nosave="">
	526	<td><tt>radiation</tt></td> <td>L</td>
	527	<td nosave="">FALSE</td> <td>Ab-/Zuschalten
	528	des Strahlungsschemas</td> </tr> <tr> <td><tt>precipitation</tt></td>
	529	<td>L</td> <td>FALSE</td> <td>Ab-/Zuschalten
	530	der Niderschlagsparametrisierung</td> </tr> <tr> <td><tt>bc_q_b</tt></td>
	531	<td>C</td> <td>'dirichlet'</td> <td>untere
	532	Randbedingung für q (siehe auch bc_pt_b)</td> </tr>
	533	<tr> <td><tt>bc_q_t</tt></td> <td>C</td>
	534	<td>'neumann'</td> <td>obere RB für q
	535	(siehe auch bc_pt_t)</td> </tr> <tr> <td><tt>q_surface</tt></td>
	536	<td>R</td> <td>0.0</td> <td>Feuchtewert
	537	an der Erdoberfläche</td> </tr> <tr> <td><tt>q_surface_initial_change</tt></td>
	538	<td>R</td> <td>0.0</td> <td>vgl.
	539	pt_surface_initial_change</td> </tr> <tr> <td><tt>q_vertical_gradient</tt></td>
	540	<td>R(10)</td> <td>0.0</td> <td>vgl.
	541	pt_vertical_gradient</td> </tr> <tr nosave="">
	542	<td nosave=""><tt>q_vertical_gradient_level</tt></td>
	543	<td>R(10)</td> <td>10000.0</td> <td>vgl.
	544	pt_vertical_gradient_level</td> </tr> <tr> <td><tt>surface_pressure</tt></td>
	545	<td>R</td> <td>1013.25</td> <td>Luftdruck
	546	an der Erdoberfläche</td> </tr> <tr> <td><tt>surface_waterflux</tt></td>
	547	<td>R</td> <td>0.0</td> <td>oberflächennaher
	548	Wasser/Feuchtefluss</td> </tr> </tbody> </table>
	549	Fortsetzungsläufe mit Daten, die mit Modellversionen kleiner
	550	2.0
[5]	551	erzeugt
	552	wurden, sind aufgrund der erweiterten Initialisierungsparameterliste
	553	INKOMPATIBEL
	554	zu den Einleseroutinen der Version 2.0. Ein Update auf Version 2.0
	555	sollte
[62]	556	deshalb nach Abschluss eines kompletten Modelllaufs erfolgen.
	557	</p> <p><b>Achtung:</b> diese
	558	Änderungen haben Auswirkungen auf
[5]	559	den Prognoseverlauf.
[62]	560	Die Testergebnis-Datei wurde entsprechend geändert.</p> </td>
	561	<td nosave="" valign="top">modules, parin,
	562	read_var_list,
[5]	563	check_parameters,
	564	init_3d_model, init_1d_model, header, leap_frog. buoyancy, diffusion_e,
	565	production_e, diffusivities, prandtl_fluxes, boundary_conds,
	566	asselin_filter,
	567	swap_timelevels, flow_statistics, plot_2d, plot_3d, write_var_list,
[62]	568	write_3d_binary  <p><b>Neu:</b> <br>
[5]	569	init_cloud_physics, prognostic_equations, diffusion_s,
	570	calc_liquid_water_content,
	571	calc_radiation, calc_precipitation, impact_of_latent_heat, comute_vpt</p>
[62]	572	</td> </tr> <tr nosave=""> <td nosave="" valign="top">18/02/00</td> <td nosave="" valign="top">MS</td> <td nosave="" valign="top">2.0</td> <td nosave="" valign="top">B/N</td> <td>Im Zuge der
	573	Umstellung auf Modellversion 2.0  wurden
[5]	574	noch kleine
[62]	575	Änderungen an den Unterprogrammen diffusion_e, production_e
	576	und
[5]	577	diffusivities
	578	vorgenommen. In allen genannten  <br>
	579	Unterprogrammen wurde bisher ein strengeres Kriterium zur Bestimmung
[62]	580	der Schichtungsverhältnisse verwendet. Ein Modellvergleich
	581	zeigte
[5]	582	jedoch, dass dadurch die Diffusion im Bereich der Inversion zu gross
[62]	583	wird.  <p>Eine weitere Ergänzung betrifft die
[5]	584	Advektionsverfahren:  <br>
[62]	585	Das Bott-Chlond Advektionsverfahren ist nun auch für
	586	Rechnungen
	587	mit Feuchte/Wolkenphysik verfügbar.  </p> <p><b>Achtung:</b>
	588	diese Änderungen haben Auswirkungen auf
[5]	589	den Prognoseverlauf.
[62]	590	Die Testergebnis-Datei wurde entsprechend geändert.</p> </td>
	591	<td nosave="" valign="top">diffusion_e,
	592	production_e,
	593	diffusivities, check_parameters</td> </tr> <tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">26/04/00</td>
	594	<td>SR</td> <td>2.0a</td> <td>C</td>
	595	<td>Vollständige Umstellung von vtk-Grafik-Software auf
[5]	596	dvrp-Software.
	597	Grafik-Ausgaben im dvr-Format sind mittlerweile begrenzt nutzbar
	598	(Isooberflächen
[62]	599	sind darstellbar, siehe neue Laufparameter  <tt>dt_dvrp,
	600	threshold</tt>),
[5]	601	es wird aber in der Anwendung in naher Zukunft noch diverse
	602	Änderungen
	603	geben. Partikelausgabe vorerst nicht mehr möglich (Verlagerung
[62]	604	schon).</td> <td>header, init_particles, init_3d_model,
	605	leap_frog, modules,
[5]	606	parin, parles,
[62]	607	read_var_list, write_var_list  <br> <b>Gestrichen:</b>
	608	<br>
	609	plot_isosurface, plot_particles  <p><b>Neu:</b>
	610	<br>
	611	init_dvrp, plot_dvrp</p> </td> </tr> <tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">26/04/00</td>
	612	<td>SR</td> <td>2.0a</td> <td>C</td>
	613	<td>Durch zusätzlichen zyklischen Rand im
	614	Bott-Chlond-Schema
[5]	615	sehr
	616	viele SENDRECV-Aufrufe eingespart.  <br>
[62]	617	Änderung des Namens einer eingelesenen Environment-Variablen
	618	in <tt>check_open</tt>
	619	von <tt>remote_addres</tt> nach <tt>return_addres</tt>.
	620	<br>Prozessor-Topologie kann durch Benutzer vorgegeben werden.
	621	Dazu neue
	622	Initialisierungsparameter <tt>npex</tt> und <tt>npey</tt>.
	623	Durch
[5]	624	Änderungen
	625	am Header-Format wurde Testergebnis-Datei geändert.</td>
[62]	626	<td>advec_s_bc, check_open, header, init_pegrid, modules, parin,
[5]	627	read_var_list,
[62]	628	write_var_list</td> </tr> <tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">26/04/00</td>
	629	<td>SR</td> <td>2.0a</td> <td>N</td>
	630	<td>Rechnungen mit geneigter Oberfläche erlauben jetzt
	631	die
[5]	632	Vorgabe
	633	eines stabil geschichteten Temperaturprofils mit konstantem Gradienten.
	634	Hinzuschalten von Feuchte funktioniert für Hangrechnungen noch
[62]	635	nicht.</td> <td>advec_s_bc, buoyancy, init_3d_model,
	636	modules,
	637	prognostic_equations  <p><b>Neu:</b> <br>
	638	init_slope</p> </td> </tr> <tr nosave="" valign="top"> <td>13/06/00</td> <td>MS</td>
	639	<td>2.0a</td> <td nosave="">B</td> <td>Es
	640	werden nun auch die seitlichen Ränder für ql
[5]	641	gesetzt.
	642	Ein Nichtsetzen der Randbedingungen führte zu Fehlern bei der
	643	Ausgabe
[62]	644	von pt</td> <td nosave="">calc_liquid_water_content</td>
	645	</tr> <tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">03/07/00</td> <td>SR</td> <td>2.0b</td>
	646	<td>C</td> <td>Für eine Reihe von
	647	Unterprogrammen, die innerhalb
[5]	648	von <tt>prognostic_equation</tt>
[62]	649	aufgerufen werden und an die Pointer-Variablen übergeben
	650	werden,
[5]	651	sind
	652	jetzt explizite Interfaces vereinbart (neues Modul <tt>pointer_interfaces</tt>).
	653	Auch im Vereinbarungsteil der entsprechenden Unterprogramme sind diese
[62]	654	Übergabeparameter jetzt aus Konsistenzgründen (und
	655	weil es
[5]	656	sonst
	657	Laufzeitfehler gibt) als Pointer-Variablen deklariert. Mit dieser
	658	Änderung
[62]	659	ist der große Speicher- und CPU-Zeit-Bedarf beim
	660	Übersetzen
	661	von prognostic_equations wieder auf ein erträgliches
	662	Maß
[5]	663	reduziert.  <br>
	664	Im Rahmen dieser Änderungen wurde auch an diffusion_e ein
	665	Hilfsfeld
	666	weniger übergeben.  <br>
[62]	667	Aus nicht vollständig gekärten Gründen haben
	668	sich die
	669	Zahlen in der Testergebnis-Datei minimal geändert (und zwar
	670	die
[5]	671	Spalte
	672	mit der Gesamtdivergenz nach Aufruf des Drucklösers).</td>
[62]	673	<td>advec_s_bc, buoyancy, diffusion_e, diffusion_s, diffusion_u,
[5]	674	diffusion_v,
	675	diffusion_w, disturb_field, modules, production_e, prognostic_equations</td>
[62]	676	</tr> <tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">04/07/00</td> <td>SR</td> <td>2.0b</td>
	677	<td>B</td> <td>Diriclet-Randbedingungen für
	678	Temperatur und
[5]	679	Flüssigwassergehalt
[62]	680	werden gesetzt. Dies wäre bereits nach Einführung der
	681	Pointer
[5]	682	zwingend notwendig gewesen. Rechnungen mit vorgegebener
	683	Oberflächentemperatur
[62]	684	schlugen deshalb bislang fehl.</td> <td>boundary_conds</td>
	685	</tr> <tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">07/09/00</td> <td>MS</td> <td>2.0b</td>
	686	<td>B</td> <td>Die virtuelle potenielle Temperatur
	687	wird nun auch für
[5]	688	k=nzb und
	689	k=nzt+1 berechnet, um die Randwerte auch für Ausgabezwecke
[62]	690	bereichtzustellen. </td> <td>compute_vpt</td>
	691	</tr> <tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">28/12/00</td> <td>SR</td> <td>2.1</td>
	692	<td>C/N</td> <td>PALM erlaubt jetzt den Einsatz
	693	optionaler Software-Pakete,
[5]	694	die zwar
[62]	695	zum Modell gehören, standardmäßig aber
	696	nicht mit
[5]	697	übersetzt
	698	werden, um so unter anderem Kompilationszeit einzusparen. Siehe neues
	699	Kapitel
[62]	700	3.7 in der Modelldokumentation.  <p>Einsatz der
	701	dvrp-Software wurde vollständig
[5]	702	überarbeitet.
	703	Sie ist nun als Software-Paket optional im Modell einsetzbar. Siehe
	704	überarbeitetes
[62]	705	Kapitel 4.5.6 in der Modelldokumentation.  </p> <p>Die
	706	Prognose der Partikelverlagerung ist ebenfalls in ein
[5]	707	optionales
[62]	708	Software-Paket ausgelagert.</p> </td> <td>advec_particles,
	709	header, init_3d_model, init_dvrp,
[5]	710	init_particles,
	711	init_pegrid, modules, parin, parles, plot_dvrp, prognostic_equations,
	712	read_var_list,
[62]	713	write_var_list  <p><b>Neu:</b> <br>
	714	package_parin</p> </td> </tr> <tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">28/12/00</td>
	715	<td>SR</td> <td>2.1</td> <td>B</td>
	716	<td>MPI_FINALIZE ans Ende des Hauptprogramms geschoben (stand
[5]	717	vorher vor
	718	cpu_auswertung, wo noch ein Barrier-Aufruf steht). comm2d war zu Beginn
	719	undefiniert und wird nun erst einmal gleich MPI_COMM_WORLD gesetzt.</td>
[62]	720	<td>parles</td> </tr> <tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">02/01/01</td>
	721	<td>SR</td> <td>2.1a</td> <td>C</td>
	722	<td>Offene Dateien werden sobald möglich geschlossen.
[5]	723	Wiedereröffnung
	724	bestimmter Dateien mit POSITION='APPEND' möglich. In diesem
	725	Zusammenhang
	726	wurde das Unterprogramm close_files in close_file umbenannt und hat nun
	727	1 Argument.  <br>
	728	Anpassung der Diffusionsparametrisierung im 1D-Modell an das 3D-Modell.</td>
[62]	729	<td>advec_particles, check_cpu_time, check_open, cpu_auswertung,
[5]	730	init_1d_model,
	731	init_3d_model, init_particles, modules.f90, parin, parles, plot_2d,
[62]	732	write_3d_binary  <p><b>Neu:</b> <br>
	733	close_file  </p> <p><b>Eliminiert:</b>
	734	<br>
	735	close_files</p> </td> </tr> <tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">02/01/01</td>
	736	<td>SR</td> <td>2.1a</td> <td>B</td>
	737	<td>Beseitigung kleiner Fehler.</td> <td>check_cpu_time,
	738	diffusion_e, diffusivities, long_filter,
	739	production_e</td> </tr> <tr nosave="" valign="top"> <td>05/01/01</td> <td>SR</td>
	740	<td>2.1b</td> <td>N</td> <td nosave="">Neues
	741	Software-Paket zur Berechnung von Spektren im
	742	Ortsraum</td> <td>check_open, header, init_3d_model,
	743	leap_frog, modules,
[5]	744	package_parin,
[62]	745	parles, read_var_list, write_3d_binary, write_var_list  <p><b>Neu:</b>
	746	<br>
	747	calc_spectra, plot_spectra</p> </td> </tr> <tr valign="top"> <td>25/01/01</td> <td>SR</td>
	748	<td>2.1c</td> <td>C/N</td> <td>Drucklöser
	749	kann jetzt die Singleton-FFT benutzen. Modul <tt>singleton</tt>
[5]	750	wurde deshalb von <tt>calc_spectra.f90</tt> nach <tt>modules.f90</tt>
	751	geschoben
[62]	752	(neuer Initialisierungsparameter <tt>fft_method</tt>).
	753	<br>Flüsse können jetzt bei k=1
	754	unabhängig von der
[5]	755	Verwendung
	756	einer Prandtl-Schicht vorgegeben werden (neuer
[62]	757	Initialisierungsparameter <tt>use_surface_fluxes</tt>).
	758	<br>Modul <tt>test_variables</tt> wurde aus allen
	759	Programmteilen entfernt.
	760	Hauptprogramm wurde von parles nach <tt>palm</tt>
	761	umbenannt.  <br>
[5]	762	Modell kann auf DEC-Workstations eingesetzt werden (-D <tt>dec</tt>).
[62]	763	<br>Zusätzliche Zeitmessungen mit dvrp-Software.
	764	Schreiben von
[5]	765	Partikel-Informationen
	766	ist optional (neuer Parameter <tt>write_particle_informations</tt>).</td>
[62]	767	<td>advec_particles, calc_spectra, check_parameters,
[5]	768	cpu_zeitmessung, diffusion_s,
	769	header, init_3d_model, init_dvrp, init_particles, leap_frog, modules,
	770	package_parin,
	771	parin, poisfft, read_var_list, swap_timelevel, write_var_list
[62]	772	<p><b>Neu:</b> <br>
	773	palm  </p> <p><b>Eliminiert:</b> <br>
	774	parles, module_test</p> </td> </tr> <tr valign="top"> <td>25/01/01</td> <td>SR</td>
	775	<td>2.1c</td> <td>B</td> <td>Fehler
	776	beim öffnen von Unit 23 beseitigt. Modul <tt>interface</tt>
[5]	777	fehlte in disturb_field.  <br>
	778	Wertebereich von theta* in Prandtl-Fluxes eingeschränkt, weil
[62]	779	sonst auf einigen Rechnern overflow droht, wenn u*=0.</td> <td>check_open,
	780	disturb_field, prandtl_fluxes</td> </tr> <tr valign="top"> <td>30/01/01</td> <td>SR</td>
	781	<td>2.1d</td> <td>N/C</td> <td>Prognose
	782	eines passiven Skalars ist möglich (anstatt
[5]	783	Feuchte),
	784	dazu neuer Initialisierungsparameter <tt>passive_scalar</tt>.
[62]	785	<p>Falls kein Pfad für ftpcopy existiert, werden in <tt>check_open</tt>
	786	die Dateinamen für AVS-Koordinaten- und Datendatei auf
	787	"unknown"
	788	gesetzt.</p> </td> <td>asselin_filter,
	789	boundary_conds, check_open, check_parameters,
[5]	790	flow_statistics,
	791	header, init_1d_model, init_3d_model, modules, parin, plot_2d,
	792	plot_dvrp,
	793	prandtl_fluxes, prognostic_equations, read_var_list, swap_timelevel,
	794	write_3d_binary,
[62]	795	write_var_list</td> </tr> <tr valign="top"> <td>30/01/01</td>
	796	<td>SR</td> <td>2.1d</td> <td>B</td>
	797	<td>String-Ausgabe für use_surface_fluxes korrigiert.
[5]	798	Version vom
	799	25/01/01 brach deswegen bei Fortsetzungsläufen ab.  <br>
[62]	800	xy-Plotausgabe von q und ql korrigiert.</td> <td>plot_2d,
	801	write_var_list</td> </tr> <tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">30/03/01</td>
	802	<td>SR</td> <td>2.2</td> <td>N/C</td>
	803	<td>Sämtliche 3D-Felder der Zeitebene t+dt wurden
	804	entfernt.
[5]	805	Ebenso
	806	die Arbeitsfelder work und work1. Hilfsfelder wurden soweit
	807	möglich
	808	eingespart und werden grundsätzlich lokal allokiert. Dadurch
	809	konnten
	810	eine Reihe von Übergabeparametern gestrichen werden (z.B. beim
	811	Aufruf
[62]	812	von <tt>pres, advec_s_bc, poisfft, production_e, sor </tt>sowie
	813	den
[5]	814	Spline-Unterprogrammen).
	815	Der Long-Filter wurde in das Upstream-Spline-Verfahren integriert. Da
	816	der
	817	Zeitfilter jetzt direkt in der prognostischen Gleichung angewendet wird
[62]	818	(bisher geschah dies erst nach Aufruf des Drucklösers), haben
	819	sich
[5]	820	die Zahlen in der Testergebnis-Datei geändert. Die mittleren
	821	Profile
[62]	822	sind aber unbeeinflusst.  <p>Eine weitere kleinere
	823	Änderung der Testergebnis-Daten
[5]	824	wird dadurch
	825	verursacht, dass jetzt der Parameter <tt>adjust_mixing_length</tt>
	826	defaultmäßig <tt>.FALSE.</tt>
[62]	827	ist und der Mischungsweg grundsätzlich zusätzlich
	828	auf  <tt>0.7
[5]	829	* zu</tt>   begrenzt wird. Falls <tt>adjust_mixing_length=T</tt>,
[62]	830	wird jetzt der Mischungsweg in <tt>diffusivities</tt>
	831	analog zu <tt>diffusion_e</tt>
[5]	832	an allen Gitterpunkten modifiziert. <b>Achtung: </b>Diese
	833	Änderungen
[62]	834	können bei anderen Simulationen t.w. erhebliche Auswirkungen
	835	auf
[5]	836	die
[62]	837	oberflächennahen Ergebnisse haben.  </p> <p><b>Kleinere
	838	Änderungen:</b> In <tt>init_cloud_physics</tt>
[5]	839	wird
[62]	840	der Wert der Variablen <tt>surface_pressure</tt> in hPa
	841	belassen
[5]	842	(bisher
	843	Umwandlung in Pa).  <br>
	844	Die Namelist-Namen der Software-Pakete sind  t.w.
	845	geändert.  <br>
[62]	846	Unit 14 (binäre Ausgabe für
	847	Fortsetzungsläufe) wird
[5]	848	jetzt im Hauptprogramm geschlossen, damit auf diese Datei noch
	849	benutzergesteuerte
	850	Ausgaben erfolgen können.  <br>
	851	Laufparameter werden in keinem Fall mehr auf Unit 14 ausgegeben bzw.
	852	von Unit 13 gelesen, d.h. sie gelten jetzt tatsächlich nur
	853	für
	854	den jeweils aktuellen Lauf.  <br>
	855	Partikeladvektion funktioniert jetzt auch zusammen mit der
[62]	856	Galilei-Transformation.  </p> <p>Restliche
	857	deutsche Variablen-, Unterprogramm- und Modulnamen
[5]	858	wurden
	859	ins Englische übersetzt. Davon sind fast alle Programmteile
	860	betroffen
[62]	861	(nicht in rechter Spalte aufgeführt).</p> </td> <td>advec_particles,
	862	advec_s_bc, advec_s_ups, advec_u_ups,
[5]	863	advec_v_ups,
	864	advec_w_ups, boundary_conds, calc_spectra, check_parameters,
	865	diffusion_e,
	866	init_3d_model, init_cloud_physics, init_pegrid, init_rankine,
	867	leap_frog,
	868	modules, package_parin, palm, parin, poisfft, pres, production_e,
	869	prognostic_equations,
	870	read_var_list, sor, swap_timelevel, transpose_*, write_3d_binary,
[62]	871	write_var_list  <p><b>Neu:</b> <br>
	872	cpu_log, cpu_statistics  </p> <p><b>Eliminiert:</b>
	873	<br>
	874	asselin_filter, cpu_auswertung, cpu_zeitmessung, long_filter</p> </td>
	875	</tr> <tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">12/07/01</td> <td>SR</td> <td>2.2a</td>
	876	<td>N/C</td> <td>Defaultwert der unteren
	877	Randbedingung für die TKE ist ab
[5]	878	sofort <tt>bc_e_b
	879	= 'neumann'</tt>.  <br>
	880	Partikelquelle ist über Paketparameter steuerbar.
	881	Partikeleigenschaften
	882	sind mittels benutzereigener Software steuerbar. Der dvrp-Ausgabeweg
	883	ist
	884	jetzt ebenfalls über Paketparameter steuerbar.  <br>
	885	Allen Modulen (bis auf singleton) wurde eine SAVE-Anweisung
	886	hinzugefügt,
[62]	887	damit die durch sie vereinbarten Variablen während der
	888	Rechnung in
	889	keinem Fall undefiniert werden können (diese Gefahr besteht
	890	z.B.
[5]	891	auf
[62]	892	SGI-Origin-Maschinen).</td> <td>advec_particles, header,
	893	init_dvrp, init_particles,
[5]	894	modules.f90, package_parin,
[62]	895	plot_dvrp, user_interface</td> </tr> <tr> <td>12/07/01</td>
	896	<td>SR</td> <td>2.2a</td> <td>B</td>
	897	<td>Verschiebung der OPEN-Anweisung für Unit 33
	898	(AVS-FLD-Datei).</td> <td>check_open</td> </tr>
	899	<tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">20/07/01</td>
	900	<td>SR</td> <td>2.3</td> <td>N</td>
	901	<td>Einbau des Mehrgitterverfahrens zur Lösung der
	902	Poisson-Gleichung.</td> <td>check_parameters,
	903	exchange_horiz, header, init_grid,
[5]	904	init_pegrid, modules,
[62]	905	parin, pres, run_control  <p><b>Neu:</b> <br>
	906	poismg</p> </td> </tr> <tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">21/08/01</td>
	907	<td>SR</td> <td>2.3a</td> <td>N/C</td>
	908	<td>Ergänzung der dvrp-Software: Partikel
	909	können mit
[5]	910	Schwänzen
	911	versehen werden. Die Ausgabe der dvrp-Plotdaten durch einen separaten
	912	PE
[62]	913	ist möglich (mrun-Option "<tt>-p dvrp_graphics+1PE</tt>").
	914	Der
[5]	915	Kommunikator <tt>MPI_COMM_WORLD</tt>
[62]	916	wurde deshalb durch  <tt>comm_palm</tt>
	917	ersetzt.  <p>Reduzierung des Mischungsweges im
	918	Wandbereich kann wahlweise
[5]	919	abgeschaltet
	920	werden. Für km und kh wird jetzt eine Neumann-Randbedingung am
	921	unteren
	922	Rand verwendet. Die TKE-Energieproduktionsberechnung durch Scherung des
[62]	923	Grundstroms am unteren Rand wurde verbessert.  </p> <p>Generelle
	924	Verwendung der bodennahen vertikalen
[5]	925	Impulsflüsse in
	926	den Diffusionstermen von u und v, immer wenn diese als Randbedingung
	927	vorgegeben
[62]	928	sind (gemäß <tt>use_surface_fluxes</tt>,
	929	- bisher wurde
[5]	930	dies
	931	nur bei eingeschalteter Prandtl-Schicht gemacht). Schubspannungen
	932	können
	933	jetzt als Randbedingungen vorgegeben werden (allerdings unter
	934	zuhilfenahme
[62]	935	benutzereigener Software).  </p> <p>Zusätzliche
	936	Schnittstellen für benutzereigene
[5]	937	Software in
[62]	938	allen Tendenztermen, in <tt>flow_statistics,</tt> und
	939	für
[5]	940	Partikel-
	941	bzw. dvrp-Programmteile (Bestimmung von Partikeleigenschaften,
	942	Festlegung
[62]	943	von Farbtabellen).  </p> <p><b>Achtung: </b>Diese
	944	Änderungen können bei
[5]	945	Simulationen mit
[62]	946	mittlerem Wind durch die Änderungen im bereich des unteren
	947	Randes
	948	t.w. erhebliche Auswirkungen auf die oberflächennahen
	949	Ergebnisse
	950	haben.</p> </td> <td>advec_particles, diffusion_e,
	951	diffusion_u, diffusion_v,
[5]	952	diffusivities,
	953	flow_statistics, header, init_dvrp, init_particles, init_pegrid,
	954	leap_frog,
	955	modules, package_parin, palm, parin, plot_dvrp, production_e,
	956	prognostic_equations,
	957	read_var_list, swap_timelevel, user_interface, write_var_list</td>
[62]	958	</tr> <tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">21/08/01</td> <td>SR</td> <td>2.3a</td>
	959	<td>B</td> <td>Falsche Positionierung von
	960	MPI_ALLREDUCE in check_cpu_time
	961	korrigiert.</td> <td>check_cpu_time</td> </tr>
	962	<tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">04/09/01</td>
	963	<td>SR</td> <td>2.3b</td> <td>N</td>
	964	<td>Zusätzliche Profilausgaben für
[5]	965	Energieproduktionsterme möglich.
[62]	966	Stördruck wird bei der FFT-Methode nicht mehr durch
	967	Aufsummieren
[5]	968	der
[62]	969	Werte zu den einzelnen Zeitschritten ermittelt.</td> <td>check_parameters,
	970	flow_statistics, modules, pres</td> </tr> <tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">04/09/01</td>
	971	<td>SR</td> <td>2.3b</td> <td>B</td>
	972	<td>Austausch der Geisterränder für die
	973	zeitgefilterten
[5]	974	Felder
	975	direkt nach Durchführung der Filterung (war fehlerhaft seit
	976	Entfernen
	977	der Zeitebene t+dt (Version 2.2) und führte zu sehr kleinen
	978	Störungen
[62]	979	an den seitlichen Rändern der Teilgebiete).  <p><b>Achtung:</b>
	980	Der Inhalt der Testergebnis-Datei ändert
[5]	981	sich durch
[62]	982	diese Fehlerkorrektur.</p> </td> <td>prognostic_equations</td>
	983	</tr> <tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">09/11/01</td> <td>SR</td> <td>2.3c</td>
	984	<td>N</td> <td>Farbe entlang der
	985	Partikelschwänze kann sich
[5]	986	ändern. Einschalten
	987	der Partikeladvektion bei Fortsetzungsläufen möglich.</td>
[62]	988	<td>advec_particles, init_particles, modules, package_parin,
	989	plot_dvrp</td> </tr> <tr nosave="" valign="top">
	990	<td nosave="">16/04/02</td> <td>SR</td>
	991	<td>2.3d</td> <td>N</td> <td>Vorgabe
	992	von Randbedingungen für Partikeladvektion
[5]	993	möglich.
[62]	994	Partikeldaten können für spätere Analysen
	995	auf Datei
[5]	996	geschrieben
[62]	997	werden (Unit 85). <tt>PARTICLE</tt>-Datentyp
	998	enthält
[5]	999	Informationen
[62]	1000	über Partikelgeschwindigkeitskomponenten und
	1001	Startposition.  <p>Skalartransport sowie entsprechende
	1002	Datenausgaben können
[5]	1003	durch
	1004	eigene Parameter gesteuert werden (nicht mehr über die
[62]	1005	Feuchteparameter).  </p> <p>Im Fall von
	1006	pdims(1)=1 (eindimensionales virtuelles
[5]	1007	Prozessornetz in
	1008	y-Richtung) werden die zyklischen Randbedingungen in x-Richtung durch
	1009	direktes
[62]	1010	Umspeichern anstatt durch  <tt>sendrecv </tt>realisiert.
	1011	Ebenso
[5]	1012	werden
[62]	1013	die Transponierungen xz, yz, zx  und zy eingespart (es wird
	1014	aber
[5]	1015	weiter
[62]	1016	umsortiert).  </p> <p>Im Fall von
	1017	3D-Plotausgaben Aufruf von ftpcopy-Script durch
[5]	1018	batch_scp-Script
	1019	ersetzt (dient der Ermittelung von Dateizyklusnummern als Information
	1020	für
[62]	1021	die AVS-fld-Datei).  </p> <p>Bei fehlerhafter
	1022	Eröffnung einer CPU_MEASURES-Datei
[5]	1023	werden erneute
[62]	1024	Eröffnungsversuche durchgeführt.</p> </td>
	1025	<td>advec_particles, check_open, check_parameters,
[5]	1026	exchange_horiz, flow_statistics,
	1027	header, init_particles, modules, package_parin, parin, plot_2d,
	1028	plot_3d,
	1029	prognostic_equations, read_var_list, transpose_xz, transpose_yz,
	1030	transpose_zx,
[62]	1031	transpose_zy, write_var_list</td> </tr> <tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">02/05/02</td>
	1032	<td>SR</td> <td>2.3e</td> <td>B</td>
	1033	<td>Wiedereinführung der 3D-Felder für die
	1034	Zeitebene
[5]	1035	t+dt, die
	1036	notwendig ist, damit in den Diffusionstermen bei Leapfrog-Zeitschritten
	1037	mit der korrekten Zeitebene t-dt gearbeitet wird. Seit Version 2.2
	1038	wurde
[62]	1039	fälschlicherweise die Zeitebene t+dt verwendet. Asselin-Filter
	1040	ist
[5]	1041	jetzt wieder eigenständiges Unterprogramm. <br>
	1042	Die Wiedereinführung dieser dritten Zeitebene ist auch
	1043	Voraussetzung
	1044	für die in der nächsten Version geplante skalare
[62]	1045	Optimierung.  <p>Fehler bei Berechnung von
	1046	Ausgabezeitpunkten eliminiert (trat
[5]	1047	auf, wenn
[62]	1048	bei Fortsetzungsläufen von Ausgabeabständen 0.0 auf
	1049	von Null
	1050	verschiedene Werte gewechselt werden sollte).  </p> <p><b>Achtung:</b>
	1051	Der Inhalt der Testergebnis-Datei ändert
[5]	1052	sich durch
[62]	1053	diese Fehlerkorrektur.</p> </td> <td>init_3d_model,
	1054	leap_frog, modules, prognostic_equations,
	1055	swap_timelevel  <p><b>Neu:</b> <br>
	1056	asselin_filter</p> </td> </tr> <tr nosave="" valign="top"> <td>02/05/02</td> <td>SR</td>
	1057	<td>2.3e</td> <td>N/C</td> <td>Kleinere
	1058	Anpassungen an IBM-Regatta-Systeme in
	1059	check_parameters, cpu_log.  <p>Modul singleton in
	1060	eigenständige Datei
	1061	überführt.  </p> <p>Global_min_max
	1062	arbeitet mit REAL*4, um Komplikationen auf
[5]	1063	32-bit-Rechnern
	1064	zu vermeiden (Datentyp MPI_2REAL müsste dort sonst auf
	1065	MPI_2DOUBLE_PRECISION
	1066	geändert werden). <br>
	1067	Horizontale Geschwindigkeitskomponenten für Partikeladvektion
	1068	werden exakt zwischen den jeweils benachbarten horizontalen
	1069	Gitterflächen
[62]	1070	interpoliert.</p> </td> <td nosave="">advec_particles,
	1071	check_parameters, cpu_log,
[5]	1072	global_min_max,
[62]	1073	modules  <p><b>Neu:</b> <br>
	1074	singleton</p> </td> </tr> <tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">11/06/02</td>
	1075	<td>SR</td> <td>2.4</td> <td>N/C</td>
	1076	<td>Optimierung und Anpassungen für einzelne Knoten der
	1077	IBM-Regatta-Systeme. <p><b>Skalare (Cache) Optimierung:</b>
	1078	Tendenzterme werden
[5]	1079	innerhalb einer
	1080	großen (i,j)-Schleife berechnet, die nun jeweils die gesamte
	1081	prognostische
	1082	Gleichung umfasst. Schleifenindices i und j werden an die
	1083	Tendenzunterprogramme
[62]	1084	als Argumente übergeben. Die Tendenzunterprogramme sind als
	1085	Module
	1086	geschrieben, die mittels Technik der überladenen Funktionen
	1087	auch
[5]	1088	ohne
[62]	1089	diese Indices i und j aufgerufen werden können, und dann wie
	1090	in
[5]	1091	früheren
[62]	1092	Versionen funktionieren (d.h. in ihnen laufen die Schleifen
	1093	über
[5]	1094	alle
	1095	3 Dimensionen). Solche Teile der prognostischen Gleichungen, die
	1096	globale
	1097	Kommunikation beinhalten, sind vor die (i,j)-Schleife gezogen. Falls
	1098	ausschließlich
	1099	mit Piascek-Williams-Advektion gearbeitet wird, werden alle
	1100	prognostischen
[62]	1101	Gleichungen in einer einzigen (i,j)-Schleife gerechnet. </p> <p><b>Kommunikationsoptimierung:</b>
	1102	Zusätzliche
[5]	1103	Implementierung einer
	1104	1D-Gebietszerlegung in x-Richtung. Mit dem neuen direkten
	1105	Drucklöser
	1106	(poisfft_hybrid) werden dadurch 4 von 6 notwendigen Transpositionen
	1107	eingespart.
	1108	Die 1D-Zerlegung wird automatisch bei Verwendung dieses neuen
	1109	Lösers
	1110	aktiviert. Austausch von Geisterrändern in y-Richtung wird bei
	1111	dieser
	1112	1D-Zerlegung durch einfache zyklische Randbedingungen ersetzt. </p>
[62]	1113	<p><b>Kleinere Anpassungen:</b> String-Vergleiche
	1114	erfordern beim
[5]	1115	IBM-Compiler
[62]	1116	in der Regel den Einsatz der TRIM-Funktion, um
	1117	überschüssige
[5]	1118	Blanks am Ende des Strings abzuschneiden (sonst liefert der Vergleich
	1119	.F.). <br>
	1120	Lokal allokierte Felder t.w. in sogenannte automatische Felder
	1121	umgewandelt
[62]	1122	(günstiger, um Gefahr von eventuellen Speicherlecks zu
	1123	vermeiden).
[5]	1124	Einige Feldoperationen wurden wegen schlechter Performance auf der IBM
[62]	1125	entfernt (s. pres). </p> <p><b>Achtung: </b>Die
	1126	Übersetzung des Modells erfordert
[5]	1127	aufgrund
	1128	der Vielzahl nunmehr eingesetzter Module die Verwendung des
	1129	make-Mechanismus,
[62]	1130	um die korrekte Reihenfolge bei der Übersetzung der
	1131	Programmteile
	1132	zu gewährleisten. Die Beschreibung dieser
	1133	Abhängigkeiten
[5]	1134	erfolgt
[62]	1135	in der Datei<tt> Makefile</tt>, die zusammen mit den
	1136	Programmdateien
[5]	1137	abgelegt
[62]	1138	ist und ebenfalls unter RCS-Verwaltung steht. </p> <p>Im
	1139	User-Interface ist das Unterprogramm<tt> user_actions </tt>nun
[5]	1140	ebenfalls
[62]	1141	als Modul geschrieben und bedient sich der Methode der
	1142	überladenen
[5]	1143	Funktionen. Existierende benutzereigene Software muss entsprechend
	1144	angepasst
[62]	1145	werden.</p> </td> <td>advec_s_pw, advec_s_up,
	1146	advec_u_pw, advec_u_up, advec_v_pw,
[5]	1147	advec_v_up,
	1148	advec_w_pw, advec_w_up, buoyancy, calc_precipitation, calc_radiation,
	1149	calc_spectra,
	1150	check_parameters, coriolis, diffusion_e, diffusion_s, diffusion_u,
	1151	diffusion_v,
	1152	diffusion_w, diffusivities, exchange_horiz, exchange_horiz_2d,
	1153	global_min_max,
	1154	header, impact_of_latent_heat, init_pegrid, leap_frog, modules,
	1155	plot_2d,
	1156	plot_3d, plot_spectra, poisfft, pres, production_e,
	1157	prognostic_equations,
[62]	1158	user_interface, <p><b>Neu:</b> <br>
	1159	fft_for_1d_decomp, Makefile, poisfft_hybrid, </p> </td>
	1160	</tr> <tr nosave="" valign="top"> <td nosave="">11/06/02</td> <td>SR</td> <td>2.4</td>
	1161	<td>B</td> <td>Fehlende Variablenvereinbarung in <tt>advec_particles</tt>
	1162	ergänzt.</td> <td>advec_particles</td> </tr>
	1163	<tr> <td valign="top">12/09/02</td> <td valign="top">SR</td> <td valign="top">2.4a</td>
	1164	<td valign="top">N</td> <td valign="top">Partikel
	1165	können mit Trägheit versehen
[5]	1166	werden und
	1167	einen Dichteunterschied zum umgebenden Fluid haben. Zur Steuerung dient
	1168	der neue Paketparameter <tt>density_ratio</tt>.</td>
[62]	1169	<td valign="top">advec_particles, header, init_particles,
	1170	modules, package_parin</td> </tr> <tr> <td valign="top">12/09/02</td> <td valign="top">SR</td>
	1171	<td valign="top">2.4a</td> <td valign="top">B</td>
	1172	<td valign="top">Fehler in Berechnung der Anfangsprofile
	1173	von pt
[5]	1174	und q entfernt
	1175	(obere Feldgrenze von 10 konnte in <tt>pt_vertical_gradient_level_ind</tt>
[62]	1176	überschritten werden). Fehler führte unter
	1177	Umständen zu
	1178	"segmentation fault" bei Verwendung sehr großer
	1179	Gitterpunktzahlen
	1180	in z-Richtung. <p>Fehler in Berechnung der v-Komponente am
	1181	unteren Rand
[5]	1182	entfernt, die
[62]	1183	für den Scherungsproduktionsterm der TKE verwendet wird
	1184	(Variable
	1185	v_0). Fälschlicherweise wurde zur Berechnung u(k=1) statt
	1186	v(k=1)
	1187	verwendet.</p> </td> <td valign="top">check_parameters,
	1188	modules, production_e</td> </tr> <tr> <td valign="top">19/12/02</td> <td valign="top">SR</td>
	1189	<td valign="top">2.5</td> <td valign="top">N</td>
	1190	<td valign="top">Restart times can be set by user with new
[5]	1191	runtime (d3par)
[62]	1192	parameters <tt>restart_time</tt> and <tt>dt_restart</tt>.
	1193	Run
[5]	1194	description
	1195	header is written on file CONTINUE_RUN. Output of cpu statistics
	1196	changed
	1197	(PE results are now collected on PE0 in order to calculate mean cpu
	1198	statistics).
	1199	Output of warnings in the job protocol in case of negative measured
	1200	cpu-times.
[62]	1201	Remaining cpu-time is also evaluated on IBM-Regatta.</td> <td valign="top">cpu_log, cpu_statistics,
[5]	1202	check_parameters,header, leap_frog,
[62]	1203	local_tremain, local_tremain_ini, modules,  palm,  <p><b>new:</b>
	1204	<br>
	1205	check_for_restart </p> <p><b>deleted:</b> <br>
	1206	check_cpu_time</p> </td> </tr> <tr> <td valign="top"> <br> </td> <td valign="top"> <br> </td> <td valign="top"> <br> </td> <td valign="top">C</td> <td valign="top">Unit
	1207	14 (BINOUT) must be opened using a special
[5]	1208	process
	1209	id string, because on IBM, the PE rank differs between communicators
	1210	MPI_COMM_WORLD
	1211	and comm_2d. This leads to a mismatch between filename-PE-number and
	1212	PE-number
	1213	written on file. As the consequence, these files could not be read by
	1214	restart-jobs.
[62]	1215	Reading of array <tt>hom</tt> moved from <tt>init_3d_model
	1216	</tt>to <tt>read_var_list</tt>
	1217	(binary version number incremented to 2.2). <p><b>Further
	1218	optimization for IBM-Regatta-systems:</b> <br>
[5]	1219	Additional optimization of the hybrid-solver for multinode usage
	1220	(overlapping
[62]	1221	of communication and computation). </p> <p>Further cache
	1222	optimization by using strides and joining loops (<tt>hybrid_solver,
	1223	pres</tt> and <tt>timestep</tt>). Joining of
	1224	MPI_ALLREDUCE calls in
	1225	timestep. </p> <p>In case of 1d-decomposition along x
	1226	only a part of the
[5]	1227	integral divisor
	1228	conditions is checked, on IBM hosts a 1d-decomposition along x is the
	1229	default,
	1230	a switch from Poisson-FFT-solver to the hybrid-solver is made in case
	1231	of
	1232	1d-decomposition along x, the hybrid-solver does not force a
	1233	1d-decomposition
[62]	1234	any more. </p> <p>Array notation changed to do-loop
	1235	constructs due to better
	1236	performance. </p> <p>Cyclic boundary conditions along <tt>y</tt>
	1237	used instead of
[5]	1238	sendrecv
[62]	1239	in case of a 1d-decomposition along <tt>x</tt>. SENDRECV
	1240	replaced by
[5]	1241	nonblocking
	1242	routines ISEND and IRECV in <tt>exchange_horiz.f90</tt>. </p>
[62]	1243	<p>Speed optimization by removing MINVAL/MAXVAL calls and by
[5]	1244	handling <br>
	1245	the "abs" case in a different way than the min/max cases (routine <tt>global_min_max</tt>).</p>
[62]	1246	</td> <td valign="top">asselin_filter, check_open,
	1247	exchange_horiz,
[5]	1248	global_min_max,
	1249	init_3d_model, init_pegrid, parin, poisfft_hybrid, read_var_list,
	1250	timestep,
[62]	1251	write_3d_binary, write_var_list</td> </tr> <tr> <td valign="top"><br> </td> <td valign="top"><br>
	1252	</td> <td valign="top"><br> </td> <td valign="top">B</td> <td valign="top">Correction
	1253	of mixing length term (l(k)/ll(k)).
[5]	1254	The condition
	1255	kh=3*km in the unstable case is now also exactly met in the wall
	1256	adjustment
	1257	region. Factor 0.7 in wall adjustment part replaced by variable <tt>wall_adjustment_factor</tt>,
[62]	1258	which is set to 1.8 in <tt>modules.f90</tt>. The factor
	1259	0.7 was the
[5]	1260	possible
[62]	1261	reason for 2-delta-x-waves, which were observed since version 2.1d. <p>Calculation
	1262	of deformation tensor re-designed (<tt>production_e</tt>). </p>
	1263	<p>STOP statements replaced by call of new subroutine <tt>local_stop,
	1264	</tt>where
[5]	1265	MPI_FINALIZE is called before STOP in case of a parallel environment. </p>
[62]	1266	<p>ISO2D parameter dp set to true for ibm hosts. </p> <p>tend=p
	1267	added in <tt>pres</tt> after calling sor method.</p>
	1268	</td> <td valign="top">advec_s_bc, buoyancy,
	1269	check_open,
[5]	1270	check_parameters, close_file,
	1271	coriolis, diffusion_e, diffusivities, fft_for_1d_decomp,
	1272	flow_statistics,
	1273	init_3d_model, init_dvrp, init_grid, init_particles, init_pegrid,
	1274	parin,
[62]	1275	plot_2d, poisfft, pres, read_var_list, user_interface,  <p><b>new:</b>
	1276	<br>
	1277	local_stop, production_e</p> </td> </tr> <tr>
	1278	<td valign="top">03/03/03</td> <td valign="top">SR</td>
	1279	<td valign="top">2.5a</td> <td valign="top">N</td>
	1280	<td valign="top">Particle velocities are also stored in
	1281	array
[5]	1282	particles in
	1283	case of zero density ratio. Steering of variables by dvrp browser
[62]	1284	included.</td> <td valign="top">advec_particles,
	1285	init_dvrp, modules,</td> </tr> <tr> <td valign="top"><br> </td> <td valign="top"><br>
	1286	</td> <td valign="top"><br> </td> <td valign="top">C</td> <td valign="top">AVS
	1287	data format changed from float to xdr_float
[5]	1288	(needed
	1289	on linux machines <br>
	1290	due to the little/big endian problem). Updates for new version of dvrp
[62]	1291	software (e.g. using module dvrp is now mandatory).</td> <td valign="top">close_file, init_dvrp, leap_frog, plot_dvrp</td>
	1292	</tr> <tr> <td valign="top"><br> </td>
	1293	<td valign="top"><br> </td> <td valign="top"><br> </td> <td valign="top">B</td>
	1294	<td valign="top">Error in particle inertia part removed
	1295	(exp_arg
[5]	1296	must not
	1297	contain the timestep). <br>
	1298	Error in calculation of the vertical flux of resolved scale energy
	1299	(profile 57) removed. Displacement for integers in mpi_particle_type
	1300	reduced
[62]	1301	from 16 to 8 on ibm.</td> <td valign="top">advec_particles,
	1302	flow_statistics, init_particles</td> </tr> <tr> <td valign="top">12/03/03</td> <td valign="top">SR</td>
	1303	<td valign="top">2.6</td> <td valign="top">N</td>
	1304	<td valign="top"><b>Version optimized for NEC-SX6
	1305	parallel-vector
	1306	machines. </b> <p>There are two main changes. A
	1307	new vectorizable routine <tt>prognostic_equations_vec</tt>
[5]	1308	is added, where cache optimizations are undone. The tendency
	1309	subroutines
[62]	1310	called by <tt>prognostic_equations_vec</tt> contain the
	1311	full 3d-loops
[5]	1312	(compared
	1313	with the cache-optimized versions where only loops over k are carried
	1314	out).
[62]	1315	Additionally, a new pressure solver <tt>poisfft_hybrid_vec</tt>
	1316	is
[5]	1317	added,
	1318	which requires a 1d-domain-decomposition (like poisfft_hybrid). In this
	1319	solver, a very fast FFT from Clive Temperton (ECMWF) is
	1320	optionally
	1321	available by choosing <tt>fft_method </tt>= <i>'temperton-algorithm'</i>.
[62]	1322	</p> <p>Additional changes in <tt>flow_statistics</tt>
	1323	to allow
	1324	better vectorization. </p> <p>Small changes in routines <tt>diffusivities</tt>
	1325	and <tt>pres</tt>
[5]	1326	which
	1327	caused run time errors on IBM and NEC due to compiler problems. </p>
[62]	1328	<p>Reading of environment variable <tt>tasks_per_node</tt>
	1329	moved
[5]	1330	from routine <tt>poisfft_hybrid</tt>
[62]	1331	to routine <tt>parin</tt>. </p> <p><b>Changes
	1332	in makefile:</b> modules and user_interface now
[5]	1333	depend on
	1334	the f90 files, dependency of singleton added, LDFLAGS moved to the end
[62]	1335	of PROG rule, temperton_fft added.</p> </td> <td valign="top">advec_s_pw, advec_s_up, advec_u_pw, advec_u_up,
[5]	1336	advec_v_pw,
	1337	advec_v_up, advec_w_pw, advec_w_up, buoyancy, calc_precipitation,
	1338	calc_radiation,
	1339	check_parameters, coriolis, cpu_log, diffusion_e, diffusion_s,
	1340	diffusion_u,
	1341	diffusion_v, diffusion_w, diffusivities, fft_for_1d_decomp, header,
	1342	impact_of_latent_heat,
	1343	init_pegrid, leap_frog, local_tremain, modules, parin, poisfft,
	1344	poisfft_hybrid,
[62]	1345	pres, production_e, prognostic_equations, user_interface <p><b>new:</b>
	1346	<br>
	1347	temperton_fft</p> </td> </tr> <tr> <td valign="top"><br> </td> <td valign="top"><br>
	1348	</td> <td valign="top"><br> </td> <td valign="top">B</td> <td valign="top">tend=p
	1349	added in routine <tt>pres</tt> after
[5]	1350	calling sor
[62]	1351	method.</td> <td valign="top">pres</td> </tr>
	1352	<tr> <td valign="top">14/03/03</td> <td valign="top">SR</td> <td valign="top">2.6a</td>
	1353	<td valign="top">N</td> <td valign="top">Additional
	1354	vector optimization for NEC-SX6. <p>Optional system-specific
	1355	random number generator available
[5]	1356	(for equal
[62]	1357	distributed numbers). </p> <p>Define strings in all
	1358	relevant subroutines changed from  </p> <p><tt>
	1359	#if defined( define_string )</tt> </p> <p>to </p>
	1360	<p><tt>     #if
	1361	defined( __define_string )</tt> </p> <p><b>Caution:
	1362	</b>The relevant subroutines are NOT listed in
[5]	1363	the right
[62]	1364	column!</p> </td> <td valign="top">asselin_filter,
	1365	check_parameters, diffusion_e,
[5]	1366	diffusivities,
	1367	disturb_field, global_min_max, header, local_tremain, modules, parin,
	1368	poisfft_hybrid,
[62]	1369	pres, read_var_list, write_var_list</td> </tr> <tr>
	1370	<td valign="top"><br> </td> <td valign="top"><br> </td> <td valign="top"><br>
	1371	</td> <td valign="top">B</td> <td valign="top">Error in particle boundary condition removed
[5]	1372	(velocity must
[62]	1373	be inverted in case of reflection)</td> <td valign="top">advec_particles</td>
	1374	</tr> <tr> <td valign="top">16/04/03</td>
	1375	<td valign="top">SR</td> <td valign="top">2.6b</td>
	1376	<td valign="top">N</td> <td valign="top">Time
	1377	series output of Monin Obukhov length. <p>Temperton fft can now
	1378	be used for all hosts and every domain
[5]	1379	decomposition.
	1380	Abort in case of Temperton fft, if number of gridpoints along x and/or
[62]	1381	y contain illegal factors.  </p> <p>Index values
	1382	for the extrema found in global_min_max are
[5]	1383	limited to
	1384	the range 0..nx, 0..ny (on IBM machines -1 and nx+1/ny+1 occured which
	1385	produced different RUN_CONTROL output compared to other machines). </p>
[62]	1386	<p>Output format of iteration count in routine run_control
	1387	enlarged.</p> </td> <td valign="top">check_parameters,
	1388	fft_for_1d_decomp,
[5]	1389	global_min_max, init_pegrid,
[62]	1390	modules, plot_ts, poisfft, run_control, temperton_fft</td> </tr>
	1391	<tr> <td valign="top"><br> </td> <td valign="top"><br> </td> <td valign="top"><br>
	1392	</td> <td valign="top">B</td> <td valign="top">Additional checks of variables <tt>hybrid_solver</tt>
[5]	1393	and <tt>host</tt>
[62]	1394	(<tt>hybrid_solver</tt> must not be used for a
	1395	2d-domain-decomposition, <tt>host</tt>
[5]	1396	should be set by setting environment variable <tt>localhost</tt>).
[62]	1397	<p>Header output for mixing length limitations revised.</p>
	1398	</td> <td valign="top">check_parameters, header</td>
	1399	</tr> <tr> <td valign="top">09/05/03</td>
	1400	<td valign="top">SR</td> <td valign="top">2.7</td>
	1401	<td valign="top">N</td> <td valign="top"><b>Version
	1402	running on Linux Clusters using MPICH
[5]	1403	and Intel
[62]	1404	FORTRAN compiler (ifc)</b> <p>So far, only absolutely
	1405	neccessary changes have been done
[5]	1406	(possible
[62]	1407	optimizations will follow in a later version): </p> <p>New
	1408	time measurements for Linux (ifc) environment added. </p> <p>Some
	1409	parameters in MPI calls had to be modified (arrays had to
[5]	1410	be replaced
	1411	by the first element of the regarding array) in order to fulfill f90
	1412	type
	1413	and rank requirements, since on the MUK-cluster a FORTRAN90-version of
	1414	MPI is used. This also required to replace "mpif.h" by using a special
[62]	1415	module (named <tt>mpi</tt>).  I did not find out
	1416	how character
[5]	1417	strings
	1418	can be send with MPI. Therefore, these strings are transformed to
	1419	integers,
	1420	before they are send, and transformed back to characters on the
	1421	receiving
[62]	1422	PE. </p> <p>On the MUK-cluster, only PE0 is able to read
	1423	the values of
[5]	1424	environment
	1425	variables. Therefore, these values are communicated via broadcast to
	1426	the
[62]	1427	other PEs. </p> <p>1d-decomposition is set as the default
	1428	on Linux Clusters.
[5]	1429	Character
[62]	1430	strings have to be transformed to integer </p> <p>Smaller
	1431	changes: </p> <p>Batch_scp paths for IBM, NEC and Linux
	1432	added</p> </td> <td valign="top">check_open,
	1433	cpu_log, flow_statistics,
[5]	1434	init_pegrid, local_getenv,
[62]	1435	modules, palm, poisfft_hybrid</td> </tr> <tr> <td valign="top"><br> </td> <td valign="top"><br>
	1436	</td> <td valign="top"><br> </td> <td valign="top">B</td> <td valign="top">Measurements
	1437	on IBM are now using function <tt>irtc</tt>,
[5]	1438	which allows correct measurements for jobs running over the 24:00
[62]	1439	timeline.</td> <td valign="top">cpu_log,
	1440	local_tremain, local_tremain_ini</td> </tr> <tr> <td valign="top">01/08/03</td> <td valign="top">SR</td>
	1441	<td valign="top">2.7a</td> <td valign="top">B</td>
	1442	<td valign="top">Check that the number processors is also
	1443	an
[5]	1444	integral divisor
[62]	1445	of the number  of gridpoints along y in case of a
	1446	1d-decomposition
	1447	along x. <p>Error concerning the multinode-version of
	1448	poisfft_hybrid
[5]	1449	removed. It
	1450	was caused by the Linux changes of version 2.7 and led to program abort
[62]	1451	due to MPI errors in <tt>MPI_ALLTOALL</tt>. </p> <p>No
	1452	abort on t3e-systems if system specific routines are used. </p> <p>Array<tt>
	1453	sums </tt>is initialized in<tt> init_3d_model </tt>before
	1454	the first call of<tt> pres</tt>. Call of<tt>
	1455	init_cloud_physics </tt>moved
	1456	before<tt> init_particles</tt>.</p> </td> <td valign="top">fft_1dd_init, init_3d_model, init_pegrid,
	1457	poisfft_hybrid</td> </tr> <tr> <td valign="top"><br>
	1458	</td> <td valign="top"><br> </td> <td valign="top"><br> </td> <td valign="top">N</td>
	1459	<td valign="top">Interactive steering of dvrp-graphic
	1460	features by
[5]	1461	dvrp-browser
	1462	plugin extended (position of slicers, threshold values of isosurfaces)
	1463	. New dvrp_graphics package parameter<tt> slicer_range_limits_dvrp</tt>.</td>
[62]	1464	<td valign="top">init_dvrp, modules, package_parin,
	1465	plot_dvrp</td> </tr> <tr> <td valign="top">29/10/03</td>
	1466	<td valign="top">SR</td> <td valign="top">2.7b</td>
	1467	<td valign="top">N</td> <td valign="top">In
	1468	the multigrid method, on a defined level,
[5]	1469	data are gathered
	1470	on PE0 and further calculations are carried out only on this PE. New<tt>
	1471	d3par </tt>parameter <tt>mg_switch_to_pe0_level</tt>.
[62]	1472	<p>Particle groups implemented. New data type<tt>
[5]	1473	particle_groups_type </tt>and data type<tt> particle_type </tt>modified.
	1474	Version
	1475	numbers are
	1476	output on the particle files. New<tt> particles_par </tt>parameter<tt>
[62]	1477	diameter</tt>. Parameter name<tt> uniform_psize</tt>
	1478	changed to<tt>
[5]	1479	dvrp_psize</tt>.
	1480	Parameters<tt> density_ratio </tt>is now an array.</p>
[62]	1481	</td> <td valign="top">advec_particles, check_open,
	1482	exchange_horiz,
[5]	1483	header, init_particles,
[62]	1484	init_pegrid, modules, package_parin, parin, poismg</td> </tr>
	1485	<tr> <td valign="top"><br> </td> <td valign="top"><br> </td> <td valign="top"><br>
	1486	</td> <td valign="top">C</td> <td valign="top">Random number generator from numerical recipes
[5]	1487	is now rewritten
	1488	as a module. In restart runs the seed of this generator is set to the
	1489	last
	1490	values of the previous run in order to keep the sequence of the random
[62]	1491	numbers. New binary version 2.2. <p>Buffer is flushed for file
	1492	RUN_CONTROL immediately after every
[5]	1493	output
[62]	1494	on IBM and Linux cluster.</p> </td> <td valign="top">advec_particles,
	1495	disturb_field, init_3d_model,
[5]	1496	init_particles,
[62]	1497	random_function, random_gauss, run_control, write_3d_binary</td> </tr>
	1498	<tr> <td valign="top"><br> </td> <td valign="top"><br> </td> <td valign="top"><br>
	1499	</td> <td valign="top">E</td> <td valign="top">In routine buoyance, horizontal mean
	1500	temperature
[5]	1501	is now
	1502	taken from array hom instead of array sums (otherwise inconsistence in
[62]	1503	case of using more than one statistical region). <p>Information
	1504	about the time of the last timestep change added
[5]	1505	to the
[62]	1506	restart file. </p> <p>System call of<tt> batch_scp </tt>on
	1507	IBM corrected.</p> </td> <td valign="top">buoyancy,
	1508	check_open, read_var_list,
	1509	write_var_list</td> </tr> <tr> <td style="vertical-align: top;">28/01/04</td> <td style="vertical-align: top;">SR</td> <td style="vertical-align: top;">2.8</td> <td style="vertical-align: top;">N</td> <td style="vertical-align: top;">Runge-Kutta schemes (2nd and
	1510	3rd
[5]	1511	order)
	1512	for time integration implemented. The third order scheme is the new
	1513	default.
	1514	It allows the timestep to be 0.9*CFL, which is much larger than for the
[62]	1515	former default leapfrog scheme.  The intermediate steps, which
	1516	are
[5]	1517	part of these schemes, are realized by an additional loop within routine<span style="font-family: monospace;">
	1518	time_integration </span>(currently<span style="font-family: monospace;">
[62]	1519	leap_frog</span>, but this routine will be renamed soon).
	1520	Steering
[5]	1521	variables<span style="font-family: monospace;">
[62]	1522	at </span>and<span style="font-family: monospace;">
	1523	bt </span>have
	1524	been replaced by array<span style="font-family: monospace;">
	1525	sct</span>.
[5]	1526	, which is particularly used in the prognostic equations. Values of
	1527	this
	1528	steering array are calculated within the new routine<span style="font-family: monospace;">
[62]	1529	timestep_scheme_steering</span>. <p>When using Runge-Kutta
	1530	schemes,  the timestep increment
[5]	1531	is freely
	1532	allowed to adjust after each timestep (the older schemes are using some
[62]	1533	restrictions, see routine<span style="font-family: monospace;">
	1534	timestep</span>).
	1535	Also, routine<span style="font-family: monospace;">
	1536	run_control </span>is
[5]	1537	not automatically called in case of timestep changes, when Runge-Kutta
[62]	1538	schemes are switched on. </p> <p>The old leapfrog scheme
	1539	is still implemented and should
[5]	1540	produce the
[62]	1541	same results as in the previous version(s)! </p> <p>Depending
	1542	on the user experience, further adjustments to the
[5]	1543	Runge-Kutta
	1544	schemes may be necessary within the next minor versions.  </p>
[62]	1545	<p><span style="font-weight: bold;">Attention:</span>
	1546	<br>
[5]	1547	The content of the testresult-file (run control output) has
	1548	significantly
[62]	1549	changed due to the new default timestep scheme!</p> </td> <td style="vertical-align: top;">check_parameters, header,
[5]	1550	init_3d_model,
	1551	init_rankine, leap_frog, modules, prognostic_equations, read_var_list,
[62]	1552	swap_timelevel, timestep, write_var_list <p><span style="font-weight: bold;">new:</span> <br>
	1553	timestep_scheme_steering</p> </td> </tr> <tr>
	1554	<td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;">C</td> <td style="vertical-align: top;">Output of particle infos in
[5]	1555	subroutine<span style="font-family: monospace;">
[62]	1556	allocate_prt_memory </span>on demand only. <p>Type<span style="font-family: monospace;"> log </span>(used
[5]	1557	for
	1558	cpu time measurements) changed to<span style="font-family: monospace;">
[62]	1559	logpoint </span>due to name conflict with FORTRAN
	1560	intrinsic<span style="font-family: monospace;">
	1561	log.</span></p> </td> <td style="vertical-align: top;">advec_particles,
	1562	cpu_log, </td> </tr> <tr> <td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;">E</td> <td style="vertical-align: top;">In case of opening unit 80, a
[5]	1563	barrier
	1564	is set only for the first call of<span style="font-family: monospace;">
	1565	check_open </span>(from routine<span style="font-family: monospace;">
[62]	1566	init_particles</span>), in order to avoid the possibility of
	1567	hanging
[5]	1568	jobs,
	1569	which may occur if unit 80 is opened within routine<span style="font-family: monospace;">
[62]	1570	allocate_prt_memory</span>.</td> <td style="vertical-align: top;">check_open</td> </tr>
	1571	<tr> <td style="vertical-align: top;">30/01/04</td>
	1572	<td style="vertical-align: top;">SR</td> <td style="vertical-align: top;">2.8a</td> <td style="vertical-align: top;">N</td> <td style="vertical-align: top;">In order to prepare the code
	1573	for
[5]	1574	the simulation
	1575	of flow around buildings (to be realized in one of the next major
	1576	versions),
	1577	the lower<span style="font-family: monospace;"> k </span>index<span style="font-family: monospace;">
	1578	nzb </span>has been replaced by a two-dimensional array<span style="font-family: monospace;">
[62]	1579	nzb_2d </span>in many of the three-dimensional loops. So
	1580	far, all
[5]	1581	elements of this array are set to<span style="font-family: monospace;">
[62]	1582	nzb</span>. <p>This change should not effect simulation
	1583	results and cpu time
[5]	1584	in any
[62]	1585	way.</p> </td> <td style="vertical-align: top;">advec_s_pw,
	1586	advec_s_up,
[5]	1587	advec_u_pw, advec_u_up,
	1588	advec_v_pw, advec_v_up, advec_w_pw, advec_w_up, asselin_filter,
	1589	buoyancy,
	1590	calc_liquid_water_content, calc_precipitation, calc_radiation,
	1591	coriolis,
	1592	diffusion_e, diffusion_s, diffusion_u, diffusion_v, diffusion_w,
	1593	diffusivities,
	1594	impact_of_latent_heat, init_3d_model, modules, production_e,
[62]	1595	prognostic_equations, </td> </tr> <tr> <td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;">C</td> <td style="vertical-align: top;">Euler step informations are
[5]	1596	removed in
	1597	the run control output in case of Runge-Kutta schemes. Also, the
	1598	timestep
[62]	1599	increment limitation is removed for the Runge-Kutta schemes. <p><span style="font-weight: bold;">Attention:</span> <br>
[5]	1600	The content of the testresult-file (run control output) has changed
[62]	1601	due to this modification.</p> </td> <td style="vertical-align: top;">run_control, timestep</td>
	1602	</tr> <tr> <td style="vertical-align: top;"><br>
	1603	</td> <td style="vertical-align: top;"><br> </td>
	1604	<td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;">E</td> <td style="vertical-align: top;">Velocity gradients at the
[5]	1605	surface calculated
	1606	in routine production_e are now limited. In case of inhomogeneous
	1607	surface
	1608	heating small diffusivities (<span style="font-family: monospace;">km</span>)
[62]	1609	sometimes caused very small timesteps due to this problem.</td> <td style="vertical-align: top;">production_e</td> </tr>
	1610	<tr> <td style="vertical-align: top;">30/04/04<br>
	1611	</td> <td style="vertical-align: top;">SR<br>
	1612	</td> <td style="vertical-align: top;">2.8b<br>
	1613	</td> <td style="vertical-align: top;">N<br> </td>
	1614	<td style="vertical-align: top;">The number of processors
	1615	along
[5]	1616	the respective directions of the virtual processor grid must not be
	1617	integral divisors of the number of gridpoints along x, y or z any more.
	1618	In case that they are not integral divisors, the subdomains on the
	1619	processors at the upper borders of the virtual grid will contain less
	1620	gridpoints than the other subdomains (which are all of equal size).
	1621	Although this causes a load imbalance, only runs with very small
	1622	numbers of processors will feel a significant decrease of performance.
[62]	1623	In order to be able to carry out the transpositions, array<span style="font-family: monospace;"> d </span>(and also
	1624	working array<span style="font-family: monospace;"> tend</span>)
	1625	have the same size on
[5]	1626	all processors. This new feature is switched on by setting the
[62]	1627	inipar-parameter<span style="font-family: monospace;">
	1628	grid_matching </span>= <span style="font-style: italic;">'match'</span>,
	1629	which is the
	1630	default now.<br> <br>
	1631	Routine<span style="font-family: monospace;"> poisfft </span>is
	1632	now
[5]	1633	the
	1634	default for solving the Poisson-equation for the case of 2d- as well as
	1635	1d-domain-decompositions and has been changed from a subroutine to a
	1636	module. This routine now includes most of the optimization from the
[62]	1637	(Ketelsen) routine<span style="font-family: monospace;">
	1638	poisfft_hybrid </span>and additionally allows 1d-decompositions
	1639	along y.<br> <span style="font-weight: bold;">ATTENTION:</span>
	1640	Routine<span style="font-family: monospace;">
	1641	poisfft_hybrid </span>might still be
[5]	1642	faster when running PALM on more than one node of the IBM-Regatta,
[62]	1643	although the difference is not very big. The <span style="font-family: monospace;">poisfft</span>-code
	1644	for a
[5]	1645	decomposition along y has still a poor performance and needs further
[62]	1646	optimization.<br> <br>
[5]	1647	The spectra-package is now able to use all the available FFT-methods
	1648	(selected by inipar-parameter<span style="font-family: monospace;">
	1649	fft_method </span>).
	1650	Performance of the transpositions needed for calculating the spectra
	1651	has been improved by using new direct transpositions from z to y and
[62]	1652	from y to x instead of two subsequent transpositions.<br> <br>
	1653	Runge-Kutta scheme implemented in the 1d-version (<span style="font-family: monospace;">init_1d_model</span>).
	1654	Diffusion
[5]	1655	quantity arrays are allocated for previous timelevels only in case of
[62]	1656	leapfrog scheme.<br> <br>
[5]	1657	This version is adapted for use on COMPAQ-DECALPHA systems (main
	1658	changes: calling of SHAPE function within subroutine arguments (e.g.<span style="font-family: monospace;"> singleton</span>)
	1659	causes compiler errors, particle data type modified for better
	1660	alignment, DATA statements from modules removed because they caused
[62]	1661	internal compiler errors).<br> </td> <td style="vertical-align: top;">advec_s_ups, advec_u_ups,
[5]	1662	advec_v_ups, advec_w_ups, calc_spectra, check_parameters, fft_xy,
	1663	header, init_1d_model, init_3d_model, init_particles, init_pegrid,
	1664	modules, parin, plot_2d, poisfft, prandtl_fluxes, pres, read_var_list,
	1665	singleton, spline_x, spline_y, spline_z, time_integration, transpose,
[62]	1666	write_3d_binary, write_var_list<br> </td> </tr> <tr>
	1667	<td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;">C<br> </td> <td style="vertical-align: top;">FFT routines renamed. Module<span style="font-family: monospace;"> fft_for_1d_decomp </span>renamed<span style="font-family: monospace;"> fft_xy</span>.
	1668	Subroutine<span style="font-family: monospace;"> leap_frog
	1669	</span>renamed<span style="font-family: monospace;">
	1670	time_integration</span>.<br> <br>
[5]	1671	For all transpositions, MPI_ALLTOALL is used instead of MPI_ALLTOALLV.
[62]	1672	The names of many transposition indices have been changed.<br> <br>
	1673	Inipar-parameter<span style="font-family: monospace;">
	1674	impulse_advec </span>renamed<span style="font-family: monospace;"> momentum_advec</span>.<br>
	1675	<br>
	1676	Reading of restart data is moved from<span style="font-family: monospace;"> init_3d_model </span>to
	1677	new routine <span style="font-family: monospace;">read_3d_binary</span>.<br>
	1678	<br>
	1679	All former transpose routines collected into one file.<br> </td>
	1680	<td style="vertical-align: top;">check_parameters,
[5]	1681	flow_statistics, header, init_1d_model, init_3d_model, init_advec,
	1682	init_pegrid, palm, parin, poisfft, poisfft_hybrid, production_e,
[62]	1683	prognostic_equations, read_var_list, sline_x, spline_y, write_var_list<span style="font-weight: bold;"><br> <br>
[5]	1684	new:</span><br>
[62]	1685	fft_xy, read_3d_binary, time_integration, transpose<br> <br>
	1686	<span style="font-weight: bold;">deleted:</span><br>
[5]	1687	fft_for_1d_decomp, leap_frog, transpose_xy, transpose_xz, transpose_yx,
[62]	1688	transpose_yz, transpose_zx, transpose_zy<br> </td> </tr>
	1689	<tr> <td style="vertical-align: top;"><br> </td>
	1690	<td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;">E<br> </td> <td style="vertical-align: top;">Small errors in the
[5]	1691	particle-package removed, which sometimes caused aborts of restart runs
[62]	1692	on IBM.<br> <br>
[5]	1693	Small error in calculating the time series profiles removed (array
	1694	bounds of some arrays needed for profil-output had to be increased).<br>
[62]	1695	<br>
[5]	1696	Function fft (singleton method) replaced by subroutine fftn due to
[62]	1697	problems with 64-bit mode on IBM<br> </td> <td style="vertical-align: top;">advec_particles,
	1698	check_parameters, <br> </td> </tr> <tr> <td style="vertical-align: top;">26/03/05<br> </td>
	1699	<td style="vertical-align: top;">SR<br> </td>
	1700	<td style="vertical-align: top;">2.9<br> </td>
	1701	<td style="vertical-align: top;">N<br> </td> <td style="vertical-align: top;">Non-cyclic lateral boundary
[5]	1702	conditions implemented.<br>
	1703	Dirichlet/Neumann conditions at the inflow/outflow can be used either
	1704	along x or along y. Cyclic conditions have to be used along the
	1705	remaining direction. In case of non-cyclic conditions along x (y), the
	1706	upper bound nxl (nyn) of array u (v) is enlarged by one gridpoint on
	1707	the rightmost (northest) processor. These array index informations are
[62]	1708	passed to routine<span style="font-family: monospace;">
	1709	exchange_horiz </span>and<span style="font-family: monospace;">
	1710	disturb_field </span>by two
[5]	1711	additional arguments. Boundary conditions are set with new
[62]	1712	inipar-parameters<span style="font-family: monospace;">
	1713	bc_lr </span>and<span style="font-family: monospace;">
	1714	bc_ns</span>. A damping layer is
	1715	needed at the outflow in order to damp reflections (see new parameters<span style="font-family: monospace;"> km_damp_max </span>and<span style="font-family: monospace;"> outflow_damping_width</span>)
	1716	and an
	1717	additional disturbance is imposed near the inflow (see new parameters<span style="font-family: monospace;">
	1718	inflow_disturbance_begin </span>and<span style="font-family: monospace;"> inflow_disturbance_end</span>).
[5]	1719	Non-cyclic conditions require the use of the multigrid-method for
[62]	1720	solving the Poisson equation. Argument<span style="font-family: monospace;"> range </span>added
	1721	to routine<span style="font-family: monospace;">
	1722	boundary_conds </span>(where the
	1723	non-cyclic conditions are set). <br> <br>
[5]	1724	Minor changes:<br>
[62]	1725	Output of parameter<span style="font-family: monospace;">
	1726	datform </span>on
	1727	&GLOBAL-Namelist (iso2d). This is set to <span style="font-style: italic;">'big_endian'</span> on
	1728	IBM- and
	1729	NEC-machines.<br> <br>
	1730	Number of particle groups are additionally calculated in<span style="font-family: monospace;"> header </span>(formerly
	1731	unknown).<br> </td> <td style="vertical-align: top;">advec_u_pw,
[5]	1732	advec_u_up, advec_v_pw, advec_v_up, boundary_conds,
	1733	calc_liquid_water_content, check_parameters, close_file, coriolis,
	1734	diffusion_u, diffusion_v, diffusion_w, diffusivities, disturb_field,
	1735	exchange_horiz, header, init_3d_model, init_pegrid, init_pt_anomaly,
	1736	init_rankine, modules, parin, poismg, pres, prognostic_equations,
	1737	read_var_list, sor, time_integration, timestep, write_var_list<br>
[62]	1738	</td> </tr> <tr> <td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;">C<br> </td> <td style="vertical-align: top;"><span style="font-family: monospace;">pres </span>is called
	1739	by default only
[5]	1740	at the last Runge-Kutta-substep, which spares a big amount of CPU-time
	1741	(see also new parameter<span style="font-family: monospace;">
[62]	1742	call_psolver_at_all_substeps</span>). No pressure term in the
	1743	momentum
	1744	equations in case of Runge-Kutta-schemes.<br> <span style="font-weight: bold;">Attention:</span> <br>
[5]	1745	The content of the testresult-file (run control output) has changed
[62]	1746	due to this modification.<br> <br>
	1747	Program speedup by removing the exchange of ghost points in routines <span style="font-family: monospace;">calc_liquid_water_content</span>,
	1748	<span style="font-family: monospace;">diffusivities</span>,
	1749	.<br> <br>
	1750	Default value for residual limit increased from 1E-6 to 1E-4. Routine<span style="font-family: monospace;"> prolong </span>in<span style="font-family: monospace;"> poismg </span>simplified
	1751	(one call of<span style="font-family: monospace;">
	1752	exchange_horiz </span>spared).<br> </td> <td style="vertical-align: top;">calc_liquid_water_content,
[5]	1753	diffusivities, modules, poismg, pres, time_integration,
[62]	1754	timestep_scheme_steering<br> </td> </tr> <tr>
	1755	<td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;">E<br> </td> <td style="vertical-align: top;">Calculation of vertical
	1756	particle
	1757	velocity (with inertia) corrected, exp_arg had a wrong sign.<br> <br>
[5]	1758	(e)*1.5 replaced by eSQRT(e) in init_1d_model because of wrong
	1759	results on NEC machines (as a side effect, the new calculation is much
[62]	1760	faster).<br> <br>
[5]	1761	Two errors concerning switch to PE0 (multigrid method) removed from<span style="font-family: monospace;"> init_pegrid</span>.<br>
[62]	1762	<br>
	1763	Two errors in<span style="font-family: monospace;">
	1764	plot_2d </span>removed:
[5]	1765	local_2d is allocated with upper bound<span style="font-family: monospace;"> nzt</span> (former<span style="font-family: monospace;"> nzt+1 </span>was
	1766	wrong), additional barrier in case that PE0 gathers data from the other
	1767	PEs, this barrier had to be set at the end of the gathering because
[62]	1768	otherwise PE0 sometimes received wrong data on tag 0.<br> <br>
	1769	Use of module indices removed from routine<span style="font-family: monospace;"> split_1dd </span>in<span style="font-family: monospace;"> poisfft </span>since
	1770	it caused
	1771	errors in case of<span style="font-family: monospace;"> nx
	1772	/= ny </span>and
	1773	a 1D-decomposition along y.<br> <br>
[5]	1774	Wrong re-definition of dx2 and dy2 in<span style="font-family: monospace;"> sor </span>removed.<br>
[62]	1775	</td> <td style="vertical-align: top;">advec_particles,
	1776	init_1d_model,
	1777	init_pegrid, plot_2d, poisfft, sor<br> </td> </tr> <tr>
	1778	<td style="vertical-align: top;">23/04/05<br> </td>
	1779	<td style="vertical-align: top;">SR<br> </td>
	1780	<td style="vertical-align: top;">2.9a<br> </td>
	1781	<td style="vertical-align: top;">C<br> </td> <td style="vertical-align: top;">Additional check for
[5]	1782	incompatibilities between non-cyclic lateral boundary conditions and
[62]	1783	other schemes.<br> <br>
	1784	fcl_factor renamed cfl_factor.<br> <br>
[5]	1785	New local array sums_ll declared in flow_statistics instead of
[62]	1786	temporarily using sums_l.<br> <br>
[5]	1787	crmax (maximum number of crosses allowed in a plot of vertical
[62]	1788	profiles) increased from 20 to 100.<br> </td> <td style="vertical-align: top;">calc_spectra, check_parameters,
	1789	flow_statistics, header, modules, parin, timestep<br> </td>
	1790	</tr> <tr> <td style="vertical-align: top;"><br>
	1791	</td> <td style="vertical-align: top;"><br> </td>
	1792	<td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;">E<br> </td> <td style="vertical-align: top;">Revised calculation of output
[5]	1793	time counters regarding a possible decrease of the output time interval
[62]	1794	in case of restart runs.<br> <br>
[5]	1795	Error removed in Dirichlet bottom boundary conditions for pt and q in
[62]	1796	case of Runge-Kutta schemes.<br> <br> <span style="font-weight: bold;">batch_scp</span> calls
	1797	(needed
[5]	1798	for determining correct filenames for AVS-fld-files) is given the
[62]	1799	remote username as an additional argument.<br> <br>
	1800	Default setting of outflow_damping_width corrected.<br> <br>
[5]	1801	Initial horizontal velocities at the lowest grid levels in the 1d-model
	1802	are set to a very small value in order to avoid wrong results and the
[62]	1803	resulting too small timesteps.<br> <br>
[5]	1804	Implicit counters i renamed i9 in modules due to declaration conflicts
[62]	1805	with i in other subroutines (reported by Portland compiler).<br> </td>
	1806	<td style="vertical-align: top;">advec_particles,
	1807	boundary_conds,
[5]	1808	check_open, check_parameters, init_1d_model, modules, time_integration<br>
[62]	1809	</td> </tr> <tr> <td style="vertical-align: top;">18/05/05<br> </td>
	1810	<td style="vertical-align: top;">SR<br> </td>
	1811	<td style="vertical-align: top;">2.10<br> </td>
	1812	<td style="vertical-align: top;">N<br> </td> <td style="vertical-align: top;">NetCDF support implemented.<br>
[5]	1813	Profiles, time series, spectra, cross-sections, 3d-volume-data and
	1814	particle data can now be output in NetCDF format (file handles
	1815	101-108). This output can be switched on with the new d3par-parameter <span style="font-family: monospace;">data_output_format</span>.
	1816	So far, this support is available on IBM systems at HLRN and on the NEC
[62]	1817	system at DKRZ. Output in format suitable for graphic software <span style="font-weight: bold;">profil</span>, <span style="font-weight: bold;">iso2d</span> and <span style="font-weight: bold;">avs</span> is still
	1818	possible.<br> <br>
[5]	1819	Output of cross sections for qv, vpt and lwp (liquid water path).<br>
[62]	1820	</td> <td style="vertical-align: top;">advec_particles,
	1821	check_open,
[5]	1822	check_parameters, close_file, header, modules, parin, plot_1d, plot_2d,
	1823	plot_3d, plot_spectra, plot_ts, read_var_list, write_var_list<br>
[62]	1824	<br> <span style="font-weight: bold;">new:</span><br>
	1825	netcdf<br> </td> </tr> <tr> <td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;">C<br> </td> <td style="vertical-align: top;">In <span style="font-family: monospace;">calc_spectra</span>, n
	1826	is assigned the
[5]	1827	number of spectra (formerly, the number of spectra was given by n-1)<br>
[62]	1828	<br>
[5]	1829	Abort if <span style="font-family: monospace;">poisfft_hybrid</span>
[62]	1830	is called in a non-parallel environment.<br> <br>
	1831	Default values of spectra package parameters <span style="font-family: monospace;">pl_spectra</span> and <span style="font-family: monospace;">spectra_direction</span>
	1832	changed.<br> </td> <td style="vertical-align: top;">calc_spectra,
	1833	check_parameters,
	1834	modules, pres, read_3d_binary, write_3d_binary<br> </td> </tr>
	1835	<tr> <td style="vertical-align: top;"><br> </td>
	1836	<td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;">E<br> </td> <td style="vertical-align: top;">Missing argument in ffty
	1837	(non-parallel case) added.<br> <br>
	1838	Error in output of particle inertia information removed.<br> </td>
	1839	<td style="vertical-align: top;">poisfft, header<br>
	1840	</td> </tr> <tr> <td style="vertical-align: top;">05/07/05<br> </td>
	1841	<td style="vertical-align: top;">SR<br> </td>
	1842	<td style="vertical-align: top;">2.11<br> </td>
	1843	<td style="vertical-align: top;">N/C<br> </td>
	1844	<td style="vertical-align: top;">New cloud physics code
[5]	1845	implemented, which explicitly simulates single cloud droplets,
	1846	including droplet growth by condensation and collision. Using this code
[62]	1847	requires to set the new inipar-parameter <span style="font-family: monospace;">cloud_droplets</span>
	1848	= .TRUE. and to use the particle package (by using the <span style="font-weight: bold;">mrun</span>-option <span style="font-family: monospace;">-p particles</span>).
	1849	Coupling between droplets and the thermodynamic quantities (potential
	1850	temperature and specific humidity) is regarded in the new subroutine <span style="font-family: monospace;">interaction_droplets_ptq</span>.
	1851	The real number of droplets in a grid cell can steered by the new
	1852	inipar-parameter <span style="font-family: monospace;">initial_weighting_factor</span>.<br>
	1853	<br> <span style="font-weight: bold;">This code
	1854	will be further extended and probably changed in the near future, so
	1855	the current status is that of a test version!</span><br> <br>
	1856	In connection with this new code implementation, several changes has
	1857	been made to the existing code:<br> <br>
	1858	The particle (droplet) size is now given as radius (previously
	1859	diameter). E.g., the name of the respective package parameter <span style="font-family: monospace;">diameter</span> has
	1860	changed to <span style="font-family: monospace;">radius</span>.<br>
	1861	<br>
	1862	The current weighting_factor and radius are stored as additional
	1863	particle attributes in the type structure <span style="font-family: monospace;">particle_type</span>.
	1864	The MPI data type <span style="font-family: monospace;">mpi_particle_type</span>,
	1865	needed for exchanging particles between subdomains, has been changed
	1866	correspondingly.<br> <br> <span style="font-family: monospace;">gas_constant</span> is
	1867	renamed <span style="font-family: monospace;">r_d</span>,
	1868	<span style="font-family: monospace;">latent_heat</span>
	1869	is renamed <span style="font-family: monospace;">r_v</span>,
	1870	the allowed string length of <span style="font-family: monospace;">pl2d</span>
	1871	and <span style="font-family: monospace;">pl3d</span>
	1872	is increased from 6 to 10.<br> <br>
	1873	New 3d arrays <span style="font-family: monospace;">ql_1</span>,
	1874	<span style="font-family: monospace;">ql_2</span>, <span style="font-family: monospace;">ql_v</span> and <span style="font-family: monospace;">ql_vp</span>, <span style="font-family: monospace;">ql</span> is now a
	1875	pointer, new pointer <span style="font-family: monospace;">ql_c</span>.<br>
	1876	<br>
	1877	Data format for unit 85 (particle data output) is changed.</td> <td style="vertical-align: top;">advec_particles.f90
[5]	1878	check_open.f90, header.f90, init_3d_model.f90, init_cloud_physics.f90,
	1879	init_particles.f90, modules.f90, package_parin.f90, parin.f90,
	1880	plot_2d.f90, plot_3d.f90, read_var_list.f90, time_integration.f90,
[62]	1881	write_var_list.f90<br> <br> <span style="font-weight: bold;">new:</span><br>
	1882	interaction_droplets_ptq.f90</td> </tr> <tr> <td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;">C<br> </td> <td style="vertical-align: top;">Default value of <span style="font-family: monospace;">call_psolver_at_all_substeps</span>
	1883	is <span style="font-style: italic;">.TRUE.</span>,
	1884	because small scale waves occured with <span style="font-style: italic;">.FALSE.</span></td> <td style="vertical-align: top;">modules.f90</td> </tr>
	1885	<tr> <td style="vertical-align: top;"><br> </td>
	1886	<td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;">E<br> </td> <td style="vertical-align: top;">2d- and 3d-NetCDF-files are not
	1887	opened if there is no output for them (<span style="font-family: monospace;">pl2d</span> = <span style="font-family: monospace;">pl3d</span> = <span style="font-style: italic;">' '</span>).<br> <br>
[5]	1888	No opening of units 101 - 108 in case of missing NetCDF support.</td>
[62]	1889	<td style="vertical-align: top;">check_open.f90, netcdf.f90<br>
	1890	</td> </tr> <tr> <td style="vertical-align: top;">30/06/05<br> </td>
	1891	<td style="vertical-align: top;">GS<br> </td>
	1892	<td style="vertical-align: top;">2.11a<br> </td>
	1893	<td style="vertical-align: top;">C<br> </td> <td style="vertical-align: top;">Scalars ug and vg have been
[5]	1894	changed into
	1895	arrays in order to allow the specification of a geostrophic wind that
	1896	depends on height (baroclinicity). The initial profiles of the the
	1897	u- and v-component of the geostrophic wind are initialized by
[62]	1898	specifying the new initialization parameters <span style="font-family: monospace;">ug_surface</span>, <span style="font-family: monospace;">ug_vertical_gradient</span>,
	1899	<span style="font-family: monospace;">ug_vertical_gradient_level</span>
	1900	and <span style="font-family: monospace;">vg_surface</span>,
	1901	<span style="font-family: monospace;">vg_vertical_gradient</span>,
	1902	<span style="font-family: monospace;">vg_vertical_gradient_level</span>,
	1903	respectively. <br> <br>
	1904	The former initialization parameters <span style="font-family: monospace;">ug</span> and <span style="font-family: monospace;">vg</span> have been
	1905	removed. <br> </td> <td style="vertical-align: top;">boundary_conds,
[5]	1906	check_parameters, coriolis, header, init_1d_model, modules, parin,
	1907	prognostic_equations, read_var_list, spline_z, write_var_list<br>
[62]	1908	</td> </tr> <tr> <td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;"><br> </td> <td style="vertical-align: top;">E<br> </td> <td style="vertical-align: top;">Error in the calculation of u_0
[5]	1909	and
[62]	1910	v_0 in production_e.f90 removed.<br> <br> <span style="font-weight: bold;">Attention:</span> <br>
[5]	1911	The content of the testresult-file (run control output) has changed
[62]	1912	due to this modification.<br> </td> <td style="vertical-align: top;">production_e<br> </td>
	1913	</tr> <tr> <td style="text-align: left; vertical-align: top;">20/10/05</td>
	1914	<td style="vertical-align: top;">SR</td> <td style="vertical-align: top;">2.11b</td> <td style="vertical-align: top;">N/C</td> <td style="vertical-align: top;">Collision process for droplet
	1915	growth completed.<br> <br> <span style="font-weight: bold;">The droplet code is still under
	1916	development and requires further speed optimization!<br> <br>
	1917	</span>Number of particles really used is additionally output on
	1918	the netcdf particle data file.<span style="font-weight: bold;"></span></td>
	1919	<td style="vertical-align: top;">advec_particles, modules,
	1920	netcdf</td> </tr> <tr> <td style="vertical-align: top;"> </td> <td style="vertical-align: top;"> </td> <td style="vertical-align: top;"> </td> <td style="vertical-align: top;">E</td> <td style="vertical-align: top;">The
[5]	1921	last PE in a row is not allowed to have more grid points than the other
	1922	PES (only less). Jobs crashed in these cases that the last PE has more
	1923	grid points. Therefore, the number of gridpoints along x (and y) must
[62]	1924	now meet a special condition which is checked in case that <span style="font-family: monospace;">grid_matching</span> =
	1925	<span style="font-style: italic;">'match'</span> is
	1926	used.<br> <br>
	1927	Error removed in calculating y axis data for yz cross sections. Error
	1928	in output of netcdf yz-cross-sections removed.<br> <br>
	1929	2*r replaced by r in the exponential term of the particle momentum
	1930	equation.<br>
	1931	Error in output of yz-slice information removed.</td> <td style="vertical-align: top;">advec_particles, header,
	1932	init_pegrid, netcdf, plot_2d</td> </tr> <tr> <td style="vertical-align: top;">06/12/05</td> <td style="vertical-align: top;">SR</td> <td style="vertical-align: top;">2.11c</td> <td style="vertical-align: top;">N</td> <td style="vertical-align: top;">Output of ql profile is allowed
	1933	in case of using cloud droplets.</td> <td style="vertical-align: top;">check_parameters,
	1934	flow_statistics, modules</td> </tr> <tr> <td style="vertical-align: top;"> </td> <td style="vertical-align: top;"> </td> <td style="vertical-align: top;"> </td> <td style="vertical-align: top;">E</td> <td style="vertical-align: top;">The horizontally averaged pt
	1935	profile is calculated within<span style="font-family: monospace;">
	1936	buoyancy </span>only
[5]	1937	in case of the first respective intermediate timestep. This is done in
	1938	order to spare communication time and to produce identical model
[62]	1939	results with jobs which are calling<span style="font-family: monospace;"> flow_statistics </span>at
	1940	different time intervals.<br> <br>
	1941	Error in netcdf variable declaration for<span style="font-family: monospace;"> statistic_regions </span>/=
	1942	<span style="font-style: italic;">0</span> removed.</td>
	1943	<td style="vertical-align: top;">buoyancy, netcdf</td>
	1944	</tr><tr><td style="vertical-align: top;">23/02/06</td><td style="vertical-align: top;">SR</td><td style="vertical-align: top;">3.0</td><td style="vertical-align: top;">N</td><td><span style="font-weight: bold;">Version for simulating flows over
	1945	topography (buildings, mountains, etc.)</span><br style="font-weight: bold;"><br>Besides
[5]	1946	the implementation of topography, this version contains several other
[62]	1947	improvements. The most important ones are listed here:<br><ul><li>The
	1948	cloud droplet code has been optimized (it now runs about 100 times
	1949	faster than before).</li><li>Output of time-averaged 2d/3d
	1950	data (sections / volume data) is possible.</li><li>Output
	1951	of 2d-section data averaged along the direction normal to this section
	1952	can be done.</li><li>The user-interface has been extended
	1953	in order to allow 2d-/3d-output of user-defined quantities.</li></ul>The
	1954	kind of topography to be used is controlled by the new initialization
	1955	parameter <span style="font-family: monospace;">topography</span>.
	1956	Allowed values are <span style="font-style: italic;">'flat'</span>,
	1957	<span style="font-style: italic;">'single_building'</span>,
	1958	and <span style="font-style: italic;">'read_from_file'</span>.
	1959	The user can define his own special topography setting within the new
	1960	user-interface routine <span style="font-family: monospace;">user_init_grid</span>.
	1961	For the single building case, the building (rectangular) size
	1962	and position can be controlled with parameters <span style="font-family: monospace;">building_height</span>,
	1963	<span style="font-family: monospace;">building_length_x</span>,
	1964	<span style="font-family: monospace;">building_length_y</span>,
	1965	<span style="font-family: monospace;">building_wall_left</span>,
	1966	and <span style="font-family: monospace;">building_wall_south</span>.<br>
	1967	<br>
	1968	The topography code is already optimized (vectorized) for use on the
	1969	NEC-SX6.<br><br>Output of time-averaged 2d-/3d-data can be
	1970	enabled by appending the string <span style="font-style: italic;">'_av'</span>
	1971	to the respective output quantities given with the new
	1972	runtime-parameter <span style="font-family: monospace;">data_output</span>
[5]	1973	(see further below for the (name)changes in the parameters for data
	1974	output). Example: if a time-average of the vertical cross-section of
	1975	potential temperature is required, the user has to set <span style="font-family: monospace;">data_output</span> = <span style="font-style: italic;">'pt_xy_av'</span>.
	1976	In case of NetCDF-output, the time-averaged data is output to
	1977	additional files (seperate from the non-averaged output). The length of
	1978	the averaging interval and the temporal distance of the single
	1979	instantaneous sections (volumes) entering into this averaging is
[62]	1980	controlled by the new runtime-parameters <span style="font-family: monospace;">averaging_interval</span>and
	1981	<span style="font-family: monospace;">dt_averaging_input</span>.
	1982	<br><br>An average normal to the direction of a
	1983	cross-section can be output by setting the respective cross section
	1984	index to <span style="font-style: italic;">-1</span>
	1985	(example: <span style="font-family: monospace;">section_xz</span>
	1986	= <span style="font-style: italic;">-1</span>).<br><br>New
	1987	user-interface routines allowing the output of user-defined quantities
	1988	are <span style="font-family: monospace;">user_check_data_output</span>,
	1989	<span style="font-family: monospace;">user_define_netcdf_grid</span>,
	1990	<span style="font-family: monospace;">user_data_output_2d</span>,
	1991	<span style="font-family: monospace;">user_data_output_3d</span>,
	1992	and <span style="font-family: monospace;">user_3d_data_averaging</span>.
	1993	These quantities can be calculated using the new <span style="font-family: monospace;">CASE</span>-Entry <span style="font-style: italic;">'after integration'</span>
	1994	in the user-interface routine <span style="font-family: monospace;">user_actions</span>.<br><br>Optimization
[5]	1995	of the cloud droplet code is mainly done by re-sorting all particles
	1996	after every timestep in a way that now all particles which belong to
	1997	the same grid-box (k,j,i) are stored consecutively (wthout any strides)
[62]	1998	in memory.<br> <br>
	1999	Code adaptation for the IBM at the department of atmospheric sciences,
	2000	Yonsei university (ibmy). Affected subroutines: <span style="font-family: monospace;">fft_xy</span>, <span style="font-family: monospace;">netcdf</span>, <br><br><span style="font-weight: bold;">Further new features:</span><br><ul><li>Use
	2001	of particle tails now requires setting of the new package-parameter <span style="font-family: monospace;">use_particle_tails</span>.
	2002	The new parameter skip_particles_for_tail allows only every <span style="font-family: monospace;">skip_particle_for_tail</span>'th
	2003	parameter having a tail.</li><li>Initialization-parameter <span style="font-family: monospace;">e_min</span> can be
	2004	used to set a lower limit for the subgrid-scale TKE (i.e. to guarantee
	2005	a lower limit for the flow's Reynolds-number).</li><li>A
[5]	2006	conservation of the volume flow (through the complete xz- and
	2007	yz-sections  of the total domain) can be enforced by the new
[62]	2008	initialization-parameter <span style="font-family: monospace;">conserve_volume_flow</span>.</li><li>Data
	2009	output can be skipped for a given time interval from simulation start
	2010	(t=0) using new runtime-parameters <span style="font-family: monospace;">skip_time_dopr</span>,
	2011	<span style="font-family: monospace;">skip_time_dosp</span>,
	2012	<span style="font-family: monospace;">skip_time_do2d_xy</span>,
	2013	<span style="font-family: monospace;">skip_time_do2d_xz</span>,
	2014	<span style="font-family: monospace;">skip_time_do2d_yz</span>,
	2015	and <span style="font-family: monospace;">skip_time_do3d</span>.<br>
	2016	</li><li>By default, NetCDF output is now using 64-bit
	2017	offset format
[5]	2018	(large file support) on most machines. The user can switch to the
[62]	2019	32-bit offset format with the new runtime-parameter <span style="font-family: monospace;">netcdf_64bit</span>.
	2020	Units 111:113  and 116 are opened for NetCDF output of
	2021	time-averaged 2d-3d data.<br> </li> <li>Data
[5]	2022	logging routines are added (see file data_log.f90), which can be used
	2023	for debugging purposes. Output is done on unit 20 (local file
[62]	2024	name/directory name DATA_LOG).</li> <li>New routine <span style="font-family: monospace;">exchange_horiz_2d_int</span>
	2025	for  ghostpoint exchange of 2d-integer arrays. Routine <span style="font-family: monospace;">exchange_horiz_2d</span>
	2026	is extended for non-cyclic boundary conditions in the non-parallel case.</li>
	2027	<li>Two different methods for calculating the mixing length and
[5]	2028	the dissipation can be used in the 1d-model. These are steered by the
[62]	2029	new initializing-parameters <span style="font-family: monospace;">dissipation_1d</span>
	2030	and <span style="font-family: monospace;">mixing_length_1d</span>.<br>
	2031	</li>
	2032	</ul></td><td style="vertical-align: top;">advec_particles,
	2033	advec_s_pw,
[5]	2034	advec_s_up, advec_u_pw, advec_u_up, advec_v_pw, advec_v_up, advec_w_pw,
	2035	advec_w_up, boundary_conds, buoyancy, check_open, check_parameters,
	2036	close_file, coriolis, diffusion_e, diffusion_s, diffusion_u,
	2037	diffusion_v, diffusion_w, diffusivities, disturb_field,
	2038	disturb_heatflux, exchange_horiz_2d, exchange_horiz, flow_statistics,
	2039	header, init_1d_model, init_3d_model, init_grid, init_particles,
	2040	init_pegrid, modules, netcdf, package_parin, parin, poisfft,
	2041	prandtl_fluxes, pres, production_e, prognostic_equations,
	2042	read_3d_binary, read_var_list, run_control, time_integration,
[62]	2043	user_interface, write_3d_binary, write_var_list<br> <br> <span style="font-weight: bold;">new:</span><br>
	2044	average_3d_data, data_log, sum_up_3d_data<br> <br> <span style="font-weight: bold;">renamed:<br> </span>plot_dvrp
	2045	-> data_output_dvrp<br>
[5]	2046	plot_spectra -> data_output_spectra<br>
	2047	plot_ts -> data_output_tseries<br>
[62]	2048	plot_1d -> data_output_profiles<br> <span style="font-weight: bold;"></span>plot_2d ->
	2049	data_output_2d<br>
[5]	2050	plot_3d -> data_output_3d<br>
[62]	2051	</td></tr><tr><td style="vertical-align: top;"> </td><td> </td><td> </td><td style="vertical-align: top;">C</td><td>In
	2052	parallel mode, all PEs are opening the same copy of the
	2053	NAMELIST-parameter file <span style="font-family: monospace;">PARIN</span>,
	2054	i.e. from now on, the file attribute "<span style="font-family: monospace;">npe</span>" must be
	2055	removed from the corresponding file connection statements in the <span style="font-weight: bold;">mrun</span> configuration
	2056	file (.mrun.config).<br><br>A
[5]	2057	large number of parameter names and local filenames have been changed
	2058	(see list below). Most of them are parameters concerning data
	2059	output (do). The former denotations "plot" and "pl" have been changed
	2060	to "data_output" and "do", respectively. In addition to these changes,
	2061	the names of many internal PALM parameters and variables have also
[62]	2062	changed.<br><br>Restart runs now require setting of the
	2063	initialization-parameter <span style="font-family: monospace;">initializing_actions</span>
	2064	= <span style="font-style: italic;">'read_restart_data'</span>.<br>
	2065	<br>
[5]	2066	Concerning particles, the parameters <span style="font-family: monospace;">psl</span>, <span style="font-family: monospace;">psr</span>, <span style="font-family: monospace;">pdx</span>,
	2067	etc., which are controlling the position of the particle source and the
	2068	number of particles within this source, are now 1d-arrays. This allows
	2069	to define different particle sources for different particle groups.<br>
[62]	2070	<br>
	2071	The number of particle groups has to be set by the user (no automatic
	2072	calculation from the value of parameter <span style="font-family: monospace;">density_ratio</span>
	2073	any more)<span style="font-style: italic;"></span>.
	2074	Variable <span style="font-family: monospace;">idum</span>
	2075	in type <span style="font-family: monospace;">particle_type</span>
	2076	has been renamed <span style="font-family: monospace;">tail_id</span>.<br><br>Output
	2077	for units 15 and 17 flushed in <span style="font-family: monospace;">init_1d_model</span>.<br><br>List
	2078	of changed parameter names:<br><table style="text-align: left; width: 559px; height: 831px;" border="1" cellpadding="2" cellspacing="2"><tbody><tr><td style="font-weight: bold;" align="undefined" valign="undefined">Old name</td><td align="undefined" valign="undefined"><span style="font-weight: bold;">New name</span></td><td align="undefined" valign="undefined"><span style="font-weight: bold;">Comments</span></td></tr><tr><td align="undefined" valign="undefined">average_period_pl1d</td><td align="undefined" valign="undefined">averaging_interval_pr</td><td align="undefined" valign="undefined"><br>
	2079	</td></tr><tr><td style="vertical-align: top;">average_period_pr1d</td><td style="vertical-align: top;">---</td><td style="vertical-align: top;">averaging of printed profiles
	2080	is not possible any more</td></tr><tr><td align="undefined" valign="undefined">average_period_sp</td><td align="undefined" valign="undefined">averaging_interval_sp</td><td align="undefined" valign="undefined"><br>
[5]	2081	</td></tr><tr><td align="undefined" valign="undefined">dt_average</td><td align="undefined" valign="undefined">dt_averaging_input_pr</td><td align="undefined" valign="undefined"><br>
	2082	</td></tr><tr><td align="undefined" valign="undefined">dt_pl1d</td><td align="undefined" valign="undefined">dt_dopr</td><td align="undefined" valign="undefined"><br>
	2083	</td></tr><tr><td align="undefined" valign="undefined">dt_plsp</td><td align="undefined" valign="undefined">dt_dosp</td><td align="undefined" valign="undefined"><br>
	2084	</td></tr><tr><td>dt_plts</td><td>dt_dots</td><td></td></tr><tr><td align="undefined" valign="undefined">dt_pr1d</td><td align="undefined" valign="undefined">dt_dopr_listing</td><td align="undefined" valign="undefined"><br>
	2085	</td></tr><tr><td align="undefined" valign="undefined">dt_pl2d_xy</td><td align="undefined" valign="undefined">dt_do2d_xy</td><td align="undefined" valign="undefined"><br>
	2086	</td></tr><tr><td align="undefined" valign="undefined">dt_pl2d_xz</td><td align="undefined" valign="undefined">dt_do2d_xz</td><td align="undefined" valign="undefined"><br>
	2087	</td></tr><tr><td align="undefined" valign="undefined">dt_pl2d_yz</td><td align="undefined" valign="undefined">dt_do2d_yz</td><td align="undefined" valign="undefined"><br>
	2088	</td></tr><tr><td align="undefined" valign="undefined">ebene_xy</td><td align="undefined" valign="undefined">section_xy</td><td align="undefined" valign="undefined"><br>
	2089	</td></tr><tr><td align="undefined" valign="undefined">ebene_xz</td><td align="undefined" valign="undefined">section_xz</td><td align="undefined" valign="undefined"><br>
	2090	</td></tr><tr><td align="undefined" valign="undefined">ebene_yz</td><td align="undefined" valign="undefined">section_yz</td><td align="undefined" valign="undefined"><br>
	2091	</td></tr><tr><td align="undefined" valign="undefined">nz_plot3d</td><td align="undefined" valign="undefined">nz_do3d</td><td align="undefined" valign="undefined"><br>
	2092	</td></tr><tr><td align="undefined" valign="undefined">plts</td><td align="undefined" valign="undefined">data_output_ts</td><td align="undefined" valign="undefined"><br>
	2093	</td></tr><tr><td align="undefined" valign="undefined">pl1d</td><td align="undefined" valign="undefined">data_output_pr</td><td align="undefined" valign="undefined"><br>
[62]	2094	</td></tr><tr><td style="vertical-align: top;">pl2d</td><td style="vertical-align: top;">data_output</td><td style="vertical-align: top;">old parameters pl2d and pl3d
	2095	are joined to new parameter data_output</td></tr><tr><td align="undefined" valign="undefined">pl3d</td><td align="undefined" valign="undefined">data_output</td><td align="undefined" valign="undefined"><br>
[5]	2096	</td></tr><tr><td align="undefined" valign="undefined">pl2d_at_begin</td><td align="undefined" valign="undefined">do2d_at_begin</td><td align="undefined" valign="undefined"><br>
	2097	</td></tr><tr><td align="undefined" valign="undefined">pl3d_at_begin</td><td align="undefined" valign="undefined">do3d_at_begin</td><td align="undefined" valign="undefined"><br>
	2098	</td></tr><tr><td align="undefined" valign="undefined">pl3d_compress</td><td align="undefined" valign="undefined">do3d_compress</td><td align="undefined" valign="undefined"><br>
	2099	</td></tr><tr><td align="undefined" valign="undefined">pl3d_precision</td><td align="undefined" valign="undefined">do3d_comp_prec</td><td align="undefined" valign="undefined"><br>
	2100	</td></tr><tr><td>pl_spectra</td><td>data_output_sp</td><td></td></tr><tr><td align="undefined" valign="undefined">read_fields_from_prior_run</td><td align="undefined" valign="undefined">read_restart_data</td><td align="undefined" valign="undefined"><br>
	2101	</td></tr><tr><td align="undefined" valign="undefined">write_plot2d_on_each_pe</td><td align="undefined" valign="undefined">data_output_2d_on_each_pe</td><td align="undefined" valign="undefined"><br>
	2102	</td></tr><tr><td align="undefined" valign="undefined">z_max_pl1d</td><td align="undefined" valign="undefined">z_max_do1d</td><td align="undefined" valign="undefined"><br>
	2103	</td></tr><tr><td align="undefined" valign="undefined">z_max_pl2d</td><td align="undefined" valign="undefined">z_max_do2d</td><td align="undefined" valign="undefined"><br>
	2104	</td></tr></tbody></table></td><td style="vertical-align: top;">advec_particles,
	2105	advec_s_bc, check_parameters, check_open, close_file,
	2106	data_output_dvrp,  data_output_profiles, data_output_tseries,
	2107	data_output_2d, data_output_3d, flow_statistics, header, init_1d_model,
	2108	init_3d_model, init_dvrp, init_particles, init_pegrid, init_slope,
	2109	modules, netcdf, package_parin, palm, parin, print_1d, read_var_list,
	2110	run_control, time_integration, timestep, write_compressed,
	2111	write_var_list<br>
[62]	2112	</td></tr><tr><td> </td><td> </td><td> </td><td style="vertical-align: top;">E</td><td>Error in
	2113	the particle release (defaults of <span style="font-family: monospace;">psl</span>, <span style="font-family: monospace;">psr</span>, <span style="font-family: monospace;">psn</span>, <span style="font-family: monospace;">pss</span>) at the PE
	2114	boundary has been fixed.<br> <br>
	2115	Error removed getting the variable ids for <span style="font-family: monospace;">_ext</span> for
	2116	profiles and time series.<br><br>NetCDF calls in <span style="font-family: monospace;">data_output_tseries</span>
	2117	only if NetCDF output is switched on.<br><br>Output of the
	2118	initial geostrophic wind profile corrected.<br><br>Maximum
	2119	possibel timestep for Runge-Kutta-schemes reduced, error concerning
	2120	initialization of  <span style="font-family: monospace;">l_black</span>
	2121	removed (both in <span style="font-family: monospace;">init_1d_model</span>).<br>
	2122	</td><td style="vertical-align: top;">advec_particles,
	2123	data_output_tseries, header, init_particles, init_1d_model, netcdf<br>
	2124	</td></tr><tr><td align="left" valign="top">26/04/06</td><td align="left" valign="top">SR</td><td align="left" valign="top">3.0a</td><td align="left" valign="top">N</td><td align="left" valign="top">OpenMP parallelization for
	2125	the cache-optimized PALM code.<br><br>OpenMP
[5]	2126	directives have been added where necessary. Still further tuning will
	2127	be necessary to get optimum performance. Other parts of the code than
[62]	2128	the cache-optimized code still need to be (OpenMP-) parallelized. <br><br>So
	2129	far, threads are activated by setting the <span style="font-weight: bold;">mrun</span>-options <span style="font-family: monospace;">-T</span> <span style="font-style: italic;"><number_of_threads></span>
	2130	and <span style="font-family: monospace;">-O</span>,
	2131	i.e. when the Option <span style="font-family: monospace;">-O</span>
	2132	is given, the <span style="font-family: monospace;">-T</span>
	2133	argument is interpreted as the number of threads to be used. When <span style="font-family: monospace;">-O</span> is given,
	2134	the number of MPI tasks per node is automatically set to <span style="font-style: italic;">1</span>.<br><br>Beside
[5]	2135	the additional compiler directives, the main code change required by
	2136	the OpenMP parallelization is that global sums are now calculated by
	2137	first calculating local sums on each thread. As the next step, local
	2138	sums are calculated from these thread sums for each MPI task before the
[62]	2139	global sum is computed via MPI_ALLREDUCE.  For storing the
	2140	thread
[5]	2141	sums, arrays sums_l and sums_l_l now have three dimensions where the
	2142	number of elements of the third dimension is equal to the number of
	2143	OpenMP threads.</td><td align="left" valign="top">buoyancy,
	2144	cpu_statistics, diffusivities, flow_statistics, header, init_pegrid,
	2145	init_3d_model, modules, prandtl_fluxes, pres, production_e</td></tr><tr><td align="left" valign="top"> </td><td align="left" valign="top">ML</td><td align="left" valign="top"> </td><td align="left" valign="top">C</td><td align="left" valign="top">Provisional
[62]	2146	correction for Piacsek & Williams advection scheme: keep u and
	2147	v
	2148	zero one layer below the topography (in case of set_1d-model_profiles).</td><td align="left" valign="top">init_3d_model</td></tr><tr><td align="left" valign="top"> </td><td align="left" valign="top">SR/ML</td><td align="left" valign="top"> </td><td align="left" valign="top">E</td><td align="left" valign="top">In <span style="font-family: monospace;">flow_statistics.f90</span>
	2149	nzb_s_inner(j,i) replaced by nzb in determination of z_i.<br><br>Errors
	2150	removed in the computation of the diabatic mixing length (<span style="font-family: monospace;">init_1d_model.f90</span>).<br><br>Error
	2151	removed in extend mode when checking whether the selected cross
	2152	sections match those in the already existing NetCDF file (<span style="font-family: monospace;">netcdf.f90</span>).</td><td align="left" valign="top">flow_statistics,
	2153	init_1d_model, netcdf</td></tr><tr><td align="left" valign="top">02/06/06</td><td align="left" valign="top">SR</td><td align="left" valign="top">3.0b</td><td align="left" valign="top">N</td><td align="left" valign="top">This version is adapted to the Sun Fire X4600
	2154	system at TIT (to be used by setting the <span style="font-weight: bold;">mrun</span> option <span style="font-family: monospace;">-h lctit</span>).</td><td align="left" valign="top">cpu_log, init_1d_model,
	2155	local_tremain, locaö_tremain_ini, run_control</td></tr><tr><td align="left" valign="top"> </td><td align="left" valign="top"> </td><td align="left" valign="top"> </td><td align="left" valign="top">C</td><td align="left" valign="top">NetCDF 2d-
[5]	2156	and 3d-datasets now contain the exact coordinates of the variables
	2157	along x and y with respect to the positions where they are defined on
[62]	2158	the staggered grid.<br><br>NetCDF datasets of cross
	2159	sections (e.g. <span style="font-family: monospace;">DATA_2D_XY_NETCDF</span>)
	2160	are only opened if the respective cross sections are really requested
	2161	by the settings of parameter <span style="font-family: monospace;">data_output</span>.</td><td align="left" valign="top">check_parameters,
	2162	data_output_2d, data_output_3d, modules, netcdf, user_interface</td></tr><tr><td align="left" valign="top"> </td><td align="left" valign="top"> </td><td align="left" valign="top"> </td><td align="left" valign="top">E</td><td align="left" valign="top">p is assigned to <span style="font-family: monospace;">to_be_resorted</span>
	2163	instead of w</td><td align="left" valign="top">data_output_2d</td></tr><tr><td align="left" valign="top">04/08/06</td><td align="left" valign="top">SR</td><td align="left" valign="top">3.1</td><td align="left" valign="top">N</td><td align="left" valign="top">Subgrid
[5]	2164	scale velocities can (optionally) be included for calculating the
	2165	particle advection, using the method of Weil et al. (2004, JAS, 61,
	2166	2877-2887). This method is switched on by the new particle package
[62]	2167	parameter <span style="font-family: monospace;">use_sgs_for_particles</span>.
	2168	This also forces the Euler/upstream method to be used for time
	2169	advancement of the TKE (see new parameter <span style="font-family: monospace;">use_upstream_for_tke</span>).
	2170	The minimum timestep during the sub-timesteps is controlled by
	2171	parameter <span style="font-family: monospace;">dt_min_part</span>.
	2172	The data type <span style="font-family: monospace;">particle_type</span>
	2173	has additional new attributes <span style="font-family: monospace;">e_m</span>,
	2174	<span style="font-family: monospace;">dt_sum</span>,
	2175	and <span style="font-family: monospace;">speed_x/y/z_sgs</span>.<br><br>Other
	2176	new particle features: output of particle quantities as timeseries in
	2177	NetCDF format (on local file <span style="font-family: monospace;">DATA_1D_PTS_NETCDF</span>).
	2178	The output time interval is controlled by parameter <span style="font-family: monospace;">dt_dopts</span>.
	2179	Particle advection can be switched off after some time using parameter <span style="font-family: monospace;">end_time_prel</span>.
	2180	More than one particle per point can be started with parameter <span style="font-family: monospace;">particles_per_point</span>.<br><br>Additional
	2181	parameter in function <span style="font-family: monospace;">random_gauss</span>
	2182	which limits the range of the created random numbers to five times the
	2183	standard deviation (=1). Seeds <span style="font-family: monospace;">iran</span>
	2184	and <span style="font-family: monospace;">iran_part</span>
	2185	are stored for restart runs.</td><td align="left" valign="top">advec_particles,
[5]	2186	check_open, check_parameters, close_file, diffusion_e,
	2187	disturb_heatflux, header, init_3d_model, init_particles, modules,
	2188	netcdf, package_parin, parin, prognostic_equations, random_gauss,
	2189	read_3d_binary, read_var_list, time_integration, write_3d_binary,
[62]	2190	write_var_list<br><br><span style="font-weight: bold;">new:</span><br>data_output_ptseries</td></tr><tr><td align="left" valign="top"> </td><td align="left" valign="top"> </td><td align="left" valign="top"> </td><td align="left" valign="top">C</td><td align="left" valign="top">Call of subroutine <span style="font-family: monospace;">header</span> is moved
	2191	after call of subroutine <span style="font-family: monospace;">init_3d_model</span>.
	2192	Generation of <span style="font-family: monospace;">run_description_header</span>
	2193	is moved from routines <span style="font-family: monospace;">palm</span>
	2194	and <span style="font-family: monospace;">header</span>
	2195	to <span style="font-family: monospace;">check_parameters</span>.
	2196	Determination of the number of particle groups is moved from <span style="font-family: monospace;">header</span> to <span style="font-family: monospace;">init_particles</span>.<br><br><span style="font-family: monospace;">izuf</span> renamed <span style="font-family: monospace;">iran</span>.</td><td align="left" valign="top">check_parameters,
	2197	disturb_field, disturb_heatflux, header, init_particles, modules, palm</td></tr><tr><td align="left" valign="top"> </td><td align="left" valign="top"> </td><td align="left" valign="top"> </td><td align="left" valign="top">E</td><td align="left" valign="top">Variables
[5]	2198	do2d_unit and do3d_unit now defined as 2d-arrays. Before, in some
	2199	cases, the units of variables in the 2d- and 3d-NetCDF-files have been
[62]	2200	wrong.<br><br>In routine <span style="font-family: monospace;">poisfft</span> default
	2201	setting of the thread number tn in case of not using OpenMP.<br><br>Error
	2202	removed in the non-parallel part of routine <span style="font-family: monospace;">flow_statistics</span>
	2203	(number of arguments of array <span style="font-family: monospace;">sums_l</span>).<br><br>Error
	2204	removed which appeared if the user had decreased the value of <span style="font-family: monospace;">dt_dopr</span> within
	2205	a job chain and if simulataneous time averaging of profiles was
	2206	switched on.</td><td align="left" valign="top">check_parameters,
	2207	data_output_profiles, flow_statistics, modules, netcdf, poisfft</td></tr><tr><td style="vertical-align: top;">22/08/06</td><td style="vertical-align: top;">SR</td><td style="vertical-align: top;">3.1a</td><td style="vertical-align: top;">N</td><td style="vertical-align: top;">In case of more than one
	2208	particle group, seperate output of timeseries for each of the groups.<br><br>New
	2209	initial parameter <span style="font-family: monospace;">dz_max</span>,
	2210	which limits the vertical gridspacing in case of a vertically stretched
	2211	grid.</td><td style="vertical-align: top;">data_output_ptseries,
	2212	header, init_grid, modules, netcdf, parin, read_var_list, write_var_list</td></tr><tr><td style="vertical-align: top;"> </td><td style="vertical-align: top;"> </td><td style="vertical-align: top;"> </td><td style="vertical-align: top;">C</td><td style="vertical-align: top;">Disturbances are imposed only
	2213	for the last Runge-Kutta-substep. <br><span style="font-weight: bold;">Attention:</span> <br>
[5]	2214	The content of the testresult-file (run control output) has changed
[62]	2215	due to this modification.<br><br>Output of xz and yz cross
	2216	sections now up to gridpoint nzt+1.<br><br>Default settings
	2217	of particle start positions changed.</td><td style="vertical-align: top;">check_open, close_file,
	2218	data_output_2d, init_particles, netcdf, time_integration</td></tr><tr><td style="vertical-align: top;"> </td><td style="vertical-align: top;"> </td><td style="vertical-align: top;"> </td><td style="vertical-align: top;">E</td><td style="vertical-align: top;">Initialisation of all tendency
	2219	arrays (t.._m) needed for the Runge-Kutta schemes.<br><br>Bugfix
	2220	in index array initialization for line- or point-like topography
	2221	structures.<br><br>Bugfix: yv coordinates are now used for
	2222	yz cross sections, where neccessary.</td><td style="vertical-align: top;">init_3d_model, init_grid, netcdf</td></tr><tr><td style="vertical-align: top;">12/02/07</td><td style="vertical-align: top;">SR</td><td style="vertical-align: top;">3.1b</td><td style="vertical-align: top;"> N</td><td style="vertical-align: top;"><span style="font-weight: bold;">Attention:</span><br>This
	2223	is the last revision before switching to the subversion revison control
	2224	system!<br><br>Informative output to the job protocoll in
	2225	case of restarts.</td><td style="vertical-align: top;">check_for_restart</td></tr><tr><td>  </td><td>  </td><td>  </td><td style="vertical-align: top;">C</td><td style="vertical-align: top;">Values of environment variables
	2226	are now read from local file <span style="font-family: monospace;">ENVPAR</span>
	2227	instead of getting them by a system call.<br><br>For
	2228	interpolation in <span style="font-family: monospace;">advec_particles</span>,
	2229	allways level k is used.</td><td style="vertical-align: top;">advec_particles,
	2230	local_tremain_ini, parin</td></tr><tr><td> </td><td> </td><td> </td><td style="vertical-align: top;">E</td><td style="vertical-align: top;">Several bugfixes in <span style="font-family: monospace;">advec_particles</span>:
	2231	new particles are released only if <span style="font-family: monospace;">end_time_prel</span>
	2232	> <span style="font-family: monospace;">simulated_time</span>, transfer
[5]	2233	of particles when x < -0.5*dx (0.0 before), etc., index i,j used
	2234	instead of cartesian (x,y) coordinate to check for transfer because
	2235	this failed under very rare conditions, calculation of number of
[62]	2236	particles with same radius as the current particle (cloud droplet code).<br><br>Allocation
	2237	of <span style="font-family: monospace;">tail_mask</span>
	2238	and <span style="font-family: monospace;">new_tail_id</span>
	2239	in case of restart-runs. "__" added in a cpp-directive. (both <span style="font-family: monospace;">init_particles</span>)</td><td style="vertical-align: top;">advec_particles, init_particles</td></tr><tr><td style="vertical-align: top;">02/03/07</td><td style="vertical-align: top;">SR</td><td style="vertical-align: top;">3.1c</td><td style="vertical-align: top;">N</td><td style="vertical-align: top;">A heatflux can be prescribed at
	2240	the top with new inipar parameters <span style="font-family: monospace;">top_heatflux</span>
	2241	and <span style="font-family: monospace;">use_top_fluxes</span>.
	2242	New 2d-arrays <span style="font-family: monospace;">qswst</span>,
	2243	<span style="font-family: monospace;">qswst_m</span>,
	2244	<span style="font-family: monospace;">tswst</span>
	2245	and <span style="font-family: monospace;">tswst_m</span>
	2246	are used to store this flux. Use of fluxes are controlled with new
	2247	index variable <span style="font-family: monospace;">nzt_diff</span>.
	2248	A Neumann boundary condition for temperature can be applied under these
	2249	conditions.<br><br>Additionally, a Dirichlet condition for
	2250	temperature can be used at the top.<br><br><span style="font-weight: bold;">Attention:</span> <br>
[45]	2251	The content of the testresult-file (run control output) has changed
	2252	due to this modification.</td><td style="vertical-align: top;">check_parameters,
[40]	2253	diffusion_s, flow_statistics, header, init_grid, init_3d_model,
	2254	modules, parin, production_e, prognostic_equations, read_var_list,
[62]	2255	read_3d_binary, swap_timelevel, write_var_list, write_3d_binary</td></tr><tr><td> </td><td> </td><td> </td><td style="vertical-align: top;">C</td><td style="vertical-align: top;">Prognostic equations for all
	2256	scalars are now solved up to gridpoint <span style="font-family: monospace;">nzt</span> (formerly <span style="font-family: monospace;">nzt-1</span>).
	2257	Boundary conditions for scalars at top adjusted respectively (now
	2258	applied only at <span style="font-family: monospace;">nzt+1</span>).<br><br>The
	2259	default top boundary condition for temperature has been renamed to <span style="font-style: italic;">'initial_gradient'</span>.<br><br>Calls
	2260	of <span style="font-family: monospace;">dvrp_output_local</span>,
	2261	which were commented out for a long time, are now activated for all
	2262	streams.</td><td style="vertical-align: top;">advec_s_pw,
[40]	2263	boundary_conds, calc_precipitation, check_parameters, diffusion_e,
	2264	diffusion_s, impact_of_latent_heat, init_dvrp, init_pt_anomaly,
[62]	2265	modules, production_e, prognostic_equations, spline_z</td></tr><tr><td> </td><td> </td><td> </td><td style="vertical-align: top;">E</td><td style="vertical-align: top;">Bugfix: 3d-array <span style="font-family: monospace;">p</span> is not a
	2266	pointer any more.<br><br>Bugfix in <span style="font-family: monospace;">init_particles</span>:
	2267	<span style="font-family: monospace;">MPI_REAL</span>
	2268	argument in <span style="font-family: monospace;">MPI_ALLREDUCE</span>
	2269	replaced by<br><span style="font-family: monospace;">MPI_INTEGER</span>
	2270	(caused error on NEC only).<br><br>Bugfix:  <span style="font-family: monospace;">ddzw</span> now
	2271	dimensioned <span style="font-family: monospace;">1:nzt"+1".</span></td><td style="vertical-align: top;">diffusion_e, diffusion_s,
	2272	diffusion_u, diffusion_v, diffusion_w, init_particles, modules</td></tr>
	2273	</tbody>
	2274	</table> <b><blink>Attention:</blink></b>
	2275	If<tt> make </tt>is not used
[5]	2276	for
	2277	compiling,
[62]	2278	<b>all routines</b> have to be re-compiled after every
	2279	change
[5]	2280	to <b>modules.f90!</b>
[62]	2281	<br>
	2282	<br>
	2283	<h2><a name="Kapitel2.0"></a>2.0  How
	2284	to change the model source
[5]	2285	code</h2>
	2286	Änderungen, Erweiterungen oder Fehlerkorrekturen am Modellcode
	2287	(gemeint
	2288	sind alle Modellteile, die nicht zur benutzereigenen Software
	2289	gehören)
[62]	2290	erfordern vom jeweiligen Benutzer Gruppenzugehörigkeit zur
	2291	Gruppe
[5]	2292	<tt>"palm"</tt>.
	2293	Zu dieser Gruppe gehören alle Benutzer, die aktiv an der
	2294	Modellentwicklung
	2295	mitwirken (im weiteren "Modellarbeitsgruppe" genannt).
[62]	2296	<p>Die einzelnen Quelltextdateien des Modells werden mit RCS
	2297	(Revision
[5]	2298	Control System) verwaltet. Grundlegende Kenntnisse über dieses
	2299	System
	2300	werden im weiteren vorausgesetzt.
[62]	2301	</p><p>Änderungen am Modellcode erfordern die
	2302	Durchführung
[5]	2303	bestimmter
	2304	Aktionen in einer festgelegten Reihenfolge, die nun beschrieben werden
	2305	sollen.
[62]	2306	</p><ol> <li>Konzeptplanung.</li> <li>Diskussion
	2307	der geplanten Änderungen in der
	2308	Modellarbeitsgruppe.</li> <li>Auschecken der
	2309	benötigten Quelltextdateien,
[5]	2310	Durchführung der
	2311	Änderungen und Test des Modells. Die Modul-Datei <tt>modules.f90</tt>
	2312	sollte nur dann ausgecheckt werden, wenn dort aufgeführte
	2313	Variablen
[62]	2314	verändert werden. Neu geschaffene Variablen sollten
	2315	während
[5]	2316	der
	2317	Testphase in ein ebenfalls temporär neu zu schaffendes Modul
	2318	geschrieben
	2319	werden, das von den jeweiligen Programmteilen benutzt werden muss
	2320	(Einfügen
	2321	entsprechender USE-Anweisungen). Die in den einzelnen Dateien
	2322	durchgeführten
[62]	2323	Arbeiten müssen in den Kopfzeilen (unter "Aktuelle
	2324	Aenderungen")
[5]	2325	der
[62]	2326	Dateien vermerkt werden. Dies tut man am besten noch <b>bevor</b>
	2327	man
[5]	2328	die
	2329	eigentlichen Änderungen durchführt (sonst droht das
[62]	2330	Vergessen...).</li> <li>Zum Abschluß der Tests
	2331	sollte mit dem Modell eine
[5]	2332	Kontrollrechnung
	2333	durchgeführt und die Ergebnisse mit denen des sogenannten
	2334	Standardlaufes
	2335	verglichen werden. Diese Rechnung ist mit der <a href="http://www.muk.uni-hannover.de/%7Eraasch/PALM_group/INSTALL/.mrun.config">Konfigurationsdatei</a>
	2336	und der <a href="http://www.muk.uni-hannover.de/%7Eraasch/PALM_group/INSTALL/example_p3d">Parameterdatei</a>
	2337	durchzuführen, die auch zum Testen der Modellinstallation
	2338	verwendet
[62]	2339	werden (s. <a href="Anwendung/Kapitel_5.0.html">Kapitel
	2340	5.0</a> der
[5]	2341	Anwenderdokumentation).
	2342	Die Ergebnisdatei mit dem lokalen Namen <a href="http://www.muk.uni-hannover.de/%7Eraasch/PALM-1/Dokumentationen/Anwendung/Kapitel_3.4.html#RUN_CONTROL">RUN_CONTROL</a>
	2343	ist dann mit der <a href="http://www.muk.uni-hannover.de/%7Eraasch/PALM_group/INSTALL/example_rc">Beispiel-Ergebnisdatei</a>
	2344	zu vergleichen (Hinweis: Kopien der Konfigurationsdatei, Parameterdatei
	2345	und Beispiel-Ergebnisdatei erhält man durch anklicken der
	2346	entsprechenden
	2347	Links mit der linken Maustaste bei gleichzeitig gedrückter
	2348	<SHIFT>-Taste).
	2349	Werden Abweichungen zwischen den beiden Ergebnisdateien festgestellt,
	2350	so
	2351	ist unbedingt eine Diskussion in der Modellarbeitsgruppe notwendig.</li>
[62]	2352	<li>Nach Durchführung der Tests müssen bei
	2353	Bedarf die
[5]	2354	vorläufig
[62]	2355	im temporären Modul eingetragenen Variablen in die
	2356	eigentlichen
[5]	2357	Module
	2358	des Modells übertragen werden. Dazu ist die Modul-Datei <tt>modules.f90</tt>
	2359	auszuchecken. Nach Eintrag der Variablen sollte das Modell noch einmal
[62]	2360	testweise übersetzt werden, um Sytaxfehler
	2361	auszuschließen
[5]	2362	(evtl.
	2363	auch noch einmal einen Probelauf starten). Die Verwendung des
	2364	temporären
	2365	Moduls ist aus allen entsprechenden Programmteilen zu entfernen.</li>
[62]	2366	<li>Vergabe einer neuen Versionsnummer (Variable <tt>version</tt>
	2367	im
[5]	2368	Modul <tt>steuer</tt>),
[62]	2369	Bsp.: 2.3c. Kleinere Änderungen werden durch
	2370	angehängten
[5]	2371	kleinen
[62]	2372	Buchstaben kenntlich gemacht, größere
	2373	Änderungen durch
[5]	2374	die Zahl hinter dem Punkt. Eine Inkrementierung der Zahl vor dem Punkt
[62]	2375	geschieht nur bei ganz grundsätzlichen Revisionen des Modells,
	2376	die
	2377	weite Teile des Modellcodes betreffen.</li> <li>Nun
	2378	können die ausgecheckten Dateien wieder eingecheckt
[5]	2379	werden.
	2380	Vor
	2381	dem Einchecken sind in den Dateien die Vermerke unter "Aktuelle
	2382	Aenderungen"
	2383	zu entfernen und beim check-in - Kommando als Log-Text anzugeben. Sie
	2384	erscheinen
	2385	dann in der jeweiligen Datei unter "Fruehere Aenderungen" zusammen mit
	2386	der vom RCS-System vergebenen Versionsnummer (dafür sorgt die
	2387	$Log:
[62]	2388	... $ - Zeile, die in jeder Quelltextdatei steht).</li> <li>Eine
	2389	Zusammenfassung der durchgeführten Arbeiten ist im <a href="#Kapitel1.0">Kapitel
	2390	1.0</a> einzutragen.</li> <li>Die
	2391	Modellarbeitsgruppe ist über den Abschluß der
[5]	2392	durchgeführten
	2393	Arbeiten zu informieren.</li>
[62]	2394	</ol><h2>
	2395	<a name="Kapitel3.0"></a>3.0  Description
	2396	of selected parts of the
[5]	2397	model source code</h2>
	2398	<b>This chapter is still under construction (Feb. 04).</b>
[62]	2399	<p>Dieser Abschnitt verweist auf vorhandene Beschreibungen der
	2400	genauen
	2401	Funktionsweise einzelner, spezieller Modellteile. Dazu gehört
	2402	z.B.
[5]	2403	die Beschreibung bestimmter numerischer Verfahren (auch ihr
	2404	theoretischer
	2405	Hintergrund), die Erklärung besonderer Prinzipien bei der
	2406	Parallelisierung
	2407	oder Erläuterungen zur Vorgehensweise bei der Lösung
	2408	bestimmter
	2409	Aufgaben (z.B. der Berechnung horizontal gemittelter
	2410	Größen).
[62]	2411	<br>Die Beschreibungen liegen in jeweils getrennten Dokumenten,
	2412	in der
[5]	2413	Regel als TeX- und/oder Postscript-Datei vor und sind über die
	2414	folgenden
	2415	Links zugänglich.
[62]	2416	<br>
	2417	</p><ul> <li> <a name="UPS"></a>upstream-spline
	2418	advection scheme ( <a href="Upstream_Spline/ups.ps">.ps</a>
	2419	)</li> <li> <a name="Cloud_physics"></a>cloud
	2420	physics module ( <a href="Cloud_physics/wolken.pdf">.pdf</a>
	2421	)</li> <li> <a name="Bitkompression"></a>Datenkompression
	2422	mit dem Verfahren
[5]	2423	der <a href="Bitkompression/kompression.html">Bitverschiebung</a></li>
[62]	2424	<li> <a name="Runge-kutta"></a>Runge-Kutta
	2425	time integration scheme ( <a href="numerik.heiko/zeitschrittverfahren.pdf">.pdf</a>
[5]	2426	)</li>
[62]	2427	</ul><br>
[5]	2428
[62]	2429	<br>
	2430	<br>
	2431	<br>
	2432	<br>
	2433	<br>
	2434	<br>
	2435	<br>
[5]	2436	</body></html>

Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.

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