source: palm/tags/release-3.4a/SCRIPTS/subjob @ 2238

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prognostic_equations include the respective wall_*flux in the parameter list of
calls of diffusion_s. Same as before, only the values of wall_heatflux(0:4)
can be assigned. At present, wall_humidityflux, wall_qflux, wall_salinityflux,
wall_scalarflux are kept zero. diffusion_s uses the respective wall_*flux
instead of wall_heatflux. This update serves two purposes:

  • it avoids errors in calculations with humidity/scalar/salinity and prescribed

non-zero wall_heatflux,

  • it prepares PALM for a possible assignment of wall fluxes of

humidity/scalar/salinity in a future release.

Bugfix: assignment of fluxes at walls

Updates to documentation:
chapter_4.2.html#mode_dvrp
chapter_3.5.4.html#time_series

Default for mrun options -q and -n is "sla3" for lctit. Queues bes1 and bes2
removed. DOC/misc/Tsubame.html updated.

Modified default paths (/work/...) for lctit in .mrun.config.default

  • Property svn:keywords set to Rev
File size: 37.0 KB
Line 
1#!/bin/ksh
2# subjob - Plot-Shellskript         Version:  @(#)SUBJOB 1.0
3# $Id: subjob 54 2007-03-08 00:00:02Z raasch $
4
5     # Prozedur zum automatischen Generieren von Batch-Jobs, die unter NQS
6     # laufen sollen und deren Ergebnis (Dayfile) zum Job-generierenden
7     # Host zurueckgeschickt werden sollen
8
9
10     # letzte Aenderung:
11     # 29/06/94 - Siggi - Beginn mit Erstellung der Originalversion
12     # 08/07/94 - Siggi - Originalversion abgeschlossen (Version 1.0)
13     # 06/02/98 - Siggi - berte validiert
14     # 27/01/01 - Siggi - ground.yonsei.ac.kr validiert, Jobs zur T3E in Korea
15     #                    moeglich
16     # 08/02/01 - Siggi - alle subjob-Meldungen ins englische uebersetzt
17     # 25/05/02 - Siggi - Unterstuetzung des LoadLeveler
18     # 30/05/02 - Siggi - Validierung fuer ibm-Rechner in Seoul (nobel) sowie
19     #                    allgemeine Anpassungen fuer ibm-Rechner
20     # 15/10/02 - Siggi - Neue Default-Jobklasse (p_normal) fuer IBM in Seoul
21     #                    Ruecktransfer des Jobprotokolls fuer diese
22     #                    Maschine abgeschaltet
23     # 31/10/02 - Siggi - berni validiert
24     # 06/11/02 - Siggi - Neue Jobklassen auf ibmb und ibmh
25     # 08/11/02 - Siggi - quanero validiert
26     # 11/12/02 - Siggi - Notification fuer Transfer-Jobs abgeschaltet
27     # 23/01/03 - Siggi - hostname nobel changed to nobela
28     # 06/02/03 - Siggi - gregale validated
29     # 12/02/03 - Siggi - orkan and maestro validated
30     # 21/02/03 - Siggi - all nobel nodes in Seoul validated
31     # 12/03/03 - Siggi - nec at DKRZ validated
32     # 13/03/03 - Siggi - new nqs resource variable Memory
33     # 07/04/03 - Siggi - processor request option -c on nech needs tasks per
34     #                    node
35     # 11/04/03 - Siggi - network on ibms has attribute "shared"
36     # 31/07/03 - Siggi - nqs2 on nech implemented (provisional: -h nech2)
37     #                    cxxl added to ibmh
38     # 29/08/03 - Siggi - changes in job queues and communication system on
39     #                    ibms
40     # 24/10/03 - Siggi - using alternate hanni address 130.75.4.2
41     # 30/10/03 - Siggi - nech is not supported any more
42     # 10/11/03 - Siggi - nech2 renamed to nech
43     # 20/11/03 - Siggi - submit command on nech changed from qsub.test to qsub
44     # 29/03/04 - Siggi - ground not supported any more, gfdl3 validated
45     # 31/03/04 - Siggi - new option -N for node usage
46     # 12/04/04 - Siggi - scp2 instead of scp used for transfer from decalpha
47     #                    due to error in ssh installation (otherwise a prompt
48     #                    for the password appears)
49     # 23/07/04 - Siggi - changes due to the new berni configuration
50     #                    (federation switch)
51     # 01/09/04 - Gerald  new job-classes on hanni
52     # 08/09/04 - Siggi - hanni IP address changed to 130.75.4.10
53     # 23/11/04 - Siggi - new job class cdata on hanni and berni
54     # 03/12/04 - Siggi - notification on ibm switched of in case of
55     #                    delete_dayfile = true, node usage in cdev set to
56     #                    shared
57     # 16/02/05 - Gerald  hababai validated
58     # 29/03/05 - Micha - new job class channi on hanni
59     # 11/05/05 - Siggi - ConsumableMemory is now required as resource keyword
60     #                    on ibms
61     # 24/05/05 - Siggi - Default queue on ibms changed from p_normal_1.3 to
62     #                    p_normal
63     # 30/06/05 - Siggi - network changed for queue cdev from "us" to "ip"
64     # 12/07/05 - Siggi - in network.mpi on ibmh/ibmb "csss" changed to
65     #                    "sn_all", new job class cexp
66     # 08/09/05 - Siggi - IP-address of gfdl3 changed
67     # 31/10/05 - Siggi - new job class pp on hurricane, serial jobs on
68     #                    hurricane (with -X0)
69     # 01/11/05 - Siggi - missing queue for jobs submitted on nech (for nech)
70     #                    added
71     # 30/12/05 - Siggi - change of IP adresses in subnet 130.75.105
72     # 09/02/06 - Siggi - ibmy admitted
73     # 10/02/06 - Siggi - scp2 changed to /bin/scp on decalpha
74     # 13/04/06 - Siggi - ostria admitted
75     # 18/04/06 - Siggi - new option -O for OpenMP usage
76     # 24/05/06 - Siggi - lctit admitted, ftpjob renamed scpjob
77     # 25/07/06 - Siggi - gfdl5 (ibmy) admitted for submitting jobs
78     # 27/09/06 - Siggi - breg/hreg extended with berni/hanni
79     # 25/10/06 - Siggi - data_limit set to 1.76 GByte on hanni and berni
80     # 28/11/06 - Siggi - levanto admitted
81     # 13/02/07 - Siggi - hpmuk releated code removed
82     # 01/03/07 - Siggi - adjustments for RIAM machines gate and NEC-SX8 (n-sx)
83     # 12/04/07 - Siggi - option -f (filetransfer protocol) removed, scp only
84     # 27/07/07 - Siggi - autan admitted
85     # 03/08/07 - Marcus- lcfimm admitted
86     # 08/10/07 - Siggi - further job classes added for hanni (csoloh...)
87     # 15/10/07 - Siggi - preliminary adjustments for lctit based on Jin's
88     #                    suggestions
89     # 19/10/07 - Marcus- add new optional argument -g group_number
90     # 19/10/07 - Siggi - a ";" was missing in the last change done by Marcus
91     # 30/10/07 - Marcus- further adjustments for queues on lctit
92
93
94    # VARIABLENVEREINBARUNGEN + DEFAULTWERTE
95 delete_dayfile=false 
96 group_number=none
97 locat=normal
98 no_default_queue=none
99 no_submit=false
100 job_catalog="~/job_queue"
101 job_name=none
102 local_user=$LOGNAME
103 node_usage=shared
104 numprocs=1
105 punkte="..........................................................."
106 submcom=qsub
107 queue=default
108 remote_host=none
109 remote_user=""
110 verify=true
111
112 typeset  -i   cputime=0  memory=0  Memory=0  minuten  resttime  sekunden  stunden
113 typeset  -i   inumprocs  nodes=0  tasks_per_node=0  threads_per_task=1
114 typeset  -L20 spalte1
115 typeset  -R40 spalte2
116 typeset  -L60 spalte3
117
118
119
120    # FEHLERBEHANDLUNG
121    # BEI EXIT:
122 trap 'if [[ $locat != normal ]]
123       then
124          case  $locat  in
125             (option)  printf "\n  --> available optios can be displayed"
126                       printf " by typing:"
127                       printf "\n      \"subjob ?\" \n";;
128             (ftpcopy|parameter|scp|verify)  printf "\n";;
129             (*)       printf "\n  +++ unknown error"
130                       printf "\n      please inform S. Raasch!\n"
131          esac
132          [[ -f $job_to_send ]]  &&  rm  $job_to_send
133          printf "\n\n+++ SUBJOB killed \n\n"
134       fi' exit
135
136
137    # BEI TERMINAL-BREAK:
138 trap '[[ -f $job_to_send ]]  &&  rm  $job_to_send
139       printf "\n\n+++ SUBJOB killed \n\n"
140       exit
141      ' 2
142
143
144
145
146    # LOKALEN HOSTNAMEN FESTSTELLEN
147 local_host=$(hostname)
148
149
150
151    # HOSTSPEZIFISCHE VARIABLEN VEREINBAREN BZW. PRUEFEN, OB LOKALER HOST
152    # UEBERHAUPT ZULAESSIG IST
153 case  $local_host  in
154     (atmos)                 local_addres=172.20.25.35;   local_host=lcide;;
155     (autan)                 local_addres=130.75.105.57;  local_host=lcmuk;;
156     (bora)                  local_addres=130.75.105.103; local_host=lcmuk;;
157     (breg*-en0|berni*-en0)  local_addres=130.73.230.10;  local_host=ibmb;;
158     (breva)                 local_addres=130.75.105.98;  local_host=lcmuk;;
159     (compute-*.local)       local_addres=172.20.4.2;     local_host=lcfimm;;
160     (cs*)                   local_addres=136.172.44.131; local_host=nech;;
161     (elephanta)             local_addres=130.75.105.6;   local_host=lcmuk;;
162     (fimm.bccs.uib.no)      local_addres=172.20.4.2;     local_host=lcfimm;;
163     (gallego)               local_addres=130.75.105.10;  local_host=lcmuk;;
164     (gate|n-sx)             local_addres=133.5.178.11;   local_host=neck;;
165     (gfdl5)                 local_addres=165.132.26.58;  local_host=ibmy;;
166     (gfdl3.yonsei.ac.kr)    local_addres=165.132.26.56;  local_host=decalpha;;
167     (gregale)               local_addres=130.75.105.109; local_host=lcmuk;;
168     (hababai)               local_addres=130.75.105.108; local_host=lcmuk;;
169     (hreg*-en0|hanni*-en0)  local_addres=130.75.4.10;    local_host=ibmh;;
170     (irifi)                 local_addres=130.75.105.104; local_host=lcmuk;;
171     (levanto)               local_addres=130.75.105.45;  local_host=lcmuk;;
172     (maestro)               local_addres=130.75.105.2;   local_host=lcmuk;;
173     (nobel*)                local_addres=150.183.5.101;  local_host=ibms;;
174     (orkan)                 local_addres=130.75.105.3;   local_host=lcmuk;;
175     (ostria)                local_addres=130.75.105.106; local_host=lcmuk;;
176     (quanero)               local_addres=130.75.105.107; local_host=lcmuk;;
177     (scirocco)              local_addres=172.20.25.41;   local_host=lcmuk;;
178     (sun1|sun2)             local_addres=130.75.6.1;     local_host=unics;;
179     (tgg*)                  local_addres=172.17.75.161;  local_host=lctit;;
180     (vorias)                local_addres=172.20.25.43;   local_host=lcmuk;;
181     (*)                     printf "\n  +++ \"$local_host\" unknown";
182                             printf "\n      please inform S. Raasch!";
183                             locat=parameter; exit;;
184 esac
185
186
187
188    # REMOTE HOST DEFAULTMAESSIG = LOCAL HOST SETZEN
189 remote_host=$local_host
190
191
192
193
194    # PROZEDUROPTIONEN EINLESEN
195 while  getopts  :c:dDg:h:m:n:N:O:q:t:T:u:vX:  option
196 do
197   case  $option  in
198       (c)   job_catalog=$OPTARG;;
199       (d)   delete_dayfile=true;;
200       (D)   no_submit=true;;
201       (g)   group_number=$OPTARG;;
202       (h)   remote_host=$OPTARG;;
203       (m)   memory=$OPTARG;;
204       (n)   job_name=$OPTARG;;
205       (N)   node_usage=$OPTARG;;
206       (O)   threads_per_task=$OPTARG;;
207       (q)   no_default_queue=$OPTARG;;
208       (t)   cputime=$OPTARG;;
209       (T)   tasks_per_node=$OPTARG;;
210       (u)   remote_user=$OPTARG;;
211       (v)   verify=false;;
212       (X)   numprocs=$OPTARG;;
213       (\?)  printf "\n  +++ Option $OPTARG unknown \n";
214             locat=option; exit;;
215   esac
216 done
217
218
219    # JOBDATEINAMEN ALS NAECHSTES ARGUMENT HOLEN
220 shift OPTIND-1; file_to_send=$1
221
222
223    # KURZE AUFRUFBESCHREIBUNG WIRD HIER AUSGEGEBEN
224 if [ "$1" = "?" ]
225 then
226   (printf "\n  *** subjob can be called as follows:\n"
227    printf "\n      subjob -c.. -d -D -h.. -m.. -q.. -t.. -u.. -v  <jobfile>\n"
228    printf "\n      Description of available options:\n"
229    printf "\n      Option  Description                         Default-Value"
230    printf "\n        -c    job-input- and output-catalog       ~/job_queue"
231    printf "\n        -d    no job-protocol will be created     ---"
232    printf "\n        -D    only the job-file will be created   ---"
233    printf "\n        -h    execution host, available hosts:    $remote_host"
234    printf "\n              ibm, ibmb, ibmh, ibms, ibmy, lcmuk,"
235    printf "\n              lctit, nech, neck, unics"
236    printf "\n        -m    memory demand per process in MByte  ---"
237    printf "\n        -n    jobname                             <jobdatei>"
238    printf "\n        -O    threads per task (for OpenMP usage) 1"
239    printf "\n        -q    job-queue to be used                default"
240    printf "\n        -t    allowed cpu-time in seconds         ---"
241    printf "\n        -T    tasks per node (on parallel hosts)  ---"
242    printf "\n        -u    username on execution host          from .netrc"
243    printf "\n        -v    no prompt for confirmation          ---"
244    printf "\n        -X    # of processors (on parallel hosts) 1"
245    printf "\n "
246    printf "\n      The only possible positional parameter is <jobfile>:"
247    printf "\n      The complete NQS-job must be provided here."
248    printf "\n      <jobfile>=? creates this outline\n\n") | more
249    exit
250 fi
251
252
253
254    # PRUEFEN, OB JOBDATEI ANGEGEBEN WURDE UND OB SIE AUCH EXISTIERT
255 if [[ "$file_to_send" = "" ]]
256 then
257    printf "\n  +++ job-file missing"
258    locat=parameter; exit
259 else
260    if [[ -f $file_to_send ]]
261    then
262       true
263    else
264       printf "\n  +++ job-file: "
265       printf "\n           $file_to_send"
266       printf "\n      does not exist"
267       locat=parameter; exit
268    fi
269 fi
270
271
272
273    # FALLS KEIN JOBNAME ANGEGEBEN WURDE, WIRD JOBNAME = JOBDATEINAME
274    # GESETZT. VORAUSSETZUNG: JOBDATEINAME BEINHALTET KEINE PFADE
275 if [[ $job_name = none ]]
276 then
277    job_name=$file_to_send
278 fi
279 if [[ $(echo $job_name | grep -c "/") != 0 ]]
280 then
281    printf "\n  +++ job-file name: "
282    printf "\n           $job_name"
283    printf "\n      must not contain \"/\"-characters"
284    locat=parameter; exit
285 fi
286
287
288
289
290    # HOSTSPEZIFISCHE GROESSEN VEREINBAREN BZW. ABBRUCH BEI UNZULAESSIGEM HOST
291    # ODER WENN HOST NICHT ANGEGEBEN WURDE
292 if [[ $remote_host = none ]]
293 then
294    printf "\n  +++ host missing"
295    locat=option; exit
296 else
297    case  $remote_host  in
298        (ibm)    queue=p690_standard; remote_addres=134.76.99.81; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
299        (ibmb)   queue=cpar; remote_addres=130.73.230.10; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
300        (ibmh)   queue=cpar; remote_addres=130.75.4.10; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
301        (ibms)   queue=p_normal; remote_addres=150.183.5.101; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
302        (ibmy)   queue=parallel; remote_addres=165.132.26.58; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
303        (lcfimm) remote_addres=172.20.4.2; submcom=/opt/torque/bin/qsub;;
304        (lctit)  queue=lctit; remote_addres=172.17.75.161; submcom=/n1ge/TITECH_GRID/tools/bin/n1ge;;
305        (nech)   qsubmem=memsz_job; qsubtime=cputim_job; remote_addres=136.172.44.147; submcom="/usr/local/bin/qsub";;
306        (neck)   qsubmem=memsz_job; qsubtime=cputim_job; remote_addres=133.5.178.11; submcom="/usr/bin/nqsII/qsub";;
307        (vpp)    qsubmem=m; qsubtime=t; queue=vpp; remote_addres=130.75.4.130;;
308        (unics)  qsubmem=d; qsubtime=t; queue=unics; remote_addres=130.75.6.1;;
309        (*)      printf "\n  +++ hostname \"$remote_host\" not allowed";
310                 locat=parameter; exit;;
311    esac
312 fi
313
314
315    # EVTL. PRUEFEN, OB ANGEGEBENE QUEUE ZULAESSIG IST
316 if [[ $no_default_queue != none ]]
317 then
318    error=false
319    ndq=$no_default_queue
320    case  $remote_host  in
321        (ibm)    case  $ndq  in
322                     (p690_express|p690_standard|p690_long)  error=false;;
323                     (*)                                     error=true;;
324                 esac;;
325        (ibmb)   case  $ndq  in
326                     (cdata|cdev|cexp|c1|cshare|csolo|cspec) error=false;;
327                     (*)                                     error=true;;
328                 esac;;
329        (ibmh)   case  $ndq  in
330                     (cdata|cdev|cexp|channi|cxxl|c1|cshare|csolo|csoloh3h|csoloh6h|csoloh12h|csoloh1d|csoloh2d|cspec)  error=false;;
331                     (*)                                     error=true;;
332                 esac;;
333        (ibms)   case  $ndq  in
334                     (express|normal|p_express|p_normal|p_normal_1.3|p_normal_1.7|grand)     error=false;;
335                     (*)                                     error=true;;
336                 esac;;
337        (ibmy)   case  $ndq  in
338                     (parallel)                              error=false;;
339                     (*)                                     error=true;;
340                 esac;;
341        (lctit)  case  $ndq  in
342                     (novice|sla1|sla2|sla3|RAM64GB|RAM128GB)    error=false;;
343                     (*)                                     error=true;;
344                 esac;;
345        (t3eb)   case  $ndq  in
346                     (berte|p50|p100|p392|forfree|p25himem)  error=false;;
347                     (*)    error=true;;
348                 esac;;
349        (t3eh)   case  $ndq  in
350                     (para_t3e|em|k|l|lm|comp_t3e|c|p|ht)  error=false;;
351                     (*)    error=true;;
352                 esac;;
353        (t3ej2|t3ej5)  case  $ndq  in
354                     (low|normal|high)  error=false;;
355                     (*)    error=true;;
356                 esac;;
357        (t3es)  case  $ndq  in
358                     (batch|serial-4|pe4|p48|pe16|pe32|pe64|pe128)  error=false;;
359                     (*)    error=true;;
360                 esac;;
361        (unics)  case  $ndq  in
362                     (unics|ht)  error=false;;
363                     (*)         error=true;;
364                 esac;;
365    esac
366    if [[ $error = true ]]
367    then
368       printf "\n  +++ queue \"$no_default_queue\" on host \"$remote_host\" not allowed"
369       locat=parameter; exit
370    else
371       queue=$no_default_queue
372    fi
373 fi
374
375
376
377    # KNOTENNUTZUNG IN ENTWICKLERQUEUE MUSS SHARED SEIN
378 if [[ $node_usage != shared  &&  $queue = cdev ]]
379 then
380    node_usage=shared
381 fi
382
383
384
385    # PRUEFEN DER CPU-ZEIT, ZEIT NACH STUNDEN, MINUTEN UND SEKUNDEN
386    # AUFTEILEN
387 done=false
388 while [[ $done = false ]]
389 do
390    if (( $cputime <= 0 ))
391    then
392       printf "\n  +++ wrong cpu-time or cpu-time missing"
393       printf "\n  >>> Please type cpu-time in seconds as INTEGER:"
394       printf "\n  >>> "
395       read  cputime  1>/dev/null  2>&1
396    else
397       done=true
398    fi
399 done
400 if [[ $remote_host = nech ]]
401 then
402    if (( tasks_per_node != 0 ))
403    then
404       (( cputime = cputime * tasks_per_node ))
405    elif [[ $numprocs != 0 ]]
406    then
407       (( cputime = cputime * numprocs ))
408    fi
409 fi
410 (( stunden  = cputime / 3600 ))
411 (( resttime = cputime - stunden * 3600 ))
412 (( minuten  = resttime / 60 ))
413 (( sekunden = resttime - minuten * 60 ))
414 timestring=${stunden}:${minuten}:${sekunden}
415
416
417
418    # PRUEFEN DER KERNSPEICHERANFORDERUNG
419 done=false
420 while [[ $done = false ]]
421 do
422    if (( memory <= 0 ))
423    then
424       printf "\n  +++ wrong memory demand or memory demand missing"
425       printf "\n  >>> Please type memory in  MByte per process  as INTEGER:"
426       printf "\n  >>> "
427       read  memory  1>/dev/null  2>&1
428    else
429       done=true
430    fi
431 done
432
433 if [[ $remote_host = nech  ||  $remote_host = neck ]]
434 then
435    if (( tasks_per_node != 0 ))
436    then
437       (( Memory = memory * tasks_per_node / 1000 ))
438    elif [[ $numprocs != 0 ]]
439    then
440       (( Memory = memory * numprocs / 1000 ))
441    else
442       (( Memory = memory / 1000 ))
443    fi
444 fi
445
446
447    # SPEICHERBERECHNUNG BEI OPENMP-NUTZUNG
448 if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm ]]
449 then
450    (( memory = memory * threads_per_task ))
451 fi
452
453
454    # BERECHNUNG DER ANZAHL DER ZU VERWENDENDEN KNOTEN
455 if (( tasks_per_node != 0 ))
456 then
457    (( nodes = numprocs / ( tasks_per_node * threads_per_task ) ))
458 fi
459
460
461
462    # HEADER-AUSGABE
463 if [[ $verify = true ]]
464 then
465    printf "\n\n"
466    printf "#--------------------------------------------------------------# \n"
467    spalte1=SUBJOB;spalte2=$(date)
468    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
469    printf "|                                                              | \n"
470    printf "| values of parameters/options:                                | \n"
471    spalte1=local_host$punkte; spalte2=$punkte$local_host
472    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
473    spalte1=remote_host$punkte; spalte2=$punkte$remote_host
474    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
475    spalte1=queue$punkte; spalte2=$punkte$queue
476    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
477    spalte1=memory$punkte; spalte2="$punkte$memory mb"
478    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
479    spalte1=cputime$punkte; spalte2="$punkte$cputime sec"
480    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
481    spalte1=job_name$punkte; spalte2="$punkte$job_name"
482    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
483    printf "#--------------------------------------------------------------# \n\n"
484
485
486       # KONTROLLABFRAGE, OB ALLES O.K.
487    antwort="dummy"
488    while [[ $antwort != y  &&  $antwort != Y  &&  $antwort != n  &&  $antwort != N ]]
489    do
490       read antwort?" >>> continue (y/n) ? "
491    done
492    if [[ $antwort = n  ||  $antwort = N ]]
493    then
494       locat=verify; exit
495    fi
496    printf "\n"
497 fi
498
499
500
501    # ZUFALLSKENNUNG GENERIEREN UND JOBNAMEN AUF ZIELRECHNER BESTIMMEN
502 kennung=$RANDOM
503 job_on_remhost=${job_name}_${kennung}_$local_host
504 job_to_send=job_to_send_$kennung
505 if [[ $delete_dayfile = false ]]
506 then
507    remote_dayfile=${local_host}_${job_name}_result_$kennung
508    local_dayfile=${remote_host}_${job_name}
509 else
510    remote_dayfile=/dev/null
511    if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm ]]
512    then
513       notification='# @ notification = never'
514    fi
515 fi
516
517
518
519    # QSUB- ODER LL-KOMMANDOS BZW. SKRIPTE  GENERIEREN
520 if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm  &&  $numprocs != 0 ]]
521 then
522
523    if [[ $remote_host = ibmy ]]
524    then
525       consumable_memory=""
526    else
527       consumable_memory="ConsumableMemory($memory mb)"
528    fi
529    if [[ $queue = cdev ]]
530    then
531       data_limit="# @ data_limit = 1.76gb"
532       network_to_use="# @ network.mpi = sn_all,shared,ip"
533    else
534       if [[ $remote_host = ibms ]]
535       then
536          network_to_use="# @ network.mpi = csss,shared,us"
537       elif [[ $remote_host = ibmy ]]
538       then
539          network_to_use=""
540       else
541          network_to_use="# @ network.mpi = sn_all,shared,us"
542          data_limit="# @ data_limit = 1.76gb"
543       fi
544    fi
545
546    cat > $job_to_send << %%END%%
547#!/bin/ksh
548
549# @ job_type = parallel
550# @ job_name = palm
551# @ wall_clock_limit = ${timestring},$timestring
552# @ resources = ConsumableCpus($threads_per_task) $consumable_memory
553# @ output = $remote_dayfile
554# @ error = $remote_dayfile
555# @ image_size = 50
556# @ class = $queue
557# @ environment = OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task; MP_SHARED_MEMORY=yes
558$network_to_use
559$data_limit
560$notification
561
562%%END%%
563
564    if (( nodes > 0 ))
565    then
566
567       cat >> $job_to_send << %%END%%
568# @ node = $nodes
569# @ tasks_per_node = $tasks_per_node
570# @ node_usage = $node_usage
571# @ queue
572
573%%END%%
574
575    else
576
577       if [[ $remote_host != ibmy ]]
578       then
579
580          cat >> $job_to_send << %%END%%
581# @ blocking = unlimited
582# @ total_tasks = $numprocs
583# @ node_usage = $node_usage
584# @ queue
585
586%%END%%
587
588       else
589
590          cat >> $job_to_send << %%END%%
591# @ node = 1
592# @ total_tasks = $numprocs
593# @ queue
594
595%%END%%
596
597       fi
598
599    fi
600
601 elif [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm  &&  $numprocs = 0 ]]
602 then
603
604    cat > $job_to_send << %%END%%
605#!/bin/ksh
606
607# @ job_type = serial
608# @ node_usage = $node_usage
609# @ job_name = palm
610# @ wall_clock_limit = ${timestring},$timestring
611# @ resources = ConsumableCpus(1) ConsumableMemory(1 gb)
612# @ output = $remote_dayfile
613# @ error = $remote_dayfile
614# @ class = $queue
615$notification
616
617# @ queue
618
619%%END%%
620
621 elif [[ $remote_host = lcfimm ]]
622 then
623
624    if [[ $numprocs != 0 ]]
625    then
626       cat > $job_to_send << %%END%%
627#!/bin/ksh
628#PBS -N $job_name
629#PBS -A nersc
630#PBS -l walltime=$timestring
631#PBS -l nodes=${nodes}:ppn=$tasks_per_node
632#PBS -l pmem=${memory}mb
633#PBS -m abe
634#PBS -M igore@nersc.no
635#PBS -o $remote_dayfile
636#PBS -j oe
637mpd &
638
639%%END%%
640
641    else
642       cat > $job_to_send << %%END%%
643#!/bin/ksh
644#PBS -N $job_name
645#PBS -A nersc
646#PBS -l walltime=$timestring
647#PBS -l ncpus=1
648#PBS -l pmem=${memory}mb
649#PBS -m abe
650#PBS -M igore@nersc.no
651#PBS -o $remote_dayfile
652#PBS -j oe
653
654%%END%%
655
656    fi
657
658 elif [[ $remote_host = nech ]]
659 then
660
661    if (( nodes > 1 ))
662    then
663       cat > $job_to_send << %%END%%
664#!/bin/ksh
665#PBS -l cpunum_prc=$tasks_per_node,cputim_job=$cputime
666#PBS -l ${qsubmem}=${Memory}gb
667#PBS -b $nodes
668#PBS -o $remote_dayfile
669#PBS -N palm
670#PBS -j o
671#PBS -T mpisx
672
673%%END%%
674
675    elif [[ $numprocs != 0 ]]
676    then
677       cat > $job_to_send << %%END%%
678#!/bin/ksh
679#PBS -l cpunum_prc=$tasks_per_node,cputim_job=$cputime
680#PBS -l ${qsubmem}=${Memory}gb
681#PBS -o $remote_dayfile
682#PBS -N palm
683#PBS -j o
684
685%%END%%
686
687    else
688       cat > $job_to_send << %%END%%
689#!/bin/ksh
690#PBS -l ${qsubmem}=${Memory}gb,${qsubtime}=$cputime
691#PBS -o $remote_dayfile
692#PBS -j o
693
694%%END%%
695
696    fi
697
698 elif [[ $remote_host = neck ]]
699 then
700
701    if (( nodes > 1 ))
702    then
703       cat > $job_to_send << %%END%%
704#!/bin/ksh
705#PBS -l cpunum_prc=$tasks_per_node,cputim_job=$cputime
706#PBS -l ${qsubmem}=${Memory}gb
707#PBS -b $nodes
708#PBS -o $remote_dayfile
709#PBS -N palm
710#PBS -j o
711#PBS -T mpisx
712
713%%END%%
714
715    elif [[ $numprocs != 0 ]]
716    then
717       cat > $job_to_send << %%END%%
718#!/bin/ksh
719#PBS -q ${queue}
720#PBS -l cpunum_prc=$tasks_per_node,cputim_job=$cputime
721#PBS -l ${qsubmem}=${Memory}gb
722#PBS -o $remote_dayfile
723#PBS -N palm
724#PBS -j o
725#PBS -T mpisx
726
727%%END%%
728
729    else
730       cat > $job_to_send << %%END%%
731#!/bin/ksh
732#PBS -l ${qsubmem}=${Memory}gb,${qsubtime}=$cputime
733#PBS -o $remote_dayfile
734#PBS -j o
735
736%%END%%
737
738    fi
739
740 elif [[ $remote_host = lctit ]]
741 then
742    cat > $job_to_send << %%END%%
743#!/bin/bash
744#$ -S /bin/bash
745cd $job_catalog
746export PATH=$PALM_BIN:\$PATH
747echo \$PATH
748
749%%END%%
750
751       # OPTIONEN FUER SUBMIT-KOMMANDO ZUSAMMENSTELLEN
752  #  submcom="$submcom  -N $job_name  -sgeout $remote_dayfile  -q default"
753    submcom="$submcom -g $group_number -N $job_name -rt 4320 -sgeout $remote_dayfile  -q $node_usage "
754
755 else
756
757    cat > $job_to_send << %%END%%
758# @\$-q ${queue}
759# @\$-l${qsubtime} $timestring
760# @\$-l${qsubmem} ${memory}mb
761# @\$-o $remote_dayfile
762# @\$-eo
763
764%%END%%
765
766 fi
767
768
769    # BEI RECHNUNG AUF REMOTE-MASCHINEN RUECKTRANSFER DES DAYFILES PER TRAP
770    # BEI EXIT VERANLASSEN
771    # VEKTORRECHNER MUSS EIGENEN JOB STARTEN, DA DORT NOHUP NICHT FUNKTIONIERT
772    # AUF IBM IN SEOUL IST RUECKTRANSFER ZUR ZEIT GENERELL NICHT MOEGLICH
773 if [[ $delete_dayfile = false  &&  $remote_host != $local_host ]]
774 then
775    echo "set +vx"                              >>  $job_to_send
776    echo "trap '"                               >>  $job_to_send
777    echo "set +vx"                              >>  $job_to_send
778    if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm  ||  $(echo $remote_host | cut -c1-3) = nec  ||  $remote_host = lctit ]]
779    then
780       if [[ $remote_host = ibmb  ||  $remote_host = ibmh ]]
781       then
782          return_queue=c1
783       elif [[ $remote_host = ibms ]]
784       then
785          return_queue=p_normal
786       elif [[ $remote_host = ibmy ]]
787       then
788          return_queue=serial
789       elif [[ $remote_host = lctit ]]
790       then
791          return_queue=sla3
792       elif [[ $remote_host = neck ]]
793       then
794          return_queue=S
795       else
796          return_queue=unknown
797       fi
798
799       if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm ]]
800       then
801
802          echo "echo \"#!/bin/ksh\" >> scpjob.$kennung"               >>  $job_to_send
803          echo "echo \"# @ job_type = serial\" >> scpjob.$kennung"    >>  $job_to_send
804          echo "echo \"# @ job_name = transfer\" >> scpjob.$kennung"  >>  $job_to_send
805          echo "echo \"# @ resources = ConsumableCpus(1) ConsumableMemory(1 gb)\" >> scpjob.$kennung"  >>  $job_to_send
806          echo "echo \"# @ wall_clock_limit = 00:10:00,00:10:00\" >> scpjob.$kennung "  >>  $job_to_send
807          echo "echo \"# @ output = job_queue/last_job_transfer_protocol\" >> scpjob.$kennung"  >>  $job_to_send
808          echo "echo \"# @ error = job_queue/last_job_transfer_protocol\" >> scpjob.$kennung"  >>  $job_to_send
809          echo "echo \"# @ class = $return_queue\" >> scpjob.$kennung"  >>  $job_to_send
810          echo "echo \"# @ image_size = 10\" >> scpjob.$kennung"      >>  $job_to_send
811          echo "echo \"# @ notification = never\" >> scpjob.$kennung" >>  $job_to_send
812
813          echo "echo \"# @ queue\" >> scpjob.$kennung"                >>  $job_to_send
814          echo "echo \" \" >> scpjob.$kennung"                        >>  $job_to_send
815
816          echo "echo \"set -x\" >> scpjob.$kennung"                   >>  $job_to_send
817          echo "echo \"batch_scp  -d  -w 10  -u $local_user  $local_addres  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \\\"$job_catalog\\\"  $local_dayfile\" >> scpjob.$kennung"  >>  $job_to_send
818          echo "echo \"exit\" >> scpjob.$kennung"                     >>  $job_to_send
819
820       elif [[ $remote_host = nech ]]
821       then
822          echo "cd /pf/b/${remote_user}/job_queue" >>  $job_to_send
823          echo "cat > scpjob.$kennung << %%END%%"  >>  $job_to_send
824          echo "#PBS -l ${qsubmem}=1GB,${qsubtime}=100"  >>  $job_to_send
825          echo "#PBS -o last_job_transfer_protocol"      >>  $job_to_send
826          echo "#PBS -j o"                         >>  $job_to_send
827          echo " "                                 >>  $job_to_send
828          echo "set -x"                            >>  $job_to_send
829          echo "cd /pf/b/${remote_user}/job_queue" >>  $job_to_send
830          echo "batch_scp  -d  -w 10  -u $local_user $local_addres  $remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
831          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
832          echo "%%END%%"                           >>  $job_to_send
833
834       elif [[ $remote_host = neck ]]
835       then
836          echo "cat > scpjob.$kennung << %%END%%"  >>  $job_to_send
837          echo "#PBS -q $return_queue"             >>  $job_to_send
838          echo "#PBS -l ${qsubmem}=1GB,${qsubtime}=100"  >>  $job_to_send
839          echo "#PBS -o last_job_transfer_protocol"      >>  $job_to_send
840          echo "#PBS -j o"                         >>  $job_to_send
841          echo " "                                 >>  $job_to_send
842          echo "set -x"                            >>  $job_to_send
843          echo "batch_scp  -d  -w 10  -u $local_user $local_addres  $remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
844          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
845          echo "%%END%%"                           >>  $job_to_send
846
847       elif [[ $remote_host = lctit ]]
848       then
849          echo "cat > scpjob.$kennung << %%END%%"          >>  $job_to_send
850          echo "set -x"                                    >>  $job_to_send
851          echo "PATH=\$PATH:$job_catalog/../pub"           >>  $job_to_send
852          echo "cd $job_catalog"                           >>  $job_to_send
853          echo "batch_scp  -d  -w 10  -u $local_user $local_addres  $remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
854          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
855          echo "%%END%%"                                   >>  $job_to_send
856
857       else
858
859          echo "cat > scpjob.$kennung << %%END%%"  >>  $job_to_send
860          echo "# @\\\$-q $return_queue"           >>  $job_to_send
861          echo "# @\\\$-l${qsubtime} 10"           >>  $job_to_send
862          echo "# @\\\$-l${qsubmem} 10mb"          >>  $job_to_send
863          if [[ $remote_host = t3ej2  ||  $remote_host = t3ej5  ||  $remote_host = t3es ]]
864          then
865             echo "# @\$-l mpp_p=0"                >>  $job_to_send
866          fi
867          echo '# @\$-lF 10mb'                     >>  $job_to_send
868#          echo '# @\$-o /dev/null'                 >>  $job_to_send
869          echo '# @\$-o job_queue/last_job_transfer_protocol'    >>  $job_to_send
870          echo '# @\\\$-eo'                          >>  $job_to_send
871          echo " "                                 >>  $job_to_send
872          if [[ $remote_host = t3ej2  ||  $remote_host = t3ej5 ]]
873          then
874             echo "set +vx"                        >>  $job_to_send
875             echo ". .profile"                     >>  $job_to_send
876          fi
877          echo "set -x"                            >>  $job_to_send
878          echo "batch_scp  -d  -w 10  -u $local_user $local_addres  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile  >  /dev/null"  >>  $job_to_send
879          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
880          echo "%%END%%"                           >>  $job_to_send
881       fi
882
883       if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm ]]
884       then
885          echo "llsubmit  scpjob.$kennung"      >>  $job_to_send
886       elif [[ $remote_host = lctit ]]
887       then
888          echo "chmod  u+x  scpjob.$kennung"    >>  $job_to_send
889          echo "rm -rf ${job_catalog}/last_job_transfer_protocol"  >>  $job_to_send
890          echo "n1ge  -N jobtransfer  -q $return_queue  -sgeout ${job_catalog}/last_job_transfer_protocol  scpjob.$kennung"  >>  $job_to_send
891          echo "sleep 10"                       >>  $job_to_send
892       elif [[ $remote_host = t3eb  ||  $remote_host = t3eh  ||  $remote_host = t3ej2  ||  $remote_host = t3ej5 ]]
893       then
894          echo "qsub -J n  scpjob.$kennung"     >>  $job_to_send
895       elif [[ $remote_host = t3es ]]
896       then
897          echo "qsub -J n  -s /bin/ksh  scpjob.$kennung"     >>  $job_to_send
898       else
899          echo "qsub  scpjob.$kennung"          >>  $job_to_send
900       fi
901       echo "rm  scpjob.$kennung"               >>  $job_to_send
902       if [[ $remote_host = nech ]]
903       then
904          echo "cd -"                           >>  $job_to_send
905       fi
906    else
907#       echo "ftpcopy  -d  $local_addres  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
908       echo "nohup  ftpcopy  -d  -w 15  $local_addres  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile  >  /dev/null  &"  >>  $job_to_send
909    fi
910    echo "set -x"                               >>  $job_to_send
911    echo "     ' exit"                          >>  $job_to_send
912    echo "set -x"                               >>  $job_to_send
913 fi
914
915
916
917    # EIGENTLICHE JOB-DATEI AN QSUB-KOMMANDOS ANHAENGEN
918 cat  $file_to_send  >>  $job_to_send
919
920 if [[ $remote_host = ibm ]]
921 then
922    echo " "         >>  $job_to_send
923    echo "exit"      >>  $job_to_send
924 fi
925 if [[ $remote_host = lctit ]]
926 then
927    echo " "                               >>  $job_to_send
928    echo "rm ~/job_queue/$job_on_remhost"  >>  $job_to_send
929 fi
930
931
932
933    # USER-NAME AUF ZIELRECHNER AUS .NETRC-DATEI ERMITTELN
934 if [[ -z $remote_user ]]
935 then
936    if [[ $remote_host = t3eb  ||  $remote_host = t3eh  ||  $remote_host = t3ej2  ||  $remote_host = t3ej5  ||  $remote_host = t3es  ||  $remote_host = vpp ]]
937    then
938       grep  $remote_addres  ~/.netrc | read dum dum dum remote_user dum dum
939    fi
940 fi
941
942
943
944    # JOB AUF ZIELRECHNER TRANSFERIEREN BZW. INS JOBVERZEICHNIS KOPIEREN
945 if [[ $no_submit = false ]]
946 then
947    if [[ $remote_host != $local_host ]]
948    then
949       [[ $verify = true ]]  &&  printf "\n >>> transfering job to \"$remote_host\"..."
950       if [[ $remote_host = ibms  ||  $remote_host = ibmy ]]    # ssh on ibms cannot handle "~/"
951       then
952          job_catalog_save=$job_catalog
953          job_catalog=job_queue
954       elif [[ $remote_host = nech ]]
955       then
956          job_catalog_save=$job_catalog
957          job_catalog=/hpf/b/${remote_user}/job_queue
958       fi
959       if [[ $local_host = decalpha ]]
960       then
961             # VERWENDUNG VON SCP AUF DECALPHA FRAGT FEHLERHAFTERWEISE
962             # PASSWORT AB
963          /bin/scp  $job_to_send  ${remote_user}@${remote_addres}:${job_catalog}/$job_on_remhost
964       elif [[ $remote_host = nech ]]
965       then
966             # DATEIEN KOENNEN NUR UEBER DEN ARCHIVE-SERVER DES DKRZ
967             # TRANSFERIERT WERDEN
968          scp  $job_to_send  ${remote_user}@136.172.44.205:${job_catalog}/$job_on_remhost
969       else
970          scp  $job_to_send  ${remote_user}@${remote_addres}:${job_catalog}/$job_on_remhost
971       fi
972       if [[ $? = 1 ]]
973       then
974          locat=scp; exit
975       fi
976       if [[ $remote_host = ibms ]]
977       then
978          job_catalog=$job_catalog_save
979       fi
980       [[ $verify = true ]]  &&  printf "\n >>> finished\n"
981    else
982       eval  job_catalog=$job_catalog
983       cp  $job_to_send  ${job_catalog}/$job_on_remhost
984    fi
985
986
987
988       # NQS- BZW. LOADLEVELER-JOB STARTEN
989    if [[ $remote_host != $local_host ]]
990    then
991       [[ $verify = true ]]  &&  printf "\n >>> submitting job using \"qsub\"...\n"
992       if [[ $remote_host != lctit ]]
993       then
994          ssh  $remote_addres  -l $remote_user  "cd $job_catalog; $submcom $job_on_remhost; rm $job_on_remhost"
995       else
996             # TIT ERLAUBT NUR DIE AUSFÜHRUNG GANZ BESTIMMTER KOMMANDOS
997             # MIT SSH, DESHALB AUFRUF PER PIPE
998             # UEBERGANGSWEISE CHECK, OB N1GE ENVIRONMENT WIRKLICH VERFUEGBAR
999          print  "cd $job_catalog; chmod u+x $job_on_remhost"  |  ssh  $remote_addres  -l $remote_user  > /dev/null  2>&1 
1000          echo "first try" > send_protocol
1001          while [[ $(cat send_protocol | grep -c "Forwarding to N1GE") = 0 ]]
1002          do
1003             if [[ $(cat send_protocol | grep -c "first try") = 1 ]]
1004             then
1005                printf "\n trying to submit job to TIT cluster..."
1006             else
1007                printf "\n +++ failed ... trying to submit again ..."
1008             fi
1009             print  "cd $job_catalog; $submcom $job_on_remhost"  |  ssh  $remote_addres  -l $remote_user  >  send_protocol  2>&1 
1010             cat send_protocol
1011          done
1012          sleep 10
1013          print  "cd $job_catalog;  rm $job_on_remhost"  |  ssh  $remote_addres  -l $remote_user  > /dev/null  2>&1 
1014          echo "$submcom  $job_on_remhost"
1015          rm  send_protocol
1016       fi
1017
1018       [[ $verify = true ]]  &&  printf " >>> o.k.\n"
1019    else
1020       cd  $job_catalog
1021       if [[ $(echo $local_host | cut -c1-3) = ibm ]]
1022       then
1023          eval  $submcom  $job_on_remhost
1024       elif [[ $local_host = lcfimm ]]
1025       then
1026          eval  $submcom  $job_on_remhost
1027          echo "$submcom  $job_on_remhost"
1028          chmod  u+x  $job_on_remhost
1029       elif [[ $local_host = lctit ]]
1030       then
1031          eval  $submcom  $job_on_remhost
1032          echo "$submcom  $job_on_remhost"
1033          chmod  u+x  $job_on_remhost
1034       elif [[ $local_host = nech ]]
1035       then
1036          if [[ $queue = default ]]
1037          then
1038             eval  $submcom  $job_on_remhost 
1039          else
1040             eval  $submcom  -q $queue  $job_on_remhost 
1041          fi
1042       else
1043          qsub  $job_on_remhost
1044       fi
1045          # JOBFILE DARF AUF LCTIT NICHT GELOESCHT WERDEN!! GESCHIEHT ERST AM JOBENDE
1046       [[ $local_host != lctit ]]  &&  rm  $job_on_remhost
1047       cd  -  > /dev/null
1048    fi
1049 fi
1050
1051
1052
1053    # ABSCHLUSSARBEITEN
1054
1055 if [[ $no_submit = false ]]
1056 then
1057    rm  $job_to_send
1058 fi
1059 [[ $verify = true ]]  &&  printf "\n\n *** SUBJOB finished \n\n"
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.