source: palm/tags/release-3.4/SCRIPTS/subjob @ 4355

Last change on this file since 4355 was 108, checked in by letzel, 14 years ago
  • Improved coupler: evaporation - salinity-flux coupling for humidity = .T.,

avoid MPI hangs when coupled runs terminate, add DOC/app/chapter_3.8;

  • Optional calculation of km and kh from initial TKE e_init;
  • Default initialization of km,kh = 0.00001 for ocean = .T.;
  • Allow data_output_pr= q, wq, w"q", w*q* for humidity = .T.;
  • Bugfix: Rayleigh damping for ocean fixed.
  • Property svn:keywords set to Rev
File size: 36.4 KB
Line 
1#!/bin/ksh
2# subjob - Plot-Shellskript         Version:  @(#)SUBJOB 1.0
3# $Id: subjob 54 2007-03-08 00:00:02Z raasch $
4
5     # Prozedur zum automatischen Generieren von Batch-Jobs, die unter NQS
6     # laufen sollen und deren Ergebnis (Dayfile) zum Job-generierenden
7     # Host zurueckgeschickt werden sollen
8
9
10     # letzte Aenderung:
11     # 29/06/94 - Siggi - Beginn mit Erstellung der Originalversion
12     # 08/07/94 - Siggi - Originalversion abgeschlossen (Version 1.0)
13     # 06/02/98 - Siggi - berte validiert
14     # 27/01/01 - Siggi - ground.yonsei.ac.kr validiert, Jobs zur T3E in Korea
15     #                    moeglich
16     # 08/02/01 - Siggi - alle subjob-Meldungen ins englische uebersetzt
17     # 25/05/02 - Siggi - Unterstuetzung des LoadLeveler
18     # 30/05/02 - Siggi - Validierung fuer ibm-Rechner in Seoul (nobel) sowie
19     #                    allgemeine Anpassungen fuer ibm-Rechner
20     # 15/10/02 - Siggi - Neue Default-Jobklasse (p_normal) fuer IBM in Seoul
21     #                    Ruecktransfer des Jobprotokolls fuer diese
22     #                    Maschine abgeschaltet
23     # 31/10/02 - Siggi - berni validiert
24     # 06/11/02 - Siggi - Neue Jobklassen auf ibmb und ibmh
25     # 08/11/02 - Siggi - quanero validiert
26     # 11/12/02 - Siggi - Notification fuer Transfer-Jobs abgeschaltet
27     # 23/01/03 - Siggi - hostname nobel changed to nobela
28     # 06/02/03 - Siggi - gregale validated
29     # 12/02/03 - Siggi - orkan and maestro validated
30     # 21/02/03 - Siggi - all nobel nodes in Seoul validated
31     # 12/03/03 - Siggi - nec at DKRZ validated
32     # 13/03/03 - Siggi - new nqs resource variable Memory
33     # 07/04/03 - Siggi - processor request option -c on nech needs tasks per
34     #                    node
35     # 11/04/03 - Siggi - network on ibms has attribute "shared"
36     # 31/07/03 - Siggi - nqs2 on nech implemented (provisional: -h nech2)
37     #                    cxxl added to ibmh
38     # 29/08/03 - Siggi - changes in job queues and communication system on
39     #                    ibms
40     # 24/10/03 - Siggi - using alternate hanni address 130.75.4.2
41     # 30/10/03 - Siggi - nech is not supported any more
42     # 10/11/03 - Siggi - nech2 renamed to nech
43     # 20/11/03 - Siggi - submit command on nech changed from qsub.test to qsub
44     # 29/03/04 - Siggi - ground not supported any more, gfdl3 validated
45     # 31/03/04 - Siggi - new option -N for node usage
46     # 12/04/04 - Siggi - scp2 instead of scp used for transfer from decalpha
47     #                    due to error in ssh installation (otherwise a prompt
48     #                    for the password appears)
49     # 23/07/04 - Siggi - changes due to the new berni configuration
50     #                    (federation switch)
51     # 01/09/04 - Gerald  new job-classes on hanni
52     # 08/09/04 - Siggi - hanni IP address changed to 130.75.4.10
53     # 23/11/04 - Siggi - new job class cdata on hanni and berni
54     # 03/12/04 - Siggi - notification on ibm switched of in case of
55     #                    delete_dayfile = true, node usage in cdev set to
56     #                    shared
57     # 16/02/05 - Gerald  hababai validated
58     # 29/03/05 - Micha - new job class channi on hanni
59     # 11/05/05 - Siggi - ConsumableMemory is now required as resource keyword
60     #                    on ibms
61     # 24/05/05 - Siggi - Default queue on ibms changed from p_normal_1.3 to
62     #                    p_normal
63     # 30/06/05 - Siggi - network changed for queue cdev from "us" to "ip"
64     # 12/07/05 - Siggi - in network.mpi on ibmh/ibmb "csss" changed to
65     #                    "sn_all", new job class cexp
66     # 08/09/05 - Siggi - IP-address of gfdl3 changed
67     # 31/10/05 - Siggi - new job class pp on hurricane, serial jobs on
68     #                    hurricane (with -X0)
69     # 01/11/05 - Siggi - missing queue for jobs submitted on nech (for nech)
70     #                    added
71     # 30/12/05 - Siggi - change of IP adresses in subnet 130.75.105
72     # 09/02/06 - Siggi - ibmy admitted
73     # 10/02/06 - Siggi - scp2 changed to /bin/scp on decalpha
74     # 13/04/06 - Siggi - ostria admitted
75     # 18/04/06 - Siggi - new option -O for OpenMP usage
76     # 24/05/06 - Siggi - lctit admitted, ftpjob renamed scpjob
77     # 25/07/06 - Siggi - gfdl5 (ibmy) admitted for submitting jobs
78     # 27/09/06 - Siggi - breg/hreg extended with berni/hanni
79     # 25/10/06 - Siggi - data_limit set to 1.76 GByte on hanni and berni
80     # 28/11/06 - Siggi - levanto admitted
81     # 13/02/07 - Siggi - hpmuk releated code removed
82     # 01/03/07 - Siggi - adjustments for RIAM machines gate and NEC-SX8 (n-sx)
83     # 12/04/07 - Siggi - option -f (filetransfer protocol) removed, scp only
84     # 27/07/07 - Siggi - autan admitted
85     # 03/08/07 - Marcus- lcfimm admitted
86
87
88    # VARIABLENVEREINBARUNGEN + DEFAULTWERTE
89 delete_dayfile=false 
90 locat=normal
91 no_default_queue=none
92 no_submit=false
93 job_catalog="~/job_queue"
94 job_name=none
95 local_user=$LOGNAME
96 node_usage=shared
97 numprocs=1
98 punkte="..........................................................."
99 submcom=qsub
100 queue=default
101 remote_host=none
102 remote_user=""
103 verify=true
104
105 typeset  -i   cputime=0  memory=0  Memory=0  minuten  resttime  sekunden  stunden
106 typeset  -i   inumprocs  nodes=0  tasks_per_node=0  threads_per_task=1
107 typeset  -L20 spalte1
108 typeset  -R40 spalte2
109 typeset  -L60 spalte3
110
111
112
113    # FEHLERBEHANDLUNG
114    # BEI EXIT:
115 trap 'if [[ $locat != normal ]]
116       then
117          case  $locat  in
118             (option)  printf "\n  --> available optios can be displayed"
119                       printf " by typing:"
120                       printf "\n      \"subjob ?\" \n";;
121             (ftpcopy|parameter|scp|verify)  printf "\n";;
122             (*)       printf "\n  +++ unknown error"
123                       printf "\n      please inform S. Raasch!\n"
124          esac
125          [[ -f $job_to_send ]]  &&  rm  $job_to_send
126          printf "\n\n+++ SUBJOB killed \n\n"
127       fi' exit
128
129
130    # BEI TERMINAL-BREAK:
131 trap '[[ -f $job_to_send ]]  &&  rm  $job_to_send
132       printf "\n\n+++ SUBJOB killed \n\n"
133       exit
134      ' 2
135
136
137
138
139    # LOKALEN HOSTNAMEN FESTSTELLEN
140 local_host=$(hostname)
141
142
143
144    # HOSTSPEZIFISCHE VARIABLEN VEREINBAREN BZW. PRUEFEN, OB LOKALER HOST
145    # UEBERHAUPT ZULAESSIG IST
146 case  $local_host  in
147     (atmos)                 local_addres=172.20.25.35;   local_host=lcide;;
148     (autan)                 local_addres=130.75.105.57;  local_host=lcmuk;;
149     (bora)                  local_addres=130.75.105.103; local_host=lcmuk;;
150     (breg*-en0|berni*-en0)  local_addres=130.73.230.10;  local_host=ibmb;;
151     (breva)                 local_addres=130.75.105.98;  local_host=lcmuk;;
152     (compute-*.local)       local_addres=172.20.4.2;     local_host=lcfimm;;
153     (cs*)                   local_addres=136.172.44.131; local_host=nech;;
154     (elephanta)             local_addres=130.75.105.6;   local_host=lcmuk;;
155     (fimm.bccs.uib.no)      local_addres=172.20.4.2;     local_host=lcfimm;;
156     (gallego)               local_addres=130.75.105.10;  local_host=lcmuk;;
157     (gate|n-sx)             local_addres=133.5.178.11;   local_host=neck;;
158     (gfdl5)                 local_addres=165.132.26.58;  local_host=ibmy;;
159     (gfdl3.yonsei.ac.kr)    local_addres=165.132.26.56;  local_host=decalpha;;
160     (gregale)               local_addres=130.75.105.109; local_host=lcmuk;;
161     (hababai)               local_addres=130.75.105.108; local_host=lcmuk;;
162     (hreg*-en0|hanni*-en0)  local_addres=130.75.4.10;    local_host=ibmh;;
163     (irifi)                 local_addres=130.75.105.104; local_host=lcmuk;;
164     (levanto)               local_addres=130.75.105.45;  local_host=lcmuk;;
165     (maestro)               local_addres=130.75.105.2;   local_host=lcmuk;;
166     (nobel*)                local_addres=150.183.5.101;  local_host=ibms;;
167     (orkan)                 local_addres=130.75.105.3;   local_host=lcmuk;;
168     (ostria)                local_addres=130.75.105.106; local_host=lcmuk;;
169     (quanero)               local_addres=130.75.105.107; local_host=lcmuk;;
170     (scirocco)              local_addres=172.20.25.41;   local_host=lcmuk;;
171     (sun1|sun2)             local_addres=130.75.6.1;     local_host=unics;;
172     (tgg*)                  local_addres=172.17.75.161;  local_host=lctit;;
173     (vorias)                local_addres=172.20.25.43;   local_host=lcmuk;;
174     (*)                     printf "\n  +++ \"$local_host\" unknown";
175                             printf "\n      please inform S. Raasch!";
176                             locat=parameter; exit;;
177 esac
178
179
180
181    # REMOTE HOST DEFAULTMAESSIG = LOCAL HOST SETZEN
182 remote_host=$local_host
183
184
185
186
187    # PROZEDUROPTIONEN EINLESEN
188 while  getopts  :c:dDh:m:n:N:O:q:t:T:u:vX:  option
189 do
190   case  $option  in
191       (c)   job_catalog=$OPTARG;;
192       (d)   delete_dayfile=true;;
193       (D)   no_submit=true;;
194       (h)   remote_host=$OPTARG;;
195       (m)   memory=$OPTARG;;
196       (n)   job_name=$OPTARG;;
197       (N)   node_usage=$OPTARG;;
198       (O)   threads_per_task=$OPTARG;;
199       (q)   no_default_queue=$OPTARG;;
200       (t)   cputime=$OPTARG;;
201       (T)   tasks_per_node=$OPTARG;;
202       (u)   remote_user=$OPTARG;;
203       (v)   verify=false;;
204       (X)   numprocs=$OPTARG;;
205       (\?)  printf "\n  +++ Option $OPTARG unknown \n";
206             locat=option; exit;;
207   esac
208 done
209
210
211    # JOBDATEINAMEN ALS NAECHSTES ARGUMENT HOLEN
212 shift OPTIND-1; file_to_send=$1
213
214
215    # KURZE AUFRUFBESCHREIBUNG WIRD HIER AUSGEGEBEN
216 if [ "$1" = "?" ]
217 then
218   (printf "\n  *** subjob can be called as follows:\n"
219    printf "\n      subjob -c.. -d -D -h.. -m.. -q.. -t.. -u.. -v  <jobfile>\n"
220    printf "\n      Description of available options:\n"
221    printf "\n      Option  Description                         Default-Value"
222    printf "\n        -c    job-input- and output-catalog       ~/job_queue"
223    printf "\n        -d    no job-protocol will be created     ---"
224    printf "\n        -D    only the job-file will be created   ---"
225    printf "\n        -h    execution host, available hosts:    $remote_host"
226    printf "\n              ibm, ibmb, ibmh, ibms, ibmy, lcmuk,"
227    printf "\n              lctit, nech, neck, unics"
228    printf "\n        -m    memory demand per process in MByte  ---"
229    printf "\n        -n    jobname                             <jobdatei>"
230    printf "\n        -O    threads per task (for OpenMP usage) 1"
231    printf "\n        -q    job-queue to be used                default"
232    printf "\n        -t    allowed cpu-time in seconds         ---"
233    printf "\n        -T    tasks per node (on parallel hosts)  ---"
234    printf "\n        -u    username on execution host          from .netrc"
235    printf "\n        -v    no prompt for confirmation          ---"
236    printf "\n        -X    # of processors (on parallel hosts) 1"
237    printf "\n "
238    printf "\n      The only possible positional parameter is <jobfile>:"
239    printf "\n      The complete NQS-job must be provided here."
240    printf "\n      <jobfile>=? creates this outline\n\n") | more
241    exit
242 fi
243
244
245
246    # PRUEFEN, OB JOBDATEI ANGEGEBEN WURDE UND OB SIE AUCH EXISTIERT
247 if [[ "$file_to_send" = "" ]]
248 then
249    printf "\n  +++ job-file missing"
250    locat=parameter; exit
251 else
252    if [[ -f $file_to_send ]]
253    then
254       true
255    else
256       printf "\n  +++ job-file: "
257       printf "\n           $file_to_send"
258       printf "\n      does not exist"
259       locat=parameter; exit
260    fi
261 fi
262
263
264
265    # FALLS KEIN JOBNAME ANGEGEBEN WURDE, WIRD JOBNAME = JOBDATEINAME
266    # GESETZT. VORAUSSETZUNG: JOBDATEINAME BEINHALTET KEINE PFADE
267 if [[ $job_name = none ]]
268 then
269    job_name=$file_to_send
270 fi
271 if [[ $(echo $job_name | grep -c "/") != 0 ]]
272 then
273    printf "\n  +++ job-file name: "
274    printf "\n           $job_name"
275    printf "\n      must not contain \"/\"-characters"
276    locat=parameter; exit
277 fi
278
279
280
281
282    # HOSTSPEZIFISCHE GROESSEN VEREINBAREN BZW. ABBRUCH BEI UNZULAESSIGEM HOST
283    # ODER WENN HOST NICHT ANGEGEBEN WURDE
284 if [[ $remote_host = none ]]
285 then
286    printf "\n  +++ host missing"
287    locat=option; exit
288 else
289    case  $remote_host  in
290        (ibm)    queue=p690_standard; remote_addres=134.76.99.81; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
291        (ibmb)   queue=cpar; remote_addres=130.73.230.10; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
292        (ibmh)   queue=cpar; remote_addres=130.75.4.10; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
293        (ibms)   queue=p_normal; remote_addres=150.183.5.101; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
294        (ibmy)   queue=parallel; remote_addres=165.132.26.58; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
295        (lcfimm) remote_addres=172.20.4.2; submcom=/opt/torque/bin/qsub;;
296        (lctit)  queue=default; remote_addres=172.17.75.161; submcom=/n1ge/TITECH_GRID/tools/bin/n1ge;;
297        (nech)   qsubmem=memsz_job; qsubtime=cputim_job; remote_addres=136.172.44.147; submcom="/usr/local/bin/qsub";;
298        (neck)   qsubmem=memsz_job; qsubtime=cputim_job; remote_addres=133.5.178.11; submcom="/usr/bin/nqsII/qsub";;
299        (vpp)    qsubmem=m; qsubtime=t; queue=vpp; remote_addres=130.75.4.130;;
300        (unics)  qsubmem=d; qsubtime=t; queue=unics; remote_addres=130.75.6.1;;
301        (*)      printf "\n  +++ hostname \"$remote_host\" not allowed";
302                 locat=parameter; exit;;
303    esac
304 fi
305
306
307    # EVTL. PRUEFEN, OB ANGEGEBENE QUEUE ZULAESSIG IST
308 if [[ $no_default_queue != none ]]
309 then
310    error=false
311    ndq=$no_default_queue
312    case  $remote_host  in
313        (ibm)    case  $ndq  in
314                     (p690_express|p690_standard|p690_long)  error=false;;
315                     (*)                                     error=true;;
316                 esac;;
317        (ibmb)   case  $ndq  in
318                     (cdata|cdev|cexp|c1|cshare|csolo|cspec) error=false;;
319                     (*)                                     error=true;;
320                 esac;;
321        (ibmh)   case  $ndq  in
322                     (cdata|cdev|cexp|channi|cxxl|c1|cshare|csolo|cspec)  error=false;;
323                     (*)                                     error=true;;
324                 esac;;
325        (ibms)   case  $ndq  in
326                     (express|normal|p_express|p_normal|p_normal_1.3|p_normal_1.7|grand)     error=false;;
327                     (*)                                     error=true;;
328                 esac;;
329        (ibmy)   case  $ndq  in
330                     (parallel)                              error=false;;
331                     (*)                                     error=true;;
332                 esac;;
333        (lctit)  case  $ndq  in
334                     (default|high|bes1|bes2|sla1|sla2)      error=false;;
335                     (*)                                     error=true;;
336                 esac;;
337        (t3eb)   case  $ndq  in
338                     (berte|p50|p100|p392|forfree|p25himem)  error=false;;
339                     (*)    error=true;;
340                 esac;;
341        (t3eh)   case  $ndq  in
342                     (para_t3e|em|k|l|lm|comp_t3e|c|p|ht)  error=false;;
343                     (*)    error=true;;
344                 esac;;
345        (t3ej2|t3ej5)  case  $ndq  in
346                     (low|normal|high)  error=false;;
347                     (*)    error=true;;
348                 esac;;
349        (t3es)  case  $ndq  in
350                     (batch|serial-4|pe4|p48|pe16|pe32|pe64|pe128)  error=false;;
351                     (*)    error=true;;
352                 esac;;
353        (unics)  case  $ndq  in
354                     (unics|ht)  error=false;;
355                     (*)         error=true;;
356                 esac;;
357    esac
358    if [[ $error = true ]]
359    then
360       printf "\n  +++ queue \"$no_default_queue\" on host \"$remote_host\" not allowed"
361       locat=parameter; exit
362    else
363       queue=$no_default_queue
364    fi
365 fi
366
367
368
369    # KNOTENNUTZUNG IN ENTWICKLERQUEUE MUSS SHARED SEIN
370 if [[ $node_usage != shared  &&  $queue = cdev ]]
371 then
372    node_usage=shared
373 fi
374
375
376
377    # PRUEFEN DER CPU-ZEIT, ZEIT NACH STUNDEN, MINUTEN UND SEKUNDEN
378    # AUFTEILEN
379 done=false
380 while [[ $done = false ]]
381 do
382    if (( $cputime <= 0 ))
383    then
384       printf "\n  +++ wrong cpu-time or cpu-time missing"
385       printf "\n  >>> Please type cpu-time in seconds as INTEGER:"
386       printf "\n  >>> "
387       read  cputime  1>/dev/null  2>&1
388    else
389       done=true
390    fi
391 done
392 if [[ $remote_host = nech ]]
393 then
394    if (( tasks_per_node != 0 ))
395    then
396       (( cputime = cputime * tasks_per_node ))
397    elif [[ $numprocs != 0 ]]
398    then
399       (( cputime = cputime * numprocs ))
400    fi
401 fi
402 (( stunden  = cputime / 3600 ))
403 (( resttime = cputime - stunden * 3600 ))
404 (( minuten  = resttime / 60 ))
405 (( sekunden = resttime - minuten * 60 ))
406 timestring=${stunden}:${minuten}:${sekunden}
407
408
409
410    # PRUEFEN DER KERNSPEICHERANFORDERUNG
411 done=false
412 while [[ $done = false ]]
413 do
414    if (( memory <= 0 ))
415    then
416       printf "\n  +++ wrong memory demand or memory demand missing"
417       printf "\n  >>> Please type memory in  MByte per process  as INTEGER:"
418       printf "\n  >>> "
419       read  memory  1>/dev/null  2>&1
420    else
421       done=true
422    fi
423 done
424
425 if [[ $remote_host = nech  ||  $remote_host = neck ]]
426 then
427    if (( tasks_per_node != 0 ))
428    then
429       (( Memory = memory * tasks_per_node / 1000 ))
430    elif [[ $numprocs != 0 ]]
431    then
432       (( Memory = memory * numprocs / 1000 ))
433    else
434       (( Memory = memory / 1000 ))
435    fi
436 fi
437
438
439    # SPEICHERBERECHNUNG BEI OPENMP-NUTZUNG
440 if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm ]]
441 then
442    (( memory = memory * threads_per_task ))
443 fi
444
445
446    # BERECHNUNG DER ANZAHL DER ZU VERWENDENDEN KNOTEN
447 if (( tasks_per_node != 0 ))
448 then
449    (( nodes = numprocs / ( tasks_per_node * threads_per_task ) ))
450 fi
451
452
453
454    # HEADER-AUSGABE
455 if [[ $verify = true ]]
456 then
457    printf "\n\n"
458    printf "#--------------------------------------------------------------# \n"
459    spalte1=SUBJOB;spalte2=$(date)
460    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
461    printf "|                                                              | \n"
462    printf "| values of parameters/options:                                | \n"
463    spalte1=local_host$punkte; spalte2=$punkte$local_host
464    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
465    spalte1=remote_host$punkte; spalte2=$punkte$remote_host
466    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
467    spalte1=queue$punkte; spalte2=$punkte$queue
468    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
469    spalte1=memory$punkte; spalte2="$punkte$memory mb"
470    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
471    spalte1=cputime$punkte; spalte2="$punkte$cputime sec"
472    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
473    spalte1=job_name$punkte; spalte2="$punkte$job_name"
474    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
475    printf "#--------------------------------------------------------------# \n\n"
476
477
478       # KONTROLLABFRAGE, OB ALLES O.K.
479    antwort="dummy"
480    while [[ $antwort != y  &&  $antwort != Y  &&  $antwort != n  &&  $antwort != N ]]
481    do
482       read antwort?" >>> continue (y/n) ? "
483    done
484    if [[ $antwort = n  ||  $antwort = N ]]
485    then
486       locat=verify; exit
487    fi
488    printf "\n"
489 fi
490
491
492
493    # ZUFALLSKENNUNG GENERIEREN UND JOBNAMEN AUF ZIELRECHNER BESTIMMEN
494 kennung=$RANDOM
495 job_on_remhost=${job_name}_${kennung}_$local_host
496 job_to_send=job_to_send_$kennung
497 if [[ $delete_dayfile = false ]]
498 then
499    remote_dayfile=${local_host}_${job_name}_result_$kennung
500    local_dayfile=${remote_host}_${job_name}
501 else
502    remote_dayfile=/dev/null
503    if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm ]]
504    then
505       notification='# @ notification = never'
506    fi
507 fi
508
509
510
511    # QSUB- ODER LL-KOMMANDOS BZW. SKRIPTE  GENERIEREN
512 if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm  &&  $numprocs != 0 ]]
513 then
514
515    if [[ $remote_host = ibmy ]]
516    then
517       consumable_memory=""
518    else
519       consumable_memory="ConsumableMemory($memory mb)"
520    fi
521    if [[ $queue = cdev ]]
522    then
523       data_limit="# @ data_limit = 1.76gb"
524       network_to_use="# @ network.mpi = sn_all,shared,ip"
525    else
526       if [[ $remote_host = ibms ]]
527       then
528          network_to_use="# @ network.mpi = csss,shared,us"
529       elif [[ $remote_host = ibmy ]]
530       then
531          network_to_use=""
532       else
533          network_to_use="# @ network.mpi = sn_all,shared,us"
534          data_limit="# @ data_limit = 1.76gb"
535       fi
536    fi
537
538    cat > $job_to_send << %%END%%
539#!/bin/ksh
540
541# @ job_type = parallel
542# @ job_name = palm
543# @ wall_clock_limit = ${timestring},$timestring
544# @ resources = ConsumableCpus($threads_per_task) $consumable_memory
545# @ output = $remote_dayfile
546# @ error = $remote_dayfile
547# @ image_size = 50
548# @ class = $queue
549# @ environment = OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task; MP_SHARED_MEMORY=yes
550$network_to_use
551$data_limit
552$notification
553
554%%END%%
555
556    if (( nodes > 0 ))
557    then
558
559       cat >> $job_to_send << %%END%%
560# @ node = $nodes
561# @ tasks_per_node = $tasks_per_node
562# @ node_usage = $node_usage
563# @ queue
564
565%%END%%
566
567    else
568
569       if [[ $remote_host != ibmy ]]
570       then
571
572          cat >> $job_to_send << %%END%%
573# @ blocking = unlimited
574# @ total_tasks = $numprocs
575# @ node_usage = $node_usage
576# @ queue
577
578%%END%%
579
580       else
581
582          cat >> $job_to_send << %%END%%
583# @ node = 1
584# @ total_tasks = $numprocs
585# @ queue
586
587%%END%%
588
589       fi
590
591    fi
592
593 elif [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm  &&  $numprocs = 0 ]]
594 then
595
596    cat > $job_to_send << %%END%%
597#!/bin/ksh
598
599# @ job_type = serial
600# @ node_usage = $node_usage
601# @ job_name = palm
602# @ wall_clock_limit = ${timestring},$timestring
603# @ resources = ConsumableCpus(1) ConsumableMemory(1 gb)
604# @ output = $remote_dayfile
605# @ error = $remote_dayfile
606# @ class = $queue
607$notification
608
609# @ queue
610
611%%END%%
612
613 elif [[ $remote_host = lcfimm ]]
614 then
615
616    if [[ $numprocs != 0 ]]
617    then
618       cat > $job_to_send << %%END%%
619#!/bin/ksh
620#PBS -N $job_name
621#PBS -A nersc
622#PBS -l walltime=$timestring
623#PBS -l nodes=${nodes}:ppn=$tasks_per_node
624#PBS -l pmem=${memory}mb
625#PBS -m abe
626#PBS -M igore@nersc.no
627#PBS -o $remote_dayfile
628#PBS -j oe
629mpd &
630
631%%END%%
632
633    else
634       cat > $job_to_send << %%END%%
635#!/bin/ksh
636#PBS -N $job_name
637#PBS -A nersc
638#PBS -l walltime=$timestring
639#PBS -l ncpus=1
640#PBS -l pmem=${memory}mb
641#PBS -m abe
642#PBS -M igore@nersc.no
643#PBS -o $remote_dayfile
644#PBS -j oe
645
646%%END%%
647
648    fi
649
650 elif [[ $remote_host = nech ]]
651 then
652
653    if (( nodes > 1 ))
654    then
655       cat > $job_to_send << %%END%%
656#!/bin/ksh
657#PBS -l cpunum_prc=$tasks_per_node,cputim_job=$cputime
658#PBS -l ${qsubmem}=${Memory}gb
659#PBS -b $nodes
660#PBS -o $remote_dayfile
661#PBS -N palm
662#PBS -j o
663#PBS -T mpisx
664
665%%END%%
666
667    elif [[ $numprocs != 0 ]]
668    then
669       cat > $job_to_send << %%END%%
670#!/bin/ksh
671#PBS -l cpunum_prc=$tasks_per_node,cputim_job=$cputime
672#PBS -l ${qsubmem}=${Memory}gb
673#PBS -o $remote_dayfile
674#PBS -N palm
675#PBS -j o
676
677%%END%%
678
679    else
680       cat > $job_to_send << %%END%%
681#!/bin/ksh
682#PBS -l ${qsubmem}=${Memory}gb,${qsubtime}=$cputime
683#PBS -o $remote_dayfile
684#PBS -j o
685
686%%END%%
687
688    fi
689
690 elif [[ $remote_host = neck ]]
691 then
692
693    if (( nodes > 1 ))
694    then
695       cat > $job_to_send << %%END%%
696#!/bin/ksh
697#PBS -l cpunum_prc=$tasks_per_node,cputim_job=$cputime
698#PBS -l ${qsubmem}=${Memory}gb
699#PBS -b $nodes
700#PBS -o $remote_dayfile
701#PBS -N palm
702#PBS -j o
703#PBS -T mpisx
704
705%%END%%
706
707    elif [[ $numprocs != 0 ]]
708    then
709       cat > $job_to_send << %%END%%
710#!/bin/ksh
711#PBS -q ${queue}
712#PBS -l cpunum_prc=$tasks_per_node,cputim_job=$cputime
713#PBS -l ${qsubmem}=${Memory}gb
714#PBS -o $remote_dayfile
715#PBS -N palm
716#PBS -j o
717#PBS -T mpisx
718
719%%END%%
720
721    else
722       cat > $job_to_send << %%END%%
723#!/bin/ksh
724#PBS -l ${qsubmem}=${Memory}gb,${qsubtime}=$cputime
725#PBS -o $remote_dayfile
726#PBS -j o
727
728%%END%%
729
730    fi
731
732 elif [[ $remote_host = lctit ]]
733 then
734    cat > $job_to_send << %%END%%
735#!/bin/bash
736#$ -S /bin/bash
737cd $job_catalog
738export PATH=$PALM_BIN:\$PATH
739echo \$PATH
740
741%%END%%
742
743       # OPTIONEN FUER SUBMIT-KOMMANDO ZUSAMMENSTELLEN
744    submcom="$submcom  -N $job_name  -sgeout $remote_dayfile  -q default"
745
746 else
747
748    cat > $job_to_send << %%END%%
749# @\$-q ${queue}
750# @\$-l${qsubtime} $timestring
751# @\$-l${qsubmem} ${memory}mb
752# @\$-o $remote_dayfile
753# @\$-eo
754
755%%END%%
756
757 fi
758
759
760    # BEI RECHNUNG AUF REMOTE-MASCHINEN RUECKTRANSFER DES DAYFILES PER TRAP
761    # BEI EXIT VERANLASSEN
762    # VEKTORRECHNER MUSS EIGENEN JOB STARTEN, DA DORT NOHUP NICHT FUNKTIONIERT
763    # AUF IBM IN SEOUL IST RUECKTRANSFER ZUR ZEIT GENERELL NICHT MOEGLICH
764 if [[ $delete_dayfile = false  &&  $remote_host != $local_host ]]
765 then
766    echo "set +vx"                              >>  $job_to_send
767    echo "trap '"                               >>  $job_to_send
768    echo "set +vx"                              >>  $job_to_send
769    if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm  ||  $(echo $remote_host | cut -c1-3) = nec  ||  $remote_host = lctit ]]
770    then
771       if [[ $remote_host = ibmb  ||  $remote_host = ibmh ]]
772       then
773          return_queue=c1
774       elif [[ $remote_host = ibms ]]
775       then
776          return_queue=p_normal
777       elif [[ $remote_host = ibmy ]]
778       then
779          return_queue=serial
780       elif [[ $remote_host = lctit ]]
781       then
782          return_queue=default
783       elif [[ $remote_host = neck ]]
784       then
785          return_queue=S
786       else
787          return_queue=unknown
788       fi
789
790       if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm ]]
791       then
792
793          echo "echo \"#!/bin/ksh\" >> scpjob.$kennung"               >>  $job_to_send
794          echo "echo \"# @ job_type = serial\" >> scpjob.$kennung"    >>  $job_to_send
795          echo "echo \"# @ job_name = transfer\" >> scpjob.$kennung"  >>  $job_to_send
796          echo "echo \"# @ resources = ConsumableCpus(1) ConsumableMemory(1 gb)\" >> scpjob.$kennung"  >>  $job_to_send
797          echo "echo \"# @ wall_clock_limit = 00:10:00,00:10:00\" >> scpjob.$kennung "  >>  $job_to_send
798          echo "echo \"# @ output = job_queue/last_job_transfer_protocol\" >> scpjob.$kennung"  >>  $job_to_send
799          echo "echo \"# @ error = job_queue/last_job_transfer_protocol\" >> scpjob.$kennung"  >>  $job_to_send
800          echo "echo \"# @ class = $return_queue\" >> scpjob.$kennung"  >>  $job_to_send
801          echo "echo \"# @ image_size = 10\" >> scpjob.$kennung"      >>  $job_to_send
802          echo "echo \"# @ notification = never\" >> scpjob.$kennung" >>  $job_to_send
803
804          echo "echo \"# @ queue\" >> scpjob.$kennung"                >>  $job_to_send
805          echo "echo \" \" >> scpjob.$kennung"                        >>  $job_to_send
806
807          echo "echo \"set -x\" >> scpjob.$kennung"                   >>  $job_to_send
808          echo "echo \"batch_scp  -d  -w 10  -u $local_user  $local_addres  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \\\"$job_catalog\\\"  $local_dayfile\" >> scpjob.$kennung"  >>  $job_to_send
809          echo "echo \"exit\" >> scpjob.$kennung"                     >>  $job_to_send
810
811       elif [[ $remote_host = nech ]]
812       then
813          echo "cd /pf/b/${remote_user}/job_queue" >>  $job_to_send
814          echo "cat > scpjob.$kennung << %%END%%"  >>  $job_to_send
815          echo "#PBS -l ${qsubmem}=1GB,${qsubtime}=100"  >>  $job_to_send
816          echo "#PBS -o last_job_transfer_protocol"      >>  $job_to_send
817          echo "#PBS -j o"                         >>  $job_to_send
818          echo " "                                 >>  $job_to_send
819          echo "set -x"                            >>  $job_to_send
820          echo "cd /pf/b/${remote_user}/job_queue" >>  $job_to_send
821          echo "batch_scp  -d  -w 10  -u $local_user $local_addres  $remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
822          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
823          echo "%%END%%"                           >>  $job_to_send
824
825       elif [[ $remote_host = neck ]]
826       then
827          echo "cat > scpjob.$kennung << %%END%%"  >>  $job_to_send
828          echo "#PBS -q $return_queue"             >>  $job_to_send
829          echo "#PBS -l ${qsubmem}=1GB,${qsubtime}=100"  >>  $job_to_send
830          echo "#PBS -o last_job_transfer_protocol"      >>  $job_to_send
831          echo "#PBS -j o"                         >>  $job_to_send
832          echo " "                                 >>  $job_to_send
833          echo "set -x"                            >>  $job_to_send
834          echo "batch_scp  -d  -w 10  -u $local_user $local_addres  $remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
835          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
836          echo "%%END%%"                           >>  $job_to_send
837
838       elif [[ $remote_host = lctit ]]
839       then
840          echo "cat > scpjob.$kennung << %%END%%"          >>  $job_to_send
841          echo "set -x"                                    >>  $job_to_send
842          echo "PATH=\$PATH:$job_catalog/../pub"           >>  $job_to_send
843          echo "cd $job_catalog"                           >>  $job_to_send
844          echo "batch_scp  -d  -w 10  -u $local_user $local_addres  $remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
845          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
846          echo "%%END%%"                                   >>  $job_to_send
847
848       else
849
850          echo "cat > scpjob.$kennung << %%END%%"  >>  $job_to_send
851          echo "# @\\\$-q $return_queue"           >>  $job_to_send
852          echo "# @\\\$-l${qsubtime} 10"           >>  $job_to_send
853          echo "# @\\\$-l${qsubmem} 10mb"          >>  $job_to_send
854          if [[ $remote_host = t3ej2  ||  $remote_host = t3ej5  ||  $remote_host = t3es ]]
855          then
856             echo "# @\$-l mpp_p=0"                >>  $job_to_send
857          fi
858          echo '# @\$-lF 10mb'                     >>  $job_to_send
859#          echo '# @\$-o /dev/null'                 >>  $job_to_send
860          echo '# @\$-o job_queue/last_job_transfer_protocol'    >>  $job_to_send
861          echo '# @\\\$-eo'                          >>  $job_to_send
862          echo " "                                 >>  $job_to_send
863          if [[ $remote_host = t3ej2  ||  $remote_host = t3ej5 ]]
864          then
865             echo "set +vx"                        >>  $job_to_send
866             echo ". .profile"                     >>  $job_to_send
867          fi
868          echo "set -x"                            >>  $job_to_send
869          echo "batch_scp  -d  -w 10  -u $local_user $local_addres  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile  >  /dev/null"  >>  $job_to_send
870          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
871          echo "%%END%%"                           >>  $job_to_send
872       fi
873
874       if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm ]]
875       then
876          echo "llsubmit  scpjob.$kennung"      >>  $job_to_send
877       elif [[ $remote_host = lctit ]]
878       then
879          echo "chmod  u+x  scpjob.$kennung"    >>  $job_to_send
880          echo "rm -rf ${job_catalog}/last_job_transfer_protocol"  >>  $job_to_send
881          echo "n1ge  -N jobtransfer  -q $return_queue  -sgeout ${job_catalog}/last_job_transfer_protocol  scpjob.$kennung"  >>  $job_to_send
882          echo "sleep 10"                       >>  $job_to_send
883       elif [[ $remote_host = t3eb  ||  $remote_host = t3eh  ||  $remote_host = t3ej2  ||  $remote_host = t3ej5 ]]
884       then
885          echo "qsub -J n  scpjob.$kennung"     >>  $job_to_send
886       elif [[ $remote_host = t3es ]]
887       then
888          echo "qsub -J n  -s /bin/ksh  scpjob.$kennung"     >>  $job_to_send
889       else
890          echo "qsub  scpjob.$kennung"          >>  $job_to_send
891       fi
892       echo "rm  scpjob.$kennung"               >>  $job_to_send
893       if [[ $remote_host = nech ]]
894       then
895          echo "cd -"                           >>  $job_to_send
896       fi
897    else
898#       echo "ftpcopy  -d  $local_addres  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
899       echo "nohup  ftpcopy  -d  -w 15  $local_addres  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile  >  /dev/null  &"  >>  $job_to_send
900    fi
901    echo "set -x"                               >>  $job_to_send
902    echo "     ' exit"                          >>  $job_to_send
903    echo "set -x"                               >>  $job_to_send
904 fi
905
906
907
908    # EIGENTLICHE JOB-DATEI AN QSUB-KOMMANDOS ANHAENGEN
909 cat  $file_to_send  >>  $job_to_send
910
911 if [[ $remote_host = ibm ]]
912 then
913    echo " "         >>  $job_to_send
914    echo "exit"      >>  $job_to_send
915 fi
916 if [[ $remote_host = lctit ]]
917 then
918    echo " "                               >>  $job_to_send
919    echo "rm ~/job_queue/$job_on_remhost"  >>  $job_to_send
920 fi
921
922
923
924    # USER-NAME AUF ZIELRECHNER AUS .NETRC-DATEI ERMITTELN
925 if [[ -z $remote_user ]]
926 then
927    if [[ $remote_host = t3eb  ||  $remote_host = t3eh  ||  $remote_host = t3ej2  ||  $remote_host = t3ej5  ||  $remote_host = t3es  ||  $remote_host = vpp ]]
928    then
929       grep  $remote_addres  ~/.netrc | read dum dum dum remote_user dum dum
930    fi
931 fi
932
933
934
935    # JOB AUF ZIELRECHNER TRANSFERIEREN BZW. INS JOBVERZEICHNIS KOPIEREN
936 if [[ $no_submit = false ]]
937 then
938    if [[ $remote_host != $local_host ]]
939    then
940       [[ $verify = true ]]  &&  printf "\n >>> transfering job to \"$remote_host\"..."
941       if [[ $remote_host = ibms  ||  $remote_host = ibmy ]]    # ssh on ibms cannot handle "~/"
942       then
943          job_catalog_save=$job_catalog
944          job_catalog=job_queue
945       elif [[ $remote_host = nech ]]
946       then
947          job_catalog_save=$job_catalog
948          job_catalog=/hpf/b/${remote_user}/job_queue
949       fi
950       if [[ $local_host = decalpha ]]
951       then
952             # VERWENDUNG VON SCP AUF DECALPHA FRAGT FEHLERHAFTERWEISE
953             # PASSWORT AB
954          /bin/scp  $job_to_send  ${remote_user}@${remote_addres}:${job_catalog}/$job_on_remhost
955       elif [[ $remote_host = nech ]]
956       then
957             # DATEIEN KOENNEN NUR UEBER DEN ARCHIVE-SERVER DES DKRZ
958             # TRANSFERIERT WERDEN
959          scp  $job_to_send  ${remote_user}@136.172.44.205:${job_catalog}/$job_on_remhost
960       else
961          scp  $job_to_send  ${remote_user}@${remote_addres}:${job_catalog}/$job_on_remhost
962       fi
963       if [[ $? = 1 ]]
964       then
965          locat=scp; exit
966       fi
967       if [[ $remote_host = ibms ]]
968       then
969          job_catalog=$job_catalog_save
970       fi
971       [[ $verify = true ]]  &&  printf "\n >>> finished\n"
972    else
973       eval  job_catalog=$job_catalog
974       cp  $job_to_send  ${job_catalog}/$job_on_remhost
975    fi
976
977
978
979       # NQS- BZW. LOADLEVELER-JOB STARTEN
980    if [[ $remote_host != $local_host ]]
981    then
982       [[ $verify = true ]]  &&  printf "\n >>> submitting job using \"qsub\"...\n"
983       if [[ $remote_host != lctit ]]
984       then
985          ssh  $remote_addres  -l $remote_user  "cd $job_catalog; $submcom $job_on_remhost; rm $job_on_remhost"
986       else
987             # TIT ERLAUBT NUR DIE AUSFÜHRUNG GANZ BESTIMMTER KOMMANDOS
988             # MIT SSH, DESHALB AUFRUF PER PIPE
989             # UEBERGANGSWEISE CHECK, OB N1GE ENVIRONMENT WIRKLICH VERFUEGBAR
990          print  "cd $job_catalog; chmod u+x $job_on_remhost"  |  ssh  $remote_addres  -l $remote_user  > /dev/null  2>&1 
991          echo "first try" > send_protocol
992          while [[ $(cat send_protocol | grep -c "Forwarding to N1GE") = 0 ]]
993          do
994             if [[ $(cat send_protocol | grep -c "first try") = 1 ]]
995             then
996                printf "\n trying to submit job to TIT cluster..."
997             else
998                printf "\n +++ failed ... trying to submit again ..."
999             fi
1000             print  "cd $job_catalog; $submcom $job_on_remhost"  |  ssh  $remote_addres  -l $remote_user  >  send_protocol  2>&1 
1001             cat send_protocol
1002          done
1003          sleep 10
1004          print  "cd $job_catalog;  rm $job_on_remhost"  |  ssh  $remote_addres  -l $remote_user  > /dev/null  2>&1 
1005          echo "$submcom  $job_on_remhost"
1006          rm  send_protocol
1007       fi
1008
1009       [[ $verify = true ]]  &&  printf " >>> o.k.\n"
1010    else
1011       cd  $job_catalog
1012       if [[ $(echo $local_host | cut -c1-3) = ibm ]]
1013       then
1014          eval  $submcom  $job_on_remhost
1015       elif [[ $local_host = lcfimm ]]
1016       then
1017          eval  $submcom  $job_on_remhost
1018          echo "$submcom  $job_on_remhost"
1019          chmod  u+x  $job_on_remhost
1020       elif [[ $local_host = lctit ]]
1021       then
1022          eval  $submcom  $job_on_remhost
1023          echo "$submcom  $job_on_remhost"
1024          chmod  u+x  $job_on_remhost
1025       elif [[ $local_host = nech ]]
1026       then
1027          if [[ $queue = default ]]
1028          then
1029             eval  $submcom  $job_on_remhost 
1030          else
1031             eval  $submcom  -q $queue  $job_on_remhost 
1032          fi
1033       else
1034          qsub  $job_on_remhost
1035       fi
1036          # JOBFILE DARF AUF LCTIT NICHT GELOESCHT WERDEN!! GESCHIEHT ERST AM JOBENDE
1037       [[ $local_host != lctit ]]  &&  rm  $job_on_remhost
1038       cd  -  > /dev/null
1039    fi
1040 fi
1041
1042
1043
1044    # ABSCHLUSSARBEITEN
1045
1046 if [[ $no_submit = false ]]
1047 then
1048    rm  $job_to_send
1049 fi
1050 [[ $verify = true ]]  &&  printf "\n\n *** SUBJOB finished \n\n"
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.